JP7428994B2 - 測定システム - Google Patents
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Description
本発明の課題は、粒子群を測定対象の形態情報に基づいて分類する測定システムを提供することにある。
以下、図面を参照して学習結果出力装置の実施形態について説明する。
図1は、細胞測定システム1の外観構成を示す図である。
細胞測定システム1は、フローサイトメーター20と、学習結果出力装置10と、表示部11と、操作部12とを備える。学習結果出力装置10は、フローサイトメーター20が測定した測定対象の情報が含まれる信号を機械学習する。学習結果出力装置10は、この機械学習によって測定対象の特徴を解析する。
フローサイトメーター20は、細胞などの測定対象の光信号を検出する。測定対象とは、学習対象物の一例である。具体的には、測定対象とは、細胞である。以下の説明では、測定対象のことを、微粒子群とも記載する。フローサイトメーター20は、不図示の流路を備える。フローサイトメーター20は、この流路を流される測定対象の光信号の時系列信号を生成する。
光信号は、構造化された照明パターンを有する光学系又は光特性が互いに異なる複数の領域を有する構造化された検出系のいずれか又は両方を用い、測定対象と、光学系と、検出系とのうちのいずれかの間の相対位置を変化させつつ、一又は少数画素検出素子によって検出された測定対象を示す光信号の時系列信号である。
具体的には、光信号とは、フローサイトメーター20が備える不図示のセンサが検出した光の強度を示す情報である。センサとは、一又は少数画素検出素子の一例である。一又は少数画素検出素子とは、具体的には、一又は少数画素検出素子とは、PMT(photomultiplier tube;光電子倍増管)、ライン型PMT素子、APD(Avalanche Photo-diode、アバランシェフォトダイオード)、Photo-detector(PD:光検出器)などの単一受光素子及び少数受光素子、CCDカメラ及び、CMOSセンサなどである。センサが検出する光とは、フローサイトメーター20が備える不図示の照射部から、測定対象と、不図示の光空間変調器とによって変調された光である。ここで、光空間変調器とは、構造化された照明パターンの一例である。
フローサイトメーター20は、測定対象と、光学系と、検出系とのうちのいずれかの間の相対位置を変化させつつ、一又は少数画素検出素子によって光信号を検出する。この一例では、測定対象が流路を流されることにより、光学系と検出系との相対位置が変化する。
ここで、光学系について説明する。光学系が照射部と光空間変調器とを備える場合には、検出系は上述したセンサを備える。この構成のことを、構造化照明の構成とも記載する。
光学系が照射部を備える場合には、検出系は光空間変調器とセンサとを備える。この構成のことを、構造化検出の構成とも記載する。
フローサイトメーター20は、構造化照明の構成と、構造化検出の構成とのいずれの構成であってもよい。
[光信号の時系列信号について]
光信号の時系列信号とは、複数の光信号が取得された時刻と、光の強度の情報とがそれぞれ対応付けられた信号である。
フローサイトメーター20は、この時系列信号から測定対象の像を再構成することができる。この時系列信号には、測定対象の属性の情報が含まれる。属性とは、具体的には、測定対象の形状や、測定対象を構成する構成要素などが含まれる。測定対象が蛍光染色されている場合には、測定対象からの蛍光の輝度の程度などの情報が含まれる。なお、学習結果出力装置10は、測定対象の像を再構成することなく、測定対象の特徴を解析する。
学習結果出力装置10は、フローサイトメーター20が検出した光信号の時系列信号を取得する。学習結果出力装置10は、フローサイトメーター20から取得した時系列信号を機械学習する。学習結果出力装置10は、この機械学習により測定対象の属性を解析する。
表示部11は、学習結果出力装置10が解析した結果を表示する。
操作部12は、学習結果出力装置10を操作する操作者からの入力を受け付ける。操作部12とは、具体的には、キーボード、マウス、タッチパネルなどである。
図2は、学習結果出力装置10の機能構成の一例を示す図である。
学習結果出力装置10は、信号取得部101と、機械学習部102と、記憶部STと、操作検出部103と、表示データ生成部104と、表示部11と、制御信号生成部105とを備える。ここで、表示データ生成部104とは、グラフ情報生成部の一例である。
また、本実施形態では、機械学習部102は、予め教師ありの機械学習によって判定器が形成される。
機械学習部102は、取得した信号情報を判定器によって判定する。
機械学習部102は、この信号情報を判定した判定結果を、表示データ生成部104に対して供給する。この判定結果には、測定対象の属性のうちの少なくとも一つの属性について、この属性の程度を評価軸にする情報が含まれる。
ここで、図3を参照して、判定結果LIについて説明する。
図3は、機械学習部102がある信号情報を判定した判定結果の一例を示す図である。
判定結果LIとは、測定対象の属性を示す評価軸と、その属性の程度を示す値とが対応付けられた情報である。具体的には、判定結果LIには、評価軸の情報として“SVM-based Scores1”と、属性の程度を示す値として“VAL1”とが対応付けられた状態で含まれる。また、判定結果LIには、評価軸の情報として“SVM-based Scores2”と、属性の程度を示す値として“VAL2”とが対応付けられた状態で含まれる。
表示データ生成部104は、生成したグラフ情報を、表示部11に供給する。表示部11は、グラフ情報を表示画像として表示させる。
ゲーティングは、学習結果出力装置10を操作するユーザーによって行われる。ユーザーは、表示データ生成部104によって生成されたグラフ情報に基づいて、ゲーティングする操作を行う。操作検出部103は、このユーザーの操作を検出する。
ここで、図4から図6を参照して、表示データ生成部104が生成するグラフ情報について説明する。
図4は、表示データ生成部104が生成するグラフ情報の一例を示す図である。
図4に示すグラフは、判定結果LIに基づいて生成されるグラフである。このグラフは、評価軸に示す属性の程度毎に、該当する測定対象の数を示す。
図4に示すグラフの横軸は、評価軸“SVM-based Scores of Green Waveforms”である。上述したように、この評価軸は、機械学習部102によって機械学習された結果である判定結果LIに含まれる軸である。このグラフの縦軸は、測定対象の数である。
図6に示すグラフの点PT1は、上述した図5(b)及び図5(c)に示す判定結果LIを表す。このグラフは、複数の測定対象の数の比を示すグラフである。このグラフの横軸は、600個の細胞から“MCF-7”のみをDAPIによって染色し、この“MCF-7”が600個の細胞中に含まれる率を示す。
このグラフの縦軸は、600個の細胞から“MCF-7”と”MIA PaCa-2”との細胞質全体をFGによって染色したものであり、Blueの点はFGの蛍光輝度の総量に基づいて、600個の細胞の中から“MCF-7”の含まれる割合を判別した場合を示し、Redの点はFGによって染色された細胞質の形態情報をもとに、機械学習によって“MCF-7”が含まれると判定した率を示す。すなわち、このBlueの点は、横軸に正解データ、縦軸に細胞の形態情報を元に判別した結果をプロットしたものである。このように、学習結果出力装置10は、Blueの点が示すように従来の蛍光輝度の総量のみで判別する手法では正しく判別することができなかった細胞群に対し、Redの点が示すように、細胞形態に対して機械学習を用いることによって、より正確に細胞群を判別できることを示している。
次に、図7を参照して学習結果出力装置10の動作の概要について説明する。
図7は、学習結果出力装置10の動作の一例を示す流れ図である。
機械学習部102は、信号取得部101から信号情報を取得する。機械学習部102は、信号取得部101から取得した信号情報を機械学習する(ステップS20)。機械学習部102は、機械学習した結果である判定結果LIを、表示データ生成部104に対して供給する。機械学習部102は、判定結果LIを、制御信号生成部105に対して供給する。
制御信号生成部105は、生成した制御信号を、ソーティング部21に対して供給する(ステップS95)。
図8は、2つの軸をそれぞれ判定結果LIに基づく評価軸を軸にしたグラフの一例である。
領域AR1に含まれる点は、“SVM-based Scores1”が示す属性と、“SVM-based Scores2”が示す属性とを両方もつ測定対象を示す点である。領域AR2に含まれる点は、“SVM-based Scores1”が示す属性のみをもつ測定対象を示す点である。領域AR3に含まれる点は、“SVM-based Scores2”が示す属性のみをもつ測定対象を示す点である。領域AR4に含まれる点は、“SVM-based Scores1”が示す属性と、“SVM-based Scores2”が示す属性とを両方もたない測定対象を示す点である。
操作検出部103は、このゲーティング操作を検出する。操作検出部103は、検出したゲーティング操作を、表示データ生成部104に対して供給する。表示データ生成部104は、ゲーティング操作に基づいて、境界GLを描画する。
また、表示データ生成部104は、この境界GLに含まれる細胞群のグラフ情報を生成してもよい。この境界GLに含まれる細胞群のグラフ情報とは、例えば、上述した図5及び図6に示すヒストグラムや散布図などのグラフである。
以上説明したように、学習結果出力装置10は、信号取得部101と、機械学習部102と、表示データ生成部104とを備える。信号取得部101は、フローサイトメーター20から信号情報を取得する。この信号情報には、測定対象の様々な情報が含まれる。機械学習部102は、この信号情報に基づいて判定する。機械学習部102は、判定結果LIを生成する。機械学習部102が生成する判定結果LIには、測定対象の属性を軸とする評価軸が含まれる。表示データ生成部104は、機械学習部102が機械学習した判定結果LIに基づいて、属性の程度の評価軸を軸にして判定結果LIを表すグラフ情報を生成する。これにより、学習結果出力装置10は、判定結果LIに含まれる評価軸を軸にもつグラフを生成することができる。また、学習結果出力装置10は、判定結果LIに含まれる評価軸を組み合わせたグラフを生成することができる。これにより、学習結果出力装置10は、測定対象の様々な属性の程度を軸にした情報を生成することができる。学習結果出力装置10は、この情報に基づいて、粒子群を測定対象の形態情報に基づいて分類することができる。
また、学習結果出力装置10は、従来は分類することができなかった細胞の形態情報に基づく特徴量を、機械学習部102によって分類する。これにより、学習結果出力装置10は、従来は表示させることができなかった測定対象の特徴量を表示させることができる。
学習結果出力装置10は、制御信号生成部105を備える。制御信号生成部105は、操作検出部103が検出するゲーティング操作に基づいて、制御信号を生成する。このゲーティング操作により選択される細胞群は、学習結果LIに基づく評価軸のグラフに基づくものである。この評価軸が細胞の形態を示す形態情報の評価軸である場合には、細胞の形態に基づいて、ユーザーは、目的の細胞をゲーティングすることができる。制御信号生成部105によって生成される制御信号に基づいて、フローサイトメーター20は、目的の細胞をソーティングすることができる。
つまり、学習結果出力装置10は、従来の細胞群からの散乱光又は蛍光強度だけではなく、学習結果LIに含まれる評価軸を軸にしたグラフに基づく、ゲーティング操作を検出することができる。また、学習結果出力装置10は、このゲーティング操作を検出することにより、選択された細胞群を分取する制御信号を生成することができる。
さらに、前述した機能をコンピュータシステムにすでに記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるもの、いわゆる差分ファイル(差分プログラム)であってもよい。
Claims (10)
- 照射部と光空間変調器を備え、光特性が互いに異なる複数の領域を有する構造化された照明パターンを有する光学系と、
測定対象の形態情報を含む時系列信号を検出する一又は少数画素検出素子と、
前記一又は少数画素検出素子によって検出された前記時系列信号を示す信号情報を取得する信号取得部と、
前記信号取得部から取得した前記信号情報が示す前記時系列信号を、前記測定対象の属性のうちの少なくとも一つの属性について機械学習することによって判定器を作成し、作成した前記判定器を用いて前記測定対象の像を再構成することなく前記時系列信号を判定する機械学習部と、
前記機械学習部が判定した判定結果を表すグラフを示すグラフ情報を、ユーザーが前記属性のうちから評価軸として用いる属性を選択する操作に応じて前記操作によって選択された属性を1つの評価軸として生成するグラフ情報生成部と、
を備え、
前記操作によって前記属性が選択されることによって選択された評価軸は、前記機械学習部が前記判定器を用いて前記測定対象の像を再構成することなく前記時系列信号を判定するまで予め定められていない評価軸であり、
前記時系列信号は、前記測定対象と、前記照明パターンとの間の相対位置を変化させつつ、一又は少数画素検出素子によって検出される
測定システム。 - 前記一又は少数画素検出素子は、光電子倍増管、ライン型光電子倍増管素子、アバランシェフォトダイオード、または光検出器のうちいずれか1つである
請求項1に記載の測定システム。 - 前記グラフ情報生成部が生成する前記グラフ情報に基づいて、前記測定対象から選択測定対象をゲーティングする操作であるゲーティング操作に基づいて、前記測定対象のソーティングに用いる制御信号を生成する制御信号生成部を更に備える
請求項1に記載の測定システム。 - 前記測定対象の属性が前記形態情報を含む属性、または前記測定対象を構成する構成要素を含む属性である
請求項1に記載の測定システム。 - 前記測定対象が流される流路をさらに備え、
前記一又は少数画素検出素子は、前記流路を流される前記測定対象の形態情報を含む時系列信号を前記時系列信号として検出する
請求項1に記載の測定システム。 - 前記測定対象が、細胞である
請求項1に記載の測定システム。 - 前記操作によって前記属性が選択されることによって選択された評価軸の1つは、前記機械学習部が判定した判定結果に含まれ、前記属性の程度を示す値であって前記時系列信号を前記判定器により判定した際に前記判定器により算出されるスコアを示す軸である
請求項1に記載の測定システム。 - 前記判定器の少なくとも一部が、FPGA、またはASICによって構成されている
請求項1に記載の測定システム。 - コンピュータをさらに備え、
前記信号取得部、前記機械学習部、及び前記グラフ情報生成部それぞれの動作は、前記コンピュータがプログラムを実行する処理によって行われる
請求項1に記載の測定システム。 - 前記プログラムの少なくとも一部のプログラムは、通信回線により配信される方法、または読み取り可能な記録媒体から読み出される方法のいずれかの方法で前記コンピュータに供給される
請求項9に記載の測定システム。
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