JPH06506103A - 試験dna配列を担持するトランスジェニック非ヒト動物を使用する変異誘発性試験 - Google Patents

試験dna配列を担持するトランスジェニック非ヒト動物を使用する変異誘発性試験

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 試験DNA配列を担持するトランスジェニック非ヒト動物を使用する変異誘発性 試験 関連出願の相互参照 この出願は、「試験DNA配列を担持するトランスジェニック非ヒト動物を使用 する変異誘発性試験」について1987年5月1日こ出願した米国特許出願番号 第045.037号の一部継続出願である1990年4月5日こ出願した米国特 許出願番号第505,676号の一部継続出願であり、その開示を参考として特 にここに取り入れる。
この発明は、トランスジェニック動物、および生きた動物内で変異誘発性要因を 監視する試験に関する。更に詳しくは、この発明は、試験DNA配列を担持する トランスジェニック非ヒト動物の創出、およびトランスジェニック動物を1以上 の疑わしい変異原に露呈し、必要に応じて試験DNA配列を回収し、変異につい て試験DNA配列を検査することにより変異誘発性潜在性を監視し評価する方法 に関するものである。試験DNA配列回収の効率を増加させる方法および特定の 試験DNA変異の迅速な分析についても併せて述べる。
異常のような種々の要因(agent)はDNAにおける変異を与え得る。代表 的な研究の結果により、女性において進展するガンの60%までが、また男性に おいて進展するものの40%までが食餌摂取に由来する変異原への回避し得る露 呈に起因することが示されている。ポートら、Environ、Mutagen 、7 :577−598 (1985)。自動車排気中に認められるニトロ芳香 族化合物、飲料水に使用される塩素化副生物、および工場の研究室で盛んに使用 されるアクリルアミドやホルムアルデヒドのような環境的変異原への露呈も主要 に関連するものである。疑わしい変異原の効果の定量的測定は、有害な要因への 露呈を制御するのに必須である。加えて、例えば新しい化学物質、薬物または食 品添加物が研究室から市場に出るたびに、その毒性やガンを起こす潜在性につい て試験されなければならない。この結果、種々の化合物の変異誘発性潜在性を検 出する検定法の開発に多大の努力が傾けられている。
物質の変異誘発性潜在性を評価する既存の試験は、培養細胞または細菌における DNAの変化、または試験動物の健康の変化に焦点を当てたものである。しかし ながら、生きた動物を試験に供する要因に対して実際に露呈する、DNAの変化 を監視する試験は殆どない。これは、多数の異なる器官で遺伝コードの変化を同 時に迅速に監視するのは極めて困難なためである。これらの変異を検出する試験 は極めて鋭敏でなければならない。これらは、数百万の正常な遺伝的単位の中の 単一の変異を検出することができる必要がある。この課題は困難であるため、現 在では生きた動物の研究についてのこのアプローチは不可能な程高価で、更に時 間がかかるものとなっている。したがって、現在の生きた動物による遺伝的毒性 試験の大半は、疾患の形成や遺伝子変化の検定として大規模な染色体変化を使用 するものである。
潜在的な変異誘発性要因により生起される小規模のDNA変化を容易に検出する という問題は、培養した原核または真核細胞の研究を行うことによって一般にア プローチがなされている(試験管内検定)。周知のエームス試験は、これらの変 異を検出する特定の株の細菌を使用するものである。エームスら、変異原および 発ガン原の検出と分類のための改良された細菌試験系、Proc、Nat、Ac ad、Sci、、70ニア82−86 (1973)、この試験および他の種類 の細菌または動物細胞を使用する多数の類似物は、変化した表現型の出現につい て極めて多数の細胞の迅速な検索を可能とするものである。この変化した特性の 出現は試験遺伝子内の変異の存在を反映する。しかしながら、これらの試験は、 検索に供される要因の代謝的活性化に起因する多(の変異原については感受性が ないか非特異的である。肝臓や他の抽出物を用いてこの種の代謝物を活性化する ことによりその感受性や特異性を増加させる試みがなされているが、例えばこれ らの抽出物により生成される代謝物は、生きた動物の組織におけるようには同一 の濃度で存在しないことが多いことが示されている。他の器官でのみ生成される 代謝物は全く検出されない。
変異を検出するために真核細胞ラインも使用されている。例えば、グレーザーら 、λフアージシャトルベクタを使用する哺乳動物細胞DNAにおけるUV誘導変 異の検出と分析、Proc、Nat 1.Acacl Sci、USA、83  : 1041−1044 (1986)がある。この試験では、標的試験遺伝子 、バクテリオファージシャトルベクタにおけるイー・コリのアンバーサプレッサ チロシンtRNA遺伝子が、試験管内での培養細胞のDNA トランスフェクシ ョンによりゲノム宿主哺乳動物細胞ラインに組込まれた。宿主細胞ラインを推定 される変異誘発性要因に露呈した後、試験遺伝子を再単離し、細菌中で増殖させ 、変異について分析するものとした。宿主は哺乳動物細胞ラインのみであり、生 きた動物ではないため、この試験では、分化した細胞または生きた動物の組織に よってのみ適切な濃度で生産される試験に供する要因の変異誘発性代謝物を正確 に監視することは不可能である。
NIHによる2年間の研究の結論では、4つの異なる原核および真核試験管内検 定により得られたデータは、全身動物による発ガン研究と60%一致したのみで あった。テナントら、5cience、236:933−941 (1987) 。
この研究は、高率の誤差は試験管内系と全身動物との間の遺伝的感受性における 潜在的な変動に起因し得ることを示唆するものである。例えば、プロ変異原の活 性化にしばしば関連する代謝物は試験管内系には存在せず、変異誘発能は検出さ れないこととなる。更に、原核生物と真核生物との間のDNA修復機構の相異を 、結果の不一致の幾つかについて考慮し得る。
試験管内検定に使用する試験遺伝子および大規模スクリーニングアッセイは、生 きた動物の研究には利用可能ではない。腫瘍、器官障害、被膜の色等のような同 定し得るのに長時間を要する表現型の変化を検出する長期間の動物の研究に信頼 するものが少ないため、現在の試験はDNAの器官特異的変異を監視する手段を 提供するものではない。よって、試験DNA配列を動物内に配し、その後変異に ついて大規模に検定する系に対する必要性が存する。また、試験に供する要因の 化学的代謝物により生起された変異を検出する方法に対する必要性が存する。
最も効果的なものとするため、系は可能な限り多くの動物の組織内で、容易、迅 速かつ低廉に遺伝的変化を監視することができる必要がある。
本発明は新規なトランスジェニック非ヒト哺乳動物、およびこの種の哺乳動物を 変異誘発試験に利用する方法を提供するものであり、これらの必要性を満たすも のである。更に詳しくは、本発明は疑わしい要因の変異誘発性の鋭敏な検索を提 供するものであり、この種の要因の変異誘発効果およびこの種の要因の代謝物の 変異誘発効果を監視することを可能とする。加えて、この発明は変異の性状、例 えばDNA転移、転換、欠失また点もしくはフレームシフト変異の同定を可能と するものである。更に、この発明の方法は、迅速に実施される顕著な利点を与え 、これにより他の試験が完了し得るより十分前に潜在的な変異原の同定を可能と し、他の全身動物試験と比較して低廉なものである。また、本発明は、変異誘発 試験に使用しなければならない動物の数を実質的に低減するものである。
発明の要旨 本発明は、要因(agent)の変異誘発能(mutagenic poten tial)を検定する方法を企図する。この方法は、切除可能に組込んだλファ ージの存在を特徴とするゲノムを有する細胞を含有する動物に所定量の要因を投 与することからなる。このファージは、原核発現シグナルに機能的に連結された 標的遺伝子を含有する。露呈された動物は典型的には所定期間の時間、通常は数 時間〜数か月、好ましくは数日〜数週間、例えば約4日〜2週間生存を維持させ る。切除可能に組込んだλファージの所定量を、その後維持した動物から集めた 細胞から回収する。回収したλファージは、その後制限系欠損微生物に導入して 発現させる。
好適な態様では、動物はトランスジェニック動物、例えばトランスジェニックネ ズミ、好ましくはトランスジェニックラットまたはマウスとする。
他の好適な態様では、細胞は5CIDマウス中に存在するヒト細胞とする。
後記するように、好適な方法は、変異誘発性、発ガン性または奇形性活性を有す る化合物を検索するため動物または動物細胞に組込まれた2つの遺伝子、試験遺 伝子およびレボータ遺伝子の組からなる標的遺伝子系を使用するものとして開発 された。これらのいずれかの活性を有する化合物に動物または動物細胞を露呈す ると変異が生起し、レポータ遺伝子の発現の変化に帰着する。標的遺伝子および レポータ遺伝子構成物の両者は、原核プロモータに機能的に連結される。
この方法は、変異誘発性または奇形性活性を有する化合物を検索する従来技術の 方法を越えて幾つかの利点を有するものである。最も有意義な利点は、検出の容 易性および偽陽性の数の減少である。レボータ蛋白質をコードする遺伝子の変異 は変異誘発活性を検定するのに先に使用されたが、変異の事実は結果的に発現さ れない蛋白質を与えた。蛋白質を発現する細胞に囲まれながら蛋白質を発現しな い単一の細胞、あるいは少数の細胞を検出することは困難、単調かつ高いパーセ ントの誤差を伴う傾向がある。これに対して本方法では、変異の事実は究極的に 他の場合は発現され得ないレポータ分子の発現に帰着し、これは容易に検出され るものである。
ここで使用するように、他に特に記載しない場合、「動物細胞」は、細胞培養、 胚子および分化した動物の細胞を包含すべく使用する。またここで使用するよう に、「変異原」は、他に記載しない限り、毒素、発ガン原、奇形原、および他の DNAまたはRNA配列または発現を変化させる要因を包含すべく使用する。
レポータ遺伝子の選択は次の評価基準に基くものとする: (i)レポータ遺伝 子産物は形質転換細胞に対して有害または致死的となり得ない、(ii)遺伝子 産物はその定量のために簡単で鋭敏な検出系を与えなければならない、(i i  i)非形質転換細胞は検定される遺伝子産物または活性の構成的バックグラン ドが低いものでなければならない。生化学的技術により容易に監視できる酵素、 抗原または他の生物学的に活性な蛋白質をコードするレポータ遺伝子が好適であ る。これらにはβ−ガラクトシダーゼ(ツートン・ピー・ニーとコフィン・ジエ イ・エム、Mo1.Ce11.Biol、5 :281−290 (1985) )、パーオキシダー七およびルシフェラーゼ(デ・ウェット・ジエイ・アールら 、Mol。
Ce11.Biol、7:725−737 (1987))が包含される。
試験遺伝子は、レポータ遺伝子発現を調節する配列に結合する制御分子をコード する配列の群から選択する。これらは、アンチ−センスRNAを含むリプレッサ または他の制御分子とすることができる。最も好適な態様では、IacIリプレ ッサ遺伝子を変異誘発標的として使用する。変異誘発によるリプレッサ遺伝子の 不活性化は、β−ガラクトシダーゼをコードするレポータ遺伝子1acz遺伝子 の発現をもはや抑制し得ない欠損リプレッサ蛋白質の転写および翻訳までも生起 する。リプレッサ蛋白質の結合を妨害するようにレポータ遺伝子についてのオペ レータ領域が変化することにより同一の効果が与えられる。レポータ遺伝子の脱 抑制は、その後遺伝子産物の特定の機能を検定することにより監視することがで きる。
細菌1acオペレーターリプレツサ系は、コウロンドレとミラー、Mo1.Bi ol、117:577(+977)およびミラー、Ann、Rev、Genet 。
17:215 (1983)に記載されているように、遺伝子の転写を制御する 蛋白質−核酸相互作用の最も基本的で徹底的に研究された例の1であるため好適 である。この細菌の制御系は哺乳動物細胞にトランスフェクトされ、インデュー サ、イソプロピルβ−Dチオガラクトシド(IPTG)によって発現が検出され たものであり、ヒュとダビッドソン、Ce11.48:555 (1987)お よびブラウンら、Cel!、49:603 (1987)により報告された通り である。
lacオペレーターリプレッサ系の従来の使用と本方法との間の重要な差異は、 誘導より寧ろ変異を使用してレポータ遺伝子を脱抑制し、その機能が全て指標と して働く蛋白質を発現させる点である。他の差異は、好適な態様では、標的遺伝 子系が感染性λファージとして切除可能な点である。
レポータ遺伝子の発現を調節するレプレッサ蛋白質については、オペレータ配列 は、転写開始部位と開始コドンATGとの間の位置でレポータ遺伝子に組入れら れなければならない。本来のlacオペレータ配列(5’ −GGAATTGT GAGCGGATAACAATCC−3’ )または変異種1acオペレータ( 1aclq)、たとえばリプレッサに8倍強く結合する配列(5’ −ATTG TGAGCGCTCACAAT−3’)をベクタの構築に使用することができる 。
発明の詳細な説明 本発明は、標的遺伝子系を含有する切除可能に組込まれたλファージの存在を特 徴とするゲノムを有する操作された動物細胞、動物胚子(embryo)および 分化した動物を企図するものである。標的遺伝子系は、試験遺伝子(転写可能、 および好ましくは翻訳可能DNA配列)からなる。好ましくは、試験遺伝子は原 核発現シグナル、例えばプロモータ、リポソーム結合部位、停止コドン等に機能 的に連結される。
この発明のrDNA(主題rDNA)は、λファージに対する原核発現のための 標的遺伝子系機能結合を含有する。標的遺伝子系は典型的にはλファージに機能 的に連結され、試験遺伝子のヌクレオチド配列における変異が検出し得る表現型 または遺伝子型を測定可能に変化させた場合にその転写が検出可能な表現型また は遺伝子型を結果的に与える種々の試験遺伝子のいずれかからなるものとするこ とができる。典型的な試験遺伝子には、薬剤耐性または他の選択上の利点を与え る遺伝子、またはその発現により第2のレポータ遺伝子の発現が変化する遺伝子 が包含される。例示的な薬剤耐性遺伝子は、アンピシリン、カナマイシン、クロ ラムフェニコール等に対する耐性を与えるものである。
好適な試験遺伝子はリプレッサまたはアクチベータ遺伝子産物であり、その発現 はレポータ遺伝子の発現を直接変化させる。例として、1acl遺伝子によりコ ードされるリプレッサ蛋白質、および1acZ遺伝子の発現シグナルのオペレー タ領域に結合することによりβ−ガラクトシダーゼ遺伝子(lacZ)の転写を 遮断するよう機能する1acI遺伝子の遺伝的変種がある。この系においてIa cZがレポータ遺伝子である。好適な1acI遺伝子は、8〜lO倍高いレベル のリプレッサ蛋白質を発現し、1acZ遺伝子の発現をより強固に抑制する1a clq変種である。
レポータ遺伝子は、試験遺伝子内の変異を検出する手段を与える。典型的なレポ ータ遺伝子は、試験遺伝子が変異していない場合に発現され、試験遺伝子が発現 される場合に発現されないものである。よってレポータ遺伝子は、検出し得る表 現型または遺伝子型をコードし、その発現が試験遺伝子の制御の下にある遺伝子 である。
検出し得る表現型をコードする遺伝子には、薬剤耐性マーカ、その活性により検 出し得る反応生成物を与える酵素等が包含される。好適なレポータ遺伝子はβ− ガラクトシダーゼ遺伝子(IacZ)である。
好適な1acZ遺伝子は、ここに記載するようにα相補を利用するものであり、 これにより機能的なIacZ活性が、IacZ遺伝子産物のα蛋白質とIacZ ムM15遺伝子産物として言及する1acZの相補的部分との会合を要求するも のとなる。
試験遺伝子は原核発現シグナルに機能的に連結され、本発明による変異の迅速な 検出を促進するものである。標的遺伝子系の切除回収に際して、試験遺伝子系を 細菌細胞ローンのような原核発現系に導入すると、試験遺伝子の希釈物を発現さ せることができ、これにより試験遺伝子変異の程度を観察(レポート)して定量 する。
細菌細胞のような原核発現系で試験遺伝子の発現を測定する限り、試験遺伝子の 構造部分、または試験遺伝子を発現させる原核プロモータのような発現調節シグ ナルのいずれかで変異が生起し得ると理解される。よって好適な態様では、試験 遺伝子はIacrまたはIacIQ遺伝子からなり、Iaclプロモータ領域を 包含するものとする。
この発明のλファージは、動物細胞または胚子のゲノムに切除可能に組込まれた 標的遺伝子系からなる。切除可能に組込むとは、λファージが、可能性のある変 異の発生を評価する目的で変異誘発条件に供された動物、細胞または胚子ゲノム から試験遺伝子系を便利に除去する手段を与えるゲノムに機能的に連結された切 除要素からなることを意図する。
例示的な切除要素は標的遺伝子に当接するヌクレオチド配列であり、また存在す る場合レポータ遺伝子、また標的遺伝子系の他の要素であり、これは標的遺伝子 系が機能的に連結された(組込まれた)ゲノムからの部位特異的切除を可能とす るものである。好適なヌクレオチド配列はCOS部位、flpリコンビナーゼ認 識部位、またはCre蛋白質により認識される1oxP部位であり、これらの全 てについてここにより十分に説明する。
ここに記載するようにλバクテリオファージ試験管内パッケージング抽出物を利 用する場合に2つのCO5部位ヌクレオチド配列の間に含有される遺伝子の切除 の便利性および効率のため、好適なのはCOS部位切除要素である。
標的遺伝子系の切除要素は、変異露呈条件からレポータ遺伝子を測定する原核発 現媒体へと標的遺伝子系を容易に回収する能力を与えるものである。
例示的な好適な試験遺伝子系はここに記載するようにλLIZαベクタであり、 この場合、1aclq試験遺伝子はα−相補に基(lacZα遺伝子に機能的に 連結され、そこで試験およびレポータ遺伝子の両者は原核発現シグナル、すなわ ち1acIプロモータおよび1acZプロモ一タ/オペレータ配列の制御下にあ る。
この好適な系は、試験遺伝子における変異の性状の迅速な決定のために試験遺伝 子がrfl−型」核酸配列決定ベクタに容易に形質転換され得るよう、原核複製 開始点、選択マーカ(amp” )およびフィラメント状ファージ複製開始点を 特定する試験遺伝子に機能的に連結されたヌクレオチド配列を更に含む。この後 者の特徴は、ショートら、Nucl、Ac1d Res、16:7583−76 00(1988)の教示により与えられ、この場合、fl遺伝子内領域のターミ ネータおよびイニシエータドメインは分離され、回収され配列決定されるべきこ の発明の試験遺伝子配列に当接するものである。
プロモータは、結果的に転写のプロセスの開始を与え、これにより遺伝子が転写 されてメツセンジャーリポ核酸(mRNA)分子を形成するRNAポリメラーゼ 結合の部位を与えることにより遺伝子の発現を調節する構造遺伝子転写単位の要 素を形成するヌクレオチドの配列である。
オペレータは、特異的なリプレッサ結合の部位を形成するヌクレオチドの配列で ある。よって、オペレータは特定のリプレッサに特異的である。
オペレータへのリプレッサ結合についての平衡結合定数が10−”モル(M)よ り大きい、好ましくは10−10Mより大きい、更に好ましくはl O−”Mよ り大きい場合、リプレッサ結合部位は特異的であると考えられる。オペレータへ のリプレッサ結合についての平衡結合定数は、周知の平衡透析法、またはニトロ セルロースフィルタ結合検定(この場合、リプレッサはニトロセルロース上に固 定化され、5xp−ラベルしたオペレータ含有DNA断片を固定化リプレッサへ の結合のため溶液中に与える)によって容易に測定することができる。ミラー「 分子遺伝学の実験J、p367−370、コールド・スプリング・ハーバ−・ラ ボラトリイ、ニューヨーク、1972を参照することができる。
Iacリプレッサのためのオペレータは十分に特性化されており、ここに例示的 に使用するものである。ミラーら、 「オペロン」中、コールド・スプリング・ ハーバ−・ラポラトリイ、ニューヨーク(1980)を詳細な検討に参照するこ とができる。その他のヌクレオチド配列が、リプレッサに特異的に結合する±且 Cリプレッサオペレータについて記載されている。例えば、サルトリウスら、E MBOJ、8:1265−1270 (1989)およびサドラーら、Proc 。
Nat 1.Acad、Sc i、USA、80:6785−6789 (19 83)により報告された多数のIacオペレータ変種およびこれらのりプレッサ 結合活性を特徴付ける方法の記載を参照することができる。lacリプレッサに 特異的に結合する全ゆるヌクレオチド配列を本発明に使用することができるが、 野生型および至適化されたオペレータが好適であり、ここで例示的に使用するも のである。Iacオペロンから誘導された2つの至適化されたオペレータは、次 のようなSEQ、ID番号lおよび番号2で示されるヌクレオチド配列を包含す るものである: (SEQ、ID番号り 5’−TGT GGA ATT GTG AGCGCT  CACAAT TCCACA−3’(SEQ、IF番号2) 5’−ATT  GTG AGCGCT CACAAT−3’ オペレータは、種々の機構により構造遺伝子についてプロモータを調節するよう 機能する。リプレッサの結合によりRNAポリメラーゼについてのプロモータの 結合部位をカバーし、これによりRNAポリメラーゼがプロモータ結合部位に接 近するのを排除するよう、プロモータ内にオペレータを位置させることができる 。また、プロモータ結合部位より下流にオペレータを位置させることができ、こ れによりRNAポリメラーゼが転写単位を通過して下方に移動するのを遮断する 。
多重のオペレータをrDNA分子上に配置し、1以上のリプレッサと結合させる ことができる。多重オペレータの利点は数倍となる。第1に、RNAポリメラー ゼ結合または遺伝子を下る転移のより強固な遮断を行うことができる。第2に、 少な(とも約70ヌクレオチド、典型的には約1000ヌクレオチド以下により 離間した場合、好ましくは約200〜500ヌクレオチドにより離間した場合、 2つのオペレータ部位に結合したリプレッサ蛋白質間の相互作用により核酸中に ループを形成することができる。この形成されたループ構造は、プロモータがル ープ内に存在する場合、RNAポリメラーゼのプロモータとの相互作用の強力な 阻害を与え、またループがプロモータの下流に位置する場合は、転写単位を下る RNAポリメラーゼの転移の阻害を与える。
好適な態様では、本発明により企図されるベクタには、原核レプリコン、すなわ ち原核宿主、例えばこれにより形質転換された細菌宿主細胞中で直接自動的な複 製および組換えDNA分子の染色体外維持の能力を有するDNA配列が包含され る。この種のレプリコンは当業界で周知であり、ここに記載するように0riC を包含するものである。更に、原核レプリコンを包含するこれらの態様は、周知 のように、その発現がこれにより形質転換された細菌宿主に対してアミノ酸栄養 依存性や薬剤耐性のような選択的利点を与える遺伝子を包含し得るものであり、 形質転換されたクローンの選択を可能とすることを図るものである。典型的な細 菌薬剤耐性遺伝子は、ここで使用するようにアンピシリン、テトラサイクリン、 カナマイシン等に対する耐性を与えるものである。
原核レプリコンを含むこれらのベクタは、これにより形質転換された遺伝子の発 現(転写および翻訳)を指向し得る原核プロモータも包含することができる。
プロモータは、RNAポリメラーゼの結合および転写が生起することを可能とす るDNA配列により形成された発現調節要素である。細菌宿主と和合性のプロモ ータ配列は、典型的には本発明のDNA断片の挿入のための便利な制限部位を含 有するプラスミドベクタ中において与えられる。細菌の発現系、およびこれらの 系におけるベクタの選択と使用は、「遺伝子発現技術J、Meth、Enzym ol、Vo1185、ゴエデル編、アカデミツク・プレス、NY(1990)に 詳細に記載されている。この種のベクタプラスミドの典型にはpUC8、pUC 9、pBR322およびpBR329があり、バイオ−ラド・ラボラトリイズ、 (リッチモンド、CA)から入手可能であり、またpPLおよびpKK233− 2があり、ファルマシア、(ビスカタウエイ、NJ)またはクローン・チク(パ ロ・アルド、Ca)から入手可能である。
トランスジェニック動物およびその使用1つの態様では、本発明は新規なトラン スジェニック非ヒト動物および潜在的な変異誘発性要因の変異誘発効果を監視す る方法を提供するものである。この発明によれば、少なくとも1つの標的試験D NA配列の少な(とも1つのコピーを非ヒト哺乳動物の細胞に導入した後、飼育 して試験動物を作成する。好ましくは実質的に全ての細胞が試験DNA配列を含 有し得る。その後試験トランスジェニック動物を変異誘発性であると疑わしい要 因に露呈し、その後試験DNA配列をトランスジェニック動物の個々の組織から 回収することができる。試験DNA配列は微生物に移すことができるが、この種 の回収および移動は必須ではなく、また変異について検定して多重組織特異的遺 伝的変異の迅速な検査を可能とするものである。試験DNAにおける変異を監視 するための方法は回収に依存する必要がなく、その場での試験DNAの直接検査 、試験DNAのPCR増幅、試験DNAのRNA転写産物または前記RNAの蛋 白質翻訳産物、または前記蛋白質についての前記蛋白質または基質の効果の検査 を包含するものである。
理論的には、変異誘発試験に適切な全ゆる動物を出発生物として使用することが できる。新規な試験配列の随所の挿入を可能とするため、単細胞動物胚子を回収 するが、分化した動物の細胞中のマーカDNAの取込みおよび究極的な随所にお ける存在を促進する他の細胞もあり得る。
この発明によれば、変異に際して検出し得る表現型または遺伝子型をコードする 多数の種々の配列を、この発明のトランスジェニック非ヒト哺乳動物への導入に 使用することができる。宿主哺乳動物細胞からの試験DNA配列の回収を促進す ることができ、また細菌宿主中でその配列の複製および発現を可能とし得るベク タを、標的試験DNA配列のキャリヤとして好ましくは使用する。よって、この 種のベクタおよび挿入物の構成は、好ましくは哺乳動物宿主ゲノムからの切除の ための領域、および細菌宿主細胞中での複製を可能とする領域、並びに試験DN A配列の発現および検定を可能とする領域を含有すべきものである。宿主ゲノム への組込みが必要でない場合は、動物宿主細胞における試験DNA配列の複製を 可能とする所望の領域が存在すべきである。エルブレヒトら、トランスジェニッ クマウスにおけるウシパピローマウィルスベクタのエピゾーム維持、Mol。
Ce11.Biol、7:1276−1279 (1987)。
更に本発明によれば、好ましくは(しかし必須ではない)単細胞胚子段階で試験 DNA配列を宿主哺乳動物に導入し、分化した動物の細胞全体における試験配列 の安定な存在を与えるものとする。キメラ動物の使用もここに企図するものであ る。典型的には、これには試験DNA配列の哺乳動物宿主ゲノムへの組込みが包 含されるが、自動的複製ベクタの使用による試験配列の安定かつ遺伝的な存在を 可能とする方法も有用たり得る。エルブレヒトら、トランスジェニックマウスに おけるウシパピローマウィルスベクタのエピゾーム維持、Mo 1. Ce 1 1゜Biol、7:1276−1279 (19g?)。細胞レベルでは、マイ クロインジェクション、エレクトロポーレーション、ジエレクトロフォーレシス の技術または種々の化学的に媒介された形質転換技術を使用してこれを達成する ことができ、これらは全て当業界で周知である。分化した組織のレベルでは、他 の技術が必要たり得る。
試験DNA配列の導入およびゲノムまたは細胞への組込みの後、lまたは複数の トランスジェニック細胞を全体的な生物に分化させる必要がある。これは例えば 、偽妊娠メスへの胚子移植により、またはトランスジェニック胚子の成熟を可能 とする他の技術により達成することができる。この種の成熟および分化が一旦生 起したならば、試験DNA配列の存在について動物を検定する。典型的には、こ れには組織の小部分を動物から除去し、標準的なりNAハイブリダイゼーション 検定技術を使用して試験DNA配列の存在を検出することが包含される。
試験DNA配列を担持するトランスジェニック動物をその後飼育し、試験DNA 配列を担持する子孫を変異誘発試験につき選択することができる。この発明によ れば、選択したトランスジェニック哺乳動物を、適切な条件下で問題とする要因 または物質に露呈する。この種の条件は、例えば要因または物質の性状、変異誘 発研究の目的および所望とするデータの種類に依存し得る。
所望の条件下で試験トランスジェニック動物を試験に供する要因に露呈した後、 所望の組織を試験動物から除去し得る。好適な態様では試験DNA配列は主とし て全ての組織に存在するため、試験される組織の種類は、試験DNA配列の挿入 のプロセスによって限定されるものではない。全ゆる所望の組織を除去すること ができ、種々の方法によりDNA、RNA、蛋白質または基質/生成物レベルで 検定することができ、限定されるものではないが、DNAまたはRNAに対する その場でのハイブリダイゼーション、PCR1蛋白質または酵素的検定が包含さ れる(PCRプロトコール、方法および応用の指針、イニス・エムら編、アカデ ミツク・プレス・インコ、1990、マニアティスら、分子クローン化、実験室 マニュアル、コールド・スプリング・ハーバ−、ニューヨーク、1982)。
その他、ゲノムDNAを組織から精製することができる。組込まれた標的試験D NA配列は、その後宿主の全ゲノムDNAから回収し得る。これを宿主ゲノムか ら切除することにより、または大きさ、重量または荷電密度による分離を可能と する適切な手順によりこれを達成することができる。回収の方法は、試験DNA 配列がゲノムに挿入されているか否か、当接領域が切除を可能とするものである か否か、試験DNA配列が分離技術を用い得る複製要素の一部であるか否かに依 存する。
回収した試験DNA配列をその後接して、大規模検索技術に適切な微生物により 発現させることができる。好適な態様では、これにはバクテリオファージパッケ ージング技術を用いて試験DNA配列をパッケージすることによりゲノムDNA から試験DNA配列ベクタを切除することが包含される。これは試験DNA配列 を適切なベクタ内に連結することを要する場合もあるが、単に微生物への直接的 形質転換のみを含む場合もある。
試験DNA配列ベクタを含有する微生物を、その後指標平板または選択培地上で 生育させる。これらの生物は、試験DNA配列の変異を示す表現型を有し、変異 した試験DNA配列を含有すると考えられるものである。試験DNA配列を含有 する生物の合計数に対する試験配列の変異した表現型を発現するこれらの生物の 比率は、試験組織中に存在する要因およびその代謝物の変異誘発性の尺度である 。
バクテリオファージパッケージング技術は、外来起源由来のバクテリオファージ DNAをカプシド化するのに必要な蛋白質および前駆体の混合物を供給するため にバクテリオファージ感染宿主細胞抽出物を使用することを含む。試験DNA配 列の回収効率は、パッケージング抽出物を調製するのに使用される宿主微生物の 株、並びにプレートして変異誘発性を検出するにの使用する微生物の両者におい て制限系を除去することにより顕著に増加させ得ることを最近突き止めた。加え て、他の回収系、例えば単離したゲノムDNAのDNA形質転換は、この種の制 限系または活性を除去することにより改良し得る。
外来DNAを認識し不活性化するこれらの制限系を除去することにより、回収効 率は少なくとも12,000pfu/μgゲノムDNAまで増加させることがで きる。これらの回収効率により、それぞれの組織に由来する数百万の標的遺伝子 の分析が可能となり、多数のデータ点を与え、より大きな統計的意義をもって変 異誘発性試験に必要な動物の数を結果的に顕著に低減するものである。
よって、組込まれた標的試験DNA配列は、好ましくは外来DNAを認識し不活 性化する制限系を欠損するλパッケージング抽出物を使用して宿主哺乳動物の全 ゲノムDNAから回収する。回収した試験DNA配列は、その後制限系欠損微生 物に移して発現させる。
また、試験DNA配列の迅速な分析を与えるシャトルベクタ系を構成することが できる。試験DNA配列は、試験DNA配列の切除および再環化を可能とする系 内に含有されるものとすることができ、この系はバクテリオファージゲノムに含 有される。パッケージング抽出物を使用する試験DNA配列を含有するバクテリ オファージゲノムの回収の後、試験DNAをバクテリオファージゲノムから更に 切除し、再環化して迅速な変異分析を与えるものとする。
更に、本発明は、試験DNA配列を細胞から回収することなく、試験DNA配列 を含有する細胞の表現型を検査することにより変異誘発性試験の実行を企図する ものである。これは、潜在的な変異誘発要因に露呈した後にこの発明のトランス ジェニック哺乳動物の組織を切断し、その場でのハイブリダイゼーションまたは たとえば組織切断物の染色により試験DNA配列の遺伝子型または表現型を検定 することにより達成することができる。
本発明は、有性生殖、すなわち配偶子細胞の合体による性的複製を行う多細胞真 核生物の遺伝的形質転換に用途を有する。好適な生物には、非ヒト哺乳動物、鳥 類、魚類、裸子植物および被子植物が包含される。
よって本発明は、哺乳動物の体細胞および胚細胞のゲノムに切除可能に組込まれ た本発明の修飾されたλバクテリオファージ(rDNA)を含有する非ヒト哺乳 動物、すなわちトランスジェニック哺乳動物を企図するものである。本発明のr DNAを含有する哺乳動物は、典型的にはホーガンら、マウス胚子の操作:実験 室マニュアル、コールド・スプリング・ハーバ−1NY(1987)およびパル ミターら、Ann、Rev、Genet、20 : 465−499 (198 6)に記載された標準的なトランスジェニック技術を使用して調製するが、その 方法はここに更に説明する。トランスジェニック哺乳動物の製造は、キャベシ、 5cience、244:288−292 (1989)により記載された相同 組換えトランスジェニック系を使用しても可能である。トランスジェニック哺乳 動物の調製は、米国特許第4.736.866号、4,870,009号、4, 873゜191号および4,873,316号にも記載されている。
トランスジェニック的に哺乳動物を改変する技術の1つは、受精した哺乳動物の 卵のオス前核にrDNAをマイクロインジェクトして、発生しつつある哺乳動物 の細胞に保持されるrDNAの1以上のコピーを与えるものである。通常はイン ジェクトされた卵から発生する哺乳動物の40パーセントまでが、その組織中に rDNAの少なくとも1つのコピーを含有する。これらのトランスジェニック哺 乳動物は、通常は胚細胞ラインを介してその遺伝子を次の世代に伝える。トラン スジェニック的に操作された胚子の子孫は、組織の断片のサザンプロット解析に よりその構成物の存在について試験することができる。典型的には、尾部の小部 分をこの目的のために使用する。トランスジェニック胚子のゲノムへのrDNA の安定な組込みにより、確立されるべきrDNAを担持する永久的なトランスジ ェニック哺乳動物ラインが可能となる。
本発明のrDNAを含有する非ヒト哺乳動物を製造する他の方法には、受精卵の 感染、胚子誘導幹細胞、全能圧力ルシノーマ(Ec)細胞、またはrDNAを含 有するウィルス発現ベクタによる初期開裂圧が包含される。例えばパルミターら 、Ann、Rev、Genet、20 : 465−499 (1986)およ びキャペシ、5cience、244 :1288−1292 (1989)を 参照することができる。
トランスジェニック哺乳動物は哺乳動物の如何なる種類ともすることができ、農 業上意義ある種、例えばヒツジ、ウシ、ラム、ウマ等が包含される。好適なのは 科学的目的に有意義な動物であり、限定されるものではないがウサギ、霊長類お よびネズミ、例えばマウス、ラット等が包含される。トランスジェニック哺乳動 物はヒトとしない。
標的遺伝子系を有する生物内で細胞を遺伝的にプログラムする方法本発明は、標 的遺伝子系を細胞に導入する方法、すなわち本発明の標的遺伝子系を含有する修 飾λゲノムを遺伝的に改変された接合子を産生ずるために接合子のゲノムに、ま たは生物内の個々の体細胞のゲノムに導入することにより生物内で細胞を遺伝的 にプログラミングすることをも企図するものである。遺伝的に改変された接合子 は、その後妊娠期間に等しい時間の間、または遺伝的に改変された接合子がrD NAの少なくともlコピーを含有するトランスジェニック生物に発生するのに十 分な妊娠期間の実質的部分の間、適切な生物学的条件下で維持する。
ここで使用するように「遺伝的にプログラミングする」という用語は、哺乳動物 のような生物内で細胞のDNAの内容を永久的に改変し、その際に原核標的遺伝 子系が生物の細胞のゲノムに導入されたことを意味する。
配偶子細胞の合体により性的複製を行う多細胞真核生物は、本発明のrDNAを 使用して遺伝的にプログラムすることができる。この種の多細胞真核生物の例に は、両生類、爬虫類、鳥類、哺乳動物、硬骨魚、軟骨魚、円口類、節足動物、物 および被子植物である。
トランスジェニック生物は、組換え核酸分子のそのゲノムへの導入により形質転 換された生物である。典型的には、組換え核酸分子は、トランスジェニック生物 の全ての胚細胞および体細胞中に存在し得る。トランスジェニック生物の例には 、トランスジェニック哺乳動物、トランスジェニック魚類、トランスジェニック マウス、トランスジェニックラットおよび単子葉植物および双子葉植物を含むト ランスジェニック植物が包含される。例えばガサ−ら、5cience、244 :1293−1299 (1989)、デ・う・ペナらにより1987年8月1 3Biこ出願されたヨーロッパ特許出願第0257472号、トルルソンらによ り1987年IO月1日に出願されたPCT公開WO38102405号、ベル マにより1986年7月16日に出願されたPCT公開WO37100551号 、およびドブファーらにより1988年5月20田;出願されたPCT公開WO 38109374号を参照することができる。
本発明のrDNAを含有するトランスジェニック生物を製造する方法には、標準 的なトランスジェニック技術、レトロウィルスを含むウィルスによる接合子また は生物の感染、ウィルスによる組織の感染後の組織の動物への再導入、およびr DNAの哺乳動物の胚幹細胞への導入後に胚幹細胞の適切な操作を行うことによ るトランスジェニック動物の産生が包含される。例えばワグナ−ら、米国特許第 4,873,191号(1989年lO月lO日)、ロジャースら、Meth。
in Enzymol、153:253−277 (1987)、ベルマら、P CT公開WO37100551号、コツキングら、5cience、236 : 1259−1262 (1987)、およびルスキンら、Neuron l:6 35−647 (1988)を参照することができる。
本発明の原核遺伝子制御系のrDNAを含有する少な(とも1つの細胞を有する トランスジェニック哺乳動物は、当業界で周知の方法を使用して製造することが できる。例えばワグナ−ら、米国特許第4,873,191号(1989年lO 月lO日)、ホーガンら、マウス胚の操作:実験室マニュアル、コールド・スプ リング・ハーバ−、ニューヨーク(1987)、キャペシ、5cience。
244:288−292 (1989)、およびルスキンら、Neuron l :63.5−647 (1988)を参照することができる。
好適な態様では、本発明のトランスジェニック哺乳動物は、1)対象rDNAを 受精した哺乳動物卵にマイクロインジェクトして遺伝的に改変されだ補乳動物卵 を産生じ、 2)遺伝的に改変された哺乳動物卵を宿主メス哺乳動物に移植し、3)前記哺乳 動物の妊娠期間の実質的部分に等しい時間の間宿主メス哺乳動物を維持し、 4)遺伝的に改変された哺乳動物卵から発生したrDNAを含有する少なくとも 1つの細胞を有するトランスジェニック哺乳動物を回収することにより製造され るものである。
受精した晴乳動物卵は、ゴナドトロピンを用いて排卵過度を誘導することにより 適切なメス哺乳動物から得ることができる。典型的には、黄体形成ホルモン(L H)を模倣するヒト漿膜ゴナドトロピン(hCG)と組合せて妊娠メス血清を使 用して卵胞刺激ホルモン(F S H)を模倣する。周知のように、マウスにお ける排卵過度の効率的な誘導は、メスの月齢および体重、ゴナドトロピン投与の 投与量およびタイミング、および使用するマウスの特定の種を含む幾つかの変数 に依存する。更に、受精されるに至る排卵過度卵の数は、種メスの繁殖性能に依 存する。たとえば、胚子の操作:実験室マニュアル、ホーガンら編、コールド・ スプリング・ハーバ−1NY(1986)を参照することができる。
周知の技術を使用し、rDNAを補乳動物卵にマイクロインジェクトして遺伝的 に改変された卵を製造することができる。典型的には、ゴートンら、Proc。
Natl、Acad、Sci、USA、77:7380−7384 (1980 )により記載されたように、rDNAを受精したマウス卵の前核に直接マイクロ インジェクトする。これにより、生存する胚子の約10〜40パーセントにおい てrDNAの安定な染色体組込みが行われる。例えば、プリンスターら、P r  o c。
Natl、Acad、Sci、USA、82 :4438−4442 (198 5)を参照することができる。大半の場合、組込みはl細胞段階で生起すると認 められ、この結果rDNAは原始胚細胞の全てを含むトランスジェニック動物の 全ての細胞に存在する。それぞれの細胞で保持される外来rDNAのコピー数は 1〜数百の範囲となり得るが、周知のように卵にインジェクトされたrDNAの 数に依存するとは認められない。
マウス胚ラインに遺伝子を導入する他の方法は、ウィルスベクタによる胚子の感 染である。野生型または組換えウィルスによって胚子を感染させることができ、 宿主染色体へのウィルスゲノムの安定な組込みを与える。例えば、ジェニッシュ ら、Ce1l、24:519−529 (1981)を参照することができる。
ウィルスベクタの特に有用な種類は、レトロウィルスから誘導されたウィルスベ クタである。レトロウィルスの岨込みは正確な機構を介して生起し、宿主染色体 上へのウィルスの単一コピーの挿入を与える。胚子のレトロウィルス感染により トランスジェニック動物を得る頻度は、rDNAのマイクロインジェクションに より得られるものと同様に高くすることができ、使用するウィルスの滴定値に大 きく依存することが認められる。例えば、ファン・デル・ブテンら、Proc、 Natl、 Acad、 Sci、 USA、 82:6148−6152 ( 1985)を参照することができる。
新たな遺伝的情報をマウス胚子に移す他の方法には、rDNAを胚幹細胞に導入 した後に胚幹細胞を胚子に導入するものが包含される。胚幹細胞は正常な胚盤胞 から誘導することができ、これらの細胞は胚子に導入された場合に胚細胞ライン および体組織を規則的にコロニー形成することが示されている。例えば、プラト レイら、Nature、309:255−256 (1984)を参照すること ができる。典型的には、胚子誘導幹細胞はrDNAにより感染され、胚子誘導幹 細胞は、rDNAが細胞のゲノムに組込まれるのに十分な時間の間培養される。
幾つかの状況では、この組込みは、胚子誘導幹細胞のゲノムに存在する遺伝子に よる相同組換えによって生起し得る。例えば、キヤベツ、5cience、24 4 : +288−1292 (+ 989)を参照することができる。rDN Aをそのゲノムに組込んだ胚子幹細胞を選択して使用し、精製された遺伝的に改 変された胚子誘導幹細胞集団を産生ずることができる。例えば、マンサーら、N ature、336:348 (1988)を参照することができる。胚子誘導 幹細胞をその後予備移植マウス胚子の胞胚腔に注入し、胚芽細胞を養育母親の子 宮に外科的に移し、そこで所定期間発生の進行を図る。この結果得られる動物は 、供与体胚子誘導幹細胞および宿主胚芽細胞の両者から誘導された細胞から構成 される点でキメラである。ヘテロ接合体子孫を相互飼育してrDNAに対してホ モ接合体である動物を産生ずる。たとえば、キヤベツ、5cience、244 :1288−1292 (+989)を参照することができる。
遺伝的に改変しだ補乳動物卵を宿主メス補乳動物に移植する。遺伝的に改変した 補乳動物卵を宿主メスに移植する方法は周知である。例えば、ホーガンら、マウ ス胚子の操作:実験室マニュアル、コールド・スプリング・ハーバ−・ラボラト リイ、コールド・スプリング・ハーバ−、ニューヨーク(1986)を参照する ことができる。偽妊娠受容体メスは、精管切除または遺伝的に不稔のオスを用い て自然の発情期においてメスと対合させることにより産生ずることができる。
不稔のオスとの対合の後、メスの生殖管は、それ自身の受精していない卵が縮退 するにも拘らず、移された胚子に対して受容性となる。遺伝的に改変した哺乳動 物卵を、その後偽妊娠受容体の膨大部または子宮角に移す。遺伝的に改変した哺 乳動物卵を膨大部に移す場合、透明帯膜においてこれを封止しなければならない 。
これを子宮角に移す場合、遺伝的に改変した哺乳動物卵は、透明帯膜を必要とし ない。
遺伝的に改変された移植された哺乳動物卵を含有する宿主メス補乳動物は、遺伝 的に改変された哺乳動物卵から発生した本発明のrDNAを含有する細胞を少な (とも1つ有するトランスジェニック哺乳動物が誕生するのに十分な時間の間維 持する。典型的には、この妊娠期間は、特定のマウス種により19〜20日であ る。マウスの飼育および世話は周知である。例えば、マウス胚子の操作:実験室 マニュアル、ホーガンら編、コールド・スプリング・ハーバ−、ニューヨーク( 1986)を参照することができる。
複製非コンピテントレトロウィルスベクタを使用する動物内での細胞の感染につ いては、ルスキンら、Neuron、l:635−647 (1988)に記載 されている。
1つの態様では、特定の組織または細胞内に標的遺伝子系を含有する動物を使用 し、特定の組織に対して発ガン原であると疑わしい材料、組成物または化合物の 効果を試験する。動物を特定の材料または化合物に露呈し、化合物または材料の 発ガン性の指標としてオペレータ制御レボータ遺伝子断片の脱抑制により、動物 に対する変異誘発効果を決定する。
発ガン活性を有すると疑わしい化合物を、注射、または摂取または局所投与を含 む全ゆる適切な方法により動物に導入する。
その後、標的遺伝子系のえ!伝子に対して組成物が変異誘発効果を与えるのに十 分な所定時間の間、動物を維持する。典型的には、この時間期間は数分〜数日の 範囲であり、組成物が遺伝子に変異を起こすのに必要な時間に依存する。
変異誘発の指標として検定する生理的プロセスまたはパラメータは、レボータ遺 伝子の発現により与えられる特定の生理的変化に依存する。
生理的パラメータの変化は、組成物を動物に導入する前にそのパラメータを測定 し、その測定値と組成物を動物に導入した後に同一様式で測定した測定値とを比 較することにより決定する。
トランスジェニック動物中の試験遺伝子のコピー数により、疑わしい発ガン原の 効果に対するトランスジェニック動物の感度が変化する。したがって、試験遺伝 子のトランス遺伝子コピー数を変動させつつトランスジェニック動物を選択する ことにより、疑わしい発ガン原に対するトランスジェニックマウスの感度を変化 させ得る。
実施例 以下の実施例は本発明を説明することを意図するものであり、限定するものでは ない。よって、現在知られているか将来開発される当業者の視野の範囲内にある 改変物や均等物は、この発明の範囲内に該当すると考えるべきであり、これは添 付する請求の範囲の記載によってのみ限定されるものである。
1、イー・コリRecA−溶原株の構成受容体としてそれぞれイー・コリ株BH B2688およびBHB2690のrecA十形質転換体、および供与体として mc rA中に(または近くに)TnlO(テトラサイクリン耐性)を担持する いずれかのイー・コリに一12株(関連する遺伝子型=mcrA:TnlO(t et” ))を使用し、株BHB2688R−およびBHB269OR−を構成 する。E−であるBHB2688、およびD−であるBHB2690は、それぞ れ受託番号35131および35132によりアメリカン・タイプ・カルチャー ・コレクション(ATCC) 、ロックビル、MDから入手可能である。Rec A+形質転換は標準的な方法により行うが、典型的にはrecA発現プラスミド を使用する。工程l:前記したイー・コリに一12株からPL溶解物を作成する 。工程2:BHB2688およびBHB2690をPi溶解物を用いて形質導入 する(ミラー・ジエイ、分子遺伝学の実験、コールド・スプリング・ハーバ−・ ラボ、コールド・スプリング・ハーバ−、ニューヨーク(1972) )。工程 3:テトラサイクリン(t e t” )耐性コロニーを選択し精製する。工程 4:ボフナー乎板上でテトラサイクリン耐性の喪失を選択しくポフナー・ビー・ アールら、J、Bacteriol、143:926−933(1980))、 コロニーを精製する。工程5:HpaIIメチラーゼ(ラレイ、前記)により試 験管内でメチル化したpBR322に対して非メチル化pBR322の形質転換 効率を比較することにより、mcrA制限活性の欠如を試験する。mcrA十株 はメチル化されたプラスミドにより大きく低減された効率を示し得る。mc r A活性がない場合、この株をBHB2688mcrA−およびBHB2690m crA−と呼ぶこととする。
前記mcrA−株のmcrB座を欠損させるため、関連する遺伝子型mcrB: :TnlO(tet”)、mrr: :Tn5 (kan”)を有する供与体イ ー・コリに一12株を使用した。mcrB遺伝子内にTntO(tet”)を担 持するイー・コリに一12株からPl溶解物を作成する。この株は、mrr遺伝 子内にTn5 (kan’)も有する筈である。工程7 : BHB2688m crA−およびBHB2690mcrA−recA+ (tet’)株を形質導 入する。工程8:tet”コロニーを選択する。kan”でもある1つのコロニ ーを精製する。
工程9:ポフナー平板(ポフナー、前記)上でtet”の喪失を選択する。工程 10:幾つかのコロニーを精製し、テトラサイクリンおよびカナマイシンに対す る感受性について試験する。tetsおよびkan’の両者であるコロニーを選 択する。工程11:mcrA試験について行ったようにmcrB制限活性の欠失 を試験するが、ただしこの場合、AIuIメチラーセによりpBR322を試験 官内メチル化しなければならない(ラレイ、前記、ロス、前記)。mcrB十株 は、メチル化されたプラスミドにより大きく低減された効率を示すこととなる。
PstIメチラーゼ(ハイドマン、前記)により生体内メチル化したλに対して λのプレート効率を比較することによりmrr制限活性を試験する。mrr十株 は、メチル化されたλにより低減された効率を示すこととなる。hsdMメチラ −ゼ(ウッド・ダブリュ、J、Mo1.Biol、16:118−133 (1 966)、アダムス、バクテリオファージ、ニューヨーク:インターサイエンス 1959、バイクル、前記、pp、95−100)により試験管内メチル化され たλに対してλのプレート効率を比較することにより、hsdR制限活性につい て試験する。hsdR十株は、非メチル化λにより低減された効率を示すことと なる。株(精製したコロニー)が全ての制限活性、mcrA、merB、mrr 、hsdRを欠失し、この方法によって構成されたならば、それはmcrB領域 (ムrlcrB)全体の欠損を含む筈である。これらの株はBHB2688”− およびBHB2690”−である。
バクテリオファージPi溶解物(PIと後記する)を、テトラサイクリン耐性ト ランスポゾン10(TnlO)をmerA遺伝子中またはその近(に担持する( TNI O: :mcrA)イー・コリに一12株のいずれかから作成した。す なわち、K12の一夜培養に由来する一滴を5X10−”モル(M) Ca C l tを含有する5mlのLBBaス(ルリアーベルタニのブロスは、1リツト ルの脱イオン水に10グラム(g)バクトートリブトン、5gバクトー酵母エキ スおよび10gNaC1を混合して溶解することにより調製した)と混合した。
細胞が対数期増殖にあって2XlO”細胞/mlの密度に到達するまで旋回する ことにより混合物を通気した。1mlの前記混合物に対して10”のファージを 混合した後、摂氏30度(30℃)の水浴で20分間維持してファージ−細胞混 合物を形成することによりPIを予備吸着させた。その後45℃に維持したLB 頂部寒天2.5mlをファージ−細胞混合物と混合した。この結果得られた寒天 含有細胞懸濁物を新たに作成したLB平板上にプレートし、これを30℃で8時 間維持した。維持時間の終りに際して、軟寒天層を小さい遠心分離チューブに掻 き取った。
その後平板の掻き取った表面を1mlのブロスで洗浄し、洗浄物を集めて掻き取 った軟寒天と混合した。5滴のクロロホルムを遠心分離チューブに添加した後、 遠心分離して細胞残渣をペレット化した。この結果得られたPl溶解物を含有す る上澄を集めた。
b)Pi溶解物による形質導入 この発明では、イー・コリ溶原株BHB2690 (ATCC#35132)を 形質導入の特定の株として使用した。RecA−のイー・コリBHB 2690 を最初にpJC859により形質転換して溶原株に機能性RecA蛋白質を導入 した。pJC859は、RecAをコードするヌクレオチド配列がプラスミドイ ー・コリベクタ、pBR322(ATCC#31344)のBamHI部位に挿 入されたプラスミドである。マニアナイスら、分子クローン化二実験室マニュア ル、コールド・スプリング・ハーバ−・ラボラトリイ、第2編、セクション1. 12および5.88.1989、および米国特許第4843006号(ここでは 異種構造ポリペプチド配列に対合したRecAプロモータ/オペレータおよびR ecAの150アミノ酸残基が記載されている)。形質転換のためイー・コリB HB2690コンピテント細胞を、当業者に馴染みのある標準的な手順に従って 調製した。マニアナイスら、前記、セクション1.76゜また、コンピテント細 胞は市販のものを入手することができる。
形質導入に供する5mlの新しい一夜培養のBHB269Q recA+を、ミ ラーによる手順により0.1MMgSO4および、5mMCaCItよりなる5 mlの緩衝液に再懸濁した。ミラー、分子遺伝学の実験、コールド・スプリング ・ハーバ−・ラボラトリイ、1972゜BHB2690recA十細胞懸濁物を その後30℃で15分間旋回することにより通気した。5つの小さい試験チュー ブのそれぞれに0.1mlの通気懸濁した細胞を添加した。前記調製した100 マイクロリツトル(μl)のPI溶解物を第1のチューブに添加した。Pl溶解 物を連続的に10倍希釈してPIを受容しない最後のチューブ(よって対照とし て働く)以外の残るチューブに添加した。Piを含有する細胞のないチューブも 更なる対照として使用した。水浴中で20分間30℃でチューブを維持すること によりP1溶解物を予備吸着させた。200μlの1Mクエン酸ナトリウムをそ の後調製したそれぞれのチューブに添加し、それぞれのチューブの内容物をその 後テトラサイタリン含有平板上にプレートし、テトラサイクリン耐性(tet” )コロニーを選択した。
平板を30℃で維持してコロニーを生育させた後、tet”コロニーを選択して 精製し、当業者に周知の後続する手順を行った。その後tet”コロニーをボフ ナー平板上に再プレートし、マロイにより記載されたようにtet”の喪失を選 択した。マロイら、J、Bacteriol、145:1110−1112(1 981) 、すなわち、tet−感受性、tet’コロニーを次のもの:15グ ラム/リットル(g/I)寒天、5g/lトリプトンブロス、5g/l酵母エキ ス、4ミリリツトル/1(ml/l)クロロテトラサイクリンヒドロクロリド( 12,5ミリグラム(mg)/ml)、l Og/1Nacl、l Og/1N aHf PO,−Ht 016m1/1フザリン酸(2mg/ml)、および5 g/lZnC1z(20ミリモル(mM))よりなる培地上で選択した。化学物 質はシグマから入手したくシグマ、セントルイス、MO)。
選択したtetSコロニーをその後精製し、mcrA制限活性の欠失について試 験した。mc rA−株の決定は、HpaIIメチラーゼにより試験管内でメチ ル化したpBR322に対して非メチル化pBR322の形質転換効率を比較す ることにより行った。merA十株は、メチル化されたプラスミドにより大きく 低減された効率を示した。BHB2690mcrA−と後記するBHB 269 0RecA+mcrA−をこのようにして決定し、後記するようにBHB269 0mcrB−形質導入体を作成するのに使用した。
(2)BHB2690mc rB−を得る形質導入前記調製したBHB2690 mcrA−株を類似する形質導入において使用してBHB2690mcrB−株 を選択した。この手順のため、mcrB遺伝子内にTnlO(tet”)を担持 する(mcrB: :TnlO(tet”))イー・コリに一12株のいずれか から前記したようにPI溶解物を調製した。選択した株も、mrr遺伝子内にカ ナマイシン(抗生物質)耐性遺伝子(kan”)を有するTn5を担持していた (mrr : :Tn5 (kan” ))。
その後イー・コリBHB2690mcrA−(tets)株に対し、前記実施例 1aに記載したように、Pi溶解物[(mcrB: :TnlO(tet”)お よび(mrr : :Tn5 (kan” )を用いて形質導入した。kan” でもあるtet”コロニーを選択して精製した。ポフナー平板上におけるtet ”の喪失を前記したように測定した。ボフナー平板上での選択後tet’および kan’の両者であるコロニーを精製した。
AlulメチラーゼによってpBR322を試験官内でメチル化した以外は、m crA活性の欠失を決定する際に記載したようにmcrB制限活性の欠失を行っ た。mcrB+株は、メチル化されたプラスミドにより大きく低減された効率を 示した。mrr制限活性についての試験は、(Pstlメチラーゼにより)生体 内でメチル化されたλに対してλのプレート効率を比較することにより行った。
mrr十株はメチル化されたλにより低減された効率を示した。hsdR制限活 性についての別の試験も、活性の欠失により全mcrB領域の欠損を確認したよ うに行った。hsdR制限活性試験は、hsdMメチラーゼにより生体内でメチ ル化したλに対してλのプレート効率を比較することにより行った。hsdR+ 株は、非メチル化λにより低減された効率を示した。これらの試験により、全て の制限活性、merA、merB、mrrおよびhsdRを欠失し、この形質導 入法を使用して構成された選択コロニーは、mcrB領域に渡って欠損を有する ことが示された。この株をBHB269OR−と命名し、実施例2aで説明する ようにプレヘッドの抽出物の調製に使用した。
B、イー・コリBHB2688R− RecA+を含有するがmcrA、merB、mrrおよびhsdRを欠失する イー・コリBHB2688株を、イー・コリBHB269OR−の調製について 前記したアプローチを使用して調製した。形質導入のため、イー・コリ溶原株B HB2688 (ATCC#35131)を使用した。この結果得られた株は、 BHB2688R−と命名し、以下の実施例2で説明するように蛋白質供与体の 抽出物の調製に使用した。
2.2つの溶原株からのパッケージング抽出物の調製イー・コリ溶原株、実施例 1aで調製した株BHB2690R−(プレヘッド供与体)の超音波処理抽出物 を調製するため、この株の遺伝子型を大規模培養の前に最初に確認する。バクテ リオファージcI遺伝子産物を温度感受性とする変異の存在を、イー・コリBH B2690L−のマスター保存物から2つのLB寒天平板上にストリークするこ とにより決定する。平板の1つを32℃に維持しつつ、他方を45℃に維持する 。無傷のcIを有する細菌は、32℃で維持された平板上でのみ生育する。イー ・コリBHB269OR−の単−小コロニーを拾い、32℃および45℃で一夜 維持する。BHB株内に存在するrecA−変異のため、変異を有する細菌は3 2℃でのみ生育し、かつ遅く生育する。イー・コリ株BHB2690R−の確認 したマスター保存物の100m1の二次培養物をその後調製し32℃に一夜維持 する。
イー・コリBHB2690R−培養物を一夜維持した後、600nmの波長で光 学密度(OD)を測定する。−夜培養物の画分を500m1のN2Mブロス(N 2Mプロ又は、950m1の脱イオン水に対して、l OgNZアミン、5gN aC1および2gMg5O< −7Ht Oを混合することにより調製する。溶 解した溶質を含有する溶液のpHは、5NのNaOHによりpH7,0に調整す る)に混合し、2リツトルフラスコ中で32℃に予備加熱し、結果的に約0.1 の出発OD、。。を与えるものとする。その後、約0.3のOD、。。に到達す るまで激しく攪拌しながら(ロータリーシェーカーで300サイクル/分)、細 菌混合物を32℃に維持する。0.3のOD、。。には、一般に培養物の維持2 〜3時間以内に到達する。後記する誘導の前に、培養物は生育の対数期の途上に なければならない。
45℃に予備加熱した水浴にフラスコを配置することにより溶原株を誘導する。
フラスコを15分間連続的に旋回させる。溶原株を誘導する他の方法は、65℃ に設定した振盪水浴にフラスコを浸漬するものである。フラスコの流体内容物の 温度を監視する。流体が45℃に達したならば、その後フラスコを45℃に設定 した水浴に移し、15分間維持する。その後、前記したように激しく攪拌しなが ら誘導した細胞を38〜39℃に2〜3時間維持する。誘導が成功したことは、 培養物に滴下したクロロホルムの目視によるクリアランスによって確認する。
2〜3時間の維持期間の後、4℃で10分間4000gの遠心分離により細胞を 混合物から回収する。この結果得られる上澄をデカントし、パスツールピペット および綿棒を用いて全ゆる残留する液体を除去する。遠心分離ボトルの壁をタオ ルで拭いて乾燥させる。ペレット化した誘導細菌細胞に対し、3.6mlの新た に調製した超音波処理緩衝液を混合する。超音波処理緩衝液は、20mM)’J スーHCI、pH8,0(トリス[ヒドロキシメチル]−アミノメタンヒドロク ロリド)、1mMEDTA、 pH8,0(エチレンジアミンテトラ酢酸)およ び5mMβ−メルカプトエタノールよりなる。細菌細胞ペレットを混合すること により超音波処理緩衝液に再懸濁して均一化した細胞懸濁物を形成する。
この結果得られる懸濁物を、後続する超音波処理のため小さい清浄なプラスチッ クチューブ(フアシヨン2054または2057、フアシヨン、オクスナード、 カリホルニア)に移す。マイクロチッププローブを使用して最大出力で10秒間 衝撃により超音波処理によって細胞を破壊する。超音波処理のため、懸濁物を含 有するチューブを氷水に浸漬し、超音波処理緩衝液の温度が4℃を越えないもの とする。それぞれの超音波処理衝撃の間でサンプルを30秒間冷却する。チュー ブ内の溶液が清澄となり、その粘度が減少するまで超音波処理手順を続ける。超 音波処理した細菌サンプルを遠心分離チューブに移し、4℃で1o分間12,0 00gの遠−C,Jy+離により残渣をペレット化して清澄な上澄を形成する。
プレヘッドを含有する得られた上澄を除去し、等量の超音波処理緩衝液および1 /6容量の新たに調製したパッケージング緩衝液と混合して希釈したプレヘッド 混合物を形成する。パッケージング緩衝液は次のものよりなる:6mMトリスー HCL pH8,0,50mMスペルミジン、50mMプトレシン、20mMM gClz 、30mMATP、pH7,0および30mMβ−メルカプトエタノ ール。その後混合物を15μI画分にて予備冷却4℃1.5mlミクロ遠心チュ ーブに分配する。その後ミクロ遠心チューブのキャップを閉じ、チューブを短時 間液体窒素に浸漬して凍結する。パッケージング緩衝液中の凍結したプレヘッド はその後長期間の保存のため一70℃で保存する。
B、誘導イー・コリBHB2688R−細胞の凍結融解溶解物の調製パッケージ ング蛋白質供与体の抽出物を得るため前記実施例1bで調製したイー・コリBH B2688R−の二次培養物を遺伝子型について確認し、イー・コリBHB26 9OR−調製について前記したように調製する。−夜培養物を維持し、同様に前 記したように溶原株を誘導する。
誘導されたイー・コリBHB2688R−細胞を、4℃で10分間4000gの 遠心分離によりペレット化する。この結果得られる上澄を除去し、全ゆる過剰の 液体を除去する。ペレット化した細胞を、合計3mlの氷冷したショ糖溶液(5 0mMhリスーHCl、pH8,0中lθ%シヨ糖)に再懸濁して細胞懸濁物を 形成する。この結果得られた細胞懸濁物を、4℃に予備冷却されたミクロ遠心チ ューブの6つのそれぞれに0.5m1画分に分配する。25μIの新鮮な氷冷し たりゾチーム溶液(10mM)リス−HCl中の2mg/mlリゾチーム、pH 8,0)を、細胞懸濁物を含有するそれぞれのチューブに混合する。細胞−リゾ チーム混合物を穏やかに混合してイー・コリ抽出物を形成し、その後液体窒素に 浸漬して凍結する。
凍結チューブを液体窒素から除去し、抽出物を氷上で融解させる。前記調製した 25μmのパッケージング緩衝液を、融解した抽出物を含有するそれぞれのチュ ーブと混合してパッケージング緩衝液−抽出物混合物を形成する。別に調製した 混合物をその後遠心分離チューブ内で合わせ、4℃で1時間45,000gで遠 心分離してパッケージング蛋白質供与体を含有する上澄を形成する。
この結果得られる上澄を除去して、4℃で予備冷却したミクロ遠心チューブにl OμI画分に分配する。チューブのキャップを閉じ、その後チューブを液体窒素 に浸漬する。その後チューブを液体窒素から除去し、長期間保存のため一70℃ で保存する。
3.2つの抽出物を使用する試験管内パッケージングの調製それぞれ実施例2a および2bで調製したプレヘットおよびパブケージング供与体を含有する凍結チ ューブを一70℃の保存から除去し、氷上で融解させる。
蛋白質供与体を含有する凍結融解溶解物を最初に融解し、なお凍結している超音 波処理プレヘッド抽出物と混合してプレヘッド−蛋白質供与体混合物を形成する 。
この結果得られる混合物を殆ど全てが融解するまで穏やかに混合する。パッケー ジするDNA(5μlの10mMトリス−HCL pH8,0、lOmMMgc I、に溶解した1℃1gまで)を融解して合せた抽出物と混合し、更に微細なガ ラス攪拌ロッドと混合してDNA−抽出物混合物を形成する。その後この混合物 を室温で1時間維持する。この混合物に、0.5〜1mlのSM (3M緩衝液 は、1リツトルの脱イオン水に対し、5.8gNaC1,2gMg5O4−7H t 0150mlトリス−HCL pH7,5および5mlの2%ゼラチン(w /v)を混合し、pHを7.5に調整することにより調製する)および−滴のク ロロホルムを添加して穏やかに混合する。ミクロ遠心で室温にて30秒間12, 000gで遠心分離することにより残渣を除去する。この結果得られる上澄を除 去し、パッケージされたバクテリオファージDNA粒子を含有するものとする。
生存するバクテリオファージの滴定値は、適切な指標株上にプレートすることに より測定する。長さで90%または80%の野生型バクテリオファージλである 組換えDNAは、それぞれ単位長さバクテリオファージλにより得られるものよ り20倍〜50倍低い効率によりパッケージされる。同じパッケージング抽出物 を、バクテリオファージλおよびコスミドの両者のパッケージングに使用するこ とができる。
4、トランスジェニックマウスの調製とその使用以下の研究は、トランスジェニ ック動物からの試験DNA配列の迅速な回収および検査を達成するために、本発 明を実施し使用し得る様式の詳細を与えるものである。
A、DNA試験配列 試験配列DNAは、理論的には全ゆる数の種々の遺伝子または他の同定し得る試 験DNA配列を含有することができる。ここに記載する原型では、イー・コリバ クテリオファージスゲノムを操作して、1acZ、β−ガラクトシダーゼ試験D NA配列を担持するものとした。λシャトルベクタL2B (46,5kb)、 またはC2B (48,0kb)を使用することができる。修飾λゲノムL2B の遺伝子型は、Lac5デルタ(shindIIIλ2−3°)srlλ3−5 ゜cI857sXhLλl’ 5sclIλ4°である。後記するようにこれを マウス胚にインジェクトする前に、このλDNAをミリリットル当り10マイク ログラムの濃度に希釈し、COS末端を主として環状λフアージモノマーを形成 する条件下でアニールして連結した。マニアナイスら、分子クローン化、実験室 マニュアル、I)I)、109−110.383−389 (コールド・スプリ ング・ハーバ−、ニューヨーク1982)。
また、λファージから容易に切除することができるブラスミ日記列を含有し、1 aclリプレツサ遺伝子を含有するL2Bの変種を構成することができる。この 変種は幾つかの利点を有する。第1に、後記論するように、変異を担持するファ ージの物理的同定が促進され得る。これらは、IPTG(イソプロピルβ−D− チオガラクトーピラノシド)のないX−gal(5−ブロモ−4−クロロ−3− インドリル−β−D−ガラクトピラノシド)の存在下で白色の背景上に青色のプ ラークとして生育し得るためである。またこの利点により単純化され、検定のコ ストが低減される。プレート当りのファージの密度の増加を可能とし得るためで ある。加えて、イー・コリのIacI遺伝系は、DNAレベルで原核生物内の多 数の変異の研究を便利に可能とした最初の系であり(ミラーら、J、 Mo I 。
Biol、109:275−302 (1977)、コウロンドレとミラー、J 。
Mo1.Biol、+17:275−302 (1977)、シャパー、J、M 。
1、Biol、189 :273−284 (1986))、IacIの使用は 、変ものである。
B、トランスジェニック動物の創出 試験動物としてマウスを使用した。(ホーガンら、マウス胚子の操作:実験室マ ニュアル、コールド・スプリング・ハーバ−・ラボラトリイ、1986)。前の 夜に妊娠させたメスのマウスから単細胞マウス胚子を回収した。胚子をヒアルロ ニダーゼで処理し、M16培地中で短時間培養した。顕微鏡ガラス凹スライド上 で胚子をM2培地に移した。ホフマン光学系を備えたニコン・ディアホト顕微鏡 を使用し、40×対物およびtOX接眼を用いて胚子を観察した。ミクロ鍛造に より丸めた保持ピペットを用いて胚子を所定位置に保持した。保持ピペットおよ びインジェクションピペットの両者の位置はマイクロマニュピレータを用いて調 節した。前記したDNAを、ミリリットル当りl〜lOマイクログラムの濃度で インジェクションピペットに装填した。前核の屈折性変化(ホーガンら、前記) により判断して約1ピコリツトルのDNA溶液をオス前核にインジェクトした。
DNAインジェクションの後、400の胚子をM16培地に移し、1〜2時間5 %COt雰囲気で37℃でインキュベートした。150の胚子がマイクロインジ ェクションの後に生き残っていた。溶解した胚子を廃棄し、正常と認められた3 0の胚子を、5つの偽妊娠養育母親のそれぞれの輸卵管の1つに移した。この移 行は、全身麻酔(アベルチン)を使用して解剖顕微鏡の下で行った。
7つの子ネズミが生まれた。誕生の後、新たに生まれたマウスをその養育母親と 共に2週間保持し、その時点でこれらをその後離乳し、DNA組込みを検索した 。尾部の2cmの部分を除去し、0.1MNac1.50mM)リス−HCl、 pH7,5、ImMEDTAの2mlの溶液中で短期間均一化したが、細胞およ び核膜の破壊には十分長いものとした。均一化した組織を、50U/m1RNア ーゼAおよび0. 1%SDSを用いて15分間37℃で処理した。この混合物 を3時間55℃でプロテイナーゼに消化に露呈した後、フェノール/クロロホル ムにより3回抽出を行った。その後エタノールを添加することによりDNAを沈 殿させた。沈殿したDNAを10mMt−リスpH8,0,0,5mMEDTA 中に再懸濁した後に、その幾分かをBamHIエンドヌクレアーゼにより消化し て、0.8%アガロースゲルを介して電気泳動した。ゲルを1時間1.5MNa C1,0,5MNaOH中に浸漬することによりDNAを変性させた後、これを 1.5MNaCL 0.5M)リス、pH7,4に30分間浸漬することにより 中和した。その後ゲルをl0Xsscに1時間浸漬した。その後マニアナイス、 前記に記載されているようにサザンの方法によってDNAをゲルからニトロセル ロースフィルタに移した。
移したDNAのあるフィルタを、ニックトランスレーションの方法による標準的 手順により調製した!2pラベルしたλDNAと一夜ハイブリダイズさせた。マ ニアナイス、前記。この−夜ハイブリダイゼーションの後、フィルタを0.1× 5SC10,1%SDS中50℃で洗浄し、マウスゲノム内に存在するλDNA を同定するためこれに対してコダックXARフィルムを露呈させた。マウスゲノ ムDNAの隣で電気泳動した標準として使用するλDNAと、32Pラベルした λDNAにハイブリダイズしたトランスジェニックマウスDNAとを強度につい て比較し、マウス細胞当りの試験DNAのコピー数を見積もった。この技術によ り3つのトランスジェニック動物を産生じ同定した。
テイルブロンティング法(ホーガンら、マウス胚子の操作:実験室マニュアル、 pp、174−183、コールド・スプリング・ハーバ−・ラポラトリイ、19 86)による試験DNA配列の存在について試験した新たに生まれたマウスは、 それらの尾部から単離されたDNA中に試験DNA配列を担持することが認めら れた。誕生8週間後これらのトランスジェニックマウスを対合させ、試験DNA 配列についてそれらの子孫を検査した。約50%の得られた子孫が試験DNA配 列を担持しており、元のトランスジェニックマウスは試験DNA配列をその胚細 胞ラインに担持し、この配列は正常に受け継がれたことが示された。細胞当り試 験DNA配列の約lコピーを有するトランスジェニックラインが得られたが、当 業者により、細胞当り複数のコピー数を得ることができ、多くの異なる応用に有 用たり得ることが理解されよう。
C9変異原処理 6〜8週齢のトランスジェニックオスマウスを1日目と4日目に、kg体重当り 125または250mgN−エチル−N−ニトロソウレア(EtNu)の腹膜内 注射により処理した。対照動物は、10m1/kg体重の100mMリン酸緩衝 液により注射した。最後の注射2時間後に組織を集めた。
ここに記載する態様では、マーカDNA配列の回収は、これをλバクテリオファ ージゲノム内に含有させることによって行った。試験管内パッケージング抽出物 により、全λバクテリオファージゲノムをマウス染色体から切除する。パッケー ジング抽出物は組込まれたλDNAのCOS部位を認識し、図1に示すようにC OS部位の間の配列をλフアージ粒子にパッケージする。
試験DNA配列は、トランスジェニックマウスの全ゆる組織から精製されたゲノ ムDNA内に認めることができる。試験DNA配列はλフアージゲノム内に含有 されているため、λフアージパッケージング抽出物を使用することによりこれを 残余のゲノムDNAから切除することができる。L2BまたはC2Bのようなパ ッケージされたλファージは、その後イー・コリ細胞上にプレートして更に評価 することができる。
バクテリオファージλDNAは、感染性ファージ粒子の組立に必要な蛋白質を生 産する1以上の遺伝子を欠失するλファージを用いて感染された細菌から調製し た蛋白質抽出物を使用して試験管内でパッケージすることができる。典型的な試 験管内パッケージング反応は、μgの無傷のバクテリオファージスDNA当りI O−プラーク形成単位(p f u)の効率を日常的に達成することができる。
反応に存在するDNA分子の約0.05〜0.5パーセントを感染性ウィルス粒 子にパッケージすることができる。
種々の遺伝的変異が、バタテリオファージλDNAパッケージングの異なる段階 に影響を与える。例えば、E蛋白質はバクテリオファージヘッドの主要な成分で あり、最も初期の同定し得る前駆体の組立に必要である。E遺伝子におけるバク テリオファージ変異株(E−)は、ウィルスキャブジッドの全ての成分を蓄積す る。D蛋白質はバクテリオファージヘッドの外側に局在し、バクテリオファージ λDNAの「プレヘッドJ前駆体への挿入および後続するヘッドの成熟の共役プ ロセスに関与する。D遺伝子におけるバクテリオファージ変異株(D−)は、未 成熟プレヘッドを蓄積するが、バクテリオファージλDNAのヘッドへの挿入は できない。A蛋白質は、バクテリオファージλDNAのバクテリオファージプレ ヘッドへの挿入およびCOS部位における連結した前駆体DNAの開裂に関与す る。A遺伝子におけるバクテリオファージ変異株(A−)も空のプレヘッドを蓄 積する。相補する抽出物か、A−およびE−またはD−およびE−株により感染 された細胞から調製されており、また、八−変異株により感染された細胞から調 製された抽出物は、精製した野生型A蛋白質の添加により相補され得る。
バクテリオファージスDNAパッケージング抽出物は、バクテリオファージλD NAの感染性ウィルス粒子へのパッケージングを可能とする蛋白質性組成物であ る。好ましくは、この発明で有用なλDNAパッケージング抽出物は、少なくと も108、さらに好ましくは少なくとも10”のpfu/μg無傷λDNAのパ ッケージング効率を有するものである。
この発明のパッケージング抽出物は、適切な遺伝子型、例えば遺伝子A%D1E 等におけるアンバー変異のバクテリオファージλ温厚株を含有する細胞から通常 は調製する。機能性1acZ遺伝子の欠失に加えて、有用な温厚株は好ましくは 1以上の次の変異を有する: clts857一温度感受性バタテリオファージλリプレγす分子を特定するも のである。宿主細菌が32℃で生育される場合、この変異によりλDNAは温厚 状態で維持され、バクテリオファージの生育は、温度を一時的に42〜45℃に 上昇させてcl遺伝子により特定されるリプレッサを不活性化することにより誘 導される。
Sam7−細胞溶菌に必要なバクテリオファージS遺伝子のアンバー変異。この 変異により、clts857溶原株の誘導後2〜3時間の間キャブジッド成分は 5ulII−細菌細胞内に蓄積される。
b−領域欠損(b2またはb1007)−λDNA付着部位(att)を効率的 に除去するバクテリオファージゲノムの欠損。この変異により、完全にはなくな らないが、誘導された細胞から作成される抽出物中の内性λDNA分子のパッケ ージングが低減する。
red3 (λ中)およびrecA(イー・コリ中)−バクテリオファージλお よび宿主の一般的な組換え系を不活性化する変異であり、これにより抽出物中の 内性λDNAと外性添加組換えゲノムとの組換えが最小となる。
よって、好適な態様では、パッケージング抽出物を製造するのに有用なλ温厚株 は、mcrA、mcrB、hsdおよびmrr制限系の1以上を欠如するもので ある。これらの系からなる遺伝子は、形質導入、トランスポゾン(Tn)、変異 誘発等のような周知の方法により除去または不活性化することができる。
パッケージング抽出物は、通常は1以上の次の変異:mcrA−、mcrB−1 mrr−1hsdR−を有する温厚性細菌から、好ましくはに−12ムmcrB 、BHB269OR−またはBHB2668R−から調製し、適切な温厚性細菌 を32℃で対数期の途上まで生育させ、温度を45℃に15分間上昇させること によりcIリプレッサ蛋白質を不活性化させることにより溶菌機能を誘導し、そ の後頁に2〜3時間38〜39℃で培養物を生育させてパッケージング成分を蓄 積させることによる。その後、更にここに記載するようにして細胞抽出物を調製 する。
2、変異誘発の試験 細菌をプレートするため、0.2%マルトースおよび10mMMgSO4を補填 したIXTB (5g/LNaC1,10g/Lトリプトン)中、β−ガラクト シダーゼを欠如するイー・コリを30℃で一夜生育させる。遠心分離により細胞 を回収し、プレート操作のため調製のl 0mMMgSO4に再懸濁する(マニ アナイス、前記)。
典型的な実験では、1〜5μgのゲノムDNAを試験管内λフアージパッケージ ング抽出物に露呈し、室温で2時間インキュベートする。パブケージング反応物 をその後500μmの3M緩衝液(100mMNaC1,8mMMg5Oa、5 0mMhリス、pH7,5および0.01%ゼラチン)中で希釈し、前記した細 菌を用いてインキュベートしく2.0mLのOD s。。=0.5)、その後、 1.25mg/mLX−ga lおよび2.5mMIPTGを含有する溶融頂部 寒天を用い、プレート当り20,000pfu未満の密度でNZY/寒天ヌンク ・バイオアッセイ・ディツシュ(245mmX245mmx20mm)上にプレ ートする。平板は37℃で一夜インキユベートする。
β−gal(laclではない)を含有するλゲノムについては、X−galお よびIPTGの存在下で、λゲノム内のβ−ガラクトシダーゼ配列が変異してい なければ、ファージプラークは青色となる。しかしながら、ペトリ皿上の白色プ ラークまたは淡い青色プラークは、β−ガラクトシダーゼにおける変異が、例え ばリーディングフレームを変えたか、必須のコドンを変えたか、または配列中に 停止コドンを創出したことの証拠である。これらの白色または淡い青色のプラー クは変異について陽性であると計数し得て、これらは精製して更なる解析に供す るプラークとすることができる。白色または淡い青色対青色プラークの比率から バックグラウンドを差し引く(潜在的に変異誘発性の要因により処理されていな いマウスから抽出されたDNAと比較した場合の、試験される要因の非変異誘発 性潜在性に由来する変異率。
試験DNA配列回収効率は、マウス染色体内のCpGメチル化の状態により影響 され得ることが予想される。高度にメチル化されたDNAは、λパッケージング 抽出物によって効率的に切除され得ない。恐ら< COS部位における切断の阻 害、λフアージ上にコードされたλ遺伝子の発現の阻害、またはイー・コリ制限 系による制限のためである。これは、COS部位のような臨界的な部位の近(に 転写性エンハンサ、プロモータおよび/または他のメチル化を阻害するDNAの 領域を配置してCpCメチル化を低減することにより緩和され得る。薬物5′〜 アザシチジンも、DNA精製および回収の前に標的細胞におけるDNAメチル化 のレベルを低減するのに使用することができる。ジャエニシュ・アールら、Pr oc、Natl、Acad、Sci、USA、82:1451−1455 (1 985)。この種の手順では、意図する試験DNA配列を含有する生物から繊維 芽細胞ラインを得る。アダムス・アール・エル・ピー、生物学者のための細胞培 養、第68−83頁(1980)、エルセルビニル/ノース・ホラン・バイオケ ミカル・プレス)。50RM5’アザシチジン補填培養培地内で、細胞を37℃ で試験管内で露呈する。DNA複製に際して、娘DNAはそのCpGメチル化を 喪失し、これにより標的ベクタがλファージの場合、標的ベクタ中の部位のメチ ル化が除去される。これらの繊維芽細胞に由来するDNAを、前記したようにそ の後試験管内パッケージング抽出物に露呈する。
その他、試験DNA配列を含有する生物に、0.15MNaC1中の5′−アザ シチジンの1mg/ml溶液を直接注入することができる。これは合計400μ g投与を用い、少なくとも約4日の期間に渡って行う。ジャエニシュ、前記。
この処理の後、DNAを種々の組織から抽出して前記したようにパッケージする ことができる。
2、パッケージング抽出物およびプレート株制限系の除去試験DNA配列回収の 効率は、パッケージング抽出物を生成するのに使用する細菌株および変異誘発試 験に使用するプレート株の両者の遺伝子型に依存することを決定した。これは、 細菌細胞が外来DNAを同定しエンドヌクレアーゼ開裂により不活性化すること を可能にする宿主調節制限系による。特定のヌクレオチドのメチル化のような修 飾により保護されていない限り、DNAは宿主のエンドヌクレアーゼ活性により 制限を受ける。特定のヌクレオチドのメチル化は通常は宿主のエンドヌクレアー ゼ分解活性による制限からDNAを保護するよう働くが、幾つかのDNA配列に おけるメチル化は、実際に制限に対する感受性を与える。
1つの例として、イー・コリに−12のmcrB制限系は、5−メチルシトシン 残基を含有する外来DNAの生物学的不活性化に関与する。ロスら、Journ al of Bacteriology、171:1974−1981(198 9)。
イー・コリに内性の多数の制限/メチル化系があり、これらはエンドヌクレアー ゼ開裂により外来DNAを不活性化することができる。最も広範に知られている 系はhsd (バイクル・ティ、ヌクレアーゼ、第85頁、コールド・スプリン グ・ハーバ−・ラボ、コールド・スプリング・ハーバ−1N、Y、1982)、 mr r (ハイドマン・ジエイら、J、Bacteriol、169:324 3−3250 (1987))、mcrA(ラレイら、PNAS、83:907 0−9074 (1986))およびmcrB(ラレイ、前記)である。hsd 系は、配列、A”” ACNNNNNNGTGCまたはGC”” −ACNNN NNNGTTのN−6位置でアデニンメチル化により保護されていないDNAを 選択的に制限することにより作用する。mrr系はアデニンメチル化にも関与す るが、この場合はメチル化はDNAを保護するようには働かず、制限系に対して 感受性のDNAを作成するように働く。系mcrAおよびmcrBは、これらが メチル化されたDNAを認識して制限する点でmrrに類似する。しかしながら 、これらの2つの系は、これらがメチル化されたシトシンを認識する点でmrr と異なる。更に、merBの機能は少なくとも2つの遺伝子産物、mcrBおよ びmcrCにより与えられる(ロスら、J、Bacteriol、171 :l 974−1981(1989))。mcrおよびmrrの認識配列は文献中に企 図されているが、正確な配列は未だ知られていない。
トランスジェニック動物ゲノムからのIacZ構成物の回収の効率は、5−アザ シチジンを使用することなく、λパッケージング抽出物および真核DNAを切断 する制限系を欠失するイー・コリプレート株を使用することにより増加すること を突き止めた。これらの制限系を除去することにより、回収効率は、少なくとも 12.000pfu/μgゲノムDNAまで増加した。勿論、当業者であれば、 これらの制限系の「除去」はこれらの制限系の活性を欠損または阻害することに より行うことができ、また「制限系欠如」という用語は、限定するものではない が、いずれかの方法による制限系の除去を包含することを認識し得る。さらに、 これらの制限系を欠如する天然に存在するイー・コリの株を単離して使用するこ とができる。
イー・コリ制限系に関与する遺伝子の同定は、λファージを回収する能力に対す るある種のイー・コリ株の阻害効果の検査により達成された。関与する遺伝子の 単離は、中断対合およびPI形質導入を使用することにより達成した。イー・コ リに一12中のDNAの約200kb領域が、回収されたベクタのプレート効率 に対して阻害効果を与えることが認められた。更に、回収効率の減少に関与する 領域は、mcrBおよびmcrCを含有する約2.6kbのmcrB領域内のイ ー・コリに一12遺伝的地図の98分付近にあることが認められた(バフマン・ ビー、イー・コリとニス・チフィムリウム:細胞および分子生物学、ナイドハー トら編、ASM、WA、DC,1987)。
異なる制限遺伝子型によるイー・コリ株を使用する回収効率の比較を表1に示す 。表1に挙げた細菌株は、次の供給元または参照物から入手可能である:EDg 767 (、インウラーエムら、Anal、Biochem、176:117− 127 (198g)、ER1451にニー・イングランド・バイオラプス、ベ ベリイ、MA) 、LCK8 (ビー・バフマン、エール・イー・コリ・センタ ー)、8M621 (エヌ・ムライ、エノンバラ大学)、K2O2、LE392 、NM554、PLK−A、PLK−17、Y2O2S、イー−7IJc、シュ ア(ストラタジーン、う・ホヤ、CA))。
表1 翌 制限遺伝子型 プレート効率 匠赴 皿3 匹j −1 株RR1−Aおよびに−12ムmcrBは以下に記載するように構成する。
株RR1−Aは、受容体として株RRI(マニアティス、前記)(関連する遺伝 子型=mcrA+ (tets)) 、供与体としてmcrA遺伝子遺伝表中は 近(に)TnlO(テトラサイクリン耐性)を担持するいずれかのイー・コリに 一12株(関連する遺伝子型=mcrA:TnlO(tet”))を用いて構成 する。工程l:前記したイー・コリに一12株からP1溶解物を作成する。工程 2:RRIを形質導入する(ミラー・ジエイ、分子遺伝学の実験、コールド・ス プリング・ハーバ−・ラボ、コールド・スプリング・ハーバ−1二ニーE−’7  (1972))。工程3:テトラサイクリン耐性コロニーを選択し精製する。
工程4ボフナー平板(ボフナー・ビー・アールら、J、Bacteriol、1 43:926−933 (1980))上でテトラサイクリン耐性の喪失を選択 し、コロニーを精製する。工程5:mcrA制限活性の欠失を、HpalIメチ ラーゼ(ラレイ、前記)により試験管内メチル化したpBR322に対して非メ チル化pBR322の形質転換効率を比較することにより試験する。mcrA十 株は、メチル化されたプラスミドにより大きく低減された効率を示し得る。mc rA活性が存在しない場合、その後この株をRRl−Aと呼ぶ。
関連する遺伝子型mcrB: :TnlO(tet”)、mrr: :Tn5  (Kan”)およびmcrA: :TnlO(tet”)を有する2つの供与体 イー・コIJK−12株、および関連する遺伝子型recA+、tet’を有す る受容体イー・コリに−12を使用して株に−12ムmcrBを構成する。工程 1〜5:RRI−Aの構成について前記したように工程1〜5を行う。工程2に おいて、いずれかのイー・コリに一12recA+株を形質導入する。工程6: mcrB遺伝子内にTnlO(tet”)を担持するイー・コリに一12株から PI溶解物を作成する。K−12recA+ (tets)株を形質導入する。
工程8:tet”コロニーを選択する。kan”でもある1つのコロニーを精製 する。工程9:ボフナー平板(ボフナー、前記)上でtet”の喪失について選 択する。工程10:幾つかのコロニーを精製し、テトラサイクリンおよびカナマ イシンに対する感受性について試験する。tet’およびkan”の両者である コロニーを選択する。工程11:mcrAtetについて行ったようにmcrB 制限活性の欠失について試験するが、ただしこの場合は、pBR322はAlu lメチラーゼにより試験管内メチル化しなければならない(ラレイ、前記、ロス 、前記)。
mcrB十株は、メチル化されたプラスミドにより大きく低減された効率を示す こととなる。Pstlメチラーセ(ハイドマン、前記)により生体内メチル化し たλに対してλのプレート効率を比較することによりmrr制限活性について試 験する。mrr十株は、メチル化されたλにより低減された効率を示すこととな る。hsdメチラーゼ(ウッド・ダブリュ、J、 Mo1. Biol、16  : 118−133 (1966)、アダニス、バクテリオファージ、ニューヨ ーク:インターサイエンス1959、バイクル、前記、第95−100頁)によ り試験管内メチル化されたλに対してλのプレート効率を比較することによりh sdR制限活性を試験する。11sdR+株は、非メチル化λにより低減された 効率を示すこととなる。株(精製コロニー)が全ての制限活性、すなわちmcr A、merB、mrr、hsdRを欠如しこの方法により構成された場合は、こ れはmcrB領域に渡る欠損を含有するものである(ムmcrB)。これもマウ スから回収されたλを極めて効率よ(プレートし得る。この株をに−12ムmc rBと呼ぶ。
表1の記号「ム」は、株がmcrB領域に大きい欠損を含むことを示す。表1に 挙げた他の全てのmcrB−株はに一12誘導体であり、mcrB領域に小さな 変異を含有すると考えられるが、イー・コリCは例外であり、これはに−12m crB領域を含有せず、またRRl−Aはイー・コリBの野生型mcrB座を担 持するものである。これらの株の全ては等しい効率(1〜4倍以内)でL2Bフ ァージ(マウスから回収されるより寧ろhsdM+イー・コリに一12内で増幅 される)をプレート調節することが知られている。回収L2Bファージは、マウ スゲノムからmar−イー・コリに一12λパッケージング抽出物(ギガパック II−ストラタジーン、う・ホヤ、CA)を使用して回収し、示した細菌株上に プレートした。ファージの「+」プレート効率は約500pfu10.05μg のトランスジェニックマウスゲノムDNAが認められたことを示すが、「−」プ レート効率は5pfu10.05μg未満のトランスジェニックマウスゲノムD NAが認められたことを示す。また(+)はmrr活性がY2O2S内で確認さ れなかったことを示すことを銘記する。
dCメチル化されたλ相ゲノムの阻害に関与するDNAの領域をより正確に決定 するため、イー・コリに一12LcK8の98分領域をクローン化した。部分的 LCK8ゲノムライブラリーをpOU61cos中で作成しくクノット・ブイら 、Nucleic Ac1d Res、16:2601−2612(1988) )、ギガパック”IIXL(ストラタジーン、う・ホヤ、カリフォルニア)を用 いてパッケージし、イー・コリC上にプレートした。98分領域を含有するクロ ーンは、hsd領域(ボウ、ジェイ・ニーら、J、Mo1.Biol、166: 1−19(1983))に特異的なオリゴヌクレオチド(ATGAGTGCGG GGAAATTG)プローブを使用するコロニーハイブリダイゼーションによっ て同定した。ファージのプレート効率について試験する場合は、全てのクローン を宿主RR1−A内で増殖させた。図3、パネル3Aおよび3Bにおいて示すよ うに、mcrB遺伝子を含有する2、6kb断片に活性を単離した。オーブンリ ーディングフレーム(ロスら、前記)を含むmcrB領域を図3Aに示す。これ らの群に対応するサブクローンをその直ぐ下に示す。左に離れた表は、右に示し たDNA断片に関連する情報を与えるものである。(図3Aおよび3Bに示した 制限マツプは、イー・コリK12染色体のMcrB領域に隣接するhsdS遺伝 子の位置を示すものであり、ロス・ティら、J、Bact、171:1974− 1981(1989)からのものである)。
表1の結果は、98分領域の制限活性は回収効率に対して消極的な効果を有する という観察を支持する。高いプレート効率を得るためには、最も普通に使用され るmcrB実験室実験室性するmcrBの小さな変異に反して、98分mcrB 領域の完全な欠損(mcrB乃至mrr)が好適である。これは、これらのmc rB−株により示されるmcrB−表現型(検定としてALulメチラーゼ修飾 pBR322形質転換を使用する(ロス、前記))にも拘らず、mcrB領域の 幾分かの阻害活性が残るためである。完全な欠損は至適の効率に帰着し、真核修 飾DNAを使用して回収効率において1000倍より大きい改良を説明するもの である。
トランスジェニック動物ゲノムから1acZ構成物を回収する好適なイー・コリ 株は5cs−8Cfy9o’j番号200,288)およびvC8257(カタ ログ番号200.256)であり、これらはストラタジーン・クローニング・シ ステムズから市販されており、またキットにも含まれている(ビッグ・ブルーT ′・マウス変異誘発システム、カタログ番号720,000)。5C8−8は次 の遺伝子型を有する: recAL endAl mcrA、ム(me r B C−h s dRMS−mrr)、ム(argF−1ac)U169、phi8 0ムIacZムM15、TnlO(tet’)、5C8−8はlacZAM15 遺伝子を与えるものであり、これにより5CS−8がパッケージされたバクテリ オファージにより感染された場合にα−相補を可能とするものである。この発明 で使用するための1acZAM15遺伝子型を含有する更なる市販のイー・コリ 株には次のちのが包含される:XLl−ブルー(ストラタジーン、カタログ番号 200.236)、シュアTM(ストラタジーン、カタログ番号200,238 ) 、PLK−F’(ストラタジーン、カタログ番号200,237)、JMl ol (ストラタジーン、カタログ番号200,234LJM109 (ストラ タジーン、カタログ番号200,235LおよびNM522(ストラタジーン、 カタログ番号200゜233)。
mcrB欠損株の使用が、変異誘発試験および哺乳動物細胞からのλフアージD NAの回収で使用するためここで記載されているが、制限系欠如株を他の真核D NAクローン化の試みに使用し得ることは明らかである。
勿論、任意の数または種類の試験DNA配列または遺伝子をλCOS部位の間に 挿入することができる。試験管内パッケージング抽出物は、なおCOS部位の間 のDNAを切除し、これをλフアージ粒子にパッケージする。よって、種々の組 換えλゲノムまたはニスミドをこの切除の場合に使用することができる。
β−ガラクトシダーゼ(β−gal)遺伝子の破壊に起因する白色プラークの生 成により明らかとなる変異は、変異原の変異率を決定するのに有用であるが、D NA内の特定の変異に関する情報は殆ど与えない。更に、特定の変異の解析は、 試験β−gal遺伝子の大きさくすなわち約3200b、p、)により幾分阻害 されている。
手順の効率性の増加を促進するため、標的λファージが低減された大きさくすな わち約to00b、p、を有する1acI遺伝子)を有する標的遺伝子、および 配列解析のためにλファージからプラスミドベクタへ標的遺伝子が移行される迅 速な手段を与えるよう作成することかできる。
Iaclおよびβ−gal遺伝子の両者をλベクタ内に挿入するが、その際、1 acI遺伝子内で変異が生起する場合、リプレッサ活性が喪失され、これにより β−gal遺伝子が発現されてIPTGの非存在下で青色プラークを生成させる ものである。記載した態様では、ベクタ内で1acZ遺伝子のα部分の上流にI acI遺伝子を位置させる(ミラー・ジエイ・エッチとレズニコフ・ダブリュ・ ニス、ザ・オペロン、第2版、コールド・スプリング・ハーバ−・ラボラトリイ 、1980、pp、104−105)。宿主イー・コリ(これはバクテリオファ ージベクタにより感染される)がIacZ遺伝子(lacZAM15として言及 される)(ミラー・ジエイ・エッチとレズニコフ・ダブリュ・ニス、前記)の相 補的部分を与えると、これら2つの部分的遺伝子により合成された産物が組合せ られて機能性β−ガラクトシダーゼ蛋白質(α−相補として言及される)を形成 し、Xgalの存在下で青色のプラークを生起する(lacI遺伝子に変異が起 った場合、またはXga 1およびIPTGの存在下、1acI遺伝子が変異さ れていない場合)。宿主により与えられた1acZ遺伝子のムM15部分は、エ ピゾーム的に(低コピー数プラスミドまたはF−因子を介して)与えられるか、 または細菌染色体に安定に組込まれる。]acZのα部分を使用するのは、■) α−相補により形成されるβ−gal蛋白質は隣接する蛋白質より活性が弱いこ とが知られており、Iaclによる不十分な抑制によるバックグラウンド青色プ ラークの可能性を最小とするためであり、また2)この遺伝子を変異誘発研究に 使用すべき際により小さく従ってより容易に特徴付けられる1acZ標的を提供 するためである。この系における宿主イー・コリの要件は次の通りである:1a cl(−)、l a c’ZAM15、制限(−)。全てのクローン化工程は図 4〜8に概説し、標準的な手順を使用して行う(サンブロック・ジエイら、分子 クローン化、実験室マニュアル、第2版、コールド・スプリング・/X−バー・ ラボラトリイ、1989)。
記載する態様は、Iaclを備えるIacZのα部分を利用するものである。
誘導を所望するまで1aclによる完全な抑制を維持する手段を与えることによ り、完全な1acZも使用することができる。これは種々の方法によって行うこ とができ、バクテリオファージによる感染の後数分まで宿主イー・コリ中で1a cZ発現を妨害し、1acIレベルが適切なレベルまで高まって完全な抑制を特 徴とする特異的プロモータ(PR’ )によるムMl 51acZ発現の調節が 包含される。加えて、低レベルのIacリプレッサを宿主内に維持して誘導が起 るまで1aclによる抑制の際に補助することができるが、1acIにおける変 異または系に対するIPTGの添加によるものである。第3の代替は、より高い 比活性を有するリプレッサ蛋白質を生成する改変1acI遺伝子を使用するもの であり、これによりβ−ガラクトシダーゼ生産のより強力な抑制が可能となる。
クローン化手順のための出発材料の供給源は次の通りである:pBluescr iptllsK+および5K−1pBS(+)、λgN1およびλL2Bはスト ラタジーン・クローニング・システムズ、う・ホヤ、CAから入手し得る。
λL47.1およびpPreB ニジヨード・ジエイ・エムら、Nucleic Acid Res、16:7583−7600゜pMJRt 560はアマジャ ム・コーホ、アーリントン・ハイ゛人イリノイから入手し得る。
λベクタ内の変異誘発された1acI遺伝子の迅速な配列決定は、λベクタ内に 「λZAPJ切除配列を組込むことにより促進される。(ショート・ジエイ・エ ムら、Nucleic Ac1d Res、16:7583−7600 (19 88)。λZAPは、プラスミドに対してλベクタからの挿入物の生体内切除を 可能とするλフアージベクタである。これは、λファージがflノくクテリオフ ァージ複製開始点の2つの二分割物を含有するため可能なものである。flヘル ツく一ファージにより供給された蛋白質の存在下で、2つの部分的なfl開始点 の間に存在するDNAはλファージから自動的に切除される。2つの二分割物は 一緒になって無傷のf1開始点を形成する。この結果得られるファージミドはC o1El複製開始点およびアンピシリン耐性遺伝子を含有し、よって挿入物はプ ラスミドベクタに効率的にサブクローン化される。2つの部分的なfl開始点の 間の全ての配列は数時間以内にプラスミドとして切除される。
変異解析ベクタにおいては、これらのfl開始点は、1acI遺伝子がマウスゲ ノムDNA由来のλファージから自動的に切除され得るよう配置される。このフ ァージからプラスミドへの変換の後、他の公知の方法によって挿入物を迅速に配 列決定し、または特徴付けすることができる。1acI遺伝子内の多数の変異の 特徴付けは、標準的な技術を使用する数か月に対して、マウスゲノムDNAの単 離の後3日以内に完成することができる。
ここに記載する例では、λZAPは、試験DNA挿入物をλベクタ内における一 体化からプラスミドへ変換するのに使用する。他の系も使用することができるが 、これらは切除およびDNAの線状配列の再環化を可能とすることにより迅速な 手段を与え、これを用いて試験DNA配列をファージから解析に安定な形態へ移 すことができるものである。この種の他の系には、限定されるものではないが、 FLP−媒介(セネコフ・ジエイら、Proc、Nat 1.Acad、Sci 。
USA、82ニア270−7274 (1985)、ジャヤラム・エム、P r  o c。
Natl、Acad、Sci、USA、82:5875−5879 (1985 )、マクレオド・エム、Mo1.Ce11.Biol、6:3357−3367  (1986L レブレトン・ビーら、Genetics、118:393−4 00(1988) )またはCre−1ox部位特異的組換え技術(ホエス・ア ールら、J、Mo1.Biol、181 :351−362 (1985)、ホ エス・アールら、Proc、Natl、Acad、Sci、USA、81 :1 026−1029(1984))の使用が包含される。
前記した態様はイー・コリβ−ガラクトシダーゼ遺伝子を試験DNA配列として 利用するものであり、これは観察される変異について陽性および陰性である表現 型を可能とするものである。他の可能な試験DNA配列には(限定されるもので はないカリ、1aclリプレツサ、clリプレッサ、全ゆる抗生物質耐性遺伝子 配列(アンピシリン、カナマイシン、テトラサイクリン、ネオマイシン、クロラ ムフェニコール等)、λredおよびgam遺伝子配列、チミジンキナーゼ遺伝 子配列、キサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ遺伝子配列、 制限酵素またはメチル化酵素をコードする配列、ルシフェラーゼをコードする遺 伝子配列、および/またはtRNA停止コドンまたはフレームシフトサプレッサ 遺伝子配列が包含される。
COS部位を除去する更により一般的なモデルを作成し得るが、ただし切除機構 はここで異なるものとなる。図2に示すように、便利な制限部位を用いて試験D NA配列ブラケットを付けることにより、試験配列を制限酵素によってマウスD NAから分離し、その後COS部位を含有するλまたはニスミドベクタと連結す ることができ、または試験配列が複製開始点に結合されている場合、これを直接 形質転換することができる。試験DNA配列と共にλフアージ複製に必要な配列 を包含させ、その後これを試験DNA配列と共にその配列が欠如するがまたは不 全であるλゲノムにクローン化することにより、この種の系においてバックグラ ウンドを低減することができる。
5、標的遺伝子系を含有する修飾λゲノムの調製λLIZαと命名する修飾λゲ ノムを、図4〜8に示す一連の分子遺伝子操作により調製する。
図4はpBIueMI−の構成を示す。部位指向変異誘発を使用してpBlue scriptSK−(ストラタジーン、う・ホヤ、カリホルニア)を修飾し、L acI遺伝子のオーブンリーディングフレームに位置5′で、ただしpBlue script上に存在するアンピシリン耐性遺伝子およびCo1El複製開始点 の下流で、AvaIII制限部位を導入してpBlueMI−を形成する。
図5はpLaclqの構成を示す。pBluescript ll5K+ (ス トラタジーン)を制限酵素PstIおよびEcoRIを用いて消化するが、この 両者はポリリンカ領域内で切断し、ポリリンカから誘導される小断片を欠如する 線状化されたpBIuescriptsK+を形成するものである。制限酵素P stlおよびEcoRIを用いてl)MJR1560(アマジャム・コーポレー ション、アーリントン・ハイツ、イリノイ)を消化し、LacIq含有断片を放 出させ、これをアガロースゲル電気泳動により分離してゲルから溶出させる。そ の後1aclq含有断片を、線状化したpB1uescriptsK+に連結し てpLaclqを形成する。
図6はpint、1の構成を示す。多重クローン化部位(ポリリンカ)を特定す る二本鎖DNA断片を、合成オリゴヌクレオチド合成およびアニーリングにより 製造する。ポリリンカはXbal、KpnlおよびPvuI部位に隣接する2つ のAva I 11部位を含む多重制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含有する ものである。ポリリンカをAvaIIIにより消化してポリリンカ上にAvaI II付着末端を形成する。pBlueMI−をAva I I Iにより消化し 、ポリリンカをpBlueMI−に連結し、AvallI部位にPvuI部位を 導入してpInt、lを形成する。
図7はpPreLacIqZ (pPRIAZ)の構成を示す。その終端に対し 、ショートら、Nucl、Ac1ds Res、16:7583−7600 ( 1988)により記載されたようにpPreBを最初に調製する。
pPreBを調製するため、ヤニシューペロンら、Gene、33 :103− 119(1985)にJ、り記載サレタフラスミドpUC19(ATCC#37 254)をEcoRIを用いて消化し、脱リン酸化し、相補的オリゴヌクレオチ ド(マクアリスターら、Nucl、Ac1ds Res、8:4821−483 7(1980)に記載されたように、それぞれ和合性EcoRI末端を有し、T 7RNAポリメラーゼブロモー夕を特定する)に連結し、RNA合成がpUc1 9の多重クローン化部位に向かうよう配向したT7ブロモータを有するpJF3 を形成した。pJF3をHjndIIIにより消化し、脱リン酸化し、モリスら 、Gene、41:193−2000 (1986)によって記載されたように 、HindIII和合性末端を有し、T3RNAポリメラーゼプロモータを特定 する相補的オリゴヌクレオチドに連結した。pBluescribe (pBS )と命名したこの結果得られたプラスミドを単離したが、これはpUCl 9の 多重クローン化部位にRNA合成を向けるよう配向したT3プロモータを含有し ていた。
その後pBSをAa t I IおよびNarlにより消化し、マングビーンヌ クレアーゼおよびアルカリホスファターゼを用いて処理し、プントら、Nucl 、Ac1ds Res、11:1645−1655(1983)により記載され たpEMBL8プラスミドから単離した456塩基対(bp)Rsal/Dra I I平滑末端断片に連結した。456b[)断片はflファージの遺伝子内領 域を含有するが、f1遺伝子IIプロモータ配列は含有しない。この結果得られ た連結混合物から7フーンミドクローンを単離し、遺伝子内領域の両者の方向性 (+または−)を含むクローンを単離し、pBS(+)またはpBS(−)と命 名したが、ここで「+」は遺伝子内領域がIacZ遺伝子と同じ方向性にあるこ とを示すものである。それぞれEcoRIおよびHindlIIを用いて消化し た後、DNAポリメラーゼIのフレニュー断片を用いて平滑末端とすることによ りpBS(−)およびpBS (+)からpBIuescriptsK (−) およびSK(+)をそれぞれ製造した。ショートら、Nucl、Ac1ds R es、16:7583−7600 (1988)により記載されたように21の 独特の制限部位を含む平滑末端とした合成ポリリンカに平滑末端とした分子を連 結し、それぞれpBIuescriptsK (−)またはSK (+)を形成 した。fl遺伝子内領域のターミネータ部分の大部分は、pEMBL8から単離 されるRsal(位置5587)乃至HinfI(位置5767)制限断片に含 有される。残るターミネータ配列は、ショートら、前記に記載されたように合成 オリゴヌクレオチドを調製し、完全なターミネータ、遺伝子II切断シグナルお よびEcoRVおよびNdelについての独特の制限部位を与えることにより提 供された。合成オリゴヌクレオチドおよびRsaI/H4nfI断片を、pBS から得られた3009bpDraI/NdeI断片と連結してプラスミドpBS T−Bを形成した。
fl遺伝子内領域のイニシェークドメインは、5au961およびDra Iを 用いてp EMB L 8を消化して217bp断片を形成し、その後これをフ レニューにより平滑末端とした後に、I)BST−BのNarI部位にサブクロ ーン化してpBsITO#12を形成することにより別々にクローン化した。p BluescriptsK(−)をNaeIを用いて消化し、部分消化してfl 複製開始点に隣接して位置するPvuI部位でのみ切断し、fl複製開始点を欠 失するこの結果得られる断片を単離した。fl遺伝子内領域のターミネータおよ びイニシェーク領域を含むpBSIT○#12のNaeI/Pvul断片に単離 した断片を連結してプラスミドpPreBを形成した。
KpnIおよびXbaIを用いてλgt l 1 (ATCC#37194)を 消化し、LacZ遺伝子を含有する6、3キロベース(kb)断片を製造し、こ れをアガロースゲルにより精製した。前記調製しストラタジーンから入手可能の pBS(+)をKpnlおよびXbalを用いて消化し、この結果得られたLa cZ断片をpBS(+)に連結してpBS (LacZ)を形成した。前記由来 のpLacIqをNarIおよび5ailを用いて消化し、この結果得られるL acIq遺伝子を含有する小断片を単離した。N a r ’I’および5al Iを用いてpBS(LacZ)を消化し、この結果得られるLacZ遺伝子を含 有する大断片を単離し、小Laclq含有断片に連結してpLac IqZを形 成した。前記で調製したpint、lをKpnlを用いて消化し、この結果得ら れる線状分子をLacl−LacZ断片(Kpnlを用いて前記調製したpLa c IqZを消化することにより製造される)と連結してpIntLacIqZ を形成した。その後pIntLacIqZをXbaIを用いて消化し、フレノウ により平滑末端とし、5calを用いて消化し、LacZ−LacIqおよび大 部分のアンピシリン耐性遺伝子を含有する、この結果得られる大断片を単離した 。前記調製したpPreBをPvu Iを用いて消化し、マングビーンヌクレア ーゼを用いて平滑末端とし、Sca Iを用いて消化し、ターミネータおよびイ ニシェークfl遺伝子内領域成分を含有する、この結果得られる断片を単離し、 pIfntLacIqZ誘導大断片に連結して誘導入断片pPreLacIQZ  (pPRIAZ)を形成した。
2つのパネル8Aおよび8Bにより示す図8は、λLIZαの構成を示すもので ある。その終端に対し、レオネンら、Gene、10:249−259 (19 80)により、マニアナイスら、「分子クローン化、実験室マニュアル」中、第 41頁、コールド・スプリング・ハーバ−、ニューヨーク(19g 2)により 、およびショートら、前記により記載され、遺伝マーカ(s r Iλ1−2) デルタ、1mm434cl−1NIN5およびchiA131を有するλL47 .1を、EcoRI、HindlIIおよびSmaIを用いて消化してλL47 .1消化混合物を形成した。ストラタジーンから入手可能のλL2Bを最初にX balにより消化し、その後フレノウにより処理して5’XbaIオーバーハン グを埋め、その後MIuIにより消化してL2b消化消化物を形成した。L47 .lおよびL2b消化消化物をエタノール沈殿して連結のためのDNAを調製し 、その後、Ndelにより線状化した前記調製したpPRIAZに連結してλL IZαを形成した。
最終構成物、λLIZαは、本発明で使用する好適な修飾λバクテリオファージ である。これは、1)LacZのα成分の形態のレポータ遺伝子、2)末端にお けるcos部位の存在により与えられるλバクテリオファージ切除能力、3)L ac Iq標的遺伝子の形態の指標遺伝子系(lacIプロモータおよびリプレ ッサ構造遺伝子配列を含む)、および4)配列決定のために変異した試験遺伝子 を含有する陽性コロニーから変異した試験遺伝子を迅速に単離することを可能と する、ショートら、前記の生体内切除系により配置されたfl複製開始点の要素 を組合せるためである。
6、キメラ5CID/huマウスの製造自発的供与者の静脈血から末梢血液リン パ球(PBLs)を単離する。最初に、100ミリリツトル(ml)の血液を、 0.14Mクエン酸、0.2Mクエン酸三ナトリウムおよび0.22Mデキスト ロースの混合物により血液凝固阻止する。
処理した血液をヒストパック−1077(シグマ、セントルイス、ミズーリ)上 に層形成し、25℃で30分間の400xgでの遠心分離により回収される単離 PBLSを形成する。単離したPBLsをリン酸緩衝塩類溶液(PBS)(15 0mM塩化ナトリウムおよび150mMリン酸ナトリウム、25℃でpH7,2 )によりその後2回洗浄する。この結果得られるPBL細胞ペレットをPBSに 再懸濁してlXl0”細胞/mlの濃度とする。
同意を得た患者の治療性扁桃摘出から得られた扁桃からリンパ球も単離する。
扁桃を最初に均一化し、その後前記したようにヒストパックによりリンパ球を単 離する。
当業者に公知の技術を使用して、単離したリンパ球にその後対象rDNAを挿入 する。好適な技術は、リンパ球のエレクトロポーレーションおよびリンパ球の塩 化カルシウム透過である。
B、5CIDマウスの調製 常染色体劣性マウス変異5cidを有する5CIDマウスをインダイム(サンジ エゴ、カリホルニア)から得る。その他、5CIDマウスは、ポスマら、Nat ure、301 :527−530 (1983)に記載されたようにマウスの 同系交配種、C,B−17(Ba lb/c−C57BL/Ka−I gh−1 b/ICR(Nl 7F34)から誘導される。IgM、IgG1またはIgG 2aを欠失するマウスの系統の解析により、欠損は遺伝性であり、劣性5cid 遺伝子の調節下にあることが決定された。ボスマら、前記。欠損遺伝子について ホモ接合的であるマウスの集団を確立することができる。5CIDマウスは、殺 菌した食物および水を含むミクロアイソレータ・ケージ(ラボ・プロダクツ、メ イラ・ラド、ニューシャーシー)内で維持する。
この発明の真の精神および範囲から逸脱することな(多数の変形や改変を行うこ とができる。
X づ ρBLUESCR/PTSK− F/G、4 FIG、 5 FIG、 6 多重クローン化部位 国際調査報告 PL’:T、’US’lI10236J

Claims (35)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.原核発現シグナルに機能的に連帯されたLacIおよびLacZを含む標的 遺伝子系を含有する切除可能に組込まれたλファージの存在を特徴とするゲノム を有するトランスジェニック非ヒト哺乳動物。
  2. 2.前記LacIがLacI■であり、前記LacZがLacZαである請求項 1記載のトランスジェニック非ヒト哺乳動物。
  3. 3.原核発現シグナルに機能的に連結されたLacIおよびLacZを含む標的 遺伝子系を含有する切除可能に組込まれたλファージの存在を特徴とするゲノム を有するヒト細胞を含有するSCIDマウス。
  4. 4.前記LacIがLacI■であり、前記LacZがLacZαである請求項 3記載のSICDマウス。
  5. 5.要因の生体内変異誘発能を決定するキットであって、(a)原核発現シグナ ルに機能的に連結されたLacIおよびLacZを含む標的遺伝子系を含有する 切除可能に組込まれたλファージの存在を特徴とするゲノムを有するトランスジ ェニックマウス、(b)mcrA−、mcrB−、mrr−およびhsdR−で あるバクテリオファージ溶原株から単離されたバクテリオファージλDNAパッ ケージング抽出物の画分(前記画分中に存在する前記抽出物の量は、形質転換量 の前記切除可能に組込まれたλファージを切除しパッケージするのに十分なもの とする)からなる前記キット。
  6. 6.前記切除可能に組込まれたλファージにより形質転換するためのイー・コリ の制限系欠損株をさらに含む請求項5記載のキット。
  7. 7.要因の変異誘発能を決定するに際し、(a)修飾されたバクテリオファージ により担持され変異に際して検出可能な表現型または遺伝子型をコードする試験 DNA配列を含有する細胞を有する1以上の非ヒト哺乳動物を選択し、 (b)前記哺乳動物を可能性のある変異誘発性要因に露呈し、(c)露呈された 哺乳動物のゲノムから試験DNA配列を回収し、(d)試験DNA配列を制限系 欠損微生物に導入して試験DNA配列を発現させる ことからなる方法。
  8. 8.非ヒト哺乳動物を、その実質的に全ての体細胞および胚細胞が試験DNA配 列を含有するよう選択する請求項7記載の方法。
  9. 9.DNA配列をIacZとする請求項7記載の方法。
  10. 10.試験DNA配列をIacIとする請求項7記載の方法。
  11. 11.制限系をhsdとする請求項7記載の方法。
  12. 12.制限系をmcrAとする請求項7記載の方法。
  13. 13.制限系をmcrB遺伝子の一般的な遺伝子座内の制限系とする請求項7記 載の方法。
  14. 14.制限系をイー・コリK−12の98分の領域内に認められる制限系とする 請求項7記載の方法。
  15. 15.パッケージング抽出物を使用して哺乳動物ゲノムから試験DNA配列を回 収する請求項7記載の方法。
  16. 16.パッケージング抽出物をλファージパッケージング抽出物とする請求項1 5記載の方法。
  17. 17.制限系をhsdとする請求項15記載の方法。
  18. 18.制限系をmcrAとする請求項15記載の方法。
  19. 19.制限系をmcrB遺伝子の一般的な遺伝子座内の制限系とする請求項15 記載の方法。
  20. 20.制限系をイー・コリK−12の98分の領域内に位置する制限系とする請 求項15記載の方法。
  21. 21.要因の変異誘発能を決定するに際し、(a)修飾されたバクテリオファー ジにより担持され変異に際して検出可能な表現型または遺伝子型をコードする試 験DNA配列を含有する細胞を有する1以上の非ヒト哺乳動物を選択し、 (b)前記哺乳動物を可能性のある変異誘発性要因に露呈し、(c)制限系欠損 パッケージング抽出物を使用して哺乳動物ゲノムから試験DNA配列を回収し、 (d)試験DNA配列を制限系欠損微生物に導入して試験DNA配列を発現させ る ことを含む方法。
  22. 22.試験DNA配列を含有するトランスジェニック非ヒト哺乳動物の細胞から 試験DNA配列を回収するに際し、制限系欠損パッケージング抽出物を使用して 前記トランスジェニック哺乳動物から前記試験DNA配列を切除することを含む 方法。
  23. 23.変異誘発性要因を監視するに際し、(a)変異に際して検出可能な表現型 または遺伝子型をコードする試験DNA配列を含有する細胞を有する1以上の非 ヒト哺乳動物を選択し(このDNA配列は試験DNA配列の切除および再環化を 可能とする系内に含有され、この系はバクテリオファージ誘導体ゲノムにより含 有される)、(b)前記哺乳動物を可能性のある変異誘発性要因に露呈し、(c )バクテリオファージゲノム内に含有される試験DNA配列を哺乳動物ゲノムか ら回収する ことを含む方法。
  24. 24.非ヒト哺乳動物を、その実費的に全ての体細胞および胚細胞が試験DNA 配列を含有するよう選択する請求項23記載の方法。
  25. 25.切除および再環化系をλZAPとする請求項23記載の方法。
  26. 26.切除および再環化系をFLP媒介組換えとする請求項23記載の方法。
  27. 27.切除および再現化系をCre−Iox部位特異的組換えとする請求項23 記載の方法。
  28. 28.試験DNA配列をIacIとする請求項23記載の方法。
  29. 29.パッケージング抽出物を使用して哺乳動物ゲノムから試験DNA配列を回 収する請求項23記載の方法。
  30. 30.変異誘発性要因を監視するに際し、(a)変異に際して検出可能な表現型 または遺伝子型をコードする試験DNA配列を含有する細胞を有する1以上の非 ヒト哺乳動物を選択し(このDNA配列は試験DNA配列の切除および再環化を 可能とする系内に含有され、この系はバクテリオファージ誘導体ゲノムにより含 有される)、(b)前記哺乳動物を可能性のある変異誘発性要因に露呈し、(c )バクテリオファージゲノム内に含有される試験DNA配列を哺乳動物ゲノムか ら回収し、 (d)試験DNA配列を切除して再環化し、(e)試験DNA配列を分析して変 異を検出することを含む方法。
  31. 31.変異誘発性要因を監視するに際し、(a)変異に際して検出可能な表現型 または遺伝子型をコードする試験DNA配列を含有する細胞を有する1以上の非 ヒト哺乳動物を選択し(このDNA配列は、バクテリオファージ誘導体ゲノムに より含有されるf1バクテリオファージ複製開始点の二分割物の1つにより両方 の側部で当接される)、(b)前記哺乳動物を可能性のある変異誘発性要因に露 呈し、(c)バクテリオファージ誘導体ゲノム内に含有される試験DNA配列を 哺乳動物ゲノムから回収する ことからなる方法。
  32. 32.変異誘発性要因を監視するに際し、(a)変異に際して検出可能な表現型 または遺伝子型をコードする試験DNA配列を含有する細胞を有する1以上の非 ヒト哺乳動物を選択し(このDNA配列は、バクテリオファージ誘導体ゲノムに より含有されるf1バクテリオファージ複製開始点の二分割物の1つにより両方 の側部で当接される)、(b)前記哺乳動物を可能性のある変異誘発性要因に露 呈し、(c)バクテリオファージ誘導体ゲノムにより含有される試験DNA配列 を哺乳動物ゲノムから回収し、 (d)f1ヘルパーファージにより供給される蛋白質によりバクテリオファージ から試験DNA配列を切除し、 (e)結果的に得られるプラスミドを分析して変異を検出することからなる方法 。
  33. 33.結果的に得られるプラスミドの変異を検出するための分析が配列決定によ る請求項32記載の方法。
  34. 34.トランスジェニック非ヒト哺乳動物であって、その一部または実質的に全 部の体細胞および圧細胞が変異に際して検出可能な表現型または遺伝子型をコー ドする試験DNA配列を含有し、このDNA配列は試験DNA配列の切除および 再環化を可能とする系内に含有され、この系がバクテリオファージ誘導体ゲノム により含有されるトランスジェニック非ヒト哺乳動物。
  35. 35.トランスジェニック非ヒト哺乳動物であって、その一部または実質的に全 部の体細胞および胚細胞が変異に際して検出可能な表現型または遺伝子型をコー ドする試験DNA配列を含有し、このDNA配列は、バクテリオファージλ誘導 体ゲノムにより含有されるf1バクテリオファージ複製開始点の二分割物の1つ により両方の側部で当接されるトランスジェニック非ヒト哺乳動物。
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