JP7206383B2

JP7206383B2 - 異種スパイクタンパク質を有する４／９１ｉｂｖワクチン

Info

Publication number: JP7206383B2
Application number: JP2021523184A
Authority: JP
Inventors: アニカクレーマー－キュール; ハンス－クリスティアンフィリップ
Original assignee: Boehringer Ingelheim Vetmedica GmbH
Current assignee: Boehringer Ingelheim Vetmedica GmbH
Priority date: 2018-10-31
Filing date: 2019-10-28
Publication date: 2023-01-17
Anticipated expiration: 2039-10-28
Also published as: EP3873516A1; US20200129613A1; JP2022512836A; US20220265815A1; MX2021004907A; AR116876A1; US11744888B2; CO2021005066A2; US11224649B2; IL282465A; KR20210087058A; EA202191145A1; WO2020089164A1; CN112996537A; BR112021008440A2

Description

配列表
本出願は、37 C.F.R. 1.821～1.825に従って配列表を含む。本出願に添付の配列表は、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。

発明の背景
鶏コロナウイルス伝染性気管支炎ウイルス(IBV)はコロナウイルス科(Coronaviridae)、ニドウイルス目(Nidovirales)の原型ガンマコロナウイルスである。伝染性気管支炎ウイルスは主にニワトリの上気道上皮に感染し、一般的に二次的細菌病原体によって複雑にされる呼吸器疾患を引き起こす(Cook et al. 2012. Avian Pathol. 41:239-250)。一部のIBV株は、さらに腎細管、輸卵管及び胃腸管部分にも感染し、これらの臓器系に病変及び臨床徴候をもたらす。このウイルスは、商用及び裏庭の両ニワトリに世界中で存在する。その高いゲノム変異性のため、IBVは種々多様の遺伝子型、血清型及び防御型(protectotype)に区別されている。IBVは現在、家禽産業で経済的に最も関連性のあるウイルス病原体の1つみなされている。

伝染性気管支炎ウイルスは、27.6kbのプラスセンス一本鎖(positive sense single-stranded)RNAゲノムを有するエンベロープウイルスである(Cavanagh 2007. Vet. Res. 38:281-297)。このウイルスゲノムの最初の3分の2は大きいコード領域(遺伝子1とも表される)を含み、2つのオープンリーディングフレーム1a及び1bに分割され、これらはRNAの複製、編集、及び転写に関与する15の非構造タンパク質をコードする。このウイルスゲノムの最後の3分の1は、構造タンパク質：スパイクタンパク質(S、遺伝子2によってコードされる)、エンベロープタンパク質(E、遺伝子3cによってコードされる)、膜タンパク質(M、遺伝子4によってコードされる)、及びヌクレオカプシドタンパク質(N、遺伝子6によってコードされる)をコードする。タンパク質S、E及びMはウイルスエンベロープの一部であるが、タンパク質Nは、ウイルスRNAと共にリボヌクレオタンパク質核を形成する。コロナウイルススパイクタンパク質は、宿主種指向性を決定する(Kuo et al. 2000. J. Virol. 74:1393-1406)。それは二量体又は三量体膜貫通タンパク質であり、タンパク質分解により2つのサブユニット、S1及びS2に開裂される。重度グリコシル化S1ドメインは、スパイクタンパク質の「頭部」を形成し、宿主細胞表面の2,3連鎖シアル酸と相互作用する受容体結合ドメインを含む(Promkuntod et al. 2014. Virology. 448:26-32)。S2ドメインは、細胞質に位置する外部ドメインの残部(「柄」)、膜貫通ドメイン及び内部ドメインを含む。

今日まで最も広く使用された弱毒化生IBVワクチン株は、オランダで1960年代にマサチューセッツ(Massachusetts)様IBV株の連続継代によって開発された(Bijlenga et al. 2004; Avian Pathol. 33:550-557)。しかしながら、1970年代以来伝統的なマサチューセッツ様ワクチンが十分に防御しなかった、新しいIBV血清型が出現した(Cook et al. 2012. Avian Pathol. 41:239-250)。従って、新しく、かつ他のIBV血清型に対して高度に効果的なIBVワクチンが必要である。
IBVビューデッテ(Beaudette)(Geilhausen et al. 1973. Arch Gesamte Virusforsch.: 40 (3) (1973), pp. 285-290)及びH120 (G. Bijlenga et al. 2004. Avian Pathol.: 33 (6); pp. 550-557)は弱毒化IBVである。しかしながら、弱毒化は免疫原性の損失をもたらすことがある。

さらに、組換えIBVが生成された。Zhou et al. 2016 (Arch Virol.; 161:3179-3187)は、ビューデッテ(マサチューセッツ遺伝子型)スパイクタンパク質を有するH120(マサチューセッツ遺伝子型)IBVを開示している。Hodgson et al. 2004 (J Virol 78: 13804-13811)は、M41(マサチューセッツ遺伝子型)スパイクタンパク質を有するビューデッテ(マサチューセッツ遺伝子型)IBVを開示している。さらに、Armesto et al. 2011 (PLoS One: 6(8):e24352)は、4/91(4/91遺伝子型)からの異種スパイクタンパク質を有するIBV ビューデッテ(マサチューセッツ遺伝子型)を開示している。
しかしながら、Zhou et al. 2016及びHodgson et al. 2004に開示された組換えIBVは、IBVも挿入されたスパイクも同じ遺伝子型／血清型(マサチューセッツ)からのものなので異種スパイクタンパク質を有するIBVとみなすことはできない。さらに、全ての記載ワクチンは、ビューデッテをベースとする骨格に基づいているか又はビューデッテからのスパイクタンパク質を有する。
さらに、それぞれ、ビューデッテは数十年前に既に記載されており、ビューデッテを用いた組換え手法は十年以上前に知られているが、ビューデッテをベースとするワクチン及び該組換えワクチン(異種スパイクタンパク質を有する)は商業的に入手できない。ビューデッテをベースとする組換えIBVはワクチンとして適さない。Wei et al 2014 (Apl Microbiol Biotechnol 98)は、H120のS1サブユニットを有するビューデッテIBVを開示している。

Ellis et al 2018 (J. Virol. 92(23))、Hodgson et al (J. Virol. 78(24))及びArmesto et al. 2011 (PLoS One: 6(8):e24352)は全てM41又は4/91スパイクタンパク質を有するビューデッテIBVを開示している。しかしながら、Ellis et al 2018 (J. Virol. 92(23))は、ビューデッテスパイクS2サブユニットと共にM41又はQXからの異種S1サブユニットを有する組換えビューデッテはS1相同チャレンジに対して十分な防御を与えないと述べている(“A single vaccination of specific-pathogen-free chickens with rIBV expressing S1 of virulent strains M41 or QX, BeauR-M41(S1) and BeauR-QX(S1), gave incomplete protection against homologous challenge, based on ciliary activity and clinical signs”；抜粋)。さらにEllis et al 2018 (J. Virol. 92(23))は、完全長S遺伝子(M41からのS1及びS2)は相同血清型のIBVによるチャレンジに対して部分的防御を与えただけであると述べており(12ページ)、IBVビューデッテ株が組換えIBVワクチンの骨格として適さないことを示唆している。Hodgson et al (J. Virol. 78(24))は、さらにビューデッテ株も「不十分な免疫原性であると考えられる(is also considered to be poorly immunogenic)」、結果として、「それはワクチン株として決して使用されなかった(it has never been used as a vaccinal strain)」(13802ページ、左欄、第2パラグラフ)と開示している。従って、新規かつ非常に有効なIBVワクチン及び組換えIBワクチンをそれぞれ生成する必要がある。さらに、非常に有効なIBVワクチンベクターが必要である。

組換え野生型ウイルスCR88及びH52と比較したCR88 rIBV H52 Sの卵内複製速度論。データ点は、1時点当たり5サンプルの平均を表す。エラーバーは、標準偏差を示す。線毛運動障害スコアリングの概要。1動物の10輪について10個体のスコアの合計が計算され、グラフに1ドットで表される。最大線毛運動障害はスコア40に相当し、線毛運動障害の非存在はスコア0で表される。グラフパッドプリズム(GraphPad Prism)及び通常の一元配置ANOVA検定(p<0.0001)を用いて平均及び有意性が計算される。腎臓組織のRT-qPCR結果の概要。それぞれ個々のトリについて1データ点で示される。線毛運動障害スコアリングの概要。1動物の10輪について10個体スコアの合計が計算され、グラフに1ドットで表される。最大線毛運動障害はスコア40に相当し、一方で線毛運動障害の非存在はスコア0で表される。グラフパッドプリズム及び通常の一元配置ANOVA検定(p<0.0001)を用いて平均及び有意性が計算される。

発明の詳細な説明
本発明の態様を説明する前に、本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、単数形「a」、「an」、及び「the」には、文脈上明白に他の意味に解すべき場合を除き複数の言及が含まれることに留意しなければならない。従って、例えば、「an antigen」との言及には、複数の抗原が含まれ、「the virus」との言及には1種以上のウイルス及び当業者に既知のその等価物が含まれる等である。特に定義がない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、この発明が属する技術分野の当業者が一般的に理解する意味と同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似又は等価ないずれの方法及び材料をも本発明の実施又は試験に使用できるが、ここでは好ましい方法、装置、及び材料について述べる。本明細書で引用する全ての公表文献は、本発明に関連して使用する可能性のある該公表文献に報告された細胞株、ベクター、及び方法論を記載及び開示する目的で参照することより本明細書に組み込まれる。本明細書の如何なるものも、先行発明という理由で本発明が該開示に先行する権利を与えられないと承認するものと解釈すべきでない。

組成物本明細書中の如何なるものも、先行発明のおかげで、本発明がそのような開示に先んずる権利を与えられないと承認するものと解釈されるべきでない。本明細書中の如何なるものも、先行発明のおかげで、本発明がそのような開示に先んずる権利を与えられないと承認するものと解釈されるべきでない。
本発明は、先行技術に内在する問題を解決し、最新技術に明確な進歩をもたらす。
一般的に、本発明は、異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)を提供する。
用語「4/91 IBV」は当業者に周知である。用語「IBV」は伝染性気管支炎ウイルスを指す。用語「4/91」は、用語「793B」と互換的に使用され、特有のIBV血清型又は遺伝子型を定義する。4/91血清型又は遺伝子型は当業者に周知であり、UK/4/91、UK/793B/91及びCR88等の株を含む。IBV株は典型的にスパイクタンパク質のS1サブユニットのコード配列によって区別されるが(Valastro et al. 2016. Infect Genet Evol. 39:349-364)、それらの完全ヌクレオチド配列又はスパイクタンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープ(E)タンパク質若しくは膜(M)糖タンパク質等の特定タンパク質の配列によって区別することができる。スパイクタンパク質はIBVの宿主指向性及び抗原性を決定するので、IBV遺伝子型は、スパイクタンパク質のサブユニット1のコード配列によって分類される。これとは別に、IBV株をそれらの血清型によって区別することができる。血清型分類は、中和抗体でウイルスを処理する必要がある。

典型的なNOBILIS(登録商標)IB 4-91 (MSD Animal Health)、CEVAC IBird(登録商標)(CEVA；株1/96)、又はGallivac IB88 (Boehringer Ingelheim；株CR88121)等の４/9１IBVs. 4/91株をどこで購入できるかは当業者の一般知識の範囲内である。さらに4/91 IBV特有のワクチン株は数十年間使用されており(Jones 2010 Rev. Bras. Cienc. Avic. vol.12 no.2)、従って、野原から単離され得る。4/91 IBV株の単離方法及び4/91 IBV株の特徴づけ方法は当業者に周知である。典型的に、4/91 IBV株は、SHIMAZAKI et al. 2008 (J. Vet. Med. Sci. 71(5): 583-588)、Martin et al. 2014 (Avian Pathology Vol. 43, No. 3, 264-268)、Zanaty et al. 2016 (World J Virol; 5(3): 125-134)又はStenzel et al. 2017 (Polish Journal of Veterinary Sciences Vol. 20, No. 3, 599-601)に記載されているように特徴づけ得る。さらに、4/91 IBVは配列決定されており、KF377577等のゲノム配列が利用可能である。従って、ウイルスゲノムは、その配列を合成することによって生成可能であり、リバースジェネティクス系を適用すると生成され得る。

用語「スパイク」はIBVの特定タンパク質であり、当業者に周知である。スパイクタンパク質は、抗体及び防御免疫応答の主インデューサーである。さらに、スパイク(S)タンパク質は、宿主細胞の細胞受容体を結合することによって及び宿主とのウイルス-細胞膜融合を媒介することによってもIBVの細胞移入を促進する。さらに、スパイクタンパク質はウイルス株の組織及び細胞指向性を決定する。
用語「異種S(スパイク)」は、4/91 IBVに導入されたスパイクタンパク質又はそのフラグメントが、4/91 IBVとは異なる遺伝子型又は血清型からのものであることを意味する。従って、異種スパイクは、非4/91遺伝子型又は血清型のものである。
用語「タンパク質」、「アミノ酸」及び「ポリペプチド」は互換的に使用される。用語「タンパク質」は、天然に存在するアミノ酸並びにその誘導体で構成されたアミノ酸の配列を指す。天然に存在するアミノ酸は技術上周知であり、生化学の標準テキストに記載されている。アミノ酸配列内でアミノ酸はペプチド結合によって連結されている。さらに、アミノ酸配列の2つの端部は、カルボキシル末端(C末端)及びアミノ末端(N末端)と呼ばれる。用語「タンパク質」は、基本的に精製タンパク質又はさらに他のタンパク質を含むタンパク質製剤を包含する。さらに、この用語はタンパク質フラグメントにも関する。さらに、それは化学修飾されたタンパク質を含む、該修飾は、人工修飾又は自然に起こる修飾、例えばリン酸化、グリコシル化、ミリスチル化等であってよい。

さらに、本発明は、異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物をも提供する。
さらに、本発明は、本明細書に記載のIBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物をも提供する。従って、異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物を提供する。
用語「免疫原性組成物」は、免疫原性組成物が投与される宿主の免疫応答を誘発する少なくとも1種の抗原を含む組成物を指す。該免疫応答は、本発明の免疫原性組成物への細胞媒介及び／又は抗体媒介免疫応答であり得る。好ましくは、免疫原性組成物は免疫応答を誘発し、より詳細には、IBV感染の臨床徴候の1つ以上に対して防御免疫を与える。宿主は、「対象」とも記載される。好ましくは、本明細書で記載又は言及するいずれの宿主又は対象もトリ又は家禽である。
通常、「免疫応答」には、限定するものではないが、下記効果の1つ以上が含まれる：本発明の免疫原性組成物に含まれる1種の抗原又は複数の抗原に特異的に向けられた抗体、B細胞、ヘルパーT細胞、サプレッサーT細胞、及び／又は細胞傷害性T細胞及び／又はγδT細胞の産生又は活性化。好ましくは、宿主が防御免疫応答又は治療反応のどちらかを示すことになる。
「防御免疫応答」又は「防御免疫」は、感染宿主によって一般的に示される臨床徴候の減少若しくは欠如、迅速な回復時間及び／又は感染宿主の組織若しくは体液若しくは排泄物中の感染力の持続期間短縮若しくは病原力価の低下のいずれかによって実証されることになる。
新たな感染への抵抗性が増強され、及び／又は疾患の臨床的重症度が下がることになるような防御免疫応答を宿主が示す場合、免疫原性組成物は「ワクチン」と記述される。

4/91-IBV－タンパク質コード化配列による定義
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、KF377577(配列番号53)について示されるヌクレオチド配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を持つ配列を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、配列番号1について示されるヌクレオチド配列又はそれに対して少なくとも 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を持つ配列を有する。
用語「核酸」又は「核酸配列」又は「ヌクレオチド配列」は、DNA分子、RNA分子、cDNA分子又は誘導体を含めたポリヌクレオチドを指す。この用語は、一本鎖のみならず、二本鎖ポリヌクレオチドを包含する。本発明の核酸は、単離されたポリヌクレオチド(すなわちその自然状況から単離された)及び遺伝子修飾された形態を包含する。さらに、グリコシル化若しくはメチル化ポリヌクレオチド等の天然に存在する修飾されたポリヌクレオチド又はビオチン化ポリヌクレオチド等の人為的に修飾されたものを含め、化学修飾されたポリヌクレオチドも含まれる。さらに、用語「核酸」及び「ポリヌクレオチド」は互換性があり、いずれの核酸をも指す。用語「核酸」及び「ポリヌクレオチド」には、厳密には、5種の生物学的に存在する塩基(アデニン、グアニン、チミン、シトシン及びウラシル)以外の塩基で構成された核酸も含まれる。
用語「RNA」は、いずれのリボ核酸をも指す。この用語は一本鎖のみならず二本鎖RNAを包含する。本発明のRNAは単離されたRNA(すなわちその自然状況から単離された)及び遺伝子修飾された形態を包含する。さらに、メチル化RNA等の天然に存在する修飾されたRNA又はビオチン化RNA等の人為的に修飾されたものを含め、化学修飾されたRNAも含まれる。用語「RNA」には、厳密には、4種の生物学的に存在するヌクレオチド／塩基(アデニン、グアニン、シトシン及びウラシル)以外の塩基で構成されたRNAも含まれる。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBV株は、AGY56140(配列番号54)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%,93%,94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つスパイク(S)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBV株は、AF093793(配列番号60)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つスパイク(S1)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBV株は、EU914938(配列番号55)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%,93%,94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つスパイク(S1)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBV株は、KM067900(配列番号56)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%,93%,94% 95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つスパイク(S1)タンパク質を有する。

スパイクタンパク質配列又は核酸を用いて任意のIBV株が4/91起源のものかどうかを判断できることを理解しなければならない。しかしながら、4/91 IBVは骨格として使用され、4/91スパイクタンパク質又は核酸配列は異種スパイクタンパク質又はそのフラグメントに置き換えらえるので、異種スパイクタンパク質を有する最終IBVは、もはや4/91スパイクタンパク質のいずれをも含まないか又は残部しか含まない。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBV株は、配列番号2に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つスパイク(S)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、EU780081(配列番号57)について示されるアミノ酸配列又は上記配列の少なくとも1つに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つヌクレオカプシド(N)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、配列番号3に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つヌクレオカプシド(N)タンパク質を有する。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、AGY5614(配列番号58)について示されるアミノ酸配列3又はそれに対して少なくとも85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つエンベロープ(E)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、配列番号4に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つエンベロープ(E)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、AGY56144(配列番号59)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つ膜糖タンパク質(M)タンパク質を有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、配列番号5に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を持つ膜糖タンパク質(M)タンパク質を有する。

用語「同一性」又は「配列同一性」は技術上周知であり、2つ以上のポリペプチド配列間又は2つ以上のポリヌクレオチド配列間、すなわち基準配列と、この基準配列と比較すべき所与の配列との間の関係を指す。配列同一性は、配列が、該配列のストリング間の一致によって判定される最高度の配列類似性をもたらすように最適にアラインされた後に所与の配列を基準配列と比較することによって判定される。該アラインメントにより、配列同一性は位置ごとに確認され、例えば特定位置において、ヌクレオチド又はアミノ酸残基が同一であれば、その配列は当該位置で「同一」である。次に該位置同一性の総数を基準配列におけるヌクレオチド又は残基の総数で割って%配列同一性を得る。配列同一性は、既知の方法、例えば、限定するものではないが、Computational Molecular Biology, Lesk, A. N., ed., Oxford University Press, New York (1988), Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D.W., ed., Academic Press, New York (1993)；Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey (1994)；Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinge, G., Academic Press (1987)；Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M. Stockton Press, New York (1991)；及びCarillo, H., and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988)に記載の方法によって容易に計算することができる。これらの教示内容は、参照することにより本明細書に組み込まれる。配列同一性を判定するための好ましい方法は、調べる配列間の最大の一致を与えるようにデザインされる。配列同一性の判定方法は、所与の配列間の配列同一性を判定する公的に入手可能なコンピュータープログラムに成文化されている。該プログラムの例としては、限定するものではないが、GCGプログラムパッケージ(Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research, 12(1):387 (1984))、BLASTP、BLASTN及びFASTA (Altschul, S. F. et al., J. Molec. Biol., 215:403-410 (1990)が挙げられる。BLASTXプログラムは、NCBIその他の供給源から公的に入手可能である(BLAST Manual, Altschul, S. et al., NCVI NLM NIH Bethesda, MD 20894, Altschul, S. F. et al., J. Molec. Biol., 215:403-410 (1990)、これらの教示内容は、参照することにより本明細書に組み込まれる)。これらのプログラムは、所与の配列と基準配列との間の最高レベルの配列同一性をもたらすためデフォルトギャップウェイトを用いて配列を最適にアラインする。実例として、基準ヌクレオチド配列に対して、少なくとも、例えば、85%、好ましくは90%、さらに好ましくは95%の「配列同一性」を有するヌクレオチド配列を持つポリヌクレオチドとは、所与のポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が、基準ヌクレオチド配列のヌクレオチド各100個当たり15個まで、好ましくは10個まで、さらに好ましくは5個までの点変異を含み得ることを除いて基準配列と同一であることを意味する。換言すれば、基準ヌクレオチド配列に対して少なくとも85%、好ましくは90%、さらに好ましくは95%の同一性を有するヌクレオチド配列を持つポリヌクレオチドにおいて、基準配列のヌクレオチドの15%まで、好ましくは10%まで、さらに好ましくは5%までが欠失しているか又は別のヌクレオチドで置換されていてよく、或いは基準配列の総ヌクレオチドの15%、好ましくは10%、さらに好ましくは5%までの数のヌクレオチドが基準配列に挿入されていてよい。基準配列のこれらの変異は、基準ヌクレオチド配列の5'若しくは3'末端位置又は基準配列のヌクレオチド間に個々に若しくは基準配列内の1つ以上の隣接群のいずれかに散在している、当該末端位置間のどこでも起こり得る。同様に、基準アミノ酸配列に対して、少なくとも、例えば、85%、好ましくは90%、さらに好ましくは95%の配列同一性を有する所与のアミノ酸配列を持つポリペプチドとは、所与のポリペプチド配列が、基準アミノ酸配列のアミノ酸各100個当たり15個、好ましくは10個、さらに好ましくは5個までのアミノ酸変化を含み得ることを除いて、ポリペプチドの所与のアミノ酸配列が基準配列と同一であることを意味する。換言すれば、基準アミノ酸配列と少なくとも85%、好ましくは90%、さらに好ましくは95%の配列同一性を有する所与のポリペプチド配列を得るためには、基準配列のアミノ酸残基の総数の15%まで、好ましくは10%まで、さらに好ましくは5%までが欠失されるか又は別のアミノ酸と置き換えれるか、或いは基準配列のアミノ酸残基の総数の15%まで、好ましくは10%まで、さらに好ましくは5%までの数のアミノ酸が基準配列に挿入され得る。基準配列のこれらの変化は、基準アミノ酸配列のアミノ若しくはカルボキシ末端位置又は基準配列の残基間に個々に若しくは基準配列内の1つ以上の隣接群のいずれかに散在している、当該末端位置間のどこでも起こり得る。好ましくは、同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換によって異なる。しかしながら、保存的置換は、配列同一性の判定時の一致としては含められない。

用語「同一性」、「配列同一性」及び「同一性パーセント」は、本明細書では互換的に使用される。本発明の目的では、2つのアミノ酸配列又は2つの核酸配列の同一性パーセントを決定するため、配列は至適比較目的に合わせてアラインされると定義される(例えば、第1のアミノ酸又は核酸の配列に第2のアミノ酸又は核酸配列との至適アラインメントのためギャップを挿入することができる)。そして対応するアミノ酸又はヌクレオチドの位置にあるアミノ酸又はヌクレオチド残基を比較する。第1の配列の位置が、第2の配列の対応位置と同じアミノ酸又はヌクレオチド残基によって占有されているときは、分子は、当該位置で同一である。2つの配列間の同一性パーセントは、これらの配列によって共有される同一位置の数の関数である(すなわち、%同一性＝同一位置の数／位置の総数(すなわち重なり位置)×100)。好ましくは、2つの配列は同じ長さのものである。
配列比較は、比較される2つの配列の全長にわたって又は2つの配列のフラグメントにわたって行なってよい。典型的に、比較される2つの配列の完全長にわたって比較を行なうことになる。しかしながら、配列同一性は、例えば、12、15、100又はそれより多くの隣接アミノ酸残基の領域にわたって行なってよい。

当業者は、2つの配列間の相同性を判定するために様々なコンピュータープログラムを利用可能であることに気づくであろう。例えば、2つの配列間の配列の比較及び同一性パーセントの決定は、数学アルゴリズムを用いて達成可能である。好ましい実施形態では、2つのアミノ酸又は核酸配列間の同一性パーセントは、Accelrys GCGソフトウェアパッケージ(http://www.accelrys.com/products/gcg/で入手可能)のGAPプログラムに組み込まれているNeedleman and Wunsch (J. Mol. Biol. (48): 444-453 (1970))アリゴリズムを使用し、Blosum 62マトリックス又はPAM250マトリックス、並びに16、14、12、10、8、6、若しくは4のギャップウェイト及び1、2、3、4、5、若しくは6の長さウェイトを用いて決定される。当業者なら、全てのこれらの様々なパラメーターはわずかに異なる結果をもたらすことになるが、異なるアルゴリズムを用いても2つの配列の全体的な同一性パーセントは有意には変わらないことが分かるであろう。

本発明のタンパク質配列又は核酸配列はさらに、例えば、他のファミリーメンバー又は関連配列を同定するための公共データベースに対して検索を行なうための「クエリー配列」として使用可能である。該検索は、Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10のBLASTN及びBLASTPプログラム(バージョン2.0)を利用して実行可能である。BLASTPプログラム、スコア＝50、ワード長＝3を用いてBLASTタンパク質検索を行なって、本発明のタンパク質分子に相同性のアミノ酸配列を得ることができる。比較目的でギャップ付きアラインメントを得るため、Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25(17): 3389-3402に記載どおりにGapped BLASTを利用することができる。BLAST及びGapped BLASTプログラム(例えば、BLASTP及びBLASTN)を利用するときは、それぞれのプログラムのデフォルトパラメーターを使用できる。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/の国立バイオテクノロジー情報センター(National Center for Biotechnology Information)のホームページを参照されたい。

本明細書で使用する場合、特に用語「配列番号Xの配列と同一」は、それぞれ、用語「配列番号Xの長さにわたって配列番号Xの配列と同一」又は用語「配列番号Xの全長にわたって配列番号Xの配列と同一」と等価であるものと理解される。この文脈では、「X」は、「配列番号X」が本明細書に記載の任意の配列番号に相当するように1～61から選択される任意の整数である。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、スペイン/98/328、スペイン/92/35、IR-3654-VM、FR-CR88061-88、FR-85131-85、UK-1233-95、UK/3/91、スペイン/00/336、UK/4/91、UK/7/91、UK/793B/91、4/91-病原性、4/91弱毒化、IB4-91及びCR88から成る株のリストより選択される。

異種Sタンパク質
IBV株
IBV株は、血清型及び遺伝子型によって分類可能である。血清型分類は、中和抗体によるウイルスの処理を必要とするが、一方で遺伝子型分類は一般的にS1(スパイク)タンパク質の配列の調査を必要とする。しかしながら、当業者には様々なIBV株が周知である。伝染性気管支炎ウイルスは、最初に米国で1930年代に発見された。
最初に同定されたIBV血清型はマサチューセッツであり、1956年に異なるIBV血清型が発見されるまで唯一の血清型であり続けた。今日では、最初に同定されたマサチューセッツ型に加えて、アーカンソー及びデラウェアを含め、数種のさらなる血清型が米国で同定されている。現在は、IBV集団(Mass)ウイルスが世界の多くの国で同定可能である。
IBV株ビューデッテはマサチューセッツ型のものであり、ニワトリ胚で少なくとも150継代後に誘導された。IBV株ビューデッテは最初にビューデッテ及びハドソン(Hudson)によって単離され(J. Am. Vet. Med. A. 90, 51-60, 1937)、ニワトリ胚で継代された。ビューデッテ以外の他のマサチューセッツ型IBV株は、H120、H52、及びM41である。H120株は120回継代された。

IBV QXは、最初に中国で単離されたIBVの毒性野生単離株(field isolate)と評されている。しかしながら、このウイルスは欧州に広がり、西欧の一部、主にオランダで、しかしドイツ、フランス、ベルギー、デンマーク及びイギリスでも同定されている。さらに、QX遺伝子型又は血清型は、アジア及びアフリカの数か国で記述されている。
「イタリアン(Italien)-02」又は「イタリア-02」と名付けられた株が1990年代にイタリアで単離された。これらの単離株の1つの配列解析が2002年に公表された(NCBI-BLAST、番号AJ457137)。しかしながら、研究により、このイタリアン-02株は欧州で蔓延し、IBV変異株4/91とは異なり、それはイギリス、スペイン、フランス及びオランダで最も優勢な遺伝子型の1つになってきたことが明らかになった。
1996年以来、Q1と呼ばれる新しい伝染性気管支炎ウイルス(IBV)遺伝子型が、中国内で広まり、2011年にイタリアで初めて報告された。Q1は、死亡率、腎臓障害及び腺胃炎(proventriculitis)の増加と関連する。
さらに、株D274、B1648/D8880、D1466、V1397及びアーカンソーが欧州でも同定されている。

任意のIBV株をどこで得るかは当業者の一般知識の範囲内である。IBV株は、商業的に購入するか、又は科学協会から得ることができ、或いはIBV株は配列決定され、配列が公表されており、従って、入手可能なので、相補DNAとして総合的にゲノムを合成することができる。さらに、IBV株は野原から単離可能である。IBV株の単離方法及びIBV株の特徴づけ方法は当業者に周知である。Valter Leonardo de Quadros 2011 (Dissertation, Das Infektiose Bronchitis Virus (IBV): Molekularbiologische Untersuchungen zur Diagnostik und zum Vorkommen sowie zur Pathogenitat des Genotyps IBV QX in spezifisch pathogenfreien (SPF) Broilern, Freie Universitat Berlin)、Worthington et al. 2009 (Avian Pathology 37(3), 247-257)、Liu et al. 2009 (Virus Genes 38: 56-65)、Dolz et al. 2006 (Avian Pathology 35 (2): 77-85)、Farsang et al. 2002 (Avian Pathology 31: 229-236)及びFeng et al. 2014 (Virus Genes 49: 292-303)は、様々なIBV株の単離及び分化方法について記載している。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種スパイクは非4/91遺伝子型又は血清型のものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、アーカンソー(例えばアーカンソー 99)、ブラジル(例えばBR-1、BR-2、23/2013、IBV/ブラジル/351/1984)、カリフォルニア(例えばカリフォルニア1734/04、カリフォルニア99)、コネチカット、デラウェア(例えばデラウェア98)、オランダ(例えばD207、D212、D274、D3128、D3896、D8880、D1466)、フロリダ、ジョージア(例えばジョージアGA-07、GA-08、GA-12、GA-13)、グレー、ホルテ、アイオワ(例えばアイオワ97及びアイオワ69)、イタリア(例えばイタリア02)、JMK、LDT3、メイン(例えばメイン209)、マサチューセッツ(M41、H52、H120)、ペンシルベニア(例えばペンシルベニア1220/98、ペンシルベニアWolg/98)、PL84084、Qu(例えばQu-mv)、QX(例えばGB341/96)、Q1、SE 17及びバリアント(Variant)2(例えばIS/1494/06、IBV/Ck/EG/CU/4/2014、γCoV/Ck/ポーランド/G052/2016)から成るリストより選択される遺伝子型又は血清型を有するIBVからのものである。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、マサチューセッツ、QX、Q1、イタリア02、アーカンソー、コネチカット、ジョージア、LDT3、PL84084、バリアント2又はブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストより選択されるIBVからのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストより選択されるIBVからのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではマサチューセッツ株は、H120、H52、スペイン/98/308、IBMA5-1、SD/97/01、スペイン/96/334、M41-M21883から成るリストより選択される。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではQX株は、FR-L1450T-05、FR-L1450L-05、NL-L1449T-04、NL-L1449K-04、IBV/Ck/SP/170/09、IBV/Ck/SP/79/08、IBV/Ck/SP/248/09、HBN、IBVQX、LX4、BJQ、CK/CH/LGD/03及びGB341/96から成るリストより選択される。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではQ1株は、CK/CH/LDL/98I、CK/CH/LSD/08-10、J2、Q1、AR08ER22、AR08BA21及びチリ-295-10から成るリストより選択される。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではアーカンソー株は、Ark99、ArkGA、ArkDPI、AL/5364/00、ARKDPI11、AL/0803/01、AL/7149/00、ArkDPI101、AL/1221/01、AL/1793/01及びAL/4614/98から成るリストより選択される。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではバリアント2株は、IS/1494/06、IBV/Ck/EG/CU/4/2014、γCoV/Ck/ポーランド/G052/2016、Eg/CLEVB-2/IBV/012、D1344/2/4/10_EG、TR8及びIB VAR2-06から成るリストより選択される。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではブラジル株は、BR-1、BR-2、23/2013及びIBV/ブラジル/351/1984から成るリストより選択される。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、マサチューセッツ遺伝子型又は血清型からのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、配列番号6又は7に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型マサチューセッツからのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、配列番号8又は9に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型QXからのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、配列番号10又は11に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型Q1からのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、配列番号12又は13に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型アーカンソーからのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、配列番号14又は15に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型バリアント2からのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、配列番号16又は17に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型ブラジルからのものである。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質又はそのフラグメントは、配列番号6、7、8、9、10、11,12、13、14、15、16又は17から成るリストより選択される。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質は、完全長スパイクタンパク質である。

本実験データは、完全長スパイクタンパク質配列を使用できることを示す。しかしながら、スパイクタンパク質の外部ドメイン等のスパイクタンパク質配列のフラグメントも同様に使用できることは周知である。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントは、少なくとも500、750、1000又は1075アミノ酸の長さを有する。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントは、N末端から少なくとも500、750、1000又は1075アミノ酸の長さを有する。
用語「N末端(N-terminus)」は当業者に周知である。N末端は、アミノ末端、NH2末端、N末端(N-terminal end)又はアミン末端とも呼ばれる。タンパク質がメッセンジャーRNAから翻訳されるとき、タンパク質はN末端からC末端まで作り出される。従って、N末端は、前記アミン基(-NH2)を含むアミノ酸鎖(タンパク質又はポリペプチド)の開始点である。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントは、少なくとも1000アミノ酸の長さを有する。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントは、スパイクタンパク質の外部ドメインである。
用語「外部ドメイン」は当業者に周知である。スパイクタンパク質は、様々な機能部分、シグナル配列、外部ドメイン、膜貫通ドメイン及び内部ドメイン(N末端からC末端まで)を含む。従って、シグナル配列の切断後、スパイクタンパク質のN末端は外部ドメインから始まる。IBVスパイク外部ドメインは、約1075アミノ酸の長さを有し、IBV株によって決まる少数のアミノ酸だけ長さが異なる。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントは相同Sタンパク質又はそのフラグメントに取って代わっている。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントは、天然に存在するSタンパク質又はそのフラグメントに取って代わっている。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントは、4/91 IBVのSタンパク質又はそのフラグメントに取って代わっている。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではIBVは弱毒化される。
用語「弱毒化」は、野生型単離株に比べて低減した毒性を有する病原体を指す。本発明では、弱毒化IBVは、それがIBV感染の臨床徴候を引き起こさないように毒性が減少しているが、標的動物に免疫応答を誘発する能力があるIBVであるが、臨床徴候が、非弱毒化IBVに感染し、かつ弱毒化ウイルスを受けていない動物の「対照群」と比較して弱毒化IBVに感染した動物の発生率又は重症度が減少することを意味することもある。この文脈では、用語「減少する／減少した」は、上記定義どおりの非弱毒化IBVに感染した対照群に比べて少なくとも10%、好ましくは25%、さらに好ましくは50%、さらに好ましくは60%、さらに好ましくは70%、さらに好ましくは80%、さらに好ましくは90%、さらに好ましくは95%、最も好ましくは100%の減少を意味する。従って、弱毒化IBV株は、修飾された生IBVを含む免疫原性組成物への組み込みに適した株である。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではIBVは不活化される。
いずれの従来の不活化方法も本発明の目的に使用可能である。従って、当業者に既知の化学的及び／又は物理的処理によって不活化を行なうことができる。好ましい不活化方法としては、二元エチレンイミン(BEI)に環化された2-ブロモエチレンアミンヒドロブロミド(BEA)溶液の添加を含む環化二元エチレンイミン(BEI)の添加がある。好ましいさらなる化学的不活化剤は、限定するものではないが、トリトンX100、デオキシコール酸ナトリウム、臭化セチルトリメチルアンモニウム、β-プロピオラクトン、チメロサール、フェノール及びホルムアルデヒド(ホルマリン)を含む。しかしながら、不活化は、中和ステップを含んでもよい。好ましい中和剤としては、限定するものではないが、チオ硫酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム等がある。
好ましいホルマリン不活化条件は、約0,02%(v/v)～2,0%(v/v)、さらに好ましくは約0,1%(v/v)～1,0%(v/v)、さらに好ましくは約0,15%(v/v)～0,8%(v/v)、さらに好ましくは約0,16%(v/v)～0,6%(v/v)、最も好ましくは約0,2%(v/v)～0,4%(v/v)のホルマリン濃度を含む。インキュベーション時間は、IBVの抵抗性によって決まる。一般的に、不活化プロセスは、適切な培養系内でIBVの成長が検出できなくなるまで行なわれる。
好ましくは、本発明の不活化IBVは、好ましくは上記濃度を用いてホルマリン不活化される。
本発明の不活化IBVは、Nature, 1974, 252, 252-254又はJournal of Immunology, 1978, 120, 1109-13に記載の技術等の既知の技術を用いてリポソームに組み入れてよい。本発明の別の実施形態では、本発明の不活化IBVは、多糖、ペプチド、タンパク質等、又はその組み合わせのような適切な生物学的化合物に抱合させてよい。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではIBVは遺伝子操作される。
用語「遺伝子操作される」は、「リバースジェネティクス」手法を用いて変異導入されたIBVを指す。好ましくは、本発明のIBVは、遺伝子操作されている。リバースジェネティクス技術は、合成組換えウイルスRNAの調製を必要とする。しかしながら、「リバースジェネティクス」技術は当業者に周知である。
本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではIBVは組換えIBVである。
本明細書で使用する用語「組換え」は、対応するRNAゲノム(又はRNA配列、cDNA配列若しくはタンパク質)に対して自然に起こらない任意の修飾を有するRNAゲノム(又はRNA配列、cDNA配列若しくはタンパク質)に関するものである。例えば、RNAゲノム(又はRNA配列、cDNA配列若しくはタンパク質)は、それが人為的に、例えば、ヒトの介入によって導入された挿入、欠失、逆位、再配置又は点変異を含む場合は「組換え」とみなされる。従って、RNAゲノム配列(又はRNA配列、cDNA配列若しくはタンパク質)は、それが本来関連している配列(又はRNA配列、cDNA配列若しくはタンパク質)の全て又は一部と関連していない。ウイルスに関して使用する用語「組換え」は、ウイルスゲノムの人為的操作によって産生されるウイルスを意味する。用語「組換えウイルス」は、遺伝子修飾されたウイルスを包含する。

本発明のIBV又は免疫原性組成物の別の特定態様ではIBVはキメラである。
用語「キメラ」は、別のコロナウイルスから、好ましくは別のIBV株からの1つ以上のヌクレオチド配列を含むIBVを指す。典型的に、異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードするIBV 4/91はキメラIBVである。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では免疫原性組成物はワクチンである。用語「ワクチン」については本明細書の他の箇所で既に述べた。しかしながら、新たな感染への抵抗性が向上し及び／又は疾患の臨床的重症度が低減することになるような防御免疫応答を宿主が示す場合、該免疫原性組成物は「ワクチン」と称される。

本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では免疫原性組成物は医薬的に許容される担体を含む。
用語「医薬的に許容される担体」には、ありとあらゆる溶媒、分散媒体、コーティング、安定剤、希釈剤、保存剤、抗細菌剤、抗真菌剤、等張剤、吸着遅延剤、アジュバント、免疫刺激剤、及びその組み合わせが含まれる。
「希釈剤」としては、水、食塩水、デキストロース、エタノール、グリセロール等が挙げられる。等張剤としては、とりわけ塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール、及びラクトースが挙げられる。安定剤としては、とりわけエチレンジアミン四酢酸のアルミニウム塩及びアルカリ塩が挙げられる。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では医薬的に許容される担体はリン酸緩衝食塩水である。
好ましくは、免疫原性組成物は、さらにスクロースゼラチン安定剤を含む。
好ましくは、医薬的に許容される担体はキトサンである。
キトサンは、甲殻類(例えば、エビ、カニ)、昆虫、及び他の無脊椎動物のキチンからの天然の脱アセチル化多糖である。最近、Rauw et al. 2009 (Vet Immunol Immunop 134:249-258)は、キトサンがニューカッスル病の生ワクチンの細胞免疫応答を向上させ、その防御作用を促進することを実証した。さらに、Wang et al., 2012 (Arch Virol (2012) 157:1451-1461)は、弱毒化インフルエンザ生ワクチンにアジュバントとして使用するキトサンの可能性を明らかにする結果を示した。

好ましくは、免疫原性組成物はさらに1種以上の他の免疫調節剤、例えばインターロイキン、インターフェロン、又は他のサイトカインを含むことがある。本発明の状況で有用なアジュバント及び添加剤の量及び濃度は、当業者なら容易に決定することができる。
いくつかの態様では、本発明の免疫原性組成物はアジュバントを含む。本明細書で使用する「アジュバント」としては、水酸化アルミニウム及びリン酸アルミニウム、サポニン、例えば、Quil A, QS-21 (Cambridge Biotech Inc., Cambridge MA)、GPI-0100 (Galenica Pharmaceuticals, Inc., Birmingham, AL)、油中水エマルション、水中油エマルション、水中油中水エマルションが挙げられる。エマルションは、特に軽質液体パラフィン油(欧州薬局方(Pharmacopea)タイプ)；イソプレノイド油、例えばスクワラン又はスクワレン；アルケン、特にイソブテン又はデセンのオリゴマー化の結果として生じる油；直鎖アルキル基を含有する酸又はアルコールのエステル、さらに特に植物油、オレイン酸エチル、ジ(カプリル酸/カプリン酸)プロレングリコール、トリ(カプリル酸/カプリン酸)グリセリル又はジオレイン酸プロレングリコール；分岐脂肪酸又はアルコールのエステル、特にイソステアリン酸エステルが挙げられる。油を乳化剤と併用してエマルションを形成する。乳化剤は、好ましくは非イオン性界面活性剤、特にソルビタンのエステル、マンニドのエステル(例えば無水オレイン酸マンニトール)、グリコールのエステル、ポリグリセロールのエステル、プロピレングリコールのエステル、及びオレイン酸、イソステアリン酸、リシノール酸若しくはヒドロキシステアリン酸のエステル（場合によりエトキシル化されている）、並びにポリオキシプロピレン-ポリオキシエチレンコポリマーブロック、特にPluronic製品、特にL121である。Hunter et al., The Theory and Practical Application of Adjuvants (Ed.Stewart-Tull, D. E. S.)、JohnWiley and Sons, NY, pp51-94 (1995)及びTodd et al., Vaccine 15:564-570 (1997)を参照されたい。例となるアジュバントは、“Vaccine Design, The Subunit and Adjuvant Approach”(M. Powell and M. Newman編集, Plenum Press, 1995)の147ページに記載のSPTエマルション及びこの同書籍の183ページに記載のエマルションMF59である。

アジュバントのさらなる例は、アクリル酸若しくはメタクリル酸のポリマー及び無水マレイン酸とアルケニル誘導体のコポリマーから選択される化合物である。有利なアジュバント化合物は、特に糖のポリアルケニルエーテル若しくはポリアルコールで架橋されているアクリル酸又はメタクリル酸のポリマーである。これらの化合物は、用語カルボマーによって知られている(Phameuropa Vol. 8, No. 2, June 1996)。当業者は、米国特許第2,909,462号を参照することもでき、この特許は、好ましくは8個以下の少なくとも3個のヒドロキシル基を有し、少なくとも3個のヒドロキシルの水素原子が、少なくとも2個の炭素原子を有する不飽和脂肪族基に置き換えられているポリヒドロキシル化合物で架橋されている該アクリル酸ポリマーを記載している。これらの好ましい基は2～4個の炭素原子を含有するもの、例えばビニル、アリル及び他のエチレン性不飽和基である。不飽和基はそれら自体メチル等の他の置換基を含有してよい。名称カーボポール(Carbopol)(BF Goodrich, Ohio, USA)で販売されている製品が特に適している。それらは、アリルスクロース又はアリルペンタエリスリトールで架橋されている。それらのうち、カーボポール974P、934P及び971Pに言及し得る。カーボポール971Pの使用が最も好ましい。無水マレイン酸及びアルケニル誘導体のコポリマーの中には、無水マレイン酸とエチレンのコポリマーであるコポリマーEMA(Monsanto)がある。これらのポリマーの水中での溶解が酸溶液をもたらし、これが好ましくは生理的pHまで中和されて、免疫原性、免疫学的又はワクチン組成物自体がその中に組み込まれることになるアジュバントを与える。

さらなる適切なアジュバントとしては、限定するものではないが、RIBIアジュバント系(Ribi Inc.)、ブロックコポリマー(CytRx, Atlanta GA)、SAF-M(Chiron, Emeryville CA)、モノホスホリルリピドA、アブリジンリピド-アミンアジュバント、大腸菌由来の熱不安定性エンテロトキシン(組換え体その他)、コレラ毒素、IMS 1314若しくはムラミルジペプチド、或いは天然に存在するか若しくは組換えサイトカイン又はその類似体又は内在性サイトカイン放出の刺激因子が挙げられるが、他にも多数ある。
アジュバントは1用量当たり約100μg～約10mgの量、好ましくは1用量当たり約100μg～約10mgの量、さらに好ましくは1用量当たり約500μg～約5mgの量、さらに好ましくは1用量当たり約750μg～約2.5mgの量、最も好ましくは1用量当たり約1mgの量で添加できると予想される。或いは、アジュバントは最終生成物の体積で約0.01～50%の濃度、好ましくは約2%～30%の濃度、さらに好ましくは5%～25%の濃度、さらに好ましくは約7%～22%の濃度、最も好ましくは10%～20%の濃度であってよい。

本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では免疫原性組成物は、必要性がある対象においてIBVによって引き起こされる臨床徴候の処置及び／又は予防に有効である。用語「処置及び／又は予防」、「臨床徴候」及び「必要性がある」については他の箇所で定義した。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では免疫原性組成物は、異種スパイクタンパク質の遺伝子型又は血清型のIBV株によるチャレンジに対して防御する。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では免疫原性組成物は、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2又はブラジル遺伝子型の株によるチャレンジに対して防御する。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では免疫原性組成物は、マサチューセッツ遺伝子型の株によるチャレンジに対して防御する。

本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では前記免疫原性組成物は、単一用量投与用に製剤化される。
単一用量のための体積については、本明細書の他の箇所で定義した。
さらに、ある用量の本発明の免疫原性組成物が該単一用量の該免疫原性組成物の投与後に有効であることが分かった。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では免疫原性組成物は、皮下、筋肉内、卵内、経口、スプレーを介して、飲料水を介して、又は点眼によって投与される。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では、免疫原性組成物は、1用量当たり1～10 log₁₀ EID50のIBVを含む。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では、免疫原性組成物は、1用量当たり2～5 log₁₀ EID50のIBVを含む。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では、免疫原性組成物は、1用量当たり2～4 log₁₀ EID50のIBVを含む。

キット
本組成物は、必要に応じて、活性成分を含有する1以上の単位剤形を含有し得るパック又はディスペンサーデバイスで提供してよい。パックは、例えば金属又はプラスチック箔、例えばブリスターパックを構成し得る。パック又はディスペンサーデバイスには、好ましくは対象、特に家禽への投与に適した投与のための説明書を添付し得る。該容器は、医薬品又は生物学的製剤の製造、使用又は販売を管理する政府機関によって指図される形式で注意を伴うことがあり、この注意は、ヒト投与のための製造、使用又は販売の政府機関による承認を反映している。
従って、本発明は、本明細書に記載のIBV又は免疫原性組成物を含むキットを提供する。
本発明のキットの1つの特定態様ではキットは、さらにトリの疾患の処置及び／又は予防のための指示書を含む。
本発明のキットの1つの特定態様ではキットは、さらに家禽の疾患の処置及び／又は予防のための指示書を含む。
本発明のキットの1つの特定態様ではキットは、さらにIB(伝染性気管支炎)の処置及び／又は予防のための指示書を含む。

処置方法
さらに、本発明は、対象を免疫化する方法であって、本明細書に記載の免疫原性組成物を該対象に投与することを含む方法を提供する。
用語「免疫化する」は、免疫化される対象に免疫原性組成物を投与し、それによって該免疫原性組成物に含まれる抗原に対する免疫応答を引き起こす能動免疫化に関するものである。
好ましくは、免疫化は、群れにおける特定のIBV感染の発症を減らすことになるか又は特定のIBV感染によって引き起こされるか若しくは特定のIBV感染と関連する臨床徴候の重症度の減少をもたらす。
さらに、必要としている対象の免疫原性組成物による免疫化は、IBV感染による対象の感染症を予防することになる。さらに好ましくは、免疫化は、IBV感染に対する効果的な長期間にわたる免疫応答をもたらす。前記期間は、1カ月超、好ましくは2カ月超、好ましくは3カ月超、さらに好ましくは4カ月超、さらに好ましくは5カ月超、さらに好ましくは6カ月超続くことになる。免疫化は、免疫化された全ての対象に有効なわけでないことを理解すべきである。しかしながら、この用語は、群れのかなりの部分の対象が効果的に免疫化されることを必要とする。

好ましくは、対象の群れは、この状況では、普通は、すなわち、免疫化されなければ、IBV感染によって引き起こされるか又はIBV感染と関連する臨床徴候を生じることになると想定される。群れの対象が有効に免疫化されるかどうかは当業者なら難なく判断することができる。好ましくは、免疫化は、所与の群れの対象の少なくとも33%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、さらに好ましくは少なくとも95%、最も好ましくは100%の臨床徴候が、免疫化されていないか又は本発明の前に利用可能だった免疫原性組成物で免疫化されたがその後で特定IBVに感染した対象に比べて発生率又は重症度において少なくとも10%、さらに好ましくは少なくとも20%、さらに好ましくは少なくとも30%、さらに好ましくは少なくとも40%、さらに好ましくは少なくとも50%、さらに好ましくは少なくとも60%、さらに好ましくは少なくとも70%、さらに好ましくは少なくとも80%、さらに好ましくは少なくとも90%、さらに好ましくは少なくとも95%、最も好ましく100%減少すれば有効であるものとする。

さらに、本発明は、必要性がある対象においてIBVによって引き起こされる臨床徴候を処置又は予防する方法であって、本明細書に記載の免疫原性組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法を提供する。
用語「処置又は予防すること」は、群れにおける特定IBV感染の発生率の低減又は特定IBV感染によって引き起こされるか若しくは特定IBV感染と関連する臨床徴候の重症度の減少を指す。従って、用語「処置又は予防すること」は、群れにおける特定IBVに感染する対象数の減少(＝特定IBV感染の発生率の低下)或いは本明細書で提供する免疫原性組成物の有効量を対象が受けた対象群において、対象が該免疫原性組成物を受けたことがない対象群と比較して、一般的にIBV感染と関連するか若しくはIBV感染によって引き起こされる臨床徴候の重症度が減少すること又は特定IBV感染後のウイルス排出を減らすこと又は特定IBV感染後の産卵鶏の産卵低下を予防するか若しくは軽減することをも指す。
「処置又は予防すること」は、一般的に本発明の免疫原性組成物の有効量を、該処置／予防を必要とするか又は処置／予防から利益を得る可能性のある対象若しくは対象の群れに投与することを含む。用語「処置」は、対象又は群れの少なくとも一部の対象が既に該IBVに感染し、かつ該対象が該IBV感染によって引き起こされるか又は該IBV感染と関連するいくつかの臨床徴候を既に示している時点で有効量の免疫原性組成物を投与することを指す。用語「予防」は、該対象のIBVによるいずれもの感染前又は少なくとも該対象若しくは対象群のどの対象も該IBVによって引き起こされるか若しくは該IBVと関連する如何なる臨床徴候をも示していない対象の投与を指す。用語「予防(prophylaxis)」及び「予防すること(preventing)」は、本出願では互換的に使用される。

本明細書で使用する用語「有効量」は、限定するものではないが、対象の免疫応答を誘発するか又は誘発できる抗原の量を意味する。該有効量は、群れの特定IBV感染の発生率を下げるか又は特定IBV感染の臨床徴候の重症度を軽減することができる。
好ましくは、臨床徴候は、免疫原性組成物で処置されていないか又は本発明前に利用可能だった免疫原性組成物で処置したがその後に特定IBVに感染した対象に比べて、発生率又は重症度が少なくとも10%、さらに好ましくは少なくとも20%、さらに好ましくは少なくとも30%、さらに好ましくは少なくとも40%、さらに好ましくは少なくとも50%、さらに好ましくは少なくとも60%、さらに好ましくは少なくとも70%、さらに好ましくは少なくとも80%、さらに好ましくは少なくとも90%、さらに好ましくは少なくとも95%、最も好ましくは100%低減する。

本明細書で使用する用語「臨床徴候」は、IBVによる対象の感染の徴候を指す。感染の臨床徴候は、選ばれた病原によって決まる。該臨床徴候の例としては、限定するものではないが、呼吸困難、腎炎、卵管炎(salphingitis)、異常産卵、逆立った羽、抑うつ状態、成長速度低下及び食欲減退が挙げられる。呼吸困難の徴候は、例えばあえぎ等の呼吸徴候、咳嗽、くしゃみ、気管ラ音(tracheal rales)、鼻汁、眼漏、気管病変及び気管の線毛運動障害を包含する。腎炎の徴候は、腎臓障害及び水様性下痢を包含する。異常産卵の徴候は、産卵低下、小サイズの卵、劣性殻、内卵品質低下、卵白が薄い卵及び輸卵管の線毛運動障害を包含する。しかしながら、臨床徴候には、限定するものではないが、生きている動物から直接観察できる臨床徴候も含まれる。生きている動物から直接観察できる臨床徴候の例としては、鼻汁、眼漏、咳嗽、あえぎ、くしゃみ、気管ラ音、逆立った羽、結膜炎、体重減少、成長速度低下、食欲減退、脱水症状、水様性下痢、跛行、嗜眠、消耗及び不始末(unthriftiness)等が挙げられる。
好ましくは、処置されていないか又は本発明前に利用可能だった免疫原性組成物で処置されたが、その後に特定IBVに感染した対象に比べて処置対象において発生率又は重症度が低減される臨床徴候は、線毛運動障害の減少、ラ音の減少、産卵低下の減少、腎臓障害の減少、水様性下痢の減少、体重減少の軽減、より少ないウイルス負荷(virus load)、減少したウイルス排出、又はその組み合わせを指す。

本明細書で使用する用語「必要とする」又は「必要性がある」は、投与／処置が、本発明に従って免疫原性組成物を受ける対象の健康若しくは臨床徴候の向上若しくは改善又は健康へのいずもれの他のポジティブな薬効を伴うことを意味する。
用語「減少する(reducing)」又は「減少した(reduced)」又は「減少(reduction)」又は「低下する(lower)」は、本出願では互換的に使用される。用語「減少」は、処置されず(免疫化されず)、後に特定IBVに感染した対象に比べて、臨床徴候が、少なくとも10%、さらに好ましくは少なくとも20%、さらに好ましくは少なくとも30%、さらに好ましくは少なくとも40%、さらに好ましくは少なくとも50%、さらに好ましくは少なくとも60%、さらに好ましくは少なくとも70%、さらに好ましくは少なくとも80%、さらに好ましくは少なくとも90%、さらに好ましくは少なくとも95%、最も好ましくは100%減少することを意味する。

さらに、本発明は、必要性がある対象の線毛運動障害を、同種の非免疫対照群の対象に比べて減少させる方法であって、本明細書に記載の免疫原性組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法を提供する。
実施例に示すように、本明細書で提供する免疫原性組成物は、線毛運動障害の減少に有効であることが判明した。
用語「線毛運動障害」は、気管における線毛の運動低下を指す。従って、気管輪の内壁を線毛の運動について調べることによって線毛運動障害を判定することができる。気管における線毛の運動の判定の仕方は当業者の一般知識の範囲内である。
好ましくは、線毛の運動は、IBVによるチャレンジ又は感染後10日目から、さらに好ましくはチャレンジ又は感染後5日目から、さらに好ましくはチャレンジ又は感染後4日目から、さらに好ましくはチャレンジ又は感染後3日目から、最も好ましくはチャレンジ又は感染後1日目若しくは2日目から、同種の非免疫対照群の対象に比べて減少しない。
用語「線毛運動障害の減少」は、線毛運動障害が、同種の非免疫対照群の対象に比べて少なくとも10%、好ましくは少なくとも20%、さらに好ましくは少なくとも30%、さらに好ましくは少なくとも40%、さらに好ましくは少なくとも50%、さらに好ましくは少なくとも60%、さらに好ましくは少なくとも70%、さらに好ましくは少なくとも80%、さらに好ましくは少なくとも90%、さらに好ましくは少なくとも95%、最も好ましくは100%減少することを意味する。線毛運動障害の減少の測定の仕方は当業者の一般知識の範囲内である。

本発明の一態様では前記対象はトリである。
用語「トリ」は、当業者に周知である。用語「トリ」は、家禽を含めたすべての鳥類を包含する。
本発明の一態様では前記対象は家禽である。
用語「家禽」は当業者に周知である。用語「家禽」は、ニワトリ、シチメンチョウ、ウズラ、キジ、ホロホロチョウ、ガチョウ、及びアヒルを包含する。さらに、用語「ニワトリ」には、ブロイラー、産卵鶏、及び両方とも種畜とも呼ばれる生殖家畜(stock)が含まれる。
本発明の一態様では前記対象は、ニワトリ、シチメンチョウ、ウズラ、又はキジから成るリストより選択される。
本発明の一態様では前記対象はニワトリである。

本発明の一態様では免疫原性組成物は1回投与される。
単一用量は、1回だけ投与されるものと理解される。実施例に示すように、本明細書で提供する免疫原性組成物は、必要性がある対象への単一用量の投与後に有効であることが判明した。
家禽1羽当たりの用量体積は、ワクチン接種経路及び家禽の齢によって決まる。
典型的に、点眼ワクチンは、いずれの齢でも1用量当たり1～100μlの体積で投与される。好ましくは、点眼ワクチン用の単一用量は、約5μl～70μl、さらに好ましくは約20μl～50μlの総体積を有し、単一の20μl、25μl、30μl、35μl、40μl、45μl又は50μl用量が好ましい。さらに好ましくは、点眼ワクチン用の単一用量は、約30μl～50μlの総体積を有し、単一の30μl、35μl、40μl、45μl又は50μl用量が好ましい。

スプレーワクチンは、1日齢家禽について25～1000μlの体積の用量を含有し得る。好ましくは、スプレーワクチン用の単一用量は、約50μl～5000μl、さらに好ましくは約75μl～2000μl、さらに好ましくは約100μl～1000μl、さらに好ましくは約200μl～900μl、さらに好ましくは約300μl～800μl、さらに好ましくは約400μl～700μlの総体積を有し、単一の400μl、425μl、450μl、475μl、500μl、525μl、550μl、575μl、600μl、625μl、650μl、675μl又は700μl用量が好ましい。最も好ましくは、単一用量は、400μl、450μl、500μl、550μl、600μl、650μl又は700μlの総体積を有する。
卵内ワクチン接種用のワクチンは50～100μl、好ましくは50μlの体積の用量を含有し得る。好ましくは、卵内ワクチン接種用の単一用量は、約10μl～250μl、さらに好ましくは約15μl～200μl、さらに好ましくは約20μl～150μl、さらに好ましくは約30μl～100μl、さらに好ましくは約30μl～75μlの総体積を有し、単一の30μl、35μl、40μl、45μl、50μl、55μl、60μl、65μl、70μl又は75μl用量が好ましい。最も好ましくは、単一用量は、40μl、45μl、50μl、55μl又は60μlの総体積を有する。
筋肉内若しくは皮下ワクチン接種用のワクチン又は飲料水ワクチンの1用量は、30μl～1000μlの体積の用量を含有し得る。好ましくは、単一用量は、約30μl～1000μl、さらに好ましくは約50μl～500μl、さらに好ましくは約75μl～250μl、さらに好ましくは約100μl～200μlの総体積を有し、単一の100μl、110μl、120μl、125μl、130μl、135μl、140μl、145μl、150μl、160μl、170μl、175μl、180μl、190μl、155μl、又は200μl用量が好ましい。

本発明の一態様では免疫原性組成物は、2以上の用量で投与される。
しかしながら、免疫原性組成物は2以上の用量で投与可能であり、第1の用量の投与後に第2の(ブースター)用量が投与される。
2回投与計画の好ましい態様では、第1及び第2の両用量の免疫原性組成物は同量で投与される。好ましくは、各用量は、上記好ましい用量内である。第1及び第2の投与計画に加えて、代替実施形態はさらに引き続く用量を含む。例えば、これらの態様では第3、第4、又は第5の用量を投与する可能性がある。好ましくは、引き続く第3、第4、及び第5の投与計画は、第1の用量と同量で投与され、投与間の時間枠は、上記第1及び第2の用量のタイミングと一致する。
好ましくは、ワクチンの第1の投与は、3週齢以内、さらに好ましくは1週齢以内に、最も好ましくは後述する方法では1日齢に行なわれる。第2の投与は、20週齢以内、好ましくは16～18週齢以内に、さらに好ましくは6～12週齢で行なわれる。典型的に、最初の(iniatial(第1の))ワクチン接種は、1～10日齢で行なわれ、第2のワクチン接種(追加免疫)は、生ワクチン又は不活化ワクチンを用いて6～12週齢又は16～18週齢で行なわれる。さらに好ましくは、最初の(第1の)ワクチン接種は、1日齢で行なわれ、第2のワクチン接種(追加免疫)は、生ワクチン又は不活化ワクチンを用いて6～12又は16～18週齢で行なわれる。
卵内ワクチン接種が利用される場合、好ましくは第1の投与は、胚が5～19日齢、好ましくは17、18又は19日齢、最も好ましくは18日齢であるときに行なわれる。第2の投与は、3週齢以内、好ましくは10日齢以内に行なわれ得る。

本発明の一態様では前記免疫原性組成物は、皮下、筋肉内、経口、卵内、スプレーを介して、飲料水を介して又は点眼によって投与される。
免疫原性組成物は、好ましくは局所又は全身投与される。通常利用される適切な投与経路は、経口投与又は例えば鼻腔内、静脈内、皮内、経皮、筋肉内、腹腔内、皮下、並びに吸入、卵内、スプレーを介して、飲料水を介して若しくは点眼によって等の非経口投与である。しかしながら、化合物の作用の性質及び機序によっては、免疫原性組成物が他の経路で投与されることもある。例えば、このような他の経路としては、皮内、静脈内、筋肉内、動脈内、腹腔内(intraperitnoeally)、くも膜下腔内、気管内、皮内、心臓内、乳腺葉内(intralobally)、肺葉内(intralobarly)、髄内(intramedullarly)、肺内(intrapulmonarily)、直腸内、及び腟内が挙げられる。しかしながら、免疫原性組成物は、皮下、筋肉内、経口、卵内、スプレーを介して、飲料水を介して又は点眼によって投与されるのが最も好ましい。
生IBVワクチンは、個々に点眼によって、鼻腔内、筋肉内又は皮下投与されるのが好ましい。
さらに好ましくは、飲料水及びエアロゾルスプレーワクチン接種を含めた集団適用方法が利用される。また、さらに後述する胚ワクチン(いわゆる卵内ワクチン)としてのワクチンの使用も好ましい。
例えば、ブロイラー、特に高レベルのMDAを有するブロイラーについては、1日齢又は1～3週齢でワクチン接種してよい。産卵家畜又は生殖家畜は、最初に1～10日齢でワクチン接種し、7～12又は16～18週齢でワクチンにより追加免疫してよい。

卵内投与
上記で概要を述べたように、本発明は、卵内経路により安全に投与可能であり、同時に防御免疫応答を誘発できるIBVワクチンをも提供する。卵内投与は当業者に周知であり、当業者は難なく卵内投与を行なうことができる。ワクチンの卵内投与は、卵に含まれている間にトリ胚にワクチンを投与する必要がある(卵内ワクチン接種に関するレビューのためには下記参照：Ricks et al., Advances in Vet. Med. 495-515, 1999)。ワクチンは、当技術分野で記載されているように卵の任意の適切なコンパートメント(例えば尿膜液、卵黄嚢、羊膜、気胞又は胚内)に投与可能である(Sharma; Am. J. Vet. Res. 45 1619-1623,1984)。好ましくはワクチンは殻(気胞)膜及び絨毛尿膜下に投与される。
好ましくは、ワクチンは、胚形成(embryonation)の後期中、一般的にインキュベーション期間の最終四半分中、好ましくは孵化の3～4日前に注入される。好ましくは、胚が15～19日齢、好ましくは17、18又は19日齢、最も好ましくは18日齢であるときに投与が行なわれる。その後、ワクチン接種された胚発育卵は、孵化用のインキュベーターに移される。卵内投与プロセスは、先行技術に記載のロボット注入プロセスを利用して自動化可能である。
後期胚は、調査されるほとんどのワクチンウイルスに非常に感染しやすいので、通常は家禽の孵化後ワクチン接種用の従来のワクチンは、卵内ワクチン接種に使用できない。しかしながら、国際特許出願WO 01/64244は、IBVワクチンが超低用量で適用されるという条件で卵内投与に使用できることを開示している。さらに、Wakenell et al. 1986 (Am. J. Vet. Res., 47 933-938)は、IBワクチンウイルスを組織培養で継代すると、ウイルスを胚に対して非病原性にしたと開示している。

本発明の一態様では前記免疫原性組成物は、点眼によって投与される。
典型的に、孵化後投与用の生ワクチンは、1用量当たり10¹～10⁸ EID₅₀の濃度(50％卵感染量)、好ましくは1用量当たり10²～10⁵ EID₅₀の濃度、さらに好ましくは、単位用量当たり10²～10⁴ EID₅₀の濃度、さらに好ましくは、1用量当たり10²～10³ EID₅₀の濃度で弱毒化IBVを含む。
卵内投与用の生ワクチンは、典型的に、50～100μl、好ましくは50μlの体積に10²～10⁷ EID₅₀/胚、好ましくは10²～10³ EID₅₀/胚の量の弱毒化IBVを含む。
好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、1用量当たり約1～約10 log₁₀ EID(卵感染量)₅₀/ml、好ましくは約2～約8 log₁₀ EID₅₀の量で、好ましくは1用量当たり約2～約7 log₁₀ EID₅₀の量で、さらに好ましくは1用量当たり約2～約6 log₁₀ EID₅₀の量で、さらに好ましくは1用量当たり約2～約5 log₁₀ EID₅₀の量で、さらに好ましくは1用量当たり約2～約4 log₁₀ EID₅₀の量で、最も好ましくは1用量当たり約2～約3 log₁₀ EID₅₀の量で本発明のIBVを含む。さらに好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、1用量当たり約1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5又はlog₁₀ EID₅₀の量で本発明のIBVを含む。

本発明の一態様では免疫原性組成物は、1用量当たり1～10 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む。
本発明の一態様では免疫原性組成物は、1用量当たり2～5 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む。
本発明の一態様では免疫原性組成物は、1用量当たり2～4 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む。
本発明の一態様では免疫原性組成物は、1週齢以内、3日齢以内、2日齢以内、又は1日齢以内に対象に投与される。
好ましくは、免疫化すべき対象は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20又は21日齢である。さらに好ましくは、前記免疫化すべき対象は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13又は14日齢である。最も好ましくは、前記免疫化すべき対象は、1、2、3、4、5、6又は7日齢である。
しかしながら、数日齢である対象のワクチン接種後、家禽の免疫系がIBV感染に対する免疫力を高めるためには数日必要であることを理解しなければならない。従って、好ましくは、対象は、生後24時間以内に免疫化される。

本発明の一態様では免疫原性組成物は、1日齢以内に対象に投与される。実施例に示すように本明細書で提供する免疫原性組成物は、1日齢の家禽に投与されると安全かつ有効であることが判明した。
本発明の一態様では前記方法は、同種の非処置対照群の対象に比べて、線毛運動障害の予防若しくは減少、ラ音の予防若しくは減少、産卵低下の予防若しくは減少、腎臓障害の予防若しくは減少、水様性下痢の予防若しくは減少、体重減少の予防若しくは減少、より低いウイルス負荷、減少したウイルス排出又はその組み合わせから成る群より選択される有効性パラメーターの改善をもたらす。
用語「処置及び／又は予防」は他の箇所で定義されており、用語「予防(prophylaxis)」及び「予防する(preventing)」又は「予防(prevention)」は、本出願では互換的に使用される。さらに、用語「排出(shedding)」も他の箇所で定義されている。
用語「減少する」、「減少した」、「減少」又は「より低い」は、有効性パラメーター(線毛運動障害、ラ音、産卵低下、腎臓障害、水様性下痢、体重減少、ウイルス負荷、ウイルス排出)が、同種の非免疫対照群の対象に比べて少なくとも10%、好ましくは少なくとも20%、さらに好ましくは少なくとも30%、さらに好ましくは少なくとも40%、さらに好ましくは少なくとも50%、さらに好ましくは少なくとも60%、さらに好ましくは少なくとも70%、さらに好ましくは少なくとも80%、さらに好ましくは少なくとも90%、さらに好ましくは少なくとも95%、最も好ましくは100%減少することを意味する。有効性パラメーターの改善の測定の仕方は当業者の一般知識の範囲内である。

用語「ウイルス負荷」は当業者に周知である。用語ウイルス負荷は、本明細書では用語ウイルス力価と互換的に使用される。ウイルス負荷又はウイルス力価は、活動性ウイルス感染の重症度の尺度であり、当業者に既知の方法によって決定可能である。この決定は、ウイルスタンパク質への抗体結合及びさらなる検出によって、又は、これとは別に、RT-PCR等の増幅法によるウイルスRNAの検出によってのようなウイルスタンパク質の検出に基づき得る。核酸増幅法による血漿中のビリオン関連ウイルスRNAのモニタリングは、レトロウイルス疾患の状態及び進行を評価し、予防的及び治療的介入の有効性を評価するために広く使用されているパラメーターである。典型的に、ウイルス負荷又はウイルス力価は、血漿1ミリリットル当たりのRNAコピー数のような、関与体液中のウイルスの生存量を推定することによって計算することができる。

用語「線毛運動障害」は当業者に周知である。気管の表面は、線毛と呼ばれる多数の運動性の毛様構造で裏打ちされた固有上皮細胞で覆われている。用語「線毛運動障害」は、線毛の減少若しくは喪失及び／又は線毛活動の喪失若しくは部分的喪失を包含する。線毛運動障害は、当業者なら難なく判定可能である。
用語「ラ音」は当業者に周知である。しかしながら、用語「ラ音」は気管ラ音を包含し、気管支から発する音を指す。ラ音は、当業者なら難なく判定可能である。
用語「産卵低下」は当業者に周知である。用語「産卵低下」は、卵の生産力低減を包含する。
本発明の一態様では処置又は予防は、同種の非処置対照群の対象に比べて線毛運動障害の予防又は減少をもたらす。
本発明の一態様では処置又は予防は、同種の非処置対照群の対象に比べて腎臓障害の予防又は減少をもたらす。
本発明の一態様では処置又は予防は、同種の非処置対照群の対象に比べて産卵低下の予防又は減少をもたらす。

本発明はさらに、治療的使用のための、本明細書に記載のIBV又は免疫原性組成物を提供する。
本発明はさらに、免疫原又はワクチンとして使用するための、本明細書に記載のIBV又は免疫原性組成物を提供する。
本発明はさらに、薬物として使用するための、本明細書に記載のIBV又は免疫原性組成物を提供する。
本発明はさらに、薬物の製造のための、本明細書に記載のIBV又は免疫原性組成物の使用を提供する。
本発明はさらに、対象におけるIBV感染の処置及び／又は予防のための、本明細書に記載のIBV又は免疫原性組成物の使用を提供する。

本発明はさらに、異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物であって、前記4/91 IBVが、配列番号3、配列番号4、配列番号5、EU780081(配列番号57)、AGY56143(配列番号58)、AGY56144(配列番号59)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するヌクレオカプシド(N)タンパク質、エンベロープ(E)タンパク質又は膜糖タンパク質(M)を含み、かつ、異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型若しくは血清型のリストから又は配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から選択される、免疫原性組成物を提供する。

本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では異種Sタンパク質は、完全長スパイクタンパク質である。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントは、N末端から少なくとも500、750、1000又は1075アミノ酸の長さを有する。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントは、スパイクタンパク質の外部ドメインである。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様ではIBVは弱毒化されている。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では4/91 IBVは、CR88及び793Bから成る遺伝子型又は血清型のリストから選択される。

本発明はさらに、対象におけるIBV感染の処置及び／又は予防のための免疫原性組成物の調製方法であって、下記：
a.) 配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、AGY6140(配列番号54)、AF093793(配列番号60)、EU914938(配列番号55)、KM067900(配列番号56)、EU780081(配列番号57)、AGY56143(配列番号58)、AGY56144(配列番号59)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するスパイク(S)タンパク質、ヌクレオカプシド(N)タンパク質、エンベロープ(E)タンパク質又は糖タンパク質(M)を含む4/91 IBVを準備すること；及び
b.) マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型若しくは血清型のリストから或いは配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から選択される異種Sタンパク質又はそのフラグメントを準備すること：及び
c.) a)の4/91 IBVのスパイクタンパク質又はそのフラグメントを、b)の前記異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントに置き換えて、異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する4/91 IBVを持つこと；及び
d.) 異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する前記4/91 IBVを得ること；及びe.) 医薬的に許容される担体の添加
を含む方法を提供する。

用語「得ること」は、異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する前記IBV 4/91の収穫、単離、精製及び／又は製剤化(例えば、仕上げ、不活化及び／又はブレンディング)を含む。
用語「収穫」は、トランスフェクト細胞若しくは細胞株又は感染細胞若しくは細胞株から、異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する前記IBV 4/91を収集又は回収することを指す。技術上周知の任意の従来法、例えば任意の分離法を使用することができる。技術上周知の方法は、遠心分離又は濾過、例えば特定孔径を有する半透膜の使用を含む。
用語「単離」は、異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する前記IBV 4/91の単離ステップを含む。トランスフェクト細胞若しくは細胞株又は感染細胞若しくは細胞株からの単離方法は当業者に既知である。当該方法は、物理的及び／又は化学的方法を含み、限定するものではないが、凍結解凍サイクル、超音波による処理等がある。
分離株からの異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する前記IBV 4/91の精製方法は、例えば、Protein purification methods - a practical approach (E.L.V. Harris and S. Angel、eds.、IRL Press at Oxford University Press)に記載の方法によって当業者に知られている。当該方法としては、限定するものではないが、遠心分離及び／又は濾過による分離、沈殿、サイズ排除(ゲル濾過)クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、金属キレートクロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、コバレントクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー等が挙げられる。精製純粋形で、或いは他の細胞物質若しくは培地等を含まないか又は実質的に含まずにベクターを得ることができる。前記単離及び／又は精製後、抗原は、少なくとも80%、好ましくは80%～90%、さらに好ましくは90%～97%、最も好ましくは97%超から如何なる混入物もない絶対純粋形までの純度を示す。
さらなる態様によれば、本明細書で使用する「得ること」には、緩衝液の添加、不活化、中和ステップ等のような最終製剤化プロセスの一部としての仕上げステップが含まれることもある。

本発明の免疫原性組成物の調製方法の別の特定態様では異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントは、スパイクタンパク質の外部ドメインである。
本発明の免疫原性組成物の別の特定態様では前記医薬的に許容される担体は、溶媒、分散媒体、コーティング、安定剤、希釈剤、保存剤、抗細菌剤、抗真菌剤、等張剤、吸着遅延剤、アジュバント、免疫刺激剤、及びその組み合わせから成る群より選択される。
本発明の免疫原性組成物の調製方法の別の特定態様では異種Sタンパク質は、完全長スパイクタンパク質である。
本発明の免疫原性組成物の調製方法の別の特定態様では4/91 IBVは、スペイン/98/328、スペイン/92/35、IR-3654-VM、FR-CR88061-88、FR-85131-85、UK-1233-95、UK/3/91、スペイン/00/336、UK/4/91、UK/7/91、UK/793B/91、4/91病原性、4/91弱毒化、IB4-91及びCR88から成る株のリストより選択される。
本発明はさらに、異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントを含む部分的4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)ゲノムをコードする核酸を含むプラスミド、例えばpUC57-s CR88 rIBV H52 Sドナープラスミド(配列番号21)に関する。

条項
本明細書には下記条項をも記述する。
1. 異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)。
2. 異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物。
3. 条項1に記載のIBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物。

4/91 IBV－タンパク質コード配列による定義
4. 4/91 IBVが、KF377577(配列番号53)について示されるヌクレオチド配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するか或いは該配列から成るか或いは該配列を含む、条項1～3のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
5. 4/91 IBVが、配列番号1について示されるヌクレオチド配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するか或いは該配列から成るか或いは該配列を含む、条項1～4のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
6. 4/91 IBV株が、AGY56140(配列番号54)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するスパイク(S)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～5のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
7. 4/91 IBV株が、AF093793(配列番号60)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%,93%,94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するスパイク(S1)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～6のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
8. 4/91 IBV株が、EU914938(配列番号55)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%,93%,94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するスパイク(S1)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～7のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
9. 4/91 IBV株が、KM067900(配列番号56)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%,93%,94% 95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するスパイク(S1)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～8のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
10. 4/91 IBV株が、配列番号2に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するスパイク(S)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～9のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。

11. 4/91 IBVが、EU780081(配列番号57)について示されるアミノ酸配列又は上記配列の少なくとも1つに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するヌクレオカプシド(N)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～10のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
12. 4/91 IBVが、配列番号3に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するヌクレオカプシド(N)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～11のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
13. 4/91 IBVが、AGY56143(配列番号58)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するエンベロープ(E)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～12のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
14. 4/91 IBVが、配列番号4に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するエンベロープ(E)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～13のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
15. 4/91 IBVが、AGY56144(配列番号59)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有する膜糖タンパク質(M)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～14のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
16. 4/91 IBVが、配列番号5に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有する膜糖タンパク質(M)タンパク質を有するか或いは該タンパク質から成るか或いは該タンパク質を含む、条項1～15のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
17. 4/91 IBVが、スペイン/98/328、スペイン/92/35、IR-3654-VM、FR-CR88061-88、FR-85131-85、UK-1233-95、UK/3/91、スペイン/00/336、UK/4/91、UK/7/91、UK/793B/91、4/91病原性、4/91弱毒化、IB4-91及びCR88から成る株のリストより選択される、条項1～16のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。

異種Sタンパク質
18. 異種スパイクが、非4/91遺伝子型又は血清型のものである、条項1～17のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
19. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、アーカンソー(例えばアーカンソー99)、ブラジル(例えばBR-1、BR-2、23/2013、IBV/ブラジル/351/1984)、カリフォルニア(例えばカリフォルニア1734/04、カリフォルニア99)、コネチカット、デラウェア(例えばデラウェア98)、オランダ(例えばD207、D212、D274、D3128、D3896、D8880、D1466)、フロリダ、ジョージア(例えばジョージアGA-07、GA-08、GA-12、GA-13)、グレー、ホルテ、アイオワ(例えばアイオワ97及びアイオワ69)、イタリア(例えばイタリア02)、JMK、LDT3、メイン(例えばメイン209)、マサチューセッツ(M41、H52、H120)、ペンシルベニア(例えばペンシルベニア1220/98、ペンシルベニアWolg/98)、PL84084、Qu(例えばQu-mv)、QX(例えばGB341/96)、Q1、SE17及びバリアント2(例えばIS/1494/06、IBV/Ck/EG/CU/4/2014、γCoV/Ck/ポーランド/G052/2016)から成るリストより選択される遺伝子型又は血清型を有するIBVからのものである、条項1～18のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
20. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、マサチューセッツ、QX、Q1、イタリア02、アーカンソー、コネチカット、ジョージア、LDT3、PL84084、バリアント2又はブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストより選択されるIBVからのものである、条項1～19のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
21. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストより選択されるIBVからのものである、条項1～20のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
22. マサチューセッツ株が、H120、H52、スペイン/98/308、IBMA5-1、SD/97/01、スペイン/96/334、M41-M21883から成るリストより選択される、条項21に記載のIBV又は免疫原性組成物。
23. QX株が、FR-L1450T-05、FR-L1450L-05、NL-L1449T-04、NL-L1449K-04、IBV/Ck/SP/170/09、IBV/Ck/SP/79/08、IBV/Ck/SP/248/09、HBN、IBVQX、LX4、BJQ、CK/CH/LGD/03及びGB341/96から成るリストより選択される、条項21に記載のIBV又は免疫原性組成物。
24. Q1株が、CK/CH/LDL/98I、CK/CH/LSD/08-10、J2、Q1、AR08ER22、AR08BA21及びチリ-295-10から成るリストより選択される、条項21に記載のIBV又は免疫原性組成物。
25. アーカンソー株が、Ark99、ArkGA、ArkDPI、AL/5364/00、ARKDPI11、AL/0803/01、AL/7149/00、ArkDPI101、AL/1221/01、AL/1793/01及びAL/4614/98から成るリストより選択される、条項21に記載のIBV又は免疫原性組成物。
26. バリアント2株が、IS/1494/06、IBV/Ck/EG/CU/4/2014、γCoV/Ck/ポーランド/G052/2016、Eg/CLEVB-2/IBV/012、D1344/2/4/10_EG、TR8及びIB VAR2-06から成るリストより選択される、条項21に記載のIBV又は免疫原性組成物。
27. ブラジル株が、BR-1、BR-2、23/2013及びIBV/ブラジル/351/1984から成るリストより選択される、条項21に記載のIBV又は免疫原性組成物。

28. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、マサチューセッツ遺伝子型又は血清型からのものである、条項1～27のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
29. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号6若しくは7に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型マサチューセッツからのものであるか或いは異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号6若しくは7に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、条項1～28のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
30. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号8若しくは9に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型QXからのものであるか或いは異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号8若しくは9に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、条項1～29のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
31. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号10若しくは11に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型Q1からのものであるか或いは異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号10若しくは11に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、条項1～30のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
32. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号12若しくは13に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型アーカンソーからのものであるか或いは異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号12若しくは13に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、条項1～31のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
33. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号14若しくは15に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型バリアント2からのものであるか或いは異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号14若しくは15に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、条項1～32のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
34. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号16若しくは17に対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する遺伝子型又は血清型ブラジルからのものであるか或いは異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、条項1～33のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。

35. 異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号6、7、8、9、10、11,12、13、14、15、16又は17から成るリストより選択される、条項1～34のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
36. 異種Sタンパク質が、完全長スパイクタンパク質である、条項1～35のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
37. 異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、少なくとも500、750、1000又は1075アミノ酸の長さを有する、条項1～36のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
38. 異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、N末端から少なくとも500、750、1000又は1075アミノ酸の長さを有する、条項1～37のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
39. 異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、少なくとも1000アミノ酸の長さを有する、条項1～38のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
40. 異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、スパイクタンパク質の外部ドメインである、条項1～39のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
41. 異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントが、相同Sタンパク質又はそのフラグメントに取って代わっている、条項1～40のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
42. 異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントが、天然に存在するSタンパク質又はそのフラグメントに取って代わっている、条項1～41のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
43. 異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントが、4/91のSタンパク質又はそのフラグメントに取って代わっている、条項1～42のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
44. IBVが弱毒化されている、条項1～43のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
45. IBVが不活化されている、条項1～43のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
46. IBVが遺伝子操作されている、条項1～45のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
47. IBVが組換えIBVである、条項1～46のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。

48. 免疫原性組成物がワクチンである、条項2～47のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
49. 免疫原性組成物が医薬的に許容される担体を含む、条項2～48のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
50. 医薬的に許容される担体がリン酸緩衝食塩水である、条項49に記載の免疫原性組成物。
51. 免疫原性組成物が、必要性がある対象においてIBVによって引き起こされる臨床徴候の処置及び／又は予防に有効である、条項2～50のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
52. 免疫原性組成物が、異種スパイクタンパク質の遺伝子型又は血清型のIBV株によるチャレンジに対して防御する、条項2～51のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
53. 免疫原性組成物が、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2又はブラジル遺伝子型の株によるチャレンジに対して防御する、条項2～52のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
54. 免疫原性組成物が、マサチューセッツ遺伝子型の株によるチャレンジに対して防御する、条項2～53のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
55. 前記免疫原性組成物が、単一用量投与用に製剤化される、条項2～54のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
56. 前記免疫原性組成物が、皮下、筋肉内、経口、卵内、スプレーを介して、飲料水を介して又は点眼によって投与される、条項2～55のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
57. 免疫原性組成物が、1用量当たり1～10 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む、条項2～56のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
58. 免疫原性組成物が、1用量当たり2～5 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む、条項2～57のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
59. 免疫原性組成物が、1用量当たり2～4 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む、条項2～58のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。

60. 条項1～59のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物を含むキット。
61. キットが、トリの疾患の処置及び／又は予防のための指示書をさらに含む、条項60に記載のキット。
62. キットが、家禽の疾患の処置及び／又は予防のための指示書をさらに含む、条項60に記載のキット。
63. キットが、IBの処置及び／又は予防のための指示書をさらに含む、条項60に記載のキット。

64. 対象を免疫化する方法であって、条項2～59のいずれか1項に記載の免疫原性組成物を該対象に投与することを含む方法。
65. 必要性がある対象においてIBVによって引き起こされる臨床徴候を処置又は予防する方法であって、条項2～59のいずれか1項に記載の免疫原性組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法。
66. 必要性がある対象における線毛運動障害を、同種の非免疫対照群の対象に比べて減少させる方法であって、条項2～59のいずれか1項に記載の免疫原性組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法。
67. 対象を免疫化する方法であって、前記免疫原性組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法に使用するための、条項2～59のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
68. 必要性がある対象においてIBVによって引き起こされる臨床徴候を処置又は予防する方法であって、前記免疫原性組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法に使用するための、条項2～59のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
69. 必要性がある対象における線毛運動障害を、同種の非免疫対照群の対象に比べて減少させる方法であって、前記免疫原性組成物の治療有効量を対象に投与することを含む方法に使用するための、条項2～59のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。

70. 前記対象がトリである、条項64～69のいずれか1項に記載の方法又は使用。
71. 前記対象が家禽である、条項64～70のいずれか1項に記載の方法又は使用。
72. 前記対象が、ニワトリ、シチメンチョウ、ウズラ、又はキジから成るリストより選択される、条項64～71のいずれか1項に記載の方法又は使用。
73. 前記対象がニワトリである、条項64～72のいずれか1項に記載の方法又は使用。
74. 免疫原性組成物が1回投与される、条項64～73のいずれか1項に記載の方法又は使用。
75. 免疫原性組成物が2以上の用量で投与される、条項64～73のいずれか1項に記載の方法又は使用。
76. 前記免疫原性組成物が、皮下、筋肉内、経口、卵内、スプレーを介して、飲料水を介して、又は点眼によって投与される、条項64～75のいずれか1項に記載の方法又は使用。
77. 前記免疫原性組成物が、点眼によって投与される、条項64～76のいずれか1項に記載の方法又は使用。
78. 免疫原性組成物が、1用量当たり1～10 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む、条項64～77のいずれか1項に記載の方法又は使用。
79. 免疫原性組成物が、1用量当たり2～5 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む、条項64～78のいずれか1項に記載の方法又は使用。
80. 免疫原性組成物が、1用量当たり2～4 log₁₀ EID₅₀のIBVを含む、条項64～79のいずれか1項に記載の方法又は使用。
81. 免疫原性組成物が、1週齢以内、3日齢以内、2日齢以内、又は1日齢以内に対象に投与される、条項64～80のいずれか1項に記載の方法又は使用。
82. 免疫原性組成物が、1日齢以内に対象に投与される、条項64～81のいずれか1項に記載の方法又は使用。

83. 前記方法が、同種の非処置対照群の対象に比べて、線毛運動障害の予防若しくは減少、ラ音の予防若しくは減少、産卵低下の予防若しくは減少、腎臓障害の予防若しくは減少、水様性下痢の予防若しくは減少、体重減少の予防若しくは減少、より低いウイルス負荷、減少したウイルス排出又はその組み合わせから成る群より選択される有効性パラメーターの改善をもたらす、条項64～82のいずれか1項に記載の方法又は使用。
84. 処置又は予防が、同種の非処置対照群の対象に比べて線毛運動障害の予防又は減少をもたらす、条項64～83のいずれか1項に記載の方法又は使用。
85. 処置又は予防が、同種の非処置対照群の対象に比べて腎臓障害の予防又は減少をもたらす、条項64～84のいずれか1項に記載の方法又は使用。
86. 処置又は予防が、同種の非処置対照群の対象に比べて産卵低の予防又は減少をもたらす、条項64～85のいずれか1項に記載の方法又は使用。

87. 治療的使用のための、条項1～59のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
88. 免疫原又はワクチンとして使用するための、条項1～59のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
89. 薬物として使用するための、条項1～59のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
90. 薬物の製造のための、条項1～59のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物の使用。
91. 対象におけるIBV感染の処置及び／又は予防のための、条項1～59のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物の使用。

92. 異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物であって、前記4/91 IBVが、配列番号3、配列番号4、配列番号5、EU780081(配列番号57)、AGY56143(配列番号58)、AGY56144(配列番号59)について示されるアミノ酸配列又はこれに対して少なくとも85%、88%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するか又は該配列から成るか又は該配列を含むヌクレオカプシド(N)タンパク質、エンベロープ(E)タンパク質又は膜糖タンパク質(M)を含み、かつ、異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストから或いは配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から選択され、或いは異種Sタンパク質又はそのフラグメントが、配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、免疫原性組成物。
93. 異種Sタンパク質が完全長スパイクタンパク質である、条項92に記載の免疫原性組成物。
94. 異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、N末端から少なくとも500、750、1000又は1075アミノ酸の長さを有する、条項92又は93に記載の免疫原性組成物。
95. 異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、スパイクタンパク質の外部ドメインである、条項92～94のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
96. IBVが弱毒化されている、条項92～95のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
97. 4/91 IBVが、スペイン/98/328、スペイン/92/35、IR-3654-VM、FR-CR88061-88、FR-85131-85、UK-1233-95、UK/3/91、スペイン/00/336、UK/4/91、UK/7/91、UK/793B/91、4/91病原性、4/91弱毒化、IB4-91及びCR88から成る株のリストより選択される、条項92～96のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。

98. 対象のIBV感染の処置及び／又は予防用の免疫原性組成物の調製方法であって、下記：
a.) 配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、AGY6140(配列番号54)、AF093793(配列番号60)、EU914938(配列番号55)、KM067900(配列番号56)、EU780081(配列番号57)、AGY56143(配列番号58)、AGY56144(配列番号59)について示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列を有するか又は該配列から成るか又は該配列を含むスパイク(S)タンパク質、ヌクレオカプシド(N)タンパク質、エンベロープ(E)タンパク質又は膜糖タンパク質(M)を含む4/91 IBVを準備すること；及び
b.) マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストから或いは配列番号6、7、8、9、10、11、 12、13、14、15、16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から選択される異種Sタンパク質又はそのフラグメントを準備するか、或いは配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む異種Sタンパク質又はそのフラグメントを準備すること；及び
c.) a)の4/91 IBVのスパイクタンパク質を、b)の前記異種S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントに置き換えて、異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する4/91 IBVを持つこと；及び
d.) 異種Sタンパク質又はそのフラグメントを有する前記4/91 IBVを得ること；及びe.) 医薬的に許容される担体の添加
を含む方法。

99. 異種S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、スパイクタンパク質の外部ドメインである、条項98に記載の方法。
100. 前記医薬的に許容される担体が、溶媒、分散媒体、コーティング、安定剤、希釈剤、保存剤、抗細菌剤、抗真菌剤、等張剤、吸着遅延剤、アジュバント、免疫刺激剤、及びその組み合わせから成る群より選択される、条項98又は99に記載の方法。
101. 異種Sタンパク質が完全長スパイクタンパク質である、条項98又は100に記載の方法。
102. 4/91 IBVが、スペイン/98/328、スペイン/92/35、IR-3654-VM、FR-CR88061-88、FR-85131-85、UK-1233-95、UK/3/91、スペイン/00/336、UK/4/91、UK/7/91、UK/793B/91、4/91病原性、4/91弱毒化、IB4-91及びCR88から成る株のリストより選択される、条項98～101のいずれか1項に記載の方法。

配列概要
配列番号1：CR88ゲノム
配列番号2：CR88 IBV スパイク(S)タンパク質
配列番号3：CR88 IBV ヌクレオカプシド(N)タンパク質
配列番号4：CR88 IBV エンベロープ(E)タンパク質
配列番号5：CR88 IBV 膜糖タンパク質(M)タンパク質。
配列番号6及び7：遺伝子型又は血清型マサチューセッツからの異種Sタンパク質又はフラグメント
配列番号8及び9：遺伝子型又は血清型QXからの異種Sタンパク質又はそのフラグメント
配列番号10及び11：遺伝子型又は血清型Q1からの異種Sタンパク質又はそのフラグメント
配列番号12及び13：遺伝子型又は血清型アーカンソーからの異種Sタンパク質又はそのフラグメント
配列番号14及び15：遺伝子型又は血清型バリアント2からの異種Sタンパク質又はそのフラグメント
配列番号16及び17：遺伝子型又は血清型ブラジルからの異種Sタンパク質又はそのフラグメント
配列番号18：pUC57-s CR88 mIBV
配列番号19：IBV H52スパイク核酸コード配列
配列番号20：IBV CR88スパイス核酸コード配列
配列番号21：pUC57-s CR88 rIBVドナープラスミド
配列番号22：pUC57-s CR88 rIBV H52 Sドナープラスミド
配列番号23～配列番号52：プライマー
配列番号53：KF377577 (4/91 IBV ヌクレオチド配列)
配列番号54：AGY56140 (4/91 IBV スパイクタンパク質アミノ酸配列)
配列番号55：EU914938 (4/91 IBV スパイクタンパク質アミノ酸配列)
配列番号56：KM067900 (4/91 IBV スパイクタンパク質アミノ酸配列)
配列番号57：EU780081 (4/91 IBV スパイクタンパク質アミノ酸配列)
配列番号58：AGY56143 (4/91 IBV Eタンパク質アミノ酸配列)
配列番号59：AGY56144 (4/91 IBV Mタンパク質アミノ酸配列)
配列番号60：AF093793 (4/91 IBV スパイクタンパク質アミノ酸配列)
配列番号61：プライマー

本発明の特定実施形態を説明するために下記実施例について以下に述べる。これらの実施例は単に例示であり、本発明の範囲又は基本原理を限定するものと理解すべきでない。
実施例1：
CR88スパイクのコード配列が異種スパイク又はスパイク外部ドメインのコード配列に置き換えられている組換えIBV CR88の生成
標的RNA組換え及び組換えIBVのレスキュー
組換えIBVの生成のため、van Beurden et al. (Virol J. 2017;14(1):109) によって記載された標的RNA組換え方法を適用する。マウス化ヘルパーウイルス(mIBV)が生成されて、細胞培養におけるIBVの標的組換えを可能にする。

IBV CR88マウス化ドナープラスミドの構築
CR88マウス化(m)IBVドナープラスミドを生成するため、ドナー配列は商業的供給者によって合成される：CR88ゲノムの5’UTRの497塩基が1ab領域の3’部分(752塩基)に融合され、CR88 IBVスパイクをコードする最初の72塩基、次にMHVスパイク外部ドメインの3753塩基、CR88 IBVスパイクの末端210塩基及びゲノムの3’末端まで次の配列が続く。さらに、SacI制限部位及びT7プロモーターの配列がドナー領域の5’末端に、並びに100x ポリA配列、次に3’末端での直線化のためのNotI制限部位がそれぞれ添加される。構築された配列の位置5634にサイレントA→C変異が導入されてXhoI制限部位を生成する。合成された配列がpUC57-シンプルに挿入されてpUC57-s CR88 mIBVドナープラスミドをもたらす(配列番号18)。

CR88 mIBVのレスキュー
H52 mIBV (van Beurden et al. Virol J. 2017;14(1):109)と同様に、一部変更してCR88 mIBVをレスキューする：エレクトロポレーションのためのウイルスRNAの単離前にウイルス尿膜腔液(allantoic fluid)ストックを超遠心分離によって濃縮する。TNE(Tris, NaCl, EDTA)緩衝液中20%のスクロースクッション2mlを通して18mlのウイルス尿膜腔液を50,000xgで2時間遠心分離する。上清を捨て、ペレットを150μlのTNE緩衝液に再懸濁させた後QIAampウイルスRNAミニキット(Qiagen)でRNAを単離する。さらに、エレクトロポレーション(2パルス250V/300μF、10秒中断)のためにBHK細胞の代わりにニワトリ胚線維芽細胞(CEF)を使用し、1.25%のDMSOをエレクトロポレーション混合物に添加する。

CR88スパイクのコード配列が異種スパイク又はスパイク外部ドメインのコード配列に置き換えられているIBV CR88ドナープラスミドの構築
H52スパイクによるCR88スパイクの置換の典型的な構築について述べる。IBV H52スパイク核酸コード配列(配列番号19)を鋳型として用いてpUC57-s CR88 rIBVドナープラスミド(mIBVプラスミドについて上述したように鋳型CR88スパイク配列(配列番号21)を維持することによって生成される)のIBV CR88スパイク核酸コード配列(配列番号20)を置き換える。配列番号21の塩基1657～5151を対応するIBV H52スパイク核酸コード配列(配列番号19)に置き換える。これが、IBV H52スパイクが塩基1657～5145によってコードされるpUC57-s CR88 rIBV H52 Sドナープラスミド(配列番号22)をもたらす。このために、Q5(登録商標)ハイフィデリティー(High-Fidelity)DNAポリメラーゼ(NEB；プライマーに関する表1参照)との2つの別々のPCR反応でH52スパイク核酸コード配列及びpUC57-s CR88骨格配列を増幅させる。PCR産物をQIAquickゲル抽出キット(QIiagen)によって精製し、引き続きNEBuilder(登録商標)HiFi DNAアセンブリークローニングキット(NEB)によりキットプロトコルに従ってギブソン(Gibson)アセンブリーに用いてpUC57-s CR88 rIBV H52 Sドナープラスミド(配列番号22)を生成する。

標的RNA組換え及び組換えIBVのレスキュー
異種スパイク又はスパイク外部ドメインを有するCR88 rIBVのレスキューのため、LR7細胞にCR88 mIBVを感染させ、NotI直線化後のpUC57-s CR88 rIBV H52 Sドナープラスミドから生成されるインビトロ転写物と共にエレクトロポレーションする。引き続き、細胞及び上清を8日齢胚形成SPF鶏卵(VALO BioMedia)に注入し、37.5℃及び60%湿度で9日までインキュベートする。死胚を有する卵の尿膜腔液を収穫し、8日齢SPF卵の終点希釈に用いる。MagMAX(商標)Core Nucleic Acid Purification Kit(ThermoFisher)とKingFisher(商標)Duo Prime Purification System(ThermoFisher)を用いて限界希釈の尿膜腔液サンプルの核酸単離を行なう。その後、出典Callison et al. (J Virol Methods. 2006;138(1-2):60-5)のプロトコルを用いてIBV特有のRT-qPCRによりrIBVの存在及び相対量について核酸を分析する。簡潔には、同一のプライマー及びプローブを使用し、TaqMan(登録商標)Fast Virus 1-Step Master Mix(ThermoFisher)及びStepOnePlus(商標)リアルタイムPCRシステム(ThermoFisher)の使用にサーモプロファイルを適応させる。その後、最高希釈で接種した卵の陽性結果が出た尿膜腔液を8日齢胚形成SPF鶏卵における増殖のために使用する。尿膜腔液を1xPBSで1:100希釈し、卵1個当たり100μl注入する。接種48時間後に尿膜腔液を収穫し、デブリから取り除き、-80℃で貯蔵し、再びRT-qPCRで分析してストックの品質を確認する。
生成されたrIBVにおけるスパイクの正確な挿入を確認するため、表2に列挙され、商業的供給者がQIAquick PCR精製後にサンガー配列決定を行なったプライマーを用いて、QIAampウイルスRNAミニキット、次にSuperScript III One-Step RT-PCRでウイルス核酸を単離する。

CR88スパイク又はスパイク外部ドメインのコード配列が、別のIBV遺伝子型からのスパイクのコード配列に置き換えられているCR88組換えIBVの生成及び特徴づけ
CR88 rIBV H52 Sの生成について述べた方法と同じ方法を適用して、CR88スパイクコード配列(配列番号21の塩基1657～5151)又はCR88スパイク外部ドメインコード配列(配列番号21の塩基1711～4941)が、表3に列挙される血清型又は遺伝子型のIBVスパイク又はスパイク外部ドメインのコード配列に置き換えられているCR88組換えIBVを生成し、特徴づける。

必要ならば、組換えIBVにおける様々なスパイク配列の特徴づけ及び同定用のプライマーをそれぞれのスパイク配列に適応させる。

実施例2：
卵内複製速度論
8日齢胚形成鶏卵に10² 50%胚感染量(embryo infectious dose)(EID₅₀)の組換えIBV及び適切な対照を接種する。卵を37.5℃、60%湿度でインキュベートし、接種0、8、24、34、48及び72時間後に毎日光を当てて胚の死亡率を記録する。サンプル及び時点毎に予め選択した5個の卵を取り出して4℃のところに少なくとも2時間移す。その後、尿膜腔液を収穫し、-80℃で貯蔵する。分析のため、サンプルを解凍し、Ca及びMgのない1xPBSで1:10希釈し、Hamilton Starletピペットロボットを用いてキャリアRNAを添加しながらQIAamp DNA Blood Mini kit (Qiagen)で核酸を抽出する。出典Callison et al. (J Virol Methods. 2006;138(1-2):60-5)のプロトコルを用いてIBV RNAの相対量についてRT-qPCRで抽出核酸を分析する。簡潔には、同一のプライマー及びプローブを使用し、TaqMan(登録商標)Fast Virus 1-Step Master Mix (ThermoFisher)及びABI(商標)7900HT Fast Real-Time PCR System (Thermo Fisher Scientific)の使用にサーモプロファイルを適応させる。基準として10倍希釈系列のIBV H52を用いて全ての核酸サンプルを三通り分析する。
時点0で100 EID₅₀を有する8日齢SPF卵を注入することによって、組換え野生型ウイルスCR88及びH52と比べてCR88 rIBV H52 Sの複製を分析する。初期時点ではわずかに異なる複製速度論が観察される。しかしながら、32時間後には全てのウイルスが比較可能なct値に達する。接種後32時間で全ての胚は生きているが、感染後48時間時点で野生型対照用の全ての残存胚は死んでいる。対照的に、CR88 rIBV H52 Sに感染した胚の60～80%は、接種後48及び72時間時点でまだ生きていた。CR88 rIBV H52 Sの複製は、全てのウイルスが32時間後にプラトーに達するので、野生型ウイルスに比べて等しく効率的であると考えられる(図1参照)。

実施例3：
ワクチン及びチャレンジウイルスの調製
ニワトリにおける異種スパイク又はスパイク外部ドメインを有するCR88 rIBVの有効性を実証するため、一定分量のウイルスストックを解凍し、1xPBSで10倍希釈して、希釈毎に5羽の8日齢胚形成鶏卵への100μlの接種による50%胚感染量(EID₅₀)を決定する。卵を37.5℃、60%湿度で接種後7日までインキュベートする。24時間後に死胚を有する卵を実験から除外する。接種後7日で死胚を有する全ての他の卵は陽性とみなされる。接種後7日で生きている胚を有する全ての卵に下部から光を当てて、陽性とみなされる萎縮を確認する。Reed and Muench (Am J Epidemiol,1938; 27(3):493-497)の式でEID₅₀/mlを計算する。ワクチン接種のためウイルスストックを1xPBSで希釈して、10^4.3 EID₅₀/ml(ニワトリ1羽当たり50μl中10³ EID₅₀)の力価を得る。
10日齢胚形成SPF卵内でチャレンジウイルスM41、QX、Q1、Ark、バリアント2及びブラジルを増殖させる。接種24時間後に卵を4℃のところに少なくとも2時間移す。尿膜腔液を収穫し、一定分量に分けて-80℃で貯蔵する。上述したようにウイルス力価を決定する。1xPBSによる希釈によって力価を10^4.3～10^5.3 EID₅₀/ml(ニワトリ1羽当たり50μl中10³～10⁴ EID₅₀)に設定する。

実施例4：
ワクチン有効性の判定
受精SPF卵を18日間卵セッター内で99.7°F(37.6℃)及び50%湿度にて1時間毎に回転させてインキュベートする。接種18日目に卵に光を当てて受精卵をハッチャーに移し、99°F(37℃)及び70%湿度で孵化するまでインキュベートする。臨床徴候又は変形のないヒヨコをそれぞれの処置群にランダムに分配し、別々のアイソレーターに移す。少なくとも2羽のヒヨコは厳密陰性対照(strict negative control)(SNC)群として働き、チャレンジ対照(challenge control)(CC)群に5羽のヒヨコを登録し、異種スパイク又はスパイク外部ドメインを有する組換えIBVのワクチンを接種し、その後チャレンジする群に少なくとも10羽のヒヨコを登録する。動物愛護勧告に関する地域及び国の要件を順守する住環境下で動物を維持する。光レジームは1日16時間の光に調整する。餌及び水は自由に与える。アイソレーターへの移動後、1羽当たり10³ EID₅₀で点眼(総体積50μl、片目25μl)によりヒヨコ(1日齢)にワクチン接種し、一方でSNC及びCC群は未処置のままである。ワクチン接種後21日にCC及びワクチン接種群のニワトリに1羽当たり10³～10⁴ EID₅₀のそれぞれのスパイク相同チャレンジ株(M41、QX、Q1、Ark、バリアント2又はブラジル)で点眼(総体積50μl、片目25μl)によりチャレンジする。チャレンジ後7日で全てのニワトリを安楽死させ、後鼻孔スワブを取り、腎臓を除去し、IBV特有のRT-qPCR分析用にRNAlater安定化溶液(ThermoFisher)中4℃で貯蔵する。さらに、気管を除去し、温細胞培養液を有する50ml管に移す。その後、気管を結合組織から取り除き、細胞培養液で洗い流す。0.6～0.8mmのスライス厚に設定したMcIlwain組織チョッパーを用いて気管を気管輪にカットする。気管毎に上部の3つの輪、中間部の4つの輪及び下部の3つの輪を光学顕微鏡で線毛拍動について分析し、線毛運動障害についてスコア化する(表4参照)。内輪の50%超が活発な線毛運動を示す場合、輪は正常と記録する(スコア2以下)。線毛の50%未満が拍動している場合、輪は線毛運動障害に対して陽性であると記録する(スコア3及び4)。
IBV特有のRT-qPCR分析のため腎臓組織片を室温まで温めて別々の2mlのPrecellys管に移し、これらをそれぞれ培地及びPBSで満たす。腎臓をPrecellys(登録商標)組織ホモジナイザー(Bertin Instruments)で1x20秒間6800rpmにてホモジナイズする。後鼻孔スワブを2mlの1xPBSで溶離する。200μlの溶離液及び組織ホモジネートからそれぞれMagMAX(商標)Core Nucleic Acid Purification Kit(ThermoFisher)及びKingFisher(商標)Duo Prime Purification System(ThermoFisher)を用いて核酸を単離する。二通りの分析にStepOnePlus(商標)リアルタイムPCRシステム(ThermoFisher)を使用することを除き、卵内速度論について上述したようにRT-qPCRを行なう。

実施例5：
異種スパイク又はスパイク外部ドメインをコードする組換えIBV 4/91の有効性
研究の目的は、異種スパイク又はそのフラグメントをコードする組換えIBV CR88(4/91遺伝子型及び血清型)によるワクチン接種は、スパイク相同チャレンジ株によるチャレンジに対して防御を与える能力があることを実証することである。
IBV H52(集団遺伝子型(Mass genotype))のスパイク外部ドメインをコードする組換えIBV CR88(4/91遺伝子型)は、コード化IBV H52スパイクについての相同チャレンジとみなされ、かつIBV CR88骨格を考慮すれば異種チャレンジとみなされる病原性M41株(集団遺伝子型)によるチャレンジに対して防御を与える能力があるかどうか分析する。毎日全てのニワトリを臨床徴候について観察する。ワクチン接種又はチャレンジ後は臨床徴候なしが記録される。1日齢でのCR88 rIBV H52 S及びH52 rIBV野生型によるワクチン接種に対する逆滴定により、それぞれ10^4.38 EID₅₀/ml及び10^4.5 EID₅₀/mlという力価(目標10^4.3 EID₅₀/ml)、並びにワクチン接種後21日に適用したM41チャレンジウイルスに対しては10^4.32 EID₅₀/ml(目標10^4.3 EID₅₀/ml)という力価が特定される。上述したように線毛運動障害についてスコア化し、結果を図2に示し、表5に要約する。

厳密陰性対照の全ての動物は正常な線毛運動を示すが、チャレンジ対照群の全ての動物は線毛運動障害に対して陽性である。対照的に、CR88 rIBV H52 S又はH52 rIBV野生型ワクチン接種した動物の93%が防御される。さらに、CR88 rIBV H52 Sワクチン接種した動物の腎臓内のウイルス負荷は、チャレンジ対照の動物に比べて減少する(図3)。
さらに、IBV QXをコードする組換えIBV CR88は、コード化IBV QX スパイクについての相同チャレンジとみなされ、かつIBV CR88骨格を考慮すれば異種チャレンジとみなされる病原性D388 QX株によるチャレンジに対して防御を与える能力があるかどうか分析する。毎日全てのニワトリを臨床徴候について観察する。ワクチン接種又はチャレンジ後は臨床徴候なしが記録される。1日齢でのCR88 rIBV H52 QX S及びQXによるワクチン接種に対する逆滴定により、10⁵ EID₅₀/mlを超える力価(目標10^4.3 EID₅₀/ml)、並びにワクチン接種後21日に適用したD388 QXチャレンジウイルスに対しては10^4.83 EID₅₀/ml(目標10^4.3 EID₅₀/ml)という力価をそれぞれ特定される。上述したように線毛運動障害についてスコア化し、結果を図4に示し、表6に要約する。

厳密陰性対照の全ての動物は正常な線毛運動を示すが、チャレンジ対照群の全ての動物は線毛運動障害に対して陽性である。対照的に、CR88 rIBV QX S又はQXワクチン接種した動物の100%が防御される。
異種スパイク又はスパイク外部ドメインを有する他のCR88 rIBVで同様の結果が得られる。
結果は、異種スパイクを有する組換えIBV生成のための強力な骨格としてのIBV H52の適合性を強調し、特に、IBVボーデット(ビューデッテ)骨格に関する先行技術データと比較したときに優れた結果を示す。

Claims

異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする、遺伝子操作された4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)であって、
前記異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントは、配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示される配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、前記IBV。
異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントをコードする、遺伝子操作された4/91 IBV(伝染性気管支炎ウイルス)を含む免疫原性組成物であって、
前記異種IBV S(スパイク)タンパク質又はそのフラグメントは、配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示される配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、前記免疫原性組成物。
前記異種IBV Sタンパク質又はそのフラグメントが、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストより選択されるIBVからのものである、請求項1又は2に記載のIBV又は免疫原性組成物。
前記異種IBV Sタンパク質又はそのフラグメントが、マサチューセッツ、QX、Q1、アーカンソー、バリアント2及びブラジルから成る遺伝子型又は血清型のリストより選択されるか、或いは配列番号6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16若しくは17に示されるアミノ酸配列又はそれに対して少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.2%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、99.95%、99.98%若しくは99.99%の配列同一性を有する配列から成るか又は該配列を含む、請求項1～3のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
前記異種IBV Sタンパク質が完全長スパイクタンパク質であるか、又は、前記異種IBV S(スパイク)タンパク質のフラグメントが、少なくとも500、750、1000若しくは1075アミノ酸の長さを有する、請求項1～4のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
前記IBVが弱毒化されているか又は前記IBVが組換えIBVである、請求項1～5のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物。
前記免疫原性組成物がワクチンである、請求項2～6のいずれか1項に記載の免疫原性組成物。
請求項1～7のいずれか1項に記載のIBV又は免疫原性組成物を含むキット。
対象（ヒトを除く）を免疫化する方法であって、請求項2～7のいずれか1項に記載の免疫原性組成物を該対象に投与することを含む、前記方法。
必要性がある対象（ヒトを除く）においてIBVによって引き起こされる臨床徴候を処置又は予防する方法であって、請求項2～7のいずれか1項に記載の免疫原性組成物の治療有効量を前記対象に投与することを含む、前記方法。
必要性がある対象（ヒトを除く）において、同種の非免疫対照群の対象に比べて、線毛運動障害を減少させる方法であって、請求項2～7のいずれか1項に記載の免疫原性組成物の治療有効量を前記対象に投与することを含む、前記方法。
前記対象が家禽である、請求項9～11のいずれか1項に記載の方法。
前記方法が、同種の非処置対照群の対象に比べて、線毛運動障害の予防又は減少、ラ音の予防又は減少、産卵低下の予防又は減少、腎臓障害の予防又は減少、水様性下痢の予防又は減少、体重減少の予防又は減少、より低いウイルス負荷、減少したウイルス排出又はその組み合わせから成る群より選択される有効性パラメーターの改善をもたらす、請求項9～12のいずれか1項に記載の方法。
必要性がある対象においてIBVによって引き起こされる臨床徴候を処置又は予防する方法において使用する為の、請求項2～7のいずれか1項に記載の免疫原性組成物を含む医薬組成物。
必要性がある対象において、同種の非処置対照群の対象に比べて、線毛運動障害を減少させる方法において使用する為の、請求項2～7のいずれか1項に記載の免疫原性組成物を含む医薬組成物。