JP6719582B2 - 標的遺伝子の検出のための微小流動装置 - Google Patents

標的遺伝子の検出のための微小流動装置 Download PDF

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Description

本発明は、標的遺伝子の検出のための微小流動装置に関するもので、より詳細には、遺伝子の検出を介した様々な病原菌を検出するにあたって、標的遺伝子を増幅させ、微小ビーズによって形成された空隙の詰まりや空隙のサイズが減る現象を用いて標的遺伝子を検出することができる標的遺伝子の検出のための微小流動装置に関する。
標的核酸の効率的な増幅は、核酸の検出だけでなく、DNAシーケンシング、クローニングなどにおいても非常に重要な要素である。核酸を増幅するための色々な方法が提案されており、その例としては、PCR(polymerase chain reaction)、LCR(ligase chain reaction)、SSR(self−sustained sequence replication)、NASBA(nucleic acid sequence based amplification)、およびSDA(strand displacement amplification)などがある。
これらの方法のうちの多くは、定量的な測定における精度が多少落ち、高価な機器を必要とし、特に、同時に一つ以上のターゲットを分析しようとする場合には、その程度がよりひどい。
これらの欠点を補完しようと開発されたものが等温核酸増幅反応(isothermal amplifcation)であり、特に等温反応中、RCA(rolling circle amplification)方法が多くの関心を受けている。すなわち、従来、円形DNAを増幅するためにPCRのようないくつかの技術が採用されたが、これらの方法は、多少時間がかかり効率が低下し、高価な費用と人力を消耗するという欠点があった。
PCR方法は、プライマー対、鋳型、ポリメラーゼ、およびdNTPを含む反応溶液中で、温度を高温に上げDNAを一本鎖に分離する変性過程、温度を下げ前記分離された各DNA一本鎖に相補的なプライマーを鋳型に結合させるアニーリング過程、再び温度を上げてポリメラーゼによる重合反応により新たな鎖を重合する過程からなり、この増幅を介してDNA鎖は指数関数的に増加する。しかし、PCR過程は、前記のようなステップを経るため、温度の変化を必然的に伴って、従って、PCRのための装置は、温度コントローラとヒーティング手段を備えなければならない。しかし、ラボオンチップ(lab−on−a−chip、LOC)などで標的核酸の増幅のためにPCRを用いる場合、LOCのための検出装置などの装置のほか、PCR反応のための温度コントローラ及びヒーターを別途に必要とするので、装置が複雑になり、装置の単価が高くなるという欠点がある。
これらの欠点を改善することができる方法として、色々な等温増幅法が提案された。LAMP(loop−mediated isothermal amplification)法は、このような等温増幅法の一つとして、六つの増幅プライマーを用いて、枝のある多重ループの生成物を生成させる。これらのLAMP法は、早期診断とバイオセンサーとして使用するのには多少制限があるのに、これはターゲットRNAを検出するために、初期のreverse transcriptase(RT)を使用するからである。
また、他の等温増幅法の一つとして、RCA方法が提案された。RCA方法は、前記のように、PCR増幅で要求される温度変化を要しないことで、等温状態で標的核酸の増幅が可能であるという利点を有する。したがって、増幅が要求される工程で、別の温度調節装置の要求なしに増幅が可能で、装置の複雑性とコストを減らすことができる。
LRCA(linear rolling circle amplification)方法は、標的DNA配列と開放円形プローブをハイブリダイズ(Hybridizing)させて複合体を形成した後、ライゲーション(Ligation)して増幅標的サークルを作った後、プライマー配列とDNAポリメラーゼを入れてくれる。そして、増幅標的サークルは、新しいDNAが形成された鋳型を形成し、プライマーから伸長させて増幅標的サークルに相補的な反復配列の続いた配列に延長することにより、一時間の間に数千コピーの核酸を作り上げる。
これをいっそう改善した方法が、ERCA(exponential RCA)方法である。 ERCAは、増幅標的サークルに相補的な複製された配列に結合する追加的なプライマー配列を用いて、新しい増幅中心を提供し、それにより幾何級数的に増加する増幅を提供する。ERCA方法はストランド置換(strand displacment)方法が連続する形態を用いるが、付加的なRCAなく、前記生成物に付着される個々の一本鎖の線形プライマーを用いて、初期の一本鎖RCA生成物を、他のDNA合成の鋳型として用いることに限定される。
また、他の方法として、molecular padlock probe(MPP)and rolling circle amplification(RCA)を用いた方法である(C. Larsson et al ,, Nat。Methods 2004、1、227)。この方法は、色々な利点を持っているが、高い特異性(specificity)とターゲット核酸配列を区別する過程を経て環状のMPPで相補的な核酸が増幅される特性を持っている。特に、RCA生成物の直接的なカップリングにより、別の精製過程なしで向上されたセンシング感度を提供する。簡単な化学的表面処理を介して、金や石英のような物質の表面にターゲット核酸プローブ(probes)を固定化することでRCA反応を表面から開始させることができる。
一方、2015年に公開されたHo Yeon Lee等の論文「DhITACT:DNA Hydrogel Formation by Isothermal Amplification of Complementary Target in Fluidic Channels(June 17、2015、Advanced Materials、Volume 27、Issue 23、Pages 3513−3517)は、微小チャンネルの底面にRCA反応面を準備して、試料溶液との反応時間を2時間程度待って一本鎖のDNAを長く生成させながら、多重のダンベル形状に自己組み立てられる特性を用いて、DNAがハイドロゲル(hydrogel)のように形成される特性を用いて、該チャネルには流動が排除される現象を用いた技術を開示している。
しかし、Ho Yeon Leeの論文に開示された技術の場合には、微小チャンネルの底面にRCA反応面を形成して、RAC反応面からの増幅によって全微細なチャンネルが詰まるまで反応を待たなければならないので検査時間が2時間以上程度かかる問題がある。
本発明は、前記のような問題を解消するために案出されたものであり、遺伝子の検出を介した様々な病原菌を検出するにあたって、標的遺伝子を増幅させ、微小ビーズによって形成された空隙の詰まりや空隙のサイズが減る現象を用いて、標的遺伝子を検出することにより、検出時間を大幅に減らすことができる標的遺伝子の検出のための微小流動装置を提供することにその目的がある。
また、様々な方法での検出を介して標的遺伝子の定量的な分析が可能な標的遺伝子の検出のための微小流動装置を提供することにその目的がある。
前記目的は、本発明に係る、標的遺伝子の検出のための微小流動装置において、試料溶液が収容された試料容器に一側が込められて毛細管現象により前記試料溶液が流動する複数の流動管と、それぞれの前記流動管の一側の内部に前記試料溶液の流動経路上に配置される微小ビーズパッキング部を含み、それぞれの前記微小ビーズパッキング部は、前記試料溶液の流動経路の一部を形成するように、前記マイクロチャネル上に配置されるパッキング導管と、相互間に空隙が形成されるように前記パッキング導管内に相互密着するように収容される複数の微小ビーズと、それぞれの前記微小ビーズの表面に形成されるプローブリンカーを含み、前記プローブリンカーは、前記試料溶液内の標的遺伝子との相補的結合を介して増幅され、前記標的遺伝子を検出することを特徴とする標的遺伝子の検出のための微小流動装置によって達成される。
ここで、前記試料容器に収容される前記試料溶液の初期容量は、毛細管現象により前記試料溶液が前記流動管を通して前記微小ビーズパッキング部まで到達することができる量に設定され、前記微小ビーズパッキング部まで到達した前記試料溶液内の前記標的遺伝子と前記プローブリンカーとの間の相補的結合を介した増幅により前記空隙が詰まったり、前記空隙のサイズが減少され、前記試料容器に試料溶液をさらに投入するときに、前記試料溶液が、前記微小ビーズパッキング部の反対側への流動可否と、前記試料溶液の最終到達距離との中の少なくとも一つにより前記標的遺伝子を検出することができる。
そして、それぞれの前記微小ビーズパッキング部の前記プローブリンカーは、互いに相異なる標的遺伝子を検出するように備わることができる。
一方、前記目的は、本発明の他の実施形態に係り、標的遺伝子の検出のための微小流動装置において、試料溶液を貯留するサンプルチャンバーと、前記サンプルチャンバーと連通して前記試料溶液が流動するマイクロチャネルと、前記マイクロチャネルの前記試料溶液の流動経路上に配置される微小ビーズパッキング部を含み、前記微小ビーズパッキング部は、前記試料溶液の流動経路の一部を形成するように、前記マイクロチャネル上に配置されるパッキング導管と、相互間に空隙が形成されるように前記パッキング導管内に相互密着するように収容される複数の微小ビーズと、それぞれの前記微小ビーズの表面に形成されるプローブリンカーを含み、前記プローブリンカーは、前記試料溶液内の標的遺伝子との相補的結合を介して増幅され、前記標的遺伝子を検出することを特徴とする標的遺伝子の検出のための微小流動装置によって達成される。
ここで、前記プローブリンカーと前記標的遺伝子との間の相補的結合を介した増幅により前記空隙が詰まったり、前記空隙のサイズが減少され、前記試料溶液の最終到達距離、前記最終到達距離までの到達時間、前記試料溶液の流動速度が可変され、前記最終到達距離、前記到達時間及び前記流動速度の中の少なくとも一つにより前記標的遺伝子を検出することができる。
また、前記マイクロチャネルと連通するように前記サンプルチャンバーの反対側に形成され、前記マイクロチャネルを通して前記試料溶液が流動するように、外部からの負圧が印加される負圧チャンバーをさらに含み、前記プローブリンカーと前記標的遺伝子との間の相補的結合を介した増幅により前記空隙が詰まったり、前記空隙のサイズが減少され、前記負圧チャンバーを通して印加される負圧の変化に応じて前記標的遺伝子を検出することができる。
そして、前記微小ビーズの直径は、0.1μm乃至100μmの範囲内で、前記標的遺伝子の種類に応じて前記標的遺伝子が前記空隙の通過可能なサイズに設定されることができる。
また、前記微小ビーズパッキング部は、前記パッキング導管の両側にそれぞれ設けられ、前記微小ビーズの損失を防止するメッシュをさらに含むことができる。
また、前記サンプルチャンバー、前記マイクロチャネル及び前記微小ビーズパッキング部は複数個が並列に形成され、前記微小ビーズパッキング部のいずれかに収容された前記微小ビーズには、前記プローブリンカーが備わらないことができる。
そして、前記サンプルチャンバー、前記マイクロチャネル及び前記微小ビーズパッキング部は複数個が並列に形成され、それぞれの前記微小ビーズパッキング部の前記プローブリンカーは、互いに相異なる標的遺伝子を検出するように備わることができる。
また、前記マイクロチャネルは、前記サンプルチャンバーと接続される第1の流動チャネルと、前記第1の流動チャネルから分岐される複数の第2の流動チャネルを含み、前記微小ビーズパッキング部は複数個に備わって、それぞれの前記第2の流動チャネルに配置され、それぞれの前記微小ビーズパッキング部に収容される前記微小ビーズは、互いに相異なる直径を有するように備わることができる。
そして、前記プローブリンカーは、前記微小ビーズの表面にコーティングされるコーティング部と、前記コーティング部に結合されるプライマーと、前記プライマーと相補的に結合するテンプレートを含み、前記テンプレートは、前記標的遺伝子と相補的に結合する第1の結合部位と、前記プライマーと相補的に結合する第2の結合部位と、ダンベル形状を形成するためのテンプレート内の相補的な第3の結合部位を含み、前記第1の結合部位は、前記テンプレートの両端に分離して形成され、前記第2の結合部位は分離して形成された前記第3の結合部位の間に形成されることができる。
そして、前記コーティング部は5−ヒドロキシドーパミン塩酸、ノルエピネフリン、エピネフリン、パイロガルロルアミン、DOPA(3,4−Dihydroxyphenylalanine)、カテキン、タンニン類、パイロガルロル、パイロカテコール、ヘパリン−カテコール、キトサン−カテコール、ポリエチレングリコール−カテコール、ポリエチレンイミン−カテコール、ポリメチルメタクリレート−カテコール、ヒアルロン酸−カテコール、ポリリシン−カテコール(polylysine−catechol)、およびポリリシン(polylysine)からなる群から選択された一つ以上を含むことができる。
そして、前記プライマーは、チオール(thiol)、アミン(amine)、ヒドロキシル(hydroxyl)、カルボキシル(carboxyl)、イソチオシアネート(isothiocyanate)、NHSエステル、アルデヒド(aldehyde)、エポキシド(epoxide)、カルボナート(Carbonate)、HOBtエステル、グルタルアルデヒド(Glutaraldehyde)、カルバメート(carbamate)、イミダゾールカルバメート(imidazole carbamate)、マレイミド(maleimide)、アジリジン(aziridine)、スルホン(sulfone)、ビニールスルホン(vinylsulfone)、ヒドラジン(hydrazine)、フェニルアジド(phenyl azide)、ベンゾフェノン(benzophenone)、アントラキノン(anthraquinone)、およびジエン(Diene)基からなる群から選択された一つ以上に末端が変形されたことができる。
前記のような構成に応じて、本発明によると、遺伝子の検出を介した様々な病原菌を検出するにあたって、標的遺伝子を増幅させ、微小ビーズによって形成された空隙の詰まりや空隙のサイズが減る現象を用いて、標的遺伝子を検出することにより、検出時間を大幅に減らすことができる標的遺伝子の検出のための微小流動装置が提供される。
また、様々な方法での検出を介して標的遺伝子の定量的な分析が可能になる。
本発明の一実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置を説明するための図である。 本発明の一実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置を用いた標的遺伝子の検出方法を説明するための図である。 本発明の一実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置を示した図である。 本発明の一実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置の微小ビーズパッキング部を説明するための図である。 本発明の他の実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置を説明するための図である。 本発明の他の実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置を説明するための図である。 本発明の他の実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置を説明するための図である。
本発明は、標的遺伝子の検出のための微小流動装置に関するものであり、試料溶液が収容された試料容器に一側が込められて毛細管現象により試料溶液が流動する複数の流動管と、それぞれの前記流動管の一側の内部に、前記試料溶液の流動経路上に配置される微小ビーズパッキング部を含み、それぞれの前記微小ビーズパッキング部は、前記試料溶液の流動経路の一部を形成するように、前記マイクロチャネル上に配置されるパッキング導管と、相互間に空隙が形成されるように前記パッキング導管内に相互密着するように収容される複数の微小ビーズと、それぞれの前記微小ビーズの表面に形成されるプローブリンカーを含み、前記プローブリンカーは、前記試料溶液内の標的遺伝子との相補的結合を介して増幅され、前記標的遺伝子を検出することを特徴とする。
以下、添付された図面を参照して、本発明に係る実施形態を詳細に説明する。
図1は、本発明の一実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置1を説明するための図である。図1を参照して説明すると、本発明の一実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置1は、複数の流動管10と微小ビーズパッキング部30を含む。
複数の流動管10は、それぞれの内部に試料溶液5が毛細管現象により、流動可能なサイズで備わる。本発明では、図1に示すように、六つの流動管10が隣接して配置されることを例にしているが、その配置形態はこれに限定されない。
複数の流動管10は、試料溶液5が収容された試料容器3に一側の部分、すなわち図1に下部部分が込められて、下部側の入口を通して試料溶液5が毛細管現象により流入されて内部に乗って上部に流動する。
微小ビーズパッキング部30は、それぞれの流動管10の一側の内部に試料溶液5の流動経路上に配置される。ここで、微小ビーズパッキング部30は、微小流動装置1とは別に製作されて、微小流動装置1の製作時に流動管10の内部に挿入されることができる。
一方、本発明の実施形態に係る微小ビーズパッキング部30は、図1に示すように、パッキング導管31、複数の微小ビーズ32及びプローブリンカー33を含むことができる。
パッキング導管31は、試料溶液5の流動経路、すなわち、それぞれの流動管10に配置され、試料溶液5の流動経路の一部を形成する。そして、複数の微小ビーズ32は、パッキング導管31内に相互密着するように収容されるのに、相互に密着された複数の微小ビーズ32との間には空隙が形成される。
ここで、微小ビーズ32の直径は、標的遺伝子の種類に応じて様々な形状で備わるのに、標的遺伝子の直径に応じて空隙のサイズは違ってくる。このとき、空隙のサイズは、標的遺伝子が空隙を通過可能なサイズに設定されるのに、これは微小ビーズ32のサイズを調節することにより、調整が可能になる。本発明では、微小ビーズ32の直径が0.1μm乃至100μmの範囲内で、前記標的遺伝子の種類に応じて決定されることを例にする。
また、本発明に係る微小ビーズパッキング部30は、パッキング導管31の両側にそれぞれ設けられ、微小ビーズ32の損失を防止するメッシュ(142、図4に示された実施形態を参照)を含むことができる。メッシュ142の内径サイズは微小ビーズ32の流出を遮断することができ、試料溶液5の流動が妨げられていないサイズに設定されることが望ましい。
一方、プローブリンカー33は、それぞれの微小ビーズ32の表面に形成される。また、プローブリンカー33は、試料溶液5内の標的遺伝子との相補的結合を介して増幅され、標的遺伝子を検出する。
本発明では、プローブリンカー33が2015年に公開されたHo Yeon Lee等の論文「DhITACT:DNA Hydrogel Formation by Isothermal Amplification of Complementary Target in Fluidic Channels(June 17、2015、Advanced Materials、Volume 27、Issue 23、 Pages 3513−3517)に開示された構成を含むことを例にする。すなわち、プローブリンカー33は、コーティング部、プライマー及びテンプレートを含むことを例にする。
コーティング部は微小ビーズ32の表面にコーティングされるのに、プライマーが付着して固定することができる材質で備わる。前記論文に開示されたように、コーティング部は5−ヒドロキシドーパミン塩酸、ノルエピネフリン、エピネフリン、パイロガルロルアミン、DOPA(3,4−Dihydroxyphenylalanine)、カテキン、タンニン類、パイロガルロル、パイロカテコール、ヘパリン−カテコール、キトサン−カテコール、ポリエチレングリコール−カテコール、ポリエチレンイミン−カテコール、ポリメチルメタクリレート−カテコール、ヒアルロン酸−カテコール、ポリリシン−カテコール(polylysine−catechol)、およびポリリシン(polylysine)からなる群から選択された一つ以上を含むことを例にする。
プライマーは、コーティング部に固定され、テンプレートはプライマーと相補的に結合する。ここで、テンプレートは、標的遺伝子と相補的に結合する第1の結合部位と、プライマーと相補的に結合する第2の結合部位と、ダンベル形状を形成するためのテンプレート内の相補的な第3の結合部位とを含む。そして、第1の結合部位は、テンプレートの両端に分離して形成され、第2の結合部位は、分離して形成された第3の結合部位の間に形成される。
ここで、プライマーはチオール(thiol)、アミン(amine)、ヒドロキシル(hydroxyl)、カルボキシル(carboxyl)、イソチオシアネート(isothiocyanate)、NHSエステル、アルデヒド(aldehyde)、エポキシド(epoxide)、カルボナート(Carbonate)、HOBtエステル、グルタルアルデヒド(Glutaraldehyde)、カルバメート(carbamate)、イミダゾールカルバメート(imidazole carbamate)、マレイミド(maleimide)、アジリジン(aziridine)、スルホン(sulfone)、ビニールスルホン(vinylsulfone)、ヒドラジン(hydrazine)、フェニルアジド(phenyl azide)、ベンゾフェノン(benzophenone)、アントラキノン(anthraquinone)、およびジエン(Diene)基からなる群から選択された一つ以上に末端が変形されたことを例にする。
ここで、前記のような構成により、本発明に係るプローブリンカー33に標的遺伝子が結合されて増幅され、増幅される標的遺伝子が凝って、大きいサイズのハイドロゲルを形成することになるのに、これについての詳細な説明は、前記論文に開示されていて、本発明では具体的な説明は省略する。
このように、それぞれの微小ビーズ32の表面に形成されたプローブリンカー33と標的遺伝子との間の相補的結合を介した増幅により形成されるハイドロゲルが微小ビーズ32との間の空隙を詰めたり、または空隙のサイズが減少されるのに、これは、毛細管現象による試料溶液5が上昇することを妨げたり、またはその速度を減少させるなどが抵抗にて作用するようになり、これにより標的遺伝子の検出が可能になる。
前記のような構成に応じて、本発明に係る微小流動装置1を用いて、標的遺伝子を検出する方法を、図2を参照して説明する。
まず、図4の(a)に示すように、試料容器3に試料溶液5を注入する。ここで、試料容器3に注入される試料溶液5の初期容量WL1は、毛細管現象により試料溶液5が流動管10を通して微小ビーズパッキング部30まで到達(CL1)することができる量に設定することができる。
このとき、微小ビーズパッキング部30を通過する試料溶液5の内部の標的遺伝子は、微小ビーズパッキング部30のプローブリンカー33と相補的結合を介して増幅され、ハイドロゲルの形態を持つようになり、これにより、微小ビーズ32との間の空隙を詰めたり、空隙のサイズを減少させる。
ここで、それぞれの微小ビーズパッキング部30のプローブリンカー33は、互いに相異なるターゲット遺伝子を検出するように備わる場合には、試料溶液5に該標的遺伝子が存在する微小ビーズパッキング部30の空隙だけが詰まったり、サイズが減少する。
次に、図2に示すように、試料容器3に試料溶液5をさらに投入すると(WL2を参照)、毛細管現象により試料溶液5が流動管10に沿って上部へ流動するのに、標的遺伝子の増幅によって空隙が微小ビーズパッキング部30の反対側には試料溶液5が流動することができない、該標的遺伝子の存在を確認することができる。
図2の(b)を参照して説明すると、左側から二つの流動管10では、試料溶液5が微小ビーズパッキング部30を通過して上昇(CL2a)したことを確認することができ、該微小ビーズパッキング部30のプローブリンカー33と結合する標的遺伝子は、試料溶液5に存在していないことを確認することができる。
一方、右側の二つの流動管10では、微小ビーズパッキング部30が詰まって試料溶液5が微小ビーズパッキング部30を通過していないことを確認することができ、該微小ビーズパッキング部30のプローブリンカー33と結合する標的遺伝子が試料溶液5に存在していることを確認することができる。そして、中央の流動管10の場合には、空隙が完全に詰らなかったり、相対的に詰まる時間が長くかかって試料溶液5内に、該標的遺伝子の量が相対的に少ないことを確認することができる。
前記実施形態では、試料溶液がさらに詰まるかどうかを確認することを例にしたが、流動管10を試料溶液に浸した後、一定の時間の間、例えば、標的遺伝子が十分に増幅することができる時間が経過した後、流動管10を試料溶液内に、より深く浸すと、試料溶液5が流動管10に沿って上部へ流動し、標的遺伝子の増幅によって空隙が微小ビーズパッキング部30の反対側には、試料溶液5が流動することができない、該標的遺伝子の存在を確認することができる。
このとき、試料溶液が流動管10の上部へ移動したかどうかを視覚的により容易に確認できるように試料溶液の色を調整することができ、流動管10内の微小ビーズパッキング部30の上部側に試料溶液が濡れて色が確認できる紙を配置させることができる。これにより、試料溶液によって濡れ、色が変わった紙が内蔵された流動管10には、標的遺伝子が存在しないことを確認することができる。
以下、図3及び図4を参照して、本発明の他の実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置100について詳細に説明する。
図3及び図4を参照して説明すると、本発明の一実施形態に係る標的遺伝子の検出のための微小流動装置100(以下、「微小流動装置100」という)は、サンプルチャンバー110、マイクロチャネル130及び微小ビーズパッキング部140を含む。また、本発明の一実施形態に係る微小流動装置100は負圧チャンバー120を含むことができる。
サンプルチャンバー110は、微小流動装置100の一側に形成されて試料溶液が貯留される。マイクロチャネル130は、サンプルチャンバー110と連通するのに、サンプルチャンバー110に収容されている試料溶液はマイクロチャネル130に沿って流動する。
微小ビーズパッキング部140は、マイクロチャネル130の試料溶液の流動経路上に配置される。ここで、微小ビーズパッキング部は微小流動装置100とは別に製作されて、微小流動装置100の製作時にマイクロチャネル130内に配置されることができる。一例として、微小流動装置100を製作するために、透明な材質のベース基板と、サンプルチャンバー110及びマイクロチャネル130と、油圧チャンバーが形成された上部基板を上下方向に付着する時に、上部基板のマイクロチャネル130内に微小ビーズパッキング部140を挿入した状態でベース基板と上部基板を付着して、微小流動装置100を製作することができる。
一方、本発明の実施形態に係る微小ビーズパッキング部140は、図4に示すように、パッキング導管145、複数の微小ビーズ141及びプローブリンカー143を含むことができる。ここで、微小ビーズパッキング部140の構成は、図1に示された実施形態の構成に対応するところ、その詳細な説明は省略する。ここで、本発明に係る微小ビーズパッキング部140は、図4に示すように、パッキング導管145の両側にそれぞれ設置されて微小ビーズ141の損失を防止するメッシュ142を含むことができ、メッシュ142の内径サイズは微小ビーズ141が流出することを遮断することができ、試料溶液の流動が妨げられないサイズで設定されることが望ましい。
ここで、それぞれの微小ビーズ141の表面に形成されたプローブリンカー143と標的遺伝子との間の相補的結合を介した増幅によって形成されるハイドロゲルが微小ビーズ141との間の空隙144を詰めたり、または空隙144のサイズが減少されるのに、これは試料溶液がマイクロチャネル130を通して流動して到達する最終到達距離、最終到達距離までの到達時間、試料の流動速度の変化を引き起こす。そして、最終到達距離、到達時間及び流動速度のうち少なくとも一つを用いると、標的遺伝子の検出が可能になる。
再び,図3を参照して説明すると、負圧チャンバー120は、マイクロチャネル130と連通するように、サンプルチャンバー110の反対側に形成される。また、マイクロチャネル130を通して試料溶液が流動するように、外部からの負圧が負圧チャンバー120を通して印加される。
ここで、プローブリンカー143と標的遺伝子との間の相補的結合を介した増幅によって空隙144が詰まったり、空隙144のサイズが減少すると、負圧チャンバー120を介して一定に印加された圧力が変わるのに、これにより、標的遺伝子の存否を確認することができる。
前記のような構成に応じて、多数の微小ビーズ141が、微小ビーズパッキング部140を構成し、微小ビーズ141にプローブリンカー143を形成して標的遺伝子と結合して増幅するように備わり、増幅の過程で形成されるハイドロゲルが空隙144を詰めたり、または空隙144のサイズを減らす現象によって引き起こされる最終到達距離、到達時間、流動速度および/または圧力の変化を検出して、標的遺伝子の存否を確認可能になる。
また、前記の論文のようにマイクロチャネル130全体が詰まることよりも微小ビーズ141によって形成された空隙144が詰まることで検査が可能で、検査時間を大幅に減らすことができ、これに加えて、それぞれの微小ビーズ141の表面にプローブリンカー143を形成して、前記の論文のように底面のみ反応領域を形成する方法に比べて、反応面積を広げ、検査時間を大幅に減少させることができる。
また、単純に詰まり現象によって目標遺伝子の存否を検出するだけでなく、最終到達距離、到達時間、流動速度又は圧力の変化等を用いて、標的遺伝子の定量的な評価が可能になる。一例として、標的遺伝子の量が多い場合には反応確率が高くなってより早く空隙144が詰まって最終到達距離が短くなるのに、これを統計的な方法を介して定量化することにより、標的遺伝子の定量的な評価が可能になる。
図5は、本発明の他の実施形態に係る微小流動装置100aの構成を示す図である。図5に示すように、本発明の他の実施形態に係る微小流動装置100aは、複数のサンプルチャンバー110、複数のマイクロチャネル130及び複数の微小ビーズパッキング部140を含む。ここで、一つずつのサンプルチャンバー110とマイクロチャンネル130が相互に接続されて、試料溶液の流動経路を形成し、複数の流動経路が並列に形成される。図5は、二つのサンプルチャンバー110及びマイクロチャネル130が並列に二つの流動経路を形成することを例にしている。そして、微小ビーズパッキング部140はそれぞれのマイクロチャネル130内に配置される。
ここで、微小ビーズパッキング部140のいずれかに収容される微小ビーズ141には、プローブリンカー143が備わらないように構成する。図5に示した例を参照して説明すると、一つの微小ビーズパッキング部140の微小ビーズ141には、前述したように、プローブリンカー143が形成され、他の一つの微小ビーズパッキング部140の微小ビーズ141には、プローブリンカー143を形成していない。
そして、同じ試料溶液をそれぞれのサンプルチャンバー110に収容させた状態で、試料溶液を流動させると、プローブリンカー143が形成された微小ビーズパッキング部140には、上述したような標的遺伝子の結合及び増幅によって微小ビーズパッキング部140が詰まったり、空隙144のサイズが小さくなり、試料溶液の流動が制限を受ける。一方、プローブリンカー143が形成されていない微小ビーズパッキング部140を通過する試料溶液は、流動の制限を受けずに流動する。
また、プローブリンカー143が形成された微小ビーズパッキング部140を通過した試料溶液が微小ビーズパッキング部140の詰まりによって停止するまでの最終移動距離と、到達時間などをプローブリンカー143が形成されていない微小ビーズパッキング部140との比較を介して標的遺伝子の初期濃度を定量化することができる。
ここで、図5に示された実施形態では、それぞれの流動経路にそれぞれの負圧チャンバー120が形成されることを例にしている。加えて、それぞれのマイクロチャネル130の末端が一つの負圧チャンバー120と接続され、一つの負圧チャンバー120を通して試料溶液の流動のための負圧が提供されるように備わることができる。
また、図5に示された実施形態では、それぞれの微小ビーズパッキング部140の微小ビーズ141には、互いに相異なる標的遺伝子との結合のための互いに相異なるプローブリンカー143が形成されることができる。すなわち、それぞれのプローブリンカー143が、互いに相異なる標的遺伝子と結合及び増幅することにより、一つの微小流動装置100で多数の標的遺伝子を同時に検査することができる。
図6は、本発明の他の実施形態に係る微小流動装置100bの構成を示す図である。図6に示された実施形態は、図5に示された実施形態の変形形態としてそれぞれのサンプルチャンバー110に攪拌機151が設けられることを例にしている。
ここで、攪拌機151は、微小流動装置100の外部に設置されたマグネット152の回転により回転するように備わることができ、これにより、サンプルチャンバー110に収容された試料溶液が撹拌されて、試料溶液内部の標的遺伝子が広く分布されることにより、微小ビーズパッキング部140での結合及び増幅がより円滑に行われるように備わることができる。
図7は、本発明の他の実施形態に係る微小流動装置100cの構成を示す図である。図7を参照して説明すると、本発明の他の実施形態に係る微小流動装置100cのマイクロチャネル130は、サンプルチャンバー110と接続される第1の流動チャネル131と、第1の流動チャンネル131から分岐された複数の第2の流動チャネル132a、132b、132c、132d、132eを含むことができる。そして、微小ビーズパッキング部140a、140b、140c、140d、140eはそれぞれの第2の流動チャネル132a、132b、132c、132d、132eに配置される。
このとき、それぞれの微小ビーズパッキング部140a、140b、140c、140d、140eに収容される微小ビーズ141は、互いに相異なる直径を有するように備わることができる。そして、それぞれの微小ビーズ141に形成されるプローブリンカー143は、同一の標的遺伝子と結合可能な形態で備わることができる。
これにより、微小ビーズ141の直径が小さい微小ビーズパッキング部140a、140b、140c、140d、140eは、試料溶液内の標的遺伝子の濃度が低くても詰まりが発生することができ、試料溶液内の標的遺伝子の濃度に応じて詰まりが発生する微小ビーズパッキング部140a、140b、140c、140d、140eが微小ビーズ141の直径順に発生することになり、最終的に詰まりが発生する微小ビーズ141の直径に応じて、試料溶液内の標的遺伝子の定量的な評価が可能になる。
ここで、図7に示された実施形態では、複数の第2の流動チャネル132a、132b、132c、132d、132eがそれぞれ個別に負圧チャンバー120a、120b、120c、120d、120eと接続されていることを例にしているが、第2の流動チャネル132a、132b、132c、132d、132eの末端が再び併合されて、一つの負圧チャンバーと接続されるように備わることができる。
たとえとして本発明のいくつかの実施形態を示して説明したが、本発明が属する技術分野の通常の知識を有する当業者であれば、本発明の原則や精神から逸脱せず、本実施形態を変形することを知ることができるだろう。発明の範囲は、添付された請求項とその均等物によって定められるものである。
本発明は、遺伝子の検出を介した様々な病原菌を検出するのに適用可能である。
1,100,100a、100b、100c:微小流動装置
10:流動管
110:サンプルチャンバー
120,120a、120b、120c、120d、120e:負圧チャンバー
130:マイクロチャネル
131:第1の流動チャネル
132a、132b、132c、132d、132e:第2の流動チャネル
30,140,140a、140b、140c、140d、140e:微小ビーズパッキング部
32,141:微小ビーズ
142:メッシュ
33,143:プローブリンカー
144:空隙
31,145:パッキング導管
151:撹拌機
152:マグネット

Claims (14)

  1. 標的遺伝子の検出のための微小流動装置において、
    試料溶液が収容された試料容器に一側が込められて毛細管現象により前記試料溶液が流動する複数の流動管と、
    それぞれの前記流動管の一側の内部に前記試料溶液の流動経路上に配置される微小ビーズパッキング部を含み、
    それぞれの前記微小ビーズパッキング部は、
    前記試料溶液の流動経路の一部を形成するように、前記流動管上に配置されるパッキング導管と、
    相互間に空隙が形成されるように前記パッキング導管内に相互密着するように収容される複数の微小ビーズと、
    それぞれの前記微小ビーズの表面に形成されるプローブリンカーを含み、
    前記プローブリンカーは、前記試料溶液内の標的遺伝子との相補的結合を介して増幅され、前記標的遺伝子を検出して、
    前記標的遺伝子が前記プローブリンカーと相補的結合を介して増幅され、前記空隙が詰まったり前記空隙のサイズが減少して前記標的遺伝子の検出かどうかが確認可能であることを特徴とする標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  2. 前記試料容器に収容される前記試料溶液の初期容量は、毛細管現象により前記試料溶液が前記流動管を通して前記微小ビーズパッキング部まで到達することができる量に設定され、
    前記微小ビーズパッキング部まで到達した前記試料溶液内の前記標的遺伝子と前記プローブリンカーとの間の相補的結合を介した増幅により前記空隙が詰まったり、前記空隙のサイズが減少され、
    前記試料容器に試料溶液をさらに投入するときに、前記試料溶液が、前記微小ビーズパッキング部の反対側への流動の可否と、前記試料溶液の最終到達距離のうち少なくとも一つにより前記標的遺伝子を検出することを特徴とする請求項1に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  3. それぞれの前記微小ビーズパッキング部の前記プローブリンカーは、互いに相異なる標的遺伝子を検出するように備わることを特徴とする請求項1に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  4. 標的遺伝子の検出のための微小流動装置において、
    試料溶液を貯留するサンプルチャンバーと、
    前記サンプルチャンバーと連通して前記試料溶液が流動するマイクロチャネルと、
    前記マイクロチャネルの前記試料溶液の流動経路上に配置される微小ビーズパッキング
    部を含み、
    前記微小ビーズパッキング部は、
    前記試料溶液の流動経路の一部を形成するように、前記マイクロチャネル上に配置されるパッキング導管と、
    相互間に空隙が形成されるように前記パッキング導管内に相互密着するように収容される複数の微小ビーズと、
    それぞれの前記微小ビーズの表面に形成されるプローブリンカーを含み、
    前記プローブリンカーは、前記試料溶液内の標的遺伝子との相補的結合を介して増幅され、前記標的遺伝子を検出して、
    前記標的遺伝子が前記プローブリンカーと相補的結合を介して増幅され、前記空隙が詰まったり前記空隙のサイズが減少して前記標的遺伝子の検出かどうかが確認可能であることを特徴とする標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  5. 前記プローブリンカーと前記標的遺伝子との間の相補的結合を介した増幅により前記空隙が詰まったり、前記空隙のサイズが減少され、前記試料溶液の最終到達距離、前記最終到達距離までの到達時間、前記試料溶液の流動速度が可変され、前記最終到達距離、前記到達時間及び前記流動速度の中の少なくとも一つにより前記標的遺伝子を検出することを特徴とする請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  6. 前記マイクロチャネルと連通するように前記サンプルチャンバーの反対側に形成され、
    前記マイクロチャネルを通して前記試料溶液が流動するように、外部からの負圧が印加される負圧チャンバーをさらに含み、
    前記プローブリンカーと前記標的遺伝子との間の相補的結合を介した増幅により前記空隙が詰まったり、前記空隙のサイズが減少され、前記負圧チャンバーを通して印加される負圧の変化に応じて前記標的遺伝子を検出することを特徴とする請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  7. 前記サンプルチャンバー、前記マイクロチャネル及び前記微小ビーズパッキング部は複数個が並列に形成され、
    前記微小ビーズパッキング部のいずれかに収容された前記微小ビーズには、前記プローブリンカーが備わらないことを特徴とする請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  8. 前記サンプルチャンバー、前記マイクロチャネル及び前記微小ビーズパッキング部は複数個が並列に形成され、
    それぞれの前記微小ビーズパッキング部の前記プローブリンカーは、互いに相異なる標的遺伝子を検出するように備わることを特徴とする請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  9. 前記マイクロチャネルは、
    前記サンプルチャンバーと接続される第1の流動チャネルと、
    前記第1の流動チャネルから分岐される複数の第2の流動チャネルを含み、
    前記微小ビーズパッキング部は複数個備わって、それぞれの前記第2の流動チャネルに配置され、
    それぞれの前記微小ビーズパッキング部に収容される前記微小ビーズは、互いに相異なる直径を有するように備わることを特徴とする請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  10. 前記微小ビーズの直径は、0.1μm乃至100μmの範囲内で、前記標的遺伝子の種類に応じて前記標的遺伝子が前記空隙の通過可能なサイズに設定されることを特徴とする請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  11. 前記微小ビーズパッキング部は、
    前記パッキング導管の両側にそれぞれ設けられ、前記微小ビーズの損失を防止するメッシュをさらに含むことを特徴とする請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  12. 前記プローブリンカーは、
    前記微小ビーズの表面にコーティングされるコーティング部と、
    前記コーティング部に結合されるプライマーと、
    前記プライマーと相補的に結合するテンプレートを含み、
    前記テンプレートは、
    前記標的遺伝子と相補的に結合する第1の結合部位と、
    前記プライマーと相補的に結合する第2の結合部位と、
    ダンベル形状を形成するためのテンプレート内の相補的な第3の結合部位を含み、
    前記第1の結合部位は、前記テンプレートの両端に分離して形成され、前記第2の結合部位は分離して形成された前記第3の結合部位の間に形成されることを特徴とする請求項1又は請求項4に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  13. 前記コーティング部は5−ヒドロキシドーパミン塩酸、ノルエピネフリン、エピネフリン、パイロガルロルアミン、DOPA(3,4−Dihydroxyphenylalanine)、カテキン、タンニン類、パイロガルロル、パイロカテコール、ヘパリン−カテコール、キトサン−カテコール、ポリエチレングリコール−カテコール、ポリエチレンイミン−カテコール、ポリメチルメタクリレート−カテコール、ヒアルロン酸−カテコール、ポリリシン−カテコール(polylysine−catechol)、およびポリリシン(polylysine)からなる群から選択された一つ以上を含むことを特徴とする請求項12に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
  14. 前記プライマーは、チオール(thiol)、アミン(amine)、ヒドロキシル(hydroxyl)、カルボキシル(carboxyl)、イソチオシアネート(isothiocyanate)、NHSエステル、アルデヒド(aldehyde)、エポキシド(epoxide)、カルボナート(Carbonate)、HOBtエステル、グルタルアルデヒド(Glutaraldehyde)、カルバメート(carbamate)、イミダゾールカルバメート(imidazole carbamate)、マレイミド(maleimide)、アジリジン(aziridine)、スルホン(sulfone)、ビニールスルホン(vinylsulfone)、ヒドラジン(hydrazine)、フェニルアジド(phenyl azide)、ベンゾフェノン(benzophenone)、アントラキノン(anthraquinone)、およびジエン(Diene)基からなる群から選択された一つ以上に末端が変形されたことを特徴とする請求項12に記載の標的遺伝子の検出のための微小流動装置。
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