JP2024510301A - がんのための併用療法 - Google Patents

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Abstract

本開示は、がんの治療及び予防の分野に関する。本開示は、さらに、(a)第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチド、(b)第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチド、及び(c)免疫チェックポイント阻害剤に関する。本開示はまた、(a)、(b)及び/又は(c)のうちの1つ以上を含む組成物、使用方法、及びそれを含むキットに関する。本開示はまた、がん患者を層別化する方法及び治療応答をモニタリングする方法に関する。【選択図】なし

Description

特許法第３０条第２項適用申請有り （１）Ｄｏｃｕｍｅｎｔ Ａ ｏｆ Ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｅ １＿ＥＳＭＯ－Ｖｉｒｔｕａｌ－Ｃｏｎｇｒｅｓｓ ２０２０＿Ａｂｓｔｒａｃｔ （２）Ｄｏｃｕｍｅｎｔ Ｂ ｏｆ Ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｅ １＿ＥＳＭＯ－Ｖｉｒｔｕａｌ－Ｃｏｎｇｒｅｓｓ－２０２０＿Ｏｒａｌ Ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ （３）Ｄｏｃｕｍｅｎｔ Ｃ＿Ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｅ ２＿ＩＯ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ａｎｎｏｕｎｃｅ
関連出願の相互参照
この出願は、2016年3月17日に出願され、全体が参照により本明細書に組み込まれる、EP 2103673.6に対する優先権を主張する。
技術分野
本開示は、がんの治療及び予防の分野に関する。本開示は、さらに、(a)第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチド、(b)第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチド、及び(c)免疫チェックポイント阻害剤に関する。本開示はまた、(a)、(b)及び/又は(c)のうちの1つ以上を含む組成物、使用方法、及びそれを含むキットに関する。本開示はまた、がん患者を層別化する方法及び治療応答をモニタリングする方法に関する。
ヒトの免疫系は、がん性腫瘍に対する応答を開始する能力を有する。この応答を利用することは、がんを治療又は予防するための最も有望な経路の1つとますます見なされるようになっている。長く続く抗腫瘍免疫応答の鍵となるエフェクター細胞は、活性化された腫瘍特異的エフェクターT細胞である。しかし、がん患者は、通常、腫瘍抗原に特異的なT細胞を有するが、これらのT細胞の活性は、阻害性の因子及び経路によってしばしば抑制され、がんは、依然として先進国における早期死亡の主な原因のままである。
過去10年間で、免疫系チェックポイントを特異的に標的とする治療が出現している。この一例は、CTLA-4に特異的な完全ヒトIgG1抗体であるイピリムマブ(Ipilimumab)である。イピリムマブによる転移性黒色腫の治療は、大規模な第III相研究において10.9%の全奏効率及びほぼ30%の臨床的有用率に関連し、その後の分析は、応答が永続性であり、長く続き得ることを示している。しかし、これらの数字は、依然として、患者の大多数が治療から利益を得ず、改善の余地が残されていることを示す。
したがって、患者のより多くの割合でT細胞抗腫瘍応答を増大させるが、自己免疫疾患等の望ましくない影響を引き起こすことのない、がんの予防又は治療方法に対する必要性がある。
概要
阻害物質であるプログラム死-1(PD-1)及び細胞傷害性Tリンパ球抗原-4(CTLA-4)を含む、免疫チェックポイント阻害剤(ICI)によるがんの治療における目覚しい進歩にもかかわらず、患者の相当なパーセンテージは、ICI単独療法に抵抗性であるか、又は抵抗性を生じる(例えば、Robert, C. et al., Lancet Oncol. 20, 1239-1251 (2019)を参照されたい)。抗CTLA-4(αCTLA-4)と抗PD-1(αPD-1)との組み合わせが、現在までのところ最も効果的な療法であり、転移性黒色腫で約60%の奏効率をもたらす;しかし、患者の50%はまた、重度の有害事象を発症する(Weber et al, Oncologist 1-11 (2016) doi:10.1634/theoncologist.2016-0055、Larkin, J. et al. N. Engl. J. Med. 381, 1535-1546 (2019))。したがって、同様に効果的であるが毒性の少ない治療に対する必要性が依然としてある。
αPD1単独療法の抗腫瘍活性は、既存のナイーブT細胞及びプライミングされた腫瘍特異的T細胞の限られたプールによって損なわれる可能性がある。腫瘍の免疫逃避機構を標的とする免疫調節ワクチンは、これらの逃避機構が多くのがんの種類及び多様な患者集団にわたって見出されるため、全般的患者集団に適用可能な治療戦略を提供する。これは、特定の腫瘍に合わせて特に調整され、広く適用可能ではない、患者特異的ネオアンチゲンがんワクチンとは対照的である(Ott, P. A. et al. Cell 740 183, 347-362.e24 (2020)、Andersen, M. H. Semin. Immunopathol. 41, 1-3 (2019))。
2つの免疫チェックポイント分子であるインドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)及びプログラム死-リガンド1(PD-L1)に対する循環性細胞傷害性T細胞は、がん患者の血液中、及びより少ない程度で健康なドナーの血液中に検出されている(Munir, S. et al., Oncoimmunology 2, e23991 (2013)、Ahmad, S. et al., Cancer Immunol. Immunother. 65, 797-804 (2016)、Andersen, M. Cancer Immunol. Immunother. 61, 1289-1297 (2012)、Sorensen, Cancer Res. 71, 2038-2044 (2011)、Ahmad, S., et al., Leukemia 28, 236-8 (2014)、Andersen, M. H. Oncoimmunology 1, 1211-1212 (2012))。これらのT細胞は、腫瘍細胞だけでなく、腫瘍微小環境中の免疫抑制細胞を直接認識し、したがって、免疫抑制シグナルの範囲を制限し、腫瘍微小環境の免疫抑制性を逆転させるために利用することができる。したがって、本明細書に記載されるIDO/PD-L1免疫調節ワクチン戦略は、これらの特異的T細胞の活性化を通じてαPD1療法の有効性を改善させるための転換可能な戦略をもたらし得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における疾患進行を予防する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における腫瘍体積を減少させる方法を提供する。
いくつかの実施形態では、対象は、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けていない。いくつかの実施形態では、対象は、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けている。いくつかの実施形態では、対象は、免疫チェックポイント阻害剤による治療に不応性であったか、又は以前の治療の過程で免疫チェックポイント阻害剤に対する抵抗性を生じた。
いくつかの実施形態では、第1及び第2の免疫チェックポイントポリペプチドは、IDO1ペプチド、PD-1ペプチド、PD-L1ペプチド、PD-L2ペプチド、CTLA4ペプチド、B7-H3ペプチド、B7-H4ペプチド、HVEMペプチド、BTLAペプチド、GAL9ペプチド、TIM3ペプチド、LAG3ペプチド、又はKIRポリペプチドから独立して選択される。
いくつかの実施形態では、第1の免疫チェックポイントポリペプチドは、IDO1ポリペプチドであり、第2の免疫チェックポイントポリペプチドは、PD-L1ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、IDO1ポリペプチドは、配列番号1の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸は、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む。いくつかの実施形態では、IDO1ポリペプチドは、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなる。いくつかの実施形態では、PD-L1ポリペプチドは、配列番号14の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸は、配列番号15～32のいずれか1つの配列を含む。いくつかの実施形態では、PD-L1ポリペプチドは、配列番号14の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸は、配列番号15、25、28又は32のいずれか1つの配列を含む。いくつかの実施形態では、PD-L1ペプチドは、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、IDO1ポリペプチドは、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含み又はそれからなり、PD-L1ペプチドは、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなる。
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗体又は小分子阻害剤(SMI)である。いくつかの実施形態では、SMIは、IDO1の阻害剤である。いくつかの実施形態では、SMIは、エパカドスタット(Epacadostat)(INCB24360)、インドキシモド(Indoximod)、GDC-0919(NLG919)、及びF001287から選択される。いくつかの実施形態では、抗体は、CTLA4又はPD1に結合する。いくつかの実施形態では、CTLA4に結合する抗体は、イピリムマブである。いくつかの実施形態では、PD-1に結合する抗体は、ペムブロリズマブ(pembrolizumab)又はニボルマブ(nivolumab)である。
いくつかの実施形態では、第1及び第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドは、第1の組成物として投与され、免疫チェックポイント阻害剤は、第2の組成物として投与される。いくつかの実施形態では、第1及び第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とは、1つの組成物として投与される。
いくつかの実施形態では、組成物は、アジュバント又は担体をさらに含む。いくつかの実施形態では、アジュバントは、本明細書から選択され、前記アジュバントは、モンタニドISAアジュバント、細菌DNAアジュバント、油/界面活性剤アジュバント、ウイルスdsRNAアジュバント、イミダゾキノリン、及びGM-CSFである。いくつかの実施形態では、モンタニドISAアジュバントは、モンタニドISA 51及びモンタニドISA 720から選択される。
いくつかの実施形態では、疾患は、治療の完了後少なくとも12ヶ月、少なくとも2年、少なくとも3年、少なくとも4年、少なくとも5年、又はそれより長い間、進行しない。
いくつかの実施形態では、がんは、前立腺がん、脳がん、乳がん、大腸がん、膵臓がん、卵巣がん、肺がん、子宮頸がん、肝臓がん、頭部/頸部/咽喉がん、皮膚がん、膀胱がん、又は血液がんから選択される。いくつかの実施形態では、がんは、腺腫、腺がん、芽細胞腫、がん腫、類腱腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、内分泌腫瘍、生殖細胞腫瘍、リンパ腫、白血病、肉腫、ウィルムス腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、リンパ腫瘍、乳房腫瘍、又は黒色腫から選択される固形腫瘍がんである。いくつかの実施形態では、がんは、転移性黒色腫である。
いくつかの実施形態では、対象は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における疾患進行を予防する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における腫瘍体積を減少させる方法を提供する。
いくつかの実施形態では、対象は、IDOポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、PD-L1ポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを含む、キットを提供する。
いくつかの実施形態では、第1及び第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドは、免疫チェックポイント阻害剤とは別個の密閉容器中で、単一組成物として提供される。
いくつかの実施形態では、本開示は、対象におけるがんの予防又は治療方法に使用するための免疫療法組成物であって、免疫療法組成物は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドとを含む、免疫療法組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、対象におけるがんの予防又は治療のための医薬の製造における免疫療法組成物の使用であって、免疫療法組成物は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドとを含み、免疫チェックポイント阻害剤の前、それと同時、及び/又はその後に投与するために製剤化されている、使用を提供する。
いくつかの実施形態では、対象は、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する。いくつかの実施形態では、第1の免疫ポリペプチドは、IDO1ポリペプチドであり、第2の免疫ポリペプチドは、PD-L1ポリペプチドであり、免疫チェックポイント阻害剤は、PD1に結合する抗体である。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、対照の対象群と比較したCD4+ T制御性細胞の減少、対照の対象群と比較したCD28+CD4+ T細胞の減少、対照の対象群と比較したLAG-3+ CD4+ T細胞の増加、対照の対象群と比較した単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)の減少、対照の対象群と比較したCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞の増加、対照の対象群と比較したCD56brightCD16- NK細胞の減少、及び/又は対照の対象群と比較した従来型2型樹状細胞(cDC2)の増加のうちの1つ以上を含む。
いくつかの実施形態では、細胞集団は、対象から得られた末梢血サンプルのFACS分析によって決定される。
いくつかの実施形態では、本開示は、がん患者を少なくとも2つの治療群のうちの1つに層別化する方法であって、前記方法は、患者由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及びi.決定された免疫プロファイルが、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対する応答を示す場合、患者を第1の治療群に層別化するステップ、又はii.ステップで決定された免疫プロファイルが、対象が前記治療に応答しないことを示す場合、患者を第2の治療群に層別化するステップを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、第1の治療群は、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体で治療されることになるか、又は治療され、第2の治療群は、1つ以上の代替療法で治療されることになるか、又は治療される。いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、ベースライン免疫プロファイルである。
いくつかの実施形態では、治療に対する応答を示す免疫プロファイルは、a)対照の対象集団と比較したCD4+ T制御性細胞の減少、b)対照の対象集団と比較したCD28+CD4+ T細胞の減少、c)対照の対象集団と比較したLAG-3+ CD4+ T細胞の増加、d)対照の対象集団と比較した単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)の減少、e)対照の対象集団と比較したCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞の増加、f)対照の対象集団と比較したCD56brightCD16-ナチュラルキラー(NK)細胞の減少、及びg)対照の対象集団と比較した従来型2型樹状細胞(cDC2)の増加のうちの1つ以上を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対するがん患者の応答をモニタリングする方法であって、前記方法は、患者由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及びi.患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する場合、患者が治療に応答していると決定するステップ、又はii.患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有しない場合、患者が治療に応答していないと決定するステップを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、治療に対する応答を示す免疫プロファイルは、CD4+ T細胞上のCD28、HLA-DR、CD39、TIGIT及び/若しくはTIM-3の発現の増加、並びに/又はCD8+ T細胞上のHLA-DR、CD39、LAG-3及び/若しくはTIGITの発現の増加を含む。
いくつかの実施形態では、がん患者は、転移性黒色腫を有する。
図1A～図1Bは、本明細書に提供される方法を説明する概略図を提供する。図1Aは、本明細書に記載される併用免疫療法レジメン(例えば、IDO/PD-L1ペプチドワクチン及びニボルマブ(抗PD1))について仮定される作用機序を示す。図1Bは、本明細書に記載される併用免疫療法レジメンの概略図を提供する。 ［図１Ａ］に記載の通りである。 図2A～図2Fは、様々な臨床応答を示す。図2Aは、全患者(n=30)における研究者レビューによるRECIST 1.1に従う、全奏効率(ORR)、完全奏効(CR)、部分奏効(PR)、及び進行性疾患(PD)のパーセンテージを提供する。図2Bは、DAMMEDデータベースからのマッチした歴史的対照群(n=74)と比較した、MM1636における治療効果を示す。図2Cは、ベースラインと比較した、標的病変の合計における最良の変化を提供する(n=30)。図2Dは、客観的奏効を有する24人の患者における応答の持続期間のカプラン・マイヤー曲線を提供する。図2Eは、30人の治療された全患者における、無増悪生存のカプラン・マイヤー曲線を提供する。図2Fは、30人の治療された全患者における、全生存のカプラン・マイヤー曲線を提供する。 ［図２Ａ］に記載の通りである。 ［図２Ａ］に記載の通りである。 ［図２Ａ］に記載の通りである。 ［図２Ａ］に記載の通りである。 ［図２Ａ］に記載の通りである。 図3A～図3Cは、応答の持続期間及び動態を示す。図3Aは、治療された全患者(n=30)のRECIST 1.1に従う応答の持続期間及び応答までの時間を示すスイマープロットを提供する。三角は、部分奏効の最初のエビデンスを示し、一方、四角は完全奏効の最初のエビデンスを示す。閉じた円は、進行の時を示す。矢印は、進行中の応答を示す。患者MM18は、ニボルマブ誘導性副作用により死亡した。図3Bは、治療された全患者(n=30)における応答動態を示すスパイダープロットを提供する。赤色の四角は、進行の時を示す。図2Cは、標的病変におけるFDG代謝を示す、患者MM42の治療前及び治療後(12シリーズの治療後)のPET/CT画像を提供する。 ［図３Ａ］に記載の通りである。 ［図３Ａ］に記載の通りである。 図4は、HLA遺伝子型及び臨床応答を示す棒グラフを提供する。青色の棒は、応答者(CR+PR)を表し、オレンジ色の棒は、非応答者(PD)を表す。 ［図４Ａ］に記載の通りである。 図5A～図5Dは、血液におけるワクチン特異的応答を示す。図5Aは、IFN-γ Elispotアッセイによって測定した場合の、ベースライン及びワクチン接種中におけるPBMCにおけるIDO及びPD-L1特異的T細胞応答を示す。図5Bは、ベースライン及びワクチン接種中におけるIFN-γ Elispotアッセイによって測定した、治療された全患者におけるPBMCにおけるIDO及びPD-L1特異的T細胞応答を示す。図5Cは、治療前及び治療中の一連のPBMCにおける患者MM23における応答を有するElispotウェルの代表的な例を提供する。図5Dは、CD107a、IFN-γ及びTNF-αの発現によって示される、ワクチン接種中の患者MM14における血液からの、インビトロで刺激及び選別されたIDO特異的CD4及びCD8 T細胞の細胞溶解能力を示す。 ［図５Ａ］に記載の通りである。 ［図５Ａ］に記載の通りである。 ［図５Ａ］に記載の通りである。 図6は、ワクチン関連の有害事象を示す。 図7A～図7Dは、治療後の血液中のT細胞変化を示す。図7Aは、TCR配列決定による、ベースライン、シリーズ3、6及び12における5人の患者の末梢血中のT細胞割合を示す。T細胞割合は、T細胞鋳型の総数を取得し、有核細胞の総数で割ることによって算出した。図7Bは、TCR配列決定による、ベースライン、シリーズ3、6及び12における5人の患者の末梢血中のTCRクローン性を示す。図7Cは、TCR配列決定による、ベースライン、シリーズ3、6及び12における5人の患者の末梢血中のTCRレパートリーの豊富さを示す。図7Dは、シリーズ3、シリーズ6及びシリーズ12における5人の患者における末梢増殖クローンを表す棒グラフを提供する。薄い灰色の棒は、ベースライン生検に存在する末梢増殖クローンを表し、一方、濃い灰色の棒は、治療後生検(6シリーズ後)に存在する末梢増殖クローンを表す。 ［図７Ａ］に記載の通りである。 ［図７Ａ］に記載の通りである。 ［図７Ａ］に記載の通りである。 図8A～8Cは、血液におけるワクチン特異的応答を示す。図8Aは、IFN-γ Elispotアッセイによって測定した、ベースライン、シリーズ3、6、12、18及び24におけるPBMCにおける特異的(バックグラウンドは差し引かれている)IDO及びPD-L1応答のヒートマップを提供し、治療中の血液における変動を示す。図8Bは、IFN-γ Elispotアッセイによって測定した、ベースライン、及び最後のワクチンの3及び6ヶ月後におけるPBMCにおける特異的(バックグラウンドは差し引かれている)IDO及びPD-L1応答のヒートマップを提供する。図8Cは、IDO T細胞又はPD-L1 T細胞のいずれかにおいて濃縮された各再構成の頻度を合計することによって、ワクチン関連クローンを追跡したことを示す。 ［図８Ａ－１］に記載の通りである。 ［図８Ａ－１］に記載の通りである。 ［図８Ａ－１］に記載の通りである。 図9A～図9Gは、CD3及びCD8 T細胞の数、TCR割合、TCRクローン性、TCRレパートリー、生検増殖TCRクローン、並びに腫瘍部位におけるIDO及びPD-L1特異的T細胞の濃縮を含む、治療後の腫瘍微小環境における変化を示す。図9Aは、4人の患者からのペア生検に対してIHCによって検出した、腫瘍部位におけるCD3+及びCD8+ T細胞数/mm2を提供する。図9Bは、TCR配列決定による、治療前及び治療後(シリーズ6後)の腫瘍部位におけるT細胞割合を示す。T細胞割合は、T細胞鋳型の総数を取得し、有核細胞の総数で割ることによって算出した。図9Cは、患者MM01における治療前及び治療後の腫瘍部位におけるCD3+及びCD8+ T細胞のIHCの代表的な例を示す。図9Dは、治療前及び治療後の腫瘍生検におけるワクチン関連クローンの追跡を示す。IDO及びPD-L1ワクチン特異的TCR再構成の累積頻度を表す。図9D及び図9Fは、治療前及び治療後の腫瘍部位における5人の患者におけるTCRクローン性及びTCRレパートリーの豊富さを提供する。図9Gは、TCR配列決定による、5人の患者におけるベースライン増殖生検クローン、並びにベースライン、シリーズ3、6及び12において血液でも見出された生検増殖クローンの検出を表す棒グラフを提供する。 ［図９Ａ］に記載の通りである。 ［図９Ａ］に記載の通りである。 ［図９Ａ］に記載の通りである。 ［図９Ａ］に記載の通りである。 ［図９Ａ］に記載の通りである。 ［図９Ａ］に記載の通りである。 図10A～10Dは、血液から選別されたCD4及びCD8 T細胞の炎症促進性プロファイルを示す。図10Aは、CD107aについて陽性であるインビトロで刺激及び選別されたCD4+ PD-L1特異的T細胞のパーセンテージ、及びIFN-γ及び/又はTNFαを分泌するパーセンテージを提供する。図10Bは、CD107aについて陽性であるインビトロで刺激及び選別されたCD8+ PD-L1特異的T細胞のパーセンテージ、及びIFN-γ及び/又はTNFαを分泌するパーセンテージを提供する。図10Cは、CD107aについて陽性であるインビトロで刺激及び選別されたCD4+ IDO特異的T細胞のパーセンテージ、及びIFN-γ及び/又はTNFαを分泌するパーセンテージを提供する。図10Dは、CD107aについて陽性であるインビトロで刺激及び選別されたCD8+ IDO特異的T細胞のパーセンテージ、及びIFN-γ及び/又はTNFαを分泌するパーセンテージを提供する。 ［図１０Ａ］に記載の通りである。 ［図１０Ａ］に記載の通りである。 ［図１０Ａ］に記載の通りである。 図11A～図11Bは、PD-L1、IDO、MHC I及びMHC IIの治療誘導性上方制御、及びCD8 T細胞とPD-L1発現細胞との間の距離を示す。図11Aは、腫瘍細胞/mm2における、CD3+及びCD8+ T細胞、PD-L1、MHCI及びMHCIIについて染色された4個のペア生検に対するIHC、及びIDO Hスコア(免疫細胞及び腫瘍細胞の両方上のIDOの発現)を提供する。図11Bは、IHCによって検出した、5個のベースライン生検における、CD8+ T細胞とPD-L1+染色された細胞との間の距離をμmで提供する。 ［図１１Ａ］に記載の通りである。 図12A～図12Dは、皮膚におけるワクチン特異的応答を示す。図12Aは、IFN-γ Elispotアッセイによって測定した、6シリーズの治療後のSKILにおけるIDO及びPD-L1特異的T細胞応答を示す。図12B、12C、及び12Dは、フローサイトメトリーによる、インビトロペプチド刺激に応答した、サイトカイン分泌/CD107a CD4+及びCD8+ IDO及びPD-L1特異的T細胞のパーセンテージを示す。 ［図１２Ａ］に記載の通りである。 ［図１２Ａ］に記載の通りである。 ［図１２Ａ］に記載の通りである。 図13A～図13Bは、患者MM01における生検でも見出された浸潤性PD-L1特異的T細胞クローンを示す。図13Aは、患者MM01にPD-L1ペプチドを注射した腰におけるDTH領域から生成されたPD-L1特異的T細胞培養物に対して行ったTCR配列決定を示す。棒は、培養物における上位25クローンの頻度を示し、0.43の高いシンプソンクローン性を示す。図13Bは、治療前及び治療後の腫瘍における上位5個の皮膚浸潤性PD-L1特異的クローンの頻度を追跡することを実証する。 ［図１３Ａ］に記載の通りである。 図14A～図14Cは、2人の患者における治療前及び治療後の生検におけるT細胞活性化、サイトカイン及び疲弊マーカーに関連する遺伝子のプロファイリングを示す。図14Aは、NanoString nCounterを使用して行った、T細胞活性化に関連する遺伝子のRNA発現プロファイリングを提供する。図14Bは、NanoString nCounterを使用して行った、サイトカイン活性に関連する遺伝子のRNA発現プロファイリングを提供する。図14Cは、NanoString nCounterを使用して行った、チェックポイント阻害剤に関連する遺伝子のRNA発現プロファイリングを提供する。 ［図１４Ａ］に記載の通りである。 ［図１４Ａ］に記載の通りである。 図15は、細胞内染色によるIDO及びPD-L1特異的T細胞のサイトカイン産生プロファイルで使用したゲーティング戦略を提供する。 図16は、臨床応答を示す腫瘍部位におけるベースライン相関シグネチャを提供する。図16Aは、腫瘍細胞上のCD3及びCD8 T細胞、PD-L1、MHC I及びMHC IIについて染色された8人の患者の生検についての免疫プロファイル、及びIDO Hスコア(免疫細胞及び腫瘍細胞の両方上のIDOの発現)を示す。図16Bは、CD8 T細胞上の疲弊マーカーPD-1、TIM-3及びLAG-3の染色を、複数の組み合わせ(1個について陽性、2個について陽性、又は3個について陽性)で有するIHCを示す。 ［図１６Ａ］に記載の通りである。 図17は、自然免疫及び適応免疫に関連する776個の遺伝子の腫瘍部位におけるベースラインRNA遺伝子発現プロファイリングを示す。 図18は、ベースライン末梢血免疫細胞プロファイルを決定するために行ったマルチカラーフローサイトメトリー分析を示す。図18A～図18Dは、(A)CD4+ T細胞のパーセンテージとしてのTregのパーセンテージ、(B)PBMCのパーセンテージとしてのcCD2のパーセンテージ、(C)CD4+ T細胞のパーセンテージとしてのLAG3のパーセンテージ、及び(D)CD4+ T細胞のパーセンテージとしてのCD28のパーセンテージに関する、応答者と非応答者との間の違いを示す。 ［図１８Ａ］に記載の通りである。 ［図１８Ａ］に記載の通りである。 ［図１８Ａ］に記載の通りである。 図19は、治療中の患者の応答を評価するために行ったマルチカラーフローサイトメトリー分析を示す。応答者は、各プロットの左側の3列に示される(薄い灰色の網掛け)。非応答者は、各プロットの右側の3列に示される(濃い灰色の網掛け)。図19Aは、ベースライン、サイクル3及びサイクル6における30人の患者(応答者及び非応答者)についてのCD4+ T細胞のパーセンテージとしてのTregのパーセンテージを示す。図19Bは、ベースライン、サイクル3及びサイクル6における30人の患者(応答者及び非応答者)についてのPBMCのパーセンテージとしてのmMDSCを示す。ウィルコクソンマッチドペア順位t検定を使用し、*はp<0.05を意味する。 ［図１９Ａ］に記載の通りである。 図20は、ベースライン及び治療後におけるキヌレニン/トリプトファン(Kyn/Trp)比を示す。図20Aは、完全奏効者(CR)、部分奏効者(PR)、及び進行性疾患を有する患者(PD)について、ベースラインで示されるKyn/Trp比を提供する。図20Bは、完全奏効者(CR)、部分奏効者(PR)、及び進行性疾患を有する患者(PD)における、ベースラインからサイクル3までに示されるkyn/trp比における倍率変化(log10)を提供する。 ［図２０Ａ］に記載の通りである。 図21は、生検及び血液サンプルの時点を有する治療スケジュールの概要を示す。応答者は、各プロットの左側の3列に示される(薄い灰色の網掛け)。非応答者は、各プロットの右側の3列に示される(濃い灰色の網掛け)。患者を、IDO/PD-L1ペプチドワクチンで、最初の6回の注射について2週間ごとに、その後は4週間ごとに治療した。ニボルマブ(2mg/kg)を、2年まで2週間ごとに投与した。研究用の血液サンプルを、ベースライン、サイクル3、サイクル6、サイクル12、及びその後は3ヶ月ごとに採取した。研究用の針生検を、ベースライン及びサイクル6で採取した。円は、この研究における分析に使用されているサンプルを示す。 図22は、応答者と非応答者との間のベースライン末梢血免疫細胞サブセットの違いを評価するために行ったマルチカラーフローサイトメトリー分析を示す。図22A～図22Cは、(A)PBMCのパーセンテージとしてのmMDSC、(B)PBMCのパーセンテージとしてのCD56dimCD16+細胞、及び(C)PBMCのパーセンテージとしてのCD56brightCD16+細胞に関する、応答者と非応答者との間の違いを示す。 ［図２２Ａ］に記載の通りである。 ［図２２Ａ］に記載の通りである。 図23は、CD4+ T細胞の免疫状態における治療誘導性変化を評価するために行ったマルチカラーフローサイトメトリーを示す。図23A～図23Eは、(A)CD28+ CD4+ T細胞、(B)HLA-DR+ CD4+ T細胞、(C)CD39+ CD4+ T細胞、(D)TIGIT+ CD4+ T細胞、及び(E)TIM-3+ CD4+ T細胞のパーセンテージに関する、ベースライン、サイクル3及びサイクル6における応答者と非応答者との間の違いを示す。 ［図２３Ａ］に記載の通りである。 ［図２３Ａ］に記載の通りである。 ［図２３Ａ］に記載の通りである。 ［図２３Ａ］に記載の通りである。 図24は、CD8+ T細胞の免疫状態における治療誘導性変化を評価するために行ったマルチカラーフローサイトメトリーを示す。図23A～図23Dは、(A)HLA-DR+ CD8+ T細胞、(B)CD39+ CD8+ T細胞、(C)LAG-3+ CD8+ T細胞、及び(D)TIGIT+ CD8+ T細胞のパーセンテージに関する、ベースライン、サイクル3及びサイクル6における応答者と非応答者との間の違いを示す。 ［図２４Ａ］に記載の通りである。 ［図２４Ａ］に記載の通りである。 ［図２４Ａ］に記載の通りである。 図25は、T細胞分化についてのゲーティング戦略を提供する。 図26は、T細胞上の阻害性分子及び活性化分子についてのゲーティング戦略を提供する。 図27は、ユニバーサルゲーティング戦略を提供する。 図28は、フローサイトメトリーに使用した抗体の一覧を提供する。 ［図２８－１］に記載の通りである。 図29は、マッチした歴史的対照群における無増悪生存及び全生存を示す。図29Aは、マッチした歴史的対照群(n=74)における無増悪生存のカプラン・マイヤー曲線を提供する。患者を、BRAF状態、PD-L1状態、年齢、性別、Mステージ及びLDHレベルに関してマッチさせた。図29Bは、マッチした歴史的対照群(n=74)における全生存のカプラン・マイヤー曲線を提供する。 ［図２９Ａ］に記載の通りである。 図30は、血液におけるCD4及びCD8ワクチン特異的T細胞応答を示す。上:ベースライン及び治療中/治療後におけるPBMCにおけるIDO特異的CD4(図30A)及びCD8(図30B)T細胞応答のヒートマップ。下:IDO特異的CD4(図30A)及びCD8(図30B)T細胞応答のヒートマップ。8時間ペプチド刺激後のCD107α、CD137及びTNFαの発現増加による、フローサイトメトリーによって定量化した応答。値は、バックグラウンド値が差し引かれた後の特異的応答を表す;n=21。 ［図３０Ａ－１］に記載の通りである。 ［図３０Ａ－１］に記載の通りである。 ［図３０Ａ－１］に記載の通りである。 図31は、治療後の血液中のT細胞変化を示す。応答患者及び非応答患者の両方における血液中のT細胞割合、TCRクローン性及びレパートリーの豊富さ、並びに末梢増殖TCRクローン。図31Aは、TCR配列決定による、ベースライン、シリーズ3、6及び12における5人の患者の末梢血中のT細胞割合を示す。T細胞割合は、T細胞鋳型の総数を取得し、有核細胞の総数で割ることによって算出した。図31Bは、TCR配列決定による、ベースライン、シリーズ3、6及び12における5人の患者の末梢血中のTCRクローン性を示す。シンプソンクローン性は、TCR配列が一組のT細胞間にどの程度均等に分布しているかを測定し、0は、頻度の均等な分布を示し、1は、少数のクローンが優勢である、非対称な分布を示す。図31Cは、TCR配列決定による、ベースライン、シリーズ3、6及び12における5人の患者の末梢血中のTCRレパートリーの豊富さを示す。TCRレパートリーの豊富さは、固有の再構成の平均数を報告する。図31Dは、増殖T細胞クローンのダイナミクスを表す棒グラフを示す。幅の広い後部の棒は、ベースラインPBMCサンプルと比較した、シリーズ3、シリーズ6、及びシリーズ12における5人の患者における末梢増殖クローンを表す。MM01はCRであった。MM08及びMM13はPRであった。MM02及びMM09はPDであった。上に重ねた薄い灰色の棒は、ベースライン生検サンプルに存在する末梢増殖クローンを表し、一方、上に重ねた濃い灰色の棒は、治療後生検(6シリーズ後)に存在する末梢増殖クローンを表す。図31Eは、CDR3配列決定によって決定した場合の、クローン性PD-L1及びIDO特異的培養物における優勢TCRβ鎖の頻度を示す。 ［図３１Ａ］に記載の通りである。 ［図３１Ａ］に記載の通りである。 ［図３１Ａ］に記載の通りである。 ［図３１Ａ］に記載の通りである。 図32は、ワクチン接種を受けた患者由来のPD-L1及びIDO特異的T細胞が、PD-L1及びIDO発現標的細胞に対して反応することを示す。図32A:左:IFNγ ELISPOTにおけるPD-L1ペプチド又は自己腫瘍細胞に対するPD-L1特異的T細胞培養物(MM1636.05)の反応性。腫瘍細胞を、アッセイ前に処理しないか、又は200U/mlのIFNγで48時間、事前処理した。右:(上)フローサイトメトリーにより評価した場合の、アイソタイプ対照(灰色、左端ピーク)と比較した、IFNγによる事前処理あり(緑色、右端ピーク)又は事前処理なし(黄色、中央の最大ピーク)の黒色腫細胞上のPD-L1表面発現、(下)フローサイトメトリーにより評価した場合の、アイソタイプ対照(灰色、左に並んだ最小ピーク)と比較した、IFNγによる事前処理あり(緑色、右端ピーク)又は事前処理なし(黄色、左に並んだ最大ピーク)の黒色腫細胞上のHLA II表面発現。図32B:左:IFNγ(500U/ml)で事前処理し、モック又はPD-L1 siRNAをトランスフェクトした、トランスフェクションの24時間後の自己腫瘍細胞に対するIFNγ ELISPOTアッセイにおけるPD-L1特異的T細胞(MM1636.05)の反応性。右:アイソタイプ対照(灰色、左端の最大ピーク)と比較した、モック(青色、右端の最小ピーク)又はPD-L1(赤色、中間サイズの中央ピーク)siRNAによるトランスフェクションの24時間後にフローサイトメトリーによって評価した、黒色腫腫瘍細胞(MM1636.05)上のPD-L1表面発現。図32Cは、PD-L1ペプチド又は自己CD14+細胞に対するCD4+ PD-L1特異的T細胞クローン(MM1636.14)の反応性を示す;E:T比は10:1である。CD14+細胞を、磁気ビーズ選別を使用して単離し、直接、又は自己腫瘍細胞株由来の腫瘍馴化培地(TCM)による2日間の事前処理後に、ELISPOTアッセイで標的として使用した。図32Dは、自己TCMによる48時間の処理前及び処理後の選別されたCD14+細胞におけるPD-L1発現のRT-qPCR分析を示す。図32Eは、IFNγ及びTNFα産生についての細胞内染色アッセイにおける、HLA-DR(L243)、HLA-DQ(SPV-L3)又はHLA-DP(B7/21)遮断抗体と組み合わせたIDOペプチドに対するIDO特異的CD4+ T細胞クローン(MM1636.23)の反応性を示す。T細胞を、IDOペプチドの添加前に、2μg/mLの個々の遮断抗体とともに30分間インキュベートした。図32Fは、ICSアッセイにおけるモック又はIDO siRNAをトランスフェクトしたHLA-DR適合IDO発現細胞株MonoMac1に対するIDO特異的CD4+ T細胞クローン(MM1636.23)の反応性を示す。siRNAトランスフェクションは、実験の48時間前に行った。g)siRNAトランスフェクションの48時間後のMonoMac1におけるIDO1発現のRT-qPCR分析。図32Hは、IDOペプチド又は自己CD14+細胞に対するCD4+ IDO特異的T細胞クローン(MM1636.14)の反応性を示す;E:T比は20:1である。CD14+細胞を、磁気ビーズ選別を使用して単離し、直接、又は自己腫瘍細胞株由来のTCMによる事前処理後に、ELISPOTアッセイで標的として使用した。図32Iは、自己TCMによる48時間の処理前及び処理後の選別されたCD14+細胞におけるIDO1発現のRT-qPCR分析を示す。図32D、33G及び33Iでは、RT-qPCRデータの棒は、3又は6個の技術的反復の平均±SDを表す;P値は、両側パラメトリックt検定によって決定した。図32A～C及び図32Hでは、ELISPOTカウントは、3個の技術的反復の平均値±SEMを表す;応答P値は、DFR法を使用して決定した。「TNTC」と表示された棒は、IFNγ産生細胞の数が多すぎてカウントできないことを示す。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 ［図３２Ａ］に記載の通りである。 図33は、血液におけるエクスビボワクチン特異的応答を示す。図33A及び33Bは、IFNγ ELISPOTによって測定した場合の、ベースライン及び治療中/治療後におけるPBMCにおける、検出された特異的(バックグラウンドは差し引かれている)IDO(A)及びPD-L1(B)応答のヒートマップを提供する(n=25)。図33Cは、3人の異なる患者についてのエクスビボELISPOTウェルのウェル画像の例を提供する。ウェルあたり6-9×105個の細胞を使用した。 ［図３３Ａ］に記載の通りである。 ［図３３Ａ］に記載の通りである。 図34は、エクスビボでのPBMCの細胞内染色によるIDO及びPD-L1特異的T細胞の評価に関連して、図30に提示するデータに使用したゲーティング戦略を提供する。 ［図３４－１］に記載の通りである。
配列表の簡単な説明
配列番号1は、ヒトインドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO1)のアミノ酸配列である。配列番号2は、本明細書でIO101又はIDO5と呼ばれる、IDO1の断片のアミノ酸配列である。配列番号3は、本明細書でIO102と呼ばれる、IDO1の断片のアミノ酸配列である。配列番号4～13は、本明細書に開示されるIDO1の他の断片のアミノ酸配列である。配列番号14は、ヒトPD-L1のアミノ酸配列である。配列番号15～31及び32は、本明細書に開示されるPD-L1の断片のアミノ酸配列である。配列番号32は、本明細書でIO103と呼ばれ得る、PD-L1の断片のアミノ酸配列である。配列番号33及び34は、PD-L1 siRNA二重鎖についてのヌクレオチド配列である。配列番号35～40は、siRNA1、2及び3と呼ばれるIDO siRNA二重鎖についてのヌクレオチド配列である。
詳細な説明
概観
αPD1単独療法の抗腫瘍活性は、既存のナイーブT細胞及びプライミングされた腫瘍特異的T細胞の限られたプールによって損なわれる可能性がある。腫瘍の免疫逃避機構を標的とする免疫調節ワクチンは、これらの逃避機構が多くのがんの種類及び多様な患者集団にわたって見出されるため、全般的患者集団に適用可能な治療戦略を提供する。これは、特定の腫瘍に合わせて特に調整され、広く適用可能ではない、患者特異的ネオアンチゲンがんワクチンとは対照的である(Ott, P. A. et al. Cell 740 183, 347-362.e24 (2020)、Andersen, M. H. Semin. Immunopathol. 41, 1-3 (2019))。
2つの免疫チェックポイント分子であるインドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)及びプログラム死-リガンド1(PD-L1)に対する循環性細胞傷害性T細胞は、がん患者の血液中、及びより少ない程度で健康なドナーの血液中に検出されている(Munir, S. et al., Oncoimmunology 2, e23991 (2013)、Ahmad, S. et al., Cancer Immunol. Immunother. 65, 797-804 (2016)、Andersen, M. Cancer Immunol. Immunother. 61, 1289-1297 (2012)、Sorensen, Cancer Res. 71, 2038-2044 (2011)、Ahmad, S., et al., Leukemia 28, 236-8 (2014)、Andersen, M. H. Oncoimmunology 1, 1211-1212 (2012))。これらのT細胞は、腫瘍細胞だけでなく、腫瘍微小環境中の免疫抑制細胞を直接認識し、したがって、免疫抑制シグナルの範囲を制限し、腫瘍微小環境の免疫抑制性を逆転させるために利用することができる。したがって、本明細書に記載されるIDO/PD-L1免疫調節ワクチン戦略は、これらの特異的T細胞の活性化を通じてαPD1療法の有効性を改善させるための転換可能な戦略をもたらし得る。
本開示において限定することを意図しないが、仮定される作用機序を図1Aに描写する。簡単に述べると、(1)IDO/PD-L1ワクチン及びαPD1抗体を患者に投与する。(2)ペプチドワクチンは、抗原提示細胞によって食作用を受け、IDO及びPD-L1特異的T細胞に提示され、次いでこれが活性化される。(3)活性化されたT細胞は、腫瘍環境に移動し、そこで免疫抑制細胞及び腫瘍細胞の両方を攻撃して、サイトカイン産生及び炎症促進性Th1駆動性の腫瘍微小環境をもたらし、それにより、腫瘍微小環境の免疫抑制性を免疫寛容環境に逆転させる。(4/5)炎症性シグナル伝達におけるこの増加はまた、がん及び免疫細胞におけるPD-1発現の並行した上方制御をもたらし、それにより、PD-1遮断によるIDO/PD-L1特異的T細胞及び腫瘍特異的細胞傷害性T細胞の両方による腫瘍死滅の増強をもたらす。
定義
開示される製品及び方法の様々な適用が、当技術分野における具体的な必要性に合わせて調整され得ることが理解されるべきである。また、本明細書で使用される用語は、本発明の特定の実施形態を記載することのみを目的とし、制限するようには意図されないことが理解されるべきである。
さらに、本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「a」、「an」、及び「the」には、記載内容が別途明確に規定しない限り、複数形の指示物が含まれる。したがって、例えば、「阻害剤(an inhibitor)」への言及には、2つ以上のそのような阻害剤が含まれ、又は「オリゴヌクレオチド(an oligonucleotide)」への言及には、2つ以上のそのようなオリゴヌクレオチドが含まれる等である。
本明細書で使用される場合、用語「有効量」は、特定の生理学的効果をもたらすために必要とされる薬剤又は組成物の最小量を指す。特定の薬剤の有効量は、薬剤の性質、例えば、質量/体積、細胞数/体積、粒子/体積、(薬剤の質量)/(対象の質量)、細胞数/(対象の質量)、又は粒子/(対象の質量)に基づいて、様々な方法で表され得る。特定の薬剤の有効量はまた、半数効果濃度(EC50)として表されてもよく、これは、参照レベルと最大応答レベルとの中間にある特定の生理学的応答の大きさをもたらす薬剤の濃度を指す。
本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される」は、当技術分野で周知の経路を使用して投与された場合に、一般的にアレルギー又は他の重度の有害反応を生じない分子実体及び組成物を指す。連邦政府若しくは州政府の規制機関によって承認された、又は動物、特にヒトでの使用のために米国薬局方若しくは他の一般的に認められている薬局方に列挙された、分子実体及び組成物は、「薬学的に許容される」と考えられる。
用語「予防する」、「予防」、及び「予防的に」は、疾患の発症前(例えば、疾患の特定の症状の発症前)における化合物の投与を指す。疾患を予防することは、疾患が生じる可能性を低下させること、疾患の発症を遅らせること、長期的な症状を改善すること、又は疾患の最終的な進行を遅らせることを含み得る。
「対象」は、本明細書で使用される場合、任意の哺乳動物、好ましくはヒトを含む。
本明細書で使用される場合、用語「治療」、「治療すること」、又は「改善すること」は、治療的処置又は予防的/防止的処置のいずれかを指す。処置は、処置を受ける個体における疾患の少なくとも1つの症状が改善する場合、又は処置が個体における進行性疾患の悪化を遅らせるか又は追加の関連疾患の発症を予防することができる場合に、治療的である。
「ポリペプチド」は、2つ以上のサブユニットアミノ酸、アミノ酸類似物、又は他のペプチド模倣物の化合物を指すように、本明細書では最も広義に使用される。したがって、用語「ポリペプチド」には、短いペプチド配列、及びより長いポリペプチド、及びタンパク質も含まれる。本明細書で使用される場合、用語「アミノ酸」は、D若しくはL光学異性体の両方を含む、天然及び/若しくは非天然のアミノ酸、又は合成アミノ酸、並びにアミノ酸類似物及びペプチド模倣物を指す。
免疫チェックポイントポリペプチド
本開示は、(a)第1の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)第2の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法を提供する。
エフェクターT細胞の活性化は、通常、MHC複合体によって提示される抗原ペプチドを認識するT細胞受容体によって引き起こされる。次いで、達成される活性化の種類及びレベルは、刺激するシグナルと、エフェクターT細胞応答を阻害するシグナルとの間のバランスによって決定される。用語「免疫チェックポイント分子」は、本明細書では、ヒト免疫系の構成要素、典型的にはエフェクターT細胞応答の阻害に有利になるようにバランスを変化させる作用機序を含む分子を指すために使用される。例えば、リガンドと相互作用すると、エフェクターT細胞の活性化を負に調節する分子。そのような調節は、例えば、リガンドと、阻害性シグナルをエフェクターT細胞に伝達する細胞表面受容体との間の相互作用により、直接的であってもよい。そのような調節は、例えば、リガンドと、活性化シグナルをエフェクターT細胞に別の方法で伝達する細胞表面受容体との間の相互作用、又は阻害性分子若しくは細胞の上方制御を促進する相互作用の遮断若しくは阻害、又はエフェクターT細胞が必要とする代謝物を酵素により枯渇させること、又はこれらの任意の組み合わせにより、間接的であってもよい。用語「免疫チェックポイントポリペプチド」は、対象に投与された場合に免疫チェックポイント分子に対する免疫応答を誘導する能力を有する免疫チェックポイント分子のポリペプチド配列を指す。本明細書に記載される免疫チェックポイントポリペプチドは、免疫チェックポイント分子の全長アミノ酸配列を含み得る。特定の実施形態では、免疫チェックポイントポリペプチドは、免疫チェックポイント分子の免疫原性断片を含む。「免疫原性断片」は、本明細書では、免疫チェックポイント分子の全アミノ酸配列よりも短いが、免疫チェックポイント分子に対する免疫応答を誘発する能力を有するポリペプチド断片を意味するために使用される。
免疫チェックポイント分子に対して免疫応答を誘発する断片の能力(すなわち、ポリペプチド又はその断片の「免疫原性」)は、任意の好適な方法により評価され得る。典型的には、断片は、免疫チェックポイント分子に対して特異的なT細胞において、インビトロでの増殖及び/又はサイトカイン放出を誘導する能力を有し、前記細胞は、がん患者から採取されたリンパ球のサンプル中に存在し得る。増殖及び/又はサイトカイン放出は、ELISA及びELISPOTを含む任意の好適な方法により評価され得る。例示的な方法は、実施例に記載される。いくつかの実施形態では、断片は、構成要素特異的T細胞の増殖を誘導する、及び/又はそのような細胞からのIFNγ及び/又はTNFαの放出を誘導する。
免疫チェックポイント分子に対して特異的なT細胞において増殖及び/又はサイトカイン放出を誘導するために、断片は、それがT細胞に提示されるように、MHC分子に結合する能力を有しなければならない。換言すれば、免疫チェックポイントポリペプチド及びその断片は、前記構成要素の少なくとも1つのMHC結合エピトープを含む、又はそれからなる。前記エピトープは、MHCクラスI結合エピトープ又はMHCクラスII結合エピトープであり得る。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントポリペプチド及びその断片は、2つ以上のMHC結合エピトープを含み、前記エピトープのそれぞれは、異なるHLAアレルから発現されるMHC分子に結合し、それにより、非近交系のヒト集団から取得される対象のカバレッジ範囲が広がる。
MHC結合は、インシリコでの方法の使用を含む、任意の好適な方法により評価され得る。好ましい方法としては、結合が参照ペプチドと比較して測定される競合的阻害アッセイが挙げられる。参照ペプチドは、典型的には、所与のMHC分子に対する強力なバインダーであることが公知であるペプチドである。そのようなアッセイでは、ペプチドが、所与のHLA分子について、参照ペプチドの1/100未満のIC50を有する場合、ペプチドは所与のHLA分子について弱いバインダーである。ペプチドが、所与のHLA分子について、参照ペプチドの1/100超、1/20未満のIC50を有する場合、ペプチドは中程度のバインダーである。ペプチドが、所与のHLA分子について、参照ペプチドの1/20超のIC50を有する場合、ペプチドは強力なバインダーである。
MHCクラスIエピトープを含む断片は、好ましくは、HLA-A1、HLA-A2、HLA-A3、HLA-A11、及びHLA-A24からなる群から選択されるMHCクラスI HLA種、より好ましくはHLA-A3又はHLA-A2に結合する。あるいは、断片は、HLA-B7、HLA-B35、HLA-B44、HLA-B8、HLA-B15、HLA-B27、及びHLA-B51からなる群から選択されるMHCクラスI HLA-B種に結合し得る。
MHCクラスIIエピトープを含む断片は、好ましくは、HLA-DPA-1、HLA-DPB-1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、HLA-DRB、及びこれらの群におけるすべてのアレル、並びにHLA-DM、HLA-DOからなる群から選択されるMHCクラスII HLA種に結合する。
免疫チェックポイント分子の例としては、インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO1)、PD-1及びPD-L1又はPD-L2、CTLA4、CD86、CD80、B7-H3及び/又はB7-H4、及びそれらのそれぞれのリガンド、HVEM及びBTLA、GAL9及びTIM3、LAG3、及びKIRが挙げられる。
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントポリペプチドは、IDO1ポリペプチドである。IDO1は、多くの腫瘍の細胞で上方制御され、L-トリプトファンのN-ホルミルキヌレニンへの変換を触媒する役割を担い、したがって、キヌレニン経路を通じたトリプトファン異化の最初の且つ律速酵素である。このチェックポイントは、必須アミノ酸のトリプトファンを必要とする免疫系の細胞における代謝経路である。トリプトファンが欠乏すると、その結果、エフェクターT細胞機能が全般的に抑制され、ナイーブT細胞の制御性(すなわち、免疫抑制的)T細胞(Treg)への変換が促進される。
いくつかの実施形態では、IDO1免疫チェックポイントポリペプチドは、IDO1に対する免疫応答を誘発する。したがって代わりに、IDO1免疫チェックポイントポリペプチドは、IDO1に対するワクチンとして記載され得る。本明細書に提供される免疫療法組成物に使用可能なIDO1に対するワクチンは、WO2009/143843、Andersen and Svane (2015), Oncoimmunology Vol 4, Issue 1, e983770、及びIversen et al (2014), Clin Cancer Res, Vol 20, Issue 1, p221-32に記載される。
IDO1免疫チェックポイントポリペプチドは、IDO1(配列番号1)又はその免疫原性断片(例えば、配列番号2～13のいずれか1つ)を含み得る。IDO1免疫原性断片は、IDO1(配列番号1)の少なくとも8個、好ましくは少なくとも9個の連続したアミノ酸を含み得る。前記断片は、IDO1(配列番号1)の最大40個の連続したアミノ酸、IDO1(配列番号1)の最大30個の連続したアミノ酸、又はIDO1(配列番号1)の最大25個の連続したアミノ酸を含み得る。したがって、断片は、IDO1(配列番号1)の8～40、8～30、8～25、9～40、9～30、又は9～25個の連続したアミノ酸を含み得る又はそれからなり得る。いくつかの実施形態では、IDO1断片は、IDO1(配列番号1)の9～25個の連続したアミノ酸を含む又はそれからなる。本開示による使用に好適なIDO1断片の例示的なアミノ酸配列は、以下の表Aに提供される。
Figure 2024510301000001
いくつかの実施形態では、IDO1免疫チェックポイントポリペプチド断片は、配列番号2又は配列番号3のアミノ酸配列を含む又はそれからなる。いくつかの実施形態では、IDO1免疫チェックポイントポリペプチド断片は、配列番号3のアミノ酸配列を含む又はそれからなる。配列番号2を含む又はそれからなるIDO1免疫チェックポイントポリペプチド断片は、HLAの特によく見られる種であるHLA-A2にしっかりと結合する。配列番号3からなるIDO1免疫チェックポイントポリペプチドは、上に言及される特異的クラスI及びクラスII HLA種のうちの少なくとも1つにしっかりと結合する。配列番号2又は配列番号3のアミノ酸配列を含む又はそれからなる断片は、非近交系ヒト集団の高い割合で有効であるという点で有利である。
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントポリペプチドは、PD-L1ポリペプチドである。PD-1は、エフェクターT細胞上で発現され、PD-L1又はPD-L2のいずれかに結合すると、その結果、活性化を下方制御するシグナルが生じる。PD-L1又はPD-L2リガンドは、いくつかの腫瘍によって発現される。特にPD-L1は、黒色腫を含む多くの固形腫瘍によって発現される。したがって、これらの腫瘍は、T細胞上の阻害性PD-1受容体の活性化を通じて免疫介在性抗腫瘍効果を下方制御し得る。PD1と、そのリガンドの一方又は両方との間の相互作用を遮断することにより、免疫応答のチェックポイントが除去可能となり、抗腫瘍T細胞応答の増大をもたらす。
いくつかの実施形態では、PD-L1免疫チェックポイントポリペプチドは、PD-L1に対する免疫応答を誘発する。したがって代わりに、PD-L1免疫チェックポイントポリペプチドは、PD-L1に対するワクチンとして記載され得る。本明細書に提供される免疫療法組成物に使用可能なPD-L1に対するワクチンは、WO2013/056716に記載される。
PD-L1免疫チェックポイントポリペプチドは、PD-L1(配列番号14)又はその免疫原性断片(例えば、配列番号15～32のいずれか1つ)を含み得る。PD-L1免疫原性断片は、PD-L1(配列番号14)の少なくとも8個又は少なくとも9個の連続したアミノ酸を含み得る。PD-L1免疫原性断片は、PD-L1(配列番号14)の最大40個の連続したアミノ酸、PD-L1(配列番号14)の最大30個の連続したアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、PD-L1免疫原性断片は、PD-L1(配列番号14)の最大25個の連続したアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、PD-L1免疫原性断片は、PD-L1(配列番号14)の8～40、8～30、8～25、9～40、9～30、又は9～25個の連続したアミノ酸を含む又はそれからなる。いくつかの実施形態では、PD-L1免疫原性断片は、PD-L1(配列番号14)の9～25個の連続したアミノ酸を含む又はそれからなる。
本開示による使用に好適なPD-L1断片の例示的なアミノ酸配列は、以下の表Bに提供される。
Figure 2024510301000002
いくつかの実施形態では、PD-L1免疫チェックポイントポリペプチド断片は、配列番号15、25、28又は32のうちの1つの配列を含む又はそれからなる。いくつかの実施形態では、PD-L1免疫チェックポイントポリペプチド断片は、配列番号32の配列を含む又はそれからなる。
本発明の目的のための別の好ましいチェックポイントは、チェックポイント(c)、すなわち、T細胞受容体CTLA-4と、そのリガンドであるB7タンパク質(B7-1及びB7-2)との間の相互作用である。CTLA-4は、最初の活性化の後、T細胞表面上で通常上方制御され、リガンドが結合すると、その結果、さらなる/継続的な活性化を阻害するシグナルが生じる。CTLA-4は、B7タンパク質への結合について、T細胞表面上でやはり発現しているが、活性化を上方制御する受容体CD28と競合する。したがって、B7タンパク質とのCD28相互作用ではなく、B7タンパク質とのCTLA-4相互作用を遮断することにより、免疫応答の正常なチェックポイントの1つが除去可能となり、抗腫瘍T細胞応答の増大をもたらす。したがって、CTLA4及びそのリガンドは、本開示の方法において標的となり得る免疫チェックポイントの例である。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、免疫チェックポイントポリペプチド又はその断片をコードするポリヌクレオチドを投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、RNA又はDNAポリヌクレオチドである。
免疫チェックポイント阻害剤
いくつかの実施形態では、本開示は、(a)第1の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)第2の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法を提供する。
「免疫チェックポイント阻害剤」は、本明細書では、対象に投与された場合に、免疫チェックポイント分子の作用を遮断又は阻害し、その結果、対象における免疫エフェクター応答、典型的にはT細胞エフェクター応答(好ましくは抗腫瘍T細胞エフェクター応答を含む)の上方制御をもたらす、任意の薬剤を意味するために使用される。
本発明の方法に使用される免疫チェックポイント阻害剤は、上記の免疫チェックポイント分子のいずれかの作用を遮断又は阻害し得る。薬剤は、抗体、又は前記遮断若しくは阻害をもたらす任意の他の好適な薬剤であり得る。
「抗体」は、本明細書で使用される場合、全抗体、並びにその任意の抗原結合断片(すなわち、「抗原結合部分」)若しくは単鎖を含む。抗体は、ポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体であってもよく、任意の好適な方法によって生成することができる。抗体の「抗原結合部分」という用語に包含される結合断片の例としては、Fab断片、F(ab')2断片、Fab'断片、Fd断片、Fv断片、dAb断片、及び単離された相補性決定領域(CDR)が挙げられる。単鎖抗体、例えばscFv、及び重鎖抗体、例えばVHH及びラクダ抗体も、抗体の「抗原結合部分」という用語に包含されることが意図される。
いくつかの実施形態では、抗体は、B7タンパク質とのCTLA-4相互作用を遮断又は阻害する。そのような抗体の例としては、イピリムマブ、トレメリムマブ(tremelimumab)、又はWO2014/207063に開示される抗体のいずれかが挙げられる。他の分子としては、ポリペプチド、又は可溶性変異体CD86ポリペプチドが挙げられる。
いくつかの実施形態では、抗体は、PD-L1又はPD-L2とのPD1相互作用を遮断又は阻害する。いくつかの実施形態では、抗体は、PD1を阻害する。そのような抗PD1抗体の例としては、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ラムブロリズマブ(Lambrolizumab)、ピジリズマブ(Pidilzumab)、セミプリマブ(Cemiplimab)、及びAMP-224(AstraZeneca/MedImmune及びGlaxoSmithKline)、Jounce Therapeutics社によるJTX-4014、スパルタリズマブ(Spartalizumab)(PDR001、Novartis)、カムレリズマブ(Camrelizumab)(SHR1210、Jiangsu HengRui Medicine Co., Ltd)、シンチリマブ(Sintilimab)(IBI308、Innovent及びEli Lilly)、チスレリズマブ(Tislelizumab)(BGB-A317)、トリパリマブ(Toripalimab)(JS 001)、ドスタルリマブ(Dostarlimab)(TSR-042、WBP-285、GlaxoSmithKline)、INCMGA00012(MGA012、Incyte及びMacroGenics)、及びAMP-514(MEDI0680、AstraZeneca)が挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ及びペムブロリズマブから選択される抗PD-1抗体である。免疫チェックポイント阻害剤は、好ましくは、ニボルマブ又はペムブロリズマブである。
いくつかの実施形態では、抗体は、PD-L1を阻害する。そのような抗PD-L1抗体の例としては、MEDI-4736、MPDL3280A、アテゾリズマブ(Atezolizumab)(テセントリク(Tecentriq)、Roche Genentech)、アベルマブ(Avelumab)(バベンチオ(Bavencio)、Merck Serono及びPfizer)、及びデュルバルマブ(Durvalumab)(イミフィンジ(Imfinzi)、AstraZeneca)が挙げられる。
他の好適な阻害剤としては、典型的には小有機分子である、小分子阻害剤(SMI)が挙げられる。
IDO1の好ましい阻害剤としては、エパカドスタット(INCB24360)、インドキシモド、GDC-0919(NLG919)及びF001287が挙げられる。IDO1の他の阻害剤としては、1-メチルトリプトファン(1MT)が挙げられる。
本発明の免疫チェックポイント阻害剤、例えば抗体又はSMIは、対象への投与のために薬学的に許容される賦形剤を用いて製剤化され得る。本発明の免疫療法組成物に好適な賦形剤及び補助物質は以下に記載され、同じものを、本発明の免疫チェックポイント阻害剤とともに使用してもよい。免疫療法組成物の調製、包装及び販売のための好適な形態も、上に記載される。本発明の免疫チェックポイント阻害剤についても同じ考慮が適用される。
組成物
本開示は、本明細書に記載される免疫チェックポイントポリペプチド及び/又は免疫チェックポイント阻害剤を含む、組成物を提供する。組成物は、典型的には医薬組成物である。いくつかの実施形態では、本開示は、(a)第1の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)第2の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)免疫チェックポイント阻害剤とを含む、組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、第1の免疫チェックポイントペプチドは、第1の組成物において製剤化され、第2の免疫チェックポイントペプチドは、第2の組成物において製剤化され、免疫チェックポイント阻害剤は、第3の組成物において製剤化される。いくつかの実施形態では、第1及び第2の免疫チェックポイントペプチドは、第1の組成物において製剤化され、免疫チェックポイント阻害剤は、第2の組成物において製剤化される。いくつかの実施形態では、第1の免疫チェックポイントペプチド、第2の免疫チェックポイントペプチド、及び免疫チェックポイント阻害剤は、1つの組成物において一緒に製剤化される。
組成物は、免疫チェックポイント分子の構成要素の免疫原性断片を1つ含み得るか、又はそれぞれが、標的集団のより大きな割合をカバーするために、少なくとも1つの異なるHLA分子と特異的に相互作用する、2つ以上のそのような断片の組み合わせを含み得る。したがって、例として、組成物は、HLA-A分子により拘束されたペプチドと、HLA-B分子により拘束されたペプチドとの組み合わせ、例えば、標的集団においてHLA表現型が優勢であることに対応するHLA-A分子及びHLA-B分子、例えば、HLA-A2及びHLA-B35を含有し得る。さらに、組成物は、HLA-C分子により拘束されたペプチドを含み得る。
1つ以上の免疫チェックポイントポリペプチドを含む組成物は、好ましくは、アジュバント及び/又は担体をさらに含み得る。アジュバントは、組成物に混合すると、組成物により誘発される免疫応答を高める、又は他の方法で改変する、任意の物質である。アジュバントは、広義には、免疫応答を促進する物質である。アジュバントは、投与部位からの活性な薬剤のゆっくりした持続放出ももたらすという点で、好ましくはデポ効果も有し得る。アジュバントの一般的考察は、Goding, Monoclonal Antibodies: Principles & Practice (2nd edition, 1986) at pages 61-63に提供される。
アジュバントは、AlK(SO4)2、AlNa(SO4)2、AlNH4(SO4)、シリカ、ミョウバン、Al(OH)3、Ca3(PO4)2、カオリン、炭素、水酸化アルミニウム、ムラミルジペプチド、N-アセチル-ムラミル-L-トレオニル-D-イソグルタミン(thr-DMP)、N-アセチル-ノルムラミル-L-アラニル-D-イソグルタミン(CGP 11687、nor-MDPとも呼ばれる)、N-アセチルムラミル-L-アラニル-D-イソグルタミニル-L-アラニン-2-(1'2'-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3-ヒドロキシホスホリルオキシ)-エチルアミン(CGP 19835A、MTP-PEとも呼ばれる)、2%スクアレン/ツイーン-80.RTM.エマルジョン中のRIBI(MPL+TDM+CWS)、リピドAを含むリポ多糖類及びその様々な誘導体、フロイント完全アジュバント(FCA)、フロイント不完全アジュバント、メルクアジュバント65、ポリヌクレオチド(例えば、ポリIC酸、及びポリAU酸)、結核菌(Mycobacterium, tuberculosis)由来のワックスD、コリネバクテリウム・パルバム(Corynebacterium parvum)、百日咳菌(Bordetella pertussis)、及びブルセラ属(genus Brucella)のメンバーに見出される物質、Titermax、ISCOMS、Quil A、ALUN(US 58767及び5,554,372を参照)、リピドA誘導体、コレラトキシン誘導体、HSP誘導体、LPS誘導体、合成ペプチドマトリックス又はGMDP、インターロイキン1、インターロイキン2、モンタニドISA-51、及びQS-21からなる群から選択され得る。様々なサポニン抽出物も、免疫原性組成物において、アジュバントとして有用であることが示唆されている。顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)もまた、アジュバントとして使用可能である。
本発明で使用されるべき好ましいアジュバントとしては、油/界面活性剤に基づくアジュバント、例えばモンタニドアジュバント(ベルギーのSeppic社から入手可能)、好ましくはモンタニドISA-51が挙げられる。他の好ましいアジュバントは、細菌DNAに基づくアジュバント、例えばCpGオリゴヌクレオチド配列を含むアジュバントである。さらに他の好ましいアジュバントは、ウイルスdsRNAに基づくアジュバント、例えばポリI:Cである。GM-CSF及びイミダゾキノリンも、好ましいアジュバントの例である。
アジュバントは、最も好ましくは、モンタニドISAアジュバントである。モンタニドISAアジュバントは、好ましくは、モンタニドISA 51又はモンタニドISA 720である。
Goding, Monoclonal Antibodies: Principles & Practice (2nd edition, 1986) at pages 61-63では、目的とする抗原が低分子量であるか、又は免疫原性に劣る場合、免疫原性の担体と連結させることが推奨されることについても指摘される。本明細書に記載される免疫チェックポイントポリペプチド又は断片は、担体と連結し得る。担体は、アジュバントとは独立して存在し得る。担体の機能は、例えば、活性又は免疫原性を高めるため、安定性を付与するため、生物活性を高めるため、又は血清半減期を延長するために、ポリペプチド断片の分子量を増加させることであり得る。さらに、担体は、ポリペプチド又はその断片をT細胞に提示するのに役立つ可能性がある。したがって、組成物において、免疫チェックポイントポリペプチド又はその断片は、担体、例えば以下に記載されるような担体と会合し得る。
担体は、当業者に公知の任意の好適な担体、例えば、タンパク質又は抗原提示細胞、例えば樹状細胞(DC)であり得る。担体タンパク質としては、スカシガイヘモシアニン、血清タンパク質、例えばトランスフェリン、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、サイログロブリン若しくはオボアルブミン、免疫グロブリン、又はホルモン、例えばインスリン、又はパルミチン酸が挙げられる。あるいは、担体タンパク質は、破傷風トキソイド又はジフテリアトキソイドであり得る。あるいは、担体は、デキストラン、例えばセファロースであり得る。担体は、ヒトにとって生理学的に許容され、安全でなければならない。
本明細書に提供される組成物は、薬学的に許容される賦形剤を任意選択で含み得る。賦形剤は、組成物のその他の成分と適合性を有し、且つそのレシピエントにとって有毒でないという意味において「許容性」でなければならない。補助物質、例えば、湿潤剤又は乳化剤、pH緩衝物質等が、賦形剤中に存在してもよい。これらの賦形剤及び補助物質は、一般的に、組成物を受ける個体において免疫応答を誘導せず、且つ過度の毒性を伴わずに投与され得る、医薬品である。薬学的に許容される賦形剤としては、以下に限定されないが、液体、例えば水、食塩水、ポリエチレングリコール、ヒアルロン酸、グリセロール、及びエタノールが挙げられる。薬学的に許容される塩、例えば鉱酸の塩、例えば塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩等、及び有機酸の塩、例えば酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩等もその中に含まれ得る。薬学的に許容される賦形剤、ビヒクル、及び補助物質の徹底した考察は、Remington's Pharmaceutical Sciences (Mack Pub. Co., N.J. 1991)において利用可能である。
本明細書に提供される組成物は、ボーラス投与又は連続投与に好適な形態で調製、包装、又は販売され得る。注射型組成物は、単位剤形、例えばアンプルで、又は防腐剤を含有する複数用量容器で調製、包装、又は販売され得る。組成物は、以下に限定されないが、懸濁液、溶液、油性又は水性ビヒクル中のエマルジョン、ペースト、及び植込み型持続放出又は生分解性製剤を含む。組成物の一実施形態では、好適なビヒクル(例えば、滅菌パイロジェンフリー水)を用いて再構成した後に、再構成した組成物を投与するために、有効成分は、乾燥(例えば、粉末又は顆粒)形態で提供される。組成物は、注射可能な滅菌の水性若しくは油性の懸濁液又は溶液の形態で調製、包装、又は販売され得る。この懸濁液又は溶液は、公知技術に従って製剤化されてもよく、有効成分に加えて、追加の成分、例えば本明細書に記載されるアジュバント、賦形剤及び補助物質を含んでもよい。そのような注射可能な滅菌製剤は、無毒性の非経口的に許容される希釈剤又は溶媒、例えば水又は1,3-ブタンジオールを使用して調製され得る。他の許容される希釈剤及び溶媒としては、以下に限定されないが、リンゲル液、等張塩化ナトリウム溶液、及び固定油、例えば合成モノ-又はジ-グリセリドが挙げられる。
有用である他の組成物としては、有効成分を、微結晶形態で、リポソーム調製物中に、又は生分解性ポリマー系の構成要素として含む組成物が挙げられる。持続放出又は植込み用の組成物は、薬学的に許容されるポリマー性又は疎水性の材料、例えばエマルジョン、イオン交換樹脂、難溶性ポリマー、又は難溶性塩を含み得る。あるいは、組成物の有効成分は、カプセル化されてもよく、粒子状担体に吸着されてもよく、又はそれと会合してもよい。好適な粒子状担体としては、ポリメチルメタクリレートポリマーに由来する担体、並びにポリ(ラクチド)及びポリ(ラクチド-co-グリコリド)に由来するPLG微粒子が挙げられる。例えば、Jeffery et al. (1993) Pharm. Res. 10:362-368を参照されたい。他の微粒子系及びポリマー、例えばポリリジン、ポリアルギニン、ポリオルニチン、スペルミン、スペルミジン等のポリマー、並びにこれらの分子のコンジュゲートも使用可能である。
例示的な組成物
いくつかの実施形態では、本開示は、(a)配列番号3を含む又はそれからなるIDO1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)配列番号32を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)抗PD1免疫チェックポイント阻害剤抗体とを含む、組成物を提供する。そのような実施形態では、抗PD1免疫チェックポイント阻害剤抗体は、ニボルマブ又はペムブロリズマブである。いくつかの実施形態では、組成物は、アジュバントをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、(i)(a)配列番号3を含む又はそれからなるIDO1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)配列番号32を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドとを含む、第1の組成物、及び(ii)ニボルマブを含む、第2の組成物を提供する。いくつかの実施形態では、第1の組成物は、アジュバントをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、(i)配列番号3を含む又はそれからなるIDO1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドを含む、第1の組成物、(ii)配列番号32を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドを含む、第2の組成物、及び(iii)ニボルマブを含む、第3の組成物を提供する。いくつかの実施形態では、第1及び/又は第2の組成物は、アジュバントをさらに含む。
前記組成物は、本発明の方法に使用するため、又は組成物の投与を含むがんの予防又は治療のための任意の他の方法に使用するために提供され得る。
がんの予防又は治療方法
いくつかの実施形態では、本開示は、(a)第1の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)第2の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法を提供する。
がんは、前立腺がん、脳がん、乳がん、大腸がん、膵臓がん、卵巣がん、肺がん、子宮頸がん、肝臓がん、頭部/頸部/咽喉がん、皮膚がん、膀胱がん、又は血液がんであってもよい。いくつかの実施形態では、がんは、腫瘍又は血液で生じたがんの形態である。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形である。いくつかの実施形態では、腫瘍は、悪性であり、転移性であり得る。腫瘍は、腺腫、腺がん、芽細胞腫、がん腫、類腱腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、内分泌腫瘍、生殖細胞腫瘍、リンパ腫、白血病、肉腫、ウィルムス腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、リンパ腫瘍、乳房腫瘍、又は黒色腫であり得る。いくつかの実施形態では、黒色腫は、転移性黒色腫である。
芽細胞腫の種類としては、肝芽腫、膠芽腫、神経芽細胞腫又は網膜芽細胞腫が挙げられる。がん腫の種類としては、大腸がん又は肝細胞がん、膵臓、前立腺、胃、食道、子宮頸部、及び頭頸部のがん腫、及び腺がんが挙げられる。肉腫の種類としては、ユーイング肉腫、骨肉腫、横紋筋肉腫、又は任意の他の軟部組織肉腫が挙げられる。黒色腫の種類としては、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、末端黒子型黒色腫、粘膜黒色腫、結節型黒色腫、ポリープ状黒色腫、線維形成性黒色腫、無色素性黒色腫、軟部組織黒色腫、小母斑様細胞を有する黒色腫、スピッツ母斑の特徴を有する黒色腫及びブドウ膜黒色腫が挙げられる。
リンパ腫及び白血病の種類としては、前駆体T細胞白血病/リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、慢性リンパ球性白血病/リンパ腫、MALTリンパ腫、バーキットリンパ腫、菌状息肉症、末梢T細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫の結節硬化型、ホジキンリンパ腫の混合細胞性サブタイプが挙げられる。肺腫瘍の種類としては、非小細胞肺がん(腺がん、扁平上皮がん及び大細胞がん)及び小細胞肺がんが挙げられる。
本発明の方法は、対象におけるT細胞抗がん応答を活性化する又は増大させることによって機能する。これは、2つ以上の免疫チェックポイントを遮断又は阻害することによって、がん又は腫瘍特異的エフェクターT細胞の活性化を増加させることによって達成される。本発明の方法は、2つ以上の免疫チェックポイントを遮断又は阻害するために少なくとも3つの異なるアプローチを利用する。
第1のアプローチは、典型的には免疫療法組成物において、第1の免疫チェックポイントポリペプチド、その免疫原性断片、又はそれをコードするポリヌクレオチドを投与し、その結果、免疫チェックポイント分子に対する対象における免疫応答をもたらし、それにより、チェックポイントの活性を遮断又は阻害することによる、第1の免疫チェックポイントを遮断又は阻害することである。したがって、代わりに、免疫チェックポイントポリペプチド又はそれを含む免疫療法組成物は、免疫チェックポイント分子に対するワクチンとして記載され得る。前記免疫応答によって標的とされる免疫チェックポイント分子は、好ましくは、腫瘍細胞によって発現され、免疫抑制効果を有する正常細胞によっても発現され得る。したがって、免疫応答は、チェックポイントの活性を遮断及び阻害し、さらに、腫瘍を直接攻撃するという点で二重の効果を有する。いくつかの実施形態では、第1の免疫チェックポイントポリペプチドは、IDO1ポリペプチド、その断片、又はそれをコードするポリヌクレオチドである。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、IDO1の免疫原性断片又はそれをコードするポリヌクレオチドを含む免疫療法組成物を投与するステップを含む。
第2のアプローチは、典型的には免疫療法組成物において、第2の免疫チェックポイントポリペプチド、その免疫原性断片、又はそれをコードするポリヌクレオチドを投与し、その結果、第2の免疫チェックポイント分子に対する対象における免疫応答をもたらし、それにより、第2の免疫チェックポイントの活性を遮断又は阻害することによる、第2の異なる免疫チェックポイントを遮断又は阻害することである。したがって、代わりに、免疫チェックポイントポリペプチド、その免疫原性断片、又はそれをコードするポリヌクレオチド、又はそれを含む免疫療法組成物は、第2の免疫チェックポイント分子に対するワクチンとして記載され得る。第2の免疫チェックポイント分子は、好ましくは、腫瘍細胞によって発現され、免疫抑制効果を有する正常細胞によっても発現され得る。したがって、前記免疫応答は、第2の免疫チェックポイント分子の活性を遮断及び阻害し、さらに、腫瘍を直接攻撃するという点で二重の効果を有する。いくつかの実施形態では、第2の免疫チェックポイントポリペプチドは、PD-L1ポリペプチドである。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、PD-L1の免疫原性断片又はそれをコードするポリヌクレオチドを含む免疫療法組成物を投与するステップを含む。
第3のアプローチは、免疫チェックポイント分子に結合するか又は免疫チェックポイント分子を他の方法で改変する、免疫チェックポイント阻害剤を投与し、それにより、免疫チェックポイント分子の活性を遮断又は阻害することによる、免疫チェックポイントを遮断又は阻害することである。薬剤は、免疫チェックポイント分子に結合する抗体又は小分子阻害剤であってもよい。それぞれが異なる免疫チェックポイント分子を標的とする、複数のそのような薬剤が投与されてもよい。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、PD1を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、PD1に特異的に結合する抗体である。
本開示の方法は、がんの治療又は予防のための、IDO1免疫チェックポイントポリペプチドを含む免疫療法組成物の投与、PD-L1免疫チェックポイントポリペプチドを含む免疫療法組成物の投与、並びにPD-L1及び/若しくはPD-LへのPD1結合に干渉する免疫チェックポイント阻害剤の投与を含む。いくつかの実施形態では、がんは、転移性黒色腫である。
IDO1免疫チェックポイントポリペプチド及びPD-L1免疫チェックポイントポリペプチドは、別個の又は同じ単一の免疫療法組成物において投与され得る。IDO1免疫チェックポイントポリペプチド及びPD-L1免疫チェックポイントポリペプチドは、構成要素又は断片のアミノ酸配列をコードする核酸の投与により投与され得る。免疫系チェックポイントの好ましい構成要素及び断片、並びに前記構成要素及び断片を含む免疫療法組成物は、先行するセクションで考察されている。好ましい免疫調節剤は、上記の関連セクションで考察されている。しかし、本発明の特に好ましい実施形態は、対象におけるがん、特に転移性黒色腫の予防又は治療方法であって、
(a)配列番号3のアミノ酸配列を含む又はそれからなる、最大50アミノ酸の長さのIDOのポリペプチド断片
(b)配列番号32のアミノ酸配列を含む又はそれからなる、最大50アミノ酸の長さのPD-L1のポリペプチド断片
(c)抗PD1抗体、例えばペムブロリズマブ又はニボルマブ
を前記対象に投与するステップを含む、方法である。
免疫系チェックポイントを遮断又は阻害するために様々なアプローチを利用することにより、本発明の方法は、代替方法と比較して、より少ない副作用又は合併症を伴ってより大きな抗腫瘍応答をもたらす。抗腫瘍応答は、典型的には、単一のアプローチのみを使用した場合に予想されるものよりも大きい。さらに、抗薬物応答による有効性の低下の可能性は少なくなる。これは、第1及び第2のアプローチ(ワクチン)がそのような応答から利益を積極的に受け、これはまた、長く続く効果をもたらし得るためである。第3のアプローチが、第1又は第2のアプローチのうちの1つと同じ免疫系チェックポイントを標的としている場合でも、これらの利益は増強され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法によって治療される対象は、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けていない。例えば、いくつかの実施形態では、方法は、(a)第1の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)第2の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)PD1の免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含み、対象は、以前にPD1の免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けていない。
いくつかの実施形態では、対象は、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けている。いくつかのそのような実施形態では、対象は、免疫チェックポイント阻害剤による治療に不応性であった(すなわち、対象は、免疫チェックポイント阻害剤に応答しなかった)。いくつかのそのような実施形態では、対象は、免疫チェックポイント阻害剤による治療に対する抵抗性を生じた(すなわち、対象は、初めは免疫チェックポイント阻害剤による治療に応答し、後に該治療に対して抵抗性になった)。
いくつかの実施形態では、本開示は、(a)第1の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)第2の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における疾患進行を予防する方法を提供する。そのような実施形態では、がんは、治療の完了後、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15年間、又はそれを超える年数の間、進行しない。
いくつかの実施形態では、本開示は、(a)第1の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(b)第2の免疫チェックポイントペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、(c)免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における腫瘍体積及び/又は数を減少させる方法を提供する。いくつかのそのような実施形態では、腫瘍体積及び/又は腫瘍数は、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は100%減少する。
投与レジメン
がんを治療するために、免疫チェックポイントポリペプチド及び/又は免疫チェックポイント阻害剤を含む免疫療法組成物は、治療上有効な量で対象にそれぞれ投与される。物質の「治療上有効な量」とは、所与の物質が、がん又はその症状のうちの1つ以上を治癒、緩和、又は部分的に阻止するのに十分な量で、がんに罹患している対象に投与されることを意味する。そのような治療的処置は、疾患症状の重症度の低下、又は症状のない時期の頻度又は持続期間の増加をもたらし得る。そのような処置は、固形腫瘍の体積の減少をもたらし得る。
がんを予防するために、免疫チェックポイントポリペプチド及び/又は免疫チェックポイント阻害剤を含む免疫療法組成物は、予防上有効な量で対象にそれぞれ投与される。物質の「予防上有効な量」とは、所与の物質が、がんと関連した症状のうちの1つ以上の発生又は再発を長期間防止するのに十分な量で対象に投与されることを意味する。
所与の目的並びに所与の組成物若しくは薬剤についての有効量は、疾患の重症度、並びに対象の体重及び全身状態に依存し、医師により容易に決定され得る。
免疫チェックポイントポリペプチド及び/又は免疫チェックポイント阻害剤を含む免疫療法組成物は、同時に又は任意の順序で連続して投与され得る。それぞれについての適切な投与経路及び用量は、医師により決定されてもよく、それに応じて組成物及び薬剤が製剤化される。
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントポリペプチド及び/又は免疫チェックポイント阻害剤を含む免疫療法組成物は、非経口経路、典型的には注射により投与される。投与は、好ましくは、皮下、皮内、筋肉内、又は腫瘍内の経路を経由し得る。注射部位は、免疫原性を増強するために、例えばイミキモド又は同様の局所的アジュバントで事前処置され得る。免疫療法組成物の単一用量中の、活性な薬剤として存在するそれぞれ個々のポリペプチドの総量は、典型的には、10μg～1000μg、好ましくは10μg～200μgの範囲、好ましくは約100μgの、活性な薬剤として存在する各ポリペプチドである。例えば、2つのポリペプチドの活性な薬剤があり、それぞれが約100μgで存在する場合、ペプチドの総量は約200μgである。
免疫チェックポイント阻害剤が抗体である場合、それは、典型的には、全身用の輸液として、例えば静脈内に投与される。免疫チェックポイント阻害剤がSMIである場合、それは、典型的には経口投与される。抗体及びSMIについての適切な用量は、医師により決定され得る。抗体についての適切な用量は、典型的には、対象の体重に比例する。
本発明の方法についての典型的なレジメンは、免疫チェックポイントポリペプチド及び/又は免疫チェックポイント阻害剤を含む1つ以上の免疫療法組成物の複数回の独立した投与を伴う。それぞれは、2回以上、例えば2、3、4、5、6、7、10、15、20回以上の回数、独立して投与され得る。特に、免疫療法組成物が2回以上投与される場合、反復投与は、結果として生じる免疫応答を高める可能性があるため、免疫療法組成物は増加した利益を提供し得る。典型的なレジメンは、免疫療法組成物の最大15シリーズの投与を含み得る。組成物又は薬剤の個々の投与は、医師により決定される適切な間隔で分離され得る。投与間の間隔は、典型的には、治療コースの開始時においてより短く、治療コースの終了に向かって増加する。例えば、組成物は、隔週で、最長約6週間投与され、次いで、4週間に1回、さらに約9回投与され得る。
例示的な投与レジメンは、例えば、隔週で体重1kgあたり3ミリグラムの用量で、合計最大約24シリーズの、免疫チェックポイント阻害剤の投与を含み、1つ以上の免疫チェックポイントポリペプチドを含む(典型的にはアジュバントを含む)免疫療法組成物はまた、右側と左側との間で交互に、腕の後ろ側又はももの前側に皮下投与される。これは、隔週で、最長約6週間投与され、次いで、4週間に1回、さらに9回投与され得る。免疫療法組成物の投与は、最初のシリーズの薬剤と同時に開始されてもよく、又は後で開始されてもよい。例えば、免疫療法組成物投与の最終ラウンドが、最終ラウンドの薬剤と同時に生じるように。
免疫プロファイル
いくつかの実施形態では、本開示は、がんの治療を必要とする患者におけるがんを治療する方法であって、患者は、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、がん患者を少なくとも2つの治療群のうちの1つに層別化する方法であって、前記方法は、患者由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及び(i)免疫プロファイルが、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対する応答を示す場合、患者を第1の治療群に層別化するステップ、又は(ii)ステップで決定された免疫プロファイルが、対象が前記治療に応答しないことを示す場合、患者を第2の治療群に層別化するステップを含む、方法を提供する。そのような実施形態では、第1の治療群は、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体で治療され、第2の治療群は、1つ以上の代替療法(例えば、化学療法、放射線、及び/又は追加の免疫療法)で治療されることになる。
本明細書で使用される場合、「免疫プロファイル」は、特定の時点における患者の免疫応答又は状態を記載するために使用される1つ以上のバイオマーカーの集合を指す(例えば、ベースライン免疫状態のスナップショット、又はある種の刺激に対する進行中の免疫応答のスナップショット)。免疫プロファイルを構成するバイオマーカーは、遺伝子発現、タンパク質発現、代謝物レベル、及び/又は細胞集団を含む、様々なマーカーから選択され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される免疫プロファイルは、1つ以上の細胞集団の分析で構成される。そのような実施形態では、患者由来のサンプルは、フローサイトメトリーによって分析されて、細胞表面マーカー発現及び/又は細胞内タンパク質発現に基づいて、サンプル中に存在する特定の細胞型のパーセンテージ及び/又は数を決定する。いくつかの実施形態では、サンプルは、末梢血サンプルである。いくつかの実施形態では、サンプルは、組織サンプル、例えば腫瘍サンプルである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される免疫プロファイルは、患者由来の末梢血サンプルの分析によって決定される。いくつかの実施形態では、末梢血単球は、末梢血サンプルから単離され、フローサイトメトリーによる分析のための出発材料として使用される。いくつかの実施形態では、以下の細胞型:T制御性細胞、活性化されたT細胞(例えば、LAG3+及び/又はCD28+ T細胞)、単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)、ナチュラルキラー(NK)細胞、及び/又は樹状細胞のうちの1つ以上のパーセンテージ及び/又は総数が決定される。したがって、1つ以上の細胞型の決定されたパーセンテージ及び/又は総数は、サンプルが収集された時点についての患者の免疫プロファイルを構成する。いくつかの実施形態では、患者の免疫プロファイルは、本明細書に記載される組成物による治療への応答性を予測するために使用される。
いくつかの実施形態では、本明細書で決定される患者の免疫プロファイルは、対照の対象群の免疫プロファイルと比較される。対照の対象群は、本明細書に記載される方法によって治療されるべき疾患に罹患していない(すなわち、がんに罹患していない)対象の群を指す。対照の対象群の免疫プロファイルは、歴史的対照から決定することができる。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、ベースライン免疫プロファイルであり、この免疫プロファイルは、患者が本明細書に記載される組成物による治療を受ける前に患者において決定される。いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、対象が本明細書に記載される組成物による治療を受けた後の1つ以上の時点で決定される。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、末梢血サンプル中のT細胞集団の分析を含む。T細胞は、本明細書では、T細胞受容体(TCR)及びCD3(TCR+CD3+)を発現するリンパ球と定義される。T細胞は、Tヘルパー細胞(TCR+CD3+CD4+)、細胞溶解性T細胞(TCR+CD3+CD8+)、T制御性細胞等を含む、多くの群にさらに細分することができる。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、末梢血サンプル中のT制御性細胞の分析を含む。本明細書では、T制御性(Treg)細胞は、TCR+CD3+CD25HighCD127Lowを発現するリンパ球と定義される。いくつかの実施形態では、Tregは、細胞内FoxP3発現によってさらに定義される。いくつかの実施形態では、対照の対象群と比較したT制御性細胞(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)の減少は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、7%未満であるT制御性細胞のパーセンテージ(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、6.5%未満、6%未満、5.5%未満、5%未満、4.5%未満、4%未満、3.5%未満、又は3%未満であるT制御性細胞のパーセンテージ(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、末梢血サンプル中の活性化されたT細胞の分析を含む。いくつかの実施形態では、活性化されたT細胞は、CD28+CD4+ T細胞を発現する。いくつかの実施形態では、対照の対象群と比較したCD28+CD4+ T細胞(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)の減少は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、70%未満であるCD28+CD4+ T細胞のパーセンテージ(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、65%未満、60%未満、55%未満、50%未満、45%未満、40%未満、35%未満、30%未満、25%未満、20%未満、15%未満、10%未満、又は5%未満であるCD28+CD4+ T細胞のパーセンテージ(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。
いくつかの実施形態では、活性化されたT細胞は、LAG3+CD4+を発現する。いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、末梢血サンプル中のLAG3+CD4+ T細胞の分析を含む。いくつかの実施形態では、対照の対象群と比較したLAG3+CD4+ T細胞(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)の増加は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、12%以上であるLAG3+CD4+ T細胞のパーセンテージ(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、15%以上、20%以上、25%以上、30%以上、35%以上、40%以上、45%以上、50%以上、55%以上、60%以上、65%以上、70%以上、75%以上、又は80%以上であるLAG3+CD4+ T細胞のパーセンテージ(CD4+ T細胞のパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、末梢血サンプル中の単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)の分析を含む。本明細書では、mMDSCは、以下の細胞表面マーカーパネル:CD3-CD19-CD56-HLADR-CD14+CD33+を発現する骨髄系細胞である。いくつかの実施形態では、対照の対象群と比較したmMDSC(総PBMCのパーセンテージとして)の減少は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、10%未満であるmMDSCのパーセンテージ(総PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、9.5%未満、9%未満、8.5%未満、8%未満、7.5%未満、7%未満、6.5%未満、6%未満、5.5%未満、5%未満、4.5%未満、4%未満、3.5%未満、又は3%未満であるmMDSCのパーセンテージ(総PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、末梢血サンプル中のナチュラルキラー(NK)細胞の分析を含む。いくつかの実施形態では、NK細胞は、CD56dimCD16+ NK細胞である。いくつかの実施形態では、NK細胞は、CD56brightCD16- NK細胞である。CD56dim NK細胞は、末梢血に見出される主要なNK細胞集団であり、細胞傷害性及び免疫刺激性であることが知られている。CD56bright NK細胞は、血液中ではより稀なNK細胞集団であるが、特定の組織に豊富に存在し、免疫調節に関与している。いくつかの実施形態では、対照の対象群と比較したCD56dimCD16+ NK細胞の増加は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、6%以上であるCD56dimCD16+ NK細胞のパーセンテージ(PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、又は20%以上であるCD56dimCD16+ NK細胞のパーセンテージ(PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、対照の対象群と比較したCD56brightCD16- NK細胞の減少は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、0.3%未満であるCD56brightCD16- NK細胞のパーセンテージ(PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、0.25%未満、0.2%未満、0.15%未満、又は0.1%未満であるCD56brightCD16- NK細胞のパーセンテージ(PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。
いくつかの実施形態では、免疫プロファイルは、末梢血サンプル中の従来型2型樹状細胞(cDC2)の分析を含む。cDC2は、炎症プロセスにおいて様々な役割を有する、樹状細胞サブセットである(Collin M, Bigley V. Human dendritic cell subsets: an update. Immunology. 2018;154(1):3-20. doi:10.1111/imm.12888を参照されたい)。本明細書では、cDC2細胞は、以下の細胞表面マーカー:CD3-CD19-CD56-CD11c+CD16-CD14-CD33+CD1c+を発現する。いくつかの実施形態では、対照の対象群と比較したcDC2(総PBMCのパーセンテージとして)の増加は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、0.01%以上であるcDC2のパーセンテージ(総PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。いくつかの実施形態では、0.02%以上、0.03%以上、0.04%以上、0.05%以上、0.06%以上、0.07%以上、0.08%以上、0.09%以上、0.10%以上、0.11%以上、0.12%以上、0.13%以上、0.14%以上、0.15%以上、0.16%以上、0.17%以上、0.18%以上、0.19%以上、0.20%以上、0.30%以上、0.40%以上、0.50%以上、0.60%以上、0.70%以上、0.80%以上、0.90%以上、又は1%以上であるcDC2のパーセンテージ(総PBMCのパーセンテージとして)は、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物による治療に対する応答の可能性を示す免疫プロファイルは、a)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての6%未満(例えば、6%未満、5%未満、4%未満、3%未満、又は2%未満)のCD4+ T制御性細胞、b)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての70%未満(例えば、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、又は20%未満)のCD28+CD4+ T細胞、c)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての12%超(例えば、12%超、15%超、20%超、25%超、30%超、35%超、40%超、又はそれを超える)のLAG-3+ CD4+ T細胞、d)PBMCのパーセンテージとしての10%未満(例えば、10%未満、9%未満、8%未満、7%未満、6%未満、5%未満、4%未満、3%未満、又は2%未満)の単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)、e)PBMCのパーセンテージとしての6%超(例えば、6%超、7%超、8%超、9%超、10%超、15%超、又はそれを超える)のCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞、f)PBMCのパーセンテージとしての0.3%未満(例えば、0.3%未満、0.2%未満、0.1%未満、又は0.5%未満)のCD56brightCD16- NK細胞、及び/又はg)PBMCのパーセンテージとしての0.01%超(例えば、0.01%超、0.05%超、0.1%超、0.2%超、0.3%超、0.4%超、0.5%超)の従来型2型樹状細胞(cDC2)のうちの1つ以上を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対するがん患者の応答をモニタリングする方法であって、前記方法は、対象由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及び(i)患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する場合、患者が治療に応答していると決定するステップ、又は(ii)患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有しない場合、患者が治療に応答していないと決定するステップを含む、方法を提供する。そのような実施形態では、末梢血は、治療前に、及び治療が開始した後の1つ以上の時点で患者から採取される。免疫プロファイルは、治療前に採取された末梢血サンプルから決定され(すなわち、ベースライン免疫プロファイル)、第2の免疫プロファイルは、治療が開始した後に採取された1つ以上の末梢血サンプルから決定される。様々なバイオマーカーにおける変化(例えば、細胞集団及び/又は細胞表面マーカー発現における変化)は、患者が治療に応答しているかどうかを決定するために、2つの免疫プロファイル間で評価される。患者が治療に応答している場合、当初の治療プロトコールに従って治療が継続される。患者が応答していない場合、治療プロトコールに対する1つ以上の調整を行ってもよく(例えば、治療用量及び/又は頻度における変更)、又は治療を終了してもよい。
いくつかの実施形態では、治療に対する患者の応答を示す免疫プロファイルは、CD28+、HLA-DR+、CD39+、TIGIT+及び/又はTIM-3+ CD4+ T細胞のパーセンテージの、ベースライン免疫プロファイルで決定されたこれらの同じCD4+ T細胞サブセットのパーセンテージと比較した増加を含む。いくつかの実施形態では、治療に対する患者の応答を示す免疫プロファイルは、HLA-DR+、CD39+、LAG-3+及び/又はTIGIT+ CD8+ T細胞のパーセンテージの、ベースライン免疫プロファイルで決定されたこれらの同じCD8+ T細胞サブセットのパーセンテージと比較した増加を含む。いくつかの実施形態では、治療に対する患者の応答を示す免疫プロファイルは、CD28+、HLA-DR+、CD39+、TIGIT+及び/若しくはTIM-3+ CD4+ T細胞のパーセンテージの増加、並びにHLA-DR+、CD39+、LAG-3+及び/若しくはTIGIT+ CD8+ T細胞のパーセンテージの増加を含む。いくつかの実施形態では、治療に対する患者の応答を示す免疫プロファイルは、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも100%、少なくとも110%、少なくとも120%、少なくとも130%、少なくとも140%、少なくとも150%、少なくとも160%、少なくとも170%、少なくとも180%、少なくとも190%、少なくとも200%、少なくとも250%、少なくとも300%、少なくとも350%、少なくとも400%、少なくとも450%、又は少なくとも500%のCD28+、HLA-DR+、CD39+、TIGIT+及び/又はTIM-3+ CD4+ T細胞のパーセンテージの増加を含む。いくつかの実施形態では、治療に対する患者の応答を示す免疫プロファイルは、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも100%、少なくとも110%、少なくとも120%、少なくとも130%、少なくとも140%、少なくとも150%、少なくとも160%、少なくとも170%、少なくとも180%、少なくとも190%、少なくとも200%、少なくとも250%、少なくとも300%、少なくとも350%、少なくとも400%、少なくとも450%、又は少なくとも500%のHLA-DR+、CD39+、LAG-3+及び/又はTIGIT+ CD8+ T細胞のパーセンテージの増加を含む。
さらなる番号付けした実施形態
実施形態1。第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法。
実施形態2。第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における疾患進行を予防する方法。
実施形態3。第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における腫瘍体積を減少させる方法。
実施形態4。対象が、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けていない、実施形態1～3のいずれか1つに記載の方法。
実施形態5。対象が、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けている、実施形態1～3のいずれか1つに記載の方法。
実施形態6。対象が、免疫チェックポイント阻害剤による治療に不応性であったか、又は以前の治療の過程で免疫チェックポイント阻害剤に対する抵抗性を生じた、実施形態5に記載の方法。
実施形態7。第1及び第2の免疫チェックポイントポリペプチドが、IDO1ペプチド、PD-1ペプチド、PD-L1ペプチド、PD-L2ペプチド、CTLA4ペプチド、B7-H3ペプチド、B7-H4ペプチド、HVEMペプチド、BTLAペプチド、GAL9ペプチド、TIM3ペプチド、LAG3ペプチド、又はKIRポリペプチドから独立して選択される、実施形態1～6のいずれか1つに記載の方法。
実施形態8。第1の免疫チェックポイントポリペプチドが、IDO1ポリペプチドであり、第2の免疫チェックポイントポリペプチドが、PD-L1ポリペプチドである、実施形態1～7のいずれか1つに記載の方法。
実施形態9。IDO1ポリペプチドが、配列番号1の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸が、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む、実施形態8に記載の方法。
実施形態10。IDO1ポリペプチドが、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなる、実施形態8又は9に記載の方法。
実施形態11。PD-L1ポリペプチドが、配列番号14の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸が、配列番号15～32のいずれか1つの配列を含む、実施形態8に記載の方法。
実施形態12。PD-L1ポリペプチドが、配列番号14の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸が、配列番号15、25、28又は32のいずれか1つの配列を含む、実施形態8に記載の方法。
実施形態13。PD-L1ペプチドが、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなる、実施形態8に記載の方法。
実施形態14。IDO1ポリペプチドが、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含み又はそれからなり、PD-L1ペプチドが、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなる、実施形態8に記載の方法。
実施形態15。免疫チェックポイント阻害剤が、抗体又は小分子阻害剤(SMI)である、実施形態1～14のいずれか1つに記載の方法。
実施形態16。SMIが、IDO1の阻害剤である、実施形態15に記載の方法。
実施形態17。SMIが、エパカドスタット(INCB24360)、インドキシモド、GDC-0919(NLG919)、及びF001287から選択される、実施形態16に記載の方法。
実施形態18。抗体が、CTLA4又はPD1に結合する、実施形態15に記載の方法。
実施形態19。CTLA4に結合する抗体が、イピリムマブである、実施形態18に記載の方法。
実施形態20。PD-1に結合する抗体が、ペムブロリズマブ又はニボルマブである、実施形態18に記載の方法。
実施形態21。(a)及び(b)が、第1の組成物として投与され、(c)が、第2の組成物として投与される、実施形態1～20のいずれか1つに記載の方法。
実施形態22。(a)、(b)、及び(c)が、1つの組成物として投与される、実施形態1～20のいずれか1つに記載の方法。
実施形態23。組成物が、アジュバント又は担体をさらに含む、実施形態21又は22に記載の方法。
実施形態24。アジュバントが、本明細書から選択され、前記アジュバントが、モンタニドISAアジュバント、細菌DNAアジュバント、油/界面活性剤アジュバント、ウイルスdsRNAアジュバント、イミダゾキノリン、及びGM-CSFである、実施形態23に記載の方法。
実施形態25。モンタニドISAアジュバントが、モンタニドISA 51及びモンタニドISA 720から選択される、実施形態24に記載の方法。
実施形態26。疾患が、治療の完了後少なくとも12ヶ月、少なくとも2年、少なくとも3年、少なくとも4年、少なくとも5年、又はそれより長い間、進行しない、実施形態3～25のいずれか1つに記載の方法。
実施形態27。がんが、前立腺がん、脳がん、乳がん、大腸がん、膵臓がん、卵巣がん、肺がん、子宮頸がん、肝臓がん、頭部/頸部/咽喉がん、皮膚がん、膀胱がん、又は血液がんから選択される、実施形態1～26のいずれか1つに記載の方法。
実施形態28。がんが、腺腫、腺がん、芽細胞腫、がん腫、類腱腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、内分泌腫瘍、生殖細胞腫瘍、リンパ腫、白血病、肉腫、ウィルムス腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、リンパ腫瘍、乳房腫瘍、又は黒色腫から選択される固形腫瘍がんである、実施形態1～26のいずれか1つに記載の方法。
実施形態29。がんが、転移性黒色腫である、実施形態1～26のいずれか1つに記載の方法。
実施形態30。対象が、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する、実施形態1～29のいずれか1つに記載の方法。
実施形態31。ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法。
実施形態32。ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における疾患進行を予防する方法。
実施形態33。ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤とを対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における腫瘍体積を減少させる方法。
実施形態34。対象が、IDOポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、PD-L1ポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する、実施形態30～33のいずれか1つに記載の方法。
実施形態35。第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とを含む、キット。
実施形態36。(a)及び(b)が、単一の組成物として、(c)とは別個の密閉容器中で提供される、実施形態35に記載のキット。
実施形態37。対象におけるがんの予防又は治療方法に使用するための免疫療法組成物であって、免疫療法組成物は、実施形態1に定義される(a)及び/又は(b)を含み、方法は、実施形態1に定義される通りである、免疫療法組成物。
実施形態38。対象におけるがんの予防又は治療のための医薬の製造における免疫療法組成物の使用であって、免疫療法組成物は、実施形態1に定義される(a)及び/又は(b)を含み、免疫チェックポイント阻害剤の前、それと同時、及び/又はその後に投与するために製剤化される、使用。
実施形態39。対象が、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する、実施形態37に記載の使用のための免疫療法組成物、又は実施形態38に記載の使用。
実施形態40。第1の免疫ポリペプチドが、IDO1ポリペプチドであり、第2の免疫ポリペプチドが、PD-L1ポリペプチドであり、免疫チェックポイント阻害剤が、PD1に結合する抗体である、実施形態39に記載の使用のための免疫療法組成物、又は実施形態39に記載の使用。
実施形態41。免疫プロファイルが、a)対照の対象群と比較したCD4+ T制御性細胞の減少、b)対照の対象群と比較したCD28+CD4+ T細胞の減少、c)対照の対象群と比較したLAG-3+ CD4+ T細胞の増加、d)対照の対象群と比較した単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)の減少、e)対照の対象群と比較したCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞の増加、f)対照の対象群と比較したCD56brightCD16- NK細胞の減少、及び/又はg)対照の対象群と比較した従来型2型樹状細胞(cDC2)の増加のうちの1つ以上を含む、実施形態30又は34に記載の方法、又は実施形態39又は40に記載の使用のための免疫療法組成物、又は実施形態39又は40に記載の使用。
実施形態41A。免疫プロファイルが、a)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての6%未満のCD4+ T制御性細胞、b)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての70%未満のCD28+CD4+ T細胞、c)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての12%超のLAG-3+ CD4+ T細胞、d)PBMCのパーセンテージとしての10%未満の単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)、e)PBMCのパーセンテージとしての6%超のCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞、f)PBMCのパーセンテージとしての0.3%未満のCD56brightCD16- NK細胞、及び/又はg)PBMCのパーセンテージとしての0.01%超の従来型2型樹状細胞(cDC2)のうちの1つ以上を含む、実施形態30又は34に記載の方法、又は実施形態39又は40に記載の使用のための免疫療法組成物、又は実施形態39又は40に記載の使用。
実施形態42。細胞集団が、対象から得られた末梢血サンプルのFACS分析によって決定される、実施形態41に記載の方法、免疫療法組成物、又は使用。
実施形態43。がん患者を少なくとも2つの治療群のうちの1つに層別化する方法であって、前記方法は、患者由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及びi.決定された免疫プロファイルが、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対する応答を示す場合、患者を第1の治療群に層別化するステップ、又はii.ステップで決定された免疫プロファイルが、対象が前記治療に応答しないことを示す場合、患者を第2の治療群に層別化するステップを含む、方法。
実施形態44。第1の治療群が、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体で治療されることになるか、又は治療され、第2の治療群が、1つ以上の代替療法で治療されることになるか、又は治療される、実施形態43に記載の方法。
実施形態45。免疫プロファイルが、ベースライン免疫プロファイルである、実施形態39～44のいずれか1つに記載の方法。
実施形態46。治療に対する応答を示す免疫プロファイルが、a)対照の対象集団と比較したCD4+ T制御性細胞の減少、b)対照の対象集団と比較したCD28+CD4+ T細胞の減少、c)対照の対象集団と比較したLAG-3+ CD4+ T細胞の増加、d)対照の対象集団と比較した単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)の減少、e)対照の対象集団と比較したCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞の増加、f)対照の対象集団と比較したCD56brightCD16-ナチュラルキラー(NK)細胞の減少、及び/又はg)対照の対象集団と比較した従来型2型樹状細胞(cDC2)の増加のうちの1つ以上を含む、実施形態43～45のいずれか1つに記載の方法。
実施形態46A。治療に対する応答を示す免疫プロファイルが、a)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての6%未満のCD4+ T制御性細胞、b)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての70%未満のCD28+CD4+ T細胞、c)CD4+ T細胞のパーセンテージとしての12%超のLAG-3+ CD4+ T細胞、d)PBMCのパーセンテージとしての10%未満の単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)、e)PBMCのパーセンテージとしての6%超のCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞、f)PBMCのパーセンテージとしての0.3%未満のCD56brightCD16- NK細胞、及び/又はg)PBMCのパーセンテージとしての0.01%超の従来型2型樹状細胞(cDC2)のうちの1つ以上を含む、実施形態43～45のいずれか1つに記載の方法。
実施形態47。IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対するがん患者の応答をモニタリングする方法であって、前記方法は、患者由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及びi.患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する場合、患者が治療に応答していると決定するステップ、又はii.患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有しない場合、患者が治療に応答していないと決定するステップを含む、方法。
実施形態48。治療に対する応答を示す免疫プロファイルが、CD4+ T細胞上のCD28、HLA-DR、CD39、TIGIT及び/若しくはTIM-3の発現の増加、並びに/又はCD8+ T細胞上のHLA-DR、CD39、LAG-3及び/若しくはTIGITの発現の増加を含む、実施形態47に記載の方法。
実施形態49。IDO1ポリペプチドが、実施形態9又は10に定義される通りであり、及び/又はPD-L1ポリペプチドが、実施形態11～13のいずれか1つに定義される通りであり、及び/又はPD1に結合する抗体が、ペムブロリズマブ又はニボルマブである、実施形態40、43、44又は47のいずれか1つに記載の方法。
実施形態50。がん患者が、転移性黒色腫を有する、実施形態31～49のいずれか1つに記載の方法。
本発明を、以下の実施例によって説明する。
実施例1 - 方法
試験設計及び治療計画
MM1636は、研究者主導、非無作為化、オープンラベル、単一拠点の第I/II相研究である。すべての患者を、デンマーク、ヘアレウにあるUniversity of CopenhagenのHerlev and Gentofte HospitalのDepartment of Oncologyで治療した。
この研究は、当初、MMを有する30人のαPD1治療を受けたことがない患者を含むことを意図していた。各コホートに10人の患者を有する2つの他のコホートを追加する修正を行って、合計50人の患者についてαPD1抵抗性患者(コホートBデノボ抵抗性及びコホートC獲得抵抗性)における免疫応答及び臨床的有効性を評価した。コホートB及びCによる修正は、コホートAにおける18人の患者の参加の際に承認された。試験は、コホートB及びCにおける患者を依然として含んでいる。この記事は、コホートAからの結果を報告する。
研究は、ヘルシンキ宣言及び医薬品の臨床試験の実施の基準(GCP)に従って実施され、デンマーク、コペンハーゲンにあるGCPユニットによってモニタリングされた。プロトコールは、デンマーク首都圏倫理委員会(Ethical Committee of the Capital region of Denmark、H-17000988)、デンマーク医療機関(Danish Medical Agencies、2017011073)及びデンマーク首都圏データユニット(Capital Region of Denmark Data Unit、P-2019-172)によって承認された。研究は、ClinicalTrials.gov、識別番号:NCT03047928及びEudraCT番号:2016-0004527-23で登録された。最初の6人の患者を第1相として治療し、安全性及び忍容性について評価し、その後、残りの24人の患者を第2相に含めた。
治療計画の概略図を図1Bに提供する。簡単に述べると、書面のインフォームドコンセント後に、患者をスクリーニングした。治療を開始する前に、ベースラインPET/CTスキャンを行い、ベースライン血液サンプル及び針生検を採取した。患者を、IDO/PD-L1ペプチドワクチンで、最初の6回の投与について隔週で、その後は4週間ごとに最大15回のワクチンについて皮下治療した。ニボルマブを、並行した隔週用量(3mg/kg)で24シリーズまで投与した。ワクチン接種レジメン終了後に患者がその後のニボルマブを必要とした場合、6mg/kgで4週間ごとに2年まで患者を治療した。ニボルマブによる治療は、最大の利益で(研究者が評価した)、最長2年の療法、進行時に又は重度の有害事象のために中止した(図1B:治療計画)。針生検及び遅延型過敏症アッセイを、評価可能な場合、6シリーズの治療後に行った。PET/CTスキャンを、3ヶ月ごとに行った。
ワクチン組成
各ワクチンは、ペプチドIDOからの21アミノ酸ペプチド(DTLLKALLEIASCLEKALQVF配列番号3)である100μgのIO102、及びPD-L1のシグナルペプチドからの19アミノ酸ペプチド(FMTYWHLLNAFTVTVPKDL配列番号32)である100μgのIO103で構成された(PolyPeptide Laboratories、France)。ペプチドを、50μLのジメチルスルホキシド(DMSO)に別々に溶解し、滅菌ろ過し、-20℃で凍結した(NUNC(商標)CyroTubes(商標)CryoLine System(商標)Internal Thread、Sigma-Aldrich)。投与前24時間以内に、ペプチドを解凍した。PD-L1ペプチドを、400μLの滅菌水中で希釈し、注射直前にIDOペプチド溶液及び500μLのモンタニドISA-51(Seppic Inc.、France)と混合し、総体積1mLにした。
患者
米国がん合同委員会(AJCC)第7版による局所進行性又はステージIV黒色腫、固形腫瘍における応答評価基準(RECIST 1.1)による少なくとも1つの測定可能な病変、及び米国東海岸がん臨床試験グループ(ECOG)のパフォーマンス・ステータス(PS)0～1を有する18歳を上回る患者は適格であった。主な除外基準は、aPD1療法による事前の治療、>1cmのCNS転移、重度の併存疾患、及び活動性自己免疫疾患であった。登録はPD-L1状態に制限されなかったが、参加前に分かっていた。患者を、インフォームドコンセント後に含めた。
主要な研究評価
安全性及び忍容性を、臨床検査室分析における変化及び報告された有害事象に基づいて評価した。IDO/PD-L1ワクチンの最終投与から6ヶ月後まで、治療された全患者において、有害事象を、有害事象共通用語規準(CTCAE v. 5.0)に従って評価し、1～5の点数を付けた。
臨床的有効性を、治療前、及び進行まで3ヶ月ごとに、フルオロ-18-デオキシグルコース-陽電子放出断層撮影(FDG PET/CT)スキャンを使用して評価した。客観的奏効を、RECIST v 1.1に従って、完全奏効(CR)、部分奏効(PR)、安定疾患(SD)又は進行性疾患(PD)に分類した。
免疫学的分析のための血液サンプルを、治療前、第3サイクルの前、第6、第12、第18、及び第24サイクルの後(ワクチン接種中)、並びに最終ワクチンの3及び6ヶ月後に収集した。
腫瘍部位での免疫応答を評価するために、ベースラインにおいて、及び同じ腫瘍部位から6サイクル後に(評価可能な場合)、2～3個の腫瘍針生検(1.2mm)を収集した。
PD-L1及びIDOに反応性のある皮膚浸潤リンパ球(SKIL)の評価のために、遅延型過敏症(DTH)皮膚試験及びDTH領域からのパンチ生検を、サイクル6の後に行った(図1B:治療計画)。
臨床アウトカム統計分析
生存曲線を、カプラン・マイヤー法に従って、GraphPad Prismソフトウェアバージョン8.0.2によって計算した。登録の追跡期間中央値を、逆カプラン・マイヤー法を使用して、同じくGraphPad Prismソフトウェアv. 8.0.2で算出した。2値アウトカムについて、95%両側CIを、クロッパー・ピアソン法を使用して、同じくGraphPadで構築した。
独立した委員会が認証した、経験豊富な腫瘍放射線専門医が、外部レビューを行って、臨床応答を評価し、研究者の現場レビューの潜在的バイアスに対処した。外部レビューは、Copenhagen University HospitalのRigshospitaletで行われた。この病院は、MM1636試験に参加しておらず、外部レビュアーは、臨床試験又は試験療法について事前知識がなかった。PET/CT画像のみがアクセスされ、標的/非標的病変を示す矢印が、ベースライン画像に唯一の追加情報として現れた。
治療効果に関する潜在的な試験バイアスに対処するため、MM1636試験における患者を、デンマークにおける転移性黒色腫を有する患者に関するデータを遡及的に収集する集団ベースのデータベースであるデンマーク転移性黒色腫データベース(DAMMED)からの患者とマッチさせた。同時期(2015年1月から2019年10月)にαPD1単独療法で治療された938人の患者を抽出した。これらの患者のうち218人は、比較及びマッチングに適格であり(すべてのパラメータが利用可能)(補足表1)、DAMMEDからの74人の患者はマッチすることが判明した。患者を、年齢(≦70、>70)、性別、LDH(正常、上昇)、Mステージ(M1a、M1b、M1c)、BRAF状態(野生型、変異型)及びPD-L1状態(<1%、≧1%)に関してマッチさせた。正確マッチングアルゴリズムを使用して、MM1636における患者を、変動要素の同じ組み合わせを有するDAMMEDからの患者とマッチさせた。MM1636からの29人の患者を、6個の変動要素の正確な組み合わせを用いてマッチさせた。1人の患者はマッチさせることができなかった。算出のバランスを確保するために、各MM1636患者について患者数に応じて対照患者を重み付けした。治療効果についての推定値を、重み付けロジスティック回帰分析及び重み付けコックス比例ハザードモデルによって算出した。Rパッケージ「Matchlt」を、患者をマッチさせるのに使用した。
対照患者をプロトコール患者にマッチさせるために選択された方法として、2つのマッチさせるコホートにおける奏効率を比較するため、重み付け二項ロジスティック回帰モデルを使用した。オッズ比(OR)、及び対応する95%信頼区間(CI)を含む奏効率を、回帰モデルから抽出した。すべてのp値は両側であり、0.05未満のp値は統計的に有意と見なした。SASバージョン9.4M5を、重み付けロジスティック回帰モデルに使用した。
PBMCの処理
末梢血を、すべての患者からヘパリン添加チューブ中に収集し、4時間以内に処理した。簡単に述べると、末梢血単核細胞(PBMC)を、Lymphoprep(商標)(Medinor)分離を使用して単離した。PBMCを、Sysmex XP-300でカウントし、-80℃フリーザー中で制御速度フリージング(Cool-Cell、Biocision)を使用して10%DMSOを有するヒトAB血清(Sigma-Aldrich、参照番号H4522-100ml)中で凍結し、翌日、さらなる処理まで-140℃フリーザーに移した。
ベースライン時及び6回目のワクチン後の針生検
ベースライン時、及び同じ腫瘍病変から評価可能な場合に第6サイクルの治療後に、2～3個の針生検(1.2mm)を採取した。1つの小片をホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)し、2個の小片のうちの1つを腫瘍浸潤T細胞(TIL)及び自己腫瘍細胞株の作製に使用した。
遅延型過敏症、及び皮膚浸潤リンパ球(SKIL)の生成
6サイクルの治療後、本発明者らは、アジュバントなしのワクチン構成要素の皮内注射、及びペプチドなしのDMSOを含有する1回の対照注射を行った。患者に、3つすべての注射部位でIDO及びPD-L1の両方の混合物を、又は注射の部位でそれぞれPD-L1、IDO若しくは混合物を注射した(補足図6)。注射の8時間後、パンチ生検を、ペプチドを注射した3つの部位から切除し、直ちに検査室に運び、1～2mm3の小片に切断した。
GlutaMAX、25mM HEPES pH7.2(Gibco、72400-021)、インターロイキン2(100/6000IU/mL)(IL-2、Proleukin Novartis、004184)、10%熱不活性化ヒトAB血清(HS、Sigma-Aldrich、H4522-100ML)、100U/mLペニシリン、1.25μg/mLファンギゾン(Bristol-Myers Squibb、49182)、100μg/mlストレプトマイシン(Gibco、15140-122)を有するRPMI1640からなるCM培地中で、皮膚浸潤リンパ球(SKIL)を増殖させて、「若いSKIL」を樹立した。培地の半分を、週に3回交換した。
IDO、PD-L1及び混合物からの若いSKILを、以前記載されたように(Donia, M. et al. Characterization and comparison of ‘Standard’ and ‘Young’ tumor infiltrating lymphocytes for adoptive cell therapy at a Danish Translational Research Institution. Scand. J. Immunol. 157-167 (2011))、14日間の急速増殖プロトコールの小規模版でさらに増殖させた。
ELISPOTによる血液中のワクチン特異的T細胞の定量化
末梢血中のワクチン特異的T細胞の計数のために、患者由来のPBMCを、低用量IL-2(120U/mL)の存在下でIDO又はPD-L1ペプチドを用いて7～13日間刺激し、その後、IFN-γ ELISPOTに使用した。
簡単に述べると、細胞を、IFN-γ捕捉Ab(Mabtech)で予め被覆した96ウェルのPVDF膜底部のELISPOTプレート(MultiScreen MSIPN4W50、Millipore)中に入れた。DMSO中に希釈したIDO又はPDL1ペプチドストックを、5μMで添加し、等量のDMSOを対照ウェルに添加した。各患者からのPBMCを、ペプチド及び対照刺激のために二重又は三重で準備した。細胞を、ELISPOTプレート中でペプチドの存在下で16～18時間インキュベートし、その後、それらを洗い流し、ビオチン化二次Ab(Mabtech)を添加した。2時間のインキュベーション後、非結合二次抗体を洗い流し、ストレプトアビジンコンジュゲート化アルカリホスファターゼ(AP)(Mabtech)を1時間添加した。次に、非結合ストレプトアビジンコンジュゲート化酵素を洗い流し、アッセイを、BCIP/NBT基質(Mabtech)を添加することによって顕色させた。ELISPOTプレートを、Immunospotソフトウェアv5.1を使用してCTL ImmunoSpot S6 Ultimate-Vアナライザーで分析した。応答を、IDO又はPDL1ペプチドで刺激したウェル中の平均スポット数と、対応する対照ウェル中の平均スポット数との間の差として算出した。
ELISPOT応答の統計分析を、RStudioソフトウェア(RStudio Team, 2016; RStudio: Integrated Development for R. RStudio, Inc., Boston, MA、rstudioウェブサイトで利用可能)を使用して、Moodieらによって記載されるようにDFR法を使用して行った(Moodie, Z. et al. Cancer Immunol. Immunother. 59, 1489-1501 (2010))。
対照ウェル中のスポットカウントと、ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントとの間の差がDFR統計分析に従って統計的に有意である場合、又は二重で行ったサンプルについて、ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントが対照ウェル中のスポットカウントの少なくとも2倍である場合、ワクチン特異的ELISPOT応答を、真と定義した(Moodie, Z. et al. Cancer Immunol. Immunother. 59, 1489-1501 (2010))。
ELISPOTによるDTH生検部位からのワクチン特異的T細胞の定量化
インビトロで増殖させたSKILを、IL-2なしの培地中で一晩静置し、その後、上記のようにIFNγ ELISPOTにおいて使用して、皮膚浸潤T細胞の反応性を評価した。
PBMC又はSKILからのIDO及びPD-L1特異的T細胞培養物の生成
IDO又はPD-L1特異的T細胞を、ペプチド刺激したインビトロPBMC培養物から刺激後14～15日目に、又はインビトロで増殖させたSKIL培養物から単離した。具体的なT細胞単離について、PBMC又はSKILを、IDO又はPD-L1ペプチドで刺激し、サイトカイン産生T細胞を、IFN-γ又はTNF-α Secretion Assay - Cell Enrichment and Detection Kit(Miltenyi Biotec)を使用して選別した。
細胞内染色によるPD-L1及びIDO特異的T細胞のサイトカイン産生プロファイル
T細胞サイトカイン産生プロファイルを評価するために、単離及び増殖させたIDO及びPD-L1特異的T細胞培養物を、96ウェルプレート中で5μMのペプチドを用いて5時間刺激した。インキュベーション開始の1時間後、CD107a-PE(BD Biosciences、カタログ番号555801)抗体及びBD GolgiPlug(商標)(BD Biosciences)を、1:1000の希釈で添加した。5時間のインキュベーション後、細胞を、蛍光標識表面マーカー抗体:CD4+-PerCP(カタログ番号345770)、CD8+-FITC(カタログ番号345772)、CD3-APC-H7(カタログ番号560275)(すべてBD Biosciencesから)を使用して染色した。死細胞を、FVS510(564406、BD Biosciences)を使用して染色し、続いて、eBioscience(商標)Fixation/Permeabilization緩衝液(eBioscience、カタログ番号00-5123-43、00-5223-56)を使用して、製造業者の説明書に従って一晩固定及び透過処理した。次いで、細胞を、eBioscience透過処理緩衝液(eBioscience、カタログ番号00-8333-56)中でIFNg-APC(カタログ番号341117)、TNFa-BV421(カタログ番号562783)を用いて細胞内染色した。サンプルを、BD FACSDivaソフトウェアバージョン8.0.2を使用して、FACSCanto(商標)II(BD Biosciences)で分析した。ゲーティング戦略を図15に示す。
歴史的FFPE生検についてデンマークのHerlev and Gentofte Hospitalで局地的に評価したすべての患者におけるベースライン時のBRAF変異状態及びPD-L1状態
歴史的ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)生検のライブラリーは、すべての患者について評価可能であり、腫瘍細胞におけるBRAF状態及びPD-L1発現について経験豊富な病理医によってHerlev and Gentofte University Hospitalで局地的に分析された。
BRAF分析を、EntroGen BRAF Mutation Analysis Kit II(BRAFX-RT64、CE-IVD)を用いてリアルタイムPCRで実施して、BRAF遺伝子におけるV600D、V600E及びV600K変異を特異的に検出した。
PD-L1状態を、FFPEでモノクローナルウサギ抗PD-L1、クローン28.8(PD-L1 IHC 28-8 pharmDx)を使用して評価した。患者を、発現レベル≧1%でPD-L1陽性、発現レベル<1%で陰性と見なした。
HLA型
30人の全患者由来の血液サンプルを、LinkSeq(商標)HLA Typing Kit(thermofischer(1580C))を使用して、クラスI(HLA-A、HLA-B、HLA-C)及び3つのクラスII(HLA-DRB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1)について遺伝子型決定した。これらの試験キットは、アレル特異的指数関数的増幅(配列特異的プライマー)を使用したリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(PCR)とそれに続く融解曲線分析に基づく。
単一免疫組織化学(IHC):Immunoscore(登録商標)CR:Tリンパ球(TL)、MHCI、MHCII、IDO、PD-L1
IHC染色を、4つの異なるステップ:1)抗原賦活化、2)一次抗体(CD3、CD8+、MHCI、MHCII、IDO及びPD-L1)による染色、3)ultraView Universal DAB Detection Kitを使用した二次抗体による検出、4)Hematoxylin & Bluing Reagentを使用した対比染色(細胞核の染色)を用いて、認定されたVentana Benchmark XTを使用して、HalioDx Service Laboratoryで行った。
対照スライドを、各染色ランに体系的に含めて、得られた測定値の品質管理を可能にした。カバースリッピング後、スライドを、NanoZoomer-XRでスキャンして、デジタル画像(20×)を生成した。特に2枚の連続したスライドを使用して、Immunoscore(登録商標)CR TL CD3+細胞及びCD8+細胞染色を行った。
Tリンパ球(TL)のデジタル病理学
Immunoscore(登録商標)CR TLについてのデジタル病理学により、コア腫瘍及び浸潤先進部(存在する場合)への陽性細胞(細胞/mm2)の定量化が可能になった。各サンプルを、HalioDx Digital Pathology Platformを使用して分析した。
デジタル病理学IDO及びIDOの病理医分析
IDOについてのデジタル病理学により、腫瘍全体への染色領域(mm2)の定量化が可能になった。各サンプルを、HalioDx Digital Pathology Platformを使用して分析した。IDO+細胞の分析を、病理医により行った。結果を、0～300のHスコアとして表した。スコアは、以下の式によって得られる:強い染色を有する細胞のパーセンテージの3倍+中程度の染色を有する細胞のパーセンテージの2倍+弱い染色を有する細胞のパーセンテージ。
MHCI、MHCIIのデジタル病理医分析
MHCI及びMHCII+細胞の分析を、病理医により行った。結果を、腫瘍細胞のうちの陽性細胞のパーセンテージとして表した。Digital Pathology Immunoscore(登録商標)免疫チェックポイント(CD8+/PD-L1)Immunoscore(登録商標)CR IC試験により、腫瘍全体へのCD8+細胞密度、及び様々なカットオフ距離(20μm、40μm、60μm及び80μm)でのCD8+中心近接指数(少なくとも1つのPD-L1+細胞を近隣に有するCD8+細胞のパーセンテージに相当する)の定量化が可能になった。
PD-L1の病理医分析
病理医が、PD-L1+細胞の分析を行った。部分的又は完全な細胞膜染色(腫瘍細胞膜の10%超)が観察された場合、細胞のうちの生存腫瘍細胞上での陽性を考慮した。結果を、パーセンテージとして表した。
Nanostring RNAプロファイリング及びImmunosign(登録商標)
RNAを、QIAGEN RNeasy FFPE抽出キット(QIAGEN GmbH、Hilden、Germany)を使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織から抽出した。H&E染色を行う病理医からの注釈を使用して、核酸抽出前にマクロダイセクションによりスライドからの正常組織の除去を導き、これは組織脱パラフィン及び溶解の後に行った。各抽出RNAを、NanoDrop分光光度計(NanoDrop Technologies、Oxfordshire、UK)を使用して独立に定量化し、定性化した(Agilent Bioanalyzer、Santa Clara、United States)。分解評価を、RNA 6000 Nano Kit(Agilent Bioanalyzer、Santa Clara、United States)を使用して、300塩基対よりも小さいRNA断片のパーセンテージとして定量化した。良好なサンプル品質を、サイズ50～300塩基対のRNA断片50%未満と定義した。
RNA発現プロファイリングを、NanoString社(NanoString Technologies、Seattle、USA)からのnCounter(登録商標)PanCancer Immune Profiling Panelを使用して行った。PanCancer Immune Profiling Panelは、776個のプローブを含有し、HalioDx Immunosign(登録商標)標的を完全なものにするために6個の遺伝子が補充された。
ハイブリダイゼーションを、製造業者の説明書に従って行った。次いで、nCounter Prep Station(NanoString Technologies)を使用して、ハイブリダイズされたプローブを精製し、ストレプトアビジン被覆カートリッジ上に固定化した。データ収集を、nCounter Digital Analyzer(NanoString Technologies)で、製造業者の説明書に従って実施して、個々の蛍光バーコードをカウントし、各サンプル中に存在する標的RNA分子を定量化した。各アッセイについて、490個の視野のスキャンを行った。
NanoString nCounterからの生データを、NanoString(登録商標)推奨を使用して処理した。品質管理により、0.05～2.25の間の範囲の結合密度を有する良好な品質のデータを維持することが可能になる。陽性対照の線形性を、陽性対照のカウントと濃度との間の回帰のR2を使用して確認した。R2<0.75を示すサンプルにフラグを付け、分析から除去した。バックグラウンドを、閾値法661を使用して、陰性対照の平均+2標準偏差で除去した。生のカウントを、正の正規化係数を使用して正規化した。
0.3～3の範囲外の正の正規化係数を示すサンプルを、分析から除去した。2回目の正規化を、ハウスキーピング遺伝子正規化係数を使用して行った。最も安定したハウスキーピング遺伝子のみを、分散対平均の関係を使用して、この正規化ステップについて選択した。0.1～10の範囲外の正規化係数を示すすべてのサンプルを、分析から除去した。すべての統計分析を、Rソフトウェア(バージョン2.6.2、2019-12-12)を使用して正規化されたカウントに対して行った。
T細胞受容体可変ベータ鎖配列決定
療法に対する長期的免疫応答を追跡するために、ゲノムDNA(gDNA)を、長期的な治療前及び治療後の末梢血単核細胞(5人の患者)、治療前及び治療後の生検(5人の患者)(FFPE及びRNA-laterの両方)、並びにPBMC(5人の患者)若しくはSKIL(1人の患者)からのIDO及びPD-L1特異的T細胞培養物から抽出した。
PBMC又はRNA-later生検からのDNAを、Dneasy Blood and Tissie KIT(Qiagen、69504)を用いて抽出し、PBMC又はSKILのいずれかから選別されたIDO及びPD-L1細胞からのDNAを、QIAamp DNA micro Kit(Qiagen、565304)を使用して抽出し、PFFE生検からのDNAを、Maxwell RSC DNA FFPE Kit(Promega、AS1450)を使用して抽出した。
ヒトTCRβ鎖のCDR3領域の免疫配列決定を、immunoSEQ Assay(Adaptive Biotechnologies、Seattle、WA)を使用して行った。抽出されたゲノムDNAを、バイアス制御マルチプレックスPCRで増幅し、続いて、ハイスループット配列決定を行った。以前記載されたように(Robins, H. S. et al. Blood 114, 4099-4107 (2009)、Carlson, C. S. et al. Nat. Commun. 4, 1-9 (2013)、Robins, H. et al. J. Immunol. Methods 375, 14-816 19 (2012))、さらなる分析のために、それぞれの固有のTCRβ CDR3領域の絶対存在量を同定し定量化するために、配列を崩壊させ、フィルタリングした。
TCR-β配列決定結果の統計分析
多様性の2つの定量的成分を、この研究におけるサンプルにわたって比較した。第1に、シンプソンクローン性を、√Σ pi 2 R i =1(式中、Rは、再構成の総数であり、piは、再構成iの生産頻度である)によって生産的再構成について算出した。シンプソンクローン性の値は、0～1の範囲であり、受容体配列(再構成)が一組のT細胞間にどの程度均等に分布しているかを測定する。クローン性値が0に近づくと、頻度の非常に均等な分布を示し、一方、値が1に近づくと、ますます非対称な分布になり、少数のクローンが高頻度で存在することを示す。
第2に、サンプル深度又はT細胞割合の変動について制御するために共通のT細胞数にコンピュータでダウンサンプリングした後、サンプル中の固有の生産的再構成の数として、サンプルの豊富さを算出した。レパートリーは、置換なしで5回無作為にサンプリングされ、固有の再構成の平均数を報告する。
T細胞割合を、T細胞鋳型の総数を取得し、有核細胞の総数で割ることによって算出した。有核細胞の総数は、immunoSEQ Assayを使用して参照遺伝子から得た。
各患者における濃縮されたワクチンクローンを同定するために、ベースラインPBMC及び各IDO/PD-L1選別T細胞サンプルにおける再構成頻度を、以前記載されたように(DeWitt, W. S. et al. J. Virol. 89, 4517-4526 (2015))、二項分布フレームワークを使用して比較した。簡単に述べると、各クローンについて、本発明者らは、患者の末梢並びにPD-L1若しくはIDO T細胞サンプルで頻度が同じである、両側検定を行った。ベンジャミーニ・ホッホベルク手順を使用して、偽発見率(FDR)を0.01に制御した(Benjamini, Y. & Gavrilov, Y. Ann. Appl. Stat. 3, 179-198 (2009))。治療後サンプルにおけるクローン増殖を、この差次的存在量フレームワークを使用するが、IDO/PD-L1 T細胞サンプルを治療シリーズ後のサンプルに置き換えて、同様に評価した。生検において、6シリーズの頻度を、ベースライン組織と比較した。最後に、PD-L1 T細胞又はIDO T細胞のいずれかで濃縮された各再構成の頻度を合計することによって、各PBMC及び組織サンプルにおいてワクチン関連クローンを追跡した。すべての統計分析を、Rバージョン3.6.1で行った。
がん細胞株及び腫瘍馴化培地
自己黒色腫細胞株を、針生検から樹立した。簡単に述べると、生検を小さな断片に切り刻み、GlutaMAX、25mM HEPES pH7.2(Gibco、72400-021)、10%熱不活性化ウシ胎児血清(Life Technologies、10500064)、100U/mLペニシリン、1.25μg/mLファンギゾン(Bristol-Myers Squibb、49182)、100μg/mLストレプトマイシン(Gibco、15140-122)を有するRPMI1640中で24ウェル培養中に播種した。樹立した接着性黒色腫腫瘍細胞株を、10%DMSOを有するウシ胎児血清を含有する凍結培地中で-140℃で凍結保存した。樹立した腫瘍細胞株におけるPD-L1及びHLA IIの発現を、PD-L1-PE-Cy7(カタログ番号558017)及びHLA II-FITC(カタログ番号555558)抗体を用いて染色して、フローサイトメトリーによって評価した。
腫瘍馴化培地(TCM)を得るために、樹立した腫瘍細胞株を、175cm2のNunc細胞培養フラスコ中で80～90%のコンフルエンシーに達するまで培養した。次いで、培養培地を、5%熱不活性化ヒトAB血清(HS、Sigma-Aldric、H4522-100ML)を有する培地である、ゲンタマイシン及びフェノールレッドを有する新鮮なX-VIVO 15(Lonza、BE02-060Q)20mLと交換した。24時間のインキュベーション後、TCMを収集し、遠心分離して、あらゆる再懸濁した細胞を除去し、その後、TCMを等分し、凍結し、-80℃で保存した。
急性単球性白血病細胞株MonoMac1を、DSMZ(ACC252)から入手し、10%熱不活性化ウシ胎児血清を有する、GlutaMAX、25mM HEPES pH7.2を有するRPMI1640(Gibco、72400-021)中で培養した。
自己骨髄系細胞の単離
自己CD14+細胞を、磁気ビーズ分離キット(Miltenyi Biotec、130-050-201)を使用して、製造業者の説明書に従って、新しく解凍したPBMCから選別した。単離されたCD14+細胞を、選別後直接IFNγ ELISPOTにおいて標的として使用するか、又は1mLの自己TCMを補充した、ゲンタマイシン及びフェノールレッド(Lonza、BE02-060Q)及び5%熱不活性化ヒトAB血清を有する1mLの新鮮なX-VIVO 15培地を用いて24ウェルプレート中で2日間培養することにより、インビトロで腫瘍関連マクロファージに分化させた。
細胞内染色によるPD-L1及びIDO特異的T細胞のサイトカイン産生プロファイル
T細胞サイトカイン産生プロファイルを評価するために、単離及び増殖させたIDO及びPD-L1特異的T細胞培養物を、96ウェルプレート中で5μMのペプチドを用いて5時間刺激した。インキュベーション開始の1時間後、CD107a-PE(BD Biosciences、カタログ番号555801)抗体及びBD GolgiPlug(BD Biosciences)を、1:1000の希釈で添加した。5時間のインキュベーション後、細胞を、蛍光標識表面マーカー抗体:CD4+-PerCP(カタログ番号345770)、CD8+-FITC(カタログ番号345772)、CD3-APC-H7(カタログ番号560275)(すべてBD Biosciencesから)を使用して染色した。死細胞を、FVS510(564406、BD Biosciences)を使用して染色し、続いて、eBioscience(商標)Fixation/Permeabilization緩衝液(eBioscience、カタログ番号00-5123-43、00-5223-56)を使用して、製造業者の説明書に従って一晩固定及び透過処理した。次いで、細胞を、eBioscience透過処理緩衝液(eBioscience、カタログ番号00-8333-56)中でIFNγ-APC(カタログ番号341117)、TNFα-BV421(カタログ番号562783)を用いて細胞内染色した。サンプルを、BD FACSDivaソフトウェアバージョン8.0.2を使用して、FACSCanto II(BD Biosciences)で分析した。患者PBMCにおけるIDO及びPD-L1ペプチドに対するエクスビボT細胞反応性を評価するために、細胞を解凍し、DNase I(1μg/mL、SigmaAldrich、カタログ番号11284932001)を含有する培地中で1～2日間静置した。次いで、PBMCを、5μMのペプチドで96ウェルプレート中で8時間刺激した。ペプチド添加の1時間後、CD107a-BV421(カタログ番号328626)抗体及びBD GolgiPlug(商標)(BD Biosciences)を、1:1000の希釈で添加した。表面及び細胞内の染色を、上記のように行った。表面染色に使用した抗体:CD3-PE-CF594(カタログ番号PE701 CF594)、CD4-BV711(カタログ番号563028)、CD8-Qdot605(カタログ番号Q10009)。細胞内染色に使用した抗体:CD137-PE(カタログ番号555956)、IFNγ-PE-Cy7(カタログ番号557643)、TNFα-APC(カタログ番号554514)。サンプルをNovoCyte Quanteon(ACEA Biosciences)で取得し、NovoExpressソフトウェアv1.4.1を使用して分析した。ワクチン特異的T細胞応答を評価するために、非刺激PBMCサンプルで見られたバックグラウンド値を、ペプチド刺激条件で見られた値から差し引いた。陽性応答値を、バックグラウンド値との0.2%の差に設定した。この応答カットオフに基づいて、TNFα、CD107a、及びCD137応答のみを、このアッセイで検出した。ベースラインを治療中/治療後のサイトカインプロファイルと比較する統計分析を、ウィルコクソンマッチドペア符号順位検定を使用して行った。ゲーティング戦略を図34に示す。
siRNAを介したPD-L1及びIDOサイレンシング
PD-L1の標的化サイレンシングのためのStealth siRNA二重鎖(Invitrogen)(Hobo, W. et al. Blood 116, 4501-4511 1006 (2010))、IDOの標的化サイレンシングのためのカスタムsilencer select siRNA(Ambion)、及びモックトランスフェクションのための推奨されるSilencer select陰性対照(Ambion)siRNAを使用した。
Stealth PD-L1 siRNA二重鎖は、センス配列5'-CCUACUGGCAUUUGCUGAACGCAUU-3'(配列番号33)及びアンチセンス配列5'-AAUGCGUUCAGCAAAUGCCAGUAGG-3'(配列番号34)からなった。3つのsilencer IDO siRNA二重鎖を使用した:siRNA1(センス配列5'-ACAUCUGCCUGAUCUCAUAtt-3'(配列番号35)、アンチセンス:5'-UAUGAGAUCAGGCAGAUGUtt-3'(配列番号36));siRNA2(センス配列5'-CCACGAUCAUGUGAACCCAtt-3'(配列番号37)、アンチセンス:5'-UGGGUUCACAUGAUCGUGGat-3'(配列番号38));siRNA3(センス配列5'-CGAUCAUGUGAACCCAAAAtt-3'(配列番号39)、アンチセンス5'-UUUUGGGUUCACAUGAUCGtg-3'(配列番号40))。PD-L1又はIDOサイレンシング実験では、以前記載されたように(Met, O., Balslev, E., Flyger, H. & Svane, I. M. Breast Cancer Res. Treat. 1009 125, 395-406 (2011))、がん細胞に、0.025nmolの各siRNA二重鎖をエレクトロポレーションした。PD-L1サイレンシング実験では、がん細胞を、エレクトロポレーションの1時間後にIFN-γ(500U/mL、PeproTech)で処理した。エレクトロポレーションした細胞を、siRNAエレクトロポレーションの24時間又は48時間後に、ELISPOT及びICSアッセイにおいて標的細胞として使用した。
RT-qPCR
全RNAを、RNEasy Plus Mini Kit(Qiagen、カタログ番号74134)を使用して、製造業者の説明書に従って抽出した。RNA濃度を、NanoDrop 2000(Thermo Fisher Scientific)を使用して定量化し、合計1000ngのRNAを、High Capacity cDNA Reverse Transcription Kit(Applied Biosystems、カタログ番号4368814)を使用して、転写用に1000ngの入力RNAを使用して、逆転写した。リアルタイムqPCR分析を、Roche Lightcycler 480 InstrumentでTaqMan Gene Expression Assayを使用して行った。RT-qPCRを、最低3個の技術的反復で行い、Bookoutら(Curr. Protoc. Mol. Biol. 73, 1012 1-28 (2006))に記載されるdCt法を使用して、IDO1発現(プライマーID:Hs00984148_m1)又はPD-L1発現(プライマーID:Hs001125296_m1)をハウスキーピング遺伝子POL2RA(プライマーID:Hs00172187_m1)及び対照サンプル(モック)の発現レベルに対して正規化して、分析した。増幅のない低濃度サンプルの場合、Ctを40に設定した。逆転写酵素を含まない対照を、特異的増幅についての対照として使用した。P値を、両側パラメトリックt検定を使用して決定した。
実施例2 - 臨床試験結果
このMM1636第I/II相臨床試験では、転移性黒色腫を有する患者は、IDO/PD-L1(IO102/IO103)ペプチドワクチンの、アジュバントモンタニド及びαPD-1抗体ニボルマブとの組み合わせを受けた。患者は3つのコホートに含まれた:30人のαPD1療法ナイーブ(コホートA)、10人のαPD1療法不応性(コホートB、デノボ抵抗性)、及びαPD1療法後に進行した10人の患者(コホートC、獲得抵抗性)。本明細書では、コホートAに関する結果を提供する。
治療プロトコール及び患者
治療プロトコールは、上で実施例1に記載され、図1Bに例示される。2017年12月から2020年6月までに30人の患者が登録された。30人の患者のうち誰も、研究から脱落しなかった;全員が少なくとも3サイクルの療法を受けた。現在のデータベースロック(2020年10月5日)において、6人の患者は、依然として試験内で治療中であった。データカットオフ時に試験治療中でない24人の患者のうち、2人は、依然としてニボルマブ単独療法(6mg/kg q4w)を受けている。残りの22人の患者について治療を中止した理由は、疾患進行(37%)、毒性(20%)、2回の連続したスキャンで確認された最大の利益/CR(17%)、又は2年間の治療の完了(7%)によるものであった。
データカットオフ時に試験治療中ではなかった24人の患者について、ワクチン接種の平均数は、10.5回(範囲3～15回)であった。これらの24人中13人の患者は、標準治療としてニボルマブ6mg/kg、q4wを継続した。9人の患者は、進行後にその後の療法を受けた(表2)。ベースライン特性を表1に示す。平均年齢は70歳であり、38%は上昇したLDHを有し、60%はM1cであり、38%はBRAF変異型であり、43%はPD-L1陰性(<1%)であった。合計3人の患者(10%)は、事前のイピリムマブ療法を受けていた(表3)。
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実施例3 - 臨床結果
IDO/PD-L1ワクチンとニボルマブとの組み合わせは、注目すべき臨床応答をもたらす
転移性黒色腫を有する30人の適格な患者を、試験プロトコールに従って、IDO/PD-L1ワクチン及びニボルマブで治療した。それぞれ全患者(n=30)、PD-L1+(>1%、(n=17))及びPD-L1-(<1%、(n=13))(図2A)において、研究者レビューによってRECIST 1.1に従って、研究者レビューにより、客観的奏効率(ORR)は、80%(CI:62.7～90.5%)に達し、大多数の43%(CI:27.4～60.8%)が、完全奏効(CR)を達成し、37%(CI:20.9～54.5%)が、部分奏効(PR)を達成し(最良総合効果(BOR)として)、一方、20%が進行性疾患(PD)を経験した。95%両側信頼区間を、クロッパー・ピアソン法を使用して構築した。PD-L1陽性(>1%(クローン28.8))患者(n=17)間のORRは、94.1%(CI:73～99.7%)であり、PD-L1陰性患者(n=13)では61.5%(CI:35.5～82.3%)であった(図2A)。HLA遺伝子型に関係なく、客観的奏効が患者に見られた(図5)。
図2Cは、ベースラインと比較した、標的病変の合計における最良の変化を提供する(n=30)。-30の水平線は、RECIST 1.1による非標的疾患進行又は新たな病変の非存在下での客観的奏効を定義するための閾値を示す。標的病変サイズにおける100%減少を有する2人の患者には、非標的病変が存在する。白色の星:6人の患者は、FDG陰性リンパ節の正常化(<10mm)及び非リンパ節病変の100%減少を有し、CRと見なされる(緑色の棒)。黒色の星:1人の患者(MM29)は、標的病変が-30%に達していなかったが、PRと見なした(青色の棒)。この患者は、ベースラインにおいて単一の測定可能な13mmの肺転移を有し、複数の生検により、左下腿に皮膚転移が確認された(ベースラインではPET/CTで検出できなかった)。標的病変における最良の変化は、10mmであり、皮膚転移からの治療後生検は、悪性腫瘍の兆候を示さなかった。したがって、全体として、患者はPRと呼ばれた。
PR患者のうち2人は、2回の連続したスキャンでPRが確認されなかった。応答の早期開始は頻繁に見られ、30人中22人の患者は、1回目の評価時(治療中の12週間後)に客観的奏効を有した。PR及びCRまでの時間の中央値は、それぞれ75日(範囲54～256日)及び327日(範囲73～490日)であった(図3A～図3C)。
臨床応答データは、盲検独立外部レビューによって検証され、76.6%(CI:57.7%～90.1%)のORRが報告され、53.3%がCRを達成し、23.3%がPRを達成し、3.3%が安定疾患を達成した。研究者レビューと外部レビューとの間の比較を表4に概説する。
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Figure 2024510301000009
観察された非常に高い奏効率がニボルマブに起因するのか、又はワクチンに起因するのかを調べるために、デンマーク転移性黒色腫データベース(DAMMED)を使用して、マッチした歴史的対照群の臨床応答情報を、αPD1単独療法を受けた、同時期に治療されたステージIII～IVの黒色腫患者から検索した(Ellebaek, E. et al. The Danish Metastatic Melanoma Database (DAMMED): A nationwide platform for quality assurance and research in real-world data on medical therapy in Danish melanoma patients. Submiss. (2021))。患者を、年齢、性別、PD-L1状態、BRAF状態、LDHレベル及びMステージ(M1dは対照群から除外した(脳転移を有する患者はなし))に応じて、正確に同じ組み合わせの変動要素を用いてマッチさせた。正確にマッチした対照を29人の患者について同定し、治療効果についての推定値を、重み付けロジスティック回帰分析及び重み付けコックス比例ハザードモデルによって算出した。オッズ比(OR)、奏効率、及びそれらの対応する95%信頼区間を、回帰モデルから抽出した。すべてのp値は両側であり、0.5未満のp値は統計的に有意と見なした。MM1636で観察された79.3%(CI:61.0～90.4%)のORRは、41.7%(CI:31.0～53.3%)のORRに達したマッチした対照群と比較して、有意により高かった(p<0.0012)。さらに、MM1636における29人の患者のうち、マッチした歴史的対照群における12%(CI:6.3～21.6%)と比較して、有意に(p<0.0017)より高いパーセンテージの41.4%(CI:25.2～59.6%)の患者が、MM1636においてCRを達成した。マッチした歴史的対照群におけるORR及びCRRは、αPD1単独療法による無作為化第III相重要試験で治療された患者と同等である(図2B)。
IDO/PD-L1ワクチンとニボルマブとの組み合わせは、延長した無増悪生存をもたらす
データカットオフ時に、応答の持続期間の中央値に達しておらず、全応答患者の87%が、12ヶ月において無増悪であった(図2D)。患者を最長35ヶ月間追跡し、追跡期間中央値は22.9ヶ月(CI:14.9～26.2ヶ月)であった。全生存(OS)及び無増悪生存(PFS)を、治療初日から死亡又は進行まで、又は最後の追跡調査日(2020年10月5日)まで算出した。PFS中央値(mPFS)は、治療された全患者について26ヶ月(CI:15.4～69)であり、応答患者については到達されなかった(図2E)。データカットオフ時に、OS中央値に達しなかった。12ヶ月におけるOSは、81.6%(CI:61.6～92%)であった(図2F)。CRにおける1人の患者(MM18)は、ニボルマブ関連の重度の有害事象により死亡し、観察された残りの死亡は、転移性黒色腫によるものであった。比較のために、mPFSは、マッチした歴史的対照群(n=74)において8.3ヶ月(CI:5.5～NR)であり、一方、mOSは、23.2ヶ月(CI:23.2～NR)であった(図29)。
IDO/PD-L1ワクチンとニボルマブとの組み合わせは、安全であり、全身性副作用は、ニボルマブ単独療法と同等であった
治療関連の有害事象(AE)を、30人の全患者について表5に列挙する。この表は、すべての治療関連AEを合計したものである。患者あたりのAEが多いため、すべてのパーセンテージを合計すると100%を超える。患者は、同じ時点で複数のAEを有していた可能性がある。患者MM18は、尿路性敗血症及び多臓器不全及び重度の低ナトリウム血症(グレード3)により死亡した。この患者は、死亡するまでに多くの治療関連の副作用を経験しており、グレード3の大腸炎、グレード2の肺臓炎、グレード3の関節痛、グレード2の血管炎、及びグレード2のニボルマブ誘導性注入アレルギー反応を有した。さらに、患者MM18は、死亡時に心筋炎の症状を有し、トロポニンIが高度に上昇しており、ベッドサイドECCOは、15%の駆出率を示し、これはベースラインでは60%であったが、剖検がなかったため心筋炎は病理学的に確認されなかった。
共通の治療関連のグレード1～2の毒性は、疲労(47%)、発疹(47%)、関節痛(30%)、下痢(23%)、吐き気(23%)、乾燥皮膚(20%)、そう痒(20%)、注入反応(17%)、口腔乾燥症(17%)及び筋肉痛(17%)であった。4人の患者(13%)は、グレード3～4の有害事象を経験し、1人の患者はグレード3の斑丘疹性発疹を有し(MM01)、1人の患者はグレード3の副腎不全を有し(MM06)、1人の患者はグレード3の関節痛を有した(MM22)。
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患者MM18は、多臓器不全及び重度の低ナトリウム血症を伴う尿路性敗血症により死亡した。この患者は、複数の免疫関連AEを経験しており、グレード3の大腸炎、グレード2の肺臓炎、グレード3の関節痛、グレード2の血管炎、及びグレード2のニボルマブ注入関連アレルギー反応を有した。さらに、患者MM18は、死亡時に心筋炎の症状を有し、トロポニンIが高度に上昇していた。ベッドサイド心エコー検査は、15%の駆出率を示し、これはベースラインでは60%であったが、剖検は実施されず、したがって心筋炎は病理学的に確認されなかった。
患者MM06は、試験に参加する前にイピリムマブによる1次治療を受けており、参加時点では代替コルチコステロイドを受けていた。副腎不全は、高熱を伴う丹毒感染症によって悪化し、CTCAEグレード3レベルに達し、適切な抗生物質療法が開始されるとすぐに解消した。
予想通り、局所的副作用は、注射部位反応を発症した患者の77%で共通していた。これらの反応は、注射部位における肉芽腫63%、発赤20%、痛み13%及びそう痒13%と分類された。これらの局所反応のすべては、グレード1～2であり、モンタニドアジュバントに関連している可能性が最も高く、典型的には一過性であった。しかし、2人の患者(MM07及びMM20)は、肉芽腫、圧痛、及び手段的日常生活動作を制限する痛みのため、それぞれ8回及び11回の注射後にワクチン接種の中止を要求したが、ニボルマブは継続した。図6は、11回のワクチン接種後の患者MM20(CR)における注射部位反応の画像を提供し、注射部位における発赤、発疹、及び肉芽腫を示す。
ワクチン接種後に永続的応答を有する患者の大多数で、血液においてワクチン特異的応答が検出された
30人の全患者を、インビトロで、ワクチン接種前、ワクチン接種中及びワクチン接種後の末梢血単核細胞(PBMC)におけるワクチン特異的応答の存在について評価した。ワクチン前のIDO応答は、10人(33%)の患者で検出でき、一方、ワクチン前のPD-L1応答は、8人の患者(27%)で検出でき、重複する(IDO及びPD-L1の両方)ワクチン前の応答は、4人(13.3%)に存在した。ワクチン接種中に、血液中のIDO特異的T細胞又はPD-L1特異的T細胞の増加が、それぞれ27人(90%)及び25人(83%)の患者で観察された。患者の93%は、ワクチン接種中にPD-L1応答又はIDO応答のいずれかの増加を有した(図5A)。応答を、IDO又はPD-L1ペプチドで刺激したウェル(三重)中のスポットの平均数と、対応する対照(DMSO)との間の差として算出し、Elispot応答の統計分析を、分布によらないリサンプリング法(Moodieら)を使用して行った。DR:反復数のため統計的に確認された応答はないが、ペプチドウェル中のスポット数は対照ウェル(DMSO)よりも2倍多い。NS:著しい応答はなく、DRはない。ワクチン接種中の一連の時点での応答の詳細な概観については、図6Aを参照されたい。ベースラインからワクチン後応答までの有意な(p<0.0001)中央値増加が、IDO及びPD-L1の両方について(治療中の異なる時点で)観察され、このことは、ワクチン特異的免疫応答が、臨床応答にかかわらず患者において誘導されたことを確認した(図5B)。ワクチン接種応答は、ワクチン接種中の各患者について異なる時点(シリーズ3、6、12、18又は24)での「最良の」Elispot応答から選択された。ウィルコクソンマッチドペア符号順位検定を使用して、ベースラインとその後の時点との間でIDO又はPD-L1ワクチンペプチドに対する応答を比較した。免疫応答は、血液中で時間の経過とともに変動した(図8A)。末梢血におけるIDO及びPD-L1応答の増加はまた、様々な臨床応答群にわたってエクスビボで直接検出可能であった(図30)。
持続的なワクチン特異的応答は、最後のワクチンの3及び6ヶ月後に観察され、このことは、データロック時に追跡調査を超えた臨床治療応答を有する9人の患者における記憶応答の誘導を示した(図8B)。重要なことに、PD-L1及びIDO特異的応答は、HLA遺伝子型に関係なく観察された(表6)。
Figure 2024510301000012
ワクチン誘導性T細胞の機能性を検証するために、IDO又はPD-L1特異的T細胞を、5人の患者由来の末梢血単核細胞(PBMC)から単離した。フローサイトメトリーによる表現型の特徴付けにより、単離されたワクチン特異的T細胞が、CD4+ T細胞及びCD8+ T細胞の両方からなることが明らかになった。また、IDO及びPD-L1に特異的なCD4+及びCD8+ T細胞は両方とも、細胞溶解性マーカーCD107aを発現し、IFN-γ及びTNF-αサイトカインを分泌したため、炎症促進性の特性を示した(図5D、図10A、10B、10C、及び10D)。興味深いことに、ワクチン特異的CD4+及びCD8+ T細胞応答は、エクスビボで末梢血において検出された(図33及び図30)。ベースラインと比較して、治療後のPBMCサンプルにおけるペプチド刺激に応答したCD107α、CD137、及びTNFα発現のパーセンテージ全体における著しい増加が観察され、このことは、ワクチン特異的T細胞の増殖及び多様なシグネチャをさらに確認した(図30)。
ワクチン接種部位において皮膚で検出されたワクチン特異的応答
ワクチン特異的T細胞が、末梢組織に移動する可能性を有するかどうかを調べるために、遅延型過敏症(DTH)を、15人の患者に対して6サイクルの治療後に行い、皮膚におけるワクチン反応性T細胞の存在を評価した。表7は、皮膚浸潤リンパ球(SKIL)培養物の概観を示す。
Figure 2024510301000013
IDO特異的T細胞は、10人中6人の患者の皮膚で示され、PD-L1特異的T細胞は、11人中9人の患者の皮膚で示された(図12A)。SKILを、異なる青色で示されるIDOペプチド、PD-L1ペプチド、又は混合物のいずれかによるDTH注射から増殖させた。応答を、IDO又はPD-L1ペプチドで刺激されたウェル(三重)中のスポットの平均数と、対応する対照(DMSO)との間の差として算出し、Elispot応答の統計分析を、分布によらないリサンプリング法(Moodieら)を使用して行った。DR:反復数のため統計的に確認された応答はないが、ペプチドウェル中のスポット数は対照ウェル(DMSO)よりも2倍多い。NS:著しい応答はなく、DRはない。細胞内サイトカイン染色を、PD-L1又はIDOのいずれかで刺激した後、5人の患者からのSKILに対して行った。検出された主な部分は、TNF-αを分泌し、CD107aを上方制御するCD4+ペプチド反応性T細胞であり、わずかな部分はIFN-γも分泌した。1人の患者では、CD8+PD-L1反応性T細胞が検出された(図2B、12C及び12D)。
ワクチン誘導性T細胞によるIDO及びPD-L1標的細胞の直接認識
ワクチン増殖性T細胞の機能性を確認するために、ワクチン特異的T細胞クローン(クローン純度はT細胞受容体(TCR)配列決定によって確認した)を、患者PBMCから単離し、増殖させた(図31E)。がん細胞がHLA-IIも発現する場合、PD-L1特異的T細胞は、PD-L1発現依存的に、PD-L1+自己腫瘍細胞を認識できることが示された(図32A及び32B)。同様に、HLA-DR拘束性IDO特異的CD4+ T細胞クローンは、IDO発現依存的に、HLA-DR適合IDO発現モデル細胞株MonoMac1を認識することができた(図32E～G)。以前記載されたように、IDO及びPD-L1特異的T細胞の作用機序は、がん細胞のみを標的とすることに限定されない。ワクチン特異的T細胞クローンはまた、PD-L1及びIDO発現自己免疫細胞に対して反応することが示された(図32C及び32H)。骨髄系細胞に腫瘍関連表現型をもたらすために、単離されたCD14+骨髄系細胞を、樹立された自己腫瘍細胞株に由来する腫瘍馴化培地(TCM)で処理した。そのようなTCM処理CD14+細胞は、PD-L1及びIDOの発現の増加を有し、自己PD-L1及びIDO特異的CD4+ T細胞クローンによって効果的に認識されることが観察された(図32C、32D、32H、及び32I)。
血液中の濃縮され、新たに検出されたIDO及びPD-L1 T細胞クローン、並びに治療時の末梢増殖クローンの腫瘍輸送の兆候
治療誘導性T細胞応答を追跡するために、相補性決定領域3(CDR3)のT細胞受容体(TCR)配列決定を、末梢血(ベースライン、サイクル3、6、及び12)及びペア生検において5人の患者に対して行った。これら5人の患者(MM01、MM02、MM08、MM09、MM13)は、材料の入手可能性のため、並びに応答者及び非応答者の両方を有するバランスの取れた患者群を調べるために選択された。臨床応答に関する詳細を図3Aに示す。
さらに、PBMC(治療中)又はSKILを、IDO/PD-L1ペプチドで刺激し、次いで、サイトカイン産生T細胞を選別して、末梢及び腫瘍部位の両方でワクチン誘導性T細胞を追跡した。
濃縮されたIDO/PD-L1特異的T細胞クローン、選別されたIDO/PD-L1クローンにおけるTCR再構成、選別されたIDO/PD-L1 T細胞におけるTCR再構成を同定するために、サンプルを、各患者についてベースラインPBMCサンプルと比較した。次いで、ワクチン接種中のサンプルからのワクチン特異的TCR再構成のクローン増殖を、差次的存在量フレームワークを使用して追跡した。累積IDO/PD-L1 T細胞頻度を、治療後のサンプルで追跡した。
臨床応答と、ワクチン特異的クローンの濃縮との間に関連は見出されなかったが、IDO/PD-L1特異的T細胞クローンのワクチン接種中の増加が、5人の全患者において末梢において様々な時点で観察された(図8C)。
血液中のT細胞レパートリーの全体的な変化も調べた。末梢T細胞割合のわずかな増加が、サイクル3で3人の応答患者で観察され、一方、2人の非応答患者は、T細胞割合における明らかな減少を有した(図7A)。次いで、TCRクローン性及びTCRレパートリーの豊富さを調べ、それぞれ豊富なクローンの割合及び固有の再構成の数を調査した。末梢シンプソンクローン性の減少(図7B)及びTCRレパートリーの豊富さの増加(図7C)が、サイクル3で応答患者において観察され、これは治療時の腫瘍輸送を示し得る。シンプソンクローン性は、TCR配列が一組のT細胞間にどの程度均等に分布しているかを測定し、0は、頻度の均等な分布を示し、1は、少数のクローンが優勢である、非対称な分布を示す。TCRレパートリーの豊富さは、固有の再構成の平均数を報告する。非応答患者では反対のパターンが見られた(図7B及び図7C)。
末梢増殖クローンは、腫瘍に関連しており、サイクル12(分析した最新の時点)まで持続した。最大の末梢増殖は、サイクル3で観察され、最も著しい増加は、患者MM01(CR)で観察された。応答患者は、非応答者と比較して、腫瘍においても見出された、末梢増殖クローンのより大きな割合を有した。腫瘍部位で検出された末梢増殖クローンを追跡することにより、MM01は、治療後に大幅な増加を有したことが認められ、このことは、末梢増殖クローンの腫瘍輸送を示した(図7D)。
療法後の、濃縮され、新たに検出されたIDO及びPD-L1クローンによる腫瘍部位におけるT細胞流入
治療後の血液中のT細胞割合の増加並びにIDO及びPD-L1クローンの濃縮に関する観察により、同じ傾向を、腫瘍部位で調べた。上記の5人の患者からのペア生検に対するTCR配列決定及び免疫組織化学(IHC)の両方は、3人の応答患者における治療後のCD3及びCD8+ T細胞の流入によるT細胞割合の増加を示した(図9A、9B、及び9C)。IHCは、患者MM09では組織喪失のためできなかった。応答患者におけるCD8+ T細胞の高浸潤は、これらの細胞による腫瘍抗原認識を示唆する。
腫瘍部位におけるIDO/PD-L1ワクチン関連T細胞の存在も調べた。ワクチン関連クローンを、IDO及びPD-L1 T細胞再構成の組み合わせた頻度として追跡した。生検において、サイクル6における頻度を、ベースラインと比較し、臨床応答に関係なく、5人中4人の患者でワクチン特異的T細胞の増加が示された(図9D)。PD-L1特異的SKIL(ワクチン接種中のPBMCに由来するIDO/PD-L1特異的単離よりも特異的な培養物)及びペア生検のTCR配列決定は、上位5個のPD-L1特異的SKILクローンのうち2個が、治療前及び治療後の両方で腫瘍部位に存在することを示した(図13)。
より豊富なT細胞クローンに焦点を当てて、腫瘍部位における全体的なTCRクローン性を、治療前及び治療後に調べた。さらに、本発明者らは、より低頻度のクローンを分析して、固有のTCR再構成の数を調査した。患者MM01は、療法後に腫瘍部位におけるTCRクローン性の著しい増加、及びレパートリーの豊富さの減少を有し、このことは、選択されたクローンの、焦点を合わせた腫瘍レパートリー応答を示した。3人の全応答患者は、TCRレパートリーの豊富さの減少を有し、これもまた、焦点を合わせた腫瘍応答を示し得る(図9E及び9F)。
これらのデータは、ペムブロリズマブに応答するMM患者が、より多様性の低いTCRベータ鎖レパートリーを有し、本質的にクローン性がより高いことを示す以前の所見を反映する。19 より深い分析は、療法後に腫瘍部位で増殖したT細胞クローンが、ベースラインにおいて血液中にも存在し、5人中4人の患者で治療後に著しく増加することを示した。最も高い割合は、サイクル3で早期に検出された。これらのデータは、末梢増殖クローンの腫瘍部位への輸送を再度裏付け、治療に対するT細胞応答が、既存の末梢腫瘍関連T細胞に由来することを示し得る(図9G)。
T細胞機能の治療関連の増加、及び療法標的の誘導によるT細胞炎症性TME
応答患者における治療時のT細胞流入によって誘導されるTMEにおける変化を分析するために、NanoString社のnCounter(登録商標)PanCancer Immune Profiling Panelを使用するRNA遺伝子発現分析を、2人の応答患者(MM01及びMM13)からのペア生検に対して行った。適応免疫;T細胞活性化、エフェクター機能(IFN-γ、TNF-α、IL-15、IL-18)及び細胞傷害性に関連する遺伝子は、治療後の生検において増加した(図14A及び14B)。また、チェックポイント阻害剤に関連する遺伝子、例えば、TIM-3、IDO、PD-L1、PD-L2、PD-1、及びCTLA-4も、治療後に増加し、このことは、TMEにおける免疫細胞の活性化を示した(図14C)。
さらに、4人の患者(MM01、MM02、MM05、MM13)からのペア生検に対するIHCは、腫瘍細胞上のPD-L1、IDO、MHCI、及びMHCIIの上方制御を示し、これは、患者MM13におけるMHCII発現の減少を除き、3人の応答患者における治療誘導性炎症促進応答を示した。対照的に、非応答患者MM02は、治療後に腫瘍中に存在するT細胞の減少を有し、PD-L1、IDO、及びMHCIIの発現がなく、興味深いことに、MHCIが完全に消失し、これは腫瘍の免疫逃避を示した(図11A)。
5人の患者におけるベースライン生検に対して、CD8+ T細胞、及びPD-L1発現細胞までのそれらの距離(μm)をIHCによって調べた。患者MM13(PR)を除いて、距離及び臨床応答は関連していた:2人の応答者は、非応答患者(>80μm)と比較して、これらのマーカーを発現する細胞間の距離の減少を有した(<20μm)。この観察は、応答患者がCD8+ T細胞のより高い腫瘍内浸潤を有するだけでなく、これらの細胞がPD-L1発現免疫細胞及び腫瘍細胞を取り囲んで攻撃できることも示す(図11B)。
考察
この臨床試験MM1636では、転移性黒色腫を有する30人の患者を、ニボルマブと組み合わせたファースト・イン・クラスの免疫調節性IDO/PD-L1標的化ペプチドワクチンで治療した。この治療は、80%という前例のない高いORRをもたらし、大多数の43%がCRに達し、26ヶ月(95%CI:15.4～69)の目立ったmPFSに達した。このワクチンは、腫瘍内調節細胞(腫瘍細胞を含む)を標的とする特定のT細胞を活性化し、局所的炎症の誘導により、TMEを積極的に調節する、新規治療戦略を表す。これらの現象は、チェックポイント分子をさらに誘導し、TMEをますますαPD1許容状態に向けて配線し直し得る。
第III相試験CheckMate067において研究者が評価したORRの割合は、ニボルマブ単独療法群では43.7%、ニボルマブ+イピリムマブ群では57%であった。それぞれ8.9%及び11.5%でCRに達した(Larkin, J. et al. N. Engl. J. Med. 373, 23-34 (2015))。さらに、MM1636試験における26ヶ月(95%CI:15.4～69)のmPFSは、11.5(95%CI:8.7～19.3)ヶ月のmPFSに達した、CheckMate067におけるニボルマブ+イピリムマブで治療された患者の2倍を超えて長い。
患者のベースライン特性は、全般的に、CheckMate067で治療されたMM患者と同等であったが、MM1636における患者は、より高齢(平均年齢70歳)であり、より大きな割合が、PD-L1陽性であった(57%)。18、20、21 MM1636におけるPD-L1陰性腫瘍を有する患者の間では、61.5%のORRに依然として達しており、これは1次ニボルマブ単独療法では約33%であると予想された(Robert, C., N. Engl. J. Med. 372, 320-330 (2015))。
潜在的な試験バイアス及び非無作為化設定に対処するために、MM1636における患者を、年齢、PS、性別、Mステージ、LDHレベル、PD-L1状態及びBRAF状態に関して、同時期(2015～2019年)に標準治療としてaPD1単独療法で治療された、デンマーク転移性黒色腫データベースDAMMEDからの歴史的対照群とマッチさせた。CheckMate067で治療された患者と同等の、43%のORR及び13%のCRRを有するマッチした患者と比較して、MM1636では有意により高いORR及びCRRが観察された。統合的対照群の制限は、当然、部分的に歴史的なものであり、マッチング基準外の患者選択を除外できないということである(Khozin, S. et al., J. Natl. Cancer Inst. 109, 1359-1360 (2017))。
多くの現代の臨床試験は、進行性黒色腫におけるαPD1の、他の免疫調節剤との組み合わせを調査している。腫瘍溶解性ウイルスであるタリモジェン・ラヘルパレプベク(T-VEC)は、進行性黒色腫を治療するためにFDA及びEMAによって承認されている。21人の患者を有する小規模な第Ib相試験(Masterkey-265)は、進行性の切除不能な黒色腫を有する患者においてT-VECとペムブロリズマブとを組み合わせ、62%のORR及び33%のCRに達した。この試験における患者の71%は、M1c未満のMステージを有し、これは本発明者らの試験では40%であった。さらに、主にM1c未満のMステージを有する患者が治療に応答したが、MM1636ではそうではなかった。
ペムブロリズマブと組み合わせたIDO阻害剤であるエパカドスタットが、40人のαPD1治療を受けていないMM患者における非無作為化第II相試験で試験され、62%のORRに達する有望な結果が得られた。残念ながら、第III相試験は、エパカドスタットが、PFS及びOSの改善をもたらす兆しを示さなかった(Long, G. V. et al. Lancet Oncol. 20, 1083-1097 (2019))。第III相試験の限界は、設計を改善するための薬力学に関する情報及びバイオマーカー評価が不足していたことであった。IDO/PD-L1ワクチンは、IDO阻害剤ではなく、IDO及びPD-L1発現細胞を標的とするため、エパカドスタットとは別のものとなる。単独療法として投与された同様のワクチンは、肺がん及び基底細胞がんにおいて客観的奏効を誘導し、一方、52人の患者における単独療法としてのエパカドスタットは、ゼロ応答を示した(Iversen, T. Z. et al. Clin. Cancer Res. 20, 221-232 (2014)、Kjeldsen, J. W. et al., Front. Immunol. 9, 1-6 (2018))。
全体的な安全性及び忍容性の所見は、αPD1単独療法と同等である。注射部位反応は、このワクチンに限定されていた。しかし、これらの副作用は、ほとんどの患者において一過的で軽度であり、アジュバントモンタニドによるものである可能性が最も高かった。
血液中及び腫瘍部位における多くのワクチン誘導性変化が観察された。末梢IDO及び/又はPD-L1特異的T細胞は、患者のHLA型に関係なく、ワクチン接種中に患者の93%超でインビトロで検出された。免疫応答は、データカットオフ時に追跡調査を超えた患者で持続し、最後のワクチンから6ヶ月後まで依然として検出可能であり、これは、メモリーT細胞の誘導を示唆した。ほとんどの患者が、血液中でワクチンに対する免疫応答を示すにもかかわらず、本発明者らは、血液におけるワクチン誘導性応答と臨床応答との間に相関関係を観察しなかった。5人の患者に対するTCR配列決定は、治療後の様々な時点における血液中のIDO/PD-L1 T細胞クローンの濃縮を確認した。さらに、濃縮されたIDO/PD-L1クローンの増加が、臨床応答に関係なく、治療後の腫瘍部位において5人中4人の患者で観察された。
表現型の特徴付けは、ワクチン接種された個体の血液からIL-2を用いてインビトロで増殖させたワクチン特異的T細胞が、CD4+ T細胞及びCD8+ T細胞の両方であることを示した。ワクチン特異的T細胞は、同族標的による刺激時にCD107aを発現し、IFN-γ及びTNF-αを産生し、このことは、それらの細胞溶解能力を示した。将来の研究では、インビトロでワクチン特異的T細胞で観察された炎症促進性プロファイル及び細胞溶解性の特徴が、エクスビボでも見られるかどうかが検証される。
患者の衰弱、又は応答患者の大部分が6サイクル後に評価可能な腫瘍を有しなかったという事実のいずれかにより、ペア生検の数が限られていたにもかかわらず、本発明者らは、応答患者において治療誘導性の全身性T細胞流入を示す傾向を観察した。αPD1治療後の腫瘍におけるCD8+ T細胞の増殖は、腫瘍サイズにおけるX線撮影での減少と関連していることが示されている(Tumeh, P. C. et al. Nature 515, 568-571 (2014))。さらに、増殖した末梢TCRクローンの大部分は、腫瘍に関連しており、最も顕著な量のクローン増殖は、サイクル3で早期に観察された。TCR配列決定分析に含まれるCR患者(MM01)では、腫瘍部位に存在する末梢増殖クローンの数は、ベースラインと比較して治療後に増加し、このことは、末梢増殖クローンの腫瘍輸送を示した。
遺伝子発現分析(2個のペア生検)及びIHC(5個のペア生検)は、治療が、T細胞活性化及び細胞傷害性の兆候を有する応答患者において炎症促進性TMEを誘導し、サイトカイン活性を増加させることをさらに実証した。これは、腫瘍細胞上のIDO、PD-L1、MHC I、及びMHC IIのさらなる上方制御をもたらし、より多くの治療標的をもたらし得る。がんワクチンによるワクチン接種後、腫瘍特異的T細胞の動員及びTMEにおける適応免疫抵抗性経路の上方制御により、PD-L1発現は、腫瘍細胞上で増加することが示されている(Wang, T. et al. Nat. Commun. 9, 1-12 (2018))。
ニボルマブ単独療法による治療は、PD-L1発現を増強し、したがって、ニボルマブと比較してワクチンの効果を区別することには問題がある(Vilain, R. E. et al. Clin. Cancer Res. 23, 5024-5033 (2017))。結論として、本明細書において、本発明者らは、ニボルマブと組み合わせたファースト・イン・クラスの免疫調節ワクチンについて素晴らしい奏効率、完全奏効率、及びmPFSを報告する。これは、転移性黒色腫を有する患者に対する新たな治療戦略に向けた第一歩となり得る。限界は、単一施設で治療される患者数が少ないこと、及び比較対照としてαPD1単独療法を有する無作為化設計がないことである。αPD1抵抗性又は不応性の黒色腫における研究が進行中であるだけでなく、αPD1単独療法と比較して併用から利益を得る可能性がより高い患者を選択するためのバイオマーカー分析も進行中である。より大規模な無作為化試験により、これらの所見が検証され、臨床応答及びTMEの変化に対するワクチンの具体的な寄与が決定される。2020年12月、食品医薬品局(FDA)は、MM1636試験からのデータに基づいて、転移性黒色腫におけるαPD1と組み合わせたIO102/IO103ワクチンについての画期的療法指定を承認した。
実施例4 - MM1636試験における臨床応答と相関する免疫プロファイルの同定
患者集団、治療計画及びサンプル
臨床試験の研究設計、適格性基準、及び治療計画は、上に記載されている。簡単に述べると、患者を、IDO/PD-L1ワクチンで、最初の6回の投与について2週間ごとに、その後は4週間ごとに合計15回のワクチン接種まで治療した。ニボルマブを、進行又は完全奏効まで最長2年間、隔週で投与した。これは、デンマークのHerlev and Gentofte University hospitalにおけるDepartment of Oncologyにおける非無作為化、単一拠点の第I/II相研究であった。ClinicalTrials.gov、識別番号:NCT03047928。すべての患者は、書面のインフォームドコンセントを提供した。
ベースライン生検を、治療開始の1週間前及び6サイクルの治療後に採取した。ベースライン血液サンプルを、最初の治療と同日(前)、サイクル3、サイクル6、及びその後は3ヶ月ごとの評価スキャンごとに採取した。この研究では、本発明者らは、ベースライン生検、並びにベースライン、サイクル3及びサイクル6における末梢血を調べた(図21を参照されたい)。
血液及び生検の収集、並びにPBMC及び血清の単離
末梢血を、ベースライン、サイクル3及び6ですべての患者からヘパリン添加チューブに採取した。最長4時間後、PBMCを、Lymphoprep(Medinor)密度勾配を使用して分離し、制御速度フリージング(Cool-Cell、Biocision)を使用して-80℃で90%ヒトAB血清(Sigma.Aldrich、参照番号H4522-100ml)及び10%DMSO中で凍結保存した。翌日、それらを、分析に使用するまで-140℃フリーザーに移した。血清サンプルを、ベースライン、サイクル3及び6で収集した。血清チューブを、最長4時間後、3000refで10分間回転させ、すぐに-80℃フリーザーに移し、さらなる処理まで保存した。
ベースライン生検を、腫瘍転移について評価可能な場合には1.2mm針を用いて採取し、その後、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)を行った。
免疫組織化学(IHC)
IHC染色を、HalioDX Service Laboratoryで行った。手短に述べると、FFPEブロックを、上記のように、CD3+、CD8+、MHC I(腫瘍細胞上)、MHC II(腫瘍細胞上)、IDO(腫瘍及び免疫細胞上)及びPD-L1(腫瘍細胞上)について染色した。
RNA遺伝子分析(NanoString)
RNA発現プロファイリングを、上記のように、776個の標的化遺伝子に対してNanoString nCounter Analysis Systemを使用してHalioDXによって行った。
マルチカラーフローサイトメトリーを使用したPBMCの表現型決定
PBMCの表面染色について、BD Biosciences社又はBiolegend社のいずれかからの蛍光色素標識抗マウス抗体を使用した。0.25～4μl/ウェルの各抗体、10% Brilliant Violet Stain Buffer (BVSB)-plus(10×)(BD biosciences、カタログ番号566385)及びリン酸塩緩衝食塩水(PBS)を含有する細胞外抗体混合物を作製した。Live/Dead Fixable Near-IR (NIR) Dead Cell染色キットを、ThermoFischer社から入手し、EDTA緩衝液(Life Technologies、カタログ番号15575-038)中で1:100に希釈した。PBMCを解凍し、PBSで洗浄し、NIRで染色し、暗所で4℃にてインキュベートした。関連する抗体を添加し、サンプルを暗所で4℃にてインキュベートした。インキュベーション後、細胞を洗浄し、PBS中に再懸濁し、取得まで氷上に置いた。フローサイトメトリー分析を、Novocyte Quanteon(ACEA Biosciences)を使用して実施し、FlowJoソフトウェアを使用して分析した。ゲーティング戦略を図25～27に示す。使用した抗体の表を図28に示す。
データの視覚化及び統計分析を、GraphPad Prism(バージョン8.0.2)で行った。ウィルコクソンマッチドペア符号順位t検定を使用して、対応のある観測値における有意性のレベルを検定した。マン・ホイットニーU検定を使用して、対応のない観測値の順位を比較した。
患者血清中のキヌレニン(kyn)/トリプトファン(Trp)比の評価
キヌレニン(kyn)及びトリプトファン(trp)を含む20個の必須アミノ酸の血漿サンプル中濃度を、ベースライン並びにサイクル3及び6においてすべての患者で、他の箇所に記載されるように、液体クロマトグラフィータンデム質量分析法(LC-MS/MS)を使用して測定した(Borno, A. & Van Hall, G. J. Chromatogr. B Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 951-952, 69-77 (2014))。
結果
ベースライン腫瘍免疫プロファイル
組織学的に確認された転移性黒色腫(MM)を有する30人の抗PD1治療を受けていない患者が、MM1636試験に含まれた。患者の特性は、上に記載されている;簡単に述べると、平均年齢は70歳であり、60%はM1cであり、35%は上昇したLDHを有し、43%はPD-L1陰性(<1%)であり、38%はBRAF変異型であった。
併用治療は、注目すべき臨床的有効性及び延長された無増悪生存(PFS)をもたらした。80%の全奏効率に達し、PFS中央値は26ヶ月であった。したがって、患者の20%は応答せず、30%は9ヶ月未満のPFSを有した。PD-L1発現についての免疫組織化学(IHC)分析を、標準的な黒色腫再発診断として行った。(IHCによるPD-L1発現によって測定される腫瘍割合スコアに基づく)PD-L1発現>1%を有する患者の94%が治療に応答し、一方、<1%のPD-L1発現を有する患者の61%が応答した。
応答を予測できる潜在的バイオマーカーを探索するために、ベースライン免疫プロファイルを、腫瘍部位で調べた。これらの免疫分析は、任意による試験独自の腫瘍生検に対して行われ、したがって、例えば患者の衰弱及び評価可能な腫瘍病変の欠如のために、すべての患者に対して利用可能なわけではなかった。したがって、以下の分析を、応答患者及び非応答患者の両方を表す8人の患者からの腫瘍生検に対して行った。
腫瘍におけるベースラインT細胞浸潤を、8人の患者(MM01、MM02、MM04、MM05、MM08、MM11、MM12、MM13)に対して行ったCD3及びCD8発現の染色を用いてIHCによって評価し、これらの8人の患者は、応答患者(3人のCR及び2人のPR)及び非応答患者(3人のPD)の両方を有するバランスの取れたコホートを反映した。5人中4人の応答患者は、高T細胞浸潤を有し、一方、3人中2人の非応答患者では、それらの腫瘍中にT細胞がほとんど存在しなかった(図16A)。
チェックポイント阻害剤分子(PD1、LAG3及びTIM3)のベースライン発現も、IHCによって分析した。CD3+ CD8+陽性T細胞の50%超は、すべての患者においてPD-1、LAG-3又はTIM-3を単独又は組み合わせて発現し、但し、約40%を発現した患者MM04及びMM11(両方とも非応答者)を除く(図16B)。これは、応答患者が、抗原刺激時にチェックポイント阻害性分子を上方制御する、より多くの活性化されたT細胞を有し得ることを示唆する。
さらに、図16Aに実証されるように、分析した5人中4人の応答患者は、3人中1人だけが高MHC-II発現を有した3人の非応答者と比較して、腫瘍細胞上でより高いMHC-II発現を示す傾向があった。他方、MHCクラスIは、ほとんどの患者で高度に発現され、臨床応答との関連は見出されなかった。同様に、IDO発現と臨床応答との間に関連は見られなかった(図16A)。
結論として、ベースライン腫瘍サンプルのIHC分析は、応答者が、より「熱い」腫瘍、例えば、高T細胞浸潤並びに腫瘍細胞上のMHC-II及びPD-L1の発現の増加を有する傾向があることを示した。
さらに、自然免疫及び適応免疫に関連する776個の遺伝子のRNA遺伝子発現分析を、NanoString技術を使用して、7人の患者(組織喪失により患者MM12を除き、IHCで分析したのと同じ患者)におけるベースライン生検に対して行った。応答患者は、ベースラインでより高いT細胞活性化の傾向があり、これはCD3及びCD8 T細胞浸潤のレベルと直接相関しない(図17)。1つの外れ値は、患者MM11であり、この患者は高T細胞浸潤を有したが、T細胞活性化に関連する遺伝子の低発現を有した。注目すべきことに、この患者における腫瘍細胞は、治療中にMHC I発現を失った。
全体として、遺伝子発現分析は、応答患者が、非応答者と比較して、自然免疫プロファイル及び適応免疫プロファイルのより高い発現(「熱い腫瘍」を示す)を有する傾向があることを示したが、但し、冷たいベースライン腫瘍を有する応答患者として目立っている患者MM13を除く(図17)。
ベースライン末梢血免疫細胞プロファイル
マルチカラーフローサイトメトリーパネルを使用して、応答者と非応答者との間で血液における免疫プロファイルを比較した(図28)。免疫表現型決定を、PBMCに対して行い、30人の全患者に対してベースラインで分析した。
ベースラインにおいて、応答患者と非応答患者との間に有意差が観察された。応答患者は、Treg(CD4+CD25highCD127low)の有意により低いパーセンテージを有した(5.2%対7.5% p=0.01)(図18A)。応答者におけるCD4+ T細胞上のCD28発現の有意な減少が、非応答者と比較して観察された(43%対78% p=0.0065)。さらに、応答者では、非応答者と比較して、CD4+ T細胞の有意により高いパーセンテージが、LAG-3を発現した(20.1%対10.56% p=0.0277)(図18C及び図18D)。
応答患者はまた、非応答者と比較して、PBMCのパーセンテージとしての古典的樹状細胞(cDC2)(CD3-CD19-CD56-CD11c+CD16-CD14-CD33+CD1c+)の有意により高いパーセンテージを有した(0.42%対0.0005% p=0.0002)(図18B)。
最後に、応答患者において、非応答者と比較して、PBMCのパーセンテージとしての単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)(CD3-CD19-CD56-HLADR-CD14+CD33+)のより低いパーセンテージの傾向が観察された(6%対12.5% p=0.24)(図22A)。また、非応答者と比較して、PBMCのパーセンテージとしてのCD56dimCD16+ NK細胞のより高いパーセンテージ、及びPBMCのパーセンテージとしてのCD56brightCD16- NK細胞のより低いパーセンテージの有意でない傾向もあった(図22B及び22C)。
CD4若しくはCD8 T細胞のベースライン割合、並びにナイーブ、エフェクターメモリー、セントラルメモリー及びエフェクターメモリーRA(CD45RA及びCCR7発現に基づく)へのそれらの分化サブタイプにおける違いは、応答患者及び非応答患者において見出されなかった。また、CD4 T細胞及びCD8 T細胞の両方上のPD-1、CD27、CD57、CD39、TIGIT、TIM3及びHLA-DRの発現は、2つの群間で均等に分布していた。最後に、B細胞、γδT細胞、形質細胞様樹状細胞(pDC)、古典的及び非古典的単球の分布における違いは、応答患者と非応答患者との間で、ベースラインにおいて観察されなかった(データ示さず)。
治療中の早期の免疫細胞変化
マルチカラーフローサイトメトリーを、全患者において治療サイクル3(6週目)及びサイクル6(12週目)にPBMCに対して行って、治療アウトカムに潜在的に関連性のある免疫細胞サブタイプをさらに調べた。応答群(n=24)では、すべての3つの時点からのPBMCが利用可能であった。非応答群(n=6)では、急速な進行のため、シリーズ6からの材料が、3人の患者で欠落していた。
非応答患者は、応答患者と比較して、ベースラインにおける血液中の免疫抑制細胞(Treg及びmMDSC)のより高いパーセンテージを有した。同じパターンが、サイクル3及びサイクル6で観察され、非応答患者は、依然としてTreg及びmMDSCの両方のより高いパーセンテージを有した。それにもかかわらず、Tregのパーセンテージにおける有意な増加が、ベースラインからサイクル6まで、応答患者で観察された。同じ傾向が、非応答患者で観察されたが、統計的有意性には達しなかった(図19)。
全体として、ベースラインで応答者と非応答者との間で観察された細胞集団及び表面マーカー発現(mMDSC、Treg、cDC2、並びにCD4 T細胞上のLAG3及びCD28の発現)における有意差は、治療後にも見られた(データ示さず)。
活性化/疲弊マーカー、例えばCD28、HLA-DR、CD39、TIGIT、及びTIM-3の有意な増加が、治療後にCD4 T細胞上で観察され、一方、HLA-DR、CD39、LAG-3、及びTIGITの有意な増加が、応答患者においてCD8 T細胞上で観察され、このことは、治療後のより全般的な免疫活性化を示した。同じ傾向が、非応答患者で観察された(図23及び図24)。
阻害性マーカーNKG2aの発現も、CD56dim NK細胞及びCD56bright NK細胞の両方上で有意に増加し、このことは、治療中の両方のNK細胞サブタイプの活性化を示し得る。再度、同じ傾向が、非応答患者で観察された(データ示さず)。
応答の潜在的な治療中の早期バイオマーカーとしてのキヌレニン/トリプトファン比
キヌレニン(kyn)/トリプトファン(trp)比は、IDO活性を反映することが示唆されている(Uyttenhove, C. (2003) Nat. Med. 9, 1269-1274)。kyn/trp比の増加は、一般的に全身性免疫調節を示しており、様々ながんの種類の進行に関与している。
ベースライン及びサイクル3における血清からのKyn及びTrpレベルの23回の測定を、30人の全患者に対して行った。CR、PR、又はPD患者におけるKyn/Trp比のベースラインレベル間に有意差は観察されなかった(図20A)。ベースラインからサイクル3までのKyn/Trp比の倍率変化を、CR、PR及びPD患者間で比較した。より高い増加の傾向が、非応答患者で観察され、このことは、これらの患者における適応抵抗性機構を示した。この傾向は、有意ではなかったが、これは進行している患者の数が限られていたためであり得る(図20B)。
考察
多数の研究が、抗PD1(ニボルマブ及びペムブロリズマブ)及び抗CTLA-4(イピリムマブ)等の免疫チェックポイント阻害剤で治療される黒色腫患者における応答に対する予測バイオマーカーを調査している(Subrahmanyam, P. B. et al., J Immunother Cancer. 2018 Mar 6;6(1):18.24; 20、Nebhan & Johnson Expert Review of Anticancer Therapy vol. 20 137-145 (2020))。現在まで、ほとんどのバイオマーカーは、腫瘍部位で同定されているが、腫瘍組織に対する血液のアクセスの容易さから、末梢血中のバイオマーカーは当然非常に興味深いものとなる。血液中のバイオマーカーを見出すことの別の利点は、腫瘍と比較した均質性であり、腫瘍では、1つの転移における生検は、別の転移とは非常に異なるか、又は同じでさえあり得る(Bedard, P. L. et al., Nature (2013) 501(7467): 355-64)。腫瘍部位及び末梢血における応答と相関するベースライン及び治療中の早期の免疫プロファイルを、第I/II相臨床試験においてニボルマブと組み合わせてIDO及びPD-L1ペプチドを含む免疫調節ワクチンで治療した患者において調べた。ほとんどの患者は治療に応答したという事実にもかかわらず、20%には利益がなく、30%は9ヶ月未満のPFSを有した。したがって、目的は、応答者と非応答者との間で、あり得る免疫プロファイルの違いを明らかにし、一部の患者が治療に応答する一方で他の患者が応答しない理由をよりよく理解し、患者選択を改善すること及びこの併用治療を用いた将来の臨床試験の設計を最適化することに役立てることであった。
入手可能な材料を、応答と相関する腫瘍部位における免疫プロファイルについて評価した。ベースライン生検の数が限られているため、本発明者らは、統計学を適用することができなかったが、応答患者は、高T細胞浸潤だけでなくPD-L1の高発現も有し、一方、非応答患者では、T細胞浸潤が低く、PD-L1発現がほとんどないという傾向が観察された。
腫瘍部位における高T細胞浸潤及び腫瘍細胞上のPD-L1の高発現は、応答に相関することが知られている2つの因子であるが、わずかなPD-L1陰性腫瘍及び低T細胞浸潤腫瘍が依然として抗PD1療法に応答するため、バイオマーカーとして最適ではない(Fusi, A. et al. Lancet Oncol. 16, 1285-1287 (2015)、Tumeh, P. C. et al. Nature 515, 568-571 (2014))。同じ傾向が本研究で見出され、長期部分奏効を有する1人の患者(MM13)は、ベースラインで冷たい腫瘍を有し、T細胞浸潤が低く、PD-L1発現がなく、一方、非応答患者(MM11)は、高T細胞浸潤及び高PD-L1発現を有した。これは、これらのバイオマーカーの使用に関連する潜在的な困難を再度強調する。
T細胞疲弊マーカーPD-1、TIM-3、及びLAG-3(複数の組み合わせにおける)の発現は、4人の応答患者において、3人の非応答者と比較してより高く、このことは、これらのT細胞に、腫瘍抗原が見られ、これらの免疫チェックポイント分子を標的とした治療戦略に対してより応答性になり得ることを示した。
患者MM13が冷たい腫瘍の兆候を有するが、依然として治療に応答するという事実は、腫瘍に存在する少数のT細胞が活性化されており(T細胞上のチェックポイント阻害剤の高発現)、細胞傷害能力を示し、これが腫瘍制御を達成するのに十分であった可能性があるという事実によって説明することができる。他方、非応答患者(MM11)は、高T細胞浸潤及び10%のPD-L1発現を伴う熱い腫瘍の兆候を有したが、腫瘍細胞上でMHC Iの発現が全くなく、これは腫瘍の免疫逃避を示した。
腫瘍細胞上のIDOの高発現と、抗CTLA4療法に対する応答との間の相関関係が報告されているが、抗PD1療法に対する応答との関連は見出されていない(Hamid, O. et al. J. Transl. Med. 9, 204 (2011))。本研究では、腫瘍細胞上のIDO発現と臨床応答との間の関連は観察されなかった。
腫瘍細胞上のMHC II発現(MHC Iではなく)は、抗PD1で治療された黒色腫患者における臨床応答、PFS、及びOS、並びにCD4及びCD8 T細胞浸潤と相関することが示されている(Johnson, D. B. et al. Nat. Commun. 7, (2016))。同じ傾向が、本研究で観察された。しかし、本データは、応答者と非応答者との間のMHC II発現における大きな重複のため、MHC IIが、好適な予測バイオマーカーではないことを示す。
ベースライン血液サンプルを、フローサイトメトリーによっていくつかの免疫細胞集団について分析した。興味深いことに、応答患者は、非応答者と比較してベースラインにおけるTregの有意により低いパーセンテージを有し、非応答患者は、ベースラインにおけるPBMCのパーセンテージとしてのmMDSCのより高い割合の傾向を有することが観察された。治療サイクル3では、Treg及びmMDSCのパーセンテージは両方とも、非応答群において、応答群と比較して有意により高かった。
DCは、特殊化した抗原提示細胞の群である。ベースラインでは、cDC2の有意により高いパーセンテージが、応答患者で観察されたが、pDCについて違いは見られなかった。古典的DC2は、抗腫瘍機能のためにCD4 T細胞をプライミングすることが知られており、IDO/PD-L1免疫調節ワクチンと抗PD1療法との組み合わせによる治療を受けている患者にとって重要な役割を果たし得る。
CD4及びCD8 T細胞のパーセンテージ、又はナイーブ、CM、EM若しくはTemRAへのそれらの分化においてベースラインの違いはなかったが、阻害性分子及び共刺激分子の発現は興味深いものであった。CD28は、CD4 T細胞及びCD8 T細胞の両方上で発現される共受容体であり、T細胞の活性化及び生存に必要な共刺激シグナルを提供するが、CD28の発現を欠くCD4 T細胞(CD4+CD28-)は、IFN-γ、IL2、パーフォリン及びグランザイムを産生することが知られている細胞傷害性Tヘルパー1型細胞に分類できることも示されている(Maly, K. & Schirmer, M. J. Immunol. Res. (2015))。
応答患者は、非応答者と比較して、CD4 T細胞上のCD28のより低い発現を有することが実証され、これは、この治療に応答したCD4 T細胞の重要性を示し得る。さらに、CD4 T細胞上のLAG-3の有意により高い発現が、応答患者において、非応答者と比較して見出された。LAG-3は、主にMHC-II分子に結合し、T細胞に阻害性シグナルを提供するチェックポイント分子であり、このマーカーのより高い発現は、これらの患者における腫瘍抗原へのより高い曝露を示し得る。
抗PD1療法と組み合わせたIDO/PD-L1免疫調節ワクチンによる治療に対する応答を予測する免疫プロファイルを同定するために、サイクル3及び6における血液中の治療中の早期の免疫プロファイルを評価した。全体として、応答者と非応答者との間で見出されたベースラインの違いは、サイクル3及び6において依然として顕著であった。2つの群間で顕著に異なる新たな免疫サブセットは観察されなかった。しかし、CD4 T細胞及びCD8 T細胞の両方の処理後に、ベースラインと比較して活性化/阻害性マーカーのより高い発現を有する、免疫活性化を明らかにする変化が観察された。この観察は応答群で顕著であり、同じ傾向が非応答群で観察された。
Kyn/Trp比は、αPD1療法に応答した適応抵抗性機構として増加することが記載されている。さらに、αPD1治療時のkyn/trp比の>50%増加は、予後不良と強く関連していることが観察されている。同じ傾向が本研究で観察され、完全奏効者において、部分奏効者及び進行性疾患を有する患者の両方と比較して、倍率変化の中央値はより低かった。
結論として、IDO/PD-L1ペプチドワクチン及び抗PD1療法で治療された患者における応答と相関する腫瘍内及び末梢のベースライン免疫パラメータが同定された。腫瘍細胞上のPD-L1及びMHC IIの高発現、高T細胞浸潤、及びCD8 T細胞上の阻害性分子(LAG-3、TIM-3及びPD-1)のより高い発現が、応答者からの腫瘍病変で広く見られた。
末梢血分析を、すべての患者に対して実施した。本明細書において、応答患者は、非応答者と比較してベースラインにおけるTregの有意により低いレベルを有することが実証され、同じ傾向がmMDSCについて観察された。治療中の早期の変化は、CD4 T細胞及びCD8 T細胞の両方上の阻害性/活性化分子のより高い発現、並びにCD4 T細胞のうちのTregのパーセンテージの有意な増加を伴う、免疫活性化の兆候を示し、これは恒常性制御を示した。これは応答群で顕著であったが、同じ傾向が非応答群で観察された。
参照による組み込み
本明細書で引用されるすべての参考文献、記事、刊行物、特許、特許公報、及び特許出願は、あらゆる目的のためにその全体が参照により組み込まれる。しかし、本明細書で引用される任意の参考文献、記事、刊行物、特許、特許公報、及び特許出願への言及は、それらが有効な先行技術を構成する、又は世界中のいずれかの国における共通の一般知識の一部を形成するという承認又は何らかの形の示唆ではなく、そのように解釈されるべきではない。

Claims (50)

  1. a)第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    b)第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    c)免疫チェックポイント阻害剤と
    を対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法。
  2. a)第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    b)第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    c)免疫チェックポイント阻害剤と
    を対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における疾患進行を予防する方法。
  3. a)第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    b)第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    c)免疫チェックポイント阻害剤と
    を対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における腫瘍体積を減少させる方法。
  4. 対象が、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けていない、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 対象が、以前に免疫チェックポイント阻害剤による治療を受けている、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  6. 対象が、免疫チェックポイント阻害剤による治療に不応性であったか、又は以前の治療の過程で免疫チェックポイント阻害剤に対する抵抗性を生じた、請求項５に記載の方法。
  7. 第1及び第2の免疫チェックポイントポリペプチドが、IDO1ペプチド、PD-1ペプチド、PD-L1ペプチド、PD-L2ペプチド、CTLA4ペプチド、B7-H3ペプチド、B7-H4ペプチド、HVEMペプチド、BTLAペプチド、GAL9ペプチド、TIM3ペプチド、LAG3ペプチド、又はKIRポリペプチドから独立して選択される、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 第1の免疫チェックポイントポリペプチドが、IDO1ポリペプチドであり、第2の免疫チェックポイントポリペプチドが、PD-L1ポリペプチドである、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
  9. IDO1ポリペプチドが、配列番号1の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸が、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む、請求項８に記載の方法。
  10. IDO1ポリペプチドが、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなる、請求項８又は９に記載の方法。
  11. PD-L1ポリペプチドが、配列番号14の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸が、配列番号15～32のいずれか1つの配列を含む、請求項８に記載の方法。
  12. PD-L1ポリペプチドが、配列番号14の最大50個の連続したアミノ酸からなり、前記連続したアミノ酸が、配列番号15、25、28又は32のいずれか1つの配列を含む、請求項８に記載の方法。
  13. PD-L1ペプチドが、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなる、請求項８に記載の方法。
  14. IDO1ポリペプチドが、ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含み又はそれからなり、PD-L1ペプチドが、FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなる、請求項８に記載の方法。
  15. 免疫チェックポイント阻害剤が、抗体又は小分子阻害剤(SMI)である、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. SMIが、IDO1の阻害剤である、請求項１５に記載の方法。
  17. SMIが、エパカドスタット(INCB24360)、インドキシモド、GDC-0919(NLG919)、及びF001287から選択される、請求項１６に記載の方法。
  18. 抗体が、CTLA4又はPD1に結合する、請求項１５に記載の方法。
  19. CTLA4に結合する抗体が、イピリムマブである、請求項１８に記載の方法。
  20. PD-1に結合する抗体が、ペムブロリズマブ又はニボルマブである、請求項１８に記載の方法。
  21. (a)及び(b)が、第1の組成物として投与され、(c)が、第2の組成物として投与される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. (a)、(b)、及び(c)が、1つの組成物として投与される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
  23. 組成物が、アジュバント又は担体をさらに含む、請求項２１又は２２に記載の方法。
  24. アジュバントが、本明細書から選択され、前記アジュバントが、モンタニドISAアジュバント、細菌DNAアジュバント、油/界面活性剤アジュバント、ウイルスdsRNAアジュバント、イミダゾキノリン、及びGM-CSFである、請求項２３に記載の方法。
  25. モンタニドISAアジュバントが、モンタニドISA 51及びモンタニドISA 720から選択される、請求項２４に記載の方法。
  26. 疾患が、治療の完了後少なくとも12ヶ月、少なくとも2年、少なくとも3年、少なくとも4年、少なくとも5年、又はそれより長い間、進行しない、請求項３～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. がんが、前立腺がん、脳がん、乳がん、大腸がん、膵臓がん、卵巣がん、肺がん、子宮頸がん、肝臓がん、頭部/頸部/咽喉がん、皮膚がん、膀胱がん、又は血液がんから選択される、請求項１～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. がんが、腺腫、腺がん、芽細胞腫、がん腫、類腱腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、内分泌腫瘍、生殖細胞腫瘍、リンパ腫、白血病、肉腫、ウィルムス腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、リンパ腫瘍、乳房腫瘍、又は黒色腫から選択される固形腫瘍がんである、請求項１～２６のいずれか一項に記載の方法。
  29. がんが、転移性黒色腫である、請求項１～２６のいずれか一項に記載の方法。
  30. 対象が、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. a)ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    b)FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    c)抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤と
    を対象に投与するステップを含む、がんの治療を必要とする対象におけるがんを治療する方法。
  32. a)ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    b)FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    c)抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤と
    を対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における疾患進行を予防する方法。
  33. a)ALLEIASCL(配列番号2)の配列又はDTLLKALLEIASCLEKALQVF(配列番号3)の配列を含む又はそれからなるIDO免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    b)FMTYWHLLNAFTVTVPKDL(配列番号32)の配列を含む又はそれからなるPD-L1免疫チェックポイントポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    c)抗PD1抗体である免疫チェックポイント阻害剤と
    を対象に投与するステップを含む、がんに罹患している対象における腫瘍体積を減少させる方法。
  34. 対象が、IDOポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、PD-L1ポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、抗PD1抗体とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する、請求項３０～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. a)第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    b)第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、
    c)免疫チェックポイント阻害剤と
    を含む、キット。
  36. (a)及び(b)が、単一の組成物として、(c)とは別個の密閉容器中で提供される、請求項３５に記載のキット。
  37. 対象におけるがんの予防又は治療方法に使用するための免疫療法組成物であって、免疫療法組成物は、請求項１に定義される(a)及び/又は(b)を含み、方法は、請求項１に定義される通りである、免疫療法組成物。
  38. 対象におけるがんの予防又は治療のための医薬の製造における免疫療法組成物の使用であって、免疫療法組成物は、請求項１に定義される(a)及び/又は(b)を含み、免疫チェックポイント阻害剤の前、それと同時、及び/又はその後に投与するために製剤化される、使用。
  39. 対象が、第1の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、第2の免疫チェックポイントポリペプチド又はそれをコードするポリヌクレオチドと、免疫チェックポイント阻害剤とによる治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する、請求項３７に記載の使用のための免疫療法組成物、又は請求項３８に記載の使用。
  40. 第1の免疫ポリペプチドが、IDO1ポリペプチドであり、第2の免疫ポリペプチドが、PD-L1ポリペプチドであり、免疫チェックポイント阻害剤が、PD1に結合する抗体である、請求項３９に記載の使用のための免疫療法組成物、又は請求項３９に記載の使用。
  41. 免疫プロファイルが、
    a)対照の対象群と比較したCD4+ T制御性細胞の減少、
    b)対照の対象群と比較したCD28+CD4+ T細胞の減少、
    c)対照の対象群と比較したLAG-3+ CD4+ T細胞の増加、
    d)対照の対象群と比較した単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)の減少、
    e)対照の対象群と比較したCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞の増加、
    f)対照の対象群と比較したCD56brightCD16- NK細胞の減少、及び/又は
    g)対照の対象群と比較した従来型2型樹状細胞(cDC2)の増加
    のうちの1つ以上を含む、請求項３０又は３４に記載の方法、又は請求項３９又は４０に記載の使用のための免疫療法組成物、又は請求項３９又は４０に記載の使用。
  42. 細胞集団が、対象から得られた末梢血サンプルのFACS分析によって決定される、請求項４１に記載の方法、免疫療法組成物、又は使用。
  43. がん患者を少なくとも2つの治療群のうちの1つに層別化する方法であって、前記方法は、患者由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及び
    i.決定された免疫プロファイルが、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対する応答を示す場合、患者を第1の治療群に層別化するステップ、又は
    ii.ステップで決定された免疫プロファイルが、対象が前記治療に応答しないことを示す場合、患者を第2の治療群に層別化するステップ
    を含む、方法。
  44. 第1の治療群が、IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体で治療されることになるか、又は治療され、第2の治療群が、1つ以上の代替療法で治療されることになるか、又は治療される、請求項４３に記載の方法。
  45. 免疫プロファイルが、ベースライン免疫プロファイルである、請求項３９～４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 治療に対する応答を示す免疫プロファイルが、
    a)対照の対象集団と比較したCD4+ T制御性細胞の減少、
    b)対照の対象集団と比較したCD28+CD4+ T細胞の減少、
    c)対照の対象集団と比較したLAG-3+ CD4+ T細胞の増加、
    d)対照の対象集団と比較した単球性骨髄由来抑制細胞(mMDSC)の減少、
    e)対照の対象集団と比較したCD56dimCD16+ナチュラルキラー(NK)細胞の増加、
    f)対照の対象集団と比較したCD56brightCD16-ナチュラルキラー(NK)細胞の減少、及び
    g)対照の対象集団と比較した従来型2型樹状細胞(cDC2)の増加
    のうちの1つ以上を含む、請求項４３～４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. IDO1ポリペプチド、PD-L1ポリペプチド、及びPD1に結合する抗体による治療に対するがん患者の応答をモニタリングする方法であって、前記方法は、患者由来の末梢血サンプル中の1つ以上の細胞集団を分析して、免疫プロファイルを決定するステップ、及び
    i.患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有する場合、患者が治療に応答していると決定するステップ、又は
    ii.患者が治療に対する応答を示す免疫プロファイルを有しない場合、患者が治療に応答していないと決定するステップ
    を含む、方法。
  48. 治療に対する応答を示す免疫プロファイルが、CD4+ T細胞上のCD28、HLA-DR、CD39、TIGIT及び/若しくはTIM-3の発現の増加、並びに/又はCD8+ T細胞上のHLA-DR、CD39、LAG-3及び/若しくはTIGITの発現の増加を含む、請求項４７に記載の方法。
  49. IDO1ポリペプチドが、請求項９又は１０に定義される通りであり、及び/又はPD-L1ポリペプチドが、請求項１１～１３のいずれか一項に定義される通りであり、及び/又はPD1に結合する抗体が、ペムブロリズマブ又はニボルマブである、請求項４０、４３、４４又は４７のいずれか一項に記載の方法。
  50. がん患者が、転移性黒色腫を有する、請求項３１～４９のいずれか一項に記載の方法。
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