JP2024515662A - Gd2に結合する二量体抗原受容体(dar) - Google Patents
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Abstract
本開示は、GD2に結合する操作された二量体抗原受容体(DAR)を発現するトランスジェニックT細胞を提供し、DARは、1つのポリペプチド鎖上の重鎖結合領域と、別個のポリペプチド鎖上の軽鎖結合領域を含む。二量体抗原受容体を構成する2つのポリペプチド鎖は、二量体化して抗原結合ドメインを形成することができる。トランスジェニックT細胞は、指向性細胞治療に使用することができる。本開示は、標的抗原に特異的に結合する二量体抗原受容体(DAR)タンパク質構築物、二量体抗原受容体をコードする核酸、核酸を含むベクター、およびベクターを有する宿主細胞を提供する。
Description
本出願は、2021年4月23日に出願された米国仮出願第63/179,147号および2021年5月13日に出願された米国仮出願第63/188,284号に基づく米国特許法第119条の下での優先権の利益を主張し、それらの内容全体は参照によりその全体が組み込まれる。
技術分野
本開示は、標的抗原に特異的に結合する二量体抗原受容体(DAR)タンパク質構築物、二量体抗原受容体をコードする核酸、核酸を含むベクター、およびベクターを有する宿主細胞を提供する。
本開示は、標的抗原に特異的に結合する二量体抗原受容体(DAR)タンパク質構築物、二量体抗原受容体をコードする核酸、核酸を含むベクター、およびベクターを有する宿主細胞を提供する。
背景
GD2は、ヒト神経芽細胞腫および黒色腫などの神経外胚葉由来の腫瘍で過剰発現するジシアロガングリオシドである。正常なヒト組織では、GD2発現は小脳および末梢神経に制限されている。マウス抗GD2モノクローナル抗体14.18は、マウス抗体14.18の可変領域とヒトIgG-Kの定常領域を含むキメラモノクローナル抗体(ch14.18、本明細書では14.18と称する)を操作するために使用された(Gillies,1989 Journal of Immunological Methods 125:191-202)。マウス抗体14.18(hu14.18)のヒト化バージョンには、ヒトにおける抗体の免疫原性を低下させるように設計された可変領域フレームワーク変異が含まれている(米国特許第7,169,904号)。
殺腫瘍活性を向け直すためにキメラ抗原受容体(CAR)を用いて操作したT細胞の注入による養子免疫療法は、転移性癌の処置のための非常に特異性の高い処置方法となる可能性がある。癌に関連する抗原を標的とするために、様々なバージョンのCARが、開発されている。第一世代のCARは、活性化刺激(シグナル1)のみを送達するシグナル伝達ドメイン(TCRζ)を含むように操作された(Geigerら、J.Immunol.162(10):5931-5939,1999;Haynesら、J.Immunol.166(1):182-187,2001)(Hombachら、Cancer Res.61(5):1976-1982,2001;Hombachら、J.Immunol.167(11):6123-6131,2001;Maherら、Nat.Biotechnol.20(1):70-75,2002)。第一世代のCARのみを移植したT細胞は、最適以下の活性化のために、限られた抗腫瘍効果を示した(Beechamら、J.Immunother.23(6):631-642,2000)。第二世代のCARである、免疫グロブリン-CD28-T細胞受容体(IgCD28TCR)は、共刺激CD28(シグナル2)を第一世代の受容体に組み込んだものであり(Gerstmayerら、J.Immunol.158(10):4584-4590,1997;Emtageら、Clin.Cancer Res.14(24):8112-8122,2008;Lo,Maら、Clin.Cancer Res.16(10):2769-2780,2010)、より大きい抗腫瘍能力をもつCAR-T細胞をもたらした(Finneyら、J.Immunol.161(6):2791-2797,1998;Hombachら、Cancer Res.61(5):1976-1982,2001、Maherら、Nat.Biotechnol.20(1):70-75,2002)。TCRζまたはCD28のシグナルドメインを、同様の機能をもつ分子、例えば、FcRγ、4-1BBおよびOX40などで置き換えることによって、様々なCARバリアントが開発されている(Eshharら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90(2):720-724,1993)。
様々な腫瘍抗原に対するTCR CAR-T細胞が開発されている(Maら、Cancer Gene Ther.11(4):297-306,2004;Maら、Prostate 61(1):12-25,2004;Loら、Clin.Cancer Res.16(10):2769-2780,2010;Kongら、Clin.Cancer Res.18(21):5949-5960,2012;Maら、Prostate 74(3):286-296,2014;Katzら、Clin.Cancer Res.21(14):3149-3159,2015;Junghansら、2016 The Prostate,76(14):1257-1270)。B細胞上に発現する分子であるCD19を標的とするCAR-T細胞は、B細胞悪性腫瘍の処置において成功を示しており、FDAの承認を受けていて、いくつかの試験では最大70%の奏効率が示されている。それにもかかわらず、CAR-T細胞は非特異的活性化を示すことがあり、それにより不適切な免疫活性によって重篤な有害事象をもたらす可能性がある。
GD2は、ヒト神経芽細胞腫および黒色腫などの神経外胚葉由来の腫瘍で過剰発現するジシアロガングリオシドである。正常なヒト組織では、GD2発現は小脳および末梢神経に制限されている。マウス抗GD2モノクローナル抗体14.18は、マウス抗体14.18の可変領域とヒトIgG-Kの定常領域を含むキメラモノクローナル抗体(ch14.18、本明細書では14.18と称する)を操作するために使用された(Gillies,1989 Journal of Immunological Methods 125:191-202)。マウス抗体14.18(hu14.18)のヒト化バージョンには、ヒトにおける抗体の免疫原性を低下させるように設計された可変領域フレームワーク変異が含まれている(米国特許第7,169,904号)。
殺腫瘍活性を向け直すためにキメラ抗原受容体(CAR)を用いて操作したT細胞の注入による養子免疫療法は、転移性癌の処置のための非常に特異性の高い処置方法となる可能性がある。癌に関連する抗原を標的とするために、様々なバージョンのCARが、開発されている。第一世代のCARは、活性化刺激(シグナル1)のみを送達するシグナル伝達ドメイン(TCRζ)を含むように操作された(Geigerら、J.Immunol.162(10):5931-5939,1999;Haynesら、J.Immunol.166(1):182-187,2001)(Hombachら、Cancer Res.61(5):1976-1982,2001;Hombachら、J.Immunol.167(11):6123-6131,2001;Maherら、Nat.Biotechnol.20(1):70-75,2002)。第一世代のCARのみを移植したT細胞は、最適以下の活性化のために、限られた抗腫瘍効果を示した(Beechamら、J.Immunother.23(6):631-642,2000)。第二世代のCARである、免疫グロブリン-CD28-T細胞受容体(IgCD28TCR)は、共刺激CD28(シグナル2)を第一世代の受容体に組み込んだものであり(Gerstmayerら、J.Immunol.158(10):4584-4590,1997;Emtageら、Clin.Cancer Res.14(24):8112-8122,2008;Lo,Maら、Clin.Cancer Res.16(10):2769-2780,2010)、より大きい抗腫瘍能力をもつCAR-T細胞をもたらした(Finneyら、J.Immunol.161(6):2791-2797,1998;Hombachら、Cancer Res.61(5):1976-1982,2001、Maherら、Nat.Biotechnol.20(1):70-75,2002)。TCRζまたはCD28のシグナルドメインを、同様の機能をもつ分子、例えば、FcRγ、4-1BBおよびOX40などで置き換えることによって、様々なCARバリアントが開発されている(Eshharら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90(2):720-724,1993)。
様々な腫瘍抗原に対するTCR CAR-T細胞が開発されている(Maら、Cancer Gene Ther.11(4):297-306,2004;Maら、Prostate 61(1):12-25,2004;Loら、Clin.Cancer Res.16(10):2769-2780,2010;Kongら、Clin.Cancer Res.18(21):5949-5960,2012;Maら、Prostate 74(3):286-296,2014;Katzら、Clin.Cancer Res.21(14):3149-3159,2015;Junghansら、2016 The Prostate,76(14):1257-1270)。B細胞上に発現する分子であるCD19を標的とするCAR-T細胞は、B細胞悪性腫瘍の処置において成功を示しており、FDAの承認を受けていて、いくつかの試験では最大70%の奏効率が示されている。それにもかかわらず、CAR-T細胞は非特異的活性化を示すことがあり、それにより不適切な免疫活性によって重篤な有害事象をもたらす可能性がある。
Gillies,1989 Journal of Immunological Methods 125:191-202
Geigerら、J.Immunol.162(10):5931-5939,1999
Haynesら、J.Immunol.166(1):182-187,2001
Hombachら、Cancer Res.61(5):1976-1982,2001
Hombachら、J.Immunol.167(11):6123-6131,2001
Maherら、Nat.Biotechnol.20(1):70-75,2002
Beechamら、J.Immunother.23(6):631-642,2000
Gerstmayerら、J.Immunol.158(10):4584-4590,1997
Emtageら、Clin.Cancer Res.14(24):8112-8122,2008
Lo,Maら、Clin.Cancer Res.16(10):2769-2780,2010
Finneyら、J.Immunol.161(6):2791-2797,1998
Maherら、Nat.Biotechnol.20(1):70-75,2002
Eshharら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90(2):720-724,1993
Maら、Cancer Gene Ther.11(4):297-306,2004
Maら、Prostate 61(1):12-25,2004
Loら、Clin.Cancer Res.16(10):2769-2780,2010
Kongら、Clin.Cancer Res.18(21):5949-5960,2012
Maら、Prostate 74(3):286-296,2014
Katzら、Clin.Cancer Res.21(14):3149-3159,2015
Junghansら、2016 The Prostate,76(14):1257-1270)
要旨
本明細書で提供されるのは、互いに会合してGD2分子と結合する抗原結合ドメインを形成する第1および第2ポリペプチド鎖を有する二量体抗原受容体である。抗原結合ドメインは、第1ポリペプチド上に位置する抗体重鎖可変領域と第2ポリペプチド上に位置する抗体軽鎖可変領域で構成されているか、あるいは、第1ポリペプチド上に位置する抗体軽鎖可変領域と第2ポリペプチド上に位置する抗体重鎖可変領域で構成されている。抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域の後には、抗体の定常領域(それぞれ、CH1およびCL)が続き、第1ポリペプチドには、膜貫通ドメインおよび少なくとも1つの細胞内シグナル伝達ドメインがさらに含まれる。DARの第1および第2ポリペプチドが宿主細胞によって発現されると、第1および第2ポリペプチドは、細胞の外側で抗体定常領域間のジスルフィド結合を介して互いに会合し、2つのポリペプチドの重鎖可変領域と軽鎖の会合を可能にして、細胞の外部に抗原結合ドメインを形成する。したがって、細胞の外部の抗体定常領域を介したDARの会合により、第1ポリペプチドの膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結されたFabフラグメントが生成される。DARを発現するT細胞などの宿主細胞は、例えば癌の処置において、細胞ベースの治療に使用することができる。
本明細書で提供されるのは、互いに会合してGD2分子と結合する抗原結合ドメインを形成する第1および第2ポリペプチド鎖を有する二量体抗原受容体である。抗原結合ドメインは、第1ポリペプチド上に位置する抗体重鎖可変領域と第2ポリペプチド上に位置する抗体軽鎖可変領域で構成されているか、あるいは、第1ポリペプチド上に位置する抗体軽鎖可変領域と第2ポリペプチド上に位置する抗体重鎖可変領域で構成されている。抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域の後には、抗体の定常領域(それぞれ、CH1およびCL)が続き、第1ポリペプチドには、膜貫通ドメインおよび少なくとも1つの細胞内シグナル伝達ドメインがさらに含まれる。DARの第1および第2ポリペプチドが宿主細胞によって発現されると、第1および第2ポリペプチドは、細胞の外側で抗体定常領域間のジスルフィド結合を介して互いに会合し、2つのポリペプチドの重鎖可変領域と軽鎖の会合を可能にして、細胞の外部に抗原結合ドメインを形成する。したがって、細胞の外部の抗体定常領域を介したDARの会合により、第1ポリペプチドの膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結されたFabフラグメントが生成される。DARを発現するT細胞などの宿主細胞は、例えば癌の処置において、細胞ベースの治療に使用することができる。
第1の態様では、GD2に結合する二量体抗原受容体(DAR)が本明細書において提供され、DARは、a)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体重鎖可変領域、(ii)抗体重鎖定常領域(CH1)、(iii)随意のヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と、(v)細胞内領域を含む第1ポリペプチド;およびb)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体軽鎖可変領域と(ii)抗体軽鎖定常領域(CL)を含む第2ポリペプチドを含む。あるいは、GD2に結合する本明細書に提供されるDARは、アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体軽鎖可変領域、(ii)抗体軽鎖定常領域(CL)、(iii)随意のヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と、(v)細胞内領域を含む第1ポリペプチド鎖;およびb)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体重鎖可変領域と(ii)抗体重鎖定常領域(CH1)を含む第2ポリペプチド鎖を含み得る。本明細書で提供されるDARの第2ポリペプチドは、膜貫通領域を含まない。抗体重鎖定常領域と抗体軽鎖定常領域は、第1および第2ポリペプチドが会合してDARを形成するための二量体化ドメインを形成し、抗体重鎖可変領域と抗体軽鎖可変領域は、GD2に結合する抗原結合ドメインを形成する。
いくつかの実施形態では、本明細書において提供されるGD2 DARは、a)(i)抗体重鎖可変領域、(ii)抗体重鎖定常領域(CH1)、(iii)随意のヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と、(v)細胞内領域から本質的になる第1ポリペプチド;およびb)(i)抗体軽鎖可変領域と(ii)抗体軽鎖定常領域(CL)から本質的になる第2ポリペプチドを含む。あるいは、GD2に結合する本明細書に提供されるDARでは、DARは、a)(i)抗体軽鎖可変領域、(ii)抗体軽鎖定常領域(CL)、(iii)随意のヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と、(v)細胞内領域から本質的になる第1ポリペプチド;およびb)(i)抗体重鎖可変領域と(ii)抗体重鎖定常領域から本質的になる第2ポリペプチドを含み得る。DARの第1および第2ポリペプチドは、1またはそれを超えるジスルフィド結合を形成するそれらの抗体重鎖定常領域と抗体軽鎖定常領域を介して二量体化する。2つの成熟ポリペプチドである、膜貫通(第1の)ポリペプチドおよび分泌(第2の)ポリペプチドは、第1および第2ポリペプチドをコードする遺伝子を発現するように遺伝子組換えされた宿主細胞によって産生されると、細胞の外部でそれらの抗体定常ドメインのシステイン架橋を介して会合し、GD2結合ドメインを形成することができる。
GD2 DARポリペプチドの抗体重鎖可変領域と抗体軽鎖可変領域は、GD2抗体に由来することができ、これは、非限定的な例として、14.18抗体またはヒト化型(hu14.18)であり得る。いくつかの実施形態では、GD2 DARの第1ポリペプチドは、14.18の重鎖可変領域(配列番号2)、または配列番号2と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域を含み、14.18(配列番号5)の軽鎖可変領域、または配列番号5と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む。あるいは、いくつかの実施形態では、GD2 DARの第1ポリペプチドは、14.18(配列番号5)の軽鎖可変領域、またはそれと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含み、14.18(配列番号2)の重鎖可変領域、またはそれと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域を含む。様々な実施形態において、配列番号2と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域は、配列番号2の重鎖可変領域のCDR配列を含む。様々な実施形態において、配列番号5と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域は、配列番号5の軽鎖可変領域CDR配列を含む。
さらなる実施形態では、GD2 DARの第1ポリペプチドは、hu14.18の重鎖可変領域(配列番号3)、または配列番号3と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域を含み、hu14.18(配列番号6)の軽鎖可変領域、または配列番号6と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む。あるいは、いくつかの実施形態では、GD2 DARの第1ポリペプチドは、hu14.18(配列番号6)の軽鎖可変領域、またはそれと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含み、hu14.18(配列番号3)の重鎖可変領域、または配列番号3と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域を含む。様々な実施形態において、配列番号3と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域は、配列番号3の重鎖可変領域のCDR配列を含む。様々な実施形態において、配列番号6と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域は、配列番号6の軽鎖可変領域CDR配列を含む。
第1または第2のDARポリペプチドの重鎖可変領域の後に、重鎖定常領域(CH1)、例えば配列番号4、または配列番号4と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する定常領域が続く。第1または第2のDARポリペプチドの軽鎖可変領域の後には軽鎖定常領域が続き、これは軽鎖κ定常領域(配列番号7、またはそれと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する定常領域)であってもよいし、軽鎖λ定常領域(配列番号8、またはそれと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する定常領域)であってもよい。
第1ポリペプチドのヒンジ領域は随意であり、存在する場合、抗体もしくは他の免疫学的分子またはその一部からのヒンジ配列を含むことができ、例えば、IgG、IgA、IgM、IgEもしくはIgDのヒンジ領域またはそれらのいずれかの一部から選択することができる。限定されるものではないが、1またはそれを超える天然起源のタンパク質に由来するヒンジ領域の少なくとも一部を含むヒンジ領域は、3、4、5、6、7、8、9、または10個またはそれを超えるアミノ酸、例えば、約3~約20個のアミノ酸、約10~約30個のアミノ酸、約20~約50個のアミノ酸、約30~約60個のアミノ酸、約40~約80個のアミノ酸、約50~約100個のアミノ酸、約60~約120個のアミノ酸、または約80~約150個のアミノ酸、またはそれ以上のアミノ酸を含む。さらなる非限定的な例では、DARの第1ポリペプチドのヒンジ領域は、CD8αヒンジ領域(配列番号10)、CD28ヒンジ領域(配列番号9)またはCD8α/CD28ヒンジ領域(配列番号11)を含み得るか、あるいはそれらのいずれかと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有するヒンジ領域を含み得る。
第1ポリペプチドの膜貫通領域は、非限定的な例として、CD8(配列番号13)、CD28(配列番号12)、4-1BB(配列番号14)、またはCD3ζ(配列番号15)の膜貫通領域、またはそれらのいずれかと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する膜貫通領域を含み得る。
第1ポリペプチドの細胞内領域は、4-1BB細胞内領域(配列番号16)、ITAM1、2および3を有するCD3ζ(配列番号19)、ITAM1を有するCD3ζ(配列番号20)、ITAM3を有するCD3ζ(配列番号22)、またはCD28(配列番号17)、CD27、OX40(配列番号18)、CD30、CD40、PD-1、ICOS、リンパ球機能関連抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、GITR(TNFRSF18)、DR3(TNFRSF25)、TNFR2および/またはCD226のいずれかの細胞内領域、またはそれらのいずれかと少なくとも95%の同一性を有する細胞内アミノ酸配列からなる群から選択される1またはそれを超える細胞内アミノ酸配列を含み得る。いくつかの実施形態では、細胞内領域は、ITAM1、2および3(配列番号19)を有するCD3ζ細胞内領域、または配列番号19と少なくとも95%%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する細胞内領域を含む。いくつかの実施形態では、細胞内領域は、4-1BB細胞内領域(配列番号16)、または配列番号16と少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する細胞内領域を含む。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、4-1BB細胞内領域(配列番号16)と、ITAM1、2および3を有するCD3ζ細胞内領域(配列番号19)を含むか、またはそれらから本質的になる。
GD2 DARのいくつかの実施形態では、第1ポリペプチドは、配列番号32のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも95%%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第2ポリペプチドは、配列番号33のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。GD2 DARのいくつかの実施形態では、第1ポリペプチドは、配列番号36のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも95%%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第2ポリペプチドは、配列番号37のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
さらなる態様では、本明細書に記載されるものなどの、GD2 DARをコードする核酸分子が提供される。例えば、1またはそれを超える核酸分子は、宿主細胞によって発現され、本明細書に記載の第1および第2ポリペプチドを有するDARを産生することができる、1またはそれを超える前駆体ポリペプチドをコードすることができる。いくつかの実施形態では、DARをコードする1またはそれを超える核酸分子は、例えば、産生された第1または第2ポリペプチドの膜挿入または分泌のための、1またはそれを超えるリーダー配列(シグナルペプチド)を含み得る1またはそれを超える前駆体ポリペプチドをコードする。さらに、DARの第1および第2ポリペプチドをコードする核酸分子は、核酸分子が、成熟した第1ポリペプチドと成熟した第2ポリペプチドの両方の配列を含む単一のオープンリーディングフレームをコードするように、第1および第2ポリペプチドをコードする配列の間にペプチド「自己切断」または「2A」配列を含めることができ、ここで、両方のポリペプチドをコードする配列は、シグナルペプチドをコードする配列に先行されており(すなわち、前駆体ポリペプチドとしてコードされている)、第1および第2ポリペプチドをコードする配列は、2Aペプチドをコードする配列(例えば、配列番号26、配列番号27、配列番号28、または配列番号29)または2つの別個のポリペプチドの産生をもたらす他の配列によって分離されている。非限定的な例として、DARをコードする本明細書において提供される核酸分子は、配列番号30の前駆体ポリペプチド、または配列番号30と95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する前駆体ポリペプチドをコードすることができ、DARコード配列を発現する宿主細胞は第1および第2ポリペプチドを産生するか、あるいは、配列番号34の前駆体ポリペプチド、または配列番号34と95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、もしくは少なくとも99%の同一性を有する前駆体ポリペプチドをコードすることができ、ここで、DARコード配列を発現する宿主細胞は第1および第2ポリペプチドを産生する。
本明細書で提供されるDARをコードすることができる核酸分子の他の配置には、限定されるものではないが、DARの第1および第2の前駆体ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームが含まれ、このオープンリーディングフレームは、同じプロモーターの2つのポリペプチドの翻訳を可能にし得る配列内リボソーム進入部位(IRES)によって分離されている。また、それぞれ独自のプロモーターを有する別個のオープンリーディングフレームとして第1ポリペプチドおよび第2ポリペプチドをコードする核酸分子も考慮される。DARの両方のポリペプチドを一緒にコードする2つのベクターがさらに考慮される。これらの実施形態では、シグナルペプチドは、通常、第1ポリペプチドの膜組み込みおよび第2ポリペプチドの分泌を確実にするために、各ポリペプチドのN末端に含められる。シグナルペプチドの非限定的な例は、配列番号23、24、および25として提供される。
DAR前駆体ポリペプチドをコードする核酸分子は、DARの第1および第2ポリペプチドをコードする1またはそれを超える配列に作動可能に連結されたプロモーターを含み得る。DAR前駆体ポリペプチドをコードする核酸配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現カセットが本明細書で提供され、ここでDAR前駆体ポリペプチドは、DARの一方または両方のポリペプチドをコードすることができる。プロモーターは、例えば、真核細胞で活性なプロモーター、例えば哺乳動物細胞で活性なプロモーターであってよい。非限定的な例として、プロモーターは、JeTプロモーター(配列番号39)、CMVプロモーター、HTLVプロモーター、EF1αプロモーター、またはEF1α/HTLVハイブリッドプロモーターであり得る。
いくつかの実施形態では、GD2 DARの少なくとも1つのポリペプチドをコードする核酸発現カセットが本明細書で提供され、この発現カセットは、ヒト遺伝子座の配列、例えばヒトTRAC遺伝子の配列に隣接している。
いくつかの例示的な実施形態では、本明細書において提供される核酸は、GD2 DARの第1および第2ポリペプチドをコードする配列番号30の前駆体ポリペプチドをコードすることができ、配列番号31と少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%、もしくは少なくとも95%の同一性を有し得る。いくつかの例示的な実施形態では、本明細書で提供される核酸は、GD2 DARの第1および第2ポリペプチドをコードする配列番号34の前駆体ポリペプチドをコードすることができ、配列番号35と少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、もしくは少なくとも85%、少なくとも90%、もしくは少なくとも95%の同一性を有し得る。
また、癌を処置するための医薬品を製造するための、本明細書に開示されるものなどのGD2 DARをコードする核酸分子の使用も本明細書で提供される。薬物は、例えば、GD2 DARを発現する、T細胞またはNK細胞などの遺伝子操作された細胞であり得る。
別の態様では、本明細書に開示されるようなGD2 DARを発現するための、本明細書に提供される1またはそれを超える核酸分子を含む遺伝子操作された宿主細胞が提供される。細胞は、非限定的な例として、T細胞またはNK細胞であり得る。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのDARポリペプチドをコードする1またはそれを超える核酸分子は、操作された宿主細胞のゲノムに組み込まれる。例えば、少なくとも1つのDARポリペプチドをコードする1またはそれを超える核酸分子は、操作された宿主細胞のTRAC遺伝子座に組み込むことができる。本明細書で提供される様々な実施形態では、遺伝子操作された宿主細胞は、本明細書で提供されるGD2 DARを発現し、T細胞受容体を発現しない。さらに、細胞の少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、もしくは少なくとも50%がGD2 DARを発現してT細胞受容体を発現しないT細胞の集団が、本明細書で提供される。さらに、細胞の少少なくとも90%または少なくとも95%がGD2 DARを発現してT細胞受容体を発現しないT細胞の集団が、本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、GD2 DARを発現する遺伝子操作された細胞は、T細胞(DAR-T細胞)、例えば、ヒトT細胞である。いくつかの実施形態では、DAR-T細胞は初代T細胞である。代替実施形態では、GD2 DARを発現する遺伝子操作された細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞(DAR-NK細胞)、例えば、ヒトNK細胞である。いくつかの実施形態では、DAR-NK細胞は初代NK細胞である
さらなる態様では、抗GD2 DAR-T細胞を、癌を有する対象に投与することによって癌を処置する方法が本明細書で提供される。細胞は、単回用量または複数回用量で、例えば約105~約109個の細胞で投与することができる。細胞は、細胞の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、もしくは少なくとも50%がDAR構築物を発現し、細胞の10%未満、5%未満、または1%未満が内因性T細胞受容体を発現する(例えば、細胞の1%未満がCD3陽性である)集団の細胞であり得る。
さらに、遺伝子操作されたGD2 DAR発現細胞を、癌を有する対象に投与することによって癌を処置する方法で用いるための、本明細書に開示されるGD2 DARを発現する、および/または、本明細書に記載されるようなGD2 DARをコードする核酸分子を含む、遺伝子操作された細胞が提供される。
さらに、癌を処置するための薬物を製造するための、本明細書に開示されるようなGD2 DARを発現する、本明細書で提供される遺伝子操作された細胞の使用が提供される。
本開示によるさらなる実施形態は、特許請求の範囲および詳細な説明に記載されている。
説明
本出願を通して、様々な刊行物、特許、および/または特許出願が参照される。刊行物、特許および/または特許出願の開示は、本開示が関係する最新技術をより完全に説明するために、参照によりその全体が本出願に組み込まれる。
本出願を通して、様々な刊行物、特許、および/または特許出願が参照される。刊行物、特許および/または特許出願の開示は、本開示が関係する最新技術をより完全に説明するために、参照によりその全体が本出願に組み込まれる。
本明細書で提供される見出しは、単に読者の便宜のためのものであり、本開示の様々な態様を限定するものではなく、その態様は、本明細書を全体として参照することによって理解することができる。
定義
定義
他に定義されない限り、本明細書で使用される技術用語および科学用語は、他に定義されない限り、当業者によって一般的に理解される意味を有する。一般に、本明細書に記載の細胞および組織培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学、トランスジェニック細胞産生、タンパク質化学および核酸化学ならびにハイブリダイゼーションの技術に関する用語は周知であり、当技術分野で一般的に使用される。本明細書で提供される方法および技術は、一般に、別段の指示がない限り、当技術分野で周知の従来の手順に従って、本明細書で引用および議論される様々な一般的およびより具体的な参考文献に記載されているように実施される。例えば、Sambrookら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2d ed.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989);およびAusubelら、Current Protocols in Molecular Biology,Greene Publishing Associates(1992)を参照されたい。多くの基本的なテキストは、Borrebaeck(ed)Antibody Engineering,2nd Edition Freeman and Company,NY,1995;McCaffertyら、Antibody Engineering,A Practical Approach IRL at Oxford Press,Oxford,England,1996;およびPaul(1995)Antibody Engineering Protocols Humana Press,Towata,N.J.,1995;Paul(ed.),Fundamental Immunology,Raven Press,N.Y,1993;Coligan(1991)Current Protocols in Immunology Wiley/Greene,NY;Harlow and Lane(1989)Antibodies:A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Press,NY;Stitesら(eds.)Basic and Clinical Immunology(4th ed.)Lange Medical Publications,Los Altos,Calif.,and references cited therein;Coding Monoclonal Antibodies:Principles and Practice(2nd ed.)Academic Press,New York,N.Y.,1986,およびKohler and Milstein Nature 256:495-497,1975を含む標準的な抗体産生プロセスを記載している。本明細書で引用される参考文献はすべて、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。酵素反応および濃縮/精製技術も周知であり、当技術分野で一般的に達成されるように、または本明細書に記載されるように、製造業者の仕様に従って実施される。本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医薬品化学に関連して使用される用語、ならびにその実験手順および技術は周知であり、当技術分野で一般的に使用される。標準的な技術は、化学合成、化学分析、医薬調製、製剤化、および送達、ならびに患者の処置に使用することができる。
本明細書の文脈で特に必要とされない限り、単数形の用語には複数形が含まれ、複数形の用語には単数形が含まれるものとする。単数形「a」、「an」および「the」、ならびに単語の単数使用は、1つの指示対象に明示的かつ明確に限定されない限り、複数の指示対象を含む。
本明細書における代替案(例えば、「または」)の使用は、代替案の一方もしくは両方またはそれらの任意の組合せを意味すると理解される。
本明細書で使用される「および/または」という用語は、特定の特徴または成分のそれぞれが、他方の有無にかかわらず、具体的に開示されると解釈されるべきである。例えば、本明細書において「Aおよび/またはB」などのフレーズで使用される「および/または」という用語は、「AおよびB」、「AまたはB」、「A」(単独)、および「B」(単独)を含むことを意図する。同様に、「A、B、および/またはC」などのフレーズで使用される「および/または」という用語は、次の態様:A、B、およびC;A、B、またはC;AまたはC;AまたはB;BまたはC;AおよびC;AおよびB;BおよびC;A(単独);B(単独);およびC(単独)の各々を包含することを意図する。
本明細書で使用される場合、本明細書で使用される「含む(comprising)」、「含む(including)」、「有する(having)」および「含有する(containing)」という用語、ならびにそれらの文法上の変形は、リスト内の1つの項目または複数の項目が、列挙された項目に置換または追加され得る他の項目を排除しないように、非限定的であることを意図している。態様が「含む」という文言で本明細書に記載されている場合は常に、「からなる」および/または「から本質的になる」という用語で記載されている他の類似の態様も包含されることが理解される。「から本質的になる」というフレーズは、指定された材料またはステップが、記載された組成物または方法の基本的かつ新規な特性に実質的に影響を及ぼさないものと同様に含まれることを示す。
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、当業者によって決定される特定の値または組成について許容され得る誤差範囲内にある値または組成を指し、これは、その値または組成がどのように測定または決定されるか、すなわち測定システムの制限に部分的に依存する。例えば、「約」または「およそ」は、当技術分野の慣行に従って、1または2以上の標準偏差以内を意味することができる。あるいは、「約」または「およそ」は、測定システムの制限に応じて、最大10%(すなわち、±10%)またはそれを超える範囲を意味し得る。例えば、約5mgは、4.5mg~5.5mgの間の任意の数を含み得る。さらに、特に生物学的な系またはプロセスに関して、これらの用語は、1桁または5倍までの値を意味し得る。本開示において特定の値または組成が提供される場合、特に明記しない限り、「約」または「およそ」の意味は、その特定の値または組成について許容され得る誤差範囲内にあると想定されるべきである。
本明細書で使用される「ペプチド」、「ポリペプチド」、「ポリペプチド鎖」および「タンパク質」という用語および他の関連する用語は互換的に使用されてアミノ酸のポリマーを指し、特定の長さに限定されない。ポリペプチドは、天然アミノ酸および非天然アミノ酸を含み得る。ポリペプチドには、組換え型または化学合成型が含まれる。ポリペプチドには、前駆体分子および成熟分子も含まれる。前駆体分子には、まだ切断、例えば分泌シグナルペプチドによる切断、または特定のアミノ酸残基での非酵素的切断を受けていないものが含まれる。ポリペプチドには、切断を受けた成熟分子が含まれる。これらの用語は、タンパク質配列の天然タンパク質、組換えタンパク質および人工タンパク質、タンパク質断片およびポリペプチド類似体(例えばムテイン、バリアント、キメラタンパク質および融合タンパク質など)、ならびに翻訳後に、または共有結合もしくは非共有結合で修飾されたタンパク質を包含する。2またはそれを超えるポリペプチド(例えば、2~6またはそれを超えるポリペプチド鎖)は、共有結合および/または非共有結合を介して互いに会合して、ポリペプチド複合体を形成することができる。ポリペプチド鎖の会合には、ペプチドの折り畳みも含まれ得る。したがって、ポリペプチド複合体は、複合体を形成するポリペプチド鎖の数に応じて、二量体、三量体、四量体、または高次複合体であり得る。2つのポリペプチド鎖を含む二量体抗原受容体(DAR)が本明細書に記載されている。
本明細書で使用される「核酸」、「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」という用語および他の関連する用語は互換的に使用されてヌクレオチドのポリマーを指し、いかなる特定の長さにも限定されない。核酸には、組換え型および化学合成型が含まれる。核酸には、DNA分子(cDNAまたはゲノムDNA)、RNA分子(例えば、mRNA)、ヌクレオチド類似体を使用して生成されたDNAまたはRNAの類似体(例えば、ペプチド核酸および非天然ヌクレオチド類似体)、およびそれらのハイブリッドが含まれる。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であり得る。一実施形態では、本開示の核酸分子は、抗体、またはそのフラグメントもしくはscFv、誘導体、ムテインもしくは変異体をコードする連続したオープンリーディングフレームを含む。一実施形態では、核酸は、1種類のポリヌクレオチドまたは2またはそれを超える異なる種類のポリヌクレオチドの混合物を含む。二量体抗原受容体(DAR)またはその抗原結合部分をコードする核酸は、本明細書に記載されている。
「回収する」または「回収」または「回収すること」という用語、および他の関連する用語は、宿主細胞培養培地または宿主細胞溶解物または宿主細胞膜からタンパク質(例えば、抗体またはその抗原結合部分)を得ることを指す。一実施形態では、タンパク質は、宿主細胞から(例えば、哺乳類宿主細胞から)発現したタンパク質の分泌を媒介する分泌シグナルペプチド(リーダーペプチド配列)に融合させた組換えタンパク質として、宿主細胞により発現される。分泌タンパク質は、宿主細胞培地から回収することができる。一実施形態では、タンパク質は、宿主細胞溶解物から回収され得る分泌シグナルペプチド配列を欠く組換えタンパク質として、宿主細胞により発現される。一実施形態では、タンパク質は、宿主細胞膜から発現タンパク質を放出するために界面活性剤を使用して回収され得る膜結合タンパク質として、宿主細胞により発現される。一実施形態では、タンパク質を回収するために使用される方法に関係なく、タンパク質は、回収されたタンパク質から細胞残屑を除去する手順に供することができる。例えば、回収されたタンパク質は、クロマトグラフィー、ゲル電気泳動および/または透析にかけることができる。一実施形態では、クロマトグラフィーは、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィーおよび/またはシリカでのクロマトグラフィーをはじめとするいずれか1つの手順または任意の組合せ手順または2またはそれを超える手順を含む。一実施形態では、アフィニティークロマトグラフィーは、プロテインAまたはG(Staphylococcus aureus由来の細胞壁成分)を含む。
「単離された」という用語は、他の細胞物質を実質的に含まないタンパク質(例えば、抗体またはその抗原結合部分)またはポリヌクレオチドを指す。タンパク質は、当技術分野で周知のタンパク質精製技術を使用して、単離によって天然に関連する成分(または抗体を産生するために使用される細胞発現系もしくは化学合成法に関連する成分)を実質的に含まないようにすることができる。単離されたという用語はまた、いくつかの実施形態では、同じ種の他の分子、例えば、異なるアミノ酸またはヌクレオチド配列をそれぞれ有する他のタンパク質またはポリヌクレオチドを実質的に含まないタンパク質またはポリヌクレオチドを指す。所望の分子の純度または均一性は、ゲル電気泳動などの低分解能法およびHPLCまたは質量分析などの高分解能法を含む、当技術分野で周知の技術を使用してアッセイすることができる。一実施形態では、本開示のDARまたはその抗原結合部分の単離された前駆体ポリペプチド、ならびに第1および第2ポリペプチド鎖が単離される。
抗体は、様々な抗原特異性を有する免疫グロブリンを含有する血清または血漿などの供給源から得ることができる。そのような抗体をアフィニティー精製にかけると、それらを特定の抗原特異性に対して濃縮することができる。そのような濃縮抗体調製物は、通常、特定の抗原に対する特異的結合活性を有する約10%未満の抗体で作製される。これらの調製物を数回のアフィニティー精製にかけることにより、抗原に対する特異的結合活性を有する抗体の割合を増加させることができる。このようにして調製された抗体は、「単一特異性」と呼ばれることが多い。単一特異性抗体調製物は、特定の抗原に対する特異的結合活性を有する約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、99%または99.9%の抗体で構成することができる。抗体は、以下に記載されるような組換え核酸技術を使用して作製することができる。
「リーダー配列」または「リーダーペプチド」または「ペプチドシグナル配列」または「シグナルペプチド」または「分泌シグナルペプチド」という用語は、ポリペプチドのN末端に位置するペプチド配列を指す。リーダー配列は、ポリペプチド鎖を細胞分泌経路に導き、細胞膜の脂質二重層へのポリペプチドの組み込みおよび固定を導くことができる。典型的には、リーダー配列は約10~50アミノ酸長である。リーダー配列は、細胞質ゾルから小胞体への前駆体ポリペプチドの輸送を指示することができる。一実施形態では、リーダー配列には、CD8α、CD28またはCD16リーダー配列を含むシグナル配列が含まれる。一実施形態では、シグナル配列は、例えばマウスまたはヒトIgガンマ分泌シグナルペプチドをはじめとする哺乳動物配列を含む。一実施形態では、リーダー配列は、マウスIgガンマリーダーペプチド配列MEWSWVFLFFLSVTTGVHS(配列番号23)を含む。
本明細書で使用される「抗原結合タンパク質」および関連用語は、抗原に結合する部分と、必要に応じて、抗原結合部分が抗原への抗原結合タンパク質の結合を促進する立体構造をとることを可能にする、足場またはフレームワーク部分とを含むタンパク質を指す。抗原結合タンパク質の例としては、抗体、抗体フラグメント(例えば、抗体の抗原結合部分)、抗体誘導体および抗体類似体が挙げられる。抗原結合タンパク質は、例えば、代替的なタンパク質足場、または移植されたCDRもしくはCDR誘導体を有する人工骨格を含み得る。そのような足場には、限定されるものではないが、例えば抗原結合タンパク質の三次元構造を安定化するように導入された変異を含む抗体由来の足場、ならびに例えば生体適合性ポリマーを含む完全合成足場が含まれる。例えば、Korndorferら、2003,Proteins:Structure,Function,and Bioinformatics,Volume 53,Issue 1:121-129;Roqueら、2004、Biotechnol.Prog.20:639-654を参照されたい。さらに、ペプチド抗体模倣物(「PAM」)を、ならびにフィブロネクチン成分を足場として利用する抗体模倣物に基づく足場を使用することができる。二量体抗原受容体(DAR)を含む抗原結合タンパク質が本明細書に記載される。
抗原結合タンパク質は、例えば、免疫グロブリンの構造を有することができる。一実施形態では、「免疫グロブリン」は、2つの同一のポリペプチド鎖対から構成される四量体分子を指し、各対は1つの「軽」鎖(約25kDa)と1つの「重」鎖(約50~70kDa)を有する。各鎖のアミノ末端部分は、主に抗原認識を担う約100~110またはそれを超えるアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能を担う定常領域を画定する。ヒト軽鎖は、κ軽鎖またはλ軽鎖に分類される。重鎖は、ミュー、デルタ、ガンマ、アルファ、またはイプシロンとして分類され、抗体のアイソタイプをそれぞれIgM、IgD、IgG、IgA、およびIgEと定義する。軽鎖および重鎖内で、可変領域および定常領域は、約12個またはそれを超えるアミノ酸の「J」領域によって連結されており、重鎖には約10個以上のアミノ酸の「D」領域も含まれている。一般に、Fundamental Immunology Ch.7(Paul,W.,ed.,2nd ed.Raven Press,N.Y.(1989))(参照によりその全体があらゆる目的のために組み込まれる)。重鎖および/または軽鎖は、分泌のためのリーダー配列を含んでいても含まなくてもよい。各軽鎖/重鎖対の可変領域は、インタクトな免疫グロブリンが2つの抗原結合部位を有するように抗体結合部位を形成する。一実施形態では、抗原結合タンパク質は、四量体免疫グロブリン分子とは異なるが、依然として標的抗原に結合するか、または2またはそれを超える標的抗原に結合する構造を有する合成分子であり得る。例えば、合成抗原結合タンパク質は、抗体フラグメント、1~6またはそれを超えるポリペプチド鎖、ポリペプチドの非対称集合体、または他の合成分子を含むことができる。標的抗原(例えば、GD2抗原)に特異的に結合する免疫グロブリン様特性をもつDAR構造を有する抗原結合タンパク質を本明細書に記載する。
免疫グロブリン鎖の可変領域は、相補性決定領域またはCDRとも呼ばれる3つの超可変領域によって連結された、比較的保存されたフレームワーク領域(FR)の同じ一般構造を示す。N末端からC末端に向かって、軽鎖および重鎖の両方が、ドメインFR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3およびFR4を含む。
1またはそれを超えるCDRを共有結合的または非共有結合的に分子に組み込んで、それを抗原結合タンパク質にすることができる。抗原結合タンパク質は、より大きなポリペプチド鎖の一部として1または複数のCDRを組み込んでもよく、1または複数のCDRを別のポリペプチド鎖に共有結合的に連結してもよく、1または複数のCDRを非共有結合的に組み込んでもよい。CDRは、抗原結合タンパク質が目的の特定の抗原に特異的に結合することを可能にする。
各ドメインへのアミノ酸の割り当ては、Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.,US Dept.of Health and Human Services,PHS,NIH,NIH Publication no.91-3242,1991のKabatらの定義(「Kabatナンバリング」)に従う。免疫グロブリン鎖中のアミノ酸の他のナンバリングシステムとしては、IMGT.RTM.(国際ImMunoGeneTics情報システム;Lefrancら、Dev.Comp.Immunol.29:185-203;2005)およびAHo(HoneggerおよびPluckthun、J.Mol.Biol.309(3):657-670;2001);Chothia(Al-Lazikaniら、1997 Journal of Molecular Biology 273:927-948;Contact(Maccallumら、1996 Journal of Molecular Biology 262:732-745、and Aho(HoneggerおよびPluckthun 2001 Journal of Molecular Biology 309:657-670)が挙げられる。
本明細書で使用される単数または複数形の「抗体」および関連用語は、抗原に特異的に結合するインタクトな免疫グロブリン、またはその抗原結合部分を指す。抗原結合部分は、組換えDNA技術によって、またはインタクト抗体の酵素的もしくは化学的切断によって作製することができる。抗原結合部分としては、とりわけ、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、ドメイン抗体(dAbs)、および相補性決定領域(CDR)断片、一本鎖抗体(scFv)、キメラ抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、およびポリペプチドに特異的抗原結合を与えるのに十分な免疫グロブリンの少なくとも一部を含有するポリペプチドが挙げられる。
抗体には、組換え産生された抗体および抗原結合部分が含まれる。抗体には、非ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体および完全ヒト抗体が含まれる。抗体には、単一特異性、多重特異性(例えば、二重特異性、三重特異性および高次特異性)が含まれる。抗体には、四量体抗体、軽鎖モノマー、重鎖モノマー、軽鎖二量体、重鎖二量体が含まれる。抗体には、F(ab’)2断片、Fab’断片およびFab断片が含まれる。抗体には、単一ドメイン抗体、一価抗体、単鎖抗体、単鎖可変フラグメント(scFv)、ラクダ化抗体、アフィボディ、ジスルフィド結合Fv(sdFv)、抗イディオタイプ抗体(抗Id)、ミニボディが含まれる。抗体には、モノクローナル集団およびポリクローナル集団が含まれる。二量体抗原受容体(DAR)を含む抗体様分子が本明細書に記載される。
本明細書で使用される「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」または「抗原結合部位」および他の関連する用語は、抗原と相互作用し、抗原結合タンパク質の抗原に対する特異性および親和性に寄与するアミノ酸残基(または他の部分)を含有する抗原結合タンパク質の一部を指す。その抗原に特異的に結合する抗体の場合、これには、少なくとも1つのそのCDRドメインの少なくとも一部が含まれる。抗原結合ドメインを形成する抗体重鎖可変領域および抗体軽鎖可変領域を有する二量体抗原受容体(DAR)が本明細書に記載される。
「特異的結合」、「特異的に結合する」または「特異的に結合すること」という用語および他の関連する用語は、抗体または抗原結合タンパク質または抗体フラグメントに関連して本明細書で使用される場合、他の分子または部分と比較して抗原に非共有結合または共有結合で優先的に結合することを指す(例えば、抗体は他の利用可能な抗原と比較して特定の抗原に特異的に結合する)。一実施形態では、抗体は、10-5Mまたはそれ未満、または10-6Mまたはそれ未満、または10-7Mまたはそれ未満、または10-8Mまたはそれ未満、または10-9Mまたはそれ未満、または10-10Mまたはそれ未満、または10-11Mまたはそれ未満の解離定数KDで抗原に結合する場合、標的抗原に特異的に結合する。一実施形態では、それらの標的抗原(例えば、GD2抗原)に特異的に結合する二量体抗原受容体(DAR)が本明細書に記載される。
一実施形態では、抗体または抗原結合タンパク質もしくは抗体フラグメントの結合特異性は、ELISA、ラジオイムノアッセイ(RIA)、電気化学発光アッセイ(ECL)、イムノラジオメトリックアッセイ(IRMA)、または酵素免疫アッセイ(EIA)によって測定することができる。
一実施形態では、解離定数(KD)は、BIACORE表面プラズモン共鳴(SPR)アッセイを使用して測定することができる。表面プラズモン共鳴は、例えばBIACOREシステム(ニュージャージー州ピスカタウェイのGE HealthcareのBiacore Life Sciences部門)を使用して、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変化を検出することによってリアルタイム相互作用の分析を可能にする光学現象を指す。
本明細書で使用される「エピトープ」および関連する用語は、抗原結合タンパク質によって(例えば、抗体またはその抗原結合部分によって)結合される抗原の一部を指す。エピトープは、抗原結合タンパク質によって結合される2またはそれを超える抗原の部分を含み得る。エピトープは、1つの抗原の非連続部分、または2またはそれを超える抗原の非連続部分(例えば、抗原の一次配列では連続していないが、抗原の三次構造および四次構造に関連して、抗原結合タンパク質が結合できるほど互いに十分に近いアミノ酸残基)を含むことができる。一般に、抗体の可変領域、特にCDRはエピトープと相互作用する。一実施形態では、GD2抗原のエピトープに結合する二量体抗原受容体(DAR)またはその抗原結合部分が本明細書に記載される。
本明細書で使用される「抗体フラグメント」、「抗体部分」、「抗体の抗原結合フラグメント」または「抗体の抗原結合部分」および他の関連する用語は、インタクト抗体が結合する抗原に結合するインタクト抗体の一部を含む、インタクト抗体以外の分子を指す。抗体フラグメントの例としては、限定されるものではないが、Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fd;およびFvフラグメント、ならびにdAb;ダイアボディ;線状抗体;単鎖抗体分子(例えばscFv);ポリペプチドに特異的抗原結合を付与するのに十分な抗体の少なくとも一部を含有するポリペプチドが挙げられる。抗体の抗原結合部分は、組換えDNA技術によって、またはインタクト抗体の酵素的もしくは化学的切断によって作製することができる。抗原結合部分としては、とりわけ、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、ドメイン抗体(dAb)、および相補性決定領域(CDR)断片、キメラ抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、および抗体フラグメントに抗原結合特性を付与するのに十分な免疫グロブリンの少なくとも一部を含むポリペプチドが挙げられる。一態様では、ヒンジ、膜貫通および細胞内シグナル伝達領域に結合したFabフラグメントを含む二量体抗原受容体が本明細書に記載される。
「Fab」、「Fabフラグメント」という用語および他の関連する用語は、可変軽鎖領域(VL)、定常軽鎖領域(CL)、可変重鎖領域(VH)、および第1の定常領域(CH1)を含む一価のフラグメントを指す。Fabは抗原に結合することができる。F(ab’)2断片は、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された2つのFabフラグメントを含む二価のフラグメントである。F(Ab’)2は、抗原結合能を有する。Fdフラグメントは、VH領域およびCH1領域を含む。Fvフラグメントは、VL領域およびVH領域を含む。Fvは抗原に結合することができる。dAbフラグメントは、VHドメイン、VLドメイン、またはVHもしくはVLドメインの抗原結合フラグメントを有する(米国特許第6,846,634号および同第6,696,245号;米国特許出願公開第2002/02512号、同第2004/0202995号、同第2004/0038291号、同第2004/0009507号、同第2003/0039958号;およびWardら、Nature 341:544-546,1989)。一態様では、ヒンジ、膜貫通および細胞内シグナル伝達領域に結合したFabフラグメントを含む二量体抗原受容体が本明細書に記載される。
一本鎖抗体(scFv)は、VL領域とVH領域とがリンカー(例えば、アミノ酸残基の合成配列)を介して結合し、連続したタンパク質鎖を形成している抗体である。一実施形態では、リンカーは、タンパク質鎖がそれ自体の上に折り返されて、一価抗原結合部位を形成するのに十分な長さである(例えば、Birdら、1988,Science 242:423-26およびHustonら、1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:5879-83)。
ダイアボディは、2つのポリペプチド鎖を含む二価抗体であり、各ポリペプチド鎖は、同一鎖上の2つのドメイン間の対形成を可能にするには短すぎるリンカーによって連結されたVHおよびVLドメインを含み、したがって各ドメインは別のポリペプチド鎖上の相補的ドメインと対形成することができる(例えば、Holligerら、1993、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-48、およびPoljakら、1994、Structure 2:1121-23)。ダイアボディの2つのポリペプチド鎖が同一である場合、それらの対合から生じるダイアボディは、2つの同一の抗原結合部位を有する。異なる配列を有するポリペプチド鎖を使用して、2つの異なる抗原結合部位を有するダイアボディを作製することができる。同様に、トリボディおよびテトラボディは、それぞれ3つおよび4つのポリペプチド鎖を含み、それぞれ3つおよび4つの抗原結合部位を形成する抗体であり、これらは同じであっても異なっていてもよい。ダイアボディ、トリボディおよびテトラボディ構築物は、本明細書に記載のいずれかの二量体抗原受容体(DAR)由来の抗原結合部分を使用して調製することができる。
「ヒト抗体」という用語は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する1またはそれを超える可変領域と定常領域を有する抗体を指す。一実施形態では、可変ドメインおよび定常ドメインのすべてがヒト免疫グロブリン配列に由来する(例えば、完全ヒト抗体)。これらの抗体は、様々な方法で調製することができ、その例は、組換え法によるもの、またはヒト重鎖および/もしくは軽鎖コード遺伝子に由来する抗体を発現するように遺伝子組換えされたマウスの目的の抗原を用いる免疫化によるものなど、以下に記載されている。完全ヒト抗体重鎖可変領域および完全ヒト抗体軽鎖可変領域を含む二量体抗原受容体(DAR)は、本明細書に記載されている。
「ヒト化」抗体とは、1またはそれを超えるアミノ酸置換、欠失および/または付加により、非ヒト種由来の抗体の配列と異なる配列を有する抗体を指し、その結果、ヒト化抗体は、ヒト対象に投与された場合、非ヒト種抗体と比較して免疫応答を誘導する可能性が低く、かつ/またはあまり重症でない免疫応答を誘導する。例えば、非ヒト種抗体の重鎖および/または軽鎖のフレームワークおよび定常ドメイン中の特定のアミノ酸を変異させて、ヒト化抗体を産生することができる。他の例では、ヒト抗体由来の1または複数の定常ドメインは、非ヒト種の1または複数の可変ドメインに融合させることができる。さらなる実施形態では、非ヒト抗体のCDR配列は、ヒト抗体のCDRと置換されてもよく、または別の場合にはヒト抗体のフレームワークに操作されてもよい。他の例では、非ヒト抗体の1またはそれを超えるCDR配列中の1またはそれを超えるアミノ酸残基は、ヒト対象に投与された場合に、非ヒト抗体の可能性のある免疫原性を低下させるように変更され、ここで、変更されたアミノ酸残基は、抗体のその抗原への免疫特異的結合に重要ではないか、または行われるアミノ酸配列の変更は保存的変更であり、その結果、抗原へのヒト化抗体の結合は、抗原への非ヒト抗体の結合よりも有意に悪化しない。ヒト化抗体の作製方法の例は、米国特許第6,054,297号、同第5,886,152号、および同第5,877,293号に見出すことができる。
本明細書で使用される「キメラ抗体」という用語および関連する用語は、第1の抗体由来の1またはそれを超える領域と、1またはそれを超える他の抗体由来の1またはそれを超える領域とを含む抗体を指す。一実施形態では、1またはそれを超えるCDRは、非ヒト抗体に由来する。別の実施形態では、すべてのCDRがヒト抗体に由来する。別の実施形態では、2つ以上の非ヒト抗体由来のCDRは、キメラ抗体において混合され、マッチングされる。例えば、キメラ抗体は、第1の非ヒト抗体の軽鎖由来のCDR1、第2の非ヒト抗体の軽鎖由来のCDR2およびCDR3、ならびに第3の抗体の重鎖由来のCDRを含み得る。CDR配列の外側のフレームワーク配列は、例えば、ヒト抗体配列であり得る。他の例では、CDRは、ヒトおよびマウス、またはヒトおよびウサギ、またはヒトおよびヤギなどの異なる種に由来し得る。当業者は、他の組合せが可能であることを理解するであろう。本明細書に開示されるいくつかの実施形態を含む、いくつかの実施形態では、キメラ14.18抗体などのキメラGD2抗体には、ヒト抗体の定常ドメインに融合した非ヒト種(例えば、マウス)のGD2抗体の可変ドメインが含まれる。例えば、本明細書中に開示されるような組換え受容体において使用されるキメラGD2重鎖またはその一部は、ヒト抗体定常領域に融合したマウス14.18抗体の重鎖可変領域を含むことができ、本明細書に開示されるような組換え受容体において使用されるキメラGD2軽鎖またはその一部は、ヒト抗体定常領域に融合したマウス14.18抗体の軽鎖可変領域を含むことができる。
さらに、フレームワーク領域は、同じ抗体のうちの1つに由来してもよいし、ヒト抗体などの1またはそれを超える異なる抗体に由来してもよいし、ヒト化抗体に由来してもよい。キメラ抗体の一例では、重鎖および/または軽鎖の一部は、特定の種に由来する抗体と同一、相同、またはそれに由来するか、あるいは特定の抗体クラスまたはサブクラスに属するが、1または複数の鎖の残りは、別の種に由来する抗体と同一、相同、またはそれに由来するか、あるいは別の抗体クラスまたはサブクラスに属する。所望の生物活性(すなわち、標的抗原に特異的に結合する能力)を示すそのような抗体の断片も含まれる。
本明細書で使用される場合、「バリアント」ポリペプチドおよびポリペプチドの「バリアント」という用語は、参照ポリペプチド配列と比較して、アミノ酸配列に挿入、欠失、および/または置換された1またはそれを超えるアミノ酸残基を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。ポリペプチド変異体には、融合タンパク質が含まれる。同様に、バリアントポリヌクレオチドは、別のポリヌクレオチド配列と比較して、ヌクレオチド配列に挿入、欠失、および/または置換された1またはそれを超えるヌクレオチドを有するヌクレオチド配列を含む。ポリヌクレオチドバリアントには、融合ポリヌクレオチドが含まれる。
本明細書で使用される場合、ポリペプチドの「誘導体」という用語は、例えば、ポリエチレングリコール、アルブミン(例えば、ヒト血清アルブミン)、リン酸化、およびグリコシル化などの別の化学部分へのコンジュゲーションを介して化学的に修飾されているポリペプチド(例えば、抗体)である。別段の指示がない限り、「抗体」という用語は、全長重鎖および全長軽鎖を含む抗体に加えて、その誘導体、バリアント、断片およびムテインを含み、その例は以下に記載される。
「ヒンジ」という用語は、一般にタンパク質の2つのドメイン間に見られ、構築物全体の柔軟性と、ドメインの一方または両方の互いに対する移動を可能にすることのできるアミノ酸セグメントを指す。構造的には、ヒンジ領域は、約10~約100個のアミノ酸、例えば、約15~約75個のアミノ酸、約20~約50個のアミノ酸、または約30~約60個のアミノ酸を含む。一実施形態では、ヒンジ領域は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または100アミノ酸長である。ヒンジ領域は、天然起源のタンパク質のヒンジ領域、例えば、CD8ヒンジ領域もしくはそのフラグメント、CD8αヒンジ領域もしくはそのフラグメント、抗体のヒンジ領域(例えば、IgG、IgA、IgM、IgE、またはIgD抗体)、または抗体の定常ドメインCH1とCH2とを連結するヒンジ領域に由来し得る。ヒンジ領域は抗体に由来することができ、抗体の1またはそれを超える定常領域を含んでも含まなくてもよく、またはヒンジ領域は抗体のヒンジ領域と抗体のCH3定常領域を含むか、またはヒンジ領域は抗体のヒンジ領域と抗体のCH2およびCH3定常領域を含むか、またはヒンジ領域は非天然起源のペプチドであり、またはヒンジ領域はscFvのC末端と膜貫通ドメインのN末端の間に配置される。一実施形態では、ヒンジ領域は、IgG1、IgG2、IgG3またはIgG4免疫グロブリン分子由来の上部ヒンジ配列、コアヒンジ配列または下部ヒンジ配列を含む領域のいずれか1つまたは2またはそれを超える任意の組合せを含む。一実施形態において、ヒンジ領域は、IgG1上部ヒンジ配列EPKSCDKTHT(配列番号47)を含む。一実施形態では、ヒンジ領域は、IgG1コアヒンジ配列CPXCを含み、XはP、RまたはSである(配列番号48)。一実施形態では、ヒンジ領域は、下部ヒンジ/CH2配列PAPELLGGP(配列番号49)を含む。一実施形態では、ヒンジは、アミノ酸配列SVFLFPPKPKDT(配列番号50)を有するFc領域(CH2)に連結されている。一実施形態では、ヒンジ領域は、上部ヒンジ、コアヒンジおよび下部ヒンジのアミノ酸配列を含み、EPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGP(配列番号51)を含む。一実施形態では、ヒンジ領域は、少なくとも1つ、2つ、3つまたはそれを超える鎖間ジスルフィド結合を形成することができる1つ、2つ、3つまたはそれを超えるシステインを含む。
本明細書で使用される「Fc」または「Fc領域」という用語は、ヒンジ領域内またはヒンジ領域の後に始まり、重鎖のC末端で終わる抗体重鎖定常領域の部分を指す。Fc領域は、CH2領域およびCH3領域の少なくとも一部を含み、ヒンジ領域の一部を含んでも含まなくてもよい。一実施形態では、それぞれが半分のFc領域を有する2つのポリペプチド鎖を二量体化させてFc領域を形成することができる。Fc領域は、Fc細胞表面受容体および免疫補体系のいくつかのタンパク質に結合することができる。Fc領域は、補体依存性細胞傷害(CDC)、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害(ADCC)、抗体依存性食作用(ADP)、オプソニン化および/または細胞結合をはじめとする活性のいずれか1つ、または2またはそれを超える任意の組合せを含む、エフェクター機能を示す。一実施形態では、Fc領域は、これらの機能のいずれか1つまたは任意の組合せを増加または減少させる変異を含むことができる。Fc領域は、FcγRI(例えば、CD64)、FcγRII(例えば、CD32)および/またはFcγRIII(例えば、CD16a)をはじめとするFc受容体に結合することができる。Fc領域は、補体成分C1qと結合することができる。一実施形態では、Fcドメインは、エフェクター機能を低下させるLALA-PG変異(例えば、L234A、L235A、P329Gと同等)を含む。一実施形態では、Fcドメインはタンパク質複合体の血清半減期を媒介し、Fcドメイン中の変異はタンパク質複合体の血清半減期を増加または減少させることができる。一実施形態では、Fcドメインはタンパク質複合体の熱安定性に影響を及ぼし、Fcドメイン中の変異はタンパク質複合体の熱安定性を増加または減少させることができる。
本明細書で使用される「標識抗体」という用語または関連する用語は、標識されていないかまたは検出のために検出可能な標識もしくは部分に結合されている抗体およびその抗原結合部分を指し、検出可能な標識または部分は、放射性、比色、抗原性、酵素性、検出可能なビーズ(例えば、磁気ビーズまたは高電子密度(例えば、金)ビーズ)、ビオチン、ストレプトアビジンまたはプロテインAである。限定されるものではないが、放射性核種、蛍光物質、酵素、酵素基質、酵素補因子、酵素阻害剤およびリガンド(例えば、ビオチン、ハプテン)をはじめとする様々な標識を用いることができる。
本明細書で使用される「同一性パーセント」または「相同性パーセント」および関連する用語は、2つのポリペプチド間または2つのポリヌクレオチド配列間の類似性の定量的測定値を指す。2つのポリペプチド配列間の同一性パーセントは、2つのポリペプチド配列のアラインメントを最適化するために導入する必要があり得るギャップの数および各ギャップの長さを考慮した、2つのポリペプチド配列間で共有されるアラインメント位置の同一アミノ酸の数の関数である。同様に、2つのポリヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、2つのポリヌクレオチド配列のアラインメントを最適化するために導入する必要があり得るギャップの数および各ギャップの長さを考慮した、2つのポリヌクレオチド配列間で共有されるアラインメント位置の同一ヌクレオチドの数の関数である。配列の比較および2つのポリペプチド配列間または2つのポリヌクレオチド配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成され得る。例えば、2つのポリペプチドまたは2つのポリヌクレオチド配列の「同一性パーセント」または「相同性パーセント」は、そのデフォルトパラメータを使用してGAPコンピュータプログラム(GCG Wisconsin Package、バージョン10.3の一部(Accelrys、カリフォルニア州サンディエゴ))を使用して配列を比較することによって決定することができる。試験配列に関して「Yに対して少なくともX%の同一性を有する配列を含む」などの表現は、上記のように配列Yに整列させた場合、試験配列がYの残基の少なくともX%と同一な残基を含むことを意味する。
一実施形態では、抗体のアミノ酸配列は、本明細書に記載のDARの抗原結合部分および/または抗体定常領域のアミノ酸配列のいずれかと類似しているが同一ではない場合がある。抗体とポリペプチドとの間の類似性は、本明細書に記載のDARまたはその抗原由来部分を構成する任意のポリペプチドの配列と少なくとも95%、または少なくとも96%、または少なくとも97%、または少なくとも98%、または少なくとも99%同一であり得る。一実施形態では、類似のポリペプチドは、重鎖および/または軽鎖内にアミノ酸置換を含むことができる。一実施形態では、アミノ酸置換は、1またはそれを超える保存的アミノ酸置換を含む。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の化学的性質(例えば、電荷または疎水性)をもつ側鎖(R基)を有する別のアミノ酸残基で置換されるものである。一般に、保存的アミノ酸置換は、タンパク質の機能特性を実質的に変更しない。2またはそれを超えるアミノ酸配列が保存的置換によって互いに異なる場合、配列同一性パーセントまたは類似度を上方に調整して、置換の保存的性質を修正することができる。この調整を行う手段は、当業者に周知である。例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Pearson(1994)Methods Mol.Biol.24:307-331を参照されたい。同様の化学的性質をもつ側鎖を有するアミノ酸の基の例としては、(1)脂肪族側鎖:グリシン、アラニン、バリン、ロイシンおよびイソロイシン;(2)脂肪族ヒドロキシル側鎖:セリンおよびトレオニン;(3)アミド含有側鎖:アスパラギンおよびグルタミン;(4)芳香族側鎖:フェニルアラニン、チロシン、およびトリプトファン;(5)塩基性側鎖:リジン、アルギニン、およびヒスチジン;(6)酸性側鎖:アスパラギン酸塩およびグルタミン酸、ならびに(7)硫黄含有側鎖:システインおよびメチオニンが挙げられる。
「キメラ抗原受容体」または「CAR」という用語は、細胞内シグナル伝達ドメインに融合した細胞外抗原結合タンパク質を含む単鎖融合タンパク質を指す。CAR細胞外結合ドメインは、ヒトモノクローナル抗体などのモノクローナル抗体の可変重鎖領域および可変軽鎖領域を融合することに由来する単鎖可変断片(scFvまたはsFv)である。一実施形態では、CARは、(i)重鎖可変(VH)ドメインと軽鎖可変(VL)ドメインとを含む抗原結合タンパク質を含み、VHドメインとVLドメインとはペプチドリンカーによって一緒に結合されている、抗原結合タンパク質;(ii)ヒンジドメイン、(iii)膜貫通ドメイン;および(iv)細胞内シグナル伝達配列を含む細胞内ドメイン、を含む。開示される構築物は、DARが標的化のために単鎖抗体を使用せず、代わりに別々の重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域を使用するという点で、CARとは異なるDARである。
本明細書で使用される場合、「二量体抗原受容体」(DAR)という用語は、2つのポリペプチド鎖:抗体の抗原結合領域(重鎖可変領域または軽鎖可変領域)とそれに続く抗体定常領域、膜貫通領域および細胞内シグナル伝達領域を含む第1ポリペプチドと、抗原結合領域(軽鎖可変領域または重鎖可変領域)とそれに続く抗体定常領域を含む第2ポリペプチドとを含む、操作された受容体を指す。第1ポリペプチドが重鎖可変領域を含む場合、第2ポリペプチドは軽鎖可変領域を含み、逆もまた同様で、その結果、細胞の外部の抗体定常領域を介したDARの会合により、第1ポリペプチドの膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインに連結されたFabフラグメントが生成される。第1ポリペプチドは膜貫通ドメインを介して細胞膜に固定されるが、第2ポリペプチドは膜貫通ドメインがないため細胞外に分泌され、そこで第2ポリペプチドと会合する。二量体抗原受容体を構成する2つのポリペプチド鎖は、二量体化してタンパク質複合体を形成し、標的抗原に特異的に結合するため抗体のような特性を有し得る。二量体抗原受容体は、指向性細胞治療に使用することができる。
本開示は、抗原結合細胞外部分、随意のヒンジ部分、膜貫通部分、ならびに共刺激領域および/または細胞内シグナル伝達領域を有する細胞内部分を有する抗GD2構築物を発現するように操作されたトランスジェニックT細胞を提供する。膜貫通領域と細胞内領域に結合したFabフラグメント。一実施形態では、DAR構築物は、Fabフラグメントと膜貫通領域との間に随意のヒンジ領域を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるDAR構造は、例えば、Fab形式の抗体を有するDAR構造を、同じ抗体のscFv形式を有するCAR構造と比較することに基づいて、予想外の驚くべき結果をもたらす。さらに、ヒンジ領域、膜貫通領域および2つの細胞内領域が同じであり得るので、DAR形式とおよびCAR形式を直接比較することができる。しかし、DARフォーマットは、標的抗原、抗原誘導性サイトカイン放出および/または抗原誘導性細胞傷害性を発現する細胞への結合において、対応するCARフォーマットと比較して優れた結果を提供し得る。
本開示は、1つのポリペプチド鎖上の重鎖結合領域および別個のポリペプチド鎖上の軽鎖結合領域を含むDAR構築物を提供する。二量体抗原受容体を構成する2つのポリペプチド鎖は、二量体化してタンパク質複合体を形成することができる。二量体抗原受容体は、標的抗原に特異的に結合するため、抗体様の特性を有する。二量体抗原受容体は、指向性細胞治療に使用することができる。
二量体抗原受容体(DAR)ならびにそれらの様々な配置およびドメイン、DARをコードする構築物、ならびにDARを発現する細胞、ならびに細胞治療におけるそれらの使用もまた、国際公開第2019/173837号および国際公開第2021/046445号に開示されており、これらは両方とも、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される「ベクター」および関連する用語は、外来遺伝物質(例えば、核酸導入遺伝子)に作動可能に連結され得る核酸分子(例えば、DNAまたはRNA)を指す。ベクターは、外来遺伝物質を細胞(例えば、宿主細胞)に導入するためのビヒクルとして使用することができる。ベクターは、導入遺伝子をベクターに挿入するための少なくとも1つの制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含むことができる。ベクターは、ベクター導入遺伝子構築物を有する宿主細胞の選択を助けるために抗生物質耐性または選択可能な特性を付与する少なくとも1つの遺伝子配列を含み得る。ベクターは、一本鎖または二本鎖核酸分子であってよい。ベクターは、線状または環状核酸分子であってよい。ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALENまたはCRISPR/Casを使用する遺伝子編集方法に使用されるドナー核酸は、ベクターの一種であり得る。ベクターの1つの種類は「プラスミド」であり、これは、導入遺伝子に連結することができ、宿主細胞内で複製し、導入遺伝子を転写および/または翻訳することができる、線状または環状の二本鎖染色体外DNA分子を指す。ウイルスベクターは、通常、導入遺伝子に連結することができるウイルスRNAまたはDNA骨格配列を含む。ウイルス骨格配列は、感染を無効にするが、宿主細胞ゲノムへのウイルス骨格および共連結導入遺伝子の挿入を保持するように修飾することができる。ウイルスベクターの例としては、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、パポバウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクターおよびエプスタイン・バーウイルスベクターが挙げられる。特定のベクターは、それらが導入される宿主細胞において自律複製することができる(例えば、細菌複製起点を含む細菌ベクターおよびエピソーム哺乳動物ベクター)。他のベクター(例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター)は、宿主細胞への導入時に宿主細胞のゲノムに組み込まれ、それによって宿主ゲノムと共に複製される。
「発現ベクター」とは、誘導性および/または構成的プロモーターおよびエンハンサーなどの、1またはそれを超える調節配列を含み得るベクターの一種である。発現ベクターは、リボソーム結合部位および/またはポリアデニル化部位を含み得る。発現ベクターは、1またはそれを超える複製起点配列を含むことができる。調節配列は、宿主細胞に形質導入される発現ベクターに連結された導入遺伝子の、転写、または転写と翻訳を指示する。1または複数の調節配列は、導入遺伝子の発現のレベル、タイミングおよび/または位置を制御することができる。調節配列は、例えば、導入遺伝子に直接に、あるいは1またはそれを超える他の分子(例えば、調節配列および/または核酸に結合するポリペプチド)の作用を介して、その効果を発揮することができる。調節配列は、ベクターの一部であり得る。調節配列のさらなる例は、例えば、Goeddel,1990,Gene Expression Technology:Methods in Enzymology 185,Academic Press,San Diego,Calif.およびBaronら、1995,Nucleic Acids Res.23:3605-3606に記載されている。発現ベクターは、本明細書に記載の任意の二量体抗原受容体(DAR)またはその抗原結合部分の少なくとも一部をコードする核酸を含み得る。
導入遺伝子とベクターとの間に連結があり、ベクターに含まれている導入遺伝子配列の機能または発現を可能にする場合、導入遺伝子はベクターに「作動可能に連結」されている。一実施形態では、調節配列が導入遺伝子の発現(例えば、発現のレベル、タイミング、または位置)に影響を及ぼす場合、導入遺伝子は調節配列に「作動可能に連結」されている。
本明細書で使用される「トランスフェクトされた」または「形質転換された」または「形質導入された」という用語または他の関連する用語は、外因性核酸(例えば導入遺伝子)が宿主細胞に移入または導入されるプロセスを指す。「トランスフェクトされた」または「形質転換された」または「形質導入された」宿主細胞は、外因性核酸(導入遺伝子)が導入された宿主細胞である。宿主細胞には、初代対象細胞とその子孫が含まれる。本明細書に記載の任意の二量体抗原受容体(DAR)またはその抗原結合部分の少なくとも一部をコードする外因性核酸は、宿主細胞に導入することができる。本明細書に記載の任意の二量体抗原受容体(DAR)またはその抗原結合部分の少なくとも一部を含む発現ベクターは、宿主細胞に導入することができ、宿主細胞は、本明細書に記載のDARまたはその抗原結合部分の少なくとも一部を含むポリペプチドを発現することができる。
本明細書で使用される「宿主細胞」もしくは「または宿主細胞の集団」という用語または関連する用語は、外来(外因性または導入遺伝子)核酸が導入された細胞(またはその集団)を指す。外来核酸は、導入遺伝子に作動可能に連結された発現ベクターを含むことができ、宿主細胞は、外来核酸(導入遺伝子)によってコードされる核酸および/またはポリペプチドを発現するために使用することができる。宿主細胞(またはその集団)は、培養細胞であってもよいし、対象から抽出されてもよい。宿主細胞(またはその集団)は、継代の回数に関係なく、初代対象細胞およびその子孫を含む。宿主細胞(またはその集団)には、不死化細胞株が含まれる。子孫細胞は、親細胞と比較して同一の遺伝物質を有していてもいなくてもよい。宿主細胞は子孫細胞を包含する。一実施形態では、宿主細胞は、本明細書に開示されるように、抗体を発現するように任意の方法で修飾、トランスフェクト、形質導入、形質転換および/または操作された任意の細胞(その後代を含む)を記載する。一例では、宿主細胞(またはその集団)に、本明細書に記載の所望の抗体またはその抗原結合部分をコードする核酸に作動可能に連結された発現ベクターを導入することができる。宿主細胞およびその集団は、宿主のゲノムに安定に組み込まれた発現ベクターを有することができるか、または染色体外発現ベクターを有することができる。一実施形態では、宿主細胞およびその集団は、数回の細胞分裂後に存在するか、または一過性に存在し、数回の細胞分裂後に失われる染色体外ベクターを有することができる。
トランスジェニック宿主細胞は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALENS、メガヌクレアーゼをはじめとする周知のデザイナーヌクレアーゼを含む非ウイルス法を使用して、またはCRISPR/Casを使用した遺伝子編集によって、調製することができる。導入遺伝子は、ジンクフィンガーヌクレアーゼを使用して宿主細胞のゲノムに導入することができる。ジンクフィンガーヌクレアーゼには、操作されたジンクフィンガーモチーフ由来のDNA結合ドメインに融合した制限エンドヌクレアーゼ(例えば、FokI)の非特異的エンドヌクレアーゼドメインをそれぞれ含有する一対のキメラタンパク質が含まれる。DNA結合ドメインは、宿主のゲノム内の特定の配列に結合するように操作することができ、エンドヌクレアーゼドメインは二本鎖切断を行う。ドナーDNAは、導入遺伝子、例えば本明細書に記載のCARまたはDAR構築物をコードする核酸のいずれか、および宿主細胞のゲノムの意図された挿入部位の両側の領域に相同な隣接配列を有する。宿主細胞のDNA修復機構は、相同DNA修復による導入遺伝子の正確な挿入を可能にする。トランスジェニック哺乳動物宿主細胞は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(米国特許第9,597,357号、同第9,616,090号、同第9,816,074号および同第8,945,868号)を使用して調製された。トランスジェニック宿主細胞は、正確な導入遺伝子挿入を送達することができる、DNA結合ドメインに融合した非特異的エンドヌクレアーゼドメインを含むという点で、ジンクフィンガーヌクレアーゼに類似する、TALEN(転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ)を使用して調製することができる。ジンクフィンガーヌクレアーゼと同様に、TALENもまた、宿主のDNAに二本鎖切断を導入する。トランスジェニック宿主細胞は、長さ約12~40塩基対の二本鎖DNA上の認識部位を認識する部位特異的な低頻度切断エンドヌクレアーゼとして作用するメガヌクレアーゼを使用して調製することができる。メガヌクレアーゼには、真核生物の単細胞生物のミトコンドリアおよび葉緑体で最も頻繁に見られるLAGLIDADG(配列番号52)ファミリーに由来するものが含まれる。ゲノムを修飾するために使用されるメガヌクレアーゼ系の例は、例えば、米国特許第9,889,160号に記載されている。トランスジェニック宿主細胞は、CRISPR(クラスター化して規則的に間隔を空けた短い回文配列リピート)を用いて調製することができる。
CRISPRは、標的特異的ドナーDNAの組み込みのために、ガイドRNAに結合したCasエンドヌクレアーゼを使用する。ガイドRNAは、標的DNAのgRNA結合領域の上流にプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)配列を含有する保存されたマルチヌクレオチドを含み、宿主細胞標的部位にハイブリダイズし、そこでCasエンドヌクレアーゼが二本鎖標的DNAを切断する。ガイドRNAは、特定の標的部位にハイブリダイズするように設計することができる。ジンクフィンガーヌクレアーゼおよびTALENと同様に、CRISPR/Casシステムを使用して、挿入部位と相同性を有する隣接配列を有するドナーDNAの部位特異的挿入を導入することができる。使用され得るCasエンドヌクレアーゼの非限定的な例としては、Cas9、Cas12a、CasX、ならびにCas9、Cas12a、およびCasXのバリアントを含む関連酵素、ならびにMAD7などの酵素およびそのバリアント、CeCpf1、PrCpf1、Lb2Cpf1、およびLb2Cpf1-KYなどが挙げられる。ゲノムを修飾するために使用されるCRISPR/Casシステムの例は、例えば米国特許第8,697,359号;同第10,000,772号;同第9,790,490号;および同第10,570,415号および米国特許出願公開第2020/0109382号、同第2021/0309981号、および同第2021/0155911号に記載されており、これらはすべて参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。CRISPR RNAガイドエンドヌクレアーゼの使用は、発現が不要または望ましくない可能性がある遺伝子を破壊するために使用することもでき、いくつかの実施形態では、CARまたはDAR構築物(GD2 DAR構築物など)の挿入は、TCR鎖をコードする遺伝子、例えばTRACまたはTRBC遺伝子を標的とすることができ、TCRがCARまたはDARを発現する細胞で発現されないようにすることができる。構築物の組み込み、遺伝子ノックアウトおよび標的遺伝子座における同時ノックイン/ノックアウトのためのCRISPR/Casシステムおよび方法は、例えば、米国特許出願公開第2020/0224160号;国際公開第2020/176740号および国際公開第2020/185867号に記載されており、これらはすべて、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
様々な実施形態では、トランスジェニック宿主細胞は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALENまたはCRISPR/Casシステムを使用して調製することができ、宿主標的部位は、TRAC遺伝子(T細胞受容体アルファ定常領域)であってよい。ドナーDNAは、例えば、本明細書に記載のCARまたはDAR構築物をコードする核酸のいずれかを含み得る。エレクトロポレーション、ヌクレオフェクションまたはリポフェクションを使用して、宿主細胞にドナーDNAをジンクフィンガーヌクレアーゼ、TALENまたはCRISPR/Casシステムと共送達することができる。
トランスジェニック宿主細胞は、宿主細胞(例えば、T細胞)に、CARまたはDAR構築物をコードする核酸を担持するレトロウイルスベクターを形質導入することによって調製することもできる。形質導入は、基本的に、Maら、2004 The Prostate 61:12-25;およびMaら、The Prostate 74(3):286-296,2014に記載されているように行うことができる(これらの開示は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。レトロウイルスベクターを、FuGene試薬(Promega、ウィスコンシン州マディソン)を使用してPhoenix-Eco細胞株(ATCC)にトランスフェクトして、エコトロピックレトロウイルスを作製し、その後、一過性ウイルス上清(エコトロピックウイルス)を回収して、PG13パッケージング細胞にGal-Vエンベロープを形質導入して、ヒト細胞に感染するレトロウイルスを作製することができる。PG13細胞からのウイルス上清は、CD3またはCD3/CD28活性化の2~3日後に活性化T細胞(またはPBMC)に形質導入するために使用することができる。活性化ヒトT細胞は、正常な健常ドナーの末梢血単核細胞(PBMC)を、製造業者のマニュアル通りに100ng/mlマウス抗ヒトCD3抗体OKT3(Orth Biotech,Rartian,NJ)または抗CD3、抗CD28 TransAct(Miltenyi Biotech、ドイツ)および300~1000U/ml IL2で、5%FBSを補充したAIM-V増殖培地(GIBCO-Thermo Fisher scientific、マサチューセッツ州ウォルサム)中で2日間活性化することによって調製することができる。約5×106個の活性化ヒトT細胞を、3mlのウイルス上清を用いて10ug/mlのレトロネクチン(Takara Bio USA)プレコート6ウェルプレートに形質導入し、1000gで約1時間約32℃で遠心分離することができる。形質導入後、形質導入されたT細胞は、5%FBSおよび300~1000U/mlのIL2を補充したAIM-V増殖培地で増殖させることができる。
宿主細胞は、原核生物、例えば大腸菌であり得るか、あるいはそれは真核生物、例えば単細胞真核生物(例えば、酵母または他の真菌)、植物細胞(例えば、タバコまたはトマト植物細胞)、哺乳動物細胞(例えば、ヒト細胞、サル細胞、ハムスター細胞、ラット細胞、マウス細胞または昆虫細胞)もしくはハイブリドーマであり得る。一実施形態では、宿主細胞に、所望の抗体をコードする核酸に作動可能に連結された発現ベクターを導入し、それにより、トランスフェクト/形質転換宿主細胞による抗体の発現に適した条件下で培養されるトランスフェクト/形質転換宿主細胞を生成することができ、必要に応じて、トランスフェクト/形質転換宿主細胞から抗体を回収するか(例えば、宿主細胞溶解液から回収)、または培養培地から回収することができる。一実施形態では、宿主細胞は、CHO、BHK、NS0、SP2/0、およびYB2/0をはじめとする非ヒト細胞を含む。一実施形態では、宿主細胞は、HEK293、HT-1080、Huh-7およびPER.C6をはじめとするヒト細胞を含む。宿主細胞の例としては、サル腎臓細胞のCOS-7株(ATCC CRL 1651)(Gluzmanら、1981,Cell 23:175参照)、L細胞、C127細胞、3T3細胞(ATCC CCL 163)、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞またはそれらの誘導体、例えば無血清培地中で増殖するVeggie CHOおよび関連細胞株(Rasmussenら、1998、Cytotechnology、28:31を参照)、またはDHFRが欠損したCHO株DX-B 11(Urlaubら、1980、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216-20参照)、HeLa細胞、BHK(ATCC CRL 10)細胞株、アフリカミドリザル腎臓細胞株CV1(ATCC CCL 70)由来のCV1/EBNA細胞株(McMahanら、1991,EMBO J.10:2821参照)、293,293 EBNAまたはMSR 293などのヒト胚性腎細胞、ヒト上皮A431細胞、ヒトColo 205細胞、他の形質転換霊長類細胞株、正常な二倍体細胞、初代組織のインビトロ培養に由来する細胞株、初代外植片、HL-60、U937、HaKまたはジャーカット細胞が挙げられる。一実施形態では、宿主細胞は、Y0、NS0またはSp20などのリンパ球系細胞を含む。一実施形態では、宿主細胞は哺乳動物宿主細胞であるが、ヒト宿主細胞ではない。通常、宿主細胞は、ポリペプチドコード核酸で形質転換またはトランスフェクトされ得る培養細胞であり、その後、宿主細胞で発現させることができる。「トランスジェニック宿主細胞」または「組換え宿主細胞」というフレーズは、発現させるかまたは発現させない外来性核酸が導入された(例えば、形質導入、形質転換、またはトランスフェクトされた)宿主細胞を示すために使用され得る。宿主細胞はまた、核酸を含むが、調節配列が核酸と作動可能に連結されるように宿主細胞に導入されない限り、その核酸を所望のレベルで発現しない細胞であり得る。宿主細胞という用語は、特定の対象細胞だけでなく、そのような細胞の子孫または潜在的子孫も指すことが理解される。例えば突然変異または環境の影響に起因して後続の世代で特定の修飾が起こる可能性があるため、そのような子孫は、実際には親細胞と同一でないかもしれないが、依然として本明細書中で使用される用語の範囲内に含まれる。DARまたはその抗原結合部分を含む1またはそれを超えるポリペプチドをコードする少なくとも1つの核酸に作動可能に連結されたベクター(例えば、発現ベクター)を有する宿主細胞または宿主細胞の集団が本明細書に記載される。
宿主細胞または宿主細胞の集団は、Tリンパ球(例えば、T細胞、制御性T細胞、ガンマデルタT細胞、および/または細胞傷害性T細胞)、NK(ナチュラルキラー)細胞、マクロファージ、樹状細胞、マスト細胞、好酸球、Bリンパ球、単球を含む。いくつかの実施形態では、宿主細胞はT細胞であり、GD2 DARを発現する細胞は、GD2 DAR-T細胞と呼ばれることがある。いくつかの実施形態では、宿主細胞はNK細胞であり、GD2 DARを発現する細胞は、GD2 DAR-NK細胞と呼ばれることがある。いくつかの実施形態では、NK細胞は、臍帯血由来NK細胞および/または胎盤由来NK細胞を含む。
本開示のポリペプチド(例えば、二量体抗原受容体(DAR))は、当技術分野で公知の方法を用いて作製することができる。一例では、ポリペプチドは、宿主細胞に導入され、発現を許容する条件下で宿主細胞によって発現される組換え発現ベクターに、ポリペプチドをコードする核酸配列(例えば、DNA)を挿入することによる組換え核酸法によって産生される。
組換え核酸操作のための一般的な技術は、例えば、SambrookらのMolecular Cloning:A Laboratory Manual,Vols.1-3,Cold Spring Harbor Laboratory Press,2ed.,1989またはF.AusubelらのCurrent Protocols in Molecular Biology(Green Publishing and Wiley-Interscience:New York,1987)および定期更新に記載されており、これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。ポリペプチドをコードする核酸(例えば、DNA)は、哺乳動物、ウイルスまたは昆虫の遺伝子に由来する1またはそれを超える適切な転写または翻訳調節エレメントを担持する発現ベクターに作動可能に連結されている。そのような調節エレメントには、転写プロモーター、転写を制御するための随意のオペレーター配列、適切なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列が含まれる。発現ベクターには、宿主細胞に複製能力を付与する起点または複製(origin or replication)を含めることができる。発現ベクターは、トランスジェニック宿主細胞(例えば、形質転換細胞)の認識を容易にする選択を付与する遺伝子を含むことができる。
組換えDNAは、タンパク質の精製に有用であり得る任意の種類のタンパク質タグ配列もコードすることができる。タンパク質タグの例には、限定されるものではないが、ヒスチジンタグ、FLAGタグ、mycタグ、HAタグ、またはGSTタグが含まれる。細菌、真菌、酵母および哺乳動物細胞の宿主と共に使用するための好適なクローニングベクターおよび発現ベクターは、Cloning Vectors:A Laboratory Manual(Elsevier,N.Y.,1985)に見出すことができる。
発現ベクター構築物は、宿主細胞に好適な方法を使用して宿主細胞に導入することができる。核酸を宿主細胞に導入するための様々な方法が当技術分野で公知であり、それには、限定されるものではないが、エレクトロポレーション:塩化カルシウム、塩化ルビジウム、リン酸カルシウム、DEAE-デキストラン、または他の物質を使用するトランスフェクション;ウイルストランスフェクション;非ウイルストランスフェクション;微小投射体の衝突;リポフェクション;および感染(例えば、ベクターが感染因子である場合)が含まれる。適切な宿主細胞には、原核生物、酵母、哺乳動物細胞、または細菌細胞が含まれる。
適切な細菌としては、グラム陰性またはグラム陽性生物、例えば大腸菌またはBacillus属の種が挙げられる。Saccharomyces種由来の酵母、例えば、S.cerevisiaeなども、ポリペプチドの産生に使用することができる。様々な哺乳動物または昆虫の細胞培養系を用いて組換えタンパク質を発現させることもできる。昆虫細胞における異種タンパク質の産生のためのバキュロウイルス系は、LuckowおよびSummersによって概説されている(Bio/Technology,6:47,1988)。適切な哺乳動物宿主細胞株の例としては、内皮細胞、COS-7サル腎臓細胞、CV-1、L細胞、C127、3T3、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)、ヒト胚性腎細胞、HeLa、293、293TおよびBHK細胞株が挙げられる。精製ポリペプチドは、適切な宿主/ベクター系を培養して組換えタンパク質を発現させることによって調製される。次いで、タンパク質を培養培地または細胞抽出物から精製する。二量体抗原受容体(DAR)またはその抗原結合部分を含むポリペプチド鎖はいずれも、トランスジェニック宿主細胞によって発現させることができる。
本明細書中に開示される抗体および抗原結合タンパク質は、細胞翻訳系を使用して産生することもできる。そのような目的のために、ポリペプチドをコードする核酸は、インビトロ転写を可能にしてmRNAを産生し、利用する特定の無細胞系(哺乳動物または酵母などの真核生物の無細胞翻訳系あるいは細菌などの原核生物の無細胞翻訳系)においてmRNAの無細胞翻訳を可能にするように修飾されなければならない。
本明細書に開示される様々なポリペプチドのいずれかをコードする核酸は、化学的に合成することができる。コドンの使用は、細胞における発現を改善するように選択することができる。そのようなコドンの使用は、選択される細胞型に依存することになる。特殊なコドン使用パターンが、大腸菌および他の細菌、ならびに哺乳動物細胞、植物細胞、酵母細胞および昆虫細胞について開発されている。例えば、Mayfieldら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA.2003 100(2):438-42;Sinclairら、Protein Expr.Purif.2002(1):96-105;Connell N D.Curr.Opin.Biotechnol.2001 12(5):446-9;Makridesら、Microbiol.Rev.1996 60(3):512-38;およびSharpら、Yeast.1991 7(7):657-78を参照されたい。
本明細書中に記載される抗体および抗原結合タンパク質はまた、化学合成によっても作製することができる(例えば、Solid Phase Peptide Synthesis,2nd ed.,1984,The Pierce Chemical Co.,Rockford,Illに記載されている方法による)。タンパク質に対する修飾は、化学合成によっても引き起こすことができる。
本明細書に記載の抗体および抗原結合タンパク質は、タンパク質化学の分野で一般に公知のタンパク質の単離/精製法によって精製することができる。非限定的な例としては、抽出、再結晶、塩析(例えば、硫酸アンモニウムまたは硫酸ナトリウムを用いて)、遠心分離、透析、限外濾過、吸着クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性クロマトグラフィー、順相クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、ゲル濾過、ゲル浸透クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、電気泳動、向流分布またはこれらの任意の組合せが挙げられる。精製後、ポリペプチドは、限定されるものではないが、濾過および透析をはじめとする当技術分野で公知の様々な方法のいずれかによって、異なる緩衝液に交換および/または濃縮することができる。
本明細書に記載の精製抗体および抗原結合タンパク質は、少なくとも65%純粋、少なくとも75%純粋、少なくとも85%純粋、少なくとも95%純粋、または少なくとも98%純粋である。純度の正確な数値にかかわらず、ポリペプチドは医薬品として使用するのに十分に純粋である。本明細書に記載の二量体抗原受容体(DAR)またはその抗原結合部分はいずれも、トランスジェニック宿主細胞によって発現させ、その後、当技術分野で公知の任意の方法を使用して約65~98%の純度または高レベルの純度に精製することができる。
特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体および抗原結合タンパク質(例えば、DAR)は、翻訳後修飾をさらに含むことができる。例示的な翻訳後タンパク質修飾としては、リン酸化、アセチル化、メチル化、ADP-リボシル化、ユビキチン化、グリコシル化、フコシル化(afucosylation)、カルボニル化、SUMO化、ビオチン化またはポリペプチド側鎖または疎水性基の付加が挙げられる。結果として、修飾されたポリペプチドは、脂質、多糖類または単糖類、およびリン酸塩などの非アミノ酸要素を含有することがある。一実施形態では、グリコシル化は、1またはそれを超えるシアル酸部分をポリペプチドにコンジュゲートさせるシアル化であり得る。シアル酸部分は、溶解度および血清半減期を改善する一方で、タンパク質の可能性のある免疫原性も低下させる。Rajuら、Biochemistry.2001:31;40(30):8868-76を参照されたい。
一実施形態では、本明細書に記載の二量体抗原受容体(DAR)は、可溶性ポリペプチドになるように修飾することができ、これは抗体および抗原結合タンパク質を非タンパク質性ポリマーに連結することを含む。一実施形態では、非タンパク質性ポリマーは、ポリエチレングリコール(「PEG」)、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンを、米国特許第4,640,835号;同第4,496,689号;同第4,301,144号;同第4,670,417号;同第4,791,192号または同第4,179,337号に記載のような方法で含む。
本開示は、薬学的に許容され得る賦形剤との混合物中に本明細書に記載されるDAR発現細胞のいずれかを含む治療用組成物を提供する。賦形剤は、担体、安定剤および賦形剤を包含する。薬学的に許容され得る賦形剤の賦形剤には、例えば、不活性希釈剤または増量剤(例えば、スクロースおよびソルビトール)、塩、緩衝剤、安定化剤、保存剤、凍結保護剤、非イオン性界面活性剤、抗酸化剤および等張剤が含まれる。
治療用組成物およびそれらを調製する方法は当技術分野で周知であり、例えば「Remington:The Science and Practice of Pharmacy」(20th ed.,ed.A.R.Gennaro A R.,2000,Lippincott Williams&Wilkins,Philadelphia,Pa.)に見出される。治療用組成物は、非経口投与用に製剤化することができ、例えば、賦形剤、滅菌水、生理食塩水、ポリエチレングリコールなどのポリアルキレングリコール、植物起源の油、または水素化ナフタレンを含有することができる。生体適合性で生分解性のラクチドポリマー、ラクチド/グリコリドコポリマー、またはポリオキシエチレン-ポリオキシプロピレンコポリマーは、本明細書に記載の抗体(またはその抗原結合タンパク質)の放出を制御するために使用することができる。ナノ粒子製剤(例えば、生分解性ナノ粒子、固体脂質ナノ粒子、リポソーム)は、抗体(またはその抗原結合タンパク質)の体内分布を制御するために使用することができる。他の潜在的に有用な非経口送達系としては、エチレン-酢酸ビニル共重合体粒子、浸透圧ポンプ、埋め込み型注入系およびリポソームが挙げられる。製剤中の抗体(またはその抗原結合タンパク質)の濃度は、投与される薬物の投与量および投与経路をはじめとする、いくつかの因子に応じて変化する。
本明細書中に記載のGD2 DAR発現細胞はいずれも、非毒性の酸付加塩などの薬学的に許容され得る塩の溶液で投与することができる。酸付加塩の例としては、酢酸、乳酸、パモ酸、マレイン酸、クエン酸、リンゴ酸、アスコルビン酸、コハク酸、安息香酸、パルミチン酸、スベリン酸、サリチル酸、酒石酸、メタンスルホン酸、トルエンスルホン酸またはトリフルオロ酢酸などの有機酸;タンニン酸、カルボキシメチルセルロースなどの高分子酸;塩酸、臭化水素酸、硫酸リン酸などの無機酸が挙げられる。DAR発現細胞は、例えば、細胞培養培地、PBS、HBSS、リンガー液またはタイロード液を含む組成物中に提供されてもよく、細胞集団の生存力または安定性を維持する、またはDAR発現細胞の増殖を可能にする成長因子または他のタンパク質を含んでもよい。
本明細書で使用される「対象」という用語は、脊椎動物、哺乳動物、および非哺乳動物を含むヒトおよび非ヒト動物を指す。一実施形態では、対象は、ヒト、非ヒト霊長類、サル、類人猿、ネズミ(例えば、マウスおよびラット)、ウシ、ブタ、ウマ、イヌ、ネコ、ヤギ、オオカミ、カエルまたは魚であり得る。
「投与する」、「投与された」という用語および文法的変形は、当業者に公知の様々な方法および送達系のいずれかを使用した、対象への薬剤の物理的導入を指す。GD2 DAR発現細胞を含む本明細書に開示される製剤の例示的な投与経路としては、例えば注射または注入による静脈内、筋肉内、皮下、腹腔内、脊髄または他の非経口投与経路が挙げられる。本明細書で使用される「非経口投与」というフレーズは、通常は注射による経腸投与および局所投与以外の投与様式を意味し、限定されるものではないが、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内の注射および注入、ならびにインビボエレクトロポレーションを含む。一実施形態では、製剤は、非経口経路を介して、例えば経口的に投与される。他の非経口経路としては、局所、表皮または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内、膣内、直腸、舌下または局所が挙げられる。投与は、例えば、1回、複数回、および/または1またはそれを超える長期間にわたって行うこともできる。本明細書に記載されるGD2 DAR発現細胞はいずれも、当該分野で公知の方法および送達経路を使用して対象に投与することができる。
「有効量」、「治療有効量」もしくは「有効用量」という用語または関連する用語は互換的に使用されることがあり、対象に投与された場合、腫瘍もしくは癌抗原発現に関連する疾患または障害の測定可能な改善または予防をもたらすのに十分である、本明細書に記載のDAR発現細胞のいずれかの量を指す。本明細書で提供されるDAR-TまたはDAR-NK細胞の治療有効量は、単独でまたは組み合わせて使用される場合、抗体および組合せの(例えば、細胞増殖の阻害における)相対活性に応じて、ならびに処置される対象および疾患症状、対象の体重および年齢および性別、対象の疾患症状の重症度、投与様式などに応じて変化し、これらは当業者によって容易に決定することができる。
一実施形態では、治療有効量は、処置される対象および処置される障害の特定の態様によって決まり、既知技術を使用して当業者によって確認され得る。一般に、DARを発現する細胞(例えば、GD2 DAR-T細胞またはGD2 DAR-NK細胞)は、事前のリンパ球枯渇の有無にかかわらず、約1×103~1×1012細胞/kgでヒト対象に投与される。DAR-T細胞は、毎日(例えば、1日1回、2回、3回、または4回)またはより少ない頻度(例えば、毎週、2週間ごと、3週間ごと、毎月、または四半期ごと)で投与されてよい。さらに、当技術分野で公知のように、年齢、ならびに体重、全身の健康状態、性別、食事、投与時間、薬物相互作用、および疾患の重症度の調整が必要な場合がある。
一実施形態では、治療有効量は、対象に投与される体重1kg当たり約103~1012個のDAR-T細胞の用量を含む。一実施形態では、トランスジェニック宿主細胞は、本明細書に記載のDARのいずれかを含むポリペプチド鎖を発現する1またはそれを超える発現ベクターを有する。治療有効量は、既知技術を使用して当業者によって確認され得る、治療有効量および処置される疾患/障害を受ける対象を考慮することによって決定することができる。治療有効量は、年齢、体重、全身の健康状態、性別、食事、投与時間、薬物相互作用、および疾患/障害の重症度などの、対象に関係する因子を考慮することができる。治療有効量は、トランスジェニック宿主細胞の純度を考慮することができ、これは約65%~98%またはそれよりも高い純度であり得る。治療有効量のトランスジェニック宿主細胞は、一定期間にわたって少なくとも1回、または2回、3回、4回、5回、またはそれを超える回数、対象に投与することができる。期間は、1日、1週間、1ヶ月、または1年とすることができる。対象に投与されるトランスジェニック細胞の治療有効量は、毎回同じであってもよいし、投与事象ごとに増加または減少してもよい。治療有効量のトランスジェニック細胞は、トランスジェニック宿主細胞の投与前の腫瘍サイズまたは癌細胞数と比較して、癌細胞の腫瘍サイズまたは数が5%~90%またはそれを超えて減少するまで、対象に投与することができる。
本開示は、1またはそれを超える腫瘍関連抗原の発現または過剰発現に関連する疾患/障害を有する対象を処置する方法を提供する。疾患は、腫瘍関連抗原、例えばGD2抗原を発現する癌または腫瘍細胞を含む。一実施形態では、癌または腫瘍には、神経芽細胞腫、黒色腫、小細胞肺癌、髄芽腫、星状細胞腫、骨肉腫および他の軟部組織肉腫が含まれる。
GD2二量体抗原受容体
GD2二量体抗原受容体
本開示は、GD2に結合するFabフラグメントを共に含む2つのポリペプチドを含む二量体抗原受容体(DAR)を提供し、Fabフラグメントは、第2ポリペプチドの成分である単一の膜貫通領域および細胞内領域に連結されている。本明細書で提供されるDARは、別々のポリペプチド鎖上に抗体重鎖可変領域および抗体軽鎖可変領域を含み、重鎖可変領域および軽鎖可変領域は抗原結合ドメインを形成する。本開示は、互いに会合して、GD2分子(例えば、標的抗原)に結合する抗原結合ドメインを形成する第1および第2ポリペプチド鎖を有する二量体抗原受容体(DAR)を提供する。一実施形態では、GD2は、腫瘍、例えばヒト神経芽細胞腫および黒色腫を含む神経外胚葉起源の腫瘍で過剰発現する。
いくつかの実施形態では、GD2 DARは、Fabフラグメントと膜貫通領域との間に任意のヒンジ領域を含み、ヒンジ領域は、第1ポリペプチドの膜貫通領域のN末端である。いくつかの態様では、本明細書で提供されるGD2 DARを発現する宿主細胞は、同じ抗GD2抗体のscFvフォーマットを有するCARを発現する宿主細胞と比較して、GD2陽性標的細胞に応答して、例えばクローン増殖、サイトカイン放出、および/または細胞傷害性において、より大きな特異性を示すことができる。
本開示は、膜貫通ドメインを含む1つのポリペプチド鎖上の抗体重鎖可変領域および膜貫通ドメインを含まない別個のポリペプチド鎖上の抗体軽鎖可変領域、あるいは膜貫通ドメインを含む1つのポリペプチド鎖上の軽鎖可変領域および膜貫通ドメインを含まない別個のポリペプチド鎖上の重鎖可変領域を含む、GD2 DARを提供する。DARを構成する2つのポリペプチド鎖は、例えば、細胞の外部のその抗体定常領域を介して二量体化し、タンパク質複合体を形成することができる。DARは、標的抗原に特異的に結合するため、抗体様特性を有する。二量体抗原受容体は、指向性細胞治療に使用される細胞によって発現させることができる。
本開示は、抗原結合細胞外部分、随意のヒンジ部分、膜貫通部分、ならびに共刺激領域および/または細胞内シグナル伝達領域を有する細胞内部分を有するGD2 DAR構築物を発現するように操作されたトランスジェニックT細胞を提供する。細胞外部分は、GD2発現疾患細胞に結合する高い親和性および結合活性を示し、T細胞の活性化および疾患細胞の死滅をもたらす一方で、正常細胞を温存する。GD2 DARの細胞内部分は、抗原結合時にT細胞活性化を媒介する共刺激領域および/またはシグナル伝達領域を含み、これはT細胞増殖の増強、メモリーT細胞の形成および/またはT細胞の消耗の低減をもたらし得る。本明細書には、細胞内共刺激性領域およびシグナル伝達領域のタイプおよび数が異なるGD2 DARの複数の配置が記載されており、強力で迅速なエフェクター応答を生成するため、および/または、より長く持続するメモリーT細胞集団を生成するための、GD2 DAR(例えば、細胞内4-1BB共刺激領域を含むGD2 DAR)を設計する際の柔軟性を提供する。
本開示は、第1ポリペプチド鎖および第2ポリペプチド鎖を有するGD2 DARを提供し、第1ポリペプチド鎖は抗体の重鎖可変領域を含み、第2ポリペプチド鎖は抗体の軽鎖可変領域を含み、第1ポリペプチド鎖および第2ポリペプチド鎖の両方が細胞によって発現される場合、第1ポリペプチド鎖は、遺伝子操作された細胞の外側の領域で1つまたは複数のジスルフィド結合によって第2ポリペプチド鎖に連結される。いくつかの実施形態では、GD2 DARは、抗体重鎖可変ドメイン領域および重鎖CH1領域、随意のヒンジ領域、膜貫通領域、および2~5個のシグナル伝達ドメインを有する細胞内領域を順に含む第1ポリペプチド鎖と、κまたはλ軽鎖定常領域であってよい対応する軽鎖定常領域(CL)を有する抗体軽鎖可変ドメイン領域を含む第2ポリペプチド鎖とを含み、ここで第1および第2の各ポリペプチド鎖のCH1領域とCL領域は、1つまたは2つのジスルフィド結合で連結され得る(例えば、図1Aおよび図1Bを参照)。
本開示はまた、第1ポリペプチド鎖および第2ポリペプチド鎖を有するGD2 DARを提供し、第1ポリペプチド鎖は抗体の軽鎖可変領域を含み、第2ポリペプチド鎖は抗体の重鎖可変領域を含み、第1ポリペプチド鎖および第2ポリペプチド鎖の両方が同じ細胞によって発現される場合、第1ポリペプチド鎖は、形質導入細胞の外側の領域で1つまたは複数のジスルフィド結合によって第2ポリペプチド鎖に連結される。いくつかの実施形態では、GD2 DAR構築物は、κまたはλ軽鎖定常領域であってよい対応する軽鎖定常(CL)領域を有する抗体軽鎖可変ドメイン領域、それに続いてヒンジ領域、膜貫通領域、および2~5個のシグナル伝達ドメインを有する細胞内領域を順に含む第1ポリペプチド鎖と、抗体重鎖可変ドメイン領域およびCH1領域を含む第2ポリペプチド鎖とを含み、ここで第1および第2ポリペプチド鎖のCLおよびCH1領域は、1つまたは2つのジスルフィド結合で連結され得る(例えば、図1Cおよび1Dを参照)。いくつかの実施形態では、GD2 DAR構築物は、κまたはλ軽鎖定常領域であってよい対応する軽鎖定常(CL)領域を有する抗体軽鎖可変ドメイン領域、それに続いてヒンジ領域、膜貫通領域、および2~5個のシグナル伝達ドメインを有する細胞内領域を順に含む第1ポリペプチド鎖と、抗体重鎖可変ドメイン領域およびCH1領域を含む第2ポリペプチド鎖から本質的になり、ここで第1および第2ポリペプチド鎖のCLおよびCH1領域は、1つまたは2つのジスルフィド結合で連結され得る。
GD2 DARの第1ポリペプチド鎖は、例えば、配列番号2によるマウス14.18(14.18)重鎖可変領域;配列番号3によるヒト化14.18(hu14.18)重鎖可変領域;キメラ3F8(ch3F8)重鎖可変領域;またはヒト化3F8(hu3F8)重鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変領域を含み得る。抗体重鎖定常領域は、ヒト抗体重鎖定常領域、例えばヒトCH1ドメイン(例えば、配列番号4)に由来する配列を含む。様々な実施形態では、抗体重鎖定常領域は、IgM、IgA、IgG、IgEまたはIgD抗体に由来し得る。GD2 DARの第2ポリペプチド鎖は、例えば、配列番号5によるマウス14.18(14.18)軽鎖可変領域;配列番号6によるヒト化14.18(hu14.18)軽鎖可変領域、;キメラ3F8(ch3F8)軽鎖可変領域;またはヒト化3F8(hu3F8)軽鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変領域を含み得る。抗体軽鎖定常領域は、ヒト抗体軽鎖定常領域、例えばκまたはλCLドメイン(例えば、配列番号7または配列番号8)であり得るヒトCLドメインに由来する配列を含み得る。
上記の代わりに、GD2 DARの第1ポリペプチド鎖は、例えば、配列番号5によるマウス14.18(14.18)軽鎖可変領域;配列番号6によるヒト化14.18(hu14.18)軽鎖可変領域、;キメラ3F8(ch3F8)軽鎖可変領域;またはヒト化3F8(hu3F8)軽鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変領域を含み得る。抗体軽鎖定常領域は、ヒト抗体軽鎖定常領域、例えばκまたはλCLドメイン(例えば、配列番号7または配列番号8)であり得るヒトCLドメインに由来する配列を含み得る。GD2 DARの第2ポリペプチド鎖は、例えば、配列番号2によるマウス14.18(14.18)重鎖可変領域;配列番号3によるヒト化14.18(hu14.18)重鎖可変領域;キメラ3F8(ch3F8)重鎖可変領域;またはヒト化3F8(hu3F8)重鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変領域を含み得る。抗体重鎖定常領域は、ヒト抗体重鎖定常領域、例えばヒトCH1ドメイン(例えば、配列番号4)に由来する配列を含む。一実施形態では、抗体重鎖定常領域は、IgM、IgA、IgG、IgEまたはIgD抗体に由来し得る。
本明細書で提供されるGD2 DARは、ヒンジ領域を有していても有していなくてもよい。いくつかの実施形態では、GD2 DARは、ヒンジ領域を含み、ヒンジ領域は、約10~約120アミノ酸長である。いくつかの非限定的な例では、ヒンジ領域は、CD28ヒンジ領域またはそのフラグメント(例えば、配列番号9)、CD8αヒンジ領域またはそのフラグメント(例えば、配列番号10)、CD28とCD8のヒンジ領域を組み合わせたヒンジ領域(例えば、配列番号11)、あるいは抗体の定常ドメインCH1およびCH2を結合する抗体のヒンジ領域(IgG、IgA、IgM、IgE、またはIgD)、あるいはこれらのいずれかに対して少なくとも95%、96%、97%、98%、または99%を有する、そのいずれかに由来するヒンジ領域であり得る。抗体に由来するヒンジ領域は、抗体またはそのアミノ酸配列の1またはそれを超える定常領域を含んでもよく、含まなくてもよい。
様々な実施形態では、膜貫通ドメインは、CD8α(例えば、配列番号13)、CD8β、4-1BB/CD137、CD28(例えば、配列番号12)、CD34、CD4、FcεRIγ、CD16、OX40/CD134、CD3ζ、CD3ε、CD3γ、CD3δ、TCRα、TCRβ、TCRζ、CD32、CD64、CD64、CD45、CD5、CD9、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD137、CD154、LFA-1 T細胞共受容体、CD2 T細胞共受容体/接着分子、CD40、CD4OL/CD154、VEGFR2、FASおよびFGFR2Bからなる群から選択される膜タンパク質配列領域に由来し得る。
様々な実施形態では、シグナル伝達領域は、CD3-ζ鎖、4-1BB(例えば、配列番号16)、CD28(例えば、配列番号17)、CD27、OX40(例えば、配列番号18)、CD30、CD40、PD-1、ICOS、リンパ球機能関連抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、GITR(TNFRSF18)、DR3(TNFRSF25)、TNFR2、CD226、およびそれらの組合せからのシグナル伝達領域からなる群から選択することができる。例えば、DARの第1ポリペプチドのシグナル伝達領域は、これらのシグナル伝達領域のいずれかに由来する2つまたは3つのシグナル伝達領域を有し得る。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるGD2 DARは、CD3ζシグナル伝達領域(配列番号19)のITAM1、ITAM、2および/またはITAM3を有するCD3ζに由来するシグナル伝達領域を含むシグナル伝達領域を有し、非限定的な例として、4-1BB(配列番号16)、CD28(配列番号17)またはOX40(配列番号18)共刺激ドメインであり得る少なくとも1つのさらなるシグナル伝達領域(または共刺激シグナル伝達ドメイン)を有する。いくつかの実施形態では、細胞内領域は、CD28共刺激領域(例えば、配列番号17)およびCD3-ζ細胞内シグナル伝達配列(例えば、配列番号19、配列番号20、配列番号21または配列番号22)、または4-1BB共刺激およびCD3-ζ細胞内シグナル伝達配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達領域のCD3-ζ部分は、ITAM(免疫受容活性化チロシンモチーフ)モチーフ1、2および3(例えば、長いCD3-ζ)を含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達領域のCD3-ζ部分は、ITAMモチーフの1つのみ、例えばITAM1、2または3のみ(例えば、短鎖CD3-ζ)を含む。
一実施形態では、ヒンジ領域は、配列番号9のアミノ酸配列を含むCD28ヒンジ、または配列番号10のアミノ酸配列を含むCD8ヒンジ、または配列番号11のCD28およびCD8ヒンジ配列を含むヒンジ領域(例えば、長いヒンジ)を含む。一実施形態では、第1ポリペプチドはヒンジ領域を欠く。一実施形態では、膜貫通領域は、配列番号12(CD28由来);配列番号13(CD8由来);配列番号14(4-1BB由来);または配列番号15(CD3ζ由来)のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、細胞内領域は、配列番号16(4-1BB由来);配列番号17(CD28由来);配列番号18(OX40由来);配列番号19(CD3ζITAM1、2および3);配列番号20(CD3ζITAM1);配列番号21(CD3ζITAM2);および/または配列番号22(CD3ζITAM3)からなる群から選択される細胞内配列のいずれか1つまたは2またはそれを超える任意の組合せからのアミノ酸配列を含む。一実施形態では、第1ポリペプチド鎖は、配列番号23、24もしくは25のアミノ酸配列を含むリーダー配列を含むか、または第1ポリペプチドはリーダー配列を欠く。
第1および第2のDARポリペプチド(例えば、図2A~D)の一方または両方の前駆体ポリペプチドを含む、本明細書に記載のGD2 DARをコードする核酸分子も提供される。様々な実施形態では、GD2 DARコード配列は、発現カセット内で、真核細胞で機能するプロモーターなどのプロモーターに作動可能に連結させることができる。
本明細書で提供されるGD2 DARをコードする核酸配列を含むように遺伝子操作された宿主細胞がさらに含まれる。細胞は、様々な実施形態において、T細胞受容体発現についてノックアウトすることができ、非限定的な例として、T細胞またはNK細胞、例えばヒトT細胞またはNK細胞であり得る。遺伝子操作された細胞は、初代細胞であり得る。本明細書に記載のGD2 DARを発現するように遺伝子操作された細胞、例えばT細胞またはNK細胞の集団は、集団の細胞の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%または少なくとも50%がGD2 DARを発現する集団であり得る。本明細書に記載のGD2 DARを発現するように遺伝子操作されたT細胞またはNK細胞などの細胞の集団は、集団の細胞の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%または少なくとも50%がGD2 DARを発現し、T細胞受容体を発現しない、例えば内因性T細胞受容体を発現しない集団であり得る。
GD2 DARを発現する本明細書で提供される宿主細胞は、例えばPBS、HBSS、リンガー液またはタイロード液を含む緩衝液、塩溶液または細胞培地製剤中に医薬組成物として提供することができる。本明細書で提供されるGD2 DARを発現する宿主細胞を含む組成物は、凍結保護剤、例えばDMSO、グリセロールまたは糖アルコールをさらに含むことができ、組成物は凍結組成物として提供することができる。本明細書で提供されるGD2 DARを発現する宿主細胞を含む組成物は、必要に応じて、タンパク質、ペプチド、糖、脂質、ポリマー、抗酸化剤、酵素、小分子または細胞の安定性、生存性もしくは機能性に寄与し得る他の化合物を含むことができ、かつ/あるいは、限定されるものではないが、抗体(抗体ドメインを有する操作されたポリペプチドを含む)、サイトカイン、成長因子または小分子を含む、治療上の利益を提供し得る1またはそれを超える化合物を含むことができる。
本明細書で提供されるGD2 DARを発現する宿主細胞は、癌、例えば、神経芽腫、黒色腫、小細胞肺癌、髄芽腫、星状細胞腫または骨肉腫を有する対象を処置する方法において使用することができる。T細胞は、内因性T細胞受容体発現を欠く可能性があり、いくつかの実施形態では、処置されている対象に関して同種異系であってよい。本方法は、本明細書で提供されるGD2 DARをコードする少なくとも1つの核酸配列を含む、有効量の宿主細胞集団を対象に投与するステップを含み得る。投与は、任意の実際的な経路を介して行うことができる。いくつかの例では、投与は静脈内投与である。いくつかの例では、投与には、腫瘍内注射または腫瘍周囲注射などの注射が含まれ得る。いくつかの実施形態では、1つまたは複数の投薬量のGD2 DAR T細胞集団を、癌の発症または検出後に、必要に応じて疾患の処置に必要な期間にわたって投与することができる。
実施例
以下の実施例は、例示を意図しており、本開示の実施形態をさらに理解するために使用することができる。それらは、決して本教示の範囲を限定すると解釈されるべきではない。
実施例1.腫瘍細胞株におけるGD2の発現。
以下の実施例は、例示を意図しており、本開示の実施形態をさらに理解するために使用することができる。それらは、決して本教示の範囲を限定すると解釈されるべきではない。
実施例1.腫瘍細胞株におけるGD2の発現。
フローサイトメトリーを使用して、アロフィコシアニン(APC)に結合させた抗GD2抗体を用いて、細胞株NCI-H524(GD2+)(小細胞肺癌)SK-MEL-5(GD2+)(黒色腫);K562(GD2-)(赤白血病(CML));H460(GD2+)(非小細胞肺癌)のGD2を検出した。対照実験では、細胞をAPCに結合させたIgGと共にインキュベートした。図3は、H524およびSK-MEL-5には検出可能なGD2発現があるのに対し、K562およびH460では細胞表面に検出可能なGD2が少ないかまたは全くないことを示している。
実施例2.ヒトPBMC細胞および初代T細胞の単離。
実施例2.ヒトPBMC細胞および初代T細胞の単離。
初代ヒトT細胞は、健康なヒトドナーから、バフィーコート(San Diego血液バンク)、新鮮血または白血球除去製品(StemCell Technologies,Vancouver,CA)のいずれかから単離した。末梢血単核細胞(PBMC)は、密度勾配遠心分離によって単離した。いくつかの実験では、単離されたT細胞ではなくPBMCにGD2 DARおよびCAR構築物をトランスフェクトした。
T細胞を、EASYSEP Human T Cell Isolation Kit(StemCell Technologies)を使用した磁気陰性選択によって、またはDYNABEADS Human T-Expander CD3/CD28(Thermo Fisher Scientific、米国マサチューセッツ州ウォルサム)による陽性選択および活性化によって、製造業者の指示に従ってPBMCから単離した。
いくつかのトランスフェクションでは、被覆細胞培養フラスコ中でPBMCを1~2時間プレーティングすることによって単球を除去した後、T細胞をPBMCから増殖させ、その後、非接着性リンパ球をフラスコから洗浄し、次いで、製造業者の指示に従って新しいフラスコ中でT細胞TRANSACT(Miltenyi Biotec,Bergisch Gladbach,ドイツ)で活性化した。
単離したT細胞または単球を除去したPBMCから増殖させたT細胞集団を、新たに単離するか、またはCARもしくはDAR構築物によるトランスフェクションのために凍結保存から解凍した。細胞を、300U/mL IL-2(Proleukin)を含む5% CTS Immune Cell SR(Thermo Fisher Scientific)を補充したCTS OPTMIZER T Cell Expansion SFM中で106細胞/mLの密度で培養した。前駆体抗GD2 CARまたは前駆体抗GD2 DARのいずれかをコードする核酸分子によるトランスフェクションの前に、細胞を3uL/106細胞/mLのT細胞TRANSACT(CD3およびCD28アゴニストを含有、Miltenyi Biotec)で2~3日間活性化した。
実施例3.T細胞受容体ノックアウト/DAR-T細胞の調製。
実施例3.T細胞受容体ノックアウト/DAR-T細胞の調製。
活性化T細胞(約9×106(9e6)細胞)または場合によってはPBMCを、GD2 DARまたはGD2 CARのいずれかをコードする核酸でトランスフェクトした。CRISPR技術を使用して、CARまたはDAR 構築物をTRAC(T細胞受容体α定常)遺伝子(TRA遺伝子、NCBI Gene ID:6955としても公知)に直接挿入して、操作されたGD2受容体がゲノムに安定に組み込まれ、細胞表面で発現される細胞においてT細胞受容体がノックアウトされるようにした。
初代T細胞またはPBMCに導入された2つのGD2 DAR構築物は、DARの第1および第2のポリペプチド鎖の抗体ドメインの配列のみが異なっていた。GD2-14.18 DARには、抗GD2抗体14.18の重鎖および軽鎖可変領域が含まれていた(Mujooら(1989)Cancer Research 49:2857-2861)。GD2-14.18 DARの第1ポリペプチドは、ヒト重鎖定常領域(配列番号4)に連結された抗GD2モノクローナル抗体14.18重鎖可変領域(配列番号2)を含み、GD2-14.18 DARの第2ポリペプチドは、ヒトκ軽鎖定常領域(配列番号7)に連結された抗GD2モノクローナル抗体14.18軽鎖可変領域(配列番号5)を含んでいた。GD2-hu14.18 DARには、ヒト化抗GD2抗体hu14.18の重鎖および軽鎖可変領域が含まれていた(米国特許第7,169,904号)。GD2-hu14.18 DARの第1ポリペプチドは、ヒト重鎖定常領域(配列番号4)に連結された抗GD2ヒト化抗体hu14.18重鎖可変領域(配列番号3)を含み、GD2-hu14.18 DARの第2ポリペプチドは、ヒトκ軽鎖定常領域(配列番号7)に連結された抗GD2ヒト化抗体hu14.18軽鎖可変領域(配列番号6)を含んでいた。
これらのGD2 DARの両方が、同一の配置(図1A)ならびに同一のヒンジ、膜貫通領域および細胞内領域を有していた。
GD2-14.18 DARの第1ポリペプチドには、N末端からC末端に向かって、配列番号2の14.18抗体重鎖可変領域、続いて重鎖CH1領域(配列番号4)、CD28のヒンジ領域(配列番号9)、CD28の膜貫通領域(配列番号12)、4-1BBの共刺激細胞内ドメイン(配列番号16)、およびITAM1、2、および3を含むCD3ζの内部シグナル伝達ドメイン(配列番号19)が含まれていた。GD2-14.18 DARの第2ポリペプチドは、N末端からC末端に向かって、配列番号5の14.18抗体軽鎖可変領域と、それに続く軽鎖CLκ領域(配列番号7)を含んでいた。第1および第2のポリペプチドをコードする核酸構築物には、それぞれ宿主細胞の膜への組み込みおよび宿主細胞からの分泌のための前駆体ポリペプチドの合成のために、第1および第2のポリペプチドのN末端にシグナルペプチドをコードする配列が含まれた:配列番号23をコードする配列は、第1ポリペプチドのVHドメインをコードする配列に先行し、配列番号24をコードする配列は、第2ポリペプチドのVLドメインをコードする配列に先行した。シグナルペプチドを含む2つの前駆体ポリペプチドは、第1ポリペプチドをコードする配列と第2ポリペプチドをコードする配列とがT2Aアミノ酸配列(配列番号26)をコードする配列によって連結された、単一の転写単位によってコードされ、それにより、単一の転写産物によってコードされる2つのポリペプチドは、翻訳され、2つの成熟ポリペプチド(配列番号32および配列番号33)にプロセシングされ、細胞の外側でその抗体定常領域を介してジスルフィド結合を介して会合してDARとなる。T2A配列(配列番号30)によって連結された2つの前駆体ポリペプチドをコードする核酸配列は、配列番号31として提供される。配列番号31の核酸配列は、T細胞にトランスフェクトされる発現カセットを提供するために、JeTプロモーター(配列番号39)に作動可能に連結された。
GD2-hu14.18 DARをコードする第2のGD2 DAR構築物には、抗GD2抗体hu14.18の重鎖および軽鎖可変領域が含まれていた。GD2-hu14.18 DARの第1ポリペプチドには、N末端からC末端に向かって、配列番号3のhu14.18重鎖可変領域、続いて重鎖CH1領域(配列番号4)、CD28のヒンジ領域(配列番号9)、CD28の膜貫通領域(配列番号12)、4-1BBの共刺激細胞内ドメイン(配列番号16)、およびITAM1、2、および3を含むCD3ζの内部シグナル伝達ドメイン(配列番号19)が含まれていた。GD2-hu14.18 DARの第2ポリペプチドは、N末端からC末端に向かって、配列番号6のhu14.18軽鎖可変領域と、それに続く軽鎖CLκ領域(配列番号7)を含んでいた。第1および第2のポリペプチドをコードする核酸構築物には、それぞれ宿主細胞の膜への組み込みおよび宿主細胞からの分泌のための前駆体ポリペプチドの合成のために、第1および第2のポリペプチドのN末端にシグナルペプチドをコードする配列が含まれた:配列番号23をコードする配列は、第1ポリペプチドのVHドメインをコードする配列に先行し、配列番号24は、第2ポリペプチドのVHドメインをコードする配列に先行した。シグナルペプチドを含む2つの前駆体ポリペプチドは、第1ポリペプチドをコードする配列と第2ポリペプチドをコードする配列とがT2Aアミノ酸(配列番号26)をコードする配列によって連結された、単一の転写単位によってコードされ、それにより、単一の転写産物によってコードされる2つのポリペプチドは、翻訳され、2つの成熟ポリペプチド(配列番号36および配列番号37)にプロセシングされ、細胞の外側でその抗体定常領域を介してジスルフィド結合を介して会合してDARとなる。T2A配列によって連結されたGD2 hu14.18 DARの2つのポリペプチドをコードする核酸配列を、配列番号35として提供する。配列番号35の核酸配列は、T細胞にトランスフェクトされる発現カセットを提供するために、JeTプロモーター(配列番号39)に作動可能に連結された。
また、GSリンカー(配列番号38)によって連結された、配列番号2および配列番号5の抗GD2 14.18抗体重鎖および軽鎖配列に基づくscFvを、CD28ヒンジ領域(配列番号9)、CD28膜貫通領域(配列番号12)、およびCD28共刺激ドメイン(配列番号17)、ならびにCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン(配列番号19)に連結した、GD2 CAR構築物も生成された。別の構築物には、同じGSリンカー(配列番号38)によって連結され、同様にCD28ヒンジ領域(配列番号9)、CD28膜貫通領域(配列番号12)、CD28共刺激ドメイン(配列番号17)、およびCD3ζ細胞内シグナル伝達ドメイン(配列番号19)にも連結された、配列番号3および配列番号6のhu14.18抗体重鎖および軽鎖配列が含められた。これらのCARをコードする構築物は、初代T細胞へのトランスフェクション用の発現カセット内のJeTプロモーター(配列番号39)にも連結された。
Cas9 RNAガイドエンドヌクレアーゼを使用して、TRAC遺伝子を同時にノックアウトしたGD2 DAR-T細胞およびGD2 CAR-T細胞を作製した。JeTプロモーターの下流にクローニングされた上記のGD2 DARおよびCAR構築物(配列番号39)を、AAVベクターpAAV-MCSにおいて、Cas9媒介性組み込みの標的部位(配列番号42)に隣接するT細胞受容体アルファ定常(TRAC)遺伝子(Entrez Gene ID:28755)の5’と3’との間の相同領域(それぞれ配列番号40および配列番号41)にクローニングした。JeTプロモーターに作動可能に連結され、TRAC遺伝子相同領域に隣接するGD2 DARまたはCAR構築物を含有する細菌クローンを配列決定によって確認した。
Cas9を用いたCARまたはDARのノックイン/TCRノックアウトのために、まず、配列番号42の標的配列を含むAlt-R(登録商標)CRISPR-Cas9 crRNAと、Alt-R(登録商標)CRISPR-Cas9 tracrRNA(両方ともアイオワ州コーラルビルのIDT製)とを組み合わせ、混合物を95℃で5分間加熱することによって、RNP複合体を作製した。次いで、混合物をベンチトップ上で約20分間室温(18~25℃)に冷却して、crRNA:tracrRNA二重鎖を作製した。各トランスフェクションについて、核局在化配列(IDT)を含む10μgの野生型SpCas9タンパク質を200pmolのcrRNA:tracrRNA二重鎖と混合し、混合物を4℃で30分間インキュベートしてRNPを形成した。
GD2 DAR構築物のCas9媒介挿入のためのドナーDNAは、TRAC遺伝子由来の5’および3’相同配列(それぞれ配列番号40および配列番号41)に隣接する、配列番号31のGD2-14.18 DAR構築物または配列番号35のGD2-hu14.18 DAR構築物のいずれかを含むpAAVプラスミドから作製した。配列番号45(171bp)および配列番号46(161bp)のより短い相同アームを有するドナーフラグメントは、配列:A*TmC*mA*mCGAGCAGCTGGTTTCT(配列番号43)を有するフォワードプライマー、および配列:GACCTCATGTCTAGCACAGTTTTG(配列番号44)を有するリバースプライマーを用いて作製した。フォワードプライマー(配列番号43)は、5’末端から1番目と2番目、3番目と4番目、および4番目と5番目のヌクレオチドの間にホスホロチオエート結合を含んでいた(アスタリスク(*)で示す)。フォワードオリゴヌクレオチドプライマーの5’末端から3番目、4番目および5番目のヌクレオチドは、2’-O-メチル修飾されていた(mC、mA、およびmCと命名)。リバースプライマー(配列番号44)は化学修飾を全く行わなかったが、5’末端リン酸を含んでいた。PCRを基本に上記のように行って、171および161bpsのTRAC遺伝子座相同アーム(配列番号45および配列番号46)が隣接する、GD2 DAR発現カセットを有する二本鎖ドナーDNA分子が作製された。得られた二本鎖GD2 DARドナーDNA断片を、Cas9 RNPと共に二本鎖分子として活性化T細胞の独立したトランスフェクションに使用した。
GD2 CAR構築物を含むドナーDNAを、GD2 DAR構築物を含むドナーと同じ方法で設計し、合成した。同じプライマー(配列番号43および配列番号44)を使用して、171および161bpの相同アームを有する二本鎖ドナー断片を作製した。
GD2 CARおよびGD2 DARドナーDNAと、TRAC遺伝子座のエクソン1を標的とするCas9 RNPによる細胞のトランスフェクションは、基本的に米国特許出願公開第2020/0224160号;国際公開第2020/176740号、および国際公開第2020/185867号(これらはすべて、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)に記載されるように行った。Cas9 RNPおよびドナー断片によるエレクトロポレーションの後、細胞を培養培地に希釈し、5%血清置換および37℃の300U/ml IL2を補充したOpTmizer(商標)T細胞増殖SFM中で、37℃、5% CO2でインキュベートした。細胞が増殖培養に入ったら、2または3日ごとに細胞数を取得し、細胞濃度を1mLあたり5×105(5e5)~1×106(1e6)に維持した。
対照細胞として使用するために、単離されたT細胞をドナー断片の非存在下、TRAC標的化RNPでトランスフェクトした。そのような細胞は、破壊されたTRAC遺伝子を有していたが、GD2 DARまたはCAR構築物が挿入されていないため、TCRノックアウト(TRAC KO)細胞である。
図4は、14日間の培養後、T細胞受容体の検出にはCD3に対する標識抗体を、GD2 DARまたはCARの検出にはGD2を模倣する抗イディオタイプ抗体1A7を使用した、フローサイトメトリーの結果を提供する。2つのバージョンのGD2 CARでトランスフェクトした細胞は、T細胞受容体発現がない場合に(y軸)、集団の約36%がGD2 CARを発現していた(x軸)。GD2(14.18)DARトランスフェクト細胞集団では、T細胞受容体発現がない場合、GD2 DARを発現する細胞の割合が若干低くなった(約30%)。GD2 DARを発現する細胞のほぼすべてが、T細胞受容体を発現しなかった(すなわち、CD3陰性であった)(下のパネル)。
実施例3:CAR-TおよびDAR-T細胞のインビトロ増殖。
実施例3:CAR-TおよびDAR-T細胞のインビトロ増殖。
GD2 CAR-T細胞およびDAR-T細胞のクローン増殖を、GD2を発現した細胞(GD2+)と、対照として、GD2の検出可能な発現がない細胞(GD2-)で試験した(図3)。GD2 CARおよびDARトランスフェクト細胞集団を、NCI-H542 GD2+細胞、ならびにSK-MEL-5 GD2+細胞、K562 GD2-細胞、およびH460 GD2-細胞と別々に共培養した。7日間の共培養後にフローサイトメトリーを用いて細胞増殖レベルを測定した(図5)、このとき、T細胞受容体発現の非存在下でGD2 DARまたはCARを発現するT細胞集団の割合を基本的に実施例2のように評価した。図5は、共培養細胞の非存在下で同じ時間培養されたGD2 DARまたはCARを発現する集団の割合と比較した場合(左端のパネル)、DAR-T細胞の割合はGD2+細胞との共培養によって増加したが、CAR-T細胞については同様ではなく、GD+細胞との共培養の7日後にT細胞集団に占める割合は増加しなかったことを示す。
実施例4.インビトロ細胞傷害性アッセイ。
実施例4.インビトロ細胞傷害性アッセイ。
インビトロ細胞傷害性アッセイのために、細胞株NCI-H524(小細胞肺癌)、SK-MEL-5(黒色腫)およびH460(非小細胞肺癌)を、ルシフェラーゼおよびGFP遺伝子を有するレンチウイルスを用いて形質導入した。ルシフェラーゼおよびGFPを発現する単一細胞クローンを選択し(NCI-H524-Fluc-GFP/puroおよびSK-MEL-5-Fluc-GFP/puro)、アッセイで使用するために増殖させた。
抗GD2 CAR-TまたはDAR-T細胞を、GD2+NCI-H524-Fluc/GFP/puroまたはSK-MEL-5-Fluc-GFP/puro細胞、またはGD2-H460-Fluc-GFP/puro細胞と共培養した。エフェクター対標的細胞の比は、H524細胞を標的として使用する場合は0.3:1~3:1の範囲であり、SK-MEL-5細胞およびH460細胞を標的として使用する場合は10:1~1.25:1の範囲であった。一晩インキュベーションした後、細胞をフローサイトメトリーに供してGFP発現細胞集団を測定し、抗GD2 CARまたはDAR T細胞による特異的標的細胞の殺傷を測定した。
ルシフェラーゼに基づくアッセイは、96ウェルプレートにおいて行った。100μlのホタルルシフェラーゼ標識NCI-H524細胞を5×105細胞/mlで添加し、100μlのT細胞を添加して、3:1、1:1および0.3:1のE:T比を得た。腫瘍のみの対照については培地100μlを添加し、完全溶解対照については0.5% Triton(登録商標) X-100を含有する培地100μlを添加した。T細胞を添加した後プレートを24時間インキュベートし、その時点で、75μlのアッセイ培養物を黒色壁96ウェルプレート(Corning)のウェルに移し、75μlのONE-Gloルシフェラーゼ試薬(Promega)と混合した。インキュベーションの5分後、マイクロプレートリーダー(BioTek)を用いて発光を測定し、腫瘍のみの対照および完全溶解対照に対して正規化した後に細胞傷害性を計算した。
SK-MEL-5およびH460細胞を標的として使用するアッセイを、xCelligenceリアルタイムセルアナライザーアッセイを使用して行った。E-Plate View 96(Acea Biosciences)において、SK-MEL-5およびH460細胞を1ウェルあたり1×104細胞で播種し、プレートをxCELLigence RTCA MP機器(Acea Biosciences)に戻した。一晩インキュベートした後、培地を100μlの新鮮な培地に交換し、100μlのT細胞を添加して、10:1、5:1、2.5:1および1.25:1のE:T比を得た。腫瘍のみの対照については培地100μlを添加し、完全溶解対照については0.5% Triton X-100を含有する培地100μlを添加した。リアルタイムのインピーダンスモニタリングのために、プレートをxCELLigence RTCA MP機器(Acea Biosciences)に戻した。RTCAソフトウェアpro(Acea Biosciences)を使用して細胞傷害性を計算した。
単離されたT細胞をトランスフェクトして調製されたGD2 DAR-T細胞、ならびにPBMCをトランスフェクトして調製したGD2 DAR-T細胞は、用量依存的にH524(GD2+)標的細胞を死滅させ、SK-MEL-5(GD2+)標的細胞も死滅させたが(図6A)、GD2-H460細胞に対して細胞傷害性を示さなかった(図6B)。しかしながら、ほとんどのCAR-T細胞調製物は、GD2-H460細胞に対する細胞傷害性を示した(図6B)。
実施例5:インビトロサイトカイン分泌アッセイ。
実施例5:インビトロサイトカイン分泌アッセイ。
GD2 CAR-T細胞、GD2 DAR-T細胞および対照T細胞をIL-2で一晩栄養飢餓にし、次いでNCI-H524(GD2+)またはK562(GD2-)細胞と共培養した。40時間のインキュベーション後、細胞を遠心分離して、サイトカインIFN-γ(ELISA MAX Delux Set、BioLegend)またはGM-CSF(Invitrogen/Thermo Fisher製のHuman GM-CSF Uncoated ELISAキット)を検出するための上清を製造者の説明書に従って回収した。
96ウェルプレートに、5×105細胞/mlの100μlのNCI-H524またはK-562細胞を添加し、T細胞については100μlの培地のみを添加した。100μlのT細胞を1.5×106細胞/mlで添加して、E:T比を3:1にした。プレートをインキュベーションのためにインキュベーターに戻した。インキュベーションの48時間後、上清を回収し、IFN-γおよびGM-SCFのレベルをELISAによって測定した。
図7Aは、単独で、またはNCI-H524細胞もしくはK562細胞と共に培養されたGD2 DAR構築物およびGD2 CAR構築物でトランスフェクトされた細胞によって分泌されたIFN-γの量を示す。GD2(14.18)DAR構築物をトランスフェクトしたT細胞とPBMCはともに、NCI-H524(GD2+)細胞とともに培養すると大量のIFN-γを発現したが、K562(GD2-)細胞とともに培養するとIFN-γをほとんど発現しなかった。1つのGD2(hu14.18)CAR-T細胞集団は、NCI-H524(GD2+)細胞上で有意な量のIFN-γ産生を示したが、これらのCAR-T細胞は、K562(GD2-)細胞と共に培養した場合、さらに大量のIFN-γを産生し、単独で培養した場合にもかなりの量のIFN-γを産生した。
図7Bは、単独でまたはNCI-H524細胞もしくはK562細胞と共に培養したGD2 DARおよびGD2 CAR構築物でトランスフェクトした細胞によって分泌されたGM-CSFの量を示す。GD2(14.18)DAR構築物でトランスフェクトされたT細胞とPBMCは両方とも、NCI-H524(GD2+)細胞と共に培養した場合にIFN-γを発現したが、K562(GD2-)細胞と共に培養した場合には検出不能な量のGM-CSFを産生した。GD2(hu14.18)CAR-T細胞集団は、再びNCI-H524(GD2+)細胞上で有意な量のGM-CSF産生を示したが、IFN-γ産生に関しては、これらのCAR-T細胞は、K562(GD2-)細胞とともに培養するとさらに大量のIFN-γを産生し、単独で培養した場合もかなりの量のIFN-γを産生した。
実施例6:マウスモデルにおけるインビボ腫瘍殺傷。
図7Bは、単独でまたはNCI-H524細胞もしくはK562細胞と共に培養したGD2 DARおよびGD2 CAR構築物でトランスフェクトした細胞によって分泌されたGM-CSFの量を示す。GD2(14.18)DAR構築物でトランスフェクトされたT細胞とPBMCは両方とも、NCI-H524(GD2+)細胞と共に培養した場合にIFN-γを発現したが、K562(GD2-)細胞と共に培養した場合には検出不能な量のGM-CSFを産生した。GD2(hu14.18)CAR-T細胞集団は、再びNCI-H524(GD2+)細胞上で有意な量のGM-CSF産生を示したが、IFN-γ産生に関しては、これらのCAR-T細胞は、K562(GD2-)細胞とともに培養するとさらに大量のIFN-γを産生し、単独で培養した場合もかなりの量のIFN-γを産生した。
実施例6:マウスモデルにおけるインビボ腫瘍殺傷。
抗GD2 CARまたはDAR T細胞の殺腫瘍活性を、ルシフェラーゼを発現したSK-MEL-5(GD2+)腫瘍細胞株(tumor-Fluc)を使用して異種移植マウスモデルで試験した。合計約3×106細胞のtumor-Fluc細胞を100μLのPBSに懸濁し、次いで各マウスの右側腹部に皮下注射した。
15日後、5×107(5×106 GD2 DAR陽性)抗GD2-hu14.18 DARまたは5×107(1.25×107 GD2 DAR陽性)抗GD2-14.18 DARのいずれかで単回処置したT細胞を、200μLのPBS中で尾静脈を介して投与した。同量のTRACノックアウトT細胞を対照群に静脈内投与し、第4の群には200μLのPBSのみを投与した。
図8に示すように、IVISイメージングからの生物発光を用いて、各動物の腫瘍量をモニタリングした。経時的な腫瘍体積および動物体重を図9に示す。これは、GD2 DAR処置マウスは、実験の間に腫瘍が着実に増えた対照群と比較して、腫瘍がほとんど確立されず、対照群で示される体重減少もなかったことを示している。図10は、GD2-hu14.18 DAR-T細胞処置群のすべてのマウスが研究終了(約8週間)まで生存し、他のどの群よりも生存率が高かったことを示している。GD2-14.18 DAR-T細胞処置群の生存率は研究終了時に60%であったが、PBS処置およびTRACノックアウト処置はそれぞれ10%および20%の生存率しかもたらさなかった。
Claims (56)
- GD2に結合する二量体抗原受容体(DAR)を発現する、遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団であって、前記DARが、
a.アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体重鎖可変領域、(ii)抗体重鎖定常領域、(iii)ヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と、(v)細胞内領域を含む第1ポリペプチド;および
b.アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体軽鎖可変領域と(ii)抗体軽鎖定常領域を含む第2ポリペプチドであって、前記第2ポリペプチドは膜貫通領域を含まない、第2ポリペプチド;
を含み、
前記抗体重鎖定常領域および前記抗体軽鎖定常領域が、前記DARを形成するための二量体化ドメインを形成し、
前記抗体重鎖可変領域および前記抗体軽鎖可変領域が、GD2に結合する抗原結合ドメインを形成する、遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - 前記DARが、
a.(i)抗体重鎖可変領域、(ii)抗体重鎖定常領域、(iii)ヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と(v)細胞内領域から本質的になる第1ポリペプチド;および
b.(i)抗体軽鎖可変領域と(ii)抗体軽鎖定常領域から本質的になる第2ポリペプチド
を含む、請求項1に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - GD2に結合する二量体抗原受容体(DAR)を発現する遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団であって、前記DARが、
a)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体軽鎖可変領域、(ii)抗体軽鎖定常領域、(iii)ヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と、(v)細胞内領域を含む第1ポリペプチド鎖;および
b)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体重鎖可変領域と(ii)抗体重鎖定常領域を含む第2ポリペプチド鎖であって、前記第2ポリペプチドは膜貫通領域を含まない第2ポリペプチド鎖;
を含み、
前記抗体重鎖定常領域および前記抗体軽鎖定常領域が、前記二量体抗原受容体(DAR)を形成するための二量体化ドメインを形成し、
前記抗体重鎖可変領域および前記抗体軽鎖可変領域が、GD2に結合する抗原結合ドメインを形成する、遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - 前記DARが、
a.(i)抗体軽鎖可変領域、(ii)抗体軽鎖定常領域、(iii)ヒンジ領域、(iv)膜貫通領域と、(v)細胞内領域から本質的になる第1ポリペプチド;および
b.(i)抗体重鎖可変領域と(ii)抗体重鎖定常領域からなる第2ポリペプチド
を含む、請求項3に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - 前記抗体重鎖定常領域および前記抗体軽鎖定常領域が1またはそれを超えるジスルフィド結合を介して二量体化する、請求項1~4のいずれか一項に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記ヒンジ領域が、IgG、IgA、IgM、IgEおよびIgDからなる群から選択される抗体由来のヒンジ配列を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記ヒンジ領域が、CD8αヒンジ領域、CD28ヒンジ領域もしくはCD8α/CD28ヒンジ領域、またはそれらのいずれかに対して少なくとも95%の同一性を有するヒンジ領域を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記ヒンジが、CD28ヒンジ領域(配列番号9)またはそれと少なくとも95%の同一性を有するヒンジ領域を含む、請求項7に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記膜貫通領域が、CD8、CD28、4-1BBもしくはCD3ζ膜貫通領域、またはそれらのいずれかと少なくとも95%の同一性を有する膜貫通領域を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記膜貫通領域が、CD28(配列番号12)由来の膜貫通ドメイン配列、またはそれと少なくとも95%の同一性を有する配列を含む、請求項9に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記細胞内領域が、4-1BB細胞内領域(配列番号16)、ITAM1、2および3を有するCD3ζ(配列番号19)、ITAM1を有するCD3ζ(配列番号20)、ITAM3を有するCD3ζ(配列番号22)、またはCD28(配列番号17)、CD27、OX40(配列番号18)、CD30、CD40、PD-1、ICOS、リンパ球機能関連抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、GITR(TNFRSF18)、DR3(TNFRSF25)、TNFR2および/またはCD226のいずれかの細胞内領域からなる群から選択される1またはそれを超える細胞内アミノ酸配列、またはそれらのいずれかと少なくとも95%の同一性を有する細胞内アミノ酸配列を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞。
- 前記細胞内領域が、ITAM1、2および3(配列番号19)を有するCD3ζを含む、請求項11に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記細胞内領域が4-1BB細胞内領域(配列番号16)をさらに含む、請求項12に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記抗体重鎖可変領域が、配列番号2と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記抗体軽鎖定常領域が、配列番号5と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項14に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記抗体重鎖可変領域が、配列番号3と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記抗体軽鎖定常領域が、配列番号6と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項16に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記第1のポリペプチド鎖が配列番号32の前記アミノ酸配列を含む、請求項1または請求項2に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記第2ポリペプチド鎖が配列番号33の前記アミノ酸配列を含む、請求項18に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記第1ポリペプチド鎖が配列番号36の前記アミノ酸配列を含む、請求項1または請求項2に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記第2ポリペプチド鎖が配列番号37の前記アミノ酸配列を含む、請求項20に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記DARが、
a)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号2と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖可変領域;(ii)配列番号4と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖定常領域;(iii)CD28の前記ヒンジ領域(配列番号9)またはそれと少なくとも95%の同一性を有するヒンジ領域;(iv)CD28の前記膜貫通領域(配列番号12)またはそれと少なくとも95%の同一性を有する膜貫通ドメイン;および(v)4-1BB細胞内ドメイン(配列番号16)を含む細胞内領域、およびITAM1、2および3(配列番号19)を含むCD3ζ細胞内領域を含むか、またはそれから本質的になる第1ポリペプチド鎖;ならびに
b)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号5と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖可変領域;(ii)配列番号7と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖定常領域を含むか、またはそれから本質的になる第2ポリペプチドであって、前記第2ポリペプチドは膜貫通領域を含まない、第2ポリペプチド
を含む、請求項1または請求項2に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - a)前記第1のポリペプチド鎖が、アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号3と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖可変領域;(ii)配列番号4と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖定常領域;(iii)CD28の前記ヒンジ領域(配列番号9)またはそれと少なくとも95%の同一性を有するヒンジ領域;(iv)CD28の前記膜貫通領域(配列番号12)またはそれと少なくとも95%の同一性を有する膜貫通ドメイン;および(v)4-1BB細胞内ドメイン(配列番号16)を含む細胞内領域、およびITAM1、2および3(配列番号19)を含むCD3ζ細胞内領域を含むかまたは、それから本質的になり;かつ
b)第2のポリペプチド鎖が、アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号6と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖可変領域;および(ii)配列番号7と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖定常領域を含むかまたはそれから本質的になり、前記第2のポリペプチド鎖が膜貫通ドメインを含まない、
請求項1または2に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - 前記DARが、
(a)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号5と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖可変領域;(ii)配列番号7と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖定常領域;(iii)CD28の前記ヒンジ領域(配列番号9)またはそれと少なくとも95%の同一性を有するヒンジ領域;(iv)CD28の前記膜貫通領域(配列番号12)またはそれと少なくとも95%の同一性を有する膜貫通ドメイン;および(v)4-1BB細胞内ドメイン(配列番号16)を含む細胞内領域、およびITAM1、2および3(配列番号19)を含むCD3ζ細胞内領域を含むか、またはそれから本質的になる第1ポリペプチド鎖;ならびに
(b)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号2と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖可変領域;(ii)配列番号4と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖定常領域を含むか、またはそれから本質的になる第2ポリペプチドであって、前記第2ポリペプチドは膜貫通領域を含まない、第2ポリペプチド
を含む、請求項3または請求項4に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - (a)前記第1のポリペプチド鎖が、アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号6と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖可変領域;(ii)配列番号7と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖定常領域;(iii)CD28の前記ヒンジ領域(配列番号9)またはそれと少なくとも95%の同一性を有するヒンジ領域;(iv)CD28の前記膜貫通領域(配列番号12)またはそれと少なくとも95%の同一性を有する膜貫通ドメイン;および(v)4-1BB細胞内ドメイン(配列番号16)を含む細胞内領域、およびITAM1、2および3(配列番号19)を含むCD3ζ細胞内領域を含むかまたは、それから本質的になり;かつ
(b)第2のポリペプチド鎖が、アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)配列番号3と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖可変領域;および(ii)配列番号4と少なくとも95%の同一性を有するアミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖定常領域を含むかまたはそれから本質的になり、前記第2のポリペプチド鎖が膜貫通ドメインを含まない、
請求項1または2に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。 - (a)前記第1のポリペプチド鎖が、(i)配列番号2の前記アミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖可変領域;およびb)前記第2のポリペプチド鎖が、(i)配列番号5の前記アミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖可変領域を含む、請求項22または請求項23に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- (a)前記第1のポリペプチド鎖が、(i)配列番号3の前記アミノ酸配列を含むGD2抗体重鎖可変領域;およびb)前記第2のポリペプチド鎖が、(i)配列番号6の前記アミノ酸配列を含むGD2抗体軽鎖可変領域を含む、請求項22または請求項23に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団が、前記第1のポリペプチドおよび前記第2のポリペプチドをコードする少なくとも1つの核酸配列を含む、請求項1から27のいずれかに記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 少なくとも1つの核酸配列が、配列番号32のポリペプチドおよび配列番号33のポリペプチドをコードする、請求項28に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 少なくとも1つの核酸配列が配列番号30の前駆体ポリペプチドをコードする、請求項29に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 少なくとも1つの核酸配列が、配列番号31、またはそれと少なくとも65%の同一性を有する配列を含む、請求項30に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 少なくとも1つの核酸配列が、配列番号36のポリペプチドおよび配列番号37のポリペプチドをコードする、請求項28に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 少なくとも1つの核酸配列が配列番号34の前駆体ポリペプチドをコードする、請求項32に記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 少なくとも1つの核酸配列が、配列番号35、またはそれと少なくとも65%の同一性を有する配列を含む、請求項33に記載の遺伝子組換え宿主細胞、または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- Tリンパ球、NK(ナチュラルキラー)細胞、マクロファージ、樹状細胞、マスト細胞、好酸球、Bリンパ球または単球を含む、請求項1~34のいずれかに記載の遺伝子組換え宿主細胞または遺伝子組換え宿主細胞の集団。
- 前記細胞が初代細胞である、請求項35に記載の宿主細胞の集団。
- 前記細胞がヒト細胞である、請求項35に記載の宿主細胞の集団。
- 前記集団がT細胞を含む、請求項35に記載の宿主細胞の集団。
- 前記DARを発現する前記細胞の少なくとも90%が前記T細胞受容体を発現しない、請求項35に記載の宿主細胞の集団。
- 前記DARを発現する前記細胞の少なくとも95%が前記T細胞受容体を発現しない、請求項35に記載の宿主細胞の集団。
- 薬学的に許容され得る賦形剤と、請求項35~40のいずれかに記載の宿主細胞の集団とを含む医薬組成物。
- バッグ、バイアル、チューブ、またはディッシュで提供される、請求項41に記載の医薬組成物。
- 前記組成物が凍結されている、請求項41に記載の医薬組成物。
- 癌を有する対象を処置する方法であって、請求項1~40のいずれかに記載の宿主細胞の前記集団、または請求項41~43のいずれかに記載の前記医薬組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
- 前記癌が、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、頭頸部癌、肺癌、膀胱癌、黒色腫、結腸直腸癌、膵臓癌、肺癌、肝臓癌、腎臓癌、食道癌、平滑筋腫、平滑筋肉腫、神経膠腫、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、小細胞肺癌、髄芽腫、星状細胞腫または骨肉腫である、請求項44に記載の方法。
- 前記癌が黒色腫または骨肉腫である、請求項44に記載の方法。
- 前記細胞集合が、数日間、数週間または数ヶ月間にわたって複数回投与される、請求項44~46のいずれかに記載の方法。
- a)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体重鎖可変領域、(ii)抗体重鎖定常領域、(iii)膜貫通領域、および(iv)細胞内領域を含む第1ポリペプチド;および
b)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体軽鎖可変領域および(ii)抗体軽鎖定常領域を含む第2ポリペプチドであって、前記第2ポリペプチドが膜貫通ドメインを含まない、第2ポリペプチド;
をコードする少なくとも1つの核酸分子であって、
前記抗体重鎖定常領域および前記抗体軽鎖定常領域は、前記DARを形成するための二量体化ドメインを形成し、
前記抗体重鎖可変領域および前記抗体軽鎖可変領域は、GD2に結合する抗原結合ドメインを形成する、
少なくとも1つの核酸分子。 - a)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体軽鎖可変領域、(ii)抗体軽鎖定常領域、(iii)膜貫通領域、および(iv)細胞内領域を含む第1ポリペプチド鎖;および
b)アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(i)抗体重鎖可変領域および(ii)抗体重鎖定常領域を含む第2ポリペプチド鎖であって、前記第2ポリペプチド鎖が膜貫通ドメインを含まない、第2ポリペプチド鎖;
をコードする少なくとも1つの核酸分子であって、
前記抗体重鎖定常領域および前記抗体軽鎖定常領域は、前記二量体抗原受容体(DAR)を形成するための二量体化ドメインを形成し、
前記抗体重鎖可変領域および前記抗体軽鎖可変領域は、GD2に結合する抗原結合ドメインを形成する、
少なくとも1つの核酸分子。 - アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(1)重鎖リーダー配列(2)抗体重鎖可変領域、(3)抗体重鎖定常領域、(4)任意のヒンジ領域、(5)膜貫通領域、(6)細胞内領域、(7)自己切断配列、(8)軽鎖リーダー配列、(9)抗体軽鎖可変領域、および(10)抗体軽鎖定常領域を含む前駆体ポリペプチドをコードする核酸分子であって、前記自己切断配列が、前記前駆体ポリペプチドを第1および第2のポリペプチド鎖に切断することを可能にする、核酸分子。
- アミノ末端からカルボキシル末端へ向かって並んだ複数のポリペプチド領域:(1)軽鎖リーダー配列(2)抗体軽鎖可変領域、(3)抗体軽鎖定常領域、(4)任意のヒンジ領域、(5)膜貫通領域、(6)細胞内領域、(7)自己切断配列、(8)重鎖リーダー配列、(9)抗体重鎖可変領域、および(10)抗体重鎖定常領域を含む前駆体ポリペプチドをコードする核酸分子であって、前記自己切断配列が、前記前駆体ポリペプチドを第1および第2のポリペプチド鎖に切断することを可能にする、核酸分子。
- 前記抗体重鎖可変領域が、配列番号2のアミノ酸配列を含む、請求項48~51のいずれか一項に記載の1またはそれを超える核酸分子。
- 前記抗体重鎖定常領域が配列番号3のアミノ酸配列を含む、請求項48~52のいずれか一項に記載の1またはそれを超える核酸分子。
- 前記抗体軽鎖可変領域が配列番号5のアミノ酸配列を含む、請求項48~53のいずれか一項に記載の1またはそれを超える核酸分子。
- 前記抗体軽鎖定常領域が配列番号6のアミノ酸配列を含む、請求項48~54のいずれか一項に記載の1またはそれを超える核酸分子。
- 配列番号31または配列番号(EQ ID NO)35のアミノ酸配列を含む、請求項50に記載の核酸分子。
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