JP6861997B2 - 生体分子のサイズを決定するための方法 - Google Patents
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Description
複数のバンドを検出し、分離基準に基づいて、検出されたマーカー配列および検出された未知の配列を形成すること、
各々の検出されたバンドについてバンド特性を決定すること、
検出されたマーカー配列の検出されたバンドのバンド特性を、既知のマーカー配列を形成する複数のマーカー分子の既知のバンド特性と比較し、各々の比較にスコアを与えること(前記スコアは、バンド間の相対距離、相対強度、予想される距離および予想される強度の少なくとも1つに基づく)、
最大のスコアをもつ比較を選択し、前記比較に従って、検出されたマーカー配列の検出されたバンドの全部または一部を既知のマーカー配列の前記複数のマーカー分子と関連付けて、検出されたマーカー配列の全部または一部のサイズを決定すること、および
検出されたマーカー配列のバンドと検出された未知の配列のバンドを比較して、既知サイズのマーカー分子に基づいて、検出された未知の配列の各々の同定されたバンドについて生体分子のサイズを決定することによるか、
あるいは、
レーンから複数のデータポイントを検出し、検出されたレーンプロファイルを作製すること、
理論データ、または複数のマーカー分子を含む以前に検出されたデータに基づいて以前のレーンプロファイルを作製すること、
最良のアライメントを見出すためのプロファイルアライメント計算に基づいて、検出されたレーンプロファイルを以前のレーンプロファイルと整列させること、
検出されたレーンプロファイルと以前のレーンプロファイルの最良のアライメントに基づいて、検出されたレーンプロファイルの複数のマーカー分子のサイズを決定すること、
別のレーンから未知の生体分子と一致する複数のデータポイントを検出すること、
前記未知の生体分子と一致する前記データポイントを複数のマーカー分子の決定されたサイズに関連付けることによって、未知の生体分子のサイズを決定すること
のいずれかによって、未知の生体分子を特定するための改良された方法を提供する。
Claims (18)
- 既知サイズのマーカー分子を使用して電場によって媒体中で分離された生体分子のサイズを決定するための方法であって、
複数のバンドを検出し、分離基準に基づいて、検出されたマーカー配列および検出された未知の配列を形成する工程と、
各々の検出されたバンドについてバンド特性を決定する工程と、
前記検出されたマーカー配列の前記検出されたバンドの前記バンド特性を、既知のマーカー配列を形成する複数のマーカー分子の既知のバンド特性と比較し、各々の比較にスコアを与える工程であって、前記スコアが、バンド間の相対距離、相対強度、予想される距離および予想される強度の少なくとも1つに基づく、工程と
最大のスコアをもつ前記比較を選択し、前記比較に従って、前記検出されたマーカー配列の前記検出されたバンドの全部または一部を、前記既知のマーカー配列の前記複数のマーカー分子と関連付けて、前記検出されたマーカー配列の全部または一部のサイズを決定する工程と、
前記検出されたマーカー配列の前記バンドと前記検出された未知の配列の前記バンドを比較して、前記既知サイズの前記マーカー分子に基づいて、前記検出された未知の配列の各々の同定されたバンドについて生体分子のサイズを決定する工程と
を特徴とし、
前記分離基準が、前記検出されたバンドが異なるレーンで検出されることである、方法。 - 前記比較が、前記検出されたマーカー配列のバンド特性と前記既知のマーカー配列の既知のバンド特性を比較し、前記検出された配列でさらなるバンドまたは欠けているバンドを許容するが、前記検出された配列で前記バンドの順序を変更することを許容しないことによって行われる、請求項1に記載の方法。
- 前記検出されたバンドの前記バンド特性に、位置および強度の少なくとも1つが含まれる、請求項1または2に記載の方法。
- 前記分離基準が、前記検出されたバンドが異なる色であることである、請求項1乃至3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記分離基準が、前記検出されたバンドが1つの色に第1の強度を有し、もう1つの色に第2の強度を有すること、および前記第1と第2の強度の強度比を求めることができることである、請求項4に記載の方法。
- 前記検出されたマーカー配列の前記検出されたバンドが、検量線を作成するために使用され、前記検出された未知の配列の生体分子の前記サイズが、前記検出された未知の配列の検出されたバンドのバンド特性を前記検量線と比較することによって決定される、請求項1乃至5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記生体分子がタンパク質である、請求項1乃至6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記スコアが、前記検出されたマーカー配列のバンドの相対強度、予想される距離および/または予想される強度を前記既知のマーカー配列のバンドと比較することによって決定される、請求項1乃至7のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項1乃至8のいずれか1項に記載の方法を実施するように構成されたソフトウェア。
- 請求項9に記載のソフトウェアを格納するように構成された、コンピュータで読取可能な媒体。
- 既知サイズのマーカー分子を使用して、電場によって媒体中で分離された生体分子のサイズを決定するための方法であって、
レーンから複数のデータポイントを検出し、検出されたレーンプロファイルを作製する工程と、
理論データ、または複数のマーカー分子を含む以前に検出されたデータに基づいて以前のレーンプロファイルを作製する工程と、
最良のアライメントを見出すためのプロファイルアライメント計算に基づいて、前記検出されたレーンプロファイルを前記以前のレーンプロファイルと整列させる工程と、
前記検出されたレーンプロファイルと前記以前のレーンプロファイルの前記最良のアライメントに基づいて、前記検出されたレーンプロファイルの複数のマーカー分子のサイズを決定する工程と、
未知の生体分子に対応する複数のデータポイントを検出する工程と、
前記未知の生体分子に対応する前記データポイントを前記複数のマーカー分子の前記決定されたサイズに関連付けることによって、前記未知の生体分子のサイズを決定する工程と
を特徴とする、方法。 - 前記複数のデータポイントが、強度および距離の少なくとも1つの情報を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記プロファイルアライメント計算が、パラメータで表されたシフト、膨張および圧縮の少なくとも1つに基づく、請求項11または12に記載の方法。
- 前記最良のアライメントが、相関を用いる比較によって決定される、請求項11に記載の方法。
- 前記プロファイルアライメント計算が動的プログラミングに基づく、請求項11または12に記載の方法。
- 請求項11乃至15のいずれか1項に記載の方法を実施するように構成されたソフトウェア。
- 請求項16に記載のソフトウェアを格納するように構成された、コンピュータで読取可能な媒体。
- 生体分子のサイズ決定の質を決定するための方法であって、請求項1乃至7のいずれか1項に記載の方法を実施する工程、および請求項11乃至15のいずれか1項に記載の方法を実施する工程、ならびに、前記方法によるマーカー分子の前記決定されたサイズを比較して、分析の質を決定する工程を含む、方法。
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