JP5896473B2 - 46種類の粘膜型ヒトパピローマウイルスを検出しタイプを特定するためのプローブセット - Google Patents
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Description
本出願は、2010年1月19日に出願した米国仮特許出願第61/296,245号の利益を主張する。
a)少なくとも1種類のHPVタイプを含むことが疑われるサンプルを準備する過程。
b)前記サンプルに、HPVのL1領域を増幅するのに適切なプライマーを添加する過程。
c)前記サンプルをDNA増幅に適切な条件下でインキュベートする過程。
d)配列ID番号1〜46のいずれか一つに記載のヌクレオチド配列を有する少なくとも一つのプローブを添加する過程。前記プローブはハイブリダイゼーション条件下でそれぞれ一つの種類のHPVタイプにのみ結合し、各前記少なくとも一つのプローブはさらに特有のタグを備える。
e)前記プローブ及び前記サンプルをハイブリダイゼーションに最適な条件下でインキュベートする過程。
f)少なくとも一つの前記タグ付きプローブのハイブリダイゼーションを検出する過程。
a)少なくとも1種類のHPVタイプを含むことが疑われるサンプルを準備する過程;
b)前記サンプルに、HPVのL1領域を増幅するのに適切なプライマーを添加する過程;
c)前記サンプルをDNA増幅に適切な条件下でインキュベートする過程;
d)配列ID番号1〜46のいずれか一つに記載のヌクレオチド配列を有する少なくとも一つのプローブを添加する過程であって、前記プローブはハイブリダイゼーション条件下でそれぞれ一つの種類のHPVタイプにのみ結合し、各前記少なくとも一つのプローブはさらに特有のタグを備える、過程;
e)前記プローブ及び前記サンプルをハイブリダイゼーションに最適な条件下でインキュベートする過程;
f)少なくとも一つの前記タグ付きプローブのハイブリダイゼーションを検出する過程。
オリゴヌクレオチドは、National・Microbiology・LaboratoryのDNAコアセクションで合成された。プローブの5´末端のC12をアミノリンカーで修飾し、これがルミネックス社のマイクロビーズのカルボキシル基にカップリングするようにした。HPVのDNAをPCR増幅するために用いるプライマーであるMY09、MY11、GP5+及び修飾GP6+プライマーは、インビトロジェン社(カナダ,オンタリオ州バーリントン)より購入した。
プラスミド又は臨床検査サンプルから採取したHPVのDNAは、1段階目はMY09/MY11プライマーを用いて(Manos et al., 1989)、2段階目はGP5+/GP6+プライマーを用いて(Roda Husman et al., 1995)、2段階PCR増幅反応により増幅された。複数のHPVタイプを含む臨床サンプルにおいてDNAの増幅を最適に行うためには、1段階目においてPGMYプライマーが用いられた(Gravitt et al, 2000)。GP6+プライマーは以下の修飾を含むものであった。:i)PCR産物(以下参照)の検出に際し、ストレプトアビジン−PEのリガンドとして用いるために、5´末端にビオチン標識を付した。;ii)バクテリオファージT7遺伝子6エキソヌクレアーゼ(以下を参照するとともに、結果のセクションを参照されたい)の作用に対して耐性を付与するために、5´末端から数えて最初の4つのヌクレオチドにはホスホロチオエート結合を導入した。PCR増幅は、4mM MgCl2、200μMのdNTP(インビトロジェン社,カタログ番号#10297−018)、0.2mMずつの各プライマー、及び1.25Uのアンプリタック・ゴールド・ポリメラーゼ(アプライド・バイオシステム社,カタログ番号#4311816)を含有する1×PCRバッファー(インビトロジェン社,カタログ番号#10342−020)の中で行われた。MY09/MY11プライマーを用いた、2段階PCR増幅反応のうちの1段階目は、94℃で5分間の最初の変性ステップにより開始され、続いて、94℃で30秒間の変性、55℃で30秒間のアニーリング、及び72℃で60秒間のエロンゲーションで構成されるサイクルを30サイクル行った。最後に、72℃で7分間のエクステンションがなされた。PGMYプライマーを用いた増幅は、6mM MgCl2、200μM dNTP、及び18種類のプライマーそれぞれ0.6μMずつ含むPGMYミクスチャー(Gravitt et al., 2000)の存在下で、40サイクル(94℃で30秒間の変性、55℃で30秒間のアニーリング、72℃で30秒間のエロンゲーション)行われた。この反応溶液のうちの1〜5μL(通常は2μL)が、GP5+/GP6+プライマーを用いた2段階目の増幅反応に用いられた。2段階目の増幅反応は、次の条件下で行った。:94℃で5分間の最初の変性を行った後、続いて、94℃で30秒、40℃で20秒、72℃で30秒から成るサイクルを30サイクル行う。最後に、72℃で7分間のエクステンションがなされる。GP5+/GP6+プライマーを用いた1段階PCR増幅反応を行う場合には、次の条件下で行った。:94℃で5分間の最初の変性を行った後、続いて、94℃で30秒、40℃で20秒、72℃で30秒から成るサイクルを30サイクル行う。最後に、72℃で7分間のエクステンションがなされる。
PCRを行った後、ビオチニル化したストランドと相補的なGP5+ストランドは、5´→3´エキソヌクレアーゼであるT7遺伝子エキソヌクレアーゼにより分解された。もう一方の方のストランドは、5´末端に4つのホスホロチオエート結合を有することにより、T7エキソヌクレアーゼの作用から保護された(Nikiforov et al, 1994)。T7エキソヌクレアーゼ(ニュー・ニュー・イングランド・バイオラボ社,カタログ番号#M0263L)がPCR産物に最終濃度が0.4U/μlとなるように添加されることにより、相補鎖が分解されて、ビオチン標識した1本鎖DNAが生成された。この1本鎖DNAは、ルミネックス社のビーズにカップリングされたプローブと相補的な配列を有する。この分解反応は、最終濃度が0.5MとなるようにEDTAを12.5μl添加することにより、停止された。
赤色及び赤外蛍光色素を異なる比率で配合して分類したマイクロビーズのセットは、ルミネックス社より購入した(米国テキサス州オースティン,カタログ番号#L100−CXXX−01)。これらのマイクロビーズは、製造業者の使用説明書に従い、適宜変更を加えて、HPVのタイプ特異的なプローブにカップリングされた。当該HPVのタイプ特異的なプローブは、5´側がアミノ修飾されており、マイクロビーズの表面に結合されているカルボキシル基と反応して結合できるようになっている。簡単に説明すると、マイクロビーズストック(ルミネックス社)は、しっかりとボルテックスされた後、それぞれのマイクロビーズのセットから、5.0×106個のビーズを含むアリコットが採取されて、それぞれ独立した1.5ml容量の微量遠心管チューブの中に入れられた。そして、超音波ウォーターバス(ブランソン社)の中で再懸濁され、14000×gで2分間遠心処理された。そして、上清が除去されて、そのマイクロビーズはpH4.5で0.1M 2−N−モルホリノエタンスルホン酸(MES)(シグマ社,カタログ番号#M−2933)50μlに再懸濁された。そして、異なるセットのマイクロビーズにそれぞれ適切なタイプの1mMアミノ置換オリゴヌクレオチド溶液が1μlずつ添加され、それぞれのチューブに10mg/mLの1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC)(フィッシャー社,カタログ番号#22980)の溶液が2.5μLずつ添加された。それぞれのチューブはボルテックスされ、室温、暗所で30分間インキュベートされた後、それぞれのチューブに10mg/ml EDCが2.5μLずつ添加された。その後、暗所で30分間インキュベートされた。この2回目のインキュベートの期間が終了した後、0.02%ツイン(登録商標)20(シグマ社,カタログ番号#P−9416)が1mlずつ添加され、それぞれのチューブが14,000×gで2分間遠心処理された。上清が除去されて、マイクロビーズのペレットに0.1%SDS(ドデシル硫酸ナトリウム)が1ml添加された。各チューブはボルテックスされた後、14,000×gで2分間遠心処理された。上清が除去されて、ペレットが100μlのTEに再懸濁された。プローブにカップリングしたマイクロビーズは、暗所、4℃で最大で6ヶ月保存された。
ルミネックスアッセイにおいては、通常は各セットが15マイクロビーズ/μlずつ採取され、混合液において混合された。エキソヌクレアーゼで分解した後のPCR産物は、96ウェルPCRマイクロプレート(フィッシャー社,カタログ番号#CS006509)の各ウェルの中に全体積が17μlとなるように採取され、96ウェルシーリングカバー(フィッシャー社,カタログ番号#CS006555)によりシールされた。マイクロプレートは、DNAを変性させるために、95℃で10分間インキュベートされ、そして、マイクロビーズ混合液33μLが添加された。これらのサンプルは、ハイブリダイゼーション温度で10分間インキュベートされ、ストレプトアビジン−フィコエリスリン(インビトロジェン社,カタログ番号#S−866)の溶液0.04mg/μlが25μl添加された後、1×テトラメチルアンモニウムクロリド(TMAC)(シグマ社,カタログ番号#T−3411)がサンプルに添加され、その後さらに60℃で5分間インキュベートされた。サンプルは、ルミネックスISソフトウェアを用いたルミネックスリキッドチップ200フローサイトメーターによって分析された。分析は、最大で50μLのサンプルを60℃で、最小でも各タイプにつき100個のマイクロビーズを数えることにより行われた。下流ゲートは8,300に、上流ゲートは16,500に、それぞれ設定された。
プローブは、GP5+/GP6+プライマー(Roda Husman et al., 1995)の間に配置されるL1遺伝子の領域を標的として作成された。この領域は、GP5+/GP6+プライマーが結合する2つの保存領域で挟まれた領域であり、比較的配列があまり保存されていない領域である。この領域の長さはタイプごとに若干異なり、例えばHPV16型では141bpの長さであり、Flores et al., 1999(GenBank登録番号AF125673)により公知とされている配列の6624〜6764番のヌクレオチドに対応している。
単に二本鎖のPCR産物を変性させて、マイクロビーズに結合しているプローブにハイブリダイズさせた場合、ビオチン標識一本鎖オリゴヌクレオチドをマイクロビーズにハイブリダイズさせた場合と比べて、検出される蛍光シグナルが小さくなった(図3)。私達は、マイクロビーズに物理的に結合された短い(30nt)プローブにGP6+ストランドがハイブリダイズすることよりも、PCR産物の長いストランドが再ハイブリダイズすることのほうが、熱力学的に起こりやすいのだろうと考えた。それ故に、私達は、先に公知とされている方法に従って(Nikiforov, et al., 1994)、バクテリオファージT7遺伝子6エキソヌクレアーゼを用いて、PCR産物のうちの標識がされていない方のストランドを除去することとした。T7エキソヌクレアーゼは5´→3´プロセッシブ酵素であり、二本鎖DNA分子の一方のストランドを迅速に分解する(Kerr and Sadowski, 1972)。ビオチン標識を含むGP6+ストランドを保護しつつ、GP5+ストランドのみを選択的に分解するために、当該分子の5´末端の4つのヌクレオチドのデオキシリボーゼ部分の間に通常のホスホジエステル結合に代えてホスホロチオエート結合を導入するように修飾がなされた。このような化学的修飾を施すことにより、修飾された末端からはDNA分子の分解を始めることがもはや出来なくなり、T7エキソヌクレアーゼの作用を阻害することができることが知られている(Nikiforov et al., 1994)。
それぞれのタイプについての特異性及び反応性は、公知の起源のHPVから、又は、可能であれば全てのHPVゲノムを含むクローンから、又は、臨床サンプルより若しくは刊行物により公知となっている遺伝子配列(完全なリストは、材料と方法を参照)を用いて合成されたサンプルよりPCRによって増幅された遺伝子のMY領域のクローンから、PCR産物を添加することによって、決定された。全てのクローンは、直接シークエンス法により、そして刊行物により公知となっているHPVの配列と比較することにより、確かめられた。
NMLルミネックス遺伝子型決定手法によって得られた結果と、増幅した産物を直接シークエンシングした結果と、を比較することにより、臨床サンプルに対する検証が行われた。直接シークエンシングによれば、あらゆるタイプのHPVを誤判別することなく特定することができるため、これはNMLルミネックスアッセイのプローブの特異性を追加的に試験することにもなる。
そこで私達は、ロッシュ社のリニアアレイHPV遺伝子型決定方法を判断基準に用いて、NMLルミネックスアッセイの性能を比較した。当該リニアアレイキットによれば37種類の異なる遺伝子型を検出することができ、このリニアアレイキットにおけるPGMYプライマーに基づいた増幅システムは、とりわけ複数種類の遺伝子を増幅するのに効果的である。リニアアレイはFDAの認可を得ているものであり、HPV疫学の文献で用いられる標準的な方法の一つである。
Albrecht, V., A. Chevallier, V. Magnone, P. Barbry, F. Vandenbos, A. Bongain, J. C. Lefebvre, and V. Giordanengo. 2006. Easy and fast detection and genotyping of high−risk human papillomavirus by dedicated DNA microarrays. J. Virol. Methods. 137:236−244.
Altschul, S. F., W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, and D. J. Lipman. 1990. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403−410.
Bekkers, R. L., L. F. Massuger, J. Bulten, and W. J. Melchers. 2004. Epidemiological and clinical aspects of human papillomavirus detection in the prevention of cervical cancer. Rev. Med. Virol. 14:95−105.
Bosch, F. X. and N. Munoz. 2002. The viral etiology of cervical cancer. Virus Res. 89:183−190.
Bosch, F. X., A. Lorincz, N. Munoz, C. J. Meijer, and K. V. Shah. 2002. The causal relation between human papillomavirus and cervical cancer. J. Clin. Pathol. 55:244−265.
Bosch, F. X., A. N. Burchell, M. Schiffman, A. R. Giuliano, S. de Sanjose, L. Bruni, G. Tortolero−Luna, S. K. Kjaer, and N. Munoz. 2008. Epidemiology and natural history of human papillomavirus infections and type−specific implications in cervical neoplasia. Vaccine 26 Suppl 10:K1−16.
Buscema, J., Z. Naghashfar, E. Sawada, R. Daniel, J. D. Woodruff, and K. Shah. 1988. The predominance of human papillomavirus type 16 in vulvar neoplasia. Obstet. Gynecol. 71:601−606.
Chan, S. Y., H. Delius, A. L. Halpern, and H. U. Bernard. 1995. Analysis of genomic sequences of 95 papillomavirus types: uniting typing, phylogeny, and taxonomy. J. Virol. 69 :3074−3083.
Choi, B. S., O. Kim, M. S. Park, K. S. Kim, J. K. Jeong, and J. S. Lee. 2003. Genital human papillomavirus genotyping by HPV oligonucleotide microarray in Korean commercial sex workers. J. Med. Virol. 71:440−445.
Clifford, G. M., S. Gallus, R. Herrero, N. Munoz, P. J. Snijders, S. Vaccarella, P. T. Anh, C. Ferreccio, N. T. Hieu, E. Matos, M. Molano, R. Rajkumar, G. Ronco, S. de Sanjose, H. R. Shin, S. Sukvirach, J. O. Thomas, S. Tunsakul, C. J. Meijer, and S. Franceschi. 2005. Worldwide distribution of human papillomavirus types in cytologically normal women in the International Agency for Research on Cancer HPV prevalence surveys: a pooled analysis. Lancet 366:991−998.
Coutlee, F., D. Rouleau, G. Ghattas, C. Hankins, S. Vezina, P. Cote, J. Macleod, A. de Pokomandy, D. Money, S. Walmsley, H. Voyer, P. Brassard, and E. Franco. 2007. Confirmatory real−time PCR assay for human papillomavirus (HPV) type 52 infection in anogenital specimens screened for HPV infection with the linear array HPV genotyping test. J. Clin. Microbiol. 45:3821−3823.
Coutlee, F., D. Rouleau, P. Petignat, G. Ghattas, J. R. Kornegay, P. Schlag, S. Boyle, C. Hankins, S. Vezina, P. Cote, J. Macleod, H. Voyer, P. Forest, S. Walmsley, and E. Franco. 2006. Enhanced detection and typing of human papillomavirus (HPV) DNA in anogenital samples with PGMY primers and the Linear array HPV genotyping test. J. Clin. Microbiol. 44:1998−2006.
Cuzick, J., A. Szarewski, H. Cubie, G. Hulman, H. Kitchener, D. Luesley, E. McGoogan, U. Menon, G. Terry, R. Edwards, C. Brooks, M. Desai, C. Gie, L. Ho, I. Jacobs, C. Pickles, and P. Sasieni. 2003. Management of women who test positive for high−risk types of human papillomavirus: the HART study. Lancet 362:1871−1876.
Cuzick, J., M. Arbyn, R. Sankaranarayanan, V. Tsu, G. Ronco, M. H. Mayrand, J. Dillner, and C. J. Meijer. 2008. Overview of human papillomavirus−based and other novel options for cervical cancer screening in developed and developing countries. Vaccine 26 Suppl 10:K29−K41.
Cuzick, J., M. H. Mayrand, G. Ronco, P. Snijders, and J. Wardle. 2006. Chapter 10: New dimensions in cervical cancer screening. Vaccine 24 Suppl 3:S3−90−S3/97.
Davies, P., M. Arbyn, J. Dillner, H. C. Kitchener, C. J. Meijer, G. Ronco, and M. Hakama. 2006. A report on the current status of European research on the use of human papillomavirus testing for primary cervical cancer screening. Int. J. Cancer 118:791−796.
de Villiers, E. M., C. Fauquet, T. R. Broker, H. U. Bernard, and H. zur Hausen. 2004. Classification of papillomaviruses. Virology 324:17−27.
Dell’Atti, D., M. Zavaglia, S. Tombelli, G. Bertacca, A. O. Cavazzana, G. Bevilacqua, M. Minunni, and M. Mascini. 2007. Development of combined DNA−based piezoelectric biosensors for the simultaneous detection and genotyping of high risk Human Papilloma Virus strains. Clin. Chim. Acta. 383:140−146.
D’Souza, G., A. R. Kreimer, R. Viscidi, M. Pawlita, C. Fakhry, W. M. Koch, W. H. Westra, and M. L. Gillison. 2007. Case−control study of human papillomavirus and oropharyngeal cancer. N. Engl. J. Med. 356:1944−1956.
Flores, E. R., B. L. Allen−Hoffmann, D. Lee, C. A. Sattler, and P. F. Lambert. 1999. Establishment of the human papillomavirus type 16 (HPV−16) life cycle in an immortalized human foreskin keratinocyte cell line. Virology 262:344−354.
Gao, Y. E., J. Zhang, J. Wu, Z. C. Chen, and X. J. Yan. 2003. Detection and genotyping of human papillomavirus DNA in cervical cancer tissues with fluorescence polarization. Sheng Wu Hua Xue. Yu Sheng Wu Wu Li Xue. Bao. (Shanghai). 35:1029−1034.
Gharizadeh, B., M. Oggionni, B. Zheng, E. Akom, N. Pourmand, A. Ahmadian, K. L. Wallin, and P. Nyren. 2005. Type−specific multiple sequencing primers: a novel strategy for reliable and rapid genotyping of human papillomaviruses by pyrosequencing technology. J. Mol. Diagn. 7:198−205.
Gillison, M. L., W. M. Koch, R. B. Capone, M. Spafford, W. H. Westra, L. Wu, M. L. Zahurak, R. W. Daniel, M. Viglione, D. E. Symer, K. V. Shah, and D. Sidransky. 2000. Evidence for a causal association between human papillomavirus and a subset of head and neck cancers. J. Natl. Cancer Inst. 92:709−720.
Gravitt, P. E., C. L. Peyton, R. J. Apple, and C. M. Wheeler. 1998. Genotyping of 27 human papillomavirus types by using L1 consensus PCR products by a single−hybridization, reverse line blot detection method. J. Clin. Microbiol. 36:3020−3027.
Gravitt, P. E., C. L. Peyton, T. Q. Alessi, C. M. Wheeler, F. Coutlee, A. Hildesheim, M. H. Schiffman, D. R. Scott, and R. J. Apple. 2000. Improved amplification of genital human papillomaviruses. J. Clin. Microbiol. 38:357−361.
Gregoire, L., A. L. Cubilla, V. E. Reuter, G. P. Haas, and W. D. Lancaster. 1995. Preferential association of human papillomavirus with high−grade histologic variants of penile−invasive squamous cell carcinoma. J. Natl. Cancer Inst. 87:1705−1709.
Gregoire, L., M. Arella, J. Campione−Piccardo, and W. D. Lancaster. 1989. Amplification of human papillomavirus DNA sequences by using conserved primers. J. Clin. Microbiol. 27:2660−2665.
Han, J., D. C. Swan, S. J. Smith, S. H. Lum, S. E. Sefers, E. R. Unger, and Y. W. Tang. 2006. Simultaneous amplification and identification of 25 human papillomavirus types with Templex technology. J. Clin. Microbiol. 44:4157−4162.
Harper, D. M., E. L. Franco, C. M. Wheeler, A. B. Moscicki, B. Romanowski, C. M. Roteli−Martins, D. Jenkins, A. Schuind, S. A. Costa Clemens, and G. Dubin. 2006. Sustained efficacy up to 4.5 years of a bivalent L1 virus−like particle vaccine against human papillomavirus types 16 and 18: follow−up from a randomised control trial. Lancet 367:1247−1255.
Harper, D. M., E. L. Franco, C. Wheeler, D. G. Ferris, D. Jenkins, A. Schuind, T. Zahaf, B. Innis, P. Naud, N. S. De Carvalho, C. M. Roteli−Martins, J. Teixeira, M. M. Blatter, A. P. Korn, W. Quint, and G. Dubin. 2004. Efficacy of a bivalent L1 virus−like particle vaccine in prevention of infection with human papillomavirus types 16 and 18 in young women: a randomised controlled trial. Lancet 364:1757−1765.
Huang, H. J., S. L. Huang, C. Y. Lin, R. W. Lin, F. Y. Chao, M. Y. Chen, T. C. Chang, S. Hsueh, K. H. Hsu, and C. H. Lai. 2004. Human papillomavirus genotyping by a polymerase chain reaction−based genechip method in cervical carcinoma treated with neoadjuvant chemotherapy plus radical surgery. Int. J. Gynecol. Cancer. 14:639−649.
Hwang, T. S., J. K. Jeong, M. Park, H. S. Han, H. K. Choi, and T. S. Park. 2003. Detection and typing of HPV genotypes in various cervical lesions by HPV oligonucleotide microarray. Gynecol. Oncol. 90:51−56.
Iwasawa, A., Y. Kumamoto, and K. Fujinaga. 1993. Detection of human papillomavirus deoxyribonucleic acid in penile carcinoma by polymerase chain reaction and in situ hybridization. J. Urol. 149:59−63.
Jiang, H. L., H. H. Zhu, L. F. Zhou, F. Chen, and Z. Chen. 2006. Genotyping of human papillomavirus in cervical lesions by L1 consensus PCR and the Luminex xMAP system. J. Med. Microbiol. 55:715−720.
Josefsson A, Magnusson P, and Gyllensten U. 1999. Human papillomavirus detection by PCR and typing by dot−blot., p. 171−193. In Peeling RW and Sparling PF (eds.), Sexually Transmitted Diseases.methods and Protocols. Humana Press, Totowa, NJ.
Kerr, C. and P. D. Sadowski. 1972. Gene 6 exonuclease of bacteriophage T7. II. Mechanism of the reaction. J. Biol. Chem. 247:311−318.
Kim, J. J., T. C. Wright, and S. J. Goldie. 2005. Cost−effectiveness of human papillomavirus DNA testing in the United Kingdom, The Netherlands, France, and Italy. J. Natl. Cancer Inst. 97:888−895.
Kleter, B., L. J. van Doorn, J. ter Schegget, L. Schrauwen, K. van Krimpen, M. Burger, B. ter Harmsel, and W. Quint. 1998. Novel short−fragment PCR assay for highly sensitive broad−spectrum detection of anogenital human papillomaviruses. Am. J. Pathol. 153:1731−1739.
Koutsky, L. A., K. A. Ault, C. M. Wheeler, D. R. Brown, E. Barr, F. B. Alvarez, L. M. Chiacchierini, and K. U. Jansen. 2002. A controlled trial of a human papillomavirus type 16 vaccine. N. Engl. J. Med. 347:1645−1651.
Lee, G. Y., S. M. Kim, S. Y. Rim, H. S. Choi, C. S. Park, and J. H. Nam. 2005. Human papillomavirus (HPV) genotyping by HPV DNA chip in cervical cancer and precancerous lesions. Int. J. Gynecol. Cancer. 15:81−87.
Liu, C. H., W. L. Ma, R. Shi, Y. F. Peng, Q. Ouyang, and W. L. Zheng. 2003. Application of Agilent 2100 Bioanalyzer in detection of human papilloma virus. Di Yi. Jun. Yi. Da. Xue. Xue. Bao. 23:213−215.
Lungu, O., T. C. Wright, Jr., and S. Silverstein. 1992. Typing of human papillomaviruses by polymerase chain reaction amplification with L1 consensus primers and RFLP analysis. Mol. Cell Probes 6:145−152.
Manos MM, Ting Y, Wright DK, Lewis AJ, Broker TR, and Wolinsky SM. 1989. USe of PCR amplification for the detection of genital HPV. Cancer Cells 7:209−214.
Mayrand, M. H., E. Duarte−Franco, I. Rodrigues, S. D. Walter, J. Hanley, A. Ferenczy, S. Ratnam, F. Coutlee, and E. L. Franco. 2007. Human papillomavirus DNA versus Papanicolaou screening tests for cervical cancer. N. Engl. J. Med. 357:1579−1588.
Melbye, M., C. Rabkin, M. Frisch, and R. J. Biggar. 1994. Changing patterns of anal cancer incidence in the United States, 1940−1989. Am. J. Epidemiol. 139:772−780.
Melchers, W. J., J. M. Bakkers, J. Wang, P. C. de Wilde, H. Boonstra, W. G. Quint, and A. G. Hanselaar. 1999. Short fragment polymerase chain reaction reverse hybridization line probe assay to detect and genotype a broad spectrum of human papillomavirus types. Clinical evaluation and follow−up. Am. J. Pathol. 155:1473−1478.
Menzo, S., A. Ciavattini, P. Bagnarelli, K. Marinelli, S. Sisti, and M. Clementi. 2008. Molecular epidemiology and pathogenic potential of underdiagnosed human papillomavirus types. BMC. Microbiol. 8:112.
Min, W., M. Wen−Li, Z. Bao, L. Ling, S. Zhao−Hui, and Z. Wen−Ling. 2006. Oligonucleotide microarray with RD−PCR labeling technique for detection and typing of human papillomavirus. Curr. Microbiol. 52:204−209.
Mork, J., A. K. Lie, E. Glattre, G. Hallmans, E. Jellum, P. Koskela, B. Moller, E. Pukkala, J. T. Schiller, L. Youngman, M. Lehtinen, and J. Dillner. 2001. Human papillomavirus infection as a risk factor for squamous−cell carcinoma of the head and neck. N. Engl. J. Med. 344:1125−1131.
Munoz, N. and F. X. Bosch. 1997. Cervical cancer and human papillomavirus: epidemiological evidence and perspectives for prevention. Salud Publica Mex. 39:274−282.
Munoz, N., F. X. Bosch, S. de Sanjose, R. Herrero, X. Castellsague, K. V. Shah, P. J. Snijders, and C. J. Meijer. 2003. Epidemiologic classification of human papillomavirus types associated with cervical cancer. N. Engl. J. Med. 348:518−527.
Nikiforov, T. T., R. B. Rendle, M. L. Kotewicz, and Y. H. Rogers. 1994. The use of phosphorothioate primers and exonuclease hydrolysis for the preparation of single−stranded PCR products and their detection by solid−phase hybridization. PCR Methods Appl. 3:285−291.
Nishiwaki, M., T. Yamamoto, S. Tone, T. Murai, T. Ohkawara, T. Matsunami, M. Koizumi, Y. Takagi, J. Yamaguchi, N. Kondo, J. Nishihira, T. Horikawa, and T. Yoshiki. 2008. Genotyping of human papillomaviruses by a novel one−step typing method with multiplex PCR and clinical applications. J. Clin. Microbiol. 46:1161−1168.
Nobre, R. J., L. P. de Almeida, and T. C. Martins. 2008. Complete genotyping of mucosal human papillomavirus using a restriction fragment length polymorphism analysis and an original typing algorithm. J. Clin. Virol. 42:13−21.
Nuovo, G. J., D. Bartholomew, W. W. Jung, I. K. Han, T. Um, D. F. Grabarz, D. J. Lee, and R. T. McCabe. 2008. Correlation of Pap smear, cervical biopsy, and clinical follow−up with an HPV typing microarray system. Diagn. Mol. Pathol. 17:107−111.
Oh, T. J., C. J. Kim, S. K. Woo, T. S. Kim, D. J. Jeong, M. S. Kim, S. Lee, H. S. Cho, and S. An. 2004. Development and clinical evaluation of a highly sensitive DNA microarray for detection and genotyping of human papillomaviruses. J. Clin. Microbiol. 42 :3272−3280.
Palefsky, J. M. 1991. Human papillomavirus−associated anogenital neoplasia and other solid tumors in human immunodeficiency virus−infected individuals. Curr. Opin. Oncol. 3:881−885.
Roda Husman, A. M., J. M. Walboomers, A. J. van den Brule, C. J. Meijer, and P. J. Snijders. 1995. The use of general primers GP5 and GP6 elongated at their 3’ ends with adjacent highly conserved sequences improves human papillomavirus detection by PCR. J. Gen. Virol. 76:1057−1062
Ronco, G., P. Giorgi−Rossi, F. Carozzi, P. P. Dalla, A. Del Mistro, L. De Marco, M. De Lillo, C. Naldoni, P. Pierotti, R. Rizzolo, N. Segnan, P. Schincaglia, M. Zorzi, M. Confortini, and J. Cuzick. 2006. Human papillomavirus testing and liquid−based cytology in primary screening of women younger than 35 years: results at recruitment for a randomised controlled trial. Lancet Oncol. 7:547−555.
Santiago, E., L. Camacho, M. L. Junquera, and F. Vazquez. 2006. Full HPV typing by a single restriction enzyme. J. Clin. Virol. 37:38−46.
Seme, K., S. Z. Lepej, M. M. Lunar, J. Iscic−Bes, A. Planinic, B. J. Kocjan, A. Vince, and M. Poljak. 2009. Digene HPV Genotyping RH Test RUO: comparative evaluation with INNO−LiPA HPV Genotyping Extra Test for detection of 18 high−risk and probable high−risk human papillomavirus genotypes. J. Clin. Virol. 46:176−179.
Smith, J. S., L. Lindsay, B. Hoots, J. Keys, S. Franceschi, R. Winer, and G. M. Clifford. 2007. Human papillomavirus type distribution in invasive cervical cancer and high−grade cervical lesions: a meta−analysis update. Int. J. Cancer 121:621−632.
Syrjanen, S. 2005. Human papillomavirus (HPV) in head and neck cancer. J. Clin. Virol. 32 Suppl 1:S59−S66.
van den Brule, A. J., R. Pol, N. Fransen−Daalmeijer, L. M. Schouls, C. J. Meijer, and P. J. Snijders. 2002. GP5+/6+ PCR followed by reverse line blot analysis enables rapid and high−throughput identification of human papillomavirus genotypes. J. Clin. Microbiol. 40:779−787.
van Hamont, D., M. A. van Ham, J. M. Bakkers, L. F. Massuger, and W. J. Melchers. 2006. Evaluation of the SPF10−INNO LiPA human papillomavirus (HPV) genotyping test and the roche linear array HPV genotyping test. J. Clin. Microbiol. 44:3122−3129.
Van Ranst, M., J. B. Kaplan, and R. D. Burk. 1992. Phylogenetic classification of human papillomaviruses: correlation with clinical manifestations. J. Gen. Virol. 73 :2653−2660.
Villa, L. L., R. L. Costa, C. A. Petta, R. P. Andrade, K. A. Ault, A. R. Giuliano, C. M. Wheeler, L. A. Koutsky, C. Malm, M. Lehtinen, F. E. Skjeldestad, S. E. Olsson, M. Steinwall, D. R. Brown, R. J. Kurman, B. M. Ronnett, M. H. Stoler, A. Ferenczy, D. M. Harper, G. M. Tamms, J. Yu, L. Lupinacci, R. Railkar, F. J. Taddeo, K. U. Jansen, M. T. Esser, H. L. Sings, A. J. Saah, and E. Barr. 2005. Prophylactic quadrivalent human papillomavirus (types 6, 11, 16, and 18) L1 virus−like particle vaccine in young women: a randomised double−blind placebo−controlled multicentre phase II efficacy trial. Lancet Oncol. 6:271−278.
Walboomers, J. M., M. V. Jacobs, M. M. Manos, F. X. Bosch, J. A. Kummer, K. V. Shah, P. J. Snijders, J. Peto, C. J. Meijer, and N. Munoz. 1999. Human papillomavirus is a necessary cause of invasive cervical cancer worldwide. J. Pathol. 189:12−19.
Zhang, J., X. Yan, J. Sun, Z. Chen, Y. Gao, Y. Bai, and Z. Liu. 2003. A high throughout assay for human papillomavirus genotypes with fluorescence polarization. Chin Med. J. (Engl. ). 116:1137−1140.
zur Hausen, H. 2002. Papillomaviruses and cancer: from basic studies to clinical application. Nat. Rev. Cancer 2:342−350
Claims (6)
- サンプル中におけるヒトパピローマウイルス(HPV)タイプへの感染を検出しタイプ
を特定するための方法であって、以下の過程を全て含む方法:
a)少なくとも1種類のHPVタイプを含むことが疑われる予め採取されたサンプルに、HPVのL1領域を増幅するのに適切なプライマーを添加する過程;
b)前記サンプルをDNA増幅に適切な条件下でインキュベートする過程;
c)配列ID番号46に記載のヌクレオチド配列を有するプローブを添加する過程であって、前記プローブはハイブリダイゼーション条件下でHPVタイプ97にのみ結合し、プローブはさらに二つの蛍光色素の組み合わせからなる特有のタグを備える、過程;
d)前記プローブ及び前記サンプルをハイブリダイゼーションに最適な条件下でインキュベートする過程;
e)少なくとも一つの前記タグ付きプローブのハイブリダイゼーションを検出する過程。 - 請求項1に記載の方法であって、前記特有のタグは異なる比率の赤色及び赤外蛍光色素の組み合わせである、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記プライマーはGP5+/GP6+から成る、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記プライマーはGP5+/GP6+及びMY09/MY11から成る、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、少なくとも一つの前記プライマーはエキソヌクレアーゼに対して耐性を有する、方法。
- 請求項5に記載の方法であって、(d)の過程の前にエキソヌクレアーゼが添加される、方法。
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