JP2024508692A - Ｓｔｉｎｇアゴニストを使用してがんを治療する方法 - Google Patents

Ｓｔｉｎｇアゴニストを使用してがんを治療する方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、部分的には、例えば、ＰＡＲＰ阻害の有効性を改善するために、ＳＴＩＮＧアゴニストを使用して、がんを有する対象における腫瘍促進性マクロファージを抗腫瘍マクロファージに極性化させるための方法に関する。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年２月１１日に出願された米国仮出願第６３／１４８，４２６号の利益を主張し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
政府権利の陳述
本発明は、国立衛生研究所から授与された助成金番号Ｐ５０ＣＡ１６８５０４、Ｐ５０ＣＡ１６５９６２、及びＲ３５ＣＡ２１００５７、並びに国防総省から授与された助成金番号Ｗ８１ＸＷＨ－２０－１－０１１８に基づく政府の支援により行われた。政府は、本発明において、特定の権利を有する。
相同組換え（ＨＲ）欠損は、ＨＲ経路遺伝子、最も一般的にはＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２（ＢＲＣＡ１／２）の機能喪失変異を保有する卵巣腫瘍及び乳腺腫瘍の両方で治療的に利用されているポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤（ＰＡＲＰｉ）に対する絶妙な感受性を付与する。実質的な無増悪生存期間（ＰＦＳ）の利点に基づいて、３つのＰＡＲＰｉが、アジュバント及び転移の両方の設定で、ＢＲＣＡ変異卵巣がんのＦＤＡ承認を得ている。最近では、オラパリブによる維持治療は、ＢＲＣＡ変異再発卵巣がんを有する患者に前例のない全生存期間の利益を付与することが示された。しかしながら、卵巣がんと比較して、ＰＡＲＰｉ療法は、ＢＲＣＡ変異型乳がんにおいてあまり効果がないようである。それにもかかわらず、ＦＤＡは、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異型及びＨＥＲ２陰性進行乳がんを有する患者のための単剤療法として、２つのＰＡＲＰｉ（オラパリブ及びタラゾパリブ）を承認した。
これらのＰＡＲＰｉは、ＰＦＳを有意に改善したが、ＯｌｙｍｐｉＡＤ及びＥＭＢＲＡＣＡ臨床試験からの最近の結果は、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを有する患者におけるオラパリブ及びタラゾパリブの両方の全生存の利点がないことを示唆しており、ＰＡＲＰｉに対する応答を改善するための戦略を開発するために、ＢＲＣＡ変異型乳がんがＰＡＲＰｉに対してより難治性である理由を理解する必要性を強調している。
オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）は、ＥＧＦＲ活性化変異又は前世代のＥＧＦＲ－ＴＫＩに耐性の後天性Ｔ７９０Ｍ変異を有する非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を有する患者のための第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）である。その顕著な有効性にもかかわらず、オシメルチニブに対する耐性の出現は避けられず、そのような耐性を克服することは、臨床において依然として重要な課題であり、したがって、そのような耐性を克服するための新規治療が必要である。
本発明は、ＳＴＩＮＧアゴニストが、マクロファージのＳＴＩＮＧ依存的な様式で、Ｍ２様の腫瘍促進性（ｐｒｏ－ｔｕｍｏｒ）マクロファージを、Ｍ１様の抗腫瘍（ａｎｔｉ－ｔｕｍｏｒ）マクロファージに再プログラムするという発見に少なくとも部分的に基づいている。この発見は、例えば、Ｍ２様マクロファージに富むある特定のがんを治療するために、又はいくつかのがんにおけるＰＡＲＰ阻害、ＴＫ阻害剤、及び／若しくはＤＮＡ合成の阻害剤の有効性を改善するために、様々な方法で利用することができる。この発見は、耐性が腫瘍又は腫瘍微小環境におけるＭ２様腫瘍促進性マクロファージのレベル又は量の増加を特徴とする任意のがんにおける薬物耐性を克服又は防止するために使用することができる。いくつかの実施形態では、薬物耐性は、がん又は腫瘍に対するＭ２様腫瘍促進性マクロファージの動員を特徴とし得る。この発見は、薬物投与の結果としてのＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を特徴とする薬物耐性を克服するために使用することもできる。最後に、この発見は、がんにおけるフィードフォワード様式で肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）の分泌を特徴とする薬物耐性を克服するために使用することもできる。ＨＧＦ及び薬物耐性におけるその役割に関する更なる詳細は、Ｄｏｎｇ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｍ２ ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ ｍｅｄｉａｔｅ ｓｏｒａｆｅｎｉｂ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｂｙ ｓｅｃｒｅｔｉｎｇ ＨＧＦ ｉｎ ａ ｆｅｅｄ－ｆｏｒｗａｒｄ ｍａｎｎｅｒ ｉｎ ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ．２０１９ Ｊｕｌ；１２１（１）：２２－３３に見出すことができ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの態様では、がんを有する対象におけるＰＡＲＰ阻害の有効性を改善する方法は、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＰＡＲＰ阻害剤と併用投与することを含む。
変異型ＥＧＦＲによって駆動される肺がんの同系遺伝子操作マウス（ＧＥＭ）モデルは、ＥＧＦＲ変異型腫瘍がＴ細胞依存的な様式で腫瘍増殖の初期段階ではオシメルチニブに非常に感受性であるが、それらが進行するにつれて耐性になることを示している。したがって、本発明は、免疫抑制性腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の存在が腫瘍をオシメルチニブに対して耐性にするという決定にも部分的に基づいている。これらの腫瘍におけるＴＡＭの枯渇は、オシメルチニブの有効性を救済する。新しく開発されたＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２を用いたＴＡＭの再プログラミングは、抗腫瘍免疫を再活性化し、オシメルチニブと組み合わせた場合、マウスにおける耐性腫瘍の持続的な退縮をもたらす。本明細書に示される結果は、抑制性腫瘍免疫微小環境が、ＥＧＦＲ変異型腫瘍のオシメルチニブに対する耐性を駆動することができることを示す。したがって、本明細書では、耐性を克服し、治療転帰を改善するための新しい戦略が提供される。
また、本明細書において、がんを有する対象におけるチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）阻害の有効性を改善することを、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）と併用投与することにより行う方法を提供する。
ある特定の態様では、がんを有する対象における腫瘍促進性マクロファージを抗腫瘍マクロファージに極性化させる方法は、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。また本明細書において、がんを有する対象における薬物耐性を防止又は逆転する方法も提供され、薬物耐性が、抗腫瘍マクロファージを腫瘍促進性マクロファージに極性化させることの結果であり、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。薬物耐性は、ＰＡＲＰ阻害に対する耐性であり得る。薬物耐性は、ＴＫ阻害に対する耐性であり得る。薬物耐性は、ＤＮＡ合成阻害剤に対する耐性であり得る。
また、本明細書において、がんを有する対象におけるＤＮＡ合成阻害剤の有効性を改善することを、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＤＮＡ合成阻害剤と併用投与することによって行う方法も提供される。例示的なＤＮＡ合成阻害剤としては、ゲムシタビン、サパシタビン、シチジン類似体、シタラビン、テザシタビン、トロキサシタビン、ＤＭＤＣ、ＣＮＤＡＣ、ＥＣｙＤ、クロファラビン、又はデシタビンなどのヌクレオシド類似体が挙げられるが、これらに限定されない。ゲムシタビンにおける耐性に関する追加情報は、Ｂｕｌｌｅ Ａ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｍｃｉｔａｂｉｎｅ Ｒｅｃｒｕｉｔｓ Ｍ２－Ｔｙｐｅ Ｔｕｍｏｒ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ ｉｎｔｏ ｔｈｅ Ｓｔｒｏｍａ ｏｆ Ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ Ｃａｎｃｅｒ．Ｔｒａｎｓｌ Ｏｎｃｏｌ．２０２０ Ｍａｒ；１３（３）：１００７４３に見出すことができ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の任意の態様に適用され得、かつ／又は本明細書に記載される任意の他の実施形態と組み合わされ得る多数の実施形態が更に提供される。例えば、いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、マクロファージにおけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化する。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、腫瘍細胞の細胞質ｄｓＤＮＡｓ／ｃＧＡＭＰ又は腫瘍内送達ＳＴＩＮＧアゴニスト）は、腫瘍内樹状細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化しない。いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍細胞においてＳＴＩＮＧシグナル伝達経路に欠陥を有する。いくつかの実施形態では、腫瘍促進性マクロファージは、Ｍ２様である。いくつかの実施形態では、抗腫瘍マクロファージは、Ｍ１様である。
同様に、いくつかの実施形態では、投与は、ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達を含む。初期世代のＳＴＩＮＧアゴニストは、全身送達には好適ではないことが知られている。いくつかの実施形態では、投与は、経口、静脈内、又は腹腔内投与である。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、修飾ヌクレオチドＳＴＩＮＧアゴニストである。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＤＭＸＡＡ、ＭＳＡ－２、ＳＲ－７１７、ＦＡＡ、ＣＭＡ、α－マンゴスチン、ＢＮＢＣ、ＤＳＤＰ、ｄｉＡＢＺＩ、二環式ベンズアミド、及びベンゾチオフェンから選択される。いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、ＣＥＰ９７２２、Ｅ７０１６、ＡＧ０１４６９９、ＭＫ４８２７、ＢＭＮ－６７３、イニパリブ、及び３－アミノベンズアミドから選択される。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニスト及びＰＡＲＰ阻害剤は、併用投与される。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＰＡＲＰ阻害剤の前に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＰＡＲＰ阻害剤と同時に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニスト及びＴＫ阻害剤は、併用投与される。いくつかの実施形態では、併用投与は、ＴＫ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤、本明細書に開示される任意の他のＴＫ阻害剤）の前に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＴＫ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤）と同時に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。ＴＫ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤）は、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、オルムチニブ（ＨＭ６１７１３）、ナザルチニブ（ＥＧＦ８１６）、ナコチニブ（ＡＳＰ８２７３）、マベレルチニブ（ＰＦ－０６４７７７５）、アルモネルチニブ、ＴＹ－９５９１、ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びＡＣ００１０から選択され得る。
本明細書に開示されるＴＫ阻害剤は、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦ）ＴＫ阻害剤、上皮増殖因子（ＥＧＦ）受容体ＴＫ阻害剤、血小板由来内皮増殖因子受容体（ＰＤＧＦ）ＴＫ阻害剤であり得るか、又はＴＫ阻害剤は、線維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）受容体ＴＫ阻害剤であり得る。ＴＫ阻害剤は、例えば、アキシチニブ、ダサチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ニロチニブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、ボスチニブ、アバプリチニブ、カプマチニブ、ペミガチニブ、リプレチニブ、セルペルカチニブ、セルメチニブ、ツカチニブ、エヌトレクチニブ、エルダフィチニブ、フェドラチニブ、ペキシダルチニブ、腱滑膜、ウパダシチニブ、ザヌブルチニブ、バリシチニブ、ビニメチニブ、ダコミチニブ、フォスタマチニブ、ギルテリチニブ、ラロトレクチニブ、ロルラチニブ、アカラブルチニブ、ブリグチニブ、ミドスタウリン、ネラチニブ、アレクチニブ、コビメチニブ、レンバチニブ、オシメルチニブ、セリチニブ、ニンテダニブ、アファチニブ、イブルチニブ、トラメチニブ、アキシチニブ、ボスチニブ、カボザンチニブ、ポナチニブ、レゴラフェニブ、トファシチニブ、クリゾチニブ、ルキソリチニブ、バンデタニブ、パゾパニブ、ラパチニブ、ゲフィチニボール、又はスニチニブであり得る。
いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニスト及びＤＮＡ合成阻害剤は、併用投与される。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＤＮＡ合成阻害剤の前に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＤＮＡ合成阻害剤と同時に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。
同様に、いくつかの実施形態では、がんは、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０よりも高いか、若しくはそれ以上、又はその間の任意の範囲（境界値を含む、例えば、０．２７～０．６０））を有する腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、がんは、０．１５よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．１６、０．１７、０．１８、０．１９、０．２０、０．２１、０．２２、０．２３、０．２４、０．２５、０．２６、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０、０．８１、０．８２、０．８３、０．８４、０．８５、０．８６、０．８７、０．８８、０．８９、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９よりも高いか、又はそれ以上）を有する腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、がんは、０．１５～０．２５、０．２０～０．３０、０．２５～０．３、０．３～０．４０、０．３５～０．４５、０．４０～０．５０、０．４５～０．５５、０．５０～０．６０、０．５５～０．６５、０．６０～０．７０、０．６５～０．７５、０．７０～０．８０、０．７５～０．８５、０．８０～０．９０、又はその間の任意の範囲（境界値を含む、例えば、０．１５～０．９０、０．３０～０．８５等）のＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含む。
いくつかの実施形態では、がんは、Ｍ２／Ｍ１の比率が１．０よりも高い（例えば、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、１．９５、又はそれ以上（境界値を含む）、例えば、１．１～１．３、１～１．２、１．２～１．４、１．３～１．５、１．４～１．６、１．５～１．７、１．６～１．８、１．７～１．９、１．８～２．０、１．０～１．５、１．５～１．０、１．２～１．７、１．４～１．９、１．５～２．０、若しくはその間の任意の範囲（境界値を含む）、例えば、１．１～２．０、１．３～１．８等）腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、Ｍ１細胞は、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋ＭＨＣＩＩ高ＣＤ２０６低、又はＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋ＭＨＣＩＩ高ＣＤ１６３低として特徴付けられ、かつ／又はＭ２細胞は、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋ＭＨＣＩＩ低ＣＤ２０６高、又はＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋ＭＨＣＩＩ低ＣＤ１６３高として特徴付けられる。いくつかの実施形態では、がんは、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）などの肺がん、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）若しくは相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がんなどの卵巣がん、又は任意の相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がんを含む。がんは、任意の相同組換え欠損（ＨＲＤ）がん（例えば、ＨＲＤ卵巣がん）であり得る。がんは、ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＨＥＫ２、又はＦＡＮＣ遺伝子における変異を含むＨＲＤがん又は腫瘍であり得る。がんは、ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＨＥＫ２、又はＦＡＮＣ遺伝子によってコードされるタンパク質の異常発現に関連するＨＲＤがん又は腫瘍であり得る。がんは、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節する遺伝子変異、及び／又は腫瘍関連マクロファージをＭ２様マクロファージ（例えば、ＫＲＡＳＧ１２Ｄ変異などのＫＲＡＳ遺伝子の変異を有するがん）に極性化させる遺伝子変異を含む任意のがんであり得る。ＫＲＡＳＧ１２Ｄ及びそのＳＴＡＴ３シグナル伝達との関連に関する更なる詳細は、Ｄａｉ Ｅ ｅｔ ａｌ．Ａｕｔｏｐｈａｇｙ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｆｅｒｒｏｐｔｏｓｉｓ ｄｒｉｖｅｓ ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ ｐｏｌａｒｉｚａｔｉｏｎ ｖｉａ ｒｅｌｅａｓｅ ａｎｄ ｕｐｔａｋｅ ｏｆ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ＫＲＡＳ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ａｕｔｏｐｈａｇｙ．２０２０；１６（１１）：２０６９－２０８３に見出すことができる（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、がんは、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がんを含む。いくつかの実施形態では、がんは、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含む。
ＳＴＩＮＧアゴニストはまた、Ｍ２とＭ１の比が１．０未満であるナイーブＢＲＣＡ１腫瘍におけるＰＡＲＰｉの治療有効性を増強することもできる。ある特定の実施形態では、対象はＢＲＣＡナイーブ乳がん又は卵巣がんを有する。いくつかの実施形態では、がんは、ＢＲＣＡ変異を保有しない乳がんを含む。いくつかの実施形態では、がんは、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含まない。いくつかの実施形態では、がんは、Ｍ２／Ｍ１の比率が１．０未満（例えば、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、若しくは０．１、又はそれ以上（境界値を含む）、例えば、０．１～０．３、０．２～０．４、０．３～０．５、０．４～０．６、０．５～０．７、０．６～０．８、若しくは０．７～０．９、又はそれらの間の任意の範囲（０．１～０．９、０．３～０．８等を含む）の腫瘍を含む。
いくつかの実施形態では、がんは、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異などのＥＧＦＲ変異を保有する肺がんを含む。いくつかの実施形態では、がんは、エクソン１９欠失変異を保有する肺がんを含む。いくつかの実施形態では、がんは、エクソン２１に単一の点置換変異Ｌ８５８Ｒを保有する肺がんを含む。いくつかの実施形態では、がんは、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異などのＥＧＦＲ変異を保有する非小細胞肺がんを含む。
同様に、いくつかの実施形態では、がんは、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０、若しくはそれ以上、又はその間の任意の範囲（境界値を含む、例えば、０．２７～０．６０））を有する腫瘍の亜集団を含む。いくつかの実施形態では、がんは、０．１５よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．１６、０．１７、０．１８、０．１９、０．２０、０．２１、０．２２、０．２３、０．２４、０．２５、０．２６、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０、０．８１、０．８２、０．８３、０．８４、０．８５、０．８６、０．８７、０．８８、０．８９、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９よりも高いか、又はそれ以上）を有する腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、がんは、００．１５～０．２５、０．２０～０．３０、０．２５～０．３、０．３～０．４０、０．３５～０．４５、０．４０～０．５、０．４５～０．５５、０．５０～０．６０、０．５５～０．６５、０．６０～０．７０、０．６５～０．７５、０．７０～０．８０、０．７５～０．８５、０．８０～０．９０、又はその間の任意の範囲（境界値を含む、例えば、０．１５～０．９０、０．３０～０．８５）のＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含む。
いくつかの実施形態では、がんは、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを獲得した腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、がんは、治療経過にわたって、０．１５よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．１６、０．１７、０．１８、０．１９、０．２０、０．２１、０．２２、０．２３、０．２４、０．２５、０．２６、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０、０．８１、０．８２、０．８３、０．８４、０．８５、０．８６、０．８７、０．８８、０．８９、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９よりも高いか、若しくはそれ以上）を獲得した腫瘍、又は０．１０よりも高い（すなわち、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、若しくは１．９５）Ｍ２／Ｍ１の比率を獲得した腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、対象は、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍内樹状細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化に欠陥を有する。
同様に、いくつかの実施形態では、Ｍ２濃縮スコアは、腫瘍及び腫瘍微小環境のＲＮＡ配列決定データのＧＳＥＡ分析（例えば、バルク腫瘍、胸水又は腹水のＲＮＡ配列決定分析；がん患者における任意のタイプの滲出液中の腫瘍浸潤免疫細胞又は免疫細胞の単一細胞ＲＮＡ配列決定分析）によって決定される。いくつかの実施形態では、Ｍ２／Ｍ１の比率は、任意のタイプの腫瘍組織（例えば、パラフィン包埋腫瘍組織、凍結腫瘍組織）のサイクリック免疫蛍光（ＣｙＣＩＦ）又は従来の免疫組織化学分析によって検出される。いくつかの実施形態では、Ｍ２／Ｍ１の比率は、がん患者における任意のタイプの滲出液中の腫瘍浸潤免疫細胞若しくは免疫細胞のフローサイトメトリー分析又は飛行時間によるサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）分析によって検出される。いくつかの実施形態では、Ｍ１及びＭ２マクロファージは、文献に列挙されている任意のタイプの表現型マーカーを使用して決定される（例えば、マクロファージマーカー：ＣＤ１１ｂ、Ｆ４／８０、及びＣＤ６８；Ｍ１マーカー：ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣ－ＩＩ、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ｉＮＯＳ、ＳＯＣＳ３、ＩＦＮ－β、ＴＮＦ－α、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ８、ＣＣＬ９、ＣＣＬ１０、ＣＣＬ１１；Ｍ２マーカー：ＣＤ１６３、ＣＤ２０６、ＣＤ２００Ｒ、ＡＲＧ－１、Ｙｍ１／２、Ｆｉｚｚ１、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β、ＶＥＧＦ、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＲ２）。
同様に、いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、用量当たり少なくとも１０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも１５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４５ｍｇ／ｋｇ体重、５０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも５５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９５ｍｇ／ｋｇ体重、又は少なくとも１００ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤は、用量当たり少なくとも１ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも１０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも１５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４５ｍｇ／ｋｇ体重、５０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも５５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９５ｍｇ／ｋｇ体重、又は少なくとも１００ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与される。投薬量は、１日に２回、１日に１回、１日に２回、１週間に２回、１週間に１回、１ヶ月に３回、１ヶ月に２回、又は毎月投与され得る。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、用量当たり少なくとも１ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも１０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも１５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも２５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも３５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも４５ｍｇ／ｋｇ体重、５０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも５５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも６５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも７５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも８５ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９０ｍｇ／ｋｇ体重、少なくとも９５ｍｇ／ｋｇ体重、又は少なくとも１００ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与される。投薬量は、１日に２回、１日に１回、１日に２回、１週間に２回、１週間に１回、１ヶ月に３回、１ヶ月に２回、又は毎月投与され得る。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、２～３回投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、追加の療法を含む。いくつかの実施形態では、追加の療法は、放射線療法を含む。いくつかの実施形態では、追加の療法は、化学療法（例えば、パクリタキセル、白金系薬物（例えば、シスプラチン、オキサリプラチン）、トポイソメラーゼＩＩのようなトポイソメラーゼ活性の阻害剤（例えば、エトポシド）、ＤＮＡインターカレーター（例えば、ドキソルビシン）、及び／又はＤＮＡアルキル化剤（例えば、テモゾロミド）を含む）を含む。いくつかの実施形態では、追加の療法は、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）標的化剤（例えば、ＡＴＭｉ、ＡＴＲｉ、ＣＨＫ１／２ｉ、又はＷｅｅ１ｉを含む）を含む。
いくつかの態様では、ＳＴＩＮＧアゴニストによる治療について、がんを有する対象を選択する方法は、対象由来の腫瘍についてのＭ２濃縮スコアを検出することと、スコアが０．２７よりも高い場合に対象を選択することと、を含む。いくつかの実施形態では、がんは、０．１５よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．１６、０．１７、０．１８、０．１９、０．２０、０．２１、０．２２、０．２３、０．２４、０．２５、０．２６、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０、０．８１、０．８２、０．８３、０．８４、０．８５、０．８６、０．８７、０．８８、０．８９、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９よりも高いか、又はそれ以上）を獲得した腫瘍を含む。いくつかの態様では、ＳＴＩＮＧアゴニストによる治療について、がんを有する対象を選択する方法は、対象由来の腫瘍についてＭ２／Ｍ１の比率を検出することと、スコアが１．０よりも高い（すなわち、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、又は１．９５よりも高い）場合に対象を選択することと、を含む。
上に記載のように、本発明の任意の態様に適用され得、かつ／又は本明細書に記載される任意の他の実施形態と組み合わされ得る多数の実施形態が更に提供される。例えば、いくつかの実施形態では、がんは、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）若しくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）などの肺がん、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）若しくは相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がんなどの卵巣がん、又は任意の相同組換え型（ＨＲＰ）がんを含む。がんは、任意の相同組換え欠損（ＨＲＤ）がん（例えば、ＨＲＤ卵巣がん）であり得る。がんは、ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＨＥＫ２、ＲＡＤ５１、又はＦＡＮＣ遺伝子における変異を含むＨＲＤがん又は腫瘍であり得る。がんは、ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＨＥＫ２、又はＦＡＮＣ遺伝子によってコードされるタンパク質の異常発現に関連するＨＲＤがん又は腫瘍であり得る。がんは、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節する遺伝子変異、及び／又は腫瘍関連マクロファージをＭ２様マクロファージ（例えば、ＫＲＡＳＧ１２Ｄ変異などのＫＲＡＳ遺伝子の変異を有するがん）に極性化させる遺伝子変異を含む任意のがんであり得る。いくつかの実施形態では、がんは、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がん（例えば、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がん）を含む。ある特定の実施形態では、対象はＢＲＣＡナイーブ乳がん又は卵巣がんを有する。いくつかの実施形態では、対象は、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化に欠陥を有する。いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達経路に欠陥を有し、したがって、腫瘍内ＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、腫瘍細胞から放出されるｄｓＤＮＡｓ／ｃＧＡＭＰ又は腫瘍内送達ＳＴＩＮＧアゴニスト）は、腫瘍内樹状細胞及びマクロファージを活性化することができない。
一態様では、がんが０．２７よりも高いＭ２濃縮スコア又は１．０よりも高いＭ２／Ｍ１の比率を有する腫瘍を含む、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを有する対象を治療する方法は、対象に全身投与することを含み、任意選択的に、投与は、約１０ｍｇ／ｋｇ体重のＳＴＩＮＧアゴニストの、約５０ｍｇ／ｋｇ体重のＰＡＲＰ阻害剤との併用投与である。
また、本明細書において、生殖細胞系ＥＧＦＲ変異を保有する非小細胞肺がんを有する対象を治療する方法が提供され、がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含み、対象に、ＳＴＩＮＧアゴニストを、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤と併用投与することを含む。
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免疫抑制ＴＡＭを有するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍が、インビボでオラパリブに対して中程度の応答を有することを示す。Ｃｒｅリコンビナーゼ（Ａｄ－Ｃｒｅ）を発現するアデノウイルスを乳腺の内腔に直接管内注射することによる、Ｂｒｃａ１欠損乳腺腫瘍の同系ＧＥＭＭの生成を示す。データは、平均値±標準誤差（図１Ｃ及び図１Ｇ）、平均値±標準偏差（図１Ｆ）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１Ｃ）。両側対応のないｔ検定（図１Ｄ～図１Ｇ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 免疫抑制ＴＡＭを有するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍が、インビボでオラパリブに対して中程度の応答を有することを示す。Ａｄ－Ｃｒｅの管内注射有り又は無しの、Ｂｒｃａ１Ｌ／Ｌ Ｔｒｐ５３Ｌ／Ｌマウスの無腫瘍生存を示す（ｎ＝６）。データは、平均値±標準誤差（図１Ｃ及び図１Ｇ）、平均値±標準偏差（図１Ｆ）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１Ｃ）。両側対応のないｔ検定（図１Ｄ～図１Ｇ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 免疫抑制ＴＡＭを有するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍が、インビボでオラパリブに対して中程度の応答を有することを示す。単剤療法として又は組み合わせて、オラパリブ又は抗ＰＤ－１で処置したＦＶＢマウスにおけるＢｒｃａ１－／－ Ｔｒｐ５３－／－（ＢＰ）同種移植片の腫瘍増殖を示す。対照：ｎ＝８、抗ＰＤ－１：ｎ＝８、オラパリブ：ｎ＝６、オラパリブ＋抗ＰＤ－１：ｎ＝１０。データは、平均値±標準誤差（図１Ｃ及び図１Ｇ）、平均値±標準偏差（図１Ｆ）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１Ｃ）。両側対応のないｔ検定（図１Ｄ～図１Ｇ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 免疫抑制ＴＡＭを有するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍が、インビボでオラパリブに対して中程度の応答を有することを示す。オラパリブ有り又は無しで２１日間処置したＦＶＢマウスからのＢＰ腫瘍の分析を示す。腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ、７ＡＡＤ－ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋）を、ＣＤ２０６対ＭＨＣ－ＩＩとしてプロットして、Ｍ１様（ＭＨＣ－ＩＩ高ＣＤ２０６－）及びＭ２様（ＭＨＣ－ＩＩ低ＣＤ２０６＋）極性化表現型を同定した。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（図１Ｃ及び図１Ｇ）、平均値±標準偏差（図１Ｆ）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１Ｃ）。両側対応のないｔ検定（図１Ｄ～図１Ｇ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 免疫抑制ＴＡＭを有するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍が、インビボでオラパリブに対して中程度の応答を有することを示す。腫瘍細胞移植２８日後のＢｒｃａ１欠損マウスの乳腺腫瘍又はＢｒｃａ１欠損マウスの卵巣腫瘍を有するＦＶＢマウスからの腫瘍の分析を示す。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（図１Ｃ及び図１Ｇ）、平均値±標準偏差（図１Ｆ）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１Ｃ）。両側対応のないｔ検定（図１Ｄ～図１Ｇ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 免疫抑制ＴＡＭを有するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍が、インビボでオラパリブに対して中程度の応答を有することを示す。ＢＲＣＡ１変異型（ｍｕｔ）卵巣がんを有する患者（ｎ＝２９）及びＢＲＣＡ１変異型乳がんを有する患者（ｎ＝３０）のＭ２免疫抑制遺伝子シグネチャーについてのＴＣＧＡコホートの分析を示す。データは、平均値±標準誤差（図１Ｃ及び図１Ｇ）、平均値±標準偏差（図１Ｆ）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１Ｃ）。両側対応のないｔ検定（図１Ｄ～図１Ｇ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 免疫抑制ＴＡＭを有するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍が、インビボでオラパリブに対して中程度の応答を有することを示す。ＢＰ腫瘍から選別したＴＡＭとともに２日間共培養したＣＤ８＋Ｔ細胞のサイトカイン産生の分析を示す（ｎ＝４～８）。データは、平均値±標準誤差（図１Ｃ及び図１Ｇ）、平均値±標準偏差（図１Ｆ）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１Ｃ）。両側対応のないｔ検定（図１Ｄ～図１Ｇ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ａｄｅ－Ｃｒｅの管内注射によって誘発される乳房腫瘍のＢｒｃａ１Ｌ／ＬＴｒｐ５３Ｌ／Ｌマウスモデルを示す。左パネルは、マウス乳房上皮細胞（ＭＭＥＣ）及びＢｒｃａ１－／－ Ｔｒｐ５３－／－（ＢＰ）マウスの乳房腫瘍細胞におけるＢｒｃａ１のＲＴ－ｑＰＣＲ分析を示す。右パネルは、ＢＰ及びＭＭＥＣにおけるＴｒｐ５３のＲＮＡ－ｓｅｑ分析を示す（ｎ＝３～５）。データは、平均値±標準誤差、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。両側対応のないｔ検定。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ａｄｅ－Ｃｒｅの管内注射によって誘発される乳房腫瘍のＢｒｃａ１Ｌ／ＬＴｒｐ５３Ｌ／Ｌマウスモデルを示す。Ｂｒｃａ１Ｌ／ＬＴｒｐ５３Ｌ／Ｌマウスからの乳房腫瘍のＨ＆Ｅ染色を示す。データは、平均値±標準誤差、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。両側対応のないｔ検定。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ａｄｅ－Ｃｒｅの管内注射によって誘発される乳房腫瘍のＢｒｃａ１Ｌ／ＬＴｒｐ５３Ｌ／Ｌマウスモデルを示す。オラパリブ処理の有り又は無しの、ＦＶＢマウス由来のＢＰ腫瘍の分析を示し、処理の７日後の腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞、並びに処理の２１日後の腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の評価を示す。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。両側対応のないｔ検定。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ａｄｅ－Ｃｒｅの管内注射によって誘発される乳房腫瘍のＢｒｃａ１Ｌ／ＬＴｒｐ５３Ｌ／Ｌマウスモデルを示す。ＢＰ腫瘍から選別したＴＡＭ（７ＡＡＤ－ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋）とともに２日間共培養したＣＤ８＋Ｔ細胞のエフェクター細胞（ＣＤ４４高ＣＤ６２Ｌ低）の割合及びＣＤ２５の表面発現の分析を示す（ｎ＝４～８）。データは、平均値±標準誤差、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。両側対応のないｔ検定。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ａｄｅ－Ｃｒｅの管内注射によって誘発される乳房腫瘍のＢｒｃａ１Ｌ／ＬＴｒｐ５３Ｌ／Ｌマウスモデルを示す。図１Ｄ、図１Ｅ、及び図２Ｃに記載されるフローサイトメトリー分析のためのゲーティング戦略を示す。データは、平均値±標準誤差、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。両側対応のないｔ検定。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞がインビトロでＭ２様マクロファージの極性化を誘導することを示す。ワークフローの図である。上：オラパリブ処理有り又は無しでＢＰ腫瘍細胞と共培養したマウス骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）。下：オラプリブ処理又はＤＭＳＯ処理ＢＰ腫瘍細胞から採取した５０％馴化培地（ＣＭ）と、ＢＭＤＭをインキュベートした。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図３Ｂ、図３Ｄ、及び図３Ｅ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞がインビトロでＭ２様マクロファージの極性化を誘導することを示す。ＢＰ腫瘍１細胞と共培養したＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析である。ＢＭＤＭ（ＣＤ１１ｂ＋）を、ＣＤ２０６対ＭＨＣ－ＩＩとしてプロットして、Ｍ１様（ＣＤ２０６－ＭＨＣ－ＩＩ高）及びＭ２様（ＣＤ２０６＋ＭＨＣ－ＩＩ低）の極性化表現型を同定した（ｎ＝３～６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図３Ｂ、図３Ｄ、及び図３Ｅ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞がインビトロでＭ２様マクロファージの極性化を誘導することを示す。ＤＭＳＯビヒクル対照、オラパリブ（ＯＬ、５μＭ）、５０％ＢＰ－ＣＭ、又は５０％ＯＬ処理ＢＰ（ＢＰ／ＯＬ）－ＣＭと２４時間インキュベートしたＢＭＤＭにおける、抗腫瘍遺伝子及び腫瘍促進性遺伝子についての遺伝子発現のヒートマップである。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図３Ｂ、図３Ｄ、及び図３Ｅ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞がインビトロでＭ２様マクロファージの極性化を誘導することを示す。対照培地、５０％ＢＰ－ＣＭ、又は５０％ＢＰ／ＯＬ－ＣＭと２４時間インキュベートしたマウスＢＭＤＭのＲＴ－ｑＰＣＲ分析である（ｎ＝３～５）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図３Ｂ、図３Ｄ、及び図３Ｅ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞がインビトロでＭ２様マクロファージの極性化を誘導することを示す。対照培地、５０％腫瘍細胞ＣＭ、又はオラパリブ処理腫瘍細胞の５０％ＣＭと２４時間インキュベートしたＴＨＰ－１ヒトマクロファージのＲＴ－ｑＰＣＲ分析である（ｎ＝３～６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図３Ｂ、図３Ｄ、及び図３Ｅ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞が、インビトロで腫瘍促進性マクロファージの極性化を誘導することを示す。対照培地、又はＢＰ細胞若しくはオラパリブ処理ＢＰ細胞（ＢＰ／ＯＬ）に由来する５０％馴化培地（ＣＭ）と２日間インキュベートしたマウスＢＭＤＭの分析である。ＢＭＤＭ（ＣＤ１１ｂ＋）を、ＣＤ２０６対ＭＨＣＩＩとしてプロットして、Ｍ１様（ＣＤ２０６－ＭＨＣＩＩｈｉｇｈ）及びＭ２様（ＣＤ２０６＋ＭＨＣＩＩ低）の極性化表現型を同定した（ｎ＝４～７）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５。 ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞が、インビトロで腫瘍促進性マクロファージの極性化を誘導することを示す。対照培地、又はＢＰ細胞若しくはオラパリブ処理ＢＰ細胞（ＢＰ／ＯＬ）に由来する５０％馴化培地（ＣＭ）と２日間インキュベートしたマウスＢＭＤＭの分析である。ＢＭＤＭ（ＣＤ１１ｂ＋）を、ＣＤ２０６対ＭＨＣＩＩとしてプロットして、Ｍ１様（ＣＤ２０６－ＭＨＣＩＩｈｉｇｈ）及びＭ２様（ＣＤ２０６＋ＭＨＣＩＩ低）の極性化表現型を同定した（ｎ＝４～７）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。図５Ｂ～図５Ｆのワークフローの図である。対照ＢＭＤＭ又は腫瘍教育マクロファージ（ＴＥＭ）からの馴化培地を腫瘍細胞培養物に添加し、続いて、オラパリブで処理した。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。オラパリブ処理の２日後、ＤＡＰＩ及び抗ｄｓＤＮＡ抗体を使用して、ＢＰ腫瘍細胞を染色した。細胞質ｄｓＤＮＡの強度を定量化した。スケールバー：５０μｍ（２つの独立した実験からのｎ＝１０～２６視野）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。ＢＰ細胞を、抗Ｈ２ＡＸホスホ（Ｓｅｒ１３９）抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。ＭＦＩ：中央値蛍光強度（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。ＭＤＡ－ＭＢ－４３６細胞を、抗Ｈ２ＡＸホスホ（Ｓｅｒ１３９）抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。ＭＦＩ：中央値蛍光強度（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。ＢＰ細胞を、アポトーシス（アネキシンＶ＋７－ＡＡＤ－）について分析した（ｎ＝３～６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。ＭＤＡ－ＭＢ－４３６細胞を、アポトーシス（アネキシンＶ＋７－ＡＡＤ－）について分析した（ｎ＝３～６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。ＢＰ腫瘍から選別された腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）有り又は無しで共培養し、続いて、オラパリブで３日間処理したＢＰ細胞のアポトーシス分析である（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。図５Ｉ及び図５Ｊのワークフローの図である。腫瘍細胞を、対照培地、又はＢＭＤＭ若しくはＴＥＭからの馴化培地とインキュベートし、続いて、オラパリブで処理した。処理の２日後、オラパリブを洗い流し、マウス骨髄由来樹状細胞（ＤＣ）をＢＰ細胞に添加して、２４時間共培養した。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。オラパリブ処理又はＤＭＳＯ処理ＢＰ細胞と共培養したＤＣのＳＴＩＮＧ経路の活性化（ｐ－ＴＢＫ１＋１ｐ－ＩＲＦ３＋）のフローサイトメトリー分析である（ｎ＝４）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＥＭが、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ活性化を消失させることを示す。共培養から単離したＤＣにおけるＩｆｎｂ、Ｃｃｌ５、及びＣｘｃｌ１０の発現のＲＴ－ｑＰＣＲ分析である（ｎ＝４～９）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 腫瘍細胞教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）が、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞のオラパリブに対する合成致死応答を抑制することを示す。オラパリブによる１６時間の処理有り又は無しでＴＨＰ－１ヒトマクロファージと共培養したＭＤＡ－ＭＤ－４３６細胞の分析である。共培養におけるＭＤＡ－ＭＤ－４３６腫瘍細胞（ＣＤ４５－）を、Ｓｅｒ１３９でのヒストンＨ２ＡＸのリン酸化について、フローサイトメトリーによって分析した（ｎ＝６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 腫瘍細胞教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）が、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞のオラパリブに対する合成致死応答を抑制することを示す。３日間のオラパリブ処理有り又は無しでマウスＢＭＤＭと共培養したＢＰ細胞の分析である。ＢＰ腫瘍細胞（ＣＤ１１ｂ－）を、アポトーシス（アネキシンＶ＋７－ＡＡＤ－）について、フローサイトメトリーによって分析した（ｎ＝５～６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 腫瘍細胞教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）が、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞のオラパリブに対する合成致死応答を抑制することを示す。３日間のオラパリブ処理有り又は無しでＴＨＰ－１ヒトマクロファージと共培養したＭＤＡ－ＭＢ－４３６細胞の分析である。ＭＤＡ－ＭＢ－４３６腫瘍細胞（ＣＤ４５－）を、アポトーシスについて、フローサイトメトリーによって分析した（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 腫瘍細胞教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）が、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞のオラパリブに対する合成致死応答を抑制することを示す。図３Ｉに記載のＢＰ細胞と共培養したＤＣのＳＴＩＮＧ経路の活性化（ｐ－ＴＢＫ１＋ｐ－ＩＲＦ３＋）のフローサイトメトリー分析のためのゲーティング戦略である。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 腫瘍細胞教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）が、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞のオラパリブに対する合成致死応答を抑制することを示す。対照培地、５０％ナイーブＢＭＤＭ馴化培地（ＣＭ）、又は５０％ＴＥＭ－ＣＭにおける、２日間のオラパリブ処理有り又は無しの、ＢＰ腫瘍細胞のＲＴ－ｑＰＣＲ分析である（ｎ＝５～６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。マウスＢＭＤＭを、ＤＭＳＯビヒクル対照、オラパリブ（ＯＬ、５μＭ）、ＤＭＸＡＡ（０．０５ｍｇ／ｍＬ）、ＤＭＸＡＡ有り又は無しの５０％ＢＰ－ＣＭ、又はＤＭＸＡＡ有り又は無しの５０％ＢＰ／ＯＬ－ＣＭで２４時間処理した後、トランスクリプトーム分析に供した。ＢＭＤＭの抗腫瘍及び腫瘍促進性遺伝子発現のヒートマップである。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。マウスＢＭＤＭを、ＤＭＳＯビヒクル対照、オラパリブ（ＯＬ、５μＭ）、ＤＭＸＡＡ（０．０５ｍｇ／ｍＬ）、ＤＭＸＡＡ有り又は無しの５０％ＢＰ－ＣＭ、又はＤＭＸＡＡ有り又は無しの５０％ＢＰ／ＯＬ－ＣＭで２４時間処理した後、トランスクリプトーム分析に供した左：ＢＰ－ＣＭ／ＤＭＳＯと比較して、ＢＰ－ＣＭ／ＤＭＸＡＡで処理したＢＭＤＭの遺伝子発現の変化の有意性及び大きさを示すボルケーノプロットである。右：ＢＰ－ＣＭ／ＤＭＸＡＡで処理したＢＭＤＭにおいて上方調節及び下方調節された、上位にランク付けされた遺伝子オントロジー（ＧＯ）用語である。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。２日間のＤＭＸＡＡ（０．０５ｍｇ／ｍＬ）処理有り又は無しの、対照ナイーブＢＭＤＭ及びＢＰ ＴＥＭの分析である。Ｍ１様（ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ２０６－ＭＨＣ－ＩＩ高）対Ｍ２様（ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ２０６＋ＭＨＣ－ＩＩ低）比を、フローサイトメトリーによって分析した（ｎ＝４）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。２４時間のＤＭＸＡＡ処理有り又は無しの、対照ナイーブＢＭＤＭ及びＢＰ ＴＥＭのＳＴＩＮＧ経路の活性化（ｐ－ＴＢＫ１＋ｐ－ＩＲＦ３＋）の分析である（ｎ＝３～４）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。野生型（ＷＴ）又はＳＴＩＮＧノックアウト（ＳＴＩＮＧ－／－）Ｃ５７／ＢＬ６Ｊマウスから単離されたＢＭＤＭを、対照培地又は５０％ＢＰ－ＣＭとインキュベートして、それぞれ対照ナイーブＢＭＤＭ及びＴＥＭを生成した。次いで、細胞を、ＤＭＸＡＡ有り又は無しで２日間処理した。共刺激分子ＣＤ８６のＭ１対Ｍ２比を、フローサイトメトリーによって分析した（ｎ＝４）データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。野生型（ＷＴ）又はＳＴＩＮＧノックアウト（ＳＴＩＮＧ－／－）Ｃ５７／ＢＬ６Ｊマウスから単離されたＢＭＤＭを、対照培地又は５０％ＢＰ－ＣＭとインキュベートして、それぞれ対照ナイーブＢＭＤＭ及びＴＥＭを生成した。次いで、細胞を、ＤＭＸＡＡ有り又は無しで２日間処理した。共刺激分子ＣＤ８６の表面レベルを、フローサイトメトリーによって分析した（ｎ＝４）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。２日間のＡＤＵ－Ｓ１００（１０μＭ）処理有り又は無しで、対照ＴＨＰ－１マクロファージ又はＭＤＡ－ＭＢ－４３６腫瘍細胞教育されたＴＨＰ－１マクロファージ（ＴＥＭ－４３６）におけるＭ２（ＣＤ１６３）及びＭ１（ＣＤ８６）マーカーの発現である（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。（図７Ｉ）のワークフローの図である。腫瘍細胞を、対照培地、又はナイーブＢＭＤＭ、ＴＥＭ、若しくはＤＭＸＡＡ処理ＴＥＭからの馴化培地とインキュベートし、続いて、オラパリブで処理した。処理の２日後、薬物を除去し、腫瘍細胞１をＤＣと２４時間共培養した。フローサイトメトリー用に、共培養細胞を採取した。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストがＴＥＭをＭ１様状態に再プログラムし、ＴＥＭの存在下、オアラプリブ時、腫瘍細胞によるＤＣの活性化を促進することを示す。上：オラパリブに対するＢＰ腫瘍細胞のＤＮＡ損傷応答を、Ｓｅｒ１３９リン酸化Ｈ２ＡＸに対して染色することによって分析した（ｎ＝３～６）。下：ＢＰ腫瘍細胞と共培養したＤＣにおけるＳＴＩＮＧ経路の活性化（ｐ－ＴＢＫ１＋ｐ－ＩＲＦ３＋）のフローサイトメトリー分析である（ｎ＝４）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストが、インビトロで腫瘍細胞教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）をＭ１様状態に再プログラムすることを示す。マウスＢＭＤＭを、ＤＭＸＡＡ（０．０５ｍｇ／ｍＬ）有り又は無しでオラパリブ処理ＢＰ腫瘍細胞（ＢＰ／ＯＬ）からの５０％馴化培地（ＣＭ）に２４時間曝露した後、トランスクリプトーム分析に供した。左：ＢＰ／ＯＬ－ＣＭ／ＤＭＸＡＡ処理マクロファージとＢＰ／ＯＬ－ＣＭ／ＤＭＳＯ処理マクロファージを比較した、遺伝子発現の変化の有意性及び大きさを示すボルケーノプロットである。右：ＢＰ／ＯＬ－ＣＭ／ＤＭＸＡＡで処理したマクロファージにおける上方調節及び下方調節された、上位にランク付けされた遺伝子オントロジー（ＧＯ）用語である。 ＳＴＩＮＧアゴニストが、インビトロで腫瘍細胞教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）をＭ１様状態に再プログラムすることを示す。ＩＬ４（２０ｎｇ／ｍＬ）、ＬＰＳ（１００ｎｇ／ｍＬ）、ＩＦＮｇ（２０ｎｇ／ｍＬ）、オラパリブ（５μＭ）、ＤＭＸＡＡ（０．０５ｍｇ／ｍＬ）、ＤＭＸＡＡ有り又は無しの５０％ＢＰ－ＣＭ、又はＤＭＸＡＡ有り又は無しの５０％ＢＰ／ＯＬ－ＣＭを含有する培地と２４時間インキュベーションした後のマウスＢＭＤＭの代表的な画像である。 ＳＴＩＮＧアゴニストが、インビボで同系免疫能（ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｅｔｅｎｔ）マウスにおいてオラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善することを示す。単独療法又は併用療法として、オラパリブ（５０ｍｇ／ｋｇ、腹腔内、毎日）又はＤＭＸＡＡの腫瘍内注射（１０ｍｇ／ｋｇ、３週間にわたって週１回投与［合計３回の投与］）で処置されたＦＶＢマウスにおけるＢＰ腫瘍の増殖である。対照：ｎ＝８、オラパリブ：ｎ＝９、ＤＭＸＡＡ：ｎ＝６、オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ：ｎ＝７。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（腫瘍体積）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図９Ａ）。一元配置分散分析（図９Ｂ及び図９Ｃ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストが、インビボで同系免疫能（ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｅｔｅｎｔ）マウスにおいてオラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善することを示す。腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるエフェクターサイトカイン産生についての処置の２１日後のＢＰ腫瘍の分析である。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（腫瘍体積）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図９Ａ）。一元配置分散分析（図９Ｂ及び図９Ｃ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストが、インビボで同系免疫能（ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｅｔｅｎｔ）マウスにおいてオラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善することを示す。腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるエフェクターサイトカイン産生についての処置の２１日後のＢＰ腫瘍の分析である。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（腫瘍体積）、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図９Ａ）。一元配置分散分析（図９Ｂ及び図９Ｃ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＡＭの枯渇が、インビボで同系免疫能マウスにおいてオラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善することを示す。単剤療法として又は組み合わせて、オラパリブ又は抗ＣＳＦ１Ｒで処置したＦＶＢマウスにおけるＢｒｃａ１－／－ Ｔｒｐ５３－／－（ＢＰ）同種移植片の腫瘍増殖である。対照：ｎ＝１０、オラパリブ：ｎ＝１０、抗ＣＳＦ１Ｒ：ｎ＝１０、オラパリブ＋抗ＣＳＦ１Ｒ：ｎ＝１０。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（図１０Ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、図１０Ｂ～図１０Ｄ）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１０Ａ）。一元配置分散分析（図１０Ｂ～図１０Ｄ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＡＭの枯渇が、インビボで同系免疫能マウスにおいてオラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善することを示す。２１日間の治療後のＢＰ腫瘍の腫瘍内免疫細胞のフローサイトメトリー分析である。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（図１０Ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、図１０Ｂ～図１０Ｄ）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１０Ａ）。一元配置分散分析（図１０Ｂ～図１０Ｄ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＡＭの枯渇が、インビボで同系免疫能マウスにおいてオラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善することを示す。２１日間の治療後のＢＰ腫瘍の腫瘍内免疫細胞のフローサイトメトリー分析である。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（図１０Ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、図１０Ｂ～図１０Ｄ）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１０Ａ）。一元配置分散分析（図１０Ｂ～図１０Ｄ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＴＡＭの枯渇が、インビボで同系免疫能マウスにおいてオラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善することを示す。２１日間の治療後のＢＰ腫瘍の腫瘍内免疫細胞のフローサイトメトリー分析である。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（図１０Ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、図１０Ｂ～図１０Ｄ）として提示されている。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１０Ａ）。一元配置分散分析（図１０Ｂ～図１０Ｄ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９対照及びＳＴＩＮＧノックアウトＢＰ腫瘍細胞（ＢＰ－ｓｇ対照及びＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ）におけるＳＴＩＮＧ及びビンキュリンのウエスタンブロットである。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。オラパリブの段階希釈液による処理の３日後のＢＰ－ｓｇ対照細胞及びＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ細胞の細胞生存率を示すＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）分析である（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。ＤＭＳＯビヒクル対照、オラパリブ（ＯＬ、５μＭ）、５０％ＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ－ＣＭ、又は５０％ＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ／ＯＬ－ＣＭで２日間処理したマウスＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析である（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。２日間のオラパリブ処理有り又は無しの、ＢＰ－ｓｇ対照細胞又はＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ細胞からの培地中のＩＦＮβのＥＬＩＳＡ分析である（ｎ＝７）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。２日間のオラパリブ処理有り又は無しの、ＢＰ－１ｓｇ対照細胞及びＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ細胞におけるＣｃｌ５のＲＴ－ｑＰＣＲ分析である（ｎ＝３～４）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。２日間のオラパリブ処理有り又は無しの、ＢＰ－１ｓｇ対照細胞及びＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ細胞におけるＣｘｃｌ１０のＲＴ－ｑＰＣＲ分析である（ｎ＝３～４）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。オラパリブ（５０ｍｇ／ｋｇ、腹腔内、毎日）、ＤＭＸＡＡ（１０ｍｇ／ｋｇ、腹腔内）、又はオラパリブ＋ＤＭＸＡＡで処理したＢＰ－ｓｇ対照担腫瘍ＦＶＢマウスの腫瘍増殖（左）及び生存（右）である。中央値生存期間を括弧内に示す。左－対照：ｎ＝１３、オラパリブ：ｎ＝７、ＤＭＸＡＡ：ｎ＝９；オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ：ｎ＝１４。右－対照：ｎ＝８、オラパリブ：ｎ＝５、ＤＭＸＡＡ：ｎ＝６、オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ：ｎ＝９。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。オラパリブ（５０ｍｇ／ｋｇ、腹腔内、毎日）、ＤＭＸＡＡ（１０ｍｇ／ｋｇ、腹腔内）、又はオラパリブ＋ＤＭＸＡＡで処理したＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ担腫瘍ＦＶＢマウスの腫瘍増殖（左）及び生存（右）である。中央値生存期間を括弧内に示す。左－対照：ｎ＝２４、オラパリブ：ｎ＝１１、ＤＭＸＡＡ：ｎ＝９、オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ：ｎ＝１９。右－対照、ｎ＝１３：オラパリブ、ｎ＝７、ＤＭＸＡＡ：ｎ＝６、オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ：ｎ＝１１。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。抗ＣＤ８又は抗ＩＦＮＡＲ１中和抗体有り又は無しの、オラパリブ＋ＤＭＸＡＡで処理したＦＶＢマウスにおけるＢＰ－ｓｇ対照の腫瘍増殖dである（条件当たりｎ＝６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍をオラパリブに対して感作させることを示す。抗ＣＤ８又は抗ＩＦＮＡＲ１中和抗体有り又は無しの、オラパリブ＋ＤＭＸＡＡで処理したＦＶＢマウスにおけるＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧの腫瘍増殖である（条件当たりｎ＝６）。データは、平均値±標準誤差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１１Ｃ～図１１Ｆ）。腫瘍増殖についての二元配置分散分析（図１１Ｇ、図１１Ｈ、図１１Ｉ、及び図１１Ｊ）。生存についてのログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定（図１１Ｇ及び図１１Ｈ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５、＊＊＊Ｐ＜０．０００５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでオラパリブに１つのＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍を感作させることを示す。ＤＭＳＯビヒクル対照処理若しくはオラパリブ処理ＢＰ－ｓｇ対照又はＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ腫瘍細胞と２４時間共培養した骨髄由来樹状細胞（ＤＣ）の分析である（ｎ＝３）。データは、平均値±標準誤差、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１２Ａ）。二元配置分散分析（図１２Ｂ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５。 ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、インビボでオラパリブに１つのＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍を感作させることを示す。単剤処置として又はオラパリブ（５０ｍｇ／ｋｇ、腹腔内、毎日）と組み合わせて、ＤＭＸＡＡ（１０ｍｇ／ｋｇ、週１回投与）の腫瘍内注射（ＩＴ）で処置したＦＶＢマウスにおけるＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ同種移植片の腫瘍増殖である。対照：ｎ＝４腫瘍、ＤＭＸＡＡ：ｎ＝４腫瘍、ＤＭＸＡＡ＋オラパリブ：ｎ＝４腫瘍。データは、平均値±標準誤差、又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）（図１２Ａ）。二元配置分散分析（図１２Ｂ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．００５。 ＳＴＩＮＧアゴニストによる抗腫瘍免疫の利用が、ＢＲＣＡ１欠損乳がんにおける免疫抑制及びＰＡＲＰ阻害に対する耐性を克服することを示す。ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍は、マクロファージＭ２様表現型のパラクライン活性化を介して、腫瘍促進性マクロファージの極性化を誘発する。次に、これらの腫瘍教育されたマクロファージは、Ｔ細胞に対する抑制活性を示すだけでなく、ＰＡＲＰｉ媒介性合成致死及び細胞質二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）の産生を減弱させ、したがって、ＤＮＡ感知アダプターＳＴＩＮＧの活性を消失させ、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍をＰＡＲＰｉ療法に対して耐性にさせる。ＳＴＩＮＧ経路の外因性アゴニストは、マクロファージを再プログラムし、マクロファージ及びＤＣの両方の自然免疫の活性化を誘発し、ＰＡＲＰｉ療法と相乗作用して腫瘍細胞のＤＮＡ損傷を誘導し、腫瘍をＰＡＲＰｉ療法に対して再感作させる適応免疫応答を誘導する。 ＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２の全身送達が、インビボでオラパリブに対してＰＡＲＰｉ耐性腫瘍を感作させることを示す。ＰＡＲＰｉ耐性卵巣がん腫瘍の生成である。ＰＢＭは、対照群であり、ＰＢＭ－Ｒは、長期オラパリブ処置時の再発腫瘍（オラパリブ耐性群）である。 ＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２の全身送達が、インビボでオラパリブに対してＰＡＲＰｉ耐性腫瘍を感作させることを示す。ＰＢＭ－Ｒ腫瘍で濃縮されているＭ２様ＴＡＭである。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍における腫瘍内及び腹水Ｍ２様ＴＡＭのフローサイトメトリー分析である。二元配置分散分析。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２の全身送達が、インビボでオラパリブに対してＰＡＲＰｉ耐性腫瘍を感作させることを示す。ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＰＢＭ－Ｒ培地教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）をインビトロでＭ１様状態に再プログラムする。２日間のＡＤＵ－Ｓ１００（１０ｕＭ）又はＭＳＡ－２（５ｕｇ／ｍｌ）の処理有り又は無しの、対照ナイーブＢＭＤＭ及びＰＢＭ－Ｒ ＴＥＭの分析である。Ｍ１様（ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ２０６－ＭＨＣ－ＩＩ高）対Ｍ２様（ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ２０６＋ＭＨＣ－ＩＩ低）比を、フローサイトメトリーによって分析した（ｎ＝３）。二元配置分散分析。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２の全身送達が、インビボでオラパリブに対してＰＡＲＰｉ耐性腫瘍を感作させることを示す。ビヒクル対照、オラパリブ（５０ｍｇ／ｋｇ、腹腔内、毎日）＋抗ＰＤ－１（２００ｕｇ／マウス、腹腔内、３日毎）、ＭＳＡ－２（２５ｍｇ／ｋｇ、腹腔内、週３回）、又はＭＳＡ－２＋オラパリブ＋抗ＰＤ－１で２週間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍ＦＶＢマウスからの腫瘍重量（左）及び切除腫瘍（右）である。二元配置分散分析。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を獲得したＢｒｃａ１欠損卵巣腫瘍における、腫瘍促進性マクロファージの特徴付けを示すオラパリブによるＰＢＭ担腫瘍マウス（オラパリブ処置後のＰＢＭ－Ｒ、ＰＢＭ難治性腫瘍）の長期処置による、ＰＡＲＰｉ耐性卵巣がんマウスモデルの生成を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を獲得したＢｒｃａ１欠損卵巣腫瘍における、腫瘍促進性マクロファージの特徴付けを示す。オラパリブ及びビヒクル対照で処置したＰＢＭ－担腫瘍マウスの腫瘍増殖曲線を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を獲得したＢｒｃａ１欠損卵巣腫瘍における、腫瘍促進性マクロファージの特徴付けを示す。ＰＡＲＰｉナイーブＰＢＭ細胞及びＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスから単離された腫瘍細胞（各系統はＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスに由来する）のＩＣ５０値の測定値を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を獲得したＢｒｃａ１欠損卵巣腫瘍における、腫瘍促進性マクロファージの特徴付けを示す。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ細胞を、１μＭのオラパリブ又はビヒクル対照で２４時間処理し、フローサイトメトリー分析（ｎ＝３）用に抗ホスホ－Ｈ２Ａ．Ｘ（Ｓｅｒ１３９）抗体（γ－Ｈ２ＡＸ）で染色したことを示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を獲得したＢｒｃａ１欠損卵巣腫瘍における、腫瘍促進性マクロファージの特徴付けを示す。ビヒクル対照又はオラパリブで処置したＰＢＭ若しくはインビトロ感受性ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腫瘍負荷及び代表的な生物学的発光イメージング分析を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロＰＡＲＰｉ耐性ＰＢＭ－Ｒ株において検出されたＤＮＡ修復経路遺伝子のコピー数多型を示す。 Ｍ２様マクロファージが、ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて増加することを示す。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤性腫瘍促進性ＴＡＭ（Ｍ２様ＴＡＭ）のフローサイトメトリー分析を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ｍ２様マクロファージが、ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて増加することを示す。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水における総ＴＡＭ及びＭ２様ＴＡＭのフローサイトメトリー分析を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ｍ２様マクロファージが、ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて増加することを示す。図１７Ｄのワークフローの図を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ｍ２様マクロファージが、ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて増加することを示す。５０％完全培地及び５０％ＰＢＭ－ＣＭ又はＰＢＭ－Ｒ－ＣＭで３日間培養した骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）のフローサイトメトリー分析を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ｍ２様マクロファージが、ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて増加することを示す。図１７Ｆのワークフローの図を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ｍ２様マクロファージが、ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて増加することを示す。５０％完全培地及び５０％腹水上清で５日間培養した骨髄細胞（ＢＭＣ）のフローサイトメトリー分析を示す。データは、平均値±標準偏差として表されている。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍における腫瘍浸潤性ＣＤ４５＋、ＣＤ１１ｂ＋、ＭＤＳＣ、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋及びＴｒｅｇ細胞のフローサイトメトリー分析を示す。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍のＲＮＡ配列決定データのＧＳＥＡ分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞におけるＳＴＡＴ３（Ｙ７０５）のリン酸化レベルのフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍におけるｐ－ＳＴＡＴ３（Ｙ７０５）の免疫組織化学（ＩＨＣ）染色の代表的な画像を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。示された濃度のオラパリブ又はビヒクル対照で処理したＰＢＭ腫瘍細胞におけるｐ－ＳＴＡＴ３のフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。オラパリブ処置有り又は無しの、ＰＢＭからのＣＭで培養したＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。オラパリブ又はビヒクル対照で処置したＰＢＭの培地中のサイトカインの分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。示された中和抗体の存在下又は不在下で、５０％ＰＢＭ－Ｒ－ＣＭ有り又は無しで３日間培養したマウスＢＭＤＭの分析を示す（ｎ＝３）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。ＳＴＡＴ３のノックダウン有り又は無しでＰＢＭ－ＲからのＣＭで培養したＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。対照又はＳＴＡＴ３ ｓｈＲＮＡを発現するＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞を移植し、オラパリブ又はビヒクル対照で処置したマウスの腫瘍負荷を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。図１９Ｉにおいて対照又はＳＴＡＴ３ ｓｈＲＮＡを発現するオラパリブ処理ＰＢＭ－Ｒ腫瘍における総ＴＡＭ並びにＭ１様及びＭ２様マイクロファージの比率のフローサイトメトリー分析である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＰＡＲＰｉ耐性Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化には、ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化が必要であることを示す。図１９Ｉにおいて対照又はＳＴＡＴ３ ｓｈＲＮＡを発現するオラパリブ処理ＰＢＭ－Ｒ腫瘍におけるＣＤ４＋及びＣＤ８＋エフェクターＴ細胞のフローサイトメトリー分析である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて、ＰＡＲＰ阻害が、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節し、ＰＡＲＰｉ耐性にすることを示す。ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達経路のＧＳＥＡ分析を示す＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて、ＰＡＲＰ阻害が、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節し、ＰＡＲＰｉ耐性にすることを示す。示された濃度のオラパリブ又はビヒクル対照で２４時間処理したＰＢＭ細胞における総ＳＴＡＴ３及びリン酸化ＳＴＡＴ３のウエスタンブロット分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて、ＰＡＲＰ阻害が、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節し、ＰＡＲＰｉ耐性にすることを示す。対照ｓｈＲＮＡ又はＳｔａｔ３を標的とするｓｈＲＮＡを安定的に発現するＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ細胞における総Ｓｔａｔ３及びリン酸化Ｓｔａｔ３のウエスタンブロット分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて、ＰＡＲＰ阻害が、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節し、ＰＡＲＰｉ耐性にすることを示す。オラパリブ処理後の対照及びＳｔａｔ３サイレンシングＰＢＭ－Ｒ細胞におけるＩＣ５０値の評価を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて、ＰＡＲＰ阻害が、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節し、ＰＡＲＰｉ耐性にすることを示す。オラパリブ又はビヒクル対照で処理したＳｔａｔ３サイレンシングＰＢＭ－Ｒ腫瘍における腫瘍浸潤Ｍ１及びＭ２様マクロファージの分析である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんにおいて、ＰＡＲＰ阻害が、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節し、ＰＡＲＰｉ耐性にすることを示す。オラパリブ又はビヒクル対照で処理したＳｔａｔ３サイレンシングＰＢＭ－Ｒ腫瘍における腫瘍浸潤ＣＤ４＋及びＣＤ８＋細胞の分析である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。図２１Ｂ及び図２１Ｈのワークフローの図を示す。骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）を、ＳＴＩＮＧアゴニスト（ＡＤＵ－Ｓ１００又はＭＳＡ－２）処理有り又は無しで、５０％ＰＢＭ－Ｒ－ＣＭ又は対照培地で４８時間培養した。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。図２１Ａのマクロファージ表現型のフローサイトメトリー分析を示す。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。図２１Ｄのワークフローの図を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。示された処置を行ったＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水から採取した骨髄細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋）における差次的に発現された遺伝子のヒートマップを示す。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。ＭＳＡ－２処置ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水中の骨髄細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達経路の上方調節を示すＧＳＥＡ分析を示す（図２１Ｆ～図２１Ｈ）。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブ＋ＭＳＡ－２で２４時間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水中のＴＡＭ（図２１Ｆ）、骨髄系ＤＣ（図２１Ｇ、左）、ＭＨＣ－Ｉ＋ＤＣ（図２１Ｇ、右）、ｐ－ＴＢＫ－１＋ＤＣ（図２１Ｈ）のフローサイトメトリー分析である。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブ＋ＭＳＡ－２で２４時間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水中のＴＡＭのフローサイトメトリー分析である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブ＋ＭＳＡ－２で２４時間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水中の骨髄系ＤＣ（左）、ＭＨＣ－Ｉ＋ＤＣ（右）のフローサイトメトリー分析である。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブ＋ＭＳＡ－２で２４時間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水中のｐ－ＴＢＫ－１＋ＤＣのフローサイトメトリー分析である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。オラパリブ又はビヒクル対照で処置したＩＤ８－Ｂｒｃａ１－／－からのＣＭで培養したＷＴ ＢＭＤＭ及びＳＴＩＮＧ－／－ＢＭＤＭにおけるＭ１／Ｍ２の比率の分析を示す（ｎ＝３）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。図２１Ｋのワークフローの図を示す。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。ＩＤ８－Ｂｒｃａ１－／－腫瘍細胞を注射し、示された薬物で２４時間処置したＷＴ及びＳＴＩＮＧ－／－マウスにおけるマクロファージ（Ｍ１／Ｍ２）の分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腫瘍負荷を示す（ｎ＝７）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。５μｇ／ｍｌのＭＳＡ－２の存在下又は不在下で、対照又はオラパリブ処置ＩＤ８－Ｂｒｃａ１＋／＋及びＩＤ８－Ｂｒｃａ１－／－細胞からのＣＭで３日間培養したマウスＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 インビトロ及びインビボで、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムするＳＴＩＮＧアゴニズムを示す。５μｇ／ｍｌのＭＳＡ－２の存在下又は不在下で、対照又はオラパリブ処置ＵＷＢ１．２８９又はＵＷＢ１．２８９＋ＢＲＣＡ１細胞からのＣＭで３日間培養したヒトＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニズムが骨髄細胞を調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に対して感受性にすることを示す。腹水から単離した骨髄細胞のフローサイトメトリー分析を示す。 ＳＴＩＮＧアゴニズムが骨髄細胞を調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に対して感受性にすることを示す。ＳＴＩＮＧアゴニスト（ＤＭＸＡＡ）及びＴＢＫ－１の阻害剤（ＢＸ７９５）で処理したマウス樹状細胞における遺伝子発現の変化の有意性及び大きさを示すボルケーノプロットを示す。 ＳＴＩＮＧアゴニズムが骨髄細胞を調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に対して感受性にすることを示す。ＭＳＡ－２又はＭＳＡ－２とオラパリブの組み合わせで処理した骨髄細胞における上位にランクされた、上方調節された遺伝子オントロジー（ＧＯ）用語を示す。 ＳＴＩＮＧアゴニズムが骨髄細胞を調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に対して感受性にすることを示す。ＩＤ８－Ｂｒｃａ１－／－腫瘍細胞を注射し、示された薬物で２４時間処理したＷＴ及びＳＴＩＮＧ－／－マウスにおける総ＤＣ及びｐ－ＴＢＫ－１＋骨髄系ＤＣの分析を示す。＊Ｐ＜０．０５。 ＳＴＩＮＧアゴニズムがＴＭＥを調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に再感作させることを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腫瘍負荷を示す（ｎ＝７）。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニズムがＴＭＥを調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に再感作させることを示す。図２３Ａに記載される、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析である：ＴＡＭ。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニズムがＴＭＥを調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に再感作させることを示す。図２３Ａに記載される、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析である：Ｍ１／Ｍ２。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニズムがＴＭＥを調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に再感作させることを示す。図２３Ａに記載される、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析である：ｃＤＣ（ＣＤ１１ｃ＋ＭＨＣ－ＩＩ＋）におけるＣＤ８６＋（左）及びｐ－ＴＢＫ－１＋（右）。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニズムがＴＭＥを調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に再感作させることを示す。図２３Ａに記載される、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析である：骨髄系ＤＣ（ＣＤ１１ｂ＋ＭＨＣ－ＩＩ＋）におけるＭＨＣ－Ｉ＋（左）及びｐ－ＴＢＫ－１＋灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニズムがＴＭＥを調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に再感作させることを示す。図２３Ａに記載される、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析である：総ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＴＮＦα＋ＣＤ４＋Ｔ細胞。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニズムがＴＭＥを調節し、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍をＰＡＲＰ阻害に再感作させることを示す。図２３Ａに記載される、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析である：総ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＴＮＦα＋ＣＤ８＋Ｔ細胞。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オラパリブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニズムが、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍担持マウスにおける腫瘍浸潤抗腫瘍免疫細胞を増加させることを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析を示す（ｎ＝７）。ＣＤ４５＋を示す。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オラパリブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニズムが、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍担持マウスにおける腫瘍浸潤抗腫瘍免疫細胞を増加させることを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析を示す（ｎ＝７）。ＣＤ１１ｂ＋を示す。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ、有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オラパリブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニズムが、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍担持マウスにおける腫瘍浸潤抗腫瘍免疫細胞を増加させることを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析を示す（ｎ＝７）。ｃＤＣ（ＣＤ１１ｃ＋ＭＨＣ－ＩＩ＋）を示す。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ、有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オラパリブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニズムが、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍担持マウスにおける腫瘍浸潤抗腫瘍免疫細胞を増加させることを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析を示す（ｎ＝７）。骨髄系ＤＣ（ＣＤ１１ｂ＋ＭＨＣ－ＩＩ＋）を示す。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オラパリブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニズムが、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍担持マウスにおける腫瘍浸潤抗腫瘍免疫細胞を増加させることを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析を示す（ｎ＝７）。ＣＤ３＋を示す。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オラパリブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニズムが、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍担持マウスにおける腫瘍浸潤抗腫瘍免疫細胞を増加させることを示す。対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びオラパリブとＭＳＡ－２の組み合わせで１４日間処置したＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおける腫瘍浸潤免疫細胞のフローサイトメトリー分析を示す（ｎ＝７）。エフェクターＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞を示す。灰色のドット：外れ値。二元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。図２５Ａは、（Ｂ～Ｅ）のワークフローの図である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。オラパリブ処置の有無による、ヒト卵巣ＰＤＸにおけるフローサイトメトリーによるＳＴＡＴ３（Ｙ７０５）のリン酸化レベルの検出を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。図２５Ａに記載されるように、オラパリブ又は対照で３日間処理したＰＤＸからのＣＭで培養したヒトＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。対照又はＳＴＡＴ３阻害剤（ナパブカシン）処理ＰＤＸからのＣＭで培養したヒトＢＭＤＭのフローサイトメトリー分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。ＭＳＡ－２の存在下又は不在下でＰＤＸからのＣＭで培養したヒトＢＭＤＭの分析を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。図２５Ｇのワークフローの図を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。対照、ＭＳＡ－２、オラパリブ、及びＭＳＡ－２とオラパリブの組み合わせで２週間処置したＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腫瘍負荷である。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 ＳＴＩＮＧアゴニスト処置による卵巣ＰＤＸにおけるＰＡＲＰｉ耐性の克服を示す。図２５Ｇに記載されるように、ＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腹水中の示された免疫細胞の分析を示す。ＴＡＭ（ＣＤ１１ｂ＋；ＣＤ６８＋）を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 図２５Ｇに記載されるように、ＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腹水中の示された免疫細胞の分析を示す。Ｍ１／Ｍ２、ＴＡＭを分析して、Ｍ１様（ＣＤ８０＋；ＣＤ１６３－）及びＭ２様（ＣＤ８０－；ＣＤ１６３＋）の極性化表現型を同定した。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 図２５Ｇに記載されるように、ＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腹水中の示された免疫細胞の分析を示す。ＣＤ１４＋ＤＣ（ＣＤ１４＋ＨＬＡ－ＤＲ＋）を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 卵巣ＰＤＸにおけるＳＴＩＮＧアゴニスト及びＰＡＲＰｉの併用処置を示す。オラパリブ又はビヒクル対照で処置した卵巣ＰＤＸにおけるγ－Ｈ２ＡＸのフローサイトメトリー分析を示す（ｎ＝３）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 卵巣ＰＤＸにおけるＳＴＩＮＧアゴニスト及びＰＡＲＰｉの併用処置を示す。対照、ＭＳＡ－２、オラパリブ、及びＭＳＡ－２とオラパリブの組み合わせで２週間処置したＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腫瘍負荷を示す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 卵巣ＰＤＸにおけるＳＴＩＮＧアゴニスト及びＰＡＲＰｉの併用処置を示す。図２６Ｂに記載されるように、ＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腹水中の示された免疫細胞の分析を示す：ＴＡＭ（ＣＤ１１ｂ＋、ＣＤ６８＋）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 卵巣ＰＤＸにおけるＳＴＩＮＧアゴニスト及びＰＡＲＰｉの併用処置を示す。図２６Ｂに記載されるように、ＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腹水中の示された免疫細胞の分析を示す：Ｍ１／Ｍ２。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 卵巣ＰＤＸにおけるＳＴＩＮＧアゴニスト及びＰＡＲＰｉの併用処置を示す。図２６Ｂに記載されるように、ＤＦ８６ ＰＤＸ保有マウスの腹水中の示された免疫細胞の分析を示す：ＣＤ１４＋ＤＣ（ＣＤ１４＋ＨＬＡ－ＤＲ＋）。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。 卵巣ＰＤＸにおけるＳＴＩＮＧアゴニスト及びＰＡＲＰｉの併用処置を示す。ＴＡＭ極性化の概略図を示す。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。エクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ ＥＧＦＲ及びＴｒｐ５３の喪失（ＰＥと称される）によって駆動されるＥＧＦＲ変異型腫瘍のＧＥＭモデルにおけるＡＺＤ９２９１のインビボ治療有効性が損なわれたＦＶＢマウスにおけるＣＤ８＋Ｔ細胞の枯渇を示す（対照：ｎ＝６、ＡＺＤ９２９１：ｎ＝６、ＡＺＤ９２９１＋ＣＤ８抗体：ｎ＝８）。データは、平均値±標準誤差（ａ及びｃ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。ＡＺＤ９２９１処置が、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）においてＴ細胞の動員及び活性化を誘導したことを示す。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（ａ及びｃ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。図２７Ｃは、ＡＺＤ９２９１が、ＰＥ ＧＥＭＭに由来する培養腫瘍細胞並びにヒトＥＧＦＲ変異型ＮＳＣＬＣ細胞株ＰＣ９ＧＲ４における、ＣＣＬ５及びＣＸＣＬ１０の発現を増加させたことを示す。データは、平均値±標準誤差（ａ及びｃ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。ＥＧＦＲ変異型進行ＮＳＣＬＣを有する８人の患者の臨床データの分析は、腫瘍におけるＴ細胞炎症シグネチャーが、応答者（ｎ＝４、無増悪生存期間［ＰＦＳ］が＞８ヶ月）ではＥＧＦＲ－ＴＫＩ（オシメルチニブ又はエルロチニブ）処置時に有意に増強されるが、非応答者（ｎ＝４、ＰＦＳ＜８ヶ月）では増強されないことを示唆する。データは、平均値±標準誤差（ａ及びｃ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。ＥＧＦＲ－ＴＫＩ（オシメルチニブ又はエルロチニブ）処置時に高められたＴ細胞炎症スコアが、ＥＧＦＲ変異型進行ＮＳＣＬＣの患者では、第一選択処置としてＥＧＦＲ－ＴＫＩを受けたＰＦＳと正に相関することを示す。データは、平均値±標準誤差（ａ及びｃ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１。 確立された免疫抑制ＴＭＥがオシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を阻害することを示す。ＡＺＤ９２９１の治療有効性が、大きな腫瘍では中程度であることを示す。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ及びｃ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 確立された免疫抑制ＴＭＥがオシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を阻害することを示す。フローサイトメトリー分析が、Ｔ細胞及びＤＣ浸潤の減少、並びにＴＡＭ浸潤及びＴＡＭのＭ２極性化の増加によって証明されるように、大きな腫瘍（５００ｍｍ３）は、より小さな腫瘍（１００ｍｍ３）よりも免疫抑制性ＴＭＥを示すことを明らかにしたことを示す。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ及びｃ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 確立された免疫抑制ＴＭＥがオシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を阻害することを示す。ＡＺＤ９２９１が大きな腫瘍（５００ｍｍ３）においてＴ細胞の活性化を誘発することができなかったことを示す。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ及びｃ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 大きな確立された腫瘍において、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）がＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を抑制し、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を損なうことを示す。ＥＧＦＲ変異型進行ＮＳＣＬＣを有する患者の臨床データの分析を示し、ＴＫＩ（オシメルチニブ又はエルロチニブ）処置に対する非応答者が、応答者と比較して、ＴＫＩ処置前に有意に濃縮されたＴＡＭシグネチャーを示したことを示す。 大きな確立された腫瘍において、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）がＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を抑制し、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を損なうことを示す。ＴＫＩ処置前のＴＡＭ濃縮スコアが、ＴＫＩ処置時のＴ細胞炎症スコアと負に相関することを示す。 大きな確立された腫瘍において、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）がＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を抑制し、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を損なうことを示す。ＰＥ ＧＥＭＭに由来するＴＡＭが、共培養におけるナイーブＦＶＢマウスからのＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を有意に抑制したことを示す。データは、四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｃ）又は平均値±標準誤差（ｄ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 大きな確立された腫瘍において、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）がＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を抑制し、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を損なうことを示す。抗ＣＳＦ１－Ｒ抗体によるＴＡＭ枯渇が、大きなＰＥ腫瘍におけるＡＺＤ９２９１の治療有効性を増強したことを示す（対照：ｎ＝６、ＡＺＤ９２９１：ｎ＝７、ＡＺＤ９２９１＋ＣＳＦ１抗体：ｎ＝５）。データは、四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｃ）又は平均値±標準誤差（ｄ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オシメルチニブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、大きな確立された腫瘍において腫瘍退縮を誘導することを示す。ＰＥ腫瘍を有するＦＶＢマウスを、抗ＣＤ８抗体の有無で、ＡＺＤ９２９１、ＭＳＡ－２、又はＡＺＤ９２９１＋ＭＳＡ－２で処置したことを示す（対照：ｎ＝６、ＡＺＤ９２９１：ｎ＝８、ＭＳＡ－２：ｎ＝８、ＡＺＤ９２９１＋ＭＳＡ－２：ｎ＝１０、ＡＺＤ９２９１＋ＭＳＡ－２＋ＣＤ８抗体：ｎ＝８）。各ドットは、単一の腫瘍からの結果を表す。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ及びｃ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オシメルチニブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、大きな確立された腫瘍において腫瘍退縮を誘導することを示す。図３０Ｂは、単剤ではない、ＡＺＤ９２９１とＭＳＡ－２の組み合わせが、ＰＥ腫瘍のＴＭＥにおける免疫活性化を有意に誘導したことを示す。各ドットは、単一の腫瘍からの結果を表す。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、ｂ及びｃ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。エクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ ＥＧＦＲ及びＴｒｐ５３の喪失（ＰＥと称される）によって駆動されるＥＧＦＲ変異型腫瘍のＧＥＭＭの生成を示す。データは、平均値±標準誤差又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。ＰＥ腫瘍細胞におけるＥＧＦＲ及びＥＲＫのリン酸化が、エルロチニブではなくＡＺＤ９２９１によって阻害されることを示すウエスタンブロットを示す。データは、平均値±標準誤差又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。ＰＥ腫瘍を有するＦＶＢマウスにおけるＡＺＤ９２９１のインビボ有効性を示す（対照：ｎ＝４、ＡＺＤ９２９１ ２．５ｍｇ／ｍｇ 毎日：ｎ＝４、ＡＺＤ９２９１ １０ｍｇ／ｍｇ 毎日：ｎ＝６）。データは、平均値±標準誤差又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）誘発適応免疫活性化が、インビボでのその治療有効性に必要であることを示す。示された処置後のＰＥ腫瘍及び腫瘍ドレナージリンパ節（ＴＤＬＮ）におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の存在量のフローサイトメトリー分析を示す。データは、平均値±標準誤差又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊Ｐ＜０．０５、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 確立された免疫抑制ＴＭＥがオシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を阻害することを示す。図２８Ｂにおけるフローサイトメトリーの代表的なプロットを示す。 確立された免疫抑制ＴＭＥがオシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を阻害することを示す。図２８Ｃにおけるフローサイトメトリーのゲーティング戦略を示す。 大きな確立された腫瘍において、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）が、ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化を抑制し、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を損なうことを示す。腫瘍トランスクリプトームデータによって推測されたＴＡＭ濃縮スコアに基づいて、ＮＳＣＬＣを有する患者の２つのコホート（ＧＳＫコホート及びＧＳＥ３１２１０コホート）が高ＴＡＭ（中央値を上回る）及び低ＴＡＭ（中央値を下回る）群に分類されたことを示す。外科的処置後のＥＧＦＲ変異型ＮＳＣＬＣ及びＥＧＦＲ野生型ＮＳＣＬＣを有する患者における全生存期間（ＯＳ）をそれぞれ示すＫａｐｌａｎ－Ｍｅｉｅｒ生存プロットである。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、３３Ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 大きな確立された腫瘍において、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）が、ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化を抑制し、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を損なうことを示す。抗ＣＳＦ１－Ｒ抗体単独療法が、ＰＥ腫瘍を有するＦＶＢマウスにおける腫瘍増殖を制御できなかったことを示す。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、３３Ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 大きな確立された腫瘍において、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）が、ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化を抑制し、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）の治療有効性を損なうことを示す。抗ＣＳＦ１－Ｒ抗体単剤療法が、ＴＡＭの存在量を有意に減少させたが、ＴＡＭの極性化を有意に減少させなかったことを示す。各ドットは、単一の腫瘍からの結果を表す。データは、平均値±標準誤差（ａ）又は四分位を伴う中央値（バイオリンプロット、３３Ｂ）として提示されている。ｎｓ：有意差なし。＊＊＊Ｐ＜０．０００１。 オシメルチニブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、大きな確立された腫瘍において腫瘍退縮を誘導することを示す。ＴＡＭと共培養したＣＤ８＋Ｔ細胞のサイトカイン産生の分析を示す。処置ナイーブＥＴＰ腫瘍から単離されたＴＡＭを、ＭＳＡ－２有り又は無しで１日間処理した。ＭＳＡ－２を洗い流した後、ＴＡＭを、ナイーブＦＶＢマウスから単離したＣＤ８＋Ｔ細胞と２日間共培養した。 オシメルチニブと組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、大きな確立された腫瘍において腫瘍退縮を誘導することを示す。示された処置に供されたＰＥ腫瘍を有するＦＶＢマウスの腫瘍ドレナージリンパ節（ＴＤＬＮ）におけるＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞のフローサイトメトリー分析を示す。各ドットは、単一の腫瘍による結果を表す。データは、四分位を伴う中央値として提示されている（バイオリンプロット、図３４Ｂ及びＣ）。ｎｓ：有意差なし。＊＊Ｐ＜０．０１。 ＭＳＡ－２のようなＳＴＩＮＧアゴニストが、ＰＢＭ腫瘍を有するマウスにおけるオラパリブの抗腫瘍活性を増強することを示す。示された薬剤で処置されたＰＢＭ担腫瘍マウスの腫瘍負荷を、処置の２週間後、生物発光（ＲＯＩ、強度領域）によって測定した（対照：ｎ＝６、オラパリブ：ｎ＝７、オラパリブ＋ＭＳＡ－２：ｎ＝４）。通常の一元配置分散分析。＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。この実験に使用したマウス卵巣腫瘍モデルＰＢＭは、以前に生成された（Ｄｉｎｇ Ｌ，Ｋｉｍ ＨＪ，Ｗａｎｇ Ｑ，Ｋｅａｒｎｓ Ｍ，Ｊｉａｎｇ Ｔ，Ｏｈｌｓｏｎ ＣＥ，Ｌｉ ＢＢ，Ｘｉｅ Ｓ，Ｌｉｕ ＪＦ，Ｓｔｏｖｅｒ ＥＨ，Ｈｏｗｉｔｔ ＢＥ，Ｂｒｏｎｓｏｎ ＲＴ，Ｌａｚｏ Ｓ，Ｒｏｂｅｒｔｓ ＴＭ，Ｆｒｅｅｍａｎ ＧＪ，Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｏｐｏｕｌｏｓ ＰＡ，Ｍａｔｕｌｏｎｉｓ ＵＡ，Ｚｈａｏ ＪＪ．ＰＡＲＰ Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ Ｅｌｉｃｉｔｓ ＳＴＩＮＧ－Ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ Ａｎｔｉｔｕｍｏｒ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ Ｂｒｃａ１－Ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１８ Ｄｅｃ １１；２５（１１）：２９７２－２９８０．ｅ５．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｒｅｐ．２０１８．１１．０５４．ＰＭＩＤ：３０５４０９３３；ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ６３６６４５０．）。約２×１０５個のＰＢＭ腫瘍細胞を同系ＦＶＢ／ＮＪマウスに同所移植した。移植の１０日後、担腫瘍マウスを発光強度に応じて対照群及び処置群に均等に分けた。ＰＢＭ担腫瘍マウスの腫瘍負荷を、生物発光（ＲＯＩ、強度領域）によって測定した。オラパリブ（ＡＺＤ２２８１）を、５０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で、ｉ．ｐ．（腹腔内）注射によって毎日投与した。ＭＳＡ－２を、ＤＭＳＯ中の５０ｍｇ／ｍｌのストックをＰＢＳ（ｐＨ８．０）で希釈することによって調製し、２５ｍｇ／ｋｇ体重の用量で、腹腔内注射によって１日おきに（週３回）投与した。
本発明は、少なくとも一部には、腫瘍細胞固有の合成致死性に加えて、ＰＡＲＰ阻害によって誘発される免疫応答もインビボでの有効な応答に必要であるという発見に基づいている。提供された例を通して、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍が典型的にはＰＡＲＰ阻害剤による治療を通して進行する主要なメカニズムが明らかにされており、ＢＲＣＡ欠損卵巣がんについて観察されたはるかに高い成功率とは対照的である。実施例で更に実証され、基礎となる発見につながる重要な知見は以下を含む：（１）ＢＲＣＡ１変異型乳腺腫瘍は、免疫能のあるマウスにおいて、インビボでのＰＡＲＰ阻害に対して難治性である；（２）ＢＲＣＡ１変異型乳腺腫瘍（マウス及びヒトの両方）細胞は、インビボ及びインビトロの両方で、ＰＡＲＰ阻害剤の処置とは無関係に、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）を腫瘍促進性（Ｍ２様）にする；（３）Ｍ２様ＴＡＭは、Ｔ細胞の活性化を直接抑制する；しかしながら、ＰＤ－１の遮断は、ＰＡＲＰ阻害に治療上の利益を追加しない；（４）Ｍ２様ＴＡＭは、ＰＡＲＰ阻害に応答して、腫瘍細胞のＤＮＡ損傷及び細胞死を抑制し、細胞質ｄｓＤＮＡの産生及び合成致死性の低下をもたらし、それによって、樹状細胞（ＤＣ）及びマクロファージのＳＴＩＮＧ依存的な活性化を弱める；（５）ＳＴＩＮＧアゴニストは、マクロファージのＳＴＩＮＧ依存的な様式でＭ２様ＴＡＭをＭ１様抗腫瘍マクロファージに再プログラムする；（６）ＳＴＩＮＧアゴニストは、インビトロでＭ２様ＴＡＭの存在下のオラパリブ時にＢＰ細胞によって誘導されるＤＣの活性化を促進する；（７）ＳＴＩＮＧアゴニストは、インビボで腫瘍免疫微小環境（ＴＩＭＥ）に対する抗腫瘍免疫を回復させ、したがって、オラパリブに対してＢＲＣＡ１欠損性乳腺腫瘍を感作させる；（８）ＳＴＩＮＧ欠損／ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍は、腫瘍内投与されたオラパリブ及びＳＴＩＮＧアゴニストの併用には応答しないが、ＰＡＲＰ阻害剤と組み合わせたＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達に対して効果的に応答し、ＳＴＩＮＧ能のある腫瘍でも同様である。
したがって、提供されるデータは、腫瘍細胞においてＳＴＩＮＧアゴニストが作用することを示唆する大部分の他の研究とは異なるが、マクロファージ及びＤＣにおけるＳＴＩＮＧの活性化の重要性の指摘と一致する。
ＴＡＭを枯渇又は抑制するために、ＣＳＦ１／ＣＳＦ１Ｒ又はＴＧＦβ／ＴＧＦβＲに対する小分子阻害剤又はモノクローナル抗体などの様々な薬剤によるがん免疫療法の分野では、腫瘍促進性Ｍ２様ＴＡＭを標的化することが積極的に探求されている。これらの薬剤の多くは、初期段階の臨床試験で評価されているが、ほとんど成功していない。提供される実施例は、Ｍ２様ＴＡＭが、オラパリブ誘導致死性ＤＮＡ損傷を抑制し、ＳＴＩＮＧ活性化を消失させること、及びＳＴＩＮＧアゴニストが、マクロファージのＳＴＩＮＧ依存的な様式で、Ｍ２様ＴＡＭをＭ１様抗腫瘍マクロファージに効率的に再プログラムすることができることを初めて示す。したがって、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＰＡＲＰ阻害に対する合成致死応答を回復させることができるだけでなく、ＢＲＣＡ変異型乳がんにおけるＰＡＲＰ阻害と相乗作用する免疫原性抗腫瘍応答を促進するＴＩＭＥを再形成することもできる。いくつかの実施形態では、免疫療法（例えば、当該技術分野で周知の遮断抗体などの、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４のような免疫チェックポイントの遮断剤／阻害剤）が、本明細書に記載の治療薬及び方法に加えて使用され得る。
加えて、免疫細胞におけるＳＴＩＮＧの活性化が抗腫瘍免疫を誘発するのに十分であるという提供された実証は、腫瘍細胞固有のＳＴＩＮＧが欠損したがんを有するかなりの割合の患者を治療するための新規の治療アプローチを示唆する。したがって、これらの知見の翻訳的な意味は、特に、全身投与することができる２つの非ヌクレオチドＳＴＩＮＧアゴニスト（ＰＭＩＤ３２８２００９４及び３２８２０１２６）の抗腫瘍活性を報告しているＳｃｉｅｎｃｅの２つの最近の刊行物に照らして、ＢＲＣＡ欠損乳がんの治療におけるＰＡＲＰ阻害剤とＳＴＩＮＧアゴニストの併用全身投与の強力でタイムリーな理論的根拠を提供するため、非常に重要である。
したがって、本開示は、主に相同組換えの回復の観点から説明されてきたＰＡＲＰ阻害剤に対する耐性の理解に重要な概念の転換を提供する。
したがって、本発明は、がんを有する対象におけるＰＡＲＰ阻害、がんを有する対象における腫瘍促進性マクロファージの抗腫瘍マクロファージへの極性化、及びＳＴＩＮＧアゴニストによる治療のためのがんを有する対象の選択の有効性を改善する方法を提供する。
変異型ＥＧＦＲによって駆動される肺がんの同系遺伝子操作マウス（ＧＥＭ）モデルは、ＥＧＦＲ変異型腫瘍がＴ細胞依存的な様式で腫瘍増殖の初期段階でオシメルチニブに非常に感受性であるが、それらが進行するにつれて耐性になることを示している。したがって、本発明は、免疫抑制性腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の存在が腫瘍をオシメルチニブに対して耐性にするという決定にも部分的に基づいている。これらの腫瘍におけるＴＡＭの枯渇は、オシメルチニブの有効性を救済する。新しく開発されたＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２を用いたＴＡＭの再プログラミングは、抗腫瘍免疫を再活性化し、オシメルチニブと組み合わせた場合、マウスにおける耐性腫瘍の持続的な退縮をもたらす。本明細書に示される結果は、抑制性腫瘍免疫微小環境が、ＥＧＦＲ変異型腫瘍のオシメルチニブに対する耐性を駆動することができることを示唆する。したがって、本明細書では、耐性を克服し、治療転帰を改善するための新しい戦略が提供される。
したがって、本明細書において、がんを有する対象におけるチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）阻害の有効性を改善する方法も提供され、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）と併用投与することを含む。
ある特定の態様では、がんを有する対象における腫瘍促進性マクロファージを抗腫瘍マクロファージに極性化させる方法は、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。また本明細書において、がんを有する対象における薬物耐性を防止又は逆転する方法も提供され、薬物耐性が、抗腫瘍マクロファージを腫瘍促進性マクロファージに極性化させることの結果であり、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。また、本明細書において、がんを有する対象におけるＤＮＡ合成阻害剤の有効性を改善する方法も提供され、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＤＮＡ合成阻害剤と併用投与することによって、ＤＮＡ合成阻害剤の有効性を改善する。
Ｉ．定義
「ａ」及び「ａｎ」という冠詞は、冠詞の文法的目的語の１つ又は２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）を指すために本明細書で使用される。例として、「要素」とは、１つの要素又は複数の要素を意味する。
「投与する」という用語は、薬剤が意図された機能を実行することを可能にする投与様式及び投与経路を含むように意図されている。使用可能な身体の治療のための投与経路の例としては、注射（皮下、静脈内、非経口、腹腔内、髄腔内等）、経口、吸入、及び経皮経路が挙げられる。注射は、ボーラス注射であり得るか、又は持続注入であり得る。投与経路に応じて、薬剤は、意図された機能を実行する能力に有害な影響を及ぼす可能性のある自然な条件から薬剤を保護するために、選択された材料でコーティングされ得るか、又はその中に配置され得る。薬剤は、単独で、又は薬学的に許容される担体と併せて投与され得る。薬剤は、インビボで活性形態に変換されるプロドラッグとして投与することもできる。
本明細書で別途特定されない限り、「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ）」及び「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）」という用語は、抗体の天然に存在する形態（例えばＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ）及び組換え抗体、例えば、一本鎖抗体、キメラ及びヒト化抗体、並びに多重特異性抗体、並びに前述の全ての断片及び誘導体（これらの断片及び誘導体は少なくとも抗原結合部位を有する）を広範に包含する。抗体誘導体は、抗体にコンジュゲートされたタンパク質又は化学的部分を含み得る。
加えて、イントラボディは、抗体の特徴を有するが、目的の細胞内標的と結合及び／又はそれを阻害するために細胞内で発現され得る周知の抗原結合分子である（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５：５９５－６０１）。一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）の使用、超安定性のための免疫グロブリンＶＬドメインの修飾、低減する細胞内環境に抵抗するための抗体の修飾、細胞内安定性を増加させ、かつ／又は細胞内局在化を変調する融合タンパク質の生成などの、細胞内部分を標的化（例えば、阻害）するために抗体を適応させる方法は、当該技術分野において周知である。細胞内抗体は、多細胞生物の１つ以上の細胞、組織又は器官において、例えば、予防及び／又は治療目的で（例えば、遺伝子療法として）導入及び発現することもできる（少なくともＰＣＴ公開第０８／０２００７９号、同第９４／０２６１０号、同第９５／２２６１８号、及び同第０３／０１４９６０号；米国特許第７，００４，９４０号；Ｃａｔｔａｎｅｏ ａｎｄ Ｂｉｏｃｃａ（１９９７）Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｌａｎｄｅｓ ａｎｄ Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ ｐｕｂｌｓ．）；Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ（２００４）Ｍｅｔｈｏｄｓ３４：１６３－１７０；Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ１７：２４４５－２４５６；Ａｕｆ ｄｅｒ Ｍａｕｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．５０８：４０７－４１２；Ｓｈａｋｉ－Ｌｏｅｗｅｎｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．３０３：１９－３９を参照のこと）。
本明細書で使用される「抗体」という用語は、抗体の「抗原結合部分」（又は単に「抗体部分」）も含む。本明細書で使用される「抗原結合部分」という用語は、抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体の１つ以上の断片を指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片によって発揮され得ることが示されている。抗体の「抗原結合部分」という用語の範囲内に包含される結合断片の例には、（ｉ）Ｆａｂ断片、すなわちＶＬドメイン、ＶＨドメイン、ＣＬドメイン、及びＣＨ１ドメインからなる一価断片、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２断片、すなわちヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片、（ｉｉｉ）ＶＨドメイン及びＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、（ｉｖ）抗体の単一アームのＶＬドメイン及びＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ３４１：５４４－５４６）、並びに（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。更に、Ｆｖ断片の２つのドメインであるＶＬ及びＶＨが別個の遺伝子によってコードされるが、それらは、組換え法を使用して、それらがＶＬ領域及びＶＨ領域が対合して一価ポリペプチドを形成する単一タンパク質鎖として作製されることを可能にする合成リンカーによって連結され得る（一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られている、例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ２４２：４２３－４２６、及びＨｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８５：５８７９－５８８３、及びＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．１９９８，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ１６：７７８を参照のこと）。かかる一本鎖抗体は、抗体の「抗原結合部分」という用語の範囲内に包含されるようにも意図されている。特定のｓｃＦｖの任意のＶＨ配列及びＶＬ配列は、完全ＩｇＧポリペプチド又は他のアイソタイプをコードする発現ベクターを生成するために、ヒト免疫グロブリン定常領域ｃＤＮＡ又はゲノム配列に連結され得る。ＶＨ及びＶＬは、タンパク質化学又は組換えＤＮＡ技術のいずれかを使用した免疫グロブリンのＦａｂ断片、Ｆｖ断片、又は他の断片の生成にも使用され得る。ダイアボディなどの一本鎖抗体の他の形態も包含される。ダイアボディは、ＶＨドメイン及びＶＬドメインが単一のポリペプチド鎖上に発現されるが、同じ鎖上の２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用して発現され、それにより、これらのドメインを別の鎖の相補性ドメインと対合させ、２つの抗原結合部位を作製する、二価の二重特異性抗体である（例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：６４４４－６４４８、Ｐｏｌｊａｋ，Ｒ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２：１１２１－１１２３を参照のこと）。
なお更に、抗体又はその抗原結合部分は、抗体又は抗体部分と１つ以上の他のタンパク質又はペプチドとの共有結合的又は非共有結合的会合によって形成されるより大きい免疫接着ポリペプチドの一部であり得る。かかる免疫接着ポリペプチドの例には、四量体ｓｃＦｖポリペプチドを作製するためのストレプトアビジンコア領域の使用（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ，Ｓ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ６：９３－１０１）、並びに二価のビオチン化ｓｃＦｖポリペプチドを作製するためのシステイン残基、マーカーペプチド、及びＣ末端ポリヒスチジンタグの使用（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ，Ｓ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３１：１０４７－１０５８）が挙げられる。Ｆａｂ断片及びＦ（ａｂ’）２断片などの抗体部分は、それぞれ、全抗体のパパイン消化又はペプシン消化などの従来の技法を使用して、全抗体から調製され得る。更に、抗体、抗体部分、及び免疫接着ポリペプチドは、本明細書に記載の標準の組換えＤＮＡ技法を使用して得られ得る。
抗体は、ポリクローナル若しくはモノクローナル、異種、同種、若しくは同系、又はそれらの修飾形態（例えば、ヒト化、キメラ等）であり得る。抗体は、完全にヒトである場合もある。本明細書で使用される「モノクローナル抗体」及び「モノクローナル抗体組成物」という用語は、抗原の特定のエピトープと免疫反応することができる１種のみの抗原結合部位を含む抗体ポリペプチドの集団を指し、「ポリクローナル抗体」及び「ポリクローナル抗体組成物」という用語は、特定の抗原と相互作用することができる複数の種の抗原結合部位を含む抗体ポリペプチドの集団を指す。モノクローナル抗体組成物は、典型的には、それが免疫反応する特定の抗原に対する単一結合親和性を呈する。加えて、抗体は、「ヒト化」されていてもよく、これには、ヒト細胞によって作製され得る、更に厳密に類似する抗体に改変された可変領域及び定常領域を有する非ヒト細胞によって作製された抗体が含まれる。例えば、非ヒト抗体アミノ酸配列を改変することにより、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に見られるアミノ酸を組み込む。本発明に包含されるヒト化抗体は、例えば、ＣＤＲに、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例えば、インビトロでのランダム若しくは部位特異的変異誘発によって、又はインビボでの体細胞変異によって導入される変異）を含み得る。本明細書で使用される「ヒト化抗体」という用語は、マウスなどの別の哺乳類種の生殖系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列にグラフトされた抗体も含む。
「遮断」抗体は、それが結合する抗原の少なくとも１つの生物学的活性を阻害するか、又は低減するものである。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の遮断抗体又はその断片は、抗原の所与の生物学的活性を実質的又は完全に阻害する。代替的に、遮断抗体は、それらの標的に関して「抗」という接頭辞を伴って本明細書で言及される（例えば、ＰＡＲＰに結合する抗体の場合、抗ＰＡＲＰ）。
「がん」又は「腫瘍」又は「過剰増殖性」という用語は、制御不能な増殖、不死性、転移能、速い成長及び増殖速度、並びにある特定の特有の形態学的特徴などのがんを引き起こす細胞に特有の特性を有する細胞の存在を指す。
がん細胞は、多くの場合、腫瘍の形態にあるが、かかる細胞は、動物に単独で存在し得るか、又は白血病細胞などの非腫瘍形成性がん細胞であり得る。本明細書で使用される場合、「がん」という用語は、前がん状態及び悪性がんを含む。がんには、Ｂ細胞がん、例えば、多発性骨髄腫、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、重鎖病、例えば、アルファ鎖病、ガンマ鎖病、及びミュー鎖病等、良性単クローン性ガンマグロブリン血症、並びに免疫球性アミロイドーシス、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、大腸がん、前立腺がん、膵臓がん、胃がん、卵巣がん、膀胱がん、脳又は中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮又は子宮内膜がん、口腔又は咽頭がん、肝臓がん、腎臓がん、睾丸がん、胆道がん、小腸又は虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液学的組織がんなどが含まれるが、これらに限定されない。本発明によって包含される方法に適用可能ながんのタイプの他の非限定的な例には、ヒト肉腫及びがん腫、例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸がん、大腸がん、膵臓がん、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂腺がん、乳頭がん、乳頭腺がん、嚢胞腺がん、髄様がん、気管支がん、腎細胞がん、肝がん、胆管がん、肝臓がん、絨毛腫、精上皮腫、胎生期がん、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、骨がん、脳腫瘍、睾丸がん、肺がん、小細胞肺がん、膀胱がん、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、白血病、例えば、急性リンパ性白血病及び急性骨髄性白血病（骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性、及び赤白血病）、慢性白血病（慢性骨髄性（顆粒球性）白血病及び慢性リンパ球性白血病）、及び真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病及び非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、及び重鎖病が挙げられる。いくつかの実施形態では、がんは、上皮がんの性質のものであり、がんには、膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、婦人科がん、腎臓がん、喉頭がん、肺がん、口腔がん、頭頸部がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、又は皮膚がんが含まれるが、これらに限定されない。他の実施形態では、がんは、乳がん、前立腺がん、肺がん、又は結腸がんである。なお他の実施形態では、上皮がんは、非小細胞肺がん、非乳頭状腎細胞がん、子宮頸がん、卵巣がん（例えば、漿液性卵巣がん）、又は乳がんである。上皮がんは、漿液性、類内膜、粘液性、明細胞、ブレンナー、又は未分化を含むが、これらに限定されない様々な他の方法で特徴付けられ得る。
本明細書で使用される場合、「併用投与（ｃｏｎｊｏｉｎｔ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）」という語句は、以前に投与された治療薬が依然として体内で有効である間に、第２の薬剤が投与されるように、２つ以上の異なる治療薬の任意の形態の投与を指す（例えば、２つの薬剤が対象において同時に有効であり、２つの薬剤の相乗効果を含み得る）。例えば、異なる治療薬は、同時又は逐次のいずれかで、同じ製剤又は別個の製剤のいずれかで、投与され得る。ある特定の実施形態では、異なる治療薬は、互いに約１時間、約１２時間、約２４時間、約３６時間、約４８時間、約７２時間、又は約１週間以内に投与され得る。したがって、かかる治療を受ける対象は、異なる治療薬の併用効果から利益を得ることができる。
本明細書で使用される場合、「ＤＮＡ合成阻害剤」という用語には、ＤＮＡ合成を阻害するために使用される２種類の治療薬が含まれるが、これらに限定されない。第１のカテゴリーは、ＤＮＡポリメラーゼ活性を直接的に阻害するプリン及びピリミジンヌクレオシド類似体を含む。第２のカテゴリーは、ＤＮＡ合成を間接的に阻害するように核酸基質の組成及び構造を修飾するシスプラチン及びクロラムブシルを含むＤＮＡ損傷剤が含まれる。ＤＮＡ合成阻害剤に関する更なる詳細は、Ｂｅｒｄｉｓ ＡＪ．Ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｓ ａｓ ａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ Ｃａｎｃｅｒ．Ｆｒｏｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｓｃｉ．２０１７ Ｎｏｖ ２１；４：７８．に見出すことができる（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
本明細書で使用される場合、上皮増殖因子受容体チロシンキナーゼ（ＥＧＦＲ－ＴＫＩ）阻害剤としては、ＥＧＦＲペプチドの活性を阻害する若しくは発現レベルを低下させる任意のチロシンキナーゼ阻害剤、又はＥＧＦＲペプチド若しくは受容体の活性を遮断するチロシンキナーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。ＥＧＦＲは、一部の正常な細胞の表面に見出され、細胞の増殖に関与する。これは、いくつかのタイプのがん細胞で高レベルで見出される場合もある。ＥＧＦＲ－ＴＫＩは、ＥＧＦＲ阻害剤、上皮増殖因子受容体阻害剤、又は上皮増殖因子受容体チロシンキナーゼ阻害剤とも呼ばれ得る。本明細書に開示される任意の方法で使用されるＴＫ阻害剤（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤）は、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、オルムチニブ（ＨＭ６１７１３）、ナザルチニブ（ＥＧＦ８１６）、ナコチニブ（ＡＳＰ８２７３）、マベレルチニブ（ＰＦ－０６４７７７５）、アルモネルチニブ、ＴＹ－９５９１、ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びＡＣ００１０から選択され得る。
本明細書で使用される場合、ＥＧＦＲ活性化変異には、ＥＧＦＲ ＴＫＩに感受性を付与する任意の活性化変異が含まれるが、これらに限定されない。これらの変異には、ＥＧＦＲ遺伝子のチロシンキナーゼ（ＴＫ）ドメインに存在する任意の変異が含まれる。かかる変異には、例えば、点変異、欠失変異、挿入変異、ミスセンス変異、又はフレームシフト変異が含まれる。追加の例示的な変異としては、エクソン１９欠失変異、エクソン２１における単一点置換変異Ｌ８５８Ｒ、及び点変異Ｔ７９０Ｍが挙げられる。
相同組換え修復（ＨＲＲ）経路欠損症（ＨＲＤ）は、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）を含むがんの腫瘍発生及び進行、並びに白金化学療法薬に対する感受性に関与する。相同組換え（ＨＲ）は、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）及び鎖間架橋（ＩＣＬ）の修復において機能する一連の相互に関連する経路を含む。加えて、組換えは、失速した又は壊れた複製フォークの回復におけるＤＮＡ複製に重要なサポートを提供し、ＤＮＡ損傷の耐性に寄与する。本明細書で使用される場合、「ＨＲＤがん」は、相同組換えを介してＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）を修復する腫瘍細胞の能力の障害を示す任意のがんを含む。ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＨＥＫ２、ＲＡＤ５１、及びＦＡＮＣなどの遺伝子における変異は、ＨＲＤがんを引き起こす可能性がある。逆に、がんは、相同組換えＤＮＡ修復能のある（ＨＲＰ）がんであり得る。ＨＲＰがんは、相同組換えＤＮＡ修復（ＨＲＲ）を首尾よく行うがん細胞の能力を保持する任意のがんである。
本明細書で使用される場合、ＰＡＲＰ阻害剤には、ＰＡＲＰペプチドの活性を阻害するか、又はその発現レベルを低下させる任意の薬剤が含まれるが、これらに限定されない。本明細書に開示されるように、ＰＡＲＰ阻害剤はまた、ＰＡＲＰ酵素を遮断する任意の薬剤も含む。ＰＡＲＰファミリーは、転写の調節、アポトーシス、及びＤＮＡ損傷応答を含む細胞プロセスにおいて、多くの本質的な機能を有する。ＰＡＲＰ１は、ポリ（ＡＤＰ－リボース）活性を有し、ＤＮＡ損傷によって活性化されると、分岐ＰＡＲ鎖を付加して、他の修復タンパク質の動員を促進して、ＤＮＡ一本鎖切断の修復を促進する。例示的なＰＡＲＰ阻害剤としては、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、ＣＥＰ９７２２、Ｅ７０１６、ＡＧ０１４６９９、ＭＫ４８２７、ＢＭＮ－６７３、イニパリブ、及び３－アミノベンズアミドが挙げられる。
「予防する」、「予防すること」、「予防」、「予防的治療」などの用語は、疾患、障害、又は状態を有しないが、それを発症する危険性があるか、又はそれに罹患し易い対象における疾患、障害、又は状態を発症する可能性を低下させることを指す。
本明細書で使用される場合、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）には、チロシンキナーゼの発現又は活性を阻害する任意の薬剤が含まれる。キナーゼ阻害剤は、不可逆的又は可逆的のいずれかである。不可逆的キナーゼ阻害剤は、ＡＴＰ部位と共有結合し、それを遮断し、不可逆的阻害をもたらす傾向がある。可逆的キナーゼ阻害剤は、結合ポケット並びにＤＦＧモチーフの確認に基づいて、４つの主要なサブタイプに更に細分化され得る。ＴＫ阻害剤は、Ｉ型、ＩＩ型、ＩＩＩ型、ＩＶ型、又はＶ型であり得る。Ｉ型阻害剤は、活性ＴＫのＡＴＰ結合部位に競合的に結合する。Ｉ型阻害剤におけるＤＦＧモチーフの配置は、キナーゼの触媒部位に面するアスパラギン酸残基を有する。ＩＩ型阻害剤は、通常、ＡＴＰ結合部位で、不活性キナーゼに結合する。ＩＩ型阻害剤におけるＤＦＧモチーフは、ＡＴＰ結合部位から外側に突出している。ＤＦＧモチーフの外向き回転のために、多くのＩＩ型阻害剤はまた、そうでなければアクセスできないであろうＡＴＰ結合部位に隣接する領域を利用することもできる。ＩＩＩ型阻害剤は、ＡＴＰ結合ポケットと相互作用しない。ＩＩＩ型阻害剤は、ＡＴＰ結合領域に隣接するアロステリックポケットに排他的に結合する。ＩＶ型阻害剤は、ＡＴＰ結合ポケットから遠く離れたアロステリック部位と結合する。Ｖ型阻害剤は、複数の結合様式を示すキナーゼ阻害剤の提案されたサブセットを指す。ＴＫ阻害剤は、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦ）ＴＫ阻害剤、上皮増殖因子（ＥＧＦ）受容体ＴＫ阻害剤、血小板由来内皮増殖因子受容体（ＰＤＧＦ）ＴＫ阻害剤であってもよく、又はＴＫ阻害剤は、線維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）受容体ＴＫ阻害剤であってもよい。
本明細書で使用される場合、「阻害すること」という用語及びその文法的等価語は、特定の作用、機能、又は相互作用の低減、制限、及び／又は遮断を指す。所与の出力又はパラメータのレベルの減少は、出力又はパラメータの絶対不在を意味し得るが、意味する必要はない。本発明は、出力又はパラメータを完全に排除する方法を必要とせず、それに限定されない。所与の出力又はパラメータは、本明細書及び実施例で考察される免疫組織化学的アッセイ、分子生物学的アッセイ、細胞生物学的アッセイ、臨床的アッセイ、及び生化学的アッセイを含むが、これらに限定されない当該技術分野で周知の方法を使用して決定され得る。「促進すること」、「増加させること」という反意用語、及びそれらの文法的等価語は、阻害又は低減について記載されたものと反対である所与の出力又はパラメータのレベルの増加を指す。
「小分子」という用語は、当該技術分野の用語であり、約１０００分子量未満又は約５００分子量未満の分子を含む。一実施形態では、小分子は、ペプチド結合を排他的に含むものではない。別の実施形態では、小分子は、オリゴマーではない。活性についてスクリーニングされ得る例示的な小分子化合物としては、限定されないが、ペプチド、ペプチド模倣薬、核酸、炭水化物、有機小分子（例えば、ポリケチド）（Ｃａｎｅ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ２８２：６３）、及び天然産物抽出物ライブラリが挙げられる。別の実施形態では、これらの化合物は、非ペプチド性有機小分子化合物である。更なる実施形態では、小分子は、生合成のものではない。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチドベースのセカンドメッセンジャー」という用語は、環境又は細胞内条件の変化に由来するシグナルを適切な細胞応答に伝達する、比較的少数（例えば、１つ、２つ、若しくは３つ）のヌクレオチド又はその誘導体を有するセカンドメッセンジャーを指す。それは、環状又は線状であり得る。一実施形態では、ヌクレオチドベースのセカンドメッセンジャーは、環状ジヌクレオチドであり、これには、環状ジプリン（例えば、環状ジ－ＡＭＰ、環状ジ－ＧＭＰ、環状ＡＭＰ－ＧＭＰ）、環状ピリミジン（例えば、環状ジ－ＵＭＰ又は環状ＵＭＰ－ＣＭＰ）、又は環状プリン－ピリミジンハイブリッド（例えば、環状ＵＭＰ－ＡＭＰ又は環状ＵＭＰ－ＧＭＰ）が含まれるが、これらに限定されない。別の実施形態では、ヌクレオチドベースのセカンドメッセンジャーは、環状トリヌクレオチド（例えば、環状ＡＭＰ－ＡＭＰ－ＧＭＰ）である。いくつかの真正なヌクレオチドシグナル伝達経路、（ｐ）ｐｐＧｐｐ、ｃＡＭＰ、ｃＧＭＰ、ｃ－ジ－ＡＭＰ、ｃ－ジ－ＧＭＰ、及びｃＧＡＭＰは、基本的な経路モジュール、並びに表現型及び生理学的出力に関して特徴付けられている（Ｍａｒｔｉｎ－Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｕｒｒ Ｔｏｐ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ１７：１９２８－１９４４）。原核生物において、環状ジＧＭＰは、バイオフィルムの形成、毒性、及び他の多くの細菌機能に関連する細菌の生活様式の遷移を調節する重要かつ遍在するセカンドメッセンジャーとして浮上している（Ｐｅｓａｖｅｎｔｏ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ１２：１７０－１７６）。
ヌクレオチドベースのセカンドメッセンジャーは、修飾ヌクレオチド又は非天然ヌクレオチドを含有し得る。修飾ヌクレオチドは、天然に存在する修飾ＲＮＡ塩基類似体であり得る（Ｌｉｍｂａｃｈ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ２２：２１８３－２１９６、Ｃａｎｔａｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ３９：Ｄ１９５－Ｄ２０１、Ｃｚｅｒｗｏｎｉｅｃ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ３７：Ｄ１１８－Ｄ１２１、Ｇｒｏｓｊｅａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｅｄｉｔｉｎｇ ｏｆ ＲＮＡ．ＡＳＭ Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＤＣ．）。これには、Ｎ６－メチルアデノシン－５’－三リン酸、５－メチルシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルアデノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルウリジン－５’－三リン酸、シュードウリジン－５’－三リン酸、イノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルイノシン－５’－三リン酸、５－メチルウリジン－５’－三リン酸、４－チオウリジン－５’－三リン酸、２－チオウリジン－５’－三リン酸、５，６－ジヒドロウリジン－５’－三リン酸、２－チオシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルシュードウリジン－５’－三リン酸、Ｎ１－メチルアデノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチル－５－メチルウリジン－５’－三リン酸、Ｎ４－メチルシチジン－５’－三リン酸、Ｎ１－メチルシュードウリジン－５’－三リン酸、５，６－ジヒドロ－５－メチルウリジン－５’－三リン酸、５－ホルミルシチジン－５’－三リン酸、５－ヒドロキシメチルシチジン－５’－三リン酸、５－ヒドロキシシチジン－５’－三リン酸、５－ヒドロキシウリジン－５’－三リン酸、５－メトキシウリジン－５’－三リン酸、及び５－カルボキシメチルエステルウリジン－５’－三リン酸が含まれるが、これらに限定されない。
非天然ヌクレオチドには、２’－フルオロ及び２’－Ｏ－メチルＮＴＰ、例えば、２’－アミノ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－フルオロチミジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－フルオロチミジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルアデノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルウリジン－５’－三リン酸、シュードウリジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルイノシン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルシュードウリジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチル－５－メチルウリジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－チミジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、Ｎ４－メチルシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルアデノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルウリジン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－アミノ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、アラアデノシン－５’－三リン酸、アラシチジン－５’－三リン酸、アラグアノシン－５’－三リン酸、アラウリジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、２’－アジド－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－フルオロチミジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルアデノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルウリジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシアデノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシシチジン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシグアノシン－５’－三リン酸、２’－フルオロ－２’－デオキシウリジン－５’－三リン酸、２’－フルオロチミジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルアデノシン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－５’－三リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－５’－三リン酸、並びに２’－Ｏ－メチルウリジン－５’－三リン酸が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「ドメイン」という用語は、タンパク質又はポリペプチドの機能的な部分、セグメント、又は領域を意味する。「相互作用ドメイン」は、別のタンパク質、タンパク質断片、又は単離されたドメインに対するそのタンパク質、タンパク質断片、又は単離されたドメインの物理的親和性に関与するタンパク質、ポリペプチド、又はタンパク質断片の一部分、セグメント、又は領域を具体的に指す。
特に明記されていない場合、本明細書で使用される「化合物」という用語には、ペプチド、核酸、炭水化物、天然物抽出物ライブラリ、有機分子（優先的には、小さな有機分子）、無機分子（例えば、限定されないが、化学物質、金属、及び有機金属分子を含む）が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「誘導体」、「類似体」、又は「バリアント」という用語には、限定されないが、ＣＤ－ＮＴａｓｅポリペプチドと実質的に相同である領域を含む分子が含まれ、様々な実施形態では、同一のサイズのアミノ酸配列にわたって、又はアラインメントが当該技術分野で既知のコンピュータホモロジープログラムによって行われるアラインメント配列と比較して、少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、若しくは９９％の同一性であるか、あるいはそのコード核酸が、ストリンジェント、中程度にストリンジェント、若しくは非ストリンジェントな条件下で、成分タンパク質をコードする配列にハイブリダイズすることができる。これは、それぞれ、アミノ酸の置換、欠失、及び付加による、天然に存在するタンパク質の修飾の結果であり、誘導体が（必ずしも同程度ではないが）天然に存在するタンパク質の生物学的機能を依然として示す、タンパク質を意味する。かかるタンパク質の生物学的機能は、例えば、本発明に提供されるように、好適で利用可能なインビトロアッセイによって調べることができる。
本明細書で使用される「機能的に活性な」という用語は、ポリペプチド（すなわち、断片又は誘導体）であって、このポリペプチド（すなわち、断片又は誘導体）が関連する実施形態によれば、タンパク質の構造的、調節的、又は生化学的機能を有するものを指す。
「活性」という用語は、タンパク質又は分子複合体と関連して使用される場合、特定のタンパク質又は分子複合体によって示されるか、又はそれと関連付けられる任意の生理学的又は生化学的活性を意味し、生物学的プロセス及び細胞機能において示される活性、別の分子又はその部分と相互作用又は結合する能力、ある特定の分子に対する結合親和性又は特異性、インビトロ又はインビボ安定性（例えば、タンパク質分解速度、若しくは分子複合体の場合は、分子複合体の形態を維持する能力）、抗原性及び免疫原性、酵素活性等を含むがこれらに限定されない。かかる活性は、当業者には明らかであろうように、様々な好適な方法のうちのいずれかによって検出又はアッセイされ得る。
本明細書で使用される場合、「相互作用アンタゴニスト」という用語は、タンパク質－タンパク質相互作用若しくはタンパク質－ＤＮＡ相互作用を干渉する、遮断する、妨害する、若しくは不安定化する；分子複合体の形成を遮断する、若しくは干渉する、又は既存の分子複合体を不安定化する、妨害する、若しくは解離する化合物を意味する。
本明細書で使用される「相互作用アゴニスト」という用語は、タンパク質対タンパク質相互作用若しくはタンパク質対ＤＮＡ相互作用の形成を引き起こす、開始させる、伝播する、核生成させる、若しくは他の方法で増強させる；分子複合体の形成を引き起こす、開始させる、伝播する、核形成させる、若しくは他の方法で増強させる；又は既存の分子複合体を安定化させる化合物を意味する。
「ＳＴＩＮＧ」又は「インターフェロン遺伝子の刺激因子」という用語、別名、膜貫通タンパク質１７３（ＴＭＥＭ１７３）は、ウイルス及び細菌感染に対する自然免疫応答の主要な調節因子として機能する５つの膜貫通タンパク質を指す。ＳＴＩＮＧは、細胞質受容体であり、外因性及び内因性の細胞質環状ジヌクレオチド（ＣＤＮ）の両方を感知し、ＴＢＫ１／ＩＲＦ３（インターフェロン調節因子３）、ＮＦ－κＢ（核因子κＢ）、並びにＳＴＡＴ６（シグナル伝達因子及び転写活性化因子６）シグナル伝達経路を活性化して、堅牢なＩ型インターフェロン及び炎症誘発性サイトカインの応答を誘導する。「ＳＴＩＮＧ」という用語は、その断片、バリアント（例えば、対立遺伝子バリアント）、及び誘導体を含むよう意図されている。代表的なヒトＳＴＩＮＧ ｃＤＮＡ及びヒトＳＴＩＮＧタンパク質配列は、当該技術分野で周知であり、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）から公的に入手可能である。ヒトＳＴＩＮＧアイソフォームとしては、より長いアイソフォーム１（ＮＭ＿１９８２８２．３及びＮＰ＿９３８０２３．１）、及びより短いアイソフォーム２（ＮＭ＿００１３０１７３８．１及びＮＰ＿００１２８８６６７．１；より短い５’ＵＴＲを有し、３’コード領域のエクソンを欠き、バリアント１と比較してより短くて異なるＣ末端をもたらす）が挙げられる。ヒト以外の生物におけるＳＴＩＮＧオーソログの核酸及びポリペプチド配列が周知であり、例えば、チンパンジーＳＴＩＮＧ（ＸＭ＿０１６９５３９２１．１及びＸＰ＿０１６８０９４１０．１、ＸＭ＿００９４４９７８４．２及びＸＰ＿００９４４８０５９．１、ＸＭ＿００１１３５４８４．３及びＸＰ＿００１１３５４８４．１）、サルＳＴＩＮＧ（ＸＭ＿０１５１４１０１０．１及びＸＰ＿０１４９９６４９６．１）、イヌＳＴＩＮＧ（ＸＭ＿０２２４０８２６９．１及びＸＰ＿０２２２６３９７７．１、ＸＭ＿００５６１７２６０．３及びＸＰ＿００５６１７３１７．１、ＸＭ＿０２２４０８２４９．１及びＸＰ＿０２２２６３９５７．１、ＸＭ＿００５６１７２６２．３及びＸＰ＿００５６１７３１９．１、ＸＭ＿００５６１７２５８．３及びＸＰ＿００５６１７３１５．１、ＸＭ＿０２２４０８２５３．１及びＸＰ＿０２２２６３９６１．１、ＸＭ＿００５６１７２５７．３及びＸＰ＿００５６１７３１４．１、ＸＭ＿０２２４０８２４０．１及びＸＰ＿０２２２６３９４８．１、ＸＭ＿００５６１７２５９．３及びＸＰ＿００５６１７３１６．１、ＸＭ＿０２２４０８２５９．１及びＸＰ＿０２２２６３９６７．１、ＸＭ＿０２２４０８２６５．１及びＸＰ＿０２２２６３９７３．１）、ウシＳＴＩＮＧ（ＮＭ＿００１０４６３５７．２及びＮＰ＿００１０３９８２２．１）、マウスＳＴＩＮＧ（ＮＭ＿００１２８９５９１．１及びＮＰ＿００１２７６５２０．１、ＮＭ＿００１２８９５９２．１及びＮＰ＿００１２７６５２１．１、ＮＭ＿０２８２６１．１及びＮＰ＿０８２５３７．１）、並びにラットＳＴＩＮＧ（ＮＭ＿００１１０９１２２．１及びＮＰ＿００１１０２５９２．１）が挙げられる。
ＳＴＩＮＧアゴニストは、がんを治療するために有用な療法として示されている。当該技術分野で周知のＳＴＩＮＧのアゴニストとしては、例えば、ＭＫ－１４５４、ＳＴＩＮＧアゴニスト－１（ＭｅｄＣｈｅｍ Ｅｘｐｒｅｓｓカタログ番号ＨＹ－１９７１１）、環状ジＡＭＰ（ｃ－ｄｉ－ＡＭＰ）、環状ジＧＭＰ（ｃ－ｄｉ－ＧＭＰ）、ｃＧＭＰ－ＡＭＰ（２’３’ｃＧＡＭＰ又は３’３’ｃＧＡＭＰ）、又は１０－カルボキシメチル－９－アクリダノン（ＣＭＡ）などの環状ジヌクレオチド（ＣＤＮ）（Ｏｈｋｕｒｉ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ４（４）：ｅ９９９５２３）、合理的に設計された合成ＣＤＮ誘導体分子（Ｆｕ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．７（２８３）：２８３ｒａ５２．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｔｒａｎｓｌｍｅｄ．ａａａ４３０６）、及び５，６－ジメチル－キサンテノン－４－酢酸（ＤＭＸＡＡ）（Ｃｏｒｒａｌｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．１１（７）：１０１８－１０３０）が挙げられる。これらのアゴニストは、ＳＴＩＮＧに結合して活性化し、強力なＩ型ＩＦＮ応答をもたらす。一方、低分子阻害剤でｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路を標的化することは、異常なＤＮＡ感知及びシグナル伝達による過剰なＩ型ＩＦＮの産生に関連する炎症性疾患及び自己免疫疾患などの重度の衰弱性疾患の治療に有益であろう。ＳＴＩＮＧ阻害剤も知られており、例えば、ＣＣＣＰ（ＭｅｄＣｈｅｍ Ｅｘｐｒｅｓｓ，カタログ番号ＨＹ－１００９４１）及び２－ブロモパルミテート（Ｔａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１６）ＩＵＢＭＢ Ｌｉｆｅ．６８（１１）：８５８－８７０）が挙げられる。この用語がＳＴＩＮＧ分子に関して本明細書に記載される特徴の任意の組み合わせを指すために更に使用され得ることに留意されたい。例えば、配列組成、同一性％、配列長さ、ドメイン構造、機能的活性などの任意の組み合わせを使用して、本発明によって包含されるＳＴＩＮＧ分子を記述することができる。
「ＳＴＩＮＧ経路」又は「ｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路」という用語は、細胞質ＤＮＡ誘導シグナル伝達イベントを媒介する、ＳＴＩＮＧが調節する自然免疫経路を指す。細胞質ＤＮＡは、ＡＴＰ及びＧＴＰからの２’３’－ｃＧＡＭＰの合成を触媒するｃＧＡＳに結合し、活性化する。２’３’－ｃＧＡＭＰは、ＥＲアダプターＳＴＩＮＧに結合し、ＥＲ－ゴルジ体中間区画（ＥＲＧＩＣ）及びゴルジ装置に輸送する。次いで、ＳＴＩＮＧは、ＩＫＫ及びＴＢＫ１を活性化する。ＴＢＫ１は、ＳＴＩＮＧをリン酸化し、ＳＴＩＮＧは、次に、ＴＢＫ１によるリン酸化のためにＩＲＦ３を動員する。リン酸化ＩＲＦ３は二量体化し、次いで、核に入り、ＮＦ－ｋＢとともに機能して、Ｉ型インターフェロン及び他の免疫調節分子の発現をオンにする。ｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路は、多種多様なＤＮＡ含有病原体による感染に対する保護的免疫防御を媒介するだけでなく、腫瘍由来ＤＮＡを検出し、固有の抗腫瘍免疫を生成する。しかし、自己ＤＮＡによるｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路の異常な活性化もまた、自己免疫疾患及び炎症性疾患を引き起こし得る。
「ｃＧＡＳ」又は「環状ＧＭＰ－ＡＭＰ合成酵素」という用語、別名、Ｍａｂ－２１ドメイン含有タンパク質１は、ＡＴＰ及びＧＴＰから環状ＧＭＰ－ＡＭＰ（ｃＧＡＭＰ）の形成を触媒するヌクレオチジルトランスフェラーゼを指す（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｓｃｉｅｎｃｅ３３９：７８６－７９１、Ｋｒａｚｕｓｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ３：１３６２－１３６８、Ｃｉｖｒｉｌ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔｕｒｅ４９８：３３２－２２７、Ａｂｌａｓｓｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔｕｒｅ５０３：５３０－５３４、Ｋｒａｎｚｕｓｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｃｅｌｌ１５８：１０１１－１０２１）。ｃＧＡＳは、ＧｐＡステップでの２，５ホスホジエステル結合の形成及びＡｐＧステップでの３，５ホスホジエステル結合の形成の両方を含み、ｃ［Ｇ（２，５）ｐＡ（３，５）ｐ］を生成する（Ｔａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ１９８：３６２７－３６３６、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．（２０１７）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．５９１：９５４－９６１）。ｃＧＡＳは主要細胞質ＤＮＡセンサーとして機能し、細胞質における二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）の存在が免疫応答を誘発する危険信号である（Ｔａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ１９８：３６２７－３６３６）。ｃＧＡＳは、細胞質のＤＮＡと直接結合し、ＴＭＥＭ１７３／ＳＴＩＮＧに結合して活性化するセカンドメッセンジャーであるｃＧＡＭＰの活性化及び合成を引き起こし、それによって、Ｉ型インターフェロンの産生を誘発する（Ｔａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ１９８：３６２７－３６３６、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ４６：３９３－４０４）。ｃＧＡＳは、細胞質におけるＤＮＡウイルス由来のｄｓＤＮＡの存在を感知することによって、抗ウイルス活性を有する（Ｔａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ１９８：３６２７－３６３６）。ｃＧＡＳはまた、細胞質における逆転写ＤＮＡの存在を検出することによって、ＨＩＶ－１などのレトロウイルスによる感染の自然免疫センサーとしても機能する（Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｓｃｉｅｎｃｅ３４１：９０３－９０６）。細胞質におけるレトロウイルス逆転写ＤＮＡの検出は、間接的であってもよく、逆転写レトロウイルスＤＮＡと直接結合するＰＱＢＰ１との相互作用を介して媒介され得る（Ｙｏｈ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｃｅｌｌ１６１：１２９３－１３０５）。ｃＧＡＳはまた、結核菌（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）などの細菌由来のＤＮＡの存在を検出する（Ｗａｓｓｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ１７：７９９－８１０）。ｃＧＡＭＰは、ギャップ結合を介して産生細胞から隣接細胞に移行することができ、ＴＭＥＭ１７３／ＳＴＩＮＧ活性化を促進し、接続している細胞に免疫応答を伝達する（Ａｂｌａｓｓｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔｕｒｅ５０３：５３０－５３４）。ｃＧＡＭＰはまた、ｃＧＡＳ非依存性であるがＴＭＥＭ１７３／ＳＴＩＮＧ依存性である様式で、新たに感染した細胞におけるＩＦＮ誘導に寄与するウイルス粒子内のパッケージングによって細胞間を移行することもできる（Ｇｅｎｔｉｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｓｃｉｅｎｃｅ３４９：１２３２－１２３６）。抗ウイルス活性に加えて、ｃＧＡＳは、老化、ＤＮＡ損傷、又はゲノム不安定性などの細胞ストレスへの応答にも関与している（Ｍａｃｋｅｎｚｉｅ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｎａｔｕｒｅ５４８：４６１－４６５、Ｈａｒｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｎａｔｕｒｅ５４８：４６６－４７０）。ｃＧＡＳは、老化細胞に存在する細胞質クロマチン断片に結合することによって細胞老化の調節因子として機能し、ＴＭＥＭ１７３／ＳＴＩＮＧを介してＩ型インターフェロンの産生をもたらし、細胞老化を促進する。ｃＧＡＳはまた、ゲノム不安定性及び二本鎖ＤＮＡ切断に対する炎症応答にも関与している。ｃＧＡＳは、ゲノム不安定性から生じる小核に局在化することによって作用する（ＰｕｂＭｅｄ：２８７３８４０８；Ｈａｒｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｎａｔｕｒｅ５４８：４６６－４７０）。小核は、がん細胞で頻繁に見出され、それ自体の核膜によって囲まれたクロマチンからなる。小核エンベロープの分解、すなわち、クロモスリプシスに関連するプロセスに続いて、ＭＢ２１Ｄ１／ｃＧＡＳは、細胞質に曝露された自己ＤＮＡと結合し、ｃＧＡＭＰ合成、及びその後のＴＭＥＭ１７３／ＳＴＩＮＧの活性化、並びにＩ型インターフェロンの産生をもたらす（Ｍａｃｋｅｎｚｉｅ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｎａｔｕｒｅ５４８：４６１－４６５、Ｈａｒｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｎａｔｕｒｅ５４８：４６６－４７０）。一実施形態では、ヒトｃＧＡＳは、５８８１４Ｄａの分子量を有する５２２個のアミノ酸を有する。ｃＧＡＳは、ＤＮＡの不在下で、及びｄｓＤＮＡに結合した場合、モノマーである（Ｔａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ１９８：３６２７－３６３６）。ｃＧＡＳは、（ＷＷドメインを介して）ＰＱＢＰ１と相互作用する（Ｙｏｈ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｃｅｌｌ１６１：１２９３－１３０５）。ｃＧＡＳはまた、ＴＲＩＭ１４と相互作用し、この相互作用は、ｃＧＡＳ／ＭＢ２１Ｄ１を安定化し、Ｉ型インターフェロンの産生を促進する（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ６４：１０５－１１９）。ｃＧＡＳはまた、ヘルペスウイルス８／ＨＨＶ－８タンパク質ＯＲＦ５２と相互作用し、この相互作用は、ｃＧＡＳの酵素活性を阻害する。
「ｃＧＡＳ」という用語は、その断片、バリアント（例えば、対立遺伝子バリアント）、及び誘導体を含むよう意図されている。代表的なヒトｃＧＡＳ ｃＤＮＡ及びヒトｃＧＡＳタンパク質配列は、当該技術分野で周知であり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）から公的に入手可能である。ヒトｃＧＡＳアイソフォームには、転写物（ＮＭ＿１３８４４１．２）によってコードされるタンパク質（ＮＰ＿６１２４５０．２）が含まれる。ヒト以外の生物におけるｃＧＡＳオーソログの核酸及びポリペプチド配列は周知であり、例えば、チンパンジーｃＧＡＳ（ＸＭ＿００９４５１５５３．３及びＸＰ＿００９４４９８２８．１；並びにＸＭ＿００９４５１５５２．３及びＸＰ＿００９４４９８２７．１）、サルｃＧＡＳ（ＮＭ＿００１３１８１７５．１及びＮＰ＿００１３０５１０４．１）、ウシｃＧＡＳ（ＸＭ＿０２４９９６９１８．１及びＸＰ＿０２４８５２６８６．１、ＸＭ＿００５２１０６６２．４及びＸＰ＿００５２１０７１９．２、並びにＸＭ＿００２６９００２０．６及びＸＰ＿００２６９００６６．３）、マウスｃＧＡＳ（ＮＭ＿１７３３８６．５及びＮＰ＿７７５５６２．２）、ラットｃＧＡＳ（ＸＭ＿００６２４３４３９．３及びＸＰ＿００６２４３５０１．２）、並びにニワトリｃＧＡＳ（ＸＭ＿４１９８８１．６及びＸＰ＿４１９８８１．４）が挙げられる。
ｃＧＡＳタンパク質を検出するのに好適な抗ｃＧＡＳ抗体は、当該技術分野で周知であり、例えば、抗体ＴＡ３４０２９３（Ｏｒｉｇｅｎｅ）、抗体ＮＢＰ１－８６７６１及びＮＢＰ１－７０７５５（Ｎｏｖｕｓ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ，Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ，ＣＯ）、抗体ａｂ２２４１４４及びａｂ１７６１７７（ＡｂＣａｍ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）、抗体２６－６６４（ＰｒｏＳｃｉ）などが挙げられる。加えて、ｃＧＡＳを検出するための試薬が周知である。ｃＧＡＳの複数の臨床試験が、ＮＩＨ遺伝子検査レジストリ（ＧＴＲ（登録商標））（例えば、ＧＴＲ Ｔｅｓｔ ＩＤ：ＧＴＲ０００５４０８５４．２、Ｆｕｌｇｅｎｔ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｌａｂ（Ｔｅｍｐｌｅ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）で利用可能である。更に、ｃＧＡＳの発現を減少させるための多重ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ＣＲＩＳＰＲ構築物は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ製のｓｉＲＮＡ製品番号ｓｃ－９５５１２、ＲＮＡｉ製品ＳＲ３１４４８４及びＴＬ３０５８１３Ｖ、並びにＣＲＩＳＰＲ製品ＫＮ２１２３８６（Ｏｒｉｇｅｎｅ）、並びにＧｅｎＳｃｒｉｐｔ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）製の複数のＣＲＩＳＰＲ製品等、上で参照された会社の市販製品のリストに見出すことができる。この用語がｃＧＡＳ分子に関して本明細書に記載される特徴の任意の組み合わせを指すために更に使用され得ることに留意されたい。例えば、配列組成、同一性％、配列長さ、ドメイン構造、機能的活性などの任意の組み合わせを使用して、本発明によって包含されるｃＧＡＳ分子を記述することができる。
「アンタゴニスト」は、受容体などの少なくとも１つのタンパク質の少なくとも１つの生物学的活性を減弱、低減、又は阻害するものである。ある特定の実施形態では、アンタゴニストは、本明細書に記載の少なくとも１つのタンパク質の所与の生物学的活性を実質的又は完全に減弱又は阻害する。
「投与様式」という用語は、所望の標的（例えば、細胞、対象）を所望の薬剤（例えば、治療薬）と接触させる任意のアプローチを含む。本明細書で使用される投与経路は、投与様式の特定の形態であり、それは、薬剤が対象に投与される経路、又は生体物理学的薬剤が生体物質と接触する経路を特に包含する。
「対象」という用語は、任意の健常な動物、哺乳動物、若しくはヒト、又はがんに罹患している任意の動物、哺乳動物、若しくはヒトを指す。「対象」という用語は、「患者」と同義である。
「治療効果」という用語は、薬理学的に活性な物質によって引き起こされる動物、具体的には哺乳動物、より具体的にはヒトにおける局所又は全身効果を指す。したがって、この用語は、動物若しくはヒトにおける疾患の診断、治癒、緩和、治療、若しくは予防、又は望ましい身体若しくは精神発達及び状態の増強における使用を目的とした任意の物質を意味する。
本明細書で使用される「治療有効量」及び「有効量」という用語は、いずれの医学的治療にも適用可能な合理的なベネフィット／リスク比で動物における細胞の少なくとも部分集団にいくらかの所望の治療効果をもたらすのに有効な、化合物、材料、本発明によって包含される化合物を含む組成物の量を意味する。対象化合物の毒性及び治療有効性は、例えば、ＬＤ５０及びＥＤ５０を決定するための、細胞培地又は実験動物における標準の医薬品手順によって決定され得る。高い治療指数を呈する組成物が好ましい。いくつかの実施形態では、ＬＤ５０（致死投薬量）が測定され得、好適な対照薬剤の投与と比較して、薬剤に対して、例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、又はそれ以上減少し得る。同様に、ＥＤ５０（すなわち、症状の半最大阻害を達成する濃度）が測定され得、好適な対照薬剤の投与と比較して、薬剤に対して、例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、又はそれ以上増加し得る。また、同様に、ＩＣ５０（すなわち、がん細胞への半最大細胞毒性又は細胞増殖抑制効果を達成する濃度）が測定され得、好適な対照薬剤の投与と比較して、薬剤に対して、例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、又はそれ以上増加し得る。
ＩＩ．対象
いくつかの実施形態では、対象は哺乳動物（例えば、マウス、ラット、霊長類、非ヒト哺乳動物、家畜（イヌ、ネコ、ウシ、ウマ等））であり、好ましくはヒトである。他の実施形態では、対象は、がんの動物モデルである。加えて、細胞（例えば、かかる対象由来の細胞）は、インビトロ、エクスビボ、又はインビボであるかどうかにかかわらず、本明細書に記載の方法に従って使用することができる。
本発明の方法によって包含されるいくつかの実施形態では、対象は、ＰＡＲＰ阻害剤等による治療を受けていない。他の実施形態では、対象は、ＰＡＲＰ阻害剤等による治療を受けている。本発明の方法によって包含されるいくつかの実施形態では、対象は、ＴＫ阻害剤による治療などの治療を受けていない。いくつかの実施形態では、対象は、ＴＫ阻害剤などの治療を受けている。本発明の方法によって包含されるいくつかの実施形態では、対象は、ＤＮＡ合成阻害剤による治療などの治療を受けていない。いくつかの実施形態では、対象は、ＤＮＡ合成阻害剤などの治療を受けている。いくつかの実施形態では、対象は、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍、又は本明細書に開示される任意の他の濃縮スコアを有する腫瘍を有する対象である。
いくつかの実施形態では、特許請求の範囲のいくつかにも列挙されているこの言及されたＭ２濃縮スコアは、Ｐａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ４７，２８４－２９７からのＭ２シグネチャーデータと一致する、Ｍ２様ＴＡＭの濃縮スコアを有するがんのタイプのＴＣＧＡデータ解析による。この記事の最初の図の黄色の点線は、Ｍ２遺伝子シグネチャーの平均濃縮スコア（０．２７）であり、この図で使用されている略語は、以下のとおりである。ＡＣＣ：副腎皮質がん、ＢＬＣＡ：膀胱尿路上皮がん、ＢＲＣＡ：乳房浸潤がん、ＣＥＳＣ：子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん、ＣＯＡＤ：結腸腺がん、ＤＬＢＣ：リンパ系腫瘍びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ＧＢＭ：多形性神経膠芽腫、ＨＮＳＣ：頭頸部扁平上皮がん、ＫＩＣＨ：色素嫌性腎がん、ＫＩＲＣ：腎臓明細胞がん、ＫＩＲＰ：腎臓腎乳頭細胞がん、ＬＡＭＬ：急性骨髄性白血病、ＬＧＧ：脳低悪性度神経膠腫、ＬＩＨＣ：肝細胞がん、ＬＵＡＤ：肺腺がん、ＬＵＳＣ：肺扁平上皮がん、ＯＶ：卵巣漿液性嚢胞腺がん、ＰＲＡＤ：前立腺腺がん、ＲＥＡＤ：直腸腺がん、ＳＫＣＭ：皮膚黒色腫、ＳＴＡＤ：胃腺がん、ＴＨＣＡ：甲状腺がん、ＵＣＥＣ：子宮体子宮内膜がん、並びにＵＣＳ：子宮がん肉腫。
したがって、いくつかの実施形態では、対象は、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）若しくは肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）などの肺がん、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、又は高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）若しくは相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がんなどの卵巣がん、又は任意の相同組換え型（ＨＲＰ）がんを有する。がんは、任意の相同組換え欠損（ＨＲＤ）がん（例えば、ＨＲＤ卵巣がん）であり得る。がんは、ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＨＥＫ２、ＲＡＤ５１、又はＦＡＮＣ遺伝子における変異を含むＨＲＤがん又は腫瘍であり得る。がんは、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を上方調節する遺伝子変異、及び／又は腫瘍関連マクロファージをＭ２様マクロファージ（例えば、ＫＲＡＳＧ１２Ｄ変異などのＫＲＡＳ遺伝子の変異を有するがん）に極性化させる遺伝子変異を含む任意のがんであり得る。
ある特定の実施形態では、対象は、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がん（例えば、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がん）を有する。ある特定の実施形態では、対象はＢＲＣＡナイーブ乳がん又は卵巣がんを有する。
ある特定の実施形態では、対象は、ＥＧＦＲ変異を保有するがん（例えば、肺がん）を有する。ＥＧＦＲ変異は、活性化変異、又はＴＫＩに対する耐性を付与する任意の変異であり得る。
いくつかの実施形態では、対象は、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍の亜集団を含むがんを有する（例えば、がん自体が０．２７未満のＭ２濃縮スコアを有するものの１つであっても）。いくつかの実施形態では、対象は、０．１５よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．１６、０．１７、０．１８、０．１９、０．２０、０．２１、０．２２、０．２３、０．２４、０．２５、０．２６、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０、０．８１、０．８２、０．８３、０．８４、０．８５、０．８６、０．８７、０．８８、０．８９、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９よりも高いか、又はそれ以上）を有する腫瘍の亜集団を含むがんを有する（例えば、がん自体が０．１５未満のＭ２濃縮スコアを有するものの１つであっても）。いくつかの実施形態では、対象は、治療経過にわたって０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを獲得した腫瘍を含むがんを有する（例えば、がん自体が０．２７未満のＭ２濃縮スコアを有するものの１つであっても）。いくつかの実施形態では、対象は、治療経過にわたって０．１５よりも高いＭ２濃縮スコア（例えば、０．１６、０．１７、０．１８、０．１９、０．２０、０．２１、０．２２、０．２３、０．２４、０．２５、０．２６、０．２７、０．２８、０．２９、０．３０、０．３１、０．３２、０．３３、０．３４、０．３５、０．３６、０．３７、０．３８、０．３９、０．４０、０．４１、０．４２、０．４３、０．４４、０．４５、０．４６、０．４７、０．４８、０．４９、０．５０、０．５１、０．５２、０．５３、０．５４、０．５５、０．５６、０．５７、０．５８、０．５９、０．６０、０．６１、０．６２、０．６３、０．６４、０．６５、０．６６、０．６７、０．６８、０．６９、０．７０、０．７１、０．７２、０．７３、０．７４、０．７５、０．７６、０．７７、０．７８、０．７９、０．８０、０．８１、０．８２、０．８３、０．８４、０．８５、０．８６、０．８７、０．８８、０．８９、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９よりも高いか、又はそれ以上）を獲得した腫瘍を含むがんを有する（例えば、がん自体が０．１５未満のＭ２濃縮スコアを有するものの１つであっても）。いくつかの実施形態では、対象は、腫瘍内樹状細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化に欠陥を有する。
ＩＩＩ．治療薬
いくつかの実施形態では、使用される薬剤は、ＳＴＩＮＧアゴニストである治療薬である。これらの薬剤は、例えば、マクロファージ（例えば、腫瘍の外部にあるもの）におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化することができる。
いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、修飾ヌクレオチドＳＴＩＮＧアゴニストを含む。いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＤＭＸＡＡ、ＭＳＡ－２、ＳＲ－７１７、ＦＡＡ、ＣＭＡ、α－マンゴスチン、ＢＮＢＣ、ＤＳＤＰ、ｄｉＡＢＺＩ、二環式ベンズアミド、及びベンゾチオフェンから選択される。いくつかの実施形態では、任意の好適なＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、ＳＴＩＮＧの天然リガンドではないＳＴＩＮＧアゴニストなどの、全身投与に十分に好適なＳＴＩＮＧアゴニスト）を使用することができる。一般に、ＳＴＩＮＧアゴニストに関する様々な更なる詳細は、文献、例えば、Ｃｈｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ａ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ＳＴＩＮＧ－ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ ｎｏｎ－ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｃＧＡＭＰ ｍｉｍｅｔｉｃ，Ｓｃｉｅｎｃｅ３６９：９９３（２０２０）、及びＰａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎ ｏｒａｌｌｙ ａｖａｉｌａｂｌｅ ｎｏｎ－ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＴＩＮＧ ａｇｏｎｉｓｔ ｗｉｔｈ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ，Ｓｃｉｅｎｃｅ３６９：９３５（２０２０）に見出すことができる。ＤＭＸＡＡに関連するデータは、実施例１に見出すことができ、ＭＳＡ－２に関連するデータは、図１４Ａ～図１４Ｄに見出すことができる。
ある特定の実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、（例えば、別々に又は一緒に、異なる時間に又は同時に）別の治療薬と併用投与することができる。具体的には、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＰＡＲＰ阻害剤と併用投与することができる。いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、ＣＥＰ９７２２、Ｅ７０１６、ＡＧ０１４６９９、ＭＫ４８２７、ＢＭＮ－６７３、イニパリブ、及び３－アミノベンズアミドから選択される。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＰＡＲＰ阻害剤の前に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＰＡＲＰ阻害剤と同時に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。
ある特定の実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、（例えば、別々に又は一緒に、異なる時間に又は同時に）別の治療薬と併用投与することができる。具体的には、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＴＫＩ（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ又は本明細書に開示される任意の他のＴＫＩ）と併用投与され得る。いくつかの実施形態では、ＴＫＩ（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ又は本明細書に開示される任意の他のＴＫＩ）は、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、オルムチニブ（ＨＭ６１７１３）、ナザルチニブ（ＥＧＦ８１６）、ナコチニブ（ＡＳＰ８２７３）、マベレルチニブ（ＰＦ－０６４７７７５）、アルモネルチニブ、ＴＹ－９５９１、ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びＡＣ００１０から選択される。いくつかの実施形態では、併用投与は、ＴＫＩ（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ又は本明細書に開示される任意の他のＴＫＩ）の前に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用投与は、ＴＫＩ（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ又は本明細書に開示される任意の他のＴＫＩ）と同時に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。
ある特定の実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、（例えば、別々に又は一緒に、異なる時間に又は同時に）別の治療薬と併用投与することができる。特に、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＴＫ阻害剤と併用投与することができる。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＴＫ阻害剤の前に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＴＫ阻害剤と同時に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。ＴＫ阻害剤は、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦ）ＴＫ阻害剤、上皮増殖因子（ＥＧＦ）受容体ＴＫ阻害剤、血小板由来内皮増殖因子受容体（ＰＤＧＦ）ＴＫ阻害剤であってもよく、又はＴＫ阻害剤は、線維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）受容体ＴＫ阻害剤であってもよい。ＴＫ阻害剤は、例えば、アキシチニブ、ダサチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ニロチニブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、ボスチニブ、アバプリチニブ、カプマチニブ、ペミガチニブ、リプレチニブ、セルペルカチニブ、セルメチニブ、ツカチニブ、エヌトレクチニブ、エルダフィチニブ、フェドラチニブ、ペキシダルチニブ、腱滑膜、ウパダシチニブ、ザヌブルチニブ、バリシチニブ、ビニメチニブ、ダコミチニブ、フォスタマチニブ、ギルテリチニブ、ラロトレクチニブ、ロルラチニブ、アカラブルチニブ、ブリグチニブ、ミドスタウリン、ネラチニブ、アレクチニブ、コビメチニブ、レンバチニブ、オシメルチニブ、セリチニブ、ニンテダニブ、アファチニブ、イブルチニブ、トラメチニブ、アキシチニブ、ボスチニブ、カボザンチニブ、ポナチニブ、レゴラフェニブ、トファシチニブ、クリゾチニブ、ルキソリチニブ、バンデタニブ、パゾパニブ、ラパチニブ、ゲフィチニボール、又はスニチニブであり得る。
ある特定の実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、（例えば、別々に又は一緒に、異なる時間に又は同時に）別の治療薬と併用投与することができる。特に、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＤＮＡ合成阻害剤と併用投与することができる。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＤＮＡ合成阻害剤の前に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用投与することは、ＤＮＡ合成阻害剤と同時に、ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。例示的なＤＮＡ合成阻害剤としては、ゲムシタビン、サパシタビン、シチジン類似体、シタラビン、テザシタビン、トロキサシタビン、ＤＭＤＣ、ＣＮＤＡＣ、ＥＣｙＤ、クロファラビン、又はデシタビンなどのヌクレオシド類似体が挙げられるが、これらに限定されない。
併用療法のための追加の治療薬としては、放射線療法、化学療法（例えば、パクリタキセル、白金系薬物（例えば、シスプラチン、オキサリプラチン）、トポイソメラーゼＩＩのようなトポイソメラーゼ活性の阻害剤（例えば、エトポシド）、ＤＮＡインターカレーター（例えば、ドキソルビシン）、及び／又はＤＮＡアルキル化剤（例えば、テモゾロミド））、又はＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）標的化剤（例えば、ＡＴＭｉ、ＡＴＲｉ、ＣＨＫ１／２ｉ、若しくはＷｅｅ１ｉ）が挙げられる。テモゾロミドは、高Ｍ２腫瘍である膠芽腫（ＧＭＢ）に対する唯一のＦＤＡ承認第一選択療法であるが、全生存（ＯＳ）を伴わない無増悪生存（ＰＦＳ）のみを提供する（例えば、Ｆｅｒｎａｎｄｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ ｏｆ Ｃａｒｅ ｉｎ Ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｃｈａｐｔｅｒ １１ ｏｆ Ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ，Ｄｅ Ｖｌｅｅｓｃｈｏｕｗｅｒ Ｓ．，Ｅｄ．，Ｃｏｄｏｎ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｂｒｉｓｂａｎｅ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）（２０１７）を参照されたい）。
ＩＶ．治療方法
本発明によって包含される一態様は、例えば、がんを有する対象におけるＰＡＲＰ阻害の有効性を改善することによって、がんを治療する方法に関する。かかる方法は、いくつかの実施形態では、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＰＡＲＰ阻害剤と併用投与することを含む。
本発明によって包含される一態様は、例えば、がんを有する対象におけるＴＫ（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ）阻害の有効性を改善することによって、がんを治療する方法に関する。かかる方法は、いくつかの実施形態では、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＴＫ（例えば、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ）阻害剤と併用投与することを含む。
本発明によって包含される別の態様は、例えば、がんを有する対象におけるＤＮＡ合成阻害の有効性を改善することによって、がんを治療する方法に関する。かかる方法は、いくつかの実施形態では、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＤＮＡ合成阻害剤と併用投与することを含む。
いくつかの実施形態では、投与は、ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達（例えば、経口、静脈内、又は腹腔内）を含む。
本発明によって包含される態様は、がんを有する対象における腫瘍促進性マクロファージを抗腫瘍マクロファージに極性化させる方法に関し、対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む。いくつかのそのような態様では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、マクロファージにおけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化する。いくつかのそのような態様では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、腫瘍内樹状細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化しない。これらの態様のいくつかの実施形態では、腫瘍促進性マクロファージは、Ｍ２様である。これらの態様のいくつかの実施形態では、抗腫瘍マクロファージは、Ｍ１様である。
いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、好適な投薬量（例えば、少なくとも１日当たり５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５，１００ｍｇ／ｋｇ体重、又はこれらの値間の任意の他の値若しくは範囲）で投与される。好適な投薬量は、１日に２回、１日に１回、週に２回、週に１回、月に３回、月に２回、又は月に１回投与され得る。いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、複数回（例えば、少なくとも２～３回、少なくとも４回、少なくとも５回、少なくとも６回、少なくとも７回、又は少なくとも１０回）投与される。
いくつかの実施形態では、ＴＫ阻害剤は、好適な投薬量（例えば、少なくとも１日当たり５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５，１００ｍｇ／ｋｇ体重、又はこれらの値間の任意の他の値若しくは範囲）で投与される。好適な投薬量は、１日に２回、１日に１回、週に２回、週に１回、月に３回、月に２回、又は月に１回投与され得る。いくつかの実施形態では、ＴＫ阻害剤は、複数回（例えば、少なくとも２～３回、少なくとも４回、少なくとも５回、少なくとも６回、少なくとも７回、又は少なくとも１０回）投与される。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ合成阻害剤は、好適な投薬量（例えば、少なくとも１００ｍｇ／ｍ２／週、２５０ｍｇ／ｍ２／週、５００ｍｇ／ｍ２／週、７５０ｍｇ／ｍ２／週、１，０００ｍｇ／ｍ２／週、１，５００ｍｇ／ｍ２／週、１，７５０ｍｇ／ｍ２／週、２，００００ｍｇ／ｍ２／週、２，２００ｍｇ／ｍ２／週、又はこれらの値間の任意の他の値若しくは範囲）で投与される。好適な投薬量は、１日に２回、１日に１回、週に２回、週に１回、月に３回、月に２回、又は月に１回投与され得る。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ合成阻害剤は、複数回（例えば、少なくとも２～３回、少なくとも４回、少なくとも５回、少なくとも６回、少なくとも７回、又は少なくとも１０回）投与される。
いくつかの実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、好適な投薬量（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０ｍｇ／ｋｇ体重／週、又はこれらの値間の任意の他の値若しくは範囲）で投与される。好適な投薬量は、１日に２回、１日に１回、週に２回、週に１回、月に３回、月に２回、又は月に１回投与され得る。一部の実施形態では、ＳＴＩＮＧアゴニストは、複数回（例えば、少なくとも２～３回、少なくとも４回、少なくとも５回、少なくとも６回、少なくとも７回、又は少なくとも１０回）投与される。
本明細書に開示されるように、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＰＡＲＰ阻害剤と併用投与され得る。また、本明細書に開示されるように、ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＴＫ阻害剤と併用投与され得る。
Ｖ．臨床的有効性
臨床的有効性は、当該技術分野で既知の任意の方法によって測定され得る。例えば、ＳＴＩＮＧアゴニスト単独による療法、又は別の薬剤（例えば、ＰＡＲＰ阻害剤、ＴＫ阻害剤、若しくはＤＮＡ合成阻害剤）と組み合わせた療法からの利益は、無増悪生存に関連する。別の例として、ＳＴＩＮＧアゴニストからの利益は、好適な方法によって測定することができる腫瘍体積に関連し得る。
本発明によって包含される薬剤を使用することからの利益は、生体物質における細胞傷害性のレベルを測定することによって決定され得る。本発明によって包含される薬剤を使用することからの利益は、転写プロファイル、生存率曲線、顕微鏡画像、生合成活性レベル、酸化還元レベル等を測定することによって評価され得る。本発明によって包含される薬剤を使用することからの利益はまた、ＳＴＩＮＧアゴニスト治療からの副作用の量を測定することによって決定され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療処置の臨床的有効性は、臨床的有用率（ＣＢＲ）を測定することによって決定され得る。臨床的有用率は、療法終了の少なくとも６ヶ月後の時点での完全寛解（ＣＲ）にある患者のパーセンテージ、部分寛解（ＰＲ）にある患者の数、及び安定疾患（ＳＤ）を有する患者の数の合計を決定することによって測定される。この公式の省略表現は、６ヶ月にわたるＣＢＲ＝ＣＲ＋ＰＲ＋ＳＤである。いくつかの実施形態では、特定のがん治療レジメンのＣＢＲは、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、又はそれ以上である。
療法に対する応答を評価するための更なる基準は、「生存期間」に関連し、これには、以下の、死亡までの生存期間、別名、全生存期間（当該死亡は、原因を問わないか、又は腫瘍関連のいずれかであり得る）、「無再発生存期間」（再発という用語は、局所再発及び遠隔再発の両方を含むものとする）の全てが含まれる。当該生存期間の長さは、定義された開始点（例えば、診断時又は治療開始時）及び終了点（例えば、死、再発、又は転移）を参照することによって計算され得る。加えて、治療有効性についての基準は、療法に対する応答、生存確率、及び再発確率を含むように拡張され得る。
例えば、適切な閾値を決定するために、特定のＳＴＩＮＧアゴニスト治療レジメンを対象集団に投与し、その転帰は、任意の療法の投与前に決定されたバイオマーカー測定値と相関し得る。転帰測定値は、療法に対する病理学的応答であり得る。あるいは、バイオマーカー測定値が既知である療法後の対象について、全生存期間及び無病生存期間などの転帰測定値がある期間にわたって監視され得る。ある特定の実施形態では、同じ用量の療法剤が、もしあれば、各対象に投与される。関連する実施形態では、投与される用量は、療法で使用される薬剤の当該技術分野で既知の標準用量である。対象が監視される期間は様々であり得る。例えば、対象は、少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、又は６０ヶ月間監視され得る。
ＶＩ．薬剤の投与
本発明によって包含される薬剤（例えば、ＳＴＩＮＧアゴニスト）は、それらの効果を増強するために、インビボでの医薬品投与に好適な生物学的に適合した形態で対象に投与される。「インビボでの投与に好適な生物学的に適合性の形態」とは、タンパク質の治療効果が、いずれの毒性作用をも上回る、投与されるタンパク質の形態を意味する。「対象」という用語は、免疫応答が誘発され得る生きている生物、例えば、哺乳動物を含むよう意図されている。対象の例としては、ヒト、イヌ、ネコ、マウス、ラット、及びそれらのトランスジェニック種が挙げられる。本明細書に記載の薬剤の投与は、薬剤の治療的に活性な量を単独で又は薬学的に許容される担体と組み合わせて含む任意の薬理学的形態であり得る。
本発明によって包含される治療的組成物の治療的に活性な量の投与は、必要な投薬量で必要な期間にわたって所望の結果を達成するのに有効な量として定義される。例えば、薬剤の治療的に活性な量は、個体の病状、年齢、性別、及び体重などの要因、並びに個体に所望の応答を誘発するペプチドの能力により異なり得る。投与レジメンは、最適な治療応答を提供するように調整することができる。例えば、いくつかの分割用量が１日１回投与され得るか、又は用量は、治療状況の緊急事態によって示されるように比例的に減少し得る。
本発明によって包含される薬剤は、単独で又は追加の療法と組み合わせて投与され得る。併用療法では、本発明によって包含されるＳＴＩＮＧアゴニストと、別の薬剤（例えば、ＰＡＲＰ阻害剤、ＴＫ阻害剤、又はＤＮＡ合成阻害剤）とを、同じ又は異なる細胞に送達することができ、同じ又は異なる時間に送達することができる。本発明によって包含される薬剤は、投与に好適な薬学的組成物に組み込まれ得る。そのような組成物は、１つ以上の薬剤、又はそのような１つ以上の薬剤の生成をもたらす１つ以上の分子と、薬学的に許容される担体と、を含むことができる。
本明細書に記載の治療薬は、それらを体内の特定の位置に送達する投与様式若しくは投与経路を使用して、又は全身的に投与され得る。いくつかの実施形態では、投与様式は、経口、静脈内、又は腹腔内などの全身的である。
本明細書に記載の治療薬は、注射（皮下、静脈内等）、経口投与、吸入、経皮適用、又は直腸投与などの簡便な様式で投与され得る。投与経路に応じて、活性化合物は、化合物を不活性化し得る酵素、酸、及び他の自然条件の作用から化合物を保護するための材料でコーティングされ得る。例えば、薬剤の投与について、非経口投与以外の方法により、薬剤をその不活性化を阻止するための材料でコーティングするか、又は薬剤をその材料と同時投与することが望ましくあり得る。
薬剤は、個体に、適切な担体、希釈剤、若しくはアジュバント中で投与されるか、酵素阻害剤と同時投与されるか、又はリポソームなどの適切な担体中で投与される。薬学的に許容される希釈剤には、生理食塩水及び水性緩衝溶液が含まれる。アジュバントは、その最も広い意味で使用され、インターフェロンなどの任意の免疫刺激化合物を含む。本明細書で企図されるアジュバントには、レゾルシノール、非イオン性界面活性剤、例えば、ポリオキシエチレンオレイルエーテル及びｎ－ヘキサデシルポリエチレンエーテルが含まれる。酵素阻害剤には、膵臓トリプシン阻害剤、ジイソプロピルフルオロリン酸（ＤＥＥＰ）、及びトラジロールが含まれる。リポソームには、水中油中水乳剤、並びに従来のリポソーム（Ｓｔｅｒｎａ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｊ．Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ．７：２７）が含まれる。
以下で詳細に説明されるように、本発明によって包含される薬学的組成物は、以下のために適合されたものを含め、固体又は液体形態での投与のために特別に製剤化されてもよい：（１）経口投与、例えば、ドレンチ（水性若しくは非水性の溶液若しくは懸濁液）、錠剤、ボーラス、粉末、顆粒、ペースト、（２）非経口投与、例えば、滅菌溶液若しくは懸濁液としての皮下、筋肉内、又は静脈内注射によるもの、（３）局所投与、例えば、皮膚に適用されるクリーム、軟膏、若しくはスプレーとしてのもの、（４）膣内若しくは直腸内、例えば、ペッサリー、クリーム、又はフォームとしてのもの、あるいは（５）エアロゾル、例えば、化合物を含有する水性エアロゾル、リポソーム調製物、又は固体粒子。
本明細書において、「薬学的に許容される」という語句は、理にかなった医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応、又は他の問題若しくは合併症がなく、合理的なベネフィット／リスク比に見合った、ヒト及び動物の組織と接触させて使用するのに好適なそれらの薬剤、材料、組成物、及び／又は投薬形態を指すために用いられる。
本明細書で使用される「薬学的に許容される担体」という語句は、ある臓器又は身体の一部分から別の臓器又は身体の一部分へと、対象の化学物質を運ぶか、又は輸送することに関与する薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクル、例えば、液体又は固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒又はカプセル化材料を意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり、対象に有害ではないという意味で「許容される」ものでなければならない。薬学的に許容される担体として機能できる材料の例には、（１）糖類、例えばラクトース、グルコース及びスクロース、（２）デンプン類、例えばコーンスターチ及びジャガイモデンプン、（３）セルロース、及びその誘導体、例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース及び酢酸セルロース、（４）トラガカント末（５）麦芽、（６）ゼラチン、（７）タルク、（８）賦形剤、例えばカカオバター及び坐剤ワックス、（９）油類、例えば落花生油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、コーン油、大豆油、（１０）グリコール類、例えばプロピレングリコール、（１１）ポリオール類、例えばグリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコール、（１２）エステル類、例えばオレイン酸エチル及びラウリン酸エチル、（１３）寒天、（１４）緩衝剤、例えば水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム（１５）アルギン酸、（１６）発熱物質を含まない水、（１７）等張食塩水、（１８）リンゲル液、（１９）エチルアルコール、（２０）リン酸緩衝液、及び（２１）薬学的製剤に使用される他の非毒性適合物質、が挙げられる。
「薬学的に許容される塩」という用語は、本発明によって包含されるバイオマーカーの発現及び／又は活性、又は複合体の発現及び／又は活性を調節する（例えば、阻害する）薬剤の比較的非毒性の無機及び有機の酸付加塩を指す。これらの塩は、治療薬の最終的な単離及び精製中に、又はその遊離塩基形態での精製された治療薬と好適な有機若しくは無機の酸とを別個に反応させ、そのようにして生成した塩を単離することによって、系中で調製することができる。代表的な塩としては、臭化水素酸塩、塩酸塩、硫酸塩、重硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、酢酸塩、吉草酸塩、オレイン酸塩、パルミチン酸塩、ステアリン酸塩、ラウリン酸塩、安息香酸塩、乳酸塩、リン酸塩、トシル酸塩、クエン酸塩、マレイン酸塩、フマル酸塩、コハク酸塩、酒石酸塩、ナフチル酸塩、メシル酸塩、グルコヘプトン酸塩、ラクトビオン酸塩、及びラウリルスルホン酸塩などが挙げられる（例えば、Ｂｅｒｇｅ ｅｔ ａｌ．（１９７７）“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ”，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．６６：１－１９を参照）。
他の場合では、本発明によって包含される方法で有用な薬剤は、１つ以上の酸性官能基を含んでいてもよく、したがって、薬学的に許容される塩基と薬学的に許容される塩を形成することができる。これらの場合における「薬学的に許容される塩」という用語は、バイオマーカーの発現及び／又は活性、又は複合体の発現及び／又は活性を調節する（例えば、阻害する）薬剤の比較的非毒性の無機及び有機の塩基付加塩を指す。これらの塩は、同様に、治療薬の最終的な単離及び精製中に、又はその遊離酸形態での精製された治療薬と好適な塩基、例えば、薬学的に許容される金属カチオンの水酸化物、炭酸塩若しくは重炭酸塩と、アンモニアと、又は薬学的に許容される有機の一級、二級若しくは三級アミンとを別個に反応させることによって、系中で調製することができる。代表的なアルカリ又はアルカリ土類塩としては、リチウム、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、及びアルミ塩などが挙げられる。塩基付加塩の形成に有用な代表的な有機アミンとしては、エチルアミン、ジエチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペラジンなどが挙げられる（例えば、Ｂｅｒｇｅ ｅｔ ａｌ．（上記）を参照）。
湿潤剤、乳化剤及びラウリル硫酸ナトリウム及びステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、並びに着色剤、放出剤（ｒｅｌｅａｓｅ ａｇｅｎｔ）、コーティング剤、甘味料、香味料及び芳香剤、保存剤及び抗酸化剤もまた、組成物中に存在し得る。
薬学的に許容される抗酸化剤の例としては、（１）水溶性抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸、塩酸システイン、硫酸水素ナトリウム、メタ亜硫酸水素ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなど、（２）油溶性抗酸化剤、例えば、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、アルファ－トコフェロールなど、及び（３）金属キレート剤、例えば、クエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸などが挙げられる。
本発明によって包含される方法に有用な製剤には、経口、鼻、局所（頬及び舌下を含む）、直腸、膣、エアロゾル及び／又は非経口投与に好適な製剤が挙げられる。製剤は、単位投与形態で簡便に提供されてもよく、薬学の分野で周知の任意の方法によって調製されてもよい。単回投与形態を製造するために担体材料と組み合わせることができる有効成分の量は、治療される宿主、特定の投与方法に応じて変化する。単回投与形態を生成するために担体材料と組み合わせることができる有効成分の量は、一般に、治療効果をもたらす化合物の量である。一般に、１００パーセントのうち、この量は、約１パーセント～約９９パーセントの有効成分、好ましくは約５パーセント～約７０パーセント、最も好ましくは約１０パーセント～約３０パーセントの範囲である。
これらの製剤又は組成物を調製する方法は、バイオマーカーの発現及び／又は活性を調節する（例えば、阻害する）薬剤と、担体及び任意選択的に１つ以上の付随成分とを会合させるステップを含む。一般に、製剤は、治療薬と、液体担体、又は精密に分割した固体担体、又はその両方とを均一かつ密接に会合させ、次いで、必要に応じて製品を成形することによって調製される。
経口投与に好適な製剤は、カプセル、カシェ剤、丸剤、錠剤、ロゼンジ（フレーバーベース、通常、スクロース及びアカシア若しくはトラガカントを使用する）、粉末、顆粒の形態で、又は水性若しくは非水性液体の溶液若しくは懸濁液として、又は水中油型若しくは油中水型液体乳剤として、又はエリキシル剤若しくはシロップ剤として、又はトローチ剤（ｐａｓｔｉｌｌｅ）（不活性基剤、例えば、ゼラチン及びグリセリン、又はスクロース及びアカシアを使用する）として、及び／又は口腔洗浄剤等としてのものであってもよく、各々が有効成分として所定量の治療薬を含有する。化合物は、ボーラス、舐剤、又はペーストとして投与することもできる。
経口投与用の固体投与形態（カプセル、錠剤、丸剤、糖衣錠、粉末、顆粒等）において、有効成分を、１つ以上の薬学的に許容される担体、例えば、クエン酸ナトリウム又はリン酸二カルシウム、及び／又は以下のいずれか、すなわち（１）充填剤又は増量剤、例えば、デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、及び／又はケイ酸、（２）結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース及び／又はアカシア、（３）保湿剤、例えばグリセロール、（４）崩壊剤、例えば、寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモ又はタピオカデンプン、アルギン酸、ある特定のケイ酸塩、及び炭酸ナトリウム、（５）溶解遅延剤、例えば、パラフィン、（６）吸収促進剤、例えば、四級アンモニウム化合物、（７）湿潤剤、例えば、アセチルアルコール及びモノステアリン酸グリセロール、（８）吸着剤、例えば、カオリン及びベントナイトクレイ、（９）滑沢剤、例えば、タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、及びそれらの混合物、並びに（１０）着色剤と混合する。カプセル、錠剤、及び丸剤の場合、薬学的組成物は、緩衝剤も含み得る。類似のタイプの固体組成物はまた、ラクトース又は乳糖のような賦形剤、並びに高分子量ポリエチレングリコール等を使用して、軟質及び硬質充填ゼラチンカプセルの充填剤としても使用することができる。
錠剤は、任意選択的に、１つ以上の副成分とともに、圧縮又は成形することによって作製することができる。圧縮錠剤は、結合剤（例えば、ゼラチン又はヒドロキシプロピルメチルセルロース）、滑沢剤、不活性希釈剤、保存剤、崩壊剤（例えば、デンプングリコール酸ナトリウム又は架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム）、表面活性剤又は分散剤を使用して調製することができる。成形錠剤は、不活性液体希釈剤で湿らせた粉末状ペプチド又はペプチド模倣薬の混合物を好適な機械で成形することによって作製することができる。
錠剤、及び他の固体投与形態、例えば、糖衣錠、カプセル、丸剤及び顆粒は、任意選択的に、刻み目が付けられているか、又は腸溶性コーティング及び薬学的製剤の分野で知られている他のコーティングなどのコーティング及びシェルを伴って調製することができる。それらはまた、例えば、所望の放出プロファイルを提供するための様々な割合のヒドロキシプロピルメチルセルロース、他のポリマーマトリックス、リポソーム及び／又はミクロスフェアを使用して、その中の有効成分の徐放又は制御放出を提供するように製剤化することもできる。それらは、例えば、細菌保持フィルターを通す濾過によって、又は使用直前に滅菌水若しくはいくつかの他の滅菌注射媒体に溶解することができる滅菌固体組成物の形態で滅菌剤を組み込むことによって、滅菌されてもよい。これらの組成物はまた、任意選択的に不透明剤（ｏｐａｃｉｆｙｉｎｇ ａｇｅｎｔ）を含有していてもよく、任意選択的に遅延様式で、胃腸管のある特定の部分でのみ、又は優先的に有効成分を放出する組成物であってもよい。使用可能な包埋組成物の例としては、ポリマー物質及びワックスが挙げられる。有効成分は、適切な場合、上記の賦形剤の１つ以上を含むマイクロカプセル化形態であってもよい。
経口投与のための液体投薬形態は、薬学的に許容される乳剤、微乳剤、溶液、懸濁液、シロップ、及びエリキシルを含む。有効成分に加えて、液体投薬形態は、当該技術分野で一般的に使用される不活性希釈剤、例えば、水又は他の溶媒、可溶化剤及び乳化剤、例えば、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３－ブチレングリコール、油類（特に、綿実油、落花生油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油、及びゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコール、及びソルビタンの脂肪酸エステル、並びにそれらの混合物を含有し得る。
不活性希釈剤に加えて、経口組成物は、湿潤剤、乳化剤及び懸濁化剤、甘味料、香味料、着色料、芳香剤及び保存剤などのアジュバントも含むことができる。
懸濁液は、活性薬剤に加えて、例えば、エトキシル化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトール及びソルビタンエステル、微結晶セルロース、メタ水酸化アルミニウム、ベントナイト、寒天及びトラガカント、及びそれらの混合物などの懸濁化剤を含有し得る。
直腸又は膣投与のための製剤は、坐剤として提示されてもよく、坐剤は、１つ以上の治療薬と、例えば、ココアバター、ポリエチレングリコール、坐剤ワックス若しくはサリチル酸塩を含む１つ以上の好適な非刺激性賦形剤若しくは担体とを混合することによって調製されてもよく、室温では固体であるが、体温では液体であり、したがって、直腸又は膣腔で融解して活性薬剤を放出する。
膣投与に好適な製剤としては、適切であることが当該技術分野で知られているような担体を含有するペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、フォーム又はスプレー製剤も挙げられる。
バイオマーカーの発現及び／又は活性を調節する（例えば、阻害する）薬剤の局所又は経皮投与のための投与形態としては、粉末、スプレー、軟膏、ペースト、クリーム、ローション、ゲル、溶液、パッチ及び吸入剤が挙げられる。活性要素は、無菌条件下で、薬学的に許容される担体、及び必要とされる可能性のある保存料、緩衝剤、又は噴射剤と混合することができる。
軟膏、ペースト、クリーム及びゲルは、治療薬に加えて、賦形剤、例えば、動物性及び植物性脂肪、油類、ワックス、パラフィン、デンプン、トラガカント、セルロース誘導体、ポリエチレングリコール、シリコーン、ベントナイト、ケイ酸、タルク及び酸化亜鉛、又はそれらの混合物を含有し得る。
粉末及びスプレーは、バイオマーカーの発現及び／又は活性を調節する（例えば、阻害する）薬剤に加えて、賦形剤、例えば、ラクトース、タルク、ケイ酸、水酸化アルミニウム、ケイ酸カルシウム及びポリアミド粉末、又はこれらの物質の混合物を含有し得る。スプレーは、クロロフルオロ炭化水素などの通常の噴射剤、及びブタン及びプロパンなどの揮発性非置換炭化水素を追加で含有することができる。
代替的に、本明細書に開示される薬剤は、エアロゾルによって投与することができる。これは、化合物を含有する水性エアロゾル、リポソーム調製物、又は固体粒子を調製することによって達成される。非水性（例えば、フルオロカーボン噴射剤）懸濁液を使用することができ得る。超音波式ネブライザは、薬剤が、化合物の分解を引き起こし得る剪断にさらされることを最小限に抑えるため、好ましい。
通常、水性エアロゾルは、薬剤の水溶液又は懸濁液を、従来の薬学的に許容される担体及び安定剤とともに製剤化することによって作製される。担体及び安定剤は、特定の化合物の要求によって異なるが、典型的には、非イオン性界面活性剤（Ｔｗｅｅｎ（登録商標）、Ｐｌｕｒｏｎｉｃ、又はポリエチレングリコール）、血清アルブミンなどの無害なタンパク質、ソルビタンエステル、オレイン酸、レシチン、グリシンなどのアミノ酸、緩衝液、塩、糖又は糖アルコールを含む。エアロゾルは、一般に、等張性溶液から調製される。
経皮パッチは、身体への治療薬の制御された送達を提供するという追加の利点を有する。そのような投与形態は、治療薬を適切な媒体に溶解又は分配することによって作製することができる。吸収促進剤を使用して、皮膚を通るペプチド模倣薬の流れを増大させることもできる。そのような流れの速度は、速度を制御する膜を提供するか、又はペプチド模倣薬をポリマーマトリックス若しくはゲルに分散させることのいずれかによって制御することができる。
眼科製剤、眼軟膏、粉末、溶液等も、本発明の範囲内にあると企図される。
非経口投与に好適な本発明によって包含される薬学的組成物は、１つ以上の治療薬を、１つ以上の薬学的に許容される滅菌等張性水性若しくは非水性溶液、分散液、懸濁液若しくは乳剤、又は使用直前に滅菌注射用溶液又は分散液に再構成可能な滅菌粉末と組み合わせて含み、これらは、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、製剤を対象レシピエントの血液と等張性にする溶質、又は懸濁化剤又は増ちょう剤を含有していてもよい。
本発明によって包含される薬学的組成物に使用することができる好適な水性及び非水性担体の例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、及びそれらの適切な混合物、オリーブ油などの植物油、並びにオレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステルなどが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用、分散液の場合は必要な粒子径の維持、及び界面活性剤の使用により維持できる。
これらの組成物はまた、防腐剤、湿潤剤、乳化剤及び分散剤などのアジュバントも含有することができる。微生物の活動の予防は、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸などの様々な抗菌剤及び抗真菌剤を含めることによって確実にできる。糖類、塩化ナトリウムなどの等張剤を組成物に含めることが望ましい場合もある。加えて、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンなどの吸収を遅らせる薬剤を含めることにより、注射可能な薬剤形態の長期吸収がもたらされ得る。
場合によっては、薬物の効果を延長するために、皮下注射又は筋肉内注射からの薬物の吸収を遅らせることが望ましい。これは、難水溶性である結晶性又は非晶質の液体懸濁液を使用することにより達成できる。その場合、薬物の吸収速度は溶解速度に依存し、次に溶解速度は結晶サイズと結晶形に依存し得る。あるいは、非経口投与された薬物形態の遅延吸収は、薬物を油性ビヒクルに溶解又は懸濁することにより達成される。
注射可能なデポー形態は、ポリラクチド－ポリグリコリドなどの生分解性ポリマー中でバイオマーカーの発現及び／又は活性を調節する（例えば、阻害する）薬剤のマイクロカプセルマトリックスを形成することにより作製される。薬物とポリマーの比率、及び使用する特定のポリマーの性質に応じて、薬物放出の速度を制御することができる。他の生分解性ポリマーの例としては、ポリ（オルトエステル）及びポリ（無水物）が挙げられる。デポー注射用製剤は、生体組織に適合するリポソーム又はマイクロ乳剤中に薬物を取り込むことによっても調製される。
本発明によって包含される治療薬を医薬としてヒト及び動物に投与する場合、治療薬は、そのままで、又は例えば０．１～９９．５％（より好ましくは０．５～９０％）の有効成分を薬学的に許容される担体と組み合わせて含有する薬学的組成物として与えられ得る。
本発明によって包含される薬学的組成物中の有効成分の実際の投与量レベルは、対象に対して毒性であることなく、特定の対象、組成物、及び投与態様にとって所望な治療応答を達成するのに有効である有効成分の量を得るように、本発明によって包含される方法によって決定され得る。
本発明によって包含される核酸分子は、ベクターに挿入され、遺伝子療法ベクターとして使用され得る。遺伝子療法ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照）、又は定位注射（例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９１：３０５４－３０５７を参照）によって対象に送達され得る。遺伝子療法ベクターの薬学的調製物は、許容される希釈剤中の遺伝子療法ベクターを含み得るか、又は遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれる徐放性マトリックスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞からインタクトで産生され得る場合、例えば、レトロウイルスベクターの場合、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１つ以上の細胞を含み得る。
一実施形態では、本発明によって包含される薬剤は、抗体である。本明細書で定義されるように、抗体の治療有効量（すなわち、有効投薬量）は、約０．００１～３０ｍｇ／ｋｇ体重、好ましくは約０．０１～２５ｍｇ／ｋｇ体重、より好ましくは約０．１～２０ｍｇ／ｋｇ体重、更により好ましくは約１～１０ｍｇ／ｋｇ、２～９ｍｇ／ｋｇ、３～８ｍｇ／ｋｇ、４～７ｍｇ／ｋｇ、又は５～６ｍｇ／ｋｇ体重の範囲である。当業者であれば、疾患又は障害の重症度、以前の治療、対象の一般的な健康状態及び／又は年齢、並びに存在する他の疾患を含むが、これらに限定されないある特定の要因が、対象を有効に治療するのに必要な投薬量に影響を及ぼし得ることを理解するであろう。更に、抗体の治療有効量での対象の治療は、単回治療を含み得るか、又は好ましくは一連の治療を含み得る。好ましい例では、対象は、約０．１～２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の抗体で、約１～１０週間、好ましくは２～８週間、より好ましくは約３～７週間、更により好ましくは約４、５、又は６週間にわたって週１回治療される。治療に使用される抗体の有効投薬量が特定の治療の過程にわたって増加又は減少し得することも理解されよう。投薬量の変化により、診断アッセイの結果がもたらされ得る。
実施例１：ＳＴＩＮＧアゴニストによるＢＲＣＡ１欠損乳がんにおけるＰＡＲＰ阻害に対する免疫抑制及び治療耐性の克服
ＰＡＲＰ阻害剤（ＰＡＲＰｉ）は、ＢＲＣＡ変異を有する進行卵巣腫瘍の治療状況を劇的に変えた。しかしながら、進行ＢＲＣＡ変異型乳がんの患者におけるこのクラスの阻害剤の影響は比較的穏やかである。Ｂｒｃａ１欠損によって駆動される乳腺腫瘍の同系遺伝子操作マウスモデルを使用して、提供される実験は、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）がインビボ及びインビトロの両方でＰＡＲＰｉの有効性を消失させることを示す。機構的に、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞は、ＴＡＭの腫瘍促進性極性化を誘導し、これは次に、腫瘍細胞におけるＰＡＲＰｉ誘発ＤＮＡ損傷を抑制し、細胞質ｄｓＤＮＡの産生及び合成致死性を低減し、したがって、ＳＴＩＮＧ依存性抗腫瘍免疫が損なわれる。ＳＴＩＮＧアゴニストは、Ｍ２様腫瘍教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）をマクロファージＳＴＩＮＧ依存的な様式でＭ１様抗腫瘍状態に再プログラムする。ＳＴＩＮＧアゴニストの全身投与は、マクロファージ及び樹状細胞に対する複数層の腫瘍細胞媒介抑制を破り、ＰＡＲＰｉと相乗作用する。この組み合わせの治療相乗効果は、Ｉ型ＩＦＮ応答及びＣＤ８＋Ｔ細胞によって媒介されるが、腫瘍細胞固有のＳＴＩＮＧには依存しない。これらのデータは、乳がんにおける抗腫瘍免疫のＰＡＲＰｉ媒介性関与を促進するための自然免疫抑制を標的とすることの重要性を示す。
これらの結果は、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍が、腫瘍細胞における抗腫瘍免疫応答及び合成致死性の両方を阻害する腫瘍促進性マクロファージによって支配されている免疫抑制微小環境の誘導を通して、ＰＡＲＰ阻害剤に対して治療耐性を発揮する新規のメカニズムを明らかにした。免疫細胞におけるＳＴＩＮＧ経路の薬理学的活性化は、耐性を克服し、腫瘍細胞をＰＡＲＰ阻害に対して感作させる。
導入
相同組換え（ＨＲ）欠損は、ＨＲ経路遺伝子、最も一般的にはＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２（ＢＲＣＡ１／２）の機能喪失変異を保有する卵巣腫瘍及び乳腺腫瘍の両方で治療的に利用されているポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤（ＰＡＲＰｉ）に対する絶妙な感受性を付与する（Ｌｏｒｄ ＣＪ，Ａｓｈｗｏｒｔｈ Ａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１７；３５５（６３３０）：１１５２－８）。実質的な無増悪生存（ＰＦＳ）の利益に基づいて、３つのＰＡＲＰｉが、アジュバント及び転移の両方の設定で、ＢＲＣＡ変異卵巣がんのＦＤＡ承認を得ている（Ｍａｔｕｌｏｎｉｓ ＵＡ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１６；２７（６）：１０１３、Ｍｏｏｒｅ Ｋ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１８；３７９（２６）：２４９５－５０５、Ｓｗｉｓｈｅｒ ＥＭ，ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ ２０１７；１８（１）：７５－８７、Ｄｅｌ Ｃａｍｐｏ ＪＭ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１９；３７（３２）：２９６８－７３ ９）。最近では、オラパリブによる維持治療が、ＢＲＣＡ変異再発卵巣がんを有する患者に前例のない全生存期間の利益を付与することが示された（Ｐｏｖｅｄａ Ａ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０２０；３８）。しかしながら、卵巣がんと比較して、ＰＡＲＰｉ療法は、ＢＲＣＡ変異型乳がんにおいてあまり効果がないようである。それにもかかわらず、ＦＤＡは、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異型及びＨＥＲ２陰性進行乳がんを有する患者のための単剤療法として、２つのＰＡＲＰｉ、すなわちオラパリブ及びタラゾパリブを承認した（Ｒｏｂｓｏｎ Ｍ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１７；３７７（６）：５２３－３３、Ｌｉｔｔｏｎ ＪＫ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１８；３７９（８）：７５３－６３）。これらのＰＡＲＰｉは、ＰＦＳを有意に改善したが、ＯｌｙｍｐｉＡＤ及びＥＭＢＲＡＣＡ臨床試験からの最近の結果は、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを有する患者におけるオラパリブ及びタラゾパリブの両方に全生存の利点がないことを示唆しており（Ｒｏｂｓｏｎ ＭＥ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１９；３０（４）：５５８－６６、Ｌｉｔｔｏｎ ＪＫ，ｅｔ ａｌ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＡＡＣＲ）Ｖｉｒｔｕａｌ Ａｎｎｕａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ Ｉ２０２０）、ＰＡＲＰｉに対する応答を改善するための戦略を開発するために、ＢＲＣＡ変異型乳がんがＰＡＲＰｉに対してより難治性である理由を理解する必要性を強調している。
ＰＡＲＰｉの治療有効性の基礎となるメカニズムの理解は、まだ発展途上である。２００５年に初めて記載されて以来（Ｂｒｙａｎｔ ＨＥ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ２００５；４３４（７０３５）：９１３－７；．Ｆａｒｍｅｒ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ２００５；４３４（７０３５）：９１７－２１））、ＰＡＲＰｉは、塩基除去修復（ＢＥＲ）の阻害、ＰＡＲＰ－ＤＮＡ複合体の捕捉、エラープローン非相同末端結合（ＮＨＥＪ）の活性化、及びＰＡＲＰ１／ＰＯＬＱ媒介性選択的末端結合（ａｌｔ－ＥＪ）の妨害を含む複数のメカニズムを介して、ＨＲ欠損腫瘍細胞において合成致死性を発揮することが示されている（Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｏｐｏｕｌｏｓ ＰＡ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ２０１５；５（１１）：１１３７－５４、Ｓｃｏｔｔ ＣＬ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１５；３３（１２）：１３９７－４０６）。最近、様々な実験により、合成致死性を介した直接的な細胞毒性に加えて、ＰＡＲＰｉによって誘発される免疫応答も、インビボでの腫瘍除去に必要であることが実証された（Ｄｉｎｇ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ ２０１８；２５（１１）：２９７２－８０、Ｐａｎｔｅｌｉｄｏｕ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ２０１９；９（６）：７２２－３７、Ｃｈａｂａｎｏｎ ＲＭ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ ２０１９；１２９（３）：１２１１－２８）。Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんの遺伝子操作マウスモデル（ＧＥＭＭ）を使用した実験により、ＰＡＲＰｉによる処置が、腫瘍内樹状細胞（ＤＣ）におけるインターフェロン遺伝子シグナル伝達の刺激因子（ＳＴＩＮＧ）を活性化する、腫瘍細胞による二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）の放出をもたらし、したがって、Ｉ型インターフェロン（ＩＦＮ）応答及びその後の抗腫瘍ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導を誘発することを示した。ＳＴＩＮＧ経路の活性化は、腫瘍及び免疫細胞における細胞質ｄｓＤＮＡのセンサーとして作用する、環状ＧＭＰ－ＡＭＰ合成酵素（ｃＧＡＳ）による環状ジヌクレオチドの産生によって生じる（Ｌｉ Ｔ，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ ２０１８；２１５（５）：１２８７－９９）。ＰＡＲＰｉはまた、核からのｄｓＤＮＡ断片の放出をもたらすＤＮＡ二本鎖切断を誘導するそれらの能力のために、腫瘍細胞固有の免疫を活性化することが示されている（Ｐａｎｔｅｌｉｄｏｕ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ２０１９；９（６）：７２２－３７、Ｃｈａｂａｎｏｎ ＲＭ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ ２０１９；１２９（３）：１２１１－２８）。しかしながら、がん治療における免疫細胞及び腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧの重要性は依然として不明である。
特に、乳がんにおける臨床転帰は、腫瘍免疫微小環境（ＴＩＭＥ）によって強く影響される（Ｓａｖａｓ Ｐ，Ｌｏｉ Ｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０２０；３７（５）：６２３－４、Ｓａｌｍｏｎ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ ２０１９；１９（４）：２１５－２７、Ｌｉ Ｗ，Ｔａｎｉｋａｗａ Ｔ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ ２０１８；２８（１）：８７－１０３）。複数の研究により、進行乳腺腫瘍は、しばしば、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）レベルの有意な低下及び免疫抑制遺伝子の発現の増加を特徴とする既存の免疫抑制ＴＩＭＥを示すことが示されており、これは、化学療法及び免疫療法に対する応答の低下と相関している（Ｌｉ Ｗ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ ２０１８；２８（１）：８７－１０３、Ｈｕｔｃｈｉｎｓｏｎ ＫＥ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０２０；２６（３）：６５７－６８、Ｓａｖａｓ Ｐ，Ｌｏｉ Ｓ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０２０；２６（３）：５２６－８）。インビボでのＰＡＲＰｉの免疫調節特性を示す証拠は増えているが、ＢＲＣＡ変異型乳がんにおける既に確立された免疫抑制ＴＩＭＥがＰＡＲＰｉの有効性に影響を及ぼす可能性があるかどうかは現在不明である。
腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）は、固形腫瘍において見出すことができる最も豊富で多様な免疫集団の１つを構成する。ＴＡＭの表現型及び機能は非常に可塑的で多様であるが、マクロファージは、腫瘍増殖を抑制又は促進するその能力に基づいて、抗腫瘍（Ｍ１極性化）又は腫瘍促進性（Ｍ２極性化）として大別することができる（ＤｅＮａｒｄｏ ＤＧ，Ｒｕｆｆｅｌｌ Ｂ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１９；１９（６）：３６９－８２）。Ｍ２極性化ＴＡＭは、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）などの免疫抑制性免疫細胞の動員、並びにナチュラルキラー（ＮＫ）細胞及び細胞傷害性Ｔ細胞などの免疫エフェクター細胞の直接的な阻害を含む複数のメカニズムを介して免疫抑制を発揮することができる（Ｃａｓｓｅｔｔａ Ｌ，Ｐｏｌｌａｒｄ ＪＷ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ ２０１８；１７（１２）：８８７－９０４）。注目すべきことに、複数の臨床研究は、高ＴＡＭ浸潤が、大部分のがんタイプにおいて予後不良と関連していることを示している（Ｒｕｆｆｅｌｌ Ｂ，Ｃｏｕｓｓｅｎｓ ＬＭ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１５；２７（４）：４６２－７２）。
本研究において、結果は、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍のＰＡＲＰｉに対する応答が、免疫抑制性ＴＡＭによって強く制限され、それが、ＣＤ８＋Ｔ細胞を直接阻害するだけでなく、ＰＡＲＰｉ媒介性腫瘍細胞ＤＮＡ損傷を抑制し、細胞質ｄｓＤＮＡ及び合成致死性の低下をもたらし、それによって、抗原提示細胞（ＡＰＣ）のＳＴＩＮＧ依存的活性化を抑制することを実証する。外因性ＳＴＩＮＧアゴニストの添加は、ＴＡＭを腫瘍促進性表現型から遠ざけ、ＰＡＲＰｉに対する合成致死応答を回復させ、ＡＰＣを効果的に活性化する。したがって、ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達は、腫瘍細胞固有のＳＴＩＮＧ発現に関係なく、乳がんのＢｒｃａ１欠損マウスモデルにおいて、ＰＡＲＰ阻害との強力な治療相乗効果を示す。この知見は、ＰＡＲＰｉ療法に対するＢＲＣＡ１変異型乳がんの耐性を逆転させるための新しいアプローチを明らかにする。
結果
Ｂｒｃａ１欠損乳腺腫瘍は、インビボでオラパリブに対する中程度の応答を示す
Ｂｒｃａ１欠損乳がんにおけるＰＡＲＰｉへの応答を調査するために、Ｂｒｃａ１及びＴｒｐ５３（ＢＰと称される）の同時消失によって駆動される乳腺腫瘍の同系ＧＥＭＭを開発した。これらのＢＰ乳腺腫瘍は、Ｃｒｅリコンビナーゼを発現するアデノウイルスを、Ｂｒｃａ１及びＴｒｐ５３（Ｂｒｃａ１Ｌ／Ｌ；Ｔｒｐ５３Ｌ／Ｌ、図１Ａ及び図２Ａ）の両方のホモ接合フロックス（ｆｌｏｘｅｄ）対立遺伝子を保有する雌ＦＶＢの乳管に管内注射することによって生成された。これらのマウスは、約４～７ヶ月（中央値潜時１６７日）で１００％の浸透で乳房腫瘍を発症した（図１Ｂ）。組織学的分析により、これらのＢＰ腫瘍は、クリニックにおける進行ＢＲＣＡ欠損乳がんに類似した低分化腺がん（図２Ｂ）であったことが明らかになった（Ｐａｌａｃｉｏｓ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００３；９（１０ Ｐｔ１）：３６０６－１４）。更に、ＴＰ５３変異は、ＢＲＣＡ１欠損を有する進行乳がんにおいてしばしば見出される（Ｈｏｌｓｔｅｇｅ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００９；６９（８）：３６２５－３３）。したがって、このＢＰ腫瘍モデルは、患者の進行ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍の遺伝学及び病理学の両方を再現する。
特に、ＢＰ腫瘍に由来する原発腫瘍細胞は、インビトロで培養することも、同系免疫能のある宿主の乳腺脂肪パッドに同種移植することもでき、腫瘍細胞固有の活性、並びに宿主免疫系との相互作用及び治療的介入に対するそれらの応答の詳細な研究を可能にする。残念なことに、同所性ＢＰ腫瘍を有するＦＶＢマウスがオラパリブで処置された場合、ＢＰ腫瘍は、対照腫瘍よりも初期の増殖が遅かったが、それにもかかわらず、処置を通じて進行し、後の時点で対照腫瘍と同等の増殖率を示した（図１Ｃ）。対照腫瘍と比較して、腫瘍サイズの統計的に有意な減少があったが、Ｂｒｃａ１欠損乳腺腫瘍に対するオラパリブの効果は、Ｂｒｃａ１及びＴｒｐ５３の同時消失、並びに最近開発されたｃＭｙｃの過剰発現によって駆動される高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）の同等のマウスモデルに対するその顕著な効果とは対照的に、中程度であった。卵巣腫瘍は、ＴＩＭＥにおける抗腫瘍ＣＤ８＋Ｔ細胞応答の強力な活性化を伴うオラパリブに対する劇的な応答を有し、これは、ＰＡＲＰ阻害の治療有効性に不可欠であった。
ＢＰ腫瘍関連マクロファージ１は免疫抑制を媒介する
ＴＩＭＥがインビボでのＰＡＲＰｉに対する応答にどのように影響するかを調べるために、ＰＡＲＰ阻害に応答するＢＰ ＴＩＭＥの変化を評価しようとした。ＴＩＬの分析は、処置群からのＣＤ８＋Ｔ細胞及びエフェクターＣＤ８＋Ｔ細胞が、７日間の処置後に有意に変化しなかったことを明らかにした（図２Ｃ及び２Ｅ）。これは、オラパリブがＢＰ ＴＩＭＥにおいて頑強なＴ細胞の活性化を引き起こすことができなかったことを示唆する。興味深いことに、オラパリブによる７日間の処置後、ＰＤ－１＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、ＢＰ腫瘍において増加した（図２Ｃ及び２Ｅ）。これは、オラパリブ処置の経過にわたって腫瘍におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の枯渇が増加したことを示す。しかしながら、マウスＰＤ－１に対するモノクローナル抗体でＰＤ－１を遮断しても、オラパリブに対するＢＰ腫瘍の応答を改善することができなかった（図１Ｃ）。これは、ＢＰ腫瘍がＴ細胞を介した破壊から保護されていることを示唆する。
続いて、実験では、ＢＰ ＴＩＭＥにおける他のタイプの免疫細胞を調査した。フローサイトメトリー分析により、ＢＰ腫瘍が、オラパリブによって有意に影響されない腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋）の大きな集団を有することが明らかになった（図２Ｃ及び２Ｅ）。特に、対照群及びオラパリブ処置群（図１Ｄ及び図２Ｅ）の両方からの腫瘍において、Ｍ２様（ＭＨＣ－ＩＩ低ＣＤ２０６＋）マクロファージの割合は、Ｍ１様（ＭＨＣ－ＩＩ高ＣＤ２０６－）マクロファージの割合よりも５倍以上高く、ＢＰ ＴＩＭＥにおいて、オラパリブ処置とは無関係に、ＴＡＭの免疫抑制集団が発生したことを示唆している。
ＢＲＣＡ１－ヌル乳房及び卵巣マウス腫瘍モデルとの間のＰＡＲＰｉに対する応答における顕著な差異を考慮し、また、ＢＰ乳腺腫瘍におけるＭ２様マクロファージのレベルが高いことを考慮すると、外因性因子がＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を抑制し、それによって、乳腺腫瘍における治療に対する応答を抑制する可能性があると仮定した。したがって、マウス乳房及び卵巣ＢＲＣＡ１ヌル腫瘍から単離されたＴＡＭを比較した。とりわけ、ＴＡＭのＭ２極性化は、Ｍ２／Ｍ１比によって証明されるように、ＢＲＣＡ１欠損卵巣腫瘍よりもＢＲＣＡ１ヌル乳腺腫瘍においてはるかに強かった（図１Ｅ）。この結果は、ＢＲＣＡ１変異型乳腺腫瘍が、ＢＲＣＡ１変異型卵巣腫瘍（図１Ｆ）よりもＭ２マクロファージ遺伝子シグネチャーの濃縮スコアが有意に高いことを示す臨床データと一致する（Ｐａｎ Ｗ，ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ２０１７；４７（２）：２８４－９７）。まとめると、これらのデータは、ＢＲＣＡ１ヌル乳腺腫瘍におけるＭ２様マクロファージがＰＡＲＰｉに対する耐性に寄与し得ることを示唆している。
ＢＲＣＡ１変異型１乳腺腫瘍におけるＴＡＭの免疫抑制機能を確認するために、ＢＰ腫瘍からのＴＡＭ（移植後１４日）を選別し、ナイーブマウスから単離された脾臓ＣＤ８＋Ｔ細胞と共培養した。実際、ＴＡＭと共培養したＣＤ８＋Ｔ細胞は、対照Ｔ細胞と比較して、ＩＦＮｇ、ＴＮＦａ、及びグランザイムＢの産生を有意に減少させ、並びにＣＤ２５の発現を減少させ、エフェクター細胞（ＣＤ４４高ＣＤ６２Ｌ低）のレベルを低下させた（図１Ｇ及び図２Ｄ）。
マウス及びヒトの両方のＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞が、インビトロでＭ２様マクロファージの極性化を誘導する。
ＢＰ腫瘍におけるＴＡＭの高いＭ２様性質を考慮して、実験では次に、オラパリブの存在下又は不在下でのインビトロシステムにおけるマクロファージ及びＢＰ腫瘍細胞の相互作用を調べた。マウス骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）と原発性ＢＰ腫瘍細胞との共培養システムを、オラパリブ有り無しで２日間確立した（図３Ａ、上パネル）。驚くべきことに、Ｍ１様集団の劇的な減少（約４０％から約２％）と同時的に、Ｍ２様マクロファージ集団の著しい増加（約０．５％から約６０％）が見出された（図３Ｂ）。特に、オラパリブ単独では、マクロファージの極性化にほとんど効果がなかった（図３Ｂ）。これを更に調べるために、ＢＭＤＭを、ＢＰ腫瘍細胞（ＢＰ－ＣＭ）又はオラパリブ処理ＢＰ細胞（ＢＰ／ＯＬ－ＣＭ）からの馴化培地（ＣＭ）とインキュベートした（図３Ａ、下のパネル）。上記の共培養システムと一致して、ＢＰ－ＣＭ及びＢＰ／ＯＬ－ＣＭの両方が、Ｍ２様極性化を強く促進し、Ｍ２／Ｍ１比の実質的な誘導をもたらした（図４Ａ及び４Ｂ）。これらのデータは、ＢＰ腫瘍細胞が腫瘍細胞由来の可溶性因子を介してマクロファージ表現型を調節できることを示唆している。
次に、対照培地、オラパリブ、ＢＰ－ＣＭ、又はＢＰ／ＯＬ－ＣＭで処理したＢＭＤＭのＲＮＡ－ｓｅｑ分析を行った。図３Ｃに示されるように、オラパリブは、ＢＭＤＭに対して有意な直接的な影響はかった。対照的に、ＢＰ－ＣＭは、Ｍ２様／腫瘍促進性表現型（例えば、Ｃｃｌ２、Ｖｅｇｆａ、Ａｒｇ１、及びＭｒｃ１）に関連する遺伝子の発現を強く上方調節する一方、主要なＭ１様／抗腫瘍性遺伝子（例えば、Ｔｎｆ及びＣｘｃｌ１０）の発現を下方調節した。特に、ＢＭＤＭは、ＢＰ／ＯＬ－ＣＭで処理した場合、ＢＰ－ＣＭで見られるものと同様の転写プロファイルを有した（図３Ｃ）。ＲＴ－ｑＰＣＲによって、Ｉｌ６、Ｉｌ１ｂ、及びＣｘｃｌ１を含むＭ２様関連遺伝子の発現レベルが、ＢＰ－ＣＭ又はＢＰ／ＯＬ－ＣＭで処理したＢＭＤＭにおいて有意に増加したことが更に確認された（図３Ｄ）。これは、ＢＰ腫瘍細胞が、Ｍ２様マクロファージの誘導に大きく１貢献したことを実証する。マウスＢＰ乳腺腫瘍細胞によって誘導されたこのＭ２マクロファージの極性化が、ヒトＢＲＣＡ１変異型乳がん細胞によって再現され得るかどうかを評価するために、ヒトＴＨＰ－１マクロファージを、ＢＲＣＡ１変異型乳がん細胞株ＭＤＡ－ＭＢ－４３６又はＨＣＣ１９３７から採取したＣＭで処理し、Ｍ２様表現型に関連する主要な遺伝子の発現を評価した。特に、腫瘍細胞のＣＭで処理されたＴＨＰ－１マクロファージは、ＩＬ６、ＩＬ１Ｂ、及びＣＸＣＬ１の遺伝子発現を有意に上方調節し、これは、オラパリブで腫瘍細胞を処理することによって更に影響されることはなかった（図３Ｅ）。まとめると、データは、マウス及びヒトの両方のＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞が、ＰＡＲＰｉとは無関係に、Ｍ２様腫瘍促進性マクロファージになるようにマクロファージを「教育する」ことができることを示唆している。以降、腫瘍細胞と共培養された又はそれらのＣＭとインキュベートされたこれらのマクロファージは、腫瘍細胞で教育されたマクロファージ（ＴＥＭ）と称される。
ＴＥＭは、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるオラパリブ誘導ＤＮＡ損傷を抑制し、インビトロでＤＣ及び腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧの活性化を消失させる。
次に、これらのＭ２様ＴＥＭが、腫瘍細胞の活性にどのように影響するのかを調べた（図５Ａ）。ＰＡＲＰｉに対するＢＲＣＡ１欠損腫瘍細胞の合成致死応答は、非常に有害なＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）によって駆動されるため、実験では、最初に、ＴＥＭが腫瘍細胞においてＰＡＲＰｉ誘導ＤＳＢにどのように影響するのかを試験した。ＢＰ腫瘍細胞を、ＴＥＭ馴化培地又はナイーブＢＭＤＭ馴化培地とインキュベートし、続いて、オラパリブで処置した。二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）に対する抗体を用いた免疫蛍光（ＩＦ）分析は、オラパリブがＢＰ細胞において細胞質ｄｓＤＮＡの蓄積を誘導することを明らかにした（図５Ｂ）。ナイーブＢＭＤＭではなく、ＴＥＭが、オラパリブ処理時にＢＰ細胞における細胞質ｄｓＤＮＡの産生を消失させた（図５Ｂ）。ＤＮＡ損傷を、セリン１３９でのヒストンＨ２ＡＸのリン酸化（γ－Ｈ２ＡＸ）、代替マーカー、及びＤＮＡ ＤＳＢに対する初期の細胞応答を測定することによって更に評価した（３０）。特に、ＢＰ腫瘍細胞はオラパリブに応答して、γ－Ｈ２ＡＸが２倍に増加した（図５Ｃ）。一貫して、ナイーブＢＭＤＭではなく、ＴＥＭが、オラパリブ処理後のＢＰ細胞におけるγ－Ｈ２ＡＸの上方調節を減少させた（図５Ｃ）。ＭＤＡ－ＭＢ－４３６で教育されたＴＨＰ－１マクロファージとインキュベートしたＭＤＡ－ＭＢ－４３６腫瘍細胞でも、同様の結果が観察された。オラパリブによって誘導されたγ－Ｈ２ＡＸの上方調節が、ＭＤＡ－ＭＢ－４３６細胞において腫瘍細胞で教育されたＴＨＰ－１マクロファージによって有意に阻害されることが見出された（図５Ｄ及び図６Ａ）。更に、ＢＰ腫瘍細胞又はヒトＢＲＣＡ１変異型乳がん細胞において、ＴＥＭが、オラパリブ誘導腫瘍細胞アポトーシス（アネキシンＶ＋７－ＡＡＤ－）を約４０％～５０％低下させることが見出された（図５Ｅ～５Ｆ及び図６Ｂ～６Ｃ）。これらのＴＥＭは、インビトロ培養システムに由来するため、ＴＡＭもまた、ＢＰ腫瘍から直接採取して、エクスビボでの腫瘍細胞に対するそれらの効果を評価した。実際、ＴＡＭは、オラパリブに応答するＢＰ細胞死を有意に減少させた（図５Ｇ）。これらのデータは、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞が、マクロファージをＭ２様ＴＡＭ又はＴＥＭ（複数）に極性化し、これが次に、オラパリブに対する腫瘍細胞の合成致死応答を抑制することを示唆する。
ＰＡＲＰｉで処理したＢＲＣＡ１欠損卵巣腫瘍細胞由来のｄｓＤＮＡが、ＤＣのＳＴＩＮＧ依存性活性化を誘発することが最近報告されており、これは、ＰＡＲＰｉが抗腫瘍免疫を活性化するための重要なステップであった。これがＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞でも起こるかどうかを試験し、このプロセスに対するＴＥＭの効果を評価するために、骨髄由来ＤＣ（ＢＭＤＣ）を、対照培地又はナイーブＢＭＤＭ若しくはＴＥＭからの馴化培地と事前にインキュベートしたＢＰ腫瘍細胞と共培養し、続いて、オラパリブで処理し、洗い流した（図５Ｈ）。ＢＲＣＡ１欠損卵巣腫瘍細胞と一致して、ＴＡＮＫ結合キナーゼ１（ＴＢＫ１）及びＩＦＮ調節因子３（ＩＲＦ３）のリン酸化（ｐ－ＴＢＫ１＋ｐ－ＩＲＦ３＋）の両方のレベルの同時増加によって示されるように、オラパリブ処理ＢＰ細胞は、ＤＣにおいてＳＴＩＮＧ経路を活性化した（図５Ｉ及び図６Ｄ）。対照的に、ＴＥＭは、ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ経路を活性化するオラパリブ処理ＢＰ細胞の能力を阻害したが、ナイーブＢＭＤＭは阻害しなかった（図５Ｉ及び図６Ｄ）。一貫して、活性化したＳＴＩＮＧ経路を有するＤＣで見出される炎症促進性サイトカイン（Ｉｆｎｂ、Ｃｃｌ５、及びＣｘｃｌ１０）の上方調節は、ＴＥＭと事前にインキュベートしたＢＰ細胞と共培養した場合、鈍化した（図５Ｊ）。並行して、報告されているように、ＰＡＲＰｉによって誘導される腫瘍細胞固有の免疫も評価した。ＢＰ腫瘍細胞は、対照培地中又はナイーブＢＭＤＭによるオラパリブ処理時、炎症促進性サイトカイン（Ｉｆｎｂ、Ｃｃｌ５、及びＣｘｃｌ１０）の顕著な上方調節を示したが、炎症性サイトカインのこの上方調節が、ＴＥＭによって有意に低下することが見出された（図６Ｅ）。まとめると、これらの結果は、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞が、マクロファージの腫瘍促進性再プログラムを誘導し、これが次に、ＰＡＲＰ阻害時に腫瘍細胞におけるＤＮＡ損傷及び合成致死性を抑制することを実証する。これは、ＤＮＡ損傷を抑制し、結果として、腫瘍細胞における細胞質ｄｓＤＮＡを減少させ、ＤＣ及び腫瘍細胞の両方におけるＳＴＩＮＧ経路の活性化を低下させ、したがって、抗腫瘍免疫を弱める。
ＳＴＩＮＧアゴニストは、マクロファージのＳＴＩＮＧ依存的な様式でＴＥＭをＭ１様１状態に再プログラムすることができる。
腫瘍細胞由来のｄｓＤＮＡを介したＳＴＩＮＧ経路の活性化が、腫瘍細胞とマクロファージとの相互作用によって減少するという知見を考慮すると、外因性ＳＴＩＮＧアゴニストを使用して、この免疫抑制を克服し、ＰＡＲＰｉの有効性を増強することができると仮定した。強力なマウスＳＴＩＮＧアゴニストであるＤＭＸＡＡ（Ｇａｏ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ ２０１３；１５４（４）：７４８－６２、Ｃｏｒｒａｌｅｓ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ ２０１５；１１（７）：１０１８－３０））が、ＢＰ腫瘍細胞によるマクロファージの腫瘍促進性極性化を阻害することができるかどうかを調べるために、対照、オラパリブ、ＢＰ－ＣＭ、又はＢＰ／ＯＬ－ＣＭ（図３Ｃに示される）で処理したＢＭＤＭのＲＮＡ－ｓｅｑ分析を、ＤＭＸＡＡの存在下で繰り返した（図７Ａ）。トランスクリプトーム分析は、対照と比較して、ＢＰ－ＣＭ又はＢＰ／ＯＬ－ＣＭで培養したＢＭＤＭにおいて、Ａｒｇ１、Ｃｓｆ１ｒ、Ｉｌ１ｂ、Ｍｒｃ１、Ｐｉｋ３ｃｇ、Ｐｔｇｓ１、Ｓｔａｂ１、及びＴｇｆｂ１を含む腫瘍促進性Ｍ２極性化に関連する遺伝子の頑強な上方調節された発現を示した（図７Ａ）。驚くべきことに、ＤＭＸＡＡは、それらの腫瘍促進性遺伝子の発現を抑制しただけでなく、抗腫瘍Ｍ１シグネチャー（例えば、Ｃｃｌ５、Ｃｘｃｌ１０、Ｃｄ４０、Ｎｏｓ２、及びＴｎｆ）に関連する遺伝子の発現も強く刺激した（図７Ａ）。遺伝子オントロジー（ＧＯ）分析は、ＤＭＸＡＡが、これらのマクロファージにおける「ウイルスへの応答」、「インターフェロンガンマへの応答」、及び「Ｉ型インターフェロンシグナル伝達経路」シグナルを有意に増加させ、同時に、「有糸核分裂」及び「オルガネラ分裂」の生物学的プロセスを減少させることを明らかにした（図７Ｂ及び図８Ａ）。遺伝子発現の変化に合わせて、ＳＴＩＮＧアゴニズムによるマクロファージの活性化も形態変化に反映された。図８Ｂに示されるように、ＢＰ－ＣＭとインキュベートされたＢＭＤＭは、ＩＬ４によって誘導されるＭ２様マクロファージと同様の細長い又は星状の形態を示した。対照的に、ＤＭＸＡＡの添加は、これらの細胞を「目玉焼き（ｆｒｉｅｄ ｅｇｇ）」形状（細胞質を中心とする大きな核を有する丸い形状の細胞）に変え、これは、ＬＰＳ及びＩＦＮｇの組み合わせによって誘導されるＭ１様マクロファージの形態に類似していた（Ｙｏｕｎｇ ＤＡ，ｅｔ ａｌ，．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １９９０；１４５（２）：６０７－１５）。これらのデータは、ＳＴＩＮＧアゴニストがＭ２様マクロファージへのＢＭＤＭの極性化を防止することができることを示唆している。
実験では、次に、ＳＴＩＮＧアゴニストがＭ２様ＴＥＭをＭ１様マクロファージに逆転させることができるかどうか、並びにＳＴＩＮＧアゴニストが媒介するマクロファージの再プログラム中のマクロファージにおけるＳＴＩＮＧ経路の役割を調べた。注目すべきことに、ＤＭＸＡＡは、ＴＥＭをＭ１様マクロファージに逆転させ、ＴＥＭ ＳＴＩＮＧ経路の活性化を有意に増加させた（図７Ｃ～７Ｄ）。この再プログラムにマクロファージのＳＴＩＮＧが必要かどうかを判断するために、ＳＴＩＮＧノックアウト（ＫＯ）マウス（Ｓｔｉｎｇｇｔ／ｇｔ）からＢＭＤＭを単離し、エクスビボでＢＰ細胞と共培養した。ＳＴＩＮＧ－／－１ＢＭＤＭは、ＢＰ細胞で処理した場合、Ｍ２様ＴＥＭに容易に極性化された（図７Ｅ）。これは、Ｍ２様マクロファージの極性化にはＳＴＩＮＧが必要でないことを示唆している。特に、これらのＳＴＩＮＧ－／－ＴＥＭは、ＤＭＸＡＡ処理時にＭ１様マクロファージに逆転しなかった（図７Ｅ）。これは、ＳＴＩＮＧがＭ１様マクロファージの再プログラムに必要であることを示唆している。更に、ＳＴＩＮＧ－／－ＴＥＭも、共刺激分子ＣＤ８６の発現を増加させることができなかった（図７Ｆ）。次に、ＳＴＩＮＧアゴニストがヒトＴＥＭを再プログラムすることができるかどうかについて、最初にＴＨＰ－１マクロファージをＭＤＡ－ＭＢ－４３６腫瘍細胞と共培養し、次いで、これらのＴＥＭをＳＴＩＮＧアゴニストで処理することによって試験した。ヒトＳＴＩＮＧアゴニストであるＡＤＵ－Ｓ１００は、ＣＤ１６３（腫瘍促進性マクロファージの活性化において重要な役割を有するスカベンジャー受容体）を抑制しただけでなく（Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ Ｄ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１８；７８（１２）：３２５５－６６、Ｇｉｕｒｉｓａｔｏ Ｅ，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ２０１８；１１５（１２）：Ｅ２８０１－Ｅ１０）、ＴＨＰ－１マクロファージ上のＣＤ８６の発現も有意に増加させた（図７Ｇ）。まとめると、データは、ＳＴＩＮＧアゴニストがマクロファージを（マクロファージＳＴＩＮＧに依存する）Ｍ１様抗腫瘍マクロファージに再プログラムすることができることを示唆している。
ＳＴＩＮＧアゴニストは、インビトロでＴＥＭの存在下のオラパリブ時、ＢＰ細胞によるＤＣの活性化を促進することができる。
次に、ＳＴＩＮＧアゴニストがＰＡＲＰｉに応答するＢＰ細胞におけるＤＮＡ損傷のＴＥＭ媒介性抑制を緩和することができるかどうかを評価した（それは、ＢＰ細胞によるｄｓＤＮＡ放出の増加をもたらし、これが次に、ＤＣの活性化を促進することができる）。図７Ｈに示されるように、複数の対照及び条件を用いて、並行して、この実験を行った。予想通り、対照培地とインキュベートした又はナイーブＢＭＤＭで処理したＢＰ細胞は、オラパリブ処理時にｇＨ２ＡＸが増加し、それらの共培養ＤＣでは、ＳＴＩＮＧ経路が活性化された（図７Ｈ～Ｉ）。ＴＥＭで処理されたＢＰ細胞はｇＨ２ＡＸが増加しておらず、それらの共培養ＤＣでは、ＳＴＩＮＧ経路が活性化されなかったが、ＤＭＸＡＡによるＴＥＭの前処理は、オラパリブに応答したＢＰ細胞のＤＮＡ損傷、並びに共培養ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ経路の活性化を回復させた（図７Ｈ～７Ｉ）。まとめると、これらのデータは、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍の治療のためのＳＴＩＮＧアゴニストとＰＡＲＰｉの組み合わせのための強力な理論的根拠を提供する。
ＳＴＩＮＧアゴニストは、インビボで、同系免疫能のあるマウスにおいて、オラパリブに対する同所性ＢＰ腫瘍の治療応答を改善する。
ＳＴＩＮＧの刺激がインビボでＰＡＲＰｉの抗腫瘍活性１を増強することができるかどうかを判断するために、同所性ＢＰ腫瘍を有するＦＶＢ雌マウスのコホートを確立した。腫瘍体積が約１００ｍｍ３に達したとき、担腫瘍マウスを４群に無作為化し、対照、オラパリブ、ＤＭＸＡＡ、又はオラパリブ及びＤＭＸＡＡの組み合わせに供した。ＤＭＸＡＡは、この送達方法が有望な可能性を示しているため、腫瘍内（ｉ．ｔ．）注射を介してＢＰ担腫瘍マウスに投与された。比較的低用量のＤＭＸＡＡ（１０ｍｇ／ｋｇ）を、週に１回、３週間投与した（合計３回の用量）。ＤＭＸＡＡ及びオラパリブ単独療法は、中程度の腫瘍増殖阻害を誘導したが、併用療法は、腫瘍増殖を強く抑制した（図９Ａ）。腫瘍免疫浸潤の分析は、ＤＭＸＡＡの単独療法が、ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞の両方において抗腫瘍サイトカイン（例えば、ＩＦＮｇ、グランザイムＢ、及びＴＮＦａ）の産生を強く上方調節し、オラパリブ療法と組み合わせることによって有意に増強されることを示した（図９Ｂ及び図９Ｃ）。まとめると、この結果は、ＳＴＩＮＧアゴニストが、免疫抑制を克服し、インビボでオラパリブに対するＢｒｃａ１欠損乳腺腫瘍の応答を顕著に改善することを示唆する。
並行して、マウスＣＳＦ１Ｒに対するコロニー刺激因子１受容体（ＣＳＦ１Ｒ）モノクローナル抗体と組み合わせたＰＡＲＰｉの治療有効性も、ＢＰ腫瘍の同所性同種移植片で評価した。多くのＣＳＦ１Ｒアンタゴニストは、マクロファージの生存シグナル伝達を遮断することによってＴＡＭを枯渇させるそれらの活性のため、免疫抑制と闘うために前臨床及び臨床開発中である（Ｃａｎｎａｒｉｌｅ ＭＡ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ２０１７；５（１）：５３）。抗ＣＳＦ１Ｒ単剤療法は、ＢＰ腫瘍増殖の阻害において有意な効果を有しなかったが、オラパリブ及び抗ＣＳＦ１Ｒとの併用処置は、腫瘍増殖を有意に減弱させ、オラパリブの有効性を改善した（図１０Ａ）。しかしながら、オラパリブ及び抗ＣＳＦ１Ｒの組み合わせの治療有効性は、オラパリブ及びＤＭＸＡＡの組み合わせの治療有効性よりも有意に低かった（２１日の処理後、Ｔ／Ｃ％＝３９．８％［オラパリブ＋ａＣＳＦ１Ｒ］対６％［オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ］；Ｔ／Ｃ％＝１００×［治療群の中央値腫瘍体積］／［対照群の中央値腫瘍体積］）（図９Ａ及び図１０Ａ）。抗ＣＳＦ１Ｒ抗体で処理した腫瘍の分析は、確かにＴＡＭの存在量が顕著に減少したことを明らかにした（図１０Ｂ）が、腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化のレベルは、オラパリブ及び抗ＣＳＦ１Ｒの組み合わせで処理した腫瘍では、オラパリブ及びＤＭＸＡＡの組み合わせで処理した腫瘍と比較して低かった（図９Ｂ～９Ｃ及び図１０Ｃ～１０Ｄ）。まとめると、データは、ＳＴＩＮＧアゴニスト媒介性のＴＡＭの再プログラムが、免疫抑制性がんの治療のためにＴＡＭを利用するための新規かつ潜在的に優れたアプローチを提供することを示す。
ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達は、ＳＴＩＮＧ－１ヌルＢＰ腫瘍をインビボでオラパリブに感作させる。
ＳＴＩＮＧの発現は、大部分のがんでしばしば抑制されているか又は失われている（Ｋｏｎｎｏ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２０１８；３７（１５）：２０３７－５１）。腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧが、オラパリブ及びＳＴＩＮＧアゴニストの組み合わせに対する治療応答に必要であるかどうかを調べようとした。ＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ細胞は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９媒介性遺伝子編集を介して生成し、得られた細胞を、ＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ又はＢＰ－ｓｇ対照と名付けた（図１１Ａ）。腫瘍細胞固有のＳＴＩＮＧの喪失は、インビトロでのオラパリブに対する感受性に影響しなかった（図１１Ｂ）。同様に、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧの消失は、瀕死のアポトーシスを起こしている腫瘍細胞から放出されたｄｓＤＮＡに依存している可能性が高いため、オラパリブ処理ＢＰ細胞と共培養したＤＣにおけるＳＴＩＮＧ経路の活性化に影響せず（図１２Ａ）、（オラパリブ処置の有無にかかわらず）ＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ腫瘍細胞は、依然としてマクロファージのＭ２様極性化を強く促進することができた（図１１Ｃ）。予想通り、ＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ細胞は、オラパリブ処理に応答してＩＦＮβ、Ｃｃｌ５、及びＣｘｃｌ１０を上方調節することができず（図１１Ｄ－Ｆ）、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧ経路の活性化の喪失が確認された。
次に、ＳＴＩＮＧ－ヌルＢＰ腫瘍のインビボ試験を、ＳＴＩＮＧアゴニストと組み合わせてＰＡＲＰｉに応答して実施した。特に、ＤＭＸＡＡに対するＳＴＩＮＧ－ＷＴ ＢＰ腫瘍応答及びそのオラパリブとの組み合わせとは異なり（図９Ａ－図９Ｃ）、ＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ腫瘍は、最近報告された知見（Ｓｅｎ Ｔ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ２０１９；９（５）：６４６－６１）と一致して、単剤として又はオラパリブと組み合わせて腫瘍内注射を介したＤＭＸＡＡに対して完全に難治性であった（図１２Ｂ）。これらのデータは、免疫抑制ＴＩＭＥとともに腫瘍固有の免疫の低下が、抗腫瘍免疫応答の局所活性化を消失させる可能性があることを示し、したがって、ＰＡＲＰｉ及びＤＭＸＡＡの腫瘍内投与に対して耐性にする。
したがって、実験では、ＤＭＸＡＡの全身投与がかかる耐性を克服することができるかどうかを調べた。ＤＭＸＡＡ（１０ｍｇ／ｋｇ）を、腹腔内（腹腔内）注射を介して毎週投与した。単剤としてのＤＭＸＡＡの腹腔内注射は、ＢＰ－ｓｇ対照又はＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ腫瘍の腫瘍増殖に対して有意な影響を及ぼさなかったが、全身ＤＭＸＡＡ投与とオラパリブとの組み合わせは、腫瘍増殖の強い阻害をもたらし、ＢＰ－ｓｇ対照及びＢＰ－ｓｇＳＴＩＮＧ担腫瘍マウスの両方の生存を有意に延長した（図１１Ｇ及び１１Ｈ）。次いで、ＩＦＮＡＲ１又はＣＤ８遮断抗体の存在下又は不在下で、オラパリブと全身ＤＭＸＡＡとの組み合わせで担腫瘍マウスを処置することによって、追加の実験を行った。図１１Ｉ及び１１Ｊに示されるように、併用療法の有効性は、ＩＦＮＡＲ１又はＣＤ８中和によって有意に軽減されたが、完全には妨げられなかった。これらの結果は、自然免疫機能及び適応性免疫機能の両方が、ＳＴＩＮＧアゴニストと組み合わせた１オラパリブによって駆動される抗腫瘍活性に寄与することを示唆している。まとめると、データは、オラパリブとＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達との組み合わせが、ＰＡＲＰｉに対するＳＴＩＮＧヌルＢＲＣＡ欠損乳腺腫瘍の耐性を克服するという説得力のある証拠を提供する。
考察
ＰＡＲＰｉは、ＢＲＣＡ変異型卵巣がんを有する患者の全生存率を著しく改善したが、ＢＲＣＡ変異型乳がんを有する患者は改善しなかった。ここでは、Ｂｒｃａ１欠損乳腺腫瘍の同系ＧＥＭＭにおけるＰＡＲＰｉに対する耐性を調整することにおけるＴＡＭのこれまで定義されていなかった役割が報告されている。一連の試験を通して、ここでの結果は、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞が、マクロファージのＭ２様表現型のパラクライン活性化を通して、ＴＡＭにおける腫瘍促進性遺伝子の上方調節を強く誘導することを実証する。これらのＴＡＭは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を抑制するだけでなく、ＰＡＲＰｉ処理腫瘍細胞におけるＤＮＡ損傷を有意に減少させ、したがって、合成致死性応答を減弱させるとともに、ＤＣのｄｓＤＮＡ媒介性、ＳＴＩＮＧ依存性活性化を減少させる。外因性ＳＴＩＮＧアゴニストによる処置は、ＴＡＭを再プログラムし、ＤＣを活性化し、腫瘍内Ｔ細胞応答を誘導して腫瘍増殖を阻害する際にＰＡＲＰｉと相乗作用する（図１３）。ＰＡＲＰｉ耐性の現在の理解は、ＰＡＲＰｉの細胞利用可能性、ＨＲ又はポリＡＤＰリボシル化（ＰＡＲｙｌａｔｉｏｎ）の回復、及びＤＮＡ複製フォーク保護を含む腫瘍細胞内メカニズムに主に焦点を当てているので、これらは注目すべき発見である（Ｎｏｏｒｄｅｒｍｅｅｒ ＳＭ，ｖａｎ Ａｔｔｉｋｕｍ Ｈ．Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ２０１９；２９（１０）：８２０－３４）。これらの試験は、ＢＲＣＡ１欠損乳がん療法におけるマクロファージの役割についての洞察を提供し、ＰＡＲＰｉに対する腫瘍細胞の外因性免疫媒介性耐性の概念的に異なるメカニズムを実証する。
これらの結果に一致して、細胞傷害性化学療法に対するＴＡＭ媒介性耐性を示す証拠が増えている（Ｐａｔｈｒｉａ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ｔｒｅｎｄｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１９；４０（４）：３１０－２７）。例えば、最近の研究では、ＴＡＭは、タキソールで誘導される有糸分裂停止を抑制することによって（Ｏｌｓｏｎ ＯＣ，Ｋｉｍ Ｈ，Ｑｕａｉｌ ＤＦ，Ｆｏｌｅｙ ＥＡ，Ｊｏｙｃｅ ＪＡ．Ｔｕｍｏｒ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ Ｓｕｐｐｒｅｓｓ ｔｈｅ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ａｎｔｉｍｉｔｏｔｉｃ Ａｇｅｎｔｓ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ ２０１７；１９（１）：１０１－１３ ｄｏｉ１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｒｅｐ．２０１７．０３．０３８）又は薬物の取り込み及び代謝を上回るピリミジンの放出を介してゲムシタビンを阻害することによって（Ｈａｌｂｒｏｏｋ ＣＪ，Ｐｏｎｔｉｏｕｓ Ｃ，Ｋｏｖａｌｅｎｋｏ Ｉ，Ｌａｐｉｅｎｙｔｅ Ｌ，Ｄｒｅｙｅｒ Ｓ，Ｌｅｅ ＨＪ，ｅｔ ａｌ．Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ－Ｒｅｌｅａｓｅｄ Ｐｙｒｉｍｉｄｉｎｅｓ Ｉｎｈｉｂｉｔ Ｇｅｍｃｉｔａｂｉｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ Ｃａｎｃｅｒ．Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ ２０１９；２９（６）：１３９０－９ ｅ６）、化学療法耐性を促進することが報告されている。これらの知見にもかかわらず、ＴＡＭの治療標的化は困難である。ＣＳＦ１Ｒの遮断は、生存のためにＣＳＦ１／ＣＳＦ１Ｒシグナル伝達に依存するＴＡＭを枯渇させる効果的なアプローチである（Ｒｉｅｓ ＣＨ，Ｃａｎｎａｒｉｌｅ ＭＡ，Ｈｏｖｅｓ Ｓ，Ｂｅｎｚ Ｊ，Ｗａｒｔｈａ Ｋ，Ｒｕｎｚａ Ｖ，ｅｔ ａｌ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ ｗｉｔｈ ａｎｔｉ－ＣＳＦ－１Ｒ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｖｅａｌｓ ａ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１４；２５（６）：８４６－５９）。しかしながら、抗ＣＳＦ１Ｒ療法で免疫抑制ＴＩＭＥを再プログラムするための取り組みは、進行固形腫瘍における臨床的利益が限定的であることを示している（Ｌｏｐｅｚ－Ｙｒｉｇｏｙｅｎ Ｍ，ｅｔ ａｌ．．Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ．Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ２０２０、Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ ＫＰ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１７；２３（１９）：５７０３－１０）。抗ＣＳＦ１Ｒ療法の有効性を制限するいくつかのメカニズムが働いている可能性がある。例えば、ＣＳＦ１Ｒの遮断は無差別に枯渇させることが報告されている
ＴＡＭには炎症促進性マクロファージの一部が含まれているが、１血管新生促進性の特徴を有するサブセットは含まれていない（Ｚｈａｎｇ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ ２０２０；１８１（２）：４４２－５９ ｅ２９）。更に、ＣＳＦ１Ｒの阻害は、Ｔｒｅｇを誘引するか（Ｇｙｏｒｉ Ｄ，ｅｔ ａｌ．ＪＣＩ Ｉｎｓｉｇｈｔ ２０１８；３（１１））、又はがん関連線維芽細胞における顆粒球特異的ケモカインの発現を上方調節し、顆粒球骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の動員につながることが示されている（Ｋｕｍａｒ Ｖ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１７；３２（５）：６５４－６８）。
ＴＡＭ枯渇戦略とは対照的に、ＴＡＭを抗腫瘍状態に再プログラムすることは、がんに対して免疫系を利用するための優れたアプローチであり得る。研究は、ｄｓＤＮＡなどのＳＴＩＮＧアゴニストを含む瀕死の腫瘍細胞が、マクロファージにおけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化することによって、抗腫瘍免疫を誘発し得ることを示している（Ａｈｎ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１８；３３（５）：８６２－７３、Ｚｈｏｕ Ｙ，ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ２０２０；５２（２）：３５７－７３）。しかしながら、この経路は、アポトーシスを起こしている腫瘍細胞のＴＡＭ媒介性食作用クリアランス中の腫瘍由来ＤＮＡの急速な分解によってサイレンシングされ得る（Ｘｕ ＭＭ，ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ２０１７；４７（２）：３６３－７３）。ここで、結果は、小分子ＳＴＩＮＧアゴニストが、ＴＡＭの表現型を、腫瘍形成促進性（ｐｒｏ－ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｉｃ）状態から抗腫瘍形成性（ａｎｔｉ－ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｉｃ）状態（Ｉ型ＩＦＮ応答の誘導及び共刺激分子ＣＤ８６の発現（Ｔ細胞のクロスプライミングを刺激し、頑強な適応抗腫瘍免疫を誘発することができる）によって特徴付けられる）に効率的に再プログラムすることを示した。更に、ＴＡＭは、ＢＲＣＡ１欠損乳腺腫瘍細胞におけるＰＡＲＰｉ誘導合成致死応答を有意に抑制するが、ＳＴＩＮＧアゴニストは、これらのＴＡＭを再プログラムし、合成致死性のＴＡＭ媒介抑制を阻害し、したがって、腫瘍をＰＡＲＰｉ療法に対してより感受性にする。実際、これらの結果は、Ｂｒｃａ１欠損乳腺腫瘍の同系ＧＥＭＭにおいて、ＳＴＩＮＧアゴニストと組み合わせたＰＡＲＰｉが、抗ＣＳＦ１Ｒと組み合わせたＰＡＲＰｉよりも優れた抗腫瘍有効性を有することを実証した。
ＰＡＲＰｉ誘発抗腫瘍免疫におけるＳＴＩＮＧ経路の中心的な役割が示されているが、腫瘍細胞及び免疫細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の相対的な寄与は完全には理解されていない。腫瘍のＤＮＡ損傷は、宿主免疫細胞、主にＤＣによって感知され得、ＳＴＩＮＧ依存性ＩＦＮβ産生及び抗腫瘍Ｔ細胞応答をもたらすことが実証されている（Ｃｏｒｒａｌｅｓ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ ２０１６；１２６（７）：２４０４－１１、Ｄｅｎｇ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ２０１４；４１（５）：８４３－５２；Ｍｅｎｄｅｒ Ｉ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０２０）。これと一致して、Ｂｒｃａ１欠損マウス卵巣腫瘍に対するＰＡＲＰｉの有効性は、ＳＴＩＮＧ欠損マウスで有意に低下することが見出された。興味深いことに、最近の研究では、肺がん及び乳がんのモデルにおけるサイトカイン産生の刺激を介したＣＤ８＋Ｔ細胞の動員における腫瘍固有のＳＴＩＮＧの役割が報告されている。したがって、腫瘍ＳＴＩＮＧの喪失は、インビトロではＰＡＲＰｉ細胞傷害性に影響を及ぼさなかったが、インビボではＰＡＲＰｉ又は他のＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）阻害に対する耐性をもたらし、これは、ＰＡＲＰｉをＰＤ－１ １／ＰＤ－Ｌ１遮断剤と組み合わせることによって克服することはできなかった（Ｗａｎｇ Ｚ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ ２０１９；１２９（１１）：４８５０－６２）。本明細書では、腫瘍細胞固有のＳＴＩＮＧの喪失は、ＰＡＲＰｉ誘発性の腫瘍細胞固有の免疫を消失させたが、マクロファージの腫瘍細胞媒介性極性化には影響せず、ＰＡＲＰｉに対する完全な耐性をもたらすことがわかった。腫瘍細胞固有のＳＴＩＮＧを喪失すると、ＳＴＩＮＧ欠損腫瘍への免疫細胞の浸潤を欠くことに起因して、ＴＩＭＥにおける免疫活性化が制限される可能性がある（Ｘｉａｏ Ｙ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１９；２５（１６）：５００２－１４）。しかしながら、驚くべきことに、ＳＴＩＮＧアゴニストの全身投与は、ＳＴＩＮＧヌル腫瘍のＰＡＲＰｉに対する耐性を克服した。これは、腫瘍のＳＴＩＮＧが、宿主の抗腫瘍免疫を高め、ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞のプライミング及び動員においてＰＡＲＰｉと相乗作用するのに、ＳＴＩＮＧアゴニストを全身投与する必要はないことを実証した。これらの知見は、腫瘍細胞固有のＳＴＩＮＧシグナル伝達が頻繁に抑制されるため、重要な臨床的意味を有し（Ｘｉａ Ｔ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ ２０１６；１４（２）：２８２－９７、ｄｅ Ｑｕｅｉｒｏｚ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１９；１７（４）：９７４－８６）、ＳＴＩＮＧを喪失した腫瘍においてＰＡＲＰｉとともに全身投与されたＳＴＩＮＧアゴニストの組み合わせの更なる臨床試験を正当化する。
多くの前臨床研究の有望な結果を考慮すると、ＰＡＲＰｉの免疫調節特性を利用するための努力の大部分は、これまでＰＡＲＰｉと免疫チェックポイント遮断剤（ＩＣＢ）の組み合わせに焦点を当てており、進行乳がんを含む異なるタイプのＨＲ欠損がんにわたって２５件以上の臨床試験につながっている（Ｔａｋａｈａｓｈｉ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０２０；２６（１１）：２４５２－６）。しかしながら、予想外に、最初の結果は、組み合わせが、単剤治療としてＰＡＲＰｉを受けた過去のコホートと比較して、客観的奏効率（ＯＲＲ）を効果的に高めない可能性があることを示唆している。したがって、ＰＡＲＰ阻害剤の有効性を無効にし得るメカニズムをよりよく理解することが重要である。本研究は、ＴＡＭが、ＰＡＲＰ阻害に対するＢＲＣＡ１欠損性乳腺腫瘍の応答に影響を及ぼす重要な役割を果たすことを示し、初期段階の臨床試験におけるＴＩＭＥを評価する必要性を支持する。実際、免疫抑制マクロファージの蓄積は、進行乳がんのＴ細胞除外又は不活性化ＴＩＭＥにおいて頻繁に観察されている（Ｇｒｕｏｓｓｏ Ｔ，Ｇｉｇｏｕｘ Ｍ，Ｍａｎｅｍ ＶＳＫ，Ｂｅｒｔｏｓ Ｎ，Ｚｕｏ Ｄ，Ｐｅｒｌｉｔｃｈ Ｉ，ｅｔ ａｌ．Ｓｐａｔｉａｌｌｙ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｔｕｍｏｒ ｉｍｍｕｎｅ ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ ｓｔｒａｔｉｆｙ ｔｒｉｐｌｅ－ｎｅｇａｔｉｖｅ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒｓ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ ２０１９；１２９（４）：１７８５－８００）。重要なことに、ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達は、ＰＡＲＰｉと組み合わせると、抗腫瘍Ｔ細胞の活性化を促進することが見出された。したがって、この併用療法は、ＨＲ欠損及び高変異負荷を有するが、低い免疫浸潤を有する腫瘍（例えば、下方調節されたＳＴＩＮＧシグナル伝達及び不十分な免疫浸潤を有する最近記載された進行乳がんのサブタイプ）に対して特に効果的であることが証明される可能性がある。全身送達され得る次世代のＳＴＩＮＧアゴニストは、現在臨床開発中である（Ｒａｍａｎｊｕｌｕ ＪＭ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ２０１８；５６４（７７３６）：４３９－４３、Ｃｈｉｎ ＥＮ，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０２０；３６９（６５０６）：９９３－９、Ｐａｎ ＢＳ，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０２０；３６９（６５０６））。ＰＡＲＰ阻害１と相乗作用するＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達が、将来の臨床療法の設計を通知する可能性があるという知見を有する。
実施例２：実施例１の方法
マウス
この研究に記載されている全ての動物実験は、ＤＦＣＩのＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ（ＩＡＣＵＣ）によって承認された動物プロトコルに従って実施した。ＳＴＩＮＧノックアウトマウス（Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ－Ｔｍｅｍ１７３ｇｔ／Ｊ、ストック番号０１７５３７）は、Ｔｈｅ Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙから購入した。Ｂｒｃａ１ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰマウス株は、Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ Ｃａｎｃｅｒ ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＪｏｓ Ｊｏｎｋｅｒｓ博士の研究室の好意により提供された。Ｔｒｐ５３ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰマウス株は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｍｏｕｓｅ Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙから入手した。Ｂｒｃａ１ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰ及びＴｒｐ５３ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰマウス系統は、（Ｄｉｎｇ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ ２０１８；２５（１１）：２９７２－８０ ｅ５）で報告されているように、１０世代を超えてＦＶＢ／ＮＪ背景に戻し交配された。Ｂｒｃａ１欠損乳がんの同系遺伝子操作マウスモデル（ＧＥＭＭ）を開発するために、Ｂｒｃａ１ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰマウスを、Ｔｒｐ５３ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰマウスと更に交配させた。得られたＢｒｃａ１ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰ；Ｔｒｐ５３ｌｏｘＰ／ｌｏｘＰマウスに、ＣＭＶプロモーターの下でＣｒｅリコンビナーゼを発現するアデノウイルスを管内注射し、Ｂｒｃａ１及びＴｒｐ５３（ＢＰと称される）の同時喪失によって駆動される乳房腫瘍の発症をもたらした。
細胞培養
細胞を加湿インキュベーターで、５％ＣＯ２の下、３７℃で培養した。ＭＤＡ－ＭＢ－４３６、ＨＣＣ１９３７、及びＴＨＰ－１ヒト細胞株は、ＡＴＣＣから取得し、試験ではマイコプラズマについて陰性であり、短いタンデムリピート分析（Ｐｒｏｍｅｇａ ＧｅｎｅＰｒｉｎｔ１０システム）を使用して認証した。ＭＤＡ－ＭＢ－４３６及びＨＣＣ１９３７乳がん細胞を、１０％熱不活化ウシ胎仔血清（ＦＢＳ、Ｇｅｍｉｎｉ）及び１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ）を補充したＲＰＭＩ１６４０培地（Ｇｉｂｃｏ）で培養した。ＴＨＰ－１単球を、１０％のＦＢＳ及び０．０５５ｍＭの２－メルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ、＃２１９８５０２３）を含むＲＰＭＩ１６４０で培養した。ＴＨＰ－１単球をマクロファージに分化させるために、細胞を、１００ｎＭのＰＭＡ（Ｓｉｇｍａ，＃Ｐ１５８５）で４８時間処理し、続いて、ＰＭＡ不含培地で２４時間回復させた。
原発性ＢＰ腫瘍細胞は、（Ｐａｌｅｃｈｏｒ－Ｃｅｒｏｎ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ ２０１３；１８３（６）：１８６２－７０）に記載されているように、マウスＢＰ乳房腫瘍から得られた。簡潔には、解離したＢＰ腫瘍から得られた単一細胞懸濁液を、無血清Ｆ－培地［２５ｎｇ／ｍＬのヒドロコルチゾン（Ｓｉｇｍａ）、５μｇ／ｍＬのインスリン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）、８．５ｎｇ／ｍＬのコレラトキシン（Ｓｉｇｍａ）、０．１２５ｎｇ／ｍＬのＥＧＦ（Ｓｉｇｍａ）、１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ）、及び５μＭのＲｏｃｋ１阻害剤Ｙ－２７６３２（Ｓｅｌｌｅｃｋ）を補充したＨａｍのＦ－１２とＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ）の１：３の混合物］で増殖させた。腫瘍細胞の選択後、ＢＰ細胞を、１０％のＦＢＳを補充したＦ－培地で維持した１。
マウスのマクロファージ及び樹状細胞（ＤＣ）は、（Ｗｅｉｓｃｈｅｎｆｅｌｄｔ Ｊ，Ｐｏｒｓｅ Ｂ．ＣＳＨ Ｐｒｏｔｏｃ ２００８、Ｇｕｏ Ｘ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０１６；４３２：２４－９）に記載されているプロトコルを改変することによって、ＦＶＢ／ＮＪマウスの骨髄（ＢＭ）から得られた。ＢＭ由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）の生成のために、ＢＭ細胞を超低付着プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）又はペトリ皿（Ｆａｌｃｏｎ）に播種し、１０ｎｇ／ｍＬのＭ－ＣＳＦ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ，＃５７６４０４）、１０％のＦＢＳ、及び１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシンを補充したＤＭＥＭで培養した。３日後、１０ｎｇ／ｍＬのＭ－ＣＳＦを含む新鮮なＤＭＥＭを加え、細胞を更に４日間インキュベートした後、接着細胞（ＢＭＤＭ）を回収した。ＤＣの分化のために、ＢＭ細胞を、組織培養皿（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に播種し、２０ｎｇ／ｍＬのＧＭ－ＣＳＦ（Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，＃７８０１７）、１０％のＦＢＳ、及び１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシンを補充したＲＰＭＩ１６４０で培養した。３日後、２０ｎｇ／ｍＬのＧＭ１３ ＣＳＦを含む新鮮なＲＰＭＩ１６４０を添加し、非付着細胞（ＤＣ）を更に４日後に回収した。腫瘍細胞の馴化培地（ＣＭ）の調製のために、腫瘍細胞を６０％コンフルエントまで増殖させ、ＰＢＳで２回洗浄し、次いで、新鮮なＤＭＥＭと２日間インキュベートした。次いで、ＣＭを回収し、遠心分離して、上清を採取した。
腫瘍増殖及び処置
同所性注射のための原発性乳房腫瘍細胞を、４０％のマトリゲルを含有する無血清ＤＭＥＭ（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に再懸濁した。総体積１００μＬの５×１０５腫瘍細胞を、８週齢の雌ＦＶＢ／ＮＪマウスの胸部乳房脂肪パッドに同所的に注射した（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）。デジタルキャリパーで最大縦径（長さ）及び最大横径（幅）を測定することによって腫瘍増殖を検査し、修正楕円体公式（０．５２×長さ×幅２）を使用することによって腫瘍体積を計算した。週に２～３回、腫瘍を測定した。単一のコホート内の全ての腫瘍測定は、同じ研究者によって行われた。担腫瘍マウスを、処置開始前に無作為化した。平均腫瘍体積が５０～１００ｍｍ３に近づいたら、薬物処置を開始した。腫瘍体積がＩＡＣＵＣ（直径２０ｍｍ）プロトコルに記載の人道的エンドポイントを満たした場合、又は重度の健康悪化の際に、マウスをＣＯ２吸入によって安楽死させた。
オラパリブ（ＭｅｄＣｈｅｍ，＃ＨＹ－１０１６２）を、ＰＢＳ中の１０％（２－ヒドロキシプロピル）－β－シクロデキストリン（ＨＰＣＤ，ＭｅｄＣｈｅｍ，＃１０１１０３）でＤＭＳＯ中の１００ｍｇ／１ｍＬストックを希釈することによって調製し、毎日５０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で、薬物調製直後に、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射によって投与した。ＤＭＸＡＡ（Ｓｉｇｍａ，＃Ｄ５８１７）を、７．５％のＮａＨＣＯ３（Ｇｉｂｃｏ）中で、１０ｍｇ／ｍＬで再構成した。腫瘍内注射（ｉ．ｔ．）の場合、２５０μｇのＤＭＸＡＡ（約１０ｍｇ／ｋｇ体重）を、週１回、３用量投与した。腹腔内注射の場合、ＤＭＸＡＡを、１０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で、週１回投与し、腫瘍サイズが６００ｍｍ３を超えた場合に終了した。抗マウスＰＤ－１抗体（クローン３３２．８Ｈ３，ＤＦＣＩのＧｏｒｄｏｎ Ｆｒｅｅｍａｎ博士の好意によって提供された）を３日毎に１０ｍｇ／ｋｇの用量で腹腔内注射した。抗マウスＣＳＦ１Ｒ抗体（ＣＳ７，Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）を、３日毎に腹腔内を介して４０ｍｇ／ｋｇで投与した。ＩＦＮＡＲ１の遮断のために、抗マウスＩＦＮＡＲ１抗体（２００μｇ／マウス；クローンＭＡＲ１－５Ａ３；ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を、併用療法（オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ）の開始の７２時間前及び２４時間前に、その後３日毎に、腹腔内を介して投与した。ＣＤ８＋Ｔ細胞枯渇のために、抗ＣＤ８抗体（４００μｇ／マウス；クローンＹＴＳ１６９．４，ＢｉｏＸｃｅｌｌ）又はアイソタイプ対照（４００μｇ／マウス；クローンＬＴＦ－２，ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を、併用療法（オラパリブ＋ＤＭＸＡＡ）の４８時間前及び２４時間前に、その後４日毎に、腹腔内を介して投与した。
組織消化
単一細胞懸濁液を得るために、腫瘍を切除し、細かく切断し、コラゲナーゼ／ヒアルロニダーゼ緩衝液［５％のＦＢＳ、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ（Ｇｉｂｃｏ）、１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシン、２０μｇ／ｍＬのＤＮａｓｅＩ（ＳｔｅｍＣｅｌｌ）、及び１×コラゲナーゼ／ヒアルロニダーゼ（ＳｔｅｍＣｅｌｌ）を含むＤＭＥＭ］中で、３７℃で４５分間解離し、続いて、赤血球（ＲＢＣ）溶解のための塩化アンモニウム－カリウム（ＡＣＫ）緩衝液（Ｌｏｎｚａ）で処置し、７０μｍのストレーナーを通して濾過し、未消化の腫瘍組織を除去した。脾臓及び腫瘍流入リンパ節（ＴＤＬＮ）を、５ｍＬシリンジのプランジャーを使用して７０μｍのストレーナーを通過させることによって機械的に解離し、ＲＢＣを上に記載のように溶解した。
フローサイトメトリー
腫瘍及びＴＤＬＮ試料のフローサイトメトリー分析のために、上に記載のように単一細胞懸濁液を得た（Ｔｉｓｓｕｅ Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ）。細胞を、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を含む冷ＦＡＣＳ緩衝液（０．２％のＢＳＡ及び５ｍＭのＥＤＴＡを含有するＰＢＳ）中で、氷上で３０分間染色し、続いて、抗ＣＤ１６／３２（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）で、氷上で２０分間ブロッキングした。次いで、細胞を、ＣＤ４５（クローン３０－Ｆ１１，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＴＣＲβ鎖（クローンＨ５７－５９７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ３ε（クローン１４５－２Ｃ１１，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ４（クローンＲＭ４－５，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ８ａ（クローン５３－６．７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＰＤ－１（クローン２９Ｆ．１Ａ１２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ４４（クローンＩＭ７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ６２Ｌ（クローンＭＥＬ－１４，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＩＦＮ－γ（クローンＸＭＧ１．２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＴＮＦ－α（クローンＭＰ６－ＸＴ２２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、グランザイムＢ（クローンＮＧＺＢ，ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＣＤ１１ｃ（クローンＮ４１８，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ（クローンＭ５／１１４．１５．２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ８０（クローン１６－１０Ａ１，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ８６（クローンＧＬ－１，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ１０３（クローン２Ｅ７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ１１ｂ（Ｍ１／７０，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、Ｆ４／８０（クローンＢＭ８，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ホスホ－ＴＢＫ１（Ｓｅｒ１７２）（クローンＤ５２Ｃ２，Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈ．）、又はホスホ－ＩＲＦ－３（Ｓｅｒ３９６）（クローンＤ６Ｏ１Ｍ，Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈ）に特異的な抗体を含むＦＡＣＳ緩衝液中で、氷上で３０分間インキュベートした。細胞内染色のために、Ｆｏｘｐ３／転写因子染色緩衝液セット（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，＃００－５５２３－００）を固定及び透過処理に使用した。サイトカイン分析のために、細胞を、染色前に、タンパク質輸送阻害剤ブレフェルジンＡ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，＃５５０５８３）を含む白血球活性化カクテルで、３７℃で４時間刺激した。ｐ－ＨＡ２Ｘ（Ｓｅｒ１３９）の分析を、製造業者の説明書に従って行った。簡潔には、氷冷７０％エタノール（Ｄｅｃｏｎ）を、ボルテックスしながら細胞ペレットに滴加した。次いで、細胞を、－２０℃で１時間インキュベートし、冷染色緩衝液で３回洗浄した。染色のために、５μＬのｐ－ＨＡ２Ｘ抗体（クローン２Ｆ３，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）を、１００μＬの染色緩衝液中の約１×１０６細胞に添加し、４℃で３０分間インキュベートした。アネキシンＶ及び７－ＡＡＤ染色ために、細胞を、ａｃｃｕｔａｓｅ（Ｓｉｇｍａ，＃Ａ６９６４）で剥離した。分離した細胞（培地及びａｃｃｕｔａｓｅ処理から）を、冷ＰＢＳで２回洗浄し、次いで、１００μＬのアネキシンＶ結合緩衝液（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ，＃４２２２０１）中の５μＬのＦＩＴＣアネキシンＶ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ，＃６４０９０６）及び１０μＬの７－ＡＡＤ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ，＃４２０４０４）とともに、室温で１５分間インキュベートした。ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａ ＨＴＳ分析器（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で、フローサイトメトリーを行った。ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して、全てのデータを分析した。ゲーティング戦略は、図に示されている。
細胞生存率アッセイ
腫瘍細胞を１ウェル当たり５０００細胞の密度で９６ウェルプレートに播種し、一晩付着させた。次いで、細胞を、示された濃度の示された薬物で７２時間処理した。細胞生存率を、製造業者の説明書に従って、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）２．０細胞生存率アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，＃Ｇ９２４２）を使用して測定した。増殖阻害は、薬物処理されたウェルの４９０ｎｍでの吸光度を、１００％で設定された未処理対照１の吸光度と比較することによって計算した。用量応答曲線及びＩＣ５０値は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ８の非線形回帰モデルを使用して生成した。
共培養実験
ＣＤ８＋Ｔ細胞及び腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）のインビトロ共培養のために、ＴＡＭ（７－ＡＡＤ－ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｆ４／８０＋）を、ＦＡＣＳＡｒｉａ（商標）ＩＩセルソーター（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、腫瘍細胞の移植の１４日後にＢＰ腫瘍から単離し、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、マウスＣＤ８＋Ｔ細胞単離キット（ＳｔｅｍＣｅｌｌ，＃１９８５３）を使用して、ＦＶＢ／ＮＪマウスの脾臓から単離した。９６ウェルプレートにおいて、１ウェル当たり１×１０５個のＣＤ８＋Ｔ細胞を、１０％のＦＢＳ、０．０５５ｍＭの２－メルカプトエタノール、２ｎｇ／ｍＬのＩＬ－２（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）、２．５ｎｇ／ｍＬのＩＬ－７（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）、及び５０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－１５（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）を補充したＲＰＭＩ１６４０で、単独で又は１：１の比率でＴＡＭと２日間共培養した。ＣＤ８＋Ｔ細胞を、フローサイトメトリーによって分析して、上に記載のようにＩＦＮｇの発現を評価した。
マクロファージと腫瘍細胞とのインビトロ共培養のために、１ウェル当たり２×１０５個の腫瘍細胞を、１：１（ＢＰ細胞：マウスＢＭＤＭ）又は１：１．５（ＭＤＡ－ＭＢ－４３６細胞：ＴＨＰ－１マクロファージ）の比率でマクロファージと、示された薬物処理又はＤＭＳＯビヒクル対照含む６ウェルプレートで２日間共培養した。
腫瘍細胞とＤＣとのインビトロ共培養のために、１ウェル当たり２×１０５個の腫瘍細胞を、６ウェルプレートに播種し、一晩付着させ、続いて、マクロファージのＣＭとインキュベートし、オラパリブ又はＤＭＳＯビヒクル対照で処理した。２日後、腫瘍細胞を、ＰＢＳで２回洗浄し、２０ｎｇ／ｍＬのＧＭ－ＣＳＦ、１０％のＦＢＳ、及びリポフェクタミン３０００（２μＬ／ｍＬ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を補充した１ｍＬのＲＰＭＩ１６４０で、１ウェル当たり２×１０５個のマウスＢＭ由来のＤＣと共培養した。２４時間後、フローサイトメトリーのために共培養細胞を採取し、（１５）で報告されるように、ｍＲＮＡ分析のために浮遊細胞（ＤＣが約９０％に濃縮されている）を採取した。
ＳＴＩＮＧ欠損ＢＰ細胞の生成
編集特異性が改善されたＣＲＩＳＰＲダブルニッカーゼプラスミド（６７）を使用して、ＳＴＩＮＧ欠損ＢＰ腫瘍細胞を生成した。簡潔に、６ウェルプレートで培養したＢＰ腫瘍細胞を、リポフェクタミン３０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、２μｇ／ウェルのＳＴＩＮＧ（Ｔｍｅｍ１７３）ダブルニッカーゼプラスミド（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，＃ＳＣ－４２８３６４－ＮＩＣ）又は対照ダブルニッカーゼプラスミド（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，＃ＳＣ－１ ４３７２８１）でトランスフェクトした。トランスフェクションの２日後、細胞を、１０ｃｍ皿に継代し、選択用の３μｇ／ｍＬのピューロマイシン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を含有する増殖培地で培養した。次いで、ピューロマイシン耐性細胞を、単一のクローンの単離に使用した。ウエスタンブロットによるＳＴＩＮＧ発現の評価後、ＳＴＩＮＧ枯渇を有するクローンの全てを組み合わせ、増殖させ、上に記載のように、同系ＦＶＢ宿主への同種移植を介した腫瘍の生成に使用した。
ＲＮＡ抽出及び逆転写定量的ＰＣＲ（ＲＴ－ｑＰＣＲ）
ＲＮｅａｓｙ（登録商標）Ｐｌｕｓミニキット（ＱＩＡＧＥＮ，＃７４１３４）を使用して、全ＲＮＡを抽出した。ｉＳｃｒｉｐｔ逆転写Ｓｕｐｅｒｍｉｘ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ，＃１７０８８４１）を、１μｇの全ＲＮＡを用いて第１鎖ｃＤＮＡの合成に使用した。リアルタイムＰＣＲは、ＳＹＢＲ（商標）Ｓｅｌｅｃｔマスターミックス（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，＃４４７２９０８）と遺伝子特異的プライマー（マウスＩｌ６、フォワード５’－ＴＡＧＴＣＣＴＴＣＣＴＡＣＣＣＣＡＡＴＴＴＣＣ－３’、リバース５’－ＴＴＧＧＴＣＣＴＴＡＧＣＣＡＣＴＣＣＴＴＣ－３’；マウスＩｌ１ｂ、フォワード５’－ＧＣＡＡＣＴＧＴＴＣＣＴＧＡＡＣＴＣＡＡＣＴ－３’、リバース５’－ＡＴＣＴＴＴＴＧＧＧＧＴＣＣＧＴＣＡＡＣＴ－３’；マウスＣｘｃｌ１、フォワード５’－ＣＣＧＡＡＧＴＣＡＴＡＧＣＣＡＣＡＣＴＣＡＡ－３’、リバース５’－ＧＣＡＧＴＣＴＧＴＣＴＴＣＴＴＴＣＴＣＣＧＴＴＡＣ－３’；マウスＩｆｎｂ、フォワード５’－ＴＣＣＧＡＧＣＡＧＡＧＡＴＣＴＴＣＡＧＧＡＡ－３’、リバース５’－ＴＧＣＡＡＣＣＡＣＣＡＣＴＣＡＴＴＣＴＧＡＧ－３’；マウスＣｃｌ５、フォワード５’－ＧＣＴＧＣＴＴＴＧＣＣＴＡＣＣＴＣＴＣＣ－３’、リバース５’－ＴＣＧＡＧＴＧＡＣＡＡＡＣＡＣＧＡＣＴＧＣ－３’；マウスＣｘｃｌ１０、フォワード５’－ＣＣＡＡＧＴＧＣＴＧＣＣＧＴＣＡＴＴＴＴＣ－３’、リバース５’－ＧＧＣＴＣＧＣＡＧＧＧＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡ－３’；マウスＡｃｔｂ、フォワード５’－ＣＧＧＴＴＣＣＧＡＴＧＣＣＣＴＧＡＧＧＣＴＣＴＴ－３’、リバース５’－ＣＧＴＣＡＣＡＣＴＴＣＡＴＧＡＴＧＧＡＡＴＴＧＡ－３’；ヒトＩＬ６、フォワード５’－ＡＣＴＣＡＣＣＴＣＴＴＣＡＧＡＡＣＧＡＡＴＴＧ－３’、リバース５’－ＣＣＡＴＣＴＴＴＧＧＡＡＧＧＴＴＣＡＧＧＴＴＧ－３’；ヒトＩＬ１Ｂ、フォワード５’－ＡＴＧＡＴＧＧＣＴＴＡＴＴＡＣＡＧＴＧＧＣＡＡ－３’、リバース５’－ＧＴＣＧＧＡＧＡＴＴＣＧＴＡＧＣＴＧＧＡ－３’；ヒトＣＸＣＬ１、フォワード５’－ＡＡＧＴＧＴＧＡＡＣＧＴＧＡＡＧＴＣＣ－３’、リバース５’－ＧＧＡＴＴＴＧＴＣＡＣＴＧＴＴＣＡＧＣＡ－３’；ヒトＧＡＰＤＨ、フォワード５’－ＣＴＣＴＧＣＴＣＣＴＣＣＴＧＴＴＣＧＡＣ－３’、リバース５’－ＴＴＡＡＡＡＧＣＡＧＣＣＣＴＧＧＴＧＡＣ－３’）を使用して実行した。相対ｍＲＮＡレベルは、ΔΔＣＴ法を使用して計算した。マウス試料及びヒト試料の内因性対照として、それぞれマウスＡｃｔｂ及びヒトＧＡＰＤＨを使用した。
細胞質二本鎖１ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）染色及びイメージング
ＢＲＣＡ１欠損腫瘍細胞を、６ウェルプレート中のガラスカバースリップ上で培養した。細胞を、マクロファージ由来ＣＭの存在下又は不在下、５μＭのオラパリブ又はＤＭＳＯビヒクル対照で２日間処理した。処理後、細胞を固定し、（Ｂａｋｈｏｕｍ ＳＦ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ２０１８；５５３（７６８９）：４６７－７２）に記載されているように、細胞質ｄｓＤＮＡに対して染色した。簡潔には、細胞を、まず４％のパラホルムアルデヒドで１０分間固定した。細胞質ｄｓＤＮＡを染色するために、固定細胞をＰＢＳ中の０．０２％のサポニン（Ｓｉｇｍａ）で５分間インキュベートすることによって、選択的形質膜透過を行った。次いで、細胞を、ＰＢＳ中の２．５％の正常ヤギ血清で３０分間ブロッキングし、１％のＢＳＡを含むＰＢＳ中の抗ｄｓＤＮＡ抗体（１：２００希釈、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，＃ＭＡＢ１２９３ＭＩ）で、４℃で一晩染色し、続いて、ヤギ抗マウスＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）高交差吸着二次抗体であるＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ５９４（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，＃Ａ－１１０３２）で染色した。細胞を、ＤＡＰＩ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，＃Ｐ３６９６６）を含むＰｒｏＬｏｎｇ Ｄｉａｍｏｎｄ Ａｎｔｉｆａｄｅ Ｍｏｕｎｔａｎｔで封入した。染色は、Ｌｅｉｃａ ＳＰ５Ｘレーザー走査共焦点顕微鏡を使用して撮像した。Ｐａｎｔｅｌｉｄｏｕ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ ２０１９；９（６）：７２２－３７．に記載されているように、ＩｍａｇｅＪ／Ｆｉｊｉソフトウェアを使用して、細胞質ｄｓＤＮＡの蛍光強度を分析した。
免疫ブロット
細胞をペレット化し、プロテアーゼ及びホスファターゼ阻害剤カクテル（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を補充した氷冷ＲＩＰＡ緩衝液を使用して溶解した。ＤＣタンパク質アッセイ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）を使用して、タンパク質濃度を決定した。等量のタンパク質抽出物（４０～６０μｇ）をロードし、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって分離し、次いで、フッ化ポリビニリデン（ＰＶＤＦ）膜に転写した。膜を、ＴＢＳ＋０．０５％のＴｗｅｅｎ（登録商標）２０中の５％の脱脂乳（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）と室温で４５分間遮断し、続いて、一次抗体と、４℃で一晩インキュベートし、次いで、蛍光標識抗マウスＩｇＧ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，＃ＲＬ６１０－１４５－００２）又は抗ウサギＩｇＧ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，＃Ａ－２１１０９）と、室温で１時間インキュベートした。ウエスタンブロットを、Ｏｄｙｓｓｅｙ（登録商標）スキャナ（ＬＩ－ＣＯＲ）で視覚化した。
ＩＦＮβ ＥＬＩＳＡ
腫瘍細胞を、オラパリブ又はＤＭＳＯビヒクル対照で２日間処理した。腫瘍細胞によるＩＦＮβの産生を評価するために、細胞培養上清を回収し、１，５００×ｇで、４℃で１０分間の遠心分離にかけて、浮遊細胞及びデブリを除去した。次いで、ＩＦＮβを、製造業者の説明書に従って、マウスＩＦＮβ ＥＬＩＳＡキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，＃４２４００１）を介して検出した。
がん１ゲノムアトラス（ＴＣＧＡ）分析
ＲＮＡ－ｓｅｑデータは、ＧＥＯ ＤａｔａＳｅｔｓ（ＧＥＯ：ＧＳＥ６２９４４）から入手した。そこでは２４のがんタイプのＴＣＧＡ ＲＮＡ－ｓｅｑデータを、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ＨｕｂからダウンロードしたＦＡＳＴＱファイルを整列させることによって再処理して、がんタイプにわたって、遺伝子発現を比較することができ得る（Ｒａｈｍａｎ Ｍ，ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ）２０１５；３１（２２）：３６６６－７２）。最近の研究（Ｒｉａｚ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ２０１７；８（１）：８５７）に従って、ＴＣＧＡコホートの患者のＢＲＣＡ１変異の情報を取得した。Ｍ２ ＴＡＭ免疫抑制遺伝子シグネチャーは、（Ｐａｎ Ｗ，ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ２０１７；４７（２）：２８４－９７）に記載されているように導出した。ＧＳＶＡ Ｒパッケージに実装されているように、単一試料遺伝子セット濃縮分析（ｓｓＧＳＥＡ）によって、Ｍ２シグネチャーの濃縮スコアを生成した。
トランスクリプトーム分析
全ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙ（登録商標）Ｐｌｕｓミニキット（ＱＩＡＧＥＮ）によって単離し、（１５，７１）に記載されているように、研究に最も関連する４，６０４個のマウス遺伝子を標的とするＩｏｎ ＡｍｐｌｉＳｅｑカスタムパネルを使用して、Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔプラットフォーム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で配列決定した。１遺伝子当たりのリードカウントを生成するために、Ｔｏｒｒｅｎｔ Ｓｕｉｔｅ及びＡｍｐｌｉＳｅｑＲＮＡ分析プラグイン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を使用してデータを分析した。次いで、Ｒソフトウェア環境において、ＤＥＳｅｑ２パッケージ（Ｌｏｖｅ ＭＩ，Ｈｕｂｅｒ Ｗ，Ａｎｄｅｒｓ Ｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ ２０１４；１５（１２）：５５０）を使用して、差次的遺伝子発現を調べた。Ｌｏｇ２（倍率変化）＞１及びＰ＜０．００１を有する遺伝子を、差次的に発現された遺伝子（ＤＥＧ）とみなした。これらのＤＥＧのｌｏｇ２（倍率変化）の有意性及び大きさを示すボルケーノプロットは、Ｒにおけるｇｇｐｌｏｔ２パッケージによって生成された。ＤＥＧの遺伝子オントロジー（ＧＯ）分析は、ＲにおけるｔｏｐＧＯパッケージを使用して行われた。ＧＳＥＡに関して、遺伝子は、まず、ｌｏｇ２（倍率変化）に従ってランク付けされ、次いで、ＭＳｉｇＤＢ ｖ７．１ ＨＡＬＬＭＡＲＫ遺伝子セットを有するＧＳＥＡＰｒｅｒａｎｋｅｄツール及び「古典的」方法（Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ Ａ，ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ２００５；１０２（４３）：１５５４５－５０）を使用して分析された。
遺伝子発現の変化を示すヒートマップは、Ｒにおけるｈｅａｔｍａｐ．３パッケージを使用して生成された。
統計分析
各図の凡例に記載されているように、統計分析は、Ｐｒｉｓｍ８（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｉｎｃ．）を使用して行った。腫瘍増殖の分析については、Ｔｕｋｅｙの多重比較検定を伴う二元配置分散分析を使用した。生存分析については、ログランクＭａｎｔｅｌ－Ｃｏｘ検定を使用した。他の分析については、対応のない両側Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定（正規分布データの場合）及びＭａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙノンパラメトリック検定（正規性から逸脱した偏りのあるデータの場合）を使用して、２つの条件を比較した。Ｔｕｋｅｙの多重比較検定を伴う一元配置分散分析（正規分布データの場合）及びＫｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓの非パラメトリック検定（偏りのあるデータの場合）を使用して、３つ以上の平均を比較した。Ｐ＜０．０５を有する差を統計的に有意とみなした。
データの利用可能性
論文内の本研究中に生成された全てのデータは入手可能である。本研究の知見を裏付けるトランスクリプトームデータは、公開前に寄託される。
実施例３：卵巣がんの新規治療法
ＰＡＲＰ阻害剤（ＰＡＲＰｉ）は、卵巣がん治療において強力な治療有効性を実証している。ＰＡＲＰｉに対する獲得耐性は、臨床における主要な問題であり、ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を克服することができる治療アプローチが緊急に必要とされている。卵巣がんのＰＡＲＰｉ耐性マウスモデル及びＰＤＸモデルを使用することによって、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）における腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）によって媒介される、ＰＡＰＲ阻害に対する二次耐性の基礎となる新しいメカニズムが特定されている。機構的には、ＰＡＲＰ阻害は、腫瘍細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達経路を活性化し、卵巣がんのＴＭＥにおけるＴＡＭの腫瘍促進性極性化を促進する。ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＴＡＭを再極性化させ、ＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄系ＤＣを増加させることによって、卵巣腫瘍のＴＭＥにおける骨髄細胞を再プログラムする。更に、マウスモデル及びヒトＰＤＸにおいて、ＳＴＩＮＧアゴニズムが、獲得免疫抑制性ＴＭＥ誘導性のＰＡＲＰｉに対する二次耐性を克服することが示された。本明細書に示されたデータは、ＰＡＲＰｉ耐性の新しいメカニズムを解明し、卵巣がんにおけるＰＡＲＰ阻害に対する獲得された治療耐性を克服するための新しい治療戦略を提供する。
導入
相同組換え欠損症（ＨＲＤ）、特にＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２の変異及び調節不全は、卵巣がん、乳がん、膵臓がん、及び前立腺がんを含む様々なヒト悪性腫瘍で頻繁に見出される。ポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害とＢＲＣＡ欠損との間の合成致死性の概念に基づいて、ＰＡＲＰ阻害剤（ＰＡＲＰｉ）は、ＢＲＣＡ欠損性腫瘍の治療のために開発されている（Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２０２１；Ｆａｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００５）。ますます多くのＰＡＲＰｉが、臨床、特に卵巣がんにおけるそれらの有望な治療有効性のためにＦＤＡの承認を受けている（Ａｂｉｄａ ｅｔ ａｌ．，２０２０ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ３８，３７６３－３７７２、ｄｅ Ｂｏｎｏ ｅｔ ａｌ．，２０２０、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ３８２，２０９１－２１０２、Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０２１ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｌｉｓｔｏｎ Ｐａｒｋ）３５，１１９－１２５、Ｇｏｎｚａｌｅｚ－Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１９ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ３８１，２３９１－２４０２、Ｌｅｄｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ３６６，１３８２－１３９２、Ｍｕｌｌａｒｄ，２０１７ ＰＡＲＰ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｐｌｏｕｇｈ ｏｎ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ１６，２２９；Ｒｏｂｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３７７，５２３－５３３）。特に、最近の研究は、ＰＡＲＰ阻害剤を用いた維持が、白金感受性、再発性、高悪性度卵巣がんを有する患者の全てのサブセットにおいて無増悪生存期間（ＰＦＳ）を改善し、ＢＲＣＡ１／２変異を有する患者において最大の利益を有することを示した（Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２０２１ Ａ ｍｅｔａ－ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｃａｎｃｅｒ１２７，２４３２－２４４１、Ｍｉｒｚａ ｅｔ ａｌ．，２０１６；Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ３７５，２１５４－２１６４）。合成致死性に加えて、ＰＡＲＰｉが強力な抗腫瘍免疫応答を誘発することが報告されており、これは免疫チェックポイントの遮断によって更に増強され得る（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ２５，２９７２－２９８０．ｅ２９７５．、Ｐａｎｔｅｌｉｄｏｕ ｅｔ ａｌ．，２０１９ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ９，７２２－７３７．、Ｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１９ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ９，６４６－６６１）。これらの前臨床所見は、ＰＡＲＰｉ及びＩＣＢの臨床試験からの最近の結果によって更に支持される（Ｄｏｍｃｈｅｋ ｅｔ ａｌ．，２０２０ Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ２１，１１５５－１１６４、Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｏｐｏｕｌｏｓ ｅｔ ａｌ．，２０１９ ＪＡＭＡ Ｏｎｃｏｌ５，１１４１－１１４９、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ２９，ｖｉｉｉ３３４．）。ＰＡＲＰｉは卵巣がん治療の状況を変えたが、原発性及び二次性を含むＰＡＲＰｉへの耐性は、臨床における主要な問題となっており、ＰＡＲＰｉ耐性腫瘍患者の適切な管理が喫緊の懸念事項である。相同組換えの回復、ＰＡＲＰトラッピングの減少、細胞周期の調節不全、及び薬物排出（ｄｒｕｇ ｅｆｆｌｕｘ）の増強を含む、ＰＡＲＰ阻害に対する耐性の基礎となるいくつかのメカニズムが、臨床研究及び前臨床研究の両方から特定されている（Ｄ’Ａｎｄｒｅａ，２０１８ Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ＰＡＲＰ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ａｎｄ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．ＤＮＡ Ｒｅｐａｉｒ （Ａｍｓｔ）７１，１７２－１７６、Ｐａｎｔｅｌｉｄｏｕ ｅｔ ａｌ．，２０１９ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ９，７２２－７３７、Ｐｅｔｔｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０２０ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ１０，１４７５）。ＢＲＣＡ１／２の復帰変異は、卵巣がんにおけるＨＲ回復及びＰＡＲＰｉ耐性の主要な分子メカニズムとして発見されている。注目すべきことに、最近の研究では、再発性卵巣がんの約２０～５０％がＢＲＣＡ１／２の復帰変異を獲得することが報告されている（Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１９；Ｎｏｒｑｕｉｓｔ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。ほとんどの研究は、ＰＡＲＰｉに対する腫瘍細胞固有の耐性に焦点を当てているが、いくつかの最近の知見は、ＰＡＲＰｉ耐性における腫瘍微小環境又は宿主免疫系の役割を示唆している。例えば、ＰＡＲＰｉは、乳がんにおけるＰＤ－Ｌ１発現の上方調節又はマクロファージの抗腫瘍特性及び腫瘍促進性特性の両方の増強を介して免疫抑制を誘導することが見出されている（Ｊｉａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１７ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ２３，３７１１、Ｍｅｈｔａ ｅｔ ａｌ．，２０２１ Ｎａｔｕｒｅ Ｃａｎｃｅｒ２，６６－８２）。宿主免疫系が、卵巣がんにおけるＰＡＲＰｉ耐性においても役割を果たすかどうかは依然として不明である。
ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を獲得した前臨床マウスモデルを使用して、ＢＲＣＡ１欠損卵巣腫瘍における腫瘍細胞固有のＳＴＡＴ３シグナル伝達及びＴＡＭによって媒介されるＰＡＰＲｉ耐性の新たなメカニズムを解明した。ＴＭＥにおいてＳＴＩＮＧアゴニズムが効率的に骨髄細胞を再プログラムし、マウス及びヒトの卵巣がんモデルの両方においてＰＡＲＰ阻害に対するＴＭＥ依存性二次耐性を克服することが更に実証された。したがって、ＰＡＲＰ阻害に対して耐性を獲得したいくつかの卵巣がんの患者に、新しい治療選択肢が提供される。
ＢＲＣＡ１欠損卵巣腫瘍は、ＰＡＲＰ阻害に対する二次耐性を引き起こした
ヒト卵巣がんの高悪性度漿液性がんを再現するＰＢＭと呼ばれる、Ｂｒｃａ１及びＴｒｐ５３の同時消失及びｃ－Ｍｙｃの過剰発現によって駆動される卵巣がんの同系遺伝子操作マウスモデルが作出された（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ２５，２９７２－２９８０．ｅ２９７５）。これらのＰＢＭ腫瘍は、最初、ＰＡＲＰ阻害に対して頑強な応答を有していたが、最終的には、腫瘍のほとんどがオラパリブ処置で進行した（ＰＢＭ－Ｒと称される、図１５Ａ及び１５Ｂ）（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ２５，２９７２－２９８０．ｅ２９７５）。ＢＲＣＡ１欠損卵巣腫瘍モデルにおけるＰＡＲＰｉに対するこの二次耐性の基礎となるメカニズムを調べるために、１２個のＰＢＭ－Ｒ腫瘍を採取し、培養物中でそれらの初代細胞株を確立した（図１５Ｂ）。驚くべきことに、１２個のうち１１個のＰＢＭ－Ｒ腫瘍株は、インビトロでＰＡＲＰｉに感受性であり、ＩＣ５０値は、ＰＢＭ腫瘍細胞と同等である（図１５Ｃ）。ＰＢＭ－Ｒ３腫瘍細胞のみが、オラパリブに対して真に耐性を示し、ＩＣ５０が４．１９μＭであり、０．５６μＭの７．４８倍であった。ＤＮＡ ＤＳＢに対する初期の細胞応答マーカーであるＳｅｉｎｅ１３９（γ－Ｈ２ＡＸ）でのヒストンＨ２ＡＸのリン酸化によって測定した場合、一貫して、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞は、オラパリブに対するＤＮＡ損傷が有意に増加したが、ＰＢＭ－Ｒ３細胞は、ＤＮＡ損傷のシグナル伝達がわずかであった（図１Ｄ）。全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）分析は、ＰＢＭ－Ｒ３腫瘍細胞が、ＰＢＭ－Ｒ１及び－Ｒ２では検出されなかったＤＮＡ修復経路に関与する複数の遺伝子におけるコピー数変化（具体的には、コピー数増加）を有していたことを明らかにした（図１６）。ＤＮＡ損傷の低下及び／又はＤＮＡ修復の増加、すなわち、ＢＲＣＡ復帰変異及びＤＮＡ修復遺伝子のコピー数増加が、ＰＡＰＲｉに対する耐性と関連していることが示されている（図１６）。二次耐性ＰＢＭ－Ｒ腫瘍の大部分は、インビトロでオラパリブに応答したため、腫瘍の外因性耐性メカニズムの関与を示している。更に、これらのＰＢＭ－Ｒ腫瘍が、同系宿主マウスに同所的に再移植した場合、インビボでＰＡＲＰｉに対して実際に耐性であることが確認された（図１５Ｅ）。
ＰＡＲＰｉ耐性卵巣腫瘍のＴＭＥで濃縮された腫瘍促進性マクロファージ
Ｂｒｃａ１欠損卵巣腫瘍におけるＰＡＰＲｉ耐性の基礎となる腫瘍細胞外メカニズムを探索するために、フローサイトメトリー分析によって、ＰＢＭ腫瘍及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍のＴＭＥにおいて免疫細胞を評価した。このデータにより、ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍において、全ＣＤ１１ｂ＋、ＴＡＭ、及びＭＳＤＣの集団は類似していたが、ＰＢＭ腫瘍と比較して、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍における腫瘍促進性（Ｍ２様、ＭＨＣ－ＩＩ低ＣＤ２０６＋）マクロファージの割合が有意に増加していることが明らかになった（図１７Ａ及び図１８Ａ～１８Ｃ）。ＰＢＭ腫瘍とＰＢＭ－Ｒ腫瘍との間で、腫瘍浸潤ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、及びＴｒｅｇ細胞の有意な変化は観察されなかった（図Ｓ２Ｄ～Ｓ２Ｆ）。腹水は、卵巣腫瘍の増殖に寄与する重要な特定の微小環境であるため、腹水における免疫細胞を更に分析し、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおいて、ＰＢＭ－担腫瘍マウスと比較して、ＴＡＭ及びＭ２様マクロファージの両方が有意に増加していることを見出した（図１７Ｂ）。これらの結果は、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍が、腫瘍促進性マクロファージの極性化を促進する能力を獲得した可能性があることを示す。
マクロファージの極性化に対するＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞の効果を評価するために、骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）を、ＰＢＭ（ＰＢＭ－ＣＭ）又はＰＢＭ－Ｒ（ＰＢＭ－Ｒ－ＣＭ）からの馴化培地（ＣＭ）でインキュベートした。ＰＢＭ－Ｒ－ＣＭは、エクスビボでＴＡＭのＭ２様極性化を促進することができ、Ｍ２様ＴＡＭ極性化に対するはるかに強い効果を示した（図１７Ｃ及び１７Ｄ）。腹水中の骨髄細胞（ＢＭＣ）を、ＰＢＭ又はＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスから採取した上清中で更に培養した。その結果、ＰＢＭ－Ｒ腹水上清が、骨髄細胞（ＣＤ１１ｂ＋）及びＴＡＭの分化を誘導しただけでなく、エクスビボでのＭ２様極性化を促進したことが示された（図１７Ｅ及び１７Ｆ）。これらのデータは、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞が、担腫瘍マウスのＴＭＥにおいて、エクスビボ共培養システム及びインビボの両方において、Ｍ２様マクロファージの極性化を強く促進することができることを示唆する。
ＰＡＲＰ阻害は、腫瘍細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達経路を上方調節し、これが次に、腫瘍促進性マクロファージの極性化を促進する。
Ｍ２様マクロファージの極性化を引き起こすＰＢＭ－Ｒ細胞の能力の基礎となるメカニズムを調べるために、９５％超のがん細胞を含有するＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍のＲＮＡ－ｓｅｑ分析を行った。ＧＳＥＡ分析により、ＰＢＭ腫瘍と比較した場合、ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路がＰＢＭ－Ｒ腫瘍で有意に活性化されることが明らかになった（図１９Ａ及び図２０Ａ）。フローサイトメトリー分析はまた、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞がＰＢＭ腫瘍細胞よりも高いレベルのリン酸化ＳＴＡＴ３（Ｙ７０５）を有することを示した（図１９Ｂ）。この観察を、ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍におけるｐ－ＳＴＡＴ３の免疫組織化学分析によって更に確認した（図１９Ｃ）。
次に、ＰＡＰＲｉが腫瘍細胞におけるＳＴＡＴ３のリン酸化を直接誘導することができるかどうかを調べた。オラパリブによるＰＡＰＲｉナイーブＰＢＭ腫瘍細胞の処理、続いて、フローサイトメトリー及びウエスタンブロット分析により、培養ＰＢＭ細胞におけるＳＴＡＴ３のリン酸化レベルが用量依存的な様式で増加することが明らかになった（図１９Ｄ及び２０Ｂ）。特に、オラパリブ処理ＰＢＭ細胞（ＰＢＭ－ＯＬＡ－ＣＭ）から採取された馴化培地（ＣＭ）は、ＰＢＭ－ＣＭよりもＢＭＤＭのＭ２様ＴＡＭ極性化に対してより強い効果を示した（図１９Ｅ）。サイトカインアレイ分析は、いくつかのＳＴＡＴ３調節ケモカイン（ＣＣＬ２、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＬ２０、及びＣＸＣＬ１）が、オラパリブ処理ＰＢＭ細胞のＣＭで有意に増加することを示した（図１９Ｆ）（Ｉｋｅｄａ ｅｔ ａｌ．，２０１６ Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ７，１３５６３－１３５７４、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３ ＰＬＯＳ ＯＮＥ ８，ｅ７５８０４、Ｓｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ Ｒｅｓ４３，５５６－５６５、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１６ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ７６，４１２４－４１３５）。これらのケモカインの遮断は、腫瘍促進性マクロファージの極性化の促進に対するオラパリブ処理ＰＢＭ細胞の効果を部分的に消失させた（図１９Ｇ）。これらのデータは、ＰＡＲＰｉ誘導腫瘍細胞のＳＴＡＴ３の活性化がマクロファージのＭ２様極性化に寄与し得ることを示唆する。
腫瘍細胞におけるＳＴＡＴ３の活性化が、ＰＡＲＰｉ耐性ＢＲＣＡ１欠損卵巣がんにおけるＭ２様マクロファージの極性化に必要であるかどうかを更に評価するために、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞におけるＳＴＡＴ３遺伝子の異なる領域を標的とする２つの個々のレンチウイルス媒介ｓｈＲＮＡの導入によって、ＳＴＡＴ３をサイレンシングした（図２０Ｃ）。ＰＢＭ－Ｒ細胞におけるＳＴＡＴ３のノックダウンは、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞（ＰＢＭ－Ｒ ＣＭ）からＣＭによって誘導されたＭ２／Ｍ１の比率を減少させた（図１９Ｈ）。特に、ＰＢＭ－Ｒ細胞におけるＳＴＡＴ３のノックダウンは、インビトロでのオラパリブ処置に対する腫瘍細胞の応答に影響しなかったが（図２０Ｄ）、ＰＢＭ－Ｒ－ｓｈＳｔａｔ３腫瘍は、インビボでのオラパリブ処理に感受性になった。フローサイトメトリー分析により、オラパリブ処理によって誘導された抗腫瘍活性及び免疫調節特性が、Ｍ１／Ｍ２の比率の増加及びＭ２様ＴＡＭの減少、並びに総Ｔ細胞並びにエフェクターＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞の増加によって反映されるように、ＰＢＭ－Ｒ－ｓｈＳｔａｔ３腫瘍において回復することが示された（図１９Ｊ及び１９Ｋ、図２０Ｅ及び２０Ｆ）。これらのデータは、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍におけるＳＴＡＴ３活性化が、ＴＭＥにおけるＭ２様ＴＡＭ極性化の誘導に関与していることを示唆している。
ＳＴＩＮＧアゴニストは、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍のＴＭＥにおけるＴＡＭを再プログラムし、骨髄系ＤＣを活性化する
ＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化が、ＭＤＳＣの増殖に拮抗し、免疫抑制マクロファージを免疫活性化サブタイプに再プログラムすることによって、ＴＭＥを再構築することができることを示す証拠が増えている（Ｄｏｗｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２０１４ ＰＬＯＳ ＯＮＥ ９，ｅ９９９８８、Ｊａｓｓａｒ ｅｔ ａｌ．，２００５ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ６５，１１７５２－１１７６１、Ｊｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１９、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１９ Ｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ７，１１５）。ＳＴＩＮＧアゴニストがＰＡＲＰｉ誘導免疫抑制ＴＭＥを変化させて、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍のＰＡＲＰｉに対する耐性を克服することができるかどうかを試験した。インビトロでのマクロファージの極性化に対するＳＴＩＮＧアゴニストの効果を最初に試験した。ＦＶＢ／ＮＪマウスから生成されたＢＭＤＭをＰＢＭ－Ｒ－ＣＭとともにインキュベートし、ビヒクル対照又はＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２若しくはＡＤＵ－Ｓ１００で処理した（図２１Ａ）。予想通り、ＰＢＭ－Ｒ－ＣＭは、Ｍ１／Ｍ２比を減少させた（図２１Ｂ）。ＭＳＡ－２又はＡＤＵ－Ｓ１００のいずれかを添加すると、Ｍ１／Ｍ２比が有意に増加した（図２１Ｂ）。これは、ＳＴＩＮＧアゴニストがマクロファージをＭ１様にシフトさせたことを示唆する。
これをインビボで更に調査するために、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞をＦＶＢ／ＮＪマウスに腹腔内注射して、腹水に免疫抑制性ＴＭＥを誘導した。次いで、オラパリブ及びＭＳＡ－２で、単剤として又は併用して、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスを２４時間試験した（図２１Ｃ）。ＣＤ１１ｂ＋陽性選択キットを使用して、処置後のＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスの腹水から骨髄細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋）を単離し、単離した骨髄細胞の純度を、フローサイトメトリー分析によって確認した（図２２Ａ）。単離した骨髄細胞のトランスクリプトーム分析を行い、ＭＳＡ２処置が、対照群と比較して、腫瘍誘発性Ｍ２極性化に関連する遺伝子（Ｆｎ１、Ｐｌｘｄｃ２、Ｔｇｆｂ２、Ｌｔｂｐ１、Ａｌｏｘ１５等）の発現を阻害するだけでなく、Ｍ１様／抗腫瘍誘発性遺伝子（Ｃｃｌ５、Ｌｙ６ａ、Ｌｙ６ｉ、Ｉｌ１８ｂｐ、Ｉｆｉ４４等）の発現を強く上方調節することが見出された（図２１Ｄ）。
ｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路活性化の特徴的な遺伝子発現シグネチャーを導出するために、インビトロで培養したマウスＤＣを、ＤＭＳＯ対照、ＤＭＸＡＡ、又はＳＴＩＮＧ経路阻害剤ＢＸ７９５と組み合わせてＤＭＸＡＡで処置した。ＲＮＡ配列決定分析を行い、ＳＴＩＮＧアゴニスト処置時にＤＣにおけるｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路の活性化について、９４個の上方調節された遺伝子及び７個の下方調節された遺伝子を含む遺伝子発現シグネチャーを同定した（図２２Ｂ）。ＤＣにおいて生成されたｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路シグネチャーを使用することによって、このデータは、ＭＳＡ－２処理ＰＢＭ－Ｒ腫瘍由来の骨髄細胞が、対照マウスよりも有意に高いｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧ経路遺伝子シグネチャーの濃縮スコアを有することを更に明らかにした。これは、ＭＳＡ－２が骨髄細胞におけるｃＧＡＳ－ＳＴＩＮＧシグナル伝達経路を活性化したことを示している（図２１Ｄ）。興味深いことに、ＭＳＡ－２はまた、抗原プロセシング及び提示（例えば、Ｆｌｇ２、Ｔａｐ１、Ｐｓｍｂ８、Ｃｔｓ、Ｐｓｍｂ９、Ｔａｐ２及びＢ２ｍ）に関連する遺伝子の発現を強く刺激した（図２１Ｄ）。遺伝子オントロジー（ＧＯ）分析により、ＭＳＡ－２が、骨髄性白血球媒介性免疫、好中球活性化、ウイルスへの応答、Ｉ型インターフェロンシグナル伝達経路、及びＴ細胞活性化シグナルを有意に増加させることが明らかになった（図２２Ｃ）。フローサイトメトリー分析により、ＭＳＡ－２処置が、ＴＡＭの集団を減少させただけでなく（図２１Ｆ）、ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋骨髄系ＤＣの集団を増加させ、ＤＣのこのサブセットにおけるクラスＩ抗原提示を増強した（図２１Ｇ）ことが更に示された。更なる分析は、活性化された骨髄系ＤＣにおいてＳＴＩＮＧ経路が実際に活性化されたことを確認した（図２１Ｈ）。これらのデータは、ＳＴＩＮＧアゴニズムが、Ｍ２様ＴＡＭのＭ１様状態への再極性化を促進し、ＢＲＣＡ１欠損卵巣担腫瘍マウスのＴＭＥにおける骨髄系ＤＣのクラスＩ抗原提示を増強することによって、骨髄細胞を再プログラムすることを示唆している。ＳＴＩＮＧアゴニスト誘導ＴＡＭ再極性化にＳＴＩＮＧ経路が必要であるかどうかを更に調べるために、ＳＴＩＮＧノックアウトマウス（ＳＴＩＮＧ－／－ＢＭＤＭ）及び野生型マウス（ＷＴ ＢＭＤＭ）から生成されたＢＭＤＭを、オラパリブ処理有り又は無しで、同系ＢＲＣＡ１欠損細胞株（ＩＤ８－Ｂｒｃａ１－／－）からのＣＭで培養した（図２１Ｉ）。これらの結果は、ＭＳＡ－２が、対照又はオラパリブ処理ＩＤ８－Ｂｒｃａ１－／－細胞によって誘導されたＷＴ ＢＭＤＭのＭ２様ＴＡＭ極性化を正常に逆転させるが、ＳＴＩＮＧ－／－ＢＭＤＭでは逆転させないことを示した（図２１Ｉ）。更に、インビボデータは、ＭＳＡ－２が、ＷＴマウスにおいて骨髄系ＤＣを正常に活性化し、Ｍ２様ＴＡＭをＭ１様状態に再極性化したが、ＳＴＩＮＧ－／－マウスではそうではなかったことを更に明らかにした（図２１Ｊ及び４Ｋ、図２２Ｄ）。これらのデータは、ＳＴＩＮＧアゴニズムがＳＴＩＮＧ依存的な様式で骨髄細胞を再プログラムすることを示した。
ＳＴＩＮＧアゴニズムは、Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんのマウスモデルにおけるＰＡＲＰｉに対する免疫抑制性ＴＭＥ誘導二次耐性を克服する
ＳＴＩＮＧアゴニズムは、免疫抑制性骨髄細胞を抗腫瘍状態に再プログラムすることができるため、ＳＴＩＮＧアゴニズムが、卵巣がんのＢＲＣＡ１欠損マウスモデルにおける後天性ＴＭＥ依存性ＰＡＲＰｉ耐性を克服することができるかどうかを次に調べた。ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞をＦＶＢ／ＮＪマウスに同所的に注射した。担腫瘍マウスを４つの群に無作為化し、対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、又は併用処置に供した。ＭＳＡ－２又はオラパリブ単独では、腫瘍増殖の阻害に対してほとんど又はまったく効果がなかったが、ＭＳＡ－２とオラパリブ処置の組み合わせは、対照群と比較した場合、ＰＢＭ－Ｒ腫瘍の増殖を有意に抑制し、６０～７０％の阻害効果を有した（図２３Ａ）。マウスの各群における腫瘍浸潤免疫細胞の分析により、Ｍ１／Ｍ２の比率が増加するとともに、ＭＳＡ－２で処置したマウスにおいてＴＡＭの割合が劇的に減少することが明らかになった（図２３Ｂ及び２３Ｃ）。一方、ＭＳＡ－２又はオラパリブ単独による処置は、ＳＴＩＮＧ経路を活性化し、腫瘍浸潤活性化（ＣＤ８６＋）従来型ＤＣ（ｃＤＣ）を増加させ、ＭＳＡ－２とオラパリブとの組み合わせは、この効果を更に増強した（図２３Ｄ及び図２４Ｃ）。同様に、ＭＳＡ２は、オラパリブと組み合わせると、腫瘍内骨髄系ＤＣにおけるＳＴＩＮＧ経路を活性化し、ＰＢＭ－Ｒ担腫瘍マウスにおけるそれらの抗原提示を増強した（図２３Ｅ及び図２４Ｄ）。更に、ＭＳＡ－２とオラパリブとの併用処置群では、腫瘍浸潤ＣＤ４＋及びＣＤ８＋の集団及びサイトカイン産生が有意に増加した（図２３Ｆ及び２３Ｇ、図２４Ｅ）。一方、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋エフェクターＴ細胞（ＣＤ４４高ＣＤ６２Ｌ低）の両方が、併用処置群において有意に蓄積した（図２４Ｆ）。まとめると、これらのデータは、ＳＴＩＮＧアゴニストが、免疫抑制性骨髄細胞を再プログラムすることによって、ＢＲＣＡ１欠損卵巣腫瘍におけるＰＡＲＰｉに対する免疫抑制性ＴＭＥ誘導耐性を克服することができることを示す。
ＳＴＩＮＧアゴニズムは、ＰＡＲＰ阻害に対するＰＡＲＰｉ耐性卵巣がんＰＤＸを再感作させた
卵巣患者由来異種移植片（ＰＤＸ）モデルは、以前に、患者の腹水から免疫不全マウスへのがん細胞の移植によって生成された（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１７ Ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ：ａｎ ｏｆｆｉｃｉａｌ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ２３，１２６３－１２７３．）。ＰＡＲＰｉ耐性卵巣ＰＤＸ、ＤＦ８６及びＤＦ１０１（ＢＲＣＡ１欠損）、ＤＦ１１８及びＤＦ１４９（ＢＲＣＡ１欠損なし）を、ＮＳＧマウスの腹水から採取し、インビトロで２４時間培養し、次いで、５μＭのオラパリブで２４時間処理したところ、オラパリブ処理後に４個のうち３個のＰＤＸ細胞でＳＴＡＴ３のリン酸化レベルの増加が検出された（図２５Ａ及び２５Ｂ）。並行して、ヒトＢＭＤＭを、オラパリブ処置有り又は無しで、卵巣がんＰＤＸから採取したＣＭで培養した。マウス及びヒト卵巣がん細胞株における以前の知見と一致して、ほとんどの卵巣ＰＤＸからのＣＭは、Ｍ２様マクロファージの極性化を有意に促進し、オラパリブ処置によって誘導されるＳＴＡＴ３シグナル伝達経路の活性化は、卵巣ＰＤＸによって誘導されるＭ２様極性化を更に増強する（図２５Ｃ）。ＳＴＡＴ３阻害剤ナパブカシンによるＳＴＡＴ３シグナル伝達経路の阻害は、ＤＦ８６及びＤＦ１１８からのＣＭによって誘導されるＭ２様マクロファージの極性化を部分的に減少させた（図２５Ｄ）。共培養系におけるＭＳＡ－２の添加は、卵巣ＰＤＸによって誘導されたＭ２様マクロファージの極性化を逆転させた（図２５Ｅ）。ＳＴＩＮＧアゴニズムがインビボで卵巣ＰＤＸモデルにおいて骨髄細胞を再プログラムし、免疫抑制を克服できるかどうかを評価するために、インビトロでのＰＡＲＰｉ治療に比較的感受性のあるＤＦ８６細胞（図２６Ａ）を、初代ヒト骨髄単球（ＢＭＭ）と混合し、ＮＳＧマウスに注射した。注射の約３週間後、高免疫抑制性ＴＭＥが形成されたときに、ＤＦ８６腫瘍細胞保有マウスをグループ化し、ビヒクル対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、又はオラパリブとＭＳＡ－２との組み合わせで処置した（図２５Ｆ）。ＭＳＡ－２処置は、対照又はオラパリブ処置マウスと比較して、ＤＦ８６腫瘍細胞保有マウス、ＮＳＧマウスの腫瘍負荷（ルシフェラーゼシグナルの強度の倍率変化によって反映される）を有意に低下させた（図２５Ｇ）。腹水中のヒト免疫細胞のフローサイトメトリー分析により、ＭＳＡ－２処置群のマウスは、ＴＡＭの割合が減少し、Ｍ１／Ｍ２比が増加したことが明らかになった（図２５Ｈ及び２５Ｉ、図２６Ｂ）。特に、ＣＤ１４＋骨髄系ＤＣ（ＣＤ１４＋ＨＬＡ－ＤＲ＋）は、ＳＴＩＮＧアゴニスト処置群において有意に増加した（図２５Ｊ）。また、ＤＦ１０１ ＰＤＸモデルにおけるＭＳＡ－２の効果も評価し、ＤＦ８６と比較して、インビトロでオラパリブに対してより耐性であった（図２６Ａ）。結果は、ＤＦ１０１腫瘍細胞保有マウスが、ＤＦ８６ ＰＤＸ腫瘍と比較して、ＭＳＡ－２処置単独又はオラパリブとの組み合わせに対して応答性が低いが、ＭＳＡ－２は、ＤＦ１０１腫瘍細胞保有マウスの腹水において、ＴＡＭの割合及びＭ１様へのＭ２様ＴＡＭの再プログラムを大幅に減少させることを示した（図２６Ｃ～Ｅ）。
実施例４：実施例３の方法
ＰＡＲＰｉ耐性卵巣がんマウスモデルの作出
Ｂｒｃａ１欠損卵巣がんマウスモデル－ＰＢＭ（Ｔｒｐ５３－／－；Ｂｒｃａ１－／－；ｃ－Ｍｙｃ）は、以前にＦＶＢ／ＮＪマウスで開発された（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ２５，２９７２－２９８０．ｅ２９７５．）。ＰＢＭ腫瘍細胞を、同系ＦＶＢ／ＮＪマウスに同所的に移植し、ビヒクル対照又はオラパリブ（ＡＺＤ２２８１）で、週６日、５０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で腹腔内注射によって処置した。ＰＢＭ腫瘍は、最初、良好に応答したが、長期処置後、オラパリブ処置で再発した。難治性担腫瘍マウス由来の腫瘍細胞（各処置マウス由来の１つの細胞株）（ＰＢＭ－Ｒと称する）を、更なる評価のために、ＭＯＴ培地（ＤＭＥＭ／Ｆ１２、０．６％のＦＢＳ、１０ｎｇ／ｍｌのＥＧＦ、１μｇ／ｍｌのヒドロコルチゾン、１ｎｇ／ｍｌのコレラ毒素、１００μｇ／ｍｌのペニシリン－ストレプトマイシン、５μＭのＹ２７６３２）で培養した。
細胞株及びＰＤＸモデル
ＵＷＢ１．２８９及びＵＷＢ１．２８９＋ＢＲＣＡ１を、ＡＴＣＣから購入し、以前に記載されているように（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１８，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ２５，２９７２－２９８０．ｅ２９７５）、上皮完全増殖培地（５０％のＡＴＣＣ配合ＲＰＭＩ－１６４０培地、５０％のＭＥＧＭ培地及び３％のウシ胎児血清）で培養した。ＩＤ８－Ｂｒｃａ＋／＋及びＩＤ８－Ｂｒｃａ－／－細胞は、以前にＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９技術によって生成された。卵巣がん患者由来の腫瘍異種移植片（ＰＤＸ）は、患者の腹水から単離された腫瘍細胞を放射線照射されたヌードマウスに腹腔内移植することによって、Ｄａｎａ－Ｆａｒｂｅｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅで確立された（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ：ａｎ ｏｆｆｉｃｉａｌ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ２３，１２６３－１２７３）。確立されたＰＤＸモデルは、ＮＯＤ／ＳＣＩＤ ＩＬ２Ｒｇヌルマウス（ＮＳＧ，Ｔｈｅ Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）における腹腔内移植によって維持した。卵巣ＰＤＸ細胞は、インビトロ実験のために、上皮完全増殖培地で約３～４日間培養することができ得る。
腫瘍細胞におけるＩＣ５０値の測定
腫瘍細胞を、２０００～３０００細胞／ウェルの密度で９６ウェルプレートに播種し、一晩接着させた。次いで、細胞を、７２時間の連続曝露を伴う適切な濃度の治療薬（又はビヒクル対照）に曝露した。増殖阻害は、製造所の紹介に従って、ＰｒｏｍｅｇａからのＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）２．０細胞生存率アッセイによって測定した。ＩＣ５０値は、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ９における非線形回帰モデル（対数阻害剤対正規化応答変数勾配）を使用して計算した。
腫瘍増殖及び処置
ＰＢＭ及びＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞を同系ＦＶＢ／ＮＪマウスに同所的に移植し、薬物評価のために腫瘍を作製した。以前に記載されているように、発光強度に従って、担腫瘍マウスを、対照群及び処置群に均等に分けた（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１８；Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ２５，２９７２－２９８０．ｅ２９７５）。オラパリブ（ＡＺＤ２２８１）を、５０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で、腹腔内注射によって毎日投与した。抗ＰＤ－１抗体（クローン、３３２．８Ｈ３）を、ＰＢＳで希釈し（２５０μｇ／１００μｌ／マウス）、３日毎に腹腔内によって注射した。ＭＳＡ－２は、ＤＭＳＯ中５０ｍｇ／ｍｌのストックをＰＢＳ（ｐＨ８．０）で希釈することによって調製され、２５ｍｇ／ｋｇ体重の用量で、腹腔内注射によって１日おきに投与した（週３回、２週間オン、続いて１週間オフ）。エンドポイントを、腫瘍負荷及び腹水によって決定した。
ＰＤＸインビボ実験では、約３×１０６個のＰＤＸ腫瘍細胞を、５０％マトリゲル（カタログ番号７０００１、ＳＴＥＭＣＥＬＬ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を含有する無血清ＤＭＥＭ／Ｆ１２培地で３×１０６個のヒト骨髄単核細胞と混合し、ＮＯＤ／ＳＣＩＤ ＩＬ２Ｒｇヌルマウス（ＮＳＧ，Ｔｈｅ Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）に腹腔内移植した。注射の約３週間後、ＰＤＸを有するマウスを、発光強度に応じて４つの群に均等に分け、上に記載したものと同じ投薬及びスケジュールを使用して、ビヒクル対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２とＭＳＡ－２との組み合わせで処置した。３週間の処置後、分析のために腹水を採取した。
フローサイトメトリー分析
腫瘍を切断し、以前に記載されているように（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ２５，２９７２－２９８０．ｅ２９７５）、コラゲナーゼ緩衝液中で消化した。腫瘍及び腹水の単一細胞懸濁液を、７０μｍのストレーナーを通して濾過することによって取得し、１×ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ ＲＢＣ溶解緩衝液（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で処理した後、染色した。単一細胞懸濁液を、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号Ｌ３４９６５）で３０分間インキュベートし、次いで、氷上で、抗ＣＤ１６／３２（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、クローン９３）で２０分間ブロッキングした。次いで、試料を、氷上で、適切な抗体と３０分間インキュベートした。細胞内マーカーの染色には、Ｆｏｘｐ３染色緩衝液セット（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、カタログ番号００－５５２３－００）を適用した。細胞内サイトカイン分析のために、ＦＡＣＳ染色の前に、細胞を、白血球活性化カクテル（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、カタログ番号５５０５８３）で、３７℃で４～６時間刺激した。この試験では、以下の抗体を使用した（別段の指示がない限り、抗体はＢｉｏＬｅｇｅｎｄから購入した）：ＣＤ４５（クローン３０－Ｆ１１）、ＣＤ３ε（クローン１４５－２Ｃ１１）、ＣＤ４（クローンＲＭ４－５）、ＣＤ８（クローン５３－６．７）、ＣＤ４４（クローンＩＭ７）、ＣＤ６２Ｌ（ＭＥＬ－１４）、ＣＤ２５（ＰＣ６１）、ＩＦＮγ（クローンＸＭＧ１．２）、ＴＮＦα（クローンＭＰ６－ＸＴ２２）、ＣＤ１１ｂ（クローンＭ１／７０）、ＣＤ１１ｃ（クローンＢＭ８）、Ｆ４／８０（クローンＢＭ８）、Ｌｙ－６Ｃ（クローンＨＫ１．４）、Ｌｙ－６Ｇ（クローン１Ａ８）、ＭＨＣ－ＩＩ（クローンＭ５／１１４．１５．２）、ＣＤ８０（クローン１６－１０Ａ１）、ＣＤ８６（クローンＧＬ－１）、ＭＨＣ－Ｉ（クローンＫＨ１１４）、ＦｏｘＰ３（クローンＦＪＫ－１６ｓ；ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、Ｐｈｏｓｐｈｏ－ＩＲＦ－３（Ｓｅｒ３９６）（クローンＤ６Ｏ１Ｍ，Ｃｅｌｌ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、及びＰｈｏｓｐｈｏ－ＴＢＫ１／ＮＡＫ（Ｓｅｒ１７２）（クローンＤ５２Ｃ２，Ｃｅｌｌ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）。この試験では、以下のヒト抗体を使用した：細胞表面マーカーとしては、ＣＤ４５（クローンＨＩ３０）、ＣＤ１１ｂ（クローンＭ１／７０）、ＣＤ１１ｃ（クローンＢｕ１５）、ＣＤ８０（クローン２Ｄ１０）、ＣＤ８６（クローンＩＴ２．２）、ＣＤ１４（クローン６３Ｄ３）、ＣＤ１５（クローン３０－Ｆ１１）、ＨＬＡ－ＤＲ（クローンＬ２４３）、及びＨＬＡ－Ａ，Ｂ，Ｃ（クローンＷ６／３２）が挙げられる。細胞内マーカーとしては、ＣＤ１６３（クローンＧＨＩ／６１）、ＣＤ６８（クローンＹ１／８２Ａ）、及びＣＤ２０６（クローン１５－２）が挙げられる。フローサイトメトリーは、ＤＦＣＩフローサイトメトリーコアのＬＳＲＩＩ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）又はＦｏｒｔｅｓｓａ ＨＴＳ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で行った。全てのデータは、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して分析した。
ｐ－ＳＴＡＴ３及びγ－Ｈ２ＡＸ（ｐ－ＨＡ２Ｘ－Ｓｅｒ１３９）の分析は、細胞内リン酸化シグナル伝達タンパク質（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）の２ステッププロトコルに従って行った。簡潔には、細胞をＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎと３０分間インキュベートした。洗浄後、細胞を、１００μｌのＰＢＳに懸濁し、次いで、細胞に等量のＩＣ固定緩衝液（カタログ番号００－８２２－４９、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を直接添加することによって固定し、室温で２０分間インキュベートし、続いて、ＰＢＳ中の氷冷９０％メタノールで３０分間固定した。固定した細胞をブロッキングし、上記のようにフローサイトメトリー分析のためにｐ－ＳＴＡＴ３又はγ－Ｈ２ＡＸ抗体で染色した。
サイトカインアレイ分析
ＰＢＭ腫瘍細胞を、６ウェルプレートで２４時間培養し、オラパリブ又はビヒクル対照で処理した。２４時間の処置後、薬物を除去し、細胞を、新鮮な培地で更に４８時間培養した。製造所の紹介に従って、１，５００ｇで５分間、４℃で遠心分離することによって、細胞培養上清を得て、次いで、全てのデブリ及び細胞を除去し、サイトカインアレイ分析（ＡＲＹ０２８，Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍ）に供した。簡潔には、細胞培養上清を、ビオチン化検出抗体のカクテルと混合し、次いで、マウスサイトカインアレイとインキュベートした。次いで、アレイを、ストレプトアビジン－西洋ワサビペルオキシダーゼとインキュベートし、続いて、化学発光により検出した。アレイ画像は、Ｉｍａｇｅ Ｊソフトウェアを使用して分析した。
ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞におけるＳｔａｔ３のレンチウイルス媒介ノックダウン
対照ｓｈＲＮＡ及びＳｔａｔ３ ｓｈＲＮＡプラスミド（ｓｈ－Ｓｔａｔ３－１：ＴＲＣＮ０００００７１４５６及びｓｈ－Ｓｔａｔ３－２：ＴＲＣＮ０００００７１４５３）を、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈから入手した。ＰＥＩ（１μｇ／μｌ）（ＤＮＡに対して４：１）により、Ｓｔａｔ３ ｓｈＲＮＡ及び対照ｓｈＲＮＡプラスミドを、ｐＣＭＶ－ｄｅｌｔａ８．９及びｐＶＳＶＧとともに、２：２：１の比率で、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞に共トランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後、培地を交換し、０．４５μｍフィルターを通して濾過することによって、ウイルス上清を４８時間後に回収した。ＰＢＭ－Ｒ細胞を、６ウェルプレートで培養し、Ｓｔａｔ３－ｓｈＲＮＡレンチウイルス粒子で感染させ、ピューロマイシン（３μｇ／ｍＬ）を選択のために培養物に添加した。ピューロマイシン耐性細胞を選択し、増殖させた。ＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞におけるレンチウイルスＳｔａｔ３のサイレンシング効果を評価するために、ウエスタンブロット分析を行った。
ウエスタンブロット分析
腫瘍細胞を回収し、プロテアーゼホスファターゼ阻害剤カクテル（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を補充した氷冷ＲＩＰＡ緩衝液で溶解した。Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡタンパク質アッセイキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して、タンパク質濃度を決定した。約５０μｇのタンパク質抽出物をロードし、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって分離し、次いで、フッ化ポリビニリデン（ＰＶＤＦ）膜に転写した。ＰＢＳＴ（ＰＢＳ＋０．２％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０）中の５％脱脂乳（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）で１時間ブロッキングした後、膜を、一次抗体と、４℃で一晩インキュベートした。蛍光標識抗マウスＩｇＧ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，＃ＲＬ６１０－１４５－００２）又は抗ウサギＩｇＧ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，＃Ａ－２１１０９）を二次抗体として使用し、ウエスタンブロットをＯｄｙｓｓｅｙスキャナ（ＬＩ－ＣＯＲ）で視覚化した。
共培養実験
腹水上清中の骨髄細胞のエクスビボ培養のために、ＦＶＢ／ＮＪマウスから骨髄細胞を単離し、１００μｇ／ｍｌのペニシリン－ストレプトマイシンを補充した、５０％の腹水上清及び５０％の完全ＤＭＥＭ培地（９０％のＤＭＥＭ及び１０％のＦＢＳ）を含有する馴化培地で培養した。細胞を馴化培地で６日間インキュベートして、３日目に培地を交換した。細胞の成分を、フローサイトメトリー分析により分析した。
マウスマクロファージのエクスビボ培養のために、骨髄細胞をＦＶＢ／ＮＪマウスから単離し、１０％のＦＢＳ、５５μＭの２－メルカプトエタノール、及び２０ｎｇ／ｍｌのＭ－ＣＳＦを含有するＤＭＥＭで培養した。７日目に、ＢＭＤＭ（骨髄由来マクロファージ）を採取し、更に上記の２．０ｍｌの対照培地（９０％のＤＭＥＭ、１０％のＦＢＳ、５５μＭの２－メルカプトエタノール、５ｎｇ／ｍｌのＭ－ＣＳＦ）、又は５０％腫瘍細胞馴化培地を含有する培地で７２時間培養した後、分析した。腫瘍細胞の馴化培地の場合、約３×１０５個の腫瘍細胞を、６ウェルプレートで２４時間培養し、次いで、ＤＭＳＯ又はオラパリブで処理した。ＤＭＳＯ又はオラパリブで２４時間インキュベーションした後、腫瘍細胞をＰＢＳで２回洗浄し、１０％のＦＢＳを含有するＤＭＥＭで４８時間培養した。腫瘍細胞の馴化培地を、１，５００ｇで５分間、４℃で遠心分離することによって回収し、全てのデブリ及び細胞を除去した。サイトカイン遮断実験では、各サイトカインに特異的なモノクローナル抗体を、腫瘍細胞の馴化培地に添加した後、マクロファージの培養に適用した。
ヒトマクロファージのエクスビボ培養のために、ヒトＢＭＤＭを、ＳＴＥＭＣＥＬＬ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから入手した骨髄単核細胞（ＢＭＭ）（カタログ番号７０００１）から生成した。簡潔には、ＢＭＭを、１０％のＦＢＳ、５５μＭの２－メルカプトエタノール（カタログ番号２１９８５０２３、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）、及び５０ｎｇ／ｍｌのＭ－ＣＳＦを含有するＤＭＥＭで５～７日間培養し、３日毎に培地を交換して、成熟マクロファージ（ＢＭＤＭ）を得た。ＢＭＤＭを、ヒト卵巣がん細胞株から得られた５０％馴化培地の添加有り又は無しで、７２時間、培地で更に培養した。フローサイトメトリー分析を行って、マウス及びヒトＢＭＤＭの両方についてマクロファージの表現型を分析した。
トランスクリプトーム分析
腫瘍試料のトランスクリプトーム分析：全ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙ Ｐｌｕｓミニキット（ＱＩＡＧＥＮ）によってバルク腫瘍から単離し、４，６０４個のマウス遺伝子を標的とするＩｏｎ ＡｍｐｌｉＳｅｑカスタムパネルを使用して、Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔプラットフォーム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で配列決定した。１遺伝子当たりのリードカウントを生成するために、Ｔｏｒｒｅｎｔ Ｓｕｉｔｅ及びＡｍｐｌｉＳｅｑＲＮＡ分析プラグイン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を使用してデータを分析した。ｌｏｇ２倍率変化（ＭＡＰ）を得るために、デフォルトパラメータでＤＥＳｅｑ２を使用して差次的遺伝子発現解析を行い、調節ｐ値（ベンジャミニ－ホッホベルグ手順）を得た。ｌｏｇ２倍率変化（ＭＡＰ）によって遺伝子をランク付けし、ＧＳＥＡプレランクツールを使用してＧＳＥＡを行った。
骨髄細胞のトランスクリプトーム分析：約１×１０６個のＰＢＭ－Ｒ腫瘍細胞を、ＦＶＢ／ＮＪマウスに腹腔内注射した。注射の約２～３週間後、マウスをグループ化し、対照、オラパリブ、ＭＳＡ－２、及びＭＳＡ－２とＭＳＡ－２との組み合わせで２４時間処置した。処置後、骨髄細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋）を、各マウスの腹水から単離した（１群当たりｎ＝３）。全ＲＮＡを単離し、Ｉｏｎ ＡｍｐｌｉＳｅｑトランスクリプトームマウス遺伝子発現パネルを使用して、上記のＩｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔプラットフォーム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で配列決定した。ＤＥＧの遺伝子オントロジー（ＧＯ）分析を、ＲのｔｏｐＧＯパッケージを使用して行った。ＧＳＥＡ分析は、上に記載のように行った。遺伝子発現の変化を示すヒートマップは、Ｒにおけるｈｅａｔｍａｐ．３パッケージを使用して生成された。
定量化及び統計分析
統計解析は、Ｐｒｉｓｍ９（Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｉｎｃ．）を使用して行った。正規分布データについては対応のない両側Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定、及び正規性から逸脱した偏りのあるデータについてはＭａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙノンパラメトリック検定を使用して、２つの条件を比較した。正規分布データについてはＢｏｎｆｅｒｒｏｎｉの事後検定を伴う一元配置分散分析、及び偏りのあるデータについてはＫｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓノンパラメトリック検定を使用して、３つ以上の平均を比較した。Ｐ＜０．０５を有する差を統計的に有意とみなした。
実施例５：肺がんにおける耐性を克服するための腫瘍免疫微小環境の標的化
オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）は、ＥＧＦＲ活性化変異又は前世代のＥＧＦＲ－ＴＫＩに耐性の後天性Ｔ７９０Ｍ変異を有する非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を有する患者のための第３世代のＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）である。オシメルチニブに対する耐性の出現は避けられず、そのような耐性を克服することは依然として臨床における重要な課題である。本明細書に提供されるように、本発明者らは、変異型ＥＧＦＲによって駆動される肺がんの同系遺伝子操作マウス（ＧＥＭ）モデルを使用して、ＥＧＦＲ変異型腫瘍がＴ細胞依存的な様式で腫瘍増殖の初期段階でオシメルチニブに非常に感受性であるが、それらが進行するにつれて耐性になることを示した。更に、免疫抑制性腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の存在により、腫瘍がオシメルチニブに対して耐性になることが示されている。これらの腫瘍におけるＴＡＭの枯渇は、オシメルチニブの有効性を部分的に救済する。新たに開発されたＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２を用いてＴＡＭを再プログラムすると、抗腫瘍免疫が再活性化され、オシメルチニブと組み合わせた場合、マウスにおける耐性腫瘍の持続的な退縮をもたらす。本明細書に示された結果は、抑制性腫瘍免疫微小環境が、ＥＧＦＲ変異型腫瘍のオシメルチニブに対する耐性を駆動し得ることを示唆し、耐性を克服し、治療転帰を改善するための新たな理論的根拠となる戦略を提供する。
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を主なサブタイプとする肺がんは、依然として世界的に高い死亡率を有する最も一般的な悪性疾患の１つである（ｄｅ Ｇｒｏｏｔ ｅｔ ａｌ．，２０１８，Ｔｒａｎｓｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ７，２２０－２３３）。上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）をコードする遺伝子は、ＮＳＣＬＣ（特に、肺腺がん）で頻繁に変異が生じる最も一般的ながん遺伝子の１つであり、発生率は、白人患者で最大１５％、アジア人患者で５０％である（Ｒｏｓｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００９，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３６１，９５８－９６７、Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ９，１５４－１６２）。ＥＧＦＲ活性化変異の同定と、変異したＥＧＦＲを標的とするチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）のその後の開発は、ＥＧＦＲ変異型ＮＳＣＬＣの治療状況に劇的な革命をもたらした。しかしながら、ＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する顕著な治療応答にもかかわらず、大多数の患者では必然的に耐性が発現し、平均無増悪生存期間は９～１５ヶ月間の範囲である（Ｒｅｃｏｎｄｏ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ１５，６９４－７０８）。
ＥＧＦＲエクソン２０（Ｔ７９０Ｍ）における「ゲートキーパー」部位における変異の発生は、第１及び第２世代のＥＧＦＲ－ＴＫＩ（すなわち、ゲフィチニブ又はエルロチニブ）に対する耐性を媒介する最も一般的なメカニズムの１つである（Ｌｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０１８，Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ Ｒｅｖ６５，１－１０）。Ｔ９０７Ｍ変異によって駆動される耐性を克服するために、オシメルチニブが、Ｔ７９０Ｍ変異の存在にかかわらず、変異ＥＧＦＲに不可逆的に結合することができる第３世代のＥＧＦＲ－ＴＫＩとして開発された（Ｃｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ４，１０４６－１０６１．、Ｊａｎｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ３７２，１６８９－１６９９）。その優れた治療有効性のために、オシメルチニブは、ＥＧＦＲ変異を保有する進行ＮＳＣＬＣの治療における第１又は第２世代ＥＧＦＲ－ＴＫＩの進行後の第一選択療法又は次の選択療法として承認されている（Ｇｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ１７，１６４３－１６５２、Ｒａｍａｌｉｎｇａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１８，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ１５，６９４－７０８、Ｓｏｒｉａ ｅｔ ａｌ．，２０１８，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ３７８，１１３－１２５）。しかしながら、オシメルチニブ治療から得られる強力な臨床的利益があっても、患者は最終的には治療抵抗性を発症するであろう。ＥＧＦＲ－ＴＫＩ（特に、オシメルチニブ）に対する耐性を媒介する基礎となるメカニズムを解明するために多大な努力が払われてきた。広く認識されているメカニズムの１つは、Ｃ７９７Ｓ置換のような三次ＥＧＦＲ変異の出現であり、オシメルチニブを第一選択治療又は第二選択治療として適用した場合、それぞれ耐性の６～１０％及び１０～２６％を占める（Ｌｅｏｎｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９，Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ１２１，７２５－７３７、Ｔｈｒｅｓｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｎａｔ Ｍｅｄ２１，５６０－５６２）。ＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する耐性を付与する他のメカニズムには、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、代替バイパス経路の活性化、新規の融合事象、及び表現型転換などが挙げられる。しかしながら、ＥＧＦＲ変異を保有するかなりの割合の肺がん患者は、未知の基礎となるメカニズムを有するオシメルチニブに感受性ではない（Ｌｅｏｎｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９，Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ１２１，７２５－７３７）。
腫瘍細胞固有の耐性メカニズムは広く研究されてきたが、ＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する治療応答に対する腫瘍免疫微小環境の効果はあまりよく理解されていない。免疫微小環境は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、骨髄細胞などの様々な浸潤免疫集団を含む複雑な実体であり、これらは、腫瘍促進性又は抗腫瘍性の能力のいずれかを発揮することができ、多くの抗腫瘍治療の治療転帰に関連する。例えば、マクロファージは、Ｔ細胞媒介性応答を遮断し、化学療法の治療転帰を損なった主要な免疫抑制成分として報告されている（Ｒｕｆｆｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ２６，６２３－６３７）。別の論文では、ＥＧＦＲ変異型ＮＳＣＬＣ患者における治療転帰の改善に関連するインターフェロン応答を誘発するＥＧＦＲ－ＴＫＩの能力も報告されている（Ｇｕｒｕｌｅ ｅｔ ａｌ．，２０２１，ＮＰＪ Ｐｒｅｃｉｓ Ｏｎｃｏｌ５，４１）。これらの研究は、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ治療における免疫活性化の役割を示唆しているが、悪性腫瘍における免疫抑制性微小環境がＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する耐性に寄与するかどうか、及び治療上の利益を最大化するためにどのように免疫細胞を調節するかはまだ決定されていない。
本明細書に開示されるデータでは、オシメルチニブが、オシメルチニブ誘発腫瘍の退縮に必要なＥＧＦＲエクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ変異を保有する肺がんの同系ＧＥＭモデルにおいてＴ細胞の活性化を誘導することが見出された。より進行した（ここでは体積が大きい）腫瘍で優勢な免疫抑制性ＴＡＭは、Ｔ細胞の排除及びオシメルチニブに対する耐性をもたらし、これは、マクロファージの枯渇によって部分的に救済され得る。更に、ＳＴＩＮＧアゴニストによりＴＡＭを腫瘍促進性Ｍ２様マクロファージ表現型から抗腫瘍Ｍ１様状態に再プログラムすることで、免疫抑制性微小環境が逆転し、オシメルチニブに対する治療耐性が回避された。これらの知見は、腫瘍免疫微小環境によって引き起こされるＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する耐性のメカニズムの理解を明らかにし、免疫抑制性微小環境を標的とすることによって耐性を克服するための新しいアプローチを提供する。
結果
インビボでの治療有効性には、オシメルチニブで誘発されるＴ細胞の活性化が必要である
ＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する免疫応答の役割を調べるために、免疫能のあるＦＶＢマウスにおいて、エクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ ＥＧＦＲ及びＴｒｐ５３の喪失（ＰＥと称される）によって駆動される肺がんの同系遺伝子操作マウス（ＧＥＭ）モデルを開発した（図３１Ａ）。ＰＥ腫瘍に由来する原発腫瘍細胞は、ＥＦＧＲ／ＥＲＫシグナル伝達経路の構成的活性化を示し、これは、オシメルチニブによって阻害され得るが、エルロチニブでは阻害されない（図３１Ｂ）。次いで、インビボでのオシメルチニブに対するＰＥ腫瘍の応答を評価した。腫瘍体積が約６０ｍｍ３に達したときに処置を開始した。特に、２．５ｍｇ／ｋｇ（経口、毎日）のオシメルチニブは、ＰＥ腫瘍の増殖を有意に遅らせ、一方、１０ｍｇ／ｋｇ（経口、毎日）のオシメルチニブは、腫瘍退縮をもたらした（図３１Ｃ及び図２７Ａ）。最近の研究では、ＥＧＦＲ変異型肺腺がんにおけるエルロチニブによるＥＧＦＲの遮断がＣＤ８＋Ｔ細胞の浸潤を誘導することが報告されている（Ｓｕｇｉｙａｍａ ｅｔ ａｌ．，２０２０，Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ５）。免疫応答がオシメルチニブの抗腫瘍活性において役割を果たすかどうかを決定するために、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、ＰＥ担腫瘍ＦＶＢマウスにおいて抗ＣＤ８抗体を使用して枯渇させた（図２７Ａ及び図３１Ｄ）。実際、オシメルチニブの治療効果は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の枯渇によって有意に低減され（図２７Ａ）、Ｔ細胞媒介性の細胞毒性がオシメルチニブ誘発ＰＥ腫瘍の退縮にとって重要であることが示唆されている。一貫して、腫瘍免疫微小環境の分析は、オシメルチニブが、ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の動員を誘導し、ＩＦＮｇ陽性ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の増加を伴うことを示した（図２７Ｂ）。更に、肺がんを含む複数のがんタイプにおいてＣＤ８＋Ｔ細胞を誘引するための重要な炎症促進性サイトカインであるＣＸＣＬ１０及びＣＣＬ５の発現を分析した（Ｓｕｇｉｙａｍａ ｅｔ ａｌ．，２０２０，Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ５）。これらの結果は、オシメルチニブが、ＰＥ腫瘍細胞及びヒトエクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ ＥＧＦＲ肺がん細胞株ＰＣ９ＧＲ４の両方でＣＸＣＬ１０及びＣＣＬ５の発現を有意に上昇させることを示した（図２７Ｃ）。
ＥＧＦＲ－ＴＫＩの治療有効性におけるＴ細胞活性化の関連性を更に実証するために、ＥＧＦＲ変異型進行ＮＳＣＬＣを有する８人の患者の臨床コホートを分析した（Ｇｕｒｕｌｅ ｅｔ ａｌ．，２０２１，ＮＰＪ Ｐｒｅｃｉｓ Ｏｎｃｏｌ５，４１）。これらの患者は、第一選択治療としてエルロチニブ又はオシメルチニブを投与され、短期治療の前後に腫瘍生検を受けた。腫瘍のＲＮＡ－ｓｅｑデータは、Ｔ細胞炎症シグネチャーが、ＴＫＩ応答者（ＰＦＳ＞８ヶ月）では処置後に有意に濃縮されているが、非応答者（ＰＦＳ＜８ヶ月）では濃縮されていないことを示した（図２７Ｄ）。更に、ＴＫＩ処置後のＴ細胞炎症スコアの増加は、ＰＦＳと正の相関があった（図２７Ｅ）。まとめると、これらの知見は、オシメルチニブの抗腫瘍活性における免疫活性化の役割を強調している。
免疫抑制性ＴＭＥは、オシメルチニブの治療有効性を阻害する
新たな証拠は、より進行した腫瘍が、がん治療を妨げる、より免疫抑制性のＴＭＥを有することを示唆している（Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０２０，Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ１１，６２９７２２）。より大きな腫瘍体積及び遅延した治療を有するより進行したＰＥ腫瘍は、より多くの免疫抑制性ＴＭＥを有し、オシメルチニブに対する応答性がより低いと仮定した。この仮説を試験するために、オシメルチニブ治療は、ＰＥ腫瘍サイズが約３００～５００ｍｍ３に達したときに遅延させた。特に、これらの腫瘍は、オシメルチニブ治療を通して進行し、対照と同等の増殖率を示した（図２８Ａ）。処置ナイーブＦＶＢマウスにおける小さなＰＥ腫瘍（１００ｍｍ３）及び大きなＰＥ腫瘍（５００ｍｍ３）から採取された腫瘍浸潤免疫細胞の分析により、Ｔ細胞及びＤＣの数が小さなＰＥ腫瘍と比較して大きなＰＥ腫瘍において有意に減少することが明らかになった（図２８Ｂ）。特に、大きな腫瘍では、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の部分が強力に増殖し、ＣＤ４５＋細胞の７０％以上を占めた（図２８Ｂ及び図３２Ａ）。更なる分析では、大きなＰＥ腫瘍におけるＴＡＭのほとんどがＭ２様マクロファージ（ＭＨＣＩＩ低、ＣＤ２０６高）であることが示された（図２８Ｂ及び図３２Ａ）。これらのデータは、大きなＰＥ腫瘍が、Ｍ２様ＴＡＭが優勢な免疫抑制性ＴＭＥを発達させたことを示唆する。重要なことに、オシメルチニブで大きなＰＥ腫瘍を治療することは、腫瘍におけるＴ細胞又はＩＦＮｇ＋／ＴＮＦａ＋Ｔ細胞の増加につながらなかった（図２８Ａ及び図３２Ｂ）。これは、オシメルチニブ単独療法が、大きなＰＥ腫瘍の免疫抑制性ＴＭＥを克服し、治療有効性を発揮することができなかったことを示唆している。
ＴＡＭは、進行腫瘍におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化を抑制し、オシメルチニブの治療有効性を損なう。
ＴＡＭの重要性を評価するために、ＧＳＫコホート及びＧＳＥ３１２１０コホートを含む２つの臨床データセットで、ＥＧＦＲ変異型又はＥＧＦＲ野生型（ＥＧＦＲ－ｗｔ）ＮＳＣＬＣを有する患者におけるＴＡＭの予後関連性を分析した。高いＴＡＭの存在量が、ＥＧＦＲ野生型ＮＳＣＬＣを有する患者ではなく、ＥＧＦＲ変異型ＮＳＣＬＣを有する患者で全生存期間の悪化と関連していることが見出された（図３３Ａ）。ＥＧＦＲ－ＴＫＩの治療転帰におけるＴＡＭの役割を評価するために、最近の研究からの臨床データを分析した（Ｇｕｒｕｌｅ ｅｔ ａｌ．，２０２１，ＮＰＪ Ｐｒｅｃｉｓ Ｏｎｃｏｌ ５，４１）。この研究では、オシメルチニブ又はエルロチニブ処置の前後に生検された８つの適合した患者腫瘍組織の全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）データが提供され、したがって、これらの腫瘍のＴＡＭシグネチャーをそれらの治療転帰と相関付けることが可能になる。ＥＧＦＲ－ＴＫＩ処置前の腫瘍のＷＥＳデータの分析により、ＴＡＭシグネチャーが、応答者（ＰＦＳ＞８ヶ月）と比較して、非応答者（ＰＦＳ＜８ヶ月）において有意に濃縮されていることが明らかになった（図２９Ａ）。更に、ＴＡＭシグネチャーの濃縮スコアは、オシメルチニブ又はエルロチニブで処置された患者のＴ細胞浸潤スコアと負に相関し（図２９Ｂ）、ＴＡＭがＴ細胞を阻害し、ＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する腫瘍の応答を損なう可能性があることを示唆する。
患者データと一致して、ＰＥ腫瘍から単離されたＴＡＭが、インビトロ共培養システムにおいて、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＩＦＮｇ及びグランザイムＢの産生を有意に阻害することが見出された（図２９Ｃ）。インビボでのオシメルチニブの抗腫瘍有効性におけるＴＡＭの役割を更に実証するために、ＴＡＭを、ＰＥ担腫瘍マウスを抗ＣＳＦ１－Ｒ抗体で処置することによって枯渇させた。結果は、ＴＡＭの枯渇が、大きな確立されたＰＥ腫瘍におけるオシメルチニブの抗腫瘍有効性を有意に改善することを示した（図２９Ｄ）。注目すべきことに、ＴＡＭ枯渇単独では、腫瘍増殖に顕著な影響はなかった（図３３Ｂ～Ｃ）。まとめると、このデータは、大きな確立された腫瘍におけるオシメルチニブの治療有効性を改善するためのＴＡＭの調節の重要性を強調する。
ＳＴＩＮＧアゴニストとオシメルチニブの組み合わせは、ＰＥ腫瘍の腫瘍退縮を誘導する
ＴＡＭの枯渇を伴うオシメルチニブの組み合わせは、大きなＰＥ腫瘍の腫瘍増殖を阻害したが、腫瘍退縮を引き起こさなかった。ＴＡＭがＳＴＩＮＧ（インターフェロン遺伝子の刺激因子）アゴニストによってＭ２様腫瘍促進性状態からＭ１様抗腫瘍状態に再プログラムされ得ることを実証する最近の研究を考慮すると、ＴＡＭを抗腫瘍状態に再プログラムすることが、オシメルチニブと組み合わせた場合の治療転帰を改善するためにＣＳＦ１Ｒ抗体によるＴＡＭ枯渇よりも優れている可能性があると仮定された。ここでは、全身投与に好適な新たに開発されたＳＴＩＮＧアゴニストＭＳＡ－２を用いた（Ｐａｎ ｅｔ ａｌ．，２０２０）。ＭＳＡ－２は、インビトロ共培養システムにおけるＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＡＭ媒介性抑制を逆転させた（図３４Ａ）。
インビボでＭＳＡ－２の有効性を試験するために、腫瘍サイズが約４００ｍｍ３に達したとき、ＰＥ担腫瘍ＦＶＢマウスをオシメルチニブ、ＭＳＡ－２、又はオシメルチニブとＭＳＡ－２との併用処置に供した。併用処置は完全な腫瘍退縮をもたらしたが、オシメルチニブ又はＭＳＡ－２の単剤処置は、わずかな治療効果しか示さなかったことが見出された（図３０Ａ）。更に、ＣＤ８遮断抗体で担腫瘍マウスを処置することで、完全に消失したわけではないが、併用療法の有効性を著しく損なった（図３０Ａ）。これらのデータは、オシメルチニブとＭＳＡ－２との組み合わせが、ＰＥ腫瘍モデルにおいて、オシメルチニブと抗ＣＳＦ１－Ｒとの組み合わせよりも優れた治療有効性を有することを示唆する。ＴＭＥの免疫プロファイリングは、オシメルチニブ又はＭＳＡ－２による単剤処置が、大きなＰＥ腫瘍の腫瘍免疫微小環境に有意に影響しなかったことを示した（図３０Ｂ）。対照的に、オシメルチニブとＭＳＡ－２との組み合わせは、ＴＭＥにおけるＴ細胞及びＤＣの動員を強く誘導し、ＩＦＮｇ陽性ＣＤ８＋及びＴＮＦａ陽性ＣＤ８＋Ｔ細胞を増加させた（図３０Ｂ）。一方、併用処置により、ＴＡＭ存在量も減少した（図３０Ｂ）。特に、併用療法処置腫瘍において、ＴＡＭの表現型は、Ｍ２様（ＭＨＣＩＩ低、ＣＤ２０６高）からＭ１様（ＭＨＣＩＩ高、ＣＤ２０６低）にシフトした（図３０Ｂ）。次いで、腫瘍ドレナージリンパ節（ＴＤＬＮ）におけるＣＤ８＋又はＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化を評価した。図３４Ｂに示されるように、対照又はオシメルチニブ又はＭＳＡ－２単剤処置と比較して、併用処置は、ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞の両方におけるＩＦＮｇの産生を有意に上方調節した。これらの結果は、オシメルチニブとＭＳＡ－２との組み合わせが、大きな腫瘍のＴＭＥを再プログラムし、局所的及び全身的な抗腫瘍免疫応答を誘導し、大きなより悪性の腫瘍の腫瘍退縮をもたらすことを示唆する。
実施例６：実施例５の方法
ＥＧＦＲエクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ及びＴｒｐ５３の喪失によって駆動されるＮＳＣＬＣ ＧＥＭＭの生成
Ｃｒｅリコンビナーゼを発現するアデノウイルスを、Ｔｒｐ５３（Ｔｒｐ５３Ｌ／Ｌ）のホモ接合された対立遺伝子を保有するＦＶＢ／Ｎマウスの肺気道に鼻腔内注射した。これらのマウスを、アデノウイルス投与の１週間後に犠牲にし、それらの肺組織を、肺胞上皮（ＡＥ）細胞の単離のために採取した。ＡＥ細胞を４８時間培養し、続いて、ＥＧＦＲエクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ変異を保有するレンチウイルスを導入し、次いで、ブラストサイジンによる３日間の抗生物質選択に供した。次いで、ＡＥ細胞を回収し、６～７週齢の雌の重症複合免疫不全マウス（ＳＣＩＤマウス）に静脈内注射し、およそ１ヶ月で肺に腫瘍が形成された。原発腫瘍を消化し、次いで、ＦＶＢ／ＮＪマウスに移植し、ＥＧＦＲエクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ及びＴｒｐ５３（ＰＥと称される）によって駆動される腫瘍の発生をもたらした（図３１Ａ）。
細胞培養
細胞を加湿インキュベーターで、５％ＣＯ２下、３７℃で培養した。ＰＥ腫瘍から単離された腫瘍細胞を、ＰＤＸ培地［０．６％のＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍｇ／ｍＬのヒドロコルチゾン（Ｓｉｇｍａ）、４μｇ／ｍＬのインスリン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）、５ｎｇ／ｍＬのコレラ毒素（Ｓｉｇｍａ）、１０ｍｇ／ｍＬのＥＧＦ（Ｓｉｇｍａ）、１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ）を補充したＨａｍのＦ－１２及びＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ）］で培養した。ヒト細胞株ＰＣ９ＧＲ４（エクソン１９欠失／Ｔ７９０Ｍ）は、Ｄａｎａ－Ｆａｒｂｅｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＤＦＣＩ）のＰａｓｉ Ａ．Ｊａｎｎｅ博士の好意によって提供され、１０％のＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）を含有するＲＰＭＩ－１６４０で増殖させた。
ウェスタンブロッティング
プロテアーゼ及びホスファターゼ阻害剤カクテル（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を補充した氷冷ＲＩＰＡ緩衝液を使用して、全細胞溶解物を調製した。等量のタンパク質を、１０％ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルで分離し、フッ化ポリビニリデン（ＰＶＤＦ）膜に移した。ＴＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０中の５％脱脂乳（Ｂｉｏ－Ｒａｄ）で、室温で４５分間ブロッキングした後、膜を、一次抗体での４℃で一晩のインキュベーション、洗浄、続いて、蛍光標識抗マウスＩｇＧ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，＃ＲＬ６１０－１４５－００２）又は抗ウサギＩｇＧ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，＃Ａ－２１１０９）との室温で１時間のインキュベーションに供した。ウエスタンブロットをＯｄｙｓｓｅｙスキャナ（ＬＩ－ＣＯＲ）で視覚化した。
定量的リアルタイムＰＣＲ
培養細胞を、２００μＬのクロロホルムを加えた１ｍＬのＴＲＩＺＯＬ（登録商標）試薬中で溶解させ、その後、試料を、１５秒間激しくボルテックスし、室温で２～３分間インキュベートした。次いで、試料を、１２０００ｇで、４℃で１５分間遠心分離し、水相のみを回収した。水相に０．５ｍＬのイソプロパノールを添加することによってＲＮＡを沈殿させ、次いで、遠心分離後、７５％のエタノールで洗浄した。得られたＲＮＡ試料を、製造業者の説明書に従って、Ｓｕｐｅｒｍｉｘ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ，＃１７０８８４１）を使用して、相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に逆転写した。リアルタイムＰＣＲを、遺伝子特異的プライマー（マウスＣｃｌ５、フォワード５’－ＧＣＴＧＣＴＴＴＧＣＣＴＡＣＣＴＣＴＣＣ－３’、リバース５’－ＴＣＧＡＧＴＧＡＣＡＡＡＣＡＣＧＡＣＴＧＣ－３’；マウスＣｘｃｌ１０、フォワード５’－ＣＣＡＡＧＴＧＣＴＧＣＣＧＴＣＡＴＴＴＴＣ－３’、リバース５’－ＧＧＣＴＣＧＣＡＧＧＧＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡ－３’；マウスＡｃｔｂ、フォワード５’－ＣＧＧＴＴＣＣＧＡＴＧＣＣＣＴＧＡＧＧＣＴＣＴＴ－３’、リバース５’－ＣＧＴＣＡＣＡＣＴＴＣＡＴＧＡＴＧＧＡＡＴＴＧＡ－３’；ヒトＧＡＰＤＨ、フォワード５’－ＣＴＣＴＧＣＴＣＣＴＣＣＴＧＴＴＣＧＡＣ－３’、リバース５’－ＴＴＡＡＡＡＧＣＡＧＣＣＣＴＧＧＴＧＡＣ－３’；ヒトＣＣＬ５、フォワード５’－ＣＣＡＧＣＡＧＴＣＧＴＣＴＴＴＧＴＣＡＣ－３’、リバース５’－ＣＴＣＴＧＧＧＴＴＧＧＣＡＣＡＣＡＣＴＴ－３’；ヒトＣＸＣＬ１０、フォワード５’－ＧＴＧＧＣＡＴＴＣＡＡＧＧＡＧＴＡＣＣＴＣ－３’、リバース５’－ＴＧＡＴＧＧＣＣＴＴＣＧＡＴＴＣＴＧＧＡＴＴ－３’）を用いて、ＳＹＢＲ（商標）Ｓｅｌｅｃｔマスターミックス（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ、＃４４７２９０８）を使用して行った。相対ｍＲＮＡレベルは、ΔΔＣＴ法を使用して計算した。マウス試料及びヒト試料の内因性対照として、それぞれマウスＡｃｔｂ及びヒトＧＡＰＤＨを使用した。
腫瘍増殖及び治療
ＥＴＰ細胞を、４０％マトリゲルを含有する無血清ＤＭＥＭ（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に再懸濁し、６～８週齢のマウスの脇腹脂肪パッドに皮下注射した。総体積が１００μＬの１×１０６個のＥＴＰ腫瘍細胞を、雌ＦＶＢ／Ｎマウスの脂肪パッドに注射した。腫瘍の増殖は、注射後５日目から開始して、３日毎にデジタルキャリパーを用いて腫瘍サイズを測定することによって監視した。最大縦径（長さ）及び最大横径（幅）を測定し、その腫瘍に基づいて、修正楕円体公式（０．５０×長さ×幅２）を使用して体積を計算した。単一のコホート内の全ての腫瘍測定は、同じ研究者によって行われた。腫瘍体積がＩＡＣＵＣプロトコル（直径２０ｍｍ）に記載の人道的エンドポイントを満たした場合、又は重度の健康悪化の際に、マウスをＣＯ２吸入によって安楽死させた。
薬理学的研究のために、マウスを初期の腫瘍体積に基づいてグループ化して、グループ間で均等な分布を確保した。オシメルチニブは、ＨＰＭＣ溶液（０．０５ＮのＨＣＬ＋０．５％のＨＰＭＣ［ｓｉｇｍａ９２６２］）に２．５ｍｇ／ｍｌの濃度で再構成し、１日当たり１０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で、調製から１週間以内に強制経口投与した。ＭＳＡ－２は、ＤＭＳＯ中の５０ｍｇ／ｍｌストックをＰＢＳで希釈することによって調製され、３日毎に２０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で、薬物調製直後に、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射によって投与した。抗ＣＤ８抗体（腹腔内４００μｇ／マウス；クローンＹＴＳ１６９．４、ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を３日毎に投与して、ＣＤ８＋Ｔ細胞を枯渇させ、他の処置の４８時間前に開始した。マクロファージの枯渇に関して、抗マウスＣＳＦ１Ｒ抗体（クローンＡＦＳ９８，ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を、オシメルチニブ処置の４８時間前に開始し、２日毎に腹腔内を介して４０ｍｇ／ｋｇで投与した。
共培養実験
腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）を、マウスＣＤ１１ｂ＋骨髄細胞単離キット（ＳｔｅｍＣｅｌｌ，＃１８９７０）を使用してＥＴＰ腫瘍から単離し、１×１０５細胞／ウェルの密度で４８ウェルプレートに播種し、１０ｎｇ／ｍＬのマウスＭ－ＣＳＦ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ，＃５７６４０４）を補充したＤＭＥＭ増殖培地（ＤＭＥＭ＋１０％のＦＢＳ＋１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシン）で培養し、一晩付着させた。次いで、ＴＡＭを、上述の中央値に３３μＭの濃度のＭＳＡ－２有り又は無しで２日間処理した。ＭＳＡ－２を洗い流した後、ＴＡＭをＣＤ８＋Ｔ細胞と共培養した。マウスＣＤ８＋Ｔ細胞単離キット（ＳｔｅｍＣｅｌｌ，＃１９８５３）を使用して、ＦＶＢ／ＮＪマウスの脾臓からマウスＣＤ８＋Ｔ細胞を単離し、１×１０５細胞／ウェルの密度で同じ４８ウェルプレートに播種し、１０％のＦＢＳ、１０ｎｇ／ｍＬのマウスＭ－ＣＳＦ（＃５７６４０４）、０．０５５ｍＭの２－メルカプトエタノール、２ｎｇ／ｍＬのＩＬ－２（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）、２．５ｎｇ／ｍＬのＩＬ－７（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）、及び５０ｎｇ／ｍＬのＩＬ－１５（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）を補充したＲＰＭＩ１６４０で、２日間、単独で培養又はＴＡＭと共培養した。その後、フローサイトメトリー分析のためにＴ細胞を回収した。
組織細胞の解離及びフローサイトメトリー分析
腫瘍塊から単一細胞懸濁液を得るために、腫瘍を切除し、細かく切断し、コラゲナーゼ緩衝液（５％のＦＢＳ、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ［Ｇｉｂｃｏ］、１００μｇ／ｍＬのペニシリン－ストレプトマイシン、２０μｇ／ｍＬのＤＮａｓｅＩ［ＳｔｅｍＣｅｌｌ］、及び１×コラゲナーゼ／ヒアルロニダーゼ［ＳｔｅｍＣｅｌｌ］を補充したＤＭＥＭ）で、３７℃で４５分間解離した。腫瘍流入リンパ節を、担腫瘍マウスから単離し、注射器のプランジャーを使用して７０μｍストレーナーを通してつぶして、単一細胞懸濁液を得た。ＲＢＣ溶解緩衝液（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，＃００－４３３３－５７）を用いて、解離した組織細胞から赤血球（ＲＢＣ）を取り出し、その後、細胞を洗浄し、ＦＡＣＳ緩衝液（０．２％のＢＳＡ及び５ｍＭのＥＤＴＡを含有するＰＢＳ）に再懸濁した。
組織中の免疫集団をプロファイリングするために、解離した細胞を、白血球バイオマーカー（ＣＤ４５［３０－Ｆ１１，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］）、Ｔ細胞バイオマーカー（ＣＤ３［１４５－２Ｃ１１，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＣＤ８［５３－６．７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＣＤ４［ＲＭ４－５，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＰＤ－１［２９Ｆ．１Ａ１２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＦｏｘＰ３［ＭＦ－１４，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＴＮＦ－α［ＭＰ６－ＸＴ２２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＩＦＮ－γ［ＸＭＧ１．２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、グランザイムＢ［ＮＧＺＢ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ］、及び骨髄細胞バイオマーカー（ＣＤ１１ｂ［Ｍ１］／７０，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＣＤ１１ｃ［Ｎ４１８，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、Ｆ４／８０［ＢＭ８，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、Ｇｒ－１［ＲＢ６－８Ｃ５，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＣＤ８６［ＧＬ－１，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＭＨＣＩＩ［Ｍ５／１１４．１５．２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＣＤ２０６［Ｃ０６８Ｃ２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］、ＣＤ４０［３／２３，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ］）を含む、あらゆる種類のバイオマーカーを標的とするコンジュゲート抗マウス抗体とインキュベートした。サイトカインの検出（ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ）のために、ＦＡＣＳ染色の前に、ＲＰＭＩ培地（１０％のＦＢＳ）中の白血球活性化カクテル（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，＃５５０５８３）で、製造業者の推奨濃度で４時間、３７℃／５％ＣＯ２で組織細胞を刺激した。ＦＡＣＳ染色のために、組織細胞を、まず、氷上で３０分間、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ Ｆｉｘａｂｌｅ Ａｑｕａ Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｓｔａｉｎ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で染色し、続いて、氷上で２０分間、抗ＣＤ１６／３２（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）でブロッキングした。その後、細胞を、ＦＡＣＳ緩衝液中の表面バイオマーカーを標的とする抗体と氷上で３０分間インキュベートした。細胞内染色では、次いで、細胞を固定し、Ｆｏｘｐ３／転写因子染色緩衝液セット（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，＃００－５５２３－００）で透過処理した後、透過処理緩衝液中のＣＤ２０６、ＴＮＦ－α、及びＩＦＮ－γのような細胞内バイオマーカーを標的とする抗体と、氷上で３０分間インキュベートした。
患者データ及びバイオインフォマティクス分析
ＴＫＩ治療（オシメルチニブ又はエルロチニブ）の前後で、ＥＧＦＲ変異型肺がんを有する８人の患者から生検された腫瘍組織の全エクソームＲＮＡ－ｓｅｑデータは、以下のアクセッションを介して、遺伝子発現オムニバス（ＧＥＯ）リポジトリからダウンロードした：ｈｔｔｐｓ：／／ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒｓ．ｏｒｇ／ｇｅｏ：ＧＳＥ１６５０１９。対応する臨床情報は、公開されている研究から得た（Ｇｕｒｕｌｅ ｅｔ ａｌ．，２０２１，ＮＰＪ Ｐｒｅｃｉｓ Ｏｎｃｏｌ５，４１）。全ての患者は、進行期（ステージＩＩＩＢ／又はＩＶ）と診断され、第一選択治療としてＴＫＩを受けた。腫瘍は、すべての治療の前に生検し、ＴＫＩ処置の３ヶ月以内に再生検した。８人の患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）は、６．２ヶ月～１６．３ヶ月の範囲であった（応答者（ＰＦＳ＞８ヶ月、ｎ＝４）と非応答者（ＰＦＳ＜８ヶ月、ｎ＝４）を区別するカットオフ値は８ヶ月）。
ＥＧＦＲ変異を有する、又は有さないＮＳＣＬＣを有する手術処置された患者を含む別の２つの臨床データセット（ＧＳＫコホート及びＧＳＥ３１２１０コホート）も分析した。ＧＳＫコホート（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０２０，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ５２，１７７－１８６）のデータは、ｃｂｉｏｐｏｒｔａｌ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｉｏｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ）から入手した。ＧＳＥ３１２１０（Ｏｋａｙａｍａ ｅｔ ａｌ．，２０１２）データは、ＧＥＯデータベース（ワールドワイドウェブのｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｏ／で見出される）から入手した。
腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）の遺伝子シグネチャー（Ｃａｓｓｅｔｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１９、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ３５，５８８－６０２．ｅ５１０）及びＴ細胞炎症シグネチャー（Ａｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ１２７，２９３０－２９４０）は、以前の研究から得られた。遺伝子セット濃縮分析（ＧＳＥＡ）（Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ．，２００５，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ１０２，１５５４５－１５５５０）を行い、２つの群間で、ある特定の遺伝子シグネチャーの濃縮を比較した。ＧＳＥＡに関しては、まず、Ｒソフトウェア環境（Ｌｏｖｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ１５，５５０）においてＤＥＳｅｑ２パッケージによって生成されたｌｏｇ２（倍率変化）に従って遺伝子をランク付けし、次いで、「古典的」方法を用いてＧＳＥＡＰｒｅｒａｎｋｅｄツールを使用して分析した。各試料のＴＡＭシグネチャー及びＴ細胞炎症シグネチャーの濃縮スコアを、ＧＳＶＡ Ｒパッケージによって実装された単一試料遺伝子セット濃縮分析（ｓｓＧＳＥＡ）を使用して、ＲＮＡ－ｓｅｑデータに基づいて推定した。
統計分析
統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（登録商標）ｖ８を使用して行った。正規化分布に準拠した２セットの測定値の比較に、対応のないｔ検定を適用した。分散が等しくない２セットの試料を比較する場合、代わりにＷｉｌｃｏｘｏｎの順位和検定を使用した。３セット以上の対応のない測定値の比較のために、（正規分布データについて）Ｔｕｋｅｙの多重比較検定を伴う一元配置分散分析、及び（偏りのあるデータについて）Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓのノンパラメトリック検定を適用した。０．０５未満のＰ値を、統計学的に有意であるとみなした。
参照による組み込み
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、個々の刊行物、特許、又は特許出願が各々参照により組み込まれると具体的かつ個別に示されるかのように、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。矛盾する場合、本明細書におけるあらゆる定義を含めて、本出願が優先する。
均等物
当業者であれば、通常範囲を超えない実験を使用して、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するか、又は確定することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。
政府権利の陳述
本発明は、国立衛生研究所から授与されたＲ３５ＣＡ２１００５７に基づく政府の支援により行われた。政府は、本発明において、特定の権利を有する。
均等物
当業者であれば、通常範囲を超えない実験を使用して、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するか、又は確定することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
がんを有する対象におけるＰＡＲＰ阻害の有効性を改善する方法であって、前記対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＰＡＲＰ阻害剤、有効量のＴＫ阻害剤、及び／又は有効量のＤＮＡ合成阻害剤と併用投与することを含む、方法。
（項目２）
前記投与が、前記ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記投与が、経口、静脈内、又は腹腔内投与である、項目１又は２に記載の方法。
（項目４）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、修飾ヌクレオチドＳＴＩＮＧアゴニストである、項目１～３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、ＤＭＸＡＡ、ＭＳＡ－２、ＳＲ－７１７、ＦＡＡ、ＣＭＡ、α－マンゴスチン、ＢＮＢＣ、ＤＳＤＰ、ｄｉＡＢＺＩ、二環式ベンズアミド類、及びベンゾチオフェン類から選択される、項目１～３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
ｉ）前記ＰＡＲＰ阻害剤が、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、ＣＥＰ９７２２、Ｅ７０１６、ＡＧ０１４６９９、ＭＫ４８２７、ＢＭＮ－６７３、イニパリブ、及び３－アミノベンズアミドからなる群から選択される、
ｉｉ）前記ＴＫＩ阻害剤が、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ阻害剤であり、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、オルムチニブ（ＨＭ６１７１３）、ナザルチニブ（ＥＧＦ８１６）、ナコチニブ（ＡＳＰ８２７３）、マベレルチニブ（ＰＦ－０６４７７７５）、アルモネルチニブ、ＴＹ－９５９１、ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びＡＣ００１０からなる群から選択される、及び／又は
ｉｉｉ）前記ＤＮＡ合成阻害剤が、ゲムシタビン、サパシタビン、シチジン類似体、シタラビン、テザシタビン、トロキサシタビン、ＤＭＤＣ、ＣＮＤＡＣ、ＥＣｙＤ、クロファラビン、又はデシタビンである、項目１～５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記併用投与が、前記ＰＡＲＰ阻害剤、前記ＴＫ阻害剤、及び／又はＤＮＡ合成阻害剤の前に、前記ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、項目１～６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記併用投与が、前記ＰＡＲＰ阻害剤、前記ＴＫ阻害剤、及び／又はＤＮＡ合成阻害剤と同時に、前記ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、項目１～６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコア、又は１より高いＴＡＭ Ｍ２／Ｍ１比を有する腫瘍を含む、項目１～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記がんが、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）若しくは肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）などの肺がん、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、又は高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がん、又は相同組換え欠損（ＨＲＤ）卵巣がんを含む、項目１～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記がんが、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がん、例えば、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含む、項目１～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記がんが、ＥＧＦＲ変異を含む肺がん、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異を含む非小細胞肺がんを含む、項目１～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍の亜集団を含む、項目１～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記がんが、治療経過にわたって０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを獲得した腫瘍を含む、項目１～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記対象が、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、前記対象が、ヒトである、項目１～１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化に欠陥を有する、項目１～１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記ＰＡＲＰ阻害剤が、１日当たり５０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与されるか、前記ＥＧＦＲ－ＴＫＩ阻害剤が、１日当たり５～５０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与されるか、又は前記ＤＮＡ合成阻害剤が、１週間当たり２，０００ｍｇ／ｍ２で投与される、項目１～１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、１週間当たり１０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与される、項目１～１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、２～３回投与される、項目１～１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
追加の療法を更に含む、項目１～１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記追加の療法が、放射線療法を含む、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記追加の療法が、化学療法を含む、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
前記化学療法が、パクリタキセル、白金系薬物、シスプラチン、オキサリプラチン、トポイソメラーゼの阻害剤、エトポシド、ＤＮＡインターカレーター、ドキソルビシン、ＤＮＡアルキル化剤、又はテモゾロミドを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記追加の療法が、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）標的化剤を含む、項目２０に記載の方法。
（項目２５）
前記ＤＤＲ標的化剤が、ＡＴＭｉ、ＡＴＲｉ、ＣＨＫ１／２ｉ、又はＷｅｅ１ｉを含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
がんを有する対象における腫瘍促進性マクロファージを抗腫瘍マクロファージに極性化させる方法であって、前記対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、方法。
（項目２７）
がんを有する対象における薬物耐性を防止又は逆転する方法であって、前記薬物耐性が、抗腫瘍マクロファージの腫瘍促進性マクロファージへの極性化の結果であり、前記対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、方法。
（項目２８）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、マクロファージにおけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化する、項目２６又は２７に記載の方法。
（項目２９）
前記腫瘍内ＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、腫瘍細胞の細胞質ｄｓＤＮＡ／ｃＧＡＭＰ又は腫瘍内送達ＳＴＩＮＧアゴニスト）が、腫瘍内樹状細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化しないか、又は前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達経路に欠陥を有する、項目２６～２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記腫瘍促進性マクロファージが、Ｍ２様である、項目２６～２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記抗腫瘍マクロファージが、Ｍ１様である、項目２６～３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記投与が、前記ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達を含む、項目２６～３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記投与が、経口、静脈内、又は腹腔内投与である、項目２６～３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、修飾ヌクレオチドＳＴＩＮＧアゴニストである、項目２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、ＤＭＸＡＡ、ＭＳＡ－２、ＳＲ－７１７、ＦＡＡ、ＣＭＡ、α－マンゴスチン、ＢＮＢＣ、ＤＳＤＰ、ｄｉＡＢＺＩ、二環式ベンズアミド、及びベンゾチオフェンから選択される、項目２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含む、項目２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記がんが、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、又は高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がん、又は相同組換え欠損（ＨＲＤ）卵巣がんを含む、項目２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記がんが、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がんを含む、項目２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記がんが、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含む、項目２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する肺がんを含む、項目２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する非小細胞肺がんを含む、項目２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記薬物耐性が、ＰＡＲＰ阻害に対する耐性又はＥＧＦＲ－ＴＫ阻害に対する耐性である、項目２７に記載の方法。
（項目４３）
前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍の亜集団を含む、項目２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記がんが、治療経過にわたって０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを獲得した腫瘍を含む、項目２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
前記対象が、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、前記対象が、ヒトである、項目２６～４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達経路に欠陥を有し、したがって、腫瘍内ＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、腫瘍細胞から放出されるｄｓＤＮＡ／ｃＧＡＭＰ又は腫瘍内送達ＳＴＩＮＧアゴニスト）が、腫瘍内樹状細胞及びマクロファージを活性化することができない、項目２６～４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、１週間当たり１０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与される、項目２６～４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、２～３回投与される、項目２６～４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
追加の療法を更に含む、項目２６～４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記追加の療法が、ＰＡＲＰ阻害剤を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記ＰＡＲＰ阻害剤が、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、ＣＥＰ９７２２、Ｅ７０１６、ＡＧ０１４６９９、ＭＫ４８２７、ＢＭＮ－６７３、イニパリブ、及び３－アミノベンズアミドからなる群から選択される、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記追加の療法が、ＴＫ阻害剤を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５３）
前記ＴＫ阻害剤が、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、オルムチニブ（ＨＭ６１７１３）、ナザルチニブ（ＥＧＦ８１６）、ナコチニブ（ＡＳＰ８２７３）、マベレルチニブ（ＰＦ－０６４７７７５）、アルモネルチニブ、ＴＹ－９５９１、ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びＡＣ００１０からなる群から選択されるＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤である、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記追加の療法が、放射線療法を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５５）
前記追加の療法が、化学療法を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５６）
前記化学療法が、パクリタキセル、白金系薬物、シスプラチン、オキサリプラチン、トポイソメラーゼの阻害剤、エトポシド、ＤＮＡインターカレーター、ドキソルビシン、ＤＮＡアルキル化剤、又はテモゾロミドを含む、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記追加の療法が、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）標的化剤を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５８）
前記ＤＤＲ標的化剤が、ＡＴＭｉ、ＡＴＲｉ、ＣＨＫ１／２ｉ、又はＷｅｅ１ｉを含む、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
ＳＴＩＮＧアゴニストによる治療について、がんを有する対象を選択する方法であって、前記対象由来の腫瘍についてのＭ２濃縮スコアを検出することと、前記スコアが０．２７よりも高い場合に前記対象を選択することと、を含む、方法。
（項目６０）
前記がんが、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、又は高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がん、又は相同組換え欠損卵巣がんを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記がんが、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がんを含む、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記がんが、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含む、項目６０に記載の方法。
（項目６３）
前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する肺がんを含む、項目６０に記載の方法。
（項目６４）
前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する非小細胞肺がんを含む、項目６０に記載の方法。
（項目６５）
前記対象が、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、前記対象が、ヒトである、項目５９～６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化に欠陥を有する、項目５９～６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを有する対象を治療する方法であって、前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含み、前記対象に全身投与することを含み、任意選択的に、前記投与が、約１０ｍｇ／ｋｇ体重のＳＴＩＮＧアゴニストの、約５０ｍｇ／ｋｇ体重のＰＡＲＰ阻害剤との併用投与である、方法。
（項目６８）
生殖細胞系ＥＧＦＲ変異を保有する非小細胞肺がんを有する対象を治療する方法であって、前記がんが０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含み、前記対象に、ＳＴＩＮＧアゴニストを、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤と併用投与することを含む、方法。

Claims (68)

  1. がんを有する対象におけるＰＡＲＰ阻害の有効性を改善する方法であって、前記対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを、有効量のＰＡＲＰ阻害剤、有効量のＴＫ阻害剤、及び／又は有効量のＤＮＡ合成阻害剤と併用投与することを含む、方法。
  2. 前記投与が、前記ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記投与が、経口、静脈内、又は腹腔内投与である、請求項１又は２に記載の方法。
  4. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、修飾ヌクレオチドＳＴＩＮＧアゴニストである、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、ＤＭＸＡＡ、ＭＳＡ－２、ＳＲ－７１７、ＦＡＡ、ＣＭＡ、α－マンゴスチン、ＢＮＢＣ、ＤＳＤＰ、ｄｉＡＢＺＩ、二環式ベンズアミド類、及びベンゾチオフェン類から選択される、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
  6. ｉ）前記ＰＡＲＰ阻害剤が、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、ＣＥＰ９７２２、Ｅ７０１６、ＡＧ０１４６９９、ＭＫ４８２７、ＢＭＮ－６７３、イニパリブ、及び３－アミノベンズアミドからなる群から選択される、
    ｉｉ）前記ＴＫＩ阻害剤が、ＥＧＦＲ－ＴＫＩ阻害剤であり、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、オルムチニブ（ＨＭ６１７１３）、ナザルチニブ（ＥＧＦ８１６）、ナコチニブ（ＡＳＰ８２７３）、マベレルチニブ（ＰＦ－０６４７７７５）、アルモネルチニブ、ＴＹ－９５９１、ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びＡＣ００１０からなる群から選択される、及び／又は
    ｉｉｉ）前記ＤＮＡ合成阻害剤が、ゲムシタビン、サパシタビン、シチジン類似体、シタラビン、テザシタビン、トロキサシタビン、ＤＭＤＣ、ＣＮＤＡＣ、ＥＣｙＤ、クロファラビン、又はデシタビンである、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記併用投与が、前記ＰＡＲＰ阻害剤、前記ＴＫ阻害剤、及び／又はＤＮＡ合成阻害剤の前に、前記ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記併用投与が、前記ＰＡＲＰ阻害剤、前記ＴＫ阻害剤、及び／又はＤＮＡ合成阻害剤と同時に、前記ＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコア、又は１より高いＴＡＭ Ｍ２／Ｍ１比を有する腫瘍を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記がんが、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）若しくは肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）などの肺がん、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、又は高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がん、又は相同組換え欠損（ＨＲＤ）卵巣がんを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記がんが、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がん、例えば、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記がんが、ＥＧＦＲ変異を含む肺がん、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異を含む非小細胞肺がんを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍の亜集団を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記がんが、治療経過にわたって０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを獲得した腫瘍を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記対象が、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、前記対象が、ヒトである、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化に欠陥を有する、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記ＰＡＲＰ阻害剤が、１日当たり５０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与されるか、前記ＥＧＦＲ－ＴＫＩ阻害剤が、１日当たり５～５０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与されるか、又は前記ＤＮＡ合成阻害剤が、１週間当たり２，０００ｍｇ／ｍ２で投与される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、１週間当たり１０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、２～３回投与される、請求項１～１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 追加の療法を更に含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記追加の療法が、放射線療法を含む、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記追加の療法が、化学療法を含む、請求項２０に記載の方法。
  23. 前記化学療法が、パクリタキセル、白金系薬物、シスプラチン、オキサリプラチン、トポイソメラーゼの阻害剤、エトポシド、ＤＮＡインターカレーター、ドキソルビシン、ＤＮＡアルキル化剤、又はテモゾロミドを含む、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記追加の療法が、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）標的化剤を含む、請求項２０に記載の方法。
  25. 前記ＤＤＲ標的化剤が、ＡＴＭｉ、ＡＴＲｉ、ＣＨＫ１／２ｉ、又はＷｅｅ１ｉを含む、請求項２４に記載の方法。
  26. がんを有する対象における腫瘍促進性マクロファージを抗腫瘍マクロファージに極性化させる方法であって、前記対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、方法。
  27. がんを有する対象における薬物耐性を防止又は逆転する方法であって、前記薬物耐性が、抗腫瘍マクロファージの腫瘍促進性マクロファージへの極性化の結果であり、前記対象に、有効量のＳＴＩＮＧアゴニストを投与することを含む、方法。
  28. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、マクロファージにおけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化する、請求項２６又は２７に記載の方法。
  29. 前記腫瘍内ＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、腫瘍細胞の細胞質ｄｓＤＮＡ／ｃＧＡＭＰ又は腫瘍内送達ＳＴＩＮＧアゴニスト）が、腫瘍内樹状細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達を活性化しないか、又は前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達経路に欠陥を有する、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記腫瘍促進性マクロファージが、Ｍ２様である、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記抗腫瘍マクロファージが、Ｍ１様である、請求項２６～３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記投与が、前記ＳＴＩＮＧアゴニストの全身送達を含む、請求項２６～３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記投与が、経口、静脈内、又は腹腔内投与である、請求項２６～３１のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、修飾ヌクレオチドＳＴＩＮＧアゴニストである、請求項２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、ＤＭＸＡＡ、ＭＳＡ－２、ＳＲ－７１７、ＦＡＡ、ＣＭＡ、α－マンゴスチン、ＢＮＢＣ、ＤＳＤＰ、ｄｉＡＢＺＩ、二環式ベンズアミド、及びベンゾチオフェンから選択される、請求項２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含む、請求項２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
  37. 前記がんが、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、又は高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がん、又は相同組換え欠損（ＨＲＤ）卵巣がんを含む、請求項２６～３３のいずれか一項に記載の方法。
  38. 前記がんが、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がんを含む、請求項２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
  39. 前記がんが、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含む、請求項２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
  40. 前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する肺がんを含む、請求項２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する非小細胞肺がんを含む、請求項２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
  42. 前記薬物耐性が、ＰＡＲＰ阻害に対する耐性又はＥＧＦＲ－ＴＫ阻害に対する耐性である、請求項２７に記載の方法。
  43. 前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍の亜集団を含む、請求項２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記がんが、治療経過にわたって０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを獲得した腫瘍を含む、請求項２６～３５のいずれか一項に記載の方法。
  45. 前記対象が、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、前記対象が、ヒトである、請求項２６～４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達経路に欠陥を有し、したがって、腫瘍内ＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、腫瘍細胞から放出されるｄｓＤＮＡ／ｃＧＡＭＰ又は腫瘍内送達ＳＴＩＮＧアゴニスト）が、腫瘍内樹状細胞及びマクロファージを活性化することができない、請求項２６～４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、１週間当たり１０ｍｇ／ｋｇ体重の投薬量で投与される、請求項２６～４６のいずれか一項に記載の方法。
  48. 前記ＳＴＩＮＧアゴニストが、２～３回投与される、請求項２６～４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 追加の療法を更に含む、請求項２６～４８のいずれか一項に記載の方法。
  50. 前記追加の療法が、ＰＡＲＰ阻害剤を含む、請求項４９に記載の方法。
  51. 前記ＰＡＲＰ阻害剤が、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、ＣＥＰ９７２２、Ｅ７０１６、ＡＧ０１４６９９、ＭＫ４８２７、ＢＭＮ－６７３、イニパリブ、及び３－アミノベンズアミドからなる群から選択される、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記追加の療法が、ＴＫ阻害剤を含む、請求項４９に記載の方法。
  53. 前記ＴＫ阻害剤が、アファチニブ、ダコミチニブ、オシメルチニブ、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、オルムチニブ（ＨＭ６１７１３）、ナザルチニブ（ＥＧＦ８１６）、ナコチニブ（ＡＳＰ８２７３）、マベレルチニブ（ＰＦ－０６４７７７５）、アルモネルチニブ、ＴＹ－９５９１、ゲフィチニブ、エルロチニブ、及びＡＣ００１０からなる群から選択されるＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤である、請求項５２に記載の方法。
  54. 前記追加の療法が、放射線療法を含む、請求項４９に記載の方法。
  55. 前記追加の療法が、化学療法を含む、請求項４９に記載の方法。
  56. 前記化学療法が、パクリタキセル、白金系薬物、シスプラチン、オキサリプラチン、トポイソメラーゼの阻害剤、エトポシド、ＤＮＡインターカレーター、ドキソルビシン、ＤＮＡアルキル化剤、又はテモゾロミドを含む、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記追加の療法が、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）標的化剤を含む、請求項４９に記載の方法。
  58. 前記ＤＤＲ標的化剤が、ＡＴＭｉ、ＡＴＲｉ、ＣＨＫ１／２ｉ、又はＷｅｅ１ｉを含む、請求項５７に記載の方法。
  59. ＳＴＩＮＧアゴニストによる治療について、がんを有する対象を選択する方法であって、前記対象由来の腫瘍についてのＭ２濃縮スコアを検出することと、前記スコアが０．２７よりも高い場合に前記対象を選択することと、を含む、方法。
  60. 前記がんが、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、肺扁平上皮がん（ＬＵＳＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞がん（ＨＣＣ）などの肝臓がん、結腸がん、前立腺がん、膵臓がん、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、多形性膠芽腫（ＧＢＭ）、乳房浸潤がん（ＢＲＣＡ）、肺腺がん（ＬＵＡＤ）、腎臓明細胞がん（ＫＩＲＣ）、子宮頸部扁平上皮がん及び子宮内頸部腺がん（ＣＥＳＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、胃腺がん（ＳＴＡＤ）、又は高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＯＣ）などの卵巣がん、相同組換え型（ＨＲＰ）卵巣がん、又は相同組換え欠損卵巣がんを含む、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記がんが、ＢＲＣＡ変異を保有する乳がんを含む、請求項６０に記載の方法。
  62. 前記がんが、生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを含む、請求項６０に記載の方法。
  63. 前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する肺がんを含む、請求項６０に記載の方法。
  64. 前記がんが、ＥＧＦＲ変異、例えば、ＥＧＦＲ活性化変異又はＴ７９０Ｍ変異を保有する非小細胞肺がんを含む、請求項６０に記載の方法。
  65. 前記対象が、がんのげっ歯類、霊長類、ヒト、又は動物モデルであり、任意選択的に、前記対象が、ヒトである、請求項５９～６４のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記対象が、腫瘍細胞におけるＳＴＩＮＧシグナル伝達の活性化に欠陥を有する、請求項５９～６４のいずれか一項に記載の方法。
  67. 生殖系列ＢＲＣＡ１／２変異を保有する進行乳がんを有する対象を治療する方法であって、前記がんが、０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含み、前記対象に全身投与することを含み、任意選択的に、前記投与が、約１０ｍｇ／ｋｇ体重のＳＴＩＮＧアゴニストの、約５０ｍｇ／ｋｇ体重のＰＡＲＰ阻害剤との併用投与である、方法。
  68. 生殖細胞系ＥＧＦＲ変異を保有する非小細胞肺がんを有する対象を治療する方法であって、前記がんが０．２７よりも高いＭ２濃縮スコアを有する腫瘍を含み、前記対象に、ＳＴＩＮＧアゴニストを、ＥＧＦＲ－ＴＫ阻害剤と併用投与することを含む、方法。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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US5328470A (en) 1989-03-31 1994-07-12 The Regents Of The University Of Michigan Treatment of diseases by site-specific instillation of cells or site-specific transformation of cells and kits therefor
DE69334095T2 (de) 1992-07-17 2007-04-12 Dana-Farber Cancer Institute, Boston Verfahren zur intrazellulären Bindung von zielgerichteten Molekülen
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WO2003014960A2 (en) 2001-08-03 2003-02-20 Medical Research Council Method of identifying a consensus sequence for intracellular antibodies
US7004940B2 (en) 2002-10-10 2006-02-28 Ethicon, Inc. Devices for performing thermal ablation having movable ultrasound transducers
US8629244B2 (en) 2006-08-18 2014-01-14 Ablynx N.V. Interleukin-6 receptor binding polypeptides
MX2019013755A (es) * 2017-05-18 2020-07-20 Tesaro Inc Terapias de combinación para el tratamiento del cáncer.

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