JP5692954B2 - Hiv−1を検出しそして定量するためのアッセイ - Google Patents
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Description
本出願は、米国仮特許出願第60/615,533号(2004年9月30日出願)の優先権を主張する。この先行出願の全開示は、本明細書によって参考として援用される。
本発明は、バイオテクノロジーの分野に関する。より具体的には、本発明は、HIV−1の核酸を検出および定量化するための診断的アッセイに関する。
ヒト免疫不全ウィルス1型(HIV−1)に感染した個体の臨床管理の進歩により、ウィルス力価を、いくつかの早期世代のHIV−1アッセイの検出限界以下に低下させることができるようになっている。より具体的には、高活性抗レトロウィルス薬物療法(HAART)によって、ウィルス負荷を、50HIV−1 RNAコピー/ml近いレベル、実質的にはいくつかの先行検出アッセイの閾値である400〜500コピー/ml以下のレベルまで低下させることができる。この事実は、低ウィルス力価をモニターし維持する要求とあいまって、HIV−1RNA測定のための改良型定量的アッセイの開発を必要とした(非特許文献1)。しかし、有用な定量的アッセイは、遺伝子的に多様なHIV−1改変体の範囲を正確に測定することができなければならないという事実が事を複雑にしている。
本発明の第1の態様は、HIV−1 M群の核酸またはHIV−1 O群の核酸のいずれかの増幅に有用な反応混合物に関する。発明された反応混合物は通常、第1および第2の増幅プライマーを含む。第1の増幅プライマーは、HIV−1 M群の核酸の第1鎖、およびHIV−1 O群の核酸の第1鎖に、独立してハイブリダイズできる第1プライマー標的ハイブリダイズ性配列(first primer target−hybridizing sequence)を含む。第2の増幅プライマーは、鋳型として、HIV−1 M群の核酸の第1鎖またはHIV−1 O群の核酸の第1鎖のいずれかを用いて、第1の増幅プライマーの酵素的伸長産物にハイブリダイズする第2プライマー標的ハイブリダイズ性配列を含む。第2プライマー標的ハイブリダイズ性配列は本質的に配列番号33からなる。好ましい実施形態において、第2プライマー標的ハイブリダイズ性配列は、本質的に配列番号2からなる。この場合、第1プライマー標的ハイブリダイズ性配列は、本質的に配列番号13からなり得る。あるいは、第1プライマー標的ハイブリダイズ性配列は、本質的に配列番号15からなり得る。異なる好ましい実施形態において、第2プライマー標的ハイブリダイズ性配列は、本質的に配列番号5からなる。この場合、第1プライマー標的ハイブリダイズ性配列は、本質的に配列番号15からなり得る。さらに他の好ましい実施形態において、該反応混合物は、ハイブリダイゼーションプローブをさらに含む。いくつかの例において、このハイブリダイゼーションプローブは、分子ビーコンハイブリダイゼーションプローブまたは分子トーチハイブリダイゼーションプローブである。ハイブリダイゼーションプローブが分子ビーコンであるか分子トーチであるかに関わらず、一定の実施形態において、HIV−1 M群核酸またはHIV−1 O群核酸の増幅および検出には、2つ以下のプライマーおよび1つのプローブが用いられる。
以下の用語は、本明細書において、特に反対に記述されない限り、この開示の目的にとって以下の意味を有する。
血液、血清、血漿もしくは他の体液または組織などの生物学的サンプル中のHIV−1の核酸を選択的に検出するための組成物、方法およびキットが本明細書に開示される。本発明のプローブ、プライマーおよび方法は、診断的適用、ウィルス負荷試験適用のいずれかにおいて、または感染性粒子を含有する可能性のある供与血液および血液製品もしくは他の組織のスクリーニングのために使用できる。
本発明は、生物学的サンプル中のHIV−1核酸を検出するために特に有用な組成物(核酸捕捉オリゴヌクレオチド、増幅オリゴヌクレオチドおよびプローブ)、方法およびキットを含む。このような使用に適切なオリゴヌクレオチド配列をデザインする目的で、診断的アッセイにおける試薬として役立ち得るウィルスゲノムの候補領域を確認するために、先ず既知のHIV−1核酸配列を比較した。これらの比較の結果、図1に概略的に示された捕捉オリゴヌクレオチド、プライマーおよびプローブを、増幅アッセイにおいて使用するために選択した。捕捉、増幅および増幅配列の検出に好適な合成オリゴヌクレオチドをデザインするための開始箇所として、比較された配列間に含有する改変体が比較的少ない配列部分を選択した。
本発明に関連して有用な増幅方法は以下を含む:転写媒介増幅法(TMA)、核酸配列ベースの増幅法(NASBA)、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、鎖置換増幅法(SDA)、および自己複製ポリヌクレオチド分子およびMDV−1 RNAやQ−ベータ酵素などの複製酵素を用いた増幅方法。これらの種々の増幅法を実施するための方法は、それぞれ、米国特許第5,399,491号、米国特許第5,554,517号、米国特許第4,965,188号、米国特許第5,455,166号、米国特許第5,472,840号およびLizardiら、BioTechnology 5:1197頁(1988)に見ることができる。核酸増幅反応の実施方法を記載したこれらの文書の開示は、参照として本明細書に組み込まれている。
上記で示したように、「プライマー」とは、核酸増幅反応に寄与できる任意に改変されたオリゴヌクレオチドを言う。好ましいプライマーは、鋳型核酸にハイブリダイズすることができ、DNAポリメラーゼ活性によって伸長され得る3’端を有する。プライマーの5’領域は標的核酸に非相補的であってもよい。5’非相補的領域がプロモーター配列を含む場合、これは「プロモーター−プライマー」と称される。プライマーとして機能できるオリゴヌクレオチド(すなわち、標的配列に特異的にハイブリダイズし、DNAポリメラーゼ活性によって伸長できる3’端を有するオリゴヌクレオチド)はいずれも5’プロモーター配列を含むように改変することができ、したがって、プロモーター−プライマーとして機能できることを、当業者は認識されるであろう。同様に、いずれのプロモーター−プライマーもプロモーター配列の除去によって改変できるか、またはプロモーター配列なしに合成でき、依然としてプライマーとして機能する。
本発明に関連して、本質的には、特異的核酸ハイブリダイゼーションのモニタリングに使用できる任意の標識化系および検出系を使用することができる。有用な標識全体の中でも、放射性標識、酵素、ハプテン、結合オリゴヌクレオチド、化学発光分子、蛍光部分(単独で、または「クエンチャー」部分と組み合わせて)、および電気的検出法に供することのできるレドックス活性部分が挙げられる。好ましい化学発光部分としては、均一保護アッセイに関連させて用いられる米国特許第5,283,174号にArnoldらによって開示されたタイプ、および単一反応における複数標的を定量化するアッセイに関連させて用いられる米国特許第5,656,207号にWoodheadらによって開示されたタイプのアクリジニウムエステルが挙げられる。これらの特許文献に含まれる開示は参照として本明細書に組み込まれている。好ましい電気的標識法および検出法は、米国特許第5,591,578号および第5,770,369号、ならびに国際公開特許出願第98/57158号に開示されており、これらは参照として本明細書に組み込まれている。本発明における標識として有用なレドックス活性部分としては、Cd、Mg、Cu、Co、Pd、Zn、FeおよびRuなどの遷移金属が挙げられる。
いくつかの適用において、検出前に、ハイブリダイズしていないプローブの除去を最初に必要とせずに試験サンプル中のプローブ:標的二重鎖の検出を促進するために、少なくともある程度の自己相補性を示すプローブが望ましい。例えば、「分子ビーコン」と称される構造は、標的相補的配列、標的核酸配列が不在の場合にプローブを閉コンホメーションに保つ親和性対(または核酸アーム)、およびプローブが閉コンホメーションの場合に相互作用する標識対を含む。標的核酸と標的相補的配列のハイブリダイゼーションによって親和性対のメンバーが分離することにより、プローブが開コンホメーションへと移行する。例えば、蛍光基とクエンチャー(例えば、DABCYLおよびEDANS)であり得る標識対の相互作用の減少によって、開コンホメーションへの移行が検出可能である。分子ビーコンは米国特許第5,925,517号に十分に記載されており、この開示は参照として本明細書に組み込まれている。HIV−1特異的核酸配列の検出に有用な分子ビーコンは、本明細書に開示されたプローブ配列の1つのいずれかの一端に蛍光基を含む第1の核酸アームおよび消光剤部分を含む第2の核酸アームを付加することによって作出できる。この立体配置において、本明細書に開示されたHIV−1特異的プローブ配列は生じた分子ビーコンの標的相補的「ループ」部分として働き、一方、プローブの自己相補的「アーム」はプローブの「ステム」部分となる。
本発明によるプローブは、ポリヌクレオチドおよびポリヌクレオチド類縁体を含み、任意にそれに共有結合した検出可能標識を担持し得る。プローブのヌクレオシドまたはヌクレオシド類縁体は、窒素性ヘテロ環式塩基または塩基類縁体を含み、該ヌクレオシドは、例えば、ホスホジエステル結合によって一緒に結合し、ポリヌクレオチドを形成する。したがって、プローブは、通例的なリボ核酸(RNA)および/またはデオキシリボ核酸(DNA)を含み得るが、これらの分子の化学的類縁体も含み得る。プローブの「主鎖」は、1つまたは複数の糖−ホスホジエステル結合、ペプチド−核酸結合(時には、Hyldig−Nielsenら、PCT国際公開第95/32305号に記載されているように、「ペプチド核酸」と称される)、ホスホロチオエート結合、メチルホスホネート結合またはそれらの組み合わせなどの当業界に知られている種々の結合から構成できる。プローブの糖部分は、リボースもしくはデオキシリボースのいずれか、または例えば、2’−O−メチルリボースおよび2’ハライド置換体(例えば2’−F)などの公知の置換体を有する類似化合物であり得る。窒素性塩基は、通例的塩基(A、G、C、T、U)、それらの公知の類縁体(例えば、イノシンまたは「I」、The Biochemistry of the Nucleic Acids、5−36頁、Adamsら編、第11版、1992年を参照)プリンまたはピリミジン塩基の公知の誘導体(例えば、N4−メチルデオキシガウノシン、デアザ−またはアザ−プリン類およびデアザ−またはアザ−ピリミジン類、5位または6位に置換基を有するピリミジン塩基、2,6位または8位に変更または代替置換基を有するプリン塩基、2−アミノ−6−メチルアミノプリン、O6−メチルグアニン、4−チオ−ピリミジン類、4−アミノ−ピリミジン類、4−ジメチルヒドラジン−ピリミジン類、およびO4−アルキル−ピリミジン類(Cook、PCT国際公開第WO 93/13121号を参照)および主鎖がポリマーの1つまたは複数の残基に関して窒素塩基を含まない「非塩基性」残基(Arnoldら、米国特許第5,585,481号を参照)であり得る。プローブは、通例的な糖、塩基およびRNAとDNAに見られる結合のみを含む場合もあるし、通例的成分と置換体(例えば、メトキシ主鎖を介して結合した通例的塩基、または通例的塩基および一種または複数種の塩基類縁体を含む核酸)との双方を含む場合もある。
所望の特徴を有する増幅プライマーならびにプローブのデザインにとって有用な指針が本明細書に記載されている。HIV−1核酸の増幅ならびにプロービングにとって最適な部位は、約200塩基の連続配列内に、2つ、好ましくは3つの、約15塩基長を超える保存配列を含む。一組のプライマーまたはプロモーター−プライマーで見られる増幅の程度は、オリゴヌクレオチドがそれらの相補的配列にハイブリダイズする能力、および酵素的に伸長される能力などのいくつかの因子に依存する。ハイブリダイゼーション反応の程度および特異性は、多数の因子に影響されるため、これらの因子の操作によって、ある特定のオリゴヌクレオチドがその標的に完全に相補的であっても、そうでなくても、その正確な感受性および特異性が決定される。アッセイ条件を変化させる効果は、当業者に知られており、米国特許第5,840,488号において、Hoganらによって記載されており、これらの開示は参照として本明細書に組み込まれている。
標的結合に関与せず、増幅または検出操作に実質的な影響を及ぼす可能性のない外来配列の存在を調整するために、増幅反応の実施に有用なプライマーは種々の長さを有し得る。例えば、本発明による増幅反応の実施に有用なプロモーター−プライマーは、HIV−1標的核酸配列にハイブリダイズする少なくとも最小の配列、およびその最小配列の上流に位置するプロモーター配列を有する。しかしながら、標的結合配列とプロモーター配列との間における配列挿入によって、増幅反応におけるその有用性を損なうことなく、そのプライマーの長さを変化させ得る。また、増幅プライマーおよび検出プローブの長さは、これらのオリゴヌクレオチドの配列が所望の相補的配列のハイブリダイゼーションのための最少必須要件を満たす限り、選択の対象となる。
(増幅プライマーのポリヌクレオチド配列)
(増強プライマーのポリヌクレオチド配列)
本発明の他の態様は、HIV−1核酸を検出するためのハイブリダイゼーションプローブに関する。HIV−1の核酸に存在する標的核酸配列を増幅する方法は、アンプリコンを検出する任意のさらなるステップを含み得る。この方法は、試験サンプルを、標的核酸配列またはその相補体に優先的にハイブリダイズするハイブリダイゼーションアッセイプローブに接触させ、それによって検出に安定なプローブ:標的二重鎖を形成するステップを含む。次に、試験サンプル中のHIV−1核酸の存在または不在の指標として、試験サンプル中にハイブリッドが存在しているかどうかを判定するステップがある。これは、プローブ:標的二重鎖の検出を含み、好ましくは、均一アッセイ系を含む。
(HIV−1検出プローブのポリヌクレオチド配列)
好ましい捕捉オリゴヌクレオチドは、固体支持体上に固定するための標的として働く第2の配列(すなわち、「尾部」配列)に共有結合した、HIV−1配列に相補的な第1の配列(すなわち、「HIV−1標的配列」)を含む。捕捉オリゴヌクレオチドの塩基配列に結合する任意の主鎖が使用できる。一定の好ましい実施形態において、捕捉オリゴヌクレオチドは、主鎖内に少なくとも1つのメトキシ結合を含む。捕捉オリゴヌクレオチドの3’端にあることが好ましい尾部配列は、相補的塩基配列にハイブリダイズして、生物学的サンプル中の他の成分に優先してハイブリダイズした標的HIV−1核酸を捕捉するための手段を提供するために用いられる。
(捕捉オリゴヌクレオチドのHIV−1相補的部分)
本発明の好ましい方法は、下記に提供された実施例によって記載され例示されている。図1は、HIV−1ゲノムの標的領域(太い横線で示されている)を検出するために使用できる1つの系を概略図で示している。この系は、以下の4種のオリゴヌクレオチドを含む:標的領域内のHIV−1配列に特異的にハイブリダイズする配列および生物学的サンプルに存在する標的領域を捕捉するために固体支持体に固定化された相補的配列にハイブリダイズする尾部(「T」)、を含む1種の捕捉オリゴヌクレオチド;標的領域内のHIV−1配列に特異的にハイブリダイズする配列および二重鎖になった時にT7RNAポリメラーゼのための機能的プロモーターとして働くT7プロモーター配列(「P」)、を含む1種のT7プロモーター−プライマー;T7プロモーター−プライマーを用いて標的領域配列から作製された第1鎖cDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む1種の非T7プライマー;および前記2つのプライマーを用いて増幅される標的領域の一部に特異的にハイブリダイズする配列を含む1種の標識プローブ。
一般に、発明された方法は、増幅前のポリヌクレオチド検体量および増幅後のアンプリコン検体量に関する標準曲線を利用するステップを含み得る。
(HIV−1核酸検出用のキット)
また、本発明は、鋳型ウィルス核酸を用いてポリヌクレオチド増幅反応を実施するためのキットを包含する。一定の好ましいキットは、検出される標的の増幅のために、標的に相補的な塩基配列、および任意にプライマーまたは他の補助的オリゴヌクレオチドを含むハイブリダイゼーションアッセイプローブを含有する。他の好ましいキットは、インビトロ増幅反応において標的核酸を増幅するために使用できる1対のオリゴヌクレオチドプライマーを含有する。代表的なキットは、増幅されるHIV−1核酸配列の反対鎖に相補的な第1および第2の増幅用オリゴヌクレオチドを含む。該キットはさらに、1つまたは複数のオリゴヌクレオチド検出プローブを含有できる。本発明によるさらに他のキットは、増幅前に他の種からHIV−1鋳型核酸を精製するための捕捉オリゴヌクレオチドをさらに含み得る。
(HIV−1M群、サブタイプBアンプリコン生成の時間依存性モニタリング)
既知濃度のインビトロ合成転写体は、配列
(異なる動態学的プロフィルがHIV−1改変体の増幅を特徴づける)
以下の改変を行い、本質的には実施例1に記載されたとおり増幅反応を実施した。配列番号13の標的ハイブリダイズ性配列を有する第1鎖プロモーター−プライマー、配列番号2の標的相補的配列を有する第2鎖プライマー、および実施例1に記載された種々の量のサブタイプB鋳型、または配列
(HIV−1 O群鋳型の増幅動態の増強)
HIV−1サブタイプBおよびHIV−1 O群鋳型の増幅動態に対する2つの異なるプライマー組み合わせの効果を比較するために増幅反応の並行セットを用意した。各々の場合に、配列番号13または配列番号15の標的ハイブリダイズ性配列を有する第1鎖プロモーター−プライマーを、配列番号2の標的相補的配列を有する第2鎖プライマーと組み合わせて用いた。特に、配列番号15の配列は、該プライマーの標的ハイブリダイズ性部分の15位におけるチミジンの替わりにアデニンが置換されていることで、配列番号13と異なっていた。この置換は、配列番号19および配列番号17によって同定されたプロモーター−プライマーの41位に対応する。該反応に用いられたHIV−1鋳型の量は、5から5×104コピー/反応の範囲であった。増幅反応は、本質的に、上記の材料および操作を用いて調製された。
(分子トーチを用いたアンプリコン合成の時間依存性モニタリング)
以下の改変を行い、本質的には先の実施例に記載されたとおり増幅反応を調製した。T7プロモーター配列(すなわち、配列番号19のプロモーター−プライマー)の下流に位置する配列番号15の標的ハイブリダイズ性配列を有する第1鎖プライマーを、配列番号5を有する第2鎖プライマーと組み合わせて用いた。また、配列番号22の配列を有する分子ビーコンの替わりに、配列番号24(すなわち、配列番号23によって与えられる標的ハイブリダイズ性配列を有する)を有する分子トーチへと置換した。分子トーチは、その5’端をフルオレセイン蛍光基で、その3’端をDABCYLクエンチャー部分で標識化した。最後に、HIV−1サブタイプのA〜C、E〜F、G/A、HおよびO群を代表するインビトロ転写体を鋳型として、50および100コピー/反応で用いた。
Claims (40)
- 等温インビトロ増幅反応によってHIV−1 M群の核酸またはHIV−1 O群の核酸のいずれかを増幅するための反応混合物であって、
(a) HIV−1 M群の核酸の第1鎖およびHIV−1 O群の核酸の第1鎖に、独立してハイブリダイズする第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む第1の増幅プライマーと;
(b) 前記HIV−1 M群の核酸の第1鎖または前記HIV−1 O群の核酸の第1鎖のいずれかを鋳型として用いた、前記第1の増幅プライマーの酵素的伸長産物にハイブリダイズする、第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列であって、配列番号2または5からなる前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列、を3’端に含む第2の増幅プライマーと、
を含む反応混合物であって、
ここで、前記第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号15からなる、反応混合物。 - 前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号2からなる請求項1に記載の反応混合物。
- 前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号5からなる請求項1に記載の反応混合物。
- ハイブリダイゼーションプローブをさらに含む請求項1に記載の反応混合物。
- 前記ハイブリダイゼーションプローブが、分子ビーコンハイブリダイゼーションプローブおよび分子トーチハイブリダイゼーションプローブよりなる群から選択される請求項4に記載の反応混合物。
- 前記ハイブリダイゼーションプローブが、配列番号24の塩基配列を有する分子トーチハイブリダイゼーションプローブである、請求項5に記載の反応混合物。
- 前記HIV−1 M群の核酸または前記HIV−1 O群の核酸を増幅し、検出するために2つ以下のプライマーおよび単一のプローブが使用される請求項5に記載の反応混合物。
- 生物学的サンプル中に存在し得るHIV−1 M群核酸とHIV−1 O群核酸とを合わせた量を定量化する方法であって:
1つの反応容器内に、前記生物学的サンプル、第1の増幅プライマー、第2の増幅プライマー、およびハイブリダイゼーションプローブを合わせるステップと;
第1の鋳型として前記HIV−1 M群核酸または前記HIV−1 O群核酸の第1鎖を用いて前記第1のプライマー伸長産物を作出する前記第1の増幅プライマーの酵素的伸長、ならびに第2の鋳型として前記第1のプライマー伸長産物を用いる前記第2の増幅プライマーの酵素的伸長、を含む等温インビトロ増幅反応を用いて、前記生物学的サンプル中に存在する前記HIV−1 M群核酸および前記HIV−1 O群核酸のいずれをも、実質的に等しい効率で増幅するステップであって、
それによって、前記生物学的サンプルが前記HIV−1 M群核酸を含有する場合はHIV−1 M群のアンプリコンが、前記生物学的サンプルが前記HIV−1 O群核酸を含有する場合はHIV−1 O群のアンプリコンが作製されるステップと;
前記ハイブリダイゼーションプローブからのシグナルの検出を含む処理によって時間関数として前記インビトロ増幅反応におけるアンプリコン生成をモニタリングし、これによって時間依存性定量的データが得られるステップと;
前記モニタリングステップで得られた前記時間依存性定量的データを用いて、前記生物学的サンプル中に存在する前記HIV−1 M群の核酸と前記HIV−1 O群の核酸とを合わせた量を定量化するステップであって、
前記第1の増幅プライマーも前記第2の増幅プライマーも、前記HIV−1 M群の核酸またはその相補体、あるいは前記HIV−1 O群の核酸またはその相補体に完全には相補的でなく、
前記ハイブリダイゼーションプローブはHIV−1 M群のアンプリコンとHIV−1 O群のアンプリコンの双方にハイブリダイズするステップと、
を含む方法であって、
ここで、前記第1の増幅プライマーが、配列番号15からなる第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含み、
ここで、前記第2の増幅プライマーが、配列番号2または5からなる第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む、方法。 - 前記等温インビトロ増幅反応が、TMA反応およびNASBA反応よりなる群から選択される転写関連増幅反応である請求項8に記載の方法。
- 前記モニタリングステップで検出される前記シグナルが、蛍光シグナルである請求項8に記載の方法。
- 前記ハイブリダイゼーションプローブが、分子トーチハイブリダイゼーションプローブである請求項10に記載の方法。
- 前記分子トーチハイブリダイゼーションプローブが、配列番号24の塩基配列を有する、請求項11に記載の方法。
- 前記第2の増幅プライマーが、配列番号5からなる第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む請求項8に記載の方法。
- 前記HIV−1 M群の核酸および前記HIV−1 O群の核酸の双方を増幅し検出するために2つ以下のプライマーおよび単一のプローブが使用される請求項8に記載の方法。
- 前記定量化ステップが、定量結果をたった一つの標準曲線と比較することを含む請求項14に記載の方法。
- 単一の反応においてHIV−1 M群の核酸およびHIV−1 O群の核酸を定量化するために使用できる標準曲線上の点を確立する方法であって、
既知量のHIV−1標準を提供するステップと;
ハイブリダイゼーションプローブの存在下、第1のプライマーおよび第2のプライマーを用い等温インビトロ増幅反応において前記HIV−1標準を増幅して、HIV−1標準アンプリコンを作製するステップであって、
前記増幅反応が、実質的に等しい効率でHIV−1 M群の核酸およびHIV−1 O群の核酸を増幅するステップと;
前記ハイブリダイゼーションプローブからのシグナルの検出を含む処理によって時間関数として前記インビトロ増幅反応において合成されたHIV−1標準アンプリコンの生成をモニタリングし、これによって定量的データが得られるステップと;
前記定量的データから前記標準曲線上の前記点を確立するステップと、
を含む方法であって、
ここで、前記第1のプライマーが、配列番号15からなる、第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含み、
ここで、前記第2の増幅プライマーが、配列番号2または5からなる第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む、方法。 - 前記第1の増幅プライマーが、HIV−1 M群の核酸の第1鎖およびHIV−1 O群の核酸の第1鎖に独立してハイブリダイズする第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含み、
前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、鋳型として前記HIV−1 M群の核酸の第1鎖または前記HIV−1 O群の核酸の第1鎖のいずれかを用いた前記第1の増幅プライマーの酵素的伸長産物にハイブリダイズし、
前記第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列も前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列も、HIV−1 M群の核酸またはHIV−1 O群の核酸あるいはそれらの相補体に完全には相補的でなく、
前記ハイブリダイゼーションプローブは、HIV−1 M群の核酸およびHIV−1 O群の核酸、またはそれらの相補体のいずれかにハイブリダイズする、請求項16に記載の方法。 - 前記ハイブリダイゼーションプローブが、分子トーチである前記請求項17に記載の方法。
- 前記分子トーチが、配列番号24の塩基配列を有する、請求項18に記載の方法。
- 前記HIV−1標準が、HIV−1 M群の核酸標準である請求項17に記載の方法。
- 生物学的サンプルに含まれるHIV−1 O群の核酸を定量化するために前記標準曲線を用いるステップをさらに含む請求項20に記載の方法。
- 前記HIV−1標準が、HIV−1 O群の核酸標準である請求項16に記載の方法。
- 生物学的サンプルに含まれるHIV−1 M群の核酸を定量化するために前記標準曲線を用いるステップをさらに含む請求項22に記載の方法。
- 前記等温インビトロ増幅反応が、TMA反応およびNASBA反応よりなる群から選択される転写関連増幅反応である請求項17に記載の方法。
- 前記モニタリングステップが、蛍光シグナルを測定することを含む請求項24に記載の方法。
- 等温インビトロ増幅反応によってHIV−1 M群の標的核酸およびHIV−1 O群の標的核酸を増幅するための組成物であって:
HIV−1 M群の標的核酸の第1鎖およびHIV−1 O群の標的核酸の第1鎖に独立してハイブリダイズする第1プライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む第1の増幅プライマーと;
鋳型として、HIV−1 M群の標的核酸またはHIV−1 O群の標的核酸のいずれかの前記第1鎖を用いた、前記第1の増幅プライマーの酵素的伸長産物にハイブリダイズする、第2プライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む第2の増幅プライマーであって、
前記第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列も前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列も、前記HIV−1 M群またはHIV−1 O群の標的核酸あるいはそれらの相補体に完全には相補的でない、第2の増幅プライマーと、
を含む組成物であって、
ここで、前記第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号15からなり、そして、前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号2または5からなる、組成物。 - HIV−1 M群の標的核酸またはHIV−1 O群の標的核酸のいずれかを鋳型として用いて、前記第1および第2の増幅プライマーを合わせた活性によるインビトロ増幅反応において生成された増幅産物にハイブリダイズする、ハイブリダイゼーションプローブをさらに含む請求項26に記載の組成物。
- 前記組成物が、前記インビトロ核酸増幅反応において実質的に等しい効率でHIV−1 M群の標的核酸およびHIV−1 O群の標的核酸を増幅する請求項27に記載の組成物。
- 前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号5からなる請求項28に記載の組成物。
- 前記ハイブリダイゼーションプローブが、分子トーチである請求項29に記載の組成物。
- 前記分子トーチが、配列番号24の塩基配列を有する、請求項30に記載の組成物。
- 前記ハイブリダイゼーションプローブが、分子ビーコンおよび分子トーチよりなる群から選択される請求項27に記載の組成物。
- 前記ハイブリダイゼーションプローブが、分子トーチである請求項32に記載の組成物。
- 前記分子トーチが、配列番号24の塩基配列を有する、請求項33に記載の組成物。
- 前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号5からなる請求項26に記載の組成物。
- 前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号5からなる請求項27に記載の組成物。
- 前記ハイブリダイゼーションプローブが、分子トーチである請求項36に記載の組成物。
- 前記分子トーチが、配列番号24の塩基配列を有する、請求項37に記載の組成物。
- 等温インビトロ増幅反応によってHIV−1 M群の核酸またはHIV−1 O群の核酸のいずれかを増幅するための反応混合物であって:
(a)HIV−1 M群の核酸の第1鎖およびHIV−1 O群の核酸の第1鎖に独立してハイブリダイズする第1プライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む第1の増幅プライマーと;
(b)前記HIV−1 M群の核酸の第1鎖または前記HIV−1 O群の核酸の第1鎖のいずれかを鋳型として用いた、前記第1の増幅プライマーの酵素的伸長産物にハイブリダイズする、第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列を3’端に含む第2の増幅プライマーと;
(c)前記第1の増幅プライマーと前記第2の増幅プライマーとを合わせた活性によって合成されたアンプリコンにハイブリダイズする分子トーチハイブリダイゼーションプローブであって、
前記第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列も前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列も、前記HIV−1 M群またはHIV−1 O群の核酸あるいはそれらの相補体に完全には相補的でなく、
前記HIV−1 M群の核酸およびHIV−1 O群の核酸が、前記反応混合物中、実質的に等しい効率で増幅する分子トーチハイブリダイゼーションプローブと、
を含む反応混合物であって、
ここで、前記第1のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号15からなり、そして、前記第2のプライマー標的ハイブリダイズ性配列が、配列番号2または5からなる、反応混合物。 - 前記分子トーチハイブリダイゼーションプローブが、配列番号24の塩基配列を有する、請求項39に記載の反応混合物。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
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EP1092047B1 (en) | 1998-07-02 | 2009-08-26 | Gen-Probe Incorporated | Molecular torches |
US7935805B1 (en) * | 1998-12-31 | 2011-05-03 | Novartis Vaccines & Diagnostics, Inc | Polynucleotides encoding antigenic HIV Type C polypeptides, polypeptides and uses thereof |
WO2000046403A2 (en) * | 1999-02-03 | 2000-08-10 | THE GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA, as represented by THE SECRETARY, DEPARTMENT OFHEALT H AND HUMAN SERVICES | Methods and reagents for molecular detection of hiv-1 groups m, n and o |
DE60043789D1 (de) * | 1999-07-09 | 2010-03-18 | Gen Probe Inc | HIV-1 Detektion mittels Nukleinsäureamplifizierung |
ATE304061T1 (de) * | 1999-07-23 | 2005-09-15 | Gen Probe Inc | Polynukleotid amplifizierungsverfahren |
EP1233976A4 (en) * | 1999-11-17 | 2003-06-11 | Jiuping Ji | SIMULTANEOUS DETECTION OF HBV, HCV AND HIV IN PLASMA SAMPLES WITH THE AID OF A MULTIPLEX FIXING TEST |
US6770752B2 (en) * | 2001-01-09 | 2004-08-03 | Becton, Dickinson And Company | Sequences for detection of HIV-1 |
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