JP3052487B2 - オリゴヌクレオチドプローブとそれを用いた細菌の検出方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチドプローブとそれを用いた細菌の検出方法

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Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明はパラコッカス属に属し、
水酸化テトラメチルアンモニウム分解能を有するパラコ
ッカス・コクリを検出する方法に関するものである。
【0002】
【従来の技術】一般に自然界(土壌、河川等)から目的
の微生物を単離するためには特別な培地による選択培養
を行なうことが多い。この方法は簡便であるため広く用
いられているが、微生物の種類によっては培養が不可能
であったり困難な場合がある。このような場合には放射
性同位元素または蛍光色素でラベルした抗体を用いる方
法が知られているが、この方法は抗体を得るのに手間が
かかるという難点があった。
【0003】この方法に代わるものとして、生物種に特
異的な核酸の塩基配列を、それに相補的な配列を持つオ
リゴヌクレオチドをプローブにして検出する方法が発表
されている。特に生物に普遍的に存在するリボゾームの
構成要素である16SrRNAの塩基配列を検出するプ
ローブは特異性が高く、また高次な分類にも使用可能な
ものとして期待されている。
【0004】レーンらによると(プロシーディング・ナ
ショナル・アカデミーオブサイエンス・ユーエスーエー
(Proceeding National Acad
emy of Science USA)、82巻、6
955−6959頁 1985年)16SrRNAには
原核生物全体に保存されている領域と種あるいは属に特
異的な領域とがあり、保存されている領域を使って特異
的な領域の配列を決定することが可能である。
【0005】
【発明が解決しようとする課題】特定の微生物を利用し
て廃水処理を行なう場合、処理条件や生育条件を最適に
するために、その微生物の活性汚泥中での優占度や生育
状況を知る必要がある。そのためには微生物を特異的に
検出し、計数しなければならないが、いままでパラコッ
カス・コクリを検出、計数するためには水酸化テトラメ
チルアンモニウムを唯一の炭素源とする選択培地による
培養を行なわなければならなかった。
【0006】以下に従来の一例を述べると、パラコッカ
ス・コクリを検出、計数するためには細菌懸濁液をTM
ACl培地(1gテトラメチルアンモニウム,20mg
塩酸チアミン,1g硫酸アンモニウム,20ミリリット
ルHutnerの無機塩溶液,40ミリリットルNa2
HPO4 +KH2 PO4 緩衡液,15g寒天/1000
ミリリットル)上で5〜7日間30℃で培養し、出現し
たコロニーをカウントしなければならなかった。これに
は検出、計数にほぼ一週間を必要とし、活性汚泥中での
挙動をリアルタイムでモニタリングするということはで
きなかった。
【0007】本発明の目的は迅速にかつ特異的にパラコ
ッカス・コクリを検出、計数する方法を提供することに
ある。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明は、(1)パラコ
ッカス属に属する細菌の16SrRNAの可変領域に相
補的な配列をもつデオキシリボヌクレオチドまたはリボ
ヌクレオチドにおいて、塩基配列5’AACCCTCT
GTCACCACCAT3’を含むオリゴヌクレオチド
プローブと、(2)パラコッカス属に属する細菌の16
SrRNAの可変領域に相補的な配列をもつデオキシリ
ボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドに、蛍光色素を
付加することにより得られたプローブを用いて、パラコ
ッカス属に属する細菌を特異的に検出することを特徴と
する方法とである。
【0009】
【作用】本発明はパラコッカス・コクリ16SrRNA
の部分塩基配列を1392−1405(大腸菌16Sr
RNAのナンバーリング)の保存領域をプライマーとし
て逆転写酵素を使ったジデオキシ法によって決定し、他
の細菌の16SrRNA配列と比較することで可変領域
を探索することにより得た。図1に決定されたパラコッ
カス・コクリ16SrRNAの部分塩基配列と本発明の
オリゴヌクレオチドプローブが結合する部分を示す。図
2のA、Bにそれぞれ本発明に関わるパラコッカス・コ
クリと比較のためエッシェリシア・コリの16SrRN
Aの部分塩基配列を示す。図2Aの塩基の下の*は、エ
ッシェリシア・コリと同じ塩基であることを示し、図2
Bの塩基の下の数字5’末端からの塩基数を示す。図
2A、Bの比較からまた他の細菌との16SrRNA配
列の比較からも本発明の結合部分はパラコッカス・コク
リに特異的であることが確かめられた。
【0010】
【実施例】(実施例1) パラコッカス・コクリ(Paracoccus oc
urii)JCM7684(インターナショナル・ジャ
ーナル・オブ・システマティック・バクテリオロジー
(International Journal of
Systematic Bacteriology)
40巻292−296頁1990年)とエッシェリシア
・コリ(Escherichia coli)ATCC
24977を菌数が約1×107 個/ミリリットルにな
るようにリン酸緩衝液(145mMNaCl,100m
M Sodiumphosphate,pH7.5)で
希釈する。1/10ボリュームの37%ホルムアルデヒ
ドを加えて菌体を固定し、0.1%ゼラチン,0.01
%クロムミョウバンでコートしたスライドグラスに30
マイクロリットル滴下し風乾する。スライドグラスを9
0%メタノール,3.7ホルムアルデヒドに室温で10
分間侵して菌体を際固定した後、純水で洗浄する。
【0011】次にスライドグラスをトリス緩衝液(10
0mM Tris−HCl,pH8.0,50mM S
odium borohydride)に室温、遮光し
た状態で30分間侵す。スライドグラスを純水で洗浄後
風乾する。5’AACCCTCTGTCACCACCA
T3’の配列を持つオリゴヌクレオチドの5’末端から
2番目と3番目の塩基(AとC)の間のリン酸基にフル
オレセインイソチオシアネート(Fluorescei
n isothiocyanate)を付加した蛍光標
識プローブを1.7ng/マイクロリットルになるよう
に、ハイブリダゼイション緩衝液(750mM NaC
l,100mM Tris−HCl pH7.8,5m
M EDTA,0.2% bovine seruma
lbumin,10% dextran sulfat
e,0.01% polyadenylic aci
d)で希釈し、30マイクロリットルをスライドグラス
に滴下する。スライドグラスを気密性の容器にいれ、遮
光した状態にして37℃で5時間以上反応させる。
【0012】反応後、SET緩衝液(30mM NaC
l,4mM Tris−HCl pH7.8,0.2m
M EDTA)でスライドグラスを洗浄する。暗所で風
乾後、落射型蛍光顕微鏡で検鏡する。励起光源には水銀
ランプを使用し、フィルター(ZEISS 48790
9)で励起光を調整する。検鏡の結果パラコッカス・コ
クリは蛍光が認められたが、エッシェリシア・コリでは
認められなかった。またバックグラウンドの蛍光はほと
んど観測されなかった。
【0013】(実施例2)パラコッカス・コクリとバシ
ラス・サブチリス(Bacillus subtili
s)IFO13719について上記の実施例と同様の操
作を行なった結果パラコッカス・コクリにのみ蛍光が観
測された。
【0014】
【発明の効果】本発明の方法では従来と比較し、短期間
で迅速にかつ特異的にパラコッカス・コクリを検出、計
数することができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】パラコッカス・コクリの16SrRNAの部分
塩基配列とそれに結合したオリゴヌクレオチドプローブ
を示した図である。
【図2】パラコッカス・コクリとエッシェリシア・コリ
との16SrRNAの部分塩基配列を比較した図であ
る。(A)は本発明に関わるパラコッカス・コクリの1
6SrRNAの部分塩基配列で、(B)は比較のための
エッシェリシア・コリの16SrRNAの部分塩基配列
を示す
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI C12R 1:01) (58)調査した分野(Int.Cl.7,DB名) C12Q 1/68 C12N 15/09 G01N 33/53 G01N 33/566 BIOSIS(DIALOG) CA(STN) REGISTRY(STN) WPI(DIALOG)

Claims (2)

    (57)【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 パラコッカス属に属する細菌であるパラ
    コッカス・コクリの16SrRNAの可変領域に相補的
    な配列をもつデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌク
    レオチドにおいて、塩基配列5’AACCCTCTGT
    CACCACCAT3’からなることを特徴とするオリ
    ゴヌクレオチドプローブ。
  2. 【請求項2】 パラコッカス属に属する細菌であるパラ
    コッカス・コクリの16SrRNAの可変領域に相補的
    な配列をもつデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌク
    レオチドの塩基配列5’AACCCTCTGTCACC
    ACCAT3’に、蛍光色素を付加することにより得ら
    れたオリゴヌクレオチドプローブを用いて、前記パラコ
    ッカス属に属する細菌であるパラコッカス・コクリを特
    異的に検出することを特徴とするオリゴヌクレオチドプ
    ローブを用いた細菌の検出方法。
JP26574891A 1991-10-15 1991-10-15 オリゴヌクレオチドプローブとそれを用いた細菌の検出方法 Expired - Lifetime JP3052487B2 (ja)

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US6326486B1 (en) 1999-05-03 2001-12-04 Gen-Probe Incorporated Polynucleotide probes for detection and quantitation of bacteria in the family enterobacteriaceae
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