JP6882776B2 - うつ病診断用バイオマーカー及びその使用 - Google Patents
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Description
本願は、2015年11月12日に、米国に仮出願された米国特許第62/254,185号明細書に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
よって、うつ病の重症度を評価可能であって、臨床上有用な客観的バイオマーカーが求められていた。
[1]うつ病の重症度を評価するためのバイオマーカーとしての3−ヒドロキシ酪酸の使用。
[2]前記バイオマーカーが、4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、キヌレン酸、キヌレニン、3−ヒドロキシキヌレニン、クエン酸、クレアチニン、セロトニン、トリプトファン、及びベタインからなる群から選択される少なくとも一つを更に含む[1]に記載の使用。
[3]前記バイオマーカーが、アルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、クレアチン、グルタミン、ジメチルグリシン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、ノルバリン、フェニルアラニン、プロリン、及びリジンからなる群から選択される少なくとも一つを更に含む[1]又は[2]に記載の使用。
[4]前記バイオマーカーが、コレステロール、尿酸、ビリルビン、及びサイトカインからなる群から選択される少なくとも一つを更に含む[1]〜[3]のいずれか一つに記載の使用。
[5]うつ病の重症度を評価するためのデータの収集方法であって、血液試料中の3−ヒドロキシ酪酸の濃度を測定する測定工程を含む方法。
[6]前記測定工程において、4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、キヌレン酸、キヌレニン、3−ヒドロキシキヌレニン、クエン酸、クレアチニン、セロトニン、トリプトファン、及びベタインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に測定する[5]に記載の方法。
[7]前記測定工程において、アルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、クレアチン、グルタミン、ジメチルグリシン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、ノルバリン、フェニルアラニン、プロリン、及びリジンからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に測定する[5]又は[6]に記載の方法。
[8]前記測定工程において、コレステロール、尿酸、ビリルビン、及びサイトカインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に測定する[5]〜[7]のいずれか一つに記載の方法。
[9]前記測定工程で測定された化合物のうち少なくとも一つの化合物の血中濃度、及び前記化合物の血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式に基づいて、うつ病の重症度を判別するための値である判別値を算出する判別値算出工程を更に備える[5]〜[8]のいずれか一項に記載の方法。
[10]前記多変量判別式が、1つの分数式、複数の前記分数式の和、ロジスティック回帰式、線形判別式、重回帰式、サポートベクターマシンで作成された式、マハラノビス距離法で作成された式、正準判別分析で作成された式、又は決定木で作成された式である[9]に記載の方法。
[11]被検者から採取された血液中の3−ヒドロキシ酪酸の濃度を取得する取得工程と、前記取得工程で取得された前記3−ヒドロキシ酪酸の血中濃度、及び前記3−ヒドロキシ酪酸の血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式に基づいて、うつ病の重症度を判別するための値である判別値を算出する判別値算出工程と、前記判別値算出工程で算出された前記判別値に基づいて、前記被検者のうつ病の重症度を評価する評価工程と、得られた評価結果を出力する出力工程と、をコンピュータに実行させるうつ病の重症度の評価プログラム。
[12]前記取得工程の前に、バイオマーカー測定装置に、前記血液中の3−ヒドロキシ酪酸の濃度を測定させる測定工程を更に備える[11]に記載のプログラム。
[13]前記取得工程において、被検者から採取された血液中の4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、キヌレン酸、キヌレニン、3−ヒドロキシキヌレニン、クエン酸、クレアチニン、セロトニン、トリプトファン、及びベタインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に取得し、前記判別値算出工程において、前記取得工程で取得された化合物のうち少なくとも一つの化合物の血中濃度、及び前記化合物の血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式に基づいて、うつ病の重症度を判別するための値である判別値を算出する[11]又は[12]に記載のプログラム。
[14]前記取得工程において、被検者から採取された血液中のアルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、クレアチン、グルタミン、ジメチルグリシン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、ノルバリン、フェニルアラニン、プロリン、及びリジンからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に取得する[11]〜[13]のいずれか一つに記載のプログラム。
[15]前記取得工程において、被検者から採取された血液中のコレステロール、尿酸、ビリルビン、及びサイトカインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に取得する[13]〜[14]のいずれか一つに記載のプログラム。
一実施形態において、本発明は、うつ病の重症度を評価するためのバイオマーカーであって、4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、アルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、キヌレン酸、キヌレニン、クエン酸、クレアチン、クレアチニン、グルタミン、ジメチルグリシン、セロトニン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、トリプトファン、ノルバリン、3‐ヒドロキシ酪酸、フェニルアラニン、プロリン、ベタイン、及びリジンからなる群から選択される少なくとも一つからなるバイオマーカーである。
前記サイトカインとしては、例えば、インターロイキン−1β、インターロイキン−4、インターロイキン−6、インターロイキン−10、インターロイキン−12、腫瘍壊死因子−α(Tumor Necrosis Factor−α;TNF−α)等が挙げられ、これらに限定されない。
一実施形態において、本発明は、被検者の上述のバイオマーカーの血中濃度を測定する測定工程と、前記測定工程で測定されたバイオマーカーの血中濃度のうち少なくとも一つのバイオマーカーの血中濃度、及び前記バイオマーカーの血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式であって前記バイオマーカーのうち少なくとも一つを前記変数として含む前記多変量判別式に基づいて、該多変量判別式の値である判別値を算出する判別値算出工程と、前記判別値算出工程で算出された判別値に基づいて、前記被検者のうつ病の重症度を評価する評価工程と、を備えるうつ病の重症度の評価方法を提供する。
本実施形態の評価方法の各工程について、以下に詳細に説明する。
まず、被検者から採取した血液に含まれる上述のバイオマーカーの濃度を測定する。
上述のバイオマーカーのうち少なくとも二つ以上が測定されることが好ましく、4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、アルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、キヌレン酸、キヌレニン、クエン酸、クレアチン、クレアチニン、グルタミン、ジメチルグリシン、セロトニン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、トリプトファン、ノルバリン、3‐ヒドロキシ酪酸、フェニルアラニン、プロリン、ベタイン、及びリジンの全てを測定することがより好ましく、4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、アルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、キヌレン酸、キヌレニン、クエン酸、クレアチン、クレアチニン、グルタミン、ジメチルグリシン、セロトニン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、トリプトファン、ノルバリン、3‐ヒドロキシ酪酸、フェニルアラニン、プロリン、ベタイン、リジン、コレステロール、尿酸、ビリルビン、及びサイトカインの全てを測定することがさらに好ましい。
複数のバイオマーカーを組み合わせて測定することで、うつ病の重症度の評価の精度を向上することができる。
なお、本明細書において、血液、血清、及び血漿を総称して、「血液試料」と称する場合がある。
血液試料は、そのままバイオマーカーの濃度の測定に用いてもよいが、必要に応じて適宜前処理を行ったからバイオマーカーの濃度の測定に用いてもよい。前処理としては、例えば、血液試料中の酵素反応の停止、脂溶性物質の除去、タンパク質の除去等が挙げられる。これらの前処理は、公知の方法を用いて行えばよい。
また、血液試料は、適宜、希釈又は濃縮して用いてもよい。
例えば、核磁気共鳴法(NMR)による定量、酸アルカリ中和滴定による定量、アミノ酸分析計による定量、酵素法による定量、核酸アプタマーやペプチドアプタマー等のアプタマーを利用した定量、比色定量等から測定対象のマーカーに応じた定量法を選択して利用することによりバイオマーカーの濃度を測定することができる。
また、測定対象のバイオマーカーに応じた市販の定量キットを用いてバイオマーカーの濃度を測定することもできる。
イオン性の高いバイオマーカーに適した測定法としては、例えば、キャピラリー電気泳動−質量分析計による測定等が挙げられる。具体的には、例えば、キャピラリー電気泳動−飛行時間型質量分析計(CE−TOFMS)によりバイオマーカーの濃度を測定することができる。
前記内部標準物質は、上述のバイオマーカーである化合物の電気泳動及び質量分析の効率に影響を及ぼさないものであれば特に限定されず、例えば、メチオニンスルホンや10−カンファースルホン酸(10−camphorsulfonic acid;CSA) 等が挙げられる。
次いで、測定されたバイオマーカーの血中濃度のうち少なくとも一つのバイオマーカーの血中濃度、及び前記バイオマーカーの血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式であって前記バイオマーカーのうち少なくとも一つを前記変数として含む前記多変量判別式に基づいて、該多変量判別式の値である判別値を算出する。
具体的には、多変量判別式は、下記式[1]で表される線形判別式(前記バイオマーカーを変数とする線形判別式)、又は前記バイオマーカーを変数とするロジスティック回帰式でもよい。
Y=A1X1+A2X2+A3X3+A4X4+…+AmXn ……[1]
(式[1]中、Yはうつ病重症度予測値、A1、A2、A3、A4、及びAnは、それぞれ独立して係数を表し、任意の実数である。また、X1、X2、X3、X4、及びXnは、それぞれ独立して前記バイオマーカーの血中濃度である。また、m及びnは、任意の整数である。)
前記多変量判別式に、前記測定工程で測定された各種バイオマーカーの血中濃度を当てはめて算出される判別値を利用することにより、うつ病の重症度の判別をさらに精度よく行うことができる。
また、分数式には、このような構成の分数式α,β,γ,・・・の和(例えばα+βのようなもの)も含まれる。
また、分数式には、分割された分数式も含まれる。なお、分子や分母に用いられる前記バイオマーカーにはそれぞれ適当な係数がついてもよい。
また、分子や分母に用いられる前記バイオマーカーは重複してもよい。
また、各分数式に適当な係数がついてもよい。
また、各変数の係数の値や定数項の値は、実数であればよい。
分数式で、分子の変数と分母の変数を入れ替えた組み合わせは、目的変数との相関の正負の符号は概して逆転するが、それらの相関性は保たれるので、判別性では同等と見なせるため、分子の変数と分母の変数を入れ替えた組み合わせも、包含するものである。
また、多変量判別式には、異なる形式の多変量判別式の和で示されるような式も含まれる。
また、重回帰式、多重ロジスティック回帰式、及び正準判別関数においては、各変数に係数及び定数項が付加されるが、この場合の係数及び定数項は、実数であることが好ましく、データから判別を行うために得られた係数及び定数項の99%信頼区間の範囲に属する値であることがより好ましく、データから判別を行うために得られた係数及び定数項の95%信頼区間の範囲に属する値であることがさらに好ましい。
また、各係数の値、及びその信頼区間は、それを実数倍したものでもよく、定数項の値、及びその信頼区間は、それに任意の実定数を加減乗除したものでもよい。
ロジスティック回帰、線形判別、重回帰分析等の表示式を指標に用いる場合、表示式の線形変換(定数の加算、定数倍)や単調増加(減少)の変換(例えばlogit変換など)は判別性能を変えるものではなく同等であるので、表示式はそれらを含むものである。
複数のバイオマーカーを多変数判別式に組み込むことで、うつ病の重症度の評価の精度を向上することができる。
次いで、前記判別値算出工程で算出された判別値に基づいて、前記被検者のうつ病の重症度を評価する。
具体的には、判別値と、予め設定された閾値(カットオフ値)とを比較することで、うつ病患者群又は非うつ病患者群(健常者群)であるかを判別することができる。
さらに、前記判別値の値が前記閾値よりも大きいほどうつ病の重症度が高く、一方、前記判別値の値が前記閾値に近いほどうつ病の重症度が低いと評価することができる。
また、例えば、対照被検者の複数個体で測定されたバイオマーカーの濃度を測定し、算出された判別値の分布において、正常値の範囲に対照被検者が所定の割合含まれるように閾値を決定してもよい。所定の割合とは、例えば、70%以上であり、80%以上であることが好ましく、90%以上であることがより好ましく、95%以上であることがさらに好ましく、100%であることが特に好ましい。上記記載は、症例被検者でバイオマーカーを測定し、算出された判別値にのみ基づいて閾値を決定する場合にも準用できる。
なお、正常値と比較して大小いずれの側を異常値とするかはバイオマーカーごとに決まっているため、それを考慮して閾値は設定される。
また、具体的には、例えば、測定値が閾値以下である場合にうつ病の可能性が高いバイオマーカーの場合は、症例被検者が閾値以下に所定の割合含まれ、且つ、対照被検者が閾値を超える範囲に所定の割合含まれるように閾値を決定することができる。
特異度及び感度は、いずれも高い方が好ましい。特異度及び感度は、それぞれ、例えば、70%以上であり、80%以上であることが好ましく、90%以上であることがより好ましく、95%以上であることがさらに好ましく、100%であることが特に好ましい。
なお、本明細書において、「特異度」とは、対照被検者で陰性となる率を意味し、特異度が高いほど偽陽性率が低い。
また、「感度」とは、症例被検者で陽性となる率を意味し、感度が高いほど偽陰性率が低い。
特異度及び感度の両方を高くすることができない場合は、うつ病の検査の目的等に応じて、特異度及び感度のいずれかが高くなるような閾値を設定してもよい。例えば、検査結果が陽性である場合にうつ病であることを確定することが目的であれば、特異度が高くなるように閾値を設定すればよい。又は、例えば、検査結果が陰性である場合にうつ病であることを除外することが目的であれば、感度が高くなるように閾値を設定すればよい。
一実施形態において、本発明は、被検者から採取された血液中の上述のバイオマーカーの濃度を取得する取得工程と、 前記取得工程で取得されたバイオマーカーの血中濃度のうち少なくとも一つのバイオマーカーの血中濃度、及び前記バイオマーカーの血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式であって前記バイオマーカーのうち少なくとも一つを前記変数として含む前記多変量判別式に基づいて、該多変量判別式の値である判別値を算出する判別値算出工程と、前記判別値算出工程で算出された判別値に基づいて、前記被検者のうつ病の重症度を評価する評価工程と、 得られた評価結果を出力する出力工程と、を備える、コンピュータに実行させるためのうつ病の重症度の評価プログラムを提供する。
なお、本明細書において、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。
なお、「プログラム」は、必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、OS (Operating System)に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものを含む。なお、プログラムは、記録媒体に記録されており、必要に応じてコンピュータ等に機械的に読み取られる。記録媒体に記録されたプログラムを各装置で読み取るための具体的な構成や読み取り手順や読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
なお、「可搬用の物理媒体」とは、例えば、フロッピー(登録商標) ディスク、光磁気ディスク、CD−ROM、CD−R/W、DVD−ROM、DVD−R/W 、DVD−RAM、DAT、8mm テープ、メモリカード、ハードディスク、ROM(リードオンリーメモリ)、SSD、USBメモリ等が挙げられ、これらに限定されない。「固定用の物理媒体」とは、例えば、各種コンピュータシステムに内蔵されるROM、RAM、HD等が挙げられる。「通信媒体」とは、例えば、LAN、WAN、インターネット等のネットワークを介してプログラムを送信する場合における通信回線や搬送波のように、短期にプログラムを保持するもの等が挙げられる。
まず、被検者から採取された血液中の上述のバイオマーカーの濃度の測定値を外部から入力等し取得する。
ここで、血液中の前記バイオマーカーの分析方法について簡単に説明する。まず、採血した血液サンプルを、ヘパリン処理したチューブに採取し、その後、当該チューブに対して遠心分離を行うことで血漿を分離する。
なお、分離したすべての血漿サンプルは前記バイオマーカーの濃度の測定時まで−70℃で凍結保存すればよい。
そして、前記バイオマーカーの濃度の測定時に、血漿サンプルに対してスルホサリチル酸(最終濃度:約3%程度)を添加することにより除蛋白処理を行う。
なお、前記バイオマーカーの濃度の測定には、バイオマーカーの種類に応じた分析機器を用いればよい。具体的には、例えば、NMR装置、各種質量分析装置(GC−MS、LC−MS、CE−TOFMS等)、キャピラリー電気泳動等を単独で、又は適宜組み合わせて用いればよい。
次いで、取得されたバイオマーカーの血中濃度のうち少なくとも一つのバイオマーカーの血中濃度、及び前記バイオマーカーの血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式であって前記バイオマーカーのうち少なくとも一つを前記変数として含む前記多変量判別式に基づいて、該多変量判別式の値である判別値を算出する。
まず、取得された前記バイオマーカーの血中濃度、及び必要に応じて、被検者の生体情報から、所定の式作成手法に基づいて、多変量判別式の候補である候補多変量判別式(例えば、上記式(1)で表される線形判別式等)を作成する。
具体的には、多数の健常者群及びうつ病患者群から得た血液を分析して得た前記バイオマーカーの血中濃度、及び必要に応じて、被検者の生体情報から構成される多変量データであるうつ病状態情報に対して、複数の異なるアルゴリズムを利用して複数群の候補多変量判別式を同時並行的に作成してもよい。例えば、異なるアルゴリズムを利用して判別分析及びロジスティック回帰分析を同時に行い、2つの異なる候補多変量判別式を作成してもよい。また、主成分分析を行って作成した候補多変量判別式を利用してうつ病状態情報を変換し、変換したうつ病状態情報に対して判別分析を行うことで候補多変量判別式を作成してもよい。
これにより、最終的に、診断条件に合った適切な多変量判別式を作成することができる。
また、判別分析を用いて作成した候補多変量判別式は、各群内の分散の和の全ての前記バイオマーカーの血中濃度データの分散に対する比を最小にするような各バイオマーカー変数からなる高次式(指数や対数を含む)である。
また、サポートベクターマシンを用いて作成した候補多変量判別式は、群間の境界を最大にするような各バイオマーカー変数からなる高次式(カーネル関数を含む) である。
また、重回帰分析を用いて作成した候補多変量判別式は、全ての前記バイオマーカーの血中濃度データからの距離の和を最小にするような各バイオマーカー変数からなる高次式である。
また、ロジスティック回帰分析を用いて作成した候補多変量判別式は、尤度を最大にするような各バイオマーカー変数からなる一次式を指数とする自然対数を項に持つ分数式である。
また、k−means法とは、各バイオマーカー濃度データのk個近傍を探索し、近傍点の属する群の中で一番多いものをそのデータの所属群と定義し、入力された前記バイオマーカーの血中濃度データの属する群と定義された群とが最も合致するようなバイオマーカー変数を選択する手法である。
また、クラスター解析とは、全ての前記バイオマーカーの血中濃度データの中で最も近い距離にある点同士をクラスタリング(群化)する手法である。
また、決定木とは、バイオマーカー変数に序列をつけて、序列が上位であるバイオマーカー変数の取りうるパターンから前記バイオマーカーの血中濃度データの群を予測する手法である。
次いで、工程1で作成した候補多変量判別式を、所定の検証手法に基づいて検証(相互検証)する。候補多変量判別式の検証は、工程1で作成した各候補多変量判別式に対して行う。
また、「多変量判別式の感度」とは、入力データに記載されたうつ病と診断されているもの(すなわち、うつ病患者のデータ)の中で、本実施形態の評価方法を用いて評価したうつ病の状態が正しい割合(すなわち、うつ病患者をうつ病であると評価した割合)を意味する。
また、「多変量判別式の特異度」とは、入力データに記載されたうつ病ではないと診断されているもの(すなわち、健常者のデータ)の中で、本実施形態の評価方法を用いて評価したうつ病の状態が正しい割合(すなわち、健常者を正常であると評価した割合)を意味する。
また、「情報量基準」とは、工程1で作成した候補多変量判別式のバイオマーカー変数の数と、本実施形態において評価したうつ病の状態及び入力データに記載されたうつ病の状態の差異と、を足し合わせたものを意味する。
また、「予測性」とは、候補多変量判別式の検証を繰り返すことで得られた判別率、感度、及び特異度を平均したものを意味する。
また、「頑健性」とは、候補多変量判別式の検証を繰り返すことで得られた判別率、感度、及び特異度の分散を意味する。
次いで、工程2での検証結果から所定の変数選択手法に基づいて候補多変量判別式の変数を選択することで、候補多変量判別式を作成する際に用いるうつ病状態情報に含まれる前記バイオマーカーの血中濃度データの組み合わせを選択する。バイオマーカー変数の選択は、工程1で作成した各候補多変量判別式に対して行う。これにより、候補多変量判別式のバイオマーカー変数を適切に選択することができる。次いで、工程3で選択した前記バイオマーカーの血中濃度データを含むうつ病状態情報を用いて再び工程1を実行する。
上述した工程1、工程2、及び工程3を繰り返し実行し、これにより蓄積した検証結果に基づいて、複数の候補多変量判別式の中から多変量判別式として採用する候補多変量判別式を選出することで、多変量判別式を作成する。
なお、候補多変量判別式の選出には、例えば、同じ式作成手法で作成した候補多変量判別式の中から最適なものを選出する場合と、すべての候補多変量判別式の中から最適なものを選出する場合と、がある。
多変量判別式としては、例えば、ロジスティック回帰、線形判別、サポートベクターマシン、マハラノビス距離法、重回帰分析、クラスター解析等を用いることができる。
次いで、算出された判別値に基づいて、前記被検者のうつ病の重症度を評価する。
具体的には、判別値と、予め設定された閾値(カットオフ値)とを比較することで、うつ病患者群又は非うつ病患者群(健常者群)であるかを判別することができる。
さらに、前記判別値の値が前記閾値よりも大きいほどうつ病の重症度が高く、一方、前記判別値の値が前記閾値に近いほどうつ病の重症度が低いと評価することができる。
次いで、得られた評価結果を出力する。
例えば、コンピュータ上において、上記取得工程から評価工程まで行われ場合、コンピュータのモニタ画面に評価結果が出力される。これにより、医療関係者は評価結果についての情報を取得できる。
また、コンピュータのモニタ画面に出力評価結果は、印刷機等により印刷されてもよい。
また、さらに、前記取得工程の前に、バイオマーカー測定装置に、前記血液中の当該バイオマーカーの濃度を測定させる測定工程を備えていてもよい。
前記バイオマーカー測定装置としては、バイオマーカーの種類に応じた測定機器を用いればよい。具体的には、例えば、NMR装置、各種質量分析装置(GC−MS、LC−MS、CE−TOFMS等)、キャピラリー電気泳動等を単独で、又は適宜組み合わせて用いればよい。
医療関係者は、被検者から血液試料を採取し、必要に応じて、前処理を行い、前記血液試料を前記バイオマーカー測定装置にセットすることで、本実施形態のプログラムでは、自動的に血液試料中のバイオマーカーの濃度を測定する。測定されたバイオマーカーの血中濃度は、続く取得工程において用いられる。
一実施形態において、本発明は、現在、うつ病の診断において用いられているPatient Health Questionnaire(PHQ)−9、Beck Depression Inventory−II(BDI−2:ベック抑うつ質問票)、及びHamilton Rating Scale for Depression(HAMD:うつ病用ハミルトン評価尺度)の少なくともいずれか一つにおける被検者のうつ病の各種症状を予測するためのバイオマーカーを提供する。
各種症状及び該症状を予測するための具体的なバイオマーカーの組み合わせは、以下に示すとおりである。
アセチルカルニチン、ウロカニン酸、2−オキソブタン酸、カルバモイルリン酸、プロリン、及び3−メチルヒスチジンからなる群から選ばれる少なくとも一つの化合物。
N−アセチルグルタミン酸、2−オキソブタン酸、カルノシン、5−ヒドロキシトリプトファン、プロリン、及びメラトニンからなる群から選ばれる少なくとも一つの化合物。
アグマチン、ATP、アルギニノコハク酸、トリプトファン、バリン、5−ヒドロキシトリプトファン、プロリン、及びホスホエノールピルビン酸からなる群から選ばれる少なくとも一つの化合物。
クエン酸、クレアチン、5−ヒドロキシトリプトファン、4−ヒドロキシプロリン、3−ヒドロキシ酪酸、フマル酸、プロリン、及びロイシンからなる群から選ばれる少なくとも一つの化合物。
N−アセチルグルタミン酸、アラニン、キサンツレン酸、キサントシン、キヌレニン、キヌレン酸、クエン酸、3−ヒドロキシキヌレニン、フェニルアラニン、及びホスホエノールピルビン酸からなる群から選ばれる少なくとも一つの化合物。
アグマチン、N−アセチルアスパラギン酸、N−アセチルグルタミン、アデニン、AMP、ATP、イソクエン酸、オルニチン、カルニチン、クエン酸、グルコサミン、β−グリセロリン酸、セロトニン、チロシン、トレオニン、ピルビン酸、ピログルタミン酸、フェニルアラニン、フマル酸、ペントテン酸、2−ホスホグリセリン酸、PRPP、メチオニン、及び3−メチルヒスチジンからなる群から選ばれる少なくとも一つの化合物。
アスパラギン、N−アセチルアスパラギン酸、2−オキソ酪酸、オルニチン、β−グリセロリン酸、メラトニン、及びプロリンからなる群から選ばれる少なくとも一つの化合物。
一実施形態において、本発明は、現在、うつ病の診断において用いられているPHQ−9、BDI−2、及びHAMDの少なくともいずれか一つにおける被検者のうつ病の各種症状を予測する方法であって、上述のうつ病の各種症状を予測するためのバイオマーカーの血中濃度を用いる予測方法を提供する。
まず、被検者から血液試料を採取し、上述のうつ病の各種症状を予測するためのバイオマーカーの血中濃度を測定する。測定方法は、上述の<うつ病の重症度の評価方法>に記載の[測定工程]と同様である。
例えば、予測したい症状がLoss of interest/pleasure(興味/楽しみの消失)である場合、測定するバイオマーカーは、アセチルカルニチン、ウロカニン酸、2−オキソブタン酸、カルバモイルリン酸、プロリン、及び3−メチルヒスチジンからなる群(以下、「Loss of interest/pleasure予測用バイオマーカー群」と称する場合がある。)から選ばれる少なくとも一つであり、前記Loss of interest/pleasure予測用バイオマーカー群のうち二つ以上であることが好ましく、
前記Loss of interest/pleasure予測用バイオマーカー群の全てを測定することがより好ましい。
複数のバイオマーカーを組み合わせて測定することで、被検者におけるLoss of interest/pleasureの予測の精度を向上することができる。
例えば、予測したい症状がLoss of interest/pleasure(興味/楽しみの消失)である場合、測定するバイオマーカーは、アセチルカルニチン、ウロカニン酸、2−オキソブタン酸、カルバモイルリン酸、プロリン、及び3−メチルヒスチジンからなる群(以下、「Loss of interest/pleasure予測用バイオマーカー群」と称する場合がある。)から選ばれる少なくとも一つであり、前記Loss of interest/pleasure予測用バイオマーカー群のうち二つ以上であることが好ましく、
前記Loss of interest/pleasure予測用バイオマーカー群の全てを測定することがより好ましい。
複数のバイオマーカーを多変数判別式に組み込むことで、被検者におけるLoss of interest/pleasureの予測の精度を向上することができる。
具体的には、判別値と、予め設定された閾値(カットオフ値)とを比較することで、うつ病の特定の症状を有する群又はうつ病の特定の症状を有さない群であるかを判別することができる。
さらに、前記判別値の値が前記閾値よりも大きいほどうつ病の特定の症状を強く有し、一方、前記判別値の値が前記閾値に近いほどうつ病の特定の症状を弱く有すると予測することができる。
他のうつ病の検査としては、例えば、面接による問診(例えば、Hamilton Rating Scale for Depression(HAMD:うつ病用ハミルトン評価尺度)等)や自記式質問票(例えば、Patient Health Questionnaire(PHQ)−9、Beck Depression Inventory−II(BDI−2:ベック抑うつ質問票)等)によるうつ病の検査、うつ病と相関する遺伝子、タンパク質、及び化合物を指標としたうつ病の検査等が挙げられる。
例えば、Suicidal ideation(自殺企図)を予測するためのバイオマーカーを用いた場合、判別値と、予め設定された閾値(カットオフ値)とを比較することで、自殺企図を有する群又は自殺企図を有しない群であるかを予測することができる。
さらに、前記判別値の値が前記閾値よりも大きいほどうつ病における自殺企図を強く有し、一方、前記判別値の値が前記閾値に近いほどうつ病における自殺企図を弱く有すると予測することができる。
本実施形態において、上述のバイオマーカーは、うつ病の重症度の評価及びうつ病の各種症状の予測以外に以下に示す用途に利用できる。
一実施形態において、本発明は、上述のうつ病の重症度を評価するためのバイオマーカー及びうつ病の各種症状を予測するためのバイオマーカーを用いるうつ病の治療薬の薬効の判定方法を提供する。
例えば、うつ病の治療薬を投薬する前後で、うつ病患者から血液を採血し、その採血した血液に含まれる上述のバイオマーカーの含有量を測定して、治療薬を投薬する前後の血液における上述のバイオマーカーの含有量を比較する。そして、治療薬の投与後に、その上述のバイオマーカーの含有量が健常の範囲に近づけば、治療薬は効果があると判定できる。
このように、上述のバイオマーカーを用いることにより、治療薬の効果があるかどうかについて容易に判定することができる。
[1]うつ病患者の選定(うつ病の診断)及び血漿サンプルの収集
本実施例におけるうつ病患者のデータは、九州大学、大阪大学、及び国立精神・神経医療センターの3つの機関において、全てのうつ病患者に書面によるインフォームドコンセントを得て使用した。各機関における患者の選定方法について以下に示す。なお、各機関におけるうつ病患者の血漿サンプルの選定フローについては、図1に示す。
また、九州大学の73名の患者のうち、抑うつを呈する未服薬精神科初診患者26名について、血漿を集めて、PHQ−9におけるうつ病の重症度を予測可能な回帰モデルの作製に使用した。また、前記26名のうち、25名について、HAMD−17におけるうつ病の重症度を予測可能な回帰モデルの作製に使用した。
なお、各患者は、訓練を受けた精神科医によるDSM−IV基準に従ったSCID(Structured Clinical Interview for Diagnosis)面接法によってうつ病と診断された。
また、大阪大学の160名の患者のうち、大うつ病性障害(major depressive disorders;MDD)(すなわち、「うつ病」を意味する。)と診断された服薬中の患者23名について、HAMD−17におけるうつ病の重症度を予測可能な回帰モデルの作製に使用した。
なお、各患者は、訓練を受けた2名の精神科医によるSCID面接法によってうつ病と診断された。
また、国立精神・神経医療センターの106名の患者のうち、MDD(27名)又は双極性障害(14名)と診断された服薬及び未服薬患者(41名)について、HAMD−17におけるうつ病の重症度を予測可能な回帰モデルの作製に使用した。
なお、各患者は、訓練を受けた心理学者又は精神科医によるMini−International Neuropsychiatric Interview(M.I.N.I.)を用いた構造化面接を受けた。また、MDD又は双極性障害の診断は、M.I.N.I.面接、追加の非構造化面接、及び医療記録からの情報に基づいて、DSM−IV基準に従い、行った。
また、血漿サンプルの収集は、静脈穿刺による末梢血液採取により行った。
次いで、血漿サンプルの収集と並行して、うつ病の重症度は、HAMD−17(全ての機関)及びPHQ−9(九州大学のみ)の日本語版を使用して評価した。
なお、全てのHAMD−17スコアは訓練を受けた精神科医又は臨床心理士により評価した。また、PHQ−9については患者自らに質問票に記入してもらい評価した。
次いで、血漿サンプルを用いて、液体クロマトグラフィー質量分析(LC−MS)により解析した。具体的には、血漿代謝物は、逆相イオンクロマトグラフィー及び親水性相互作用クロマトグラフィーモードのトリプル四重極型LCMS−8040(島津製作所製)を用いて分析した。
逆相イオンクロマトグラフィーは、ACQUITY UPLC BEH C18カラム(100Å〜2.1mm、1.7μmの粒子サイズ、Waters社製)を用いた。
溶媒A(15mM酢酸、10mMトリブチルアミン)及び溶媒B(メタノール)からなる移動相を用いた。カラムオーブン温度は40℃に設定した。
勾配溶出プログラムは次のとおりであった。流速0.3mL/分:0〜3分、0%溶媒B;3〜5分、0〜40%溶媒B;5〜7分、40〜100%溶媒B、7〜10分、100%溶媒B;10.1〜14分、0%溶媒B。
また、多重反応モニタリング下での負のESIモードのパラメータは次のとおりであった。乾燥ガス流量15L/分;ネブライザーガス流量3L/分;DL温度250℃;ヒートブロック温度400℃;衝突エネルギー(collision energy;CE)230kPa。
溶媒A(10mMギ酸アンモニウム水溶液)及び溶媒B(アセトニトリル:10mMギ酸アンモニウム水溶液=9:1)からなる移動相を用いた。カラムオーブン温度は40℃に設定した。
勾配溶出プログラムは次のとおりであった。流速0.3mL/分:0〜2.5分、100%溶媒B;2.5〜4分、100〜50%溶媒B;4〜7.5分、50〜5%溶媒B、7.5〜10分、5%溶媒B;10.1〜12.5分、100%溶媒B。
また、多重反応モニタリング下での正及び負のESIモードのパラメータは、逆相イオンクロマトグラフィーのときと同様である。
次いで、LabSolutions LC−MS software program(島津製作所製)を用いて、ピーク検出及び保持時間を含むメタボロームデータ処理を行った。
また、各データセットにおける多変量データは、パレートスケーリングで前処理後、SIMCA 14.0 software(Umetrics社製)を用いて、うつ病の重症度関連バイオマーカーを分離し、うつ病の重症度を予測可能な回帰モデルを作製した。データセット1でのPHQ−9のスコアの測定値とPHQ−9のスコアを予測する回帰モデルによる予測値との関係を示すグラフを図2Aに、データセット1でのHAMD−17のスコアの測定値とHAMD−17のスコアを予測する回帰モデルによる予測値との関係を示すグラフを図2Bに示す。また、データセット2でのHAMD−17のスコアの測定値とHAMD−17のスコアを予測する回帰モデルによる予測値との関係を示すグラフを図2Cに、データセット3でのHAMD−17のスコアの測定値とHAMD−17のスコアを予測する回帰モデルによる予測値との関係を示すグラフを図2Dに示す。
図2AのX軸は患者の自記式質問票への回答により測定されたPHQ−9のスコアを表し、Y軸は代謝物の多変量データから予測されるPHQ−9のスコアを表す。また、図2B、図2C、及び図2DのX軸は精神科医又は臨床心理士により診断されたHAMD−17のスコアを表し、Y軸は代謝物の多変量データから予測されるHAMD−17のスコアを表す。
また、図2D中において、黒い丸はうつ病と診断された患者における値を表し、灰色の丸は双極性障害と診断された患者における値を表す。
また、図2A及び図2Bから、PHQ−9(R2=0.24)及びHAMD−17(R2=0.263)いずれにおいても、測定値と予測値とに良好な相関がみられた。
また、図2Cから、データセット1でのHAMD−17の測定値と予測値との相関(R2=0.263)と比較して、データセット2でのHAMD−17の測定値と予測値とでは、より強い相関(R2=0.386)がみられた。
また、図2Dから、データセット1及びデータセット2でのHAMD−17の測定値と予測値との相関度(R2=0.263及びR2=0.386)と比較して、データセット3でのHAMD−17の測定値と予測値との相関度は、R2=0.263であり、同程度であった。
図3において、3HBは3‐ヒドロキシ酪酸を表し、GABAは4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid)を表し、TMAOはトリメチルオキサミン(Trimethyloxamine)を表す。
また、服薬及び未服薬の患者であるデータセット3においても、予測値への貢献度が大きい代謝物がデータセット1及びデータセット2とほとんど同じであった。
中でも、3‐ヒドロキシ酪酸、ベタイン、クエン酸、クレアチニン、及びGABAの5つの代謝物は、服薬の有無及び治療の違いに関係なく、3つのデータセットにおいて共通して、うつ病の重症度に関連していることが明らかとなった。
特に、3‐ヒドロキシ酪酸は、3つのデータセットにおいて、最も予測値への貢献度の大きい代謝物であり、HAND−17の総合スコアに正の相関を示すことが明らかとなった。
次いで、うつ病の各種症状と関連した代謝物を明確にするために、データセット1を用いて、PHQ−9又はHAMD−17のサブスケール(うつ病の各種症状)と123の代謝物との相関分析を行った。相関分析方法は、「[4]代謝物のデータ処理及びうつ病の重症度を予測可能な回帰モデルの作製」に記載の、うつ病の重症度と代謝物との相関分析と同じ方法を用いた。
うつ病の各種症状と中程度(相関係数の絶対値が0.3以上)の相関を有する代謝物を各種症状毎に図4Aに示す。
図4Aにおいて、灰色の網掛けがかかった代謝物は、それぞれの症状と負の相関を有するものを表す。
また、うつ病における睡眠障害又は疲労と中程度(相関係数の絶対値が0.2以上)の相関を有する代謝物を図4Bに示す。
図4Bにおいて、斜線の網掛けがかかった値は、相関係数が0.2以上の正の相関を有するものを示し、灰色の網掛けがかかった値は、相関係数が−0.2以下の負の相関を有するものを示す。
また、データセット1でのHAMD−17のサブスケール(うつ病の各種症状)と代謝物との相関ネットワークを図5に示す。
図5において、実線は各代謝物とうつ病の各種症状との相関を表し、点線はうつ病の各種症状同士の相関を表す。また、線の太さは、相関の強さを反映しており、直線の実線は正の相関を、波線の実線は負の相関を表す。
また、プロリン、5−ヒドロキシトリプトファン、ホスホエノールピルビン酸、ATP、及びアグマチンは「feeling of worthlessness/guilty(自己無価値感/罪悪感)に関連しており、5−ヒドロキシトリプトファンは、「agitation/retardation(気分の不安定(興奮/遅延))」にも強く関連していた。
うつ病において、SIの有無は自殺予防のためにとても重要である。そのため、SIに焦点を当てた分析をさらに行い、うつ病患者におけるSIの有無を予測するアルゴリズムを作製した。SIの有無を予測するアルゴリズムは機械学習モデルを用いて作製した。具体的には、合計104データ(データセット1、データセット2、及びデータセット3を含むデータ)のうち、10種類の訓練データを、ロジスティック回帰、サポートベクターマシン、又はランダムフォレスト法による予測モデルを作製するために使用した(図7A参照。)。図7Aにおいて、X軸は「False Positive Rate」(偽陽性率)を表し、Y軸は「True Positive Rate」(真陽性率)を表す。また、図7Aにおいて、「Highly predictive」(点線)は、テストデータセットの予測モデルを作製するために貢献度が高かった曲線(真陽性率及び真陰性率(True rate)>0.7)を表す。
また、「Fitting Ability」(当てはまり度)は、ROC曲線により可視化し、曲線下面積値(AUC)により評価した。「Prediction Ability」(予測度)は、テストデータセットにおける真陽性率及び真陰性率(True rate)により評価した。
なお、上記機械学習モデル及び統計グラフィックスは、ggplot2、e1071、randomForest、及びROCを含むRパッケージを用いて生成した。
HAMD−17の自殺企図と、強度を標準化した血漿中のクエン酸及びキヌレニンを変数とした多重線形判別式を用いた回帰モデルによる予測値との有意な相関関係(R=0.22、p=0.028)を示すグラフを図7Bに示す。図7Bにおいて、線形回帰直線は、信頼度95%の領域(灰色の網掛け部)に描かれた。
さらに、クエン酸及びキヌレニンの2つの代謝物を変数として用いた、SIの程度を予測するアルゴリズムの開発に成功した(R=0.22、p=0.028)。
なお、詳細なデータは示さないが、このアルゴリズムを用いることで、抑うつを呈する患者におけるSIの有無を79%の予測率で判別可能であった。
[1]うつ病患者の選定(うつ病の診断)及び血漿サンプルの収集
本実施例におけるうつ病患者のデータは、九州大学において、全てのうつ病患者に書面によるインフォームドコンセントを得て使用した。
抑うつを呈する未服薬精神科初診患者22名(男性11名、女性11名、平均年齢31.18歳(SD=7.29))について、血漿を集めて、ベック抑うつ質問票(BDI−II)におけるうつ病の重症度を予測可能な回帰モデルの作製に使用した。なお、各患者は、構造化診断面接SCID−Iでうつ病と診断された。
また、血漿サンプルの収集は、静脈穿刺による末梢血液採取により行った。
次いで、血漿サンプルの収集と並行して、うつ病の重症度は、ベック抑うつ質問票(BDI−II)を使用して評価した。
次いで、実施例1の[3]と同様の方法を用いて、各患者の血漿中のトリプトファン及びキヌレニン経路の代謝物(インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、キヌレン酸、キヌレニン、セロトニン、トリプトファン、キサンツレン酸)、並びにコレステロール(LDL−C、HDL−C)、尿素、総ビリルビン、及びサイトカイン(IL−1β、TNF−α、IL−4、IL−6、IL−10、IL−12)の濃度を測定した。
次いで、実施例1の[4]と同様の方法を用いて、データ処理後、うつ病の重症度を予測可能な回帰モデルを作製した。BDI−IIのスコアの測定値とBDI−IIのスコアを予測する回帰モデルによる予測値との関係を示すグラフを図8に示す。
Claims (15)
- うつ病の重症度を評価するためのバイオマーカーとしての3−ヒドロキシ酪酸の使用。
- 前記バイオマーカーが、4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、キヌレン酸、キヌレニン、3−ヒドロキシキヌレニン、クエン酸、クレアチニン、セロトニン、トリプトファン、及びベタインからなる群から選択される少なくとも一つを更に含む請求項1に記載の使用。
- 前記バイオマーカーが、アルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、クレアチン、グルタミン、ジメチルグリシン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、ノルバリン、フェニルアラニン、プロリン、及びリジンからなる群から選択される少なくとも一つを更に含む請求項1又は2に記載の使用。
- 前記バイオマーカーが、コレステロール、尿酸、ビリルビン、及びサイトカインからなる群から選択される少なくとも一つを更に含む請求項1〜3のいずれか一項に記載の使用。
- うつ病の重症度を評価するためのデータの収集方法であって、
血液試料中の3−ヒドロキシ酪酸の濃度を測定する測定工程を含む方法。 - 前記測定工程において、4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、キヌレン酸、キヌレニン、3−ヒドロキシキヌレニン、クエン酸、クレアチニン、セロトニン、トリプトファン、及びベタインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に測定する請求項5に記載の方法。
- 前記測定工程において、アルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、クレアチン、グルタミン、ジメチルグリシン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、ノルバリン、フェニルアラニン、プロリン、及びリジンからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に測定する請求項5又は6に記載の方法。
- 前記測定工程において、コレステロール、尿酸、ビリルビン、及びサイトカインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に測定する請求項5〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記測定工程で測定された化合物のうち少なくとも一つの化合物の血中濃度、及び前記化合物の血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式に基づいて、うつ病の重症度を判別するための値である判別値を算出する判別値算出工程を更に備える請求項5〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記多変量判別式が、1つの分数式、複数の前記分数式の和、ロジスティック回帰式、線形判別式、重回帰式、サポートベクターマシンで作成された式、マハラノビス距離法で作成された式、正準判別分析で作成された式、又は決定木で作成された式である請求項9に記載の方法。
- 被検者から採取された血液中の3−ヒドロキシ酪酸の濃度を取得する取得工程と、
前記取得工程で取得された前記3−ヒドロキシ酪酸の血中濃度、及び前記3−ヒドロキシ酪酸の血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式に基づいて、うつ病の重症度を判別するための値である判別値を算出する判別値算出工程と、
前記判別値算出工程で算出された前記判別値に基づいて、前記被検者のうつ病の重症度を評価する評価工程と、
得られた評価結果を出力する出力工程と、
をコンピュータに実行させるうつ病の重症度の評価プログラム。 - 前記取得工程の前に、バイオマーカー測定装置に、前記血液中の前記3−ヒドロキシ酪酸の濃度を測定させる測定工程を更に備える請求項11に記載のプログラム。
- 前記取得工程において、被検者から採取された血液中の4−アミノ酪酸(γ(gamma)−aminobutyric acid:GABA)、キヌレン酸、キヌレニン、3−ヒドロキシキヌレニン、クエン酸、クレアチニン、セロトニン、トリプトファン、及びベタインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に取得し、
前記判別値算出工程において、前記取得工程で取得された化合物のうち少なくとも一つの化合物の血中濃度、及び前記化合物の血中濃度を変数とする予め設定した多変量判別式に基づいて、うつ病の重症度を判別するための値である判別値を算出する請求項11又は12に記載のプログラム。 - 前記取得工程において、被検者から採取された血液中のアルギニン、アルギニノコハク酸、イソロイシン、インドールカルボキシアルデヒド、インドール酢酸カリウム、カルニチン、アセチルカルニチン、オルニチン、キサンツレン酸、クレアチン、グルタミン、ジメチルグリシン、タウリン、トリメチルオキサミン(Trimethyloxamine:TMAO)、ノルバリン、フェニルアラニン、プロリン、及びリジンからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に取得する請求項11〜13のいずれか一項に記載のプログラム。
- 前記取得工程において、被検者から採取された血液中のコレステロール、尿酸、ビリルビン、及びサイトカインからなる群から選択される少なくとも一つの濃度を更に取得する請求項11〜14のいずれか一項に記載のプログラム。
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