JP5396009B2 - Osteoporosis susceptibility gene and method for measuring osteoporosis risk - Google Patents

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Description

本発明は、骨密度の減少を含む疾患又は症状、例えば、骨粗鬆症の罹患リスクの測定方法に関する。より詳細には、ヒトゲノムDNAを含む試料から、骨粗鬆症罹患リスクに影響を及ぼす遺伝子多型を利用した骨粗鬆症の遺伝的要因の有無を判定する方法又は遺伝子マーカーに関する。   The present invention relates to a method for measuring the risk of suffering from a disease or symptom including a decrease in bone density, for example, osteoporosis. More specifically, the present invention relates to a method or a genetic marker for determining the presence or absence of a genetic factor for osteoporosis using a genetic polymorphism that affects osteoporosis risk from a sample containing human genomic DNA.

高齢者の骨折とそれに伴う疼痛は、高齢者のＡＤＬならびにＱＯＬを大きく損なう。高齢者の骨折は骨量が低下している群において高頻度に発症することが明らかにされてきた。そこで、骨量低下を有するヒトを骨粗鬆症と診断し骨折の予防のため、低骨量のヒト、骨粗鬆症患者やその予備群に対して骨量を維持、増加させる薬剤が開発され、服用されてきている。しかしながら、高齢者の骨折者数は未だ増加しており、これは罹患者の健康と健康長寿を損ない、それに伴う医療費も増加している。   Elderly fractures and associated pain greatly impair the elderly's ADL and QOL. It has been clarified that fractures in elderly people occur frequently in groups with low bone mass. Therefore, drugs for maintaining and increasing bone mass have been developed and taken for humans with low bone mass, osteoporosis patients and their preparatory group for diagnosis of osteoporosis in humans with bone loss and prevention of fractures. Yes. However, the number of elderly fractures is still increasing, which impairs the health and well-being of affected individuals and the associated medical costs.

このことは、低骨量を早期に予知するマーカーが存在し、さらに早期に治療を行うことが重要であることを示唆するが、低骨量を早期に予知する信頼性の高いマーカーが未だ存在しない、若しくは、そのマーカーが極めて少ない。従来、遺伝子多型の同定に骨密度予測や骨粗鬆症のリスク判定のための発明として、下記のものが開示されている。   This suggests that there is a marker for early prediction of low bone mass, and that early treatment is important, but there is still a reliable marker for early prediction of low bone mass. No or very few markers. Conventionally, the followings have been disclosed as inventions for bone density prediction and osteoporosis risk identification for genetic polymorphism identification.

例えば、ヒト組織非特異型アルカリホスファターゼ（ＴＮＳＡＬＰ）遺伝子の遺伝子多型 が、ＴＮＳＡＬＰの基質親和性に影響を与えていることを実証すると共に、該遺伝子多型 を検出することにより、骨密度変化を予測することができることを見いだし、同時に、骨疾患、特にヒト女性の閉経後における原発性の骨粗鬆症 が発症する可能性を予測することが可能であることを見いだした発明がある（特許文献１）。
骨密度予測方法および遺伝子多型分析用試薬キット（特開２００６−６１０９０）。 For example, it is demonstrated that the gene polymorphism of the human tissue non-specific alkaline phosphatase (TNSALP) gene has an effect on the substrate affinity of TNSALP, and by detecting the gene polymorphism, bone density changes can be reduced. There is an invention that has been found to be predictable, and at the same time, has been found to be able to predict the possibility of developing bone diseases, particularly primary osteoporosis after menopause in human women (Patent Document 1).
Bone density prediction method and reagent kit for gene polymorphism analysis (Japanese Patent Laid-Open No. 2006-61090).

その他には、ペルオキシソーム増殖因子−活性化受容体γ（PPARγ）における遺伝子多型、具体的には、ホモ接合体PPARγPro12アレル又はホモ接合体PPARγVN102「G」アレルの存在を検出するものがある。
骨粗鬆症 と、ＰＰＡＲγ中の一塩基多型との相関関係（特開２００６−１４７３８）。 Others detect genetic polymorphisms in peroxisome proliferator-activated receptor γ (PPARγ), specifically the presence of homozygous PPARγPro12 allele or homozygous PPARγVN102 “G” allele.
Correlation between osteoporosis and single nucleotide polymorphism in PPARγ (Japanese Patent Laid-Open No. 2006-14738).

しかし、従来の遺伝子多型による疾患罹患マーカーに関する発明は、他の遺伝子多型と比較することなく統計上有意であるものを骨密度が予測できる遺伝子として挙げている。そこで、本発明が解決しようとする課題は、ヒト染色体上に存在する偏りのない全ゲノムからのアプローチにより統計学上信頼度の高い遺伝子多型を抽出して、これらの遺伝子多型情報を利用した、骨密度の減少を含む疾患又は症状、例えば、骨粗鬆症の罹患リスクに関する信頼性の高い測定方法、骨粗鬆症の罹患診断マーカー、骨粗鬆症の罹患診断キット、及び特定の遺伝子型を有する患者を治療するため骨粗鬆症治療薬を提供することにある。   However, the invention relating to a disease afflicting marker based on a conventional gene polymorphism cites a statistically significant gene as a gene whose bone density can be predicted without comparing with other gene polymorphisms. Therefore, the problem to be solved by the present invention is to extract genetic polymorphisms with high statistical reliability by using an unbiased genome-wide approach that exists on human chromosomes, and use these genetic polymorphism information A reliable method for measuring a disease or symptom including a decrease in bone density, for example, risk of suffering from osteoporosis, a marker for diagnosing osteoporosis, a kit for diagnosing osteoporosis, and a patient having a specific genotype The object is to provide a therapeutic agent for osteoporosis.

本発明者は、上記課題を解決するべく鋭意検討を行った。その結果、骨粗鬆症感受性遺伝子として、ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン１若しくはイントロン３、ヒトTGFβR１遺伝子のイントロン１、又はヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１に存在する遺伝子多型であることを見出した。これら遺伝子多型が、骨粗鬆症の罹患リスクを判定できる遺伝子マーカーとして、非常に有用であることを実証して、本発明を完成させた。   The present inventor has intensively studied to solve the above problems. As a result, it was found that the gene was a polymorphism present in intron 1 or intron 3 of the human SMAD6 gene, intron 1 of the human TGFβR1 gene, or intron 1 of the human Syntaxin 18 gene as an osteoporosis susceptibility gene. The present invention was completed by demonstrating that these gene polymorphisms are very useful as genetic markers that can determine the risk of suffering from osteoporosis.

すなわち、本発明は以下のとおりである。   That is, the present invention is as follows.

ヒトＳＭＡＤ６遺伝子、ヒトTGFβR１遺伝子、又はヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１のいずれかの遺伝子多型を同定することにより、骨粗鬆症罹患のリスクを判定する方法である。または、ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン１若しくはイントロン３、ヒトTGFβR１遺伝子のイントロン１、又はヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１の部分のいずれかの遺伝子多型を同定することにより、骨粗鬆症罹患のリスクを判定する方法である。   This is a method for determining the risk of developing osteoporosis by identifying a polymorphism of any one of the human SMAD6 gene, the human TGFβR1 gene, or the intron 1 of the human Syntaxin18 gene. Alternatively, by identifying a genetic polymorphism of intron 1 or intron 3 of the human SMAD6 gene, intron 1 of the human TGFβR1 gene, or intron 1 of the human Syntaxin 18 gene, a method for determining the risk of developing osteoporosis is there.

また、下記の５からなる群から選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドからなる骨粗鬆症の罹患診断マーカー：（１）ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン３に存在する遺伝子配列であって、第１５染色体における位置が43923224番目のヌクレオチドを含む18〜300塩基からなるポリヌクレオチド。（２）ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン１に存在する遺伝子配列であって、第１５染色体における位置が43885355番目のヌクレオチドを含む18〜300塩基からなるポリヌクレオチド。（３）ヒトTGFβR１遺伝子のイントロン１に存在する遺伝子配列であって、第９染色体における位置が72399935番目のヌクレオチドを含む18〜300塩基からなるポリヌクレオチド。（４）ヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１に存在する遺伝子配列であって、第４染色体における位置が4419807番目のヌクレオチドを含む18〜300塩基からなるポリヌクレオチド。（５）上記（１）〜（４）のポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドを提供するものである。   Further, a marker for diagnosis of osteoporosis comprising at least one polynucleotide selected from the group consisting of the following 5: (1) a gene sequence present in intron 3 of the human SMAD6 gene, wherein the position on chromosome 15 is 4932224 A polynucleotide comprising 18 to 300 bases containing the second nucleotide. (2) A polynucleotide consisting of 18 to 300 bases, which is a gene sequence present in intron 1 of the human SMAD6 gene, and includes a nucleotide at position 43885355 in the 15th chromosome. (3) A polynucleotide consisting of 18 to 300 bases, which is a gene sequence present in intron 1 of the human TGFβR1 gene, and includes a nucleotide at position 7323935 in the ninth chromosome. (4) A polynucleotide consisting of 18 to 300 bases, which is a gene sequence present in intron 1 of the human Syntaxin 18 gene, and contains a nucleotide at the position 4419807 in the fourth chromosome. (5) A polynucleotide complementary to the polynucleotides (1) to (4) above is provided.

ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン３に存在する遺伝子配列であって、第１５染色体における位置が43923224番目の遺伝子多型と連鎖不平衡にある遺伝子多型部位を含む18〜300塩基からなるポリヌクレオチドからなる骨粗鬆症の罹患診断マーカー。   Osteoporosis consisting of a polynucleotide consisting of 18 to 300 bases including a gene polymorphism site that is in linkage disequilibrium with the gene polymorphism at position 4932224 in the chromosome 15, which is a gene sequence present in intron 3 of human SMAD6 gene Diagnostic marker for morbidity.

ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン１に存在する遺伝子配列であって、第１５染色体における位置が43885355番目、ヒトTGFβR１遺伝子のイントロン１に存在する遺伝子配列であって、第９染色体における位置が72399935番目、若しくは、ヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１に存在する遺伝子配列であって、第４染色体における位置が4419807番目の遺伝子多型と連鎖不平衡にある遺伝子多型部位を含む18〜300塩基からなるポリヌクレオチドからなる骨粗鬆症の罹患診断マーカー。   A gene sequence present in intron 1 of the human SMAD6 gene, the position in chromosome 15 is 43885355th, a gene sequence present in intron 1 of the human TGFβR1 gene, and the position in chromosome 9 is 72399935, or Osteoporosis consisting of a polynucleotide consisting of 18 to 300 bases, which is a gene sequence present in intron 1 of the human Syntaxin 18 gene, and contains a polymorphic site where the position in the fourth chromosome is in linkage disequilibrium with the 4419807 gene polymorphism Diagnostic marker for morbidity.

配列番号１乃至４のいずれかに示す遺伝子配列を有し、いずれの配列においても塩基番号２６の遺伝子多型を検出することにより骨粗鬆症の罹患リスクを判定することを特徴とする骨粗鬆症の罹患診断マーカー。   A marker for diagnosis of osteoporosis, comprising the gene sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 1 to 4, wherein the risk of osteoporosis is determined by detecting the gene polymorphism of nucleotide number 26 in any of the sequences .

配列番号１乃至４のいずれかに示す遺伝子配列を有し、いずれの配列においても塩基番号２６の遺伝子多型を検出することにより骨粗鬆症の罹患リスクを判定することを特徴するものであって、下記のいずれかの遺伝子多型であれば骨粗鬆症の罹患率が高いと判定することを特徴とする診断マーカー。（１）配列番号１の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇ、若しくはＴ／Ｇのペアである。（２）配列番号２の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇである、又は、Ａ／Ｇ、若しくはＧ／Ｇのペアである。（３）配列番号３の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｃ／Ｃ、Ｃ／Ｔ、若しくはＡ／Ａのペアである。（４）配列番号４の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇのペアである。 It has the gene sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 1 to 4, and is characterized by determining the risk of suffering from osteoporosis by detecting the gene polymorphism of base number 26 in any sequence, A diagnostic marker characterized by determining that the prevalence of osteoporosis is high if any of the gene polymorphisms is selected. (1) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 1 is a G / G or T / G pair. (2) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 2 is G, or A / G or G / G pair. (3) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 3 is a C / C, C / T, or A / A pair. (4) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 4 is a G / G pair.

配列番号１乃至４のいずれかに示す遺伝子配列を有し、いずれの配列においても塩基番号２６の遺伝子多型を検出することにより骨粗鬆症の罹患リスクを判定することを特徴するものであって、下記のいずれかの遺伝子多型であれば骨粗鬆症の罹患率が低いと判定することを特徴とする診断マーカー。（１）配列番号１の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｔ／Ｔのペアである。（２）配列番号２の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ａ／Ａのペアである。（３）配列番号３の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｔ／Ｔのペアである。（４）配列番号４の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｔ、若しくはＴ／Ｔのペアである。なお、「Ｇ／Ｔのペアである」とは、母方由来若しくは父方由来のゲノムが、「Ｇ」又は「Ｔ」のSNPである場合を指す。 It has the gene sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 1 to 4, and is characterized by determining the risk of suffering from osteoporosis by detecting the gene polymorphism of base number 26 in any sequence, A diagnostic marker characterized by determining that the prevalence of osteoporosis is low if any one of the gene polymorphisms is selected. (1) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 1 is a T / T pair. (2) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 2 is an A / A pair. (3) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 3 is a T / T pair. (4) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 4 is a G / T or T / T pair. “G / T pair” refers to the case where the maternal or paternal genome is a “G” or “T” SNP.

前記いずれかのオリゴヌクレオチドが支持体に固定されたマイクロアレイ。   A microarray in which any one of the oligonucleotides is immobilized on a support.

前記オリゴヌクレオチド及び/又は前記記載のマイクロアレイを含む、骨粗鬆症罹患リスク判定キット。   An osteoporosis risk determination kit comprising the oligonucleotide and / or the microarray described above.

下記の遺伝子型を有する患者を治療するための、骨粗鬆症治療薬。（１）配列番号１の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇ、若しくはＴ／Ｇのペアである。（２）配列番号２の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇである、又は、Ａ／Ｇ、若しくはＧ／Ｇのペアである。（３）配列番号３の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｃ／Ｃ、Ｃ／Ｔ、若しくはＡ／Ａのペアである。（４）配列番号４の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇのペアである。 A therapeutic agent for osteoporosis for treating a patient having the following genotype: (1) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 1 is a G / G or T / G pair. (2) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 2 is G, or A / G or G / G pair. (3) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 3 is a C / C, C / T, or A / A pair. (4) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 4 is a G / G pair.

下記の遺伝子型を有するヒトの骨粗鬆症を予防するための、骨粗鬆症予防剤。（１）配列番号１の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇ、若しくはＴ／Ｇのペアである。（２）配列番号２の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇである、又は、Ａ／Ｇ、若しくはＧ／Ｇのペアである。（３）配列番号３の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｃ／Ｃ、Ｃ／Ｔ、若しくはＡ／Ａのペアである。（４）配列番号４の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇのペアである。 An osteoporosis preventive agent for preventing human osteoporosis having the following genotype: (1) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 1 is a G / G or T / G pair. (2) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 2 is G, or A / G or G / G pair. (3) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 3 is a C / C, C / T, or A / A pair. (4) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 4 is a G / G pair.

本発明によれば、骨密度の減少を含む疾患又は症状、例えば、骨粗鬆症の罹患リスクの遺伝的要因の有無を判定するにあたり、非常に簡便であり且つ信頼性の高い新規判定法を提供することができる。また、上記判定方法に用い得るオリゴヌクレオチド、マイクロアレイ及び診断キットを提供することもできる。また、特定の遺伝子多型を有する患者等を治療するための、骨粗鬆症治療薬を提供することもできる。   According to the present invention, it is possible to provide a novel determination method that is very simple and highly reliable in determining the presence or absence of a genetic factor of a disease or symptom including a decrease in bone density, for example, the risk of suffering from osteoporosis. Can do. Moreover, the oligonucleotide, microarray, and diagnostic kit which can be used for the said determination method can also be provided. It is also possible to provide a therapeutic agent for osteoporosis for treating a patient having a specific gene polymorphism.

以下、本発明を詳細に説明する。なお、実施形態は下記に限定されるものではない。
本発明は、骨密度の減少を含む疾患又は症状、例えば、骨粗鬆症の罹患リスクの遺伝的要因の有無を判定するための方法であり、本方法は、ヒトＳＭＡＤ６遺伝子、ヒトTGFβR１遺伝子、及びヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子における遺伝子多型を見出し、これらの遺伝子多型に着目したものである。 Hereinafter, the present invention will be described in detail. The embodiment is not limited to the following.
The present invention is a method for determining the presence or absence of genetic factors for the risk of suffering from a disease or symptom, such as osteoporosis, including a decrease in bone density, the method comprising human SMAD6 gene, human TGFβR1 gene, and human Syntaxin18. They found gene polymorphisms in genes and focused on these gene polymorphisms.

遺伝子多型の解析方法として、疾患群と非疾患群の遺伝子情報をそれぞれ大量に収集し、両群での遺伝子多型の頻度差を見る、関連解析がある。本発明者は、この関連解析を利用して、腰椎及び全身骨骨量との相関解析を行い、骨量を規定するいくつかの遺伝子多型を同定した。これらの遺伝子多型が、骨粗鬆症の罹患リスクの遺伝的要因の有無を判定するために有用であることを見出した。   As a method for analyzing gene polymorphism, there is a related analysis in which a large amount of gene information of each disease group and non-disease group is collected and the frequency difference of the gene polymorphism in both groups is observed. The present inventor performed correlation analysis with lumbar vertebrae and whole body bone and bone mass using this association analysis, and identified several gene polymorphisms that define bone mass. These genetic polymorphisms were found to be useful for determining the presence or absence of genetic factors for the risk of osteoporosis.

遺伝子多型とは、遺伝子配列中の特定の１塩基が他の塩基に置換することによる多型を意味する。インサーション／デレーション多型とは、１以上の塩基が欠失／挿入することによる多型を意味する。また、塩基配列の繰り返し数の異なることにより生じる多型（塩基繰り返し多型）には、繰り返す塩基数の違いによりマイクロサテライト多型（塩基数：２〜４塩基程度）とVNTR (variable number of tandem repeat)多型（繰り返し塩基：数〜数十塩基）があり、その繰り返し塩基数が個々人によって異なっている多型を意味する。   A gene polymorphism means a polymorphism resulting from substitution of one specific base in a gene sequence with another base. An insertion / deletion polymorphism means a polymorphism resulting from deletion / insertion of one or more bases. In addition, polymorphisms (base repeat polymorphisms) caused by differences in the number of repeats of the base sequence include microsatellite polymorphism (number of bases: about 2 to 4 bases) and VNTR (variable number of tandem) depending on the number of repeat bases. repeat) A polymorphism (repetitive base: several to several tens of bases), which means a polymorphism in which the number of repeat bases varies depending on the individual.

ヌクレオチドは核酸を意味する。また、ポリヌクレオチドは、ヌクレオチドが複数結合したものであり、DNA及びRNAを含むものであり、いわゆるプライマー、プローブ、及びオリゴマー断片と同意味である。   Nucleotide means nucleic acid. A polynucleotide is a combination of a plurality of nucleotides and includes DNA and RNA, and is synonymous with so-called primers, probes, and oligomer fragments.

＜遺伝子多型情報＞
本発明の方法において好ましく利用できる遺伝子多型の情報を、下記の表１に例示列挙する（配列番号１〜４）。表１に示される多型情報は、一塩基多型（SNP）に関するものである。表１に示される遺伝子多型の中でも、配列番号１及び２の塩基配列中に示される多型が特に好ましい。また、表２は、rs755451と連鎖不平衡にある遺伝子多型を例示列挙している。表２にあるSNPは、すべて第１５染色体にあり、染色体位置は、NW_925884.1における位置を示している。表中の、「遺伝子多型名」とは、ゲノム上の位置におけるＳＮＰ名であり、いずれも全米バイオテクノロジー情報センター（NCBI）のウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）を用いて確認されるアクセッション番号で示している。染色体における位置とは、特定の染色体中の位置（NW_925884.1）を示している。表中の「配列」には５１塩基からなる塩基配列が表示されており、その２６番目にSNP部位を表示している。[G/T]とあるのは、「G」と「T」のSNPであることを示している。 <Gene polymorphism information>
Information on gene polymorphisms that can be preferably used in the method of the present invention is listed in Table 1 below (SEQ ID NOs: 1 to 4). The polymorphism information shown in Table 1 relates to single nucleotide polymorphism (SNP). Among the gene polymorphisms shown in Table 1, polymorphisms shown in the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2 are particularly preferable. Table 2 lists gene polymorphisms that are in linkage disequilibrium with rs755451. All of the SNPs in Table 2 are on chromosome 15, and the chromosome position indicates the position in NW — 925884.1. The “gene polymorphism name” in the table is the SNP name at the position on the genome, and both are the website of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). This is indicated by the accession number confirmed using /). The position in the chromosome indicates a position in a specific chromosome (NW_925884.1). In the “sequence” in the table, a base sequence consisting of 51 bases is displayed, and an SNP site is displayed at the 26th position. [G / T] indicates an SNP of “G” and “T”.

＜遺伝子多型の検出法＞
以下に、本発明の診断マーカーやマイクロアレイを利用した、遺伝子多型の検出法を例示する。なお、患者や被験者からの遺伝子サンプルの入手や調整方法については、実施例で後述する。 <Method for detecting genetic polymorphism>
Below, the detection method of gene polymorphism using the diagnostic marker and microarray of this invention is illustrated. The method for obtaining and adjusting gene samples from patients and subjects will be described later in Examples.

(1) PCR法を用いた検出
本発明においては、PCR法を用いた検出することもできる。PCRにより被験サンプルを増幅するには、Fidelityの高いDNAポリメラーゼ等を用いることが好ましい。プライマーは、被験サンプル中の対象SNPを増幅できるようにプライマーの任意の位置に遺伝子多型が含まれるように設計し合成する。増幅反応終了後は、増幅産物の検出を行い、多型の有無を判定する。 (1) Detection using PCR method In the present invention, detection using PCR method is also possible. In order to amplify a test sample by PCR, it is preferable to use a DNA polymerase having a high fidelity. The primer is designed and synthesized so that the gene polymorphism is included at any position of the primer so that the target SNP in the test sample can be amplified. After completion of the amplification reaction, the amplification product is detected and the presence or absence of the polymorphism is determined.

(2) 塩基配列決定法による検出
本発明においては、ジデオキシ法に基づく塩基配列決定法により本発明の多型を検出することもできる。塩基配列決定に用いるシークエンサーには、市販のABIシリーズ（アマシャムバイオサイエンス）等を用いることができる。 (2) Detection by nucleotide sequencing method In the present invention, the polymorphism of the present invention can also be detected by nucleotide sequencing method based on dideoxy method. A commercially available ABI series (Amersham Bioscience) etc. can be used for the sequencer used for base sequence determination.

(3) マイクロアレイによる検出
マイクロアレイは、支持体上にポリヌクレオチドプローブが固定されたものであり、DNAチップ、Gene チップ、マイクロチップ、ビーズアレイなどを含む。 (3) Detection by microarray The microarray has a polynucleotide probe immobilized on a support, and includes a DNA chip, a Gene chip, a microchip, a bead array, and the like.

まず、被験者サンプルのDNAを単離し、必要な部分をPCRにより増幅し、蛍光レポーター基等により標識する。続いて、被験者サンプルのDNAを標識化されたDNAをアレイと共に、ハイブリダイゼーションさせるために、インキュベートする。次にこのアレイをスキャナーに差し込み、ハイブリダイゼーションパターンを検出する。ハイブリダイゼーションのデータは、プローブアレイに結合した蛍光レポーター基からの発光として採集する。標的配列と完全に一致したプローブは、標的配列と一致していない部分を有するものよりも強いシグナルを生じる。アレイ上の各プローブの配列及び位置は分かっているため、相補性によって、プローブアレイと反応させた標的ポリヌクレオチドの配列を決定することができる。   First, DNA of a subject sample is isolated, a necessary portion is amplified by PCR, and labeled with a fluorescent reporter group or the like. Subsequently, the subject sample DNA is incubated to hybridize the labeled DNA with the array. The array is then inserted into a scanner and the hybridization pattern is detected. Hybridization data is collected as luminescence from the fluorescent reporter group attached to the probe array. A probe that perfectly matches the target sequence produces a stronger signal than one that has a portion that does not match the target sequence. Since the sequence and position of each probe on the array is known, the sequence of the target polynucleotide reacted with the probe array can be determined by complementation.

(4) TaqMan PCR法による検出
TaqMan PCR法は、5′末端を蛍光物質（FAMなど）で、3′末端をクエンチャー物質（TAMRA など）で修飾したオリゴヌクレオチド（TaqManプローブ）をPCR反応系に加える方法である。まず、TaqManプローブが鋳型DNAとハイブリダイゼーションし、その後、PCRプライマーからの伸長反応が起こる。そうすると、Taq DNAポリメラーゼの5'ヌクレアーゼ活性により蛍光色素結合部分が切断されて、蛍光色素が遊離し、クエンチャーの影響を受けなくなり発色する。この蛍光を検出することで特定の多型（SNP等）を同定し、ゲノムタイプを判定することができる。TaqMan PCR法で用いるアレル特異的オリゴ(TaqManプローブという)は、前記遺伝子多型情報に基づいて設計することができる。 (4) Detection by TaqMan PCR
The TaqMan PCR method is a method in which an oligonucleotide (TaqMan probe) in which the 5 ′ end is modified with a fluorescent substance (such as FAM) and the 3 ′ end is modified with a quencher substance (such as TAMRA) is added to the PCR reaction system. First, the TaqMan probe hybridizes with the template DNA, and then an extension reaction from the PCR primer occurs. Then, the fluorescent dye-binding portion is cleaved by the 5 ′ nuclease activity of Taq DNA polymerase, and the fluorescent dye is liberated, and the color is not affected by the quencher. By detecting this fluorescence, a specific polymorphism (SNP or the like) can be identified, and the genome type can be determined. Allele-specific oligos (referred to as TaqMan probes) used in the TaqMan PCR method can be designed based on the gene polymorphism information.

(5) インベーダー法による検出
インベーダー法は、塩基配列の標的部位においてオリゴヌクレオチドによる特異的な構造を作り、その構造を酵素クリベース等が認識し、切断することを利用している。SNPを検出する部位の周辺において、２種類のオリゴヌクレオチド（以下、オリゴ）が重なり合った構造を作りながらハイブリダイズします。すなわち、標的部位において片方のオリゴ（インベーダーオリゴ）が、もう一方のオリゴの下に１塩基のみ侵入する。酵素クリベース等は、この侵入構造を認識し、はみ出した部位を切断し、フラップ断片を放出する。この放出されたフラップ断片を検出することで、多型を検出するができる。 (5) Detection by the invader method The invader method makes use of the fact that a specific structure is formed by oligonucleotides at the target site of the base sequence, and the structure is recognized and cleaved by the enzyme chestnut base. In the vicinity of the site where SNP is detected, it hybridizes while creating a structure in which two types of oligonucleotides (hereinafter referred to as oligos) overlap. That is, one oligo (invader oligo) invades only one base under the other oligo at the target site. The enzyme chestnut base or the like recognizes this invasion structure, cuts the protruding portion, and releases a flap fragment. By detecting this released flap fragment, a polymorphism can be detected.

＜骨粗鬆症罹患リスク判定キット＞
本発明において、遺伝子多型（例えばSNP）部位を含む診断マーカーは、骨粗鬆症罹患リスク判定キットに含めることができる。 <Osteoporosis risk assessment kit>
In the present invention, a diagnostic marker containing a gene polymorphism (for example, SNP) site can be included in an osteoporosis risk determination kit.

本発明のキットは、本発明を実施するために必要な１種以上の成分を含むものである。例えば、本発明のキットは、酵素を保存若しくは供給するためのもの、遺伝子多型検出を実施するために必要な反応成分を含むことができる。そのような成分としては、限定されるものではないが、本発明のオリゴヌクレオチド、酵素緩衝液、dNTP、コントロール用試薬（例えば、組織サンプル、ポジティブ及びネガティブコントロール用標的オリゴヌクレオチドなど）、標識用又は検出用試薬、固相支持体、説明書などが挙げられる。   The kit of the present invention contains one or more components necessary for carrying out the present invention. For example, the kit of the present invention can include a reaction component necessary for storing or supplying an enzyme and a gene polymorphism detection. Such components include, but are not limited to, the oligonucleotides of the invention, enzyme buffers, dNTPs, control reagents (eg, tissue samples, target oligonucleotides for positive and negative controls), for labeling or Examples include detection reagents, solid phase supports, and instructions.

本発明のキットは、上記オリゴヌクレオチドを支持体に固定したマイクロアレイとして提供することもできる。マイクロアレイは、支持体上に本発明のオリゴヌクレオチドが固定されたものであり、DNAチップ、Geneチップ、マイクロチップ、ビーズアレイなどを含む。当該マイクロアレイは、上記オリゴヌクレオチドと共に本発明のキットに含まれていてもよい。   The kit of the present invention can also be provided as a microarray in which the oligonucleotide is immobilized on a support. The microarray is obtained by fixing the oligonucleotide of the present invention on a support, and includes a DNA chip, a Gene chip, a microchip, a bead array, and the like. The microarray may be included in the kit of the present invention together with the oligonucleotide.

＜遺伝子多型情報を利用した骨粗鬆症の薬物治療＞
本発明の骨粗鬆症薬、若しくはそのキットに含まれる医薬、若しくは候補品として、（１）カルシウム製剤、（２）女性ホルモン製剤（エストロゲン）、（３）活性型ビタミンＤ3製剤、ED−７１（４）ビタミンＫ2製剤、（５）ビスフォスネート剤（エチドロネート、アレンドロネート、リセドロネート、イバンドロネート、ミノドロン酸水和物）、（6）SERM（塩酸ラロキシフェン、ラソフォキシフェン、酢酸バセドキシフェン）、（7）カルシトニン製剤、（８）イプリフラボン、（９）蛋白同化ホルモン製剤（アンドロゲン、デカン酸ナンドロロン）、（１０）ヒトPTH（１−３４）（テリパラチド）皮下注射製剤、（11）抗RANKL抗体、デノスマブ（AMG162）、（12）ラネル酸ストロチウムなどが挙げられる。本発明では、骨粗鬆症の罹患リスクについて、遺伝子多型に関する情報を開示しているが、これを利用した医薬品等として提供してもよい。具体的には、医薬品のパッケージに用量・用法に当該遺伝子多型情報を記載することや、上記の骨粗鬆症罹患リスク判定キットをこれら医薬品とともに関連付けて、パッケージとすることが挙げられる。 <Pharmacotherapy for osteoporosis using genetic polymorphism information>
As an osteoporosis drug of the present invention, or a drug or candidate product contained in the kit, (1) calcium preparation, (2) female hormone preparation (estrogen), (3) active vitamin D3 preparation, ED-71 (4) Vitamin K2 preparation, (5) Bisphosphonate (etidronate, alendronate, risedronate, ibandronate, minodronic acid hydrate), (6) SERM (raloxifene hydrochloride, lasofoxifene, bazedoxifene acetate), (7 ) Calcitonin preparation, (8) ipriflavone, (9) anabolic hormone preparation (androgen, nandrolone decanoate), (10) human PTH (1-34) (teriparatide) subcutaneous injection preparation, (11) anti-RANKL antibody, denosumab ( AMG162), (12) strontium ranelate and the like. In the present invention, information on genetic polymorphism is disclosed for the risk of suffering from osteoporosis, but it may be provided as a pharmaceutical or the like using this. Specifically, the genetic polymorphism information is described in the dosage and usage of a pharmaceutical package, or the above osteoporosis risk assessment kit is associated with these pharmaceuticals to form a package.

以下に、実施例を挙げて本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。   Hereinafter, the present invention will be described more specifically with reference to examples. However, the present invention is not limited to these examples.

＜腰椎及び全身骨骨量と相関のある遺伝子多型の同定＞
本発明では、閉経後女性を対象として、ヒト遺伝子上に多数存在する一塩基置換遺伝子多型（SNP）のうち代表的な約５万個に対してGenotypingを行い、SNPと骨量との相関解析を行った。さらに、本解析により統計上有意であった、遺伝子多型に関しては対象者数を増やして、同様の検討を行った。 <Identification of genetic polymorphisms correlated with lumbar and total bone mass>
In the present invention, for postmenopausal women, Genotyping is performed on about 50,000 representative single nucleotide substitution gene polymorphisms (SNPs) existing in many human genes, and the correlation between SNP and bone mass is obtained. Analysis was performed. Furthermore, regarding the polymorphisms that were statistically significant by this analysis, the number of subjects was increased and the same examination was performed.

まず、ヒトから採取した血液検体等から、フェノール法等を用いてゲノムDNAを精製する。その際、GFX Genomic Blood DNA Purification Kit等の市販のゲノムDNA抽出キットや装置を用いてもよい。次に、得られたゲノムDNAを鋳型として、TaqMan PCR法によりゲノムにおける遺伝子型を決定する。ゲノム上で遺伝子多型を含む領域を増幅できるPCRプライマーを1セットとゲノムDNAの一塩基変異に対応するTaqManプローブを2種類用意する。それぞれのTaqManプローブはゲノム上の遺伝子多型(A/B)を含む領域に相補的な配列を有している。これらのプライマーとTaqManプローブ、ゲノムDNAを混合し、PCRを行なうことで、2種類のSNPが検出する。この遺伝子多型の遺伝子型決定においてはゲノム上の各遺伝子型をTaqManプローブで識別して遺伝子多型を検出する事になるので、「A/Aのホモ」の場合はAという遺伝子多型を検出するTaqManプローブの蛍光のみが検出され、「A/Bのヘテロ」の場合はAとBの両方のSNPを検出する2種類のTaqManプローブの蛍光が検出されることになる。本方法により遺伝子型を決定する。   First, genomic DNA is purified from a blood sample collected from a human using the phenol method or the like. At that time, a commercially available genomic DNA extraction kit or apparatus such as GFX Genomic Blood DNA Purification Kit may be used. Next, the genotype in the genome is determined by the TaqMan PCR method using the obtained genomic DNA as a template. Prepare one set of PCR primers that can amplify the region containing the gene polymorphism on the genome and two types of TaqMan probes that correspond to single nucleotide mutations in genomic DNA. Each TaqMan probe has a sequence complementary to a region containing a gene polymorphism (A / B) on the genome. Two types of SNPs are detected by mixing these primers, TaqMan probe, and genomic DNA and performing PCR. In the genotyping of this gene polymorphism, each gene type on the genome is identified by the TaqMan probe, and the gene polymorphism is detected. Only the fluorescence of the TaqMan probe to be detected is detected, and in the case of “A / B heterozygous”, the fluorescence of two types of TaqMan probes that detect both A and B SNPs is detected. The genotype is determined by this method.

本発明では、５５―８３歳の閉経後の女性２５３名の血液より、ゲノムDNAを抽出して、遺伝子多型を調べた。抽出したゲノムDNAは、上述のようにPCRで増幅して用いた。調べる対象となる遺伝子は、ＡＦＦＹＭＥＴＲＩＸ社のＧｅｎｅＣｈｉｐＭａｐｐｉｎｇ１００Ｋ Setに含まれる約５万個のSNPについて、同社ＧｅｎｅＣｈｉｐＭａｐｐｉｎｇＡｓｓａｙ法を用いて決定した。腰椎及び全身骨骨量との相関解析を行い、骨量と関係する候補遺伝子を選択した。   In the present invention, genomic DNA was extracted from the blood of 253 postmenopausal women aged 55-83 years and examined for genetic polymorphism. The extracted genomic DNA was amplified by PCR and used as described above. The genes to be examined were determined using the GeneChip Mapping Assay method for about 50,000 SNPs contained in the GeneChip Mapping 100K Set of AFFYMETRIX. Correlation analysis with lumbar spine and whole body bone mass was performed, and candidate genes related to bone mass were selected.

本発明において、二重エックス線吸収法（DXA）を用いて、全身骨骨量及び腰椎の骨量測定を行った。この測定法の特徴として、２種類の異なるエネルギーのX線を照射し、骨と軟部組織の吸収率の差による骨密度を測定する。本測定方法は、全身骨骨量、腰椎などいずれの部位でも高い精度で、５分−１０分程度と迅速に測定でき、標準的な骨密度測定法である。測定値を体重と年齢で補正したZスコアとして表示する。   In the present invention, whole body bone mass and lumbar bone mass were measured using the double X-ray absorption method (DXA). As a feature of this measurement method, X-rays with two different energies are irradiated, and the bone density due to the difference in the absorption rate between bone and soft tissue is measured. This measurement method is a standard bone density measurement method that can quickly measure about 5 minutes to 10 minutes with high accuracy in any part such as whole body bone mass and lumbar spine. The measured value is displayed as a Z score corrected by weight and age.

＜ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン３に存在するSNP（ｒｓ７５５４５１）＞
上記の解析方法により、日本人閉経後の女性２５３名の遺伝子上に多数存在する遺伝子多型のうち、約５万SNPにおけるGenotypeを決定した。その結果、ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン３に存在するSNP（ｒｓ７５５４５１）が全身骨骨量と有意に相関することが判明した（P=０．０００２、図１（A））。各群間の有意差検定に関しては、スチューデントのｔ検定を行い、P値が0.05未満の場合を統計上有意とした。T検定は、2つの母集団がいずれも正規分布に従うと仮定した上での、平均が等しいかどうかの検定であるが、骨量はこれに従うものであるので、本検定を採用した。さらに、本解析で有意差が見出されたSNPについて、対象者数を７０３名まで増やし、相関解析を行った。その結果、当該SNPは、全身骨骨量と強い相関があることが判明した（図１（B））。表中のTotal BMDは、全身骨骨量を指し、値が高いほど骨量が多いことにあるが、個々人の体重及び身長の値で補正したものである。また、カッコ内は人数を指し、「TG＋GG」とは、母方由来若しくは父方由来のゲノムが、「TG」又は「GG」のSNPである場合を指す。 <SNP present in intron 3 of human SMAD6 gene (rs755451)>
By the above analysis method, Genotype at about 50,000 SNPs was determined from among many gene polymorphisms existing on the gene of 253 Japanese postmenopausal women. As a result, it was found that SNP (rs755451) present in intron 3 of the human SMAD6 gene was significantly correlated with whole body bone and bone mass (P = 0.0002, FIG. 1 (A)). Regarding the significance test between each group, Student's t-test was performed, and the case where P value was less than 0.05 was considered statistically significant. The T test is a test of whether the two populations follow a normal distribution and the averages are equal, but the bone mass follows this, so this test was adopted. Furthermore, for SNPs for which significant differences were found in this analysis, the number of subjects was increased to 703, and correlation analysis was performed. As a result, it was found that the SNP has a strong correlation with the whole body bone and bone mass (FIG. 1 (B)). Total BMD in the table refers to the bone mass of the whole body. The higher the value, the greater the bone mass, but it is corrected by the values of individual weight and height. The parentheses indicate the number of people, and “ TG + GG ” indicates that the maternal or paternal genome is a STG of “ TG ” or “ GG ”.

＜ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ１７２６４１８５）＞
ヒトＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ１７２６４１８５）が全身骨骨量と有意に相関することが判明した（P=０．０００２、図２）。 <SNP present in intron 1 of human SMAD6 gene (rs17264185)>
It was found that SNP (rs17264185) present in intron 1 of the human SMAD6 gene was significantly correlated with whole body bone and bone mass (P = 0.0002, FIG. 2).

＜ヒトTGFβR１遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ１０５１２２６３）＞
ヒトTGFβR１遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ１０５１２２６３）が全身骨骨量（P=０．０１５４、図３（A））及び腰椎骨量（P=０．００９１、図３（B））と有意に強い相関することが判明した。この結果を見ると、SNP（ｒｓ１０５１２２６３）は、全身骨骨量に比して、腰椎骨量に強い相関があり、診断マーカーとしてより有効なものと思われる。なお、ＴＧＦβは、骨形成因子（bonemorphogenetic protein;BMP）に関連するものと考えられている。なお、TGFβR１1遺伝子は骨代謝において重要な役割をはたす液性因子ＴＧＦβに対する受容体として働く。またSMAD6はＴＧＦβからTGFβR１1を介したシグナル伝達を調節する因子である。従って、両遺伝子は骨代謝において重要な機能をはたしていると推測される。 <SNP present in intron 1 of human TGFβR1 gene (rs10512263)>
SNP (rs10512263) present in intron 1 of human TGFβR1 gene is significantly different from total bone mass (P = 0.0154, FIG. 3 (A)) and lumbar bone mass (P = 0.0091, FIG. 3 (B)). A strong correlation was found. Looking at this result, SNP (rs10512263) has a strong correlation with the lumbar vertebral bone mass as compared with the total bone mass, and seems to be more effective as a diagnostic marker. TGFβ is considered to be related to bone morphogenetic protein (BMP). The TGFβR11 gene acts as a receptor for the humoral factor TGFβ that plays an important role in bone metabolism. SMAD6 is a factor that regulates signal transduction from TGFβ through TGFβR11. Therefore, it is speculated that both genes have an important function in bone metabolism.

＜ヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ６８９４８４）＞
ヒトＳｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ６８９４８４）が全身骨骨量（P=０．００１４、図４）と有意に強い相関することが判明した。なお、ＴＧＦβは、骨形成因子（bonemorphogenetic protein;BMP）に関連するものと考えられている。また、syntaxin18は細胞の小胞体に存在し、細胞内物質の輸送などに関与する因子であることが明らかにされており、細胞機能における重要性が示唆されている。 <SNP present in intron 1 of human Syntaxin 18 gene (rs6894484)>
It was found that SNP (rs6894484) present in intron 1 of the human Syntaxin 18 gene has a significantly strong correlation with the total body bone mass (P = 0.014, FIG. 4). TGFβ is considered to be related to bone morphogenetic protein (BMP). In addition, syntaxin18 is present in the endoplasmic reticulum of cells and has been shown to be a factor involved in the transport of intracellular substances, suggesting its importance in cell function.

（Ａ）ＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン３に存在するSNP（ｒｓ７５５４５１）と全身骨骨量との相関を示すグラフ（２３７人での試験結果）。（Ｂ）ＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン３に存在するSNP（ｒｓ７５５４５１）と全身骨骨量との相関を示すグラフ（７０３人での試験結果）。(A) A graph showing the correlation between SNP (rs755451) present in intron 3 of SMAD6 gene and whole body bone and bone mass (the test results of 237 persons). (B) A graph showing the correlation between SNP (rs755451) present in intron 3 of SMAD6 gene and whole body bone and bone mass (test results in 703 persons). ＳＭＡＤ６遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ１７２６４１８５）と全身骨骨量との相関を示すグラフ（４６３人での試験結果）。The graph which shows the correlation with SNP (rs17264185) which exists in intron 1 of SMAD6 gene, and the whole body bone bone mass (a test result with 463 persons). （Ａ）TGFβR１遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ１０５１２２６３）と全身骨骨量との相関を示すグラフ（７１１人での試験結果）。（Ｂ）TGFβR１遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ１０５１２２６３）と腰椎骨量との相関を示すグラフ（７０３人での試験結果）。(A) A graph showing the correlation between the SNP (rs10512263) present in intron 1 of the TGFβR1 gene and the whole body bone and bone mass (test results in 711 persons). (B) A graph showing the correlation between the SNP (rs10512263) present in intron 1 of the TGFβR1 gene and the amount of lumbar vertebrae (test results in 703 persons). Ｓｙｎｔａｘｉｎ１８遺伝子のイントロン１に存在するSNP（ｒｓ６８９４８４）と全身骨骨量との相関を示すグラフ（５５２人での試験結果）。The graph which shows the correlation with SNP (rs6894484) which exists in the intron 1 of Syntaxin18 gene, and the whole body bone bone mass (the test result in 552 persons).

Claims (8)

ヒトＳＭＡＤ６遺伝子の遺伝子多型を同定することにより、骨粗鬆症罹患のリスクを判定する方法であって、
配列番号１の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇ若しくはＴ／Ｇのペアであるか、及び／又は
配列番号２の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ａ／Ｇ若しくはＧ／Ｇのペアであれば、
骨粗鬆症の罹患率が高いと判定することを特徴とする、前記判定方法。 A method for determining the risk of developing osteoporosis by identifying a genetic polymorphism of the human SMAD6 gene,
The gene polymorphism of nucleotide number 26 of SEQ ID NO: 1 is a G / G or T / G pair and / or the gene polymorphism of nucleotide number 26 of SEQ ID NO: 2 is A / G or G / G If it ’s a pair,
It is determined that the morbidity rate of osteoporosis is high. 下記（１）乃至（３）からなる群から選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドからなる骨粗鬆症の罹患診断マーカー：
（１）配列番号１の塩基番号２６のヌクレオチドを含む18〜51塩基からなるポリヌクレオチド。
（２）配列番号２の塩基番号２６のヌクレオチドを含む18〜51塩基からなるポリヌクレオチド。
（３）上記（１）又は（２）のポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチド。 Osteoporosis diagnosis marker comprising at least one polynucleotide selected from the group consisting of the following (1) to (3):
(1) A polynucleotide comprising 18 to 51 bases including nucleotide No. 26 of SEQ ID NO: 1.
(2) A polynucleotide comprising 18 to 51 bases including the nucleotide of base number 26 of SEQ ID NO: 2.
(3) A polynucleotide complementary to the polynucleotide of (1) or (2) above. 請求項２に記載の（１）乃至（３）からなる群から選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドからなり、いずれのポリヌクレオチドにおいても塩基番号２６の遺伝子多型を検出することにより骨粗鬆症の罹患リスクを判定することを特徴とする骨粗鬆症の罹患診断マーカー。   The risk of suffering from osteoporosis by detecting at least one polynucleotide selected from the group consisting of (1) to (3) according to claim 2 and detecting the gene polymorphism of nucleotide number 26 in any polynucleotide A marker for diagnosis of osteoporosis, characterized by determining 請求項２に記載の（１）乃至（３）からなる群から選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドからなり、いずれのポリヌクレオチドにおいても塩基番号２６の遺伝子多型を検出することにより骨粗鬆症の罹患リスクを判定することを特徴するものであって、下記のいずれかの遺伝子多型であれば骨粗鬆症の罹患率が高いと判定することを特徴とする骨粗鬆症の診断マーカー。
（１）配列番号１の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇ／Ｇ、若しくはＴ／Ｇのペアである。
（２）配列番号２の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｇである、又は、Ａ／Ｇ、若しくはＧ／Ｇのペアである。 The risk of suffering from osteoporosis by detecting at least one polynucleotide selected from the group consisting of (1) to (3) according to claim 2 and detecting the gene polymorphism of nucleotide number 26 in any polynucleotide A diagnostic marker for osteoporosis, characterized by determining that the prevalence of osteoporosis is high if any of the following gene polymorphisms is determined.
(1) The gene polymorphism of nucleotide number 26 of SEQ ID NO: 1 is a G / G or T / G pair.
(2) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 2 is G, or A / G or G / G pair. 請求項２に記載の（１）乃至（３）からなる群から選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドからなり、いずれのポリヌクレオチドにおいても塩基番号２６の遺伝子多型を検出することにより骨粗鬆症の罹患リスクを判定することを特徴するものであって、下記のいずれかの遺伝子多型であれば骨粗鬆症の罹患率が低いと判定することを特徴とする骨粗鬆症の診断マーカー。
（１）配列番号１の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ｔ／Ｔのペアである。
（２）配列番号２の塩基番号２６の遺伝子多型が、Ａ／Ａのペアである。 The risk of suffering from osteoporosis by detecting at least one polynucleotide selected from the group consisting of (1) to (3) according to claim 2 and detecting the gene polymorphism of nucleotide number 26 in any polynucleotide A diagnostic marker for osteoporosis, characterized by determining that the prevalence of osteoporosis is low if any of the following gene polymorphisms is determined.
(1) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 1 is a T / T pair.
(2) The gene polymorphism of base number 26 of SEQ ID NO: 2 is an A / A pair. ＰＣＲ法を用いた検出におけるプライマーとして使用するか、
マイクロアレイによる検出におけるＰＣＲ増幅産物として使用するか、
ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法による検出におけるＴａｑＭａｎプローブとして使用するか、及び／又は
インベーダー法による検出における２種類のオリゴヌクレオチドとして使用する、請求項２に記載の骨粗鬆症の罹患診断マーカー。 Or used as a primer for definitive to detection using the PCR method,
Use as a PCR amplification product in detection by microarray,
The osteoporosis disease diagnosis marker according to claim 2, which is used as a TaqMan probe in detection by TaqMan PCR method and / or used as two kinds of oligonucleotides in detection by invader method. 請求項２に記載の（１）乃至（３）からなる群から選択される少なくとも１つからなるポリヌクレオチドが支持体に固定されたマイクロアレイ。 A microarray in which a polynucleotide comprising at least one selected from the group consisting of (1) to (3) according to claim 2 is fixed to a support. 請求項２に記載の骨粗鬆症の罹患診断マーカー及び/又は請求項７に記載のマイクロアレイのみからなる、骨粗鬆症罹患リスク判定キット。 An osteoporosis risk determination kit comprising only the osteoporosis disease diagnosis marker according to claim 2 and / or the microarray according to claim 7.
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