JP4465442B2 - Ssr法によるイグサ品種識別 - Google Patents
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Description
CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1);
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2);
AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3);
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5);
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);
GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7);
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8);
CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9);および
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)
からなる群から選択される配列を有するオリゴヌクレオチド、もしくは該オリゴヌクレチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー。
CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1);
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2);
AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3);
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5);
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);
GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7);
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8);
CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9);および
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)。
1)CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
2)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
3)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
4)GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
5)CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー。
1)CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)および
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2);
2)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)および
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
3)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)および
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);
4)GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)および
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8);
5)CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)および
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)。
(a)項3に記載のプライマー対を用いて、イグサの試料DNAを増幅させる工程;および
(b)該増幅産物を検出する工程。
1)CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
2)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
3)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
4)GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー;
5)CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー、ならびに
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)にて示される配列を有するオリゴヌクレオチドもしくは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含むか、または少なくとも10ヌクレオチドの長さを有するそれらの断片である、オリゴヌクレオチドからなる、プライマー;あるいは
該プライマーが、該オリゴヌクレオチドを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、プライマー。
1)CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)および
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2);
2)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)および
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
3)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)および
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);
4)GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)および
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8);
5)CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)および
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)。
CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)および
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2);
AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)および
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)および
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);
GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)および
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8);
CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)および
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)。各対におけるプライマーの対応関係を明確にするために、各配列番号に示した配列のみを記載したが、各配列番号に示される配列を有するオリゴヌクレオチドに加えて、これら各配列番号に示される配列を有するオリゴヌクレオチドまたは該オリゴヌクレオチドがハイブリダイズするプライマー部位にハイブリダイズ可能なオリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチド、およびそれらの断片もまた、プライマー対のプライマーとして使用され得る。上述したようなプライマーを用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドもまた、本発明のプライマー対のプライマーとして使用され得る。プライマーの長さおよび構成は、上述したとおりである。
表1.供試した品種
品種ID
品種名
1
ひのみどり
2
下増田在来
3
しらぬい
4
岡山3号
5
岡山みどり
6
さざなみ
7
きよなみ
8
ふくなみ
9
岡山F系
10
くまがわ
11
文政在来
12
筑後みどり
13
高須在来
14
千丁在来
15
あさなぎ
16
大原四号
品種ID 品種名
材料は「ひのみどり」を含むイグサ品種16品種(上記の表1)よりCTAB法によって抽出したゲノムDNAである。サンプルを、乾燥茎1本単位で製品当たり20本程度で採取した。サンプルは、乾燥茎1本当たり長さ3〜4cmの茎の先端部を採取した。
・フナコシ,FastPrep FP−120
・ウォーターバスまたはヒートブロック(55℃,42℃)
・振とう装置
・ジルコニア・ビーズ(φ5mm)
・2ml サンプルチューブ(スクリューキャップ付きのもの)
・1.5ml サンプルチューブ
・CTAB抽出バッファー(100mM Tris−Cl pH 8.0,50mM EDTA,1.4M NaCl,1% CTAB)
・β−メルカプトエタノール
・プロテナーゼK溶液(20mg/ml)
・PVPP(ポリビニルポリピロリドン,不溶性)
・ProCipitate(LigoChem社製品,エア・ブラウン社取り扱い)
・イソプロピルアルコール
・80% エタノール
・TE緩衝液(10mM Tris−Cl pH 7.5,1mM EDTA)
・RNaseA(日本ジーン,20mg/ml)。
ジルコニア・ビーズ1個と20mgのPVPPをチューブに入れた。畳表の裏毛1本を長さ5−6mm程度に切断し、サンプルチューブに入れた。このチューブをFastPrep FP−120にセットし、速度5.5で、35秒間粉砕した。このチューブを遠心機にセットして13,000rpm、15秒間スピンダウンした。
使用直前にサンプル1点あたり700μlのCTAB抽出バッファーに7μl β−メルカプトエタノール、3.5μlプロテナーゼK溶液(20mg/ml)をあらかじめ加えた。サンプル1点あたり、上記のように調製した700μlのCTAB抽出バッファー/β−メルカプトエタノール/プロテナーゼKを加えよく混合した。55℃にセットしたウォーターバスにチューブを入れて、1時間加温した。その間、20〜30分に1回程度攪拌した。チューブを室温まで冷まし、700μlのCIAAを加えて30分間振盪した。このチューブを微量高速遠心器で4℃、13,000rpm、15分間遠心分離した。
PCRの結果を安定させるためには,蛍光光度計またはアガロースゲルを使用してDNAを定量することが好ましい。本実施例では、蛍光光度計を使用してDNA濃度を測定した。
蛍光光度計(日立 F−4010)
蛍光色素 H33258(1mg/ml)
TNE緩衝液(10mM Tris−Cl,1mM EDTA,100mM NaCl)
λ−DNA(30mg/ml)。
λ−DNA(30mg/ml)
TAE緩衝液(40mM Tris−acetate,1mM EDTA)
アガロースゲル(0.8〜1.0%)
臭化エチジウム水溶液(10mg/ml)
トランスイルミネーター
ポラロイドMP−4カメラあるいはデジタルカメラ
ローディングダイ。
使用した機器および試薬は以下の通りである:
GeneAmp(登録商標) PCR System 9700(ABI)
安定化電源(200V定電圧で電気泳動できるもの)
サブマリン電気泳動槽
1.5mlサンプルチューブ
PCRチューブ
一対のプライマー
Ex−Taq DNA polymerase(タカラバイオ株式会社)
2.5mM dNTPs
アガロース(AMRESCO製,SFRアガロース,エムエステクノシステムズ社取扱)
1×TBE緩衝液(10×TBE緩衝液を希釈)
ローディングダイ。
実施例1において抽出したDNA溶液50〜80ngをPCR用の作業液として用いた。このDNA溶液のDNA濃度を30ng/μl程度にした。
10×EX−Taq 緩衝液 33μl
2.5mMdNTP 26.4μl
Ex−Taq(5U/μl) 1.65μl
プライマーL(10pmol/ul) 9.9μl
プライマーR(10pmol/ul) 9.9μl
dH2O 総容量が330μlとなるように加える。
プライマーL:BGA29L(CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9):塩基数22);
プライマーR:BGA29R(TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10):塩基数22)。
以下に示すプライマー対を用いたことを除いて、PCRおよび電気泳動は実施例2Aと同様に行った。本実施例で使用したプライマーは以下の通りである:
プライマーL:1−05AL(CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1):塩基数25);
プライマーR:1−05AR(TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2):塩基数25)。
以下に示すプライマー対を用いたことを除いて、PCRおよび電気泳動は実施例2Aと同様に行った。本実施例で使用したプライマーは以下の通りである:
プライマーL:BGA20AL(GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7:塩基数22);
プライマーR:BGA20AR(CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8):塩基数25)。
以下に示すプライマー対を用いたことを除いて、PCRおよび電気泳動は実施例2Aと同様に行った。本実施例で使用したプライマーは以下の通りである:
プライマーL:2−07FL(AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3):塩基数25);
プライマーR:2−07FR(CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4):塩基数25)。
以下に示すプライマー対を用いたことを除いて、PCRおよび電気泳動は実施例2Aと同様に行った。本実施例で使用したプライマーは以下の通りである:
プライマーL:2−07GL(GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5):塩基数23);
プライマーR:2−07GR(ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6):塩基数25)。
使用した機器および試薬は上記の実施例2と同様である。
2.5mMdNTP 26.4μl
Ex−Taq(5U/μl) 1.65μl
プライマー2−07GL(10pmol/ul) 9.9μl
プライマー2−07GR(10pmol/ul) 9.9μl
プライマー2−07FL(10pmol/ul) 5.94μl
プライマー2−07FR(10pmol/ul) 5.94μl
プライマー1−05AL(10pmol/ul) 5.94μl
プライマー1−05AR(10pmol/ul) 5.94μl
プライマーBGA29L(10pmol/ul) 9.9μl
プライマーBGA29R(10pmol/ul) 9.9μl
dH2O 173.59μl。
本実施例は、実施例2にて使用したプライマー対によって増幅され得る増幅断片に基づいて、さらなるプライマーの設計例を示す。
(プライマー対1)
2−07FL :AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)
2−07FRa:TTCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号13);
(プライマー対2)
2−07FL :AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)
2−07FRb:TCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号14);
(プライマー対3)
2−07FLa:ATTCAGAGCAGAAACAAGCCAACAA(配列番号15)
2−07FR :CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
(プライマー対4)
2−07FL :AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)
2−07FRc:GCTCTCTCCTTCTTCACTCCTAACG(配列番号16);
(プライマー対5)
2−07GL :GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)
2−07GRa:GACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17);
(プライマー対6)
2−07GL :GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)
2−07GRb:CGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGAA(配列番号18);
(プライマー対7)
2−07GLa:GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)
2−07GR :ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);
(プライマー対8)
2−07GLa:GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)
2−07GRa:GACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17)。
Claims (12)
- イグサ「ひのみどり」の品種識別に有用なプライマー対であって、以下の1)〜13):
1)CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)および
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2);
2)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)および
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
3)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)および
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);
4)GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)および
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8);
5)CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)および
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10);
6)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)および
TTCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号13);
7)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)および
TCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号14);
8)ATTCAGAGCAGAAACAAGCCAACAA(配列番号15)および
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4);
9)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)および
GCTCTCTCCTTCTTCACTCCTAACG(配列番号16);
10)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)および
GACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17);
11)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)および
CGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGAA(配列番号18);
12)GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)および
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6);ならびに
13)GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)および
GACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17)
からなる群より選択される、プライマー対。 - イグサ「ひのみどり」の品種識別に有用なプライマー対であって、以下のi)〜xiii):
i)CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)の全長または断片および
TCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2)の全長または断片;
ii)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)の全長または断片および
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4)の全長または断片;
iii)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)の全長または断片および
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6)の全長または断片;
iv)GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)の全長または断片および
CCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8)の全長または断片;
v)CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)の全長または断片および
TCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)の全長または断片;
vi)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)の全長または断片および
TTCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号13)の全長または断片;
vii)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)の全長または断片および
TCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号1)の全長または断片;
viii)ATTCAGAGCAGAAACAAGCCAACAA(配列番号15)の全長または断片および
CTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4)の全長または断片;
ix)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)の全長または断片および
GCTCTCTCCTTCTTCACTCCTAACG(配列番号1)の全長または断片;
x)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)の全長または断片および
GACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17)の全長または断片;
xi)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)の全長または断片および
CGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGAA(配列番号18)の全長または断片;
xii)GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)の全長または断片および
ACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6)の全長また
は断片;ならびに
xiii)GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)の全長または断片および
GACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17)の全長または断片
からなる群より選択され、
該各々の断片が少なくとも17ヌクレオチドの長さである、プライマー対。 - 前記断片が20〜25ヌクレオチドの長さである、請求項2に記載のプライマー対。
- イグサ「ひのみどり」の品種識別に有用なプライマー対であって、以下のa)〜m):
a)CTTCTCAAATTCTCCTGGTCCGAGT(配列番号1)およびTCAGACGACTGAGATCGCTTAACAG(配列番号2)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
b)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)およびCTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
c)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)およびACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
d)GTTTCTCACTGGCCGCTTCATC(配列番号7)およびCCAGCATTTTGAGATGAGACTTTGA(配列番号8)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
e)CCAAGGCGCGTTGATTTGTACT(配列番号9)およびTCCCGGCCTTTGAGATTCAACT(配列番号10)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り
返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
f)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)およびTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号13)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
g)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)およびTCTTCACTCCTAACGGTGCAACTC(配列番号14)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
h)ATTCAGAGCAGAAACAAGCCAACAA(配列番号15)およびCTTCTTCACTCCTAACGGTGCAACT(配列番号4)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
i)AGATTCAGAGCAGAAACAAGCCAAC(配列番号3)およびGCTCTCTCCTTCTTCACTCCTAACG(配列番号16)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
j)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)およびGACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
k)GATCGCGATTGAATTACCTTGGA(配列番号5)およびCGATAATTTTCCTCGTGTCCTTGAA(配列番号18)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;
l)GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)およびACG
ATAATTTTCCTCGTGTCCTTGA(配列番号6)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対;ならびに
m)GTGGATCGCGATTGAATTACCTT(配列番号19)およびGACGATAATTTTCCTCGTGTCCTTG(配列番号17)を用いてイグサの試料DNAを増幅させて得られた増幅産物の断片の塩基配列に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーと、該塩基配列の相補鎖に由来し得る配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーとを含み、
該増幅産物中に含まれる単純反復配列であるCT反復またはGA反復を、PCRサイクル(96℃ 2分;96℃ 5秒、58℃ 15秒、および72℃ 30秒を30回繰り返す;72℃ 2分間)により増幅可能である、プライマー対
からなる群より選択され、各々のプライマーが少なくとも17ヌクレオチドの長さである、プライマー対。 - 前記各々のプライマーが20〜25ヌクレオチドの長さである、請求項4に記載のプライマー対。
- 請求項1〜5のうちの一項に記載のプライマー対に含まれる、プライマー。
- イグサ「ひのみどり」の品種識別に有用なプライマー対の組み合わせであって、
請求項1の1)〜13)に記載のプライマー対の各々、請求項2のi)〜xiii)に記載のプライマー対の各々、請求項3に記載のプライマー対、請求項4のa)〜m)に記載のプライマー対の各々、および請求項5に記載のプライマー対からなる群より選択される2種以上のプライマー対
を含む、プライマー対の組み合わせ。 - イグサの品種を識別する方法であって、以下の工程を包含する、方法:
(a)請求項1〜5のうちのいずれか1項に記載のプライマー対または請求項7に記載のプライマー対の組み合わせを用いて、イグサの試料DNAを増幅させる工程;
および
(b)該増幅産物を検出する工程。 - 前記プライマー対が少なくとも2つである、請求項8に記載の識別方法。
- 前記プライマー対が少なくとも3つである、請求項9に記載の識別方法。
- 前記プライマー対が少なくとも4つである、請求項10に記載の識別方法。
- イグサから試料DNAを抽出する工程をさらに包含する、請求項8から11のうちのいずれか一項に記載の方法。
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