JP6728294B2 - たんぱく質精製の新規な方法 - Google Patents
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Description
ここに開示する本発明は、部分的に政府資金援助を受けてなされ、政府は本発明において特定の権利を有するものである。具体的には、ここに開示する本発明の数部分は、部分的に、米国国立保健研究所による契約番号No. N01-AI-60015Cの下で資金援助を受けた。
本開示は、概して、細胞培養物から細胞内たんぱく質を得るための新規な方法及び試薬に関する。
タンパク質の大規模精製を取り巻く懸念は、バイオテクノロジー産業にとってますます重要な問題である。例えばゴーシェ病、ファブリー病及びポンペ病などの異栄養性表皮水疱症、及びリソソーム貯蔵障害を含め、数多くの障害が、たんぱく質又は酵素置換療法の対象になってきた。患者に供給する必要のある大規模たんぱく質生成は原価重視で、生成効率を有し、高い品質の製品を生まねばならない。たんぱく質精製の過程は長時間であり、面倒な上に費用もかかる。これらの短所はたんぱく質置換療法の費用に大きく影響し、一般的な保健にとって大きな課題を呈する。
本開示は、(i)培養培地から細胞を取り出すことなく、(ii)細胞の機械的破壊を用いることなく、又は、細胞壁を破壊するために酵素を用いることなく;そして(iii)細胞集団を硬化させて濃縮ペレット型にすることなく、培養培地中に存在する細菌細胞、特にE. coliから目的の細胞内たんぱく質を精製するための新規な方法と、該方法に関する試薬を提供するものである。
ここに記載する方法は概して、細菌細胞、特にE. coliから細胞内たんぱく質を放出させるために用いることができる。ここに記載する例は、E. coliからの DAS181 (Malakhov et al., Antimicrob. Agents Chemother., 1470-1479 (2006))の放出に関する。DAS181は融合タンパク質であり、ヒトアンフィレギュリン由来のヘパリン(グリコサミノグリカン、又はGAG)結合ドメインを、そのN末端で、アクチノミセス-ヴィスコサス(原語:Actinomyces Viscosus )(例えば SEQ ID NO: 1(アミノ末端メチオニンなし)及び SEQ ID NO: 2(アミノ末端メチオニンを含む)に記載されたアミノ酸の配列) の触媒ドメインのC末端に融合させて含む。ここで記載された遺伝子操作された細胞は、DAS181たんぱく質をコードする一つ以上の核酸を含有する。DAS181のin vivo産生、又はここで記載するポリペプチドのいずれかの組換え産生に適する細胞は、細菌のものでも、真菌由来のものでもよい。
In-situ界面活性剤可溶化
所望のたんぱく質発現のために充分な培養を行った後、反応器内への供給添加及び気流を停止させ、撹拌速度を100から250rpmへ下げることにより、培養物を回収する。温度は、透過可能化ステップに備えて15℃乃至45℃の範囲に設定する。いくつかの場合では、温度を30℃に設定してもよい。これはまた本開示中では予備処理ステップとしても言及される。無機塩(例えばリン酸ナトリウム、硫酸アンモニウム、及び塩化ナトリウム)を10-100 mMの範囲の最終濃度まで添加することができる。いくつかの実施態様では、無機塩の最終濃度は50 mMである。溶液を少なくとも10分間又は少なくとも20分間、混合させる。エチレンジアミン四酢酸(EDTA)などのキレート剤を50-200 mM の範囲の最終濃度まで添加し、少なくとも10分間又は少なくとも20分間、混合する。いくつかの実施態様では、EDTA を100 mM (例えば50 nM-250 nM)の最終濃度まで添加する。pHを次に5.0-6.0 (例えばリン酸を用いるなどにより)に調節することができる。いくつかの実施態様では、pH を6に調節する。材料を少なくとも10分間(例えば30分間乃至180分間又はそれ以上の範囲の時間の量) 、混合しながら(例えば400-450 rpmの混合速度で)インキュベートする。本方法のいくつかの実施態様では、材料を60分間、インキュベートする。界面活性剤(例えばトリトン、SDS、CHAPS 3、Nonidet P40、n-オクチルグルコシド、及びトゥイーン-20)又は界面活性剤の組合せ、例えばドデシル硫酸ナトリウム (SDS)トリトン-X 100を混合物に加える。トリトン-X 100 を0.01-1% SDSと一緒に組み合わせて2-15%の範囲、用いてもよい。いくつかの実施態様では、10% SDS 溶液を次に0.1% の最終濃度まで添加し、Triton X-100 を同時に7%の最終濃度まで添加する。該溶液を、15-45oCの範囲の温度で中程度の速度で1乃至5時間の範囲の時間量、混合することができる。いくつかの実施態様では、該溶液を30℃で中程度の速度で3時間、混合する。
界面活性剤の組合せ中でのインキュベート後、混合物温度を22℃まで下げる。10パーセント (10%) PEI、pH 6.0ストック溶液を次に0.5%の最終濃度まで添加する。該溶液は、22℃で6乃至24時間の範囲の時間量、混合することができる。いくつかの実施態様では、該溶液を22℃で6乃至12時間、混合する。本方法の別の実施態様では、該溶液を22℃で6乃至8時間を目的として混合する。該混合物をその後、Sharples AS-14 (流速: 1 L/分)を用いた連続流遠心分離により、清澄させる。該混合物の混濁度(OD600nm) をT=0で測定する。たんぱく質精製プロセス開始前に、該混合物を選択的に一晩、周囲温度に維持することができる。
本発明は更に以下の実施例で解説するが、以下の実施例は、本請求項に記載された本発明の範囲を限定するものではない。
界面活性剤可溶化法に比較したときのホモジナイゼーションで生ずるたんぱく質の収率及び品質
広範な調査を行って、機械的ホモジナイゼーションを含むプロトコルに代わる流線型の代替法として、細胞から目的のたんぱく質DAS181のin situ放出のための可溶化を最適化した。ホモジナイゼーションに比較した場合の可溶化は、細胞単離、細胞洗浄、再懸濁、及びホモジナイゼーションのステップなしで、細胞からのDAS181の放出を可能にすることにより、加工時間を減じるであろう。実施例1の詳細は、ホモジナイゼーションに比較したときの可溶化法と、たんぱく質収率や、精製後のたんぱく質の品質に関するその後の結果を解説している。可溶化法及びホモジナイゼーションの両者の方法を示すフローチャートは図2に提示されている。
発酵物20100201 F2 (F2) 及び20100201 F3 (F3) を誘導から24時間後に回収した。発酵物をプールし、二つのアリクォートに分けた。各アリクォートに可溶化法又は現行のホモジナイゼーションを行った。
たんぱく質発現及び精製のための界面活性剤可溶化法の最適化
新規な界面活性剤可溶化プロトコルの最適化は、DAS181薬物物質の純度を確実に充分かつ再現可能にするためだった。SP捕獲カラムの洗浄は、再生が確実に充分になるように、NaClの代わりにカオトロピック剤であるグアニジンを用いるとより有効になされた。更に、SP溶出物中のDAS181回収率は、セファロース樹脂を添加する前の遠心分離上清の希釈度を増すことにより、向上した。Hexyl-650C樹脂に依る疎水性相互作用クロマトグラフィーは、添加能力の増加によって更に最適化された。ろ過及び研磨段階は、マルチモード強力陰イオン交換樹脂を用いた単一のクロマトグラフィー操作に置き換えられた。
発酵試料20110523F2 及び 20110613F2 は誘導24時間後に回収された。撹拌は250 rpmに設定された。二相性七水和リン酸ナトリウム及びpH8.7の1 M EDTA 遊離酸を最終濃度50 mM 及び100 mMまで添加した。撹拌を350 rpmに上昇させ、リン酸を添加してpHを 6.0 に調節した。この混合物を1時間、インキュベートしてから、撹拌を 400 rpmに上昇させ、SDS 及びTriton X-100 をそれぞれ0.1% 及び7%の最終濃度まで添加した。界面活性剤透過可能化から3時間後に透過可能化ライセートの温度を22℃まで下げた。pH6の10パーセント(10%) PEIを最終濃度0.5%まで添加した。この材料を6時間、インキュベートしてから分離した。その結果の上清を更なる精製法を用いてろ過した。清澄した界面活性剤透過可能化ライセートを125% 体積から最終的な2 M 尿素濃度まで希釈した。
最終的な最適化された回収及び精製プロセスを図4に要約する。新規な界面活性剤プロトコルの二つの別々の操作(ランA及びランB)を並行して行い、分析して当該プロトコルの最適化を推断した。ランA(図5A−5C)及びランB(図5D−5F)からの精製中間物のクーマシー・ブルー、銀染色によるSDS-PAGE、及びウェスタン・ブロット解析は、精製が進むにつて、純度が段階的に増すことを示していた。ランA及びBから精製された最終的なDAS181薬物物質は、クーマシー・ブルーによるSDS-PAGEで検出されたDAS181参考基準に匹敵していた。しかしながら、銀染色検出では、ランA及びBの試料から出た主要なバンドの下方にいくつかの僅かに染色されたバンドが見出され、不純物が示された。反対に、ランA及びBは、参考基準よりも少ない量の高分子量不純物を有していた。これらのバンドのいずれも、クーマシー染色検出では可視でなかった。SDS-PAGE /クーマシー・ブルー解析(図6A)へのたんぱく質添加量を増すと、ランA及びBからの薬物物質は、参考基準に匹敵することが明らかになった。50kDa近くの一本の主要なDAS181 バンドがみとめられたが、コントラストを強調した接近画像では、各添加された試料について主要なバンドのすぐ下方に小さなバンドがみとめられた。これは、ゲルに過剰添加したことによる人工物の可能性がある。多様な量の参考基準(8 ng 乃至20μg)を添加した別のゲルは、コロイド状の青色染色によるSDS PAGEは、20ngという低い量のたんぱく質添加物も検出できたことを実証した(図6B)。ランA及びBからの20μgの薬物物質を添加したレーンは、コロイド状青色検出による可視できるバンドは他にないことを示した(図5)。従って、薬物物質レーン中で銀染色を用いて検出された小さな不純物のバンドは、試料添加量の0.1%未満を占め(図5A−F)たが、なぜなら20ngのレベルに達したバンドは、コロイド状クーマシー・ブルー染色で可視化されただろうからである。
界面活性剤可溶化たんぱく質精製法の試薬の最適化パラメータ
界面活性剤可溶化プロトコルの様々な試薬の多様なパラメータを検定して、たんぱく質収率に基づいて検定の最適化のために比較した。まず、限られた範囲のSDS濃度と組み合わせた多様な濃度のトリトンを選択して、DAS181回収率について評価した。更に、多様な組合せのリン酸ナトリウム及びEDTA予備処置をpH6で、7%のトリトンX-100及び0.1%のSDSを用いた界面活性剤可溶化法により、DAS181回収に対する効果について調べた。加えて、PEI処置の時間が、室温で最長5日間に上る保持時間中のDAS181の特徴に影響するかどうかを判定した。最後に、4℃で保存された、DAS181清澄化界面活性剤可溶化物の安定性を評価し、大規模製造用のSPクロマトグラフィー前に、許容できる保持時間を判定するために用いた。
界面活性剤濃縮分析: 発酵液をアリクォートし、界面活性剤可溶化精製法を行った。
発酵液は24時間の誘導後に採集された。pH8.7の二相性の七水和リン酸ナトリウム及びEDTA遊離酸を多様な濃度の組合せで添加した。試料に界面活性剤可溶化プロトコルを行った。上清を陽イオン交換HPLCにかけた。相対的ピーク面積(総ピーク面積の%)をピークA、C,及びFについて判定した。DAS181濃度は、既知の濃度の基準に対して総ピーク面積を比較することによって判定され、この濃度を、発酵液採集収率に正規化して回収率を得た(採集の%)。
発酵液を24時間の誘導後に採集した。試料に界面活性剤可溶化プロトコルを行った。PEIを最終濃度0.5%まで添加した。試料を多様な間隔と置いて発酵器から取り出した。上清にOD測定及び更なる精製法を行った。
PEI清澄後透過可能化物保存時間の評価: この研究で用いられた開始材料は、発酵作業から出た更に精製済みの透過可能化物だった。これらの試料に更なる精製法を行った。
界面活性剤濃度分析:
界面活性剤トリトン及びSDSを、界面活性化可溶化プロトコル中に様々な濃度の組合せで添加した。結果的なDAS181の収率を表8に要約する。
その濃度の因子としては収率に影響しなかった。8% のトリトンX-100では、すべてのSDS濃度にわたって73%の平均収量回収率で、より狭い標準偏差のある、明確な回収率増加があった。従ってより高い濃度が調査された。安定な収率は5-9% トリトン X-100であることがみとめられた。収率は、9% トリトンX-100よりも高い濃度で減少し始めた。高いSDS濃度でのDAS181収率の減少傾向も認められた。試料採取中、9% を超えるトリトンX-100を含有する界面活性剤処置は、より低いトリトンX-100 濃度の試料よりも粘性が高いことが観察された。
当該データは、七水和リン酸ナトリウム及びEDTAの濃度を上昇させるとDAS181放出が概ね増加したことを示している(表11)。更に、pH6の透過可能化前に予備処置をしなかったコントロール試料では、DAS181放出はほとんどないか、又は全くないことが観察された。所定の予備処置濃度の50 mM リン酸ナトリウム及び100 mM EDTA でpH5で予備処置すると、pH6の同じ条件とほぼ同じパーセント回収率のDAS181が得られた(表11)。
室温に保持された、PEI処置から清澄させた上清の混濁度は保持時間を長くすると上昇する(表12)。混濁度の上昇は、PEI処置時間の最も短い試料中で最大であり、混濁度の変化は、PEI処置時間がより長い試料中で最も小さかったことから、PEI処置時間が長くなると、沈殿物形成の少ない、清澄した材料が生じたことが確認された。7時間を超えるPEI処置は、24時間以内の混濁度上昇が最も小さくなり、20時間を超えるPEI処置では、測定された120時間という最長時間まで最高となる (OD600nm < 2.0) 。PEI処置時間が7時間を超える場合と比較すると、6時間未満のPEI処置では120時間で混濁度OD600nm は3.0 を越え、 24時間では混濁度は僅かに上昇した。
付加的に精製された清澄化後界面活性剤透過可能化物の混濁度は、4℃での1週間の保存後も上昇しなかった(表14)。混濁度は保存の第1週から第2週で46%、第2週から第3週で約7%、上昇した。
DAS 181 (アミノ末端のMetなし)
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本発明は詳細な説明との関連で解説されてきたが、前述の解説は描写を目的としたものであり、本発明の範囲を限定するものであり、本発明の範囲は付属の請求項の範囲によって定義されるものと理解されている。他の局面、利点、及び変更は、以下の請求項の範囲内にある。
Claims (1)
- 目的のたんぱく質を発現する細菌細胞又は真菌から細胞内の目的たんぱく質を放出させる方法であって、
(a)細胞内の目的のたんぱく質を発現する細胞の培養物を提供するステップと;
(b1)前記培養物を無機塩と接触させるステップ;前記添加された無機塩を含有する前記培養物を少なくとも10分間、保持するステップ;前記添加された無機塩を含有する前記培養物をキレート剤に接触させるステップと;又は
(b2)前記培養物を無機塩及びキレート剤に接触させるステップと;
(c)前記添加された無機塩及び添加されたキレート剤を含有する前記培養物を少なくとも10分間、保持するステップと;
(d)選択的に、前記添加された無機塩及び添加されたキレート剤を含有する前記培養物のpHを4乃至9の間のpHに調節するステップと;そして選択的に、前記添加された無機塩及び添加されたキレート剤を含有する前記培養物を少なくとも15分間、保持するステップと;
(e)前記添加された無機塩及び添加されたキレート剤を含有する前記培養物を界面活性剤に接触させるステップと;
(f)前記添加された無機塩、添加されたキレート剤、及び前記添加された界面活性剤を含有する前記培養物を少なくとも1時間、保持するステップと;
(g)選択的に、前記添加された無機塩、添加されたキレート剤、及び前記添加された界面活性剤を含有する前記培養物の温度を下げるステップと;
(h)前記添加された無機塩、添加されたキレート剤、及び前記添加された界面活性剤を含有する前記培養物を沈殿剤に接触させるステップと;
(i)前記添加された無機塩、添加されたキレート剤、前記添加された界面活性剤、及び前記添加された沈殿剤を含有する前記培養物を少なくとも1時間、保持するステップと;
(j)前記添加された無機塩、添加されたキレート剤、前記添加された界面活性剤、及び前記添加された沈殿剤を含有する前記培養物に、細胞片の実質的部分を取り除く方法を行うことで、目的のたんぱく質を含む組成物を提供するステップと;
(k)遊離された前記目的のたんぱく質をクロマトグラフィーにより精製するステップ
を含み、
前記方法が、(i)細胞の機械的破壊、(ii)培養培地の実質的全部を取り除くステップ、及び(iii)細胞壁物質を分解する酵素の添加、から成る群から選択される少なくとも二つのステップを含まない、方法。
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