JP6411995B2 - 非侵襲的出生前診断のために大量並列シークエンシング・データを分析する方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2012年3月13日に出願されたアメリカ合衆国出願第61/610,422号の優先権を主張する。
胎児の循環している核酸の大量並列シークエンシング・データが非侵襲的出生前診断に利用されてきた。シークエンシングされた読み取り結果を表示する際の定量的バイアスは、多くの因子(例えばシークエンシングされた鋳型DNAのGC含量)と関連付けることができよう。
本明細書では、観察される定量的バイアスの程度を小さくする(すなわち最小にする)いくつかの方法を記述する。そのようにする結果として、シークエンシング・データは、元のサンプルに含まれる鋳型DNA分子間の真の相対的分布をより正確に反映することができ、したがってより正確な臨床診断が可能になる。
“生物サンプル”という用語は、この明細書では、対象(例えば、妊娠中の女性などのヒト)から採取したあらゆるサンプルを意味し、興味の対象である1種類以上の核酸分子を含んでいる。
第2に、参照アラインメントとして、マスクされていないヒト参照ゲノムを、反復配列がマスクされた参照ゲノムの代わりに使用できよう。反復配列がマスクされた参照ゲノムでは、反復配列をマスクしたため、それらの領域をアラインメントでは除外した。多数のアラインメントが可能な反復領域からの読み取りを除外するため、T21分析パイプラインでは、反復配列がマスクされたゲノムを参照アラインメントとして採用した。
これまでの分析では、アラインメントが完全な読み取り結果だけを保持した。同様に、シークエンシングのエラーとヒト・ゲノム中の多型の存在が原因で、シークエンシングされた読み取り結果は、対応する参照ゲノム配列と正確に同じではない可能性がある。したがって読み取り結果のアラインメントにおいてミスマッチを許容することが、アラインメントがなされる読み取り数を増やすための可能な1つの方法であった。
T21バイオインフォマティクス分析パイプラインにおいてアラインメント・ステップを改良した後、zスコアを計算することによってトリソミー13とトリソミー18の性能を調べた。トリソミー13では、25件のトリソミー13のうちの11件と、264件の非トリソミー13のうちの247件が正確に同定された。これは、感度と特異性の向上がそれぞれ44.0%と93.6%に対応する(図4.3)。トリソミー18では、37件のトリソミー18のうちの31件と、252件の非トリソミー18のうちの247件が正確に同定された。これは、感度と特異性の向上がそれぞれ83.8%と98.0%に対応する(図4.4)。これらの結果は、T21バイオインフォマティクス分析パイプラインにおいてアラインメント・ステップを改良すると、NGSによってトリソミー13とトリソミー18を検出する性能が改善されたことを示していた。しかしトリソミー21の検出と比べると、トリソミー13とトリソミー18の検出率はまだ最適ではなかった。
バイオインフォマティクス分析パイプラインの第2のステップは、シークエンシング・データ中でアラインメントされる読み取り数を数えることによって染色体を定量化するというものである。
最初に、血漿DNAシークエンシング・データにGCバイアスが存在するかどうかを調べた。50kbのビンでのGC含量と読み取り数の間の相関を計算することにより、正の相関が観察された(全サンプルでの平均相関係数は0.56である、標準偏差=0.13)(図5.1)。したがって血漿DNAシークエンシング・データにはGCバイアスが実際に存在していた。
GCバイアスを減らすための可能な解決法の1つは、読み取り数のそのようなバイアスを直接補正するというものである。GC含量と読み取り数の間には相関があるため、この相関をなくすとGCバイアスが減り、トリソミー13とトリソミー18の検出性能が向上する可能性がある。それを調べるため、線形回帰によるGC補正アルゴリズムを実現してその相関をなくした。線形回帰を利用して50kbのビンの中のGC含量と読み取り数の間の相関を特徴づけた。理論的には、そのような相関がない場合には、ビンごとの読み取り数がすべてのビンのカウントの中央値に近づくことが予想される。そこですべてのビンのカウントの中央値を補正基準として使用し、各ビンの中の読み取り数をその補正基準で規格化した。
上記の分析では、GC含量と読み取り数の間の相関が線形関係であると見なし、線形回帰を利用してこの相関にフィットさせた。しかし線形回帰の後に、GC含量と読み取り数の間にわずかな小さい相関が相変わらず存在していた(平均相関係数は0.14、標準偏差=0.018)。線形回帰はそのような相関にフィットさせるのに十分ではない可能性がある。したがって非線形回帰であるLOESS回帰をGC補正アルゴリズムで使用してこの相関にフィットさせた。
GC補正アルゴリズムにおけるビンのサイズの効果を評価するため、1Mb、500kb、100kb、50kbという一連のビンのサイズを調べた。結果から、ビンのサイズが異なってもCVに顕著な違いは存在しないことがわかった(図5.9と表5.4)。しかしビンのサイズがより小さくなると、LOESS回帰の計算時間が劇的に増加した。例えばビンのサイズが50kbのとき、1つのサンプルでGC補正を実行するための平均時間は、Intel(登録商標)Xeon(登録商標)CPU X5570 2.93GHzと36Gのメモリを有する計算サーバーで5時間超かかった。計算時間を短くするため、以下の分析ではビンのサイズを500kbにした。
バイオインフォマティクス分析パイプラインの第2のステップでは、染色体を定量化する別の部分として、各染色体について読み取り数を数えた後にゲノム表現を計算することが可能である。これはさらに改善できる可能性がある。
GCバイアスは染色体13と染色体18のゲノム表現を測定する精度に影響を与えるため、GCバイアスを減らす可能な1つの方法は、染色体13と染色体18のゲノム表現の計算を変えるというものである。染色体13または染色体18の元のゲノム表現は、全染色体(ゲノム全体)からの読み取り数全体に対する染色体13または染色体18からの読み取り数によって計算した。しかし染色体13または染色体18の平均GC含量とゲノム全体の平均GC含量は異なっている。この違いが、GRを計算する際の不正確さにつながる可能性がある。
2つの独立な方法、すなわちGC補正と修正ゲノム表現を開発し、シークエンシング・データのGCバイアスを減らした。これら2つの方法の両方とも、トリソミー13とトリソミー18の検出精度を大きく向上させた。上記の説明では、これら2つの方法を分析パイプラインで独立に使用した。ここではこれらの方法を組み合わせる。
分析パイプラインにおける改善のための第3の部分は、トリソミー(例えば13と18の検出)のための統計である。1つの分析では、試験サンプルを対照サンプル(正倍数体サンプル)と比較することにより、zスコア法を利用してトリソミーの状態を明らかにした。したがってこの統計的方法では、シークエンシングされるいくつかの対照サンプルを用いる。この研究では、4つの正倍数体サンプルを各シークエンシング・ランにおいてシークエンシングし、合計で103個の正倍数体を対照サンプルとしてシークエンシングした(そのうちの13個は、異なるシークエンシング・ランで2回シークエンシングした)。この方法により、トリソミー13とトリソミー18を診断するためのコストが顕著に増加した。
zスコア法によって試験サンプルを対照サンプルと比較する代わりに、サンプル中の試験染色体(例えば染色体13または染色体18)を他の染色体と比較することによってトリソミーの状態を明らかにする。これを実現するため、シークエンシングされた読み取り結果を上に記載したようにして分析した。ゲノムを500kbの連続したビンに分割した。LOESS回帰によるGC補正を利用して読み取り数のGCバイアスを減らした。LOESS回帰によるGC補正の後、ウィルコクソンの順位和検定により、染色体13または染色体18からのGC補正済読み取り数を他の染色体と比較した。染色体21、染色体X、染色体Yは、比較から除外した。p値カットオフを0.05にしてトリソミーの状態を明らかにした。この分析では対照サンプルが不要であったため、以前の分析におけるすべての対照サンプルを試験サンプルとして使用した。
比較基準として2つの人工染色体を構成した。一方は染色体13に関するもので人工染色体13と名づけ、他方は染色体18に関するもので人工染色体18と名づけた。人工染色体は、以下のようにして構成した。ゲノム全体を500kbのビンに分割した。染色体13内の各ビンについて、他の染色体(染色体13、染色体18、染色体21を除く常染色体)から3つのビンを選択した。これら3つのビンは、一般に、染色体13内の対応するビンと同じGC含量とマッピング可能性を有する。したがって染色体13内の各ビンは、人工染色体13内の3つのビンに対応していた。人工染色体13は、染色体13内のビンと同じGC含量とマッピング可能性を持つすべてのビンを組み合わせることによって構成した。人工染色体18も同様にして構成した。LOESS回帰によるGC補正を利用して読み取り数のGCバイアスを減らした。GC補正の後、ウィルコクソンの順位和検定により、染色体13または染色体18からのGC補正済読み取り数を人工染色体13または人工染色体18からの読み取り数と比較した。p値カットオフを0.05にしてトリソミーの状態を明らかにした。この分析では対照サンプルが不要であったため、以前の分析におけるすべての対照サンプルを試験サンプルとして使用した。
図1は、生物サンプル(例えば母親の血漿)から得られた配列と人工染色体のアラインメントによってGCバイアスを減らす方法を示すフロー・チャートである。この方法を利用してゲノム領域の増幅または欠失を明らかにすることができる。サンプルとして、胎児からの無細胞DNAと、その胎児を妊娠している女性からの無細胞DNAを含む混合物が可能である。別の一例では、サンプルとして、腫瘍からの無細胞DNAと患者からの無細胞DNAを含む混合物が可能である。
トリソミー13(T13)としても知られるパトー症候群は、減数分裂1の間に染色体が分離しないことが原因で患者が1つの余分な染色体13を有する症候群である。したがって染色体13も、胎児染色体異常の非侵襲性出生前診断における重要な標的である。
この明細書で言及したどのコンピュータ・システムも、適切な任意の数のサブシステムを利用することができる。そのようなサブシステムの例を、図8のコンピュータ装置800の中に示す。いくつかの実施態様では、コンピュータ・システムは単一のコンピュータ装置を備えており、その中のサブシステムとして、そのコンピュータ装置の構成要素が可能である。別の実施態様では、コンピュータ・システムは複数のコンピュータ装置を備えることができ、それぞれのコンピュータ装置が、内部構成要素を有するサブシステムである。
Claims (17)
- 生物サンプル中の第1の染色体領域の増幅又は欠失を検出する方法であって、
参照ゲノム中の第1の染色体領域を同定し、ここで、該第1の染色体領域は参照ゲノム中に第1のGC含量を有し;
前記参照ゲノムの複数の離散領域を含むゲノム配列データから参照人工染色体を組み立て、ここで、該複数の離散領域は第1のGC含量とほぼ同じGC含量である第2のGC含量を有する;
生物サンプル由来の複数の配列タグのそれぞれを、前記第1の染色体領域および前記参照人工染色体とコンピュータ装置によってアラインメントさせ、ここで、該配列タグは、第1の組織と第2の組織からの無細胞核酸を含む生物サンプル中の核酸のシークエンシングによって得られる;
前記第1の染色体領域とアラインメントされる配列タグの第1の量をコンピュータ装置によって決定し;
前記参照人工染色体とアラインメントされる配列タグの参照量をコンピュータ装置によって決定し;
前記第1の量と前記参照量からパラメータを決定し;
そのパラメータをカットオフ値と比較し、それによって、第1の組織の前記第1の染色体領域中の増幅または欠失の分類を決定すること、
を含む、方法。 - 前記第1の組織が胎児に由来し、前記第2の組織が、その胎児を妊娠している女性に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の組織が腫瘍に由来し、前記第2の組織が、その腫瘍を有する患者の健康な細胞に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の染色体領域が同じ染色体または異なる染色体に由来する複数の離散領域を含む、請求項1に記載の方法。
- 離散領域のすべてが、特定の範囲内の第1のGC含量を有するか、または離散領域のそれぞれが、特定の範囲内の第1のGC含量を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記生物サンプルが母親の血漿である、請求項1に記載の方法。
- 前記生物サンプルはヒトから得られたサンプルであり、前記第1の染色体領域が、染色体13、染色体18、および染色体21から成る群より選択された染色体の一部であり、前記分類が、その染色体のトリソミーである、請求項1に記載の方法。
- アラインメントする前に、前記第1の組織の無細胞核酸の少なくとも一部、および前記第2の組織の無細胞核酸の少なくとも一部の配列をシークエンシングすることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記パラメータが、第1の量および参照量が統計的に異なる確率であり、前記カットオフ値が0.05である、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の染色体領域を同定することが、遺伝子が豊富な領域を選択することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の染色体領域を同定することが、染色体13の長腕のいずれかの端部の領域を選択し、その間の領域を除くことを含む、請求項1に記載の方法。
- 回帰分析によって前記第1の量および参照量でGCバイアスを補正することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の染色体領域が染色体13および染色体18から選択され、参照人工染色体が、選択された染色体領域とほぼ同じGC含量および選択された染色体領域とほぼ同じマッピング可能性を有する、請求項1に記載の方法。
- 前記参照人工染色体が第1の人工参照染色体であり、複数の配列タグが第1の複数の配列タグであり、配列タグの参照量が配列タグの第1の参照量であり、パラメータは第1のパラメータである、請求項1に記載の方法であって、
当該方法は、更に、
該参照ゲノム中の第2の染色体領域を同定し、該第2の染色体領域は該参照ゲノム中に第3のGC含量を有し、該第2の染色体領域は第1の染色体領域と同一ではなく、第3のGC含量は第1のGC含量とは異なる;
前記参照ゲノムの複数の離散領域を含むゲノム配列データから第2の参照人工染色体を組み立て、ここで、該複数の離散領域は第3のGC含量とほぼ同じGC含量である第4のGC含量を有する;
生物サンプル由来の第2の複数の配列タグのそれぞれを、前記第2の染色体領域および前記第2の参照人工染色体とコンピュータ装置によってアラインメントさせ、ここで、該配列タグは、第1の組織と第2の組織からの無細胞核酸を含む生物サンプル中の核酸のシークエンシングによって得られる;
前記第2の染色体領域とアラインメントされる配列タグの第2の量をコンピュータ装置によって決定し;
前記第2の参照人工染色体とアラインメントされる配列タグの第2の参照量をコンピュータ装置によって決定し;
前記第2の量と前記第2の参照量から第2のパラメータを決定し;
第2のパラメータをカットオフ値と比較し、それによって、第1の組織の前記第2の染色体領域中の増幅または欠失の分類を決定すること、
を含む、方法。 - 前記人工染色体を組み立てることが、第1の染色体領域とほぼ同じGC含量および第1の染色体領域とほぼ同じマッピング可能性を有する離散領域を組み立てることを含み、特定の領域でのマッピング可能性は特定の領域の全ヌクレオチドの中でマッピング可能なヌクレオチドの割合である、請求項1に記載の方法。
- コンピュータに請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法を実行させるための、生物サンプル中の第1の染色体領域の増幅又は欠失を検出すためのコンピュータプログラム。
- 請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法を実行するための手段を備え、少なくともプロセッサおよびメモリをさらに含む、コンピュータシステム。
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US10438691B2 (en) | 2013-10-07 | 2019-10-08 | Sequenom, Inc. | Non-invasive assessment of chromosome alterations using change in subsequence mappability |
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IL285106B (en) | 2013-11-07 | 2022-09-01 | Univ Leland Stanford Junior | Clean nucleic acids are suitable for analyzing the human microbiome and its parts |
WO2016015058A2 (en) | 2014-07-25 | 2016-01-28 | University Of Washington | Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free dna, and methods of identifying a disease or disorder using same |
US11783911B2 (en) | 2014-07-30 | 2023-10-10 | Sequenom, Inc | Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations |
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EP3298169A4 (en) | 2015-05-18 | 2018-10-24 | Karius Inc. | Compositions and methods for enriching populations of nucleic acids |
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US10095831B2 (en) | 2016-02-03 | 2018-10-09 | Verinata Health, Inc. | Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations |
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WO2018009723A1 (en) * | 2016-07-06 | 2018-01-11 | Guardant Health, Inc. | Methods for fragmentome profiling of cell-free nucleic acids |
WO2018022890A1 (en) | 2016-07-27 | 2018-02-01 | Sequenom, Inc. | Genetic copy number alteration classifications |
CA3207879A1 (en) | 2017-01-24 | 2018-08-02 | Sequenom, Inc. | Methods and processes for assessment of genetic variations |
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CA3082601A1 (en) | 2018-03-16 | 2019-09-19 | Karius, Inc. | Sample series to differentiate target nucleic acids from contaminant nucleic acids |
US11475981B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-10-18 | Tempus Labs, Inc. | Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay |
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