JP6408380B2 - 癌を患うリスクのある被検体を診断するための方法およびキット - Google Patents
癌を患うリスクのある被検体を診断するための方法およびキットInfo
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Description
この出願は、2011年12月19日付で提出の米国仮出願第61/577,441号に基づく優先権を主張する。出願の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、特に膵臓癌における、癌のハイリスクスクリーニング、早期発見および監視のための方法および試薬に関する。
悪性新生物としても知られている癌は、無秩序な細胞増殖を伴う疾患を意味する。癌において、細胞は分裂および制御不能に成長し、悪性腫瘍を形成し、身体の近くの部分に侵入する。癌は、リンパ系や血流を介して身体の遠い部分に広がりうる。治療薬および診断薬の大幅な進歩にもかかわらず、癌は米国における罹患率および死亡率の主要な原因のままである。いくつかの癌に対して、これらの進歩にもかかわらず、発生率が増加している。
本発明は、特に膵臓癌における、癌のハイリスクスクリーニング、早期発見および監視のための方法および試薬に関する。
一好適な実施形態において、前記方法は、前記被検体からサンプルを得る工程;および前記サンプルにおいて、第1のマイクロRNAの発現レベルを決定する工程を含む。前記第1のマイクロRNAは、miR−18a、miR−22、miR−486、miR−642b、miR−7およびmiR−885−5pからなるアップレギュレートされたマイクロRNAsのパネルから選択される。前記サンプルにおいて、前記第1のマイクロRNAの発現レベルが所定の基準値を超えると、前記被検体またはサンプルは、細胞増殖性疾患を患っているかもしくは細胞増殖性疾患を発症するリスクを有していると分類または同定される。
本発明は、多くの、膵臓癌のような癌を有する被検体から得られた生物学的サンプルにおいて、コントロールサンプルに比べて発現レベルが変化されたマイクロRNA遺伝子産物の予期せぬ発見に、少なくともその一部に基づいている。これらの遺伝子は、被検体が細胞増殖性疾患を患っているか、または細胞増殖性疾患を発症するリスクを有しているかを診断する、またはかような疾患を患っている患者の予後もしくは監視を診断するための、バイオマーカーとして用いることができる。
本明細書に開示されるように、多数のマイクロRNA遺伝子は、癌患者と健康被検体におけるそれらの変化した発現パターンに基づき同定された。本明細書で同義的に使用されるように、「マイクロRNA」、「miR」、または「miRNA」は、miRNA遺伝子からの未処理もしくは処理済のRNA転写産物を意味する。未処理のmiRNA遺伝子転写産物はまた、「miRNA前駆体」と呼ばれ、典型的に長さ約70〜100ヌクレオチドのRNA転写産物を含む。miRNA前駆体は、活性的な18〜25ヌクレオチドRNA分子にRNAse(例えば、ダイサー、アルゴノート、またはRNAse III)で消化することによって処理することができる。この活性的な18〜25ヌクレオチドRNA分子は、「処理済」のmiRNA遺伝子転写産物または「成熟」のmiRNAとも呼ばれる。
上述した遺伝子、関連のキットまたはアレイは、被検体が細胞増殖性疾患を患っているかまたは細胞増殖性疾患を発症するリスクを有しているかを診断するのに使用することができる。また、それらは、被検体におけるかような疾患の予後を診断するのに使用することができる。
一態様において、本発明は、被検体が制御されない自律的細胞増殖によって特徴付けられた疾患(例えば、癌)を患っているかまたは前記疾患にかかりやすいかを診断するための定量的および定性的な情報を提供する。細胞増殖性疾患を患っているまたはそれにかかりやすい被検体は、当該被検体からの試験サンプルにおける上述した遺伝子またはそれらの産物(マイクロRNA)の発現レベル、パターン、またはプロファイルに基づいて診断されうる。言い換えると、前記産物は、疾患の存在または不存在を示すマーカーとして用いられうる。本発明の診断または予後アッセイは、産物の発現レベルを評価するための方法を含む。前記方法およびキットは、癌のような細胞増殖性疾患を検出することができる。例えば、一以上のアップレギュレートされた遺伝子の発現レベルにおける相対的な増加は、疾患存在の指標である。逆に、より低い発現レベルまたは発現不足は、疾患不存在の指標である。
2.早い年齢(50歳未満)で膵臓癌と診断された第一度近親者を有する個体;
3.2人以上の早い年齢(60歳未満)で膵臓癌を発症した第二度近親者を有する個体;
4.BRCA IおよびBRCA II変異によって影響された家族のメンバー;
5.家族性非定型マルチモルメラノーマ(FAMM)症候群を有する家族のメンバー;
6.遺伝性膵炎を持つこと;
7.HNPCC症候群を持つこと;
8.家族性大腸腺腫症(FAP)症候群を持つこと;
9.ポイツ−イエーガー(Peutz−Jeghers)症候群を持つこと;および
10.従来の方法でのルーチン検査によって、異常な超音波検査または膵臓のCT撮影が発見されている患者。
上述した診断方法は、細胞増殖疾患を患っているかまたは細胞増殖疾患を発症するリスク有している被検体を同定することができる。加えて、例えば、末梢血サンプルなどの生体サンプルにおける発現レベルにおける変化および/または上述した遺伝子(またはそのサブセット)の動向は、回復またはその不足の早期兆候を提供することができる。例えば、さらなる増加(もしくは減少)または規制されていない(unregulated)遺伝子(またはダウンレギュレートされた遺伝子)の継続的に改変された遺伝子発現レベルは、予後不良、すなわち、改善または健康衰退の欠如を示す。このため、これらの遺伝子は、癌の治療後の回復を評価させることができる。遺伝子もしくはそのサブセットのこの選抜グループの分析は、当該状態の結果を示す。
本発明において、バイオチップまたはアレイも提供される。前記バイオチップ/アレイは、取り付けられたプローブもしくは複数の本明細書に記載されたプローブを有する固体または半固体基板を含むことができる。前記プローブは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標的配列にハイブリダイズすることができる。前記プローブは、基板上の空間的に規定されたアドレスに取り付けられてもよい。標的配列ごとに1つ以上のプローブは、重複のプローブ、または特定の標的配列の異なる部分に対応するプローブとともに使用することができる。前記プローブは、当業者によって認識された単一の疾患に関連する標的配列にハイブリダイズすることが可能である。前記プローブは、バイオチップの後の付着と共に最初に合成されてもよく、またはバイオチップ上に直接合成されてもよい。
他の態様において、本発明は、本発明に記載されたマイクロRNA遺伝子発現解析のための方法、組成物およびシステムを具現化するキットを提供する。
この実施例において、マイクロRNAマイクロアレイスクリーニングは、発現レベルが変化した膵臓癌患者のマイクロRNAを同定するために行われた。
上述したマイクロアレイデータは、事実上定性的である。その結果を、RTqPCRのような定量的な照合に導入することが重要である。このため、この実施例において、血液ベースのマイクロRNAバイオマーカーとしてシグネチャーマイクロRNAを同定するという目標を達成するように、独立した方法により、上述した12個のマイクロRNAsを確認するために、アッセイを行った。
1.RT−PCRプレートの384ウェルおよび96ウェルの生CT値は、RQマネージャー1.2.1からエクスポートされ、「生」の値を得て、これらは「qPCR_miR*」タブに示された。
Claims (16)
- 被検体が膵臓癌を患っているか、または膵臓癌を発症するリスクを有しているかが判定されるための方法であって、前記被験体から得たサンプルにおいて、miR−18a、miR−22、miR−486、miR−642b、miR−7およびmiR−885−5pからなるアップレギュレートされたマイクロRNAsのパネルから選択された第1のマイクロRNAの発現レベルをPCRによって決定すること、および前記パネルから選択された第2のマイクロRNAの発現レベルをPCRによって決定することを含み、
前記第1のマイクロRNAは、miR−18aであり、前記第2のマイクロRNAが前記第1のマイクロRNAと異なり、
前記第1のマイクロRNAの発現レベルが当該第1のマイクロRNAの所定の基準値を超え、および前記第2のマイクロRNAの発現レベルが当該第2のマイクロRNAの所定の基準値を超えると、前記被検体が、前記膵臓癌を患っているか、または前記膵臓癌を発症するリスクを有していると判定される、方法。 - 前記第1のマイクロRNAの所定の基準値が、前記膵臓癌を患っていないコントロール被検体から得られる、請求項1に記載の方法。
- 前記被検体が、前記膵臓癌を発症するリスクの高いものである、請求項1に記載の方法。
- 前記サンプルが、体液サンプルである、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記サンプルが、血液、血清、および血漿からなる群より選択される、請求項4に記載の方法。
- 前記サンプルが、血液サンプルである、請求項5に記載の方法。
- 前記サンプルが、膵臓組織、膵臓腫瘍、膵臓細胞、または膵液を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法
- 前記第2のマイクロRNAの所定の基準値が、前記膵臓癌を患っていないコントロール被検体から得られる、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 被検体が膵臓癌を患っているか、または膵臓癌を発症するリスクを有しているかが判断されるためのアレイであって、
複数のユニーク場所、ならびに
(i)アップレギュレートされたマイクロRNAsの第1のパネルから選択された第1のマイクロRNAに相補的な配列を有する第1の核酸、この際、前記第1のマイクロRNAがmiR−18aであり;
(ii)前記第1のパネルから選択され、かつ前記第1のマイクロRNAと異なる第2のマイクロRNAに相補的な配列を有する第2の核酸、この際、前記第1のパネルがmiR−18a、miR−22、miR−486、miR−642b、miR−7、およびmiR−885−5pを含み;および
(iii)少なくとも一つの、ダウンレギュレートされたマイクロRNAsの第2のパネルから選択されたマイクロRNAに相補的な配列を有する核酸の、
任意の組み合わせを有する担体を含み、
この際、各核酸は前記担体のユニーク場所に固定されている、アレイ。 - 前記ダウンレギュレートされたマイクロRNAsの第2のパネルが、表2に列挙したものから選択される、請求項9に記載のアレイ。
- 前記核酸が、配列番号:1〜6からなる群より選択された配列に相補的である、請求項9に記載のアレイ。
- 被検体が膵臓癌を患っているか、または膵臓癌を発症するリスクを有しているかが判断されるためのキットであって、
(i)PCRの測定でアップレギュレートされたマイクロRNAsの第1のパネルから選択された第1のマイクロRNAの配列に相補的である核酸配列を有する第1のプローブ、または前記第1のマイクロRNAを増幅するための第1の一対のPCRプライマー、この際、前記第1のマイクロRNAがmiR−18aであり、および
(ii)PCRの測定でアップレギュレートされたマイクロRNAsの第1のパネルから選択され、かつ前記第1のマイクロRNAと異なる第2のマイクロRNAの配列に相補的である核酸配列を有する第2のプローブ、または前記第2のマイクロRNAを増幅するための第2の一対のPCRプライマーを含み、
この際、前記第1のパネルがmiR−18a、miR−22、miR−486、miR−642b、miR−7、およびmiR−885−5pを含む、キット。 - ハイブリダイゼーションを行うための試薬をさらに含む、請求項12に記載のキット。
- PCRを行うための試薬をさらに含む、請求項12に記載のキット。
- 前記プローブが、配列番号:1〜6からなる群より選択された配列に相補的である、請求項12に記載のキット。
- 前記キットが、請求項9〜11のいずれか1項に記載のアレイを含む、請求項12に記載のキット。
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