JPH06261795A - Process for detecting polynucleotides - Google Patents

Process for detecting polynucleotides

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Publication number
JPH06261795A
JPH06261795A JP4895593A JP4895593A JPH06261795A JP H06261795 A JPH06261795 A JP H06261795A JP 4895593 A JP4895593 A JP 4895593A JP 4895593 A JP4895593 A JP 4895593A JP H06261795 A JPH06261795 A JP H06261795A
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JP
Japan
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polynucleotide
labeled probe
target polynucleotide
probe
labeled
Prior art date
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Pending
Application number
JP4895593A
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Japanese (ja)
Inventor
Kazunobu Okano
和宣 岡野
Hideki Kanbara
秀記 神原
Keiichi Nagai
啓一 永井
Katsuji Murakawa
克二 村川
Masahiko Sugiura
正彦 杉浦
Toshikazu Yamaguchi
敏和 山口
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
B M L KK
Hitachi Ltd
Original Assignee
B M L KK
Hitachi Ltd
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Publication date
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Publication of JPH06261795A publication Critical patent/JPH06261795A/en
Pending legal-status Critical Current

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Abstract

PURPOSE:To provide a quantitative process for detecting polynucleotides in high sensitivity and high accuracy. CONSTITUTION:Five kinds of fluorescent probes 2 to 6 to which two molecules of fluorescent compounds are bonded each, are allowed to react with the target nucleotide chain 1 under the hybridization conditions, the reaction mixture is added to the inlet 21 for the electrophoretic carrier to perform the electrophoresis, thereby the unreacting labeled probes of smaller molecular sizes are removed. The complex of the fluorescent probe with the target polynucleotide chain 10 is a large size of molecule and remains near the inlet to be concentrated. The inlet part is heated to dissolve the fluorescent probe from the target polynucleotide and the probe crosses the a certain zone illuminated with a laser beam in the electrophoretic column to detect the fluorescence. The target polynucleotide of 100 copy order can be detected.

Description

【発明の詳細な説明】Detailed Description of the Invention

【0001】[0001]

【産業上の利用分野】本発明の目的は、疾病の原因とな
るウィルス、リケッチャ、細菌等の外来性ポリヌクレオ
チド、あるいは、生物中の特定の遺伝情報を担うポリヌ
クレオチドの有無およびその変異を検出する診断的方法
に関する。
BACKGROUND OF THE INVENTION The object of the present invention is to detect the presence or absence of an exogenous polynucleotide such as a virus, rickettsia or bacterium which causes a disease, or a polynucleotide carrying specific genetic information in an organism and its mutation. To a diagnostic method to do.

【0002】[0002]

【従来の技術】標的となるポリヌクレオチド(DNAま
たはRNA)試料に標識物を結合した標識ポリヌクレオ
チドを会合させる従来のポリヌクレオチド検出法は、プ
ロシーディングス オブ ナチュラル アカデミー サ
イエンス ユー エス エー80巻(1983年)第2
78頁から282頁(Proc. Natl. Aca
d. Sci. USA(1983)80,278−2
82)に記載されている。この方法は、まず、電気泳動
により分子量分離したポリヌクレオチド断片試料をニト
ロセルロース膜に転写して固定した後に、この膜を放射
性同位元素標識されたポリヌクレオチドプローブを含む
溶液に浸してハイブリダイゼーション反応を行う。反応
後、未反応の標識プローブを洗浄により膜から洗い流
す。その後に、膜に結合した残留標識プローブの量をオ
ートラジオグラフィーにより検出することで標的ポリヌ
クレオチドの有無を判定する。
2. Description of the Related Art A conventional polynucleotide detection method in which a labeled polynucleotide in which a labeled substance is bound to a target polynucleotide (DNA or RNA) sample is associated is described in Proceedings of Natural Academy Science USA, Volume 80 (1983). ) Second
Pages 78 to 282 (Proc. Natl. Aca
d. Sci. USA (1983) 80, 278-2.
82). In this method, first, a sample of polynucleotide fragments whose molecular weights have been separated by electrophoresis is transferred and immobilized on a nitrocellulose membrane, and then this membrane is immersed in a solution containing a polynucleotide probe labeled with a radioisotope to carry out a hybridization reaction. To do. After the reaction, unreacted labeled probe is washed from the membrane by washing. Then, the presence or absence of the target polynucleotide is determined by detecting the amount of residual labeled probe bound to the membrane by autoradiography.

【0003】また、血液や排泄物等の試料中の細菌やウ
ィルス等の外来性の標的ポリヌクレオチドを検出する方
法が、特開昭58−31998号公報に開示されてい
る。この方法では、精製した試料中のポリヌクレオチド
を加熱等により変性させて一本鎖とした後、これを、ニ
トロセルロース膜に固定する。次に、検査したい細菌や
ウィルスのポリヌクレオチドと相補的な塩基配列を持つ
放射性同位元素標識されたポリヌクレオチドプローブを
反応させた後、この膜を洗浄する。もし、試料中に細菌
やウィルスのポリヌクレオチドが含まれていれば、これ
に標識ポリヌクレオチドプローブがハイブリダイゼーシ
ョン反応により会合して膜上に残る。これをオートラジ
オグラフィーにより検出することで標的ポリヌクレオチ
ドの有無を判定できる。
Further, a method for detecting an exogenous target polynucleotide such as a bacterium or a virus in a sample such as blood or excrement is disclosed in JP-A-58-31998. In this method, the polynucleotide in the purified sample is denatured by heating or the like to form a single strand, which is then immobilized on a nitrocellulose membrane. Next, the membrane is washed after reacting with a polynucleotide probe labeled with a radioisotope having a nucleotide sequence complementary to the bacterial or viral polynucleotide to be inspected. If the sample contains bacterial or viral polynucleotides, the labeled polynucleotide probe associates with it and remains on the membrane. The presence or absence of the target polynucleotide can be determined by detecting this by autoradiography.

【0004】また、標的ポリヌクレオチドの特定部分を
一組のDNAプライマーとDNAポリメラーゼにより増
殖する方法が、特開昭61−274697号公報に記載
されている。この方法では、標的となる二本鎖DNAの
センス鎖とアンチセンス鎖のお互いに200〜1000
塩基程度離れた部位に相補的な一組のDNAプライマ
ー、4種のデオキシヌクレオチド3リン酸、耐熱性DN
Aポリメラーゼを含む反応液に標的ポリヌクレオチドを
を加え、反応液の温度を繰返し上下させ、ポリヌクレオ
チドの変性、標的ポリヌクレオチドとDNAプライマー
とのアニーリング、相補鎖合成反応を繰返すことにより
標的ポリヌクレオチドの特定部位を増殖する。この方法
によれば、4時間程度で特定部位のポリヌクレオチド断
片を10万倍程度に増幅できる。増幅生成物の検出は、
上記第1あるいは第2の方法、あるいは生成物の量が十
分多いときには電気泳動後にエチジウムブロマイド染色
し、この色素の発する螢光を検出することによる。
A method of multiplying a specific portion of a target polynucleotide with a set of DNA primers and a DNA polymerase is described in JP-A-61-274697. In this method, the sense strand and antisense strand of the target double-stranded DNA are 200 to 1000 each other.
A set of DNA primers complementary to sites separated by about bases, 4 kinds of deoxynucleotide triphosphates, and thermostable DN
A target polynucleotide is added to a reaction solution containing A polymerase, and the temperature of the reaction solution is repeatedly raised and lowered to denature the polynucleotide, anneal the target polynucleotide with a DNA primer, and repeat the complementary strand synthesis reaction to repeat the reaction of the target polynucleotide. Proliferate a specific site. According to this method, the polynucleotide fragment at a specific site can be amplified about 100,000 times in about 4 hours. Amplification product detection is
According to the above-mentioned first or second method, or when the amount of the product is sufficiently large, ethidium bromide staining is performed after electrophoresis, and the fluorescence emitted by this dye is detected.

【0005】[0005]

【発明が解決しようとする課題】上記第1および第2の
従来技術は、標的ポリヌクレオチドと標識プローブのハ
イブリダイゼーション反応を膜担体上で行っていた。ま
た、標識プローブの標識に放射性同位元素を必要とし
た。このため、標的ポリヌクレオチドの膜担体への固
定、ハイブリダイゼーション反応を個体表面で行うので
反応時間が長い上に、オートラジオグラフィーを必要と
するために分析に通常数日という長時間を要した。ま
た、この方法は検出に長時間を要する上に感度が足りな
い場合がある。これは、トレーサー量の放射性同位元素
しか標識することができないため、プローブ当たりの比
放射活性を高くとれないこと、プローブがニトロセルロ
ース膜に非特異的に吸着することに依存するバックグラ
ンドの放射線が原因である。また、従来法では定量的な
計測は難しくほとんどが標的ポリヌクレオチドの有無の
判定かオートラジオグラムのフィルムの黒化度より半定
量的な測定が行われるにすぎない。さらにオートラジオ
グラフィーを用いるため自動化することが難しく、作業
者が放射線被爆を受けるため、臨床フィールドで多量の
検体を検査するには難があった。
In the above-mentioned first and second conventional techniques, the hybridization reaction between the target polynucleotide and the labeled probe was carried out on the membrane carrier. Also, the labeling of the labeled probe required a radioisotope. For this reason, the reaction time is long because the target polynucleotide is immobilized on the membrane carrier and the hybridization reaction is performed on the surface of the solid body. In addition, autoradiography requires a long time of several days for analysis. In addition, this method may require a long time for detection and may lack sensitivity. This is because only a tracer amount of radioisotope can be labeled, so the specific radioactivity per probe cannot be high, and the background radiation that depends on nonspecific adsorption of the probe to the nitrocellulose membrane is Responsible. In addition, it is difficult to quantitatively measure by the conventional method, and most of the time, only semi-quantitative measurement is performed based on the determination of the presence or absence of the target polynucleotide or the degree of blackening of the film in the autoradiogram. Furthermore, since autoradiography is used, it is difficult to automate, and the operator is exposed to radiation, which makes it difficult to test a large amount of samples in the clinical field.

【0006】上記第3の方法では、標的ポリヌクレオチ
ドの特定部位を増殖出来るものの、検出手段は第1およ
び第2のオートラジオグラフィーを用いる場合が多く、
上記と同様な問題点がある。また、エチジウムブロマイ
ド染色を用いる方法は時間短縮が可能であるが、自動化
には適さない。増殖方法も精密に温度を上下させる必要
がある。反応条件や試料の状態により増幅量が異なるう
え、増幅が非直線的であるために定量測定が難しい問題
点があった。
[0006] In the third method described above, although the specific site of the target polynucleotide can be propagated, the detection means often use the first and second autoradiography,
There are the same problems as above. Further, the method using ethidium bromide staining can shorten the time, but is not suitable for automation. The breeding method also needs to raise and lower the temperature precisely. The amount of amplification varies depending on the reaction conditions and the state of the sample, and since amplification is non-linear, quantitative measurement is difficult.

【0007】本発明の目的は、第一に、ハイブリダイゼ
ーション反応および検出を短時間で行える高感度で精度
の高い定量的なポリヌクレオチドの検出法を提供するこ
とにある。また、本発明の他の目的は、ポリヌクレオチ
ドプローブの非放射性同位元素化を実現することにあ
る。
An object of the present invention is, firstly, to provide a highly sensitive and accurate quantitative method for detecting a polynucleotide, which can carry out a hybridization reaction and detection in a short time. Another object of the present invention is to realize non-radioactive isotopeization of the polynucleotide probe.

【0008】[0008]

【課題を解決するための手段】上記目的のうち標識プロ
ーブの非放射性同位元素化を実現するために、本発明で
は、標識物に蛍光体を用いることにした。本発明では、
電気泳動と蛍光検出を組み合わせて用いるが、蛍光体の
検出限界は10-20〜10-21mol/バンドである。遺
伝子診断で検出すべき最小のコピー数は当面100コピ
ーといわれており、現在の蛍光検出能力を10倍程度高
める必要がある。そこで、標的ポリヌクレオチドを高感
度で短時間に検出するに当たり、本発明で特に留意した
点は、標的ポリヌクレオチドにいかに多くの蛍光体を導
入するかにあった。そこで、測定対象ポリヌクレオチド
の異なる部位に会合しうる複数の標識プローブを用い、
これを同時に測定対象ポリヌクレオチド鎖に会合させ
る、また、各々の標識プローブには複数の蛍光体が結合
した物を用いる方法を考案した。さらに、高感度検出に
は未反応蛍光標識プローブの除去が重要なポイントとな
る。本発明では、複数の標識プローブを測定対象ポリヌ
クレオチド鎖に会合させた後、標識プローブの結合した
測定対象ポリヌクレオチド鎖と標識プローブを分子サイ
ズで除去する担体を用いて未反応の標識プローブを除去
する工程と、測定対象ポリヌクレオチド鎖に結合した複
数のプローブを変性条件下で解離させる工程を設け、解
離した標識プローブを検出することとした。具体的に
は、ハイブリダイゼーション反応の終了した試料をポリ
アクリルアミド等の電気泳動担体に添加し、電気泳動を
行い未反応蛍光標識プローブを除去する。標的ポリヌク
レオチドとハイブリダイゼーションした蛍光標識プロー
ブは分子量が大きいので電気泳動担体の試料添加部付近
に留まる。次に、電気泳動担体の温度を標的ポリヌクレ
オチドと蛍光標識プローブの複合体の変性温度以上にす
ると、標的ポリヌクレオチドに結合していた蛍光標識プ
ローブが解離し泳動されるようになる。この標的ポリヌ
クレオチドに結合していた蛍光標識プローブを螢光検出
することで達成される。螢光検出は電気泳動担体の一定
部分を照射する光源と検出器を用いて検出する。本発明
では、検出に電気泳動を用いるため、複数の標識プロー
ブの泳動速度が等しく1本のバンドとして検出されるこ
とが高感度化にとって必要である。本発明で使用される
電気泳動は未反応蛍光標識プローブの分離除去用なので
分離能は低くてよい。よって、各標識プローブの塩基長
の違いが10%以下望ましくは均一の塩基長にすること
で均一のバンドが得られる。また、標識プローブの長さ
はハイブリダイゼーション効率の制約から12塩基以上
が望ましい。また、電気泳動分離のしやすさや化学合成
の点から、100塩基以下が望ましい。
In order to realize the non-radioactive isotopeization of the labeled probe among the above objects, in the present invention, a fluorescent substance is used as the labeled substance. In the present invention,
Although electrophoresis and fluorescence detection are used in combination, the detection limit of the fluorescent substance is 10 −20 to 10 −21 mol / band. The minimum copy number to be detected by gene diagnosis is said to be 100 copies for the time being, and it is necessary to increase the current fluorescence detection ability by about 10 times. Therefore, in detecting the target polynucleotide with high sensitivity in a short time, a point to be particularly noted in the present invention was how many fluorophores are introduced into the target polynucleotide. Therefore, using a plurality of labeled probes that can associate with different sites of the polynucleotide to be measured,
A method was devised in which this was simultaneously associated with the polynucleotide chain to be measured, and a substance in which a plurality of fluorophores were bound to each labeled probe was used. Furthermore, removal of unreacted fluorescently labeled probe is an important point for highly sensitive detection. In the present invention, after associating a plurality of labeled probes with a polynucleotide chain to be measured, the unreacted labeled probe is removed using a carrier that removes the labeled probe-bound polynucleotide chain to be measured and the labeled probe at a molecular size. And a step of dissociating a plurality of probes bound to the polynucleotide chain to be measured under denaturing conditions, and the dissociated labeled probe is detected. Specifically, the sample after the hybridization reaction is added to an electrophoretic carrier such as polyacrylamide and electrophoresed to remove the unreacted fluorescent labeled probe. Since the fluorescent-labeled probe hybridized with the target polynucleotide has a large molecular weight, it stays in the vicinity of the sample addition portion of the electrophoretic carrier. Next, when the temperature of the electrophoretic carrier is set to the denaturation temperature of the complex of the target polynucleotide and the fluorescent labeled probe or higher, the fluorescent labeled probe bound to the target polynucleotide is dissociated and migrated. This is accomplished by fluorescently detecting the fluorescently labeled probe bound to the target polynucleotide. Fluorescence detection is performed using a light source and a detector that illuminates a certain portion of the electrophoretic carrier. In the present invention, since electrophoresis is used for detection, it is necessary for higher sensitivity that a plurality of labeled probes have the same migration speed and are detected as one band. Since the electrophoresis used in the present invention is for separating and removing the unreacted fluorescently labeled probe, the separation ability may be low. Therefore, the difference in the base length of each labeled probe is 10% or less, and preferably a uniform band can be obtained by making the base length uniform. In addition, the length of the labeled probe is preferably 12 bases or more from the viewpoint of hybridization efficiency. Further, from the viewpoint of ease of electrophoretic separation and chemical synthesis, 100 bases or less is desirable.

【0009】本発明の概念を、図1の概念図を用いて説
明する。塩基長の等しい複数の蛍光標識プローブ2〜6
と標的ポリヌクレオチド鎖1をハイブリダイゼーション
条件下で反応させる。この時点で反応液中に存在するの
は蛍光標識プローブと標的ポリヌクレオチド鎖の複合体
10と未反応蛍光標識プローブ11である。蛍光体が2
分子づつ結合した5種のプローブを用いることで標的ポ
リヌクレオチド1分子に10分子の蛍光体を導入でき
る。これによりえられる蛍光強度は約一桁向上するの
で、電気泳動と蛍光検出の組合せで100コピーオーダ
ーの標的ポリヌクレオチドが検出できるようになる。蛍
光検出法をより具体的に述べる。ハイブリダイゼーショ
ンの終了した反応液を電気泳動担体の試料添加部21に
添加し電気泳動すると分子サイズの小さな未反応蛍光標
識プローブ11は泳動され除かれる。蛍光標識プローブ
と標的ポリヌクレオチド鎖の複合体10は分子サイズが
大きいので、試料添加部付近に残ると同時に濃縮され
る。試料添加部を加熱すると、標的ポリヌクレオチド鎖
に結合していた蛍光標識プローブ20が解離し泳動され
る。解離した蛍光標識プローブが電気泳動担体の一定部
位を照射するレーザー光を横切ると螢光を発し、検出器
で検出される。
The concept of the present invention will be described with reference to the conceptual diagram of FIG. Multiple fluorescently labeled probes 2-6 having the same base length
And the target polynucleotide strand 1 are reacted under hybridization conditions. At this point of time, what is present in the reaction solution is the fluorescent-labeled probe-target polynucleotide chain complex 10 and the unreacted fluorescent-labeled probe 11. 2 phosphors
It is possible to introduce 10 molecules of fluorophore into 1 molecule of the target polynucleotide by using 5 kinds of probes which are bound to each other. Since the fluorescence intensity obtained by this is improved by about one digit, a target polynucleotide of 100 copy order can be detected by a combination of electrophoresis and fluorescence detection. The fluorescence detection method will be described more specifically. When the reaction solution after hybridization is added to the sample addition section 21 of the electrophoretic carrier and electrophoresed, the unreacted fluorescent labeled probe 11 having a small molecular size is electrophoresed and removed. Since the fluorescent-labeled probe-target polynucleotide chain complex 10 has a large molecular size, it remains concentrated in the vicinity of the sample addition portion and is simultaneously concentrated. When the sample addition part is heated, the fluorescent labeled probe 20 bound to the target polynucleotide chain is dissociated and electrophoresed. When the dissociated fluorescent-labeled probe crosses the laser light that irradiates a certain part of the electrophoretic carrier, it emits fluorescence and is detected by a detector.

【0010】[0010]

【作用】標的ポリヌクレオチド上に相補的に結合しうる
複数の標識プローブと標的ポリヌクレオチドをハイブリ
ダイゼーション条件下で反応させると、標的ポリヌクレ
オチドと標識プローブのハイブリッドが形成される。未
反応標識プローブは前記したように電気泳動で分離除去
できる。標的ポリヌクレオチドと標識プローブのハイブ
リッドは電気泳動中に試料添加部に濃縮される。1つの
標的ポリヌクレオチドに複数の蛍光標識プローブをハイ
ブリダイズすることにより高感度化が可能である。分離
された標的ポリヌクレオチドと標識プローブのハイブリ
ッドを変性温度以上に加熱すると、標的ポリヌクレオチ
ドと標識プローブが解離するので未反応標識プローブか
ら標的ポリヌクレオチドに結合していた標識プローブを
分離して検出することが可能である。
When a plurality of labeled probes capable of complementary binding to the target polynucleotide are reacted with the target polynucleotide under hybridization conditions, a hybrid of the target polynucleotide and the labeled probe is formed. The unreacted labeled probe can be separated and removed by electrophoresis as described above. The hybrid of the target polynucleotide and the labeled probe is concentrated in the sample addition portion during electrophoresis. High sensitivity can be achieved by hybridizing a plurality of fluorescently labeled probes to one target polynucleotide. When the hybrid of the separated target polynucleotide and the labeled probe is heated above the denaturation temperature, the target polynucleotide and the labeled probe dissociate, so the labeled probe bound to the target polynucleotide is separated from the unreacted labeled probe and detected. It is possible.

【0011】ポリヌクレオチドプローブ標識用の蛍光体
としては、ローダミン、フルオレッセイン、4−ニトロ
ベンゾ−2−オキサ−1、3−ジアゾール、フタロシア
ニン等とこれらの誘導体、ならびにこれら蛍光体を含む
ポリマーを用いることができる。電気泳動担体の散乱光
の問題から、望ましくは長波長蛍光体がよく、また、励
起用のレーザー光の制約からスルホローダミン101と
He/Neレーザーの組合せがよい。
As the fluorescent substance for labeling the polynucleotide probe, rhodamine, fluorescein, 4-nitrobenzo-2-oxa-1,3-diazole, phthalocyanine and the like and derivatives thereof, and polymers containing these fluorescent substances are used. be able to. Due to the problem of scattered light from the electrophoretic carrier, a long-wavelength phosphor is preferable, and a combination of sulforhodamine 101 and He / Ne laser is preferable due to the limitation of laser light for excitation.

【0012】[0012]

【実施例】【Example】

実施例1 本実施例では、標的ポリヌクレオチド試料としてM13
mp8 1本鎖DNAを用いた。この標的DNAに相
補的なプローブは、配列番号1、2、3、4及び5のそ
れぞれ24塩基よりなる一本鎖ポリヌクレオチドであ
る。各プローブは5’末端と12番目のTにアミノ基を
介してスルホローダミン101が結合している。これら
のプローブは、それぞれ、M13 mp8の200〜2
23、510〜533、6272〜6295、6312
〜6335、6561〜6584番目の塩基部分に相補
的に結合する。この螢光標識プローブの調製法を示す。
Example 1 In this example, M13 was used as a target polynucleotide sample.
mp8 single-stranded DNA was used. The probe complementary to this target DNA is a single-stranded polynucleotide consisting of 24 bases of each of SEQ ID NOs: 1, 2, 3, 4 and 5. In each probe, sulforhodamine 101 is bound to the 5'end and the 12th T via an amino group. These probes are respectively M13 mp8 200-2.
23, 510-533, 6272-6295, 6312.
It binds complementarily to the base portions of ~ 6335 and 6561 to 6584. A method for preparing this fluorescently labeled probe will be described.

【0013】配列番号1〜3の構造の24塩基のポリヌ
クレオチドをホスホアミダイト法(マック ブライド、
エル.ジェー.、カルサーズ、エム.エッチ.、テトラ
ヘドロン レターズ(Mc Bride,L.J. a
nd Caruthers,M.H.,Tetrahe
dron Letters,vol.24,245−3
48(1983))に従い合成する。この際、合成の最
終段において、N−モノメトキシトリチルアミノヘキサ
−6−オキシ−β−シアノエチル−N,N−ジイソプロ
ピルアミノホスホアミダイトを反応させてアミノ基を
5’末端に導入する。また、12番、のチミン残基に
は、ウリジンの5位にアミノ基を導入した式1記載のア
ミノ化チミジンの5’水酸基を4、4’−ジメトキシト
リチル基保護したものを用いる。この構造のアミノ化チ
ミジンはジィフリー ビー.他、プロシーディング ナ
ショナル アカデミー サイエンス ユーエスエ(Ge
offrey B. et al,Proc. Nat
l. Acad. Sci.USA 82,968−9
72(1985))の方法に従い調製する。遊離のアミ
ノ基をトリフルオロアセチル化し、3’水酸基をクロロ
−N,N−ジイソプロピルアミノメトキシホスフィンで
活性化して用いる。上記手法により合成した粗製ポリヌ
クレオチドは30%アンモニア水に溶解している。氷冷
下酢酸で中和した後2.5倍容量のエタノールを加え合
成ポリヌクレオチドを回収する。沈殿を1M NaCl
に溶解し再度2.5倍容量のエタノールで沈殿させる。
この操作をさらに2回繰り返すことにより、アンモニア
や未反応ヌクレオチド等の低分子の反応夾雑物が除かれ
る。次に合成ポリヌクレオチドを0.5M 炭酸緩衝液
(pH9)に溶解し、250倍molのスルホローダミ
ン101酸クロライドを添加する。スルホローダミン1
01酸クロライドはあらかじめアセトニトリルに溶解し
て使用するが、アセトニトリルは反応時に20%前後に
なることが重要である。アセトニトリル濃度が高すぎる
とポリヌクレオチドが沈殿しやすく、低すぎるとスルホ
ローダミン101酸クロライドが沈殿しやすくなる。遮
光下16時間室温で反応させた後、塩酸で中和し、2.
5倍容量のエタノールを加え沈殿を回収する。このよう
にして調製した粗製のスルホローダミン101標識プロ
ーブを7M尿素を含む19%ポリアクリルアミドゲル電
気泳動により精製する。このようにして調製した標識プ
ローブは電気泳動的に単一バンドの純品である。
Polynucleotides of 24 bases having the structures of SEQ ID NOs: 1 to 3 were prepared by the phosphoamidite method (MacBride,
Elle. J. , Calthers, M. Etch. , Tetrahedron Letters (Mc Bride, LJ a
nd Caruthers, M .; H. , Tetrahhe
dron Letters, vol. 24, 245-3
48 (1983)). At this time, in the final stage of the synthesis, N-monomethoxytritylaminohex-6-oxy-β-cyanoethyl-N, N-diisopropylaminophosphoamidite is reacted to introduce an amino group at the 5 ′ end. As the thymine residue of No. 12, an aminated thymidine represented by the formula 1 in which an amino group is introduced at the 5-position of uridine is protected with a 4,4'-dimethoxytrityl group at the 5'hydroxyl group. Aminated thymidine of this structure is difree bee. Others, Proceeding National Academy Science USS (Ge
offrey B. et al, Proc. Nat
l. Acad. Sci. USA 82,968-9
72 (1985)). The free amino group is trifluoroacetylated and the 3'hydroxyl group is activated with chloro-N, N-diisopropylaminomethoxyphosphine for use. The crude polynucleotide synthesized by the above method is dissolved in 30% aqueous ammonia. After neutralizing with acetic acid under ice cooling, 2.5 times volume of ethanol is added to recover the synthetic polynucleotide. Precipitate with 1M NaCl
And dissolve again in 2.5 times volume of ethanol to precipitate.
By repeating this operation twice more, low molecular weight reaction contaminants such as ammonia and unreacted nucleotides are removed. Next, the synthetic polynucleotide is dissolved in 0.5 M carbonate buffer (pH 9), and 250 times mol of sulforhodamine 101 acid chloride is added. Sulforhodamine 1
The 01 acid chloride is used by dissolving it in acetonitrile in advance, but it is important that acetonitrile is about 20% during the reaction. When the acetonitrile concentration is too high, the polynucleotide is likely to precipitate, and when it is too low, sulforhodamine 101 acid chloride is likely to precipitate. After reacting for 16 hours at room temperature in the dark, neutralized with hydrochloric acid, 2.
Add 5 volumes of ethanol and collect the precipitate. The crude sulforhodamine 101-labeled probe thus prepared is purified by 19% polyacrylamide gel electrophoresis containing 7M urea. The labeled probe thus prepared is electrophoretically pure with a single band.

【0014】次に、標的ポリヌクレオチド試料であるM
13 mp8の測定手順を示す。調整した5種の螢光標
識プローブ(各1fmol)1μl(マイクロリット
ル)をいれた図2に記載の反応容器201に各種濃度の
標的M13 mp8 1本鎖DNA溶液を1μl(マイ
クロリットル)加える。95℃で30秒間加熱した後6
5℃で5分間保温する。さらに45℃で30分間保温し
ハイブリダイゼーション反応を終了する。次に、反応液
を電気泳動担体203に添加する。電気泳動担体は内径
が0.2mmの石英管に12%のポリアクリルアミドゲ
ルが充填されており、先端の試料添加部から4cmの位
置にHe/Neレーザーが照射される構造になってい
る。また、レーザー照射部近傍には蛍光検出用の光電子
増倍管が配置されている。ここで、反応容器201表面
は電気泳動用の電極を兼ねるために金あるいは白金製で
ある。容器と電極を一体化することで微量溶液でもロス
なく直接電気泳動担体に添加できる利点がある。反応容
器中の反応液に電気泳動担体203を図2のように直接
接触させ、容器表面の電極と電気泳動担体の他端との間
に電界をかけると反応溶液中の標的ポリヌクレオチドと
標識プローブの複合体や未反応の標識プローブは電気泳
動担体中に取り込まれる。一定時間後、電気泳動担体の
反応容器側を89mM Tris−89mM ほう酸、
2.5mM EDTAからなるpH8.3の電極液を含
む電極槽に入替え、45℃で電界をかけ続ける。ここで
は電気泳動担体の温度上昇を防ぐため、40v/cmで
泳動を行なった。約30分間で未反応の標識プローブは
除かれる。この時点では、標的ポリヌクレオチドと標識
プローブの複合体は電気泳動担体の試料添加部近傍にト
ラップされている。次に、電気泳動担体の試料添加部近
傍を70℃に加熱する。30秒間電圧を200v/cm
に上げた後、40v/cmで泳動を続行する。検出器で
検出される蛍光強度の経時変化の結果を図3に示した。
未反応の標識プローブの電気泳動分離バンド301とは
明らかに異なる溶出時間に標的ポリヌクレオチドから解
離した標識プローブ由来の電気泳動分離バンド302が
検出された。図3ではコントロールとして、5’末端の
みを蛍光標識した配列番号1の標識プローブ1種のみを
標的ポリヌクレオチドに反応させた結果も併せて記載し
た。5種の標識プローブを用いた時に得られる標的ポリ
ヌクレオチド由来の蛍光強度302は1種の標識プロー
ブを用いた時の蛍光強度303の約8倍であった。本実
施例では、それぞれ2分子の蛍光体が結合した5種の蛍
光標識プローブを用いるので、最大10分子の蛍光体が
標的ポリヌクレオチドに導入される。本来ならば、従来
法に比べ10倍の蛍光強度が得られるはずであるが、蛍
光分子間の距離が近いため約20%の濃度消光が起きて
いると考えられる。
Next, the target polynucleotide sample M
13 shows the measurement procedure of 13 mp8. 1 μl (microliter) of various concentrations of the target M13 mp8 single-stranded DNA solution is added to the reaction vessel 201 shown in FIG. 2 containing 1 μl (microliter) of the prepared 5 types of fluorescently labeled probes (1 fmol each). After heating at 95 ° C for 30 seconds, 6
Incubate at 5 ° C for 5 minutes. Furthermore, the temperature is kept at 45 ° C. for 30 minutes to complete the hybridization reaction. Next, the reaction solution is added to the electrophoretic carrier 203. The electrophoresis carrier has a structure in which a quartz tube having an inner diameter of 0.2 mm is filled with 12% polyacrylamide gel, and a He / Ne laser is irradiated at a position 4 cm from the sample addition portion at the tip. A photomultiplier tube for detecting fluorescence is arranged near the laser irradiation section. Here, the surface of the reaction container 201 is made of gold or platinum to serve also as an electrode for electrophoresis. By integrating the container and the electrode, there is an advantage that even a trace amount of solution can be directly added to the electrophoretic carrier without loss. When the electrophoretic carrier 203 is brought into direct contact with the reaction solution in the reaction container as shown in FIG. 2 and an electric field is applied between the electrode on the container surface and the other end of the electrophoretic carrier, the target polynucleotide and the labeled probe in the reaction solution. The complex and the unreacted labeled probe are incorporated into the electrophoretic carrier. After a certain period of time, the reaction vessel side of the electrophoretic carrier was treated with 89 mM Tris-89 mM boric acid,
Replace with an electrode tank containing an electrode solution consisting of 2.5 mM EDTA and having a pH of 8.3, and continue to apply an electric field at 45 ° C. Here, in order to prevent the temperature rise of the electrophoretic carrier, electrophoresis was performed at 40 v / cm. Unreacted labeled probe is removed in about 30 minutes. At this point, the complex of the target polynucleotide and the labeled probe is trapped in the vicinity of the sample addition part of the electrophoretic carrier. Next, the vicinity of the sample addition portion of the electrophoretic carrier is heated to 70 ° C. Voltage is 200v / cm for 30 seconds
Then, the electrophoresis is continued at 40 v / cm. The results of the time-dependent change in the fluorescence intensity detected by the detector are shown in FIG.
The electrophoretic separation band 302 derived from the labeled probe dissociated from the target polynucleotide was detected at an elution time that was clearly different from the electrophoretic separation band 301 of the unreacted labeled probe. In FIG. 3, as a control, the results obtained by reacting only one labeled probe of SEQ ID NO: 1 with only the 5 ′ end fluorescently labeled with the target polynucleotide are also shown. The fluorescence intensity 302 derived from the target polynucleotide obtained when 5 types of labeled probes were used was about 8 times the fluorescence intensity 303 when one type of labeled probe was used. In this example, since 5 types of fluorescent-labeled probes each having 2 molecules of the fluorescent substance bound thereto are used, a maximum of 10 molecules of the fluorescent substance are introduced into the target polynucleotide. Originally, a fluorescence intensity 10 times higher than that of the conventional method should be obtained, but it is considered that concentration quenching of about 20% occurs because the distance between the fluorescent molecules is short.

【0015】本発明を用いれば、強い信号強度が得られ
るので、標的ポリヌクレオチドをより精度良く検出でき
る利点がある。また、ハイブリダイゼーション反応を溶
液中で行なうので反応効率が良く、従来数時間ないし1
日かかっていたハイブリダイゼーション反応を約35分
間の短時間で行なえる利点がある。さらに、本発明では
次の利点がある。本実施例で用いたM13 mp8のよ
うな1本鎖DNAは泳動速度が極端に遅いため、ポリア
クリルアミドを用いた電気泳動では通常分析は困難であ
る。しかし、本発明では、M13 mp8 1本鎖DN
Aにハイブリダイズした標識プローブを遊離させて分析
するので、M13 mp8のような泳動速度の遅いポリ
ヌクレオチドでも標識プローブを用いて分析できる利点
がある。さらに本方法では、一端試料を電気泳動担体の
試料添加部に濃縮できる利点があるので高感度検出に適
している。
When the present invention is used, a strong signal intensity can be obtained, so that there is an advantage that the target polynucleotide can be detected with higher accuracy. Further, since the hybridization reaction is carried out in a solution, the reaction efficiency is good, and it is conventionally several hours to 1 hour.
There is an advantage that the hybridization reaction which takes a long time can be performed in a short time of about 35 minutes. Further, the present invention has the following advantages. Since single-stranded DNA such as M13 mp8 used in this example has an extremely slow migration speed, it is usually difficult to analyze by electrophoresis using polyacrylamide. However, in the present invention, M13 mp8 single chain DN
Since the labeled probe hybridized to A is released and analyzed, there is an advantage that even a polynucleotide having a slow migration rate such as M13 mp8 can be analyzed using the labeled probe. Furthermore, this method is suitable for high-sensitivity detection because it has the advantage that the sample can be concentrated in the sample addition part of the electrophoretic carrier.

【0016】実施例2 本実施例では複数の蛍光標識プローブを標的ポリヌクレ
オチドにハイブリダイゼーションさせた後、さらに蛍光
標識プローブの3’末端を蛍光標識することで、より多
くの蛍光体を標的ポリヌクレオチドに導入し、高感度で
定量的に標的ポリヌクレオチドを検出する方法について
説明する。本実施例でも、実施例1と同様にM13 m
p8 1本鎖DNAを標的ポリヌクレオチド試料として
用いた。
Example 2 In this example, after a plurality of fluorescent-labeled probes were hybridized with a target polynucleotide, the 3'end of the fluorescent-labeled probe was further fluorescent-labeled, so that a larger amount of fluorophore was targeted to the target polynucleotide. The method for quantitatively detecting a target polynucleotide with high sensitivity will be described. Also in the present embodiment, as in the first embodiment, M13 m
p8 single stranded DNA was used as a target polynucleotide sample.

【0017】この標的DNAに相補的なプローブは、配
列番号1〜5のそれぞれ24塩基よりなる一本鎖ポリヌ
クレオチドで、実施例1と同様に5’末端と12番目の
Tにアミノ基を介してスルホローダミン101が結合し
ている。実施例1の方法に従い上記3種の蛍光標識プロ
ーブ(各1fmol)を各種濃度のM13 mp8にハ
イブリダイゼーションさせる。次に蛍光体の結合した4
種のダイデオキシヌクレオチド3リン酸とTaq DN
Aポリメラーゼを20mMTris−HCl、50mM
NaCl、2mM MnCl2、15mM イソクエ
ン酸のpH8.5の溶液条件下で反応させ、標的ポリヌ
クレオチドにハイブリダイゼーションした各蛍光標識プ
ローブの3’末端に蛍光体の結合した塩基を導入する。
ここで、蛍光体の結合した4種のダイデオキシヌクレオ
チド3リン酸の蛍光体は、蛍光標識プローブに用いたの
と同じスルホローダミン101でヌクレイック アシッ
ドレサーチ 第20巻(10)2471−2483頁
(Nucleic Acids Research,V
ol.20,No.10 2471−2483)記載の
3−アミノ−1プロピル−1イル リンカーを持つダイ
デオキシヌクレオチド3リン酸と結合している。この状
態で標的DNA1分子あたり最大15分子の蛍光体が導
入されることになる。実施例1と同様に、反応液を電気
泳動担体に添加し、電気泳動分析する。未反応の、蛍光
標識プローブや蛍光体の結合した4種のダイデオキシヌ
クレオチド3リン酸由来の蛍光が検出されなくなった後
に、試料添加部近傍を70℃に加熱する。30秒間電圧
を200v/cmに上げた後、40v/cmで泳動を続
行する。検出器で検出される蛍光強度を試料溶液中の標
的ポリヌクレオチドであるM13 mp8の量に対して
プロットした結果を図4に示す。図4より明らかなよう
に、約0.3zmol(0.0003amol)のM1
3 mp8が検出できた。
The probe complementary to the target DNA is a single-stranded polynucleotide consisting of 24 bases of each of SEQ ID NOS: 1 to 5, and the amino acid groups are introduced at the 5'end and the 12th T as in Example 1. And sulforhodamine 101 is bound. According to the method of Example 1, the above three types of fluorescently labeled probes (1 fmol each) are hybridized with M13 mp8 at various concentrations. Next, the phosphor-bonded 4
Seed dideoxynucleotide triphosphate and Taq DN
A polymerase is 20 mM Tris-HCl, 50 mM
The reaction is carried out under a solution condition of NaCl, 2 mM MnCl 2 , and 15 mM isocitrate at pH 8.5 to introduce a base to which a fluorophore is bound to the 3 ′ end of each fluorescent-labeled probe hybridized to the target polynucleotide.
Here, the four types of dideoxynucleotide triphosphate fluorophores to which the fluorophore is bound are the same as sulforhodamine 101 used for the fluorescently labeled probe in Nucleic Acid Research 20 (10) 2471-2483 ( Nucleic Acids Research, V
ol. 20, No. 10 2471-2483) described above and is bound to a dideoxynucleotide triphosphate having a 3-amino-1propyl-1yl linker. In this state, up to 15 molecules of fluorophore are introduced per molecule of target DNA. As in Example 1, the reaction solution is added to an electrophoretic carrier and subjected to electrophoretic analysis. After the unreacted fluorescence derived from the four kinds of dideoxynucleotide triphosphates bound with the fluorescently labeled probe or the fluorescent substance is no longer detected, the vicinity of the sample addition portion is heated to 70 ° C. After raising the voltage to 200 v / cm for 30 seconds, the electrophoresis is continued at 40 v / cm. The result of plotting the fluorescence intensity detected by the detector against the amount of the target polynucleotide M13 mp8 in the sample solution is shown in FIG. As is clear from FIG. 4, about 0.3 zmol (0.0003 amol) of M1
3 mp8 could be detected.

【0018】本実施例では、複数の蛍光体の結合した複
数種のプローブを用い、さらに標的ポリヌクレオチドに
ハイブリダイゼーションした蛍光プローブの3’末端に
ポリメラーゼを用いて蛍光体を導入し、標的ポリヌクレ
オチドになるべく多くの蛍光体を導入している。これに
より得られる信号強度が、従来用いられている蛍光体1
分子が結合した1種のプローブに比べ、約12倍強くな
る。よって、より高感度で精度のよい測定が可能になる
利点がある。
In this example, a plurality of types of probes to which a plurality of fluorophores are bound are used, and a fluorophore is introduced at the 3 ′ end of the fluorescent probe hybridized to the target polynucleotide using a polymerase to obtain the target polynucleotide. We have introduced as many phosphors as possible. The signal intensity obtained by this is the conventionally used phosphor 1.
It is about 12 times stronger than one probe with a molecule attached. Therefore, there is an advantage that the measurement can be performed with higher sensitivity and accuracy.

【0019】[0019]

【発明の効果】本発明を用いれば、短いプローブでも標
的ポリヌクレオチドに複数の蛍光体を導入できる利点が
ある。また、本発明では、ハイブリダイズした蛍光標識
プローブを電気泳動で分離して検出するので、非特異的
に伸長したプローブは泳動速度が異なるために除去でき
る利点がある。このため、高感度で、信頼性の高い定量
検出が可能である。本方法でえられる感度は、遺伝子診
断で必要となる感度をほぼクリアーしている。また、短
時間で分析ができるため、実際の遺伝子診断に有用であ
る。
EFFECTS OF THE INVENTION The present invention has the advantage that a plurality of fluorophores can be introduced into a target polynucleotide even with a short probe. Further, in the present invention, since the hybridized fluorescently labeled probe is separated and detected by electrophoresis, the nonspecifically extended probe has an advantage that it can be removed because the migration speed is different. Therefore, quantitative detection with high sensitivity and high reliability is possible. The sensitivity obtained by this method almost clears the sensitivity required for genetic diagnosis. In addition, since it can be analyzed in a short time, it is useful for actual gene diagnosis.

【0020】[配列表] 配列番号 :1 配列の長さ:24 配列の型 :核酸 鎖の数 :1本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の構造体を含む合成ポリマー 配列 :GCTGAATCTG GTGCTGTAGC TCAA 配列番号 :2 配列の長さ:24 配列の型 :核酸 鎖の数 :1本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の構造体を含む合成ポリマー 配列 :ATAGCGTCCA ATACTGCGGA ATCG 配列番号 :3 配列の長さ:24 配列の型 :核酸 鎖の数 :1本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の構造体を含む合成ポリマー 配列 :TCACGACGTT GTAAAACGAC GGCC 配列番号 :4 配列の長さ:24 配列の型 :核酸 鎖の数 :1本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の構造体を含む合成ポリマー 配列 :TGCAAGGCGA TTAAGTTGGG TAAC 配列番号 :5 配列の長さ:24 配列の型 :核酸 鎖の数 :1本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の構造体を含む合成ポリマー 配列 :CGGATTGACC GTAATGGGAT AGGT[Sequence Listing] SEQ ID NO: 1 Sequence length: 24 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: Single strand Topology: Linear Sequence type: Synthetic polymer containing other structure Sequence: GCTGAATCTG GTGCTGTAGGC TCAA SEQ ID NO: 2 Sequence length: 24 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: 1 strand Topology: Linear Sequence type: Synthetic polymer containing other structures Sequence: ATAGCGTCGA ATACTGCGGA ATCG SEQ ID NO: 3 Sequence Length: 24 Sequence type: Nucleic acid Number of strands: 1 Strand Topology: Linear Sequence type: Synthetic polymer containing other structures Sequence: TCACGACGTT GTAAAACGAC GGCC SEQ ID NO: 4 Sequence length: 24 Sequence Type: Nucleic acid Number of strands: Single strand Topology: Linear Sequence type: Synthetic port containing other structures Mer sequences: TGCAAGGCGA TTAAGTTGGG TAAC SEQ ID NO: 5 SEQ Length: type 24 sequence: the number of a nucleic acid strand: single strand Topology: linear sequence type: synthetic polymer sequences containing other structures: CGGATTGACC GTAATGGGAT AGGT

【図面の簡単な説明】[Brief description of drawings]

【図1】本発明の概念を示す図。FIG. 1 is a diagram showing the concept of the present invention.

【図2】本発明に使用した反応容器と電気泳動担体の関
係を示す概念図。
FIG. 2 is a conceptual diagram showing a relationship between a reaction container used in the present invention and an electrophoretic carrier.

【図3】本発明の実施例1で検出された蛍光強度の経時
変化の結果を示す図。
FIG. 3 is a view showing a result of time-dependent changes in fluorescence intensity detected in Example 1 of the present invention.

【図4】本発明の実施例2で得られた標的ポリヌクレオ
チドの検量線の一例を示す図。
FIG. 4 is a diagram showing an example of a calibration curve of the target polynucleotide obtained in Example 2 of the present invention.

【符号の説明】[Explanation of symbols]

1…標的ポリヌクレオチド、2〜6…蛍光標識プロー
ブ、10…標的ポリヌクレオチドと蛍光標識プローブの
複合体、11…未反応蛍光標識プローブ、20…標的ポ
リヌクレオチドと蛍光標識プローブの複合体から遊離し
た蛍光標識プローブ、21…試料添加部、201…反応
容器兼陰電極、202…陰電極リード線、203…電気
泳動担体、204…陽極、301…未反応蛍光標識プロ
ーブの電気泳動分離バンド、302…標的ポリヌクレオ
チドと複数種の蛍光標識プローブの複合体から遊離した
蛍光標識プローブの電気泳動分離バンド、303…標的
ポリヌクレオチドと1種の蛍光標識プローブの複合体か
ら遊離した蛍光標識プローブの電気泳動分離バンド。
1 ... Target polynucleotide, 2-6 ... Fluorescently labeled probe, 10 ... Complex of target polynucleotide and fluorescently labeled probe, 11 ... Unreacted fluorescently labeled probe, 20 ... Released from complex of target polynucleotide and fluorescently labeled probe Fluorescently labeled probe, 21 ... Sample addition section, 201 ... Reaction container / negative electrode, 202 ... Cathode lead wire, 203 ... Electrophoretic carrier, 204 ... Anode, 301 ... Electrophoretic separation band of unreacted fluorescent labeled probe, 302 ... Electrophoretic separation band of fluorescent-labeled probe released from complex of target polynucleotide and multiple types of fluorescent-labeled probe, 303 ... Electrophoretic separation of fluorescent-labeled probe released from complex of target polynucleotide and one type of fluorescent-labeled probe band.

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 永井 啓一 東京都国分寺市東恋ケ窪1丁目280番地 株式会社日立製作所中央研究所内 (72)発明者 村川 克二 東京都国分寺市東恋ケ窪1丁目280番地 株式会社日立製作所中央研究所内 (72)発明者 杉浦 正彦 東京都杉並区高円寺南1丁目34番5号 株 式会社ビー・エム・エル内 (72)発明者 山口 敏和 東京都杉並区高円寺南1丁目34番5号 株 式会社ビー・エム・エル内 ─────────────────────────────────────────────────── ─── Continuation of the front page (72) Keiichi Nagai, 1-280 Higashi Koikekubo, Kokubunji, Tokyo, Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd. (72) Inventor, Katsuji Murakawa 1-280 Higashi Koikeku, Kokubunji, Tokyo Hitachi, Ltd. Central Research Laboratory (72) Inventor Masahiko Sugiura 1-34-5 Koenji Minami, Suginami-ku, Tokyo Inside BM Corporation (72) Inventor Toshikazu Yamaguchi 1-34-5 Koenji Minami, Suginami-ku, Tokyo No. Stock Company BML

Claims (4)

【特許請求の範囲】[Claims] 【請求項1】被測定物である測定対象ポリヌクレオチド
に標識プローブをハイブリダイゼーションさせる工程と
会合したプローブの量を測定する工程からなるポリヌク
レオチド検出法において、前記測定対象ポリヌクレオチ
ドの異なる部位に会合しうる複数の標識プローブを用
い、これを前記測定対象ポリヌクレオチド鎖に会合させ
ることを特徴とするポリヌクレオチド検出法。
1. A method for detecting a polynucleotide, which comprises a step of hybridizing a labeled probe to a polynucleotide to be measured, which is an object to be measured, and a step of measuring the amount of the associated probe, to associate with different sites of the polynucleotide to be measured. A method for detecting a polynucleotide, which comprises using a plurality of labeled probes capable of being combined with the polynucleotide chain to be measured.
【請求項2】前記複数の標識プローブを前記測定対象ポ
リヌクレオチド鎖に会合させた後、前記標識プローブの
結合した前記測定対象ポリヌクレオチド鎖と未反応の前
記標識プローブを分子サイズで除去する担体を用いて未
反応の前記標識プローブを除去する工程と、前記測定対
象ポリヌクレオチド鎖に結合した前記複数の標識プロー
ブを変性条件下で解離させる工程を設け、解離した前記
標識プローブを検出することを特徴とする請求項1に記
載のポリヌクレオチド検出法。
2. A carrier which, after associating the plurality of labeled probes with the polynucleotide chain to be measured, removes the unlabeled labeled probe unreacted with the polynucleotide chain to be measured bound with the labeled probe at a molecular size. Using the step of removing the unreacted labeled probe using, and dissociating the plurality of labeled probes bound to the polynucleotide chain to be measured under denaturing conditions, the dissociated labeled probe is detected The method for detecting a polynucleotide according to claim 1, wherein
【請求項3】前記複数の標識プローブのポリヌクレオチ
ド塩基長が12塩基以上100塩基以下で、各々の標識
プローブの塩基長の違いが10%以下望ましくは均一の
塩基長であることを特徴とする請求項1あるいは請求項
2に記載のポリヌクレオチド検出法。
3. The polynucleotide base length of the plurality of labeled probes is 12 bases or more and 100 bases or less, and the difference in the base lengths of the respective labeled probes is 10% or less, preferably a uniform base length. The method for detecting a polynucleotide according to claim 1 or 2.
【請求項4】前記標識プローブの標識物が蛍光体であ
り、各々の標識プローブに複数の蛍光体が結合している
ことを特徴とする請求項1から請求項3のいずれかに記
載のポリヌクレオチド検出法。
4. The poly according to claim 1, wherein the labeled substance of the labeled probe is a fluorescent substance, and a plurality of fluorescent substances are bound to each labeled probe. Nucleotide detection method.
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