JP6100694B2 - グリピカン−3(gpc3)に対して親和性を有するヒトリポカリン2の突然変異タンパク質 - Google Patents
グリピカン−3(gpc3)に対して親和性を有するヒトリポカリン2の突然変異タンパク質 Download PDFInfo
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Description
tumor)および肝芽細胞腫(hepatoblastoma)で現れる(Jakubovic and Jothy; Ex.Mol.Path. 82: 184-189
(2007);Nakatsura and Nishimura, Biodrugs 19(2): 71-77 (2005))。
and Hyman, Am J Med. 120(3): 194-202 (2007))。効果的なHCC治療方法(strategies)が求められている。このため、GPC3、好ましくは腫瘍細胞上に現れるGPC3をターゲティングするための有効な手段および方法を有することが望まれている。
brassicae)のビリン結合タンパク質で構成する群から選択される。
sequence)」としての役割を果たす。
D.R. (1996)、前掲; Flower, D.R. et al. (2000)、前掲、または、Skerra, A. (2000) Biochim. Biophys.
Acta 1482, 337-350に報告されている)。実際に、タンパク質のリポカリンファミリは、全体の折りたたみ(folding)形態を高度に保存しながら、通常、低レベルの全体の配列保存(しばしば、20%より低い配列同一性)を共有し、広範囲のスペクトルのリガンドを結合するために自然に進化している。種々のリポカリンにおける位置間の対応は、当業者によく知られている。例えば、米国特許第7,250,297号を参照されたい。
Number)P80188(Isoform 1)の成熟hNGALに関する。SWISS−PROT/UniProtデータバンクのアクセッション番号P80188に示されたアミノ酸配列は、「参照配列(reference
sequence)」として好適である。
Kunitz)/ウシ膵臓トリプシンインヒビタドメイン、テンダミスタット(tendamistat)、カザール型セリンプロテアーゼインヒビタドメイン(a
Kazal-type serine protease inhibitor domain)、トレフォイル(Trefoil)(P型)ドメイン、フォンヴィレブランド因子(von
Willebrand factor)C型ドメイン、アナフィラトキシン様ドメイン、CUBドメイン、チログロブリンI型反復、LDL−レセプタクラスAドメイン、スシドメイン(a
Sushi domain)、リンクドメイン、トロンボスポンジンI型ドメイン、免疫グロブリンドメインまたは免疫グロブリン様ドメイン(例えば、ドメイン抗体またはキャメル重鎖抗体)、C型レクチンドメイン、MAMドメイン、フォンヴィレブランド因子A型ドメイン、ソマトメジンBドメイン、WAP型4ジスルフィドコアドメイン、F5/8C型ドメイン、ヘモペキシン(Hemopexin)ドメイン、SH2ドメイン、SH3ドメイン、ラミニン型EGF様ドメイン、C2ドメイン、「カッパボディ(Kappabodies)」(Ill.
et al. "Design and construction of a hybrid immunoglobulin domain with
properties of both heavy and light chain variable regions" Protein Eng 10:
949-57 (1997))、「ミニボディ(Minibodies)」(Martin et al. "The affinity-selection
of a minibody polypeptide inhibitor of human interleukin-6" EMBO J 13: 5303-9
(1994))、「ダイアボディ(Diabodies)」(Holliger et al. "‘Diabodies’: small bivalent
and bispecific antibody fragments" PNAS USA 90: 6444-6448 (1993))、「ジャヌシン(Janusins)」(Traunecker
et al. "Bispecific single chain molecules (Janusins) target cytotoxic
lymphocytes on HIV infected cells" EMBO J 10: 3655-3659 (1991) and
Traunecker et al. "Janusin: new molecular design for bispecific reagents"
Int J Cancer Suppl 7: 51-52 (1992))、ナノボディ、アドネクチン、テトラネクチン、ミクロボディ、アフィリン、アフィボディ(an
affibody)、アンキリン、クリスタリン、ノッティン(a knottin)、ユビキチン、ジンク−フィンガタンパク質、自己蛍光タンパク質、アンキリンまたはアンキリン反復タンパク質またはロイシンリッチ反復タンパク質、アビマ(an
avimer)(Silverman, Lu Q, Bakker A, To W, Duguay A, Alba BM, Smith R, Rivas A, Li
P, Le H, Whitehorn E, Moore KW, Swimmer C, Perlroth V, Vogt M, Kolkman J, Stemmer
WP 2005, Nat Biotech, Dec; 23(12): 1556-61, E-Publication in Nat Biotech. 2005
Nov 20 edition);同様に、ヒトレセプタドメインのファミリのエキソンシャフリング(exon shuffling)により進化した多価アビマタンパク質(Silverman
J, Lu Q, Bakker A, To W, Duguay A, Alba BM, Smith R, Rivas A, Li P, Le H, Whitehorn
E, Moore KW, Swimmer C, Perlroth V, Vogt M, Kolkman J, Stemmer WP, Nat Biotech,
Dec; 23(12): 1556-61, E-Publication in Nat. Biotechnology. 2005 Nov 20 editionにも記載されている)。
J. et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd Ed., Cold Spring
Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY)を用いてDNAレベルで行われ得る。アミノ酸配列の可能な変更は、挿入または欠失、同様にアミノ酸置換である。
(a)Leu36→Ile;Ala40→Trp;Gln49→Pro;Tyr52→Arg;Ser68→Arg;Leu70→;Arg72→Asp;Lys73→Glu;Asp77→Gly;Trp79→Gly;Arg81→Ala;Asn96→Val;Tyr100→Arg;Leu103→Ile;Tyr106→Asp;Lys125→Phe;Ser127→Lys;Lys134→Gly;
(b)Leu36→Val;Ile41→Met;Gln49→Leu;Tyr52→Arg;Ser68→Gly;Leu70→Ser;Arg72→Trp;Lys73→Arg;Asp77→His;Trp79→Lys;Arg81→Gly;Asn96→Asp;Tyr100→Gly;Leu103→Gln;Tyr106→Asn;Lys125→Glu;Ser127→Arg;Tyr132→Trp;Lys134→Ala;
(c)Leu36→Arg;Ala40→Val;Ile41→Ala;Gln49→Pro;Tyr52→Arg;Ser68→Asn;Leu70→Arg;Arg72→Ala;Lys73→Met;Asp77→Met;Trp79→Ser;Arg81→Gly;Asn96→Gln;Tyr100→Glu;Leu103→Asn;Tyr106→Asn;Lys125→Glu;Ser127→Tyr;Tyr132→Ile;Lys134→Phe;
(d)Leu36→Met;Ile41→Arg;Gln49→Val;Tyr52→Thr;Ser68→Ala;Leu70→Gln;Lys73→Leu;Asp77→Gln;Trp79→Gly;Arg81→Thr;Asn96→Asp;Tyr100→Ile;Tyr106→Met;Lys125→Arg;Ser127→Arg;Tyr132→Phe;Lys134→Asp;
(e)Leu36→Ser;Ala40→His;Ile41→Arg;Gln49→Arg;Tyr52→His;Ser68→Asn;Leu70→Thr;Lys73→Glu;Asp77→His;Trp79→Ser;Arg81→Gly;Asn96→Lys;Tyr100→Asn;Leu103→Met;Tyr106→Phe;Ser127→His;Tyr132→Gln;Lys134→Asn;
(f)Leu36→Ile;Ala40→Gly;Ile41→Gln;Gln49→Trp;Tyr52→Ser;Leu70→Arg;Lys73→Leu;Asp77→Ser;Arg81→Tyr;Asn96→Gly;Tyr100→Asn;Leu103→Asp;Tyr106→Asn;Lys125→Tyr;Ser127→Ile;Tyr132→Trp;Lys134→Ile;
(g)Leu36→Met;Ile41→Ser;Gln49→Arg;Tyr52→Asn;Ser68→Lys;Leu70→Arg;Arg72→Trp;Lys73→His;Asp77→Tyr;Trp79→Ser;Arg81→Thr;Asn96→Asp;Leu103→Trp;Lys125→Gly;Ser127→Arg;Tyr132→Trp;Lys134→Ser;
(h)Leu36→Ile;Ala40→Tyr;Gln49→Pro;Tyr52→Arg;Ser68→Arg;Leu70→Phe;Arg72→Ser;Lys73→Arg;Trp79→Ile;Arg81→Trp;Asn96→Phe;Tyr100→Asn;Tyr106→Leu;Lys125→Trp;Ser127→Asp;Tyr132→Val;Lys134→Gly.
et al. (1995) J. Mol. Biol. 249: 244-250)。そのようなアプローチは、本発明の突然変異タンパク質におけるT細胞エピトープのポテンシャルを同定し、その意図的な使用に依存して、予測される免疫原性に基づく特異的な突然変異タンパク質の選択を行うために利用されてもよい。さらに、T細胞エピトープを含むことが予測されたペプチド領域に、これらのT細胞エピトープを減少または消失させ、これにより免疫原性を最少化するために追加の突然変異原性を受けさせることも可能である。遺伝的に工学設計された抗体からの両側のエピトープの除去は、既に開示されており(Mateo
et al. (2000) Hybridoma 19(6): 463-471)、本発明の突然変異タンパク質に対して適応されてもよい。これにより得られた突然変異タンパク質は、最少化された免疫原性を有するものであり、以下に示すような、治療的、診断的応用におけるそれらの使用について魅力的である。
tubulysin)、および、ドラスタチン類似物(a dolastatin analogue)を含む。ドラスタチン類似物は、オーリスタチンE(auristatin
E)、モノメチルオーリスタチンE、オーリスタチンPYEおよびオーリスタチンPHEとしてもよい。細胞増殖抑制剤の例は、制限されるものではないが、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、5−フルオロウラシル、タキソテレ(Taxotere)(ドセタキセル(Docetaxel))、パクリタキセル(Paclitaxel)、アントラサイクリン(ドキソルビシン(Doxorubicin))、メソトレキセート、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン、ダカルバジン(Dacarbazine)、シクロホスファミド、エトポシド(Etoposide)、アドリアマイシン、カンプトテシン、コンブレタスタチン(Combretatastin)A−4関連化合物,スルホンアミド、オキサジアゾリン、ベンゾ[b]チオフェンシンセチック スピロケタール ピラン、モノテトラヒドロフラン化合物、クラシンおよびクラシン誘導体、メトキシエストラジオール誘導体、並びに、ロイコボリン(Leucovorin)を含む。本発明のリポカリン突然変異タンパク質は、アンチセンス核酸分子、小型妨害性RNA(small
interfering RNAs)、マイクロRNAやリボザイム等の治療学的に活性な核酸と結合されていてもよい。そのような結合体は、本技術分野でよく知られた方法により生成することができる。
al. (2005) International Congress Series. 1277, 185-198、または、Gaillard PJ, et al.
(2005) Expert Opin Drug Deliv. 2(2), 299-309参照)。そのような化合物は、例えば、商品名2B−TransTMとして入手可能である(to-BBB
technologies BV, Leiden, NL)。本発明の突然変異タンパク質が結合することができる他の典型的なターゲティング分子は、所望のターゲット分子に親和性を有する抗体、抗体フラグメントやリポカリン突然変異タンパク質を含む。ターゲティングモイエティのターゲット分子は、例えば、細胞表面抗原である。細胞表面抗原は、例えば、がん細胞等の細胞や組織タイプに特異的である。そのような細胞表面タンパク質の説明的な例は、HER−2、または、NEU−2等のプロテオグリカンである。
(2000) Pharmacol. Rev. 52, 1-9)等の脂肪酸分子、免疫グロブリンのFc部位、免疫グロブリンのCH3ドメイン、免疫グロブリンのCH4ドメイン、アルブミン若しくはそのフラグメント、アルブミン結合ペプチド、アルブミン結合タンパク質、トランスフェリン、または、タグPro−Ala−Serとしてもよい。アルブミン結合タンパク質は、細菌性アルブミン結合タンパク質、抗体、ドメイン抗体を含む抗体フラグメント(例えば、米国特許6,696,245号参照)、または、アルブミンに対して結合活性を有するリポカリン突然変異タンパク質としてもよい。従って、本発明のリポカリン突然変異タンパク質の半減期を延長するための適正な結合化合物は、アルブミン(Osborn et al.
(2002) J. Pharmacol. Exp. Ther. 303, 540-548)、または、アルブミン結合タンパク質、例えば、連鎖球菌プロテインG(Konig,
T.
and Skerra, A. (1998) J. Immunol. Methods 218, 73-83)等の細菌性アルブミン結合ドメインを含む。結合パートナとして用いられ得るアルブミン結合ペプチドの他の例は、例えば、Cys−Xaa1−Xaa2−Xaa3−Xaa4−Cysのコンセンサス(共通)配列を有するものであり、米国特許出願2003/0069395号やデニスら(Dennis et al, (2002) J. Biol. Chem. 277, 35035-35043)により開示されたように、Xaa1がAsp、Asn、Ser、ThrまたはTrp;Xaa2がAsn、Gln、His、Ile、LeuまたはLys;Xaa3がAla、Asp、Phe、TrpまたはTyr;およびXaa4がAsp、Gly、Leu、Phe、SerまたはThrである。
Ltd., Cambridge, UK and MA, USA)から商業的に入手可能である。
Corporation, PA, USA)から商業的に入手可能である。また、タンパク質安定化剤としての使用のための組み換えヒトトランスフェリン(DeltaFerrinTM)も、ノボザイム デルタ社(Nottingham, UK)から商業的に入手可能である。
al. (1990) “The Clinical Efficacy of Poly(Ethylene
Glycol)-Modified Proteins” J. Control. Release 11, 139-148を参照)である。そのようなポリマ、好適にはポリエチレングリコールの分子量は、例えば、約10,000、約20,000、約30,000、約40,000ダルトンの分子量を有するポリエチレングリコールを含む、約300から約70,000ダルトンの範囲としてもよい。さらに、例えば、米国特許6,500,930号や6,620,413号に記載されたように、でんぷんやヒドロキシエチルでんぷん(HES)等の炭水化物オリゴマやポリマは、血清半減期延長の目的のために、本発明の突然変異タンパク質に結合されてもよい。
et al. (2002) J. Pharmacol. Exp. Ther. 303, 540-548、前掲)、または、アルブミン結合タンパク質、例えば、連鎖球菌プロテインG(Konig,
T.
and Skerra ,A. (1998) J. Immunol. Methods 218, 73-83、前掲)等の細菌性アルブミン結合ドメインを含む。デニスらの前掲の文献(2002)または米国特許出願2003/0069395号に記載され、Cys−Xaa1−Xaa2−Xaa3−Xaa4−Cysのコンセンサス配列を有し、Xaa1がAsp、Asn、Ser、ThrまたはTrp;Xaa2がAsn、Gln、His、Ile、LeuまたはLys;Xaa3がAla、Asp、Phe、TrpまたはTyr;およびXaa4がAsp、Gly、Leu、Phe、SerまたはThrであるアルブミン結合ペプチドは、融合パートナとしても用いられ得る。また、アルブミン自体またはアルブミンの生物学的活性フラグメントを本発明のリポカリン突然変異タンパク質の融合パートナとして用いることも可能である。用語「アルブミン」は、ヒト血清アルブミン、ウシ血清アルブミンやラット血清アルブミン等の全哺乳動物のアルブミンを含む。アルブミンの組み換え生成物またはそのフラグメントは、本技術分野においてよく知られており、例えば、米国特許5,728,553号、欧州特許出願EP 0330451号やEP 0361991号に記載されている。
Skerra, A. (2001), Duocalins, engineered ligand-binding proteins with dual
specificity derived from the lipocalin fold (Biol. Chem. 382, 1335-1342)、または、毒素である。
リポカリンをコードする核酸分子に突然変異生成を受けさせ、1またはそれ以上の突然変異核酸分子を生じさせる。
(a)で得られた1以上の突然変異タンパク質核酸分子を適切な発現系で発現させ、
複数の突然変異タンパク質を少なくともGPC3のフラグメントまたは成熟形態と接触させ、
所与のターゲットに対して検出可能な結合親和性を有する1またはそれ以上の突然変異タンパク質を選択および/または分離により濃縮する。
al.(1996)、前掲;Lowman, H. B. (1997)、前掲やRodi, D. J. and Makowski, L. (1999)、前掲に報告されている)、コロニースクリーニング(Pini, A. et al. (2002) Comb.
Chem. High Throughput Screen. 5, 503-510に報告されている)、リボソームディスプレイ(Amstutz, P. et al. (2001) Curr. Opin. Biotechnol. 12,
400-405に報告されている)、ウィルソン、D.S.ら(Wilson,
D. S. et al.)のProc.Natl.Acad.Sci.USA 98、3750−3755(2001)に報告されたmRNAディスプレイ、または、WO99/16873号、WO00/75308号、WO03/029471号、WO03/029462号、WO03/029463号、WO2005/019254号、WO2005/019255号、WO2005/019256号やWO2006/56464号に特に記載された方法等のよく知られた技術がこれらクローンの選択のために使用されてもよい。
(i)少なくともGPC3のフラグメントを例えば所与のターゲット/リガンドとして供給し、
前記リガンドおよび突然変異タンパク質間の前記ターゲット/リガンドに対する結合親和性を有する複合体の形成を許容するために、複数の突然変異タンパク質を前記ターゲット/リガンドと接触させ、および
結合親和性を有していない、または、結合親和性を実質的に有していない突然変異タンパク質を除去する。
mutagenesis)の結果となるエラープローンPCRの使用である。エラープローンPCRは、一例としてザッコロら(Zaccolo et
al. (1996) J. Mol. Biol. 255, 589-603)により開示されたような、いずれかの公知の手法により行われ得る。そのような目的に適したランダム突然変異生成の他の方法は、ムラカミら(Murakami et
al. (2002) Nat. Biotechnol. 20, 76-81)により開示されたランダム挿入/欠失(RID)突然変異生成、ビッカーら(Bittker et
al. (2002) Nat. Biotechnol. 20, 1024-1029)により開示された非相同的ランダム組み換え(NRR)を含む。望むのであれば、アフィニティ成熟は、WO00/75308号やシュレフーバーら(Schlehuber et
al. (2000) J. Mol. Biol. 297, 1105-1120)の手法により行われてもよく、ジゴキシゲニンに対して高い親和性を有するビリン結合タンパク質の突然変異タンパク質が得られている。親和性を向上させるための他のアプローチは、位置飽和突然変異生成(positional saturation mutagenesis)を行うことである。このアプローチでは、アミノ酸交換/突然変異が4つのループセグメントのいずれかにおける単一の位置に導入されただけである「小(small)」核酸ライブラリが創作される。そして、これらのライブラリは、更なるラウンドのパニング(panning)を行うことなく直接選択ステップ(親和性スクリーニング)を受けさせる。このアプローチは、所望のターゲットの向上した結合に貢献する残基の同定を許容し、結合に重要である「ホットスポット(hot
spots)」の同定を許容する。
bodies)の形態で回収されるかのいずれかであり、インビトロで復元される。更なる選択肢は細胞内環境を酸化することを有する特異的なホスト種の使用であり、それによりサイトソルにおけるジスルフィド結合の形成を許容する(Venturi et
al. (2002) J. Mol. Biol. 315, 1-8)。
et al. (1997) Chemical Approaches to the Synthesis of Peptides and Proteins.
CRC Press, Boca Raton, Fields, GB, and, Colowick (1997) Solid-Phase Peptide
Synthesis. Academic Press, San Diego, or Bruckdorfer et al. (2004) Curr. Pharm.
Biotechnol. 5, 29-43に報告されている)。
Michniak (2004) Am. J. Ther. 11(4), 312-316)、イオン導入法(iontophoresis)、超音波導入法(sonophoresis)やマイクロニードル増強デリバリ(microneedle-enhanced
delivery)等の経皮的デリバリ技術は、ここに記載された突然変異タンパク質の経皮的デリバリのために使用されてもよい。非−非経口的デリバリモードは、例えば、丸薬、錠剤、カプセル剤、溶液または懸濁液の形態での経口的、または、例えば、座薬の形態での直腸的投与である。本発明の突然変異タンパク質は、種々の従来の無毒性で薬学的に受容可能な賦形剤やキャリア、添加物および媒体を含む剤型で全身的または局所的に投与されてもよい。
Briefing: Pharmatech 2003: 1-6)で投与されるようにしてもよい。
Pharmacy, 20th Ed., Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA)。薬学的組成物を調製するために、薬学的に不活性な無機または有機の賦形剤を用いてもよい。例えば、丸薬、粉末剤、ゼラチンカプセル剤や座薬を調製するために、例えば、ラクトース、タルク、ステアリン酸およびその塩、脂質、ワックス、固体または液体ポリオール、天然油および硬化油を用いてもよい。溶液、懸濁液、エマルジョン、エアロゾル混合物、または、使用前に溶液やエアロゾル混合物への再構成用粉末の調製のための適切な賦形剤は、水、アルコール、グリセロール、ポリオールおよびこれらの適切な混合物、同様に、植物油脂を含む。
a)リポカリン突然変異タンパク質をその化合物と結合させ、そして、
b)リポカリン突然変異タンパク質/化合物複合体を予め選択されたサイトにデリバリする。
GPC3 (glypican3). Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. May 2002参照)。
reagent)」については、1つまたはそれ以上の異なる薬品を含んでおり、「その方法(the method)」については、当業者に知られ、ここに記載された方法のために改変され、置換され得る同等のステップや方法に対する参照を含んでいる。
この開示に示された全ての刊行物および特許は、その全体における参照により取り込まれる。参照により取り込まれた物質が本明細書と矛盾するか、または、一致しない限りは、本明細書はそのようないずれの物質に変えてもよい。
essentially of)」が、請求の範囲の基本的および新奇な特性に物質的に影響を及ぼさない物質やステップを排除するものではない。
ここでのそれぞれの事例では、用語「含む(comprising)」、「基本的に構成する(consisting
essentially of)」および「構成する(cosisting of)」は、いずれも、他の2つの用語のいずれかと置き換えてもよい。
et al. (2001)、前掲)に開示されたものとして用いたものである。
単一の対になっていないチオール側鎖を除去するためのアミノ酸置換Cys87Ser(Goetz et al. (2000)
Biochemistry 39, 1935-1941)、同様に、セカンドBstXI制限サイトを導入するためのアミノ酸置換Gln28Hisを含むクローン化されたcDNA(Breustedt et
al. (2006) Biochim. Biophys. Acta 1764, 161-173)に基づいて、Lcn2変異体の組合せのライブラリを生成した。基本的に、報告されたストラテジィ(Beste et al. (1999)
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96. 1898-1903; Skerra (2001) J. Biotechnol. 74, 257-275)により、この領域の突然変異生成およびポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アセンブリを行い、このとき、図1に示すように、オリゴデオキシヌクレオチド(配列番号:16から配列番号:25までの配列)での1ポット増幅反応を用いた。配列番号:16から配列番号:19までの配列を有するプライマがコードするストランドに対応し、アミノ酸位置36、40、41、49、52または68、70、72、73、77、79、81または96、100、103、106または125、127、132、134のそれぞれでの縮重コドンを含むとともに、配列番号:20から配列番号:23までの配列を有するプライマがコードしないストランドに対応し、縮重コドンやアンチコドンを含まないように、オリゴデオキシヌクレオチドを設計した。配列番号:24および配列番号:25を有する2つのフランキングプライマを過剰に用い、アセンブルされランダム化された遺伝子フラグメントの増幅のために供給した。既に報告されたように(Schlehuber et
al. (2000) J. Mol. Biol. 297, 1105-1120)、Go−Taq Hot Start DNAポリメラーゼ(Promega, Mannheim,
Germany)を用いて、すべてのPCRステップを行った。
Munich, Germany)からHPLCグレードのものを入手した。NNK含有オリゴデオキシヌクレオチドを、同社から入手し、脱塩し、さらに、尿素PAGEにより精製した。得られたDNAライブラリをBstXI(Promega, Mannheim,
Germany)で切断し、属性発現ベクタpASK111(Vogt and
Skerra (2001) J. Mol. Recognit. 14(1), 79-86)に基づくとともに、OmpAシグナルペプチド、改変された成熟Lcn2、続いてアンバーコドンおよび糸状バクテリオファージM13の遺伝子IIIコートタンパク質のC−末端フラグメントで構成される、つまり、ビリン結合タンパク質について以前開示されたもの(Beste et al.、前掲;Skerra、前掲)と同様の融合タンパク質をコードするファージミドベクタphNGAL102(配列番号:10)でクローン化した。分解されたPCR生成物の8.4μgおよび分解されたプラスミドDNAの94μgのライゲーション混合物での大腸菌XL1−Blueのエレクトロポレーションの後(Bullock et
al. (1987) Biotechniques 5, 376-378)、1×1010の形質転換体を得た。
BioTechnology GmbH, Puchheim, Germany)から得た。2つのBstXI制限サイトにより側面に位置される中央遺伝子カセットを、適切なプライマ(配列番号:15および配列番号:26)を用いて20サイクルのPCRを介して増幅し、属性発現ベクタpASK75(Skerra (1994)
Gene 151, 131-135)に基づくとともに、phNGAL102(配列番号:10)と同じ特徴を基本的に含むものの、クロラムフェニコール抵抗性の代わりにアンピシリン抵抗性を媒介し、突然変異タンパク質およびファージpIIIプロテイン間のstrep−tag Iを含み、同様に1.7×1010の独立した形質転換体に対応する複雑性を有するライブラリをもたらすphNGAL108(配列番号:11)でサブクローン化した。
Technologies, La Jolla, USA)での感染の後、培養をさらに30分間、37℃、100rpmで振盪した。そして、インキュベータ温度を26℃まで低下させ、振盪スピードを再び160rpmに上昇させ、10分後、カナマイシン(70μg/ml)を添加し、アンヒドロテトラサイクリン(ACROS
Organics, Geel, Belgium)の25μg/l(培養1リットルあたり、ジメチルホルムアミド、DMF中200μg/mlのストック溶液の125μl)での添加を介して遺伝子発現を誘導した。インキュベーションを26℃、160rpmでさらに12−15時間続けた。
NS0細胞で発現させた組み換えヒトグリピカン−3をR&D systemsから入手し、選択実験のために、EZ−Link Sulfo−NHS−LC−LC−Biotin(Pierce)を4倍モル過剰で用いることでリジン残基を介してランダムにビオチン化した。
国際特許出願WO/2005/019256号に本質的に開示されたように、実施例1から得られたファージミドを用いて、ファージミドディスプレイおよび選択を行った。ライブラリには、組み換えビオチン化ヒトGPC3に対して4サイクルのファージディスプレイ選択を受けさせた。
et al., J. Mol. Biol. (2000), 297, 1105-1120)。
実施例3に従い選択された突然変異タンパク質のスクリーニングを、国際特許出願WO2006/56464号の実施例3に本質的に記載されたように行った。
Systems)で競合することに対して、同一性アッセイアプローチを用いることもできる。
組み換えLcn2およびヒトグリピカン−3特異的Lcn2変異体を、大腸菌K12のJM83株(Yanisch-Perron
et al. (1985) Gene 33, 103-119)、大腸菌supEのTG1−F−株(アクリジニウムオレンジを用いてそのエピソームから保存処理された大腸菌K12 TG1[Kim et al. (2009) J. Am. Chem. Soc. 131, 3565-3576]の派生株)、または、大腸菌W3110(Bachmann (1990) Microbiol.
Rev. 54, 130-197)におけるペリプラズム分泌により生成した。
et al., J. Mol. Biol. (2000), 297, 1105-1120)に開示されたプロトコルにより、LB−アンピシリン培地の存在下において2L振盪フラスコ培養で成長させた。より大量のタンパク質のために、シベックら(Schiweck, W.
and Skerra, A., Proteins (1995) 23, 561-565)に開示されたプロトコルに基づき、1つ(または10)の培養器(vessel)でのベンチトップ発酵培養により大腸菌W3110株で発現させた同じベクタで、ペリプラズム生産を行った。
M. (2000) Use of the Strep-tag and streptavidin for detection and purification
of recombinant proteins. Methods Enzymol. 326A, 271-304)により開示された手法に従い、適切なベッドボリュームのカラムを用いたストレプトアビジンアフィニティクロマトグラフィ(Strep-TactinTM Superflow, IBA)によるシングルステップで、ペリプラズム分画からLcn2変異体を精製した。高純度を達成し、凝集した組み換えタンパク質を除去するために、PBSバッファの存在下において、スーパーデックス75HR10/30カラム(Superdex 75 HR 10/30 column, 24-ml bed volume, Amersham Pharmacia
Biotech, Freiburg, Germany)で、最終的に突然変異タンパク質のゲル濾過を行った。単量体タンパク質分画をプールし、SDS−PAGE(Fling
and Gregerson (1986) Anal. Biochem. 155, 83-88)により純度を分析し、さらなる生化学的特徴付けに使用した。
選択されたLcn2突然変異タンパク質の結合親和性および特異性を確認するために、「直接」ELISAを行った。これにより、BSAブロックしたニュートラビジン(Thermo
Scientific、5μg/ml)によるポリスチロールプレート(Greiner, GE)の表面で、1μg/mlの一定濃度のビオチン化ヒトグリピカン3(R&D
Systems)を獲得した。精製したLcn2突然変異タンパク質の2段階希釈系を、獲得したGPC−3とともに室温で1時間インキュベートし、ラビット抗ストレプ−タグIIポリクローナル抗体を用いたStrep−tag IIを介するか、または、スカフォールド特異的ポリクローナルラビット抗体を用いることのいずれかにより検出した。いずれの場合でも、抗ラビットIgG−HRP結合体(Abcam、UK)を二次検出抗体として用いた。
Statcom, USA)にデータを適合させた。
Scientific、5μg/ml、GE)を介したポリスチロールプレート(Greiner、GE)の表面で、1μg/mlの一定濃度のビオチン化ヒトグリピカン−3(R&D Systems)を獲得した。同時に、1.5μMから始まる非ビオチン化ヒトグリピカン−3の2段階希釈系を、タンパク質が結合していない96ウェルのポリプロピレンプレート(Nunc,
GE)中で、一定濃度のGPC3特異的突然変異タンパク質とともに室温で1時間インキュベートした。リポカリン突然変異タンパク質の一定濃度は、本実施例で上述したように、直接ELISAで決定されたそれぞれの突然変異タンパク質のEC50に対応している。次に、非改変ヒトGPC3およびリポカリン突然変異タンパク質の混合物を、GPC3を獲得したニュートラビジンプレート上に移した。ビオチン化GPC3を、室温で1時間、アンチカリン結合用の非改変GPC3と競合させた。この1時間の間に、フリーなリポカリン突然変異タンパク質を、獲得したGPC3に結合させ、ラビット抗ストレプ−タグIIポリクローナル抗体(GenScript,
USA)により検出した。ヤギ抗ラビットIgG−HRP結合体(Abcam, UK)を、二次検出抗体として用いた。競合アッセイと同時に、RFU値とアンチカリン濃度を関連させる標準曲線を得るために、「直接」ELISAにおける同じプレートでアンチカリン結合性を決定した。そして、この曲線を、プレートに結合しグラフパッド ソフトウェア(Graphpad
software)に適合させたアンチカリンのレベルに対する競合データを正規化するために用いた。IC50値は、プレートに結合したリポカリン突然変異タンパク質の最大量の半分に対応する。
ここに開示されたリポカリン突然変異タンパク質の結合動力学および親和性を測定するために、表面プラズモン共鳴を用いた。
フローサイトメトリィにより評価されたときに検出可能なレベルの内因性GPC3を発現しない、DSMZセルバンクからのSK−HEP1を、ヒト、カニクイザルまたはマウスGPC3をコードする発現ベクタで安定的に感染させた。ベクタを欠くコントロールの細胞についても、同時に入手し分析した。マウス抗グリピカン3クローン1G12モノクローナル抗体(DCS)を用いて、GPC3の検出を行った。
software)に集め、EC50値を得るために、プリズム5プログラム(Prism5 program, GraphPad)でのシグモイダル投与量応答モデルに適合させた。
Claims (15)
- hNGALの突然変異タンパク質において、前記突然変異タンパク質は、hNGALの直鎖状ポリペプチド配列(配列番号:27)の配列位置36、40、41、49、52、68、70、72、73、77、79、81、96、100、103、106、125、127、132および134に対応する配列位置のいずれかの9またはそれ以上のアミノ酸置換を含むことで特徴づけられるとともに、グリピカン−3(GPC3)を、表面プラズモン共鳴により測定された親和性であって約10nMまたはそれ未満のKDによる親和性で結合することが可能であり、前記hNGALの直鎖状ポリペプチド配列に関し、Leu36→Ile、Val、Arg、MetまたはSer;Ala40→Trp、Val、His、GlyまたはTyr;Ile41→Met、Ala、Arg、GlnまたはSer;Gln49→Pro、Leu、Val、ArgまたはTrp;Tyr52→Arg、Thr、His、SerまたはAsn;Ser68→Arg、Gly、Asn、AlaまたはLys;Leu70→Arg、Ser、Gln、ThrまたはPhe;Arg72→Asp、Trp、AlaまたはSer;Lys73→Glu、Arg、Met、LeuまたはHis;Asp77→Gly、His、Met、Gln、SerまたはTyr;Trp79→Gly、Lys、SerまたはIle;Arg81→Ala、Gly、Thr、TyrまたはTrp;Asn96→Val、Asp、Gln、Lys、GlyまたはPhe;Tyr100→Arg、Gly、Glu、IleまたはAsn;Leu103→Ile、Gln、Asn、Met、AspまたはTrp;Tyr106→Asp、Asn、Met、PheまたはLeu;Lys125→Phe、Glu、Arg、Tyr、GlyまたはTrp;Ser127→Lys、Arg、Tyr、His、IleまたはAsp;Tyr132→Trp、Ile、Phe、GlnまたはVal;Lys134→Gly、Ala、Phe、Asp、Asn、IleまたはSer:で構成する群から選択された1またはそれ以上のアミノ酸置換を含むことを特徴とする突然変異タンパク質。
- 前記突然変異タンパク質のアミノ酸配列は、前記hNGALの直鎖状ポリペプチド配列に関し、
(a)Leu36→Ile;Ala40→Trp;Gln49→Pro;Tyr52→Arg;Ser68→Arg;Leu70→Arg;Arg72→Asp;Lys73→Glu;Asp77→Gly;Trp79→Gly;Arg81→Ala;Asn96→Val;Tyr100→Arg;Leu103→Ile;Tyr106→Asp;Lys125→Phe;Ser127→Lys;Lys134→Gly;
(b)Leu36→Val;Ile41→Met;Gln49→Leu;Tyr52→Arg;Ser68→Gly;Leu70→Ser;Arg72→Trp;Lys73→Arg;Asp77→His;Trp79→Lys;Arg81→Gly;Asn96→Asp;Tyr100→Gly;Leu103→Gln;Tyr106→Asn;Lys125→Glu;Ser127→Arg;Tyr132→Trp;Lys134→Ala;
(c)Leu36→Arg;Ala40→Val;Ile41→Ala;Gln49→Pro;Tyr52→Arg;Ser68→Asn;Leu70→Arg;Arg72→Ala;Lys73→Met;Asp77→Met;Trp79→Ser;Arg81→Gly;Asn96→Gln;Tyr100→Glu;Leu103→Asn;Tyr106→Asn;Lys125→Glu;Ser127→Tyr;Tyr132→Ile;Lys134→Phe;
(d)Leu36→Met;Ile41→Arg;Gln49→Val;Tyr52→Thr;Ser68→Ala;Leu70→Gln;Lys73→Leu;Asp77→Gln;Trp79→Gly;Arg81→Thr;Asn96→Asp;Tyr100→Ile;Tyr106→Met;Lys125→Arg;Ser127→Arg;Tyr132→Phe;Lys134→Asp;
(e)Leu36→Ser;Ala40→His;Ile41→Arg;Gln49→Arg;Tyr52→His;Ser68→Asn;Leu70→Thr;Lys73→Glu;Asp77→His;Trp79→Ser;Arg81→Gly;Asn96→Lys;Tyr100→Asn;Leu103→Met;Tyr106→Phe;Ser127→His;Tyr132→Gln;Lys134→Asn;
(f)Leu36→Ile;Ala40→Gly;Ile41→Gln;Gln49→Trp;Tyr52→Ser;Leu70→Arg;Lys73→Leu;Asp77→Ser;Arg81→Tyr;Asn96→Gly;Tyr100→Asn;Leu103→Asp;Tyr106→Asn;Lys125→Tyr;Ser127→Ile;Tyr132→Trp;Lys134→Ile;
(g)Leu36→Met;Ile41→Ser;Gln49→Arg;Tyr52→Asn;Ser68→Lys;Leu70→Arg;Arg72→Trp;Lys73→His;Asp77→Tyr;Trp79→Ser;Arg81→Thr;Asn96→Asp;Leu103→Trp;Lys125→Gly;Ser127→Arg;Tyr132→Trp;Lys134→Ser;
(h)Leu36→Ile;Ala40→Tyr;Gln49→Pro;Tyr52→Arg;Ser68→Arg;Leu70→Phe;Arg72→Ser;Lys73→Arg;Trp79→Ile;Arg81→Trp;Asn96→Phe;Tyr100→Asn;Tyr106→Leu;Lys125→Trp;Ser127→Asp;Tyr132→Val;Lys134→Gly;
で構成する群から選択されたアミノ酸置換の1セットを含むことを特徴とする請求項1に記載の突然変異タンパク質。 - 配列番号:1〜配列番号:8で構成する群から選択されたアミノ酸配列を含む請求項1に記載の突然変異タンパク質。
- 前記突然変異タンパク質は、有機分子、酵素ラベル、放射性ラベル、着色ラベル、蛍光ラベル、発色ラベル、発光ラベル、ハプテン、ジゴキシゲニン、ビオチン、細胞増殖抑制剤、毒素、金属複合体、金属およびコロイド金で構成する群から選択された化合物と結合していることを特徴とする請求項1に記載の突然変異タンパク質。
- 前記突然変異タンパク質は、そのN末端および/またはC末端で、タンパク質、タンパク質ドメインまたはペプチドである融合パートナと融合していることを特徴とする請求項1に記載の突然変異タンパク質。
- 前記突然変異タンパク質は、該突然変異タンパク質の血清半減期を延長する化合物と結合していることを特徴とする請求項1に記載の突然変異タンパク質。
- 前記血清半減期を延長する化合物は、ポリアルキレングリコール分子、ヒドロエチルでんぷん、免疫グロブリンのFc部位、免疫グロブリンのCH3ドメイン、免疫グロブリンのCH4ドメイン、アルブミン結合ペプチドおよびアルブミン結合タンパク質で構成する群から選択されることを特徴とする請求項6に記載の突然変異タンパク質。
- 請求項1に記載の突然変異タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子。
- 前記核酸分子は、前記核酸分子の発現を許容するために、制御配列と作動可能に結合されていることを特徴とする請求項8に記載の核酸分子。
- 前記核酸分子は、ベクタまたはファージミドベクタに含まれることを特徴とする請求項8に記載の核酸分子。
- 請求項8に記載の核酸分子を含むホスト細胞。
- 請求項1に記載の突然変異タンパク質を生成する方法であって、前記突然変異タンパク質は、前記突然変異タンパク質をコードする核酸から開始し、遺伝子工学的手法を用いて生成されることを特徴とする方法。
- 前記突然変異タンパク質は、細菌性または真核性のホスト有機体に生成され、前記ホスト有機体またはその培養から分離されることを特徴とする請求項12に記載の方法。
- GPC3の存在を検出するための分析用キットにおいて、請求項1に記載の突然変異タンパク質を含むことを特徴とする分析用キット。
- GPC3の存在を検出する方法であって、
(a)請求項1に記載の突然変異タンパク質を、GPC3を含むと思われるテストサンプルと接触させ、それにより該突然変異タンパク質およびGPC3間の複合体の形成を許容し、
(b)前記突然変異タンパク質およびGPC3間の複合体を適切なシグナルにより検出する、
ステップを含むことを特徴とする方法。
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