JP6487190B2 - 分子検出システム - Google Patents

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Description

本発明は、分子検出システムに関するものである。
従来、DNA等の分子を検出するための手段として、DNAチップ及び表面プラズモン共鳴(SPR:Surface Plasmon Resonance)法が広く用いられている(例えば、特許文献1及び2参照。)。
DNAチップを使用する方法では、チップ上に付加した検出用DNAと、試料のDNAとの相補的な結合に基づく検出を行うことによって、多様な配列のDNAを高いスループットで同定することができる。また、表面プラズモン共鳴法では、高感度で分子間の結合を検出することができる。
特開2012−080791号公報 特開2013−210387号公報
しかしながら、前記従来の検出方法では、各種の問題があった。まず、DNAチップを使用する方法では、蛍光体を標識物質としてDNAに付加する必要があるとともに、蛍光画像検出装置が必要となる。さらに、データの信頼性が低いという問題もある。
また、表面プラズモン共鳴法では、大がかりな反射光学システムが必要となる。さらに、基板の表面にプラズモンが生じる100〔nm〕程度の厚さ(深さ)の液中での反応しか観察することができないという問題もある。
本発明は、前記従来の問題点を解決して、一対の電極間を橋渡しするフィラメント状の生体分子(Biomolecule)又は高分子と試薬との反応を、無標識で、安定的に、連続的に、かつ、容易に検出することができる分子検出システムを提供することを目的とする。
そのために、本発明の分子検出システムにおいては、電極間に捕獲した分子の液体中の試薬との反応を検出する分子検出システムであって、一対の電極を備え、該電極の共振周波数及び振幅を計測可能な検出装置と、前記電極が通過可能な気液境界面が形成される開口部を側面に含む微小液体流路であって、該微小液体流路の入口部から出口部まで試薬の溶液を流すための微小液体流路を備える微小液体装置と、前記出口部に接続された圧力制御微小液体ポンプと、前記検出装置又は微小液体装置を移動可能に保持する可動保持台と、前記検出装置、圧力制御微小液体ポンプ及び可動保持台を制御する制御装置とを具備する。
本発明の他の分子検出システムにおいては、さらに、前記検出装置は、前記電極間の間隔を所定の周波数で変化させることができる。
本発明の更に他の分子検出システムにおいては、さらに、前記可動保持台が前記検出装置又は微小液体装置を移動させることによって、前記電極を、前記開口部に対して相対的に移動させ、前記気液境界面を通って、前記微小液体流路内の液体中に挿入すること及び該液体中から抜出することができる。
本発明の更に他の分子検出システムにおいては、さらに、前記制御装置は、事前に行われる位置決め操作によって、前記電極が前記液体中に位置する液中位置及び前記電極が前記液体外に位置する気中位置を決定して記憶する。
本発明の更に他の分子検出システムにおいては、さらに、前記制御装置は、前記電極の振幅の変化に基づいて、前記液中位置及び気中位置を決定する。
本発明の更に他の分子検出システムにおいては、さらに、前記圧力制御微小液体ポンプが前記微小液体流路内の液体を前記出口部から吸引排出することによって、他の液体が前記入口部から前記微小液体流路内に導入される。
本発明の更に他の分子検出システムにおいては、さらに、前記制御装置は、前記微小液体流路内の液体を順次他の液体に交換させる。
本発明の更に他の分子検出システムにおいては、さらに、前記制御装置は、分子を捕獲した電極を前記液体中に位置させた状態で、前記共振周波数及び振幅の計測を継続させ、計測結果を記憶する。
本発明の更に他の分子検出システムにおいては、さらに、前記制御装置は、前記計測結果に基づいて前記分子の剛性又は減衰特性を算出する。
本発明によれば、一対の電極間を橋渡しするフィラメント状の生体分子又は高分子と試薬との反応を、無標識で、安定的に、連続的に、かつ、容易に検出することができる。
本発明の実施の形態における微小液体装置及びナノピンセット装置を示す斜視図である。 本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置を示す斜視図である。 本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を微小液体装置の流路内に進入させた状態を示す写真である。 本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を橋渡しするDNAを示す写真である。 本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を橋渡しするDNAの性質を決定する方法を説明する図である。 本発明の実施の形態における微小液体装置及びナノピンセット装置の位置関係を制御するシステムを示す模式図である。 本発明の実施の形態における微小液体装置及びナノピンセット装置の位置関係の変化を示す模式図である。 本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を橋渡しした分子を示す図である。 本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を微小液体装置の微小液体流路内の液体に浸す方法を示す写真である。 本発明の実施の形態における液体を交換した場合の共振周波数のシフトを示す第1のグラフである。 比較例における液体を交換した場合の共振周波数及びQ値のシフトを示すグラフである。 本発明の実施の形態における共振周波数のシフトを示すグラフである。 本発明の実施の形態における液体を交換した場合の共振周波数のシフトを示す第2のグラフである。 本発明の実施の形態におけるDNAの束の剛性及び減衰特性の計測結果を示すグラフである。
以下、本発明の実施の形態について図面を参照しながら詳細に説明する。
図1は本発明の実施の形態における微小液体装置及びナノピンセット装置を示す斜視図、図2は本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置を示す斜視図、図3は本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を微小液体装置の流路内に進入させた状態を示す写真、図4は本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を橋渡しするDNAを示す写真、図5は本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を橋渡しするDNAの性質を決定する方法を説明する図である。なお、図5において、(a)はDNAによって橋渡しされた腕部材の先端部の等価回路を示す図、(b)は共振周波数のシフトを示すグラフである。
図において、30は、本実施の形態における微小液体装置(Microfluidic Device)であり、10は、本実施の形態における検出装置としてのナノピンセット装置(Nano−Tweezers 又は Silicon Nano−Tweezer:SNT)である。
前記微小液体装置30は、透明のガラス板であるカバースリップ(Coverslip)から成る基板32と、該基板32の表面に付着するPDMS(Poly−dimethyl−siloxane)フィルム31とを備え、該PDMSフィルム31には、上面から観て概略U字状となるように、微小液体流路(Microfluidic Channel)36が形成されている。そして、該微小液体流路36の両端には、入口部(Inlet)36a及び出口部(Outlet)36bが形成され、また、中間の直線部分には開口部(Channel Opening)36cが側面に形成されている。液体37は、入口部36aから供給され、微小液体流路36内を矢印で示される方向(Flow Direction)に流れ、出口部36bから排出される。
なお、前記PDMSフィルム31は、従来公知のフォトリソグラフィー技術を利用して作成することができる(例えば、特許文献3参照。)。また、前記PDMSフィルム31は、他の高分子やPyrex(R)のようなガラスから成るものに置き換えてもよいし、加熱型押し、穴空け等の方法によって形成されたものであってもよい。
特開2006−312211号公報
そして、前記微小液体流路36の出口部36bには、排出管35及び該排出管35の途中に接続された廃液タンク(Waste Tank)34を介して、圧力制御微小液体ポンプ33が接続されている。該圧力制御微小液体ポンプ33によって微小液体流路36内の液体37を吸引して廃液タンク34に排出することにより、入口部36aから別の種類の液体37を微小液体流路36内に導入することができる。つまり、微小液体流路36内の液体37を交換することができる。圧力は、前記圧力制御微小液体ポンプ33が備えるフローセンサによって検出されるフローレートに応じて変化させることができる。
なお、本発明の発明者は、圧力制御微小液体ポンプ33として、Elveflow社製のAF1 Dual Vacuum & Pressure Generator、Vacuum & Pressure Controller及びフローセンサを使用した。該製品は、微小流体を取扱う装置に使用されるポンプであり、脈動のない安定した流れを得ることができる。圧力範囲は、−(マイナス)700〔mbar〕〜1〔bar〕である。
また、前記ナノピンセット装置10は、MEMS(Micro−Electro−Mechanical System)技術によってシリコン基板から制作された装置であり、非特許文献1及び2に示されるナノピンセット装置と類似の構造を有する。
M.Kumemura, D.Collard, S.Yoshizawa, D.Fourmy, N.Lafitte, S.Takeuchi, T.Fujii, L.Jalabert, and H.Fujita, "Direct bio-mechanical sensing of enzymatic reaction on DNA by silicon nanotweezers," Proc. IEEE MEMS‘10, pp. 915-918, 2010 N.Lafitte, M.Kumemura, L.Jalabert, D.Collard, and H.Fujita, "Real-time sensing of molecule binding on DNA with silicon nanotweezers," Proc. MicroTAS 2011, 389-391
前記ナノピンセット装置10は、図2に示されるように、平面視における形状が略矩(く)形の平板状の本体部11と、該本体部11の一側辺から突出した互いに平行な一対の腕部材15とを有する。該腕部材15は、前記本体部11に対して移動可能乃至変位可能に取り付けられた移動腕15aと、移動不能に取り付けられた固定腕15bとから成る。なお、前記移動腕15a及び固定腕15bは、本体部11の表面に平行な平面上に並ぶように配設され、前記移動腕15aは本体部11の表面に平行な平面上を移動する。
そして、前記移動腕15aの先端には先鋭な形状を備える移動先端部16aが形成され、前記固定腕15bの先端には先鋭な形状を備える固定先端部16bが形成されている。前記移動先端部16aと固定先端部16bとは互いに対向する。なお、前記移動先端部16a及び固定先端部16bを統合的に説明する場合には、先端部16として説明する。該先端部16は、電極として機能し、所定のAC電圧が印加される。なお、先端部16の表面の少なくとも一部は、金又はアルミニウムで被覆されていることが望ましい。
また、前記本体部11は、前記移動腕15aを変位させるための櫛(くし)歯アクチュエータ(Comb−drive Actuator)17を有する。該櫛歯アクチュエータ17は、図示されない導電性の櫛歯間に作用する静電力を利用するリニアアクチュエータであって、図2における両方向矢印で示されるように、移動腕15aをその長手方向と直交する方向に変位させ、固定腕15bとの間隔を変化させることができる。これにより、一対の先端部16間の間隔、すなわち、移動先端部16aと固定先端部16bとの間隔を変化させることができる。
さらに、前記本体部11は、前記移動腕15aの変位量を計測するための変位センサ(Displacement Sensor)18を有する。該変位センサ18は、静電容量の変化を検出する容量式センサであって、移動腕15aの変位量を計測することができる。これにより、一対の先端部16間の間隔、すなわち、移動先端部16aと固定先端部16bとの間隔、及び、該間隔の変化量を計測することができ、さらに、前記先端部16の共振周波数及び振幅を計測することができる。
前記本体部11の表面には、櫛歯アクチュエータ17に駆動電圧を供給するためのアクチュエータ用端子21と、変位センサ18の静電容量の変化を検出するためのセンサ用端子22と、一対の腕部材15の先端部16にAC電圧を印加するための腕部材用端子23とが形成されている。
そして、ナノピンセット装置10は、微小液体装置30とともに使用され、具体的には、図3に示されるように、腕部材15の先端部16が、開口部36cに挿入され、該開口部36cに形成される気液境界面(Air−Liquid Interface)を通過して、微小液体流路36内に挿入される。なお、図3に示される白い点線は、微小液体流路36内の液体37と外気との境界である気液境界面を示している。該気液境界面は、毛管現象によって、メニスカス(Meniscus)になっている。
前記腕部材15の先端部16間には、該先端部16をDNA等のフィラメント状の生体分子やポリ乳酸(Polylactide:PLA)等の高分子を含む溶液中に浸すことによって、あらかじめ、図4に示されるように、前記生体分子や高分子の分子又は分子の束から成る橋が形成される。なお、図4は、本発明の発明者が実際に行った実験の結果を示しており、λDNAの分子の束が先端部16間に捕獲され、λDNAの橋が形成されていることが分かる。
このように分子を先端部16間に捕獲した後、ナノピンセット装置10の櫛歯アクチュエータ17を作動させて移動先端部16aと固定先端部16bとの間隔を所定の周波数で変化させ、先端部16間を橋渡しする分子に振動を付与し、該分子の共振周波数を計測することによって、前記分子の性質決定をリアルタイムで行うことができる。
フィラメント状の生体分子(DNA、RNA、微小管、アクチン(Actin)、フィブロネクチン(Fibronectin)、中間径フィラメント(Intermediate Filament)等)や高分子(ポリ乳酸等)の分子又は分子の束と、溶液中の試薬(相補的な単鎖DNA、薬剤候補化合物、ナノ粒子、酵素等)とが反応すると、その機械的特性(剛性、粘性等)によって、共振特性が変化する。該共振特性を連続的に計測することで、分子の生化学反応過程を連続的に計測することができる。そのためには、長時間に亘(わた)る計測の安定性、及び、繰り返し計測の安定性が必要である。
図5(b)には、本発明の発明者が実際にナノピンセット装置10を使用して行った計測結果であって、DNAを捕獲した先端部16の共振周波数及び振幅の計測結果が示されている。図5(b)において、横軸は周波数〔Hz〕を示し、縦軸は振幅を計測したセンサの出力電圧〔mV〕を示している。なお、DNAを捕獲した先端部16の振動系の等価回路は、図5(a)のように表すことができる。また、共振周波数は、位相ロックループ(Phase−Lock Loop)によって探知(Track)される。
図5(b)に示されるように、DNAが異なると先端部16の共振周波数が異なることが分かる。したがって、各種のDNA等のフィラメント状の生体分子やポリ乳酸等の高分子を捕獲した先端部16の共振周波数をあらかじめ計測しておくことにより、先端部16間に捕獲されたフィラメント状の生体分子又は高分子を特定することができる。
次に、前記ナノピンセット装置10と微小液体装置30との相対的な位置関係を制御するためのシステムについて説明する。ここでは、液体37が生体分子や高分子を含む溶液であるものとして説明する。
図6は本発明の実施の形態における微小液体装置及びナノピンセット装置の位置関係を制御するシステムを示す模式図、図7は本発明の実施の形態における微小液体装置及びナノピンセット装置の位置関係の変化を示す模式図である。なお、図7において、(1a)〜(7a)は各位置関係における側面図、(1b)〜(7b)は各位置関係における平面図である。
図6に示されるように、ナノピンセット装置10は、実験室の床等の基礎に固定された固定保持台41の平坦(たん)な上面に、本体部11の表面がほぼ水平となるように取り付けられる。したがって、腕部材15はほぼ同様のレベルとなるように配設される。
また、微小液体装置30は、基礎に前記固定保持台41と対向するよう固定された可動保持台42の上面に、基板32がほぼ水平となるように取り付けられる。前記可動保持台42は、Z方向(鉛直方向)及びX方向(水平面内においてナノピンセット装置10と微小液体装置30とが接近離間する方向:図7(1b)における上下方向)に微小液体装置30を自動的に変位させることができる。なお、ナノピンセット装置10を可動保持台42に取り付け、微小液体装置30を固定保持台41に取り付けることも可能であるが、ここでは、ナノピンセット装置10を固定保持台41に取り付け、微小液体装置30を可動保持台42に取り付けた場合についてのみ説明する。
そして、前記可動保持台42は、パーソナルコンピュータ(PC)等の制御装置43によってその動作が制御され、これにより、微小液体装置30のZ方向及びX方向の位置が自動的に調整される。なお、微小液体装置30のY方向(Z方向及びX方向に対して垂直な方向:図7(1b)における左右方向)の位置は、手動で調整可能である。前記制御装置43には、Lab VIEWソフトウェアがインストールされる。共振周波数を探知するために、ロックインアンプ(Lock−in Amplifier)44を含む位相ロックループが、前記制御装置43に接続され、腕部材15の振動の振幅(FR Amplitude)が制御装置43に入力される。
図6に示されるように、可動保持台42が制御装置43によって制御されることにより、微小液体装置30における微小液体流路36の開口部36cの、ナノピンセット装置10が備える腕部材15の先端部16に対する位置決めが行われる。
次に、前記先端部16が液体37中に位置する液中位置及び前記先端部16が液体37外に位置する気中位置を決定するために、事前に行われる位置決め操作について説明する。なお、Y方向に関する位置決めは、手動により行われる。また、X方向及びZ方向に関しては、図7(1a)に示される初期位置になるまでは、手動により行われる。
そして、微小液体装置30は、初期位置から、PDMSフィルム31がナノピンセット装置10の腕部材15に接触する位置まで、図7(2a)において矢印(1)で示されるように、Z方向に、各1〔μm〕のステップで一歩一歩下降させられる。なお、PDMSフィルム31が腕部材15に接触したことは、前記位相ロックループにより探知される腕部材15の振動の振幅が急激に変化することによって(例えば、振幅が最大値の50〔%〕以下となることによって)、制御装置43により検出される。
PDMSフィルム31が腕部材15に接触したことが検出されると、微小液体装置30は、図7(2a)において矢印(2)で示されるように、Z方向に、50〔μm〕だけ上昇させられる。これにより、微小液体流路36の開口部36cが、Z方向に関して、腕部材15の先端部16の近傍に位置する。
続いて、微小液体装置30は、図7(3a)及び(3b)において矢印(3)で示されるように、X方向に、所定距離だけナノピンセット装置10に近付くように移動させられる。前記所定距離は、微小液体装置30のデザインにも依るが、本発明の発明者が使用した微小液体装置30では、200〔μm〕である。これにより、腕部材15の先端部16が微小液体流路36の開口部36c内に位置するが、依然として微小液体流路36外にある状態となる。つまり、図7(3a)及び(3b)に示されるように、腕部材15の先端部16は、PDMSフィルム31と基板32との間にあるが、液体37内には挿入されていない。
続いて、Z方向に関する正確な位置決めを行うために、微小液体装置30は、図7(4a)において矢印(4)で示されるように、PDMSフィルム31がナノピンセット装置10の腕部材15に接触するまで、Z方向に下降させられる。そして、PDMSフィルム31がナノピンセット装置10の腕部材15に接触すると、微小液体装置30は、矢印(5)で示されるように、基板32がナノピンセット装置10の腕部材15に接触するまで、Z方向に上昇させられる。なお、基板32が腕部材15に接触したことは、前述のように、腕部材15の振動の振幅が急激に変化することによって、検出される。これにより、微小液体流路36の高さ寸法、及び、微小液体流路36に対する腕部材15のZ方向に関する位置が判明する。そして、基板32と腕部材15との間が所望の距離となるまで、微小液体装置30は、矢印(6)で示されるように、Z方向に下降させられる。
最後に、微小液体装置30は、図7(5a)及び(5b)において矢印(7)で示されるように、気液境界面が腕部材15の先端部16に接触するまで、X方向に移動させられる。なお、気液境界面が腕部材15の先端部16に接触したことは、腕部材15の振動の振幅が急激に変化することによって、検出される。気液境界面が腕部材15の先端部16に接触した場合、通常、図5(b)の縦軸に示されるような出力電圧の数値が0.2〔mV〕以上増加する。これにより、気液境界面に対する腕部材15のX方向に関する位置が判明する。
このように、事前に行われる位置決め操作によって検出された微小液体装置30の各部とナノピンセット装置10の各部とのX方向及びZ方向に関する相対的な位置関係は、制御装置43が備える記憶装置に記憶される。そして、図7(6a)及び(6b)に示されるような液中位置と、図7(7a)及び(7b)に示されるような気中位置とがセーブされる。前記液中位置は、先端部16を、微小液体流路36の開口部36cに挿入して、気液境界面から所望の距離(深さ)だけ液体37中に浸けた場合の位置である。なお、前記液中位置での気液境界面からの距離は、本発明の発明者が行った実験によると、望ましくは、5〜10〔μm〕である。また、前記気中位置は、腕部材15の先端部16を、気液境界面から所望の距離だけ液体37から抜き出して、外気中に留めた場合の位置である。なお、前記気中位置での気液境界面からの距離は、本発明の発明者が行った実験によると、望ましくは、50〔μm〕である。
次に、本実施の形態における分子検出システムを使用して、本発明の発明者が行った実験の内容及び結果について説明する。まず、微小液体流路36内の液体37を交換する実験について説明する。
図8は本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を橋渡しした分子を示す図、図9は本発明の実施の形態におけるナノピンセット装置の腕部材の先端部を微小液体装置の微小液体流路内の液体に浸す方法を示す写真、図10は本発明の実施の形態における液体を交換した場合の共振周波数のシフトを示す第1のグラフ、図11は比較例における液体を交換した場合の共振周波数及びQ値のシフトを示すグラフ、図12は本発明の実施の形態における共振周波数のシフトを示すグラフ、図13は本発明の実施の形態における液体を交換した場合の共振周波数のシフトを示す第2のグラフである。なお、図8において、(a)は腕部材の先端部を液滴に浸した写真、(b)は腕部材の先端部を橋渡しする分子の束を示す模式図、(c)は腕部材の先端部を橋渡しするDNAを示す写真、(d)は腕部材の先端部を橋渡しする微小管を示す写真であり、図12において、(a)は長時間に亘って計測した共振周波数のシフトを示すグラフ、(b)は腕部材の先端部が「液中」位置及び「気中」位置にある場合の共振周波数のシフトを示すグラフ、(c)は液体を交換した場合の共振周波数のシフトを示すグラフであり、図13において、(a)は長時間に亘る共振周波数のシフトを示すグラフ、(b)は溶液の濃度を変えた場合の共振周波数のシフトを示すグラフある。
本実施の形態における分子検出システムは、図1に示されるようなナノピンセット装置10、微小液体装置30及び圧力制御微小液体ポンプ33、並びに、図6に示されるような可動保持台42及び制御装置43を含んでいる。該制御装置43は、可動保持台42の動作だけでなく、ナノピンセット装置10及び圧力制御微小液体ポンプ33の動作も制御し、かつ、共振周波数、振幅等の計測結果を記憶することが望ましい。
図8(a)に示されるように、前記ナノピンセット装置10が備える腕部材15の先端部16を生体分子や高分子のような分子を含む溶液に浸すことによって、分子を捕獲することができる。捕獲された分子は、図8(b)に示されるように、束になって先端部16間を橋渡しする。
そして、図8(c)には、捕獲され、先端部16間を橋渡しする分子がDNAである場合が示されている。また、図8(d)には、捕獲され、先端部16間を橋渡しする分子が微小管(Microtubule)である場合が示されている。なお、図8(c)及び(d)に示される横棒の長さは、10〔μm〕である。
図9は、本発明の発明者が実際に制作したナノピンセット装置10及び微小液体装置30の位置関係を示す写真であって、ナノピンセット装置10の腕部材15の先端部16を微小液体装置30の微小液体流路36の開口部36cに挿入する状態を示している。
前述のように、本実施の形態における分子検出システムでは、あらかじめ、微小液体装置30の各部とナノピンセット装置10の各部とのX方向及びZ方向に関する相対的な位置関係を計測して制御装置43が備える記憶装置に記憶させておくことによって、腕部材15の先端部16を、微小液体流路36の開口部36cに自動的に挿入することができる。また、本実施の形態における分子検出システムでは、微小液体流路36の出口部36bに接続された圧力制御微小液体ポンプ33を使用している。これにより、本実施の形態における分子検出システムでは、長時間に亘って安定的に分子を捕獲することができ、また、微小液体流路36内の液体37の交換を安定的に、かつ、迅速に行うことができるので、多数の種類の分子の性質決定を確実に行うことができる。
図10には、本発明の発明者が実際に分子検出システムを使用して行った計測結果であって、腕部材15の先端部16間にλDNAの束を捕獲した状態で、前記先端部16を銀(Ag+)イオンを含む溶液に浸すことによって、λDNAの束の周囲に銀イオンを付着させ、λDNAの束の剛性を高めた場合の共振周波数の計測結果が示されている。図10において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔sec〕を示し、縦軸は共振周波数〔Hz〕を示している。
この計測では、320〔sec〕が経過する度に液体37を交換しつつ、共振周波数の計測を継続している。液体37は、図10の上部に示されるように、最初の320〔sec〕は純水(Deionized Water:DI Water)であり、次の320〔sec〕はモル濃度が1×10-6Mの銀イオン溶液であり、その後、順次、モル濃度の高い銀イオン溶液に交換された。
図10に示される計測結果から、溶液に含まれる銀イオンの濃度が上昇するにつれて、λDNAの束の剛性が上昇して共振周波数〔Hz〕の値が上昇することが分かる。なお、計測結果に含まれる320〔sec〕毎の急降下は、液体37の交換の際に微小液体流路36内の圧力が低下したことに依るものである。
これに対し、腕部材15の先端部16を、微小液体流路36の開口部36cに、手動で挿入する場合には、挿入の度に、腕部材15の先端部16と、微小液体流路36の開口部36c及び気液境界面との、X方向及びZ方向に関する相対的な位置関係が異なるので、安定性に問題があり、分子の捕獲や性質決定を適切に行うことができない。さらに、一般的に使用されているシリンジポンプ(Syringe Pump)を微小液体流路36の入口部36a及び/又は出口部36bに接続して、微小液体流路36内の液体37の交換を行った場合には、微小液体流路36内の液体37の安定性に問題があるので、分子の捕獲や性質決定の各プロセスに時間を要し、入口部36a、出口部36b、開口部36c等における液体37の蒸発等も発生するので、分子の捕獲や性質決定を更に適切に行うことができない。
図11には、比較例として、腕部材15の先端部16を、微小液体流路36の開口部36cに、手動で挿入するとともに、シリンジポンプを使用して微小液体流路36内の液体37の交換を行った場合の計測結果が示されている。図11において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔sec〕を示し、左側の縦軸は共振周波数〔Hz〕を示し、右側の縦軸はQ値(Q−Factor)を示している。該Q値は、振動の状態を表す無次元数であって、弾性波の伝搬におけるエネルギの減少に関する値である。この計測では、開始から350〔sec〕経過するまでは、液体37として緩衝液(Buffer)を使用し、次に、液体37を微小管を含む溶液に交換し、開始から850〔sec〕経過した時点で、液体37を緩衝液に交換した。なお、該緩衝液は、PBS(リン酸緩衝生理食塩水)である。
図11に示される計測結果から、不安定性のレベルが1〔Hz〕よりも大きいことが分かる。このように大きなレベルの不安定性は、分子レベルのバイオセンシング(Bio−sensing)には、不適当である。
一方、図12には、本実施の形態における分子検出システムによる計測結果が示されている。図12(a)〜(c)において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔sec〕を示し、縦軸は共振周波数〔Hz〕のシフトを示している。
図12(a)には、計測を開始してから5時間(18000〔sec〕)連続して計測した共振周波数のシフトが示されている。この計測結果から、本実施の形態における分子検出システムでは、長時間に亘って安定した計測結果を得られることがわかる。
また、図12(b)には、制御装置43によって可動保持台42を駆動し、腕部材15の先端部16の位置が、液中位置と気中位置とに交互に切り替わるように変化する複数動作(Multiple Moving)を実行した場合の共振周波数のシフトが示されている。この計測結果から、腕部材15の先端部16の位置を液中位置と気中位置とに交互に複数回切り替えても、長時間に亘って、安定した計測結果を得られることがわかる。
さらに、図12(c)には、液体37を、純水(DIW)と緩衝液であるPBSとに交互に切り替える溶液複数交換動作(Multiple Exchange of Solution)を実行した場合の共振周波数のシフトが示されている。この計測結果から、所定の溶液中でも、不安定性のレベル、すなわち、計測の分解能が20〔mHz〕未満であることが分かる。この分解能の値は、分子の束の1〔mN/m〕の剛性の分解能に対応する。なお、1〔mN/m〕は、輪郭長(Contour Length)が10〔μm〕の二本鎖DNA(ds DNA)分子10本の剛性に相当する。通常の分子の束は、1000以上の分子を含んでいる。このように分解能の値が小さいので、分子の束の固有剛性値(Intrinsic Bundle Stiffness)の1〔%〕未満であって、図11に示されるような共振周波数のシフトの最大値の100〔ppm〕の機械的相互作用(Mechanical Interaction)を検出することができる。
また、図13には、本発明の発明者が実際に分子検出システムを使用して行った計測結果であって、液体37を各種の溶液に交換した場合の計測結果が示されている。
図13(a)は、4時間に亘って計測を継続した場合の結果であって、先端部16間にDNAの束を捕獲した腕部材15の共振周波数及び振幅の計測結果が示されている。図13(a)において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔sec〕を示し、左側の縦軸は計測した共振周波数〔Hz〕を示し、右側の縦軸は振幅を計測したセンサの出力電圧〔V〕を示している。
この計測では、35種類以上の液体37を交換しつつ、振幅を計測したセンサの出力電圧及び共振周波数の計測を継続している。液体37は、純水(DIW)、各種のモル濃度のNi溶液、各種のモル濃度のZn/HNO3 溶液、及び、緩衝液である。なお、該緩衝液は、Tris(トリスヒドロキシメチルアミノメタン)である。この計測結果から、多種類の液体37を交換しても、継続して安定的な計測結果を得られることがわかる。
図13(b)は、3種類のモル濃度のZn/HNO3 溶液にDNAの束を捕獲した先端部16を浸した腕部材15の共振周波数の定量的な計測結果を示している。この計測結果から、DNAは、緩衝液中では弛緩し、Zn/HNO3 溶液中では緊張していること、つまり、緩衝液中とZn/HNO3 溶液中とでは相互作用の力学(Interaction Dynamics)が異なることが分かる。
次に、DNAの束の剛性及び減衰特性を計測した結果について説明する。
図14は本発明の実施の形態におけるDNAの束の剛性及び減衰特性の計測結果を示すグラフである。なお、図において、(1a)及び(1b)は溶液のpH値を減少させた場合の共振周波数及び振幅、並びに、剛性及び減衰特性の変化を示す図、(2a)及び(2b)は溶液のAg濃度を増加させた場合の共振周波数及び振幅、並びに、剛性及び減衰特性の変化を示す図である。
まず、本発明の発明者は、本実施の形態における分子検出システムを使用し、腕部材15の先端部16間にDNAの束を捕獲した状態で、前記先端部16を浸した液体37を、pH値の高い溶液から順次pH値の低い溶液となるように交換して、DNAの束の剛性及び減衰特性を計測した。
図14(1a)には、先端部16を浸した液体37を、pH値の高い溶液から順次pH値の低い溶液となるように交換した場合の結果であって、先端部16間にDNAの束を捕獲した腕部材15の共振周波数及び振幅の計測結果が示されている。図14(1a)において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔min〕を示し、左側の縦軸は計測した共振周波数〔Hz〕を示し、右側の縦軸は振幅を計測したセンサの出力電圧〔V〕を示している。また、図中には、溶液のpH値が示されている。この計測結果から、溶液のpH値を減少させるにつれて、共振周波数が増加するとともに、振幅が減少することが分かる。
そして、図14(1b)には、図5(a)に示されるような先端部16間にDNAの束を捕獲した腕部材15の振動系の等価回路に従って、図14(1a)に示される結果に基づいて算出されたDNAの束の剛性及び減衰特性が示されている。図14(1b)において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔min〕を示し、左側の縦軸は計測した剛性〔N/m〕を示し、右側の縦軸は減衰特性〔N.s/m〕を示している。この計測結果から、溶液のpH値を減少させるにつれて、DNAの束の剛性及び減衰特性は、ともに、増加することが分かる。
また、図14(2a)には、先端部16を浸した液体37を、Ag濃度の低い溶液から順次Ag濃度の高い溶液となるように交換した場合の結果であって、先端部16間にDNAの束を捕獲した腕部材15の共振周波数及び振幅の計測結果が示されている。図14(2a)において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔min〕を示し、左側の縦軸は計測した共振周波数〔Hz〕を示し、右側の縦軸は振幅を計測したセンサの出力電圧〔V〕を示している。また、図中には、Agのモル濃度の値が示されている。この計測結果から、Ag濃度を増加させるにつれて、共振周波数が増加するが、振幅はほぼ一定であることが分かる。
そして、図14(2b)には、図5(a)に示されるような先端部16間にDNAの束を捕獲した腕部材15の振動系の等価回路に従って、図14(2a)に示される結果に基づいて算出されたDNAの束の剛性及び減衰特性が示されている。図14(2b)において、横軸は計測を開始してからの経過時間〔min〕を示し、左側の縦軸は計測した剛性〔N/m〕を示し、右側の縦軸は減衰特性〔N.s/m〕を示している。この計測結果から、溶液のAg濃度を増加させるにつれて、DNAの束の剛性は増加するが、減衰特性はほぼ一定であることが分かる。
このように、本実施の形態における分子検出システムは、腕部材15の先端部16間に捕獲した分子の液体37中の試薬との反応を検出する。そして、分子検出システムは、一対の腕部材15の先端部16を備え、先端部16の共振周波数及び振幅を計測可能なナノピンセット装置10と、先端部16が通過可能な気液境界面が形成される開口部36cを側面に含む微小液体流路36を備える微小液体装置30と、微小液体流路36の出口部36bに接続された圧力制御微小液体ポンプ33と、ナノピンセット装置10又は微小液体装置30を移動可能に保持する可動保持台42と、ナノピンセット装置10、圧力制御微小液体ポンプ33及び可動保持台42を制御する制御装置43とを具備する。
これにより、DNA、RNA、微小管、アクチン、フィブロネクチン、中間径フィラメント等のフィラメント状の生体分子やポリ乳酸等の高分子のような分子又は分子の束と、液体37中に含まれるの相補的な単鎖DNA、薬剤候補化合物、金属、イオン、ナノ粒子、酵素等の試薬との間の生化学反応のような反応を、蛍光体等の標識物質を使用することなく、安定的に、連続的に、容易に検出することができ、かつ、高い再現性を得ることができる。検出は、分子又は分子の束の機械的性質又は電気的性質に基づいてリアルタイムで行われる。
また、ナノピンセット装置10は、先端部16間の間隔を所定の周波数で変化させることができる。したがって、先端部16間を橋渡しするDNA等の分子又は分子の束に振動を付与し、分子又は分子の束の共振周波数を計測することにより、分子の性質決定を行うことができる。
さらに、可動保持台42がナノピンセット装置10又は微小液体装置30を移動させることによって、先端部16を、開口部36cに対して相対的に移動させ、気液境界面を通って、微小液体流路36内の液体37中に挿入すること及び液体37中から抜出することができる。したがって、制御装置43によって可動保持台42を制御することにより、自動操作で、安定的に、容易に、かつ、正確に先端部16を液体37中に挿入したり、液体37中から抜出することができる。
さらに、制御装置43は、事前に行われる位置決め操作によって、先端部16が液体37中に位置する液中位置及び先端部16が液体37外に位置する気中位置を決定して記憶する。これにより、自動操作で常に一定の液中位置及び気中位置に先端部16を位置付けることができるので、共振周波数及び振幅の計測を長時間に亘って行っても、多数回繰り返して行っても、常に安定した再現性の高い計測結果を得ることができる。
さらに、制御装置43は、先端部16の振幅の変化に基づいて、液中位置及び気中位置を決定する。したがって、オペレータの視覚等の感覚に頼ることなく、自動操作で高い精度で液中位置及び気中位置を決定することができる。
さらに、圧力制御微小液体ポンプ33が微小液体流路36内の液体37を出口部36bから吸引排出することによって、他の液体37が微小液体流路36の入口部36aから微小液体流路36内に導入される。これにより、液体37の交換を短時間で、かつ、安定的に行うことができる。
さらに、制御装置43は、微小液体流路36内の液体37を順次他の液体37に交換させる。したがって、分子又は分子の束と多種類の試薬との間の反応を短時間で検出することができる。
さらに、制御装置43は、分子を捕獲した先端部16を液体37中に位置させた状態で、共振周波数及び振幅の計測を継続させ、計測結果を記憶する。これにより、多種類の液体37を交換しても、継続して安定的な計測結果を得られることがわかる。
さらに、制御装置43は、計測結果に基づいて分子の剛性又は減衰特性を算出する。これにより、高い精度で分子の性質決定を行うことができる。
以上説明したように、本実施の形態における分子検出システムでは、一対の腕部材15の先端部16間に捕獲した分子又は分子の束の反応を、機械共振特性を通して電気的に計測するので、蛍光体等の標識物質が不要であり、反応の連続的な計測が可能であり、安定した高感度の計測が可能である。また、自動的に先端部16を位置決めして液体37中に挿入し、圧力制御微小液体ポンプ33で液体37を交換するので、計測の雑音が減少し、安定性及び再現性が極めて向上する。さらに、捕獲した分子又は分子の束と種々の物質との相互作用を計測することができる。
また、本実施の形態における分子検出システムは、自動的に先端部16を液体37中に挿入するので、動作の再現性及び安定性が高い。また、先端部16が液体37又はPDMSフィルム31等の表面に接触したことを振動の振幅の変化に基づいて検出するので、先端部16の位置を高い精度で制御することができ、また、先端部16が液体37中に挿入されたことを自動的に、かつ、正確に検出することができる。さらに、本実施の形態における分子検出システムにおいては、ナノピンセット装置10、圧力制御微小液体ポンプ33及び可動保持台42の動作が制御装置43によって統合的に制御されるので、先端部16が捕獲した分子又は分子の束の反応を、高い再現性及び精度で安定的に計測することができる。さらに、ナノピンセット装置10は、先端部16を除くすべての部分が常に外気中にあるので、液体37の減衰の影響を受けることなく、共振周波数及び振幅の計測を行うことができる。
本実施の形態における分子検出システムは、生物学的テスト(Biological Test)に適用することができ、血液サンプルのような複雑な溶液中の特定のDNAシーケンスの分析に使用することができる。また、薬品分野に適用することができ、先端部16に付着させた新規なDNA合成を利用した薬品のスクリーニングを高いスループットで行い、薬の候補物質を含む化学薬品又は毒質を含む環境物質に対応してDNAの性質の特性を明らかにする。さらに、がん治療に適用することができ、化学療法及び放射線療法のための個人専用の遺伝子治療を進めることができる。
本発明により、特定配列を有するDNAを高感度で検出することができるので、病原体の遺伝子検出や、個人レベルの簡便な遺伝子解析などが可能となる。また、DNAと反応する抗がん剤の検出や、放射線の照射によってDNA損傷の計測が可能となるので、がん治療法の発展を支援することができる。さらに、DNAと反応したり、変異を生じたりする環境汚染物質の検出や毒性評価に使用することができる。さらに、微小管と微小管結合タンパク質(Microtuble Associated Protein)との反応を調べることによって、神経性疾患の診断や治療薬の開発に役立てることができる。このような応用研究を進めることで、創薬や臨床応用への道が開け、インパクトが非常に大きい。
なお、本発明は前記実施の形態に限定されるものではなく、本発明の趣旨に基づいて種々変形させることが可能であり、それらを本発明の範囲から排除するものではない。
本発明は、分子検出システムに適用することができる。
10 ナノピンセット装置
16 先端部
30 微小液体装置
33 圧力制御微小液体ポンプ
36 微小液体流路
36a 入口部
36b 出口部
36c 開口部
37 液体
42 可動保持台
43 制御装置

Claims (9)

  1. 電極間に捕獲した分子の液体中の試薬との反応を検出する分子検出システムであって、
    (a)一対の電極を備え、該電極の共振周波数及び振幅を計測可能な検出装置と、
    (b)前記電極が通過可能な気液境界面が形成される開口部を側面に含む微小液体流路であって、該微小液体流路の入口部から出口部まで試薬の溶液を流すための微小液体流路を備える微小液体装置と、
    (c)前記出口部に接続された圧力制御微小液体ポンプと、
    (d)前記検出装置又は微小液体装置を移動可能に保持する可動保持台と、
    (e)前記検出装置、圧力制御微小液体ポンプ及び可動保持台を制御する制御装置とを具備することを特徴とする分子検出システム。
  2. 前記検出装置は、前記電極間の間隔を所定の周波数で変化させることができる請求項1に記載の分子検出システム。
  3. 前記可動保持台が前記検出装置又は微小液体装置を移動させることによって、前記電極を、前記開口部に対して相対的に移動させ、前記気液境界面を通って、前記微小液体流路内の液体中に挿入すること及び該液体中から抜出することができる請求項1又は2に記載の分子検出システム。
  4. 前記制御装置は、事前に行われる位置決め操作によって、前記電極が前記液体中に位置する液中位置及び前記電極が前記液体外に位置する気中位置を決定して記憶する請求項3に記載の分子検出システム。
  5. 前記制御装置は、前記電極の振幅の変化に基づいて、前記液中位置及び気中位置を決定する請求項4に記載の分子検出システム。
  6. 前記圧力制御微小液体ポンプが前記微小液体流路内の液体を前記出口部から吸引排出することによって、他の液体が前記入口部から前記微小液体流路内に導入される請求項1〜5のいずれか1項に記載の分子検出システム。
  7. 前記制御装置は、前記微小液体流路内の液体を順次他の液体に交換させる請求項6に記載の分子検出システム。
  8. 前記制御装置は、分子を捕獲した電極を前記液体中に位置させた状態で、前記共振周波数及び振幅の計測を継続させ、計測結果を記憶する請求項7に記載の分子検出システム。
  9. 前記制御装置は、前記計測結果に基づいて前記分子の剛性又は減衰特性を算出する請求項8に記載の分子検出システム。
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