JP6712715B2 - 結腸バクテリア集団を増加させてミネラル吸収を増加させるための、可溶性コーンファイバーの用途 - Google Patents
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Description
本出願は、その全体が援用により本明細書に組み込まれた、2013年3月22日付で出願された米国仮特許出願61/804,584を優先権として主張する。
本発明は一般的に、発酵性可溶性ファイバー、例えば可溶性コーンファイバー(SCF)、及びその用途並びに組成物に関する。ある態様において、本発明は対象における結腸バクテリア集団を増加させる方法に関する。
[発明の概要]
対象及び方法
対象
13歳ないし15歳の少年15人及び12歳ないし14歳の少女9人がこれらの代謝研究に参加した。スクリーニングアンケートを用いて、簡単な医学的履歴、成熟年齢、身体的活性、及び6日間の食餌記録で評価した習慣的な食餌摂取を基に適格性を確認した。排除範疇は、非正常な肝臓又は腎臓の機能、吸収不良障害、貧血、喫煙、カルシウム代謝に影響を与える薬剤(ステロイド、チアジド系利尿剤)の履歴、年齢別5ないし95BMI百分率以外の体重、不正薬物、非処方薬物又は任意の種類の避妊剤の定期的な摂取、及び妊娠を含む。対象に、これらの研究に参加する間に栄養補充剤を摂取することを許容せず、キャンプに来る前に使用を中断することを要求した。
夏のキャンプ環境を有するように設計されたこの研究は、7日間の休薬期間により分離された2回の3週間のバランス研究で構成された。この実験は、参加者が12gの可溶性コーンファイバー又は偽薬の2つの処理を無作為の順で受け、二重盲検のクロスオーバーデザインを用いた。
調節された食餌が二つのキャンプ期間全体に提供され、スパゲッティ、ハンバーガー、サンドイッチ及びポテトチップスのように青少年が典型的に取る食品を含む。対象を、ハリス−ベネディクトの式(Harris−Benedict equation)を利用して計算した推定エネルギー要求量に基づき5個のエネルギーレベル(1750、2100、2400、2700及び3000キロカロリー)の1つに割り当てた。食餌は体重を維持し、主要栄養分を一定の水準で含有するように設計した。調節された食餌は毎日3回の食事及び2回の間食で構成された4日間のサイクルメニューとして提供した。食餌は平均的に、タンパク質14%、脂肪33%、炭水化物53%、ビタミンD200IU、リン1100mg、ナトリウム2300mg及びカルシウム600mgを含む。ファイバー15gを基本食餌に含ませ、介入は付加的な0又は12gのSCFを添加した。これにより、コントロール及びSCF処理のそれぞれに対して総食餌ファイバー含量を15g及び27gで提供した。SCFはWELCH’S(登録商標)フルーツスナックとして提供し、昼食と夕食に提供される0g又は6g用量の2つに分けた。Tate & Lyle Health & Nutrition Sciences社(米国イリノイ州ホフマンエステーツ所在)により提供されるSCFは、おおよその質量−平均重合度が10であり、α−1,4、α−1,6、α−1,3及びα−1,2結合を有する可溶性食餌ファイバーを70%超で含有する。
質量、座高、両大転子の幅、ウエスト周囲及びヒップ周囲を含む人体測定をキャンプの第1期間で行った。壁掛け式スタジオメーターを用いて身長を第1期間の開始時に測定し、体重を電子デジタルスケールを用いて毎朝モニタリングし、全期間にわたり体重が安定して維持されたことを確認した。骨塩量(BMC)及び骨密度(BMD)を1つのバランス期間中に二重エネルギーX線吸収測定法(DXA)(米国ウィスコンシン州マディソン所在GE Lunar)により測定した。骨測定は全身、脊椎、前腕及び両尻で測定した。
一般的な血液化学を確認するために断食状態のベースライン血液の採血をキャンプの初日に行い、参加者の臨床的なプロファイル及び健康を立証した。第2断食サンプルをキャンプの終了時に採取し、骨動力学の生化学的マーカー及びカルシウムとビタミンD代謝に関連したホルモンを測定した。
全ての尿及び排泄物サンプルをそれぞれのバランス期間の第1日から第21日まで収集し、24時間収集としてプーリングした。食餌、排泄物及び尿サンプルのカルシウム含量を誘導結合プラズマ光学発光分析(Optima 4300 DV、Perkin Elmer Instrument)を用いて前述したように測定した。全ての排泄物サンプルを冷凍し、カルシウムを得るためにその後処理した。尿を冷蔵保管し、同様に総カルシウム含量に対してその後分析を行った。
訓練を受けたカウンセラーが毎日24時間活動し、食事及びサンプル収集の間に参加者を監督した。食事の際に摂取されなかった食べ物を収集して記録した。酵素的比色分析法(COBAS Integra、Roche Diagnostics)により尿で排出されるクレアチニンを測定することで尿収集順応度を評価した。排泄物内のポリエチレングリコール(PEG)の回収により排泄物収集順応度を評価した。各参加者は3gポリエチレングリコール(PEG)(E3350;米国ミシガン州ミッドレンド所在Dow Chemical Co.)を朝食、昼食及び夕食時に1gの用量に分けて提供された。PEG回収を比濁分析により24時間排泄物収集で測定し、順応度が不良である場合、対象のデータを排除するための基準として用いた。
対象における胃の音、鼓腸、膨満感及び腹痛の存在を短いアンケートを用いて毎日評価した。第2キャンプ期間の18日間、胃腸症状の重症度を1〜10(0はなし、10は非常に重度)の尺度を用いて自己報告により毎日評価した。
各期間の最終週の間に、一晩中断食した後、対象はカルシウムの吸収試験に参加した。試験日の朝、瀉血専門医がカテーテルを挿入し、10mlのベースライン静脈サンプルを採血した。採血直後、参加者はイングリッシュマフィン、スクランブルエッグ、バター及びジャムからなる朝食を取った。食事は2%牛乳から150mgカルシウム(Ca)と安定した非放射性同位元素である15mg44Caを含有した。経口同位元素を牛乳に添加された液体(CaCl2)として投与し、一晩中平衡化するようにした。朝食後、参加者は如何なる食べ物の摂取も許容されなかったが、脱イオン水は自由に取ることが許容された。さらに第2の安定した同位元素である43Ca(3.5mg)を塩化カルシウムとして、朝食及び経口同位元素の摂取後1時間目に静脈内投与した。静脈内投与から3時間後に最後の採血を行った後、カテーテルを除去して対象に昼食を提供した。
2つの24時間の尿プールを用いて、カルシウム同位元素の投与後48時間における分画カルシウムの吸収の変化を測定した。吸収試験を行った後、2日間24時間プール(0−24時間及び24−48時間)で収集した尿サンプルは高解像度の誘導結合プラズマ質量分析(ICP−MS、Finnegan Element2、Thermo Scientific)により44Ca及び43Ca濃縮について分析を行った。カルシウムの吸収(式1)を濃縮値を用いて計算し、44Caに対するΔ余剰量及び43Caに対するΔ余剰量をベースラインで割った、ベースラインからの0時間−24時間及び24時間−48時間のサンプルの差として計算した。その後、これらの余剰量値をこれらの自然存在比を基準として経口用量(mg)で割った静脈内用量の量(mg)を掛けた44Ca/43Caの割合で表した。
統計的分析をSAS(バージョン9.2;米国ノースカロライナ州ケリー所在SAS Institute)を用いて行った。女性及び男性のベースライン特徴をt−テストを用いて比較した。ウィルコクソンの順位和検定(Wilcoxon’s rank−sum test)を用いて、ノンパラメトリック(nonparametric)の胃腸症状における差を評価した。ピアソン相関(Pearson’s correlation)を用いて、24時間−48時間の尿における分画Ca吸収の変化(SCFに対する吸収−コントロールに対する吸収)と、カルシウムバランス及びビタミンDの状態、ベースライン人体測定法、及び骨密度と強度の測定値の差間の潜在的な連関性を検査した。一般的な線状モデルを用いて、分画カルシウムの吸収に対するSCFの効果を評価した。モデルは、無作為効果変数として配列内のidをネスティング(nesting)することでクロスオーバーデザインを説明し、処理相(第1の3週間のキャンプ期間対第2の3週間のキャンプ期間)及び配列に対して調節した。各期間(0時間−24時間及び24時間−48時間)に対してデータを個別に分析を行った。同様の分析をカルシウムバランスに対して行った。青少年において報告された分画カルシウムの吸収に対する公開された平均及び標準偏差を用いて、24のサンプルサイズはカルシウムの吸収で5.9%の差を示すのに十分な検証力(80%)を提供するものと確認され、これは0.05のアルファエラー及び2.9±9.6%の標準偏差を仮定している。0.05未満のP−値は全ての統計学的試験に対して統計学的に有意なものとみなされた。
計24人の対象(9人の少女及び15人の少年)がこの研究に参加した。3人の対象は二つの期間で分画カルシウムの吸収試験に参加しなかった。よって、21人の対象に対して分画カルシウムの吸収の分析を行った。全ての他の分析は全て利用可能なデータ値を含む。この研究で評価された参加者は人種的に多様であったが、11人はアジア系、6人はヒスパニック系、1人は黒人、6人は多民族の10代(その他の人種)であった。年齢、人体測定法、身体的特徴及び骨測定を含む対象の特徴は、少女及び少年に対して個別的に平均及び標準偏差を提示した表1に提供される。少女及び少年は類似した身体的特徴を有し、このコーホートで除脂肪%(少女は少年より低い値を有した。P=0.009)及び体脂肪%(少女は少年より高い値を有した。P=0.01)でのみ統計学的に有意な差があった。カルシウム及び食餌ファイバーの習慣的摂取の平均はそれぞれ768±403mg/d及び12±4g/dであった。
膨満感、鼓腸、腹部痙攣及び胃の音を含む胃腸症状の重症度で有意な差は18日間の観察期間中にSCF処理とコントロールとの間で観察されなかった(表2)。
分画カルシウムの吸収は、同位元素の投与後0時間−24時間及び24時間−48時間の間において収集された尿に排出された同位元素の分析に基づく(図1)。コントロールに比べ、平均分画カルシウムの吸収は最初の24時間では差がなかったが、SCFでの処理後24時間−48時間で非常に高くなった(それぞれ0.595±0.142vs.0.664±0.129;P=0.02)。0.069の平均分画カルシウムの吸収の差はSCF処理時の吸収で11.6%の増加を表した。一般的な線状モデル(図2)は、分画カルシウムの吸収に対して24時間−48時間では処理の有意な効果が確認されたが(P=0.02)、0時間−24時間(P=0.09)では確認されなかった。処理は正味カルシウム吸収、正味吸収効率、排泄物のカルシウム排出又はカルシウム滞留には有意な効果を表さなかった(表3)。尿又は排泄物のカルシウム排出いずれも分画カルシウムの吸収と相関関係がなかった。骨代謝マーカー濃度は表4に報告される。血清アルカリホスファターゼ、リン、カルシウム、副甲状線ホルモン、レプチン、インスリン様成長因子(IGF)−1、IGF−結合タンパク質−3、スクレロスチン、及び尿n−テロペプチド交差結合、カルシウム及びリンにおいて差がないことはSCF摂取によるものであった。
SCF及びコントロール処理後、平均ビタミンDの状態はそれぞれ65.2±18.8nM及び59.1±15.9nMであり、これは統計学的に有意に異ならなかった。25−ヒドロキシビタミンD及び分画カルシウムの吸収(24時間−48時間)又は正味吸収効率差間の統計学的に有意な連関性は観察されなかった。
24時間−48時間の尿収集時における、SCF及びコントロール処理間の分画カルシウムの吸収の差は、身長(r=0.112、P=0.63)、体表面積(r=0.012、P=0.96)、体重(r=−0.022、P=0.92)、習慣的な食餌ファイバー(r=0.150、P=0.54)及びカルシウム(r=0.012、P=0.96)摂取、タナーステージ(Tanner stage)(r=−0.131、P=0.57)又はBMI(r=−0.074、P=0.75)と相関関係がなかった。
排泄物の処理及びDNA抽出
排泄物内の微生物コミュニティの構成及び構造を、実施例1の各対象に対して各期間の開始時と終了時に収集したサンプルで確認した。冷凍した排泄物サンプルを秤量し、4℃で解凍した後、滅菌された二重蒸溜水(排泄物サンプルの質量の2倍)を添加し、サンプルをストマッカー(stomacher)で均質化した。排泄物スラリーを、DNAを抽出するまで−20℃で保管した。DNAをソイル(Soil)用FastDNA(登録商標) SPINキット(米国カリフォルニア州アービン所在MP Biochemicals)を用いて排泄物物質50mgないし100mgから抽出した。DNA品質を0.7%アガロースゲル及びNanodrop1000分光光度計(米国デラウェア州ウィルミントン所在Thermo Scientific)を用いてチェックした後、Nanodrop3300蛍光光度計(fluorospectrometer)(Thermo Scientific)を用いて定量化した。
バクテリアコミュニティの系統発生の多様性を、454FLXチタン化学及びロシュゲノムシークエンサー(米国コネチカット州ブランフォード所在454 Life Sciences−Roche)及び16S rRNA遺伝子のV3領域ないしV5領域を増幅させるプライマーを用いて得られた16S rRNA遺伝子配列を用いて確認した。複数のサンプルを進行させ、10−bpタグされたフォワードプライマーを用いて差別化した。排泄物サンプル抽出物由来の初期のPCRをハイファイフュージョンDNAポリメラーゼ(high fidelity Phusion DNA Polymerase)(NEB)を用いて行い、アンプリコン(amplicon)をゲル精製した(QIAEX II Gel Extraction Kit、Qiagen)。Purdue Genomics設備で、精製されたアンプリコンをPicoGreen DNA分析法キット及びqPCRを用いて染色した後、蛍光分析法により定量化し、等モル量を454FLXチタン化学シーケンスに用いた。
ピロシーケンス分析の判読をまずソフトウェアを用いて前処理してプライマータグを除去し、低品質の配列を除去した。配列品質は、長さが400bp未満の場合又はフォワードプライマー配列にミスマッチ又は曖昧性が存在する場合、低いとみなした。配列は、操作分類単位(Operational Taxonomic Unit;OTU)及び分類割当(taxonomic assignment)だけでなく多数の異なるベータ及びアルファ多様性測定を許容する多数の供給源からのソフトウェアを含むQIIMEパイプラインを用いて分析を行った。キメラスレイヤーを用いてキメラ配列を除去した。OTU割当は、ユクラスト(uclust)法、及び97%配列類似性閾値を有した最遠隣クラスタリングを用いて行われた。代表的なOTU配列は、PyNast及びGreengenesコアセットを用いた配列整列後に得られた。分類割当は80%信頼区間でRDP分類子を用いて行われた。希薄化分析を用いて、コミュニティの配列包括度の推定値を得た。アルファ生物の多様性推定値(例えば、Shannon及びChao1指標)を計算して対象を比較し、但し、16S rRNA遺伝子を標的とするためにPCRを用いて、結果は偏向された可能性があり、ゲノム当たり配列コピーの差は相対的な数に影響を与えることになる。コミュニティ組成物の比較はOTU及び系統発生データセットの両方の「Fast UniFrac」分析を用いて行われた。
ビフィドバクテリウム、他のコーリオバクテリアセアエ、バクテロイデス、バルネシエラ(Barnesiella)、ブチリキモナス(Butyricimonas)、パラバクテロイデス、プレボテラ(Prevotella)、アリスティペス、他のリケネラセエ(Rikenellaceae)、エンテロコッカス、ラクトバシラス、他のラクトバシラセエ(Lactobacillaceae)、ストレプトコッカス、クロストリジウム、ユーバクテリウム(Eubacterium)、モギバクテリウム(Mogibacterium)、ブラウティア(Blautia)、アナエロスティペス、コプロコッカス、ドレア(Dorea)、他のラクノスピラセエ、ロゼブリア(Roseburia)、他のクロストリジアーレス、他のペプトストレプトコッカセエ、スポラセチゲニウム、アセチビブリオ(Acetivibrio)、ブチリキコッカス、ファイカリバクテリウム(Faecalibacterium)、オシリバクター(Oscillibacter)、他のルミノコッカセエ、ルミノコッカス(Ruminococcus)、サブドリグラヌルム(Subdoligranulum)、ジアリスタ、他のクロストリジア(Clostridia)、カテニバクテリウム、コプロバシラス(Coprobacillus)、他のエリシペトロリチャセエ(Erysipelotrichaceae)、ツリシバクター(Turicibacter)、他のファーミキューテス(Firmicutes)、他のバクテリア、エシェリキア/シゲラ(Escherichia/Shigella)、シュードモナス、アクチノマイセス(Actinomyces)、他のストレプトコッカセエ(Streptococcaceae)、アナエロフスティス及びアナエロコッカス(Anaerococcus)。
バクテリアコミュニティ組成物の変化
総1,793,821個の配列を454−チタンピロシーケンス(米国コネチカット州ブランフォード所在Roche Applied Science)を用いて得て、平均はサンプル当たり19498個の配列(±7126)であり、範囲はサンプル当たり8211個ないし41212個の配列であった。処理(P>0.05)又は収集時(ベースライン対終了時のサンプル)(P>0.05)により比較した場合、それぞれの対象に対して得られた配列の数に有意な差はなかった。23人の対象の微生物コミュニティで代表される10個の門であるアクチノバクテリア、バクテロイデテス(Bacteroidetes)、ファーミキューテス(Firmicutes)、プロテオバクテリア、シアノバクテリア、フソバクテリア、TM7、ベルコミクロビア(Verrucomicrobia)、スピロヘーテス(Spirochaetes)及びシネルギステス(Synergistetes)があった。しかし、全てのサンプルにおいて、配列の99%超は4個の門に由来し;ファーミキューテスが平均89.4%で最も支配的な門であり、続いてバクテロイデテス(5.1%)、アクチノバクテリア(4.9%)及びプロテオバクテリア(0.5%)があった。
24時間−48時間の尿で測定した分画Ca吸収の変化(SCF処理−コントロール)はアクチノマイセス、アクチノバクテリア門由来のシュードモナス、及びファーミキューテス門由来の他のエリシペロトリチャセエと負の相関関係があった(SCFを用いたカルシウムの吸収が増加するにつれバクテリア属が減少する)。逆に、分画Ca吸収の変化はバクテロイデテスのメンバーのバクテロイデスだけでなく、ブチリキコッカス、オシリバクター及びファーミキューテス門由来のジアリスタと正の相関関係があった(SCFを用いたカルシウムの吸収が増加するによりバクテリア属が増加する)。
対象及び方法
方法
SCF食餌処理を伴う(10g/日用量(「D10」)と20g/日用量(「D20」))、及び伴わない(0g/日用量(「D0」))代表的なサンプルで腸内微生物相組成物を454個のピロシーケンスの代わりにIllumina MiSeq高処理量シーケンスを用いて確認した。データを用いて、食餌補充の差と連関された集団での割合的な増加又は減少を確認する。実施された腸内微生物コミュニティ分析のためには次の5つのステップが存在する。(1)それぞれ無作為に割り当てられた食餌SCFの補充の開始及び終了時に、収集した排泄物サンプルをDNA抽出用調剤物で均質化した(D0開始時の排泄物サンプルを提出しなかった103人の対象を除き、対象当たり計6個のサンプル)。(2)総排泄物のDNAをFast DNATM Soil Spinキット及びFast PrepTMシステムを用いて抽出した。(3)抽出されたDNAを、バクテリア16S rRNA遺伝子を標的とするプライマーを用いてPCRで処理した。(4)PCR生成物をIllumina MiSeqを用いてシーケンスした。(5)配列をQIIMEパイプラインを用いて分析し、可溶性コーンファイバー処理による微生物コミュニティのメンバーの定量的変化を確認した。
凍結された排泄物サンプルを処理し、DNAを実施例2で提供したように抽出した。
バクテリアコミュニティの系統発生の多様性を高処理量ペアードエンドMiSeq技術(Illumina)から得られる16S rRNA遺伝子配列を用いて確認し、16S rRNA遺伝子のV3−V4領域を増幅させるプライマーを用いた。複数のサンプルを進行させ、2つのPCR進行を用いるステップアウトプロトコルを用いて8−bpタグされたフォワードプライマーと8−bpタグされた逆方向プライマーの組み合わせを用いて差別化した。第1PCRは具体的には、排泄物サンプル抽出物由来の16S rRNA遺伝子を増幅させる。非混入プライマー及びヌクレオチドをAgencourt AMPURE XPキット(Becker)を用いてPCRアンプリコンから分離した。第2PCRを用いて、Illuminaシーケンスに要求されるアンプリコン(第1進行由来)にbitagを添加し、Agencourt AMPURE XPキットを用いて再び精製した。全てのPCRをQ5(登録商標)High Fidelity DNAポリメラーゼ(New England Biolabs)を用いて行い、重合中の誤差率を最小化した。精製されたアンプリコンを、PicoGreen DNA分析法キットを用いて染色した後、蛍光分析により定量化した。それぞれのサンプルのアンプリコンをMiSeq装備(Illumina)を用いて配列化された等量で組み合わせた。
配列を前処理し、プライマータグ及び低品質の配列を除去した後、QIIMEパイプラインを用いて分析を行った。16S rRNA遺伝子断片のMiSeq Illumina配列を、OTUに記載の系統樹及び分類学記載の系統樹の両方を用いて分析を行った。OTUは厳格に配列類似性に基づいたグループとして定義されたが、公知の分類学に割り当てなかった。配列をまず予備ろ過した後、OTU割り当てを、uclust法及び60%閾値を用いるGreengenesコア配列(QIIME開発業者により勧められたように)を用いて行った。代表的なOTU配列を、PyNastを用いた配列整列後に得て、Greengenesコア配列と整列されていない配列をろ過し出した。分類割当は80%信頼区間でRDP分類子及びGreengenesデータベースを用いて行われた。希薄化分析を用いて、コミュニティの配列包括度の推定値を得た。アルファ生物の多様性推定値を計算し、特定のSCF処理下の対象内での微生物相の多様性を比較した。コミュニティ間のベータ多様性の比較を、系統発生距離の「Fast UniFrac」分析だけでなくユークリッド距離(Euclidean distance)を用いた非系統発生距離分析を用いて行った。全てのアルファ及びベータ多様性測定値は、複数の希薄化分析結果(10回の繰り返し)を用いて無作為に選択された等価数の分類群(単一サンプルから得られる配列の最低数に基づく)を用いて行われた。
フリードマン分析(ANOVAにノンパラメトリック等価)をそれぞれのSCF処理の開始(B)及び終了(E)時における対象の属の平均割合を全般的に比較するのに用いた。その後、ウィルコクソン符号順位検定を用いて、それぞれの処理器の開始と終了時のサンプルだけでなく、終了時のサンプル間の有意な差のペアワイズ比較を確認した。スチューデントT−テストを用いて、アルファ多様性測定値の間の有意な差を確認した。コミュニティ間のベータ多様性の有意な差は、Paleontological Statisticsパッケージバージョン2.16(PASTソフトウェア、http://folk.uio.no/ohammer/past/index.html)で利用可能なperMANOVAノンパラメトリック多変量統計学的ツールを用いて確認した。ボンフェローニ補正(Bonferroni correction)を全ての統計学的試験に適用した。
28人の対象に対して分析を行った排泄物サンプルの数は167個であり、0g−食餌補充実験の間に開始時のサンプルを提供しなかった1人の対象を除き、は個人当たり6個のサンプルを収集した(表7)。このような理由で、この報告で提示される統計学的結果は27人の対象のみからのデータに基づいた。対象には10g/日のSCF(D10)、20g/日のSCF(D20)、及び無−SCF(D0)を投与した。
計12,979,388個の高品質の統合された配列を、サンプル当たり平均77,720.9個の配列(±28,401)を用いるMiSeq Illuminaシーケンスを用いて得て、サンプル当たり28,854個ないし262,312個の配列範囲であった(表7)。得られた配列のうち最低数は28,854であり、よって全ての後続的な分析は、サンプル当たり28,800個の配列に対して希薄化分析を行った。希薄化分析が行われたデータセットを得るため、それぞれのデータセットから28,800個の配列を無作為に選択することを10回行った後、データセットを統合し、それぞれのサンプルを代表する28,800個の配列セットを得た。
28人の対象の微生物コミュニティで見出された13個の門、アクチノバクテリア、バクテロイデテス、ファーミキューテス、プロテオバクテリア、クロロフレキシ(Chloroflexi)、シアノバクテリア、フソバクテリア、レンティスファエラ(Lentisphaerae)、シネルギステス、TM7、テネリキューテス(Tenericutes)、[テルミ(Thermi)]及びベルコミクロビア(Verrucomicrobia)があった。また、プライマーは現在分類できない古細菌ドメイン及び他のバクテリア由来の一部配列を増幅させた。しかし、配列のうち99%超は4個の門、アクチノバクテリア、バクテロイデテス、ファーミキューテス及びプロテオバクテリアに由来した。全ての対象の全てのサンプルに対して、ファーミキューテスが平均65.8%の支配的な門であり、次いでバクテロイデテス(26.0%)、アクチノバクテリア(6.2%)及びプロテオバクテリア(1.8%)があった(図1)。SCF試験処理群の開始時のサンプルと終了時のサンプルとの間の門の割合で有意な差は存在しなかった。分類学分類の綱(class)及び目水準でも、有意な差は確認されなかった。古細菌は将来的にはモニタリングされるべき重要なグループであるが、プライマーをこの研究に用いていないため、本発明者の評価でこれらの存在(又は不在)を用いることが適切であるとは思われないとの結論を導出しなかった。
科レベルでの分類群のANOVAは、バクテロイデテス門内でのみ有意な差が存在したことを表した。バクテロイデテスは、バクテロイダセエ(Bacteroidaceae)、ポルフィロモナダセエ(Porphyromonadaceae)、プレボテラセエ(Prevotellaceae)及びリケネラセエ(Rikenellaceae)科及び暫定的な(tentative)新しい科、[バルネシエルラセエ]、[オドリバクテラセエ]、[パラプレボテラセエ]、[ウィークセラセエ]、RF16、S24−7及び3つの他の科を含む。[暫定的な]ものとして列挙された科及び「他の」科はまだ公式的に分類されていないものであるが、主に、これらグループが分類割当に用いられる代表性を有していない分子的分析に基づき最近見出されたものであるためである。ANOVAは、ボンフェローニ補正(p<0.0001)により支持されたポルフィロモナダセエ(Porphyromonadaceae)で有意な差があったことを表した。
追加的な分析のために、同様の比較をノンパラメトリック統計分析を用いて系統発生分類の属レベルで行った。配列化された全ての対象のサンプルの分析において同定された235個の属(又は属等価物)において、わずか24個の属のサブセットのみが少なくとも1つのサンプルにおいてコミュニティを1%超で含み、コミュニティの約90%を表した(結果は示していない)。一部の属がコミュニティの小部分を構成したが、これらは有意な差があった。有意な差があった属はボンフェローニ補正を伴うフリードマン分析(ANOVAと等価であるノンパラメトリック分析)に基づき、パラバクテロイデス、バクテロイデス、ドレア、ラクノスピラ、未分類のルミノコッカス、未分類のラクノスピラセエ及び「他の」バクテリア(表8)属であった。
それぞれのSCF食餌下で開始時と終了時のコミュニティ間にアルファ多様性測定値において有意な差(p<0.05)があった(表10)。アルファ多様性は処理内の多様性に対するメトリックを提供する。Chao1測定を用いて、これらの差はSCF食餌D10及びD20の両方で確認されたがD0では確認されなかった(表10、図5)。一方、観察された化学種を用いて、差は食餌D20でのみ有意であった。PDホールツリー(Whole Tree)に対しては有意な差が確認されなかった(表10a)。終了サンプルにおける多様性のペアワイズ比較は、全てのChao1値間に、そしてD10及びD20の終了対D0の間に有意な差があったことを表した。試験された多様性指標のうち有意性の差は、これらのアルファ多様性測定値のそれぞれに対するアルゴリズムが異なる範疇に対する強調と非常に差があるためである。例えば、PDホールツリーは系統発生測定値であるが、他の2つはそうではない。Chao1は、化学種の豊富度の測定値及び特有のOTUの数以下の観察された化学種の合計である。特定の理論に結び付けようとするものではないが、SCF食餌はサンプルにおける分類群の数を増加させたものと考えられる。
コミュニティ間の比較(ベータ多様性)は、一部コミュニティの分離が用いられた距離測定値により異なることを表した。非系統発生的ユークリッド距離(Binary Euclidean及びBray Curtis)、及びジャックナイフを伴う系統発生距離(Unifrac G、Unifrac加重及びUnifrac非加重)を試みて、サンプル間のコミュニティ構造での差を確認し、これらの差に寄与し得る因子を確認した。非系統発生的ユークリッド距離の主座標分析(PCoA)クラスタリングは、D0の終了時と分離するSCF処理のD10及びD20の終了時のコミュニティ、及び全ての開始時のサンプルを指す(図6及び7)。分離はバイナリーユークリッド距離を用いて最も明らかであった(図7)。分離は、12.11%の偏差を説明する第1PCoA軸にわたり確認でき、ある程度は9.48%の偏差を説明する第2PCoA軸にわたり確認できる。一方、任意のUnifrac系統発生距離を用いて、サンプルのクラスタリングは処理によることよりも対象によることがさらに多かった(例えば、Unifrac G、図8)。これは、コミュニティの系統発生構成が対象間でよりも、対象の中でさらに類似することを示している。これは、ヒトの腸内微生物相の間の高い偏差に関して以前になされた報告と類似する。これらのユークリッド及び系統発生距離は、腸内微生物相コミュニティの差に寄与する因子に対する理解を提供する異なる範疇を用いて計算される。例えば、ユークリッド距離はそれぞれのコミュニティで全てのOTU(操作分類単位)の存在又は不在に基づく。これは、特定の分類群の存在又は不在はコミュニティでの差に寄与することを示している。
ボンフェローニ補正後ノンパラメトリック置換多変量ANOVA(perMANOVA)は、ベータ多様性分析の主座標(PCoA)散乱プロットにおいてクラスタとして観察された処理間の有意な差を表した。有意な差は、食餌D10及びD20の開始時のサンプル及び終了時のサンプル由来のサンプルにおけるコミュニティ間で確認され、これらのそれぞれの開始時のサンプルはユークリッド距離(Bray Curtis、binary Euclidean)を測定して用いたが、系統分析測定(Unifrac distances)は用いなかった(表11、結果は図6ないし図8にも示されている)。また、終了D0に比べて、食餌D20の終了時のサンプル間でユークリッド及びブレイカーティス距離の有意な差があった。食餌D10及びD0のそれぞれのサンプルはまた、ユークリッド距離を用いた場合にのみ有意な差があった。Unifrac G距離にも差はあったが、差は開始時のサンプル間でも確認され、これはSCF処理の結果ではない可能性がある。ボンフェローニ補正の前に、より有意な差があったが(表11)、より厳しいカットオフに注目した。しかし、データは、ボンフェローニの厳しさが偽陰性を含み得るため、報告に含まれている。無関係には、これらの結果は、SCF食餌処理D20終了時の対象の微生物コミュニティが最も異なり、これは対象に与えられる最も高いSCF用量をコードすることなのを示唆している。
Claims (13)
- 対象中で1つ以上の結腸バクテリア集団を増加させるための食用組成物であって、
前記食用組成物が、可溶性コーンファイバーと、ブチリキコッカス(Butyricicoccus)属、およびオシリバクター(Oscillibacter)属から選択された1つ以上のバクテリア集団とを含み、可溶性コーンファイバーが、
・線状デキストロースオリゴマーを含有し、かつ、少なくとも90質量%の固体濃度を有する、コーンスターチの加水分解により製造されたシロップを含有する水性供給組成物を提供するステップ;と、
・前記供給組成物を、0.1〜15分の間、少なくとも149℃の温度で、グリコシル結合の分解または形成速度を加速化する少なくとも1つの触媒と、非線状デキストロースオリゴマーの形成を誘導するのに十分な時間接触させるステップであって、ここで、前記少なくとも1つの触媒は、前記供給組成物のpHを1.0〜2.5に調整するのに十分な量で供給組成物に添加される酸であり、ここで、非線状デキストロースオリゴマーの濃度が線状デキストロースオリゴマーの濃度よりも少なくとも2倍高く、かつ、少なくとも3の重合度を有する非線状デキストロースオリゴマーの濃度は乾燥固形分を基準として少なくとも50質量%である、生成組成物が形成され、その際、前記生成組成物は主に難消化性または主に遅消化性であり、かつ、残留単糖類を乾燥固形分を基準として50質量%未満含有するものである、前記ステップ;とを含む方法によって得られるものであって、
前記可溶性コーンファイバー中での非線状デキストロースオリゴマーの濃度は、線状デキストロースオリゴマーの濃度よりも少なくとも2倍高く、かつ、少なくとも3の重合度を有する非線状デキストロースオリゴマーの濃度は乾燥固形分を基準として少なくとも50質量%であり、その際、前記可溶性コーンファイバーは主に難消化性または主に遅消化性であり、その際、前記可溶性コーンファイバーは、残留単糖類を、乾燥固形分を基準として50質量%未満含有し、
その際、前記デキストロースオリゴマーは2〜30の重合度を有するものである、前記食用組成物。 - ブチリキコッカス(Butyricicoccus)属から選択された1つ以上のバクテリア集団を含む、請求項1に記載の食用組成物。
- オシリバクター(Oscillibacter)属から選択された1つ以上のバクテリア集団を含む、請求項1に記載の食用組成物。
- 対象中で1つ以上の結腸バクテリア集団を増加させるための食用組成物であって、
前記食用組成物が、可溶性コーンファイバーと、アナエロコッカス(Anaerococcus)属、およびカテニバクテリウム(Catenibacterium)属から選択された1つ以上のバクテリア集団とを含み、可溶性コーンファイバーが、
・線状デキストロースオリゴマーを含有し、かつ、少なくとも90質量%の固体濃度を有する、コーンスターチの加水分解により製造されたシロップを含有する水性供給組成物を提供するステップ;と、
・前記供給組成物を、0.1〜15分の間、少なくとも149℃の温度で、グリコシル結合の分解または形成速度を加速化する少なくとも1つの触媒と、非線状デキストロースオリゴマーの形成を誘導するのに十分な時間接触させるステップであって、ここで、前記少なくとも1つの触媒は、前記供給組成物のpHを1.0〜2.5に調整するのに十分な量で供給組成物に添加される酸であり、ここで、非線状デキストロースオリゴマーの濃度が線状デキストロースオリゴマーの濃度よりも少なくとも2倍高く、かつ、少なくとも3の重合度を有する非線状デキストロースオリゴマーの濃度は乾燥固形分を基準として少なくとも50質量%である、生成組成物が形成され、その際、前記生成組成物は主に難消化性または主に遅消化性であり、かつ、残留単糖類を乾燥固形分を基準として50質量%未満含有するものである、前記ステップ;とを含む方法によって得られるものであって、
前記可溶性コーンファイバー中での非線状デキストロースオリゴマーの濃度は、線状デキストロースオリゴマーの濃度よりも少なくとも2倍高く、かつ、少なくとも3の重合度を有する非線状デキストロースオリゴマーの濃度は乾燥固形分を基準として少なくとも50質量%であり、その際、前記可溶性コーンファイバーは主に難消化性または主に遅消化性であり、その際、前記可溶性コーンファイバーは、残留単糖類を、乾燥固形分を基準として50質量%未満含有し、
その際、前記デキストロースオリゴマーは2〜30の重合度を有するものである、前記食用組成物。 - アナエロコッカス(Anaerococcus)属から選択される1つ以上のバクテリア集団を含む、請求項4に記載の食用組成物。
- カテニバクテリウム(Catenibacterium)属から選択される1つ以上のバクテリア集団を含む、請求項4に記載の食用組成物。
- 組成物が1回投与分当たり少なくとも2.5gの可溶性コーンファイバーを含む、請求項1から6までのいずれか1項に記載の食用組成物。
- 組成物が1回投与分当たり100g以下の可溶性コーンファイバーを含む、請求項1から7までのいずれか1項に記載の食用組成物。
- 哺乳類対象中で、ブチリキコッカス(Butyricicoccus)属、およびオシリバクター(Oscillibacter)属から選択された1つ以上の結腸バクテリア集団を増加させるために用いられる、請求項1に記載の食用組成物。
- 哺乳類対象中で、アナエロコッカス(Anaerococcus)属、およびカテニバクテリウム(Catenibacterium)属から選択された1つ以上の結腸バクテリア集団を増加させるために用いられる、請求項4に記載の食用組成物。
- 1つ以上の結腸バクテリア集団が、非処理対象と比較して少なくとも10%増加する、請求項9または10に記載の食用組成物。
- 排泄物のpHが、非処理対象と比較して少なくとも1.5pHだけ減少するよう投与される、請求項9から11までのいずれか1項に記載の食用組成物。
- 可溶性コーンファイバーが、少なくとも2週間に亘って、少なくとも10g/日の割合で投与される、請求項9から12までのいずれか1項に記載の食用組成物。
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