JP6605468B2 - リポタンパク質の特性評価のための方法 - Google Patents
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Description
本発明は、リポタンパク質の特性評価のための方法に関し、生物学的医学の分野に適用可能である。
脂質は、リポタンパク質の形態で血液中に主に存在し、コレステロール、トリグリセリドおよび他の脂質を、血流を通って末梢組織へ輸送する、肝臓および腸で合成された粒子である。血中脂質の異常なレベルは心血管疾患の指標となり得る。心血管系リスクを評価するために、血漿トリグリセリド、総コレステロール、LDLコレステロールおよびHDLコレステロールの濃度を含む標準的な脂質パネルが一般的に使用される。これら総てのパラメーターは、LDLコレステロールを除いて実験的に測定され、LDLコレステロールはフリードワルド(Friedewald)式を用いて推定される。この式の重要な制限は一定の条件の下で不正確であることである。また、リポタンパク質粒子のサイズおよび粒子数も脂質関連疾患の正確な診断に関連している可能性があるため、HDLおよびLDLリポタンパク質画分中のコレステロールの量の測定は、あらゆる場合の心血管系リスクを予測するのに十分なものではない。このように、リポタンパク質粒子は心血管疾患および代謝性疾患において主要な役割を果たしている。
・異なるリポタンパク質サブクラスについての相対コレステロール分布の測定を可能にする、密度勾配超遠心分離(K.R. Kulkarni et al., Quantification of cholesterol in all lipoprotein classes by the VAP-II method, Journal of Lipid Research 35 (1994) 159-168)。しかしながら、その技術によりトリグリセリドの濃度も、リポタンパク質粒子の数およびサイズも提供されない。
・サイズにより血漿から直接LDLおよびHDLサブクラスを分画することができる、勾配ゲル電気泳動(G.R. Warnick et al., Polyacrylamide gradient gel electrophoresis of lipoprotein subclasses, Clinics in Laboratory Medicine 26 (2006) 803)。この方法は、ゲル品質と実験室条件の小さな変化が精度に影響を与える可能性があるため、特別注文のゲルと、実験室品質管理への厳格な注意が必要である。
・高速液体クロマトグラフィーは、コレステロールおよびトリグリセリドの含有量だけでなく、主要なリポタンパク質およびそれらのサブクラスのサイズも測定する(M. Okazaki et al., Component analysis of HPLC profiles of unique lipoprotein subclass cholesterols for detection of coronary artery disease, Clinical Chemistry 52 (2006) 2049-2053)。
・イオン移動度分析は気相リポタンパク質粒子の電気泳動移動度の違いに依存し、いくつかのリポタンパク質サブクラスのサイズおよび濃度の測定を可能にする(M.P. Caulfield et al., Direct determination of lipoprotein particle sizes and concentrations by ion mobility analysis, Clinical Chemistry 54 (2008) 1307-1316)。
・高度な線形フィッティング技術に基づいてリポタンパク質サブクラスを定量するための1H−NMR分光法(M. Ala-Korpela et al., 1H NMR-based absolute quantification of human lipoproteins and their lipid contents directly from plasma, Journal of Lipid Research (1994) 2292-2304)。しかしながら、前記技術は、予め特徴付けられたスペクトルのライブラリーの使用が必要であり、血漿のスペクトルの分析では広範囲にわたってリポタンパク質シグナルが重複するという欠点がある。
・単離リポタンパク質のメチルピークを使用して、リポタンパク質の拡散係数を計算し、この値からそれらのサイズを推定する、リポタンパク質画分の拡散に基づくNMR分光法(Diffusion-Ordered NMR Spectroscopy)(R. Mallol et al., Particle size measurement of lipoprotein fractions using diffusion ordered NMR spectroscopy, Analytical and Bioanalytical Chemistry 402 (2012) 2407-2415)。しかしながら、この方法は、異なるリポタンパク質画分を得るために、サンプルを超遠心分離する前工程を必要とし、血清または血漿サンプルに直接使用することはできない。
・サンプルの、拡散に基づく二次元1H NMR(2D diffusion-ordered 1H NMR)スペクトルを得る工程と、
・複数のモデル関数を使用して、メチルシグナルに相当するそのスペクトルの一部の表面フィッティングを行う工程であって、各モデル関数は、リポタンパク質画分およびサブクラスに関連する所定の粒子サイズに対応し、かつそのフィッティング中に推定される少なくとも一つのモデルパラメーターを含み、その推定されたモデルパラメーターは、NMRシグナルと、前記モデル関数の一次結合(linear combination)として構築されたモデルシグナルとの間の差が最小化されているモデルパラメーターの集合である、工程と
を含み、
各モデル関数は、次の形式:
トリプレットj=ローレンツ型(h1j,fj−f0j,wj,Dj)+ローレンツ型(h2j,fj,wj,Dj)+ローレンツ型(h3j,fj+f0j,wj,Dj)
[式中、hij(au)、fj(ppm)、wj(ppm)およびDj(cm2s−1)は、それぞれ、リポタンパク質粒子サイズjに関連する強度、化学シフト、幅および拡散係数である]
を有するローレンツ型関数のトリプレットである。
である]
を有する。ローレンツ型の最初の商(quotient)部分は一次元ローレンツ型に相当し、一方、指数部は拡散勾配による減衰影響を含む。ローレンツ型関数のこの好ましい形式は本発明の各実施態様に適用可能である。
f0=0.01ppm、すなわち、側方のローレンツ型関数は、化学シフト軸において、中央のローレンツ型関数に対して約0.01ppmの間隔を置いて配置される
・複数のサンプルについて、拡散に基づく二次元1H NMRスペクトルを得る工程と、
・各サンプルについて、複数のモデル関数を使用して、メチルシグナルに相当するそのスペクトルの一部の表面フィッティングを行う工程であって、各モデル関数は、固定されるモデルパラメーターに依存し、ここで、固定される総てのモデルパラメーターは、NMRシグナルと、前記モデル関数の一次結合として構築されたモデルシグナルとの間の差が最小化されているモデルパラメーターの集合であるとその表面フィッティング中に推定される、工程と、
・モデルパラメーター対を関係付ける回帰モデルを構築するために、前工程で推定されたモデルパラメーターを使用する工程と
によって構築される。
トリプレットj=ローレンツ型(h1j,fj−f0j,wj,Dj)+ローレンツ型(h2j,fj,wj,Dj)+ローレンツ型(h3j,fj+f0j,wj,Dj)
のローレンツ型関数トリプレットである。
を用いてリポタンパク質粒子サイズから推定される。
を用いて決定される。リポタンパク質粒子のシェル中のタンパク質はアポリポタンパク質と呼ばれる。比率pはリポタンパク質画分に依存する。HDLでは、pは約0.5である。他のリポタンパク質画分では、pは小さくなる。一般的に、リポタンパク質粒子コアの厚さはs=20±2Åとして推定される。
本発明による、リポタンパク質粒子の特性評価のためのin vitro法では、サンプルは、拡散に基づく二次元1H NMR分光法により分析される。
トリプレット=ローレンツ型(h1,f−f0,w,D)+ローレンツ型(h2,f,w,D)+ローレンツ型(h3,f+f0,w,D)
[式中、h(au)、f(ppm)、w(ppm)およびD(cm2s−1)は、決定されるモデルパラメーターであり、それぞれ、リポタンパク質シグナルに関連する強度、化学シフト、幅および拡散係数である]
を有するローレンツ型関数のトリプレットである。
log(A/A0)=−kDG2
[式中、Aはメチルシグナルの面積であり、A0はゼロ勾配のときのメチルシグナルの面積であり、kは定数パラメーターであり、Gは勾配強度である]。
を用いた正規化平均二乗誤差(the normalized root mean squared errors)(NRMSE)の最小化により行われ得る。
血清サンプルを、BrukerAvance III分光計によって310Kで1H NMRスペクトルを記録し、NMR分光法により分析した。二重刺激エコー(The double stimulated echo)(DSTE)パルスプログラムは、双極磁場勾配パルスおよび縦渦電流遅延(a longitudinal eddy current delay)(LED)を用いて使用した。緩和遅延は2秒であり、自由誘導減衰は64K複合データポイントとして収集し、各サンプルについて32回のスキャンを取得した。勾配パルス強度は、32段階で最大強度53.5ガウスcm−1の5%から95%へと増大させ、この場合、勾配パルス強度の二乗は線形に分布した。
本実施例では、リポタンパク質NMRシグナルをローレンツ型関数のトリプレットとしてモデリングし、中央のシグナルを中心とした2つのシグナルは0.01ppmシフトされる:
を用いて計算した。この実施例では、nおよびmは各サンプルについて同じ値を有していた。得られた平均NRMSEは1.5%未満であった。
Claims (16)
- サンプル中のリポタンパク質の特性評価のためのin vitro法であって、下記の工程:
・サンプルの、拡散に基づく二次元1H NMRスペクトルを得る工程と、
・複数のモデル関数を使用して、メチルシグナルに相当するそのスペクトルの一部の表面フィッティングを行う工程であって、各モデル関数は、リポタンパク質画分およびサブクラスに関連する所定の粒子サイズに対応し、かつそのフィッティング中に推定される少なくとも一つのモデルパラメーターを含み、その推定されたモデルパラメーターは、NMRシグナルと、前記モデル関数の一次結合として構築されたモデルシグナルとの間の差が最小化されているモデルパラメーターの集合である、工程と
・サンプル中に存在するリポタンパク質を、前記フィッティングから得られる理論モデルシグナルに寄与する前記モデル関数に関連するものであると同定する工程と
を含み、
各モデル関数は、次の形式:
トリプレット=ローレンツ型(h1,f−f0,w,D)+ローレンツ型(h2,f,w,D)+ローレンツ型(h3,f+f0,w,D)
[式中、h(au)、f(ppm)、w(ppm)およびD(cm2s−1)は、それぞれ、リポタンパク質粒子サイズに関連する強度、化学シフト、幅および拡散係数である]
を有するローレンツ型関数のトリプレットであり、
各リポタンパク質粒子サイズについて決定される前記モデルパラメーターは、f、f0、h1、h2、h3、wおよびDからの一つまたは複数であり、かつ
各モデル関数について:
である、in vitro法。 - ローレンツ型関数のトリプレットが、下記の形式を有する、請求項1に記載のin vitro法:
トリプレット=ローレンツ型(h1,f−f0,w,D)+ローレンツ型(h2,f,w,D)+ローレンツ型(h1,f+f0,w,D)。 -
f0=0.01ppm
である、請求項1または2に記載のin vitro法。 - リポタンパク質粒子サイズが、NMR、HPLC、勾配ゲル電気泳動または原子間力顕微鏡実験に基づいて定義される、請求項1〜3のいずれか一項に記載のin vitro法。
- 表面フィッティングが、少なくとも一つのモデルパラメーターを固定し、少なくとも一つの他のモデルパラメーターを、該表面フィッティングで決定される自由パラメーターとして使用して行われる、請求項1〜4のいずれか一項に記載のin vitro法。
- 化学シフト、幅および拡散係数の少なくとも一つが固定され、中央のローレンツ型(h2)の少なくともシグナル強度が自由パラメーターとして使用される、請求項5に記載のin vitro法。
- 固定されるモデルパラメーターが、リポタンパク質粒子サイズと、回帰モデルとに基づいて決定され、各回帰モデルは、モデルパラメーターと該リポタンパク質粒子サイズとを関係付ける、請求項5または6に記載のin vitro法。
- 使用される回帰モデルは、複数のモデルローレンツ型関数を使用して複数のNMRスペクトルのメチルシグナルのデコンヴォルーションから得られ、ここで、強度、化学シフト、幅および拡散係数は、NMRメチルシグナルと、モデル関数の一次結合として構築されたモデルシグナルとの間の差を最小化するように推定された自由モデルパラメーターであり、回帰モデルはそれぞれ、少なくとも(i)化学シフトとリポタンパク質粒子サイズ、および/または(ii)幅とリポタンパク質粒子サイズを関係付ける、請求項7に記載のin vitro法。
- モデルパラメーター対を関係付ける回帰モデルが、次の工程:
・複数のサンプルについて、拡散に基づく二次元1H NMRスペクトルを得る工程と、
・各サンプルについて、複数のモデル関数を使用して、メチルシグナルに相当するそのスペクトルの一部の表面フィッティングを行う工程であって、各モデル関数は、固定されるモデルパラメーターに依存し、ここで、固定される総てのモデルパラメーターは、NMRシグナルと、前記モデル関数の一次結合として構築されたモデルシグナルとの間の差が最小化されているモデルパラメーターの集合であると、その表面フィッティング中に推定される、工程と、
・モデルパラメーター対を関係付ける回帰モデルを構築するために、前工程で推定されたモデルパラメーターを使用する工程と
によって構築され、
使用されるモデル関数が、好ましくは、次の形式:
トリプレットj=ローレンツ型(h1j,fj−f0j,wj,Dj)+ローレンツ型(h2j,fj,wj,Dj)+ローレンツ型(h3j,fj+f0j,wj,Dj)
のローレンツ型関数トリプレットである、請求項7に記載のin vitro法。 - 回帰モデルを構築するために使用される複数のサンプルは、少なくとも100サンプルを含んでなり、それらのサンプルの少なくとも9%の割合は、真性糖尿病のプロフィールを有する個体に相当し、これらの患者の少なくとも25%はアテローム形成性脂質異常症のプロフィールを有する、請求項7〜9のいずれか一項に記載のin vitro法。
- モデル関数の拡散係数が、アインシュタイン・ストークスの式:
を用いて、リポタンパク質粒子サイズから推定される、請求項1〜10のいずれか一項に記載のin vitro法。 - サンプルのいくつかの希釈物について得られるNMR面積と拡散係数との間の関係に基づいて、希釈効果を考慮に入れるために推定された拡散係数を補正する工程をさらに含み、ここで、該サンプルの総コレステロールおよびトリグリセリドの濃度の合計が300mg/dLより高い、請求項1〜11のいずれか一項に記載のin vitro法。
- リポタンパク質粒子画分の平均サイズ、リポタンパク質粒子サブクラスの平均サイズ、画分および/またはサブクラスのリポタンパク質粒子濃度、少なくとも一つのリポタンパク質粒子画分の脂質濃度および/または少なくとも一つのリポタンパク質粒子サブクラスの脂質濃度の一つ以上を決定する工程をさらに含む、請求項1〜12のいずれか一項に記載のin vitro法。
- リポタンパク質粒子画分の平均粒子サイズは、
として決定される、請求項13に記載のin vitro法。 - リポタンパク質粒子コア中に含まれる脂質の寄与のみを検討するために、リポタンパク質モデル関数に関連する面積が補正される、請求項1〜14のいずれか一項に記載のin vitro法。
- 補正された面積(A’)が下記式を用いて決定される、請求項15に記載のin vitro法:
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