JP6762539B2 - Ocln−arhgap26遺伝子の検出方法 - Google Patents
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Description
[1]被験者から得た試料中の、下記(1)又は(2)のいずれかに記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含む、オクルディン(OCLN)遺伝子とロージーティーピーアーゼアクティベーティングプロテイン26(ARHGAP26)遺伝子との融合遺伝子の検出方法:
(1)配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)配列番号2に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、あるいは、配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含むポリペプチド。
[2]前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチドである、[1]に記載の方法。
[3]前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチド、あるいは、配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチドである、[1]に記載の方法。
[4]前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、[1]に記載の方法。
[5]被験者から得た試料中の、配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含む、OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子の検出方法。
[6]検出対象ポリヌクレオチドが検出された場合に、OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子が存在すると判定する工程をさらに包含する、[1]〜[5]のいずれかに記載の方法。
[7]検出対象ポリヌクレオチドを検出するために、被験者から得た試料中の核酸を増幅させる工程、又は、被験者から得た試料中の核酸にプローブをハイブリダイズさせる工程をさらに包含する、[1]〜[6]のいずれかに記載の方法。
[8]以下のプライマーセットを用いて、被験者から得た試料中の核酸を増幅させる工程を包含する、[7]に記載の方法:
OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、OCLNをコードする部分から設計されるセンスプライマー及びARHGAP26をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含み、該アンチセンスプライマーは、検出対象ポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなり、該センスプライマーは、検出対象ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなる、プライマーセット。
[9]センスプライマーが、配列番号1の塩基番号1から891からなるポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなり、アンチセンスプライマーが、配列番号1の塩基番号892から2064からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなる、[8]に記載の方法。
[10]以下のプライマーセットを用いて、被験者から得た試料中の核酸を増幅させる工程を包含する、[7]〜[9]に記載の方法:
OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、センスプライマーが、配列番号1の塩基番号1から891間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなり、アンチセンスプライマーが、配列番号1の塩基番号892から2064間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなる、プライマーセット。
[11]目的とするサイズの増幅された核酸断片が得られたか否かを検出する工程をさらに包含する、[7]〜[10]のいずれかに記載の方法。
[12]目的とするサイズの増幅された核酸断片が得られた場合にOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子が存在すると判定する工程をさらに包含する、[11]に記載の方法。
[13]増幅された核酸断片の塩基配列を決定する工程をさらに包含する、[7]〜[10]のいずれかに記載の方法。
[14]増幅された核酸断片がOCLNをコードする部分の塩基配列とARHGAP26をコードする部分の塩基配列とを同一断片に含む場合にOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子が存在すると判定する工程をさらに包含する、[13]に記載の方法。
[15]前記ポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含むプローブを、被験者から得た試料中の核酸にハイブリダイズさせる工程を包含する、[7]に記載の方法。
[16]被験者から得た試料、前記ポリヌクレオチドのOCLNをコードする部分から設計されるプローブ、及び前記ポリヌクレオチドのARHGAP26をコードする部分から設計されるプローブを用いてインサイチュハイブリダイゼーションを行う工程を包含する、[15]に記載の方法。
[17]OCLNをコードする部分から設計される複数種のプローブ、及びARHGAP26をコードする部分から設計される複数種のプローブを用いる、[16]に記載の方法。
[18]被験者から得た試料中の核酸にプローブをハイブリダイズさせる工程において、配列番号1の塩基番号1〜891の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種、及び配列番号1の塩基番号892〜2064の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種用いる、[7]、[16]又は[17]に記載の方法。
[19]ハイブリダイゼーションのシグナルを増幅させる工程をさらに包含する、[16]〜[18]のいずれかに記載の方法。
[20]OCLNをコードする部分から設計されるプローブからのシグナルとARHGAP26をコードする部分から設計されるプローブからのシグナルとのシグナルの重なりを検出する工程をさらに包含する、[16]〜[19]のいずれかに記載の方法。
[21]2つのシグナルが同じ場所にあることが検出された場合にOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子が存在すると判定する工程をさらに包含する、[20]に記載の方法。
[22]被験者から試料を得る工程を包含する、[1]〜[21]のいずれかに記載の方法。
[23]被験者ががん患者である、[1]〜[22]のいずれかに記載の方法。
[24]がんが胃癌である、[23]に記載の方法。
[25]被験者におけるがんの存在を検出する方法であって、[1]〜[21]のいずれかに記載の工程を包含する、方法。
[26]被験者から試料を得る工程を包含する、[25]に記載の方法。
[27]がんが胃癌である、[25]又は[26]に記載の方法。
[28]被験者におけるがんを診断する方法であって、[1]〜[21]のいずれかに記載の工程を包含する、方法。
[29]被験者から試料を得る工程を包含する、[28]に記載の方法。
[30]OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子が被験者から得た試料から検出された場合に該被験者ががんに罹患している可能性が高いと判定する工程をさらに包含する、[28]又は[29]に記載の方法。
[31]がんが胃癌である、[28]又は[29]に記載の方法。
[32]OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子が被験者から得た試料から検出された場合に該被験者が胃癌に罹患している可能性が高いと判定する工程をさらに包含する、[29]に記載の方法。
[33]ARHGAP26機能阻害剤、及び/又はOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子により惹起される異常シグナルを遮断する薬剤による治療の適応対象となる被験者を同定する方法であって、該被験者はがん患者であり、[1]〜[21]のいずれかに記載の工程を包含する、方法。
[34]被験者から試料を得る工程を包含する、[33]に記載の方法。
[35]OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子が被験者から得た試料から検出された場合に該被験者がARHGAP26阻害剤、及び/又はOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子により惹起される異常シグナルを遮断する薬剤による治療の適応対象であると判定する工程をさらに包含する、[33]又は[34]に記載の方法。
[36]がんが胃癌である、[33]〜[35]のいずれかに記載の方法。
[37]被験者から得た試料中のOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、OCLNをコードする部分から設計されるセンスプライマー及びARHGAP26をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含み、該アンチセンスプライマーは、[1]〜[5]のいずれかに記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなり、該センスプライマーは、該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなる、プライマーセット。
[38]センスプライマーが、配列番号1の塩基番号1から891からなるポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなり、アンチセンスプライマーが、配列番号1の塩基番号892から2064からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなる、[37]に記載のプライマーセット。
[39]被験者から得た試料中のOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、[1]〜[5]のいずれかに記載のポリヌクレオチドのOCLNをコードする部分から設計されるセンスプライマー及びARHGAP26をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、プライマーセット。
[40]センスプライマーが、配列番号1の塩基番号1から891間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなり、アンチセンスプライマーが、配列番号1の塩基番号892から2064間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなる、[37]〜[39]のいずれかに記載のプライマーセット。
[41]被験者ががん患者である、[37]〜[40]のいずれかに記載のプライマーセット。
[42]がんが胃癌である、[41]に記載のプライマーセット。
[43]被験者から得た試料中のOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプローブであって、[1]〜[5]のいずれかに記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、プローブ。
[44][43]に記載のプローブを複数含むプローブセットであって、[1]〜[5]のいずれかに記載のポリヌクレオチドのOCLNをコードする部分から設計されるプローブ及びARHGAP26をコードする部分から設計されるプローブを含む、プローブセット。
[45]OCLNをコードする部分から設計される複数種のプローブ、及びARHGAP26をコードする部分から設計される複数種のプローブを含む、[44]に記載のプローブセット。
[46]配列番号1の塩基番号1〜891の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種、及び配列番号1の塩基番号892〜2064の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種含む、[44]又は[45]のプローブセット。
[47]被験者ががん患者である、[43]〜[46]のいずれかに記載のプローブ又はプローブセット。
[48]がんが胃癌である、[47]に記載のプローブ又はプローブセット。
[49]被験者から得た試料中のOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するための検出用キットであって、[37]〜[40]のいずれかに記載のプライマーセットを含む、融合遺伝子の検出用キット。
[50]被験者から得た試料中のOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するための検出用キットであって、[43]〜[46]のいずれかに記載のプローブ又はプローブセットを含む、検出用キット。
[51]ハイブリダイゼーションのシグナルを増幅する試薬をさらに含む、[50]に記載の検出用キット。
[52]被験者ががん患者である、[49]〜[51]のいずれかに記載の検出用キット。
[53]がんが胃癌である、[52]に記載の検出用キット。
[54]被験者から得た試料中の、下記(1)又は(2)のいずれかに記載のポリペプチドの存在を検出する工程を含む、OCLNとARHGAP26との融合蛋白質の検出方法:
(1)配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)配列番号2に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、あるいは、配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含むポリペプチド。
[55]前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチドである、[54]に記載の方法。
[56]前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチド、あるいは、配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチドである、[54]に記載の方法。
[57]前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、[54]に記載の方法。
[58]被験者から得た試料中の、配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドの存在を検出する工程を含む、OCLNとARHGAP26との融合蛋白質の検出方法。
[59]前記ポリペプチドの存在を検出する工程が、被験者から得た試料に該ポリペプチドのOCLN遺伝子由来部分を認識する抗体(一次抗体)及び該ポリペプチドのARHGAP26遺伝子由来部分を認識する抗体(一次抗体)を接触させる工程を含むことを特徴とする、[54]〜[58]のいずれかに記載の方法。
[60]下記i)〜v)に記載の工程をさらに包含する、[59]に記載の方法:
i)一次抗体にそれぞれ結合する、オリゴヌクレオチドが連結された二次抗体を添加する工程、ii)該二次抗体に連結された該オリゴヌクレオチドと部分的に相補的な二種類のオリゴヌクレオチド及びそれらが近接した際に該二種類のオリゴヌクレオチドをライゲーションさせて環状構造を形成することができるライゲースを含有するライゲーション溶液を添加し、ライゲーション反応させる工程、iii)形成された環状構造に沿って核酸を伸長させる工程、iv)伸長した核酸にハイブリダイズすることのできる標識されたオリゴヌクレオチドプローブをハイブリダイズさせる工程、及び、v)該標識シグナルを検出する工程。
[61]被験者から試料を得る工程を包含する、[54]〜[60]のいずれかに記載の方法。
[62]被験者ががん患者である、[54]〜[61]のいずれかに記載の方法。
[63]がんが胃癌である、[62]に記載の方法。
[64]被験者におけるがんの存在を検出する方法であって、[54]〜[60]のいずれかに記載の工程を包含する、方法。
[65]被験者から試料を得る工程を包含する、[64]に記載の方法。
[66]がんが胃癌である、[64]又は[65]に記載の方法。
[67]被験者におけるがんを診断する方法であって、[54]〜[60]のいずれかに記載の工程を包含する、方法。
[68]被験者から試料を得る工程を包含する、[67]に記載の方法。
[69]OCLNとARHGAP26との融合蛋白質が被験者から得た試料から検出された場合に該被験者ががんに罹患している可能性が高いと判定する工程をさらに包含する、[67]又は[68]に記載の方法。
[70]がんが胃癌である、[67]又は[68]に記載の方法。
[71]OCLNとARHGAP26との融合蛋白質が被験者から得た試料から検出された場合に該被験者が胃癌に罹患している可能性が高いと判定する工程をさらに包含する、[68]に記載の方法。
[72]ARHGAP26機能阻害剤、及び/又はOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子により惹起される異常シグナルを遮断する薬剤による治療の適応対象となる被験者を同定する方法であって、該被験者はがん患者であり、[54]〜[60]のいずれかに記載の工程を包含する、方法。
[73]被験者から試料を得る工程を包含する、[72]に記載の方法。
[74]OCLNとARHGAP26との融合蛋白質が被験者から得た試料から検出された場合に該被験者がARHGAP26阻害剤、及び/又はOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子により惹起される異常シグナルを遮断する薬剤による治療の適応対象であると判定する工程をさらに包含する、[72]又は[73]に記載の方法。
[75]がんが胃癌である、[72]〜[74]のいずれかに記載の方法。
[76]被験者から得た試料中のOCLNとARHGAP26との融合蛋白質を検出するための検出用キットであって、[54]〜[58]のいずれかに記載のポリペプチドのOCLN遺伝子由来部分を認識する抗体(一次抗体)及び該ポリペプチドのARHGAP26遺伝子由来部分を認識する抗体(一次抗体)を含む、融合蛋白質の検出用キット。
[77]一次抗体にそれぞれ結合する、オリゴヌクレオチドが連結された二次抗体、該二次抗体に連結された該オリゴヌクレオチドと部分的に相補的な二種類のオリゴヌクレオチド、それらが近接した際に該二種類のオリゴヌクレオチドをライゲーションさせて環状構造を形成することができるライゲース、及び標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含む、[76]に記載の検出用キット。
[78]被験者ががん患者である、[76]又は[77]に記載の検出用キット。
[79]がんが胃癌である、[78]に記載の検出用キット。
[80]下記(1)〜(3)のいずれかに記載のポリペプチド又は該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド:
(1)配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含むポリペプチド;並びに、
(3)配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。
[81]腫瘍進展能を有する[80]に記載のポリペプチド又は該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
本発明の検出方法には、融合遺伝子の検出方法と、融合遺伝子にコードされる融合蛋白質の検出方法とが含まれる。本発明の融合遺伝子の検出方法又は本発明の融合蛋白質の検出方法は、被験者から得た試料中の、特定のポリヌクレオチド又はポリペプチドの存在を検出する工程を含む。
(1)配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチド。
Gap penalty = 10
Extend penalty = 0.5
Matrix = EBLOSUM62
(1)配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチド;
(3)配列番号2に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチド;並びに
(4)配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。
配列番号1の塩基番号1〜891の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種(好ましくは10〜25種、より好ましくは18〜22種、さらに好ましくは20種のプローブペア)、及び配列番号1の塩基番号892〜2064の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種(好ましくは10〜25種、より好ましくは18〜22種、さらに好ましくは20種のプローブペア)。
本発明は、本発明の検出方法で使用されるプライマーセット、プローブ、プローブセット及び検出用キットを包含する。
配列番号1の塩基番号1から891からなるポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号1の塩基番号892から2064からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。
配列番号1の塩基番号1から891間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなるセンスプライマー及び配列番号1の塩基番号892から2064間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなるアンチセンスプライマーのプライマーセット。
配列番号1の塩基番号1〜891の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的なオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種(好ましくは10〜25種、より好ましくは18〜22種、さらに好ましくは20種のプローブペア)、及び配列番号1の塩基番号892〜2064の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的なオリゴヌクレオチドを含む隣接したプローブペアを複数種(好ましくは10〜25種、より好ましくは18〜22種、さらに好ましくは20種のプローブペア)。
胃癌細胞株OKAJIMA(広島大学医学部病理学第一講座(現広島大学大学院・医歯薬保健学研究院・分子病理学研究室)から譲受)から調製したtotal RNAに対して、逆転写酵素(SuperScriptIII;ライフテクノロジーズ社)及びオリゴ(dT)プライマー(オリゴ(dT)20プライマー;ライフテクノロジーズ社)を用いて、試薬の標準プロトコールに従って逆転写反応を行い、cDNAを合成した。
実施例1に示したOCLN−ARHGAP26融合遺伝子を発現する胃癌細胞株OKAJIMAを10%ウシ血清(ギブコ社)含有RPMI−1640培地(和光純薬)で培養後、遺伝子導入試薬DharmaFECT1(GEヘルスケア社)の標準プロトコールに従って目的のsiRNAの導入を行った。具体的には、上記癌細胞を6ウェルプレート(140675、ヌンク社)に1ウェルあたり2×105細胞播種した後、ARHGAP26を標的とするsiRNA(s23013、ライフテクノロジーズ社)及びコントロールsiRNA(AM4611、ライフテクノロジーズ社)を75pmol(終濃度75nM)となるようそれぞれ細胞に添加し、37℃、5%CO2環境下で120時間培養した(以下、コントロールsiRNAを遺伝子導入した群をControl siRNA群、ARHGAP26を標的とするsiRNAを遺伝子導入した群をARHGAP26 siRNA群と称する)。
実施例1に示したOCLN−ARHGAP26融合遺伝子を発現する胃癌細胞株OKAJIMAに加えて、胃癌細胞株KATO−III(JCRB0611、JCRB細胞バンク)及びHSC−39(国立がん研究センター研究所動物実験部門から譲受)、並びに国立がん研究センター研究所バイオマーカー探索部門にて樹立済みの胃癌細胞株NSC−9C、NSC−6C及びNSC−16Cから調製したtotal RNAに対して、逆転写酵素(SuperScriptIII;ライフテクノロジーズ社)及びオリゴ(dT)プライマー(オリゴ(dT)20プライマー;ライフテクノロジーズ社)を用いて、試薬の標準プロトコールに従って逆転写反応を行い、cDNAを合成した。
実施例1に示したOCLN−ARHGAP26融合遺伝子を発現する胃癌細胞株OKAJIMAを10%ウシ血清含有RPMI−1640培地で培養後、遺伝子導入試薬DharmaFECT1(T2001−03、GEヘルスケア社)の標準プロトコールに従って目的のsiRNAの導入を行った。具体的には、上記癌細胞を12ウェルプレート(3815−012、旭テクノグラス社)に1ウェルあたり2×105の細胞を播種した後、OCLNを標的とした2種のsiRNA(Ambion s9814及びs458015(共にライフテクノロジーズ社))、ARHGAP26を標的とした3種のsiRNA(Ambion s23013、s23015(共にライフテクノロジーズ社)、及びSI03077690(キアゲン社))を75pmol(終濃度75nM)となるようそれぞれ細胞に添加し、37℃、5%CO2環境下で72時間培養した。同時にネガティブコントロールsiRNAとしてAllStars Negative Control siRNA(1027280、キアゲン社)を、細胞死のポジティブコントロールsiRNAとしてKIF11を標的とするsiRNA(SI02653770、キアゲン社)を、同様にそれぞれ細胞に添加し、37℃、5%CO2環境下で72時間培養した。ARHGAP26を標的とするsiRNAのうちs23015については、その配列から野生型ARHGAP26のみを標的とし、OCLN−ARHGAP26を標的とはしないことが予想された。
Claims (12)
- 被験者から得た試料中の、下記(1)又は(2)のいずれかに記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在を検出する工程を含む、オクルディン(OCLN)遺伝子とロージーティーピーアーゼアクティベーティングプロテイン26(ARHGAP26)遺伝子との融合遺伝子の検出方法:
(1)配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(2)配列番号2に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、あるいは、配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含むポリペプチド。 - 前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列との同一性が90%以上であるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチドである、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチド、あるいは、配列番号2に示されるアミノ酸配列において、1〜10個のアミノ酸が欠失、置換、挿入、及び/又は付加されたアミノ酸配列を含み、しかも腫瘍進展能を有するポリペプチドである、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリペプチドが、配列番号2に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドを検出するために、被験者から得た試料中の核酸を増幅させる工程、又は、被験者から得た試料中の核酸にプローブをハイブリダイズさせる工程をさらに包含する、請求項1〜4のいずれかに記載の方法。
- 以下のプライマーセットを用いて、被験者から得た試料中の核酸を増幅させる工程を包含する、請求項5に記載の方法:
OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、OCLNをコードする部分から設計されるセンスプライマー及びARHGAP26をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含み、該アンチセンスプライマーは、検出対象ポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなり、該センスプライマーは、検出対象ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなる、プライマーセット。 - 以下のプライマーセットを用いて、被験者から得た試料中の核酸を増幅させる工程を包含する、請求項5に記載の方法:
OCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、センスプライマーが、配列番号1の塩基番号1から891間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなり、アンチセンスプライマーが、配列番号1の塩基番号892から2064間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなる、プライマーセット。 - 被験者ががん患者である、請求項1〜7のいずれかに記載の方法。
- がんが胃癌である、請求項8に記載の方法。
- 被験者から得た試料中のOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、OCLNをコードする部分から設計されるセンスプライマー及びARHGAP26をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含み、該アンチセンスプライマーは、請求項1〜4のいずれかに記載のポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなり、該センスプライマーは、該ポリヌクレオチドの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなる、プライマーセット。
- 被験者から得た試料中のOCLN遺伝子とARHGAP26遺伝子との融合遺伝子を検出するためのプライマーセットであって、請求項1〜4のいずれかに記載のポリヌクレオチドのOCLNをコードする部分から設計されるセンスプライマー及びARHGAP26をコードする部分から設計されるアンチセンスプライマーを含む、プライマーセット。
- センスプライマーが、配列番号1の塩基番号1から891間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドからなり、アンチセンスプライマーが、配列番号1の塩基番号892から2064間の任意の連続する少なくとも16塩基のオリゴヌクレオチドに対して相補的であるオリゴヌクレオチドからなる、請求項11に記載のプライマーセット。
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