JP7744641B2 - 肺癌における自己抗体を検出するための抗原の組合せの使用 - Google Patents

肺癌における自己抗体を検出するための抗原の組合せの使用

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Description

(発明の分野)
本発明は、概して、抗体検出の分野に関し、特に、患者体液を含む試料中の肺癌に関する自己抗体の検出を含む方法に関する。
(発明の背景)
多くの診断、予後、及び/又はモニタリングアッセイは、特定の病態又は疾患感受性の生物学的マーカーの検出に依存する。そのような生物学的マーカーは、一般に、特定の疾患に特徴的であるか又は疾患に対する感受性と関連するタンパク質又はポリペプチドであり、しばしば、肺癌を含む癌の検出のために使用される。
肺癌は、全世界で最も多い癌であり、かつ癌による最も多い死因であり、全世界で176万人の死亡が2018年に報告された(WHOファクトシート-https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/cancer)。肺癌は、腫瘍が、多くの場合、進行期(III又はIV)にある時点で症状が明らかになるときに診断される傾向がある。このため、全患者の50％超が診断から12カ月以内に死亡する。早期診断は、腫瘍が限局性であることが分かった場合、5年生存率を3倍以上に増やして56％にするが、残念ながら、肺癌のわずか16％しか限局性段階で診断されない。
抗体、特に、自己抗体は、疾患又は疾患感受性の生物学的マーカーとしての役割を果たすことができる。自己抗体は、個人の免疫系が、実際にはその抗原がその個人で生じるとしても、異種と認識する抗原に対する天然の抗体である。自己抗体は、循環する遊離の自己抗体として、又はその標的タンパク質に結合した自己抗体からなる循環する免疫複合体の形態で、血液循環中に存在し得る。「正常な」細胞によって発現された野生型タンパク質と疾患細胞によって又は疾患過程で産生された改変形態のタンパク質の間の違いは、場合によっては、個人の免疫系によって「非自己」と認識され、したがって、その個人における免疫応答を誘発する改変されたタンパク質をもたらす可能性がある。これは、改変されたタンパク質に対して免疫学的に特異的な自己抗体の産生をもたらす、体液性(すなわち、B細胞性)免疫応答であり得る。
WO 99/58978号には、2以上の異なる腫瘍マーカーに対する個人の免疫応答の評価に基づく癌の検出/診断において使用するための方法が記載されている。これらの方法は、通常、個人から採取された体液の試料を、各々別々の腫瘍マーカータンパク質に由来する2以上の異なる腫瘍マーカー抗原のパネルと接触させること、及び該腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な循環自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の形成を検出することを含む。そのような循環自己抗体の存在は、癌の存在の兆候と解釈される。
自己抗体産生という観点から腫瘍マーカータンパク質の存在に対する個人の免疫応答を測定するアッセイは、体液中の腫瘍マーカータンパク質の直接的測定又は検出に代わるものを提供する。そのようなアッセイは、本質的に、腫瘍マーカータンパク質の存在の間接的検出を構成する。この免疫応答の性質は、自己抗体がごく少量の循環腫瘍マーカータンパク質によって誘発され得る可能性が高いことを意味し、したがって、腫瘍マーカータンパク質に対する免疫応答を検出することに依存する間接的方法は、体液中の腫瘍マーカーの直接的測定のための方法よりも高感度であることになる。それゆえ、自己抗体の検出に基づくアッセイ方法は、疾患プロセスの初期に、及び場合により、無症状の患者のスクリーニングとの関連においても、例えば、無症状の個人の集団内で疾患を発症する「リスクがある」個人を特定するためのスクリーニングにおいても、特に価値が高いものであり得る。さらに、自己抗体の検出に基づく方法は、疾患プロセスの初期に、特に価値が高いものであり得、かつ症状のある個人の集団内で疾患を発症している個人を特定するためにも使用し得る。
肺癌の早期検出のための診断検査が開発されており、多くの地域で市販されている。7つの腫瘍マーカー抗原(p53、SOX2、NY-ESO-1、GBU4-5、CAGE、MAGE A4、及びHuD)のパネルからなる検査(EarlyCDT Lung; Oncimmune Limited, Nottingham, UKにより製造されている)の妥当性が確認されている(Chapmanらの文献、2012, Tumor Biol, 33: 1319-1326)。この検査では、バイオマーカーを用いる肺癌の早期検出のための最大の無作為化対照試験と考えられることが行われた。スコットランドにおける12,209人の高リスク喫煙者の国民保険サービス(National Health Service)(NHS) ECLS試験の成功により、EarlyCDT Lungが、標準的な臨床診療と比較して、診断時に後期の肺癌又は未分類の症状を有する患者の発生率を低下させることが示された。
7つの腫瘍マーカー抗原(p53、GAGE7、PGP95、CAGE、MAGE-A1、SOX2、GBU4-5)のパネルを利用する別の診断検査が、特に、漢民族の集団における肺癌の検出のために開発されており(Renらの文献、2017, Oncoimmunology, 7(2))、中国の市場で入手可能である(7種類の自己抗体検査キット(ELISA); Hangzhou Cancer Probe Biotechnology Company, Hangzhou, Chinaにより製造されている(「CancerProbe」))。
しかしながら、異なる民族集団における肺癌の早期検出を改善するために、感度及び特異度が改善された診断検査が依然として必要とされており、したがって、新しい腫瘍マーカー抗原パネルの探索を行った。
(発明の概要)
本出願は、肺癌と関連する自己抗体を検出するために使用することができる新しい腫瘍マーカー抗原パネルを記載している。驚くことに、3つの腫瘍マーカー抗原のコアパネルがこれらの新しい抗原パネルに基づく検査の性能の大部分に寄与することが分かった。様々な他の腫瘍マーカー抗原の追加は、特に、異なる民族性の集団を標的とするときに、性能を向上させる。これらの新規の腫瘍マーカー抗原パネルに対する自己抗体の検出を通して、本発明者らは、肺癌のための有効かつ非侵襲的なスクリーニング方法、及び対応するキットを考案した。
本出願の発明者らは、腫瘍マーカー抗原群をスクリーニングし、肺癌の比較的正確な予測に好適な抗原マーカーのパネルを開発した。本発明者らは、驚くことに、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかを含む3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルによって、ヒト試料中の自己抗体の検出に基づく既存の診断検査よりも向上した肺癌検出の性能が得られることを見出した。
第一の態様によれば、本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、少なくともp53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、方法を提供する。
第一の態様のある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、及びp62を含む。第一の態様のある代わりの実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、及びKOCを含む。
ある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
ある好ましい実施態様において、1以上の腫瘍マーカー抗原は、HuDである。ある好ましい実施態様において、1以上の腫瘍マーカー抗原は、MAGE A4である。他の好ましい実施態様において、1以上の腫瘍マーカー抗原は、SOX2である。他の好ましい実施態様において、1以上の腫瘍マーカー抗原は、CAGEである。他の好ましい実施態様において、1以上の腫瘍マーカー抗原は、NY-ESO-1である。
ある実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。該パネルは、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上のさらなる腫瘍マーカー抗原を含み得る。
ある実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。該パネルは、HuD、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上のさらなる腫瘍マーカー抗原を含み得る。
ある実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。該パネルは、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上のさらなる腫瘍マーカー抗原を含み得る。
ある実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。該パネルは、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上のさらなる腫瘍マーカー抗原を含み得る。
ある実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。該パネルは、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上のさらなる腫瘍マーカー抗原を含み得る。
ある実施態様において、5以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD及びMAGE A4を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原のパネルは、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる。
パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、該パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。本発明者らは、p62とKOCが構造的に類似し、かつ65％もの配列相同性を共有していることを特定した。実験データに示されているように、p53、SSX1、及びp62を含むパネル、並びにp53、SSX1、及びKOCを含むパネルを用いるアッセイは、優れた感度及び特異度を示す。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、本方法は、
(c)検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程
:をさらに含み、
ここで、該自己抗体の有無は、観察された特異的結合の量と予め決められたカットオフ値の比較に基づく。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原は、複数の異なる量で提供され、ここで、本方法は、
(a)検査試料を複数の異なる量の該腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程;
(d)工程(a)で使用された腫瘍マーカー抗原の各々の量について、腫瘍マーカー抗原の量に対する該特異的結合の量の曲線をプロット又は算出する工程;並びに
(e)使用された腫瘍マーカー抗原の各々の異なる量での該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量に基づいて、該自己抗体の有無を決定する工程
:を含む。
ある実施態様において、本方法は、
(d1)工程(d)でプロット又は算出された曲線から二次的曲線パラメータを算出する工程;並びに
(e)自己抗体の有無を
(i)工程(b)で決定された自己抗体と腫瘍マーカー抗原の間の特異的結合の量;及び
(ii)工程(d1)で決定された該二次的曲線パラメータ
:の組合せに基づいて決定する工程
:をさらに含む。
第二の態様において、本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、肺癌に罹患している個人の自己抗体プロファイルを決定するインビトロ法であって、
a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;並びに
b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、自己抗体産生のプロファイルを構築するために繰り返される、インビトロ法を提供する。
第三の態様において、本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、哺乳動物対象における肺癌を診断及び治療する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した少なくとも該腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかを含有する複合体が検出されたとき、該対象を肺癌と診断する工程;並びに
(d)該診断を受けた対象に肺癌治療を施す工程
:を含む、方法を提供する。
第四の態様において、本発明は、肺癌治療に対する応答を予測する方法であって、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することを含み、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出すること;並びに
(d)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を該結合の量と起こる可能性が高い治療結果との間の予め確立された関係性と比較する工程
:を含み、
ここで、対照と比較したときの該特異的結合の量の変化が、該患者が該肺癌治療に応答するかしないかということを予測する、方法を提供する。
ある実施態様において、肺癌治療は、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び光線力学療法からなる群から選択される。
第五の態様において、本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中のp53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的な自己抗体を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌の検出のための3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルの使用を提供する。
第二、第三、第四、及び第五の態様のある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、及びp62を含む。第二、第三、第四、及び第五の態様のある代わりの実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、及びKOCを含む。
第六の態様において、本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、キットを提供する。
第六の態様のある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、及びp62を含む。第六の態様のある代わりの実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、及びKOCを含む。
ある実施態様において、キットは、
(c)前記腫瘍マーカー抗原を哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段
:をさらに含む。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原を哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段は、チップ、スライド、プレート、マイクロタイタープレートのウェル、ビーズ、メンブレン、又はナノ粒子に固定化された該腫瘍マーカー抗原を含む。
ある実施態様において、キットは、肺癌の検出用のものである。
本発明の全ての態様において、腫瘍マーカー抗原は、天然のタンパク質もしくはポリペプチド、組換えタンパク質もしくはポリペプチド、合成タンパク質もしくはポリペプチド、合成ペプチド、ペプチド模倣物、多糖、又は核酸であり得る。
本発明の全ての態様において、体液は、血漿、血清、全血、尿、汗、リンパ液、大便、脳脊髄液、腹水、胸水、精液、喀痰、乳頭吸引液、術後血清腫、唾液、羊水、涙、及び創傷ドレナージ液からなる群から選択され得る。
本発明の全ての態様において、本方法は、好ましくは、哺乳動物対象から取得又は調製された体液を含む検査試料に対してインビトロで行われる。
本発明の全ての態様において、哺乳動物対象は、好ましくは、ヒトである。
本発明のさらなる態様において、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体(ここで、該自己抗体は、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、
(a)該検査試料をp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、該複合体の存在が該肺癌の存在を示すものである、方法が提供される。
(図面の簡単な説明)
図1Aは、例示的なプレートコーティングレイアウトを示している。抗原を2つの濃度(50及び160nM)でコーティングする場合、カラム1、3、5、7、及び9は50nMであり、カラム2、4、6、8、及び10は160nMである。 図1Bは、例示的なプレート分配レイアウトを示している。プレート当たり5～10個の検体を処理することができる。 図2は、コホート2(98人の肺癌症例及び55人の良性肺疾患対照)についての全14個のマーカーのパネルのROC曲線を示している。 図3は、コホート2(98人の肺癌症例及び55人の良性肺疾患対照)についてのp53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、NY-ESO-1、及びCAGEに対する自己抗体の9つのマーカーパネルのROC曲線を示している。 図4は、コホート2(98人の肺癌症例及び55人の良性肺疾患対照)についてのp53、p62、SSX-1、HuD、及びMAGE A4に対する自己抗体の5つのマーカーパネルのROC曲線を示している。 図5は、コホート2(98人の肺癌症例及び55人の良性肺疾患対照)についてのp53、p62、SSX1、及びHuDから選択される自己抗体の3つのマーカーパネルのROC曲線を示している。 図6は、コホート3(148人の肺癌症例及び145人の健康対照)についての7つのマーカーのパネルに対する擬似アニーリングに基づくアルゴリズムを用いて得られた多変量カットオフ解のROC散布プロットのまとめを示している。
(詳細な説明)
(A.定義)
別途定義されない限り、本明細書で使用される技術的及び科学的用語は全て、本発明が関連する技術分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。いかなる用語も限定することなく、本明細書で使用される用語の一部のさらなる説明が以下に提供される。
本明細書で使用される場合、自己抗体という用語は、個人の免疫系が、実際にはその抗原がその個人で生じるとしても異種と認識する抗原に対する天然の抗体を指す。一般に、自己抗体には、疾患細胞によって又は疾患過程で産生された改変形態の天然タンパク質に対する抗体が含まれる。改変形態のタンパク質は、個人で生じるが、個人の免疫系によって「非自己」とみなされる可能性があり、したがって、その個人において、改変されたタンパク質に対して免疫学的に特異的な自己抗体の形態で免疫応答を誘発する。タンパク質のそのような改変形態としては、例えば、二次、三次、又は四次構造の変化を任意に伴う、改変されたアミノ酸配列を有する突然変異体、切断形態、スプライスバリアント、改変されたグリコフォームなどを挙げることができる。他の実施態様において、自己抗体は、ある病態で又は遺伝子増幅もしくは異常な転写調節の結果として過剰発現されるタンパク質に対するものであってもよい。免疫系の細胞によって通常は起こらない、かなりの量のタンパク質の過剰発現は、自己抗体産生をもたらす免疫応答を誘発することができる。さらなる実施態様において、自己抗体は、ある病態で発現されるようになる胎児型のタンパク質に対するものであってもよい。免疫系が機能的となる前の、発生の初期段階でしか通常は発現されない胎児タンパク質が、ある病態で発現されるようになる場合、十分に発達したヒトのある病態で発現される胎児型は、免疫系によって「異種」と認識され、自己抗体産生をもたらす免疫応答を誘発することができる。またさらなる実施態様において、自己抗体は、ある病態で異なる位置で発現されるタンパク質に対するものであってもよい。例えば、タンパク質は、健康な個人では内部位置に発現するが、ある病態では表面の露出した位置に発現し、その結果、このタンパク質は、その病態では、循環、したがって、免疫系に曝露されるが、健康な個人では曝露されない。本明細書において、自己抗体が指向するタンパク質を「腫瘍マーカータンパク質」と呼ぶことにする。
本明細書で使用される場合、抗原という用語は、検査試料中に存在する自己抗体とともに複合体を形成する免疫特異的試薬を指す。抗原は、検出することが所望される標的自己抗体と特異的に相互作用することができる少なくとも1つの抗原性決定基もしくはエピトープを含む物質、又は該自己抗体の可変領域もしくは相補性決定領域と特異的に相互作用する任意の捕捉剤である。抗原は、典型的には、例えば、タンパク質もしくはペプチド、多糖、又は核酸などの天然又は合成の生体高分子であり、抗体又はその断片、例えば、抗イディオタイプ抗体を含むことができる。「腫瘍マーカー抗原」は、癌、特にこの文脈では、肺癌を有する対象で上昇している抗原である。本明細書において、「腫瘍マーカー抗原」、「腫瘍抗原」、及び「抗原」という用語は、互換的に使用される。
本明細書で使用される場合、異なる抗原という用語は、異なるタンパク質又はポリペプチドに由来する抗原(例えば、異なる遺伝子によってコードされる無関係なタンパク質に由来する抗原)を包含する。
本明細書で使用される場合、抗原変異体という用語は、単一の抗原、例えば、上で定義されている単一のタンパク質抗原のアレル変異体又は他の変異体を指す。抗原変異体は、通常、単一の遺伝子に由来し、異なる抗原変異体は、集団の異なるメンバーで又は異なる病態で発現され得る。抗原変異体は、アミノ酸配列によって、又はグリコシル化、リン酸化、もしくはアセチル化などの翻訳後修飾によって異なり得る。さらに、「抗原変異体」という用語は、アミノ酸置換、付加、又は欠失などの抗原突然変異を包含する。通常、抗原変異体は、野生型抗原に対して、5個未満(例えば4個未満、3個未満、2個未満、又は1個未満)の突然変異を含有する。本発明のある実施態様において、抗原は、野生型抗原を指すことができる。本発明の他の実施態様において、抗原は、変異体又は突然変異体バージョンの抗原を指すことができる。例えば、ある実施態様において、p53は、野生型p53、又は限定されないが、p53-95及びp53-Cを含む、変異体もしくは突然変異体バージョンのp53を指すことができる。
本明細書で使用される場合、本発明の方法を用いて自己抗体の存在について検査される材料に言及するときの体液という用語は、とりわけ、血漿、血清、全血、尿、汗、リンパ液、大便、脳脊髄液、腹水、胸水、精液、喀痰、乳頭吸引液、術後血清腫、唾液、羊水、涙、又は創傷ドレナージ液を含む。前述の通り、本発明の方法は、好ましくは、検査対象から取り出された体液を含む検査試料に対してインビトロで実施される。使用される体液のタイプは、検査される自己抗体のアイデンティティ、及びアッセイが使用される臨床的状況に応じて異なり得る。一般に、血清又は血漿の試料に対してアッセイを実施することが好ましい。検査試料は、体液に加えて、例えば、希釈剤、防腐剤、安定化剤、緩衝剤などの、さらなる成分を含み得る。このアッセイ方法は、体液の試料に対して実施されるので、それは、本質的に非侵襲的である。これは、本アッセイを、例えば、疾患の過程全体を通じて、患者の免疫応答のプロファイルを構築するために、必要に応じて繰り返すことができることを意味する。
本明細書で使用される場合、哺乳動物対象及び対象という用語は、哺乳動物、好ましくは、ヒトである対象を指すために互換的に使用される。対象は、肺癌を有していてもよい。対象は、肺癌を有する疑いがあり得る。対象は、超音波又はサーベイランスを用いて、肺癌検査で陽性を示したことがあってもよい。対象は、以前に肺癌と診断されたことがあってもよく、かつ/又は部分もしくは完全寛解していてもよい。対象は、肺癌の治療を受けていてもよい。対象は、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び/又は光線力学療法を受けていてもよい。
(B.自己抗体を検出する方法)
本発明は、一般に、肺癌と関連する腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な自己抗体の検出のための免疫アッセイ法を提供する。該免疫アッセイ法を用いて、肺癌を検出又は診断することができる。
本発明の第一の態様によれば、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、前記腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、少なくともp53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、方法が提供される。
ある実施態様において、本発明の方法は、
(c)検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程
:をさらに含むことができ、
ここで、該自己抗体の有無は、観察される特異的結合の量と予め決められたカットオフの間の比較に基づく。
この実施態様において、検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量は、結合の相対量又は結合の絶対量であり得る。
本明細書において、検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量が予め決められたカットオフを上回るか又は下回るかのいずれかである場合、自己抗体は存在するとみなすことができる。しかしながら、通常、検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量が予め決められたカットオフを上回る場合、自己抗体は存在するとみなされる。予め決められたカットオフは、症例対照研究において、陰性と分かっている試料(例えば、正常な個人)に対して対照アッセイを実施することにより決定することができる。「正常な」個人は、好ましくは、臨床的、画像的、及び/又は生化学的基準に基づく肺癌の診断を全く有さない同年齢の対照である。ある実施態様において、陰性と分かっている試料は、良性肺疾患を有する個人、すなわち、肺癌のリスクが高いが肺癌の証拠を全く示していない個人から得ることができる。好ましくは、正常な個人は、いかなる癌の診断も全く有さない。本明細書において、腫瘍マーカー抗原と正常な患者由来の検査試料中に存在する自己抗体との間の特異的結合の量を検出し、平均して、予め決められたカットオフを提供する。ある実施態様において、予め決められたカットオフは、90％を超える特異度を維持する最大のYouden値を与えるカットオフ値を選択することにより決定することができる。
本発明者らは、驚くことに、3つの腫瘍マーカー抗原のコアパネルが肺癌の正確な検出及び診断に特に有効であることを発見した。本発明の範囲内で、3以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルに対して免疫学的に特異的な自己抗体が検出され得ることが企図されている。この実施態様において、肺癌の診断は、そのそれぞれの自己抗体に結合した3つ全ての腫瘍マーカー抗原の複合体の存在に基づいて確認することができる。本発明は、3つの腫瘍マーカー抗原(該3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルに対して免疫学的に特異的である自己抗体の検出、並びに1以上のさらなる腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な1以上のさらなる自己抗体の検出も企図している。
本明細書中の別所で言及されている通り、パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。本発明者らは、p62とKOCが構造的に類似し、かつ65％もの配列相同性を共有していることを特定した。実験データに示されているように、p53、SSX1、及びp62を含むパネル、並びにp53、SSX1、及びKOCを含むパネルを用いるアッセイは、優れた感度及び特異度を示す。
さらなる実施態様において、本発明は、4以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルに免疫学的に特異的な自己抗体が検出され得ることを企図している。この実施態様において、肺癌の診断は、そのそれぞれの自己抗体に結合した4つ全ての腫瘍マーカー抗原の複合体の存在に基づいて確認することができる。本発明は、4つの腫瘍マーカー抗原(該4つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルに対して免疫学的に特異的である自己抗体の検出、並びに1以上のさらなる腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な1以上のさらなる自己抗体の検出も企図している。
さらなる実施態様において、本発明は、4以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルに免疫学的に特異的な自己抗体が検出され得ることを企図している。この実施態様において、肺癌の診断は、そのそれぞれの自己抗体に結合した4つ全ての腫瘍マーカー抗原の複合体の存在に基づいて確認することができる。本発明は、4つの腫瘍マーカー抗原(該4つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルに対して免疫学的に特異的である自己抗体の検出、並びに1以上のさらなる腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な1以上のさらなる自己抗体の検出も企図している。
さらなる実施態様において、本発明は、4以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルに免疫学的に特異的な自己抗体が検出され得ることを企図している。この実施態様において、肺癌の診断は、そのそれぞれの自己抗体に結合した4つ全ての腫瘍マーカー抗原の複合体の存在に基づいて確認することができる。本発明は、4つの腫瘍マーカー抗原(該4つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルに対して免疫学的に特異的である自己抗体の検出、並びに1以上のさらなる腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な1以上のさらなる自己抗体の検出も企図している。
さらなる実施態様において、本発明は、4以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルに免疫学的に特異的な自己抗体が検出され得ることを企図している。この実施態様において、肺癌の診断は、そのそれぞれの自己抗体に結合した4つ全ての腫瘍マーカー抗原の複合体の存在に基づいて確認することができる。本発明は、4つの腫瘍マーカー抗原(該4つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルに対して免疫学的に特異的である自己抗体の検出、並びに1以上のさらなる腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な1以上のさらなる自己抗体の検出も企図している。
さらなる実施態様において、本発明は、4以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルに免疫学的に特異的な自己抗体が検出され得ることを企図している。この実施態様において、肺癌の診断は、そのそれぞれの自己抗体に結合した4つ全ての腫瘍マーカー抗原の複合体の存在に基づいて確認することができる。本発明は、4つの腫瘍マーカー抗原(該4つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルに対して免疫学的に特異的である自己抗体の検出、並びに1以上のさらなる腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な1以上のさらなる自己抗体の検出も企図している。
さらなる実施態様において、本発明は、5以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルに免疫学的に特異的な自己抗体が検出され得ることを企図している。この実施態様において、肺癌の診断は、そのそれぞれの自己抗体に結合した5つ全ての腫瘍マーカー抗原の複合体の存在に基づいて確認することができる。本発明は、5つの腫瘍マーカー抗原(該5つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルに対して免疫学的に特異的である自己抗体の検出、並びに1以上のさらなる腫瘍マーカータンパク質に対して免疫学的に特異的な1以上のさらなる自己抗体の検出も企図している。
ある実施態様において、哺乳動物対象は、肺癌を有していてもよい。対象は、非小細胞肺癌(NSCLC)、例えば、腺癌、扁平上皮細胞癌、腺扁平上皮細胞癌、大細胞癌、もしくは肉腫様癌を有していてもよく;又は対象は、小細胞肺癌(SCLC)を有していてもよい。
他の実施態様において、哺乳動物対象は、肺癌を有する疑いがあり得る。哺乳動物対象は、以前に、肺癌スクリーンで検査陽性を示したことがあってもよい。本明細書において、任意の肺癌スクリーンが企図される。他の実施態様において、対象は、以前に、超音波サーベイランス又は任意の他のイメージング方法を用いて、肺癌検査で陽性を示したことがあってもよい。ある実施態様において、対象は、以前に肺癌と診断されたことがあってもよく、かつ/又は部分もしくは完全寛解していてもよい。対象は、肺癌の治療を受けていてもよい。対象は、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び/又は光線力学療法を受けていてもよい。
本発明の目的のために、肺癌の治療を受けている又は肺癌の治療を以前に受けたことがある対象は、依然として、「肺癌を有する疑いがある」とみなされてもよい。本明細書において、肺癌の治療は、いつ実施されたものであってもよく、対象は、その後、肺癌の存在について検査されたことがあってもなくてもよい。
対象は、肺癌の既知のリスク因子が存在するために、肺癌を有する疑いがあり得る。ある実施態様において、対象は、喫煙者であってもよく;対象は、副流煙、ラドン、アスベスト、ヒ素、ディーゼル排気、高度の大気汚染、もしくは他の発癌性物質に曝露されたことがあってもよく;対象は、放射線療法を受けたことがあってもよく;かつ/又は対象は、肺癌の既往歴もしくは家族歴を有していてもよい。これらのリスク因子を決定するあらゆる方法が企図され、対象は、リスク因子に関連する治療を受けている又は受けたことがあっても、受けていない又は受けたことがなくてもよい。
本発明の範囲内で、対象は、本発明の方法の実施前の任意の時点での肺癌スクリーンで検査陽性を示したことがあってもよい。例えば、肺癌スクリーンは、本発明の方法の実施の1時間前、2時間前、3時間前、4時間前、5時間前、6時間前、7時間前、8時間前、9時間前、10時間前、11時間前、12時間前、24時間前、2日前、3日前、4日前、5日前、6日前、1週間前、2週間前、3週間前、4週間前、1カ月前、2カ月前、3カ月前、4カ月前、5カ月前、6カ月前、1年前、2年前、3年前、4年前、5年前、6年前、7年前、8年前、9年前、10年前、又はそれより前に実施されたものであってもよい。
(C.腫瘍マーカー抗原のパネル)
本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体の検出を含む方法であって、該自己抗体のうちの3つが、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である、方法を提供する。
本発明のある実施態様において、本方法は、3以上の自己抗体、4以上の自己抗体、又は5以上の自己抗体を検出することができる。例えば、本方法は、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38個、又はそれより多くの自己抗体を検出することができる。
アッセイの感度は、複数の自己抗体の存在について検査することにより増大することが一般に受け入れられている。それゆえ、いくつかの実施態様において、本発明の方法は、複数の腫瘍マーカー抗原、例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38個、又はそれより多くの腫瘍マーカー抗原を含むパネルの使用を企図している。
複数の腫瘍マーカー抗原を含むパネルの使用を含む実施態様について、本方法は、陽性のアッセイ結果のために、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38個、又はそれより多くの抗原を含有する免疫複合体が存在することを必要とし得る。
これらの方法を、以後、「パネルアッセイ」と呼ぶことができる。そのようなアッセイは、通常、単一の腫瘍マーカー抗原に対する自己抗体の検出よりも感度が高く、かつはるかに低い頻度の偽陰性結果をもたらす(その内容が引用により本明細書中に組み込まれる、WO99/58978号、WO2004/044590号、及びWO2006/126008号を参照されたい)。
腫瘍マーカー抗原のパネルは、対象の特定の民族的背景を考慮して調整することができる。本発明者らは、中国人集団と西欧人集団の両方における肺癌の正確な診断のための関連自己抗体を検出するために使用することができる3つの腫瘍マーカー抗原のコアパネルを特定した。
本発明の核心によれば、本発明は、検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程を含む。
ある実施態様において、本方法は、検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原のパネル(ここで、該パネルは、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOCを含む)、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原と接触させることを含む。この実施態様において、該パネルは、列挙された腫瘍マーカー抗原のうちの3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、又は19個を含むことができる。
ある好ましい実施態様において、本方法は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の4以上の自己抗体を検出することができ、ここで、該自己抗体のうちの4種は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である。特に好ましい実施態様において、本方法は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含む。ある実施態様において、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある好ましい実施態様において、本方法は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の4以上の自己抗体を検出することができ、ここで、該自己抗体のうちの4種は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である。特に好ましい実施態様において、本方法は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含む。ある実施態様において、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある好ましい実施態様において、本方法は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の4以上の自己抗体を検出することができ、ここで、該自己抗体のうちの4種は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である。特に好ましい実施態様において、本方法は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルと接触させる工程を含む。ある実施態様において、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある好ましい実施態様において、本方法は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の4以上の自己抗体を検出することができ、ここで、該自己抗体のうちの4種は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である。特に好ましい実施態様において、本方法は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含む。ある実施態様において、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある好ましい実施態様において、本方法は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の4以上の自己抗体を検出することができ、ここで、該自己抗体のうちの4種は、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である。特に好ましい実施態様において、本方法は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルと接触させる工程を含む。ある実施態様において、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある好ましい実施態様において、本方法は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の5以上の自己抗体を検出することができ、ここで、該自己抗体のうちの5種は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である。特に好ましい実施態様において、本方法は、検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含む。ある実施態様において、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。この実施態様において、該パネルは、列挙された腫瘍マーカー抗原のうちの5、6、7、8、9、10、11、又は12個を含むことができる。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原のパネルは、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる。
パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
本発明は、異なる抗原のうちの1つ又は複数の2以上の抗原変異体を含むパネルを利用する方法も企図している。
また本明細書に提供されるのは、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体(ここで、該自己抗体は、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、
(a)該検査試料をp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、該複合体の存在が該肺癌の存在を示すものである、方法である。
ある実施態様において、2、3、4、5、6、7個、又はそれより多くの自己抗体が検出され、本方法は、
(a)検査試料を、2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される)のパネルと接触させる工程を含み、
ここで、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8である)のパネルと接触させる工程を含み、
ここで、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つの腫瘍マーカー抗原を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、少なくともp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
(D.アッセイ形式)
体液の試料中の自己抗体を検出する実際の工程は、当技術分野でそれ自体公知の免疫学的アッセイ技法に従って実施することができる。
例えば、ELISA、放射免疫アッセイなどの免疫アッセイの一般的な特徴は、当業者に周知である(免疫アッセイ(Immunoassay)、E. Diamandis及びT. Christopoulusの文献、Academic Press社, San Diego, CA, 1996を参照)。特定の免疫学的特異性を有する抗体の検出のための免疫アッセイは、通常、試験中の抗体との特異的な免疫学的反応性を示す試薬(抗原)の使用を必要とする。アッセイの形式に応じて、この抗原を固体支持体に固定化することができる。抗体の存在について検査されることになる試料を抗原と接触させ、必要とされる免疫学的特異性の抗体が試料中に存在する場合、これらは、抗原と免疫学的に反応して、抗体-抗原複合体を形成し、その後、これを検出又は定量的に測定することができる。
本発明の方法は、自己抗体を含有する疑いがある検査試料と抗原との間の接触を可能にする、任意の好適な形式で実施することができる。好都合には、検査試料と抗原との接触は、マイクロタイタープレートのウェルなどの別々の反応チャンバー内で起こることができ、必要な場合、異なる抗原又は異なる量の抗原が並行してアッセイされることが可能になる。様々な量の抗原が必要とされる実施態様(下の抗原力価測定法を参照)において、これらを、マイクロタイタープレートのウェルにわたって抗原のストックからの連続希釈物を調製することにより、マイクロタイタープレートのウェルにコーティングすることができる。抗原のストックは、既知又は未知の濃度のものであり得る。その後、検査試料の容量及び希釈を各々のウェルで一定に保ちながら、検査試料のアリコートをプレートのウェルに添加することができる。マイクロタイタープレートのウェルに添加される抗原の絶対量は、当業者によって認識されている通り、標的自己抗体の性質、検査試料の性質、検査試料の希釈などの因子に応じて変動し得る。通常、抗原の量及び検査試料の希釈は、この方法における抗原/自己抗体結合の検出のために選択される読み取りの許容し得る検出範囲に収まる範囲のシグナル強度をもたらすように選択される。好都合には、検査される抗原量は、1.6nM～160mMの範囲で変動し得る。
本発明のさらなる実施態様において、抗原は、固体支持体上の別個の位置又は反応部位に固定化することができる。異なる量の抗原が必要とされる実施態様(下の抗原力価測定法を参照)において、これらを各々、固体支持体上の別個の位置又は反応部位に固定化することができる。その後、支持体全体を、検査試料と接触させ、自己抗体と抗原との結合を、別個の位置又は反応部位の各々において、別々に検出又は測定することができる。好適な固体支持体としては、マイクロアレイが挙げられる。異なる量の抗原が必要とされる場合、マイクロアレイは、アレイ上の別個の分解可能な反応部位に、異なる量の特定の抗原を固定化することにより調製することができる。他の実施態様において、固定された抗原分子の実際の量を実質的に一定に保つことができるが、利用可能な結合エピトープの量を変化させるために、アレイ上の部位又はスポットのサイズを変化させ、異なる量の利用可能な結合エピトープを有する部位又はスポットの力価測定系列を提供することができる。そのような実施態様において、抗原の絶対量ではなく、抗原上の結合エピトープの二次元表面濃度が、力価測定系列を調製する際に重要である。タンパク質/ペプチドマイクロアレイの調製及び照合のための技法は、通常、当技術分野で公知である。
マイクロアレイは、単一の試料に対する異なる特異性の自己抗体についての複数のアッセイを並行して実施するために使用することができる。これは、複数の抗原又は抗原のセットを含むアレイを用いて行うことができる。
ある種の抗原は、限定されないが、患者の組織又は体液(例えば、血漿、血清、全血、尿、汗、リンパ液、大便、脳脊髄液、腹水、胸水、精液、喀痰、乳頭吸引液、術後血清液、及び創傷ドレナージ液)から単離されたタンパク質又はポリペプチドを含む、天然の起源から単離されたタンパク質もしくはポリペプチドを含むか又はこれらに由来し得る。そのような実施態様において、抗原は、天然のタンパク質、すなわち、実質的に、それが天然の起源から単離されている形態のタンパク質の実質的に全てを含み得るか、又は抗原は、天然のタンパク質の断片を含み得る。本発明の方法における抗原として有効であるために、任意のそのような断片は、検査するために使用される自己抗体との免疫学的反応性を保持しなければならない。好適な断片は、例えば、単離されたタンパク質の化学的又は酵素的切断によって調製することができる。
ある実施態様において、使用されるアッセイの厳密な性質に応じて、抗原は、タンパク質中に天然には存在しないいくつかの望ましい特徴を付与する1以上のさらなる分子に連結された天然のタンパク質又はその断片を含むことができる。例えば、該タンパク質又は断片は、例えば、蛍光標識、着色標識、発光標識、放射性標識、又は重金属、例えば、金コロイドなどの、明らかにする標識と結合させることができる。他の実施態様において、該タンパク質又は断片は、組換え産生された融合タンパク質として発現させることができる。例として、融合タンパク質は、組換え発現された抗原の精製を助けるために、N-又はC-末端にタグペプチドを含むことができる。
使用されることになるアッセイの形式に応じて、抗原を、例えば、チップ、スライド、マイクロタイタープレートのウェル、ビーズ、膜、又はナノ粒子などの固体支持体に固定化することができる。固定化は、非共有結合性吸着、共有結合性付着を介するか、又はタグを介して実施することができる。
これが標的自己抗体と免疫学的に反応する抗原の能力にかなりの程度まで悪影響を与えないという条件で、任意の好適な付着手段を使用することができる。
本発明は、固相アッセイに限定されるのではなく、全体的に又は部分的に、液相内で実施されるアッセイ、例えば、溶液相ビーズアッセイ又は競合アッセイも包含する。
一実施態様において、抗原を、ビオチンなどの、固定化を容易にするリガンドで標識することができる。その後、抗原を好適な力価測定範囲に希釈し、溶液中の患者試料中の自己抗体と反応させることができる。その後、得られた免疫複合体を、リガンド-受容体相互作用(例えば、ビオチン-ストレプトアビジン)を介して固体支持体に固定化し、アッセイの残りを以下に記載されている通りに実施することができる。
本発明のアッセイ方法において使用するためのビオチン化抗原の産生を容易にするために、全長抗原をコードするcDNA、その切断バージョン、又はその抗原性断片を、ビオチン補因子が、例えば、酵素反応を介して付着することができるタンパク質又はポリペプチドタグで標識された融合タンパク質として発現させることができる。
組換えビオチン化抗原の産生のためのベクターは、いくつかの供給源から市販されている。或いは、ビオチン化抗原は、発現及び精製後にビオチンと抗原分子との共有結合によって産生することができる。
前述の通り、本発明による自己抗体を検出するために使用される免疫アッセイは、当技術分野で公知の標準的な技法に基づくことができる。最も好ましい実施態様において、免疫アッセイは、ELISAであり得る。ELISAは、通常、当技術分野で周知である。典型的な間接的ELISAにおいて、試験中の自己抗体に対する特異性を有する抗原を固体表面(例えば、標準的なマイクロタイターアッセイプレートのウェル、又はマイクロビーズもしくはマイクロアレイの表面)に固定化し、自己抗体の存在について検査されることになる体液を含む試料を固定化された抗原と接触させる。試料中に存在する所望の特異性の任意の自己抗体は、固定化された抗原と結合することになる。その後、結合した抗原/自己抗体複合体を、任意の好適な方法を用いて検出することができる。1つの好ましい実施態様において、ヒト免疫グロブリンの1以上のクラスに共通のエピトープを特異的に認識する、標識された抗ヒト免疫グロブリン二次抗体を用いて、抗原/自己抗体複合体を検出する。典型的には、二次抗体は、抗IgG又は抗IgMである。二次抗体を、通常、検出可能なマーカー、典型的には、例えば、ペルオキシダーゼ又はアルカリホスファターゼなどの酵素マーカーで標識し、検出可能な産物、例えば、着色産物、化学発光産物、又は蛍光産物を生成させる酵素の基質の添加による定量的検出を可能にする。当技術分野で公知の他のタイプの検出可能な標識を同等に効果的に使用することができる。
(抗原力価測定方法)
WO2006/126008号(その内容は、引用により本明細書中に組み込まれる)において、疾患の生物学的マーカーとしての自己抗体の検出に基づくアッセイの性能、より具体的には、臨床的有用性及び信頼性を抗原力価測定工程の包含によって劇的に改善することができることが明らかにされた。
一連の異なる量の抗原(本明細書において、力価測定系列とも呼ばれる)に対する抗体を含有する疑いがある試料を検査し、力価測定曲線を作成することにより、試料中に存在する抗体の絶対量とは無関係に、真の陽性スクリーニング結果を信頼性高く特定することが可能である。WO2006/126008号の抗原力価測定方法は、単一の抗原濃度での自己抗体反応性を測定すること、又は抗原ではなく血清試料が力価測定される方法よりも高い特異度及び感度を提供する。
したがって、ある実施態様において、本発明は、腫瘍マーカー抗原が複数の異なる量で提供されることを企図しており、ここで、本方法は、
(a)検査試料を複数の異なる量の該腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程;
(d)工程(a)で使用された腫瘍マーカー抗原の各々の量について、腫瘍マーカー抗原の量に対する該特異的結合の量の曲線をプロット又は算出する工程;並びに
(e)使用された腫瘍マーカー抗原の各々の異なる量での該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量に基づいて、該自己抗体の有無を決定する工程
:を含む。
実際には、異なる量の腫瘍マーカー抗原は、通常、利用される腫瘍マーカー抗原の濃度を変化させることにより提供される。それゆえ、「異なる量」及び「異なる濃度」という用語は、互換的に使用することができる。しかしながら、本発明の範囲内では、腫瘍マーカー抗原の量を変化させる任意の方法が企図される。当業者は、本発明の方法において、標的自己抗体への結合に利用可能な抗原性決定基又はエピトープの量が力価測定系列(すなわち、異なる量で提供される抗原のセット)を確立することにとって重要であることを理解するであろう。多くのアッセイ形式において、結合に利用可能な抗原性決定基又はエピトープの量は、存在する抗原分子の量と直接的に相関する。しかしながら、ある固相アッセイ系などの他の実施態様において、露出した抗原性決定基又はエピトープの量は、抗原の量と直接的に相関し得るのではなく、固体表面への付着及び立体構造の提示などの他の要因によって決まり得る。これらの実施態様において、力価測定系列における「異なる量の抗原」への本明細書における言及は、異なる量の抗原性決定基又はエピトープを指すものと理解することができる。特定の実施態様において、抗原の量の変動は、試料が検査される抗原もしくはエピトープ密度を変化させることによるか、又は抗原もしくはエピトープ密度は維持するが、抗原が固定化される表面積を増大させることによるか、又はこれらの両方によって達成することができる。
この実施態様において、「抗原のセット」は、本発明の方法において異なる量で検査されることになる単一の抗原を指す。
本発明によれば、本方法は、検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(これらの腫瘍マーカー抗原のうちの3種は、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させることを含む。複数の抗原が企図されるそのような実施態様において、「異なる抗原のセット」は、各々の抗原が、上で定義されている異なるタンパク質又はポリペプチドに由来する「異なる抗原」(例えば、異なる遺伝子によってコードされた関連のないタンパク質に由来する抗原)である、本発明の方法において異なる量で検査されることになる単一の抗原を指す。
所与のマイクロアレイは、異なるタンパク質もしくはポリペプチドに由来する異なる抗原のセットのみ、又は単一のタンパク質もしくはポリペプチドの異なるペプチドエピトープに由来する異なる抗原のセットのみ、又は任意の割合の2つの混合物を含むことができる。本発明の任意の実施態様における異なる量の各々の個々の抗原のセットは、通常、その混合物ではなく、たった1種だけの抗原を含むことに留意するべきである。
抗原変異体のセットは、本発明の方法において異なる量で検査されることになる単一の抗原変異体を指す。
ある実施態様において、自己抗体の有無は、使用される腫瘍マーカー抗原の量の全てに対する特異的結合の量の集合的値に基づいて決定することができる。本発明の方法において、自己抗体と抗原との間の特異的結合の相対的又は絶対的量が、検査される各々の異なる量の抗原(抗原性決定基又はエピトープ)について決定され、検査される各々の量の抗原についての抗原の量に対する特異的結合の(相対的又は絶対的)量の曲線をプロット又は算出するために使用される。アッセイにおいて使用される抗原と反応性のある自己抗体の検査試料中の存在は、各々の抗原量で観察される特異的結合の量に基づいて決定され、通常、典型的にはS字形又はシグモイドである用量応答曲線によって示される。それゆえ、ある実施態様において、自己抗体の有無は、通常S字形又はシグモイド曲線などの用量応答曲線の存在についてプロットをスクリーニングすることにより決定される。検査される異なる量の抗原に対する検出可能な結合の変動が存在しない場合、これは、検出可能な量の自己抗体の不在としてスコア化することができる。
ある実施態様において、自己抗体の有無は、使用される腫瘍マーカー抗原の量の全てに対する特異的結合の量の集合的値に基づいて決定される。
ある実施態様において、自己抗体の有無は、用量応答曲線の存在について工程(d)のプロットをスクリーニングすることにより決定される。
ある実施態様において、用量応答曲線は、通常、S字形又はシグモイド曲線である。
一実施態様において、自己抗体の有無は、自己抗体と抗原との間の特異的結合の量と予め決められたカットオフ値との比較によって決定される。ここでは、力価測定系列において使用される各々の量の抗原についての抗原の量に対する特異的結合の量の曲線がプロットされ、陽性と分かっている試料(例えば、疾患を有する患者の集団)における結合のレベルが症例対照研究において、陰性と分かっている試料(例えば、正常な個人)において観察される結合のレベルと比較される。高い特異度(ほんのわずかな偽陽性)を維持しながら感度を最大化する(ほんのわずかな偽陰性)力価測定曲線上の1以上の点での自己抗体結合についてのカットオフ値が選択される。力価測定系列において使用される各々の量の抗原についての抗原の量に対する特異的結合の量の曲線が用量応答曲線であることを考慮すると、力価測定曲線上の1以上の点について決定された特異的結合の量が予め決められたカットオフ点の値よりも大きい場合、測定値は陽性であるとみなされる。ある実施態様において、予め決められたカットオフは、90％を超える特異度を維持しながら最大のYoudenの値を与えるカットオフ値を選択することにより決定することができる。
抗原力価測定実施態様は、肺癌を検出する方法、肺癌を診断及び治療する方法、抗肺癌治療に対する応答を予測する方法、並びに抗体プロファイルを決定する方法を含む、本発明の全ての方法とともに使用することができることに留意するべきである。さらに、抗原力価測定は、単一の自己抗体のみが検出される実施態様において、及び複数の自己抗体を検出するために抗原のパネルが使用される実施態様において使用することができる。
(ダブルカットオフ法)
アッセイの感度は、複数の抗原に対する自己抗体を測定することにより増大することが一般に受け入れられている。しかしながら、この感度の増大は、通常、特異度の比例的な減少と関連しており、それゆえ、アッセイ方法の使用可能な抗原の数は、限定される可能性がある。ある実施態様において、本発明の方法は、自己抗体と抗原との間の特異的結合のレベルを決定する抗原力価測定方法と二次的曲線パラメータの評価とを使用することにより、特異度の減少を埋め合わせることができ、これらの測定基準の両方についてカットオフ点と比較したときに陽性とみなされる検査結果のみが陽性と分類される。この方法は、本明細書において、「ダブルカットオフ」法と呼ばれ、WO2015/193678号(その内容は、引用により本明細書中に組み込まれる)に十分に記載されている。
ある実施態様において、本発明の方法は、
(d1)工程(d)でプロット又は算出された曲線から二次的曲線パラメータを算出する工程;並びに
(e)自己抗体の有無を
(i)工程(b)で決定された自己抗体と腫瘍マーカー抗原の間の特異的結合の量;及び
(ii)工程(d1)で決定された該二次的曲線パラメータ
:の組合せに基づいて決定する工程
:をさらに含む。
ダブルカットオフ法は、上記の抗原力価測定法を利用する。力価測定系列において使用される抗原の各々の量での抗原/自己抗体結合の量の検出、及び力価測定系列において使用される抗原の各々の量についての抗原の量に対する特異的結合の量の曲線のプロッティングの後、二次的曲線パラメータが算出される。二次的曲線パラメータは、線形回帰曲線又は対数回帰曲線のいずれかから算出することができる。本明細書において、二次的曲線パラメータは、曲線の性質を示す任意の算出値である。例えば、二次的曲線パラメータは、傾き、切片、AUC、SlopeMax、又は解離定数(Kd)であり得る。
したがって、ある実施態様において、二次的曲線パラメータは、傾き、切片、AUC、SlopeMax、及び解離定数(Kd)からなる群から選択される。
ある実施態様において、二次的曲線パラメータは、線形回帰曲線又は対数回帰曲線のいずれかから算出される。
ある実施態様において、二次的曲線パラメータは、4パラメータロジスティック曲線などのロジスティック曲線を、力価測定系列において使用される抗原の量についての抗原の量に対する特異的結合の量の曲線の曲線にフィッティングすることにより決定することができる。この実施態様において、二次的曲線パラメータは、最大漸近線、最小漸近線、ヒル傾き(又は傾き係数)、又は変曲点であり得る。
したがって、ある実施態様において、二次的曲線パラメータは、工程(c)でプロット又は算出された各々の曲線にフィッティングされたロジスティック曲線の最大漸近線、最小漸近線、ヒル傾き(又は傾き係数)、又は変曲点である。
ひとたび二次的曲線パラメータが得られれば、自己抗体の有無を決定するために、これを抗原/自己抗体結合データと組み合わせる。ここでは、自己抗体と抗原との間の特異的結合の量が上記の予め決められたカットオフ値と比較される。
二次的曲線パラメータについてのカットオフは、陽性と分かっている試料(例えば、疾患を有する患者のコホートからなる症例対照試料のセット)及び陰性と分かっている試料(例えば、症例対照研究における正常な個人のコホート)を用いて決定される。各々の試料について、力価測定系列において使用される各々の量の抗原についての抗原の量に対する特異的結合の量の曲線がプロットされ、陽性と分かっている試料(例えば、疾患を有する患者)において観察される二次的曲線パラメータが陰性と分かっている試料(例えば、正常な個人)において観察される二次的曲線パラメータと比較される。上で論じられている抗原/自己抗体結合についてのカットオフと組み合わせて使用される場合、特異度(ほんのわずかな偽陽性)を最大化する二次的曲線パラメータに対するカットオフ値が選択される。
二次的曲線パラメータについてのカットオフ値を算出するとき、陽性の読み取りのために必要とされる方向性、すなわち、カットオフを上回る又は下回る値が陽性とみなされるされるどうかも決定される。陽性の読み取りのために必要とされるこの方向性は、抗原及び二次的曲線パラメータによって決まる。抗原/自己抗体結合についての両方のカットオフを上回り、かつ二次的曲線パラメータについてのカットオフと比較して陽性の読み取りのために必要とされる方向性を示す場合、測定は、最終的に陽性である、すなわち、検査試料中の自己抗体の存在を示すものであるとみなされる。
ダブルカットオフ実施態様は、肺癌を検出する方法、肺癌を診断及び治療する方法、抗肺癌治療に対する応答を予測する方法、並びに抗体プロファイルを決定する方法を含む、本発明の全ての方法とともに使用することができることに留意するべきである。さらに、ダブルカットオフ法は、単一の自己抗体のみが検出される実施態様において、及び複数の自己抗体を検出するために抗原のパネルが使用される実施態様において使用することができる。パネル実施態様において、パネル内の各々の抗原について算出される二次的曲線パラメータが必ずしも同じである必要はないことに留意するべきである。しかしながら、いくつかの実施態様において、パネル内の各々の抗原について算出される二次的曲線パラメータは、同じであってもよい。
(E.方法の適用)
本発明による免疫アッセイ法は、種々の異なる臨床状況において利用することができる。本発明によれば、本方法は、肺癌の検出に有用である。特に、本方法は、肺癌の検出又は診断において、肺癌の存在を診断するための無症状のヒト対象の集団のスクリーニングにおいて、原発性もしくは二次性(転移性)肺癌の検出において、又は無症状の患者における初期の新生物性変化もしくは初期の発癌性変化のスクリーニングにおいて使用することができる。
(肺癌の診断及び治療)
ある実施態様において、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、哺乳動物対象における肺癌を診断及び治療する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した少なくとも該腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかを含有する複合体が検出されたとき、該対象を肺癌と診断する工程;並びに
(d)該診断を受けた対象に肺癌治療を施す工程
:を含む、方法が提供される。
本方法のある好ましい実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びp62である。本方法のある好ましい代わりの実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びKOCである。
この態様において、検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量が、上で説明されている通り、予め決められたカットオフを上回るか又は下回るかのいずれかである場合、自己抗体は存在するとみなすことができる。
ある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、5以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原のパネルは、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる。
パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、該パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1を含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在は、肺癌の存在を示すものである。
本発明は任意の特定の肺癌治療に決して限定されないことに留意するべきである。ある実施態様において、肺癌治療は、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び光線力学療法からなる群から選択され得る。
本発明の範囲内で、肺癌治療は、肺癌の診断後の任意の時点で投与されてもよい。例えば、肺癌治療は、肺癌の診断から1時間後、2時間後、3時間後、4時間後、5時間後、6時間後、7時間後、8時間後、9時間後、10時間後、11時間後、12時間後、24時間後、2日後、3日後、4日後、5日後、6日後、1週間後、2週間後、3週間後、4週間後、1カ月後、2カ月後、3カ月後、4カ月後、5カ月後、6カ月後、1年後、又はそれより後に投与されてもよい。治療ラウンド間に任意の間隔を空ける肺癌治療の複数回の投与も企図される。
肺癌の診断が行われた地理的位置とは異なる地理的位置での肺癌治療の投与が企図される。さらに、肺癌治療は、診断及び治療が同じ地理的位置で行われるかどうか又は異なる地理的位置で行われるかどうかにかかわらず、診断を行う人とは異なる人によって投与されてもよい。
本発明のこの実施態様において、本発明の様々な方法に関して上で論じられている全ての限定は、肺癌を診断及び治療する方法に関して企図される。
(肺癌治療に対する応答の予測)
一態様において、本発明の自己抗体検出方法は、治療階層化のために、すなわち、特定の対象又は対象の集団が特定の肺癌治療に応答する可能性が高いか又は低いかを決定するために使用することができる。本方法は、肺癌治療に対する肺癌患者の応答の予測において、肺癌治療法の選択において、特定の患者で使用するための肺癌治療法の選択において、治療法に対する応答の予測において、治療に応答する生存の予測において、又は免疫療法(例えば、チェックポイント阻害剤による治療)を受けている患者における免疫関連有害事象(irAE)のリスクの予測において使用することができる。肺癌療法又は治療は、例えば、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び光線力学療法であり得る。
それゆえ、本発明は、肺癌治療に対する応答を予測する方法であって、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、該腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することを含み、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出すること;並びに
(d)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を該結合の量と起こる可能性が高い治療結果との間の予め確立された関係性と比較する工程
:を含み、
ここで、対照と比較したときの該特異的結合の量の変化が、該患者が該肺癌治療に応答するかしないかということを予測する、方法を提供する。
本発明のある好ましい実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びp62である。本発明のある好ましい代わりの実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びKOCである。
本明細書において、対照は、肺癌を有することが分かっており、かつ試験されている肺癌治療に応答しない、すなわち、非応答対照であることが分かっている対象に由来する体液の試料であり得る。
ある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、5以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原のパネルは、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる。
パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、該パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
本発明は任意の特定の肺癌治療に決して限定されないことに留意するべきである。ある実施態様において、肺癌治療は、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び光線力学療法からなる群から選択され得る。
本発明のこの実施態様において、本発明の様々な方法に関して上で論じられている全ての限定は、肺癌治療に対する応答を予測する方法に関して企図される。
(抗体プロファイルの決定)
上記の本発明の態様は、通常、1回実施される。しかしながら、インビトロ免疫アッセイは、非侵襲的であり、かつ肺癌の発症前か、「リスクがある」個人のスクリーニングにおいてか、又は疾患の過程全体を通じてかのいずれかで、対象における自己抗体産生のプロファイルを構築するために、必要と考えられるたびに繰り返すことができる。それゆえ、本方法は、肺癌を有するか又は肺癌を有する疑いがある対象における抗体プロファイルを決定する際に使用することができる。
ある実施態様において、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、肺癌に罹患している個人の自己抗体プロファイルを決定するインビトロ法であって、
a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;並びに
b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、自己抗体産生のプロファイルを構築するために繰り返される、インビトロ法が提供される。
インビトロ法のある好ましい実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びp62である。インビトロ法のある好ましい代わりの実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びKOCである。
ある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、4以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、本方法は、5以上の自己抗体を検出することを含み、かつ本方法は、(a)検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1にからなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原のパネルは、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる。
パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、該パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
本発明の様々な方法に関して上で論じられている全ての限定は、抗体プロファイルを決定するインビトロ法に関して企図されている。
(肺癌を検出するための腫瘍マーカー抗原のパネルの使用)
本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中のp53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的な自己抗体を検出することによる哺乳動物対象における肺癌の検出のための3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルの使用を提供する。
ある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
特定の好ましい実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、4以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1を含有する複合体の存在が検出される。
特定の好ましい実施態様において、5以上の自己抗体が検出され、本方法は、(a)該検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原のパネルは、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53, p62, HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる。
パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、該パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、7以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、8以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、9以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、10以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1である)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1を含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
ある実施態様において、11以上の自己抗体が検出され、使用は、検査試料を11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASである)のパネルと接触させる工程を含み、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASを含有する複合体の存在が検出される。
本発明のこの実施態様において、本発明の様々な方法に関して上で論じられている全ての限定は、この使用に関して企図される。
また提供されるのは、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中のp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7つの腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的な自己抗体を検出することによる、哺乳動物対象における肺癌の検出のための2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7以上の腫瘍マーカー抗原のパネルの使用である。
(本方法の他の用途)
本方法は、無症状の個人の集団における肺癌を発症するリスクがある個人の特定のために使用することができる。
アッセイ方法は、疾患の再発についての継続的なモニタリングを提供するために、何度にもわたって繰り返すことができる。本方法は、肺癌を有すると以前に診断され、存在する肺癌の量を低下させるための肺癌治療を受けたことがある患者における再発疾患の検出において使用することができる。
本方法は、肺癌と診断された患者の予後を評価する際に、患者における肺癌の進行をモニタリングする際に、又は肺癌治療(例えば、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び光線力学療法)に対する肺癌患者の応答をモニタリングする際に使用することができる。
免疫アッセイが対象における肺癌の進行をモニタリングする際に使用される場合、「正常な対照」と比較したときの上昇したレベルの自己抗体の存在は、患者における癌の存在の兆候と解釈される。「正常な対照」は、臨床的、画像的、及び/又は生化学的基準に基づく肺癌の診断を全く有さない対照個人、好ましくは、同年齢の個人に存在する自己抗体のレベルであってもよい。或いは、「正常な対照」は、試験中の特定の対象について確定された「ベースライン」レベルであってもよい。「ベースライン」レベルは、例えば、最初の肺癌の診断又は肺癌再発の診断のいずれかが行われたときに存在する自己抗体のレベルであってもよい。ベースラインレベルを上回る増加は、患者に存在する癌の量が増加している兆候と解釈されるのに対し、ベースラインレベルを下回る減少は、患者に存在する癌の量が減少している兆候と解釈される。
免疫アッセイ法は、既存のスクリーニング、診断、及びサーベイランスの方法を補完することができる。例えば、本発明の方法は、肺癌の診断を確認するために、既存の方法と組み合わせて使用することができる。ある実施態様において、本発明の方法は、CTスキャン、胸部x線、PET-CTスキャン、気管支鏡検査及び生検、胸腔鏡検査、又は肺癌を診断する他の任意の他の好適な方法と組み合わせて実施される。
(F.キット)
本発明は、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、キットも包含する。
キットのある実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びp62である。キットのある代わりの実施態様において、3つの腫瘍マーカー抗原は、p53、SSX1、及びKOCである。
ある実施態様において、キットは、
(c)腫瘍マーカー抗原を哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段
をさらに含む。
腫瘍マーカー抗原を、哺乳類対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段の例としては、チップ、スライド、マイクロタイタープレートのウェル、ビーズ、膜、又はナノ粒子上への腫瘍マーカー抗原の固定化が挙げられる。
ある実施態様において、3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX2、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。この実施態様において、該パネルは、列挙された腫瘍マーカー抗原のうちの3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、又は19個を含むことができる。
特定の好ましい実施態様において、キットは、4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルを含む。
特定の好ましい実施態様において、キットは、4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びMAGE A4である)のパネルを含む。
特定の好ましい実施態様において、キットは、4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びSOX2である)のパネルを含む。
特定の好ましい実施態様において、キットは、4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びCAGEである)のパネルを含む。
特定の好ましい実施態様において、キットは、4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びNY-ESO-1である)のパネルを含む。
特定の好ましい実施態様において、キットは、5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルを含む。
ある実施態様において、5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルは、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む。
ある実施態様において、腫瘍マーカー抗原のパネルは、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる。
パネルが腫瘍マーカー抗原p62を含む全ての実施態様について、本発明は、p62がKOCに置き換わっている同じパネルをさらに包含する。同様に、該パネルが腫瘍マーカー抗原KOCを含む全ての実施態様について、本発明は、KOCがp62に置き換わっている同じパネルをさらに包含する。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX-2、及びCAGEである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-95である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCK20である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、及びCAGEである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、及びCK20である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp53-95である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、及びp53-95である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、8以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの8つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、及びLmyc2である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、及びCK20である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、及びGBU4-5である)を含む。
ある実施態様において、キットは、9以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの9つは、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、及びp16である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、KOC又はp62、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、10以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの10個は、p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、及びα-エノラーゼ-1である)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、及びp53-Cである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、及びKRASである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、及びKRASである)のパネルを含む。
ある実施態様において、キットは、11以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの11個は、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、及びKRASである)のパネルを含む。
本発明のキットにおいて、腫瘍マーカー抗原は、天然のタンパク質もしくはポリペプチド、組換えタンパク質もしくはポリペプチド、合成タンパク質もしくはポリペプチド、合成ペプチド、ペプチド模倣物、多糖、又は核酸である。
本発明のキットにおいて、体液は、血漿、血清、全血、尿、汗、リンパ液、大便、脳脊髄液、腹水、胸水、精液、喀痰、乳頭吸引液、術後血清腫、唾液、羊水、涙、及び創傷ドレナージ液からなる群から選択され得る。
本発明のキットは、上記の本発明の方法のいずれか1つを実施するのに好適である。特に、本発明のキットは、肺癌の検出に好適である。したがって、ある実施態様において、本キットは、肺癌の検出用のものである。
また本明細書に提供されるのは、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、キットである。
また本明細書に提供されるのは、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8である)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、キットである。
本発明は、これから、以下の非限定的な実施例を参照して、さらに理解される。
(実施例)
(実施例1:腫瘍関連タンパク質(抗原)に対する自己抗体を測定するための方法)
腫瘍マーカー抗原の試料は、WO 99/58978号(その内容は、引用により本明細書中に組み込まれている)に記載されている方法と類似の方法に従って、組換え発現によって調製することができる。簡潔に説明すると、対象となるマーカー抗原(表1)をコードするcDNAを、発現されたタンパク質の精製を助けるためのビオチンタグ及び6×ヒスチジンタグ(Hisタグ)をコードするように改変されたpET21又はpET45ベクター(Invitrogen)にクローニングした。得られたクローンをBL21(DE3)大腸菌で増殖させ、その後、細菌を溶解させた。発現された抗原を、製造元のプロトコルに従って、ニッケルキレート親和性カラム(HiTrap、GE Healthcareから市販)によって回収した。発現されたタンパク質の純度、特異性、及び収率を、保存前に、SDS-PAGE、ウェスタンブロット、及びタンパク質アッセイによって評価した。
陰性対照タンパク質VOLは、BL21(DE3)大腸菌を空のpET21ベクター(すなわち、腫瘍関連抗原をコードするcDNAがないもの)で形質転換することにより産生した。発現及び精製されたタンパク質は、組換え腫瘍関連抗原に見られる同じHis及びビオチンタグ配列を含み、残りの細菌混入物に対する非特異的自己抗体結合の補正を可能にする。
表1:抗原の詳細及びアクセッション番号
遺伝子ID及びタンパク質アクセッション番号は、www.ncbi.nlm.nih.govで入手可能なNCBIウェブサイト上で見出すことができる。
抗原及びVOL(陰性対照)を、ホウ酸コーティングバッファー(pH 8.5)に、適当な濃度(160及び/又は50nM)まで希釈し、自動液体取扱システムを用いて、プレートレイアウト(図1A)に従って、マイクロタイタープレートのウェル中に100μl/ウェルで分配した。プレートに蓋をし、+18～+22℃で18～24時間保存し、その後、全てのウェルを、自動プレート洗浄機を用いて、PBS＋0.1％tween 20で洗浄した。プレートを吸収紙の上で軽く叩いて乾燥させ、ブロッキングバッファーを200μl/ウェルで添加した。
その後、プレートを+18～+22℃で2時間保存し、その後、ウェルの中身を吸引し、プレートを一晩風乾させておいた。
血清試料を解凍し、混合し、+18～+22℃で、検体抗体希釈液(PBS-1％BSA＋0.1％Tween 80＋0.01％Pluronic F-127、又はPBS＋0.1％カゼインのいずれか)に1/110希釈した。各々の希釈血清試料を、図1Bのプレートレイアウトに従って、マイクロタイタープレート中に100μl/ウェルで分配した。
全てキメラヒト-ウサギ抗Hisタグモノクローナル抗体(Sigma)を使用する、オン-プレートキャリブレーター、高対照、及び低対照を検体抗体希釈液に希釈し、図1Bのプレートレイアウトに従って、マイクロタイタープレート中に100μl/ウェルで分配した。プレートに蓋をし、振盪させながら、室温で1.5時間インキュベートした。
プレートを上記のように洗浄し、検体抗体希釈液に希釈した西洋ワサビペルオキシダーゼコンジュゲートウサギ抗ヒト免疫グロブリンを100μl/ウェルでマイクロタイタープレートの全てのウェル中に分配した。その後、プレートを、振盪させながら、室温で1時間インキュベートした。プレートを上記のように洗浄した。
予め調製された3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン(TMB)基質を100μl/ウェルで各々のプレートに添加し、ベンチ上で15分間インキュベートした。プレートを軽く叩いて、混合した。15分後、停止溶液(1M HCl)を100μl/ウェルで添加した。各々のウェルの光学密度を、標準的な分光光度測定プレートリーダーを用いて、450nmで決定した。
(実施例2:市販のEarlyCDT Lung検査キットを用いた中国人肺癌患者における自己抗体の検出)
EarlyCDT Lungキットアッセイ(Oncimmune Limited, Nottingham, UK)を、製造元によって推奨されるカットオフを適用して、使用説明書(IFU)に従って実施した。血清試料を中国で漢民族の集団から収集し、このコホート(コホート1)の臨床的及び人口統計学的状況を表2に示した。
表2:肺癌症例からなるコホート1及び良性肺疾患を有する個人又は悪性腫瘍の所見がない個人(健康な正常人)の対照コホートの人口統計学的状況
簡潔に説明すると、EarlyCDT Lung検査は、7つの抗原のパネルに対する自己抗体(AAb)を検出する(表3)。結果(表3)は、このコホートについて、EarlyCDT Lung検査が、確定されたカットオフを用いて、肺癌について32.1％の感度、並びに健康対照コホート及び良性対照コホートについて、それぞれ、79.1％及び76.8％の特異度を有することを示している。それゆえ、中国人患者由来の試料のこのコホートを用いた感度と特異度がどちらも、明記された性能主張(41％の感度及び90％の特異度)よりも低かったことが明白である。
これらの結果は、西欧人患者における肺癌の早期検出のために開発及び検証されたEarlyCDT Lung検査パネルが中国人患者で同じ目的を達成するのに最適ではない可能性があること、及び2つの地域の集団間での人種差を説明するために、別のカットオフ又は自己抗体を測定する必要があり得ることを示唆している。
表3: EarlyCDT Lung検査キットを用いた各々の患者コホート(肺癌症例、良性肺疾患対照、及び健康な正常対照)における個々の自己抗体(AAb)及びパネルの陽性
(実施例3:市販のCancerProbe検査を用いた中国人肺癌患者における自己抗体の検出)
肺癌の早期検出のための自己抗体検査(英語名－7種類の自己抗体検査キット(ELISA)、「CancerProbe」)が中国で上市されている(中国杭州市のHangzhou Cancer Probe Biotechnology Company製)。この検査は、7つの抗原のパネルに対する自己抗体も測定し、そのうちの4種は、EarlyCDT Lung検査にも存在し(p53、SOX2、CAGE、及びGBU4-5)、3種は異なるものである(GAGE-7、MAGE A1、及びPGP9.5)。
自己抗体を、使用説明書(IFU)に従ってCancerProbe検査を用いて、中国で漢民族の集団から収集した試料のセットについて測定した(n=62;コホート1のサブセット、表2)。
CancerProbe検査(表4)の性能を、試料の同じサブセットについて、EarlyCDT Lung検査の性能と比較した(表5)。自己抗体レベルを各々の検査についてのIFUに従って測定した。
表4: CancerProbe検査についての各々の患者コホート(肺癌症例、良性肺疾患対照、及び健康な正常対照)における個々の自己抗体(AAb)及び全パネルの陽性
表5: EarlyCDT Lung検査についての各々の患者コホート(肺癌症例、良性肺疾患対照、及び健康な正常対照)における個々の自己抗体(AAb)及び全パネルの陽性
これらの結果は、このコホートについて、CancerProbe検査が、42.9％の感度、並びに良性対照群及び健康対照群について、それぞれ、61.9％及び80.0％の特異度を有することを示している。これらの結果は、同じ患者群について、EarlyCDT Lung検査が、52.4％の感度、並びに良性対照群及び健康対照群について、それぞれ、47.6％及び75.0％の特異度を有することも示している。
(実施例4:中国人集団における肺癌の早期検出のために最適化された抗原パネルの決定)
以下のデータは、p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、KRAS、及びα-エノラーゼから選択される最大14のマーカーのパネルのパネル性能を調査する、独立した患者コホートについての開発アッセイ(実施例1に詳述されている方法)の感度及び特異度を探索するための研究から得られた。抗原は全て、50nMでコーティングした。CancerProbe検査も、IFUに従って、同じコホートについて実施した。
この研究に含まれる対象(コホート2)の臨床的及び人口統計学的状況は、表6に示されている。これらは、実施例2及び3で調査された群(それぞれ、コホート1及びコホート1のサブセット)とは完全に独立した患者群である。
表6:肺癌症例及び良性肺疾患を有する個人の対照コホートからなるコホート2の人口統計学的状況
(i)EarlyCDT Lung検査に含まれる7つの抗原のパネル
RUでの最適なカットオフを、擬似アニーリングに基づく多変量カットオフ最適化アルゴリズムを用いて決定した。
結果(表7)は、この中国人コホートについての最適化されたカットオフのセットをアッセイ結果に適用したとき、EarlyCDT Lung検査パネルと同等であるこのパネルが、肺癌について、31.6％の感度及び良性対照コホートについて、90.9％の特異度を有することを示している。感度と特異度の両方が、この中国人コホートについて、明記されたEarlyCDT Lung検査性能主張よりも低い(41％の感度及び91％の特異度)ことが明白である。これは、西洋人患者における肺癌の早期検出のために開発及び検証されたパネルが中国人患者で同じ目的を達成するのに最適ではない可能性があること、及び2つの地域の集団間での人種差を説明するために、別の自己抗体を測定する必要があり得ることを示唆している。
表7:表示されたカットオフについての各々の患者コホート(肺癌症例及び良性肺疾患対照)における個々の自己抗体(AAb)及びEarlyCDT Lung検査パネルの陽性
(ii)CancerProbe検査パネル
同じ患者コホートについてのCancerProbe検査の結果及び性能が表8に示されており、結果として、良性対照群について26.5％の全体的感度及び96.4％の特異度がもたらされる。
表8:各々の患者コホート(肺癌症例、良性肺疾患対照、及び健康な正常対照)における個々の自己抗体(AAb)及びCancerprobe検査の全パネルの陽性
特異度の低下を伴って可能な感度を決定するために、擬似アニーリング最適化を調査したコホートに基づいて実施した。擬似アニーリング最適化によって発見されたカットオフセットは、90.9％の特異度に対して40.8％の最大感度を示唆したが、この最適化は、対照コホートのサイズが小さいために、過剰適合の可能性が高い。
(iii)3～14個のマーカーの代わりの検査パネル
14個、9個、5個、及び3個のマーカーのパネルについてのこのコホートのアッセイ結果についてのRUでの最適カットオフを、擬似アニーリングに基づく多変量カットオフ最適化アルゴリズムを用いて決定した。このアプローチにより、様々なサイズ及び性能のいくつかの異なるパネルが特定され(表9～12、図2～5)、該パネルは、全く同じ患者群を用いて決定されているので、CancerProbe検査性能と直接比較することができる。90.9％の特異度を有する、下で特定されているパネルについて、パネルの感度は、37.8～48.0％の範囲であり、したがって、全て、同じ中国人コホートについてのCancerProbe検査よりも優れた性能を示している。
表9:図2のトップランキングパネルの性能特性
表10:図3のトップランキングパネルの性能特性
表11:図4のトップランキングパネルの性能特性
表12:図5のカットオフセットA～Dの性能特性
*p53の非存在下において、最適化は、探索制約を満たす性能を有するパネルを見出すことができなかった
これらの結果は、各々の中に少なくともp53、SSX1、及びp62を組み入れている3～14個のマーカーのパネルが同じコホートについてCancerProbe検査と同じか又はそれよりも良好に機能することを示唆している。結果がCancerProbe検査の結果と同程度であっても(例えば、p53、p62、SSX1の3つのマーカーパネル)、3つの腫瘍マーカー抗原のみを使用する簡素化は有利である。
(実施例5:開発アッセイを用いた中国人肺癌患者における拡大された抗原セットに対する自己抗体の検出)
以下のデータは、EarlyCDT Lungキット中で使用されたマーカー(実施例2)を含む最大21のマーカーのパネル(表1)についての開発アッセイ(実施例1に詳述されている方法)の感度及び特異度を評価するための実現可能性研究から得られた。これは、より大きな独立コホートについてのEarlyCDT Lungパネルの性能を評価するために実施された。この研究は、中国人集団についてのマーカーのカットオフの最適化及び/又はいくつかのマーカーの交換が検査性能を向上させるかどうかを決定することを目的としていた。
抗原を、50nM(p53、MAGE A4、SOX2、HuD、及びNY-ESO-1)、160nM(CAGE及びGBU4-5)、又は両方の濃度(CK8、CK20、EGFR1-ECD、EGFR1-EP、EGFR1-KD、EGFR2. EGFR-L858R、EGFR-VIII、KRAS、p16、p53-95、p62、α-エノラーゼ、及びSSX1)のいずれかでコーティングした。
この研究に含まれる対象(コホート3)の臨床的及び人口統計学的状況は、表13に示されている。
表13:開発アッセイにおいて使用するための悪性腫瘍の既往を有さない個人(健康な正常人)の肺癌症例及び対照コホートからなるコホート3の人口統計学的状況
7つのマーカーのパネルについてのコホートのアッセイ結果についての基準単位(RU)での最適なカットオフを、擬似アニーリングに基づく多変量カットオフ最適化アルゴリズムを用いて決定した。この手法は、いくつかの異なるパネルを特定し、ROC散布プロット(図6)は、様々なカットオフの組合せによって取得し得る感度及び特異度の組合せの範囲を示している。41.2％の感度及び94.4％の特異度を有する最も優れた性能の7つのマーカーパネルは、表14に詳述されている。
表14:開発アッセイコホートについての表示されたカットオフについての各々の患者コホート(肺癌症例及び健康な正常対照)における個々の自己抗体(AAb)マーカー及び7つのマーカーの全パネルの陽性
a)50nM又はb)160nMでコーティングされた抗原に対する自己抗体についてのカットオフ
これらの解析は、マーカーの一部を交換し、中国人集団についてのカットオフを最適化することにより、7つのマーカーのパネルの性能を、西欧人集団におけるEarlyCDT Lung検査について明記されたレベルと同程度のレベルに高めることができることを示している。
(実施例6:西欧人集団における肺癌の早期検出のために最適化された抗原のパネルの決定)
次のデータは、西欧又はUSAで暮らしている患者の3つの独立コホートについてのp53、SSX1、p62、KOC、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼから選択される最大19のマーカーのパネルについてのパネル性能を探索するための研究から得られた。抗原は全て、50nM及び160nMでコーティングした。
本研究に含まれる対象の臨床的及び人口統計学的状況(トレーニングコホート、試験コホート、及び検証コホート)は、表15～17に示されている。これらは、実施例2、3、及び4で調査された中国人系の患者群と完全に独立した患者群である。
表15:肺癌症例及び肺疾患を有さない個人の対照コホートからなるトレーニングコホートの人口統計学的状況
表16:肺癌症例及び肺疾患を有さない個人の対照コホートからなる試験コホートの人口統計学的状況
表17:肺癌症例及び肺疾患を有さない個人の対照コホートからなる検証コホートの人口統計学的状況
最大14のマーカーのパネルについての各々のコホートのアッセイ結果についてのRUでの最適カットオフを、擬似アニーリングに基づく多変量カットオフ最適化アルゴリズムを用いて決定した。このアプローチにより、様々なサイズのいくつかの異なるパネルが特定され(表18)、該パネルについては、その性能(表19)を、全く同じ3つの患者コホートについて決定されている、EarlyCDT Lung市販検査性能と直接比較することができる。
表18:高特異度で選択されたパネルの構成要素
表19:選択された高特異度パネルにおけるコホート性能のまとめ
sens=感度; spec=特異度; tr=トレーニングコホート; te=試験コホート; val=検証コホート
これらの結果は、各々の中に少なくともp53、SSX1、並びにp62及び/又はKOCを組み入れている6～10個のマーカーのパネルが、調査された3つの西欧人コホートの各々におけるEarlyCDT Lung検査パネルと同様の性能をもたらすことを示唆している。p62とKOCは両方とも、高度に保存されたインスリン様成長因子2 mRNA結合(IMP)タンパク質のファミリーのメンバーであり、かつ65％相同であり、それゆえ、これらのタンパク質は、腫瘍関連自己抗体エピトープを共有する可能性が非常に高いので、パネルがp62及び/又はKOCに対する自己抗体を有することができることは驚くには当たらない。西欧人集団では、各々の中に少なくともp53、SSX1、並びにp62及び/又はKOCを組み入れているパネルがEarlyCDT Lung検査パネルと同様の性能を有する一方、肺癌の検出のための中国人集団における性能の向上は、全世界に適用可能である検査のためのパネルを提供する。
本発明は、本明細書に記載される具体的な実施態様によって範囲が限定されるべきではない。実際、本明細書に記載されるものに加えた、本発明の様々な修正は、前述の説明及び添付の図面から当業者に明らかになるであろう。そのような修正は、添付の特許請求の範囲の範囲に収まることが意図される。さらに、本明細書に記載される本発明の全ての態様及び実施態様は、幅広く適用可能であり、適宜、本発明の他の態様から取られたものを含む(切り離されたものを含む)、任意の及び全ての他の一貫した実施態様と組み合わせることが可能である。
様々な刊行物及び特許出願が本明細書に引用されており、それらの開示は、その全体が引用により組み込まれている。
本発明は、以下の条項を参照して、さらに理解することができる。
1.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、p62、及びSSX1に対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、p62、及びSSX1である)のパネルと接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、少なくともp53、p62、及びSSX1を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、方法。
2. 3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、p62、及びSSX1、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、KRAS、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、条項1記載の方法。
3. 4以上の自己抗体が検出され、(a)検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、p62、SSX1、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、p62、SSX1、及びHuDを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、条項1又は条項2記載の方法。
4. 5以上の自己抗体が検出され、(a)検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、条項1又は条項2記載の方法。
5. 5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、及びKRASからなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、条項4記載の方法。
6. 5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、
(i)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、P53-95、KRAS;
(ix)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;及び
(x)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる、条項5記載の方法。
7.
(c)検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程
:をさらに含み、
ここで、該自己抗体の有無が観察された特異的結合の量と予め決められたカットオフ値の比較に基づく、条項1～6のいずれか一項記載の方法。
8.腫瘍マーカー抗原が複数の異なる量で提供され、
(a)検査試料を複数の異なる量の該腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程;
(d)工程(a)で使用された腫瘍マーカー抗原の各々の量について、腫瘍マーカー抗原の量に対する該特異的結合の量の曲線をプロット又は算出する工程;並びに
(e)使用された腫瘍マーカー抗原の各々の異なる量での該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量に基づいて、該自己抗体の有無を決定する工程
:を含む、条項1～7のいずれか一項記載の方法。
9.
(d1)工程(d)でプロット又は算出された曲線から二次的曲線パラメータを算出する工程;並びに
(e)自己抗体の有無を
(i)工程(b)で決定された自己抗体と腫瘍マーカー抗原の間の特異的結合の量;及び
(ii)工程(d1)で決定された該二次的曲線パラメータ
:の組合せに基づいて決定する工程
:をさらに含む、条項8記載の方法。
10.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、p62、及びSSX1に対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、肺癌に罹患している個人の自己抗体プロファイルを決定するインビトロ法であって、
a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、p62、及びSSX1である)のパネルと接触させる工程;並びに
b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、自己抗体産生のプロファイルを構築するために繰り返される、インビトロ法。
11.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、p62、及びSSX1に対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、哺乳動物対象における肺癌を診断及び治療する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、p62、及びSSX1である)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した少なくとも該腫瘍マーカー抗原p53、p62、及びSSX1を含有する複合体が検出されたとき、該対象を肺癌と診断する工程;並びに
(d)該診断を受けた対象に肺癌治療を施す工程
:を含む、方法。
12.肺癌治療に対する応答を予測する方法であって、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、p62、及びSSX1に対して免疫学的に特異的である)を検出することを含み、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、p62、及びSSX1である)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程;並びに
(d)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を該結合の量と起こる可能性が高い治療結果との間の予め確立された関係性と比較する工程
:を含み、
ここで、対照と比較したときの該特異的結合の量の変化が、該患者が該肺癌治療に応答するかしないかということを予測する、方法。
13.肺癌治療が、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び光線力学療法からなる群から選択される、条項11又は条項12記載の方法。
14.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中のp53、p62、及びSSX1に対して免疫学的に特異的な自己抗体を検出することによる哺乳動物対象における肺癌の検出のための3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルの使用。
15. 3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、p62、及びSSX1、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、KRAS、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、条項10～13のいずれか一項記載の方法又は条項14記載の使用。
16. 4以上の自己抗体が検出される、条項10～13のいずれか一項記載の方法又は条項14記載の使用であって、検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、p62、SSX1、及びHuDである)のパネルと接触させることを含み、かつ少なくともp53、p62、SSX1、及びHuDを含有する複合体の存在が検出される、方法又は使用。
17. 5以上の自己抗体が検出される、条項10～13のいずれか一項記載の方法又は条項14記載の使用であって、検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させることを含み、かつ少なくともp53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される、方法又は使用。
18. 5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、及びKRASからなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、条項17記載の方法又は使用。
19. 5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、
(i)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;及び
(x)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる、条項18記載の方法又は使用。
20.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、p62、及びSSX1である)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、キット。
21.
(c)腫瘍マーカー抗原を哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段
:をさらに含む、条項20記載のキット。
22.腫瘍マーカー抗原を哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段が、チップ、スライド、プレート、マイクロタイタープレートのウェル、ビーズ、メンブレン、又はナノ粒子に固定化された該腫瘍マーカー抗原を含む、条項21記載のキット。
23. 3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、p62、及びSSX1、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、KRAS、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、条項20～22のいずれか一項記載のキット。
24. 4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、p62、SSX1、及びHuDである)のパネルを含む、条項20～22のいずれか一項記載のキット。
25. 5以上の腫瘍マーカー抗原のパネル(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4である)のパネルを含む、条項20～22のいずれか一項記載のキット。
26. 5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、p62、SSX1、HuD、及びMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、及びKRASからなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、条項25記載のキット。
27. 5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、
(i)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;及び
(x)p53、p62、SSX1、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる、条項26記載のキット。
28.肺癌の検出のための、条項20～27のいずれか一項記載のキット。
29.腫瘍マーカー抗原が、天然のタンパク質もしくはポリペプチド、組換えタンパク質もしくはポリペプチド、合成タンパク質もしくはポリペプチド、合成ペプチド、ペプチド模倣物、多糖、又は核酸である、条項1～28のいずれか一項記載の方法、使用、又はキット。
30.体液が、血漿、血清、全血、尿、汗、リンパ液、大便、脳脊髄液、腹水、胸水、精液、喀痰、乳頭吸引液、術後血清腫、唾液、羊水、涙、及び創傷ドレナージ液からなる群から選択される、条項1～29のいずれか一項記載の方法、使用、又はキット。
31.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体(ここで、該自己抗体は、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、
(a)該検査試料をp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、該複合体の存在が該肺癌の存在を示すものである、方法。
32. 2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、又はそれより多くの自己抗体が検出される、条項31記載の方法であって、
(a)検査試料を、2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される)のパネルと接触させる工程
を含み、ここで、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、方法。
33. 7以上の自己抗体が検出される、条項31記載の方法であって、(a)検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8である)のパネルと接触させる工程
を含み、
ここで、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つの腫瘍マーカー抗原を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、方法。
34.少なくともp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、条項33記載の方法。
35.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、キット。
36.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8である)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、キット。
37.哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中のp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7つの腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的な自己抗体を検出することによる、哺乳動物対象における肺癌の検出のための2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7以上の腫瘍マーカー抗原のパネルの使用。
本件出願は、以下の態様の発明を提供する。
（態様１）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、少なくともp53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、前記方法。
（態様２）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びp62を含み、かつ少なくともp53、SSX1、及びp62を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、態様1記載の方法。
（態様３）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びKOCを含み、かつ少なくともp53、SSX1、及びKOCを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、態様1記載の方法。
（態様４）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、態様1～3のいずれか一項記載の方法。
（態様５）
4以上の自己抗体が検出される、態様1～4のいずれか一項記載の方法であって、(a)前記検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原うちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、前記方法。
（態様６）
5以上の自己抗体が検出される、態様1～5のいずれか一項記載の方法であって、(a)前記検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、前記方法。
（態様７）
前記5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、態様6記載の方法。
（態様８）
前記腫瘍マーカー抗原のパネルが、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、P53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる、態様1～7のいずれか一項記載の方法。
（態様９）
(c)前記検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程
:をさらに含み、
ここで、該自己抗体の有無が観察された特異的結合の量と予め決められたカットオフ値の比較に基づく、態様1～8のいずれか一項記載の方法。
（態様１０）
前記腫瘍マーカー抗原が複数の異なる量で提供される、態様1～9のいずれか一項記載の方法であって、
(a)前記検査試料を複数の異なる量の該腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程;
(d)工程(a)で使用された腫瘍マーカー抗原の各々の量について、腫瘍マーカー抗原の量に対する該特異的結合の量の曲線をプロット又は算出する工程;及び
(e)使用された腫瘍マーカー抗原の各々の異なる量での該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量に基づいて、該自己抗体の有無を決定する工程
:を含む、前記方法。
（態様１１）
(d1)工程(d)でプロット又は算出された曲線から二次的曲線パラメータを算出する工程;及び
(e)前記自己抗体の有無を
(i)工程(b)で決定された該自己抗体と前記腫瘍マーカー抗原の間の特異的結合の量;と
(ii)工程(d1)で決定された該二次的曲線パラメータ
:の組合せに基づいて決定する工程
:をさらに含む、態様10記載の方法。
（態様１２）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、肺癌に罹患している個体の自己抗体プロファイルを決定するインビトロ法であって、
a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;並びに
b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、自己抗体産生のプロファイルを構築するために繰り返される、前記インビトロ法。
（態様１３）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することにより、哺乳動物対象における肺癌を診断及び治療する方法であって、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した少なくとも該腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかを含有する複合体が検出されたとき、該対象を肺癌と診断する工程;並びに
(d)該診断を受けた対象に肺癌治療を施す工程
:を含む、前記方法。
（態様１４）
肺癌治療に対する応答を予測する方法であって、哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体(ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的である)を検出することを含み、
(a)該検査試料を3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程;
(c)該検査試料中に存在する腫瘍マーカー抗原と自己抗体との間の特異的結合の量を検出する工程;並びに
(d)該腫瘍マーカー抗原と該自己抗体との間の特異的結合の量を該結合の量と起こる可能性が高い治療結果との間の予め確立された関係性と比較する工程
:を含み、
ここで、対照と比較したときの該特異的結合の量の変化が、該患者が該肺癌治療に応答するかしないかということを予測する、前記方法。
（態様１５）
前記肺癌治療が、外科手術、ビデオ補助下胸腔鏡手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、高周波アブレーション、生物療法、凍結療法、及び光線力学療法からなる群から選択される、態様13又は態様14記載の方法。
（態様１６）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中のp53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的な自己抗体を検出することによる、該哺乳動物対象における肺癌の検出のための3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルの使用。
（態様１７）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びp62を含む、態様12～15のいずれか一項の方法又は態様16記載の使用。
（態様１８）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びKOCを含む、態様12～15のいずれか一項の方法又は態様16記載の使用。
（態様１９）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、態様12～15のいずれか一項の方法又は態様16記載の使用。
（態様２０）
4以上の自己抗体が検出される、態様12～15のいずれか一項の方法又は態様16記載の使用であって、前記検査試料を4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルと接触させることを含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDを含有する複合体の存在が検出される、前記方法又は使用。
（態様２１）
5以上の自己抗体が検出される、態様12～15のいずれか一項の方法又は態様16記載の使用であって、前記検査試料を5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させることを含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が検出される、前記方法又は使用。
（態様２２）
前記5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、態様21記載の方法又は使用。
（態様２３）
前記腫瘍マーカー抗原のパネルが、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる、態様12～22のいずれか一項の方法又は使用。
（態様２４）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)3以上の腫瘍マーカー抗原のパネル(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及びp62又はKOCのいずれかである);並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、前記キット。
（態様２５）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びp62を含む、態様24記載のキット。
（態様２６）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びKOCを含む、態様24記載のキット。
（態様２７）
(c)前記腫瘍マーカー抗原を哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段
:をさらに含む、態様24～26のいずれか一項記載のキット。
（態様２８）
前記腫瘍マーカー抗原を哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料と接触させるための手段が、チップ、スライド、プレート、マイクロタイタープレートのウェル、ビーズ、メンブレン、又はナノ粒子に固定化された該腫瘍マーカー抗原を含む、態様27記載のキット。
（態様２９）
前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、並びにp62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、態様24～28のいずれか一項記載のキット。
（態様３０）
4以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの4つは、p53、SSX1、p62又はKOC、及びHuDである)のパネルを含む、態様24～48のいずれか一項記載のキット。
（態様３１）
5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネル、態様24～48のいずれか一項記載のキット。
（態様３２）
前記5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びにSOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、p53-C、CK8、KRAS、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、態様31記載のキット。
（態様３３）
前記腫瘍マーカー抗原のパネルが、
(i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
(ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
(iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
(iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
(v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
(vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS;
(viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、p53-95、KRAS;
(ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS;
(x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS;
(xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-C;
(xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5、p53-C;
(xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
(xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
(xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p53-95;
(xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、p53-C;
(xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16、p53-95、p53-C;
(xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16、p53-95;
(xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1、p53-C;
(xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
(xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5、p53-95;
(xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2、p53-C;
(xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5、p53-95;及び
(xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
:から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる、態様24～32のいずれか一項記載のキット。
（態様３４）
肺癌の検出のための、態様24～33のいずれか一項記載のキット。
（態様３５）
前記腫瘍マーカー抗原が、天然のタンパク質もしくはポリペプチド、組換えタンパク質もしくはポリペプチド、合成タンパク質もしくはポリペプチド、合成ペプチド、ペプチド模倣物、多糖、又は核酸である、態様1～34のいずれか一項記載の方法、使用、又はキット。
（態様３６）
前記体液が、血漿、血清、全血、尿、汗、リンパ液、大便、脳脊髄液、腹水、胸水、精液、喀痰、乳頭吸引液、術後血清腫、唾液、羊水、涙、及び創傷ドレナージ液からなる群から選択される、態様1～35のいずれか一項記載の方法、使用、又はキット。
（態様３７）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出する方法であって、該自己抗体が、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的であり、かつ
(a)該検査試料をp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される腫瘍マーカー抗原と接触させる工程;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
:を含み、
ここで、該複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、前記方法。
（態様３８）
2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、又はそれより多くの自己抗体が検出される、態様37記載の方法であって、
(a)該検査試料を、2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7以上の腫瘍マーカー抗原(ここで、該腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される)のパネルと接触させる工程
を含み、ここで、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される該腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、前記方法。
（態様３９）
7以上の自己抗体が検出される、態様37記載の方法であって、(a)該検査試料を7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8である)のパネルと接触させる工程
工程を含み、
ここで、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つの腫瘍マーカー抗原を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、前記方法。
（態様４０）
少なくともp53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示すものである、態様39記載の方法。
（態様４１）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、又は7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、前記キット。
（態様４２）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の自己抗体の検出のためのキットであって、
(a)7以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの7つは、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8である)のパネル;並びに
(b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体を検出することができる試薬
:を含む、前記キット。
（態様４３）
哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の、p53、SSX1、SOX2、GBU4-5、HuD、p53-95、及びCK8からなる群から選択される2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7つの腫瘍マーカー抗原に対して免疫学的に特異的な自己抗体を検出することによる、該哺乳動物対象における肺癌の検出のための2以上、3以上、4以上、5以上、6以上、又は7以上の腫瘍マーカー抗原のパネルの使用。

Claims (9)

  1. 哺乳動物対象由来の体液を含む検査試料中の3以上の自己抗体を検出することにより、該哺乳動物対象における肺癌を検出するための指標を提供する方法であって、
    ここで、該自己抗体のうちの3つは、腫瘍マーカー抗原p53、SSX1、及び、p62又はKOCのいずれかに対して免疫学的に特異的であり、
    該方法が、
    (a)該検査試料を、3以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの3つは、p53、SSX1、及び、p62又はKOCのいずれかである)のパネルと接触させる工程;並びに
    (b)該検査試料中に存在する自己抗体に結合した該腫瘍マーカー抗原の複合体の有無を決定する工程
    を含み、
    ここで、少なくともp53、SSX1、及び、p62又はKOCのいずれかを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示す指標である、前記方法。
  2. 前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びp62を含み、かつ少なくともp53、SSX1、及びp62を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示す指標である、請求項1記載の方法。
  3. 前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、及びKOCを含み、かつ少なくともp53、SSX1、及びKOCを含有する複合体の存在が肺癌の存在を示す指標である、請求項1記載の方法。
  4. 前記3以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、並びに、p62及び/又はKOC、並びにHuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、KRAS-G13C/Q61H、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、請求項1～3のいずれか一項記載の方法。
  5. 5以上の自己抗体が検出される、請求項1～3のいずれか一項記載の方法であって、
    該方法が、前記検査試料を、5以上の腫瘍マーカー抗原(該腫瘍マーカー抗原のうちの5つは、p53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4である)のパネルと接触させる工程を含み、ここで、少なくともp53、SSX1、p62又はKOC、HuD、及びMAGE A4を含有する複合体の存在が肺癌の存在を示す指標である、前記方法。
  6. 前記5以上の腫瘍マーカー抗原のパネルが、p53、SSX1、p62及び/又はKOC、HuD、並びにMAGE A4、並びに、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、GBU4-5、p53-95、CK8、KRAS-G13C/Q61H、ALDH1、p16、Lmyc2、及びα-エノラーゼ-1からなる群から選択される1以上の腫瘍マーカー抗原を含む、請求項5記載の方法。
  7. 前記腫瘍マーカー抗原のパネルが、
    (i)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE;
    (ii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20;
    (iii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE;
    (iv)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CAGE、CK20;
    (v)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
    (vi)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20;
    (vii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、CK20、CK8、KRAS-G13C/Q61H;
    (viii)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CK20、CK8、P53-95、KRAS-G13C/Q61H;
    (ix)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、CK20、CK8、KRAS-G13C/Q61H;
    (x)p53、SSX1、p62、HuD、MAGE A4、SOX2、NY-ESO-1、CAGE、GBU4-5、CK8、KRAS-G13C/Q61H;
    (xi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
    (xii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、GBU4-5;
    (xiii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、p16、GBU4-5;
    (xiv)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、α-エノラーゼ-1;
    (xv)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1;
    (xvi)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、ALDH1、p16、α-エノラーゼ-1、Lmyc2;
    (xvii)p53、SSX1、p62、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16;
    (xviii)p53、SSX1、p62、CAGE、NY-ESO-1、p16;
    (xix)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1;
    (xx)p53、SSX1、p62、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、α-エノラーゼ-1;
    (xxi)p53、SSX1、p62、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
    (xxii)p53、SSX1、p62、KOC、CAGE、SOX2、α-エノラーゼ-1;
    (xxiii)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、NY-ESO-1、SOX2、ALDH1、p16;
    (xxiv)p53、SSX1、KOC、HuD、NY-ESO-1、SOX2、p16、GBU4-5;
    (xxv)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、SOX2、GBU4-5、α-エノラーゼ-1、Lmyc2;
    (xxvi)p53、SSX1、KOC、CAGE、HuD、p16、GBU4-5;及び
    (xxvii)p53、SSX1、KOC、CAGE、SOX2、ALDH1、GBU4-5、Lmyc2
    から選択される腫瘍マーカー抗原の群のうちの1つを含むか又はそれからなる、請求項1～6のいずれか一項記載の方法。
  8. 前記腫瘍マーカー抗原が、天然のタンパク質もしくはポリペプチド、組換えタンパク質もしくはポリペプチド、合成タンパク質もしくはポリペプチド、合成ペプチド、ペプチド模倣物、多糖、又は核酸である、請求項1～7のいずれか一項記載の方法。
  9. 前記体液が、血漿、血清、全血、尿、汗、リンパ液、大便、脳脊髄液、腹水、胸水、精液、喀痰、乳頭吸引液、術後血清腫、唾液、羊水、涙、及び創傷ドレナージ液からなる群から選択される、請求項1～8のいずれか一項記載の方法。
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