JP6665274B2 - 標的分子に結合するポリペプチドの決定方法及び決定システム - Google Patents
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Description
例えば、多様なポリペプチドを含むライブラリを作製し、かかるライブラリから標的分子に結合するポリペプチドをスクリーニングする方法が広く用いられている。ポリペプチドライブラリとしては、各ポリペプチドの遺伝子型と表現型を対応付けることができるディスプレイ法が注目されており、ファージディスプレイ法、リボソームディスプレイ法、mRNAディスプレイ法、cDNAディスプレイ法などが開発されている。
最も普及しているのはファージディスプレイ法であり、1985年にSmith G.P.が繊維状ファージの表面にタンパク質の提示が可能であることを報告し(非特許文献1)、1990年にMcCafferty J.らがモノクローナル抗体作製に応用し(非特許文献2)、1991年にはSmith G.P.らによってscFvやFabもファージに提示可能であることが報告された(非特許文献3)。
続いて、パニングで得られたファージ群を大腸菌等に感染させ、プレート上で得られた40〜100個程度の大腸菌クローンからファージをレスキューする。こうして得られたファージは、標的分子に結合能を有するポリペプチドを提示するだけでなく、ファージDNA中に抗体の遺伝情報を格納しているので、この遺伝情報を抗体やそのフラグメントの生産に用いることもできる。
すなわち本発明は、
〔1〕標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定する方法であって、
ポリペプチドとこれをコードする核酸との対応付けが可能なディスプレイ法で作製したライブラリと、前記標的分子とを接触させてインキュベートし、前記標的分子に結合するポリペプチド群を得るパニング工程と、
前記パニング工程前のライブラリのポリペプチド群と、前記パニング工程後のライブラリのポリペプチド群のすべてについて、それをコードする核酸の塩基配列を次世代シーケンサで解析する、又は、それをコードする核酸の塩基配列を次世代シーケンサで解析し得られた塩基配列に基づいてアミノ酸配列を決定する、シーケンシング工程と、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、前記パニングによる各ポリペプチドの増幅率を評価してスコア化するスコア化工程と、
スコアの高いポリペプチドを選択し、そのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列として決定する配列決定工程
を含む方法;
〔2〕前記スコア化工程は、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、
前記パニング工程前後のライブラリにおける所定の配列xiの割合の増幅率、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターの増幅率、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターの統計量変化率、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の増幅率、及び
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列増幅率群の統計量、
の少なくとも1つを求め、これに基づいてスコア化を行う、上記〔1〕に記載の方法;
〔3〕前記所定の配列xiが属するクラスターの増幅率は、該クラスターに属する各配列のライブラリ内含有率の集合における代表値、すなわち、平均値、中央値、及び最頻値からなる群より選択される少なくとも一つの値を求めて評価される、上記〔2〕に記載の方法;
〔4〕前記所定の配列xiが属するクラスターの統計量変化率は、該クラスターに属する各配列のライブラリ内含有率の集合における統計量、すなわち、分散、標準偏差、標本標準偏差、不偏分散、平均値、中央値、及び最頻値からなる群より選択される少なくとも一つの値を求めて評価される、上記〔2〕に記載の方法;
〔5〕前記所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の増幅率の統計量は、該クラスターに属する各配列の増幅率の集合における統計量、すなわち、分散、標準偏差、標本標準偏差、不偏分散、平均値、中央値、及び最頻値からなる群より選択される少なくとも一つの値を求めて評価される、上記〔2〕に記載の方法;
〔6〕前記スコア化工程は、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、
前記パニング工程前後のライブラリにおける所定の配列xiの割合の増幅率;
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターの増幅率;
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターの統計量変化率;
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の増幅率;及び
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列増幅率群の統計量、
の少なくとも1つを求め、これに基づいてスコア化を行う、上記〔1〕に記載の方法;
〔7〕前記スコア化工程は、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、前記パニング工程後のライブラリに含まれるポリペプチド群をクラスタリングする工程と、
スコア関数を以下の式(I)として、
標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列を決定する場合には、Score (di)とScore(pi)からスコアとして求める、上記〔2〕から〔6〕のいずれかに記載の方法
(式中、
diは、DNA配列diを表し、piは、diから変換して求めたアミノ酸配列piを表し、
Amp(xi)は、前記パニング工程の前後での配列xiの割合の増幅率を表し、
AmpC(xi)は、各クラスターをCnと定義した場合にxiの属するクラスターの増幅率を表し、
S(xi)は、xiが属するクラスターをC(xi)と定義した場合に、C(xi)に属する各配列の増幅率の分散を表し、
a、b及びcは重み付けの変数を表す。);
〔8〕前記配列決定工程は、前記スコア化工程で算出したスコアが80以上のポリペプチドを選択する、上記〔7〕に記載の方法;
〔9〕前記ライブラリが、ポリペプチドとして抗体又はその抗原結合フラグメントを含む、上記〔1〕から〔8〕のいずれかに記載の方法;
〔10〕前記ディスプレイ法が、ファージディスプレイ法である、上記〔1〕から〔9〕のいずれかに記載の方法;
〔11〕前記ライブラリが、前記標的分子で免疫した動物の血液中の抗体の遺伝子配列に基づいて作成されたライブラリである、上記〔10〕に記載の方法;
〔12〕前記ライブラリが、免疫していない動物の血液中の抗体の遺伝子配列に基づいて作成されたライブラリである、上記〔10〕に記載の方法;
〔13〕前記動物が、アルパカである、上記〔11〕又は〔12〕に記載の方法;
〔14〕上記〔1〕から〔13〕のいずれかに記載の方法に従って、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定するシステムであって、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、前記パニングによる各ポリペプチドの増幅率を評価してスコアを計算する装置を含むシステム;
〔15〕上記〔6〕に記載の方法に従って、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定するシステムであって、
前記パニング工程前後のライブラリにおける所定の配列xiの割合の増幅率を計算する第1の装置と、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターの、前記パニング工程前後のライブラリにおける増幅率を計算する第2の装置と、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の、前記パニング工程前後の増幅率又はその分散を計算する第3の装置と、
前記第1乃至第3の装置の少なくとも1つに算出された数値に基づいて、配列xiのスコアを計算する第4の装置と、
を含むシステム;
〔16〕上記〔7〕に記載の方法に従って、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定するシステムであって、
Amp(xi)を計算する装置と、
AmpC(xi)を計算する装置と、
S(xi)を計算する装置と、
Score(xi)を計算する装置と、を含むシステム;
〔17〕さらに、次世代シーケンサを含む、上記〔14〕から〔16〕のいずれかに記載のシステム;及び
〔18〕さらに、前記シーケンシング工程の結果に基づいて、前記パニング工程後のライブラリに含まれるポリペプチド群をクラスタリングする装置を含む、上記〔14〕から〔17〕のいずれかに記載のシステム、
に関する。
本発明によれば、複数回のパニングと大腸菌によるクローニングを用いる従来法では得られなかった、標的分子に結合するポリペプチドとして、サンプル中に極めて少ない量含まれているポリペプチドも見出すことができると共に、多様な配列を有するポリペプチドを得ることができる。
また、大腸菌によるクローニング工程を必要としないので、膨大な労力を省くことができ、迅速に目的とするポリペプチドの配列を決定することができる。
こうして得られた標的分子に特異的に結合するポリペプチドは、医薬品や試薬の開発に有用である。
本発明に係る「標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定する方法」は、ポリペプチドとこれをコードする核酸との対応付けが可能なディスプレイ法で作製したライブラリと、標的分子とを接触させてインキュベートし、標的分子に結合するポリペプチド群を得るパニング工程を含む。
「ヒト化抗体」とは、非ヒト由来の抗体に特徴的なアミノ酸配列で、ヒト抗体の対応する位置を置換した抗体を意味し、例えば、マウスを免疫して作製した抗体の重鎖CDR1〜3及び軽鎖CDR1〜3を有し、重鎖及び軽鎖のそれぞれ4つのフレームワーク領域(FR)を含むその他のすべての領域がヒト抗体に由来するもの等が挙げられる。かかる抗体は、CDR移植抗体と呼ばれる場合もある。用語「ヒト化抗体」は、ヒトキメラ抗体を含む場合もある。
また、ラクダ科の動物の場合、VHのみからなる抗体(VHH抗体)が血液中に存在することが知られており、VHH抗体も本発明に係る抗原結合フラグメントに含まれる。
本明細書においてアミノ酸は、慣用される1文字表記又は3文字表記で表される。1文字表記又は3文字表記で表されたアミノ酸は、それぞれその変異体、誘導体を含むことがあるものとする。
ファージディスプレイ法を用いる場合、ポリペプチドライブラリの遺伝子源として、例えば、免疫した非ヒト動物の血液等から得た抗体ライブラリ(免疫ライブラリ)や、免疫していないヒトや動物の血液等から得た抗体ライブラリ(ナイーブライブラリ)のほか、合成ライブラリを用いることができる。免疫ライブラリは、所定の標的物質に結合する抗体をより高濃度に含むので、例えば、所定の標的物質に結合する抗体又はそのフラグメントを得る場合に有用である。ナイーブライブラリは、抗体の濃度は広い多様性を有する抗体が一様に含まれているので、例えば、様々な標的物質に結合する抗体又はそのフラグメントを得る場合に有用である。
この大腸菌に、正常なg3p遺伝子やg8p遺伝子を有するヘルパーファージを共感染させると、多様な配列を有するscFvを表面に提示し、且つ、そのscFvの遺伝情報をコードするファージミドベクターをパッケージングしたファージライブラリを産生することができる。ヘルパーファージの感染に代えて、g3pポリペプチドやg8pポリペプチドを発現する大腸菌を宿主として利用する方法もある。
mRNAディスプレイ法でライブラリを作製する場合、まず、DNAまたはmRNAライブラリを人工的に合成し、DNAライブラリの場合はRNAポリメラーゼによりmRNAライブラリに変換した後、mRNAライブラリを無細胞翻訳系で翻訳する。この際、mRNAと発現したポリペプチドとが結合するように構成することにより、ポリペプチド(表現型)とそれをコードする核酸(遺伝子型)が結合して一分子となる。mRNAと発現したポリペプチドを結合させる方法は特に限定されないが、mRNAの3'末端にtRNAアナログであるピューロマイシンを結合させる方法が広く用いられている。
本明細書において「パニング工程」とは、標的分子といずれかのディスプレイ法で作製したライブラリを接触させてインキュベートし、標的分子に結合するポリペプチド群を得る工程を意味し、ディスプレイ法の種類に応じて、当業者が適宜行うことができる。
標的分子が膜ポリペプチドである場合などは、細胞とライブラリを接触させる細胞パニングを行ってもよい。この場合、細胞を固定化したプレートやメンブレンを用いる方法、遠心処理を繰り返して細胞に結合したファージを分離する方法、フローサイトメータで細胞に結合したファージを単離する方法などを用いることができる。
こうして単離されたファージには、標的分子に結合能を有するポリペプチドをコードするDNAが格納されている。
こうして得られたmRNA−ポリペプチド複合体は、標的分子に結合能を有するポリペプチドをコードするmRNAを有している。次世代シーケンサで配列を解析する前に、mRNAから逆転写酵素でcDNAを合成してもよい。
こうして得られた二本鎖DNA−ポリペプチド複合体は、標的分子に結合能を有するポリペプチドをコードする二本鎖DNAを有している。次世代シーケンサで配列を解析する前に、一本鎖DNAに解離させる工程を行ってもよい。
本発明に係る「標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定する方法」は、次に、パニング工程前のライブラリのポリペプチド群と、パニング工程後のライブラリのポリペプチド群のすべてについて、それをコードする核酸の塩基配列を次世代シーケンサで解析する工程、又は、それをコードする核酸の塩基配列を次世代シーケンサで解析し、得られた塩基配列に基づいてアミノ酸配列を決定するシーケンシング工程を含む。
次世代シーケンサは、長い配列を高精度で解析できるものが好ましい。精度が不十分な場合、他の機種のデータを用いてエラー補正を行ってもよい。
本発明に係る「標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定する方法」は、次に、シーケンシング工程の結果に基づいて、パニングによる各ポリペプチドの増幅率を評価してスコア化するスコア化工程を行う。
本明細書において「ポリペプチドの増幅率を評価してスコア化する」工程とは、パニング後のライブラリに含まれるポリペプチド又はそれをコードする核酸と、パニング前のライブラリに含まれるポリペプチド又はそれをコードする核酸を比較し、所定の配列がパニングによってどの程度濃縮されたか評価し、数値化する工程であって、その手法は問わない。
この場合、増幅率は、DNAでは、
この場合、増幅率は、DNAでは、
この場合、増幅率は、DNAでは、
例えば、3つの要素をすべて使用して、Score(xi)を以下のように定義することができる。
本発明に係る「標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定する方法」は、次に、スコアの高いポリペプチドを選択し、そのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を特定し、当該塩基配列を標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列として決定する工程を行う。
本工程では、スコア化工程で各配列について求めたスコアに基づいて、当業者が適宜行うことができる。後述する実施例に示されるとおり、スコア関数を上述したScore(xi)とし、スコア80以上の配列を選択したとき、その配列を有するポリペプチドは標的分子に特異的に結合した。
本発明に係る「標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定する方法」の各工程は、それぞれ特定用途のハードウェア又は汎用のハードウェアによって実装可能である。
パニング工程前後のライブラリにおける所定の配列xiの割合の増幅率を計算する工程を実装する第1の解析装置と、
パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターの、パニング工程前後のライブラリにおける増幅率を計算する工程を実装する第2の解析装置と、
パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の、パニング工程前後の増幅率又はその分散を計算する工程を実装する第3の解析装置と、
第1〜3の解析装置の少なくとも1つで作成された増幅率ファイルが入力されると、所定のスコア関数に従って、所定の配列のスコアを算出する工程を実装する第4の解析装置を含むものが挙げられる。
本研究ではアルパカVHH抗体のファージディスプレイライブラリを用いた。KLHと結合したNDOM (N-domain of izumo1 protein)を用いて、アルパカに対して0日、14日、28日に免疫を行った。48日に採取した血液400mlより末梢血単核球を回収し、VHH領域のmRNAを逆転写酵素によってcDNAへ変換した。
PCR増幅したcDNAをM13 ファージミドベクターにライゲーションし、ヘルパーファージと共にE.coli に感染、増幅させファージディスプレイライブラリを得た。以降これをパニング前ライブラリと呼ぶ。
固相化したNDOMに対して、パニング前ライブラリを加え、バイオパニングを行った。PBSTにより5回の洗浄の後、0.1M glycine-HCL(pH2.2)により、NDOMに結合するVHH抗体を提示したファージ群を溶出した。このファージ群を以降、パニング後ライブラリと呼ぶ。
これまでの過程で得られたパニング前ライブラリとパニング後ライブラリについて、Illumina社のMiSeqを用いてシーケンシングを行った。VHH領域の上流と下流からはさむようにシーケンシングを行い、アセンブルすることによってVHH配列群を得た。この結果、パニング前ライブラリからは、ポリペプチドに翻訳後の配列として、65098本(43823種類)、パニング後ライブラリからは80662本(47518種類)の抗体配列を得た。
2−3−1.配列増幅率
パニング前のライブラリに含まれる各DNA配列の割合と、パニング後のライブラリに含まれる割合を比較し、各DNA配列の増幅率を計算した。同様の作業をアミノ酸配列においても行った。diを各DNA配列とし、diをアミノ酸配列に変換した配列をpiとした。diもしくはpiのどちらかに読み替えられる記号をxiとする。RB(xi)はパニング前ライブラリに配列xiが含まれている割合を指す。RA(xi)はパニング後ライブラリに配列xiが含まれている割合を指す。Amp(xi)はライブラリ前後での配列xiの割合の増幅率を指す。
配列のクラスタリングを行った。各クラスターをCnと定義した。xiの属するクラスターの増幅率AmpC(xi)を以下の通り定義した。
xiが属するクラスターをC(xi)とした。C(xi)に属する各配列の増幅率を計算し、それらの分散を求めた。
スコア関数Score(xi)を以下のように定義した。a、b、cは重み付けの変数である。本事例ではすべて1として計算した。
最終スコアが80以上となったポリペプチドを提示するファージ(Cluster 1 phage及びCluster 2 phage)と、スコアが62のポリペプチドを提示するファージ(Cluster 3 phage)を用いて、NDOM、KLH、Nya-FP2、及びBSAに対する結合をELISAで測定した。結果を図1に示す。Cluster 1 phage及びCluster 2 phageは、NDOMに対して高選択的に結合した。Cluster 3 phageは非特異的で、いずれの標的に対する親和性も低かった。
また、従来の手法(大腸菌を用いたクローニング)でNDOMに結合するファージを単離し、ELISAによってファージが提示したVHH抗体の特異性を検証した結果を図2に示す。11クローンにおいて、NDOMに対する特異性が見られた。
従来手法と本手法によって得られた抗体配列の比較を行った結果を図3に示す。
従来手法で得られた配列はNから始まる名前である。本手法で新しく得られた配列はCluster 1及びCluster 2で示される。従来法では、どのクローンからも配列の類似した抗体しか得られなかったが、本発明に係る方法で得られた抗体は、互いに大きく配列が異なることがわかった。また、本発明に係る方法で得られた抗体の1つはN10と同じアミノ酸配列を有していた。
以上から、本手法では、従来手法で得られる配列に加え、新規の配列を有する抗体が得られることが示された。
Claims (14)
- 標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定する方法であって、
ポリペプチドとこれをコードする核酸との対応付けが可能なディスプレイ法で作製したライブラリと、前記標的分子とを接触させてインキュベートし、前記標的分子に結合するポリペプチド群を得るパニング工程と、
前記パニング工程前後のライブラリのポリペプチド群について、それをコードする核酸の塩基配列を次世代シーケンサで解析する、又は、それをコードする核酸の塩基配列を次世代シーケンサで解析し得られた塩基配列に基づいてアミノ酸配列を決定する、シーケンシング工程と、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、前記パニングによる各ポリペプチドの増幅率を評価してスコア化するスコア化工程と、
スコアの高いポリペプチドを選択し、そのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列として決定する配列決定工程と、
を含み、
前記スコア化工程は、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、
前記パニング工程前後のライブラリにおける所定の配列xiの割合の増幅率、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターの増幅率、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターの統計量変化率、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の増幅率、及び
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、前記パニング工程前後のライブラリにおける、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列増幅率群の統計量、
からなる群より選択される少なくとも1つを求め、これに基づいてスコア化を行う、方法。 - 前記所定の配列xiが属するクラスターの増幅率は、該クラスターに属する各配列のライブラリ内含有率の集合における代表値、すなわち、平均値、中央値、及び最頻値からなる群より選択される少なくとも一つの値を求めて評価される、請求項1に記載の方法。
- 前記所定の配列xiが属するクラスターの統計量変化率は、該クラスターに属する各配列のライブラリ内含有率の集合における統計量、すなわち、分散、標準偏差、標本標準偏差、不偏分散、平均値、中央値、及び最頻値からなる群より選択される少なくとも一つの値を求めて評価される、上記請求項1に記載の方法。
- 前記所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の増幅率の統計量は、該クラスターに属する各配列の増幅率の集合における統計量、すなわち、分散、標準偏差、標本標準偏差、不偏分散、平均値、中央値、及び最頻値からなる群より選択される少なくとも一つの値を求めて評価される、請求項1に記載の方法。
- 前記ライブラリが、ポリペプチドとして抗体又はその抗原結合フラグメントを含む、請求項1から4のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ディスプレイ法が、ファージディスプレイ法である、請求項1から5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ライブラリが、前記標的分子で免疫した動物の血液中の抗体の遺伝子配列に基づいて作成されたライブラリである、請求項6に記載の方法。
- 前記ライブラリが、免疫していない動物の血液中の抗体の遺伝子配列に基づいて作成されたライブラリである、請求項6に記載の方法。
- 前記動物が、アルパカである、請求項7又は8に記載の方法。
- 請求項1から9のいずれか1項に記載の方法に従って、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定するシステムであって、
前記シーケンシング工程の結果に基づいて、前記パニングによる各ポリペプチドの増幅率を評価してスコアを計算する装置を含むシステム。 - 請求項1に記載の方法に従って、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定するシステムであって、
前記パニング工程前後のライブラリにおける所定の配列xiの割合の増幅率を計算する第1の装置と、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターの、前記パニング工程前後のライブラリにおける増幅率を計算する第2の装置と、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の、前記パニング工程前後の増幅率又はその分散を計算する第3の装置と、
前記第1乃至第3の装置の少なくとも1つに算出された数値に基づいて、配列xiのスコアを計算する第4の装置と、
を含むシステム。 - さらに、次世代シーケンサを含む、請求項10又は11に記載のシステム。
- さらに、前記シーケンシング工程の結果に基づいて、前記パニング工程後のライブラリに含まれるポリペプチド群をクラスタリングする装置を含む、請求項10から12のいずれか1項に記載のシステム。
- 標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を決定するシステムであって、
ポリペプチドとこれをコードする核酸との対応付けが可能なディスプレイ法で作製したライブラリと、前記標的分子とを接触させてインキュベートして前記標的分子に結合するポリペプチド群を得るパニング工程の前後のライブラリのポリペプチド群について、それをコードする核酸の塩基配列を解析するための次世代シーケンサと、
前記次世代シーケンサで解析した塩基配列、又は、その塩基配列に基づいて決定されるアミノ酸配列について、
前記パニング工程前後のライブラリにおける所定の配列xiの割合の増幅率を計算する第1の装置と、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターの、前記パニング工程前後のライブラリにおける増幅率を計算する第2の装置と、
前記パニング工程後の配列をクラスタリングしたときの、所定の配列xiが属するクラスターに属する各配列の、前記パニング工程前後の増幅率又はその分散を計算する第3の装置と、
前記第1乃至第3の装置の少なくとも1つに算出された数値に基づいて、配列xiのスコアを計算する第4の装置と、
前記第4の装置で計算されたスコアの高いポリペプチドを選択し、そのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列を、標的分子に結合するポリペプチドのアミノ酸配列又はこれをコードする核酸の塩基配列として決定する装置と、
を含むシステム。
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