JP5103187B2 - バソプレッシン結合性のl体核酸 - Google Patents
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Description
サンギウム腎細胞、肝細胞、糸球体細胞、および副腎皮質で見られた。
ここで、
前記Box1が配列:GUGGWを含んでなり、そしてWがAもしくはU、好ましくはWがUであり、
Box2が約18〜約24個のヌクレオチド、好ましくは21個のヌクレオチドの配列を含んでなり、基(G)nが配列中に4回含まれていてnが2、3もしくは4である上記核酸である。
Mはそれぞれ独立してAまたはCであり、
かつHはそれぞれ独立してA、C、またはUであることが想定されている。
Helix1が7個のヌクレオチドを含み、
Helix2が7個のヌクレオチドを含み、
Helix1とHelix2とが互いに相補的で末端に二本鎖ヘリックスを形成し、
Box1がGUGGWでWがAもしくはU、好ましくはUであり、
WストレッチのWWDWDDWWWが6〜9個のヌクレオチドを含み、Dはそれぞれ独立してA、GもしくはUであり、好ましくは、前記Wストレッチは(a)1以上のAおよび/もしくはUのみを、あるいは(b)1以上のAおよび/もしくはUと1個のGを含み、Box2が約18〜約24個のヌクレオチド、好ましくは21個のヌクレオチドの配列であり、そして基(G)nがBox2の配列中に4回含まれていてnが2、3もしくは4である、
で表される核酸、好ましくは1番目、2番目もしくは3番目の態様に記載の核酸、によって目的が達成される。
より好ましくは、ヘリックスは7対のヌクレオチド長さを持つ。
前記配列はGGGGUAGGGMUUGGAHGGGHAであって、MがAもしくはCを示し、HがAもしくはCもしくはUを示し、ここでHが存在する位置には好ましくはUまたはCを、より好ましくはUが存在する。Box2の独特の特徴は4つの厳密に保存された複数のGで2回から4回連なる。これは5’端から3’端に向かう方向で2番目の相補的領域で、5’端の相補的領域と共に末端に二本鎖ヘリックスを形成するHelix2と名付けられた領域によって追随される。
tとuがそれぞれお互い独立して0、1、2、3、4もしくは5であり、ここでtとuを足したものが0、1、2、3、4もしくは5で、
ここで、Helix1、Helix2、Box1とBox2が4番目の態様に記載のように定義され、WがAもしくはUである、
で表される核酸によって達成される。
1つの実施態様において本発明の核酸は式(I)におけるものと共通の構造を持ち、Box1とBox2の間のA−rich部分(stretch)とU−rich部分(stretch)がPEG−(ヘキサエチレングリコール)のスペーサーと組み合わせられる0〜5個のWからなり、A−rich部分とU−rich部分の中のポリエチレングリコールのスペーサーの位置は自由に変化できる点で異なる。式(II)で表される本発明の核酸では、この部分をPEG+Wと呼ぶ。
Helix1とHelix2がそれぞれ6個もしくは7個、好ましくは6個の核酸で、
Helix1とHelix2がお互いに相補的で二本鎖ヘリックスを形成し、
Box1とBox2は4番目の態様に関連性を持って定義され、Wストレッチ、WWWWWWWは0〜7個のWからなり、WがAまたはUであり、好ましくは式(III)にはWが全く存在しなくて、そして
PEG基は5’端から3’端へ向かう方向でHelix2とHelix1の間に配置されている、
で表される核酸によって達成される。
向かう方向で4番目の基(G)nのnが3であることが想定されている。
防のための薬剤であることが想定されている。
− バソプレッシンの拮抗薬の候補および/もしくはバソプレッシンの作動薬の候補の
提供
− 1番目から6番目の態様のいずれかの核酸の提供
− バソプレッシンの拮抗薬および/もしくはバソプレッシンの作動薬の存在時にシグ
ナルの変化を生じる試験系の提供および
− バソプレッシンの拮抗薬の候補がバソプレッシンの拮抗薬であるかどうかおよび/
もしくはバソプレッシンの作動薬の候補がバソプレッシンの作動薬であるかどうか
の判定。
実施態様として前記バソプレッシンがアルギニンバソプレッシンであることが想定されている。
もしくはバソプレッシンの作動薬をスクリーニングする方法によって発明が達成さ
れる。
− バソプレッシンの相での、好ましくは固相での提供
− 1番目から6番目の態様のいずれかの核酸、好ましく1番目から6番目の態様のい
ずれかの標識が付加された核酸の提供
− バソプレッシン作動薬の候補および/もしくはバソプレッシン拮抗薬の候補の添加
および
− バソプレッシンの拮抗薬の候補がバソプレッシンの拮抗薬であるかどうかおよび/
もしくはバソプレッシンの作動薬の候補がバソプレッシンの作動薬であるかどうか
の判定。
実施態様において、上記判定が、核酸がバソプレッシンの作動薬の候補と置き換えられるかどうかを立証することによって行われることが想定されている。
roc.Natl.Acad.Sci USA 94:11285−11290)に記述のバソプレッシン結合性のDNA分子と比べて驚くべき進歩を含んでいて、前記従来技術に記載のDNA分子はインビトロの測定において0.9μMの解離定数しか持たない。細胞培養系の試験において、この以前の技術のDNA分子はおよそ3μMの50%阻害濃度を持ち、それゆえ、その分子のかんばしくないバソプレッシンへの結合のため、見込みある治療薬の候補としては軽視されていた。最後に、従来技術文献に記載の(Arg8)−バソプレッシン結合性のDNA分子はまた、本発明の核酸に比べて有利ではない。なぜなら、そのDNA分子は55個の長さのヌクレオチドを持つので、生産のためのかなりの努力と費用を必要とするからである。この核酸と比べて、本発明の核酸は数桁の単位(等温熱量測定によって測定された解離定数は1.5nMで、cAMPを用いた細胞培養試験におけるIC50が1nM)で優れている改善された親和力を持っていて、最大で17ヌクレオチドも短くて、実施例において更に詳細に記述されるのが見られるように37℃の生体内においても活性を持つ。この点で、本発明者は、(Arg8)−バソプレッシン結合性の核酸が治療目的には適さないという従来技術に基づいて一般的に考えられる専門家の意見に対して反証出来た。
非生理学的に高い濃度の血漿中のAVPに対応する高い濃度の投薬量それ自体によって中和出来る。
体の核酸もしくはL体の核酸であって良い。それぞれのおよび任意の組み合わせは本発明と連動してならびに本発明の核酸のために本明細書で開示される目的や使用法のために使用しても良い。前記他の部分や前記より長い核酸の他の部分は結合以外、特に、バソプレッシンあるいは/またはオキシトシンへの結合以外の機能を持っていても良い。可能性のある機能は他の分子との相互作用を許すもので、例えば固相化、架橋、検出、増幅もしくは修飾の目的、または分子量を増す目的の分子である。
382の記述のもので、その開示はここに述べられそして含まれている。
を持たない形、で存在することは本発明の範囲に入る。特に急性非代償性うっ血性心不全の治療において、静脈への注射を含む集中的な治療で、本発明の核酸のこの実施態様は、投与量がよく制御されていて、利尿を通じての迅速な排出もしくは血漿中の短い半減期が望まれる場合に使われる限りにおいて特に利点を持つ。
T et al.1997 J.Clin.Endocrinol.Metab.82:1054−1057)。
、イオンの損失も無く、水分の排出を増加させるのみである。頭蓋−脳外傷のあとの脳浮腫の動物モデルにおいて、脳浮腫の形成がV2受容体拮抗薬によって濃度依存的に止めることが出来た(Lazlo F F 1999 Eur.J.Pharmacol.364:115−122)。
1つの取り組み方は化合物のライブラリーのスクリーニングにありこのような化合物のライブラリーは好ましくは低分子化合物(低分子もしくは小分子)のライブラリーである。このようなライブラリーは当業者に周知である。他の取り組み方として、本発明に従って、核酸は、活性のある物質の合理的設計(rational design)のために用いても良い。
構成要素は、乾燥したもしくは凍結乾燥した状態で、または液体に溶解されて存在しても良い。キットは、それは次に1つまたはそれ以上のキットの構成要素を含んでも良いような1つまたはそれ以上の容器を含んでいて良い。好ましくは、前記容器は、1つまたはそれ以上のキットの構成要素を用いる実験の一回の実行に必要な一回分の反応剤を含んでいても良い。
図2は試験管内の選別ロボットの作業空間の概略図である。
図3は自動化された試験管内の選別に続いて生じたAVP結合性のクローンの配列を示す。
図4は試験管内の選別に続いて生じたAVP結合性のクローンの配列および共通配列を示す。
図5は配列CHF−15−B4およびCHF−134−A9の結合様式の比較を示していて、核酸の濃度に応じたAVPへの結合がパーセントで表わされている。
図6は、内部のPEGのスペーサー部分を用いた部位特異的な修飾および切り捨てのあとの配列の変異系と、ここから生じたコンセンサス共通配列を示していて、ここで変異体は不変の5’端および3’端を持つ。
図7は、内部のPEGのスペーサー部分を用いた部位特異的な修飾および切り捨てのあとの配列の変異系と、ここから生じた共通配列を示していて、ここで変異体は不変の5’端および3’端を持つ
図8はAVP結合性の鏡像異性体、CHF−F−037の2次構造モデルの描写である。図9は3’端をアミノ基で修飾した鏡像異性体、CHF−F−037−3’NH2の、IEX−HPLCの方法によって取得されたクロマトグラムである。
図10は3’端をアミノ基で修飾した鏡像異性体、CHF−F−037−3’NH2の、MALDI−TOFによって得られた質量スペクトルである。
図11は3’端をアミノ基で修飾した鏡像異性体の、(CGE)キャピラリーゲル電気泳動によって得られた電気記録図である。
図12は40kDaのPEGによって修飾された鏡像異性体、CHF−F−037−3’PEGの、RP−HPLCによって得られたクロマトグラムである。
図13は、鏡像異性体、CHF−F−037およびCHF−F−037−3’PEGによるAVPとV2受容体の相互作用の阻害を示していて、鏡像異性体の濃度に応じたcAMPの生合成の減少が1nMのAVPの刺激に際のウェル当たりのcAMPの量で表わされている。
図14AはCHF−F−037によるAVPとV1受容体の相互作用の阻害を示していて、鏡像異性体の濃度に応じた、5nMAVPの刺激による放出を100%としたパーセントでの、カルシウムの放出のパーセンテージの減少が示されている。
図14BはCHF−F−037−3’PEGによるAVPとV1受容体の相互作用の阻害を示していて、鏡像異性体の濃度に応じた、5nMAVPの刺激による放出を100%としたパーセントでの、カルシウムの放出のパーセンテージの減少が示されている。
図15は薬剤の投与の後のいろいろな期間の後の様々なラットの群の尿量を示した図表である。
図16は薬剤の投与の後のいろいろな期間の後の様々なラットの群の水消費を示した図表である。
図17は薬剤の投与の後のいろいろな期間の後の様々なラットの群の尿中のオスモル濃度を示した図表である。
図18は薬剤の投与の後のいろいろな期間の後の様々なラットの群の尿中ナトリウム量を示した図表である。
A. 材料
精密化学製品および酵素
NTPとdNTPはベルリンのLalova社から得た。T7 RNAポリメラーゼ(50U/μl)はハイデルベルクのStratagene社から得た。DNアーゼIはタウフキルヒェンのSigma−Aldlich社から得た。Vent(exo−)DNAポリメラーゼ(2U/μl)はNew England Biolabs社から得た。スーパースクリプトII逆転写酵素(200U/μl)はRNase OUTTM(RNアーゼ阻害剤)と同様にInvitrogen社から得た。自動選択に関連してRT−PCRに必要な試薬はヒルデンのQiagen社より得た。
9個のアミノ酸からなるペプチド、D体のAVP(アミノ酸配列:Cys−Tyr−Phe−Gln−Ans−Cys−Pro−Arg−Gly)はハイデルベルクのBACHEM社によって合成された。この分子はカルボキシ末端のGlyに、付加的に挿入されたリシンを介してビオチン基を持っているため、たとえばニュートラアビジンアガロースもしくはストレプトアビジン−ウルトラリンク(Pierce社)などの親和性クロマトグラフィーの材料とのビオチン−ストレプトアビジン相互作用の方法によって結合した核酸を結合していない核酸から分離することが出来る。
用いられた出発プールDE5−7.34はNOXXON Pharma AG社によって合成され、RT−PCRに用いられたオリゴヌクレオチドプライマーDE5.T7とDE5.6はゲッチンゲンのIBA GmbH社によって標準的なホスホアミダイト化学反応によって合成された:
ライブラリーDE5−7.34;合成されたリバース鎖
5’−GTGGAACCGACTCACCTGAGCG−N34−CGCTGCTGTTGTCTAAGCTCC−3’
フォワードプライマー DE5.T7
5’−TCTAATACGACTCACTATAGGAGCTTAGACAACAGCAG−3’
リバースプライマーDE5.R
5’−GTGGAACCGACTCACCTGAG−3’
濃縮されたプールのクローニングと配列はベルリンのAGOWA社に外注することによって実行された。
1回目の選別ラウンドのための出発プールの産生のために、約2X1015分子の複雑さに相当する4ナノモルの合成された1本鎖DNA(ssDNA;DE5−7.34開始プール、リバース鎖)は、20X100μlのTaqポリメラーゼバッファー、3倍量のDE5.T7プライマーと共に、二本鎖DNA(dsDNA)を作るために400ユニットのTaqポリメラーゼ(5U/μl)と2時間、63℃でインキュベートすることによ
って作成された。結果的に生じた2本差のT7−RNAポリメラーゼのプロモーターから開始して、2mlの反応容量のT7転写バッファー(80mM ヘペス pH7.5;22mM MgCl2;1mMスペルミジン;10mM ジチオスレイトール;各4mMのGTP、ATP、CTPおよびUTP;120μg/ml BSA)に入った4ナノモルのdsDNAから対応するRNA開始プールが転写された。転写反応(より詳しくはセクションC−酵素反応を参照)が終了してから鋳型DNAはDNアーゼIによって消化され、RNAは8%の変性ポリアクリルアミドゲルを用いて精製され、アルコールによって沈殿され、乾燥された。
RNAの変性とフォールディング
選別の非酵素段階のすべては、標的分子であるD−AVPの接触前のRNAの変性を除いて、選別バッファー(20mM Tris−HCl、pH7.4、150mM NaCl、5mM KCl、1mM MgCl2、1mM CaCl2、0.1%[w/vol]Tween−20)に中で行われた。変性は、CaCl2とMgCl2を除いた選別バッファーの中で95℃、5分行われた。変性ののち、RNAは氷上で冷やされ、CaCl2とMgCl2が加えられ、混合物はさらに5〜15分間37℃でインキュベートされた。最初に、手動のラウンドで、4〜8ナノモルのRNAプールが用いられ、のちの自動化されたラウンドで0.2nmol用いられた。
フォールヂングに続いて、一番初めにRNAは37℃で15分間ペプチド無しで、基質(Pierce社から得たストレプトアビジン−ウルトラリンクもしくはニュートラアビジンアガロース)と共にインキュベートされた。このいわゆること前選択はマトリックスと結合する可能性のあるものを除くためにある。このインキュベート段階の後、結合しなかったRNAはマトリックスから遠心によって分離され、上清は取り除かれ、マトリックスは2カラム体積の遠別バッファーによって洗浄された。上清と洗浄画分は合わせられ、更なる選別に用いられた。自動化過程にいて、マトリックスは単に沈殿させることによって取り除かれ、上清のみが更に用いられた。
D−AVPとの結合反応のため、様々な濃度のビオチン付加されたD−AVPは残った核酸種へと加えられ、1〜3時間、37℃でインキュベートされた。次に10〜80μlのビオチン結合性のマトリックスが結合バッチへと加えられ、さらに10〜15分間、37℃において撹拌しながらインキュベートされた。マトリックスはそののち、非結合のRNA種を結合した種から取り除くために選別バッファーによって洗浄された。この目的のために用いられた洗浄容量は最初の3回の手動のラウンドではマトリックスの容量の2倍で、引き続いて行われたラウンドでは固相容量の135倍になった。
最初の3回の手動によって行われた選別のラウンドでは結合したRNAは、結合したRNAとマトリックス粒子を150μlの4Mグアニジンチオシアネート(Roche社)で2回、15分、37℃の変性条件でインキュベートすることによって溶出された。この手順は、上清を取り除いたあと、65℃で再び繰り返された。集められた上清の中の溶出したRNAは、水飽和したフェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール(25:24:1)によって1度溶出され、2度、クロロホルム/イソアミルアルコール(24:1)によって溶出され、等量の−20℃のイソプロパノールによって沈殿され、70%のエタノールで洗浄され、乾燥された。更に自動化したラウンドの過程では、溶出はマトリックス粒子をRT−PCRバッファー(Qiagen社)の中で95℃10分間熱することによって達成された。
転写−選別で用いるRNAの産生
転写は100UのT7 RNAポリメラーゼと25〜40UのRNase Out RNase阻害剤の入ったT7反応バッファー(80mMのHepes pH7.5、22mM MgCl2、1mMスペルミジン、10mM ジチオスレイトール、各4mMのGTP、ATP、CTPとUTP、120μg/mlのウシ血清アルブミン、0.8Mベタイン)で100μlの容量で行われた。100μlの反応液中、50〜100ピコモルのRT−PCRの産物(手動選別ラウンド)および2本鎖のDNAが中で作られた10〜30μlのRT−PC産物(自動選別ラウンド)が転写の鋳型として用いられた。
沈殿されたRNAは逆転写の手段によって1本鎖DNAに転写された。40μlの反応混合液中の多くても8ピコモルのRNAは1μMのDE5.Rのプライマーと共に変性され、プライマーは冷却することによってRNAとハイブリッド形成をされた。8μlの5XRTバッファー(1st strand buffer、Invitrogen社)、10mMジチオスレイトール、0.5mM dNTP、0.8Mベタインが加えられ、48℃において2分間、インキュベートされた。逆転写は5UのSuperscript II逆転写酵素と共に開始され、48℃で30分、50℃で20分、55℃で10分、70℃で15分、サーマルサイクラーでインキュベートされた。
標的分子とRNA種がそこに結合した洗浄されたマトリックス粒子は120μlのQiagen社のOneStep RT−PCRバッファー(それぞれ1μMのプライマー濃度)に再けん濁され、95℃10分インキュベートされた。反応混合液を最初は63℃に最終的に50℃にゆっくりと冷やしてから、4μlの酵素混合液(Qiagen社のOneStep RT−PCRキットの構成物)が加えられた。逆転写の温度の概要は以下の通りである:50℃で20分、53.3℃で2分、56.6℃で2分、60℃で10分。
10μlのRT反応液がそれぞれの場合でそれぞれ100μlの容量(10μl 10XVentバッファー(New England Bolabs社)、1μl 50mM
MgSO4、2μl 10mM dTP−mix、3μl 100μl DE5.T7プライマー、3μl 100μlDE5.Rプライマー、16μl 5Mベタイン、2.5μl Vent exo DNAポリメラーゼ)の3回のPCRの鋳型に用いられた。増幅はサーマルサイクラーの後述の概要によって行われた:95℃で1分間、63℃で1分間、72℃で1分、合計で6〜10サイクル。増幅の進展は反応後の反応液をネイティブポリアクリルアミドで検定した。PCR反応液はそののち、アルコールで沈殿され、ペレットは70%のエタノールで洗浄されて乾燥された。DNAは水で溶解され、50〜100pmolのRNAは次の選別ラウンドのための転写鋳型として用いられた。
PCRはOneStep RT−PCRバッチを95℃で15分間インキュベートする
ことによって開始された。これは7〜16回のサーモサイクル(95℃で30秒、63℃で30秒、72℃で30秒)によって追随される。自動化されたラウンドではPCRのcourseはPCR反応液の1部分の蛍光測定によって観測され、PCRは必要分の閾値を超えたら終了された(Dセクションの自動化された選別におけるPCRの進捗の観測を参照)。
PCRにおける2本鎖DNAの増加は半定量的に追跡された。これはPCRのサイクル数を可能な限り少なく保つ目的のために役立った。この方法においてT7反応に十分な鋳型を得るために必要なだけ数のPCRサイクルが実施された。PCRの間、一定の回数のサイクルのあと、PCRの一部分はPCR反応液から取り除かれ、90μlのPocoGreen溶液(1:400の比率でTE[10mM Tris−HCl、pH8;1mM
EDTA]に希釈された)の中へ入れられた。PicoGreenは蛍光の色素で溶液中に自由にいるときはほとんど蛍光でないが、2本鎖DNAと結合した時に強く蛍光する(励起:485nm;発光:520nm)。熱耐性ポリメラーゼを入れてなくてサイクルを経ていないコントロールと比較した蛍光の測定によってPCRの進行状況の正確な推定が得られる。閾値に到達したら(サイクルを経た蛍光/サイクルを経ていない蛍光>2)、RT−PCR反応の一部分は試験管内転写の鋳型として役目を果たすことが出来る。
3回目のラウンドから、全ての操作は不正確に行われたゲル抽出の段階から離れ、ピペット・ロボットでの完全に自動化された方法で行われた。この目的に用いられたロボットの作業空間上の個々のモジュールの配置は図2に見られる。以下のモジュールが用いられた:
・PCRの間の増幅過程を確認するための蛍光読み取り機。DNAがすでに十分量産生さ
れた試料は自動化された方法によって一時的に貯蔵され、それ以上のサーモサイクルを
実行しない
・2つの真空チェンバーがあり、チェンバーAは基質に結合したRNA種と結合しなかっ
たRNA種の分離のためで、チェンバーBは個別の次のラウンドの開始の前の転写反応
の精製のためである
・ピペット用チップの容器
・種々のインキュベートの段階とPCRプログラムの実行のためのサーマルサイクラー
・結合バッファーや反応バッファー内でのマトリックスのけん濁のための震盪機
・50℃の作業空間、この温度で酵素反応を開始する(ホットスタート)ことと蛍光コン
トロールを採取する間に、PCR反応が冷えるのが早くなりすぎないようにすることを
可能にするため
・PCRおよび転写反応の一時的な貯蔵のための4℃の作業空間
・酵素もしくは調整された反応混合液などの熱に敏感な試薬を貯蔵するための4℃の試薬
立て
・洗浄バッファーを貯蔵するための室温/37℃試薬立て
・多くの操作を実行するための室温/37℃作業空間
・蛍光測定のための試料を調整するための蛍光プレート作業空間
・現在処理されていないプレートを貯蔵するためのホテル(Hotel)
・使用済みのピペット用チップを廃棄する所
この実施例の文中に記述された選別過程の個々のモジュールの関与はそれらの仕様の順番と同様に図1に見られる。
選別過程
それぞれの選別過程において、4回目のラウンドから始まる3回の異なる厳しいバッチ
はD−AVPを含まない空のカラムと同様に標的分子のように操作された。ストリンジェンシーは用いられた洗浄の量の変化や低いD−AVPの濃度によっても上昇した。
精密化学製品および酵素
実施例1を参照のこと
9アミノ酸のペプチドD−AVP(アミノ酸配列:Cys−Tyr−Phe−Gln−Asn−Cys−Pro−Arg−Gly、配列番号1)はハイデルベルクのBACHEM社によって2つのバリアントで作られた。どちらのバリアントも、Pierce社のニュートラアビジンアガロース(NAag)もしくはストレプトアビジン−ウルトラリンク+(SAul+)を用いて、ビオチン−アビジン、もしくはストレプトアビジンとの相互作用を利用して、ペプチドに結合した核酸を結合しなかった核酸から分離することができるようにするため、カルボキシ末端にビオチン基を持っている。ビオチンは追加的に挿入されたリシンを介してカルボキシ末端のGlyに結合していて、二つのバリアントは異なったリンカーがペプチド部分に結合している。アミノ−エトキシ−エトキシ−アセチルアミノ−エトキシ−エトキシ−アセチル(AEEA−AEEAリンカー)からなる親水性のポリエチレングリコールのブリッジはビオチン付加したD−AVP(C−Lys)を生じ
た。より疎水性のε−アミノヘキシル−εブリッジはビオチン付加したD−AVP(C−LC−LC)を生じた。
実施例1を参照のこと
手動で、変異導入する高いストリンジェンシーの選別は、自動化された選別の16ラウンドから回収した2本鎖のプールされたDNAをもって開始された。この目的のために10pmolの16ラウンドからのプールされたDNAがVent exo〜熱耐性DNAポリメラーゼを用いた変異導入PCRによって増幅され、T7 RNAポリメラーゼによって試験管内で転写された。RNAは変性条件下で8M尿素入り8%ポリアクリルアミドゲルから精製され、抽出されアルコールによって沈殿され、選別のために水に入れられた(詳しくは酵素反応を参照のこと)。
RNAの変性およびフォールディング;使用されたRNAの量
実施例1を参照のこと。変異導入の増幅による選別の開始時に、500pmolの変異導入されたプールされたRNAは17ラウンドに用いられた。選別のうちに、ストリンジェンシーが上昇するに従って使用されるRNAが少なくなった(29ラウンドで5pmol)。
実施例1を参照のこと
D−AVPへの結合反応のために、選別の間にだんだんと少なくなっていく様々な濃度のビオチン付加したD−AVPが残ったRNA種へと加えられ、30分間37℃においてインキュベートされた。これに続いて、ペプチド量と用いられたマトリックスに応じて、3〜20μlの基質が結合バッチへ加えられ、10〜15分間、37℃で震盪しなら一度以上インキュベートされた。マトリックスはそののち、結合していないRNA種を結合したものから取り除くために選別バッファーによって洗浄された。この目的のために用いられた洗浄容量は基質容量の50〜200倍の間である。
実施例1参照のこと。溶出は、自動化した選別ラウンドの最初の3回の手動で行われたラウンドと同様に実施された。
転写−選別に用いられるRNAの産生
実施例1を参照のこと。生成されたRNAはゲル電気泳動によって変性条件下にて手動で専ら調製された。
実施例1;逆転写−手動ラウンド1〜3を参照のこと
逆転写されたRNAはまず、非変異導入的条件で系統的に増幅され(実施例1;PCR−手動ラウンド1〜3を参照のこと)、これは、試験管内において直接的に転写されるため、もしくはあらかじめ変異導入的PCR条件において増幅されるためである。
DNAは、熱耐性DNA ポリメラーゼが高い失敗率を持つような反応条件での2段階PCRプロトコールを用いて増幅され、DNAは変異導入された((Fromant et al.1995 Anal.Biochem.224:347−353)。標準的な条件で増幅された1pmolのDNAは100μlの容量(10mM Tris,pH8.7;50mM KCl;5μg/ml BSA;4.82mM MgCl2;0.8M
ベタイン;0.5mM MnCl2;3.85mM dNTP;0.55mM dGTP;0.12mM dATP;0.1mM dCTP;2μM DE5.Rプライマー;2μM DE5.T7プライマー)において8UのTaq DNAポリメラーゼで飽和に達するまで以下の温度プロファイルで増幅された:95℃1分、63℃1分、72℃3分、全部で10〜16サイクル。反応後の増幅の進捗は8%のネイティブ・ポリアクリルアミドゲルにて確認された。変異導入の条件で増幅された1pmolのDNAは上記の条件で再増幅された。2回目の変異導入PCRでの増幅のあと、DNAはアルコールで沈殿され試験管内で転写された。
変異導入的PCRによる手動の高いストリンジェンシーの選別は13ラウンド行われた(17〜29ラウンドは自動化された選別の中)。この時の条件は表1に示される。
機能的に結合に必須でない両方のプライマー部分の一定の領域以外の配列解析の結果はアラインメントして図4に示されている。24クローン中、隣接した領域を除外した長さは46〜49塩基の間であり、3クローンは完全に同一であった。残りのものは非常に高い配列相同性を持っていて、それらは自動化した選別のあとの最適の結合物の群の構成物を含んでいる。自動化した選別のあとにもまだ存在していた残りの群は、変異導入の高いストリンジェンシーの選別の選別条件において消失した。すべての選別した分子はすでに図3で図示された典型的な共通配列を持っていて、それは4つの要素で、5’末端および3’末端のHelix1およびHelix2、Box1、A−richおよびU−richwストレッチ、ならびにBox2である。高いストリンジェンシーの選別条件で4つの要素は以下のように変化した。Helix1とHelix2は変化して、異なるがしかしいまだ相補的な配列を含んでいる。Box1の5番目の位置は以前のWの代わりにUのみである(それゆえ決してAではない。)。A−richならびにU−rich Wストレッチにおいて多くても1ストレッチあたり1個あるGの発生は減少した。自動化した選別のあと、15クローンのうち9クローン、すなわち60%はいまだ1ストレッチ辺り1個のGを持っていたが、高いストリンジェンシーの選別ののち、24クローン中6クローン、すなわち25%のみが1ストレッチ辺り1個のGを持っていた。Box2において、自動化された選別ののち、1つのWが2つの位置に現れたが、高いストリンジェンシーの選別ののち、この部分においていずれの分子でも1つのAももはや存在しなくなった。しかし代わりに、いくつかの分子のこの部分に、Uに加えてCが存在する。全体を通じてこの部分には決してGが現れなかったので共通配列の中にHが両方のこの一に存在する。このように、図4に見られたL−(Arg8)バソプレッシン結合性のL−RNAのための共通配列は、手動の高いストリンジェンシーの選別のあと29ラウンドからおよび自動化された選別の16番目のラウンドのクローンの配列解析から得られた。
クローンはAVPへの結合に関して試験された。すべてのクローンはペプチドへの結合性を示した。クローンCHF−157−B4は比較上最適の結合を示した。競合試験にお
いてCHF−157−B4は自動化した選別のあとの16番目のラウンドからの最適のクローン(CHF−A9)と比較されて測定された。図5にあるようにこの試験において、CHF−157−B4のビオチン付加AVPへの結合の解離定数は9.5nMであり、CHF−134−A9のそれは120nMであった。変異導入の高いストリンジェンシーの選別によって結合の品質はおおまかに見積もって12倍進歩した。
2段階の選別の過程(自動化した選別と手動で変異導入的な高いストリンジェンシーの選別)のあと、最適の結合物を基にして、ヌクレオシドの位置はPEGのスペーサー部分もしくはPEG基(ヘキサエチレングリコール)の結合によって内部的に交換され、変異物は特異的に構築され化学的に合成された。この方法によって分子は短縮されその結合能はさらに最適化された。アプタマーCHF−157−B4(さらなる開発のためにCHF−F−000と呼ばれる)はすべての選別された分子の中で最適の結合物であると証明された。この47塩基の長さのアプタマーから開始して、競合的順位付け試験によって、合成された変異物はお互いにおよび開始分子と比較され、最適の短縮した分子は鏡像異性体すなわちL体核酸として合成された。
構築され試験された変異物はNOXXON Pharma AG社によってヘキサエチレングリコールホスホアミダイトを用いて標準的なホスホアミダイト化学反応で合成され、脱保護ののち、調整された変性ゲル電気泳動(12% PAA、8M尿素、Tris−borate−EDTAバッファー)によって精製され、電気溶出された。
この試験は放射活性物質で標識したアプタマーと非標識のアプタマーのAVP結合の競合に基づいている。ここで、標識されたアプタマーのそれ自身(非標識)に対する競合の強さを基準にし、それに対して変異物の品質が測定された。比較上、最も強く、基準よりも良く競合した分子は、さらなる変異物を分析する際の新しい基準として用いた。
自動化した選別のあとの16ラウンドおよびあとに続く高いストリンジェンシーの選別のあとの29ラウンドからのすべてのクローンの配列解析に基づいてBox1とBox2の間にあるアデノシン/ウリジン−richのWストレッチは結局、分子をその機能に影響を与えること無しに短縮するために、ヌクレオシドを内部のPEGスペーサーによって置き換えるのにもっとも好ましい領域であることがわかった。図6は試験されたバリアントを示していて、そこでは5’末端および3’真端は不変のままである。バリアントCHF−F−008およびCHF−F−009は他の全ての試験されたバリアントとコントロール的に、結合を完全に示さない。なぜなら、PEGスペーサーが明らかに分子にとって重要であるBox2に位置しているからである。44ヌクレオチドの長さのバリアントCHF−F−009は、内部で3つのヌクレオシドによって短縮され、47ヌクレオチドの長さの開始分子CHF−F−000がAVPと結合するのと同様の結合でしかないが、最適の分子であると証明された。
鏡像異性体は、動物実験での適用ののち、鏡像異性体の腎臓における排出を遅くするために、3’末端において共有結合で40kDaの大きなポリエチレン(PEG)へと結合された。これによって大きくなった鏡像異性体によって有意により長い抵抗時間が達成され、そのことで血漿中の大きくなった鏡像異性体の長くなった効果が達成された。
鏡像異性体はAmersham Biosciences社(General Electric Healthcare社、フライブルク)のAktaPilot100 シンセサイザー(synthesiser)によって2’TBDMS RNAホスホアミダイト化学反応(M.J.Damha,K.K.Ogilvie,Methods in Molecular Biology,Vol.20 Protocols for oligonucleotides and analogues,ed.S.Agrawal,p.81−114,Humana Press Inc.1993)を介して固相合成された。L−rA(N−Bz)−,L−rC(Ac),−L−rG(N−ibu)−,L−rUおよびヘキサエチレングリコールホスホアミダイトはマサチューセッツ州ウィルミントンのChemGenes Corp.社から得られた。前記合成はマサチューセッツ州ウィルミントンのChemGenes Corp.社の1000Åの孔径を持つ3’−amino−modified C6 CPGで行われた。アセトニトリル中0.3Mのアビンドン(Abingdon)(UK)のCMS−Chemicals社のベンジルチオテトラゾール、3.5当量のアセトニトリル中0.1Mアミダイト溶液に相当する溶液が15分のカップリング時間でのカップリングに用いられた。酸化キャッピングサイクルが用いられた。オリゴヌクレオチド合成に用いられた他の標準的な溶媒や試薬はBiosolve社(オランダ、バルケンスワード)より得られた。鏡像異性体は合成され(DMT−ON)、脱保護ののち、Amersham Biosciences社製のSouce15RPC Mediumを用いた分取RP−HPLCによって精製された(Wi
ncott F et al 1995 Nucleic Acids Res.23:2677)。5’端のDMT基は80%酢酸(30分間、室温)で取り除かれた。2Mの水性酢酸ナトリウム溶液を加えた後、鏡像異性体はマサチューセッツ州ベッドフォード‘USA)のMillipore Corp.社の5K再生セルロース膜を用いたタンジェンシャルフローろ過(tangential flow filtration)によって脱塩された。精製された3’−端がアミノ基で修飾された鏡像異性体の収量は65〜75OD/μmolの範囲内であった。精製された鏡像異性体のIEX−HPLC、MALDI−TOFおよびCGE分析は図9、10および11に表わされる。
PEG付加(たとえばヨーロッパ特許出願EP 1 306 382を参照)のために、精製された3’端がアミノで修飾された鏡像異性体(18μmol)は水(2.5ml)、DMF(5ml)および5mlのバッファーAの混合液で溶解された。バッファーAの調製:水をクエン酸一水和物(7.00g)、ホウ酸(3.54g)、リン酸(2.26ml)および1M水酸化ナトリウム(343ml)の混合液に加え、1リットルのストック溶液を作製した。このストック溶液は1M塩酸を加えることでpH8.4に調製された。
filtration)によって脱塩されたのち、精製されたPEG付加された鏡像異性体は35〜50%の収量で得られた。240mgの3’端がアミノ修飾された鏡像異性体から始めて、390mgのPEG付加された鏡像異性体が得られた。精製された40kDaのPEG付加された鏡像異性体CHF−F−037−3’PEGのIEX−HPLC分析は図12に示される。
解離定数を決定するための熱量測定はVP−ITCマイクロ熱量計(マサチューセッツ州ノーサンプトンのMicroCal社)を用いて実施された。測定すべき鏡像異性体およびリガンド溶液は測定バッファー(20mM Tris−HCl,pH7.4;150mM Nacl;5mM KCl;1mM MgCl2;1mM CaCl2)中で、37℃、真空下で脱気された。前記鏡像異性体は装置の測定セル(セル容量:1.43ml
)に2〜6μMの量で加えられ、25μMのリガンド溶液は3μlのイニシャルインジェクションのあと、測定セルへ6秒ごとに7.5μlずつインジェクションされた。測定温度は37℃で2回の連続したインジェクションの間の時間はそれぞれ5分間であった。
非PEG付加の鏡像異性体CHF−F−037およびPEG付加の鏡像異性体CHF−F−037−3’PEGのLAVPに対する、ならびにCHF−F−037−3’PEGのオキシトシンに対する測定の結果は表2にまとめられる。
(Arg8)−バソプレッシンのV2受容体への結合の、(Arg8)−バソプレッシン結合性鏡像異性体による阻害の分析
この方法の基礎となるのはAVP−V2受容体の相互作用および結果として起こるcAMPの形成の阻害である。腎臓のV2受容体を発現しているブタの腎臓上皮細胞細胞株LLC−PK1(ATCC−CL−101)の細胞は96穴マイクロタイタープレートへ1ウェル辺り6X104個播種され、そして37℃でかつ5%CO2存在下で、追加的に熱非働化ウシ胎児血清(FCS),4mM L-alanyl−glutamin(GLUTAMAX))、50units/mlペニシリン、50μg/mlストレプトマイシンを含んでいるmedium 199(Invitrogen社、カールスルーエ)で培養された。
/鏡像異性体バッチを加える20分前に1mM IBMXで前処理された。
RTU基質が加えられ、30分間室温でインキュベートされ、そして発光はPOLARstar Galaxy マルチプレートリーダー(BMG LABTECH社、オッフェンブルグ)によって測定された。
この方法の基礎と鳴るのはALV−V1受容体の相互作用およびそれに続くカルシウムの細胞内の放出の阻害である。血管のV1受容体を発現している細胞株A7r5(ラット大動脈の平滑筋細胞由来、ATCC−CRL−144)の細胞は、透明の底を持つ黒色の96穴のマイクロタイタープレート(Greiner Bio−One社、フリッケンハウゼン)へ1ウェル当たり4x104個播種され、そして、37℃および5%CO2存在下で、追加的に10%ウシ胎児血清、4mM L−alanyl−L−glutamine(GLUTAMAX)、50units/mlペニシリン、50μg/mlストレプトマイシンを含んでいるDMEMで培養された。
ははじめに4秒のインターバルで計測された。測定はそののち中断され、プレートリーダーからプレートは取り除かれ、プレインキュベーションがすでに行われたlow−profile 96−tubeプレートから10μlの刺激溶液がマルチチャネルピペットを用いて計測すべき列のウェルに加えられた。プレートはそののち、プレートリーダーに再び挿入され測定が継続された(4秒インターバルで合計20回の測定)。
AVP−V2受容体の相互作用の阻害
LLC−PK1細胞でのPEG付加および非PEG付加の鏡像異性体CHF−F−037によるAVPとV2受容体の相互作用の阻害は図13に示されている。生成されたcAMP量は鏡像異性体の濃度に対してプロットされている。図式評価はコントロールのcAMPの量の50%のみが生成される鏡像異性体の濃度、すなわちIC50が両方のケースで1nMであると示す。同様のテストで約3μMのIC50が見出されている既存の技術Williams K P et al.1997 Proc.Natl.Acad.Sci USA 94:11285−11290)ですでに知られているAVP結合性のDNA鏡像異性体の効率に比べて約3000倍の進歩が、このように得られた。
A7r5細胞におけるAVPとV1受容体の相互作用のPEG付加および非PEG付加の鏡像異性体CHF−F−037による阻害は図14に示されている。A7r5細胞は5nMもしくは異なった濃度の鏡像異性体とともに37℃でプレインキュベートされたAVPによって刺激され、そしてそれによって誘導された細胞内カルシウム放出が測定された。図は、鏡像異性体の濃度上昇の機能による、シグナルの減少のパーセンテージを示す。シグナルは、鏡像異性体が存在しない時に測定した値を100%とした(コントロールの%)。非PEG付加の鏡像異性体は、AVPによって誘導される細胞内カルシウム放出を約6nMの半有効濃度(IC50)で阻害する。PEG付加鏡像異性体は約7nMのIC50値で阻害する。
鏡像異性体CHF−F−037およびその変異物で40kDaのPEG残基とともに供給されたCHF−F−037−3’PEGの生体内での効果をテストするために、利尿研究が239〜290gの体重のオスのSprage−Dawleyラット(Elevage janvier社、LE GENEST ST ISLE)を用いてaurigon
GmbH社(トゥッイング)にて行われた。
利用と水消費
図15に示されるように、静脈を介して投与されたCHF−F−037−3’PEGはグループA(ビークルのみ)およびグループB(2000nm/kgの量の不活性の鏡像異性体)に比べてグループC、DおよびEにおいて、尿量の濃度依存的な上昇を示した。この効果は投与後0〜2時間の期間続き、高い投与量のグループ(400および2000nmol/kg)もまたさらに続く期間(2〜4時間および4〜6時間)続いた。非PEG付加鏡像異性体CHF−F−037の腹腔内投与(group b、2000nmol/kg)で同様に最初の2つの期間において尿量の上昇を実現した。0〜6時間の期間の動物の水消費は利尿効果に大部分、連関している;言い換えると、図16に示されるようにラットがより多くの水を飲んだ期間では、より多くの尿量が測定される。尿量と水消費
のパラメーターに関して、後に続く6〜24時間の期間においてはそれぞれのグループ間で有意なさはもはやなかった。
図18および19に示されるように、尿のオスモル濃度並びにナトリウム含有量は、静脈注射で活性のあるPEG付加鏡像異性体および活性のある腹腔内注射で非PEG付加鏡像異性体を投与された動物においてコントロールグループの動物と比較して、濃度依存的に有意に低い。ここに、コントロール動物と比較された差違は、PEG付加鏡像異性体の場合の最高用量での静脈内投与、並びに非PEG付加鏡像異性体の場合の腹腔内投与後の6〜24時間において未だ見ることができる。オスモル濃度およびナトリウム含有量の減少は鏡像異性体の特異的な作用の証拠である。AVP−V2受容体の相互作用の阻害は腎臓の集合管における水の再吸収の減少を導く。この結果、より多い水は排出される。しかしながら電解質はもはや排出されないので、活性のある鏡像異性体の投与のあと、濃度依存的に尿は有意により希釈される。AVP結合性鏡像異性体はこのように、V2受容体拮抗薬とまったく同じように、利尿薬ではなく、水利尿として働く。
Claims (17)
- 下記式で表される核酸。
5' GGGGUAGGGCUUGGAUGGGUAGUACAC - PEG group- GUGUGCGUGGU 3'
式中
各ヌクレオチドはL−ヌクレオチドであり、かつ、
PEG groupは分子量172〜688ダルトンのポリエチレングリコール基である。 - 請求項1に記載の核酸であって、前記核酸がバソプレッシンに結合することを特徴とする上記核酸。
- ポリエチレングリコール基が分子量344ダルトンであることを特徴とする請求項1または2に記載の核酸。
- 請求項2または3に記載の核酸であって、前記バソプレッシンがヒトのバソプレッシンであることを特徴とする上記核酸。
- 請求項2〜4のいずれかに記載の核酸であって、前記バソプレッシンが配列番号1に記載のアミノ酸配列を含むことを特徴とする上記核酸。
- 請求項1〜5のいずれかに記載の核酸であって、前記核酸が修飾を含み、かつ、修飾がヒドロキシエチル澱粉付加(HESylation(登録商標))およびポリエチレングリコール付加(Pegylation)を含んでなる群から選択されることを特徴とする上記核酸。
- 請求項6に記載の核酸であって、前記ポリエチレングリコール付加が直鎖または分岐ポリエチレングリコールによって行われ、かつ、前記ポリエチレングリコールの分子量が20〜120キロダルトンであることを特徴とする上記核酸。
- 請求項7に記載の核酸であって、前記ポリエチレングリコールの分子量が30〜80キロダルトンである、上記核酸。
- 請求項7に記載の核酸であって、前記ポリエチレングリコールの分子量が40キロダルトンである、上記核酸。
- 請求項6に記載の核酸であって、前記ヒドロキシエチル澱粉付加がヒドロキシエチル澱粉によって行われ、かつ、前記ヒドロキシエチル澱粉の分子量が10〜80キロダルトンであることを特徴とする上記核酸。
- 請求項10に記載の核酸であって、前記ヒドロキシエチル澱粉の分子量が30〜80キロダルトンである、上記核酸。
- 請求項10に記載の核酸であって、前記ヒドロキシエチル澱粉の分子量が50キロダルトンである、上記核酸。
- 請求項1〜12のいずれかに記載の核酸および追加的な構成要素を含んでなり、前記追加的な構成要素が製薬上許容される担体を含んでなる群のなかから選択されることを特徴とする製薬学的組成物。
- バソプレッシンと、請求項1〜12のいずれかに記載の核酸とを含む複合体。
- オキシトシンと、請求項1〜12のいずれかに記載の核酸とを含む複合体。
- 請求項1〜12のいずれかに記載の核酸を含んでなるバソプレッシンおよび/もしくはオキシトシンの検出のためのキット。
- バソプレッシンがアルギニンバソプレッシンである請求項16に記載のキット。
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