JP6931418B2 - 画像処理方法、画像処理装置、ユーザインタフェース装置、画像処理システム、サーバ、および画像処理プログラム - Google Patents
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Description
例えば、ある一定数の細胞が特徴的な構造を形成する場合、その特徴的な構造を正確に表す特徴量を得るためには、小領域が一定数の細胞を含むように小領域のサイズが設定される必要がある。小領域のサイズが一定数の細胞全体のサイズに対して小さすぎる、または大きすぎる場合、特徴的な構造を正確に表す特徴量を小領域から算出することができない。さらに、どの程度の数の細胞が特徴的な構造を形成するかという知見が存在しないことがある。
本発明の一態様は、被写体を撮像した被写体画像を取得する工程と、前記被写体画像を複数の分割画像に分割する工程と、前記複数の分割画像の内、少なくとも一部の特徴量を算出し、該特徴量が前記被写体の外見的特徴を表す量である、工程と、前記特徴量に基づいて分割補助情報を作成する工程と、前記被写体の内的性質に関する管理パラメータを取得する工程と、を含み、前記分割補助情報が、前記被写体画像の分割方法の決定に用いられる情報であり、前記被写体画像の前記管理パラメータに対応する態様で表示される画像処理方法である。
この構成によって、軸上のプロットの分布に基づいて、分割画像のサイズが特徴量の算出に適しているか否かを判断することができる。例えば、外見的特徴が異なる複数の被写体が被写体画像に含まれている場合、分割画像のサイズが適切であるときには、個々の外見的特徴を反映した特徴量が算出されるため、特徴量間のばらつきは大きくなり、軸上のプロットの分布範囲は広くなる。一方、分割画像のサイズが不適切であるときには、分割画像のサイズが適切であるときと比較して、特徴量間のばらつきが小さくなり、軸上のプロットの分布範囲は狭くなる。
特徴量のヒストグラムの統計値は、ヒストグラムの幅または分散を表す統計値であることが好ましい。特徴量のヒストグラムの統計値に基づいて、分割画像のサイズが特徴量の算出に適しているか否かを判断することができる。例えば、外見的特徴が異なる複数の被写体が被写体画像に含まれている場合、分割画像のサイズが適切であるときには、個々の外見的特徴を反映した特徴量が算出されるため、特徴量間のばらつきは大きくなり、ヒストグラムの統計値は大きくなる。一方、分割画像のサイズが不適切であるときには、分割画像のサイズが適切であるときと比較して、特徴量間のばらつきが小さくなり、ヒストグラムの統計値は小さくなる。
この構成によって、分割画像と特徴量との比較が容易である分割補助情報を提供することができる。
この構成によって、特徴量と管理パラメータとの相関の有無および相関の程度を分布図から認識することができる。
この構成によって、被写体画像内の細胞群の外見的特徴に基づいて、当該細胞群の内的性質である増殖率、生存率または細胞数を推定することができる。
変更された分割方法で被写体画像を複数の分割画像に再度分割することによって、被写体の外見的特徴をより正確に表す特徴量を算出可能な分割画像を得ることができる。
この構成によって、外見的特徴が被写体のサイズと関連している場合に、あるサイズの分割画像から算出された特徴量と他のサイズの分割画像から算出された特徴量とを比較することで、外見的特徴をより正確に表す特徴量が算出される分割画像のサイズを特定することができる。
この構成によって、ユーザは、ユーザインタフェース装置を使用して分割補助情報を確認することができる。
この構成によって、ユーザがユーザインタフェース装置から送信した分割方法の変更の要求に従って、被写体画像の分割方法を変更することができる。
本発明の他の態様は、上記画像処理装置と、上記ユーザインタフェース装置とを備える画像処理システムである。
本発明の他の態様は、上記画像処理装置と通信ネットワークによって接続され、前記分割補助情報を受信および記憶するサーバである。
本実施形態に係る画像処理システム100は、図1に示されるように、培養容器4内で培養される細胞群(被写体)の画像を生成するモニタリング装置1と、モニタリング装置1から細胞群の画像を取得し細胞群の画像を処理する画像処理装置2と、ユーザによって使用されるユーザインタフェース(UI)装置3とを備えている。
プロセッサ6は、予め設定されたスケジュールに従って、または、画像処理装置2からの指示に従って、撮像デバイス5に撮像を実行させる。
メモリ10には、プロセッサ11に所定の処理を実行させるための画像処理プログラムが格納されている。プロセッサ11は、メモリ10から画像処理プログラムを読み出し画像処理プログラムに従って処理を実行することによって、分割補助情報を作成する。プロセッサ11が実行する画像処理および分割補助情報については後で詳述する。
UI装置3には、画像処理装置2から受信した分割補助情報を表示するための専用のアプリケーションソフトウェアがインストールされている。ユーザは、後述するように、このアプリケーションソフトウェアを使用して、分割補助情報をディスプレイ14に表示したり分割補助情報の変更の要求を画像処理装置2に送信したりすることができる。
さらに、システム100は、複数台の画像処理装置2と通信ネットワーク23によって接続されたサーバ30を備えていてもよい。通信ネットワーク23は、例えば、インターネット、イントラネット、LAN、WAN、またはこれらの組み合わせであり、無線および有線のいずれであってもよい。サーバ30は、例えば、インターネット上のクラウドサーバ、または、任意の場所に設置されたコンピュータである。
本実施形態に係る画像処理方法は、図3に示されるように、元画像を取得するステップS1と、元画像の管理パラメータを取得するステップS2と、管理パラメータを分類するステップS3と、元画像を複数の分割画像に分割するステップS4と、分割画像の特徴量を算出するステップS5と、特徴量に基づいて分割補助情報を作成するステップS6と、分割補助情報をUI装置3に送信するステップS7と、元画像の分割方法の変更を受け付けるステップS8と、変更された分割方法で元画像を複数の分割画像に再度分割するステップS9とを含む。
ステップS2,S3において画像処理装置2が取得および分類する管理パラメータは、1種類のみであってもよく、2種類以上であってもよい。1枚の元画像に対して、1種類当たり1個の管理パラメータが与えられる。
次に、ステップS8において、UI装置3からの元画像の分割方法の変更の要求が受け付けられる。
例えば、図6および図7の例において、特徴量の小さい側にクラスIのプロット42が偏って分布し、特徴量の大きい側にクラスIIIのプロット42が偏って分布している。このような場合には、特徴量が出荷時生存率と相関していると判断することができる。一方、クラスI,II,III間でプロット42の分布に差異が認められない場合には、特徴量が出荷時生存率と相関していないと判断することができる。
次に、ステップS9において生成された分割画像の特徴量が算出され(ステップS5)、分割補助情報が新たに作成され(ステップS6)、新たに作成された分割補助情報が画像処理装置2からUI装置3に送信される(ステップS7)。
分割画像が単一の細胞群を含むとき、配向のばらつきを最も明確に表す特徴量が算出される。したがって、複数の分割画像の特徴量間にばらつきが生じ、1次元分布図においてプロット42が広い範囲に分布する。
一方、分割画像が、相互に配向特性が異なる複数の細胞群を含むとき、複数の細胞群の配向のばらつきが平均化された特徴量が算出される。したがって、複数の分割画像の特徴量間のばらつきは小さくなり、1次元分布図においてプロット42が狭い範囲内に分布する。
培養期間中に細胞がN回分裂した場合、1個の細胞が2N個の細胞に増える。1枚の分割画像に少なくとも約2N個の細胞が含まれるように、元画像の最大分割数または分割画像の最小サイズが決定されてもよい。細胞の分裂回数Nは、培養時間から推定することができる。
この場合、ステップS5において、相互に異なる外見的特徴を表す第1の特徴量および第2の特徴量が算出される。2次元分布図において、第1の特徴量の大きさを表す軸41aと、第2の特徴量の大きさを表す軸41bが定義される。
ステップS12において、分割数は、ヒストグラムの半値幅が大きくなる方向に変更されることが好ましい。また、ステップS5,S10,S11,S12,S9の処理を繰り返しながら分割数とヒストグラムの半値幅とが対応付けられたテーブルが作成され、テーブルに基づいて、分割数の変更の方向および分割数が決定されてもよい。
ヒストグラムおよび半値幅は、分割数が変更される度にUI装置3に表示されてもよく、最終結果のみがUI装置3に表示されてもよい。
例えば、元画像全体から個々の細胞が抽出され、1個の細胞に対応する最小ユニットに元画像が分割され、相互に隣接する所定数の最小ユニットを結合することによって分割画像が生成されてもよい。また、最小ユニットの結合数を変更することによって、分割画像のサイズが変更されてもよい。
例えば、接着培養系でのiPS細胞の培養において、細胞生存率が、数十個の細胞の重層構造と相関することが確認されている。したがって、接着培養されたiPS細胞の生存率と特徴量との相関を調べる場合には、元画像の初期分割数が、各分割画像に数十個の細胞が含まれるような値に設定されてもよい。また、ステップS12において、数十個の細胞が分割画像に含まれる方向に、分割数が変更されてもよい。
この場合、サーバ30は、メモリ10およびプロセッサ11と同様に構成されたメモリおよびプロセッサを備え、モニタリング装置1およびUI装置3と通信ネットワーク23によって接続される。元画像はモニタリング装置1からサーバ30に送信され、サーバ30において上述した画像処理によって分割補助情報が作成され、サーバ30からUI装置3に分割補助情報が送信される。
多くの処理を必要とする画像処理を実現するためには、高い処理能力が要求される。画像処理を、サーバ30、特にクラウドサーバに担わせることで、画像処理システム100の簡素化および低コスト化を図ることができる。
2 画像処理装置
3 ユーザインタフェース装置
4 培養容器
5 撮像デバイス
6,11,15 プロセッサ
7,12,16 通信装置
8 筐体
8a 天板
10 メモリ
14 ディスプレイ
21,22,22,23 通信ネットワーク
30 サーバ
40 分割補助情報
41,41a,41b 軸
42 プロット
100 画像処理システム
A,B,C 元画像
A1〜A4,B1〜B4,C1〜C4 分割画像
Claims (17)
- 被写体を撮像した被写体画像を取得する工程と、
前記被写体画像を複数の分割画像に分割する工程と、
前記複数の分割画像の内、少なくとも一部の特徴量を算出し、該特徴量が前記被写体の外見的特徴を表す量である、工程と、
前記特徴量に基づいて分割補助情報を作成する工程と、
前記被写体の内的性質に関する管理パラメータを取得する工程と、を含み、
前記分割補助情報が、前記被写体画像の分割方法の決定に用いられる情報であり、前記被写体画像の前記管理パラメータに対応する態様で表示される画像処理方法。 - 前記分割補助情報が、前記特徴量の分布図を含み、該分布図において、前記特徴量の大きさを表す軸上に個々の前記特徴量を示すプロットが表示されている請求項1に記載の画像処理方法。
- 前記分割補助情報が、前記特徴量のヒストグラムに基づく統計値を含む請求項1に記載の画像処理方法。
- 前記分割補助情報が、各前記プロットと関連付けられた前記分割画像を含む請求項2に記載の画像処理方法。
- 前記管理パラメータをその大きさによって複数のクラスのいずれかに分類する工程を含む請求項2または請求項4に記載の画像処理方法。
- 前記被写体が、培養される細胞群であり、
前記管理パラメータが、前記細胞群の増殖率、培養終了後の所定時間経過時における前記細胞群の生存率、または、培養終了後の所定時間経過時における前記細胞群の細胞数である請求項5に記載の画像処理方法。 - 前記被写体画像の分割方法を前記分割補助情報に基づいて決定された分割方法に変更する工程と、
変更された分割方法で前記被写体画像を複数の分割画像に分割する工程とを含む請求項1から請求項6のいずれかに記載の画像処理方法。 - 前記分割方法を変更する工程において、前記分割画像のサイズが変更される請求項7に記載の画像処理方法。
- 前記分割補助情報をユーザインタフェース装置に送信する工程を含む請求項7または請求項8に記載の画像処理方法。
- ユーザインタフェース装置からの前記分割方法の変更の要求を受け付ける工程を含む請求項7から請求項9のいずれかに記載の画像処理方法。
- ユーザインタフェース装置に入力される前記分割方法に関する変更の要求を受け付ける工程と、
前記要求に基づいて変更された分割方法で前記被写体画像を複数の新たな分割画像に分割する工程と、を含む請求項1に記載の画像処理方法。 - 前記新たな分割画像から算出される特徴量に基づいて新たな分割補助情報を作成し、該新たな分割補助情報を表示する工程を含む請求項11に記載の画像処理方法。
- プロセッサを備え、
該プロセッサが、
被写体を撮像した被写体画像を取得する工程と、
前記被写体画像を複数の分割画像に分割する工程と、
前記複数の分割画像の内、少なくとも一部の特徴量を算出し、該特徴量が前記被写体の外見的特徴を表す量である、工程と、
前記特徴量に基づいて分割補助情報を作成する工程と、
前記被写体の内的性質に関する管理パラメータを取得する工程とを実行し、
前記分割補助情報が、前記被写体画像の分割方法の決定に用いられる情報であり、前記被写体画像の管理パラメータに対応する態様で表示される、画像処理装置。 - 請求項13に記載の画像処理装置と通信ネットワークによって接続され、前記画像処理装置から受信した分割補助情報を表示するディスプレイを備えるユーザインタフェース装置。
- 請求項13に記載の画像処理装置と、
請求項14に記載のユーザインタフェース装置とを備える画像処理システム。 - 請求項13に記載の画像処理装置と通信ネットワークによって接続され、前記分割補助情報を受信および記憶するサーバ。
- 被写体を撮像した被写体画像を取得する工程と、
前記被写体画像を複数の分割画像に分割する工程と、
前記複数の分割画像の内、少なくとも一部の特徴量を算出し、該特徴量が前記被写体の外見的特徴を表す量である、工程と、
前記特徴量に基づいて分割補助情報を作成する工程と、
前記被写体の内的性質に関する管理パラメータを取得する工程と、をコンピュータに実行させ、
前記分割補助情報が、前記被写体画像の分割方法の決定に用いられる情報であり、前記被写体画像の前記管理パラメータに対応する態様で表示される画像処理プログラム。
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