JP2024519861A - てんかんを治療するための方法及び組成物 - Google Patents
てんかんを治療するための方法及び組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2024519861A JP2024519861A JP2023571601A JP2023571601A JP2024519861A JP 2024519861 A JP2024519861 A JP 2024519861A JP 2023571601 A JP2023571601 A JP 2023571601A JP 2023571601 A JP2023571601 A JP 2023571601A JP 2024519861 A JP2024519861 A JP 2024519861A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sequence
- seq
- polynucleotide
- nucleic acid
- acid sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 68
- 206010015037 epilepsy Diseases 0.000 title claims abstract description 46
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 32
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims abstract description 286
- 101150006929 GRIK2 gene Proteins 0.000 claims abstract description 166
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 158
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims abstract description 133
- 201000008914 temporal lobe epilepsy Diseases 0.000 claims abstract description 79
- 102100022758 Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 Human genes 0.000 claims abstract description 55
- 101710112360 Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 Proteins 0.000 claims abstract description 52
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 651
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 547
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 490
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 490
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 490
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 321
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 320
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 claims description 168
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 claims description 151
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 116
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 80
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 73
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims description 66
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims description 66
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 62
- 108091065218 miR-218-1 stem-loop Proteins 0.000 claims description 50
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 claims description 50
- 239000013607 AAV vector Substances 0.000 claims description 38
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 30
- 102000000574 RNA-Induced Silencing Complex Human genes 0.000 claims description 29
- 108010016790 RNA-Induced Silencing Complex Proteins 0.000 claims description 29
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 claims description 28
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 claims description 28
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 26
- 101000575685 Homo sapiens Synembryn-B Proteins 0.000 claims description 23
- 102100026014 Synembryn-B Human genes 0.000 claims description 23
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 claims description 22
- 108020005065 3' Flanking Region Proteins 0.000 claims description 21
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 claims description 21
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 claims description 21
- 238000011068 loading method Methods 0.000 claims description 20
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 19
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 17
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 claims description 17
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 claims description 15
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims description 14
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 claims description 13
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 12
- 210000001947 dentate gyrus Anatomy 0.000 claims description 12
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 claims description 12
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 claims description 12
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 claims description 11
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims description 11
- 210000004295 hippocampal neuron Anatomy 0.000 claims description 10
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 9
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 claims description 8
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 claims description 8
- 210000004565 granule cell Anatomy 0.000 claims description 8
- 108010006025 bovine growth hormone Proteins 0.000 claims description 7
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 claims description 7
- 241001634120 Adeno-associated virus - 5 Species 0.000 claims description 6
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 claims description 6
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 claims description 6
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 claims description 6
- 230000010076 replication Effects 0.000 claims description 6
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims description 6
- 241000702423 Adeno-associated virus - 2 Species 0.000 claims description 5
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 claims description 5
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 5
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 5
- 239000000835 fiber Substances 0.000 claims description 5
- 230000000848 glutamatergic effect Effects 0.000 claims description 5
- 210000001176 projection neuron Anatomy 0.000 claims description 5
- 102000004657 Calcium-Calmodulin-Dependent Protein Kinase Type 2 Human genes 0.000 claims description 4
- 108010003721 Calcium-Calmodulin-Dependent Protein Kinase Type 2 Proteins 0.000 claims description 4
- 208000001654 Drug Resistant Epilepsy Diseases 0.000 claims description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 241000710929 Alphavirus Species 0.000 claims description 3
- 241000178270 Canarypox virus Species 0.000 claims description 3
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 claims description 3
- 241000700662 Fowlpox virus Species 0.000 claims description 3
- 102100021519 Hemoglobin subunit beta Human genes 0.000 claims description 3
- 108091005904 Hemoglobin subunit beta Proteins 0.000 claims description 3
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 claims description 3
- 241000701044 Human gammaherpesvirus 4 Species 0.000 claims description 3
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 claims description 3
- 241000709664 Picornaviridae Species 0.000 claims description 3
- 241000125945 Protoparvovirus Species 0.000 claims description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 3
- 230000002950 deficient Effects 0.000 claims description 3
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 claims description 3
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 claims description 3
- 241001529453 unidentified herpesvirus Species 0.000 claims description 3
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 claims description 3
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 3
- 101710116137 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II Proteins 0.000 claims description 2
- 102000001435 Synapsin Human genes 0.000 claims description 2
- 108050009621 Synapsin Proteins 0.000 claims description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 2
- 210000003050 axon Anatomy 0.000 claims description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 abstract description 254
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 abstract description 156
- 230000008685 targeting Effects 0.000 abstract description 10
- 230000001787 epileptiform Effects 0.000 abstract description 9
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 abstract description 5
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 abstract description 4
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 115
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 111
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 111
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 111
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 111
- 230000008859 change Effects 0.000 description 110
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 101
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 101
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 84
- 210000001362 glutamatergic neuron Anatomy 0.000 description 82
- 102100023387 Endoribonuclease Dicer Human genes 0.000 description 65
- 101000907904 Homo sapiens Endoribonuclease Dicer Proteins 0.000 description 65
- 238000012167 Small RNA sequencing Methods 0.000 description 58
- 238000013461 design Methods 0.000 description 58
- 241000894007 species Species 0.000 description 58
- 210000004263 induced pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 50
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 47
- 230000001037 epileptic effect Effects 0.000 description 40
- 206010010904 Convulsion Diseases 0.000 description 39
- 239000002585 base Substances 0.000 description 39
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 31
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 29
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 28
- 108010069902 Kainic Acid Receptors Proteins 0.000 description 27
- 102000000079 Kainic Acid Receptors Human genes 0.000 description 27
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 18
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 17
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 16
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 15
- 108091028732 Concatemer Proteins 0.000 description 14
- 210000001320 hippocampus Anatomy 0.000 description 14
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 14
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 14
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 14
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 14
- QCHFTSOMWOSFHM-WPRPVWTQSA-N (+)-Pilocarpine Chemical compound C1OC(=O)[C@@H](CC)[C@H]1CC1=CN=CN1C QCHFTSOMWOSFHM-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 12
- 102100022761 Glutamate receptor ionotropic, kainate 5 Human genes 0.000 description 12
- 101710112356 Glutamate receptor ionotropic, kainate 5 Proteins 0.000 description 12
- QCHFTSOMWOSFHM-UHFFFAOYSA-N SJ000285536 Natural products C1OC(=O)C(CC)C1CC1=CN=CN1C QCHFTSOMWOSFHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 229960001416 pilocarpine Drugs 0.000 description 12
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 12
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 12
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 11
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 11
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 11
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 description 10
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 10
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 10
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 10
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 10
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 10
- 239000000047 product Substances 0.000 description 10
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 9
- 230000006399 behavior Effects 0.000 description 9
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 9
- -1 rRNA Proteins 0.000 description 9
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 9
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 8
- 238000003197 gene knockdown Methods 0.000 description 8
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 8
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 8
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 8
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 8
- 102100021244 Integral membrane protein GPR180 Human genes 0.000 description 7
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 7
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 7
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 7
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 7
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 7
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 7
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 7
- 210000003478 temporal lobe Anatomy 0.000 description 7
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 7
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 6
- 102000006541 Ionotropic Glutamate Receptors Human genes 0.000 description 6
- 108010008812 Ionotropic Glutamate Receptors Proteins 0.000 description 6
- 230000003542 behavioural effect Effects 0.000 description 6
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 6
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 6
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 6
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 6
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 6
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 6
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 6
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 6
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 6
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 6
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 6
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 5
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 5
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 5
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 5
- 230000006870 function Effects 0.000 description 5
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 5
- 230000000971 hippocampal effect Effects 0.000 description 5
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 5
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 5
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 5
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 5
- 238000010172 mouse model Methods 0.000 description 5
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 5
- 230000008521 reorganization Effects 0.000 description 5
- 210000000225 synapse Anatomy 0.000 description 5
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 4
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 4
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 4
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 4
- 102100022197 Glutamate receptor ionotropic, kainate 1 Human genes 0.000 description 4
- 101710112359 Glutamate receptor ionotropic, kainate 1 Proteins 0.000 description 4
- 102100022765 Glutamate receptor ionotropic, kainate 4 Human genes 0.000 description 4
- 101710112358 Glutamate receptor ionotropic, kainate 4 Proteins 0.000 description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 4
- 206010061334 Partial seizures Diseases 0.000 description 4
- 208000006011 Stroke Diseases 0.000 description 4
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 4
- 230000000712 assembly Effects 0.000 description 4
- 238000000429 assembly Methods 0.000 description 4
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 4
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 4
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 4
- 230000002397 epileptogenic effect Effects 0.000 description 4
- 230000001660 hyperkinetic effect Effects 0.000 description 4
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 4
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 4
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 4
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 4
- 241001655883 Adeno-associated virus - 1 Species 0.000 description 3
- 241000202702 Adeno-associated virus - 3 Species 0.000 description 3
- 241000580270 Adeno-associated virus - 4 Species 0.000 description 3
- 241000972680 Adeno-associated virus - 6 Species 0.000 description 3
- 241001164823 Adeno-associated virus - 7 Species 0.000 description 3
- 241001164825 Adeno-associated virus - 8 Species 0.000 description 3
- 241000649045 Adeno-associated virus 10 Species 0.000 description 3
- 241000649046 Adeno-associated virus 11 Species 0.000 description 3
- 241000649047 Adeno-associated virus 12 Species 0.000 description 3
- 241000300529 Adeno-associated virus 13 Species 0.000 description 3
- 241000958487 Adeno-associated virus 3B Species 0.000 description 3
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 3
- 102100035426 DnaJ homolog subfamily B member 7 Human genes 0.000 description 3
- 101100285903 Drosophila melanogaster Hsc70-2 gene Proteins 0.000 description 3
- 101100178718 Drosophila melanogaster Hsc70-4 gene Proteins 0.000 description 3
- 101100178723 Drosophila melanogaster Hsc70-5 gene Proteins 0.000 description 3
- 208000002091 Febrile Seizures Diseases 0.000 description 3
- 102100022767 Glutamate receptor ionotropic, kainate 3 Human genes 0.000 description 3
- 101710112357 Glutamate receptor ionotropic, kainate 3 Proteins 0.000 description 3
- 101000804114 Homo sapiens DnaJ homolog subfamily B member 7 Proteins 0.000 description 3
- 101000903346 Homo sapiens Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 Proteins 0.000 description 3
- 101150090950 Hsc70-1 gene Proteins 0.000 description 3
- VLSMHEGGTFMBBZ-OOZYFLPDSA-M Kainate Chemical compound CC(=C)[C@H]1C[NH2+][C@H](C([O-])=O)[C@H]1CC([O-])=O VLSMHEGGTFMBBZ-OOZYFLPDSA-M 0.000 description 3
- 108091026898 Leader sequence (mRNA) Proteins 0.000 description 3
- 108091027974 Mature messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 108091061943 Mir-218 microRNA precursor family Proteins 0.000 description 3
- 101100150366 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) sks2 gene Proteins 0.000 description 3
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 3
- 101150084233 ago2 gene Proteins 0.000 description 3
- 230000007177 brain activity Effects 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010014599 encephalitis Diseases 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 230000002964 excitative effect Effects 0.000 description 3
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 3
- 230000001057 ionotropic effect Effects 0.000 description 3
- 108091040176 miR-218 stem-loop Proteins 0.000 description 3
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 3
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 3
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 3
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 3
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 3
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 3
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 3
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 3
- UUDAMDVQRQNNHZ-UHFFFAOYSA-N (S)-AMPA Chemical compound CC=1ONC(=O)C=1CC(N)C(O)=O UUDAMDVQRQNNHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N (±)-α-Tocopherol Chemical compound OC1=C(C)C(C)=C2OC(CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100022900 Actin, cytoplasmic 1 Human genes 0.000 description 2
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O Ammonium Chemical compound [NH4+] QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 2
- 108020004491 Antisense DNA Proteins 0.000 description 2
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 2
- 208000017785 Autosomal dominant epilepsy with auditory features Diseases 0.000 description 2
- 208000008882 Benign Neonatal Epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 239000004322 Butylated hydroxytoluene Substances 0.000 description 2
- NLZUEZXRPGMBCV-UHFFFAOYSA-N Butylhydroxytoluene Chemical compound CC1=CC(C(C)(C)C)=C(O)C(C(C)(C)C)=C1 NLZUEZXRPGMBCV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 2
- VTYYLEPIZMXCLO-UHFFFAOYSA-L Calcium carbonate Chemical compound [Ca+2].[O-]C([O-])=O VTYYLEPIZMXCLO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 2
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 2
- 108091006146 Channels Proteins 0.000 description 2
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 2
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 2
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 2
- ROSDSFDQCJNGOL-UHFFFAOYSA-N Dimethylamine Chemical compound CNC ROSDSFDQCJNGOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N Ethylamine Chemical compound CCN QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 2
- 206010019468 Hemiplegia Diseases 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- 201000008189 Juvenile absence epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 206010071082 Juvenile myoclonic epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 102000004086 Ligand-Gated Ion Channels Human genes 0.000 description 2
- 108090000543 Ligand-Gated Ion Channels Proteins 0.000 description 2
- 201000009906 Meningitis Diseases 0.000 description 2
- BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N Methylamine Chemical compound NC BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 2
- 208000016119 Myoclonic epilepsy of infancy Diseases 0.000 description 2
- HOKKHZGPKSLGJE-GSVOUGTGSA-N N-Methyl-D-aspartic acid Chemical compound CN[C@@H](C(O)=O)CC(O)=O HOKKHZGPKSLGJE-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 2
- WHNWPMSKXPGLAX-UHFFFAOYSA-N N-Vinyl-2-pyrrolidone Chemical compound C=CN1CCCC1=O WHNWPMSKXPGLAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000012902 Nervous system disease Diseases 0.000 description 2
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 2
- 208000037158 Partial Epilepsies Diseases 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000033063 Progressive myoclonic epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 230000026279 RNA modification Effects 0.000 description 2
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 2
- VYGQUTWHTHXGQB-FFHKNEKCSA-N Retinol Palmitate Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC\C=C(/C)\C=C\C=C(/C)\C=C\C1=C(C)CCCC1(C)C VYGQUTWHTHXGQB-FFHKNEKCSA-N 0.000 description 2
- 208000004974 Rolandic Epilepsy Diseases 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- GWEVSGVZZGPLCZ-UHFFFAOYSA-N Titan oxide Chemical compound O=[Ti]=O GWEVSGVZZGPLCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000030886 Traumatic Brain injury Diseases 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 2
- 208000003554 absence epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 2
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 2
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 2
- 229910052784 alkaline earth metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 2
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 2
- 230000003288 anthiarrhythmic effect Effects 0.000 description 2
- 239000003416 antiarrhythmic agent Substances 0.000 description 2
- 239000003816 antisense DNA Substances 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 208000008233 autosomal dominant nocturnal frontal lobe epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 201000008916 benign epilepsy with centrotemporal spikes Diseases 0.000 description 2
- 201000003452 benign familial neonatal epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 235000010354 butylated hydroxytoluene Nutrition 0.000 description 2
- 229940095259 butylated hydroxytoluene Drugs 0.000 description 2
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 208000033205 childhood epilepsy with centrotemporal spikes Diseases 0.000 description 2
- 229960005091 chloramphenicol Drugs 0.000 description 2
- WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N chloramphenicol Chemical compound ClC(Cl)C(=O)N[C@H](CO)[C@H](O)C1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 WIIZWVCIJKGZOK-RKDXNWHRSA-N 0.000 description 2
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 2
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 210000003618 cortical neuron Anatomy 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 2
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- MOTZDAYCYVMXPC-UHFFFAOYSA-N dodecyl hydrogen sulfate Chemical compound CCCCCCCCCCCCOS(O)(=O)=O MOTZDAYCYVMXPC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940043264 dodecyl sulfate Drugs 0.000 description 2
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 2
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 2
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 2
- 201000009028 early myoclonic encephalopathy Diseases 0.000 description 2
- 230000008579 epileptogenesis Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 201000007186 focal epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 2
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 2
- GFZHNFOGCMEYTA-UHFFFAOYSA-N hydron;4-[6-imino-3-(4-methoxyphenyl)pyridazin-1-yl]butanoic acid;bromide Chemical compound [Br-].C1=CC(OC)=CC=C1C1=CC=C(N)[N+](CCCC(O)=O)=N1 GFZHNFOGCMEYTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009524 hypoxic brain injury Effects 0.000 description 2
- 208000034287 idiopathic generalized susceptibility to 7 epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- 230000002109 interictal effect Effects 0.000 description 2
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 2
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 2
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 2
- 238000010253 intravenous injection Methods 0.000 description 2
- 238000007914 intraventricular administration Methods 0.000 description 2
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 2
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 2
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 2
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 2
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 2
- 230000006742 locomotor activity Effects 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 2
- LXCFILQKKLGQFO-UHFFFAOYSA-N methylparaben Chemical compound COC(=O)C1=CC=C(O)C=C1 LXCFILQKKLGQFO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 2
- 210000000478 neocortex Anatomy 0.000 description 2
- 230000000926 neurological effect Effects 0.000 description 2
- 230000008587 neuronal excitability Effects 0.000 description 2
- 230000030147 nuclear export Effects 0.000 description 2
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 2
- QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N octadecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009437 off-target effect Effects 0.000 description 2
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 2
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 2
- 230000001991 pathophysiological effect Effects 0.000 description 2
- 230000007310 pathophysiology Effects 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 2
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 201000001204 progressive myoclonus epilepsy Diseases 0.000 description 2
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 2
- QELSKZZBTMNZEB-UHFFFAOYSA-N propylparaben Chemical compound CCCOC(=O)C1=CC=C(O)C=C1 QELSKZZBTMNZEB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 230000004797 therapeutic response Effects 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N trans-butenedioic acid Natural products OC(=O)C=CC(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009529 traumatic brain injury Effects 0.000 description 2
- GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N trimethylamine Chemical compound CN(C)C GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- LSPHULWDVZXLIL-UHFFFAOYSA-N (+/-)-Camphoric acid Chemical compound CC1(C)C(C(O)=O)CCC1(C)C(O)=O LSPHULWDVZXLIL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LNAZSHAWQACDHT-XIYTZBAFSA-N (2r,3r,4s,5r,6s)-4,5-dimethoxy-2-(methoxymethyl)-3-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3,4,5-trimethoxy-6-(methoxymethyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2r,3r,4s,5r,6r)-4,5,6-trimethoxy-2-(methoxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxane Chemical compound CO[C@@H]1[C@@H](OC)[C@H](OC)[C@@H](COC)O[C@H]1O[C@H]1[C@H](OC)[C@@H](OC)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](OC)[C@H](OC)O[C@@H]2COC)OC)O[C@@H]1COC LNAZSHAWQACDHT-XIYTZBAFSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-UHFFFAOYSA-N 13-cis retinol Natural products OCC=C(C)C=CC=C(C)C=CC1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IHPYMWDTONKSCO-UHFFFAOYSA-N 2,2'-piperazine-1,4-diylbisethanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCN1CCN(CCS(O)(=O)=O)CC1 IHPYMWDTONKSCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical group OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- LBLYYCQCTBFVLH-UHFFFAOYSA-M 2-methylbenzenesulfonate Chemical compound CC1=CC=CC=C1S([O-])(=O)=O LBLYYCQCTBFVLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229940080296 2-naphthalenesulfonate Drugs 0.000 description 1
- ZRPLANDPDWYOMZ-UHFFFAOYSA-N 3-cyclopentylpropionic acid Chemical compound OC(=O)CCC1CCCC1 ZRPLANDPDWYOMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XMIIGOLPHOKFCH-UHFFFAOYSA-M 3-phenylpropionate Chemical compound [O-]C(=O)CCC1=CC=CC=C1 XMIIGOLPHOKFCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 101710169336 5'-deoxyadenosine deaminase Proteins 0.000 description 1
- FHVDTGUDJYJELY-UHFFFAOYSA-N 6-{[2-carboxy-4,5-dihydroxy-6-(phosphanyloxy)oxan-3-yl]oxy}-4,5-dihydroxy-3-phosphanyloxane-2-carboxylic acid Chemical compound O1C(C(O)=O)C(P)C(O)C(O)C1OC1C(C(O)=O)OC(OP)C(O)C1O FHVDTGUDJYJELY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005730 ADP ribosylation Effects 0.000 description 1
- 108020005176 AU Rich Elements Proteins 0.000 description 1
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 102100036664 Adenosine deaminase Human genes 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 208000030169 Benign childhood occipital epilepsy, Panayiotopoulos type Diseases 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BTBUEUYNUDRHOZ-UHFFFAOYSA-N Borate Chemical compound [O-]B([O-])[O-] BTBUEUYNUDRHOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000014644 Brain disease Diseases 0.000 description 1
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-M Butyrate Chemical compound CCCC([O-])=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N Butyric acid Natural products CCCC(O)=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091005462 Cation channels Proteins 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 229920002785 Croscarmellose sodium Polymers 0.000 description 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- ZZZCUOFIHGPKAK-UHFFFAOYSA-N D-erythro-ascorbic acid Natural products OCC1OC(=O)C(O)=C1O ZZZCUOFIHGPKAK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 208000012239 Developmental disease Diseases 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N Dextrotartaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000008009 Early infantile epileptic encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 206010071545 Early infantile epileptic encephalopathy with burst-suppression Diseases 0.000 description 1
- 208000032274 Encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 208000016132 Epilepsy with myoclonic absences Diseases 0.000 description 1
- 239000001856 Ethyl cellulose Substances 0.000 description 1
- ZZSNKZQZMQGXPY-UHFFFAOYSA-N Ethyl cellulose Chemical compound CCOCC1OC(OC)C(OCC)C(OCC)C1OC1C(O)C(O)C(OC)C(CO)O1 ZZSNKZQZMQGXPY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 208000033497 Familial temporal lobe epilepsy Diseases 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N Fumaric acid Chemical compound OC(=O)\C=C\C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 108010009117 Gluk1 kainate receptor Proteins 0.000 description 1
- 102000018899 Glutamate Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010027915 Glutamate Receptors Proteins 0.000 description 1
- 206010063629 Hippocampal sclerosis Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000878605 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Proteins 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-N Hydrogen bromide Chemical compound Br CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920002153 Hydroxypropyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 206010021750 Infantile Spasms Diseases 0.000 description 1
- 208000035899 Infantile spasms syndrome Diseases 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- 102000004310 Ion Channels Human genes 0.000 description 1
- 108090000862 Ion Channels Proteins 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-M Lactate Chemical compound CC(O)C([O-])=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 201000006792 Lennox-Gastaut syndrome Diseases 0.000 description 1
- WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N Lithium Chemical compound [Li] WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100038007 Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Human genes 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000000676 Malformations of Cortical Development Diseases 0.000 description 1
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-L Malonate Chemical compound [O-]C(=O)CC([O-])=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 102000016193 Metabotropic glutamate receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010010914 Metabotropic glutamate receptors Proteins 0.000 description 1
- AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N Methanesulfonic acid Chemical compound CS(O)(=O)=O AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000168 Microcrystalline cellulose Polymers 0.000 description 1
- 229920000881 Modified starch Polymers 0.000 description 1
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 1
- 208000037004 Myoclonic-astatic epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 229910002651 NO3 Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000025966 Neurological disease Diseases 0.000 description 1
- PVNIIMVLHYAWGP-UHFFFAOYSA-N Niacin Chemical compound OC(=O)C1=CC=CN=C1 PVNIIMVLHYAWGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N Nitrate Chemical compound [O-][N+]([O-])=O NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007990 PIPES buffer Substances 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 208000032461 Panayiotopoulos type benign childhood occipital epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 102000006335 Phosphate-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010058514 Phosphate-Binding Proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 208000017519 Prenatal injury Diseases 0.000 description 1
- XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-M Propionate Chemical compound CCC([O-])=O XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 101710099377 Protein argonaute 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100034207 Protein argonaute-2 Human genes 0.000 description 1
- 102000009572 RNA Polymerase II Human genes 0.000 description 1
- 108010009460 RNA Polymerase II Proteins 0.000 description 1
- 238000010357 RNA editing Methods 0.000 description 1
- 206010071141 Rasmussen encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 208000004160 Rasmussen subacute encephalitis Diseases 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 208000034189 Sclerosis Diseases 0.000 description 1
- 206010040026 Sensory disturbance Diseases 0.000 description 1
- 229920001800 Shellac Polymers 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- 235000021355 Stearic acid Nutrition 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L Sulfate Chemical compound [O-]S([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- ZMZDMBWJUHKJPS-UHFFFAOYSA-M Thiocyanate anion Chemical compound [S-]C#N ZMZDMBWJUHKJPS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- KJADKKWYZYXHBB-XBWDGYHZSA-N Topiramic acid Chemical compound C1O[C@@]2(COS(N)(=O)=O)OC(C)(C)O[C@H]2[C@@H]2OC(C)(C)O[C@@H]21 KJADKKWYZYXHBB-XBWDGYHZSA-N 0.000 description 1
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 1
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 1
- 208000026911 Tuberous sclerosis complex Diseases 0.000 description 1
- 208000003443 Unconsciousness Diseases 0.000 description 1
- 108091023045 Untranslated Region Proteins 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-BOOMUCAASA-N Vitamin A Natural products OC/C=C(/C)\C=C\C=C(\C)/C=C/C1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-BOOMUCAASA-N 0.000 description 1
- 229930003268 Vitamin C Natural products 0.000 description 1
- 229930003427 Vitamin E Natural products 0.000 description 1
- 201000006791 West syndrome Diseases 0.000 description 1
- TVXBFESIOXBWNM-UHFFFAOYSA-N Xylitol Natural products OCCC(O)C(O)C(O)CCO TVXBFESIOXBWNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 1
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 1
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 1
- 108010084455 Zeocin Proteins 0.000 description 1
- NRAUADCLPJTGSF-ZPGVOIKOSA-N [(2r,3s,4r,5r,6r)-6-[[(3as,7r,7as)-7-hydroxy-4-oxo-1,3a,5,6,7,7a-hexahydroimidazo[4,5-c]pyridin-2-yl]amino]-5-[[(3s)-3,6-diaminohexanoyl]amino]-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl] carbamate Chemical compound NCCC[C@H](N)CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](OC(N)=O)[C@@H](CO)O[C@H]1\N=C/1N[C@H](C(=O)NC[C@H]2O)[C@@H]2N\1 NRAUADCLPJTGSF-ZPGVOIKOSA-N 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- VJHCJDRQFCCTHL-UHFFFAOYSA-N acetic acid 2,3,4,5,6-pentahydroxyhexanal Chemical compound CC(O)=O.OCC(O)C(O)C(O)C(O)C=O VJHCJDRQFCCTHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2,3,4,5,6-pentahydroxyhexanal;sodium Chemical compound [Na].CC(O)=O.OCC(O)C(O)C(O)C(O)C=O DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 230000006154 adenylylation Effects 0.000 description 1
- WNLRTRBMVRJNCN-UHFFFAOYSA-L adipate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CCCCC([O-])=O WNLRTRBMVRJNCN-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000003463 adsorbent Substances 0.000 description 1
- 229940072056 alginate Drugs 0.000 description 1
- 235000010443 alginic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229920000615 alginic acid Polymers 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- FPIPGXGPPPQFEQ-OVSJKPMPSA-N all-trans-retinol Chemical compound OC\C=C(/C)\C=C\C=C(/C)\C=C\C1=C(C)CCCC1(C)C FPIPGXGPPPQFEQ-OVSJKPMPSA-N 0.000 description 1
- 208000026935 allergic disease Diseases 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AWUCVROLDVIAJX-UHFFFAOYSA-N alpha-glycerophosphate Natural products OCC(O)COP(O)(O)=O AWUCVROLDVIAJX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 210000004727 amygdala Anatomy 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000000181 anti-adherent effect Effects 0.000 description 1
- 239000003911 antiadherent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 1
- 235000006708 antioxidants Nutrition 0.000 description 1
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 1
- 229940072107 ascorbate Drugs 0.000 description 1
- 235000010323 ascorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011668 ascorbic acid Substances 0.000 description 1
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 1
- 210000001130 astrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000012752 auxiliary agent Substances 0.000 description 1
- 201000008181 benign familial infantile epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 229940077388 benzenesulfonate Drugs 0.000 description 1
- SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-M benzenesulfonate Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC=CC=C1 SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229940050390 benzoate Drugs 0.000 description 1
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- XMIIGOLPHOKFCH-UHFFFAOYSA-N beta-phenylpropanoic acid Natural products OC(=O)CCC1=CC=CC=C1 XMIIGOLPHOKFCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002146 bilateral effect Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 208000029028 brain injury Diseases 0.000 description 1
- 210000005013 brain tissue Anatomy 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910000019 calcium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- FATUQANACHZLRT-KMRXSBRUSA-L calcium glucoheptonate Chemical compound [Ca+2].OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)C([O-])=O.OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)C([O-])=O FATUQANACHZLRT-KMRXSBRUSA-L 0.000 description 1
- FUFJGUQYACFECW-UHFFFAOYSA-L calcium hydrogenphosphate Chemical compound [Ca+2].OP([O-])([O-])=O FUFJGUQYACFECW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000010221 calcium permeability Effects 0.000 description 1
- CJZGTCYPCWQAJB-UHFFFAOYSA-L calcium stearate Chemical compound [Ca+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O CJZGTCYPCWQAJB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 235000013539 calcium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000008116 calcium stearate Substances 0.000 description 1
- MIOPJNTWMNEORI-UHFFFAOYSA-N camphorsulfonic acid Chemical compound C1CC2(CS(O)(=O)=O)C(=O)CC1C2(C)C MIOPJNTWMNEORI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007894 caplet Substances 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001768 carboxy methyl cellulose Substances 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000033077 cellular process Effects 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000007278 cognition impairment Effects 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 238000007906 compression Methods 0.000 description 1
- 230000006835 compression Effects 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 208000015134 congenital hypothalamic hamartoma syndrome Diseases 0.000 description 1
- 238000011340 continuous therapy Methods 0.000 description 1
- 230000036461 convulsion Effects 0.000 description 1
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 1
- 239000006071 cream Substances 0.000 description 1
- 229960005168 croscarmellose Drugs 0.000 description 1
- 229960000913 crospovidone Drugs 0.000 description 1
- 239000001767 crosslinked sodium carboxy methyl cellulose Substances 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001687 destabilization Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 208000013257 developmental and epileptic encephalopathy Diseases 0.000 description 1
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 1
- 239000007884 disintegrant Substances 0.000 description 1
- 239000002270 dispersing agent Substances 0.000 description 1
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 1
- POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-M dodecanoate Chemical compound CCCCCCCCCCCC([O-])=O POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 201000008028 electroclinical syndrome Diseases 0.000 description 1
- 238000003372 electrophysiological method Methods 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003974 emollient agent Substances 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 201000002933 epilepsy with generalized tonic-clonic seizures Diseases 0.000 description 1
- CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M ethanesulfonate Chemical compound CCS([O-])(=O)=O CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 235000019325 ethyl cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 229920001249 ethyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 206010016284 febrile convulsion Diseases 0.000 description 1
- 239000000945 filler Substances 0.000 description 1
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 1
- 235000019634 flavors Nutrition 0.000 description 1
- 235000003599 food sweetener Nutrition 0.000 description 1
- 239000003205 fragrance Substances 0.000 description 1
- 210000001652 frontal lobe Anatomy 0.000 description 1
- 229960003692 gamma aminobutyric acid Drugs 0.000 description 1
- BTCSSZJGUNDROE-UHFFFAOYSA-N gamma-aminobutyric acid Chemical compound NCCCC(O)=O BTCSSZJGUNDROE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N gamma-tocopherol Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCC1CCC2C(C)C(O)C(C)C(C)C2O1 WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 239000007897 gelcap Substances 0.000 description 1
- 108091008053 gene clusters Proteins 0.000 description 1
- 238000012226 gene silencing method Methods 0.000 description 1
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 1
- 230000009206 glutamatergic signaling Effects 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 201000011066 hemangioma Diseases 0.000 description 1
- 208000003119 hemimegalencephaly Diseases 0.000 description 1
- IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-M hexadecanoate Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- FUZZWVXGSFPDMH-UHFFFAOYSA-N hexanoic acid Chemical compound CCCCCC(O)=O FUZZWVXGSFPDMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000036571 hydration Effects 0.000 description 1
- 238000006703 hydration reaction Methods 0.000 description 1
- XMBWDFGMSWQBCA-UHFFFAOYSA-N hydrogen iodide Chemical compound I XMBWDFGMSWQBCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZMZDMBWJUHKJPS-UHFFFAOYSA-N hydrogen thiocyanate Natural products SC#N ZMZDMBWJUHKJPS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-M hydrogensulfate Chemical compound OS([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000001863 hydroxypropyl cellulose Substances 0.000 description 1
- 235000010977 hydroxypropyl cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 239000001866 hydroxypropyl methyl cellulose Substances 0.000 description 1
- 235000010979 hydroxypropyl methyl cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 229920003088 hydroxypropyl methyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- UFVKGYZPFZQRLF-UHFFFAOYSA-N hydroxypropyl methyl cellulose Chemical compound OC1C(O)C(OC)OC(CO)C1OC1C(O)C(O)C(OC2C(C(O)C(OC3C(C(O)C(O)C(CO)O3)O)C(CO)O2)O)C(CO)O1 UFVKGYZPFZQRLF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 238000011221 initial treatment Methods 0.000 description 1
- 239000000976 ink Substances 0.000 description 1
- 150000007529 inorganic bases Chemical class 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 230000002427 irreversible effect Effects 0.000 description 1
- 230000007794 irritation Effects 0.000 description 1
- SUMDYPCJJOFFON-UHFFFAOYSA-N isethionic acid Chemical compound OCCS(O)(=O)=O SUMDYPCJJOFFON-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940001447 lactate Drugs 0.000 description 1
- 229940099584 lactobionate Drugs 0.000 description 1
- JYTUSYBCFIZPBE-AMTLMPIISA-N lactobionic acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O JYTUSYBCFIZPBE-AMTLMPIISA-N 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 229940070765 laurate Drugs 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 108020001756 ligand binding domains Proteins 0.000 description 1
- 238000001638 lipofection Methods 0.000 description 1
- 229910052744 lithium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 239000006210 lotion Substances 0.000 description 1
- 239000000314 lubricant Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 229940049920 malate Drugs 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N maleic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N malic acid Chemical compound OC(=O)C(O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000845 maltitol Substances 0.000 description 1
- VQHSOMBJVWLPSR-WUJBLJFYSA-N maltitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]([C@H](O)CO)O[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O VQHSOMBJVWLPSR-WUJBLJFYSA-N 0.000 description 1
- 235000010449 maltitol Nutrition 0.000 description 1
- 229940035436 maltitol Drugs 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000007726 management method Methods 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-UHFFFAOYSA-N meso ribitol Natural products OCC(O)C(O)C(O)CO HEBKCHPVOIAQTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 235000006109 methionine Nutrition 0.000 description 1
- 229920000609 methyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 235000010270 methyl p-hydroxybenzoate Nutrition 0.000 description 1
- 239000004292 methyl p-hydroxybenzoate Substances 0.000 description 1
- 239000001923 methylcellulose Substances 0.000 description 1
- 235000010981 methylcellulose Nutrition 0.000 description 1
- 229960002216 methylparaben Drugs 0.000 description 1
- 108091084679 miR-3 stem-loop Proteins 0.000 description 1
- 108091033354 miR-3-1 stem-loop Proteins 0.000 description 1
- 108091058771 miR-3-2 stem-loop Proteins 0.000 description 1
- 239000008108 microcrystalline cellulose Substances 0.000 description 1
- 229940016286 microcrystalline cellulose Drugs 0.000 description 1
- 235000019813 microcrystalline cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 230000001617 migratory effect Effects 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 description 1
- 230000004660 morphological change Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 208000016313 myoclonic-astastic epilepsy Diseases 0.000 description 1
- 230000007498 myristoylation Effects 0.000 description 1
- KVBGVZZKJNLNJU-UHFFFAOYSA-M naphthalene-2-sulfonate Chemical compound C1=CC=CC2=CC(S(=O)(=O)[O-])=CC=C21 KVBGVZZKJNLNJU-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 208000022145 neurocutaneous syndrome Diseases 0.000 description 1
- 230000016273 neuron death Effects 0.000 description 1
- 235000001968 nicotinic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011664 nicotinic acid Substances 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- OQCDKBAXFALNLD-UHFFFAOYSA-N octadecanoic acid Natural products CCCCCCCC(C)CCCCCCCCC(O)=O OQCDKBAXFALNLD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002674 ointment Substances 0.000 description 1
- 229940049964 oleate Drugs 0.000 description 1
- ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N oleic acid Chemical compound CCCCCCCC\C=C/CCCCCCCC(O)=O ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N 0.000 description 1
- 238000001543 one-way ANOVA Methods 0.000 description 1
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 1
- 210000001769 parahippocampal gyrus Anatomy 0.000 description 1
- 230000001314 paroxysmal effect Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000009984 peri-natal effect Effects 0.000 description 1
- JRKICGRDRMAZLK-UHFFFAOYSA-L peroxydisulfate Chemical compound [O-]S(=O)(=O)OOS([O-])(=O)=O JRKICGRDRMAZLK-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000002831 pharmacologic agent Substances 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- CWCMIVBLVUHDHK-ZSNHEYEWSA-N phleomycin D1 Chemical compound N([C@H](C(=O)N[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(=O)NCCC=1SC[C@@H](N=1)C=1SC=C(N=1)C(=O)NCCCCNC(N)=N)[C@@H](O[C@H]1[C@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](CO)O1)O[C@@H]1[C@H]([C@@H](OC(N)=O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)C=1N=CNC=1)C(=O)C1=NC([C@H](CC(N)=O)NC[C@H](N)C(N)=O)=NC(N)=C1C CWCMIVBLVUHDHK-ZSNHEYEWSA-N 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 125000004437 phosphorous atom Chemical group 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229940075930 picrate Drugs 0.000 description 1
- OXNIZHLAWKMVMX-UHFFFAOYSA-M picrate anion Chemical compound [O-]C1=C([N+]([O-])=O)C=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O OXNIZHLAWKMVMX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229950010765 pivalate Drugs 0.000 description 1
- IUGYQRQAERSCNH-UHFFFAOYSA-N pivalic acid Chemical compound CC(C)(C)C(O)=O IUGYQRQAERSCNH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 235000013809 polyvinylpolypyrrolidone Nutrition 0.000 description 1
- 229920000523 polyvinylpolypyrrolidone Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 229940069328 povidone Drugs 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 238000007639 printing Methods 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000004405 propyl p-hydroxybenzoate Substances 0.000 description 1
- 235000010232 propyl p-hydroxybenzoate Nutrition 0.000 description 1
- 229960003415 propylparaben Drugs 0.000 description 1
- 238000002331 protein detection Methods 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 1
- 125000001453 quaternary ammonium group Chemical group 0.000 description 1
- 230000014493 regulation of gene expression Effects 0.000 description 1
- 101150066583 rep gene Proteins 0.000 description 1
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 1
- 239000011769 retinyl palmitate Substances 0.000 description 1
- 229940108325 retinyl palmitate Drugs 0.000 description 1
- 235000019172 retinyl palmitate Nutrition 0.000 description 1
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 239000004208 shellac Substances 0.000 description 1
- ZLGIYFNHBLSMPS-ATJNOEHPSA-N shellac Chemical compound OCCCCCC(O)C(O)CCCCCCCC(O)=O.C1C23[C@H](C(O)=O)CCC2[C@](C)(CO)[C@@H]1C(C(O)=O)=C[C@@H]3O ZLGIYFNHBLSMPS-ATJNOEHPSA-N 0.000 description 1
- 229940113147 shellac Drugs 0.000 description 1
- 235000013874 shellac Nutrition 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 235000012239 silicon dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 229960001866 silicon dioxide Drugs 0.000 description 1
- 230000007958 sleep Effects 0.000 description 1
- 230000004877 small RNA loading onto RISC Effects 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- AWUCVROLDVIAJX-GSVOUGTGSA-N sn-glycerol 3-phosphate Chemical compound OC[C@@H](O)COP(O)(O)=O AWUCVROLDVIAJX-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 1
- 235000019812 sodium carboxymethyl cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 229920001027 sodium carboxymethylcellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229960001790 sodium citrate Drugs 0.000 description 1
- 235000011083 sodium citrates Nutrition 0.000 description 1
- 239000008109 sodium starch glycolate Substances 0.000 description 1
- 229920003109 sodium starch glycolate Polymers 0.000 description 1
- 229940079832 sodium starch glycolate Drugs 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 description 1
- 229960002920 sorbitol Drugs 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 229940032147 starch Drugs 0.000 description 1
- 230000003068 static effect Effects 0.000 description 1
- 239000008117 stearic acid Substances 0.000 description 1
- 229960004274 stearic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000008174 sterile solution Substances 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L succinate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CCC([O-])=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 229960004793 sucrose Drugs 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 230000010741 sumoylation Effects 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 239000000375 suspending agent Substances 0.000 description 1
- 239000003765 sweetening agent Substances 0.000 description 1
- 230000000946 synaptic effect Effects 0.000 description 1
- 239000006188 syrup Substances 0.000 description 1
- 235000020357 syrup Nutrition 0.000 description 1
- 239000003826 tablet Substances 0.000 description 1
- 239000000454 talc Substances 0.000 description 1
- 229910052623 talc Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940033134 talc Drugs 0.000 description 1
- 235000012222 talc Nutrition 0.000 description 1
- 229940095064 tartrate Drugs 0.000 description 1
- 230000002123 temporal effect Effects 0.000 description 1
- CBXCPBUEXACCNR-UHFFFAOYSA-N tetraethylammonium Chemical compound CC[N+](CC)(CC)CC CBXCPBUEXACCNR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QEMXHQIAXOOASZ-UHFFFAOYSA-N tetramethylammonium Chemical compound C[N+](C)(C)C QEMXHQIAXOOASZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000011285 therapeutic regimen Methods 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 239000004408 titanium dioxide Substances 0.000 description 1
- 229960005196 titanium dioxide Drugs 0.000 description 1
- 235000010215 titanium dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 238000011200 topical administration Methods 0.000 description 1
- 230000005026 transcription initiation Effects 0.000 description 1
- 230000005030 transcription termination Effects 0.000 description 1
- 239000012096 transfection reagent Substances 0.000 description 1
- 238000011820 transgenic animal model Methods 0.000 description 1
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 1
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 1
- 230000008733 trauma Effects 0.000 description 1
- 230000034512 ubiquitination Effects 0.000 description 1
- 238000010798 ubiquitination Methods 0.000 description 1
- ZDPHROOEEOARMN-UHFFFAOYSA-N undecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCC(O)=O ZDPHROOEEOARMN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 1
- 229940070710 valerate Drugs 0.000 description 1
- NQPDZGIKBAWPEJ-UHFFFAOYSA-N valeric acid Chemical compound CCCCC(O)=O NQPDZGIKBAWPEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- 230000029812 viral genome replication Effects 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 235000019155 vitamin A Nutrition 0.000 description 1
- 239000011719 vitamin A Substances 0.000 description 1
- 235000019154 vitamin C Nutrition 0.000 description 1
- 239000011718 vitamin C Substances 0.000 description 1
- 235000019165 vitamin E Nutrition 0.000 description 1
- 229940046009 vitamin E Drugs 0.000 description 1
- 239000011709 vitamin E Substances 0.000 description 1
- 229940045997 vitamin a Drugs 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003442 weekly effect Effects 0.000 description 1
- 235000010447 xylitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000000811 xylitol Substances 0.000 description 1
- HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N xylitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-SCDXWVJYSA-N 0.000 description 1
- 229960002675 xylitol Drugs 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
- C12N15/1138—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against receptors or cell surface proteins
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
- A61P25/08—Antiepileptics; Anticonvulsants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/50—Physical structure
- C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
- C12N2310/531—Stem-loop; Hairpin
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/50—Methods for regulating/modulating their activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/50—Methods for regulating/modulating their activity
- C12N2320/52—Methods for regulating/modulating their activity modulating the physical stability, e.g. GC-content
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
- C12N2750/00011—Details
- C12N2750/14011—Parvoviridae
- C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
- C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
- C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/008—Vector systems having a special element relevant for transcription cell type or tissue specific enhancer/promoter combination
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/42—Vector systems having a special element relevant for transcription being an intron or intervening sequence for splicing and/or stability of RNA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/48—Vector systems having a special element relevant for transcription regulating transport or export of RNA, e.g. RRE, PRE, WPRE, CTE
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/50—Vector systems having a special element relevant for transcription regulating RNA stability, not being an intron, e.g. poly A signal
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Public Health (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Neurology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Neurosurgery (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Virology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Pain & Pain Management (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Grik2 mRNAを標的化することによって、てんかんを治療するためのアンチセンス療法を必要とする対象における側頭葉てんかん等のてんかんを治療するためのアンチセンス療法に関する方法及び組成物が開示される。特に、本開示は、GluK2タンパク質の発現を阻害し、過興奮性神経回路におけるてんかん型放電を阻害することができる阻害性RNAコンストラクトを提供する。
Description
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。2022年4月28日に作成された当該ASCIIコピーの名称は「51460-007WO3_Sequence_Listing_4_28_22_ST25」であり、サイズは297,127バイトである。
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。2022年4月28日に作成された当該ASCIIコピーの名称は「51460-007WO3_Sequence_Listing_4_28_22_ST25」であり、サイズは297,127バイトである。
開示の分野
本開示は、てんかんの分野におけるものである。特に、本開示は、例えば側頭葉てんかん等のてんかんを治療するための方法及び組成物に関する。
本開示は、てんかんの分野におけるものである。特に、本開示は、例えば側頭葉てんかん等のてんかんを治療するための方法及び組成物に関する。
背景
世界的には、毎年推定500万人がてんかん、発作を特徴とする神経障害、又は脳の異常な電気的活動に関連する感覚障害、意識喪失、若しくは痙攣の突然の再発エピソードと診断されている。てんかんの典型的な診断は、患者が2回以上の非誘発性発作を経験する場合に生じる。てんかんの原因には、遺伝子異常、以前の脳感染、出生前傷害、発達障害、及び脳卒中又は脳腫瘍等の他の神経学的問題が含まれるが、てんかんと診断された人の約50%は、障害の発症の原因が知られていない。
世界的には、毎年推定500万人がてんかん、発作を特徴とする神経障害、又は脳の異常な電気的活動に関連する感覚障害、意識喪失、若しくは痙攣の突然の再発エピソードと診断されている。てんかんの典型的な診断は、患者が2回以上の非誘発性発作を経験する場合に生じる。てんかんの原因には、遺伝子異常、以前の脳感染、出生前傷害、発達障害、及び脳卒中又は脳腫瘍等の他の神経学的問題が含まれるが、てんかんと診断された人の約50%は、障害の発症の原因が知られていない。
側頭葉てんかん(TLE)は、成人における部分てんかんの最も一般的な形態である(てんかんの全ての形態の30~40%)。海馬がTLEの病態生理学において重要な役割を果たすことは十分に確立されている。ヒト患者及びTLEの動物モデルでは、ニューロン回路の異常な再編が起こる。ネットワーク再編(「反応可塑性」)の最良の例の1つは、海馬(Tauck and Nadler,1985;Represa et al.,1989a,1989b;Sutula et al.,1989;Gabriel et al.,2004)の歯状回顆粒細胞(DGC)上への新規な病態生理学的グルタミン酸作動性シナプスを確立する再発性苔状線維(rMF)の発芽であり、再発性興奮性ループをもたらす。rMFシナプスは、異所性カイニン酸受容体(KAR)を介して作動する(Epsztein et al.,2005;Artinian et al.,2011,2015)。KARは、GluK1-GluK5サブユニットから組み立てられた四量体グルタミン酸受容体である。異種発現系では、GluK1、GluK2及びGluK3はホモマー受容体を形成し得るが、GluK4及びGluK5はGluK1-3サブユニットと共にヘテロマー受容体を形成する。天然のKARは脳に広く分布しており、TLEに関与する重要な構造である海馬に高密度の受容体が見られる(Carta et al,2016,EJN)。本発明者らによる以前の研究は、発作間欠期スパイク及び発作性放電を含むてんかん活性が、GluK2 KARサブユニットを欠くマウスにおいて著しく低下することを確立した。更に、てんかん様活動は、異所性シナプスKARを遮断するGluK2/GluK5含有KARの薬理学的小分子アンタゴニストの使用後に強く低下した(Peret et al.,2014)。これらのデータは、DGC中のrMFで異所性に発現されるKARがTLEの慢性発作において主要な役割を果たすという仮説を裏付けている。したがって、DGCで発現され、GluK2/GluK5で構成される異常なKARは、TLE等の薬物耐性てんかんの治療のための有望な標的であると考えられる。
RNA干渉(RNAi)戦略が、多くの疾患標的に対して提案されている。RNAiに基づく治療の適用の成功は限られている。RNAi治療薬は、反復投与の必要性及び製剤の課題等の複数の課題に直面している。しかしながら、難治性TLEの治療のために利用可能なRNAiベースの遺伝子療法は限られている。したがって、例えばTLE(例えば、治療に難治性のTLE)等の発作障害の治療のための新しい治療様式が緊急に必要とされている。
RNA干渉(RNAi)戦略が、多くの疾患標的に対して提案されている。RNAiに基づく治療の適用の成功は限られている。RNAi治療薬は、反復投与の必要性及び製剤の課題等の複数の課題に直面している。しかしながら、難治性TLEの治療のために利用可能なRNAiベースの遺伝子療法は限られている。したがって、例えばTLE(例えば、治療に難治性のTLE)等の発作障害の治療のための新しい治療様式が緊急に必要とされている。
Tauck DL,Nadler J V(1985)Evidence of functional mossy fiber sprouting in hippocampal formation of kainic acid-treated rats.J Neurosci 5:1016-1022
Represa A,Le Gall La Salle G,Ben-Ari Y(1989a)Hippocampal plasticity in the kindling model of epilepsy in rats.Neurosci Lett 99:345-350.
Represa A,Robain O,Tremblay E,Ben-Ari Y(1989b)Hippocampal plasticity in childhood epilepsy.Neurosci Lett 99:351-355.
Sutula T,Cascino G,Cavazos J,Parada I,Ramirez L(1989)Mossy fiber synaptic reorganization in the epileptic human temporal lobe.Ann Neurol 26:321-330.
Gabriel S,Njunting M,Pomper JK,Merschhemke M,Sanabria ERG,Eilers A,Kivi A,Zeller M,Meencke H-J,Cavalheiro E a,Heinemann U,Lehmann T-N(2004)Stimulus and potassium-induced epileptiform activity in the human dentate gyrus from patients with and without hippocampal sclerosis.J Neurosci 24:10416-10430.
Peret A,Christie L a.,Ouedraogo DW,Gorlewicz A,Epsztein J,Mulle C,Crepel V(2014)Contribution of Aberrant GluK2-Containing Kainate Receptors to Chronic Seizures in Temporal Lobe Epilepsy.Cell Rep 8:347-354.
開示の概要
本開示は、てんかんの治療又は予防を必要とする対象(例えば、ヒト)における、例えば側頭葉てんかん(TLE)等のてんかんを治療又は予防するための組成物及び方法を提供する。開示される方法は、てんかんを有すると診断された、又はてんかんを発症するリスクがあると診断された対象に対する、治療有効量のポリヌクレオチド(例えば、阻害性ポリヌクレオチド)、例えば、グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2)遺伝子によってコードされるmRNAを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、shRNA、siRNA、マイクロRNA、若しくはshmiRNA、又はこれをコードする核酸ベクター(例えばレンチウイルスベクター又はアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、例えばAAV9ベクター)の投与を含む。開示されるポリヌクレオチドは、Grik2転写物のRNA干渉媒介分解を増強するために、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)タンパク質への改善されたローディングを示す。本開示はまた、開示される阻害性核酸(例えば、RNA)剤及びそれをコードする核酸ベクターの1つ以上を含有する医薬組成物を特徴とする。
本開示は、てんかんの治療又は予防を必要とする対象(例えば、ヒト)における、例えば側頭葉てんかん(TLE)等のてんかんを治療又は予防するための組成物及び方法を提供する。開示される方法は、てんかんを有すると診断された、又はてんかんを発症するリスクがあると診断された対象に対する、治療有効量のポリヌクレオチド(例えば、阻害性ポリヌクレオチド)、例えば、グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2)遺伝子によってコードされるmRNAを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、shRNA、siRNA、マイクロRNA、若しくはshmiRNA、又はこれをコードする核酸ベクター(例えばレンチウイルスベクター又はアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、例えばAAV9ベクター)の投与を含む。開示されるポリヌクレオチドは、Grik2転写物のRNA干渉媒介分解を増強するために、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)タンパク質への改善されたローディングを示す。本開示はまた、開示される阻害性核酸(例えば、RNA)剤及びそれをコードする核酸ベクターの1つ以上を含有する医薬組成物を特徴とする。
本開示は、部分的には、本明細書に記載される阻害性ポリヌクレオチドが有意により高いガイド対パッセンジャー鎖比(G/P比)を示すという驚くべき発見に基づいており、この発見は、阻害性ポリヌクレオチドのプロセシングの直接的で実質的な増加、並びにその後のGrik2 mRNA及び得られたGluK2タンパク質の両方の発現レベルの低下の改善を支持する。マイクロRNA(miRNA)治療薬の課題は、トランスフェクトされたポリヌクレオチドのプロセシング効率が低いことである。したがって、G/P比の改善は、成熟miRNA分子の産生の増加、及び付随して、投与されたmiRNA療法の所望の治療効果(複数可)の増加と相関し得る。
第1の態様では、本開示は、5’アーム(5p)と、ループ領域と、3’アーム(3p)とを含むステム-ループ領域を含むGrik2mRNAに特異的にハイブリダイズする単離された阻害性ポリヌクレオチド(複数可)を特徴とし、ステム-ループ領域はガイド鎖配列及びパッセンジャー鎖配列を含み、ガイド鎖配列及びパッセンジャー鎖配列は、(a)ガイド鎖の5’末端におけるウラシル(U)-アデニン(A)塩基対又はU-グアニン(G)塩基対、(b)パッセンジャー鎖の5’末端におけるシトシン(C)-G対、(c)ガイド鎖配列の5’末端におけるU、(d)ガイド鎖配列とパッセンジャー鎖配列との間のシード領域におけるミスマッチ;及び/又は(e)ポリヌクレオチドのステム領域とループ領域との接合部におけるU-Gゆらぎを置き換えるためのC-G塩基対又はU-A塩基対を含む。
いくつかの実施形態では、a)及びc)は、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)タンパク質へのガイド鎖配列ローディングを改善する。いくつかの実施形態では、b)は、RISCタンパク質へのパッセンジャー鎖配列のローディングを損なう。いくつかの実施形態では、d)は、RISCローディング中のガイド鎖配列からのパッセンジャー鎖配列のデカップリングを促進する。いくつかの実施形態では、e)は、ダイサーによるステム領域からのループ領域の切断を改善する。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列のシード領域は、ガイド鎖配列のヌクレオチド2~7を含む。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号2の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号17の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号17のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号17の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号32の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号32のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号32の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号3の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号18の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号18のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号18の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号33の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号33のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号33の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号4の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号19の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号19のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号19の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号34の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号34のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号34の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号5の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号20の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号20のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号20の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号35の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号35のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号35の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号6の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号21の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号21のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号21の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号36の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号36のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号36の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号7の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号22の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号22のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号22の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号37の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号37のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号37の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号8の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号23の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号23のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号23の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号38の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号38のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号38の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号9の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号24の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号23のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号23の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号39の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号39のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号39の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号10の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号25の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号25のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号25の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号40の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号40のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号40の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号11の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号26の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号4のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号26の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号41の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号41のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号41の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号12の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号27の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号27のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号27の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号42の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号42のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号42の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号13の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号28の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号28のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号28の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号43の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号43のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号43の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号14の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号29の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号29のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号29の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号44の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号44のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号44の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号15の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号30の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号30のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号30の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号45の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号45のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号45の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号226の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号230の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号230のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号230の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号234の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号234のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号234の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号227の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号231の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号231のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号231の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号235の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号235のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号235の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号228の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号232の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号232のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号232の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号236の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号236のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号236の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号229の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号233の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号233のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号233の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号237の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号237のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号237の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号238の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号242の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号242のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号242の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号246の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号246のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号246の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号239の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号243の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号243のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号243の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号247の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号247のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号247の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号240の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号244の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号244のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号244の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号248の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号248のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号248の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号241の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号245の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号245のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号245の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号249の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号249のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表3に示す配列番号249の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号47の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号64の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号64のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号64の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号81の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号81のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号81の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号48の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号65の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号65のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号65の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号82の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号82のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号82の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号49の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号66の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号66のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号66の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号83の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号83のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号83の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号50の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号67の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号67のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号67の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号84の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号84のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号84の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号51の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号68の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号68のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号68の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号85の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号85のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号85の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号52の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号69の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号69のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号69の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号86の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号86のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号86の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号53の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号70の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号70のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号70の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号87の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号87のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号87の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号54の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号71の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号71のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号71の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号88の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号88のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号88の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号55の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号72の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号72のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号72の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号89の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号89のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号89の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号56の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号73の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号73のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号73の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号90の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号90のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号90の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号57の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号74の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号74のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号74の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号91の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号91のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号91の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号58の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号75の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号75のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号75の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号92の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号92のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号92の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号59の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号76の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号76のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号76の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号93の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号93のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号93の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号60の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号77の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号77のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号77の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号94の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号94のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号94の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号61の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号78の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号78のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号78の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号95の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号95のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号95の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号62の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号79の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号79のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号79の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号96の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号96のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表5に示す配列番号96の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号98の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号110の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号110のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号110の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号122の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号122のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号122の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号99の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号111の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号111のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号111の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号123の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号123のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号123の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号100の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号112の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号112のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号112の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号124の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号124のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号124の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号101の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号113の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号113のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号113の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号125の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号125のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号125の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号102の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号114の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号114のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号114の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号126の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号126のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号126の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号103の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号115の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号115のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号115の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号127の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号127のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号127の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号104の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号116の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号116のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号116の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号128の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号128のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号128の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号105の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号117の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号117のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号117の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号129の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号129のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号129の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号106の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号117の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号118のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号118の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号130の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号130のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号130の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号107の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号119の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号119のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号119の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号131の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号131のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号131の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号108の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号120の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号120のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号120の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号132の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号132のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表7に示す配列番号132の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号134の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号140の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号140のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号140の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号146の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号146のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号146の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号135の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号141の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号141のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号141の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号147の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号147のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号147の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号136の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号142の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号142のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号142の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号148の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号148のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号148の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号137の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号143の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号143のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号143の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号149の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号149のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号149の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号138の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%)の配列同一性を有するポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ガイド鎖配列は、配列番号144の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号144のガイド鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号144の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。いくつかの実施形態では、パッセンジャー鎖配列は、配列番号150の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、配列番号150のパッセンジャー鎖は、1~7個(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド変化(例えば、置換、欠失、挿入又はミスマッチ)を含み、該変化(複数可)は、表9に示す配列番号150の太字のヌクレオチドのいずれも含まない。
いくつかの実施形態では、阻害性ポリヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を含む。いくつかの実施形態では、阻害性ポリヌクレオチドは、低分子干渉RNA(siRNA)、低分子ヘアピンRNA(shRNA)、マイクロRNA(miRNA)又は低分子ヘアピン適合miRNA(shmiRNA)を含む。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは19ヌクレオチド~21ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは19ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは20ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは21ヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、Grik2 mRNAは、配列番号164、配列番号165、配列番号166、配列番号167、配列番号168、配列番号169、配列番号170、配列番号171、配列番号172、配列番号173又は配列番号174のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、Grik2 mRNAは、配列番号164、配列番号165、配列番号166、配列番号167、配列番号168、配列番号169、配列番号170、配列番号171、配列番号172、配列番号173又は配列番号174の核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態では、阻害性ポリヌクレオチドは、(本開示で更に論じるように)細胞内のGluK2タンパク質のレベルを低下させることができる。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、細胞中のGluK2タンパク質のレベルを少なくとも10%、少なくとも少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%低下させる。いくつかの実施形態では、細胞は、海馬ニューロン(例えば、歯状回顆粒細胞(DGC)又はグルタミン酸作動性錐体ニューロン)等のニューロンである。細胞がニューロンであるものを含む他の実施形態では、細胞はヒト細胞である。
別の態様では、本開示は、前述の態様及び実施形態のいずれか1つのポリヌクレオチドを含むベクターを特徴とする。いくつかの実施形態では、ベクターは複製欠損である。いくつかの実施形態では、ベクターは、哺乳動物、昆虫、細菌又はウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは発現ベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、オルトミクソウイルス、ラブドウイルス、パラミクソウイルス、プラス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス、アルファウイルス、二本鎖DNAウイルス、ヘルペスウイルス、エプスタイン・バー・ウイルス、サイトメガロウイルス、鶏痘ウイルス、及びカナリア痘ウイルスからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ベクターはAAVベクターである。いくつかの実施形態では、AAVベクターは、AAV5、AAV9、又はAAVrh10ベクターである。
別の態様において、本開示は、本開示の第1の態様のステム-ループ配列に対応するポリヌクレオチド、例えば、配列番号1~15、226~229、及び238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ領域をコードするか又はそれを含むポリヌクレオチドを含む発現カセットを特徴とする。いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号4の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、ステム-ループ領域は、配列番号4の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号135の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号258の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号259の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号260の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号261の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号256の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号257の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
別の態様において、本開示は、配列番号46~62のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドを含む発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号97~108のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドを含む発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号133~138のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドを含む発現カセットを提供する。いくつかの実施形態では、ステム-ループ配列は、配列番号135の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、ステム-ループ配列は、配列番号135の核酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、発現カセットは、5’隣接領域、ループ領域、及び3’隣接領域を含む。いくつかの実施形態では、5’隣接領域は、配列番号217、220、又は223のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、3’隣接領域は、配列番号218、221、又は224のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、5’隣接領域は、5’スペーサー配列及び5’隣接配列を含む。いくつかの実施形態では、3’隣接領域は、3’スペーサー配列及び3’隣接配列を含む。いくつかの実施形態では、ループ領域は、E-miR-30、miR-218-1又はE-miR-124-3配列であるマイクロRNAループ配列を含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNAループ配列は、配列番号219、222、又は225のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNAループ配列は、配列番号222の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNAループ配列は、配列番号222の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、発現カセットは、シナプシン(hSyn)プロモーター又はカルシウム/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼII(CaMKII)プロモーターを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、サイトメガロウイルスのエンハンサー(例えば、CAG又はCBA)、U6、H1又は7SKプロモーターを含有する構成的プロモーターを含む。
別の態様では、本開示は、5’から3’に、以下を含む発現カセットを提供する:(a)第1のプロモーター配列;(b)配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229又は238~241のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド;(c)任意に、第2のプロモーター配列;(d)配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229、又は238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド。いくつかの実施形態では、発現カセットは、5’から3’に、(a)第1プロモーター配列;(b)配列番号4の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド;(c)任意に、第2のプロモーター配列;(d)配列番号135の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、5’から3’に、(a)第1プロモーター配列;(b)配列番号4の核酸配列を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド;(c)任意に、第2のプロモーター配列;(d)配列番号135の核酸配列を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号258と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する配列を含む。
いくつかの実施形態では、配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229、若しくは238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列又はそれと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含むポリヌクレオチドは、ガイド配列と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャー配列を含み、パッセンジャー配列はガイド配列に対して5’又は3’に位置する。いくつかの実施形態では、配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229、若しくは238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列又はそれと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含むポリヌクレオチドは、ガイド配列に対して5’に位置する5’隣接領域を含む。いくつかの実施形態では、配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229、若しくは238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列又はそれと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含むポリヌクレオチドは、ガイド配列に対して3’に位置する3’隣接領域を含む。いくつかの実施形態では、配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229、若しくは238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列、又はそれと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含むポリヌクレオチドは、ガイド配列とパッセンジャー配列との間に位置するループ領域を含み、ループ領域はマイクロRNAループ配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のプロモーター及び/又は任意に第2のプロモーターは、hSynプロモーター又はCaMKIIプロモーターからなる群から選択される。第1及び/又は第2のプロモーターは、サイトメガロウイルスのエンハンサー(例えば、CAG又はCBA)、U6、H1及び7SKプロモーターを含有する構成的プロモーターから選択することもできる。
いくつかの実施形態では、5’隣接領域は、配列番号217、220、又は223のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、3’隣接領域は、配列番号218、221、又は224のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNAループ配列は、E-miR-30、miR-218-1又はE-miR-124-3配列である。いくつかの実施形態では、マイクロRNAループ配列は、配列番号219、222、又は225のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNAループ配列は、配列番号222の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、マイクロRNAループ配列は、配列番号222の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、発現カセットは、当該発現カセットの5’末端に5’逆位末端反復(ITR)配列及び当該発現カセットの3’末端に3’-ITR配列を含む。いくつかの実施形態では、5’-ITR及び3’ITR配列は、AAV2の5’-ITR及び3’ITR配列である。いくつかの実施形態では、5’-ITR配列は、配列番号208又は配列番号209の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、5’-ITR配列は、配列番号208又は配列番号209の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、5’-ITR配列は、配列番号208の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、3’-ITR配列は、配列番号210、配列番号211、又は配列番号212の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、3’-ITR配列は、配列番号210、配列番号211、又は配列番号212の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、3’-ITR配列は、配列番号212の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、発現カセットは、エンハンサー配列を更に含む。一実施形態では、エンハンサー配列は、発現カセット又はベクター中のプロモーターの活性を増強するために、本明細書に開示される発現カセット又はベクター中に位置し得る(例えば、エンハンサー配列は、本明細書に記載の発現カセット又はベクター中のプロモーター配列の5’側に位置し得る)。いくつかの実施形態では、エンハンサー配列は、配列番号207の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、エンハンサー配列は、配列番号207の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、発現カセットは、イントロン配列を更に含む。一実施形態では、イントロン配列は、阻害性ポリヌクレオチド(例えば、ASO(例えば、miRNA配列;例えば、イントロンを、プロモーターと阻害性ポリヌクレオチドの核酸配列との間に配置することができる)の発現を改善するために発現カセット又はベクター内に配置することができる。いくつかの実施形態では、イントロン配列は、本明細書に記載の2つ以上の阻害性ポリヌクレオチド配列(例えば、2つ以上のmiRNA配列)の間に位置する。いくつかの実施形態では、イントロン配列は、配列番号205又は配列番号206の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、イントロン配列は、配列番号205又は配列番号206の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、発現カセットは、1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)のポリアデニル化シグナル配列(例えば、本明細書に開示される発現カセット又は発現ベクターの阻害性ポリヌクレオチドの核外輸送、翻訳及び安定性を改善するために)を更に含む。ポリアデニル化シグナル配列は、末端阻害剤ポリヌクレオチド配列(例えば、本明細書に開示されるASO配列(例えば、miRNA配列等))の3’及び/又は3’ITR配列の5’に位置し得る。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シグナル配列は、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリアデニル化シグナルである。いくつかの実施形態では、RBGポリアデニル化シグナルは、配列番号213、配列番号214又は配列番号215の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、RBGポリアデニル化シグナルは、配列番号213、配列番号214又は配列番号215の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シグナル配列は、ウシ成長ホルモン(BGH)ポリアデニル化シグナル配列である。いくつかの実施形態では、BGHポリアデニル化シグナル配列は、配列番号216の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、BGHポリアデニル化シグナル配列は、配列番号216の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、発現カセットは、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列を更に含む。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、発現カセットの3’末端(例えば、ポリアデニル化配列と3’ITR配列との間)に配置される。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号250の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の(例えば、2、3、4、又は5)スタッファー配列は、配列番号251の核酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、前述の態様及び実施形態のいずれかの発現カセットは、5’から3’に、以下を含む:(a)5’ITR配列;(b)任意に、エンハンサー配列;(c)第1のプロモーター配列;(d)任意に、イントロン配列;(e)ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド;(f)任意に、第2のプロモーター配列;(g)任意に、ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド;(h)ポリアデニル化シグナル配列、例えばRBGポリアデニル化シグナル配列;(i)1つ以上のスタッファー配列;及び(j)3’ITR。
いくつかの実施形態では、前述の態様及び実施形態の発現カセットは、配列番号252~261のいずれか1つの配列と少なくとも70%(例えば、少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、前述の態様及び実施形態の発現カセットは、配列番号256及び258~261のいずれか1つの配列と少なくとも70%(例えば、少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、前述の態様及び実施形態の発現カセットは、配列番号261の配列と少なくとも70%(例えば、少なくとも75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号256の核酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、前述の態様及び実施形態の発現カセットは、前述の態様及び実施形態のベクターに組み込まれる。いくつかの実施形態では、ベクターは複製欠損ベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは、哺乳動物、昆虫、細菌又はウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは発現ベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、オルトミクソウイルス、ラブドウイルス、パラミクソウイルス、プラス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス、アルファウイルス、二本鎖DNAウイルス、ヘルペスウイルス、エプスタイン・バー・ウイルス、サイトメガロウイルス、鶏痘ウイルス、及びカナリア痘ウイルスからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ベクターはAAVベクターである。いくつかの実施形態では、AAVベクターは、AAV5、AAV9、又はAAVrh10ベクターである。
別の態様では、本開示は、細胞におけるGrik2発現を阻害する方法であって、細胞を、前述の態様及び実施形態の少なくとも1つのポリヌクレオチド、前述の態様及び実施形態のベクター、又は前述の態様及び実施形態の発現カセットと接触させることを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNAに特異的にハイブリダイズし、(本開示において更に論じられるように)細胞におけるGrik2の発現を阻害又は低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、細胞中のGrik2のレベルを少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、細胞中のGluK2タンパク質のレベルを低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、細胞中のGluK2タンパク質のレベルを少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%低下させる。
いくつかの実施形態では、細胞はヒト細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はニューロン(例えば、ヒトニューロン)である。いくつかの実施形態では、ニューロンは海馬ニューロン(例えば、ヒト海馬ニューロン)である。いくつかの実施形態では、海馬ニューロンはDGC(例えば、ヒトDGC又は錐体ニューロン)である。いくつかの実施形態では、DGCは、再発性苔状線維軸索を含む。細胞はまた、Grik2を発現するiPSC由来グルタミン酸作動性ニューロン等の人工多能性幹細胞(iPSC)に由来するニューロン細胞であり得る。
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象の障害を治療又は改善する方法を提供し、この方法は、前述の態様及び実施形態の少なくとも1つのポリヌクレオチド、前述の態様及び実施形態のベクター、又は前述の態様及び実施形態の発現カセットを対象に投与することを含む。
いくつかの実施形態では、障害はてんかんである。いくつかの実施形態では、てんかんは、側頭葉てんかん(TLE)、慢性てんかん、及び/又は難治性てんかんである。いくつかの実施形態では、てんかんはTLEである。いくつかの実施形態では、TLEは、片側TLE及び/又は両側TLE等の外側TLE(lTLE)である。いくつかの実施形態では、TLEは内側TLE(mTLE)である。
いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
別の態様では、本開示は、前述の態様及び実施形態のポリヌクレオチド、前述の態様及び実施形態のベクター、又は前述の態様及び実施形態の発現カセットと、薬学的に許容され得る担体、希釈剤、又は賦形剤とを含む医薬組成物を提供する。
別の態様において、本開示は、前述の態様の医薬組成物と添付文書とを含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、添付文書は、前述の態様及び実施形態の方法における医薬組成物の使用説明書を含む。
定義
便宜上、本明細書、実施例、及び添付の特許請求の範囲で使用されるいくつかの用語及び語句の意味を以下に提供する。別段の記載がない限り、又は文脈から暗示的でない限り、以下の用語及び語句は、以下に提供される意味を含む。定義は、特定の実施形態の説明を助けるために提供されており、特許請求される技術を限定することを意図するものではない。別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本技術が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。当技術分野における用語の使用と本明細書で提供されるその定義との間に明らかな不一致がある場合、本明細書内で提供される定義が優先するものとする。
便宜上、本明細書、実施例、及び添付の特許請求の範囲で使用されるいくつかの用語及び語句の意味を以下に提供する。別段の記載がない限り、又は文脈から暗示的でない限り、以下の用語及び語句は、以下に提供される意味を含む。定義は、特定の実施形態の説明を助けるために提供されており、特許請求される技術を限定することを意図するものではない。別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本技術が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。当技術分野における用語の使用と本明細書で提供されるその定義との間に明らかな不一致がある場合、本明細書内で提供される定義が優先するものとする。
本出願では、文脈から明らかでない限り、(i)「1つの(a)」という用語は「少なくとも1つ」を意味すると理解され得る。(ii)「又は」という用語は、「及び/又は」を意味すると理解され得る。(iii)「含む(including)」及び「含む(comprising)」という用語は、それ自体で提示されるか、1つ以上の追加の構成要素又はステップと共に提示されるかにかかわらず、項目化された構成要素又はステップを包含すると理解され得る。
「約」という用語は、列挙された値の±10%である量を指し、列挙された値の±5%又は列挙された値の±2%であり得る。
「3’非翻訳領域」及び「3’UTR」という用語は、mRNA分子の終止コドンに対する領域3’を指す(例えば、Grik2 mRNA)。3’UTRはタンパク質に翻訳されないが、mRNA転写物のポリアデニル化、局在化、安定化、及び/又は翻訳効率に重要な調節配列を含む。3’UTR中の調節配列は、エンハンサー、サイレンサー、AUリッチエレメント、ポリAテール、ターミネーター及びマイクロRNA認識配列を含み得る。「3’非翻訳領域」及び「3’UTR」という用語はまた、mRNA分子をコードする遺伝子の対応する領域を指し得る。
「5’非翻訳領域」及び「5’UTR」という用語は、開始コドンに対して5’であるmRNA分子(例えば、Grik2 mRNA)の領域を指す。この領域は翻訳開始の調節に重要である。5’UTRは、完全に非翻訳であり得るか、又はいくつかの生物においてその領域の一部が翻訳され得る。転写開始部位は、5’UTRの開始を示し、開始コドンの1つ前のヌクレオチドを終了させる。真核生物では、5’UTRは、開始コドンを含むコザックコンセンサス配列を含む。5’UTRは、翻訳の調節に重要な上流オープンリーディングフレームとしても知られるシス作用性調節エレメントを含み得る。この領域はまた、上流AUGコドン及び終止コドンを有し得る。その高いGC含有量を考慮すると、5’UTRは、翻訳の調節において役割を果たすヘアピンループ等の二次構造を形成し得る。「投与」という用語は、任意の有効な経路によって治療剤(例えば、本明細書に開示されるような、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害する阻害性ポリヌクレオチド又はそれをコードするベクター)を対象に提供又は与えることを指す。例示的な投与経路は、本明細書及び以下に記載される(例えば、脳室内注射、髄腔内注射、実質内注射、静脈内注射、及び定位注射)。
「AAVベクター」又は「アデノ随伴ウイルスベクター」という用語は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16を含むがこれらに限定されないアデノ随伴ウイルス血清型に由来するベクターを指すAAVベクターは、AAV野生型遺伝子、例えばrep及び/又はcap遺伝子の全部又は一部が欠失しているが、機能的隣接ITR配列を保持している1つ以上のAAV野生型遺伝子を有することができる。機能的ITR配列は、AAVビリオンのレスキュー、複製及びパッケージングを促進する。したがって、AAVベクターは、本明細書では、ウイルスの複製及びパッケージング(例えば、機能性ITR)のためにシスで必要とされる配列を少なくとも含むと定義される。ITRは、野生型ポリヌクレオチド配列である必要はなく、配列が機能的救済、複製及びパッケージングを提供する限り、例えばヌクレオチドの挿入、欠失又は置換によって変化し得る。AAV発現ベクターは、転写の方向に作動可能に連結された構成要素として、転写開始領域、目的のDNA(例えば、本開示の阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチド)及び転写終結領域を含む制御エレメントを少なくとも提供する既知の技術を使用して構築される。
「アデノ随伴ウイルス逆方向末端反復」及び「AAV ITR」という用語は、DNA複製起点として及びウイルスのパッケージングシグナルとしてシスで一緒に機能する、AAVゲノムの各末端に隣接する当技術分野で認識されている領域を指す。AAV ITRは、AAV repコード領域と共に、隣接する2つのITRの間に介在するポリヌクレオチド配列の哺乳動物ゲノムへの効率的な切除及び組込みを提供する。AAV ITR領域のポリヌクレオチド配列は公知である。本明細書で使用される場合、「AAV ITR」は、例えばヌクレオチドの挿入、欠失又は置換によって変化し得る野生型ポリヌクレオチド配列を必ずしも含まない。更に、AAV ITRは、とりわけ、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16を含むがこれらに限定されないいくつかのAAV血清型のいずれかに由来し得る。更に、AAVベクター中の選択されたポリヌクレオチド配列に隣接する5’及び3’ITRは、それらが意図されたように機能する限り、例えば、宿主細胞ゲノム又はベクターからの目的の配列の切除及びレスキューを可能にし、AAV Rep遺伝子産物が細胞中に存在する場合にレシピエント細胞ゲノムへの異種配列の組み込みを可能にする限り、同一である必要はなく、又は同じAAV血清型又は単離体に由来する必要はない。更に、AAV ITRは、とりわけ、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16を含むがこれらに限定されないいくつかのAAV血清型のいずれかに由来し得る。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」及び「ASO」という用語は、標的mRNA分子(例えば、Grik2 mRNA)と相補的塩基対合によってハイブリダイズし、mRNAの不安定化及び分解、又は翻訳の阻害によってその発現を阻害することができる阻害性ポリヌクレオチドを指す。
「cDNA」という用語は、mRNA配列(すなわち、チミジンで置換されたウリジンを有する)のDNA等価物である核酸配列を指す。一般に、cDNA及びmRNAという用語は、ウリジンがチミジンとして読み取られることを除いて、cDNA配列がmRNA配列と同じであることを当業者は理解するであろうので、特定の遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)に関して交換可能に使用され得る。更に、本明細書に開示されるアンチセンスコンストラクトをコードするDNA配列又はそれによってコードされるRNA転写物が参照される場合、文脈によって特に示されない限り、「DNA」及び「RNA」という用語は、アンチセンス配列を指すために交換可能に使用され得る。更に、本明細書に開示される特定のDNA配列(例えば、Grik2アンチセンス配列をコードするもの)はRNAヌクレオチドを含み得、その場合、配列は全体として「DNA配列」又は「RNA配列」と呼ばれる場合がある。
「コード配列」という用語は、タンパク質又はその一部をコードするmRNA分子の核酸配列に対応する。関連して、「非コード配列」は、タンパク質又はその一部をコードしないmRNA分子の核酸配列に対応する。非コード配列の非限定的な例としては、5’及び3’非翻訳領域(UTR)、イントロン、ポリAテール、プロモーター、エンハンサー、ターミネーター、及び他のシス調節配列が挙げられる。
「相補的」という用語は、第2のヌクレオチド又はヌクレオシド配列に関して第1のヌクレオチド又はヌクレオシド配列を記載するために使用される場合、第1のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、特定の条件下で第2のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドとハイブリダイズし、二重鎖構造を形成する能力を指す。そのような条件は、例えば、ストリンジェントな条件であり得、ストリンジェントな条件は、以下を含み得る:400mM NaCl、40mM PIPES pH6.4、1mM EDTA、50°C又は70°Cで12~16時間、その後洗浄が続く(例えば、”Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Sambrook,et al.(1989)Cold Spring Harbor Laboratory Pressを参照)。生物の内部で遭遇し得る生理学的に関連する状態等の他の状態が適用され得る。ハイブリダイズしたヌクレオチド又はヌクレオシドの最終用途に従って、2つの配列の相補性の試験に最も適した条件のセットを決定する方法は、当技術分野で周知である。
本明細書で使用される場合、「相補的」配列はまた、ハイブリダイズする能力に関する上記の要件が満たされる限り、非ワトソン・クリック塩基対及び/又は非天然及び代替ヌクレオチドから形成される塩基対を含むか、又はそれらから完全に形成され得る。そのような非ワトソン・クリック塩基対には、G:Uゆらぎ又はフーグスティーン塩基対合が含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載のポリヌクレオチドと標的配列との間の相補的配列は、一方又は両方のヌクレオチド配列の全長にわたって、第1のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドと第2のヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドとの塩基対合を含む。そのような配列は、本明細書では互いに「完全に相補的」と呼ぶことができる。第1の配列が本明細書の第2の配列に関して「実質的に相補的」と称される場合、2つの配列は完全に相補的であり得るか、又はそれらは、それらの最終的な用途、例えば、Grik2 mRNA等のmRNAへの結合及びその発現の阻害に最も関連する条件下でハイブリダイズする能力を保持しながら、最大30塩基対の二重鎖に対するハイブリダイゼーションの際に、1つ以上であるが一般には10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1個以下のミスマッチ塩基対を形成し得る。例えば、ポリヌクレオチドは、配列が目的のmRNAの中断されていない部分に実質的に相補的である場合、目的のmRNAの少なくとも一部に相補的である。
「相補性領域」という用語は、内因性遺伝子(例えば、Grik2)の発現を妨げるように、遺伝子、一次転写産物、配列(例えば、標的配列)、又はプロセシングされたmRNAの全部又は一部に実質的に相補的な阻害性ポリヌクレオチドの領域を指す。相補性の領域が標的配列と完全に相補的でない場合、ミスマッチは分子の内部領域又は末端領域にあり得る。一般に、最も許容されるミスマッチは、末端領域、例えば、阻害性ポリヌクレオチドの5’末端及び/又は3’末端の5、4、3又は2ヌクレオチド以内にある。
「保存的アミノ酸置換」、「保存的置換、」及び「保存的変異」という用語は、極性、静電荷及び立体容積等の類似の物理化学的特性を示す1つ以上の異なるアミノ酸に対する1つ以上のアミノ酸の置換を指す。これらの特性は、下の表1中に、20の天然アミノ酸のそれぞれについて要約されている。
この表から、保存的アミノ酸ファミリーには、(i)G、A、V、L及びI;(ii)D及びE;(iii)C、S及びT;(iv)H、K及びR;(v)N及びQ;並びに(vi)F、Y及びWが含まれることが理解される。したがって、保存的突然変異又は置換は、同じアミノ酸ファミリーのメンバーに対して1つのアミノ酸を置換するものである(例えば、Thrに対するSer又はArgに対するLysの置換)。
本明細書に開示される阻害性ポリヌクレオチド等の「細胞を阻害性ポリヌクレオチドと接触させる工程、」という語句は、任意の可能な手段によって細胞を接触させることを含む。細胞を阻害性ポリヌクレオチドと接触させることは、in vitroで細胞を阻害性ポリヌクレオチドと接触させること、又はin vivoで細胞を阻害性ポリヌクレオチドと接触させることを含む。細胞を阻害性ポリヌクレオチドと接触させることはまた、細胞を、阻害性ポリヌクレオチドをコードする核酸ベクター又はそれを含有する医薬組成物と接触させることを意味し得る。接触は、直接的又は間接的に行われ得る。したがって、例えば、阻害性ポリヌクレオチドは、本方法を実施する個体によって細胞と物理的に接触させられてもよく、あるいは、阻害性ポリヌクレオチド剤は、その後に細胞と接触することを可能にするか又は引き起こす状況に置かれてもよい。in vitroでの細胞の接触は、例えば、細胞を阻害性ポリヌクレオチドとインキュベートすることによって行われ得る。細胞をin vivoで接触させることは、例えば、阻害性ポリヌクレオチドを細胞が位置する組織内又はその近くに注射することによって、又は阻害性ポリヌクレオチド剤を別の領域、例えば血流若しくは皮下空間に注射することによって行うことができ、その結果、薬剤はその後、接触させる細胞が位置する組織に到達する。in vitro及びin vivoでの接触方法の組み合わせも可能である。例えば、細胞をin vitroで阻害性ポリヌクレオチドと接触させ、続いて対象に移植することもできる。
細胞と阻害性ポリヌクレオチドとの接触には、細胞への取り込み又は吸収を促進又は達成することによる「導入すること」又は「阻害性ポリヌクレオチドを細胞に送達すること」が含まれる。阻害性ポリヌクレオチド又はそれをコードする核酸ベクターの吸収又は取り込みは、補助されない拡散又は活性な細胞プロセスによって、又は補助剤若しくはデバイスによって起こり得る。阻害性ポリヌクレオチドを細胞に導入することは、in vitro及び/又はin vivoであり得る。例えば、in vivo導入のために、阻害性ポリヌクレオチドを組織部位に注射することができ、又は全身投与することができる。細胞へのIn vitro導入には、エレクトロポレーション及びリポフェクション等の当技術分野で公知の方法が含まれる。別の例では、阻害性ポリヌクレオチドは、阻害性ポリヌクレオチドをコードするウイルスベクター等による形質導入によって細胞に導入することができる。ウイルスベクターは、コードされた阻害性ポリヌクレオチドを発現するために細胞プロセシング(例えば、細胞インターナリゼーション、キャプシド排出、阻害性ポリヌクレオチドの転写、及びドローシャ及びダイサーによるプロセシング)を受け得る。更なるアプローチは、本明細書において以下に記載され、及び/又は当技術分野で公知である。
遺伝子(例えば、Grik2)に関して「発現を破壊する、」、「の発現を阻害する」又は「の発現を減少させる」という用語は、機能的遺伝子産物(例えば、GluK2タンパク質)の形成を予防又は減少させることを指す。遺伝子産物は、その通常の(野生型)機能を果たす場合、機能的である。遺伝子の破壊は、遺伝子によってコードされる機能性タンパク質の発現を防止又は低減する。破壊された遺伝子は、例えば、本明細書に記載されるもの等の干渉RNA分子(例えば、ASO)によって破壊され得る。
本明細書に記載の組成物、ベクターコンストラクト又はウイルスベクターの「有効量、」「治療有効量、」及び「十分な量」という用語は、哺乳動物、例えばヒトを含む対象に投与した場合、臨床結果を含む有益な又は所望の結果をもたらすのに十分な量を指す。したがって、「有効量」又はその同義語は、それが適用されている状況に依存する。例えば、側頭葉てんかん(TLE)を治療する状況では、組成物、ベクターコンストラクト、又はウイルスベクターの投与なしで得られる応答と比較して、治療応答を達成するのに十分な組成物、ベクターコンストラクト、又はウイルスベクターの量である。そのような量に対応する本明細書に記載される所与の組成物の量は、所与の薬剤、医薬製剤、投与経路、疾患又は障害の種類及びその重症度、対象(例えば、年齢、性別、体重)のアイデンティティ、治療される宿主、及び/又はてんかんの場合、てんかん焦点の大きさ(例えば、脳体積)等の様々な要因に応じて変化するが、それでも当技術分野で周知の方法に従って決定することができる。また、本明細書で使用される場合、本開示の組成物、ベクターコンストラクト、又はウイルスベクターの「治療有効量」は、対照と比較して対象において有益な又は所望の結果をもたらす量である。本明細書で定義されるように、本開示の組成物、ベクターコンストラクト、ウイルスベクター、又は細胞の治療有効量は、当技術分野で公知の方法によって容易に決定することができる。投与計画は、最適な治療応答を提供するように調整され得る。
「てんかん」という用語は、再発性てんかん発作を臨床的に呈する1つ以上の神経障害を指す。てんかんは、国際抗てんかん連盟(International League Against Epilepsy)の分類及び用語(ILAE;Berg et al.,2010)に従って、電気臨床症候群に従って分類することができる。これらの症候群は、発症時の年齢、特有のコンスタレーション(constellation)(外科的症候群)、及び構造的代謝的原因、例えば以下により分類される:(A)発症年齢:(i)新生児期には、良性家族性新生児てんかん(BFNE)、早期ミオクローヌス脳症(EME)、大田原症候群が含まれる;(ii)乳児期には、遊走性焦点発作を伴う乳児てんかん、ウエスト症候群、乳児ミオクローヌスてんかん(MEI)、良性乳児てんかん、良性家族性乳児てんかん、ドラベ症候群、非進行性障害におけるミオクローヌス脳症が含まれる;(iii)小児期には、熱性痙攣プラス(FS+)、パナイオトプロス症候群、ミオクロニー脱力発作(以前は静的)を伴うてんかん、中心側頭スパイクを伴う良性てんかん(BECTS)、常染色体優性夜間前頭葉てんかん(ADNFLE)、遅発性小児後頭てんかん(ガストー型)、ミオクロニー欠神発作を伴うてんかん、レノックス・ガストー症候群、睡眠時連続スパイク・アンド・ウェーブを伴うてんかん性脳症(CSWS)、ランダウ・クレフナー症候群(LKS)、小児欠神てんかん(CAE)が含まれる;(iv)青年期~成人期には、若年性欠神てんかん(JAE)、若年性ミオクロニーてんかん(JME)、全身性強直間代発作のみを伴うてんかん、進行性ミオクローヌスてんかん(PME)、聴覚的特徴を伴う常染色体優性てんかん(ADEAF)、その他の家族性側頭葉てんかんが含まれる;(v)様々な年齢での発症には、様々な焦点(小児から成人まで)を伴う家族性焦点性てんかん、反射性てんかんが含まれる;(B)特有のコンスタレーション(constellation)(外科的症候群)には、内側側頭葉てんかん(MTLE)、ラスムッセン症候群、視床下部過誤腫を伴う弾性発作、片麻痺-片麻痺-てんかんが含まれる;(C)構造的代謝原因に起因し組織化されるてんかんには、皮質発達の奇形(片側巨脳症、異所形成等。)、神経皮膚症候群(結節性硬化症複合体及びスタージ-ウェーバー)、腫瘍、感染、外傷、血管腫、周産期傷害及び脳卒中が含まれる。「難治性てんかん」という用語は、薬学的治療に抵抗性のてんかんを指し、すなわち、現在の薬学的治療は、患者の疾患の効果的な治療を可能にしない(例えば、Dario J.Englot et al.,2013を参照)。
「エクソン」という用語は、遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)のコード領域内の領域を指し、そのヌクレオチド配列が対応するタンパク質のアミノ酸配列を決定する。「エクソン」という用語はまた、遺伝子から転写されたRNAの対応する領域を指す。エクソンはプレmRNAに転写され、遺伝子の選択的スプライシングに応じて成熟mRNAに含まれ得る。プロセシング後の成熟mRNAに含まれるエクソンはタンパク質に翻訳される。エクソンの配列は、タンパク質のアミノ酸組成を決定する。あるいは、成熟mRNAに含まれるエクソンは非コードであり得る(例えば、タンパク質に翻訳されないエクソン)。
「発現」という用語は、遺伝子又は核酸の発現に関連して使用される場合、遺伝子に含まれる情報の遺伝子産物への変換を指す。遺伝子産物は、遺伝子の直接転写産物(例えば、mRNA、tRNA、rRNA、アンチセンスRNA、リボザイム、構造RNA又は任意の他の種類のRNA)又はmRNAの翻訳によって産生されるタンパク質であり得る。遺伝子産物には、キャッピング、ポリアデニル化、メチル化及び編集等のプロセスによって修飾されるmRNA、並びに例えばメチル化、アセチル化、リン酸化、ユビキチン化、SUMO化、ADP-リボシル化、ミリストイル化及びグリコシル化によって修飾されるタンパク質(例えば、GluK2)も含まれる。
「発現」という用語は、以下の事象の1つ以上を指す:(1)DNA配列からのRNA鋳型の作製(例えば、転写によって);(2)RNA転写物(例えば、スプライシング、編集、5’キャップ形成、及び/又は3’末端処理によって、)のプロセシング;(3)RNAのポリペプチド又はタンパク質への翻訳;(4)ポリペプチド又はタンパク質の翻訳後修飾。対象における目的の遺伝子の発現は、例えば、対象から得られた試料中の対応するタンパク質(例えば、本明細書に記載されるか又は当技術分野で知られているRNA検出手順、例えば、定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)及びRNA配列技術を使用して評価される場合)をコードするmRNAの量若しくは濃度の減少若しくは増加、対応するタンパク質(例えば、とりわけ、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)等の本明細書に記載される又は当技術分野で公知のタンパク質検出方法を使用して評価される場合)の量若しくは濃度の減少若しくは増加、及び/又は対応するタンパク質(例えば、イオンチャネルの場合、本明細書に記載の電気生理学的方法又は当技術分野で公知の電気生理学的方法を使用して評価される場合)の活性の減少若しくは増加を検出することによって明らかにすることができる。
「GluR6」、「GRIK2」、「MRT6」、「EAA4」又は「GluK6」としても公知の「GluK2」という用語は、現在使用されているIUPHAR命名法(Collingridge,G.L.,Olsen,R.W.,Peters,J.,Spedding,M.,2009.A nomenclature for ligand-gated ion channels.Neuropharmacology 56,2-5)で命名されているグルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸型サブユニット2タンパク質を指す。「GluK2含有KAR」、「GluK2受容体」、「GluK2タンパク質」及び「GluK2サブユニット」という用語は、全体を通して互換的に使用され得、一般に、Grik2遺伝子によってコードされるか又は発現されるタンパク質を指す。
「ガイド鎖」及び「ガイド配列」という用語は、ステム-ループ構造の5’又は3’ステム-ループアームのいずれかに位置するステム-ループRNA構造(例えば、shRNA又はマイクロRNA)の成分を指し、ガイド鎖/配列は、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害することができるGrik2mRNAアンチセンス配列(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つ、又は配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)を含む。ガイド鎖/配列はまた、例えばスペーサー又はリンカー配列等の追加の配列を含み得る。ガイド配列は、ステム-ループRNA構造のパッセンジャー鎖/配列に対して相補的又は実質的に相補的(例えば、7個、6個、5個、4個、3個、2個又は1個以下のミスマッチを有する)であり得る。
「イオノトロピック型グルタミン酸受容体」という用語は、NMDA(N-メチル-D-アスパラギン酸)、AMPA(α-アミノ-3-ヒドロキシ-5-メチル-4-イソオキサゾールプロピオン酸)及びカイニン酸受容体(KAR)クラスのメンバーを含む。機能性KARは、GluK1、GluK2、GluK3、GluK4及びGluK5サブユニットと命名された5つのサブユニットのホモマー又はヘテロマーの組み合わせから四量体アセンブリに組み立てることができる(Reiner et al.,2012)。本開示の標的は、いくつかの例では、GluK2及びGluK5で構成されるKAR複合体である。GluK5サブユニットが単独では機能的ホモマーチャネルを形成しないという観察を考慮すると、Grik2遺伝子の発現を阻害することは、GluK2/GluK5カイニン酸受容体機能を無効にするのに十分である。
「発現阻害剤」は、遺伝子、例えばGrik2遺伝子の発現を阻害又は減少させる生物学的効果を有する薬剤(例えば、本開示の阻害性RNA剤)を指す。遺伝子、例えばGrik2遺伝子の発現を阻害すると、典型的には、標的細胞又は組織における遺伝子産物(タンパク質、例えばGluK2タンパク質)の減少又は消滅さえももたらすが、様々なレベルの阻害が達成され得る。発現の阻害又は低下は、典型的にはノックダウンと呼ばれる。
「単離されたポリヌクレオチド」という用語は、2つ以上の共有結合したヌクレオチドを含む単離された分子を指す。そのような共有結合したヌクレオチドは、核酸分子とも呼ばれ得る。一般に、「単離された」ポリヌクレオチドは、それが得られる核酸配列に関して人工の、化学的に合成された、精製された、及び/又は異種のポリヌクレオチドを指す。
「マイクロRNA」という用語は、mRNA翻訳を調節し、したがって標的タンパク質の存在量に影響を及ぼす非コードRNAの短い(例えば、典型的には約22ヌクレオチド)配列を指す。いくつかのマイクロRNAは単一のモノシストロニック遺伝子から転写されるが、他のマイクロRNAはポリシストロニック遺伝子クラスターの一部として転写される。マイクロRNAの構造は、5’及び3’隣接配列、ステム配列及びループ配列を含むヘアピン配列を含み得る。細胞内でのプロセシング中、未成熟マイクロRNAはドローシャによって切断され、これは5’及び3’隣接配列を切断する。続いて、マイクロRNA分子は核から細胞質に転位し、そこでダイサーによるループ領域の切断を受ける。マイクロRNAの生物学的作用は、mRNA分子の領域、典型的には3’非翻訳領域への結合を介して翻訳調節のレベルで発揮され、mRNAの切断、分解、不安定化、及び/又はあまり効率的でない翻訳をもたらす。マイクロRNAのその標的への結合は、一般に、マイクロRNAのヘアピン配列内の短い(例えば、6~8ヌクレオチド)「シード領域/配列」によって媒介される。本開示を通して、siRNAという用語は、miRNAがその等価なsiRNAとして標的(例えば、シード領域内)と相同性を有する同じ塩基を包含するように、その等価なmiRNAを含み得る。本明細書に記載されるように、マイクロRNAは、1つ以上の異種核酸配列を有するマイクロRNA等の天然に存在しないマイクロRNAであり得る。
「ヌクレオチド」という用語は、修飾又は天然に存在するデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドとして定義される。ヌクレオチドには、典型的には、チミジン、シチジン、グアノシン、アデノシン及びウリジンを含むプリン及びピリミジンが含まれる。本明細書で使用される場合、「阻害性ポリヌクレオチド」という用語は、上で定義されたヌクレオチド又は本明細書に開示される修飾ヌクレオチドのオリゴマーとして定義される。「阻害性ポリヌクレオチド」という用語は、一本鎖又は二本鎖であり得る、3’-5’又は5’-3’に配向した核酸配列を指す。本開示の文脈で使用される阻害性ポリヌクレオチドは、特にDNA又はRNAであり得る。この用語はまた、例えば、(i)修飾された骨格構造、例えば、天然のオリゴ-及びポリヌクレオチドに見られる標準的なホスホジエステル結合以外の骨格、並びに(ii)任意に、修飾された糖部分、例えば、リボース又はデオキシリボース部分ではなくモルホリノ部分を有する阻害性ポリヌクレオチドを指す「阻害性ポリヌクレオチド類縁体」を含み得る。阻害性ポリヌクレオチド類縁体は、ワトソン・クリック型塩基対合によって標準的なポリヌクレオチド塩基に水素結合することができる塩基を支持し、類縁体骨格は、阻害性ポリヌクレオチド類縁体分子と標準的なポリヌクレオチド中の塩基(例えば、一本鎖RNA又は一本鎖DNA)との間の配列特異的様式でのそのような水素結合を可能にする様式で塩基を提示する。特に、類縁体は、実質的に非荷電のリン含有骨格を有するものである。阻害性ポリヌクレオチド類縁体中の実質的に非荷電のリン含有骨格は、サブユニット結合の大部分、例えば50~100%、典型的にはその結合の少なくとも60%~100%又は75%又は80%が非荷電であり、単一のリン原子を含有する骨格である。更に、「阻害性ポリヌクレオチド」という用語は、転写のためのその通常の向きに対して反転しており、したがって宿主細胞内で発現される標的遺伝子mRNA分子に相補的なRNA又はDNA配列に対応する阻害性ポリヌクレオチド配列を含むことができる。アンチセンスガイド鎖は、標的遺伝子の発現を妨害することができる限り、いくつかの異なる方法で構築され得る。例えば、アンチセンスガイド鎖は、標的遺伝子のコード領域(又はその一部)を、その相補体(例えば、アンチセンス遺伝子及びセンス遺伝子によってコードされるRNAは相補的であり得る)の転写を可能にする転写のためのその通常の配向に対して逆相補することによって構築することができる。阻害性ポリヌクレオチドは、標的遺伝子と同じイントロン又はエクソンパターンを有する必要はなく、標的遺伝子の非コードセグメントは、ASO等のコードセグメントと同様に、標的遺伝子発現のアンチセンス抑制を達成するのに等しく有効であり得る。いくつかの場合、阻害性RNAは標的遺伝子と同じエクソンパターンを有する。
阻害性ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNA(例えば、阻害性ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNAの少なくとも1つの領域に完全に又は実質的に相補的である)への標的化及びハイブリダイゼーションを可能にする任意の長さであり得、約10~50塩基対長、例えば、約15~50塩基対長又は約18~50塩基対長の範囲であり得、例えば、約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49又は50塩基対長であり得、例えば、約15~30、15~29、15~28、15~27、15~26、15~25、15~24、15~23、15~22、15~21、15~20、15~19、15~18、15~17、18~30、18~29、18~28、18~27、18~26、18~25、18~24、18~23、18~22、18~21、18~20、19~30、19~29、19~28、19~27、19~26、19~25、19~24、19~23、19~22、19~21、19~20、20~30、20~29、20~28、20~27、20~26、20~25、20~24、20~23、20~22、20~21、21~30、21~29、21~28、21~27、21~26、21~25、21~24、21~23、又は21~22塩基対の長さであり得る。上記の範囲及び長さの中間の範囲及び長さも本開示の一部であると考えられる。
「パッセンジャー鎖」及び「パッセンジャー配列」という用語は、Grik2 mRNAアンチセンス配列(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つ、又は配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)と相補的又は実質的に相補的な配列(例えば、7、6、5、4、3、2、又は1個以下のミスマッチを有する)を含む、ステム-ループ構造の5’又は3ステム-ループアームのいずれかに配置されたステム-ループRNA構造の成分(例えば、shRNA又はマイクロRNA)を指す。パッセンジャー鎖/配列は、例えばスペーサー又はリンカー配列等の追加の配列も含み得る。パッセンジャー配列は、ステム-ループRNA構造のガイド鎖/配列に相補的又は実質的に相補的であり得る。
「プラスミド」という用語は、追加のDNAセグメントがライゲーションされ得る染色体外環状二本鎖DNA分子を指す。プラスミドは、ベクターの一種であり、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子である。特定のプラスミドは、それらが導入される宿主細胞において自律複製することができる(例えば、細菌複製起点を有する細菌プラスミド、及びエピソーム哺乳動物プラスミド)。他のベクター(例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター)は、宿主細胞への導入時に宿主細胞のゲノムに組み込むことができ、それによって宿主ゲノムと共に複製される。特定のプラスミドは、それらが作動可能に連結されている遺伝子の発現を指示することができる。本明細書で使用される場合、「遺伝子」は、タンパク質、マイクロRNA、siRNA、shRNA、shmiRNAをコードし、更に1つ以上の調節配列(例えば、とりわけ、プロモーター、エンハンサー、イントロン、終結配列)を含むポリヌクレオチドを指す。
「プロモーター」という用語は、RNAポリメラーゼによって結合されるDNA上の認識部位を指す。ポリメラーゼは、ポリヌクレオチドの転写を駆動する。本明細書に記載の組成物及び方法での使用に適した例示的なプロモーターは、例えばSandelin et al.,Nature Reviews Genetics 8:424(2007)に記載されており、その開示は、核酸調節エレメントに関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。更に、「プロモーター」という用語は、生物系では天然に存在しない調節DNA配列である合成プロモーターを指し得る。合成プロモーターは、天然には存在しないポリヌクレオチド配列と組み合わされた天然に存在するプロモーターの一部を含み、様々なポリヌクレオチド、ベクター、及び標的細胞型を使用して組換えDNAを発現するように最適化することができる。
参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列に関する「配列同一性パーセント(%)」は、最大パーセント配列同一性を達成するために配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後の、参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列中の核酸又はアミノ酸と同一である候補配列中の核酸又はアミノ酸のパーセンテージとして定義される。核酸又はアミノ酸配列同一性のパーセントを決定するためのアラインメントは、例えば、BLAST、BLAST-2又はMegalignソフトウェア等の公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して、当技術分野で周知の様々な方法で達成することができる。十分に認識された従来の方法を使用して、比較される配列の全長にわたって最大アライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアライメントするための適切なパラメータを決定することができる。例えば、パーセント配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムBLASTを使用して生成され得る。例示として、所与の核酸又はアミノ酸配列B(あるいは、所与の核酸又はアミノ酸配列、Aは、所与の核酸又はアミノ酸配列Bと、所与の核酸又はアミノ酸配列Bと、又は所与の核酸又はアミノ酸配列Bに対して一定のパーセント配列同一性を有すると言い換えることができる)に対する、所与の核酸又はアミノ酸配列Bとの、又は所与の核酸又はアミノ酸配列Bに対する、所与の核酸又はアミノ酸配列Aのパーセント配列同一性は、以下のように計算される:
100に(分数X/Y)を乗算
(式中、Xは、AとBのそのプログラムのアラインメントにおける配列アラインメントプログラム(例えば、BLAST)によって同一のマッチとしてスコア化されたヌクレオチド又はアミノ酸の数であり、Yは、B中の核酸の総数である)。核酸又はアミノ酸配列Aの長さが核酸又はアミノ酸配列Bの長さに等しくない場合、A対Bのパーセント配列同一性は、B対Aのパーセント配列同一性に等しくないことが理解されよう。候補配列と参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列との間のパーセント配列同一性にかかわらず、候補配列は、参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列の機能(例えば、本明細書で定義されるGrik2 mRNAのレベル又は本明細書で定義されるGluK2タンパク質の発現レベルを低下させる能力)の少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%又は100%を保持する。
100に(分数X/Y)を乗算
(式中、Xは、AとBのそのプログラムのアラインメントにおける配列アラインメントプログラム(例えば、BLAST)によって同一のマッチとしてスコア化されたヌクレオチド又はアミノ酸の数であり、Yは、B中の核酸の総数である)。核酸又はアミノ酸配列Aの長さが核酸又はアミノ酸配列Bの長さに等しくない場合、A対Bのパーセント配列同一性は、B対Aのパーセント配列同一性に等しくないことが理解されよう。候補配列と参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列との間のパーセント配列同一性にかかわらず、候補配列は、参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列の機能(例えば、本明細書で定義されるGrik2 mRNAのレベル又は本明細書で定義されるGluK2タンパク質の発現レベルを低下させる能力)の少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%又は100%を保持する。
「薬学的に許容され得る」という用語は、合理的な利益/リスク比に見合った過度の毒性、刺激、アレルギー反応及び他の問題となる合併症を伴わない、哺乳動物(例えば、ヒト)等の対象の組織との接触に適した化合物、材料、組成物及び/又は剤形を指す。
本明細書で使用される場合、「医薬組成物」という用語は、薬学的に許容され得る賦形剤と共に製剤化された本明細書に記載の化合物(例えば、阻害性核酸分子(例えば、RNA)又はそれを含むベクター)を含有する組成物を表し、場合によっては、哺乳動物の疾患を治療するための治療レジメンの一部として政府規制機関の承認を得て製造又は販売され得る。医薬組成物は、例えば、単位剤形(例えば、錠剤、カプセル、カプレット、ゲルキャップ、又はシロップ)での経口投与、局所投与(例えば、クリーム、ゲル、ローション、又は軟膏として)、静脈内投与(例えば、粒子状塞栓を含まず、静脈内使用に適した溶媒系中の滅菌溶液として)、髄腔内注射、脳室内注射、実質内注射、又は任意の他の薬学的に許容され得る製剤に製剤化することができる。
「薬学的に許容され得る賦形剤」は、本明細書に記載される化合物(例えば、活性化合物を懸濁又は溶解することができるビヒクル)以外であり、患者において実質的に非毒性かつ非炎症性であるという特性を有する任意の成分を指す。賦形剤は、例えば、付着防止剤、酸化防止剤、結合剤、コーティング、圧縮助剤、崩壊剤、染料(着色剤)、皮膚軟化剤、乳化剤、充填剤(希釈剤)、皮膜形成剤又はコーティング、フレーバー、香料、滑剤(流動促進剤)、潤滑剤、防腐剤、印刷インク、吸着剤、懸濁剤又は分散剤、甘味料、及び水和水を含み得る。例示的な賦形剤には、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム(二塩基性)、ステアリン酸カルシウム、クロスカルメロース、架橋ポリビニルピロリドン、クエン酸、クロスポビドン、システイン、エチルセルロース、ゼラチン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、マルチトール、マンニトール、メチオニン、メチルセルロース、メチルパラベン、微結晶セルロース、ポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、ポビドン、アルファ化デンプン、プロピルパラベン、パルミチン酸レチニル、シェラック、二酸化ケイ素、カルボキシメチルセルロースナトリウム、クエン酸ナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、ソルビトール、デンプン(トウモロコシ)、ステアリン酸、スクロース、タルク、二酸化チタン、ビタミンA、ビタミンE、ビタミンC及びキシリトールが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載の化合物(例えば、阻害性核酸分子(例えば、RNA)及びそれを含有するベクター)は、薬学的に許容され得る塩として調製することができるようにイオン化可能な基を有し得る。これらの塩は、無機酸若しくは有機酸を含む酸付加塩であり得、又は酸性形態の本明細書に記載される化合物の場合、塩は無機塩基若しくは有機塩基から調製され得る。多くの場合、化合物は、薬学的に許容され得る酸又は塩基の付加生成物として調製される、薬学的に許容され得る塩として調製又は使用される。薬学的に許容され得る好適な酸及び塩基、並びに適切な塩を調製するための方法は、当技術分野で周知である。塩は、無機酸及び有機酸並びに塩基を含む、薬学的に許容され得る非毒性の酸及び塩基から調製され得る。代表的な酸付加塩としては、酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプトン酸塩、ヘキサン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシルエタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸、及び吉草酸塩が挙げられる。代表的なアルカリ金属塩又はアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウム、非毒性のアンモニウム、四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられ、これらには、アンモニウム、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、及びエチルアミンが挙げられるが、これらに限定されない。
「調節配列」という用語は、遺伝子の転写又は翻訳を制御するプロモーター、エンハンサー及び他の発現制御エレメント(例えば、ポリアデニル化シグナル配列)を含む。そのような調節配列は、例えば、;参照により本明細書に組み込まれるPerdew et al.,Regulation of Gene Expression(Humana Press,New York,NY,(2014))に記載される。
「標的」又は「標的化(する)」という用語は、阻害性核酸分子(例えば、RNA)、例えば本明細書に記載の阻害性RNA剤が、相補的塩基対合を介してGrik2遺伝子又はGluK2タンパク質をコードするmRNAに特異的に結合する能力を指す。
「低分子干渉RNA」及び「siRNA」という用語は、各鎖がRNA、RNA類縁体(複数可)又はRNA及びDNAを含む二本鎖核酸を含む阻害性ポリヌクレオチドを指す。siRNA分子は、19~23ヌクレオチド(例えば、21ヌクレオチド)を含み得る。siRNAは、典型的には、siRNA中の二重鎖領域が17~21ヌクレオチド(例えば、19ヌクレオチド)を含むように、各鎖の3’末端に2bpのオーバーハングを有する。典型的には、siRNAのアンチセンス鎖は、標的遺伝子/RNAの標的配列と十分に相補的である。siRNA分子はRNA干渉経路内で作用し、標的mRNA(例えば、Grik2 mRNA)に結合し、ダイサー媒介mRNA切断を介してmRNAを分解することによってmRNA発現の阻害をもたらす。本開示を通して、siRNAという用語は、miRNAがその等価なsiRNAとして標的と相同性を有する同じ塩基を包含するように、その等価なmiRNAを含むことを意味する。
「短ヘアピンRNA」及び「shRNA」という用語は、5~30ヌクレオチドのループ領域を含む細胞においてステム-ループ構造を形成する50~100ヌクレオチドの一本鎖RNAと、相補的RNA配列間の塩基対合によって二本鎖ステムを形成する、ループ領域の両側に15~50ヌクレオチドの長い相補的RNAとを含む阻害性ポリヌクレオチドを指し、いくつかの場合、ステムを形成する各相補鎖の前後に追加の1~500ヌクレオチドが含まれる。例えば、shRNAは、一般に、RNAポリメラーゼによる転写を終結させるためにヘアピンの特異的配列3’を必要とする。そのようなshRNAは、一般に、短い5’及び3’隣接配列を含むために、ドローシャによるプロセシングを迂回する。RNAポリメラーゼIIから転写される「shRNA様マイクロRNA」等の他のshRNAは、より長い5’及び3’隣接配列を含み、ドローシャによる核内でのプロセシングを必要とし、その後、切断されたshRNAは核から細胞質ゾルに輸送され、ダイサーによって細胞質ゾルで更に切断される。siRNAと同様に、shRNAは、標的mRNAに配列特異的に結合し、標的mRNAを切断及び破壊し、標的mRNAの発現を抑制する。
本明細書で使用される場合、「特異的にハイブリダイズする」及び「特異的に結合する」という用語は、ポリヌクレオチドと標的核酸(例えば、Grik2 mRNA)との間に十分な程度の相補性を有して所望の効果(例えば、Grik2 mRNAからのGluK2の発現の減少又は阻害)を誘導するが、非標的核酸に対する効果は最小限であるか又は全く示さないポリヌクレオチドを指す。特異的なハイブリダイゼーション又は結合は、生理学的条件下で起こり得る。例えば、特異的なハイブリダイゼーション又は結合は、対応する標的核酸(例えば、mRNA配列)の核酸塩基に相補的なポリヌクレオチド(例えば、アンチセンスポリヌクレオチド)中の核酸塩基の数が、標的核酸へのポリヌクレオチドのアニーリングを促進するが非標的核酸(例えば、相補性は、例えば、標的核酸に対するポリヌクレオチドの結合部分の80%以上(例えば、85%、90%、95%、97%、99%、又は100%)のパーセント配列同一性に対応する)へのポリヌクレオチドのアニーリングを促進しない場合に起こる。当業者は、そのような状況では、ポリヌクレオチド中核酸配列(例えば、アンチセンスオリゴマー)及び標的核酸中の核酸配列が、高度の相補性(例えば、規定の数のポリヌクレオチド(例えば、約7~22個の核酸塩基)等に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、99%、又は100%相補的)を有することを理解するであろう。
「対象」及び「患者」という用語は、動物(例えば、ヒト等の哺乳動物)を指す。本明細書に記載される方法に従って治療される対象は、てんかん(例えば、TLE)と診断された対象、又はこの状態を発症するリスクがある対象であり得る。診断は、当技術分野で公知の任意の方法又は技術によって行うことができる。本開示に従って治療される対象は、標準的な試験に供されていてもよく、又は検査なしで、疾患又は状態に関連する1つ以上の危険因子の存在に起因して危険性があると同定されていてもよい。
「側頭葉てんかん」又は「TLE」という用語は、脳の側頭葉に起源を有する慢性及び再発性の発作(てんかん)を特徴とする慢性の神経学的状態を指す。この疾患は、TLEがニューロンネットワークの形態機能的再編成及び海馬の歯状回の顆粒細胞からの再発性苔状線維の発芽を特徴とするのに対して、ナイーブ組織における急性発作はそのような回路特異的再編成を沈殿させないので、ナイーブ脳組織における急性発作とは異なる。TLEは、脳の片方又は両方の半球におけるてんかん原性焦点の出現に起因し得る。
「形質導入」及び「形質導入」という用語は、核酸材料(例えば、ウイルスベクターコンストラクト等のベクター、又はその一部)を細胞に導入し、続いて核酸材料(例えば、ベクターコンストラクト又はその一部)によってコードされるポリヌクレオチドを細胞において発現させる方法を指す。
「治療/処置」又は「治療する/処置する」という用語は、予防的処置及び予防的処置、並びに治癒的処置又は疾患修飾処置の両方を指し、疾患に罹患するリスクがある患者又は疾患に罹患した疑いがある患者、並びに疾患又は病状に罹患していると診断された患者の処置を含む。治療には、臨床的再発の抑制も含まれる。治療は、疾患若しくは再発性疾患の1つ以上の症状を予防するため、治癒するため、その発症を遅延させるため、その重症度を低下させるため、若しくはその1つ以上の症状を改善するために、又はそのような処置の非存在下で予想される生存期間を超えて対象の生存期間を延長するために、医学的障害を有するか、又は最終的にその障害を獲得し得る対象に投与され得る。「治療レジメン」とは、病気の治療パターン、例えば治療中に使用される投与パターンを意味する。治療レジメンは、導入レジメン及び維持レジメンを含み得る。「導入レジメン」又は「導入期間」という語句は、疾患の初期治療に使用される治療レジメン(又は治療レジメンの一部)を指す。導入レジメンの一般的な目標は、治療レジメンの初期期間中に患者に高レベルの薬物を提供することである。導入レジメンは、「ローディングレジメン」を(部分的又は全体的に)使用することができ、これは、維持レジメン中に医師が使用するよりも多い用量の薬物を投与すること、維持レジメン中に医師が投与するよりも頻繁に薬物を投与すること、又はその両方を含むことができる。「維持レジメン」又は「メンテナンス期間」という語句は、疾患の治療中に患者を維持するために、例えば長期間(月又は年)にわたって患者を寛解状態に保つために使用される治療レジメン(又は治療レジメンの一部)を指す。維持レジメンは、連続療法(例えば、定期的な間隔、例えば、毎週、毎月、毎年等で薬物を投与すること)又は間欠療法(例えば、中断された治療、断続的な治療、再発時の治療、又は特定の所定の基準(例えば、疾患発現)を達成したときの治療)を用いることができる。
「ベクター」という用語は、核酸ベクター、例えばDNAベクター、例えばプラスミド、RNAベクター、又は別の適切なレプリコン(例えば、ウイルスベクター)を含む。外因性ポリヌクレオチド又はタンパク質をコードするポリヌクレオチドを原核細胞又は真核細胞に送達するための様々なベクターが開発されている。そのような発現ベクターの例は、例えば、国際公開第1994/011026号に開示されており、目的の核酸材料の発現に適したベクターに関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の組成物及び方法での使用に適した発現ベクターは、哺乳動物細胞における異種核酸材料(例えば、ASO)の発現に使用されるポリヌクレオチド配列並びに例えば追加の配列エレメントを含有する。本明細書に記載の阻害性核酸(例えば、RNA)剤の発現に使用することができる特定のベクターには、遺伝子転写を指示するプロモーター領域及びエンハンサー領域等の調節配列を含むプラスミドが含まれる。本明細書に開示される阻害性核酸(例えば、RNA)剤の発現のための他の有用なベクターは、これらのポリヌクレオチドの翻訳速度を増強するか、又は遺伝子転写から生じる核酸(例えば、RNA)の安定性若しくは核外輸送を改善するポリヌクレオチド配列を含む。これらの配列エレメントには、発現ベクター上に担持される遺伝子の効率的な転写を指示するために、例えば、5’及び3’非翻訳領域、IRES、並びにポリアデニル化シグナル配列部位が含まれる。本明細書に記載の組成物及び方法での使用に適した発現ベクターはまた、そのようなベクターを含有する細胞を選択するためのマーカーをコードするポリヌクレオチドを含有し得る。適切なマーカーの例は、アンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、ノウルセオトリシン又はゼオシン等の抗生物質に対する耐性をコードする遺伝子である。
本明細書で使用される場合、「変異体」という用語は、出発配列(例えば、参照配列)に対する1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、又は7)のヌクレオチド修飾(置換、挿入、欠失又はミスマッチ)を合理的に含むことによって得られるポリヌクレオチド、例えば本開示の阻害性ポリヌクレオチド配列又はその相補体(例えば、その実質的又は完全な相補体)を指す。そのような修飾は、ポリヌクレオチド(例えば、ガイド鎖のRISCローディング若しくは保持の改善、パッセンジャー鎖のRISCローディング若しくは保持の減少、又はガイド対鎖産生の比の増加、及び標的核酸配列の阻害の改善)の少なくとも1つの特徴(例えば、生物学的機能)を改善し得る。
本特許又は出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも1つの図面が含まれている。カラー図面(複数可)を含む本特許又は特許出願公開のコピーは、申請に応じて、必要な手数料を支払うことにより、米国特許庁から提供されることになる。
詳細な説明
RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)ローディングに影響を及ぼし(例えば、改善する)、例えばアンチセンスガイド鎖の産生を増強し、パッセンジャー鎖の産生を最小限に抑え、それによりGrik2 mRNA及びGluK2発現のより大きなノックダウンを促進し、パッセンジャー鎖によって誘導されるオフターゲット効果及び毒性の潜在的リスクを低下させるように設計された改変を有する阻害性ポリヌクレオチド(例えば、阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチド)を使用して、対象(例えば哺乳動物対象、例えばヒト)において、例えば側頭葉てんかん(TLE;例えば、処置に難治性のTLE)等のてんかんを治療するための組成物及び方法が本明細書に記載される。例えば、グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2)遺伝子によってコードされるmRNAを標的とする阻害性RNA分子(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、shRNA、siRNA、shmiRNA、又はそれらをコードする核酸ベクター、例えば本明細書に記載されるもの)の治療有効量を、例えば本明細書に記載の方法に従って投与して、それを必要とする対象(例えば、ヒト)のてんかんを治療することができる。TLEの治療のためのGrik2 mRNAを標的化する阻害性RNA剤をコードする核酸ベクター(例えば、ウイルスベクター、例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター)を含有する組成物も本明細書に記載される。
RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)ローディングに影響を及ぼし(例えば、改善する)、例えばアンチセンスガイド鎖の産生を増強し、パッセンジャー鎖の産生を最小限に抑え、それによりGrik2 mRNA及びGluK2発現のより大きなノックダウンを促進し、パッセンジャー鎖によって誘導されるオフターゲット効果及び毒性の潜在的リスクを低下させるように設計された改変を有する阻害性ポリヌクレオチド(例えば、阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチド)を使用して、対象(例えば哺乳動物対象、例えばヒト)において、例えば側頭葉てんかん(TLE;例えば、処置に難治性のTLE)等のてんかんを治療するための組成物及び方法が本明細書に記載される。例えば、グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2)遺伝子によってコードされるmRNAを標的とする阻害性RNA分子(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、shRNA、siRNA、shmiRNA、又はそれらをコードする核酸ベクター、例えば本明細書に記載されるもの)の治療有効量を、例えば本明細書に記載の方法に従って投与して、それを必要とする対象(例えば、ヒト)のてんかんを治療することができる。TLEの治療のためのGrik2 mRNAを標的化する阻害性RNA剤をコードする核酸ベクター(例えば、ウイルスベクター、例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター)を含有する組成物も本明細書に記載される。
Grik2
Grik2は、内因性アゴニストであるグルタメートによって活性化され、アゴニストであるカイニン酸によっても選択的に活性化され得るイオノトロピック型グルタメート受容体サブユニットGluK2をコードする遺伝子である。GluK2含有カイニン酸受容体(KAR)は、他のイオノトロピック型グルタミン酸受容体と同様に、ナトリウム及びカリウムを透過性の陽イオンチャネル孔を開くことによって作用するグルタミン酸による迅速なリガンド開口を示す。KAR複合体は、KARサブユニットのヘテロマー又はホモマー集合体としていくつかのサブユニットからアセンブリすることができる。そのような受容体は、リガンド結合ドメイン及び細胞内C末端を共に形成する細胞外N末端及び大きなペプチドループを特徴とする。イオノトロピック型グルタミン酸受容体複合体自体は、リガンド開口型イオンチャネルとして作用し、グルタミン酸と結合すると、荷電イオンのニューロン膜を通過することを媒介する。一般に、KARは、GluK1、2及び/又は3(それぞれ以前にGluR5、GluR6及びGluR7と命名されている)、GluK4(KA1)及びGluK5(KA2)サブユニット(Collingridge,Neuropharmacology.2009 Jan;56(1):2-5)の多量体アセンブリである。KAR複合体に関与するサブユニットの様々な組み合わせは、特定のKARサブユニットをコードするmRNAのRNAスプライシング及び/又はRNA編集(例えば、アデノシンデアミナーゼによるアデノシンのイノシンへの変換)によって決定されることが多い。更に、そのようなRNA修飾は、受容体の特性、例えばチャネルのカルシウム透過性の変化に影響を及ぼし得る。カイニン酸受容体の活性の増加はてんかん原性であることが知られている。GluK2含有KARは、イオノトロピック型グルタミン酸受容体活性の調節及びその後のてんかん発生に関連する症状の改善に適した標的である(Peret et al.,2014)。
Grik2は、内因性アゴニストであるグルタメートによって活性化され、アゴニストであるカイニン酸によっても選択的に活性化され得るイオノトロピック型グルタメート受容体サブユニットGluK2をコードする遺伝子である。GluK2含有カイニン酸受容体(KAR)は、他のイオノトロピック型グルタミン酸受容体と同様に、ナトリウム及びカリウムを透過性の陽イオンチャネル孔を開くことによって作用するグルタミン酸による迅速なリガンド開口を示す。KAR複合体は、KARサブユニットのヘテロマー又はホモマー集合体としていくつかのサブユニットからアセンブリすることができる。そのような受容体は、リガンド結合ドメイン及び細胞内C末端を共に形成する細胞外N末端及び大きなペプチドループを特徴とする。イオノトロピック型グルタミン酸受容体複合体自体は、リガンド開口型イオンチャネルとして作用し、グルタミン酸と結合すると、荷電イオンのニューロン膜を通過することを媒介する。一般に、KARは、GluK1、2及び/又は3(それぞれ以前にGluR5、GluR6及びGluR7と命名されている)、GluK4(KA1)及びGluK5(KA2)サブユニット(Collingridge,Neuropharmacology.2009 Jan;56(1):2-5)の多量体アセンブリである。KAR複合体に関与するサブユニットの様々な組み合わせは、特定のKARサブユニットをコードするmRNAのRNAスプライシング及び/又はRNA編集(例えば、アデノシンデアミナーゼによるアデノシンのイノシンへの変換)によって決定されることが多い。更に、そのようなRNA修飾は、受容体の特性、例えばチャネルのカルシウム透過性の変化に影響を及ぼし得る。カイニン酸受容体の活性の増加はてんかん原性であることが知られている。GluK2含有KARは、イオノトロピック型グルタミン酸受容体活性の調節及びその後のてんかん発生に関連する症状の改善に適した標的である(Peret et al.,2014)。
側頭葉てんかん
てんかん発生は、てんかんの確立をもたらし、病理学的な神経ネットワーク再編成をもたらす細胞、分子、及び形態学的変化が起こる間に潜在的に見えることがあるプロセスである。TLEは、てんかん原性焦点の解剖学的起源に基づく2つの主要なタイプによって特徴付けられる。内側側頭葉(例えば、とりわけ、海馬、海馬傍回、鉤状回及び扁桃体)に由来するTLEは内側TLE(mTLE)と呼ばれ、外側側頭葉(例えば、側頭新皮質)に由来するTLEは外側TLE(lTLE)と呼ばれる。TLEに特徴的な追加の特徴としては、海馬のCA1、CA3、歯状回及び歯状回(DG)領域におけるニューロン細胞死、GABA逆転電位の逆転、DGにおける顆粒細胞(GC)の分散、並びに歯状GC上への病態生理学的な反復興奮性シナプスの形成をもたらす再発性GC苔状線維の発芽(rMF-DGCシナプス)が挙げられ得る。
てんかん発生は、てんかんの確立をもたらし、病理学的な神経ネットワーク再編成をもたらす細胞、分子、及び形態学的変化が起こる間に潜在的に見えることがあるプロセスである。TLEは、てんかん原性焦点の解剖学的起源に基づく2つの主要なタイプによって特徴付けられる。内側側頭葉(例えば、とりわけ、海馬、海馬傍回、鉤状回及び扁桃体)に由来するTLEは内側TLE(mTLE)と呼ばれ、外側側頭葉(例えば、側頭新皮質)に由来するTLEは外側TLE(lTLE)と呼ばれる。TLEに特徴的な追加の特徴としては、海馬のCA1、CA3、歯状回及び歯状回(DG)領域におけるニューロン細胞死、GABA逆転電位の逆転、DGにおける顆粒細胞(GC)の分散、並びに歯状GC上への病態生理学的な反復興奮性シナプスの形成をもたらす再発性GC苔状線維の発芽(rMF-DGCシナプス)が挙げられ得る。
様々な原因因子が、内側側頭葉硬化症、外傷性脳損傷、脳感染症(例えば、脳炎及び髄膜炎)、低酸素性脳損傷、脳卒中、脳腫瘍、遺伝的症候群及び熱性発作を含むTLEの病因に起因している。CNSの可塑性は発達状態及び脳領域特異的感受性の両方に依存するので、脳損傷を有する全ての対象がてんかんを発症するわけではない。DGを含む海馬は、TLEを引き起こす損傷を特に受けやすい脳領域として同定されており、場合によっては、治療抵抗性(すなわち、難治性)てんかんに関連している(Jarero-Basulto,J.J.,et al.Pharmaceuticals,2018,11,17;doi:10.3390/ph11010017)。興奮性グルタミン酸作動性シグナル伝達の増幅は、自発発作を促進し得る(Kuruba,et al.Epilepsy Behav.2009,14(Suppl.1),65-73)。
理論に拘束されることを望むものではないが、異所性GluK2含有KARを介して作動する異常なrMF-DGCシナプス(Epsztein et al.,2005;Artinian et al.,2011,2015)は、TLE慢性発作において重要な役割を果たし得る(Peret et al.,2014)。例えば、発作間欠期スパイク及び発作事象(すなわち、てんかん様脳活動の電気生理学的シグネチャ)は、GluK2受容体サブユニットを欠くトランスジェニックマウスにおいて、又はGluK2/GluK5受容体を阻害する薬理学的薬剤の存在下において減少した(Peret et al.,2014;Crepel and Mulle,2015)。これらの理論を試験するように設計されたトランスジェニック動物モデルにおけるGluK2のノックダウン又はサイレンシングは実現可能であるが、GluK2サブユニットに対して選択的であり、ヒトにおける使用に安全な阻害剤を設計することは困難である。GluKサブユニットは構造的に保存されており、それらのDNAコード配列は有意な相同性を共有する。ホモマー型及びヘテロマー型のイオノトロピック型及び代謝型グルタミン酸受容体に関する脳内の複雑な遺伝子発現パターンは、任意の治療戦略を更に複雑にする。本明細書に開示される方法及び組成物は、Grik2 mRNAを標的化し、ニューロン又は星状膠細胞におけるGluK2含有KARの発現を減少させる(例えば、ノックダウン)ことによって、TLE(例えば、mTLE又はlTLE)の治療に適しており、これは、例えば、ニューロン回路(例えば、海馬回路)における自発性てんかん型放電の減少を促進する。したがって、本明細書に記載の組成物及び方法は、疾患の生理学的原因を標的とし、治療に使用することができる。
Grik2 mRNAを標的化する阻害性ポリヌクレオチド
TLEの臨床管理は困難であることは周知であり、TLE患者の少なくとも1/3は、利用可能な薬物を使用して消耗性発作を十分に制御することができない。これらの患者は、治療に反応しない再発性てんかん発作を経験することが多い。そのようなシナリオでは、TLE患者は、側頭葉のてんかん原性焦点の侵襲的かつ不可逆的な外科的切除に頼ることがあり、これは望ましくない認知欠損をもたらし得る。したがって、TLE患者のかなりの割合が、薬物耐性TLEを治療するための新規な治療手段を必要としている。本明細書に記載される組成物及び方法は、TLEの発症及び進行をもたらす基礎となる分子病態生理を治療する利点を提供する。
TLEの臨床管理は困難であることは周知であり、TLE患者の少なくとも1/3は、利用可能な薬物を使用して消耗性発作を十分に制御することができない。これらの患者は、治療に反応しない再発性てんかん発作を経験することが多い。そのようなシナリオでは、TLE患者は、側頭葉のてんかん原性焦点の侵襲的かつ不可逆的な外科的切除に頼ることがあり、これは望ましくない認知欠損をもたらし得る。したがって、TLE患者のかなりの割合が、薬物耐性TLEを治療するための新規な治療手段を必要としている。本明細書に記載される組成物及び方法は、TLEの発症及び進行をもたらす基礎となる分子病態生理を治療する利点を提供する。
Grik2 mRNA(例えば、配列番号164~174のいずれか1つ)を標的とする阻害性核酸コンストラクト(例えば、阻害性RNA剤又はそれをコードする核酸ベクター)をコードするポリヌクレオチドである本明細書に記載の組成物は、TLE等のてんかんを治療するために本明細書に記載の方法に従って投与することができる。本明細書に記載の方法及び組成物は、例えば、焦点性発作を伴うTLE、全般発作を伴うTLE、mTLE、又はlTLE等の任意のタイプのTLEを有するTLE患者を治療するために使用することができる。更に、本開示の方法及び組成物は、例えば、内側側頭葉硬化症、外傷性脳損傷、脳感染症(例えば、脳炎及び髄膜炎)、低酸素性脳損傷、脳卒中、脳腫瘍、遺伝的症候群、又は熱性痙攣等の任意の病因に起因するTLEを治療するために使用され得る。本明細書に記載される組成物及び方法はまた、TLEを発症するリスクがある対象、例えば、TLE進行の潜伏期にある対象に予防的処置として投与され得る。
本明細書に開示される方法及び組成物によれば、阻害性核酸(例えば、阻害性RNA剤)は、細胞(例えば、ニューロン、例えば、海馬ニューロン、例えば、歯状回の海馬ニューロン、例えば、歯状回顆粒細胞(DGC)、又はグルタミン酸作動性錐体ニューロン)においてGrik2mRNAの分解を引き起こすことによってGluK2の発現を阻害し、それによってmRNAの機能的GluK2タンパク質への翻訳を妨げることができる。
本明細書に開示されるGrik2 mRNAを標的化する阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は、1つ以上の脳領域におけるてんかん性脳活動(例えば、てんかん型放電)の発生頻度を低下させるように、又はその発生を完全に阻害するように作用し得る。そのような脳領域は、内側側頭葉、外側側頭葉、前頭葉、又はより具体的には、海馬(例えば、DG、CA1、CA2、CA3、鉤状回)又は新皮質を含み得るが、これらに限定されない。DGのrMF-DGCにおけるGluK2含有KARの異常な発現のために、てんかん性脳活動の発生はDGで阻害され得る。
したがって、本開示は、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、及び238~241のいずれか1つに対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する有効量の阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)、又はそれをコードする核酸ベクター、例えば配列番号256に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸ベクターと細胞を接触させることによって、CNS細胞(例えば、DGC)におけるてんかん型放電を減少させるための方法及び組成物を提供する。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号19の核酸配列同一性を有するmiR-30ガイド配列、配列番号4の核酸配列を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34の核酸配列を有するmiR-30パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号4と少なくとも85%の配列同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号4の核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号141の核酸配列を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135の核酸配列を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147の核酸配列を有するmiR-218-1パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、配列番号135の核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、並びに(b)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号19の配列を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4の配列を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34の配列を有するmiR-30パッセンジャー配列、並びに(b)配列番号141の配列を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135の配列を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147の配列を有するmiR-218-1パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号258と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号258の核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号194~198のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するhSynプロモーター配列、(b)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、並びに(c)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号198と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するhSynプロモーター配列、(b)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、並びに(c)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号198の配列を有するhSynプロモーター配列、(b)配列番号19の配列を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4の配列を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34の配列を有するmiR-30パッセンジャー配列、並びに(c)配列番号141の配列を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135の配列を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147の配列を有するmiR-218-1パッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号259と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号259の核酸配列を含む。
本明細書に記載される下記の核酸分子のいずれかのいくつかの実施形態では、その核酸分子は、1つ以上の(例えば、2つの)miRNA配列の発現を制御することができる単一のプロモーター、あるいは、それぞれが単一のmiRNAコンストラクトの発現を制御することができる2つのプロモーターを含む場合がある。例えば、いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)プロモーター配列;(b)miR-30ガイド配列、miR-30ステム-ループ配列及びmiR-30パッセンジャー配列を含むmiR-30配列等のmiRNA配列;(c)任意に、第2のプロモーター配列;(d)miR-218-1ガイド配列、miR-218-1ステム-ループ配列及びmiR-218-1パッセンジャー配列を含むmiR-218配列等の第2のmiRNA配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)プロモーター配列;(b)miR-30ガイド配列、miR-30ステム-ループ配列及びmiR-30パッセンジャー配列を含むmiR-30配列等のmiRNA配列;並びに(c)miR-218-1ガイド配列、miR-218-1ステム-ループ配列及びmiR-218-1パッセンジャー配列を含むmiR-218配列等の第2のmiRNA配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)プロモーター配列;(b)miR-30ガイド配列、miR-30ステム-ループ配列及びmiR-30パッセンジャー配列を含むmiR-30配列等のmiRNA配列;(c)第2のプロモーター配列;並びに(d)miR-218-1ガイド配列、miR-218-1ステム-ループ配列及びmiR-218-1パッセンジャー配列を含むmiR-218配列等の第2のmiRNA配列を含む。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号194~198のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するhSynプロモーター配列、(b)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、(c)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列、並びに(d)配列番号213、214及び215のうちの1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するウサギベータグロビン(RBG)アデニル化(ポリA)シグナル配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号198と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するhSynプロモーター配列、(b)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、(c)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列、並びに(d)配列番号213、214及び215のうちの1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するRBGポリAシグナル配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号198の配列を有するhSynプロモーター配列、(b)配列番号19の配列を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4の配列を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34の配列を有するmiR-30パッセンジャー配列、(c)配列番号141の配列を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135の配列を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147の配列を有するmiR-218-1パッセンジャー配列、並びに(d)配列番号213、214及び215のいずれかの配列を有するRBGポリAシグナル配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号260と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号260の核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号208と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する5’ITR配列、(b)配列番号198と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するhSynプロモーター配列、(c)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、(d)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列、(e)配列番号213、214及び215のうちの1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するRBGポリAシグナル配列、並びに(f)配列番号212と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する3’ITR配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号208の配列を有する5’ITR配列、(b)配列番号198の配列を有するhSynプロモーター配列、(c)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4の配列を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、(d)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135の配列を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147の配列を有するmiR-218-1パッセンジャー配列、(e)配列番号213、214及び215のうちの1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するRBGポリAシグナル配列、並びに(f)配列番号212の配列を有する3’ITR配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号261と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号261の核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号208と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する5’ITR配列、(b)配列番号198と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するhSynプロモーター配列、(c)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、(d)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1パッセンジャー配列、(e)配列番号213、214及び215のうちの1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するRBGポリAシグナル配列;(f)配列番号250及び251のうちの1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するスタッファー配列、並びに(g)配列番号212と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する3’ITR配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、5’から3’に、(a)配列番号208の配列を有する5’ITR配列、(b)配列番号198の配列を有するhSynプロモーター配列、(c)配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-30配列ガイド配列、配列番号4の配列を有するmiR-30ステム-ループ配列、及び配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有するmiR-30パッセンジャー配列、(d)配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するmiR-218-1ガイド配列、配列番号135の配列を有するmiR-218-1ステム-ループ配列、及び配列番号147の配列を有するmiR-218-1パッセンジャー配列、(e)配列番号213、214及び215のうちの1つ以上(例えば、2、3、4、又は5)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するRBGポリAシグナル配列、(f)配列番号250及び251のうちの一又は複数(例えば、2、3、4、又は5)の配列を有するスタッファー配列、並びに(g)配列番号212の配列を有する3’ITR配列を含む。
いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号256の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する発現カセットにコードされる。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号256の核酸配列を有する。
本開示の阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は、GluK2阻害剤であり得る。特に、GluK2阻害剤は、Grik2 mRNA発現阻害剤であり得る。GluK2の発現を阻害することはまた、GluK5のレベルを阻害し得る(Ruiz et al,J Neuroscience 2005)。いかなる理論にも拘束されることを望むものではないが、本開示は、GluK5サブユニット単独ではホモマー集合体を形成することができないため、GluK2単独の十分な除去が全てのGluK2/GluK5ヘテロマーを除去すべきであるという原理に基づいている。
開示される方法及び組成物によれば、本明細書に開示される阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は、15~50ヌクレオチド(例えば、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、又は25、30、35、40、45、又は最大50ヌクレオチド)の長さを有し得る。例えば、本明細書に開示される阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は、15ヌクレオチドの長さを有し得る。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は16ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は17ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は18ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は19ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は20ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は21ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は22ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は23ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は24ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は25ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は25~30ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は30~35ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は35~40ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は40~45ヌクレオチドの長さを有する。別の例では、阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)は45~50ヌクレオチドの長さを有する。
本開示の阻害性RNA剤は、Grik2 mRNA(例えば、配列番号164~174のいずれか1つ)又はその変異体の配列の領域に少なくとも実質的に相補的又は完全に相補的な配列を含み、当該相補性は細胞内条件下で特異的結合を生じるのに十分である。いくつかの実施形態では、阻害性RNA剤は、配列番号164等のGrik2 mRNAの配列の領域、又は配列番号164と少なくとも85%の配列同一性を有するその変異体に少なくとも実質的に相補的又は完全に相補的な配列を含む。例えば、本開示は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の少なくとも7個(例えば、少なくとも7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、又はそれ以上)の連続するヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する阻害性RNA剤を企図する。特定の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の7個の連続するヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の8個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の9個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の10個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の11個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の12個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の13個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の14個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の15個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の16個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の17個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の18個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の19個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の20個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の21個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の22個の連続ヌクレオチドに相補的なアンチセンス配列を有する。更に別の例では、阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAの1つ以上領域のヌクレオチドに100%相補的なアンチセンス配列を有する。
本開示は、Grik2 mRNA(例えば、配列番号164~174に記載されるGrik2 mRNAの領域のいずれか1つ)の1つ以上の領域に結合した場合、7~22(例えば、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22)ヌクレオチド長のGrik2 mRNAと二重鎖構造を形成する阻害性RNA剤を企図する。いくつかの実施形態では、本開示の阻害性RNA剤は、配列番号164の配列内のGrik2 mRNAの領域に結合し、7~22(例えば、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22)ヌクレオチド長のGrik2 mRNAと二重鎖構造を形成し得る。例えば、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は、7ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は8ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は9ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は10ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は11ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は12ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は13ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は14ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は15ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は16ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は17ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は18ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は19ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は20ヌクレオチド長であり得る。別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は21ヌクレオチド長であり得る。更に別の例では、阻害性RNA剤とGrik2 mRNAとの間の二重鎖構造は10ヌクレオチド長であり得る。
開示される方法及び組成物によれば、二重鎖構造は、阻害性RNA剤(例えば、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有する薬剤)によって形成される二重鎖構造、例えば配列番号258の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する阻害性RNA剤によって形成され、Grik2 mRNAの1つ以上の領域は、少なくとも1つの(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15)ミスマッチを含み得る。例えば、二重鎖構造は1個のミスマッチを含み得る。別の例では、二重鎖構造は2個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は3個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は4個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は5個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は6個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は7個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は8個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は9個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は10個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は11個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は12個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は13個のミスマッチを含む。別の例では、二重鎖構造は14個のミスマッチを含む。更に別の例では、二重鎖構造は15個のミスマッチを含む。
したがって、本開示の目的は、Grik2 mRNAを標的化する単離された、合成された、又は組換え阻害性核酸分子(例えば、阻害性RNA剤)に関する。本開示の阻害性RNA剤は、RNA又はDNA阻害性ポリヌクレオチドを含む任意の適切なタイプのものであり得る。したがって、開示される方法及び組成物は、阻害性RNA剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)であるGrik2発現阻害剤を特徴とする。アンチセンスRNA分子及びアンチセンスDNA分子を含む阻害性RNA剤は、それに結合してタンパク質翻訳を防止するか又はmRNA分解を増加させ、それによってGluK2タンパク質のレベル及び活性を低下させることによって、Grik2 mRNAの翻訳を直接遮断するように作用し得る。例えば、少なくとも約19塩基を有し、GluK2をコードするmRNA転写物配列の固有の領域に対する相補性を有する阻害性RNA剤は、例えば従来の技術(例えば、本明細書に開示される技術)によって合成され、本明細書に記載の他の経路の中でも、例えば静脈内注射又は注入によって、例えば脳の領域への直接注射等によって投与され得る。配列が公知の遺伝子の遺伝子発現を特異的に緩和するためのアンチセンス技術を使用する方法は、当技術分野で周知である(例えば、米国特許第、6,566,135号、同第6,566,131号、同第6,365,354号、同第6,410,323号、同第6,107,091号、同第6,046,321号及び同第5,981,732号を参照(これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる))。
特定の例では、本開示のGrik2 阻害性RNA剤は、低分子干渉RNA(siRNA)であり得る。Grik2 遺伝子発現は、対象又は細胞を低分子二本鎖RNA(dsRNA)又はそれをコードするベクターと接触させ、それによって配列特異的にmRNAの分解によってGrik2発現を特異的に阻害することができる低分子二本鎖RNAの産生を引き起こすことによって(例えば、RNA干渉経路によって)減少させることができる。適切なdsRNA又はdsRNAをコードするベクターを選択するための方法は、その配列が既知である遺伝子について当技術分野で公知である(例えば、Tuschl,T.et al.(1999);Elbashir,S.M.et al.(2001);Hannon,GJ.(2002);McManus,MT.et al.(2002);Brummelkamp,TR.et al.(2002);米国特許第6,573,099号、同第6,506,559号;及び国際公開第01/36646号、国際公開第99/32619号及び国際公開第01/68836号を参照(これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる))。
本開示のGrik2阻害性RNA剤はまた、短いヘアピンRNA(shRNA)であり得る。shRNAは、RNA干渉を介して遺伝子発現をサイレンシングするために使用することができる密なヘアピンターンを形成するRNAの配列である。shRNAは、一般に、標的細胞に導入されたベクターを使用して発現され、ベクターは、shRNAが構成的に発現されることを確実にするために遍在性U6プロモーターをしばしば利用する。このベクターは通常、娘細胞に渡され、細胞分裂後に遺伝子サイレンシングを維持することを可能にする。shRNAヘアピン構造は、細胞機構によってsiRNAに切断され、その後、siRNAはRNA誘導サイレンシング複合体(RISC)に結合する。この複合体は、それが結合しているsiRNA配列と一致するmRNAに結合して切断する。
更に、本開示のGrik2発現阻害剤はマイクロRNA(miRNA)であり得る。miRNAは、当技術分野において一般的な意味を有し、例えば、19ヌクレオチド~最大23ヌクレオチドの長さが報告されており、標的mRNAの翻訳を抑制するために使用することができるが、一般に21~22ヌクレオチド長であるマイクロRNA分子を指す。miRNAはそれぞれ、より長い前駆体RNA分子(「前駆体miRNA」)からプロセシングされる。前駆体miRNAは、非タンパク質コード遺伝子から転写される。前駆体miRNAは、それらがダイサーと呼ばれるリボヌクレアーゼIII様ヌクレアーゼ酵素によって動物において切断されるステム-ループ又はフォールドバック様構造を形成することを可能にする2つの相補性領域を有する。プロセシングされたmiRNAは、典型的には、標的mRNAの領域に対して完全に又は実質的に相補的である「シード配列」(典型的には6~8ヌクレオチド)を含有するステムの一部である。プロセシングされたmiRNA(「成熟miRNA」とも呼ばれる)は、特定の標的遺伝子のダウンレギュレーション(例えば、翻訳を減少させるか又はmRNAを分解する)のための大きな複合体の一部となる。
更に、本開示のGluK2阻害剤は、miRNA適合shRNA(shmiRNA)であり得る。shmiRNA作用因は、マイクロRNAの隣接配列及びループ配列を含有するマイクロRNAスキャフォルド(例えば、E-miR-30スキャフォルド)の-5pアーム又は-3pアーム内にアンチセンス配列を組み込むキメラ分子を示す。shmiRNAは、shRNAと比較して、一般に、マイクロRNA由来の配列に基づくより長いステム-ループ構造を有し、-5p及び-3pアームは完全又は実質的な相補性を示す(例えば、ミスマッチ、G:Uゆらぎ)。それらのより長い配列及びプロセシング要件のために、shmiRNAは一般にPol IIプロモーターから発現される。これらのコンストラクトはまた、shRNAベースの薬剤と比較して毒性の低下を示すことが示されている。
複数のmiRNAを使用して、Grik2 mRNA発現をノックダウンすることができる(続いて、その遺伝子産物GluK2)。miRNAは、異なる標的転写物又は単一の標的転写物の異なる結合部位に相補的であり得る。ポリシストロニック又は多重遺伝子転写物もまた、標的遺伝子ノックダウンの効率を高めるために利用され得る。同じmiRNA又は異なるmiRNAをコードする複数の遺伝子は、単一の転写物において一緒に調節され得るか、又は単一のベクターカセットにおいて別個の転写物として調節され得る。本開示のmiRNAは、ベクター、例えば、ウイルスベクター(組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクター、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター及びレトロトランスポゾンに基づくベクター系が含まれるが、これらに限定されない)にパッケージングされ得る。
Grik2 mRNAのセンス標的配列に相補的な(例えば、実質的に又は完全に相補的である)阻害性RNAは、一般に、前述の阻害剤のいずれかの産生のためのDNA配列によってコードされる(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)。目的の二本鎖RNAをコードするDNAは、遺伝子カセット(例えば、DNAの転写がプロモーターによって制御される発現カセット)に組み込むことができる。
ガイド配列のRISCローディングの改善
ガイド配列のRISCローディングの改善
RNA干渉におけるステップは、標的mRNA切断を媒介するRNA誘導サイレンシング複合体(RISC)タンパク質複合体へのマイクロRNAガイド鎖のアセンブリである。マイクロRNAは、相補的塩基対合によってパッセンジャー鎖にハイブリダイズしたガイド鎖を含む二本鎖二重鎖として産生される。ガイド鎖のRISC複合体へのアセンブリは、一般に、パッセンジャー鎖の分解を伴う。RISCアセンブリは、二本鎖からほつれたり遊離したりする傾向がより大きい5’末端を有するマイクロRNA鎖に有利である。本明細書に記載のコンストラクトは、ガイド鎖の5’末端での塩基対合を不安定化し(例えば、U-A対又はU-Gゆらぎ対をガイド鎖の5’末端又はその近くに導入することによって)、パッセンジャー鎖の5’末端での塩基対合を強固にする(例えば、パッセンジャー鎖の5’末端又はその近くにG-C対を導入することによって)ことによって、ガイドの選択及びローディングに有利に働き、RISCによるパッセンジャーの選択に不利に働くように設計されている。この戦略は、ガイド鎖と標的mRNAとの間のミスマッチが、ガイド鎖の最初のヌクレオチド又は3’末端付近(例えば、最後の4ヌクレオチド以内)で起こる場合、十分に許容されるので達成可能である。そのような戦略は、ガイド鎖によるオンターゲットノックダウンを改善するだけでなく、RISCタンパク質複合体によるパッセンジャー鎖の産生又は保持からのオフターゲット効果も低減する。
したがって、本明細書に記載される抗Grik2アンチセンス分子(例えば、マイクロRNA、shRNA、siRNA又はshmiRNA)は、ガイド鎖のRISC負荷又は保持を改善し、パッセンジャー鎖のRISCローディング又は保持を減少させ、細胞内のガイド対パッセンジャー鎖比を増加させ、標的Grik2 mRNAのノックダウンのレベルを増加させる1つ以上の改変を含む。
ガイド鎖の5’末端又はその近くの塩基対合不安定性は、本明細書に記載のコンストラクトのいくつかにおいて、ガイド鎖のRISCローディング又は保持を改善するために増加した。例えば、塩基対合不安定性は、いくつかのコンストラクトのガイド鎖の5’末端又はその近くにU-A対又はU-Gゆらぎ対を導入することによって達成される。
本明細書に記載のコンストラクトのいくつかでは、パッセンジャー鎖の5’末端に塩基対合不安定性を導入することによって、パッセンジャー鎖のRISCローディング又は保持が減少する。塩基対合不安定性は、パッセンジャー鎖の5’末端又はその近くにC-G対を付加することによって導入される。
本開示のいくつかのコンストラクトはまた、ガイド鎖に5’末端ウラシルを導入することによってガイド鎖のRISCローディング又は保持を増強するように設計された。この5’末端ヌクレオチドは、標的mRNA(例えば、Grik2 mRNA)へのハイブリダイゼーションに関与せず、一般にアルゴノートRISC触媒成分2(Ago2)タンパク質のリン酸結合ポケットに固定される。
いくつかの開示されたコンストラクトについて、ガイド鎖のシード領域(ガイド鎖のヌクレオチド2~7に対応;g2-g7)に1つ以上のミスマッチ(例えば、1、2、3、4、5、6、7個、又はそれ以上のミスマッチ)を導入することによって、パッセンジャー鎖のRISCローディング又は保持が低減される。この戦略は、RISCローディング中のパッセンジャー鎖の巻き戻し及び取り出しを促進するために用いられる。ガイド鎖のシード領域(ガイドヌクレオチド2-8、g2-g8)及び中間領域における広範な相補性は、Ago2媒介mRNA切断にとって極めて重要であるが、3’末端における塩基対合は必要とされない。実際、ガイド鎖の位置g18、g19、g20、g21における標的mRNAとのミスマッチは、Ago2からのガイド鎖の放出、すなわち、標的mRNAによって媒介される非負荷活性を弱めるために決定された。
抗Grik2コンストラクトのステム-ループ構造からのループ領域のダイサー切断は、本明細書に開示されるコンストラクトのいくつかについて、U-Gゆらぎ対をC-G対に置き換えることによってステム領域とループ領域との接合部における塩基対合を強固にすることによって改善される。本開示のGrik2 mRNA標的化コンストラクトは、前述の改変を活用して、パッセンジャー鎖産生に対するガイドの比の増加を促進し、発作性障害(例えば、TLE)の治療のためのGrik2のサイレンシングを改善する。
したがって、本明細書に記載される阻害性RNA分子は、E-miR-30マイクロRNAスキャフォルドに組み込まれる抗Grik2配列GI(配列番号16)及びそれに相補的な配列(例えば、表2(例えば、配列番号1~15、226~229及び238~241)を参照)から合理的に設計されたガイド鎖及びパッセンジャー鎖配列、又はそれに対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含有するステム-ループ配列を含み得る。
したがって、本開示のGrik2標的化アンチセンスコンストラクトは、以下の表3に記載されるガイド鎖(配列番号16~30、230~233及び242~245)及びパッセンジャー鎖(配列番号31~45、234~237及び246~249)対を含み得る。
E-miR-124-3マイクロRNAスキャフォルドに組み込まれた抗Grik2配列G9(配列番号63)及びそれに相補的な配列(例えば、表4(例えば、配列番号46~62)を参照)から合理的に設計されたガイド鎖及びパッセンジャー鎖配列、又はそれに対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含有するステム-ループ配列を含み得る阻害性RNA分子も本明細書に開示される。
したがって、本開示のGrik2標的化アンチセンスコンストラクトは、以下の表5に記載されるガイド鎖(配列番号63~79)及びパッセンジャー鎖(配列番号80~96)対を含み得る。
本明細書に記載の阻害性RNA分子は、E-miR-124-3マイクロRNAスキャフォルドに組み込まれた抗Grik2配列MW(配列番号109)及びそれに相補的な配列(例えば、表6(例えば、配列番号97~108)を参照)から合理的に設計されたガイド鎖及びパッセンジャー鎖配列、又はそれに対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含むステム-ループ配列を含み得る。
したがって、本開示のGrik2標的化アンチセンスコンストラクトは、以下の表7に記載されるガイド鎖(配列番号109~120)及びパッセンジャー鎖(配列番号121~132)対を含み得る。
本明細書に記載の阻害性RNA分子は、E-miR-218マイクロRNAスキャフォルドに組み込まれた抗Grik2配列MW(配列番号109)及びそれに相補的な配列(例えば、表8(例えば、配列番号133~138)を参照)から合理的に設計されたガイド鎖及びパッセンジャー鎖配列、又はそれに対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含むステム-ループ配列を含み得る。
したがって、本開示のGrik2標的化アンチセンスコンストラクトは、以下の表9に記載されるガイド鎖(配列番号139~144)及びパッセンジャー鎖(配列番号145~146)対を含み得る。
前述の配列は、本開示のベクターに組み込むことができるDNA(すなわち、cDNA)配列として表される。これらの配列はまた、細胞内でベクターから合成される対応するRNA配列として表され得る。当業者は、ウリジンがチミジンで置換されていることを除いて、cDNA配列がmRNA配列と等価であり、本明細書と同じ目的、すなわち、Grik2 mRNAの発現を阻害するためのポリヌクレオチドの生成に使用することができることを理解するであろう。DNAベクター(例えば、AAV)の場合、アンチセンス核酸を含むポリヌクレオチドはDNA配列である。RNAベクターの場合、導入遺伝子カセットは、本明細書に記載のアンチセンスDNA配列のRNA等価物を組み込む。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号1の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号1の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号1の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号1の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号2の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号2の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号2の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号2の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号3の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号3の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号3の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号3の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号4の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号4の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号4の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号4の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号5の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号5の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号5の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号5の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号6の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号6の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号6の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号6の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号7の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号7の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号7の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号7の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号8の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号8の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号8の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号8の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号9の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号9の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号9の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号9の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号10の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号10の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号10の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号10の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号11の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号11の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号11の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号11の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号12の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号12の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号12の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号12の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号12の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号13の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号13の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号13の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号14の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号14の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号14の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号14の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号15の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号15の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号15の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号15の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号226の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号226の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号226の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号226の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号227の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号227の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号227の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号227の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号228の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号228の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号228の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号228の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号229の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号229の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号229の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号229の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号238の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号238の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号238の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号238の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号239の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号239の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号239の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号239の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号240の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号240の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号240の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号240の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号241の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号241の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号241の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号241の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号46の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号46の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号46の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号46の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号47の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号47の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号47の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号47の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号48の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号48の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号48の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号48の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号49の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号49の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号49の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号49の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号50の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号50の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号50の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号50の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号51の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号51の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号51の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号51の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号52の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号52の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号52の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号52の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号53の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号53の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号53の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号53の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号54の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号54の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号54の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号54の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号55の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号55の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号55の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号55の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号56の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号56の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号56の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号56の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号57の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号57の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号57の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号57の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号58の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号58の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号58の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号58の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号59の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号59の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号59の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号59の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号60の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号60の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号60の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号60の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号61の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号61の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号61の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号61の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号62の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号62の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号62の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号62の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号97の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号97の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号97の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号97の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号98の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号98の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号98の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号98の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号99の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号99の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号99の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号99の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号100の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号100の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号100の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号100の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号101の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号101の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号101の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号101の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号102の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号102の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号102の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号102の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号103の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号103の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号103の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号103の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号104の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号104の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号104の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号104の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号105の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号105の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号105の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号105の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号106の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号106の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号106の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号106の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号107の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号107の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号107の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号107の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号108の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号108の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号108の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号108の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号133の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号133の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号133の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号133の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号134の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号134の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号133の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号134の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号135の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号135の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号135の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号135の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号136の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号136の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号136の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号136の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号137の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号137の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号137の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号137の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号138の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号138の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号138の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号138の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号258の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号258の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号258の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号258の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号259の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号259の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号259の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号259の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号260の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号260の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号260の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号260の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号261の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号261の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号261の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号261の核酸配列を有し得る。
本開示の阻害性RNA配列は、配列番号256の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。例えば、阻害性RNAは、配列番号256の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。別の例では、阻害性RNAは、配列番号256の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る。更なる例では、阻害性RNAは、配列番号256の核酸配列を有し得る。
ゆらぎ塩基対を有する阻害性ポリヌクレオチド
本開示は、1つ以上のゆらぎ塩基対を有する阻害性RNA剤を更に特徴とする。4つの主要なゆらぎ塩基対は、グアニン-ウラシル(G-U)、ヒポキサンチン-ウラシル(I-U)、ヒポキサンチン-アデニン(I-A)、及びヒポキサンチン-シトシン(I-C)であり、ヒポキサンチンはヌクレオシドイノシンを表す。G-Uゆらぎ塩基対は、G-C、A-T及びA-Uの熱力学的安定性と同様の熱力学的安定性を示すことが示されている(Saxena et al,2003,J Biol Chem,278(45):44312-9)。
本開示は、1つ以上のゆらぎ塩基対を有する阻害性RNA剤を更に特徴とする。4つの主要なゆらぎ塩基対は、グアニン-ウラシル(G-U)、ヒポキサンチン-ウラシル(I-U)、ヒポキサンチン-アデニン(I-A)、及びヒポキサンチン-シトシン(I-C)であり、ヒポキサンチンはヌクレオシドイノシンを表す。G-Uゆらぎ塩基対は、G-C、A-T及びA-Uの熱力学的安定性と同様の熱力学的安定性を示すことが示されている(Saxena et al,2003,J Biol Chem,278(45):44312-9)。
したがって、本開示は、配列番号164~174のいずれか1つの標的領域の相補体と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有する阻害性RNA剤を提供する(例えば、阻害性RNAは、Grik2 遺伝子配列のアンチセンス鎖と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得る)。特に、本開示の阻害性RNA剤は、対応するアラインメントされたヒトGrik2 mRNA転写物(例えば、配列番号164~174のいずれか1つ)に相補的ではない1、2又は3ヌクレオチドを有し得る。したがって、本開示の阻害性RNA剤は、配列番号164~174のいずれか1つの標的領域の相補体と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))、少なくとも86%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))、少なくとも87%(例えば、少なくとも87%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))、少なくとも88%(例えば、少なくとも88%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))、少なくとも89%(例えば、少なくとも89%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))又は少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一のヌクレオチド配列を有し得る。アラインメントされたGrik2 mRNA配列の相補配列と100%同一でないヌクレオチドは、ゆらぎヌクレオチドであり得る。
Grik2転写物上の特定の領域に対して設計されたアンチセンスRNAによって媒介されるオフターゲット効果の確率は、任意の数の公的に利用可能なアルゴリズムを使用して測定され得る。例えば、オンラインツールsiSPOTR(world-wide-web.sispotr.icts.uiowa.edu/sispotr/index.html_で入手可能な”siRNA Sequence Probability-of-Off-Targeting Reduction”を使用することができる)。
本明細書に開示される阻害性RNA剤は、GluK2タンパク質(例えば、配列番号151~163のいずれか1つを含むGluK2タンパク質、又は配列番号151の少なくともアミノ酸1~509を含むGluK2タンパク質)をコードするmRNAを標的とする。GluK2タンパク質をコードするmRNAは、配列番号151~163のいずれか1つの配列を有するポリペプチドと比較して、1つ以上のアミノ酸置換、例えば1つ以上の保存的アミノ酸置換(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上のアミノ酸置換、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上の保存的アミノ酸置換)を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み得る。
Grik2タンパク質及びそれをコードするポリヌクレオチド
本明細書に開示されるGrik2阻害性RNA剤は、例えば、バイオインフォマティクツールを使用することによって、Grik2 mRNAの配列を出発点として使用することによって設計され得る。Grik2 mRNA配列は、NCBI遺伝子番号2898に見出され得る。別の例では、配列番号151をコードするポリヌクレオチド配列、配列番号151の連続するアミノ酸1~509をコードするポリヌクレオチド配列、又は配列番号151(UniProtKB Q13002-1)、配列番号152(UniProtKB Q13002-2)、配列番号153(UniProtKB Q13002-3)、配列番号154(UniProtKB Q13002-4)、配列番号155(UniProtKB Q13002-5)、配列番号156(UniProtKB Q13002-6)、配列番号157(UniProtKB Q13002-7)、配列番号158(NCBIアクセッション番号:NP_001104738.2、配列番号159(NCBIアクセッション番号:NP_034479.3)、配列番号160(NCBIアクセッション番号:NP_034479.3)、配列番号161(NCBIアクセッション番号:XP_014992481.1)、配列番号162(NCBIアクセッション番号:XP_014992483.1)及び配列番号163(NCBIアクセッション番号:NP_062182.1)のいずれか1つのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド配列を、GluK2タンパク質をコードするmRNAを標的とする核酸を設計するための基礎として使用することができる。GluK2受容体をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号164~174のいずれか1つから選択され得る。
本明細書に開示されるGrik2阻害性RNA剤は、例えば、バイオインフォマティクツールを使用することによって、Grik2 mRNAの配列を出発点として使用することによって設計され得る。Grik2 mRNA配列は、NCBI遺伝子番号2898に見出され得る。別の例では、配列番号151をコードするポリヌクレオチド配列、配列番号151の連続するアミノ酸1~509をコードするポリヌクレオチド配列、又は配列番号151(UniProtKB Q13002-1)、配列番号152(UniProtKB Q13002-2)、配列番号153(UniProtKB Q13002-3)、配列番号154(UniProtKB Q13002-4)、配列番号155(UniProtKB Q13002-5)、配列番号156(UniProtKB Q13002-6)、配列番号157(UniProtKB Q13002-7)、配列番号158(NCBIアクセッション番号:NP_001104738.2、配列番号159(NCBIアクセッション番号:NP_034479.3)、配列番号160(NCBIアクセッション番号:NP_034479.3)、配列番号161(NCBIアクセッション番号:XP_014992481.1)、配列番号162(NCBIアクセッション番号:XP_014992483.1)及び配列番号163(NCBIアクセッション番号:NP_062182.1)のいずれか1つのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド配列を、GluK2タンパク質をコードするmRNAを標的とする核酸を設計するための基礎として使用することができる。GluK2受容体をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号164~174のいずれか1つから選択され得る。
GluK2ポリペプチドは、配列番号151のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号151のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(UniProt Q13002-1;GRIK2_HUMANグルタミン酸受容体イオノトロピック、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号151)
(配列番号151)
GluK2ポリペプチドは、配列番号152のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号152のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(UniProt Q13002-2;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_HUMANアイソフォーム2、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKESSIWLVPPYHPDTV
(配列番号152)
(配列番号152)
GluK2ポリペプチドは、配列番号153のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号153のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(UniProt Q13002-3;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_HUMANアイソフォーム3、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARF
(配列番号153)
(配列番号153)
GluK2ポリペプチドは、配列番号154のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号154のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(UniProt Q13002-4;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_HUMANアイソフォーム4、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号154)
(配列番号154)
GluK2ポリペプチドは、配列番号155のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号155のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(UniProt Q13002-5;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_HUMANアイソフォーム5、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRAKTKLPQDYVFLPILESVSISTVLSSSPSSSSLSSCS
(配列番号155)
(配列番号155)
GluK2ポリペプチドは、配列番号156のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号156のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(UniProt Q13002-6;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_HUMANアイソフォーム6、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKESSIWLVPPYHPDTV
(配列番号156)
(配列番号156)
GluK2ポリペプチドは、配列番号157のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号157のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(UniProt Q13002-7;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_HUMANアイソフォーム7、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRAKTKLPQDYVFLPILESVSISTVLSSSPSSSSLSSCS
(配列番号157)
(配列番号157)
GluK2ポリペプチドは、配列番号158のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号158のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(NP_001104738.2;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_MOUSEアイソフォーム1前駆体、カイニン酸2):
MKIISPVLSNLVFSRSIKVLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPSSGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号158)
(配列番号158)
GluK2ポリペプチドは、配列番号159のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号159のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(NP_034479.3;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_MOUSEアイソフォーム2前駆体、カイニン酸2):
MKIISPVLSNLVFSRSIKVLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
MKIISPVLSNLVFSRSIKVLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
LPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPSSGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKESSIWLVPPYHPDTV
(配列番号159)
(配列番号159)
GluK2ポリペプチドは、配列番号160のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号160のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(NP_001345795.2;グルタミン酸受容体イオノトロピックのGRIK2_MOUSEアイソフォーム1前駆体、カイニン酸2):
MKIISPVLSNLVFSRSIKVLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
MKIISPVLSNLVFSRSIKVLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
LPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPSSGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号160)
(配列番号160)
GluK2ポリペプチドは、配列番号161のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号161のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(XP_014992481.1;GRIK2_RHESUS MACAQUEアイソフォームX1、グルタミン酸受容体イオノトロピック、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
LPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号161)
(配列番号161)
GluK2ポリペプチドは、配列番号162のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号162のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよく、これを以下に示す(XP_014992483.1;GRIK2_RHESUS MACAQUEアイソフォームX1、グルタミン酸受容体イオノトロピック、カイニン酸2):
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
LPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号162)
(配列番号162)
GluK2ポリペプチドは、配列番号163のアミノ酸配列、又は配列番号163のアミノ酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であり得て、これは、以下に示される(NP_062182.1;GRIK2_RATグルタミン酸受容体イオノトロピック前駆体、カイニン酸2):
MKIISPVLSNLVFSRSIKVLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
LPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMRQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号163)
LPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMRQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号163)
Grik2 mRNAは、表10に示されるように、5’及び3’非翻訳領域(UTR)を含み、配列番号164の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号164の核酸配列(RefSeq NM_021956.1:4592ホモ・サピエンス(Homo sapiens)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体1、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号165の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号165の核酸配列(RefSeq NM_021956.4:294-3020ホモ・サピエンス(Homo sapiens)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体1、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号166の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号166の核酸配列(RefSeq NM_175768.3:294-2903ホモ・サピエンス(Homo sapiens)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体2、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号167の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号167の核酸配列(RefSeq NM_001166247.1:294-2972ホモ・サピエンス(Homo sapiens)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体3、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、以下に示すように、配列番号168の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号168の核酸配列(RefSeq NM_001111268.2マウス(Mus musculus)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体4、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号169の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号169の核酸配列(RefSeq NM_010349.4マウス(Mus musculus)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体5、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号170の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号170の核酸配列(RefSeq NM_001358866マウス(Mus musculus)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体6、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号171の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号171の核酸配列(RefSeq XM_015136995.2アカゲザル(Macaca mulatta)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体7、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号172の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号172の核酸配列(RefSeq XM_015136997.2アカゲザル(Macaca mulatta)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、転写変異体X1、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、配列番号173の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号173の核酸配列(RefSeq NM_019309.2ラット(Rattus norvegicus)グルタミン酸イオノトロピック型受容体カイニン酸タイプサブユニット2(GRIK2)、mRNA)と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体であってもよい。
追加的又は代替的に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、成熟GluK2ペプチドコード配列に対応し、配列番号174の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号174の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含む。
開示された方法及び組成物によれば、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、5’UTR、例えば配列番号175の核酸配列を有するポリヌクレオチドによってコードされる5’UTR、又は配列番号175の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含み得る。
Grik2 mRNAはまた、表10に示されるように、配列番号176の核酸配列を有するポリヌクレオチド又は配列番号176の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体によってコードされる3’UTR等の3’UTRを含み得る。
更に、Grik2 mRNAは、表10に示されるように、Grik2シグナルペプチド配列をコードするポリヌクレオチド、例えば、配列番号177の核酸配列によってコードされるシグナルペプチド配列、又は配列番号177の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含み得る。
更に、本開示の阻害性ポリヌクレオチドは、以下の表10に記載されるGrik2転写物(配列番号177~193に対応する)のエクソン1~16のいずれか1つの中で結合することができる。
核酸ベクター
本明細書に開示される核酸作用物質の有効な細胞内濃度は、作用物質をコードするポリヌクレオチド(例えば、哺乳動物細胞の核又はミトコンドリアゲノムへの組み込みによって)の安定な発現によって達成することができる。核酸は、Grik2 mRNAを標的化する阻害性RNA(例えば、本明細書に開示される阻害性RNA剤)である。そのような外因性核酸を哺乳動物細胞に導入するために、薬剤のポリヌクレオチド配列をベクターに組み込むことができる。ベクターは、形質転換、トランスフェクション、直接的な取り込み、粒子衝撃法(projectile bombardment)、及びリポソームへのベクターの封入を含む様々な方法によって細胞に導入することができる。細胞をトランスフェクト又は形質転換する適切な方法の例は、リン酸カルシウム沈殿、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、感染、リポフェクション及び直接取り込みである。このような方法は、例えば、Green et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Fourth Edition(Cold Spring Harbor University Press,New York(2014));and Ausubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley&Sons,New York(2015))に記載されており、これらの各々の開示は参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に開示される核酸作用物質の有効な細胞内濃度は、作用物質をコードするポリヌクレオチド(例えば、哺乳動物細胞の核又はミトコンドリアゲノムへの組み込みによって)の安定な発現によって達成することができる。核酸は、Grik2 mRNAを標的化する阻害性RNA(例えば、本明細書に開示される阻害性RNA剤)である。そのような外因性核酸を哺乳動物細胞に導入するために、薬剤のポリヌクレオチド配列をベクターに組み込むことができる。ベクターは、形質転換、トランスフェクション、直接的な取り込み、粒子衝撃法(projectile bombardment)、及びリポソームへのベクターの封入を含む様々な方法によって細胞に導入することができる。細胞をトランスフェクト又は形質転換する適切な方法の例は、リン酸カルシウム沈殿、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、感染、リポフェクション及び直接取り込みである。このような方法は、例えば、Green et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Fourth Edition(Cold Spring Harbor University Press,New York(2014));and Ausubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley&Sons,New York(2015))に記載されており、これらの各々の開示は参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に開示される薬剤は、かかる薬剤をコードするポリヌクレオチドを含むベクターを細胞膜リン脂質に標的化することによって哺乳動物細胞に導入することもできる。例えば、ベクター分子を、全ての細胞膜リン脂質に対する親和性を有するウイルスタンパク質であるVSV-Gタンパク質に連結することによって、ベクターを細胞膜の細胞外表面のリン脂質に標的化することができる。そのようなコンストラクトは、当技術分野の従来の日常的な方法を使用して製造することができる。
高い転写率及び翻訳率を達成することに加えて、哺乳動物細胞における外因性ポリヌクレオチドの安定な発現は、遺伝子を含有するポリヌクレオチドを哺乳動物細胞の核ゲノムに組み込むことによって達成することができる。外因性タンパク質をコードするポリヌクレオチドの哺乳動物細胞の核DNAへの送達及び組込みのための様々なベクターが開発されている。発現ベクターの例は、例えば国際公開第1994/011026号に開示されており、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載される組成物及び方法において使用するための発現ベクターは、Grik2標的化阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチド配列、同様にまた、例えば、これらの作用因の発現及び/又はこれらのポリヌクレオチド配列の哺乳動物細胞のゲノムへのインテグレーションのために使用される追加の配列エレメントを含有する。使用することができる特定のベクターには、遺伝子転写を指示するプロモーター領域及びエンハンサー領域等の調節配列を含むプラスミドが含まれる。他の有用なベクターは、これらの遺伝子の翻訳速度を高めるか、又は遺伝子転写から生じるmRNAの安定性又は核外輸送を改善するポリヌクレオチド配列を含む。これらの配列エレメントには、発現ベクター上に担持される遺伝子の効率的な転写を指示するために、例えば、5’及び3’UTR領域、IRES、並びにポリアデニル化シグナル配列部位が含まれる。本明細書に記載の組成物及び方法での使用に適した発現ベクターはまた、そのようなベクターを含有する細胞を選択するためのマーカーをコードするポリヌクレオチドを含有し得る。適切なマーカーの例は、アンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、ノウルセオトリシン等の抗生物質に対する耐性をコードする遺伝子である。
調節配列
本明細書に開示される阻害性RNA剤は、治療上の利益を誘発するのに十分に高いレベルで発現され得る。したがって、ポリヌクレオチド発現は、開示される阻害性RNA剤の堅牢な発現を駆動することができるプロモーター配列によって媒介され得る。本明細書に開示される方法及び組成物によれば、プロモーターは異種プロモーターであり得る。本明細書で使用される場合、「異種プロモーター」という用語は、自然状態で所与のコード配列に作動可能に連結されていることが見出されないプロモーターを指す。有用な異種対照配列には、一般に、哺乳動物又はウイルス遺伝子をコードする配列に由来するものが含まれる。
本明細書に開示される阻害性RNA剤は、治療上の利益を誘発するのに十分に高いレベルで発現され得る。したがって、ポリヌクレオチド発現は、開示される阻害性RNA剤の堅牢な発現を駆動することができるプロモーター配列によって媒介され得る。本明細書に開示される方法及び組成物によれば、プロモーターは異種プロモーターであり得る。本明細書で使用される場合、「異種プロモーター」という用語は、自然状態で所与のコード配列に作動可能に連結されていることが見出されないプロモーターを指す。有用な異種対照配列には、一般に、哺乳動物又はウイルス遺伝子をコードする配列に由来するものが含まれる。
異種プロモーター及び他の制御エレメント(CNS特異的及び誘導性プロモーター、エンハンサー等)の両方を使用することができる。プロモーターは、その全体が天然の遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)に由来していてもよく、又は異なる天然に存在するプロモーターに由来する異なるエレメントから構成されていてもよい。あるいは、プロモーターは、合成ポリヌクレオチド配列を含み得る。異なるプロモーターは、異なる組織若しくは細胞型において、又は異なる発生段階において、又は異なる環境条件若しくは薬物若しくは転写補助因子の存在若しくは非存在に応答して、遺伝子の発現を指示する。様々なプロモーター、細胞型特異的プロモーター、組織特異的プロモーター、発生段階特異的プロモーター及び条件的プロモーター、例えば、薬物応答性プロモーター(例えば、テトラサイクリン応答性プロモーター)がこの技術分野では広く知られている。
哺乳動物系では、3種類のプロモーターが存在し、発現ベクターの構築の候補である。(i)大きなリボソームRNAの転写を制御するPol Iプロモーター;(ii)mRNA(タンパク質に翻訳される)、核内低分子RNA(snRNA)及び内因性マイクロRNA(例えば、プレ-mRNAのイントロンから)の転写を制御するPol IIプロモーター;(iii)及び小さな非コードRNAをユニークに転写するPol IIIプロモーター。それぞれが、in vivoでのRNAの発現のためのコンストラクトを設計するときに考慮すべき利点及び制約を有する。例えば、Pol IIIプロモーターは、in vivoでDNA鋳型から阻害性RNA剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)を合成するのに有用である。組織特異的発現に対するより大きな制御のために、Pol IIプロモーターを使用することができる(例えば、miRNAの転写のため)。Pol IIプロモーターを使用する場合、RNAがsiRNA、shRNA又はmiRNAとして機能し、in vivoでペプチドに翻訳されないように、翻訳開始シグナルを省略することができる。
本明細書に記載の組成物及び方法での使用に適したポリヌクレオチドには、哺乳動物調節配列、例えばプロモーター配列及び任意にエンハンサー配列の制御下でGrik2 mRNAを標的化する阻害性RNA剤をコードするものも含まれる。哺乳動物細胞における開示される阻害性RNA剤の発現に有用な例示的なプロモーターには、細胞型特異的プロモーターが含まれる。例えば、Grik2阻害性RNA剤のニューロン特異的発現は、ニューロン特異的プロモーター、例えばヒトシナプシン1(hSyn)プロモーター又はCa2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(CaMKII)プロモーターを使用して付与することができる。hSyn及びCaMKIIプロモーターの変異体は、Hioki et al.Gene Therapy 14:872-82(2007)及びSauerwald et al.J.Biol.Chem.265(25):14932-7(1990)に記載されており、これらの開示は、特定のhSyn及びCaMKIIプロモーター配列に関するので、参照により本明細書に組み込まれる。サイトメガロウイルスのエンハンサー(例えば、CAG又はCBA)、U6、H1又は7SKプロモーターを含有する構成的プロモーターもまた、代わりに使用され得る。これらのプロモーターの配列は当技術分野で公知である(これらのプロモーターの配列は、例えば、国際公開第2022/011262号にも開示されており、これは参照により本明細書に組み込まれる)。
特定の例では、本開示の発現ベクターは、SYNプロモーター(例えば、ヒトSYNプロモーター(hSyn)等、例えば、配列番号194~198のいずれか1つ、又は配列番号194~198のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含む。別の例では、本開示の発現ベクターは、CAMKIIプロモーター(例えば、配列番号199~204のいずれか1つ、又は配列番号99~204のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)を含む。
発現ベクター(例えば、プラスミド又はウイルスベクター、例えば、AAV又はレンチウイルスベクター)と共に使用するのに適した例示的なプロモーター配列を以下の表11に提供する。
特定の例では、本開示のウイルスベクターは、ニューロン特異的プロモーター配列を組み込む。特定の例では、ニューロン特異的プロモーターは、ヒトSyn(hSyn)プロモーター、例えば配列番号:194~198のいずれか1つの核酸配列を有するヒトSynプロモーター、又は配列番号194~198のいずれか1つの核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。
別の例では、ニューロン特異的プロモーターは、CaMKIIプロモーター配列、例えば配列番号:199~204のいずれか1つのCaMKIIプロモーター、又は配列番号199~204のいずれか1つの核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。
追加のCaMKIIプロモーターには、Wang et al.(Mol.Biol.Rep.35(1):37-44,2007)に記載されているヒトアルファCaMKIIプロモーター配列が含まれ得て、この開示は、CaMKIIプロモーター配列に関するものとしてその全体が本明細書に組み込まれる。
開示される阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチドが哺乳動物細胞の核DNAに組み込まれると、このポリヌクレオチドの転写は、当技術分野で公知の方法によって誘導することができる。例えば、発現は、転写因子及び/又はRNAポリメラーゼの哺乳動物プロモーターへの結合を調節し、したがって遺伝子発現を調節する薬剤等の外部化学試薬に哺乳動物細胞を曝露することによって誘導することができる。化学試薬は、例えばプロモーターに結合したリプレッサータンパク質を除去することによって、RNAポリメラーゼ及び/又は転写因子の哺乳動物プロモーターへの結合を促進するのに役立ち得る。あるいは、化学試薬は、化学試薬の存在下でプロモーターの下流に位置する遺伝子の転写速度が増加するように、RNAポリメラーゼ及び/又は転写因子に対する哺乳動物プロモーターの親和性を高めるのに役立ち得る。上記の機構によってポリヌクレオチド転写を増強する化学試薬の例は、テトラサイクリン及びドキシサイクリンである。これらの試薬は市販されており(Life Technologies、カリフォルニア州カールスバッド)、確立されたプロトコルに従って遺伝子発現を促進するために哺乳動物細胞に投与することができる。
本明細書に記載の組成物及び方法で使用するためのポリヌクレオチドに含まれ得る他のDNA配列エレメントは、エンハンサー配列である。エンハンサーは、DNAが転写開始部位での転写因子及びRNAポリメラーゼの結合に有利な三次元配向をとるように、目的の遺伝子を含有するポリヌクレオチドの立体構造変化を誘導する別のクラスの調節エレメントを表す。したがって、本明細書に記載される組成物及び方法において使用するためのポリヌクレオチドには、Grik2標的化阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチドが含まれ、加えて、哺乳動物エンハンサー配列が含まれる。現在、多くのエンハンサー配列が哺乳動物遺伝子から知られており、例は、哺乳動物グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α-フェトプロテイン及びインスリンをコードする遺伝子からのエンハンサーである。本明細書に記載の組成物及び方法で使用するためのエンハンサーには、真核細胞に感染することができるウイルスの遺伝物質に由来するものも含まれる。例は、複製起点の後期側のSV40エンハンサー(bp100~270)、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後期側のポリオーマエンハンサー、及びアデノウイルスエンハンサーである。真核生物遺伝子転写の活性化を誘導する追加のエンハンサー配列は、Yaniv et al.,Nature 297:17(1982)に開示されている。エンハンサーは、本開示のアンチセンスコンストラクトをコードするポリヌクレオチドを含むベクターに、例えばこの遺伝子の5’又は3’の位置でスプライシングされ得る。特定の配向では、エンハンサーはプロモーターの5’側に配置され、プロモーターは本開示の阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチドに対して5’側に位置する。エンハンサー配列の非限定的な例を以下の表12に示す。
本明細書に記載される組成物及び方法において使用するためのポリヌクレオチドに含まれ得る追加の調節エレメントは、イントロン配列である。イントロン配列は、RNAスプライシング中に除去されて成熟mRNA産物を産生するプレmRNAに見られる非タンパク質コードRNA配列である。イントロン配列は、他の非コードRNA分子を産生するために更にプロセシングされ得るという点で、遺伝子発現の調節に重要である。選択的スプライシング、ナンセンス変異依存mRNA分解機構及びmRNA搬出は、イントロン配列によって調節されることが示されている生物学的プロセスである。イントロン配列はまた、イントロン媒介性増強を介して導入遺伝子の発現を促進し得る。イントロン配列の非限定的な例を以下の表12に示す。
本開示のベクターと併せて使用され得る更なる調節エレメントとしては、逆方向末端反復(ITR)配列が挙げられる。ITR配列は、例えば、それぞれが典型的には約145塩基対を含む5’及び3’末端のAAVゲノムに見られる。AAV ITR配列は、AAVベクターが細胞に組み込まれると相補鎖合成を促進することによってAAVゲノム多重化に特に重要である。更に、ITRは、AAVゲノムの宿主細胞のゲノムへの組み込み及びAAVゲノムのカプセル化に重要であることが示されている。ITR配列の非限定的な例を以下の表12に示す。
本開示のベクターへの組み込みに適した追加の調節エレメントとしては、ポリアデニル化配列(すなわち、ポリA配列)が挙げられる。ポリA配列は、一続きのアデニン塩基を含むRNA尾部である。これらの配列をRNA分子の3’末端に付加して、成熟mRNA転写物を生成する。mRNAのプロセシング及び輸送に関連するいくつかの生物学的プロセスは、核外輸送、翻訳及び安定性を含むポリA配列によって調節される。哺乳動物細胞では、ポリAテールの短縮は、mRNA分解の可能性の増加をもたらす。ポリA配列の非限定的な例を以下の表12に提供する。
他の例では、本開示のウイルスベクターは、本開示のアンチセンスコンストラクトの発現を促進することができる1つ以上の調節配列エレメントを組み込む。一例では、調節配列エレメントはイントロン配列である。例えば、本開示のベクターに含めるのに適したイントロン配列は、キメライントロン、配列番号205の核酸配列を有するキメライントロン、又は配列番号205の核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。
別の例では、イントロン配列は、免疫グロブリン重鎖可変4(VH4)イントロン、例えば、配列番号206の核酸配列を有するVH4配列、又は配列番号206の核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。
いくつかの実施形態では、5’から3’に、ベクターは以下を含む:(a)第1のプロモーター配列、(b)イントロン配列、(c)ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド、(d)任意に第2のプロモーター配列、及び(e)任意に、ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド。
別の例では、調節配列エレメントはエンハンサー配列である。例えば、エンハンサー配列は、CMVエンハンサー、例えば配列番号207の核酸配列を有するCMVエンハンサー、又は配列番号207の核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。
いくつかの実施形態では、5’から3’に、ベクターは以下を含む:(a)エンハンサー配列、(b)第1のプロモーター配列、(c)イントロン配列、(d)ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド、(e)任意に、第2のプロモーター配列、及び(f)任意に、ステム-ループ配列を含む第2のポリヌクレオチド。
別の例では、調節配列エレメントは、例えばAAV ITR配列等のITR配列である。例えば、ITR配列は、AAV 5’ITR配列、例えば配列番号208の核酸配列を有するAAV 5’ ITR配列、又は配列番号208若しくは配列番号209の核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。
別の例では、ITR配列は、AAV 3’ITR配列、例えば配列番号210~212のいずれか1つの核酸配列を有するAAV 3’ ITR、又は配列番号210~212のいずれか1つの核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。
いくつかの実施形態では、5’から3’に、ベクターは以下を含む:(a)5’ITR配列、(b)任意に、エンハンサー配列、(c)第1のプロモーター配列、(d)任意に、イントロン配列、(e)ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド、(f)任意に、第2のプロモーター配列、(g)任意に、ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド、及び(h)3’ITR配列。
別の例では、調節配列エレメントは、ポリアデニル化シグナル配列(すなわち、ポリAテール)である。例えば、本明細書に開示されるベクターと共に使用するのに適したポリアデニル化シグナル配列には、ウサギβ-グロビン(RBG)ポリアデニル化シグナル配列、例えば配列番号213~215のいずれか1つの核酸配列を有するRBGポリアデニル化シグナル配列、又は配列番号213~215のいずれか1つの核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも71%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。開示される組成物及び方法と併せて使用することができる別のポリアデニル化シグナル配列は、ウシ成長ホルモン(BGH)ポリアデニル化シグナル配列、例えば配列番号216のBGHポリアデニル化シグナル配列、又は配列番号216の核酸配列に少なくとも70%(例えば、少なくとも71%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体である。いくつかの実施形態では、5’から3’に、ベクターは以下を含む:(a)5’ITR配列、(b)任意に、エンハンサー配列、(c)第1のプロモーター配列、(d)任意に、イントロン配列、(e)ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド、(f)任意に、第2のプロモーター配列、(g)任意に、ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチド、(h)ポリアデニル化シグナル配列、例えばRBGポリアデニル化シグナル配列、及び(i)3’ITR配列。
ウイルスベクター
ウイルスゲノムは、哺乳動物細胞への外因性ポリヌクレオチドの効率的な送達のために使用することができるベクターの豊富な供給源を提供する。ウイルスゲノムは、そのようなゲノム内に含まれるポリヌクレオチドが一般化又は特殊化された形質導入によって哺乳動物細胞の核ゲノムに典型的に組み込まれるので、遺伝子送達のための特に有用なベクターである。これらのプロセスは、天然のウイルス複製サイクルの一部として発生し、遺伝子組み込みを誘導するために追加のタンパク質や試薬を必要としない。ウイルスベクターの例は、パルボウイルス(例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV))、レトロウイルス(例えば、レトロウイルス科ウイルスベクター)、アデノウイルス(例えば、Ad5、Ad26、Ad34、Ad35、及びAd48)、コロナウイルス、オルトミクソウイルス(例えば、インフルエンザウイルス)、ラブドウイルス(例えば、狂犬病ウイルス及び水疱性口内炎ウイルス)、パラミクソウイルス(例えば、はしか及びセンダイ)等のマイナス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス及びアルファウイルス等のプラス鎖RNAウイルス、並びにアデノウイルス、ヘルペスウイルス(例えば、単純ヘルペスウイルス1型及び2型、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス)、及びポックスウイルス(例えば、ワクシニア、改変ワクシニアウイルス(MVA)、鶏痘(fowlpox)及びカナリア痘(canarypox))を含む二本鎖DNAウイルスである。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポバウイルス、ヘパドナウイルス、ヒトパピローマウイルス、ヒト泡沫状ウイルス及び肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例は、トリ白血病肉腫、トリC型ウイルス、哺乳動物C型、B型ウイルス、D型ウイルス、オンコレトロウイルス、HTLV-BLV群、レンチウイルス、アルファレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、スプーマウイルス(Coffin,J.M.,Retroviridae:The viruses and their replication,Virology,Third Edition(Lippincott-Raven,Philadelphia,(1996)))である。その他の例としては、ネズミ白血病ウイルス、ネズミ肉腫ウイルス、マウス乳腺腫瘍ウイルス、ウシ白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、鳥白血病ウイルス、ヒトT細胞白血病ウイルス、ヒヒ内因性ウイルス、ギボン類人猿白血病ウイルス、メイソン・ファイザーサルウイルス、サル免疫不全ウイルス、サル肉腫ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、及びレンチウイルスが挙げられる。ベクターの他の例は、例えば、McVey et al.,(米国特許第5,801,030号)に記載されており、その教示は参照により本明細書に組み込まれる。
ウイルスゲノムは、哺乳動物細胞への外因性ポリヌクレオチドの効率的な送達のために使用することができるベクターの豊富な供給源を提供する。ウイルスゲノムは、そのようなゲノム内に含まれるポリヌクレオチドが一般化又は特殊化された形質導入によって哺乳動物細胞の核ゲノムに典型的に組み込まれるので、遺伝子送達のための特に有用なベクターである。これらのプロセスは、天然のウイルス複製サイクルの一部として発生し、遺伝子組み込みを誘導するために追加のタンパク質や試薬を必要としない。ウイルスベクターの例は、パルボウイルス(例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV))、レトロウイルス(例えば、レトロウイルス科ウイルスベクター)、アデノウイルス(例えば、Ad5、Ad26、Ad34、Ad35、及びAd48)、コロナウイルス、オルトミクソウイルス(例えば、インフルエンザウイルス)、ラブドウイルス(例えば、狂犬病ウイルス及び水疱性口内炎ウイルス)、パラミクソウイルス(例えば、はしか及びセンダイ)等のマイナス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス及びアルファウイルス等のプラス鎖RNAウイルス、並びにアデノウイルス、ヘルペスウイルス(例えば、単純ヘルペスウイルス1型及び2型、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス)、及びポックスウイルス(例えば、ワクシニア、改変ワクシニアウイルス(MVA)、鶏痘(fowlpox)及びカナリア痘(canarypox))を含む二本鎖DNAウイルスである。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポバウイルス、ヘパドナウイルス、ヒトパピローマウイルス、ヒト泡沫状ウイルス及び肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例は、トリ白血病肉腫、トリC型ウイルス、哺乳動物C型、B型ウイルス、D型ウイルス、オンコレトロウイルス、HTLV-BLV群、レンチウイルス、アルファレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、スプーマウイルス(Coffin,J.M.,Retroviridae:The viruses and their replication,Virology,Third Edition(Lippincott-Raven,Philadelphia,(1996)))である。その他の例としては、ネズミ白血病ウイルス、ネズミ肉腫ウイルス、マウス乳腺腫瘍ウイルス、ウシ白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、鳥白血病ウイルス、ヒトT細胞白血病ウイルス、ヒヒ内因性ウイルス、ギボン類人猿白血病ウイルス、メイソン・ファイザーサルウイルス、サル免疫不全ウイルス、サル肉腫ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、及びレンチウイルスが挙げられる。ベクターの他の例は、例えば、McVey et al.,(米国特許第5,801,030号)に記載されており、その教示は参照により本明細書に組み込まれる。
AAVベクター
本明細書に記載される組成物の核酸は、例えば本明細書に開示される方法に関連して、細胞へのそれらの導入を容易にするためにAAVベクター及び/又はビリオンに組み込まれ得る。AAVベクターは中枢神経系で使用することができ、適切なプロモーター及び血清型は、例えば、Pignataro et al.,J Neural Transm 125(3):575-89(2017)に記載されており、その開示は、CNS遺伝子治療に有用なプロモーター及びAAV血清型に関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の組成物及び方法において有用なrAAVベクターは、(1)発現される異種配列(例えば、Grik2 mRNA標的化阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチド)及び(2)異種遺伝子の組み込み及び発現を促進するウイルス配列を含む組換え核酸コンストラクトである。ウイルス配列は、DNAの複製及びビリオンへのパッケージング(例えば、機能性ITR)のためにシスにおいて必要とされるAAVの配列を含み得る。そのようなrAAVベクターはまた、マーカー遺伝子又はレポーター遺伝子を含有し得る。有用なrAAVベクターは、1つ以上のAAV WT遺伝子が全体的又は部分的に欠失しているが、機能的な隣接ITR配列を保持している。AAV ITRは、特定の用途に適した任意の血清型であり得る。rAAVベクターを使用するための方法は、例えば、Tai et al.,J.Biomed.Sci.7:279(2000)、及びMonahan and Samulski,Gene Delivery 7:24(2000)に記載され、これらの各々の開示は、遺伝子送達のためのAAVベクターに関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載される組成物の核酸は、例えば本明細書に開示される方法に関連して、細胞へのそれらの導入を容易にするためにAAVベクター及び/又はビリオンに組み込まれ得る。AAVベクターは中枢神経系で使用することができ、適切なプロモーター及び血清型は、例えば、Pignataro et al.,J Neural Transm 125(3):575-89(2017)に記載されており、その開示は、CNS遺伝子治療に有用なプロモーター及びAAV血清型に関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の組成物及び方法において有用なrAAVベクターは、(1)発現される異種配列(例えば、Grik2 mRNA標的化阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチド)及び(2)異種遺伝子の組み込み及び発現を促進するウイルス配列を含む組換え核酸コンストラクトである。ウイルス配列は、DNAの複製及びビリオンへのパッケージング(例えば、機能性ITR)のためにシスにおいて必要とされるAAVの配列を含み得る。そのようなrAAVベクターはまた、マーカー遺伝子又はレポーター遺伝子を含有し得る。有用なrAAVベクターは、1つ以上のAAV WT遺伝子が全体的又は部分的に欠失しているが、機能的な隣接ITR配列を保持している。AAV ITRは、特定の用途に適した任意の血清型であり得る。rAAVベクターを使用するための方法は、例えば、Tai et al.,J.Biomed.Sci.7:279(2000)、及びMonahan and Samulski,Gene Delivery 7:24(2000)に記載され、これらの各々の開示は、遺伝子送達のためのAAVベクターに関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載の核酸剤を組み込むためのベクターとして使用することができるAAV(例えば、阻害性RNA配列(例えば、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つ))の例としては、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16が挙げられる。
本明細書に記載の核酸及びベクターは、細胞への核酸又はベクターの導入を容易にするために、rAAVビリオンに組み込むことができる。AAVのキャプシドタンパク質は、ビリオンの外部の非核酸部分を構成し、AAVキャップ遺伝子によってコードされる。cap遺伝子は、ビリオンアセンブリに必要とされる3つのウイルスコートタンパク質、VP1、VP2及びVP3をコードする。rAAVビリオンの構築は、例えば、米国特許第5,173,414号に記載されている。米国特許第5,139,941号;米国特許第5,863,541号;米国特許第5,869,305号;米国特許第6,057,152号;及び米国特許第6,376,237号;同様にまた、Rabinowitz et al.,J.Virol.76:791(2002)及びBowles et al.,J.Virol.77:423(2003)に記載され手織り、これらのそれぞれの開示は、遺伝子送達のためのAAVベクターに関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載の組成物及び方法と併せて有用なrAAVビリオンには、AAV1、2、3、4、5、6、7、8、9、10及びrh74を含む様々なAAV血清型に由来するものが含まれる。中枢神経系に位置する又は中枢神経系に送達される細胞を標的化するために、AAV2、AAV9、及びAAV10が特に有用であり得る。異なる血清型のAAVベクター及びAAVタンパク質の構築及び使用は、例えば、Chao et al.,Mol.Ther.2:619(2000);Davidson et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:3428(2000);Xiao et al.,J.Virol.72:2224(1998);Halbert et al.,J.Virol.74:1524(2000);Halbert et al.,J.Virol.75:6615(2001);及びAuricchio et al.,Hum.Molec.Genet.10:3075(2001)に記載され、その各々の開示は、遺伝子送達のためのAAVベクターに関するものとして、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載の組成物及び方法と併せて、偽型rAAVベクターも有用である。偽型ベクターには、所与の血清型以外の血清型(AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16)に由来するキャプシド遺伝子で偽型化された所与の血清型のAAVベクターが含まれる。例えば、AAVは、偽型組換えAAV(rAAV)ベクター、例えばrAAV2/8又はrAAV2/9ベクターを含み得る。偽型rAAVを作製及び使用するための方法は、当技術分野で公知である(例えば、Duan et al.,J.Virol.,75:7662-7671(2001);Halbert et al.,J.Virol.,74:1524-1532(2000);Zolotukhin et al.,Methods 28:158-167(2002);及びAuricchio et al.,Hum.Molec.Genet.10:3075-3081,(2001)を参照)。
ビリオンキャプシド内に変異を有するAAVビリオンは、非変異キャプシドビリオンよりも効果的に特定の細胞型に感染するために使用され得る。例えば、適切なAAV変異体は、特定の細胞型へのAAVの標的化を促進するためのリガンド挿入変異を有し得る。挿入変異体、アラニンスクリーニング変異体、及びエピトープタグ変異体を含むAAVキャプシド変異体の構築及び特徴付けは、Wu et al.,J.Virol.74:8635(2000)に記載される。本明細書に記載される方法において使用され得る他のrAAVビリオンには、ウイルスの分子育種及びエキソンシャッフリングによって作製されるキャプシドハイブリッドが含まれる。例えば、Soong et al.,Nat.Genet.,25:436(2000)and Kolman and Stemmer,Nat.Biotechnol.19:423(2001)を参照されたい。
本開示の組成物及び方法で使用されるrAAVは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV.HSC16、AAV-TT、AAVDJ8から選択されるAAVキャプシド血清型由来のキャプシドタンパク質、又はその誘導体、改変、若しくは偽型、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8若しくはAAV.HSC16から選択されるAAV血清型のvp1、vp2及び/又はvp3と例えば少なくとも80%以上同一である、例えば85%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、又はそれ以上、すなわち例えば最大100%同一であるキャプシドタンパク質等を含み得る。
本明細書に記載の方法で使用することができるAAVベクターは、参照によりその全体が組み込まれるZinn et al.,2015:1056-1068に記載されているように、Anc80又はAnc80L65ベクターであり得る。AAVベクターは、以下のアミノ酸挿入の1つを含み得る:米国特許第9,193,956号;米国特許第9458517号;及び米国特許第9,587,282号;並びに米国特許出願公開第2016/0376323号に記載される、LGETTRP(’956、’517、’282、又は’323の配列番号14)又はLALGETTRP(’956、’517、’282、又は’323の配列番号15)。あるいは、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、米国特許第9,193,956号、同第9,458,517号;同第9,587,282、及び米国特許出願公開第2016/0376323号に記載されているように、AAV.7m8であり得る。更にまた、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、AAV.PHP.Bベクター等の米国特許第9,585,971号に開示されている任意のAAVであり得る。本明細書に記載の方法で使用される別のAAVベクターは、アミノ酸位置588と589との間に挿入されたペプチド及び修飾A587D/588Gを有するAAV9キャプシドタンパク質を含む、AAV.PHP.eB等のChan et al.(Nat Neurosci.20(8):1172-1179,2017)に開示されている任意のベクターであり得る。更に、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、米国特許第9,840,719号及び国際公開第2015/013313号に開示されている任意のAAV、例えばAAV.Rh74又はRHM 4-1ベクターであってもよく(その各々が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。更に、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、AAVrh.74等の、国際公開第2014/172669号(その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に開示されている任意のAAVであってもよい。本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターはまた、それぞれその全体が参照により組み込まれる、Georgiadis et al.,2016,Gene Therapy 23:857-862及びGeorgiadis et al.,2018,Gene Therapy 25:450に記載されるAAV2/5ベクターであってもよい。更なる例では、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるAAV2tYFベクター等の、国際公開第2017/070491号に開示されている任意のAAVであってもよい。更に、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、その全体が参照により組み込まれるPuzzo et al.,2017,Sci.Transl.Med.29(9):418に記載されるAAVLK03又はAAV3Bであってもよい。追加の例では、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、米国特許第8,628,966号、米国特許第8,927,514号;米国特許第9,923,120号及び国際公開第2016/049230号(これらはそれぞれ、その全体が参照により組み込まれる)に開示されている任意のAAV、例えば、HSC1、HSC2、HSC3、HSC4、HSC5、HSC6、HSC7、HSC8、HSC9、HSC10、HSC11、HSC12、HSC13、HSC14、HSC15又はHSC16であってもよい。
更に、本明細書に記載の方法で使用されるAAVベクターは、以下の特許及び特許出願のいずれかに開示されているAAVベクターであり得、その各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる:米国特許第7,282,199号;同第7,906,111号;同第8,524,446号;同第8,999,678号;同第8,628,966号;同第8,927,514号;同第8,734,809号;米国特許第9,284,357号;同第9,409,953号;同第9,169,299号;同第9,193,956号;同第9458517号;及び同第9,587,282号;米国特許出願公開第2015/0374803号;同第2015/0126588号;同第2017/0067908号;同第2013/0224836号;同第2016/0215024号;同第2017/0051257号;並びに国際特許出願第PCT/US2015/034799号;同第PCT/EP2015/053335号。rAAVベクターは、以下の特許及び特許出願のいずれかに開示されているAAVキャプシドのvp1、vp2及び/又はvp3アミノ酸配列と少なくとも80%又はそれを超える同一性、例えば、85%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%又はそれを超える同一性(例えば、100%)を有するキャプシドタンパク質を有し得て、その各々はその全体が参照により本明細書に組み込まれる;米国特許第7,282,199号;同第7,906,111号;同第8,524,446号;同第8,999,678号;同第8,628,966号;同第8,927,514号;同第8,734,809号;米国特許第9,284,357号;同第9,409,953号;同第9,169,299号;同第9,193,956号;同第9458517号;及び同第9,587,282号;米国特許出願公開第2015/0374803号;同第2015/0126588号;同第2017/0067908号;同第2013/0224836号;同第2016/0215024号;同第2017/0051257;及び国際特許出願第PCT/US2015/034799号;同第PCT/EP2015/053335号。
更に、rAAVベクターは、国際出願公開の国際公開第2003/052051号(例えば、’051の配列番号2を参照)、国際公開第2005/033321号(例えば、’321の配列番号123及び88を参照)、国際公開第03/042397号(例えば、’397の配列番号2、81、85及び97を参照)、国際公開第2006/068888号(例えば、’888の配列番号1及び3~6を参照)、国際公開第2006/110689号(例えば、’689の配列番号5~38を参照)、国際公開第2009/104964号(例えば、’964の配列番号1~5、7、9、20、22、24及び31を参照)、国際公開第2010/127097号(例えば、’097の配列番号5~38を参照)、国際公開第2015/191508号(例えば、’058の配列番号80~294を参照)及び米国特許出願公開第20150023924号(例えば、’924の配列番号1、5~10を参照)(それらの各々の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に開示されるキャプシドタンパク質を有し得て、例えば、国際出願公開の国際公開第2003/052051号(例えば、’051の配列番号2を参照)、国際公開第2005/033321号(例えば、’321の配列番号123及び88を参照)、国際公開第03/042397号(例えば、’397の配列番号2、81、85及び97を参照)、国際公開第2006/068888号(例えば、’888の配列番号1及び3~6を参照)、国際公開第2006/110689号(例えば、’689の配列番号5~38を参照)、国際公開第2009/104964号(例えば、’964の配列番号1~5、7、9、20、22、24及び31を参照)、国際公開第2010/127097号(例えば、’097の配列番号5~38を参照)、国際公開第2015/191508号(例えば、’508の配列番号80~294を参照)、及び米国特許出願公開第20150023924号(例えば、’924の配列番号1、5~10を参照)に開示されるAAVキャプシドのvp1、vp2及び/又はvp3アミノ酸配列と少なくとも80%以上、例えば85%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、又はそれ以上(例えば、100%)同一であるキャプシドタンパク質を有するrAAVベクターであり得る。
AAVベースのウイルスベクターの核酸配列並びに組換えAAV及びAAVキャプシドの作製方法は、例えば、米国特許第7,282,199号;同第7,906,111号;同第8,524,446号;同第8,999,678号;同第8,628,966号;同第8,927,514号;同第8,734,809号;同第9,284,357号;同第 9,409,953号;同第9,169,299号;同第9,193,956号;同第9458517号;及び同第9,587,282号;米国特許出願公開第2015/0374803号;同第2015/0126588号;同第2017/0067908号;同第2013/0224836号;同第2016/0215024号;同第2017/0051257号;国際特許出願第PCT/US2015/034799号;同第PCT/EP2015/053335号;国際公開第2003/052051号、同第2005/033321号、同第03/042397号、同第2006/068888号、同第2006/110689号、同第2009/104964号、同第2010/127097号及び同第2015/191508、並びに米国特許出願公開第公開第20150023924号において教示されている。
したがって、rAAVベクターは、2つ以上のAAVキャプシド血清型、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16から選択されるAAV血清型からのキャプシドタンパク質を含有するキャプシドを含み得る。
一本鎖AAV(ssAAV)ベクターは、開示された方法及び組成物と共に使用することができる。あるいは、自己相補的AAVベクター(scAAV)を使用することができる(例えば、Wu,2007,Human Gene Therapy,18(2):171-82,McCarty et al,2001,Gene Therapy,Vol.8,Number 16,Pages 1248-1254;並びに米国特許第6,596,535号;同第7,125,717号;及び同第7,456,683号(これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる))。
限定されないが、ニューロン及び/又はグリア細胞を含む中枢神経系の細胞に対する親和性を有する組換えAAVベクターは、本開示のポリヌクレオチド剤(例えば、阻害性RNA剤)を送達するために使用することができる。そのようなベクターには、非複製「rAAV」ベクター、特にAAV5、AAV9、又はAAVrh10キャプシドを有するものが含まれ得る。AAV変異体キャプシドを使用することができ、限定されないが、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第7,906,111号のWilsonによって特に好ましいと記載されるAAV/hu.31及びAAV/hu.32、また同様に、米国特許第8,628,966号、米国特許第8,927,514号及びSmith et al.,2014,Mol Ther 22:1625-1634(これらの各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)によって記載されているAAV変異体キャプシドが挙げられる。更に、天然のAAV2分離株の間で保存されているアミノ酸配列を組み込んだ、Tordo et al.(Brain 141:2014-31,2018;その全体が参照により本明細書に組み込まれる)によって開示されたAAV-TTベクターもまた、本開示の組成物及び方法と共に使用することができる。AAV-TT変異体キャプシドは、AAV2、AAV9及びAAVrh10と比較して、CNS全体にわたって増強された向神経性及び強い分布を示す。同様に、Hammond et al.(PLoS ONE 12(2):e0188830,2017;参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)に開示されているAAV-DJ8ベクターは、優れた神経向性を示し、本開示の組成物及び方法での使用に適し得る。
特定の例では、本開示は、(i)制御エレメントの制御下にあり、ITRに隣接する阻害性RNA配列(例えば、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つ)をコードするポリヌクレオチドを含む発現カセット;及び(ii)AAV9キャプシドタンパク質のアミノ酸配列を有するか、又はAAV9キャプシドの生物学的機能を保持しながらAAV9キャプシドタンパク質のアミノ酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.9%同一であるウイルスキャプシドを含む人工ゲノムを含むAAV9ベクターを特徴とするコードされたAAV9キャプシドは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第7,906,111号に記載の配列番号116の配列を有し得て、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30個のアミノ酸置換を有し、AAV9キャプシドの生物学的機能を保持する。
(i)調節エレメントの制御下にあるポリヌクレオチドを含有し、ITRに隣接する発現カセット;(ii)AAVrh10キャプシドタンパク質のアミノ酸配列を有するか、又はAAVrh10キャプシドの生物学的機能を保持しながらAAVrh10キャプシドタンパク質のアミノ酸配列と少なくとも95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.9%同一であるウイルスキャプシドを含む人工ゲノムを含むAAVrh10ベクターも本明細書で提供されるコードされたAAVrh10キャプシドは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第9,790,427号に記載される配列番号81の配列を有し得て、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29又は30個のアミノ酸置換を有し、AAVrh10キャプシドの生物学的機能を保持する。
遺伝子調節エレメントは、哺乳動物細胞(例えば、ニューロン)において機能的であるように選択され得る。作動可能に連結された成分を含む得られたコンストラクトは、(5’及び3’)機能的AAVITR配列に隣接する。特定の例としては、哺乳動物CNSの細胞、特にニューロンに対する指向性及び高い形質導入効率を有するAAV血清型に由来するベクターが挙げられる。異なる血清型の形質導入効率の総説及び比較を本特許出願で提供する。特定の例では、AAV2、AAV5、AAV9及びAAVrh10ベースのベクターは、例えばニューロン及び/又はグリア細胞を形質導入することによって、CNSにおけるポリヌクレオチドの長期発現を指示する。
AAV ITRに隣接する目的のポリヌクレオチド(例えば、本明細書に記載の阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチド)を保有するAAV発現ベクターは、主要AAVオープンリーディングフレーム(「ORF」を切り取ったAAVゲノムに選択された配列を直接挿入することによって構築することができる。ITRの十分な部分が複製及びパッケージング機能を可能にするために残っている限り、AAVゲノムの他の部分も欠失させることができる。そのようなコンストラクトは、当技術分野で周知の技術を使用して設計することができる。例えば、米国特許第5,173,414号及び同第5,139,941号;国際公開第92/01070号(1992年1月23日公開)及び国際公開第93/03769号(1993年3月4日公開)を参照されたい。あるいは、AAV ITRは、ウイルスゲノム又はそれを含有するAAVベクターから切り取られ、標準的な核酸ライゲーション技術を使用して別のベクター中に存在する選択された核酸コンストラクトの5’及び3’末端に融合され得る。ITRを含有するAAVベクターは、例えば、米国特許第5,139,941号に記載されている。特に、いくつかのAAVベクターがそこに記載されており、これらは受託番号53222、53223、53224、53225及び53226でAmerican Type Culture Collection 「ATCC」から入手可能である。更に、キメラ遺伝子は、1つ以上の選択された核酸配列に対して5’及び3’に配置されたAAV ITR配列を含むように合成的に作製することができる。哺乳動物CNS細胞におけるキメラ遺伝子配列の発現のための好ましいコドンを使用することができ、ある場合には、ポリヌクレオチドのコドン最適化を周知の方法によって行うことができる。完全なキメラ配列は、標準的な方法によって調製された重複ポリヌクレオチドから組み立てられる。AAVビリオンを産生するために、公知の技術を使用して、例えばトランスフェクションによって、AAV発現ベクターを適切な宿主細胞に導入する。多数のトランスフェクション技術が当技術分野で一般的に知られている。特に適切なトランスフェクション方法には、リン酸カルシウム共沈殿、培養細胞への直接マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、リポソーム媒介遺伝子導入、脂質媒介形質導入、及び高速マイクロプロジェクタイルを使用した核酸送達が含まれる。
例えば、本開示の特定のウイルスベクターは、本開示の核酸配列(例えば、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つ)に加えて、AAV2ウイルスに由来するITRを有するAAVベクタープラスミドの骨格、プロモーター、例えば野生型又は変異型形態のWPREを有する又は有さないhSynプロモーター及び/又はCaMKIIプロモーター等のニューロンプロモーター、並びにウサギベータグロビンポリA配列を含み得る(表11及び表12参照)。所望であれば、hSynプロモーター及びCaMKIIプロモーターは、本明細書に記載されるコンストラクトにおいて、サイトメガロウイルスのエンハンサー(例えば、CAG又はCBA)、U6、H1又は7SKプロモーターを含有する構成的プロモーターで置き換えられ得る。
本開示は更に、(i)制御エレメントの制御下にあり、ITRに隣接するポリヌクレオチドを含有する発現カセット、及び(ii)AAVキャプシドを含むrAAVであって、ポリヌクレオチドが、Grik2 mRNA(例えば、配列番号164~193に記載されるGrik2 mRNAの部分又は領域のいずれか1つ)の少なくとも一部又は領域に特異的に結合し、細胞(例えば、ニューロン)中のGluK2タンパク質の発現を阻害する(例えば、ノックダウン)阻害性RNA(例えば、ASO、例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA、特に、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つの核酸配列を有する阻害性RNA、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)をコードするrAAVに関する。
AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合してその発現を阻害する阻害性RNA配列(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)及びhSynプロモーターを含み得る。例えば、AAVベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、及び238~241のいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、及び238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、並びにhSynプロモーター(例えば、配列番号194~198のいずれか1つの核酸配列を有するhSynプロモーター、又は配列番号194~198のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)を含み得る。
あるいは、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合してその発現を阻害する阻害性RNA(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)配列及びCaMKIIプロモーターを含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258のいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、並びにCaMKIIプロモーター(例えば、配列番号199~204のいずれか1つの核酸配列を有するCaMKIIプロモーター、又は配列番号199~204のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)を含み得る。いくつかの実施形態では、AAVベクターは、配列番号4、19、34、135、141、147、及び258のいずれか1つの核酸配列、又は配列番号4、19、34、135、141、147、及び258のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含み得る。
レトロウイルスベクター
本明細書に記載の方法及び組成物で使用される送達ベクターは、レトロウイルスベクターであり得る。本明細書に記載される方法及び組成物において使用され得るレトロウイルスベクターの1つのタイプは、レンチウイルスベクターである。レトロウイルスのサブセットであるレンチウイルスベクター(LV)は、広範囲の分裂細胞型及び非分裂細胞型を高効率で形質導入し、ポリヌクレオチドの安定な長期発現をもたらす。LVをパッケージング及び形質導入するための最適化戦略の概要は、Delenda,The Journal of Gene Medicine 6:S125(2004)に提供され、この開示は参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載の方法及び組成物で使用される送達ベクターは、レトロウイルスベクターであり得る。本明細書に記載される方法及び組成物において使用され得るレトロウイルスベクターの1つのタイプは、レンチウイルスベクターである。レトロウイルスのサブセットであるレンチウイルスベクター(LV)は、広範囲の分裂細胞型及び非分裂細胞型を高効率で形質導入し、ポリヌクレオチドの安定な長期発現をもたらす。LVをパッケージング及び形質導入するための最適化戦略の概要は、Delenda,The Journal of Gene Medicine 6:S125(2004)に提供され、この開示は参照により本明細書に組み込まれる。
レンチウイルスに基づく遺伝子導入技術の使用は、目的のポリヌクレオチドが収容されている高度に欠失したウイルスゲノムを有する組換えレンチウイルス粒子のin vitro産生に依存する。特に、組換えレンチウイルスは、(1)パッケージングコンストラクト、すなわちGag-Pol前駆体をRevと一緒に発現するベクター(あるいはトランスで発現);(2)一般に異種の性質のエンベロープ受容体を発現するベクター;並びに(3)全てのオープンリーディングフレームを欠いているが、複製、キャプシド挿入及び発現に必要な配列を維持しており、発現される配列が挿入されているウイルスcDNAからなるトランスファーベクターの許容細胞株におけるトランス共発現によって回収される。
本明細書に記載の方法及び組成物で使用されるLVは、1つ以上の5’-長末端反復配列(LTR)、HIVシグナル配列、HIVPsiシグナル5’-スプライス部位(SD)、δ-GAGエレメント、Rev応答性エレメント(RRE)、3’-スプライス部位(SA)、伸長因子(EF)1-αプロモーター及び3’-自己不活性化LTR(SIN-LTR)を含み得る。レンチウイルスベクターは、任意に、米国特許第6,136,597号に記載されているように、セントラルポリプリン配列(cPPT:central polypurine tract)及びウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節エレメント(WPRE)を含み、その開示は、WPREに関するものとして参照により本明細書に組み込まれる。レンチウイルスベクターは、pHR’骨格を更に含み得、これは、例えば以下に提供されるようなものを含み得る。
Lu et al.,Journal of Gene Medicine 6:963(2004)に記載されているLentigen LVを使用して、DNA分子を発現させ、及び/又は細胞を形質導入することができる。本明細書に記載される方法及び組成物において使用されるLVは、5’-長末端反復配列(LTR)、HIVシグナル配列、HIVPsiシグナル5’-スプライス部位(SD)、デルタ-GAGエレメント、Rev応答性エレメント(RRE)、3’-スプライス部位(SA)、伸長因子(EF)1-アルファプロモーター及び3’-自己不活性化LTR(SIN-LTR)であり得る。任意に、1つ以上のこれらの領域は、同様の機能を実行する別の領域で置換される。
エンハンサーエレメントを使用して、修飾DNA分子の発現を増加させるか、又はレンチウイルス組込み効率を増加させることができる。本明細書に記載の方法及び組成物で使用されるLVは、nef配列を含み得る。本明細書に記載される方法及び組成物において使用されるLVは、ベクター組み込みを増強するcPPT配列を含み得る。cPPTは、(+)鎖DNA合成の第2の起点として作用し、その天然のHIVゲノムの中央に部分的な鎖重複を導入する。トランスファーベクター骨格へのcPPT配列の導入は、核輸送及び標的細胞のDNAに組み込まれたゲノムの総量を強く増加させた。本明細書に記載の方法及び組成物で使用されるLVは、ウッドチャック転写後調節エレメント(WPRE)を含み得る。WPREは、転写産物の核外輸送を促進することによって、及び/又は新生転写産物のポリアデニル化の効率を高めることによって転写レベルで作用し、したがって細胞中のmRNAの総量を増加させる。LVへのWPREの添加は、in vitro及びin vivoの両方で、いくつかの異なるプロモーターからのポリヌクレオチド発現レベルの実質的な改善をもたらす。本明細書に記載の方法及び組成物で使用されるLVは、cPPT配列及びWPRE配列の両方を含み得る。ベクターはまた、単一のプロモーターからの複数のポリペプチドの発現を可能にするIRES配列を含み得る。
IRES配列に加えて、複数のポリヌクレオチドの発現を可能にする他のエレメントが有用である。本明細書に記載の方法及び組成物で使用されるベクターは、2つ以上のポリヌクレオチドの発現を可能にする複数のプロモーターを含み得る。将来的に同定される複数のポリヌクレオチドの発現を可能にする他のエレメントは有用であり、本明細書に記載の組成物及び方法での使用に適したベクターにおいて利用され得る。本明細書に記載の方法及び組成物で使用されるベクターは、臨床グレードのベクターであり得る。
したがって、レトロウイルスベクターは、開示された方法及び組成物と併せて使用され得る。レトロウイルスは、それらの遺伝子を宿主ゲノムに組み込み、大量の外来遺伝物質を移入し、広範囲の種及び細胞型に感染し、特別な細胞株にパッケージングされる能力のために、遺伝子送達ベクターとして選択され得る。レトロウイルスベクターを構築するために、目的の遺伝子をコードする核酸を特異的ウイルス配列の代わりにウイルスゲノムに挿入して、複製欠損ウイルスを作製する。ビリオンを作製するために、gag、pol及び/又はenv遺伝子を含むが、LTR及び/又はパッケージング成分を含まないパッケージング細胞株を構築する。cDNAを含む組換えプラスミドをレトロウイルスLTR及びパッケージング配列と共にこの細胞株に導入すると(例えば、リン酸カルシウム沈殿によって)、パッケージング配列は組換えプラスミドのRNA転写物をウイルス粒子にパッケージングすることを可能にし、次いでこれを培養培地に分泌する。次いで、組換えレトロウイルスを含有する培地を回収し、任意に濃縮し、遺伝子導入のために使用する。レトロウイルスベクターは、多種多様な細胞型に感染することができる。
更に、レンチウイルスベクターは、本明細書に開示される方法及び組成物と組み合わせて使用され得る。したがって、本開示の目的は、Grik2 mRNAに結合してその発現を阻害する阻害性RNA(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)配列(例えば、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241及び258に記載される阻害性RNA配列のいずれか1つ)を含むレンチウイルスベクターに関する。
したがって、レンチウイルスベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258のいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含み得る。レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合してその発現を阻害する阻害性RNA配列(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)及びhSynプロモーターを含み得る。
レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合してその発現を阻害する阻害性RNA配列(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)及びhSynプロモーターを含み得る。例えば、レンチウイルスベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258~260のいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258~260のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、及びhSynプロモーター(例えば、配列番号194~198のいずれか1つの核酸配列を有するhSynプロモーター、又は配列番号194~198のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)を含み得る。
あるいは、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合してその発現を阻害する阻害性RNA(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)配列及びCaMKIIプロモーターを含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258~260のいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241、及び258~260のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、並びにCaMKIIプロモーター(例えば、配列番号199~204のいずれか1つの核酸配列を有するCaMKIIプロモーター、又は配列番号199~204のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)を含み得る。
レンチウイルスは、一般的なレトロウイルス遺伝子gag、pol及びenvに加えて、調節機能又は構造機能を有する他の遺伝子を含む複雑なレトロウイルスである。より高い複雑性は、潜伏感染の過程のように、ウイルスがそのライフサイクルを調節することを可能にする。レンチウイルスのいくつかの例としては、ヒト免疫不全ウイルス(HIV 1、HIV 2)及びサル免疫不全ウイルス(SIV)が挙げられる。レンチウイルスベクターは、HIV病原性遺伝子を多重減衰させることによって生成されており、例えば、遺伝子env、vif、vpr、vpu及びnefは欠失され、ベクターは生物学的に安全になる。レンチウイルスベクターは当技術分野で公知であり、例えば、米国特許第6,013,516号及び同第5,994,136号(これらはいずれも参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい。一般に、ベクターはプラスミド系又はウイルス系であり、外来核酸を組み込むため、及び核酸を選択するため、及び宿主細胞に移入するための必須配列を有するように構成される。目的のベクターのgag、pol及びenv遺伝子も当技術分野で公知である。したがって、関連する遺伝子を選択されたベクターにクローニングし、次いで、目的の標的細胞を形質転換するために使用する。非分裂細胞に感染することができる組換えレンチウイルスであって、適切な宿主細胞が、パッケージングタンパク質、すなわち、gag、pol及びenv、並びに米国特許第5,994,136号(参照により本明細書に組み込まれる)に記載されるrev及びtatを有する2つ以上ベクターでトランスフェクトされる、組換えレンチウイルス。この刊行物は、ウイルスgag及びpol遺伝子をコードする核酸を提供することができる第1のベクター、並びにパッケージング細胞を作製するためのウイルスenvをコードする核酸を提供することができる第2のベクターを提供する。異種遺伝子を提供するベクターを当該パッケージング細胞に導入すると、目的の外来遺伝子を有する感染性ウイルス粒子を放出する産生細胞が得られる。envは、ヒト及び他の種の細胞の形質導入を可能にする両性エンベロープタンパク質であり得る。典型的には、本開示の核酸分子又はベクターは、集合的にプロモーター配列、ポリアデニル化シグナル配列、転写終結配列、上流調節ドメイン、複製起点、内部リボソーム進入部位(「IRES」)、エンハンサー等を指す「制御配列」を含み、集合的にレシピエント細胞におけるコード配列の複製、転写及び翻訳を提供する。選択されたコード配列が適切な宿主細胞において複製、転写及び翻訳され得る限り、これらの制御配列の全てが常に存在する必要はない。
例えば海馬ニューロン、例えばDGC等の特定の標的細胞に対する親和性を示す核酸ベクターを使用して、本明細書に記載の阻害性ポリヌクレオチドを送達することができる。
ウイルス調節エレメント
ウイルス調節エレメントは、核酸分子を宿主細胞に導入するために使用される送達ビヒクルの成分である。ウイルス調節エレメントは、任意に、レトロウイルス調節エレメントである。例えば、ウイルス調節エレメントは、HSC1又はMSCV由来のLTR及びgag配列であり得る。レトロウイルス調節エレメントは、レンチウイルスに由来し得るか、又は他のゲノム領域から同定された異種配列であり得る。他のウイルス調節エレメントが知られるようになるにつれて、これらは、本明細書に記載される方法及び組成物とともに使用される場合がある。
ウイルス調節エレメントは、核酸分子を宿主細胞に導入するために使用される送達ビヒクルの成分である。ウイルス調節エレメントは、任意に、レトロウイルス調節エレメントである。例えば、ウイルス調節エレメントは、HSC1又はMSCV由来のLTR及びgag配列であり得る。レトロウイルス調節エレメントは、レンチウイルスに由来し得るか、又は他のゲノム領域から同定された異種配列であり得る。他のウイルス調節エレメントが知られるようになるにつれて、これらは、本明細書に記載される方法及び組成物とともに使用される場合がある。
Grik2阻害性ポリヌクレオチドをコードするウイルスベクター
本開示は、異種ポリヌクレオチドの送達のための核酸ベクターであって、ポリヌクレオチドが、Grik2 mRNAに特異的に結合し、細胞におけるGluK2タンパク質の発現を阻害する阻害性RNA剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)コンストラクトをコードする、核酸ベクターに関する。したがって、本開示の目的は、Grik2 mRNAの少なくとも1つの領域又は部分(例えば、配列番号164~193のいずれか1つから選択されるGrik2 mRNAの領域又は部分のいずれか1つ、又は配列番号164~193のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体に完全に又は実質的に相補的な阻害性ポリヌクレオチド配列を含むベクターを提供する。本開示のベクターは、Grik2 mRNAの1つ以上の領域に完全に又は実質的に相補的な阻害性ポリヌクレオチド配列の任意の変異体を含み得る。更に、本開示のベクターは、GluK2タンパク質の任意の変異体をコードするGrik2 mRNAに完全に又は実質的に相補的な阻害性ポリヌクレオチド配列の任意の変異体を含み得る。
本開示は、異種ポリヌクレオチドの送達のための核酸ベクターであって、ポリヌクレオチドが、Grik2 mRNAに特異的に結合し、細胞におけるGluK2タンパク質の発現を阻害する阻害性RNA剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)コンストラクトをコードする、核酸ベクターに関する。したがって、本開示の目的は、Grik2 mRNAの少なくとも1つの領域又は部分(例えば、配列番号164~193のいずれか1つから選択されるGrik2 mRNAの領域又は部分のいずれか1つ、又は配列番号164~193のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体に完全に又は実質的に相補的な阻害性ポリヌクレオチド配列を含むベクターを提供する。本開示のベクターは、Grik2 mRNAの1つ以上の領域に完全に又は実質的に相補的な阻害性ポリヌクレオチド配列の任意の変異体を含み得る。更に、本開示のベクターは、GluK2タンパク質の任意の変異体をコードするGrik2 mRNAに完全に又は実質的に相補的な阻害性ポリヌクレオチド配列の任意の変異体を含み得る。
したがって、目的の二本鎖RNAをコードするDNAは、遺伝子カセット、例えばDNAの転写がプロモーター及び/又は他の調節エレメントによって制御される発現カセットに組み込まれる。DNAは、目的のGrik2阻害性RNA(例えば、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251及び256~261のいずれか1つ)を発現するベクターのそのような発現カセットに組み込まれ、標的細胞への送達のために目的のウイルスベクターによってキャプシド化される。したがって、本開示のウイルスベクターは、任意のGrik2 mRNA転写物アイソフォーム(例えば、配列番号164~174のいずれか1つ)にハイブリダイズする任意のアンチセンスRNAをコードする。ウイルスベクターは、例えば、表2、4、6及び8に列挙される阻害性ポリヌクレオチドのいずれか1つをコードする。
本開示のベクターは、Grik2 mRNA(例えば、配列番号164~193に記載されるGrik2 mRNAの領域若しくは部分のいずれか1つ、又は配列番号164~193のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)の少なくとも一部又は領域を認識するか又はそれに結合する阻害性RNAをコードするポリヌクレオチドを送達する。阻害性RNA剤をコードする異種ポリヌクレオチドは、細胞内でのそのような阻害性RNAのプロセシングを確実にするより大きなコンストラクト又はスキャフォルドの一部であり得る(例えば、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞、例えば、神経細胞、例えば、DGC、又はグルタミン酸作動性錐体ニューロン等)。表2~9に列挙されるsiRNAのいずれか1つをコードするポリヌクレオチドは、マイクロRNA遺伝子(例えば、とりわけ、E-miR-30、E-miR-218-1又はE-miR-124-3)の前駆体又は一部、例えばマイクロRNA遺伝子の5’隣接配列、3’隣接配列又はループ配列を含み得る。いくつかの実施形態では、表2~9に列挙されるsiRNAのいずれか1つをコードするポリヌクレオチドは、1つ以上のマイクロRNA遺伝子(例えば、E-miR-30、E-miR-218-1又はE-miR-124-3)の前駆体又は一部を含み得る。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、前駆体又は2つ以上のマイクロRNA遺伝子(例えば、E-miR-30、E-miR-218-1又はE-miR-124-3)の一部を含み得る。好ましい実施形態では、ポリヌクレオチドは、E-miR-30及びE-miR-218-1の前駆体又は一部を含み得る。
したがって、本開示の目的は、異種ポリヌクレオチドを含み、5’から3’、例えばプロモーター(例えば、表11に記載されるプロモーターのいずれか1つ)、任意にイントロン(例えば、表12に記載されるイントロンのいずれか1つ)、Grik2mRNA発現を阻害する阻害性RNA剤をコードするヌクレオチド配列(例えば、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251及び256~261のいずれか1つの核酸配列を有する阻害性RNA剤、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251及び256~261のいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)、及びポリA配列(例えば、表12に記載のポリA配列のいずれか1つ)を含有する発現ベクターに関する。発現ベクターはまた、5’逆方向末端反復配列(ITR)~3’ITR、5’ITR(例えば、表12に記載される5’又は3’ITR配列のいずれか1つ)、プロモーター、任意にイントロン、Grik2 mRNA発現を阻害する阻害性RNAをコードするヌクレオチド配列、ポリA配列、及び3’ITRを含み得る。発現ベクターは、前述のベクターエレメントのいずれかに隣接するスペーサー及び/又はリンカー配列を更に含み得る。
特定の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、ステム-ループ構造を形成するステム及びループをコードするヌクレオチド配列を含み得、ループは、表2~9に列挙される阻害性RNA剤のいずれか1つをコードするヌクレオチド配列を含む。例えば、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域をコードする核酸配列を含み得て、ループ領域は、野生型マイクロRNA配列遺伝子(例えば、とりわけ、E-miR-30、E-miR-218-1又はE-miR-124-3)から全体的又は部分的に誘導され得るか、又は完全に人工的であり得る。特定の例では、ループ領域は、E-miR-30 aループ配列であり得る。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、2つのループ領域をコードする核酸配列を含み得、ループ領域は、野生型マイクロRNA配列(例えば、E-miR-30、E-miR-218-1又はE-miR-124-3)に全体的又は部分的に由来し得る。特定の実施形態では、ループ領域は、E-miR-30ループ領域及びE-miR-218-1ループ領域を含み得る。
更に、1つ以上のステム-ループ構造は、ガイド配列(例えば、アンチセンスRNA配列、例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つ等)と、ガイド配列の全部又は一部に相補的なパッセンジャー配列(例えば、配列番号31~45、80~96、121~132、145~150、234~237及び246~249のいずれか1つ)とを含み得る。例えば、パッセンジャー配列は、ガイド配列の10、9、8、7、6、5、4、3、2若しくは1個のヌクレオチドを除く、ガイド配列のヌクレオチドの全てに相補的であり得るか、又はパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つに相補的であり得る。特定の例では、1つのステム-ループ構造は、配列番号19のガイド配列及び配列番号34のパッセンジャー配列を含んでもよく、第2のステム-ループ構造は、配列番号141のガイド配列及び配列番号147のパッセンジャー配列を含んでもよい。配列番号19、34、141、及び147のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するこれら4つの配列の任意の配列変異体は、ステム-ループ構造に含まれてもよい。いくつかの実施形態では、1つ以上のステム-ループ構造は、配列番号4、135、及び258のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも90%、95%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する配列を含み得る。
pre-miRNA又はpri-miRNAスキャフォルドには、本開示のガイド(すなわち、アンチセンス)配列が含まれる。pri-miRNAスキャフォルドはpre-miRNAスキャフォルドを含み、pri-miRNAは50~800ヌクレオチド長(例えば、50~800、75~700、100~600、150~500、200~400又は250~300ヌクレオチド)であり得る。特定の例では、pri-mRNAは、50~100ヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80、80~90又は90~100ヌクレオチド)、100~200ヌクレオチド(例えば、110~120、120~130、130~140、140~150、150~160、160~170、170~180、180~190又は190~200ヌクレオチド)、200~300ヌクレオチド(例えば、200~210、210~220、220~230、230~240、240~250、250~260、260~270、270~280、280~290又は290~300ヌクレオチド)、300~400ヌクレオチド(例えば、300~310、310~320、320~330、330~340、340~350、350~360、360~370、370~380、380~390又は390~400ヌクレオチド)、400~500ヌクレオチド(例えば、400~410、410~420、420~430、430~440、440~450、450~460、460~470、470~480、480~490又は490~500ヌクレオチド)、500~600ヌクレオチド(例えば、500~510、510~520、520~530、530~540、540~550、550~560、560~570、570~580、580~590又は590~600ヌクレオチド)、600~700ヌクレオチド(例えば、600~610、610~620、620~630、630~640、640~650、650~660、660~670、670~680、680~690又は690~700ヌクレオチド)又は700~800ヌクレオチド(例えば、700~710、710~720、720~730、730~740、740~750、750~760、760~770、770~780、780~790、又は790~800ヌクレオチド)であり得る。これらの操作されたスキャフォルドは、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖を含む二本鎖RNAへのプレ-miRNAのプロセシングを可能にする。したがって、pre-miRNAは、ガイド(すなわち、アンチセンス配列)RNAをコードする配列を含む5’アーム、通常は野生型miRNA(例えば、とりわけ、E-miR-30、E-miR-218-1又はE-miR-124-3)に由来するループ配列、及びガイド鎖に完全に又は実質的に相補的なパッセンジャー(すなわち、センス配列)鎖をコードする配列を含む3’アームを含む。プレmiRNAの「ステム-ループ」構造は、一般に、50ヌクレオチドよりも長く、例えば、50~150ヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80、80~90、90~100、100~110、110~120、120~130、130~140又は140~150ヌクレオチド)、50~110ヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80、80~90、90~100、100~110ヌクレオチド)又は50~80ヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80ヌクレオチド)の長さである。pri-miRNAは更に、それぞれ5’及び3’アームに隣接する5’隣接配列及び3’隣接配列を含む。隣接配列は、必ずしも他の配列(アーム領域又はガイド配列)と連続しておらず、構造化されておらず、対合されていない領域であり、全体的又は部分的に、1つ以上の野生型pri-miRNAスキャフォルド(例えば、とりわけ、E-miR-30、E-miR-218-1又はE-miR-124-3の1つ以上に全体的又は部分的に由来するpri-miRNAスキャフォルド)に由来してもよい。隣接配列は、それぞれ少なくとも4ヌクレオチド長、又は最大300ヌクレオチド長以上(例えば、4~300、10~275、20~250、30~225、40~200、50~175、60~150、70~125、80~100又は90~95ヌクレオチド)である。スペーサー配列は、前述の配列構造の間に介在するものとして存在する場合があり、ほとんどの場合、プレ-miRNA構造全体に対する機能性を妨害することなく柔軟性を提供するために、連結ポリヌクレオチド、例えば、1~30ヌクレオチド(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30ヌクレオチド)を提供する。スペーサーは、スペーサーが二本鎖RNAのプロセシングを妨害せず、スペーサーがガイドRNAと標的mRNA配列との結合/相互作用を妨害しない限り、天然に存在するRNA由来の天然に存在する連結基、天然に存在する連結基の一部、ポリA若しくはポリU、又はヌクレオチドのランダムな配列に由来し得る。
本明細書に開示される方法及び組成物によれば、ヌクレオチド配列を含む発現ベクター又はポリヌクレオチドは、(i)ガイド(例えば、アンチセンス)鎖を含む5’ステム-ループアーム、及び任意に5’スペーサー配列、並びに(ii)パッセンジャー(例えば、センス)鎖及び任意に3’スペーサー配列を含む3’ステム-ループアームを更にコードし得る。別の例では、ヌクレオチド配列を含む発現ベクター又はポリヌクレオチドは、(i)パッセンジャー鎖及び任意に5’スペーサー配列を含む5’ステム-ループアーム、並びに(ii)ガイド鎖及び任意に3’スペーサー配列を含む3’ステム-ループアームを更にコードし得る。別の例では、ウリジンゆらぎ塩基がガイド鎖の5’末端に存在する。更なる例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、ガイド配列の上流にリーディング5’隣接領域を含み、隣接領域は、任意の長さであってもよく、全体的又は部分的に野生型マイクロRNA配列に由来してもよく、異種であってもよく、又は他の隣接領域若しくはループとは異なる起源のmiRNAに由来してもよく、又は完全に人工的であってもよい。3’隣接領域は、サイズ及び原点において5’隣接領域を反映することができ、3’隣接領域は、ガイド配列の下流(すなわち、3’)にあり得る。更に別の例では、5’隣接配列及び3’隣接配列の一方又は両方が存在しない。
発現ベクター又はポリヌクレオチドは、第1の隣接領域(例えば、表8に記載の5’隣接領域のいずれか1つ)を更にコードするヌクレオチド配列を含み得、当該第1の隣接領域は、5’隣接配列、及び任意に、5’スペーサー配列を含む。特定の例では、第1の隣接領域は、当該パッセンジャー鎖の上流(すなわち、5’)に位置する。別の例では、ヌクレオチド配列を含む発現ベクター又はポリヌクレオチドは、第2の隣接領域(例えば、表8に記載の3’隣接領域のいずれか1つ)をコードし、当該第2の隣接領域は、3’隣接配列、及び任意に3’スペーサー配列を含む。特定の例では、第1の隣接領域は、ガイド鎖に対して5’に位置する。
本明細書に開示される方法及び組成物によれば、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号1~34、135~147、226~229、又は256のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を含み得る。特定の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号256と少なくとも85%の同一性を有する核酸配列を含み得る。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号256の核酸配列を含み得る。別の特定の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号1~34及び135~147のうちの1つ以上と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を含み得る。別の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号46~62のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を含み得る。別の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号97~108のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を含み得る。更に別の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号133~138のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を含み得る。
別の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、以下をコードするヌクレオチド配列を含む:
(a)5’から3’に、以下を含ステム-ループ配列:
(i)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号31~45、80~96、121~132、145~150、234~237及び246~249のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を有するパッセンジャー配列)と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、
(ii)マイクロRNAループ領域であって、ループ領域がマイクロRNAループ配列(例えば、E-miR-30 a、miR-218-1又はE-miR-124-3ループ配列(例えば、配列番号4~225のいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、
(iii)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を有するガイド配列)を含む3’ステム-ループアーム、
(b)パッセンジャー鎖に対して5’に位置する5’隣接領域(例えば、表13に記載の5’隣接領域のいずれか1つ)、並びに
(c)ガイド鎖に対して3’に位置する3’隣接領域(例えば、表13に記載の3’隣接領域のいずれか1つ)であって、第2の隣接領域が、3’隣接配列、及び任意に、3’スペーサー配列を含む、3’隣接領域。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、以下をコードする核酸配列を含む:(a)5’から3’に、以下を含ステム-ループ配列:
(i)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号34及び147のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を有するパッセンジャー配列)と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループ、(ii)マイクロRNAループ領域であって、ループ領域がマイクロRNAループ配列(例えば、E-miR-30a又はE-miR-218-1ループ配列(例えば、配列番号4又は135のいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、(iii)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号19及び141のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を有するガイド配列)を含む3’ステム-ループアーム、
(b)パッセンジャー鎖に対して5’に位置する5’隣接領域(例えば、表13に記載の5’隣接領域のいずれか1つ)、並びに
(c)ガイド鎖に対して3’に位置する3’隣接領域(例えば、表13に記載の3’隣接領域のいずれか1つ)であって、第2の隣接領域が、3’隣接配列、及び任意に、3’スペーサー配列を含む、3’隣接領域。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、2つのステム-ループ配列を含む核酸配列を含み、(a)1つのステム-ループ配列は、配列番号19のガイド配列又は配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、配列番号4のマイクロRNAループ領域又は配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、及び配列番号34のパッセンジャー配列又は配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含み、(b)第2のステム-ループ配列は、配列番号141のガイド(quide)配列又は配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、配列番号135のマイクロRNAループ領域又は配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含む第2のステム-ループ配列、及び配列番号147のパッセンジャー配列又は配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含む。好ましい実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、2つのステム-ループ配列を含む核酸配列を含み、(a)1つのステム-ループ配列は、配列番号19のガイド配列、配列番号4のマイクロRNAループ領域、及び配列番号34のパッセンジャー配列を含み、(b)第2のステム-ループ配列は、配列番号141のキッド配列、配列番号135のマイクロRNAループ領域、及び配列番号147のパッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号256と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号256の核酸配列を有する。
(a)5’から3’に、以下を含ステム-ループ配列:
(i)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号31~45、80~96、121~132、145~150、234~237及び246~249のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を有するパッセンジャー配列)と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、
(ii)マイクロRNAループ領域であって、ループ領域がマイクロRNAループ配列(例えば、E-miR-30 a、miR-218-1又はE-miR-124-3ループ配列(例えば、配列番号4~225のいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、
(iii)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を有するガイド配列)を含む3’ステム-ループアーム、
(b)パッセンジャー鎖に対して5’に位置する5’隣接領域(例えば、表13に記載の5’隣接領域のいずれか1つ)、並びに
(c)ガイド鎖に対して3’に位置する3’隣接領域(例えば、表13に記載の3’隣接領域のいずれか1つ)であって、第2の隣接領域が、3’隣接配列、及び任意に、3’スペーサー配列を含む、3’隣接領域。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、以下をコードする核酸配列を含む:(a)5’から3’に、以下を含ステム-ループ配列:
(i)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号34及び147のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の同一性を有する核酸配列を有するパッセンジャー配列)と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループ、(ii)マイクロRNAループ領域であって、ループ領域がマイクロRNAループ配列(例えば、E-miR-30a又はE-miR-218-1ループ配列(例えば、配列番号4又は135のいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、(iii)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号19及び141のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を有するガイド配列)を含む3’ステム-ループアーム、
(b)パッセンジャー鎖に対して5’に位置する5’隣接領域(例えば、表13に記載の5’隣接領域のいずれか1つ)、並びに
(c)ガイド鎖に対して3’に位置する3’隣接領域(例えば、表13に記載の3’隣接領域のいずれか1つ)であって、第2の隣接領域が、3’隣接配列、及び任意に、3’スペーサー配列を含む、3’隣接領域。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、2つのステム-ループ配列を含む核酸配列を含み、(a)1つのステム-ループ配列は、配列番号19のガイド配列又は配列番号19と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、配列番号4のマイクロRNAループ領域又は配列番号4と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、及び配列番号34のパッセンジャー配列又は配列番号34と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含み、(b)第2のステム-ループ配列は、配列番号141のガイド(quide)配列又は配列番号141と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体、配列番号135のマイクロRNAループ領域又は配列番号135と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含む第2のステム-ループ配列、及び配列番号147のパッセンジャー配列又は配列番号147と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含む。好ましい実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、2つのステム-ループ配列を含む核酸配列を含み、(a)1つのステム-ループ配列は、配列番号19のガイド配列、配列番号4のマイクロRNAループ領域、及び配列番号34のパッセンジャー配列を含み、(b)第2のステム-ループ配列は、配列番号141のキッド配列、配列番号135のマイクロRNAループ領域、及び配列番号147のパッセンジャー配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号256と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、配列番号256の核酸配列を有する。
別の例では、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、以下をコードするヌクレオチド配列を含む:
(a)5’から3’に、以下を含ステム-ループ配列:
(i)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を有するガイド配列)を含む5’ステム-ループアーム、
(ii)マイクロRNAループ領域であって、ループ領域がマイクロRNAループ配列(例えば、E-miR-30 a、miR-218-1又はE-miR-124-3ループ配列(例えば、配列番号219、222、又は225のいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、
(iii)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号31~45、80~96、121~132、145~150、234~237及び246~249のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を有するパッセンジャー配列)と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアーム、
(b)ガイド鎖に対して5’に位置する5’隣接領域(例えば、表13に記載の5’隣接領域のいずれか1つ)、並びに
(c)パッセンジャー鎖に対して3’に位置する3’隣接領域(例えば、表13に記載の3’隣接領域のいずれか1つ)であって、第2の隣接領域が、3’隣接配列、及び任意に、3’スペーサー配列を含む、3’隣接領域。
(a)5’から3’に、以下を含ステム-ループ配列:
(i)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を有するガイド配列)を含む5’ステム-ループアーム、
(ii)マイクロRNAループ領域であって、ループ領域がマイクロRNAループ配列(例えば、E-miR-30 a、miR-218-1又はE-miR-124-3ループ配列(例えば、配列番号219、222、又は225のいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、
(iii)ガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号31~45、80~96、121~132、145~150、234~237及び246~249のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する核酸配列を有するパッセンジャー配列)と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアーム、
(b)ガイド鎖に対して5’に位置する5’隣接領域(例えば、表13に記載の5’隣接領域のいずれか1つ)、並びに
(c)パッセンジャー鎖に対して3’に位置する3’隣接領域(例えば、表13に記載の3’隣接領域のいずれか1つ)であって、第2の隣接領域が、3’隣接配列、及び任意に、3’スペーサー配列を含む、3’隣接領域。
前述のガイド鎖及びパッセンジャー鎖の長さは、19~50(例えば、19、20、21、22、23、24、25、26~30、31~35、36~40、41~45、又は46~50)ヌクレオチド長であり得る。特定の例では、ガイド鎖の長さは19ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは20ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは21ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは22ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは23ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは24ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは25ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは26~30ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは31~35ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは36~40ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは41~45ヌクレオチドである。別の例では、ガイド鎖の長さは46~50ヌクレオチドである。特定の例では、パッセンジャー鎖の長さは19ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは20ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは21ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは22ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは23ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは24ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは25ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは26~30ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは31~35ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは36~40ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは41~45ヌクレオチドである。別の例では、パッセンジャー鎖の長さは46~50ヌクレオチドである。
ガイド及びパッセンジャー配列の長さは、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖が組み込まれるmiRNAスキャフォルドに基づいて変化し得る。所与のガイドがmiRNAスキャフォルドに適合される場合、ガイドの長さは、所与のmiRNAスキャフォルドの天然の構造及びプロセシングに適応するように伸長され得る。例えば、E-miR-30スキャフォルドによって産生されるガイド配列は、典型的には22ヌクレオチド長である。ほとんどのスキャフォルドでは、ガイド配列は、標的mRNA配列に更に相補的であるように3’末端で伸長されるが、いくつかの場合、miRNAスキャフォルドの配列に応じてガイドの5’開始部位を改変することを含み得る。
特定の場合には、miRNAガイド及びパッセンジャー鎖の発現レベル及び/又はプロセシングパターンを改変して、所与のコンストラクトの標的化能力を改善又は改変することが望ましい場合がある。したがって、所与のmiRNAフレームワーク/スキャフォルド内で、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖の位置を交換することができ、これは、スタッファー配列(例えば、配列番号250又は配列番号251)を含む設計の状況であってもよく、スタッファーなしの設計の状況であってもよい。これは更に、二重コンストラクト又は連結された(concatenated)コンストラクトの状況であってもよい。この変更に対応するために、ガイド及び/又はパッセンジャー鎖の配列は、テンプレート「親」設計から変更されてもよい。あるいは、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖の発現及び/又は処理パターンの変化に影響を及ぼすために、ガイド鎖及び/又はパッセンジャー鎖配列に改変を加えてもよい。
特定の例では、ベクター又はポリヌクレオチドはE-miR-30a配列を含み、5’隣接領域は配列番号217と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一のヌクレオチド配列を含む(表13参照)。
いくつかの実施形態では、ベクター又はポリヌクレオチドは、E-miR-30a配列を含み、3’隣接領域は、配列番号218と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一のヌクレオチド配列を含む(表13参照)。
別の例では、ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域が配列番号219のヌクレオチド配列、又は配列番号219と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一の配列を含むE-miR-30a構造を含む(表13を参照)。
特定の例では、ベクター又はポリヌクレオチドはmiR-218-1配列を含み、5’隣接領域は配列番号220と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一のヌクレオチド配列を含む(表13を参照)。
いくつかの実施形態では、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-218-1配列を含み、3’隣接領域は、配列番号221と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一のヌクレオチド配列を含む(表13を参照)。
別の例では、ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域が配列番号222のヌクレオチド配列、又は配列番号222と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一の配列を含むmiR-218-1構造を含む(表13を参照)。
特定の例では、ベクター又はポリヌクレオチドはE-miR-124-3配列を含み、5’隣接領域は配列番号223と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一のヌクレオチド配列を含む(表13を参照)。
いくつかの実施形態では、ベクター又はポリヌクレオチドは、E-miR-124-3配列を含み、3’隣接領域は、配列番号224と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一のヌクレオチド配列を含む(表13参照)。
別の例では、ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域が配列番号225のヌクレオチド配列、又は配列番号225と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))同一の配列を含むE-miR-124-3構造を含む(表13を参照)。
発現ベクターはプラスミドであり得、例えば、イントロン配列(例えば、配列番号205若しくは配列番号206のイントロン配列、又は配列番号205若しくは配列番号206の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体)、リンカー配列、又はスタッファー配列(例えば、配列番号250又は配列番号251)の1つ以上を含み得る。
したがって、本開示の目的は、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251及び256~261のいずれか1つの核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251、及び256~261のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体を含むベクターに関する。例えば、ベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251、及び256~261のいずれか1つの核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含み得る。別の例では、ベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251、及び256~261のいずれか1つの核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含み得る。本開示のベクターは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251、及び256~261のいずれか1つの核酸配列を有するポリヌクレオチドを更に含み得る。
特に、ベクターは、配列番号:1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251、及び256~261のいずれか1つの配列、又は配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、208~229、238~241、250~251、及び256~261のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する変異体、及びプロモーター(例えば、表11に列挙されるプロモーターのいずれか1つ)を含み得る。
上述の変異体は、例えば、個体間の対立遺伝子変異(例えば、多型)、選択的スプライシング形態等に起因する天然に存在する変異体を含み得る。変異体という用語はまた、他の供給源又は生物からの本開示の遺伝子配列を含む。変異体は、本開示による配列と実質的に相同であり得る。本開示の遺伝子の変異体はまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で上記で定義された配列(又はその相補鎖)にハイブリダイズする核酸配列を含む。典型的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件には、30°C超、35°C超、又は42°C超の温度、及び/又は約500mM未満若しくは200mM未満の塩分が含まれる。ハイブリダイゼーション条件は、例えば、SDS、SSC等の他の試薬の温度、塩分及び/又は濃度を変更することによって調整することができる。
本開示は更に、目的の標的細胞に異種ポリヌクレオチドを送達するための非ウイルスベクター(例えば、本明細書に開示されるGrik2標的化阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチドを含有するプラスミド)を提供する。他の場合では、本開示のウイルスベクターは、AAVベクターアデノウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、又はヘルペスウイルスベクターであり得る。
1つ以上の発現カセットが使用され得る。各発現カセットは、目的のRNAをコードする配列に作動可能に連結された少なくとも1つのプロモーター配列(例えば、ニューロン細胞プロモーター)を含み得る。各発現カセットは、追加の調節エレメント、スペーサー、イントロン、UTR、ポリアデニル化部位等からなり得る。発現カセットは、例えば2つ以上の阻害性RNA剤をコードするポリヌクレオチドに対してポリシストロン性であり得る。発現カセットは、プロモーター、1つ以上の目的の阻害性RNA剤をコードする核酸、及びポリA配列を更に含み得る。特定の例では、発現カセットは、5’-プロモーター配列、第1の目的の阻害性RNA剤(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つ)をコードするポリヌクレオチド配列、第2の目的の阻害性RNA剤(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つ)をコードする配列、及びポリA配列-3’を含む。好ましい実施形態では、発現カセットは、配列番号256と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号256の配列を有する。好ましい実施形態では、発現カセットは、配列番号257と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、発現カセットは、配列番号257の配列を有する。
ウイルスベクターは、耐性AmpR、カナマイシン、ハイグロマイシンB、ジェネティシン、ブラストサイジンS、ゲンタマイシン、カルベニシリン、クロラムフェニコール、ノウルセオトリシン又はピューロマイシンの遺伝子等の抗生物質耐性遺伝子をコードする核酸配列を更に含み得る。
例示的な発現カセット
本開示は、発現ベクター(例えば、プラスミド又はウイルスベクター(例えば、AAV又はレンチウイルスベクター))に組み込まれると、Grik2 mRNAにハイブリダイズしてその発現を阻害する阻害性RNA剤(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの核酸配列を有する阻害性RNA剤)をコードする異種ポリヌクレオチドの発現を促進する発現カセットを提供する。一般に、核酸ベクターに組み込まれる発現カセットは、異種遺伝子調節配列(例えば、プロモーター(例えば、表11に記載されるプロモーターのいずれか1つ)及び場合によりエンハンサー配列(例えば、表12に記載のエンハンサー配列))、5’隣接配列(例えば、表13に記載の5’隣接配列)、ステム-ループ5’アームを含むステム-ループ配列、ループ配列(例えば、表13に記載のマイクロRNAループ配列)、ステム-ループ3’アーム、3’隣接配列(例えば、表13に記載の3’隣接配列)、任意に、ウッドチャック肝炎転写後調節エレメント(WRPE)、及びポリA配列(例えば、配列番号213~216)を含有する異種ポリヌクレオチドを含むであろう。AAVベクターの場合、発現カセットは、その5’及び3’末端に、それぞれ5’ITR及び3’ITR配列(例えば、表12に記載される5’又は3’ITR配列のいずれか1つ)が隣接していてもよい。典型的には、AAV2 ITR配列は、本明細書に開示される方法及び組成物と併せて使用するために企図されるが、本明細書に開示される他のAAV血清型由来のITR配列もまた使用され得る(上記の「AAVベクター」のセクションを参照)。コンストラクトの一般的な構造は、少なくとも5’から3’方向に向けられた以下のエレメントを含む:
(i) 5’ITR配列(AAVベクターのみについて;表12を参照);
(ii) プロモーター配列(例えば、表11に列挙されるプロモーター配列のいずれか1つ);
(iii) 5’隣接配列(例えば、表13を参照);
(iv) 配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列;
(v) 任意に、WPRE配列;
(vi) ポリA配列(例えば、表12を参照);及び
(vii) 3’ITR配列(AAVベクターのみについて;表12を参照)。
本開示は、発現ベクター(例えば、プラスミド又はウイルスベクター(例えば、AAV又はレンチウイルスベクター))に組み込まれると、Grik2 mRNAにハイブリダイズしてその発現を阻害する阻害性RNA剤(例えば、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの核酸配列を有する阻害性RNA剤)をコードする異種ポリヌクレオチドの発現を促進する発現カセットを提供する。一般に、核酸ベクターに組み込まれる発現カセットは、異種遺伝子調節配列(例えば、プロモーター(例えば、表11に記載されるプロモーターのいずれか1つ)及び場合によりエンハンサー配列(例えば、表12に記載のエンハンサー配列))、5’隣接配列(例えば、表13に記載の5’隣接配列)、ステム-ループ5’アームを含むステム-ループ配列、ループ配列(例えば、表13に記載のマイクロRNAループ配列)、ステム-ループ3’アーム、3’隣接配列(例えば、表13に記載の3’隣接配列)、任意に、ウッドチャック肝炎転写後調節エレメント(WRPE)、及びポリA配列(例えば、配列番号213~216)を含有する異種ポリヌクレオチドを含むであろう。AAVベクターの場合、発現カセットは、その5’及び3’末端に、それぞれ5’ITR及び3’ITR配列(例えば、表12に記載される5’又は3’ITR配列のいずれか1つ)が隣接していてもよい。典型的には、AAV2 ITR配列は、本明細書に開示される方法及び組成物と併せて使用するために企図されるが、本明細書に開示される他のAAV血清型由来のITR配列もまた使用され得る(上記の「AAVベクター」のセクションを参照)。コンストラクトの一般的な構造は、少なくとも5’から3’方向に向けられた以下のエレメントを含む:
(i) 5’ITR配列(AAVベクターのみについて;表12を参照);
(ii) プロモーター配列(例えば、表11に列挙されるプロモーター配列のいずれか1つ);
(iii) 5’隣接配列(例えば、表13を参照);
(iv) 配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有するステム-ループ配列;
(v) 任意に、WPRE配列;
(vi) ポリA配列(例えば、表12を参照);及び
(vii) 3’ITR配列(AAVベクターのみについて;表12を参照)。
特定の例では、配列番号:16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、7個以下(例えば、7、6、5、4、3、2、又は1個以下)のミスマッチヌクレオチド(すなわち、ミスマッチ)を有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、6個以下(例えば、6、5、4、3、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、5個以下(例えば、5、4、3、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、4個以下(例えば、4、3、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、3個以下(例えば、3、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、2個以下(例えば、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。更に別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、1個以下のミスマッチを有する。
別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、10個以下(例えば、10、9、8、7、又は6個以下)のミスマッチヌクレオチド(すなわち、ミスマッチ)を有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、9個以下(例えば、9、8、7、又は6個以下)のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、8個以下(例えば、8、7、又は6個以下)のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、7個以下(例えば、7、又は6個以下)のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、6個以下のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、5個以下のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、4個以下のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、3個以下のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、2個以下のミスマッチを有する。別の例では、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列に実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号16~30、63~79、109~120、139~144、230~233、及び242~245のいずれか1つの阻害性RNA配列と比較して、1個以下のミスマッチを有する。
多重遺伝子miRNAカセット
フランク/ステム-ループ/フランクコンストラクト(例えば、pri-miRNA)は、単一のmiRNA「カセット」として処理され得、連結され得る(例えば、1つ以上のプロモーターによって駆動される多重遺伝子配列で提供される)。2つ以上(例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10以上)のプレ-miRステム-ループ配列が、より長い転写物(例えば、イントロン等)の任意のポリヌクレオチド配列に、又は内在性マイクロRNA隣接配列(-5p及び-3p配列等の各ステム-ループに対する5’及び3’)の間に埋め込まれる場合がある。各プレ-miRステム-ループ配列は、専用プロモーター(例えば、それぞれが個々のプレ-miRステム-ループ配列の発現を独立して調節する別個のプロモーター配列を有する多重遺伝子コンストラクトとして、すなわち、各プロモーターは、個々のマイクロRNAを産生するように互いに独立して機能する)の制御下で発現され得る。少なくとも5bp伸長ステムを提供することができる隣接配列がステム-ループのプロセシングに十分であったことが示されている(Sun,et al.BioTechniques.41:59-63,July 2006、参照により本明細書に組み込まれる)。スペーサー配列は、第1のmiRNA発現カセットの3’隣接配列と、第2のmiRNA発現カセットの5’隣接配列との間に位置し得る。スペーサー配列は、コード又は非コード(例えば、イントロン)配列から誘導されてもよく、様々な長さのものであるが、ステム-ループ-フランク配列の一部とはみなされない(Rousset,F.et al.,Molecular Therapy:Nucleic Acids,14:352-63,2019(これは参照によって本明細書に組み込まれる))。
フランク/ステム-ループ/フランクコンストラクト(例えば、pri-miRNA)は、単一のmiRNA「カセット」として処理され得、連結され得る(例えば、1つ以上のプロモーターによって駆動される多重遺伝子配列で提供される)。2つ以上(例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10以上)のプレ-miRステム-ループ配列が、より長い転写物(例えば、イントロン等)の任意のポリヌクレオチド配列に、又は内在性マイクロRNA隣接配列(-5p及び-3p配列等の各ステム-ループに対する5’及び3’)の間に埋め込まれる場合がある。各プレ-miRステム-ループ配列は、専用プロモーター(例えば、それぞれが個々のプレ-miRステム-ループ配列の発現を独立して調節する別個のプロモーター配列を有する多重遺伝子コンストラクトとして、すなわち、各プロモーターは、個々のマイクロRNAを産生するように互いに独立して機能する)の制御下で発現され得る。少なくとも5bp伸長ステムを提供することができる隣接配列がステム-ループのプロセシングに十分であったことが示されている(Sun,et al.BioTechniques.41:59-63,July 2006、参照により本明細書に組み込まれる)。スペーサー配列は、第1のmiRNA発現カセットの3’隣接配列と、第2のmiRNA発現カセットの5’隣接配列との間に位置し得る。スペーサー配列は、コード又は非コード(例えば、イントロン)配列から誘導されてもよく、様々な長さのものであるが、ステム-ループ-フランク配列の一部とはみなされない(Rousset,F.et al.,Molecular Therapy:Nucleic Acids,14:352-63,2019(これは参照によって本明細書に組み込まれる))。
例示的な発現カセットは、以下を含むヌクレオチド配列を含み得る:(a)Grik2mRNAにハイブリダイズするガイドRNA配列を含む第1のmiRNA配列をコードする第1のポリヌクレオチド;(b)Grik2mRNAにハイブリダイズするガイドRNA配列を含む第2のmiRNA配列をコードする第2のポリヌクレオチド。例えば、発現カセットは、5’から3’に、以下を含み得る:(a)ガイド鎖の5’側に位置する第1の5’隣接領域であって、それに対して配列同一性の第1の5’隣接配列(例えば、表13を参照)を含む当該第1の5’隣接領域;(b)配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、及び238~241のいずれか1つのポリヌクレオチドを含む第1のステム-ループ配列;(c)当該パッセンジャー鎖の3’側に位置する第1の3’隣接領域(例えば、表13を参照)及び3’スペーサー配列;(d)ガイド鎖に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、表13を参照);(e)配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229、及び238~214のいずれか1つのポリヌクレオチドを含む第2のステム-ループ配列;(f)パッセンジャー鎖の3’側に位置する3’隣接配列(例えば、表13を参照)を含む第2の3’隣接領域。いくつかの実施形態では、発現カセットは、5’から3’に、以下を含み得る:(a)ガイド鎖の5’側に位置する第1の5’隣接領域であって、それに対して配列同一性の第1の5’隣接配列(例えば、表13を参照)を含む当該第1の5’隣接領域;(b)配列番号4、19及び34のいずれか1つ以上のポリヌクレオチドを含む第1のステム-ループ配列;(c)当該パッセンジャー鎖の3’側に位置する第1の3’隣接領域(例えば、表13を参照)及び3’スペーサー配列;(d)ガイド鎖に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、表13を参照);(e)配列番号135、141及び147のいずれか1つ以上のポリヌクレオチドを含む第2のステム-ループ配列;(f)パッセンジャー鎖の3’側に位置する3’隣接配列(例えば、表13を参照)を含む第2の3’隣接領域。いくつかの実施形態では、第1のステム-ループ構造及び第2のステムループ構造の配列は、第1のステム-ループ構造が、配列番号第135、141及び147のいずれか1つのポリヌクレオチドを含み、第2のステム-ループ構造が、配列番号4、19及び34のいずれか1つのポリヌクレオチドを含むように逆転される。
第1の5’隣接配列、第1の3’隣接配列、第2の5’隣接配列、及び第2の3’隣接配列は、表13から選択することができる。
ポリシストロン性又は多重遺伝子rAAV発現コンストラクトは、順次の(例えば、連続的又は非連続的)miRNAをコードするポリヌクレオチドX1、例えば(X1)nから構成される導入遺伝子を含み得る。X1ポリヌクレオチドは、表3、5、7、及び9に列挙されたガイド-パッセンジャー対のいずれか1つ、表13に列挙された5’及び3’隣接配列のいずれか1つ、並びに表13に列挙されたループ配列のいずれか1つを含む。式(X1)nを有するポリシストロニック導入遺伝子は、導入遺伝子の5’末端に位置する単一のプロモーターの制御下にあり、その結果、プロモーター及び導入遺伝子は式プロモーター-(X1)nを有し、式中、nは1~10の整数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)である。多重遺伝子コンストラクトは、ベクターの製造効率を改善するために、コンストラクトの3’末端にスタッファー配列(例えば、配列番号250又は配列番号251)を更に含むことができる。
二重miRNA二重プロモーター発現カセット
2つ以上の(例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10以上)プレ-miRステム-ループ配列を含有する多重遺伝子発現カセットは、各個々のプレ-miRステム-ループ配列が専用のプロモーター配列に作動可能に連結されるように、各個々のプレ-miRステム-ループ配列の発現を調節するための2つ以上のプロモーター配列を含み得る。そのような場合、発現コンストラクトは、式(プロモーター-X1)nの構造を特徴とし、式中、X1は、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つのポリヌクレオチドであり、nは、1~10の整数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)である。二次構造を形成することができる追加の調節エレメント、例えば、エンハンサー配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化シグナル配列、イントロン及び/又は配列、例えば、本明細書に開示される調節エレメントのいずれか1つは、プロモーター-X1構造の5’末端及び/又は3’末端に作動可能に連結され得る。
2つ以上の(例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10以上)プレ-miRステム-ループ配列を含有する多重遺伝子発現カセットは、各個々のプレ-miRステム-ループ配列が専用のプロモーター配列に作動可能に連結されるように、各個々のプレ-miRステム-ループ配列の発現を調節するための2つ以上のプロモーター配列を含み得る。そのような場合、発現コンストラクトは、式(プロモーター-X1)nの構造を特徴とし、式中、X1は、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241のいずれか1つのポリヌクレオチドであり、nは、1~10の整数(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)である。二次構造を形成することができる追加の調節エレメント、例えば、エンハンサー配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化シグナル配列、イントロン及び/又は配列、例えば、本明細書に開示される調節エレメントのいずれか1つは、プロモーター-X1構造の5’末端及び/又は3’末端に作動可能に連結され得る。
特定の例では、二重miRNA発現カセットは、それぞれが個々のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列)の制御下にある2つのプレ-miRステム-ループ配列を含む。二重miRNAカセットにおける2つのプロモーターは、同一のプロモーター又は異なるプロモーターであり得る。
具体的な一例では、二重miRNA発現カセットは、5’から3’に、以下を含むヌクレオチド配列を含む:(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のいずれか1つ、例えば表11、例えばhSynプロモーター又はCaMKIIプロモーター);(b)第1のステム-ループ配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域(例えば、表13を参照);(c)配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、及び238~241のいずれか1つのポリヌクレオチド配列を含む第1のステム-ループ配列;(d)第1のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域(例えば、表13を参照);(e)第2のプロモーター配列(例えば、表11を参照)、又はそれと少なくとも85%(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上(例えば、100%))の配列同一性を有するその変異体;(f)第2のステム-ループ配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、表13を参照);(g)配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、及び238~241のいずれか1つのポリヌクレオチドを含む第2のステム-ループ配列;及び(h)ポリヌクレオチドの3’側に位置する第2の3’隣接領域(例えば、表13を参照)。所望であれば、hSynプロモーター及びCaMKIIプロモーターは、サイトメガロウイルスのエンハンサー(例えば、CAG又はCBA)、U6、H1又は7SKプロモーターを含有する構成的プロモーターで置き換えられ得る。
別の例では、第1のプロモーターはSYNプロモーター(例えば、表11を参照)であり、第2のプロモーターはCAMKIIプロモーター(例えば、表11を参照)である。
前述の二重miRNA発現カセットに記載される配列についての配列同一性が、10~1500(例えば、20~1400、30~1300、40~1200、50~1100、60~1000、70~900、80~800、90~700、100~600、200~500、又は300~400)ヌクレオチドの範囲にわたって決定され得る。例えば、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が10ヌクレオチドにわたって決定され得る。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が20ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が30ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が40ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が50ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が60ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が70ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が80ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が90ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が100ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が150ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が200ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が250ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が300ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が350ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が400ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が450ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が500ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が550ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が600ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が650ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が700ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が750ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が800ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が850ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が900ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が950ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が1000ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が1100ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が1200ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が1300ヌクレオチドにわたって決定される。別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が1400ヌクレオチドにわたって決定される。更に別の例では、上記の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性が1500ヌクレオチドにわたって決定される。
上記の二重miRNA発現カセットは、シナプシンプロモーター及び/又はカルシウム/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼIIプロモーターであるプロモーターを含み得る。
本明細書に開示される二重miRNA発現カセットと併せて使用するために好適であるマイクロRNAループ配列は、E-miR-30、miR-218-1又はE-miR-124-3ループ配列であり得る。
本開示の二重miRNA発現カセットはまた、発現カセットの5’末端に5’-ITR(例えば、表12を参照されたい。)を、発現カセットの3’末端に3’-ITR(例えば、表12を参照)を組み込でもよい。
更に、本明細書に開示される二重miRNA発現コンストラクトは、第1の3’隣接領域の3’末端と第2のプロモーターの5’末端との間に作動可能に連結される第1のポリアデニル化(ポリA)シグナル、及び/又は、第2の3’隣接領域の第2の3’末端と3’ITRとの間に作動可能に連結される第2のポリAシグナルを含み得る。第1のポリAシグナルと第2のポリAシグナルは、同一(例えば、両方ともRBG又はBGHポリAシグナルである)であってもよく、又は異なっていてもよい(例えば、第1のポリAシグナルはRBGポリAであり、第2のポリAシグナルはBGHポリAであり、又は、第1のポリAシグナルはBGHポリAであり、第2のポリAシグナルはRBGポリAである)。
複数のmiRNA配列を含有するAAVベクターの製造における改善
単一又は二重miRNA発現カセット(例えば、本明細書に開示される発現カセット)をコードするプラスミドを使用するAAVベクターの調製は、不適切なAAVゲノムパッケージングによって妨害される可能性がある。第一に、pri-miRNA配列は短く(200塩基未満)、プロモーターの長さに応じて、単一のmiRNAの発現を制御する単一のプロモーターを有する導入遺伝子カセットの設計は、AAVの最大パッケージング容量(約4.8kb)よりも有意に短いAAVゲノムをもたらし得る。したがって、予想される全ゲノム長が2.4kb未満(AAVのパッケージング能力の半分)である場合、単一のキャプシドに複数のベクターゲノムをロードすることが可能である。これは、適切な長さであればAAVキャプシドにパッケージングすることができるAAVゲノム二量体(又は三量体)の産生を可能にする適切なエンドヌクレアーゼニッキングなしにポリメラーゼのリードスルーによって媒介することができる。これはその後、AAVベクター粒子の集団に有意な不均一性を導入し、製剤の製造及び特性評価を著しく困難にする。
単一又は二重miRNA発現カセット(例えば、本明細書に開示される発現カセット)をコードするプラスミドを使用するAAVベクターの調製は、不適切なAAVゲノムパッケージングによって妨害される可能性がある。第一に、pri-miRNA配列は短く(200塩基未満)、プロモーターの長さに応じて、単一のmiRNAの発現を制御する単一のプロモーターを有する導入遺伝子カセットの設計は、AAVの最大パッケージング容量(約4.8kb)よりも有意に短いAAVゲノムをもたらし得る。したがって、予想される全ゲノム長が2.4kb未満(AAVのパッケージング能力の半分)である場合、単一のキャプシドに複数のベクターゲノムをロードすることが可能である。これは、適切な長さであればAAVキャプシドにパッケージングすることができるAAVゲノム二量体(又は三量体)の産生を可能にする適切なエンドヌクレアーゼニッキングなしにポリメラーゼのリードスルーによって媒介することができる。これはその後、AAVベクター粒子の集団に有意な不均一性を導入し、製剤の製造及び特性評価を著しく困難にする。
第2に、shRNA及びmiRNAに基づく導入遺伝子は、ヘアピンを含むため、本質的に有意な二次構造を有する。AAVゲノム内のこれらの内部二次構造は、AAVゲノムの複製及びパッケージング中に「偽」ITRとして機能し、切断事象、並びに完全及び部分ベクターゲノムの混合物を含むAAVベクター粒子の異種集団をもたらし得ることが示されている。
本発明者らは、AAVパッケージング能力未満のサイズを有するAAVゲノムを追加の配列(例えば、更なるpre-miRNAステム-ループ配列、第2のプロモーター配列、スタッファー配列(例えば、配列番号250又は配列番号251)、自己相補的AAVベクター等を使用する)でパディングすると、部分的(すなわち、切断型AAVゲノムのコピーの取り込みを回避することによってAAVパッケージングが実質的に改善され、多重パッケージング事象が防止又は低減されることを発見した。したがって、本明細書に記載されるコンストラクトは、ベクターのサイズを最大AAVパッケージング容量により近い値に増加させるために上記の配列をAAV発現カセットに組み込むことによって、AAVゲノムの不適切なパッケージングを回避する。いくつかの実施形態では、ベクターは、1つ以上の(例えば、1、2、又はそれ以上)スタッファー配列を含む。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、発現カセットの3’末端に配置される。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号250の核酸配列と少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号250の核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも95%(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号251の核酸配列と少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号251の核酸配列を有する。
例えば、単一のプロモーターの制御下で1つのmiRNAを発現するコンストラクト又は2つの別個のプロモーターからの2つのmiRNAを発現するコンストラクト(二重コンストラクトアプローチ)が、in vitro/ex vivo/in silico評価によって予測されるようにin vivoで機能しない場合があり得る。これらの場合、AAVベクター粒子の均一な完全長の単一パッケージング集団を生成するゲノム長を確立するために以下の戦略を実施することができる。
第1に、単一のmiRNA「ガイド」の発現が望まれる場合、スタッファー配列(例えば、配列番号250又は配列番号251)を付加して、プロモーター又はmiRカセット自体を破壊することなくAAVベクターゲノムの全長を増加させることができる。このスタッファーは、導入遺伝子カセット(ポリA配列の3’)の下流に付加され得る。いくつかの実施形態では、AAVベクターは、配列番号252~257のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、95%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する配列を含む。好ましい実施形態では、AAVベクターは、配列番号252~257のいずれか1つの配列を含む。このスタッファーの長さ及び含有量は、AAVパッケージングの均一性を改善する能力を維持しながら変更することができる。更に、このスタッファーは、プロモーターの上流(5’)に配置され得る。スタッファー配列は、scAAVベクター又は一本鎖(ss)AAVベクターの状況で利用され得る。
第2に、2つ以上のmiRNAが発現されることになるが、単一のプロモーター戦略が選択される場合、ベクターは、複数のmiRNAカセットのコンカテマー化によって調製され得る。同じスキャフォルドを使用した複数のmiRNAカセット(例えば、最大5つのmiRNAカセット)のコンカテマー化は、ベクターゲノム内の相同配列間の組換えをもたらし得るが、非相同な隣接及びループ配列を有する異なるスキャフォルドを使用したmiRNAカセットのコンカテマー化は、このパッケージングの懸念を改善し得る。追加のmiRNAカセットの包含が適切な長さのベクターゲノムをもたらさない場合、スタッファー配列を上記のように組み込んで長さを増加させ、パッケージング効率を改善することができる。いくつかの実施形態では、AAVベクターは、配列番号256~257のいずれか1つと少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、95%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有する配列を含む。好ましい実施形態では、AAVベクターは、配列番号256~257のいずれか1つの配列を含む。
昆虫発現ベクター
本明細書に記載される阻害性ポリヌクレオチドはまた、適切な昆虫発現ベクター(例えば、ウイルスベクター、例えばバキュロウイルスウイルスウイルスベクター)においてコードされ、昆虫発現系において発現され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の阻害性ポリヌクレオチドを核酸ベクター(例えば、バキュロウイルスベクター又はバキュロウイルスベースのベクター、レトロウイルスベクター、又は他のウイルスベクター)に組み込み、昆虫細胞株(例えば、Sf9細胞)にトランスフェクトし、ポリヌクレオチド(複数可)の発現を可能にする条件下で培養することができる。例えば、昆虫細胞株(例えば、Sf9細胞)を、本開示の阻害性ポリヌクレオチドで一過性又は安定的にトランスフェクトすることができる。
本明細書に記載される阻害性ポリヌクレオチドはまた、適切な昆虫発現ベクター(例えば、ウイルスベクター、例えばバキュロウイルスウイルスウイルスベクター)においてコードされ、昆虫発現系において発現され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の阻害性ポリヌクレオチドを核酸ベクター(例えば、バキュロウイルスベクター又はバキュロウイルスベースのベクター、レトロウイルスベクター、又は他のウイルスベクター)に組み込み、昆虫細胞株(例えば、Sf9細胞)にトランスフェクトし、ポリヌクレオチド(複数可)の発現を可能にする条件下で培養することができる。例えば、昆虫細胞株(例えば、Sf9細胞)を、本開示の阻害性ポリヌクレオチドで一過性又は安定的にトランスフェクトすることができる。
バキュロウイルス送達ベクター及びそれに対応する改変宿主細胞は市販されている(例えば、pAcGP67、pAcSECG2TA、pVL1392、pVL1393、pAcGHLT、pAcAB4;pBAC-3、pBAC6、pBACgus-6、pBACsurf-1、pPolh-FLAG、及びpPolh-MAT)。バキュロウイルス及び昆虫細胞発現系のための方法は、参照により本明細書に組み込まれる、Summers and Smith,Texas Agricultural Experiment Station Bulletin No.1555(1987),and Luckow and Summers,Bio/Technology 6:47(1988)に記載されているように、当技術分野で周知である。当業者であれば、発現系がバキュロウイルス発現系に限定されないことを理解するであろう。重要なことは、発現系が本開示の阻害性ポリヌクレオチドの発現を可能にすることである。例えば、他の適切な昆虫発現系としては、昆虫ポックス(Entomopox)ウイルス系(昆虫マンマウイルス(mammavirus))及び細胞質多角体症ウイルス(CPV)系が挙げられる。
細菌発現ベクター
標準的な細菌ベクターには、例えばバクテリオファージX及びM13、並びにプラスミド、例えばpBR322、pSKF及びpET23Dが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の阻害性ポリヌクレオチド又はそれをコードする核酸ベクターを、プラスミド又は代替の細菌発現ベクターに組み込み、ポリヌクレオチド(複数可)の発現を可能にする条件下で培養することができる。細菌宿主細胞と共に使用するのに適したクローニングベクター及び発現ベクターは、Pouwels et al.(Cloning Vectors:A Laboratory manual,Elsevier,New York,1985)によって記載されている。例示的な細菌株には、大腸菌(Escherichia coli)、枯草菌(Bacillus subtilis)、ネズミチフス菌(Salmonella typhimurium)、又は異種ポリヌクレオチドを発現することができる任意の細菌株が含まれ得る。細菌発現ベクターに典型的に含まれるエレメントには、レプリコン、組換えプラスミドを保有する細菌の選択を可能にする抗生物質耐性をコードする遺伝子、及び組換え配列の挿入を可能にするプラスミドの非必須領域に固有の制限部位が含まれる。
標準的な細菌ベクターには、例えばバクテリオファージX及びM13、並びにプラスミド、例えばpBR322、pSKF及びpET23Dが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の阻害性ポリヌクレオチド又はそれをコードする核酸ベクターを、プラスミド又は代替の細菌発現ベクターに組み込み、ポリヌクレオチド(複数可)の発現を可能にする条件下で培養することができる。細菌宿主細胞と共に使用するのに適したクローニングベクター及び発現ベクターは、Pouwels et al.(Cloning Vectors:A Laboratory manual,Elsevier,New York,1985)によって記載されている。例示的な細菌株には、大腸菌(Escherichia coli)、枯草菌(Bacillus subtilis)、ネズミチフス菌(Salmonella typhimurium)、又は異種ポリヌクレオチドを発現することができる任意の細菌株が含まれ得る。細菌発現ベクターに典型的に含まれるエレメントには、レプリコン、組換えプラスミドを保有する細菌の選択を可能にする抗生物質耐性をコードする遺伝子、及び組換え配列の挿入を可能にするプラスミドの非必須領域に固有の制限部位が含まれる。
医薬組成物
本明細書に記載の阻害性ポリヌクレオチド又はそれをコードする核酸ベクターは、in vivo投与に適した生物学的に適合性の形態で哺乳動物(例えば、ヒト)対象に投与するための医薬組成物に製剤化され得る。
本明細書に記載の阻害性ポリヌクレオチド又はそれをコードする核酸ベクターは、in vivo投与に適した生物学的に適合性の形態で哺乳動物(例えば、ヒト)対象に投与するための医薬組成物に製剤化され得る。
本明細書に開示される組成物は、対象(例えば、ヒト)に送達するための任意の適切なビヒクル中に製剤化され得る。例えば、それらは、薬学的に許容され得る懸濁液、分散液、溶液又はエマルジョンに製剤化され得る。適切な媒体としては、生理食塩水及びリポソーム調製物が挙げられる。より具体的には、薬学的に許容され得る担体は、非水溶液の滅菌水溶液、懸濁液、及びエマルジョンを含み得る。組換えヒトアルバム(rAlbumin Human NF RECOMBUMIN(登録商標)Prime)もまた、AAVベクター(Albumedix、英国ノッティンガム)と共に安定剤として使用され得る。非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油等の植物油、及びオレイン酸エチル等の注射可能な有機エステルである。水性担体には、生理食塩水及び緩衝媒体を含む、水、アルコール性/水溶液、エマルジョン又は懸濁液が含まれる。静脈内投与に適したビヒクルには、流体及び栄養補充剤、電解質補充剤(リンゲルデキストロースに基づくもの等)等が含まれる。
防腐剤及び他の添加剤、例えば、抗菌剤、酸化防止剤、キレート剤、及び不活性ガス等も存在し得る。
コロイド分散系はまた、標的遺伝子送達のために使用され得る。コロイド分散系には、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、並びに水中油型エマルジョン、ミセル、混合ミセル、及びリポソームを含む脂質ベースの系が含まれる。
本明細書に記載の組成物は、遊離塩基の形態で、塩、溶媒和物の形態で、及びプロドラッグとして使用することができる。全ての形態は、本明細書に記載の方法の範囲内である。本開示の方法によれば、記載された化合物又はその塩、溶媒和物若しくはプロドラッグは、選択された投与経路に応じて様々な形態で患者に投与され得る。
したがって、本明細書に記載の組成物は、例えば、経口、非経口、髄腔内、脳室内、実質内、頬側、舌下、鼻、直腸、パッチ、ポンプ、又は経皮投与による投与のために製剤化されてもよく、それに応じて製剤化された医薬組成物である。非経口投与には、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、経上皮、経鼻、肺内、髄腔内、脳室内、実質内、直腸、及び局所投与様式が含まれる。非経口投与は、選択された期間にわたる連続注入によるものであり得る。
本明細書に記載の薬剤の溶液は、ヒドロキシプロピルセルロース等の界面活性剤と適切に混合された水中で調製することができる。分散液はまた、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、DMSO、及びアルコールの有無にかかわらずそれらの混合物、及び油中で調製され得る。通常の保管及び使用条件下では、これらの製剤は、微生物の増殖を防ぐための防腐剤が含まれていてもよい。適切な製剤の選択及び調製のための従来の手順及び成分は、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences(2012,22nd ed.)及び2018年に公開されたUnited States Pharmacopeia:The National Formulary(USP 41 NF 36)に記載されている。注射用途に適した医薬形態には、滅菌水溶液又は分散液、及び滅菌注射溶液又は分散液の即時調製のための滅菌粉末が含まれる。全ての場合において、形態は無菌でなければならず、シリンジによって容易に投与され得る程度まで流動性でなければならない。局所、局部、又は全身投与も適切であり得る。本明細書に記載の組成物は、有利には、例えば約1cm間隔で間隔を置いて標的部位に注射又は複数回注射を投与することによって接触させることができる。
本明細書に記載の組成物は、単独で又は薬学的に許容され得る担体と組み合わせて動物、例えばヒトに投与することができ、その割合は、化合物の溶解性及び化学的性質、選択された投与経路、及び標準的な製薬慣行によって決定される。
したがって、本開示は、本明細書に開示される阻害性RNA剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)を含有する医薬組成物を提供する。特に、本開示は、本開示の阻害性RNA剤を含むベクターを含む組成物を提供する。特定の例では、本開示は、本明細書に開示されるように、プロモーターに作動可能に連結された本開示の阻害性RNAを含むベクター(例えば、レンチウイルス又はAAVベクター)を含む医薬組成物を提供する。医薬組成物は、(a)ウイルスキャプシドを含むAAVベクター;及び(b)AAV ITRに隣接する発現カセットを含む人工ポリヌクレオチドであって、発現カセットが、CNS細胞におけるポリヌクレオチドの発現を制御する1つ以上の調節配列に作動可能に連結された、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害する阻害性ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドを含む、人工ポリヌクレオチドを含み得る。
本明細書に開示される阻害性RNA剤を、薬学的に許容され得る賦形剤、及び任意に、徐放性マトリックス(例えば、生分解性ポリマー等)と組み合わせて、医薬組成物を形成し得る。「薬学的に」又は「薬学的に許容され得る」は、必要に応じて哺乳動物、特にヒトに投与した場合に有害なアレルギー反応又は他の不都合な反応を生じない分子実体及び組成物を指す。薬学的に許容され得る担体又は賦形剤は、任意の種類の非毒性の固体、半固体又は液体の充填剤、希釈剤、封入材料又は製剤補助剤を指す。本明細書に開示される医薬組成物は、脳内(例えば、実質内又は脳室内)、筋肉内、静脈内、経皮、局所、経口、舌下、皮下、又は直腸投与のために製剤化され得る。
組成物の活性成分(例えば、Grik2を標的化する阻害性RNA剤)は、単独で、又は別の治療剤と組み合わせて、それを必要とする対象に従来の薬学的支持体との混合物として単位投与形態で投与することができる。適切な単位投与形態としては、経口経路形態、例えば、錠剤、ゲルカプセル剤、散剤、顆粒剤及び経口懸濁剤又は溶液、舌下及び頬側投与形態、エアロゾル、インプラント、皮下、経皮、局所、腹腔内、筋肉内、静脈内、皮下、経皮、髄腔内、脳内、定位及び鼻腔内投与形態並びに直腸投与形態が挙げられる。典型的には、医薬組成物は、注射可能な製剤に対して薬学的に許容され得るビヒクルを含有する。これらは、特に等張性の滅菌生理食塩水(リン酸一ナトリウム若しくは二ナトリウム、塩化ナトリウム、カリウム、カルシウム若しくはマグネシウム等、又はこのような塩の混合物)、又は場合に応じて滅菌水又は生理食塩水を添加すると注射可能な溶液の構成を可能にする乾燥組成物、特に凍結乾燥組成物であり得る。
注射用途に適した医薬形態には、滅菌水溶液又は分散液、ゴマ油、落花生油又は水性プロピレングリコールを含む製剤、及び滅菌注射溶液又は分散液の即時調製のための滅菌粉末が含まれる。全ての場合において、形態は無菌でなければならず、容易な注射可能性が促進される程度に流動性でなければならない。それは製造及び保管の条件下で安定していなければならず、細菌及び真菌等の微生物の汚染作用から保護されていなければならない。遊離塩基又は薬理学的に許容され得る塩として本開示の化合物を含む溶液は、ヒドロキシプロピルセルロース等の界面活性剤と適切に混合された水中で調製することができる。
分散液は、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、及びそれらの混合物中及び油中で調製することもできる。通常の保管及び使用条件下では、これらの製剤は、微生物の増殖を防ぐための防腐剤が含まれていてもよい。本明細書に開示される阻害性ポリヌクレオチド剤は、中性形態又は塩形態の組成物に製剤化することができる。薬学的に許容され得る塩には、酸付加塩(タンパク質の遊離アミノ基で形成される)が含まれ、これは、無機酸、例えば塩酸若しくはリン酸、又は有機酸、例えば酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸等で形成される。遊離カルボキシル基で形成された塩は、無機塩基、例えば水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム、又は水酸化第二鉄、及び有機塩基、例えばイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカイン等から誘導することもできる。担体はまた、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール等)、それらの適切な混合物、及び植物油を含有する溶媒又は分散媒であり得る。適切な流動性は、コーティング(例えば、レシチン)の使用、分散液の場合に必要な粒径の維持、及び界面活性剤の使用によって維持することができる。
微生物の作用の防止は、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサール等の様々な抗菌剤及び抗真菌剤によってもたらされ得る。いくつかの場合、本開示の医薬組成物は、例えば糖又は塩化ナトリウム等の等張剤を含み得る。
注射可能な組成物の持続的な吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンの使用によってもたらされ得る。滅菌注射用溶液は、必要量の活性薬剤を、必要に応じて上に列挙した他の成分のいくつかと共に適切な溶媒に組み込み、続いて濾過滅菌することによって調製される。一般に、分散液は、様々な滅菌された活性成分を、塩基性分散媒及び本明細書に開示されるものからの必要な追加の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌注射液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、活性成分+任意の追加の所望の成分の粉末をその以前に滅菌濾過された溶液から得る真空乾燥及び凍結乾燥技術であり得る。製剤化すると、溶液は、投与量要件に適合する様式で、治療上有効な量で投与される。
製剤は、上記の注射液の種類等の様々な剤形で容易に投与されるが、薬物放出カプセル等も使用することができる。水溶液での非経口投与の場合、例えば、溶液は、必要に応じて適切に緩衝されるべきであり、液体希釈剤は、まず十分な生理食塩水又はグルコースで等張性にされるべきである。これらの特定の水溶液は、静脈内、筋肉内、皮下及び腹腔内投与に特に適している。使用することができる滅菌水性媒体は、当技術分野で周知である。例えば、1回の投与量を1mLの等張性NaCl溶液に溶解し、1000mLの皮下注入液に添加するか、又は提案された注入部位に注射することができる。治療される対象の状態に応じて、投与量のいくらかの変動が必然的に生じるであろう。投与を担当する医師は、いずれにせよ、適切な患者情報及び当技術分野で認識されている方法を使用して、個々の対象に対する適切な用量を決定することができる。
診断方法
対象(例えば、ヒト対象)は、例えば、当技術分野で周知の方法を使用して、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断され、したがって、本明細書に開示される組成物及び方法を使用して治療を必要とすると特定され得る。例えば、対象におけるてんかんの診断は、対象の脳におけるてんかん原性焦点及びてんかん様活動の重症度を同定するための神経生理学的試験によって導かれ得る。当技術分野で周知の例示的な神経生理学的試験方法には、脳波検査(EEG)、脳磁検査(MEG)、機能的MRI(fMRI)、単一光子放射型コンピュータ断層撮影法(SPECT)、及び陽電子放射断層撮影法(PET)が含まれる。EEG及びMEGは、皮質機能の連続的な測定を高い時間分解能で提供し、発作間(発作間の期間)のてんかん型放電の検出を容易にし、これは対象のてんかん状態の陽性診断を示し得る。対象の年齢、病歴、及び生活習慣に適切な基準(例えば、参照集団、例えば、非てんかん患者集団等)に対する対象の脳活動の比較を行って、対象のてんかんに関する診断を決定することができる。
対象(例えば、ヒト対象)は、例えば、当技術分野で周知の方法を使用して、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断され、したがって、本明細書に開示される組成物及び方法を使用して治療を必要とすると特定され得る。例えば、対象におけるてんかんの診断は、対象の脳におけるてんかん原性焦点及びてんかん様活動の重症度を同定するための神経生理学的試験によって導かれ得る。当技術分野で周知の例示的な神経生理学的試験方法には、脳波検査(EEG)、脳磁検査(MEG)、機能的MRI(fMRI)、単一光子放射型コンピュータ断層撮影法(SPECT)、及び陽電子放射断層撮影法(PET)が含まれる。EEG及びMEGは、皮質機能の連続的な測定を高い時間分解能で提供し、発作間(発作間の期間)のてんかん型放電の検出を容易にし、これは対象のてんかん状態の陽性診断を示し得る。対象の年齢、病歴、及び生活習慣に適切な基準(例えば、参照集団、例えば、非てんかん患者集団等)に対する対象の脳活動の比較を行って、対象のてんかんに関する診断を決定することができる。
対象は、限定されないが、TLE(例えば、mTLE又はlTLE)、良性ローランドてんかん、前頭葉てんかん、乳児痙攣、若年性ミオクロニーてんかん、若年性欠神てんかん、小児期欠神てんかん(ピクノーレプシー)、熱湯てんかん、レノックス-ガストー症候群、ランドークレフナー症候群、ドラベ症候群、進行性ミオクロヌスてんかん、反射性てんかん、ラスムッセン症候群、辺縁系てんかん、てんかん重積状態、腹部てんかん、巨大両側性ミオクロヌス、月経随伴性てんかん、ジャクソニアン発作障害、ラフォーラ病、及び光感受性てんかんを含むいくつかのてんかん状態のいずれか1つを有すると診断され得る。てんかん状態がTLEである場合、TLEは、焦点性発作又は全般発作を特徴とし得る。
開示される方法を使用しててんかん原性焦点を特定の脳領域(例えば、内側側頭葉、外側前頭葉、前頭葉等)に局在化させることに基づいて患者を診断することができるてんかんのタイプ。てんかんの脳活動の電気生理学的サインはまた、対象におけるてんかんの特定のタイプ又はサブタイプを識別するために使用され得る。例えば、皮質領域(例えば、海馬又は大脳皮質)における速い(250~600Hz)鋭い波リップル(SPW-R)の存在は、対象におけるTLEの陽性診断を示し得る。別の例では、レノックス・ガストー症候群は、新皮質及び視床にわたって記録された高速泳動電気泳動振動(10~15 Hz)の存在を特徴とすることが多い。更に、入院患者施設内の対象のビデオモニタリングは、患者がてんかん発作の行動症状、例えば、全身性痙攣、一時的な欠伸(約10秒間続く意識レベルの低下)、強直症、ミオクローヌス、腸又は膀胱の制御の喪失、舌の噛み込み、疲労、頭痛、発話困難、異常な行動(例えば、手又は口の動きのない凝視又は自動運動)、精神病及び/又は局所性脱力感を明白に示すように見える場合、患者のてんかんの診断を示し得る。てんかんと診断されている対象からの自己報告症状も、陽性診断を示し得る。そのような自己申告症状には、既視感(deja vu)又は未視感(jamais vu)の感覚、オーラ、記憶喪失、自発的で非挑発性の恐怖及び不安、吐き気、聴覚、視覚、嗅覚、味覚、又は幻触、視覚のゆがみ(例えば、マクロプシア又はミクロプシア)、解離又は脱実現、共感覚、不快感又は多幸感、恐怖、怒り、又は感情消失が含まれ得る。
医薬用途
てんかん状態と診断された、又はてんかん状態を発症するリスクがある対象のてんかん(例えば、TLE)を、上記の組成物(例えば、阻害性RNA剤又はそれをコードする核酸ベクター)の投与によって治療するための方法が本明細書に開示される。投与すると、本開示の阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害することができる。本明細書に開示される阻害性RNA剤によるGrik2の標的化は、Grik2が転写され、治療された又は治療された第1の細胞又は細胞群(例えば、ニューロン細胞;そのような細胞は、例えば、対象又は対象に由来する試料中に存在し得る)によって発現されるGrik2 mRNAのレベルの低下によって現れ得る(例えば、1つ以上の細胞を本開示の阻害性ポリヌクレオチドと接触させることによって、又は本開示の阻害性ポリヌクレオチドを、細胞が存在している若しくは存在していた対象に投与することによって)。特定の例では、Grik2の発現は、第1の細胞又は細胞群と実質的に同一であるが、そのように処置されていない又は処置されていない第2の細胞又は細胞群(阻害性ポリヌクレオチドで処置されていないか、又は目的の遺伝子を標的とする阻害性ポリヌクレオチドで処置されていない対照細胞(複数可))と比較して、第1の細胞又は細胞群で減少する。目的の遺伝子(例えば、Grik2)のmRNAレベルの低下の程度は、以下に関して表され得る:
てんかん状態と診断された、又はてんかん状態を発症するリスクがある対象のてんかん(例えば、TLE)を、上記の組成物(例えば、阻害性RNA剤又はそれをコードする核酸ベクター)の投与によって治療するための方法が本明細書に開示される。投与すると、本開示の阻害性RNA剤は、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害することができる。本明細書に開示される阻害性RNA剤によるGrik2の標的化は、Grik2が転写され、治療された又は治療された第1の細胞又は細胞群(例えば、ニューロン細胞;そのような細胞は、例えば、対象又は対象に由来する試料中に存在し得る)によって発現されるGrik2 mRNAのレベルの低下によって現れ得る(例えば、1つ以上の細胞を本開示の阻害性ポリヌクレオチドと接触させることによって、又は本開示の阻害性ポリヌクレオチドを、細胞が存在している若しくは存在していた対象に投与することによって)。特定の例では、Grik2の発現は、第1の細胞又は細胞群と実質的に同一であるが、そのように処置されていない又は処置されていない第2の細胞又は細胞群(阻害性ポリヌクレオチドで処置されていないか、又は目的の遺伝子を標的とする阻害性ポリヌクレオチドで処置されていない対照細胞(複数可))と比較して、第1の細胞又は細胞群で減少する。目的の遺伝子(例えば、Grik2)のmRNAレベルの低下の程度は、以下に関して表され得る:
遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)の発現レベルの変化は、目的の遺伝子の発現、例えば目的の遺伝子のタンパク質発現又はタンパク質の下流のシグナル伝達に機能的に関連するパラメータの減少に関して評価され得る。目的の遺伝子の発現レベルの変化は、発現コンストラクトから内因性又は異種の、目的の遺伝子を発現する任意の細胞において、当技術分野で公知の任意のアッセイによって決定され得る。
Grik2の発現レベルの変化は、細胞又は細胞群によって発現されるGluK2タンパク質のレベル(例えば、対象に由来する試料中で発現されるGluK2タンパク質のレベル)の低下によって現れ得る。上記で説明したように、Grik2 mRNA抑制の評価のために、処置された細胞又は細胞群におけるGluK2タンパク質発現のレベルの変化は、同様に、対照細胞又は細胞群におけるタンパク質のレベルのパーセンテージとして表され得る。
Grik2遺伝子の発現の変化を評価するために使用され得る対照細胞又は細胞群には、本開示の阻害性ポリヌクレオチドとまだ接触していない細胞又は細胞群が含まれる。例えば、対照細胞又は細胞群は、阻害性ポリヌクレオチドによる対象の治療の前に、個々の対象(例えば、ヒト又は動物の対象)に由来し得る。
細胞又は細胞群によって発現されるGrik2 mRNAのレベルは、mRNA発現を評価するための当該分野で公知の任意の方法を用いて決定され得る。例えば、試料中のGrik2 mRNAの発現レベルは、転写されたポリヌクレオチド又はその一部、例えばmRNAを検出することによって決定され得る。RNAは、例えば、酸性フェノール/グアニジンイソチオシアネート抽出(RNAzol B;生合成)、RNEASY(商標)RNA調製キット(Qiagen)又はPAXgene(PreAnalytix、スイス)を使用することを含むRNA抽出技術を使用して細胞から抽出することができる。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する典型的なアッセイ形式には、核ランオンアッセイ、RT-PCR、RNase保護アッセイ、ノーザンブロッティング、インサイチュハイブリダイゼーション及びマイクロアレイ分析が含まれる。循環mRNAは、PCT公開の国際公開第2012/177906(その全内容が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されている方法を用いて検出され得る。目的の遺伝子の発現レベルはまた、核酸プローブを使用して決定され得る。本明細書で使用される場合、「プローブ」という用語は、特定の配列、例えばmRNAに選択的に結合することができる任意の分子を指す。プローブは、当技術分野の周知の従来の方法を使用して合成することができ、又は適切な生物学的調製物から誘導することができる。プローブは、標識されるように特別に設計されてもよい。プローブとして利用することができる分子の例には、RNA、DNA、タンパク質、抗体、及び有機分子が含まれるが、これらに限定されない。
単離されたmRNAは、サザン分析又はノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)分析及びプローブアレイを含むがこれらに限定されないハイブリダイゼーション又は増幅アッセイに使用することができる。mRNAレベルを決定するための1つの方法は、単離されたmRNAを、目的の遺伝子のmRNAにハイブリダイズすることができる核酸分子(プローブ)と接触させることを含む。mRNAは、固体表面に固定化され、例えば単離されたmRNAをアガロースゲル上で泳動し、mRNAをゲルからニトロセルロース等の膜に転写することによって、プローブと接触され得る。プローブ(複数可)はまた、固体表面に固定化されてもよく、mRNAは、例えばAFFYMETRIX遺伝子チップアレイ中でプローブと接触される。当技術分野における公知のmRNA検出方法は、目的の遺伝子のmRNAレベルを決定する際の使用に適合させることができる。
試料中の目的の遺伝子の発現レベルを決定するための代替方法は、例えばRT-PCR(Mullis,1987、米国特許第第4,683,202号)、リガーゼ連鎖反応(Barany(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:189-193)、自立配列複製(Guatelli et al.(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874-1878)、転写増幅系(Kwoh et al.(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173-1177)、Q-ベータレプリカーゼ(Lizardi et al.(1988)Bio/Technology 6:1197)、ローリングサークル複製(Lizardi et al.、米国特許第5,854,033号)又は任意の他の核酸増幅法による、試料中の例えばmRNAの核酸増幅及び/又は逆転写酵素(cDNAを調製するため)のプロセスと、それに続く当技術分野で周知の技術を使用して増幅された分子の検出を含む。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に少ない数で存在する場合、そのような分子の検出に特に有用である。本開示の特定の態様では、目的の遺伝子の発現レベルは、定量的蛍光発生RT-PCR(すなわち、TAQMAN(商標)システム)又はDUAL-GLO(登録商標)ルシフェラーゼアッセイによって決定される。
目的の遺伝子のmRNAの発現レベルは、メンブレンブロット(例えば、Northern、Southern、dot等のハイブリダイゼーション分析に使用される)、又はマイクロウェル、サンプルチューブ、ゲル、ビーズ若しくは繊維(又は結合核酸を含む任意の固体支持体)を使用してモニターされ得る。米国特許第5,770,722号;同第5,874,219号;同第5,744,305号;同第5,677,195号;及び同第5,445,934号(参照により本明細書に組み込まれる)を参照されたい。遺伝子発現レベルの決定はまた、溶液中で核酸プローブを使用することを含み得る。
mRNA発現レベルはまた、分岐DNA(bDNA)アッセイ又はリアルタイムPCR(qPCR)を使用して評価され得る。このPCR法の使用は、本明細書に提示される実施例に記載及び例示されている。そのような方法は、目的の遺伝子の核酸の検出にも使用することができる。
更に、Grik2遺伝子の発現によって産生されるGluK2タンパク質のレベルは、タンパク質レベルの測定のための当技術分野で公知の任意の方法を使用して決定され得る。そのような方法としては、例えば、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、薄層クロマトグラフィー(TLC)、過拡散クロマトグラフィー、流体又はゲル沈殿反応、吸収分光法、比色アッセイ、分光光度アッセイ、フローサイトメトリー、免疫拡散(単純又は二重)、免疫電気泳動、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ(RIA)、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、免疫蛍光アッセイ、電気化学発光アッセイ等が挙げられる。そのようなアッセイは、目的の遺伝子によって産生されるタンパク質の存在又は複製を示すタンパク質の検出にも使用することができる。更に、上記アッセイを使用して、タンパク質機能の回復又は変化をもたらす目的のmRNA配列の変化を報告し、それによって治療効果及び利益を対象に提供し、対象の障害を治療し、及び/又は対象の障害の症状を軽減することができる。
したがって、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質発現を測定するための上述のアッセイを使用して、本明細書に開示される1つ以上の阻害性RNA剤(例えば、表2に記載の阻害性RNA剤のいずれか1つ)又はそれをコードする核酸ベクターによる治療的処置を必要とする対象(例えば、てんかんに罹患している対象、例えば、TLE)を同定することができる。例えば、TLEを有すると同定された患者は、制御不能な(例えば、治療抵抗性、例えば慢性)発作を引き起こす脳の一方の半球の側頭葉内のてんかん原性焦点を呈し得る。本明細書で論じられるように、そのようなてんかん原性焦点は、例えば、再発性歯状回顆粒細胞の異常な発芽及び当該苔状線維によって形成された再発性シナプスでのGrik2の異常な(すなわち、増加した)発現に起因し得る。上記のアッセイを使用して、例えばてんかん原性半球の海馬及び健康な半球の同じ領域から採取された脳組織に対して小さな生検を実施することによって、対象が本明細書に開示されるGrik2阻害性RNA剤の1つ以上を使用する治療から利益を得るかどうかに関して決定することができる。てんかん原性半球が非罹患半球と比較してより高い(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))レベルのGrik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現を示すことを示すことは、患者が本明細書に開示される方法及び組成物を使用する治療から利益を得ることができることを示すであろう。TLEを有する対象が両方の脳半球にてんかん原性焦点を有する場合、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質レベルを、上に開示されるアッセイを使用して、TLE罹患対象からの1つ以上の半球から得られた海馬組織と健康な対照対象(例えば、TLEを有さない対象の死後組織から)の同じ半球(複数可)からの海馬組織との間で比較することができた。TLE罹患対象のてんかん原性半球が、健康な対象の同じ半球(複数可)と比較して、より高い(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現を示すことを示すことは、TLE罹患対象が開示された組成物及び方法による治療的処置から利益を得ることを示すであろう。治療を必要とすると疑われる対象の神経細胞におけるGrik2 mRNAレベル又はGluK2タンパク質レベルもまた、疾患状態を示すことが知られているこれらの分析物の標準レベル又は参照レベルと比較することができる。
更に、上記のアッセイを利用して、対象(例えば、てんかんに罹患している対象、例えば、TLE等)が本明細書に開示される組成物及び方法を用いた治療に応答したかどうかを決定することができる。例えば、上で論じられたように、てんかん原性脳半球(複数可)からの海馬脳組織は、本明細書に開示される組成物及び方法による処置の前に小さな生検によってTLE罹患対象から得ることができ、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現は、上述のアッセイを使用して評価され得る。次いで、対象に、本明細書に開示される方法及び組成物による処置を施すことができる。開示される方法及び組成物による治療(例えば、処置後1、5、10、15、30、60、90、又はそれを超える日)後の患者の回復に続いて、2回目の生検を処置前に評価されたのと同じ脳領域にわたって実施してもよく、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質のレベルを再度評価してもよい。TLE罹患対象がより低い(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))レベルのGrik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現を示すことを示す図は、対象が治療に応答性であったことを示す。あるいは、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質レベルを、1人以上の健康な対照対象からのそれらの発現に関して比較することができる。治療後のTLE罹患患者のGrik2 mRNA又はGluK2タンパク質レベルが、1人以上の健康な対照対象のレベルと統計的に区別できないことを示すことは、患者が治療に反応性であることを示すであろう。治療された対象の神経細胞におけるGrik2 mRNAレベル又はGluK2タンパク質レベルを、疾患状態の非存在を示すことが知られているこれらの分析物の標準レベル又は参照レベルと比較することもできる。
治療方法
てんかん(例えば、TLE)を有する対象は、本明細書に記載される組成物及び方法を使用して処置され得る。組成物(例えば、阻害性RNA剤含有組成物又はそれを含有するベクター)は、予防処置を必要とする対象(例えば、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断された又はそのリスクがある対象)に予防処置として投与され得る。てんかんを発症するリスクがある対象は、てんかんの初期症状を示し得るか、又は治療が投与されたときにまだ症候性ではない可能性がある。
てんかん(例えば、TLE)を有する対象は、本明細書に記載される組成物及び方法を使用して処置され得る。組成物(例えば、阻害性RNA剤含有組成物又はそれを含有するベクター)は、予防処置を必要とする対象(例えば、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断された又はそのリスクがある対象)に予防処置として投与され得る。てんかんを発症するリスクがある対象は、てんかんの初期症状を示し得るか、又は治療が投与されたときにまだ症候性ではない可能性がある。
投与経路
本明細書に開示される組成物は、標準的な方法を使用して対象(例えば、TLEを有すると同定された対象)に投与され得る。例えば、本明細書に開示される組成物は、例えば全身投与を含むいくつかの異なる経路のいずれかによって投与することができる。全身投与の非限定的な例としては、経腸(例えば、経口)又は非経口(例えば、静脈内、動脈内、経粘膜、腹腔内、皮膚上、粘膜内(例えば、鼻腔内又は舌下)、筋肉内、又は経皮)投与が挙げられる。追加の投与経路には、皮内、皮下及び経皮注射が含まれ得る。
本明細書に開示される組成物は、標準的な方法を使用して対象(例えば、TLEを有すると同定された対象)に投与され得る。例えば、本明細書に開示される組成物は、例えば全身投与を含むいくつかの異なる経路のいずれかによって投与することができる。全身投与の非限定的な例としては、経腸(例えば、経口)又は非経口(例えば、静脈内、動脈内、経粘膜、腹腔内、皮膚上、粘膜内(例えば、鼻腔内又は舌下)、筋肉内、又は経皮)投与が挙げられる。追加の投与経路には、皮内、皮下及び経皮注射が含まれ得る。
本明細書に開示される組成物はまた、阻害性RNA剤又はそれをコードする核酸ベクターの局所送達に適した方法を使用して投与され得る。局所投与の非限定的な例としては、皮膚上(例えば、局所)、関節内及び吸入経路が挙げられる。特に、開示される組成物は、対象の脳組織(例えば、神経細胞、例えば、ニューロン及び/又は星状膠細胞))に局所投与され得る。
特に、阻害性RNA剤及びそれをコードする核酸ベクターは、てんかん型活動の増加を示すと判定された脳組織等の対象の脳組織に局所投与され得る。脳への局所投与は、一般に、選択されたシナプス結合細胞集団の細胞の少なくとも一部が組成物と接触するように、脳細胞(例えば、神経細胞)への阻害性RNA剤又はそれをコードする核酸ベクターの送達に適した任意の方法を含む。ベクターは、ニューロン、星状膠細胞、又はその両方を含むCNSの任意の細胞に送達され得る。一般に、ベクターは、例えば、脊髄、脳幹(延髄、橋、及び中脳)、小脳、間脳(例えば、視床及び視床下部)、終脳(線条体、大脳皮質(例えば、後頭葉、側頭葉、頭頂葉、又は前頭葉の皮質領域)、又はそれらの組み合わせの細胞、又はその中の細胞の任意の適切な亜集団を含むCNSの細胞に送達される。送達のための更なる部位には、赤色核、扁桃体、嗅内皮質、及び視床の腹外側核又は前部核のニューロンが含まれる。
本開示のベクターは、定位注射又は微量注射によってCNSの実質又は心室に直接送達され得る。特定の例では、本開示のベクターは、対象の脳内の1つ以上のてんかん焦点に直接送達され得る。例えば、対象に、本開示のベクターを、定位注射によって、不等皮質(例えば、海馬)又は新皮質(例えば、前頭葉)の一方又は両方の半球に直接投与してもよい。特定の例では、対象は、海馬の一方又は両方の半球への定位注射によって本開示のベクターを直接投与される。あるいは、本開示のベクターは、例えば、AAV5、AAV9又はAAVrh10を含むがこれらに限定されないCNS組織に対する指向性を示すベクターとの関連で、静脈内注射によって投与され得る。
本開示のベクターを特定の領域及びCNS細胞の特定の集団に特異的に送達するために、ベクターは定位的マイクロインジェクションによって投与され得る。例えば、対象は、定位置に外科的に固定された(頭蓋骨にスクリューされた)定位フレームベースを有し得る。定位フレームベース(例えば、基準マークを有するMRI適合性の定位フレームベース)を有する脳を、高分解能MRIを使用して画像化する。その後、MRI画像は、定位ソフトウェアを実行するコンピュータに転送される。一連の冠状、矢状及び軸方向画像を使用して、本開示の組成物を脳に注射するために使用されるカニューレ又は注射針の標的注射部位及び軌跡を決定する。ソフトウェアは、軌跡を定位フレームに適した3次元座標に直接変換する。穴が入口部位の上方に穿孔され、定位装置は、注射針が所与の深さに埋め込まれた状態で位置決めされる。組成物(本明細書に開示される組成物等)は、標的部位に注射され得る。組成物がウイルス粒子を産生するのではなく組み込みベクターを含む場合、ベクターの広がりは小さく、主に注射部位からの受動拡散の機能である。拡散の程度は、流体担体に対するベクトルの比を調整することによって制御することができる。
追加の投与経路はまた、直接可視化下でのベクターの局所適用(例えば、表在性皮質適用、又は他の非定位的適用)を含み得る。ベクターは、髄腔内(例えば、大槽に直接)、心室内(例えば、脳室内(ICV)注射の使用)、又は静脈内注射によって送達され得る。
一例では、本開示の方法は、定位注射による脳内又は脳室内投与を含む。しかしながら、他の既知の送達方法もまた、本開示に従って適合され得る。例えば、CNSにわたる組成物のより広範な分布のために、例えば腰椎穿刺によって脳脊髄液に注入することができる。組成物を末梢神経系に向けるために、組成物を脊髄、1つ以上の末梢神経節、又は目的の身体部分の皮膚の下(皮下又は筋肉内)に注射することができる。特定の状況では、組成物は血管内アプローチを介して投与することができる。例えば、組成物は、血液脳関門が妨害されている又は妨害されていない状況で動脈内(頸動脈)に投与することができる。更に、より全体的な送達のために、組成物は、マンニトールを含む高張性溶液の注入によって達成される血液脳関門の「開口部」中に投与することができる。
任意の所与の場合における投与のための最も適切な経路は、投与される特定の組成物、対象、治療される特定のてんかん、医薬製剤方法、投与方法(例えば、投与時間及び投与経路)、対象の年齢、体重、性別、治療される疾患の重症度、対象の食事、及び対象の排泄率に依存する。
併用療法
本明細書に開示される組成物は、他の治療薬又は物理的介入(例えば、リハビリテーション療法又は外科的介入)を含む1つ以上の追加の治療モダリティ(例えば、1、2、3又はそれ以上の更なる治療モダリティ)と組み合わせて、てんかん(例えば、TLE)を治療するために、それを必要とする対象(例えば、ヒト対象)に投与され得る。2つ以上の薬剤を同時に投与することができる(例えば、全ての薬剤の投与は、15分以内、10分以内、5分以内、2分以内に行われる)。薬剤は、共製剤を介して同時に投与することもできる。2つ以上の薬剤はまた、2つ以上の薬剤の作用が重複し、それらの複合効果が、症状又は障害に関連する他のパラメータの減少が、1つの薬剤又は処置を単独で又は他の薬剤の非存在下で送達した場合に観察されるであろうものよりも大きいようなものであるように、連続的に投与され得る。2つ以上の処置の効果は、部分的に相加的であってもよく、完全に相加的であってもよく、又は相加的よりも大きくてもよい(例えば、相乗的)。各治療薬の連続的又は実質的に同時の投与は、経口経路、静脈内経路、筋肉内経路、局所経路、及び粘膜組織を介した直接吸収を含むがこれらに限定されない任意の適切な経路によって行うことができる。治療剤は、同じ経路又は異なる経路によって投与することができる。例えば、組み合わせの第1の治療薬は静脈内注射によって投与することができ、組み合わせの第2の治療薬は化合物含浸マイクロカセット中で局所的に投与することができる。第1の治療薬は、第2の治療薬の直前、最大1時間、最大2時間、最大3時間、最大4時間、最大5時間、最大6時間、最大7時間、最大8時間、最大9時間、最大10時間、最大11時間、最大12時間、最大13時間、14時間、最大16時間、最大17時間、最大18時間、最大19時間、最大20時間、最大21時間、最大22時間、最大23時間、最大24時間又は最大1~7、1~14、1~21若しくは1~30日後に投与され得る。
本明細書に開示される組成物は、他の治療薬又は物理的介入(例えば、リハビリテーション療法又は外科的介入)を含む1つ以上の追加の治療モダリティ(例えば、1、2、3又はそれ以上の更なる治療モダリティ)と組み合わせて、てんかん(例えば、TLE)を治療するために、それを必要とする対象(例えば、ヒト対象)に投与され得る。2つ以上の薬剤を同時に投与することができる(例えば、全ての薬剤の投与は、15分以内、10分以内、5分以内、2分以内に行われる)。薬剤は、共製剤を介して同時に投与することもできる。2つ以上の薬剤はまた、2つ以上の薬剤の作用が重複し、それらの複合効果が、症状又は障害に関連する他のパラメータの減少が、1つの薬剤又は処置を単独で又は他の薬剤の非存在下で送達した場合に観察されるであろうものよりも大きいようなものであるように、連続的に投与され得る。2つ以上の処置の効果は、部分的に相加的であってもよく、完全に相加的であってもよく、又は相加的よりも大きくてもよい(例えば、相乗的)。各治療薬の連続的又は実質的に同時の投与は、経口経路、静脈内経路、筋肉内経路、局所経路、及び粘膜組織を介した直接吸収を含むがこれらに限定されない任意の適切な経路によって行うことができる。治療剤は、同じ経路又は異なる経路によって投与することができる。例えば、組み合わせの第1の治療薬は静脈内注射によって投与することができ、組み合わせの第2の治療薬は化合物含浸マイクロカセット中で局所的に投与することができる。第1の治療薬は、第2の治療薬の直前、最大1時間、最大2時間、最大3時間、最大4時間、最大5時間、最大6時間、最大7時間、最大8時間、最大9時間、最大10時間、最大11時間、最大12時間、最大13時間、14時間、最大16時間、最大17時間、最大18時間、最大19時間、最大20時間、最大21時間、最大22時間、最大23時間、最大24時間又は最大1~7、1~14、1~21若しくは1~30日後に投与され得る。
対象がてんかんを有する又はてんかんを発症するリスクがあると診断された場合(例えば、TLE)、第2の治療薬は、バルプロ酸、ラモトリギン、エトスクシミド、トピラマート、ラクトサミド、レベチラセタム、クロバザム、スチリペントール、ベンゾジアゼピン、フェニトイン、カルバマゼピン、プリミドン、フェノバルビタール、ガバペンチン、プレガバリン、チアガビン、ゾニサミド、フェルバメート、及び/又はバトリンを含むがこれらに限定されない1つ以上の抗てんかん薬(AED)を含み得る。いくつかの場合、第2の治療様式は、例えば、放射線手術(例えば、ガンマナイフ又はレーザーアブレーション)等の当技術分野で周知の方法を使用した、例えばてんかん原性脳領域(例えば、側頭葉切除術)の外科的切除等の外科的介入であり得る。本開示の方法及び組成物と共に投与することができる追加の治療様式には、迷走神経刺激、脳深部刺激、経頭蓋磁気刺激、及びケトン食療法が含まれる。
特定の例では、対象には、免疫抑制剤が投与されてもよく、この免疫抑制剤には、コルチコステロイド単独、又はタクロリムス若しくはラパマイシン(シロリムス)のレジメンが含まれ、例えば、ミコフェノール酸と組み合わせて、又はコルチコステロイド、例えばプレドニゾロン及び/若しくはメチルプレドニゾロンと組み合わせて投与され得る。当技術分野で周知の他の免疫抑制レジメンを、本開示の方法及び組成物と併せて使用することができる。そのような免疫抑制処置は、本明細書に記載の阻害性核酸分子(例えば、阻害剤RNA剤)の投与前、投与後、又は投与と同時に投与され得る。
投薬
本明細書に記載されるように治療することができる対象は、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断された、又はてんかんを発症するリスクがある対象である。開示される方法及び組成物を使用して治療することができる対象には、例えば、てんかんの治療に関連する1つ以上の以前の治療的介入を受けたことがある対象、又はてんかんの治療のための以前の治療的介入を受けたことがない対象が含まれる。
本明細書に記載されるように治療することができる対象は、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断された、又はてんかんを発症するリスクがある対象である。開示される方法及び組成物を使用して治療することができる対象には、例えば、てんかんの治療に関連する1つ以上の以前の治療的介入を受けたことがある対象、又はてんかんの治療のための以前の治療的介入を受けたことがない対象が含まれる。
本開示の阻害性RNA剤は、以下の1つ以上(例えば、以下の2つ以上、3つ以上、4つ以上)をもたらすのに有効な量及び時間で投与され得る:(a)対象の細胞中のGrik2mRNA及び/又はGluK2タンパク質のレベルを低下させる;(b)障害の発症を遅らせる;(c)対象の生存を増加させる;(d)対象の進行のない生存を増加させる;(e)GluK2タンパク質機能の回復又は変化;(f)発作再発のリスクを低下させる;(g)CNSにおける興奮毒性及び関連する神経細胞死の軽減;(h)CNSの患部(例えば、海馬)における生理学的興奮阻害バランスの回復;及び/又は(i)てんかん(例えば、てんかん発作の頻度、持続期間又は強度、脱力感、不在、突然の錯乱、理解又は発話の困難、認知障害、運動障害、めまい、又はバランス若しくは協調の喪失、麻痺、及び情動調節不全)の1つ以上症状の軽減。
したがって、本開示は、てんかん(例えば、TLE)の処置を必要とする対象においててんかん(例えば、ASO、例えば、siRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNA)を治療するための方法であって、Grik2 mRNAに特異的に結合し、GluK2タンパク質の発現を阻害する阻害性RNAをコードする阻害性ポリヌクレオチドを含む有効量のベクターを対象に投与することを含む方法に関する。特に、本発明は、てんかんの治療を必要とする対象においててんかんを治療する方法であって、治療有効量の本明細書に開示される阻害性RNA剤又はそれをコードする核酸ベクターを対象に投与することを含む方法を提供する。
開示される方法及び組成物を利用して治療されるてんかんは、TLE(例えば、mTLE又はlTLE)、良性ローランドてんかん、前頭葉てんかん、乳児痙攣、若年性ミオクロニーてんかん、若年性欠神てんかん、小児期欠神てんかん(ピクノーレプシー)、熱湯てんかん、レノックス-ガストー症候群、ランドークレフナー症候群、ドラベ症候群、進行性ミオクロヌスてんかん、反射性てんかん、ラスムッセン症候群、辺縁系てんかん、てんかん重積状態、腹部てんかん、巨大両側性ミオクロヌス、月経随伴性てんかん、ジャクソニアン発作障害、ラフォーラ病、及び光感受性てんかんであり得る。例えば、対象は、焦点発作又は全般発作を特徴とするTLE等のTLE(例えば、mTLE又はlTLE)と診断され得る。いくつかの場合、てんかんは、例えば、治療に反応しないてんかん(すなわち、薬物耐性てんかん、例えば薬物耐性TLE)等の慢性てんかんであり得る。
てんかんの治療のために、並びに本明細書で論じられるように発作及びてんかん型放電の症状を改善するために、有用なポリヌクレオチドは、機能性RNA、例えば、Grik2 mRNAの発現を阻害するsiRNA、shRNA、miRNA又はshmiRNAをコードするベクターによって展開され得る。
開示された組成物は、当業者によって適切であると決定された量で投与することができる。いくつかの場合、rAAVを、対象あたり105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015ゲノムコピー(GC)の用量で投与する。いくつかの実施形態では、rAAVを、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、又は1014GC/kg(対象の総重量)の用量で投与する。
いくつかの場合、1×1012~5×1014GCを投与する。いくつかの場合、1×1012~5×1014GCの一定用量を小児患者又は成人患者に投与する。
いくつかの場合、投与量は、患者の脳質量1グラム当たりに患者の脳脊髄液(CSF)に投与されるGCの数(例えば、髄腔内注射、例えば、後頭下穿刺又は腰椎穿刺)によって測定される。いくつかの場合、患者の脳質量のグラム当たり105、106、107、108、109、109、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×105ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×106ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×107ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×108ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×109ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×1010ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり5×1010ゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×109~1×1011のゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×109~5×1010のゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり2×109~9×1010のゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり5×109~1×1011のゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×1010~5×1010のゲノムコピーが投与される。いくつかの場合、患者の脳質量1グラム当たり1×1010~9×1010のゲノムコピーが投与される。患者(対象)の脳重量推定は、MRI脳体積測定から得られ、これは脳質量に変換され、投与された薬物の正確な用量を計算するために利用される。公開されたデータベースを使用して、年齢範囲に基づいて脳重量を推定することもできる。
任意に、開示される薬剤は、本明細書に記載されるように、対象への送達に適した薬学的に許容され得る組成物の一部として投与され得る。開示される薬剤は、当業者によって容易に決定され得るように、所望の投与量を提供し、及び/又は治療上有益な効果を誘発するのに十分な量でこれらの組成物内に含まれる。
本明細書に記載される開示される組成物は、対象を処置するために、又は上記の結果(例えば、対象における疾患の1つ以上の症状の軽減)の1つを達成するために十分な量(例えば、有効量)及び時間にわたって投与され得る。開示される組成物は、1回又は複数回投与され得る。開示される組成物は、1日1回、1日2回、1日3回、2日に1回、週に1回、週に2回、週に3回、隔週に1回、月に1回、隔月に1回、年に2回、又は年に1回投与され得る。治療は、別々の(例えば、注射)又は連続的(例えば、インプラント又は注入ポンプを介した治療)であり得る。対象は、治療に使用される組成物及び投与経路に応じて、本開示の組成物の投与後1週間、2週間、1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月又はそれ以上の治療有効性について評価され得る。治療有効性を評価する方法は、本明細書に開示されている(例えば、「医薬用途」を参照)。評価の結果に応じて、処置を継続又は中止してもよく、処置頻度又は投与量を変化させてもよく、又は患者を異なる開示される組成物で治療してもよい。対象は、個別の期間(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、又は12ヶ月)又は疾患若しくは状態が緩和されるまで治療され得るか、又は治療は、治療される疾患若しくは状態の重症度及び性質に応じて慢性的であってもよい。例えば、TLEと診断され、本明細書に開示される組成物で処置される対象には、最初又はその後の処置ラウンドが治療的利益を誘発しない場合(例えば、本明細書に開示される症状のいずれか1つの低下又は対象の罹患した脳領域におけるGrik2 mRNAレベル若しくはGluK2タンパク質レベルの低下)、1つ以上(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10以上)追加の治療が施され得る。
キット
本開示はまた、てんかん(例えば、治療抵抗性TLE等のTLE)の予防又は治療に使用するための、対象(例えば、Grik2 mRNAを標的化する阻害性RNA)におけるGrik2遺伝子の発現を阻害する本明細書に開示される組成物を含むキットを提供する。キットは、任意に、組成物を対象に送達するための薬剤又はデバイスを含み得る。他の例では、キットは、シリンジ又は針等の1つ以上の滅菌アプリケータを含み得る。更に、キットは、任意に、他の薬剤、例えば麻酔薬又は抗生物質を含んでもよい。キットはまた、本明細書に開示される方法を実施するように医師等のキットの使用者に指示する添付文書を含むことができる。
本開示はまた、てんかん(例えば、治療抵抗性TLE等のTLE)の予防又は治療に使用するための、対象(例えば、Grik2 mRNAを標的化する阻害性RNA)におけるGrik2遺伝子の発現を阻害する本明細書に開示される組成物を含むキットを提供する。キットは、任意に、組成物を対象に送達するための薬剤又はデバイスを含み得る。他の例では、キットは、シリンジ又は針等の1つ以上の滅菌アプリケータを含み得る。更に、キットは、任意に、他の薬剤、例えば麻酔薬又は抗生物質を含んでもよい。キットはまた、本明細書に開示される方法を実施するように医師等のキットの使用者に指示する添付文書を含むことができる。
以下の実施例は、本明細書に記載される組成物及び方法がどのように使用され、作製され、評価され得るかの説明を当業者に提供するために記載され、本開示の純粋に例示的なものであることを意図し、本発明者らがそれらの開示として見なす範囲を限定することを意図しない。
実施例1:Grik2 mRNAを標的化する阻害性ポリヌクレオチドの設計及び合成
Grik2標的化阻害性ポリヌクレオチド配列を、ヒトGrik2 mRNA、例えば、配列番号164のGrik2 mRNA配列に対するそれらの予測される相補性に基づいて設計し、当技術分野で公知の方法に従って合成した。阻害性ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNAの領域に特異的にハイブリダイズするアンチセンスガイド鎖配列と、ガイド鎖に実質的に相補的なセンスパッセンジャー鎖配列とを含むステム-ループ配列を含む。抗Grik2ステム-ループ配列を、ヒト神経芽細胞腫細胞株SHSY5Y又はマウスN2A神経細胞株にトランスフェクトすることができる。全RNAを抽出することができ、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖のレベルを定量し、ドローシャ切断部位及びダイサー切断部位を同定するために、低分子RNA配列決定を行う。Grik2ノックダウン有効性を測定するために、コンストラクトをHEK 293細胞にヒトGrik2 cDNAと同時トランスフェクトすることができ、mRNAを抽出することができ、Grik2 mRNAに対するリアルタイム定量ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)を実施することができる。更に、合成ステム-ループRNAをSHSY5Y細胞にトランスフェクトし、続いてmRNA抽出及びGrik2 RT-qPCRを行うことができる。
Grik2標的化阻害性ポリヌクレオチド配列を、ヒトGrik2 mRNA、例えば、配列番号164のGrik2 mRNA配列に対するそれらの予測される相補性に基づいて設計し、当技術分野で公知の方法に従って合成した。阻害性ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNAの領域に特異的にハイブリダイズするアンチセンスガイド鎖配列と、ガイド鎖に実質的に相補的なセンスパッセンジャー鎖配列とを含むステム-ループ配列を含む。抗Grik2ステム-ループ配列を、ヒト神経芽細胞腫細胞株SHSY5Y又はマウスN2A神経細胞株にトランスフェクトすることができる。全RNAを抽出することができ、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖のレベルを定量し、ドローシャ切断部位及びダイサー切断部位を同定するために、低分子RNA配列決定を行う。Grik2ノックダウン有効性を測定するために、コンストラクトをHEK 293細胞にヒトGrik2 cDNAと同時トランスフェクトすることができ、mRNAを抽出することができ、Grik2 mRNAに対するリアルタイム定量ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)を実施することができる。更に、合成ステム-ループRNAをSHSY5Y細胞にトランスフェクトし、続いてmRNA抽出及びGrik2 RT-qPCRを行うことができる。
実施例2:Grik2 mRNAを標的化する1つ以上の阻害性ポリリボヌクレオチドをコードするウイルスベクターの投与によるヒト対象におけるてんかんの治療
てんかん(例えば、TLE、例えば、mTLE又はlTLE)を有すると診断されたヒト対象(例えば、小児対象又は成人対象)等の対象は、限定するものではないが、以下の1つ以上の(例えば、以下の2つ以上、3つ以上、4つ以上)を含む1つ以上のてんかん症状を軽減するために、本明細書に記載の組成物で治療することができる:(a)発作再発のリスク;(b)CNSにおける興奮毒性及び関連する神経細胞死の軽減;(c)CNSの患部における生理学的興奮阻害バランスの回復;(d)てんかん(例えば、てんかん発作の頻度、持続期間又は強度、脱力感、不在、突然の錯乱、理解又は発話の困難、認知障害、運動障害、めまい、又はバランス若しくは協調の喪失、麻痺、及び情動調節不全)の1つ以上症状の軽減、並びに(e)海馬における歯状回顆粒細胞の再発性苔状線維の病理学的発芽。治療方法は、任意に、投与前に本開示の組成物による処置の候補として対象を診断又は同定することを含み得る。組成物は、Grik2 mRNAを標的化する阻害性ポリヌクレオチド(例えば、本開示の阻害性RNA配列をコードするポリヌクレオチド)又はそれ(例えば、AAV9ベクター)をコードするポリヌクレオチドを含有する核酸ベクター(例えば、AAVベクターのようなウイルスベクター、例えばAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、若しくはAAV.HSC16、又はレンチウイルスベクターから選択される血清型のいずれか1つを有するAAVベクター)を含むことができる。例示的な阻害性ポリヌクレオチドは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241の核酸配列のいずれか1つと85%以上(例えば、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得るか、又はそれらは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241の1つ以上(代表的なコンストラクト図については、図1B~図1W、図2B~図2Q、図3B~図3L、図4B~図4F、図5B~図5E、及び図6A~図6Bも参照)の配列を有し得る。更に、ウイルスベクター(例えば、AAVベクター)は、阻害性ポリヌクレオチド及びポリヌクレオチドの異種発現を促進する調節配列、例えばプロモーター配列を含有する発現カセットを組み込むことができる(表11及び表12を参照)。
てんかん(例えば、TLE、例えば、mTLE又はlTLE)を有すると診断されたヒト対象(例えば、小児対象又は成人対象)等の対象は、限定するものではないが、以下の1つ以上の(例えば、以下の2つ以上、3つ以上、4つ以上)を含む1つ以上のてんかん症状を軽減するために、本明細書に記載の組成物で治療することができる:(a)発作再発のリスク;(b)CNSにおける興奮毒性及び関連する神経細胞死の軽減;(c)CNSの患部における生理学的興奮阻害バランスの回復;(d)てんかん(例えば、てんかん発作の頻度、持続期間又は強度、脱力感、不在、突然の錯乱、理解又は発話の困難、認知障害、運動障害、めまい、又はバランス若しくは協調の喪失、麻痺、及び情動調節不全)の1つ以上症状の軽減、並びに(e)海馬における歯状回顆粒細胞の再発性苔状線維の病理学的発芽。治療方法は、任意に、投与前に本開示の組成物による処置の候補として対象を診断又は同定することを含み得る。組成物は、Grik2 mRNAを標的化する阻害性ポリヌクレオチド(例えば、本開示の阻害性RNA配列をコードするポリヌクレオチド)又はそれ(例えば、AAV9ベクター)をコードするポリヌクレオチドを含有する核酸ベクター(例えば、AAVベクターのようなウイルスベクター、例えばAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.eB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、若しくはAAV.HSC16、又はレンチウイルスベクターから選択される血清型のいずれか1つを有するAAVベクター)を含むことができる。例示的な阻害性ポリヌクレオチドは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241の核酸配列のいずれか1つと85%以上(例えば、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上(例えば、100%))の配列同一性を有し得るか、又はそれらは、配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229及び238~241の1つ以上(代表的なコンストラクト図については、図1B~図1W、図2B~図2Q、図3B~図3L、図4B~図4F、図5B~図5E、及び図6A~図6Bも参照)の配列を有し得る。更に、ウイルスベクター(例えば、AAVベクター)は、阻害性ポリヌクレオチド及びポリヌクレオチドの異種発現を促進する調節配列、例えばプロモーター配列を含有する発現カセットを組み込むことができる(表11及び表12を参照)。
対象は、例えば、静脈内、腹腔内、皮下若しくは経皮投与を含む任意の適切な手段によって、又は動物の中枢神経系(例えば、定位注射、実質内注射、髄腔内注射又は脳室内注射)に直接投与することによって、組成物を投与され得る。組成物は、治療有効量で投与することができ、例えば、対象あたり105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015ゲノムコピー(GC)の用量で、105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、又は1014GC/kg(対象の体重)の用量で、患者の脳質量1グラム当たり105、106、107、108、109、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015GCの用量で投与される。対象の脳重量推定は、MRI脳体積測定から得られ、これは脳質量に変換され、投与された薬物の正確な用量を計算するために利用される。公開されたデータベースを使用して、年齢範囲に基づいて脳重量を推定することもできる。薬剤は、隔月、1ヶ月に1回、2週間に1回、又は少なくとも1週間に1回以上(例えば、1週間に1、2、3、4、5、6、又は7回以上)投与することができる。組成物は、第2の治療薬(例えば、抗てんかん薬)、外科的介入(例えば、外科的切除、放射線手術、ガンマナイフ、又はレーザーアブレーション)、迷走神経刺激、脳深部電気刺激又は経頭蓋磁気刺激等の第2の治療様式と組み合わせて投与され得る。
組成物は、以下の1つ以上(例えば、以下の2つ以上、3つ以上、4つ以上):(a)発作再発のリスク;(b)CNSにおける興奮毒性及び関連する神経細胞死の軽減;(c)CNSの患部における生理学的興奮阻害バランスの回復;(d)てんかん(例えば、てんかん発作の頻度、持続期間又は強度、脱力感、不在、突然の錯乱、理解又は発話の困難、認知障害、運動障害、めまい、又はバランス若しくは協調の喪失、麻痺、及び情動調節不全)の1つ以上症状の軽減、並びに(e)海馬における歯状回顆粒細胞の再発性苔状線維の病理学的発芽を10%以上(例えば、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%以上)軽減するのに十分な量で対象に投与され得る。上記のてんかんの症状は、神経学的検査、脳波、脳磁図、CTスキャン、PETスキャン、fMRIスキャン、ビデオグラフィー、及び視覚観察等の標準的な方法を使用して評価することができる。組成物の投与前後のてんかん症状の測定値を比較して、治療の有効性を評価することができる。上記のてんかんの症状の軽減の所見は、組成物が対象のてんかんを首尾よく治療したことを示す。
図1B~図1W、図2B~図2Q、図3B~図3L、図4B~図4Fに示される黒丸の数字は、開示された抗Grik2コンストラクトの設計のための異なる理論的根拠に対応する。したがって、数値で指定された各論理は以下の通りである:
図1B~図1W、図2B~図2Q、図3B~図3L、図4B~図4Fに示される黒丸の数字は、開示された抗Grik2コンストラクトの設計のための異なる理論的根拠に対応する。したがって、数値で指定された各論理は以下の通りである:
1. RISCアセンブリは、二本鎖からほつれたり遊離したりする傾向がより大きい5’末端を有するmiRNA鎖に有利である(Schwarz et al.,Cell 115:199-208(2003);Khvorova et al.,Cell 115:209-16(2003);及びMedley et al.,Wiley Interdiscip.Rev.RNA 12:e1627(2021))。本明細書に開示されるコンストラクトは、ガイド鎖の5’末端での塩基対合を不安定化することによって、RISCによるガイド選択に有利である(U-A対、U-Gゆらぎ対、又はミスマッチの導入、又は1つのG-C対の削除)。
2. RISCアセンブリは、5’末端を有し、二本鎖からほつれたり、遊離したりする傾向が大きいmiRNA鎖に有利である。本明細書に開示されるコンストラクトは、パッセンジャー鎖の5’末端にG-C対を導入することによる、パッセンジャー鎖の5’末端での塩基対合を強固にすることによるRISCによるパッセンジャー選択を嫌う。
3. 小さなガイドRNAの5’末端ヌクレオチドは、アルゴノート(AGO)タンパク質のリン酸結合ポケットに固定され、その標的RNAとの塩基対合に利用できない(Medley et al.,Wiley Interdiscip.Rev.RNA 12:e1627(2021);Ma et al.,Nature 434:666-70(2005);Parker et al.,Nature 434:663-6(2005);及びGhildiyal et al.,RNA 16:43-56(2010))。
4. 5’-Uは、AGO2会合に最も好ましいヌクレオチドである(Seitz et al.,Silence 2:4(2011);Frank et al.,Nature 465:818-22(2010);De et al.,Mol.Cell 50:344-55(2013);及びCzech et al.,Nat.Rev.Genet.12:19-31(2011))。ガイド鎖の最初の(5’)ヌクレオチドとしてのUの導入、及びパッセンジャー鎖の最初の(5’)ヌクレオチドとしてのG又はCの導入は、AGO2会合を促進する。
5. ガイドとその標的mRNAとの間の3’ミスマッチの導入は、哺乳動物細胞における豊富なmRNAのより強力なサイレンシングをもたらす(De et al.,Mol.Cell 50:344-55(2013);Bofill-De Ros Methods 103:157-66(2016);及びAmarzguioui et al.,Nucleic Acids Res.31:589-95(2003))。シード領域(ガイドヌクレオチド2-8(g2-g8))及びガイド鎖の中央領域における広範な相補性は、AGO2媒介mRNA標的切断にとって重要であるが、3’末端での塩基対合は必要ではない。実際、位置g18、g19、g20、g21での標的mRNAとのミスマッチは、標的mRNAによって媒介される非負荷活性であるAGO2からのガイドRNAの放出を減衰させる。
6. ガイド鎖とパッセンジャー鎖との間のシード領域(ガイド鎖ヌクレオチド位置2~8)のミスマッチは、RISCローディング中のパッセンジャー鎖の巻き戻しを促進し、それによってRISC成熟を促進する(Ghildiyal et al.,RNA 16:43-56(2010);Tomari et al.,Cell 130:299-308(2007);Matranga et al.,Cell 123:607-20(2005);及びKawamata et al.,Nat.Struct.Mol.Biol.16:953-60(2009))。本明細書に開示されるコンストラクトは、ガイド鎖のシード領域にミスマッチを導入することによってガイドRISC複合体の成熟を促進するか、又はミスマッチをパッセンジャー鎖の対応する領域(パッセンジャー鎖ヌクレオチド位置2~8)の対合するヌクレオチドに変換することによって、パッセンジャーRISC複合体の成熟を低減又は防止する。
7. ステム領域とループ領域との接合部におけるU-Gゆらぎを置き換えるためのG-C又はU-A塩基対合の導入は、ダイサータンパク質による切断を促進する(Liu et al.,Cell 173:1191-203(2018))。
8. ステム-ループ構造に近接する隣接領域(すなわち、ドローシャ切断部位)にG-C塩基対合を導入すると、ドローシャによる開裂の精度が向上する。
9. E-miR-124のスキャフォルド構造を模倣することによる、ステム領域における対合又はミスマッチ塩基対の導入。
実施例3:合成阻害性ポリヌクレオチドを使用したGrik2 mRNAのIn vitroノックダウン有効性
本開示の阻害性ポリヌクレオチドを使用したノックダウンのin vitro有効性を決定するために、ステム-ループRNAをIntegrated DNA Technologiesによって合成し、ヌクレアーゼフリー二重鎖緩衝液中で再構成した。95°Cで2分間インキュベートし、続いて室温まで徐々に冷却した後、分子内アニールしたオリゴヌクレオチドを得た。siRNA陰性対照(siNegative、カタログ番号AM4621)及びGrik2を標的化する2つの陽性対照siRNA(siPositive-1お酔いsiPositive-2、カタログ。番号4392420及び4392420)をLife Technologiesから得た。LIPOFECTAMINE(商標)RNAiMAX Transfection Reagentを用いた10nMのアニールされたステム-ループRNAオリゴヌクレオチド又はsiRNAによるSH-SY5Y細胞のトランスフェクションを、製造業者のプロトコルに従って行った。RNAを含まないトランスフェクション混合物(RNAiMAXのみ)を更なるトランスフェクション対照として使用した。4連でトランスフェクションを行った。細胞をトランスフェクション後72時間まで37°C、5%CO2で更に培養した後、細胞溶解及びqRT-PCRに供した。Grik2 mRNAの発現レベルをアクチン(ACTB)に対して正規化した。相対的Grik2発現レベルを、100%に設定したsiNegative対照との比較によって得た。
本開示の阻害性ポリヌクレオチドを使用したノックダウンのin vitro有効性を決定するために、ステム-ループRNAをIntegrated DNA Technologiesによって合成し、ヌクレアーゼフリー二重鎖緩衝液中で再構成した。95°Cで2分間インキュベートし、続いて室温まで徐々に冷却した後、分子内アニールしたオリゴヌクレオチドを得た。siRNA陰性対照(siNegative、カタログ番号AM4621)及びGrik2を標的化する2つの陽性対照siRNA(siPositive-1お酔いsiPositive-2、カタログ。番号4392420及び4392420)をLife Technologiesから得た。LIPOFECTAMINE(商標)RNAiMAX Transfection Reagentを用いた10nMのアニールされたステム-ループRNAオリゴヌクレオチド又はsiRNAによるSH-SY5Y細胞のトランスフェクションを、製造業者のプロトコルに従って行った。RNAを含まないトランスフェクション混合物(RNAiMAXのみ)を更なるトランスフェクション対照として使用した。4連でトランスフェクションを行った。細胞をトランスフェクション後72時間まで37°C、5%CO2で更に培養した後、細胞溶解及びqRT-PCRに供した。Grik2 mRNAの発現レベルをアクチン(ACTB)に対して正規化した。相対的Grik2発現レベルを、100%に設定したsiNegative対照との比較によって得た。
陰性対照及びトランスフェクション試薬単独(RNAiMAX)と比較して、試験した全てのステム-ループRNAオリゴヌクレオチド並びに陽性対照は、SH-SY5Y細胞におけるGrik2 mRNAノックダウンを示した(図7)。統計学的に有意なノックダウン率(残存mRNA発現の42%~69%)がトランスフェクションの72時間後に得られた。Grik2ノックダウン有効性が、miRNAコンストラクトA、C及びDと比較して、試験したコンストラクトによって維持された。
実施例4:RNA配列決定は、マウスニューロンにおける好ましいマイクロRNAプロセシング特性を示す。
ステム-ループ配列を内因性マイクロRNAスキャフォルド(すなわち、E-miR-30、E-miRNA-124-3又はE-miR-218-1)に組み込み、AAVゲノム(pro-AAV)をコードするシスプラスミドにおいてニューロン特異的プロモーターhSyn1の調節制御下でサブクローニングした(図5A~5E)。プラスミドをN2Aマウスニューロン細胞にトランスフェクトした。マウスN2A神経芽細胞を24ウェルプレートに9.0E4細胞/ウェルで播種し、24時間後、細胞を250ngのプラスミド及び1.2μlのリポフェクタミン3000/ウェルでトランスフェクトした。48時間後、Qiagen miRNeasyミニキットを使用して、低分子RNAが濃縮されたRNAを単離し、ライブラリー調製及び低分子RNA配列決定に供した。マイクロRNA配列決定ライブラリーを、Perkin Elmer/BIOO製のNEXTFLEX(登録商標)低分子RNAキットを使用して作製した。MiSeqプラットフォームで配列決定を行った。
ステム-ループ配列を内因性マイクロRNAスキャフォルド(すなわち、E-miR-30、E-miRNA-124-3又はE-miR-218-1)に組み込み、AAVゲノム(pro-AAV)をコードするシスプラスミドにおいてニューロン特異的プロモーターhSyn1の調節制御下でサブクローニングした(図5A~5E)。プラスミドをN2Aマウスニューロン細胞にトランスフェクトした。マウスN2A神経芽細胞を24ウェルプレートに9.0E4細胞/ウェルで播種し、24時間後、細胞を250ngのプラスミド及び1.2μlのリポフェクタミン3000/ウェルでトランスフェクトした。48時間後、Qiagen miRNeasyミニキットを使用して、低分子RNAが濃縮されたRNAを単離し、ライブラリー調製及び低分子RNA配列決定に供した。マイクロRNA配列決定ライブラリーを、Perkin Elmer/BIOO製のNEXTFLEX(登録商標)低分子RNAキットを使用して作製した。MiSeqプラットフォームで配列決定を行った。
SH-SY5Y細胞をエレクトロポレーションによってトランスフェクトした。Trizolによって全RNAを抽出し、New England Biolabs(NEB)製のNEBNEXT(登録商標)キットを使用してマイクロRNA配列決定ライブラリーを生成した。配列決定をNovogeneにおけるHiSeqに対して行った。
合理的に設計されたmiRNAを発現させ、プラスミドトランスフェクション後にマウスN2Aニューロンにおいてプロセシングした。親配列(コンストラクトA、C、及びD)と比較して、合理的に設計されたマイクロRNAコンストラクトは、ガイド対パッセンジャー(G:P)比の改善を示した(表14を参照)。具体的には、コンストラクトAのG:P比0.8は、コンストラクトAと比較して、1つ以上の修飾を有する合理的に設計されたコンストラクト(コンストラクト番号1~4)の4つについて11~27の比に増加した。パッセンジャーの減少並びに潜在的なmiRNA成熟の改善の恩恵を受けて、ガイド鎖レベル(総miRNAプール中のガイド鎖数の割合)が、コンストラクト番号1~4については0.25%から1.3~2.6%に増加した。コンストラクトCのG:P比1及びガイドレベル2.8%はコンストラクト番号39、番号40及び番号41でそれぞれ100及び5%~21%超に増加した。コンストラクト番号50及び番号51は、コンストラクトDのG:P比1に対して2000を超える改善されたG:P比を示した。最後に、コンストラクト番号51のガイドレベルは5.1%に増加した。
同様の結果が、ヒト神経芽腫細胞株SH-SY5Yを使用して観察された。元のコンストラクト及び再設計されたコンストラクトの両方におけるGIのG/P比は、N2A細胞で観察されたものよりも高かった。これは、2つの細胞系における生合成/分解ホメオスタシスの違いに起因し得るか、又は配列決定ライブラリー調製に使用される異なるキットに起因し得る。
2つの再設計コンストラクト番号3(GI、E-miR-30 a)及び番号51(MW、E-miR218-1)を選択し、2つのコンストラクト番号100(図6A、配列番号256)及び番号101(図6B、配列番号257)において2つの異なる順序で連結した。強いクラスター効果が両方のコンカテマーコンストラクトで観察され、N2A細胞では単一コンストラクト番号102(図5B)及び番号103(図5 C)と比較してMWが増加し、GIが抑制された。それにもかかわらず、いずれかのコンカテマーによって産生されたGI及びMWの総産生は、スタッファー配列を有する単一コンストラクトで別々に産生されたものよりも高かった(表15)。
元の4つのコンストラクトから42の追加の再設計を生成した(コンストラクトA(表16)、コンストラクトB(表17)、コンストラクトC(表18)及びコンストラクトD(表19))。トランスフェクションの数及び配列決定のための試料を減らすために、N2A細胞において2~3個のプラスミドの同時トランスフェクション(例えば、表16、表17及び表18のコンストラクト番号7、番号42及び番号27の同時トランスフェクション)を行い、続いて低分子RNA配列決定を行った。これらの再設計のほとんどは、元のコンストラクトと比較して改善されたガイド/パッセンジャー比を示した。特に、0.01未満のガイド/パッセンジャー比を示したG9ガイドを含むコンストラクトBは、90.5のガイド/パッセンジャー比を示したコンストラクト番号36をもたらす変化によって劇的に改善された(表17)。hsa-mir-30aのスキャフォルド内のGIをコードする4つの再設計は、100を超える改善されたガイド/パッセンジャー比を示した(表16)。試料中のプラスミドとの同時トランスフェクションのために、総miRNAプール中のガイド%は、各再設計コンストラクトについて過小評価され得る。
実施例5:GLUK2タンパク質は、再設計されたコンカテマーをコードするAAV9ベクターで処置した後、マウス皮質神経細胞で有意に減少する。
タンパク質収集のために、P0-P1 C57Bl6/Jマウスから解離した皮質ニューロンを調製し、ニューロンを6ウェルプレートに5.5e+5細胞/ウェルの濃度で播種した。プレーティングの2又は3日後(in vivo日数、DIV2-3)、培地の半分を除去し、ウイルスをMOI 7.5E+4で添加した。DIV13で、マウスニューロン培養物を溶解し、溶解物をSDS PAGE及び免疫ブロットに使用した。免疫染色のために、以下の抗体を適用した:ウサギ抗GluK2/3(クローンNL904-921;Merck-Millipore)及びマウス抗β-アクチン(A5316;Sigma)を一次抗体として使用し、ヤギで産生された適切な800nmフルオロフォア結合二次抗体(IRDye800ヤギ抗マウスLi-COR926-32210又はIRDye800ヤギ抗ウサギLi-COR926-32211)を二次抗体として使用した。標的タンパク質を、Li-CORにおいて800nmで読み取ることによって検出した。Empiriaスタジオソフトウェアを用いて分析を行った。定量化のために、各レーンの蛍光シグナルの強度をベータ-アクチン発現によって、次いで対照条件によって正規化した。
タンパク質収集のために、P0-P1 C57Bl6/Jマウスから解離した皮質ニューロンを調製し、ニューロンを6ウェルプレートに5.5e+5細胞/ウェルの濃度で播種した。プレーティングの2又は3日後(in vivo日数、DIV2-3)、培地の半分を除去し、ウイルスをMOI 7.5E+4で添加した。DIV13で、マウスニューロン培養物を溶解し、溶解物をSDS PAGE及び免疫ブロットに使用した。免疫染色のために、以下の抗体を適用した:ウサギ抗GluK2/3(クローンNL904-921;Merck-Millipore)及びマウス抗β-アクチン(A5316;Sigma)を一次抗体として使用し、ヤギで産生された適切な800nmフルオロフォア結合二次抗体(IRDye800ヤギ抗マウスLi-COR926-32210又はIRDye800ヤギ抗ウサギLi-COR926-32211)を二次抗体として使用した。標的タンパク質を、Li-CORにおいて800nmで読み取ることによって検出した。Empiriaスタジオソフトウェアを用いて分析を行った。定量化のために、各レーンの蛍光シグナルの強度をベータ-アクチン発現によって、次いで対照条件によって正規化した。
ステム-ループRT-qPCRによるRNA収集及びmiRNA定量化のために、マウス皮質培養物をDIV 13で氷冷PBS中ですすぎ、次いで700μlのQiazol(QIAGEN)中に掻き取った。miRNeasy mini kit(QIAGEN 217004)を用いて全RNAを抽出した。試料の全RNA含有量及び質を、NANODROP(商標)One分光光度計(Thermofischer)によって評価した。20ngの全RNA又は合成オリゴRNA(103~109コピー)を、TaqManマイクロRNA逆転写キット及びGI又はMW配列に特異的な逆転写プライマーを用いてcDNAに逆転写し、続いてTAQMAN(商標)fast universal qPCR master mix及びGI又はMWに特異的なqPCRプライマー/プローブを用いることによってqPCRを行った。試料中のGI又はMWのコピーを、合成GI又はMWオリゴRNAを用いて確立された標準曲線から計算した。
結果
単一のコンストラクトベクター(番号102、配列番号252;番号103、配列番号253)と比較して、コンカテマーベクター番号100及び番号101(それぞれ配列番号256及び257)は、GIとMWの両方を産生し、したがってMCN細胞においてより高レベルの治療用miRNAを産生した(図8A)。クラスタ効果は、同じ転写物中でGIと連結された場合にMW発現が増強されると思われるので存在し得る。陰性対照AAV 9 RNAヌルベクター(Ctrl)は、ベクターゲノム中にスタッファー配列を保有するが、miRNAコンストラクトを全く含有しない。一貫して、コンカテマーベクター番号100及び番号101で処置したMCN試料では有意なGLUK2低下が観察されたが、単一コンストラクトベクターでは観察されなかった(図8B)。
単一のコンストラクトベクター(番号102、配列番号252;番号103、配列番号253)と比較して、コンカテマーベクター番号100及び番号101(それぞれ配列番号256及び257)は、GIとMWの両方を産生し、したがってMCN細胞においてより高レベルの治療用miRNAを産生した(図8A)。クラスタ効果は、同じ転写物中でGIと連結された場合にMW発現が増強されると思われるので存在し得る。陰性対照AAV 9 RNAヌルベクター(Ctrl)は、ベクターゲノム中にスタッファー配列を保有するが、miRNAコンストラクトを全く含有しない。一貫して、コンカテマーベクター番号100及び番号101で処置したMCN試料では有意なGLUK2低下が観察されたが、単一コンストラクトベクターでは観察されなかった(図8B)。
実施例6:Grik2転写物は、再設計されたコンカテマーをコードするAAV9ベクターで処置した後、ヒトGlutaNeuron細胞において有意に減少する。
iPSC誘導性ICELL(登録商標)GlutaNeuron(FujifilmカタログR 1034)を解凍し、PLO/マトリゲルコーティング6ウェルプレートに2E+6細胞/ウェルの密度で細胞を播種した。24時間後、AAV9ベクター番号100又はRNAヌルベクター番号106(配列番号262)を2mLの新鮮培地中、3E+5のMOIで細胞に添加した(条件あたりn=4)。スパイクインRNAオリゴ(50,000細胞あたり0.1nMの9つのオリゴ混合物の3uL)を添加したQiazol溶解緩衝液を添加することによって、形質導入の11日後に細胞を回収した。Qiagen miRNeasyキットを使用して大きなRNA及び低分子RNA/miRNA濃縮画分を分離するためのプロトコルに従って、全RNAを抽出し、miRNAを濃縮した。マイクロRNA配列決定ライブラリーを、Perkin Elmer/BIOO製のNEXTFLEX(登録商標)低分子RNAキットを使用して作製した。配列決定をHiSeqプラットフォーム(Genewiz)で行った。RNA-seqライブラリーも調製し、配列決定した。
iPSC誘導性ICELL(登録商標)GlutaNeuron(FujifilmカタログR 1034)を解凍し、PLO/マトリゲルコーティング6ウェルプレートに2E+6細胞/ウェルの密度で細胞を播種した。24時間後、AAV9ベクター番号100又はRNAヌルベクター番号106(配列番号262)を2mLの新鮮培地中、3E+5のMOIで細胞に添加した(条件あたりn=4)。スパイクインRNAオリゴ(50,000細胞あたり0.1nMの9つのオリゴ混合物の3uL)を添加したQiazol溶解緩衝液を添加することによって、形質導入の11日後に細胞を回収した。Qiagen miRNeasyキットを使用して大きなRNA及び低分子RNA/miRNA濃縮画分を分離するためのプロトコルに従って、全RNAを抽出し、miRNAを濃縮した。マイクロRNA配列決定ライブラリーを、Perkin Elmer/BIOO製のNEXTFLEX(登録商標)低分子RNAキットを使用して作製した。配列決定をHiSeqプラットフォーム(Genewiz)で行った。RNA-seqライブラリーも調製し、配列決定した。
低分子RNA配列決定分析は、合成miRNA GI及びMWが、コンストラクト番号100で処置されたiPSC由来GlutaNeuron細胞において、高いガイド/パッセンジャー比で生理活性レベルで処理されたことを示した(表20)。50%の形質導入効率で、Grik2転写物は、番号100処置されたiPSC由来GlutaNeuron細胞(n=4)において18.5%減少した(図9)。
実施例7:コンカテマーベクターを形質導入したヒト海馬器官型切片では発作活動が抑制された。
ヒト器官型切片を30~32°Cに維持した記録チャンバーに個々に移し、5μMのガバジン(Sigma-Aldrich)の存在下で酸素化(95%O2及び5%CO2)ACSFを連続的に灌流し(2~3mL/分)、ACSFは以下を含有した(mM単位):NaCl(126.0)、KCl(3.5)、NaH2PO4(1.2)、NaHCO3(26)、MgCl2(1.3)、CaCl2(2.0)、及びグルコース(10)、pH~7.4(Sigma-Aldrich).歯状回の顆粒細胞層に配置された単極ニクロム線を用いて局所電場電位(LFP)記録を行った。記録にはDAM-80アンプを用いた(低フィルタ、0.1Hz;ハイパスフィルタ、3KHz;World Precision Instruments、フロリダ州サラソータ)。コンピュータにDigidata 1440A(Molecular Devices)を用いてデータをデジタル化し(20kHz)、Clampex 10.1ソフトウェア(クランプ、Molecular Devices)を用いて取得した。Clampfit 9.2(PClamp)及びMiniAnalysis 6.0.1(Synaptosoft、ジョージア州ディケーター)を使用して、シグナルをオフラインで分析した。
ヒト器官型切片を30~32°Cに維持した記録チャンバーに個々に移し、5μMのガバジン(Sigma-Aldrich)の存在下で酸素化(95%O2及び5%CO2)ACSFを連続的に灌流し(2~3mL/分)、ACSFは以下を含有した(mM単位):NaCl(126.0)、KCl(3.5)、NaH2PO4(1.2)、NaHCO3(26)、MgCl2(1.3)、CaCl2(2.0)、及びグルコース(10)、pH~7.4(Sigma-Aldrich).歯状回の顆粒細胞層に配置された単極ニクロム線を用いて局所電場電位(LFP)記録を行った。記録にはDAM-80アンプを用いた(低フィルタ、0.1Hz;ハイパスフィルタ、3KHz;World Precision Instruments、フロリダ州サラソータ)。コンピュータにDigidata 1440A(Molecular Devices)を用いてデータをデジタル化し(20kHz)、Clampex 10.1ソフトウェア(クランプ、Molecular Devices)を用いて取得した。Clampfit 9.2(PClamp)及びMiniAnalysis 6.0.1(Synaptosoft、ジョージア州ディケーター)を使用して、シグナルをオフラインで分析した。
結果
コンカテマーベクター番号100(ベクターマップを図14に示す。)は、4-AP/ガバジンの存在下での過興奮性条件下(図10A)及び生理学的条件下(図10B)でex-vivoでTLE海馬からの自発発作を抑制した。
コンカテマーベクター番号100(ベクターマップを図14に示す。)は、4-AP/ガバジンの存在下での過興奮性条件下(図10A)及び生理学的条件下(図10B)でex-vivoでTLE海馬からの自発発作を抑制した。
実施例8:ピロカルピンてんかんマウスモデルにおける生理学的及び行動研究は、てんかんの症状の改善を示す。
AAV投与
ピロカルピンの全身注射によって少なくとも2ヶ月間以前にてんかん性にされていた雄のスイスマウスを定位フレームに入れた。4つの穴を開けて、AAV9を海馬の背側及び腹側の歯状回に両側から注射した。AAVを含有する規定の体積の溶液を0.2μl/分(1.0μLの2.5e8GC/注入部位、2つの注入部位/半球、したがって5e8GC/半球及び1e9/脳)の速度でゆっくり注入した。
AAV投与
ピロカルピンの全身注射によって少なくとも2ヶ月間以前にてんかん性にされていた雄のスイスマウスを定位フレームに入れた。4つの穴を開けて、AAV9を海馬の背側及び腹側の歯状回に両側から注射した。AAVを含有する規定の体積の溶液を0.2μl/分(1.0μLの2.5e8GC/注入部位、2つの注入部位/半球、したがって5e8GC/半球及び1e9/脳)の速度でゆっくり注入した。
運動亢進
てんかんマウス(SE後2ヶ月超)の自発運動を、AAV注射の1週間前及び2週間後に評価した(図11A)。非てんかんマウス(18~21週齢の野生型スイス雄性マウス)の自発運動も評価した。環境への馴化実験の1日前に、マウスを行動分析室に移し、マウスを9:00~18:00の明/暗サイクルで室温(20~22°C)に保ち、食物及び水を自由に摂取させた。試験した動物と接触していた全ての材料を、その後、嗅覚合図を防ぐために酢酸で洗浄した。最初に、自発的な探索行動をオープンフィールド試験(Muller et al.,2009)で試験した。簡単に説明すると、マウスを50×50×50cmの青色ポリ塩化ビニルボックスの中央に10分間置き、追跡ソフトウェアEthoVision Color(Noldus、オランダ)に接続したビデオカメラで軌跡を記録した。10分間の探索中にマウスの速度及びマウスがカバーした総距離を分析した。
てんかんマウス(SE後2ヶ月超)の自発運動を、AAV注射の1週間前及び2週間後に評価した(図11A)。非てんかんマウス(18~21週齢の野生型スイス雄性マウス)の自発運動も評価した。環境への馴化実験の1日前に、マウスを行動分析室に移し、マウスを9:00~18:00の明/暗サイクルで室温(20~22°C)に保ち、食物及び水を自由に摂取させた。試験した動物と接触していた全ての材料を、その後、嗅覚合図を防ぐために酢酸で洗浄した。最初に、自発的な探索行動をオープンフィールド試験(Muller et al.,2009)で試験した。簡単に説明すると、マウスを50×50×50cmの青色ポリ塩化ビニルボックスの中央に10分間置き、追跡ソフトウェアEthoVision Color(Noldus、オランダ)に接続したビデオカメラで軌跡を記録した。10分間の探索中にマウスの速度及びマウスがカバーした総距離を分析した。
EEG電極の埋め込み及び記録
処置したマウスに、AAV注射の3週間後に1つの深度ワイヤ電極を埋め込む。イソフルラン麻酔下で手術を行う。電極を歯状回(DG)内に定位的に配置する(ブレグマからのPaxinos及びWatson座標:AP-2.55mm、ML+1.65mm、DV-2.25mm)。追加のスクリューが小脳上に配置され、接地電極として機能する。電極及びねじは、歯科用セメントで頭蓋骨上に固定される。回復期間中、24時間後及び48時間後に動物に5mg/kgのカルプロフェン(RIMADYL(登録商標))を皮下投与することになる。
処置したマウスに、AAV注射の3週間後に1つの深度ワイヤ電極を埋め込む。イソフルラン麻酔下で手術を行う。電極を歯状回(DG)内に定位的に配置する(ブレグマからのPaxinos及びWatson座標:AP-2.55mm、ML+1.65mm、DV-2.25mm)。追加のスクリューが小脳上に配置され、接地電極として機能する。電極及びねじは、歯科用セメントで頭蓋骨上に固定される。回復期間中、24時間後及び48時間後に動物に5mg/kgのカルプロフェン(RIMADYL(登録商標))を皮下投与することになる。
脳波(増幅(1000X)、0.16~97Hzのパスでフィルタリング、500Hzで取得)を、遠隔計測システム(Data Sciences International、ミネソタ州セントポール)を用いて5日間、1日あたり24時間モニタリングした。
海馬内EEGトレースは、DGに挿入された電極と小脳の上に配置された電極との間の電位の差を表す。
低分子RNA配列決定分析
4週間後、動物を屠殺し、海馬を切除し、急速凍結した。溶解後、ALLPREP(登録商標)DNA/RNA mini kit(Qiagen、REF番号80204)を用いて、同じマウス海馬組織から全RNAを抽出した。GenomeScanのNEXTFLEX(登録商標)Small RNA-seq v 3 Kit with UDI for Illumina(NOVA-5132-22)を用いたライブラリー調製のために、スパイクインRNAオリゴ混合物(4500分子/全RNA 10pg)を添加した全RNA 400ngを採取した。可能性のあるアダプターダイマーを、Ampureビーズサイズ選択を使用して除去した。NovaSeq 6000を使用するクラスタリング及びDNA配列決定を、製造業者のプロトコルに従って行った。
4週間後、動物を屠殺し、海馬を切除し、急速凍結した。溶解後、ALLPREP(登録商標)DNA/RNA mini kit(Qiagen、REF番号80204)を用いて、同じマウス海馬組織から全RNAを抽出した。GenomeScanのNEXTFLEX(登録商標)Small RNA-seq v 3 Kit with UDI for Illumina(NOVA-5132-22)を用いたライブラリー調製のために、スパイクインRNAオリゴ混合物(4500分子/全RNA 10pg)を添加した全RNA 400ngを採取した。可能性のあるアダプターダイマーを、Ampureビーズサイズ選択を使用して除去した。NovaSeq 6000を使用するクラスタリング及びDNA配列決定を、製造業者のプロトコルに従って行った。
結果
コンストラクト番号100及びコンストラクト番号101は、1e9 GC/脳の試験用量で、in vivoでピロカルピンモデルの運動亢進表現型を減少させるのに有効であった(図11A)。RNAヌル対照コンストラクト(番号106)及び2つの単一コンストラクトを含む他の全てのコンストラクトは、治療後の運動亢進を減少させなかった。EEG評価は、コンストラクト番号100及びコンストラクト番号101が対照に対して1日当たりの平均発作数を減少させるのに有効であることを更に実証した(図11B)。これらの結果に基づいて、2つのmiRNAの発現を駆動する1つのプロモーターを有するコンストラクト番号100及びコンストラクト番号101に見られるコンカテマー設計は、1つのmiRNAの発現を駆動する1つのプロモーターを有するコンストラクト番号102及びコンストラクト番号103に見られる単一の設計よりも効果的であるようである。
コンストラクト番号100及びコンストラクト番号101は、1e9 GC/脳の試験用量で、in vivoでピロカルピンモデルの運動亢進表現型を減少させるのに有効であった(図11A)。RNAヌル対照コンストラクト(番号106)及び2つの単一コンストラクトを含む他の全てのコンストラクトは、治療後の運動亢進を減少させなかった。EEG評価は、コンストラクト番号100及びコンストラクト番号101が対照に対して1日当たりの平均発作数を減少させるのに有効であることを更に実証した(図11B)。これらの結果に基づいて、2つのmiRNAの発現を駆動する1つのプロモーターを有するコンストラクト番号100及びコンストラクト番号101に見られるコンカテマー設計は、1つのmiRNAの発現を駆動する1つのプロモーターを有するコンストラクト番号102及びコンストラクト番号103に見られる単一の設計よりも効果的であるようである。
5つの動物行動(ネスティング(nesting)、身震い、毛髪、ハンドリング、及び自発歩行)を3人の操作者が独立して採点した。RNAヌル対照ベクター番号106で処置したピロカルピン誘発てんかんマウスと比較して、Grik2標的化ベクターで処置したマウスの行動は改善され、コンストラクト番号100は最も劇的な効果を示した(図11C)。
マウスの海馬に両側注入されたコンストラクト番号100 AAV9ベクターから発現及び処理されたGI及びMWの総コピー数を、低分子RNA配列決定分析によって測定した。10pgの全RNA(細胞あたりの平均量)あたり、392.2コピー及び573.1コピーのGI、1331.3コピー及び2138.8コピーのMWを、それぞれ2つの海馬において決定した(表21)。miRNAの分子は生理学的活性範囲にある。GIとMWの両方のガイド/パッセンジャー比は100を超え、パッセンジャー鎖が5コピー/10pg未満であり、生理活性レベル未満であったことを示した。
ピロカルピンてんかんマウスの脳におけるてんかん症状の軽減におけるこれらのマイクロRNAコンストラクトの有効性を更に評価するために、注射用量を2.5×109GC/注射部位に補正し、半球あたり2つの注射部位を設け、用量応答研究を行った後に5×109GC/半球及び1×1010GC/脳を得た(図12A及び図12B)。ここでも、コンストラクト番号100は、in vivoで運動亢進と発作活性の両方を減少させるのに有効であることが証明された。独立した用量応答研究では、RNAヌル対照ベクターに対して脳あたり最高用量1E+9及び1E+10のベクター番号100で処置したピロカルピンマウスにおいて、運動亢進表現型(図13A)及び発作(図13B)の用量依存的減少が観察された。
他の実施形態
本開示の範囲及び趣旨から逸脱することなく、記載された開示の様々な修正及び変形が当業者には明らかであろう。本開示は特定の実施形態に関連して説明されてきたが、特許請求される本開示は、そのような特定の実施形態に過度に限定されるべきではないことを理解されたい。実際、当業者には明らかである本開示を実施するための記載された態様の様々な修正は、本開示の範囲内にあることが意図されている。
本開示の範囲及び趣旨から逸脱することなく、記載された開示の様々な修正及び変形が当業者には明らかであろう。本開示は特定の実施形態に関連して説明されてきたが、特許請求される本開示は、そのような特定の実施形態に過度に限定されるべきではないことを理解されたい。実際、当業者には明らかである本開示を実施するための記載された態様の様々な修正は、本開示の範囲内にあることが意図されている。
他の実施形態は、特許請求の範囲にある。
参照文献
本出願を通して、様々な参考文献が、本開示が関係する技術水準を記載している。これらの参考文献の開示は、参照により本開示に組み込まれる。
Bahn S.,Volk B.,Wisden W.(1994).Kainate receptor gene expression in the developing rat brain.J.Neurosci.14 5525-5547.10.1523/JNEUROSCI.14-09-05525.1994.
Boudreau Ryan L.,Rodriguez-Lebron Edgardo,Davidson Beverly L.,RNAi medicine for the brain:progresses and challenges,Human Molecular Genetics,Volume 20,Issue R1,15 April 2011,Pages R21-R27
Bouvier G.,Larsen R.S.,Rodriguez-Moreno A.,Paulsen O.,Sjostrom P.J.(2018).Towards resolving the presynaptic NMDA receptor debate.Curr.Opin.Neurobiol.51 1-7.10.1016/j.conb.2017.12.020
Crepel V,Mulle C(2015)Physiopathology of kainate receptors in epilepsy.Curr Opin Pharmacol 20:83-88;doi:10.1016/j.coph.2014.11.012.Epub 2014 Dec 13.
Englot,DJ.,et al(2013)Seizure outcomes after resective surgery for extra-temporal lobe epilepsy in pediatric patients:A systematic review.J.Neurosurgery.12(2):97-201
Fritsch B.,Reis J.,Gasior M.,Kaminski R.M.,Michael A.,Rogawski M.A.(2014).Role of GluK1 kainate receptors in seizures,epileptic discharges,and epileptogenesis.J.Neurosci.34 5765-5775.10.1523/JNEUROSCI.5307-13.2014
Gabriel S,Njunting M,Pomper JK,Merschhemke M,Sanabria ERG,Eilers A,Kivi A,Zeller M,Meencke H-J,Cavalheiro E a,Heinemann U,Lehmann T-N(2004)Stimulus and potassium-induced epileptiform activity in the human dentate gyrus from patients with and without hippocampal sclerosis.J Neurosci 24:10416-10430.
Gruber A.,Lorenz R.,Bernhart S.H.,Neubock R.,Hofacker I.L(2008).The Vienna RNA Websuite.Nucleic Acids Research.36:W70-4
Hardy J.(2010).Genetic analysis of pathways to Parkinson disease.Neuron,68(2),201-206.doi:10.1016/j.neuron.2010.10.014
Melyan Z.,Lancaster B.,Wheal H.V.(2004).Metabotropic regulation of intrinsic excitability by synaptic activation of kainate receptors.J.Neurosci.24 4530-4534.10.1523/JNEUROSCI.5356-03.2004
Melyan Z.,Wheal H.V.,Lancaster B.(2002).Metabotropic-mediated kainate receptor regulation of isAHP and excitability in pyramidal cells.Neuron 34 107-114.10.1016/S0896-6273(02)00624-4
Mulle C.,Sailer A.,Perez-Otano I.,Dickinson-Anson H.,Castillo P.E.,Bureau I.,et al.(1998).Altered synaptic physiology and reduced susceptibility to kainate-induced seizures in GluR6-deficient mice.Nature 392 601-605.
Peret A,Christie L a.,Ouedraogo DW,Gorlewicz A,Epsztein J,Mulle C,Crepel V(2014)Contribution of Aberrant GluK2-Containing Kainate Receptors to Chronic Seizures in Temporal Lobe Epilepsy.Cell Rep 8:347-354.
Reiner A,Arant RJ,and Isacoff EY(2012)Assembly Stoichiometry of the GluK2/GluK5 Kainate Receptor Complex.Cell Rep 1:234-240.
Represa A,Le Gall La Salle G,Ben-Ari Y(1989a)Hippocampal plasticity in the kindling model of epilepsy in rats.Neurosci Lett 99:345-350.
Represa A,Robain O,Tremblay E,Ben-Ari Y(1989b)Hippocampal plasticity in childhood epilepsy.Neurosci Lett 99:351-355.
Rodriguez-Moreno A.,Herreras O.,Lerma J.(1997).Kainate receptors presynaptically downregulate GABAergic inhibition in the rat hippocampus.Neuron 19 893-901.10.1016/S0896-6273(00)80970-8.
Rodriguez-Moreno A.,Sihra T.S.(2007a).Kainate receptors with a metabotropic modus operandi.Trends Neurosci.30 630-637.
Rodriguez-Moreno A.,Sihra T.S.(2007b).Metabotropic actions of kainate receptors in the CNS.J.Neurochem.103 2121-2135.
Sapru Mohan K.,Yates Jonathan W.,Hogan Shea,Jiang Lixin,Halter Jeremy,Bohn Martha C.(2006).Silencing of human α-synuclein in vitro and in rat brain using lentiviral-mediated RNAi.Neurology.198:382-390
Smolders I.,Bortolotto Z.A.,Clarke V.R.,Warre R.,Khan G.M.,O’Neill M.J.,et al.(2002).Antagonists of GLU(K5)-containing kainate receptors prevent pilocarpine-induced limbic seizures.Nat.Neurosci.5 796-804.10.1038/nn88
Sutula T,Cascino G,Cavazos J,Parada I,Ramirez L(1989)Mossy fiber synaptic reorganization in the epileptic human temporal lobe.Ann Neurol 26:321-330.
Tauck DL,Nadler J V(1985)Evidence of functional mossy fiber sprouting in hippocampal formation of kainic acid-treated rats.J Neurosci 5:1016-1022
Valbuena S.,Lerma J.(2016).Non-canonical signaling,the hidden life of ligand-gated ion channels.Neuron 92 316-329.10.1016/j.neuron.2016.10.016
Wang L.,Bai J.,and Hu Y.(2007)Identification of the RA Response Element and Transcriptional Silencer in Human alphaCaMKII Promoter.Mol.Biol.Rep.35(1):37-44
Zinn,E.,Pacouret,S.,Khaychuk,V.,Turunen,H.T.,Carvalho,L.S.,Andres-Mateos,E.,… Vandenberghe,L.H.(2015).In Silico Reconstruction of the Viral Evolutionary Lineage Yields a Potent Gene Therapy Vector.Cell reports,12(6),1056-1068.doi:10.1016/j.celrep.2015.07.019
本出願を通して、様々な参考文献が、本開示が関係する技術水準を記載している。これらの参考文献の開示は、参照により本開示に組み込まれる。
Bahn S.,Volk B.,Wisden W.(1994).Kainate receptor gene expression in the developing rat brain.J.Neurosci.14 5525-5547.10.1523/JNEUROSCI.14-09-05525.1994.
Boudreau Ryan L.,Rodriguez-Lebron Edgardo,Davidson Beverly L.,RNAi medicine for the brain:progresses and challenges,Human Molecular Genetics,Volume 20,Issue R1,15 April 2011,Pages R21-R27
Bouvier G.,Larsen R.S.,Rodriguez-Moreno A.,Paulsen O.,Sjostrom P.J.(2018).Towards resolving the presynaptic NMDA receptor debate.Curr.Opin.Neurobiol.51 1-7.10.1016/j.conb.2017.12.020
Crepel V,Mulle C(2015)Physiopathology of kainate receptors in epilepsy.Curr Opin Pharmacol 20:83-88;doi:10.1016/j.coph.2014.11.012.Epub 2014 Dec 13.
Englot,DJ.,et al(2013)Seizure outcomes after resective surgery for extra-temporal lobe epilepsy in pediatric patients:A systematic review.J.Neurosurgery.12(2):97-201
Fritsch B.,Reis J.,Gasior M.,Kaminski R.M.,Michael A.,Rogawski M.A.(2014).Role of GluK1 kainate receptors in seizures,epileptic discharges,and epileptogenesis.J.Neurosci.34 5765-5775.10.1523/JNEUROSCI.5307-13.2014
Gabriel S,Njunting M,Pomper JK,Merschhemke M,Sanabria ERG,Eilers A,Kivi A,Zeller M,Meencke H-J,Cavalheiro E a,Heinemann U,Lehmann T-N(2004)Stimulus and potassium-induced epileptiform activity in the human dentate gyrus from patients with and without hippocampal sclerosis.J Neurosci 24:10416-10430.
Gruber A.,Lorenz R.,Bernhart S.H.,Neubock R.,Hofacker I.L(2008).The Vienna RNA Websuite.Nucleic Acids Research.36:W70-4
Hardy J.(2010).Genetic analysis of pathways to Parkinson disease.Neuron,68(2),201-206.doi:10.1016/j.neuron.2010.10.014
Melyan Z.,Lancaster B.,Wheal H.V.(2004).Metabotropic regulation of intrinsic excitability by synaptic activation of kainate receptors.J.Neurosci.24 4530-4534.10.1523/JNEUROSCI.5356-03.2004
Melyan Z.,Wheal H.V.,Lancaster B.(2002).Metabotropic-mediated kainate receptor regulation of isAHP and excitability in pyramidal cells.Neuron 34 107-114.10.1016/S0896-6273(02)00624-4
Mulle C.,Sailer A.,Perez-Otano I.,Dickinson-Anson H.,Castillo P.E.,Bureau I.,et al.(1998).Altered synaptic physiology and reduced susceptibility to kainate-induced seizures in GluR6-deficient mice.Nature 392 601-605.
Peret A,Christie L a.,Ouedraogo DW,Gorlewicz A,Epsztein J,Mulle C,Crepel V(2014)Contribution of Aberrant GluK2-Containing Kainate Receptors to Chronic Seizures in Temporal Lobe Epilepsy.Cell Rep 8:347-354.
Reiner A,Arant RJ,and Isacoff EY(2012)Assembly Stoichiometry of the GluK2/GluK5 Kainate Receptor Complex.Cell Rep 1:234-240.
Represa A,Le Gall La Salle G,Ben-Ari Y(1989a)Hippocampal plasticity in the kindling model of epilepsy in rats.Neurosci Lett 99:345-350.
Represa A,Robain O,Tremblay E,Ben-Ari Y(1989b)Hippocampal plasticity in childhood epilepsy.Neurosci Lett 99:351-355.
Rodriguez-Moreno A.,Herreras O.,Lerma J.(1997).Kainate receptors presynaptically downregulate GABAergic inhibition in the rat hippocampus.Neuron 19 893-901.10.1016/S0896-6273(00)80970-8.
Rodriguez-Moreno A.,Sihra T.S.(2007a).Kainate receptors with a metabotropic modus operandi.Trends Neurosci.30 630-637.
Rodriguez-Moreno A.,Sihra T.S.(2007b).Metabotropic actions of kainate receptors in the CNS.J.Neurochem.103 2121-2135.
Sapru Mohan K.,Yates Jonathan W.,Hogan Shea,Jiang Lixin,Halter Jeremy,Bohn Martha C.(2006).Silencing of human α-synuclein in vitro and in rat brain using lentiviral-mediated RNAi.Neurology.198:382-390
Smolders I.,Bortolotto Z.A.,Clarke V.R.,Warre R.,Khan G.M.,O’Neill M.J.,et al.(2002).Antagonists of GLU(K5)-containing kainate receptors prevent pilocarpine-induced limbic seizures.Nat.Neurosci.5 796-804.10.1038/nn88
Sutula T,Cascino G,Cavazos J,Parada I,Ramirez L(1989)Mossy fiber synaptic reorganization in the epileptic human temporal lobe.Ann Neurol 26:321-330.
Tauck DL,Nadler J V(1985)Evidence of functional mossy fiber sprouting in hippocampal formation of kainic acid-treated rats.J Neurosci 5:1016-1022
Valbuena S.,Lerma J.(2016).Non-canonical signaling,the hidden life of ligand-gated ion channels.Neuron 92 316-329.10.1016/j.neuron.2016.10.016
Wang L.,Bai J.,and Hu Y.(2007)Identification of the RA Response Element and Transcriptional Silencer in Human alphaCaMKII Promoter.Mol.Biol.Rep.35(1):37-44
Zinn,E.,Pacouret,S.,Khaychuk,V.,Turunen,H.T.,Carvalho,L.S.,Andres-Mateos,E.,… Vandenberghe,L.H.(2015).In Silico Reconstruction of the Viral Evolutionary Lineage Yields a Potent Gene Therapy Vector.Cell reports,12(6),1056-1068.doi:10.1016/j.celrep.2015.07.019
Claims (242)
- 5’アーム(5p)、ループ領域及び3’アーム(3p)を含むステム-ループ領域を含むGrik2 mRNAに特異的に結合する単離されたポリヌクレオチドであって、前記ステム-ループ領域が、ガイド鎖配列及びパッセンジャー鎖配列を含み、前記ガイド鎖配列及びパッセンジャー鎖配列が、
(a)前記ガイド鎖の5’末端のウラシル(U)-アデニン(A)塩基対若しくはU-グアニン(G)塩基対、
(b)前記パッセンジャー鎖の5’末端のシトシン(C)-G対、
(c)前記ガイド鎖配列の5’末端のU、
(d)前記ガイド鎖配列と前記パッセンジャー鎖配列との間のシード領域におけるミスマッチ、及び/又は
(e)前記ポリヌクレオチドの前記ステム領域と前記ループ領域との接合部におけるU-Gゆらぎを置き換えるためのC-G塩基対又はU-A塩基対を含む、
単離されたポリヌクレオチド。 - (a)及び(c)が、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)タンパク質へのガイド鎖配列ローディングを改善する、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- (b)が、RISCタンパク質へのパッセンジャー鎖配列ローディングを損なう、請求項1又は2に記載のポリヌクレオチド。
- (d)が、RISCローディング中に前記ガイド鎖配列からの前記パッセンジャー鎖配列のデカップリングを促進する、請求項1~3のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- (e)が、ダイサーによるステム領域からのループ領域の切断を改善する、請求項1~4のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列の前記シード領域が、前記ガイド鎖配列のヌクレオチド2~7を含む、請求項1~5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号2の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号17の核酸配列を有する、請求項7に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号32の核酸配列を有する、請求項7又は8に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号3の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号18の核酸配列を有する、請求項10に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号33の核酸配列を有する、請求項10又は11に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号4の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号19の核酸配列を有する、請求項13に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号34の核酸配列を有する、請求項13又は14に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号5の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号20の核酸配列を有する、請求項16に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号35の核酸配列を有する、請求項16又は17に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号6の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号21の核酸配列を有する、請求項19に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号36の核酸配列を有する、請求項19又は20に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号7の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号22の核酸配列を有する、請求項22に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号37の核酸配列を有する、請求項22又は23に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号8の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号23の核酸配列を有する、請求項25に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号38の核酸配列を有する、請求項25又は26に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号9の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号24の核酸配列を有する、請求項28に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号39の核酸配列を有する、請求項28又は29に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号10の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号25の核酸配列を有する、請求項31に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号40の核酸配列を有する、請求項31又は32に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号11の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号26の核酸配列を有する、請求項34に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号41の核酸配列を有する、請求項34又は35に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号12の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号27の核酸配列を有する、請求項37に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号42の核酸配列を有する、請求項37又は38に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号13の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号28の核酸配列を有する、請求項40に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号43の核酸配列を有する、請求項40又は41に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号14の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号29の核酸配列を有する、請求項43に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号44の核酸配列を有する、請求項43又は44に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号15の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号30の核酸配列を有する、請求項46に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号45の核酸配列を有する、請求項46又は47に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号226の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号230の核酸配列を有する、請求項49に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号234の核酸配列を有する、請求項49又は50に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号227の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号231の核酸配列を有する、請求項52に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号235の核酸配列を有する、請求項52又は53に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号228の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号232の核酸配列を有する、請求項55に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号236の核酸配列を有する、請求項55又は56に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号229の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号233の核酸配列を有する、請求項58に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号237の核酸配列を有する、請求項58又は59に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号238の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号242の核酸配列を有する、請求項61に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号246の核酸配列を有する、請求項61又は62に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号239の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号243の核酸配列を有する、請求項64に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号247の核酸配列を有する、請求項64又は65に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号240の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号244の核酸配列を有する、請求項67に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号248の核酸配列を有する、請求項67又は68に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号241の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号245の核酸配列を有する、請求項70に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号249の核酸配列を有する、請求項70又は71に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号47の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号64の核酸配列を有する、請求項73に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号81の核酸配列を有する、請求項73又は74に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号48の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号65の核酸配列を有する、請求項76に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号82の核酸配列を有する、請求項76又は77に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号49の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号66の核酸配列を有する、請求項79に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号83の核酸配列を有する、請求項79又は80に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号50の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号67の核酸配列を有する、請求項82に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号84の核酸配列を有する、請求項82又は83に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号51の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号68の核酸配列を有する、請求項85に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号85の核酸配列を有する、請求項85又は86に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号52の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号69の核酸配列を有する、請求項88に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号86の核酸配列を有する、請求項88又は89に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号53の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号70の核酸配列を有する、請求項91に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号87の核酸配列を有する、請求項91又は92に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号54の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号71の核酸配列を有する、請求項94に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号88の核酸配列を有する、請求項94又は95に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号55の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号72の核酸配列を有する、請求項97に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号89の核酸配列を有する、請求項97又は98に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号56の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号73の核酸配列を有する、請求項100に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号90の核酸配列を有する、請求項100又は101に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号57の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号74の核酸配列を有する、請求項103に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号91の核酸配列を有する、請求項103又は104に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号58の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号75の核酸配列を有する、請求項106に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号92の核酸配列を有する、請求項106又は107に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号59の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号76の核酸配列を有する、請求項109に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号93の核酸配列を有する、請求項109又は110に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号60の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号77の核酸配列を有する、請求項112に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号94の核酸配列を有する、請求項112又は113に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号61の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号78の核酸配列を有する、請求項115に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号95の核酸配列を有する、請求項115又は116に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号62の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号79の核酸配列を有する、請求項118に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号96の核酸配列を有する、請求項118又は119に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号98の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号110の核酸配列を有する、請求項121に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号122の核酸配列を有する、請求項121又は122に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号99の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号111の核酸配列を有する、請求項124に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号123の核酸配列を有する、請求項124又は125に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号100の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号112の核酸配列を有する、請求項127に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号124の核酸配列を有する、請求項127又は128に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号101の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号113の核酸配列を有する、請求項130に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号125の核酸配列を有する、請求項130又は131に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号102の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号114の核酸配列を有する、請求項133に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号126の核酸配列を有する、請求項133又は134に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号103の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号115の核酸配列を有する、請求項136に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号127の核酸配列を有する、請求項136又は137に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号104の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号116の核酸配列を有する、請求項139に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号128の核酸配列を有する、請求項139又は140に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号105の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号117の核酸配列を有する、請求項142に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号129の核酸配列を有する、請求項142又は143に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号106の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号118の核酸配列を有する、請求項145に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号130の核酸配列を有する、請求項145又は146に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号107の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号119の核酸配列を有する、請求項148に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号131の核酸配列を有する、請求項148又は149に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号108の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号120の核酸配列を有する、請求項151に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号132の核酸配列を有する、請求項151又は152に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号134の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号140の核酸配列を有する、請求項154に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号146の核酸配列を有する、請求項154又は155に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号135の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号141の核酸配列を有する、請求項157に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号147の核酸配列を有する、請求項157又は158に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号136の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号142の核酸配列を有する、請求項160に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号148の核酸配列を有する、請求項160又は161に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号137の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号143の核酸配列を有する、請求項163に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号149の核酸配列を有する、請求項163又は164に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ステム-ループ領域が、配列番号138の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ガイド鎖配列が、配列番号144の核酸配列を有する、請求項166に記載のポリヌクレオチド。
- 前記パッセンジャー鎖配列が、配列番号150の核酸配列を有する、請求項166又は167に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を含む、請求項1~168のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、短干渉RNA(siRNA)、短ヘアピンRNA(shRNA)、マイクロRNA(miRNA)又は短ヘアピン適合miRNA(shmiRNA)を含む、請求項1~169のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、19~21ヌクレオチドである、請求項1~170のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、19ヌクレオチドである、請求項171に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、20ヌクレオチドである、請求項172に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、21ヌクレオチドである、請求項173に記載のポリヌクレオチド。
- 前記Grik2 mRNAが、配列番号164、配列番号165、配列番号166、配列番号167、配列番号168、配列番号169、配列番号170、配列番号171、配列番号172、配列番号173又は配列番号174の核酸配列によってコードされる、請求項1~174のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、細胞内のGluK2タンパク質のレベルを低下させることができる、請求項1~175のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが、前記細胞中のGluK2タンパク質のレベルを少なくとも10%、少なくとも少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%低下させる、請求項176に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞が、ヒト細胞である、請求項176又は177に記載のポリヌクレオチド。
- 前記細胞が、ニューロンである、請求項176~178のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ニューロンが、海馬ニューロンである、請求項179に記載のポリヌクレオチド。
- 前記海馬ニューロンが、歯状回顆粒細胞(DGC)又はグルタミン酸作動性錐体ニューロンである、請求項180に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項1~181のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
- 前記ベクターが、複製欠損である、請求項182に記載のベクター。
- 前記ベクターが、哺乳動物、昆虫、細菌又はウイルスベクターである、請求項182又は183に記載のベクター。
- 前記ベクターが、発現ベクターである、請求項182~184のいずれか1項に記載のベクター。
- 前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、オルトミクソウイルス、ラブドウイルス、パラミクソウイルス、プラス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス、アルファウイルス、二本鎖DNAウイルス、ヘルペスウイルス、エプスタイン・バー・ウイルス、サイトメガロウイルス、鶏痘ウイルス、及びカナリア痘ウイルスからなる群から選択される、請求項184又は185に記載のベクター。
- 前記ベクターが、AAVベクターである、請求項186に記載のベクター。
- 前記AAVベクターが、AAV5、AAV9、又はAAVrh10ベクターである、請求項187に記載のベクター。
- 発現カセットであって、配列番号1~15、46~62、97~108、133~138、226~229、及び238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、例えば、配列番号4、135、及び256~261のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を含む、ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドを含む、発現カセット。
- 前記発現カセットが、5’隣接領域、ループ領域及び3’隣接領域を含む、請求項189に記載の発現カセット。
- 前記5’隣接領域が、配列番号217、220、又は223のいずれか1つに記載の前記核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項190に記載の発現カセット。
- 前記3’隣接領域が、配列番号218、221、又は224のいずれか1つに記載の前記核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項190又は191に記載の発現カセット。
- 前記5’隣接領域が、5’スペーサー配列及び5’隣接配列を含む、請求項190~192のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記3’隣接領域が、3’スペーサー配列及び3’隣接配列を含む、請求項190~193のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記ループ領域が、E-miR-30、miR-218-1又はE-miR-124-3配列であるマイクロRNAループ配列を含む、請求項190~194のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記マイクロRNAループ配列が、配列番号219、222又は225のいずれか1つの前記核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項195に記載の発現カセット。
- 前記発現カセットが、シナプシン(hSyn)プロモーター又はカルシウム/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(CaMKII)プロモーターを含む、請求項190~196のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 発現カセットであって、5’から3’に、
(a)第1のプロモーター配列と、
(b)配列番号1~9、34~62、97~108、133~147、226~229、又は238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドと、
(c)任意に、第2のプロモーター配列と、
(d)配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、又は238~241のいずれか1つの核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドと少なくとも85%の配列同一性を含む、ステム-ループ配列を含むポリヌクレオチドを含む、
発現カセット。 - 配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、又は238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列を含む前記ポリヌクレオチドが、ガイド配列と相補的又は実質的に相補的なパッセンジャー配列を含み、前記パッセンジャー配列が、ガイド配列に対して5’又は3’に位置する、請求項198に記載の発現カセット。
- 配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、又は238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列を含む前記ポリヌクレオチドが、ガイド配列に対して5’に位置する5’隣接領域を含む、請求項198又は199に記載の発現カセット。
- 配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、又は238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列を含む前記ポリヌクレオチドが、ガイド配列に対して3’に位置する3’隣接領域を含む、請求項198~200のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 配列番号1~19、34~62、97~108、133~147、226~229、又は238~241のいずれか1つの核酸配列を有するステム-ループ配列を含む前記ポリヌクレオチドが、前記ガイド配列とパッセンジャー配列との間に位置するループ領域を含み、前記ループ領域が、マイクロRNAループ配列を含む、請求項198~201のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記第1のプロモーター及び/又は任意に、前記第2のプロモーターが、hSynプロモーター又はCaMKIIプロモーターからなる群から選択される、請求項198~202のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記5’隣接領域が、配列番号217、220又は223のいずれか1つに記載の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項198~203のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記3’隣接領域が、配列番号218、221又は224のいずれか1つに記載の前記核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項198~204のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記マイクロRNAループ配列が、E-miR-30、miR-218-1、又はE-miR-124-3配列である、請求項198~205のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記マイクロRNAループ配列が、配列番号219、222又は225のいずれか1つの前記核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項206に記載の発現カセット。
- 前記発現カセットが、前記発現カセットの5’末端に5’逆方向末端反復(ITR)配列を含み、前記発現カセットの3’末端に3’-ITR配列を含む、請求項198~207のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記5’-ITR及び3’ITR配列が、AAV2 5’-ITR及び3’ITR配列である、請求項208に記載の発現カセット。
- 前記5’-ITR配列が、配列番号208又は配列番号209の前記核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項208又は209に記載の発現カセット。
- 前記3’-ITR配列が、配列番号210~212のいずれか1つの前記核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項208~210のいずれか1項に記載の発現カセット。
- エンハンサー配列を更に含む、請求項198~211のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記エンハンサー配列が、配列番号207の前記核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項212に記載の発現カセット。
- イントロン配列を更に含む、請求項198~213のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記イントロン配列が、配列番号205又は配列番号206の前記核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項214に記載の発現カセット。
- 1つ以上のポリアデニル化シグナル配列を更に含む、請求項198~215のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記1つ以上のポリアデニル化シグナル配列が、ウサギベータグロビン(RBG)ポリアデニル化シグナル配列又はウシ成長ホルモン(BGH)ポリアデニル化シグナル配列である、請求項216に記載の発現カセット。
- 前記RBGポリアデニル化シグナル配列が、配列番号213~215のいずれか1つに記載の核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項217に記載の発現カセット。
- 前記BGHポリアデニル化シグナル配列が、配列番号216の前記核酸配列と少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項217に記載の発現カセット。
- 前記発現カセットが、請求項182~188のいずれか1項に記載のベクターに組み込まれる、請求項198~219のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記発現カセットが、配列番号256の配列と少なくとも80%の配列同一性を含む、請求項198~220のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 前記発現カセットが、配列番号256の配列と少なくとも85%、90%、95%、97%の配列同一性を含む、請求項198~221のいずれか1項に記載の発現カセット。
- 細胞におけるGrik2発現を阻害する方法であって、前記細胞を、請求項1~181のいずれか1項に記載の少なくとも1つのポリヌクレオチド、請求項182~188のいずれか1項に記載のベクター、又は請求項189~222のいずれか1項に記載の発現カセットと接触させることを含む、細胞におけるGrik2発現を阻害する方法。
- 前記ポリヌクレオチドがGrik2 mRNAに特異的にハイブリダイズし、前記細胞におけるGrik2の発現を阻害又は低下させる、請求項223に記載の方法。
- 前記方法が、前記細胞中のGluK2タンパク質のレベルを低下させる、請求項223又は224に記載の方法。
- 前記方法が、前記細胞中のGluK2タンパク質のレベルを少なくとも10%、少なくとも10%、少なくとも少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%低下させる、請求項225に記載の方法。
- 前記細胞がヒト細胞である、請求項223~226のいずれか1項に記載の方法。
- 前記細胞がニューロンである、請求項223~227のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ニューロンが、海馬ニューロンである、請求項228に記載の方法。
- 前記海馬ニューロンが、DGC又はグルタミン酸作動性錐体ニューロンである、請求項229に記載の方法。
- 前記DGCが、異常な再発性苔状線維軸索を含む、請求項230に記載の方法。
- 障害を治療又は改善することを必要とする対象における障害を治療又は改善する方法であって、請求項1~181のいずれか1項に記載の少なくとも1つのポリヌクレオチド、請求項182~188のいずれか1項に記載のベクター、又は請求項189~222のいずれか1項に記載の発現カセットを前記対象に投与することを含む、方法。
- 疾患又は障害を治療又は改善することを必要とする対象における疾患又は障害を治療又は改善する方法に使用するための、請求項1~181のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項182~188のいずれか1項に記載のベクター、又は請求項189~222のいずれか1項に記載の発現カセットを含む、組成物。
- 前記障害が、てんかんである、請求項232又は233に記載の方法。
- 前記てんかんが、側頭葉てんかん(TLE)、慢性てんかん、及び/又は難治性てんかんである、請求項234に記載の方法。
- 前記てんかんが、TLEである、請求項235に記載の方法。
- 前記TLEが、外側TLE(lTLE)である、請求項236に記載の方法。
- 前記TLEが、内側TLE(mTLE)である、請求項236に記載の方法。
- 前記対象が、ヒトである、請求項233~238のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項1~169のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項182~188のいずれか1項に記載のベクター、又は請求項189~222のいずれか1項に記載の発現カセットと、薬学的に許容され得る担体、希釈剤、又は賦形剤とを含む、医薬組成物。
- 請求項240に記載の医薬組成物と、添付文書とを含む、キット。
- 前記添付文書が、請求項232~239のいずれか1項に記載の方法における前記医薬組成物の使用説明書を含む、請求項241に記載のキット。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US202163189552P | 2021-05-17 | 2021-05-17 | |
US63/189,552 | 2021-05-17 | ||
US202163219446P | 2021-07-08 | 2021-07-08 | |
US63/219,446 | 2021-07-08 | ||
PCT/US2022/029452 WO2022245734A2 (en) | 2021-05-17 | 2022-05-16 | Methods and compositions for treating epilepsy |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2024519861A true JP2024519861A (ja) | 2024-05-21 |
Family
ID=84083638
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023571601A Pending JP2024519861A (ja) | 2021-05-17 | 2022-05-16 | てんかんを治療するための方法及び組成物 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP4352227A2 (ja) |
JP (1) | JP2024519861A (ja) |
KR (1) | KR20240042363A (ja) |
AU (1) | AU2022275785A1 (ja) |
BR (1) | BR112023024009A2 (ja) |
CA (1) | CA3177789A1 (ja) |
IL (1) | IL308576A (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2024079078A1 (en) * | 2022-10-10 | 2024-04-18 | Uniqure France | Methods and compositions for treating epilepsy |
-
2022
- 2022-05-16 CA CA3177789A patent/CA3177789A1/en active Pending
- 2022-05-16 EP EP22805262.7A patent/EP4352227A2/en active Pending
- 2022-05-16 AU AU2022275785A patent/AU2022275785A1/en active Pending
- 2022-05-16 KR KR1020237043523A patent/KR20240042363A/ko unknown
- 2022-05-16 JP JP2023571601A patent/JP2024519861A/ja active Pending
- 2022-05-16 IL IL308576A patent/IL308576A/en unknown
- 2022-05-16 BR BR112023024009A patent/BR112023024009A2/pt unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP4352227A2 (en) | 2024-04-17 |
AU2022275785A9 (en) | 2023-11-30 |
CA3177789A1 (en) | 2022-11-17 |
AU2022275785A1 (en) | 2023-11-23 |
BR112023024009A2 (pt) | 2024-04-02 |
IL308576A (en) | 2024-01-01 |
KR20240042363A (ko) | 2024-04-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CA2792696C (en) | Modified u7 snrnas for treatment of neuromuscular diseases | |
JP2023068051A (ja) | フェニルケトン尿症を処置するための組成物および方法 | |
EP3896451B1 (en) | Carm1 inhibitors for facioscapulohumeral muscular dystrophy | |
CN111433368A (zh) | 具有启动子和增强子组合的载体用于治疗苯丙酮尿症 | |
US20230323366A1 (en) | Compounds for use in the treatment of epilepsy | |
US20240018524A1 (en) | Methods and compositions for treating epilepsy | |
JP2024519861A (ja) | てんかんを治療するための方法及び組成物 | |
US20230227829A1 (en) | Methods and compositions for treating epilepsy | |
US20200016189A1 (en) | Method for treating schizophrenia | |
WO2022245734A2 (en) | Methods and compositions for treating epilepsy | |
TW202346585A (zh) | 治療癲癇之方法及組成物 | |
CN116438305A (zh) | 用于治疗心力衰竭的miRNA的组合抑制 | |
US20230039652A1 (en) | Methods for the treatment of epilepsy | |
US20240026359A1 (en) | Methods of Treating of Spinal Stenosis and Ligamentum Flavum Hypertrophy | |
WO2015044890A2 (en) | Tools and methods using mirna 182, 96 and/or 183 for treating pathologies | |
CN117677704A (zh) | 用于治疗癫痫的方法和组合物 | |
TW202430228A (zh) | 治療癲癇之方法及組成物 | |
WO2024079078A1 (en) | Methods and compositions for treating epilepsy | |
CA3166709A1 (en) | Mirna-485 inhibitor for gene upregulation | |
EP4118436A1 (en) | Diagnostic methods using sirt1 expression |