JP6715190B2 - 分子分析システムおよびその使用方法 - Google Patents

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Description

本出願は、2014年6月19日に出願された、全体が参照により本明細書に組み込まれる米国仮特許出願第62/014,329号の優先権を主張する。
本出願は、概して、分子分析システムに関し、特に、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR:polymerase chain reaction)を使用した、試料における生体物質の検出のための熱電加熱冷却装置を含む分子分析システムに関する。
分子検査は、検査試料内のDNA、RNA、および/またはタンパク質などの生体物質の検出のため、分子レベルで実行される検査である。分子検査は、その速度、感度、および特異性を理由に、標準的な基準として注目され始めている。例えば、分子解析は、脳脊髄液においてエンテロウイルスを識別するときに、従来の培養より75%高感度であることが知られており、現在、この診断における標準的な基準と考えられている(Lelandら、Clin.Microbiol Rev.2007、20:49〜78)。
臨床用の分子解析は、典型的には、一反応(すなわち、リアルタイムPCR解析)において6つ未満の遺伝子配列の識別に限定される。固定支持体に装着された分子プローブのパターンであるマイクロアレイは、一意的に識別され得る塩基配列の数を増やす一つの手法である。しかし、作業工程は、典型的には、複雑であり、マイクロアレイを使用したインキュベーション、又はハイブリダイゼーションの前における分子増幅を必要とする。増幅(アンプリフィケーション)とハイブリダイゼーションとの分離は、高効率の熱伝達のために増幅用の容器が設計されることを可能にするが、流れの複雑さはかなりのものである。増幅とハイブリダイゼーションとを複合化することは、流れと動作との複雑さを簡略化する手法の一つであるが、多くの場合、マイクロアレイが装着され得る熱的に非効率な境界または支持体によって反応容器が構成されるので、この手法は、非効率な熱伝達を伴い得る。
本出願の一態様は、分子検査装置に関する。本装置は、熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、伝熱外面と内面におけるマイクロアレイとを有する増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバを含む取り外し可能な検査モジュールを備え、熱電装置が、反応チャンバの伝熱外面と接触するように適応された伝熱面(熱移動表面)を備える。
本出願の他の一態様は、PCRを実施するための装置に関する。本装置は、伝熱面(熱移動表面)をもつ熱電加熱冷却(TEHC:thermoelectric heating and cooling)装置を含む加熱冷却モジュールと、伝熱外面をもつ反応チャンバを含む取り外し可能な検査モジュールを受容するための保持器と、保持器に検査モジュールが配置されたときに伝熱面を伝熱外面に接触させる移動システムと、伝熱面の温度を調節するプログラム可能制御モジュールとを備える。
本出願の他の一態様は、反応チャンバにおけるマイクロアレイでPCRを実施する方法に関する。本方法は、(a)反応チャンバを備える検査モジュールをPCR装置内に配置するステップであって、反応チャンバが、伝熱外面と内面に搭載されたマイクロアレイを備え、PCR装置が、伝熱面をもつ熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと伝熱面(熱移動表面)の温度を調節するプログラム可能制御モジュールとを備える、配置するステップと、(b)熱電加熱冷却装置の伝熱面を反応チャンバの伝熱外面に接触させるステップと、(c)制御モジュールに記憶されたPCRプログラムに基づいて、伝熱面を通して反応チャンバを加熱および冷却することによりPCRを遂行するステップと、を含む。
例示的な加熱冷却モジュールの図である。 フローセル反応チャンバと廃棄チャンバとの例示的な並びの一例を示す図である。 3A及び3Bは、フローセル反応チャンバの例示的な並びを示す図である。 加熱冷却モジュールの上にあるフローセルチャンバの例示的な並びの図である。 フローセルの上に降下された例示的な加熱冷却モジュールの図である。 光吸収層と断熱層と支持台との上にあるフローセルの図である。 加熱冷却装置内に2つの薄膜熱電加熱冷却チップを含む熱電加熱冷却(TEHC)装置を示す図である。 複数のTEHC装置を含む加熱冷却モジュールの異なる外観を示す図である。 複数のTEHC装置を含む加熱冷却モジュールの異なる外観を示す図である。 複数のTEHC装置を含む加熱冷却モジュールの異なる外観を示す図である。 複数のTEHC装置を含む加熱冷却モジュールの異なる外観を示す図である。 複数のTEHC装置を含む加熱冷却モジュールの異なる外観を示す図である。 複数のTEHC装置を含む加熱冷却モジュールの異なる外観を示す図である。 反応チャンバの露出部分を断熱することが、設定温度と、反応チャンバの中心において測温抵抗体(RTD:resistance temperature detector)により測定された実際の温度との間の温度オフセットを低減することを示す。 マイクロアレイスポットからの例示的な蛍光信号強度を示す。 反応チャンバの上に降下された加熱冷却モジュールを使用してPCRを実行したときの結果を示す。 加熱冷却モジュールが反応チャンバの上に降下された場合の反応チャンバ内における複合化されたPCRとハイブリダイゼーションとを示す。
以下の詳細な説明は、すべての当業者が本発明を製造および使用することができるように提示される。説明を目的として、本出願を十分に理解できるように特定の用語が記載される。しかし、本発明を実施する際に、これらの具体的な詳細事項が必要というわけではないことが、当業者には明らかである。特定の実施形態と適用例との説明は、代表例としてのみ提供する。本説明は、本発明の原理の例示であり、示される特定の実施形態に本発明を限定することを意図しない。
本説明は、添付図面を参照して読まれることが想定され、添付図面は、本発明に関して記載された全説明の一部とみなされる。図面は、必ずしも一定の縮尺ではなく、本発明の特定の特徴は、明確さと簡潔さとを目的として、誇張した寸法で、または、ある程度概略的な形態で示され得る。本説明において、「前」、「後」、「上」、「下」、「上部」、および「底部」などの相対的な用語と、その派生語は、そのように説明される向き、または説明される図面に示す向きを指すものとして解釈されなければならない。これらの相対的な用語は、説明の便宜上のものであり、通常は、特定の向きを要求することを意図しない。「接続された」および「装着された」などの装着、接続などに関する用語は、そうでないことを明記しない限り、構造体が、直接的にと介在物を介して間接的にとのいずれかにより、および、可動または不動の両方の装着または関係で互いに固定または装着される関係を指す。
本明細書で使用する場合、「試料」という用語は、細胞試料、細菌試料、ウイルス試料、他の微生物の試料、哺乳類の被験生物、好ましくは、人である被験者、から得られた、組織試料、細胞培養試料、糞便試料、および生体液試料(例えば、血液、血漿、血清、唾液、尿、脳脊髄液、リンパ液、および乳頭吸引液)などの試料、大気試料、水試料、粉塵試料、および土壌試料などの環境試料、などの生体試料を含む。
以下で説明する実施形態で使用される「核酸」という用語は、天然であるか人工的に合成されたかによらず、DNAとRNAとを含む個々の核酸と核酸の高分子鎖と(そのアナログを含む)、または、あらゆる長さのその修飾体、特に、自然に発生することが知られた修飾体とを指す。本発明による例示的な核酸長は、PCR産物(例えば、約50〜700塩基対(bp))およびヒトゲノムDNAに適した長さ(例えば、およそ、キロ塩基対(Kb)からギガ塩基対(Gb)程度)を含むが、これに限定されない。従って、「核酸」という用語は、単一の核酸に加えて、例えば、発現配列標識(EST)または遺伝子断片といった小さな断片における、天然または人工の、ヌクレオチド、ヌクレオシド、およびそれらの組み合わせ、並びに、個々の遺伝子と、さらには染色体全体とを含むゲノム物質により例示されるより大きな鎖を包含することが理解されると考えられる。「核酸」という用語は、ペプチド核酸(PNA:peptide nucleic acid)と、ロックド核酸(LNA:locked nucleic acid)オリゴマーも包含する。
本明細書で使用する「親水性表面」という用語は、その表面上にある純水の水滴と45°以下の接触角を形成する表面を指す。本明細書で使用する「疎水性表面」という用語は、その表面上にある純水の水滴と45°より大きな接触角を形成する表面を指す。接触角は、接触角計を使用して測定され得る。
本出願の一態様は、分子検査装置に関する。本装置は、加熱冷却モジュールと、増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバとを備える。いくつかの実施形態において、加熱冷却モジュールは、反応チャンバの外面と接触するように適応された伝熱面を含み、反応チャンバは、マイクロアレイを備える。
いくつかの実施形態において、加熱冷却モジュールは、複数のTEHC装置と、同数の増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバとを備える。各反応チャンバ内の温度は、異なる反応チャンバに異なる加熱/冷却プログラムが適用され得るように、個別のTEHC装置により制御される。いくつかの実施形態において、加熱冷却モジュールは、2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれを上回る数のTEHC装置と、同数の増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバとを備える。
加熱冷却モジュール
いくつかの実施形態において、加熱冷却モジュールは、熱電加熱冷却(TEHC)装置を含む。1つまたは複数のTEHC装置は、モジュールに一体化され得る。他の実施形態において、加熱冷却モジュールは、温度センサーをさらに備える。例示的な温度センサーは、測温抵抗体(RTD)、熱電対、サーモパイル、およびサーミスターである。いくつかの実施形態において、温度センサーは、RTDである。他の実施形態において、温度センサーは、より高い分解能と、より小さな温度範囲と、より大きな経時ドリフトとをもつサーミスターである。いくつかの実施形態において、加熱冷却装置のサーミスターは、電子アナログ・デジタル変換器(ADC:analog−to−digital convertor)に結合している。
いくつかの実施形態において、TEHC装置は、ペルティエ素子である。ペルティエ素子は、ペルティエ効果を利用して2つの異なる種類の物質の接合間に熱流束を生成する熱電加熱冷却装置である。ペルティエ素子は、電気エネルギーを利用して、電流の方向に応じて装置の一方側から他方側に熱を伝達する固体能動ヒートポンプとして機能する。この機器は、加熱と冷却とのいずれかに使用され得、ペルティエヒートポンプ、固体冷却装置、または熱電冷却器(TEC:thermoelectric cooler)とも呼ばれる。いくつかの実施形態において、ペルティエ素子は、セラミック材料(例えば、フェローテックペルティエ冷却器モデル72001/127/085B)で作られる。例示的なセラミック材料は、アルミナ、酸化ベリリウム、および窒化アルミニウムを含む。
他の実施形態において、TEHC装置は、薄膜半導体(例えば、テルル化ビスマス)である。他の実施形態において、TEHC装置は、p型半導体とn型半導体とにより作られた熱電対である。例示的なp型半導体とn型半導体とは、ビスマスアンチモン、テルル化ビスマス、テルル化鉛、およびシリコンゲルマニウムである。この種類のTEHC装置は、セラミックTEHC装置の1〜3秒の応答時間より短い応答時間をもつ。この特徴は、速い変化速度と、より微細な温度制御とを可能にする。いくつかの実施形態において、TEHC装置は、300ms、100ms、30ms、10ms、5ms、2ms、または1ms未満の応答時間を有する薄膜半導体である。いくつかの実施形態において、TEHC装置は、フローセルの反応チャンバの外面などの対象領域に向けて加熱と冷却とを集中させる能力を提供する占有面積(例えば、2.4mm×3.5mm)をもつ。いくつかの実施形態において、TEHC装置は、150mm以下、50mm以下、40mm以下、30mm以下、20mm以下、または10mm以下の占有面積をもつ。他の実施形態において、TEHC装置は、約8.7mm×15mm、5mm×10mm、4mm×8mm、3mm×6mm、または2.4mm×3.5mmの占有面積をもつ。
さらに、これらの装置の高い伝熱量(例えば、セラミックペルティエ素子の3W/cmに比べて、Qmax/cm〜80W/cm)は、これらの装置を小さなフローセル反応チャンバを加熱および冷却することに適したものにする。いくつかの実施形態において、薄膜半導体熱電装置は、凹凸のある形のフローセル反応チャンバとの間を仲介するより大きな形状の熱拡散器に接続されている。これらの装置は、振動に対する耐性をさらに提供し、セラミックペルティエより熱サイクル負荷により発生する故障を起こしにくい。
図1は、一実施形態の加熱冷却モジュール200を示す。本実施形態において、加熱冷却モジュール200は、複数のTEHC装置204であって、各々が、伝熱面202をもつ熱拡散器208と加熱冷却装置207とを含む複数のTEHC装置204と、TEHC装置204を保持する基台(209は、示されるように、TEHC装置204を保護する受け座である)と、TEHC装置204の他方側に接続されたヒートシンク201と、を含む。例示的なヒートシンク201と熱拡散器208とは、銅、アルミニウム、ニッケル、ヒートパイプ、および/または蒸気チャンバである。動作中、伝熱面202は、フローセル(図2と図3とに示される)の反応チャンバの外面との密な接触をもたらし、それにより、フローセルの反応チャンバ内の温度を制御する。いくつかの実施形態において、加熱冷却モジュール200は、集積プリント基板203とヒートシンク201下方の送風機205とをさらに備える。
いくつかの実施形態において、ヒートシンク201および/または熱拡散器208は、伝熱エポキシ樹脂、伝熱接着剤、液体金属(例えば、ガリウム)またははんだ(例えば、インジウム)を使用してTEHC装置204の加熱冷却装置207に接続されている。一実施形態において伝熱面202は、平らである。これらの実施形態のいくつかにおいて、熱拡散器208は、3mm×3mmから75mm×80mmの範囲、好ましくは、8mm×10mmから10mm×20mmの範囲の寸法をもつ長方形の伝熱面202を含む。いくつかの実施形態において、熱拡散器208の伝熱面202は、フローセルの流体チャンネルを加熱する入口区域を含み、入口区域は、反応チャンバを加熱する領域より寸法が小さい。この入口区域は、長方形であり得、0.1〜5mmの幅と、1mm〜20mmの長さとの寸法範囲をもつ。他の一実施形態において、熱拡散器208の伝熱面202は、0.1〜15mmの幅と1mm〜75mmの長さの寸法範囲をもつ、フローセルの流体チャンネルを加熱する出口区域を含む。いくつかの実施形態において、熱拡散器208の伝熱面202は、入口加熱区域と反応チャンバ加熱区域と出口加熱区域との3つの区域を含む。熱拡散器208の厚さは、好ましくは、0.05〜5mm、および、より好ましくは、0.1〜1mm、および、さらにより好ましくは、0.15〜0.6mmである。
フローセル
本明細書で使用する「フローセル」という用語は、マイクロアレイ式検出装置を指す。いくつかの実施形態において、フローセルは、試料入口と試料出口とその中に位置するマイクロアレイとを含む反応チャンバを備える。いくつかの実施形態において、反応チャンバは、PCRなどの増幅反応と、同じチャンバ内でのハイブリダイゼーション反応との両方を実行できる増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバである。いくつかの実施形態において、フローセルは、反応チャンバと流体連通した廃棄チャンバをさらに備える。いくつかの実施形態において、反応チャンバは、親水性物質で被覆されており、反応チャンバの完全な充填と反応チャンバから廃棄チャンバへの流体の流れとを促進する位置にある親水性表面をもつ。親水性表面は、試料入口から反応チャンバに液体が入るときに液体に接触し、マイクロアレイチャンバの完全な充填を可能にする。特定の実施形態において、反応チャンバは、様々な幅の延びたチャンネルの形状をもち、廃棄チャンバに直接接続されている。他の実施形態において、マイクロアレイチャンバは、廃棄チャンネルを通して廃棄チャンバに接続されている。
他の実施形態において、フローセルは、2つ以上の反応チャンバ、または反応チャンバの並びを備える。他の実施形態において、フローセルは、2つ以上の反応チャンバまたは反応チャンバの並びと、2つ以上の廃棄チャンバまたは廃棄チャンバの並びとを備え、各反応チャンバは、廃棄チャンネルを通して廃棄チャンバに接続されている。異なる他の実施形態において、フローセルは、2つ以上の反応チャンバまたは反応チャンバの並びと単一の廃棄チャンバとを備え、各反応チャンバは、廃棄チャンネルを通して廃棄チャンバに接続されている。
いくつかの実施形態において、マイクロアレイは、反応チャンバの底面上に位置し、反応チャンバの上面、または上面の少なくとも一部は、親水性物質で被覆されている。親水性物質の例には、これらに限定されるものではないが、ポリエチレングリコール、ポリヒドロキシエチルメタクリレート、ビオナイト、ポリ(N−ビニルラクタム)、ポリ(ビニルピロリドン)、ポリ(エチレンオキサイド)、ポリ(プロピレンオキサイド)、ポリアクリルアミド、セルロース系物質、メチルセルロース、ポリアンハイドライド、ポリアクリル酸、ポリビニルアルコール、ポリビニルエーテル、アルキルフェノールエトキシレート、ポリオールモノエステル複合体、オレイン酸のポリオキシエチレンエステル、オレイン酸のポリオキシエチレンソルビタンエステルおよび脂肪酸のソルビタンエステルなどの親水性ポリマー;無機酸化物、金、ゼオライト、および、ダイアモンド様炭素などの無機親水性物質;および、Triton X−100、Tween、硫酸ドデシルナトリウム(SDS)、ラウリル硫酸アンモニウム、アルキル硫酸塩、ラウリルエーテル硫酸ナトリウム(SLES)、アルキルベンゼンスルホネート、石鹸、脂肪酸塩、ヘキサデシルトリメチルアンモニウムブロマイドとしても知られるセチルトリメチルアンモニウムブロマイド(CTAB)、アルキルトリメチルアンモニウム塩、セチルピリジニウムクロライド(CPC)、ポリエトキシル化タローアミン(POEA)、ベンズアルコニウムクロライド(BAC)、ベンズエトニウムクロライド(BZT)、ドデシルベタイン、ドデシルジメチルアミンオキサイド、コカミドプロピルベタイン、ココアムホグリシネートアルキルポリ(エチレンオキサイド)、ポリ(エチレンオキサイド)およびポリ(プロピレンオキサイド)のコポリマー(商品名「Poloxamers」または「Poloxamines」)、アルキルポリグルコシド、脂肪族アルコール、コカミドMEA、コカミドDEA、コカミドTEA等の界面活性剤が含まれる。
いくつかの実施形態において、1つまたは複数の界面活性剤は、ポリウレタンおよびエポキシ樹脂などの反応性ポリマーと混合されて親水性被膜として機能する。他の実施形態において、反応チャンバの上面または底面は、大気圧プラズマ処理、コロナ処理、またはガスコロナ処理などの表面処理により親水性にされる。
反応チャンバにおけるマイクロアレイは、これらに限定はされないが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイ、およびタンパク質マイクロアレイを含むが、あらゆる種類のマイクロアレイであり得る。一実施形態において、マイクロアレイは、抗体マイクロアレイであり、マイクロアレイシステムは、標的抗原を捕捉および標識するために使用される。一実施形態において、マイクロアレイは、例えば、すべてが全体として参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5,741,700号、第5,770,721号、第5,981,734号、および第6,656,725号、ならびに米国特許出願第10/068,474号、第11/425,667号、および第60/793,176号、で説明される印刷ゲルスポット方法を使用して形成される。特定の実施形態において、マイクロアレイは、マイクロアレイチャンバの底部を形成するマイクロアレイ基材上に印刷された複数のマイクロアレイスポットを備える。
図2は、例示的なフローセル反応チャンバの並びと廃棄チャンバとを示す。本実施形態において、フローセルは、複数の反応チャンバ110を備え、各々が、反応チャンバ110の試料出口を廃棄チャンバ120の入口に接続するチャンネル118を含む。一実施形態において、チャンネル118の側壁は、気泡を捕獲するように疎水性である。いくつかの実施形態において、チャンネルの廃棄チャンバ端における断面積は、チャンネル118の反応チャンバ端の断面積より少なくとも2倍、3倍、4倍、または5倍大きい。いくつかの実施形態において、チャンネル118は、S字形またはZ字形のチャンネル区域を形成する2つの曲がり角を含む屈曲区域を備える。別の実施形態において、2つの曲がり角は、90°の曲がり角である。
図3Aは、複数の反応チャンバ110を含む他の一実施形態のフローセル100を示す。本実施形態において、反応チャンバ110は、基材211と、スペーサ212と、カバー213(図3B)とにより形成される。基材211、スペーサ212、またはカバー213を形成するために使用される物質は、セラミックス、プラスチック、エラストマ、および金属を含むが、これらに限定されない。例示的なセラミックスは、ガラス、シリコン、シリコン窒化物、および二酸化ケイ素を含むが、これらに限定されない。例示的なプラスチックは、ポリカーボネート、ポリエチレン(低密度、高密度、超高分子量)、ポリオキシメチレン、ポリプロピレン、ポリビニリデンクロライド、ポリエステル、ポリメチルメタクリレート、ポリアミド、ポリ塩化ビニル、ポリスチレン、アクリロニトリルブタジエンスチレン、およびポリウレタンを含む。例示的なエラストマは、天然ポリイソプレン、合成ポリイソプレン、ポリブタジエン、クロロプレン、ブチルゴム、スチレンブタジエンゴム、ニトリルゴム、エチレンプロピレンゴム、エチレンプロピレンジエンゴム、エピクロロヒドリンゴム、ポリアクリルゴム、シリコーンゴム、フルオロシリコンゴム、フルオロエラストマ、パーフルオロエラストマ、ポリエーテルブロックアミド、クロロスルホン化ポリエチレン、エチレン酢酸ビニル、熱電エラストマ、タンパク質レシリン、エラスチン、多硫化ゴム、およびエラストレフィンを含むが、これらに限定されない。例示的な金属は、アルミニウム、白金、金、ニッケル、銅、およびこれらの金属の合金を含むが、これらに限定されない。これらの物質は、適切な形状に鋳造、押し出し成型(例えば、薄膜)、機械加工、および/またはモールド成型され得る。
いくつかの実施形態において、基材の材料は、約0.2W/mKの熱伝導率をもつプラスチックである。他の場合において、基材の材料は、約1W/mKの熱伝導率をもつガラスである。いくつかの実施形態において、基材の材料は、0.2〜3W/mKの範囲の熱伝導率をもつ。いくつかの実施形態において、基材の材料は、3〜30W/mKの範囲の熱伝導率をもつ。いくつかの実施形態において、基材の材料は、30〜400W/mKの範囲の熱伝導率をもつ。他の実施形態において、基材の材料は、少なくとも1、3、10、30、100、または300W/mKの熱伝導率をもつ。いくつかの実施形態において、スペーサ212は、カバー213と基材211とに接合されている。接合方法は、接着剤、超音波溶接、レーザ溶接、熱かしめ、溶剤接合、熱接合、およびエラストマスペーサの圧縮を含む。接合に使用される接着剤は、液体または粘弾性形態であり得る。例示的な接着剤は、エポキシ樹脂、アクリル樹脂、シリコーン、多糖、およびゴムを含むが、これらに限定されない。接着剤の硬化は、熱、圧力、紫外線照射、曝気、および/または触媒を使用して達成され得る。
他の一実施形態において、スペーサ212と基材211とは、単一の一体的な部品である。さらなる他の一実施形態において、スペーサ212とカバー213とは、単一の一体的な部品である。異なるさらなる他の一実施形態において、基材211と、スペーサ212と、カバー213とは、単一の一体的な部品である。
いくつかの実施形態において、反応チャンバ110は、基材211上に形成された1つまたは複数のマイクロアレイ130を備える。いくつかの実施形態において、1つまたは複数のマイクロアレイ130は、DNAマイクロアレイ、タンパク質マイクロアレイ、またはその混合物である。本明細書で使用する「マイクロアレイ」という用語は、対象のリガンドに接合するために提供されたスポットの整列した並びを指す。マイクロアレイは、少なくとも2つのスポットからなる。いくつかの実施形態において、マイクロアレイは、単一列のスポットからなる。他の実施形態において、マイクロアレイは、複数列のスポットからなる。対象のリガンドは、核酸(例えば、分子ビーコン、アプタマー、ロックド核酸、ペプチド核酸)、タンパク質、ペプチド、多糖、抗体、抗原、ウイルス、および細菌を含むが、これらに限定されない。
加熱冷却モジュールと反応チャンバとの間の界面
いくつかの実施形態において、反応チャンバ110が加熱冷却装置の伝熱面202上に位置するように、フローセル100が、加熱冷却モジュール200上に配置される。図4を参照されたい。いくつかの実施形態において加熱冷却モジュール200は、移動システムに搭載される。いくつかの実施形態において加熱冷却装置の伝熱面は光を吸収する。光吸収を達成する例示的な方法は、伝熱面202を黒色に塗装すること、黒色陽極酸化すること、または電気めっきにより黒色クロムで伝熱面202を被覆することを含む。光吸収は、マイクロアレイを像形成することと干渉し得る散乱を低減する。いくつかの実施形態において、熱サイクルは、像形成前に起こる。いくつかの実施形態において熱サイクルは、像形成と同時に起こる。
他の一実施形態において、加熱冷却モジュール200が、フローセル保持器300上に載ったフローセル100上に降下するか、または、フローセル保持器300が、加熱冷却モジュール200まで上昇するように適応され、それにより、フローセル100の反応チャンバ110がTEHC装置の伝熱面202(図5参照)と接触する。いくつかの実施形態において、フローセル100に加えられる力を制限するため、圧縮可能装置が使用される。いくつかの実施形態において、圧縮可能装置は、基台209の上方に位置し、基台209の上にTEHC装置が搭載される(図5参照)。他の実施形態において、圧縮可能装置260は、フローセル100の下方に位置する(図6参照)。異なる他の実施形態において、圧縮可能装置は、基台209の上方とフローセル100の下方との両方に位置する。例示的な圧縮可能装置は、ばね、発泡体、形状記憶発泡体、板ばね、および変形可能プラスチック、またはシリコンなどの他の物質を含むが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態において、伝熱面202と接合しない反応チャンバ110の外面は、断熱される。いくつかの実施形態において、断熱材は、消耗品の構成要素である。他の実施形態において、断熱材は、機器の構成要素である。異なる他の実施形態において、断熱材は、消耗品と機器との両方の構成要素である。例示的な断熱材は、停滞空気、スチロフォーム(Styrofoam)、ポリウレタン発泡体、エアロゲル、繊維ガラス、およびプラスチックを含む。いくつかの実施形態において、断熱層270は、光を吸収する。断熱材の効果は、次式のようにモデル化され得る。
Figure 0006715190
式中、Toffsetは、設定温度と実際の温度との間の差分であり、TTECは、熱拡散器の温度であり、Tliquidは、液体の温度であり、およびRinsulationは、断熱層の熱抵抗である。
図6は、フローセル100が一方側において断熱層270により断熱される一実施形態を示す。本実施形態において、黒色箔などの光吸収材271は、断熱層270をフローセル100から分離する。圧縮可能装置は、断熱層270の下方に搭載されている。基体250は、圧縮可能装置用の位置決め機構261を備える。いくつかの実施形態において、位置決め機構261は、スタッド、ピンまたは釘である。他の実施形態において、位置決め機構261は、空洞、穴、または窪みである。異なる他の実施形態において、位置決め機構261は、その中心にスタッド、ピン、または釘を含む空洞、穴または窪みである。
他の実施形態において、単一の反応チャンバ110が、2つ以上のTEHC装置204と接合し得る。一実施形態において、1つのTEHC装置204が、反応チャンバ110の上面に接合し、他のTEHC装置204が、反応チャンバ110の底面に接合する。
他の関連する実施形態において、加熱冷却モジュール200は、フローセル100内の同数の反応チャンバ110に接合する複数のTEHC装置204を備え、各TEHC装置204が、対応する反応チャンバ110の外面と接触するように適応された伝熱面202を含む。いくつかの実施形態において、TEHC装置204は、共通のヒートシンク201に装着されている。いくつかの実施形態において、すべてのTEHC装置204は、単一の制御装置により制御される。他の実施形態において、各TEHC装置204は、各反応チャンバ110内で異なる反応が実施され得るように別々に制御される。
図7は、加熱冷却装置207内に搭載された2つの薄膜熱電チップ280を含む一実施形態のTEHC装置204を示す。薄膜熱電チップ280は、窒化アルミニウム半導体を使用して製造され、インジウムはんだを使用して一次ヒートシンク221に搭載され、ガリウム液体金属を使用して熱拡散器208に搭載される。熱拡散器208は、ニッケル被膜を施した厚さ0.6mmの銅である。ポリイミドシートスペーサは、ヒートシンクと熱拡散器202との間の隔離体として機能する。薄膜RTD281は、同様に、熱拡散器208に装着されている。
図8A〜図8Fは、複数のTEHC装置204を含む他の例示的な加熱冷却モジュール200の異なる外観を示す。各TEHC装置204は、伝熱面202をもつ熱拡散器208と、一次ヒートシンク221を含む加熱/冷却装置を備える。複数のTEHC装置204に、複数の送風機205を含む共通の二次ヒートシンク201が装着されている。
熱サイクルのための制御スキーム
いくつかの実施形態において加熱冷却モジュールは、所望の温度への接近を加速する手段として、変化状態中に設定点温度が変化するように制御される。いくつかの実施形態において設定点は、所望の温度の上方−5℃〜5℃の範囲内に人為的に設定される。
加熱冷却モジュール250は、2つの温度間を反復すること、3つの温度にわたって反復すること、保管またはハイブリダイゼーションのための長期の保持温度、およびタッチダウンPCRプロトコルを含み得る熱サイクルプロトコルを実施する。温度遷移は、ステップ変化、のこぎり波形、または正弦波形に従い得る。これらの波形は、さらに、特定の設定温度付近で発生して、熱対流による混合をもたらし得る。
本出願の一態様は、薄膜熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、伝熱外面をもつ増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバと内面におけるマイクロアレイとを含む取り外し可能な検査モジュールであって、熱電加熱冷却装置が、反応チャンバの伝熱外面と接触するように適応された伝熱面をもつ取り外し可能な検査モジュールと、を備える分子検査装置に関する。
いくつかの実施形態において、薄膜熱電加熱冷却装置は、ペルティエ素子である。いくつかの別の実施形態において、ペルティエ素子は、セラミックペルティエ素子である。
他の実施形態において、薄膜熱電加熱冷却装置は、ビスマスアンチモン、テルル化ビスマス、テルル化鉛、またはシリコンゲルマニウムを有する薄膜半導体を含む。いくつかの別の実施形態において、薄膜半導体は、テルル化ビスマスを含む。
異なる他の実施形態において、薄膜熱電加熱冷却装置は、p型半導体とn型半導体とにより作られた熱電対である。いくつかの別の実施形態において、p型半導体とn型半導体とは、ビスマスアンチモン、テルル化ビスマス、テルル化鉛、およびシリコンゲルマニウムからなる群から選択される。
さらなる他の実施形態において、マイクロアレイは、ゲルスポットマイクロアレイである。
いくつかの実施形態において、反応チャンバは、断熱材を使用して断熱された外面をさらに含む。
他の実施形態において、取り外し可能な検査モジュールは、廃棄チャンバをさらに備える。
異なる他の実施形態において、取り外し可能な検査モジュールは、複数の増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバを備え、各チャンバは、伝熱外面を含み、加熱冷却モジュールは、複数の熱電加熱冷却装置を含み、複数の熱電加熱冷却装置の各々は、増幅ハイブリダイゼーション反応チャンバの伝熱外面と接触するように適応された伝熱面を含む。
さらなる他の実施形態において、加熱冷却モジュールは、温度センサーをさらに備える。いくつかの別の実施形態において、温度センサーは、サーミスターまたは抵抗性加熱装置を備える。
本出願の他の一態様は、伝熱面をもつ薄膜熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、伝熱外面をもつ反応チャンバを含む取り外し可能な検査モジュールを受容するための保持器と、保持器に検査モジュールが配置されたときに伝熱面を伝熱外面に接触させる移動システムと、伝熱面の温度を調節するプログラム可能制御モジュールと、を備える、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施するための装置に関する。
いくつかの実施形態において、熱電装置は、ペルティエ素子である。いくつかの別の実施形態において、熱電加熱冷却装置は、薄膜半導体とヒートシンクとを備える。
他の実施形態において、加熱冷却モジュールは、温度センサーをさらに備える。いくつかの別の実施形態において、温度センサーは、サーミスターまたは抵抗性加熱装置を備える。
異なる他の実施形態において、加熱冷却モジュールは、各々が伝熱面をもつ複数の薄膜熱電加熱冷却装置を備え、取り外し可能な検査モジュールは、各々が伝熱外面をもつ複数の反応チャンバを備え、プログラム可能制御モジュールは、各反応チャンバ内において異なる条件下でPCRを実施するため、伝熱面の各々の温度を個別に調節可能である。
本出願のさらなる他の一態様は、反応チャンバにおけるマイクロアレイでポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施する方法に関する。本方法は、PCR装置内に反応チャンバを備える検査モジュールを配置することを含むいくつかのステップを含み、反応チャンバが、伝熱外面と内面に搭載されたマイクロアレイとを備え、PCR装置が、伝熱面をもつ薄膜熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、伝熱面の温度を調節するプログラム可能制御モジュールとを備える。本方法は、薄膜熱電加熱冷却装置の伝熱面を反応チャンバの伝熱外面に接触させるステップをさらに含む。本方法は、制御モジュールに記憶されたPCRプログラムに基づいて伝熱面を通して反応チャンバを加熱および冷却することによりPCRを遂行するステップをさらに含む。
本発明は、以下の実施例によりさらに説明されるが、以下の実施例は、限定と解釈するべきではない。本出願中で引用されるすべての参考文献と特許と公開された特許出願とに加えて、図面と表との内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
実施例1:断熱材の効果の実証
薄膜RTD(Minco RTD Model S39)が、反応チャンバ(厚さ0.5mm)に組み込まれ、熱伝導ペーストで充填され、さらに、フラットブロックQuantaサーモサイクラー上に配置される。1つの反応チャンバが、厚さ1インチ(約2.54cm)のスチロフォーム断熱層を含み、他方は、断熱材を含まない。2つの反応チャンバが、順次、サーモサイクラー上に導入される。熱サイクルプロトコルは、88℃で60秒間の後、55℃で60秒間の30サイクルである。変性温度のみが描かれている。温度測定値は、20秒の移動平均を表す。図9からわかるように、反応チャンバが断熱されていない場合、88℃の設定点から1℃の温度オフセットがあり得る。
実施例2:加熱冷却モジュールと反応チャンバとを使用した場合のPCRの実証
反応チャンバは、QuestarTM基材と、0.5mmの両面加圧粘着スペーサテープ(double-sided pressure sensitive adhesive spacer tape)と、被覆薄膜とを備える。反応チャンバの容量は、約50μLで充填される。反応チャンバは、入口孔と出口孔とを含む。
反応チャンバは、プライマーミックスを含有する1×Qiagen QuantiFast RT−PCR mix(Qiagen、米国カリフォルニア州バレンシア)と、NIST SRM 2372キットからの10ngのヒトゲノムDNAと、精製された化膿連鎖球菌とA型インフルエンザ核酸との10個の複製物と、により充填される。
プライマーは、濃度が非対称であり、より高い濃度のプライマーは、蛍光物質により標識される。PCRの後、蛍光物質により標識されたアンプリコンは、マイクロアレイ面におけるゲルスポットでプローブにハイブリダイゼーションする。
熱サイクルプロトコルは、47℃で12.5分、88℃で5分、および88℃で30秒間と52.5℃で35秒間との35サイクルであった。
対照実験は、上記と同じマスターミックスを使用して、従来のMJサーモサイクラーにおけるPCR管内での増幅を使用して実行され、後続の熱サイクルプロトコルは、47℃で12.5分、88℃で5分、88℃で15秒間と52.5℃で20秒間との35サイクルであった。
PCRの後、マスターミックスは、チャンバから除去され、50℃で1時間、ガラス基材上に印刷されたマイクロアレイにハイブリダイゼーションされた。
図10は、化膿連鎖球菌とA型インフルエンザプローブの場合のマイクロアレイスポットからの蛍光信号強度を示す。データは、反応チャンバを含む加熱冷却装置とPCR管を含む従来のサーマルサイクラーとの間で同等の結果を示す。
実施例3:加熱冷却モジュールが反応チャンバ上に降下された場合のPCRの実証
実施例2で説明される加熱冷却モジュール200は、反応チャンバ上に組立体を降下させるために使用される線形アクチュエータを備える機械装置に搭載されている(図5参照)。組立体は、反応チャンバ上に降下されるときに圧縮される4つのばねを含む。
実施例2の反応チャンバと同様の6つの反応チャンバが、両面テープを使用してPVC Foam Insulation発泡体に対して構築および装着される。
反応チャンバは、PCRマスターミックスとATCCからの33pgの精製されたヒト型結核菌(MTB:Mycobacterium tuberculosis)DNAとで充填される。
後続の熱サイクルプロトコルは、88℃で7.5分、および88℃で30秒間と55℃で60秒間との50サイクルである。
PCRマスターミックスからの産物は、ハイブリダイゼーションバッファと混合され、ゲルドロップマイクロアレイにおいてインキュベーションされ、これは、katG(イソニアジドに対する薬剤耐性をもたらす、突然変異を伴い得る遺伝子)とMTBとに対するプローブを含む。これは、パラフィルムカバーを含む25μLフレームシールチャンバ(Biorad)に加えられ、55℃で3時間インキュベーションされる。インキュベーション後、スライドが、0.01%のTriton X−100を有する1xSSPEバッファを含む槽内で5分間撹拌される。次に、スライドは、2,300rpmで2分間、遠心分離により乾燥される。
像形成は、Akonni像形成システム(その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第8,623,789号明細書を参照)により0.2秒で行われ、Akonniソフトウェアを使用して分析される。
ソフトウェアからの信号強度を図11に示す。図11におけるデータは、野生型MTB DNAで感作(challenge)されたときの、MTBとkatGとに対するプローブを含むマイクロアレイスポットからの陽性の増幅および検出を示す。
実施例4:反応チャンバにおいて複合された(組み合わされた)PCRとハイブリダイゼーション
N−アセチルシステイン、水酸化ナトリウムが消化された痰が、10cfu/mLのH37Ra細胞で修正された。均一化と溶解とは、米国特許第8,399,190号(その全体が参照により本明細書に組み込まれる)で説明される装置を使用して実現された。DNAの抽出は、米国特許第8,236,553号と第8,574,923号と(全体として参照により本明細書に組み込まれる)において説明される装置と方法とを使用して実現された。
精製されたMTB DNAは、実施例2のものと同様に、実施例3で説明されるPCR試薬と混合されて、反応チャンバに加えられた。PCRとハイブリダイゼーションとの複合プロトコルは、次のとおりであった。すなわち、90.5℃で7.5分の後、90.5℃で30秒間と56℃で60秒間との50サイクル、および55℃で3時間のハイブリダイゼーションである。
このプロトコルの後、反応チャンバは、300μLの1xSSPEで洗浄され、米国特許第8,623,789号で説明されるものと同様の光学列を使用して0.2秒間、像形成される。像が分析され、ゲルドロップからの信号強度が取り出されて図12に描画される。図12は、MTB、katG、inhA(イソニアジドに対する薬剤耐性を与える、突然変異を伴い得る遺伝子。この分離株は、野生型である)、およびrpoB(リファンピンに対する薬剤耐性を与える、突然変異を伴い得る遺伝子。この分離株は、野生型である)に対するマーカーの成功した増幅および検出を示す。
上記の説明は、本発明を実施する方法を当業者に教示することを目的としており、本説明を読めば当業者に明らかな、それらの明白な変更および変形例のすべてを詳細に説明する意図はない。しかし、そのような明白な変更と変形例とのすべてが本発明の範囲内に含まれることを意図している。
[付記項1]
薄膜熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、
伝熱外面と内面におけるマイクロアレイとを有する増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバを含む取り外し可能な検査モジュールと、
を備え、
前記熱電加熱冷却装置が、前記反応チャンバの前記伝熱外面と接触するように適応された伝熱面をもつ、
分子検査装置。
[付記項2]
前記薄膜熱電加熱冷却装置が、ペルティエ素子である、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項3]
前記ペルティエ素子が、セラミックペルティエ素子である、
付記項2に記載の分子検査装置。
[付記項4]
前記薄膜熱電加熱冷却装置が、ビスマスアンチモン、テルル化ビスマス、テルル化鉛、またはシリコンゲルマニウムを含む薄膜半導体を備える、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項5]
前記薄膜半導体が、テルル化ビスマスを含む、
付記項4に記載の分子検査装置。
[付記項6]
前記薄膜熱電加熱冷却装置が、p型半導体とn型半導体とにより作られた熱電対である、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項7]
前記p型半導体とn型半導体とが、ビスマスアンチモン、テルル化ビスマス、テルル化鉛、およびシリコンゲルマニウムからなる群から選択される、
付記項6に記載の分子検査装置。
[付記項8]
前記マイクロアレイが、ゲルスポットマイクロアレイである、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項9]
前記反応チャンバが、断熱材を使用して断熱された外面をさらに備える、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項10]
前記取り外し可能な検査モジュールが、廃棄チャンバをさらに備える、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項11]
前記取り外し可能な検査モジュールが、複数の増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバを備え、
各チャンバが、伝熱外面を備え、
前記加熱冷却モジュールが、複数の熱電加熱冷却装置を備え、
前記複数の熱電加熱冷却装置の各々が、前記増幅ハイブリダイゼーション反応チャンバの前記伝熱外面と接触するように適応された伝熱面を備える、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項12]
前記加熱冷却モジュールが、温度センサーをさらに備える、
付記項1に記載の分子検査装置。
[付記項13]
前記温度センサーが、サーミスターまたは抵抗性加熱装置を備える、
付記項12に記載の分子検査装置。
[付記項14]
伝熱面をもつ薄膜熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、
伝熱外面をもつ反応チャンバを含む取り外し可能な検査モジュールを受容するための保持器と、
前記保持器に前記検査モジュールが配置されたときに前記伝熱面を前記伝熱外面に接触させる移動システムと、
前記伝熱面の温度を調節するプログラム可能制御モジュールと、
を備える、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施するための装置。
[付記項15]
前記熱電装置がペルティエ素子である、
付記項14に記載の装置。
[付記項16]
前記熱電加熱冷却装置が、薄膜半導体とヒートシンクとを備える、
付記項14に記載の装置。
[付記項17]
前記加熱冷却モジュールが、温度センサーをさらに備える、
付記項14に記載の装置。
[付記項18]
前記温度センサーが、サーミスターまたは抵抗性加熱装置を備える、
付記項17に記載の装置。
[付記項19]
前記加熱冷却モジュールが、各々が伝熱面をもつ複数の薄膜熱電加熱冷却装置を備え、
前記取り外し可能な検査モジュールが、各々が伝熱外面をもつ複数の反応チャンバを備え、
前記プログラム可能制御モジュールが、各反応チャンバ内において異なる条件下でPCRを実施するため、前記伝熱面の各々の温度を個別に調節可能である、
付記項14に記載の装置。
[付記項20]
(a)反応チャンバを備える検査モジュールをPCR装置内に配置することであって、
前記反応チャンバが、伝熱外面と内面に搭載されたマイクロアレイとを備え、
前記PCR装置が、伝熱面をもつ薄膜熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、前記伝熱面の温度を調節するプログラム可能制御モジュールとを備える、
配置することと、
(b)前記薄膜熱電加熱冷却装置の前記伝熱面を前記反応チャンバの前記伝熱外面に接触させることと、
(c)前記制御モジュールに記憶されたPCRプログラムに基づいて、前記伝熱面を通して前記反応チャンバを加熱および冷却することによりPCRを遂行することと、
を含む、反応チャンバにおけるマイクロアレイでポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施する方法。

Claims (14)

  1. 分子検査装置であって、
    前記分子検査装置が、加熱冷却モジュールと、取り外し可能な検査モジュールと、を備え、
    前記加熱冷却モジュールが、薄膜熱電加熱冷却装置を含み、
    取り外し可能な検査モジュールが、増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバを備え、
    前記反応チャンバが、第1の伝熱外面と、断熱材を使用して断熱された第2の外面と、内面におけるマイクロアレイと、を有し、
    マイクロアレイが、対象のリガンドに接合するために提供されたスポットの整列した並びであり、
    前記薄膜熱電加熱冷却装置が、前記反応チャンバの前記第1の伝熱外面と接触するように適応された伝熱面をもつ、
    分子検査装置。
  2. 前記薄膜熱電加熱冷却装置が、ペルティエ素子である、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  3. 前記ペルティエ素子が、セラミックペルティエ素子である、
    請求項2に記載の分子検査装置。
  4. 前記薄膜熱電加熱冷却装置が、ビスマスアンチモン、テルル化ビスマス、テルル化鉛、またはシリコンゲルマニウムを含む薄膜半導体を備える、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  5. 前記薄膜半導体が、テルル化ビスマスを含む、
    請求項4に記載の分子検査装置。
  6. 前記薄膜熱電加熱冷却装置が、p型半導体とn型半導体とにより作られた熱電対である、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  7. 前記p型半導体とn型半導体とが、ビスマスアンチモン、テルル化ビスマス、テルル化鉛、およびシリコンゲルマニウムからなる群から選択される、
    請求項6に記載の分子検査装置。
  8. 前記マイクロアレイが、ゲルスポットマイクロアレイである、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  9. 前記反応チャンバが、断熱材を使用して断熱された外面をさらに備える、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  10. 前記取り外し可能な検査モジュールが、廃棄チャンバをさらに備える、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  11. 前記取り外し可能な検査モジュールが、複数の増幅ハイブリダイゼーション複合反応チャンバを備え、
    各チャンバが、伝熱外面を備え、
    前記加熱冷却モジュールが、複数の熱電加熱冷却装置を備え、
    前記複数の熱電加熱冷却装置の各々が、前記増幅ハイブリダイゼーション反応チャンバの前記伝熱外面と接触するように適応された伝熱面を備える、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  12. 前記加熱冷却モジュールが、温度センサーをさらに備える、
    請求項1に記載の分子検査装置。
  13. 前記温度センサーが、サーミスターまたは抵抗性加熱装置を備える、
    請求項12に記載の分子検査装置。
  14. 反応チャンバにおけるマイクロアレイでポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施する方法であって、
    前記方法が、反応チャンバを備える検査モジュールをPCR装置内に配置すること(a)を含み、
    前記反応チャンバが、第1の伝熱外面と、断熱材を使用して断熱された第2の外面と、内面に搭載されたマイクロアレイとを備え、
    マイクロアレイが、対象のリガンドに接合するために提供されたスポットの整列した並びであり、
    前記PCR装置が、伝熱面をもつ薄膜熱電加熱冷却装置を含む加熱冷却モジュールと、前記伝熱面の温度を調節するプログラム可能制御モジュールとを備え、
    前記方法が、前記薄膜熱電加熱冷却装置の前記伝熱面を前記反応チャンバの前記第1の伝熱外面に接触させること(b)をさらに含み、
    前記方法が、前記制御モジュールに記憶されたPCRプログラムに基づいて、前記伝熱面を通して前記反応チャンバを加熱および冷却することによりPCRを遂行すること(c)をさらに含む、
    応チャンバにおけるマイクロアレイでポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施する方法。
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