JP2024518712A - Ｋｄｍ４阻害剤による癌の処置 - Google Patents

Abstract

癌の処置のための組成物および方法が、本明細書において提供される。前記組成物は、ＫＤＭ４阻害剤を含む。【選択図】図１

Description

関連出願への相互参照
[0001] 本出願は、２０２１年４月９日に出願された米国仮特許出願第６３／１７３，２１９号；２０２１年１０月５日に出願された米国仮特許出願第６３／２５２，５４２号；および２０２２年１月１０日に出願された米国仮特許出願第６３／２９７，９６０号の利益を主張し、これらは全て参照によりそのまま本明細書に援用される。

[0002] 癌の処置のための組成物および方法が、本明細書において提供される。本明細書において開示される方法に適した癌のタイプは、結腸直腸癌、トリプルネガティブ乳癌、胃腺癌およびびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫を含むが、それらに限定されない。

[0003] 本明細書において開示される癌を処置する方法に有用な組成物は、本明細書に記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤を含む。
[0004] 一態様は、それを必要とする癌患者において癌を処置する方法であって、次の構造を有する化合物またはその薬学的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌、食道癌、トリプルネガティブ乳癌、胃癌、リンパ腫、胃腺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫、急性Ｔ細胞白血病、食道扁平上皮癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膵癌（ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、乳癌またはＴ細胞急性リンパ芽球性白血病から選択される癌と診断されている本方法を提供する。

[0005] 別の態様は、それを必要とする癌患者において腫瘍原性細胞集団を低減する方法であって、次の構造を有する化合物またはその薬学的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。
[0006] 別の態様は、それを必要とする癌患者において腫瘍開始細胞頻度を低減する方法であって、次の構造を有する化合物またはその薬学的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。
[0007] 別の態様は、それを必要とする癌患者において癌幹細胞を阻害する方法であって、次の構造を有する化合物またはその薬学的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。

[0008] 図１は、強力な汎ＫＤＭ４阻害剤である化合物１の生化学的活性を図説する。 [0009] 図２は、Ｈ３Ｋ９ｍｅ３脱メチル化の可逆的かつ競合的阻害を図説する。Ｈ３Ｋ３ｍｅ３脱メチル化の阻害は、時間分解蛍光ベースの（ＴＲ－ＦＲＥＴ）ＬＡＮＣＥ（登録商標）検出を用いて、α－ＫＧの存在下で様々な化合物１濃度で測定された。 [0010] 図３は、化合物１がＳ期における細胞周期停止を誘導することを図説する。化合物１は、用量依存的様式でＳ期の細胞の割合を増加させた。細胞周期分析は、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞で、ＭｕｌｔｉＣｙｃｌｅ ＡＶ ＤＮＡ分析ソフトウェアを用いて実施された。 [0011] 図４は、化合物１がヒト癌細胞株においてアポトーシスを誘導することを実証する。 [0012] 図５は、化合物１が癌細胞株の大規模なパネルにわたって強力な抗増殖活性を示すことを実証する。ＰＤＸ／オルガノイドモデルのパネルにおける化合物１の評価は、胃癌における化合物１の感受性を確証し、ＭＳＩ ＣＲＣ対ＭＳＳ ＣＲＣに対する感受性を示す。 [0013] 図６は、化合物１によるヒストン脱メチル化酵素の用量依存的阻害を図説する。左パネル：様々な濃度の化合物１に反応するアクチン（赤色バンド）およびＨ３Ｋ３６ｍｅ３（緑色バンド）に関する染色強度の変化を示す代表的な免疫ブロット。右パネル：化合物１の濃度（μＭ）に対するＨ３Ｋ３６ｍｅ３およびアクチンに関するバンド強度の正規化比（平均ＩＣ５０±ＳＤ値－０．０８５±０．００４μＭ）。 [0014] 図７は、腫瘍を化合物１で処理した際の腫瘍原性細胞の低減を図説する。化合物１は、腫瘍開始細胞（ＴＩＣ）頻度を４．４倍低減した。 [0015] 図８は、複数の癌モデルにおける化合物１のインビボ有効性を図説する。 [0016] 図９は、ＳＵ６０オルガノイドモデルにおける細胞増殖の阻害を図説する。 [0017] 図１０ ＳＵ６０患者由来結腸直腸癌異種移植片モデルにおける化合物１のインビボ有効性。 [0018] 図１１ ＫＹＳＥ－１５０ヒト食道癌異種移植片モデルにおける化合物１の試験番号１におけるインビボ有効性。 [0019] 図１２ ＫＹＳＥ－１５０ヒト食道癌異種移植片モデルにおける化合物１の試験番号２におけるインビボ有効性。 [0020] 図１３ ＣＯＨ７０患者由来トリプルネガティブ乳癌異種移植片モデルにおける化合物１のインビボ有効性。 [0021] 図１４ ＧＸＡ－３０３６胃腺癌患者由来異種移植片モデルにおける化合物１のインビボ有効性。 [0022] 図１５ ＯＣＩ－ＬＹ１９ヒトびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫異種移植片モデルにおける化合物１のインビボ有効性。 [0023] 図１６は、化合物１処置後の腫瘍原性細胞集団のフローサイトメトリー分析を図説する。 [0024] 図１７は、化合物１処置後のインビボ腫瘍原性機能アッセイの結果を図説する。 [0025] 図１８は、異なる結腸直腸癌細胞株における様々な経路の遺伝子の変異状態のヒートマップを図説する。それぞれのマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）、ＣｐＧアイランドメチレーター表現型（ＣＩＭＰ）およびＭＬＨ１メチル化状態ならびにこれらの細胞株の化合物１に対する感受性も示されている。 [0026] 図１９は、研究された様々な結腸直腸癌細胞株のＭＳＩ－Ｈ状態およびそれぞれのＭＭＲ経路遺伝子変異を示すヒートマップを図説する。 [0027] 図２０は、遺伝子ＰＮＵＴＳ（ＰＰＰ１Ｒ１０）、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１およびＣＥＣＲ１がインビボでの化合物１による処置後に用量依存的な変化を示したことを図説する。 [0027] 図２０は、遺伝子ＰＮＵＴＳ（ＰＰＰ１Ｒ１０）、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１およびＣＥＣＲ１がインビボでの化合物１による処置後に用量依存的な変化を示したことを図説する。 [0028] 図２１は、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１ ＴＮＢＣ細胞におけるＣｈＩＰ－ｓｅｑ分析がＰＮＵＴＳ（ＰＰＰ１Ｒ１０）プロモーターにおけるＫＤＭ４の占有を示すことを図説する。 [0029] 図２２は、ビヒクル対照または化合物１で処理されたＳＵ６０異種移植片腫瘍からの単一細胞遺伝子発現分析（ＲＴ－ｑＰＣＲ）のヒートマップ表現を図説する。Ａ）ビヒクル対照または化合物１で処理されたＳＵ６０異種移植片腫瘍からの単一細胞遺伝子発現分析（ＲＴ－ｑＰＣＲ）のヒートマップ表現。遺伝子発現レベルは、赤が高発現、緑が低発現、そして灰色が未発現で色分けされている。未熟および成熟細胞マーカーの遺伝子セットを用いた遺伝子発現の共有パターンに基づき、３つの細胞クラスターが同定された。ヒートマップの右端に、３３５個のビヒクル処置（青）および３３２個の化合物１処置（赤）された単一細胞の分布を赤／青のリボンで表示する。一番上のデンドログラムは、全ての細胞にわたって類似した発現パターンを有する遺伝子をクラスター化している。（Ｃｔ値での）遺伝子発現は、０を平均中心とし、標準偏差の２．５倍で割った。 Ｂ）このグラフは、各クラスター内のビヒクル処置および化合物１処置細胞の総数を表している。Ｐ値（フィッシャーの正確確率検定）がバーの一番上に表示されている。

参照による援用
[0030] 本明細書において言及される全ての刊行物、特許および特許出願は、本明細書において同定される特定の目的のために参照により本明細書に援用される。

特定の用語法
[0031] 本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される際、単数形“ａ”、“ａｎｄ”および“ｔｈｅ”は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の参照語を含む。従って、例えば“薬剤（ａｎ ａｇｅｎｔ）”に対する言及は、複数のそのような薬剤を含み、“細胞（ｔｈｅ ｃｅｌｌ）”に対する言及は、１つ以上の細胞（または複数の細胞）および当業者に既知のその均等物に対する言及を含む、等。本明細書において分子量のような物理的特性または化学式のような化学的特性に関して範囲が使用される場合、範囲およびその中の特定の態様の全ての組み合わせおよび下位の組み合わせが含まれることが意図される。数値または数値範囲に言及する場合の“約”という用語は、言及される数値または数値範囲が実験的変動性の範囲内（または統計的実験誤差の範囲内）の近似値であることを意味し、従って、数値または数値範囲は、ある場合には、記載される数値または数値範囲の１％～１５％で変動するであろう。“含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）”という用語（および“含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）”または“含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）”または“有すること”または“含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）”のような関連用語）は、他の特定の態様、例えば本明細書に記載されるあらゆる物質組成物、組成物、方法またはプロセス等の一態様において、記載される特徴“からなる”または“から本質的になる”ことを除外することを意図するものではない。

[0032] 本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、反対の指定がない限り、以下の用語は下記に示される意味を有する。
[0033] 本明細書に開示される化合物は、ある態様において、異なる富化された同位体形態、例えば^２Ｈ、^３Ｈ、^１１Ｃ、^１３Ｃおよび／または^１４Ｃの含有率において富化された形態で使用される。一つの特定の態様において、化合物は、少なくとも１つの位置において重水素化されている。そのような重水素化された形態は、米国特許第５，８４６，５１４号および第６，３３４，９９７号において記載されている手順によって作製されることができる。米国特許第５，８４６，５１４号および第６，３３４，９９７号に記載されているように、重水素化は、代謝安定性および／または有効性を向上させ、そうして薬物の作用の持続時間を増加させることができる。

[0034] 別途記載しない限り、本明細書において描かれた構造は、１つ以上の同位体富化された原子の存在においてのみ異なる化合物を含むことが意図されている。例えば、重水素もしくはトリチウムによる水素の置換または^１３Ｃ－もしくは^１４Ｃ－富化された炭素による炭素の置換を除く本構造を有する化合物は、本開示の範囲内である。

[0035] 本開示の化合物は、場合により、そのような化合物を構成する１つ以上の原子において不自然な割合の原子同位体を含有する。例えば、化合物は、例えば重水素（^２Ｈ）、トリチウム（^３Ｈ）、ヨウ素－１２５（^１２５Ｉ）または炭素－１４（^１４Ｃ）のような同位体で標識されることができる。^２Ｈ、^１１Ｃ、^１３Ｃ、^１４Ｃ、^１５Ｃ、^１２Ｎ、^１３Ｎ、^１５Ｎ、^１６Ｎ、^１６Ｏ、^１７Ｏ、^１４Ｆ、^１５Ｆ、^１６Ｆ、^１７Ｆ、^１８Ｆ、^３３Ｓ、^３４Ｓ、^３５Ｓ、^３６Ｓ、^３５Ｃｌ、^３７Ｃｌ、^７９Ｂｒ、^８１Ｂｒ、^１２５Ｉによる同位体置換は、全て企図されている。ある態様において、^１８Ｆによる同位体置換が企図されている。本発明の化合物の全ての同位体バリエーションは、放射性であるか否かにかかわらず、本発明の範囲内に包含される。

[0036] 特定の態様において、本明細書において開示される化合物は、^１Ｈ原子の一部または全部が^２Ｈ原子で置き換えられている。重水素含有化合物に関する合成方法は、当該技術分野において既知であり、非限定的な例としてのみ以下の合成方法を含む。

[0037] 重水素置換化合物は、以下：Dean, Dennis C.; Editor. Recent Advances in the Synthesis and Applications of Radiolabeled Compounds for Drug Discovery and Development. [Curr., Pharm. Des., 2000; 6(10)] 2000, 110 pp; George W.; Varma, Rajender S. The Synthesis of Radiolabeled Compounds via Organometallic Intermediates, Tetrahedron, 1989, 45(21), 6601-21;およびEvans, E. Anthony. Synthesis of radiolabeled compounds, J. Radioanal. Chem., 1981, 64(1-2), 9-32に記載されているような様々な方法を用いて合成される。

[0038] 重水素化出発物質は、容易に入手可能であり、重水素含有化合物の合成を提供するために、本明細書に記載の合成方法に供される。多数の重水素含有試薬および基礎的要素が、Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．のような化学物質の売り主から商業的に入手可能である。

[0039] ヨードメタン－ｄ_３（ＣＤ_３Ｉ）のような求核置換反応での使用に適した重水素移動試薬は、容易に入手可能であり、求核置換反応条件下で重水素置換炭素原子を反応基質に移動させるために採用されることができる。ＣＤ_３Ｉの使用は、例としてのみ、以下の反応スキームで図説されている。

[0040] 重水素移動試薬、例えば重水素化リチウムアルミニウム（ＬｉＡｌＤ_４）は、還元条件下で重水素を反応基質に移動させるために利用される。ＬｉＡｌＤ_４の使用は、例としてのみ、以下の反応スキームで図説されている。

[0041] 重水素ガスおよびパラジウム触媒は、例としてのみ以下の反応スキームにおいて図説されているように、不飽和炭素－炭素結合を還元し、アリール炭素－ハロゲン結合の還元的置換を実施するために利用される。

[0042] 一態様において、本明細書で開示される化合物は、１個の重水素原子を含有する。別の態様において、本明細書で開示される化合物は、２個の重水素原子を含有する。別の態様において、本明細書で開示される化合物は、３個の重水素原子を含有する。別の態様において、本明細書で開示される化合物は、４個の重水素原子を含有する。別の態様において、本明細書で開示される化合物は、５個の重水素原子を含有する。別の態様において、本明細書で開示される化合物は、６個の重水素原子を含有する。別の態様において、本明細書で開示される化合物は、６個より多い重水素原子を含有する。別の態様において、本明細書で開示される化合物は、重水素原子で完全に置換されており、交換不能な^１Ｈ水素原子を含有しない。一態様において、重水素の組み込みのレベルは、重水素化合成基礎的要素が出発物質として使用される合成方法によって決定される。

[0043] “医薬的に許容可能な塩”は、酸および塩基の付加塩の両方を含む。本明細書で記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤の医薬的に許容可能な塩は、あらゆる全ての医薬的に適切な塩の形態を包含することが意図されている。本明細書で記載される化合物の好ましい医薬的に許容可能な塩類は、医薬的に許容可能な酸付加塩類および医薬的に許容可能な塩基付加塩類である。

[0044] “医薬的に許容可能な酸付加塩”は、遊離塩基の生物学的有効性および特性を保持し、生物学的にまたはその他の点で望ましくないものではなく、無機酸、例えば塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸、ヨウ化水素酸、フッ化水素酸、亜リン酸等で形成される塩類を指す。また、有機酸、例えば脂肪族モノおよびジカルボン酸、フェニル置換アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、アルカン二酸、芳香族酸、脂肪族および芳香族スルホン酸等で形成される塩類も含まれ、例えば酢酸、トリフルオロ酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、桂皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、サリチル酸等を含む。従って、例示的な塩類は、硫酸塩、ピロ硫酸塩、重硫酸塩、亜硫酸塩、重亜硫酸塩、硝酸塩、リン酸塩、一水素リン酸塩、二水素リン酸塩、メタリン酸塩、ピロリン酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、プロピオン酸塩、カプリル酸塩、イソ酪酸塩、シュウ酸塩、マロン酸塩、コハク酸塩、スベリン酸塩、セバシン酸塩、フマル酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、安息香酸塩、クロロ安息香酸塩、メチル安息香酸塩、ジニトロ安息香酸塩、フタル酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、トルエンスルホン酸塩、フェニル酢酸塩、クエン酸塩、乳酸塩、リンゴ酸塩、酒石酸塩、メタンスルホン酸塩等を含む。また、アルギネート、グルコン酸塩およびガラクツロン酸塩のようなアミノ酸の塩類も企図される（例えばBerge S.M. et al., “Pharmaceutical Salts,” Journal of Pharmaceutical Science, 66:1-19 (1997)を参照）。塩基性化合物の酸付加塩は、ある態様において、当業者が精通している方法および技法に従って塩を生成するのに十分な量の所望の酸と遊離塩基形態を接触させることによって調製される。

[0045] “医薬的に許容可能な塩基付加塩”は、遊離酸の生物学的有効性および特性を保持し、生物学的または他の点で望ましくないものではない塩類を指す。これらの塩類は、遊離酸への無機塩基または有機塩基の付加から調製される。医薬的に許容可能な塩基付加塩類は、ある態様において、金属またはアミン、例えばアルカリ金属およびアルカリ土類金属または有機アミンを用いて形成される。無機塩基から得られる塩類は、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウム塩等を含むが、それらに限定されない。有機塩基から得られる塩類は、第一級、第二級および第三級アミン、天然に存在する置換アミンを含む置換アミン、環状アミンならびに塩基性イオン交換樹脂の塩類を含むが、それらに限定されず、例えばイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、２－ジメチルアミノエタノール、２－ジエチルアミノエタノール、ジシクロヘキシルアミン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、カフェイン、プロカイン、Ｎ，Ｎ－ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、ヒドラバミン、コリン、ベタイン、エチレンジアミン、エチレンジアニリン、Ｎ－メチルグルカミン、グルコサミン、メチルグルカミン、テオブロミン、プリン、ピペラジン、ピペリジン、Ｎ－エチルピペリジン、ポリアミン樹脂等。上記のBerge et al.参照。

[0046] “医薬的に許容可能な溶媒和物”は、溶媒付加形態である物質組成物を指す。ある態様において、溶媒和物は、化学量論的または非化学量論的量の溶媒を含有し、水、エタノール等のような医薬的に許容可能な溶媒を用いて作製する過程の間に形成される。水和物は、溶媒が水である場合に形成され、またはアルコラートは、溶媒がアルコールである場合に形成される。本明細書で記載される化合物の溶媒和物は、好都合には本明細書で記載される過程の間に調製または形成される。本明細書で提供される化合物は、場合により、溶媒和されていない形態ならびに溶媒和形態のどちらかで存在する。

[0047] 用語“対象”または“患者”は、哺乳類を包含する。哺乳類の例は、哺乳類クラスのあらゆるメンバー：ヒト、チンパンジーのような非ヒト霊長類、ならびに他の類人猿およびサル種；家畜、例えばウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ；飼育動物、例えばウサギ、イヌおよびネコ；ラット、マウス、モルモットのようなげっ歯類を含む実験動物等を含むが、それらに限定されない。一側面において、哺乳動物はヒトである。

[0048］ 本明細書で使用される場合、“処置”または“処置すること”または“緩和すること”または“改善すること”は、互換的に使用される。これらの用語は、療法的利益および／または予防的利益を含むがそれらに限定されない有益なまたは所望の結果を得るためのアプローチを指す。“療法的利益”は、処置されている基礎となる障害の根絶または改善を意味する。また、療法的利益は、患者が依然として基礎となる障害に罹患しているにもかかわらず患者において改善が観察されるような、基礎となる障害と関係する生理学的症状の１つ以上の根絶または改善によっても達成される。予防的利益に関して、組成物は、ある態様において、特定の疾患を発現するリスクのある患者に、またはたとえこの疾患の診断がまだなされていなくても疾患の生理学的症状の１つ以上を報告する患者に投与される。用語“処置すること”は、本明細書で使用される場合、別途示されない限り、そのような用語が適用される障害もしくは病気またはそのような障害もしくは病気の１つ以上の症状を逆行させる、緩和する、その進行を阻害する、または予防することを意味する。ある態様において、用語“処置すること”は、その用語が適用される疾患または障害の進行を遅らせることまたは遅延させることを含む。加えて、ある態様において、用語“処置すること”は、その用語が適用される疾患または障害の結果もたらされる合併症の１つ以上に適用される。用語“処置”は、本明細書で用いられる場合、別途示されない限り、“処置すること”がすぐ上で定義されているように、処置する行為を指す。

[0049] 用語“腫瘍”または“癌”は、本明細書で使用される場合、別途明記されない限り、新生物性細胞増殖を指し、前癌性および癌性の細胞および組織を含む。腫瘍は、通常は病変またはしこりとして現れる。本明細書で使用される場合、腫瘍を“処置すること”は、疾患の１つ以上の症状、例えば腫瘍自体、腫瘍の脈管形成または疾患が特性付けられる他のパラメーターが、低減され、緩和され、阻害され、寛解状態に置かれ、または寛解状態に維持されることを意味する。腫瘍を“処置すること”は、腫瘍の１つ以上の特徴が処置によって除去され得るか、低減され得るか、または予防され得ることも意味する。そのような特徴の非限定的な例は、基底膜および近位細胞外マトリックスの制御されない分解、新しい機能する毛細血管への内皮細胞の移動、分裂および組織化、ならびにそのような機能する毛細血管の持続を含む。

[0050] “難治性”または“療法抵抗性”という用語は、患者が一度も療法に反応しなかったことを示す。
[0051] “再発した”または“療法後に再発した”という用語は、患者が、最初に療法に反応した後、後天的耐性および／または不耐性のために進行性の疾患を有することを示す。

[0052] “療法耐性”または“後天性療法耐性”という用語は、患者が、最初に療法に反応した後、療法に対する臨床的または分子的耐性のために進行性の疾患を有することを示す。後天的耐性は、療法の分子標的における耐性変異の出現または排出ポンプのような生理学的機能の発現における耐性変異の出現に起因し得る。

[0053] 句“療法上有効量”は、本明細書で使用される場合、研究者、獣医師、医師等が求めている組織、系、動物またはヒトの生物学的または医学的応答を引き出すであろう薬物または医薬的薬剤の量を指す。

[0054] “腫瘍原性”という用語は、腫瘍を形成することができるか、または腫瘍を形成する傾向がある細胞を示す。
[0055] “腫瘍原性細胞集団”という用語は、新生物性の特性を有し、腫瘍を形成することができる細胞の集団を示す。

[0056] “腫瘍開始細胞”または“癌幹細胞”という用語は、急速に分裂する腫瘍の大部分を構成する様々な分化した子孫を産生する細胞（単数または複数）を指す。
[0057] 本発明の他の側面、利点、および特徴は、以下の詳細な記載から明らかになるであろう。

ヒストン脱メチル化酵素
[0058] クロマチンは、染色体を構成するＤＮＡおよびタンパク質の複合体である。ヒストンはクロマチンの主要なタンパク質構成要素であり、ＤＮＡが巻きつく糸巻きとして働く。クロマチン構造の変化は、ヒストンタンパク質の共有結合修飾により、そして非ヒストン結合タンパク質により影響を受ける。様々な部位でヒストンを共有結合的に修飾し得るいくつかのクラスの酵素が知られている。

[0059] タンパク質は、リジンのアミノ基およびアルギニンのグアニジノ基上のメチル化により翻訳後修飾されることができ、またはアスパラギン酸、グルタミン酸上もしくはタンパク質のＣ末端上でカルボキシメチル化されることができる。翻訳後タンパク質のメチル化は、様々な細胞プロセス、例えばＲＮＡプロセシング、受容体に媒介されるシグナル伝達および細胞分化に関与していることが示されてきた。翻訳後タンパク質のメチル化は、ヒストン上で起こることが広く知られており、そのような反応は、Ｓ－アデノシルメチオニン（ＳＡＭ）からヒストンにメチル基を移動させるヒストンメチルトランスフェラーゼによって触媒されることが知られている。ヒストンのメチル化は、ヘテロクロマチン形成、Ｘ染色体の不活性化および転写制御を含む多様な生物学的プロセスに参加していることが知られている(Lachner et al., (2003) J. Cell Sci. 116:2117-2124; Margueron et al., (2005) Curr. Opin. Genet. Dev. 15:163-176)。

[0060] 一般に転写活性化と相関するアセチル化とは異なり、ヒストンのメチル化が転写活性化または抑制につながるかどうかは、メチル化の特定の部位およびメチル化の程度（例えば、特定のヒストンリジン残基がモノ、ジ、またはトリメチル化されているかどうか）に依存する。しかし、一般にＨ３Ｋ９、Ｈ３Ｋ２７およびＨ４Ｋ２０上のメチル化は、遺伝子サイレンシングに関連し、一方でＨ３Ｋ４、Ｈ３Ｋ３６およびＨ３Ｋ７９上のメチル化は一般に活発な遺伝子発現と関係する。加えて、Ｈ３Ｋ４のトリおよびジメチル化は、一般に活発に転写される遺伝子の転写開始部位をマークし、一方でＨ３Ｋ４のモノメチル化は、エンハンサー配列と関係する。

[0061] “脱メチル化酵素”または“タンパク質脱メチル化酵素”は、本明細書で言及される場合、アミノ酸側鎖から少なくとも１つのメチル基を除去する酵素を指す。一部の脱メチル化酵素は、ヒストンに作用し、例えばヒストンＨ３またはＨ４脱メチル化酵素として作用する。例えば、Ｈ３脱メチル化酵素は、Ｈ３Ｋ４、Ｈ３Ｋ９、Ｈ３Ｋ２７、Ｈ３Ｋ３６および／またはＨ３Ｋ７９の１つ以上を脱メチル化することができる。あるいは、Ｈ４脱メチル化酵素は、ヒストンＨ４Ｋ２０を脱メチル化することができる。脱メチル化酵素は、モノ、ジおよび／またはトリメチル化基質のいずれかを脱メチル化することができることが知られている。さらに、ヒストン脱メチル化酵素は、メチル化コアヒストン基質、モノヌクレオソーム基質、ジヌクレオソーム基質および／またはオリゴヌクレオソーム基質、ペプチド基質および／またはクロマチン（例えば細胞ベースのアッセイにおいて）に作用し得る。

[0062] 最初に発見されたリジン脱メチル化酵素は、リジン特異的脱メチル化酵素１（ＬＳＤ１／ＫＤＭ１）であり、それは、フラビンを補因子として用いてモノおよびジメチル化Ｈ３Ｋ４またはＨ３Ｋ９の両方を脱メチル化する。ＪｕｍｏｎｊｉＣ（ＪｍｊＣ）ドメイン含有ヒストン脱メチル化酵素の第２のクラスが予測され、ホルムアルデヒド遊離アッセイを用いてＨ３Ｋ３６脱メチル化酵素が発見された時に確証され、それは、ＪｍｊＣドメイン含有ヒストン脱メチル化酵素１（ＪＨＤＭ１／ＫＤＭ２Ａ）と命名された。

[0063] その後、さらに多くのＪｍｊＣドメイン含有タンパク質が同定され、それらは系統学的に７つのサブファミリーにクラスター化されることができる：ＪＨＤＭ１、ＪＨＤＭ２、ＪＨＤＭ３、ＪＭＪＤ２、ＪＡＲＩＤ、ＰＨＦ２／ＰＨＦ８、ＵＴＸ／ＵＴＹ、およびＪｍｊＣドメインのみ。

ＪＭＪＤ２ファミリー
[0064] ＪＭＪＤ２ファミリーのタンパク質は、トリおよびジメチル化Ｈ３－Ｋ９を脱メチル化することが知られているヒストン脱メチル化酵素のファミリーであり、最初に同定されたヒストントリメチル脱メチル化酵素であった。特に、ＪＭＪＤ２ファミリーメンバーの異所性発現は、トリおよびジメチル化Ｈ３－Ｋ９のレベルを劇的に減少させる一方で、モノメチル化Ｈ３－Ｋ９のレベルを増加させ、それは、ヘテロクロマチンタンパク質１（ＨＰ１）を非局在化させ、インビボでヘテロクロマチンのレベルを全体的に低減することが見出された。ｊｕｍｏｎｊｉタンパク質のＪＭＪＤ２サブファミリーのメンバーは、ＪＭＪＤ２ＣおよびそのホモログであるＪＭＪＤ２Ａ、ＪＭＪＤ２Ｂ、ＪＭＪＤ２ＤおよびＪＭＪＤ２Ｅを含む。Ｊｕｍｏｎｊｉタンパク質のＪＭＪＤ２サブファミリーに見られる共通の構造的特徴は、ＪｍｊＮ、ＪｍｊＣ、ＰＨＤおよびＴｄｒ配列を含む。

[0065] ＧＡＳＣ１およびＫＤＭ４Ｃとしても知られているＪＭＪＤ２Ｃは、トリメチル化Ｈ３Ｋ９およびＨ３Ｋ３６を脱メチル化することが知られている。ＪＭＪＤ２Ｃによるヒストンの脱メチル化は、鉄およびα－ケトグルタレートに依存したヒドロキシル化反応を介して起こり、ここで、ＪＭＪＤ２Ｃによるα－ケトグルタレートの酸化的脱炭酸は、二酸化炭素、スクシネートおよびフェリルを生成し、フェリルは続いてリジンＨ３Ｋ９のメチル基をヒドロキシル化し、ホルムアルデヒドを放出する。ＪＭＪＤ２Ｃは、核内受容体ＰＰＡＲγによる脂肪生成の制御を調節することが知られており、胚性幹細胞における自己再生の制御に関与することが知られている。

[0066] ＫＤＭ４ヒストンリジン脱メチル化酵素は、後成的な制御因子であり、複数の腫瘍型にわたる重要な発癌駆動因子である。ＫＤＭ４ファミリーは、４つの主要なイソ型（ＫＤＭ４Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ）から構成されており；全てが様々な癌における後成的な制御不全に関与していることが示されている(Zack et al., 2013)。ＫＤＭ４は、ヒストンＨ３Ｋ９およびヒストンＨ３Ｋ３６のメチルマークを除去することにより、転写が抑制されたクロマチン状態および活性なクロマチン状態の間の移行を制御している。ＫＤＭ４はまた、胚性幹細胞の自己再生および誘導多能性幹細胞の生成にも必要である(Das et al. 2014; Kim et al. 2010; Loh et al. 2007; Wang et al. 2010)。ＫＤＭ４の過剰発現は、より侵襲性の疾患およびより不良な臨床転帰に関連している(Jia et al. 2020; Bur et al. 2016; Soini et al. 2015)。ＫＤＭ４イソ型間の機能的冗長性と交差活性が観察されており、１つのイソ型の選択的阻害は効果的でないようである(Agger et al. 2016; Pedersen et al. 2016)。

複素環式ＫＤＭ４阻害剤
[0067] 本明細書で記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤は、以下の構造および化学名３－（｛［（４Ｒ）－７－｛メチル［４－（プロパン－２－イル）フェニル］アミノ｝－３，４－ジヒドロ－２Ｈ－１－ベンゾピラン－４－イル］メチル｝アミノ）ピリジン－４－カルボン酸を有する化合物１を指す：

。
[0068] 化合物１は、ＰＣＴ特許公開国際公開第２０１５／２００７０９号および関連特許出願および付与特許、例えば米国特許第９，２４２，９６８号に以前に開示されており、それらは参照によりそのまま援用される。化合物１は、ＫＤＭ４の複数のアイソフォームを同時に標的とするＫＤＭ４の汎阻害剤である。本開示全体を通して、複素環式ＫＤＭ４阻害剤またはその医薬的に許容可能な塩類もしくは溶媒和物への言及がなされる場合、その言及は化合物１への言及である。

癌および処置の方法
[0069] 一態様において、酵素を本明細書で開示される化合物１と接触させることを含む、ヒストン脱メチル化酵素を阻害するための方法であって、ヒストン脱メチル化酵素がＫＤＭ４を含む方法が本明細書で記載される。特定の側面において、それを必要とする個体において癌を処置する方法であって、有効量の本明細書に記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤を個体に投与することを含む方法が、本明細書で開示される。特定の側面において、癌を処置する際に使用するための、本明細書で記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤が、本明細書で開示される。特定の側面において、癌を処置するための医薬品の調製における使用のための本明細書で記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤が、本明細書で開示される。

[0070] 一態様は、それを必要とする癌患者において癌を処置する方法であって、次の構造を有する化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌、食道癌、トリプルネガティブ乳癌、胃癌、リンパ腫、胃腺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫、急性Ｔ細胞白血病、食道扁平上皮癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、膵癌、乳癌、またはＴ細胞急性リンパ芽球性白血病ら選択される癌と診断されている方法を提供する。

[0071] 別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がトリプルネガティブ乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃腺癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性Ｔ細胞白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が多発性骨髄腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性骨髄性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸腺癌と診断されている、本方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵臓癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がＴ細胞急性リンパ芽球性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、大細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、肺小細胞癌、肺大細胞癌、または気管支肺胞腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、急性リンパ芽球性Ｂ細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、形質細胞骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、急性転化期慢性骨髄性白血病から選択される癌と診断されている方法を提供する。

[0072] 別の態様は、癌患者が、腸癌、腸腺癌、上部消化管の扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、胃癌、胃印環腺癌、胃の腺癌または腺扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、卵巣癌、卵巣類内膜癌、卵巣明細胞癌、卵巣腺癌、子宮内膜癌、子宮内膜腺癌、前立腺癌または前立腺腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。

[0073] 別の態様は、癌患者が皮膚癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が甲状腺癌または甲状腺濾胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が乳癌または乳管癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が肝臓癌または肝細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が中枢神経系癌、星細胞腫グレードＩＶまたは神経膠肉腫から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が骨癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が腎臓癌、明細胞腎細胞癌、腎細胞癌、尿路癌または尿路移行細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌が、先行療法後の再発、先行療法への抵抗性または先行療法に対する後天的耐性である方法を提供する。

[0074] 別の態様は、それを必要とする癌患者において腫瘍原性細胞集団を低減する方法であって、次の構造を有する化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。別の態様は、腫瘍原性細胞の集団が約１．５倍～約１００倍低減する方法を提供する。別の態様は、腫瘍原性細胞の集団が、約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、約５．０倍、約６．０倍、約７．０倍、約８．０倍、約９．０倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍または約１００倍低減する方法を提供する。別の態様は、腫瘍原性細胞の集団が約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、または約５．０倍低減する方法を提供する。別の態様は、癌患者が、結腸直腸癌、食道癌、トリプルネガティブ乳癌、胃癌、リンパ腫、胃腺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫、急性Ｔ細胞白血病、食道扁平上皮癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、膵癌、乳癌またはＴ細胞急性リンパ芽球性白血病から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がトリプルネガティブ乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃腺癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性Ｔ細胞白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道扁平上皮癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が多発性骨髄腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性骨髄性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸腺癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵臓癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がＴ細胞急性リンパ芽球性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、大細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、肺小細胞癌、肺大細胞癌、または気管支肺胞腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、急性リンパ芽球性Ｂ細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、形質細胞骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、急性転化期慢性骨髄性白血病から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、腸癌、腸腺癌、上部消化管の扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、胃癌、胃印鑑腺癌、胃の腺癌または腺扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、卵巣癌、卵巣類内膜癌、卵巣明細胞癌、卵巣腺癌、子宮内膜癌、子宮内膜腺癌、前立腺癌、または前立腺腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。

[0075] 別の態様は、癌患者が皮膚癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が甲状腺癌または甲状腺濾胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、乳癌または乳管癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、肝臓癌または肝細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、中枢神経系癌、星細胞腫グレードＩＶまたは神経膠肉腫から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が骨癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、腎臓癌、明細胞腎細胞癌、腎細胞癌、尿路癌または尿路移行細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌が、先行治療後に再発したもの、先行療法に対して抵抗性のもの、または先行療法に対して後天的に耐性であるものである方法を提供する。

[0076] 別の態様は、それを必要とする癌患者において腫瘍開始細胞頻度を低減する方法であって、次の構造を有する化合物、またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。別の態様は、腫瘍開始細胞頻度が約１．５倍～約１００倍低減する方法を提供する。別の態様は、腫瘍開始細胞頻度が約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、約５．０倍、約６．０倍、約７．０倍、約８．０倍、約９．０倍、または約１０倍低減する方法を提供する。別の態様は、腫瘍開始細胞頻度が約１００細胞に１個～約１０，０００細胞に１個の頻度に低減する方法を提供する。別の態様は、腫瘍開始細胞頻度が、約１００細胞に１個、約２００細胞に１個、約３００細胞に１個、約４００細胞に１個、約５００細胞に１個、約６００細胞に１個、約７００細胞に１個、約８００細胞に１個、約９００細胞に１個、約１、０００細胞に１個、約１，２００細胞に１個、約１，４００細胞に１個、約１，６００細胞に１個、約１，８００細胞に１個、約２，０００細胞に１個、約３，０００細胞に１個、約４，０００細胞に１個、約５，０００細胞に１個、約６，０００細胞に１個、約７，０００細胞に１個、約８，０００細胞に１個、約９，０００細胞に１個または約１０，０００細胞に１個の頻度まで低減する方法を提供する。別の態様は、腫瘍開始細胞頻度が、約２００細胞に１個、約３００細胞に１個、約４００細胞に１個、約５００細胞に１個、約６００細胞に１個、約７００細胞に１個、約８００細胞に１個、約９００細胞に１個、約１，０００細胞に１個、または約１，２００細胞に１個の頻度まで低減する方法を提供する。別の態様は、癌患者が、結腸直腸癌、食道癌、トリプルネガティブ乳癌、胃癌、リンパ腫、胃腺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫、急性Ｔ細胞白血病、食道扁平上皮癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、膵癌、乳癌、またはＴ細胞急性リンパ芽球性白血病から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がトリプルネガティブ乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性Ｔ細胞白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道扁平上皮癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が多発性骨髄腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性骨髄性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸腺癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵臓癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がＴ細胞急性リンパ芽球性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、大細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、肺小細胞癌、肺大細胞癌、または気管支肺胞腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、急性リンパ芽球性Ｂ細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、形質細胞骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、急性転化期慢性骨髄性白血病から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、腸癌、腸腺癌、上部消化管の扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、胃癌、胃印鑑腺癌、胃の腺癌、または腺扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、卵巣癌、卵巣類内膜癌、卵巣明細胞癌、卵巣腺癌、子宮内膜癌、子宮内膜腺癌、前立腺癌、または前立腺腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。

[0077] 別の態様は、癌患者が皮膚癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が甲状腺癌または甲状腺濾胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、乳癌または乳管癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、肝臓癌または肝細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、中枢神経系癌、星細胞腫グレードＩＶ、または神経膠肉腫から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が骨癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、腎臓癌、明細胞腎細胞癌、腎細胞癌、尿路癌または尿路移行細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌が、先行療法後に再発し、先行療法に抵抗性、または先行療法に対して後天的耐性である方法を提供する。

[0078] 別の態様は、それを必要とする癌患者において癌幹細胞を阻害する方法であって、次の構造を有する化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を個体に投与することを含む方法を提供する：

。別の態様は、癌患者が、結腸直腸癌、食道癌、トリプルネガティブ乳癌、胃癌、リンパ腫、胃腺癌、びまん性大細胞型B細胞非ホジキンリンパ腫、急性T細胞白血病、食道扁平上皮癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、膵癌、乳癌またはＴ細胞急性リンパ芽球性白血病から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がトリプルネガティブ乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が胃腺癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性Ｔ細胞白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が食道扁平上皮癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が多発性骨髄腫と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が急性骨髄性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸腺癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が結腸直腸癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵臓癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が膵癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が乳癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者がＴ細胞急性リンパ芽球性白血病と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、大細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、肺小細胞癌、肺大細胞癌、または気管支肺胞腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、急性リンパ芽球性Ｂ細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、形質細胞骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、急性転化期慢性骨髄性白血病から選択される癌と診断されている方法を提供する。

別の態様は、癌患者が、腸癌、腸腺癌、上部消化管の扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、胃癌、胃印鑑腺癌、胃の腺癌、または腺扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、卵巣癌、卵巣類内膜癌、卵巣明細胞癌、卵巣腺癌、子宮内膜癌、子宮内膜腺癌、前立腺癌、または前立腺腺癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。
[0079] 別の態様は、癌患者が皮膚癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が甲状腺癌または甲状腺濾胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、乳癌または乳管癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、肝臓癌または肝細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、中枢神経系癌、星細胞腫グレードＩＶまたは神経膠肉腫から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が骨癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌患者が、腎臓癌、明細胞腎細胞癌、腎細胞癌、尿路癌または尿路移行細胞癌から選択される癌と診断されている方法を提供する。別の態様は、癌が、先行療法後に再発したもの、先行療法に抵抗性のもの、または先行療法に後天的耐性であるものである方法を提供する。

マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）の状態
[0080] マイクロサテライト（ＭＳ）は、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）または単純配列反復（ＳＳＲ）とも呼ばれ、１～６ヌクレオチドの反復配列からなる（例えば、Garrido-Ramos (2017) Genes 8(9):230参照）。ＭＳの分布特徴は、１５～６５ヌクレオチドの小さなサテライトＤＮＡのタンデムリピートとは異なる。ＭＳＩの頻度によって、それは、３タイプに区別されることができる：高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）、低マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｌ）およびマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）(例えばLi, et al., (2020) Cancer Cell International 20:16参照）。腫瘍細胞におけるミスマッチ修復（ＭＭＲ）遺伝子の欠損または複製修復の過程における欠陥のために、高マイクロサテライト不安定性の（ＭＳＩ－Ｈ）腫瘍を有する患者は処置に対してより高い感受性を示し、免疫療法から利益を得る可能性がある。

[0081] 本明細書で提供される方法の特定の態様において、方法は、癌患者の高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を決定することをさらに含む。本明細書で提供される方法の特定の態様において、方法は、さらに癌患者が高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）と診断されるかどうかを決定することを含む。

[0082] 本明細書で提供される方法の特定の態様では、癌患者は、高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を有すると決定されている。本明細書で提供される方法の特定の態様では、癌患者は、高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）の癌を有すると診断されている。

[0083] 別の態様は、（ａ）癌患者の高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を決定する工程、および（ｂ）癌患者がＭＳＩ－Ｈ癌患者であると決定された場合、療法上有効量の化合物１、またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を癌患者に投与する工程を含む、それを必要とする癌患者において癌を処置する方法を提供する。一部の態様において、癌患者は、結腸直腸癌と診断されている。一部の態様において、癌患者は、ＭＳＩ－Ｈ状態を有する結腸直腸癌と診断されている。

[0084] 別の態様は、ＭＳＩ－Ｈ癌患者であると決定された患者に、療法上有効量の化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を投与することを含む、それを必要とする癌患者において高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を有する癌を処置する方法を提供する。一部の態様において、癌患者は、結腸直腸癌と診断されている。

[0085] 別の態様は、高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）癌患者を処置する方法であって、療法上有効量の化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物をＭＳＩ－Ｈ癌患者であると決定された患者に投与することを含む方法を提供する。ある態様において、癌患者は結腸直腸癌と診断されている。

[0086] 別の態様は、それを必要とする癌患者において腫瘍原性細胞集団を低減する方法であって、（ａ）癌患者の高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を決定する工程、および（ｂ）ＭＳＩ－Ｈ癌患者であると決定された患者に、療法上有効量の化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を投与する工程を含む方法を提供する。ある態様において、癌患者は、結腸直腸癌と診断されている。ある態様において、癌患者は、ＭＳＩ－Ｈ状態を有する結腸直腸癌と診断されている。

[0087] 別の態様は、それを必要とする癌患者において腫瘍開始細胞頻度を低減する方法であって、（ａ）癌患者の高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を決定する工程、および（ｂ）ＭＳＩ－Ｈ癌患者であると決定された患者に療法上有効量の化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を投与する工程を含む方法を提供する。一部の態様において、癌患者は、結腸直腸癌と診断されている。ある態様において、癌患者は、ＭＳＩ－Ｈ状態を有する結腸直腸癌と診断されている。

[0088] 別の態様は、それを必要とする癌患者において癌幹細胞を阻害する方法であって、（ａ）癌患者の高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を決定する工程、および（ｂ）ＭＳＩ－Ｈ癌患者であると決定された患者に、療法上有効量の化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を投与する工程を含む方法を提供する。一部の態様において、癌患者は結腸直腸癌と診断されている。一部の態様において、癌患者は、ＭＳＩ－Ｈ状態を有する結腸直腸癌と診断されている。
［００８９］ マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）の状態は、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、蛍光マルチプレックスポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、単一分子分子反転プローブ（ｓｍＭＩＰ）、およびＭＳＩ計算（例えば、ＭＡＮＴＩＳ）を含むがそれらに限定されない当業者に既知の方法を使用して検出または決定されることができる。一態様において、ＭＳＩ－Ｈ状態は、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）によって決定される。別の態様において、ＭＳＩ－Ｈ状態は、蛍光マルチプレックスＰＣＲによって決定される。さらに別の態様において、ＭＳＩ－Ｈ状態は、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）によって決定される。さらに別の態様において、ＭＳＩ－Ｈ状態は、免疫組織化学（ＩＨＣ）によって決定される。さらに別の態様において、ＭＳＩ－Ｈ状態は、単一分子分子反転プローブ（ｓｍＭＩＰ）によって決定される。さらに別の態様において、ＭＳＩ－Ｈ状態は、ＭＳＩ計算によって決定される。

[0090] 特定の態様において、ＭＳＩ－Ｈは、ＢＡＴ－２５、ＢＡＴ－２６、Ｄ２Ｓ１２３、Ｄ５Ｓ３４６およびＤ１７Ｓ２５０からなる群から選択される２つ以上の反復遺伝子座マイクロサテライトマーカーを有する。特定の態様において、癌患者は、癌患者がＢＡＴ－２５、ＢＡＴ－２６、Ｄ２Ｓ１２３、Ｄ５Ｓ３４６およびＤ１７Ｓ２５０からなる群より選択される２つ以上の反復遺伝子座マイクロサテライトマーカーを有すると決定される場合に、ＭＳＩ－Ｈ状態を有すると決定される。

バイオマーカーおよびその使用方法
[0091] 本明細書で提供される方法は、部分的には、化合物処理の際の特定のバイオマーカーの検出可能な増加または減少が、所与の処置、例えば、以下の構造を有する化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物に応答する癌（例えば、結腸直腸癌）の細胞培養物およびオルガノイドにおいて観察され：

そしてこれらのバイオマーカーのレベルが処置に対する患者の応答性を予測するために使用され得るという所見に基づく。
[0092] “生物学的マーカー”または“バイオマーカー”は、その変化および／または検出が特定の生物学的状態を示す物質である。ある態様において、その指標は、所与の処置（例えば化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物）に対する疾患、例えば癌（例えば結腸直腸癌）の応答性である。

[0093] 実施例に記載され、図に示されるように、特定のタンパク質および／またはｍＲＮＡのレベルは、化合物１に応答して変化する。これらのバイオマーカーは、ＰＮＵＴＳ（ＰＰＰ１Ｒ１０）、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１およびＣＥＣＲ１を含む。本明細書で提供されるバイオマーカーの各々は、それらの様々なイソ型、リン酸化形態、切断形態、修飾形態およびスプライシングバリアントを含む。一部の態様において、これらのバイオマーカーのイソ型、リン酸化形態、切断形態、修飾形態および／またはスプライシングバリアントのレベルは、化合物処置に応答して増加または減少し、従ってバイオマーカーのこれらのイソ型、リン酸化形態、切断形態、修飾形態および／またはスプライシングバリアントは患者の応答を予測するために使用され得る。

[0094] 一側面において、本明細書において、処置化合物に応答する可能性が高い癌を有する癌患者を同定する方法であって、以下の工程：（ａ）患者に処置化合物を投与し；（ｂ）患者から試料を得て；（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを決定し；そして（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルと異なる場合、患者を処置化合物に応答する可能性が高いと診断する；を含み、処置化合物が、化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物である方法を提供する。一態様において、バイオマーカーは、ＰＮＵＴＳである。

[0095] 別の側面において、本明細書において、処置化合物に応答する可能性が高い癌を有する癌患者を同定する方法であって、以下の工程：（ａ）患者から試料を得て；（ｂ）試料に処置化合物を投与し：（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルを決定し；そして（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルと異なる場合、患者を処置化合物に応答する可能性が高いと診断する；を含み、処置化合物が、化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物である方法を提供する。一態様において、バイオマーカーは、ＰＮＵＴＳである。

[0096] 本明細書で提供される方法の一部の態様において、処置化合物を癌患者からの試料に投与することは、インビトロで実施される。他の態様において、処置化合物を癌を有する患者からの試料に投与することは、インビボで実施される。特定の態様において、試料は、細胞である。一態様において、細胞は、ある期間の間、例えば５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、もしくは５５分、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、もしくは２４時間、または２、３、もしくはより多い日数、処置化合物と接触させられる。他の態様において、細胞は、別の癌患者から得られる。

[0097] ある態様において、患者の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも高い。他の態様において、患者の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも低い。

[0098] さらに別の側面において、癌患者の処置化合物に対する応答性を予測する方法であって、以下の工程：（ａ）処置化合物を患者に投与し；（ｂ）患者から試料を得て：（ｃ）試料中のＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルを決定し；（ｄ）試料中のＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルが参照試料から得られたＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルと異なる場合、処置化合物による癌の処置に応答する可能性が高いと患者を診断する；を含み、処置化合物が化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物である方法が、本明細書において提供される。一態様において、バイオマーカーはＰＮＵＴＳである。

[0099] さらに別の側面において、本明細書において、癌患者の処置化合物に対する応答性を予測する方法であって、以下の工程：（ａ）患者から試料を得て；（ｂ）試料に処置化合物を投与し；（ｃ）試料中のＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルを決定し；そして（ｄ）試料中のＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルが参照試料から得られたＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルと異なる場合、患者を処置化合物を用いた癌の処置に応答性である可能性が高いと診断する；を含み、処置化合物が化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物である方法が提供される。一態様において、ＰＮＵＴＳのレベルが決定され、比較される。

[00100] さらに別の側面において、本明細書において、処置化合物による対象における癌の処置の有効性をモニタリングする方法であって、以下の工程：（ａ）患者に処置化合物を投与し；（ｂ）患者から試料を得て；（ｃ）試料中のＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１、またはＣＥＣＲ１のレベルを決定し；（ｄ）試料中のＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルが、参照試料から得られたＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１、またはＣＥＣＲ１のレベルと異なる場合、処置化合物による癌の治療に反応する可能性が高いと患者を診断する：を含み、処置化合物が化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物である方法が提供される。ある態様において、参照と比較したバイオマーカーのレベルの変化は、患者のがんを処置する際の処置化合物の有効性を示す。一態様において、バイオマーカーのレベルの増加は、患者における癌の処置における処置化合物の有効性を示す。別の態様において、バイオマーカーのレベルの低下は、患者における癌の治療における処置化合物の有効性を示す。一態様において、ＰＮＵＴＳのレベルが決定され、比較される。

[00101] 特定の態様において、癌患者が処置化合物に応答性である可能性が高いと診断された場合、本明細書に提供される方法は、療法上有効量の処置化合物を患者に投与することをさらに含む。

[00102] 別の側面において、以下の工程：（ａ）癌を有する患者から試料を得て；（ｂ）試料中のバイオマーカーのレベルを決定し；（ｃ）試料中のバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの参照レベルと異なる場合、患者を処置化合物に応答する可能性が高いと診断し；そして（ｄ）療法上有効量の処置化合物を患者に投与する；を含み、処置化合物が、化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物である方法が、本明細書において提供される。

[00103] ある態様において、患者の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも高い。他の態様において、患者の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも低い。

[00104] 本明細書で提供される様々な方法のある態様において、処置化合物が、処置化合物に応答する可能性が高い患者に投与される。また、本明細書において、癌に関して以前に処置されたが、標準療法に対して非応答性である患者、ならびに以前に処置されていない患者を処置する方法も提供される。本発明はまた、患者の年齢にかかわらず患者を処置する方法を包含するが、一部の疾患または障害は特定の年齢群においてより一般的である。本発明はさらに、問題の疾患または病気を処置しようとして手術を受けた患者、ならびに受けていない患者を処置する方法を包含する。癌を有する患者は不均一な臨床症状および様々な臨床転帰を有するので、患者に与えられる処置は彼の／彼女の予後に応じて変化し得る。熟練した臨床医は、過度の実験を行うことなく、特定の二次薬剤、手術のタイプおよび癌を有する個々の患者を処置するために効果的に使用されることができる非薬物ベースの標準療法のタイプを容易に決定することができるであろう。

[00105] 実施例に示されるように、特定のバイオマーカー、例えばＰＮＵＴＳ(ＰＰＰ１Ｒ１０）、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１およびＣＥＣＲ１のレベルは、化合物１処置に応答して変化する。従って、一部の態様において、バイオマーカーは、ＰＮＵＴＳ(ＰＰＰ１Ｒ１０）、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１およびＣＥＣＲ１からなる群から選択される。一態様において、バイオマーカーは、ＰＮＵＴＳ(ＰＰＰ１Ｒ１０）である。別の態様において、バイオマーカーは、ＡＮＫ１である。さらに別の態様において、バイオマーカーはＩＢＡ５７である。さらに別の態様において、バイオマーカーは、ＳＯＷＡＨＤである。さらに別の態様において、バイオマーカーは、ＭＦ１２－ＡＳ１である。さらに別の態様において、バイオマーカーは、ＣＥＣＲ１である。

[00106] 本明細書で提供される様々な方法のある態様において、バイオマーカーは、ＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１またはＩＢＡ５７であり、ここで、ＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１またはＩＢＡ５７のレベルは、化合物１処置に応答して参照と比較して減少する。本明細書で提供される様々な方法のある態様において、バイオマーカーは、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１であり、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１またはＣＥＣＲ１のレベルは、化合物１処置に応答して参照と比較して増加する。

[00107] 特定の態様において、本明細書で提供される様々な方法は、対象または個体（例えば患者）由来の試料（例えば生物学的試料）を使用する。患者は、癌（例えば結腸直腸癌）を有する患者のような患者であり得る。患者は、男性または女性であり得、成人、子供または乳児であり得る。試料は、癌（例えば、結腸直腸癌）の活動期の間の時、または癌（例えば、結腸直腸癌）が不活性である時に分析されることができる。特定の態様において、患者から１つより多くの試料を得ることができる。
[00108] ある態様において、本方法で使用される試料は、生検（例えば腫瘍生検）を含む。生検は、あらゆる器官または組織、例えば皮膚、肝臓、肺、心臓、結腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、乳房または他の器官に由来し得る。当業者に既知のあらゆる生検技法、例えば、開放生検、閉鎖生検、コア生検、切開生検、切除生検、または細針吸引生検が、対象から試料を単離するために使用され得る。

[00109] 一態様において、本明細書で提供される方法で使用される試料は、患者が疾患または障害に関する処置を受ける前に、患者から得られる。別の態様において、試料は、患者が疾患または障害に関する処置を受けている間に患者から得られる。別の態様において、試料は、患者が疾患または障害に関する処置を受けた後に患者から得られる。様々な態様において、処置は、化合物１を患者に投与することを含む。

[00110] 特定の態様において、本明細書で提供される方法で使用される試料は、癌（例えば結腸直腸癌）細胞のような複数の細胞を含む。そのような細胞は、あらゆるタイプの細胞、例えば幹細胞、血液細胞（例えば末梢血単核球（ＰＢＭＣ））、リンパ球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球、免疫細胞または癌細胞を含むことができる。

医薬組成物
[00111] 特定の態様において、本明細書に記載の複素環式ＫＤＭ４阻害剤は、純粋な化学物質として投与される。他の態様において、本明細書に記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤は、選択された投与経路および標準的な医薬的実践に基づいて選択される、医薬的に適切なまたは許容可能なキャリヤー（本明細書において、医薬的に適切なもしくは許容可能な賦形剤、生理学的に適切なもしくは許容可能な賦形剤、または生理学的に適切なもしくは許容可能なキャリヤーとも呼ばれる）と組み合わせられる。

[00112] 本明細書で記載される複素環式ＫＤＭ４阻害剤またはその立体異性体、医薬的に許容可能な塩、水和物、もしくは溶媒和物を１以上の医薬的に許容可能なキャリヤーと一緒に含む医薬組成物が、本明細書において提供される。キャリヤー（単数または複数）（または賦形剤（単数または複数））は、キャリヤーが組成物の他の成分と適合性であり、組成物のレシピエント（すなわち、対象または患者）に有害でない場合、許容可能であるかまたは適切である。

[00113] 一態様は、本明細書に記載の複素環式ＫＤＭ４阻害剤またはその立体異性体、医薬的に許容可能な塩、水和物もしくは溶媒和物および医薬的に許容可能なキャリヤーを混合することを含む、医薬組成物を調製する方法を提供する。

[00114] 本明細書において、医薬組成物が経口投与される方法が提供される。適切な経口剤形は、例えば錠剤、丸剤、サシェ剤、または硬もしくは軟ゼラチン、メチルセルロースのカプセル、または消化管において容易に溶解する別の適切な材料のカプセルを含む。ある態様において、例えば、医薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルク、セルロース、グルコース、スクロース、炭酸マグネシウム等を含む適切な非毒性固体キャリヤーが使用される（例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy(Gennaro, 第２１版 Mack Pub. Co., Easton, PA(2005）参照）。

[00115] 本明細書において、医薬組成物が注射によって投与される方法が提供される。ある態様において、本明細書に記載の複素環式ＫＤＭ４阻害剤またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物は、注射による投与のために配合される。ある場合において、注射配合物は、水性配合物である。ある場合において、注射配合物は、非水性配合物である。ある場合において、注射配合物は、ゴマ油等のような油ベースの配合物である。

[00116] 本明細書に記載の複素環式ＫＤＭ４阻害剤、またはその立体異性体、医薬的に許容可能な塩、水和物もしくは溶媒和物を含む組成物の用量は、対象または患者（例えばヒト）の状態に応じて異なる。ある態様において、そのような因子は、一般的な健康状態、年齢および他の因子を含む。医薬組成物は、処置（または予防）されるべき疾患に適切な様式で投与される。投与の適切な用量ならびに適切な期間および頻度は、患者の状態、患者の疾患のタイプおよび重症度、有効成分の特定の形態ならびに投与方法のような因子によって決定されるであろう。一般に、適切な用量および処置レジメンは、療法的および／または予防的利益（例えばより頻繁な完全寛解もしくは部分寛解、またはより長い無病および／もしくは全生存、または症状重症度の低下のような改善された臨床転帰）を提供するのに十分な量の組成物（単数または複数）を提供する。最適用量は、一般に実験モデルおよび／または臨床試験を用いて決定される。最適な用量は、患者の体重、重量または血液量に依存する。

実施例

[00117] これらの実施例は、例示のみを目的として提供され、本明細書に提供される特許請求の範囲を限定するものではない。
背景
[00118] ヒストンリジン脱メチル化酵素のＫＤＭ４ファミリーは、４つの主要なイソ型（ＫＤＭ４Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ）からなり、その全てが、重要な発癌駆動因子として同定されている。それらは、後成的な調節因子として機能し、ヒストンＨ３Ｋ９およびヒストンＨ３Ｋ３６上のメチルマークの除去を介して転写的に抑制されたクロマチン状態および活性なクロマチン状態の間の移行を制御する。ＫＤＭ４イソ型は、様々な癌における後成的な調節不全において重要な役割を果たし、より侵襲性の疾患およびより不良な臨床転帰と関連している。機能的冗長性および交差活性が、ＫＤＭ４ファミリーメンバーにわたって観察されており、１つのイソ型の選択的阻害は効果的でないようである。化合物１は、ＫＤＭ４の複数のイソ型を同時に標的とするＫＤＭ４の汎阻害剤である。

実施例１：化合物１のＫＤＭ４阻害活性
[00119] 図１は、強力な汎ＫＤＭ４阻害剤である化合物１の生化学的活性を図説する。図２は、Ｈ３Ｋ９ｍｅ３脱メチル化の可逆的かつ競合的阻害を図説する。図３は、化合物１がＳ期において細胞周期停止を誘導することを図説する。図４は、化合物１がヒト癌細胞株においてアポトーシスを誘導することを実証する。ＰＣＴ特許公開国際公開第２０１５／２００７０９号および関連する特許出願および付与された特許、例えば米国特許第９，２４２，９６８号も参照、それらはそのまま参照により援用される。

実施例２ａ：化合物１は、細胞培養およびオルガノイドモデルにおいて細胞増殖を阻害する
[00120] 化合物１を、複数の癌細胞株および患者由来オルガノイドモデルにおけるインビトロ細胞増殖アッセイ（ＢｒｄＵアッセイ、ＭＴＳアッセイ、またはＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ（ＣＴＧ）アッセイ）において評価して、最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）を決定した。

[00121] 生存度およびＢｒｄＵチミジン組み込みアッセイを、増殖培地中に細胞を播種したマルチウェルプレートで実施した。播種後、マルチウェルプレートを３７℃の加湿したインキュベーターで２４時間培養し、接着を促進した。アッセイは、陰性対照としてのＤＭＳＯまたは陽性対照としての≧１００×ＩＣ５０濃度の阻害剤パノビノスタットまたは系列希釈した化合物１のいずれかを添加することによって、個々の試験ウェルにおいて開始された。培養物を１６８時間インキュベートし、その後、各試験ウェル中の生存細胞の数またはチミジン組み込み量を、上記で示した方法によって評価した。読み出しは、ＥｎＶｉｓｉｏｎ（登録商標)マルチラベルリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、マサチューセッツ州ウォルサム）を用いて実施し、結果を陰性対照のパーセントとして表した。対照値のパーセントを、対応する化合物１濃度に対してプロットし、相対ＩＣ５０値を、阻害が最大の半分である濃度として、非線形回帰曲線から決定した。ＩＣ５０決定の数が１を超えた細胞株に関して、ＩＣ５０を平均ＩＣ５０±ＳＤとして表した。

[00122] 細胞増殖の化合物１阻害に関する最大半量阻害濃度（ＩＣ５０）値を、９つの癌細胞株および１つの正常ヒト線維芽細胞株に関して決定した。表１に示されるように、ＩＭＲ－９０、正常ヒト線維芽細胞株、およびヒト乳癌株であるＺＲ７５－１を除いて、１６８時間の化合物１処置はパネルにわたって強力な抗増殖活性を示し、それは、固形癌細胞株および血液癌細胞株の両方を含んだ。化合物１は、８種の固形および血液癌細胞株：Ｊｕｒｋａｔ、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１、ＫＹＳＥ－１５０、ＭＭ．１ｓ、ＨＬ－６０、ＨＴ－２９、ＭＣＦ－７およびＬｏｕｃｙに関して強力な抗増殖活性（＜０．０４０μＭ）を示した。

[00123] 化合物１のコロニー形成の阻害および生存度に関するＩＣ_５０値は、患者由来の結腸癌オルガノイドモデル：ＳＵ６０、Ｔ００２Ｃ、ＳＵ６２、ＳＵ３４、ＳＵ１０３、Ｔ０３５ＣおよびＳＵ１０６、患者由来の膵臓癌オルガノイドモデルＰＡ１６５Ｆ、ＰＡ０１４３Ｆ、Ｔ０１６ＰおよびＴ０２８Ｐ、ならびに患者由来の乳癌オルガノイドモデルＦＳ５３に関して決定された。

[00124] コロニー形成および生存度アッセイを、Ｍａｔｒｉｇｅｌ層、所定のセットの成長因子を含有する培地およびＷｎｔ３Ａ分泌マウス胚性線維芽細胞との共培養からなるインビトロ培養系を用いて、オルガノイドを播種したマルチウェルプレートにおいて実施した。アッセイは、陰性対照としてＤＭＳＯまたはまたは陽性対照として≧１００×ＩＣ５０濃度の阻害剤パノビノスタットまたは系列希釈した化合物１のいずれかを添加することによって開始された。培養物を１６８または１４４時間インキュベートし、その後、各試験ウェル中の生存オルガノイドの数を、２つの検出方法：ＣＴＧまたはカルセイン－ＡＭでの染色、その後のイメージングおよびコロニー計数の１つを用いてそれぞれ評価した。化合物１で処理した細胞のコロニー数または生存度を、陰性対照のパーセントとして表した。対照値の集計された（Ａｇｇｒｅｇａｔｅｄ）パーセントを対応する化合物１濃度に対してプロットし、絶対ＩＣ５０値を、阻害が対照の５０％である濃度として非線形回帰曲線から決定した。

[00125] 表２に示されるように、化合物１処置は、結腸直腸癌モデルＳＵ６０、Ｔ００２Ｃ、およびＳＵ６２に関してサブマイクロモル濃度の抗増殖活性を示し、ＩＣ５０値＜０．１５Ｍをもたらした。化合物１処置はまた、ＰＡ１６５Ｆ膵臓癌モデルに関して強力な抗増殖活性を示し、ＩＣ５０値＜０．０３Ｍをもたらした。ＳＵ３４、ＳＵ１０３、Ｔ０３５ＣおよびＳＵ１０６結腸直腸癌モデルならびに膵臓癌モデルＰＡ１４３Ｆ、Ｔ０１６ＰおよびＴ０２８Ｐは、これらのコロニー形成および生存度アッセイにおいて、化合物１に反応せず、ＩＣ５０値＞１０Ｍであった。化合物１処置後のＦＳ５３ヒト乳癌モデルに関して、１３．６ＭのＩＣ５０値が決定された。２つのＳＵ６０アッセイにわたって集計されたデータに関する代表的な滴定曲線を構築し、図９として示した。

[00126] 図９に示されるように、対照のパーセント＝陰性対照コロニー数に対して正規化された化合物１処置オルガノイドのコロニー数（パーセントとして表される）；２つのＳＵ６０実験からの曲線を合わせたデータ；エラーバーは、２つの独立した実験に関する±ＳＤである。コロニー形成阻害アッセイを、ＳＵ６０オルガノイドを播種したマルチウェルプレートで実施した。培養物を１６８時間インキュベートし、その後カルセインＡＭで染色し、続いてイメージングおよびコロニー計数によりコロニー数を評価した。コロニー数を陰性対照のパーセントとして表し、集計された対照値のパーセントを対応する化合物１濃度に対してプロットした。非線形回帰を用いて曲線を当てはめた。

実施例２ｂ：癌細胞株パネルにおける化合物１の評価
[00127] より大規模なスクリーニング研究において、化合物１を、異なる腫瘍型からの３０１の癌細胞株からなる広範な癌細胞株パネル（ＯｎｃｏＰａｎｅｌ；ＨＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）にわたって評価した。

[00128] ２Ｄ細胞生存度阻害アッセイを、パネルからの細胞を播種したマルチウェルプレートで実施した。播種後、プレートを３７℃の加湿インキュベーター中で一夜培養し、接着を促進した。アッセイは、ビヒクル対照としてのＤＭＳＯ、ブランクとしての増殖培地または系列希釈した化合物１（１：３系列希釈で１０μＭ～０．０００５μＭ）のいずれかを添加することによって、個々のウェルにおいて開始された。培養物を１６８時間インキュベートし、その後、各試験ウェル中の生存細胞の数を、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）発光細胞生存度アッセイを用いて評価した。発光読み出しを、ＥｎＶｉｓｉｏｎ（登録商標）マルチラベルリーダーを用いて実施し、化合物１の読み出しを、ＤＭＳＯ対照読み出しに対して正規化し、対照のパーセントとして表した。外れ値は、目視検査によってフラグアウトされた（ｆｌａｇｇｅｄ ｏｕｔ）。対照のパーセントを、対応する化合物１濃度に対してプロットし、絶対ＩＣ５０値を、４パラメーターロジスティック非線形回帰を用いて、阻害が対照の５０％である濃度として決定した。最大阻害＜５０％に関して、絶対ＩＣ５０は＞１０と報告された。ＥＣ５０およびＩＣ５０に加えて、ＡＵＣを決定し、理論的な阻害なしに対応する面積（化合物用量範囲によって定義される矩形面積、およびｙにおける０～１００）に対して正規化した。Ｅｍａｘは、化合物用量範囲でｙの最小値として記録した。Ｅｍａｘ＞４０の細胞株に関して、ＥＣ５０を手動で１０μＭに設定した。Ｒ ｈｃｌｕｓｔ関数で実施した正規化入力値および“Ｗａｒｄ．Ｄ”法の間のユークリッド距離に基づく階層的クラスタリングアルゴリズムを用いて、化合物１の細胞効力データを可視化した。各細胞株に関する感受性／中程度／耐性コールを、得られたクラスター化デンドログラムを視覚的に検査することによって決定した。すべての分析はＲ Ｃｏｒｅ Ｔｅａｍで行った。

[00129] 結果は、化合物１が癌細胞株の増殖を強力に阻害し、＜５００ｐＭ～＞１０μＭの範囲の絶対ＩＣ_５０値で高度に選択的な効力プロファイルを示すことを実証した。３０１株のうち、２０９株は化合物１により１μＭ未満のＩＣ_５０値で阻害されたが、８９株は１０μＭより大きいＩＣ_５０値で非感受性であった。表３は、全３０１細胞株に関する結果を提供する。

実施例３：異種移植片モデルにおける抗増殖活性の決定
[00130] 化合物１の療法的インビボ有効性を、ＳＵ６０結腸直腸癌、ＫＹＳＥ－１５０食道癌、ＣＯＨ７０トリプルネガティブ乳癌、ＧＸＡ－３０３６胃腺癌およびＯＣＩ－ＬＹ１９びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫異種移植片モデルにおいて評価した。全ての研究において、有効性は、対照動物および処置動物の間のＴＧＩ分析の日におけるパーセント腫瘍増殖阻害（ＴＧＩ）、平均腫瘍増殖の差および正味腫瘍体積分布における差の統計学的評価に基づいて決定された。耐容性は、試験過程にわたる対照動物および処置動物の間の平均体重の差に基づいて評価された。

Ａ．ＳＵ６０患者由来結腸直腸癌異種移植片モデルにおける化合物１のインビボでの有効性
[00131] ５０％ポリエチレングリコール４００（ＰＥＧ ４００）および５０％ ＰＢＳ（ｐＨ ９）で構成されたビヒクル中で遊離酸形態として経口投与された化合物１のインビボ療法的有効性および耐容性を、雌の非肥満糖尿病／重症複合免疫不全（ＮＯＤ／ＳＣＩＤ）ガンマ（ＮＳＧ）マウスにおいて確立されたＳＵ６０ ＣＲＣ ＰＤＸモデルにおいて評価した。各マウスに、Ｍａｔｒｉｇｅｌに懸濁させた２×１０６個のＳＵ６０腫瘍細胞（０．１ｍｌ）を腹腔中に皮下接種した。平均腫瘍サイズが約２７０ｍｍ３に達した時点で、試験動物を１群あたり８匹のマウスからなる６群に無作為化し、処置を開始した。対照マウスには、５０％ ＰＥＧ ４００および５０％ ＰＢＳ（ｐＨ ９）ビヒクルＰＯ ＱＤ ×７を与えた。処置マウスには、ビヒクルＰＯ中の化合物１を、２０または１０ｍｇ／ｋｇ ＱＤ ×７で、２０ｍｇ／ｋｇ ＱＯＤで、２３ｍｇ／ｋｇ ３オン／４オフで、または１４ｍｇ／ｋｇ ５オン／２オフで与えた。ＴＧＩは、１９日目に（１－Ｄｉｆｆ処置／Ｄｉｆｆ対照）×１００として決定した。処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析の日の平均正味腫瘍体積の差を、一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）とそれに続くダネットの多重比較検定を用いて統計学的に評価した。調整されたｐ値が示されており、ここで、計算された確率（ｐ）≦０．０５が統計的に有意であると見なされた。個々の腫瘍を、カリパスを用いて週２回、二次元で測定し、ｍｍ３での腫瘍体積（ＴＶ）を、式：ＴＶ＝０．５（ｌ×ｗ×ｈ）（式中、ｌ、ｗおよびｈは、それぞれｍｍでの腫瘍長、幅および高さである）を用いて計算した；平均腫瘍体積±平均の標準誤差（ＳＥＭ）を計算し、投与日数に対してプロットした（図１０左パネル）。体重を週２回測定した。体重±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（図１０右パネル）。

[00132] 表４に示されるように、５つの化合物１レジメンは全て、処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析の日における平均正味腫瘍体積の差の統計的評価に基づいて、有意に有効であった（ｐ＜０．００５）。２０または１０ｍｇ／ｋｇの化合物１を１日１回、７日間（ＱＤ×７）投与すると、７１％および４８％の用量依存性ＴＧＩが得られた。最適な間欠的投与スケジュールを確認するために、ＱＤ×７、２日に１回（ＱＯＤ）、３日間の１日１回の投与後４日間投与なしを試験終了まで反復（３オン／４オフ）、および５オン／２オフの４つの化合物１投与レジメンを同様の毎週投与レベル（６９～７０ｍｇ／ｋｇ／週）で試験した。３オン／４オフおよび５オン／２オフの間欠的スケジュールは、ＱＤ×７と同様の腫瘍増殖応答をもたらした（５２％および４２％対４８%ＴＧＩ）。ＱＯＤ投与された２０ｍｇ／ｋｇの化合物１は、２９％のＴＧＩをもたらす最も有効性の低いレジメンであった。

[00133] 図１０（左パネル）に示されるように、化合物１処置群における腫瘍増殖は、対照動物と比較して低減した。様々な化合物１処置群の間の腫瘍増殖の相対速度は、研究終了時に達成されたＴＧＩと一致した。図１０（右パネル）に示されるように、化合物１は、試験の経過にわたって名目上の平均体重変化で十分に耐容されたように見えた。

Ｂ．ＫＹＳＥ－１５０ヒト食道癌細胞株異種移植片モデルにおける化合物１のインビボ有効性
[00134] 試験番号１－１０％のＰＥＧ４００および９０％の０．５％メチルセルロース（ＭＣ）で構成されるビヒクル中に懸濁されたリジン塩として経口投与された化合物１のインビボ療法的有効性および耐容性を、雌ＮＳＧマウスにおいて確立されたＫＹＳＥ－１５０ ＥＳＣＣ ＣＤＸモデルにおいて評価した。表５に示されるように、３オン／４オフスケジュールで投与された５、１５、または５０ｍｇ／ｋｇ（遊離酸当量）の化合物４は、それぞれ１９％、５０％および７２％の用量依存性ＴＧＩをもたらした。処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析の日の平均正味腫瘍体積の差は、１５および５０ｍｇ／ｋｇでは化合物１に関して有意であったが（ｐ＜０．００１）、５ｍｇ／ｋｇでは有意でなかった（ｐ＞０．０５）。図１１（左パネル）に示すように、化合物１処置群における腫瘍増殖は、対照動物と比較して低減した。様々な化合物１処置群の間の腫瘍増殖の相対速度は、研究終了時に達成されたＴＧＩと一致した。図１１（右パネル）に示されるように、化合物１は、研究の過程にわたって名目上の平均体重増加で十分に耐容されたように見えた。各マウスに、ＰＢＳに懸濁した１×１０７個のＫＹＳＥ－１５０腫瘍細胞（０．１ｍｌ）を右側腹部に皮下接種した。平均腫瘍サイズが約１１７ｍｍ３に達した時、試験動物を１群当たり９匹のマウスからなる４群に無作為化し、処置を開始した。対照マウスには、１０％のＰＥＧ ４００および９０％の０．５％ ＭＣビヒクルをＰＯ ３オン／４オフで与えた。処置マウスに、ビヒクル中に懸濁させた化合物１のリジン塩形態を、同じスケジュールで５、１５、または５０ｍｇ／ｋｇで与えた。ＴＧＩを１９日目に（１－Ｄｉｆｆ処置／Ｄｉｆｆ対照）×１００として決定した；処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析の日の平均正味腫瘍体積の差を、一元配置ＡＮＯＶＡを用いて統計的に評価し、続いてダネットの多重比較検定を行った；計算された確率（ｐ）≦０．０５が統計的に有意であると見なされた調整ｐ値を示す。個々の腫瘍を、カリパスを用いて週２回、３次元で測定し、ｍｍ３での腫瘍体積（ＴＶ）を、式：ＴＶ＝０．５（ｌ×ｗ×ｈ）（式中、ｌ、ｗおよびｈは、それぞれ腫瘍の長さ、幅、および高さ（ｍｍ）である）を用いて計算し；平均腫瘍体積±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（左パネル）。体重を週２回測定した。体重±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（右パネル）。

[00135] 研究＃２－１０％のＰＥＧ４００および９０％の０．５％ ＭＣで構成されるビヒクル中に懸濁されたリジン塩として経口投与された化合物１のインビボ療法有効性および耐容性を、雌ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスにおいて確立されたＫＹＳＥ－１５０ ＥＳＣＣ ＣＤＸモデルにおいて評価した。各マウスに、５０％Ｍａｔｒｉｇｅｌに懸濁した１×１０７個のＫＹＳＥ－１５０腫瘍細胞（０．１ｍｌ）を右側腹部に皮下接種した。平均腫瘍サイズが約１５３ｍｍ３に達した時点で、試験動物を１群あたり８匹のマウスからなる４群に無作為化し、処置を開始した。対照マウスには、１０％のＰＥＧ ４００および９０％の０．５％ ＭＣビヒクルＰＯ ＱＤ×２１を与えた。処置マウスには、ビヒクル中に懸濁させた化合物１のリジン塩形態を、同じスケジュールで１０、１５、または２０ｍｇ／ｋｇで与えた。ＴＧＩは、２１日目に（１－Ｄｉｆｆ処置／Ｄｉｆｆ対照）×１００として決定された。個々の腫瘍を、カリパスを用いて週２回、二次元で測定し、ｍｍ３での腫瘍体積（ＴＶ）を、式：ＴＶ＝０．５ａ×ｂ２（式中、ａおよびｂはそれぞれ、ｍｍ単位の長および短腫瘍直径である）を用いて計算した；平均腫瘍体積±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（図１２左パネル）。体重を週２回測定した。体重±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（図１２右パネル）。

[00136] 処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析日の平均正味腫瘍体積の差を、一元配置ＡＮＯＶＡとそれに続くダネットの多重比較検定を用いて統計的に評価した。調整されたｐ値を示し、ここで、計算された確率（ｐ）≦０．０５が統計的に有意であると見なされる。

[00137] 表６に示されるように、ＱＤ×２１スケジュールで投与された１０、１５または２０ｍｇ/ｋｇ(遊離酸当量）の化合物１は、それぞれ５４％、７６％、および８４％の用量依存性ＴＧＩをもたらした。処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析日の平均正味腫瘍体積の差は、有意であった（ｐ＜０．０２）。

[00138] 図１２（左パネル）に示されるように、化合物１処置群における腫瘍増殖は、対照動物と比較して低減した。様々な化合物１処置群の間の腫瘍増殖の相対速度は、研究終了時に達成されたＴＧＩと一致した。図１２（右パネル）に示されるように、化合物１処置動物は対照動物によって示される体重増加を経験しなかったが、試験の経過にわたって名目上の平均体重変化で十分に耐容されたように見えた。

Ｃ．ＣＯＨ７０患者由来トリプルネガティブ乳癌異種移植片モデルにおける化合物１のインビボでの有効性
[00139] ＰＢＳビヒクル＋２当量のＮａＯＨ（最終ｐＨ１０）中の遊離酸形態として経口投与された化合物１のインビボ療法有効性および耐容性を、雌ＮＳＧマウスにおいて確立されたＣＯＨ７０ ＴＮＢＣ ＰＤＸモデルを用いた用量範囲研究において評価した。各マウスに、Ｍａｔｒｉｇｅｌ中で懸濁した２×１０６個のＣＯＨ７０腫瘍細胞（０．２ｍｌ）を腹腔中に皮下接種した。平均腫瘍サイズが～１０７ｍｍ３に達した時、試験動物を１群あたり９匹のマウスからなる５群に無作為化し、処置を開始した。対照マウスには、ＰＢＳ（ｐＨ １０）ビヒクルＰＯ ＱＤ×３６を与えた。処置マウスには、化合物１（ＰＢＳ＋２当量のＮａＯＨ、最終ｐＨ１０中で溶解させた）ＰＯを５０、４０、２５または１２．５ｍｇ／ｋｇのＱＤ×３６で与えた。ＴＧＩは、３６日目に（１－Ｄｉｆｆ処置／Ｄｉｆｆ対照）×１００として決定した。個々の腫瘍を、カリパスを用いて２次元で週２回測定し、（ｍｍ３での）腫瘍体積（ＴＶ）を、式：ＴＶ＝０．５（ｌ×ｗ×ｈ）（式中、ｌ、ｗおよびｈは、それぞれ腫瘍長、幅、および高さ（ｍｍ）である）を用いて計算した。平均腫瘍体積±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（左パネル）。体重を週２回測定した。体重±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（右パネル）。

[00140] ＴＧＩ分析日の処置動物対対照動物に関する正味腫瘍体積の分布における差を、一元配置ＡＮＯＶＡとそれに続くダネットの多重比較検定を用いて統計学的に評価した；調整されたｐ値が示されており、ここで、計算された確率（ｐ）≦０．０５は、統計学的に有意であると見なされた；これらは、統計学的有意性の検定であり、群間の差の大きさの推定値を提供せず、それらは臨床的または生物学的有意性の尺度でもない。

[00141] 表７に示されるように、ＱＤ×３６スケジュールで投与された１２．５、２０、４０、または５０ｍｇ／ｋｇの化合物１は、処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析の日の平均正味腫瘍体積の差に基づいて、有意に有効であり（ｐ＜０．０００１）、それぞれ５７％、６８％、８６％および８６％のＴＧＩをもたらした。化合物１は、≧４０ｍｇ／ｋｇの用量でプラトーに達する腫瘍増殖の用量依存的阻害をもたらした。

[00142] 図１３（左パネル）に示されるように、化合物１処置群における腫瘍増殖は、対照動物と比較して低減した。様々な化合物１処置群の間の腫瘍増殖の相対速度は、研究終了時に達成されたＴＧＩと一致した。図１３（右パネル）に示されるように、化合物１は、試験の経過にわたって、名目用量依存的平均体重変化（≦６．５％平均体重減少）で十分に耐容されたように見えた。

Ｄ．ＧＸＡ－３０３６胃腺癌患者由来異種移植片モデルにおける化合物１のインビボでの有効性
[00143] ５０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ ７．４）中の５％２－ヒドロキシプロピル－ベータ－シクロデキストリン（ＨＰＢＣＤ）で構成されるビヒクル中に懸濁されたリジン塩形態として経口投与された化合物１のインビボでの有効性および耐容性を、アジア人起源の中程度に分化した腸型（Ｌａｕｒｅｎの基準に基づく)ＰＤＸモデルである皮下胃腺癌ＧＸＡ－３０３６を用いて、雌免疫不全ＮＭＲＩ－Ｆｏｘｎ１ｎｕマウスにおいて評価した。各マウスに、ＧＸＡ－３０３６腫瘍断片（３～４ｍｍのエッジ長）を右側腹部に皮下接種した。平均腫瘍サイズが約１０９ｍｍ３に達した時、試験動物を１群あたり８匹のマウスからなる５群に無作為化し、処置を開始した。対照マウスには、５０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ７．４）ビヒクル中５％ ＨＰＢＣＤをＰＯで３オン／４オフで与えた。処置マウスは、ビヒクル中の化合物１リジン塩形態を、同じスケジュールで５、１５、または５０ｍｇ／ｋｇで、または２２．５ｍｇ／ｋｇ ２オン／５オフで与えられた。１匹の対照動物は、瀕死状態に分類され、１７日目に安楽死させ、分析から打ち切った。個々の腫瘍を、カリパスを用いて２次元で週２回測定し、ｍｍ３での腫瘍体積（ＴＶ）を、式：ＴＶ＝０．５ａ×ｂ２（式中、ａおよびｂは、それぞれ、ｍｍでの長径および短径である）を用いて計算した。平均腫瘍体積± ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（図１４左パネル）。体重を週２回測定した。体重±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（図１４右パネル）。

[00144] ＴＧＩは３５日目および３８日目に、（１－Ｄｉｆｆ処置／Ｄｉｆｆ対照）×１００として決定された。処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析日における正味腫瘍体積の中央値の差を、ノンパラメトリッククラスカル－ウォリス検定、続いてＤｕｎｎの多重比較検定を用いて統計学的に評価した。報告された調整されたｐ値は、計算された確率（ｐ）≦０．０５が統計的に有意であると見なされたＴＧＩ分析の両日に関してである。

[00145] 表８に示されるように、３オン／４オフスケジュールで投与された５、１５または５０ｍｇ/ｋｇ(遊離酸当量）の化合物１は、３５日目に５２％、７１％、および５５％、ならびに３８日目に４３％、６９％、および５２％のそれぞれのＴＧＩをもたらした。Ｄ３８において５ｍｇ／ｋｇの化合物１群によって示されたより低いＴＧＩは、中央値をシフトさせた単一の動物に関する腫瘍体積の中程度の増加によるものであった。２オン／５オフスケジュールで投与された２２．５ｍｇ/ｋｇ(遊離酸当量）の化合物１は、３５日目および３８日目にそれぞれ４２％および４１％のＴＧＩをもたらした。処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析の両日における正味腫瘍体積の中央値の差は、１５ｍｇ／ｋｇの化合物１に関しては有意であったが（ｐ＝０．０００７）、他の処置レジメンに関しては有意ではなかった（ｐ＞０．０５）。

[00146] 図１４（左パネル）に示すように、化合物１処置群における腫瘍増殖は、対照動物と比較して低減した。様々な化合物１処置群の間の腫瘍増殖の相対速度は、研究終了時に達成されたＴＧＩと一致した。図１４（右パネル）に示されるように、化合物１は、試験の経過にわたって、平均体重の変化がほとんどなく、十分に耐容されているように見えた。

Ｅ．ＯＣＩ－ＬＹ１９ヒトびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫異種移植片モデルにおける化合物１のインビボでの有効性
[00147] ０．５％ ＭＣビヒクル中に懸濁されたリジン塩形態として経口投与された化合物１のインビボでの有効性および耐容性を、再発時にびまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫（ＤＬＢＣＬ）ステージ４Ｂの女性患者の骨髄から確立されたＯＣＩ－ＬＹ１９腫瘍細胞を皮下接種した雌Ｃ．Ｂ－１７重症複合免疫不全（ｓｃｉｄ）マウスにおいて評価した。各マウスに、５０％マトリゲル中で懸濁した５×１０６個のＯＣＩ－ＬＹ１９腫瘍細胞（０．１ｍｌ）を右側腹部に皮下接種した。平均腫瘍サイズが約１６５ｍｍ３に達した時点で、試験動物を１群あたり８匹のマウスからなる６群に無作為化し、処置を開始した。試験対照マウスは０．５％ＭＣビヒクルＰＯ ＱＤ ３オン／４オフを与えられ、陽性対照マウスはＣＨＯＰ療法ＱＤ×５を与えられた。化合物１で処置したマウスには、ビヒクル中に懸濁した化合物１のリジン塩形態を５、１５または５０ｍｇ／ｋｇ ＱＤで、または２５ｍｇ／ｋｇ ＢＩＤで、３オン／４オフスケジュールで与えた。ＴＧＩは、２１日目に（１－Ｄｉｆｆ処置／Ｄｉｆｆ対照）×１００として決定した。個々の腫瘍を、示された日にカリパスを用いて二次元で測定し、ｍｍ３での腫瘍体積（ＴＶ）を、式：ＴＶ＝０．５ａ×ｂ２（式中、ａおよびｂは、それぞれ長および短腫瘍直径（ｍｍ）である）を用いて計算した。平均腫瘍体積± ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（図１５左パネル）。体重を週２回測定した。体重±ＳＥＭを計算し、投与日数に対してプロットした（図１５右パネル）。処置動物対対照動物に関するＴＧＩ分析日の平均正味腫瘍体積の差を、一元配置ＡＮＯＶＡとそれに続くダネットの多重比較検定を用いて統計学的に評価した；調整されたｐ値を示し、ここで、計算された確率（ｐ）≦０．０５が統計学的に有意であると見なされた。

[00148] 表９に示すように、５、１５、または５０ｍｇ／ｋｇの化合物１をＱＤで投与し、または２５ｍｇ/ｋｇ(遊離酸当量）を１日２回（ＢＩＤ）、３オン／４オフスケジュールで投与すると、２１日目に５５％、８３％、９０％、および１０２％のそれぞれの用量依存性ＴＧＩが得られた。図１５に示されるように、化合物１処置対対照動物に関するＴＧＩ分析の日における平均正味腫瘍体積の差は、有意であった（ｐ＜０．０００１）。

[00149] 非ホジキンリンパ腫の処置において推奨されるゴールドスタンダードな第一線化学療法レジメンＣＨＯＰ(シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン）を陽性対照として含めた。ＱＤ×５で投与されたＣＨＯＰは、２１日目に１０８％のＴＧＩをもたらし、８日以上連続して測定可能な腫瘍体積を示さなかった８匹の試験動物のうちの７匹において治癒的であるように見えた。

[00150] 図１５（左パネル）に示すように、化合物１処置群における腫瘍増殖は、対照動物と比較して低減した。様々な化合物１処置群の間の腫瘍増殖の相対速度は、研究終了時に達成されたＴＧＩと一致した。図１５（右パネル）に示されているように、化合物１は、試験の経過にわたって平均体重の変化はほとんどなく、十分に耐容されているように見えた。

実施例４：化合物１での処置後の癌幹細胞特徴の決定
[00151] 腫瘍生成能力に影響を及ぼす化合物１の能力を、腫瘍原性細胞集団のフローサイトメトリー分析および機能的インビボ腫瘍原性アッセイ（限界希釈アッセイ）によって分析した。

[00152] 腫瘍原性細胞集団に対する化合物１の作用を評価するために、化合物１を用いてＳＵ６０異種移植片腫瘍を処置した。ＳＵ６０細胞を移植したＮＳＧ雌マウス（各群７匹のマウス）に、化合物１を４０ｍｇ／ｋｇ ＰＯ ＱＤ×２１で投与した。最後の投与の翌日、各群からの平均サイズに最も近い３つの腫瘍を解離させ、単一細胞を用いて以下を実施した：１）腫瘍原性細胞集団のフローサイトメトリー分析、および２）機能的インビボ腫瘍原性アッセイ（限界希釈アッセイ）。

化合物１処理後の腫瘍原性細胞集団のフローサイトメトリー分析
[00153] 細胞集団中の腫瘍原性ＣＤ４４^Ｈｉｇｈ；ＥｐＣＡＭ^＋細胞の比率を、フローサイトメトリーによって定量化した。化合物１は、ビヒクル対照と比較して、腫瘍原性細胞（ＣＤ４４^Ｈｉｇｈ；ＥｐＣＡＭ^＋）の割合を２．５倍有意に低減した（図１６参照）。３つのビヒクル処置腫瘍および３つの化合物１処置腫瘍から単離された単一細胞に対して実施されたフローサイトメトリー分析。Ｐ値は、対応のないスチューデントＴ検定を用いて決定された。

化合物１処理後の機能的インビボ腫瘍原性アッセイ
[00154] ＣＲＣ腫瘍における腫瘍開始細胞（ＴＩＣ）頻度に対する化合物１の作用を研究するために、我々は、化合物１またはビヒクルによる処置後のＳＵ６０異種移植片細胞の腫瘍形成能を評価した。投与終了時に、平均サイズに最も近い群あたり３匹の動物からのＳＵ６０解離細胞を、限界希釈様式でレシピエントＮＳＧマウスに注射し、腫瘍体積を測定した。腫瘍形成に必要な細胞数は、化合物１処置群において低減した。ＴＩＣ頻度の低減は４．４倍であった（図１７、表１０）。前駆細胞の分化は、この低減の潜在的な説明である。

実施例５：ＭＳＩ－Ｈ状態を有する様々な結腸直腸癌細胞株の化合物１処置に対する感受性
[00155] 化合物１の有効性をさらに研究するために、興味のある特定の遺伝子を有する様々な結腸癌細胞株の化合物１に対する感受性を評価した。興味のあるこれらの特定の遺伝子は、遺伝子ミスマッチ修復、ベータ－カテニン、ＭＡＰＫ、ＰＩ３Ｋ、ｐ５３、ＴＧＦベータ、クロマチンリモデリングおよびヒストン修飾経路のような頻繁に変異した経路において見出される。図１８は、これらの経路における遺伝子の変異状態のヒートマップを、それぞれのマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）、ＣｐＧアイランドメチル化因子表現型（ＣＩＭＰ）、およびＭＬＨ１メチル化状態と共に示し、ここで、細胞株は、化合物１に対するそれらの感受性によって分類される。

[00156] さらなる研究は、ＭＳＩ－Ｈ状態を有する結腸直腸癌細胞株がマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）である結腸直腸癌細胞株よりも化合物１に対して有意に高い感受性を有することを示した。１３の結腸直腸癌ＰＤＸモデルおよび６の結腸直腸癌オルガノイドＰＤＸモデルのパネルを、培養に基づく生存度阻害アッセイにおいて化合物１に対するそれらの感受性に関して試験した。研究した結腸直腸癌細胞株のＭＳＩ－Ｈ状態およびＭＭＲ経路遺伝子のそれぞれの突然変異を図１９に示す。

[00157] 以下の表１１に要約されるように、ＭＳＩとして特性付けられたＰＤＸモデルの１００％（５個のうち５個）が化合物１処理に対して感受性（ＩＣ_５０＜１μＭ）であり、ＩＣ_５０は０．００１～０．０１４μＭの範囲であることが見出された。しかし、ＭＳＳとして特性付けられたＰＤＸモデルの５０％のみ（８個のうち４個）が化合物１処理に感受性であり、ＩＣ_５０は０．００３～０．２７０μＭの範囲であった。同様に、ＭＳＩとして特性付けられたオルガノイドモデルの１００％（３つのうち３つ）は、化合物１処理に対して感受性であったが（ＩＣ_５０は０．０２２～０．１４９μＭの範囲であった）、ＭＳＳとして特性付けられたオルガノイドモデルのいずれも（３つのうち０）、化合物１処理に対して感受性ではなかった（ＩＣ_５０は１０μＭを超えた）。

実施例６：化合物１処置と関係するバイオマーカーの同定
[00158] ＲＮＡ－ｓｅｑおよびＣｈＩＰ－ｓｅｑ分析を利用して、化合物１での処置の作用をモニターするための分子指標として潜在的な臨床薬力学（ＰＤ）バイオマーカーを同定した。

[00159] 実施されたＲＮＡ－ｓｅｑ分析において、化合物１処理によって２倍以上上方制御または下方制御された３２６個の遺伝子が最初に同定された。化合物１の試験用量は３７．３ｍｇ／ｋｇであり、それは、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫異種移植片モデルにおいて試験された最高用量であった。ＣｈＩＰ－ｓｅｑ分析において、６５の遺伝子が、直接的なＫＤＭ４Ｃプロモーター占有を示すことが同定された。図２０は、遺伝子ＰＮＵＴＳ(ＰＰＰ１Ｒ１０）、ＡＮＫ１、ＩＢＡ５７、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１およびＣＥＣＲ１が２．５ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、７．５ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、および５０ｍｇ／ｋｇのインビボでの化合物１による処置後に用量依存的変化を示したことを示す。図２０はまた、ＰＮＵＴＳ、ＡＮＫ１、およびＩＢＡ５７が化合物１処理の間に下方制御される一方で、ＳＯＷＡＨＤ、ＭＦ１２－ＡＳ１、およびＣＥＣＲ１が上方制御されることも示す。

[00160] ２４時間の化合物１処理は、ＰＮＵＴＳ遺伝子発現の強力な阻害を示した。ＰＮＵＴＳの遺伝子発現に対する化合物１の阻害作用の研究において、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞を２４時間処理し、化合物１処理に応答したＰＮＵＴＳ ｍＲＮＡの発現レベルをｑＰＣＲによって測定した。ＰＮＵＴＳ ｍＲＮＡの阻害を、ＤＭＳＯ処置対照と比較して化合物１処理後のＰＮＵＴＳ遺伝子発現の平均パーセント変化を計算することによって定量化し、ＩＣ_５０値を、阻害が最大の半分である濃度として計算した。ＩＣ_５０値は０．００７μＭであった。

[00161] さらに、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞におけるＣｈＩＰ－ｓｅｑ分析は、Ｈ３Ｋ４ｍｅ３によってマークされるＰＮＵＴＳ(ＰＰＰ１Ｒ１０）プロモーターにおけるＫＤＭ４占有を示す（図２１）
実施例７：未成熟および成熟細胞マーカーの単細胞遺伝子発現分析
[00162] ビヒクル対照および化合物１で処理した試料を、未成熟結腸前駆細胞およびより成熟した細胞型を識別するように設計された遺伝子セットを用いた単一細胞転写プロファイリングによって特性付けた(Dalerba, 2011)。化合物１で処置した腫瘍は、ＫＤＭ４Ｃ阻害の際に細胞充実性のシフトを示した（図２２、パネルＡ）。階層的クラスタリング分析を用いて、未成熟および成熟細胞マーカーのサブセットの発現に基づく３つのクラスターを同定した。前駆細胞様細胞クラスターを、未成熟細胞マーカー（Ｌｇｒ５、Ｎｏｔｃｈ１およびＥｚｈ２）の高発現および成熟細胞マーカー（Ｋｒｔ２０、Ｃｅａｃａｍ１およびＳｐｉｎｋ４）の低発現の存在によって同定した。中間的前駆細胞様細胞は、Ｌｇｒ５の高発現、しかしＮｏｔｃｈ１、Ｅｚｈ２などの他の未成熟細胞マーカーの低発現の存在によって同定された。このクラスターはまた、前駆細胞様細胞よりも高いレベルで成熟細胞のいくつかのマーカーを発現したが、より低いレベルで細胞周期マーカーを発現し、これは、これらの細胞が前駆細胞様細胞よりも増殖性が低いことを示唆している（データは示されていない）。最後に、低レベルの未成熟細胞マーカー（Ｌｇｒ５、Ｎｏｔｃｈ１、Ｅｚｈ２）および高レベルの成熟細胞マーカー（Ｋｒｔ２０／Ｃｅａｃａｍ１およびＴｆｆ３／Ｄｌｌ１／Ｓｐｉｎｋ４）を発現する分化様細胞のクラスターを同定した。化合物１で処置した腫瘍は前駆細胞様細胞の割合の有意な低減（ｐ＝０．０１）ならびに中間体様および分化様細胞の両方の数の増加を有したが、増加は有意ではなかった（ｐ＝０．０７；図２２、パネルＢ）。

実施例８：造血前駆細胞に対する化合物１の作用
[00163] 化合物１を、ＳＴＥＭＣＥＬＬ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．（バンクーバー、ブリティッシュコロンビア州、カナダ）でヒト骨髄由来の赤血球および骨髄造血前駆細胞の増殖に対するその作用に関して評価した。

[00164] 細胞を３７℃で迅速にＤＮＡｓｅ Ｉ中に解凍し、次いで２％ウシ胎児血清（ＩＭＤＭ＋２％ＦＢＳ）を含有する１０ｍＬのイスコフ改変ダルベッコ培地で希釈し、遠心分離（１２００ｒｐｍ、室温で１０分間）により洗浄した。上清を廃棄し、細胞ペレットを既知量のＩＭＤＭ ＋ ２％ ＦＢＳ中に再懸濁した。有核細胞計数（３％氷酢酸）および生存度評価（トリパンブルー排除試験）を実施した。

[00165] 化合物１および陽性対照（パノビノスタット）をＤＭＳＯで希釈し、最終培地中で０．００２μＭ～５μＭの範囲の濃度で試験した。これらの希釈は、試験物質および対照物質に必要な適切な最終試験濃度（５、１．６７、０．５６、０．１９、０．０６、０．０２、０．０７および０．００２μＭ）を提供した。

[00166] 試験物質および対照物質をヒト骨髄造血前駆細胞と共にインキュベートした。１４日後、細胞コロニーを評価した。
[00167] それぞれの試験物質に関してコロニー増殖の５０％および９０％阻害（ＩＣ_５０およびＩＣ_９０）の濃度を計算するために、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて試験物質濃度の対数対対照コロニー増殖の百分率をプロットした用量反応曲線を生成した。これらのデータポイントに当てはまる曲線を生成するために、対数（阻害剤）対反応－可変勾配（４つのパラメータ）式［Ｙ＝Ｂｏｔｔｏｍ＋（Ｔｏｐ－Ｂｏｔｔｏｍ）／（１＋１０＾（（ＬｏｇＩＣ_５０－Ｘ）^＊ＨｉｌｌＳｌｏｐｅ））］を使用した。被験物質および対照物質の両方に関するＩＣ_５０およびＩＣ_９０値は、曲線当てはめの内挿から導出した。ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍによって報告されたＩＣ_{５０／９０}価が実際に試験された濃度の幅を超えた値である場合、この値が試験された最高濃度の４倍を超える場合、またはＧｒａｐｈＰａｄ ＰｒｉｓｍがＩＣ_{５０／９０}価を計算できない場合、（被験物質化合物１に関して）＞５μＭの表記が使用される。

[00168] 化合物１は、０．１％ＤＭＳＯと比較して、正常ヒト骨髄由来の前駆細胞のコロニー形成に対して有意な作用を有しなかった（ｐ ＞０．０１）。下の表１２に示されるように、赤血球および骨髄コロニー形成の抑制に関するＩＣ５０は５μＭより大きかった。代表的な赤血球および骨髄由来コロニーを撮影した統計分析写真は、それらの形態（サイズおよび密度）が≧１．６７μＭの化合物１濃度でわずかに損なわれることを見出した。陽性対照であるパノビノスタットは、０．０１μＭ未満のＩＣ_５０値で赤血球および骨髄コロニー形成を阻害した。

Claims (60)

1. それを必要とする癌患者において癌を処置する方法であって、療法上有効量の化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を該患者に投与することを含み、該化合物が以下の構造：
   を有する方法。
2. それを必要とする癌患者において腫瘍原性細胞集団を低減する方法であって、該患者に療法上有効量の化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を投与することを含み、該化合物が以下の構造：
   を有する方法。
3. それを必要とする癌患者において腫瘍開始細胞頻度を低減する方法であって、療法上有効量の化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を該患者に投与することを含み、該化合物が以下の構造：
   を有する方法。
4. それを必要とする癌患者において癌幹細胞を阻害する方法であって、療法上有効量の化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を該患者に投与することを含み、該化合物が以下の構造：
   を有する方法。
5. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、結腸直腸癌、食道癌、トリプルネガティブ乳癌、胃癌、リンパ腫、胃腺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫、急性Ｔ細胞白血病、食道扁平上皮癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、膵癌、乳癌およびＴ細胞急性リンパ芽球性白血病からなる群から選択される癌と診断されている方法。
6. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、結腸直腸癌と診断されている方法。
7. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、食道癌と診断されている方法。
8. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、トリプルネガティブ乳癌と診断されている方法。
9. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、胃癌と診断されている方法。
10. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、リンパ腫と診断されている方法。
11. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、胃腺癌と診断されている方法。
12. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫と診断されている方法。
13. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、急性Ｔ細胞白血病と診断されている方法。
14. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、食道扁平上皮癌と診断されている方法。
15. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、多発性骨髄腫と診断されている方法。
16. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、急性骨髄性白血病と診断されている方法。
17. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、結腸直腸腺癌と診断されている方法。
18. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、結腸直腸癌と診断されている方法。
19. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、膵臓癌と診断されている方法。
20. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、膵癌と診断されている方法。
21. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、乳癌と診断されている方法。
22. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、Ｔ細胞急性リンパ芽球性白血病と診断されている方法。
23. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、大細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、肺小細胞癌、肺大細胞癌、または細気管支肺胞腺癌から選択される癌と診断されている方法。
24. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、急性リンパ芽球性Ｂ細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、形質細胞骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、急性転化期慢性骨髄性白血病から選択される癌と診断されている方法。
25. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、腸癌、腸腺癌、上部消化管の扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法。
26. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、胃癌、胃印鑑腺癌、胃の腺癌または腺扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法。
27. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、卵巣癌、卵巣類内膜癌、卵巣明細胞癌、卵巣腺癌、子宮内膜癌、子宮内膜腺癌、前立腺癌または前立腺腺癌から選択される癌と診断されている方法。
28. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、皮膚癌と診断されている方法。
29. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、甲状腺癌または甲状腺濾胞癌から選択される癌と診断されている方法。
30. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、乳癌または乳管癌から選択される癌と診断されている方法。
31. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、肝臓癌または肝細胞癌から選択される癌と診断されている方法。
32. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、中枢神経系癌、星状細胞腫グレードＩＶまたは神経膠肉腫から選択される癌と診断されている方法。
33. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、骨癌と診断されている方法。
34. 請求項１～４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌患者が、腎臓癌、明細胞腎細胞癌、腎細胞癌、尿路癌、または尿路移行細胞癌から選択される癌と診断されている方法。
35. 請求項１～３４のいずれか１項に記載の方法であって、該癌が、先行療法後に再発したか、先行療法に抵抗性であるか、または先行療法に後天的耐性である方法。
36. 請求項２および５～３５のいずれか１項に記載の方法であって、該腫瘍原性細胞集団が、約１．５倍～約１００倍低減する方法。
37. 請求項３６に記載の方法であって、該腫瘍原性細胞集団が、約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、約５．０倍、約６．０倍、約７．０倍、約８．０倍、約９．０倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍または約１００倍低減する方法。
38. 請求項３６に記載の方法であって、該腫瘍原性細胞集団が、約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、または約５．０倍低減する方法。
39. 請求項３および５～３５のいずれか１項に記載の方法であって、該腫瘍開始細胞頻度が、約１．５倍～約１００倍低減する方法。
40. 請求項３９に記載の方法であって、該腫瘍開始細胞頻度が、約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、約５．０倍、約６．０倍、約７．０倍、約８．０倍、約９．０倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍または約１００倍低減する方法。
41. 請求項３９に記載の方法であって、該腫瘍開始細胞頻度が、約１．５倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、約５．０倍、約６．０倍、約７．０倍、約８．０倍、約９．０倍または約１０倍低減する方法。
42. 請求項３および５～３５のいずれか１項に記載の方法であって、該腫瘍開始細胞頻度が、約１００細胞に１個～約１０，０００細胞に１個の頻度まで低減する方法。
43. 請求項４２に記載の方法であって、該腫瘍開始細胞頻度が、約１００細胞に１個、約２００細胞に１個、約３００細胞に１個、約４００細胞に１個、約５００細胞に１個、約６００細胞に１個、約７００細胞に１個、約８００細胞に１個、約９００細胞に１個、約１，０００細胞に１個、約１，２００細胞に１個、約１，４００細胞に１個、約１，６００細胞に１個、約１，８００細胞に１個、約２，０００細胞に１個、約３，０００細胞に１個、約４，０００細胞に１個、約５，０００細胞に１個、約６，０００細胞に１個、約７，０００細胞に１個、約８，０００細胞に１個、約９，０００細胞に１個または約１０，０００細胞に１個の頻度まで低減する方法。
44. 請求項４２に記載の方法であって、該腫瘍開始細胞頻度が、約２００細胞に１個、約３００細胞に１個、約４００細胞に１個、約５００細胞に１個、約６００細胞に１個、約７００細胞に１個、約８００細胞に１個、約９００細胞に１個、約１，０００細胞に１個、または約１，２００細胞に１個の頻度まで低減する方法。
45. それを必要とする癌患者において癌を処置する方法であって、以下の工程を含み：
    （ａ）該癌患者の高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ－Ｈ）状態を決定し、そして
    （ｂ）該癌患者がＭＳＩ－Ｈ癌患者であると決定された場合、療法上有効量の化合物またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物を該癌患者に投与し、該化合物が、次の構造：
    を有する方法。
46. 癌を処置する方法であって、以下の工程：
    （ａ）癌を有する患者から試料を得て；
    （ｂ）該試料中のバイオマーカーのレベルを決定し；
    （ｃ）該試料中のバイオマーカーのレベルが該バイオマーカーの参照レベルと異なる場合、該患者を処置化合物に応答する可能性が高いと診断し；
    そして（ｄ）療法上有効量の該処置化合物を該患者に投与する；
    を含み、該処置化合物が化合物１またはその医薬的に許容可能な塩もしくは溶媒和物であり；かつ
    該バイオマーカーがＰＮＵＴＳである方法。
47. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、結腸直腸癌、食道癌、トリプルネガティブ乳癌、胃癌、リンパ腫、胃腺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫、急性Ｔ細胞白血病、食道扁平上皮癌、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸癌、膵臓癌、膵癌、乳癌およびＴ細胞急性リンパ芽球性白血病からなる群から選択される癌と診断されている方法。
48. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、大細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、肺小細胞癌、肺大細胞癌または細気管支肺胞腺癌から選択される癌と診断されている方法。
49. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、急性リンパ芽球性Ｂ細胞白血病、マントル細胞リンパ腫、形質細胞骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、急性転化期慢性骨髄性白血病から選択される癌と診断されている方法。
50. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、腸癌、腸腺癌、上部消化管の扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法。
51. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、胃癌、胃印鑑腺癌、胃の腺癌または腺扁平上皮癌から選択される癌と診断されている方法。
52. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、卵巣癌、卵巣類内膜癌、卵巣明細胞癌、卵巣腺癌、子宮内膜癌、子宮内膜腺癌、前立腺癌、または前立腺腺癌から選択される癌と診断されている方法。
53. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、皮膚癌と診断されている方法。
54. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、甲状腺癌または甲状腺濾胞癌から選択される癌と診断されている方法。
55. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、乳癌または乳管癌から選択される癌と診断されている方法。
56. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、肝臓癌または肝細胞癌から選択される癌と診断されている方法。
57. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、中枢神経系癌、星状細胞腫グレードＩＶまたは神経膠肉腫から選択される癌と診断されている方法。
58. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、骨癌と診断されている方法。
59. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌患者が、腎臓癌、明細胞腎細胞癌、腎細胞癌、尿路癌、または尿路移行細胞癌から選択される癌と診断されている方法。
60. 請求項３３または３４に記載の方法であって、該癌が、先行療法後に再発したか、先行療法に抵抗性であるか、または先行療法に後天的耐性である方法。