JP5721433B2 - 核酸と直接的または間接的に会合するタンパク質因子の単離 - Google Patents
核酸と直接的または間接的に会合するタンパク質因子の単離 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5721433B2 JP5721433B2 JP2010521473A JP2010521473A JP5721433B2 JP 5721433 B2 JP5721433 B2 JP 5721433B2 JP 2010521473 A JP2010521473 A JP 2010521473A JP 2010521473 A JP2010521473 A JP 2010521473A JP 5721433 B2 JP5721433 B2 JP 5721433B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- chromatin
- nucleic acid
- polypeptide
- probe
- acid sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims description 118
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims description 65
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims description 27
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims description 27
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 title description 93
- 238000002955 isolation Methods 0.000 title description 7
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 claims description 143
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 claims description 142
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 141
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 130
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 124
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 110
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 80
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 76
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 62
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 51
- 108091035539 telomere Proteins 0.000 claims description 47
- 102000055501 telomere Human genes 0.000 claims description 47
- 210000003411 telomere Anatomy 0.000 claims description 45
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 44
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 44
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 43
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 claims description 27
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 26
- 239000007801 affinity label Substances 0.000 claims description 23
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 claims description 23
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 23
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims description 23
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 22
- 101150020913 USP7 gene Proteins 0.000 claims description 22
- 108700011958 Ubiquitin-Specific Peptidase 7 Proteins 0.000 claims description 22
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 21
- 102100021013 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 Human genes 0.000 claims description 21
- 229940126752 Ubiquitin-specific protease 7 inhibitor Drugs 0.000 claims description 21
- 230000001973 epigenetic effect Effects 0.000 claims description 14
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 13
- 108090000652 Flap endonucleases Proteins 0.000 claims description 13
- 102000004150 Flap endonucleases Human genes 0.000 claims description 13
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 claims description 13
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 claims description 12
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 claims description 12
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 claims description 12
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 11
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 11
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 11
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 11
- AUTOLBMXDDTRRT-JGVFFNPUSA-N (4R,5S)-dethiobiotin Chemical compound C[C@@H]1NC(=O)N[C@@H]1CCCCCC(O)=O AUTOLBMXDDTRRT-JGVFFNPUSA-N 0.000 claims description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 10
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 10
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 claims description 9
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims description 9
- -1 where p is 0-40 Chemical group 0.000 claims description 9
- 108090000926 GMP synthase (glutamine-hydrolyzing) Proteins 0.000 claims description 8
- 102100033452 GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] Human genes 0.000 claims description 8
- 108010034791 Heterochromatin Proteins 0.000 claims description 8
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 claims description 8
- 210000004458 heterochromatin Anatomy 0.000 claims description 8
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 101000757216 Homo sapiens Protein arginine N-methyltransferase 1 Proteins 0.000 claims description 7
- 102100022985 Protein arginine N-methyltransferase 1 Human genes 0.000 claims description 7
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 7
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 claims description 7
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 claims description 7
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 claims description 7
- UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 2,4-dinitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 101000607909 Homo sapiens Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100039865 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 Human genes 0.000 claims description 6
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 claims description 6
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 108010022894 Euchromatin Proteins 0.000 claims description 5
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 5
- 150000001615 biotins Chemical class 0.000 claims description 5
- 210000000632 euchromatin Anatomy 0.000 claims description 5
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 5
- 239000003596 drug target Substances 0.000 claims description 4
- 239000011325 microbead Substances 0.000 claims description 4
- 108090000749 Aurora kinase B Proteins 0.000 claims description 3
- 101100353170 Caenorhabditis elegans pri-2 gene Proteins 0.000 claims description 3
- 210000002230 centromere Anatomy 0.000 claims description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 claims description 3
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 claims description 2
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 claims description 2
- 102000004228 Aurora kinase B Human genes 0.000 claims 1
- 101001027925 Homo sapiens Metastasis-associated protein MTA1 Proteins 0.000 claims 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims 1
- 102100037517 Metastasis-associated protein MTA1 Human genes 0.000 claims 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 108
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 92
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 39
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 37
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 27
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 23
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 21
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 17
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 16
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 16
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 14
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 14
- 208000036762 Acute promyelocytic leukaemia Diseases 0.000 description 13
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 13
- 101000721661 Homo sapiens Cellular tumor antigen p53 Proteins 0.000 description 13
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 13
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 description 12
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 12
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 11
- 102000006947 Histones Human genes 0.000 description 10
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 10
- 108010047956 Nucleosomes Proteins 0.000 description 9
- 238000002487 chromatin immunoprecipitation Methods 0.000 description 9
- 210000001623 nucleosome Anatomy 0.000 description 9
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 9
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 9
- 108010020650 COUP Transcription Factor II Proteins 0.000 description 8
- 102000012199 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Human genes 0.000 description 8
- 108050002772 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Proteins 0.000 description 8
- 102000007474 Multiprotein Complexes Human genes 0.000 description 8
- 108010085220 Multiprotein Complexes Proteins 0.000 description 8
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 8
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 8
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 8
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 7
- 102100028226 COUP transcription factor 2 Human genes 0.000 description 7
- 101001050886 Homo sapiens Lysine-specific histone demethylase 1A Proteins 0.000 description 7
- 102100024985 Lysine-specific histone demethylase 1A Human genes 0.000 description 7
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 description 7
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 7
- 108091006090 chromatin-associated proteins Proteins 0.000 description 7
- 230000006870 function Effects 0.000 description 7
- 238000000955 peptide mass fingerprinting Methods 0.000 description 7
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 7
- ZNJHFNUEQDVFCJ-UHFFFAOYSA-M sodium;2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid;hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+].OCCN1CCN(CCS(O)(=O)=O)CC1 ZNJHFNUEQDVFCJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 7
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 7
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 6
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 6
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 6
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 description 6
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 6
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N ethylene glycol bis(2-aminoethyl)tetraacetic acid Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCOCCOCCN(CC(O)=O)CC(O)=O DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 6
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 6
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 6
- YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N phenylmethanesulfonyl fluoride Chemical compound FS(=O)(=O)CC1=CC=CC=C1 YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 6
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 6
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 5
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 5
- 102100022012 Transcription intermediary factor 1-beta Human genes 0.000 description 5
- 101710177718 Transcription intermediary factor 1-beta Proteins 0.000 description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 5
- 239000005441 aurora Substances 0.000 description 5
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 5
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 5
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 238000007876 drug discovery Methods 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 238000003197 gene knockdown Methods 0.000 description 5
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 5
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 5
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 5
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 4
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 4
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 4
- 108010017842 Telomerase Proteins 0.000 description 4
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 4
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 4
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 4
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 4
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 4
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 4
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- 230000009504 deubiquitination Effects 0.000 description 4
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 4
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 4
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 4
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 4
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 4
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 4
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 4
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 4
- 229940016590 sarkosyl Drugs 0.000 description 4
- 108700004121 sarkosyl Proteins 0.000 description 4
- KSAVQLQVUXSOCR-UHFFFAOYSA-M sodium lauroyl sarcosinate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCC(=O)N(C)CC([O-])=O KSAVQLQVUXSOCR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 4
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 4
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 4
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 4
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 4
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 3
- 108050006400 Cyclin Proteins 0.000 description 3
- 241000255601 Drosophila melanogaster Species 0.000 description 3
- 102100039869 Histone H2B type F-S Human genes 0.000 description 3
- 102100023696 Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 Human genes 0.000 description 3
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 3
- 101001035372 Homo sapiens Histone H2B type F-S Proteins 0.000 description 3
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 3
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 3
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 3
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 3
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 3
- 102100036691 Proliferating cell nuclear antigen Human genes 0.000 description 3
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 101710203837 Replication-associated protein Proteins 0.000 description 3
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 3
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 3
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 3
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 3
- 102000022628 chromatin binding proteins Human genes 0.000 description 3
- 108091013410 chromatin binding proteins Proteins 0.000 description 3
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 3
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 3
- 238000009833 condensation Methods 0.000 description 3
- 230000005494 condensation Effects 0.000 description 3
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 3
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 3
- 230000004049 epigenetic modification Effects 0.000 description 3
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 3
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 3
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 description 3
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 3
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 3
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 3
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 3
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 3
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 3
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 3
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 3
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 3
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 3
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 3
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 3
- 238000010798 ubiquitination Methods 0.000 description 3
- 230000034512 ubiquitination Effects 0.000 description 3
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 2
- 102100032187 Androgen receptor Human genes 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100032306 Aurora kinase B Human genes 0.000 description 2
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 2
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 2
- 244000304337 Cuminum cyminum Species 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 102100040795 DNA primase large subunit Human genes 0.000 description 2
- 101150059079 EBNA1 gene Proteins 0.000 description 2
- 241000283074 Equus asinus Species 0.000 description 2
- 102100038595 Estrogen receptor Human genes 0.000 description 2
- 101710103773 Histone H2B Proteins 0.000 description 2
- 102100021639 Histone H2B type 1-K Human genes 0.000 description 2
- 102100039996 Histone deacetylase 1 Human genes 0.000 description 2
- 101001035024 Homo sapiens Histone deacetylase 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000684609 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 Proteins 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150007128 MDM4 gene Proteins 0.000 description 2
- 206010027406 Mesothelioma Diseases 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 2
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 2
- 108091008758 NR0A5 Proteins 0.000 description 2
- 229940124158 Protease/peptidase inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 108010016790 RNA-Induced Silencing Complex Proteins 0.000 description 2
- 102000000574 RNA-Induced Silencing Complex Human genes 0.000 description 2
- 102100022851 Rab5 GDP/GTP exchange factor Human genes 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- NKANXQFJJICGDU-QPLCGJKRSA-N Tamoxifen Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(/CC)=C(C=1C=CC(OCCN(C)C)=CC=1)/C1=CC=CC=C1 NKANXQFJJICGDU-QPLCGJKRSA-N 0.000 description 2
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 2
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 2
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 2
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 2
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 108010080146 androgen receptors Proteins 0.000 description 2
- 230000001640 apoptogenic effect Effects 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 108091006004 biotinylated proteins Proteins 0.000 description 2
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 description 2
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 2
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 2
- 230000006196 deacetylation Effects 0.000 description 2
- 238000003381 deacetylation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 description 2
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 2
- 210000002257 embryonic structure Anatomy 0.000 description 2
- 108010038795 estrogen receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000034356 gene-regulatory proteins Human genes 0.000 description 2
- 108091006104 gene-regulatory proteins Proteins 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- 238000000126 in silico method Methods 0.000 description 2
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 2
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 2
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 125000001921 locked nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 2
- UEGPKNKPLBYCNK-UHFFFAOYSA-L magnesium acetate Chemical compound [Mg+2].CC([O-])=O.CC([O-])=O UEGPKNKPLBYCNK-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 239000011654 magnesium acetate Substances 0.000 description 2
- 235000011285 magnesium acetate Nutrition 0.000 description 2
- 229940069446 magnesium acetate Drugs 0.000 description 2
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 2
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 2
- 230000007030 peptide scission Effects 0.000 description 2
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 2
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 2
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 238000000575 proteomic method Methods 0.000 description 2
- 238000007634 remodeling Methods 0.000 description 2
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 2
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 239000002002 slurry Substances 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000010741 sumoylation Effects 0.000 description 2
- 230000033863 telomere maintenance Effects 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 2
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 2
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 2
- 238000009281 ultraviolet germicidal irradiation Methods 0.000 description 2
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- DCTLYFZHFGENCW-UUOKFMHZSA-N 5'-xanthylic acid Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O[C@H]1N1C(NC(=O)NC2=O)=C2N=C1 DCTLYFZHFGENCW-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 description 1
- 102000002804 Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010004586 Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins Proteins 0.000 description 1
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 102100021663 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 Human genes 0.000 description 1
- 108050009021 Bromodomains Proteins 0.000 description 1
- 102000001805 Bromodomains Human genes 0.000 description 1
- 102100032986 CCR4-NOT transcription complex subunit 8 Human genes 0.000 description 1
- 101001059929 Caenorhabditis elegans Forkhead box protein O Proteins 0.000 description 1
- 101100180402 Caenorhabditis elegans jun-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100491335 Caenorhabditis elegans mat-2 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010060434 Co-Repressor Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000008169 Co-Repressor Proteins Human genes 0.000 description 1
- UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N Coenzym Q(11) Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(O)=O)C(O)C1O UDMBCSSLTHHNCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 1
- 102000005927 Cysteine Proteases Human genes 0.000 description 1
- 108010005843 Cysteine Proteases Proteins 0.000 description 1
- 108010001132 DNA Polymerase beta Proteins 0.000 description 1
- 108010092681 DNA Primase Proteins 0.000 description 1
- 102000016559 DNA Primase Human genes 0.000 description 1
- 102100022302 DNA polymerase beta Human genes 0.000 description 1
- 101710157220 DNA primase large subunit Proteins 0.000 description 1
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108700020911 DNA-Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000255581 Drosophila <fruit fly, genus> Species 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000010911 Enzyme Precursors Human genes 0.000 description 1
- 108010062466 Enzyme Precursors Proteins 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- 102100039770 Glutamate receptor-interacting protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102100021385 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100039999 Histone deacetylase 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710168120 Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 Proteins 0.000 description 1
- 108700005087 Homeobox Genes Proteins 0.000 description 1
- 101000942586 Homo sapiens CCR4-NOT transcription complex subunit 8 Proteins 0.000 description 1
- 101000771075 Homo sapiens Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000611553 Homo sapiens DNA primase large subunit Proteins 0.000 description 1
- 101001051083 Homo sapiens Galectin-12 Proteins 0.000 description 1
- 101001034009 Homo sapiens Glutamate receptor-interacting protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000819109 Homo sapiens H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001035011 Homo sapiens Histone deacetylase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000602930 Homo sapiens Nuclear receptor coactivator 2 Proteins 0.000 description 1
- 101001123331 Homo sapiens Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000833350 Homo sapiens Phosphoacetylglucosamine mutase Proteins 0.000 description 1
- 101000908580 Homo sapiens Spliceosome RNA helicase DDX39B Proteins 0.000 description 1
- 102000004157 Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108090000604 Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 description 1
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 description 1
- 102000003996 Interferon-beta Human genes 0.000 description 1
- 108090000467 Interferon-beta Proteins 0.000 description 1
- 108090000769 Isomerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004195 Isomerases Human genes 0.000 description 1
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 1
- 101710135898 Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 description 1
- 108010062309 Nuclear Receptor Interacting Protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100029558 Nuclear receptor-interacting protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 108020002230 Pancreatic Ribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102000005891 Pancreatic ribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102100028960 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100024440 Phosphoacetylglucosamine mutase Human genes 0.000 description 1
- 108010022429 Polycomb-Group Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000012425 Polycomb-Group Proteins Human genes 0.000 description 1
- 208000037062 Polyps Diseases 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 206010063493 Premature ageing Diseases 0.000 description 1
- 208000032038 Premature aging Diseases 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 108091027981 Response element Proteins 0.000 description 1
- 108010057163 Ribonuclease III Proteins 0.000 description 1
- 102000003661 Ribonuclease III Human genes 0.000 description 1
- 108010081734 Ribonucleoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004389 Ribonucleoproteins Human genes 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 101710131167 Ribose-5-phosphate isomerase A 2 Proteins 0.000 description 1
- 230000018199 S phase Effects 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 206010070834 Sensitisation Diseases 0.000 description 1
- 239000012506 Sephacryl® Substances 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100024690 Spliceosome RNA helicase DDX39B Human genes 0.000 description 1
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 1
- 108010002687 Survivin Proteins 0.000 description 1
- 229940122149 Thymidylate synthase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 206010065588 Thymus enlargement Diseases 0.000 description 1
- 101710150448 Transcriptional regulator Myc Proteins 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 210000001766 X chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 108091007416 X-inactive specific transcript Proteins 0.000 description 1
- 108091035715 XIST (gene) Proteins 0.000 description 1
- 230000001133 acceleration Effects 0.000 description 1
- 230000035508 accumulation Effects 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N adenosine 5'-monophosphate Chemical group C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O UDMBCSSLTHHNCD-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N adenosine monophosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(CO)C(OP(O)(O)=O)C1O LNQVTSROQXJCDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005576 amination reaction Methods 0.000 description 1
- 230000007450 amyloidogenic pathway Effects 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 229940045799 anthracyclines and related substance Drugs 0.000 description 1
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 1
- 230000001028 anti-proliverative effect Effects 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003190 augmentative effect Effects 0.000 description 1
- 230000005784 autoimmunity Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N bis-tris Chemical compound OCCN(CCO)C(CO)(CO)CO OWMVSZAMULFTJU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008499 blood brain barrier function Effects 0.000 description 1
- 210000001218 blood-brain barrier Anatomy 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 230000028956 calcium-mediated signaling Effects 0.000 description 1
- 230000000711 cancerogenic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000315 carcinogenic Toxicity 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000021164 cell adhesion Effects 0.000 description 1
- 238000000423 cell based assay Methods 0.000 description 1
- 230000025084 cell cycle arrest Effects 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 101150054130 chfr gene Proteins 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 208000037976 chronic inflammation Diseases 0.000 description 1
- 230000006020 chronic inflammation Effects 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001010 compromised effect Effects 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 230000007123 defense Effects 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 125000000118 dimethyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 1
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 1
- 230000005059 dormancy Effects 0.000 description 1
- 230000002222 downregulating effect Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 229940000406 drug candidate Drugs 0.000 description 1
- 238000007877 drug screening Methods 0.000 description 1
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000012149 elution buffer Substances 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000009088 enzymatic function Effects 0.000 description 1
- 230000007608 epigenetic mechanism Effects 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000010932 epithelial neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 239000000262 estrogen Substances 0.000 description 1
- 229940011871 estrogen Drugs 0.000 description 1
- VJJPUSNTGOMMGY-MRVIYFEKSA-N etoposide Chemical compound COC1=C(O)C(OC)=CC([C@@H]2C3=CC=4OCOC=4C=C3[C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@@H]4O[C@H](C)OC[C@H]4O3)O)[C@@H]3[C@@H]2C(OC3)=O)=C1 VJJPUSNTGOMMGY-MRVIYFEKSA-N 0.000 description 1
- 229960005420 etoposide Drugs 0.000 description 1
- 230000006846 excision repair Effects 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 238000002875 fluorescence polarization Methods 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 238000012226 gene silencing method Methods 0.000 description 1
- 238000010363 gene targeting Methods 0.000 description 1
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009036 growth inhibition Effects 0.000 description 1
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical class O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 1
- 238000000703 high-speed centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 1
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 1
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 208000000509 infertility Diseases 0.000 description 1
- 230000036512 infertility Effects 0.000 description 1
- 231100000535 infertility Toxicity 0.000 description 1
- 208000027866 inflammatory disease Diseases 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000002601 intratumoral effect Effects 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 230000001788 irregular Effects 0.000 description 1
- 238000006317 isomerization reaction Methods 0.000 description 1
- 210000002510 keratinocyte Anatomy 0.000 description 1
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 description 1
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 230000029226 lipidation Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 239000006210 lotion Substances 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 230000002101 lytic effect Effects 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 1
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000005075 mammary gland Anatomy 0.000 description 1
- 230000023247 mammary gland development Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- MBABOKRGFJTBAE-UHFFFAOYSA-N methyl methanesulfonate Chemical compound COS(C)(=O)=O MBABOKRGFJTBAE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 210000004088 microvessel Anatomy 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000010172 mouse model Methods 0.000 description 1
- XUGLNOYFZBOFQQ-UHFFFAOYSA-N n'-methoxyoxamide Chemical compound CONC(=O)C(N)=O XUGLNOYFZBOFQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000008689 nuclear function Effects 0.000 description 1
- 239000011824 nuclear material Substances 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 102000004164 orphan nuclear receptors Human genes 0.000 description 1
- 108090000629 orphan nuclear receptors Proteins 0.000 description 1
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 238000012856 packing Methods 0.000 description 1
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000001991 pathophysiological effect Effects 0.000 description 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 1
- 230000000865 phosphorylative effect Effects 0.000 description 1
- 238000000053 physical method Methods 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 239000006187 pill Substances 0.000 description 1
- 210000001778 pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 229920002704 polyhistidine Polymers 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 1
- 230000001566 pro-viral effect Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 238000000751 protein extraction Methods 0.000 description 1
- 230000006920 protein precipitation Effects 0.000 description 1
- 230000029983 protein stabilization Effects 0.000 description 1
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 1
- 239000013014 purified material Substances 0.000 description 1
- 239000002287 radioligand Substances 0.000 description 1
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000001172 regenerating effect Effects 0.000 description 1
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 1
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 1
- 230000022983 regulation of cell cycle Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 230000025600 response to UV Effects 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 230000010305 self ubiquitination Effects 0.000 description 1
- 230000008313 sensitization Effects 0.000 description 1
- 238000012772 sequence design Methods 0.000 description 1
- 229940126586 small molecule drug Drugs 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000009168 stem cell therapy Methods 0.000 description 1
- 238000009580 stem-cell therapy Methods 0.000 description 1
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 1
- 230000035882 stress Effects 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 238000000672 surface-enhanced laser desorption--ionisation Methods 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000009121 systemic therapy Methods 0.000 description 1
- 239000003826 tablet Substances 0.000 description 1
- 229960001603 tamoxifen Drugs 0.000 description 1
- 238000009210 therapy by ultrasound Methods 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000003734 thymidylate synthase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 208000008732 thymoma Diseases 0.000 description 1
- 238000001269 time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000000699 topical effect Effects 0.000 description 1
- 108091006107 transcriptional repressors Proteins 0.000 description 1
- 230000002463 transducing effect Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 230000005740 tumor formation Effects 0.000 description 1
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K1/00—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
- C07K1/14—Extraction; Separation; Purification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Description
(a)標的核酸配列と、該標的核酸配列と会合している1つ以上のポリペプチドとを含むサンプルを入手するステップと、
(b)該サンプルと、該標的核酸配列の少なくとも一部分に相補的でありハイブリダイズすることのできる配列を含む少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブとを接触させるステップと、ここで、該オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも1つのロックされた核酸(LNA)ヌクレオチドを含み、該オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも1つの親和性標識をさらに含み、
(c)該少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブと該標的核酸配列とがプローブ−標的ハイブリッドを形成できるように相互にハイブリダイズさせるステップと、
(d)該少なくとも1つの親和性標識に対して結合する分子を介して該プローブ−標的ハイブリッドを固定化することによって、該プローブ−標的ハイブリッドを該サンプルから単離するステップと、
(e)該標的核酸配列と会合している該1つ以上のポリペプチドを溶出させるステップとを含む方法を提供する。
(a)該真核細胞内のクロマチンの該特異的領域内に存在する標的核酸配列を同定するステップと、
(b)該特異的領域内に局在するDNA配列の少なくとも一部分と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブ配列を構築するステップと、
(c)クロマチンの該特異的領域と会合している1つ以上のポリペプチドを単離できるように上述した方法において該オリゴヌクレオチドプローブを利用するステップと、
(d)クロマチンの該特異的領域と会合するポリペプチドを同定できるように該1つ以上の単離されたポリペプチドを分析するステップとを含む方法を提供する。
上述の方法にしたがって真核細胞のゲノム内でクロマチンの特異的領域と会合すると同定されるポリペプチドを単離するステップと、
該単離されたポリペプチドを化合物のライブラリー由来の1つ以上の化合物と接触させるステップと、
該単離されたポリペプチドに結合してポリペプチドの活性を調節する化合物を後成的活性の調節因子であると同定するステップとを含む方法を提供する。
上述の方法にしたがって真核細胞のゲノム内でクロマチンの特異的領域と会合すると同定されるポリペプチドを単離するステップと、
該ポリペプチドについての核酸配列を入手するステップと、
該ポリペプチドについての該核酸配列の全部もしくは一部に相補的であるアンチセンス核酸配列を生成するステップと、
該真核細胞内の該ポリペプチドの発現を減少させられるように該アンチセンス核酸配列を真核細胞内へ導入するステップと、
該ポリペプチドの該生物活性を決定できるように、該真核細胞の表現型を分析するステップとを含む方法を提供する。
このセクションで同定された酵素は、ALTテロメア維持経路が活性化されている患者における腫瘍学標的としての将来性を有することができ、そして非ALT、すなわち同一患者における非がん細胞に関するある程度の選択性を達成するためのメカニズムを提供することができる。
Pri−2
Hint2
MTA1
Pin−1
LSD1
これは、ヒトにおけるPRIM2Aとしても公知であるDNAプライマーゼの大きなサブユニット(58kDa、p58)である。このタンパク質は、小さなサブユニットであるp49の存在下では酵素的にのみ活性であると考えられる。
Hint2は、以前は機能が不明確であったアデノシンモノホスファート・リシンヒドロラーゼである。Martin et al.(Gastroenterology(2006)130:2179−2188)は、これが腫瘍学における潜在的薬物候補ではないことを示唆する多数の観察所見を報告したが、それはHint2レベルが肝細胞がん腫においてはダウンレギュレートされ、HepG2細胞におけるHint2のノックダウンはアポトーシス性刺激への感受性の低下をもたらすからである。同一系におけるHint2の過剰発現は逆作用を有し、HepG2異種移植片におけるHint2の過剰発現は腫瘍サイズの減少をもたらす。本出願に提示したデータは、Hint2のテロメア局在がその細胞機能において重要であることを示唆している。
MTA1は、ヌクレオソームのリモデリングおよび脱アセチル化(NuRD)複合体の構成要素であり、その発現は少なくとも一部にはc−Mycによって転写レベルで制御される(Zhang et al.,PNAS,2005,Vol.102,13968−13973)。MTA1は、さらにまたエストロゲン受容体コリプレッサーであることも公知である(Martin et al.,Breast Cancer Res Treat,2006,Vol.95,7−12)。MTA1は、HDAC1およびHDAC2を備える複合体内で作用する(Yao & Yang,J Biol Chem,2003,Vol.278,42560−42568)。
LSD1は、同定された最初のヒストンデメチーゼラであり(Shi et al.,Cell,2005,Vol.122,654−658)、ヒストンH3リシン4およびリシン9からモノメチルおよびジメチル修飾を選択的に取り除く。LSD1は、アンドロゲン受容体と相互作用してアンドロゲン受容体依存性転写を刺激する(Metzger et al.,Nature,2005,Vol.437,436−439)。LSD1レベルは、高リスクの前立腺がんではアップレギュレートされる(Kahl et al.,Cancer Res,2006,Vol.66,11341−11347)。LSD1は、細胞増殖のために必要とされ、このタンパク質の欠乏症は部分的細胞周期停止および外部刺激による増殖抑制への感作をもたらす(Scoumanne & Chen,J Biol Chem,2007,Vol.282,15471−15475)。これらの特徴は全部がLSD1を腫瘍学にとって魅力的な標的にさせる。これまでには報告されていないテロメアとの関連についての理由は、調査のための有益な領域を表している。
Pin−1は、多数の発がん経路および細胞シグナリング経路の異性化に含まれるペプチジルプロピルイソメラーゼである(He et al.,Lung Cancer,2007,Vol.56,51−58において精査されている)。Pin−1の過剰発現は非小細胞肺がん(He et al.,Lung Cancer,2007,Vol.56,51−58)、およびB型肝炎コーディングHBxがん遺伝子と相乗作用的に機能する可能性がある肝細胞がん(Pang et al.,Gastroenterology,2007,Vol.132,1088−1103)を含む多数のがんにおいて報告されてきた。Pin−1によるStat−3の活性化は、乳がん細胞における上皮細胞から間葉細胞への転移増加を引き起こす(Lufei et al.,Oncogene,2007,Jun 11、印刷出版に先行した電子出版)。マウスモデルでは、Pin−1およびp53の二重除去は胸腺肥大の加速をもたらす(Takahashi et al.,Oncogene,2007,Vol.26,3835−3845)。
一部のテロメア関連タンパク質は、HeLa細胞においてのみ検出され、ALT−陽性細胞系においては検出されなかった。これは、ALTテロメア維持系の使用が所定のタンパク質のテロメアへの局在化を誘導するだけではなく、これがさらにその他の会合も防止することを意味する可能性がある(HeLaテロメアは、テロメラーゼによって維持されるので、したがって例えばGAR1もしくはBAT1などのALTにおいて見いだされないテロメラーゼ会合タンパク質を予測することができる)。これは、さらにがんの療法における患者を階層化するためのメカニズムを提供できる。
Aurora B
USP1
AuroraキナーゼBは、内部セントロメアタンパク質およびスルビビンと複合体を形成する染色体パッセンジャータンパク質である(Sistayanarain et al.,Anticancer Res 2006,Vol.26,3585−3593によって精査された)。本発明者らのスクリーニング中に検出されたHeLa細胞におけるテロメアとの会合は、全く予想外である。異常なAurora Bの活性は、肺(Hayama et al.,Cancer Res,2007,Vol.67,4113−4122;Vischioni et al.,Mol Cancer Ther 2006,Vol.5,2905−2013)、口腔扁平上皮細胞がん(Qi et al.,Virchows Arch,2007,Vol.450,297−302)、乳がん(Tchatchou et al.,Cancer Lett,2007,Vol.247,266−272)、前立腺がん(Lee et al.,Cancer Res,2006,Vol.66,4996−5002)、神経膠芽細胞腫(Zeng et al.,J Clin Pathol,2007,Vol.60,218−221)および中皮腫(Lopez−Rios et al.,Cancer Res,2006,Vol.66,2670−2679)を含む多数のがんにおいて重要であると考えられる。腎腫瘍の動物モデルでは、Aurora Bの発現はエストロゲン応答性である(Hontz et al.,Cancer Res,2007,Vol.67,2957−2963)。
USP1は、モノ−ユビキチン化PCNAを脱ユビキチン化するシステインプロテアーゼである。モノ−ユビキチン化PCNAは、損傷したDNAの病巣内合成のために必要とされる。USP1の阻害は、この形態のタンパク質の蓄積をもたらす(Huang et al.,Nat Cell Biol 2006,Vol.8,339−347)。
所定のタンパク質は、ALTおよび非ALT細胞両方のテロメアと会合することが見いだされた。これは、これらの細胞条件のための所定の特異的タンパク質に加えて、病理−生理学的両方の状況においてテロメアと会合するより小さな群のタンパク質が存在する。以前にはテロメアと会合することが既知ではないタンパク質の選択は、以前には予測することのできなかった新規な治療介入点を示す可能性がある。
GMPシンターゼ
Fen1
USP7
PRMT1
転写中間因子1β
GMPシンターゼは、グルタミンおよびATPの存在下でGMPを形成するためのキサントシン5’−モノホスフェートのアミノ化を触媒するアミドペプチダーゼである(Nakamura et al.,JBC,1995,Vol.270,23450−23455)。このため、GMPシンターゼはグアニンヌクレオチドの新規合成における重要な酵素である。迅速に分割する細胞におけるヌクレオチドのための要件を前提にすると、ヌクレオチド合成経路における酵素は、創薬のための前途有望な標的となる可能性がある。最もよく知られていて臨床的に最も有用な例は、チミジル酸シンターゼ阻害剤である5−FUである。より近年には、GMPシンターゼは、キイロショウジョウバエにおいてUsp7(下記参照)と相互作用してヒストンH2B脱ユビキチン化を刺激することが証明されている(van der Knaap et al.,Mol Cell,2005,Vol.17,695−707)。
Fen1は、多ヌクレオチドDNA合成を含むロング・パッチベースの切除修復(Prasad et al.,J Biol Chem,2000,Vol.275,4460−4466)およびOkazakiフラグメント再生に関係する構造特異的フラップエンドヌクレアーゼである。この酵素はアニーリングしていない5’末端を備える基質を切断し、その活性はPCNAとの会合によって5〜50倍に増加する(Tom et al.,J Biol Chem,2000,Vol.275,10498−10505)。
USP7システインプロテアーゼは、大多数の哺乳動物細胞中に存在するPML(前骨髄球性白血病)核小体の成分である(Muratani et al.,Nat Cell Biol,2002,Vol.4,106−110)。USP7は、少なくとも2つのウイルスタンパク質であるHSVタイプのICPOおよびEBVのEBNA1の標的である(Holowaty et al.,J Biol Chem,2003,Vol.278,47753−47761)。EBNA1は、USP7のp53と同一領域へ結合するが、他方ICPOは相違する領域へ結合する。
PRMT1は、その標的にヒストンH4、GRIP1およびPPARγコアクチベーター1α(Lee et al.,Mol Endocrinol,2007,Vol.21,1381−1393において精査された)、DNAポリメラーゼβ(El−Andaloussi et al.,FASEB J,2007,Vol.21,26−34)およびRIP140(Mostaqul Huq et al.,EMBO J,2006,Vol.25,5094−5104)が含まれるアルギニンメチルトランスフェラーゼである。PRMT1は、hCAF1によって調節される(Robin−Lespinasse et al.,J Cell Sci,2007,Vol.120,638−647)。ヒストンH4メチル化は、エストロゲン受容体媒介性遺伝子調節における早期の重要な事象である(Wagner et al.,J Biol Chem,2006,Vol.281,27242−27250)。インターフェロンα/β−媒介性遺伝子転写の誘導は、さらにPRMT1の活性、この場合にはStat1によって作用することによって厳密に決定される(Mowan et al.,Cell,2001 Vol.104,731−741)。PRMT1の活性の阻害は、大規模に遺伝子発現に影響を及ぼす能力を有している。
TRIM28としても公知であるTIF−1βは、転写調節複合体の構成要素として同定されてきた(Friedman et al.,Genes Dev 1996,Vol.10,2067−2078;Moosmann et al.,Nucleic Acids Res 1996 Vol.24,4859−4867)。DNA自体に結合するとは考えられていないが、TRIM28はKRABリプレッサー(Kim et al.,Proc Natl Acad Sci USA,1996 Vol.93,15299−15304)、ヒストン結合タンパク質HP1、SETDB1(ESET)、およびp53の重要な調節因子であるMDM2(Wang et al.,Embo J 2005 Vol.24 3279−3290)を含む多種多様な各因子と相互作用することは公知である。
本発明者らは、標的遺伝子座でのタンパク質およびポリペプチドの同定を可能にする十分な純度で会合した結合因子を備えるクロマチンを単離する技術を考案した。例えば、哺乳動物クロマチン中に存在する中間反復エレメントと会合しているタンパク質が、質量分析法を用いて直接的に精製および同定されている。この技術をヒトテロメアに適用すると、低レベル発現を示すタンパク質を含めて、以前にテロメアに結合することが証明された全タンパク質の92%が同定された。以下の実施例では、HeLaテロメアがALTテロメアと比較され、ALTテロメアに特異的に結合する複数の因子が同定された。これによって、それらのテロメアの配列内の変化によって様々なタンパク質がクロマチンに結合すると推測される。
出発細胞はHeLa S3細胞(ヒトがん細胞系)であった。懸濁液から、スピナーフラスコ内の細胞(0.5〜1×106cells/mLの密度で20Lの培養)を室温で10分間、2,500gでの遠心分離によってペレット化し、その直後に架橋溶液(1010cellsに対して200mL;架橋溶液:3%ホルムアルデヒド/1×PBS(ホルムアルデヒド37%、メタノール安定化溶液から調製))中に再懸濁させた。付着性細胞については、媒質を最初に廃棄し、直ちにプレートへ架橋溶液を加えた(10mL/15cmプレート)。細胞は、室温で30分間にわたり架橋溶液中でインキュベートした。
次のステップは、出発点において単一の1.5mLアリコートのクロマチン鋳型調製物を参照しながら記載する。
DNA濃度(O.D.260):2〜2.5mg/mL
O.D.260/O.D.280=1.30〜1.45.
先行ステップにおいて得られた可溶化クロマチンサンプルは、室温の16,000gで15分間にわたり遠沈させた。約5mLのクロマチンサンプルを生じさせるためにアリコートを一緒にプールし、これに最終濃度0.02%(クロマチンサンプルの1/1,000の容量)まで20%SDSを加えた。
25℃で3分間
70℃で6分間
38℃で60分間
60℃で2分間
38℃で60分間
60℃で2分間
38℃で120分間
最終温度25℃
0.3Mスクロース;10mMのHEPES−NaOH(pH7.9);1%TritonX−100;3mMのCaCl2;2mMのMgOAc(酢酸マグネシウム)
25%グリセロール;10mMのHEPES−NaOH(pH7.9);0.1mMのEDTA;0.1mMのEGTA;5mMのMgOAc(酢酸マグネシウム)
プローブは、LNAおよびDNA残留物の混合物から構成され、長さ25ヌクレオチドであった。さらに、それらをそれらの5’末端でのデスチオビチンであるビオチンアナログで標識したが、この標識は典型的に長さ20〜95炭素原子からなる極めて長いスペーサー基によってプローブ配列に結合している。デスチオビオチンは、ビオチンに比較してより穏和な溶出条件を使用できるように、親和性標識として選択された。極めて長いスペーサーは相当に重要であるが、それはクロマチン固定化戦略が立体障害問題によって損なわれる可能性があるためである(例えば、Sandaltzopoulos R,Blank T,Becker PB.EMBO J.1994を参照されたい)。適切な極めて長いスペーサー技術は、Morocho et al.(Nucleos.Nucleot.Nuc.Acids.(2003)22(5−8):1439−41およびMethods Mol Biol.(2005);288:225−40)に記載されている。
5’ TtAgGgTtAgGgTtAgGgTtAgGgt 3’[配列番号1]
であった。
ランダム化/スクランブル化コントロールプローブ配列は、
5’ GaTgTgGaTgTggAtGtGgAtgTgg 3’[配列番号2]
であった。
このとき大文字はLNA残基を表し、小文字はDNA残基であった。オリゴヌクレオチドプローブを含有するデスチオビオチン化LNAは、Fidelity Systems社(米国メリーランド州ゲーサーズバーグ)による発注のために合成された。上記のプローブにおいて利用された分子スペーサーは、長さが108炭素原子であった。
プルダウンしたタンパク質はBis−Trisの12%アクリルアミドミニゲル(Invitrogen社)上に装填し、泳動用色素がゲルから抜け出るまで100Vで泳動した。次にこのゲルを、製造業者の取扱説明書にしたがってコロイダルブルー(Invitrogen社)により染色して固定した。15〜25のバンドを全レーンに沿って切り取った(全レーンを被覆する)。これらのサンプルは、分析およびタンパク質同定のためにTaplin Harvard質量分析施設(THMS)に提出された(例えば、http://gygi.med.harvard.edu/facility/#Introを参照。Taplin生物学質量分析施設、ハーバード医科大学、C棟517号室、ロングウッドアベニュー240、米国マサチューセッツ州ボストン02115)。
a.ゲルバンド/スポットのゲル内消化
b.マイクロキャピラリーLC/MS/MS分析
c.タンパク質データベース検索
これらの結果は、民間アクセスのウェブサイトデータベースの形態にあるTHMSによって提供される。
本発明の方法によって同定された候補が機能的に重要であることを証明する実験を実施した。ALT細胞系WI38 VA13は、COUP−TF2遺伝子を標的とする2つのshRNA構築体(SIGMA、Mission shRNAコレクション)を用いてトランスフェクトした。COUP−TF2は、実施例2における新規なクロマチン会合因子であると同定されたオーファン核受容体である(表2においてボールド体で表示した)。細胞は、トランスフェクトに成功していた細胞を同定するために緑色蛍光タンパク質構築体をコトランスフェクトした。トランスフェクションの96時間後、細胞を固定し、テロメアを検出するための抗rap1抗体(ウサギポリクローナルab4181、AbCam社)およびPML体を同定するための抗PML抗体(マウスモノクローナルPGM3、Santa Cruz社)を用いて二重染色した。局在化シグナルは、ロバ抗ウサギ−Cy3およびロバ抗マウス−Cy5ポリクローナル抗体(Jackson Labs社)により示された。
本実施例は、実施例1に記載したクロマチンフラグメントを調製するための代替方法を提供する。
Claims (37)
- 標的核酸配列と会合している1つ以上のポリペプチドを単離するための方法であって、
(a)標的核酸配列と、前記標的核酸配列と会合している1つ以上のポリペプチドとを含むサンプルを入手するステップと、
(b)前記サンプルと、前記標的核酸配列の少なくとも一部分に相補的であり、ハイブリダイズすることのできる配列を含む少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブを接触させるステップと、ここで、前記オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも1つのロックされた核酸(LNA)ヌクレオチドを含み、前記オリゴヌクレオチドプローブは少なくとも1つの親和性標識をさらに含み、前記親和性標識は、90〜170原子の長さを有するスペーサー基によってオリゴヌクレオチドプローブに共役結合しており、
(c)前記少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブおよび前記標的核酸配列がプローブ−標的ハイブリッドを形成できるように相互にハイブリダイズさせるステップと、
(d)前記少なくとも1つの親和性標識に対して結合する分子を介して前記プローブ−標的ハイブリッドを固定化することによって、前記プローブ−標的ハイブリッドを前記サンプルから単離するステップと、
(e)前記標的核酸配列と会合している前記1つ以上のポリペプチドを溶出させるステップと
を含む方法。 - 前記標的核酸配列は、真核細胞DNAを含む請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸配列は、RNAを含む請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸配列は、原核細胞DNAを含む請求項1に記載の方法。
- 前記真核細胞DNAは、哺乳動物DNAを含む請求項2に記載の方法。
- 前記標的核酸配列は、哺乳動物DNAに組み込まれたウイルス由来配列を含む請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸配列は、クロマチン内に含まれる請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記標的核酸配列と会合している前記1つ以上のポリペプチドは、クロマチン会合ポリペプチドである、請求項7に記載の方法。
- 前記親和性標識は、ビオチンまたはそのアナログ、ジゴキシゲニン、フルオレセイン、ジニトロフェノールおよび免疫タグからなる群から選択される請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ビオチンアナログは、デスチオビオチンである請求項9に記載の方法。
- 前記プローブ−標的ハイブリッドは、前記少なくとも1つの親和性標識に結合する分子を通して固定化され、前記分子は固体支持体に付着している請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記固体支持体は、マイクロビーズを含む請求項11に記載の方法。
- 前記マイクロビーズは、溶液から磁気的に分離することができる請求項12に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブ配列は、複数のLNAヌクレオチドを含む請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブは、約50%のLNAヌクレオチド残基を含む請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 前記標的核酸配列と会合している前記1つ以上のポリペプチドは、前記サンプルを前記オリゴヌクレオチドプローブに曝露するステップの前に、前記1つ以上のポリペプチドの架橋結合を生じる条件に曝露され、次いで前記架橋結合ステップは、前記1つ以上のポリペプチドを溶出するステップの前に脱架橋される請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
- (f)前記1つ以上のポリペプチドの同一性を決定するために、前記溶出された1つ以上のポリペプチドを分析するステップをさらに含む請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。
- 前記分析は、質量分析法を含む請求項17に記載の方法。
- 以下に規定する一般式I:
- 前記ハプテンは、ビオチンまたはそのアナログ、ジゴキシゲニン、フルオレセイン、およびジニトロフェノールからなる群から選択される請求項19に記載のオリゴヌクレオチドプローブ。
- 前記ビオチンアナログは、デスチオビオチンである請求項20に記載のプローブ。
- 以下に規定する一般式II:
- 前記ヌクレオチドの少なくとも25%は、ロックされた核酸ヌクレオチドである請求項22に記載のプローブ。
- 前記オリゴヌクレオチドは、長さが少なくとも25ヌクレオチドであり、およそ50%のLNAおよび50%のヌクレオチドを含んでいる請求項22または23に記載のプローブ。
- 前記スペーサー基は、前記オリゴヌクレオチドプローブの5’ヌクレオチドに結合されている請求項22〜24のいずれか1項に記載のプローブ。
- 以下に規定する一般式III:
- 前記親和性標識は、ビオチンまたはそのアナログ(例えばデスチオビオチンなど)、ジゴキシゲニン、フルオレセイン、および/またはジニトロフェノールから選択される請求項26に記載のプローブ。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブは、一般式IIIの基を含み、式中、ヌクレオチドZが前記オリゴヌクレオチドプローブ内の5’ヌクレオチドを表す請求項26または27に記載のプローブ。
- 真核細胞のゲノム内のクロマチンの特異的領域と会合するポリペプチドを同定する方法であって、
(a)前記真核細胞内のクロマチンの前記特異的領域内に存在する標的核酸配列を同定するステップと、
(b)前記特異的領域内に局在するDNA配列の少なくとも一部分と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブ配列を構築するステップと、ここで、前記オリゴヌクレオチドプローブは、少なくとも1つのロックされた核酸(LNA)ヌクレオチドと少なくとも1つの親和性標識とを含み、前記親和性標識は、90〜170原子の長さを有するスペーサー基によってオリゴヌクレオチドプローブに共役結合しており、
(c)クロマチンの前記特異的領域と会合している1つ以上のポリペプチドを単離するために、前記オリゴヌクレオチドプローブを利用するステップと、
(d)クロマチンの前記特異的領域と会合するポリペプチドを同定するために、前記1つ以上の単離されたポリペプチドを分析するステップと
を含む方法。 - クロマチンの前記特異的領域は、テロメア、セントロメア、ユークロマチン、ヘテロクロマチン、遺伝子、反復配列、異種挿入配列および組み込まれたウイルスゲノムからなる群から選択される領域の1つ以上を含む、請求項29に記載の方法。
- クロマチンの特異的領域と会合する前記ポリペプチドは、酵素活性についてさらにスクリーニングされる、請求項29または30に記載の方法。
- クロマチンの特異的領域と会合する前記ポリペプチドは、薬物標的として同定される請求項29〜31のいずれか1項に記載の方法。
- 後成的活性の調節因子についてのスクリーニング法であって、
請求項29〜32のいずれか1項に記載の方法にしたがって、真核細胞のゲノム内でクロマチンの特異的領域と会合するものとして同定されたポリペプチドを単離するステップと、
前記単離されたポリペプチドを化合物のライブラリー由来の1つ以上の化合物と接触させるステップと、
前記単離されたポリペプチドに結合して前記単離されたポリペプチドの活性を調節する化合物を後成的活性の調節因子として同定するステップと
を含む方法。 - 前記単離されたポリペプチドは、Hint2、GMPシンターゼ、Pri2、Fen1、USP7、PRMT1、Pin−1、オーロラキナーゼB、USP1およびMTA1からなる群から選択される請求項33に記載の方法。
- ポリペプチドの生物活性を特性付ける方法であって:
請求項29〜32のいずれか1項に記載の方法にしたがって真核細胞のゲノム内でクロマチンの特異的領域と会合するものとして同定されたポリペプチドを単離するステップと、
前記ポリペプチドについての核酸配列を入手するステップと、
前記ポリペプチドについての前記核酸配列の全部もしくは一部に相補的であるアンチセンス核酸配列を生成するステップと、
前記真核細胞内の前記ポリペプチドの発現を減少させるために、前記アンチセンス核酸配列を真核細胞内へ導入するステップと、
前記ポリペプチドの前記生物活性を決定するために、前記真核細胞の表現型を分析するステップと、を含む方法。 - 前記アンチセンス核酸配列は、siRNAオリゴヌクレオチドを含む請求項35に記載の方法。
- 前記真核細胞は、哺乳動物である請求項33〜36のいずれか1項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US93556207P | 2007-08-20 | 2007-08-20 | |
US60/935,562 | 2007-08-20 | ||
PCT/GB2008/002821 WO2009024781A1 (en) | 2007-08-20 | 2008-08-20 | Isolation of protein factors that associate directly or indirectly with nucleic acids |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2010536835A JP2010536835A (ja) | 2010-12-02 |
JP5721433B2 true JP5721433B2 (ja) | 2015-05-20 |
Family
ID=39865045
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010521473A Expired - Fee Related JP5721433B2 (ja) | 2007-08-20 | 2008-08-20 | 核酸と直接的または間接的に会合するタンパク質因子の単離 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20110262908A1 (ja) |
EP (1) | EP2191016B1 (ja) |
JP (1) | JP5721433B2 (ja) |
AU (2) | AU2008290376B2 (ja) |
DK (1) | DK2191016T3 (ja) |
WO (1) | WO2009024781A1 (ja) |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2407552B1 (en) * | 2010-07-13 | 2012-11-14 | Cnrs | Method for the isolation of the proteins bound to any kind of interesting nucleic acid sequence |
GB201016484D0 (en) | 2010-09-30 | 2010-11-17 | Geneseque As | Method |
US8748354B2 (en) * | 2011-08-09 | 2014-06-10 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | RNA interactome analysis |
EP2744902B1 (en) * | 2011-08-19 | 2018-06-06 | The General Hospital Corporation | Isolation of factors that associate directly or indirectly with non-coding rnas |
US9279816B2 (en) | 2012-11-15 | 2016-03-08 | Board Of Trustees Of The University Of Arkansas | Methods and kits for isolation and analysis of a chromatin region |
US9506915B2 (en) | 2012-11-15 | 2016-11-29 | Board Of Trustees Of The University Of Arkansas | Methods and kits for isolation and analysis of a chromatin region |
US11466306B2 (en) | 2013-02-14 | 2022-10-11 | Osaka University | Method for isolating specific genomic regions with use of molecule capable of specifically binding to endogenous DNA sequence |
EP3033422A4 (en) * | 2013-08-16 | 2017-08-02 | Rana Therapeutics Inc. | Oligonucleotides targeting euchromatin regions of genes |
GB201413929D0 (en) | 2014-08-06 | 2014-09-17 | Geneseque As | Method |
GB201607817D0 (en) * | 2016-05-04 | 2016-06-15 | Univ Leiden | Methods |
PL3669193T3 (pl) | 2017-08-18 | 2022-07-25 | European Molecular Biology Laboratory | Zwiększone wychwytywanie interaktomu rna (eric) |
Family Cites Families (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6001571A (en) | 1995-11-30 | 1999-12-14 | Mandecki; Wlodek | Multiplex assay for nucleic acids employing transponders |
US6391555B1 (en) * | 1999-01-07 | 2002-05-21 | Eric S. Johnson | Assay for the detection of avian leukosis/sarcoma viruses (ALSV) in DNA from human and animal biological specimens |
US6312906B1 (en) * | 1999-01-15 | 2001-11-06 | Imperial College Innovations, Ltd. | Immobilized nucleic acid hybridization reagent and method |
CA2407695C (en) * | 2000-04-28 | 2015-03-31 | Sangamo Biosciences, Inc. | Methods for binding an exogenous molecule to cellular chromatin |
US20030077609A1 (en) * | 2001-03-25 | 2003-04-24 | Jakobsen Mogens Havsteen | Modified oligonucleotides and uses thereof |
CA2470774A1 (en) * | 2001-12-19 | 2003-06-26 | Hvidovre Hospital | A method and a kit for determination of a microbial count |
AU2003288474A1 (en) * | 2002-06-24 | 2004-03-19 | Exiqon A/S | Methods and systems for detection and isolation of a nucleotide sequence |
CA2530810A1 (en) * | 2003-07-03 | 2005-01-27 | The Regents Of The University Of California | Genome mapping of functional dna elements and cellular proteins |
GB0325653D0 (en) * | 2003-11-03 | 2003-12-10 | Medical Res Council | CST emulsions |
ATE487792T1 (de) * | 2003-12-22 | 2010-11-15 | Univ Pennsylvania | Verfahren und zusammensetzungen zur identifikation von rna-bindenden proteinen |
US7813881B2 (en) * | 2004-09-10 | 2010-10-12 | University Of Massachusetts | Quantitative assessment of biological function based on the temporal and spatial organization of subnuclear domains |
WO2006110314A2 (en) * | 2005-03-25 | 2006-10-19 | Ambion, Inc. | Methods and compositions for depleting abundant rna transcripts |
EP2126075A2 (en) | 2007-01-16 | 2009-12-02 | Cytocure, Inc. | Methods of isolating and purifying nucleic acid-binding biomolecules and compositions including same |
-
2008
- 2008-08-20 US US12/674,163 patent/US20110262908A1/en not_active Abandoned
- 2008-08-20 WO PCT/GB2008/002821 patent/WO2009024781A1/en active Application Filing
- 2008-08-20 AU AU2008290376A patent/AU2008290376B2/en not_active Ceased
- 2008-08-20 DK DK08788385.6T patent/DK2191016T3/en active
- 2008-08-20 EP EP08788385.6A patent/EP2191016B1/en not_active Not-in-force
- 2008-08-20 JP JP2010521473A patent/JP5721433B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2014
- 2014-08-08 AU AU2014210637A patent/AU2014210637A1/en not_active Abandoned
-
2015
- 2015-06-17 US US14/741,539 patent/US20150307939A1/en not_active Abandoned
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2008290376B2 (en) | 2014-05-08 |
US20150307939A1 (en) | 2015-10-29 |
EP2191016B1 (en) | 2015-03-04 |
WO2009024781A1 (en) | 2009-02-26 |
EP2191016A1 (en) | 2010-06-02 |
AU2008290376A1 (en) | 2009-02-26 |
AU2014210637A1 (en) | 2014-08-28 |
JP2010536835A (ja) | 2010-12-02 |
US20110262908A1 (en) | 2011-10-27 |
DK2191016T3 (en) | 2015-06-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5721433B2 (ja) | 核酸と直接的または間接的に会合するタンパク質因子の単離 | |
ES2924185T3 (es) | Perfiles in situ de alta eficiencia dirigidos a todo el genoma | |
Karousis et al. | Nonsense‐mediated mRNA decay: novel mechanistic insights and biological impact | |
Petruk et al. | TrxG and PcG proteins but not methylated histones remain associated with DNA through replication | |
Pandey et al. | Methods for analysis of circular RNAs | |
US20120040857A1 (en) | Isolation of factors that associate directly or indirectly with chromatin | |
Jazurek et al. | Identifying proteins that bind to specific RNAs-focus on simple repeat expansion diseases | |
Pang et al. | Encoding activities of non-coding RNAs | |
Zhang et al. | Caged circular siRNAs for photomodulation of gene expression in cells and mice | |
JP2002520074A (ja) | シス作用性核酸エレメントおよび使用法 | |
Chowdhury et al. | The RGG motif proteins: Interactions, functions, and regulations | |
Zhu et al. | Hepatocellular carcinoma progression mediated by hepatitis B virus-encoded circRNA HBV_circ_1 through interaction with CDK1 | |
US20060105341A1 (en) | Trap-tagging: a novel method for the identification and purification of rna-protein complexes | |
Warns et al. | Connecting the dots: chromatin and alternative splicing in EMT | |
Barysch et al. | Transient deSUMOylation of IRF2BP proteins controls early transcription in EGFR signaling | |
Godet et al. | Long non-coding RNA Neat1 and paraspeckle components are translational regulators in hypoxia | |
Malka et al. | Alternative cleavage and polyadenylation generates downstream uncapped RNA isoforms with translation potential | |
US10858650B2 (en) | Methods for modulating ATRX-dependent gene repression | |
WO2018213719A1 (en) | Assays for nucleosome remodeling activity | |
US10273529B2 (en) | Isolation of factors that associate directly or indirectly with non-coding RNAS | |
Wang | Inhibitors of CRD-BP-KRAS RNA interaction | |
JP2011103889A (ja) | テロメアにより開始される細胞シグナル伝達の調節 | |
Assoni | The role of neurodegeneration-associated proteins in ALS and medulloblastoma | |
WO2024158825A2 (en) | Methods to modulate tau for treatment of tauopathies | |
Kirstein | Chromatin-dependent pre-replication complex positioning and activation in mammals |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20110817 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130830 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20131128 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20131205 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140106 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140513 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140808 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20150224 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20150324 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5721433 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |