JP2024508709A - 抗cd123結合分子及びその使用法 - Google Patents

抗cd123結合分子及びその使用法 Download PDF

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Abstract

本開示は、CD123へ特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体を提供する。さらに提供されるのは、抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体をコードするポリヌクレオチド、ならびに当該ポリヌクレオチドを含むベクター及び宿主細胞である。本開示は、CD123へ特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体を産生及び/または使用するための方法をさらに提供する。TIFF2024508709000019.tif102165

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2021年2月17日に出願された米国仮特許出願シリアル番号第63/150,488号、及び2021年9月28日に出願された同第63/249,455号の利益を主張し、それらの各々のすべては、参照することによってそれらの全体が本明細書に援用される。
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出された配列表を含有し、当該配列表は、参照することによってその全体が本明細書に援用される。ASCIIコピーは、2022年2月17日に生成されたものであるが、038WO1-Sequence-Listing.txtと命名され、84,588バイトのサイズである。
背景
急性骨髄性白血病(AML)は米国における白血病による死亡の主要原因であり、1年あたり20,000名超の新規患者が発生し、5年生存率は30%未満であり、60歳を上回る患者では生存率は10%へ減少する(National Cancer Institute Surveillance、Epidemiology and End-Result Program(SEER)のデータ、Oran and Weisdorf 2012,Haematologica 97(12)1916(非特許文献1))。過去40年間AML患者の治療の進歩はほとんどなく、現行の治療選択肢は、主として激しい化学療法及び幹細胞移植からなる(Luppi et al.2018,Cancers 10,429(非特許文献2))。AML細胞上の細胞表面分子を標的として、AML細胞と結合及び殺傷するようにT細胞に指令するために、複数のアプローチがとられてきた。1つのかかる表面分子はCD123(IL-3受容体アルファ鎖またはIL-3Rαとしても公知である)であり、AML患者のうちの90%超において、白血病細胞、そして白血病性幹細胞(多くの場合治療法後の疾患再発に関与する細胞タイプ)上で発現される(Kovtun et al.2018,Blood Advances 2(8)848(非特許文献3);Xie et al 2017,Blood Cancer Journal 7,e567(非特許文献4))。加えて、CD123は、非常に不良な予後に関連する遺伝子変異(FLT3等)を有する患者において高度に発現される(Xie et al 2017,Blood Cancer Journal 7,e567(非特許文献4))。CD123の2つのヒトアイソフォームのアミノ酸配列は、配列番号14(アイソフォーム、成熟タンパク質1:配列番号14のおよそアミノ酸23~378)及び配列番号15(アイソフォーム、成熟タンパク質2:配列番号15のおよそアミノ酸23~300)として提示され、カニクイザルCD123アミノ酸配列は、配列番号16(ヒトアイソフォーム1に約87%同一、成熟タンパク質:およそ配列番号16のアミノ酸23~378)として提示され、マウスCD123アミノ酸配列は、配列番号17(ヒトアイソフォーム1に約30%同一、成熟タンパク質:配列番号17のおよそアミノ酸17~396)として提示される。
CD123は、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍の治療のためにジフテリア毒素とコンジュゲートされた組み換えIL-3サイトカインのFDA承認によって証明されるように、いくつかの血液悪性腫瘍のための臨床的に検証された標的である(Pemmaraju et al 2019,NEJM 380:1628(非特許文献5))。このCD123標的化剤及び他のCD123標的化剤は、前臨床試験及び臨床試験において試験されている。初期の第1相臨床試験が、Xencor(XmAb14045 - IgGベース)、Macrogenics(フロテツズマブ - DART)、及びJansen(JNJ-63709178 - duobody)による、CD123×CD3二重特異性抗体により行われた。臨床的有効性の初期の徴候がこれらの患者のうちの若干名で報告されたが、重症のサイトカイン放出症候群及び何名かの患者死亡もこのクラスの二重特異性薬物で観察された(Ravandi et al 2018 Blood 132:763(非特許文献6);Jacobs et al 2018,Blood 132:2738(非特許文献7);Uy et al 2018,Blood 132:764(非特許文献8))。サイトカイン放出症候群(またはCRS)は、生命を脅かし得る、発熱、低血圧、血液凝固異常、及び毛細管の漏出を特徴し、かかる知見は、CAR-T及びBiTEを含む他のT細胞が関与するアプローチにも付随する(Teachley et al 2016,Cancer Discovery 6(6)664(非特許文献9);Hay et al 2017,Blood 130(21)2295(非特許文献10))。サイトカイン放出に関連するこれらの有害な安全性事象は、CD3と結合するIgGベースの二重特異性抗体の用量制限毒性の性質を有する傾向があり、かかる薬剤の安全で効率的な忍容される投与への課題、及び可能性として、もたらされる投薬の限定に起因するこれらの治療剤の有効性の最適化能力への課題として現われる。
多量体化することができる抗体及び抗体様分子(IgA及びIgMの抗体等)は、例えば免疫腫瘍学及び感染性疾患の分野において、特異性の改善、アビディティーの改善、及び多重結合標的への結合能力を可能にする有望な薬物候補として浮上した。例えば米国特許第9,951,134号(特許文献1)、同第9,938,347号(特許文献2)、同第10,570,191号(特許文献3)、同第10,604,559号(特許文献4)、同第10,618,978号(特許文献5)、同第10,787,520号(特許文献6)及び同第10,899,835号(特許文献7)、ならびに米国特許出願公開第2019-0185570号(特許文献8)、同第2019-0330374号(特許文献9)、同第2019-0338041号(特許文献10)、同第2019-0330360号(特許文献11)及び同第2019-0338040号(特許文献12)(それらの内容は、参照することによってそれらの全体が本明細書に援用される)を参照されたい。
CRSを最小限に抑えながら、CD123を発現するAML細胞を標的化し、それらの細胞のT細胞媒介性殺傷を誘導する必要性が依然として存在する。本発明のCD3二重特異性IgM技術によるCD123の標的化が、CD123発現AML腫瘍細胞を、T細胞媒介性細胞傷害性のために有効に標的化するだけでなく、IgGベースのCD123×CD3二重特異性抗体により治療される患者において時には重症であるサイトカイン放出症候群に好適な安全性プロファイルを備えた奏効も生ずるかどうかを評価した。加えて、IgM抗体の高いアビディティーの結合は、本発明のCD123×CD3二重特異性IgMが、IgGベースの二重特異性抗体と比較して、CD123を比較的低レベルの細胞表面発現で発現する腫瘍細胞を標的化することを可能にし得る。
米国特許第9,951,134号 米国特許第9,938,347号 米国特許第10,570,191号 米国特許第10,604,559号 米国特許第10,618,978号 米国特許第10,787,520号 米国特許第10,899,835号 米国特許出願公開第2019-0185570号 米国特許出願公開第2019-0330374号 米国特許出願公開第2019-0338041号 米国特許出願公開第2019-0330360号 米国特許出願公開第2019-0338040号
Oran and Weisdorf 2012,Haematologica 97(12)1916 Luppi et al.2018,Cancers 10,429 Kovtun et al.2018,Blood Advances 2(8)848 Xie et al 2017,Blood Cancer Journal 7,e567 Pemmaraju et al 2019,NEJM 380:1628 Ravandi et al 2018 Blood 132:763 Jacobs et al 2018,Blood 132:2738 Uy et al 2018,Blood 132:764 Teachley et al 2016,Cancer Discovery 6(6)664 Hay et al 2017,Blood 130(21)2295
概要
本明細書に提供されるのは、CD123へ特異的に結合する抗原結合ドメインを含む、抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体であって、抗原結合ドメインが、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、VH及びVLはそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79、配列番号77及び配列番号79、配列番号78及び配列番号79、配列番号80及び配列番号83、配列番号81及び配列番号83、ならびに配列番号82及び配列番号83を含む、当該抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体である。いくつかの実施形態では、VH及びVLはそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79を含む。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、Fv断片、一本鎖Fv断片(scFv)またはジスルフィド結合Fv断片(sdFv)である。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、5、6または2個の二価結合単位、及び10、12または4個の抗原結合ドメインを含む多量体抗体であり、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の抗原結合ドメインは、CD123へ特異的に結合し、各結合単位は2つの重鎖を含み、当該2つの重鎖の各々が、IgMもしくはIgA定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、多量体抗体の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の重鎖定常領域はVHのコピーと会合している。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、2つの抗原結合ドメインを含む二価結合単位を含み、少なくとも1つの抗原結合ドメインは、CD123へ特異的に結合し、結合単位は2つの重鎖を含み、当該2つの重鎖の各々が重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、結合単位の少なくとも1つの重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントはVHのコピーへ融合される。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、2つの抗原結合ドメインを含む単一の二価結合単位を含み、少なくとも1つの抗原結合ドメインは、CD123へ特異的に結合し、結合単位は2つの重鎖を含み、当該2つの重鎖の各々が重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、結合単位の少なくとも1つの重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントはVHのコピーと会合している。いくつかの実施形態では、重鎖は、IgG重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含む。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、2、5または6個の二価結合単位、及び4、10または12個の抗原結合ドメインを含む多量体抗体であり、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の抗原結合ドメインは、CD123へ特異的に結合し、各結合単位は2つの重鎖を含み、当該2つの重鎖の各々が、IgAもしくはIgM定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、多量体抗体の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の重鎖定常領域はVHのコピーへ融合される。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、2、5または6個の二価結合単位、及び4、10または12個の抗原結合ドメインを含む多量体抗体であり、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の抗原結合ドメインは、CD123へ特異的に結合し、各結合単位は2つの重鎖を含み、当該2つの重鎖の各々が、IgAもしくはIgM定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、多量体抗体の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の重鎖定常領域はVHのコピーへ融合される。いくつかの実施形態では、各重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントはVHのコピーと会合している。いくつかの実施形態では、各重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントはVHのコピーへ融合される。
いくつかの実施形態では、各結合単位は2つの軽鎖をさらに含み、当該2つの軽鎖の各々が軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントはVLのコピーと会合している。いくつかの実施形態では、各結合単位は2つの軽鎖をさらに含み、当該2つの軽鎖の各々が軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントはVLのコピーへ融合される。いくつかの実施形態では、各軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントはVLのコピーと会合している。いくつかの実施形態では、各軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントはVLのコピーへ融合される。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、完全抗体、Fab断片、Fab’断片またはF(ab’)断片を含む。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は二量体であり、かつ2つの二価IgA結合単位、及びJ鎖またはその断片もしくはバリアントを含み、各結合単位は、Cα3ドメイン及びαテールピース(αtp)ドメインを含む。いくつかの実施形態では、IgA重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントの各々は、Cα1ドメイン、Cα2ドメイン、IgAヒンジ領域、またはそれらの任意の組み合わせをさらに含む、
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は六量体または五量体であり、かつ5または6個の二価IgM結合単位を含み、各結合単位は、Cμ4ドメイン及びμテールピース(μtp)ドメイン、またはその断片もしくはバリアントを含む。いくつかの実施形態では、IgM重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントの各々は、Cμ1ドメイン、Cμ2ドメイン、Cμ3ドメインまたはそれらの任意の組み合わせをさらに含む。いくつかの実施形態では、IgA重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは、IgA1重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントである。いくつかの実施形態では、IgA重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは配列番号3を含む。いくつかの実施形態では、IgA重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは、IgA2重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントである。いくつかの実施形態では、IgA重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは配列番号4を含む。
いくつかの実施形態では、各IgM重鎖定常領域は、アミノ酸配列である配列番号1、配列番号2またはそのバリアントもしくは断片を含むヒトIgM定常領域またはその多量体化バリアントもしくは断片である。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体はバリアントヒトIgM定常領域を含み、抗体またはその断片もしくは誘導体は、アミノ酸配列である配列番号1または配列番号2を含むIgM重鎖定常領域を含む抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体に比べて、低減されたCDC活性を有する。いくつかの実施形態では、各バリアントヒトIgM定常領域は、配列番号1もしくは配列番号2の位置P311に対応するアミノ酸置換、配列番号1もしくは配列番号2の位置P313に対応するアミノ酸置換、または配列番号1もしくは配列番号2の位置P311及びP313に対応するアミノ酸置換を含む。
いくつかの実施形態では、各IgM重鎖定常領域またはその多量体化バリアントもしくは断片は、1つまたは複数の半減期改変的単一アミノ酸置換、欠失または挿入を除いてバリアントIgM重鎖定常領域と同一である参照IgM重鎖定常領域と比較して、1つまたは複数の半減期改変的単一アミノ酸置換、欠失または挿入を有するバリアントヒトIgM定常領域であり;抗体またはその断片もしくは誘導体は、対象動物への投与に際して、同じ動物種に同じ手法で投与される参照IgM重鎖定常領域を含む抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体に比べて、血清半減期の増加を示す。いくつかの実施形態では、バリアントIgM重鎖定常領域は、野生型ヒトIgM定常領域の配列番号1または配列番号2のアミノ酸E345A、S401A、E402AまたはE403Aに対応する1つまたは複数のアミノ酸位置におけるアミノ酸の半減期改変的置換を含む。
いくつかの実施形態では、IgM重鎖定常領域またはその多量体化バリアントもしくは断片の各々は、配列番号1または配列番号2のN46、N209、N272もしくはN440に対応する1つまたは複数のグリコシル化置換を含み、1つまたは複数のグリコシル化置換はアスパラギン(N)結合型グリコシル化を防止する。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は五量体であり、かつJ鎖またはその断片またはそのバリアントをさらに含む。
いくつかの実施形態では、J鎖またはその断片もしくはバリアントは、アミノ酸配列である配列番号7を含む成熟ヒトJ鎖、またはその断片、またはそのバリアントである。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体はバリアントJ鎖またはその断片を含み、バリアントJ鎖は、配列番号7の野生型成熟ヒトJ鎖のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換を含み、バリアントJ鎖を含むIgM抗体は、動物への投与に際して、J鎖における1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失または挿入を除いて同一でありかつ同じ動物種に同じ手法で投与される参照IgM抗体に比べて、血清半減期の増加を示す。いくつかの実施形態では、配列番号7のY102に対応するアミノ酸はアラニン(A)で置換されている。いくつかの実施形態では、J鎖はアミノ酸配列である配列番号8を含む。
いくつかの実施形態では、J鎖またはその断片もしくはバリアントは、異種部分をさらに含む修飾J鎖であり、異種部分は、J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合またはコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、異種部分は、J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合されたポリペプチドである。いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドは、少なくとも5個のアミノ酸であって25個以下のアミノ酸を含むペプチドリンカーを介して、J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合される。いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドはJ鎖またはその断片もしくはバリアントのN末端へ、J鎖またはその断片もしくはバリアントのC末端へ、あるいはJ鎖またはその断片もしくはバリアントのN末端及びC末端の両方へ融合され、N末端及びC末端の両方へ融合される異種ポリペプチドは、同じであり得る、または異なり得る。いくつかの実施形態では、J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合されたポリペプチドは、抗体の抗原結合ドメインまたはそのサブユニットである。いくつかの実施形態では、抗体の抗原結合ドメインはscFv断片を含む。
いくつかの実施形態では、異種ポリペプチドはCD3へ結合する。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体はCD3に結合し得る。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、本明細書に開示されるCD3結合性のVH及びVL配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体の抗原結合ドメインはCD3へ結合し、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、VHは、VH相補性決定領域VHCDR1、VHCDR2、及びVHCDR3を含み、VLは、VL相補性決定領域VLCDR1、VLCDR2、及びVLCDR3を含み、VHCDR1、VHCDR2、VHCDR3、VLCDR1、VLCDR2、及びVLCDR3はそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号32及び配列番号33;配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号23、配列番号24及び配列番号25;配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号39、配列番号40及び配列番号41;配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号47、配列番号48及び配列番号49;配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号55、配列番号56及び配列番号57;配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号63、配列番号64及び配列番号65;または配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号71、配列番号72及び配列番号73を含む。いくつかの実施形態では、VHCDR1、VHCDR2、VHCDR3、VLCDR1、VLCDR2、及びVLCDR3はそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号32及び配列番号33を含む。いくつかの実施形態では、抗体の抗原結合ドメインは、それぞれ、配列番号18及び配列番号22、配列番号26及び配列番号30、配列番号34及び配列番号38、配列番号42及び配列番号46、配列番号50及び配列番号54、配列番号58及び配列番号62、または配列番号66及び配列番号70と少なくとも80%、85%、90%、95%または100%同一であるVH及びVLアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体の抗原結合ドメインは、それぞれ、VH及びVLアミノ酸配列である配列番号18及び配列番号22、配列番号26及び配列番号30、配列番号34及び配列番号38、配列番号42及び配列番号46、配列番号50及び配列番号54、配列番号58及び配列番号62、または配列番号66及び配列番号70を含む。いくつかの実施形態では、抗体の抗原結合ドメインは、それぞれ、VH及びVLアミノ酸配列である配列番号26及び配列番号30を含む。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、分泌成分またはその断片もしくはバリアントをさらに含む。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は多重特異性である。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は二重特異性である。
いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体はヒトCD123へ特異的に結合し得る。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片もしくは誘導体は、500nM、100nM、50.0nM、40.0nM、30.0nM、20.0nM、10.0nM、9.0nM、8.0nM、7.0nM、6.0nM、5.0nM、4.0nM、3.0nM、2.0nM、1.0nM、0.50nM、0.10nM、0.050nM、0.01nM、0.005nMまたは0.001nM以下の解離定数KDによって特徴づけられる親和性でヒトCD123へ特異的に結合する。
本明細書にさらに提供されるのは、本明細書に開示される抗体またはその断片もしくは誘導体を含む組成物である。本明細書にさらに提供されるのは、本明細書に開示される抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいはそのサブユニットをコードする核酸配列を含む、ポリヌクレオチドである。本明細書にさらに提供されるのは、本明細書に開示されるポリヌクレオチドを含むベクターである。本明細書にさらに提供されるのは、本明細書に開示されるベクターを含む宿主細胞である。
本明細書にさらに提供されるのは、本明細書に開示される抗体またはその断片もしくは誘導体を生産する方法であって、本明細書に開示される宿主細胞を培養すること、及び抗体またはその断片もしくは誘導体を回収することを含む、当該方法である。
本明細書にさらに提供されるのは、がんを治療する方法であって、治療を必要とする対象に、有効量の、本明細書に開示される抗体またはその断片もしくは誘導体を投与することを含む、当該方法である。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、がんは血液がんである。いくつかの実施形態では、血液がんは急性骨髄性白血病(AML)である。
図1A~1Dは、4D9Q(図1A、1B)または4NWT(図1C、1D)フレームワークに基づく親及びヒト化抗CD123VH(図1A、1C)及びVL(図1B、1D)配列の比較を示す。32716-VH:配列番号74、h32716-VL:配列番号75、h32716-VH1:配列番号76、h32716-VH2:配列番号77、h32716-VH3:配列番号78、h32716-VL1:配列番号79、h32716-VH4:配列番号80、h32716-VH5:配列番号81、h32716-VH6:配列番号82、及びh32716-VL2:配列番号83。 図2A~2Gは、32716 IgG(図2A)、h32716-1-1 IgG(図2B)、h32716-2-1 IgG(図2C)、h32716-3-1 IgG(図2D)、h32716-4-2 IgG(図2E)、h32716-5-2 IgG(図2F)、及びh32716-6-2 IgG(図2G)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図2A~2Gは、32716 IgG(図2A)、h32716-1-1 IgG(図2B)、h32716-2-1 IgG(図2C)、h32716-3-1 IgG(図2D)、h32716-4-2 IgG(図2E)、h32716-5-2 IgG(図2F)、及びh32716-6-2 IgG(図2G)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図2A~2Gは、32716 IgG(図2A)、h32716-1-1 IgG(図2B)、h32716-2-1 IgG(図2C)、h32716-3-1 IgG(図2D)、h32716-4-2 IgG(図2E)、h32716-5-2 IgG(図2F)、及びh32716-6-2 IgG(図2G)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図2A~2Gは、32716 IgG(図2A)、h32716-1-1 IgG(図2B)、h32716-2-1 IgG(図2C)、h32716-3-1 IgG(図2D)、h32716-4-2 IgG(図2E)、h32716-5-2 IgG(図2F)、及びh32716-6-2 IgG(図2G)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図2A~2Gは、32716 IgG(図2A)、h32716-1-1 IgG(図2B)、h32716-2-1 IgG(図2C)、h32716-3-1 IgG(図2D)、h32716-4-2 IgG(図2E)、h32716-5-2 IgG(図2F)、及びh32716-6-2 IgG(図2G)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図2A~2Gは、32716 IgG(図2A)、h32716-1-1 IgG(図2B)、h32716-2-1 IgG(図2C)、h32716-3-1 IgG(図2D)、h32716-4-2 IgG(図2E)、h32716-5-2 IgG(図2F)、及びh32716-6-2 IgG(図2G)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図2A~2Gは、32716 IgG(図2A)、h32716-1-1 IgG(図2B)、h32716-2-1 IgG(図2C)、h32716-3-1 IgG(図2D)、h32716-4-2 IgG(図2E)、h32716-5-2 IgG(図2F)、及びh32716-6-2 IgG(図2G)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 フローサイトメトリーによって測定された、MV411細胞上のヒトCD123に対する抗CD123 IgG抗体の異なる濃度での結合性を示す。 図4A~4Cは、32716 IgM(図4A)、h32716-1-1 IgM(図4B)、及びh32716-4-2 IgM(図4C)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図4A~4Cは、32716 IgM(図4A)、h32716-1-1 IgM(図4B)、及びh32716-4-2 IgM(図4C)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図4A~4Cは、32716 IgM(図4A)、h32716-1-1 IgM(図4B)、及びh32716-4-2 IgM(図4C)の会合及び解離のOctet測定結果を示す。縦線は、手順の解離段階の開始を表す。 図5A~5Bは、ELISAによって測定された、ヒトCD123(図5A)またはヒトCD3ε(図5B)に対する抗CD123×CD3 IgM抗体の異なる濃度での結合性を示す。 フローサイトメトリーによって測定された、MV411細胞上のヒトCD123に対する抗CD123×CD3 IgM抗体の異なる濃度での結合性を示す。 図7A~7Bは、KG1a(図7A)及びMV411細胞(図7B)に対する汎T細胞依存性細胞傷害(TDCC)アッセイでの抗CD123×CD3 IgM抗体による処理の後の72時間後における腫瘍生存率を示す。 様々な条件下でのh32716-1-1 IgM、h32716-4-2 IgM、及び32716 IgM抗体の溶液の中の高分子量凝集体の百分率(%HMW)を示す。 図9Aは、ビヒクル、抗CD123×CD3 IgG#1処置、5mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体、及び15mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体で処置したマウスの75日にわたる経時的な平均腫瘍体積を示す。図9Bは、ビヒクル、抗CD123×CD3 IgG#1処置、5mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体、及び15mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体で処置したマウスの75日目の個別の腫瘍体積を示す。 図10A~10Dは、ビヒクル(図10A)、抗CD123×CD3 IgG#1(図10B)、5mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体(図10C)、及び15mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体(図10D)についての75日間にわたる経時的な個別の腫瘍体積を示す。 4名の異なるドナーからのAML細胞の、h32716-1-1 IgM抗体による処理の後でのin vitroコロニー形成を示す。計算値は、溶媒対照に対して正規化したものである。 マウスモデルにおける5mg/kgのh32716、h32716-4-2、またはh32716-1-1の1回用量の後の抗体の経時的な血清濃度を示す。 図13Aは、CD123×CD3 IgG#1かh32716-1-1かのどちらかを使用したTDCCの48時間後の生存腫瘍細胞の数を示す。図13B~13Dは、CD123×CD3 IgG#1かh32716-1-1かのどちらかを使用したTDCCに続いて48時間が経過した後の培地においてIFNγ(図13B)、IL-6(図13C)及びIL-10(図13D)の量が検出されたことを示す。 図14Aは、CD123×CD3 IgG#1かh32716-1-1かのどちらかを使用したTDCCの72時間後の生存腫瘍細胞の数を示す。図14B~14Dは、CD123×CD3 IgG#1かh32716-1-1かのどちらかを使用したTDCCに続いて72時間が経過した後の培地においてIFNγ(図14B)、IL-6(図14C)及びIL-10(図14D)の量が検出されたことを示す。
詳細な説明
定義
「1つの(a)」または「1つの(an)」実体という用語は、1つまたは複数のその実体を指すことに留意されたい。例えば、「1つの結合分子(a binding molecule)」は、1つまたは複数の結合分子を表わすように理解される。それゆえ、「1つの(a)」(または「1つの(an)」)、「1つまたは複数の」、及び「少なくとも1つの」という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
さらに、「及び/または」は、本明細書において使用される場合に、他のものが有りまたは無しの2つの指定された特色または構成要素の各々の具体的な開示と見なされる。したがって、「及び/または」という用語は、本明細書において「A及び/またはB」等の表現中で使用される時、A及びB、AまたはB、A(単独)、ならびにB(単独)を包含することが意図される。同様に、「及び/または」という用語は、「A、B、及び/またはC」等の表現中で使用される時、以下の実施形態の各々、すなわちA、B、及びC;A、B、またはC;AまたはC;AまたはB;BまたはC;A及びC;A及びB;B及びC;A(単独);B(単独);ならびにC(単独)を網羅することが意図される。
別段定義されない限り、本明細書において使用される技術用語及び科学用語は、本開示が関連する技術分野の当業者によって共通して理解されるものと同じ意味を有する。例えば、the Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,Juo,Pei-Show,2nd ed.,2002,CRC Press;The Dictionary of Cell and Molecular Biology,3rd ed.,1999,Academic Press;and the Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology,Revised,2000,Oxford University Pressは、本開示において使用される用語の多くについての全般的な辞書を当業者に提供する。
単位、接頭語、及び記号は、Systeme International de Unites(SI)で容認された形態で表わされる。数値範囲は、当該範囲を定義する数を含む。別段の指示のない限り、アミノ酸配列は、アミノからカルボキシの方向で左から右に記載される。本明細書において提供される見出しは、様々な実施形態または本開示の実施形態の限定ではなく、それらは、全体として本明細書への参照により含められ得る。したがって、直後で定義される用語は、本明細書を全体で参照することによってより完全に定義される。
本明細書において使用される時、「ポリペプチド(polypeptide)」という用語は、単数の「ポリペプチド(polypeptide)」、そして複数の「ポリペプチド(polypeptides)」を網羅することが意図され、アミド結合(ペプチド結合としても知られる)によって直線的に連結される単量体(アミノ酸)から構成される分子を指す。「ポリペプチド」という用語は、2つ以上のアミノ酸の任意の鎖(複数可)を指し、産物の特定の長さを指さない。したがって、ペプチド、ジペプチド、トリペプチド、オリゴペプチド、「タンパク質」、「アミノ酸鎖」、または2つ以上のアミノ酸の鎖(複数可)を指すために使用される他の用語は、「ポリペプチド」の定義内に含まれ、「ポリペプチド」という用語は、これらの用語のうちの任意のものの代わりに、またはそれらと互換的に使用され得る。「ポリペプチド」という用語は、ポリペプチドの発現後修飾の産物も指すように意図され、当該発現後修飾としては、糖鎖付加、アセチル化、リン酸化、アミド化、及び公知の保護基/ブロック基による誘導体化、タンパク質溶解性切断、または天然に存在しないアミノ酸による修飾が限定されずに挙げられる。ポリペプチドは、生物学的供給源に由来し得るか、または組み換え技術によって産生され得るが、指定された核酸配列から必ずしも翻訳されない。ポリペプチドは、化学合成によるもの包含する任意の様式で生成され得る。
ポリペプチドは、本明細書において開示される時、約3以上、5以上、10以上、20以上、25以上、50以上、75以上、100以上、200以上、500以上、1,000以上、または2,000以上のアミノ酸のサイズであり得る。ポリペプチドは定義された三次元構造を有し得るが、必ずしもかかる構造を有していない。定義された三次元構造を備えたポリペプチドは、折りたたまれている、と称され、定義された三次元構造を保持しないが、むしろ多数の異なる立体配座を採用し得るポリペプチドは、折りたたまれていない、と称される。本明細書において使用される時、糖タンパク質という用語は、アミノ酸(例えばセリンまたはアスパラギン)の酸素含有側鎖または窒素含有側面鎖を経由してタンパク質へ付加される少なくとも1つの炭水化物部分へ結合されたタンパク質を指す。
「単離された」ポリペプチド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体は、その天然環境中にないポリペプチドが意図される。特定の精製レベルは要求されない。例えば、単離されたポリペプチドは、その本来の環境または天然環境から取り出され得る。宿主細胞中で発現された組み換えにより産生されたポリペプチド及びタンパク質は、本明細書において開示される時、単離されており、任意の好適な技法によって分離、分画、または部分的もしくは実質的に精製された、自然のポリペプチドまたは組み換えポリペプチドであるとみなされる。
本明細書において使用される時、「天然に存在しないポリペプチド」という用語またはその任意の文法的な変形は、「天然に存在する」ポリペプチドである形態、あるいは「天然に存在する」と裁判官または行政機関もしくは裁判機関によって決定または解釈され得るポリペプチドの形態を明示的に除外し、但しこのような形態のみを除外する、条件付き定義である。
本明細書において開示される他のポリペプチドは、前述のポリペプチドの断片、誘導体、類似体、またはバリアント、及びそれらの任意の組み合わせである。「断片」、「バリアント」、「誘導体」、及び「類似体」という用語は、本明細書において開示される時、対応するネイティブの抗体またはポリペプチドの特性のうちの少なくともいくつか(例えば抗原へ特異的に結合すること)を保持する、任意のポリペプチドを包含する。ポリペプチドの断片としては、例えばタンパク質分解断片、そして欠失断片に加えて、本明細書の他の箇所で検討される特異的抗体断片が挙げられる。例えばポリペプチドのバリアントとしては、上で記載される断片、及びアミノ酸の置換、欠失、または挿入に起因して変更されたアミノ酸配列を備えたポリペプチドが挙げられる。ある特定の実施形態において、バリアントは、天然に存在しないものであり得る。天然に存在しないバリアントは、当技術分野で公知の変異誘発技法を使用して産生され得る。バリアントポリペプチドは、保存的または非保存的なアミノ酸の置換、欠失、または付加を含み得る。誘導体は、元のポリペプチド上で見出されない追加の特色を示すように変更されたポリペプチドである。例としては、融合タンパク質が挙げられる。バリアントポリペプチドは、本明細書において「ポリペプチド類似体」として言及され得る。本明細書において使用される時、ポリペプチドの「誘導体」は、官能性側基の反応によって化学的に誘導体化された1つまたは複数のアミノ酸を有する対象ポリペプチドも指し得る。20の標準アミノ酸の1つまたは複数の誘導体を含有するペプチドも、「誘導体」として包含される。例えば、4-ヒドロキシプロリンはプロリンを置換することができ、5-ヒドロキシリシンはリジンを置換することができ;3-メチルヒスチジンはヒスチジンを置換することができる。ホモセリンはセリンを置換することができる。オルニチンはリジンを置換することができる。
「保存的アミノ酸置換」とは、類似する側鎖を有する別のアミノ酸により1つのアミノ酸が置き換えられることである。類似する側鎖を有するアミノ酸のファミリーは、当技術分野において定義され、当該類似する側鎖としては、塩基性側鎖(例えばリジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖(例えばアスパラギン酸、グルタミン酸)、非荷電性極性側鎖(例えばアスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、非極性側鎖(例えばグリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、β分岐側鎖(例えばスレオニン、バリン、イソロイシン)、及び芳香族側鎖(例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)が挙げられる。例えば、チロシンをフェニルアラニンで置換することは、保存的置換である。ある特定の実施形態において、本開示のポリペプチド及び抗体の配列中の保存的置換は、アミノ酸配列を含有するポリペプチドまたは抗体が、抗原(ポリペプチドまたは抗体が結合する)へ、結合することを無効にしない。抗原結合を消失させないヌクレオチド及びアミノ酸の保存的置換を同定する方法は、当技術分野において周知である(例えばBrummell et al.,Biochem.32:1180-1 187(1993)、Kobayashi et al.,Protein Eng.12(10):879-884(1999)、及びBurks et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94:.412-417(1997)を参照)。
「ポリヌクレオチド」という用語は、単一の核酸そして複数の核酸を網羅するように意図され、単離された核酸分子またはコンストラクト(例えばメッセンジャーRNA(mRNA)、cDNA、またはプラスミドDNA(pDNA))を指す。ポリヌクレオチドは、従来のホスホジエステル結合または従来のものではない結合(例えばペプチド核酸(PNA)中で見出されるもの等のアミド結合)を含み得る。「核酸」または「核酸配列」という用語は、ポリヌクレオチド中に存在する任意の1つまたは複数の核酸セグメント(例えばDNAまたはRNA断片)を指す。
「単離された」核酸またはポリヌクレオチドは、その自然の環境から分離された核酸またはポリヌクレオチドの任意の形態が意図される。例えば、ゲル精製されたポリヌクレオチド、またはベクター中に含有されるポリペプチドをコードする組み換えポリヌクレオチドは、「単離された」とみなされるであろう。また、クローニングのための制限部位を有するように操作されたポリヌクレオチドセグメント(例えばPCR産物)は、「単離された」とみなされる。単離されたポリヌクレオチドのさらなる例としては、異種宿主細胞中で維持された組み換えポリヌクレオチド、または非自然溶液(バッファーまたは塩類溶液等)中の精製された(部分的または実質的に)ポリヌクレオチドが挙げられる。単離されたRNA分子としては、その転写物が天然で見出されるものではない、ポリヌクレオチドのインビボまたはインビトロのRNA転写物が挙げられる。単離されたポリヌクレオチドまたは核酸としては、合成により産生されたかかる分子がさらに挙げられる。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、調節エレメント(プロモーター、リボソーム結合部位、または転写ターミネーター等)であり得るか、またはこれらを含み得る。
本明細書において使用される時、「天然に存在しないポリヌクレオチド」という用語またはその任意の文法的な変化形は、「天然に存在する」核酸またはポリヌクレオチドである形態、あるいは「天然に存在する」と裁判官または行政機関もしくは裁判機関によって決定または解釈され得る核酸またはポリヌクレオチドの形態を明示的に除外し、但しこのような形態のみを除外する、条件付き定義である。
本明細書において使用される時、「コード領域」は、アミノ酸へと翻訳されるコドンからなる核酸の部分である。「終止コドン」(TAG、TGA、またはTAA)は、アミノ酸へと翻訳されないが、コード領域の一部分とみなすことができる。しかし任意の隣接配列(例えばプロモーター、リボソーム結合部位、転写ターミネーター、イントロン、及び同種のもの)は、コード領域の一部分ではない。2つ以上のコード領域は、単一ポリヌクレオチドコンストラクト(例えば単一ベクター上)、または分離したポリヌクレオチドコンストラクト(例えば分離した(異なる)ベクター上)中に存在し得る。さらに、任意のベクターは、単一のコード領域を含有することができるか、または2つ以上のコード領域を含むことができ、例えば単一ベクターは、免疫グロブリン重鎖可変領域及び免疫グロブリン軽鎖可変領域を別々にコードし得る。加えて、ベクター、ポリヌクレオチド、または核酸は別のコード領域へ融合されるか、または融合されずに、異種コード領域を含み得る。異種コード領域としては、特殊化されたエレメントまたはモチーフ(分泌シグナルペプチドまたは異種の機能的ドメイン等)をコードするものが、限定されずに挙げられる。
ある特定の実施形態において、ポリヌクレオチドまたは核酸は、DNAである。DNAの場合、ポリペプチドをコードする核酸を含むポリヌクレオチドは通常、1つまたは複数のコード領域と作動可能に会合された、プロモーター及び/または他の転写もしくは翻訳の制御エレメントを含み得る。作動可能な会合とは、遺伝子産物(例えばポリペプチド)についてのコード領域が、調節配列(複数可)の影響または制御下で遺伝子産物を発現させるような様式で、1つまたは複数の調節配列と会合された場合である。2つのDNA断片(ポリペプチドコード領域、及びそれと会合されたプロモーター等)は、プロモーター機能の誘導が、所望される遺伝子産物をコードするmRNAの転写をもたらすならば、且つ、2つのDNA断片の間のリンケージの性質が、発現調節配列が遺伝子産物の発現を指令する能力を妨害しないか、またはDNA鋳型が転写される能力を妨害しないならば、「作動可能に会合されている」。したがって、プロモーターがその核酸の転写を成し遂げることが可能なならば、プロモーター領域はポリペプチドをコードする核酸と作動可能に会合されているだろう。プロモーターは、所定の細胞におけるDNAの実質的な転写を指令する細胞特異的なプロモーターであり得る。プロモーター以外の他の転写制御エレメント(例えばエンハンサー、オペレーター、リプレッサー、及び転写終結シグナル)が、細胞特異的転写を指令するようにポリヌクレオチドと作動可能に会合され得る。
様々な転写制御領域が当業者に公知である。これらの転写制御領域としては、サイトメガロウイルス(イントロン-Aと併用した最初期プロモーター)、シミアンウイルス40(初期プロモーター)、及びレトロウイルス(ラウス肉腫ウイルス等)からのプロモーター及びエンハンサーのセグメント等であるがこれらに限定されない、脊椎動物細胞中で機能する転写制御領域が、限定されずに挙げられる。他の転写制御領域としては、脊椎動物遺伝子に由来するもの(アクチン、熱ショックタンパク質、ウシ成長ホルモン、及びウサギβ-グロビン等)、そして真核生物細胞中で遺伝子発現を制御することが可能な他の配列が挙げられる。追加の好適な転写制御領域としては、組織特異的プロモーター及びエンハンサー、そしてリンホカイン誘導可能プロモーター(例えばインターフェロンまたはインターロイキンによって誘導可能プロモーター)が挙げられる。
同様に、様々な翻訳制御エレメントが当業者に公知である。これらの翻訳制御エレメントとしては、リボソーム結合部位、翻訳開始コドン及び翻訳終結コドン、ならびにピコルナウイルスに由来するエレメント(特に内部リボソーム進入部位またはIRES、CITE配列とも称される)が挙げられるがこれらに限定されない。
他の実施形態において、ポリヌクレオチドは、RNA、例えばメッセンジャーRNA(mRNA)、トランスファーRNA、またはリボソームRNAの形態であり得る。
ポリヌクレオチド及び核酸のコード領域は、本明細書において開示されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの分泌物を指令する、分泌ペプチドまたはシグナルペプチドをコードする追加のコード領域と会合され得る。シグナル仮説によれば、哺乳動物細胞によって分泌されるタンパク質は、シグナルペプチドまたは分泌リーダー配列を有し、それは、一旦粗面小胞体を横切って成長するタンパク鎖の搬出が開始されたならば、成熟タンパク質から切断される。当業者は、脊椎動物細胞によって分泌されるポリペプチドが、ポリペプチドのN末端へ融合されたシグナルペプチドを有し得、当該シグナルペプチドが完成したペプチドまたは「全長」ポリペプチドから切断されて、ポリペプチドの分泌形態または「成熟」形態を産生することを承知している。ある特定の実施形態において、自然のシグナルペプチド(例えば免疫グロブリンの重鎖または軽鎖のシグナルペプチド)または配列と作動可能に会合されているポリペプチドの分泌を指令する能力を保持するその配列の機能的誘導体が使用される。代替的に、異種の哺乳動物シグナルペプチドまたはその機能的誘導体が使用され得る。例えば、野生型リーダー配列が、ヒト組織プラスミノーゲン活性化因子(TPA)またはマウスβ-グルクロニダーゼのリーダー配列により置換され得る。
本明細書において使用される時、「結合分子」という用語は、その最も幅広い意味で、結合標的(例えばエピトープまたは抗原決定基)へ特異的に結合する分子を指す。本明細書においてさらに記載されるように、結合分子は、本明細書において記載される1つまたは複数の「抗原結合ドメイン」を含み得る。結合分子の非限定的例は、抗原特異的結合性を保持する抗体もしくは抗体様分子、または抗原特異的結合性を保持する本明細書に詳細に記載される抗体様分子もしくはその断片である。ある特定の実施形態において、「結合分子」は、本明細書に詳細に記載される抗体または抗体様分子を含む。
本明細書において使用される時、「結合ドメイン」または「抗原結合ドメイン」(互換的に使用され得る)という用語は、結合標的(例えばエピトープ)へ特異的に結合するのに必要且つ十分な結合分子(例えば抗体または抗体様分子)の領域または断片を指す。例えば、「Fv」(例えば2つの別個のポリペプチドサブユニットまたは一本鎖のいずれかとしての、抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域)は、「結合ドメイン」であるとみなされる。他の抗原結合ドメインとしては、ラクダ科の動物種に由来する抗体の重鎖可変領域(VHH)、または足場(例えばフィブロネクチン足場)中で発現される6つの免疫グロブリン相補性決定領域(CDR)が、限定されずに挙げられる。本明細書において記載される「結合分子」、例えば「抗体」または抗体様分子は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、または場合によってはそれ以上の「抗原結合ドメイン」を含み得る。本明細書において使用される時、「結合単位会合抗原結合ドメイン」は、抗体重鎖及び/または抗体軽鎖の一部分である抗原結合ドメインを指す。「J鎖会合抗原結合ドメイン」という用語は、本明細書において記載される修飾J鎖と会合された抗原結合ドメイン(例えば野生型ヒトJ鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントへ融合されたscFv)を指す。
「抗体」及び「免疫グロブリン」という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。本開示において提供される抗体は、抗原へ特異的に結合するものでなければならず、つまり、それは、少なくとも重鎖の可変ドメイン(ラクダ科の動物種のための)または少なくとも重鎖及び軽鎖の可変ドメインを含む。脊椎動物系における基本的な免疫グロブリン構造は、比較的良好に理解されている。例えばHarlow et al.,Antibodies:A Laboratory Manual,(Cold Spring Harbor Laboratory Press,2nd ed.1988)を参照されたい。別段明記されない限り、「抗体」という用語は、抗体の小さな抗原結合断片からフルサイズの抗体(例えば、2つのIgG重鎖またはその断片と2つの完全な軽鎖とを含むIgG抗体、2、4もしくは8個の重鎖またはその多量体化断片と2、4もしくは8個の軽鎖とを含み、J鎖及び/または分泌成分を任意選択で含むIgA抗体、あるいは10または12個の完全な重鎖と10または12個の完全な軽鎖とを含み、J鎖またはその機能的断片もしくはバリアントを任意選択で含むIgM抗体)までの範囲のものをすべて網羅する。
「免疫グロブリン」という用語は、生化学的に区別され得る様々な幅広いクラスのポリペプチドを含む。当業者は、重鎖が、例えば、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタ、またはイプシロン(γ、μ、α、δ、ε)として分類され、それらの中でいくつかのサブクラス(例えばγ1~γ4またはα1~α2)が有ることを認識するだろう。この鎖の性質が、抗体の「アイソタイプ」をそれぞれIgG、IgM、IgA、IgD、またはIgEとして決定する。免疫グロブリンサブクラス(サブタイプ)、例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2などは、十分に特徴づけられており、機能的な特殊化を付与することが公知である。これらの免疫グロブリンの各々の修飾バージョンは、本開示を考慮して当業者に容易に認識可能であり、したがって本開示の範囲内である。
軽鎖は、カッパまたはラムダ(κ、λ)のいずれかとして分類される。各々の重鎖クラスは、κ軽鎖またはλ軽鎖のいずれかと会合し得る。概して、軽鎖及び重鎖はジスルフィド結合によって互いに共有結合され、免疫グロブリンが、例えばハイブリドーマ、B細胞、または遺伝子操作宿主細胞によって発現される場合に、2つの重鎖の「テール」部分は、共有結合性のジスルフィド結合または非共有結合性の連結によって互いに結合される。重鎖中で、アミノ酸配列は、Yの立体配置の分岐した端部のN末端から、各々の鎖の下部のC末端まで延びる。ある特定の抗体(例えばIgG抗体)の基本的な構造は、ジスルフィド結合を経由して共有結合で接続されて「Y」の構造を形成する、2つの重鎖サブユニット及び2つの軽鎖サブユニットを含み、本明細書において「H2L2」構造または「結合単位」とも称される。
「結合単位」という用語は、本明細書において、標準的な「H2L2」免疫グロブリン構造(例えば2つの重鎖またはその断片及び2つの軽鎖またはその断片)に対応する結合分子の部分(例えば抗体または抗体様分子)を指すように使用される。ある特定の実施形態において、結合単位は、例えばラクダ科の動物抗体において、2つの重鎖に対応し得る。ある特定の実施形態において、例えば結合分子が二価のIgG抗体または抗体様分子である場合に、「結合分子」及び「結合単位」という用語は等価である。他の実施形態において、例えば結合分子が多量体(例えば二量体もしくは四量体のIgA抗体もしくはIgA様抗体、五量体のIgM抗体もしくはIgM様抗体、または六量体のIgM抗体もしくはIgM様抗体)である場合に、結合分子は2つ以上の「結合単位」を含む。IgA二量体または四量体の場合には4つのうちの2つ、IgMの五量体または六量体の場合にはそれぞれ5または6である。結合単位は全長抗体の重鎖及び軽鎖を含む必要がないが、典型的には二価であり、すなわち上で定義されるような、2つの「抗原結合ドメイン」を含むだろう。本明細書において使用される時、本開示において提供されるある特定の結合分子は「二量体」または「四量体」であり、IgA重鎖定常領域またはその多量体化断片を含む、2つまたは4つの二価結合単位を含む。本開示において提供されるある特定の結合分子は「五量体」または「六量体」であり、IgM重鎖定常領域またはその多量体化断片を含む、5または6の二価結合単位を含む。2つ以上の(例えば2、4、5、または6の)結合単位を含む結合分子(例えば抗体または抗体様分子)は、本明細書において、「多量体である」と称される。
「J鎖」という用語は、本明細書において使用される時、任意の動物種の五量体IgMまたは二量体もしくは四量体IgA抗体と会合したJ鎖、任意のそれらの機能的断片、それらの誘導体、及び/またはそれらのバリアントの抗体を指し、アミノ酸配列が配列番号7として提示される成熟ヒトJ鎖が挙げられる。様々なJ鎖バリアント及び修飾J鎖誘導体が、本明細書において開示される。当業者は、「機能的断片」または「機能的バリアント」は、IgM重鎖定常領域と会合して五量体IgM抗体を形成し得る(または代替的にIgA重鎖定常領域と会合して二量体または四量体IgA抗体を形成し得る)、それらの断片及びバリアントを包含することを認識するだろう。
「修飾J鎖」という用語は、本明細書において、異種部分(例えば異種ポリペプチド、例えば自然配列の中へ導入される外来性結合ドメイン)を含む、自然配列J鎖ポリペプチドの誘導体を指すように使用される。導入は、異種ポリペプチドもしくは他の部分の直接的もしくは間接的な融合、またはペプチドもしくは化学的リンカーを介する付加を包含する、任意の手段によって達成され得る。「修飾ヒトJ鎖」という用語は、異種部分(例えば異種ポリペプチド、例えば外来性結合ドメイン)の導入によって修飾された、配列番号7のアミノ酸配列を含むヒトJ鎖、またはその機能的断片もしくは機能的そのバリアントを、限定されずに網羅する。ある特定の実施形態において、異種部分は、IgMの五量体への、またはIgAの二量体もしくは四量体への効率的な重合、及びかかるポリマーの標的への結合を妨害しない。例示的な修飾J鎖は、例えば米国特許第9,951,134号、同10,975,147号、同10,400,038号及び同10,618,978号、ならびに米国特許出願公開第US-2019-0185570号(それらの各々は、参照することによってそれらの全体が本明細書に援用される)中に見出され得る。
本明細書において使用される時、「IgM由来結合分子」、「IgM様抗体」、「IgM様結合単位」、または「IgM様重鎖定常領域」という用語は、抗原へ結合する及び多量体(すなわち六量体)を形成する能力、またはJ鎖と会合して五量体を形成する能力を付与するのに必要なIgM重鎖の構造的部分を依然として保持する、バリアント抗体由来の、結合分子、抗体、結合単位、または重鎖定常領域を指す。IgM様抗体またはIgM由来結合分子は、典型的には、IgM定常領域及びその抗原結合ドメインまたはサブユニットの少なくともCμ4及びμテールピース(μtp)ドメインを含むが、同じ種または異なる種からの他の抗体アイソタイプ(例えばIgG)からの重鎖定常領域ドメインを含み得る。IgM様抗体またはIgM由来結合分子は同様に、IgM様抗体が抗原に結合することならびに六量体及び/または五量体を形成することが可能である限り、1つまたは複数の定常領域が欠失される抗体断片であり得る。したがって、IgM様抗体またはIgM由来結合分子は、例えばハイブリッドIgM/IgG抗体であり得るか、またはIgM抗体の「多量体化断片」であり得る。
本明細書において使用される時、「IgA由来結合分子」、「IgA様抗体」、「IgA様結合単位」、または「IgA様重鎖定常領域」という用語は、J鎖と会合して抗原に結合する及び多量体(すなわち二量体または四量体)を形成する能力を付与するのに必要なIgA重鎖の構造的部分を依然として保持する、バリアント抗体由来の、結合分子、抗体、結合単位、または重鎖定常領域を指す。IgA様抗体またはIgA由来結合分子は、典型的には、IgA定常領域及びその抗原結合ドメインまたはサブユニットの少なくともCα3及びαテールピース(αtp)ドメインを含むが、同じ種または異なる種からの他の抗体アイソタイプ(例えばIgG)からの重鎖定常領域ドメインを含み得る。IgA様抗体またはIgA由来結合分子は同様に、IgA様抗体がJ鎖と会合して抗原に結合することならびに二量体を形成することが可能である限り、1つまたは複数の定常領域が欠失される抗体断片であり得る。したがって、IgA様抗体またはIgA由来結合分子は、例えばハイブリッドIgA/IgG抗体であり得るか、またはIgA抗体の「多量体化断片」であり得る。
「価数」、「一価」、「二価」、「多価」という用語、及び文法上の同等語は、所与の結合分子(例えば抗体または抗体様分子)または所与の結合単位中の抗原結合ドメインの数を指す。それゆえ、所与の結合分子(例えばIgM抗体、IgM様抗体、それらの多量体化断片)を参照した「二価」、「四価」、及び「六価」という用語は、それぞれ2つの抗原結合ドメイン、4つの抗原結合ドメイン、及び6つの抗原結合ドメインの存在を表わす。各々の結合単位が二価である典型的なIgM抗体、またはIgM様抗体もしくはIgM由来結合分子は、10または12の価数を有し得る。二価または多価の結合分子(例えば抗体または抗体様分子)は、単一特異性であり得る(すなわち抗原結合ドメインのすべては同じである)か、または二重特異性または多重特異性であり得る(例えば2つ以上の抗原結合ドメインが異なる場合に、例えば同じ抗原上の異なるエピトープに結合するか、または完全に異なる抗原に結合する)。
「エピトープ」という用語は、抗体または抗体様分子の抗原結合ドメインへの特異的結合ができる任意の分子的決定基を含む。ある特定の実施形態において、エピトープは、分子の化学的活性表面基群(アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル、またはスルホニル等)を含むことができ、ある特定の実施形態において、三次元構造の特徴及び/または特異的電荷の特徴を有し得る。エピトープは、抗体の抗原結合ドメインによって結合される標的の領域である。
「標的」という用語は、結合分子(例えば抗体または抗体様分子)によって結合され得る物質を包含するように、最も幅広い意味で使用される。標的は、例えばポリペプチド、核酸、炭水化物、脂質、または他の分子であり得る。さらに、「標的」は、結合分子(例えば抗体または抗体様分子)によって結合され得るエピトープを含む、例えば細胞、器官、または生物体であり得る。
抗体または抗体様分子の軽鎖及び重鎖の両方は、構造的相同性及び機能的相同性の領域へと分類される。「定常」及び「可変」という用語は、機能的に使用されるが、分子の特定の構造を指す。軽鎖(VL)及び重鎖(VH)の両方の可変領域は、抗原認識及び特異性を決定する。これとは逆に、軽鎖(CL)及び重鎖の定常ドメイン(例えばCH1、CH2、CH3、またはCH4)は、生物学的特性(多量体化する能力、分泌、経胎盤移動性、Fc受容体結合、補体結合等)を付与する。慣例により、定常領域ドメインのナンバリングは、定常領域ドメインが抗体の抗原結合領域またはアミノ末端からより遠位になるにつれて増加する。N末端部分は可変領域であり、C末端部分は定常領域であり、CH3(またはIgMの場合はCH4)及びCLドメインは、実際にそれぞれ重鎖及び軽鎖のカルボキシ末端を含む。
「全長IgM抗体重鎖」は、N末端からC末端への方向で、抗体重鎖可変ドメイン(VH)、抗体重鎖定常ドメイン1(CM1またはCμ1)、抗体重鎖定常ドメイン2(CM2またはCμ2)、抗体重鎖定常ドメイン3(CM3またはCμ3)、及びテールピースを含み得る抗体重鎖定常ドメイン4(CM4またはCμ4)を含む、ポリペプチドである。
上記のように、可変領域(複数可)は、抗体または抗体様分子の抗原結合ドメインを形成して、それが抗原上のエピトープに対して選択的に認識する及び特異的に結合することを可能にする。すなわち、結合分子(例えば抗体または抗体様分子)のVLドメイン及びVHドメイン、または相補性決定領域(CDR)の抗原結合性サブセットが組み合わされて抗原結合ドメインを形成する。より具体的には、抗原結合ドメインは、VH鎖及びVL鎖の各々上の3つのCDRによって定義され得る。ある特定の抗体または抗体様分子は、より大きな構造を形成する。例えば、IgA重鎖は、ジスルフィド結合により共有結合で接続された2つまたは4つのH2L2結合単位及びJ鎖を含む分子を形成することができ、当該分子は分泌成分とさらに会合することができ、IgM重鎖は、ジスルフィド結合により共有結合で接続された5または6のH2L2結合単位及び任意選択でJ鎖を含む、五量体または六量体の分子を形成することができる。
抗体抗原結合ドメイン中に存在する6つの「相補性決定領域」または「CDR」は、短い連続していないアミノ酸の配列であり、抗体が水性環境中でその三次元立体配置をとる時に抗原結合ドメインを形成するように特異的に配置される。抗原結合ドメイン中の残りのアミノ酸は「フレームワーク」領域と称され、より少ない分子間の変動を示す。フレームワーク領域は主としてβ-シート立体配座を採用し、CDRは、β-シート構造を接続するループを形成し、いくつかの事例において当該ループはβ-シート構造の一部分を形成する。したがって、フレームワーク領域は、鎖間の非共有結合性相互作用によってCDRを正しい方向で配置させることを提供する足場を形成するように作用する。配置されたCDRによって形成された抗原結合ドメインは、標的抗原上のエピトープに相補的な表面を画成する。この相補的な表面は、抗体がその同族のエピトープの非共有結合的に結合することを促進させる。CDR及びフレームワーク領域をそれぞれ構成するアミノ酸は、様々な異なる手法で定義されているので、任意の与えられた重鎖または軽鎖の可変領域について当業者によって容易に特定され得る(“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”Kabat,E.,et al.,U.S.Department of Health and Human Services,(1983);及びChothia and Lesk,J.Mol.Biol.,196:901-917(1987)を参照、それらは、参照することによってそれらの全体が本明細書に援用される)。
当該技術分野内で使用される及び/または許容される用語の定義が2つ以上のある事例において、本明細書において使用される用語の定義は、相反することが明示的に述べられない限り、かかる意味をすべて含むように意図される。具体的な例は、重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドの両方の可変領域内で見出される連続していない抗原結合部位を記載する、「相補性決定領域」(「CDR」)という用語の使用である。これらの特定の領域は、例えばKabat et al.,U.S.Dept.of Health and Human Services,“Sequences of Proteins of Immunological Interest”(1983)及びChothia et al.,J.Mol.Biol.196:901-917(1987)(それらは参照することによって本明細書に援用される)によって記載された。Kabat及びChothiaの定義は、互いに比較した場合に、アミノ酸のオーバーラップまたはサブセットを含む。それにもかかわらず、抗体またはそのバリアントのCDRを指す、いずれかの定義(または当業者に公知の他の定義)の適用も、別段の指示のない限り、本明細書において定義及び使用される用語の範囲内であることが意図される。上で引用される参照の各々によって定義されるCDRを網羅する適切なアミノ酸が、比較として、表1中で以下に示される。特定のCDRを網羅する正確なアミノ酸番号は、CDRの配列及びサイズに依存して変動するだろう。当業者は、抗体の可変領域アミノ酸配列を考慮して、どのアミノ酸が特定のCDRを構成するかをルーチンに決定することができる。
Figure 2024508709000002
抗体可変ドメインは、CDRを含む可変領域セグメントを特定するために、例えばIMGT information system(imgt_dot_cines_dot_fr/)(IMGT(登録商標)/V-Quest)を使用しても分析され得る(例えばBrochet et al.,Nucl.Acids Res.,36:W503-508,2008を参照)。
Kabat et al.は、任意の抗体へ適用可能な可変領域及び定常領域の配列についてのナンバリングシステムも定義した。当業者は、配列それ自体を超えて任意の実験データに頼ること無しに、「Kabatのナンバリング」のこのシステムを、任意の可変領域配列に明確に割り当てることができる。本明細書において使用される時、「Kabatのナンバリング」は、Kabat et al.,U.S.Dept.of Health and Human Services,“Sequence of Proteins of Immunological Interest”(1983)によって示されるナンバリングシステムを指す。しかしながらKabatのナンバリングシステムの使用が明示的に指示されない限り、本開示におけるすべてのアミノ酸配列について、通しのナンバリングが使用される。
ヒトIgM定常ドメインについてのKabatのナンバリングシステムは、Kabat,et al.“Tabulation and Analysis of Amino acid and nucleic acid Sequences of Precursors,V-Regions,C-Regions,J-Chain,T-Cell Receptors for Antigen,T-Cell Surface Antigens,β-2 Microglobulins,Major Histocompatibility Antigens,Thy-1,Complement,C-Reactive Protein,Thymopoietin,Integrins,Post-gamma Globulin,α-2 Macroglobulins,and Other Related Proteins,”U.S.Dept.of Health and Human Services(1991)中で見出され得る。IgM定常領域は、逐次的に(すなわちアミノ酸#1は定常領域の第1のアミノ酸で開始する)、またはKabat付番スキームの使用によって、付番され得る。ヒトIgM定常領域の2つの対立遺伝子の、逐次的付番(配列番号1(対立遺伝子IGHM*03)及び配列番号2(対立遺伝子IGHM*04)として本明細書において提示される)及びKabatシステムによる付番の比較は、以下に記載される。下線が引かれたアミノ酸残基は、Kabatシステムにおいて考慮されない(以下で二重下線が引かれた
Figure 2024508709000003
は、セリン(S)(配列番号1)またはグリシン(G)(配列番号2)であり得る)。
Figure 2024508709000004
結合分子(例えば抗体、抗体様分子、抗原結合断片、それらのバリアントもしくは誘導体、及び/またはそれらの多量体化断片)としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体、一本鎖抗体、エピトープ結合断片(例えばFab、Fab’、及びF(ab’)、Fd、Fvs、一本鎖Fvs(scFv)、一本鎖抗体、ジスルフィドで連結されたFvs(sdFv)、VLまたはVHのドメインを含む断片、Fab発現ライブラリーによって産生された断片)が挙げられるがこれらに限定されない。scFv分子は、例えば特許第5,892,019号中で記載される。
「特異的に結合する」は、概して、結合分子(例えば抗体または抗体様分子)が、その抗原結合ドメインを介してエピトープへ結合し、結合が、抗原結合ドメインとエピトープとの間の何らかの相補性を引き起こすことが意味される。この定義によれば、結合分子が、ランダムで無関係なエピトープへ結合するよりも容易に、当該結合分子の抗原結合ドメインを介してエピトープへ結合する場合に、結合分子(例えば抗体または抗体様分子)は、そのエピトープへ「特異的に結合する」と表現される。「特異性」という用語は、本明細書において、ある特定の結合分子がある特定のエピトープへ結合する相対的親和性を定性化するのに使用される。例えば、結合分子「A」は、結合分子「B」よりも所与のエピトープについて高い特異性を有すると見なされ得るか、または、結合分子「A」は、関連するエピトープ「D」よりも高い特異性でエピトープ「C」へ結合すると表現され得る。
結合分子(例えば本明細書において開示される抗体または抗体様分子)は、5×10-2-1、10-2-1、5×10-3-1、10-3-1、5×10-4-1、10-4-1、5×10-5-1、10-5-1、5×10-6-1、10-6-1、5×10-7-1、または10-7-1以下のオフレート(k(off))で、標的抗原と結合すると表現され得る。
結合分子(例えば本明細書において開示される抗体または抗体様分子)は、10-1-1、5×10-1-1、10-1-1、5×10-1-1、10-1-1、5×10-1-1、10-1-1、5×10-1-1、または10-1-1以上のオンレート(k(on))で、標的抗原と結合すると表現され得る。
結合分子(例えば抗体または抗体様分子)が、参照抗体または抗原結合断片のエピトープへの結合をある程度まで遮断する程度に、そのエピトープへ優先的に結合するならば、参照抗体または抗体様分子の所与のエピトープへの結合を競合的に阻害すると表現される。競合的阻害は、当技術分野において公知の任意の方法(例えば競合ELISAアッセイまたはOCTETアッセイ)によっても決定され得る。結合分子は、参照抗体または抗体様分子の所与のエピトープへの結合を、少なくとも90%、少なくとも80%、少なくとも70%、少なくとも60%、または少なくとも50%競合的に阻害すると表現され得る。
本明細書において使用される時、「親和性」という用語は、1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば抗体または抗体様分子の)と個別のエピトープの結合の強度の尺度を指す。例えばHarlow et al.,Antibodies:A Laboratory Manual,(Cold Spring Harbor Laboratory Press,2nd ed.1988)の27~28ページを参照されたい。本明細書において使用される時、「アビディティー」という用語は、抗原結合ドメインの集団と抗原との間の複合体の全体的な安定性を指す。例えばHarlowの29~34ページを参照されたい。アビディティーは、特異的エピトープと集団中の個別の抗原結合ドメインの親和性、ならびに免疫グロブリン及び抗原の価数の両方に関連する。例えば、二価モノクローナル抗体と高度に反復するエピトープ構造(ポリマー等)を備えた抗原との間の相互作用は、高いアビディティーの1つであるだろう。同様に、4、8、10または12の価数を有する多量体抗体と特異的エピトープの集団との相互作用は、高いアビディティーの1つであるだろう。二価モノクローナル抗体と細胞表面上に高密度で存在する受容体との間の相互作用も、高いアビディティーであるだろう。
結合分子(例えば本明細書において開示される抗体、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体)は、それらの交差反応性に関しても記載または規定され得る。本明細書において使用される時、「交差反応性」という用語は、1つの抗原について特異的な結合分子(例えば抗体、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体)が第2の抗原と反応する能力を指し、2つの異なる抗原性物質間の相関性の尺度である。したがって、結合分子が、結合分子の形成を誘導したエピトープ以外のエピトープへ結合するならば、交差反応性である。交差反応性エピトープは、概して誘導性エピトープと同じ相補的構造の特色の多くを含有し、いくつかの事例において、実際にオリジナルのものよりも良好に適合し得る。
結合分子(例えば抗体、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体)は、それらの抗原への結合親和性に関しても記載または規定され得る。例えば、結合分子は、5×10-2M、10-2M、5×10-3M、10-3M、5×10-4M、10-4M、5×10-5M、10-5M、5×10-6M、10-6M、5×10-7M、10-7M、5×10-8M、10-8M、5×10-9M、10-9M、5×10-10M、10-10M、5×10-11M、10-11M、5×10-12M、10-12M、5×10-13M、10-13M、5×10-14M、10-14M、5×10-15M、または10-15M以下の解離定数またはKDで、抗原へ結合し得る。
単独で、あるいは以下、すなわちヒンジ領域、CH1、CH2、CH3、もしくはCH4ドメイン、J鎖、または分泌成分うちの1つまたは複数と組み合わせて存在し得る、本明細書に提供される「結合分子または抗体の抗原結合断片」(一本鎖抗体または他の抗原結合ドメインを包含する)。また、ヒンジ領域、CH1、CH2、CH3、もしくはCH4ドメイン、J鎖、または分泌成分のうちの1つもしくは複数と、抗原に結合するのに十分な可変領域(複数可)との任意の組み合わせを含み得る抗原結合断片も含まれる。結合分子(例えば抗体または抗体様分子)は、鳥類及び哺乳動物を包含する任意の動物起源からものであり得る。抗体は、例えばヒト、マウス、ロバ、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ラマ、ウマ、またはニワトリの抗体であり得る。別の実施形態において、可変領域は、軟骨魚類(condricthoid)起源(例えばサメから)であり得る。本明細書において使用される時、「ヒト」抗体は、ヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を有する抗体を包含し、ヒト免疫グロブリンライブラリーから、または1つまたは複数のヒト免疫グロブリンについての遺伝子導入動物から単離された抗体を包含し、下で及び例えばKucherlapati et al.による米国特許第5,939,598号中で記載されるように、いくつかの実例において内在性免疫グロブリンを発現することができ、そして発現しないこともある。本開示の実施形態によれば、本明細書において提供されるIgM、またはIgM様抗体もしくはIgM由来結合分子は、IgMまたはIgM様抗体が多量体(例えば六量体または五量体)を形成することが可能な限り、抗体(例えばscFv)の抗原結合断片を包含し得る。
本明細書において使用される時、「重鎖サブユニット」という用語は、免疫グロブリン重鎖に由来するアミノ酸配列を含む。重鎖サブユニットを含む結合分子(例えば抗体または抗体様分子)は、VHドメインと、CH1ドメイン、ヒンジ(例えば上部、中央、及び/または下部のヒンジ領域)ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、CH4ドメイン、μテールピース(μtp)、またはそれらのバリアントもしくは断片のうちの1つもしくは複数とを含み得る。例えば、結合分子(例えば抗体、抗体様分子、またはそれらの断片、バリアント、もしくは誘導体)は、VHドメインに加えて、1つまたは複数の抗体アイソタイプ及び/または種のCH1ドメイン、ヒンジ、CH2ドメイン、CH3ドメイン、CH4ドメイン、またはμテールピース(μtp)の任意の組み合わせを限定されずに含み得る。ある特定の実施形態において、結合分子(例えば抗体、抗体様分子、またはそれらの断片、バリアント、もしくは誘導体)は、VHドメインに加えて、CH1ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、CH4ドメイン、μテールピース(μtp)ドメイン及びJ鎖の1つもしくは複数(IgMの場合)、またはCH1ドメイン、ヒンジ領域、CH2ドメイン、CH3ドメイン、αテールピース(αtp)ドメイン及びJ鎖の1つもしくは複数(IgAの場合)を含み得る。さらに、本開示において提供される結合分子(例えば抗体または抗体様分子)は、ある特定の定常領域部分(例えば、CH1ドメイン、ヒンジ、CH2ドメインまたはCH3ドメインのすべてまたは一部分)を欠如し得る。これらのドメイン(例えば重鎖サブユニット)は、それらは元の免疫グロブリン分子からアミノ酸配列が変動するように修飾され得る。本開示の実施形態によれば、本明細書において提供されるIgMまたはIgM様抗体は、IgMまたはIgM様抗体が多量体(例えば六量体または五量体)を形成することを可能にするように、IgM重鎖定常領域の十分な部分を含む(例えばIgM重鎖定常領域は、IgM重鎖定常領域の「多量体化断片」を含む)。
本明細書において使用される時、「軽鎖サブユニット」という用語は、免疫グロブリン軽鎖に由来するアミノ酸配列を含む。軽鎖サブユニットは少なくともVLを含み、CL(例えばCκまたはCλ)ドメインをさらに含み得る。
結合分子(例えば抗体、抗体様分子、抗原結合断片、それらのバリアントもしくは誘導体、またはそれらの多量体化断片)は、それらが認識または特異的に結合する、抗原のエピトープ(複数可)または部分(複数可)に関して記載または規定され得る。抗体の抗原結合ドメインと特異的に相互作用する標的抗原の部分は、「エピトープ」または「抗原決定基」である。標的抗原は単一のエピトープまたは2つ以上のエピトープを含み、抗原のサイズ、立体配座、及びタイプに依存して、任意の数のエピトープを含み得る。
本明細書において使用される時、「ヒンジ領域」という用語は、IgG、IgA、及びIgD重鎖中でCH1ドメインをCH2ドメインへ繋ぐ重鎖分子の部分を含む。このヒンジ領域は、およそ25のアミノ酸を含み、柔軟であり、したがって2つのN末端抗原結合領域が独立して動くことを可能にする。
本明細書において使用される時、「ジスルフィド結合」という用語は、2つの硫黄原子の間に形成された共有結合を包含する。アミノ酸システインはチオール基を含み、当該チオ―ル基は、第2のチオール基とのジスルフィド結合または架橋を形成し得る。
本明細書において使用される時、「キメラ抗体」という用語は、免疫反応性の領域または部位が第1の種から得られるかまたはそれに由来し、定常領域(インタクト、部分的、修飾されたものであり得る)が第2の種から得られる抗体を指す。いくつかの実施形態において、標的結合領域または標的結合部位は、非ヒト供給源(例えばマウスまたは霊長動物)からであり、定常領域はヒトである。
「多重特異性抗体」または「二重特異性抗体」という用語は、単一の抗体分子内の2つ以上の異なるエピトープに対する抗原結合ドメインを有する抗体または抗体様分子を指す。カノニカルな抗体構造に加える他の結合分子が、2つの結合特異性により構築され得る。
本明細書において使用される時、「操作された抗体」という用語は、重鎖及び軽鎖または両方のいずれかの可変ドメインが、少なくともCDRまたはフレームワーク領域のいずれか中の1つまたは複数のアミノ酸の部分的な置き換えによって変更される抗体を指す。ある特定の実施形態において、既知の特異性の抗体からの全体のCDRが、異種抗体のフレームワーク領域の中へグラフトされ得る。代替CDRは、フレームワーク領域が由来する抗体と同じクラスまたは場合によっては同じサブクラスの抗体に由来し得るが、CDRは、異なるクラスの抗体に(例えば異なる種からの抗体に)も由来し得る。既知の特異性の非ヒト抗体からの1つまたは複数の「ドナー」CDRが、ヒト重鎖または軽鎖のフレームワーク領域の中へグラフトされる、操作された抗体は、本明細書において「ヒト化抗体」と称される。ある特定の実施形態において、すべてのCDRがドナー可変領域からの完全なCDRにより置き換えられるとは限らないが、それでもなおドナーの抗原結合能力は、レシピエントの可変ドメインへ移行させられ得る。ヒト化の例示的な方法は、米国特許第5,585,089号、同第5,693,761号、同第5,693,762号、及び同第6,180,370号に記載されている。
本明細書において使用される時、「操作された」という用語は、合成手段による(例えば組み換え技法、インビトロのペプチド合成、ペプチド、核酸、もしくはグリカンの酵素的または化学的なカップリング、またはこれらの技法のうちのいくつかの組み合わせによる)、核酸分子またはポリペプチド分子の処理を包含する。
本明細書において使用される時、「連結された」、「融合された」、もしくは「融合」という用語、または他の文法上の同等語は、互換的に使用され得る。これらの用語は、化学的コンジュゲーションまたは組み換え手段を含む任意の手段によって、2つ以上のエレメントまたは構成要素を一緒に繋ぐことを指す。「インフレームの融合」は、元のORFの翻訳のリーディングフレームを維持する様式で、2つ以上のポリヌクレオチドのオープンリーディングフレーム(ORF)を繋いで、連続的なより長いORFを形成することを指す。したがって、組み換え融合タンパク質は、元のORFによってコードされたポリペプチドに対応する2つ以上のセグメント(これらのセグメントは通常は天然でそのように繋がれない)を含有する単一のタンパク質である。リーディングフレームは、融合されたセグメントを通してこのように連続的にされるが、セグメントは、例えばインフレームのリンカー配列によって物理的または空間的に分離され得る。例えば、免疫グロブリン可変部領域のCDRをコードするポリヌクレオチドは、インフレームで融合され得るが、「融合」CDRが連続的なポリペプチドの一部分として共翻訳される限り、少なくとも1つの免疫グロブリンフレームワーク領域または追加のCDR領域をコードするポリヌクレオチドによって分離され得る。「会合した」という用語、及びその文法的に等価な語は、一緒に機能し、結び付けられ得るまたは融合され得るにもかかわらずいかなる特定の方法でも連結されずに近傍に存在するものであり得、例えばトランスで相互作用している、2つ以上の要素の相互作用を指す。
ポリペプチドの文脈において、「線状配列」または「配列」は、アミノ末端からカルボキシル末端への方向でのポリペプチド中のアミノ酸の順序であり、配列中で互いに隣り合うアミノ酸はポリペプチドの一次構造において連続する。ポリペプチドの別の部分に対して「アミノ末端」または「N末端」であるポリペプチドの部分は、連続するポリペプチド鎖において先に現れる部分である。同様に、ポリペプチドの別の部分に対して「カルボキシ末端」または「C末端」であるポリペプチドの部分は、連続するポリペプチド鎖において後に現れる部分である。例えば典型的な抗体において、可変ドメインは定常領域に対して「N末端」であり、定常領域は可変ドメインに対して「C末端」である。
「発現」という用語は、本明細書において使用される時、遺伝子が生化学物質(例えばポリペプチド)を産生するプロセスを指す。当該プロセスは、細胞内の遺伝子の機能的存在の任意の現れ(遺伝子ノックダウン、そして一過性発現及び安定的発現の両方が限定されずに挙げられる)を包含する。当該プロセスは、RNA(例えばメッセンジャーRNA(mRNA))への遺伝子の転写、及びポリペプチド(複数可)へのかかるmRNAの翻訳を限定されずに包含する。最終的な所望の産物が生化学物質であるならば、発現はその生化学物質及び任意の前駆体の生成を包含する。遺伝子の発現は「遺伝子産物」を産生する。本明細書において使用される時、遺伝子産物は、遺伝子の転写によって産生される核酸(例えばメッセンジャーRNA)、または転写物からの翻訳されるポリペプチドのいずれかであり得る。本明細書において記載される遺伝子産物としては、転写後修飾(例えばポリアデニル化)の有る核酸、または翻訳後修飾(例えばメチル化、糖鎖付加、脂質の添加)の有るポリペプチド、他のタンパク質サブユニットとの会合、タンパク質分解性切断等がさらに挙げられる。
「治療する」もしくは「治療」もしくは「治療すること」または「緩和する」もしくは「緩和すること」等の用語は、既存の診断された疾患、病理学的状態、または障害を、治癒する、減速する、それらの症状を軽減する、及び/またはそれらの進行もしくは減速を停止する、治療的処置を指す。「防止する」、「防止」、「回避する」、「制止」等の用語、及び同種のものは、診断されていない標的とされる疾患、病理学的状態、または障害の発症を防止する、予防的または防止的な措置を指す。したがって、「治療を必要とする対象」としては、既に疾患、病状の有る対象が挙げられ得る。「防止を必要とする対象」という用語の場合は、疾患、病状または障害を有する傾向のある対象、及び疾患、病状または障害が防止される対象である。
本明細書において使用される時、「血清半減期」または「血漿内半減期」という用語は、投与後にタンパク質または薬物(例えば本明細書において記載される結合分子、抗体または抗体様分子等)の血清または血漿中の濃度が50%低減するのにかかる時間(例えば分、時間または日で)を指す。以下の2つの半減期が記載され得る。アルファ半減期、α半減期、またはt1/2αは、中央コンパートメント(例えば静脈内送達の場合は血液)から末梢コンパートメント(例えば組織または器官)への薬物再分布のプロセスに起因する血漿濃度の低下の速度であり、ベータ半減期、β半減期、またはt1/2βは、排泄または代謝のプロセスに起因する低下の速度である。
本明細書において使用される時、「血漿薬物濃度-時間曲線下面積」または「AUC」という用語は、ある用量の薬物の投与後の薬物への実際の身体曝露を反映し、mg*h/Lで表現される。この曲線下面積は、時間0(t)から無限大(∞)まで測定され、身体からの薬物の排出の速度及び投与された用量に依存する。
本明細書において使用される時、「平均滞留時間」または「MRT」という用語は、薬物が身体中に残存する時間の平均長を指す。
「対象」または「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳動物」は、診断、予後、または治療が所望される任意の哺乳動物の対象を意味する。哺乳動物の対象としては、ヒト、飼育動物、家畜、及び動物園の動物、スポーツ用の動物、または愛玩動物(イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ブタ、ウシ、クマ等)が挙げられる。
抗CD123抗原結合ドメイン
本明細書に提供されるのは、CD123へ特異的に結合する抗原結合ドメインを含む、抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体であって、抗原結合ドメインが、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、VH及びVLがそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79、配列番号77及び配列番号79、配列番号78及び配列番号79、配列番号80及び配列番号83、配列番号81及び配列番号83、ならびに配列番号82及び配列番号83を含む、当該抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体である。
ある特定の実施形態では、上記に提供される抗原結合ドメインは、Fv断片、例えば、一本鎖Fv断片(scFv)またはジスルフィド結合Fv断片(sdFv)である。ある特定の実施形態では、上記に提供される抗原結合ドメインはscFvである。
ある特定の実施形態では、上記に提供される抗原結合ドメインは、本明細書の他の箇所で記載されているように、抗体 抗体様分子の中に含まれている。いくつかの実施形態では、上記に提供される抗原結合ドメインは、抗体または抗体様分子の中に含まれており、抗体または抗体様分子は、多重特異性、例えば二重特異性、三重特異性または四重特異性である。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される多重特異性抗体または抗体様分子は、CD123へ、及びエフェクター細胞上の標的、例えばCD16またはCD3へ、特異的に結合する。
ある特定の実施形態では、抗体または抗体様分子は、2つの抗原結合ドメインを含む二価結合単位を含み、少なくとも1つの抗原結合ドメインはCD123へ特異的に結合する。この実施形態によれば、結合単位は2つの重鎖を含み、当該2つの重鎖の各々が重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、結合単位の少なくとも1つの重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは、抗原結合ドメインの提供されるVHのコピーと会合、例えば融合される。ある特定の実施形態では、結合単位の重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは両方とも、抗原結合ドメインの提供されるVHのコピーと会合、例えば融合される。ある特定の実施形態では、重鎖は、IgG重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含む。様々なIgG重鎖定常領域及びその断片もしくはバリアントが知られており、例えば、Kang,et al.,2019,Experimental & Molecular Medicine,51:1-9、Brezski,et al.,2016,Current Opinion in Immunology,40:62-69、Okazaki,et al.,2004,Journal of Molecular Biology,336(5):1239-1249、Kang,et al.,2019,Front.Immunol.,10(562):1-11、及びSaxena,et al.,2016,Front.Immunol.,7(580):1-11に記載されているものが挙げられる。ある特定の実施形態では、二価結合単位は2つの軽鎖をさらに含み、当該2つの軽鎖の各々が軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態では、少なくとも1つの軽鎖定常領域は、抗原結合ドメインの提供されるVLのコピーへ融合される。ある特定の実施形態では、二価結合単位は、完全抗体、例えば完全IgG抗体またはF(ab’)2断片を含む。ある特定の実施形態では、結合単位の軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは両方とも、抗原結合ドメインの提供されるVLのコピーに融合される。ある特定の実施形態では、二価結合単位は、完全抗体、例えば、完全IgG抗体またはF(ab’)2断片を含む。ある特定の実施形態では、二価結合単位は、完全抗体、例えば完全IgG重鎖定常領域を含む。ある特定の実施形態では、二価結合単位は、ヒトIgG抗体、その断片もしくは誘導体である。
ある特定の実施形態では、提供される抗原結合ドメインは、2、5または6個の二価結合単位を含む多量体抗体または抗体様分子の中に含まれており、抗体は、4、8、10または12個の抗原結合ドメインを含む。ある特定の実施形態では、抗原結合ドメインの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個は、CD123へ特異的に結合する。本明細書に提供される場合、抗原結合ドメインの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個は、本明細書に提供されるVH及びVLアミノ酸配列を含む。これらの実施形態によれば、各結合単位は2つの重鎖を含み、当該2つの重鎖の各々が、IgAもしくはIgM定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、結合単位の重鎖定常領域の少なくとも1つは、提供される抗原結合ドメインの提供されるVHのコピーと会合、例えば融合される。ある特定の実施形態では多量体抗体または抗体様分子はヒト抗体である。
ある特定の実施形態では、提供される多量体抗体または抗体様分子は二量体または四量体であり、2つの二価IgA結合単位、及びJ鎖またはその機能性断片もしくはバリアントを含み、各結合単位は、2つのIgA重鎖定常領域、例えばIgA1もしくはIgA2重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態では、二量体または四量体抗体または抗体様分子は、分泌成分またはその断片もしくはバリアントをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、IgA重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントの各々はCα3ドメイン及びαテールピース(αtp)ドメインを含み、Cα1ドメイン、Cα2ドメイン、IgAヒンジ領域またはそれらの任意の組み合わせをさらに含み得る。
ある特定の実施形態では、提供される多量体抗体または抗体様分子は六量体または五量体であり、かつ5または6個の二価IgM結合単位を含み、各結合単位は2つのIgM重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態では、IgM重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントの各々は、Cμ4ドメイン及びμテールピース(μtp)ドメインドメイン、またはその断片もしくはバリアントを含み、Cμ1ドメイン、Cμ2ドメイン、Cμ3ドメインまたはそれらの任意の組み合わせをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、多量体抗体または抗体様分子は五量体であり、かつJ鎖またはその機能性断片もしくはその機能性バリアントをさらに含む。ある特定の実施形態では、各結合単位は2つの軽鎖をさらに含み、当該2つの軽鎖の各々が軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の軽鎖定常領域は抗原結合ドメインの提供されるVLのコピーへ融合される。ある特定の実施形態では、多量体抗体または抗体様分子はヒト抗体である。
本明細書に提供される抗体または抗体様分子は、ある特定の実施形態では、多重特異性であり得る。
ある特定の実施形態では、提供される抗原結合ドメイン、あるいは抗原結合ドメインを含む抗体またはその断片もしくは誘導体、抗体様分子は、ヒトCD123へ特異的に結合し得る。ある特定の実施形態では、提供される抗原結合ドメイン、あるいは抗原結合ドメインを含む抗体または断片もしくは誘導体は、500nM、100nM、50.0nM、40.0nM、30.0nM、20.0nM、10.0nM、9.0nM、8.0nM、7.0nM、6.0nM、5.0nM、4.0nM、3.0nM、2.0nM、1.0nM、0.50nM、0.10nM、0.050nM、0.01nM、0.005nMまたは0.001nM以下の解離定数KDによって特徴づけられる親和性でCD123へ結合し、CD123はヒトCD123である。
IgM抗体、IgM様抗体、及びIgM由来結合分子
IgMは、抗原による刺激に応答してB細胞によって産生される第1の免疫グロブリンであり、天然では血清中におよそ1.5mg/mlで存在し、半減期は約5日である。IgMは、五量体または六量体の分子であり、したがって5または6の結合単位を含む。IgM結合単位は、典型的には2つの軽鎖及び2つの重鎖を含む。IgG重鎖定常領域は3つの重鎖定常ドメイン(CH1、CH2、及びCH3)を含有するが、IgMの重鎖(μ)定常領域は第4の定常ドメイン(CH4)を追加で含有し、C末端のμ「テールピース」(μtp)を含む。複数のヒト対立遺伝子が存在するが、ヒトIgM定常領域は、典型的にはアミノ酸配列である配列番号1(IMGT対立遺伝子IGHM*03、例えばGenBankアクセッション番号pir||S37768に同一)または配列番号2(IMGT対立遺伝子IGHM*04、例えばGenBankアクセッション番号sp|P01871.4に同一)を含む。ヒトCμ1領域は、配列番号1または配列番号2のアミノ酸約5~約アミノ酸102の範囲であり、ヒトCμ2領域は、配列番号1または配列番号2のアミノ酸約114~約アミノ酸205の範囲であり、ヒトCμ3領域は、配列番号1または配列番号2のアミノ酸約224~約アミノ酸319の範囲であり、Cμ4領域は、配列番号1または配列番号2のアミノ酸約329~約アミノ酸430の範囲であり、テールピースは、配列番号1または配列番号2のアミノ酸約431~約アミノ酸453の範囲である。
多少の配列変動の有るヒトIgM定常領域の他の形態が存在し、GenBankアクセッション番号CAB37838.1及びpir||MHHUが限定されずに挙げられる。配列番号1または配列番号2に対応する位置でのアミノ酸の置換、挿入、及び/または欠失は、本開示中の他の箇所で記載及び請求される代替ヒトIgM配列の中へ、そして他の種のIgM定常領域アミノ酸配列の中へ同様に取り込まれ得る。
各々のIgM重鎖定常領域は、抗原結合ドメイン(例えばscFv)または抗原結合ドメインのサブユニット(例えばVH領域)と会合する。
5つのIgM結合単位は、追加の小さなポリペプチド鎖(J鎖)、またはその機能的断片、バリアント、もしくは誘導体と複合体を形成して、五量体のIgM抗体またはIgM様抗体を形成し得る。ヒトJ鎖の前駆体形態は、配列番号1として示される。シグナルペプチド(下線が引かれている)は、配列番号1のアミノ酸1から約アミノ酸22へ伸長し、成熟ヒトJ鎖は、配列番号1の約アミノ酸23からアミノ酸159へ伸長する。成熟ヒトJ鎖はアミノ酸配列である配列番号2を有する。
例示的なバリアント及び修飾J鎖は、本明細書の他の箇所で提供される。J鎖が無いと、IgM抗体またはIgM様抗体は、典型的には、6つの結合単位及び最大12の結合単位に会合された抗原結合ドメインを含む六量体へと組み立てられる。J鎖が有ると、J鎖が、例えば追加のJ鎖会合抗原結合ドメイン(複数可)であり得る1つまたは複数の異種ポリペプチドを含む修飾J鎖であるならば、IgM抗体またはIgM様抗体は、典型的には、5つの結合単位及び最大10の結合単位またはそれ以上に会合された抗原結合ドメインを含む五量体へと組み立てられる。五量体または六量体のIgM抗体またはIgM様抗体への5または6のIgM結合単位の集合は、Cμ4及びμテールピースドメイン間の相互作用が関与すると考えられる。例えばBraathen,R.,et al.,J.Biol.Chem.277:42755-42762(2002)を参照されたい。したがって、本開示において提供される五量体または六量体のIgM抗体の定常領域または抗体様分子は、典型的には、少なくともCμ4及び/またはμテールピースドメインを含む。IgM重鎖定常領域の「多量体化断片」は、したがって少なくともCμ4ドメイン及びμtpドメインを含む。IgM重鎖定常領域は、Cμ3ドメインもしくはその断片、Cμ2ドメインもしくはその断片、及び/またはCμ1ドメインもしくはその断片を追加で含み得る。ある特定の実施形態において、結合分子(例えば本明細書において提供されるIgM抗体またはIgM様抗体)は、完全なIgM重(μ)鎖定常ドメイン(例えば配列番号1、配列番号2)、または例えば本明細書において提供されるそれらの多量体化バリアント、誘導体、もしくは類似体を含み得る。
ある特定の実施形態において、本開示は、5つの二価結合単位を含む五量体のIgMまたはIgM様抗体を提供し、各々の結合単位は、2つのIgM重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、当該IgM重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントの各々が、抗原結合ドメインまたは抗原結合ドメインのサブユニットと会合する。ある特定の実施形態において、2つのIgM重鎖定常領域は、ヒト重鎖定常領域である。
本明細書において提供されるIgMまたはIgM様抗体が五量体である場合に、IgMまたはIgM様抗体は、典型的にはJ鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントをさらに含む。いくつかの実施形態において、J鎖は、異種部分、例えばJ鎖会合抗原結合ドメインを含む、修飾J鎖である。ある特定の実施形態では、J鎖会合抗原結合ドメインは、免疫エフェクター細胞(例えばCD8+細胞傷害性T細胞またはNK細胞)へ特異的に結合する。ある特定の実施形態において、修飾J鎖は、それへ付加された1つまたは複数の異種部分(例えば免疫刺激剤)を含む。ある特定の実施形態において、J鎖は、本開示の他の箇所で論じられるように、本明細書において提供されるIgMまたはIgM様抗体の血清半減期に影響する(例えば向上させる)ように変異され得る。ある特定の実施形態において、J鎖は、本開示中の他の箇所で論じられるように、糖鎖付加に影響するように変異され得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるIgMまたはIgM様抗体は六量体であり、6つの二価結合単位を含む。いくつかの実施形態において、各々の結合単位は、2つのIgM重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む。
IgM重鎖定常領域は、Cμ1ドメインまたはその断片もしくはバリアント、Cμ2ドメインまたはその断片もしくはバリアント、Cμ3ドメインまたはその断片もしくはバリアント、Cμ4ドメインまたはその断片もしくはバリアント、及び/またはμテールピース(μtp)またはその断片もしくはバリアントのうちの1つまたは複数を含み得るが、但し、定常領域は、例えば第2のIgM定常領域と会合して1、2、もしくはそれ以上の抗原結合ドメイン(複数可)を備えた結合単位を形成して、及び/または他の結合単位と会合して(及び五量体の事例において、J鎖)六量体もしくは五量体を形成して、IgMまたはIgM様抗体において所望の機能を供することができる。ある特定の実施形態において、個別の結合単位内の2つのIgM重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントは各々、Cμ4ドメインまたはその断片もしくはバリアント、μテールピース(μtp)またはその断片もしくはバリアント、あるいはCμ4ドメイン及びμtp、またはそれらの断片もしくはバリアントの組み合わせを含む。ある特定の実施形態において、個別の結合単位内の2つのIgM重鎖定常領域、またはその断片もしくはバリアントは各々、Cμ3ドメイン、またはその断片もしくはバリアント、Cμ2ドメイン、またはその断片もしくはバリアント、Cμ1ドメイン、またはその断片もしくはバリアント、あるいはそれらの任意の組み合わせをさらに含む。
いくつかの実施形態において、IgMまたはIgM様抗体の結合単位は、2つの軽鎖を含む。いくつかの実施形態において、IgMまたはIgM様抗体の結合単位は、2つの軽鎖の断片を含む。いくつかの実施形態において、軽鎖は、κ軽鎖である。いくつかの実施形態において、軽鎖は、λ軽鎖である。いくつかの実施形態において、軽鎖は、ハイブリッドκ及びλ軽鎖である。いくつかの実施形態において、各々の結合単位は、免疫グロブリン軽鎖定常領域に対してアミノ末端に位置するVLを各々含む2つの免疫グロブリン軽鎖を含む。
向上した血清半減期を備えた、IgM抗体、IgM様抗体、及びIgM由来結合分子
本明細書において提供されるある特定のIgM由来の多量体結合分子、例えば抗体または抗体様分子は、向上した血清半減期を有するように修飾され得る。IgM由来結合分子の血清半減期を向上させ得る例示的なIgM重鎖定常領域の変異は、米国特許第10,899,835号中で開示され、それは、参照することによってその全体が本明細書に援用される。例えば、本明細書において提供されるIgM由来結合分子のバリアントIgM重鎖定常領域は、野生型ヒトIgM定常領域(例えば配列番号1または配列番号2)のアミノ酸S401、E402、E403、R344、及び/またはE345に対応するアミノ酸位置でのアミノ酸置換を含み得る。「野生型ヒトIgM定常領域のアミノ酸S401、E402、E403、R344、及び/またはE345に対応するアミノ酸」は、ヒトIgM定常領域中のS401、E402、E403、R344、及び/またはE345に相同である、任意の種のIgM定常領域の配列中のアミノ酸を意味する。ある特定の実施形態において、配列番号1または配列番号2のS401、E402、E403、R344、及び/またはE345に対応するアミノ酸は、任意のアミノ酸(例えばアラニン)により置換され得る。
低減したCDCの活性を備えた、IgM抗体、IgM様抗体、及びIgM由来結合分子
本明細書において提供されるある特定のIgM由来の多量体結合分子、例えば抗体または抗体様分子は、低減したCDCの活性を付与する変異を除いて同一である対応する参照ヒトIgM定常領域の有る参照IgM抗体またはIgM様抗体に比べて、補体の存在下において細胞への低減した補体依存性細胞傷害(CDC)活性を示すように操作され得る。これらのCDCの変異は、本明細書において提供される、N結合型糖鎖付加を遮断する、及び/または増加した血清半減期を付与する変異のうちの任意のものとも組み合わせられ得る。「対応する参照ヒトIgM定常領域」は、CDCの活性に影響する定常領域中の修飾(複数可)を除いて、バリアントIgM定常領域に同一であるヒトIgM定常領域またはその部分(例えばCμ3ドメイン)を意味する。ある特定の実施形態において、バリアントヒトIgM定常領域は、例えば米国特許出願公開第US2021-0147567号(それは、参照することによってその全体が本明細書に援用される)中で記載されるような、野生型ヒトIgM定常領域に比べて、例えばCμ3ドメイン中で1つまたは複数のアミノ酸置換を含む。CDCの測定のためのアッセイは当業者に周知であり、例示的なアッセイは例えば米国特許出願公開第2021-0147567号(それは、参照することによってその全体が本明細書に援用される)中で記載される。
ある特定の実施形態において、低減したCDCの活性を付与するバリアントヒトIgM定常領域は、配列番号1(ヒトIgM定常領域対立遺伝子IGHM*03)または配列番号2(ヒトIgM定常領域対立遺伝子IGHM*04)の位置L310、P311、P313、及び/またはK315での野生型ヒトIgM定常領域に対応する、アミノ酸置換を含む。ある特定の実施形態において、低減したCDCの活性を付与するバリアントヒトIgM定常領域は、配列番号1または配列番号2の位置P311での野生型ヒトIgM定常領域に対応する、アミノ酸置換を含む。他の実施形態において、本明細書において提供されるバリアントIgM定常領域は、配列番号1または配列番号2の位置P313での、野生型ヒトIgM定常領域に対応する、アミノ酸置換を含有する。他の実施形態において、本明細書において提供されるバリアントIgM定常領域は、配列番号1もしくは配列番号2の位置P311及び/または配列番号1もしくは配列番号2のP313での野生型ヒトIgM定常領域に対応する、置換の組み合わせを含有する。これらのプロリン残基は、独立して任意のアミノ酸により(例えばアラニンまたはセリンまたはグリシンにより)置換され得る。ある特定の実施形態において、低減したCDCの活性を付与するバリアントヒトIgM定常領域は、配列番号1または配列番号2の位置K315での野生型ヒトIgM定常領域に対応する、アミノ酸置換を含む。リジン残基は、独立して任意のアミノ酸により(例えばアラニン、セリン、グリシン、またはアスパラギン酸により)置換され得る。ある特定の実施形態において、低減したCDCの活性を付与するバリアントヒトIgM定常領域は、配列番号1または配列番号2の位置K315での野生型ヒトIgM定常領域に対応する、アスパラギン酸によるアミノ酸置換を含む。ある特定の実施形態において、低減したCDCの活性を付与するバリアントヒトIgM定常領域は、配列番号1または配列番号2の位置L310での野生型ヒトIgM定常領域に対応する、アミノ酸置換を含む。リジン残基は、独立して任意のアミノ酸により(例えばアラニン、セリン、グリシン、またはアスパラギン酸により)置換され得る。ある特定の実施形態において、低減したCDCの活性を付与するバリアントヒトIgM定常領域は、配列番号1または配列番号2の位置L310での野生型ヒトIgM定常領域に対応する、アスパラギン酸によるアミノ酸置換を含む。
糖修飾IgM抗体、IgM様抗体、及びIgM由来結合分子
ヒト及びある特定の非ヒト霊長動物IgM定常領域は、典型的には5つの天然に存在するアスパラギン(N)-結合型糖鎖付加モチーフまたは部位を含む。本明細書において使用される時、「N-結合型糖鎖付加モチーフ」はアミノ酸配列N-X-S/Tを含むかまたはそれからなり、配列中、Nはアスパラギンであり、Xはプロリン(P)以外の任意のアミノ酸であり、S/Tはセリン(S)またはスレオニン(T)である。グリカンは、アスパラギン残基の窒素原子に付加される。例えばDrickamer K,Taylor ME(2006),Introduction to Glycobiology(2nd ed.).Oxford University Press,USAを参照されたい。N-結合型糖鎖付加モチーフは、配列番号1または配列番号2のヒトIgM重鎖定常領域において生じ、位置46(「N1」)、209(「N2」)、272(「N3」)、279(「N4」)、及び440(「N5」)で開始する。これらの5つのモチーフは非ヒト霊長動物IgM重鎖定常領域において保存され、5つのうちの4つはマウスIgM重鎖定常領域において保存される。したがっていくつかの実施形態において、本明細書において提供される多量体結合分子のIgM重鎖定常領域は、5つのN-結合型糖鎖付加モチーフ:N1、N2、N3、N4、及びN5を含む。いくつかの実施形態において、各々のIgM重鎖定常領域上のN結合型糖鎖付加モチーフのうちの少なくとも3(例えばN1、N2、及びN3)は、複雑なグリカンによって占められる。
ある特定の実施形態において、N-X-S/Tモチーフのうちの少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4つは、そのモチーフで糖鎖付加を防止するアミノ酸の挿入、欠失、または置換を含み得る。ある特定の実施形態において、IgM由来の多量体結合分子は、モチーフN1、モチーフN2、モチーフN3、モチーフN5、またはモチーフN1、N2、N3、もしくはN5のうちの2つ以上、3以上、もしくはすべての4つの任意の組み合わせで、アミノ酸の挿入、欠失、または置換(そこで、アミノ酸の挿入、欠失、または置換はそのモチーフでの糖鎖付加を防止する)を含み得る。いくつかの実施形態において、IgM定常領域は、配列番号1(ヒトIgM定常領域対立遺伝子IGHM*03)または配列番号2(ヒトIgM定常領域対立遺伝子IGHM*04)の位置46、209、272、または440での野生型ヒトIgM定常領域に比べて、1つまたは複数の置換を含む。例えばPCT出願公開第WO2021/041250号(それは、参照することによってその全体が本明細書に援用される)を参照されたい。
IgA抗体、IgA様抗体、及びIgA由来結合分子
IgAは粘膜免疫において重要な役割を果たし、産生される総免疫グロブリンのうちの約15%を構成する。IgAは単量体または多量体であり得、主として二量体分子を形成するが、三量体、四量体、及び/または五量体としても組み立てられ得る。例えばde Sousa-Pereira,P.,and J.M.Woof,Antibodies 8:57(2019)を参照されたい。
いくつかの実施形態において、多量体結合分子は二量体であり、かつ2つの二価結合単位、またはそのバリアントもしくは断片を含む。いくつかの実施形態において、多量体結合分子は二量体または四量体であり、それぞれ2つまたは4つの二価結合単位、またはそのバリアントもしくは断片を含み、本明細書において記載されるJ鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントをさらに含む。いくつかの実施形態において、多量体結合分子は二量体であり、2つの二価結合単位、またはそのバリアントもしくは断片を含み、かつ、本明細書において記載されるJ鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントをさらに含み、各々の結合単位は、2つのIgA重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む。
いくつかの実施形態において、多量体結合分子は四量体であり、4つの二価結合単位、またはそのバリアントもしくは断片を含む。いくつかの実施形態において、多量体結合分子は四量体であり、4つの二価結合単位、またはそのバリアントもしくは断片を含み、本明細書において記載されるJ鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントをさらに含む。いくつかの実施形態において、多量体結合分子は四量体であり、4つの二価結合単位、またはそのバリアントもしくは断片を含み、本明細書において記載されるJ鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントをさらに含み、各々の結合単位は、2つのIgA重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む。
ある特定の実施形態において、本開示によって提供される多量体結合分子は、4つのIgA重鎖定常領域またはその多量体化断片を含む二量体結合分子であり、各々は、合計で4つの抗原結合ドメインで抗原結合ドメインと会合される。本明細書において提供されるように、二量体IgA抗体、IgA由来結合分子、またはIgA様抗体は、2つの結合単位、及び1つのJ鎖(例えば本明細書の他の箇所で記載されるような、CD3へ結合するscFv抗体断片を含む修飾J鎖、あるいはscFv抗体断片を含む修飾J鎖へ融合されたIL-15及び/またはIL-15受容体-αスシドメイン)を含む。提供される各々の結合単位は、2つのIgA重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態において、多量体結合分子の少なくとも3またはすべての4つの抗原結合ドメインが、同じ標的抗原へ結合する。ある特定の実施形態において、多量体結合分子の少なくとも3またはすべての4つの結合ポリペプチドは、同一である。
二価IgA由来結合単位は、2つのIgA重鎖定常領域を含み、二量体IgA由来結合分子は、2つの結合単位を含む。IgAは、以下の重鎖定常ドメイン、すなわちCα1(または代替的にCA1もしくはCH1)、ヒンジ領域、Cα2(または代替的にCA2もしくはCH2)、及びCα3(または代替的にCA3もしくはCH3)、ならびにC末端「テールピース」を含有する。ヒトIgAは、2つのサブタイプ、すなわちIgA1及びIgA2を有する。ヒトIgA1定常領域は、典型的にはアミノ酸配列である配列番号3を含む。ヒトCα1ドメインは、配列番号3のアミノ酸約6からアミノ酸約98へ伸長し、ヒトIgA1ヒンジ領域は、配列番号3のアミノ酸約102からアミノ酸約124へ伸長し、ヒトCα2ドメインは、配列番号3のアミノ酸約125からアミノ酸約219へ伸長し、ヒトCα3ドメインは、配列番号3のアミノ酸約228からアミノ酸約330へ伸長し、テールピースは、配列番号3のアミノ酸約331からアミノ酸約352へ伸長する。ヒトIgA2定常領域は、典型的にはアミノ酸配列である配列番号4を含む。ヒトCα1ドメインは、配列番号4のアミノ酸約6からアミノ酸約98へ伸長し、ヒトIgA2ヒンジ領域は、配列番号4のアミノ酸約102からアミノ酸約111へ伸長し、ヒトCα2ドメインは、配列番号4のアミノ酸約113からアミノ酸約206へ伸長し、ヒトCα3ドメインは、配列番号4のアミノ酸約215からアミノ酸約317へ伸長し、テールピースは、配列番号4のアミノ酸約318からアミノ酸約340へ伸長する。
2つのIgA結合単位が、2つの追加のポリペプチド鎖(J鎖(例えば配列番号7)及び分泌成分(前駆体は配列番号5、成熟体は配列番号5の約アミノ酸19~約アミノ酸764)と複合体を形成して、本明細書において提供される二価分泌型IgA(sIgA)由来結合分子を形成し得る。2つのIgA結合単位の二量体IgA由来結合分子への組み立ては、Cα3及びテールピースのドメインが関与していると考えられる。例えばBraathen,R.,et al.,J.Biol.Chem.277:42755-42762(2002)を参照されたい。したがって、本開示において提供される多量体化二量体IgA由来結合分子は、典型的には少なくともCα3及びαテールピースのドメインを含むIgA定常領域を含む。4つのIgA結合単位は、同様にJ鎖と四量体複合体を形成し得る。sIgA抗体も、高次多量体(例えば四量体)は形成し得る。
IgA重鎖定常領域は、Cα2ドメインもしくはその断片、IgAヒンジ領域もしくはその断片、Cα1ドメインもしくはその断片、及び/または例えばIgGヒンジ領域を含む他のIgA(または他の免疫グロブリン、例えばIgG)重鎖ドメインを追加で含み得る。ある特定の実施形態において、本明細書において提供される結合分子は、完全なIgA重(α)鎖定常ドメイン(例えば配列番号3または配列番号4)、またはそのバリアント、誘導体、もしくは類似体を含み得る。いくつかの実施形態において、IgA重鎖定常領域またはその多量体化断片は、ヒトIgA定常領域である。
ある特定の実施形態において、本明細書において提供される多量体結合分子の各々の結合単位は、2つのIgA重鎖定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、各々は、少なくともIgA Cα3ドメイン及びIgAテールピースドメインを含む。ある特定の実施形態において、IgA重鎖定常領域は各々、IgA Cα3及びIgAテールピースドメインに対してN末端に位置するIgA Cα2ドメインをさらに含み得る。例えば、IgA重鎖定常領域は、配列番号3のアミノ酸125~353または配列番号4のアミノ酸113~340を含み得る。ある特定の実施形態において、IgA重鎖定常領域は各々、IgA Cα2ドメインに対してN末端に位置するIgAまたはIgGのヒンジ領域をさらに含み得る。例えば、IgA重鎖定常領域は、配列番号3のアミノ酸102~353または配列番号4のアミノ酸102~340を含み得る。ある特定の実施形態において、IgA重鎖定常領域は各々、IgAヒンジ領域に対してN末端に位置するIgA Cα1ドメインをさらに含み得る。
いくつかの実施形態において、IgA抗体、IgA様抗体、または他のIgA由来結合分子の各々結合単位は、2つの軽鎖を含む。いくつかの実施形態において、IgA抗体、IgA様抗体、または他のIgA由来結合分子の各々結合単位は、2つの軽鎖の断片を含む。いくつかの実施形態において、軽鎖は、κ軽鎖である。いくつかの実施形態において、軽鎖は、λ軽鎖である。いくつかの実施形態において、軽鎖は、キメラのκ-λ軽鎖である。いくつかの実施形態において、各々の結合単位は、免疫グロブリン軽鎖定常領域に対してアミノ末端に位置するVLを各々含む2つの免疫グロブリン軽鎖を含む。
修飾J鎖及び/またはバリアントJ鎖
ある特定の実施形態において、本明細書において提供される多量体結合分子、例えば抗体または抗体様分子は、J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態において、本明細書において提供される多量体結合分子は、五量体IgM抗体またはIgM抗体様分子であり、J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントを含む。ある特定の実施形態において、本明細書において提供される多量体結合分子は、二量体IgA抗体またはIgA抗体様分子であり、J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントを含む。いくつかの実施形態において、多量体結合分子は、成熟ヒトJ鎖配列(例えば配列番号7)等の天然に存在するJ鎖を含み得る。いくつかの実施形態において、多量体結合分子は、天然に存在するJ鎖の機能的断片または機能的バリアントを含み得る。
ある特定の実施形態において、本明細書において提供される五量体のIgMもしくはIgM様抗体または二量体のIgAもしくはIgA様抗体のJ鎖は、IgMもしくはIgM様抗体またはIgAもしくはIgA様抗体が組み立てられ、その結合標的(複数可)へ結合する能力を妨害せずに、例えば1つの異種部分または2つ以上の異種部分(例えばポリペプチド)の導入によって修飾され得る。米国特許第9,951,134号、同第10,975,147号、同第10,400,038号及び同第10,618,978号、ならびに米国特許出願公開第US-2019-0185570号(それらの各々は、参照することによってそれらの全体が本明細書に援用される)を参照されたい。したがって、本明細書において提供されるIgMもしくはIgM様抗体またはIgAもしくはIgA様抗体(本明細書の他の箇所で記載される二重特異性または多重特異性のIgMもしくはIgM様抗体またはIgAもしくはIgA様抗体を含む)は、修飾J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントを含み、J鎖、またはその断片もしくはバリアントは、その中へ導入された異種部分(例えば異種ポリペプチド)をさらに含み得る。ある特定の実施形態において、異種部分は、インフレームで融合されるか、あるいはJ鎖、またはその断片もしくはバリアントへ化学的にコンジュゲートされる、ペプチドまたはポリペプチドであり得る。例えば、異種ポリペプチドは、J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントへ融合され得る。ある特定の実施形態において、異種ポリペプチドは、リンカー(例えば最も少なくとも5アミノ酸からなるが、典型的には25アミノ酸より多くなることはない、ペプチドリンカー)により、J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントへ融合される。ある特定の実施形態において、ペプチドリンカーは、GGGGS(配列番号9)、GGGGSGGGGS(配列番号10)、GGGGSGGGGSGGGGS(配列番号11)、GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号12)、またはGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(配列番号13)からなる。ある特定の実施形態において、異種部分は、J鎖へコンジュゲートされる化学的部分であり得る。J鎖へ付加される異種部分としては、結合部分(例えば抗体またはその抗原結合断片、例えば一本鎖Fv(scFv)分子)、IgMもしくはIgM様抗体の半減期を増加させ得る安定化ペプチド、または化学的部分(ポリマーまたはサイトトキシン等)が限定されずに挙げられ得る。いくつかの実施形態において、異種部分は、結合分子(例えばヒト血清アルブミン(HSA)またはHSA結合分子)の半減期を増加させ得る安定化ペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、修飾J鎖は、J鎖会合抗原結合ドメイン(例えば標的抗原へ特異的に結合することができるポリペプチド)を含み得る。ある特定の実施形態において、J鎖会合抗原結合ドメインは、本明細書の他の箇所で記載される抗体またはその抗原結合断片であり得る。ある特定の実施形態において、J鎖会合抗原結合ドメインは、例えばラクダ科の動物または軟骨魚類の抗体に由来する一本鎖Fv(scFv)抗原結合ドメインまたは一本鎖抗原結合ドメインであり得る。J鎖会合抗原結合ドメインは、J鎖機能、または会合されたIgMもしくはIgA抗体の機能を妨害せずに、J鎖会合抗原結合ドメインがその結合標的へ結合することを可能にする任意の位置で、J鎖の中へ導入され得る。挿入位置としては、C末端もしくはその付近、N末端もしくはその付近、またはJ鎖の三次元構造に基づいて接近可能な内部の場所が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、J鎖会合抗原結合ドメインは、配列番号7のシステイン残基92と101との間で、配列番号7の成熟ヒトJ鎖の中へ導入され得る。さらなる実施形態において、J鎖会合抗原結合ドメインは、配列番号7のヒトJ鎖の中のグリコシル化部位またはその近傍へ導入され得る。さらなる実施形態において、J鎖会合抗原結合ドメインは、C末端から約10のアミノ酸残基内、またはN末端から約10のアミノ酸内で、配列番号7のヒトJ鎖の中へ導入され得る。本明細書の他の箇所で記載されるように、本開示は、修飾J鎖を含む多量体の二重特異性結合分子を提供し、修飾J鎖は、免疫エフェクター細胞(例えばT細胞(CD4+T細胞またはCD8+細胞傷害性T細胞等)またはNK細胞)へ特異的に結合するJ鎖会合抗原結合ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、修飾J鎖は、免疫刺激剤(ISA)、例えばサイトカイン(例えばインターロイキン-2(IL-2)またはインターロイキン-15(IL-15))、またはその受容体結合断片もしくはバリアントをさらに含み、それらは、ある特定の実施形態において、結合または共有結的な付加のいずれかによってその受容体の一部分(例えばIL-15受容体-αのスシドメイン)と会合し得る。かかるISAは、同時係属中のPCT公開第WO2021/030688号(それは、参照することによってその全体が本明細書に援用される)中で詳細に記載される。
ある特定の実施形態において、本明細書において提供されるIgM抗体、IgM様抗体、IgA抗体、IgA様抗体、IgM由来結合分子、またはIgA由来結合分子のJ鎖は、例えば本明細書において提供されるIgM抗体、IgM様抗体、IgA抗体、IgA様抗体、IgM由来結合分子、またはIgA由来結合分子の血清半減期を変更し得る、1つまたは複数のアミノ酸置換を含むバリアントJ鎖である。例えば、ある特定のアミノ酸の置換、欠失、または挿入は、バリアントJ鎖中の1つまたは複数の単一アミノ酸の置換、欠失、または挿入を除いて同一であり、且つ同じ動物種へ同じ方法を使用して投与される参照IgM由来結合分子に比べて、対象動物への投与に際して血清半減期の増加を示すIgM由来結合分子をもたらし得る。ある特定の実施形態において、バリアントJ鎖は、参照J鎖に比べて、1、2、3、または4の単一アミノ酸の置換、欠失、または挿入を含み得る。
いくつかの実施形態において、多量体結合分子は、バリアントJ鎖配列(低減した糖鎖付加を備えるか、または1つもしくは複数のポリマーIg受容体(例えばpIgR、Fcアルファ-ミュー受容体(FcαμR)、またはFcミュー受容体(FcμR))への低減した結合を備える、本明細書において記載されるバリアント配列等)を含み得る。例えば米国特許第10,899,835号(それは、参照することによってその全体が本明細書に援用される)を参照されたい。ある特定の実施形態において、バリアントJ鎖は、成熟野生型ヒトJ鎖(配列番号7)のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸位置で、アミノ酸置換を含み得る。「成熟野生型ヒトJ鎖のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸」は、ヒトJ鎖中のY102に相同な任意の種のJ鎖の配列中のアミノ酸を意味する。米国特許第10,899,835号(それは、参照することによってその全体が本明細書に援用される)を参照されたい。配列番号7中のY102に対応する位置は、少なくとも43の他の種のJ鎖アミノ酸配列中で保存される。米国特許第9,951,134号(それは、参照することによって本明細書に援用される)の図4を参照されたい。配列番号7のY102に対応する位置での特定の変異は、特定の免疫グロブリン受容体(例えばヒトもしくはマウスのFcαμ受容体、マウスFcμ受容体、及び/またはヒトもしくはマウスのポリマーIg受容体(pIg受容体))が、変異J鎖を含むIgM五量体へ結合することを阻害し得る。配列番号7のY102に対応するアミノ酸で変異を含むIgM抗体、IgM様抗体、及びIgM由来結合分子は、置換を除いて同一であり、且つ同じ種へ同じ様式で投与される対応する抗体、抗体様分子、または結合分子よりも、動物へ投与された場合に改善された血清半減期を有する。ある特定の実施形態において、配列番号7のY102に対応するアミノ酸は、任意のアミノ酸により置換され得る。ある特定の実施形態において、配列番号7のY102に対応するアミノ酸は、アラニン(A)、セリン(S)、またはアルギニン(R)により置換され得る。特定の実施形態において、配列番号7のY102に対応するアミノ酸は、アラニンにより置換され得る。特定の実施形態において、J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアントはバリアントヒトJ鎖であり、アミノ酸配列である配列番号8(本明細書において「J*」と称されるJ鎖)を含む。
野生型J鎖は、典型的には1つのN結合型糖鎖付加部位を含む。ある特定の実施形態において、本明細書において提供される多量体結合分子のバリアントJ鎖またはその機能的断片は、アスパラギン(N)結合型糖鎖付加モチーフN-X-S/T(例えば成熟ヒトJ鎖(配列番号7)またはJ*(配列番号8)のアミノ酸49(モチーフN6)に対応するアミノ酸位置で開始する)内で変異を含み、配列中、Nはアスパラギンであり、Xはプロリン以外の任意のアミノ酸であり、S/Tはセリンまたはスレオニンであり、変異はそのモチーフでの糖鎖付加を防止する。米国特許第10,899,835号中で実証されるように、この部位での糖鎖付加を防止する変異は、バリアントJ鎖中の糖鎖付加を防止する変異(複数可)を除いて同一であり、且つ同じ動物種へ同じ手法で投与される参照多量体結合分子に比べて、対象動物への投与に際して増加した血清半減期を示す本明細書において提供される多量体結合分子をもたらし得る。
例えば特定の実施形態において、本明細書において提供されるJ鎖を含む結合分子のバリアントJ鎖もしくはその機能的断片は、配列番号7もしくは配列番号8のアミノ酸N49もしくはアミノ酸S51に対応するアミノ酸位置でのアミノ酸置換を含み得るが、但し、S51に対応するアミノ酸はスレオニン(T)により置換されないか、またはバリアントJ鎖は、配列番号7もしくは配列番号8のアミノ酸N49及びS51の両方に対応するアミノ酸位置でのアミノ酸置換を含む。ある特定の実施形態において、配列番号7または配列番号8のN49に対応する位置は、任意のアミノ酸(例えばアラニン(A)、グリシン(G)、スレオニン(T)、セリン(S)、アスパラギン酸(D))により置換される。特定の実施形態において、配列番号7または配列番号8のN49に対応する位置は、アラニン(A)により置換され得る。別の実施形態において、配列番号7または配列番号8のN49に対応する位置は、アスパラギン酸(D)により置換され得る。いくつかの実施形態において、配列番号7または配列番号8のS51に対応する位置は、アラニン(A)またはグリシン(G)により置換される。いくつかの実施形態において、配列番号7または配列番号8のS51に対応する位置は、アラニン(A)により置換される。
免疫エフェクター細胞へ結合する修飾J鎖を備えた、多量体の二重特異性または多重特異性の抗CD123結合分子
本開示は、がん(例えば血液がん、例えば急性骨髄性白血病(AML))の治療における使用のための多量体の二重特異性または多重特異性の結合分子を提供し、結合分子は二重特異性であり、高いアビディティーによりがん細胞上のCD123(IL-3Rα)を標的化しながら、一つの抗原結合ドメインを介して免疫エフェクター細胞(例えばCD4+T細胞もしくはCD8+T細胞またはNK細胞)も標的化し、それによって、がん細胞のエフェクター細胞媒介性殺傷を容易にしながら、同時にサイトカインの過剰な放出を最小限にする。ある特定の実施形態において、多量体の二重特異性抗CD123結合分子は、抗CD123×抗CD3結合分子である。
したがって、本開示は、2つのIgAもしくはIgA様または5つのIgMもしくはIgM様の二価結合単位及び1つの修飾J鎖を含む、多量体の二重特異性または多重特異性の結合分子を提供し、修飾J鎖は、少なくとも野生型J鎖、またはその機能的断片もしくはバリアント、及び免疫エフェクター細胞へ特異的に結合するJ鎖会合抗原結合ドメインを含む。各々の結合単位は2つの抗体重鎖を含み、当該重鎖の各々は、IgA、IgA様、IgM、もしくはIgM様の重鎖定常領域、またはその多量体化断片(本明細書の他の箇所で記載されるように)、及び少なくとも結合単位会合抗原結合ドメインの重鎖可変領域(VH)部分を含む。結合単位会合抗原結合ドメインのうちの少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、またはすべての10が、CD123へ特異的に結合する。本明細書において提供される結合分子は、CD123を発現する細胞(例えばがん細胞)の免疫エフェクター細胞依存性殺傷を誘導し得る。
ある特定の実施形態において、本明細書において提供される結合分子の修飾J鎖は、野生型J鎖のバリアント、またはその断片を含み、バリアントは、野生型J鎖に比べて、結合分子の血清半減期に影響し得る、1つまたは複数の単一アミノ酸の置換、欠失、または挿入を含み、結合分子は、J鎖中の1つまたは複数の単一アミノ酸の置換、欠失、または挿入を除いて同一であり、且つ同じ動物種へ同じ方法で投与される参照結合分子に比べて、動物への投与に際して血清半減期の増加を示す。例えば特定の実施形態において、J鎖は、アミノ酸配列である配列番号8を含むバリアントヒトJ鎖(「J*」)である。
ある特定の実施形態において、提供される結合分子のJ鎖会合抗原結合ドメインは、抗体またはその断片を含む。ある特定の実施形態において、抗体断片は、一本鎖Fv(scFv)である。scFvは、J鎖または断片もしくはバリアント(例えばJ*)へ融合され得るか、または化学的にコンジュゲートされ得る。ある特定の実施形態において、scFvは、ペプチドリンカー(例えば配列番号9~13)によりJ鎖へ融合される。本開示中の他の箇所で指摘されるように、J鎖の機能(すなわちIgM、IgM様、IgA、またはIgA様の結合単位と共に集合して、二量体または五量体を形成すること)が影響されない限り、scFvは、J鎖、またはその断片もしくはバリアントへ任意の手法で融合され得る。例えば、scFvは、J鎖、またはその断片もしくはバリアントのN末端、J鎖、またはその断片もしくはバリアントのC末端へ、あるいはJ鎖、またはその断片もしくはバリアントのN末端及びC末端の両方へ融合され得る。
修飾J鎖の抗原結合ドメインが結合する免疫エフェクター細胞は、CD123によって標的化されたがん細胞と会合された場合に有益な効果(例えばCD123+がん細胞の細胞ベースの殺傷を媒介する)を付与する、任意の免疫エフェクター細胞であり得る。ある特定の実施形態において、免疫エフェクター細胞は、限定されずに、T細胞(例えばCD4+T細胞、CD8+T細胞、NKT細胞、またはγδT細胞)、B細胞、形質細胞、マクロファージ、樹状細胞、またはナチュラルキラー(NK)細胞であり得る。ある特定の実施形態において、免疫エフェクター細胞は、T細胞(例えばCD4+またはCD8+のT細胞)である。ある特定の実施形態において、免疫エフェクター細胞は、CD8+細胞傷害性T細胞である。ある特定の実施形態において、免疫エフェクター細胞は、NK細胞である。
免疫エフェクター細胞がT細胞(例えばCD8+T細胞)である場合に、J鎖会合抗体またはその断片、例えばscFvは、T細胞表面抗原CD3(例えばCD3ε)へ特異的に結合し得る。ある特定の実施形態において、抗CD3 scFvは、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、VHは、VH相補性決定領域VHCDR1、VHCDR2及びVHCDR3を含み、VLはVL相補性決定領域VLCDR1、VLCDR2及びVLCDR3を含み、VHCDR1、VHCDR2、VHCDR3、VLCDR1、VLCDR2及びVLCDR3はそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号23、配列番号24及び配列番号25;配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号32及び配列番号33;配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号39、配列番号40及び配列番号41;配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号47、配列番号48及び配列番号49;配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号55、配列番号56及び配列番号57;配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号63、配列番号64及び配列番号65;または配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号71、配列番号72及び配列番号73を0、1または2個のアミノ酸置換を伴って含む。いくつかの実施形態では、scFvはそれぞれ、VH及びVLアミノ酸配列である配列番号18及び配列番号22、配列番号26及び配列番号30、配列番号34及び配列番号38、配列番号42及び配列番号46、配列番号50及び配列番号54、配列番号58及び配列番号62、または配列番号66及び配列番号70を含む。
ある特定の他の実施形態において、免疫エフェクター細胞はNK細胞でありJ鎖会合抗体またはその断片、例えばscFvはCD16またはCD56へ特異的に結合し得る。多くのCD16及びCD56 scFvが知られており、例えば、米国特許第9,035,026号、同第9,701,750号、同第10,730,941号、同第11,001,633号、McCall et al.,1999.Mol Immunol.7:433-445に開示されているものが挙げられる。
多量体の二重特異性抗CD123結合分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3結合分子)の修飾J鎖は、J鎖へ付加された追加の異種部分を含むようにさらに修飾され得る。例示的な部分は、例えば米国特許第9,951,134号、米国特許出願公開第US2019-0185570号、米国特許第10,618,978号及びPCT公開第WO2021/030688号(それらのすべては、参照することによってそれらの全体が本明細書に援用される)中で記載される。ある特定の実施形態において、多量体の二重特異性抗CD123結合分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3結合分子)の修飾J鎖は、J鎖、またはその断片もしくはバリアントへ融合されるか、または化学的にコンジュゲートされる免疫刺激剤(「ISA」)をさらに含み得る。例えば、ISAは、サイトカイン、またはその受容体結合断片もしくはバリアントを含み得る。特定の実施形態において、J鎖会合ISAは、(a)インターロイキン-15(IL-15)タンパク質、またはその受容体結合断片もしくはバリアント(「I」)、及び(b)Iと会合することができるスシドメインまたはそのバリアントを含むインターロイキン-15受容体-α(IL-15Rα)断片(「R」)を含み、J鎖、またはその断片もしくはバリアント、ならびにI及びRのうちの少なくとも1つ、またはI及びRの両方は、融合タンパク質として会合し、I及びRは会合してISAとして機能し得る。ある特定の実施形態において、ISAは、ペプチドリンカーを経由してJ鎖へ融合され得る。
ポリヌクレオチド、ベクター、及び宿主細胞
本開示は、本明細書に提供される抗原結合ドメイン、または本明細書において提供される抗体もしくは抗体様分子(例えば、二量体、六量体または五量体の抗体または抗体様分子)のポリペプチドサブユニットをコードする核酸配列を含む、ポリヌクレオチド(例えば単離ポリヌクレオチド、組み換えポリヌクレオチド、及び/または天然に存在しないポリヌクレオチド)をさらに提供する。「ポリペプチドサブユニット」は、独立して翻訳され得る、抗体もしくは抗体様分子の部分、結合単位、または抗原結合ドメインを意味する。例としては、抗体可変ドメイン(例えばVHまたはVL)、J鎖(本明細書において提供される修飾J鎖を包含する)、分泌成分、一本鎖Fv、抗体重鎖、抗体軽鎖、抗体重鎖定常領域、抗体軽鎖定常領域、及び/または任意のそれらの断片、バリアント、もしくは誘導体が、限定されずに挙げられる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の結合分子のポリペプチドサブユニットをコードする核酸配列を含むポリヌクレオチド。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、結合分子の重鎖定常領域と結合ドメインの少なくとも抗体VH部分とを含む、ポリペプチドサブユニットをコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、結合分子の重鎖を含むポリペプチドサブユニットをコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、HCDR1、HCDR2及びHCDR3領域を含むVHを含んだポリペプチドサブユニットをコードし、HCDR1、HCDR2及びHCDR3はそれぞれ、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号80、配列番号81または配列番号82のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、結合分子の軽鎖定常領域と結合ドメインの少なくとも抗体VL部分とを含む、ポリペプチドサブユニットをコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、結合分子の軽鎖を含むポリペプチドサブユニットをコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、LCDR1、LCDR2及びLCDR3領域を含むVLを含んだポリペプチドサブユニットをコードし、LCDR1、LCDR2及びLCDR3はそれぞれ、配列番号79または配列番号83のアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態において、ポリペプチドサブユニットとしては、IgM重鎖定常領域もしくはIgM様重鎖定常領域、またはそれらの多量体化断片、あるいはIgA重鎖定常領域もしくはIgA様重鎖定常領域、またはそれらの多量体化断片が挙げられ得、それらは、抗原結合ドメインまたはそのサブユニットへ(例えば抗原結合ドメインのVH部分、または抗原結合ドメインのVL部分へ)、すべて本明細書において提供されるように融合される。ある特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、ヒトIgM重鎖定常領域、ヒトIgM様重鎖定常領域、ヒトIgA重鎖定常領域、ヒトIgA様重鎖定常領域、またはその多量体化断片(例えば配列番号1、配列番号2、配列番号3、または配列番号4)を含むポリペプチドサブユニットをコードし、そのうちの任意のものが、抗原結合ドメインまたはそのサブユニット(例えばVHのC末端)と会合される、例えば融合される。
CD123に特異的に結合する抗体の抗原結合ドメインまたは可変領域を形成するためには、提供されるポリヌクレオチドは、例えば単量体抗体(例えばIgG抗体)のためまたはIgG及び/またはIgA構造体のための発現ベクター鋳型内に挿入され得、それによって、単一の結合単位を含む単量体抗体、あるいは多量体抗体、または少なくとも2つの二価結合単位を有するその多量体化断片もしくは誘導体が生み出され得る。手短に述べると、重軽鎖可変ドメイン配列をコードする核酸配列が合成され得るかまたは既存分子から増幅され得、ベクター内に適切な配向で、発現時にベクターが完全長重鎖または軽鎖を生成することになるようなインフレームで、挿入され得る。これらの目的のために有用となるベクターは当技術分野で公知である。そのようなベクターは、エンハンサー、及び所望の鎖の発現を実現するために必要とされる他の配列も含み得る。複数のベクターまたは単一のベクターが使用され得る。これらのベクターは、宿主細胞にトランスフェクトされ、その後、鎖が発現され、精製される。文献において報告されているように、発現の際、鎖は、完全に機能的な多量体結合分子を形成する。完全に組み立てられた多量体結合分子は、その後、標準的な方法によって精製され得る。発現及び精製プロセスは、必要に応じて商業的規模で実施され得る。
本開示はさらに、2つ以上のポリヌクレオチドであって、本明細書に記載の抗原結合ドメインまたは抗体もしくは抗体様分子(例えば、単量体、二量体、六量体または五量体抗体)を一括的にコードし得る、当該2つ以上のポリヌクレオチドを含む、組成物を提供する。ある特定の実施形態では、組成物は、上記のIgG、IgM及び/またはIgAの重鎖またはその断片(例えば、ヒトIgG、IgMまたはIgAの重鎖)をコードするポリヌクレオチドを含み得、IgG、IgM及び/またはIgAの重鎖が、本明細書に提供のCD123抗原結合ドメインの提供されるVHを少なくとも含むものであり、さらに、本明細書に提供されるCD123抗原結合ドメインの提供されるVLを少なくとも含む軽鎖またはその断片(例えばヒトκまたはλ軽鎖)をコードするポリヌクレオチドを含み得る。提供されるポリヌクレオチド組成物はさらに、J鎖、例えばヒトJ鎖、またはその断片、バリアントもしくは誘導体をコードする、ポリヌクレオチドを含み得る。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される組成物を構成しているポリヌクレオチドは、2つ、3つまたはそれより多くの別個のベクター、例えば発現ベクターの上に位置し得る。そのようなベクターは本開示によって提供されている。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される組成物を構成しているポリヌクレオチドの2つ以上は、単一のベクター、例えば発現ベクターの上に位置し得る。そのようなベクターは本開示によって提供されている。
ある特定の実施形態において、本開示は、本明細書において提供される2、3、またはそれ以上のポリヌクレオチドを含む組成物を提供し、ポリヌクレオチドは一緒に、抗CD123結合分子、例えば、多量体の二重特異性抗CD123結合分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3結合分子)をコードし得る。ある特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、別個のベクター上に位置し得る。ある特定の実施形態において、2つ以上のポリヌクレオチドは、同じベクター上に位置し得る。かかるベクターは、本開示によって同様に提供される。
本開示は、抗CD123結合分子、例えば多量体の二重特異性抗CD123結合分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3結合分子、またはその任意のサブユニット)をコードする1つのポリヌクレオチドまたは2つ以上のポリヌクレオチド、本明細書において提供されるポリヌクレオチド組成物、あるいは本明細書において提供される結合分子またはその任意のサブユニットを集合的にコードするベクター、または2、3、もしくは以上のベクターを含む、宿主細胞(例えば原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞)をさらに提供する。
関連する実施形態において、本開示は、本開示によって提供される多量体結合分子を産生する方法を提供し、当該方法は、本明細書において提供される宿主細胞を培養すること、及び多量体結合分子を回収することを含む。
使用方法
本開示は、治療を必要とする対象における疾患または障害(例えばがんまたは他の悪性腫瘍、例えば血液がんまたは血液悪性腫瘍)を治療する方法をさらに提供し、当該方法は、治療有効量の抗CD123抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3抗体)を対象へ投与することを含む。「治療有効用量または治療有効量」または「有効量」は、投与された場合に、正の応答(例えば対象における腫瘍細胞の殺傷)をもたらす結合分子の量を意図する。
ある特定の実施形態において、治療されるがんは、悪性細胞がCD123を発現または過剰発現する任意のがんであり得る。例えば、がんは、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、慢性骨髄性白血病(CML)、B細胞急性リンパ芽球性白血病(B細胞ALL)、古典的ホジキンリンパ腫、有毛細胞性白血病、慢性リンパ球性白血病(CLL)、全身性肥満細胞症、または形質細胞様樹状細胞白血病)であり得る。
がんの治療のための組成物の有効用量は、多くの異なる要因(投与の手段、標的部位、対象の生理的状態、対象がヒトまたは動物であるか、投与される他の医薬物、及び処置が予防的または治療的であるか、が挙げられる)に依存して、変動し得る。通常、対象はヒトであるが、遺伝子導入哺乳動物を含む非ヒト哺乳動物も治療され得る。
治療される対象は、治療を必要とする任意の哺乳動物であり得、ある特定の実施形態において、対象はヒト対象である。
その最も単純な形態において、対象へ投与される調製物は、従来の投薬形態において投与された抗CD123抗体、またはその誘導体の抗原結合断片(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3抗体)であり、それらは、本明細書の他の箇所で記載される医薬賦形剤、担体、または希釈物質と組み合わせられ得る。
本開示の組成物は、任意の好適な方法(例えば非経口、脳室内、経口、吸入噴霧、局所、経直腸、経鼻、頬側、経腟で、または植え込み型リザーバーを介して)によって投与され得る。「非経口」という用語は、本明細書において使用される時、皮下、静脈内、筋肉内、関節内、滑液内、胸骨内、髄腔内、肝臓内、病巣内、及び頭蓋内の注射または点滴の技法を包含する。
医薬組成物及び投与方法
抗CD123抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体(例えば本明細書において提供される抗CD123の×抗CD3抗体)を調製し、それを必要とする対象へ投与する方法は、当業者に周知であるか、または本開示を考慮して当業者によって容易に決定される。投与経路は、例えば腫瘍内、経口、非経口、吸入による、または局所であり得る。非経口という用語は、本明細書において使用される時、例えば、静脈内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、直腸、または経腟の投与を包含する。これらの投与形態が好適な形態として企図されているが、別の投与形態の例は、注射のための、腫瘍内、静脈内、または動脈内の注射または点滴のための溶液であるだろう。好適な医薬組成物は、緩衝剤(例えば酢酸緩衝剤、リン酸緩衝剤、またはクエン酸緩衝剤)、界面活性剤(例えばポリソルベート)、任意選択で安定化剤(例えばヒトアルブミン)などを含み得る。
本明細書において論じられるように、抗CD123抗体、またはその抗原結合断片もしくは誘導体(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3抗体)は、それを必要とする対象の治療のための薬学的有効量で投与され得る。この点に関して、開示される抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体は、投与を容易にし、且つ活性剤の安定性を増進するために製剤化され得ることが理解されるだろう。医薬組成物は、したがって薬学的に許容される非毒性の滅菌担体(生理的塩類溶液、非毒性緩衝剤、防腐剤、及び同種のもの等)を含み得る。本明細書において提供されるISAを含む抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体の薬学的有効量は、標的への有効な結合を達成し、且つ治療利益を達成するのに十分な量を意味する。好適な製剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences、例えば第21版(Lippincott Williams & Wilkins)(2005)中に記載される。
本明細書において提供されるある特定の医薬組成物は、許容される投薬形態(例えばカプセル、錠剤、水性懸濁、または溶液が挙げられる)で経口投与され得る。ある特定の医薬組成物は、鼻エアロゾルまたは吸入によっても投与され得る。かかる組成物は、ベンジルアルコールもしくは他の好適な防腐剤、生物学的利用能を向上させる吸収促進剤、及び/または他の従来の可溶化剤もしくは分散剤を用いて、塩類溶液中の溶液として調製され得る。
単一投薬形態を産生するために担体材料により組み合わせられ得る、本明細書に開示される抗CD123抗体または抗体様分子(例えば抗CD123×抗CD3抗体)の量は、例えば治療される対象及び特定の投与モードを依存して変動するだろう。組成物は、単回用量、複数回用量、または点滴において確立された期間にわたってとして投与され得る。投薬量レジメンも、最適な所望の応答(例えば治療応答または予防応答)を提供するように調整され得る。
本開示の範囲に沿って、抗CD123抗体または抗体様分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3抗体)は、治療効果を産生するのに十分な量で治療法を必要とする対象へ投与され得る。抗CD123抗体または抗体様分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3抗体)は、公知の技法に従って、本開示の抗体または抗体様分子を従来の薬学的に許容される担体または希釈物質と組み合わせることによって調製された従来の投薬形態で、対象へ投与され得る。薬学的に許容される担体または希釈物質の形態及び性質は、それが組み合わせられる活性成分の量、投与経路、及び他の周知の可変要素によって定められ得る。
本開示は、がんまたは他の悪性腫瘍を治療、予防、または管理するための医薬品の製造における、抗CD123抗体または抗体様分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3抗体)の使用も提供する。本開示は、がんを治療、予防、または管理することにおける使用のための抗CD123抗体または抗体様分子(例えば本明細書において提供される抗CD123×抗CD3結合分子)も提供する。
本開示は、別段の指示のない限り、細胞生物学、細胞培養、分子生物学、遺伝子導入生物学、微生物学、組み換えDNA、及び免疫学の従来の技法を用い、それは当業者の技能の範囲内である。かかる技法は、文献において十分に説明されている。例えばGreen and Sambrook,ed.(2012)Molecular Cloning A Laboratory Manual(4th ed.;Cold Spring Harbor Laboratory Press)、Sambrook et al.,ed.(1992)Molecular Cloning:A Laboratory Manual,(Cold Springs Harbor Laboratory,NY)、D.N.Glover and B.D.Hames,eds.,(1995)DNA Cloning 2d Edition(IRL Press),Volumes 1-4、Gait,ed.(1990)Oligonucleotide Synthesis(IRL Press)、Mullis et al.米国特許第4,683,195号、Hames and Higgins,eds.(1985)Nucleic Acid Hybridization(IRL Press)、Hames and Higgins,eds.(1984)Transcription And Translation(IRL Press)、Freshney(2016)Culture Of Animal Cells,7th Edition(Wiley-Blackwell)、Woodward,J.,Immobilized Cells And Enzymes(IRL Press)(1985)、Perbal(1988)A Practical Guide To Molecular Cloning;2d Edition(Wiley-Interscience)、Miller and Calos eds.(1987)Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells,(Cold Spring Harbor Laboratory)、S.C.Makrides(2003)Gene Transfer and Expression in Mammalian Cells(Elsevier Science)、Methods in Enzymology,Vols.151-155(Academic Press,Inc.,N.Y.)、Mayer and Walker,eds.(1987)Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology(Academic Press,London)、Weir and Blackwell,eds.、及びAusubel et al.(1995)Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley and Sons)を参照されたい。
抗体操作の一般的な原理は、例えばStrohl,W.R.,and L.M.Strohl(2012),Therapeutic Antibody Engineering(Woodhead Publishing)中で説明される。タンパク質操作の一般的な原理は、例えばPark and Cochran,eds.(2009),Protein Engineering and Design(CDC Press)中で説明される。免疫学の一般的な原理は、例えばAbbas and Lichtman(2017)Cellular and Molecular Immunology 9th Edition(Elsevier)中で説明される。追加で、当技術分野において公知の免疫学における標準的方法は、例えばCurrent Protocols in Immunology(Wiley Online Library)、Wild,D.(2013),The Immunoassay Handbook 4th Edition(Elsevier Science)、Greenfield,ed.(2013),Antibodies,a Laboratory Manual,2d Edition(Cold Spring Harbor Press)、及び Ossipow and Fischer,eds.,(2014),Monoclonal Antibodies:Methods and Protocols(Humana Press)中のものに従い得る。
前掲の参照文献のすべて、そして本明細書において引用されるすべて参考文献は、参照することによってそれらの全体が本明細書に援用される。
以下の実施例は、限定としてではなく例証として提供される。
例示的実施形態
提供される実施形態の中でも特に挙げられるのは以下である。
実施形態1
CD123へ特異的に結合する抗原結合ドメインを含む、抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体であって、
前記抗原結合ドメインが、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、
前記VH及び前記VLがそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79、配列番号77及び配列番号79、配列番号78及び配列番号79、配列番号80及び配列番号83、配列番号81及び配列番号83、ならびに配列番号82及び配列番号83を含む、
前記抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体。
実施形態2
前記VH及び前記VLがそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79を含む、実施形態1の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態3
5、6または2個の二価結合単位、及び10、12または4個の抗原結合ドメインを含む多量体抗体であり、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の抗原結合ドメインが、CD123へ特異的に結合し、各結合単位が2つの重鎖を含み、前記2つの重鎖の各々が、IgMもしくはIgA定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、前記多量体抗体の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の前記重鎖定常領域が前記VHのコピーと会合している、実施形態1または実施形態2の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態4
2つの抗原結合ドメインを含む単一の二価結合単位を含み、
少なくとも1つの抗原結合ドメインが、CD123へ特異的に結合し、前記結合単位が2つの重鎖を含み、前記2つの重鎖の各々が重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、前記結合単位の少なくとも1つの前記重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントが前記VHのコピーと会合している、
実施形態1または実施形態2の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態5
前記重鎖がIgG重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含む、実施形態4の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態6
Fv断片、一本鎖Fv断片(scFv)またはジスルフィド結合Fv断片(sdFv)である、実施形態1または実施形態2の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態7
多重特異性である、実施形態1~6のいずれか1つの抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態8
二重特異性である、実施形態7の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態9
CD3に結合し得る、実施形態7または実施形態8の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態10
ヒトCD123へ特異的に結合し得る、実施形態1~9のいずれか1つの抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態11
500nM、100nM、50.0nM、40.0nM、30.0nM、20.0nM、10.0nM、9.0nM、8.0nM、7.0nM、6.0nM、5.0nM、4.0nM、3.0nM、2.0nM、1.0nM、0.50nM、0.10nM、0.050nM、0.01nM、0.005nMまたは0.001nM以下の解離定数KDによって特徴づけられる親和性でヒトCD123へ特異的に結合する、実施形態10の抗体またはその断片もしくは誘導体。
実施形態12
5、6または2個の二価結合単位、及び10、12または4個の抗原結合ドメインを含む、多量体抗体であって、
少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の抗原結合ドメインが、CD123へ特異的に結合し、
前記抗原結合ドメインが、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、
前記VH及び前記VLがそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79、配列番号77及び配列番号79、配列番号78及び配列番号79、配列番号80及び配列番号83、配列番号81及び配列番号83、ならびに配列番号82及び配列番号83を含み、
各結合単位が2つの重鎖を含み、前記2つの重鎖の各々が、IgMもしくはIgA定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、
前記多量体抗体の少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の重鎖定常領域が前記VHのコピーと会合している、
前記多量体抗体。
実施形態13
前記VH及び前記VLがそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79を含む、実施形態12の多量体抗体。
実施形態14
五量体または六量体であり、かつ5または6個の二価IgM結合単位を含み、
各結合単位が、Cμ4ドメイン及びμテールピース(μtp)ドメイン、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む、
実施形態12または実施形態13の多量体抗体。
実施形態15
IgM重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントの各々が、Cμ1ドメイン、Cμ2ドメイン、Cμ3ドメインまたはそれらの任意の組み合わせをさらに含む、実施形態14の多量体抗体。
実施形態16
各IgM重鎖定常領域が、アミノ酸配列である配列番号1、配列番号2、またはその多量体化バリアントもしくは断片を含むヒトIgM定常領域またはその多量体化バリアントもしくは断片である、実施形態12~15のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態17
バリアントヒトIgM定常領域を含み、アミノ酸配列である配列番号1または配列番号2を含むIgM重鎖定常領域を含む多量体抗体に比べて低減されたCDC活性を有する、
実施形態15または実施形態16の多量体抗体。
実施形態18
各バリアントヒトIgM定常領域が、配列番号1もしくは配列番号2の位置P311に対応するアミノ酸置換、配列番号1もしくは配列番号2の位置P313に対応するアミノ酸置換、または配列番号1もしくは配列番号2の位置P311及びP313に対応するアミノ酸置換を含む、実施形態17の多量体抗体。
実施形態19
各IgM重鎖定常領域またはその多量体化バリアントもしくは断片が、参照IgM重鎖定常領域と比較して1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失または挿入を有するバリアントヒトIgM定常領域であり、前記参照IgM重鎖定常領域が、前記1つまたは複数の単一アミノ酸置換、欠失または挿入を除いて前記バリアントIgM重鎖定常領域と同一であり;前記多量体抗体が、対象動物への投与に際して、同じ動物種に同じ手法で投与される参照IgM重鎖定常領域を含む多量体抗体に比べて、血清半減期の増加を示す、実施形態15~18のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態20
前記バリアントIgM重鎖定常領域が、配列番号1または配列番号2のアミノ酸E345、S401、E402またはE403に対応する1つまたは複数のアミノ酸位置におけるアミノ酸置換を含む、実施形態19の多量体抗体。
実施形態21
前記IgM重鎖定常領域またはその多量体化バリアントもしくは断片の各々が、配列番号1または配列番号2のアミノ酸位置N46、N209、N272もしくはN440に対応する1つまたは複数のアミノ酸置換を含み、1つまたは複数の単一アミノ酸置換がアスパラギン(N)結合型グリコシル化を防止する、実施形態15~20のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態22
各重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントが、前記VHのコピーと会合している、実施形態12~21のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態23
各結合単位が2つの軽鎖をさらに含み、前記2つの軽鎖の各々が、軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、
少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントが、前記VLのコピーと会合している、
実施形態12~22のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態24
各軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントが前記VLのコピーと会合している、実施形態23の多量体抗体。
実施形態25
五量体であり、かつJ鎖またはその断片またはそのバリアントをさらに含む、実施形態14~20のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態26
二量体であり、かつ2つの二価IgA結合単位、及びJ鎖またはその断片もしくはバリアントを含み、
各結合単位がCα3ドメイン及びαテールピース(αtp)ドメインを含む、
実施形態12または実施形態13の多量体抗体。
実施形態27
前記J鎖またはその断片もしくはバリアントが、アミノ酸配列である配列番号7を含む成熟ヒトJ鎖、またはその断片、またはそのバリアントである、実施形態26の多量体抗体。
実施形態28
前記IgA重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントの各々が、Cα1ドメイン、Cα2ドメイン、IgAヒンジ領域またはそれらの任意の組み合わせをさらに含む、実施形態26または実施形態27の多量体抗体。
実施形態29
前記IgA重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントが、IgA1重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントである、実施形態28の多量体抗体。
実施形態30
前記IgA重鎖定常領域が配列番号3を含む、実施形態29の多量体抗体。
実施形態31
前記IgA重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントが、IgA2重鎖またはその多量体化断片もしくはバリアントである、実施形態28の多量体抗体。
実施形態32
前記IgA重鎖定常領域が配列番号4を含む、実施形態31の多量体抗体。
実施形態33
分泌成分またはその断片もしくはバリアントをさらに含む、実施形態25~32のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態34
多重特異性である、実施形態12~33のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態35
二重特異性である、実施形態34の多量体抗体。
実施形態36
CD3に結合し得る、実施形態34または実施形態35の多量体抗体。
実施形態37
前記J鎖またはその断片もしくはバリアントが、アミノ酸配列である配列番号7を含む成熟ヒトJ鎖、またはその断片、またはそのバリアントである、実施形態25の多量体抗体。
実施形態38
前記J鎖またはその断片が、配列番号7のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換を含むバリアントJ鎖であり、前記バリアントJ鎖を含むIgM抗体が、動物への投与に際して、前記J鎖における前記アミノ酸置換を除いて同一でありかつ同じ動物種に同じ手法で投与される参照IgM抗体に比べて、血清半減期の増加を示す、実施形態37の多量体抗体。
実施形態39
配列番号7のY102に対応する前記アミノ酸がアラニン(A)で置換されている、実施形態38の多量体抗体。
実施形態40
前記バリアントJ鎖がアミノ酸配列である配列番号8を含む、実施形態39の多量体抗体。
実施形態41
前記J鎖またはその断片もしくはバリアントが、異種部分をさらに含む修飾J鎖であり、前記異種部分が、前記J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合またはコンジュゲートされる、実施形態25~40のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態42
前記異種部分が、前記J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合された異種ポリペプチドである、実施形態41の多量体抗体。
実施形態43
前記異種ポリペプチドが、少なくとも5個のアミノ酸であって25個以下のアミノ酸を含むペプチドリンカーを介して、前記J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合される、実施形態42の多量体抗体。
実施形態44
前記異種ポリペプチドが前記J鎖またはその断片もしくはバリアントのN末端へ、前記J鎖またはその断片もしくはバリアントのC末端へ、あるいは前記J鎖またはその断片もしくはバリアントのN末端及びC末端の両方へ融合され、前記N末端及びC末端の両方へ融合される前記異種ポリペプチドが、同じであり得る、または異なり得る、実施形態42または実施形態43の多量体抗体。
実施形態45
前記異種ポリペプチドが抗体の抗原結合ドメインまたはそのサブユニットである、実施形態42~44のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態46
前記抗体の抗原結合ドメインがscFv断片を含む、実施形態45の多量体抗体。
実施形態47
前記異種ポリペプチドがCD3へ結合する、実施形態44~46のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態48
前記抗体の抗原結合ドメインがCD3へ結合し、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、前記VHが、VH相補性決定領域VHCDR1、VHCDR2、及びVHCDR3を含み、前記VLが、VL相補性決定領域VLCDR1、VLCDR2、及びVLCDR3を含み、前記VHCDR1、前記VHCDR2、前記VHCDR3、前記VLCDR1、前記VLCDR2、及び前記VLCDR3がそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号32及び配列番号33;配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号23、配列番号24及び配列番号25;配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号39、配列番号40及び配列番号41;配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号47、配列番号48及び配列番号49;配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号55、配列番号56及び配列番号57;配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号63、配列番号64及び配列番号65;または配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号71、配列番号72及び配列番号73を含む、実施形態46または実施形態47の多量体抗体。
実施形態49
前記VHCDR1、前記VHCDR2、前記VHCDR3、前記VLCDR1、前記VLCDR2、及び前記VLCDR3がそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号31、配列番号32及び配列番号33を含む、実施形態48の多量体抗体。
実施形態50
前記抗体の抗原結合ドメインが、配列番号18及び配列番号22、配列番号26及び配列番号30、配列番号34及び配列番号38、配列番号42及び配列番号46、配列番号50及び配列番号54、配列番号58及び配列番号62、または配列番号66及び配列番号70と少なくとも80%、85%、90%、95%または100%同一であるそれぞれVH及びVLアミノ酸配列を含む、実施形態48の多量体抗体。
実施形態51
前記抗体の抗原結合ドメインがそれぞれ、前記VH及びVLアミノ酸配列である配列番号18及び配列番号22、配列番号26及び配列番号30、配列番号34及び配列番号38、配列番号42及び配列番号46、配列番号50及び配列番号54、配列番号58及び配列番号62、または配列番号66及び配列番号70を含む、実施形態50の多量体抗体。
実施形態52
前記抗体の抗原結合ドメインがそれぞれ、前記VH及びVLアミノ酸配列である配列番号26及び配列番号30を含む、実施形態51の多量体抗体。
実施形態53
ヒトCD123へ特異的に結合し得る、実施形態12~52のいずれか1つの多量体抗体。
実施形態54
500nM、100nM、50.0nM、40.0nM、30.0nM、20.0nM、10.0nM、9.0nM、8.0nM、7.0nM、6.0nM、5.0nM、4.0nM、3.0nM、2.0nM、1.0nM、0.50nM、0.10nM、0.050nM、0.01nM、0.005nMまたは0.001nM以下の解離定数KDによって特徴づけられる親和性でヒトCD123へ特異的に結合する、実施形態53の多量体抗体。
実施形態55
実施形態1~11のいずれか1つの抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは実施形態12~54のいずれか1つの多量体抗体を含む、組成物。
実施形態56
実施形態1~11のいずれか1つの抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは実施形態12~54のいずれか1つの多量体抗体またはそのサブユニットをコードする核酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
実施形態57
実施形態56のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
実施形態58
実施形態57のベクターを含む、宿主細胞。
実施形態59
実施形態1~11のいずれか1つの抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは実施形態12~54のいずれか1つの多量体抗体を生産する方法であって、
実施形態58の宿主細胞を培養すること、及び
前記抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは前記多量体抗体を回収すること
を含む、前記方法。
実施形態60
がんを治療する方法であって、治療を必要とする対象に、有効量の、実施形態1~11のいずれか1つの抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは実施形態12~54のいずれか1つの多量体抗体を投与することを含む、前記方法。
実施形態61
前記対象がヒトである、実施形態60の方法。
実施形態62
前記がんが血液がんである、実施形態60または実施形態61の方法。
実施形態63
前記血液がんが急性骨髄性白血病(AML)である、実施形態62の方法。
実施例1:抗CD123抗体のヒト化
抗CD123抗体32716の配列は、Du(2007)J Immunother 30:607-13に記載されている。32716相同体モデルは、マウスAb 2H4(PDB 5YWF)の結晶構造に基づいてBioLuminateにて生成された。Ab 2H4との32716の相同性は、配列アライメントを用いて以下:VH同一性81%、VL同一性71%、VHフレームワーク同一性91%、VLフレームワーク同一性80%、となるように決定され、さらには、CDRの長さは(軽鎖CDR1を除く)5/6のCDRにおいて同一であった。
2つのヒト抗体をフレームワーク受容体として選定した:75%のVHフレームワーク同一性(図1A)及び70%のVKフレームワーク同一性(図1B)を有する4D9Q、ならびに65%のVHフレームワーク同一性(図1C)及び80%のVKフレームワーク同一性(図1D)を有する4NWT。図1A~Dの各フレームワークに基づいていくつかのヒト化配列を設計した。表2に記載されるように、標準的なクローニングプロトコールに従って、親32716 VH及びVL、ならびにヒト化32716 VH及びVL配列の6つの組み合わせをヒトIgG型にクローニングした。ヒトIgG構築物は、商業的供給業者(ATUM及びCelltheon)によって合成、発現及び精製された。
Figure 2024508709000005
実施例2:ヒト化32716IgG抗体のバイオレイヤー干渉法による親和性測定アッセイ
親32716 IgG及びヒト化バリアントと組み換えヒトCD123タンパク質(CD123)-His Acrobio#ILA-H52H6)との結合親和性を、抗ペンタHisバイオセンサー(Sartorius)を使用してOctet-384(Sartorius/Fortebio,NY,USA)でBLIによって決定した。PBST(1×PBS+1%BSA+0.05%Tween-20)緩衝液を抗体/CD123希釈用及びセンサー水和用緩衝液として使用した。実験は、24℃での5ステップの逐次アッセイに従って行った。まず、バイオセンサーを10分間にわたって水和させた。試料及び緩衝液を384ウェルプレートに塗布した。60秒間にわたる初期ベースラインの後、センサーに7nMのhu IL-3Rアルファ(CD123)-His Acrobio#ILA-H52H6をロードした。バイオセンサーをPBSTに20秒間浸してベースラインに到達させ、次いで、会合のために、10nMから出発する2倍連続希釈抗CD123抗体と420秒間インキュベーションし、その後、解離のために、PBST中で900秒間インキュベーションした。結果を、ForteBioデータ解析ソフトウェア9.0によって1:1グローバルフィットモデルを用いて解析した。
親32716 IgG及びヒト化バリアントの結合性を図2A~Gにそれぞれ示す。K、kon及びkdisを表3に示す。ヒト化IgG抗体は、CD123に対する親和性を元のマウス抗体の1.5倍以内で保持していた。h32716-3-1 IgGは、元のマウスIgG抗体に比べてわずかによりよい親和性を示した。
Figure 2024508709000006
実施例3:CD123発現細胞株に対する結合性
ヒトCD123を発現しているCHO細胞の上のCD123に対するIgG抗体の結合能力を評価するために、結合アッセイを行った。ヒトCD123を発現しているCHO細胞を、トリプシンを使用してフラスコから剥がした。細胞(1×10)をピペット操作で丸底96ウェルプレート内のウェルに入れ、FACS染色用緩衝液(BD Pharmigen カタログ#554656)で洗浄し、室温で10分間にわたってFc Block(BD、#564220)と前インキュベーションし、その後、4℃で30分間にわたって32716またはh32716 IgG抗体の連続希釈物とインキュベーションした。細胞を2回洗浄し、Alexa647とコンジュゲートしたマウス抗ヒトκ抗体(Southern Biotech、クローンSB81a)によって染色した。細胞をフローサイトメトリーによって分析した。結果を図3に示す。平均蛍光強度(MFI)値を、4パラメーターロジスティックモデルを用いてGraphPad Prismによって解析した。データを表4に示す。32716抗CD123のすべてのヒト化IgG抗体は同程度の親和性及び強度で結合した。
Figure 2024508709000007
実施例4:ヒト化32716抗CD123のIgMへの変換及びCD123に対する結合速度論
IgMヒト化構築物を生成するために、標準的なクローニングプロトコールに従ってヒト化抗CD123配列の2つのVH及びVL領域を、CD3結合scFv(配列番号84)を含む修飾J鎖を有するIgMに組み込んで、二重特異性IgM抗体を形成した。IgM抗体構築物はExpi293またはCHO細胞において発現された。Keyt,B.,et al.Antibodies:9:53,doi:10.3390/antib9040053(2020)に記載されている方法に従ってIgM抗体を精製した。IgM抗体はJ鎖によって五量体として組み立てられた。
CD123×CD3 IgM抗体である32716IgM、h32716-1-1 IgM、及びh32716-4-2 IgMの、組み換えヒトCD123タンパク質(CD123,Fc-Fusion(IgG1)Avi-Tag,Biotin-Labeled,BPS Bioscience Cat.100068-2)との結合親和性を、実施例2に記載されているように抗ヒトFc(AFC)バイオセンサー(Sartorius)を使用してOctet-384(Sartorius/Fortebio,NY,USA)でBLIによって決定した。
CD123に対する親32716 IgM、h32716-1-1 IgM、及びh32716-4-2 IgMの結合性をそれぞれ図4A~Cに示す。K、kon及びkdisを表5に示す。ヒト化IgM抗体はCD123に対する親和性を元のマウス抗体の1.5倍以内で保持していた。
Figure 2024508709000008
実施例5:ELISAによって測定されたIgM抗体特異性
抗CD123×CD3 IgM抗体である32716IgM、h32716-1-1 IgM、及びh32716-4-2 IgMの、ヒトCD123及びCD3εに対する特異性を、ELISAアッセイにおいて以下のとおりに測定した。96ウェル白色ポリスチレン製ELISAプレート(Pierce 15042)を1ウェルあたり100μLの0.2μg/mLの組み換えヒトCD123タンパク質(Sino Biological 10518-H08H-50)または0.5μg/mlの組み換えヒトCD3εタンパク質(Acro Biosystems、CDE-H5256-100)で一晩にわたって4℃で被覆した。その後、プレートを0.05%のPBS-Tweenで5回洗浄し、2%のBSA-PBSで遮断した。ブロッキング後に、100μLのCD123×CD3 IgM抗体の連続希釈、標準、及び対照を、ウェルへ添加し、室温で2時間インキュベーションした。次いでプレートを10回洗浄し、HRPコンジュゲートマウス抗ヒトκ(Southern Biotech、9230-05。2%のBSA-PBS中で1:6000に希釈した)により30分間インキュベーションした。0.05%のPBS-Tweenを使用して10回の最終的な洗浄をした後に、プレートを、SuperSignal化学発光基質(ThermoFisher、37070)を使用して読み取った。発光データをEnVisionプレートリーダー(Perkin-Elmer)で収集し、4-パラメーターロジスティックモデルを使用してGraphPad Prismにより解析した。CD123に対するIgM二重特異性抗体の結合性を図5Aに示し、CD3εに対する結合性を図5Bに示す。
実施例6:AML細胞株に対するIgM抗体の結合性
抗CD123×CD3 IgM抗体である32716IgM、h32716-1-1 IgM、及びh32716-4-2 IgMが、CD123タンパク質を発現するAML細胞上のCD123と結合する能力を査定するために、結合アッセイを行った。MV411細胞をFACS染色用緩衝液(BD Pharmigen カタログ#554656)により洗浄し、Fcブロック(BD、564220)により室温で10分間にわたって前インキュベーションした。5×10の細胞を、IgM抗体の連続希釈物により4℃で30分間染色した。細胞を2回洗浄し、次いで、5μg/mLの抗ヒトIgM-PE標識二次抗体(SB、クローンSA-DA4)により4℃で30分間染色した。細胞を2回洗浄し、FACS染色用緩衝液中で再度懸濁させ、フローサイトメトリーによって捕捉した。結果を図6に示す。
実施例7:ヒト化32716 IgM二重特異性抗体はT細胞指向的AML細胞傷害力価を保持する
抗CD123×CD3 IgM抗体である32716IgM、h32716-1-1 IgM、及びh32716-4-2 IgMがヒトT細胞の存在下で標的細胞を殺傷する能力を実証するために、本発明者らは共培養実験を行った。(ホタルルシフェラーゼを発現する)7×10個の腫瘍細胞KG1a及びMV4-11を、96丸底組織培養プレート上で、1ウェルあたり3%の非動化ウシ胎仔血清(FBS、HyClone、#SH3007103HI)を補足した100μLの全体積のAIM-V細胞培養培地(GIBCO、#12055091)中の抗CD123×CD3 IgM抗体の連続希釈物の存在下において、7:1のエフェクター対標的(E:T)比でT細胞と共培養した。5%のCOインキュベーター中の37℃での72時間のインキュベーション後に、50μlの上清を取り出し、後のサイトカイン放出分析のために-80℃で冷凍した。50μlのルシフェラーゼ基質(例えばONE-Glo EX Luciferase Assay System、Promega)を、ウェルへ添加した。プレートを短時間振盪して試薬を混合し、ルシフェラーゼ発光シグナルをEnVisionプレートリーダー(Perkin-Elmer)で測定した。次いでデータをGraphPad Prismにより分析して、EC50を決定した。KG1a及びMV411についての代表的な用量応答曲線を図7A~図7Bに示し、最大殺傷百分率及びEC50値を表6に示す。
Figure 2024508709000009
実施例8:ヒト化がIgM安定性及び凝集に及ぼす影響
等濃度の32716 IgM、h32716-1-1 IgM、及びh32716-4-2 IgMを、同じ緩衝液で製剤化した。高分子量凝集体、すなわちJ鎖を有する五量体IgMよりも大きな分子量を有する分子の初期(t=0)での百分率(%HMW)をサイズ排除高速液体クロマトグラフィー(HPLC)によって決定した。各抗体のアリコートを、-80℃で2~20時間、及び25℃で2時間にわたってアリコートを保存する凍結解凍サイクルに3~5回曝した。他のアリコートを4℃または40℃で1週間保存した。処理後にすべてのアリコートの%HMWを測定した。結果を図8に示す。
h32716-1-1 IgMは、32716IgM及びh32716-4-2 IgMに比べてより良好な安定性プロファイル及びより低い凝集傾向を示した。
実施例9:ヒト化32716によるIn Vivo処理
8週齢の雌性MHC-/-NSGマウスを、The Jackson Laboratoryから購入した。マウス1匹あたり10×10個の健常ヒトドナー由来末梢血単核細胞(PBMC)を生着させることによってマウスをヒト化した。ヒトPBMC生着の10日後に、5×10個のMV4-11-gfp-luc腫瘍細胞をMatrigel(1×のリン酸緩衝生理食塩水(PBS)との1:1)と混合したものをマウスの右腹側に皮下埋植した。腫瘍埋植の1日後にマウスに、静脈内(i.v.)への3日ごとで計8回用量のビヒクル、i.v.への3日ごとで計5回用量の0.1mg/kgの抗CD123×CD3 IgG #1(配列番号85及び配列番号86のCD123のVH及びVL、ならびに配列番号87のCD3 scFvを含む)、i.v.への3日ごとで計8回用量の5mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体、またはi.v.への3日ごとで計8回用量の15mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体による投薬を行った(n=10動物/群)。
75日間にわたる経時的な平均腫瘍体積を図9Aに示す。75日目の個別の腫瘍体積を図9Bに示す。ビヒクル、抗CD123×CD3 IgG #1処置、5mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体、及び15mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体について、75日間にわたる経時的な個別の腫瘍体積を図10A~Dにそれぞれ示す。
5mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体による処置は、ビヒクル処置と比較して腫瘍体積を著しく減少させた。試験の75日目に、5mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体の群では10匹中7匹のマウスの腫瘍がなくなり、15mg/kgのh32716-1-1 IgM抗体の群では10匹中6匹のマウスの腫瘍がなくなった。
実施例10:CD123×CD3 IgMはIn VitroヒトAMLコロニー形成を阻害する
CD123×CD3 IgMが多発性骨髄腫細胞の成長に及ぼす影響をin vitroで試験するために、コロニー形成アッセイを用いた。4名の別個な急性骨髄性白血病(AML)ドナーからの凍結骨髄単核細胞を解凍し、サイトカイン(IL-3、GM-CSF及びSCF)を含有する液体系培地の中に0.5×10細胞/mLで再懸濁させ、12ウェルプレートのウェル内に播種した。試験抗体を7つの異なる濃度(150、50、10、2、0.4、0.08、0.06μg/mL)で各ウェルに加えた。さらに、50、10及び1nMのダウノルビシン対照を評価した。溶媒対照だけを含有するウェルも含めた。12ウェルプレートを37℃、5%COの加湿されたインキュベーター内で72時間インキュベーションした。インキュベーション後、各ウェル内の細胞をピペット操作によって慎重に分散させた。400μLの細胞(及び培地)を各ウェルから取り出し、IL-3、GM-CSF及びSCFを含有する4.0mLのメチルセルロースへ添加した。メチルセルロースのチューブをボルテックスして細胞がマトリックス全体にわたって均等に分布することを確保した。条件1つあたり3反復の培養物入り35mm皿を用意した。反復皿を計14~16日間にわたって37℃で5%COの下に置き、その後、得られたコロニーを形態学に基づいて評価及び計数した。各ドナーについて、用いたエフェクター細胞対T細胞の比(E:T)を図11に示す。
図11は、h32716-1-1で処理した後の、4名の異なるドナーからの多発性骨髄腫細胞のin vitroでのコロニー形成を示す。h32716-1-1による処理は、試験したすべてのドナーについてコロニー形成を減少させた。
実施例11:CD123×CD3 IgM抗体の薬物動態特性
様々なCD123×CD3 IgM抗体について、in vivoマウスモデルにおいて薬物動態パラメータを以下のとおりに測定した。Balb/cマウスに、静脈内ボーラス投与によって5mg/kgのh32716、h32716-4-2またはh32716-1-1を注射した。時間点1つあたりマウス2匹として、抗体1つにつき計8つの時間点で血液試料を採取した。サンドイッチELISAアッセイを用いて各時間点での各抗体の血漿中濃度を測定した。すべてのELISAにおいて品質基準が検証され、t1/2、クリアランス(CL)、濃度曲線下面積(AUC)及び最大濃度(Cmax)を含めたPKパラメータは、非線形曲線近似技術(WinNonLin,Phoenix Software)を用いて導き出された。経時的な濃度のグラフを図12に示し、PKパラメータを表7に示す。
Figure 2024508709000010
実施例12:CD123×CD3 IgMはT細胞からより低いレベルのサイトカインを誘導する
TDCCアッセイ方法
PKH26赤色蛍光細胞リンカーキット(Sigma-Aldrich、Cat#MINI26-1kt)を製造業者の指示に従って使用してMV4-11白血病細胞をPKH26赤色蛍光タグで標識付けした。手短に述べると、5×10個のMV4-11細胞を無血清RPMI-1640培地(Gibco、REF22400-071)で洗浄した。遠心分離後、0.25mlの希釈剤Cを細胞ペレットに転化し、穏やかにピペット操作で再懸濁させた。染色の直前に、ポリプロピレン製遠心管に入った1.5mlの希釈剤C(2×)に4μlのPKH26のエタノール色素溶液を添加し、よく混合して分散させ、これによって2×の色素溶液が得られた。0.25mlの2×の色素溶液を0.25mlの2×の細胞懸濁液に速やかに添加し、試料をすぐさま混合した。試料を5分間インキュベーションし、0.5mlの非動化FBSを添加して染色を停止した。細胞を遠心分離し、培養培地に再懸濁させて2.5×10/mlの終濃度とした。ヒト末梢血単核細胞(PBMC)(IQ Biosciences、IQB-PBMC103)を洗浄し、培養培地に2×10/mlで再懸濁させた。80μlのMV4-11細胞、100μlのPBMC、及び20μlの5倍連続希釈試験抗体を各ウェルに5nMの最高終濃度で加えた。プレートを48時間及び72時間にわたってインキュベーションした。FACS分析を行って生存腫瘍細胞の数を決定した。
MSDアッセイ方法
48時間目及び72時間目にMV4-11細胞TDCCアッセイから採集された上清からのサイトカインレベルをMSD炎症促進パネル1(ヒト)キット(V-PLEX、Cat#K15049D-2)によって測定した。手短に述べると、TDCC培地を希釈剤2によって25倍、5倍または2倍希釈した。検出抗体溶液は、60μLのSULFO-TAG抗ヒトIFN-γ、IL-6またはIL-10を2.4mlの希釈剤3に添加することによって調製された。プレートを200μl/ウェルの洗浄用緩衝液で3回洗浄し、次いで、50μL/ウェルの希釈試料または標準物質と室温で2時間にわたって振盪しながらインキュベーションした。200μl/ウェルの洗浄用緩衝液で3回洗浄した後、プレートを25μLの検出抗体溶液と室温で2時間にわたって振盪しながらインキュベーションした。その後、プレートを200μl/ウェルの洗浄用緩衝液で3回洗浄した。150uLの2×の読取り用緩衝液Tをプレートの各ウェルに加え、MSD装置でプレートを分析した。
分析物質濃度を算出するために用いた較正曲線は、標準物質からの信号を1/Yの重み付けで4パラメーターロジスティックモデルに近似することによって確立された。分析物質濃度は、較正曲線へのバックフィッティングによってECL信号から決定された。較正曲線を確立するため及び濃度を決定するための計算は、MSD DISCOVERY WORKBENCH解析ソフトウェアを使用して行われた。
CD123×CD3 IgG #1かh32716-1-1かのどちらかを使用したTDCCの48時間後の生存細胞の数、IFNγ、IL-6及びIL-10の量を図13A~Dにそれぞれ示し、CD123×CD3 IgG #1かh32716-1-1かのどちらかを使用したTDCCの72時間後のものを図14A~Dにそれぞれ示す。等しいレベルの細胞殺傷をもたらす濃度において、h32716-1-1は、CD123×CD3 IgG #1に比べてよりはるかに低いレベルのサイトカインの産生をもたらした。
Figure 2024508709000011
Figure 2024508709000012
Figure 2024508709000013
Figure 2024508709000014
Figure 2024508709000015
Figure 2024508709000016
Figure 2024508709000017
Figure 2024508709000018

Claims (27)

  1. CD123へ特異的に結合する抗原結合ドメインを含む、抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体であって、
    前記抗原結合ドメインが、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、
    前記VH及び前記VLがそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79、配列番号77及び配列番号79、配列番号78及び配列番号79、配列番号80及び配列番号83、配列番号81及び配列番号83、ならびに配列番号82及び配列番号83を含む、
    前記抗体またはその抗原結合断片もしくは誘導体。
  2. 2つの抗原結合ドメインを含む単一の二価結合単位を含み、
    少なくとも1つの抗原結合ドメインが、CD123へ特異的に結合し、
    前記結合単位が2つの重鎖を含み、前記2つの重鎖の各々が重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、
    前記結合単位の少なくとも1つの重鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントが、前記VHのコピーと会合している、
    請求項1に記載の抗体またはその断片もしくは誘導体。
  3. 5、6または2個の二価結合単位、及び10、12または4個の抗原結合ドメインを含む、多量体抗体であって、
    少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の抗原結合ドメインが、CD123へ特異的に結合し、
    前記抗原結合ドメインが、重鎖可変領域(VH)及び軽鎖可変領域(VL)を含み、
    前記VH及び前記VLがそれぞれ、アミノ酸配列である配列番号76及び配列番号79、配列番号77及び配列番号79、配列番号78及び配列番号79、配列番号80及び配列番号83、配列番号81及び配列番号83、ならびに配列番号82及び配列番号83を含み、
    各結合単位が2つの重鎖を含み、前記2つの重鎖の各々が、IgMもしくはIgA定常領域、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含み、
    前記多量体抗体の少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の重鎖定常領域が前記VHのコピーと会合している、
    前記多量体抗体。
  4. 各重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントが、前記VHのコピーと会合している、請求項3に記載の多量体抗体。
  5. 各結合単位が2つの軽鎖をさらに含み、前記2つの軽鎖の各々が、軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントを含み、
    少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11または12個の軽鎖定常領域またはその断片もしくはバリアントが、前記VLのコピーと会合している、
    請求項4に記載の多量体抗体。
  6. 五量体または六量体であり、かつ5または6個の二価IgM結合単位を含み、
    各結合単位が、Cμ4ドメイン及びμテールピース(μtp)ドメイン、またはその多量体化断片もしくはバリアントを含む、
    請求項3に記載の多量体抗体。
  7. IgM重鎖定常領域またはその多量体化断片もしくはバリアントの各々が、Cμ1ドメイン、Cμ2ドメイン、Cμ3ドメインまたはそれらの任意の組み合わせをさらに含む、請求項6に記載の多量体抗体。
  8. 各IgM重鎖定常領域が、アミノ酸配列である配列番号1、配列番号2、またはその多量体化バリアントもしくは断片を含むヒトIgM定常領域またはその多量体化バリアントもしくは断片である、請求項7に記載の多量体抗体。
  9. 五量体であり、かつJ鎖またはその断片、またはそのバリアントをさらに含む、請求項3~8のいずれか1項に記載の多量体抗体。
  10. 二量体であり、かつ2つの二価IgA結合単位、及びJ鎖またはその断片もしくはバリアントを含み、
    各結合単位が、Cα1ドメイン、Cα2ドメイン、IgAヒンジ領域、Cα3ドメイン及びαテールピース(αtp)ドメインを含む、
    請求項3に記載の多量体抗体。
  11. 前記J鎖またはその断片もしくはバリアントが、アミノ酸配列である配列番号7を含む成熟ヒトJ鎖、またはその断片、またはそのバリアントである、請求項9または請求項10に記載の多量体抗体。
  12. 前記J鎖またはその断片が、配列番号7のアミノ酸Y102に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換を含むバリアントJ鎖であり、
    前記バリアントJ鎖を含むIgM抗体が、動物への投与に際して、前記J鎖における前記アミノ酸置換を除いて同一でありかつ同じ動物種に同じ手法で投与される参照IgM抗体に比べて、血清半減期の増加を示す、
    請求項11に記載の多量体抗体。
  13. 配列番号7のアミノ酸Y102に対応する前記アミノ酸位置がアラニン(A)で置換されており、前記バリアントJ鎖がアミノ酸配列である配列番号8を含む、請求項12に記載の多量体抗体。
  14. 前記J鎖またはその断片もしくはバリアントが、異種部分をさらに含む修飾J鎖であり、前記異種部分が、前記J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合またはコンジュゲートされる、請求項9~13のいずれか1項に記載の多量体抗体。
  15. 前記異種部分が、前記J鎖またはその断片もしくはバリアントへ融合された異種ポリペプチドである、請求項14に記載の多量体抗体。
  16. 前記異種ポリペプチドが抗体の抗原結合ドメインまたはそのサブユニットである、請求項15に記載の多量体抗体。
  17. 前記抗体の抗原結合ドメインがscFv断片を含む、請求項16に記載の多量体抗体。
  18. 前記抗体の抗原結合ドメインがCD3へ結合する、請求項17に記載の多量体抗体。
  19. 請求項1に記載の抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは請求項3~18のいずれか1項に記載の多量体抗体を含む、組成物。
  20. 請求項1に記載の抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは請求項3~18のいずれか1項に記載の多量体抗体またはそのサブユニットをコードする核酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
  21. 請求項20に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  22. 請求項21に記載のベクターを含む、宿主細胞。
  23. 請求項1に記載の抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは請求項3~18のいずれか1項に記載の多量体抗体を生産する方法であって、
    請求項22に記載の宿主細胞を培養すること、及び
    前記抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは前記多量体抗体を回収すること
    を含む、前記方法。
  24. がんを治療する方法であって、治療を必要とする対象に、有効量の、請求項1に記載の抗体またはその断片もしくは誘導体、あるいは請求項3~18のいずれか1項に記載の多量体抗体を投与することを含む、前記方法。
  25. 前記対象がヒトである、請求項24に記載の方法。
  26. 前記がんが血液がんである、請求項24または請求項25に記載の方法。
  27. 前記血液がんが急性骨髄性白血病(AML)である、請求項26に記載の方法。
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