JP6934483B2 - イヌ糸状虫病の病因であるディロフィラリア・イミティス(Dirofilaria immitis)において大環状ラクトン耐性を予測するためのマーカー - Google Patents

イヌ糸状虫病の病因であるディロフィラリア・イミティス(Dirofilaria immitis)において大環状ラクトン耐性を予測するためのマーカー Download PDF

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Description

線虫の寄生生物(例えば、ディロフィラリア・イミティス(Dirofilaria immitis))における大環状ラクトン(ML)抗寄生生物剤(endectocide)耐性に関する遺伝的特徴が開示される。D.イミティス(D.immitis)のゲノム内の単一ヌクレオチド遺伝子多型は開示されており、これは、単一でまたは組み合わせて、MLに対する寄生生物の応答性の低下と相関する。また、これらの寄生生物の検出のための方法、これらの寄生生物の処置のための方法、ならびにMLに対するこれらの寄生生物の応答性の決定のための方法およびキットも開示される。
ディロフィラリア症は、動物および時にはヒトの寄生生物疾患であって、ディロフィラリアの種、例えば、D.イミティス、D.レペンス(D.repens)、D.テヌイス(D.tenuis)、D.ウルシ(D.ursi)、D.サブデルマタ(D.subdermata)、D.ルトラエ(D.lutrae)、D.ストリアタ(D.striata)およびDスペクタンス(D spectans)による感染から生じ得る。
ディロフィラリア・イミティス(イヌ糸状虫)は、通常はイヌ、キツネ、オオカミ、コヨーテおよびネコに感染する寄生性の線虫である。イヌ糸状虫は、重篤な血管損傷を生じ得、かつ特に極めて活発な動物では致死性であり得る。
D.イミティスのライフサイクルは周知である(非特許文献1に概説される)。要するに、蚊が、感染した宿主(例えば、イヌ)から血液を吸った時に感染し得る。ミクロフィラリア(mf)は蚊の中で感染性の幼生期に発達する。感染した蚊が吸血したとき、蚊は、新しい宿主(例えば、別のイヌ)に幼生を伝播し得る。新しい宿主では、幼生は、8〜10週間成熟し続け、その後に肺および肺動脈の右側に移動して、そこで成体になる。成虫は交尾して、雌が卵を生み、卵は子宮内で細長い胚(ミクロフィラリア)になり、これが血流中に放出される。蚊が感染した宿主から血液を吸ったとき、蚊は循環中のmfを取り込んで、このサイクルが再開する。
D.イミティスは、そのベクターである蚊がみられれば、常に見出され得る。一般には、D.イミティスは、世界中で見出され得るが、穏やかで温かい気候の地域では極めて一般的である。
大環状ラクトン(ML)は、獣医学適用においてD.イミティスの管理に治療薬または予防薬として処方される場合が多い。MLの例としては、イベルメクチン(IVM)、ミルベマイシンオキシム(MO)、モキシデクチン(MOX)およびセラメクチン(SLM)が挙げられる。しかし、種々の寄生生物の線虫類ではMLに対する耐性が一般的であって、D.イミティスで発達すると考えられる。家畜およびウマの線虫類の駆虫薬耐性の検出については多数の試験が記載されており、これには、糞便卵数減少試験(faecal egg count reduction test)、卵孵化試験(egg hatch test)、マイクロアガー幼生発育試験(microagar larval development test)およびベンゾイミダゾール耐性に基づく分子試験が挙げられる(非特許文献2に概説される)。Prichardら(特許文献1)は、寄生生物の線虫においてML耐性の診断に有用であり得るヘモンクス・コントルタス(Haemonchus contortus)におけるP糖タンパク質の配列を記載している。しかし、MLに対して耐性であるD.イミティス(イヌ糸状虫)を検出する方法がやはり必要とされる。
欧州特許第0979278号明細書
McCallら、Adv.Parasitol.2008年、66巻193〜285頁 Colesら、Veterinary Parasitology 2006年、第136巻:167〜185頁
線虫ディロフィラリア属種(Dirofilaria spp.)のゲノム中で大環状ラクトンに対する線虫類の応答性の低下に関連する遺伝子のバリエーション(例えば、SNP)が発見されている。一実施例では、線虫は、ディロフィラリア・イミティス(動物におけるイヌ糸状虫の原因)である。一実施例では、大環状ラクトンは、イベルメクチン、セラメクチン、ミルベマイシンオキシムまたはモキシデクチンである。
大環状ラクトンに対する線虫ディロフィラリア属種の応答性を決定するための方法が開示される。一実施例では、この方法は、線虫由来の配列番号1〜127のうちの1つ以上を含む核酸分子の中の多形性部位で線虫の遺伝子型を決定することを含む。一実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも80%の配列同一性を保有する。他の実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも90%または少なくとも95%の配列同一性を保有する。一実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上の少なくとも100ヌクレオチドの長さを有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。別の実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上の少なくとも50ヌクレオチドの長さを有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。一実施例では、この核酸分子は、少なくとも100ヌクレオチドの長さを有しており、かつ配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも95%の配列同一性を保有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。
本発明の一実施形態では、核酸分子中の多形性部位での代替的ヌクレオチドの存在によって、この線虫が大環状ラクトンに耐性である可能性が高いことが示される。一実施形態では、この方法は、線虫から核酸分子を単離する工程と、必要に応じてこの核酸を精製する工程とをこの線虫の遺伝子型を決定する工程の前に含み得る。この方法の一実施形態では、線虫の遺伝子型は、DNAシークエンシング、対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドによるものを含むハイブリダイゼーションベースの方法、マイクロアレイ解析、酵素ベースの方法、一本鎖高次構造多型(SSCP)、高解像度融解(HRM)、またはPCR、RT−PCR、もしくはqRT−PCRに基づくアプローチによって決定される。
配列番号1〜127のうちの1つ以上を含んでいる単離された核酸分子が開示される。一実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも80%の配列同一性を保有する。他の実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも90%または少なくとも95%の配列同一性を保有する。一実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上の少なくとも100ヌクレオチドの長さを有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。別の実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上の少なくとも50ヌクレオチドの長さを有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。一実施例では、この核酸分子は、少なくとも100ヌクレオチドの長さを有しており、かつ配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも95%の配列同一性を保有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。
大環状ラクトンに対する線虫ディロフィラリア属種の応答性を決定するためのキットが開示される。一実施例では、このキットは、配列番号1〜127のうちの1つ以上の多形性部位で線虫の遺伝子型を決定できるプローブを備える。このプローブは、オリゴヌクレオチド、プライマーまたはアプタマーであってもよい。キットを用いて、線虫の遺伝子型を例えば、DNAシークエンシング、対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドを用いる工程を含むハイブリダイゼーションベースの方法、マイクロアレイ解析、酵素ベースの方法、一本鎖高次構造多型(SSCP)、高解像度融解(HRM)、またはPCR、RT−PCR、もしくはqRT−PCRに基づくアプローチによって決定してもよい。
線虫ディロフィラリア属種に感染した動物を処置するための処置を選択するための方法が開示される。一実施例では、この方法は、配列番号1〜127のうちの1つ以上を含む核酸分子中の多形性部位で線虫の遺伝子型を決定する工程と、この線虫の遺伝子型に基づいて処置を選択する工程とを含む。一実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも80%の配列同一性を保有する。他の実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも90%または少なくとも95%の配列同一性を保有する。一実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上の少なくとも100ヌクレオチドの長さを有しているフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。別の実施例では、この核酸分子は、配列番号1〜127のうちの1つ以上の少なくとも50ヌクレオチドの長さを有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。一実施例では、この核酸分子は、少なくとも100ヌクレオチドの長さを有し、かつ配列番号1〜127のうちの1つ以上に対して少なくとも95%の配列同一性を保有するフラグメントを含み、かつ多形性部位を含む。
一実施形態では、この方法は、代替ヌクレオチドが多形性部位で見出されるとき、前記動物を1つ以上の代替剤で処置する工程を含む。代替剤としては、ヒ素ベースの治療法、ジエチルカルバマジン、および抗生物質のうちの1つ以上が挙げられる。一実施形態では、この方法は、線虫から核酸分子を単離する工程と、必要に応じてこの核酸を精製する工程とを線虫の遺伝子型を決定する工程の前に含む。この方法の一実施形態では、線虫の遺伝子型は、DNAシークエンシング、対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドによるものを含むハイブリダイゼーションベースの方法、マイクロアレイ解析、酵素ベースの方法、一本鎖高次構造多型(SSCP)、高解像度融解(HRM)、またはPCR、RT−PCR、もしくはqRT−PCRに基づくアプローチによって決定される。
感受性でかつLOEの単離体について、示したマーカーの各々におけるSNPの遺伝子型頻度を図示する。グラフは、適用内で配列番号1〜109としても示されるマーカーの代表である。星印(*)で示されるマーカーについては、示された遺伝子型は、その適用内で配列番号1〜109として示される配列の逆相補体の分析を示す。 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上 同上
定義
ここでは、「大環状ラクトン」または「ML」とは、アベルメクチンおよびミルベマイシンを含むが必ずしもそれに限定されない、Streptomyces属に属する土壌微生物の産物またはその化学的誘導体を意味する。これらの分子を用いて、広範な宿主において内部寄生虫および外部寄生虫の種を処置する。使用中のアベルメクチンとしては限定するものではないが、イベルメクチン、アバメクチン、ドラメクチン、エプリノメクチンおよびセラメクチンが挙げられる。利用可能なミルベマイシンとしては、限定するものではないが、ミルベマイシンオキシムおよびモキシデクチンが挙げられる。大環状ラクトンは、低用量のレベルで強力な広い抗寄生生物スペクトルを有する。それらは、多くの未成熟の線虫類(体内寄生幼虫(hypobiotic larvae)を含む)および節足動物に対して活性である。単回治療用量は、差し迫った線虫感染に対して有効であるために十分な濃度で治療後長期間持続し得る。
大環状ラクトン(ML)イヌ糸状虫予防薬は、成長中のL3/L4期を標的とすることによって成虫の感染の樹立を防ぐために、まだ感染していないイヌおよびネコの処置用に開発された。大環状ラクトンはまた、ミクロフィラリア期(L1)においても効果を有する。イベルメクチン(IVM)、ミルベマイシンオキシム(MO)、モキシデクチン(MOX)およびセラメクチン(SLM)などの大環状ラクトンの抗寄生生物剤(endectocide)は、伝染シーズンの間にイヌおよびネコにおけるイヌ糸状虫の化学的予防法のために用いられる。
ここで「応答性」とは、線虫が大環状ラクトン(ML)に対する暴露後に応答することを意味する。本発明の実施形態では、線虫は、MLに対して感受性または耐性であることによって応答し得る。MLに対して感受性または感受性のとは、大環状ラクトンが、暴露された線虫D.イミティスに不利に影響することを意味する。例えば、MLは、線虫D.イミティスに対して致死性であっても、もしくは致死量以下であってもよく、D.イミティスの寿命を短くし得るか、またはD.イミティスが繁殖する能力を阻害し得る。耐性とは、疾患を治癒することまたは症状を改善すること(例えば、イヌからのイヌ糸状虫生物を根絶させること)における薬物(本明細書においてはML)の有効性の低下である。線虫D.イミティスは、ML薬物が、線虫を中和する意味で無効であるか、有効性が低いか、または有効性の低下があった場合、ML耐性であり得る。線虫D.イミティスはまた、ML薬物がD.イミティスを中和するという意味で特定の用量での有効性が低下している場合、ML耐性であり得る。本発明の実施形態では、大環状ラクトンに対する線虫の応答性は、インビボで決定されても、またはインビトロで決定されてもよい。
本明細書において、「有効性の損失(loss of efficacy)」または「LOE」とは、MLに対する線虫の応答性に少なくとも感知される低下があることを意味する。応答性の感知された低下は、感知される場合もあるし、または現実である場合もある。一実施例では、MLに対する線虫の応答性の低下は、現実である場合があり、この場合、線虫類は、MLに対して耐性であると言ってもよい。別の実施例では、MLに対する線虫類の応答性における低下は、知覚されて現実ではない場合もある。例えば、イヌ糸状虫に感染しているイヌをMLで処置する場合、イヌからイヌ糸状虫を除去する目的のために、イヌの飼い主は、そのイヌにMLを適切に投与するのにコンプライアントでない場合がある。このような場合、例えば、十分な用量のMLは投与されなかったため、イヌ糸状虫感染は、イヌから排除されない場合がある。イヌの飼い主または他の観察者は、MLがイヌにコンプライアントに投与されたと誤って信じる場合がある(例えば、その飼い主は、指示どおりにMLを投与したと信じているが、実際には、投与を誤った、不十分な投薬量を投与したなどであった。そして、イヌ糸状虫がイヌから排除されなかったので、そのイヌ糸状虫寄生生物はMLに対して耐性である。これらの事例のうち少なくともいくつかでは、イヌ糸状虫は、コンプライアンスに欠けるせいでイヌから排除されない。これらの場合、イヌ糸状虫の存在の持続は、イヌ糸状虫生物のML耐性に起因するのではない場合がある(すなわち、イヌ糸状虫の寄生生物の応答性の低下が知覚され、かつ現実ではない)。LOEの場合、一般には、イヌ糸状虫感染がMLに対して現実に耐性であるという確証はない。
本明細書において、「耐性」または「確証された耐性(confirmed resistant)」とは一般には、イヌ糸状虫生物がMLに対して少なくとも低下した応答性を有することが示されたことを意味する。一実施例では、イヌ糸状虫に感染したイヌは、イヌ糸状虫感染のイヌを正常に駆除することが公知のレジメン(すなわち、ML処置のコンプライアンスは問題になってない)を用いて、MLで処置したが、この処置はイヌのイヌ糸状虫生物を駆除しない。このようなイヌ糸状虫生物(コンプライアントな処置によって正常にはイヌから除去される)は、MLに対するそれらの応答性の低下のせいで排除されない。このようなイヌ糸状虫生物は、MLに対して耐性であると言われる。
一実施例では、線虫D.イミティスは、大環状ラクトンのLD95(致死用量または線虫D.イミティスの95%を殺傷するはずの薬物の濃度)の用量または濃度に対する暴露後に、約93%未満、約91%未満、約89%未満、約87%未満、約85%未満、約83%未満、約81%未満、約79%未満、約77%未満、約75%未満、約73%未満、約71%未満、約69%未満、約67%未満、約65%未満、約63%未満、約61%未満、約59%未満、約57%未満、約55%未満、約53%未満、約51%未満、約49%未満、約47%未満、約45%未満、約43%未満、約41%未満、約39%未満、約37%未満、約35%未満、約33%未満、約31%未満、約29%未満、約27%未満、約25%未満、約23%未満、約21%未満、約19%未満、約17%未満、約15%未満、約13%未満、約11%未満、約9%未満、約7%未満、約5%未満、約3%未満、約1%未満、または0%の線虫類が死んだ場合、MLに対して耐性であるといってもよい。
別の実施形態では、線虫D.イミティスは、大環状ラクトンのLD95(致死用量または線虫D.イミティスの95%を殺傷するはずの薬物の濃度)の用量または濃度に対する暴露後に、多くとも約5%、多くとも約4%、多くとも約3%、多くとも約2%、多くとも約1%または0%の線虫類が生残した場合、大環状ラクトンに対して感受性であるといってもよい。
本明細書において、「核酸」、「ヌクレオチド配列」または「核酸分子」とは、一本鎖または二本鎖であり得る、必要に応じてDNAまたはRNAのポリマー中への組み込みが可能な合成の、非天然のまたは改変されたヌクレオチド塩基を含有している、DNAおよび/またはRNAのポリマーを指してもよい。「核酸」、「核酸配列」または「核酸分子」とは、遺伝子、cDNA、DNA(例えば、ゲノムDNA)およびRNA(遺伝子によってコードされる)を含み得る。核酸または核酸配列は、少なくとも3、少なくとも10、少なくとも100、少なくとも1000、少なくとも5000、または少なくとも10000のヌクレオチドまたは塩基対を含んでもよい。
「核酸」、「核酸配列」または「核酸分子」は、アルキル化剤、褐変糖などのような任意の公知の化学物質との反応;リンカー基(例えば、PEG)に対するコンジュゲーション;メチル化;酸化;電離放射線;または化学発癌物質の作用を含むがこれらに限定されない、当技術分野において公知の任意の化学的方法および/または生物学的方法によって改変され得る。こうした核酸改変は、合成中もしくは加工中にまたは当技術分野において公知である化学試薬での処理後に生じ得る。
本明細書において、「単離された核酸分子」とは、より大きなポリヌクレオチド配列の一部として自然には存在しない核酸分子を指してもよいし、および/またはその自然環境において見出される任意の他の核酸分子もまたは他の夾雑物も実質的に含んでいないものであってもよい。本明細書において用いる場合、「単離された核酸分子」とは、組換えまたは合成によって作製された核酸分子も含み得る。
本明細書においては、「同一性」または「同一である」という用語は、分子内の1つの位置で、または分子内の2つ以上の位置での、2つ以上のポリヌクレオチド分子の間の配列類似性を指す。同一性は、アライメントされた配列においてそれぞれの部位を比較することによって決定され得る。核酸配列の間の同一性の程度は、例えば特定の領域にわたって、それらの配列によって共有されている部位における同一であるかまたはマッチングしている核酸の数の関数である。同一性を比較するための配列の最適なアライメントは、当技術分野において公知であるとおり、種々のアルゴリズムを用いて行われてもよい。一実施例では、配列同一性は、周知であってかつ公的に利用可能なBLASTアルゴリズム(例えば、BLASTnおよびBLASTp)を用いて決定され得る。別の実施形態では、当業者は、任意の所定の配列をアラインメントして、単なる目視検査によって配列の同一性/相同性を導き出すことが容易にかつ適切に可能である。
本明細書においては、「単一ヌクレオチド遺伝子多型(一塩基多型)」または「SNP」とは、ゲノム中の特定の位置(すなわち、多形性部位)での遺伝子のバリエーションまたは非同一性)を指す。一般には、ゲノム中の特定の位置では、ヌクレオチドの同一性は、不変であっても、または一定であってもよい。しかし、ゲノム中のいくつかの位置では、ヌクレオチドの同一性は、不変でなくてもよい。このような位置では、ある集団内の異なる個体のゲノムを解析するとき、他のヌクレオチドよりも相対的に高頻度でその位置に存在するヌクレオチドが存在してもよい。このような位置で最も通常に見出されるヌクレオチドは、この位置で野性型ヌクレオチドと呼ばれてもよい。しかし、この位置に比較的低頻度で見出される1つ以上の他のヌクレオチドがあってもよい。これらのヌクレオチドは、代替的ヌクレオチドと呼ばれてもよい。この代替的ヌクレオチドが見出される頻度は、変化し得る。一実施例では、本明細書に記載されるSNPは、MLに対する線虫の応答性においてある役割を果たし得る。一実施例では、SNPは、MLに対する線虫の応答性においてある役割を果たし得るゲノムの領域を特定するかまたはタグ付けし得る(すなわち、SNP自体は、MLに対する応答性の変化に直接関与しないが、応答性の変化に関与する遺伝子変化と遺伝子的に関連し得る)。一実施例では、開示されたSNPのうちの1つ以上の存在によって、そのゲノムが1つ以上のSNPを含む寄生生物は、SNPを有さない寄生生物と比較してMLに対して応答性が低いことが示され得る。
本明細書において用いる場合、「多型部位」という用語は、個体の集団由来の多数の核酸サンプルにおいて2つ以上の代替的ヌクレオチド配列が観察される、核酸における領域/特異的な位置を指し得る。長さが1ヌクレオチドである多型部位は、本明細書中で「単一ヌクレオチド遺伝子多型」または「SNP」と呼ばれ得る。
本明細書において、「マーカー(単数)(marker)」または「マーカー(複数)(markers)」とは一般には、1つ以上のSNPを含み得る核酸配列を指す。これらの核酸配列は、異なる長さの配列であってもよい。
本明細書において、「遺伝子型」とは、考察中の特定の性質に通常関して、細胞、生物、または個体の遺伝的構成要素(すなわち、個体の特定の対立遺伝子構造)を指す。本出願の状況では、遺伝子型とは一般には、SNPの位置でのヌクレオチドの同一性を指す。一実施例では、GG遺伝子型とは、2つの対立遺伝子を有する遺伝子の特定の部位において、それぞれの対立遺伝子における同一位置のヌクレオチドがG(グアニン)であることを意味する場合がある。対立遺伝子は、同一の物理的遺伝子座における代替的DNA配列であり、これは、結果として異なる表現型の形質になってもよいし、または直接ならなくてもよいが、一般には、本出願の状況においては、MLに対する寄生生物の応答性の低下と相関している。各染色体について2つのコピーを有する、任意の特定の二倍体の生物においても、各遺伝子の遺伝子型は、ホモ接合体において同一であり、かつヘテロ接合体において異なる、その遺伝子座に存在する対の対立遺伝子を含む。
遺伝子型を決定するのにおける使用のための適切なアプローチは、当該分野で公知であり、これには限定されるものではないが、PCR、RT−PCR、qRT−PCR、SSCP、および対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションを挙げてもよい。他のアプローチは、DNAマイクロアレイまたはビーズに対する核酸ハイブリダイゼーション、制限断片長多型(RFLP)、末端制限断片長多型(t−RFLP)、増幅断片長多型(AFLP)、および多重ライゲーション依存性プローブ増幅(MLPA)を挙げてもよい。
本明細書において、「本質的に〜からなる」または「本質的に〜からなっている」とは、核酸配列が、その配列の中、またはその配列の一端もしくは両端を含めて、1つ以上のヌクレオチド塩基を含んでもよいこと、ただし追加のヌクレオチド塩基は、その核酸配列の機能に物質的に影響しないことを意味する。
ゲノムおよびSNP
一局面では、本発明は、本出願で開示されるような、単離された核酸分子であって、その全長にわたって、配列番号1〜127に対して少なくとも80%の配列同一性を保有しており、かつ代替的ヌクレオチドをSNPの位置(すなわち、多形性部位)で含んでおり、この代替的ヌクレオチドが配列番号1〜127中の下線を付されたヌクレオチドで示される、単離された核酸分子に関する。代替的ヌクレオチドは一般には、図1および表1に示されるような、配列内の示された位置では出現がより低頻度である。本発明の一実施形態では、線虫寄生生物のゲノムまたは寄生生物の集団は、配列番号1〜127に示される多形性部位で1つ以上の代替的ヌクレオチドを含んでもよい。これらの代替的ヌクレオチドの存在は一般には、その代替的ヌクレオチドを含まない寄生生物に比較した場合のMLに対する寄生生物の感受性低下と相関する。
別の局面では、本発明は、配列番号1〜127に示される配列を含むか、その配列からなるか、または本質的にその配列からなる単離された核酸分子に関する。
本発明の核酸分子は、その長さにまたがって配列番号1〜127の配列に相当し、かつSNP部位(すなわち、多形性部位)で代替的ヌクレオチドを含んでいる配列を含んでもよい。本発明の実施形態では、その核酸配列は、配列番号1〜127に対して少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%または100%同一であり得るが、本出願で開示されるような下線を付されたヌクレオチドによって示される各々の配列中の位置で代替的ヌクレオチドを有している線虫から単離された。
他の実施形態では、本発明の核酸分子は、多形性部位およびこの多形性部位で代替的ヌクレオチドをまた含む配列番号1〜127の一部またはそのフラグメントを含んでもよい。種々の実施例では、配列番号1〜127のフラグメントは、5、20、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、220、240、260、280、300またはそれ以上のヌクレオチド長であってもよい。
本発明の核酸分子は、本出願で開示されるような配列番号1〜127のうちの1つ以上を含んでいる線虫D.イミティスに由来し得る。本明細書において用いる場合、「〜由来の、〜に由来する(derived from)」とは、天然の供給源、例えば、線虫ディロフィラリア・イミティスから単離された核酸分子を指してもよい。これはまた、線虫D.イミティスから単離された核酸分子に基づいて、例えば、組み換え的に人造されるかまたは合成される核酸分子を指してもよい。
SNPの検出
SNPは、ゲノム中の特定の位置(例えば、多形性部位)でヌクレオチドの同一性を決定し得、かつ個体または個体の集団の間の特定のゲノム位置でヌクレオチドの同一性の比較を可能にする任意の方法によって検出され得る。特定の位置でのヌクレオチドの同一性における相違は、SNPの指標であり得る。
種々の方法を用いて、SNPを検出してもよい。一実施例では、ハイブリダイゼーションベースの方法を用いてもよい。ハイブリダイゼーションベースの方法は一般には、SNPを含む部位へ相補的なDNAプローブをハイブリダイズすることに依拠する。一方法では、動的な対立遺伝子特異的なハイブリダイゼーション(DASH)は、ミスマッチの塩基対合から生じる融点の相違に依拠する。標的ゲノム中のヌクレオチド変化に基づいて示差的にハイブリダイズするプローブを設計することによって、SNPを検出してもよい。
ハイブリダイゼーションベースの方法の一例では、分子ビーコンを用いてもよい。分子ビーコンは、一本鎖のヌクレオチドプローブであり、一端では蛍光色素を、そしてもう一端には蛍光色素クエンチング分子を有しており、これは、ステム−ループ構造を形成して、蛍光色素およびクエンチング分子をお互いに近位に配置し得る。ゲノム領域に対する分子ビーコンのハイブリダイゼーションがない状況で、蛍光色素は、それがクエンチング分子に近位であるせいでクエンチされる。分子ビーコンがゲノム領域にハイブリダイズするとき、その蛍光色素は一般に、ステム−ループ構造を形成しない。これらの条件下では、蛍光色素は、クエンチング分子から蛍光色素への距離の増大に起因して、蛍光を発する。
ハイブリダイゼーションベースの方法の一実施例では、数十万のプローブを含んでいる高密度アレイであるオリゴヌクレオチドマイクロアレイを、SNPに対するハイブリダイゼーションに用いる。冗長なプローブに対する示差的なハイブリダイゼーションを比較することによって、SNPを検出することが可能になる。
SNPを検出するという一実施例では、酵素ベースの方法を用いてもよい。SNPを検出するための酵素ベースの方法の一実施例では、制限エンドヌクレアーゼを用いてゲノムDNAを消化する。消化から生じるフラグメント長を決定することによって、ゲノム内の特定の部位が、エンドヌクレアーゼによって認識される配列中のヌクレオチド変化(例えば、代替的ヌクレオチド)に起因してエンドヌクレアーゼによる切断ができないか否かを決定することができる。
SNPを検出するための酵素ベースの方法の一実施例では、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)ベースの方法を用いる。この一実施例では、2つのプライマー対を、SNPが存在するか否かに依存して、それらのプライマーのうちの一方だけがSNPを含有する部位を増幅するように機能するように設計する。増幅産物の大きさは識別可能であり、従って、どのプライマー対が機能するか、およびSNPが存在するか否かの情報が得られる。
SNPを検出するための酵素ベースの方法の一実施例では、ヌクレオチドプローブをゲノム部位にハイブリダイズして、特定のゲノム部位にSNPが存在するか否かにかかわらず、ミスマッチを生じるように設計する。ミスマッチが存在するか否か次第で、プローブの1つを切断するエンドヌクレアーゼ(例えば、Flapエンドヌクレアーゼ)を用いる。プローブの1つ以上に結合した蛍光色素およびクエンチング分子を用いて、SNPを検出してもよい。
SNPを検出するための酵素ベースの方法の一実施例では、プライマー伸長を用いる。この方法では、プライマーは、SNPのすぐ上流のゲノムDNAにハイブリダイズされる。次いでDNAポリメラーゼを用いて、ミニシークエンシング反応でプライマーを伸長する。そのシークエンシング反応は、SNPの存在を決定する。
SNPを検出するための酵素ベースの方法の一実施例では、TaqDNAポリメラーゼの5’ヌクレアーゼ活性を用いる。TaqManアッセイは、PCR反応と同時に行う。
この方法は、PCR反応がSNPを含んでいる部位を通って伸展し、SNP領域にハイブリダイズするプローブから、このプローブがSNPの存在に起因してミスマッチを含むか否か次第で、蛍光色素を遊離するように設定する。
SNPを検出するための酵素ベースの方法の一実施例では、DNAリガーゼを用いて、2つのプローブを連結する(一方は、SNPが存在するか否か次第で、ゲノム中のSNP部位にハイブリダイズし、第二のプローブは、SNP部位に隣接してハイブリダイズする)。両方のプローブがミスマッチなしでゲノムにハイブリダイズする場合、リガーゼは、2つのプローブを接続し、これが測定され得る。
SNPを検出する他の方法が存在し、これには、例えば、一本鎖高次構造多形性の検出、SNPに起因する二重鎖ミスマッチを検出するための温度勾配ゲル電気泳動、ミスマッチの二重鎖を検出するための変性高速液体クロマトグラフィー、高解像度融解解析、ミスマッチ結合タンパク質の使用などが挙げられる。
SNPを検出するという一実施例では、線虫D.イミティスを含んでいる生物学的サンプルを被験体から得てもよい。この被験体は、限定するものではないが、イヌ、キツネ、オオカミ、コヨーテまたはネコであってもよい。本発明の状況では、生物学的サンプルは、被験体由来の任意のサンプル(例えば、体液、排泄物、臓器、組織など)であってもよい。生物学的サンプルは、線虫D.イミティス感染を有することが知られているか、または有すると疑われる被験体由来であってもよい。線虫D.イミティスは、標準的な分離法および技術で生物学的サンプルから単離されてもよい。
核酸サンプルは、使用前に線虫D.イミティスから単離され得てもよいし、または得られてもよい。生物および組織から核酸を単離する方法は公知である。こうした方法としては、限定するものではないが、プロテイナーゼK消化に続くフェノールクロロホルム抽出での伝統的なDNA抽出、水酸化ナトリウム抽出、および物理的破壊、その後の精製、例えば塩化セシウム遠心分離または高速液体クロマトグラフィー(HPLC)によるもの;または市販のキットの使用が挙げられる。当業者は、成虫の線虫D.イミティスから核酸サンプルを単離するためにミクロフィラリアと比較して異なるアプローチが用いられ得ることを理解するはずである。本発明の一実施形態において、核酸サンプルはゲノムDNAを含む。
寄生生物由来の核酸の核酸配列は、当該分野で公知の多数の方法のうちの任意の1つを用いて決定され得る。いくつかの技術では、別の種のゲノムの配列を、コンピューターベースの方法を用いて寄生生物の直鎖状の全ゲノム提示中にアセンブルする。一実施例では、マッシブ・パラレル(massive parallel)シークエンシングを用いてもよい。マッシブ・パラレル・シークエンシング(「次世代のシークエンシング」とも呼ばれる)は、種々のハイスループットDNAシークエンシング法を含み得る。このような方法の1つは、Illumina(登録商標)のHiSeq2000システムである。
別々の寄生生物または寄生生物集団由来の配列の比較(例えば、MLに対して感受性の寄生生物から得られコンセンサスまたは参照のゲノムと、MLに対して耐性の寄生生物から得られたコンセンサスまたは参照のゲノムとの比較)を通じて、推定のSNPを特定してもよい。
推定のSNPは、さらに解析されてもよい。一実施例では、多重のPCRおよびMALDI−TOF質量分析を用いるハイスループットSNP解析(Sequenom(登録商標)分析)を用いた。一般には、このシステムは、鎖終止ヌクレオチドを用いるオリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブの伸長を用いて、SNPの各々の対立遺伝子について異なるサイズのPCR生成物を生成する。この異なるサイズのPCR生成物をMALDI−TOF質量分析を用いて解析する。
開示されたSNP
一実施例では、D.イミティス由来の遺伝子マーカーとしては、下の配列(配列番号1〜109)が挙げられ、ここでは下線を付したヌクレオチド(すなわち、多形性部位)は、MLに対する耐性に関連するフラグメント内のヌクレオチド位置を示す(すなわち、代替的ヌクレオチド)。これらの配列では、下線を付した位置のヌクレオチドは一般には、MLに対して耐性ではない生物(野性型)においてこの位置で見出されるヌクレオチドとは異なる。下の配列では、示した配列中で下線を付されたヌクレオチドは、MLに対する耐性に関連する代替的ヌクレオチドである。各々の配列についての見出しでは、多形性部位での野性型から代替的ヌクレオチド(ML耐性と代替的に相関する)へのヌクレオチド変化が示される(例えば、野性型におけるCおよび代替的配列におけるAは、C→Aと示される)。多形性部位での各々のSNPについての遺伝子型の頻度は、図1に示される。図1では、星印(*)で示されるマーカーについて、グラフは、配列番号1〜109に示されるヌクレオチド配列と比較した、逆相補配列の遺伝子型に相当する。
マーカー_617(配列番号1);C→A
AACATAAACATATTGAACTGAATCCTGCAAACAGTTCTCTTATAACGTGAACCATAACTAAATTTAGAGAAAATATGAAAAAGAAAAATAAGTTGCTTTTGCTCGTGCACCAACTCTAATACCCAGGAAATCAAGAAGTGATAATGAGTATGTCATCATTAGATTCAGTAATTGGTGACACTATCAATATTATTATTATTATACTTAAAAATACGACGACCACTTATCGTAACTTAAAGCATGCATAATACGACTGTCATCATATTACATTTCTTCAAGTTCGTATTGGACAAGTGATT

マーカー_714(配列番号2);C→T
GACAAGCGTTGACGGGAGAGACGATATAATAATAAAGAAGGCATTGGGTATCAGAAGGCACAATCCAATTATAAATGCCAAGGCAAAATGAATAAAATTTATGCTGACGATTTGATCAATTACGAAGAATTTCCGATCGGCTCGAATCTTGTTTGTATGTGCACTACTGTTAACTTAATCTTTGTTTTATATACTTTTGCGTGTCATATATAATATATTCATGTCAACTGATACGTTATGATGTTTTTTTGTAAATTAAGTTGATCGGAAACCTGAAGTCTATTTCAAATTTAAGAAAT

マーカー_814(配列番号3);T→C
TTTTAGGAAAATGGTGACTGTAGAGAGATATTATCGGAACGACAAGGTCCACTTCGAACGGGTCTTTTATTGTCGACGGATTGTGAACCAAGTTTTGGCATTCATAATGACAGGTAGCTATTTTTCCATCATCCCATTTTTGTATTAGTGAAGCAAGTCATGAGTCGAAAGAAAATCTCAAAAGAAAAAAATGAAATTTCAGGTTCAAAGGACTGCGTCCATTATTCGCACTGGTTGATGAGAACGTACAGATTCCAGAGCGGCAATGCTGCACAGTATCTTTTGTTTCACTTCTGAAT

マーカー_887(配列番号4);C→T
TCGATTAAAAATTATCATCGATAAAATTCTAAAATTTATTTTAGTAAAATTATTATTATTTTGATGAATAAGTTAACAAAAAAATTTTAATAACTTTTTGATTCGCCAAAAATCTAATTCGTTAAAAAGTCGTTCCAAACAGATATCGCTGTTCGATGAAAATGTCCGGTTGTTAGAAAATCATAAATTGGTTCAAATAATTTTCCAGAACGTTCGAAAAAATATTCCCTTGTATCGGATAAATAACCATTACAATTTTCCACTCGTGTTGCATGTGTTTCTCGACAAAAATCAGCTAA

マーカー_1514(配列番号5);T→C
TCAACAGAAATCGAGATTCCAAAAAGTTTCCTACAAATACTTAATTATCAATGGATATTTAGTTTTGTTATCTGTTATCATAAGTTCTGCTTCTTACACGATTAAAAATGTCCAAGAATTTTTTACTATTCAAATGAGGGAAATAAAAAACAATGCCAATAATATCCAGAAACTACATACATCTTTCTTTTTTCGAAGCTCATCTATTCCGGCCGAAAACAATGAAGAACATTAAAATTCTTAAAAGATAGTCTTAGCCTTTTCCTTGACCACTATCTTAACTGTCAGCGCTAAAATGT

マーカー_2557(配列番号6);T→C
AATAGTCGTCTCATTACTTTTTGACTTTTATAATTCGAGAATCTTATGTAGTCCTTCACTTTACCCTTCTTCTGTCGAACTAAGAATTACAGCATTATTTTCGAATTTAATGTGTAAAAGACAATAGCAGATTTTGTAATTTTGTGTTAACTCACTTTATATTTCGCTTCATATCGTGACAGAGAATTACTATTTCAGAGAGTATTACTTGTCACCAGAGAATCTCCAGAAAGATTTTTATTTACGTCGGAAAATGGACAAAAATGGTTTCTTATCATTAGCACTGATAGCTAGTTTCC

マーカー_3367(配列番号7);G→A
TATCTCTTGTTGTGTGTTCTGCATTGTATCAAAGTGGGTAAATTTTGCTTTAGACGTTGACTTATTGTCTTTTTTAAGTTATATTCTAGTCCATGTTTTTCTCTTTGCAAATATTTTTTTCCGCCGCCTATGATTCATTGTTTTGTTTGTACTCTCTATTAAGTTGCTTTTAGTTTGAATTGTATCAAAATTTCAAACATTTAAAATACGCACTAGCACTATTTTTTCTTATCTCAATTAAGCGAATCCCGGAACAAGATTTAATCGATTTCCGAATCACAATTAAATCACTGGAAAAC

マーカー_3488(配列番号8);T→C
ATTTTCCTTAACAAATCATTTTCAAACGAAAAAACATTAAAAAGTGTTAAAATAAAATGGTGATATTGATAAGAAATTAATTCAACCTGCATATCAATTCTTGTAGCGGCCATTTTCTTAGCAAGTTCTATAGCAGCTCGATCCATATCACTTCTTGCTCTAATGTCAATTCCGGTTCCGGAATTTTTTTTATTTTGCCATTCTTCATCTTTTTTTTATTTTTTACTGATATAGCTATAGACCCTTTCTCCCGTGCATGCCTGTAGGCCTGTTCTGATATACAGGCTTGTGAACCACTG

マーカー_4553(配列番号9);C→T
TTCTGGGGTAGTTATACGGAAAATTAGACAATGAAGAGAATCAAAAAACATGCGATTTTCAAACAGAGGAACTTTGGTACTTTTGCCTCGACTTACTTTATTTTAAAACCCATACAAAATAAATGTTTCATTTGATTGATATTGTCGTACAATAATTAGAGCTTCAACATTAGGATTTTAATAACCTTCAATTTATTTCAGAATTTAAGAAACTTACGTATGGATGGAGAAAATATAAAGAATGGCGATGACAAATAAGATTTGCTATGAAAAAACTAATGCCACAAGATCCGAATGCA

マーカー_5266(配列番号10);C→T
TTTATGAACAAAAATAATAAAAATTAGGATAACAGATATCAATTTCTTTTAGCTATAAATATACGCTTCGATTGAAAAAAGCTTTCAAATTATAATTAAGGCATACGTTACGATATAGACAATTAAGTCGACATTAATTATTTGAAATATTTAAATTTTTTTCTCTTTCTTTTTTTCTATTCTCTTCCAAAGTGTCAAATAGTTATGAAATTGTCAGAAGCTAAAATGATAATATTATTCAAGTTTATTACCTAATCTTTTATCACCTCATTTCTTATCATTTATCTGAAAATCTAATC

マーカー_5365(配列番号11);G→A
ATGTTGAATTTTTAATGAAACTTTTTCGGTGCATAAGCATTACAGATCTGTAAGCTGTGCAAACCCTGTTTCTTTGTAAATTGAAACAAAGATCATTTATTGTTTCCAGCGTCGATTTGACCTGGATAAATGTGGTACCAAAAGTAGATGCGAGAGGTAAGTGCAAACAAAATGCACAAAAATGATTTTGATGCACTCAAATCATTTTTAAGTTTTGTGCAATTTTCCATTTTATAGTTTCGTGATCGGTTGTTATTCATCAACTTGATTTTGTTTGTTTTTTGTGACTTATATTTCAT

マーカー_5667(配列番号12);G→A
TTTGACACTTTCAGATACCTTACAAACTCATCTCCAGCACCCAATTTACAATATCGCTGCCTAAATAAAGAATTTATTCGGATATGAGACTGTAGTTTTCATTCCGTACCAATCATAGTAGAACAGATCTATAGCATGGTGTCCTACTAAGTTGTGACTGGCTATTAAGTATGTGGGTGTTTTTACGTGTGCGTGGGTGTTTGTGCGTGTGTGCGTGTGCGTTTCTGCACATATTTTCGTGCGCGGTGTCTGTGTGTGTCCGTTTGTATATGCCGAGTGTAGCTGTGTGTATGTTCTTG

マーカー_6568_A(配列番号13);G→C
CACTCATAATATACCTGTCAACAAACTCAGAAATCTGAATAAAATGACGCAAAAATGACAAAAACATTTTATCAACCTTTTCTTCATCACTCCCCCGCATTTCCAATTTTCTTCCAAACTGTTTTTGTCGTGCTACAAAGTCATCAGCCATTCATTTTCTTCAAGATGGTTCGAGACGCCATTCTTGGATTCACCCCTTATTTCAACTGTTTCCGAAGTCCCAGCAGTTGAAGCTGAACCTAGCATTTATATCACCACCCGATGTCAAAAAATGACAGCGGTCAGAGAATACGACTTCC

マーカー_6568_B(配列番号14);G→A
GCTAGGTCAACAGTTGGTTTATTTGGACTTATACGATATTAAACATAATATCGCCTCATATACACAGAAATATCAAAAAAACGAACACAGCTAAATCGAAGAATACGAACAAATGTTTTAAAAATTATATTAAATCTTTTAATGCTCTCTCAATGTCGTATCTTCCCTTTTGTCTGTATTTCTCCTTTCGTTCCACCACTGCTATTTCTCATGCCTTTGAACTATGGTTCTCGTTGCGTCGAATTGTCCTCGAAACTGTTGTTTCTGTCGAATTACGTCGAACTGCTGGACTTTGTCGG

マーカー_7633(配列番号15);T→C
ATATCTCACTTCTGACATAAATTGAAGTGGCACTGATTTGAATGAAATGATAAATAAAATAAAGACGACAAGGTAGTGGAAAAAAAAAGAGGAGAAAACACCGTTTAGTTTTGGATGCAAGCTCGAATCTGAGTTTTCTTGCAAACCGTAACTGATCAATTTTCTTACACAAACATAAGAAAAAAAGAAGTGATTTTACTGTAGCTGTATCGTATAATTCAAATCATATATATATATGTTTCAATAATCTATACATTTATGTATATTTTTTTTTGAATGGAACAGTGAATGATTTTAAA

マーカー_9400(配列番号16);T→C
ACAAATGCCATCGGGAGAGAAATATCGTTGGCGTACTGATCACATTGGCGGTATCACTTCTTTGAAAACTCCAGCTGGTATTGTGTATCATTTCATGCAATACGCTATTTTTGATCGAATATGTCGACGGCGTAGTGTTTCATTTTCCAAGCATCTTACGTTGCGTGTATGGATGATGACGGACAATTATTGGAATATCAAACACCGGATCGATTGCATTCCGTAACCTTGAAACGTGACATATATGGGAGAGTAGTGCAAATAACTTCAGATGGCGAAAATATTTTCTTCGAATATGG

マーカー_9473(配列番号17);C→G
ATAATATATATTTCCATTGATAATATTTTTCATATTATGTGATGTTTGAAATTTTCTGCAATTGCTACATTCCGATTAAAAACTTTTATTATCCGTACTGGAGAATTTTGCTTTTTTTTGACGGTTTGTTCAATAAGTTGTCAATATATTTCTGCCTTAGTAAAACCTTTCTAATCTATCCGTTCGAATTGGAAGTTGAAAGTTCAGCATCATTCTTTTAGTGAGGTGTTTAAGTTGTTCAATAGATATTATTTAGAACGATCTCAATTAAAATCTTCTGAATGATTTTATGTTTTTAT

マーカー_9858(配列番号18);A→G
GCAGCACATTGCACACAGTAAACTGCAAACTGAATTAAGAGATATTGGGTTGAATTATTTCTAATTTAAAAGGATATAATAAATGACTTTGATGATTGTTGATTTTAAGGTATCTCGGAAGACTCCATCAGTCTCAGTGCTCTAGCAATCCTATAGGTACTAAAAGAAAAGAAAAGATGTCTCGTTATTCACTTTGAAATGTACATATCAAATCATTTTGTCGTATGAAATTAAGTATATTATGTCTAATCGTATCATTCGAAATGAATTTACTGTCACTGTTAGAACTATTTAGGCAG

マーカー_10349(配列番号19);A→G
AGAGTTCAATCGCCAAGTTGTTCTTTTTCTCGCTCGCAGAGATCAAAACGGTGTTGGCTATACACTCATTCATCAGGCTGTGATAGACATCTCTTAGAATTTCAGTGCTTTTCTGGATGAAAACATTATTTCTCAAACATGACACTTAAGACAATAGTGCGTGACTTCTTTGTTAACGTACACGAGAAAACAAAACAGATGATGCTTGTTATCTTGGTGATAAATGTGTATTCAGAATAATGTTATATATCTTTGCGTGACAAATATCATTTCGTTATACTTCGGATACGCCTTTTTAT

マーカー_10520(配列番号20);A→G
AACTTTACTTGAACTTTTTTGGTGTTCAATTTTGAATATTATACCAACCATTCAGAAGACTGTATATAGAAATGAACCTTCAAGAATTAATCGAAATTTTTATTAAAATCTTTTATTTGAATATTTCATTATTTAAACTCATTACTATTTCAGTATATTATTAGATCTAATGTAGAAAAAAAAATCAGATGGCAAAAATAATATCATAGGTTTGTTTTTAAAATTCATTGCAAAATTCAGTGCGCCGTTCCAGTCGCTCGTAATTACCCTATCCCTGAGCTTTACAAAAAGAATGCTTT

マーカー_10678(配列番号21);A→T
AGGTATCTAGATAGCATAATAAATTACTACACAAACCGATGGAAACGCAAGTTTGGCGTTGCGTGTTGATACAAAATATTAGAGCCAAGGATGGTATCACATGTAAAACTGCAATTTTGCTATTTGTTTAAAGCAAATAAGAAATAAATATTCGTTCTTATTCTTTAATTTATTTCATCAGATGGCTTTGTTATACCATAATTGTAAATCTGTCATATCTTAATTGCGCAATAGCCCAAGATTCTTGTATATTCTTACATTTCACAATTTATTTTCTTATTTCTAGTTTTAGAATTATA

マーカー_11676(配列番号22);A→G
AATAGCTACTCACAGCTTAAGTTAACTAATGGATTCTTGAATTTATTTAAGCGTGTAGTTAAGCGATTAATATGATGGATGCCCAGAATCGCTTTGTCTTATAGTTTTGTCTCGACAGAAAGGATGCATTGTTGTCTTGAATTTGTTCAAGGAAAATTAAATAGGTTTCTTTCAATGACTCCTATTAAATTTTTTTGAATTTAGGCTTGCATTGCGTGTTCTGATCCACTATTAGCACGTACGGGTATCGCAGTGCCATGTGATGCAGCACTATGCAAAAACCACCTCCATGTCACTTG

マーカー_11933_A(配列番号23);A→G
TCTGTTGTAAGTTTCACAATCCAGTTAATTTAAGCTCAGCTTATTTGAAATTTTCAACAAAATTACGAAAATTACTTTCTCGGTTCATTTTTTTCAACCACCAAATATTTAGCATAATTGGCCTGAAATCGTCAAAGTTTACAAACTTTTTTCAGCAATCTTCTCTTACTCTTACAATAAACATGATTAACTTGTCGTCATACCAATCTCGTTTATAGCAAATTCTTTTCAAAAAAACATTGCTACAAATTTTATATCGCATCATTTCAACACGCATAATTATTTTTCATATATGAAAA

マーカー_11933_B(配列番号24);T→C
TTCACAATCCAGTTAATTTAAGCTCAGCTTATTTGAAATTTTCAACAAAATTACGAAAATTACTTTCTCGGTTCATTTTTTTCAACCACCAAATATTTAGCATAATTGGCCTGAAATCGTCAAAGTTTACAAACTTTTATTCAGCAATCTCTCTTACTCTTACAATAAACATGATTAACTTGTCGTCATACCAATCTCGTTTATAGCAAATTCTTTTCAAAAAAACATTGCTACAAATTTTATATCGCATCATTTCAACACGCATAATTATTTTTCATATATGAAAAACCATATTATAA

マーカー_12716(配列番号25);A→G
ATTAACTCTGAACCCAAAGACTGTTGGTTAAAATAAAGATCTATTTTAGTTATACATCTAACATTAAAGGTTTTCGTACGGAAACAAGTAGGTTTGATAATTTTCATGTAACTGTAAAGAACACCTGTGAAAGGGATCAGTAAAATTTGGGGATGTAGCACGGAAATATGAAGCTGAGTGTTTTGTACCCAAAAGTTTTTCAAATCTGCGAAATAACGAGAGGTGTAATGATCGTTTTTAACCAAATTTTTTGATTCTAATCCTTCCCACAGTTTTGAAATTCAGTAAGCATTTCTTTT

マーカー_12925(配列番号26);T→C
TTGCAACAAATCAATAATAAAAGACTTGCGGCTAACAATATATTTGATTCTTTTTTACCGTTATTATTATGACAGGTAATAATAGTATTACAAGCATATTTGTAGGTGTCAATTTTTTCAATTCAAATTTTCTTAATTCATTATTTCTTCTTTCCTTAATAAATAGTCTTTCCATTTAAGAATTAACTTTTTGAAATCTTTAATGAGAAGACACAAAAGATTCCGGATAATTTTGCATCATCTTTTCTATTTCGCGTTAGTATTTTATGTTTTCAACAGATTTTTATGATTTAACTATA

マーカー_13063(配列番号27);C→T
GATAAAATGGGTTCTTGTCAAGCTCATTTGGCATATCTTCGTCTTCTATATTTATATCCTTTAATATCTTCTCTTTTTTCAAATTTTCCTTCCCGACGTTTTCCATATCGACCTCTTTCTTCATAAATTTATCTTCCTCATTTGCCTCATTTTTGACTTTTCATCCGTTTCATCCTTATTTTTCTTTTTTTCATCTCCTATTTTACCTTTTCCTTTATCAACTTCTATCTTAACTTTCTCAATGTTTTTTTTATTTTCTTTCATCTTTTTGTTTTCTTCTATTGACATACTATAACAAA

マーカー_15000_A(配列番号28);T→A
TTTTACGAACAATTATTTCATAAAAGATTCGTATTTTTGATTAGTTTTTAAGAATTTTTTTTTATTATTTTTAGCCAACAAATATATTTTTCAAAATTGTTAAATTTGAAATTATAAATTTCAACTAAAAAAAAGCAAAAAGCTAAGCCATAGAAATAACATACATGTGTAATATAAAATATAAAGTATTCGAAATGAAAATCAAAGTTTCATAACAAAAAACAAAAAATATTCTAACCTTTTAGATTTCATCAAAACTTCACTAAAAAGTTAAATTTAAATTTTCAAATTGTTATACA

マーカー_15000_B(配列番号29);A→G
CGAACAATTATTTCATAAAAGATTCGTATTTTTGATTAGTTTTTAAGAATTTTTTTTTATTATTTTTAGCCAACAAATATATTTTTCAAAATTGTTAAATTTGAAATTATAAATTTCAACTAAAAAAAAGCAAAAAGCTAAGCCATTAGAATAACATACATGTGTAATATAAAATATAAAGTATTCGAAATGAAAATCAAAGTTTCATAACAAAAAACAAAAAATATTCTAACCTTTTAGATTTCATCAAAACTTCACTAAAAAGTTAAATTTAAATTTTCAAATTGTTATACAATGAT

マーカー_15709_A(配列番号30);T→C
TCAAAGACAAAATGAAGAACTTAACAAAAAAAAGGCCAATAAATAAAGGCTATTTCGTGAAAAATCTAAAAAAAAAAAGATCTGTTCCTTTCGAATCAAGTGATTCTTCCTACTACATTCGTGTTGTAATTCTTACTTGTATACAGTCCCAGTTTTTCGACGATAAAAAACATTTCGATAAGTGAGTTTGAATTAATTGAATTTTAAAAGATCATAAAAATAAAATCAAAATAAAAAGACCAAAATTAAGTCTGATAATTCCAGAAAACACAATAATAAATATACAAATAATAAAAACT

マーカー_15709_B(配列番号31);T→A
AAATAATTCACTAATTTCTCATCATCAAATTATTTCGTACAATCGATAAATCAACGATTATAATAGCGAAGAGAATGAAAATTAATGTGGTGCACAGTATACGGACCCCATATACAATGTTCAACAGAGATGAACATTTTTTTTCTATTAAGTTTTCTGTTCGGCGAAAGAAAGACACTTTCTAACGATGCTTTCCTCCCAACTCCCCTTGCAATGATAGAGGATGCAGCCAAGATTCGTCGACTCAAGCAGCATCACTCAACCGGCCATCACTTCGGGACCTTTTTCCCTGCCTTTTA

マーカー_17333(配列番号32);A→G
CATTGCGAATGACCGCTATGGAATATCAATTAGCAGATATTAATCGTGAATTAAGCACATTGGTGGAATTTTTACGACCAAATCGAATTTCAAAAAATGCTACACTTGCAACATCAGCAACCATTGCAACATATAACAGTACTTCGATGCTAATGTAAAAAAGAAATGTAATGCATCTGAAAGCTGAAAATTCATCTGATATATTGAAGCAAAAGGTAAGATTATTTTTAAGATATCATTCTTGATGCTCTCATAATTTCTACATCAAATTTAATCAAACGATTCATTTATGTTCATTT

マーカー_18110(配列番号33);C→T
TTCTTGTTGTACCTATCATAGATGATAACTTAAGTACCAATAGCAATAGTGCAACGATGCAAGGATTCTGATTAATGATTATAAAAGTTTAACCAATCTTCTTCATTCCTTCTAATCAAGAGAAAAAAAAATGAGAACATTTTTATGACATTGAAGAAAGGCAATTTATCGCTGAAAATTCTACTGCGATATGGAAGTATCAGATAGAGAAAATAAATATTAAAATATGGATTTCATACGAAAAATGATAAAAGATAATAATTTACATTTTGGTGCTTTACTGATATGATTGGAGTATT

マーカー_19999(配列番号34);T→A
CGATATTTTTTGGACGAATCAAACCTTTTTGGGAAATCATTTGATGTCACAAGCATGGTTTGAGAAATTTTTTTCCGAATTAGTTCTGCTAAAAATACTCCAAATGAGTCTAGTGGAATTAAGCTAAGCACCTTAAGTAAGTTGAGAAAACGTTTCCATTTGACTAACAAGGCTAGTATATCGACATGAGACAGAAATGGTTATTACTTCACTCACTTCATGAAGCGAATACGAAATATCTGTTCACTTTAGTTTCAATCTACTATTTTACCAATAAACGTGTTCTTTTCCGGATAAAT

マーカー_20570(配列番号35);T→C
TCTTAATTGATTTTCTTAACTCGAAACACTTGTCTTGATTACTGTGCTGTACTTTATCTTATTAAATTAAATAATTTCCATGACCACTTCATACCATTGACCATCAAACTTTGATGAAGTTTATGTGTGAAGTGCCAAACAATCATTCATCCTTCAGTTTAACTTATTGCTGGTCAAATTCATAAAAATGCAAATTATCAAGCAGATAGTAATTCAGTGAACGTAGCGTATTCTCGAAATTTCTTTCCTTGTATTTACCTTATATAGAACAACGTATATTTGTAGCATATATTCAATAT

マーカー_20587(配列番号36);G→A
TTTCTGAGTTTGCGTTACAGCGCCAAATCTTCACGGAGATAGATAAAATACTTATCGTGAAATTTTGGCGCCATGATTTAAAAAACACGGAGATAAAAATAAAATGCTTATCGGTGATAATTTAGCGCCATAATATGAATGAATTGAAAAACAATTTGAGTAGAAACATGACATAGAGTTTTCGTTTTCTGGCTACGAAAATGGATGAATTTTTCTGGAATCGAATTCAGTCAAAGAAATAGGAACGTTGTTACTAAATGATCGAAAAGCTTTCTAAAATTAAATTTATGACGTCTAAG

マーカー_20698(配列番号37);T→C
ATCTAAATCTTCGTTTTATAGTGGTAAGACTTCCATTTGCTGCATTCTTGCAAATTAAGCTGTTGAAAATACTTTTTTTTTTGATAGATTTCCAATTTAATCATATTATAAGAAGAATTAATTTCGAATAGAATTTTTAAATCATTTAAATTTAAGTTTTAAAACTAATATAAGTTATGCAGATTTCGCGAAAAAGTCTCATTTGTTAATTCAATTATTCCAAAATGTAATAATTTTATAAATTCAAATTTAAACTACTACTAACTTCTGAAGTCAGGAGCCAGTAGCAACAACGTAAT

マーカー_21554(配列番号38);A→G
AACTTTACATTTATATTCAATTTTTTTTTATTTTGTTTGTTTTTAGAAATTTGAAAATGGGTACTAATCAGTGTCATTTGCAGCCTCTTAGACCCTCTTTATAACGACCGATTCGATGAAATACGTCATCAATATGCCAGTTTATTGTTCGGTGGAGAATGTTTTCAAAAGTTGCTGAAGTGATGAAGTATAGTGAGAATGCACCTTATTCAGCACCATTAAGAAGTAAATTTTTGCTTTGGAATTTGACAAAGACAAAGCAGGAAGTTGACAACGATGTTCTGATGAAACGGTTTCGA

マーカー_22174(配列番号39);A→C
GTCTATTTTGGCTGTCTTCTAATAATTCATTTTGTAACCTTTTGAAATATGATAAATGTAGAAATTTTTTCTTCCTGGTCTATAATAGTTTAATAATGTGTTGTAGTAATAGTTTTGGTGCCGTTGAAATATTTCAATGATATGCTATCGAAAATTAGGAATTCAAATCAAGGTTACAAGATAATTCAAAAACAAACAACGTAAAAATGAAATAATTTCTTCTTCTTACTTACCAACAGGCATATCATCATCATCCTCAAATTCATGACTATATTTAACATTGTCATATTTGAATAATC

マーカー_22254(配列番号40);C→A
CGACGCAAAAATCTTTCAAATTGTCACCCAGTTCTCTAAGTGATTCCAATGATGTTGGTAAACATTCTGCATGATGTACCGGGTAATGAACTACCAAGTTGTTTTTTGCTTTTAATACAACTCGCAAAGATTCTGAAAACCATGAAATTAGAAAGATTAAAATAATCTGAACTCTTTTTTTCATTTTTCCTTGAACTTAGCAATATACTGAGTTGGATAAAATTTAGAAACGAAATTTCGCAAATTTATTCAGTAAATTCAGGAAAACTCGGTTTCGGTATTCTAAATATAAATAGATA

マーカー_22259(配列番号41);A→G
GTTTCTTTGGTTTATCTCAGTAAGATTTGGGCGGAAATTTCAGTTATACTTTTCATTTCCATGTGCTGTTTTAAATTTCTTCCATATTAGTATAATTTTCAAATAATTGTAGCGTCACTGGTTTATTTAAGGATAACAGGTTGGACTGCATGGCTGAGAAGTGTCTTGCCGGTCAATTGTTTGTTGGTGATCAACTTGTACGAGTTACTGATATCGACATATATAATACACGGCAAATTCCATTCGTTTTCAGTACTGCATCAAAAACGGGATTATCGGTACTTTGTAAATCGCAGTAT

マーカー_24708(配列番号42);C→T
GACCCCTGCTCACAAGGCAGTTCCCACAGACAATCACACATCTAATCACACACATCAACTCATCCGACGTAGGCTATCAATAAGGAAAATTGCATTGCTTTATCGTCTAACTGTAATAAACATCTACATAATGAAATTATTTCGCCACTAGACAACTAATATCGCCCAATGCAAATATTTGTCTCAGAGTTATTCCCTTTTAACAGCTGTTGAACGAATAGATAGGACGTCATGTGGATGATCTACTTGTTTCAAAGGTTGAGGTAACACATGAAACACATGAAAACGGTAATTTAAAA

マーカー_25276_A(配列番号43);A→G
AAAGAATGGTCAGCAAGATGTGGAAAATCGATTACTATAGTTGAAGTATGAATCGAAGAGGTTTTTTTAAATTCTAAGAGAACGAATAATCGGCAAAGAGAAAGTTGAGTAACCTTATTTTGCCTTGTTTTCAGTCAATTTATAATATGCGTTAATTGTGTTAAAGAAAGTACAAGGTATGAAATCTAAGCCAAGAAATAAGAGAAAACAGCTAATGATTATTTCTGCATTTTTTCTTTTTCGACACAAACTTGGAACCAGAATCAATTGAACTAGTAATCAGATTTTGATTATTGCTT

マーカー_25443(配列番号44);T→C
TTAGATTTTGCTGAAGCATTGTTGGTTAGATCGATGAAAATATAATTATGAGAGATTTTGTTGAAATTCAGCAACAAAATTATTATTCATGTCTTCATGCTGTCAGTTTTGTTTTTATTTCTTCTTTGACATCGGTTATATTTTTGTCTTCAACAATATAAAAAAAAAATTATAATCAATTGGTAATCAAATTAAAACTCTAATTGTTAGCTCCCTAAATCAGCTTTAAAAAAATAATTGCTTAATTGGTATTTGCTACTATTAGCAAACTGAAACTATCCTTTTCTCGAATGGTGAAC

マーカー_26447(配列番号45);G→A
ATGAGCTGATATTTGATATGCATATTAAAAATAGGGTAAATTACATTAAGTTAGATATCGTTCGGATAAATTAATTAGAAAAAATGTTTACCAATTAGATCGCAATGATGTAAAATTTCACGTATTTTTATTCTTAAGATTTATTTGCAAATTCAAAAATATGTCTTATGAAAAATAATATTTCTGTGTAAGAACAAGGGACCGATTCACTTGATTTATTCGCAAACAATCGAAATTCAAAATTAGTAATTTTAAATATTGCTTTATTCAAACCATACCAATAATAATTTGAGAGATTT

マーカー_26730(配列番号46);A→G
ATTGATTGATTCAAATAAGAAATTTAAATTATTTCCCCTTTTTTTCAAAAGATTTAACAAATATTATTTATTTGATCTCCTCGTTCGTTCTTATCTTTTTGATTATCAATCCATCCTCCTCCATCATATAGCTAATTTATTTTTTGCATCTAAATCAATTGATGTATGATTGATTTCTTGATTATAAAAAGTTAGAAGAATTGAATTGCTTAAATTTAATTATTGATAATGAAATATTATTATATTTCAAAATGATACGAAGAAATATGACGATGATAAGAGAAAATATGATATTTATC

マーカー_26974(配列番号47);C→T
TACGATAAGTTATTTTATTTTACACATCTCCATCCTTGACTAGTGTCCGTGCCGACTGTCGGACTTGAACCGACAACCTACTAATTACAAGTCAGTTGCTCTACCCAATTGAGCTAAGCCGGCCATCTAGAATGTGCGACCCCGTCGTGGACATCTTCTATAATCGTTTGGTATTCAGGACTCTCTTCTTTCGTGGGTGGAGGATCTTGATACAGTTGACTATTAAAAATAGGGCCTTTGTTAGTCTGTTACAACTCATAGACAAAGGCGACAATTTTAGCTTACATCTTACGTTATGC

マーカー_27080_A(配列番号48);A→G
ATGGTAGAAAATTATATGAAAAAATATCATACTAAAAATATAACAGATTGTTATAAGGTATGGTTTAAGAATTTACAACAATTGATTATTTATGATAAAAAAAAAAAAAGTAAATCAGTGAATCATTAAGATAGTTATGATAAGCAGTTTTATTCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGAATTATGGGACGAAACGTCTATAACCTATTCTCAAACTTTTAATGAGTATGACGTGTCTTGCTTGCTTAAAATTATTTCAATGATCATTTCACTTTACCAGTATGATCATGATTAGACTTGAA

マーカー_27349(配列番号49);T→A
TTAGTATCGATATTATCACAAATGATATCACTTTCATCAATACTGGATACGATTTTATTAGTATCATAATTTTGTGGCTCGCATTCCGAAAGTTTTACACGTAGAAGATTAACCTGCAATATGATTTATTTTATCATTTTCGAATATCCACTTTGAAATAATTCGAAAATGTTGAAAAATTTTGAAAAATTGTTAACAAAATATTACAAAAATATCAAATGAAATTAAATAACTGTCCATTTCAAAAAAAGAAGAAAAATTATGAAATTACCAATTAAAAACAGGACTTATTAATTAAA

マーカー_27461(配列番号50);G→T
TGTGGAAATAAAGTACAATTAATTGCTGTTCGCTTAATAATATTATTTTCATTCTTGGCTTTTTTTTTCTTTCCCCGTGATATTATAAAATATAGTTTTTTAATTTTAACAAATCGTCATAATTATTTAAAAAATACTGAGGTGAGTAAAGTAATTGGTTGCTGGAAAAAAAGTGGGTGATGAGAGGTGAATGAAAGCAGAATAGTTTATGATTGCATCAAATTTCCTCCTTAATCTGTGATTAAAATCAAACAAAACCCGAAAAGTTTCTTCTTCGCCTTTTTCTTCTCTTTGTTTCA

マーカー_29128(配列番号51);T→C
CGAAATCCGCCGCGTGCATTACTTTGCGCTTGTTGATTACGACGCATTTGTTCGTCGTTGATAACCTTATCAATCATCATACGTCCGTTACGTATGCAATCAACATCGCCAGTTAGGCTGAAATCAAATGGATGGCGATGATATCAAAAAAAAAATAAGGAGTATTTGCTGAATCATTTCTTTTTCTGTATTATTATCAAAATTTTCTCCTTTCCATTGTTTCCTTCTTAATCAAGTGAATGCTCATTTCATTTTGAAATAATCCAACGTAATAATTCCCCATATTCCCAATTACTTTC

マーカー_29168(配列番号52);A→G
AGAAATATTAAACTTTGAAAAGATGTGACATGTTCTGTAACAAAAGCCCAAAATTTCGACTGCTGCGGCTTGAAGTAAAATTTTGGAATATGCTACATCAGTAGTGCAACAGATGGTTCGATAAATAGTGGTAAGTGATGGGAATCCTAGAATAGATGGGAATTGTATTTCAGATATAAATTTGATGCATATTTTCATAGTTGATTATATCTACGATCACACGTTGAATATTCTAAAAGCAAACTGTAATTAACTAATTGAATTTGAAAATTTCCAAGAATTAAAATTGGTAACAAAAA

マーカー_29455(配列番号53);T→A
ATTGTCAGGAATGAGAAGCAAGTTTTGGATACTTAAGGGATGAATGGAACACATACATGGCAGAAAATGTTAGTAATCAAACCATTTAAATTACTTAGCCACTATGCTAAACTTTCTAGAAGTATGGTTGAACGTTTAAAAACCTTCGCAAAATTGTATTAGATTATCTTAATCTTCCCTACATCAAAACAGAGAATTTTTGTTCTACGACGTGAGTCTGCATGTATTAAGGAAGTTCGTATCATGACGTAAATATCCTGAGTGATTATTGAATTCAGAAAATGAGCTTTTTCATTTGG

マーカー_29816(配列番号54);G→A
ATATGAGTGTTACATGTGTACGTTACATGTAAATATTATATGTTATATGTAAAAATGTCATGTATAGCATCTATTCACGTGTACGTACACGTGTATATACATATACATTGATACTTAATACGTATACGCATGAATGAACAGATATTATATTTTACGTACACTAGACTCACATGTACCTCTGTATACGCATACATGTACAGATATATGTTTGACATACGTAAATTCATATATGCTTTTATTTATGCTTATATTAATTGTCACATACATGCCTTATATTTTCGTTGTTATAAACACATAAA

マーカー_30575(配列番号55);T→C
GAAAATAAAATTAGCTGAAAATATATGCGAGGTAAAGCACACAGAAGAATTAACTTAAGGTAATATATTGTAAGAATTTTTATATTCGGCGCACCTAATAATTTTTAGACCGCATATGCCCAGTATTTGAAACTGGTAGCGCTGTTCGTATTGCTGTTGTCCATGTTATGTATATGATACCATTCCTAAATACTTTTGCGGCTGTGGTTTCCAGTGTTGATGTGACTGGTATGATGCCTAACACTGGATCCTTCCATCTGCGGCATTTTGTTGAAATTCTTATTGATGTGAGCTGTTTA

マーカー_30991(配列番号56);A→G
CAACTGTGAATCATAAACATTACTTAAATTAATGAAGCTAGTTAACGACAAATATATTTTTTTATGTATCAGTGCTATCATATAACATAAAAACTTACTTTCATTAATAAATGAGCTCAAATATTGACTTTTGTCCAAAATGCTCAAAATTCGTCATAATATTTGAAATGAAGATAATTTCACGCTTTTCGAAGCCTCCTCTCACGTCTTTTAATCTTCTTTTCTTCTTCTTGCTCTAATGGTTCTGCGAAAAACCACGGTGCAATAATCACTTTCCATAATTTATACAGTACATAAGC

マーカー_31796(配列番号57);A→G
CTGCTTAACTCTTTTCATTTTTCAGAGAATCTTCTCTAAAATTGTGAATTGATCCAAACCAAAGAATATGGATAATGTGATTCGAATTCCTGGAATTTAGATTTTGAGAGTTTTGAAGTTTTTAAAGAGATTGAATTTCTGTGACCTTCTGTATATTTGATGTCATTTCGGGATGCGTATTTTTGCCGAAAATTTTTGGCCTCACTGCAATCTTGTTAAAAGTCAAAAAAATTCAATCGTAGAATTTCGGGTTTACCTGATATTACTGGAAATCTCTGATCTTTGTTCTAGATTGCTGT

マーカー_32164(配列番号58);A→T
ATAAAGAATTTGCAACTCTGTATACCTTTTTGCAGTGCAAAAGCGGATGAATTCTTCACTGCAGTGTGACAGATTCCTTTGATAAAATTGCTTCGTTCTTATGTAAACTTGGAAATTCTCGGTAGTTATGCTTTTGCTAGTTGAAAATGTCTGCTCTTGTAAAACATGCAAAAAGAGATTATCTTTGTTCTATTATGGAAAGATTCTTTTGAAATTTTGACGACTGAGAAGACAAATTTTATCCCAACTTGTCATCTGCAATAAAAATTTTTCCTGACCTGTTTCTTAACCTTCCAAGT

マーカー_32223(配列番号59);T→C
AAAATCAAATCAATATGATCAGATAACTCATACTTATCTTACTGAAAATTCCTCATTCAAGGGAAATAAATAATTGCAATTCTTGATTCCGATCATGGATGATTTTCAAGCAAATTACCAATGATATCTATCGATAACGATTACAGCATAAGCTATAACTTATTATTGATTGAATTGATGAAAATAATTTTACCAGAAATTTATCAATGTTTATCTCATTGCAGTATACGATGTTTAGTGTGACAACACTTTTTCTTGGAATAATTGTGCATAAATCATTGATTGCATTTAGTATTGGA

マーカー_34439(配列番号60);T→C
TCCTGCCCACATTCTTTCTACTTTAGATAATCAACAGGAGTTAGTTGAAAGAGAAGACTAGGAACAGTTGCAACTTCTGAATCTTTCTGACTTTCTTTCGTTTTGTAAATTATTTATTTGTATAAATTTAAAATTCGAAGAGAAATAATCAAGGTCCAACTTCTTTTTCTGTTAGTTCTTGCGAATGCTCCATCAAAATGCAAAAATATGATTAGAATTCTGATGGAAATTAACAAAATCGATTAGATAAGAAAAGTACAAAACAGAAACTAACTTTTTCTCCCATTTTCATATTATAG

マーカー_34903(配列番号61);T→C
TCATTGCTTTAATACTTTTTAACGAGAATTTTCTCGATCAAAATAAGATCTGCAATTGATATACGTCAATAAGCGAACATTAGCTGTATTACACGCTAATATTCACATATGATGAACGTTGTAAGCGTCATACATCAACATATATCCATCGATAAATAATGACCACTACACATTGCTACCAACCATCCTATCCCGCCACTATTTGAAATGAACTGAGAAGGAGTTATCGACACAGGCTTCCTAGCAACCAAACAAAAGACGAGACAGATGAATAGATAGACAGACAGACGAACATACAA

マーカー_35336(配列番号62);A→G
AGATTCTGGTTATTATTGTATTTCTGATTTATTTAATCCCAACTTAAAGATTCATTGGCTATTGTTTAGCATCTATATCAATTTTATAAATAAATAGTAATACCTGATGAAAAGCAATAAATAATTAGATGCAAATTTTAATTAGATACATTTGATGGAAAACATTGAAGCCATGTACAACTAATTTATGCATGTTGAATTATGCATGCATAATTAATTTATGCATGACAGCAAGTTTGGTATAAAATTAATTTTGTATGAAGATAAAATTTTATAAATAATGATAATAATGCTGGTAA

マーカー_36040(配列番号63);T→C
ATTATTGAAAAGAATAATGTAGCTAATTAGTTGAAGCTGTTAAAAGTAAAGCTAAAAAGATGATGGAAATTATTCGTATAAACATTCTTTGTAAACAAACAGTCATTTCTGTGAATAAACAATTATAATTATAAACAATACTTTTCAAGAAATAAAAAAATTAGGAAGCATTGTTGTGATAATCAATAGTTGATAGACTGTCAATGTATTTTTATCAGTCGTGCTGCTTTTTTTCCCTTTCTTGACTCATTTATTTTATTATTTATTGATAGAATGTCAATATTCTAGTCATTTGTTAT

マーカー_37881(配列番号64);T→C
ATCTTAACTTGCTTTAAACAAATAAATTAAAACAGCCCAATGTTCCAAGAAAAAAAGATAAGTTAAAAGTGGGGTGTCCAAAAATTTATGAATTGAATTGGACAGTTATTCAGATCCTGAAAATACGCTTCTCTGATCACTGCAAATATTCCGATAAATAAGTGAACATTAGGTTAATCTTAATTTTCCCTTAACTTTCCTTAGCCTTTTTTAAATTTTTGGATTATTCAAGCATTTTTATTGCGGTATCGTTTTTGTAAAAAAAAAAGTATAATTCAACATTCAGGCTCGACGTTATG

マーカー_38622_A(配列番号65);C→A
AATTAATAAAAAGAAAGGAATACGATAAAATATCTATTTTTTGAAACTAATCAAACATATTCCTCACTGCTCACCGGATAGTTGCTTTCTAATTTTACATTAAGAAATATATTTTTTTTTTTCAATAAGGAAAGTTATGCAGACTAGGAGATTCTACTCTGAAGAAGAGATAAGCATGTTAGAATTATTAAAATCTATGGAAATATCCTTAAAAGAATGCCTATAGTAGCTCTGATTTCGAAAAAAAAAGCAAAAAACAAAATAACAAATTCTGCTCAATTGAAATAAAAAACTTTCCT

マーカー_38622_B(配列番号66);C→T
TAAAATATCTATTTTTTGAAACTAATCAAACATATTCCTCACTGCTCACCGGATAGTTGCTTTCTAATTTTACATTAAGAAATATATTTTTTTTTTTCAATAAGGAAAGTTATGCAGACTAGGAGCATTCTACTCTGAAGAAGAGATAAGATGTTAGAATTATTAAAATCTATGGAAATATCCTTAAAAGAATGCCTATAGTAGCTCTGATTTCGAAAAAAAAAGCAAAAAACAAAATAACAAATTCTGCTCAATTGAAATAAAAAACTTTCCTTCAACTTCCAGCATCACTGCTGTGA

マーカー_38622_C(配列番号67);C→T
AACTGCTAAAAAATTGAAACTAGTGTTAGATTGATAAGTGGGCAGATTAAAACCAATTGTGTTATTGGCCCGTTAATTAGTGACTCTGAATAGCTATGGCGAATCGTATAGTGTTGTACCGACGACGTATCTATCAAATGTCTGCCTTGTAAATTTCGATGATAGTTTATGTGCCTATTATAGTTGTAACGAGTAACGGAGAATAAGGTTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGTTGCCACATTCAAGGAAGGAAGCAGTCGCGAAGATTACCCACTCTTAGAATGAGGAAAGAGTGAC

マーカー_38622_D(配列番号68);C→T
GAAAACTAAGAAGTAAGTGAAATTTCTAAGTTCTTTCCCAGAAAGGTTAGATCCAATATTTGTTTTCATTTTAGCATTTTTATCCAATGAAAAATGTGCCCAATAAATACTTGTATATAGTATTGCATTTAAAAACTTCAGAAAGCACAAGAGATCTAAGCTCAGAAATATGACGAATACCAATCCTTTTCCTAGTCTTACCGCTTCTTAACTTTTGTGTCGCTTTATAAAAATTAAAAATAAAAAGTTGAACAATGGGAATTACATCATTTTCATCTGAATGGTTTATTTCCTATTCT

マーカー_39492(配列番号69);T→C
CTTCCCTAGCTATGCCTTTTCGTCACTTAAGCTTCNNNNNNNNNNTCTAGCTACGTATCGTTATCATTTATGCTTCTTTAGCTACGTTTCTCCATCATTTATGCTTCCTAAGCTACGTATCTTCATCACTTACGCTTCCCTAGCTATGTCTTTCGTCACTTAAGCTTCTTTGGCTGCGTGTCTTCATCATTAATCTTCTTTAGCTACGTATCGTTATCATTTACGCTTCCTTAGCTACGTCTTTCCATCATTTATGCTTCCCAAGCTACGTATTTTCATCATTTATGCTTCCTTAGATA

マーカー_42291(配列番号70);G→A
GATCTTAAAATTCTATGAAACTTCTTCTGCATGGTATTGTTTCCAACAGAATATAATGACAATAGCAACAGTATTGGTTATATAAAAATATTGACTGCAGCAGGATTATATTTCAAGTTCTTTTAATTTCATTTATTTATTCTTTCATTTCTTTTACTGTTTTTATGTTTTTCTTCTTTAAAAAATATGATTTCTCTCACTGTTCTCTTTCATCTATCTATATTTATTTGATAATTGCTTATATGATAACTAGCTAAAGGGAAATAAACTTTCAGTCATCATAGCTTCATTTTAGTAAA

マーカー_42411(配列番号71);A→T
CTATACTAATCAGTCCACTATCCATTTTTAGGTTGCAAAAGTTGCAATGACGGTTTGATTTCATCCTCCAATGCAATTTTGAGTCTCAATCTCGAGAGATAGATCGATCGCTTTTAGCTTGATTTAGCTTGGTTAATGTTGTGAGGGATATGGGCAGAAATTCTGTCAAGCGTTACTTAATGAAATAGTAAATGATCACTGATATTTATTGTTAATGATACTTGAGCTCTCTAGATTATGAACTGGAAGGTTTTCGATAGAAATAATCGATACATATATTAGAATCGACTTCTTTTTTC

マーカー_45689(配列番号72);A→C
TCATCTTTTTCACATTTCATTTAATCATCATTTTATCAATTCCTATTTTTAAACAAATTCTTTTCAAATATTCTCTCTTTCCTTCTCTTTTTGTTTTCCGCTTATTCATTCTAATGATGAACAGATGTAGAAAATTTGCATTCTATTGCTACTACAATTTTGAGTAGAATATATTTAATTATTTGATTCGAGACAGATGGTTATAGCCTTTAGCTTCAGCTTCTCGTTCAAATTAAGTACTTGTGACCTTTCCAAGTACCATTAAAGCTTTCCTGCGTTTCCTAATTAGAAAAAAAAGG

マーカー_45719(配列番号73);G→A
GCATTTTAAGTTAAAAGTATCACGCTGCATGACACCTCACGTTTGCTATCTCAAATTGAGTAGGTTAGAATCTTTTTTTGGCTACTATTCAAATATTAATAATAAATTGCTGCAAACAGATTTCACACCGGAAAAAAATTAAATTTTTCTGCAATGTTTTAACTCCCTTATTAAATATTTATAGAAAATCGACTACTTAAAAAGAATTGACTAACATTTCTGAATCTCTGCAGAGATTTATAGATGGATTAGCATCCTACAAGTTTTTATCTTTTTGCTATATTTCCATTATTTTTTTA

マーカー_46063(配列番号74);T→A
GATAAGACGTCTTATTTTGTAATAATTCAAAAATTAATTAATATAGAAGTAAGATCTTGATAATAATTAATATGCTCAAATTTCTTAATGAGAATATGTTCAGGATGAAGATGAAGTGAAAGAAATTGATAGATTGAGGAAGCAATTGCTATTGAAACAGAACAGCTCGTTTCCAATTCTCTTAAAGATTTACTGAAGAAAATTTATTATCCACTTGAAGAAGCTATTGATCTCAAAATTCATCAGAAATTAATTCAACAAATTGCTGCCTTGTTGAAGTGTATTAGTATCTTGGATAA

マーカー_47481(配列番号75);C→G
ACCGCAAAATACCTAAAAATTTCTATAACAACGATTAACACGGCCTCGAACTGGAAGCATATTAATCCATGCGTGGCTCAAACTTCAATCATAAAGACAAGATCTAGAGATCAACACAAAATGGTGAATTGTTACCCTATCGTTGCTAAATTTGAGAGAAAAAAGTGCTAAATCAAGTAGTACACCAAATTTAGTTAATATTAAGAAATCAATTTAGTACTGAATTTAAACAAATGAAATTTTACGATAAAATAAAAAAGTACCTGATCAAACAGCGTCCTCCCGTTATTCCCATTGCT

マーカー_47722_A(配列番号76);C→T
TATAAGACTAGTAAACAGATCGTAATATAATAAATATCGATTTTATTTTAAATTTTCGAAAACTTCCAAATCTATCGATATGAAATTAAAGATCAATTTTTAATTTCCATAATATATTTAGATTCTATCCCAACATCACTCATCTTTATGCAACTTATTTAATTCTCTTATTAACATTATATTTCTTGTTTACAATGATAAATTTTATCAATTTTCTAATATGATAGAACATCTTCATCATCTGAAGATATGCTTTTCTCATCTTTGTAACAATTCGTATCGCTTCTGATTTTACTTTC

マーカー_48750_B(配列番号77);G→A
GTTTTATTATTGCTTATTGAATAGTGATAATAACACTTTGATATGATATTGTTTTGTTGCGATCATTGTATTGATTATAACCTTAATTAAACGAGGATATTATGGGAAATGTATTTATTACAAAATTAAATATGAAAGGTTGAAGTCTTGCGAAACTTTCAAACACATTTCTCGAATTTTCTCTGCAAAAATATCGTTACGATTTTTGGAAATTATGAAGTCCAAGAATTCAATCGAGAGTTCGCCATGTCACTTTGGCTAGTTTCGTTTGTTTTTAATATTTCAATCAAAAGTCAATT

マーカー_48750_C(配列番号78);G→A
CCTTGGATATTGTTCTTGACATCGTTGATCAGAAGGTCACCGTAGTGTTCGGTGAGCGAGATGGAATTGGACTCAGGTTTATTCTCCGTTTTTTTCATGTTTTTGAATTTTAGAGAGAAAATAATGTTTGTCTGAATGGTTAGCAAACTATTAGTTTTTAAGTTATCAGGAACTCGAAGTATCTTCTTTTGCACTTCTTTAACCTTTTTCATCAAATTTTTTAACAGTAACAAGATTTTTTTGAGAATTTTCAAAATATTTTTGACTTCTGATGATATTTGATGAGAAAACCATCACTG

マーカー_48790(配列番号79);A→C
AGAGTATTATTATACATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATATGATGATGATGATGATGATGATGATATGATGATGATGATGATAATGATAATGATGATGATGATGATTAATTGCTTATTTTTAATGATTGATAATTTAAAAGAAATCATTGAAATTTGATCGAATAAAAATTTTCTTAAAAAAAGCATTTGCTATTTATATAGTAAACCTATAAAAAATTACTTATTTTTATTACTAATATTCATTTGATTGTATGAAAGAGAAGAGAAAAAAAACCTTTGCA

マーカー_49731(配列番号80);T→A
TGGTATCACAGCACTGGGTTTAATTTCAACAATCGGTTGACGATCTTTTCGGGATATGCCTATACCCAGAAATGAACGTATGCCAAACGATGGTATGTTTGATGCAACAGACGACGTCAACTTAAAATGTGTTTTTTTTTCAAAAATTCATATTTTTAGTTTAAAATTGCACGTCAGTAAAAATTAATTCATAATAAATCTCTTTGATTTCTTCGTTCTCCTTTTTTTTCAGAAAAAATTGAAATTTTACATACCTGATTTCCAAGAGCATATAAAGCATCACTTAAAGCATTCTGCGA

マーカー_49824(配列番号81);T→C
TCCTTTTCATGATTTGTAGCTAACCAATAAGATGTGTATATGTTCATATATTTACTCTCCCCTGACTCTTTTACACTCTCATTCTCTCATTTGTTCATTTAGATAAGTAATATGCGCCTTTCTCTTCCTGATTCTCTCAATCTTTCATCCTTCATCTCCTCAATCTTTCTCCCATTCTCTCAATCTTTCCTGCATTGCATTCATTGATGAAACACGATAGTATTAATAAGCATAATTTGATAAATTGAAATAATTTTTTTTNNNNNNNNNNTCATTCTCTCAATCTTTCCTGCATTGCA

マーカー_49904_A(配列番号82);A→G
TTTGAATTAACAAAATATTAACAATTACAACTATTTCGGAATTTAATTTAAGAATAATTTAATTAATCAATTTCCTATTTTGTATTTTAAAAATTACCACAATAATTATGTAATTTTTGGGATATTTGAAACTTTGAAAAAAGTGGTATTTATTTGAGAATAAATTAATTAATGTAATTCTTGCTGCTCATCGTTCCATAACTTACAAATATTTCTCGGTATTTTATTTGAGATAATTCTTATCATTTCTTCCATAGCTTTCAATATATTTATAACTTATTTGTAATCACTCTTATCAC

マーカー_50378(配列番号83);A→G
TTGAGATATCAAATCAAGCGTTGCATATTTATAGTACACTGGTGTAGCTGAAATCGCGAAGAGAACACGAAAATCAGAGAAGTCAATGGTTCCTTTGTGTTGGATTTCACATGAAAGCATCCTTATGTTGTACATGCGTGATTACAATATATACAAGATGTAAGCTAAAAATTGTTTTATCTTTGTCTATGAGATGTAGTTCATACTCTATAATAAAGTCCCAACCCTTAATTCTCATATTCACAACCGTATCAGAATCCAACACCAAACCATTATAAAGAATGTTCTTCGTCGAGGCG

マーカー_51565(配列番号84);C→T
CCACTATCGCTTACACTTTCTTTATCCTGTTCTTCTTCATCTTTCGTTTTGGACTTTATTTTACTGTCAGGTGACAAGCAAAGTAACGATGTTGGACTTTGCGAAGATGTGGATGGTACGCTAGAAAAAAAATGAGGATTGGTTAATATGCTAATTATTACATCGCTTTTTTTTAAATCTTTTCTAAAATTAAACTGAATAATCAACTTATTTGCTATTCAGTTTATCTTATTTTTTATCAACAAAATTCGAGGAAACAAATCGCTTATCAGAATAATTGTTTTGATCAACAAATAAAG

マーカー_58162_A(配列番号85);G→A
CAATCCCACAAATTCAGTGTGTCGGCGGGTCAGCGAAGGGAAAGTTTGAACCGAGGGTATGTACAAATTGTGATAATTTTGTGATGACGTAGTAAATTTCATAGTTTTGCATGCTTTAATGTTGATAGTCGCACAATCCTACGTTGATTAATTTAGCTATTAGATATCCTACTAAATTATGTTGTTCATAATTTTTGTTTTTAAAATGCTCCACTTATATTTTCAGGTTGTGCAGTGCTACAATAGGGGTTATGACGGCAATGATGTCCAATGGGAGTGTAAAGCGGAAATGAGCAATC

マーカー_58864(配列番号86);T→C
TCAGATAAATTGTATTTGATGTTAATTCAAAGAAGAAAAAAATAATCAGTAGAATATGAATCGAATAATATTCATACAACCAGTTTATTCATTATTATTCACTTTTAACGTCTAAATGACGTAGCTACGCTTTTTTTCTCGCTTTCAAGCTTTACTGACCAAGATTAATGTACATTCTGTTGAACAAGATTAATCGACATTCTATCGATCAAGATCAAGCTTTTACTGATCAAGATTAATAATGACATTCTTCTGTTGATCAAGATTAATCGACATTCCATTGATCAAGATTAATCGAC

マーカー_62666_A(配列番号87);G→A
CTCTCTAAAACCTATTGGTCACTAAACTTGCACTGACTAAAAACTATTGGTCATCAGACTTGTGATTCATTGAAAAGACCGTTAGCCGCTAAAATTATGATTCACTAAAAAAAATCTATTGATCATTAAATCTGTAATCATTGAGAAACTCAATCATTGGTCATTAAGTTTGTGCTCTCTAAAACCTATTGGTCATTAAACTGACTAAAAACTATTGGTCACTGAACCTAGAGTCTATTAAAAAAAAAATCATTGTATCAATAAATTTATTGTTTACTATCAAATCCATTGATTACTGA

マーカー_62666_B(配列番号88);A→T
TCTAAAACCTATTGGTCACTAAACTTGCACTGACTAAAAACTATTGGTCATCAGACTTGTGATTCATTGAAAAGACCGTTAGCCGCTAAAATTATGATTCACTAAAAAAAATCTATTGATCATTAAATCTGTAATCATTGAGAAACTGCATCATTGGTCATTAAGTTTGTGCTCTCTAAAACCTATTGGTCATTAAACTGACTAAAAACTATTGGTCACTGAACCTAGAGTCTATTAAAAAAAAAATCATTGTATCAATAAATTTATTGTTTACTATCAAATCCATTGATTACTGAATA

マーカー_7060(配列番号89);G→A
AAAATGTATCAAATTCTTCGATGCCATAAATTATACAGACTTGATTGGCATTTTTTCTAACTTTCATCATGAACCATTCTATTTCTAAATTGATCCATTACAAAATCAACTTTGTGATATCATCAATCTCAGTCATAACGAGAAATAATGTAATATAAAGCGACTATCATTTGAATTTCCTGAATATTCAAGATGTAATTACATCTTTTTTTTAATGTAATCAAAATTTCTTGCCATCAATAATTTTTCAACATATGCTTTCATCGACTGCCTTATGCAGATCGTAATGATGACAGCCA

マーカー_12056(配列番号90);T→C
ATTGATTAAAAAGAATCAACATTAAATTTTTGATATAGTCGAGAAATCCTTCGTGATAATTCTTTTAGAACAATTCTTTACACTAAACTTGTATTTACTTGCTTATTATTTGTCTAAAGATACTAACTATTTGTCAGTGGAATTTATGATTTGGCATTATTGCATATAACGCTTTCCTAAAATCTGAAATTTTTCAGTATTTTAAAAACTAAGACGATTATTAAATATTACTCAAAGCTTAGAACTTTGATTATACTAATCAAATCAAAAATTTCATCAGCGATTTTTGTTGTGTCATT

マーカー_16261(配列番号91);T→C
ATTTTTTCCAGCAGAATTGTCATCAAAAATCCCATTTTTGATATCCTCTTCATCGAAACTTGCTCCTGAATCCAGAGAACAACGAAGAATGTGTAAATCTATTTCAGTAGCCTGCTCATTGTGCAATTCAGCGACTTTATTTCTGTGCTTAAGCTAACTTCTTCATTATGCCACTCCTCTTCTCTCGCTATTTTTTCGCTATCTAATTCAAAATCTTCGTCTGAAACGGAATCAACTCCTGACGATGTACTCGACACTGATAATATTTTCATGCCGATTTTTCTCTCAAACGAATCTTT

マーカー_23195(配列番号92);C→T
GAATGAAGAGCAAAAAAATAGTCACGACCACCTGCAATAAAAACAGCATCTCCGTAAAAATGATTGAATTGATTCCCGAAATACGAGTTTATCAAATTGAGAATTATGCAAATTAATTATCAGCATGCAGATTTACTGATTTTATATCTCCATACCGAAATTAAGGTGATGTTTTCCATTTCTTTGTTTCCACAATGTCTTCTTTGTGAATCGTTTTGGATCAACTATTAATCCGATCGAATCAATCCTCCAAATATGAGTTTATTCAACGTAACAAAACATTGTCCGAGATAATCAAA

マーカー_28579(配列番号93);T→C
TGGAAATTTCGAAATCGAAAGGATGAAGAAAAAGGATCCTTGATCTATACATTAAATATCACCATATCAACTAGCATGGCAAGTCAAAGTAATGTTATCATTTAAATAAAAAAGATGAATAGTAGGACTACAGGTTATATTGTTAAAAGTGACAAATTTGGAGTAATTGACAGAGATCAACGATTAAATGTAATGGATGATCTTATCTTCTTTTTTCAACTACGCCAAAATGAAAATAACAATTGAATTTGTCGAATAAGAAACTAACATTTTGAAAATAAGATTGAACATTTATAAAT

マーカー_48869(配列番号94);G→A
GGTTGGATCATTATCGACAGAACTTTAGAAGTTTCTTGATAAGGACGAAAAGAAGCAGCACCATTGCTGATCTAAACAAGGAAAAAAGACCTTTTTTGGAATATTGAAGTTTTTACTGATAGGTGCGTGCTGTGTACTGTGGGCATAAGTCAAGCTTCATGCTCCGCAGCGTGAATACGTGCTGCATGCATACTATGCAGTAAAGGTGCGTGTCGTATTGCTCAATAAGTGTATAAATTGCTGCTTTTCTTGCATAGTTAAATATTTTGTTTTCATTTTTTCCGCTATTCAAAATAAAT

マーカー_53021(配列番号95);G→A
GTTGGGATTTCAGACTCTCACTCGGTGTCGTTTCACAGTGATATCTGAATCGAAGTCACAAGCAGGTATGAATGCATAACAACTAATATCCATTGCAGAAACAAGGCAAAACTGAGAAGCTCGAGCAATATAGCTATAGAAGCTGGTACCCAGATGACATTACATGGTATTTCCATTTCAGCTTCACAAACATTGTAAATAGCTTGCTTCGATGATTCAATATCTCGTTCTACGATATTCTTAAAGTAATTTTTATTTATTTGAAGTATAGATTACATCCATGTTCTATCTATCATTTC

マーカー_7986(配列番号96);G→A
TGTTCTGAACATCTCTTTTTGATTATCTTTTTTAATTCCTCCATTATTTTCGTTTTTTTCGTTGTGAATTAATATTGTTTGTCTTTGATTCAGATGATATTTTCGGATCGTAAATAGATGGCATCGGCATAAGCGTATTGAGAAGCATTCATGGTGCACTCTTGCTTCTTTTTTTTTTGAAATCTTTCTCGATAATCAAATAAGTGCAGGATGCCAATCATTAACAATTTCGTTCCACTTTTTCAGTTCTTATTCTTATAACACCACATCTCATTTGCAATTTTGTCGCCAATGATTTT

マーカー_48094(配列番号97);C→T
TTTTTTCGAGGTCACTCTGGAAAAATAAATCATATTTTAAAAAGACATAAAATAAAAAATATGTATATATAAGAAAATTTTTACTCTGAATTTCTTAAGAAAATTCTCGATTCTGTTTTCCATAAATTCCGGAATATGTTGTCCCTGAATAAGAATTCGATTCCTTGCACACCATTATTTCGTCTAGTTCCTGTGTGAACAATGTAACCTGGAAATGAACACATAAACTGTAATATTTTGAGCTTAAAATAATTATGAGGATGCGAAACTGAAGATATTCATAAATGTTTAAAAAAAAA

マーカー_6568(配列番号98);T→C
GTCCATGCATTGCTTTTCGGAAGTTAGTGTAGATTCAGTGAATATTTAATACCAGTCTCTTTCTAATTCAAAAGAGCCTCCCATTTCTTTTTTCAGTTTCAGTCTCTGAATCAGAGCGTGTAATCTACCACTCCATTGCCGAAAACAGCTGATGTATTTCCTGCTACGTAGTGTTTAGAATTGGCGTATGCCACTTGCTCATTATTCGCGCATGAAGTGTAACTGTGAATAGAATGATACTACTGTTAGAAGAGAATGCGTTCACTTTATTTAACATTATACTGATTCATTTCTTCTTT

マーカー_17022(配列番号99);C→T
AGTGAACGAGAAAAAACAGAAGAAGAGATAGCACATCAAGATCGTGAGAAATTAATTAGACAAGAAAAAGCTCGTCTTACACAAATATATCAGGTTTTCTTTTTCTTGCTTTCGAAAGTTATTTGAATTATCTCATTTCTTTGAATTTTAAAGAAATAATTTAATTTTTTTTTGAAATTTTGCCTATTGAGCTCTAAATTTTGTAAAAAGTTTTCTAGGATGATGTTAGCAAAGCAAAAAAGAAATCCAAAAGTGATGGTAACAAACAGGAAGATTTTATAGTGAGGTACGATAATACG

マーカー_55751_A(配列番号100);A→G
TAGACAATATCATCCTTCCTTTTTTTTTGCTCAATTTCTCTGCTCATTGCTTTGATGATAATGGTAGGTGGTATAATGAAACGAATAGATAATTGATGTTCGCAAACATTTGCTGTTAAATTTCAGTAAAGAAATTGACCTTTTTGCTTTTGTTGGATGTTTAGCTTCATTTTCTTCTTGTTCATTGTCATATTCATTCTCTCAAAACTTCTTGCTTAGCGATGCTAATATAAATACTGGAAGAATGCCTTTGCTTTGTTTTAGTTGTAAATCATCACCAAGGTATTTTTTTGCAAAAT

マーカー_55751_B(配列番号101);A→G
AAGATGAAACTAAAAAAAATTATTTCGAAAAAAAGAAAATAAAATTAATGAAATAAAAGCAAAAATGAACAAACCGTATTAATTTTAAACAATAAACAATATCGAAATCGAAAAATGGACTATTATTGATGAACTATATTTTCAAAATGTAAAGGTCAAAGTTTGTTTCAATTATGATAAATACAATTTAAAATAAGATTAAGCTAACAAATAAGTTGAGCAAATTGATGAAACAAACAAATCAGAATATATTACAGAAAATGATATAACATGAAAATATATTAGACCAATTATTTTTA

マーカー_15893(配列番号102);T→C
TTGAAGTTTTCAGATAAACTTTGATAAAAAATTGTTCTATGAATTCTCAAATTTCAATTAGTGATACTTATTTCGAAGGTAATTATGCCTGATTGAATCTTCAATATCAACAAAATGAAAATTTTAGTATGATTGTTAACTCATACACCTTAATTAAAGGTATTTTCTTTATCCCATGAAATGAAAATTTATTAAGAACTTAGAAAGCTACGGTATGCCTTTGATGCAAAAGAAAGATTCATTTTCATTAAATCATGTTTAAAAAAAAGAGCAAAGAGCAAAAGGTGATGAAAGTTTTT

マーカー_25462(配列番号103);C→T
TTCTATACGAAATATTTGTCTGCCATAAATCTACTCAGGAACTCGATACATCAAAACATAAGTACGCTTGCTCTTTATTTTTCGTTTGAAAAATAAATAGATCATTTTCGCACTTACATTTCAATTTCAATTGCTTTATTCATATCTTTCGTTTTTACTTACTGGTATTTAACAGTCGTTGTTCACAATTTAATGATCTATGAAACACCATTTAATTGTATTTGGACTAACTTTTCGACAAGCAAAAGATTAAAATTGTCTTCAGATACAGTTATAAATTTACATTGAAGATAAATGAA

マーカー_33494(配列番号104);A→C
TAACGATCTGTATATCAATGGAATAATATTCAGTTCATGTTGTACTCGATATGAGATAGAATTACAATTTTGGAACAAGATAATCTCAACAGCTATTTTCAAGAATAGTTAAATTAGGATACCATTCAAAGAAACTTTAAAAAATGATTTCATACATTAATGCTTTTTGTGTTTTCGCTCTCGACCAGAATCCAGGAATTGTCCATTATCATCAATTTGATTAACTTTTATCTTTATTCTAATTCTTCAACATTTCTCTAATTGATATTAGTTTCAATATTTTAATAAGTAAAAATTTA

マーカー_17935(配列番号105);T→C
ATAATGTGTTATTGATCAAAGGATTTTTAGTTACCTACCAGATGGAAAAAAAGCAAGTTTACGAAAACAGAAGTTAGCATCAACTTTCATCCATGGTTACACCGTATATAATCCAATCGACTCATACTTTATGTTGATCTGATTTTATAGAGATAACTAGTTACCTTGCTCAGCAGCAGCTAAATCCTTTCTATTTGCTTAATAACAGAAATATTTTTCATTAACAAAGAAATTATACTCCGTGTTTGACATTTCATTTTAATTTCGTTCCAAAAATGAAAAAAGCTTCGTCCGGAAAT

マーカー_48561(配列番号106);C→T
ATTATTTTGTAGTTTTTCATTTTTTAGTTCAATTTTCCTTTGCTTATTTTAAATATGCCATTCTTTATTCAGACTCATAGCGAATGCATATGTTCATTAATTTTTTTAGTTACAGTTACAAATTCTCAATTTCTCTTTAATCATTTTTTTTCCAAAAATAGTCTGAGCACTCAACCATTCATTCAACAATTGCAGCTTTTTTTATTGGAGCCTTGTCAAATTATCAATTCGTTTCCATGTTTATTATTGAAATAATAAACGGTATTTAGGATAACGAAGTTCGCTTAGCTTCTTTGACT

マーカー_42003(配列番号107);T→G
AAAAATTCAGGTAATGAGATCAGTAATTTTTTTTGGTCACTTTGCTGTTTCTTATCAGCTCATTGTTATCCATATCAAATGAGCGAAAGTGTGTATCACATATTGGCAGAGTGTAATCTATGAAGATTTTGCGTATCAAAGTAATTATGAAGAACTGATAATTTTATTTTAAAGTAGTAGAAAACTCGAATTAAGCTAATAAATAATCGGTTGATATCCATGAAATGAATTACTAATGAAATGGATAATTGAGTAATAACAAATGATATTCATGAAGAAAGGCAGGTTTTTTTTAATAG

マーカー_29566(配列番号108);C→T
TATACTTAAAACAAGAAATACAATTAATGCCAATAGCAGAGTGAAACTTCTGAAAAATAATGAGTTGAAACTGGTAAAATTAACATTTTATTAGAAATTTCAGAAACTTATGACTCCTCATGGCACTATCACAAAATGTTTGAAAAAAATGACAGCTCGCGTCGATTGCAAAAATCATGATTCCTGATATTTAGTATCGAACATGTGACAAATAATATAAAGACCTAACCATAAAGCACTGAAACAACTCGCGGAAACAAAAAATTAATTTGCATAAACACGGAATACGATCAGAAAAT

マーカー_33868(配列番号109);G→A
GAATTTTTTTAGAAGGCTTGAAGTCGAGAATATTAGAGACTATATCGAAGACTTAAATAATCCTGGTAATCTTCTGTATGAATCAAAATTACCTCGAACAGAACCATTCAGCACATCACGAGATAATTCATGGAATGAAACTAGCCAATCGAGCGTTGTAAAAGAAGAAAGTTATGAAATGACCTTAAAATCAATTTAAAGCATGTCCTCGCCATATAAGCGTTGAAAAGTTAGGATAGAATCAATTATCAAAAAAATATGTTAACTAGATCTTATCAATCAAAACATCAGAAGGAAAA
別の実施例では、D.イミティス由来の遺伝子マーカーは、下の配列(配列番号110〜127)を含み、ここで下線を付したヌクレオチド(すなわち、多形性部位)は、MLに対する耐性と相関するフラグメント内のSNPヌクレオチド位置を示す(すなわち、代替的ヌクレオチド)。これらのマーカーは、感受性の個体と確証されたML耐性個体との間の遺伝子型頻度比較の後に特定した。これらの配列では、SNP位置での下線を付したヌクレオチドは一般には、MLに対して感受性である生物体(野性型)においてこの位置で見出されるヌクレオチドとは異なる。下の配列では、示した配列中のSNP位置でのヌクレオチドは、MLに対する耐性と相関する。各々の配列についての見出しでは、多形性部位での野性型から代替的ヌクレオチドへのヌクレオチドの変化(代替的ヌクレオチドは、ML耐性と相関する)が示される。
マーカー_31307(配列番号110);A→G
ATATGATAATAGTGAAACAATTCCATCACAATAAATATTATCGATTAGGAGATAAATTAACATTGATGCCTCAATTTTGGTCAACAATATATATTTGCTATTAGCATTTTTATTAAATCGTTTTTATCTGACTTGACATAAATTGAAATAAAAAAATTGAATCTGTTCCTTGTTAGATTTTCTTCTAAAAATTCTTGAAATACAAATAATTTCTTAAATTTCAATATTTCTACATAATGTATTGCGACAAAAATGCTAATGATTGGCTTATTATTATTTCGAATAATTTTTTAATCAAA

マーカー_26225(配列番号111);A→G
AGCTCGAAGATCGGACAAAATTTGTTCAGCTTGTTGCCTTGAGGCTTTAGTCTGAAAAGACACTTAAAAGTATAAACAAATTATATTCAAAAAATCTTATTTTGCATTTGCGTCTTAATTTTTGCTTTTTGCAAAGTTTTTTCCGAGCAATTTTTCTATCTTCGAAAAGATTATATCAATTAAAATTTCAATTTAAGCAATCATTGCCTCTTCGAGTTTCTGTTTCAGCAAATAAATATCACCACCACGACGCTGTCGGAAGAAAGAAACGCCTTTCCCAATTTCTCGTCTCAACTTTT

マーカー_47722_B(配列番号112);A→G
TAAGAAAGCTGGGAGATTTTCCAAAAACACTATTTCCCACGATTTGTTGTTTTCTATGATCAATTCTTAATCAAACTCTGAAATTCTCAAATTTTCGATTTCTATCCAACTTCTACATATTTTTTTAGAAAATTCATATTTAGCAAAGCTAGTGTAGAAATAATTCATACTTGCAATTCATTTTTCTTAAATTTTCGAATTTCTTAAAAAAGTATTTCAAATTACCTACCAATTTTGATTGGAAAATTCGTGGATGCTAAAAATTCAAATCAAAATAGTTAAACAGTATTCCTAATTGT

マーカー_58162_B(配列番号113);T→C
AATTTAAAAAACACATCGACATTTTGCGGTACGGTAATGATTGTTTACAGTAACTAAATGTGTCCTACGGTAGTAATACTCGTGTACGTAATGAATGAGTATAGTGACCGGATATTTCCTTCACTAGTAGGCAATATTAAGAAGTATTTTATTTTCATATTCTATCTAAAATAAACCGATAAAATGGTTTTTGAATTATTACTTTTTCATTGTTATTTTTTGATCCTAAATTGTAAAATACTGTAATAATTTAGCTAATTTCTATGATTCTATTCAATATGCTTAAATTAAAATTCTAA

マーカー_17709(配列番号114);T→C
TCGTATTTGTTGTATGTAATATAGAAATATTGTTTAAATTCAATATGTAGAAAAAATTTCTANNNNNNNNNNAATTAATTACATATTAACTCGTATTTGTTGTATGTAATATAGAAATATTGTTTAAATTCAATATGTAGAAAAAATTTCATAATAAAGACGAACAGCATTTATAATTATCAATGATAAGTTGAAATTAATTCATCAATGATAAGTTGAAATTAATTTATTTGAAATAATTTCTTTGAAATTCGAATATAGACGAGAATTTTTTTTTTTTTGCTAATCGTTTATCAAAT

マーカー_47141(配列番号115);T→C
TCTAGCAATATAAATTACAAGAATATGCCGTCCAAGTATTTCAGAATTTATTATTAATTTGGATAATAATACATTGTAAATATGCGTATTCTGGATTATTATGCACTGCATAATAACATGCAATTTCGTCTACATATCGCGAATAAACGCCAAAAGATTTCTCGATAAAAGAAAATATAAGAATTCGTAAATGAATGTTGTGTCAGAGATATGTGTTAATTCATAAGTCAAGATGTTGTAAATCGATCCATATTAGTAATCATATTTACGTGCTCGTAAATAAAAGCGGTGATTCTTGT

マーカー_48750_A(配列番号116);A→G
ATCGAAAAAAGATGATCTGATGACGGAAGGCGAAATGTCTGCAGAAGCTAAGATGACGGAAGAAAAAAGTGAAGAAATGAAAGAAGAAGCTGGTAAAACTCAGAAGGAATGTAAAACTGGAGAATCGAAAAAAGATGATCTGATGACGGAGGCGAAATGTCTAAAGAAGCTAAGATGTCGGAAGAAAAAAGTGAAGAAATGAAAGAAGAAGCTGATAAAACTCAGAAGGAATGTAAAACGGAAGAATCGAAAAAAGACGATCTGACGACAGAAGGCGAAAAATCTGAAGTAGATGAGCC

マーカー_63962(配列番号117);A→G
ACTAATGATAAGAAACGGAGCCGACGATTTTAGGAAATGAATAATAACGACATTGACAACCATTGTTAGAAAATTGATAGTACTGATAATAAAAGCTAGTTATAGAAAATTGATAATAATAATAAAATTGCTGGTAGCAAATGTCTAGAATGATAATAAAATTAATGATAGCAAATGGATTAGCAATGATAATTAAACTGATGATAGCGAATGGATTAGTAATGATAATAAAATTGATGATAGCAAATGACTAATAATGGTAATAAAAGTTAATGCTAGTGATAACTTGTATTTTAAGT

マーカー_6372(配列番号118);A→G
ACAGTTTATAGTTACAATATTCTCCGGTGACTAACTGTATTTTACAACTTATAATTATAGATTACAAAATATATTATAGTAGTTTTATAATTACAGTATTCTTAAGTGAATAACTATACTTTACAGCTTACAGTTACAGTAGTTTTCTATTTTTTGAATATTAATTTTACATGGTTTTTCCTAGTTTCAGTTTCAAAATTTTCAGATATTTTATGTGTTAAAGCAAATTATATTCGAGATATAAAAAGTACTGGTCATATCTTACAATTCTCATCCTTCTATATTGGAAAGAATTGAGT

マーカー_15611(配列番号119);T→C
GTATTGGGACCGCGTATCGGGAAATCTGAAAGAAGTCTTTAACAGTATTTTAAATGAATAATTCAAATCGTTACTTCTTAATATATTAATTTATGCGTATATATGCAGTACATAGCATTGCTTAAATTCTTATTTTTCCGCGGTTAAAACCTATGTAAGATAAGGGAGGTGATTGTATCTGCGCCGTACTCCTTGTTTTAATCTACCTGCTTGTTGTATATCCTCCACATATTGTAACTGCAGCTTCACATTTGCATATATAGTAAGGGCATCGTTGTCTCCAGAAGAGATATATTATC

マーカー_46432(配列番号120);T→A
GCTGCCCGAATGTTACAATTAGGACGAAAGTAAAAGTAGTTGACTGTAGGTATGACGATAAAGGAAAAATTTGTATCTTAAGACTTTACAATTTCTAAATATTACGTGTTTTATCGTGCTAACATCACGAATTCCATATTCACAAAAAAATTTTGTAGAACTCCATCTGGTTTGGATGAATTTGCTACAGTTGAACTGGATGATGGAACGAAATTGCAAACATCTCTTATTGTTAGTATTTTCTAAATTCTGTGAAATTTTGCAACGGCATTCATGTTTAATTATTAATTTGGAGAAAG

マーカー_29594(配列番号121);T→A
AAATAAGCAAATCCGAAAGTATTACATATACGGACTAAATATTGCCATTCATTCGGGAGTATACCATTGCAACCATTGGTATTTCATTTGATCGAGAAAACTAGTTTTTGTAGTTTGGGATAAAGAGAAATGGAGAGAGGAACTTTCATGTCAATTTCTTTACGTACTGAAATTCATTTCTATGGATGTTCTTTTTCTATTTCATTCTCCTCAGCAAATACAGTCCGAACAGTCATCAAATAAGTCTAAAAGGCATGAATAATATAAACATCAGCAACTTTTTAAATGAATGCTTATTA

マーカー_26784(配列番号122);G→C
ATTTCTATAAACATCTCTTGCATTGATTAATTTAACATGTTGCAATAAATATTTCTTACTTTTGAATGTATCATTTACTAGAAAAAACTTCAATCGAGGAAATAAGTTTTAAAATAAATTCATATTTGAATTCATGTCAGTTCAAAAATTTATTACTATAATACATGTCTCTTGGTTGTATCTTTTTTTCTTTTGAAATAATACAATCAAACGGTTTCCTAAATTTTCATAGACATCATATTTTAAAAAAAAATGCATTTGAAAATTTTCGAAAATCAATGAACTTAATTGATGAAAAA

マーカー_51661(配列番号123);C→G
GCATGTGTATGTAGTATTTCTTTGTAAACAACATATCTAATCTGTCTGTCCCTTTAACATTATAGAATAGTCAGTTAGTCCGCTATTTATTTTAATAACAAAATATCTCACTTAACTTCCATTTCTTTCCTAAATAATTTTGTTTCGCTAATCTTTCCTATAATTTTCAAATTTTCAAAAATGAATTAATCTTTTATTTATATATGTGTATGTATGTGTATGTATGTATGTGTACGTTGCATATATGTATATGTATGTGTGTATGTGTGTATATGTATATGTATATGTGTGTATGTGTG

マーカー_7819(配列番号124);G→C
TATGCATAATGTGCGACCAGCCAATAATGTCTTCAAACCATAATTATGCAGAAATAAATTTTTTCCAGAAATAATTTTTTTTTTTTTACATATACTTCCGATCTGTGAGAAAATACATTTGAAGTGAAGTGTGAAGCAATGCTACTTTTTAAACAACATTGTGAAAATGGATTAAAACGCACCAATGGAGCAAGAGATCGTAAGTTTCGTTCCGCATGTCCTGTGGCAACGTGTAAACCATCCGTTAACGATATATGATGTAAAAGCCGACACACCCAAATTAAAATCCATTATAAACA

マーカー_26704(配列番号125);G→C
AAATGGATCGTATTCACTTCGTAAGAACTTAGTGAACGAAAAATCAAACCATCACAATAACTTTACTTTTTTTCTTTTTTTACTAAACACACTATCCTATGAAAACAAAATGTCCAAATAGATTCATATGATAATGAACTGTGAAGTTATCAATCTATCAGTTCTCGAAGAGGGAATAAATAAAAACATTAAGCAACCCACCGATCTTCGCTGACCATCTCCTTCTTCATTAGCAAGAAGCAAATCTTGTGGTGATATTTCTGCAACCATCTGCAAAATAAAGCACGAAAAATTAAGGA

マーカー_14329(配列番号126);C→A
TTTGATATGCAATCAACTAACCAAATCAGAATTCAATGCATTCTGATAAATTTCTTCAATATCGTGCATCAATTCGACATCATATTTTGACAGTGATGCTACCTTTTTAGCCGTATTTCGGAAAAATATGAATTCAACCAGCTGCGTCCCAAATTTAAGGCTGTAGCAAGTCCAGCAACAACCAGCCCTACAACTGAAAATTCTAAAAACTGGTTCACGTGCTTATCATTAATAATTTCAACACTATCACTATCTCCACATGAACTTGATCGATTATAATTTAGTAGAACTGAAAAAAA

マーカー_56169(配列番号127);T→G
ACAAATTCGTTTTAATATTGGATTACATTGAAATTGCTGAAATAAAGTGGAAATATTGAAAAGCATTTTACAATATTTGTTAACAACATTATATTTAAAGAATATACACCTTGGTTTAAATGGTAAAATAATCTCAAGAATTTTCATTAGTTAATTTTTTTTTATTTATTTATATTCACAAAAAATTGTAAAAGAAAACAAAAACAACAATAATAACGGTGACAACAACAACAATAATAATAACAAAACTATTTGTTGTGATTTTGCAGCATTGATGTAGTGGGGATCTTTTGGAGCGA
多形性部位での各々のSNP(配列番号110〜127)についての遺伝子型頻度を表1に示す。一つの解析では、感受性の個体の遺伝子型の相違を、確証された耐性の個体と比較した。第二の解析では、感受性の個体の遺伝子型の相違を、分類された確証された耐性およびLOEの個体と比較した。
Figure 0006934483
キットおよび方法
本発明の実施形態では、本発明のプローブは、キットとして使用者に提供されてもよい。本発明のキットは、1つ以上の本発明のプローブを含んでもよい。例えば、キットは、本明細書に開示されるフラグメントのうちの1つにおけるSNP位置で線虫の遺伝子型を決定することができるプローブを備えてもよい。このキットはさらに、1つ以上の試薬、緩衝液、パッケージング材、このキットを用いるための説明書およびこのキットの構成要素を保持するための容器を備えてもよい。
本発明のプローブは、本明細書に開示されるフラグメント中の1つ以上の特定の位置(例えば、多形性部位)で線虫の遺伝子型を決定するために核酸サンプルと結合するかまたは会合可能である1つ以上の分子であってもよい。例えば、プローブを用いて、野性型または代替的なヌクレオチドが、本明細書に開示されるフラグメントの1つ以上のSNP位置に存在するかを決定してもよい。例示的なプローブは、核酸分子であっても、またはオリゴヌクレオチドであってもよい。例示的なプローブは、標識(単数または複数)を備えてもよい。例示的な標識としては放射性標識、酵素標識および/または蛍光標識が挙げられる。
プローブまたはプライマーとして用いられるオリゴヌクレオチドは、本発明の状況での使用に適切である任意のサイズ、形状および組成を含んでもよい。好ましくは、本発明のオリゴヌクレオチドは、DNA、RNA、合成ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、改変されたヌクレオチド、またはこれらのうちの1つ以上の組合せを含んでもよい。一実施形態において、本発明のオリゴヌクレオチドは、ロックド核酸および/またはペプチド核酸を含んでもよい。
本発明の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも5、少なくとも10、少なくとも15、少なくとも20、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、少なくとも55、少なくとも60、少なくとも65、少なくとも70、少なくとも75、少なくとも80、少なくとも85、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも100、少なくとも125、少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、少なくとも250、またはそれよりも多いヌクレオチドの配列を含んでもよい。
本発明の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、限定するものではないが、1種のプライマーまたは2種以上のプライマー、例えば、プライマー対、例えば、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み得る。
プライマーは、DNA複製を開始するために用いられ得るオリゴヌクレオチドであってもよい。典型的には、プライマーは、約10、約15、約20、約25、約30、約35、約40、約45、約50、約55、約60、約65、約70、約75、約80、約85、約90、約95、約100またはそれよりも多いヌクレオチドであり得る短いオリゴヌクレオチドである。
プライマーは、遺伝子の特定の位置で線虫の遺伝子型を検出するためのアプローチの一部として用いられ得る。例えば、プライマーは、サザンブロット、シークエンシング、HRM(高解像度融解)またはSSCP(一本鎖高次構造遺伝子多型)などによるその後の解析のための、PCR、RT−PCRおよびqRT PCRなどのDNA増幅において有用であり得る。
本明細書において用いる場合、「アプタマー」とは、特定の分子標的に結合する核酸分子またはペプチド分子であり得る。例えば、溶液中で、ヌクレオチドの鎖は、アプタマーを折り畳んで複雑な三次元の形状にする分子内相互作用を形成し得る。このアプタマーの形状によって、アプタマーが、この標的分子の表面に対して固く結合することが可能になる。ヌクレオチドおよびアミノ酸の配列に対して存在する分子形状が多様なので、アプタマーは、核酸分子、酵素、膜タンパク質、ウイルスタンパク質、サイトカイン、成長因子、および免疫グロブリンなどが挙げられるが、これらに限定されない、広範囲のアレイの分子標的に対して得られ得る。
本発明のプローブは、当業者に公知の標準的な技術に従って調製され得る。例えば、プローブは、合成的に、組換え的に作製されてもよいし、または天然の供給源から単離されてもよい。一実施形態において、この供給源は、生物学的供給源、例えば、微生物(例えば、細菌またはウイルス)、動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヤギ、またはヒト)、または植物由来であってもよい。
本発明の状況では、「プローブ」とは、1種のプローブまたは2種以上のプローブを意味し得る。1種以上のプローブが本発明の方法で同時に用いられてもよい。プローブの設計および生成は当該分野では公知である。一般に、プローブは、組換え的に、合成的に作製されてもよいし、または天然の供給源から、例えば、細胞、動物もしくは植物から単離されてもよい。しかし、当業者は、プローブ作製は、問題になっているプローブの種類に依存し得ることを理解しよう。好ましいプローブとは、フルオロフォア(fluoroflor)または色素を有するかまたは有さない、核酸分子(例えば、プライマー)であり得る。プローブは、フルオロフォアを有し、クエンチャーまたは別のフルオロフォア(例えば、FRET解析用)を有するかまたは有さない、直線状であるか、またはヘアピンの形態であってもよい。プローブはまた、DNA(またはタンパク質)配列を特異的に認識する抗体であってもよい。もう一方のプローブは、RNA分子に基づいていてもよい。何が好ましいかは、安定性、費用、使用の容易性などの技術的な考慮点に依存し得る。
本発明の実施形態では、本発明のプローブは、使用者にキットとして提供され得る。本発明のキットは、本発明の1つ以上のプローブを含んでもよい。
方法およびキットの使用
本発明の方法およびこの方法を行うためのキットは、研究、医学および産業上の用途を有し得る。本発明は、感染した動物におけるイヌ糸状虫の管理において、およびある地域におけるML耐性線虫D.イミティスの検出において広範な用途を見出している。本発明の代表的な、非限定的な用途としては、予防法または治療法のためのMLの通常の用量に対して感受性でないD.イミティスの個体または集団の存在の検出、定量および/または診断などが挙げられる。一実施形態では、本発明の核酸分子を検出および定量する能力は、MLに対する応答性が低下した線虫D.イミティスに感染した動物用に化学療法レジメンを変更するように、開業獣医師に指示を与える限りにおいて有用である。ML耐性線虫D.イミティスの同定によって、治癒を達成するためおよび/または耐性株の広がりを最小限に抑えるために、代替的薬剤(単数または複数)、例えば、成虫駆除剤(例えば、ヒ素ベースの薬剤)、ジエチルカルバマジン、テトラサイクリンなどの抗生物質、およびこれらのうちの1つ以上の組合せなどを含み得る療法へML療法単独から切り換えるように、獣医師に指示が与えられ得る。代替的に、獣医師は、ML耐性線虫に感染した動物の治療において、MLの、および/またはMLを用いる治療レジメンの、用量を調整してもよい。ML予防薬のための典型的な推奨される用量の割合としては、例えば、イベルメクチンについて6μg/kg;ミルベマイシンオキシムについて500mg/kg;モキシデクチンについて3μg/kg(月1回);およびセラメクチンについて6mg/kgが挙げられる。獣医師は、線虫ディロフィラリア属種例えば、ML耐性線虫D.イミティスに感染した動物を治療するのに適切な任意の組合せで上記の治療法および療法のうちの1つ以上を組み合わせてもよい。例えば、獣医師は、こうした動物をヒ素ベースの薬剤などの成虫駆除剤で治療し、次いで、MLまたはジエチルカルバマジンなどのミクロフィラリア駆除剤を続けてもよい。
一例において、ヒ素ベースの薬剤は、ML耐性線虫D.イミティスに感染した動物を処置するために用いてもよい。ヒ素ベースの薬物としては、限定するものではないが、メラルソミン二塩酸塩が挙げられる。メラルソミン二塩酸塩は、例えば、2.5mg/kgの用量で、24時間間隔で、2回用いてもよい。これは、第1の治療に対する反応性ならびに動物の状態、年齢、および用途に依存して、4カ月間繰り返してもよい。しかし、当業者は、投与量が、感染の重症度に依存して変化し得ることを理解しよう。例えば、重症(クラス3)の疾患を有するイヌなどの感染した動物に、1用量を投与して、2〜3カ月間回復させた後に、2用量の完全なセットを与えてもよい。
別の状況では、ジエチルカルバマジンを、ML耐性の線虫D.イミティスに感染した動物を処置するために用いてもよい。ジエチルカルバマジンは、例えば、動物の体重1ポンドあたり25〜50mgの用量で用いられてもよい。投与の期間は、治療されている状態、投薬に対する応答性および何らかの有害作用の発生に依存し得る。
別の状況では、抗生物質を、ML耐性の線虫D.イミティスに感染した動物を処置するために用いてもよい。該抗生物質としては、限定するものではないが、テトラサイクリンが挙げられる。D.イミティス中のウォルバキア(Wolbachia)内部共生体を標的とする、ドキシサイクリンなどのテトラサイクリンを、例えば、10mg/kg/日の用量で40日間用いてもよい。
さらなる状況では、別の駆虫剤を用いてもよい。こうした他の駆虫剤としては、限定するものではないが、アカシアシドが挙げられる。アカシアシドは、例えば、10mg/kg/日の用量で7日間用いてもよい。
別の実施形態では、上述の遺伝子型を用いた線虫D.イミティスの集団の検出によって、感染しやすい動物、例えば、イヌを保護するための予防法として、ジエチルカルバマジンなどの代替的薬剤の使用が指示され得る。
一つの状況では、ジエチルカルバマジンは、動物を、ML耐性の線虫D.イミティスに感染するのを防ぐために用いてもよい。これに関して、ジエチルカルバマジンは、例えば、動物の体重1ポンドあたり3mgの用量で1日1回用いてもよい。
別の実施形態では、本発明のキットは、市販の製品として、ML耐性線虫D.イミティスの検出において有用であり得る。こうした製品は、限定されるものではないが、獣医師、医師、ペットの飼い主、農業家、動物園管理人、疫学者、またはそれら製品を必要としている別の消費者による使用に適切であり得る。
本実施例は、ある実施例を例示する目的であって、限定を示すとして解釈されるべきではない。
実施例1−本研究で用いられるD.イミティス寄生生物の感受性およびLOEの集団
これらの研究で用いられるD.イミティスの種々の感受性およびLOEの集団を下に記載する。
a.米国、ミズーリ州由来の感受性の単離体。35匹のD.イミティスの成虫種を、ミズーリ州の動物収容所由来の2匹のイヌから入手した。動物収容所以前のそのイヌの履歴は不明である。イヌは、その後は処置されなかった。D.イミティス単離体は、MLイヌ糸状虫予防薬に感受性であると考えられた。
b.スペイン、グランカナリア由来の感受性単離体。71匹のD.イミティスの成虫標品を、グランカナリアのシェルター由来の12匹のイヌから得た。イヌは、MLイヌ糸状虫予防剤には決して暴露されておらず、イヌ糸状虫予防は、グランカナリアのこの地域では行われていない。
c.ウィンワード諸島、グレナダ由来の感受性単離体。10匹のD.イミティスの成虫標品を、グレナダ由来の2匹のイヌから得た。イヌは、MLイヌ糸状虫予防剤が行われていない、この島の貧困な遠隔地域から採用した。
d.イタリア由来の感受性単離体。6匹のD.イミティス成体標品を、北イタリアのポー盆地から入手した。この地域のイヌのD.イミティスの血清陽性率は、約60〜70%であると報告されている。MLイヌ糸状虫予防薬は、通常この地方ではイヌに与えられている。しかし、イタリアではLOE(有効性の喪失(loss of efficacy))の報告はない。
e.有効性の喪失(Loss of efficacy)(LOE)単離体ケース1。ミクロフィラリア(mf)は、以前に記載されたイヌ(Bourguinatら;WO2011/120165を参照のこと)から単離した。イヌは、約31kgと秤量された、2006年2月生まれの雄の去勢されたラブラドールの雑種であった。彼は、Boudreaux Rescue Crew,New Orleansが収集したNew Orleans, Louisiana,U.S.A.由来の救助犬であって、その後、カナダに移送されて、ここで2008年1月に採用された。
このイヌは、2008年6月6日(1日目)に、オンタリオ州ウェランドにあるMain West Animal Hospital(MWAH)に検査のために連れてこられた。このイヌから採取した血液を試験したところ、イヌ糸状虫抗原試験(PetChek(登録商標)PF(IDEXX Laboratories、メイン州、ウェストブルック))で陽性を示し、D.イミティスのミクロフィラリアを含んでいた。2008年6月11日(6日目)に、最初の検査(血液検査、胸部ラジオグラフ、健康診断、尿検査)を行った。聴診により、肺内の気管支肺胞音における軽度の増大およびグレードIII−IV/VIの心雑音が認められた。残りの身体検査では、特に異常はなかった。胸部ラジオグラフィーにより、右側の心臓の中程度の拡大および背尾側肺野における間質性の肺パターンが明らかになった。これらの検査により、クラス2の心イヌ糸状虫症の診断が示された。
2008年6月11日(6日目)に、2.5mg/kgの筋肉内メラルソミン二塩酸塩(Immiticide(登録商標)、Merial Inc.)を用いた成虫駆除剤処置を開始した。この処置に続き、7月9日および7月10日(34日目、35日目)に、2.5mg/kgのメラルソミン二塩酸塩を用いた2回の筋肉内処置を続けた。その後90日にわたり、循環しているmfを排除するために、イヌにミルベマイシンオキシム(MO)で1回、IVMで2回の治療を行った(表2を参照のこと)。成虫駆除剤の最終投与の4カ月後、159日目および160日目に、イヌを再度、2.5mg/kgのメラルソミン二塩酸塩を筋肉内で用いて処置した。その後の診断試験および殺マイクロフィラリア処置については、表2にまとめている。イヌの治療期間中に、DiroChek(登録商標)(Synbiotics Corporation、カリフォルニア州サンディエゴ)およびPetChek(登録商標)PF(IDEXX Laboratories、メイン州、ウェストブルック)(マイクロウェルELISA試験である)、ならびに、診療所内での迅速な使用のために設計された膜形態の試験である、SNAP(登録商標)PF(IDEXX Laboratories、メイン州、ウェストブルック)を含む、数種類のイヌ糸状虫抗原試験を行った(表2を参照のこと)。
Knott試験を行うために、9mlの2%ホルマリンおよび1mlの血液(EDTA中に採取された)を遠心管内で混合した。LW Scientific EZ Swing SK遠心分離機内で、3000rpm(604m/s)で5分間遠心処理を行った。この上清液を捨てた。遠心管の底にあるペレットに0.1%のメチレンブルー溶液を1滴添加して、混合し、染色された混合物のうちの1滴を顕微鏡下でD.イミティスのミクロフィラリアについて検査した。表2は、この試験がいつ行われ、ミクロフィラリアのレベルがいつ決定されたかを示している。
イヌは以下のとおり処置した。2008年7月におけるメラルソミン二塩酸塩の3用量の最終投与2日後(すなわち、37日目)、このイヌは、成虫のイヌ糸状虫の死と一致する一時的徴候(直腸温上昇、嗜眠、咳、肺音増大)を示した。41日目に開始して、これらの徴候を、プレドニゾン(Apo−Prednisone;Apotex、カナダ、オンタリオ州、トロント)、1.3mg/kg、1日2回で6日間管理した。74日目に経口で0.74mg/kgのミルベマイシンオキシム(MO)、95日目に経口で50ug/kgのIVM、および125日目に経口で200ug/kg(4×通常のミクロフィラリア用量)のIVMの投与後、このイヌは、継続的にミクロフィラリア症のままであった。メラルソミン二塩酸塩の第2の治療レジメン(159日目および160日目)の6週間後、207日目に、Knott試験では依然として陽性であり、そのため、このイヌに、経口で200μg/kgのIVMを用いて再び処置を行った。1カ月後、242日目に、D.イミティス抗原試験は陰性であり、これにより、このイヌに成虫はいないことが確認された。しかし、このイヌは、依然としてミクロフィラリア症であった。したがって、243日目に開始して、このイヌに、0.74mg/kgのMOを経口で2週間に1回、計4回投与した(表2を参照のこと)。これにもかかわらず、298日目に、このイヌはミクロフィラリア症のままであった。したがって、298、312、326、340および354日目に、1.1mg/kgのMOを経口で投与した。356日目に、このイヌから血液を採取して検査した:ミクロフィラリアは依然として存在しており、かつD.イミティス抗原試験は依然として陰性であった。375日目に、血液サンプルを、Animal Health Laboratory、University of Guelph(AHLUG)に送付した:ミクロフィラリアは、6530mf/mlであり、抗原試験は依然として陰性であった(表2を参照のこと)。結果として、384日目に開始して、このイヌに、2.0mg/kgのMOを経口で1回1日、7日間投与した。420日目に、このイヌは、355mf/mlのミクロフィラリアを有していた。420日目に、このイヌに、経口で2.0mg/kgのMOで再び治療を行い、これを1日1回、8日間継続した。この第2の高用量レジメンにもかかわらず、480日目に、依然としてイヌ糸状虫抗原試験で陰性反応を示したまま、このイヌは、1810mf/mlのミクロフィラリアを有していた。
血液を706日目にイヌから採取して、プールしたミクロフィラリアからDNAを単離した。
Figure 0006934483
Figure 0006934483
f.LOE単離体ケース2。約9000のプールしたmfを、Interceptor(登録商標)を用いて2004〜2008年に処置した、バージニア州メカニックビルのイヌから入手した。2008年5月には、イヌは、イヌ糸状虫抗原陽性であって、緩徐な殺傷処置のためにHeartgard Plus(IVM/PYR)に入れた。2008年には、イヌはやはりイヌ糸状虫抗原に陽性であって、やはりミクロフィラリア症であった。医師Blagburn(オーバーン大学)のインビトロアッセイで:mfに感受性であるLD95濃度では、10.5%殺傷しただけであり、2×LD95は、mfの13.6%を殺傷した。
g.LOE単離体ケース3。プールされたmfは、インビトロのイベルメクチン感受性アッセイ由来の低応答者mfから入手した。このイヌは、MLイヌ糸状虫予防薬処置をされていたので選択された、ルイジアナ州モンローの自然に感染した、依頼人の飼育している動物であった。獣医は、コンプライアンスは問題ではないと確信した。患者の記録によって、家庭の標的の動物の数および体重に基づいて、適切な量の生成物が依頼人に提供されたことが示された。このイヌは、MLイヌ糸状虫予防下にあったという事実にかかわらずミクロフィラリア症であった。
h.LOE単離体ケース4。プールしたmfは、下記のような履歴を有するイヌから入手した。この野良犬は、米国、テネシー州、ヘイウッドカントリーに由来し、2011年1月21日に地方の診療所でイヌ糸状虫抗原陽性が示された。このイヌは2011年1月26日に去勢された。2011年2月1日に、ドキシサイクリン(200mgを経口的に1日2回)およびプレドニゾン(15mg錠剤を経口的に1日おき)の治療を開始して、30日間続けた。2011年の2月3日、3月3日および3月4日に、メラルソミン二塩酸塩(Immiticide)(2.5mg/kg)の注射を与えた。2011年の2月2日、3月3日および4月1日に、経口用量のミルベマイシンオキシム(Interceptor)(11.5mg/錠剤)を与えた。2011年4月5日に、Knottの試験を行って、陽性であった;イベルメクチンを、0.26mg/kgの用量で皮下に投与した。2011年4月11日に、Knottの試験は再度陽性であった;イベルメクチンを、0.39mg/kgの用量で皮下に投与した。Knottの試験を、2011年の4月19日および26日に再度行い、両方とも陽性であった。2011年5月2日には、Knottの試験は再度陽性であって、血液のスメアはミクロフィラリアを示した;Advantage Multi(登録商標)(2.5%のイミダクロプリド、10%のモキシデクチン)をこのイヌに投与した。2011年5月5日に、血液スメアは、ミクロフィラリアに陽性であって;この時点で、ミクロフィラリアを収集した。繰り返した成虫駆除剤処置によってそのイヌには成体の寄生生物がないという仮定につながった。2011年6月11日には、200mgのジエチルカルバマジンをこのイヌに投与した。この処置の副作用は注記されなかった。7日内に、血液スメアでmfがないことが示された。このイヌは、2011年8月18日に引き取られて、マサチューセッツ州に移動された。
i.LOE単離体ケース5。プールされたmfは、米国ルイジアナ州ウエストモンロー由来のイヌから得た。これは、獣医のイヌであった。この病歴によって、ミルベマイシンオキシムのコンプライアントな使用が示され、2008年の9月25日にイヌ糸状虫抗原試験陽性およびmfが血液中でみられるまで、毎年の検査ではいくつかのイヌ糸状虫抗原試験で陰性であった。インビトロのミクロフィラリア感受性アッセイを2008年11月19日に行った(B.Blagburn laboratory,アラバマ州、オーバーン大学)。アッセイの結果、薬物耐性生物が示された。蚊が、このもとのイヌから感染した血液サンプルを摂取した。L3幼生を用いて二番目のイヌを感染させた。感染の時点で、第二のイヌは、イベルメクチンの処置下であった。その後、毎週の間隔で、第二のイヌは、1用量の体重1kgあたり3μgのイベルメクチン、続いて11用量の体重1kgあたり6μgのイベルメクチン、続いて4用量の体重1kgあたり12μgのイベルメクチン、続いて8用量の体重1kgあたり24μgのイベルメクチン(第四投与後1週間の中断)を投与された。イベルメクチンによる毎週の投与の全期間の間、イヌは、mfについて陽性のままであった。ミクロフィラリアは、最後の処置の1週後および2週後に採取して、解析に用いた。
j.LOE単離体ケース6。このサンプルは、米国アラスカ州アール由来のイヌから得た二代目の寄生生物に相当する。もともとの単離体LOE−6のイヌは、2004年および2005年にミルベマイシンオキシムを、2006年および2007年にイベルメクチン/ピランテルを、そして2008年1月におよび2008年7月に開始してイベルメクチン/プラジカンテル/ピランテル(Iverhart Max(商標))を投与された。飼い主は、そのイヌは予防に従っていたと述べた。このイヌを試験したところ、2005年、2006年および2007年の年次診断ではイヌ糸状虫抗原は陰性であった。このイヌは、2008年11月4日の年次診断ではイヌ糸状虫抗原およびミクロフィラリア症に陽性であった。このイヌでのインビトロのミクロフィラリアアッセイ(アラバマ州、オーバーン大学、B.Blagburnの研究室)の結果によって耐性が示唆された。初代の血液を与えられた蚊に由来するL3幼生を用いて、Dog−LOE−6を2009年11月16日に実験的に感染させた。天然に感染されたイヌ由来の血液を与えられた蚊に由来するL3幼生(元の単離体LOE−6イヌ)を用いて、第一継代のイヌを2009年2月24日に実験的に感染させた。
実施例2−本研究で用いた寄生生物からのDNA単離
個々の成虫のゲノムDNAを、Qiagen(Qiagen Inc、カナダ、ミシサガ)のDNeasy(商標)キットで抽出した。個々のmfのゲノムDNA抽出は、QiagenからのQIAamp(登録商標)DNA Microキットを用いて抽出した。解析に十分なDNAを得るために、mfのDNAを、極めて少量のDNAから全ゲノムを増幅することを可能にする、QiagenのRepli−g(登録商標)キットを用いて増幅した。mfは、新鮮に採取した血液からポリカーボネート膜フィルターを通した濾過によって単離した。
実施例3−SNPのDNA配列決定、解析および特定
この目標は、感受性のイヌ糸状虫集団には存在せず、LOEのイヌ糸状虫集団中に存在する遺伝的変化(例えば、ヌクレオチドのバリエーション)を特定することであった。任意のLOE集団におけるヌクレオチドのバリエーションは、感受性の単離体から得られた参照ゲノムと比較して、陽性のSNPマーカーを示す。
最初に、上記の実施例2の文字付の段落a〜hで特定されたイヌ糸状虫集団由来のゲノム(ミズーリ州、グランカナリア島、グレナダおよびイタリア由来の感受性の単離体;LOE単離体ケース1〜4)を、Illumina(登録商標)のHiSeq2000システムを用いて配列決定した。表3は、各々の集団について配列決定した読み取りの数および塩基の数を示す。段落Iおよびjで特定したイヌ糸状虫集団由来の情報は表3には含まれていない(LOEケース5および6由来の耐性単離体)。
Figure 0006934483
ML感受性のサンプル(ミズーリ州、グランカナリア島、グレナダおよびイタリア由来の感受性の単離体)から作成されたデータを用いて、ゲノムをアセンブルし、次いでこれをこの計画の参照ゲノムとして用いた。4つの感受性集団由来の個々のフラグメントの全てをまとめてプールした。ベルベットアライナー(velvet aligner)ソフトウェア(http:www.molecularevolution.org/software/genomics/velvet)を用いて、ゲノムをアセンブルした。読み取りは、もし見られれば、アダプター配列を取り除く/切り取ることによってフィルタリングした。読み取りは、Q30で長さ32の塩基対を切り取られた。32塩基対の長さは、Alignerシードデフォルト値であって、読み取りの数は、このデフォルト値と一致した。表4は、この研究に用いられる参照ゲノムのアセンブリを表している。
Figure 0006934483
一旦、参照のイヌ糸状虫ゲノムを、感受性の単離体/集団の配列から入手し、次いで、LOE集団由来のゲノムを、参照ゲノムと比較して、相違および可能性のあるSNPを特定した。この解析の一部として、潜在的なSNPを含んでいる遺伝子座は、個々の感受性集団の間で(すなわち、ミズーリ州、グランカナリア島、グレナダおよびイタリア由来の感受性の単離体の間で)有意に異なることはなく、同様に個々のLOE集団の間(LOE1〜4)でも有意に異なることはないが、感受性の集団とLOE集団との間では有意に異なることが示された。この解析を行うために、PoPoolation2と呼ばれるソフトウェアプログラム(Koflerら.Bioinformatics 27:3435〜3436,2011;http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/24/3435)を用いた。このプログラムは、他のプログラム、例えば、Perl(http://www.perl.org/)、R(http://www.r−project.org/)、bwa、およびSamtoolsの使用を必要とした。最初に、同期化されたファイルを生成し、このファイルには、簡潔な方式で、塩基の質についてフィルタリングした後、参照ゲノム中のあらゆる塩基であらゆる集団についてのヌクレオチドの頻度を含んだ。PoPoolation2プログラムで生成した同期化したファイルは、各々の集団について遺伝子座上に詳細なヌクレオチドカウントの情報を含んだ。P値は、集団の間の全ての潜在的な比較についてフィッシャーの直接確率検定で作成した。ML耐性に関連する遺伝子座を特定するために、p値は、全ての感受性のサンプル内で、および全てのLOEサンプル内で同時に統計学的に有意でなく(>0.05)、全てのLOEサンプルに対して全ての感受性鎖の間で統計学的に有意である(<0.05)必要があった。338の遺伝子座がこれらの基準を満たしており、これには、10−5というp値を有する12の遺伝子座が含まれる。感受性とLOEサンプルとの間で統計学的に異なる各々の遺伝子座を含んでいる1000bpの隣接する領域を、Blast(BlastNおよびBlastX)によって、NCBI(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)中で、およびブロード研究所フィラリアゲノムデータベース(Broad Institute filarial genome database)(http://www.broadinstitute.org/annotation/genome/filarial_worms/ Blast.html)中で解析して、ミトコンドリアのWolbachiaまたはC.lupus familiarisのDNA中に位置する遺伝子座を除去した。極めて高い遺伝子多型(>2ヌクレオチドおよび/またはインデル)または低カバレッジ(<10×)を有するリード中に位置する遺伝子座は、さらなる解析から除去した。目的の各々の遺伝子座についてのヌクレオチドカウントを、プールした集団について個々に解析して、ヌクレオチド頻度の増大または低下が全ての感受性のサンプルについて、または全てのLOEサンプルについて同じ方向であったことを確実にする。この基準を最高に満たす遺伝子座を、個々の寄生生物に対してさらなる遺伝子型解析のために保持して、ML応答に関して特徴付けられた集団中の正確な対立遺伝子頻度を評価した。
これらの解析から、186個の遺伝子座が、感受性とLOEのサンプルとの間で有意に異なることが見出された。このアプローチは、プールされたサンプルの読み取りおよびヌクレオチド頻度に基づくので、これらの遺伝子座をさらに個々の(プールしてない)集団を用いて研究した(SNP遺伝子型決定)。この目的のために、Sequenom(登録商標)SNP頻度解析を用いた。下の表5は、この解析で用いたDNAの起源を示す。
Figure 0006934483
Sequenom(登録商標)解析は、多重PCRおよびMALDI−TOF質量分析に基づく。Sequenom(登録商標)解析を用い、425個の個々のサンプル(各々のパネル中に36〜38個のSNPを含む5つのパネル)を用いて186個の遺伝子座を評価した。各々のSNPマーカーについてのプライマー設計は、伸長プライマーが目的のSNPの前後の非多形性領域15塩基対中に配置されているという要件に基づく。全てのゲノムのコールは盲検で行われた(すなわち、サンプルの起源およびイヌの処置履歴は、この解析の間には未知であった)。全部で79050個の遺伝子型を解析した。186個の潜在的な遺伝子座から、109個は、有効性のML喪失について予想する技術的な利点を有することが観察された。感受性の集団は、野性型遺伝子型のうち90%超を保持したが、LOEの集団は、野性型遺伝子型の頻度よりも有意に低い遺伝子型であった。これらの109個の遺伝子座は、本明細書においては、配列番号1〜109として開示される。
実施例4−確証された耐性生物由来の追加のSNP
実施例1に記載されるようなLOEサンプルは、MLによるイヌの処置の履歴およびイヌ糸状虫生物の持続した存在のせいで、MLに耐性であると推定された。しかし、処置の履歴にかかわらず、寄生生物の真のML耐性に対する代わりの説明は、ML処置の飼い主のノンコンプライアンスである。従って、制御されたML処置条件下で研究を行って、イヌでのイヌ糸状虫生物の存在について潜在的な理由として、ML処置における飼い主のノンコンプライアンスの可能性を排除した。
有効性研究で用いたイヌ糸状虫生物は、米国、アーカンソー州、アールからJd2009として特定されたものに由来した。Jd2009は、毎日2004年および2005年にMOを、2006年および2007年にIVM/ピランテルを、そして2008年1月に2008年7月早期までIVM/プラジカンテル/ピランテルを投与された。Jd2009を試験したところ、2005年、2006年および2007年にはHW抗原は陰性であった。このイヌは、HW予防剤とコンプライアンスの履歴にもかかわらず、2008年4月11日にはイヌ糸状虫抗原陽性で、かつミクロフィラリア症であった。mfは、飼い主の同意によりこの時点でイヌから得てオーバーン大学に送り、ここで、遊走を測定するインビトロの濃度応答アッセイでIVMに対する感受性についてmfを試験した(Blagburn,B.,American Heartworm Society−第13回Triennial State of the Heartworm Symposium,2010)。これらのmfは薬物に完全に感受性であったD.イミティスの実験株に感染されたイヌから得られたmfよりもIVMに対して有意に感受性が低かった。このmfをオーバーン大学で用いて、蚊を感染させ、L3を生成し、これを用いてイヌJd2009−1を感染させ、このイヌが明らかな感染を発症した。このイヌ由来のmfは、インビトロの遊走アッセイで、Jd2009由来のmfとしてMLに耐性であることが示された。
Jd2009−1から回収されたmf由来のL3をオーバーン大学で用い、第二のイヌJd2009−2を感染させ、そのイヌを毎月、Heartgard Plus(登録商標)(0.006〜0.013mg/kg IVM)を用いて毎月9連続回処置した。成虫は回復され、このことは、Jd2009−2単離体が、IVM予防法に対して耐性であることを示している。第二の研究では、イヌに0日目にJd2009−2 L3をチャレンジして、5カ月連続して毎月Heartgard Plus(登録商標)(0.007〜0.009mg/kg IVM;Study 1b)で処置した。188日目の剖検では、有効性は71.3%であって、Jd2009−2単離体においてはIVM予防法に対する耐性が確認された。
別の研究では、イヌをProHeart6(登録商標)注射の180日後にL3でチャレンジした。注射後150日の剖検では、有効性は21.6%であって、これによってJd2009−2はまた、処置後180日間にわたり100%保護という宣伝文句を有する、MOXのProHeart6(登録商標)長時間作用性処方物に対しても耐性であることが示された。
別の研究では、確証されたIVM耐性単離体Jd2009−2を用いて、他のMLイヌ糸状虫予防法に対して耐性が伸展したか否かを決定した。推奨どおり毎月化学的予防として与えられる他のMLイヌ糸状虫予防法(MOX、MOおよびSEL)で完全に有効だったものはなく、すなわち、これらのイヌ糸状虫予防剤に対して4〜6匹のイヌの群のうち少なくとも1匹のイヌは、推奨どおり用いられたこれらのMLの各々での処置後にD.イミティスに感染された。
2匹のJd2009単離体由来の個々の生物体のDNAを用いた。RES−1と呼ばれる1つの群由来の個体のDNAは、上記のProHeart6(登録商標)研究の4匹のイヌに由来した。RES−2と呼ばれる別の群由来の個体のDNAは、上記のHeartgard Plus(登録商標)研究の6匹のイヌに由来した。
DNAは、115匹の成虫から単離し、79個のmfは、実施例2に記載のように、RES−1およびRES−2集団から単離し、実施例3に記載のとおり、Sequenom(登録商標)SNP頻度解析を用いて解析した。この解析から、18個の追加の遺伝子座(最初の186個の遺伝子座のうち)は、感受性とRESのサンプルとの間で有意に異なった。これらの遺伝子座は本明細書では、配列番号110〜127として開示される。
例示的な組成物、方法などが詳細な説明で例示されてきたが、そしてその詳細な説明が詳細に考慮されているが、本出願の意図を制限することも、本出願の範囲をいかなる方法で限定することもない。当然ながら、本明細書に記載される組成物、方法などを記述する目的で構成要素または方法論のあらゆる想像可能な組み合わせを記載することは不可能である。追加の利点および改変は、当業者には容易に明らかとなろう。従って、本開示は、示されかつ記載される特定の詳細、代表的な装置および例示的な実施例には限定されない。従って、本出願は、本出願の範囲内におさまる変更、改変およびバリエーションを含むものとする。さらに、先行する記述は、本発明の範囲を限定することは意味しない。そうではなく、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲およびその等価物によって決定されるべきである。

Claims (11)

  1. 線虫の核酸分子を、配列番号118の15〜300ヌクレオチド長の配列またはその逆相補体を有する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドと接触させることを含む、線虫ディロフィラリア・イミティス(Dirofilaria immitis)の遺伝子型を決定するための方法であって、前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドが、配列番号118の位置151に、多型性部位を含む、方法。
  2. 前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドが、配列番号118の15〜100ヌクレオチド長の配列またはその逆相補体を有し、かつ前記多型性部位を含む、請求項1に記載の方法。
  3. 前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドが、配列番号118の15〜50ヌクレオチド長の配列またはその逆相補体を有し、かつ前記多型性部位を含む、請求項1に記載の方法。
  4. 前記多型性部位での代替的ヌクレオチドの存在によって、前記線虫が、イベルメクチン、セラメクチン、ミルベマイシンオキシム、またはモキシデクチンから選択される大環状ラクトンに耐性である可能性が高いことが示される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
  5. 線虫から核酸分子を単離する工程を、線虫の遺伝子型を決定する工程の前に含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
  6. 前記線虫の遺伝子型が、DNAシークエンシング、対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドによるものを含むハイブリダイゼーションベースの方法、マイクロアレイ解析、酵素ベースの方法、一本鎖高次構造多型(SSCP)、高解像度融解(HRM)、またはPCR、RT−PCR、もしくはqRT−PCRに基づくアプローチによって決定される、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
  7. 線虫ディロフィラリア・イミティスの遺伝子型を決定するためのキットであって:
    配列番号118の位置151の多型性部位で線虫の遺伝子型を決定できる少なくとも第一のオリゴヌクレオチド、
    を備える、キット
  8. 前記オリゴヌクレオチドが、プローブ、プライマーまたはアプタマーである、請求項7に記載のキット。
  9. 前記線虫の遺伝子型が、DNAシークエンシング、対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドによるものを含むハイブリダイゼーションベースの方法、マイクロアレイ解析、酵素ベースの方法、一本鎖高次構造多型(SSCP)、高解像度融解(HRM)、またはPCR、RT−PCR、もしくはqRT−PCRに基づくアプローチによって決定される、請求項7または8に記載のキット。
  10. さらに、配列番号1〜113、115〜117、または119〜127の多型性部位で線虫の遺伝子型を決定できる少なくとも第二のオリゴヌクレオチド、
    を備える、請求項7から9のいずれか1項に記載のキット。
  11. さらに、線虫の核酸分子を、配列番号1〜113、115〜117、または119〜127の15〜300ヌクレオチド長の配列またはその逆相補体を有する少なくとも第二のオリゴヌクレオチドと接触させることを含み、前記少なくとも第二のオリゴヌクレオチドが多型性部位を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
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