JP7054694B2 - 誘導性カスパーゼおよび使用方法 - Google Patents

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Description

関連出願
本願は、2016年10月6日に出願された米国仮出願62/405,184号の利益を請求し、その内容は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
配列表の組み込み
提出された「POTH-011_001WO_SeqList.txt」という名称のテキストの内容は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
開示の分野
本開示は、分子生物学、より具体的には、誘導性カスパーゼタンパク質をコードする少なくとも1つの配列を含有する組成物、加えて、それを作製および使用する方法を対象とする。
遺伝子改変された細胞、特に、例えば養子細胞療法として被験体への投与を意図されたそれらの改変された細胞において、アポトーシスを選択的に誘導する方法についての、当技術分野における、長年にわたるが、まだ満たされていない要求がある。本開示は、この長年にわたるが、まだ満たされていない要求への解決法を提供する。
本開示は、二量体化の化学的誘導物質を結合するように最適化され得るリガンド結合領域に作動可能に連結した誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを提供する。そのリガンド結合領域がその誘導剤を特異的に結合したとき、アポトーシス促進性標的分子が架橋され、その結果として、活性化されて、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを含有する細胞においてアポトーシスを選択的に誘導する。本開示の好ましい誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドには、誘導性カスパーゼポリペプチドが挙げられるが、それらに限定されない。本開示の好ましい誘導性カスパーゼポリペプチドには、誘導性カスパーゼ9ポリペプチドが挙げられるが、それらに限定されない。本開示の好ましい誘導性カスパーゼ9ポリペプチドは、トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドをコードする、トランケートされた、または改変されたアミノ酸および/または核酸配列によってコードされたトランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含み得る。
本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、既存の誘導性ポリペプチドよりも免疫原性がはるかに低いので、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、既存の誘導性ポリペプチドよりも優れている。本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは組換えポリペプチドであり、それゆえに、天然に存在しないが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを産生するように組換えられている配列は、宿主ヒト免疫系が「非自己」として認識し、その結果として、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、該誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを含む細胞、または該誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドもしくは該誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを含む細胞を含む組成物を受けた被験体において免疫応答を誘導することができる非ヒト配列を含まない。リンカー配列は人工配列であるが、リンカー配列は、非ヒト配列を含まない。例えば、リンカー配列は制限部位を含まない。
本開示は、(a)リガンド結合領域、(b)リンカー、および(c)アポトーシス促進性ポリペプチドを含む誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドであって、該誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドが、非ヒト配列を含まない、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、非ヒト配列は、制限部位を含む。ある特定の実施形態では、リガンド結合領域は多量体リガンド結合領域であり得る。
本開示は、(a)リガンド結合領域、(b)リンカー、および(c)カスパーゼポリペプチドを含む誘導性カスパーゼポリペプチドであって、該誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドが、非ヒト配列を含まない、誘導性カスパーゼポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、非ヒト配列は、制限部位を含む。ある特定の実施形態では、リガンド結合領域は多量体リガンド結合領域であり得る。
本開示は、(a)リガンド結合領域、(b)リンカー、および(c)トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含む誘導性カスパーゼポリペプチドであって、該誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドが、非ヒト配列を含まない、誘導性カスパーゼポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、非ヒト配列は、制限部位を含む。ある特定の実施形態では、リガンド結合領域は多量体リガンド結合領域であり得る。
誘導性カスパーゼポリペプチドのある特定の実施形態では、リガンド結合領域は、誘導剤を特異的に結合し、本開示のアポトーシス促進性ポリペプチド(例えば、カスパーゼポリペプチド)の転写を活性化し得る。例えば、リガンド結合領域は、治療剤を結合しない。本開示の誘導性ポリペプチドのリガンド結合領域により特異的に結合された誘導剤は、内因性遺伝子の転写を直接的には誘導しない。
本開示の誘導性アポトーシス促進性(例えば、カスパーゼ)ポリペプチドは、1つまたは複数の転写制御エレメントの調節下にあり得、その転写制御エレメントには、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含有するように改変された細胞においてカスパーゼポリペプチドの転写を開始する能力があるプロモーターが挙げられるが、それに限定されない。例えば、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドは、1つまたは複数の転写制御エレメントの調節下にあり得、その転写制御エレメントには、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含有するように改変された哺乳動物細胞においてカスパーゼポリペプチドの転写を開始する能力がある哺乳動物プロモーターが挙げられるが、それに限定されない。例えば、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドは、1つまたは複数の転写制御エレメントの調節下にあり得、その転写制御エレメントには、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含有するように改変された哺乳動物細胞においてカスパーゼポリペプチドの転写を開始する能力がある異種性または外因性プロモーターが挙げられるが、それに限定されない。好ましい哺乳動物細胞には、ヒト細胞が挙げられるが、それらに限定されない。
本開示は、(a)リガンド結合領域、(b)リンカー、および(c)トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含む誘導性カスパーゼポリペプチドであって、該誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドが、非ヒト配列を含まない、誘導性カスパーゼポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、リガンド結合領域は多量体リガンド結合領域であり得る。
本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、またはトランケート型カスパーゼ9ポリペプチドのある特定の実施形態では、リガンド結合領域は、FK506結合タンパク質12(FKBP12)ポリペプチドを含み得る。ある特定の実施形態では、FK506結合タンパク質12(FKBP12)ポリペプチドを含むリガンド結合領域のアミノ酸配列は、その配列の36位において改変を含み得る。その改変は、36位におけるフェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換(F36V)であり得る。ある特定の実施形態では、FKBP12ポリペプチドは、GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE(配列番号3)を含むアミノ酸配列によってコードされる。ある特定の実施形態では、FKBP12ポリペプチドは、GGGGTCCAGGTCGAGACTATTTCACCAGGGGATGGGCGAACATTTCCAAAAAGGGGCCAGACTTGCGTCGTGCATTACACCGGGATGCTGGAGGACGGGAAGAAAGTGGACAGCTCCAGGGATCGCAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGAAAGCAGGAAGTGATCCGAGGATGGGAGGAAGGCGTGGCACAGATGTCAGTCGGCCAGCGGGCCAAACTGACCATTAGCCCTGACTACGCTTATGGAGCAACAGGCCACCCAGGGATCATTCCCCCTCATGCCACCCTGGTCTTCGAT GTGGAACTGCTGAAGCTGGAG(配列番号4)を含む核酸配列によってコードされる。ある特定の実施形態では、36位においてフェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換(F36V)を有するFK506結合タンパク質12(FKBP12)ポリペプチドを含み得るリガンド結合領域に特異的な誘導剤は、AP20187および/またはAP1903(Rimiducid)を含み、それらはどちらも合成薬物である。
本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、またはトランケート型カスパーゼ9ポリペプチドのある特定の実施形態では、リンカー領域は、GGGGS(配列番号5)を含むアミノ酸配列またはGGAGGAGGAGGATCC(配列番号6)を含む核酸配列によってコードされる。ある特定の実施形態では、リンカーをコードする核酸配列は制限部位を含まない。
本開示のトランケート型カスパーゼ9ポリペプチドのある特定の実施形態では、トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドは、配列の87位においてアルギニン(R)を含まないアミノ酸配列によってコードされる。代替として、または加えて、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、またはトランケート型カスパーゼ9ポリペプチドのある特定の実施形態では、トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドは、配列の282位においてアラニン(A)を含まないアミノ酸配列によってコードされる。本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、またはトランケート型カスパーゼ9ポリペプチドのある特定の実施形態では、トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドは、GFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELAQQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS (配列番号7)を含むアミノ酸配列、またはTTTGGGGACGTGGGGGCCCTGGAGTCTCTGCGAGGAAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGAGCATGGAACCCTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAAAGCGGACTGCGAACACGGACTGGCTCCAATATTGACTGTGAGAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAAGTGAAAGGGGATCTGACCGCCAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAGCTGGCTCAGCAGGACCATGGAGCTCTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGTCCCACGGGTGCCAGGCTTCTCATCTGCAGTTCCCCGGAGCAGTGTACGGAACAGACGGCTGTCCTGTCAGCGTGGAGAAGATCGTCAACATCTTCAACGGCACTTCTTGCCCTAGTCTGGGGGGAAAGCCAAAACTGTTCTTTATCCAGGCCTGTGGCGGGGAACAGAAAGATCACGGCTTCGAGGTGGCCAGCACCAGCCCTGAGGACGAATCACCAGGGAGCAACCCTGAACCAGATGCAACTCCATTCCAGGAGGGACTGAGGACCTTTGACCAGCTGGATGCTATCTCAAGCCTGCCCACTCCTAGTGACATTTTCGTGTCTTACAGTACCTTCCCAGGCTTTGTCTCATGGCGCGATCCCAAGTCAGGGAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGACATCTTTGAACAGTGGGCCCATTCAGAGGACCTGCAGAGCCTGCTGCTGCGAGTGGCAAACGCTGTCTCTGTGAAGGGCATCTACAAACAGATGCCCGGGTGCTTCAATTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACTTCC(配列番号8)を含む核酸配列によってコードされる。
トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含む、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのある特定の実施形態では、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、GVQVETISPGDGRTFPKR GQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLEGGGGSGFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELAQQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS(配列番号9)を含むアミノ酸配列、またはGGGGTCCAGGTCGAGACTATTTCACCAGGGGATGGGCGAACATTTCCAAAAAGGGGCCAGACTTGCGTCGTGCATTACACCGGGATGCTGGAGGACGGGAAGAAAGTGGACAGCTCCAGGGATCGCAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGAAAGCAGGAAGTGATCCGAGGATGGGAGGAAGGCGTGGCACAGATGTCAGTCGGCCAGCGGGCCAAACTGACCATTAGCCCTGACTACGCTTATGGAGCAACAGGCCACCCAGGGATCATTCCCCCTCATGCCACCCTGGTCTTCGATGTGGAACTGCTGAAGCTGGAGGGAGGAGGAGGATCCGGATTTGGGGACGTGGGGGCCCTGGAGTCTCTGCGAGGAAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGAGCATGGAACCCTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAAAGCGGACTGCGAACACGGACTGGCTCCAATATTGACTGTGAGAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAAGTGAAAGGGGATCTGACCGCCAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAGCTGGCTCAGCAGGACCATGGAGCTCTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGTCCCACGGGTGCCAGGCTTCTCATCTGCAGTTCCCCGGAGCAGTGTACGGAACAGACGGCTGTCCTGTCAGCGTGGAGAAGATCGTCAACATCTTCAACGGCACTTCTTGCCCTAGTCTGGGGGGAAAGCCAAAACTGTTCTTTATCCAGGCCTGTGGCGGGGAACAGAAAGATCACGGCTTCGAGGTGGCCAGCACCAGCCCTGAGGACGAATCACCAGGGAGCAACCCTGAACCAGATGCAACTCCATTCCAGGAGGGACTGAGGACCTTTGACCAGCTGGATGCTATCTCAAGCCTGCCCACTCCTAGTGACATTTTCGTGTCTTACAGTACCTTCCCAGGCTTTGTCTCATGGCGCGATCCCAAGTCAGGGAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGACATCTTTGAACAGTGGGCCCATTCAGAGGACCTGCAGAGCCTGCTGCTGCGAGTGGCAAACGCTGTCTCTGTGAAGGGCATCTACAAACAGATGCCCGGGTGCTTCAATTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACTTCC(配列番号10)を含む核酸配列によってコードされる。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含む組成物を提供する。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むトランスポゾンを提供する。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むトランスポゾンを提供する。本開示のトランスポゾンのある特定の実施形態では、トランスポゾンは、治療用タンパク質をコードする配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は、天然に存在する。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は内因性タンパク質である。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は外因性タンパク質である。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むトランスポゾンを提供する。本開示のトランスポゾンのある特定の実施形態では、トランスポゾンは、治療用タンパク質をコードする配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は、天然に存在しない。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は内因性タンパク質である。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は外因性タンパク質である。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は合成タンパク質である。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質はキメラタンパク質または組換えタンパク質である。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は融合タンパク質である。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は、ヒトタンパク質、野生型タンパク質、またはそれらの配列バリアントである。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むトランスポゾンを提供する。本開示のトランスポゾンのある特定の実施形態では、トランスポゾンは、治療用タンパク質をコードする配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は、細胞表面タンパク質、膜結合型タンパク質、細胞外膜結合型タンパク質、細胞内膜結合型タンパク質、細胞内タンパク質、核局在化タンパク質、核タンパク質、細胞質タンパク質、サイトゾルタンパク質、分泌タンパク質、リソソームタンパク質、エンドソームタンパク質、小胞結合タンパク質、ミトコンドリアタンパク質、小胞体タンパク質、細胞骨格タンパク質、細胞内シグナル伝達に関与するタンパク質、および/または細胞外シグナル伝達に関与するタンパク質を含む。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むトランスポゾンを提供する。本開示のトランスポゾンのある特定の実施形態では、トランスポゾンは、治療用タンパク質をコードする配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質は、抗原受容体を含む。ある特定の実施形態では、抗原受容体は、T細胞受容体を含む。ある特定の実施形態では、抗原受容体は、T細胞受容体から単離され、またはそれに由来する受容体を含む。ある特定の実施形態では、抗原受容体は、野生型T細胞受容体と比較して、1つまたは複数の配列変形形態および/または変異を含む。ある特定の実施形態では、T細胞受容体は、組換えT細胞受容体である。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むトランスポゾンを提供する。本開示のトランスポゾンのある特定の実施形態では、トランスポゾンは、治療用タンパク質をコードする配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、抗原受容体はキメラ抗原受容体(CAR)である。ある特定の実施形態では、CARは、1つまたは複数のセンチリン配列(Centyrin sequence)を含む。ある特定の実施形態では、CARはCARTyrinである。ある特定の実施形態では、CARは1つまたは複数のVHH配列を含む。ある特定の実施形態では、CARはVCARである。
ある特定の実施形態では、本開示のトランスポゾンは、少なくとも1つの自己切断性ペプチドをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、本開示のトランスポゾンは、少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み得、その場合、自己切断性ペプチドが、そのトランスポゾンにおいて、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドと、別の配列との間に位置する。ある特定の実施形態では、本開示のトランスポゾンは、少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み得、その場合、自己切断性ペプチドが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドの上流に位置し、第2の自己切断性ペプチドが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドの下流に位置する。ある特定の実施形態では、本開示のトランスポゾンは、少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み得、その場合、自己切断性ペプチドが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドのすぐ上流に位置し、第2の自己切断性ペプチドが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドのすぐ下流に位置する。少なくとも1つの自己切断性ペプチドは、T2Aペプチド、GSG-T2Aペプチド、E2Aペプチド、GSG-E2Aペプチド、F2Aペプチド、GSG-F2Aペプチド、P2Aペプチド、またはGSG-P2Aペプチドを含み得る。ある特定の実施形態では、T2Aペプチドは、EGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号11)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-T2Aペプチドは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号12)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、E2Aペプチドは、QCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号13)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-E2Aペプチドは、GSGQCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号14)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、F2Aペプチドは、VKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号15)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-F2Aペプチドは、GSGVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号16)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、P2Aペプチドは、ATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号17)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-P2Aペプチドは、GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号18)を含むアミノ酸配列を含む。
本開示は、本開示のトランスポゾンを含む組成物を提供する。トランスポゾンを含む組成物のある特定の実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含み得る。トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列であり得る。ある特定の実施形態では、トランスポゾンはpiggyBacトランスポゾンである。ある特定の実施形態では、トランスポゾンは、piggyBacトランスポゾンであり、トランスポザーゼはSuper piggyBacトランスポザーゼである。
本開示のトランスポゾンは、piggyBacトランスポゾンを含み得る。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御性インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。ある特定の実施形態では、トランスポゾンはpiggyBacトランスポゾンである。本開示のトランスポザーゼ酵素には、piggyBacトランスポザーゼまたは適合酵素が挙げられ得る。ある特定の実施形態、特に、トランスポゾンがpiggyBacトランスポゾンである実施形態では、トランスポザーゼは、piggyBac(商標)またはSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼである。ある特定の実施形態、特に、トランスポザーゼがSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼである実施形態では、トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列である。
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素はpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。piggyBac(PB)トランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%、またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含み、またはそれからなり得る:
Figure 0007054694000001
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、以下の配列の30位、165位、282位、または538位の1つまたは複数においてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である:
Figure 0007054694000002
ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列の30位、165位、282位、または538位の2つまたはそれより多くにおいてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列の30位、165位、282位、または538位の3つまたはそれより多くにおいてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列の以下の位置、30位、165位、282位、および538位のそれぞれにおいてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の30位におけるアミノ酸置換は、イソロイシン(I)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の165位におけるアミノ酸置換は、グリシン(G)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の282位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の538位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン(N)からリシン(K)への置換である。
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素はSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、本開示のSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列のアミノ酸配列を含み、またはそれからなり得、30位におけるアミノ酸置換がイソロイシン(I)からバリン(V)への置換であり、165位におけるアミノ酸置換がグリシン(G)からセリン(S)への置換であり、282位におけるアミノ酸置換がメチオニン(M)からバリン(V)への置換であり、538位におけるアミノ酸置換がアスパラギン(N)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、Super piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%、またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含み、またはそれからなり得る:
Figure 0007054694000003
Figure 0007054694000004
トランスポザーゼが30位、165位、282位、および/または538位において上記の変異を含む実施形態を含む、本開示の方法のある特定の実施形態では、piggyBac(商標)またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1または配列番号2の配列の3位、46位、82位、103位、119位、125位、177位、180位、185位、187位、200位、207位、209位、226位、235位、240位、241位、243位、258位、296位、298位、311位、315位、319位、327位、328位、340位、421位、436位、456位、470位、486位、503位、552位、570位、および591位の1つまたは複数におけるアミノ酸置換をさらに含み得る。トランスポザーゼが30位、165位、282位、および/または538位において上記の変異を含む実施形態を含む、ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、46位、119位、125位、177位、180位、185位、187位、200位、207位、209位、226位、235位、240位、241位、243位、296位、298位、311位、315位、319位、327位、328位、340位、421位、436位、456位、470位、485位、503位、552位、および570位の1つまたは複数におけるアミノ酸置換をさらに含み得る。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の3位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からアスパラギン(N)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の46位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の46位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からスレオニン(T)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の82位におけるアミノ酸置換は、イソロイシン(I)からトリプトファン(W)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の103位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の119位におけるアミノ酸置換は、アルギニン(R)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の125位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の125位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の177位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の177位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からヒスチジン(H)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の180位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の180位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の180位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の185位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の187位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の200位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からトリプトファン(W)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の207位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の209位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の226位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の235位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からアルギニン(R)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号1の240位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の241位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の243位におけるアミノ酸置換は、プロリン(P)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の258位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン(N)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の296位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からトリプトファン(W)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の296位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からチロシン(Y)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の296位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の298位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の298位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の298位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の311位におけるアミノ酸置換は、プロリン(P)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の311位におけるアミノ酸置換は、プロリン(P)からバリンへの置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の315位におけるアミノ酸置換は、アルギニン(R)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の319位におけるアミノ酸置換は、スレオニン(T)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の327位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からアルギニン(R)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の328位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の340位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の340位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の421位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン酸(D)からヒスチジン(H)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の436位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の456位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からチロシン(Y)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の470位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の485位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の503位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の503位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の552位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の570位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からスレオニン(T)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の591位におけるアミノ酸置換は、グルタミン(Q)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の591位におけるアミノ酸置換は、グルタミン(Q)からアルギニン(R)への置換である。
トランスポザーゼが30位、165位、282位、および/または538位において上記の変異を含む実施形態を含む、本開示の方法のある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の配列の103位、194位、372位、375位、450位、509位、および570位の1つまたは複数におけるアミノ酸置換を、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素が含み得、またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素がさらに含み得る。トランスポザーゼが30位、165位、282位、および/または538位において上記の変異を含む実施形態を含む、本開示の方法のある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の配列の103位、194位、372位、375位、450位、509位、および570位の2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、またはそれより多くにおけるアミノ酸置換を、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素が含み得、またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素がさらに含み得る。トランスポザーゼが30位、165位、282位、および/または538位において上記の変異を含む実施形態を含む、ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の配列の103位、194位、372位、375位、450位、509位、および570位におけるアミノ酸置換を、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素が含み得、またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素がさらに含み得る。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の103位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の194位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の372位におけるアミノ酸置換は、アルギニン(R)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の375位におけるアミノ酸置換は、リシン(K)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の450位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン酸(D)からアスパラギン(N)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の509位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の570位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン(N)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の194位におけるメチオニン(M)からバリン(V)への置換を含み得る。piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素が、配列番号1の194位におけるメチオニン(M)からバリン(V)への置換を含み得る実施形態を含む、ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1または配列番号2の配列の372位、375位、および450位におけるアミノ酸置換をさらに含み得る。ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の194位におけるメチオニン(M)からバリン(V)への置換、配列番号1の372位におけるアルギニン(R)からアラニン(A)への置換、および配列番号1の375位におけるリシン(K)からアラニン(A)への置換を含み得る。ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の194位におけるメチオニン(M)からバリン(V)への置換、配列番号1の372位におけるアルギニン(R)からアラニン(A)への置換、配列番号1の375位におけるリシン(K)からアラニン(A)への置換、および配列番号1の450位におけるアスパラギン酸(D)からアスパラギン(N)への置換を含み得る。
本開示は、本開示のトランスポゾンを含む組成物を提供する。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御性インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。トランスポゾンを含む組成物のある特定の実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含み得る。トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列であり得る。ある特定の実施形態では、トランスポゾンは、Sleeping Beautyトランスポゾンである。ある特定の実施形態では、トランスポゾンは、Sleeping Beautyトランスポゾンであり、トランスポザーゼは、Sleeping Beautyトランスポザーゼまたは過剰活性(hyperactive)Sleeping Beauty(SB100X)トランスポザーゼである。
本開示のトランスポゾンはSleeping Beautyトランスポゾンを含み得る。ある特定の実施形態、特に、トランスポゾンがSleeping Beautyトランスポゾンである実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含む。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素をコードする配列は、Sleeping Beautyトランスポザーゼまたは過剰活性Sleeping Beauty(SB100X)トランスポザーゼをコードする配列である。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列である。
本開示の方法のある特定の実施形態では、Sleeping Beautyトランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%、またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000005
本開示の方法のある特定の実施形態では、過剰活性Sleeping Beauty(SB100X)トランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%、またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000006
本開示は、本開示のトランスポゾンを含む組成物を提供する。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御性インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。トランスポゾンを含む組成物のある特定の実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含み得る。トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列であり得る。ある特定の実施形態では、トランスポゾンはHelraiserトランスポゾンである。ある特定の実施形態では、トランスポゾンはHelraiserトランスポゾンであり、トランスポザーゼはHelitronトランスポザーゼである。
本開示のトランスポゾンは、Helraiserトランスポゾンを含み得る。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御性インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンはHelraiserトランスポゾンである。ある特定の実施形態、特に、トランスポゾンがHelraiserトランスポゾンである実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含む。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素をコードする配列は、Helitronトランスポザーゼをコードする配列を含む。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列である。
ある特定の実施形態では、トランスポザーゼはHelitronトランスポザーゼである。Helitronトランスポザーゼは、約3000万年から3600万年前に活性があったコウモリのゲノム由来の古代エレメントである、Helraiserトランスポゾンを起動する。本開示の例示的なHelraiserトランスポゾンには、Helibat1が挙げられ、それは、以下を含む核酸配列を含む:
Figure 0007054694000007
Figure 0007054694000008
Figure 0007054694000009
他のトランスポザーゼとは異なり、Helitronトランスポザーゼは、RNase-H様触媒ドメインを含有しないが、その代わりに複製開始ドメイン(Rep)およびDNAヘリカーゼドメインで構成されるRepHelモチーフを含む。Repドメインは、ヌクレアーゼのHUHスーパーファミリーのヌクレアーゼドメインである。
本開示の例示的なHelitronトランスポザーゼは、以下を含むアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000010
Figure 0007054694000011
Helitron転位では、トランスポゾンの3’末端に近接しているヘアピンは、ターミネーターとして機能する。しかし、このヘアピンは、トランスポザーゼによって無視され得(can be bypassed)、その結果として、フランキング配列の形質導入をもたらす。加えて、Helraiser転位は、共有結合によって閉じた環状中間体を生成する。さらに、Helitron転位は、標的部位重複を欠き得る。Helraiser配列では、トランスポザーゼは、LTSおよびRTSと称される左および右末端配列によって挟まれている。これらの配列は、保存された5’-TC/CTAG-3’モチーフで終結する。ヘアピン終結構造を形成する能力を有する19bpのパリンドローム配列は、RTSの11ヌクレオチド上流に位置し、配列GTGCACGAATTTCGTGCACCGGGCCACTAG(配列番号23)からなる。
本開示は、本開示のトランスポゾンを含む組成物を提供する。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御性インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。トランスポゾンを含む組成物のある特定の実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含み得る。トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列であり得る。ある特定の実施形態では、トランスポゾンはTol2トランスポゾンである。ある特定の実施形態では、トランスポゾンはTol2トランスポゾンであり、トランスポザーゼはTol2トランスポザーゼである。
本開示のトランスポゾンはTol2トランスポゾンを含み得る。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御性インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。この方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンはTol2トランスポゾンである。ある特定の実施形態、特に、トランスポゾンがTol2トランスポゾンである実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含む。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素をコードする配列は、Tol2トランスポザーゼをコードする配列を含む。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素をコードする配列はmRNA配列である。
Tol2トランスポゾンは、メダカのゲノムから単離され得、または由来し得、hATファミリーのトランスポゾンと類似し得る。本開示の例示的なTol2トランスポゾンは、約4.7キロベースを含む配列によってコードされ、4個のエクソンを含有するTol2トランスポザーゼをコードする遺伝子を含有する。本開示の例示的なTol2トランスポザーゼは、以下を含むアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000012
逆方向反復配列、末端近くの配列、およびTol2トランスポザーゼを含む、本開示の例示的なTol2トランスポゾンは、以下を含む核酸配列によってコードされる:
Figure 0007054694000013
Figure 0007054694000014
Figure 0007054694000015
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むベクターを提供する。ある特定の実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。
本開示のウイルスベクターが、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、またはそれらの任意の組合せから単離され、またはそれらに由来する配列を含み得る。ある特定の実施形態では、ウイルスベクターは、レトロウイルスから単離され、またはそれに由来する配列を含む。ある特定の実施形態では、レトロウイルスはガンマレトロウイルスである。ある特定の実施形態では、レトロウイルスはレンチウイルスである。ある特定の実施形態では、本開示のウイルスベクターは組換えベクターであり得る。
本開示のウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルスから単離され、またはそれに由来する配列を含み得る。ある特定の実施形態では、AAVは、血清型AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、またはAAV11のAAVを含む。ある特定の実施形態では、AAVは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、またはAAV11の1つまたは複数由来の配列を含む。ある特定の実施形態では、AAVは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、またはAAV11の1つまたは複数から単離され、それらに由来し、またはそれらから組換えられた配列を含む。ある特定の実施形態では、AAVは、AAV2から単離され、それに由来し、またはそれから組換えられた配列を含む。ベクターが血液脳関門(BBB)を横断する実施形態を含む、ある特定の実施形態では、AAVは、AAV9から単離され、それに由来し、またはそれから組換えられた配列を含む。本開示の例示的なアデノ随伴ウイルスおよび組換えアデノ随伴ウイルスには、自己相補的AAV(scAAV)、ならびに1つの血清型のゲノムおよび別の血清型のカプシドを含有するAAVハイブリッド(例えば、AAV2/5、AAV-DJ、およびAAV-DJ8)が挙げられるが、それらに限定されない。本開示の例示的なアデノ随伴ウイルスおよび組換えアデノ随伴ウイルスには、rAAV-LK03、rAAV-NP59、およびrAAV-NP84が挙げられるが、それらに限定されない。ある特定の実施形態では、AAVは、rAAV-LK03、rAAV-NP59、またはrAAV-NP84から単離され、またはそれらに由来する配列を含む。ある特定の実施形態では、本開示のウイルスベクターは組換えベクターであり得る。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含むベクターを提供する。ある特定の実施形態では、ベクターはナノ粒子ベクターである。
本開示のナノ粒子ベクターは、核酸、アミノ酸、ポリマー、ミセル、脂質、有機分子、無機分子、またはそれらの任意の組合せを含み得る。ナノ粒子は、例えば、国際特許公開番号WO2012/094679、国際特許公開番号WO2016/022805、国際特許公開番号WO/2011/133635、国際特許公開番号WO/2016/090111、国際特許公開番号WO/2017/004498、WO/2017/004509、国際特許出願番号PCT/US2017/030271、米国特許第6,835,394号、米国特許第7,217,427号、および米国特許第7,867,512号に開示されたポリマーで構成され得る。
本開示のナノ粒子ベクターは、少なくとも1つの自己切断性ペプチドをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、本開示のナノ粒子ベクターは、少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み得、その場合、自己切断性ペプチドが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドと、そのナノ粒子に連結した別の配列との間に位置する。ある特定の実施形態では、本開示のナノ粒子ベクターは、少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み得、その場合、自己切断性ペプチドが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドの上流に位置し、第2の自己切断性ペプチドが、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドの下流に位置する。少なくとも1つの自己切断性ペプチドは、T2Aペプチド、GSG-T2Aペプチド、E2Aペプチド、GSG-E2Aペプチド、F2Aペプチド、GSG-F2Aペプチド、P2Aペプチド、またはGSG-P2Aペプチドを含み得る。ある特定の実施形態では、T2Aペプチドは、EGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号11)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-T2Aペプチドは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号12)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、E2Aペプチドは、QCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号13)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-E2Aペプチドは、GSGQCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号14)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、F2Aペプチドは、VKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号15)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-F2Aペプチドは、GSGVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号16)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、P2Aペプチドは、ATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号17)を含むアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、GSG-P2Aペプチドは、GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号18)を含むアミノ酸配列を含む。
本開示は、本開示のベクターを含む組成物を提供する。
本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、誘導性カスパーゼポリペプチド、誘導性カスパーゼ9ポリペプチド、および/または誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含む細胞を提供する。本開示は、本開示のトランスポゾンを含む細胞を提供する。本開示は、本開示のベクターを含む細胞を提供する。ある特定の実施形態では、細胞は、誘導剤との接触後に、本開示の誘導性カスパーゼタンパク質を発現する。
ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞はヒト細胞であり得る。
ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞は免疫細胞であり得る。免疫細胞の例には、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラー(NK)様細胞、造血前駆細胞、末梢血(PB)由来T細胞、および臍帯血(UCB)由来T細胞が挙げられるが、それらに限定されない。ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞はT細胞であり得る。ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞は活性化T細胞であり得る。ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞は、本開示のiC9配列を発現する活性化T細胞であり得る。ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞は、人工抗原提示細胞(APC)であり得る。本開示の免疫細胞には、非限定的に樹状細胞、B細胞、マクロファージ、および単球の細胞系を含む、任意の市販されている細胞系または改変細胞系がさらに挙げられ得る。
ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞は免疫細胞であり得る。免疫細胞の例には、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラー(NK)様細胞、造血前駆細胞、末梢血(PB)由来T細胞、および臍帯血(UCB)由来T細胞が挙げられるが、それらに限定されない。ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞はT細胞であり得る。ある特定の実施形態では、細胞は人工抗原提示細胞である。
ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞は幹細胞であり得る。本開示の幹細胞はヒト幹細胞であり得る。本開示の幹細胞は、胚性幹細胞または成体幹細胞であり得る。本開示の幹細胞は、全能性、多能性、または複能性であり得る。ある特定の実施形態では、本開示の幹細胞は、人工多能性幹細胞(iPSC)であり得る。
ある特定の実施形態では、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞は体細胞であり得る。本開示の体細胞は、身体、好ましくは、ヒト身体の任意の一部から単離され、またはそれに由来し得、そのヒト身体の任意の一部には、ヒトの心臓;骨格筋もしくは平滑筋;血管、静脈、もしくは毛細血管;脾臓;甲状腺;リンパ節もしくはリンパ管;骨もしくは骨髄;皮膚もしくは内皮;副腎;食道;咽頭;脳もしくは脊髄;末梢神経系;眼;視床下部;肝臓;嗅覚組織;前立腺;胃;大腸もしくは小腸;肺もしくは気管支;腎臓;膵臓;胸腺(thymus gland);尿管もしくは尿道(urethrae);膀胱;聴覚組織;膀胱;副甲状腺;唾液腺;または気管が挙げられるが、それらに限定されない。本開示の体細胞は、身体、好ましくは、ヒト身体の任意の一部へ分化し得る、前駆細胞または幹細胞から単離され、またはそれに由来し得、そのヒト身体の任意の一部には、ヒトの心臓;骨格筋もしくは平滑筋;血管、静脈、もしくは毛細血管;脾臓;甲状腺;リンパ節もしくはリンパ管;骨もしくは骨髄;皮膚もしくは内皮;副腎;食道;咽頭;脳もしくは脊髄;末梢神経系;眼;視床下部;肝臓;嗅覚組織;前立腺;胃;大腸もしくは小腸;肺もしくは気管支;腎臓;膵臓;胸腺;尿管もしくは尿道;膀胱;聴覚組織;膀胱;副甲状腺;唾液腺;または気管が挙げられるが、それらに限定されない。本開示の体細胞は、分化転換した細胞から単離され、またはそれに由来し得る。
本開示は、本開示のポリペプチド、トランスポゾン、またはベクターを含む本開示の細胞を含む組成物を提供する。
本開示は、養子細胞療法のための本開示の組成物の使用を提供する。ある特定の実施形態では、組成物の細胞は自己由来であり得る。ある特定の実施形態では、組成物の細胞は同種異系(allogeneic)であり得る。
本開示は、ex vivo遺伝子治療のための本開示の組成物の使用を提供する。ある特定の実施形態では、組成物の細胞は、自己由来であり得る。ある特定の実施形態では、組成物の細胞は同種異系であり得る。
本開示は、ex vivo遺伝子治療のための本開示の細胞を含む組成物の使用を提供する。本開示の細胞を含む組成物の使用のある特定の実施形態では、細胞は自己由来である。ある特定の実施形態では、細胞は同種異系(allogenic)である。
本開示は、細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤および本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む、方法を提供する。
本開示は、細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤および本開示の組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む、方法を提供する。
本開示は、細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤、本開示のトランスポゾン、および本開示のトランスポザーゼを含む組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む、方法を提供する。
本開示は、細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤および本開示のベクターを含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む、方法を提供する。
本開示の細胞療法を改変する方法のある特定の実施形態では、組成物の細胞は自己由来であり得る。ある特定の実施形態では、組成物の細胞は同種異系であり得る。この方法のある特定の実施形態では、細胞療法は養子細胞療法である。ある特定の実施形態では、治療剤は、ex vivo遺伝子治療により導入されている。ある特定の実施形態では、治療剤は、改変された内因性遺伝子、外因性遺伝子、またはその一部分をコードする配列である。この方法のある特定の実施形態では、細胞療法の改変は、細胞療法の終結である。この方法のある特定の実施形態では、細胞療法の改変は、細胞療法において提供される細胞の一部分の除去である。この除去は、一過性であり得、またはある期間、例えば、疾患もしくは障害の寛解の期間の間、維持され得る。ある特定の実施形態では、方法は、細胞療法の改変を阻害するために誘導剤の阻害剤を投与し、それにより、細胞療法の機能および/または有効性を回復させるステップをさらに含む。例えば、寛解後に疾患もしくは障害が再発し、または被験体の有害反応が鎮静した場合には、誘導剤の阻害剤を被験体に投与することにより細胞療法が再開され得る。
本開示の細胞療法を改変する方法は、例えば、回復の徴候、もしくは疾患重症度/進行を減少させる徴候、疾患寛解/停止の徴候、および/または有害事象の発生に応答して、治療を終結し、または弱めるために使用され得る。疾患の徴候もしくは症状が再出現するか、もしくは重症度が増加する、および/または有害事象が解消された場合には、誘導剤を阻害することにより、本開示の細胞療法が再開され得る。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき2×10個から5×10個の間の細胞、またはそれらの任意の範囲、値、もしくは分数を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.2×10個から20×10個の間の細胞を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.2×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき2×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき20×10個の細胞、または投与あたり患者の体重の1kgにつきその間の任意の数の細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき1×10個の細胞または約1×10個の細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき3×10個の細胞または約3×10個の細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.7×10個から6.7×10個の間の細胞を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.7×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき6.7×10個の細胞、または投与あたり患者の体重の1kgにつきその間の任意の数の細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.7×10個から16×10個の間の細胞を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.7×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき2×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき6×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき10.7×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき16×10個の細胞、または投与あたり患者の体重の1kgにつきその間の任意の数の細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき1.2×10個~7.1×10個の細胞を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき1.2×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき7.1×10個の細胞、または投与あたり患者の体重の1kgにつき任意の数の細胞を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき2×10個から3×10個の間の細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき1×10個~2×10個の細胞を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき1×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき2×10個の細胞、または投与あたり患者の体重の1kgにつきその間の任意の数の細胞を含む。本開示のある特定の実施形態では、本開示の改変細胞が、注射または静脈内注入によって患者へ送達される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.7×10個~1.3×10個の細胞を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、投与あたり患者の体重の1kgにつき0.7×10個の細胞、投与あたり患者の体重の1kgにつき1.3×10個の細胞、または投与あたり患者の体重の1kgにつきその間の任意の数の細胞を含む。
ある特定の実施形態では、本開示の細胞または本開示の改変細胞を含む組成物が、注射または静脈内注入によって患者へ投与される。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、単一用量または複数回用量を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、分割用量を含む。ある特定の実施形態では、本開示の組成物、または本開示の改変細胞を含む組成物の治療的有効用量は、初回用量および維持用量を含む。
本開示は、疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、該被験体に、キネティック剤(kinetic agent)および本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに該被験体の非標的組織における毒性の誘導前に該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップであって、それにより、該標的組織を処置し、排除し(treating eliminating)、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置するステップを含む、方法を提供する。
本明細書で使用される場合、キネティック剤は、標的組織に対する特異性、および非標的組織への既知の/意図的のか、または未知の/非意図的のかのいずれかの毒性を有し、いずれの場合でも、その毒性が非標的組織に有意には影響しないように調節または制限され得る、治療剤を記載することを意味する。キネティック剤は、組織を特異的にターゲットし、毒性を特異的かつ局所的に誘導するが、キネティック剤が非標的組織へ有意な毒性または損傷を誘導し得る前に、本開示の誘導剤が、非標的組織毒性を低減または防止するために投与され得る。任意の毒性がオフターゲット組織に影響する程度(例えば、非標的組織への損傷)は、誘導剤の投与により制限され得、非標的組織のキネティック剤への曝露の期間に対応し得る。本開示のある特定の実施形態では、治療剤を含む細胞は、目的の標的を有する腫瘍細胞(on-target on-tumor cell)と、目的の標的を有する腫瘍以外の細胞(on-target off-tumor cell)の両方に対して、同時に、かつ複数の異なる組織において、反応し得る。目的の標的を有する腫瘍以外の細胞は、治療剤を含む細胞における本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドの活性化の間、保存され、例えば、腫瘍が排除された後、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞は排除される。ある特定の実施形態では、腫瘍以外に対するオフターゲット効果(off-tumor off-target effect)は、キネティック剤の交差反応性に起因し得る。ある特定の実施形態では、オフターゲット効果が非常に大きい場合には、キネティック剤の毒性は、被験体の疾患の処置が完了する前に誘導剤の投与により制限または排除され得る。
本開示は、疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、該被験体に、キネティック剤および本開示の組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップであって、それにより、該標的組織を処置し、排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置するステップを含む、方法を提供する。
本開示は、疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、該被験体に、キネティック剤、本開示のトランスポゾン、および本開示のトランスポザーゼを含む組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップであって、それにより、該標的組織を処置し、排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置するステップを含む、方法を提供する。
本開示は、疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、該被験体に、キネティック剤および本開示のベクターを含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップであって、それにより、該標的組織を処置し、排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置するステップを含む、方法を提供する。
用語「非標的組織における有意な毒性」は、その組織の細胞が死んでおり(例えば、壊死またはアポトーシスの結果として死んでいる)、別なふうに生存不可能になっており、または1つもしくは複数の本質的な生理学的機能を実施することを停止している毒性のレベルを記載し得る。ある特定の実施形態では、有意な毒性は、細胞または組織への永久的損傷を意味する。ある特定の実施形態では、有意な毒性は、細胞または組織の機能の一過性喪失を意味する。ある特定の実施形態では、有意な毒性は、当業者によりそのようなものとして認識可能である症状を、被験体において誘導する。ある特定の実施形態では、有意な毒性は、被験体の死亡、寿命の低下、または生活の質の低下をもたらす。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、増殖性障害またはがんである。ある特定の実施形態では、標的組織は腫瘍を含む。ある特定の実施形態では、腫瘍は良性である。ある特定の実施形態では、腫瘍は悪性である。ある特定の実施形態では、標的組織は、切除された腫瘍の露出した組織または周縁部を含む。ある特定の実施形態では、標的組織は、ほぼ確実な(probable)転移の部位を含む。ある特定の実施形態では、転移の部位は、リンパ節、リンパ液、末梢循環血液、局所循環血液、骨、骨髄、および脳脊髄液(CSF)の1つまたは複数を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、炎症性疾患または障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は炎症の部位を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、免疫または自己免疫の疾患または障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は、露出したまたは感染した組織の部位を含む。ある特定の実施形態では、標的組織は、熱傷または創傷の組織を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、感染性疾患または障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は、感染組織を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、遺伝的または後成的疾患または障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は、野生型細胞と比較した場合、遺伝的または後成的改変を含む1つまたは複数の細胞を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、代謝障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は、代謝障害を有する1つまたは複数の細胞を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、血管障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は、静脈、血管、毛細血管、または循環血液の成分の1つまたは複数の細胞を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、呼吸障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は、鼻道、食道、または肺の1つまたは複数の細胞を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、線維性障害である。ある特定の実施形態では、標的組織は、線維素凝塊(fibroid mass)または該線維素凝塊の近くの細胞を含む。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、養子細胞療法は、キネティック剤を含む細胞を含む。ある特定の実施形態では、キネティック剤を含む細胞は、自己由来である。ある特定の実施形態では、キネティック剤を含む細胞は、同種異系である。ある特定の実施形態では、キネティック剤を含む細胞は、T細胞である。ある特定の実施形態では、キネティック剤は、天然に存在しない受容体である。ある特定の実施形態では、天然に存在しない受容体は、合成受容体、改変受容体、組換え受容体、またはキメラ受容体である。ある特定の実施形態では、キメラ受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。
本開示の疾患または障害を処置する方法のある特定の実施形態では、疾患または障害は、増殖性障害またはがんである。ある特定の実施形態では、標的組織は腫瘍を含む。ある特定の実施形態では、腫瘍の処置は、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞を含む組成物を含む。ある特定の実施形態では、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞を含む組成物は、キメラ抗原受容体(CAR)をさらに含む。ある特定の実施形態では、キメラ抗原受容体(CAR)は、腫瘍の細胞上に発現した配列を特異的に結合し、それにより、CARの腫瘍細胞に対する特異性を与える。ある特定の実施形態では、腫瘍細胞を特異的に結合するCARを発現する細胞はT細胞であり、それにより、腫瘍細胞を特異的に結合するCAR-Tを生成する。ある特定の実施形態では、腫瘍細胞を特異的にターゲットするCAR-T細胞を含む組成物は、その抗原配列を発現する腫瘍細胞のみを選択的に死滅させる。しかしながら、ある特定の実施形態では、腫瘍抗原は、他の正常な組織において発現している場合があり、その場合、非標的組織におけるCAR-T細胞の、標的に対するが腫瘍以外のものに対する活性(on-target off-tumor activity)をもたらす。例えば、抗原は、CD19であり得、CD19は、ほとんどもっぱらB細胞において発現している。CD19の場合、抗CD19 CAR-T細胞のオフターゲット活性は極微である。しかしながら、例えば、抗原がPSMA(葉酸ヒドロラーゼ1)であり、PSMAは、いくつかの正常な細胞型において発現している場合、抗PSMA CAR-T細胞は、標的に対するが腫瘍以外のものに対する毒性と呼ばれる活性で、病的標的細胞に加えて、正常細胞をターゲットし得る。ある特定の実施形態では、本開示の病的標的細胞(例えば、腫瘍細胞)が抗PSMA CAR-T細胞により根絶されると、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを使用して抗PSMA CAR-T細胞においてプログラム細胞死を誘導するために、本開示の誘導剤で被験体を処置することにより、標的に対するが腫瘍以外のものに対する効果を排除する。
養子細胞療法が、キネティック剤を含む細胞を含む方法を含む、本開示のある特定の方法において、キネティック剤は、抗がん剤を含む。ある特定の実施形態では、抗がん剤は、抗CD19剤を含む。ある特定の実施形態では、抗がん剤は抗BCMA剤を含む。ある特定の実施形態では、抗がん剤は抗PSMA剤を含む。ある特定の実施形態では、抗がん剤は、抗Muc1剤を含む。ある特定の実施形態では、キネティック剤は、天然に存在しない受容体を含む。ある特定の実施形態では、天然に存在しない受容体は、合成受容体、改変受容体、組換え受容体、またはキメラ受容体を含む。ある特定の実施形態では、キメラ受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)である。ある特定の実施形態では、CARは、1つまたは複数のVHH配列を含む。ある特定の実施形態では、CARはVCARである。ある特定の実施形態では、キネティック剤は、形成不全を誘導する。ある特定の実施形態では、形成不全は致死性ではない。ある特定の実施形態では、誘導剤は、キネティック剤を含む細胞を排除する。ある特定の実施形態では、細胞はT細胞である。ある特定の実施形態では、誘導剤は、形成不全の徴候または症状を排除または低減する。ある特定の実施形態では、CAR-T治療は悪性腫瘍を排除するが、健康なB細胞をターゲットし続け、その結果、被験体はIVIG注入で処置されなければならない。ある特定の実施形態では、抗BCMA CAR-T治療は、被験体自身の変異していない形質細胞を排除し、その結果、その被験体もまた、IVIGで処置されなければならない。ある特定の実施形態では、形成不全を引き起こすCAR-Tは、本開示のカスパーゼ9ポリペプチドおよび誘導剤を介して排除され得る。ある特定の実施形態では、被験体の本開示の誘導剤での処置は、形成不全の徴候または症状を軽減する。
図1は、本開示の例示的誘導性トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを示す概略図である。
図2は、治療剤(CARTyrin)を単独でまたは、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチド(piggyBac(PB)トランスポザーゼによって細胞に導入されたiC9構築物(「安全スイッチ」としても公知)によってコードされる)との組合せで発現するように改変された細胞中で、誘導剤(AP1903、Rimiducidとも称される)の投薬量の増加に応じて、多数の細胞が生細胞の領域(右下象限にゲートされる)からアポトーシス細胞で占められた領域(左上象限)に移動することを示す、ヌクレオフェクション後の12日目の一連のフローサイトメトリープロットである。
図3は、治療剤(CARTyrin)を単独でまたは、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチド(piggyBac(PB)トランスポザーゼによって細胞に導入されたiC9構築物(「安全スイッチ」としても公知)によってコードされる)との組合せで発現するように改変された細胞中で、誘導剤(AP1903、Rimiducidとも称される)の投薬量の増加に応じて、多数の細胞が生細胞の領域(右下象限にゲートされる)からアポトーシス細胞で占められた領域(左上象限)に移動することを示す、ヌクレオフェクション後の19日目の一連のフローサイトメトリープロットである。
図4は、図2(左グラフ)または図3(右グラフ)のいずれかに示す集計結果の定量を示す対のグラフである。詳細にはこれらのグラフは、12日目(図2および左グラフ)または19日目(図3および右グラフ)のいずれかにおける、各改変細胞型についての、iC9スイッチの誘導剤(AP1903、Rimiducidとも称される)の濃度に応じた細胞生存率パーセントへのiC9安全スイッチの影響を示している。
図5は、in vivo研究についての研究時系列および概要を示す図である。NSGマウスはMM.1S/ルシフェラーゼ細胞をIV注射され、8日目にステージ分類され、9日目にT細胞を注射され、12日目に表示の用量でAP1903(Rimiducid)を用いて処置された。24時間後、マウスを安楽死させ、血液、脾臓および骨髄細胞が回収され、huCD45細胞の存在について染色された。
図6は、Rimiducid(AP1903)をin vivoで使用するP-BCMA-101を含む細胞の高効率死滅化を実証するグラフである。図6は、AP1903処置後の血液、脾臓および骨髄におけるCARTyrin細胞の存在を示している。血液、脾臓および骨髄細胞はhuCD45細胞の存在についてフローサイトメトリーによって分析された。相対生存率は、各試料について1,500ビーズ事象あたり((huCD45細胞の数/msCD45細胞の数)/(未処置群でのhuCD45/msCD45の平均))×100%によって決定された。各データ点は、異なるマウスを示している。x軸上には、25の増分で0から175の相対CAR-T生存率パーセントがプロットされている。y軸には、各パネルについて左から右に、AP1903(Rimiducid)処置後の血液、脾臓および骨髄。AP1903(Rimiducid)は、パネルごとに左から右に次の順で増加している:0mg/kg、0.005mg/kg、0.05mg/kg、0.5mg.kg、5mg/kgおよびiC9遺伝子の非存在下での5mg/kg。
本開示は、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、加えて、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを含むトランスポゾン、ベクター、および細胞を提供する。本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、治療剤と同時に、または逐次的に、細胞へ導入され得る。例えば、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、キメラ抗原受容体をコードする1つまたは複数の配列とともに同時に、または逐次的に、細胞へ導入されて、本開示の改変細胞を生じ得る。本開示の改変細胞は、細胞に基づいた治療に使用され得る。誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドおよび必要に応じて治療剤を含む本開示の改変細胞の活性を調節するために、細胞および/または誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域と特異的に結合し、最終的に、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを含む細胞においてアポトーシスの惹起を引き起こす誘導剤と接触し得る。本開示の改変細胞が細胞療法として使用される場合、誘導剤は、細胞療法を受けた被験体へ局所的に、または全身性に投与され得る。誘導剤の阻害剤は、細胞療法および誘導剤を受けた被験体へ局所的に、または全身性に投与され得る。
本明細書で使用される場合、用語「治療剤」は、細胞療法を目的とする細胞へ導入されたとき、非限定的に、隣接細胞、細胞外リガンドおよびシグナル伝達分子、その細胞の宿主の免疫系またはその成分、宿主の感染体、宿主の疾患細胞(例えば、がん細胞)、細胞内リガンドおよびシグナル伝達分子を含む、その細胞の内部または外部環境とのその細胞の活性、シグナル伝達経路、シグナル伝達結果、および/または相互作用、後成的制御、遺伝子転写、遺伝子制御、トランスクリプトーム、DNA/RNA翻訳、タンパク質プロセシングまたは分泌プロセス、ならびにプロテオームを改変した、有機または無機の任意の分子を指し得る。治療剤には、組換えおよび/またはキメラ細胞表面受容体、組換えおよび/またはキメラ膜貫通受容体、組換えおよび/またはキメライオンチャネル、ならびに組換えおよび/またはキメラ抗原受容体が挙げられるが、それらに限定されない。ある特定の実施形態では、治療剤は、キメラ抗原受容体(CAR)、必要に応じて、抗原認識領域が少なくとも1つのセンチリンを含むキメラ抗原受容体である。本開示を通して使用される場合、センチリンを含むCARは、CARTyrinと呼ばれる。
本開示は、リガンド結合領域、リンカー、およびアポトーシス促進性ペプチドを含む誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドであって、その誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドが非ヒト配列を含まない、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、非ヒト配列は、制限部位を含む。本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、誘導剤との相互作用を通して二量体化する。第1の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドと第2の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの二量体化は、そのカスパーゼポリペプチドの相互作用、架橋、交差活性化、または活性化を促進または活性化する。カスパーゼポリペプチドの相互作用、架橋、交差活性化、または活性化は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、または本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドをコードする配列を含む細胞においてアポトーシスを惹起する。本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、その本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドが誘導剤と接触しない限り、アポトーシスを惹起しない。誘導剤と本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドとの接触は、in vivo、ex vivo、またはin vitroで起こり得る。誘導剤と本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドとの接触は、細胞内で起こり得る。
細胞療法に関して、本開示は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、または誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドをコードする配列を含む、養子細胞療法のための改変T細胞を提供する。
養子細胞療法のための改変T細胞は、自己由来または同種異系であり得る。本明細書で使用される場合、用語「同種異系」は、抗原性において異なるHLAまたはMHC遺伝子座を指す。同じ種から移入された細胞または組織は、抗原性において異なり得る。同系マウスは、1つまたは複数の遺伝子座において異なり得(類遺伝子性)、同種異系マウスは、同じバックグラウンドを有し得る。
養子細胞療法のための改変T細胞は、活性化T細胞を含み得る。T細胞(Tリンパ球とも呼ばれる)は、リンパ球と呼ばれる一群の白血球に属する。リンパ球は、一般的に、細胞媒介性免疫に関与する。「T細胞」の「T」は、胸腺に由来し、または成熟が胸腺により影響される細胞を指す。T細胞は、T細胞受容体として知られた細胞表面タンパク質の存在により、B細胞およびナチュラルキラー(NK)細胞などの他のリンパ球型から区別することができる。本明細書で使用される場合、用語「活性化T細胞」は、クラスII主要組織適合性(MHC)マーカーの関連において提示された抗原決定基の認識により、刺激されて、免疫応答(例えば、活性化T細胞のクローン増殖)を生じるT細胞を指す。T細胞は、抗原決定基、サイトカイン、および/またはリンホカイン、ならびに分化抗原群の細胞表面タンパク質(例えば、CD3、CD4、CD8など、およびそれらの組合せ)の存在により活性化される。分化抗原群のタンパク質を発現する細胞は、T細胞の表面上のそのタンパク質の発現が「陽性」であると言われる場合が多い(例えば、CD3またはCD4発現が陽性である細胞は、CD3+またはCD4+と呼ばれる)。CD3タンパク質およびCD4タンパク質は、T細胞におけるシグナル伝達に、直接的に、および/または間接的に関与し得る細胞表面受容体または共受容体である。
養子細胞療法のための改変T細胞には、「汎T細胞」が挙げられ得る。本明細書で使用される場合、「汎T細胞」は、サブタイプ、活性化状態、成熟状態、または細胞表面マーカー発現により選別されることなく、生体試料から単離された全てのTリンパ球を含む。
養子細胞療法のための改変T細胞は、例えば、全血、末梢血、臍帯血、リンパ液、リンパ節組織、骨髄、および脳脊髄液(CSF)から採取および/または調製され得る。例えば細胞の場合において、「採取または調製される」とは、細胞または細胞培養物が、供給源から単離され、精製され、または部分的に精製されることを意味し、その供給源は、例えば、臍帯血、骨髄、または末梢血であり得る。その用語はまた、最初の供給源または細胞培養物が培養されており、細胞が複製されている場合、および、子孫細胞が最初の供給源からここでは誘導される場合にも適用され得る。本明細書で使用される場合、用語「末梢血」は、血液の循環プールから採取または調製され、リンパ系、脾臓、肝臓、または骨髄内に隔離されていない、血液の細胞成分(例えば、赤血球、白血球、および血小板)を指す。臍帯血は、末梢血とも、リンパ系、脾臓、肝臓、または骨髄内に隔離された血液とも異なる。交換可能に使用することができる、用語「臍帯血(umbilical cord blood)」、「臍帯血(umbilical blood)」、または「臍帯血(cord blood)」は、出産後に胎盤中、および付着した臍帯中に残存する血液を指す。臍帯血は、造血細胞を含む幹細胞を含有する場合が多い。
本開示は、リガンド結合領域、リンカー、およびアポトーシス促進性ペプチドを含む誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドであって、その誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドが非ヒト配列を含まない、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、非ヒト配列は、制限部位を含む。ある特定の実施形態では、アポトーシス促進性ペプチドはカスパーゼポリペプチドである。ある特定の実施形態では、カスパーゼポリペプチドはカスパーゼ9ポリペプチドである。ある特定の実施形態では、カスパーゼ9ポリペプチドは、トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドである。本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、天然に存在しなくてもよい。
本開示のカスパーゼポリペプチドには、カスパーゼ1、カスパーゼ2、カスパーゼ3、カスパーゼ4、カスパーゼ5、カスパーゼ6、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、カスパーゼ10、カスパーゼ11、カスパーゼ12、およびカスパーゼ14が挙げられるが、それらに限定されない。本開示のカスパーゼポリペプチドには、カスパーゼ2、カスパーゼ3、カスパーゼ6、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、およびカスパーゼ10を含む、アポトーシスに関連したカスパーゼポリペプチドが挙げられるが、それらに限定されない。本開示のカスパーゼポリペプチドには、カスパーゼ2、カスパーゼ8、カスパーゼ9、およびカスパーゼ10を含む、アポトーシスを惹起するカスパーゼポリペプチドが挙げられるが、それらに限定されない。本開示のカスパーゼポリペプチドには、カスパーゼ3、カスパーゼ6、およびカスパーゼ7を含む、アポトーシスを実行するカスパーゼポリペプチドが挙げられるが、それらに限定されない。
本開示のカスパーゼポリペプチドは、野生型アミノ酸または核酸配列と比較して、1つまたは複数の改変を有するアミノ酸または核酸配列によってコードされ得る。本開示のカスパーゼポリペプチドをコードする核酸配列は、コドン最適化され得る。本開示のカスパーゼポリペプチドのアミノ酸および/または核酸配列の1つまたは複数の改変は、野生型アミノ酸または核酸配列と比較して、本開示のカスパーゼポリペプチドの相互作用、架橋、交差活性化、または活性化を増加させ得る。代替として、または加えて、本開示のカスパーゼポリペプチドのアミノ酸および/または核酸配列の1つまたは複数の改変は、野生型アミノ酸または核酸配列と比較して、本開示のカスパーゼポリペプチドの免疫原性を減少させ得る。
本開示のカスパーゼポリペプチドは、野生型カスパーゼポリペプチドと比較してトランケートされ得る。例えば、カスパーゼポリペプチドは、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞においてアポトーシスを惹起することに加えて、局所的炎症応答を活性化する可能性を排除または最小限にするために、カスパーゼ活性化および動員ドメイン(CARD)をコードする配列を排除するようにトランケートされ得る。本開示のカスパーゼポリペプチドをコードする核酸配列は、野生型カスパーゼポリペプチドと比較して、本開示のカスパーゼポリペプチドのバリアントアミノ酸配列を形成するようにスプライシングされ得る。本開示のカスパーゼポリペプチドは、組換え配列および/またはキメラ配列によってコードされ得る。本開示の組換えおよび/またはキメラカスパーゼポリペプチドは、1つまたは複数の異なるカスパーゼポリペプチド由来の配列を含み得る。代替として、または加えて、本開示の組換えおよび/またはキメラカスパーゼポリペプチドは、1つまたは複数の種由来の配列(例えば、ヒト配列および非ヒト配列)を含み得る。本開示のカスパーゼポリペプチドは天然に存在しなくてもよい。
本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域は、本開示の第1の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの本開示の第2の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドとの二量体化を促進または増進する任意のポリペプチド配列を含み得、その二量体化は、アポトーシス促進性ポリペプチドの架橋、および細胞におけるアポトーシスの惹起を活性化または誘導する。
リガンド結合(「二量体化」)領域は、天然または非天然のリガンド(すなわち、誘導剤)、例えば、非天然合成リガンドを使用する誘導を可能にする、任意のポリペプチドまたはその機能的ドメインを含み得る。リガンド結合領域は、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの性質およびリガンド(すなわち、誘導剤)の選択に依存して、細胞膜より内側または外側であり得る。受容体を含む、幅広い種類のリガンド結合ポリペプチドおよびその機能的ドメインが知られている。本開示のリガンド結合領域は、受容体由来の1つまたは複数の配列を含み得る。特に興味深いのは、リガンド結合領域であって、それに対するリガンド(例えば、低分子有機リガンド)が公知であり、または容易に生成され得る、リガンド結合領域である。これらのリガンド結合領域または受容体には、FKBPおよびシクロフィリン受容体、ステロイド受容体、テトラサイクリン受容体など、ならびに、「非天然」受容体(抗体、特に、重鎖または軽鎖サブユニット、それらの変異型配列、確率論的手順、コンビナトリアル合成などにより得られたランダムアミノ酸配列から得ることができる)が挙げられ得るが、それらに限定されない。ある特定の実施形態では、リガンド結合領域は、FKBPリガンド結合領域、シクロフィリン受容体リガンド結合領域、ステロイド受容体リガンド結合領域、シクロフィリン受容体リガンド結合領域、およびテトラサイクリン受容体リガンド結合領域からなる群から選択される。
1つまたは複数の受容体ドメインを含むリガンド結合領域は、それらの天然ドメインかまたはトランケート型活性部分かのいずれかとしての、少なくとも約50個のアミノ酸、および約350個未満のアミノ酸、通常、200個未満のアミノ酸であり得る。結合領域は、例えば、二量体化のために構成され得る、小さく(ウイルスベクターにおける効率的なトランスフェクションを可能にするように、25kDa未満)、単量体で、非免疫原性で、合成的に入手しやすく、細胞透過性で、無毒性のリガンドであり得る。
1つまたは複数の受容体ドメインを含むリガンド結合領域は、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの設計、および適切なリガンド(すなわち、誘導剤)の利用可能性に依存して、細胞内または細胞外であり得る。疎水性リガンドについて、結合領域は、膜のどちらの側でもあり得るが、親水性リガンド、特にタンパク質リガンドについて、結合領域は、結合のために利用できる形でリガンドを内部移行するための輸送系が存在しない限り、通常、細胞膜の外側である。細胞内受容体について、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチド、または誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドを含むトランスポゾンもしくはベクターは、受容体ドメイン配列の5’もしくは3’側にシグナルペプチドおよび膜貫通ドメインをコードし得、または受容体ドメイン配列の5’側に脂質付着シグナル配列を有し得る。受容体ドメインがシグナルペプチドと膜貫通ドメインの間にある場合、受容体ドメインは細胞外にある。
抗体および抗体サブユニット、例えば、重鎖または軽鎖、具体的には断片、より具体的には、その可変領域の全部もしくは一部、または高親和性結合を生じる重鎖と軽鎖の融合体が、本開示のリガンド結合領域として使用することができる。企図される抗体には、免疫応答をトリガーせず、一般的に末梢(すなわち、CNS/脳領域の外側)において発現していない、細胞外ドメインなどの異所性に発現したヒト産物であるものが挙げられる。そのような例には、低親和性神経成長因子受容体(LNGFR)、および胚性表面タンパク質(すなわち、がん胎児抗原)が挙げられるが、それらに限定されない。なおさらに、抗体は、生理学的に許容されるハプテン分子に対して調製することができ、その個々の抗体サブユニットを結合親和性についてスクリーニングすることができる。そのサブユニットをコードするcDNAは、リガンドに対する適切な親和性を有する結合タンパク質ドメインを獲得するように、単離され、定常領域、可変領域の部分の欠失、可変領域の変異誘発などにより改変され得る。このように、ほとんどいかなる生理学的に許容されるハプテン化合物も、リガンドとして、またはリガンドに対するエピトープを提供するために、用いることができる。抗体ユニットの代わりに、天然受容体であって、その結合領域またはドメインが公知であり、結合についての有用な、または公知のリガンドが存在する、天然受容体を用いることができる。
受容体を多量体化することについて、誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域/受容体ドメインに対するリガンドは、リガンドが少なくとも2つの結合部位を有し得、その結合部位のそれぞれがリガンド受容体領域と結合する能力がある(すなわち、第1の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域を結合する能力がある第1の結合部位、および第2の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域を結合する能力がある第2の結合部位を有するリガンドであって、該第1の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域および該第2の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域が、同一か異なるかのいずれかである)という意味において、多量体であり得る。したがって、本明細書で使用される場合、用語「多量体リガンド結合領域」は、多量体リガンドと結合する、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドのリガンド結合領域を指す。本開示の多量体リガンドには、二量体リガンドが挙げられる。本開示の二量体リガンドは、リガンド受容体ドメインと結合する能力がある2つの結合部位を有し得る。ある特定の実施形態では、本開示の多量体リガンドは、合成有機小分子の二量体またはより高い次数のオリゴマー、通常、約四量体以下であり、個々の分子は、典型的には、少なくとも約150Da、約5kDa未満、通常、約3kDa未満である。合成リガンドと受容体の様々なペアを用いることができる。例えば、天然受容体を含む実施形態では、二量体FK506がFKBP12受容体と共に使用することができ、二量体化シクロスポリンAはシクロフィリン受容体と共に使用することができ、二量体化エストロゲンはエストロゲン受容体と共に、二量体化グルココルチコイドはグルココルチコイド受容体と共に、二量体化テトラサイクリンはテトラサイクリン受容体と共に、二量体化ビタミンDはビタミンD受容体と共に、など使用することができる。あるいは、より高い次数のリガンド、例えば、三量体を使用することができる。非天然受容体、例えば、抗体サブユニット、改変された抗体サブユニット、可動性リンカーにより分離された、重鎖および軽鎖可変領域でタンデムに構成される一本鎖抗体、または改変型受容体、およびそれらの変異型配列などを含む実施形態について、多くの種類の化合物のいずれかを使用することができる。本開示の多量体リガンドを含むユニットの重要な特性は、各結合部位が、受容体を高親和性で結合し得ること、および好ましくは、それらが化学的に二量体化され得ることである。また、それらが、たいていの適用について、血清中に機能的レベルで溶解し、さらに、形質膜を横断して拡散することができるように、リガンドの疎水性/親水性の平衡を保つための方法が利用できる。
本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの活性化は、例えば、条件的に調節されるタンパク質またはポリペプチドを生じるように、誘導剤により媒介される化学誘導二量体化(CID)を通して、達成され得る。本開示のアポトーシス促進性ポリペプチドは、誘導性であるだけでなく、不安定な二量体化剤の分解または単量体競合的阻害剤の投与に起因して、これらのポリペプチドの誘導はまた可逆性でもある。
ある特定の実施形態では、リガンド結合領域はFK506結合タンパク質12(FKBP12)ポリペプチドを含む。ある特定の実施形態では、リガンド結合領域は、36位におけるフェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換(F36V)を有するFKBP12ポリペプチドを含む。リガンド結合領域が、36位におけるフェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換(F36V)を有するFKBP12ポリペプチドを含む、ある特定の実施形態では、誘導剤は、合成薬物である、AP1903(Rimiducid)(CASインデックス名:2-ピペリジンカルボン酸,1-[(2S)-1-オキソ-2-(3,4,5-トリメトキシフェニル)ブチル]-,1,2-エタンジイルビス[イミノ(2-オキソ-2,1-エタンジイル)オキシ-3,1-フェニレン[(1R)-3-(3,4-ジメトキシフェニル)プロピリデン]]エステル,[2S-[1(R),2R[S[S[1(R),2R]]]]]-(9Cl) CAS登録番号:195514-63-7;分子式:C78H98N4O20;分子量:1411.65))を含み得る。リガンド結合領域が、36位におけるフェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換(F36V)を有するFKBP12ポリペプチドを含む、ある特定の実施形態では、誘導剤は、AP20187(CAS登録番号:195514-80-8および分子式:C82H107N5O20)を含み得る。ある特定の実施形態では、誘導剤は、AP20187アナログ、例えば、AP1510などである。本明細書で使用される場合、誘導剤AP20187、AP1903(Rimiducid)、およびAP1510は交換可能に使用され得る。
AP1903(Rimiducid)APIは、Alphora Research Inc.により製造され、AP1903(Rimiducid)注射用製剤は、Formatech Inc.により作製される。それは、非イオン性可溶化剤Solutol HS 15(250mg/mL、BASF)の25%溶液中のAP1903(Rimiducid)の5mg/mL溶液として製剤化される。室温において、この製剤は、透明の淡黄色の溶液である。冷蔵により、この製剤は、可逆的相転移を起こし、乳濁した溶液を生じる。この相転移は、室温へ再び温めることにより逆転する。充填は、3mLガラスバイアル中に2.33mL(バイアルあたり合計で注射用およそ10mg AP1903(Rimiducid))である。AP1903(Rimiducid)を投与する必要性が決定したら、患者は、例えば、非DEHP、非酸化エチレンで滅菌された注入セットを使用して、IV注入により2時間にわたって、注射用の単一固定用量のAP1903(Rimiducid)(0.4mg/kg)を投与され得る。AP1903(Rimiducid)の用量は、全ての患者について個々に計算され、体重が≧10%、変動しない限り、再計算されない。計算された用量は、注入前に0.9%ノーマルセーライン中100mLに希釈される。AP1903(Rimiducid)の以前の第I相試験において、24人の健康なボランティアが、2時間にわたってIV注入される0.01mg/kg、0.05mg/kg、0.1mg/kg、0.5mg/kg、および1.0mg/kgの用量レベルでの注射用単一用量のAP1903(Rimiducid)で処置された。AP1903(Rimiducid)血漿中レベルは、用量に正比例し、平均Cmax値は、0.01~1.0mg/kgの用量範囲に対しておよそ10~1275ng/mLであった。最初の注入時間後、血液濃度は、迅速な分布相を示し、血漿中レベルは、投与後0.5時間、2時間、および10時間において、それぞれ、最大濃度のおよそ18%、7%、および1%へ低下した。注射用AP1903(Rimiducid)は、全ての用量レベルにおいて安全で、かつ耐容性が良いことが示され、有利な薬物動態学的プロファイルが実証された。Iuliucci J Dら、J Clin Pharmacol.41巻:870~9頁、2001年。
使用される注射用のAP1903(Rimiducid)の固定用量は、例えば、2時間にわたって静脈内に注入される0.4mg/kgであり得る。細胞の効果的なシグナル伝達のためにin vitroで必要とされるAP1903(Rimiducid)の量は、10~100nM(1600Da MW)である。これは、16~160μg/Lまたは約0.016~1.6μg/kg(1.6~160μg/kg)に等しい。1mg/kgまでの用量は、上記のAP1903(Rimiducid)の第I相試験において耐容性が良かった。したがって、0.4mg/kgは、治療用細胞と組み合わせてのこの第I相試験について、AP1903(Rimiducid)の安全かつ有効な用量であり得る。
本開示のリガンド結合をコードするアミノ酸および/または核酸配列は、野生型アミノ酸または核酸配列と比較して1つまたは複数の改変の配列(sequence one or more modifications)を含有し得る。例えば、本開示のリガンド結合領域をコードするアミノ酸および/または核酸配列は、コドン最適化配列であり得る。1つまたは複数の改変は、野生型ポリペプチドと比較して、本開示のリガンド結合領域に対するリガンド(例えば、誘導剤)の結合親和性を増加させ得る。代替として、または加えて、1つまたは複数の改変は、野生型ポリペプチドと比較して、本開示のリガンド結合領域の免疫原性を減少させ得る。本開示のリガンド結合領域および/または本開示の誘導剤は天然に存在しなくてもよい。
本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、リガンド結合領域、リンカー、およびアポトーシス促進性ペプチドを含み、その誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは非ヒト配列を含まない。ある特定の実施形態では、非ヒト配列は制限部位を含む。リンカーは、アポトーシス促進性ポリペプチドの相互作用または活性化が細胞においてアポトーシスを惹起するように、リガンド結合領域の二量体化により、アポトーシス促進性ポリペプチドの相互作用、架橋、交差活性化、または活性化を可能にする任意の有機または無機材料を含み得る。ある特定の実施形態では、リンカーはポリペプチドである。ある特定の実施形態では、リンカーは、G/Sリッチなアミノ酸配列を含むポリペプチドである(「GS」リンカー)。ある特定の実施形態では、リンカーは、アミノ酸配列GGGGS(配列番号5)を含むポリペプチドである。好ましい実施形態では、リンカーは、ポリペプチドであり、そのポリペプチドをコードする核酸は、制限エンドヌクレアーゼのための制限部位を含有しない。本開示のリンカーは、天然に存在しなくてもよい。
本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、細胞において、その細胞における本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの発現を開始および/または制御する能力がある任意のプロモーターの転写制御下で、発現し得る。本明細書で使用される場合、用語「プロモーター」は、遺伝子を転写するRNAポリメラーゼのための最初の結合部位として働くプロモーターを指す。例えば、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、哺乳動物細胞において、哺乳動物細胞における本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの発現を開始および/または制御する能力がある任意のプロモーターの転写制御下で、発現し得、そのプロモーターには、天然プロモーター、内因性プロモーター、外因性プロモーター、および異種プロモーターが挙げられるが、それらに限定されない。好ましい哺乳動物細胞にはヒト細胞が挙げられる。したがって、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドは、ヒト細胞において、ヒト細胞における本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの発現を開始および/または制御する能力がある任意のプロモーターの転写制御下で、発現し得、そのプロモーターには、ヒトプロモーターまたはウイルスプロモーターが挙げられるが、それらに限定されない。ヒト細胞における発現のための例示的なプロモーターには、ヒトサイトメガロウイルス(CMV)最初期遺伝子プロモーター、SV40初期プロモーター、Rous sarcoma virus長末端反復配列、β-アクチンプロモーター、ラットインスリンプロモーター、およびグリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼプロモーターが挙げられるが、それらに限定されず、それらのそれぞれは、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの高レベルの発現を得るために使用され得る。本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの発現を達成するための、当技術分野において周知である他のウイルスまたは哺乳動物細胞または細菌ファージのプロモーターの使用が、発現レベルが細胞においてアポトーシスを惹起するのに十分であるとの条件で、同様に企図される。周知の性質をもつプロモーターを用いることにより、トランスフェクションまたは形質転換後の目的のタンパク質の発現のレベルおよびパターンを最適化することができる。
特定の生理的シグナルまたは合成シグナルに応答して制御されるプロモーターの選択は、本開示の誘導性アポトーシス促進性ポリペプチドの誘導性発現を可能にすることができる。エクジソン系(Invitrogen、Carlsbad、Calif.)は1つのそのような系である。この系は、哺乳動物細胞において目的の遺伝子の制御された発現を可能にするように設計されている。それは、導入遺伝子の基底レベルの発現が実質的にないが、200倍を超える誘導能を可能にする厳格に制御された発現機構からなる。その系は、Drosophilaのヘテロ二量体エクジソン受容体に基づいており、エクジソンまたはムリステロンAなどのアナログがその受容体と結合したとき、その受容体は、プロモーターを活性化して、下流の導入遺伝子の発現をオンにし、高レベルのmRNA転写物が獲得される。この系において、目的の遺伝子の発現を駆動させるエクジソン応答性プロモーターは別のプラスミド上にあるが、ヘテロ二量体受容体の両方の単量体は1つのベクターから構成的に発現する。それゆえに、この型の系を目的のベクターへと操作することは、有用であり得る。有用であり得る別の誘導性系は、最初、GossenおよびBujard(GossenおよびBujard、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、89巻:5547~5551頁、1992年;Gossenら、Science、268巻:1766~1769頁、1995年)によって開発されたTet-Off(商標)またはTet-On(商標)系(Clontech、Palo Alto、Calif.)である。この系もまた、高レベルの遺伝子発現が、テトラサイクリンまたはドキシサイクリンなどのテトラサイクリン誘導体に応答して制御されることを可能にする。Tet-On(商標)系において、遺伝子発現は、ドキシサイクリンの存在下でオンにされるが、Tet-Off(商標)系において、遺伝子発現はドキシサイクリンの非存在下でオンにされる。これらの系は、E.coliのテトラサイクリン抵抗性オペロンに由来する2つの制御エレメント:テトラサイクリンオペレーター配列(それに、テトラサイクリンリプレッサーが結合する)およびテトラサイクリンリプレッサータンパク質に基づいている。目的の遺伝子は、プラスミドであって、テトラサイクリン応答性エレメントがその中に存在するプラスミドのプロモーターの後ろにクローニングされる。第2のプラスミドは、テトラサイクリン調節性トランス活性化因子と呼ばれる制御エレメントを含有し、その制御エレメントは、Tet-Off(商標)系において、単純ヘルペスウイルス由来のVP16ドメインおよび野生型テトラサイクリンリプレッサーで構成される。したがって、ドキシサイクリンの非存在下で、転写は構成的にオンである。Tet-On(商標)系において、テトラサイクリンリプレッサーは、野生型ではなく、ドキシサイクリンの存在下で、転写を活性化する。遺伝子治療ベクター作製について、Tet-Off(商標)系が使用され得、それにより、産生細胞は、テトラサイクリンまたはドキシサイクリンの存在下で成長し、潜在的に毒性の導入遺伝子の発現を阻止することができるが、そのベクターが患者へ導入されたとき、遺伝子発現は構成的にオンである。
一部の状況では、遺伝子治療ベクターにおいて導入遺伝子の発現を制御することが望ましい。例えば、様々な活性強度をもつ異なるウイルスプロモーターが、望まれる発現レベルに依存して利用される。哺乳動物細胞において、CMV最初期プロモーターが、強い転写活性化を提供するのに使用されることが多い。CMVプロモーターは、Donnelly, J. J.ら、1997年、Annu. Rev. Immunol.15巻:617~48頁に概説されている。それほど強力ではない、CMVプロモーターの改変型もまた、導入遺伝子の発現レベルの低下が望まれる場合、使用されている。造血細胞における導入遺伝子の発現が望まれる場合、MLVまたはMMTV由来のLTRなどのレトロウイルスプロモーターがしばしば、使用される。所望の効果に依存して使用される他のウイルスプロモーターには、SV40、RSV LTR、HIV-1およびHIV-2 LTR、E1A、E2A、またはMLP領域由来などのアデノウイルスプロモーター、AAV LTR、HSV-TK、ならびにトリ肉腫ウイルスが挙げられる。
他の例において、発生的に制御され、特定の分化細胞において活性があるプロモーターが選択され得る。したがって、例えば、プロモーターは、多能性幹細胞において不活性であり得るが、例えば、多能性幹細胞がより成熟した細胞へ分化する場合、そのとき、プロモーターは活性化され得る。
同様に、組織特異的プロモーターは、非標的組織への潜在的毒性または望ましくない効果を低下させるために、特定の組織または細胞において転写をもたらすように使用される。これらのプロモーターは、CMVプロモーターなどのより強いプロモーターと比較して発現の低下を生じ得るが、より制限された発現および免疫原性もまた生じ得る(Bojak, A.ら、2002年、Vaccine、20巻:1975~79頁;Cazeaux., N.ら、2002年、Vaccine 20巻:3322~31頁)。例えば、PSA関連プロモーターもしくは前立腺特異的腺性カリクレイン、または筋肉クレアチンキナーゼ遺伝子などの組織特異的プロモーターが、適切な場合、使用され得る。
組織特異的または分化特異的プロモーターの例には、以下が挙げられるが、それらに限定されない:B29(B細胞);CD14(単球性細胞);CD43(白血球および血小板);CD45(造血細胞);CD68(マクロファージ);デスミン(筋肉);エラスターゼ-1(膵腺房細胞);エンドグリン(内皮細胞);フィブロネクチン(分化中の細胞、治癒中の組織);およびFlt-1(内皮細胞);GFAP(アストロサイト)。
ある特定の適応症において、遺伝子治療ベクターの投与後の特定の時点において転写を活性化することが望ましい。これは、ホルモンまたはサイトカイン制御可能であるプロモーターなどのプロモーターを用いて行われる。使用することができるサイトカインおよび炎症性タンパク質応答性プロモーターには、KおよびTキニノーゲン(Kageyamaら、(1987年)J. Biol. Chem.、262巻、2345~2351頁)、c-fos、TNF-アルファ、C-反応性タンパク質(Arconeら、(1988年)Nucl. Acids Res.、16巻(8号)、3195~3207頁)、ハプトグロビン(Olivieroら、(1987年)EMBO J.、6巻、1905~1912頁)、血清アミロイドA2、C/EBPアルファ、IL-1、IL-6(PoliおよびCortese、(1989年)Proc. Nat'l Acad. Sci. USA、86巻、8202~8206頁)、補体C3(Wilsonら、(1990年)Mol. Cell. Biol.、6181~6191頁)、IL-8、アルファ-1酸糖タンパク質(ProwseおよびBaumann、(1988年)Mol Cell Biol、8巻、42~51頁)、アルファ-1アンチトリプシン、リポタンパク質リパーゼ(Zechnerら、Mol. Cell. Biol.、2394~2401頁、1988年)、アンジオテンシノーゲン(Ronら、(1991年)Mol. Cell. Biol.、2887~2895頁)、フィブリノーゲン、c-jun(ホルボールエステル、TNF-アルファ、UV照射、レチノイン酸、および過酸化水素により誘導可能)、コラゲナーゼ(ホルボールエステルおよびレチノイン酸により誘導される)、メタロチオネイン(重金属およびグルココルチコイド誘導性)、ストロメライシン(ホルボールエステル、インターロイキン-1、およびEGFにより誘導可能)、アルファ-2マクログロブリンおよびアルファ-1抗キモトリプシンが挙げられる。他のプロモーターには、例えば、SV40、MMTV、ヒト免疫不全ウイルス(MV)、モロニーウイルス、ALV、エプスタインバーウイルス、ラウス肉腫ウイルス、ヒトアクチン、ミオシン、ヘモグロビン、およびクレアチンが挙げられる。
望まれる作用に依存して、単独での、または別のプロモーターと組み合わせての上記のプロモーターのいずれかが有用であり得ることが構想される。プロモーターおよび他の制御エレメントは、それらが、所望の細胞または組織において機能的であるように選択される。加えて、このプロモーターのリストは、網羅的とも限定的であるとも解釈されるべきではない;他のプロモーターが、本明細書に開示されたプロモーターおよび方法と共に使用される。
核酸分子
本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列を含む本開示の核酸分子は、mRNA、hnRNA、tRNAもしくは任意の他の形態などのRNAの形態、または、これだけに限らないがクローニングによって得られるもしくは合成的に産生されるcDNAおよびゲノムDNAが挙げられるDNAの形態、あるいはこれらの任意の組合せであってよい。DNAは、3本鎖、2本鎖もしくは1本鎖またはこれらの任意の組合せであってよい。DNAまたはRNAの少なくとも1本の鎖の任意の部分は、センス鎖としても公知のコード鎖であってよく、またはアンチセンス鎖とも称される非コード鎖であってよい。
本開示の単離された核酸分子は、必要に応じて1つまたは複数のイントロン、例えば、これだけに限らないが、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする少なくとも1つの配列の少なくとも1つの特定の部分と共に、オープンリーディングフレーム(ORF)を含む核酸分子;本開示の誘導性ポリペプチドのコード配列を含む核酸分子;ならびに上に記載されるヌクレオチド配列とは実質的に異なるヌクレオチド配列を含むが遺伝コードの縮重のために、本明細書に記載のとおりおよび/または当技術分野において公知のとおり、本開示の誘導性ポリペプチドをいまだコードする核酸分子を含み得る。当然のことながら、遺伝コードは当技術分野において周知である。したがって、本開示の誘導性ポリペプチドをコードするそのような縮重核酸バリアントを生成することは当業者に日常的である。例えばAusubelら、上記を参照されたい、そのような核酸バリアントは本開示に含まれる。
本明細書に示されるとおり、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする核酸を含む本開示の核酸分子として、これだけに限らないが、誘導性ポリペプチドまたは断片のアミノ酸配列をコードするもの、それ自体;誘導性ポリペプチド全体またはその部分のコード配列;本開示の誘導性ポリペプチド、断片または部分のコード配列ならびに、スプライシングおよびポリアデニル化シグナル(例えば、リボソーム結合およびmRNAの安定性)が挙げられる転写、mRNAプロセシングにおいて役割を演じる転写される非翻訳配列などの非コード5’および3’配列がこれだけに限らないが挙げられる追加的、非コード配列と合わせて少なくとも1つのイントロンなどの上記の追加的コード配列を含むまたは含まない、少なくとも1つのシグナルリーダーまたは融合ペプチドのコード配列などの追加的配列;追加的機能を提供するものなどの追加的アミノ酸をコードする追加的コード配列が挙げられ得る。したがって、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列は、タンパク質スキャホールド断片または部分を含む融合タンパク質スキャホールドの精製を促進するペプチドをコードする配列などのマーカー配列に融合されてよい。
核酸の構築
本開示の単離された核酸は、当技術分野において周知のとおり(a)組換え方法、(b)合成技法、(c)精製技法および/または(d)これらの組合せを使用して作製されてよい。
核酸は、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列に加えて配列を好都合に含む場合がある。例えば、1つまたは複数のエンドヌクレアーゼ制限部位を含むマルチクローニング部位は、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列の単離を支援するために核酸に挿入されてよい。同様に翻訳可能配列は、本開示の翻訳されたポリヌクレオチドの単離を支援するために挿入されてよい。例えば、ヘキサヒスチジンマーカー配列は、本開示のカスパーゼタンパク質を精製するための好都合な手段を提供する。コード配列を除く本開示の核酸は、必要に応じて、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列または本開示の誘導性ポリペプチドの、クローニングおよび/または発現のためのベクター、アダプターまたはリンカーである。
追加的配列は、クローニングおよび/もしくは発現におけるそれらの機能を最適化するために、本開示の誘導性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の単離を支援するために、または本開示の誘導性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の細胞への導入を改善するために、そのようなクローニングおよび/または発現配列に加えられてよい。クローニングベクター、発現ベクター、アダプターおよびリンカーの使用は、当技術分野において周知である(例えば、Ausubel、上記;またはSambrook、上記を参照されたい)。
核酸を構築するための組換え方法
RNA、cDNA、ゲノムDNAまたはこれらの任意の組合せなどの本開示の単離された核酸組成物は当業者に公知のいくつものクローニング法を使用して生物原料から得ることができる。一部の実施形態では、ストリンジェントな条件下で本発明のポリヌクレオチドに選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブは、cDNAまたはゲノムDNAライブラリー中の所望の配列を同定するために使用される。RNAの単離、cDNAおよびゲノムライブラリーの構築は、当業者に周知である(例えば、Ausubel、上記;またはSambrook、上記を参照されたい)。
核酸スクリーニングおよび単離方法
cDNAまたはゲノムライブラリーは、本開示のポリヌクレオチドまたはその断片の配列に基づくプローブを使用してスクリーニングされてよい。プローブは、同じまたは異なる生物において相同遺伝子を単離するためにゲノムDNAまたはcDNA配列とハイブリダイズするように使用され得る。当業者は、ハイブリダイゼーションの種々の程度のストリンジェンシーがアッセイにおいて使用されてよく;ハイブリダイゼーションまたは洗浄媒体のいずれかがストリンジェントであってよいことを理解する。ハイブリダイゼーションのための条件がストリンジェントになるほど、二重鎖形成が生じるためにプローブと標的との間にはさらに高い程度の相補性がなければならない。ストリンジェンシーの程度は、温度、イオン強度、pHおよびホルムアミドなどの部分変性溶媒(partially denaturing solvent)の存在の1つまたは複数によって調節され得る。例えば、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーは、例えば、0%から50%の範囲内でのホルムアミドの濃度の操作を通じて、反応物溶液の極性を変更することによって好都合に変動される。検出可能な結合のために必要な相補性(配列同一性)の程度は、ハイブリダイゼーション媒体および/または洗浄媒体のストリンジェンシーに応じて変動する。相補性の程度は、最適には100%、あるいは70~100%またはその中の任意の範囲もしくは値である。しかし、プローブおよびプライマー中のわずかな配列のバリエーションがハイブリダイゼーションおよび/または洗浄媒体のストリンジェンシーを低減することによって補われ得ることは理解されるべきである。
RNAまたはDNAの増幅方法は、当技術分野において周知であり、本明細書に示される教示および指針に基づいて、過度の実験を伴うことなく本開示により使用することがでる。
DNAまたはRNA増幅の公知の方法として、これだけに限らないが、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)および関連増幅プロセス(例えば、Mullisらへの米国特許第4,683,195号、第4,683,202号、第4,800,159号、第4,965,188号;Taborらへの第4,795,699号および第4,921,794号;Innisへの第5,142,033号;Wilsonらへの第5,122,464号;Innisへの第5,091,310号;Gyllenstenらへの第5,066,584号;Gelfandらへの第4,889,818号;Silverらへの第4,994,370号;Biswasへの第4,766,067号;Ringoldへの第4,656,134号を参照されたい)ならびに標的配列へのアンチセンスRNAを2本鎖DNA合成のための鋳型として使用するRNA媒介増幅(商標NASBAと共にMalekらへの米国特許第5,130,238号)が挙げられ、参考文献の内容全体は参照により本明細書に組み込まれる(例えば、Ausubel、上記;またはSambrook、上記を参照されたい)。
例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)技術は、本開示および関連遺伝子のポリヌクレオチドの配列をゲノムDNAまたはcDNAライブラリーから直接増幅するために使用できる。PCRおよび他のin vitro増幅方法は、例えば発現されるタンパク質をコードする核酸配列をクローニングするため、試料中の所望のmRNAの存在を検出するためのプローブとして使用するための核酸を作製するため、核酸配列決定のためまたは他の目的のためにも有用であり得る。in vitro増幅方法を通じて当業者を導くために十分な技法の例は、Berger、上記、Sambrook、上記およびAusubel、上記、ならびにMullisら、米国特許第4,683,202号(1987年);ならびにInnisら編、PCR Protocols A Guide to Methods and Applications、Academic Press Inc.、San Diego、Calif.(1990年)に見出される。ゲノムPCR増幅のための商業的に入手できるキットは、当技術分野において公知である。例えば、Advantage-GC Genomic PCR Kit (Clontech)を参照されたい。追加的に、例えばT4遺伝子32タンパク質(Boehringer Mannheim)は、長いPCR産生物の収量を改善するために使用できる。
核酸を構築するための合成方法
本開示の単離された核酸は、公知の方法(例えば、Ausubelら、上記を参照されたい)によって直接の化学合成によって調製されてもよい。化学合成は、相補配列とのハイブリダイゼーションによってまたは鋳型として1本鎖を使用するDNAポリメラーゼを用いたポリマー化によって2本鎖DNAに変換され得る、1本鎖オリゴヌクレオチドを一般に生成する。当業者は、DNAの化学合成は、約100、500および1000またはそれより多い塩基の配列に限定され得る一方で、より長い配列は短い配列のライゲーションによって得ることができることを認識する。
組換え発現カセット
本開示は、本開示の核酸を含む組換え発現カセットをさらに提供する。本開示の核酸配列、例えば本開示の誘導性ポリペプチドの部分をコードするcDNAまたはゲノム配列は、少なくとも1つの所望の宿主細胞に導入され得る組換え発現カセットを構築するために使用されてよい。組換え発現カセットは、所期の宿主細胞においてポリヌクレオチドの転写を導く転写開始制御配列に作動可能に連結した、本開示のポリヌクレオチドを典型的には含む。異種性および非異種性(すなわち、内因性)の両方のプロモーターは、本開示の核酸の発現を導くために使用されてよい。
一部の実施形態では、プロモーター、エンハンサーまたは他のエレメントとして役立つ単離された核酸は、本開示のポリヌクレオチドの発現を上方または下方制御するように、本開示のポリヌクレオチドの非異種形態の適切な位置(イントロンの上流、下流またはその中)に導入されてよい。例えば、内因性プロモーターは、in vivoまたはin vitroで変異、欠失および/または置換によって変更されてよい。
ベクターおよび宿主細胞
本開示は、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列を含むベクター、組換えベクターを用いて遺伝子操作されている宿主細胞、および当技術分野において周知である組換え技法による本開示の少なくとも1つの誘導性ポリペプチドの産生にも関する。例えば、それぞれ全体が参照により本明細書に組み込まれる、Sambrookら、上記;Ausubelら、上記を参照されたい。
本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドは、宿主における増殖のための選択可能マーカーを含有するベクターに必要に応じて繋がれてよい。一般にプラスミドベクターは、リン酸カルシウム沈殿などの沈殿で、または荷電脂質との複合物で導入される。ベクターがウイルスである場合、それは適切なパッケージング細胞系を使用してin vitroでパッケージされ、次に宿主細胞に形質導入されてよい。
本開示は、本開示のトランスポゾンを含む組成物を提供する。ある特定の実施形態では、組成物は、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含んでよい。トランスポザーゼ酵素をコードする配列は、mRNA配列であってよい。
本開示のトランスポゾンは、エピソームで維持されるまたは組換え/改変細胞のゲノムに組み込まれる。トランスポゾンは、非ウイルス遺伝子移入の増強のためにトランスポゾンおよびトランスポザーゼを利用する二成分piggyBacシステムの一部であってよい。本方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。ある特定の実施形態では、トランスポゾンは、piggyBacトランスポゾンである。ある特定の実施形態、具体的にはトランスポゾンがpiggyBacトランスポゾンである実施形態では、トランスポザーゼはpiggyBac(商標)またはSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼである。
本開示のトランスポゾンは、piggyBacトランスポゾンを含んでよい。本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンは、2つのシス制御インスレーターエレメントによって挟まれている、本開示の誘導性カスパーゼポリペプチドをコードする配列を含むプラスミドDNAトランスポゾンである。ある特定の実施形態では、トランスポゾンは、piggyBacトランスポゾンである。ある特定の実施形態、具体的にはトランスポゾンがpiggyBacトランスポゾンである実施形態では、トランスポザーゼは、piggyBac(商標)またはSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼである。ある特定の実施形態、具体的にはトランスポザーゼがSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼである実施形態では、トランスポザーゼをコードする配列はmRNA配列である。
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素はpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。piggyBac(PB)トランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含み、またはそれからなり得る:
Figure 0007054694000016
Figure 0007054694000017
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、以下の配列の30位、165位、282位、または538位の1つまたは複数においてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である:
Figure 0007054694000018
ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列の30、165、282または538位の2つまたはそれより多くにおいてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列の30、165、282または538位の3つまたはそれより多くにおいてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列の次の30、165、282および538位それぞれにおいてアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むまたはそれからなるpiggyBac(商標)(PB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の30位におけるアミノ酸置換は、イソロイシン(I)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の165位におけるアミノ酸置換は、グリシン(G)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の282位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1の配列の538位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン(N)からリシン(K)への置換である。
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼ酵素は、Super piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼ酵素である。ある特定の実施形態では、本開示のSuper piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の配列のアミノ酸配列を含み、またはそれからなり得、30位におけるアミノ酸置換がイソロイシン(I)からバリン(V)への置換であり、165位におけるアミノ酸置換がグリシン(G)からセリン(S)への置換であり、282位におけるアミノ酸置換がメチオニン(M)からバリン(V)への置換であり、538位におけるアミノ酸置換がアスパラギン(N)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、Super piggyBac(商標)(SPB)トランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含み、またはそれからなり得る:
Figure 0007054694000019
トランスポザーゼが30、165、282および/または538位において上に記載される変異を含む実施形態を含む、本開示の方法のある特定の実施形態では、piggyBac(商標)またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1または配列番号2の配列の3、46、82、103、119、125、177、180、185、187、200、207、209、226、235、240、241、243、258、296、298、311、315、319、327、328、340、421、436、456、470、486、503、552、570および591位の1つまたは複数においてアミノ酸置換をさらに含む場合がある。トランスポザーゼが30、165、282および/または538位において上に記載される変異を含む実施形態を含む、ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、46、119、125、177、180、185、187、200、207、209、226、235、240、241、243、296、298、311、315、319、327、328、340、421、436、456、470、485、503、552および570位の1つまたは複数においてアミノ酸置換をさらに含む場合がある。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の3位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からアスパラギン(N)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の46位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の46位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からスレオニン(T)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の82位におけるアミノ酸置換は、イソロイシン(I)からトリプトファン(W)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の103位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の119位におけるアミノ酸置換は、アルギニン(R)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の125位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の125位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の177位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の177位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からヒスチジン(H)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の180位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の180位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の180位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の185位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の187位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の200位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からトリプトファン(W)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の207位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の209位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の226位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の235位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からアルギニン(R)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号1の240位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の241位におけるアミノ酸置換は、フェニルアラニン(F)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の243位におけるアミノ酸置換は、プロリン(P)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の258位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン(N)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の296位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からトリプトファン(W)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の296位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からチロシン(Y)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の296位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の298位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の298位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の298位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の311位におけるアミノ酸置換は、プロリン(P)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の311位におけるアミノ酸置換は、プロリン(P)からバリンへの置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の315位におけるアミノ酸置換は、アルギニン(R)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の319位におけるアミノ酸置換は、スレオニン(T)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の327位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からアルギニン(R)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の328位におけるアミノ酸置換は、チロシン(Y)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の340位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の340位におけるアミノ酸置換は、システイン(C)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の421位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン酸(D)からヒスチジン(H)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の436位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の456位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からチロシン(Y)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の470位におけるアミノ酸置換は、ロイシン(L)からフェニルアラニン(F)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の485位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の503位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からロイシン(L)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の503位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からイソロイシン(I)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の552位におけるアミノ酸置換は、バリン(V)からリシン(K)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の570位におけるアミノ酸置換は、アラニン(A)からスレオニン(T)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の591位におけるアミノ酸置換は、グルタミン(Q)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の591位におけるアミノ酸置換は、グルタミン(Q)からアルギニン(R)への置換である。
トランスポザーゼが30、165、282および/または538位において上に記載される変異を含む実施形態を含む、本開示の方法のある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の配列の103、194、372、375、450、509および570位の1つまたは複数においてアミノ酸置換を、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は含む場合がある、またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素はさらに含む場合がある。トランスポザーゼが30、165、282および/または538位において上に記載される変異を含む実施形態を含む、本開示の方法のある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の配列の103、194、372、375、450、509および570位の2つ、3つ、4つ、5つ、6つまたはそれより多くにおいてアミノ酸置換を、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は含む場合がある、またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素はさらに含む場合がある。トランスポザーゼが30、165、282および/または538位において上に記載される変異を含む実施形態を含む、ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の配列の103、194、372、375、450、509および570位においてアミノ酸置換を、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は含む場合がある、またはSuper piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素はさらに含む場合がある。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の103位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からプロリン(P)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の194位におけるアミノ酸置換は、メチオニン(M)からバリン(V)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の372位におけるアミノ酸置換は、アルギニン(R)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の375位におけるアミノ酸置換は、リシン(K)からアラニン(A)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の450位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン酸(D)からアスパラギン(N)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の509位におけるアミノ酸置換は、セリン(S)からグリシン(G)への置換である。ある特定の実施形態では、配列番号1または配列番号2の570位におけるアミノ酸置換は、アスパラギン(N)からセリン(S)への置換である。ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の194位においてメチオニン(M)からバリン(V)への置換を含む場合がある。piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素が、配列番号1の194位においてメチオニン(M)からバリン(V)への置換を含む場合がある実施形態を含む、ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1または配列番号2の配列の372、375および450位においてアミノ酸置換をさらに含む場合がある。ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の194位においてメチオニン(M)からバリン(V)への置換、配列番号1の372位においてアルギニン(R)からアラニン(A)への置換、および配列番号1の375位においてリシン(K)からアラニン(A)への置換を含む場合がある。ある特定の実施形態では、piggyBac(商標)トランスポザーゼ酵素は、配列番号1の194位においてメチオニン(M)からバリン(V)への置換、配列番号1の372位においてアルギニン(R)からアラニン(A)への置換、配列番号1の375位においてリシン(K)からアラニン(A)への置換、および配列番号1の450位においてアスパラギン酸(D)からアスパラギン(N)への置換を含む場合がある。
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポゾンはSleeping Beautyトランスポゾンである。ある特定の実施形態、具体的にはトランスポゾンがSleeping Beautyトランスポゾンである実施形態では、トランスポザーゼは、Sleeping Beautyトランスポザーゼまたは過剰活性Sleeping Beautyトランスポザーゼ(SB100X)である。
本開示の方法のある特定の実施形態では、Sleeping Beautyトランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000020
本開示の方法のある特定の実施形態では、過剰活性Sleeping Beauty(SB100X)トランスポザーゼ酵素は、以下と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、99%またはその間の任意のパーセンテージで同一であるアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000021
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼはHelitronトランスポザーゼである。Helitronトランスポザーゼは、約3000万年から3600万年前に活性があったコウモリゲノム由来の古代エレメントであるHelraiserトランスポゾンを起動する。本開示の例示的なHelraiserトランスポゾンには、Helibat1が挙げられ、それは、以下を含む核酸配列を含む:
Figure 0007054694000022
Figure 0007054694000023
Figure 0007054694000024
他のトランスポザーゼとは異なり、Helitronトランスポザーゼは、RNase-H様触媒ドメインを含有しないが、その代わりに複製開始ドメイン(Rep)およびDNAヘリカーゼドメインで構成されるRepHelモチーフを含む。Repドメインは、ヌクレアーゼのHUHスーパーファミリーのヌクレアーゼドメインである。
本開示の例示的なHelitronトランスポザーゼは、以下を含むアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000025
Figure 0007054694000026
Helitron転位では、トランスポゾンの3’末端に近接しているヘアピンは、ターミネーターとして機能する。しかし、このヘアピンは、トランスポザーゼによって無視され得、その結果として、フランキング配列の形質導入をもたらす。加えて、Helraiser転位は、共有結合によって閉じた環状中間体を生成する。さらに、Helitron転位は、標的部位重複を欠き得る。Helraiser配列では、トランスポザーゼは、LTSおよびRTSと称される左および右末端配列によって挟まれている。これらの配列は、保存された5’-TC/CTAG-3’モチーフで終結する。ヘアピン終結構造を形成する能力を有する19bpパリンドローム配列は、RTSの11ヌクレオチド上流に位置し、配列GTGCACGAATTTCGTGCACCGGGCCACTAG(配列番号23)からなる。
本開示の方法のある特定の実施形態では、トランスポザーゼはTol2トランスポザーゼである。Tol2トランスポゾンは、メダカのゲノムから単離され得、または由来し得、hATファミリーのトランスポゾンと類似し得る。本開示の例示的なTol2トランスポゾンは、約4.7キロベースを含む配列によってコードされ、4個のエクソンを含有するTol2トランスポザーゼをコードする遺伝子を含有する。本開示の例示的Tol2トランスポザーゼは、以下を含むアミノ酸配列を含む:
Figure 0007054694000027
逆方向反復、末端近くの配列およびTol2トランスポザーゼを含む、本開示の例示的Tol2トランスポゾンは、以下を含む核酸配列によってコードされる:
Figure 0007054694000028
Figure 0007054694000029
Figure 0007054694000030
DNA挿入物は、適切なプロモーターに作動可能に連結されるべきである。発現構築物は、転写開始、終結のための部位および転写領域中に、翻訳のためのリボソーム結合部位をさらに含有する。構築物によって発現される成熟転写物のコード部分は、最初に翻訳開始コドンおよび、翻訳されるmRNAの末端に適切に位置する、終結コドン(例えば、UAA、UGAまたはUAG)を好ましくは含み、哺乳動物または真核細胞発現のためにはUAAおよびUAGが好ましい。
発現ベクターは、好ましくは、しかし必要に応じて少なくとも1つの選択可能マーカーを含む。そのようなマーカーとして、例えば、これだけに限らないが、真核細胞培養のためのアンピシリン、ゼオシン(Sh bla遺伝子)、ピューロマイシン(pac遺伝子)、ハイグロマイシンB(hygB遺伝子)、G418/ジェネティシン(neo遺伝子)、ミコフェノール酸またはグルタミン合成酵素(GS、米国特許第5,122,464号;第5,770,359号;第5,827,739号)、ブラストサイジン(bsd遺伝子)耐性遺伝子、ならびにE.coliおよび他の細菌または原核生物での培養のためのアンピシリン、ゼオシン(Sh bla遺伝子)、ピューロマイシン(pac遺伝子)、ハイグロマイシンB(hygB遺伝子)、G418/ジェネティシン(neo遺伝子)、カナマイシン、スペクチノマイシン、ストレプトマイシン、カルベニシリン、ブレオマイシン、エリスロマイシン、ポリミキシンBまたはテトラサイクリン耐性遺伝子が挙げられる(上記特許は参照により全体が本明細書に組み込まれる)。上に記載される宿主細胞のために適切な培養培地および条件は、当技術分野において公知である。好適なベクターは、当業者に容易に明らかである。宿主細胞へのベクター構築物の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE-デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、電気穿孔、形質導入、感染または他の公知の方法によってなされ得る。そのような方法は、Sambrook、上記、1~4章および16~18章;Ausubel、上記、1、9、13、15、16章など、当技術分野において記載されている。
発現ベクターは、好ましくは、しかし必要に応じて、本開示の組成物および方法によって改変された細胞の単離のための少なくとも1つの選択可能細胞表面マーカーを含む。本開示の選択可能細胞表面マーカーは、表面タンパク質、糖タンパク質または、細胞もしくは細胞のサブセットを別に規定される細胞のサブセットから識別するタンパク質の群を含む。好ましくは選択可能細胞表面マーカーは、本開示の組成物または方法によって改変された細胞を本開示の組成物または方法によって改変されていない細胞から識別する。そのような細胞表面マーカーとして、例えば、これだけに限らないが、CD19、CD271、CD34、CD22、CD20、CD33、CD52またはこれらの任意の組合せのトランケート型または全長形態などの「分化抗原群」または「分類決定因子(classification determinant)」タンパク質(しばしば「CD」と省略される)が挙げられる。細胞表面マーカーとして、さらに自殺遺伝子マーカーRQR8(Philip Bら、Blood.2014年8月21日;124巻(8号):1277~87頁)が挙げられる。
発現ベクターは、好ましくは、しかし必要に応じて、本開示の組成物および方法によって改変された細胞の単離のための少なくとも1つの選択可能薬物耐性マーカーを含む。本開示の選択可能薬物耐性マーカーは、野生型もしくは変異体Neo、DHFR、TYMS、FRANCF、RAD51C、GCS、MDR1、ALDH1、NKX2.2またはこれらの任意の組合せを含み得る。
本開示の少なくとも1つの誘導性ポリペプチドは、融合タンパク質などの改変形態で発現されてよく、追加の異種性機能領域を含み得る。例えば、追加的アミノ酸、特に荷電アミノ酸の領域は、宿主細胞での、精製の際または続く取扱および保存の際の安定性および持続性を改善するためにタンパク質スキャホールドのN末端に付加されてよい。同様にペプチド部分は、精製を容易にするために本開示のタンパク質スキャホールドに付加されてよい。そのような領域は、誘導性ポリペプチドまたはその少なくとも1つの断片の最終調製の前に除去されてよい。そのような方法は、Sambrook、上記、17.29~17.42および18.1~18.74章;Ausubel、上記、16、17および18章などの多数の標準的実験マニュアルに記載されている。
当業者は、本開示のタンパク質をコードする核酸の発現のために利用可能な多数の発現システムについて知識が豊富である。代替的に、本開示の核酸は、本開示の誘導性ポリペプチドをコードする配列を含有する宿主細胞において(操作によって)オンにすることによって宿主細胞において発現され得る。そのような方法は、例えば参照により全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第5,580,734号、第5,641,670号、第5,733,746号および第5,733,761号において記載されるとおり当技術分野において周知である。
改変細胞のための発現ベクターとして、これだけに限らないが次の、複製開始点;プロモーター(例えば、後期または初期SV40プロモーター、CMVプロモーター(米国特許第5,168,062号;第5,385,839号)、HSV tkプロモーター、pgk(ホスホグリセレートキナーゼ)プロモーター、EF-1アルファプロモーター(米国特許第5,266,491号)、少なくとも1つのヒトプロモーター;エンハンサー、ならびに/またはリボソーム結合部位、RNAスプライス部位、ポリアデニル化部位(例えば、SV40ラージT AgポリA付加部位)および転写終結配列などのプロセシング情報部位、などの発現調節配列の1つまたは複数が挙げられ得る。例えば、Ausubelら、上記;Sambrookら、上記を参照されたい。本発明の核酸またはタンパク質の産生のために有用な他の細胞は、公知である、および/あるいは、例えばAmerican Type Culture Collection Catalogue of Cell Lines and Hybridomas(www.atcc.org)または他の公知のもしくは商業的供給源から入手できる。
真核宿主細胞が使用される場合、ポリアデニル化配列または転写終結配列は、ベクター中に典型的には組み込まれる。終結配列の一例は、ウシ成長ホルモン遺伝子由来のポリアデニル化配列である。転写物の正確なスプライシングのための配列も含まれてよい。スプライシング配列の一例は、SV40由来のVP1イントロンである(Spragueら、J. Virol.45巻:773~781頁(1983年))。追加的に、宿主細胞での複製を調節するための遺伝子配列は、当技術分野において公知のとおりベクターに組み込まれてよい。
アミノ酸コード
本開示のタンパク質スキャホールドを構成するアミノ酸は、しばしば省略される。アミノ酸名は、当技術分野において十分に理解されるとおり、その一文字表記、その三文字表記、名称、または3つのヌクレオチドコドン(複数可)によってアミノ酸を指定することによって示されてよい(Alberts, B.ら、Molecular Biology of The Cell、第3版、Garland Publishing, Inc.、New York、1994年を参照されたい)。本開示の誘導性ポリペプチドは、本明細書に明記するとおり、天然変異またはヒトの操作のいずれか由来の1つまたは複数のアミノ酸置換、欠失または付加を含んでよい。機能のために不可欠である本開示の誘導性ポリペプチド中のアミノ酸は、部位特異的変異誘発またはアラニンスキャンニング変異誘発などの当技術分野において公知の方法によって同定され得る(例えば、Ausubel、上記、第8章、第15章;CunninghamおよびWells、Science 244巻:1081~1085頁(1989年))。後者の手順は、分子中の残基ごとに単一のアラニン変異を導入する。次いで生じた変異体分子は、これだけに限らないが、少なくとも1つの中和活性などの生物活性について検査される。機能に不可欠である(すなわち、アポトーシスを誘導する)部位は結晶化、核磁気共鳴または光親和性標識などの構造分析によっても同定され得る(Smithら、J. Mol. Biol.224巻:899~904頁(1992年)およびde Vosら、Science 255巻:306~312頁(1992年))。
本開示の生物学的に活性な誘導性ポリペプチドは、細胞の天然の(非合成)、内因性または関連する公知のタンパク質または酵素の発現または誘導の場合、少なくとも20%、30%もしくは40%、好ましくは少なくとも50%、60%もしくは70%、最も好ましくは少なくとも80%、90%もしくは95%~99%またはそれより高く有効である効力を有して細胞においてアポトーシスを誘導できる1つまたは複数のタンパク質または酵素(例えばカスパーゼ9などのカスパーゼ)を含む。タンパク質結合および酵素活性のアッセイおよび定量測定方法は、当業者に周知である。
養子細胞療法としての改変細胞の注入
本開示は、本開示の1つまたは複数の誘導性ポリペプチドを発現する改変細胞であって、それを必要とする被験体への投与のために選択された、改変細胞を提供する。本開示の改変細胞は、室温および体温を含む任意の温度での保存のために製剤化されてよい。本開示の改変細胞は、凍結保存およびその後の解凍のために製剤化されてよい。本開示の改変細胞は、滅菌包装からの被験体への直接投与のために薬学的に許容される担体中に製剤化されてよい。
(実施例1)
ヒト汎T細胞への、iC9安全スイッチを組み込んだpiggyBacの発現および機能
ヒト汎T細胞を4つのpiggyBacトランスポゾンの1つを用いてAmaxa 4D nucleofectorを使用してヌクレオフェクトした。「モック」条件を受けた改変T細胞を空piggyBacトランスポゾンを用いてヌクレオフェクトした。改変T細胞は、治療剤単独(CARTyrinをコードする配列)を含有するpiggyBacトランスポザーゼまたは組み込まれたiC9配列および治療剤(CARTyrinをコードする配列)を含有するpiggyBacトランスポザーゼのいずれかを受けた。
図1は、リガンド結合領域、リンカーおよびトランケート型カスパーゼ9ポリペプチドを含有するiC9安全スイッチの概略図を提供する。具体的にはiC9ポリペプチドは、36位にフェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換(F36V)を含むFK506結合タンパク質12(FKBP12)ポリペプチドを含むリガンド結合領域を含有する。iC9ポリペプチドのFKBP12ポリペプチドはGVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE(配列番号3)を含むアミノ酸配列によってコードされている。iC9ポリペプチドのFKBP12ポリペプチドはGGGGTCCAGGTCGAGACTATTTCACCAGGGGATGGGCGAACATTTCCAAAAAGGGGCCAGACTTGCGTCGTGCATTACACCGGGATGCTGGAGGACGGGAAGAAAGTGGACAGCTCCAGGGATCGCAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGAAAGCAGGAAGTGATCCGAGGATGGGAGGAAGGCGTGGCACAGATGTCAGTCGGCCAGCGGGCCAAACTGACCATTAGCCCTGACTACGCTTATGGAGCAACAGGCCACCCAGGGATCATTCCCCCTCATGCCACCCTGGTCTTCGAT GTGGAACTGCTGAAGCTGGAG(配列番号4)を含む核酸配列によってコードされている。iC9ポリペプチドのリンカー領域は、GGGGS(配列番号5)を含むアミノ酸およびGGAGGAGGAGGATCC(配列番号6)を含む核酸配列によってコードされている。iC9ポリペプチドをコードするアミノ酸配列はGFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRES GLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELAQQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS(配列番号7)を含むアミノ酸によってコードされている。iC9ポリペプチドをコードする核酸配列はTTTGGGGACGTGGGGGCCCTGGAGTCTCTGCGAGGAAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGAGCATGGAACCCTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAAAGCGGACTGCGAACACGGACTGGCTCCAATATTGACTGTGAGAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAAGTGAAAGGGGATCTGACCGCCAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAGCTGGCTCAGCAGGACCATGGAGCTCTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGTCCCACGGGTGCCAGGCTTCTCATCTGCAGTTCCCCGGAGCAGTGTACGGAACAGACGGCTGTCCTGTCAGCGTGGAGAAGATCGTCAACATCTTCAACGGCACTTCTTGCCCTAGTCTGGGGGGAAAGCCAAAACTGTTCTTTATCCAGGCCTGTGGCGGGGAACAGAAAGATCACGGCTTCGAGGTGGCCAGCACCAGCCCTGAGGACGAATCACCAGGGAGCAACCCTGAACCAGATGCAACTCCATTCCAGGAGGGACTGAGGACCTTTGACCAGCTGGATGCTATCTCAAGCCTGCCCACTCCTAGTGACATTTTCGTGTCTTACAGTACCTTCCCAGGCTTTGTCTCATGGCGCGATCCCAAGTCAGGGAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGACATCTTTGAACAGTGGGCCCATTCAGAGGACCTGCAGAGCCTGCTGCTGCGAGTGGCAAACGCTGTCTCTGTGAAGGGCATCTACAAACAGATGCCCGGGTGCTTCAATTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACTTCC(配列番号8)を含む核酸配列によってコードされている。
iC9安全スイッチを検査するために、4種の改変T細胞それぞれを24時間、0、0.1nM、1nM、10nM、100nMまたは1000nM AP1903(AP1903のための誘導剤、Rimiducidとしても公知)と共にインキュベートした。生存率を、アポトーシスを起こしている細胞についてのマーカーとして、蛍光干渉物質である7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD)を使用してフローサイトメトリーによって評価した。
細胞生存率を12日目に評価した(図2を参照されたい)。データは、iC9構築物を含有する細胞において誘導剤の濃度の増加に伴う、細胞集団の右下から左上象限へのシフトを実証している;しかしこの効果は、iC9構築物を欠いている細胞(CARTyrinだけを受けたもの)では観察されず、細胞は誘導剤の濃度にかかわらずこれら2つの領域に均一に分布している。さらに、細胞生存率を19日目に評価した(図3を参照されたい)。データは、図2に(ヌクレオフェクション後の12日目)おいて示されるのと同じ傾向を明らかにしている;しかし左上象限への集団シフトは、この後者の時点(ヌクレオフェクション後の19日目)でさらに明白である。
集計結果の定量を実施し、図4に提供するが、これは、12日目(図2および左グラフ)または19日目(図3および右グラフ)のいずれかにおける、各改変細胞型についての、iC9スイッチの誘導剤(AP1903、Rimiducidとしても公知)の濃度に応じた細胞生存率パーセントへのiC9安全スイッチの有意な影響を示している。iC9安全スイッチの存在は、12日目までに有意な大多数の細胞においてアポトーシスを誘導し、効果は19日目まででさらに劇的である。
本研究の結果は、AP1903(Rimiducid)が研究の最低濃度(0.1nM)においてさえアポトーシスを誘導することから、iC9安全スイッチが、誘導剤(例えばAP1903、Rimiducidとしても公知)との接触により活性細胞を排除することに極めて有効であることを示している。さらにiC9安全スイッチは、トリシストロンベクターの一部として機能的に発現され得る。
(実施例2)
NGSマウスにおいてin vivoでiC9安全スイッチを使用するP-BCMA-101を含む細胞の高効率死滅化
NSGマウスにMM.1S/ルシフェラーゼ細胞をIV注射し、8日目にステージ分類し、9日目にT細胞を注射し、AP1903(Rimiducid)を用いて12日目に表示の用量で処置した。24時間後、マウスを安楽死させ、血液、脾臓および骨髄細胞を回収し、huCD45細胞の存在について染色した(図5)。血液、脾臓および骨髄細胞をhuCD45細胞の存在についてフローサイトメトリーによって分析した。相対生存率を、各試料について1,500ビーズ事象あたり、huCD45細胞の数をmsCD45細胞の数で割り、未処置群でのhuCD45/msCD45の平均に対して正規化し、100%を掛けることによって決定した。各データ点は異なるマウスを表している(図6)。
参照による組込
任意の相互参照または関連特許もしくは出願を含む、本明細書に引用される全ての文書は、はっきりと排除または他に限定されない限り、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。いかなる文書の引用も、それが本明細書において開示されるまたは特許請求されるいかなる発明に関する先行技術であること、あるいは単独でまたは1つもしくは複数の他の任意の参考文献との任意の組合せでそれが任意のそのような発明を、教示、示唆または開示することの承認ではない。さらに、本文書中の用語の任意の意味または定義が、参照により組み込まれる文書中の同じ用語の任意の意味または定義と矛盾する範囲内で、本文書中のそのような用語に割り当てられる意味または定義が優先する。
他の実施形態
本開示の具体的な実施形態は例示され、記載されているが、種々の他の変更および改変は、本開示の精神および範囲から逸脱することなく行われ得る。添付の特許請求の範囲の範囲は、本開示の範囲内である全てのそのような変更および改変を含む。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)リガンド結合領域、
(b)リンカー、および
(c)トランケート型カスパーゼ9ポリペプチド
を含む誘導性カスパーゼポリペプチドであって、該誘導性カスパーゼポリペプチドが非ヒト配列を含まない、誘導性カスパーゼポリペプチド。
(項目2)
前記非ヒト配列が制限部位である、項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
前記リガンド結合領域がFK506結合タンパク質12(FKBP12)ポリペプチドを含む、項目1または2に記載のポリペプチド。
(項目4)
アミノ酸配列が該配列の36位において改変を含む、項目1~3のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目5)
前記改変が、36位におけるフェニルアラニン(F)からバリン(V)への置換(F36V)である、項目4に記載のポリペプチド。
(項目6)
前記FKBP12ポリペプチドが、GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE(配列番号3)を含
むアミノ酸配列によってコードされる、項目3~5のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目7)
前記FKBP12ポリペプチドが、GGGGTCCAGGTCGAGACTATTTCACCAGGGGATGGGCGAACATTTCCAAAAAGGGGCCAGACTTGCGTCGTGCATTACACCGGGATGCTGGAGGACGGGAAGAAAGTGGACAGCTCCAGGGATCGCAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGAAAGCAGGAAGTGATCCGAGGATGGGAGGAAGGCGTGGCACAGATGTCAGTCGGCCAGCGGGCCAAACTGACCATTAGCCCTGACTACGCTTATGGAGCAACAGGCCACCCAGGGATCATTCCCCCTCATGCCACCCTGGTCTTCGAT GTGGAACTGCTGAAGCTGGAG(配列番号4)を含む核酸配列によってコード
される、項目6に記載のポリペプチド。
(項目8)
前記リンカー領域が、GGGGS(配列番号5)を含むアミノ酸によってコードされる、項目1~7のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目9)
前記リンカー領域が、GGAGGAGGAGGATCC(配列番号6)を含む核酸配列によってコードされる、項目8に記載のポリペプチド。
(項目10)
前記トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドが、アミノ酸配列であって、該配列の87位においてアルギニン(R)を含まないアミノ酸配列によってコードされる、項目1~9のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目11)
前記トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドが、アミノ酸配列であって、該配列の282位においてアラニン(A)を含まないアミノ酸配列によってコードされる、項目1~10のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目12)
前記トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドが、GFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELAQQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS(配列番号7)を含むアミノ酸によってコードされる、項目1~11のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目13)
前記トランケート型カスパーゼ9ポリペプチドが、TTTGGGGACGTGGGGGCCCTGGAGTCTCTGCGAGGAAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGAGCATGGAACCCTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAAAGCGGACTGCGAACACGGACTGGCTCCAATATTGACTGTGAGAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAAGTGAAAGGGGATCTGACCGCCAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAGCTGGCTCAGCAGGACCATGGAGCTCTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGTCCCACGGGTGCCAGGCTTCTCATCTGCAGTTCCCCGGAGCAGTGTACGGAACAGACGGCTGTCCTGTCAGCGTGGAGAAGATCGTCAACATCTTCAACGGCACTTCTTGCCCTAGTCTGGGGGGAAAGCCAAAACTGTTCTTTATCCAGGCCTGTGGCGGGGAACAGAAAGATCACGGCTTCGAGGTGGCCAGCACCAGCCCTGAGGACGAATCACCAGGGAGCAACCCTGAACCAGATGCAACTCCATTCCAGGAGGGACTGAGGACCTTTGACCAGCTGGATGCTATCTCAAGCCTGCCCACTCCTAGTGACATTTTCGTGTCTTACAGTACCTTCCCAGGCTTTGTCTCATGGCGCGATCCCAAGTCAGGGAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGACATCTTTGAACAGTGGGCCCATTCAGAGGACCTGCAGAGCCTGCTGCTGCGAGTGGCAAACGCTGTCTCTGTGAAGGGCATCTACAAACAGATGCCCGGGTGCTTCAATTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACTTCC(配列番号8)を含む核酸配列によってコードされる、項目12に記載の
ポリペプチド。
(項目14)
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLEGGGGSGFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELAQQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS(配列番号9)を含むアミノ酸配列によってコードされる、項目1~13のいずれか一項に記載のポリペプチド。
(項目15)
GGGGTCCAGGTCGAGACTATTTCACCAGGGGATGGGCGAACATTTCCAAAAAGGGGCCAGACTTGCGTCGTGCATTACACCGGGATGCTGGAGGACGGGAAGAAAGTGGACAGCTCCAGGGATCGCAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGAAAGCAGGAAGTGATCCGAGGATGGGAGGAAGGCGTGGCACAGATGTCAGTCGGCCAGCGGGCCAAACTGACCATTAGCCCTGACTACGCTTATGGAGCAACAGGCCACCCAGGGATCATTCCCCCTCATGCCACCCTGGTCTTCGATGTGGAACTGCTGAAGCTGGAGGGAGGAGGAGGATCCGGATTTGGGGACGTGGGGGCCCTGGAGTCTCTGCGAGGAAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGAGCATGGAACCCTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAAAGCGGACTGCGAACACGGACTGGCTCCAATATTGACTGTGAGAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAAGTGAAAGGGGATCTGACCGCCAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAGCTGGCTCAGCAGGACCATGGAGCTCTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGTCCCACGGGTGCCAGGCTTCTCATCTGCAGTTCCCCGGAGCAGTGTACGGAACAGACGGCTGTCCTGTCAGCGTGGAGAAGATCGTCAACATCTTCAACGGCACTTCTTGCCCTAGTCTGGGGGGAAAGCCAAAACTGTTCTTTATCCAGGCCTGTGGCGGGGAACAGAAAGATCACGGCTTCGAGGTGGCCAGCACCAGCCCTGAGGACGAATCACCAGGGAGCAACCCTGAACCAGATGCAACTCCATTCCAGGAGGGACTGAGGACCTTTGACCAGCTGGATGCTATCTCAAGCCTGCCCACTCCTAGTGACATTTTCGTGTCTTACAGTACCTTCCCAGGCTTTGTCTCATGGCGCGATCCCAAGTCAGGGAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGACATCTTTGAACAGTGGGCCCATTCAGAGGACCTGCAGAGCCTGCTGCTGCGAGTGGCAAACGCTGTCTCTGTGAAGGGCATCTACAAACAGATGCCCGGGTGCTTCAATTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACTTCC(配列番号10)を含む核酸配列によってコードされる、項目14に記載のポリペプチド。
(項目16)
前記項目のいずれか一項に記載の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む組成物。
(項目17)
前記項目のいずれか一項に記載の誘導性カスパーゼポリペプチドを含むトランスポゾン。
(項目18)
治療用タンパク質をコードする配列をさらに含む、項目17に記載のトランスポゾン。
(項目19)
前記治療用タンパク質が天然に存在する、項目18に記載のトランスポゾン。
(項目20)
前記治療用タンパク質が天然に存在しない、項目18に記載のトランスポゾン。
(項目21)
前記治療用タンパク質が、細胞表面タンパク質、膜結合型タンパク質、細胞外膜結合型タンパク質、細胞内膜結合型タンパク質、細胞内タンパク質、核局在化タンパク質、核タンパク質、細胞質タンパク質、サイトゾルタンパク質、分泌タンパク質、リソソームタンパク質、エンドソームタンパク質、小胞結合タンパク質、ミトコンドリアタンパク質、小胞体タンパク質、細胞骨格タンパク質、細胞内シグナル伝達に関与するタンパク質、および/または細胞外シグナル伝達に関与するタンパク質を含む、項目18~20のいずれか一項に記載のトランスポゾン。
(項目22)
前記治療用タンパク質が抗原受容体を含む、項目18~20のいずれか一項に記載のトランスポゾン。
(項目23)
前記抗原受容体がT細胞受容体(TCR)を含む、項目22に記載のトランスポゾン。
(項目24)
前記抗原受容体がバリアントまたは組換えT細胞受容体(TCR)を含む、項目23に記載のトランスポゾン。
(項目25)
前記抗原受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、項目23~25のいずれか一項に記載のトランスポゾン。
(項目26)
前記CARが1つまたは複数のセンチリン配列を含む、項目26に記載のトランスポゾン。
(項目27)
前記CARがCARTyrinである、項目26に記載のトランスポゾン。
(項目28)
前記CARが1つまたは複数のVHH配列を含む、項目25に記載のトランスポゾン。
(項目29)
前記CARがVCARである、項目28に記載のトランスポゾン。
(項目30)
少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含む、項目17~29のいずれか一項に記載のトランスポゾン。
(項目31)
前記トランスポゾンが少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み、自己切断性ペプチドが、該トランスポゾンにおいて前記誘導性カスパーゼポリペプチドと別の配列との間に位置する、項目30に記載のトランスポゾン。
(項目32)
前記トランスポゾンが少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み、第1の自己切断性ペプチドが前記誘導性カスパーゼポリペプチドの上流に位置し、第2の自己切断性ペプチドが該誘導性カスパーゼポリペプチドの下流に位置する、項目30に記載のトランスポゾン。
(項目33)
前記少なくとも1つの自己切断性ペプチドが、T2Aペプチド、GSG-T2Aペプチド、E2Aペプチド、GSG-E2Aペプチド、F2Aペプチド、GSG-F2Aペプチド、P2Aペプチド、またはGSG-P2Aペプチドを含む、項目30~32のいずれか一項に記載のトランスポゾン。
(項目34)
前記T2Aペプチドが、EGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号11)を含むアミノ酸配列を含む、項目33に記載のトランスポゾン。
(項目35)
前記GSG-T2Aペプチドが、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号12)を含むアミノ酸配列を含む、項目33に記載のトランスポゾン。
(項目36)
前記E2Aペプチドが、QCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号13)を含むアミノ酸配列を含む、項目33に記載のトランスポゾン。
(項目37)
前記GSG-E2Aペプチドが、GSGQCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号14)を含むアミノ酸配列を含む、項目33に記載のトランスポゾン。
(項目38)
前記F2Aペプチドが、VKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号15)を含むアミノ酸配列を含む、項目33に記載のトランスポゾン。
(項目39)
前記GSG-F2Aペプチドが、GSGVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号16)を含むアミノ酸配列を含む、項目33に記載のトランスポゾン。
(項目40)
前記P2Aペプチドが、ATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号17)を含むアミノ酸配列を含む、項目33に記載のトランスポゾン。
(項目41)
前記GSG-P2Aペプチドが、GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号18)を含むアミノ酸配列を含む、項目44に記載のトランスポゾン。
(項目42)
piggyBacトランスポゾンである、項目17~41のいずれか一項に記載のトランスポゾン。
(項目43)
項目17~42のいずれか一項に記載のトランスポゾンを含む組成物。
(項目44)
前記トランスポゾンがpiggyBacトランスポゾンであり、前記組成物が、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含む、項目43に記載の組成物。
(項目45)
トランスポザーゼ酵素をコードする前記配列が、mRNA配列である、項目44に記載の組成物。
(項目46)
前記トランスポザーゼがpiggyBacトランスポザーゼである、項目44または45に記載の組成物。
(項目47)
前記piggyBacトランスポザーゼが、配列番号1を含むアミノ酸配列を含む、項目46に記載の組成物。
(項目48)
前記piggyBacトランスポザーゼが過剰活性バリアントであり、該過剰活性バリアントが配列番号1の30位、165位、282位、および538位の1つまたは複数においてアミノ酸置換を含む、項目46または47に記載の組成物。
(項目49)
配列番号1の30位における前記アミノ酸置換が、イソロイシン(I)からバリン(V)への置換(I30V)である、項目48に記載の組成物。
(項目50)
配列番号1の165位における前記アミノ酸置換が、グリシン(G)からセリン(S)への置換(G165S)である、項目48に記載の組成物。
(項目51)
配列番号1の282位における前記アミノ酸置換が、メチオニン(M)からバリン(V)への置換(M282V)である、項目48に記載の組成物。
(項目52)
配列番号1の538位における前記アミノ酸置換が、アスパラギン(N)からリシン(K)への置換(N538K)である、項目48に記載の組成物。
(項目53)
前記トランスポザーゼがSuper piggyBac(SPB)トランスポザーゼである、項目48~52のいずれか一項に記載の組成物。
(項目54)
前記Super piggyBac(sPBo)トランスポザーゼが、配列番号2を含むアミノ酸配列を含む、項目53に記載の組成物。
(項目55)
前記トランスポゾンがSleeping Beautyトランスポゾンであり、前記組成物が、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含む、項目43に記載の組成物。
(項目56)
トランスポザーゼ酵素をコードする前記配列が、Sleeping Beautyトランスポザーゼまたは過剰活性Sleeping Beautyトランスポザーゼ(SB100X)をコードする配列を含む、項目55に記載の組成物。
(項目57)
前記トランスポゾンがHelraiserトランスポゾンであり、前記組成物が、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含む、項目43に記載の組成物。
(項目58)
前記トランスポザーゼ酵素をコードする前記配列が、Helitronトランスポザーゼをコードする配列を含む、項目57に記載の組成物。
(項目59)
前記トランスポゾンがTol2トランスポゾンであり、前記組成物が、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含む、項目43に記載の組成物。
(項目60)
前記トランスポザーゼ酵素をコードする前記配列が、Tol2トランスポザーゼをコードする配列を含む、項目59に記載の組成物。
(項目61)
前記トランスポザーゼ酵素をコードする前記配列がmRNA配列である、項目56、58、または60のいずれか一項に記載の組成物。
(項目62)
項目1~15のいずれか一項に記載の誘導性カスパーゼポリペプチドを含むベクター。
(項目63)
ウイルスベクターである、項目62に記載のベクター。
(項目64)
前記ウイルスベクターが、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、またはそれらの任意の組合せから単離され、またはそれらに由来する配列を含む、項目63に記載のベクター。
(項目65)
前記ウイルスベクターが、レトロウイルスから単離され、またはそれに由来する配列を含む、項目63または64に記載のベクター。
(項目66)
前記レトロウイルスがガンマレトロウイルスである、項目65に記載のベクター。
(項目67)
前記レトロウイルスがレンチウイルスである、項目65に記載のベクター。
(項目68)
前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)から単離され、またはそれに由来する配列を含む、項目63または64に記載のベクター。
(項目69)
前記AAVが、血清型AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、またはAAV11のAAVを含む、項目68に記載のベクター。
(項目70)
前記AAVが、rAAV-LK03、rAAV-NP59、またはrAAV-NP84から単離され、またはそれらに由来する配列を含む、項目68に記載のベクター。
(項目71)
前記ウイルスベクターが組換えベクターである、項目63~70のいずれか一項に記載のベクター。
(項目72)
ナノ粒子ベクターである、項目62に記載のベクター。
(項目73)
前記ナノ粒子ベクターが、核酸、アミノ酸、ポリマー、ミセル、脂質、有機分子、無機分子、またはそれらの任意の組合せを含む、項目72に記載のベクター。
(項目74)
少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含む、項目62~73のいずれか一項に記載のベクター。
(項目75)
前記ベクターが少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み、自己切断性ペプチドが、該ベクターにおいて前記誘導性カスパーゼポリペプチドと別の配列との間に位置する、項目62~74のいずれか一項に記載のベクター。
(項目76)
前記ベクターが少なくとも1つの自己切断性ペプチドを含み、第1の自己切断性ペプチドが前記誘導性カスパーゼポリペプチドの上流に位置し、第2の自己切断性ペプチドが該誘導性カスパーゼポリペプチドの下流に位置する、項目62~74のいずれか一項に記載のベクター。
(項目77)
前記少なくとも1つの自己切断性ペプチドが、T2Aペプチド、GSG-T2Aペプチド、E2Aペプチド、GSG-E2Aペプチド、F2Aペプチド、GSG-F2Aペプチド、P2Aペプチド、またはGSG-P2Aペプチドを含む、項目74~76のいずれか一項に記載のベクター。
(項目78)
前記T2Aペプチドが、EGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号11)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目79)
前記GSG-T2Aペプチドが、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号12)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目80)
前記E2Aペプチドが、QCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号13)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目81)
前記GSG-E2Aペプチドが、GSGQCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号14)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目82)
前記F2Aペプチドが、VKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号15)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目83)
前記GSG-F2Aペプチドが、GSGVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号16)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目84)
前記P2Aペプチドが、ATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号17)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目85)
前記GSG-P2Aペプチドが、GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号18)を含むアミノ酸配列を含む、項目77に記載のベクター。
(項目86)
項目62~85のいずれか一項に記載のベクターを含む組成物。
(項目87)
項目1~15のいずれか一項に記載の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞。
(項目88)
項目17~42のいずれか一項に記載のトランスポゾンを含む細胞。
(項目89)
項目16または43~61のいずれか一項に記載の組成物を含む細胞。
(項目90)
項目62~85のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞。
(項目91)
前記細胞が、誘導剤との接触後、前記誘導性カスパーゼタンパク質を発現する、項目87~90のいずれか一項に記載の細胞。
(項目92)
前記細胞がヒト細胞である、項目87~91のいずれか一項に記載の細胞。
(項目93)
前記細胞が免疫細胞である、項目87~92のいずれか一項に記載の細胞。
(項目94)
前記免疫細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラー(NK)様細胞、造血前駆細胞、末梢血(PB)由来T細胞、または臍帯血(UCB)由来T細胞である、項目93に記載の細胞。
(項目95)
前記免疫細胞がT細胞である、項目94に記載の細胞。
(項目96)
前記細胞が人工抗原提示細胞である、項目87~91のいずれか一項に記載の細胞。
(項目97)
前記細胞が幹細胞である、項目87~91のいずれか一項に記載の細胞。
(項目98)
前記幹細胞が胚性幹細胞である、項目97に記載の細胞。
(項目99)
前記幹細胞が成体幹細胞である、項目97に記載の細胞。
(項目100)
前記幹細胞が、全能性、多能性、または複能性である、項目97~99のいずれか一項に記載の細胞。
(項目101)
前記幹細胞が人工多能性幹細胞(iPSC)である、項目97または99に記載の細胞。
(項目102)
前記細胞が体細胞である、項目87~91のいずれか一項に記載の細胞。
(項目103)
前記細胞が、ヒト心臓;骨格筋もしくは平滑筋;血管、静脈もしくは毛細血管;脾臓;甲状腺;リンパ節もしくはリンパ管;骨もしくは骨髄;皮膚もしくは内皮;副腎;食道;咽頭;脳もしくは脊髄;末梢神経系;眼;視床下部;肝臓;嗅覚組織;前立腺;胃;大腸もしくは小腸;肺もしくは気管支;腎臓;膵臓;胸腺;尿管もしくは尿道;膀胱;聴覚組織;膀胱;副甲状腺;唾液腺;または気管から単離され、またはそれらに由来する、項目102に記載の細胞。
(項目104)
項目87~103のいずれか一項に記載の細胞を含む組成物。
(項目105)
養子細胞療法のための項目104に記載の組成物の使用。
(項目106)
前記細胞が自己由来である、項目105に記載の使用。
(項目107)
前記細胞が同種異系である、項目105に記載の使用。
(項目108)
ex vivo遺伝子治療のための項目104に記載の組成物の使用。
(項目109)
前記細胞が自己由来である、項目108に記載の使用。
(項目110)
前記細胞が同種異系である、項目108に記載の使用。
(項目111)
細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤および項目1~15のいずれか一項に記載の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む、方法。
(項目112)
細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤および項目16、43~61、または86のいずれか一項に記載の組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む、方法。
(項目113)
細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤、項目17~42のいずれか一項に記載のトランスポゾン、および項目43~61のいずれか一項に記載のトランスポザーゼを含む組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む、方法。
(項目114)
細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法であって、該被験体に、治療剤および項目62~85のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞を含む組成物を投与するステップを含む、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得る、方法。
(項目115)
前記細胞が自己由来である、項目111~114のいずれか一項に記載の方法。
(項目116)
前記細胞が同種異系である、項目111~114のいずれか一項に記載の方法。
(項目117)
前記細胞療法が養子細胞療法である、項目111~116のいずれか一項に記載の方法。
(項目118)
前記治療剤がex vivo遺伝子治療により導入されている、項目111~117のいずれか一項に記載の方法。
(項目119)
前記治療剤が、改変された内因性遺伝子、外因性遺伝子、またはそれらの一部分をコードする配列である、項目118に記載の方法。
(項目120)
前記改変することが前記細胞療法の終結である、項目111~119のいずれか一項に記載の方法。
(項目121)
前記改変することが、前記細胞療法に提供される前記細胞の一部分の除去である、項目111~119のいずれか一項に記載の方法。
(項目122)
前記細胞療法の改変を阻害するために前記誘導剤の阻害剤を投与し、それにより、該細胞療法の機能および/または有効性を回復させるステップをさらに含む、項目111~121のいずれか一項に記載の方法。
(項目123)
疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、
該被験体に、キネティック剤および項目1~15のいずれか一項に記載の誘導性カスパーゼポリペプチドを含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに
該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に、該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップ
を含み、それにより、該標的組織を処置し、排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置する、方法。
(項目124)
疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、
該被験体に、キネティック剤および項目16、43~61、または86のいずれか一項に記載の組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに
該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップ
を含み、それにより、該標的組織を処置または排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置する、方法。
(項目125)
疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、
該被験体に、キネティック剤、項目17~42のいずれか一項に記載のトランスポゾン、および項目43~61のいずれか一項に記載のトランスポザーゼを含む組成物を含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に、該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップ
を含み、それにより、該標的組織を処置し、排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置する、方法。
(項目126)
疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法であって、
該被験体に、キネティック剤および項目62~85のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞を含む組成物を投与するステップであって、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに
該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に、該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップ
を含み、それにより、該標的組織を処置し、排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置する、方法。
(項目127)
前記疾患または障害が増殖性障害またはがんである、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目128)
前記標的組織が腫瘍を含む、項目127に記載の方法。
(項目129)
前記腫瘍が良性である、項目128に記載の方法。
(項目130)
前記腫瘍が悪性である、項目128に記載の方法。
(項目131)
前記標的組織が、切除された腫瘍の露出した組織または周縁部を含む、項目127~130のいずれか一項に記載の方法。
(項目132)
前記標的組織がほぼ確実な転移の部位を含む、項目127~130のいずれか一項に記載の方法。
(項目133)
転移の前記部位が、リンパ節、リンパ液、末梢循環血液、局所循環血液、骨、骨髄、および脳脊髄液(CSF)の1つまたは複数を含む、項目132に記載の方法。
(項目134)
前記疾患または障害が炎症性疾患または障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目135)
前記標的組織が炎症の部位を含む、項目134に記載の方法。
(項目136)
前記疾患または障害が、免疫または自己免疫の疾患または障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目137)
前記標的組織が、露出したまたは感染した組織の部位を含む、項目136に記載の方法。
(項目138)
前記標的組織が、熱傷または創傷の組織を含む、項目136に記載の方法。
(項目139)
前記疾患または障害が感染性疾患または障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目140)
前記標的組織が感染組織を含む、項目139に記載の方法。
(項目141)
前記疾患または障害が遺伝的または後成的疾患または障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目142)
前記標的組織が、野生型細胞と比較した場合、前記遺伝的または後成的改変を含む1つまたは複数の細胞を含む、項目141に記載の方法。
(項目143)
前記疾患または障害が代謝障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目144)
前記標的組織が、前記代謝障害を有する1つまたは複数の細胞を含む、項目141に記載の方法。
(項目145)
前記疾患または障害が血管障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目146)
前記標的組織が、静脈、血管、毛細血管、または循環血液の成分の1つまたは複数の細胞を含む、項目145に記載の方法。
(項目147)
前記疾患または障害が呼吸障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目148)
前記標的組織が、鼻道、食道、または肺の1つまたは複数の細胞を含む、項目147に記載の方法。
(項目149)
前記疾患または障害が線維性障害である、項目123~126のいずれか一項に記載の方法。
(項目150)
前記標的組織が、線維素凝塊または該線維素凝塊の近くの細胞を含む、項目149に記載の方法。
(項目151)
養子細胞療法が、前記キネティック剤を含む前記細胞を含む、項目123~150のいずれか一項に記載の方法。
(項目152)
前記キネティック剤を含む前記細胞が自己由来である、項目123~151のいずれか一項に記載の方法。
(項目153)
前記キネティック剤を含む前記細胞が同種異系である、項目123~151のいずれか一項に記載の方法。
(項目154)
前記キネティック剤を含む前記細胞がT細胞である、項目123~153のいずれか一項に記載の方法。
(項目155)
前記キネティック剤が、天然に存在しない受容体である、項目123~154のいずれか一項に記載の方法。
(項目156)
前記天然に存在しない受容体が、合成受容体、改変受容体、組換え受容体またはキメラ受容体である、項目155に記載の方法。
(項目157)
前記キメラ受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、項目156に記載の方法。
(項目158)
前記キネティック剤が抗がん剤を含む、項目151~154のいずれか一項に記載の方法。
(項目159)
前記抗がん剤が抗CD19剤を含む、項目158に記載の方法。
(項目160)
前記抗がん剤が抗BCMA剤を含む、項目158に記載の方法。
(項目161)
前記抗がん剤が抗PSMA剤を含む、項目158に記載の方法。
(項目162)
前記抗がん剤が抗Muc1剤を含む、項目158に記載の方法。
(項目163)
前記キネティック剤が、天然に存在しない受容体を含む、項目158~162のいずれか一項に記載の方法。
(項目164)
前記天然に存在しない受容体が、合成受容体、改変受容体、組換え受容体またはキメラ受容体を含む、項目163に記載の方法。
(項目165)
前記キメラ受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、項目164に記載の方法。
(項目166)
前記CARが1つまたは複数のVHH配列を含む、項目165に記載の方法。
(項目167)
前記CARがVCARである、項目166に記載の方法。
(項目168)
前記キネティック剤が形成不全を誘導する、項目158~167のいずれか一項に記載の方法。
(項目169)
前記形成不全が非致死性である、項目168に記載の方法。
(項目170)
前記誘導剤が、前記キネティック剤を含む前記細胞を排除する、項目158~169のいずれか一項に記載の方法。
(項目171)
前記誘導剤が、前記形成不全の徴候または症状を排除または低減する、項目158~170のいずれか一項に記載の方法。

Claims (28)

  1. 誘導性カスパーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、該誘導性カスパーゼポリペプチドが、配列番号9のアミノ酸配列を含む、誘導性カスパーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
  2. 配列番号9のアミノ酸配列を含む誘導性カスパーゼポリペプチド。
  3. 前記ポリヌクレオドが配列番号10の核酸配列を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
  4. 請求項1または3に記載のポリヌクレオチドを含むトランスポゾン。
  5. 治療用タンパク質をコードする核酸配列をさらに含む、請求項に記載のトランスポゾン。
  6. 前記治療用タンパク質が、抗原受容体、細胞表面タンパク質、膜結合型タンパク質、細胞外膜結合型タンパク質、細胞内膜結合型タンパク質、細胞内タンパク質、核局在化タンパク質、核タンパク質、細胞質タンパク質、サイトゾルタンパク質、分泌タンパク質、リソソームタンパク質、エンドソームタンパク質、小胞結合タンパク質、ミトコンドリアタンパク質、小胞体タンパク質、細胞骨格タンパク質、細胞内シグナル伝達に関与するタンパク質、細胞外シグナル伝達に関与するタンパク質またはそれらの任意の組合せを含む、請求項に記載のトランスポゾン。
  7. 前記抗原受容体がT細胞受容体(TCR)またはキメラ抗原受容体(CAR)を含む、請求項に記載のトランスポゾン。
  8. 前記CARが1つまたは複数のセンチリン配列を含む、または前記CARが1つまたは複数のVHH配列を含む、請求項に記載のトランスポゾン。
  9. piggyBacトランスポゾン、Sleeping Beautyトランスポゾン、Helraiserトランスポゾン、またはTol2トランスポゾンである、請求項のいずれか一項に記載のトランスポゾン。
  10. 前記トランスポゾンがpiggyBacトランスポゾン、Sleeping Beautyトランスポゾン、Helraiserトランスポゾン、またはTol2トランスポゾンであり、前記組成物が、トランスポザーゼ酵素をコードする配列を含むプラスミドをさらに含み、前記トランスポザーゼがpiggyBacトランスポザーゼ、Super piggyBac(SPBトランスポザーゼ、Sleeping Beautyトランスポザーゼ、過剰活性Sleeping Beautyトランスポザーゼ(SB100X)、Helitronトランスポザーゼ、またはTol2トランスポザーゼである、請求項のいずれか一項に記載のトランスポゾンを含む組成物。
  11. 請求項1または3に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
  12. ウイルスベクターまたはナノ粒子ベクターである、請求項1に記載のベクター。
  13. 前記ウイルスベクターが、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)、またはそれらの任意の組合せから単離され、またはそれらに由来する配列を含む、請求項1に記載のベクター。
  14. 請求項1または3に記載のポリヌクレオチドを含む細胞。
  15. 請求項のいずれか一項に記載のトランスポゾンを含む細胞。
  16. 請求項に記載のポリペプチドを含む細胞。
  17. 請求項1~1のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞。
  18. 前記細胞がヒト細胞、免疫細胞、人工抗原提示細胞、幹細胞またはそれらの任意の組合せである、請求項1~1のいずれか一項に記載の細胞。
  19. 前記細胞が、ヒト心臓;骨格筋もしくは平滑筋;血管、静脈もしくは毛細血管;脾臓;甲状腺;リンパ節もしくはリンパ管;骨もしくは骨髄;皮膚もしくは内皮;副腎;食道;咽頭;脳もしくは脊髄;末梢神経系;眼;視床下部;肝臓;嗅覚組織;前立腺;胃;大腸もしくは小腸;肺もしくは気管支;腎臓;膵臓;胸腺;尿管もしくは尿道;膀胱;聴覚組織;膀胱;副甲状腺;唾液腺;または気管から単離され、またはそれらに由来する体細胞である、請求項118のいずれか一項に記載の細胞。
  20. 請求項119のいずれか一項に記載の細胞を含む組成物。
  21. 養子細胞療法における使用のため、またはex vivo遺伝子治療における使用のための請求項2に記載の組成物。
  22. 前記細胞が自己由来である、請求項2に記載の組成物。
  23. 前記細胞が同種異系である、請求項2に記載の組成物。
  24. 細胞療法を改変することを必要とする被験体において細胞療法を改変する方法における使用のためであって、該被験体に、前記組成物を投与するステップであって、前記細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得るステップを含む方法である、請求項2に記載の組成物。
  25. 前記改変することが前記細胞療法の終結または前記細胞療法に提供される前記細胞の一部分の除去である、請求項2に記載の組成物。
  26. 前記方法が前記細胞療法の改変を阻害するために前記誘導剤の阻害剤を投与し、それにより、該細胞療法の機能および/または有効性を回復させるステップをさらに含む、請求項2または2に記載の組成物。
  27. 疾患または障害を処置することを必要とする被験体において疾患または障害を処置する方法における使用のための請求項2に記載の組成物であって、該方法が、
    該被験体に、該組成物を投与するステップであって、前記細胞がキネティック剤をさらに含み、該細胞を誘導剤と接触させることにより該細胞においてアポトーシスが選択的に誘導され得、該キネティック剤を含む該細胞が、該被験体の標的組織内で局所的組織毒性を誘導する、ステップ、ならびに
    該被験体の非標的組織における有意な毒性の誘導前に、該キネティック剤を含む該細胞においてアポトーシスを選択的に誘導するステップ
    を含み、それにより、該標的組織を処置し、排除し、非標的組織を保存し、該被験体において該疾患または障害を処置する、組成物。
  28. 前記疾患または障害が増殖性障害、がん、炎症性疾患もしくは障害、免疫もしくは自己免疫の疾患もしくは障害、感染性疾患もしくは障害、遺伝的もしくは後成的疾患もしくは障害、代謝障害、血管障害、呼吸障害、または線維性障害である、請求項2に記載の組成物。
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