JP5828446B2 - 扁平上皮癌組織の放射線感受性マーカー - Google Patents
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Description
[1]
以下の工程を含む、被験者の扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するための方法:
当該被験者の扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量Ecancerを測定する工程;及び、当該発現量Ecancerを被験者の扁平上皮癌組織の放射線感受性と関連付ける工程;
ここで、当該発現量Ecancerが基準Sと比較して増加している場合に当該被験者の扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していると判断される。
[2]
配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドからなる、扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するためのプライマー。
[3]
配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列と少なくとも80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドからなる、扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するためのハイブリダイゼーションプローブ。
[4]
配列番号:2に記載されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを認識する抗体を含有する、扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するための試薬。
[5]
配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチド配列を含む1又は複数のポリヌクレオチド、及び、被験者の扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量が基準と比較して増加している場合に当該被験者の扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していることを教示する使用説明書を含む、扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するためのキット。
[6]
配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列と少なくとも80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む1又は複数のポリヌクレオチド、及び、被験者の扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量が基準と比較して増加している場合に当該被験者の扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していることを教示する使用説明書を含む、扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するためのキット。
[7]
配列番号:2に記載されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを認識する1又は複数の抗体、及び、被験者の扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量が基準と比較して増加している場合に当該被験者の扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していることを教示する使用説明書を含む、扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するためのキット。
mRNAの発現量の基準としては、BAG1 mRNAの発現量を測定した生体試料のハウスキーピング遺伝子 (β-actinやグリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素など) のmRNAの発現量の値と適当な数値との積を好適に用いることができる。例えば、BAG1 mRNAの発現量がβ-actin mRNAの発現量と比較して、0.0020倍、0.0025倍、好ましくは、0.0030倍、0.0035倍、0.0040倍、0.0045倍、更に好ましくは、0.0050倍、0.0055倍、0.0060倍、0.0065倍、0.0070倍、0.0075倍、最も好ましくは、0.0080倍、0.0085倍、0.0090倍、0.0095倍、又は、0.0100倍、よりも多い場合に「BAG1遺伝子 (mRNA) の発現量が基準と比較して増加している」ということができる。
タンパク質の発現量の基準としては、例えば、BAG1抗体を用いて免疫組織化学染色法を行った生体試料における、BAG1タンパク質を発現する細胞の割合を好適に用いることができる。例えば、測定領域の、5%、10%、15%、好ましくは、20%、25%、30%、35%、更に好ましくは、40%、45%、50%、55%、最も好ましくは、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95%、よりも多く、あるいは、100%の細胞がBAG1タンパク質を発現している場合に「BAG1遺伝子 (タンパク質) の発現量が基準と比較して増加している」ということができる。
また、本願発明を実施するためには、例えば、着目するmRNAの配列又はその相補配列と80%以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを利用することができる。同一性のレベルとしては、例えば、少なくとも、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%、あるいは100%、が好ましい。
RT-PCRに用いる場合には、ポリヌクレオチドの長さは、50ヌクレオチド、45ヌクレオチド、40ヌクレオチド、35ヌクレオチド、30ヌクレオチド、又は25ヌクレオチド、以下が好ましい。一般的に言って、ポリヌクレオチドをPCRプライマーとして用いる場合には、プライマーの5’末端側の変異は鋳型DNAへのハイブリダイゼーションに影響しにくい。従って、例えば、プライマーの3’末端側の15個の連続するヌクレオチド配列が鋳型DNAの標的配列と完全に相補的であれば、プライマーの5’末端側の配列は比較的自由に変更することができる。プライマーの5’末端側に各種酵素の認識配列や分子内ヘアピン構造を形成させる配列を導入することは、当業者が日常的に行っていることである。
ハイブリダイゼーションプローブとして用いる場合には、ポリヌクレオチドの長さは、少なくとも、20ヌクレオチド、30ヌクレオチド、50ヌクレオチド、70ヌクレオチド、100ヌクレオチド、150ヌクレオチド、200ヌクレオチド、350ヌクレオチド、500ヌクレオチド、750ヌクレオチド、又は1000ヌクレオチド、が好ましい。一般的に言って、ポリヌクレオチドをハイブリダイゼーションプローブとして用いる場合には、プローブの何れの領域においても変異を導入することができる。好ましい同一性のレベルは上に述べた通りである。
株化細胞及び培養
我々は、食道扁平上皮癌の株化細胞であるTE-5、-9及び-12細胞株を、東北大学加齢医学研究所及び理化学研究所バイオリソースセンター細胞バンクから2006年に入手した。TE-12株化細胞は近年汚染が報告されているので (東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センター) 、我々は4つのクローナルなTE-12株化細胞を樹立し、それぞれ、TE-12クローンA1からA4 (TE-12 cloneA1-4) と名づけた。本研究のために、我々はTE-5、TE-9及びTE-12 cloneA1細胞を用いた。これらの細胞は、10%の熱失活ウシ胎仔血清及び抗生物質(ペニシリンG/ストレプトマイシン/アンホテリシンB; GIBCO社)を追加したRPMI-1640培地(シグマ-アルドリッチ社、セントルイス、ミズーリ州、米国)中で培養し、5%CO2/95%大気雰囲気下、37℃の加湿恒温器内で維持した。
細胞増殖はCell Counting Kit-8 ((株) 同仁化学研究所、熊本、日本) を用いて評価した。細胞は96穴プレートに1×103細胞/ウェルの密度で蒔き、0、1、2、3又は4日間保温した。適切な時期に10μlのCell Counting Kit-8試薬を細胞に加えた。細胞は、その後1時間保温し、更にその後、プレートの450nmでの光学密度をModel 550 Microplate Reader (Bio-Rad Laboratories社、Herucoles、カリフォルニア州、米国) を用いて読み取った。
細胞は96穴プレートに1×103細胞/ウェルの密度で蒔き、24時間37℃で保温した。細胞はその後、SOFTEX M-100WE (ソフテックス株式会社、東京、日本) を用いて0, 5又は10Gyで照射された。照射条件は、100kV、5mAであり、これは2.695Gy/分の線量に相当する。更に72時間培養した後、細胞生存率を比色MTSアッセイで評価した (CellTiter 96 AQueous One Solution Cell Proliferation Assay、Promega社、Madison、ウィスコンシン州、米国) 。手短に述べると、20μlのMTSを培養液に加え、37℃で4時間保温した。その後、490 nmにおける光学密度をマイクロプレート読み取り装置を用いて測定することにより、細胞生存率を決定した。
TE-12 cloneA1及びTE5細胞は、CodeLinkTM Human Whole Genome Bioarray (Applied Microarrays、Inc.社、Tempe、アリゾナ州、米国) を用いて解析した。マイクロアレイ解析はフィルジェン株式会社 (名古屋市、日本) に委託した。手短に述べると、それぞれのバイオアレイについて、10μgのcRNA (総容積25μl中) に5μlの5×断片化バッファーを加え、94℃で20分間保温した。その後、当該10μgの断片化されたcRNAに、78μlのハイブリダイゼーション・バッファー・コンポーネントA及び130μlのハイブリダイゼーション・バッファー・コンポーネントBを加え、最終容積を水で260μlに合わせた。このようにして得られたハイブリダイゼーション反応混合液を90℃で5分間保温した。その後、250μlをゆっくりとそれぞれのアレイのインプット・ポートに注入し、ポートをシーリング・ストリップで封着した。バイオアレイは、その後、300 rpmで振盪しながら37℃で18時間保温した。比較実験のためにハイブリダイゼーションの時間を一定に保った。保温に引き続いて、バイオアレイは0.75×TNTバッファー (0.10M Tris-HCl、pH 7.6、0.15M NaCl、0.05% Tween 20) で洗浄した。この洗浄は、46℃で正確に1時間保温することにより行った。スモール・リエージント・リザーバーのそれぞれのスロットに3.4mlのCy5-ストレプトアビジン・ワーキング・ソリューションを満たし、アレイを25℃でもう30分間保温した。その後、25℃の1×TNTバッファーを用いてバイオアレイを5分間ずつ4回洗浄し、さらに、0.1×SSC (Ambion社、Austin、テキサス州、米国) / 0.05% Tween 20で30秒間ずつ2回リンスし、25℃で3分間の遠心分離により直ちに乾燥させた。最後に、アレイはGenePix4000B Array Scanner (Molecular Devices社、Sunnyvale、カリフォルニア州、米国) を用いてスキャンし、MicroArray Data Analysis Tool Ver3.2 (フィルジェン株式会社)を用いてデータを解析した。
それぞれの細胞型から、TRIzol試薬 (Invitrogen社、Grand Island、ニューヨーク州、米国)及びPure-Link RNA Mini Kit (Invitrogen社) を用いて、製造者の説明書に従って全RNAを単離した。単離したRNAを分光光度計を用いて定量した後、2μg 分割量のRNAからTranscriptor First Strand cDNA Synthesis Kit (Roche Diagnostics社、Mannhein、ドイツ国) を用いて逆転写した。インスリン様増殖因子結合タンパク質3 (insulin-like growth factor binding protein 3; IGFBP3) 及びBcl-2-associated athanogene 1 (BAG1) を増幅するためのプライマー配列は表1に示した。リアルタイム逆転写酵素-ポリメラーゼ連鎖反応法 (RT-PCR法) は、LightCycler 480 Kit (Roche Diagnostics社) を用いてLightCycler 480 (Roche Diagnostics社) 上で行った。増幅プロトコールは、95℃で5分間インキュベーションした後、95℃で10秒間、60℃で30秒間、及び、50℃で30秒間を45サイクル繰り返すものであった。IGFBP3及びBAG1のmRNAの発現量は、β-actinのmRNAの発現量に対して標準化した。
細胞は、10cm皿で24時間培養した後、無血清RPMI-1640培養液を加え、更に48時間培養した。その後、上清を回収し、タンパク質の濃度を測定した。20μgのタンパク質を含む試料をドデシル硫酸ナトリウム・ポリアクリルアミドゲル電気泳動 (sodium dodecylsulfate-polyacrylamide gel electrophoresis; SDS-PAGE) にかけて、分離されたタンパク質をニトロセルロース膜 (Trans-Blot Transfer Medium, Bio-Rad Laboratories社) にトランスファーした。その後、これを5%脱脂乳及び0.1% Tween 20を含むリン酸緩衝食塩水 (PBS) でブロックした。ブロッキングの後、上記膜を初めに抗ヒトIGFBP3抗体 (anti-human IGFBP3 antibody; Santa Cruz Biotechnology社、Santa Cruz, カリフォルニア州、米国、1:200希釈) 又はBAG1抗体 (BAG1 antibody; Santa Cruz Biotechnology社、1:1000希釈) と共に一晩 4℃で保温し、それから、ペルオキシダーゼ抱合型二次抗マウスIgG (peroxidase-conjugated secondary anti-mouse IgG; Dako社、Glostrup、デンマーク、Tween20-PBS中で 1:1000希釈) と共に1時間保温した。免疫検出はECL Plusウエスタンブロット検出試薬及び解析システム (ECL Plus Western blotting detection reagents and analysis system; GE Healthcare社、 Waukesha、ウィスコンシン州、米国)を用いて行った。最後に、膜をX線フィルムに露光した。
Silencer (登録商標) Select Pre-designed siRNA (Ambion社) は、製造者の説明書に従ってLipofectamine 2000 (Invitrogen社) を用いてTE-5、TE-9及びTE-12 cloneA1細胞に導入した。IGFBP3及び/又はBAG1を標的とする12.5 pmolのsiRNA (Silencer Select Pre-designed siRNA; Ambion社) 又はネガティブコントロールのsiRNA (silencer Negative Control #1 siRNA; Ambion社) を5μlのリポフェクタミン2000と共に、500μlのOpti-MEM I medium (Invitrogen社) に混ぜた。本研究で使用したsiRNAの配列は表2に示す。結果として生じた混合液を2mLの培養液に加え、6穴培養プレートのウェルに蒔かれた細胞に接触させた。24時間保温した後、培養液を新鮮な培養液と交換した。更に24時間経った後、細胞の一部を回収し、MTSアッセイのために1×104 細胞/ウェルの密度で96穴プレートに蒔いた。あるいは、細胞は48時間保温した後、全RNAを単離した。全RNAは、IGFBP3及びBAG1のmRNA発現をRT-PCR法で解析するために用いた。
二群の有意差はスチューデントのt検定を用いて評価した。全ての解析はJMP8 (SAS社、Cary、ノースカロライナ州、米国) を用いて行い、両側性のP値を生成した。0.01より小さいP値 (P < 0.01) の場合に、有意と判断した。
TE株化細胞の放射線感受性
WST-8の切断の水準で示される細胞増殖は、調査した全ての時点において (0、1、2、3及び4日目) 、TE-5、TE-9及びTE-12 cloneA1細胞間で違いが無かった(図1A) 。一方で、5及び10 Gyの放射線を照射した細胞の生存率を測定することにより、TE-5又はTE-9細胞と比較して、TE-12 cloneA1細胞は有意に放射線感受性が高いことが示された (図1B) 。
TE-12 cloneA1及びTE-5細胞の54,359個の遺伝子の発現レベルについてDNAマイクロアレイ解析を行い、図2の左上隅の挿入図に示した。我々は、71個の遺伝子の発現レベルがTE-12 cloneA1細胞においてはTE-5細胞よりも5倍以上高いことを見出した (図2の小さい白丸及び大きい黒丸) 。これらを表3−1から3−4に示す。これらの71個の遺伝子のうち、我々はIGFBP3及びBAG1 (図2の大きい黒丸) が実際に癌細胞の放射線感受性に関与することを証明した。結果を以下に示す。マイクロアレイのデータはRT-PCR法及びウェスタン解析で確認した。それによると、IGFBP3及びBAG1のmRNA及びタンパク質の発現レベルは、いずれも、TE-5又はTE-9株化細胞の場合と比較して、TE-12 cloneA1株化細胞では有意に高かった (図3A、3B、3C) 。
次に、我々は、TE-12 cloneA1細胞におけるIGFBP3及び/又はBAG1のノックダウンの影響を調べた。IGFBP3又はBAG1を標的とするsiRNAを細胞にトランスフェクトすることによって、それぞれのmRNAの発現量が減少した (図4A及び4B) 。IGFBP3については、ノックダウンの効率の平均値は75% (IGFBP3 siRNA-1) 及び59% (IGFBP3 siRNA-2) であった (表2及び図4A参照) 。BAG1については、ノックダウンの効率の平均値は73% (BAG1 siRNA-1) 及び78% (BAG1 siRNA-2) であった(表2及び図4B参照)。放射線照射(5Gy及び10Gy) 後72時間の時点での細胞生存率を調べることにより、IGFBP3又はBAG1をノックダウンした細胞は、ネガティブコントロールの細胞と比較して、有意に放射線感受性が低いことが示された (図4C) 。これらの結果は、IGFBP3及び/又はBAG1をノックダウンすることによって、TE-12 cloneA1細胞の放射線感受性が減少することを示している。
Claims (7)
- 以下の工程を含む、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性を検査するための方法:
当該被験者の食道扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量を測定する工程;及び、当該発現量を当該被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性と関連付ける工程;
ここで、当該発現量が基準と比較して増加している場合に当該ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していると判断される。 - 配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドからなるプライマーを含む、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性検査用試薬。
- 配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドからなるハイブリダイゼーションプローブを含む、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性検査用試薬。
- 配列番号:2に記載されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを認識する抗体を含有する、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性検査用試薬。
- 配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチド配列を含む1又は複数のポリヌクレオチド、及び、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量が基準と比較して増加している場合に当該被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していることを教示する使用説明書を含む、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性検査用キット。
- 配列番号:1に記載された核酸配列又はその相補配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む1又は複数のポリヌクレオチド、及び、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量が基準と比較して増加している場合に当該被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していることを教示する使用説明書を含む、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性検査用キット。
- 配列番号:2に記載されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを認識する1又は複数の抗体、及び、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織から取得した生体試料におけるBAG1遺伝子の発現量が基準と比較して増加している場合に当該被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性は増加していることを教示する使用説明書を含む、ヒト被験者の食道扁平上皮癌組織の放射線感受性検査用キット。
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