JP5210634B2 - スペーサー領域を使用するセラチア(Serratia)種の検出、同定および鑑別 - Google Patents
スペーサー領域を使用するセラチア(Serratia)種の検出、同定および鑑別 Download PDFInfo
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Description
表1:実施例において使用した増幅および融解曲線プログラム。
表2:使用したHybProbeの異なる組み合わせ。
表3:配列番号26および44によって表されるHybProbeの組み合わせの特異性について試験された微生物のリスト。
表4:配列番号1〜59のリスト。
・第1に、必要であれば、サンプル中に存在する核酸を、増幅および/またはハイブリダイゼーションに利用可能にする。
・第2に、また、必要であれば、核酸が存在するならば、1つもしくは別の標的増幅システムにより増幅する。通常、増幅は、以後のハイブリダイゼーションシグナルを増強するために必要である。しかし、いくつかのサンプル、またはいくつかの高感度のシグナル増幅システムについては、増幅は必ずしも必要ではない。
・第3に、サンプル中に存在する核酸または得られる増幅された産物をプローブと接触させ、ハイブリダイゼーションを進行させる。
・最後に、簡便かつ適合性の検出システムを使用して、ハイブリッドを検出する。観察されるハイブリダイゼーションシグナルまたはパターンから、1つ、2つもしくはそれ以上のセラチア(Serratia)種の有無を推測することができる。
(i)所望により、サンプル中に存在するポリ核酸を単離および/または濃縮する工程、
(ii)所望により、16S−23S rRNAスペーサー領域、または標的配列もしくは(a)そのフラグメントの少なくとも1つを、少なくとも1つの適切なプライマー対で増幅する工程、
(iii)ポリ核酸と、配列番号1〜11、それらの相同物、それらのRNA形態(ここで、TはUに置き換えられる)、それらの相補形態およびそれらのフラグメントからなる群から選択される少なくとも1つの標的配列にハイブリダイズする少なくとも1つのポリヌクレオチドプローブとを接触させる工程、
(iv)形成されるハイブリダイズを検出する工程、ならびに
(v)得られるシグナルを解釈し、セラチア(Serratia)種の存在を推察し、および/またはサンプル中のセラチア(Serratia)種を同定する工程、を含んでなる。
(i)所望により、サンプル中のポリ核酸を遊離、単離および/または濃縮する工程、
(ii)16S−23S rRNAスペーサー領域、または少なくとも1つの標的配列、もしくはそのフラグメントを、少なくとも1つの適切なプライマー対で増幅する工程、
(iii)ポリ核酸と、配列番号1〜11、それらのRNA形態(ここで、TはUに置き換えられる)、それらの相補形態、任意の相同物、またはそれらの少なくとも10個、好ましくは、少なくとも15個、より好ましくは、少なくとも20個の連続ヌクレオチドのフラグメントからなる群から選択される少なくとも1つの標的配列にハイブリダイズする少なくとも2つのHybProbeの少なくとも1つの組とを接触させる工程、
(iv)工程(iii)において形成されるハイブリッドを検出する工程、
(v)工程(iv)において得られるディファレンシャルハイブリダイゼーションシグナルからサンプル中のセラチア(Serratia)種の存在を推察するか、またはセラチア(Serratia)種を同定する工程、を含んでなる。
(i)必要であれば、サンプル中のポリ核酸を遊離、単離および/または濃縮する工程、ならびに
(ii)配列番号1〜11、それらのRNA形態(ここで、TはUに置き換えられる)、それらの相補形態、任意の相補物、それらの少なくとも10個、好ましくは、少なくとも15個、より好ましくは、少なくとも20個の連続ヌクレオチドのフラグメントからなる群から選択される標的配列の少なくとも1つを、プライマーの対(そのうち一方が標識される)で増幅する工程、
(iii)ポリ核酸と、前記標的配列にハイブリダイズする少なくとも1つのHybProbe(間に25個未満のヌクレオチドを伴う前記標識プライマーに隣接する)とを接触させる工程、
(iv)形成されるハイブリダイズを検出する工程、ならびに
(v)工程(iv)において得られるシグナルからサンプル中のセラチア(Serratia)種の存在を推察する、および/またはセラチア(Serratia)種を同定する工程を含んでなる。
・第1に、必要であれば、サンプル中に存在する核酸を、増幅および/またはハイブリダイゼーションに利用可能にする。
・所望により、核酸を、1つもしくは別の標的増幅システムで増幅する。通常、増幅は、以後のハイブリダイゼーションシグナルを増強するために必要である。
・第3に、結局は、変性工程後、サンプル中に存在する核酸または得られる増幅された産物を、目的の生物体の検出を可能にする1つもしくはそれ以上のプローブが固定化されるLiPAストリップと接触させ、ハイブリダイゼーションを進行させる。
・最後に、結局は、洗浄工程を実施した後、簡便かつ適合性の検出システムを使用して、ハイブリッドを検出する。観察されるハイブリダイゼーションシグナルまたはパターンから、特に、生物学的サンプルにおいてスクリーニングされる1つもしくはいくらかの生物体の有無を推測することができる。
(i)必要であれば、サンプル中に存在するポリ核酸を遊離、単離および/または濃縮する工程、
(ii)必要であれば、16S−23S rRNAスペーサー領域、もしくはその一部を、少なくとも1つの適切なプライマー対で増幅する工程、
(iii)ポリ核酸を、配列番号1〜11、もしくは前記配列番号1〜11のRNA形態(ここで、TはUに置き換えられる)、またはそれらの相補形態、または相同物、あるいはそれらの少なくとも10個、好ましくは、少なくとも15個、より好ましくは、少なくとも20個の連続ヌクレオチドのフラグメントよりなる標的配列にハイブリダイズする少なくとも1つのプローブと接触させる工程、
(iv)工程(iii)において形成されるハイブリッドを検出する工程、
(v)工程(iv)において得られるディファレンシャルハイブリダイゼーションシグナルからサンプル中に存在する微生物を検出および/または同定する工程、を含んでなる。
・セラチア(Serratia)種の検出および/または同定のために、配列番号1〜11、それらのRNA形態(ここで、TはUに置き換えられる)、それらの相補形態、もしくはそれらの相補物、またはそれらの少なくとも10個、好ましくは、少なくとも15個、より好ましくは、少なくとも20個の連続ヌクレオチドのフラグメントよりなる標的配列にハイブリダイズする少なくとも1つのポリヌクレオチド;
・ハイブリダイゼーション緩衝液、または前記緩衝液を生成するのに必要な成分。
・セラチア(Serratia)種の検出および/または同定のために、配列番号1〜11、それらのRNA形態(ここで、TはUに置き換えられる)、それらの相補形態、もしくはそれらの相補物、またはそれらの少なくとも10個、好ましくは、少なくとも15個、より好ましくは、少なくとも20個の連続ヌクレオチドのフラグメントよりなる標的配列にハイブリダイズする、25個未満のヌクレオチド、好ましくは、5個未満のヌクレオチドで相互に隣接する2つのHybProbeの少なくとも1つの組;
・ハイブリダイゼーション緩衝液、または前記緩衝液を生成するのに必要な成分。
標準的な方法に従ってDNAを調製し、約104ゲノム等価物を増幅のための標的として使用した。
・精製、濃縮、およびインヒビターの非存在に関するPCRに適切な任意のサンプル材料を使用することができる;
・プライマーは、それぞれ0.3〜1μMの最終濃度であるべきである;
・それぞれ0.2μM、もしくはその二倍の最終濃度のHybProbe;
・MgCl2の濃度は最適化すべきであり、1〜5mMに変動し得る;
・ネガティブコントロールを稼動すべきである。
本実施例では、1つのHybProbeは、その3’末端においてフルオレセイン染料で標識する一方、隣接するHybProbeは、その5’末端においてLC−red640またはLC−red705染料で標識した。
配列番号26および配列番号44によって表されるHybProbeを、実施例1に記載のLightCyclerTMプロトコルにおいて使用した。第1(配列番号26)をフルオレセイン標識し、第2(配列番号44)をLC−Red640標識した。
それぞれ、1株のS.マルセッセンス(S.marcescens)、1株のS.フィカリア(S.ficaria)、1株のS.フォンチコラ(S.fonticola)、1株のS.グリメッシィ(S.grimessi)および1株のS.プロテアマクランス(S.proteamaculans)を含有する5つのサンプルを試験した。
セラチア(Serratia)種の明確な徴候を伴わないが含有することが推測されるサンプルを受容した。
Claims (6)
- セラチア(Serratia)種の検出および/または同定のためのポリヌクレオチドプローブの組であって、前記プローブが配列番号1〜11、配列番号1〜11に対して80%より高い同一性を有するヌクレオチド配列、それらのRNA形態(ここで、TはUに置き換えられる)、およびそれらの相補形態からなる群から選択される核酸に特異的にハイブリダイズし、ここで、前記ポリヌクレオチドプローブの組が、以下のポリヌクレオチドの組み合わせ:配列番号19および37、配列番号19および39、配列番号20および37、配列番号20および39、配列番号24および47、配列番号25および47、配列番号25および48、配列番号22および44、配列番号26および44、配列番号26および45、配列番号26および46、または配列番号26および49のいずれかよりなるものであり、前記プローブ間に25個以下のヌクレオチドが存在する、組。
- 以下のポリヌクレオチドの組み合わせ:配列番号19および37、配列番号22および44、配列番号26および44、または配列番号26および45のいずれかよりなる、請求項1に記載のポリヌクレオチドプローブの組。
- 請求項1または2に記載のポリヌクレオチドプローブの組の少なくとも1つを含んでなる組成物。
- 請求項1または2に記載のポリヌクレオチドプローブの組の少なくとも1つを使用するセラチア(Serratia)種の検出および/または同定のための方法。
- (i)所望により、サンプル中のポリ核酸を遊離、単離および/または濃縮する工程、
(ii)所望により、少なくとも1つの適切なプライマー対で、16S−23S rRNAスペーサー領域、または請求項1に記載の任意の核酸分子を含んでなる標的配列を増幅する工程、
(iii)ポリ核酸と、請求項1または2に記載のポリヌクレオチドプローブの組の少なくとも1つとを接触させる工程、
(iv)形成されるハイブリダイズを検出すること、ならびに
(v)得られるシグナルを解釈し、セラチア(Serratia)種の存在を推察し、および/またはサンプル中のセラチア(Serratia)種を同定する工程、
を含んでなる、サンプル中のセラチア(Serratia)種の検出ならびに/あるいは同定のための請求項4に記載の方法。 - 以下の成分:
・請求項1または2に記載のポリヌクレオチドプローブの組の少なくとも1つ、
・ハイブリダイゼーション緩衝液、または前記緩衝液を生成するのに必要な成分、
を含んでなる、セラチア(Serratia)種の検出および/または同定のためのキット。
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