JP6615895B2 - トランスグルタミナーゼ基質の同定およびそれに関する使用 - Google Patents
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Description
本開示は、一般に、トランスグルタミナーゼ基質を含むペプチドアレイおよびペプチドアレイを用いてトランスグルタミナーゼ基質を同定する方法に関する。本開示は、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドならびにペプチドとタンパク質を架橋するためのそれらの使用の方法にも関する。
酵素活性および特異性の詳細を解明することは、酵素の生理学的機能を理解するために、そして酵素により触媒される反応の生物工学的適用のために重要である。例えば、トランスグルタミナーゼは、微生物および哺乳類のトランスグルタミナーゼを含む関連する酵素の大きなファミリーに属する。トランスグルタミナーゼは、２つのポリペプチドまたはペプチド鎖の間の架橋を、グルタミン残基のガンマ−カルボキサミド基とリジン残基のイプシロン−アミノ基の間でイソペプチド結合を形成することにより触媒する。トランスグルタミナーゼの活性および特異性の詳細を解明することは、例えば標識、タグ付け、多タンパク質複合体形成等のためのタンパク質の修飾のためのトランスグルタミナーゼにより触媒される架橋反応の生物工学的適用のために重要である。
今日までに、微生物性トランスグルタミナーゼは、その小さい大きさ、頑強な性能、安定性、およびその活性のカルシウム非依存性のため、最も研究されたトランスグルタミナーゼ酵素である。いくつかの研究が、多種多様な長いアルキルアミン類は、トランスグルタミナーゼのリジン基質の代わりになることができ、単純なジペプチドであるグルタミン−グリシン（ＱＧ）は、グルタミン基質の役目を果たすことができることを示している。トランスグルタミナーゼのリジンおよびグルタミン基質のこれらの発見は、トランスグルタミナーゼ活性に関する様々な検査およびトランスグルタミナーゼを用いたタンパク質の修飾に関する実用的なアッセイを開発することを助けてきた。
１つの難題は、酵素基質としての合成ペプチドの同定が、試験され得る分子の潜在的に大きい数により制限されることである。この障害は、ペプチドライブラリーおよび選択技法、例えばファージディスプレイまたはｍＲＮＡディスプレイを用いることにより克服され得る。これらのアプローチを用いることにより、好ましい基質配列が同定されてきた。しかし、配列の広い多様性は、一般的な基質モチーフ、例えばトランスグルタミナーゼの基質モチーフを見付けることを困難にする。従って、トランスグルタミナーゼ基質および多くの重要な適用を有する一般的な基質モチーフの同定に取り組むことができるであろう迅速、安価、かつ系統的な方法に関する必要性が、存在する。
本発明は、前記の欠点を、トランスグルタミナーゼ基質の同定のためのシステムおよび方法ならびにそれに関する使用を提供することにより克服する。
出願者らは、酵素により特異的に認識される基質配列および一般的な基質モチーフの両方を同定するための迅速な信頼できる系統的アプローチを開発している。ある説明的な側面において、少なくとも１００万の５アミノ酸長のトランスグルタミナーゼ基質ペプチドのライブラリーが、例えばマスクレス光指向性（ｍａｓｋｌｅｓｓ ｌｉｇｈｔ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ）ペプチドアレイ技術を用いてペプチドアレイ上で合成される。次いで、ペプチドアレイは、好ましい酵素基質または基質モチーフを同定するために酵素活性に関してスクリーニングされる。
出願者らは、酵素により特異的に認識される基質配列および一般的な基質モチーフの両方を同定するための迅速な信頼できる系統的アプローチを開発している。ある説明的な側面において、少なくとも１００万の５アミノ酸長のトランスグルタミナーゼ基質ペプチドのライブラリーが、例えばマスクレス光指向性（ｍａｓｋｌｅｓｓ ｌｉｇｈｔ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ）ペプチドアレイ技術を用いてペプチドアレイ上で合成される。次いで、ペプチドアレイは、好ましい酵素基質または基質モチーフを同定するために酵素活性に関してスクリーニングされる。
別の態様において、少なくとも１００万の５アミノ酸長のトランスグルタミナーゼ基質ペプチドのライブラリーが、例えばマスクレス光指向性ペプチドアレイ技術を用いてペプチドアレイ上に合成される。次いで、ペプチドアレイは、好ましい酵素基質を同定するために酵素活性に関してスクリーニングされる。次いで、第１工程において同定された配列の拡張および変異導入されたバリアントを含有する第２の新規に設計された焦点を合わせられたペプチドライブラリーが、同定されたモチーフの周囲のペプチド空間において最適な酵素特異性を有するペプチドを選択するために、新規のアレイ上で合成される。ペプチドアレイの高い密度は、多数のペプチドをスクリーニングし、そうしてトランスグルタミナーゼ基質の包括的かつ再現性のある初期スクリーニングを提供することを可能にする。さらに、最初に同定された基質の近傍のペプチド空間を迅速に検索する能力が、新規のアレイを例えばマスクレス光指向性ペプチド合成を用いて数日で作製するための技術により、可能である。
本開示の一態様によれば、複数のペプチドを含むペプチドアレイを用いてトランスグルタミナーゼの基質を同定する方法は、ペプチドアレイ中のペプチドをトランスグルタミナーゼと接触させ、トランスグルタミナーゼをペプチドに結合させ、そしてトランスグルタミナーゼの基質を同定する工程を含む。
一側面において、ペプチドアレイは、固体支持体を含む。
別の側面において、ペプチドは、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成により固体支持体に取り付けられる。
別の側面において、ペプチドは、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成により固体支持体に取り付けられる。
別の側面において、ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．２×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．４×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．４×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．６×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．８×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．８×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、トランスグルタミナーゼは、微生物性トランスグルタミナーゼである。
別の側面において、微生物性トランスグルタミナーゼは、ストレプトベルティシリウム属の種（Ｓｔｒｅｐｔｏｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐ．）のトランスグルタミナーゼである。
別の側面において、微生物性トランスグルタミナーゼは、ストレプトベルティシリウム属の種（Ｓｔｒｅｐｔｏｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐ．）のトランスグルタミナーゼである。
別の側面において、トランスグルタミナーゼは、哺乳類のトランスグルタミナーゼである。
別の側面において、哺乳類のトランスグルタミナーゼは、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ａトランスグルタミナーゼ、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ｂトランスグルタミナーゼ、第ＸＩＩＩ因子トランスグルタミナーゼ、ケラチノサイトトランスグルタミナーゼ、組織型トランスグルタミナーゼ、上皮性トランスグルタミナーゼ、前立腺トランスグルタミナーゼ、神経細胞性トランスグルタミナーゼ、ヒトトランスグルタミナーゼ５、およびヒトトランスグルタミナーゼ７からなる群から選択される。
別の側面において、哺乳類のトランスグルタミナーゼは、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ａトランスグルタミナーゼ、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ｂトランスグルタミナーゼ、第ＸＩＩＩ因子トランスグルタミナーゼ、ケラチノサイトトランスグルタミナーゼ、組織型トランスグルタミナーゼ、上皮性トランスグルタミナーゼ、前立腺トランスグルタミナーゼ、神経細胞性トランスグルタミナーゼ、ヒトトランスグルタミナーゼ５、およびヒトトランスグルタミナーゼ７からなる群から選択される。
別の側面において、トランスグルタミナーゼ基質は、グルタミン基質ペプチドである。
別の側面において、トランスグルタミナーゼ基質は、リジン基質ペプチドである。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、トランスグルタミナーゼ基質は、リジン基質ペプチドである。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、リジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、第５位にグルタミン残基を有する。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧを含む配列モチーフを有する。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧを含む配列モチーフを有する。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む配列を有する。
別の側面において、リジン基質ペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬを含む配列モチーフを有する。
別の側面において、リジン基質ペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬを含む配列モチーフを有する。
本開示の別の態様によれば、複数のペプチドを含む１以上のペプチドアレイを用いてトランスグルタミナーゼの基質を同定する方法は、第１ペプチドアレイ中のペプチドをトランスグルタミナーゼと接触させ、トランスグルタミナーゼを第１ペプチドアレイ中のペプチドに結合させ、トランスグルタミナーゼへの結合の際に予め決定された特性を示す第１ペプチドアレイ中のペプチドの１以上を選択し、第１ペプチドアレイにおいて同定された１以上のペプチドのバリアントを合成し、第２ペプチドアレイ中のバリアントペプチドをトランスグルタミナーゼと接触させ、そして第２ペプチドアレイにおいてトランスグルタミナーゼへの結合の際に予め決定された特性を示すものとして同定されたバリアントペプチドの１以上を選択する工程を含む。
一側面において、第１または第２ペプチドアレイ中のペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、および１２アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。
別の側面において、第１ペプチドアレイおよび第２ペプチドアレイは、それぞれが固体支持体を含む。
別の側面において、ペプチドアレイは、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成により作製される。
別の側面において、ペプチドアレイは、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成により作製される。
別の側面において、第２ペプチドアレイは、第２ペプチドアレイの固体支持体に取り付けられた少なくとも１．０×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、第１ペプチドアレイおよび／または第２ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．２×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、第１ペプチドアレイおよび／または第２ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．２×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、第１ペプチドアレイおよび／または第２ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．４×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、第１ペプチドアレイおよび／または第２ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．６×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、第１ペプチドアレイおよび／または第２ペプチドアレイは、固体支持体に取り付けられた少なくとも１．６×１０６のペプチドを有する。
別の側面において、トランスグルタミナーゼは、微生物性トランスグルタミナーゼである。
別の側面において、微生物性トランスグルタミナーゼは、ストレプトベルティシリウム属の種のトランスグルタミナーゼである。
別の側面において、微生物性トランスグルタミナーゼは、ストレプトベルティシリウム属の種のトランスグルタミナーゼである。
別の側面において、トランスグルタミナーゼは、哺乳類のトランスグルタミナーゼである。
別の側面において、哺乳類のトランスグルタミナーゼは、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ａトランスグルタミナーゼ、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ｂトランスグルタミナーゼ、第ＸＩＩＩ因子トランスグルタミナーゼ、ケラチノサイトトランスグルタミナーゼ、組織型トランスグルタミナーゼ、上皮性トランスグルタミナーゼ、前立腺トランスグルタミナーゼ、神経細胞性トランスグルタミナーゼ、ヒトトランスグルタミナーゼ５、およびヒトトランスグルタミナーゼ７からなる群から選択される。
別の側面において、哺乳類のトランスグルタミナーゼは、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ａトランスグルタミナーゼ、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ｂトランスグルタミナーゼ、第ＸＩＩＩ因子トランスグルタミナーゼ、ケラチノサイトトランスグルタミナーゼ、組織型トランスグルタミナーゼ、上皮性トランスグルタミナーゼ、前立腺トランスグルタミナーゼ、神経細胞性トランスグルタミナーゼ、ヒトトランスグルタミナーゼ５、およびヒトトランスグルタミナーゼ７からなる群から選択される。
別の側面において、選択されるバリアントペプチドは、トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドである。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを含む。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含む配列を有する。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含む配列を有する。
別の側面において、第１ペプチドアレイからの選択されたペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、第１ペプチドアレイからの選択されたペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、選択されるペプチドは、第５位においてグルタミン残基を有する。
別の側面において、選択されるペプチドは、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧを含む配列モチーフを有する。
別の側面において、選択されるペプチドは、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧを含む配列モチーフを有する。
別の側面において、選択されるペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む配列を有する。
別の側面において、選択されるペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬを含む配列モチーフを有する。
別の側面において、選択されるペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬを含む配列モチーフを有する。
本開示の別の態様によれば、ペプチドアレイは、固体支持体および複数のペプチドを含む。ペプチドは、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドであり、ペプチドアレイは、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成により作製される。
本開示の別の態様によれば、単離されたペプチドは、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを含む。
本開示の別の態様によれば、単離されたペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
本開示の別の態様によれば、単離されたペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
一側面において、ペプチドは、配列ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含む。
別の側面において、ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧの配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含む。
一側面において、タンパク質は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
一側面において、タンパク質は、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）の配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）の配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
一側面において、タンパク質は、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
別の側面において、配列は、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含む。
別の側面において、タンパク質は、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含む。
別の側面において、タンパク質は、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質を架橋するための方法は、少なくとも１種類の異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列をタンパク質中に組み込み、そしてタンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含む。異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
一側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、配列ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、配列ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質を架橋するための方法は、少なくとも１種類の異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列をタンパク質中に組み込み、そしてタンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含む。異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬ、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、およびＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列モチーフを含む。
一側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
本開示の別の態様によれば、少なくとも２つの化合物を架橋するための方法は、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧまたはＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを有する異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを少なくとも２つの化合物の一方の中に組み込み、そして化合物をトランスグルタミナーゼと接触させることにより化合物を架橋する工程を含む。
一側面において、方法は、さらに異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドをタンパク質中に組み込む工程を含む。
別の側面において、リジン基質ペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含む。
別の側面において、リジン基質ペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
本開示の別の態様によれば、少なくとも２つの化合物を架橋するための方法は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、およびＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを、少なくとも２つの化合物の一方の中に組み込み、そして化合物をトランスグルタミナーゼと接触させることにより化合物を架橋する工程を含む。
一側面において、方法は、さらに異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを少なくとも２つの化合物の他方の中に組み込む工程を含む。
別の側面において、リジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、リジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、化合物は、タンパク質、ペプチド、および小さい有機分子、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む配列を有する。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む配列を有する。
本開示の別の態様によれば、タンパク質を架橋するための方法は、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧまたはＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを有する異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドをタンパク質中に組み込み、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドをタンパク質中に組み込み、そしてタンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含む。
一側面において、リジン基質ペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、グルタミン基質ペプチドは、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質を架橋するための方法は、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを組み込む工程を含み、ここで、ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、およびＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。その方法は、さらに、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドをタンパク質中に組み込み、タンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含む。
本開示の別の態様によれば、タンパク質を架橋するための方法は、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを組み込む工程を含み、ここで、ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、およびＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。その方法は、さらに、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドをタンパク質中に組み込み、タンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含む。
一側面において、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、架橋法は、標的化リガンドを薬物にコンジュゲートさせるために用いられる。
別の側面において、架橋法は、親和性タグのコンジュゲーションのために用いられる。
別の側面において、架橋法は、親和性タグのコンジュゲーションのために用いられる。
別の側面において、架橋法は、標識のコンジュゲーションのために用いられる。
別の側面において、架橋法は、ＰＥＧ化のために用いられる。
別の側面において、架橋法は、ビオチン化またはルテニル化（ｒｕｔｈｅｎｙｌａｔｉｏｎ）のために用いられる。
別の側面において、架橋法は、ＰＥＧ化のために用いられる。
別の側面において、架橋法は、ビオチン化またはルテニル化（ｒｕｔｈｅｎｙｌａｔｉｏｎ）のために用いられる。
別の側面において、タンパク質は、ビタミンＤ結合タンパク質である。
別の側面において、化合物の一方は、ビタミンＤ結合タンパク質である。
別の側面において、他方の化合物は、標識であり、ここで、標識は、Ｃｙ５、ルテニウム、またはビオチンである。
別の側面において、化合物の一方は、ビタミンＤ結合タンパク質である。
別の側面において、他方の化合物は、標識であり、ここで、標識は、Ｃｙ５、ルテニウム、またはビオチンである。
別の側面において、標識は、Ｃｙ５である。
別の側面において、標識は、ルテニウムである。
別の側面において、標識は、ビオチンである。
別の側面において、標識は、ルテニウムである。
別の側面において、標識は、ビオチンである。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ビタミンＤ結合タンパク質中に組み込まれ、ペプチドは、配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）を含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、標識中に組み込まれる。
別の側面において、標識中に組み込まれる異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、配列ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）を含む。
別の側面において、標識中に組み込まれる異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、配列ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）を含む。
別の側面において、組み込まれた異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを有する標識は、次の式の化合物である：
。
別の側面において、組み込まれた異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを有する標識は、次の式の化合物である：
別の側面において、組み込まれた異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを有する標識は、次の式の化合物である：
。
別の側面において、組み込まれた異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを有する標識は、次の式の化合物である：
別の側面において、組み込まれた異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを有する標識は、次の式の化合物である：
。
本開示の別の態様によれば、ビタミンＤ結合タンパク質は、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
本開示の別の態様によれば、ビタミンＤ結合タンパク質は、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含む。
一側面において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、および［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列モチーフを含む。
別の側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の側面において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む。
本開示の別の態様によれば、ビタミンＤ結合タンパク質は、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを含み、ここで、ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
本開示の別の態様によれば、ビタミンＤ結合タンパク質は、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを含み、ここで、ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
一側面において、ペプチドは、配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）を含む。
別の側面において、ペプチドアレイ中のペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、および１２アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。
別の側面において、ペプチドアレイ中のペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、および１２アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。
別の側面において、ペプチドは、システインを欠いている。
別の側面において、ペプチドは、アミノ酸反復を欠いている。
別の側面において、ペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、および１２アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される長さを有する全てのトランスグルタミナーゼ基質に相当する。
別の側面において、ペプチドは、アミノ酸反復を欠いている。
別の側面において、ペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、および１２アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される長さを有する全てのトランスグルタミナーゼ基質に相当する。
本開示の別の態様によれば、ビタミンＤ結合タンパク質は、以下の配列を有する：ＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９１）
一側面において、ペプチドアレイは、ペプチドアレイの固体支持体に取り付けられた少なくとも１．６×１０５ペプチド、少なくとも２．０×１０５ペプチド、少なくとも３．０×１０５ペプチド、少なくとも４．０×１０５ペプチド、少なくとも５．０×１０５ペプチド、少なくとも６．０×１０５ペプチド、少なくとも７．０×１０５ペプチド、少なくとも８．０×１０５ペプチド、少なくとも９．０×１０５ペプチド、少なくとも１．０×１０６ペプチド、少なくとも１．２×１０６ペプチド、少なくとも１．４×１０６ペプチド、少なくとも１．６×１０６ペプチド、少なくとも１．８×１０６ペプチド、少なくとも１．０×１０７ペプチド、および少なくとも１．０×１０８ペプチドからなる群から選択される多くのペプチドを含む。
一側面において、ペプチドアレイは、ペプチドアレイの固体支持体に取り付けられた少なくとも１．６×１０５ペプチド、少なくとも２．０×１０５ペプチド、少なくとも３．０×１０５ペプチド、少なくとも４．０×１０５ペプチド、少なくとも５．０×１０５ペプチド、少なくとも６．０×１０５ペプチド、少なくとも７．０×１０５ペプチド、少なくとも８．０×１０５ペプチド、少なくとも９．０×１０５ペプチド、少なくとも１．０×１０６ペプチド、少なくとも１．２×１０６ペプチド、少なくとも１．４×１０６ペプチド、少なくとも１．６×１０６ペプチド、少なくとも１．８×１０６ペプチド、少なくとも１．０×１０７ペプチド、および少なくとも１．０×１０８ペプチドからなる群から選択される多くのペプチドを含む。
別の側面において、方法は、次の式のいずれか１つの標識の、取り付けられたトランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドとのコンジュゲーションのために用いられる：
、
、
、
、
、および
。
本発明の前記のおよび他の側面および利点は、以下の記載から明らかになるであろう。その記載において、その一部を形成する添付の図面に対して参照がなされ、ここで、本発明の好ましい態様が、説明として示される。しかし、そのような態様は、必ずしも本発明の完全な範囲を表しておらず、従って、本発明の範囲を解釈するために、特許請求の範囲に対して、そして本明細書において、参照がなされる。
本発明の前記のおよび他の側面および利点は、以下の記載から明らかになるであろう。その記載において、その一部を形成する添付の図面に対して参照がなされ、ここで、本発明の好ましい態様が、説明として示される。しかし、そのような態様は、必ずしも本発明の完全な範囲を表しておらず、従って、本発明の範囲を解釈するために、特許請求の範囲に対して、そして本明細書において、参照がなされる。
Ｉ．概観
上記で論じられたように、様々な状況において、酵素活性および特異性の詳細を解明してそれらの酵素の基礎的な理解ならびにそれらの酵素を含む生物工学的適用の開発の両方を提供することが有用である可能性がある。例えば、トランスグルタミナーゼは、ペプチド鎖間の架橋反応を触媒する原因となる酵素のクラスである。その反応は、典型的には、グルタミン残基のカルボキサミド基をリジン残基のアミノ基と連結する。従って、トランスグルタミナーゼは、しばしば様々な生物工学的適用においてタンパク質の部位特異的標識に関して頼られている。しかし、トランスグルタミナーゼまたは他の酵素一般との使用のための基質の同定は、高スループットかつ高感度なシステムおよび方法の欠如により制限されている。一側面において、ファージディスプレイシステムは、選択標的への非特異的結合を示すファージの増殖により悩まされ得る。別の側面において、ｍＲＮＡディスプレイシステムの欠点は、共有結合したｍＲＮＡの存在が、酵素および関係するペプチド配列の間の相互作用を不明瞭にし得ることである。さらに、可能なペプチド配列の多様性（例えば、５アミノ酸長のペプチドに関して１０６より多い配列）は、一般的な基質モチーフを見付けることを困難にする。さらなる難題が、ペプチド合成に関して選択される方法、合成されるペプチド特徴の大きさまたは複雑さ、酵素およびペプチド配列の間の相互作用の性質等、ならびにそれらの組み合わせに応じて生じ得る。
上記で論じられたように、様々な状況において、酵素活性および特異性の詳細を解明してそれらの酵素の基礎的な理解ならびにそれらの酵素を含む生物工学的適用の開発の両方を提供することが有用である可能性がある。例えば、トランスグルタミナーゼは、ペプチド鎖間の架橋反応を触媒する原因となる酵素のクラスである。その反応は、典型的には、グルタミン残基のカルボキサミド基をリジン残基のアミノ基と連結する。従って、トランスグルタミナーゼは、しばしば様々な生物工学的適用においてタンパク質の部位特異的標識に関して頼られている。しかし、トランスグルタミナーゼまたは他の酵素一般との使用のための基質の同定は、高スループットかつ高感度なシステムおよび方法の欠如により制限されている。一側面において、ファージディスプレイシステムは、選択標的への非特異的結合を示すファージの増殖により悩まされ得る。別の側面において、ｍＲＮＡディスプレイシステムの欠点は、共有結合したｍＲＮＡの存在が、酵素および関係するペプチド配列の間の相互作用を不明瞭にし得ることである。さらに、可能なペプチド配列の多様性（例えば、５アミノ酸長のペプチドに関して１０６より多い配列）は、一般的な基質モチーフを見付けることを困難にする。さらなる難題が、ペプチド合成に関して選択される方法、合成されるペプチド特徴の大きさまたは複雑さ、酵素およびペプチド配列の間の相互作用の性質等、ならびにそれらの組み合わせに応じて生じ得る。
これらのおよび他の難題は、トランスグルタミナーゼ基質の同定に関するシステムおよび方法を用いて克服され得る。一態様において、ストレプトマイセス・モバラエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｍｏｂａｒａｅｎｓｉｓ）由来の微生物性トランスグルタミナーゼ（ＭＴＧ）の、マスクレス光指向性合成を用いて合成された１００万より多い独特の特徴を有するアレイ上のペプチドを標識する能力を測定するためのアッセイが、開発および最適化された。最適化されたアッセイは、特異的なペプチド配列モチーフを同定することができ、ここで、ＭＴＧは、高い程度の標識活性および特異性を示した。アレイ上のＭＴＧによるペプチドの標識を示す結果は、酵素活性をインビトロで測定するための標準的な生化学的アッセイを用いてさらに検証された。従って、代わりのトランスグルタミナーゼと関係する基質および他の酵素一般に関する基質の同定へと拡張されることができるＭＴＧ基質の同定のためのシステムおよび方法が、開発された。
ＩＩ．詳細な記載
本発明のいくつかの態様が、本特許出願の発明の概要の節において記載されており、本出願のこの詳細な記載の節において記載されている態様のそれぞれは、列挙された条項（ｃｌａｕｓｅｓ）により記載されている態様を含め、発明の概要において記載されている態様に適用される。本明細書で記載される様々な態様の全てにおいて、適用可能である場合は以下の特徴が存在することができ、本発明の追加の態様を提供する。態様の全てに関して、態様のいずれの適用可能な組み合わせも意図されている。
本発明のいくつかの態様が、本特許出願の発明の概要の節において記載されており、本出願のこの詳細な記載の節において記載されている態様のそれぞれは、列挙された条項（ｃｌａｕｓｅｓ）により記載されている態様を含め、発明の概要において記載されている態様に適用される。本明細書で記載される様々な態様の全てにおいて、適用可能である場合は以下の特徴が存在することができ、本発明の追加の態様を提供する。態様の全てに関して、態様のいずれの適用可能な組み合わせも意図されている。
一態様において、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを含む単離されたペプチドが、提供される。この態様において、単離されたペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。この態様において、ペプチドは、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む。
別の態様において、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる単離されたペプチドが、提供される。別の態様において、ペプチドは、配列ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含む。さらに別の態様において、ペプチドは、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含むことができる。
別の態様において、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧの配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含むタンパク質が、提供される。本明細書で開示されるペプチド配列における角括弧の使用は、ペプチド配列内の所与の位置において１以上の代替のアミノ酸を有する配列または配列モチーフを示す。例えば、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧの配列モチーフは、ペプチド配列の第１位においてアミノ酸ＹおよびＦのどちらかを有することができ、かつペプチド配列の第２位においてアミノ酸ＶおよびＡのどちらかを有することができ、それにより、結果として４つの可能な独特のペプチド配列をもたらす（すなわち、ＹＶＬＱＧ、ＹＡＬＱＧ、ＦＶＬＱＧ、およびＦＡＬＱＧ）。［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧの配列モチーフを含む態様において、タンパク質は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含むことができる。
さらに別の説明的な側面において、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含むタンパク質が、提供される。
さらに別の態様において、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含むタンパク質が、提供される。この態様において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
別の説明的な態様において、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含むタンパク質が、提供される。
さらに別の説明的な態様において、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含むタンパク質が、提供される。この説明的な側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
別の説明的な態様において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチド配列を含むタンパク質が、提供される。この説明的な側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、およびＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
本明細書で用いられる際、ペプチドに関する“異種”は、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドであって、それが組み込まれるタンパク質とは異なるタンパク質に由来するトランスグルタミナーゼ基質ペプチド（例えば、ビタミンＤ結合タンパク質中に組み込まれるトランスグルタミナーゼ基質ペプチド）を意味する。
さらに他の態様において、本明細書で記載されるトランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、第５位においてグルタミン残基を有することができる。さらに別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドまたはトランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドであることができる。さらに別の態様において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）の配列を含むことができ、または［ＦＹ］［ＦＹＴ］ＬＱ、［ＹＦ］ＶＡＱ、Ｋ［ＹＬＳ］Ｋ、もしくはＴＫＬを含む配列モチーフを有することができる。
ある説明的な態様において、ペプチドは、トランスグルタミナーゼに関するペプチド基質であることができる。別の態様において、ペプチドは、微生物性トランスグルタミナーゼ（例えばストレプトベルティシリウム属の種のトランスグルタミナーゼ）または哺乳類のトランスグルタミナーゼに関するペプチド基質であることができる。酵素が哺乳類のトランスグルタミナーゼである態様において、哺乳類のトランスグルタミナーゼは、例えばヒト第ＸＩＩＩ因子Ａトランスグルタミナーゼ、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ｂトランスグルタミナーゼ、第ＸＩＩＩ因子トランスグルタミナーゼ、ケラチノサイトトランスグルタミナーゼ、組織型トランスグルタミナーゼ、上皮性トランスグルタミナーゼ、前立腺トランスグルタミナーゼ、神経細胞性トランスグルタミナーゼ、ヒトトランスグルタミナーゼ５、およびヒトトランスグルタミナーゼ７からなる群から選択されることができる。
一態様において、本発明は、単離された、または実質的に精製されたペプチドまたはタンパク質を包含する。“単離された”ペプチドまたはタンパク質は、化学合成された際に（すなわち合成ペプチド）化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まず、または組み換えＤＮＡ技法により作製された場合に細胞性物質を実質的に含まない。
別の態様において、本明細書で記載されるペプチドまたはタンパク質は、“精製されている”ことができる。一態様において、本明細書で記載される精製されたペプチドまたはタンパク質は、少なくとも約９０％、または約９５％、または約９６％、または約９７％、または約９８％、または約９９％、または約９９．５％の純度を有することができる。別の態様において、本明細書で記載される精製されたペプチドまたはタンパク質は、少なくとも９０％、または少なくとも９５％、または少なくとも９６％、または少なくとも９７％、または少なくとも９８％、または少なくとも９９％、または少なくとも９９．５％の純度を有することができる。ペプチドまたはタンパク質の純度は、様々なクロマトグラフィーまたは分光学的技法、例えば高圧または高速液体クロマトグラフィー、核磁気共鳴分光法、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、紫外（ＵＶ）吸光分光法、蛍光分光法等を含むいずれの従来の技法を用いて測定されることができる。
本明細書で用いられる際、純度の決定は、重量百分率、モル百分率等に基づくことができる。加えて、純度の決定は、特定の予め決定された構成要素の非存在または実質的な非存在に基づくことができる。純度の決定は、本明細書で記載される方法により調製されたペプチドまたはタンパク質の溶液に対して適用可能であることも、理解されるべきである。それらの例において、純度の測定は、重量百分率およびモル百分率の測定を含め、溶媒を除く溶液の構成要素に関する。
別の態様において、本明細書で記載されるペプチド、タンパク質、または化合物は、無菌の容器（例えばバイアル）または包装、例えばアンプルまたは密封されたバイアル中で提供される。本明細書で記載される様々な態様において、本明細書で記載されるペプチドまたはタンパク質は、置換、削除、切り詰め、伸長により改変されることができ、および／または他のペプチドもしくはタンパク質分子と融合していることができる。本明細書で記載されるペプチドまたはタンパク質は、トランスグルタミナーゼを用いて化合物を別のペプチドまたはタンパク質に架橋するために、化合物（例えば小さい有機分子）に連結されることもできる。置換により改変されたペプチドに関する一態様において、ペプチド中のアミノ酸は、それぞれ１９種類の他の天然アミノ酸のいずれかにより、またはいずれの適切な非天然アミノ酸により置換されることができる。別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、天然または非天然アミノ酸を含むことができる。
用語“天然アミノ酸”または“正準（ｃａｎｏｎｉｃａｌ）アミノ酸”は、タンパク質中に典型的に見られ、そして翻訳の間にタンパク質中に組み込まれ得る他のアミノ酸（ピロリジンおよびセレノシステインを含む）と共にタンパク質生合成のために用いられる２０種類のアミノ酸の１つを指す。２０種類の天然アミノ酸は、ヒスチジン（Ｈｉｓ；Ｈ）、アラニン（Ａｌａ；Ａ）、バリン（Ｖａｌ；Ｖ）、グリシン（Ｇｌｙ；Ｇ）、ロイシン（Ｌｅｕ；Ｌ）、イソロイシン（Ｉｌｅ；Ｉ）、アスパラギン酸（Ａｓｐ；Ｄ）、グルタミン酸（Ｇｌｕ；Ｅ）、セリン（Ｓｅｒ；Ｓ）、グルタミン（Ｇｌｎ；Ｑ）、アスパラギン（Ａｓｎ；Ｎ）、スレオニン（Ｔｈｒ；Ｔ）、アルギニン（Ａｒｇ；Ｒ）、プロリン（Ｐｒｏ；Ｐ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ；Ｆ）、チロシン（Ｔｙｒ；Ｙ）、トリプトファン（Ｔｒｐ；Ｗ）、システイン（Ｃｙｓ；Ｃ）、メチオニン（Ｍｅｔ；Ｍ）、およびリジン（Ｌｙｓ；Ｋ）のＬ−立体異性体を含む。用語“全ての２０種類のアミノ酸”は、上記で列挙された２０種類の天然アミノ酸を指す。
用語“非天然アミノ酸”は、標準的な遺伝子コードによりコードされるアミノ酸に含まれず、翻訳の間にタンパク質中に組み込まれることもない有機化合物を指す。従って、非天然アミノ酸は、以下のアミノ酸またはアミノ酸の類似体を含むが、それらに限定されない：全ての２０種類のアミノ酸のＤ−立体異性体、全ての２０種類のアミノ酸のベータアミノ類似体、シトルリン、ホモシトルリン、ホモアルギニン、ヒドロキシプロリン、ホモプロリン、オルニチン、４−アミノ−フェニルアラニン、シクロヘキシルアラニン、α−アミノイソ酪酸、Ｎ−メチル−アラニン、Ｎ−メチル−グリシン、ノルロイシン、Ｎ−メチル−グルタミン酸、ｔｅｒｔ−ブチルグリシン、α−アミノ酪酸、ｔｅｒｔ−ブチルアラニン、２−アミノイソ酪酸、α−アミノイソ酪酸、２−アミノインダン−２−カルボン酸、セレノメチオニン、デヒドロアラニン、ランチオニン、γ−アミノ酪酸、およびアミンの窒素がモノ−またはジ−アルキル化されているそれらの誘導体。
様々な説明的な側面において、本明細書で記載されるペプチドは、約５〜約１９アミノ酸、約５〜約１８アミノ酸、約５〜約１７アミノ酸、約５〜約１６アミノ酸、約５〜約１５アミノ酸、約５〜約１４アミノ酸、約５〜約１３アミノ酸、約５〜約１２アミノ酸、約５〜約１１アミノ酸、約５〜約１０アミノ酸、約５〜約９、約５〜約８、約５〜約７、または約５〜約６アミノ酸のペプチドであることができる。他の説明的な側面において、本明細書で記載されるペプチドは、５〜１９アミノ酸、５〜１８アミノ酸、５〜１７アミノ酸、５〜１６アミノ酸、５〜１５アミノ酸、５〜１４アミノ酸、５〜１３アミノ酸、５〜１２アミノ酸、５〜１１アミノ酸、５〜１０アミノ酸、５〜９アミノ酸、５〜８アミノ酸、５〜７アミノ酸、または５〜６アミノ酸のペプチドであることができる。さらに別の説明的な態様において、ペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、１２アミノ酸長、１３アミノ酸長、１４アミノ酸長、１５アミノ酸長、１６アミノ酸長、１７アミノ酸長、１８アミノ酸長、または１９アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されることができる。
別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、合成によるものであることができる。様々な態様において、本明細書で記載されるペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、またはそれからなることができる。
別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる“ａ”配列を有することができ、またはそれからなる“ｔｈｅ”配列を有することもできる。
さらに別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬ、またはそれらの組み合わせの配列モチーフを含む、それからなる、それを有する（ｈａｖｅ ａ）、または有する（ｈａｖｅ ｔｈｅ）ことができる。
別の態様において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のいずれかと約６０％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の相同性を有するペプチドまたはタンパク質が、提供される。配列間のパーセント同一性または類似性の決定は、例えばＧＡＰプログラム（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、ソフトウェア；Ａｃｃｅｌｒｙｓから入手可能）を用いることにより行われることができ、アラインメントは、例えばＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズム（Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ ｓｏｆｔｗａｒｅ，ＩｎｆｏｒＭａｘ Ｉｎｃ．）を用いて行われることができる。配列データベースは、対象のペプチド配列を用いて検索されることができる。データベース検索のためのアルゴリズムは、典型的にはＢａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）ソフトウェア(Altschul et al., 1990)に基づく。
別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、１以上の保存的アミノ酸置換を含ませることにより改変されることができる。当業者には周知であるように、ペプチドのいずれの重要ではないアミノ酸を保存的置換により変化させることは、置き換わったアミノ酸の側鎖は置き換えられたアミノ酸の側鎖と類似の結合および接触を形成することができるはずであるため、そのペプチドの活性を有意に変化させないはずである。
ある説明的な側面において、非保存的置換が、これらがペプチドの活性に過度に影響しない場合に限り、可能である。当該技術で周知であるように、アミノ酸の“保存的置換”またはペプチドの“保存的置換バリアント”は、１）ペプチドの二次構造；２）アミノ酸の電荷または疎水性；および３）側鎖のかさ高さまたはこれらの特徴のいずれか１つ以上を維持しているアミノ酸置換を指す。説明的には、周知の用語“親水性残基”は、セリンまたはスレオニンに関する。“疎水性残基”は、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、バリンまたはアラニン等を指す。“正に荷電した残基”は、リジン、アルギニン、オルニチン、またはヒスチジンに関する。“負に荷電した残基”は、アスパラギン酸またはグルタミン酸を指す。“かさ高い側鎖”を有する残基は、フェニルアラニン、トリプトファンまたはチロシン等を指す。説明的な保存的アミノ酸置換の例示的なリストが、表１において与えられている。
さらに別の側面において、本明細書で記載されるペプチド（例えばＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３）は、トランスグルタミナーゼの基質であり、トランスグルタミナーゼに結合する、または特異的に結合することができる。本明細書で用いられる際、“特異的に結合する”または“特異的結合”は、標識されたリガンドおよび未標識のリガンドを利用する特異的結合アッセイにおいて過剰な未標識のリガンドにより置換されることができない受容体（例えば基質）の標識されたリガンド（例えば酵素）への結合を意味する。トランスグルタミナーゼ基質が予め決定された特性に基づいて同定される様々な態様において、例えば結合、特異的結合または酵素活性が、予め決定された特性であることができる。
一態様において、本明細書で記載されたペプチドは、当業者に周知である固相ペプチド合成プロトコルに従って合成されることができる。あるそのような態様において、ペプチド前駆体が、周知のＦｍｏｃプロトコルに従って固体支持体上で合成され、支持体からトリフルオロ酢酸を用いて切断され、そして当業者に既知の方法に従ってクロマトグラフィーにより精製される。本明細書で記載されたペプチド、例えばＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３またはその断片を合成するための技法は、参照により本明細書に援用されるSambrook et al., “Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, 第３版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, (2001)において記載されている。本明細書で記載された方法における使用のためのペプチドは、商業的に作製されることもできる。
別の態様において、本明細書で記載されたペプチドまたはタンパク質は、当業者に周知である生物工学の方法を利用して合成されることができる。あるそのような態様において、所望のペプチドに関するアミノ酸配列情報をコードするＤＮＡ配列が、当業者に既知の組み換えＤＮＡ技法により、発現プラスミド（例えば、ペプチドの親和性精製のための親和性タグを組み込んでいるプラスミド）中にライゲーションされ、そのプラスミドが、発現のために宿主生物中にトランスフェクションされ、次いでそのペプチドが、宿主生物または成長培地から当業者に既知の方法に従って（例えば親和性精製により）単離される。組み換えＤＮＡ技術の方法は、参照により本明細書に援用されるSambrook et al., “Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, 第３版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, (2001)において記載されており、当業者に周知である。Sambrook et al.において記載されている方法は、本明細書で記載されたペプチド配列を周知の分子クローニング技法に基づいて本明細書で記載されたタンパク質中に組み込むために用いられることもできる。別の態様において、本明細書で記載されたペプチドは、リボソーム性翻訳システムを用いて合成されることができる。異種ペプチド配列を組み込んだ本明細書で記載されるタンパク質は、そのような組み換えＤＮＡ技法により作製されることもできる。
本明細書で記載されるペプチドを精製または単離するための技法も、当該技術で周知である。そのような技法も、参照により本明細書に援用されるSambrook et al., “Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, 第３版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, (2001)において記載されている。
別の態様において、複数のペプチドを含むペプチドアレイを用いてトランスグルタミナーゼの基質を同定する方法が、提供される。その方法は、ペプチドアレイ中のペプチドをトランスグルタミナーゼと接触させ、トランスグルタミナーゼをペプチドに結合させ、そしてトランスグルタミナーゼの基質を同定する工程を含む。
別の説明的な側面において、複数のペプチドを含む１以上のペプチドアレイを用いてトランスグルタミナーゼの基質を同定する方法が、提供される。その方法は、第１ペプチドアレイ中のペプチドをトランスグルタミナーゼと接触させ、トランスグルタミナーゼを第１ペプチドアレイ中のペプチドに結合させ、トランスグルタミナーゼへの結合の際に予め決定された特性を示す第１ペプチドアレイ中のペプチドの１以上を選択し、第１ペプチドアレイにおいて同定された１以上のペプチドのバリアントを合成し、第２ペプチドアレイ中のバリアントペプチドをトランスグルタミナーゼと接触させ、そして第２ペプチドアレイにおいてトランスグルタミナーゼへの結合の際に予め決定された特性を示すものとして同定されたバリアントペプチドの１以上を選択する工程を含む。
さらに別の態様において、固体支持体および複数のペプチドを含むペプチドアレイが提供され、ここで、ペプチドは、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドであり、そしてここで、ペプチドアレイは、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成により作製される。
一態様において、本明細書で記載された同定法およびペプチドアレイにおける使用のためのペプチドアレイ上のペプチドは、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドである。ある説明的な態様において、酵素基質ペプチドは、微生物性トランスグルタミナーゼ（例えばストレプトベルティシリウム属の種のトランスグルタミナーゼ、例えばストレプトベルティシリウム・モバラエンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ ｍｏｂａｒａｅｎｓｅ）または別の細菌種由来のトランスグルタミナーゼ）または哺乳類のトランスグルタミナーゼに関する基質ペプチドであることができる。ペプチドが哺乳類のトランスグルタミナーゼに関する基質ペプチドである態様において、哺乳類のトランスグルタミナーゼは、例えばヒト第ＸＩＩＩ因子Ａトランスグルタミナーゼ、ヒト第ＸＩＩＩ因子Ｂトランスグルタミナーゼ、第ＸＩＩＩ因子トランスグルタミナーゼ、ケラチノサイトトランスグルタミナーゼ、組織型トランスグルタミナーゼ、上皮性トランスグルタミナーゼ、前立腺トランスグルタミナーゼ、神経細胞性トランスグルタミナーゼ、ヒトトランスグルタミナーゼ５、およびヒトトランスグルタミナーゼ７からなる群から選択されることができる。
ペプチドがトランスグルタミナーゼ基質ペプチドであるさらに別の態様において、ペプチドは、トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドであることができる。ペプチドがトランスグルタミナーゼ基質ペプチドである別の態様において、ペプチドは、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドであることができる。
別の側面において、本明細書で記載される同定法およびペプチドアレイにおける使用のためのトランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、または［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを有することができる。基質ペプチドがトランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドである態様において、ペプチドは、第５位においてグルタミン残基を有することができる。
本明細書で記載される様々な態様において、本明細書で記載されるペプチドアレイにおける使用のためのペプチドは、置換、削除、切り詰め、伸長により改変されることができ、および／または他のペプチド分子と融合している、もしくはそれに結合していることができ、ここで、改変されたペプチドは、本明細書で記載される方法およびペプチドアレイにおいて有用である。置換により改変されたペプチドに関する一態様において、ペプチド中のアミノ酸は、それぞれ１９種類の他の天然アミノ酸のいずれかにより、またはいずれの適切な非天然アミノ酸により置換されることができる。別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、天然または非天然アミノ酸を含むことができる。
様々な説明的な側面において、本明細書で記載されるペプチドアレイにおける使用のためのペプチドは、約５〜約１９アミノ酸、約５〜約１８アミノ酸、約５〜約１７アミノ酸、約５〜約１６アミノ酸、約５〜約１５アミノ酸、約５〜約１４アミノ酸、約５〜約１３アミノ酸、約５〜約１２アミノ酸、約５〜約１１アミノ酸、約５〜約１０アミノ酸、約５〜約９、約５〜約８、約５〜約７、または約５〜約６アミノ酸のペプチドを含むことができる。他の説明的な側面において、本明細書で記載されるペプチドは、５〜１９アミノ酸、５〜１８アミノ酸、５〜１７アミノ酸、５〜１６アミノ酸、５〜１５アミノ酸、５〜１４アミノ酸、５〜１３アミノ酸、５〜１２アミノ酸、５〜１１アミノ酸、５〜１０アミノ酸、５〜９アミノ酸、５〜８アミノ酸、５〜７アミノ酸、または５〜６アミノ酸のペプチドを含むことができる。さらに別の説明的な態様において、ペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、１２アミノ酸長、１３アミノ酸長、１４アミノ酸長、１５アミノ酸長、１６アミノ酸長、１７アミノ酸長、１８アミノ酸長、もしくは１９アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されることができる。
別の態様において、本明細書で記載されるペプチドアレイにおける使用のためのペプチドは、合成によるものであることができる。様々な態様において、本明細書で記載される方法およびペプチドアレイにおける使用のためのペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９３またはそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する（ｈａｖｅ ｔｈｅ）、含む、それからなる、またはそれを有する（ｈａｖｅ ａ）ことができる。別の態様において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のいずれかと約６０％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の相同性を有するペプチドは、本明細書で記載されるペプチドアレイにおいて用いられることができる。
さらに別の側面において、本明細書で記載されるペプチドアレイにおける使用のためのペプチドは、トランスグルタミナーゼ基質であり、トランスグルタミナーゼに結合する、または特異的に結合することができる。本明細書で用いられる際、“特異的に結合する”または“特異的結合”は、標識されたリガンドおよび未標識のリガンドを利用する特異的結合アッセイにおいて過剰な未標識のリガンドにより置換されることができない受容体（例えば基質）の標識されたリガンド（例えば酵素）への結合を意味する。トランスグルタミナーゼ基質が予め決定された特性に基づいて同定される様々な態様において、例えば結合、特異的結合または酵素活性が、予め決定された特性であることができる。
一側面において、本明細書で記載されるペプチドおよびペプチドアレイは、実施例１２において記載されるように合成されることができる。当業者に周知であるペプチドアレイにおける使用のためのペプチドを合成するためのいずれの適切なプロトコルも、用いられることができる。
様々な態様において、本明細書で記載されるペプチドアレイは、ペプチドアレイの固体支持体に取り付けられた少なくとも１．６×１０５ペプチド、少なくとも２．０×１０５ペプチド、少なくとも３．０×１０５ペプチド、少なくとも４．０×１０５ペプチド、少なくとも５．０×１０５ペプチド、少なくとも６．０×１０５ペプチド、少なくとも７．０×１０５ペプチド、少なくとも８．０×１０５ペプチド、少なくとも９．０×１０５ペプチド、少なくとも１．０×１０６ペプチド、少なくとも１．２×１０６ペプチド、少なくとも１．４×１０６ペプチド、少なくとも１．６×１０６ペプチド、少なくとも１．８×１０６ペプチド、少なくとも１．０×１０７ペプチド、または少なくとも１．０×１０８ペプチドを有することができる。他の態様において、本明細書で記載されるペプチドアレイは、ペプチドアレイの固体支持体に取り付けられた約１．６×１０５ペプチド、約２．０×１０５ペプチド、約３．０×１０５ペプチド、約４．０×１０５ペプチド、約５．０×１０５ペプチド、約６．０×１０５ペプチド、約７．０×１０５ペプチド、約８．０×１０５ペプチド、約９．０×１０５ペプチド、約１．０×１０６ペプチド、約１．２×１０６ペプチド、約１．４×１０６ペプチド、約１．６×１０６ペプチド、約１．８×１０６ペプチド、約１．０×１０７ペプチド、または約１．０×１０８ペプチドを有することができる。本明細書で記載される際、ある特定の数のペプチドを含むペプチドアレイは、単一の固体支持体上の単一のペプチドアレイを意味することができ、またはペプチドは、本明細書で記載されるペプチドの数を得るために１より多くの固体支持体に分割されて取り付けられることもできる。
様々な態様において、ペプチドアレイに取り付けられたペプチドは、システインを欠いていることができ、アミノ酸反復を欠いていることができ、独特であることができ（すなわち、それぞれのペプチドは、アレイ上の他のペプチドと異なっている）、および／または５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、および１２アミノ酸長、もしくはそれらの組み合わせからなる群から選択される長さを有する全てのトランスグルタミナーゼ基質に相当することができる。
本明細書で記載される際、“ペプチドアレイ”は、合成により調製されることができる意図的に作製されたペプチドの集合を意味する。一態様において、アレイ中のペプチドは、互いに異なっていることができる。マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成により作製されたペプチドアレイを含め、ペプチドアレイを合成するための方法は、当該技術で既知であり、典型的な方法が、米国特許出願公開第２００４／００２３３６７号および第２００９／０１７６６６４号ならびに米国特許第６，３７５，９０３号および第５，１４３，８５４号において記載されている。追加の方法が、本明細書における実施例１２において記載されている。
一態様において、ペプチドアレイ中のペプチドは、固体支持体に取り付けられている。固体支持体は、硬質または半硬質の表面（単数または複数）を有する材料（単数または複数）を指す。ある側面において、固体支持体の少なくとも１つの表面は、実質的に平坦であると考えられるが、ある側面において、領域は、異なるペプチドに関して例えばウェル、高くされた領域、ピン、エッチングされた溝等により物理的に分離されていることができる。
様々な態様において、支持体材料は、例えばシリコン、生体適合性ポリマー、例えばポリ（メタクリル酸メチル）（ＰＭＭＡ）およびポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ガラス、プラスチック、ＳｉＯ２、石英、窒化ケイ素、官能化されたガラス（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ ｇｌａｓｓ）、金、白金、炭素複合材、またはアルミニウムを含むことができる。官能化された表面は、例えばアミノ官能化ガラス、カルボキシ官能化ガラス、およびヒドロキシ官能化ガラスを含む。加えて、支持体は、場合により分子の取り付けまたは官能化、増大した、または減少した反応性、結合の検出等のための表面を提供するために、１以上の層でコートされていることができる。適切な支持体材料は、当業者により選択されることができる。
一態様において、ペプチドアレイは、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成を用いて作製されることができる。マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成は、マイクロミラーおよび反応が実施される支持体上のマイクロミラーの画像に焦点を合わせる投影光学系を利用することができる。一態様において、コンピューターの制御下で、マイクロミラーのそれぞれは、それが光学系を通して光を支持体上に投影する第１位置およびそれが光を支持体から離れるようにそらせる第２位置の間で選択的に切り替えられる。この態様において、個々に制御可能なミラーは、画像または光パターンを生成するように光ビームを向けることができる。一態様において、固体支持体上の異なる領域における反応は、マイクロミラーデバイスを用いて異なる強度の照射を提供することにより調節されることができる。そのようなデバイスは、商業的に入手可能である。一側面において、制御された光照射は、望ましい速度で進行するような反応の制御を可能にする。
一態様において、ペプチドは、共有結合的に固体支持体に取り付けられる。別の態様において、ペプチドは、非共有結合的に固体支持体に取り付けられる。さらに別の態様において、ペプチドは、固体支持体にリンカー、例えば切断可能なリンカーにより取り付けられる。ある説明的な態様において、リンカーは、約４〜約４０原子長である。典型的なリンカーは、アリールアセチレン、２〜１０個の単量体単位を含有するエチレングリコールオリゴマー（ＰＥＧ）、ジアミン、二酸、アミノ酸等、およびそれらの組み合わせである。当業者は、どのように適切なリンカーを設計するかを知っているであろう。
一態様において、ペプチドアレイに取り付けられるペプチドまたはペプチドアレイを用いて同定されるペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
別の説明的な態様において、ペプチドアレイに取り付けられるペプチドまたはペプチドアレイを用いて同定されるペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
さらに別の態様において、ペプチドアレイに取り付けられるペプチドまたはペプチドアレイを用いて同定されるペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
さらに他の態様において、ペプチドアレイに取り付けられるペプチドまたはペプチドアレイを用いて同定されるペプチドは、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）またはＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む配列を有することができる。さらに別の態様において、ペプチドアレイに取り付けられるトランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、第５位においてグルタミンを有することができ、または［ＦＹ］［ＦＹＴ］ＬＱ、［ＹＦ］ＶＡＱ、Ｋ［ＹＬＳ］Ｋ、もしくはＴＫＬを含む配列モチーフを有することができる。
さらに他の態様において、ペプチド、タンパク質、もしくは化合物、またはそれらの組み合わせを架橋するための方法が、提供される。本明細書で記載される架橋の態様において、用語“架橋する”および“架橋”は、トランスグルタミナーゼのグルタミン基質ペプチドおよびトランスグルタミナーゼのリジン基質を適切な反応条件下でトランスグルタミナーゼと接触させ、それによりトランスグルタミナーゼがトランスグルタミナーゼ基質ペプチドのグルタミン残基のガンマカルボキサミド基およびリジン残基のイプシロンアミノ基の間のイソペプチド結合の形成を触媒することを意味する。様々な態様において、架橋は、ペプチドが既にタンパク質もしくは化合物中に組み込まれている際に起こることができ、またはペプチドがタンパク質もしくは化合物中に組み込まれていない際に起こることもできる。
架橋に関する方法の一態様において、タンパク質を架橋するための方法が、提供される。その方法は、少なくとも１つの異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列をタンパク質中に組み込み、そしてそのタンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含み、ここで、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
別の架橋の態様において、タンパク質を架橋するための方法が、提供される。その方法は、少なくとも１つの異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列をタンパク質中に組み込み、そしてそのタンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含み、ここで、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬ、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、およびＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列モチーフを含む。この態様において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。別の側面において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。さらに別の態様において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
これらの架橋の態様において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）または配列ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）を含むことができる。さらに別の態様において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列は、第５位においてグルタミンを有することができ、または［ＦＹ］［ＦＹＴ］ＬＱ、［ＹＦ］ＶＡＱ、Ｋ［ＹＬＳ］Ｋ、もしくはＴＫＬを含む配列モチーフを有することができる。
本明細書で用いられる際、ペプチドに関する“異種”は、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドであって、それが組み込まれるタンパク質とは異なるタンパク質に由来するトランスグルタミナーゼ基質ペプチド（例えば、ビタミンＤ結合タンパク質中に組み込まれるトランスグルタミナーゼ基質ペプチド）を意味する。
これらの架橋の態様において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のペプチドは、例えば参照により本明細書に援用されるSambrook et al., “Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, 第３版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, (2001)において記載されている周知の分子クローニング技法によりタンパク質中に組み込まれることができる。様々な態様において、架橋は、１つのタンパク質において内部で、または２つの異なるタンパク質（すなわち同じまたは異なるタイプの別々のタンパク質）の間で、またはタンパク質およびペプチド（例えば、標識、親和性タグ、ＰＥＧ化のための部分等の中に組み込まれたペプチド）の間で起こることができる。この態様において、“中に組み込まれた”は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３を含むペプチドの両端をタンパク質中に内部に組み込むこと、またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３を含むペプチドの一端をタンパク質の内部配列に、もしくはタンパク質もしくはペプチドのＮ末端もしくはＣ末端に取り付けることを意味する。別の態様において、ペプチドのどちらかまたは両方の末端において親和性タグにより隣接されているペプチドが、組み込まれることができる。一側面において、記載されたペプチドは、置換、削除、切り詰め、伸長により改変されることができ、および／または他のペプチド分子と融合している、もしくはそれに結合していることができ、ここで、改変されたペプチドは、この方法の態様において有用である。置換により改変されたペプチドに関する一態様において、ペプチド中のアミノ酸は、それぞれ１９種類の他の天然アミノ酸のいずれかにより、またはいずれの適切な非天然アミノ酸により置換されることができる。別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、天然または非天然アミノ酸を含むことができる。様々な態様において、これらの架橋の態様における使用のためのペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のペプチドのいずれかと約６０％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の相同性を有することができる。
様々な説明的な側面において、これらの架橋の態様における使用のためのペプチドは、本明細書で記載されるような保存的置換を行うことにより、またはペプチドの長さを約５〜約１９アミノ酸、約５〜約１８アミノ酸、約５〜約１７アミノ酸、約５〜約１６アミノ酸、約５〜約１５アミノ酸、約５〜約１４アミノ酸、約５〜約１３アミノ酸、約５〜約１２アミノ酸、約５〜約１１アミノ酸、約５〜約１０アミノ酸、約５〜約９、約５〜約８、約５〜約７、もしくは約５〜約６アミノ酸のペプチドを含むように変化させることにより、改変されることができる。他の説明的な側面において、ペプチドは、５〜１９アミノ酸、５〜１８アミノ酸、５〜１７アミノ酸、５〜１６アミノ酸、５〜１５アミノ酸、５〜１４アミノ酸、５〜１３アミノ酸、５〜１２アミノ酸、５〜１１アミノ酸、５〜１０アミノ酸、５〜９アミノ酸、５〜８アミノ酸、５〜７アミノ酸、または５〜６アミノ酸のペプチドを含むことができる。さらに別の説明的な態様において、ペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、１２アミノ酸長、１３アミノ酸長、１４アミノ酸長、１５アミノ酸長、１６アミノ酸長、１７アミノ酸長、１８アミノ酸長、もしくは１９アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されることができる。
別の架橋の態様において、少なくとも２つの化合物を架橋するための方法が、提供される。その方法は、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧまたはＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを有する異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドをその少なくとも２つの化合物の一方の中に組み込み、そしてその化合物をトランスグルタミナーゼと接触させることにより化合物を架橋する工程を含む。その方法は、さらに、他方の化合物中にＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを組み込む工程を含むことができる。この態様において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。この態様において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、およびＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。この態様の別の側面において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
さらに別の態様において、少なくとも２つの化合物を架橋するための方法が、提供される。その方法は、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、およびＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを、その少なくとも２つの化合物の一方の中に組み込み、そしてその化合物をトランスグルタミナーゼと接触させることにより化合物を架橋する工程を含む。
この方法の態様において、その方法は、さらに異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドをその少なくとも２つの化合物の他方の中に組み込む工程を含むことができる。リジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
これらの架橋の態様において、化合物は、タンパク質、ペプチド、および小さい有機分子（例えば標識、親和性タグ等）またはそれらの組み合わせからなる群から選択されることができる。これらの態様の全てにおいて、グルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む配列を有することができる。さらに別の態様において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、第５位においてグルタミンを有することができ、または［ＦＹ］［ＦＹＴ］ＬＱ、［ＹＦ］ＶＡＱ、Ｋ［ＹＬＳ］Ｋ、もしくはＴＫＬを含む配列モチーフを有することができる。一態様において、化合物は、両方ともペプチドであることができ、ペプチドの少なくとも一方は、例えばペプチドアレイにおいて固体支持体に取り付けられることができる。
一態様において、本明細書における適切な態様における使用のための標識は、フルオレセイン、ローダミン、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ、フィコエリトリン、Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ（例えばＯｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ ４８８、Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ ５１４等）、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ４８８、ＡｌｅｘａＦｌｏｕｒ ６４７（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ、オレゴン州ユージーン）、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ７、ビオチン、ルテニウム、ＤｙＬｉｇｈｔ ６８０を含むがそれに限定されないＤｙＬｉｇｈｔ蛍光剤、ＣＷ ８００、トランス−シクロオクテン、テトラジン、メチルテトラジン等を含むことができる。
これらの追加の説明的な架橋の態様において用いられる際、ペプチドに関する“異種”は、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドであって、それが組み込まれるタンパク質とは異なるタンパク質に由来するトランスグルタミナーゼ基質ペプチド（例えば、ビタミンＤ結合タンパク質中に組み込まれるトランスグルタミナーゼ基質ペプチド）を意味する。
これらの追加の架橋の態様において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のペプチドまたは［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、もしくは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬのモチーフのペプチドは、例えば本明細書に参照により援用されるSambrook et al., “Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, 第３版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, (2001)において記載されている周知の分子クローニング技法により化合物（例えばタンパク質）中に組み込まれることができる。一態様において、架橋は、２つの異なるタンパク質（すなわち同じまたは異なるタイプの別々のタンパク質）の間で起こることができる。この態様において、“中に組み込まれる”は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３を含むペプチドの両端をタンパク質配列中に内部に組み込むこと、またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３を含むペプチドの一端をタンパク質の内部配列に、もしくはタンパク質のＮ末端もしくはＣ末端に取り付けることを意味する。本明細書で記載されるペプチドは、当業者に周知の連結化学により化合物（例えば標識または親和性タグ）に連結されることができる。
一側面において、これらの追加の架橋の態様における使用に関して記載されたペプチドは、置換、削除、切り詰め、伸長により改変されることができ、および／または他のペプチド分子と融合し、もしくはそれに取り付けられることができ、ここで、改変されたペプチドは、この方法の態様において有用である。置換により改変されたペプチドに関する一態様において、ペプチド中のアミノ酸は、それぞれ１９種類の他の天然アミノ酸のいずれかにより、またはいずれの適切な非天然アミノ酸により置換されることができる。別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、天然または非天然アミノ酸を含むことができる。様々な態様において、この方法の態様における使用のためのペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のいずれかと約６０％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の相同性を有することができる。
様々な説明的な側面において、これらの追加の架橋の態様における使用のためのペプチドは、本明細書で記載されたような保存的置換を行うことにより、またはペプチドの長さを約５〜約１９アミノ酸、約５〜約１８アミノ酸、約５〜約１７アミノ酸、約５〜約１６アミノ酸、約５〜約１５アミノ酸、約５〜約１４アミノ酸、約５〜約１３アミノ酸、約５〜約１２アミノ酸、約５〜約１１アミノ酸、約５〜約１０アミノ酸、約５〜約９、約５〜約８、約５〜約７、または約５〜約６アミノ酸を含むように変化させることにより、改変されることができる。他の説明的な側面において、ペプチドは、５〜１９アミノ酸、５〜１８アミノ酸、５〜１７アミノ酸、５〜１６アミノ酸、５〜１５アミノ酸、５〜１４アミノ酸、５〜１３アミノ酸、５〜１２アミノ酸、５〜１１アミノ酸、５〜１０アミノ酸、５〜９アミノ酸、５〜８アミノ酸、５〜７アミノ酸、または５〜６アミノ酸を含むことができる。さらに別の説明的な態様において、ペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、１２アミノ酸長、１３アミノ酸長、１４アミノ酸長、１５アミノ酸長、１６アミノ酸長、１７アミノ酸長、１８アミノ酸長、または１９アミノ酸長、またはそれらの組み合わせからなる群から選択されることができる。
さらに別の態様において、タンパク質を内部的に架橋するための方法が、提供される。その方法は、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧまたはＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の配列モチーフを有する異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドをそのタンパク質中に組み込み、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドをそのタンパク質中に組み込み、そしてそのタンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含む。この方法の態様において、リジン基質ペプチドは、ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含むことができる。この態様において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。この態様において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。これらの態様において、グルタミン基質ペプチドは、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含むことができる。さらに別の態様において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、第５位においてグルタミンを含むことができ、または［ＦＹ］［ＦＹＴ］ＬＱ、［ＹＦ］ＶＡＱ、Ｋ［ＹＬＳ］Ｋ、もしくはＴＫＬを含む配列モチーフを有することができる。
別の架橋の態様において、タンパク質を内部的に架橋するための方法が、提供される。その方法は、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチド［ここで、そのペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、およびＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む］をそのタンパク質中に組み込み、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドをそのタンパク質中に組み込み、そしてそのタンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることによりタンパク質を架橋する工程を含む。この態様において、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。
これらの説明的な態様において、２つのトランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、同じタンパク質中に組み込まれて内部架橋を形成することができる。これらの説明的な態様において用いられる際、ペプチドに関する“異種”は、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドであって、それが組み込まれるタンパク質とは異なるタンパク質に由来するトランスグルタミナーゼ基質ペプチド（例えば、ビタミンＤ結合タンパク質中に組み込まれるトランスグルタミナーゼ基質ペプチド）を意味する。
この内部架橋の態様において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のペプチドまたは［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、もしくは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬのモチーフのペプチドは、例えば本明細書に参照により援用されるSambrook et al., “Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, 第３版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, (2001)において記載されている周知の分子クローニング技法によりタンパク質中に組み込まれることができる。この態様において、“中に組み込まれる”は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３を含むペプチドの両端をタンパク質配列中に内部に組み込むこと、またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３を含むペプチドの一端をタンパク質の内部配列に、もしくはタンパク質のＮ末端もしくはＣ末端に取り付けることを意味する。一側面において、この方法の態様における使用に関して記載されたペプチドは、置換、削除、切り詰め、伸長により改変されることができ、および／または他のペプチド分子と融合し、もしくはそれに取り付けられることができ、ここで、改変されたペプチドは、この方法の態様において有用である。置換により改変されたペプチドに関する一態様において、ペプチド中のアミノ酸は、それぞれ１９種類の他の天然アミノ酸のいずれかにより、またはいずれの適切な非天然アミノ酸により置換されることができる。別の態様において、本明細書で記載されるペプチドは、天然または非天然アミノ酸を含むことができる。様々な態様において、この方法の態様における使用のためのペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１〜９３のいずれかと約６０％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の相同性を有することができる。
様々な説明的な側面において、この方法の態様における使用のためのペプチドは、本明細書で記載されたような保存的置換を行うことにより、またはペプチドの長さを約５〜約１９アミノ酸、約５〜約１８アミノ酸、約５〜約１７アミノ酸、約５〜約１６アミノ酸、約５〜約１５アミノ酸、約５〜約１４アミノ酸、約５〜約１３アミノ酸、約５〜約１２アミノ酸、約５〜約１１アミノ酸、約５〜約１０アミノ酸、約５〜約９、約５〜約８、約５〜約７、または約５〜約６アミノ酸を含むように変化させることにより、改変されることができる。他の説明的な側面において、ペプチドは、５〜１９アミノ酸、５〜１８アミノ酸、５〜１７アミノ酸、５〜１６アミノ酸、５〜１５アミノ酸、５〜１４アミノ酸、５〜１３アミノ酸、５〜１２アミノ酸、５〜１１アミノ酸、５〜１０アミノ酸、５〜９アミノ酸、５〜８アミノ酸、５〜７アミノ酸、または５〜６アミノ酸を含むことができる。さらに別の説明的な態様において、ペプチドは、５アミノ酸長、６アミノ酸長、７アミノ酸長、８アミノ酸長、９アミノ酸長、１０アミノ酸長、１１アミノ酸長、１２アミノ酸長、１３アミノ酸長、１４アミノ酸長、１５アミノ酸長、１６アミノ酸長、１７アミノ酸長、１８アミノ酸長、または１９アミノ酸長またはそれらの組み合わせからなる群から選択されることができる。
一側面において、上記の架橋の態様の全てに関して、架橋されているタンパク質、ペプチド、または化合物は、例えば標的化リガンドまたは薬物であることができ、ここで、その方法は、標的化リガンドを薬物にコンジュゲートさせるために用いられる。他の態様において、架橋法は、タンパク質、ペプチド、もしくは化合物を親和性タグにコンジュゲートさせるために、タンパク質、ペプチド、もしくは化合物を標識にコンジュゲートさせるために、タンパク質、ペプチド、もしくは化合物をＰＥＧ化するために、またはタンパク質、ペプチド、もしくは化合物をビオチン化もしくはルテニル化する（ｒｕｔｈｅｎｙｌａｔｅ）ために、等で用いられることができる。さらに別の態様において、診断用タンパク質、例えば抗体および抗体結合タンパク質が、架橋されることができる。別の側面において、診断用タンパク質もしくは療法用タンパク質が、架橋されることができ、または研究のためのタンパク質が、例えば少なくとも２つのタンパク質の部位特異的コンジュゲーションのために架橋されることができる。
本明細書で記載される架橋の態様の全てにおいて、タンパク質または化合物は、例えばビタミンＤ結合タンパク質（ＶｉｔＤＢＰ）であることができる。一態様において、ＶｉｔＤＢＰに取り付けられる化合物は、いずれの適切な標識、例えばＣｙ５、ルテニウム、またはビオチンであることができる。一態様において、架橋は、ＶｉｔＤＢＰ中に組み込まれている異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを通して起こることができ、ここで、そのペプチドは、配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）を含む。別の態様において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドが、標識中に組み込まれることができ、配列ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）を含むことができる。
一側面において、本明細書で記載されたいずれの架橋の態様における使用のための組み込まれた異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを有する標識は、以下の式のいずれかの化合物であることができる：
、
、
、
、
、
。
しかし、いずれの適切な標識が本開示に従うトランスグルタミナーゼ基質と組み合わせられることができることは、理解されるであろう。適切な標識の例は、蛍光標識、化学発光標識、放射能標識、化学標識（例えば“クリック”ケミストリーの組み込み）等およびそれらの組み合わせを含む。より一般的には、適切な標識は、トランスグルタミナーゼの少なくとも１つの基質（例えばリジン供与体基質、グルタミン供与体基質等）と適合性であり、ここで、その標識は、標識を含む基質に対して作用するトランスグルタミナーゼの能力を排除しない。さらに、適切な標識は、未標識のトランスグルタミナーゼ基質と比較して検出可能である信号を生成することができる。
しかし、いずれの適切な標識が本開示に従うトランスグルタミナーゼ基質と組み合わせられることができることは、理解されるであろう。適切な標識の例は、蛍光標識、化学発光標識、放射能標識、化学標識（例えば“クリック”ケミストリーの組み込み）等およびそれらの組み合わせを含む。より一般的には、適切な標識は、トランスグルタミナーゼの少なくとも１つの基質（例えばリジン供与体基質、グルタミン供与体基質等）と適合性であり、ここで、その標識は、標識を含む基質に対して作用するトランスグルタミナーゼの能力を排除しない。さらに、適切な標識は、未標識のトランスグルタミナーゼ基質と比較して検出可能である信号を生成することができる。
別の説明的な態様において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含むＶｉｔＤＢＰが、記載される。一態様において、ＶｉｔＤＢＰは、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ、ＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）、ＳＫ［ＬＳ］Ｋ、および［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬ、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列モチーフを含むトランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含むことができる。一態様において、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドは、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、およびＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。一態様において、異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、およびＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含むことができる。一側面において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）を含む。さらに別の態様において、トランスグルタミナーゼ基質ペプチドは、第５位においてグルタミンを含むことができ、または［ＦＹ］［ＦＹＴ］ＬＱ、［ＹＦ］ＶＡＱ、Ｋ［ＹＬＳ］Ｋ、もしくはＴＫＬを含む配列モチーフを有することができる。
さらに別の態様において、異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含むＶｉｔＤＢＰが、記載され、ここで、そのペプチドは、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）、ＤＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２）、ＮＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）、ＥＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４）、ＰＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５）、ＥＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６）、ＤＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７）、ＤＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８）、ＮＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９）、ＦＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０）、ＤＹＴＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１）、ＮＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１２）、ＥＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３）、ＲＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４）、ＹＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５）、ＰＹＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６）、ＷＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７）、ＳＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８）、ＨＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、ＤＹＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ＥＦＶＡＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）、ＤＦＹＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）、ＥＦＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、ＥＹＦＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、ＮＦＶＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）、ＣＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）、ＷＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）、ＹＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）、ＤＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）、ＧＤＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）、ＮＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２）、ＧＣＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３）、ＥＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４）、ＰＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＴＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＱＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＩＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＦＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、ＨＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）、ＬＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１）、ＶＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＲＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３）、ＧＷＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４）、ＭＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）、ＳＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４６）、ＡＧＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４７）、ＧＹＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４８）、ＧＥＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９）、ＧＰＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５０）、ＧＨＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５１）、ＷＤＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５２）、ＧＮＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５３）、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）、ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）、ＡＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５４）、ＫＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５５）、ＴＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５６）、ＫＬＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５７）、ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）、ＲＧＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）、ＲＧＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６０）、ＦＰＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６１）、ＲＳＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６２）、ＳＫＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６３）、ＦＴＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６４）、ＫＬＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６５）、ＰＫＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６６）、ＲＬＫＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７）、ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）、ＧＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９）、ＲＡＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７０）、ＳＫＬＳＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７１）、ＫＬＧＡＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７２）、ＱＲＳＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７３）、ＫＴＫＹＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７４）、ＬＳＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７５）、ＮＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７６）、ＱＲＴＫＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７７）、ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）、ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）、およびＧＹＫＬＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７８）、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される配列を含む。
一態様において、ＶｉｔＤＢＰは、配列ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）または配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）を含む。さらに別の態様において、ＶｉｔＤＢＰは、第５位においてグルタミンを含むトランスグルタミナーゼ基質ペプチドを含むことができ、または、そのペプチドは、［ＦＹ］［ＦＹＴ］ＬＱ、［ＹＦ］ＶＡＱ、Ｋ［ＹＬＳ］Ｋ、もしくはＴＫＬを含む配列モチーフを有することができる。
さらに別の態様において、ＶｉｔＤＢＰは、次の配列により記載される：
ＭＫＲＶＬＶＬＬＬＡＶＡＦＧＨＡＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８７）。
ＭＫＲＶＬＶＬＬＬＡＶＡＦＧＨＡＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８７）。
注目すべきことに、Ｎ末端配列ＭＫＲＶＬＶＬＬＬＡＶＡＦＧＨＡは、インビボでＶｉｔＤＢＰから除去される。従って、他の態様において、ＶｉｔＤＢＰは、次の配列により記載される：
ＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９１）。
ＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９１）。
別の態様において、本明細書で記載される方法、ペプチドアレイ、ペプチド、およびタンパク質は、以下の実施例を含む。実施例は、さらに本明細書で記載される本発明の様々な態様の追加の特徴を説明する。しかし、実施例は説明的なものであり、本明細書で記載される本発明の他の態様を限定するものとして解釈されるべきではないことは、理解されるべきである。加えて、実施例の他のバリエーションが本明細書で記載される本発明の様々な態様に含まれることは、理解される。
実施例１：アッセイの開発
Ｇｌｎ基質に関するＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）の特異性を試験するため、Ｎ−（ビオチニル）カダベリン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）が、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成を用いて合成されたペプチドアレイ上のＧｌｎペプチドをビオチン化するためのＬｙｓ基質に関する基質として用いられた。同様に、Ｌｙｓ基質に関するＭＴＧの特異性を試験するため、Ｚ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）が、Ｌｙｓペプチドをビオチン化するためのＧｌｎ基質に関する基質として用いられた。Ｚ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチンは、次の式を有するトランスグルタミナーゼに関するグルタミン供与体基質である：
Ｇｌｎ基質に関するＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）の特異性を試験するため、Ｎ−（ビオチニル）カダベリン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）が、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成を用いて合成されたペプチドアレイ上のＧｌｎペプチドをビオチン化するためのＬｙｓ基質に関する基質として用いられた。同様に、Ｌｙｓ基質に関するＭＴＧの特異性を試験するため、Ｚ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）が、Ｌｙｓペプチドをビオチン化するためのＧｌｎ基質に関する基質として用いられた。Ｚ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチンは、次の式を有するトランスグルタミナーゼに関するグルタミン供与体基質である：
。
ビオチン化された基質の１つの存在下でのＭＴＧによる処理の後、アレイは洗浄され、ビオチン部分を標識するためにＣｙ５−ストレプトアビジンで染色され、ペプチド領域における信号強度を測定するために６３５ｎｍにおいて走査された。ＭＴＧ反応の効率に対応する信号強度が、異なるペプチド配列の特異性を決定するために用いられた。
ビオチン化された基質の１つの存在下でのＭＴＧによる処理の後、アレイは洗浄され、ビオチン部分を標識するためにＣｙ５−ストレプトアビジンで染色され、ペプチド領域における信号強度を測定するために６３５ｎｍにおいて走査された。ＭＴＧ反応の効率に対応する信号強度が、異なるペプチド配列の特異性を決定するために用いられた。
実施例２：アッセイ条件
一般に、元々溶液条件下で開発された酵素アッセイのアレイ性能の最適化において考慮すべき２つの問題が存在した。第１の問題は、酵素が表面に結合したペプチドを認識することができないこと、低いペプチド濃度、ペプチド合成の不十分な品質により、または酵素の安定性および反応性への表面の作用により引き起こされ得る低い信号生成の難題であった。第２の問題は、酵素および／もしくは基質のアレイ表面への非特異的結合またはアレイ上の副反応により駆動される非特異的標識の結果である可能性がある高いバックグラウンド生成の難題であった。
一般に、元々溶液条件下で開発された酵素アッセイのアレイ性能の最適化において考慮すべき２つの問題が存在した。第１の問題は、酵素が表面に結合したペプチドを認識することができないこと、低いペプチド濃度、ペプチド合成の不十分な品質により、または酵素の安定性および反応性への表面の作用により引き起こされ得る低い信号生成の難題であった。第２の問題は、酵素および／もしくは基質のアレイ表面への非特異的結合またはアレイ上の副反応により駆動される非特異的標識の結果である可能性がある高いバックグラウンド生成の難題であった。
アレイ上のＭＴＧアッセイに関する条件を見付けるために、反応の様々なパラメーターの信号およびバックグラウンド生成への作用が、分析された。これらの要因は、ＭＴＧおよび基質の濃度、反応緩衝液の組成、ならびにインキュベーションの時間および温度を含んでいた。バックグラウンドを最小限にするために、非タンパク質ブロッキング溶液（Ｐｉｅｒｃｅ）が用いられ、その最適濃度は反応緩衝液中で５０％であることが分かった。ＬｙｓペプチドおよびＧｌｎペプチドの両方に関するペプチドアレイ上でのＭＴＧの特異性を研究するために用いられた条件は、本明細書において記載されている。
アレイ上でのＬｙｓペプチドの標識：０．１ｎｇ／μＬ ＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）；１０μＭ Ｚ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）；１００ｍＭトリス−ＨＣｌ ｐＨ８、１ｍＭジチオスレイトール（ＤＴＴ）、５０％タンパク質無含有ブロッキング剤（Ｐｉｅｒｃｅ）；３７℃において２０分間。
アレイ上でのＧｌｎペプチドの標識：０．５ｎｇ／μＬ ＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）；５０μＭ Ｎ−（ビオチニル）カダベリン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）；１００ｍＭトリス−ＨＣｌ ｐＨ８、１ｍＭ ＤＴＴ、５０％タンパク質無含有ブロッキング剤（Ｐｉｅｒｃｅ）；３７℃において１時間。
実施例３：Ｇｌｎペプチドに関するＭＴＧ特異性
５アミノ酸長ペプチドアレイが、ＭＴＧおよびビオチン化アミン供与体Ｎ−（ビオチニル）カダベリン基質の存在下で、実施例２において記載された条件下でインキュベートされた。２つの複製の間の信号の分布および相関が、プロットされた（図１）。
５アミノ酸長ペプチドアレイが、ＭＴＧおよびビオチン化アミン供与体Ｎ−（ビオチニル）カダベリン基質の存在下で、実施例２において記載された条件下でインキュベートされた。２つの複製の間の信号の分布および相関が、プロットされた（図１）。
図１に関して、複製間の信号強度における相関は、データの高い再現性を示し、最高の標識効率でペプチドの同定を可能にした。この研究において発見されたビオチン化アミン供与体基質を用いたアレイＭＴＧアッセイにおける最高の標識効率を有する２５のペプチドの配列および対応する信号強度が、表２において示される。ＭＴＧの特異性に従って、全てのペプチドは、Ｇｌｎ（Ｑ）残基を含有していた。Ｇｌｎは、全ての選択された配列の第５位を排他的に占めていた。アレイ上で合成された５アミノ酸長のペプチドは、Ｇ：Ｓリンカー（それに関して、ＧｌｙおよびＳｅｒアミノ酸前駆体の３：１混合物が用いられた）により隣接されていたため、最適なＭＴＧ基質においてＧｌｎの後にＧｌｙが続く可能性がある。
実施例４：モチーフの同定
共通のモチーフを見付けるため、アレイＭＴＧアッセイにより同定された最高の配列が、短いペプチド配列により共有されるモチーフを見付けるために主成分分析を用いるＰｅｐｌｉｂソフトウェアを用いて分析された(Andrew D. White et al., J. Chem. Inf. Model., 2013, 53 (2), pp 493-499)。図２Ａ〜２Ｈを参照して、ＭＴＧに関する最高のＧｌｎペプチド基質の分析は、共通のモチーフ［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ（Ｇｌｎの後ろにＧｌｙが続くと仮定する）において組み合わせられることができる２つの密接に関連するモチーフを同定した。すなわち、（５アミノ酸長モチーフの）第１位は、アミノ酸ＹおよびＦから選択され、第２位は、アミノ酸ＶおよびＡから選択され、第３位は、アミノ酸Ｌであり、第４位は、アミノ酸Ｑであり、そして第５位（図２Ａ〜２Ｈにおいて示されていない）は、アミノ酸Ｇである。興味深いことに、商業的に入手可能なＧｌｎ供与体基質であるＺ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）は、アレイＭＴＧアッセイにおいて見付かったモチーフの短い２アミノ酸版であった。
共通のモチーフを見付けるため、アレイＭＴＧアッセイにより同定された最高の配列が、短いペプチド配列により共有されるモチーフを見付けるために主成分分析を用いるＰｅｐｌｉｂソフトウェアを用いて分析された(Andrew D. White et al., J. Chem. Inf. Model., 2013, 53 (2), pp 493-499)。図２Ａ〜２Ｈを参照して、ＭＴＧに関する最高のＧｌｎペプチド基質の分析は、共通のモチーフ［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧ（Ｇｌｎの後ろにＧｌｙが続くと仮定する）において組み合わせられることができる２つの密接に関連するモチーフを同定した。すなわち、（５アミノ酸長モチーフの）第１位は、アミノ酸ＹおよびＦから選択され、第２位は、アミノ酸ＶおよびＡから選択され、第３位は、アミノ酸Ｌであり、第４位は、アミノ酸Ｑであり、そして第５位（図２Ａ〜２Ｈにおいて示されていない）は、アミノ酸Ｇである。興味深いことに、商業的に入手可能なＧｌｎ供与体基質であるＺ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）は、アレイＭＴＧアッセイにおいて見付かったモチーフの短い２アミノ酸版であった。
実施例５：５アミノ酸長ペプチドアレイを用いて選択されたＧｌｎモチーフの拡張および成熟
アレイＭＴＧアッセイにより発見された最適なＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）配列が、モチーフの拡張および成熟を含むモチーフの進化の第２工程のために選択された。５アミノ酸長モチーフは、ＮおよびＣ末端の両方から３個のＧｌｙ残基により伸長されて、１１アミノ酸長のＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）配列をもたらした。このペプチドならびにその可能な１および２アミノ酸置換バリアントの全てが、新規に設計されたアレイ上で、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成を用いて合成され、ＭＴＧ活性に関して試験された。新規のアレイに関して、Ｃｙｓを含む全ての２０種類のアミノ酸が、用いられた。最高の標識効率を有する２７の配列のリストが、表３において示される。拡張および成熟工程は、第１工程において選択された５アミノ酸長ペプチドの特異性を確認し、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）の５アミノ酸長モチーフをより効率的である可能性のあるＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の９アミノ酸長モチーフへと拡張した。
アレイＭＴＧアッセイにより発見された最適なＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）配列が、モチーフの拡張および成熟を含むモチーフの進化の第２工程のために選択された。５アミノ酸長モチーフは、ＮおよびＣ末端の両方から３個のＧｌｙ残基により伸長されて、１１アミノ酸長のＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）配列をもたらした。このペプチドならびにその可能な１および２アミノ酸置換バリアントの全てが、新規に設計されたアレイ上で、マスクレス光指向性ペプチドアレイ合成を用いて合成され、ＭＴＧ活性に関して試験された。新規のアレイに関して、Ｃｙｓを含む全ての２０種類のアミノ酸が、用いられた。最高の標識効率を有する２７の配列のリストが、表３において示される。拡張および成熟工程は、第１工程において選択された５アミノ酸長ペプチドの特異性を確認し、ＤＹＡＬＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１）の５アミノ酸長モチーフをより効率的である可能性のあるＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）の９アミノ酸長モチーフへと拡張した。
実施例６：アレイで選択されたモチーフの溶液反応における確認
アレイアッセイにおいて選択されたペプチドが溶液反応においても好ましい基質であるかどうかが、次に決定された。アレイアッセイにおいて見付かったＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）ペプチドおよびＭＴＧ活性を試験するために一般的に用いられるＱＧペプチド基質の性能が、比較された。２つの基質の比較は、オタワ大学のＳ．Ｋ．Ｏｔｅｎｇ−ＰａｂｉおよびＪ．Ｗ．Ｋｅｉｌｌｏｒにより開発されたＭＴＧ活性に関する連続的酵素共役アッセイを含んでいた（図３）。
アレイアッセイにおいて選択されたペプチドが溶液反応においても好ましい基質であるかどうかが、次に決定された。アレイアッセイにおいて見付かったＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）ペプチドおよびＭＴＧ活性を試験するために一般的に用いられるＱＧペプチド基質の性能が、比較された。２つの基質の比較は、オタワ大学のＳ．Ｋ．Ｏｔｅｎｇ−ＰａｂｉおよびＪ．Ｗ．Ｋｅｉｌｌｏｒにより開発されたＭＴＧ活性に関する連続的酵素共役アッセイを含んでいた（図３）。
アッセイは、９６ウェルマイクロタイタープレート中で１０ｍＭ α−ケトグルタレート、アシル受容体としての１０ｍＭ グリシンメチルエステル、２Ｕのグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＬＤＨ）、５００μＭのＮＡＤＨ（すなわち還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド）および２００ｍＭ ＭＯＰＳ（すなわち３−（Ｎ−モルホリノ）プロパンスルホン酸）中０．２〜２０ｍＭの範囲の濃度のＧｌｎ含有基質ペプチド、１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ７．２（ウェルあたりの総体積２００μｌ）の存在下で実施された。反応は、０．１ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）の添加により開始され、ＮＡＤＨの酸化が、ブランクに対して、３４０ｎｍで２０分間、３７℃でサーモスタット制御されたＢｉｏｔｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ４マイクロプレートリーダーを用いて継続的に記録され、それぞれの測定の前に短い振盪期間があった。ＧＬＤＨがＭＴＧに媒介されるアンモニアの放出により飽和する短いラグ相の後、ＭＴＧのターンオーバーに対応する吸光度対時間の線形速度が観察され、ミカエリス・メンテンの速度論分析に供された。
その結果は、図３および表４において示されるように、アレイで選択された基質は標準的なＱＧ基質と比較して向上した性能を有し、ＭＴＧ触媒効率における少なくとも３倍の差を示すことを示唆する。
図３および表４におけるペプチド配列のそれぞれにおける‘Ｚ−’は、次の式：
を有するカルボキシベンジル保護基を表し、式中、Ｒは、対応するペプチド配列（例えばＱＧまたはＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ）であることに注意。
実施例７：別のアレイで選択されたモチーフの溶液反応における確認
Ｌｙｓタグペプチドが、Ｇｌｎ含有基質と同様に溶液中でアッセイされた：そのアッセイは、９６ウェルマイクロタイタープレート中で、１．２５ｍＭ α−ケトグルタレート、アミン受容体としての１００μＭ Ｚ−ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）ペプチド、０．２Ｕのグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＬＤＨ）、５００μＭ ＮＡＤＨおよび２００ｍＭ ＭＯＰＳ中で０〜５００μＭの範囲の濃度のＬｙｓ含有基質ペプチド、１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ７．２（ウェルあたりの総体積２００μｌ）の存在下で実施された。反応は、０．１ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）の添加により開始され、ＮＡＤＨの酸化が、ブランクに対して、３４０ｎｍで２０分間、３７℃でサーモスタット制御されたＢｉｏｔｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ４マイクロプレートリーダーを用いて継続的に記録され、それぞれの測定の前に短い振盪期間があった。ＧＬＤＨがＭＴＧに媒介されるアンモニアの放出により飽和する短いラグ相の後、ＭＴＧのターンオーバーに対応する吸光度対時間の線形速度が観察され、ミカエリス・メンテンの速度論分析に供された。
実施例７：別のアレイで選択されたモチーフの溶液反応における確認
Ｌｙｓタグペプチドが、Ｇｌｎ含有基質と同様に溶液中でアッセイされた：そのアッセイは、９６ウェルマイクロタイタープレート中で、１．２５ｍＭ α−ケトグルタレート、アミン受容体としての１００μＭ Ｚ−ＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６）ペプチド、０．２Ｕのグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＬＤＨ）、５００μＭ ＮＡＤＨおよび２００ｍＭ ＭＯＰＳ中で０〜５００μＭの範囲の濃度のＬｙｓ含有基質ペプチド、１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ７．２（ウェルあたりの総体積２００μｌ）の存在下で実施された。反応は、０．１ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）の添加により開始され、ＮＡＤＨの酸化が、ブランクに対して、３４０ｎｍで２０分間、３７℃でサーモスタット制御されたＢｉｏｔｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｈ４マイクロプレートリーダーを用いて継続的に記録され、それぞれの測定の前に短い振盪期間があった。ＧＬＤＨがＭＴＧに媒介されるアンモニアの放出により飽和する短いラグ相の後、ＭＴＧのターンオーバーに対応する吸光度対時間の線形速度が観察され、ミカエリス・メンテンの速度論分析に供された。
その結果は、図４および表５において示されるように、アレイで選択された高信号基質ＧＧＧＡＲＳＫＬＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８０）は、低信号基質と比較して向上した性能を有していたことを確認している。ＧＧＧＤＥＫＰＤＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８１）ペプチドの速度論データは、極めて低い活性のため、決定されることができなかった（表５において“ｎ．ｄ．”として示される）が、少なくとも１０倍のＭＴＧ触媒効率における見かけ上の差が観察された。表５におけるペプチド配列のそれぞれにおける‘Ｚ−’は、図３および表４に関して上記で記載されるようなカルボキシベンジル保護基を表す。
実施例８：Ｌｙｓペプチドに関するＭＴＧ特異性
ＭＴＧのＬｙｓ基質に関する特異性を調べるため、５アミノ酸長ペプチドアレイが、ＭＴＧおよびビオチン化Ｇｌｎ供与体であるＺ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）基質の存在下で、実施例２において記載された条件下でインキュベートされた。２つの複製の間の信号の分布および相関が、図５において示される。
ＭＴＧのＬｙｓ基質に関する特異性を調べるため、５アミノ酸長ペプチドアレイが、ＭＴＧおよびビオチン化Ｇｌｎ供与体であるＺ−Ｇｌｎ−Ｇｌｙ−ＣＡＤ−ビオチン（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）基質の存在下で、実施例２において記載された条件下でインキュベートされた。２つの複製の間の信号の分布および相関が、図５において示される。
図５の右上の丸で囲まれた領域からの２５の最高の配列（すなわち“高信号ペプチド”）が、表６において示される。全てのペプチドは、少なくとも１つのＬｙｓ（Ｋ）残基を含有し、大部分（６４％）が、２個のＬｙｓ残基を有していた。好ましいＬｙｓペプチド配列のＰｅｐｌｉｂ分析は、２つの密接に関連するモチーフ：ＳＫ［ＬＳ］Ｋおよび［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬを明らかにした。
実施例９：発見されたモチーフの進化
発見されたモチーフを進化させるため、単一のＬｙｓを有する最高の配列の１つであるＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）が選択され、Ｇｌｙ残基で拡張されてＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）配列が得られ、このペプチドおよびその配列の全ての可能な１および２アミノ酸置換バリアントを含む新規のアレイが設計された。そのペプチドアレイが、ビオチン化Ｇｌｎ基質の存在下でＭＴＧ活性アッセイにより試験された。ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）配列に関するＭＴＧの特異性を実証するため、ＭＴＧ活性の信号強度が、そのモチーフ配列の全ての１アミノ酸置換に関してプロットされた（図６）。第６位における反応性Ｌｙｓは、高度に保存されており、他のアミノ酸により置き換えられることはできないことが分かった。ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）モチーフにおける５つのアミノ酸の内で、４つの残基は、対応する位置において最高の特異性を示したが、Ｇｌｙにより置き換えられることができた第８位のＡｌａは例外であった。全体として、ＭＴＧは広い範囲のＬｙｓ基質を受け入れるが、反応性Ｌｙｓの文脈（ｃｏｎｔｅｘｔ）においてＡｓｐ（Ｄ）またはＧｌｕ（Ｅ）酸性アミノ酸のどちらかを有するものは、おそらく除外されることが分かった。
発見されたモチーフを進化させるため、単一のＬｙｓを有する最高の配列の１つであるＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）が選択され、Ｇｌｙ残基で拡張されてＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）配列が得られ、このペプチドおよびその配列の全ての可能な１および２アミノ酸置換バリアントを含む新規のアレイが設計された。そのペプチドアレイが、ビオチン化Ｇｌｎ基質の存在下でＭＴＧ活性アッセイにより試験された。ＧＧＧＲＳＫＬＡＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８２）配列に関するＭＴＧの特異性を実証するため、ＭＴＧ活性の信号強度が、そのモチーフ配列の全ての１アミノ酸置換に関してプロットされた（図６）。第６位における反応性Ｌｙｓは、高度に保存されており、他のアミノ酸により置き換えられることはできないことが分かった。ＲＳＫＬＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６８）モチーフにおける５つのアミノ酸の内で、４つの残基は、対応する位置において最高の特異性を示したが、Ｇｌｙにより置き換えられることができた第８位のＡｌａは例外であった。全体として、ＭＴＧは広い範囲のＬｙｓ基質を受け入れるが、反応性Ｌｙｓの文脈（ｃｏｎｔｅｘｔ）においてＡｓｐ（Ｄ）またはＧｌｕ（Ｅ）酸性アミノ酸のどちらかを有するものは、おそらく除外されることが分かった。
実施例１０：アレイで選択されたモチーフを用いたＶｉｔＤＢＰの部位特異的標識
配列ＨＨＨＨＨＨＨＨ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８４）を有するオクタヒスチジンタグ（Ｈｉｓ８タグ）またはＨｉｓ８タグおよび配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ８５）を有するグルタミン供与体タグ（Ｑ２タグ）の両方のどちらかに融合したＶｉｔＤＢＰの組み換え発現のためのコンストラクトが、調製された。Ｃ末端に融合したＨｉｓ８タグおよびＱ２タグを有する組み換えで生成されたＶｉｔＤＢＰ（ｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２）、ならびにＣ末端に融合したＨｉｓ８タグを有するがＣ末端に融合したＱ２タグは有しないＶｉｔＤＢＰ（ｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８）が、化学合成されたＬｙｓ−ペプチド−Ｃｙ５蛍光標識と共に（図７）、そしてＭＴＧと共にインキュベートされた。ｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２およびｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８のＣ末端アミノ酸配列および分子量は、それぞれＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８３）、５３６１８．８ＤａおよびＨＨＨＨＨＨＨＨ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８４）、５２５７１．７Ｄａであった。標識された分子のＮ末端配列は、Ｚ−ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）であり、ここで、‘Ｚ’は、カルボキシベンジル保護基を表す。標識の総分子量は、５７２４．９Ｄａであった。標識反応に関して、１０μｇ（０．１９ｎｍｏｌ）のｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２またはｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８が、それぞれ６．４８μｌまたは５．８１μｌの総体積中で１０．９μｇ（１．９ｎｍｏｌ）の標識および０．００４ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）と混合された。反応は、５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（すなわち、４−（２−ヒドロキシエチル）−１−ピペラジンエタンスルホン酸）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．５中で３７℃で１５分間実施され、混合物をＮｉ−ＮＴＡ Ｓｕｐｅｒｆｌｏｗ（Ｑｉａｇｅｎ）を充填されたカラムを通過させることにより停止された。カラムは、５ＣＶの５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．５で洗浄され、Ｈｉｓタグ化タンパク質は、５００ｍＭイミダゾールで溶離された。溶離液の分割量が、図８Ａおよび８Ｂにおいて示されるように、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）により分析された。標識されたタンパク質は、クーマシーブルーにより染色されたゲル上での分子量シフトにより（図８Ａ）、そしてＣｙ５ ＬＥＤおよびフィルターのセットを備えたＣｈｅｍｉＤｏｃ ＣＣＤイメージャー（ＢｉｏＲａｄ）上で分析されたＣｙ５蛍光により（図８Ｂ）同定された。
配列ＨＨＨＨＨＨＨＨ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８４）を有するオクタヒスチジンタグ（Ｈｉｓ８タグ）またはＨｉｓ８タグおよび配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ８５）を有するグルタミン供与体タグ（Ｑ２タグ）の両方のどちらかに融合したＶｉｔＤＢＰの組み換え発現のためのコンストラクトが、調製された。Ｃ末端に融合したＨｉｓ８タグおよびＱ２タグを有する組み換えで生成されたＶｉｔＤＢＰ（ｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２）、ならびにＣ末端に融合したＨｉｓ８タグを有するがＣ末端に融合したＱ２タグは有しないＶｉｔＤＢＰ（ｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８）が、化学合成されたＬｙｓ−ペプチド−Ｃｙ５蛍光標識と共に（図７）、そしてＭＴＧと共にインキュベートされた。ｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２およびｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８のＣ末端アミノ酸配列および分子量は、それぞれＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８３）、５３６１８．８ＤａおよびＨＨＨＨＨＨＨＨ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８４）、５２５７１．７Ｄａであった。標識された分子のＮ末端配列は、Ｚ−ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）であり、ここで、‘Ｚ’は、カルボキシベンジル保護基を表す。標識の総分子量は、５７２４．９Ｄａであった。標識反応に関して、１０μｇ（０．１９ｎｍｏｌ）のｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２またはｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８が、それぞれ６．４８μｌまたは５．８１μｌの総体積中で１０．９μｇ（１．９ｎｍｏｌ）の標識および０．００４ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）と混合された。反応は、５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（すなわち、４−（２−ヒドロキシエチル）−１−ピペラジンエタンスルホン酸）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．５中で３７℃で１５分間実施され、混合物をＮｉ−ＮＴＡ Ｓｕｐｅｒｆｌｏｗ（Ｑｉａｇｅｎ）を充填されたカラムを通過させることにより停止された。カラムは、５ＣＶの５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．５で洗浄され、Ｈｉｓタグ化タンパク質は、５００ｍＭイミダゾールで溶離された。溶離液の分割量が、図８Ａおよび８Ｂにおいて示されるように、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）により分析された。標識されたタンパク質は、クーマシーブルーにより染色されたゲル上での分子量シフトにより（図８Ａ）、そしてＣｙ５ ＬＥＤおよびフィルターのセットを備えたＣｈｅｍｉＤｏｃ ＣＣＤイメージャー（ＢｉｏＲａｄ）上で分析されたＣｙ５蛍光により（図８Ｂ）同定された。
ｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２に関する配列は、以下の通りである：
ＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９１）。
ＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９１）。
実施例１１：アレイで選択されたモチーフを用いたＶｉｔＤＢＰの部位特異的ビオチンおよびＢＰＲｕｔｈｅｎｉｕｍ標識
組み換えで生成されたｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２およびｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８が、化学合成された Ｌｙｓ−ペプチド−ビオチンまたはＬｙｓ−ペプチド−ＢＰＲｕｔｈｅｎｉｕｍ標識と共に（図９）、そしてＭＴＧと共にインキュベートされた。ｗｔ−ＶＤｉｔＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２およびｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８のＣ末端アミノ酸配列および分子量は、それぞれＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８３）（５３６１８．８Ｄａ）およびＨＨＨＨＨＨＨＨ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８４）（５２５７１．７Ｄａ）であった。標識分子のＮ末端配列は、Ｚ−ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）であり、ビオチンおよびＢＰＲｕｔｈｅｎｉｕｍ標識の総分子量は、それぞれ１２６７．４Ｄａおよび５６２３．７Ｄａであった。ビオチン標識反応に関して、０．４ｎｍｏｌのｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２またはｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８が、それぞれ１３．３μｌまたは１１．８μｌの総体積中で４ｎｍｏｌの標識および０．００８ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）と混合された。反応は、２００ｍＭ ＭＯＰＳ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．２中で３７℃で実施された。１５、３０、および６０分間のインキュベーションの後、３μｌの分割量が採取され、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット（ｉＢｌｏｔ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）により、ＳｕｐｅｒＢｌｏｃｋ ＴＢＳ（Ｐｉｅｒｃｅ）中で１：２０００希釈されたストレプトアビジン−ＨＲＰコンジュゲート（ＮＥＢ）を用いて分析された。標識されたタンパク質は、Ｐｏｎｃｅｕ Ｓで染色された膜上での分子量シフトにより、そしてＣＣＤイメージャー（ＬＡＳ−３０００、Ｆｕｊｉｆｉｌｍ）上で分析されたストレプトアビジン−ＨＲＰによるビオチン標識の化学発光検出により同定された。
組み換えで生成されたｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２およびｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８が、化学合成された Ｌｙｓ−ペプチド−ビオチンまたはＬｙｓ−ペプチド−ＢＰＲｕｔｈｅｎｉｕｍ標識と共に（図９）、そしてＭＴＧと共にインキュベートされた。ｗｔ−ＶＤｉｔＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２およびｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８のＣ末端アミノ酸配列および分子量は、それぞれＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８３）（５３６１８．８Ｄａ）およびＨＨＨＨＨＨＨＨ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８４）（５２５７１．７Ｄａ）であった。標識分子のＮ末端配列は、Ｚ−ＲＳＫＬＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５８）であり、ビオチンおよびＢＰＲｕｔｈｅｎｉｕｍ標識の総分子量は、それぞれ１２６７．４Ｄａおよび５６２３．７Ｄａであった。ビオチン標識反応に関して、０．４ｎｍｏｌのｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２またはｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８が、それぞれ１３．３μｌまたは１１．８μｌの総体積中で４ｎｍｏｌの標識および０．００８ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）と混合された。反応は、２００ｍＭ ＭＯＰＳ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．２中で３７℃で実施された。１５、３０、および６０分間のインキュベーションの後、３μｌの分割量が採取され、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット（ｉＢｌｏｔ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）により、ＳｕｐｅｒＢｌｏｃｋ ＴＢＳ（Ｐｉｅｒｃｅ）中で１：２０００希釈されたストレプトアビジン−ＨＲＰコンジュゲート（ＮＥＢ）を用いて分析された。標識されたタンパク質は、Ｐｏｎｃｅｕ Ｓで染色された膜上での分子量シフトにより、そしてＣＣＤイメージャー（ＬＡＳ−３０００、Ｆｕｊｉｆｉｌｍ）上で分析されたストレプトアビジン−ＨＲＰによるビオチン標識の化学発光検出により同定された。
ＢＰＲｕｔｈｅｎｉｕｍ標識反応に関して、２ｎｍｏｌのｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２またはｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８が、それぞれ４８．５μｌまたは４１．３μｌの総体積中で２０ｎｍｏｌの標識および０．０４ＵのＭＴＧ（Ｚｅｄｉｒａ ＧｍｂＨ）と混合された。反応は、２００ｍＭ ＭＯＰＳ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．２中で３７℃で１５分間実施された。過剰な標識は、１０Ｋ ＭＷＣＯ（Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ、ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）による遠心分離フィルターを用いて緩衝液に対して透析することにより除去された。分割量が、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析された。標識されたタンパク質は、クーマシーブルーにより染色されたゲル上での分子量シフトにより（図１０Ａ）、そして青色ＬＥＤおよび６５０ｎｍの発光フィルターを備えたＣＣＤイメージャー（ＣｈｅｍｉＤｏｃ、ＢｉｏＲａｄ）上で分析されたＢＰＲｕｔｈｅｎｉｕｍ蛍光により（図１０Ｂ）同定された。
実施例１２：ＶｉｔＤＢＰへのアレイで選択されたモチーフの付加は、天然のリガンドへの結合に干渉しない
アレイで選択されたモチーフの付加がＶｉｔＤＢＰのその天然のリガンドである２５−ヒドロキシル化ビタミンＤ２（２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ２）に結合する能力に干渉するかどうかを決定するための実験が、実施された。使用のために選択されたグルタミン供与体モチーフは、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（すなわちＳＥＱ ＩＤ ＮＯ ８６）であった。ＢＩＡＣＯＲＥ ＳＡセンサーが、ＢＩＡＣＯＲＥ ３０００機器中に取り付けられた。機器は、２５℃に調節された。センサーは、製造業者（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）により推奨されるように前もって調整された。システム緩衝液は、５％ ＤＭＳＯおよび０．０５％ ＴＷＥＥＮ２０を含むＰＢＳ ｐＨ８．２であった。試料緩衝液は、１ｍｇ／ｍｌのＣＭＤ（Ｓｉｇｍａ）を補ったシステム緩衝液であった。３００ｎＭのビオチン標識２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ２（２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ２−ｂｉ）試料溶液から、８６０ＲＵが、１０μｌ／分での２分間の注入によりセンサーフローセル２上で捕捉された。センサー表面は、最終的に５μＭアミノ−ＰＥＯ−ビオチン（Ｐｉｅｒｃｅ）により飽和させられた。参照として、１μＭアミノ−ＰＥＯ−ビオチンが、フローセル中に１０μｌ／分の速度で１分間注入された。
アレイで選択されたモチーフの付加がＶｉｔＤＢＰのその天然のリガンドである２５−ヒドロキシル化ビタミンＤ２（２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ２）に結合する能力に干渉するかどうかを決定するための実験が、実施された。使用のために選択されたグルタミン供与体モチーフは、ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（すなわちＳＥＱ ＩＤ ＮＯ ８６）であった。ＢＩＡＣＯＲＥ ＳＡセンサーが、ＢＩＡＣＯＲＥ ３０００機器中に取り付けられた。機器は、２５℃に調節された。センサーは、製造業者（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）により推奨されるように前もって調整された。システム緩衝液は、５％ ＤＭＳＯおよび０．０５％ ＴＷＥＥＮ２０を含むＰＢＳ ｐＨ８．２であった。試料緩衝液は、１ｍｇ／ｍｌのＣＭＤ（Ｓｉｇｍａ）を補ったシステム緩衝液であった。３００ｎＭのビオチン標識２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ２（２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ２−ｂｉ）試料溶液から、８６０ＲＵが、１０μｌ／分での２分間の注入によりセンサーフローセル２上で捕捉された。センサー表面は、最終的に５μＭアミノ−ＰＥＯ−ビオチン（Ｐｉｅｒｃｅ）により飽和させられた。参照として、１μＭアミノ−ＰＥＯ−ビオチンが、フローセル中に１０μｌ／分の速度で１分間注入された。
分析物であるｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８およびｗｔ−ＶｉｔＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２が、２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ２に対するそれらの結合挙動に関して比較された。Ｇｌｎモチーフは、記載されたように後でＭＴＧに触媒される反応によりルテニル化された（図１０Ａおよび１０Ｂ）。
分析物は、６００ｎＭ、２００ｎＭ、６７ｎＭ、２２ｎＭ、７．４ｎＭおよび０ｎＭ（緩衝液のみ）の濃度系列で注入された。分析物の会合が、３分間モニターされ、解離が、５分間モニターされた（両方とも２０μｌ／分）（図１１および１２）。
それぞれの注入後、システムは、１００ｍＭ ＨＣｌの２０μｌ／分で１分１５秒間の注入、続いて１０ｍＭグリシン緩衝液ｐＨ１．５の２分間の注入により再生された。そのデータは、ＢＩＡＣＯＲＥセンサーグラム（ｓｅｎｓｏｒｇｒａｍ）において重ねられ、速度論データが、Ｂｉａｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン４．１を用いて製造業者により推奨されるようにラングミュア１：１結合モデルを得られたデータに当てはめることにより計算された。
実施例１２のアッセイの１つの目的は、アレイで選択されたＧｌｎモチーフの付加がＶｉｔＤＢＰのその天然のリガンド（例えば２５−ＯＨ−ＶｉｔＤ）と相互作用する能力に干渉するかどうかを調べることであった。ｗｔ−ＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８に関して：ｋａ＝１．３８×１０４Ｍ−１ｓ−１、ｋｄ＝１．３１×１０−３ｓ−１、ＫＤ＝９．５×１０−８Ｍ（図１１）。ｗｔ−ＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２に関して：ｋａ＝１．５５×１０４Ｍ−１ｓ−１、ｋｄ＝１．４４×１０−３ｓ−１、ＫＤ＝９．３＊１０−８Ｍ（図１２）。従って、速度論プロフィールが同一であるため、ＧｌｎモチーフはこのアッセイにおいてＶｉｔＤＢＰの速度論に影響を及ぼさないことが決定された。
ｗｔ−ＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２発現プラスミドの構築：
ｗｔ−ＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２遺伝子［ｗｔＶＤＢＰ（Ｇｃ１Ｆ）−ＧＧＧＳ−（Ｈｉｓ）８−ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ］が、以下のプライマーを用いてｗｔＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８ ｐＭ１ＭＴプラスミドからＰＣＲ増幅された：
Ｆ１プライマー：
ＣＡＧＡＣＡＴＡＡＴＡＧＣＴＧＡＣＡＧＡＣＴＡＡＣＡＧＡＣＴＧＴＴＣＣ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８８）
Ｒ１プライマー：
ＧＴＧＡＴＣＴＧＧＡＴＣＣＴＴＡＴＣＡＣＡＣＣＴＣＧＡＴＧＴＧＧＴＣＧＧＧＣＡＧＧＴＣＣＡＣＧＡＴＣＴＴＴＣＣＡＣＣＧＴＧＡＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８９）
Ｒ ｈｅｌｐ プライマー：
ＧＴＧＡＴＣＴＧＧＡＴＣＣＴＴＡＴＣＡＡＣＣＧＣＣＴＣＣ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９０）
ＰＣＲ条件が、表７において示される。ＰＣＲ産物は、ＳａｌＩ−ＨＦ／ＢａｍＨＩ−ＨＦを用いて消化され、アガロースゲル電気泳動により精製された。その新規の遺伝子（ｗｔ−ＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２）は、再度ｐＭ１ＭＴ発現ベクター中に挿入された。
ｗｔ−ＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２遺伝子［ｗｔＶＤＢＰ（Ｇｃ１Ｆ）−ＧＧＧＳ−（Ｈｉｓ）８−ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ］が、以下のプライマーを用いてｗｔＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８ ｐＭ１ＭＴプラスミドからＰＣＲ増幅された：
Ｆ１プライマー：
ＣＡＧＡＣＡＴＡＡＴＡＧＣＴＧＡＣＡＧＡＣＴＡＡＣＡＧＡＣＴＧＴＴＣＣ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８８）
Ｒ１プライマー：
ＧＴＧＡＴＣＴＧＧＡＴＣＣＴＴＡＴＣＡＣＡＣＣＴＣＧＡＴＧＴＧＧＴＣＧＧＧＣＡＧＧＴＣＣＡＣＧＡＴＣＴＴＴＣＣＡＣＣＧＴＧＡＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８９）
Ｒ ｈｅｌｐ プライマー：
ＧＴＧＡＴＣＴＧＧＡＴＣＣＴＴＡＴＣＡＡＣＣＧＣＣＴＣＣ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９０）
ＰＣＲ条件が、表７において示される。ＰＣＲ産物は、ＳａｌＩ−ＨＦ／ＢａｍＨＩ−ＨＦを用いて消化され、アガロースゲル電気泳動により精製された。その新規の遺伝子（ｗｔ−ＶＤＢＰ−Ｈｉｓ８−Ｑ２）は、再度ｐＭ１ＭＴ発現ベクター中に挿入された。
ＨＥＫ２９３細胞における発現：
トランスフェクションプロトコルは、以下のように実施された。２×１０６細胞／ｍｌが、ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ ２９３発現培地（Ｇｉｂｃｏ）中で用いられた。Ｎｏｖａｇｅｎトランスフェクション試薬が用いられた。１０μｇのプラスミドＤＮＡが、２０ｍｌの細胞培養物に添加された。４ｍＭのバルプロ酸が、トランスフェクションの３時間後に添加された。フィード７（Ｆｅｅｄ ７）（Ｌ−グルタミン、Ｄ−グルコース、Ｌ−アスパラギン、大豆ペプトン）が、７日間の発現時間の間に添加された。
トランスフェクションプロトコルは、以下のように実施された。２×１０６細胞／ｍｌが、ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ ２９３発現培地（Ｇｉｂｃｏ）中で用いられた。Ｎｏｖａｇｅｎトランスフェクション試薬が用いられた。１０μｇのプラスミドＤＮＡが、２０ｍｌの細胞培養物に添加された。４ｍＭのバルプロ酸が、トランスフェクションの３時間後に添加された。フィード７（Ｆｅｅｄ ７）（Ｌ−グルタミン、Ｄ−グルコース、Ｌ−アスパラギン、大豆ペプトン）が、７日間の発現時間の間に添加された。
ＮｉＮＴＡ重力流カラムによる精製：
ＮｉＮＴＡ金属親和性樹脂（Ｑｉａｇｅｎ）が、上清により一夜インキュベートされた。樹脂は、緩衝液Ａ（５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１１０ｍＭ ＮａＣｌ；ｐＨ７．５）により数回洗浄された。タンパク質は、緩衝液Ｂ（５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、３６０ｍＭ ＮａＣｌ、２５０ｍＭイミダゾール；ｐＨ７．５）により溶離された。タンパク質濃度が、２８０ｎｍにおける紫外分光分析により吸光係数０．５７３を用いて決定された。
ＮｉＮＴＡ金属親和性樹脂（Ｑｉａｇｅｎ）が、上清により一夜インキュベートされた。樹脂は、緩衝液Ａ（５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１１０ｍＭ ＮａＣｌ；ｐＨ７．５）により数回洗浄された。タンパク質は、緩衝液Ｂ（５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、３６０ｍＭ ＮａＣｌ、２５０ｍＭイミダゾール；ｐＨ７．５）により溶離された。タンパク質濃度が、２８０ｎｍにおける紫外分光分析により吸光係数０．５７３を用いて決定された。
実施例１３：マイクロアレイおよびそれらの使用
マイクロアレイの製造のための様々な方法が、技術の現状において知られている。例えば、予め作製されたペプチドの例えば膜上へのスポットまたは膜上に試薬をスポットすることによるインサイチュ合成は、既知の方法を例示する。より高密度のペプチドアレイを生成するために用いられる他の既知の方法は、いわゆるフォトリソグラフィーの技法であり、ここで、所望のバイオポリマーの合成設計は、電磁放射、例えば光への曝露の際にそれぞれの次の構成要素（例えばアミノ酸）に関する連結部位を解放する適切な光解離性保護基（ＰＬＰＧ）により制御される(Fodor et al., (1993) Nature 364:555-556; Fodor et al., (1991) Science 251:767-773)。２つの異なるフォトリソグラフィー技法が、技術の現状において知られている。第１の技法は、光を合成表面の特定の領域に向けてＰＬＰＧの局所的な脱保護を達成するために用いられるフォトリソグラフィーマスクである。“マスクされる”方法は、基質に接触して（ｅｎｇａｇｅｓ）基質および台（ｍｏｕｎｔ）の間に反応器空間を提供する台（例えば“マスク”）を利用するポリマーの合成を含む。そのような“マスクされる”アレイ合成の典型的な態様は、例えば米国特許第５，１４３，８５４号および第５，４４５，９３４号において記載されており、その開示は、参照により本明細書に援用される。第２のフォトリソグラフィー技法は、マスクレスフォトリソグラフィーであり、ここで、光は、デジタル投影技術、例えばマイクロミラーデバイスにより合成表面の特定の領域に向けられ、ＰＬＰＧの局所的な脱保護を達成する(Singh-Gasson et al., Nature Biotechn. 17 (1999) 974-978)。本明細書で開示される方法の態様は、上記の様々なアレイ合成技法の全てを含むことができ、または利用することもできることは、理解されるべきである。
マイクロアレイの製造のための様々な方法が、技術の現状において知られている。例えば、予め作製されたペプチドの例えば膜上へのスポットまたは膜上に試薬をスポットすることによるインサイチュ合成は、既知の方法を例示する。より高密度のペプチドアレイを生成するために用いられる他の既知の方法は、いわゆるフォトリソグラフィーの技法であり、ここで、所望のバイオポリマーの合成設計は、電磁放射、例えば光への曝露の際にそれぞれの次の構成要素（例えばアミノ酸）に関する連結部位を解放する適切な光解離性保護基（ＰＬＰＧ）により制御される(Fodor et al., (1993) Nature 364:555-556; Fodor et al., (1991) Science 251:767-773)。２つの異なるフォトリソグラフィー技法が、技術の現状において知られている。第１の技法は、光を合成表面の特定の領域に向けてＰＬＰＧの局所的な脱保護を達成するために用いられるフォトリソグラフィーマスクである。“マスクされる”方法は、基質に接触して（ｅｎｇａｇｅｓ）基質および台（ｍｏｕｎｔ）の間に反応器空間を提供する台（例えば“マスク”）を利用するポリマーの合成を含む。そのような“マスクされる”アレイ合成の典型的な態様は、例えば米国特許第５，１４３，８５４号および第５，４４５，９３４号において記載されており、その開示は、参照により本明細書に援用される。第２のフォトリソグラフィー技法は、マスクレスフォトリソグラフィーであり、ここで、光は、デジタル投影技術、例えばマイクロミラーデバイスにより合成表面の特定の領域に向けられ、ＰＬＰＧの局所的な脱保護を達成する(Singh-Gasson et al., Nature Biotechn. 17 (1999) 974-978)。本明細書で開示される方法の態様は、上記の様々なアレイ合成技法の全てを含むことができ、または利用することもできることは、理解されるべきである。
フォトリソグラフィーベースのペプチドマイクロアレイの合成に関する基礎を提供するＰＬＰＧ（光解離性保護基）の使用は、当該技術で周知である。フォトリソグラフィーベースのバイオポリマー合成に関する一般的に用いられるＰＬＧＰは、例えばα−メチル−６−ニトロピペロニル−オキシカルボニル（ＭｅＮＰＯＣ）(Pease et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1994) 91:5022-5026)、２−（２−ニトロフェニル）−プロポキシカルボニル（ＮＰＰＯＣ）(Hasan et al. (1997) Tetrahedron 53: 4247-4264)、ニトロベラトリルオキシカルボニル（ＮＶＯＣ）(Fodor et al. (1991) Science 251:767-773)および２−ニトロベンジルオキシカルボニル（ＮＢＯＣ）(Patchornik et al. (1970) 21:6333-6335)である。
アミノ酸は、ペプチドマイクロアレイのフォトリソグラフィー固相ペプチド合成において導入されており、それは、光解離性アミノ保護基としてのＮＰＰＯＣにより保護されており、ここで、スライドガラスが、支持体として用いられた（米国特許公開第２００５／０１０１７６３ Ａ１号）。ＮＰＰＯＣ保護されたアミノ酸を用いる方法は、（１つを除く）全ての保護されたアミノ酸の光による照射の際の半減期が特定条件下でおおよそ２〜３分の範囲内であるという欠点を有する。対照的に、同じ条件下で、ＮＰＰＯＣ保護されたチロシンは、１０分間近い半減期を示す。合成プロセス全体の速度は最も遅いサブプロセスに依存するため、この現象は、合成プロセスの時間を３〜４倍増大させる。同時に、成長しているオリゴマーに対する光生成ラジカルイオンによる損傷の程度は、増大する過度の光線量の要求と共に増大する。
単一のマイクロアレイまたはある場合には多数のマイクロアレイ（例えば３、４、５、またはより多くのマイクロアレイ）が、１つの固体支持体上に配置されることができる。マイクロアレイの大きさは、１つの固体支持体上のマイクロアレイの数に依存する。固体支持体あたりのマイクロアレイの数がより多いほど、より小さいアレイが固体支持体上に当てはめられなければならない。アレイは、いずれの形状で設計されることができるが、好ましくはそれらは正方形または長方形として設計される。
特徴という用語は、マイクロアレイの表面上の定められた領域を指す。特徴は、生体分子、例えばペプチド等を含む。１つの特徴は、他の特徴と比較して異なる特性、例えば異なる配列または配向を有する生体分子を含有することができる。特徴の大きさは、２つの要因により決定される：ｉ）アレイ上の特徴の数、アレイ上の特徴の数がより多いほど、それぞれの単一の特徴はより小さい、ｉｉ）１つの特徴の照射のために用いられる個々にアドレス指定可能な（ａｄｄｒｅｓｓａｂｌｅ）アルミニウムミラー素子の数。１つの特徴の照射のために用いられるミラー素子の数がより多いほど、それぞれの単一の特徴はより大きい。アレイ上の特徴の数は、マイクロミラーデバイス中に存在するミラー素子（ピクセル）の数により制限され得る。例えば、Ｔｅｘａｓ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ，Ｉｎｃ．からの技術の現状のマイクロミラーデバイスは、現在４２０万個のミラー素子（ピクセル）を含有し、従ってそのような典型的なマイクロアレイ内の特徴の数は、この数により制限される。しかし、Ｔｅｘａｓ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ，Ｉｎｃ．からのマイクロミラーデバイスは、典型的な目的のためにのみ提供されており、より高密度のアレイが可能であることは、理解されるべきである。
固体支持体という用語は、有機分子が結合の形成により取り付けられる、または電気的もしくは静電気的相互作用により吸収される（例えば特定の官能基を通した共有結合または複合体形成）ことができる表面領域を有するいずれの固体材料を指すことは、理解されるべきである。支持体は、ガラス上のプラスチック、ガラス上の炭素等のような材料の組み合わせであることができる。機能的表面は、単純な有機分子であることができるが、コポリマー、デンドリマー、分子ブラシ（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｒｕｓｈｅｓ）等を含むこともできる。プラスチックが支持体として用いられることができ、好ましくは、プラスチックは、定められた光学特性を有するポリオレフィン、例えばＴＯＰＡＳ（登録商標）またはＺＥＯＮＯＲ／ＥＸ（登録商標）である。
用語“官能基”は、本明細書で用いられる際、それら自体が特徴的な反応を経て分子の残りの部分の反応性に影響を及ぼす化学分子の一部を形成する原子の数多くの組み合わせのいずれをも指す。典型的な官能基は、ヒドロキシル、カルボキシル、アルデヒド、カルボニル、アミノ、アジド、アルキニル、チオール、およびニトリルを含むが、それらに限定されない。潜在的に反応性の官能基は、例えばアミン、カルボン酸、アルコール類、二重結合等を含む。好ましい官能基は、アミノ酸の潜在的に反応性の官能基、例えばアミノ基またはカルボキシル基である。
当業者には理解されるように、ペプチドマイクロアレイは、それにより数１０００（または数１００万）のペプチド（ある態様において多コピーで存在する）が（ある態様においてガラス、炭素複合材および／またはプラスチックチップもしくはスライドを含む）固体支持体の表面に連結または固定されるアッセイ原理を含む。本開示の態様によれば、ペプチドマイクロアレイは、酵素と共にインキュベートされる。ある態様において、ペプチドマイクロアレイは、対象の試料（例えば酵素）とのインキュベーションの後、１回以上の洗浄工程を経て、次いで例えば蛍光、化学発光、比色定量法、またはオートラジオグラフィーを利用する検出システムに曝露される。
結合事象の場合、マイクロアレイスライドの走査後に、スキャナーは、２０ビット、１６ビットまたは８ビットの数値画像をタグ付き画像ファイル形式（＊．ｔｉｆ）で記録することができる。．ｔｉｆ画像は、走査されたマイクロアレイスライドから得られたデータの解釈および定量化を可能にする。この定量的データは、マイクロアレイスライド上の測定された結合事象またはペプチド改変に対する統計分析を実施するための基礎であることができる。検出された信号の評価および解釈のために、ペプチドスポット（画像において可視）および対応するペプチド配列の割り当てが、実施されなければならない。割り当てのためのデータは、通常はＧｅｎｅＰｉｘ Ａｒｒａｙ Ｌｉｓｔ（．ｇａｌ）ファイルで保存されており、ペプチドマイクロアレイと一緒に供給される。．ｇａｌファイル（タブで区切られたテキストファイル）は、マイクロアレイ定量化ソフトウェアモジュールを用いて開かれることができ、またはテキストエディター（例えばノートパッド）またはＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌを用いて処理されることができる。‘ｇａｌ’ファイルは、マイクロアレイ製造業者により提供されることが最も多く、入力ｔｘｔファイルおよびマイクロアレイ製造を行うロボット中に組み込まれているトラッキングソフトウェアにより生成される。
ペプチドマイクロアレイは、その上にスポットされた、またはインサイチュ合成により直接表面上で組み立てられたペプチドを有する平面状のスライドである。ペプチドは、理想的には化学選択的結合を通して共有結合しており、それは相互作用プロファイリングのために同じ配向を有するペプチドをもたらす。代替の手順は、非特異的共有結合および接着固定を含む。
コアヒット（ｃｏｒｅ ｈｉｔ）ペプチド配列の同定後、“ペプチド成熟”のプロセスが実施されることができ、それによりコアヒットペプチド配列は、正確なコアヒット配列をさらに最適化／検証するために、コアヒットペプチドのそれぞれの位置において様々な方法で（アミノ酸置換、削除および挿入により）変化させられる。例えば、（例えばコアヒットペプチド配列が所与の数の、例えば５個のアミノ酸を含む）ある態様によれば、成熟アレイが生成される。成熟アレイ（第２ペプチドアレイ）は、例えばそれに固定されたコアヒットペプチドの集団を有することができ、それによりコアヒットペプチド中のそれぞれのアミノ酸は、それぞれの位置においてアミノ酸置換を受けている。
例／仮定的コアヒットペプチドは、アミノ酸配列−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−を有する５アミノ酸長ペプチドからなるものとして記載される。ヒットの成熟は、第１、２、３、４および５位におけるアミノ酸置換、削除、および挿入のいずれか、またはいずれかもしくは全ての組み合わせを含むことができる。例えば、仮定的コアヒットペプチド−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−に関して、態様は、第１位におけるアミノ酸Ｍが他の１９種類のアミノ酸のそれぞれで置換されているものを含むことができる（例えば、Ａ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、Ｐ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、Ｖ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、Ｑ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−等）。それぞれの位置（２、３、４および５）も、他の１９種類のアミノ酸のそれぞれで置換されたアミノ酸Ｍを有するであろう（例えば、第２位に関して、置換は、Ｍ１Ａ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、Ｍ１Ｑ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、Ｍ１Ｐ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、Ｍ１Ｎ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−等に似ているであろう）。（アレイ上に固定された）ペプチドは、コアヒットペプチドの置換された、および／または削除された、および／または挿入された配列を含めて作製されることは、理解されるべきである。
本開示に従うヒットの成熟のある態様において、二重アミノ酸置換が、実施されることができる。二重アミノ酸置換は、所与の位置においてアミノ酸を変化させ（例えば、例えば第１位におけるＭ→Ｐ置換）、次いで第２位におけるアミノ酸を他の１９種類のアミノ酸のそれぞれで置換することを含む。このプロセスが、第１位および第２位の全ての可能な組み合わせが組み合わせられるまで繰り返される。例として、アミノ酸配列−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−を有する５アミノ酸長ペプチドを有する仮定的コアヒットペプチドに話を戻して、第１位および第２位に関する二重アミノ酸置換は、例えば第１位におけるＭ→Ｐ置換、次いで第２位における全ての２０種類のアミノ酸の置換（例えば−Ｐ１Ａ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ｐ１Ｆ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ｐ１Ｖ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ｐ１Ｅ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−等）、第１位におけるＭ→Ｖ置換、次いで第２位における全ての２０種類のアミノ酸の置換（例えば−Ｖ１Ａ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ｖ１Ｆ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ｐ１Ｖ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ｖ１Ｅ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−等）、第１位におけるＭ→Ａ置換、次いで第２位における全ての２０種類のアミノ酸の置換（例えば−Ａ１Ａ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ａ１Ｆ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ａ１Ｖ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−、−Ａ１Ｅ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−等）を含むことができる。
ヒットの成熟のある態様において、コアヒットペプチドのそれぞれのアミノ酸位置に関するアミノ酸削除が、実施されることができる。アミノ酸削除は、コアヒットペプチド配列を含むがコアヒットペプチド配列から単一のアミノ酸を（それぞれのペプチドにおけるそのアミノ酸が削除されたペプチドが作製されるように）削除したペプチドの調製を含む。例として、アミノ酸配列−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−を有する５アミノ酸長ペプチドを有する仮定的コアヒットペプチドに話を戻して、アミノ酸削除は、次の配列：−Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−；−Ｍ１Ｍ３Ｍ４Ｍ５−；−Ｍ１Ｍ２Ｍ４Ｍ５−；−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ５−；および−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４−を有する一連のペプチドの調製を含むであろう。仮説的５アミノ酸長のアミノ酸削除の後、５種類の新規の４アミノ酸長が作製されることは、特筆されるべきである。ある態様によれば、アミノ酸置換または二重アミノ酸置換走査が、生成されたそれぞれの新規の４アミノ酸長に関して実施されることができる。
上記で論じられたアミノ酸削除走査と類似して、ヒットの成熟のある態様はアミノ酸挿入走査を含むことができる、それにより２０種類のアミノ酸のそれぞれがコアヒットペプチドの全ての位置の前および後ろに挿入される。例として、アミノ酸配列−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−を有する５アミノ酸長ペプチドを有する仮定的コアヒットペプチドに話を戻して、アミノ酸挿入走査は、次の配列を含むことができるであろう：−ＸＭ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−；−Ｍ１ＸＭ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５−；−Ｍ１Ｍ２ＸＭ３Ｍ４Ｍ５−；−Ｍ１Ｍ２Ｍ３ＸＭ４Ｍ５−；−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４ＸＭ５−；および−Ｍ１Ｍ２Ｍ３Ｍ４Ｍ５Ｘ−（ここで、Ｘは、２０種類の既知のアミノ酸またはアミノ酸の特定の定められた部分集合から選択される個々のアミノ酸を表し、それにより、ペプチドの複製が、２０種類のアミノ酸またはアミノ酸の定義された部分集合のそれぞれに関して作製されるであろう）。
上記のアミノ酸置換されたペプチド、二重にアミノ酸置換されたペプチド、アミノ酸削除走査ペプチドおよびアミノ酸挿入走査ペプチドは、Ｎ末端およびＣ末端のゆらぎ（ｗｏｂｂｌｅ）アミノ酸配列の一方または両方を含むこともできる。Ｎ末端およびＣ末端のゆらぎアミノ酸配列と同様に、Ｎ末端およびＣ末端のゆらぎアミノ酸配列は、最小で１アミノ酸または最大で１５もしくは２０アミノ酸を含むことができ、Ｎ末端のゆらぎアミノ酸配列は、Ｃ末端のゆらぎアミノ酸配列と同じ長さであることができ、それよりも長い、または短いこともできる。さらに、Ｎ末端およびＣ末端のゆらぎアミノ酸配列は、アミノ酸のいずれの定められた群をいずれの所与の比率で（例えば、グリシンおよびセリンを３：１の比率で）含むことができる。
一度コアヒットペプチドの様々な置換、削除、および挿入のバリエーションが（例えば固体支持体、例えばマイクロアレイ上に固定された様式で）調製されたら、精製され、濃縮された酵素（例えばトランスグルタミナーゼ）の予め決定された特性が、例えば適切な反応または結合条件下で分析される。
（コアヒットペプチドのより最適なアミノ酸配列が、例えばトランスグルタミナーゼへの結合に関して同定されるような）コアヒットペプチドの成熟の際に、Ｎ末端および／またはＣ末端の位置は、拡張工程を経ることができ、それにより、成熟したコアヒットペプチドの長さは、トランスグルタミナーゼに関する特異性および親和性を増大するためにさらに拡張される。
本開示のＮ末端拡張の様々な態様によれば、一度成熟したコアヒットペプチド配列が成熟プロセスにより同定されたら、いずれの特定のアミノ酸が、例えば成熟したコアヒットペプチドのＮ末端に付加される（またはその上に合成される）ことができる。同様に、本開示のＣ末端拡張の様々な態様によれば、一度成熟したコアヒットペプチド配列が成熟プロセスにより同定されたら、いずれの特定のアミノ酸が、成熟したコアヒットペプチドのＣ末端に付加される（またはその上に合成される）ことができる。本開示のある態様によれば、Ｃ末端拡張およびＮ末端拡張において用いられる成熟したコアヒットペプチドは、Ｎ末端およびＣ末端のゆらぎアミノ酸配列の一方または両方を含むこともできる。Ｎ末端およびＣ末端のゆらぎアミノ酸配列は、最小で１アミノ酸または最大で１５もしくは２０アミノ酸（またはより多くのアミノ酸）を含むことができ、Ｎ末端のゆらぎアミノ酸配列は、Ｃ末端のゆらぎアミノ酸配列と同じ長さであることができ、それよりも長い、または短いこともできる。さらに、Ｎ末端およびＣ末端のゆらぎアミノ酸配列は、アミノ酸のいずれの定められた群をいずれの所与の比率で（例えば、グリシンおよびセリンを３：１の比率で）含むことができる。
使用において、拡張アレイは、濃縮され、精製された対象のタンパク質（例えばトランスグルタミナーゼ）に曝露されることができ、それにより、そのタンパク質は、いずれかの集団のいずれのペプチドに、その集団を構成する他のペプチドとは無関係に結合することができる。対象のタンパク質への曝露後に、例えば対象のタンパク質の結合または活性が、例えばその集団の個々のペプチドおよびタンパク質の複合体を、取り付けられた報告可能な標識（例えばペルオキシダーゼ）を有する（そのタンパク質に特異的な）抗体に曝露させることによりアッセイされる（対象のタンパク質は、レポーター分子により直接標識されることができることも、理解されるべきである）。アレイ上のそれぞれの位置に関するペプチドプローブ配列は既知であるため、成熟したコアヒットペプチドを含む特定のプローブに関するタンパク質の配列（および例えば結合強度または活性）を記録／定量化／比較／対比することが可能である。成熟したコアヒットペプチド−ペプチドプローブの組み合わせへのタンパク質の結合を比較する典型的な方法は、本明細書に参照により援用されるStandardizing and Simplifying Analysis of Peptide Library Data, Andrew D White et al, J Chem Inf Model, 2013, 53(2), pp 493-499において記載されているような主義に基づく分析分布（ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ）ベースのクラスタリングにおいて結合強度を調べ直す（ｒｅｖｉｅｗ）ことである。主義に基づく分析分布ベースのクラスタリングにおいて示されるそれぞれのプローブへのタンパク質結合のクラスタリングは、重複するペプチド配列を有するペプチドプローブを示す。下記でより詳細に実証されるように、（それぞれのクラスターの）重複するペプチド配列から、拡張され、成熟したコアヒットペプチド配列が、さらなる評価のために同定および構築されることができる。本出願のある態様において、拡張され、成熟したコアヒットペプチドは、それに続く成熟プロセスを経る。
本明細書で開示されたＮ末端およびＣ末端の拡張プロセスは、驚くべき予想外の結果を実証する。Ｎ末端およびＣ末端の拡張プロセスは、単にコアヒットペプチド配列の“リピート”を実証するわけではなく、特異的かつ均一のＮおよびＣ末端アミノ酸ジャンクション配列を示し、それは、対象のタンパク質に関する成熟したコアヒットの長さ、特異性および親和性の増大に寄与する。
拡張され、成熟したコアヒットペプチドの同定後に、特異性分析が、本開示のある態様に従って実施されることができる。特異性分析の一例は、ＢＩＡＣＯＲＥシステム分析を含み、それは、標的に特異的な分子相互作用、（“オン”（結合）および“オフ”（解離）の）速度論的速度および親和性（結合強度）の点で分子を特性付けるために用いられる。ＢＩＡＣＯＲＥシステムおよびプロセスの概要は、製造業者（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）から入手可能である。ＢＩＡＣＯＲＥの利点は、速度論、特異性および親和性分析を標識を用いない方法で実施する能力である。
Claims (15)
- タンパク質を架橋するための方法であって、該方法が、以下の工程：
少なくとも１種類の異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を該タンパク質中に組み込み；そして
該タンパク質をトランスグルタミナーゼと接触させることにより該タンパク質を架橋する；
を含み、該異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列が、［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧおよびＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）からなる群から選択される配列モチーフを含む前記方法。 - 請求項１に記載の方法であって、トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを該タンパク質中に組み込む工程をさらに含む、ここで、該トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドはＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］Ｋの配列モチーフを含む、前記方法。
- 少なくとも２つの化合物を架橋するための方法であって、該方法が、以下の工程：
［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧおよびＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）からなる群から選択される配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドを該少なくとも２つの化合物の一方の中に組み込み；そして
該化合物をトランスグルタミナーゼと接触させることにより該化合物を架橋する；
を含む前記方法。 - 請求項３に記載の方法であって、異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを該少なくとも２つの化合物の他方の中に組み込む工程をさらに含む、ここで、該トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドはＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］Ｋの配列モチーフを含む、前記方法。
- 請求項３または４に記載の方法であって、該化合物が、タンパク質、ペプチド、および有機分子、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される前記方法。
- 請求項５に記載の方法であって、該化合物の一方が、Ｃｙ５、ビオチン、およびルテニウムからなる群から選択される標識である、前記方法。
- 請求項６に記載の方法であって、他方の化合物がビタミンＤ結合タンパク質である前記方法。
- 請求項７に記載の方法であって、該異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドが、該ビタミンＤ結合タンパク質中に組み込まれ、該異種トランスグルタミナーゼグルタミン基質ペプチドが、配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）を含む前記方法。
- 請求項８に記載の方法であって、該異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドが、該標識中に組み込まれる前記方法。
- 請求項９に記載の方法であって、該組み込まれた異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドを有する該標識が、以下：
- ［ＹＦ］［ＶＡ］ＬＱＧおよびＧＤＹＡＬＱＧＰＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７９）からなる群から選択される配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列を含むビタミンＤ結合タンパク質。
- ＳＫ［ＬＳ］Ｋまたは［ＫＲ］［ＳＴ］ＫＬの配列モチーフを含む異種トランスグルタミナーゼ基質ペプチド配列をさらに含む、請求項１１に記載のビタミンＤ結合タンパク質。
- 請求項１１または１２に記載のビタミンＤ結合タンパク質であって、該ペプチドが、配列ＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８５）を含む、前記タンパク質。
- 配列：
ＬＥＲＧＲＤＹＥＫＮＫＶＣＫＥＦＳＨＬＧＫＥＤＦＴＳＬＳＬＶＬＹＳＲＫＦＰＳＧＴＦＥＱＶＳＱＬＶＫＥＶＶＳＬＴＥＡＣＣＡＥＧＡＤＰＤＣＹＤＴＲＴＳＡＬＳＡＫＳＣＥＳＮＳＰＦＰＶＨＰＧＴＡＥＣＣＴＫＥＧＬＥＲＫＬＣＭＡＡＬＫＨＱＰＱＥＦＰＴＹＶＥＰＴＮＤＥＩＣＥＡＦＲＫＤＰＫＥＹＡＮＱＦＭＷＥＹＳＴＮＹＧＱＡＰＬＳＬＬＶＳＹＴＫＳＹＬＳＭＶＧＳＣＣＴＳＡＳＰＴＶＣＦＬＫＥＲＬＱＬＫＨＬＳＬＬＴＴＬＳＮＲＶＣＳＱＹＡＡＹＧＥＫＫＳＲＬＳＮＬＩＫＬＡＱＫＶＰＴＡＤＬＥＤＶＬＰＬＡＥＤＩＴＮＩＬＳＫＣＣＥＳＡＳＥＤＣＭＡＫＥＬＰＥＨＴＶＫＬＣＤＮＬＳＴＫＮＳＫＦＥＤＣＣＱＥＫＴＡＭＤＶＦＶＣＴＹＦＭＰＡＡＱＬＰＥＬＰＤＶＥＬＰＴＮＫＤＶＣＤＰＧＮＴＫＶＭＤＫＹＴＦＥＬＳＲＲＴＨＬＰＥＶＦＬＳＫＶＬＥＰＴＬＫＳＬＧＥＣＣＤＶＥＤＳＴＴＣＦＮＡＫＧＰＬＬＫＫＥＬＳＳＦＩＤＫＧＱＥＬＣＡＤＹＳＥＮＴＦＴＥＹＫＫＫＬＡＥＲＬＫＡＫＬＰＤＡＴＰＴＥＬＡＫＬＶＮＫＲＳＤＦＡＳＮＣＣＳＩＮＳＰＰＬＹＣＤＳＥＩＤＡＥＬＫＮＩＬＧＧＧＳＨＨＨＨＨＨＨＨＧＧＧＧＤＹＡＬＱＧＧＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９１）
を有する、請求項１３に記載のビタミンＤ結合タンパク質。 - 請求項２または４に記載の方法であって、該異種トランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドが標識に取り込まれ、それによって取り付けられるトランスグルタミナーゼリジン基質ペプチドと標識のコンジュゲートが製造される、ここで該コンジュゲートは以下の式：
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