JP3923366B2 - 細胞の抗癌剤感受性の判定法 - Google Patents
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Description
【発明の属する技術分野】
本発明は、抗癌剤を細胞外に輸送するタンパクであるBCRPの遺伝子多型及び当該多型を検出することによる正常細胞および癌細胞の抗癌剤感受性の判定法に関する。
【0002】
【従来の技術及び発明が解決しようとする課題】
塩酸イリノテカン等のカンプトテシン類、ミトキサントロン等の抗癌剤は、抗悪性腫瘍効果が極めて高いことから広く用いられているが、反面、骨髄抑制や下痢などの副作用をおこすことが知られている。また、これらの抗癌剤が有効性を示す癌でも、患者によっては有効性を示さないことがあることが知られている。
【0003】
癌細胞によるこれらの抗癌剤に対する耐性獲得のメカニズムについては、最近研究されており、ABCトランスポーターの一つであるBCRPが、これらの抗癌剤の耐性に関与していることが知られている(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 15665-15670(1998))。すなわち、BCRPを発現する癌では、BCRPが抗癌剤を細胞外に排出することにより、抗癌剤の細胞内蓄積を減少させる作用を有することが判明した。
【0004】
また、BCRPは正常組織では、胎盤、大腸、小腸、肝臓、血管、造血前駆細胞などに発現している(Cancer Research, 61, 3458-3464 (2001))。造血組織、大腸、小腸などは抗癌剤の副作用としての毒性を受けやすい組織であり、その副作用は骨髄抑制や激しい下痢などの症状として現れる。とりわけ、抗癌剤イリノテカンを用いた癌の化学療法では、こうした副作用が大きな問題となっている。BCRPはイリノテカンの活性化体であるSN-38を細胞外に輸送するため、癌患者の正常組織におけるBCRPの発現が高い場合にはイリノテカンなどの副作用が出にくく、逆に正常組織のBCRPの発現が低い場合には強い副作用が出ることが予想される。
【0005】
正常組織におけるBCRPの発現は、患者の個人差がある。こうした個人差を規定しているのが、一塩基多型(Single nucleotide polymorphism)である。すなわち、BCRPの遺伝子上の塩基配列のひとつの違いが、BCRP mRNAの発現の増大あるいは減少、BCRPタンパクの発現の増大あるいは減少としてあらわれる。
【0006】
【課題を解決するための手段】
本発明者は種々の癌細胞におけるBCRP遺伝子の構造を調べた結果、BCRPには遺伝子多型が存在し、当該多型によってBCRPタンパクの発現量が大きく減少することを見い出し、本発明を完成するに至った。
【0007】
すなわち、本発明は、被験細胞のBCRP(Q141K)遺伝子及びBCRP(Q126STOP)遺伝子から選ばれるBCRPの遺伝子多型による変異遺伝子を同定することを特徴とする被験細胞のBCRPにより耐性を生じる抗癌剤に対する感受性の判定法を提供するものである。
また本発明は、被験細胞のBCRPのBCRP(Q141K)遺伝子及びBCRP(Q126STOP)遺伝子から選ばれる遺伝子多型による変異遺伝子を同定することを特徴とする被験細胞のBCRPにより耐性を生じる抗癌剤耐性又は抗癌剤投与時の副作用発現程度の判定法を提供するものである。
また本発明は配列番号1又は5で示されるアミノ酸配列を含むBCRPの遺伝子多型による変異ポリペプチドを提供するものである。
さらに本発明は、配列番号2又6で示される塩基配列を含むBCRPの遺伝子多型による変異遺伝子を提供するものである。
【0008】
【発明の実施の形態】
本発明の遺伝子多型は野生型BCRPの遺伝子を構成する塩基の1又は数個が他の塩基に置換しているか、当該塩基1又は数個が欠失又は付加されているものであり、例えば配列番号1で示されるアミノ酸配列を有するBCRP(Q141K)〔野生型BCRPの141番目のグルタミン(Q)がリジン(K)に変異したアミノ酸配列を有する〕、配列番号3で示されるアミノ酸配列を有するBCRP(V12M)〔野生型BCRPの12番目のバリン(V)がメチオニン(M)に変異したアミノ酸配列を有する〕、配列番号5で示されるアミノ酸配列を有するBCRP(Q126STOP)〔野生型BCRPの125番目のバリン(V)で終了したアミノ酸配列を有する〕が挙げられる。当該BCRP(Q141K)の塩基配列は、例えば配列番号2で示される。またBCRP(V12M)の塩基配列は、例えば配列番号4で示される。また、BCRP(Q126STOP)の塩基配列は、例えば配列番号6で示される。
【0009】
本発明の遺伝子多型は、例えばヒト癌細胞由来の全RNAを用いて、野生型BCRP遺伝子全長を増幅するRT-PCRを行い、得られたcDNAからクローニングすることができる。得られた変異がPCRのエラーでなく遺伝子多型であることは、多型が得られた細胞のDNAを増幅して塩基配列を確認すればよい。
【0010】
かくして得られる本発明の遺伝子多型は、野生型BCRPの同一のプロモーターを用いて発現させたときに生成するBCRPタンパク量が異なるか、発現するmRNA量が異なるため、抗癌剤に対する感受性が異なる。その結果として、生成するタンパク量が少ない場合には抗癌剤に対する感受性が高くなり、多い場合には感受性が低くなる。
本発明においては、被験細胞、例えば、末梢血中の白血球を用い、BCRPの遺伝子多型を同定することにより、抗癌剤に対する感受性を判定する。正常細胞におけるこの感受性を把握することにより、抗癌剤投与時の副作用の発現の程度を判定(予測)することが可能となり、結果的に安全な薬剤投与が達成できる。また、被験細胞として、患者より切除した癌細胞(組織)、あるいはバイオプシー検体を用いれば、同様にその感受性を判定し、結果的に癌細胞の抗癌剤耐性を判定できる。
本発明においては、具体的な遺伝子多型(Q141K)が、野生型BCRPの同一のプロモーターを用いて発現させたときに生成するBCRPタンパク量が少ないということが判明した。この遺伝子多型を持つ癌患者は、大腸、小腸、肝臓、血管、造血前駆細胞の正常組織におけるBCRPの発現量が少なく、したがって、遺伝子多型を持つ患者に抗癌剤を投与した場合にこれらの正常組織の傷害が大きい、つまり抗癌剤の副作用が強く出ると予想される。また、被験細胞がこの遺伝子多型を持つということは、BCRPの発現量が少なく、したがって抗癌剤耐性が小さいと考えられる。したがって、本発明のBCRP遺伝子多型の同定は、抗癌剤投与量、投与方法の設定などより安全な抗癌剤治療のために有効である。
なお、その他にV12M及びQ126STOPという遺伝子多型、315Ala、316Thrのアミノ酸欠失(エキソン8と9の間)も確認された。Q126STOPでは、正常BCRP蛋白発現量が少なく、抗癌剤耐性が小さいと考えられ、又その他の変異もBCRPの発現と機能に影響を与える可能性がある。また、Q141KとV12Mを同時に持つなど複数遺伝子多型を有する場合でも、これを同定することで、より安全な抗癌剤治療を達成できる。
【0011】
本発明の遺伝子多型のうち、BCRP(Q141K)は、野生型に比べて、同じmRNAが発現したときに生成するBCRPタンパクの発現量が有意に少ないので、上記の抗癌剤投与時の副作用の発現程度の判定及び抗癌剤耐性の判定に特に有用である。また、これらの遺伝子多型がホモで存在するかヘテロで存在するかによっても副作用の発現程度等は異なるため、この点を判定の指標とすることも可能である。
【0012】
本発明の遺伝子多型を検出または測定するには、たとえばBCRP(Q141K)に特異的なプライマーを用いたPCR法、コドン141を含む領域をPCRで増幅してQ141Kの遺伝子多型の結果生じる制限酵素部位で切断されるか否かによって多型を調べるPCR-RFLP法、BCRP(Q141K)に特異的な抗体を用いた免疫学的測定法、等により実施することができる。
【0013】
ここでBCRP(Q141K)に特異的なプライマーとしては、2種のプライマーのうちの1種がコドン141のAAGに相補的な配列を含むプライマーであり、他の1種がBCRPの他の部分に相補的な配列を含むプライマーが挙げられる。より具体的にはコドン141のAAGに相補的な配列を含むプライマーとして、5'-CGAAGAGCTGCTGAGAACTT-3'(配列番号21)、BCRPの他の部分に相補的な配列を含むプライマーとして5'-CCTTAGTTATGTTATCTTTGTG-3'(配列番号22)が挙げられる。
【0014】
上記の2つのプライマーを用いて、細胞のゲノムDNAを鋳型としてPCRを行う。具体的には、94℃で5分の反応を行った後、94℃で30秒、52℃で30秒、72℃で1分の反応を30回繰り返し、最後に94℃で30秒、72℃で15分の反応を1回行って、167塩基対の増幅産物を得ることができる。
【0015】
本発明において、副作用程度判定及び抗癌剤耐性判定の対象となる抗癌剤としては、BCRPにより耐性を生じる抗癌剤であれば制限されないが、例えば塩酸イリノテカン、トポテカン等のカンプトテシン類;ミトキサントロン等のアンスラキノン類;7-ヒドロキシスタウロスポリン等のスタウロスポリン類;アドリアマイシン等のアンスラサイクリン類が挙げられる。
【0016】
また、本発明の抗癌剤投与時の副作用の程度判定及び抗癌剤耐性判定の対象癌は、前記の抗癌剤の適用対象となる癌であれば特に制限されない。また被験正常細胞としては、前記のBCRPが発現している正常組織由来の細胞、末梢血細胞等が挙げられる。
【0017】
【実施例】
次に実施例を挙げて本発明を詳細に説明するが、本発明はこれにより何ら制限されるものではない。
【0018】
実施例1
(1)BCRP遺伝子
BCRPは、胎盤で発現の高いABC transporterである。BCRP遺伝子のヒトの全長cDNAの配列は米国の独立した2つの研究グループにより既に報告されている。 ABCPと名付けられた遺伝子はGenBankのaccession number AF103796に登録されており、Allikmets,R., Schriml,L.M., Hutchinson,A., Romano-Spica,V. and Dean,M. A human placenta-specific ATP-binding cassette gene (ABCP) on chromosome 4q22 that is involved in multidrug resistance. Cancer Res. 58 (23), 5337-5339 (1998)などに論文発表されている。
BCRPと名付けられた遺伝子はGenBankのaccession number AF098951に登録されており、 Doyle,L.A., Yang,W., Abruzzo,L.V., Krogmann,T., Gao,Y., Rishi,A.K. and Ross,D.D. A multidrug resistance transporter from human MCF-7 breast cancer cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95 (26), 15665-15670 (1998)などに論文発表されている。
【0019】
本発明でヒト野生型BCRP遺伝子と呼ぶ遺伝子は、PCR法を用いてヒト胎盤mRNAより単離したものである。
【0020】
このPCRでは、Clontech社のHuman placenta Marathon-ready cDNAを鋳型とし、primerとしてヒトBCRP cDNAの5'側のprimer 1S(CCT GAG ATC CTG AGC CTT TGG TT)および3'側のprimer 5AS(GAT GGC AAG GGA ACA GAA AAC AAC A)の2本のオリゴヌクレオチドを用いて、Clontech社のAdvantage cDNA PCR kitを用いて、94度で1分の反応を1回行った後、94度で30秒、68度で3分の反応を35回繰り返し、最後に94度で30秒、68度で15分の反応を1回行い、約2150bpの増幅されたcDNAを得た。これをpCR2.1プラスミドにサブクローニングして、Applied Biosystems社のABI PRISM 377 DNA Sequencerを用いて塩基配列を決定した。独立な4クローンの塩基配列を決定し、PCRによる変異と推定される部分は除いて、本遺伝子のcoding regionの塩基配列とそれから予想されるアミノ酸配列を推定した。この塩基配列を配列番号8、推定されるアミノ酸配列を配列番号7に示す。この配列を野生型BCRPの配列と称する。この野生型BCRPの配列はDDBJ accession number AB056867として登録されている。
【0021】
(2)ヒト培養癌細胞株よりのDNAとRNAの抽出
ヒト肺癌NCI-H23、NCI-H460、A549、HTB-26、ヒト乳癌HBC-5、MCF-7、ヒト卵巣癌OVCAR-5、OVCAR-8、SK-OV-3、ヒト大腸癌HT-29、KM-12、HCT-116、の12種のヒト癌細胞株を7%のウシ胎児血清を添加したDMEM培地で培養し、細胞を集めた。回収した腫瘍細胞からtotal RNAをRNeasy Mini Kit(Qiagen)を用いて抽出した。この際、DNAの混入を防ぐためにRNase-Free DNase Set(Qiagen)を併用した。抽出手順はKitあるいはSet付属のプロトコールに従った。このようにして10cmディッシュ1枚よりおよそ30-50μgのtotal RNAを得た。また、同様にして、DNAをQIAamp DNA Mini Kit(Qiagen)を用いて抽出した。抽出手順はKit付属のプロトコールに従った。このようにして10cmディッシュ1枚よりおよそ15-25μgのDNAを得た。
【0022】
(3)RT-PCR
BCRP遺伝子全長を増幅するRT-PCRにはRNA LA PCR Kit (AMV) Ver.1.1 (宝酒造)を用いた。Total RNA 1μgを用いて20μlの系で、付属のプロトコールに従い逆転写反応を行った。その後、5'側プライマー1S (CGG ATC CTC CTG AGA TCC TGA GCC TTT GGT T)(配列番号9)と3'側プライマー5AS (CGC TCT AGA GAT GGC AAG GGA ACA GAA AAC AAC A)(配列番号10)を用いて、付属のプロトコールに従いPCR反応液80μlを調整した。逆転写反応後の20μlのサンプルと混合したのちPCR反応を行った。94℃で1分の反応を1回行ったのち、94℃30秒、68℃3分の反応を45-50回くり返し最後に94℃で30秒、68℃で15分の反応を1回行い約2150bpの増幅されたcDNAを得た。これで増幅が不十分な場合には1回目のPCR産物1μlを鋳型として総量50μlの系で同様のPCR反応を30サイクル追加した。
【0023】
(4)サブクローニングとシーケンス
得られたPCR産物をpCR2.1プラスミドにサブクローニングして、Applied Biosystems社のABI PRISM377 DNAシークエンサーを用いて塩基配列を決定した。独立な3クローンの塩基配列を決定し、Taqポリメラーゼによる変異と推定される部分を除いて、本遺伝子のコード領域の塩基配列とそれから導かれるアミノ酸配列を推定した。その結果、コドン12のGTG(バリン)からATG(メチオニン)への変化(V12M)をHBC-5、MCF-7の2つの細胞株に、コドン141のCAG(グルタミン)からAAG(リジン)への変化(Q141K)をA549、HTB-26、HCT-116の3つの細胞株に認めた。BCRPの遺伝子は16のエクソンより成るが、コドン12はエクソン2に、コドン141はエクソン5に存在する。
【0024】
(5)ゲノムDNAのPCRとシーケンス
V12MとQ141Kの2つの変異がPCRのエラーではなくてBCRP遺伝子の多型であることを確認するため、多型の見られた細胞のDNAを増幅し、DNAの塩基配列を調べた。
エクソン2に対しては5'側プライマーE2-S(GCA ATC TCA TTT ATC TGG ACT A)(配列番号11)と3'側プライマーE2-AS(TGT GAG GTT CAC TGT AGG TAA A)(配列番号12)を用いてPCR反応を行った。94℃で1分の反応を1回行ったのち、94℃30秒、52℃30秒、72℃1分の反応を40回くり返し最後に94℃で30秒、72℃で15分の反応を1回行い331bpの増幅されたDNAを得た。エクソン5に対しては5'側プライマーE5-S(CCT TAG TTA TGT TAT CTT TGT G)(配列番号13)と3'側プライマーE5-AS(GAA ACT TCT GAA TCA GAG TCA T)(配列番号14)を用いて94℃で1分の反応を1回行ったのち、94℃30秒、52℃30秒、72℃1分の反応を40回くり返し最後に94℃で30秒、72℃で15分の反応を1回行い344bpの増幅されたDNAを得た。PCR産物をpCR2.1プラスミドにサブクローニングしApplied Biosystems社のABI PRISM377 DNAシークエンサーを用いて塩基配列を決定した。この結果、V12MとQ141Kの多型はゲノムDNAレベルで存在し、またこれらの多型の見られる腫瘍細胞株では同時に野生型のBCRPも存在することが明らかとなった。
【0025】
(6)HABCRP (V12M)、HABCRP (Q141K)遺伝子の作成
野生型BCRP cDNAを鋳型としてHAエピトープタグを含む5'側プライマー5HA-204S(CCC CGC GGC ATG TAC CCA TAC GAC GTC CCA GAC TAC GCT ATG TCT TCC AGT AAT GTC GAA GTT TTT ATC CCA GTG TC)(配列番号15)と3'側プライマー5HA-8AS(CGC CTC GTG GAT GGC AAG GGA ACA GAA AAC AAC A)(配列番号16)を用いてPCRによりHABCRP cDNAを作成した。作成したHABCRP cDNAをプラスミドベクターpKF18KにSstIIとXhoIの2種の制限酵素サイトを用いてT4 DNAリガーゼを用いて挿入した。BCRP(V12M)に対してはプライマーV12M(TTT TAT CCC AAT GTC ACA AGG)(配列番号17)、BCRP(Q141K)に対してはプライマーQ141K(AGA AAA CTT AAA GTT CTC AGC)(配列番号18)を用い、Site Directed MutagenesisのためのKitであるMutan-Super Express Km(宝酒造)により付属のプロトコールに従ってBCRP(V12M)、BCRP(Q141K)cDNAを作成した。増幅されたcDNAの塩基配列を決定し、遺伝子多型が導入されていることとPCRによる変異のないことを確認した。これらのcDNAをSst IIとXho Iの2種の制限酵素を用いてバイシストロニックプラスミドベクターであるpHaL-IRES-DHFRにT4 DNAリガーゼを用いて挿入した。
【0026】
(7)PA317/BCRP(V12M)、PA317/BCRP(Q141K)細胞の作成
マウスのamphotropic retrovirus packaging cell lineであるPA317 細胞にリン酸カルシウム法を用いてpHaHABCRP、pHaHABCRP(V12M)、pHaHABCRP(Q141K)を導入した。遺伝子導入後の細胞を120ng/mlのメソトレキセートで選択し遺伝子導入細胞を得た。
【0027】
実施例2
(1)細胞増殖試験
PA317細胞、PA317/BCRP(野生型)細胞、PA317/BCRP(V12M)細胞、PA317/BCRP(Q141K)細胞のSN-38(7-エチル-10-ヒドロキシカンプトテシン塩酸イリノテカンの活性体)、ミトキサントロンに対する感受性を細胞増殖阻害試験にて調べた。これらの細胞を12穴プレート(イワキ)に2500個/ml/ウェルでまき、続いてメディウムで各濃度で希釈した薬剤をウェルあたり1ml加えた。このプレートを5%炭酸ガス培養器で37℃、5日間で培養した。5日後、リン酸緩衝バッファーで細胞を洗浄後、0.5mlのトリプシン-EDTAで細胞をはがしメディウム1mlで懸濁し、9mlのセルパック希釈液(東亞医用電子)をいれたビーカーに各ウェルの細胞液をそれぞれ加え、Sysmex CDA-500自動細胞数計測装置(東亞医用電子)にて細胞数を計測した。その結果を図1に示した。図1では各濃度の薬剤添加時における細胞数を薬剤無添加時の細胞数で除し、(%対コントロール)で表した。PA317/BCRP(V12M)細胞はPA317/BCRP(野生型)細胞と比べてほぼ同等の耐性を示したが、PA317/BCRP(Q141K)細胞はPA317/BCRP(野生型)細胞よりも明らかに低い耐性を示した。
【0028】
(2)多型型BCRP導入細胞のBCRP蛋白とメッセンジャーRNAの発現
PA317細胞、PA317/BCRP(野生型)細胞、PA317/BCRP(V12M)細胞、PA317/BCRP(Q141K)細胞におけるBCRP蛋白質の発現をウエスタンブロット法で確認した。還元剤存在下ですりつぶした各々のセルライセートを遠心して得られた上清中の蛋白質20μgをポリアクリルアミドゲルで電気泳動し、ナイロンフィルターにブロットして抗BCRP抗体を室温で1時間反応させた。ペルオキシダーゼ標識2次抗体を室温で1時間反応させたのち洗浄してECL+plus(アマシャム)で化学発光させた。その結果を図2に示した。BCRP(V12M)の蛋白発現量はBCRP(野生型)とほぼ同等であったが、BCRP(Q141K)の蛋白発現量はBCRP(野生型)より明らかに低かった。さらにBCRP遺伝子転写産物の量を見るためにRT-PCR を行った。PA317細胞、PA317/BCRP(野生型)細胞、PA317/BCRP(V12M)細胞、PA317/BCRP(Q141K)細胞から既述のごとくtotal RNAを抽出しtotal RNA 1μgからRT-PCRを行った。PCR反応の5'側プライマーは745S (AGT TTA TCC GTG GTG TGT C)(配列番号19)、3'側プライマーは1213AS(TTG TAG AAG GAG GAG TTG AC)(配列番号20)を用い94℃で1分の反応を1回行ったのち、94℃30秒、52℃30秒、72℃1分の反応を各々20、25、30、40回くり返し最後に94℃で30秒、72℃で15分の反応を1回行い約500bpの増幅されたBCRPのcDNA断片を得た。20サイクルでのPCRの結果を図3に示す。20、25、30、40回の全てのサイクル数においてBCRP(野生型)、BCRP(V12M)、BCRP(Q141K)のRT-PCR産物は同等であった。
【0029】
これらのことからBCRP(Q141K)は、BCRP(野生型)、BCRP(V12M)と同じ量のmRNAが発現したときに生成するBCRP蛋白の量が少ない、すなわちBCRP蛋白の安定性が低下していることが判明した。
【0030】
実施例3
(1)健常人ボランティアからのDNAとRNAの抽出
124名の末梢血から、有核細胞を回収した。回収した細胞から実施例1(2)と同様にしてDNA及びRNAを抽出した。
【0031】
(2)実施例1(3)及び(4)と同様にしてRT-PCR及びサブクローニングとシーケンスした。その結果、124例中3例に配列番号6に示す塩基配列を有する遺伝子を見出した(表1)。その推定アミノ酸配列を配列番号5に示す。この遺伝子は、コドン126のCAA(グルタミン)からTAA(STOPコドン)に変化していた。この遺伝子多型(Q126STOP)を有する場合には、正常BCRR蛋白の発現が少なく、抗癌剤に対する感受性が高くなるものと考えられる。また、124名中9名がQ141Kをホモで有しており、48名がヘテロで有していた。前者は特にBCRP発現量が少なく抗癌剤に対する感受性が高いと考えられる。
【0032】
【表1】
【0033】
【発明の効果】
本発明の遺伝子多型を同定すれば、被験細胞を保有する被験者に抗癌剤を投与した場合の副作用の発現程度を予測することが可能であり、また抗癌剤耐性の程度も予測することも可能であり、より安全な抗癌剤治療指針の策定に有効である。
【0034】
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図1】 BCRP遺伝子導入細胞の抗癌剤感受性を示す図である。WTは野生型を示す。
【図2】 BCRP遺伝子導入細胞におけるBCRP蛋白の発現を示すウエスタンブロットの結果である。
【図3】 BCRP遺伝子導入細胞におけるBCRPmRNAの発現を示すRT-PCRの結果である。
Claims (5)
- 被験細胞のBCRP(Q141K)遺伝子及びBCRP(Q126STOP)遺伝子から選ばれるBCRPの遺伝子多型による変異遺伝子を同定することを特徴とする被験細胞のBCRPにより耐性を生じる抗癌剤に対する感受性の判定法。
- 被験細胞のBCRP(Q141K)遺伝子及びBCRP(Q126STOP)遺伝子から選ばれるBCRPの遺伝子多型による変異遺伝子を同定することを特徴とする被験細胞のBCRPにより耐性を生じる抗癌剤投与時の副作用発現程度の判定法。
- 被験細胞のBCRP(Q141K)遺伝子及びBCRP(Q126STOP)遺伝子から選ばれるBCRPの遺伝子多型による変異遺伝子を同定することを特徴とする被験細胞のBCRPにより耐性を生じる抗癌剤耐性の判定法。
- 配列番号1又は5で示されるアミノ酸配列を含むBCRPの遺伝子多型による変異ポリペプチド。
- 配列番号2又は6で示される塩基配列を含むBCRPの遺伝子多型による変異遺伝子。
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