JP6796773B2 - 非フコシル化タンパク質および方法 - Google Patents
非フコシル化タンパク質および方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6796773B2 JP6796773B2 JP2017525678A JP2017525678A JP6796773B2 JP 6796773 B2 JP6796773 B2 JP 6796773B2 JP 2017525678 A JP2017525678 A JP 2017525678A JP 2017525678 A JP2017525678 A JP 2017525678A JP 6796773 B2 JP6796773 B2 JP 6796773B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- tal
- cells
- fut8
- dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims description 194
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title claims description 115
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 91
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 373
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 103
- 101150023212 fut8 gene Proteins 0.000 claims description 103
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 claims description 94
- 239000012636 effector Substances 0.000 claims description 88
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 80
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 claims description 79
- 238000012546 transfer Methods 0.000 claims description 49
- SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N L-fucopyranose Chemical compound C[C@@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O SHZGCJCMOBCMKK-DHVFOXMCSA-N 0.000 claims description 38
- SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N D-mannomethylose Natural products CC1OC(O)C(O)C(O)C1O SHZGCJCMOBCMKK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 35
- PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N Fucose Natural products C[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-SLPGGIOYSA-N 0.000 claims description 35
- 230000033581 fucosylation Effects 0.000 claims description 22
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 14
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 11
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 11
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 11
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims description 5
- 210000004978 chinese hamster ovary cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000010459 TALEN Methods 0.000 claims description 3
- 239000012190 activator Substances 0.000 claims 1
- 102100032049 E3 ubiquitin-protein ligase LRSAM1 Human genes 0.000 description 246
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 106
- 102100021266 Alpha-(1,6)-fucosyltransferase Human genes 0.000 description 98
- 101000819490 Homo sapiens Alpha-(1,6)-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 97
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 73
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 69
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 62
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 50
- 239000000047 product Substances 0.000 description 50
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 36
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 33
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 33
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 31
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 29
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 28
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 27
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 26
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 25
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 24
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 24
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 24
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 23
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 23
- 230000005782 double-strand break Effects 0.000 description 22
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 21
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 21
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 21
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 20
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 19
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 18
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 18
- 230000006870 function Effects 0.000 description 17
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 16
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 16
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 15
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 15
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 14
- 238000013461 design Methods 0.000 description 13
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 13
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 13
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 13
- 230000008569 process Effects 0.000 description 13
- 230000010056 antibody-dependent cellular cytotoxicity Effects 0.000 description 12
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 12
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 11
- 239000012591 Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline Substances 0.000 description 11
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 11
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 11
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 11
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 11
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 11
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 11
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 10
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 10
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 10
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 10
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 9
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 9
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 9
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 231100000221 frame shift mutation induction Toxicity 0.000 description 9
- 230000037433 frameshift Effects 0.000 description 9
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 9
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 8
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 8
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 8
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 8
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 8
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 8
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 8
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 8
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 7
- 235000014647 Lens culinaris subsp culinaris Nutrition 0.000 description 7
- 241000508269 Psidium Species 0.000 description 7
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 7
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 7
- 230000006799 invasive growth in response to glucose limitation Effects 0.000 description 7
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 7
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 7
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 7
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 6
- 108010019236 Fucosyltransferases Proteins 0.000 description 6
- 102000006471 Fucosyltransferases Human genes 0.000 description 6
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 6
- 240000004322 Lens culinaris Species 0.000 description 6
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 6
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 6
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 6
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 6
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 6
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 6
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 6
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 5
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 5
- LQEBEXMHBLQMDB-UHFFFAOYSA-N GDP-L-fucose Natural products OC1C(O)C(O)C(C)OC1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC1C(O)C(O)C(N2C3=C(C(N=C(N)N3)=O)N=C2)O1 LQEBEXMHBLQMDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- LQEBEXMHBLQMDB-JGQUBWHWSA-N GDP-beta-L-fucose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](C)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)O1 LQEBEXMHBLQMDB-JGQUBWHWSA-N 0.000 description 5
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 5
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 5
- OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N N-acelyl-D-glucosamine Natural products CC(=O)NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N N-acetyl-beta-D-glucosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N 0.000 description 5
- MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N N-acetylglucosamine Natural products CC(=O)N[C@@H](C=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N 0.000 description 5
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 5
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 5
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 5
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 5
- 230000008859 change Effects 0.000 description 5
- 210000001728 clone cell Anatomy 0.000 description 5
- 238000013480 data collection Methods 0.000 description 5
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 5
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 5
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 5
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 5
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 5
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 5
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 5
- 229950006780 n-acetylglucosamine Drugs 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 5
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 5
- 239000003761 preservation solution Substances 0.000 description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 5
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 4
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 4
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 4
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 4
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 4
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 4
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 4
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 4
- 238000010230 functional analysis Methods 0.000 description 4
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 4
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 4
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 4
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 4
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 4
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 4
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 4
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 4
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 description 4
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 4
- 238000000870 ultraviolet spectroscopy Methods 0.000 description 4
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010062427 GDP-mannose 4,6-dehydratase Proteins 0.000 description 3
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 3
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- 241000219739 Lens Species 0.000 description 3
- 101710099301 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 description 3
- 102100029193 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Human genes 0.000 description 3
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010073062 Transcription Activator-Like Effectors Proteins 0.000 description 3
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 3
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 3
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 3
- 125000000637 arginyl group Chemical group N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)* 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 3
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 3
- 230000034994 death Effects 0.000 description 3
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 3
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 3
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 3
- 230000009088 enzymatic function Effects 0.000 description 3
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 3
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 150000004676 glycans Chemical group 0.000 description 3
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 3
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 3
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 description 3
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 description 3
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 3
- 229940126622 therapeutic monoclonal antibody Drugs 0.000 description 3
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 3
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 3
- MVMSCBBUIHUTGJ-UHFFFAOYSA-N 10108-97-1 Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C(C(C1O)O)OC1COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O MVMSCBBUIHUTGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100023635 Alpha-fetoprotein Human genes 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 2
- 108700010070 Codon Usage Proteins 0.000 description 2
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 2
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 2
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 2
- QGWNDRXFNXRZMB-UUOKFMHZSA-N GDP Chemical compound C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O QGWNDRXFNXRZMB-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 2
- MVMSCBBUIHUTGJ-GDJBGNAASA-N GDP-alpha-D-mannose Chemical compound C([C@H]1O[C@H]([C@@H]([C@@H]1O)O)N1C=2N=C(NC(=O)C=2N=C1)N)OP(O)(=O)OP(O)(=O)O[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O MVMSCBBUIHUTGJ-GDJBGNAASA-N 0.000 description 2
- 102000002312 GDPmannose 4,6-dehydratase Human genes 0.000 description 2
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 2
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- 235000010666 Lens esculenta Nutrition 0.000 description 2
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 2
- 230000004988 N-glycosylation Effects 0.000 description 2
- 229930193140 Neomycin Natural products 0.000 description 2
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 2
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100033118 Phosphatidate cytidylyltransferase 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710178747 Phosphatidate cytidylyltransferase 1 Proteins 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 2
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 108700005078 Synthetic Genes Proteins 0.000 description 2
- 108010043645 Transcription Activator-Like Effector Nucleases Proteins 0.000 description 2
- 108091023045 Untranslated Region Proteins 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 108010026331 alpha-Fetoproteins Proteins 0.000 description 2
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 2
- 210000000628 antibody-producing cell Anatomy 0.000 description 2
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 2
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 2
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 2
- 238000011965 cell line development Methods 0.000 description 2
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 2
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 2
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 2
- 230000009827 complement-dependent cellular cytotoxicity Effects 0.000 description 2
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 2
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 2
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- 108010026638 endodeoxyribonuclease FokI Proteins 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 2
- 238000003209 gene knockout Methods 0.000 description 2
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 description 2
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 2
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 2
- QGWNDRXFNXRZMB-UHFFFAOYSA-N guanidine diphosphate Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(COP(O)(=O)OP(O)(O)=O)C(O)C1O QGWNDRXFNXRZMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- RLSSMJSEOOYNOY-UHFFFAOYSA-N m-cresol Chemical compound CC1=CC=CC(O)=C1 RLSSMJSEOOYNOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 description 2
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000006780 non-homologous end joining Effects 0.000 description 2
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 2
- 238000012803 optimization experiment Methods 0.000 description 2
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 2
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 2
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 2
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 2
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 2
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 2
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 2
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 2
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 239000004017 serum-free culture medium Substances 0.000 description 2
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 2
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 description 2
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- QITFYRWXWLBOON-PBXRRBTRSA-N (2s,3s,4r)-2,3,4,6-tetrahydroxyhexanal Chemical compound OCC[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)C=O QITFYRWXWLBOON-PBXRRBTRSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 101710146120 Alpha-(1,6)-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 101710098620 Alpha-1,2-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241000251557 Ascidiacea Species 0.000 description 1
- 101100013695 Caenorhabditis elegans fut-8 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 230000008836 DNA modification Effects 0.000 description 1
- 231100001074 DNA strand break Toxicity 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- 101000889905 Enterobacteria phage RB3 Intron-associated endonuclease 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000889904 Enterobacteria phage T4 Defective intron-associated endonuclease 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000889900 Enterobacteria phage T4 Intron-associated endonuclease 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000889899 Enterobacteria phage T4 Intron-associated endonuclease 2 Proteins 0.000 description 1
- 241001302160 Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B Species 0.000 description 1
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- PNHLMHWWFOPQLK-BKUUWRAGSA-N GDP-4-dehydro-6-deoxy-alpha-D-mannose Chemical compound O[C@H]1[C@@H](O)C(=O)[C@@H](C)O[C@@H]1OP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)O1 PNHLMHWWFOPQLK-BKUUWRAGSA-N 0.000 description 1
- 101710203794 GDP-fucose transporter Proteins 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 229930186217 Glycolipid Natural products 0.000 description 1
- 108010027343 Glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 229920002683 Glycosaminoglycan Polymers 0.000 description 1
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 description 1
- 101100013698 Homo sapiens FUT8 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000891113 Homo sapiens T-cell acute lymphocytic leukemia protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000625330 Homo sapiens T-cell acute lymphocytic leukemia protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 1
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- PNNNRSAQSRJVSB-UHFFFAOYSA-N L-rhamnose Natural products CC(O)C(O)C(O)C(O)C=O PNNNRSAQSRJVSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 1
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 1
- 239000012097 Lipofectamine 2000 Substances 0.000 description 1
- 241001625930 Luria Species 0.000 description 1
- 241000244206 Nematoda Species 0.000 description 1
- 230000004989 O-glycosylation Effects 0.000 description 1
- 229920001030 Polyethylene Glycol 4000 Polymers 0.000 description 1
- 101000702488 Rattus norvegicus High affinity cationic amino acid transporter 1 Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000000395 SH3 domains Human genes 0.000 description 1
- 108050008861 SH3 domains Proteins 0.000 description 1
- 241000235070 Saccharomyces Species 0.000 description 1
- 101000702553 Schistosoma mansoni Antigen Sm21.7 Proteins 0.000 description 1
- 101000714192 Schistosoma mansoni Tegument antigen Proteins 0.000 description 1
- 241000235346 Schizosaccharomyces Species 0.000 description 1
- 108091058545 Secretory proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000040739 Secretory proteins Human genes 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000256248 Spodoptera Species 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 108010062276 T-Cell Acute Lymphocytic Leukemia Protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000011768 T-Cell Acute Lymphocytic Leukemia Protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040365 T-cell acute lymphocytic leukemia protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100025039 T-cell acute lymphocytic leukemia protein 2 Human genes 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 1
- 101001134239 Trigonella foenum-graecum Protein MANNAN SYNTHESIS-RELATED Proteins 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- GLNADSQYFUSGOU-GPTZEZBUSA-J Trypan blue Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].C1=C(S([O-])(=O)=O)C=C2C=C(S([O-])(=O)=O)C(/N=N/C3=CC=C(C=C3C)C=3C=C(C(=CC=3)\N=N\C=3C(=CC4=CC(=CC(N)=C4C=3O)S([O-])(=O)=O)S([O-])(=O)=O)C)=C(O)C2=C1N GLNADSQYFUSGOU-GPTZEZBUSA-J 0.000 description 1
- 241000589634 Xanthomonas Species 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 229960002964 adalimumab Drugs 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 1
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 1
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 1
- 239000012574 advanced DMEM Substances 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 238000003277 amino acid sequence analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 1
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 1
- 125000000613 asparagine group Chemical group N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)* 0.000 description 1
- SQVRNKJHWKZAKO-UHFFFAOYSA-N beta-N-Acetyl-D-neuraminic acid Natural products CC(=O)NC1C(O)CC(O)(C(O)=O)OC1C(O)C(O)CO SQVRNKJHWKZAKO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008275 binding mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000003851 biochemical process Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 230000008236 biological pathway Effects 0.000 description 1
- 229960000074 biopharmaceutical Drugs 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000008619 cell matrix interaction Effects 0.000 description 1
- 230000003833 cell viability Effects 0.000 description 1
- 230000033077 cellular process Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000005757 colony formation Effects 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000003271 compound fluorescence assay Methods 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 239000002254 cytotoxic agent Substances 0.000 description 1
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 1
- 231100000599 cytotoxic agent Toxicity 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 229910052805 deuterium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 1
- 230000012361 double-strand break repair Effects 0.000 description 1
- 238000012377 drug delivery Methods 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 108010050663 endodeoxyribonuclease CreI Proteins 0.000 description 1
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 238000010363 gene targeting Methods 0.000 description 1
- 231100000118 genetic alteration Toxicity 0.000 description 1
- 230000004077 genetic alteration Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 1
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 1
- 101150106565 gmd gene Proteins 0.000 description 1
- 210000002288 golgi apparatus Anatomy 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 229920001477 hydrophilic polymer Polymers 0.000 description 1
- -1 hydroxylethyl Chemical group 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 229960000598 infliximab Drugs 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 230000008611 intercellular interaction Effects 0.000 description 1
- 230000025563 intercellular transport Effects 0.000 description 1
- 230000010189 intracellular transport Effects 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000012933 kinetic analysis Methods 0.000 description 1
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 1
- 231100001231 less toxic Toxicity 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 238000001638 lipofection Methods 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 238000001000 micrograph Methods 0.000 description 1
- 239000012514 monoclonal antibody product Substances 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002736 nonionic surfactant Substances 0.000 description 1
- 108700020942 nucleic acid binding protein Proteins 0.000 description 1
- 102000044158 nucleic acid binding protein Human genes 0.000 description 1
- 230000009437 off-target effect Effects 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 description 1
- 238000002135 phase contrast microscopy Methods 0.000 description 1
- WVDDGKGOMKODPV-ZQBYOMGUSA-N phenyl(114C)methanol Chemical compound O[14CH2]C1=CC=CC=C1 WVDDGKGOMKODPV-ZQBYOMGUSA-N 0.000 description 1
- 238000013492 plasmid preparation Methods 0.000 description 1
- 229920001992 poloxamer 407 Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000000244 polyoxyethylene sorbitan monooleate Substances 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229940068977 polysorbate 20 Drugs 0.000 description 1
- 229940068968 polysorbate 80 Drugs 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 description 1
- 230000012846 protein folding Effects 0.000 description 1
- 230000030788 protein refolding Effects 0.000 description 1
- 230000029983 protein stabilization Effects 0.000 description 1
- 229940124272 protein stabilizer Drugs 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 108010054624 red fluorescent protein Proteins 0.000 description 1
- 230000028617 response to DNA damage stimulus Effects 0.000 description 1
- 229960004641 rituximab Drugs 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- SQVRNKJHWKZAKO-OQPLDHBCSA-N sialic acid Chemical compound CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)C[C@@](O)(C(O)=O)OC1[C@H](O)[C@H](O)CO SQVRNKJHWKZAKO-OQPLDHBCSA-N 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002798 spectrophotometry method Methods 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 125000000341 threoninyl group Chemical group [H]OC([H])(C([H])([H])[H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 239000013638 trimer Substances 0.000 description 1
- 239000000107 tumor biomarker Substances 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 238000012070 whole genome sequencing analysis Methods 0.000 description 1
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/10—Immunoglobulins specific features characterized by their source of isolation or production
- C07K2317/14—Specific host cells or culture conditions, e.g. components, pH or temperature
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/40—Immunoglobulins specific features characterized by post-translational modification
- C07K2317/41—Glycosylation, sialylation, or fucosylation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
- C07K2317/732—Antibody-dependent cellular cytotoxicity [ADCC]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/80—Fusion polypeptide containing a DNA binding domain, e.g. Lacl or Tet-repressor
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Description
a)転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ構築物を取得するステップ;および、
b)ステップa)の構築物を細胞に遺伝子導入し、フコシル化活性を持たない細胞を取得するステップ
を含む方法に関する。
非フコシル化タンパク質を取得する方法であって、該方法は:
a)転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ構築物を取得するステップ;
b)ステップa)の構築物を細胞に遺伝子導入し、フコシル化活性を持たない細胞を取得するステップ;および、
c)ステップb)の細胞により発現された非フコシル化タンパク質を取得するステップ
を含む方法に関する。
1)タンパク質安定化剤:この賦形剤は、タンパク質の未変性高次構造を安定化する。例として、ポリオール、糖、アミノ酸、アミンおよび塩析塩が含まれる。ショ糖とトレハロースは最も頻繁に使用される糖であり、大型のポリオールは小型のポリオールより優れた安定化剤である。
2)高分子化合物とタンパク質:ポリエチレングリコール(PEG)などの親水性高分子化合物、多糖および不活性タンパク質が、タンパク質を非特異的に安定化するため、またタンパク質会合を促進するために使用される。例として、デキストラン、ヒドロキシルエチルデンプン(HETA)、PEG-4000およびゼラチンが含まれる。
3)界面活性剤:非イオン性界面活性剤は、タンパク質を安定化するため、凝集を抑制するため、またタンパク質の再折りたたみを支援するために広く利用される。ポリソルベート80およびポリソルベート20(それぞれツイーン80およびツイーン20としても知られる。)がmAb治療において一般に使用される。他の例には、ブリッジ35、トリトンX-100、プルロニックF127およびドデシル硫酸ナトリウム(SDS)が含まれる。
4)アミノ酸:この賦形剤は、さまざまな機序によりタンパク質を安定化する。例として、ヒスチジン、アルギニンおよびグリシンが含まれる。製剤の賦形剤として使用される他のアミノ酸には、メチオニン、プロリン、リジン、グルタミン酸およびアルギニン混合物が含まれる。
5)防腐剤:この化合物は、微生物増殖を防止するために製剤中に含有される。例として、ベンジルアルコール、m-クレゾールおよびフェノールが含まれる。
AGAは、位置365のアルギニンをコードする。
CGCは、位置366のアルギニンをコードする。
GACは、位置368のアスパラギン酸をコードする。
AAAは、位置369のリジンをコードする。
GAAは、位置373のグルタミン酸をコードする。
Advanced(改良)DMEM完全増殖培養液(500 mL)
1)50 mLのFBS(終濃度10%)を、500 mLフィルターユニットの上室に添加する。
2)10 mLの200 mMグルタミン(終濃度4 mM)を添加する。
3)5 mLの100×ペニシリン−ストレプトマイシン溶液(終濃度1×)を添加する。
4)改良DMEM培養液で、容量を500 mLに調整する。
5)完全培養液を0.22 μmのフィルターでろ過する。
6)上室を取り外し、容器または培養液瓶を閉じる。
7)培養液は、調整後30日以内に使用できる。
8)培養液は2℃〜8℃で貯蔵し、連続的な光暴露を避ける。
9)LCA選別培養液を調製する場合には、10 mLのストックLCA試薬(10 mg/mL)を500 mLの調製したDMEM培養液と混合し、DMEM培養液中でLCA終濃度200 μg/mLとする。
1)バイオ安全キャビネット
2)Sorvall ST 16R遠心分離機
3)水槽
4)倒立位相差顕微鏡
5)CO2インキュベーター
6)ミリポアGUAVA 8HT easyCyte卓上フローサイトメーター
7)Vi-cell XR細胞生存率アナライザー
8)血球計数器
9)冷蔵庫
10)エッペンドルフ・ミニスピン遠心分離機
11)マイクロピペット
12)マイクロチップ
13)96ウェル組織培養プレート
14)12ウェル組織培養プレート
15)6ウェル組織培養プレート
16)血清用ピペット(10 mL、25 mL及び50 mL)
17)1000 mLろ過ユニット(0.22 μmポアサイズ)
18)70%エタノール
19)改良DMEM
20)ダルベッコりん酸緩衝食塩液(DPBS)
21)ウシ胎児血清(FBS)
22)ペニシリン ストレプトマイシン(Penstrep)
23)グルタミン
24)0.05%トリプシンEDTA
25)0.4%トリパンブルー
26)マイクロチューブ(1.5 mLおよび2 mL)
27)ファルコンチューブ(15 mLおよび50 mL)
28)ウシ血清アルブミン フラクションV
29)フルオレセイン‐レンズマメ(Lens Culinaris)アグルチニン(LCA-FITC)
30)フルオレセイン‐ストレプトアビジン(Strep-FITC)
この実験の目的は、FUT8対立遺伝子の特異的不活性化のためのTALEN(転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ)を設計することである。
FUT8は、N末端コイルドコイルドメイン、触媒ドメイン及びC末端SH3ドメインの3種類のドメインを含む。FUT8の触媒ドメインC末端部分は、α-1,6-フコシルトランスフェラーゼ;α-1,2-フコシルトランスフェラーゼ;およびタンパク質O-フコシルトランスフェラーゼにおける3つの保存領域を持つロスマンフォールドを含む。さらに、部位特異的な突然変異誘発実験により、このフォールド中の3種類のフコシルトランスフェラーゼにすべて高度に保存される数個の残基は、FUT8の酵素活性に必須であることが示される。
TALEN構築物は、ゲノムDNA配列上のTALENの位置に基づき、左および右TALENと呼ばれる二量体形で機能する。2つのTALEN結合部位間の配列が、FokIエンドヌクレアーゼを用いて二重鎖切断を作成する標的であり、スペーサー配列と呼ばれる。各TALENは、20塩基対のDNA配列を認識し、結合するように設計される。左および右TALENは、逆鎖のDNA配列を標的とする。TALEN酵素は、TALE DNA結合ドメインおよび単量体FokIヌクレアーゼドメインを含む融合タンパク質として構築される。FokIヌクレアーゼは、二量体触媒ドメイン立体配置においてのみ機能する。左および右TALEN融合タンパク質が、約14〜20塩基対領域の間隔に結合すると、直ちに、FokI二量体化が起こる。
T-SEQ ID No.6
T-SEQ ID No.11
T-SEQ ID No.17
T-SEQ ID No.23
T-SEQ ID No.29
T-SEQ ID No.35
T-SEQ ID No.8
T-SEQ ID No.14
T-SEQ ID No.20
T-SEQ ID No.26
T-SEQ ID No.32
T-SEQ ID No.38
1.TALENの設計
2.プライマーの設計
3.オリゴヌクレオチドの合成
4.LB(Luria培地)+アンピシリンプレート上でのTALEN構築物(pcDNA3.1+TAL6_左およびpcDNA3.1+TAL6_右)の形質転換
5.アンピシリン含有LB培地への形質転換細胞(TALEN構築物)の播種
6.DH10BまたはDH5α細胞から、プラスミドDNAであるpcDNA3.1+TAL6_左およびpcDNA3.1+TAL6_右の単離
7.CHOK1細胞への遺伝子導入;LCAアッセイによるスクリーニングと選択
8.キアゲンDNeasy Blood & Tissueキットを用いた、選択したクローンのゲノムDNAの単離
9.分光光度法による定量
10.PCR条件の最適化
11.PCRによるゲノムDNAサンプルの照合確認
12.アガロースゲルによる電気泳動
13.Phusionポリメラーゼを用いるPCR増幅およびTaqポリメラーゼを用いるテーリング
14.キアゲンキットを用いるPCR産物のゲル溶出
15.pTZ57R/Tベクターを用いるTAクローニング
16.DH10BまたはDH5α細胞における連結サンプルpTZ57R/T+TAL(PCR)の形質転換
17.アンピシリン含有LB培地への形質転換細胞(pTZ57R/T+TAL(PCR))の播種
18.キアゲン・プラスミドDNA単離キットを用いたプラスミドDNA(pTZ57R/T+TAL(PCR))の単離
19.制限消化による挿入物の存在の照合確認(部位)
20.プライマーの配列決定;および、
21.配列決定によるINDEL(挿入欠失)の確認
NCBI参照配列:XM_003501735.1
caaaaatgttcaagtggtcgagctccccattgtagacagcctccatcctcgtcctccttacttacccttggctgtaccagaagaccttgcagatcgactcctgagagtccatggtgatcctgcagtgtggtgggtatcccagtttgtcaaatacttgatccgtccacaaccttggctggaaagggaaatagaagaaaccaccaagaagcttggcttcaaacatccagttattggAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtactccaattatgaatttattagtgataactctatttcttggtcagctggactacacaaccgatacacagaaaattcacttcggggcgtgatcctggatatacactttctctcccaggctgacttccttgtgtgtactttttcatcccagGTCTGTAGGGTTGCTTATGAAATCATGCAAACACTGCATCCTGATGCCTCTGCAAACTTCCATTCTTTAGATGACATCTACTATTTTGGAGGCCAAAATGCCCACAACCAGATTGCAGTTTATCCTCACCAACCTCGAACTAAAGAGGAAATCCCCATGGAACCTGGAGATATCATTGGTGTGGCTGGAAACCATTGGAATGGTTACTCTAAAGGTGTCAACAGAAAACTAGGAAAAACAGGCCTGTACCCTTCCTACAAAGTCCGAGAGAAGATAGAAACAGTCAAATACCCTACATATCCTGAAGCTGAAAAATAGAGATGGAGTGTAAGAGATTAACAACAGAATTTAGTTCAGACCATCTCAGCCAAGCAGAAGACCCAGACTAACATATGGTTCATTGACAGACATGCTCCGCACCAAGAGCAAGTGGGAACCCTCAGATGCTGCACTGGTGGAACGCCTCTTTGTGAAGGGCTGCTGTGCCCTCAAGCCCATGCACAGTAAAATAATGTACTCACACATAACATACAAATGGATTATTTTCTACTTTGCCCTTTAAATATTCTGTCCCCATGAAACAAACACTGCCACATTATGTAATTTAAGTGACACAGACGTTTTGTGTGAGACTTCAAACATGGTGCCTATATCTGAGAGACCTCTGTGATTTACTGAGAAGATGAGAACAGCTCCCTTCTGTGGGGAAGTTGGTTCTTAGTCAGTGGTGGACTGGCCACTGAATTCACTGCAATCAACAGATTCAGAATGAGAATGGATGTTTTTCCTTTATATGGTTGTCTGGATTTTTTTTAAAGTAATTTCATCAGTTCAGTTCATCCACCTCATTAATAAATGAAGGAATATACCAATAAAATCAAATGAAATATTCACTGTCCATTAGGAAGTTTTATAAAACAATGCCATGAACAAAAAATTCTTTAGTACTCAATGTTTCTGGACATTCTCTTTGATAACAAAAATAAATTTTAAAAAGGAATTTTGTAAAGTTTCTGGGATTCTGTATCACTGGATGATGTAGTTATAAGCTTTGTAGTAGAAATATGGGAAGTGGGTTTATAGCTTTTAAGATTTTTTTCTACTTTTGTCCTACTTTTTCTATTTCTGATAGAATAATCATATTTCAAGAGAAGCATTGGTCCCCTCTAATACTAGTAACTGCCTTTAGTCATGCATATTATATGAAGTTGCTAAGAACACGCTTTGGGGGAGGTGTTCACTCTCTTAGTTTGATATTGTTGACTTGATATAATTGAATGAAATAGTCATTCTCTTGCTTCCAG
選択的エクソンは、大文字および小文字で表される。
Ser-469の位置のアミノ酸残基は、FUT8酵素の触媒ドメインにおいて重要な役割を果たしている。その結果、本発明において、アミノ酸位置Arg-365、Arg-366、Asp-368、Lys-369およびGlu-373でのINDEL(挿入/欠失)突然変異およびフレームシフト突然変異が、FUT8酵素機能を破壊するためにTALENを介して導入される。
VHVRRTDKVGTEAAFHPIEEYMVHVEEHFQLLERRMKVDKKRVYLATDDPSLLKEAKT
(TAL組み合わせ1:TALEN 1Lおよび1R)
cgaaagtacatagtgaaaccagaatattaaatagtgttcatctcctcagacttcattgaaattcagtgtggcacattctccctgcctcacttcatttgtatagaacacacggaacaagtccaatttcctgagagaaacagtgattaagaggaatgtaggaaagaaaagatgactgcatagttattcctgtggtcaaatccacaactggactatagtctgggatgcaaaggaaacagtagcatgaaggtggcacagttaccccagtgtgctacagccctgactccagattcaagacataaccctgtctttggcaacactaagatgcaggagagtgctgggaagtcagtgacttggccattgcaggtcagtgtaagtctgtattccttgctttataacattgtgacttttcttcaaaatgagaaaatgaggtctgtttctgtttgcagttgatagagaaaaaaaatgcaaaaaaagtctgtagtaacttcatgaacataaaataaccaacatctttaaaaggctagcttgtcttaaactacaggaaaagttcatatggatctttgttttcttagatgactttaaattctatgaactgaagtggtagtaactttacagggtaaaatgaaagaaaaaaattaataaactttggcataagaatgttacaagcattatctttaagctttgaattctgttatgattttggtctcaaaaaccaaaaaacttaaatctgttgattccaggttcccatatattcttggatatgccaattactttttctgtaagcaagtgtttcataaaacttttacttaactttcatattgacctgtactattcaacattcagctatgttaaagtatttgtgaagtgttttgaaatgattttatattttctaaggtgagaataaatgagaaaatgttttaatatgtctccagtgcccccatgactagggatactaattgagtaccagtacattatcagtgtgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtggttctgtatgggattatctcttagttgaagaaaatccttaattctgggaacttgtggttcttgttgctaactaataggttccaaaatcaaagactacatgtgcaaatattaatctaatcaagtcataccttactagctgtatctgatgcaaattaagaagtctaaaatgaattagactgctgatttgtgtagcatcactagcagtcatcattcaacacagtaccacacttcttagtaccaaaatctgtttaacatactagagtttccataaatcaaattttgtagcctggggcttaagtaacagaagtttatgtctcacagttttgatctgggatattccagatcgaggtcctagtgatattgatttttactctgaagtttcttagcttacaggtagtcactatccagtcatgatacactgtgttgttaaggaatttccattctggggatggaacagaccattagtatatggtacacctagtactactgtggcattaggggaagcacatagacagactttgatgattccccccatgggaggcctcaccctccctgaggactggatgggggagtgagatgggagggttggtgaggggaatgggaaagtgggagggagagggaactgggattggtatgtaaataatatcattttaatttaaataaaaattaatttaaaaagaaagaaagaagcacatagacaaagccgtgagcaaaattggaaattctcagaagatctgggcgaataaaattaaaagataaattatttatgaaatagaggaaggaagaaaaatttagtcttagctcattatactacctcctccaaaaatcatccctaagctttgagtaagtatccctcctctacatattattggtgtatcattgaatacttgtgcacttctgtctccttcagtacattttatatacttttgatgagagtcctagctgtggtataggcctagtaaatattgaattatttactt
cgaaagtacatagtgaaaccagaatattaaatagtgttcatctcctcagacttcattgaaattcagtgtggcacattctccctgcctcacttcatttgtatagaacacacggaacaagtccaatttcctgagagaaacagtgattaagaggaatgtaggaaagaaaagatgactgcatagttattcctgtggtcaaatccacaactggactatagtctgggatgcaaaggaaacagtagcatgaaggtggcacagttaccccagtgtgctacagccctgactccagattcaagacataaccctgtctttggcaacactaagatgcaggagagtgctgggaagtcagtgacttggccattgcaggtcagtgtaagtctgtattccttgctttataacattgtgacttttcttcaaaatgagaaaatgaggtctgtttctgtttgcagttgatagagaaaaaaaatgcaaaaaaagtctgtagtaacttcatgaacataaaataaccaacatctttaaaaggctagcttgtcttaaactacaggaaaagttcatatggatctttgttttcttagatgactttaaattctatgaactgaagtggtagtaactttacagggtaaaatgaaagaaaaaaattaataaactttggcataagaatgttacaagcattatctttaagctttgaattctgttatgattttggtctcaaaaaccaaaaaacttaaatctgttgattccaggttcccatatattcttggatatgccaattactttttctgtaagcaagtgtttcataaaacttttacttaactttcatattgacctgtactattcaacattcagctatgttaaagtatttgtgaagtgttttgaaatgattttatattttctaaggtgagaataaatgagaaaatgttttaatatgtctccagtgcccccatgactagggatactaattgagtaccagtacattatcagtgtgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtggttctgtatgggattatctcttagttgaagaaaatccttaattctgggaacttgtggttcttgttgctaactaataggttccaaaatcaaagactacatgtgcaaatattaatctaatcaagtcataccttactagctgtatctgatgcaaattaagaagtctaaaatgaattagactgctgatttgtgtagcatcactagcagtcatcattcaacacagtaccacacttcttagtaccaaaatctgtttaacatactagagtttccataaatcaaattttgtagcctggggcttaagtaacagaagtttatgtctcacagttttgatctgggatattccagatcgaggtcctagtgatattgatttttactctgaagtttcttagcttacaggtagtcactatccagtcatgatacactgtgttgttaaggaatttccattctggggatggaacagaccattagtatatggtacacctagtactactgtggcattaggggaagcacatagacagactttgatgattccccccatgggaggcctcaccctccctgaggactggatgggggagtgagatgggagggttggtgaggggaatgggaaagtgggagggagagggaactgggattggtatgtaaataatatcattttaatttaaataaaaattaatttaaaaagaaagaaagaagcacatagacaaagccgtgagcaaaattggaaattctcagaagatctgggcgaataaaattaaaagataaattatttatgaaatagaggaaggaagaaaaatttagtcttagctcattatactacctcctccaaaaatcatccctaagctttgagtaagtatccctcctctacatattattggtgtatcattgaatacttgtgcacttctgtctccttcagtacattttatatacttttgatgagagtcctagctgtggtataggcctagtaaatattgaattatttactt
cgaaagtacatagtgaaaccagaatattaaatagtgttcatctcctcagacttcattgaaattcagtgtggcacattctccctgcctcacttcatttgtatagaacacacggaacaagtccaatttcctgagagaaacagtgattaagaggaatgtaggaaagaaaagatgactgcatagttattcctgtggtcaaatccacaactggactatagtctgggatgcaaaggaaacagtagcatgaaggtggcacagttaccccagtgtgctacagccctgactccagattcaagacataaccctgtctttggcaacactaagatgcaggagagtgctgggaagtcagtgacttggccattgcaggtcagtgtaagtctgtattccttgctttataacattgtgacttttcttcaaaatgagaaaatgaggtctgtttctgtttgcagttgatagagaaaaaaaatgcaaaaaaagtctgtagtaacttcatgaacataaaataaccaacatctttaaaaggctagcttgtcttaaactacaggaaaagttcatatggatctttgttttcttagatgactttaaattctatgaactgaagtggtagtaactttacagggtaaaatgaaagaaaaaaattaataaactttggcataagaatgttacaagcattatctttaagctttgaattctgttatgattttggtctcaaaaaccaaaaaacttaaatctgttgattccaggttcccatatattcttggatatgccaattactttttctgtaagcaagtgtttcataaaacttttacttaactttcatattgacctgtactattcaacattcagctatgttaaagtatttgtgaagtgttttgaaatgattttatattttctaaggtgagaataaatgagaaaatgttttaatatgtctccagtgcccccatgactagggatactaattgagtaccagtacattatcagtgtgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtggttctgtatgggattatctcttagttgaagaaaatccttaattctgggaacttgtggttcttgttgctaactaataggttccaaaatcaaagactacatgtgcaaatattaatctaatcaagtcataccttactagctgtatctgatgcaaattaagaagtctaaaatgaattagactgctgatttgtgtagcatcactagcagtcatcattcaacacagtaccacacttcttagtaccaaaatctgtttaacatactagagtttccataaatcaaattttgtagcctggggcttaagtaacagaagtttatgtctcacagttttgatctgggatattccagatcgaggtcctagtgatattgatttttactctgaagtttcttagcttacaggtagtcactatccagtcatgatacactgtgttgttaaggaatttccattctggggatggaacagaccattagtatatggtacacctagtactactgtggcattaggggaagcacatagacagactttgatgattccccccatgggaggcctcaccctccctgaggactggatgggggagtgagatgggagggttggtgaggggaatgggaaagtgggagggagagggaactgggattggtatgtaaataatatcattttaatttaaataaaaattaatttaaaaagaaagaaagaagcacatagacaaagccgtgagcaaaattggaaattctcagaagatctgggcgaataaaattaaaagataaattatttatgaaatagaggaaggaagaaaaatttagtcttagctcattatactacctcctccaaaaatcatccctaagctttgagtaagtatccctcctctacatattattggtgtatcattgaatacttgtgcacttctgtctccttcagtacattttatatacttttgatgagagtcctagctgtggtataggcctagtaaatattgaattatttactt
cgaaagtacatagtgaaaccagaatattaaatagtgttcatctcctcagacttcattgaaattcagtgtggcacattctccctgcctcacttcatttgtatagaacacacggaacaagtccaatttcctgagagaaacagtgattaagaggaatgtaggaaagaaaagatgactgcatagttattcctgtggtcaaatccacaactggactatagtctgggatgcaaaggaaacagtagcatgaaggtggcacagttaccccagtgtgctacagccctgactccagattcaagacataaccctgtctttggcaacactaagatgcaggagagtgctgggaagtcagtgacttggccattgcaggtcagtgtaagtctgtattccttgctttataacattgtgacttttcttcaaaatgagaaaatgaggtctgtttctgtttgcagttgatagagaaaaaaaatgcaaaaaaagtctgtagtaacttcatgaacataaaataaccaacatctttaaaaggctagcttgtcttaaactacaggaaaagttcatatggatctttgttttcttagatgactttaaattctatgaactgaagtggtagtaactttacagggtaaaatgaaagaaaaaaattaataaactttggcataagaatgttacaagcattatctttaagctttgaattctgttatgattttggtctcaaaaaccaaaaaacttaaatctgttgattccaggttcccatatattcttggatatgccaattactttttctgtaagcaagtgtttcataaaacttttacttaactttcatattgacctgtactattcaacattcagctatgttaaagtatttgtgaagtgttttgaaatgattttatattttctaaggtgagaataaatgagaaaatgttttaatatgtctccagtgcccccatgactagggatactaattgagtaccagtacattatcagtgtgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtggttctgtatgggattatctcttagttgaagaaaatccttaattctgggaacttgtggttcttgttgctaactaataggttccaaaatcaaagactacatgtgcaaatattaatctaatcaagtcataccttactagctgtatctgatgcaaattaagaagtctaaaatgaattagactgctgatttgtgtagcatcactagcagtcatcattcaacacagtaccacacttcttagtaccaaaatctgtttaacatactagagtttccataaatcaaattttgtagcctggggcttaagtaacagaagtttatgtctcacagttttgatctgggatattccagatcgaggtcctagtgatattgatttttactctgaagtttcttagcttacaggtagtcactatccagtcatgatacactgtgttgttaaggaatttccattctggggatggaacagaccattagtatatggtacacctagtactactgtggcattaggggaagcacatagacagactttgatgattccccccatgggaggcctcaccctccctgaggactggatgggggagtgagatgggagggttggtgaggggaatgggaaagtgggagggagagggaactgggattggtatgtaaataatatcattttaatttaaataaaaattaatttaaaaagaaagaaagaagcacatagacaaagccgtgagcaaaattggaaattctcagaagatctgggcgaataaaattaaaagataaattatttatgaaatagaggaaggaagaaaaatttagtcttagctcattatactacctcctccaaaaatcatccctaagctttgagtaagtatccctcctctacatattattggtgtatcattgaatacttgtgcacttctgtctccttcagtacattttatatacttttgatgagagtcctagctgtggtataggcctagtaaatattgaattatttactt
cgaaagtacatagtgaaaccagaatattaaatagtgttcatctcctcagacttcattgaaattcagtgtggcacattctccctgcctcacttcatttgtatagaacacacggaacaagtccaatttcctgagagaaacagtgattaagaggaatgtaggaaagaaaagatgactgcatagttattcctgtggtcaaatccacaactggactatagtctgggatgcaaaggaaacagtagcatgaaggtggcacagttaccccagtgtgctacagccctgactccagattcaagacataaccctgtctttggcaacactaagatgcaggagagtgctgggaagtcagtgacttggccattgcaggtcagtgtaagtctgtattccttgctttataacattgtgacttttcttcaaaatgagaaaatgaggtctgtttctgtttgcagttgatagagaaaaaaaatgcaaaaaaagtctgtagtaacttcatgaacataaaataaccaacatctttaaaaggctagcttgtcttaaactacaggaaaagttcatatggatctttgttttcttagatgactttaaattctatgaactgaagtggtagtaactttacagggtaaaatgaaagaaaaaaattaataaactttggcataagaatgttacaagcattatctttaagctttgaattctgttatgattttggtctcaaaaaccaaaaaacttaaatctgttgattccaggttcccatatattcttggatatgccaattactttttctgtaagcaagtgtttcataaaacttttacttaactttcatattgacctgtactattcaacattcagctatgttaaagtatttgtgaagtgttttgaaatgattttatattttctaaggtgagaataaatgagaaaatgttttaatatgtctccagtgcccccatgactagggatactaattgagtaccagtacattatcagtgtgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtggttctgtatgggattatctcttagttgaagaaaatccttaattctgggaacttgtggttcttgttgctaactaataggttccaaaatcaaagactacatgtgcaaatattaatctaatcaagtcataccttactagctgtatctgatgcaaattaagaagtctaaaatgaattagactgctgatttgtgtagcatcactagcagtcatcattcaacacagtaccacacttcttagtaccaaaatctgtttaacatactagagtttccataaatcaaattttgtagcctggggcttaagtaacagaagtttatgtctcacagttttgatctgggatattccagatcgaggtcctagtgatattgatttttactctgaagtttcttagcttacaggtagtcactatccagtcatgatacactgtgttgttaaggaatttccattctggggatggaacagaccattagtatatggtacacctagtactactgtggcattaggggaagcacatagacagactttgatgattccccccatgggaggcctcaccctccctgaggactggatgggggagtgagatgggagggttggtgaggggaatgggaaagtgggagggagagggaactgggattggtatgtaaataatatcattttaatttaaataaaaattaatttaaaaagaaagaaagaagcacatagacaaagccgtgagcaaaattggaaattctcagaagatctgggcgaataaaattaaaagataaattatttatgaaatagaggaaggaagaaaaatttagtcttagctcattatactacctcctccaaaaatcatccctaagctttgagtaagtatccctcctctacatattattggtgtatcattgaatacttgtgcacttctgtctccttcagtacattttatatacttttgatgagagtcctagctgtggtataggcctagtaaatattgaattatttactt
cgaaagtacatagtgaaaccagaatattaaatagtgttcatctcctcagacttcattgaaattcagtgtggcacattctccctgcctcacttcatttgtatagaacacacggaacaagtccaatttcctgagagaaacagtgattaagaggaatgtaggaaagaaaagatgactgcatagttattcctgtggtcaaatccacaactggactatagtctgggatgcaaaggaaacagtagcatgaaggtggcacagttaccccagtgtgctacagccctgactccagattcaagacataaccctgtctttggcaacactaagatgcaggagagtgctgggaagtcagtgacttggccattgcaggtcagtgtaagtctgtattccttgctttataacattgtgacttttcttcaaaatgagaaaatgaggtctgtttctgtttgcagttgatagagaaaaaaaatgcaaaaaaagtctgtagtaacttcatgaacataaaataaccaacatctttaaaaggctagcttgtcttaaactacaggaaaagttcatatggatctttgttttcttagatgactttaaattctatgaactgaagtggtagtaactttacagggtaaaatgaaagaaaaaaattaataaactttggcataagaatgttacaagcattatctttaagctttgaattctgttatgattttggtctcaaaaaccaaaaaacttaaatctgttgattccaggttcccatatattcttggatatgccaattactttttctgtaagcaagtgtttcataaaacttttacttaactttcatattgacctgtactattcaacattcagctatgttaaagtatttgtgaagtgttttgaaatgattttatattttctaaggtgagaataaatgagaaaatgttttaatatgtctccagtgcccccatgactagggatactaattgagtaccagtacattatcagtgtgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtggttctgtatgggattatctcttagttgaagaaaatccttaattctgggaacttgtggttcttgttgctaactaataggttccaaaatcaaagactacatgtgcaaatattaatctaatcaagtcataccttactagctgtatctgatgcaaattaagaagtctaaaatgaattagactgctgatttgtgtagcatcactagcagtcatcattcaacacagtaccacacttcttagtaccaaaatctgtttaacatactagagtttccataaatcaaattttgtagcctggggcttaagtaacagaagtttatgtctcacagttttgatctgggatattccagatcgaggtcctagtgatattgatttttactctgaagtttcttagcttacaggtagtcactatccagtcatgatacactgtgttgttaaggaatttccattctggggatggaacagaccattagtatatggtacacctagtactactgtggcattaggggaagcacatagacagactttgatgattccccccatgggaggcctcaccctccctgaggactggatgggggagtgagatgggagggttggtgaggggaatgggaaagtgggagggagagggaactgggattggtatgtaaataatatcattttaatttaaataaaaattaatttaaaaagaaagaaagaagcacatagacaaagccgtgagcaaaattggaaattctcagaagatctgggcgaataaaattaaaagataaattatttatgaaatagaggaaggaagaaaaatttagtcttagctcattatactacctcctccaaaaatcatccctaagctttgagtaagtatccctcctctacatattattggtgtatcattgaatacttgtgcacttctgtctccttcagtacattttatatacttttgatgagagtcctagctgtggtataggcctagtaaatattgaattatttactt
TGTGCTCTCCACTTCTCCCCAGAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCC
構築物−pcDNA3.1-TALEN_L6は、本発明の図3に示される。
構築物−pcDNA3.1-TALEN_R6は、本発明の図4に示される。
合成TAL-L6は、合成オリゴヌクレオチドおよび/またはPCR産物から構築される。断片は、100%配列検証されたサブ断片を用いて、TALtrunc_FokIにクローン化される。得られたプラスミドDNAは形質転換細菌から精製され、紫外分光法により定量化される。最終構築物は、配列決定により確認される。
RVDのアミノ酸配列‐
(T)-HD-HD-NI-HD-NG-NG-HD-NG-HD-HD-HD-HD-NI-NN-NI-NN-NG-HD。これは、本発明のSEQ ID No. 6としても与えられる。
合成TAL-R6は、合成オリゴヌクレオチドおよび/またはPCR産物から構築される。断片は、100%配列検証されたサブ断片を用いて、TALtrunc_FokIにクローン化される。得られたプラスミドDNAは形質転換細菌から精製され、紫外分光法により定量化される。最終構築物は、配列決定により確認される。
RVDのアミノ酸配列:
(T)-NN-HD-NG-NG-HD-NG-NN-NG-NG-HD-HD-HD-NI-HD-NG-NG-NG-NN
構築物‐pcDNA3.1-TALEN_R6は、本発明の図4に示される。
この実施例は、TALEN構築物でのCHOK1細胞遺伝子導入の方法を含む。また、この実施例は、TALEN技術を用いるFUT8ノックアウトCHOK1細胞株の開発のための単細胞安定細胞株の選択と確認、およびフローサイトメトリーに基づく機能分析による陽性クローンの選択を提示する。
遺伝子導入は、接着型、浮遊型ともに、CHOK1細胞を用いて最適化される。リポソームおよび修飾リポソームを用いる遺伝子導入試薬、例えば、リポフェクタミン2000、リポフェクタミン3000、Plus(登録商標)試薬を伴うリポフェクタミンLTX、MIRUS TransIT×2、MIRUS TransIT 2020、MIRUS TransIT 293、MIRUS TransIT CHOK1遺伝子導入キットが試される。0.5 μg〜5 μgの濃度のDNAが、種々のインキュベーション時間、例えば、4時間、24時間および48時間で検査される。複数のDNAと遺伝子導入試薬の比率(μg:μL)も検査される。最適遺伝子導入効率は、1:5のDNAと遺伝子導入試薬の比率、24時間インキュベーションおよびPlus(登録商標)試薬を伴うリポフェクタミンLTXを用いて達成される。最適化実験は、プラスミドDNAを発現している赤色蛍光タンパク質(Red Fluorescence Protein(RFP))を用いて行われる。
遺伝子導入効率=(RFP発現細胞数/細胞の総数)×100
(2.1)遺伝子導入
CHOK1細胞を、6ウェル組織培養プレートに、90%を超える生存率および0.25×106細胞/ウェルの密度で接種し、4時間接着させる。pcDNA3.1-TALEN_L6およびpcDNA3.1-TALEN_R6構築物は、Plus(登録商標)試薬を伴うリポフェクタミンLTXを用いて遺伝子導入される。2.5 μgの各DNA構築物を、1:5のDNAと遺伝子導入試薬の比率で使用する。細胞は、遺伝子導入後20〜24時間培養する。遺伝子導入前に、DNAの量と質を紫外分光光度法により測定する。A260/280値DNAは、質とタンパク質混入を表す。260 nmおよび280 nmでの吸光度の比が、DNAの純度を評価するために用いられる。A260/280 >1.8であることが、一般に、純粋な、または高品質のDNAとして受け入れられる。3〜4 μLのDNAサンプルをミクロキュベットに入れ、エッペンドルフ・バイオフォトメーターD30を用い、適当なブランクに対してDNA濃度を見積もる。
これは、非フコシル化(afucosylated)膜タンパク質を用いる、クローンを選択する機能分析である。フコシル化は多くの細胞タンパク質に対する不可欠の生化学プロセスであり、これらの細胞タンパク質の多くは膜タンパク質である。レンズマメアグルチニン(LCA)は、すべてのフコシル化されたタンパク質に選択的に結合するレクチンである。
フルオレセインイソチオシアネート(FITC)は、LCAに結合される蛍光色素である。したがって、対照CHOK1細胞の細胞膜上のフコシル化されたタンパク質の存在は、フルオレセイン結合型LCAにより認識される。これらの細胞は、特定のフローサイトメーターチャネルでより明るく蛍光を発する。観察される蛍光は、相対蛍光単位(RFU)として表される。フコース経路が破壊された細胞である細胞株は、フコシル化された細胞タンパク質を産生することができないので、細胞膜タンパク質は非フコシル化されている。これらの細胞をフルオレセインLCA複合体で検査すると、背景と同等の蛍光という結果になる。したがって、フコースノックアウト細胞は、対照CHOK1細胞株と比較して、はるかに低いレベル(100 RFU未満)で蛍光を発する。
遺伝子導入したクローンのLCA選択の間において、第1日のクローンの写真は、本願明細書の図5に示され、第11日の写真は図6に示される。これらの写真より、次のクローン、TAL R4 #003、TAL R4 #013、TAL R4 #023およびTAL R4 #024が、200 μg/mLのLCA処理の後であっても、コロニー形態を維持するのが観察される。したがって、これらのクローンは、FUT 8ノックアウト表現型である可能性が考えられる。
LCA選択の第2セットは、25個のクローンに対して行う。1個のクローンだけは、LCA耐性コロニー形態のTAL-R4#111を示す。細胞形態は顕微鏡で観察され、観察結果は、第1、9及び11日に記録される。細胞は定期的に倒立位相差顕微鏡下で観察され、コロニー形態を検査する。これは、本願明細書の図9でも示される。
LCA-FITC結合アッセイの第2セットのため、次の選択された5個のクローン、TAL R4#003、TAL R4#013、TAL R4#023、TAL R4#024およびTAL R4#111が選別される。フルオレセイン‐レンズマメアグルチニン(LCA-FITC)保存液5 mg/mLを分析緩衝液(2%BSAを含むDPBS)で希釈し、終濃度2 μg/mLとする。細胞は、エッペンドルフ・ミニスピン遠心分離機を使用して、1500 rpmで5分間回転させる。培養液を吸引し、沈渣を、2 μg/mLのLCA-FITCを含む分析緩衝液0.25〜1 mLに再懸濁する。CHOK1対照細胞は、分析緩衝液単独(非染色対照)0.25〜1 mLおよび2 μg/mLのLCA-FITCを含む分析緩衝液(染色対照)0.25〜1 mLに再懸濁する。すべてのサンプルは最終的な分析緩衝液で希釈し、0.1〜0.2×106細胞/mLとする。次に、サンプルを、暗所、30分間、氷上でインキュベートする。その次に、各サンプルの200 μLを、96ウェルプレートに等分する。それから、プレートを、データ収集と分析のために、ミリポアGUAVA easyCyte 8HT卓上フローサイトメーターに載せる。データ分析は、Incyteソフトウェアを使用して行う。
TALEN 遺伝子導入されたCHOK1細胞の出現頻度を改良する、高い細胞数によるTALEN 遺伝子導入。
(3.1)遺伝子導入
CHOK1細胞を、6ウェル組織培養プレートに、90%を超える生存率および0.5×106細胞/ウェルの密度で接種し、4時間接着させる。pcDNA3.1-TALEN_L6およびpcDNA3.1-TALEN_R6構築物は、Plus(登録商標)試薬を伴うリポフェクタミンLTXを用いて遺伝子導入される。2.5 μgの各DNA構築物を、1:5のDNAと遺伝子導入試薬の比率で使用する。細胞は、遺伝子導入後20〜24時間培養する。遺伝子導入前に、DNAの量と質を紫外分光光度法により測定する。A260/280値DNAは、質とタンパク質混入を表す。260 nmおよび280 nmでの吸光度の比が、DNAの純度を評価するために用いられる。A260/280 >1.8であることが、一般に、純粋な、または高品質のDNAとして受け入れられる。3〜4 μLのDNAサンプルをミクロキュベットに入れ、エッペンドルフ・バイオフォトメーターD30を用い、適当なブランクに対してDNA濃度を見積もる。
クローンのLCA選択は、クローンTAL R5 #1〜115に対して200 μg/mLで開始する。次のクローン、TAL R5#007、TAL R5#009、TAL R5#010、TAL R5#016、TAL R5#032、TAL R5#045、TAL R5#047、TAL R5#052、TAL R5#064、TAL R5#066、TAL R5#067、TAL R5#095、TAL R5#099およびTAL R5#114は、LCA選択下で健康なコロニー形態を示した。細胞は、第11日まで定期的に顕微鏡下で観察する。これらのクローンは、それらのLCA耐性表現型のために選択される。細胞は、マスタープレート(レプリカプレート法)からトリプシン処理によって6ウェルプレートの2ウェルへと拡大され、5%CO2インキュベーター中で37℃、6〜7日間増殖させる。
別々のセットのLCA-FITC結合アッセイを、以下の14クローンを用いて行った:TAL R5#007、TAL R5#009、TAL R5#010、TAL R5#016、TAL R5#032、TAL R5#045、TAL R5#047、TAL R5#052、TAL R5#064、TAL R5#066、TAL R5#067、TAL R5#095、TAL R5#099およびTAL R5#114。フルオレセイン‐レンズマメアグルチニン(LCA-FITC)保存液5 mg/mLを分析緩衝液(2%BSAを含むDPBS)で希釈し、終濃度2 μg/mLとする。細胞は、エッペンドルフ・ミニスピン遠心分離機を使用して、1500 rpmで5分間回転させる。培養液を吸引し、沈渣を、2 μg/mLのLCA-FITCを含む分析緩衝液0.25〜1 mLに再懸濁する。CHOK1対照細胞は、分析緩衝液単独(非染色対照)0.25〜1 mLおよび2 μg/mLのLCA-FITCを含む分析緩衝液(染色対照)0.25〜1 mLに再懸濁する。すべてのサンプルは最終的な分析緩衝液で希釈し、0.1〜0.2×106細胞/mLとする。次に、サンプルを、暗所、30分間、氷上でインキュベートする。その次に、各サンプルの200 μLを、96ウェルプレートに等分する。それから、プレートを、データ収集と分析のために、ミリポアGUAVA easyCyte 8HT卓上フローサイトメーターに載せる。データ分析は、Incyteソフトウェアを使用して行う。
もう1セットの細胞株が、TAL R5 # 116〜TAL R5#209のクローンに対する200 μg/mLでのLCA選択に使用される。細胞形態パラメータが比較される場合、以下のクローンは健康に増殖していることが分かる:TAL R5#125、TAL R5#131、TAL R5#154、TAL R5#161、TAL R5#165、TAL R5#171、TAL R5#172およびTAL R5#176。細胞は、第11日まで定期的に顕微鏡下で観察する。これらのクローンは、それらのLCA耐性表現型のために選択される。細胞は、マスタープレート(レプリカプレート法)からトリプシン処理によって6ウェルプレートの2ウェルへと拡大され、5%CO2インキュベーター中で37℃、6〜7日間増殖させる。
次の8クローン:TAL R5#125、TAL R5#131、TAL R5#154、TAL R5#161、TAL R5#165、TAL R5#171、TAL R5#172およびTAL R5#176に対するLCA-FITC結合アッセイを実施する。
クローンのストレプトアビジン結合型FITC(Strep-FITC)染色は、FITC色素の非特異的結合がないことを保証するために行う。細胞膜タンパク質はストレプトアビジン‐FITC複合体に結合しないが、フコシル化膜タンパク質はLCA-FITC複合体に特異的に結合する。対照CHOK1細胞は、別々の反応でLCA-FITCおよびStrep-FITCで染色し、この特異性を確認する。すべてのクローンはストレプトアビジン‐FITCおよびLCA-FITC複合体で同様に染色し、非特異的結合を測定する。
選択されたクローンの増殖曲線の測定は、増殖特性が、ノックアウト細胞株開発のプロセス中において、野生型CHOK1細胞と比較して有意に変化しないことを保証するために行う。0.1×106個のCHOK1細胞を、6ウェル組織培養プレートに播種する。播種は、各クローンについて、5つの時点に対して行う。時点ごとに、3重に播種する(例えば、5つの時点に対して15ウェル)。細胞計数は、時点ごとに3重で行う。生細胞計数は、血球計数器またはVi-cell XR細胞生存アナライザーのいずれかを用いて行った。それぞれの増殖曲線は、エラーバーとしてSEMを用いて作り出される。表10は、FUT8ノックアウト細胞株のひとつであるTAL-R4#013からの代表的な増殖データを示す。
機能分析すなわちLCA-FITCフローサイトメトリーアッセイにより選択したTALEN遺伝子導入クローンを、ゲノム塩基配列決定アッセイに使用する。チャイニーズハムスターのFUT8ゲノム遺伝子座は文献(NW_003613860)に報告されており、各細胞株クローンにおける遺伝子組み換え型を理解する野生型配列として用いられる。本実施例の目的は、TALEN遺伝子導入CHOK1 FUT8ノックアウト細胞株から得られたゲノムDNA塩基配列決定結果を分析することである。ここで報告されるすべての細胞株はクローン細胞株であり、LCA培養液選択アッセイおよびLCA-FITCフローサイトメトリーアッセイから選択される。
全ゲノム塩基配列決定手順は、以下の4つのプロセスに分けられる。
A)選択したクローンからのゲノムDNA単離
B)各細胞株について特異的ゲノム遺伝子座を増幅するためのPCR戦略
C)配列決定ベクターにおけるPCR産物のクローニング
D)配列データ解析とINDELの同定
クローンCHOK1細胞株は、10%ウシ胎児血清、4 mMグルタミン、100ユニット/mLペニシリンおよび100 μg/mLストレプトマイシンを含む改良DMEM培養液を用い、制御されたインキュベーター中でT175フラスコ中、37℃、5%CO2および75%相対湿度の存在下で増殖させる。細胞増殖は毎日観察し、生存率を監視する。細胞は、80%の培養密度と95%を超える生存率のときに、トリプシン処理により回収する。単離する日に培養液を除去し、トリプシン処理のために先ず接着細胞を10 mLのDPBSで洗浄し、次に4 mLの0.05%トリプシンEDTA溶液を添加する。細胞は37℃で2〜3分間インキュベートし、回収する。次に、細胞を10 mLのDPBSと混合し、1500 rpmで5分間遠心分離する。使用済みの培養液を除去し、細胞ペレットを10 mLのDPBS中に再懸濁する。細胞は、1500 rpmで5分間の遠心分離により再洗浄する。DPBSは吸引により完全に除去する。最終的な細胞ペレットは、ゲノムDNA単離に用いられる。
チャイニーズハムスターのゲノムDNA塩基配列は、一般公開されているデータベース配列NW_003613860から分析される。エクソン9および10のDNA塩基配列ならびに部分的イントロン塩基配列(配列ID No. 40)が、FUT8標的遺伝子座を増幅するためのPCR戦略の設計に使用される。プライマーは、プライマー長、PCR産物長、GC含量、融解温度ならびにホモ二本鎖およびヘテロ二本鎖形成の可能性に基づいて設計される。プライマーは、以下に提供されるFUT8標的遺伝子座に隣接して設計される。増幅されたPCR産物は、TALEN介在性DSBとそれに続くDNA修復に起因する突然変異の解析を目的とする。以下のヌクレオチド配列は、プライマー配列を持つ対象領域を太文字で表している。
gacctgtactattcaacattcagctatgttaaagtatttgtgaagtgttttgaaatgattttatattttctaaggtgagaataaatgagaaaatgttttaatatgtctccagtgcccccatgactagggatactaattgagtaccagtacattatcagtgtgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtggttctgtatgggattatctc
Exon 9 is represented from base 181 to base 357 in upper case letters. The primer binding sites of Left and Right are underlined.
エキソン9は、ベース181から大文字で357の基礎を形成すると述べられる。左翼のプライマー結合部位、そして、ちょうど下線を引く。
ゲノムPCRは、表11に記載の以下のプライマーを用い、キアゲン ゲノムDNA単離キットを使用して実行される。
実験は、PCR条件を標準化するように設計される。試されるパラメータには、ゲノムDNA濃度(100 ng〜1000ng)、プライマー濃度(2 nmole〜20 nmole)、PCRアニーリング温度(55.8℃〜62.9℃)および時間(20秒〜50秒)、PCR産物伸張時間(30秒〜60秒)が含まれ、PCRサイクル数は30サイクルに設定される。到達した最適化条件は以下のセクションに記載される。PCR反応は、PCR介在性突然変異が制限されることを確実にするため、プルーフリーディングポリメラーゼであるPhusionポリメラーゼを用いて実施される。PCR増幅サイクル後に、テーリングのためにTaqポリメラーゼ酵素が混合物の中に添加される。テーリングステップは、PCR産物に付け足される追加の塩基が、次のセクションで記載される配列決定ベクターにおける直接クローニングを可能にするので重要である。TAクローニングベクターにおけるクローニングのためにPCR産物にdATPオーバーハングを付け足す目的で、Phusionポリメラーゼ増幅産物は、Taq DNAポリメラーゼとともに72℃で15分間インキュベートされる。
ゲノムDNAのPCR産物はアガロースゲル電気泳動法で分析され、PCR産物長は分子量標準を用いて確認される。明確な増幅特性を持つPCRサンプルは、次の処理ステップに用いられる。
増幅されたPCR産物は新たに調製された1%アガロースに添加し、100Vで1時間の電気泳動にかけ、使われないプライマーや増幅過程で生成したその他の二量体から増幅PCR産物を分離する。増幅産物はゲルから切除し、市販のキアゲン・ゲル溶出キットを用いて溶出させる。DNAは、高純度分子生物グレード水により溶出させる。
次に、アガロースゲルで精製されたPCR増幅産物は、DNA連結プロセスによって市販のpTZ57R/Tベクターでクローニングするために使用する。DNA連結の条件は、予め標準化されている。
連結されたDNAは、市販のE. coli DH10Bコンピテント細胞で形質転換させる。高レベルの形質転換効率を達成するために、製造業者により解説される形質転換手順が続いて行われる。形質転換後、E. coli細胞は、形質転換コロニーの増殖のためアンピシリン抗生物質の存在下で増殖させる。
分離された各コロニーを、5 mLの培養液量のLB+アンピシリン培地に接種し、プラスミドDNA単離のために一晩増殖させる。
一晩増殖させた培養物4.5 mLを、市販のキアゲン・プラスミドDNA単離キットを用い、製造業者の手順に従ったプラスミドDNA単離に用いた。プラスミドDNAは、高純度分子生物グレード水により溶出させる。
各プラスミド調製物は、適切な制限酵素消化を用いて挿入物の存在を検査され、アガロース電気泳動が続く。挿入物のサイズは、適切な分子量標準と比較される。
(配列決定)確認されたプラスミドは、次に、pTZ57R/Tベクター骨格に存在する特異的塩基配列決定プライマーで配列決定される。配列データは、適切な手順に従って自動化DNA塩基配列決定装置で作成される。塩基配列決定は、正確な配列情報を確実にするため、順方向プライマーと逆方向プライマーを用いて行われる。
すべてのプラスミドからのDNA塩基配列決定データが解析される。CHOK1対照細胞株および種々のTALEN介在性FUT8ノックアウトCHOK1クローン細胞株に由来するプラスミドDNAからのDNA塩基配列が比較され、DNA塩基配列の差異が特定される。各CHOK1細胞株クローンからPCR産物が作成され、E. coliでクローン化される。複数のE. coliクローンが、標的ゲノム遺伝子座でのヌクレオチド配列変更を確認するため配列決定される。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、DNA増幅に対して強力で、感度が高い技術である。PCRは、3ステッププロセスの複数のサイクルを用いることにより、指数的に特異的DNA配列を増幅する。最初に、二本鎖DNA鋳型は、94℃の高温で変性される。次に、表11に挙げられる配列特異的プライマーを、標的配列に隣接する部位にアニール(60.4℃)させる。耐熱性DNAポリメラーゼ(Phusionポリメラーゼ)はアニールされたプライマーを伸長させ、それによって、最初のDNA配列の量を2倍にする。その次に、この新しく合成された産物は、以降の増幅サイクルの追加的な鋳型になる。この3つのステップは30サイクル繰り返され、目的DNA濃度が109倍増加する結果となる。TAクローニングベクターにおけるクローニングのためにPCR産物にdATPオーバーハングを付け足す目的で、PCR Phusionポリメラーゼ増幅産物は、Taq DNAポリメラーゼとともに72℃で15分間インキュベートされる。
PCR増幅されゲル溶出された産物は、市販のpTZ57R/Tベクターで連結される。連結手順は以下に記載される。
上記の連結混合液は4℃で一晩インキュベートし、連結混合液の50%が、熱ショック法によってDH5αまたはDH10B E. coliコンピテント細胞に形質転換される。
細菌細胞を形質転換する目的は、プラスミドDNAをクローン化し、増殖させることである。コンピテントE. coli細胞(DH5αまたはDH10B)の一定分量20 μLを、−80℃冷凍庫から取り出し、氷上で5分間解凍する。50%の連結サンプル(pTZ57R/T+TAL(PCR))をコンピテント細胞に添加し、穏やかに撹拌して、氷上で20分間インキュベートする。混合物を含むチューブを水槽/空気槽に42℃で50秒間置く。チューブは、氷上に2分間置き戻す。37℃に温めたLB培地(アンピシリン抗生物質不含)0.950 mLを、振盪機で37℃、220 rpmで1時間インキュベートした。得られた培養物の100 μLを、温められたLB+アンピシリン培養プレートに広げる。プレートは、37℃インキュベーターで一晩インキュベートする。
この手順の目的は、次の実験に使用する特異的DNAプラスミドを含む細菌を増殖/培養することである。LB+アンピシリン培地の5 mLを加圧滅菌されたチューブに加え、単離された細菌コロニーを、培養プレートからLB培地+アンピシリン培養チューブに接種する。チューブは、37℃、220 rpmで一晩インキュベートする(細菌の増殖によって約16〜18時間)。一晩培養した4.5 mLを、13 rpmで1分間遠心分離する。プラスミドDNAは、市販のキアゲン・プラスミド単離キットを用いて単離する。プラスミドDNAは高純度分子生物グレード水で溶出し、さらに使用するまで−20℃冷凍庫で保存する。
PCR増幅断片の場合、このように単離されたプラスミドDNAは、挿入の存在を検査される。pTZ57R/Tベクターは、クローン化されたPCR産物に隣接する複数の制限酵素部位を含む。制限酵素部位のEcoRIとHindIIIは、下表に示されるように、制限消化に対してCHOK1senである。反応は、プラスミドDNAを完全に消化するため、37℃で2時間行われる。制限消化後、混合物は、1%アガロースゲルで1時間電気泳動にかけられる。PCR産物挿入物は、もし存在すれば、pTZ57R/Tベクター骨格と分離し、確立された細菌クローンがDNA塩基配列決定に用いられる。
選択された細菌プラスミドDNAのDNA塩基配列決定は、pTZ57R/Tベクター骨格に位置する上流および下流の塩基配列決定プライマーを用いて実行される。塩基配列決定データは両方のプライマーを用いて集められ、正確なDNA配列情報のために分析される。複数の細菌プラスミドは、TALEN 構築物により得られたCHOK1対照細胞およびクローンCHOK1 FUT8ノックアウト細胞株に関して、FUT8標的遺伝子座での複合DNA配列情報を作成するために配列決定される。
CHOK1対照細胞株(野生型)− エクソン9の配列は大文字である。イントロン配列は小文字であり、下線が引かれている。
tgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TALR4#003a - tgctctccacttctccccagAGTCCATGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R4 #013a -
tgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R4 #013b -
tgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R4 #023a -
tgctctccacttctccccagAGTCCATAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R4 # 024b -
tgctctccacttctccccagAGTCCATGTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TALR4#111a - tgctctccacttctccccagAGTCCGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R4 #111b -
tgctctccacttctccccagAGTCCATGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R5 #007 a -
tgctctccacttctccccagAGTCCATGTCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R5 #047 a -
tgctctccacttctccccagAGTCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R5#095 a -
tgctctccacttctccccagAGTCCATGTCAGAGTGAGCCTGACACAGCACAGGCAGCAGCCGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
TAL R5#095 b -
tgctctccacttctccccagAGTCCATGTCACGCACTGACAAAGTGGGAACAGAAGCAGCCTTCCATCCCATTGAGGAATACATGGTACACGTTGAAGAACATTTTCAGCTTCTCGAACGCAGAATGAAAGTGGATAAAAAAAGAGTGTATCTGGCCACTGATGACCCTTCTTTGTTAAAGGAGGCAAAGACAAAgtaagttagaccaacaagtg
CHOK1対照細胞株およびCHOK1 FUT8ノックアウト細胞株のFUT8ゲノムDNA配列は、DNA配列INDEL がFUT8タンパク質状態に与える影響を理解するため、さらに分析される。標的となったFUT8遺伝子座でのDNA配列は、脊椎動物のコドンバイアスを用いてアミノ酸配列に翻訳される。エクソン9領域のアミノ酸配列は詳しく研究され、結果は図12にまとめられる。CHOK1対照細胞株と比較する場合、FUT8ノックアウト細胞株では、小さくは3個のアミノ酸(TAL -R4 # 111)から大きくは10個のアミノ酸(TAL R4 #003)までが、FUT8ノックアウト細胞株において取り除かれる欠失を含む改変が示される。
実施例7
フコースノックアウトCHOK1細胞発現プラットフォームは、非フコシル化抗体、特に非フコシル化モノクローナル抗体の発現のために用いられる。モノクローナル抗体の重鎖および軽鎖をコードする抗体遺伝子は、適切な遺伝子発現プラスミドでクローン化され、上述の実施例で記載されたフコースノックアウトCHOK1細胞プラットフォームに遺伝子導入される。このプラットフォーム/方法を用いて産生されるモノクローナル抗体は、非フコシル化抗体として発現される。産生物は、治療用途のためのバイオ後続薬モノクローナル抗体産生物を開発するための確立された手順およびガイドラインに従って精製される。このプラットフォームを使用して産生された非フコシル化バイオ後続薬抗体は、高レベルのADCCをもたらし、その結果、優れた治療結果が得られる。
Claims (22)
- 完全に破壊されたFUT8遺伝子を含むフコースノックアウト細胞であって、該FUT8遺伝子は、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼタンパク質のペアによって破壊され、該転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼタンパク質が、SEQ ID No.6とSEQ ID No.8、SEQ ID No.11とSEQ ID No.14、SEQ ID No.17とSEQ ID No.20、SEQ ID No.23とSEQ ID No.26、SEQ ID No. 29とSEQ ID No.32、またはSEQ ID No.35とSEQ ID No.38のアミノ酸配列を含むDNA結合ドメインを有する、フコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.6が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.4に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.8が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.5に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.11が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.10に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.14が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.13に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.17が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.16に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.20が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.19に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.23が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.22に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.26が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.25に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.29が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.28に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.32が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.31に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.35が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.34に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- SEQ ID No.38が、Fut8遺伝子配列のSEQ ID No.37に結合する、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- 前記細胞が哺乳動物細胞である、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞。
- 請求項1に記載のフコースノックアウト細胞を取得する方法であって、該方法が:
a)SEQ ID No.7とSEQ ID No.9、SEQ ID No.12とSEQ ID No.15、SEQ ID No.18とSEQ ID No.21、SEQ ID No.24とSEQ ID No.27、SEQ ID No.30とSEQ ID No.33、およびSEQ ID No.36とSEQ ID No.39から成る群より選ばれるポリヌクレオチドシーケンスペアを含む、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ構築物のペアを取得するステップ;および、
b)ステップa)の構築物を細胞に遺伝子導入し、フコシル化活性を持たない細胞を取得するステップ
からなる方法。 - 非フコシル化タンパク質を取得する方法であって、該方法が:
a)SEQ ID No.7とSEQ ID No.9、SEQ ID No.12とSEQ ID No.15、SEQ ID No.18とSEQ ID No.21、SEQ ID No.24とSEQ ID No.27、SEQ ID No.30とSEQ ID No.33、およびSEQ ID No.36とSEQ ID No.39から成る群より選ばれるポリヌクレオチドシーケンスペアを含む、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ構築物のペアを取得するステップ;
b)ステップa)の構築物を細胞に遺伝子導入し、請求項1に記載のフコースノックアウト細胞を取得するステップ;および、
c)ステップb)の細胞により発現された非フコシル化タンパク質を取得するステップ
からなる方法。 - 非フコシル化タンパク質が、非フコシル化抗体である、請求項16に記載の方法。
- 非フコシル化抗体が、非フコシル化モノクローナル抗体である、請求項17に記載の方法。
- 細胞が哺乳類細胞である、請求項15または16に記載の方法。
- 細胞がチャイニーズハムスター卵巣細胞である、請求項19に記載の方法。
- 細胞が内在性の非フコシル化タンパク質を産生する、請求項16に記載の方法。
- さらに、タンパク質をコードする遺伝子を細胞に導入し、非フコシル化タンパク質を取得するステップを含む、請求項16に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
IN3728CH2014 | 2014-07-30 | ||
PCT/IB2015/055777 WO2016016842A1 (en) | 2014-07-30 | 2015-07-30 | Non-fucosylated protein and methods thereof |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020119412A Division JP2020202832A (ja) | 2020-07-10 | 2020-07-10 | 非フコシル化タンパク質および方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017526384A JP2017526384A (ja) | 2017-09-14 |
JP6796773B2 true JP6796773B2 (ja) | 2020-12-09 |
Family
ID=54062778
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017525678A Active JP6796773B2 (ja) | 2014-07-30 | 2015-07-30 | 非フコシル化タンパク質および方法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10077434B2 (ja) |
EP (1) | EP3194583B1 (ja) |
JP (1) | JP6796773B2 (ja) |
DK (1) | DK3194583T3 (ja) |
ES (1) | ES2901128T3 (ja) |
WO (1) | WO2016016842A1 (ja) |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106701823A (zh) * | 2017-01-18 | 2017-05-24 | 上海交通大学 | 生产无岩藻糖单克隆抗体的cho细胞系建立及其应用 |
CN107881160A (zh) | 2017-08-11 | 2018-04-06 | 百奥泰生物科技(广州)有限公司 | 一种由基因组被编辑的cho宿主细胞产生的具有独特糖谱的重组抗体及其制备方法 |
CA3110254C (en) * | 2018-08-29 | 2023-08-29 | United Biopharma Inc | Afucosylated antibodies and manufacture thereof |
CA3222409A1 (en) | 2021-06-07 | 2022-12-15 | Amgen Inc. | Using fucosidase to control afucosylation level of glycosylated proteins |
CN117304308A (zh) * | 2022-06-20 | 2023-12-29 | 华辉安健(北京)生物科技有限公司 | 抗乙型肝炎病毒的抗体及其制备和应用 |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2008530244A (ja) * | 2005-02-18 | 2008-08-07 | メダレックス, インク. | フコシル残基を欠くcd30に対するモノクローナル抗体 |
US7919313B2 (en) * | 2007-07-12 | 2011-04-05 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods and compositions for inactivating alpha 1,6 fucosyltransferase (FUT8) gene expression |
CN104471067B (zh) * | 2012-05-07 | 2020-08-14 | 桑格摩生物治疗股份有限公司 | 用于核酸酶介导的转基因靶向整合的方法和组合物 |
EP3750999B1 (en) * | 2012-09-04 | 2022-06-29 | The Scripps Research Institute | Chimeric polypeptides having targeted binding specificity |
EP2914094B1 (en) * | 2012-11-01 | 2021-07-21 | Cellectis | Plants for production of therapeutic proteins |
-
2015
- 2015-07-30 ES ES15759544T patent/ES2901128T3/es active Active
- 2015-07-30 EP EP15759544.8A patent/EP3194583B1/en active Active
- 2015-07-30 US US15/500,509 patent/US10077434B2/en active Active
- 2015-07-30 JP JP2017525678A patent/JP6796773B2/ja active Active
- 2015-07-30 DK DK15759544.8T patent/DK3194583T3/da active
- 2015-07-30 WO PCT/IB2015/055777 patent/WO2016016842A1/en active Application Filing
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US10077434B2 (en) | 2018-09-18 |
WO2016016842A1 (en) | 2016-02-04 |
JP2017526384A (ja) | 2017-09-14 |
DK3194583T3 (da) | 2021-12-20 |
US20170306305A1 (en) | 2017-10-26 |
EP3194583A1 (en) | 2017-07-26 |
EP3194583B1 (en) | 2021-09-15 |
ES2901128T3 (es) | 2022-03-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11548937B2 (en) | DNA-binding domain of CRISPR system, non-fucosylated and partially fucosylated proteins, and methods thereof | |
US11267899B2 (en) | Afucosylated protein, cell expressing said protein and associated methods | |
JP6796773B2 (ja) | 非フコシル化タンパク質および方法 | |
Malphettes et al. | Highly efficient deletion of FUT8 in CHO cell lines using zinc‐finger nucleases yields cells that produce completely nonfucosylated antibodies | |
US8084222B2 (en) | Methods for generating host cells | |
CN109797138A (zh) | 低岩藻糖细胞系及其应用 | |
ES2738641T3 (es) | Producción de proteínas terapéuticas en células de mamífero modificadas genéticamente | |
KR20030081312A (ko) | 항체 조성물을 생산하는 세포 | |
BRPI0707289A2 (pt) | composições e métodos para humanização e otimização de n-glicanas em plantas | |
Zong et al. | Producing defucosylated antibodies with enhanced in vitro antibody‐dependent cellular cytotoxicity via FUT8 knockout CHO‐S cells | |
JP6383359B2 (ja) | Crz1突然変異真菌細胞 | |
JP2020202832A (ja) | 非フコシル化タンパク質および方法 | |
CN109072236A (zh) | 用于生产分泌蛋白质的哺乳动物细胞 | |
WO2012105699A1 (ja) | 補体依存性生物活性の高い抗体の産生法 | |
Gupta | Engineering Chinese Hamster Ovary cell recombinant protein glycosylation | |
Baghini et al. | Recent advances in the application of genetic and epigenetic modalities in the improvement of antibody-producing cell lines | |
Page | Investigating the consequences of exogenous expression of unfolded protein response components in recombinant Chinese hamster ovary cells | |
Johari | Cell Line and Process Development for Improved Transient Production of a" Difficult-to-Express" Fusion Protein by CHO Cells | |
Zong et al. | Producing defucosylated antibodies with enhanced in vitro ADCC via FUT8 knockout CHO-S cells |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A529 | Written submission of copy of amendment under article 34 pct |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A529 Effective date: 20170316 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180524 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190425 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190725 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20191202 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200301 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20200311 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200710 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20200710 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422 Effective date: 20200710 |
|
C11 | Written invitation by the commissioner to file amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C11 Effective date: 20200722 |
|
C12 | Written invitation by the commissioner to file intermediate amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C12 Effective date: 20200722 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200729 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200818 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20200818 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20200908 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20200909 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20201001 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20201028 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6796773 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |