JP3370942B2 - タンパク質解析支援装置及びその装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体 - Google Patents
タンパク質解析支援装置及びその装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体Info
- Publication number
- JP3370942B2 JP3370942B2 JP02299799A JP2299799A JP3370942B2 JP 3370942 B2 JP3370942 B2 JP 3370942B2 JP 02299799 A JP02299799 A JP 02299799A JP 2299799 A JP2299799 A JP 2299799A JP 3370942 B2 JP3370942 B2 JP 3370942B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- protein
- amino acid
- designated
- compound
- information
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Landscapes
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、タンパク質の性質
を解析するために有益な情報を得るためのタンパク質解
析支援装置に係り、詳しくは、タンパク質を一次配列記
述したアミノ酸残基列から低分子化合物と相互作用する
と予想される部分を構成するアミノ酸残基の配列パター
ンを抽出するようにしたタンパク質解析支援装置に関す
る。
を解析するために有益な情報を得るためのタンパク質解
析支援装置に係り、詳しくは、タンパク質を一次配列記
述したアミノ酸残基列から低分子化合物と相互作用する
と予想される部分を構成するアミノ酸残基の配列パター
ンを抽出するようにしたタンパク質解析支援装置に関す
る。
【０００２】また、本発明は、上記のようなタンパク質
解析支援装置での処理をコンピュータに行わせるための
プログラムを格納したプログラムを格納した記憶媒体に
関する。
解析支援装置での処理をコンピュータに行わせるための
プログラムを格納したプログラムを格納した記憶媒体に
関する。
【０００３】
【従来の技術】低分子化合物と相互作用を行うタンパク
質を予測することは、低分子化合物（基質）を変化さる
ために必要となるタンパク質（酵素）が予測できるな
ど、製薬の分野や生化学の分野において重要なことであ
る。タンパク質とその複雑に折れ曲がった糸状のタンパ
ク質に絡み合うように存在する低分子化合物との三次元
構造について記述したデータベース（例えば、ＰＤＢ：
Protein Data Bank ）が提供されている。
質を予測することは、低分子化合物（基質）を変化さる
ために必要となるタンパク質（酵素）が予測できるな
ど、製薬の分野や生化学の分野において重要なことであ
る。タンパク質とその複雑に折れ曲がった糸状のタンパ
ク質に絡み合うように存在する低分子化合物との三次元
構造について記述したデータベース（例えば、ＰＤＢ：
Protein Data Bank ）が提供されている。
【０００４】従来、このようなデータベースを用いて、
低分子化合物（結合物質）と相互作用（結合）するタン
パク質のアミノ酸残基列を検索する装置が提案されてい
る（特開平７−０５６９３１）。この従来の装置では、
タンパク質と低分子化合物を指定すると、データベース
に記述されるその指定タンパク質及び低分子化合物の三
次元構造データに基づいて、低分子化合物の各要素から
所定距離以内のタンパク質のアミノ酸残基列を低分子化
合物との結合部位として抽出している。
低分子化合物（結合物質）と相互作用（結合）するタン
パク質のアミノ酸残基列を検索する装置が提案されてい
る（特開平７−０５６９３１）。この従来の装置では、
タンパク質と低分子化合物を指定すると、データベース
に記述されるその指定タンパク質及び低分子化合物の三
次元構造データに基づいて、低分子化合物の各要素から
所定距離以内のタンパク質のアミノ酸残基列を低分子化
合物との結合部位として抽出している。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】例えば、図１に示すよ
うに、タンパク質Ｐは、糸状に複雑に折れ曲がった構造
となっているため、そのタンパク質Ｐに絡まった状態で
存在する低分子化合物Ｃと近接する（所定距離以内）タ
ンパク質Ｐのアミノ酸残基部分Ｃ１、Ｃ２は、一次配列
されたアミノ酸残基列中において、とびとびに存在する
ことになる。従って、上述した従来の装置では、この結
合部位として抽出されるアミノ酸残基列Ｃ１、Ｃ２が個
別的に得られるだけである。
うに、タンパク質Ｐは、糸状に複雑に折れ曲がった構造
となっているため、そのタンパク質Ｐに絡まった状態で
存在する低分子化合物Ｃと近接する（所定距離以内）タ
ンパク質Ｐのアミノ酸残基部分Ｃ１、Ｃ２は、一次配列
されたアミノ酸残基列中において、とびとびに存在する
ことになる。従って、上述した従来の装置では、この結
合部位として抽出されるアミノ酸残基列Ｃ１、Ｃ２が個
別的に得られるだけである。
【０００６】タンパク質の性質はその三次元構造に依存
するものであり、上記のように個別的に抽出されたアミ
ノ酸残基列Ｃ１、Ｃ２だけでは、アミノ酸残基列Ｃ１と
Ｃ２の配列順序や、その間の条件が不明であり、三次元
構造に依存するタンパク質の性質を解析するうえで、十
分有益な情報とはいえない。即ち、アミノ酸残基の一次
配列により記述されたタンパク質のなかで、個別的に抽
出されたアミノ酸残基列Ｃ１、Ｃ２が、Ｃ１、Ｃ２の順
序で存在するのか、Ｃ２、Ｃ１の順序で存在するのか、
あるいは、Ｃ１とＣ２との間は、どのような条件となっ
ているのか等の情報が不明である。
するものであり、上記のように個別的に抽出されたアミ
ノ酸残基列Ｃ１、Ｃ２だけでは、アミノ酸残基列Ｃ１と
Ｃ２の配列順序や、その間の条件が不明であり、三次元
構造に依存するタンパク質の性質を解析するうえで、十
分有益な情報とはいえない。即ち、アミノ酸残基の一次
配列により記述されたタンパク質のなかで、個別的に抽
出されたアミノ酸残基列Ｃ１、Ｃ２が、Ｃ１、Ｃ２の順
序で存在するのか、Ｃ２、Ｃ１の順序で存在するのか、
あるいは、Ｃ１とＣ２との間は、どのような条件となっ
ているのか等の情報が不明である。
【０００７】そこで、本発明の第一の課題は、低分子化
合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸残基部分を当
該タンパク質の構造に関する情報をより多く含む形で抽
出できるようにしたタンパク質解析支援装置を提供する
ことである。本発明の第二の課題は、上記のようなタン
パク質解析支援装置での処理をコンピュータで行わせる
ためのプログラムを格納した記憶媒体を提供することで
ある。
合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸残基部分を当
該タンパク質の構造に関する情報をより多く含む形で抽
出できるようにしたタンパク質解析支援装置を提供する
ことである。本発明の第二の課題は、上記のようなタン
パク質解析支援装置での処理をコンピュータで行わせる
ためのプログラムを格納した記憶媒体を提供することで
ある。
【０００８】
【課題を解決するための手段】上記第一の課題を解決す
るため、本発明は、請求項１に記載されるように、タン
パク質とそのタンパク質の近傍に存在する化合物の三次
元構造データを記述したデータベースを用いて、指定さ
れた化合物と相互作用すると予測される指定されたタン
パク質のアミノ酸残基部分の情報を得るためのタンパク
質解析支援装置において、指定された化合物において指
定された種類の各原子と所定距離範囲内に存在する指定
されたタンパク質において指定された種類の原子を含む
アミノ酸残基を上記データベースの情報を用いて検索す
る検索手段と、該検索手段での検索結果として得られた
各アミノ酸残基を所定の表記規則に従って当該指定され
たタンパク質を構成するアミノ酸残基の一次配列の順に
配列してパターン化した配列パターンを生成する配列パ
ターン生成手段とを有し、この配列パターンを指定され
た化合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸残基部分
を含む部分の一次配列構造を表す情報として得るように
構成される。
るため、本発明は、請求項１に記載されるように、タン
パク質とそのタンパク質の近傍に存在する化合物の三次
元構造データを記述したデータベースを用いて、指定さ
れた化合物と相互作用すると予測される指定されたタン
パク質のアミノ酸残基部分の情報を得るためのタンパク
質解析支援装置において、指定された化合物において指
定された種類の各原子と所定距離範囲内に存在する指定
されたタンパク質において指定された種類の原子を含む
アミノ酸残基を上記データベースの情報を用いて検索す
る検索手段と、該検索手段での検索結果として得られた
各アミノ酸残基を所定の表記規則に従って当該指定され
たタンパク質を構成するアミノ酸残基の一次配列の順に
配列してパターン化した配列パターンを生成する配列パ
ターン生成手段とを有し、この配列パターンを指定され
た化合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸残基部分
を含む部分の一次配列構造を表す情報として得るように
構成される。
【０００９】このようなタンパク質解析支援装置では、
検索結果として得られた各アミノ酸残基が所定の表記規
則に従って指定されたタンパク質を構成するアミノ酸残
基の一次配列の順に配列されてパターン化される。従っ
て、このパターン化の結果として得られた配列パターン
は、得られたアミノ酸残基が当該一次配列の順に従って
離散していても統合された配列パターンとして表現され
る。その結果、この配列パターンから、離散されたアミ
ノ酸残基の配列順序や、化合物と相互作用する部分を含
むタンパク質の残基部分の大まかな一次配列構造を把握
することができる。
検索結果として得られた各アミノ酸残基が所定の表記規
則に従って指定されたタンパク質を構成するアミノ酸残
基の一次配列の順に配列されてパターン化される。従っ
て、このパターン化の結果として得られた配列パターン
は、得られたアミノ酸残基が当該一次配列の順に従って
離散していても統合された配列パターンとして表現され
る。その結果、この配列パターンから、離散されたアミ
ノ酸残基の配列順序や、化合物と相互作用する部分を含
むタンパク質の残基部分の大まかな一次配列構造を把握
することができる。
【００１０】なお、上記所定の表記規則は、特に限定さ
れないが、生成される配列パターンの情報を利用するシ
ステムでの要求（表示の見易さ、配列パターンの検索ア
ルゴリズムの簡便さ等）を満たすことが好ましい。より
簡単に表記された配列パターンが得られるという観点か
ら、本発明においては、請求項２に記載されるように、
上記配列パターン生成手段は、１文字表記されたアミノ
酸残基を当該指定されたタンパク質を構成するアミノ酸
残基の一次配列の順に配列すると共に、該一次配列の順
において離散して存在するアミノ酸残基間に所定のパタ
ーン表記体を挿入して配列パターン情報を生成するよう
に構成することができる。
れないが、生成される配列パターンの情報を利用するシ
ステムでの要求（表示の見易さ、配列パターンの検索ア
ルゴリズムの簡便さ等）を満たすことが好ましい。より
簡単に表記された配列パターンが得られるという観点か
ら、本発明においては、請求項２に記載されるように、
上記配列パターン生成手段は、１文字表記されたアミノ
酸残基を当該指定されたタンパク質を構成するアミノ酸
残基の一次配列の順に配列すると共に、該一次配列の順
において離散して存在するアミノ酸残基間に所定のパタ
ーン表記体を挿入して配列パターン情報を生成するよう
に構成することができる。
【００１１】このようなタンパク質解析支援装置では、
タンパク質を構成するアミノ酸残基の一次配列の順にア
ミノ酸残基を表す文字と所定のパターン表記体が連続し
て配列された配列パターンが得られる。上記データベー
スは、当該タンパク質解析支援装置内に備えていてもよ
いし、また、インターネット等の外部通信網から入手す
るようにしてもよい。また、外部通信網から入手する場
合では、データベースの情報を全部装置内にダウンロー
ドすることも可能であるし、また、通信回線を接続した
状態で利用することも可能である。
タンパク質を構成するアミノ酸残基の一次配列の順にア
ミノ酸残基を表す文字と所定のパターン表記体が連続し
て配列された配列パターンが得られる。上記データベー
スは、当該タンパク質解析支援装置内に備えていてもよ
いし、また、インターネット等の外部通信網から入手す
るようにしてもよい。また、外部通信網から入手する場
合では、データベースの情報を全部装置内にダウンロー
ドすることも可能であるし、また、通信回線を接続した
状態で利用することも可能である。
【００１２】生成された配列パターンは、新たに発見さ
れたタンパク質の性質を解析するために、その新たなタ
ンパク質を構成するアミノ酸残基列から、当該生成され
た配列パターンで表されるアミノ酸残基列を検索するシ
ステムで利用することができる。また、生成された配列
パターンを単に表示して、研究者等が利用することもで
きる。
れたタンパク質の性質を解析するために、その新たなタ
ンパク質を構成するアミノ酸残基列から、当該生成され
た配列パターンで表されるアミノ酸残基列を検索するシ
ステムで利用することができる。また、生成された配列
パターンを単に表示して、研究者等が利用することもで
きる。
【００１３】上記のようにデータベースを装置内に備
え、生成された配列パターンを表示する機能を備えたタ
ンパク質解析支援装置を提供するという観点から、本発
明は、請求項３に記載されるように、タンパク質とその
タンパク質の近傍に存在する化合物の三次元構造データ
を記述したデータベースを用いて、指定された化合物と
相互作用すると予測される指定されたタンパク質のアミ
ノ酸残基部分の情報を得るためのタンパク質解析支援装
置において、上記データベースを格納するデータベース
格納手段と、指定された化合物において指定された種類
の各原子と所定距離範囲内に存在する指定されたタンパ
ク質において指定された種類の原子を含むアミノ酸残基
を上記格納手段から読み出されたデータベースの情報を
用いて検索する検索手段と、該検索手段での検索結果と
して得られた各アミノ酸残基を所定の表記規則に従って
当該指定されたタンパク質を構成するアミノ酸残基の一
次配列の順に配列してパターン化した配列パターンを生
成する配列パターン生成手段と、この配列パターンをを
指定された化合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸
残基部分を含む部分の一次配列構造を表す情報として表
示する表示手段とを有するように構成される。
え、生成された配列パターンを表示する機能を備えたタ
ンパク質解析支援装置を提供するという観点から、本発
明は、請求項３に記載されるように、タンパク質とその
タンパク質の近傍に存在する化合物の三次元構造データ
を記述したデータベースを用いて、指定された化合物と
相互作用すると予測される指定されたタンパク質のアミ
ノ酸残基部分の情報を得るためのタンパク質解析支援装
置において、上記データベースを格納するデータベース
格納手段と、指定された化合物において指定された種類
の各原子と所定距離範囲内に存在する指定されたタンパ
ク質において指定された種類の原子を含むアミノ酸残基
を上記格納手段から読み出されたデータベースの情報を
用いて検索する検索手段と、該検索手段での検索結果と
して得られた各アミノ酸残基を所定の表記規則に従って
当該指定されたタンパク質を構成するアミノ酸残基の一
次配列の順に配列してパターン化した配列パターンを生
成する配列パターン生成手段と、この配列パターンをを
指定された化合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸
残基部分を含む部分の一次配列構造を表す情報として表
示する表示手段とを有するように構成される。
【００１４】上記本発明の第二の課題を解決するため、
本発明は、請求項４に記載されるように、タンパク質と
そのタンパク質の近傍に存在する化合物の三次元構造デ
ータを記述したデータベースを用いて、指定された化合
物と相互作用すると予測される指定されたタンパク質の
アミノ酸残基部分の情報を得るためのタンパク質解析支
援装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログ
ラムを格納した記憶媒体において、指定された化合物に
おいて指定された種類の各原子と所定距離範囲内に存在
する指定されたタンパク質において指定された種類の原
子を含むアミノ酸残基を上記データベースの情報を用い
て検索する検索手順と、該検索手段での検索結果として
得られた各アミノ酸残基を所定の表記規則に従って当該
指定されたタンパク質を構成するアミノ酸残基の一次配
列の順に配列してパターン化した配列パターンを生成す
る配列パターン生成手順とを有し、この配列パターンを
指定された化合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸
残基部分を含む部分の一次配列構造を表す情報として得
るようにしたプログラムを格納した記憶媒体として構成
される。
本発明は、請求項４に記載されるように、タンパク質と
そのタンパク質の近傍に存在する化合物の三次元構造デ
ータを記述したデータベースを用いて、指定された化合
物と相互作用すると予測される指定されたタンパク質の
アミノ酸残基部分の情報を得るためのタンパク質解析支
援装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログ
ラムを格納した記憶媒体において、指定された化合物に
おいて指定された種類の各原子と所定距離範囲内に存在
する指定されたタンパク質において指定された種類の原
子を含むアミノ酸残基を上記データベースの情報を用い
て検索する検索手順と、該検索手段での検索結果として
得られた各アミノ酸残基を所定の表記規則に従って当該
指定されたタンパク質を構成するアミノ酸残基の一次配
列の順に配列してパターン化した配列パターンを生成す
る配列パターン生成手順とを有し、この配列パターンを
指定された化合物と相互作用するタンパク質のアミノ酸
残基部分を含む部分の一次配列構造を表す情報として得
るようにしたプログラムを格納した記憶媒体として構成
される。
【００１５】この記憶媒体は、コンピュータによるプロ
グラムの読み出しが可能であるものであれば特に制限さ
れるものではなく、機械的に書き込んだプログラムを光
学的に読み出すＣＤ−ＲＯＭ等の媒体、磁気的にプログ
ラムの記録再生を行う磁気ディスク等の媒体、電気的に
プログラムの読み出し、書き込みを行う半導体メモリ等
の媒体、光、磁気を用いてプログラムの読み出し、書き
込みを行う光磁気ディスク等の媒体等を用いることがで
きる。
グラムの読み出しが可能であるものであれば特に制限さ
れるものではなく、機械的に書き込んだプログラムを光
学的に読み出すＣＤ−ＲＯＭ等の媒体、磁気的にプログ
ラムの記録再生を行う磁気ディスク等の媒体、電気的に
プログラムの読み出し、書き込みを行う半導体メモリ等
の媒体、光、磁気を用いてプログラムの読み出し、書き
込みを行う光磁気ディスク等の媒体等を用いることがで
きる。
【００１６】
【発明の実施の形態】以下、本発明の実施の一形態を図
面に基づいて説明する。本発明の実施の一形態に係るタ
ンパク質解析支援装置が適用されるシステムの基本的な
構成は、例えば、図２に示すようになっている。図２に
おいて、このシステムは、所謂クライアント−サーバシ
ステムであり、複数のクライアント端末１０、１１、１
２とサーバ２０がＬＡＮによって接続されている。サー
バ２０は、タンパク質及びタンパク質の糸状鎖内に含ま
れる低分子化合物の三次元構造を記述したデーターベー
ス（ＰＤＢ）を有している。各クライアント端末１０、
１１、及びサーバ２０は、一般的なコンピュータシステ
ムにて構成され、例えば、図３に示すように構成されて
いる。
面に基づいて説明する。本発明の実施の一形態に係るタ
ンパク質解析支援装置が適用されるシステムの基本的な
構成は、例えば、図２に示すようになっている。図２に
おいて、このシステムは、所謂クライアント−サーバシ
ステムであり、複数のクライアント端末１０、１１、１
２とサーバ２０がＬＡＮによって接続されている。サー
バ２０は、タンパク質及びタンパク質の糸状鎖内に含ま
れる低分子化合物の三次元構造を記述したデーターベー
ス（ＰＤＢ）を有している。各クライアント端末１０、
１１、及びサーバ２０は、一般的なコンピュータシステ
ムにて構成され、例えば、図３に示すように構成されて
いる。
【００１７】図３において、このコンピュータシステム
は、ＣＰＵ１０１、メモリユニット１０２、ＬＡＮユニ
ット１０３、入力ユニット１０４、表示ユニット１０
５、ＣＤ−ＲＯＭドライブユニット１０６及び補助記憶
装置（例えば、ディスク装置）１０７を有している。各
ユニットは、バスＢにて接続されている。ＣＰＵ１０１
は、メモリユニット１０２に格納されるプログラムに従
って、システム全体を制御すると共に、後述するような
タンパク質の解析処理を実行する。メモリユニット１０
２は、ＲＯＭ及びＲＡＭを備え、ＣＰＵ１０にて実行さ
れるプログラムを格納すると共に、テーブルやＣＰＵ１
０１での処理にて得られた各種情報を格納する。ＬＡＮ
ユニット１０３は、ＬＡＮを介してクライアント−サー
バ間のデータ通信制御を行う。
は、ＣＰＵ１０１、メモリユニット１０２、ＬＡＮユニ
ット１０３、入力ユニット１０４、表示ユニット１０
５、ＣＤ−ＲＯＭドライブユニット１０６及び補助記憶
装置（例えば、ディスク装置）１０７を有している。各
ユニットは、バスＢにて接続されている。ＣＰＵ１０１
は、メモリユニット１０２に格納されるプログラムに従
って、システム全体を制御すると共に、後述するような
タンパク質の解析処理を実行する。メモリユニット１０
２は、ＲＯＭ及びＲＡＭを備え、ＣＰＵ１０にて実行さ
れるプログラムを格納すると共に、テーブルやＣＰＵ１
０１での処理にて得られた各種情報を格納する。ＬＡＮ
ユニット１０３は、ＬＡＮを介してクライアント−サー
バ間のデータ通信制御を行う。
【００１８】入力ユニット１０４は、マウス及びキーボ
ードを有し、ユーザが必要な情報をシステムに入力する
ために用いられる。表示ユニット１０５は、上述したタ
ンパク質の解析処理において必要なデータの表示やその
解析結果等を表示する。ＣＤ−ＲＯＭドライブユニット
１０６は、セットされたＣＤ−ＲＯＭ２００から情報を
読み出す。ＣＰＵ１０１による制御に従って、ＣＤ−Ｒ
ＯＭ２００に格納されたプログラムやデータベースは、
ＣＤ−ＲＯＭドライブユニット１０６にて読み出され
て、補助記憶装置１０７に格納される。補助記憶装置１
０７に格納されたプログラムは、システムの起動時にメ
モリユニット１０２に移され、ＣＰＵ１０１がこのメモ
リユニット１０２に格納されたプログラムに従って処理
を実行する。特に、サーバ２０においては、上述したＰ
ＤＢ（Protein Data Bank)が、例えば、ＣＤ−ＲＯＭ２
００にて提供され、このＰＤＢが補助記憶装置１０７に
格納される。なお、このＰＤＢは、例えば、インターネ
ット等の外部の通信網を介してサーバ２０に提供するこ
ともできる。
ードを有し、ユーザが必要な情報をシステムに入力する
ために用いられる。表示ユニット１０５は、上述したタ
ンパク質の解析処理において必要なデータの表示やその
解析結果等を表示する。ＣＤ−ＲＯＭドライブユニット
１０６は、セットされたＣＤ−ＲＯＭ２００から情報を
読み出す。ＣＰＵ１０１による制御に従って、ＣＤ−Ｒ
ＯＭ２００に格納されたプログラムやデータベースは、
ＣＤ−ＲＯＭドライブユニット１０６にて読み出され
て、補助記憶装置１０７に格納される。補助記憶装置１
０７に格納されたプログラムは、システムの起動時にメ
モリユニット１０２に移され、ＣＰＵ１０１がこのメモ
リユニット１０２に格納されたプログラムに従って処理
を実行する。特に、サーバ２０においては、上述したＰ
ＤＢ（Protein Data Bank)が、例えば、ＣＤ−ＲＯＭ２
００にて提供され、このＰＤＢが補助記憶装置１０７に
格納される。なお、このＰＤＢは、例えば、インターネ
ット等の外部の通信網を介してサーバ２０に提供するこ
ともできる。
【００１９】ＰＤＢは、例えば、図４及び図５に示すよ
うな情報が予め登録されている。図４はタンパク質に関
する情報（ＡＴＯＭ行）を示す。即ち、タンパク質を構
成する各アミノ酸残基名（ＭＥＴ、ＴＨＲ、ＧＬＵ（以
上、３文字表記例）等）、そのアミノ酸残基を構成する
原子、各原子の三次元位置座標（三次元構造）及びタン
パク質を特定するＩＤ名等が登録されている。図５は、
図１に示すようにタンパク質Ｐの糸状鎖内に存在するこ
とが判明している低分子化合物に関する情報（ＨＥＴＡ
ＴＯＭ行）を示す。即ち、化合物名（ＧＮＰ（三文字表
記例）等）、その化合物を構成する原子、各原子の三次
元位置座標（三次元構造）及び当該低分子化合物を特定
するＩＤ名等が登録されている。
うな情報が予め登録されている。図４はタンパク質に関
する情報（ＡＴＯＭ行）を示す。即ち、タンパク質を構
成する各アミノ酸残基名（ＭＥＴ、ＴＨＲ、ＧＬＵ（以
上、３文字表記例）等）、そのアミノ酸残基を構成する
原子、各原子の三次元位置座標（三次元構造）及びタン
パク質を特定するＩＤ名等が登録されている。図５は、
図１に示すようにタンパク質Ｐの糸状鎖内に存在するこ
とが判明している低分子化合物に関する情報（ＨＥＴＡ
ＴＯＭ行）を示す。即ち、化合物名（ＧＮＰ（三文字表
記例）等）、その化合物を構成する原子、各原子の三次
元位置座標（三次元構造）及び当該低分子化合物を特定
するＩＤ名等が登録されている。
【００２０】ユーザが、例えば、クライアント端末１０
を用いてタンパク質の解析を行う場合、クライアント端
末１０のＣＰＵ１０１は、図６に示す手順に従って処理
を実行する。図６において、ユーザが入力ユニット１０
４にて解析処理の開始操作を行うと、ＰＤＢの読み込み
処理が行われる（Ｓ１）。このＰＤＢの読み込み処理で
は、まず、ＬＡＮユニット１０３及びＬＡＮを介してサ
ーバ２０に対してＰＤＢの要求を行う。その応答とし
て、ＰＤＢがサーバ２０から返送されてＬＡＮユニット
１０３にて受信されると、そのＰＤＢが補助記憶装置１
０７に格納される。
を用いてタンパク質の解析を行う場合、クライアント端
末１０のＣＰＵ１０１は、図６に示す手順に従って処理
を実行する。図６において、ユーザが入力ユニット１０
４にて解析処理の開始操作を行うと、ＰＤＢの読み込み
処理が行われる（Ｓ１）。このＰＤＢの読み込み処理で
は、まず、ＬＡＮユニット１０３及びＬＡＮを介してサ
ーバ２０に対してＰＤＢの要求を行う。その応答とし
て、ＰＤＢがサーバ２０から返送されてＬＡＮユニット
１０３にて受信されると、そのＰＤＢが補助記憶装置１
０７に格納される。
【００２１】ＰＤＢがこのようにクライアント端末１０
に読み込まれると、ＰＤＢに記述されたタンパク質及び
低分子化合物名（図４及び図５参照）が表示ユニット１
０５に表示される。そして、ユーザが表示されたタンパ
ク質及び低分子化合物から入力ユニット１０４の操作に
よって対象となるタンパク質及び低分子化合物を指定す
ると、その指定されたタンパク質及び低分子化合物が取
得される（Ｓ２）。ＣＰＵ１０１がユーザ指定のタンパ
ク質及び低分子化合物を取得すると、それらを構成する
原子種のリストが表示ユニット１０５に表示される。
に読み込まれると、ＰＤＢに記述されたタンパク質及び
低分子化合物名（図４及び図５参照）が表示ユニット１
０５に表示される。そして、ユーザが表示されたタンパ
ク質及び低分子化合物から入力ユニット１０４の操作に
よって対象となるタンパク質及び低分子化合物を指定す
ると、その指定されたタンパク質及び低分子化合物が取
得される（Ｓ２）。ＣＰＵ１０１がユーザ指定のタンパ
ク質及び低分子化合物を取得すると、それらを構成する
原子種のリストが表示ユニット１０５に表示される。
【００２２】タンパク質及び低分子化合物のそれぞれを
構成する原子種からユーザが入力ユニット１０４の操作
によって相互作用の有無を調べるべき低分子化合物の原
子種を指定すると共に、タンパク質の原子種を指定する
と、それら原子種対が取得される（Ｓ３、Ｓ４）。そし
て、更に、ユーザが相互作用すると予測される原子間距
離の範囲を入力ユニット１０４の操作によって指定する
と、その原子間距離の範囲が取得される（Ｓ５）。
構成する原子種からユーザが入力ユニット１０４の操作
によって相互作用の有無を調べるべき低分子化合物の原
子種を指定すると共に、タンパク質の原子種を指定する
と、それら原子種対が取得される（Ｓ３、Ｓ４）。そし
て、更に、ユーザが相互作用すると予測される原子間距
離の範囲を入力ユニット１０４の操作によって指定する
と、その原子間距離の範囲が取得される（Ｓ５）。
【００２３】上記のようにして、タンパク質及び低分子
化合物の各原子種及び原子間距離の範囲が取得される
と、それらの情報に基づいて検索条件が作成され、登録
される（メモリユニット１０２の所定領域に格納され
る）（Ｓ６）。この検索条件は、例えば、 タンパク質 低分子化合物 原子間距離の範囲 Ｃ（炭素） Ｏ（酸素） ３．５Å以下 のようになる。即ち、この場合、検索条件は、「低分子
化合物の酸素原子Ｏに対して距離が３．５Å以下となる
タンパク質の炭素原子Ｃ」になる。
化合物の各原子種及び原子間距離の範囲が取得される
と、それらの情報に基づいて検索条件が作成され、登録
される（メモリユニット１０２の所定領域に格納され
る）（Ｓ６）。この検索条件は、例えば、 タンパク質 低分子化合物 原子間距離の範囲 Ｃ（炭素） Ｏ（酸素） ３．５Å以下 のようになる。即ち、この場合、検索条件は、「低分子
化合物の酸素原子Ｏに対して距離が３．５Å以下となる
タンパク質の炭素原子Ｃ」になる。
【００２４】ユーザによって検索条件設定処理の終了操
作がなされたか否かが判定され（Ｓ７）、まだ、当該終
了操作がなされなければ、ユーザからの操作入力に従っ
て上述した処理（Ｓ３、Ｓ４、Ｓ５、Ｓ６）が繰り返し
実行され、上述したようなタンパク質及び低分子化合物
の各原子種及び原子間距離の範囲にて記述される検索条
件が順次登録される。
作がなされたか否かが判定され（Ｓ７）、まだ、当該終
了操作がなされなければ、ユーザからの操作入力に従っ
て上述した処理（Ｓ３、Ｓ４、Ｓ５、Ｓ６）が繰り返し
実行され、上述したようなタンパク質及び低分子化合物
の各原子種及び原子間距離の範囲にて記述される検索条
件が順次登録される。
【００２５】検索条件設定処理の終了操作がなされる
と、各検索条件を記述した条件ファイルがメモリユニッ
ト１０２から読み出されてＬＡＮユニット１０３からＬ
ＡＮを介してサーバ２０に送信される（Ｓ８）。そし
て、当該クライアント端末１０のＣＰＵ１０１は、サー
バ２０からの応答の待ち状態となる（Ｓ９）。上記のよ
うにしてクライアント端末１０から送信された条件ファ
イルをサーバ２０が受信すると、サーバ２０のＣＰＵ１
０１は、例えば、図７の手順に従って処理を実行する。
と、各検索条件を記述した条件ファイルがメモリユニッ
ト１０２から読み出されてＬＡＮユニット１０３からＬ
ＡＮを介してサーバ２０に送信される（Ｓ８）。そし
て、当該クライアント端末１０のＣＰＵ１０１は、サー
バ２０からの応答の待ち状態となる（Ｓ９）。上記のよ
うにしてクライアント端末１０から送信された条件ファ
イルをサーバ２０が受信すると、サーバ２０のＣＰＵ１
０１は、例えば、図７の手順に従って処理を実行する。
【００２６】図７において、上述した条件ファイルをＬ
ＡＮユニット１０３にて受信すると（Ｓ２１）、その条
件ファイルがメモリユニット１０２に展開される。この
状態で、当該条件ファイルを参照して、まず、１番目の
条件（原子種対、原子間距離の範囲）が取得される（Ｓ
２２）。このように条件が取得されると、補助記憶装置
１０７に格納されたＰＤＢ（図４及び図５参照）を参照
して、対象となる低分子化合物及びタンパク質につい
て、取得された条件に合致する低分子化合物及びタンパ
ク質の原子、及びタンパク質の当該原子の属するアミノ
酸残基が特定される（Ｓ２３）。この処理は、例えば、
次のようになされる。
ＡＮユニット１０３にて受信すると（Ｓ２１）、その条
件ファイルがメモリユニット１０２に展開される。この
状態で、当該条件ファイルを参照して、まず、１番目の
条件（原子種対、原子間距離の範囲）が取得される（Ｓ
２２）。このように条件が取得されると、補助記憶装置
１０７に格納されたＰＤＢ（図４及び図５参照）を参照
して、対象となる低分子化合物及びタンパク質につい
て、取得された条件に合致する低分子化合物及びタンパ
ク質の原子、及びタンパク質の当該原子の属するアミノ
酸残基が特定される（Ｓ２３）。この処理は、例えば、
次のようになされる。
【００２７】まず、検索条件となる低分子化合物の原子
種（例えば、酸素原子Ｏ）に属する原子（例えば、Ｏ１
Ａ、Ｏ２＊、Ｏ２Ｂ、・・・）が全て抽出されると共
に、検索条件となるタンパク質の原子種（例えば、炭素
原子Ｃ）に属する原子（例えば、ＣＡ、ＣＢ、ＣＥ、・
・・）が全て抽出される。そして、低分子化合物の抽出
された各原子からタンパク質の抽出された各原子までの
距離がＰＤＢの各原子の三次元位置座標データを用いて
演算される。そして、その距離が検索条件における原子
間距離の範囲の条件（例えば、３．５Å以下）を満足す
る原子対が特定されると共に及びその原子間距離が特定
される。そして、対となった一方のタンパク質の原子を
含むアミノ酸残基が特定される。
種（例えば、酸素原子Ｏ）に属する原子（例えば、Ｏ１
Ａ、Ｏ２＊、Ｏ２Ｂ、・・・）が全て抽出されると共
に、検索条件となるタンパク質の原子種（例えば、炭素
原子Ｃ）に属する原子（例えば、ＣＡ、ＣＢ、ＣＥ、・
・・）が全て抽出される。そして、低分子化合物の抽出
された各原子からタンパク質の抽出された各原子までの
距離がＰＤＢの各原子の三次元位置座標データを用いて
演算される。そして、その距離が検索条件における原子
間距離の範囲の条件（例えば、３．５Å以下）を満足す
る原子対が特定されると共に及びその原子間距離が特定
される。そして、対となった一方のタンパク質の原子を
含むアミノ酸残基が特定される。
【００２８】上記のようにして、検索条件を満足する原
子対等が抽出されると、受信した条件ファイルにまだ検
索条件が含まれているか否かが判定され（Ｓ２４）、ま
だ、含まれている場合には、次の検索条件について上述
の処理（Ｓ２２、Ｓ２３）が実行される。以後、受信し
た条件ファイルに含まれる検索条件全てについて同様の
処理が繰り返し実行される。
子対等が抽出されると、受信した条件ファイルにまだ検
索条件が含まれているか否かが判定され（Ｓ２４）、ま
だ、含まれている場合には、次の検索条件について上述
の処理（Ｓ２２、Ｓ２３）が実行される。以後、受信し
た条件ファイルに含まれる検索条件全てについて同様の
処理が繰り返し実行される。
【００２９】受信した条件ファイルに含まれる全ての検
索条件についての処理が終了すると、その結果のファイ
ルが作成される（Ｓ２５）。このファイルには、例え
ば、図８に示すように、抽出された原子対の原子間距
離、原子対の一方のタンパク質の原子、その原子を含む
アミノ酸残基、その残基番号、原子対の他方の低分子化
合物の原子等が記述される。そして、このように作成さ
れた結果のファイルの内容に基づいて、低分子化合物の
指定原子と相互作用すると予測されるタンパク質の原子
を含むアミノ酸残基の配列パターンがモチーフパターン
として生成される（Ｓ２６）。
索条件についての処理が終了すると、その結果のファイ
ルが作成される（Ｓ２５）。このファイルには、例え
ば、図８に示すように、抽出された原子対の原子間距
離、原子対の一方のタンパク質の原子、その原子を含む
アミノ酸残基、その残基番号、原子対の他方の低分子化
合物の原子等が記述される。そして、このように作成さ
れた結果のファイルの内容に基づいて、低分子化合物の
指定原子と相互作用すると予測されるタンパク質の原子
を含むアミノ酸残基の配列パターンがモチーフパターン
として生成される（Ｓ２６）。
【００３０】モチーフパターンは、次のようにして生成
される。例えば、図８に示すような抽出結果が得られた
場合、アミノ酸残基を１文字表記して、そのアミノ酸残
基を残基番号の順に配列すると、 ＧＫＳＡ・・・Ｆ・・Ｄ・・Ｔ のようになる。これは、残基番号（１６）から（１８）
まで連続して配列されるアミノ酸残基列「ＧＫＳＡ」
と、残基番号（２８）に位置するアミノ酸残基Ｆ、残基
番号（３０）に位置するアミノ酸残基Ｄ、及び残基番号
（３５）に位置するアミノ酸残基Ｔが順次配列されてい
ることを表す。
される。例えば、図８に示すような抽出結果が得られた
場合、アミノ酸残基を１文字表記して、そのアミノ酸残
基を残基番号の順に配列すると、 ＧＫＳＡ・・・Ｆ・・Ｄ・・Ｔ のようになる。これは、残基番号（１６）から（１８）
まで連続して配列されるアミノ酸残基列「ＧＫＳＡ」
と、残基番号（２８）に位置するアミノ酸残基Ｆ、残基
番号（３０）に位置するアミノ酸残基Ｄ、及び残基番号
（３５）に位置するアミノ酸残基Ｔが順次配列されてい
ることを表す。
【００３１】ここで、残基番号（１８）と（２８）の間
のアミノ酸残基は、低分子化合物の酸素Ｏと相互作用す
ると予測される炭素Ｃを含んでいない。そこで、アミノ
酸残基Ａ（残基番号（１８））とアミノ酸残基Ｆ（残基
番号（２８））との間の条件を、例えば、「．」と
「＊」を連結して「．＊」と記述する。「．」は、任意
のアミノ酸残基の存在を定義し、「＊」は、繰り返しを
定義する。従って、「．＊」は、任意のアミノ酸残基
（文字）が任意の長さで配列されることを意味すること
になる。このように定義された記号「．」及び「＊」を
用いることにより、アミノ酸残基Ｆ（残基番号（２
８））とＤ（残基番号（３０））との間の条件及びアミ
ノ酸残基Ｄ（残基番号（３０））とＦ（残基番号（３
５））との間の条件もまた、それぞれ「．＊」で表現で
きる。その結果、上記のように抽出されたアミノ酸残基
列「ＧＫＳＡ・・・Ｆ・・Ｄ・・Ｆ」は、「ＧＫＳＡ．
＊Ｆ．＊Ｄ．＊Ｆ」というアミノ酸残基の配列パターン
（モチーフパターン）として記述される。
のアミノ酸残基は、低分子化合物の酸素Ｏと相互作用す
ると予測される炭素Ｃを含んでいない。そこで、アミノ
酸残基Ａ（残基番号（１８））とアミノ酸残基Ｆ（残基
番号（２８））との間の条件を、例えば、「．」と
「＊」を連結して「．＊」と記述する。「．」は、任意
のアミノ酸残基の存在を定義し、「＊」は、繰り返しを
定義する。従って、「．＊」は、任意のアミノ酸残基
（文字）が任意の長さで配列されることを意味すること
になる。このように定義された記号「．」及び「＊」を
用いることにより、アミノ酸残基Ｆ（残基番号（２
８））とＤ（残基番号（３０））との間の条件及びアミ
ノ酸残基Ｄ（残基番号（３０））とＦ（残基番号（３
５））との間の条件もまた、それぞれ「．＊」で表現で
きる。その結果、上記のように抽出されたアミノ酸残基
列「ＧＫＳＡ・・・Ｆ・・Ｄ・・Ｆ」は、「ＧＫＳＡ．
＊Ｆ．＊Ｄ．＊Ｆ」というアミノ酸残基の配列パターン
（モチーフパターン）として記述される。
【００３２】このモチーフパターンは、「連続するアミ
ノ酸残基列ＧＫＳＡ、任意個数の任意のアミノ酸残基
列、アミノ酸残基Ｆ、任意個数の任意のアミノ酸残基
列、アミノ酸残基Ｄ、任意個数の任意のアミノ酸残基列
及びアミノ酸残基Ｔが順次配列された」状態を記述した
ことになる。即ち、このモチーフパターンは、個別的に
抽出されたアミノ酸残基Ｇ、Ｋ、Ｓ、Ａ、Ｆ、Ｄ、Ｆの
配列順序及びアミノ酸残基の連続性、及び離散するアミ
ノ酸残基間の条件の各情報を含むことになる。
ノ酸残基列ＧＫＳＡ、任意個数の任意のアミノ酸残基
列、アミノ酸残基Ｆ、任意個数の任意のアミノ酸残基
列、アミノ酸残基Ｄ、任意個数の任意のアミノ酸残基列
及びアミノ酸残基Ｔが順次配列された」状態を記述した
ことになる。即ち、このモチーフパターンは、個別的に
抽出されたアミノ酸残基Ｇ、Ｋ、Ｓ、Ａ、Ｆ、Ｄ、Ｆの
配列順序及びアミノ酸残基の連続性、及び離散するアミ
ノ酸残基間の条件の各情報を含むことになる。
【００３３】上記のようにしてモチーフパターンが生成
されると、そのモチーフパターンが上記抽出結果ファイ
ル（図８参照）と共にＬＡＮユニット１０３からＬＡＮ
を介してクライアント１０に送信される（Ｓ２７）。サ
ーバ２０での一連の処理がこれで終了する。図６に戻っ
て、サーバ２０からの応答の待ち状態となっていたクラ
イアント１０のＣＰＵ１０１は、サーバ２０からの抽出
結果ファイル及びモチーフパターンをＬＡＮユニット１
０３にて受信したことを判定すると、その受信した情報
の表示処理を行う（Ｓ１０）。この表示処理では、上記
抽出結果ファイルの内容（図８参照）及び上記モチーフ
パターン（例えば、「ＧＫＳＡ．＊Ｆ．＊Ｄ．＊Ｆ」）
を表示ユニット１０５の所定のウインドウに表示させ
る。
されると、そのモチーフパターンが上記抽出結果ファイ
ル（図８参照）と共にＬＡＮユニット１０３からＬＡＮ
を介してクライアント１０に送信される（Ｓ２７）。サ
ーバ２０での一連の処理がこれで終了する。図６に戻っ
て、サーバ２０からの応答の待ち状態となっていたクラ
イアント１０のＣＰＵ１０１は、サーバ２０からの抽出
結果ファイル及びモチーフパターンをＬＡＮユニット１
０３にて受信したことを判定すると、その受信した情報
の表示処理を行う（Ｓ１０）。この表示処理では、上記
抽出結果ファイルの内容（図８参照）及び上記モチーフ
パターン（例えば、「ＧＫＳＡ．＊Ｆ．＊Ｄ．＊Ｆ」）
を表示ユニット１０５の所定のウインドウに表示させ
る。
【００３４】ユーザは、例えば、解析によってアミノ酸
残基の一次配列が得られた新たなタンパク質に上記モチ
ーフパターンが存在する否かを目視によって確かめるこ
とができる。もし、そのようなモチーフパターンが存在
すれば、この新たなタンパク質も上記指定した低分子化
合物と相互作用すると予測することができる。上記例で
は、モチーフパターンを得るための処理をクライアント
とサーバに分散して行うようにしたが、クライアント側
だけで実行すること（スタンドアロン）も可能である。
この場合、ＰＤＢは、サーバから受信するようにしても
よいが、ＣＤ−ＲＯＭ等によって直接クライアントに供
することもできる。
残基の一次配列が得られた新たなタンパク質に上記モチ
ーフパターンが存在する否かを目視によって確かめるこ
とができる。もし、そのようなモチーフパターンが存在
すれば、この新たなタンパク質も上記指定した低分子化
合物と相互作用すると予測することができる。上記例で
は、モチーフパターンを得るための処理をクライアント
とサーバに分散して行うようにしたが、クライアント側
だけで実行すること（スタンドアロン）も可能である。
この場合、ＰＤＢは、サーバから受信するようにしても
よいが、ＣＤ−ＲＯＭ等によって直接クライアントに供
することもできる。
【００３５】また、ＰＤＢをクライアント側に備え、ク
ライアントから条件ファイルをサーバに送信する際に
（図６のＳ６）、ＰＤＢに記述された指定の低分子化合
物及びタンパク質に関する情報（三次元構造を含む）を
サーバに送信するよう構成することもできる。この場
合、サーバは、受信した低分子化合物及びタンパク質の
情報から検索条件を満足するアミノ酸残基等を抽出す
る。
ライアントから条件ファイルをサーバに送信する際に
（図６のＳ６）、ＰＤＢに記述された指定の低分子化合
物及びタンパク質に関する情報（三次元構造を含む）を
サーバに送信するよう構成することもできる。この場
合、サーバは、受信した低分子化合物及びタンパク質の
情報から検索条件を満足するアミノ酸残基等を抽出す
る。
【００３６】なお、上記の例では、１つの検索条件（タ
ンパク質及び低分子化合物の原子対と、原子間距離の範
囲）での処理結果（図８参照）であったが、複数の検索
条件での処理結果は、各検索条件での処理結果を重ね合
わせたものとなる。更にまた、例えば、本願出願人が既
に出願している特願平１０−１０９１３９に開示される
文字列検索システムによれば、新たなタンパク質のアミ
ノ酸残基列から上述したようなモチーフパターンを自動
的に検索することもできる。
ンパク質及び低分子化合物の原子対と、原子間距離の範
囲）での処理結果（図８参照）であったが、複数の検索
条件での処理結果は、各検索条件での処理結果を重ね合
わせたものとなる。更にまた、例えば、本願出願人が既
に出願している特願平１０−１０９１３９に開示される
文字列検索システムによれば、新たなタンパク質のアミ
ノ酸残基列から上述したようなモチーフパターンを自動
的に検索することもできる。
【００３７】この既に出願済の文字列検索システムにて
実行される文字列検索処理では、例えば、次のような規
則（１）乃至（８）に従ってアミノ酸残基を表す文字の
配列条件が指定できる。 （１）特定の文字の指定 記述例：Ａ 意味 ：文字Ａを指定 （２）複数の文字の指定 記述例：［ＡＢＣ］ 意味 ：Ａ、Ｂ、Ｃのいずれかの文字の指定 （３）特定の文字と異なる文字の指定 記述例：［＾Ａ］ 意味 ：Ａではない文字の指定 （４）任意の文字（何でもよい）の指定 記述例： ． 意味 ：任意の文字の指定 （５）繰り返しの指定 記述例：＊ 意味 ：直前のパターン（文字）を０回以上繰り返す （６）指定回数の繰り返しの指定 記述例：\ ｛3\｝ 意味 ：直前のパターン（文字）を３回繰り返す （７）指定範囲回数の繰り返し指定 記述例：\ ｛3,5\｝ 意味 ：直前のパターン（文字）を３回から５回繰り返
す （８）複数の文字列の指定 記述例：（ＸＸＸ｜ＹＹＹ｜ＸＸＸ） 意味 ：ＸＸＸ、ＹＹＹ、ＺＺＺのいずれかの文字列の
指定 以上のような規則（配列条件）に従って文字列を指定す
る場合、検索条件を記述した検索条件情報によって、例
えば、次のような文字列の指定が可能となる。
実行される文字列検索処理では、例えば、次のような規
則（１）乃至（８）に従ってアミノ酸残基を表す文字の
配列条件が指定できる。 （１）特定の文字の指定 記述例：Ａ 意味 ：文字Ａを指定 （２）複数の文字の指定 記述例：［ＡＢＣ］ 意味 ：Ａ、Ｂ、Ｃのいずれかの文字の指定 （３）特定の文字と異なる文字の指定 記述例：［＾Ａ］ 意味 ：Ａではない文字の指定 （４）任意の文字（何でもよい）の指定 記述例： ． 意味 ：任意の文字の指定 （５）繰り返しの指定 記述例：＊ 意味 ：直前のパターン（文字）を０回以上繰り返す （６）指定回数の繰り返しの指定 記述例：\ ｛3\｝ 意味 ：直前のパターン（文字）を３回繰り返す （７）指定範囲回数の繰り返し指定 記述例：\ ｛3,5\｝ 意味 ：直前のパターン（文字）を３回から５回繰り返
す （８）複数の文字列の指定 記述例：（ＸＸＸ｜ＹＹＹ｜ＸＸＸ） 意味 ：ＸＸＸ、ＹＹＹ、ＺＺＺのいずれかの文字列の
指定 以上のような規則（配列条件）に従って文字列を指定す
る場合、検索条件を記述した検索条件情報によって、例
えば、次のような文字列の指定が可能となる。
【００３８】上記規則１）に従って「ＡＢＣＤＥ」とい
う検索条件情報を入力することによって、文字列「ＡＢ
ＣＤＥ」が指定される。上記規則１）及び２）に従って
「ＡＢ［ＣＤＥ］ＦＧ」という検索条件情報を入力する
ことによって、文字列「ＡＢＣＦＧ」、「ＡＢＤＦ
Ｇ」、「ＡＢＥＦＧ」が指定される。
う検索条件情報を入力することによって、文字列「ＡＢ
ＣＤＥ」が指定される。上記規則１）及び２）に従って
「ＡＢ［ＣＤＥ］ＦＧ」という検索条件情報を入力する
ことによって、文字列「ＡＢＣＦＧ」、「ＡＢＤＦ
Ｇ」、「ＡＢＥＦＧ」が指定される。
【００３９】上記規則１）及び３）に従って「ＡＢＣ
［＾Ｄ］Ｅ」という検索条件情報を入力することによっ
て、文字列「ＡＢＣＡＥ」、「ＡＢＣＢＥ」、「ＡＢＣ
ＣＥ」、「ＡＢＣＥＣ」、・・・が指定される。上記規
則１）及び４）に従って、「ＡＢ．ＣＤ」という検索条
件情報を入力することによって、文字列「ＡＢＡＣ
Ｄ」、「ＡＢＢＣＤ」、「ＡＢＣＣＤ」、「ＡＢＤＣ
Ｄ」、・・・が指定される。
［＾Ｄ］Ｅ」という検索条件情報を入力することによっ
て、文字列「ＡＢＣＡＥ」、「ＡＢＣＢＥ」、「ＡＢＣ
ＣＥ」、「ＡＢＣＥＣ」、・・・が指定される。上記規
則１）及び４）に従って、「ＡＢ．ＣＤ」という検索条
件情報を入力することによって、文字列「ＡＢＡＣ
Ｄ」、「ＡＢＢＣＤ」、「ＡＢＣＣＤ」、「ＡＢＤＣ
Ｄ」、・・・が指定される。
【００４０】上記規則１）及び５）に従って、「ＡＢ＊
ＣＤ」という検索条件情報を入力することによって、文
字列「ＡＣＤ」、「ＡＢＣＤ」、「ＡＢＢＣＤ」、「Ａ
ＢＢＢＣＤ」、・・・が指定される。上記規則１）、
４）及び５）に従って、「ＡＢ．＊ＣＤ」という検索条
件情報を入力することによって、文字列「ＡＢＣＤ」、
「ＡＢＸＣＤ」、「ＡＢＸＹＺＣＤ」、・・・が指定さ
れる。
ＣＤ」という検索条件情報を入力することによって、文
字列「ＡＣＤ」、「ＡＢＣＤ」、「ＡＢＢＣＤ」、「Ａ
ＢＢＢＣＤ」、・・・が指定される。上記規則１）、
４）及び５）に従って、「ＡＢ．＊ＣＤ」という検索条
件情報を入力することによって、文字列「ＡＢＣＤ」、
「ＡＢＸＣＤ」、「ＡＢＸＹＺＣＤ」、・・・が指定さ
れる。
【００４１】上記規則１）及び６）に従って、「ＡＢ\
｛4\｝ＣＤ」という検索条件情報を入力することによっ
て、文字列「ＡＢＢＢＢＣＤ」が指定される。上記規則
１）及び７）に従って、「ＡＢ\ ｛2,4\｝ＣＤ」という
検索条件情報を入力するとことによって、文字列「ＡＢ
ＢＣＤ」、「ＡＢＢＢＣＤ」、「ＡＢＢＢＢＣＤ」が指
定される。
｛4\｝ＣＤ」という検索条件情報を入力することによっ
て、文字列「ＡＢＢＢＢＣＤ」が指定される。上記規則
１）及び７）に従って、「ＡＢ\ ｛2,4\｝ＣＤ」という
検索条件情報を入力するとことによって、文字列「ＡＢ
ＢＣＤ」、「ＡＢＢＢＣＤ」、「ＡＢＢＢＢＣＤ」が指
定される。
【００４２】上記規則１）及び８）に従って、「ＡＢ
（ＣＤＥ｜Ｆ）ＧＨ」という検索条件情報を入力するこ
とにより、文字列「ＡＢＣＤＥＧＨ」、「ＡＢＦＧＨ」
が指定される。上記のような文字列検索システムに入力
する情報としてのモチーフパターンを生成する場合、個
別的に抽出された低分子化合物と相互作用を行うと予測
されるアミノ酸残基部分を種々の規則性に着目して統合
したモチーフパターンを生成することができるようにな
る。
（ＣＤＥ｜Ｆ）ＧＨ」という検索条件情報を入力するこ
とにより、文字列「ＡＢＣＤＥＧＨ」、「ＡＢＦＧＨ」
が指定される。上記のような文字列検索システムに入力
する情報としてのモチーフパターンを生成する場合、個
別的に抽出された低分子化合物と相互作用を行うと予測
されるアミノ酸残基部分を種々の規則性に着目して統合
したモチーフパターンを生成することができるようにな
る。
【００４３】上記例において、図７におけるステップＳ
２２乃至Ｓ２５での処理が検索手段に対応し、ステップ
Ｓ２６での処理が配列パターン生成手段に対応する。ま
た、補助記憶装置１０７がデータベース格納手段に対応
し、図１０におけるステップＳ１０での処理及び表示ユ
ニット１０５が表示手段に対応する。
２２乃至Ｓ２５での処理が検索手段に対応し、ステップ
Ｓ２６での処理が配列パターン生成手段に対応する。ま
た、補助記憶装置１０７がデータベース格納手段に対応
し、図１０におけるステップＳ１０での処理及び表示ユ
ニット１０５が表示手段に対応する。
【００４４】
【発明の効果】以上、説明してきたように、請求項１乃
至３記載の本願発明によれば、このパターン化の結果と
して得られた配列パターンは、得られたアミノ酸残基が
当該一次配列の順に従って離散していても統合された配
列パターンとして表現され、その配列パターンから、離
散されたアミノ酸残基の配列順序や、化合物と相互作用
する部分を含むタンパク質の残基部分の大まかな一次配
列構造を把握することができる等、低分子化合物と相互
作用するタンパク質のアミノ酸残基部分を当該タンパク
質の構造に関する情報をより多く含む形で抽出できるよ
うになる。
至３記載の本願発明によれば、このパターン化の結果と
して得られた配列パターンは、得られたアミノ酸残基が
当該一次配列の順に従って離散していても統合された配
列パターンとして表現され、その配列パターンから、離
散されたアミノ酸残基の配列順序や、化合物と相互作用
する部分を含むタンパク質の残基部分の大まかな一次配
列構造を把握することができる等、低分子化合物と相互
作用するタンパク質のアミノ酸残基部分を当該タンパク
質の構造に関する情報をより多く含む形で抽出できるよ
うになる。
【００４５】また、請求項４記載の本願発明によれば、
上記のようなタンパク質解析支援装置での処理をコンピ
ュータで行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体
を提供することができる。
上記のようなタンパク質解析支援装置での処理をコンピ
ュータで行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体
を提供することができる。
【図１】タンパク質とその近傍に存在する低分子化合物
の関係の一例を示す図である。
の関係の一例を示す図である。
【図２】本発明の実施の一形態に係るタンパク質解析支
援装置が適用されるシステムの一例を示すブロック図で
ある。
援装置が適用されるシステムの一例を示すブロック図で
ある。
【図３】図２に示す各クライアント及びサーバの基本的
な構成例を示すブロック図である。
な構成例を示すブロック図である。
【図４】ＰＤＢに登録されたタンパク質に関する情報の
例を示す図である。
例を示す図である。
【図５】ＰＤＢに登録された化合物に関する情報の例を
示す図である。
示す図である。
【図６】クライアント端末で実行される条件ファイル作
成のための処理の手順を示すフローチャートである。
成のための処理の手順を示すフローチャートである。
【図７】サーバで実行されるモチーフパターンを作成す
るための処理の手順を示すフローチャートである。
るための処理の手順を示すフローチャートである。
【図８】検索条件に従って抽出された情報の例を示す図
である。
である。
１０、１１、１２ クライアント端末
２０ サーバ
１０１ ＣＰＵ
１０２ メモリユニット
１０３ ＬＡＮユニット
１０４ 入力ユニット
１０５ 表示ユニット
１０６ ＣＤ−ＲＯＭドライブユニット
１０７ 補助記憶装置
２００ ＣＤ−ＲＯＭ
フロントページの続き
(56)参考文献 西岡，須山，リガンドの化学構造によ
るアミノ酸配列の特徴づけに関する研
究，ゲノム解析に伴う大量知識情報処理
の研究平成５年度研究成果報告書，日
本，1994年３月，ｐ．56−60
金久実，特集／タンパク質・核酸に関
する新展開 蛋白質・核酸の機能部位の
コンピュータ解析，病態生理，日本,
1990年，ｐ．465−470
野口保，蛋白質の構造機能相関及び蛋
白質部分構造データベース構築，スーパ
ーコンピューターラボラトリー 平成６
年度研究成果報告書，日本，1995年５月
19日，ｐ．137−139
菰岡、梅山，タンパク質シークエンス
解析のエキスパートシステム，情報化学
討論会・構造活性相関シンポジウム講演
要旨集，日本，1991年，14−19回，ｐ.
70−73
松田、橋本，遺伝子情報解析の計算機
支援，電子情報通信学会誌，日本，社団
法人電子情報通信学会，1996年12月25
日，Ｖｏｌ．79，Ｎｏ．12，ｐ．1204−
1212
(58)調査した分野(Int.Cl.7，ＤＢ名)
G06F 17/30
G01N 33/50
ＪＩＣＳＴファイル（ＪＯＩＳ)
Claims (4)
- 【請求項１】タンパク質とそのタンパク質の近傍に存在
する化合物の三次元構造データを記述したデータベース
を用いて、指定された化合物と相互作用すると予測され
る指定されたタンパク質のアミノ酸残基部分の情報を得
るためのタンパク質解析支援装置において、 指定された化合物において指定された種類の各原子と所
定距離範囲内に存在する指定されたタンパク質において
指定された種類の原子を含むアミノ酸残基を上記データ
ベースの情報を用いて検索する検索手段と、 該検索手段での検索結果として得られた各アミノ酸残基
を所定の表記規則に従って当該指定されたタンパク質を
構成するアミノ酸残基の一次配列の順に配列してパター
ン化した配列パターンを生成する配列パターン生成手段
とを有し、この配列パターンを指定された化合物と相互
作用するタンパク質のアミノ酸残基部分を含む部分の一
次配列構造を表す情報として得るようにしたタンパク質
解析支援装置。 - 【請求項２】請求項１記載のタンパク質解析支援装置に
おいて、 上記配列パターン生成手段は、１文字表記されたアミノ
酸残基を当該指定されたタンパク質を構成するアミノ酸
残基の一次配列の順に配列すると共に、該一次配列の順
において離散して存在するアミノ酸残基間に所定のパタ
ーン表記体を挿入して配列パターン情報を生成するよう
にしたタンパク質解析支援装置。 - 【請求項３】タンパク質とそのタンパク質の近傍に存在
する化合物の三次元構造データを記述したデータベース
を用いて、指定された化合物と相互作用すると予測され
る指定されたタンパク質のアミノ酸残基部分の情報を得
るためのタンパク質解析支援装置において、 上記データベースを格納するデータベース格納手段と、 指定された化合物において指定された種類の各原子と所
定距離範囲内に存在する指定されたタンパク質において
指定された種類の原子を含むアミノ酸残基を上記格納手
段から読み出されたデータベースの情報を用いて検索す
る検索手段と、 該検索手段での検索結果として得られた各アミノ酸残基
を所定の表記規則に従って当該指定されたタンパク質を
構成するアミノ酸残基の一次配列の順に配列してパター
ン化した配列パターンを生成する配列パターン生成手段
と、 この配列パターンをを指定された化合物と相互作用する
タンパク質のアミノ酸残基部分を含む部分の一次配列構
造を表す情報として表示する表示手段とを有するタンパ
ク質解析支援装置。 - 【請求項４】タンパク質とそのタンパク質の近傍に存在
する化合物の三次元構造データを記述したデータベース
を用いて、指定された化合物と相互作用すると予測され
る指定されたタンパク質のアミノ酸残基部分の情報を得
るためのタンパク質解析支援装置での処理をコンピュー
タに行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体にお
いて、 指定された化合物において指定された種類の各原子と所
定距離範囲内に存在する指定されたタンパク質において
指定された種類の原子を含むアミノ酸残基を上記データ
ベースの情報を用いて検索する検索手順と、 該検索手段での検索結果として得られた各アミノ酸残基
を所定の表記規則に従って当該指定されたタンパク質を
構成するアミノ酸残基の一次配列の順に配列してパター
ン化した配列パターンを生成する配列パターン生成手順
とを有し、この配列パターンを指定された化合物と相互
作用するタンパク質のアミノ酸残基部分を含む部分の一
次配列構造を表す情報として得るようにしたプログラム
を格納した記憶媒体。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP02299799A JP3370942B2 (ja) | 1999-01-29 | 1999-01-29 | タンパク質解析支援装置及びその装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP02299799A JP3370942B2 (ja) | 1999-01-29 | 1999-01-29 | タンパク質解析支援装置及びその装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2000222421A JP2000222421A (ja) | 2000-08-11 |
| JP3370942B2 true JP3370942B2 (ja) | 2003-01-27 |
Family
ID=12098174
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP02299799A Expired - Fee Related JP3370942B2 (ja) | 1999-01-29 | 1999-01-29 | タンパク質解析支援装置及びその装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP3370942B2 (ja) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR100458609B1 (ko) * | 2001-12-13 | 2004-12-03 | 주식회사 엘지생명과학 | 단백질간 상호작용 예측 시스템 및 그 방법 |
| WO2005104754A2 (en) * | 2004-04-28 | 2005-11-10 | Samuel Bogoch | System and method for identifying complex patterns of amino acids |
| KR100785780B1 (ko) | 2005-12-08 | 2007-12-18 | 한국전자통신연구원 | 규칙 기반 템플릿을 이용한 바이오 콤플렉스의 탐색 방법및 장치 |
| US7869960B2 (en) | 2005-12-08 | 2011-01-11 | Electronics And Telecommunications Research Institute | Method and apparatus for detecting bio-complexes using rule-based templates |
-
1999
- 1999-01-29 JP JP02299799A patent/JP3370942B2/ja not_active Expired - Fee Related
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| 松田、橋本，遺伝子情報解析の計算機支援，電子情報通信学会誌，日本，社団法人電子情報通信学会，１９９６年１２月２５日，Ｖｏｌ．７９，Ｎｏ．１２，ｐ．１２０４−１２１２ |
| 菰岡、梅山，タンパク質シークエンス解析のエキスパートシステム，情報化学討論会・構造活性相関シンポジウム講演要旨集，日本，１９９１年，１４−１９回，ｐ．７０−７３ |
| 西岡，須山，リガンドの化学構造によるアミノ酸配列の特徴づけに関する研究，ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究平成５年度研究成果報告書，日本，１９９４年３月，ｐ．５６−６０ |
| 野口保，蛋白質の構造機能相関及び蛋白質部分構造データベース構築，スーパーコンピューターラボラトリー 平成６年度研究成果報告書，日本，１９９５年５月１９日，ｐ．１３７−１３９ |
| 金久実，特集／タンパク質・核酸に関する新展開 蛋白質・核酸の機能部位のコンピュータ解析，病態生理，日本，１９９０年，ｐ．４６５−４７０ |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2000222421A (ja) | 2000-08-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Basten et al. | QTL Cartographer, version 1.17 | |
| Johnson | Using NMRView to visualize and analyze the NMR spectra of macromolecules | |
| US7269580B2 (en) | Application integration system and method using intelligent agents for integrating information access over extended networks | |
| US6460060B1 (en) | Method and system for searching web browser history | |
| Bertsch et al. | OpenMS and TOPP: open source software for LC-MS data analysis | |
| US20060117055A1 (en) | Client-based web server application verification and testing system | |
| US20040268303A1 (en) | System, method, and computer program product for generating a web application with dynamic content | |
| JP3777087B2 (ja) | デ―タ表示システム、データ表示方法、コンピュータシステムおよび記録媒体 | |
| JPH08221435A (ja) | 特許マップ生成方法 | |
| WO1996029659A1 (fr) | Processeur, methode de traitement et support d'enregistrement d'informations biochimiques | |
| Jareborg et al. | Alfresco—a workbench for comparative genomic sequence analysis | |
| JP3370942B2 (ja) | タンパク質解析支援装置及びその装置での処理をコンピュータに行わせるためのプログラムを格納した記憶媒体 | |
| KR100650203B1 (ko) | 유전체 서열 분석 및 데이터 관리 시스템 및 그 방법 | |
| JP2005174138A (ja) | コンテンツ検索方法およびシステム、プログラムおよびプログラム記録媒体 | |
| JP4040764B2 (ja) | 遺伝子のモチーフ抽出処理装置及び遺伝子のモチーフ抽出処理方法並びに遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを記録した記録媒体 | |
| US20050240358A1 (en) | Genome information display system | |
| US8479222B2 (en) | Simplifying interaction with multiple applications when using forms via a common interface | |
| CN109634799B (zh) | 分析系统、分析数据收集系统及其数据库登记装置及方法 | |
| JP2006127117A (ja) | Ｗｅｂ閲覧操作の記録・再生方法及び装置及びプログラム及びプログラムを格納した記憶媒体 | |
| JP4021227B2 (ja) | 付箋機能追加プログラム及び付箋貼付方法 | |
| WO2024122290A1 (ja) | データ表示装置、解析システム、データ表示方法及びプログラム | |
| KR20020080270A (ko) | 개인화된 포탈 서비스 방법 및 시스템 | |
| WO2001095143A1 (en) | Method for web browser automation | |
| JP2004302618A (ja) | キーワード頻度算出方法及びそれを実行するプログラム | |
| JP3536302B2 (ja) | データ管理装置および方法、検索装置および方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20021105 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20081115 Year of fee payment: 6 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20081115 Year of fee payment: 6 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20091115 Year of fee payment: 7 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20101115 Year of fee payment: 8 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20101115 Year of fee payment: 8 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20111115 Year of fee payment: 9 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20111115 Year of fee payment: 9 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20121115 Year of fee payment: 10 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20121115 Year of fee payment: 10 |
|
| FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20131115 Year of fee payment: 11 |
|
| LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |