JP5989109B2 - 蛍光顕微鏡システムの標準化 - Google Patents
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IA(0)=f[IB(t)]
IA(0)=時間0でのシステムAのピクセル強度と等しい;
IB(t)=時間(t)でのシステムBからのピクセル強度;
GB=Aに対するシステムBのガンマ(時間に亘って一定);
OB=Aに対するシステムBのオフセット(時間に亘って一定);
DB(0)=時間0でのシステムBのドリフト要因;
DB(t)=時間tでのシステムBのドリフト要因;
TB(0)=時間0でのシステムBの組織露出;及び
TB(t)=時間tでのシステムBの組織露出。
図6は、実施形態に係る蛍光スキャニング装置を標準化する工程の一例を示す図である。一実施形態では、工程は、各システムの装置の標準化に続く初期基準ドリフトをキャプチャすることにより開始される。第1のシステムは、基準システムとして定義される(システムA)。残りの全てのシステム(システムB、C等)は、基準システムに対して標準化される。
ドリフト基準画像は、色付けされたプラスチック又は他の“ドリフトスライド”を用いてキャプチャされる。時間0でのシステムAのドリフト基準DA(0)は以下のように算出される。
スライドは、正規化工程のために選択される。このスライドは、正規化される各システムにより一度に画像化される。この標本は、充分に準備され、標準化される蛍光色素の代表的なものとなる。これは、測定されるサンプルと同様の広い範囲のピクセル強度を有するべきである。また、これは、複数の露出により生じるフォトブリーチに対してできるだけ安定であるべきである。これは、長い周期に亘って安定である必要はなく、初期装備の標準化が完了した後には必要なくなる。
各システムは、当該システムに特有のガンマ値及びオフセット値に関連付けられる。これは、非常に大きな変更が装置の照明又は画像化経路になされない限り変化せず、この場合、標準化工程全体が繰り返される。
ユーザの精度要求及び画像化システムのドリフト特性に応じて、“ドリフト補正”が各装置に対して一定間隔で行われるべきである。多くの場合、この補正は、1日ごと、又はシステムを使用するごとに行われうる。有色プラスチックスライド又はステップ(1)からの他の適切な“ドリフトスライド”を用いて、ドリフト補正画像がキャプチャされる。時間tでのシステムのドリフト補正D(t)は、以下の式(6)で算出される。
2又はそれ以上のシステムの標準化から導かれる明らかな利益に加えて、このアプローチは、キャリブレーションスライドの損失又は損傷又は任意のシステムへの意図的な変更の後に回復することも可能にする。これは、また、標準化セットに加えられる新たなシステムもサポートする。装置のグループが標準化されると、元の基準システムは、次回以降の標準化にはもはや必要ではない。なぜなら、任意の標準化システムが元の基準装置の代わりとして用いられうるためである。これは、装置を(仮想的な)基準装置と比較することにより、装置の標準化を可能にし、それにより、元のシステムを参照し直す。
なお、この時に、本明細書に記載された様々なスキャニング装置がサンプルデータを画像化するためのラインスキャンカメラを用いるが、サンプルのデジタル画像を生成する任意の型のスキャニングシステムが、蛍光顕微鏡システムを標準化する本システム及び方法で用いるために適切であることを留意すべきである。
Claims (22)
- 蛍光顕微鏡画像化システムを標準化する方法であって、
標準化される第1の画像化システムにより、ドリフト基準スライドの画像を含むドリフト画像をキャプチャするステップであって、前記ドリフト基準スライドは、色付けされた顕微鏡スライドを含み、ドリフトは、時間及び/又は環境状態に亘る蛍光顕微鏡の変化を示す、ステップと、
前記ドリフト画像を用いてドリフト測定値を算出するステップと、
前記第1の画像化システムにより、正規化スライドの画像を含む第1の正規化画像をキャプチャするステップであって、前記正規化スライドは、蛍光色素により調製された標本を含む、ステップと、
基準画像化システムにより、前記正規化スライドの画像を含む基準正規化画像をキャプチャするステップと、
前記第1の正規化画像を前記基準正規化画像と比較するステップと、
前記比較に基づいて、前記第1の画像化システムのガンマ値及びオフセット値を求めるステップであって、前記ガンマ値及びオフセット値は、所定の時間における前記第1の画像化システムと前記基準画像化システムとのピクセル強度測定値に関連する、ステップと、を含み、
前記ドリフト測定値を算出するステップは、前記ドリフト画像の平均ピクセル強度と前記ドリフト画像の露出時間との比を算出することを含む
方法。 - 前記第1の正規化画像をキャプチャするステップ、前記第1の正規化画像を前記基準正規化画像と比較するステップ及び前記第1の画像化システムの前記ガンマ値及び前記オフセット値を求めるステップは、複数の前記正規化スライドのそれぞれに対して全て実行され、前記複数の正規化スライドのそれぞれは、異なる蛍光色素により調製された標本を含む請求項1に記載の方法。
- 前記第1の正規化画像及び前記基準正規化画像は、前記正規化スライドの同一領域の画像を含む請求項1に記載の方法。
- 前記基準画像化システムについて、前記ガンマ値を1に設定し、前記オフセット値を0に設定するステップを更に含む請求項1に記載の方法。
- 前記第1の正規化画像を前記基準正規化画像と比較するステップは、
前記第1の正規化画像に基づいて第1のヒストグラムを算出するステップと、
前記基準正規化画像に基づいて基準ヒストグラムを算出するステップと、
前記第1のヒストグラムを前記基準ヒストグラムと比較するステップと、を含む請求項1に記載の方法。 - 前記第1の正規化画像を前記基準正規化画像と比較するステップは、更に、
前記基準正規化画像の基準領域を識別するステップであって、前記基準領域は、前記基準正規化画像における矩形領域を含む、ステップと、
前記基準領域に対する前記第1の正規化画像の一又はそれ以上の候補領域のそれぞれの二乗平均平方根の差を算出するステップであって、前記候補領域は、前記第1の正規化画像における矩形領域を含む、ステップと、
前記基準領域に対する二乗平均平方根の差の最小値を有する一又はそれ以上の候補領域の1つを識別するステップと、を含む請求項5に記載の方法。 - 前記第1のヒストグラムを前記基準ヒストグラムと比較するステップは、
前記基準ヒストグラムについての基準累積分布関数を算出するステップと、
前記第1のヒストグラムについての第1の累積分布関数を算出するステップと、
前記第1の累積分布関数及び前記基準累積分布関数が一致する前記第1の正規化画像及び前記基準正規化画像における一又はそれ以上の対応するピクセル強度を求めるステップと、を含む請求項5に記載の方法。 - 前記第1の画像化システムの前記ガンマ値及び前記オフセット値を求めるステップは、
前記一又はそれ以上の対応するピクセル強度に基づいてガンマ関数を求めるステップと、
前記ガンマ値及び前記オフセット値を含む1次方程式を生成するために線形回帰を前記ガンマ関数に適用するステップと、を含む請求項7に記載の方法。 - 前記線形回帰における標準誤差を推定するステップを更に含む請求項8に記載の方法。
- 前記第1の画像化システムにより、サンプルのデジタル画像をキャプチャするステップであって、前記デジタル画像は、複数のピクセルを含み、各ピクセルは、ピクセル強度値と関連付けられる、ステップと、
前記ドリフト測定値、前記ガンマ値及び前記オフセット値に基づいて前記ピクセル強度値の一又はそれ以上を変更するステップと、を更に含む請求項1に記載の方法。 - 前記ピクセル強度値を変更せずに、前記デジタル画像を記憶するステップを更に含む請求項10に記載の方法。
- 前記デジタル画像に画像処理を適用するステップであって、前記一又はそれ以上のピクセル強度値の変更は、前記画像処理の適用が行われたときに行われる、ステップを更に含む請求項11に記載の方法。
- 前記デジタル画像を表示するステップであって、前記一又はそれ以上のピクセル強度値の変更は、前記デジタル画像が表示されるときに行われる、ステップを更に含む請求項11に記載の方法。
- 前記基準画像化システムにより、前記ドリフト基準スライドの画像を含む基準ドリフト画像をキャプチャするステップと、前記基準ドリフト画像を用いて基準ドリフト測定値を算出するステップと、を更に含む請求項1に記載の方法。
- 前記基準ドリフト測定値を記憶するステップを更に含む請求項14に記載の方法。
- 前記基準正規化画像を記憶するステップを更に含む請求項15に記載の方法。
- 蛍光顕微鏡画像化システムを標準化するシステムであって、
少なくとも1つのハードウェアプロセッサと、
前記少なくとも1つのハードウェアプロセッサにより実行されたときに、
第1の画像化システムによりキャプチャされるドリフト基準スライドの画像を含むドリフト画像を受信し、前記ドリフト基準スライドは、色付けされた顕微鏡スライドを含み、ドリフトは、時間及び/又は環境状態に亘る蛍光顕微鏡の変化を示し、
前記ドリフト画像を用いてドリフト測定値を算出し、
前記第1の画像化システムによりキャプチャされた正規化スライドの画像を含む第1の正規化画像を受信し、前記正規化スライドは、蛍光色素により調製された標本を含み、
基準画像化システムによりキャプチャされた前記正規化スライドの画像を含む基準正規化画像を受信し、
前記第1の正規化画像を前記基準正規化画像と比較し、
前記比較に基づいて、前記第1の画像化システムのガンマ値及びオフセット値を求める、少なくとも1つの実行可能なモジュールと、を備え、
前記ガンマ値及びオフセット値は、所定の時間における前記第1の画像化システムと前記基準画像化システムとのピクセル強度測定値に関連し、
前記ドリフト測定値の算出は、前記ドリフト画像の平均ピクセル強度と前記ドリフト画像の露出時間との比を算出することを含む
システム。 - 前記第1の正規化画像を前記基準正規化画像と比較することは、
前記第1の正規化画像に基づいて第1のヒストグラムを算出し、
前記基準正規化画像に基づいて基準ヒストグラムを算出し、
前記第1のヒストグラムを前記基準ヒストグラムと比較することを含む請求項17に記載のシステム。 - 前記第1の正規化画像を前記基準正規化画像と比較することは、更に、
前記基準正規化画像の基準領域を識別し、前記基準領域は、前記基準正規化画像における矩形領域を含み、
前記基準領域に対する前記第1の正規化画像の一又はそれ以上の候補領域のそれぞれの二乗平均平方根の差を算出し、前記候補領域は、前記第1の正規化画像における矩形領域を含み、
前記基準領域に対する二乗平均平方根の差の最小値を有する一又はそれ以上の候補領域の1つを識別することを含む請求項18に記載のシステム。 - 前記第1のヒストグラムを前記基準ヒストグラムと比較することは、
前記基準ヒストグラムについての基準累積分布関数を算出し、
前記第1のヒストグラムについての第1の累積分布関数を算出し、
前記第1の累積分布関数及び前記基準累積分布関数が一致する前記第1の正規化画像及び前記基準正規化画像における一又はそれ以上の対応するピクセル強度を求めることを含む請求項18に記載のシステム。 - 前記第1の画像化システムの前記ガンマ値及び前記オフセット値を求めることは、
前記一又はそれ以上の対応するピクセル強度に基づいてガンマ関数を求め、
前記ガンマ値及び前記オフセット値を含む1次方程式を生成するために線形回帰を前記ガンマ関数に適用することを含む請求項20に記載のシステム。 - 前記少なくとも1つの実行可能なモジュールは、更に、前記第1の画像化システムにより、キャプチャされたサンプルのデジタル画像を受信し、前記デジタル画像は、複数のピクセルを含み、各ピクセルは、ピクセル強度値と関連付けられており、前記ドリフト測定値、前記ガンマ値及び前記オフセット値に基づいて前記ピクセル強度値の一又はそれ以上を変更する請求項17に記載のシステム。
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