JP6883077B2 - 専門家会議をコンピュータを用いて支援する方法、支援装置、専門家会議を支援するためのコンピュータプログラム、支援システム。 - Google Patents
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Description
を実行させる。
1または複数のコンピュータ(図4のB15,B25,B35,C15,SP11,SP15)と、を備る。援装置(図4のA)の前記制御部(図5の100A)は、前記患者の遺伝子情報を解析する遺伝子パネル検査の検査結果を取得し、前記検査結果に応じた会議時間に基づいて前記専門家会議のスケジュールを設定可能な操作画面[図3(a)のダイアログUI51、図3(b)のダイアログUI52、図38(d)のダイアログUI55、図38(e)のダイアログUI56、図47(d)のダイアログUI57、図47(e)のダイアログUI58、図53(d)のダイアログUI60]を1または複数の他のコンピュータ(図4のB15,B25,B35,C15,SP11,SP15)に出力する。1または複数のコンピュータ(図4のB15,B25,B35,C15,SP11,SP15)は、操作画面[図3(a)のダイアログUI51、図3(b)のダイアログUI52、図38(d)のダイアログUI55、図38(e)のダイアログUI56、図47(d)のダイアログUI57、図47(e)のダイアログUI58、図53(d)のダイアログUI60]を取得し、表示する。
本発明のある実施形態は、専門家会議の円滑な運営を支援するため方法、支援装置、コンピュータプログラム、支援システムに関する。
はじめに、図1〜図3を用いて本実施形態の概要を説明する。
図1に、本実施形態における遺伝子パネル検査の流れを示す。
本発明において、図1に示すように、医療施設B1では、担当医H1aが、図1に示す支援装置A(以下、統合データ管理装置A)にアクセスし、専門家会議の開催を要請する(図1のV)。担当医H1aが、例えば、医療施設B1に備えられた専門家会議端末から統合データ管理装置Aにアクセスすると、遺伝子パネル検査において変異が検出された場合には、医療施設B1に備えられた専門家会議端末に図3(a)に示すダイアログUI51が表示される。図3(a)のダイアログUI51には、スケジュールの空き枠がある開催日と候補スケジュールを表示する候補スケジュール表示領域UI511が備えられている。候補スケジュールは、スケジュールの空き枠に応じて、1または複数表示されうる。候補スケジュール表示領域UI511には、開催日と、検査結果「変異有」に応じた会議時間であって、例えば「15:00−16:00」及び「14:00−15:00」の会議の開始時間と終了時間により60分間の所要時間であることを示す時間帯ラベルと、60分の所要時間を示すラベル「A」と共に表示されている。所要時間を示すラベル「A」は、本明細書において第1の所要時間であることを示すラベルである。
前記検体は新鮮組織、新鮮凍結組織、パラフィン包埋組織等から採取することができる。検体の採取は公知の方法にしたがって行うことができる。
核酸は、DNAであってもRNAであってもよい。
1.システムの構成
図4を用いて、遺伝子パネル検査の検査依頼をコンピュータにより管理するための管理システム1000(以下、単にシステム1000とする)の構成について説明する。システム1000に接続する医療施設は、複数存在し得る。ここでは3つの医療施設B1、医療施設B2、医療施設B3が接続している例を示す。システム1000は、医療施設B1に設置された臨床情報管理装置B10及び専門家会議端末B15と、医療施設B2に設置された臨床情報管理装置B20及び専門家会議端末B25と、医療施設B3に設置された臨床情報管理装置B30及び専門家会議端末B35と、を備える。臨床情報管理装置B10、専門家会議端末B15、臨床情報管理装置B20、専門家会議端末B25、臨床情報管理装置B30、及び専門家会議端末B35は、統合データ管理装置Aと通信可能に、有線または無線のネットワークを介して接続されている。臨床情報管理装置B10,B20,B30は、医療施設内における、検査依頼、検査結果、処方箋情報、食事情報、手術情報等のカルテ記載情報を統合的に管理する管理装置である。臨床情報管理装置B10,B20,B30はそれぞれ、電子カルテデータベース(電子カルテDB)B11,B21,B31と、検査画像データベース(検査画像DB)B12,B22,B32と、検査依頼データベース(検査依頼DB)B13,B23,B33と通信可能に、有線または無線のネットワークで接続されている。各医療施設の専門家会議端末B15,B25,B35は、統合データ管理装置Aから出力されるグラフィカルユーザインタフェースUIの表示や、専門家会議の開催の要請等に使用される。本実施形態において、臨床情報管理装置B10、専門家会議端末B15、臨床情報管理装置B20、専門家会議端末B25、臨床情報管理装置B30、及び専門家会議端末B35には、統合データ管理装置Aにアクセスするための専用のアプリケーションがインストールされている。
薬剤情報データベースF11の例として、例えば、CanDL(https://candl.osu.edu/)、Cancer Genome Interpreter (https://www.cancergenomeinterpreter.org/home)、CIViC (https://civicdb.org/home)、OncoKB(https://oncokb.org/)等を挙げることができる。治験情報データベースF21として、例えば、clinicaltrials.gov (https://clinicaltrials.gov/)、
FAERS(https://www.fda.gov/Drugs/GuidanceComplianceRegulatoryInformation/Surveillance/AdverseDrugEffects/ucm082193.htm)を挙げることができる。論文情報データベースF31として、例えば、PubMed(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)を挙げることができる。
2−1.統合データ管理装置のハードウエアの構成
図5に、統合データ管理装置A(単に、「管理装置A」ともいう)のハードウエアの構成を示す。
統合データ管理装置Aは、制御部100Aと、入力部106Aと、出力部107Aとを備える。
図6に、統合データ管理装置Aの制御部100Aの機能構成を示す。
統合データ管理装置Aの制御部100Aは、検査依頼受信部A1、検査依頼送信部A3、患者情報受信部A5、検査状況管理部A7、品質情報管理部A11、属性情報取得部A15、レポート取得部A17、検査依頼リスト出力部A19、スケジュール更新部A20、スケジュール出力部A21、患者情報出力部A23、会議内容受信部A25、会議内容出力部A27、マスターテーブル更新部A50、薬剤情報DBアクセス部A31、治験DBアクセス部A33、論文DBアクセス部A35、統合データベースOGを備える。統合データベースOG内には、マスターテーブルM、マスターテーブルMにリンクする各種データテーブル、及び専門家会議スケジュールデータベースSDB等が格納される。
図7に、マスターテーブルMの一例を示す。
マスターテーブルMには、患者の識別ラベルである「患者ID」を記録する領域と、検体の識別ラベルである「検体ID」を記録する領域と、検査依頼の識別ラベルである「検査依頼ID」を記録する領域と、遺伝子パネル検査の識別ラベルである「遺伝子パネルID」を記録する領域と、「患者氏名」を記録する領域と、「患者の性別」を記録する領域と、「患者の生年月日」を記録する領域と、患者のインフォームドコンセント情報である「患者の同意」を記録する領域と、「検査依頼日」を記録する領域と、担当医の識別ラベルである「医療関係者のユーザID」を記録する領域と、専門家会議を担当するグループラベルである「グループID」を記録する領域と、患者の臨床情報に関連する情報である「患者情報」を示す領域と、遺伝子パネル検査の結果に関する情報である「検査結果」を記録する領域と、検査結果の概要であって遺伝子変異の有無の情報と変異の数である「第1の属性情報」を記録する領域と、検査結果の概要であって遺伝子変異の種類とその変異の数に関する情報である「第2の属性情報」を記録する領域と、検体や検査の品質に関する情報である「品質情報」を記録する領域と、専門家会議を統率する事務局の識別情報である「事務局施設ID」を記録する領域と、専門家会議の「開催日時」を記録する領域と、検査結果に応じた会議時間を示す識別情報である「時間種別ID」と、所定の遺伝子変異の種別に応じて追加される会議時間の識別情報を示す「追加時間ID」が格納される。また、マスターテーブルMには、「時間種別ID」または「追加時間ID」に対応する時間、「時間種別ID」及び「追加時間ID」に対応する時間の合計時間が格納されてもよい。
マスターテーブルMに記録された情報、及びマスターテーブルMにリンクしたテーブルに記録された情報は、図4に示す医療施設B1,B2,B3の専門家会議端末B15,B25,B35、検査施設C1の専門家会議端末C15、外部施設SP1の専門家会議端末SP11,事務局専門家会議端末SP15から、検査依頼リストとしてまたは検査一覧からのリンクとして表示が可能である。すなわち、統合データ管理装置Aは、マスターテーブルMに記録された情報を検査依頼リストとして、各専門家会議端末に出力することができる。また、マスターテーブルMにリンクしたテーブルに記録された情報を検査依頼リストの対応項目に張られたリンクを介して、出力することができる。
図9に、統合データ管理装置Aから出力される表示情報を含む、グラフィカルユーザインタフェースUIの例を示す。
図9において、グラフィカルユーザインタフェースUIは、検査依頼リストを表示する検査依頼リスト表示領域UI1(単に、「検査依頼リストUI1」ともいう)と、表示日時を示す領域UI10を備える。検査依頼リストUI1は、個々の検査依頼を表示する個別検査依頼の表示領域UI3を備える。検査依頼リストUI1は、複数の個別検査依頼表示領域UI3を備え得る。検査依頼リストUI1には、個々の検査の依頼日、検査依頼ID、検査状況、患者情報、結果の属性情報、結果登録状況等を示す領域、レポートの出力状況を示す領域、専門家会議の設定状況を示す設定状況領域、専門家会議の開催日時を示す開催日時表示領域を備え得る。例えば、検査依頼ID領域には、個々の検査を識別するための検査依頼IDを示すラベルが、T01、T02、・・・・のように付されている。個々のIDには、例えば、マスターテーブルMに登録されている個々の検査依頼に関する情報へのリンクが張られている。患者情報領域には、「登録済」、または「未登録」のラベルが表示される。「登録済」のラベルにはマスターテーブルMに登録されている個々の検査依頼に紐付けられた患者情報へのリンクが張られている。結果の属性情報には、検査施設C1から送信された、第1の属性情報として変異が有るか無いかを示すラベル、変異の数を示すラベル、第2の属性情報として変異の種類を示すラベル、「アクショナブル変異」、「生殖細胞変異」、「その他」及びこれらの数を示すラベルが表示され得る。結果登録領域には、検査施設C1から送信された遺伝子パネル検査の結果がマスターテーブルMに登録されているか否かを示す「登録済」、「未登録」のラベルが表示され得る。設定状況領域は、会議が設定されているか否かを示す領域である。開催日時表示領域は、専門家会議が設定されると、そのスケジュールを表示する。専門家会議が設定されていない場合には、設定状況領域に「未設定」のラベルが表示される。担当医H1aは、医療施設B1の専門家会議端末B15において、患者P1の個別検査依頼表示領域UI3から、未設定のラベルを選択することにより、専門家会議のスケジュールを設定することができる。これにより、患者P1の遺伝子パネル検査の結果についての専門家会議の開催が要請される。
3−1.臨床情報管理装置のハードウエアの構成
図10に、臨床情報管理装置B10,B20,B30のハードウエアの構成を示す。
臨床情報管理装置B10,B20,B30は、汎用コンピュータであり得る。臨床情報管理装置B10,B20,B30のハードウエアの構成は、基本的には、統合データ管理装置Aと同様である。統合データ管理装置Aにおける制御部100A、入力部106A、出力部107A、CPU101A、メモリ102A、記憶装置103A、バス104A、I/F部105Aは、臨床情報管理装置B10,B20,B30において、制御部100B、入力部106B、出力部107B、CPU101B、メモリ102B、記憶装置103B、バス104B、I/F部105Bと読み替えるものとする。
図11に、臨床情報管理装置B10,B20,B30の制御部100Bの機能構成を示す。
臨床情報管理装置B10,B20,B30の制御部100Bは、検査依頼情報取得部1B、検査依頼情報送信部3B、患者情報送信要求受信部5B、患者情報送信部7B、電子カルテデータベース(DB)B11、検査画像データベース(DB)B12、検査依頼データベース(DB)B13を備える。電子カルテデータベース(DB)B11、検査画像データベース(DB)B12、検査依頼データベース(DB)B13は、臨床情報管理装置B10,B20,B30の外部にあって、通信可能に接続されていてもよい。
4−1.検査情報管理装置のハードウエアの構成
図12に、検査情報管理装置C11のハードウエアの構成を示す。検査情報管理装置C11は、汎用コンピュータであり得る。
検査情報管理装置C11は、制御部100と、入力部106と、出力部107とを備える。
核酸配列データ記憶装置300は、次世代シーケンサーC13によって取得された核酸配列データを記憶するコンピュータである。
図13に、検査情報管理装置C11の制御部100の機能構成を示す。
検査情報管理装置C11の制御部100は、検査依頼情報取得部11、検査状況管理部12、リード配列情報取得部1、配列決定部2、変異検出部3、属性情報取得部4、レポート生成部5、情報出力部14、フォーム選択部9、フォームデータベース17、品質情報取得部16、検査管理データベースQCD、付記情報データベースAPD、参照配列管理部102a、参照配列生成部102b、遺伝子パネル情報データベース121、参照配列データベース6、及び変異データベース7を含む。
5−1.医療施設の専門家会議端末のハードウエアの構成
図14に、医療施設B1,B2,B3に設置された専門家会議端末B15,B25,B35のハードウエアの構成を示す。
医療施設B1,B2,B3に設置された専門家会議端末B15,B25,B35は、汎用コンピュータであり得る。専門家会議端末B15,B25,B35のハードウエアの構成は、基本的には、統合データ管理装置Aと同様である。統合データ管理装置Aにおける制御部100A、入力部106A、出力部107A、CPU101A、メモリ102A、記憶装置103A、バス104A、I/F部105Aは、専門家会議端末B15,B25,B35において、制御部100X、入力部106X、出力部107X、CPU101X、メモリ102X、記憶装置103X、バス104X、I/F部105Xと読み替えるものとする。
ブラウザソフトは、DVDやUSBメモリなどの外部記憶媒体98Xからダウンロードして記憶装置103Xにインストールしてもよい。
制御部100Xは、I/F部105Xを介して、ネットワーク99に接続し、統合データ管理装置Aと通信する。
図15に、医療施設B1,B2,B3に設置された専門家会議端末B15,B25,B35の制御部100Xの機能構成を示す。
医療施設B1,B2,B3に設置された専門家会議端末B15,B25,B35の制御部100Xは、スケジュール設定部X1、スケジュール受信部X3、検査依頼リスト表示要求部X5、検査依頼リスト出力部X7、特定検査依頼リスト出力部X9、品質情報出力部X11、外部データベース(DB)情報出力部X13、リスト内リンク選択部X15、会議内容取得部X17、会議内容出力部X19を備える。
6−1.検査施設の専門家会議端末・外部施設の専門家会議端末のハードウエアの構成
図14に、検査施設C1の専門家会議端末C15及び外部施設SP1の専門家会議端末SP11のハードウエアの構成を示す。
図16に、検査施設C1の専門家会議端末C15の制御部100Y及び外部施設SP1の専門家会議端末SP11の制御部100Yの機能構成を示す。
7−1.事務局専門家会議端末のハードウエアの構成
図14に、事務局専門家会議端末SP15のハードウエアの構成を示す。
事務局専門家会議端末SP15は、汎用コンピュータであり得る。事務局専門家会議端末SP15のハードウエアの構成は、基本的には、統合データ管理装置Aと同様である。統合データ管理装置Aにおける制御部100A、入力部106A、出力部107A、CPU101A、メモリ102A、記憶装置103A、バス104A、I/F部105Aは、事務局専門家会議端末SP15において、制御部100Z、入力部106Z、出力部107Z、CPU101Z、メモリ102Z、記憶装置103Z、バス104Z、I/F部105Zと読み替えるものとする。
図17に、事務局専門家会議端末SP15の制御部100Zの機能構成を示す。
事務局専門家会議端末SP15の制御部100Zは、スケジュール受信部Z1、検査依頼リスト表示要求部Z3、検査依頼リスト出力部Z5、特定検査依頼リスト出力部Z7、品質情報出力部Z9、外部データベース(DB)情報出力部Z10、リスト内リンク選択部Z11、会議内容取得部Z13、会議内容出力部Z15、新規予約枠登録部Z17、スケジュール更新部Z19を備える。
図18から図21を用いて、遺伝子パネル検査の検査依頼のシステム1000の動作について説明する。
8−1.検査依頼の流れ
システム1000において、はじめに、腫瘍を保有する患者について医療施設B1,B2,B3から、遺伝子パネル検査の依頼が行われる。
マスターテーブルMの「検体ID」を示す列と、第1の検体ID入力領域UIa57及び第2の検体ID入力領域UIa58
マスターテーブルMの「遺伝子パネルID」領域と、検査種別入力領域UIa31
マスターテーブルMの「患者氏名」領域と、患者氏名入力領域UIa41
マスターテーブルMの「患者の性別」領域と、患者性別入力領域UIa42
マスターテーブルMの「患者の生年月日」領域と、患者生年月日入力領域UIa43
マスターテーブルMの「患者の同意」領域と、患インフォームドコンセント情報入力領域UIa35
マスターテーブルMの「検査依頼日」領域と、検査依頼日入力領域UIa51、
マスターテーブルMの「医療関係者のユーザID」領域と、担当医ユーザID入力領域UIa33
マスターテーブルMの「医療関係者の氏名」領域と、担当医名入力領域UIa32
マスターテーブルMの「事務局施設」領域と、事務局施設名入力領域UIa52。
図18のステップST61において取得された検査依頼に関する情報は、例えば、以下の対応関係で、検査管理テーブルLへ反映され得る。
検査管理テーブルLの「検体ID」を示す列と、第1の検体ID入力領域UIa57及び第2の検体ID入力領域UIa58
検査管理テーブルLの「遺伝子パネルID」領域と、検査種別入力領域UIa31
検査管理テーブルLの「患者氏名」領域と、患者氏名入力領域UIa41
検査管理テーブルLの「患者の性別」領域と、患者性別入力領域UIa42
検査管理テーブルLの「患者の生年月日」領域と、患者生年月日入力領域UIa43
検査管理テーブルLの「患者の同意」領域と、患インフォームドコンセント情報入力領域UIa35
検査管理テーブルLの「検査依頼日」領域と、検査依頼日入力領域UIa51、
検査管理テーブルLの「医療関係者のユーザID」と、担当医ユーザID入力領域UIa33。
遺伝子パネル検査は、検査情報管理装置C11が検査依頼情報を受信することで開始される。医療施設B1で採取された患者の検体が、検査施設C1に搬入されると、例えば検査施設C1の臨床検査技師T1が、検査情報管理装置C11の入力部106を介して、記憶装置103に格納された検査管理テーブルLの検査状況の領域に検体受領済みのラベルを入力する。検査状況を示すラベルの一覧は、図25に示す。検査状況のラベルは、検査の進捗に併せて、臨床検査技師T1により適宜入力され得る。検査情報管理装置C11は、この入力を受け付ける。このとき検査情報管理装置C11の制御部100は、検査状況管理部12として機能する(図13)。
図19のステップST68及びST69において、検査情報管理装置C11の制御部100は、品質情報取得部16として機能する(図13)。
以下、図25及び図26を用いて、変異解析の概要を説明する。変異解析の詳細は、米国公開特許第2019−156914号公報に記載の方法に従う。
図12、図13、及び図25を用いて、検査情報管理装置C11が、体細胞変異を検出するための制御部100の動作の例を示す。
図25のステップST202において、検査情報管理装置C11は、正常リード配列と腫瘍リード配列のそれぞれを参照配列にアラインメントする。このとき、検査情報管理装置C11の制御部100は、図13に示す配列決定部2として機能する。
図12、図13及び図26を用いて、検査情報管理装置C11が、生殖細胞変異を検出するための制御部100の動作の例を説明する。
検査情報管理装置C11は、図26のステップST303において、正常リードに参照配列との不一致がない(「No」)と判定した場合、ステップST307において、生殖細胞変異無しの判定を行い、処理を終了する。図26に示すステップST303からステップST306において、検査情報管理装置C11の制御部100は、図13に示す変異検出部3として機能する。
図12、図13、及び図28から図31を用いて、検査情報管理装置C11が属性情報を取得するための動作を説明する。
属性情報の第1の取得形態は臨床検査技師T1またはバイオインフォマティシャンT20が、臨床検査技師T1またはバイオインフォマティシャンT20が検査結果に基づいて、検査結果の概要を示す属性を判定し、図12に示す検査情報管理装置C11の入力部106から判定結果を入力することによって、検査情報管理装置C11がこの入力を受け付ける方法である。
属性情報の第2の取得形態は、検査情報管理装置C11が図25及び図26に示す処理により検出した変異に基づいて、属性情報を取得する方法である。図30〜図32を用いて、検査情報管理装置C11が属性情報を取得する処理を説明する。
図31では、第2の属性情報、すなわち変異の種類を判定する。
検査情報管理装置C11は、図25及び図26に示す処理により取得した検査結果の検査報告(レポート)を生成する。
サマリレポート領域Sは、患者、担当医師、遺伝子解析のエキスパート等に示され得る領域である。
図20に戻りシステム1000の動作の続きを説明する。
図20及び図21に示すシステムの動作は、統合データ管理装置Aと、医療施設B1の専門家会議端末B15,B25,B35、検査施設C1の専門家会議端末C15、専門家会議端末SP11、及び事務局専門家会議端末SP15との間の通信となる。
図34に、事務局専門家会議端末SP15が行う新しい会議開催日時の候補枠の記録処理を示す。事務局専門家会議端末SP15の制御部100Z(以下、単に「事務局専門家会議端末SP15」ともいう)は、会議スケジュールデータベースSDBに、統合データ管理装置Aが担当医から専門家会議の設定を受け付けるためのグラフィカルユーザインタフェースに表示する、新しい会議開催日時の候補枠の記録を行う。
図35(b)に、会議スケジュールデータベースSDBに記録される会議スケジュールの候補テーブルの別の実施形態である、候補スケジュールテーブルMS2の形態を示す。候補スケジュールテーブルMS2は、候補スケジュールが空き時間で管理される。候補スケジュールテーブルMS2には、担当医が属する専門家会議グループのグループIDを記録する欄と、専門家会議の事務局施設IDを記録する欄と、会議開催日時の候補枠を記録する欄と、専門家会議の所要時間に応じて設定状況を記録する欄と、会議開催日時の候補枠の割り当て時間[Total時間(分)]を記録する欄と、前記会議開催日時の候補枠内で会議が設定済の時間を記録する時間(min)と、前記会議開催日時の候補枠内の空き時間(min)を記録する欄とが設けられている。設定状況を記録する欄には、時間種別IDごとに記録欄が設けられている。
図36から図46を用いて専門家会議を設定するためのグラフィカルユーザインタフェースUI、図20に示すステップST40の検査依頼リスト出力処理、ステップST83の専門家会議の設定処理、及びステップST41のスケジュール設定処理の詳細について説明する。
図36には、専門家会議を設定可能な、グラフィカルユーザインタフェースUIの例を示す。検査依頼リストUI1の「設定状況」の領域には、専門家会議のスケジュールが設定されているか否かを示す「設定済」または「未設定」のラベルが表示されている。また、専門家会議のスケジュールが設定されている場合には、「開催日時」の領域に設定された日時が表示される。専門家会議のスケジュールが設定されていない場合には、「開催日時」の領域には「−」が示されている。
図37は、統合データ管理装置Aが、図36に示すグラフィカルユーザインタフェースUIの「設定状況」の欄に専門家会議を設定するためのダイアログへのリンクを表示する処理を示す。
図38を用いて、図20に示すステップST83における専門家会議設定処理の具体的なステップを説明する。
次に、図39を用いて、図20に示すステップST41のスケジュール設定処理の具体的なステップを説明する。
図39のステップST242における候補スケジュールの取得処理のバリエーションを示す。
図3、及び図39から図42を用いて、統合データ管理装置Aが出力処理の一実施形態を説明する。本実施形態は、遺伝子パネル検査において変異が検出されたか否かに応じて、候補スケジュールテーブルMSを使って候補スケジュールを出力する例である。
図41のステップST2411において、統合データ管理装置Aは、各患者について図7に示すマスターテーブルMに記録された第1の属性情報を取得する。統合データ管理装置Aは、次のステップST2412において、変異が有るか無いかを判定する。ステップST2412において変異がないと判定した場合(「Yes」の場合)、時間種別IDとして、図40(b)に示すラベル「B」を図7に示すマスターテーブルMの対応する患者の「時間種別ID」欄に時間種別IDのラベルとして付与し、これを記録する。
図42に示すステップST2451において、統合データ管理装置Aは、図40(c)に示す各候補スケジュールテーブルMSにおいて、担当医がスケジュールを選択した会議開催日時の候補枠に対応する受付可能数から数を1つ減らす。図42のステップST2452において、統合データ管理装置Aは、変更内容を記録し候補スケジュールテーブルMSを更新する。
図43から図46、及び図39を用いて、統合データ管理装置Aが出力処理の一実施形態を説明する。本実施形態は、遺伝子パネル検査において変異が検出されたか否かに応じて、候補スケジュールテーブルMS2を使って、候補スケジュールを出力する例である。
図44のステップST2461において、各患者について、統合データ管理装置Aは、図7に示すマスターテーブルMに記録された第1の属性情報を取得する。統合データ管理装置Aは、図44のステップST2462において、変異が有るか無いかを判定する。図44のステップST2462において変異が有ると判定した場合(「Yes」の場合)、ステップST2463において、時間種別IDとして、図43(b)に示すラベル「A」を図7に示すマスターテーブルMの対応する患者の「時間種別ID」欄に時間種別IDのラベルとして付与し、これを記録する。
統合データ管理装置Aは、図45に示すステップST901において、図43(c)に示す候補スケジュールテーブルMS2から空き時間を取得する。
図47から図49、図45及び図39を用いて、統合データ管理装置Aが出力処理の一実施形態を説明する。本実施形態は、遺伝子パネル検査において検出された変異数に応じて候補スケジュールを出力する例である。
図48のステップST351において、統合データ管理装置Aは、各患者について図7に示すマスターテーブルMに記録された第1の属性情報を取得する。取得する第1の属性情報には、変異数が含まれる。
統合データ管理装置Aは、図48のステップST352において、変異が有るか無いかを判定する。図48のステップST352において変異が無いと判定した場合(「Yes」の場合)、ステップST353において、時間種別IDとして、図48(b)に示すラベル「B」を図7に示すマスターテーブルMの対応する患者の「時間種別ID」欄に時間種別IDのラベルとして付与し、これを記録する。
図50から図52、図47、図45、図39及び図49を用いて、統合データ管理装置Aが出力処理の一実施形態を説明する。本実施形態は、遺伝子パネル検査において検出された変異の種類に応じて候補スケジュールを出力する例である。
図50(c)は、会議時間を追加するための例として、追加時間種別テーブルADを示す。追加時間種別テーブルADには、生殖細胞変異の有無を示す欄と、追加時間を示す欄と、追加時間の種別を識別するための追加時間IDを示す欄とが設けられている。例えば、生殖細胞変異が「有」の場合には、追加時間IDとして「C」が付与され、15分の追加時間が付与される。生殖細胞変異が「無」の場合には、追加時間IDとして「D」が付与され、追加時間は付与されない。本実施形態において、追加時間が付与される場合には、図50(b)の時間種別ID「A1」から「A4」に対応する会議時間に追加時間ID「C」に対応する追加時間を加算した時間が、第1の所要時間となり得る。
図51のステップST451において、統合データ管理装置Aは、各患者について図7に示すマスターテーブルMに記録された第1の属性情報を取得する。
統合データ管理装置Aは、図51のステップST452において、変異が有るか無いかを判定する。図51のステップST452において変異が無いと判定した場合(「Yes」の場合)、ステップST453において、時間種別IDとして、図51(b)に示すラベル「B」を図7に示すマスターテーブルMの対応する患者の「時間種別ID」欄に時間種別IDのラベルとして付与し、これを記録する。
統合データ管理装置Aは、図54に示すステップST911において、図53(c)に示す候補スケジュールテーブルMS3から空き時間を取得する。
上記(3−2)から(3−4)に示す会議開催日時の候補枠の空き時間に基づいて設定された会議スケジュールは、設定された会議の所要時間、優先度等に応じて、同一開催日内において開催順序を並べ替えてもよい。また、設定された会議がキャンセルとなった場合にも会議の開催順序を変更することができる。本実施形態によれば、同じ開催予定日内において開催順序を調整することができる。
図55と図56を用いて、会議の開催順序を調整するための一実施形態を説明する。
図55(a)には、上記(3−3)に示すパターン3の変異数に応じて会議時間が異なる場合における図7に示すマスターテーブルMの一部を示す。複数の患者について変異数の異なる第2の属性情報が記録されている。図55(b)には、時間種別テーブルTを示す。ここでは、上記(3−3)に示すパターン3の例を示しているが、本実施形態は上記(3−4)に示すパターン4でも実現可能である。ここでは、便宜上上記(3−3)に示すパターン3を例とする。
長い順に会議が開催されるようにソーティングする。
本実施形態では、患者の優先度に応じて、専門家会議の開催順序を調整する。
図57と図58を用いて、会議の開催順序を調整するための一実施形態を説明する。
図57(a)には、上記(3−3)に示すパターン3の変異数に応じて会議時間が異なる場合における図7に示すマスターテーブルMの一部を示す。複数の患者について変異数の異なる第2の属性情報が記録されている。図57(b)には、変異数に応じて各患者について設定された会議時間と、時間種別IDと、優先度を示す優先度IDを示す。専門家会議開催の優先度の高い患者、例えば遺伝子パネル検査において検出された結果が、「アクショナブル変異」である場合には、優先度が高いことを示すラベル「H」が付される。ここでは、上記(3−3)に示すパターン3の例を示しているが、本実施形態は上記(3−4)に示すパターン4でも実現可能である。ここでは、便宜上上記(3−3)に示すパターン3を例とする。
統合データ管理装置Aは、図20に示すステップST43の検査依頼リスト出力処理において、図59に示すように、検査依頼リストUI1に品質情報を出力してもよい。この品質情報は、遺伝子パネル検査において変異が検出されなかった場合、検体から適切に核酸が得られていたのか等の検体の品質に関する情報や、シーケンシングにおける反応に問題がなかったか等の検査の品質に関する情報を考慮した上で、図25に示すステップST208における体細胞変異無しの判定や、図26に示すステップST307における生殖細胞変異無しの判定が妥当であったか否かを、専門家会議において評価する必要がある。図59に示すグラフィカルユーザインタフェースUIの表示例は専門家会議において検体や検査の適性を検討する上で有用である。
統合データ管理装置Aは、専門家会議において検討の対象となる患者の検査依頼IDに対応するマスターテーブルM内の図60に示すステップST251において、図7に示すマスターテーブルMの「第1の属性情報」の領域に変異がなかったことを示す「変異無」のラベルがあるか否かを判定する。
専門家会議において、検査施設C1の臨床検査技師T1やバイオインフォマティシャンT20が主体となって、品質情報を元に遺伝子パネル検査の品質を評価する。
遺伝子パネル検査の結果、「アクショナブル変異」や「その他の変異」の第2の属性情報が付された場合には、変異が検出された遺伝子の種類や変異の部位等に応じて、専門家会議において、治療方法等に関する情報を外部データベースから検査する場合がある。
図63に、統合データ管理装置Aにおける外部データベースへのリンクの生成処理とリンクの出力処理を示す。
続いて、統合データ管理装置Aは、図63に示すステップST278において、選択されたラベルのリンク先を出力する。
専門家会議において、各参加者が外部データベースを参照する。
図20に示すステップST86及びステップST103において、専門家会議に各参加者が、図62に示す検査依頼リストUI1から外部データベースにアクセスする。
図18から図19に示すステップST21からステップST38、図30に示すステップST501から505、図31に示すステップST601からST610、及び図55に示すステップST321からステップST338;または図18から図21に示すST21からステップST47;図30に示すステップST501から505;及び図31に示すステップST601からST607;図37に示すステップ221及びステップST222;図39に示すステップST241からステップST245;図41に示すステップST2411からステップST2416;図42に示すステップST2451及びステップST2452;図44に示すステップST2461からステップST2468;図45に示すステップST901からステップST905;図46に示すステップST2471からST2474;図48に示すステップST351からステップST362;図49に示すステップST2481からステップST2484;図51に示すステップST451からステップST461、図52に示すステップST462からステップST466;図54に示すステップST911からステップST915;図56に示すステップST701からステップST705;図58に示すステップST711からステップST715;図60に示すステップST251からステップST255;図63に示すステップST271からステップST278は、遺伝子パネル検査の検査依頼を管理するためのコンピュータプログラムとしてコンピュータ上で実行されうる。
(1)検査依頼時のユーザ認証処理
上記8−1.の「検査依頼の流れ」において言及した図11に示す臨床情報管理装置B10の検査依頼情報取得部1Bが行う図18のステップST1の検査依頼処理の例を説明する。図65には、図18のステップST1のユーザ認証処理の流れを示す。
図18のステップST1の検査依頼情報を入力する際、依頼元施設の情報、担当医に関連する情報、専門家会議を統率する事務局に関する情報等は、あらかじめ、統合データベースOGに記録されていてよい。図65のステップST113において、図22に示すユーザインタフェースUIaにあらかじめ記録した依頼元施設の情報、担当医に関連する情報、専門家会議を統率する事務局に関する情報等に関する情報を対応する領域に出力してもよい。
図7に示すマスターテーブルMにおいて、「検査依頼ID」は、検査依頼を受け付けた施設が保有する発番システムが個別に発番してもよく、もしくは、検査依頼を受け付けた施設の担当者が任意に発番してもよい。
図21に示すステップST45において、統合データ管理装置Aは、ユーザID、グループID、役割IDに応じた、図4に示す検査依頼リストUI1へのアクセス権限を設定し、前記IDに応じてマスターテーブルMに格納された個別検査依頼表示領域UI3について表示を制限することができる。また、一つの個別検査依頼表示領域UI3について検査依頼リストUI1に表示する各領域についても、アクセス権限に応じて表示を変更することができる。
図9に示す検査依頼リストにおいて、属性情報は、属性情報ごとに識別可能に歩湯辞されてもよい。識別可能とは、例えば、属性情報ごとにラベルの表示色を変えて表してもよい。また、属性情報は、「A」、「G」、「O」等のアルファベット等の識別記号で表されてもよい。表示例は、図9において符号SMで表す。
検査依頼リストにおいて、各属性情報に対してあらかじめ優先度を設定して、属性情報の優先度に応じて検査依頼シストを表示させてもよい。
図38に示すステップST235では、担当医H1aがスケジュールを選択する例を説明した。しかし、別の実施形態として、例えば、遺伝子パネル検査の結果が出る前に、担当医H1aが、図3(a)に示すダイアログUI51、図3(b)に示すダイアログUI52、図38(d)に示すダイアログUI55、図38(e)に示すダイアログUI56、図47(d)に示すダイアログUI57、図47(e)に示すダイアログUI58、または図53(d)に示すダイアログUI60ダイアログを使って専門家会議の設定を仮予約してもよい。図3(a)に示すダイアログUI51、図3(b)に示すダイアログUI52、図38(d)に示すダイアログUI55、図38(e)に示すダイアログUI56、図47(d)に示すダイアログUI57、図47(e)に示すダイアログUI58、または図53(d)に示すダイアログUI60ダイアログにおいて、各担当医が各ダイアログ内の「設定」アイコンを選択することで、仮予約となる。仮予約により、図67に示す検査依頼リストUI1の「設定状況」の欄に「仮予約」であることを示すラベルが表示され得る。「仮予約」のラベルには、図68に示すダイアログUI7へのリンクが張られており、担当医H1aが「仮予約」のラベルを選択すると例えば、ダイアログUI7が医療施設B1の専門家会議端末B15の出力部107Xに表示される。予約を確定する場合には、担当医H1aが会議通知アイコンUI77を選択することで、専門家会議が本設定され、検査依頼リストUI1の「設定状況」の欄に「設定済」のラベルが表示される。また、本設定により、専門家会議の各参加者に専門家会議のスケジュールがメール送信されうる。
図68に示すダイアログUI7には、患者氏名、性別、生年月日等の患者を特定するための患者特定情報を表示する領域UI71と、専門家会議に参加するメンバーのリストを表示する領域UI73と、専門家会議のスケジュール設定を行う領域UI75と、担当医H1aの選択により、設定を確定し、会議の各参加者にメールで会議が設定されたことを通知する会議通知アイコンUI77が表示され得る。
上記1.から8.で示した会議時間及び所要時間は、一例であり、適宜設定しうる。但し、第1の所要時間よりも第2の所要時間は短い。
上記8−3.では、変異の数や変異の種類によって会議の所要時間を決定する例を示したが、会議の所要時間は、臨床的意義を示す情報によって決定されてもよい。例えば、上記8−3.の(6)では、変異の種別において、薬剤情報、治験情報、論文情報等の遺伝子パネル検査で検出された遺伝子変異の臨床的意義を示す情報へのリンクが張られる。また、上記8−3.の(3)で説明した図33に示すレポートにおいても付記情報として臨床的意義を示す情報が掲載される。したがって、例えば、上記8−3.(3−4)に示したパターン4において、所定の遺伝子変異に変えて、例えば臨床的意義を示す情報に基づいて、追加時間IDを付してもよい。好ましくは、臨床的意義を示す情報に、治験情報及び/または論文情報が付与された場合に、追加時間ID「C」を付すことができる。
上記8−3.では、図19に示すステップST71において検査情報管理装置C11が取得した属性情報に基づいて専門家会議の候補スケジュールを出力する処理を説明した。しかし、例えば統合データ管理装置Aが、図19に示すステップST37で受信したレポートに掲載された検査結果に基づいて、専門家会議の候補スケジュールを出力してもよい。図33に示すレポートには、遺伝子変異情報領域DT1と生殖細胞変異情報領域DT2が含まれる。また、臨床的意義を示す情報が掲載される付記情報領域APが備えられている。したがって、これらの領域にどのような遺伝子変異が含まれているか、変異の数、臨床的意義を示す情報を統合データ管理装置Aが読みとることにより、変異の数、変異の種別、臨床的意義を示す情報を取得することができる。さらに、統合データ管理装置Aは、図32に示す判定テーブルHを使用し、変異の数及び変異の種別を判定することができる。この後の処理は、上記8−3.で説明した通りである。
(12)システム1000の変形例1
上記実施形態において、統合データ管理装置Aは、臨床情報管理装置B10、B20,B30から検査依頼情報を取得し、検査情報管理装置C11から属性情報を取得しているが、これらの情報を同じコンピュータから取得してもよい。例えば、臨床情報管理装置B10、B20,B30が検査依頼情報を検査情報管理装置C11に送信し、検査情報管理装置C11が、検査依頼情報および属性情報を統合データ管理装置Aに送信してもよい。
(13)システム1000の変形例2
統合データ管理装置Aは、クラウドコンピューティングを提供するウェブサーバであってもよい。臨床情報管理装置B10、専門家会議端末B15、臨床情報管理装置B20、専門家会議端末B25、臨床情報管理装置B30、及び専門家会議端末B35は、ウェブサーバである統合データ管理装置Aにウェブブラウザを介してアクセスしてもよい。すなわち、システム1000は、統合データ管理装置Aへのアクセスに専用のアプリケーションを必要としない、クラウドコンピューティングシステムであってもよい。
100A 制御部
C11 検査情報管理装置
B15,B25,B35,C15,SP11,SP15 専門家会議端末
1000 管理システム
Claims (19)
- 複数の医療関係者により、患者の遺伝子情報の解釈を行う専門家会議を支援するためにコンピュータを制御する方法であって、
前記コンピュータは、
前記患者の遺伝子情報を解析する遺伝子パネル検査の検査結果を取得し、
前記検査結果に応じた会議時間に基づいて前記専門家会議のスケジュールを設定可能な操作画面を出力する、
方法。 - 前記操作画面において、
1または複数の候補スケジュールを表示する、
請求項1に記載の方法。 - 前記専門家会議のスケジュールの設定は、
前記操作画面に表示された前記1または複数の候補スケジュールに含まれる少なくとも一つの候補スケジュールを、ユーザが選択することにより行われる、
請求項2に記載の方法。 - 前記1または複数の候補スケジュールは、前記検査結果に応じた前記専門家会議の所要時間を示す情報と候補日とを含む、
請求項2または3に記載の方法。 - 前記所要時間を示す情報が、前記専門家会議の開始時間と終了時間、前記専門家会議に要する時間、および前記専門家会議に要する時間を表すラベルから選択される少なくとも一つである、請求項4に記載の方法。
- 前記検査結果が、検出された遺伝子変異の数、および検出された遺伝子変異の種別から選択される少なくとも一つを含む、
請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。 - 前記検査結果に応じた会議時間は、前記検出された遺伝子変異の種別に応じて異なる、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子変異の種別が、アクショナブル変異、および生殖細胞変異から選択される少なくとも一つを含む、
請求項7に記載の方法。 - 前記検査結果に応じた会議時間は、前記検出された遺伝子変異の数に応じて異なる、請求項6に記載の方法。
- 前記検査結果に応じた会議時間が、第1の所要時間を示す情報と、第2の所要時間を示す情報とを含み、第1の所要時間は、第2の所要時間よりも長く設定されており、
前記検出された遺伝子変異の数が、遺伝子変異が検出されなかったことを示すときに、前記第2の所要時間を示す情報を含む候補スケジュールを表示する、
請求項9に記載の方法。 - 前記検査結果に応じた会議時間が、第1の所要時間を示す情報と、第2の所要時間を示す情報とを含み、第1の所要時間は、第2の所要時間よりも長く設定されており、
前記検出された遺伝子変異の数が、遺伝子変異が検出されたことを示す場合、前記第1の所要時間を示す情報を含む候補スケジュールを表示する、
請求項9に記載の方法。 - 前記検査結果が、前記遺伝子パネル検査において検出された遺伝子変異に対する臨床的意義を示す情報を含み、前記検査結果に応じた会議時間が、前記臨床的意義を示す情報に応じて異なる、
請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。 - 前記臨床的意義を示す情報が、前記遺伝子変異に対応する薬剤情報、治験情報、及び論文情報から選択される少なくとも1つを含む、
請求項12に記載の方法。 - 前記操作画面を介して入力された情報と、所定のルールとに基づき、複数の専門家会議の開催順序を調整する、
請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。 - 前記所定のルールは、会議時間の長さ又は会議開催の優先度に基づいて専門家会議の開催順序を調整することを含む、
請求項14に記載の方法。 - 前記操作画面を介して入力された情報に基づいて設定された前記専門家会議のスケジュールの変更を受け付ける、
請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。 - 複数の医療関係者により、患者の遺伝子情報の解釈を行う専門家会議を支援する支援装置であって、
前記支援装置の制御部は、
前記患者の遺伝子情報を解析する遺伝子パネル検査の検査結果を取得し、
前記検査結果に応じた会議時間に基づいて前記専門家会議のスケジュールを設定可能な操作画面を出力する、
前記支援装置。 - コンピュータに、
患者の遺伝子情報を解析する遺伝子パネル検査における検査結果を取得するステップと、
前記検査結果に応じた会議時間に基づいて専門家会議のスケジュールを設定可能な操作画面を他のコンピュータに出力するステップと、
を実行させる、複数の医療関係者により、前記患者の遺伝子情報の解釈を行う専門家会議を支援するためのコンピュータプログラム。 - 複数の医療関係者により、患者の遺伝子情報の解釈を行う専門家会議を支援する支援システムであって、
制御部を備える支援装置と、
1または複数のコンピュータと、を備え、
前記支援装置の前記制御部は、
前記患者の遺伝子情報を解析する遺伝子パネル検査の検査結果を取得し、
前記検査結果に応じた会議時間に基づいて前記専門家会議のスケジュールを設定可能な操作画面を前記1または複数の他のコンピュータに出力し、
前記1または複数のコンピュータは、
前記操作画面を取得し、表示する、前記支援システム。
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