JP2024504603A

JP2024504603A - がんの診断および予後予測において使用するためのメチル化バイオマーカーの層解析

Info

Publication number: JP2024504603A
Application number: JP2023541925A
Authority: JP
Inventors: シャンエックス．ワン，; リティシュパトナイク，
Original assignee: Leland Stanford Junior University
Current assignee: Leland Stanford Junior University
Priority date: 2021-01-12
Filing date: 2022-01-11
Publication date: 2024-02-01
Also published as: WO2022155118A1; CN117062915A; EP4278006A1; US20240068040A1

Abstract

メチル化バイオマーカーの層解析（ＬＡＭＢ）と称される、メチル化無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）バイオマーカーを特定する方法が提供される。特に、ＬＡＭＢ方法論を使用して、患者からのデータを解析し、がんに関連するメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを発見することができる。ＬＡＭＢは、がん組織メチル化研究のメタ解析を使用して腫瘍抑制因子の候補物質を特定し、続いて、これらの腫瘍抑制因子における腫瘍特異的プロモーターであるＣｐＧについてスクリーニングし、がん性組織、腫瘍に隣接する非がん性組織、および健康な血液試料に関するマイクロアレイデータを解析するために使用された。肝臓、結腸直腸、前立腺、および肺のがんの診断のためのバイオマーカーパネルならびに治療に対する腫瘍応答を予測するためのバイオマーカーは、このＬＡＭＢ方法論に基づいて提供される。

Description

発明の背景
変異した無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、すなわち血液中を自由に循環する断片化ＤＮＡに関する低侵襲血液検査が、がんの検出、治療選択、および治療モニタリングのために調べられている（Forshew et al. Sci. Transl. Med. 4, 136ra68 (2012)；Dawson et al. N. Engl. J. Med. 368, 1199-1209 (2013)；Bettegowda et al, Sci. Transl. Med. 6, 224ra24 (2014)；Cohen et al., Science 359, 926-930 (2018)；Corcoran & Chabner N. Engl. J. Med. 379, 1754-1765 (2018)；McDonald et al. Sci. Transl. Med. 11, eaax7392 (2019)）。メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、その本質的な生物学的特性に部分的に起因して、これらの適用に有望であることも示されている（Sun et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 112, E5503-E5512 (2015)；Lamb & Dhillon Mol. Diagn. Ther. 21, 225-232 (2017）；Xu et al. Nat. Mater. 16, 1155-1161 (2017)；Liu et al. Ann. Oncol. 29, 1445-1453 (2018)；Liu et al. Ann. Oncol. 31, 745-759 (2020)；Luo et al. Sci. Transl. Med. 12, eaax7533 (2020)）。プロモーター領域のＣｐＧジヌクレオチドのメチル化による腫瘍抑制因子遺伝子のサイレンシングは、腫瘍発生において初期に重要な役割を果たす（Esteller Oncogene 21, 5427-5440 (2002)；Jones & Baylin Nat. Rev. Genet. 3, 415-428 (2002)）。メチル化ＤＮＡはまた、ヒストンに巻きつき、これは、血液中のヌクレアーゼによる分解からＤＮＡを保護している（Snyder et al. Cell 164, 57-68 (2016)；Mouliere et al. Sci. Transl. Med. 10, eaat4921 (2018)）。技術的アングルからは、標的マイクロアレイおよびシーケンシングプラットフォームの進歩により、ｃｆＤＮＡにおけるＣｐＧメチル化頻度の正確な定量が可能になった（Deng et al. Nat. Biotechnol. 27, 353-360 (2009)；Sandoval et al. Epigenetics 6, 692-702 (2011)）。

Forshew et al. Sci. Transl. Med. 4, 136ra68 (2012) Dawson et al. N. Engl. J. Med. 368, 1199-1209 (2013) Bettegowda et al, Sci. Transl. Med. 6, 224ra24 (2014) Cohen et al., Science 359, 926-930 (2018) Corcoran & Chabner N. Engl. J. Med.379, 1754-1765(2018) McDonald et al. Sci. Transl. Med. 11, eaax7392 (2019) Sun et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 112, E5503-E5512 (2015) Lamb & Dhillon Mol. Diagn. Ther. 21, 225-232 (2017） Xu et al. Nat. Mater. 16, 1155-1161 (2017) Liu et al. Ann. Oncol. 29, 1445-1453 (2018) Liu et al. Ann. Oncol. 31, 745-759 (2020) Luo et al. Sci. Transl. Med. 12, eaax7533 (2020) Esteller Oncogene 21, 5427-5440 (2002)；Jones & Baylin Nat. Rev. Genet. 3, 415-428 (2002) Snyder et al. Cell 164, 57-68 (2016) Mouliere et al. Sci. Transl. Med. 10, eaat4921 (2018) Deng et al. Nat. Biotechnol. 27, 353-360 (2009) Sandoval et al. Epigenetics 6, 692-702 (2011)

発明の要旨
メチル化バイオマーカーの層解析（ＬＡＭＢ）と称されるメチル化無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）バイオマーカーを特定する方法が提供される。特に、ＬＡＭＢ方法論を使用して、患者からのデータを解析し、がんに関連するメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを発見することができる。ＬＡＭＢは、がん組織メチル化研究のメタ解析を使用して腫瘍抑制因子の候補物質を特定し、続いて、これらの腫瘍抑制因子における腫瘍特異的プロモーターであるＣｐＧについてスクリーニングし、がん性組織、腫瘍に隣接する非がん性組織、および健康な血液試料に関するマイクロアレイデータを解析するために使用された。肝臓、結腸直腸、前立腺、および肺のがんの診断のためのバイオマーカーパネルならびに治療に対する腫瘍応答を予測するためのバイオマーカーが、このＬＡＭＢ方法論に基づいて提供される。ＬＡＭＢによって特定されたバイオマーカーは、単独であるいは１つまたは複数の追加のバイオマーカーまたはがんの予後予測、診断、治療選択、もしくはモニタリング処置における関連する臨床パラメーターと組み合わせて使用することができる。
一態様では、患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）を診断および処置する方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＨＣＣを有することを示す、ステップと、ｃ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＨＣＣに関する陽性診断を有する場合に、ＨＣＣに対して患者を処置するステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧは、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４から選択される。一部の実施形態では、方法は、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）でのメチル化レベルを測定するステップを含む。

１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＨＣＣに関する陽性診断を有する患者を処置する例示的な方法としては、限定されないが、ＨＣＣ腫瘍の外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法が挙げられる。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲は、ＨＣＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる。

別の態様では、肝細胞癌の診断用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡが提供される。

別の態様では、患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏでの方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＨＣＣを有することを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）をモニターする方法であって、ａ）第１の時点で患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で患者から第２の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料および第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＨＣＣが進行していることを示し、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、ＨＣＣが進行していないことを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、ＨＣＣは、原発性腫瘍、転移、または再発である。

ある特定の実施形態では、第１の時点は、ＨＣＣに対する患者の処置が開始される前であり、第２の時点は、処置の間または後である。一部の実施形態では、処置は、外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である。

ある特定の実施形態では、方法は、ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む。

ある特定の実施形態では、方法は、ＨＣＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、異なる処置に変更するステップ、またはＨＣＣが進行している場合に患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む。

別の態様では、患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）の再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＨＣＣの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＨＣＣが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＨＣＣの再発について陽性診断を有する場合に、ＨＣＣの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）を診断および処置する方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択された１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＣＲＣを有することを示す、ステップと、ｃ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＣＲＣに関する陽性診断を有する場合に、ＣＲＣに対して患者を処置するステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧは、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される。一部の実施形態では、方法は、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９でのメチル化レベルを測定するステップを含む。

１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＣＲＣに関する陽性診断を有する患者を処置する例示的な方法としては、限定されないが、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法が挙げられる。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲は、ＣＲＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる。

別の態様では、結腸直腸腺癌の診断用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡが提供される。

別の態様では、患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏでの方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＣＲＣを有することを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）をモニターする方法であって、ａ）第１の時点で患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で患者から第２の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料および第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＣＲＣが進行していることを示し、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、ＣＲＣが進行していないことを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、ＣＲＣは、原発性腫瘍、転移、または再発である。

ある特定の実施形態では、第１の時点は、ＣＲＣに対する患者の処置が開始される前であり、第２の時点は、処置の間または後である。一部の実施形態では、処置は、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である。

ある特定の実施形態では、方法は、ＣＲＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＣＲＣに対する異なる処置に変更するステップ、またはＣＲＣが進行している場合に患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む。

別の態様では、患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）の再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＣＲＣの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＣＲＣが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＣＲＣの再発について陽性診断を有する場合に、ＣＲＣの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）を診断および処置する方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＰＲＡＤを有することを示す、ステップと、ｃ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＰＲＡＤに関する陽性診断を有する場合に、ＰＲＡＤに対して患者を処置するステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧは、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４から選択される。一部の実施形態では、方法は、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）でのメチル化レベルを測定するステップを含む。

１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＰＲＡＤに関する陽性診断を有する患者を処置する例示的な方法としては、限定されないが、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法が挙げられる。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲は、ＰＲＡＤを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる。

別の態様では、前立腺腺癌の診断用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡが提供される。

別の態様では、患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏでの方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＰＲＡＤを有することを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）をモニターする方法であって、ａ）第１の時点で患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で患者から第２の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料および第２の血液試料に由来する循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＰＲＡＤが進行していることを示し、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、ＰＲＡＤが進行していないことを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、ＰＲＡＤは、原発性腫瘍、転移、または再発である。

ある特定の実施形態では、第１の時点は、ＰＲＡＤに対する患者の処置が開始される前であり、第２の時点は、処置の間または後である。一部の実施形態では、処置は、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である。

ある特定の実施形態では、方法は、ＰＲＡＤに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＰＲＡＤに対する異なる処置に変更するステップ、またはＰＲＡＤが進行している場合に患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む。

別の態様では、患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）の再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＰＲＡＤの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＰＲＡＤが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＰＲＡＤの再発について陽性診断を有する場合に、ＰＲＡＤの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）を診断および処置する方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＬＵＡＤを有することを示す、ステップと、ｃ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＡＤに関する陽性診断を有する場合に、ＬＵＡＤに対して患者を処置するステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧは、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される。一部の実施形態では、方法は、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５でのメチル化レベルを測定するステップを含む。

１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＡＤに関する陽性診断を有する患者を処置する例示的な方法としては、限定されないが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法が挙げられる。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲は、ＬＵＡＤを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる。

別の態様では、肺腺癌の診断用バイオマーカーとして使用するためのｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡが提供される。

別の態様では、患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏでの方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＬＵＡＤを有することを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）をモニターする方法であって、ａ）第１の時点で患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で患者から第２の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料および第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＬＵＡＤが進行していることを示し、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、ＬＵＡＤが進行していないことを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、ＬＵＡＤは、原発性腫瘍、転移、または再発である。

ある特定の実施形態では、第１の時点は、ＬＵＡＤに対する患者の処置が開始される前であり、第２の時点は、処置の間または後である。一部の実施形態では、処置は、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である。

ある特定の実施形態では、方法は、ＬＵＡＤに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＬＵＡＤに対する異なる処置に変更するステップ、またはＬＵＡＤが進行している場合に患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む。

別の態様では、患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）の再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＬＵＡＤの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中に、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＬＵＡＤが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＡＤの再発について陽性診断を有する場合に、ＬＵＡＤの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）を診断および処置する方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＬＵＳＣを有することを示す、ステップと、ｃ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＳＣに関する陽性診断を有する場合に、ＬＵＳＣに対して患者を処置するステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、ＣｐＧは、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される。一部の実施形態では、方法は、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５でのメチル化レベルを測定するステップを含む。

１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＳＣに関する陽性診断を有する患者を処置する例示的な方法としては、限定されないが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法が挙げられる。

ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲は、ＬＵＳＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる。

別の態様では、肺扁平上皮癌の診断用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡが提供される。

別の態様では、患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏでの方法であって、ａ）患者から血液試料を得るステップと、ｂ）血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、患者がＬＵＳＣを有することを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

別の態様では、患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）をモニターする方法であって、ａ）第１の時点で患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で患者から第２の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料および第２の血液試料に由来する循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＬＵＳＣが進行していることを示し、第１の血液試料に由来するｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、ＬＵＳＣが進行していないことを示す、ステップとを含む、方法が提供される。

ある特定の実施形態では、ＬＵＳＣは、原発性腫瘍、転移、または再発である。

ある特定の実施形態では、第１の時点は、ＬＵＳＣに対する患者の処置が開始される前であり、第２の時点は、処置の間または後である。一部の実施形態では、処置は、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である。

ある特定の実施形態では、方法は、ＬＵＳＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＬＵＳＣに対する異なる処置に変更するステップ、またはＬＵＳＣが進行している場合に患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む。

別の態様では、患者におけるＬＵＳＣの再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＬＵＳＣの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中に、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＬＵＳＣが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＳＣの再発について陽性診断を有する場合に、ＬＵＳＣの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。
主題の方法の実践において、ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するための任意の好適な方法が使用されてもよく、これらには、限定されないが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素解析、メチル化特異的パイロシーケンシング、制限酵素ベースのシーケンシング、制限酵素ベースのマイクロアレイ解析、ＴＥＴ支援ピリジンボランシーケンシング（ＴＡＰＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降ベースのシーケンシング、メチル化ＤＮＡ免疫沈降ベースのマイクロアレイ解析、バイサルファイトシーケンシング、バイサルファイトマイクロアレイ解析、またはメチル化特異的巨大磁気抵抗センサーベースのマイクロアレイ解析が含まれる。

メチル化バイオマーカーの層解析（ＬＡＭＢ）のワークフローおよび検証。（図１Ａ）ＬＡＭＢを使用してメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを発見するための、メタ解析およびマイクロアレイデータを使用するためのワークフローおよびスクリーニング基準。（図１Ａ～１Ｂ）肝細胞癌（ＨＣＣ）（図１Ａ、右）、結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）（図１Ｂ、左）、および前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）の腫瘍（図１Ｂ、右）に関するＬＡＭＢバイオマーカーのスクリーニングプロセスおよび独立したｃｆＤＮＡの検証データセット。同上。同上。同上。

ｃｆＤＮＡ検証データセットにおけるＬＡＭＢ－ＨＣＣ診断性能。（図２Ａ）ＬＡＭＢ－ＨＣＣのＣｐＧならびにＬＡＭＢの層１、２、および３によって除去されたＣｐＧのメチル化頻度の曲線下面積（ＡＵＣ）値の箱ひげプロット。（図２Ｂ）遺伝子によって教師なし階層的クラスタリングした遺伝子メチル化頻度（β_遺伝子）のヒートマップ。行は患者を示し、列は遺伝子を表す。β_遺伝子は、患者にわたって正規化されている。（図２Ｃ）ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、メタ解析、およびマイクロアレイのパネルについての受信者操作特性曲線ならびに対応するパネルのサイズおよびＡＵＣ。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１；＊＊Ｐ＜０．０１。同上。同上。

ｃｆＤＮＡ検証データセットにおけるＬＡＭＢ－ＣＲＣ診断性能。全腫瘍、非転移性腫瘍、および早期ステージの腫瘍を有するＬＡＭＢ－ＣＲＣパネルの受信者操作特性曲線ならびに対応するＣＲＣ患者数およびＡＵＣ。曲線は、対照として４６名の健康な患者を有する。

ｃｆＤＮＡ検証データセットにおけるＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ治療モニタリング。（図４Ａおよび４Ｂ）ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ、メタ解析、およびマイクロアレイパネルに関する、ベースラインである処置前来院スコアからの初回処置時来院スコアの差異変化パーセントの箱ひげプロット（図４Ａ）ならびにパネルのサイズおよびＡＵＣに関する対応するＲＯＣ曲線（図４Ｂ）。（図４Ｃ、４Ｄ、および４Ｅ）腫瘍進行（図４Ｃ）、獲得された治療抵抗性（図４Ｄ）、および遅延応答（図４Ｅ）を有する患者のベースラインからのＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアの差異変化パーセントのプロット。薄い灰色の網掛けは、ＰＳＡの変化ごとの腫瘍進行期間を表し、濃い灰色の網掛けは、ＰＳＡの変化ごとの腫瘍応答期間を表す。＊＊＊Ｐ＜０．００１；＊＊Ｐ＜０．０１。同上。同上。同上。

他のがん種の組織におけるＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのメチル化。（図５Ａ、５Ｂおよび５Ｃ）がん種のＬＡＭＢ－ＨＣＣ（図５Ａ）、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ（図５Ｂ）およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ（図５Ｃ）パネルのメチル化頻度に関するバープロット。エラーバーは標準偏差を示し、エラーバーの上の値は腫瘍数を表す。赤色の破線は、閾値を示し、これを超えると腫瘍は過剰にメチル化されている（β_パネル＞０．２）。略記によるがん種の名称は、補足の方法において見出すことができる。

ＬＡＭＢ－ＨＣＣメタ解析に関する組織研究スクリーニングのフロー図。ＰｕｂＭｅｄおよびＥｍｂａｓｅにおいて「（（（（肝細胞癌）ＯＲＨＣＣ）ＯＲ肝細胞腫）ＯＲ肝細胞癌）ＡＮＤメチル化」で検索して見出されたＨＣＣの抄録および文献を以下の基準を使用してスクリーニングした。含まれた文献についてのＰｕｂＭｅｄの識別子は図９のものである。ＭＳＰ：メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応；ＱＭＳＰ：定量的ＭＳＰ。

ＬＡＭＢ－ＣＲＣメタ解析に関する組織研究スクリーニングのフロー図。ＰｕｂＭｅｄおよびＥｍｂａｓｅにおいて「（（（（（（（（結腸直腸腺癌）ＯＲＣＲＣ）ＯＲ結腸腺癌）ＯＲ直腸腺癌）ＯＲ結腸直腸癌）ＯＲ結腸癌）ＯＲ直腸癌）ＯＲ結腸直腸がん）ＡＮＤメチル化」で検索して見出されたＣＲＣの抄録および文献を以下の基準を使用してスクリーニングした。含まれた文献についてのＰｕｂＭｅｄの識別子は図１０のものである。ＭＳＰ：メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応；ＱＭＳＰ：定量的ＭＳＰ

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤメタ解析に関する組織研究スクリーニングのフロー図。ＰｕｂＭｅｄおよびＥｍｂａｓｅにおいて「（（（（前立腺腺癌）ＯＲ前立腺がん）ＯＲ前立腺癌）ＯＲＰＲＡＤ）ＡＮＤメチル化」で検索して見出されたＰＲＡＤの抄録および文献を以下の基準を使用してスクリーニングした。含まれた文献についてのＰｕｂＭｅｄの識別子は図１１のものである。ＰＲＡＤ：前立腺腺癌；ＭＳＰ：メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応；ＱＭＳＰ：定量的ＭＳＰ。

ＬＡＭＢ－ＨＣＣメタ解析によって特定された遺伝子についてのフォレストプロット。フォレストプロットは、各論文についての診断オッズ比（ＤＯＲ）、著者、およびＰｕｂＭｅｄＩＤを示す。Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ推定量を使用して、調整ＤＯＲを求めた。同上。同上。同上。同上。同上。

ＬＡＭＢ－ＣＲＣメタ解析によって特定した遺伝子についてのフォレストプロット。フォレストプロットは、各論文についての診断オッズ比（ＤＯＲ）、著者、およびＰｕｂＭｅｄＩＤを示す。Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ推定量を使用して、調整ＤＯＲを求めた。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。同上。

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤメタ解析によって特定した遺伝子についてのフォレストプロット。フォレストプロットは、各論文についての診断オッズ比（ＤＯＲ）、著者、およびＰｕｂＭｅｄＩＤを示す。Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ推定量を使用して、調整ＤＯＲを求めた。同上。同上。

ステージごとのＨＣＣ腫瘍に関するβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアの箱ひげプロット。３４７の肝細胞癌（ＨＣＣ）腫瘍および５０の隣接する非がん性組織（ＡＮＴ）からの４５０ＫのデータをＴＣＧＡからダウンロードし、腫瘍をステージごとに分けた。β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアは全組織について計算した。両側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、組織群間でＬＡＭＢパネルのスコアを比較した（＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１）。

ステージごとのＣＲＣ腫瘍に関するβ_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}スコアの箱ひげプロット。３８９の結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）腫瘍および４５の隣接する非がん性組織（ＡＮＴ）からの４５０ＫのデータをＴＣＧＡからダウンロードし、腫瘍をグリソンスコアによって分けた。β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}スコアは全組織について計算した。両側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、組織群間でＬＡＭＢパネルのスコアを比較した（＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１）。

ステージごとのＰＲＡＤ腫瘍に関するβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアの箱ひげプロット。５０２の前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）腫瘍および５０の隣接する非がん性組織（ＡＮＴ）からの４５０ＫのデータをＴＣＧＡからダウンロードし、腫瘍をグリソンスコアによって分けた。β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアは全組織について計算した。両側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、組織群間でＬＡＭＢパネルのスコアを比較した（＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１）。

ＨＣＣｃｆＤＮＡデータにおけるβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}、β_{ＨＣＣ－メタ解析}、およびβ_{ＨＣＣマイクロアレイ}スコアの箱ひげプロット。メタ解析パネルは、ＬＡＭＢの層１によって特定された２２個の遺伝子における３６４個のプロモーターＣｐＧから構成される一方、マイクロアレイバイオマーカーパネルは、４５０ＫのマイクロアレイのプロモーターＣｐＧのすべてに対して、ＬＡＭＢの層２および３を適用することによって見出された２６７個の遺伝子における４８６個のプロモーターＣｐＧから構成される。ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＨＣＣメタ解析、およびＨＣＣマイクロアレイのパネルについてのβ_パネルスコアが見出された。片側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、ＨＣＣ＋硬変と硬変の患者間のβ_パネルスコアの差を評価した（＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１；＊＊＊Ｐ＜０．００１；＊＊Ｐ＜０．０１）。

ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＨＣＣメタ解析、およびＨＣＣマイクロアレイのパネルにおけるＣｐＧのＡＵＣについての箱ひげプロット。メタ解析パネルは、ＬＡＭＢの層１によって特定された２２個の遺伝子における３６４個のプロモーターＣｐＧから構成される一方、マイクロアレイバイオマーカーパネルは、４５０ＫのマイクロアレイのプロモーターＣｐＧのすべてに対して、ＬＡＭＢの層２および３を適用することによって見出された２６７個の遺伝子における４８６個のプロモーターＣｐＧから構成される。ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＨＣＣメタ解析、およびＨＣＣマイクロアレイのパネルのＣｐＧに関するＡＵＣ値が見出された。片側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、これらのパネルのＣｐＧＡＵＣを比較した（＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１；＊＊Ｐ＜０．０１）。

ＡＦＰ＜２０ｎｇ／ｍＬの患者に関するＨＣＣｃｆＤＮＡデータのβ_ＬＡＭ _{Ｂ－ＨＣＣ}スコアのＲＯＣ曲線およびドットプロット。β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアは、２０ｎｇ／ｍＬ未満のＡＦＰ血清値を有する９名のＨＣＣ患者および１９名の硬変患者について計算した。片側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定および対応するＡＵＣを有するＲＯＣ曲線を使用して、これらのβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアを評価した（＊＊Ｐ＜０．０１）。

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのならびにＬＡＭＢの層１、２、および３によってフィルタリングで取り除かれたＣｐＧのＡＵＣの箱ひげプロット。片側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、ＣｐＧのメチル化頻度のＡＵＣにおける差を評価した（＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１；＊＊＊Ｐ＜０．００１）。

ベースラインである処置前来院からの初回処置時来院の遺伝子メチル化頻度（β_遺伝子）の差異パーセントのヒートマップ。行は患者を示し、列は遺伝子を表す。患者にわたりＬＡＭＢーＰＲＡＤ遺伝子による教師なし階層的クラスタリングで正規化したβ_遺伝子。

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ、ＰＲＡＤメタ解析、およびＰＲＡＤマイクロアレイのパネルにおけるＣｐＧのＡＵＣについての箱ひげプロット。メタ解析パネルは、ＬＡＭＢの層１によって特定された９個の遺伝子における１３１個のプロモーターＣｐＧから構成される一方、マイクロアレイバイオマーカーパネルは、４５０ＫのマイクロアレイのプロモーターＣｐＧのすべてに対して、ＬＡＭＢの層２および３を適用することによって見出された６２４個の遺伝子における１１７８個のプロモーターＣｐＧから構成される。ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ、ＰＲＡＤメタ解析、およびＰＲＡＤマイクロアレイのパネルのＣｐＧに関するＡＵＣ値が見出された。片側Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、これらのパネルのＣｐＧＡＵＣを比較した（＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１；＊＊Ｐ＜０．０１）。

２０名のさらなる患者についてのベースラインの来院からのβ_{ＬＡＭＢーＰ} _ＲＡＤスコアの差異パーセントの時間経過プロット。青色は治療に対する腫瘍応答を示し、赤色は腫瘍進行を示す。３０％を超えるＰＳＡの減少は、処置前のベースライン来院から初回処置時来院までの応答を示した。初回処置時来院以降の処置時来院では、ＰＳＡ値が過去の来院未満であるか、患者の最下点のＰＳＡ未満であるか、または臨床ＰＳＡカットオフが４ｎｇ／ｍＬ未満であった来院は、腫瘍が応答している時点と考えられ、ＰＳＡ値が過去の来院より高い、患者のピークＰＳＡより高い、かつ臨床的カットオフより高かった来院は、腫瘍が抵抗性であった時点と考えられた。同上。同上。同上。

他のがん種の組織におけるＬＡＭＢパネルの遺伝子メチル化。（図２２Ａ、２２Ｂおよび２２Ｃ）遺伝子によって教師なし階層的クラスタリングしたＬＡＭＢ－ＨＣＣ（図２２Ａ）、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ（図２２Ｂ）およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ（図２２Ｃ）遺伝子について、３０種のがん種からの原発腫瘍における平均遺伝子メチル化頻度（β_{遺伝子、平均}）のヒートマップ。行はがん種を示し、列は遺伝子を示す。β_{遺伝子、平均}は、がん種にわたって正規化され、がん種は、それらのパネルスコアの低い順に並べられている。同上。同上。

ＬＡＭＢパネルスコアによるＨＣＣ、ＣＲＣ、およびＰＲＡＤの腫瘍型分類に関するヒートマップ。腫瘍型の予測を腫瘍の最大ＬＡＭＢパネルスコアによって分類した。

発明の詳細な説明
がんを診断および処置するための組成物、方法、およびキットが提供される。特に、がんに関連するメチル化無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）バイオマーカーを特定する方法が提供される。特定されたバイオマーカーは、単独であるいは１つまたは複数の追加のバイオマーカーまたはがんの予後予測、診断、治療選択、もしくはモニタリング処置における関連する臨床パラメーターと組み合わせて使用することができる。

本発明の組成物、方法、およびキットについて説明する前に、本発明が説明される特定の方法または組成物に限定されず、当然のことながら変更され得ることが理解されるべきである。本発明の範囲は添付の特許請求の範囲のみによって限定されるため、本明細書で使用される用語は、単に特定の実施形態を説明するためのものに過ぎず、限定的であることを意図しないことも理解されるべきである。

値の範囲が与えられている場合、文脈上明らかにそうでない場合を除き、その範囲の上限と下限の間に、下限の単位の１０分の１までの各介在値も具体的に開示されていると理解される。記載された範囲内の任意の記載値または介在値と、その記載範囲内の任意の他の記載値または介在値との間の各より小さい範囲は、本発明に包含される。これらのより小さい範囲の上限および下限は、独立して範囲に含まれることも除外されることもあり、より小さい範囲にどちらか一方が含まれる、どちらも含まれない、または両方の限界が含まれる各範囲も、記載された範囲のいずれかの具体的に除外された限界を条件として、本発明に包含される。記載された範囲が限界の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界の一方または両方を除いた範囲も本発明に含まれる。

別段に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野における当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されたものと類似するかまたは同等の任意の方法および材料は、本発明の実践または検査において使用され得るが、いくつかの可能性のある好ましい方法および材料がここで記載される。本明細書において言及されるすべての刊行物は、その刊行物が引用されることに関連する方法および／または材料を開示および記載するために、参照により本明細書に組み込まれる。本開示は、矛盾がある限り、組み込まれた刊行物のすべての開示に優先することが理解される。

本開示を読めば当業者には明らかなように、本明細書において記載および例示された個々の実施形態の各々は、本発明の範囲または精神から逸脱することなく、他のいくつかの実施形態のいずれかの特色から容易に分離またはそれと組み合わせることができる個別の構成要素および特色を有する。任意の記載された方法は、記載された事象の順序または論理的に可能な任意の他の順序で実施することができる。

本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が明確にその他を指示しない限り、複数の参照を含むことに留意されたい。よって、例えば、「バイオマーカー」への言及は、複数のこのようなバイオマーカーを含み、「ポリペプチド」への言及は、１つまたは複数のポリペプチドおよびその均等物、例えば、当業者に公知のペプチドまたはタンパク質などへの言及を含む。

本明細書で議論される刊行物は、本出願の出願日前のそれらの開示のためにのみ提供される。本明細書のいかなる内容も、本発明が先行発明によりこのような刊行物に先行する権利がないことの自認として解釈されるべきではない。さらに、与えられた公開日は実際の公開日と異なる場合があり、実際の公開日は独立して確認される必要がある場合がある。

定義
「試料」という用語は、本明細書で使用される場合、必ずしもそうではないが、典型的には、１つまたは複数の目的の解析物を含有する液体形態の材料または材料の混合物に関する。

本明細書で使用される場合、「循環無細胞ＤＮＡ」という用語は、患者の末梢血において循環しているＤＮＡを指す。無細胞ＤＮＡのＤＮＡ分子は、１ｋｂ未満の（例えば、５０ｂｐ～５００ｂｐ、８０ｂｐ～４００ｂｐ、または１００～１，０００ｂｐの範囲の）メジアン径を有してもよいが、この範囲を外れるメジアン径を有する断片が存在してもよい。無細胞ＤＮＡは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、すなわち、がん患者の血液中を自由に循環する腫瘍ＤＮＡまたは循環胎児ＤＮＡ（対象が妊娠雌性である場合）を含有してもよい。ｃｆＤＮＡは、高度に断片化される可能性があり、一部の場合には、約１６５～２５０ｂｐの平均断片径を有する可能性がある（Newman et al Nat Med. 2014 20: 548-54）。ｃｆＤＮＡは、全血を遠心分離して全細胞を除去し、次いで、残っている血漿または血清からＤＮＡを単離することによって得ることができる。このような方法は周知である（例えば、Lo et al, Am J Hum Genet 1998; 62:768-75を参照されたい）。循環無細胞ＤＮＡは、二本鎖であるが、変性によって一本鎖になされ得る。

「バイオマーカー」という用語は、本明細書で使用される場合、健康対照対象（すなわち、がんを有さない対象）からの生体試料と比較したがんを有する患者からの生体試料（例えば、血液または組織試料）などの別の試料と比較したある試料において、異なる濃度、レベルまたは頻度で差次的に発現されるかまたは存在するｃｆＤＮＡ、タンパク質、ｍＲＮＡ、代謝産物、または代謝副産物などの化合物を指す。バイオマーカーとしては、以下に限定されないが、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１０に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）を含む肝細胞癌（ＨＣＣ）バイオマーカー；ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１１に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）を含む結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）バイオマーカー；ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１２に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）を含む前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）バイオマーカー；ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１３に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）を含む肺腺癌（ＬＵＡＤ）バイオマーカー；ならびにＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１４に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）を含む肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）バイオマーカーが挙げられる。

一部の実施形態では、バイオマーカーの濃度、頻度、またはレベルは、患者への処置の投与前後に決定される。処置は、例えば、限定されないが、患者ががんを有すると診断された場合、腫瘍の外科的切除術、放射線療法、ホルモン療法、または抗がん剤（例えば、化学療法剤、免疫療法剤、または生物剤）の投与を含んでよい。バイオマーカーの濃度、頻度、もしくはレベルの変化の度合い、またはその欠如は、処置が所望の効果（例えば、抗腫瘍活性）を有するかどうかの指標として解釈される。言い換えれば、バイオマーカーの濃度またはレベルは、個体への処置の投与前後に決定され、レベルの変化の度合い、またはその欠如は、個体が処置に対して「応答性」であるかどうかの指標として解釈される。

バイオマーカーの「参照レベル」または「参照値」は、特定の疾患状態、表現型、または特定の疾患状態もしくは表現型を発症しやすい体質、あるいはその欠如、および疾患状態、表現型、または特定の疾患状態もしくは表現型を発症しやすい体質、あるいはその欠如の組合せを示すバイオマーカーのレベルを意味する。バイオマーカーの「陽性」参照レベルは、特定の疾患状態または表現型を示すレベルを意味する。バイオマーカーの「陰性」参照レベルは、特定の疾患状態または表現型の欠如を示すレベルを意味する。バイオマーカーの「参照レベル」は、バイオマーカーの絶対的もしくは相対的な量もしくは濃度、バイオマーカーの存在もしくは非存在、バイオマーカーの量もしくは濃度の範囲、バイオマーカーの最小および／もしくは最大の量もしくは濃度、バイオマーカーの平均の量もしくは濃度、ならびに／またはバイオマーカーのメジアン量もしくは濃度、であってよく、さらに、バイオマーカーの組合せの「参照レベル」は、２個またはそれより多いバイオマーカーの互いに対する絶対的なまたは相対的な量または濃度の比であってもよい。特定の疾患状態、表現型、またはその欠如に関するバイオマーカーの適切な陽性および陰性の参照レベルは、１または複数の適切な対象における所望のバイオマーカーのレベルを測定することによって決定されてよく、このような参照レベルは、対象の特定の集団に対して適応されてよい（例えば、ある特定の年齢または性別の対象からの試料中のバイオマーカーレベルと、ある特定の年齢または性別の群における特定の疾患状態、表現型、またはその欠如に関する参照レベルとの間の比較がなされ得るように、参照レベルは年齢をマッチさせても性別をマッチさせてもよい）。このような参照レベルは、試料のバイオマーカーのレベルを測定するために使用される特定の技法（例えば、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素解析、メチル化特異的パイロシーケンシング、またはバイサルファイトゲノムシーケンシング）に対して適応されてもよく、バイオマーカーのレベルは、使用される特定の技法に基づいて異なってもよい。

「類似値」は、比較される２つのものの間の類似性の度合いを表す数である。例えば、類似値は、特定の表現型関連バイオマーカーを使用する患者のバイオマーカープロファイルと、１つまたは複数の対照試料または参照プロファイルにおけるバイオマーカーの基準値範囲との間の全体的類似性を示す数であってもよい（例えば、「ＨＣＣ」バイオマーカー発現プロファイル、「ＣＲＣ」バイオマーカー発現プロファイル、「ＰＲＡＤ」バイオマーカー発現プロファイル、「ＬＵＡＤ」バイオマーカー発現プロファイル、または「ＬＵＳＣ」バイオマーカー発現プロファイルに対する類似性）。類似値は、相関係数などの類似性メトリックとして表されてもよく、あるいは単に、ｃｆＤＮＡメチル化の頻度もしくはレベルの差異、または対照ｃｆＤＮＡ試料もしくは参照ｃｆＤＮＡメチル化プロファイルと比較した患者試料中のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーの遺伝子メチル化頻度の幾何平均スコアとして表されてもよい。

「量（ｑｕａｎｔｉｔｙ）」、「量（ａｍｏｕｎｔ）」、および「レベル（ｌｅｖｅｌ）」という用語は、本明細書において交換可能に使用され、試料中の分子もしくは解析物の絶対量、または試料中の分子もしくは解析物の相対量、すなわち、本明細書において教示される参照値に対して、もしくはバイオマーカーの値の範囲に対してなど、別の値に対して相対的な量を指してもよい。これらの値または範囲は、単一の患者または患者の群から得ることができる。

個体に関する「ｃｆＤＮＡ試料」という用語は、個体から得られるｃｆＤＮＡを含む血液または血漿試料などの試料を包含する。ｃｆＤＮＡ試料は、静脈穿刺によるなどの任意の好適な方法によって得ることができる。定義には、試薬による処理、洗浄、遠心分離、または特定の種類の分子（例えば、メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカー）に対する濃縮などによって、調達後に何らか方法で操作された試料も含まれる。

試料を得るステップおよびアッセイするステップ。本明細書において、「アッセイするステップ」という用語は、試料に関連するデータを生成するために試料を操作する物理的ステップを含むために使用される。当業者によって容易に理解されるように、試料は、試料をアッセイする前に「得られ」なければならない。よって、「アッセイするステップ」という用語は、試料が得られたことを意味する。「得られた」または「得るステップ」という用語は、本明細書で使用される場合、抽出または単離された試料を受け取る行為を包含する。例えば、検査施設は、試料をアッセイするステップの前に、試料を郵便で（または配達などにより）「得る」ことができる。一部のこのような場合には、試料は、郵送（すなわち、配達、移送など）の前に、別の団体によって個体から「抽出」または「分離」され、次いで、試料の到着時に検査施設に「得られた」。よって、検査施設は、試料を得て、次いで試料をアッセイし、それによって試料に関連するデータを生成することができる。

「得られた」または「得るステップ」という用語はまた、本明細書で使用される場合、対象からの試料の物理的抽出または単離を含む可能性がある。したがって、試料は、その後に試料をアッセイするのと同じ人物または同じ実体によって対象から単離され（よって、「得られ」）得る。試料が、第１の団体または実体から「抽出」または「分離」され、次いで、第２の団体に移送（例えば、配達、郵送など）される場合、試料は、第１の団体によって「得られ」（また、第１の団体によって「単離され」）、次いでその後、第２の団体によって「得られた」（ただし、「単離された」訳ではない）。したがって、一部の実施形態では、得るステップは、試料を単離するステップを含まない。

一部の実施形態では、得るステップは、試料（例えば、処置前の試料、処置後の試料など）を単離するステップを含む。様々な試料（例えば、血液試料、血清試料、血漿試料、生検試料、吸引液など）を単離するための方法およびプロトコールは、当業者に公知であり、試料を単離するために、任意の簡便な方法が使用されてよい。

一部の場合には、試料をアッセイするステップの前に、複数の試料（例えば、処置前の試料および処置後の試料）が得られるまで待つことが好都合であることが当業者に理解されるであろう。したがって、一部の場合には、すべての適切な試料が得られるまで、単離された試料（例えば、処置前の試料、処置後の試料など）が保存される。当業者であれば、様々な異なる種類の試料を適切に保存する方法を理解するであろうし、特定の試料にとって適切である任意の簡便な保存方法（例えば、冷蔵）が使用されてよい。一部の実施形態では、処置前の試料は、処置後の試料を得るステップの前にアッセイされる。一部の場合には、処置前の試料および処置後の試料は並行してアッセイされる。一部の場合には、複数の異なる処置後の試料および／または処置前の試料は並行してアッセイされる。一部の場合には、試料は、得られた直後または得られた後可能な限り迅速に処理される。

「決定するステップ」、「測定するステップ」、「評価するステップ」、「査定するステップ」、「アッセイするステップ」、および「解析するステップ」という用語は、あらゆる形態の測定を指すために本明細書において互換的に使用され、要素が存在するか否かを決定するステップを含む。これらの用語には、定量的および／または定性的な決定の両方が含まれる。アッセイするステップは、相対的であっても絶対的であってもよい。例えば、「アッセイするステップ」は、メチル化レベルが特定の閾値未満であるか、または「よりも多いまたはそれと同等」であるかを決定することである（閾値は、予め決定され得るか、または対照試料をアッセイすることによって決定され得る）。一方、「アッセイしてメチル化レベルを決定するステップ」は、ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを表す定量値（任意の簡便なメトリックを使用する）を決定することを意味し得る。メチル化レベルは、特定のアッセイに関連する任意の単位（例えば、蛍光単位、例えば、平均蛍光強度（ＭＦＩ））で表すことができ、または定義された単位（例えば、ｃｆＤＮＡ遺伝子におけるメチル化ＣｐＧ部位の数、ｃｆＤＮＡにおけるＣｐＧ部位でのメチル化頻度など）を有する絶対値として表すことができる。さらに、ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを１つまたは複数の追加のＣｐＧ部位のメチル化レベルと比較して、正規化されたメチル化レベルを表す正規化値を導き出すことができる。同じ個体からの複数の試料（例えば、同じ個体から異なる時点で採取された試料）を評価する場合、同じ単位が使用される（または同じ単位への変換が実施される）限り、選択される特定のメトリック（または単位）は重要ではない。これは、ある試料から次の試料（例えば、同じ個体から異なる時点で採取された試料）へのメチル化レベルの倍数変化を計算する（すなわち、比率を決定する）際に、単位が相殺されるからである。

本明細書で使用される場合、「メチル化」は、シトシンのＣ５位もしくはＮ４位でのシトシンメチル化、アデニンのＮ６位、または他の種類の核酸のメチル化を指す。一般的なｉｎｖｉｔｒｏＤＮＡ増幅法では増幅鋳型のメチル化パターンが保持されないため、ｉｎｖｉｔｒｏで増幅されたＤＮＡは通常メチル化されていない。しかし、「非メチル化ＤＮＡ」または「メチル化ＤＮＡ」はまた、それぞれ元の鋳型がメチル化されていないまたはメチル化されている、増幅されたＤＮＡを指し得る。

したがって、本明細書で使用される場合、「メチル化ヌクレオチド」または「メチル化ヌクレオチド塩基」は、ヌクレオチド塩基上のメチル部分の存在を指し、ここでメチル部分は、認識される典型的なヌクレオチド塩基には存在しない。例えば、シトシンは、そのピリミジン環上にメチル部分を含有していないが、５－メチルシトシンは、そのピリミジン環の５位にメチル部分を含有する。したがって、シトシンはメチル化ヌクレオチドではなく、５－メチルシトシンはメチル化ヌクレオチドである。別の例では、チミンは、そのピリミジン環の５位にメチル部分を含有するが、本明細書の目的では、チミンはＤＮＡの典型的なヌクレオチド塩基であるため、ＤＮＡ中に存在する場合、チミンはメチル化ヌクレオチドとは考えられない。

本明細書で使用される場合、「メチル化核酸分子」は、１つまたは複数のメチル化ヌクレオチドを含有する核酸分子を指す。

本明細書で使用される場合、核酸分子の「メチル化状態」、「メチル化プロファイル」、および「メチル化状況」は、核酸分子中の１つまたは複数のメチル化ヌクレオチド塩基の存在または非存在を指す。例えば、メチル化シトシンを含有する核酸分子は、メチル化されている（例えば、核酸分子のメチル化状態はメチル化されている）と考えられる。いずれのメチル化ヌクレオチドも含有しない核酸分子は、メチル化されていないと考えられる。

特定の核酸配列（例えば、本明細書に記載の遺伝子マーカーまたはＤＮＡ領域）のメチル化状態は、配列内のすべての塩基のメチル化状態を示すことができるか、または配列内の塩基のサブセット（例えば、１つまたは複数のシトシン）のメチル化状態を示すことができるか、またはメチル化が起こる配列内の位置の正確な情報を提供するかもしくは提供せずに、配列内の領域的なメチル化密度に関する情報を示すことができる。

核酸分子中のヌクレオチド遺伝子座のメチル化状態は、核酸分子中の特定の遺伝子座におけるメチル化ヌクレオチドの存在または非存在を指す。例えば、核酸分子中の第７ヌクレオチドに存在するヌクレオチドが５－メチルシトシンである場合、核酸分子中の第７ヌクレオチドにおけるシトシンのメチル化状態はメチル化されている。同様に、核酸分子中の第７ヌクレオチドに存在するヌクレオチドがシトシン（５－メチルシトシンではない）である場合、核酸分子中の第７ヌクレオチドにおけるシトシンのメチル化状態はメチル化されていない。

メチル化状況は、必要に応じて、「メチル化値」（例えば、メチル化の頻度、割合、比率、パーセントなどを表す）によって表されるかまたは示され得る。メチル化値は、例えば、メチル化依存性制限酵素による制限酵素消化後に存在するインタクト核酸の量を定量することによって、またはバイサルファイト反応後の増幅プロファイルを比較することによって、またはバイサルファイト処理した核酸と未処理の核酸の配列を比較することによって得ることができる。したがって、値、例えばメチル化値は、メチル化状況を表し、よって、遺伝子座の複数のコピーにわたるメチル化状況の定量的指標として使用することができる。これは、試料中の配列のメチル化状況を閾値または参照値と比較することが望ましい場合に特に有用である。

本明細書で使用される場合、「メチル化頻度」または「メチル化パーセント（％）」は、分子または遺伝子座がメチル化されていない場合の数に対する、分子または遺伝子座がメチル化されている場合の数を指す。

このように、メチル化状態は、核酸（例えば、ゲノム配列）のメチル化の状態を説明する。さらに、メチル化状態は、メチル化に関連する特定のゲノム遺伝子座における核酸セグメントの特徴を指す。このような特徴には、以下に限定されないが、このＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基のいずれかがメチル化されているかどうか、メチル化Ｃ残基の位置、核酸の特定の領域全体のメチル化Ｃの頻度またはパーセンテージ、および例えば対立遺伝子の起源の差異による対立遺伝子のメチル化の差異が含まれる。「メチル化状態」、「メチル化プロファイル」、および「メチル化状況」という用語は、生体試料中の核酸の特定の領域全体のメチル化Ｃまたは非メチル化Ｃの相対濃度、絶対濃度、またはパターンも指す。例えば、核酸配列内のシトシン（Ｃ）残基がメチル化されている場合、「過剰メチル化」または「メチル化が増加」していると称される場合があり、一方、ＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基がメチル化されていない場合、「低メチル化」または「メチル化が減少」していると称される場合がある。同様に、核酸配列内のシトシン（Ｃ）残基が別の核酸配列（例えば、異なる領域または異なる個体に由来するなど）と比較してメチル化されている場合、その配列は他の核酸配列と比較して過剰にメチル化しているかまたはメチル化が増加していると考えられる。あるいは、ＤＮＡ配列内のシトシン（Ｃ）残基が別の核酸配列（例えば、異なる領域または異なる個体に由来するなど）と比較してメチル化されていない場合、その配列は、他の核酸配列と比較して低メチル化されているかまたはメチル化が減少していると考えられる。さらに、「メチル化パターン」という用語は、本明細書で使用される場合、核酸の領域にわたるメチル化および非メチル化ヌクレオチドの集合部位を指す。２つの核酸は、同じであるかまたは類似するメチル化頻度またはメチル化パーセントを有するが、メチル化および非メチル化ヌクレオチドの数が領域全体で同じであるかまたは類似しているが、メチル化および非メチル化ヌクレオチドの位置が異なる場合に、異なるメチル化パターンを有する場合がある。配列は、メチル化の程度（例えば、一方のメチル化が他方のメチル化に対して増加または減少している）、頻度、またはパターンが異なる場合、「差次的にメチル化されている」、または「メチル化の差異」を有する、または「異なるメチル化状態」を有すると言われる。「差次的メチル化」という用語は、がん陽性試料における核酸メチル化のレベルまたはパターンが、がん陰性試料における核酸メチル化のレベルまたはパターンと比較して異なることを指す。また、これは、手術後にがんが再発した患者と再発しなかった患者との間のレベルまたはパターンの差を指す場合もある。差次的メチル化およびＤＮＡメチル化の特定のレベルまたはパターンは、例えば、正しいカットオフまたは予測的特徴が定義されれば、予後予測および予測バイオマーカーとなる。

メチル化状態の頻度は、個体の集団または単一個体からの試料を説明するために使用することができる。例えば、メチル化状態の頻度が５０％のヌクレオチド遺伝子座は、５０％の事例でメチル化されており、５０％の事例でメチル化されていない。このような頻度は、例えば、個体の集団または核酸のコレクションにおいて、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域がメチル化されている程度を説明するために使用することができる。よって、核酸分子の第１の集団またはプールにおけるメチル化が、核酸分子の第２の集団またはプールにおけるメチル化と異なる場合、第１の集団またはプールのメチル化状態の頻度は、第２の集団またはプールのメチル化状態の頻度と異なる。このような頻度は、例えば、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域が単一の個体においてメチル化されている程度を説明するためにも使用することができる。例えば、このような頻度は、組織試料からの細胞群が、ヌクレオチド遺伝子座または核酸領域においてメチル化されているかまたはメチル化されていないかの程度を説明するために使用することができる。

本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド遺伝子座」は、核酸分子におけるヌクレオチドの位置を指す。メチル化ヌクレオチドのヌクレオチド遺伝子座は、核酸分子におけるメチル化ヌクレオチドの位置を指す。

典型的には、ヒトＤＮＡのメチル化は、シトシンがグアニンの５’側に位置している、隣接するグアニンおよびシトシンを含むジヌクレオチド配列（ＣｐＧジヌクレオチド配列とも称される）上で生じる。ＣｐＧジヌクレオチド内のシトシンのほとんどはヒトゲノム中でメチル化されているが、いくつかは、ＣｐＧアイランドとして公知の特定のＣｐＧジヌクレオチドリッチゲノム領域中でメチル化されないままである（例えば、Antequera et al. (1990) Cell 62: 503-514を参照されたい）。

本明細書で使用される場合、「ＣｐＧアイランド」は、全ゲノムＤＮＡに対して数が増加したＣｐＧジヌクレオチドを含有するゲノムＤＮＡのＧ：Ｃリッチ領域を指す。ＣｐＧアイランドは、少なくとも１００、２００、またはそれより多い塩基対の長さである可能性があり、その場合、領域のＧ：Ｃ含量は少なくとも５０％であり、期待される頻度に対する観察されたＣｐＧ頻度の比率は０．６である；一部の事例では、ＣｐＧアイランドは少なくとも５００塩基対の長さである可能性があり、その場合、領域のＧ：Ｃ含量は少なくとも５５％であり、期待される頻度に対する観察されたＣｐＧ頻度の比率は０．６５である。期待される頻度に対する観察されたＣｐＧ頻度は、Gardiner-Garden et al (1987) J. Mol. Biol. 196: 261-281において提供される方法に従って計算することができる。例えば、期待される頻度に対する観察されたＣｐＧ頻度は、式Ｒ＝（Ａ×Ｂ）／（Ｃ×Ｄ）（式中、Ｒは期待される頻度に対する観察されたＣｐＧ頻度の比率であり、Ａは解析された配列中のＣｐＧジヌクレオチドの数であり、Ｂは解析された配列中のヌクレオチドの総数であり、Ｃは解析された配列中のＣヌクレオチドの総数であり、Ｄは解析された配列中のＧヌクレオチドの総数である）に従って計算することができる。メチル化状態は、典型的には、ＣｐＧアイランド、例えばプロモーター領域において決定される。だが、ＣｐＡおよびＣｐＴなどのヒトゲノム中の他の配列がＤＮＡメチル化を受けやすいことが認識されるであろう（例えば、Ramsahoye (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97: 5237-5242；Salmon and Kaye (1970) Biochim. Biophys. Acta. 204: 340-351；Grafstrom (1985) Nucleic Acids Res. 13: 2827-2842；Nyce (1986) Nucleic Acids Res. 14: 4353-4367；Woodcock (1987) Biochem. Biophys. Res. Commun. 145: 888-894を参照されたい）。

本明細書で使用される場合、核酸分子のメチル化状態の関数として核酸分子のヌクレオチドを改変させる試薬、またはメチル化特異的試薬は、核酸分子のメチル化状態を反映する様式で核酸分子のヌクレオチド配列を変化させ得る化合物または組成物または他の薬剤を指す。核酸分子をこのような試薬で処置する方法は、望まれる場合、ヌクレオチド配列の所望の変化を達成するために、追加のステップと合わせて、核酸分子を試薬と接触させるステップを含み得る。核酸分子のヌクレオチド配列のこのような変化は、各メチル化ヌクレオチドが異なるヌクレオチドへと改変された核酸分子をもたらし得る。核酸のヌクレオチド配列におけるこのような変化は、各非メチル化ヌクレオチドが異なるヌクレオチドへと改変された核酸分子をもたらし得る。核酸のヌクレオチド配列のこのような変化は、メチル化されていない選択されたヌクレオチドのそれぞれ（例えば、各非メチル化シトシン）が異なるヌクレオチドへと改変された核酸分子をもたらし得る。核酸のヌクレオチド配列を変化させるためのこのような試薬の使用は、メチル化ヌクレオチドである各ヌクレオチド（例えば、各メチル化シトシン）が異なるヌクレオチドへと改変された核酸分子をもたらし得る。本明細書で使用される場合、選択されたヌクレオチドを改変させる試薬の使用は、試薬が他の３つのヌクレオチドを改変させることなく１つのヌクレオチドを改変させるように、核酸分子中に典型的に存在する４つのヌクレオチド（ＤＮＡではＣ、Ｇ、Ｔ、およびＡ、ならびにＲＮＡではＣ、Ｇ、Ｕ、およびＡ）のうちの１つのヌクレオチドを改変させる試薬を指す。例示的な一実施形態では、このような試薬は、メチル化されていない選択されたヌクレオチドを改変させて、異なるヌクレオチドを生成する。別の例示的な実施形態では、このような試薬は、非メチル化シトシンヌクレオチドを脱アミノ化することができる。例示的な試薬は、バイサルファイトである。

本明細書で使用される場合、「バイサルファイト試薬」という用語は、例えば、ＣｐＧジヌクレオチド配列において、メチル化シチジンと非メチル化シチジンとを区別するために、一部の実施形態では、バイサルファイト、二亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、またはそれらの組合せを含む試薬を指す。

「メチル化アッセイ」という用語は、核酸の配列内の１つまたは複数のＣｐＧジヌクレオチド配列のメチル化状態を決定するための任意のアッセイまたは方法を指す。例示的なメチル化アッセイとしては、限定されないが、バイサルファイトシーケンシング、メチル感受性制限酵素を使用するサザンブロッティング、メチル化感受性任意プライマーポリメラーゼ連鎖反応（ＭＳＡＰ－ＰＣＲ）アッセイ、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイ、ＤｉｇｉｔａｌＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）アッセイ、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイ、メチル化感受性一塩基プライマー伸長（Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ）アッセイ、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、複合バイサルファイト制限分析（ｃｏｍｂｉｎｅｄｂｉｓｕｌｆｉｔｅｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓ）（ＣＯＢＲＡ）アッセイ、メチル化ＣｐＧアイランド増幅（ＭＣＡ）アッセイ、メチル化ＣｐＧアイランド増幅およびマイクロアレイ（ＭＣＡＭ）、ライゲーション媒介性ＰＣＲによるＨｐａＩＩ微小断片濃縮（ＨＥＬＰ）アッセイ、ＨＥＬＰ－ｓｅｑアッセイ、Ｇｌａｌ加水分解およびライゲーションアダプター依存ＰＣＲアッセイ（ＧＬＡＤ－ＰＣＲ）アッセイ、メチル化ＤＮＡ免疫沈降－シーケンシング（ＭｅＤＩＰ－Ｓｅｑ）アッセイ、ならびにメチル化ＤＮＡ免疫沈降－マイクロアレイ解析（ＭｅＤＩＰ－ｃｈｉｐ）アッセイが挙げられる。

バイサルファイトシーケンシングでは、メチル化部位を検出するために、シーケンシング前にＤＮＡのバイサルファイト処理を使用する。ＤＮＡのバイサルファイトでの処理により、シトシン残基をウラシルに変換するが、メチル化シトシン残基には影響を及ぼさない。バイサルファイト処理後、ＤＮＡに残るシトシンはメチル化されたシトシンだけである。よって、バイサルファイト処理後のＤＮＡをシーケンシングすることにより、一塩基分解能で個々のシトシン残基のメチル化状況が明らかになる。

ＭＳＡＰ－ＰＣＲアッセイでは、ＤＮＡを消化するためにメチル化感受性制限酵素が、およびＣｐＧジヌクレオチドを含有する領域を選択的に増幅するためにＣＧリッチプライマーを用いるＰＣＲが使用される（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Gonzalgo et al. (1997) Cancer Research 57: 594-599を参照されたい）。

ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔアッセイでは、ＤＮＡメチル化の検出のために、メチル化特異的プライミングおよびメチル化特異的蛍光プロービングを用いるバイサルファイト依存性の定量的蛍光ベースのリアルタイムＰＣＲが使用される。ＤｉｇｉｔａｌＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔは、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔアッセイをデジタルＰＣＲと組み合わせて、個々のメチル化分子の検出を可能にする（例えば、Eads et al. (1999) Cancer Res. 59: 2302-2306、Campan et al. (2018) Methods Mol. Biol. 1708:497-513を参照されたい）。

ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙアッセイでは、核酸試料のメチル化特異的選択的増幅を可能にするために、増幅プライマー間のＣｐＧ位置をカバーするか、または増幅プライマーによってカバーされるメチル化特異的ブロッキングプローブ（本明細書ではブロッカーとも称される）が使用される。

ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔアッセイは、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ^（商標）アッセイを増幅プライマー間のＣｐＧ位置をカバーするメチル化特異的ブロッキングプローブと組み合わせた、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイの変形形態である。

Ｍｓ－ＳＮｕＰＥアッセイでは、可視化および定量のために、ＤＮＡのバイサルファイト処理が、ＣｐＧ部位のすぐ上流でハイブリダイズするように設計されたプライマーを使用するＰＣＲ、およびポリアクリルアミドゲル上でのアンプリコンの電気泳動と組み合わせて使用される。ＤＮＡ（ゲノムＤＮＡまたはｃｆＤＮＡ）の重亜硫酸ナトリウムでの処理により、非メチル化シトシンがウラシルに変換され、ＰＣＲステップ中、ウラシルはチミンとして複製され、メチルシトシンは増幅中にシトシンとして複製される。元のＣｐＧ部位におけるメチル化シトシン対非メチル化シトシン（Ｃ対Ｔ）の比率は、ゲルで単離されたＰＣＲ産物、プライマー、およびＴａｑポリメラーゼを［^３２Ｐ］ｄＣＴＰまたは［^３２Ｐ］ＴＴＰのいずれかと共にインキュベートし、それに続く、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動およびホスホイメージ（ｐｈｏｓｐｈｏｒｉｍａｇｅ）解析によって決定することができる。Ｍｓ－ＳＮｕＰＥプライマーは、どのＣｐＧ部位が解析されるかに応じてメチル化状況を査定するために、反対鎖に［^３２Ｐ］ｄＡＴＰまたは［^３２Ｐ］ｄＧＴＰのいずれかを組み込むように設計することもできる（例えば、Gonzalgo & Jones (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2529-2531；Gonzalgo et al. (2007) Nat. Protoc. 2(8):1931-6を参照されたい）。

ＭＳＰアッセイでは、非メチル化シトシンのウラシルへの変換のためのＤＮＡのバイサルファイト処理と、非メチル化ＤＮＡと対比してメチル化ＤＮＡに特異的なプライマーによるその後の増幅が使用される（例えば、Herman et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 9821-9826、および米国特許第５，７８６，１４６号を参照されたい）。

ＣＯＢＲＡアッセイでは、非メチル化シトシンのウラシルへの変換のためのＤＮＡのバイサルファイト処理、バイサルファイトで変換されたＤＮＡの遺伝子座特異的ＰＣＲ増幅、制限酵素消化、電気泳動、ゲル上の制限パターンの解析が使用される（例えば、Xiong & Laird (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2532-2534；Bilichak et al. (2017) Methods Mol. Biol. 1456:63-71を参照されたい）。

ＭＣＡアッセイでは、ＤＮＡを消化するためにメチル化感受性制限酵素が、続いて、メチル化ＣｐＧリッチ配列を選択的に増幅させるためにアダプターライゲーションおよびＰＣＲが使用される（例えば、Toyota et al. (1999) Cancer Res. 59: 2307-12、およびＷＯ００／２６４０１Ａ１を参照されたい）。

ＭＣＡＭアッセイでは、ＤＮＡメチル化をハイスループット様式で検出するために、ＭＣＡがＣｐＧアイランドマイクロアレイと組み合わされて使用される（例えば、Estecio et al. (2007) Genome Res. 17(10):1529-1536を参照されたい）。

ＨＥＬＰアッセイでは、ＤＮＡを切断するためにメチル化感受性制限酵素ＨｐａＩＩが、および対照としてメチル化非感受性イソシゾマーＭｓｐＩが使用される。マイクロアレイ解析は、ＨｐａＩＩ／ＭｓｐＩ断片を検出するように設計されたプローブを含有するマイクロアレイを用いて実施される。ＨＥＬＰ－ｓｅｑでは、ＨＥＬＰアッセイがＤＮＡメチル化部位の超並列シーケンシングと組み合わされる（例えば、Greally (2018) Methods Mol. Biol. 1708:191-207；Suzuki et al. (2010) Methods 52(3):218-22を参照されたい）。

ＧＬＡＤ－ＰＣＲアッセイでは、メチル化ＤＮＡのみを切断する部位特異的メチル指向性ＤＮＡエンドヌクレアーゼが、続いて、ＤＮＡ断片のハイスループットＰＣＲ用のユニバーサルアダプターへのライゲーションが使用される（例えば、Malyshev et al. (2020) Acta Naturae 12(3):124-133；ロシア特許ＲＵ２５２５７１０号を参照されたい）。

ＭｅＤＩＰアッセイでは、５－メチルシトシンに対する抗体を使用して、メチル化ＤＮＡ断片を免疫沈降させる。この技法は、マイクロアレイハイブリダイゼーション（ＭｅＤＩＰ－ｃｈｉｐ）または次世代シーケンシング（ＭｅＤＩＰ－ｓｅｑ）を使用するハイスループットＤＮＡ検出法と組み合わせることができる。例えば、Weber et al. (2005) Nat. Genet. 37 (8): 853-862、Palmke et al. (2011) Methods 53(2):175-184、Quackenbush et al. (2008) Cancer Res. 68(6):1786-1796、Zhu et al. (2019) Analyst 144(6):1904-1915、Yang et al. (2014) Life Sci. 113(1-2):45-54を参照されたい。

サザンブロッティングは、ＤＮＡメチル化を検出するためにも使用することができる。最初に、ＤＮＡをメチル化感受性制限酵素で消化し、制限断片をサザンブロットで解析する。

本明細書で使用される場合、「選択されたヌクレオチド」は、核酸分子中に典型的に存在する４つのヌクレオチド（ＤＮＡではＣ、Ｇ、Ｔ、およびＡならびにＲＮＡではＣ、Ｇ、Ｕ、およびＡ）のうちの１つのヌクレオチドを指し、典型的に存在するヌクレオチドのメチル化誘導体を含み得る（例えば、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、メチル化Ｃと非メチル化Ｃの両方が選択されたヌクレオチドの意味に含まれる）が、一方、選択されたメチル化ヌクレオチドは、具体的には、典型的に存在するメチル化ヌクレオチドを指し、選択された非メチル化ヌクレオチドは、具体的には、典型的に存在する非メチル化ヌクレオチドを指す。

「メチル化特異的制限酵素」または「メチル化感受性制限酵素」という用語は、その認識部位のメチル化状態に依存して核酸を選択的に消化する酵素を指す。認識部位がメチル化されていないかまたはヘミメチル化されている場合に特異的に切断する制限酵素の場合には、認識部位がメチル化されていると、切断は起こらないか、または著しく低下した効率で起こる。認識部位がメチル化されている場合に特異的に切断する制限酵素の場合には、認識部位がメチル化されていないと、切断は起こらないか、または著しく低下した効率で起こる。好ましいのは、認識配列がＣＧジヌクレオチドを含有するメチル化特異的制限酵素である（例えば、ＣＧＣＧまたはＣＣＣＧＧＧなどの認識配列）。一部の実施形態にとってさらに好ましいのは、このジヌクレオチド中のシトシンが炭素原子Ｃ５でメチル化されている場合には切断しない制限酵素である。

本明細書で使用される場合、「異なるヌクレオチド」は、選択されたヌクレオチドとは化学的に異なるヌクレオチドを指し、その結果、典型的には、異なるヌクレオチドは、選択されたヌクレオチドとは異なるワトソン－クリック塩基対特性を有し、それにより、選択されたヌクレオチドに対して相補的である典型的に存在するヌクレオチドは、異なるヌクレオチドに対して相補的である典型的に存在するヌクレオチドとは同じではない。例えば、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、ＵまたはＴが異なるヌクレオチドである可能性があり、これは、ＣのＧに対する相補性およびＵまたはＴのＡに対する相補性によって例示される。本明細書で使用される場合、選択されたヌクレオチドに対して相補的であるヌクレオチド、または異なるヌクレオチドに対して相補的であるヌクレオチドは、高ストリンジェンシー条件下で、選択されたヌクレオチドまたは異なるヌクレオチドと、相補的ヌクレオチドが典型的に存在する４つのヌクレオチドのうちの３つと塩基対合するよりも高い親和性で塩基対合するヌクレオチドを指す。相補性の例は、ＤＮＡ（例えば、Ａ－ＴおよびＣ－Ｇ）およびＲＮＡ（例えば、Ａ－ＵおよびＣ－Ｇ）におけるワトソン－クリック塩基対合である。よって、例えば、高ストリンジェンシー条件下で、Ｇは、Ｇ、Ａ、またはＴと塩基対合するよりも高い親和性でＣと塩基対合し、したがって、Ｃが選択されたヌクレオチドである場合、Ｇは選択されたヌクレオチドに対して相補的なヌクレオチドである。

本明細書で使用される場合、所与のマーカーの「感度」は、新生物試料と非新生物試料とを区別する閾値を超えるＤＮＡメチル化値を報告する試料のパーセンテージを指す。一部の実施形態では、陽性は、閾値を超えるＤＮＡメチル化値（例えば、疾患と関連する範囲）を報告する組織学的に確認された新生物として定義され、偽陰性は、閾値未満のＤＮＡメチル化値（例えば、疾患なしと関連する範囲）を報告する組織学的に確認された新生物として定義される。したがって、感度の値は、公知の疾患試料から得られた所与のマーカーのＤＮＡメチル化測定値が、疾患と関連する測定値の範囲内にある確率を反映する。ここで定義されるように、計算された感度値の臨床的関連性は、所与のマーカーが、臨床状態を有する対象に適用された場合に、その状態の存在を検出する確率の推定値を表す。

本明細書で使用される場合、所与のマーカーの「特異性」は、新生物試料と非新生物試料とを区別する閾値未満のＤＮＡメチル化値を報告する非新生物試料のパーセンテージを指す。一部の実施形態では、陰性は、閾値未満のＤＮＡメチル化値（例えば、疾患なしと関連する範囲）を報告する組織学的に確認された非新生物試料として定義され、偽陽性は、閾値を超えるＤＮＡメチル化値（例えば、疾患と関連する範囲）を報告する組織学的に確認された非新生物試料として定義される。したがって、特異性の値は、公知の非新生物試料から得られた所与のマーカーのＤＮＡメチル化測定値が、疾患なしと関連する測定値の範囲内にある確率を反映する。ここで定義されるように、計算された特異性の値の臨床的関連性は、所与のマーカーが、臨床状態を有さない対象に適用された場合に、その状態の非存在を検出する確率の推定値を表す。

「ＡＵＣ」という用語は、本明細書で使用される場合、「曲線下面積」の略語である。特に、受信者操作特性（ＲＯＣ）曲線下の面積を指す。ＲＯＣ曲線は、診断検査の異なる可能なカットポイントについての、偽陽性率に対する真陽性率のプロットである。選択したカットポイントに応じた感度と特異性のトレードオフが示される（特異性の低下によって、感度のいくらかの増加が達成されることになる）。ＲＯＣ曲線下面積（ＡＵＣ）は、診断検査の正確さに関する尺度である（面積が大きいほど良好であり、最適値は１である；無作為検査では、ＲＯＣ曲線は対角線上にあり、面積は０．５である；参照として：J. P. Egan. (1975) Signal Detection Theory and ROC Analysis, Academic Press, New York）。

「診断」は、本明細書で使用される場合、一般に、対象が所与の疾患、障害または機能不全に罹患している可能性が高いかどうかについての決定を含む。当業者は、多くの場合、１つまたは複数の診断指標、すなわち、疾患、障害または機能不全の存在または非存在を示すその存在、非存在、または量であるバイオマーカーに基づいて診断を行う。

「予後予測」は、本明細書で使用される場合、一般に、臨床状態または疾患の予想される経過および転帰の予測を指す。患者の予後予測は、通常、疾患の好ましいまたは好ましくない経過または転帰を示す疾患の因子または症状を評価することによってなされる。「予後予測」という用語は、必ずしも状態の経過または転帰を１００％正確に予測する能力を指すものではないことが理解される。代わりに、当業者であれば、「予後予測」という用語が、ある特定の経過または転帰が生じる確率の増加を指すこと、すなわち、経過または転帰が、所与の状態を示していない個体と比較して、その状態を示す患者において生じる可能性がより高いことを理解するであろう。

さらなる用語。
「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」、「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「処置する（ｔｒｅａｔ）」などの用語は、所望の薬理学的および／または生理学的効果を得ることを一般に指すために本明細書で使用される。効果は、疾患もしくはその症状を完全にもしくは部分的に予防するという点では予防的である可能性があり、ならびに／または疾患および／もしくは疾患に起因する有害効果の部分的もしくは完全な安定化もしくは治癒という点では治療的であり場合がある。「処置」という用語は、哺乳動物、特にヒトにおける疾患の任意の処置を包含し、以下を含む：（ａ）疾患もしくは症状の素因を有する可能性があるが、未だそれを有すると診断されていない対象において、疾患および／もしくは症状が発生するのを予防すること；（ｂ）疾患および／もしくは症状を抑制すること、すなわち、それらの発症を阻止すること；または（ｃ）疾患症状を緩和すること、すなわち、疾患および／もしくは症状の退行を引き起こすこと。処置を必要とするものには、既に罹患しているもの（例えば、がんを有するもの）、および防止が望まれるもの（例えば、がんを発症しやすい遺伝的素因を有するもの、発癌物質への環境曝露を有するもの、またはそうでなければがんを発症する感受性が増加したかもしくは可能性が増加したもの、がんを有することが疑われるものなど）が含まれる。

治療処置は、対象が投与前に罹患しているものであり、予防処置は、対象が投与前に罹患していないものである。一部の実施形態では、対象は、処置前に罹患する可能性が増加しているかまたは罹患していることが疑われる。一部の実施形態では、対象は、罹患する可能性が増加していることが疑われる。

「約」という用語は、特に所与の量に関して、プラスマイナス５％の偏差を包含することを意味する。

「レシピエント」、「個体」、「対象」、「宿主」、および「患者」という用語は、本明細書において交換可能に使用され、診断、処置、または治療が望まれる任意の哺乳動物対象、特にヒトを指す。処置の目的としての「哺乳動物」は、ヒト、家畜および飼育動物、ならびに動物園の動物、狩猟動物、または愛玩動物、例えば、イヌ、ウマ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタなどを含む、哺乳動物として分類される任意の動物を指す。好ましくは、哺乳動物はヒトである。

「治療有効用量」または「治療用量」は、所望の臨床結果をもたらす（すなわち、治療有効性を達成する）のに十分な量である。治療有効用量は、１回または複数の投与で投与され得る。

「解析を提供する」とは、口頭または書面による解析（すなわち、文書、報告書など）の送達を指すために本明細書で使用される。書面による解析は、印刷文書または電子文書であり得る。好適な解析（例えば、口頭または書面による報告書）は、以下の情報のいずれかまたはすべてを提供する：対象の情報（氏名、年齢など）を特定すること、どの種類の試料が使用されたかおよび／またはそれがどのように使用されたかの説明、試料をアッセイするために使用された技法、アッセイの結果（例えば、測定されたＣｐＧメチル化レベルおよび／または処置前アッセイと比較した経時的もしくは処置後アッセイにおけるＣｐＧメチル化レベルの倍数変化）、個体ががんを有すると決定されたかどうかについての査定、処置（例えば、特定の抗がん治療）の推奨、および／または治療を継続もしくは変えるための推奨、追加治療のための推奨される戦略など。報告書は、好適な媒体もしくは基材（例えば、紙）に印刷された情報；または電子形式を含むが、これらに限定されない任意の形式であり得る。電子形式の場合、報告書は、情報が記録された任意のコンピュータ可読媒体、例えば、ディスケット、コンパクトディスク（ＣＤ）、フラッシュドライブなどであり得る。さらに、報告書は、遠隔サイトの情報にアクセスするためにインターネットを経由して使用され得るウェブサイトのアドレスとして存在してもよい。

本発明の趣旨または範囲から逸脱することなく、様々な変更および修正がなされ得ることが当業者には明らかであろう。

メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーおよび診断方法
種々の遺伝子のプロモーターおよび／または最初のエクソンの調節領域におけるＣｐＧアイランドの過剰なメチル化は、種々のがんと関連している。肝細胞癌（ＨＣＣ）、結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、および肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）に関連するメチル化無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）バイオマーカーを特定するために、メチル化バイオマーカーの層解析（ＬＡＭＢ）が使用された。

特定されたＨＣＣバイオマーカーには、遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１０に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）が含まれる。これらのバイオマーカー遺伝子のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＨＣＣ腫瘍において共通して見られる。特に、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＨＣＣに関連する。したがって、これらのＣｐＧ部位のメチル化の頻度またはレベルをモニターすることは、ＨＣＣの予後予測、診断、治療選択、およびモニタリング処置に有用である。

特定されたＣＲＣバイオマーカーには、遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１１に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）が含まれる。これらのバイオマーカー遺伝子でのＣｐＧ部位のメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＣＲＣ腫瘍において共通して見られる。特に、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＣＲＣに関連する。したがって、これらのＣｐＧ部位のメチル化の頻度またはレベルをモニターすることは、ＣＲＣの予後予測、診断、治療選択、およびモニタリング処置に有用である。

特定されたＰＲＡＤバイオマーカーには、遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１２に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）が含まれる。これらのバイオマーカー遺伝子のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＰＲＡＤ腫瘍において共通して見られる。特に、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＰＲＡＤに関連する。したがって、これらのＣｐＧ部位のメチル化の頻度またはレベルをモニターすることは、ＰＲＡＤの予後予測、診断、治療選択、およびモニタリング処置に有用である。

特定されたＬＵＡＤバイオマーカーには、遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１３に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）が含まれる。これらのバイオマーカー遺伝子のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＬＵＡＤ腫瘍において共通して見られる。特に、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＬＵＡＤに関連する。したがって、これらのＣｐＧ部位のメチル化の頻度またはレベルをモニターすることは、ＬＵＡＤの予後予測、診断、治療選択、およびモニタリング処置に有用である。

特定されたＬＵＳＣバイオマーカーには、遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化されたｃｆＤＮＡ（表１４に列挙された各バイオマーカー遺伝子のメチル化ＣｐＧ部位）が含まれる。これらのバイオマーカー遺伝子のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＬＵＳＣ腫瘍において共通して見られる。特に、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５（これらのＣｐＧ部位の位置は、ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０ＫＭａｎｉｆｅｓｔにおいて与えられる）、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加は、ＬＵＳＣに関連する。したがって、これらのＣｐＧ部位のメチル化の頻度またはレベルをモニターすることは、ＬＵＳＣの予後予測、診断、治療選択、およびモニタリング処置に有用である。

ある特定の実施形態では、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣ、またはこれらの任意の組合せの診断における使用のためのメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーのパネルが提供される。任意のサイズのバイオマーカーパネルが主題の方法の実践において使用され得る。バイオマーカーパネルは、典型的には、少なくとも２個のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーおよび最大２０個のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを含み、これらの間の任意の数のバイオマーカー、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを含む。ある特定の実施形態では、バイオマーカーパネルは、少なくとも２、もしくは少なくとも３、もしくは少なくとも４、もしくは少なくとも５、もしくは少なくとも６、もしくは少なくとも７、もしくは少なくとも８、もしくは少なくとも９、もしくは少なくとも１０、もしくは少なくとも１１、もしくは少なくとも１２、もしくは少なくとも１３、もしくは少なくとも１４、もしくは少なくとも５、もしくは少なくとも１６、もしくは少なくとも１７、もしくは少なくとも１８、もしくは少なくとも１９、もしくは少なくとも２０個またはそれより多いメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを含む。より小さいバイオマーカーパネルは、通常、より経済的であるが、より大きなバイオマーカーパネル（すなわち、２０個を超えるバイオマーカー）は、より詳細な情報を提供するという利点を有し、主題の方法の実践においても使用することができる。

メチル化ｃｆＤＮＡを含む試料（すなわち、「ｃｆＤＮＡ試料」）は、対象から得られる。試料は、典型的には、対象から採取されたｃｆＤＮＡを含む血液または血漿試料である。「対照」試料は、本明細書で使用される場合、罹患していない対象からのｃｆＤＮＡ試料を指す。すなわち、対照試料は、正常または健康な対象（例えば、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣ、または他の種類のがんを有さないことが知られている個体）から得られる。ｃｆＤＮＡ試料は、従来の技法によって対象から得ることができる。例えば、血液試料は、当技術分野で周知の方法に従って静脈穿刺によって得ることができる。

対象からのｃｆＤＮＡ試料におけるＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを解析する場合、比較のために使用される参照値範囲は、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有さない１または複数の対象（すなわち、正常または健康な対照）からのｃｆＤＮＡ試料におけるＣｐＧでのＤＮＡメチル化の頻度またはレベルを表す可能性がある。あるいは、参照値は、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有する１または複数の対象からのｃｆＤＮＡ試料におけるＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを表す可能性があり、参照値範囲に対する類似性は、対象が、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有することを示す。

一部の場合には、メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーの組合せが主題の方法において使用される。一部のこのような場合には、すべての測定されたバイオマーカーのレベルは、診断がなされるために変化しなければならない（上記の通り）。一部の実施形態では、一部のバイオマーカーのみが本明細書に記載の方法において使用される。例えば、単一のバイオマーカー、２個のバイオマーカー、３個のバイオマーカー、４個のバイオマーカー、５個のバイオマーカー、６個のバイオマーカー、７個のバイオマーカー、８個のバイオマーカー、９個のバイオマーカー、１０個のバイオマーカー、１１個のバイオマーカー、１２個のバイオマーカー、１３個のバイオマーカー、１４個のバイオマーカー、１５個のバイオマーカー、１６個のバイオマーカー、１７個のバイオマーカー、１８個のバイオマーカー、１９個のバイオマーカー、または２０個のバイオマーカーが任意の組合せで使用され得る。他の実施形態では、すべてのバイオマーカーが使用される。定量値を線形または非線形様式で組み合わせて、個体ごとのＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣに関する１つまたは複数のリスクスコアを計算してもよい。

一部の実施形態では、幾何平均スコアは、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１遺伝子のうちの２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個すべてに関する遺伝子メチル化頻度プロファイルから計算され、幾何平均スコアは、個体がＨＣＣを有するかどうかを示す。幾何平均スコアは、ＨＣＣを有する対象とＨＣＣを有さない対象とをさらに区別する場合がある。

一部の実施形態では、幾何平均スコアは、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃ遺伝子のうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７個すべてに関する遺伝子メチル化頻度プロファイルから計算され、幾何平均スコアは、個体がＣＲＣを有するかどうかを示す。幾何平均スコアは、ＣＲＣを有する対象とＣＲＣを有さない対象とをさらに区別する場合がある。

一部の実施形態では、幾何平均スコアは、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１遺伝子のうちの２、３、４、または５個すべてに関する遺伝子メチル化頻度プロファイルから計算され、幾何平均スコアは、個体がＰＲＡＤを有するかどうかを示す。幾何平均スコアは、ＰＲＡＤを有する対象とＰＲＡＤを有さない対象とをさらに区別する場合がある。

一部の実施形態では、幾何平均スコアは、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１遺伝子のうちの２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個すべてに関する遺伝子メチル化頻度プロファイルから計算され、幾何平均スコアは、個体がＬＵＡＤを有するかどうかを示す。幾何平均スコアは、ＬＵＡＤを有する対象とＬＵＡＤを有さない対象とをさらに区別する場合がある。

一部の実施形態では、幾何平均スコアは、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１遺伝子のうちの２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個すべてに関する遺伝子メチル化頻度プロファイルから計算され、幾何平均スコアは、個体がＬＵＳＣを有するかどうかを示す。幾何平均スコアは、ＬＵＳＣを有する対象とＬＵＳＣを有さない対象とをさらに区別する場合がある。

本明細書に記載の方法は、患者に対する適切な処置レジメン、特に、患者がＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣに対して処置されるべきかどうかを決定するために使用されてよい。例えば、本明細書に記載されているように、患者は、ｃｆＤＮＡメチル化プロファイルに基づいて、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣについて陽性診断を有する場合に、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣの処置のために選択される。一部の場合には、本明細書に記載の診断方法は、単独で、または医用イメージングと組み合わせて使用して、診断を確定し、がん性疾患の程度（がんがどこまでおよびどこに広がっているか）をさらに評価して、予後を決定すること、および処置のための最適戦略（例えば、手術、放射性核種療法、化学療法、標的療法、免疫療法、生物学的療法など）を評価することを補助してもよい。例示的な医用イメージング技法としては、限定されないが、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、陽電子放射断層撮影法（ＰＥＴ）、単一光子放射コンピュータ断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、コンピュータ断層撮影法（ＣＴ）、超音波イメージング（ＵＩ）、光学イメージング（ＯＩ）、光音響イメージング（ＰＩ）、透視法、および蛍光イメージングが含まれる。

一部の実施形態では、ＨＣＣのメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、アルファ－フェトタンパク質（ＡＦＰ）またはデス－ガンマカルボキシプロトロンビン（ＤＣＰ）などのＨＣＣを診断するための他のバイオマーカーと組み合わせて使用される。例えば、ｃｆＤＮＡバイオマーカーのメチル化に加えて、ＡＦＰもしくはＤＣＰまたはこれらの組合せの血液中レベルをモニターすることができる。

一部の実施形態では、ＣＲＣのメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、ＣＲＣを診断するための他のバイオマーカーと組み合わせて使用される。例えば、ｃｆＤＮＡバイオマーカーのメチル化に加えて、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、もしくはＢＲＡＦ癌原遺伝子、ヒト上皮増殖因子受容体２（ＨＥＲ２）、癌胎児抗原（ＣＥＡ）、またはＮＴＲＫ融合体、あるいはこれらの組合せをモニターすることができる。

一部の実施形態では、ＰＲＡＤのメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、ＰＲＡＤを診断するための他のバイオマーカーと組み合わせて使用される。例えば、ｃｆＤＮＡバイオマーカーのメチル化に加えて、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、ＰＣＡ３、カリクレイン、ＨＯＸＣ６、ＤＬＸ１、もしくはＴＭＰＲＳＳ２－ＥＲＧ融合体、またはこれらの組合せをモニターすることができる。

一部の実施形態では、ＬＵＡＤのメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、ＬＵＡＤを診断するための他のバイオマーカーと組み合わせて使用される。例えば、ｃｆＤＮＡバイオマーカーのメチル化に加えて、ＥＧＦＲ、ＡＬＫ、変異型ＢＲＡＦ（例えば、Ｖ６００Ｅ）、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＨＥＲ２、ＰＩＫ３、ＲＯＳ１、ＲＥＴ、もしくはＮＴＲＫ融合体、またはこれらの組合せをモニターすることができる。

一部の実施形態では、ＬＵＳＣのメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、ＬＵＳＣを診断するための他のバイオマーカーと組み合わせて使用される。例えば、ｃｆＤＮＡバイオマーカーのメチル化に加えて、ｐ４０、ＰＤ－Ｌ１、およびサイトケラチン５／６、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＤＤＲ２、ＰＴＥＮ欠失、またはこれらの組合せをモニターすることができる。

ＨＣＣに対する例示的な処置としては、限定されないが、腫瘍外科的切除術、ラジオ波焼灼術（ＲＦＡ）、冷凍アブレーション、経皮的エタノールもしくは酢酸注射、経カテーテル動脈化学塞栓療法（ＴＡＣＥ）、選択的内部放射線療法（ＳＩＲＴ）、高強度集束超音波療法、または外部ビーム療法、肝移植、門脈塞栓術、または化学療法剤（例えば、シスプラチン、ゲムシタビン、オキサリプラチン、ドキソルビシン、５－フルオロウラシル、カペシタビン、またはミトキサントロン）、標的治療剤（例えば、ソラフェニブ、レゴラフェニブ、レンバチニブ、またはカボザンチニブ）、免疫療法剤（例えば、ラムシルマブ、ニボルマブ、またはペムブロリズマブ）、もしくは放射性同位体（例えば、イットリウム－９０、ロジン－１３１、レニウム－１８８、またはホルミウム－１６６）、またはこれらの組合せなどの抗がん治療剤の投与が挙げられる。

ＣＲＣに対する例示的な処置としては、限定されないが、内視鏡的粘膜切除術もしくは内視鏡的粘膜下層剥離術などの腫瘍外科的切除術；放射線療法、化学療法剤（例えば、フルオロウラシル、カペシタビン、オキサリプラチン、イリノテカン、またはテガフール／ウラシル（ＵＦＴ））、標的治療剤（例えば、アフリベルセプト、セツキシマブ、またはパニツムマブなどの上皮増殖因子受容体阻害剤）、血管新生阻害薬（例えば、ベバシズマブ）、またはこれらの組合せなどの抗がん治療剤の投与が挙げられる。

ＰＲＡＤに対する例示的な処置としては、限定されないが、根治的前立腺切除術、経尿道的前立腺切除術、外部ビーム放射線療法、小線源療法、凍結手術、高強度焦点式超音波療法、ホルモン治療剤（例えば、アビラテロン、アパルタミド、エンザルタミド、ビカルタミド、ニルタミド、トピルタミド、ケトコナゾール、酢酸アビラテロン、またはセビテロネルなどの抗アンドロゲン）、化学療法剤（例えば、カバジタキセル、ベバシズマブ、ドセタキセル、サリドマイド、またはプレドニゾン）、もしくは免疫療法剤（例えば、Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ－Ｔがんワクチン）、またはこれらの組合せなどの抗がん治療剤の投与が挙げられる。

ＬＵＡＤに対する例示的な処置としては、限定されないが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法剤（例えば、シスプラチンまたはカルボプラチン）、標的治療剤（例えば、ゲフィチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、またはオシメルチニブなどのチロシンキナーゼ阻害剤；クリゾチニブ、セリチニブ、アレクチニブまたはブリガチニブなどのＡＬＫ阻害剤）、免疫療法剤（例えば、ニボルマブまたはペムブロリズマブなどの免疫チェックポイント阻害剤）、またはこれらの組合せなどの抗がん治療剤の投与が挙げられる。

ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、患者におけるＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣをモニターするために使用することができる。例えば、ＨＣＣをモニターする場合、第１のｃｆＤＮＡ試料を第１の時点で患者から得ることができ、第２のｃｆＤＮＡ試料を第２の時点で患者から得ることができる。一部の実施形態では、患者は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料におけるｃｆＤＮＡの１つまたは複数の遺伝子の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化を検出することによってＨＣＣについてモニターされ、１つまたは複数の遺伝子は、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１からなる群から選択され、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の増加の検出は、ＨＣＣが進行していることを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の低下の検出は、ＨＣＣが進行していないことを示す。一部の実施形態では、患者は、ｃｆＤＮＡ試料を間隔をおいて繰り返し採取し、ＨＣＣが進行しているかどうかを決定するためにｃｆＤＮＡを解析することによって、一定期間にわたってモニターされる。原発腫瘍、転移、または再発を含む進行の任意のステージのＨＣＣをモニターすることができる。

ＣＲＣをモニターする場合、第１のｃｆＤＮＡ試料を第１の時点で患者から得ることができ、第２のｃｆＤＮＡ試料を第２の時点で患者から得ることができる。一部の実施形態では、患者は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料におけるｃｆＤＮＡの１つまたは複数の遺伝子の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化を検出することによってＣＲＣについてモニターされ、１つまたは複数の遺伝子は、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択され、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の増加の検出は、ＣＲＣが進行していることを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の低下の検出は、ＣＲＣが進行していないことを示す。一部の実施形態では、患者は、ｃｆＤＮＡ試料を間隔をおいて繰り返し採取し、ＣＲＣが進行しているかどうかを決定するためにｃｆＤＮＡを解析することによって、一定期間にわたってモニターされる。原発腫瘍、転移、または再発を含む進行の任意のステージのＣＲＣをモニターすることができる。

ＰＲＡＤをモニターする場合、第１のｃｆＤＮＡ試料を第１の時点で患者から得ることができ、第２のｃｆＤＮＡ試料を第２の時点で患者から得ることができる。一部の実施形態では、患者は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料におけるｃｆＤＮＡの１つまたは複数の遺伝子の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化を検出することによってＰＲＡＤについてモニターされ、１つまたは複数の遺伝子は、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１からなる群から選択され、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の増加の検出は、ＰＲＡＤが進行していることを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の低下の検出は、ＰＲＡＤが進行していないことを示す。一部の実施形態では、患者は、ｃｆＤＮＡ試料を間隔をおいて繰り返し採取し、ＰＲＡＤが進行しているかどうかを決定するためにｃｆＤＮＡを解析することによって、一定期間にわたってモニターされる。原発腫瘍、転移、または再発を含む進行の任意のステージのＰＲＡＤをモニターすることができる。

ＬＵＡＤをモニターする場合、第１のｃｆＤＮＡ試料を第１の時点で患者から得ることができ、第２のｃｆＤＮＡ試料を第２の時点で患者から得ることができる。一部の実施形態では、患者は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料におけるｃｆＤＮＡの１つまたは複数の遺伝子の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化を検出することによってＬＵＡＤについてモニターされ、１つまたは複数の遺伝子は、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１からなる群から選択され、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の増加の検出は、ＬＵＡＤが進行していることを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の低下の検出は、ＬＵＡＤが進行していないことを示す。一部の実施形態では、患者は、ｃｆＤＮＡ試料を間隔をおいて繰り返し採取し、ＬＵＡＤが進行しているかどうかを決定するためにｃｆＤＮＡを解析することによって、一定期間にわたってモニターされる。原発腫瘍、転移、または再発を含む進行の任意のステージのＬＵＡＤをモニターすることができる。

ＬＵＳＣをモニターする場合、第１のｃｆＤＮＡ試料を第１の時点で患者から得ることができ、第２のｃｆＤＮＡ試料を第２の時点で患者から得ることができる。一部の実施形態では、患者は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料におけるｃｆＤＮＡの１つまたは複数の遺伝子の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化を検出することによってＬＵＳＣについてモニターされ、１つまたは複数の遺伝子は、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１からなる群から選択され、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の増加の検出は、ＬＵＳＣが進行していることを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料におけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１からなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子のＣｐＧ部位のメチル化頻度の低下の検出は、ＬＵＳＣが進行していないことを示す。一部の実施形態では、患者は、ｃｆＤＮＡ試料を間隔をおいて繰り返し採取し、ＬＵＳＣが進行しているかどうかを決定するためにｃｆＤＮＡを解析することによって、一定期間にわたってモニターされる。原発腫瘍、転移、または再発を含む進行の任意のステージのＬＵＳＣをモニターすることができる。

患者が、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを発症しやすくさせる基礎状態または疾患を有する場合に、主題の方法は、本明細書に記載されているように、患者を診断またはモニターするのに特に有用である。

ＨＣＣに対する感受性を増加させる例示的な状態および疾患としては、以下に限定されないが、肝臓炎、肝臓の外傷、肝硬変、脂肪肝疾患、肝炎（例えば、アルコール性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎、自己免疫性肝炎、薬物性肝炎、またはウイルス性肝炎）、Ａ型肝炎ウイルス感染、Ｂ型肝炎ウイルス感染、Ｃ型肝炎ウイルス感染、Ｄ型肝炎ウイルス感染、Ｅ型肝炎ウイルス感染、遺伝性ヘモクロマトーシス、ウィルソン病、原発性胆汁性硬変、およびα－１－アンチトリプシン欠損症が挙げられる。

ＣＲＣに対する感受性を増加させる例示的な状態および疾患としては、以下に限定されないが、肥満、喫煙、運動不足、赤身肉、加工肉、またはアルコールの多い食事、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）、家族性腺腫性ポリポーシス、ガードナー症候群、遺伝性非ポリポーシス、および鋸歯状ポリポーシス症候群、およびＣＲＣを発症しやすい遺伝的素因（例えば、ＰＯＬＥまたはＰＯＬＤ１遺伝子の変異）が挙げられる。

ＰＲＡＤに対する感受性を増加させる例示的な状態および疾患としては、以下に限定されないが、年齢（５０歳を超える）、前立腺がんの家族歴、肥満、高血圧、加工肉、赤身肉、または乳製品の多い食事、淋病、およびＰＲＡＤを発症しやすい遺伝的素因（例えば、ＢＲＣＡ、ＨＰＣ１、もしくはＡＲ遺伝子の変異、またはＴＭＰＲＳＳ２－ＥＴＳ遺伝子ファミリー融合）が挙げられる。

ＬＵＡＤに対する感受性を増加させる例示的な状態および疾患としては、以下に限定されないが、タバコの喫煙、およびＬＵＡＤを発症しやすい遺伝的素因（例えば、ＴＰ５３、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、ＫＥＡＰ１、ＳＴＫ１１、またはＮＦ１遺伝子の変異）が挙げられる。

ＬＵＳＣに対する感受性を増加させる例示的な状態および疾患としては、以下に限定されないが、タバコの喫煙および、ＬＵＳＣを発症しやすい遺伝的素因（例えば、ＴＰ５３、ＭＬＬ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＫＥＡＰ１、ＰＴＥＮ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＩＫ３ＣＡ、またはＮＦＥ２Ｌ２遺伝子の変異）が挙げられる。

主題の方法は、個体が、処置に対して応答性であるかまたは応答性でないかを決定するために、個体から得られた処置前および処置後のｃｆＤＮＡ試料をアッセイするために使用されてもよい。例えば、第１のｃｆＤＮＡ試料は、対象が治療を受ける前に対象から得ることができ、第２のｃｆＤＮＡ試料は、対象が治療を受けた後に対象から得ることができる。

一実施形態では、ＨＣＣに対する患者の処置の有効性は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料において、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを測定し、処置の有効性を評価することによってモニターされ、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加の検出は、ＨＣＣが進行しているかまたは処置に応答していないことを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの低下の検出は、ＨＣＣが進行していないことを示す。

別の実施形態では、ＣＲＣに対する患者の処置の有効性は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料において、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを測定し、処置の有効性を評価することによってモニターされ、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加の検出は、ＣＲＣが進行しているかまたは処置に応答していないことを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの低下の検出は、ＣＲＣが進行していないことを示す。

別の実施形態では、ＰＲＡＤに対する患者の処置の有効性は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料において、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを測定し、処置の有効性を評価することによってモニターされ、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加の検出は、ＰＲＡＤが進行しているかまたは処置に応答していないことを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの低下の検出は、ＰＲＡＤが進行していないことを示す。

別の実施形態では、ＬＵＡＤに対する患者の処置の有効性は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料において、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを測定し、処置の有効性を評価することによってモニターされ、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加の検出は、ＬＵＡＤが進行しているかまたは処置に応答していないことを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの低下の検出は、ＬＵＡＤが進行していないことを示す。

別の実施形態では、ＬＵＳＣに対する患者の処置の有効性は、第１のｃｆＤＮＡ試料および第２のｃｆＤＮＡ試料において、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを測定し、処置の有効性を評価することによってモニターされ、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの増加の検出は、ＬＵＳＣが進行しているかまたは処置に応答していないことを示し、第１のｃｆＤＮＡ試料と比較した、第２のｃｆＤＮＡ試料における、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルの低下の検出は、ＬＵＳＣが進行していないことを示す。

処置前の試料におけるｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルは、第１の試料が治療の投与前に（すなわち、「処置前」）個体から単離されるため、「処置前値」と称され得る。処置前の試料におけるｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルは、この値が、「処置後」の値と比較される値であるため、「ベースライン値」とも称され得る。一部の場合には、ベースライン値（すなわち、「処置前値」）は、複数の（すなわち、１個より多い、例えば、２個またはそれより多い、３個またはそれより多い、４個またはそれより多い、５個またはそれより多いなど）処置前の試料におけるｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルを決定することによって決定される。一部の場合には、複数の処置前の試料は、処置前のバイオマーカーレベルの自然変動を査定するために、異なる時点で個体から単離される。このように、一部の場合には、１つまたは複数の（例えば、２個またはそれより多い、３個またはそれより多い、４個またはそれより多い、５個またはそれより多いなどの）処置前の試料が、個体から単離される。一部の実施形態では、処置前の試料はすべて、同じ種類の試料（例えば、血液試料）である。一部の場合には、２個またはそれより多い処置前の試料が、試料におけるバイオマーカーのレベルを決定する前にプールされる。一部の場合には、ｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルは、２個またはそれより多い処置前の試料について別々に決定され、「処置前値」は、別々の測定値を平均することによって計算される。

処置後の試料は、治療の投与後に個体から単離される。よって、処置後の試料におけるｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルは、「処置後値」と称され得る。一部の実施形態では、ｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルは、さらなる処置後の試料（例えば、第２、第３、第４、第５などの処置後の試料）において測定される。さらなる処置後の試料は、処置の投与後に個体から単離されるため、さらなる試料におけるバイオマーカーのレベルは、「処置後値」とも称され得る。

「応答性」という用語は、本明細書で使用される場合、処置が、抗腫瘍効果などの所望の効果を有していることを意味する。例えば、陽性の治療応答は、疾患における以下の改善のうちの１つまたは複数を指す：（１）腫瘍サイズの低減；（２）がん細胞数の低減；（３）腫瘍成長の阻害（すなわち、ある程度まで減速、好ましくは停止）；（４）がん細胞の末梢臓器への浸潤の阻害（すなわち、ある程度まで減速、好ましくは停止）；（５）腫瘍転移の阻害（すなわち、ある程度まで減速、好ましくは停止）；および（６）がんに関連する１つまたは複数の症状からのある程度の緩和。個体が処置に応答して改善しない場合、個体に対して異なる治療または処置レジメンを求めることが望ましい場合がある。

個体がＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有するという決定は、１つまたは複数のｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルと疾患との間の相関の能動的臨床適用である。例えば、「決定する」には、能動的アッセイステップ中に生成されたデータを精査すること、および個体が、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣを有するか有さないか、またはＨＣＣ処置のための治療に応答するか応答しないかを解決する能動的ステップが必要である。さらに、一部の場合には、現在の処置（すなわち、治療）を進めるか、代わりに処置を変えるかの決定が行われる。一部の場合には、主題の方法は、治療を継続するかまたは治療を変えるステップを含む。

「処置を継続する」（すなわち、治療を継続する）という用語は、現在の処置経過（例えば、治療の継続投与）を継続することを意味するために本明細書で使用される。現在の処置経過が、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを処置するのに有効でない場合、処置は変えられてもよい。「治療を変える」は、「治療を中止する」または「治療を変更する」（例えば、処置の種類を変更する、特定の用量および／または薬の投与頻度を変更する、例えば、用量および／または頻度を増加させる）を意味するために本明細書で使用される。一部の場合には、個体が応答性であると思われるまで治療を変えることができる。一部の実施形態では、治療を変えることは、どの種類の処置を投与するかを変更すること、特定の処置を完全に中止することなどを意味する。

非限定的な例示的な例として、患者は、化学療法剤で最初に処置されてよい。次いで、「処置を継続する」ことは、この種類の処置を継続することである。現在の処置経過が有効でない場合、処置は変えられてよく、例えば、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣの処置の投薬量または頻度を増加させるか、異なる処置に変更するか、または患者への緩和ケアを開始する。処置を切り替えることは、例えば、異なる化学療法剤を投与することまたは異なる種類の抗がん治療、例えば、手術、放射線療法、免疫療法などを投与することを伴ってよい。

言い換えれば、１つまたは複数のｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルは、どの時点で治療を継続するかおよび／またはどの時点で治療を変えるかを決定するためにモニターされてよい。このように、処置後のｃｆＤＮＡ試料は、いずれかの投与後に単離することができ、ｃｆＤＮＡ試料は、１つまたは複数のｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子のメチル化の頻度またはレベルを決定するためにアッセイすることができる。したがって、主題の方法は、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣに対して処置されている個体が応答性であるかどうか、または処置に対する応答性を維持しているかどうかを決定するために使用され得る。

治療は、処置前のｃｆＤＮＡ試料が個体から単離された後いつでも個体に投与することができるが、治療は、処置前のｃｆＤＮＡ試料が単離された（または複数の処置前のｃｆＤＮＡ試料が単離される場合、最後の処置前のｃｆＤＮＡ試料が単離された）のと同時に、またはその後可能な限りすぐ（例えば、約７日もしくはそれより短い、約３日もしくはそれより短い、例えば、２日もしくはそれより短い、３６時間もしくはそれより短い、１日もしくはそれより短い、２０時間もしくはそれより短い、１８時間もしくはそれより短い、１２時間もしくはそれより短い、９時間もしくはそれより短い、６時間もしくはそれより短い、３時間もしくはそれより短い、２．５時間もしくはそれより短い、２時間もしくはそれより短い、１．５時間もしくはそれより短い、１時間もしくはそれより短い、４５分もしくはそれより短い、３０分もしくはそれより短い、２０分もしくはそれより短い、１５分もしくはそれより短い、１０分もしくはそれより短い、５分もしくはそれより短い、２分もしくはそれより短い、または１分もしくはそれより短い）に投与されるのが好ましい。

一部の場合には、１種類より多い治療が個体に投与されてよい。例えば、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有する対象は、腫瘍の外科的切除術と、それに続く化学療法剤または生物剤の投与を受けてよい。全身治療は、がんが原発腫瘍部位を越えて広がるかまたは転移を起こした場合に投与される場合がある。

一部の実施形態では、メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーは、患者におけるＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣの再発をモニターするために使用される。例えば、第１のｃｆＤＮＡは、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣの以前の発生に対する処置後の患者から、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で得ることができる。第１のｃｆＤＮＡ試料からのｃｆＤＮＡにおいて、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化のレベルまたは頻度を測定することができる。第２のｃｆＤＮＡ試料は、再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で患者から得ることができる。第２のｃｆＤＮＡ試料からのｃｆＤＮＡにおいて、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化のレベルまたは頻度も測定することができる。患者は、１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化のレベルまたは頻度に基づいて、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣの再発について陽性診断を有する場合に、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣの再発に対して処置されるべきである。一部の実施形態では、患者は、ｃｆＤＮＡ試料を間隔をおいて繰り返し採取し、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣの再発を有するかどうかを決定するためにｃｆＤＮＡを解析することによって、一定期間にわたって再発についてモニターされる。一部の実施形態では、患者は、本明細書に記載の方法によって、１カ月、２カ月、４カ月、６カ月、８カ月、１年、２年、３年、４年、５年、またはそれより長い期間にわたり再発について繰返しモニターされる。

一実施形態では、患者におけるＨＣＣの再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＨＣＣの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＨＣＣが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＨＣＣの再発について陽性診断を有する場合に、ＨＣＣの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の実施形態では、患者におけるＣＲＣの再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＣＲＣの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＣＲＣが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＣＲＣの再発について陽性診断を有する場合に、ＣＲＣの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の実施形態では、患者におけるＰＲＡＤの再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＰＲＡＤの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＰＲＡＤが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＰＲＡＤの再発について陽性診断を有する場合に、ＰＲＡＤの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の実施形態では、患者におけるＬＵＡＤの再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＬＵＡＤの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中に、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＬＵＡＤが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＡＤの再発について陽性診断を有する場合に、ＬＵＡＤの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

別の実施形態では、患者におけるＬＵＳＣの再発をモニターし、再発に対して患者を処置する方法であって、ａ）ＰＲＡＤの以前の発生に対する処置後に、患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、患者から第１の血液試料を得るステップと、ｂ）第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、ｃ）再発に関するモニタリング期間中に、患者から第２の血液試料を得るステップと、ｄ）第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、第１の血液試料のｃｆＤＮＡと比較した、第２の血液試料のｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、ＬＵＳＣが再発したことを示す、ステップと、ｅ）患者が１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化レベルに基づいてＬＵＳＣの再発について陽性診断を有する場合に、ＬＵＳＣの再発に対して患者を処置するステップと、ｆ）次に、再発に関するモニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップとを含む、方法が提供される。

一部の実施形態では、主題の方法は、個体が、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣ、またはＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣの再発を有すると決定されるかどうかを示す解析を提供するステップを含む。解析は、個体が処置に対して応答性であるかもしくは応答性でないか、または個体がＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣの処置に対して応答性を維持しているかもしくは応答性を維持していないと決定されるかどうかの解析をさらに提供する場合がある。上記のように、解析は、口頭または書面による報告書（例えば、書面または電子文書）であり得る。解析は、対象、対象の主治医、検査施設などに提供され得る。解析は、インターネットを介したウェブサイトアドレスとしてもアクセス可能であり得る。このような一部の場合には、解析は、複数の異なる実体（例えば、対象、対象の主治医、検査施設など）によってアクセス可能であり得る。

ｃｆＤＮＡメチル化の検出
ｃｆＤＮＡのＣｐＧ部位でのメチル化を検出するための当技術分野で公知の任意の好適な方法が使用され得る。メチル化を検出するための例示的な技法としては、限定されないが、メチル化感受性任意プライマーポリメラーゼ連鎖反応（ＭＳＡＰ－ＰＣＲ）、メチル化感受性一塩基プライマー伸長（Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ）、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素解析、制限酵素ベースのシーケンシング、制限酵素ベースのマイクロアレイ解析、複合バイサルファイト制限分析（ＣＯＢＲＡ）、メチル化ＣｐＧアイランド増幅（ＭＣＡ）、メチル化ＣｐＧアイランド増幅およびマイクロアレイ（ＭＣＡＭ）、ライゲーション媒介性ＰＣＲによるＨｐａＩＩ微小断片濃縮（ＨＥＬＰ）、バイサルファイトシーケンシング、バイサルファイトマイクロアレイ解析、メチル化特異的パイロシーケンシング、ＨＥＬＰシーケンシング（ＨＥＬＰ－ｓｅｑ）、ＴＥＴ支援ピリジンボランシーケンシング（ＴＡＰＳ）、Ｇｌａｌ加水分解およびライゲーションアダプター依存ＰＣＲ（ＧＬＡＤ－ＰＣＲ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降－シーケンシング（ＭｅＤＩＰ－Ｓｅｑ）、またはメチル化ＤＮＡ免疫沈降－マイクロアレイ解析（ＭｅＤＩＰ－ｃｈｉｐ）、メチル感受性制限酵素を用いるサザンブロッティング、ならびにメチル化特異的巨大磁気抵抗センサーベースのマイクロアレイ解析が挙げられる。

バイサルファイトシーケンシングでは、メチル化部位を検出するために、シーケンシング前にＤＮＡのバイサルファイト処理を使用する。ＤＮＡのバイサルファイトでの処理により、シトシン残基をウラシルに変換するが、メチル化シトシン残基には影響を及ぼさない。バイサルファイト処理後、ＤＮＡに残るシトシンはメチル化されたシトシンだけである。よって、バイサルファイト処理後のＤＮＡをシーケンシングすることにより、一塩基分解能で個々のシトシン残基のメチル化状況が明らかになる（参照により本明細書に組み込まれる、Reinders et al. (2010) Epigenomics 2(2):209-20、Chatterjee et al. (2012) Nucleic Acids Research 40(10): e79、Wreczycka et al. (2017) J. Biotechnol. 261:105-115、Shafi et al. (2018) Brief Bioinform. 19(5):737-753）。

ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔアッセイでは、ＤＮＡメチル化の検出のために、メチル化特異的プライミングおよびメチル化特異的蛍光プロービングを用いるバイサルファイト依存性の定量的蛍光ベースのリアルタイムＰＣＲが使用される。ＤｉｇｉｔａｌＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔは、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔアッセイをデジタルＰＣＲと組み合わせて、個々のメチル化分子の検出を可能にする（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Eads et al. (1999) Cancer Res. 59: 2302-2306、Campan et al. (2018) Methods Mol. Biol. 1708:497-513を参照されたい）。

ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔアッセイは、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイを増幅プライマー間のＣｐＧ位置をカバーするメチル化特異的ブロッキングプローブと組み合わせた、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）アッセイの変形形態である。

Ｍｓ－ＳＮｕＰＥアッセイでは、可視化および定量のために、ＤＮＡのバイサルファイト処理が、ＣｐＧ部位のすぐ上流でハイブリダイズするように設計されたプライマーを使用するＰＣＲ、およびポリアクリルアミドゲル上でのアンプリコンの電気泳動と組み合わせて使用される。ＤＮＡ（ゲノムＤＮＡまたはｃｆＤＮＡ）の重亜硫酸ナトリウムでの処理により、非メチル化シトシンがウラシルに変換され、ＰＣＲステップ中、ウラシルはチミンとして複製され、メチルシトシンは増幅中にシトシンとして複製される。元のＣｐＧ部位におけるメチル化シトシン対非メチル化シトシン（Ｃ対Ｔ）の比率は、ゲルで単離されたＰＣＲ産物、プライマー、およびＴａｑポリメラーゼを［^３２Ｐ］ｄＣＴＰまたは［^３２Ｐ］ＴＴＰのいずれかと共にインキュベートし、それに続く、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動およびホスホイメージ解析によって決定することができる。Ｍｓ－ＳＮｕＰＥプライマーは、どのＣｐＧ部位が解析されるかに応じてメチル化状況を査定するために、反対鎖に［^３２Ｐ］ｄＡＴＰまたは［^３２Ｐ］ｄＧＴＰのいずれかを組み込むように設計することもできる（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Gonzalgo & Jones (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2529-2531；Gonzalgo et al. (2007) Nat. Protoc. 2(8):1931-6を参照されたい）。

ＭＳＰアッセイでは、非メチル化シトシンのウラシルへの変換のためのＤＮＡのバイサルファイト処理と、非メチル化ＤＮＡと対比してメチル化ＤＮＡに特異的なプライマーによるその後の増幅が使用される（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Herman et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 9821-9826、および米国特許第５，７８６，１４６号を参照されたい）。

ＣＯＢＲＡアッセイでは、非メチル化シトシンのウラシルへの変換のためのＤＮＡのバイサルファイト処理、バイサルファイトで変換されたＤＮＡの遺伝子座特異的ＰＣＲ増幅、制限酵素消化、電気泳動、ゲル上の制限パターンの解析が使用される（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Xiong & Laird (1997) Nucleic Acids Res. 25: 2532-2534；Bilichak et al. (2017) Methods Mol. Biol. 1456:63-71を参照されたい）。

ＭＣＡアッセイでは、ＤＮＡを消化するためにメチル化感受性制限酵素が、続いて、メチル化ＣｐＧリッチ配列を選択的に増幅させるためにアダプターライゲーションおよびＰＣＲが使用される（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Toyota et al. (1999) Cancer Res. 59: 2307-12、およびＷＯ００／２６４０１Ａ１を参照されたい）。

ＭＣＡＭアッセイでは、ＤＮＡメチル化をハイスループット様式で検出するために、ＭＣＡがＣｐＧアイランドマイクロアレイと組み合わされて使用される（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Estecio et al. (2007) Genome Res. 17(10):1529-1536を参照されたい）。

ＨＥＬＰアッセイでは、ＤＮＡを切断するためにメチル化感受性制限酵素ＨｐａＩＩが、および対照としてメチル化非感受性イソシゾマーＭｓｐＩが使用される。マイクロアレイ解析は、ＨｐａＩＩ／ＭｓｐＩ断片を検出するように設計されたプローブを含有するマイクロアレイを用いて実施される。ＨＥＬＰ－ｓｅｑでは、ＨＥＬＰアッセイがＤＮＡメチル化部位の超並列シーケンシングと組み合わされる（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Greally (2018) Methods Mol. Biol. 1708:191-207；Suzuki et al. (2010) Methods 52(3):218-22を参照されたい）。

ＧＬＡＤ－ＰＣＲアッセイでは、メチル化ＤＮＡのみを切断する部位特異的メチル指向性ＤＮＡエンドヌクレアーゼが、続いて、ＤＮＡ断片のハイスループットＰＣＲ用のユニバーサルアダプターへのライゲーションが使用される（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Malyshev et al. (2020) Acta Naturae 12(3):124-133；ロシア特許ＲＵ２５２５７１０号を参照されたい）。

ＭｅＤＩＰアッセイでは、５－メチルシトシンに対する抗体を使用して、メチル化ＤＮＡ断片を免疫沈降させる。この技法は、マイクロアレイハイブリダイゼーション（ＭｅＤＩＰ－ｃｈｉｐ）または次世代シーケンシング（ＭｅＤＩＰ－ｓｅｑ）を使用するハイスループットＤＮＡ検出法と組み合わせることができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Weber et al. (2005) Nat. Genet. 37 (8): 853-862、Palmke et al. (2011) Methods 53(2):175-184、Quackenbush et al. (2008) Cancer Res. 68(6):1786-1796、Zhu et al. (2019) Analyst 144(6):1904-1915、Yang et al. (2014) Life Sci. 113(1-2):45-54を参照されたい。

ＴＥＴ支援ピリジンボランシーケンシング（ＴＡＰＳ）では、テン－イレブン転移（ＴＥＴ）酵素を使用して、５－メチルシトシンおよび５－ヒドロキシメチルシトシンの５－カルボキシルシトシンへの酸化を触媒し、続いて、ピリジンボランを還元してジヒドロウラシルを生成する。未修飾シトシンは影響を受けない。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Liu et al. (2019) Nat Biotechnol. 37:424-429を参照されたい。

メチル化特異的巨大磁気抵抗センサーベースのマイクロアレイ解析では、メチル化特異的ＰＣＲおよび巨大磁気抵抗（ＧＭＲ）バイオセンサー上での融解曲線解析を組み合わせる。ＧＭＲバイオセンサーは、ＰＣＲアンプリコン中のメチル化または非メチル化ＣｐＧ部位を標的とする合成ＤＮＡプローブを含む。ＰＣＲアンプリコンのＧＭＲバイオセンサーへのハイブリダイゼーション後、２種類のプローブ間の融解温度（Ｔｍ）の差を測定する。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Rizzi et al. (2017) ACS Nano. 11(9): 8864-8870、Nesvet et al. (2019) Biosens Bioelectron 124-125:136-142を参照されたい。

配列は、メチル化の程度（例えば、一方のメチル化が他方のメチル化に対して増加または減少している）、頻度、またはパターンが異なる場合、「差次的にメチル化されている」、または「メチル化の差異」を有する、または「異なるメチル化状態」を有すると言われる。「差次的メチル化」という用語は、がん陽性試料における核酸メチル化のレベルまたはパターンが、がん陰性試料における核酸メチル化のレベルまたはパターンと比較して異なることを指す。これは、手術後にがんが再発した患者と再発しなかった患者との間のレベルまたはパターンの差を指す場合もある。

メチル化状況は、必要に応じて、「メチル化値」（例えば、メチル化頻度、割合、比率、パーセントなどを表す）によって表されるかまたは示され得る。メチル化値は、例えば、メチル化依存性制限酵素による制限酵素消化後に存在するインタクト核酸の量を定量することによって、またはバイサルファイト反応後の増幅プロファイルを比較することによって、またはバイサルファイト処理した核酸と未処理の核酸の配列を比較することによって得ることができる。したがって、値、例えばメチル化値は、メチル化状況を表し、よって、遺伝子座の複数のコピーにわたるメチル化状況の定量的指標として使用することができる。これは、試料中の配列のメチル化状況を閾値または参照値と比較することが望ましい場合に特に有用である。

メチル化状態は、特定の部位でメチル化されたＤＮＡの個々の鎖の、その特定の部位を含む試料中のＤＮＡの総個体数に対する割合またはパーセンテージに関して表されてよい。本明細書で使用される場合、「メチル化頻度」または「メチル化パーセント（％）」は、分子または遺伝子座がメチル化されていない場合の数に対する、分子または遺伝子座がメチル化されている場合の数を指す。

データ解析
一部の実施形態では、ｃｆＤＮＡメチル化のデータを解析する際に１つまたは複数のパターン認識方法が使用され得る。定量値を線形または非線形様式で組み合わせて、個体ごとのＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣに関する１つまたは複数のリスクスコアを計算してもよい。一部の実施形態では、メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せの測定値は、線形もしくは非線形モデルまたはアルゴリズム（例えば、「バイオマーカーシグネチャー」）に定式化され、尤度スコアに変換される。この尤度スコアは、ｃｆＤＮＡ試料が、疾患のエビデンスがない患者、またはＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣを有する患者に由来する確率を示す。尤度スコアは、がんの進行の異なるステージを区別するために使用することもできる。モデルおよび／またはアルゴリズムは、機械可読形式で提供することができ、ｃｆＤＮＡバイオマーカー遺伝子もしくはバイオマーカープロファイルにおけるＣｐＧ部位でのメチル化の頻度もしくはレベルを疾患状態と相関させるため、および／または患者もしくは患者の分類に対する処置モダリティーを指定するために使用されてもよい。

複数のバイオマーカーのレベルを解析することは、アルゴリズムまたは分類器の使用を含んでよい。一部の実施形態では、機械学習アルゴリズムを使用して、患者をＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有するとして分類する。機械学習アルゴリズムは、教師あり学習アルゴリズムを含んでよい。教師あり学習アルゴリズムの例としては、平均１従属推定器（ＡｖｅｒａｇｅＯｎｅ－ＤｅｐｅｎｄｅｎｃｅＥｓｔｉｍａｔｏｒｓ）（ＡＯＤＥ）、人工ニューラルネットワーク（例えば、逆行性伝播）、ベイズ統計学（例えば、ナイーブベイズ分類器、ベイジアンネットワーク、ベイジアンナレッジベース）、事例ベース推論、決定木、帰納論理プログラミング、ガウス処理回帰、データ処理のグループ化方法（ＧＭＤＨ）、学習オートマトン、学習ベクトル量子化、最小メッセージ長（決定木、決定グラフなど）、怠惰学習、事例に基づく学習最近傍アルゴリズム、類似モデリング、確率的で近似的に正しい学習（ＰＡＣ）学習、リップルダウンルール、知識獲得方法論、シンボリック機械学習アルゴリズム、サブシンボリック機械学習アルゴリズム、サポートベクターマシン、ランダムフォレスト、分類器のアンサンブル、ブートストラップ集約（バギング）、およびブースティングが挙げられ得る。教師あり学習は、回帰分析および情報ファジィネットワーク（ＩＦＮ）などの順序分類を含んでよい。あるいは、教師あり学習方法は、統計分類、例えば、ＡＯＤＥ、線形分類器（例えば、フィッシャーの線形判別、ロジスティック回帰、ナイーブベイズ分類器、パーセプトロン、およびサポートベクターマシン）、二次分類器、ｋ近傍法、ブースティング、決定木（例えば、Ｃ４．５、ランダムフォレスト）、ベイジアンネットワーク、および隠れマルコフモデルを含んでよい。

機械学習アルゴリズムはまた、教師なし学習アルゴリズムを含んでもよい。教師なし学習アルゴリズムの例は、人工ニューラルネットワーク、データクラスタリング、期待値最大化アルゴリズム、自己組織化マップ、動径基底関数ネットワーク、ベクトル量子化、生成位相写像、情報ボトルネック法、およびＩＢＳＥＡＤを含んでもよい。教師なし学習はまた、Ａｐｒｉｏｒｉアルゴリズム、ＥｃｌａｔアルゴリズムおよびＦＰ－ｇｒｏｗｔｈアルゴリズムなどの相関ルール学習アルゴリズムを含んでもよい。単連結クラスタリングおよび概念クラスタリングなどの階層的クラスタリングも使用されてもよい。あるいは、教師なし学習は、Ｋ平均アルゴリズムおよびファジィクラスタリングなどの分割クラスタリングを含んでよい。

一部の事例では、機械学習アルゴリズムは、強化学習アルゴリズムを含む。強化学習アルゴリズムの例としては、以下に限定されないが、時間的差分学習、Ｑ学習および学習オートマトンが挙げられる。あるいは、機械学習アルゴリズムがデータ前処理を含んでよい。

好ましくは、機械学習アルゴリズムは、以下に限定されないが、平均１従属推定器（ＡＯＤＥ）、フィッシャーの線形判別、ロジスティック回帰、パーセプトロン、多層パーセプトロン、人工ニューラルネットワーク、サポートベクターマシン、二次分類器、ブースティング、決定木、Ｃ４．５、ベイジアンネットワーク、隠れマルコフモデル、高次元判別解析、および混合ガウスモデルを含んでよい。機械学習アルゴリズムは、サポートベクターマシン、ナイーブベイズ分類器、ｋ近傍法、高次元判別解析、または混合ガウスモデルを含んでよい。一部の事例では、機械学習アルゴリズムは、ランダムフォレストを含む。

キット
本明細書に記載のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを検出するために使用することができるキットも提供される。このようなキットを使用して、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣを有する対象を診断するか、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、もしくはＬＵＳＣの再発を検出するか、治療を選択するか、または処置に対する応答をモニターすることができる。キットは、メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカー検出用の１つまたは複数の薬剤、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有することが疑われるヒト対象から単離されたｃｆＤＮＡ（例えば、血液または血漿）を含む生体試料を保持するための容器、および薬剤を生体試料または生体試料の一部と反応させて、生体試料におけるｃｆＤＮＡの１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを検出するための印刷された使用説明書を含んでよい。薬剤は、別々の容器にパッケージングされてよい。キットは、１つまたは複数の対照参照試料およびメチル化アッセイ（例えば、バイサルファイトシーケンシング、ＭＳＡＰ－ＰＣＲ、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）、ＤｉｇｉｔａｌＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）、ＨｅａｖｙＭｅｔｈｙｌ（商標）ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ（商標）、Ｍｓ－ＳＮｕＰＥ、ＭＳＰ、ＣＯＢＲＡ、ＭＣＡ、ＭＣＡＭ、ＨＥＬＰ、ＨＥＬＰ－ｓｅｑ、ＧＬＡＤ－ＰＣＲ、ＭｅＤＩＰ－Ｓｅｑ、ＭｅＤＩＰ－ｃｈｉｐなど）を実施するための試薬をさらに含んでよい。例えば、主題のキットは、バイサルファイト試薬、メチル化感受性制限酵素、ＣｐＧジヌクレオチドを含有するＤＮＡ領域を選択的に増幅するＰＣＲプライマー、メチル化特異的プライマー、メチル化特異的プローブ、またはこれらの組合せなどのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含んでよい。

例えば、キットは、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＬＵＡＤ、またはＬＵＳＣを有する患者からのｃｆＤＮＡ試料において、健康対照対象またはがんを有さない対象と比較した、メチル化頻度の増加を示す、本明細書に記載のバイオマーカーの１つまたは複数のメチル化を検出するために使用することができる。

一部の実施形態では、キットは、遺伝子：ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１のプロモーター領域の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ＣｐＧ部位：ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。

一部の実施形態では、キットは、遺伝子：ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃのプロモーター領域の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ＣｐＧ部位：ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。

一部の実施形態では、キットは、遺伝子：ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１のプロモーター領域の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ＣｐＧ部位：ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。

一部の実施形態では、キットは、遺伝子：ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１のプロモーター領域の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ＣｐＧ部位：ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。

一部の実施形態では、キットは、遺伝子：ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１のプロモーター領域の１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。一部の実施形態では、キットは、ＣｐＧ部位：ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５でのメチル化の頻度またはレベルを決定するための薬剤を含む。

キットは、キットに含有される組成物用の１つまたは複数の容器を含み得る。組成物は、液体形態であっても凍結乾燥されていてもよい。組成物用の好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、および試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックを含む種々の材料から形成され得る。

上記の構成要素に加えて、主題のキットは（ある特定の実施形態では）、主題の方法を実践するための使用説明書をさらに含んでよい。これらの使用説明書は、種々の形態で主題のキット中に存在してよく、そのうちの１つまたは複数は、キット内に存在してよい。これらの使用説明書が存在し得る１つの形態は、好適な媒体または基材、例えば、情報が印刷された紙片（単数または複数）、キットのパッケージング内、添付文書中などに印刷された情報としてである。これらの使用説明書のさらに別の形態は、情報が記録されたコンピュータ可読媒体、例えば、ディスケット、コンパクトディスク（ＣＤ）、ＤＶＤ、フラッシュドライブなどである。存在し得るこれらの使用説明書のさらに別の形態は、削除されたサイトで情報にアクセスするためにインターネットを介して使用され得るウェブサイトアドレスである。

本開示の非限定的な態様の例
上記の本発明の主題の、実施形態を含む態様は、単独でまたは１つもしくは複数の他の態様もしくは実施形態と組み合わせて有用であり得る。前述の記載に限定されないが、１～９８で番号付けされた本開示のある特定の非限定的な態様を以下に提供する。本開示を読めば当業者には明らかであるように、個々に番号付けされた態様はそれぞれ、先行するかまたは後続の個々に番号付けされた態様のいずれかと共に使用されても、またはそれと組み合わされてもよい。このことは、このような態様すべての組合せに対するサポートを提供することを意図したものであり、以下に明示する態様の組合せに限定されるものではない：
１．患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＨＣＣを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＨＣＣに関する陽性診断を有する場合に、前記ＨＣＣに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
２．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様１に記載の方法。
３．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、態様２に記載の方法。
４．ＨＣＣに対して前記患者を処置する前記ステップが、ＨＣＣ腫瘍の外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様１から３のいずれか一項に記載の方法。
５．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＨＣＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、態様１から４のいずれか一項に記載の方法。
６．患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＨＣＣを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
７．患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＨＣＣが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＨＣＣが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
８．前記ＨＣＣが、原発性腫瘍、転移、または再発である、態様７に記載の方法。
９．前記第１の時点が、ＨＣＣに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、態様７または８に記載の方法。
１０．前記処置が、外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、態様９に記載の方法。
１１．ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、態様７から１０のいずれか一項に記載の方法。
１２．ＨＣＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、異なる処置に変更するステップ、または前記ＨＣＣが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、態様７から１１のいずれか一項に記載の方法。
１３．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様７から１２のいずれか一項に記載の方法。
１４．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、態様１３に記載の方法。
１５．患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＨＣＣの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＨＣＣが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＨＣＣの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＨＣＣの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
１６．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様１５に記載の方法。
１７．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様１６に記載の方法。
１８．ＨＣＣの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、ＨＣＣ腫瘍の外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様１５から１７のいずれか一項に記載の方法。
１９．アルファフェトタンパク質（ＡＦＰ）レベルを測定するステップをさらに含む、態様１から１８のいずれか一項に記載の方法。
２０．肝細胞癌（ＨＣＣ）の診断、ＨＣＣ再発の検出、またはＨＣＣ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
２１．患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、前記ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＣＲＣを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＣＲＣに関する陽性診断を有する場合に、前記ＣＲＣに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
２２．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様２１に記載の方法。
２３．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様２２に記載の方法。
２４．ＣＲＣに対して前記患者を処置する前記ステップが、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様２１から２３のいずれか一項に記載の方法。
２５．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＣＲＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、態様２１から２４のいずれか一項に記載の方法。
２６．結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）の診断、ＣＲＣ再発の検出、またはＣＲＣ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧでメチル化された無細胞ＤＮＡ。
２７．患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＣＲＣが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＣＲＣが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
２８．前記ＣＲＣが、原発性腫瘍、転移、または再発である、態様２７に記載の方法。
２９．前記第１の時点が、ＣＲＣに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、態様２７または２８に記載の方法。
３０．前記処置が、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、態様２９に記載の方法。
３１．ＣＲＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＣＲＣに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＣＲＣが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、態様２７から３０のいずれか一項に記載の方法。
３２．ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、態様２７から３１のいずれか一項に記載の方法。
３３．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様２７から３２のいずれか一項に記載の方法。
３４．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、態様３３に記載の方法。
３５．患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＣＲＣの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＣＲＣが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＣＲＣの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＣＲＣの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
３６．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様３５に記載の方法。
３７．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様３６に記載の方法。
３８．ＣＲＣの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様３５から３７のいずれか一項に記載の方法。
３９．患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＣＲＣを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
４０．患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＰＲＡＤを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＰＲＡＤに関する陽性診断を有する場合に、前記ＰＲＡＤに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
４１．前記１つまたは複数のＣｐＧが、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様４０に記載の方法。
４２．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様４１に記載の方法。
４３．ＰＲＡＤに対して前記患者を処置する前記ステップが、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様４０から４２のいずれか一項に記載の方法。
４４．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＰＲＡＤを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、態様４０から４３のいずれか一項に記載の方法。
４５．前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）の診断、ＰＲＡＤ再発の検出、またはＰＲＡＤ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
４６．患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＰＲＡＤを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
４７．患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＰＲＡＤが進行していることを示し、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＰＲＡＤが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
４８．前記ＰＲＡＤが、原発性腫瘍、転移、または再発である、態様４７に記載の方法。
４９．前記第１の時点が、ＰＲＡＤに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、態様４７または４８に記載の方法。
５０．前記処置が、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、態様４９のいずれか一項に記載の方法。
５１．ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、態様４７から５０のいずれか一項に記載の方法。
５２．ＰＲＡＤに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＰＲＡＤに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＰＲＡＤが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、態様４７から５１のいずれか一項に記載の方法。
５３．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様４７から５２のいずれか一項に記載の方法。
５４．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、態様５３に記載の方法。
５５．患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＰＲＡＤの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＰＲＡＤが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＰＲＡＤの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＰＲＡＤの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
５６．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様５５に記載の方法。
５７．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様５６に記載の方法。
５８．ＰＲＡＤの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様５５から５７のいずれか一項に記載の方法。
５９．前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）レベルを測定するステップをさらに含む、態様４０から４４および４６から５８のいずれか一項に記載の方法。
６０．患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＡＤを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＡＤに関する陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＡＤに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
６１．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様６０に記載の方法。
６２．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様６１に記載の方法。
６３．ＬＵＡＤに対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様６０から６２のいずれか一項に記載の方法。
６４．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＬＵＡＤを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、態様６０から６３のいずれか一項に記載の方法。
６５．肺腺癌（ＬＵＡＤ）の診断、ＬＵＡＤ再発の検出、またはＬＵＡＤ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
６６．患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＡＤを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
６７．患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＡＤが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＬＵＡＤが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
６８．前記ＬＵＡＤが、原発性腫瘍、転移、または再発である、態様６７に記載の方法。
６９．前記第１の時点が、ＬＵＡＤに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、態様６７または６８に記載の方法。
７０．前記処置が、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、態様６９に記載の方法。
７１．ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、態様６７から７０のいずれか一項に記載の方法。
７２．ＬＵＡＤに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＬＵＡＤに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＬＵＡＤが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、態様６７から７１のいずれか一項に記載の方法。
７３．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様６７から７２のいずれか一項に記載の方法。
７４．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、態様７３に記載の方法。
７５．患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＬＵＡＤの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中に、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＡＤが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＡＤの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＡＤの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
７６．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様７５に記載の方法。
７７．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様７６に記載の方法。
７８．ＬＵＡＤの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様７５から７７のいずれか一項に記載の方法。
７９．患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＳＣを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＳＣに関する陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＳＣに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
８０．前記１つまたは複数のＣｐＧが、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様７９に記載の方法。
８１．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、態様８０に記載の方法。
８２．ＬＵＳＣに対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様７９から８１のいずれか一項に記載の方法。
８３．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＬＵＳＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、態様７９から８２のいずれか一項に記載の方法。
８４．肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）の診断、ＬＵＳＣ再発の検出、またはＬＵＳＣ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５に位置するＣｐＧに隣接する２００ヌクレオチド以内のＣｐＧ、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
８５．患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＳＣを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
８６．患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＳＣが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＬＵＳＣが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
８７．前記ＬＵＳＣが、原発性腫瘍、転移、または再発である、態様８６に記載の方法。
８８．前記第１の時点が、ＬＵＳＣに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、態様８６または８７に記載の方法。
８９．前記処置が、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、態様８８に記載の方法。
９０．ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、態様８６から８９のいずれか一項に記載の方法。
９１．ＬＵＳＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＬＵＳＣに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＬＵＳＣが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、態様８６から９０のいずれか一項に記載の方法。
９２．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様８６から９１のいずれか一項に記載の方法。
９３．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、態様９２に記載の方法。
９４．患者における前立腺腺癌（ＬＵＳＣ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＰＲＡＤの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中に、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＳＣが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＳＣの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＳＣの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
９５．前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、態様９４に記載の方法。
９６．メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、態様９５に記載の方法。
９７．ＬＵＳＣの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、態様９４から９６のいずれか一項に記載の方法。
９８．前記メチル化レベルを測定する前記ステップが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素解析、メチル化特異的パイロシーケンシング、制限酵素ベースのシーケンシング、制限酵素ベースのマイクロアレイ解析、ＴＥＴ支援ピリジンボランシーケンシング（ＴＡＰＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降ベースのシーケンシング、メチル化ＤＮＡ免疫沈降ベースのマイクロアレイ解析、バイサルファイトシーケンシング、バイサルファイトマイクロアレイ解析、またはメチル化特異的巨大磁気抵抗センサーベースのマイクロアレイ解析を実施することを含む、態様１から１９、２１から２５、２７から４４、４６から６４、６６から８３、および８５から９７のいずれか一項に記載の方法。

実験
以下の実施例は、当業者に本発明の作製方法および使用方法の完全な開示および説明を提供するために提示され、本発明者らが発明とみなすものの範囲を制限することを意図するものでも、以下の実験がすべてまたは唯一の実施される実験であることを表すことを意図するものでもない。使用される数値（例えば、量、温度など）に関して正確さを確保するための努力がなされているが、いくつかの実験誤差および偏差が考慮されるべきである。他に示されない限り、部は重量部、分子量は重量平均分子量、温度は摂氏、および圧力は大気圧またはそれに近い圧力である。

本明細書において引用されるすべての刊行物および特許出願は、それぞれ個々の刊行物または特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同じ程度に参照により本明細書に組み込まれる。

本発明は、本発明の実践のための好ましい方式を含むことが本発明者によって見出されるかまたは提案された特定の実施形態の観点から説明されている。当業者には、本開示に鑑みて、本発明の意図する範囲から逸脱することなく、例示された特定の実施形態において多数の修正および変更がなされ得ることが認識されるであろう。例えば、コドンの冗長性により、タンパク質配列に影響を与えることなく、基礎となるＤＮＡ配列に変更を加えることができる。さらに、生物学的機能同等性の考慮により、種類または量において生物学的作用に影響を与えることなく、タンパク質構造に変更を加えることができる。このような修正はすべて、添付の特許請求の範囲内に含まれることが意図される。

（実施例１）
血液に基づく複数のがんの診断および予後予測に関するビッグデータにおけるメチル化バイオマーカーの層解析
導入
メチル化ｃｆＤＮＡに関する最近の研究では、マイクロアレイおよび次世代バイサルファイトシーケンシングを使用して、組織およびｃｆＤＮＡのＣｐＧメチル化頻度を定量し、次いで、がん患者と健康な対照との間でこれらの頻度を比較することによって、がんバイオマーカーが見出されている（７～１２）。これらのアプローチで使用される技術のハイスループットな性質により、バイオマーカー発見コホートの患者数（約５０～約３Ｋ）と患者においてスクリーニングされたバイオマーカー数（約４５０Ｋ～約２８Ｍ）の間に著しい不均衡があるデータが得られ、これは、次元の呪いとして公知の現象である。これらの研究における発見コホートデータに関して使用される統計的バイオマーカー選択法では、がん種におけるエピジェネティックな関係が未確定の相関的なバイオマーカーを、エピジェネティックな役割が既知のバイオマーカーよりも上位にランク付けしてしまう危険性がある。結果として、患者コホート間で再現性のある予測力を有する原因バイオマーカーは、発見プロセス中にフィルタリングで取り除かれる可能性がある（２０～２２）。本発明者らは、メチル化マイクロアレイデータセットの次元を低下させるために、知識ベースのバイオマーカー選択法を使用し、それに続いて、これらのデータセット中の残りの各バイオマーカーを個別にスクリーニングすることによって、ｃｆＤＮＡ中の腫瘍特異的メチル化シグネチャーを集合的に具現化する原因バイオマーカーを特定することになると仮定した。遺伝子セットエンリッチメント解析のような知識ベースの方法は、過去の実験を通して特定された確立された生物学的関係を個別の高次元データセットと統合し、がんにおける共通の分子経路を発見するために使用されてきた（２３～２５）。

この仮説を検証するために、本発明者らは、メタ解析を使用して、高次元ＣｐＧマイクロアレイデータにおいて濃縮されたバイオマーカー候補のセットを選択し、これらのバイオマーカーを数百名のがん患者の組織メチル化データおよび１０００名を超える健康な患者からの血液メチル化データに対してフィルタリングする、計算論的な知識ベースのバイオマーカー発見法である、メチル化バイオマーカーの層解析（ＬＡＭＢ）を創出した。ここで、本発明者らは、ＬＡＭＢを導入し、それを使用して、（ｉ）リスクのある硬変患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）腫瘍を検出する、（ｉｉ）平均的リスクのある患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）腫瘍を検出する、（ｉｉｉ）平均的リスクのある患者における非小細胞肺がんを検出する、および（ｉｖ）治療に対する腫瘍応答により前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）患者を識別する、感受性ｃｆＤＮＡバイオマーカーパネルを発見する。さらに、本発明者らは、独立したｃｆＤＮＡデータセットにおいて、不偏の幾何平均スコアを使用して、バイオマーカーパネルの臨床的性能を検証した。

結果
肝臓、結腸直腸、前立腺、および肺のがんに対するメチル化バイオマーカーの層解析（ＬＡＭＢ）
ＬＡＭＢは、３つの選択層から構成される（図１Ａ）。あるがん種に対する腫瘍抑制因子の候補物質は、公開された研究からの対になった悪性組織と隣接する非がん性組織（ＡＮＴ）のメチル化カウントデータ、およびがん患者と対照患者の両方に由来するｃｆＤＮＡの受信者操作特性（ＲＯＣ）曲線からの曲線下面積（ＡＵＣ）値のメタ解析により、層１において特定される。ＣａｎｃｅｒＧｅｎｏｍｅＡｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）およびＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＯｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）のリポジトリから、対になった悪性組織とＡＮＴのＰｕｂｌｉｃＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０（４５０Ｋ）のマイクロアレイデータセットを層２で使用して、層１で特定した遺伝子のプロモーター領域のＣｐＧをスクリーニングする。残りのＣｐＧ部位は、がん組織とＡＮＴとの間で差次的にメチル化される。次いで、悪性組織と血液との間で差次的にメチル化されたＣｐＧについて、層３で、別々の悪性組織と健康な患者からの１７２２個の溶解全血試料に関する４５０Ｋの公開データを用いて、これらの部位をスクリーニングする。ＬＡＭＢバイオマーカーパネルは、３つのＬＡＭＢ層すべてからフィルタリングを乗り越えたＣｐＧで構成されている。ＬＡＭＢのフィルタリング基準およびデータ調製に関するさらなる詳細は、図１Ａおよび方法のセクションに提供される。

本発明者らは、ＬＡＭＢを利用して、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、および非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）に関するメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーを発見した。まず、本発明者らは、４，１７２名のＨＣＣ患者からのメチル化データを使用して、ＬＡＭＢにより３３個の遺伝子と２４９個のＣｐＧをスクリーニングし、１０個の遺伝子に２１個のＣｐＧを含有するメチル化ｃｆＤＮＡＨＣＣバイオマーカーパネル（ＬＡＭＢ－ＨＣＣ）を発見した（図１Ｂおよび表１）。次いで、本発明者らは、１３，１８９名のＣＲＣ患者からのメチル化データを用いて、９２個の遺伝子と５９６個のＣｐＧをＬＡＭＢによりスクリーニングし、１７個の遺伝子に４６個のＣｐＧを含有するＣＲＣバイオマーカーパネル（ＬＡＭＢ－ＣＲＣ）を発見した（図１Ｃおよび表２）。次に、本発明者らは、３，１２３名のＰＲＡＤ患者のメチル化データを利用して、ＬＡＭＢにより２５個の遺伝子と６７個のＣｐＧをスクリーニングし、５個の遺伝子から１９個のＣｐＧを含有するＰＲＡＤバイオマーカーパネル（ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ）を発見した（図１Ｄおよび表３）。次いで、本発明者らは、７，４１２名のＮＳＣＬＣ患者からのメチル化データを利用し、４４個の遺伝子をＬＡＭＢによりスクリーニングして、１０個の遺伝子に３７個のＣｐＧを含有する肺腺癌（ＬＵＡＤ）バイオマーカーパネル（ＬＡＭＢ－ＬＵＡＤ）と、９個の遺伝子に３０個のＣｐＧを含有する肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）パネルを発見した（補足表１０および１１）。ＬＡＭＢバイオマーカー発見プロセスに使用したデータセット、メタ解析の結果、およびマイクロアレイの結果に関する追加情報は、図６～１１、補足表１～９、および補足資料において提供される。

ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルにおける遺伝子が広範な腫瘍機能を捉えているかどうかを決定するために、本発明者らは、それらの個々の機能およびそれらの分子経路に関して遺伝子を調査した（表１～３）。パネルの遺伝子のタンパク質－タンパク質相互作用ネットワーク（ＰＰＩＮ）解析により、ＬＡＭＢ－ＣＲＣの２つの遺伝子（ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２）の産物だけがタンパク質－タンパク質会合を有することが示された。さらに、パスウェイエンリッチメント解析により、３つのＬＡＭＢ－ＨＣＣ遺伝子（ＡＰＣ、ＷＩＦ１、ＲＵＮＸ３）がカノニカルＷｎｔシグナル伝達経路を共有し、２つのＬＡＭＢ－ＣＲＣ遺伝子（ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２）がＩＶ型コラーゲンタンパク質経路を共有し、２つのＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ遺伝子（ＲＡＲＢ、ＲＢＰ１）がレチノイン酸代謝経路を共有していることが明らかになった（Ｐ＜０．０１）。

ＬＡＭＢバイオマーカーパネルは腫瘍組織において差次的に過剰にメチル化される
腫瘍におけるＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルの過剰メチル化の程度を特定するために、本発明者らは、ＴＣＧＡから、ステージ情報を有する腫瘍（３４７例のＨＣＣ、３６５例のＣＲＣ、および５０２例のＰＲＡＤを含む）、５０例の肝臓ＡＮＴ、４５例の結腸直腸ＡＮＴ、および５０例の前立腺ＡＮＴにおけるＬＡＭＢパネルのメチル化頻度スコア（β_{ＬＡＭＢ：}β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}、β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}、β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}）を評価した（２６～２８）。β_ＬＡＭＢパネルのスコアは、最初に、遺伝子のプロモーター領域におけるＬＡＭＢパネルのＣｐＧ（β_ＣｐＧ）のメチル化頻度の幾何平均をとって、その遺伝子のメチル化頻度（β_遺伝子）を決定することによって計算した。次いで、これらの遺伝子のメチル化頻度の幾何平均によってβ_ＬＡＭＢを求めた（方法を参照されたい）。幾何平均は、入力頻度を正規化し、すべての入力が出力頻度において等しく重み付けされるようにする。したがって、β_遺伝子とβ_ＬＡＭＢは、それぞれ、ＣｐＧと遺伝子のメチル化頻度を等しく重み付けし、結果として偏りのない出力メチル化頻度を得る。

予想されたように、ＡＮＴは各ステージのそれぞれの腫瘍型に由来するがんと比較して、β_ＬＡＭＢスコアに関して有意に低メチル化された（すべてのステージでｐ＜０．０００１；図１２～１４）。ステージ１のＨＣＣの７１％はＬＡＭＢ－ＨＣＣパネルで過剰にメチル化されており（β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}＞０．２）、早期ステージ腫瘍と後期ステージ腫瘍との間でβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアに有意差はなかった（ステージ１対ステージ２：ｐ＝０．６９５４；ステージ１対ステージ３：ｐ＝０．０６４８；図１２）。ＬＡＭＢ－ＣＲＣの過剰なメチル化（β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}＞０．２）は、ステージ１のＣＲＣの８５％で観察された。最後に、グリソンスコアが６のＰＲＡＤの８９％がＬＡＭＢ－ＰＲＡＤに関して過剰にメチル化され（β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}＞０．２）、早期ステージ腫瘍と後期ステージ腫瘍との間でβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}の有意差はなかった（グリソンスコア６対グリソンスコア７：ｐ＝０．２４２６；グリソンスコア６対グリソンスコア８：ｐ＝０．４５７７；グリソンスコア６対グリソンスコア９／１０：ｐ＝０．０３３２；図１４）。結果は、ＬＡＭＢパネルの過剰なメチル化は、典型的には、腫瘍形成の早期に起こり、その後の疾患ステージまで持続することを示唆する。

ｃｆＤＮＡにおけるＬＡＭＢ－ＨＣＣの性能はＬＡＭＢのバイオマーカースクリーニング能を強調する
本発明者らは、最初に、リスクのある集団におけるがん患者を診断するための予測力の低いＣｐＧバイオマーカーをフィルタリングで取り除くＬＡＭＢの能力を調べた。ＨＣＣに関する重要なリスクのある集団は肝硬変患者であり、ウイルス性肝炎、アルコール性肝疾患、および非アルコール性脂肪性肝炎などの慢性状態によって肝臓に大きな瘢痕を呈する（２９、３０）。結果として、ＨＣＣの９０％は肝硬変患者に発生する。高感度、高特異性の診断検査による硬変患者のサーベイランスは、帰結が改善される早期処置では、ＨＣＣを検出するための基本である（３１）。標準治療のＨＣＣサーベイランスでは、血清アルファフェトタンパク質（ＡＦＰ）検査を超音波イメージングと組み合わせており、これはＡＦＰ単独の検査精度が約７０％であるためである（３２、３３）。しかし、このモニタリングは費用がかかり、面倒であるため、アドヒアランスが悪く、効果のないサーベイランスにつながる（３４）。

予測バイオマーカーを選択するＬＡＭＢの能力を査定するために、本発明者らは、肝硬変を有する２２名のＨＣＣ患者と肝機能によってマッチさせた肝硬変を有する２２名の非ＨＣＣ患者からのｃｆＤＮＡの独立した４５０Ｋの検証データセットに関して、ＬＡＭＢによってスクリーニングされたＣｐＧを評価した（３５）。ＬＡＭＢによりスクリーニングされた各ＣｐＧについて、ＨＣＣ患者と非ＨＣＣ患者を区別するＡＵＣが見出された。ＬＡＭＢ－ＨＣＣＣｐＧが、ＬＡＭＢの層１、層２、および層３により除去されたＣｐＧと比較した場合に、予測力の増加を示した通り、これらのＡＵＣは、ＬＡＭＢの多層スクリーニングの有用性を示した（それぞれ、ｐ＜０．０００１、ｐ＜０．０００１、およびｐ＜０．０１；図２Ａ）。

検証データでＬＡＭＢ－ＨＣＣバイオマーカーを評価するために、本発明者らは、各患者についてβ_遺伝子スコアとβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアを計算した。β_遺伝子スコアは、ＨＣＣ患者と非ＨＣＣ患者を区別する中程度の予測能力を実証した［ＡＵＣ、０．６４～０．７７の範囲］（図２Ｂおよび表１）。しかしながら、β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアは高い予測力を実証し［ＡＵＣ、０．８５；９５％信頼区間（ＣＩ）、０．７３～０．９７］（ｐ＜０．０００１；図２Ｃおよび図１５）、β_遺伝子スコアをβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアに組み合わせることで、患者においてより腫瘍特異的なメチル化シグネチャーが得られることが示唆された。

ＬＡＭＢにおけるメタ解析とマイクロアレイデータを組合せは、どちらか一方のアプローチを単独で使用するよりも予測性の高いバイオマーカーセットをもたらした。ＬＡＭＢ－ＨＣＣは、ＬＡＭＢの層１により特定された２２個の遺伝子について、４５０Ｋのマイクロアレイにおける全３６４個のプロモーターＣｐＧから構成される「メタ解析」パネル［ＡＵＣ、０．７７；９５％ＣＩ、０．６３～０．９１］（ｐ＜０．０１；図２Ｃおよび９）、およびマイクロアレイにおけるプロモーターＣｐＧのすべてにＬＡＭＢの層２および３を適用することによって見出された２６７個の遺伝子の４８６個のプロモーターＣｐＧから構成される「マイクロアレイ」バイオマーカーパネル［ＡＵＣ、０．７４；９５％ＣＩ、０．５９～０．８９］（ｐ＜０．０１；図２Ｃおよび９）が、より性能が優れていた。ＬＡＭＢ－ＨＣＣのＣｐＧは、メタ解析およびマイクロアレイのパネルにおけるＣｐＧよりも高い中央値予測力も有した（それぞれ、ｐ＜０．０００１およびｐ＜０．０００１；図１６）。

次に、本発明者らは、このデータセットにおいて、ＡＦＰで誤診された患者におけるＨＣＣを検出する際に、ＬＡＭＢ－ＨＣＣがどのような性能を示すかを評価した。ＡＦＰ値を有さない３名の硬変患者は除外した。ＡＦＰの臨床的カットオフが２０ｎｇ／ｍＬでは、調べたＨＣＣ患者２２名中１３名が陽性となり、感度は大規模な研究と一致する５９％であった（３０、３３、３６）。β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコアは、誤診された残りのＨＣＣ患者９名と硬変患者１９名を区別するのに高い予測力を示し［ＡＵＣ、０．８２；９５％ＣＩ、０．６１～１．００］、ＬＡＭＢ－ＨＣＣがＡＦＰ検査を補完するために使用され得ることが示唆された（ｐ＜０．０１；図１７）。

ＬＡＭＢ－ＣＲＣはｃｆＤＮＡ試料により早期ステージの結腸直腸腫瘍を検出する
次に、本発明者らは、ＬＡＭＢバイオマーカーパネルが平均的リスクのある集団において腫瘍を検出するのにどのような性能を示すかを査定した。多くの健康ガイドラインでは、４５または５０歳を超える平均的リスクのある個体に対して、便ベースまたは視覚ベースのＣＲＣサーベイランスを提唱している。血液ベースのＣＲＣ検査は、アドヒアランスを改善し、効果的なサーベイランスをもたらすことができる（３７～３８）。ＬＡＭＢ－ＣＲＣの診断能を評価するために、本発明者らは、年齢のマッチした３８名のＣＲＣ患者と４６名の健康な対照からのｃｆＤＮＡについての独立した標的バイサルファイトシーケンシング検証データセットを利用した（３９）。ＬＡＭＢ－ＣＲＣＣｐＧバイオマーカーおよび隣接ＣｐＧのメチル化および非メチル化カウントを抽出して、高分解能β_遺伝子スコアを作成した（方法を参照されたい）。ＬＡＭＢ－ＣＲＣ β_遺伝子スコアは、ＣＲＣ患者を健康な対照から区別するのに中程度から高い予測能力を実証した［ＡＵＣ、０．５６～０．８５の範囲］（表２）。

比較すると、β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}スコアは非常に高い予測力を示し［ＡＵＣ、０．９３；９５％ＣＩ、０．８７～０．９９］（ｐ＜０．０００１；図３）、β_遺伝子スコアをβ_ＬＡＭＢスコアに組み合わせることで、より腫瘍特異的なメチル化シグネチャーが得られることがさらに示唆された。ＬＡＭＢ－ＣＲＣの予測力は、転移性腫瘍に限定されなかった。ステージ１～３の腫瘍を有する２７名のＣＲＣ患者を評価する場合、β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}スコアは、非常に高い予測力を継続して示した［ＡＵＣ、０．９１；９５％ＣＩ、０．８４～０．９８］（ｐ＜０．０００１；図３）。同様に、β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}スコアは、局在化した、早期ステージの腫瘍を有する１４名のＣＲＣ患者を調べた場合、高い予測力を示した［ＡＵＣ、０．８７；９５％ＣＩ、０．７５～１．００］（ｐ＜０．０００１；図３）。

ｃｆＤＮＡのＬＡＭＢ－ＰＲＡＤシグネチャーは治療応答および腫瘍負荷を反映する
本発明者らは、ＬＡＭＢバイオマーカーパネルが腫瘍負荷を反映し、治療に対する腫瘍応答をモニターするために使用することができるかどうかも検討した。本発明者らは、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤを活用して、処置を受けているＰＲＡＤ患者に関する縦断的なｃｆＤＮＡ試料の既存のデータセットを評価した。ＰＲＡＤ患者は、血清ベースの前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）が、ＰＲＡＤ患者をモニターし、それらの治療に対する腫瘍応答を分類するために、複数の泌尿器科団体によって推奨されていることから、この概念実証研究にとって理想的な集団であった（４０～４４）。臨床的に確立されたＰＳＡ変化の基準に従って治療応答者と治療非応答者を定義し、本発明者らは、応答者が、非応答者よりも処置開始後にＬＡＭＢバイオマーカーシグナルのより大きな低下を示すという仮説を立てた。

酢酸アビラテロン（ＡＡ）とドセタキセルで処置した２３名の転移性去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）患者について、複数の来院からのｃｆＤＮＡの独立した４５０Ｋの検証データセット（４５）に関して、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルを調べた。全患者について、ベースラインの処置前試料と少なくとも１回の処置中試料のメチル化データが入手可能であった。過去の研究では、ＡＡで処置し、初回処置時来院時にＰＳＡが３０％低下した患者が、転帰の大幅な改善を実証することが示されている（４６～４９）。このコホートでは、９名の患者がこの基準により応答者として分類され、残りの１４名の患者は非応答者であった。

本発明者らは、すべての来院についてβ_遺伝子スコアとβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアを計算した。治療応答者を非応答者と区別するＬＡＭＢ－ＰＲＡＤの能力を調べるために、ベースラインの来院と比較した初回処置時来院に関するβ_ＣｐＧスコア、β_遺伝子スコア、およびβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアの差異パーセントを全患者について求めた。個々のＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのＣｐＧは、ＬＡＭＢの層１および２によって除去したＣｐＧよりも高い予測力の中央値を示した（ｐ＜０．０１、図１８）。β_遺伝子スコアは高い予測能力を示し［ＡＵＣ、０．７９～０．８９の範囲］（表３、図１９）、β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアは非常に高い予測力を有した［ＡＵＣ、０．９０；９５％ＣＩ、０．７５～１．００］（ｐ＜０．００１；図３Ａおよび３Ｂ）。

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤは、ＬＡＭＢの層２および３を４５０Ｋのマイクロアレイにおける全プロモーターＣｐＧに適用して得られた６２４個の遺伝子の１１７８個のプロモーターＣｐＧから構成されるマイクロアレイパネル［ＡＵＣ、０．８６；９５％ＣＩ、０．７１～１．００］が、より性能が優れていたが（ｐ＜０．０１；図４Ａおよび４Ｂ）、ＬＡＭＢの層１からの９個の遺伝子の１３１個のプロモーターＣｐＧから構成されたメタ解析パネルは、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤと同様の予測力を示した［ＡＵＣ、０．９０；９５％ＣＩ、０．７６～１．００］（ｐ＜０．００１；図４Ａおよび４Ｂ）。それにもかかわらず、応答者と非応答者との間のパネルスコアの差のパーセントの中央値の隔たりは、メタ解析パネルよりもＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルの方が大幅に大きい［それぞれ、５３．７９％対１５．３５％］（図４Ａ）。ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのＣｐＧは、メタ解析パネルおよびマイクロアレイパネルのＣｐＧよりも高い予測力の中央値を示した（それぞれ、ｐ＜０．００１およびｐ＜０．０１；図２０）。

次いで、本発明者らは、治療応答を縦断的にモニターするＬＡＭＢ－ＰＲＡＤの能力を調査した。データセットには、初回処置時来院の他に、患者のＰＳＡが、腫瘍が進行していることを示したさらに２４回の処置時来院、および患者のＰＳＡが、腫瘍が応答していることを示した７回の来院が含有された。２４回の進行中の来院のうち１９回では、β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアは患者の最下点のβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアよりも大きかった一方、７回の応答中の来院のうち５回では、β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアは患者のピークのβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアよりも低かった（図４Ｃ～４Ｅ、および図２１）。これらの結果は、β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアが、初回処置時来院後のＰＲＡＤ腫瘍進行および応答と相関することを示唆する。

ｃｆＤＮＡ試料による早期ステージのＮＳＣＬＣ検出のためのＬＡＭＢ－ＬＵＡＤおよびＬＡＭＢ－ＬＵＳＣ
１０個の遺伝子において３７個のＣｐＧを含有する肺腺癌（ＬＵＡＤ）バイオマーカーパネル（ＬＡＭＢ－ＬＵＡＤ）および９個の遺伝子において３０個のＣｐＧを含有する肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）パネルを、それぞれ、表１３（ＬＡＭＢ－ＬＵＡＤＣｐＧのメチル化頻度およびＡＵＣ値）および表１４（ＬＡＭＢ－ＬＵＳＣＣｐＧのメチル化頻度およびＡＵＣ値）に列挙する。しかし、本開示の執筆時点では、本発明者らは、ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤについて行ったように、これら２つのパネルの予測精度を独立して評価するための、ＮＳＣＬＣ患者からのｃｆＤＮＡ試料の好適な検証データセットを見つけていなかった。それにもかかわらず、ＬＡＭＢ－ＬＵＡＤとＬＡＭＢ－ＬＵＳＣの理論的根拠および生物学的意義は引けを取らないため、本発明者らは、それらが、他の３つのがんで既に実証されているのと同様に、独立した検証データセット（入手可能な場合）で満足のいくレベルの性能を示すと予測する。

ＬＡＭＢパネルは腫瘍特異的であり、他のがん種では低メチル化を伴う
ＬＡＭＢパネルのそれぞれのがん種に対する特異性を査定するために、本発明者らは、最初に、ＴＣＧＡからの３０種の他のがん種に由来する７２８７個の腫瘍におけるパネルの遺伝子のメチル化頻度を調査した（５０）。パネルの遺伝子の大部分は、別のがん種でより多くメチル化されたが、すべてのパネルの遺伝子では、他のがん種は過剰にメチル化されなかった（β_遺伝子＞０．２；図２２）。この後者の傾向は、腫瘍のβ_ＬＡＭＢスコアにも見られ、ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルではそれぞれ、他のがん種の腫瘍の２．２％、６．８％、および５．４％が過剰にメチル化された（図５Ａ、５Ｂ、および５Ｃ）。ＬＡＭＢパネルの過剰なメチル化は、それぞれの腫瘍型に対して特異的であったが（ＨＣＣにおけるβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}は他のがん種に対してｐ＜０．０００１；ＣＲＣにおけるβ_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}は他のがん種に対してｐ＜０．０００１；およびＰＲＡＤにおけるβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}は他のがん種に対してｐ＜０．０００１）、ＬＡＭＢパネルの個々の遺伝子は他のがん種の腫瘍で過剰にメチル化される。

最後に、本発明者らは、ＴＣＧＡからＨＣＣ、ＣＲＣ、およびＰＲＡＤ腫瘍のがん種を分類するＬＡＭＢパネルの能力を調べた。３７５個のＨＣＣ腫瘍、４０９個のＣＲＣ腫瘍、および５０２個のＰＲＡＤ腫瘍について、β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}スコア、β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}スコア、β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアを決定した。ＬＡＭＢパネルの最も高いメチル化スコアによってがん種を予測することによって、９５％の腫瘍が正しく分類され、腫瘍型に対するパネルの特異性が強調された（図２３）。

考察
この研究では、本発明者らは、腫瘍抑制因子メチル化メタ解析データを、がん組織、ＡＮＴ、および健康な対照の血液からのＣｐＧメチル化マイクロアレイデータと統合した、メチル化ｃｆＤＮＡがんバイオマーカー発見法を開発した（図１Ａ）。本発明者らの方法は、がん組織と健康な血液を区別するだけでなく、がん組織とＡＮＴも区別する能力についてＣｐＧをスクリーニングすることによって、以前のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカー発見アプローチを改善しようとするものである。本発明者らは、最初に、ＬＡＭＢの層１により有望な遺伝子バイオマーカーの小さなプールを特定し、次いで、ＣｐＧバイオマーカープールをこれらの遺伝子のプロモーター領域のＣｐＧに限定することによって、相関的なＣｐＧバイオマーカーの検出を最小限するためにＬＡＭＢを設計した。ＬＡＭＢの層２および３におけるＡＵＣメトリックによって、高感度ＣｐＧが選択され、これらの同じ層におけるＡＮＴおよび血液のメチル化頻度メトリックによって高特異性ＣｐＧが選択される。結果として、ＬＡＭＢは、複数のデータ型、試料型、および患者コホートにわたってバイオマーカーを評価し、がん種のエピジェネティックな多様性を捉え、そのがんに対する高感度、高特異性のバイオマーカーを発見する。

この研究では、外部のｃｆＤＮＡ検証データを使用して、ＬＡＭＢが不正確なＣｐＧバイオマーカーをフィルタリングで取り除き、リスクのある肝硬変患者におけるＨＣＣ腫瘍を検出する、平均的リスクのある患者におけるＣＲＣ腫瘍を検出する、および治療に対するＰＲＡＤ応答を区別することに高い予測力を示すメチル化ｃｆＤＮＡパネルを発見したことを示した（図２Ｃおよび３Ｂ）。幾何平均スコアにより、ＬＡＭＢパネル全体および個々のＬＡＭＢ遺伝子の予測力を、ｃｆＤＮＡデータを用いて偏りのないように調べることが可能になった。これらのパネルによって示された高い予測力は、これらのパネル内の腫瘍抑制因子の機能的多様性ならびに早期ステージおよび後期ステージの腫瘍の大部分におけるパネルの過剰なメチル化に起因している可能性がある（図１２～１４）。

パネルにおけるいくつかの遺伝子は、リスクのある患者の腫瘍を検出するために、以前に血漿で調べられたことがある；しかしながら、これらの遺伝子は、典型的には、これらの研究において低い精度を示した（５１～５７）。ＬＡＭＢパネルに見られるより高い予測力は、より多くの遺伝子を含むこと、あるいはマイクロアレイおよびシーケンシングによって与えられるメチル化頻度定量の分解能の改善による可能性があり、他の研究では、ほとんどは、バイナリーまたは半定量的ＰＣＲベースの方法が使用される。これらの研究の性能がより低いのは、がん組織では過剰にメチル化されておらず、ＡＮＴおよび血液では低メチル化されているプロモーターＣｐＧを含む研究であることに起因する可能性もある。これは、ＨＣＣメタ解析パネルの場合であり、ＬＡＭＢの層１によって特定された遺伝子のプロモーターエリア内のＣｐＧをすべて含有する。結果として、このパネルは、予測ＣｐＧと非予測ＣｐＧの両方を含有し、よって、ＬＡＭＢ－ＨＣＣパネルよりも低い予測力を実証した（図１５および図２Ｃ）。これらの結果は、がん検出を予測するものではないＣｐＧを除去するためのＬＡＭＢの層２および３の役割を強調する。

同様に、ＨＣＣおよびＰＲＡＤのマイクロアレイパネルに見られるより低い予測力は、ＬＡＭＢの層１の価値を強調する。マイクロアレイパネルを発見するために、４５０ＫのマイクロアレイのすべてのプロモーターＣｐＧに層２および３を適用することは、バイオマーカープールサイズと患者コホートサイズとの間に大きな不均衡を有するデータ駆動型方法に類似しているが、ＬＡＭＢマイクロアレイ発見アプローチが、プロモーター領域のＣｐＧのみをスクリーニングするため（他の公開されたデータ駆動型方法とは異なる）、依然として知識ベースと考えられ得ることに注意することが重要である。それでもなお、ＨＣＣおよびＰＲＡＤのマイクロアレイパネルは、それらのそれぞれのＬＡＭＢパネルよりも低い予測力を示し、ＬＡＭＢパネルのＣｐＧは、マイクロアレイパネルのＣｐＧよりも高いＡＵＣ中央値を示し、マイクロアレイパネルにおけるＣｐＧの一部は、発見マイクロアレイデータセットの腫瘍以外の腫瘍におけるそれぞれのがん種を代表するものではないことを強調した（図２Ｃ、３Ｂ、１６および２０）。メタ解析データを用いて腫瘍抑制因子の候補物質のより小さなプールを特定することによって、ＬＡＭＢの層１は、層２および３が相関的なＣｐＧを選択する可能性を低下させることによって、最終的なパネルの予測力を向上させる。ＬＡＭＢ－ＨＣＣおよびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのサイズが、メタ解析パネルおよびマイクロアレイパネルと比較して大幅に小さい（それぞれ、２１ＣｐＧ対３０９／４８６ＣｐＧおよび１９ＣｐＧ対１２３／１１７８ＣｐＧ）ことは、腫瘍抑制因子の候補物質の遺伝子プールから始めることの付加的な利点である。バイオマーカーパネルのサイズは、その臨床的採用にとって重要であり、パネルを小さくすることで試料スループットを向上させ、アッセイコストを低下させることができる。

本発明者らは、ＬＡＭＢバイオマーカーパネルが、個々のＬＡＭＢ遺伝子よりも高い予測力および腫瘍特異性を実証することも観察した（図２Ｃ、３、および４Ｂ；表１～３）。層２および３では、がん性組織、ＡＮＴ、および健康な血液試料の大きなセットにおいて差次的にメチル化されているＣｐＧを選択する。これにより、がん性組織では一貫して同時に過剰にメチル化され、ＡＮＴおよび血液では同時に低メチル化されるＣｐＧのパネルがもたらされる。したがって、パネルの複合メチル化頻度は、組織と血液試料の発見セットにおける腫瘍特異的メチル化シグナルを表す。ＬＡＭＢの層１によって選択された低次元の組織および血液マイクロアレイデータは、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、健康な肝臓、健康な結腸直腸、健康な前立腺、および血液試料におけるメチル化傾向を代表しているようであり、これは、パネルの腫瘍特異的シグナルが、それぞれのがん種の組織データセットにおける過剰なメチル化と、他のがん種の組織データセットにおける低メチル化を介して見られたためである（図２Ｃ、４Ｃ、および４Ｄ）。この腫瘍特異性は、腫瘍の起源組織を検出するための鍵となる。

この研究では、ｃｆＤＮＡ検証データの患者コホートが小さいため、ＬＡＭＢバイオマーカーパネルの予測力を偏りのないように査定するために幾何平均スコアを使用した。結果として、この研究の目的は、ＬＡＭＢ法を創出し、そのバイオマーカー選択能力を調べ、ＬＡＭＢによって発見されたバイオマーカーパネルの予測力に関する初期データを提供することと定義された。ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣおよびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤは、がんの検出および治療モニタリングにおける重要な臨床ニーズを満たす可能性を有する。これらのパネルをさらに検証するために、より大規模な臨床研究が必要であり、ＬＡＭＢ遺伝子バイオマーカーとＡＦＰおよびＰＳＡのような補完的なタンパク質バイオマーカーに適合する分類モデルが、パネルの予測力を向上させる可能性がある。

ＬＡＭＢは、他のがん種のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーパネルを発見するためにも使用することができる。ここで、本発明者らは、ＬＡＭＢをＨＣＣ、ＣＲＣ、およびＰＲＡＤに適用したが、本発明者らの方法は、あらゆるがん種に適用し、現在利用可能な膨大な量の公開がんメチル化データを活用するように特別に設計されている。過去２０年間に、ＴＣＧＡおよび他の研究グループによって、何千もの組織メチル化研究が公開され、がん組織、ＡＮＴ、および血液の何百もの４５０Ｋのデータセットが作成され、共有されてきた。これらの研究およびデータセットは、ＬＡＭＢを通じて一緒に解析して、血液ベースの適用のためのさらなるがんバイオマーカーを発見することができる。

全体として、この研究により、メタ解析とマイクロアレイデータを統合して、予測的がんバイオマーカーパネルを発見する知識ベースのメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカー発見法であるＬＡＭＢが導入され、がん診断および治療モニタリングを改善することができるバイオマーカーパネルを発見する能力を支持する初期データが提供された。この研究におけるＨＣＣ、ＣＲＣ、およびＰＲＡＤのＬＡＭＢパネルは、組織およびｃｆＤＮＡ検証データにおいて腫瘍特異的メチル化シグネチャーを示す。今後のステップは、大規模研究においてこれらのパネルをさらに検証し、ＬＡＭＢを他のがん種のメチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーパネルを発見するために適用することを含む。

方法
研究設計
この研究は、公開された研究およびマイクロアレイデータセットの知識ベースの解析を通じて、がんの予測的メチル化ｃｆＤＮＡバイオマーカーの標的パネルを見出すことができることを示すことを目的とした。この目的のために、本発明者らは、最初に、ＨＣＣ、ＣＲＣ、およびＰＲＡＤに関する腫瘍抑制因子メチル化研究のメタ解析を行い、その結果を使用して、遺伝子バイオマーカーの候補を見出した。次いで、本発明者らは、これらの遺伝子のプロモーター領域のＣｐＧを、数千名の患者に由来する悪性組織、対になったＡＮＴ、および健康な血液のマイクロアレイデータを用いてスクリーニングして、対照組織のメチル化頻度およびＡＵＣメトリックによって高感度および高特異性を示すバイオマーカーを見出した。パネル内の遺伝子を、交差相互作用および共有分子経路について調査した。次いで、これらのパネルを組織およびｃｆＤＮＡ検証データセットにおいて調べた。ＨＣＣおよびＰＲＡＤのｃｆＤＮＡに関する４５０Ｋのマイクロアレイデータセットを使用して、診断および予後予測のバイオマーカーに対するＬＡＭＢの選択能を調べた。偏りのない幾何平均スコアにより、ＬＡＭＢ－ＨＣＣをリスクのある硬変患者のｃｆＤＮＡにおけるＨＣＣの検出について評価し、ＬＡＭＢ－ＣＲＣを平均的リスクのある患者のｃｆＤＮＡにおけるＣＲＣの検出について査定し、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤをＡＡおよびドセタキセルに対する腫瘍応答をＡＵＣおよびｐ値メトリックにより区別することについて査定した。著者は、ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ遺伝子ならびにパネルスコアを見出す場合、ｃｆＤＮＡデータからの試料情報を盲検化した。本発明者らは、最後に、他のがん種の腫瘍におけるメチル化頻度を使用して、それぞれのがん種に対するパネルの特異性を査定した。

ＬＡＭＢバイオマーカーパネル発見プロセス
ＬＡＭＢは、３つの選択層から構成される（図１Ａ）。層１では、公開された研究から、対になったがん性組織とＡＮＴとのカウントデータにより腫瘍抑制因子の候補物質の遺伝子が特定された。メチル化がん性組織および非メチル化ＡＮＴを、それぞれ、真の陽性と真の陰性にカテゴリー化した。次いで、ランダム効果メタ解析を使用して、複数の研究における腫瘍抑制因子の診断オッズ比（ＤＯＲ）を計算した。統計的に有意なＤＯＲ（ＤＯＲ_{９５％ＣＩ}＞１）を有する遺伝子をさらなる解析のためにピックアップした。ＨＣＣでは、適合した分類モデルにより、ｃｆＤＮＡによってがん患者を硬変患者と区別するのに高い予測力を示す８個の腫瘍抑制因子も、さらなる解析のために選択した（ＡＵＣ＞０．８）。

層２では、層１からの腫瘍抑制因子の候補物質のプロモーターエリアのＣｐＧを、メチル化頻度（β）によってフィルタリングした。ＴＣＧＡおよび他の公開情報源から、対になったがん組織とＡＮＴ組織の４５０Ｋのデータを組み合わせ、バッチ調整し、層１を乗り越えた腫瘍抑制因子のプロモーター領域におけるＣｐＧについてサブセットを得た。がん組織においてＡＮＴよりも多くメチル化し（Δβ_平均＞０）、ＡＮＴにおいて低メチル化し（β_ＡＮＴ＜０．２）、がん組織とＡＮＴを区別するのに高い予測力を示した（ＡＵＣ＞０．８）ＣｐＧをさらなる解析のために選択した。

層３では、公開４５０Ｋのデータセットから収集した健康な対照由来の１７２２個の溶解全血試料中の残存しているＣｐＧをフィルタリングした。健康なｃｆＤＮＡと区別できるバイオマーカーを選択するために、層３では、最初に、年齢、性別、および人種によってマッチさせたがん組織および溶解全血試料を区別するための高い予測力を有するＣｐＧを選択した（ＡＵＣ＞０．８）。組織および血液試料を、他の臨床的、人口統計学的、またはメチル化頻度の因子からの偏りなく選択した。次いで、このフィルタリングされたＣｐＧセットから、層３では、マッチしていない血液試料における低いバックグラウンドメチル化（β_平均＜０．１）を示すＣｐＧを選択した。
ＬＡＭＢバイオマーカーパネルは、ＬＡＭＢの層１、２、および３からのフィルタリングを乗り越えたＣｐＧで構成された。本発明者らは、ＨＣＣ、ＣＲＣ、ＰＲＡＤ、ＮＳＣＬＣ、およびＢＲＣＡに関するメタ解析およびマイクロアレイデータを用いたＬＡＭＢバイオマーカー発見プロセスを使用して、ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ、ＬＡＭＢ－ＮＳＣＬＣおよびＬＡＭＢ－ＢＲＣＡのパネルを発見した。

タンパク質－タンパク質相互作用ネットワーク（ＰＰＩＮ）およびパスウェイエンリッチメント解析
ＬＡＭＢパネルの遺伝子の機能的多様性を査定するために、本発明者らは、パネルの遺伝子セットを公知かつ予測されたタンパク質－タンパク質相互作用のデータベースであるＳＴＲＩＮＧ（５８）に入力した。データ支持の信頼度および相互作用のエビデンスを表すエッジを有するＰＰＩＮを、実験、近隣、遺伝子融合、共起、および共発現の情報を使用して、最低限必要な相互作用スコア０．４０で作成した。パネルの遺伝子が共有する分子経路を発見するために、遺伝子セットをｇ：Ｐｒｏｆｉｌｅｒデータベース（５９）で検索した。

幾何平均スコアによるＬＡＭＢバイオマーカーの評価
患者コホートのサイズが小さいため、オーバーフィッティングの可能性を避けるため、ＬＡＭＢバイオマーカーに適合させた予測モデルは用いなかった。バイオマーカーパネルと遺伝子の予測力を偏りのないように査定するために、本発明者らは、幾何平均を使用した。本発明者らは、最初に、パネル内の全遺伝子について、遺伝子（β_ＣｐＧ）のプロモーターエリアにあるパネル内のＣｐＧのメチル化頻度の幾何平均を使用して、遺伝子のメチル化頻度β_遺伝子を計算した：

ここで、ｎ_ＣｐＧは、遺伝子のプロモーターエリアにあるパネル内のＣｐＧの数であり、β_{ＣｐＧ、ｉ}は、その試料の遺伝子のプロモーターエリアにあるパネル内のｉ番目のＣｐＧのメチル化頻度である。次いで、本発明者らは、パネル内の遺伝子のメチル化頻度の幾何平均をとることによって、各試料のパネルのメチル化頻度、β_パネルを求めた：

ここで、ｎ_遺伝子は、パネル内の遺伝子の数であり、β_{遺伝子、ｉ}はその試料に関するパネル内のｉ番目の遺伝子のメチル化頻度である。幾何平均に入力された頻度は、出力において等しく重み付けされるように正規化される。したがって、ＣｐＧと遺伝子のメチル化頻度は、それぞれβ_遺伝子とβ_パネルで等しく重み付けされ、不偏の出力となる。本発明者らは、ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ、メタ解析、およびマイクロアレイのパネルのβ_遺伝子とβ_パネルを計算した。

組織解析
ＨＣＣ腫瘍、ＣＲＣ腫瘍、ＰＲＡＤ腫瘍、他の３０種のがん種の原発腫瘍、ＨＣＣＡＮＴ、ＣＲＣＡＮＴ、ＰＲＡＤＡＮＴを含む８５７３個の原発腫瘍に関する４５０ＫのマイクロアレイデータをＴＣＧＡ（５０）からダウンロードした。他の３０種のがん種の概要は、補足の方法および材料にある。ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルのβ_遺伝子とβ_パネルのスコアは試料ごとに求めた。一次グリソングレードと二次グリソングレードを組み合わせてＰＲＡＤのグリソンスコアを得た。ＨＣＣ／ＣＲＣ組織とＰＲＡＤ組織を、それぞれ、腫瘍ステージとグリソンスコアによって分け、β_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}／β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}とβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}のスコアをカテゴリーにわたって比較した。ＨＣＣ腫瘍、ＣＲＣ腫瘍、およびＰＲＡＤ腫瘍は、他のがん種とも比較した。

ＨＣＣおよび硬変のｃｆＤＮＡ解析
ＨＣＣおよび硬変のｃｆＤＮＡの４５０ＫのマイクロアレイデータをＧＳＥ１２９３７４からダウンロードした。ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、メタ解析、およびマイクロアレイのパネルのＣｐＧに関するメチル化頻度を抽出し、すべてのパネルに関するβ_遺伝子およびβ_パネルのスコアを計算した。次いで、試料に関する患者情報を使用して、４４名の患者を疾患状態にマッチさせた。ＡＦＰとＬＡＭＢ－ＨＣＣとを組み合わせた解析では、ＡＦＰ値が２０ｎｇ／ｍＬを超える１３名のＨＣＣ患者およびＡＦＰ値を有さない３名の硬変患者をデータセットから除去した。

ＣＲＣのｃｆＤＮＡ解析
ＣＲＣおよび健康な対照のｃｆＤＮＡの標的バイサルファイトシーケンシングデータをＧＳＥ１４９４３８からダウンロードした。ＬＡＭＢ－ＣＲＣ遺伝子領域を、その遺伝子のＬＡＭＢ－ＣＲＣＣｐＧおよびＬＡＭＢ－ＣＲＣＣｐＧ間のＣｐＧを含有するものとして定義した。１２の遺伝子領域に、それらのβ_遺伝子スコアが少なくとも０．１％の分解能を有するように（すなわち、これらの遺伝子領域について：メチル化ＣｐＧカウント＋非メチル化ＣｐＧカウント≧１０００）、隣接する２５ｂｐセグメントを追加した。これらの遺伝子領域についてメチル化および非メチル化ＣｐＧカウントを抽出し、β_遺伝子およびβ_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}のスコアを求めた。次いで、試料に関する患者情報を使用して、８４名の患者を疾患状態および腫瘍ステージにマッチさせた。

ＰＲＡＤのｃｆＤＮＡ解析
ＰＲＡＤのｃｆＤＮＡ試料の生の４５０ＫのマイクロアレイデータをＧＳＥ１０８４６２からダウンロードした。ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ、ＰＲＡＤメタ解析、およびＰＲＡＤマイクロアレイのパネルのＣｐＧに関するメチル化頻度を抽出し、すべてのパネルに関するβ_遺伝子およびβ_パネルのスコアを計算した。これらの試料の患者、ＰＳＡ、および日数の情報を、酢酸アビラテロンおよびドセタキセルで処置した２３名の患者のメチル化データとマッチさせた。数回の来院で複数の技術的反復があった。２０％を超えるβ_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアの変動係数を示す技術的反復を伴う来院を除去し、そうでない場合は、その来院の技術的反復に関するメチル化頻度の幾何平均をその来院にマッピングした。

患者の処置中試料について、β_ＣｐＧ、β_遺伝子、およびβ_パネルの値について、患者のベースラインからの差異スコアのパーセントを計算した。患者を、ベースラインの処置前試料から初回の処置中試料までのＰＳＡ変化に基づいて応答者としてカテゴリー化した。ＰＳＡの減少が３０％を超えた９名の患者を応答者として分類し、残りの１４名の患者を非応答者として分類した。初回処置時来院後に、過去の来院のＰＳＡ値、処置のその時点の患者の最下点のＰＳＡ値、および血清学的異常値のＰＳＡ臨床的カットオフ（４ｎｇ／ｍＬ）と関連する来院時のＰＳＡ値によって、腫瘍応答を分類した。最下点、過去の来院、またはカットオフより小さいＰＳＡを有する来院を、腫瘍が応答した時点として分類し、他の来院はすべて、腫瘍が抵抗性であった時点として分類した。

統計解析
前述したように、幾何平均を使用して、ＬＡＭＢ、メタ解析、およびマイクロアレイパネルの遺伝子およびパネルのメチル化スコアを計算した。スコアは、ｃｆＤＮＡデータにおいて、ＲＯＣ曲線と片側Ｍａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙ検定により評価したが、これは、Ｓｈａｐｉｒｏ－Ｗｉｌｋ検定ではこれらのスコアが正規分布していないことが示されたためであった。このため、両側Ｍａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を使用してＬＡＭＢパネルのスコアをＨＣＣ、ＣＲＣ、およびＰＲＡＤの腫瘍ステージならびに他のがん種間で比較しに、片側Ｍａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を使用して異なるパネルにおける個々のＣｐＧＡＵＣを比較した。パネルスコアのＡＵＣ値の９５％ＣＩは、Ｗｉｌｓｏｎ／Ｂｒｏｗｎ法を用いて求めた。ＬＡＭＢバイオマーカー発見法では、Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ推定量を使用して調整ＤＯＲと９５％ＣＩを計算した。前述したように、ＬＡＭＢでは、ＡＵＣおよびβ_ＣｐＧの値を使用してＣｐＧバイオマーカーをスクリーニングした。悪性組織、ＡＮＴ、および全血のβ_平均値は幾何平均を使用して求めた。統計解析はすべてＲとＰｒｉｓｍで行った。

補足材料および方法
ＬＡＭＢの層１：ＨＣＣ組織メチル化研究の遺伝子メタ解析
ＰｕｂＭｅｄとＥｍｂａｓｅの両方で「（（（（肝細胞癌）ＯＲＨＣＣ）ＯＲ肝細胞腫ＯＲ肝癌）ＡＮＤメチル化」で検索したところ、２８０５件の記録が得られた（２０１９年１０月１日現在）。これらの記録をＨＣＣ組織メチル化との関連性についてスクリーニングした結果、６３７件の適切な組織メチル化論文が得られた（図６）。論文を、メチル化頻度データについてスクリーニングし、包含（ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ）が３１７の研究に減少した。残りの論文は、同一患者に由来するＨＣＣおよび隣接する非がん性組織（ＡＮＴ）の検査、ならびにメチル化定量のためのメチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）または定量的ＭＳＰ（ＱＭＳＰ）の使用に対してもフィルタリングし、包含はさらに１２３の論文に減少した。少なくとも２つの他の研究でも解析された遺伝子を調べた６７の論文について、カウントデータを照合した。このカウントデータについて、対になったＨＣＣとＡＮＴの過剰にメチル化されたプロモーターをそれぞれ、真の陽性および偽陽性と考えた。Ｒの「ｍｅｔａｆｏｒ」ライブラリーにおいて、Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ推定量を使用するランダム効果メタ解析を行って、９５％信頼区間（ＣＩ）の調整診断オッズ比（ＤＯＲ）を求めた（６０～６１）。ＤＯＲの９５％ＣＩが１未満の遺伝子を破棄した。残りの遺伝子についてはフォレストプロットを作成した。ＨＣＣおよび硬変の患者の血漿メチル化研究をこの検索中に特定し、適合した分類モデルにおいて高い予測能力（曲線下面積、ＡＵＣ＞０．８）を示す遺伝子について調査した（６４～６５）。

ＬＡＭＢの層２：ＨＣＣとＡＮＴマイクロアレイにおけるプロモーターＣｐＧメチル化
ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０（４５０Ｋ）のメチル化頻度データは、ＴｈｅＣａｎｃｅｒＧｅｎｏｍｅＡｔｌａｓの肝細胞癌に関する研究（ＴＣＧＡ－ＬＩＨＣ）からダウンロードした。再発腫瘍を除去し、対になった原発性ＨＣＣとＡＮＴを有する５０名の患者のデータを使用した。ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＯｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）から、対になった悪性腫瘍／ＡＮＴ組織を有する６６名の患者（ＧＳＥ５４５０３）と３７名の患者（ＧＳＥ８９８５２）の４５０Ｋのデータをダウンロードした。これらのデータセットを選択したのは、これらの関連研究において見ることができる人口統計学的情報が公開されていたからである。３つのデータセットすべてを単一のデータセットに合わせ、試料において欠損していたＣｐＧをすべて除去した結果、３２６，３２２個のＣｐＧが得られた。データはｌｏｇｉｔ変換し、Ｒの「ＣｏｍＢａｔ」パッケージを使用して、データセット間のバッチ効果を補正し、次いで、データを逆ｌｏｇｉｔ変換した（６２）。次いで得られたＣｐＧを、Ｉｌｌｕｍｉｎａの４５０Ｋアノテーションファイルを用いて、遺伝子、特色、および染色体上の位置情報に関してアノテーションした。組織メタ解析および血漿研究解析からの２３個の遺伝子のＴＳＳ１５００およびＴＳＳ２００領域におけるＣｐＧのメチル化頻度データを、１５３名の患者全員について抽出した。１５３名の患者から、主に早期ステージの腫瘍を有する６７名の患者のコホート（ＴＣＧＡおよびＧＳＥ８９８５２）のメチル化頻度データを抽出して、早期ステージの腫瘍における部位の性能を評価した。Ｒの「ｐＲＯＣ」ライブラリーを用いて、幾何平均ＨＣＣメチル化、幾何平均ＡＮＴメチル化、およびＨＣＣとＡＮＴとの間の単変量ＣｐＧＡＵＣを、全患者および早期ステージのサブコホートについて計算した（６３）。ＨＣＣで平均メチル化がＡＮＴより低いＣｐＧ、ＡＮＴで過剰にメチル化されたＣｐＧ（メチル化頻度：β＞０．２）、または悪性組織とＡＮＴとの間のＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。

ＬＡＭＢの層３：ＨＣＣおよび全血におけるプロモーターのＣｐＧメチル化
溶解全血の４５０Ｋのメチル化頻度データを、ＧＥＯ（ＧＳＥ８４７２７、ＧＳＥ８０４１７、ＧＳＥ４０２７９、ＧＳＥ７２７７３、ＧＳＥ１１１６２９、ＧＳＥ５３７４０）（９３～９７）から３０５、１２７、６２２、２７２、２３６、および１６０名の健康な患者についてダウンロードした。これらのデータセットが選択されたのは、溶血全血を解析し、健康な対照が特定できるような構造になっていたからである。すべてのデータセットにおいて、全患者に存在しないＣｐＧを除去し、得られたデータをメチル化頻度マトリックスに合わせ、ｌｏｇｉｔ変換した。次いで、データをバッチ効果について補正した。ＬＡＭＢの層２において見られるＣｐＧのメチル化頻度データを血液データから抽出した。ＨＣＣ組織と血液の差次的メチル化解析を実施するために、１５９個の他のＴＣＧＡＨＣＣに関する４５０Ｋのデータをダウンロードした。これらの腫瘍を、患者の年齢、性別、および人種に基づいて、健康な対照患者由来の全血試料１５９個にマッチさせた。それらのＧＥＯデータセットによるマッチさせた血液試料の比率は、それらのＧＥＯデータセットによる全血液試料の比率を反映していた。ＨＣＣ組織と対照血液との間のＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。残りの１５６３個の血液試料における残りのＣｐＧの幾何平均メチル化頻度を計算した。対になっていない血液試料においてメチル化頻度が０．１未満のＣｐＧを、ＬＡＭＢ－ＨＣＣパネルのＣｐＧとして選択した。

検証：
無細胞ＤＮＡにおけるＬＡＭＢ－ＨＣＣパネルの解析
２２名のＨＣＣを有する硬変患者および２２名のＨＣＣを有さない硬変患者（ＧＳＥ１２９３７４）の４５０Ｋのメチル化データをダウンロードし、これらの患者を肝機能によってマッチさせた。２０２０年５月現在、ＧＳＥ１２９３７４は、ＨＣＣおよび硬変患者からのｃｆＤＮＡに関して利用可能な唯一のメチル化頻度データである。ＬＡＭＢ－ＨＣＣのＣｐＧデータをｃｆＤＮＡデータから抽出し、遺伝子プロモーター内のＬＡＭＢによるＣｐＧの幾何平均頻度をその遺伝子にマッピングして、４４名の患者すべての１０－遺伝子メチル化プロファイルを作成した。１０－遺伝子メチル化プロファイルそれぞれの幾何平均を計算して、ＬＡＭＢ－ＨＣＣスコアを求めた。患者の疾患状態を各患者のメチル化プロファイルにマッピングした。ＬＡＭＢ－ＨＣＣスコアについてＲＯＣ曲線を作成し、遺伝子とＬＡＭＢ－ＨＣＣのスコアについてＡＵＣを計算した。次いで、ＬＡＭＢの４５０Ｋフィルターによって調べたすべてのＣｐＧについてＡＵＣを計算した。ＬＡＭＢ－ＨＣＣスコアのＡＵＣの９５％ＣＩをＷｉｌｓｏｎ／Ｂｒｏｗｎ法によって決定した。統計的有意性を見出すためにＷｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用した。

ＬＡＭＢパネルによるメタ解析およびマイクロアレイデータの使用を調べるために、メタ解析とマイクロアレイデータのみで発見されたＨＣＣパネルを調べた。ＨＣＣのメタ解析パネルでは、メタ解析および文献検索で特定した２２個の遺伝子のプロモーター領域にあるｃｆＤＮＡデータ中の全ＣｐＧ、合計３６４個のＣｐＧがパネルに含まれた。このパネルのＣｐＧメチル化データをｃｆＤＮＡデータから抽出し、遺伝子プロモーター内のＣｐＧの幾何平均頻度をその遺伝子にマッピングして、全患者の２２－遺伝子メチル化プロファイルを作成した。ＲＯＣ曲線を作成し、この２２－遺伝子のメチル化プロファイルの幾何平均に由来するメタ解析スコアと同様に、個々のＣｐＧからＡＵＣを求めた。Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、統計的有意性を計算した。ＨＣＣマイクロアレイパネルでは、ＬＡＭＢ－ＨＣＣの層２の入力データから全患者試料に存在する３２６，３２２個のＣｐＧをスクリーニングして、遺伝子プロモーターエリアにあるものを発見し、次いで、ＬＡＭＢの層２および３によりフィルタリングし、２６７個の遺伝子と共に４８６個のＣｐＧを含有するパネルを得た。このパネルのＣｐＧメチル化データをｃｆＤＮＡデータから抽出し、遺伝子プロモーター内のＣｐＧの幾何平均頻度をその遺伝子にマッピングして、４４名の全患者の２６７－遺伝子メチル化プロファイルを作成した。ＲＯＣ曲線を作成し、この２６７－遺伝子メチル化プロファイルの幾何平均を用いて計算したマイクロアレイスコアと同様に、個々のＣｐＧについてＡＵＣを求めた。Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、統計的有意性を決定した。

アルファフェトタンパク質（ＡＦＰ）の血清レベルを、論文の補足からの４５０ＫのｃｆＤＮＡ検証データセットにおいて４１名の患者について求め、研究著者から提供されたデータに基づいて患者にマッチさせた。２２名の硬変患者のうちの３名のＡＦＰレベルは入手できなかったため、これらをこの解析から除去した。残りの患者については、２２名のＨＣＣ患者のうち９名および硬変患者の全１９名が、２０ｎｇ／ｍＬの臨床的カットオフより低いＡＦＰレベルを有した。これら９名のＨＣＣ患者および１９名の硬変患者のＬＡＭＢ－ＨＣＣパネルスコアを解析した。このデータからＲＯＣ曲線を作成し、Ｗｉｌｓｏｎ／Ｂｒｏｗｎ法を使用して計算した９５％ＣＩによりＡＵＣを求めた。Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、統計的有意性を決定した。

ＬＡＭＢ－ＣＲＣ（結腸直腸腺癌）：
ＬＡＭＢの層１：結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）組織メチル化研究の遺伝子メタ解析
ＰｕｂＭｅｄとＥｍｂａｓｅの両方で「（結腸直腸腺癌）ＯＲＣＲＣ）ＯＲ結腸腺癌）ＯＲ直腸腺癌）ＯＲ結腸直腸癌）ＯＲ結腸癌）ＯＲ直腸癌）ＯＲ結腸直腸がん）ＡＮＤメチル化」で検索し、６４００の抄録が得られた（２０２０年７月１日現在）。これらの抄録をＣＲＣの組織メチル化と複製との関連についてスクリーニングし、２１２９個の適切な組織メチル化論文が得られた（図１２）。論文を、メチル化頻度データについてスクリーニングし、包含が９１６の研究に減少した。残りの論文は、同一患者に由来するＣＲＣおよびＡＮＴの検査、ならびにメチル化定量のためのＭＳＰまたはＱＭＳＰの使用に対してもフィルタリングし、包含はさらに４００の論文に減少した。別の研究でも解析された遺伝子を調べた１８８の論文について、カウントデータを照合した。対になったＣＲＣとＡＮＴの過剰にメチル化されたプロモーターはそれぞれ、真の陽性および偽陽性であった。Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ推定量を使用するランダム効果メタ解析を行って、９５％信頼区間（ＣＩ）の調整診断オッズ比（ＤＯＲ）を求めた。ＤＯＲの９５％ＣＩが１未満の遺伝子を破棄した。残りの遺伝子についてはフォレストプロットを作成した。

ＬＡＭＢの層２：ＣＲＣおよびＡＮＴのマイクロアレイにおけるプロモーターＣｐＧメチル化
ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０（４５０Ｋ）のメチル化頻度データを、ＴＣＧＡの結腸腺癌および直腸腺癌に関する研究（ＴＣＧＡ－ＣＯＡＤ、ＴＣＧＡ－ＲＥＡＤ）からダウンロードした。再発腫瘍を除去し、対になった原発性ＣＲＣとＡＮＴを有する４４名の患者のデータを使用した。ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＯｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）から、対になった悪性腫瘍／ＡＮＴ組織を有する９５名の患者（ＧＳＥ７７７１８）と１０３名の患者（ＧＳＥ１０１７６４）の４５０Ｋのデータをダウンロードした。これらのデータセットを選択したのは、これらの関連研究において見ることができる人口統計学的情報が公開されていたからである。３つのデータセットすべてを単一のデータセットに合わせ、試料において欠損していたＣｐＧを除去した結果、３００，８８５個のＣｐＧが得られた。データをｌｏｇｉｔ変換し、ＣｏｍＢａｔを使用して、データセット間のバッチ効果を補正し、次いで、データを逆ｌｏｇｉｔ変換した。得られたＣｐＧを、Ｉｌｌｕｍｉｎａの４５０Ｋアノテーションファイルを用いて、遺伝子、特色、および染色体上の位置情報に関してアノテーションした。組織メタ解析からの７５個の遺伝子のＴＳＳ１５００およびＴＳＳ２００エリアにおけるＣｐＧのメチル化頻度データを、患者全員について抽出した。幾何平均ＣＲＣメチル化、幾何平均ＡＮＴメチル化、およびＣＲＣとＡＮＴとの間の単変量ＣｐＧＡＵＣを全患者について計算した。ＣＲＣで平均メチル化がＡＮＴより低いＣｐＧ、ＡＮＴで過剰にメチル化されたＣｐＧ（β＞０．２）、または悪性組織とＡＮＴとの間のＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。

ＬＡＭＢの層３：ＣＲＣおよび全血におけるプロモーターＣｐＧメチル化
ＨＣＣＬＡＭＢの層３解析からの全血についての４５０Ｋのデータを利用した。ＣＲＣＬＡＭＢの層２において特定されたＣｐＧのメチル化頻度データを血液データから抽出した。ＣＲＣ組織の血液に対する差次的メチル化解析を実施するために、２８３個の別々のＴＣＧＡＣＲＣに関する４５０Ｋのデータをダウンロードした。腫瘍を、患者の年齢、性別、および人種に基づいて、健康な対照患者由来の全血試料２８３個にマッチさせた。ＧＥＯデータセットによるマッチさせた血液試料の比率は、ＧＥＯデータセットによる全血液試料の比率を反映していた。ＣＲＣ組織と全血との間のＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。残りの１４３９個の血液試料における残りのＣｐＧの幾何平均メチル化頻度を計算した。これらの対になっていない血液試料においてメチル化頻度が０．１未満のＣｐＧを、ＣＲＣに関するＬＡＭＢのＣｐＧとして特定した。

検証：
無細胞ＤＮＡにおけるＬＡＭＢ－ＣＲＣパネルの解析
年齢によってマッチさせた３８名のＣＲＣ患者と４６名の健康な対照について、標的バイサルファイトシーケンシングデータをダウンロードした（ＧＳＥ１４９４３８）。２０２０年１０月現在、これは、ＣＲＣおよび平均的リスクのある患者からのｃｆＤＮＡに関して利用可能な唯一のメチル化頻度データである。ＬＡＭＢ－ＣＲＣ遺伝子領域を、その遺伝子のＬＡＭＢ－ＣＲＣＣｐＧおよびＬＡＭＢ－ＣＲＣＣｐＧ間のＣｐＧを含有するものとして定義した。すべてのβ_遺伝子スコアが少なくとも０．１％の分解能を有するように、遺伝子領域に隣接する２５ｂｐのセグメントを付加した。ＬＡＭＢ－ＣＲＣ遺伝子のうち５つは、シーケンシング深度が劇的に低く、解析から除去した。遺伝子領域についてメチル化および非メチル化ＣｐＧカウントを抽出し、β_遺伝子およびβ_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}のスコアを求めた。これらの試料に関する患者情報を使用して、患者を疾患状態および腫瘍ステージにマッチさせた。ＬＡＭＢ－ＣＲＣスコアについてＲＯＣ曲線を作成し、遺伝子とＬＡＭＢ－ＣＲＣのスコアについてＡＵＣを計算した。ＬＡＭＢ－ＣＲＣスコアのＡＵＣの９５％ＣＩをＷｉｌｓｏｎ／Ｂｒｏｗｎ法によって決定した。統計的有意性を見出すためにＷｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用した。

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ（前立腺腺癌）：
ＬＡＭＢの層１：前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）組織メチル化研究の遺伝子メタ解析
ＰｕｂＭｅｄおよびＥｍｂａｓｅで「（（（（前立腺腺癌）ＯＲ前立腺がん）ＯＲ前立腺癌）ＯＲＰＲＡＤ）ＡＮＤメチル化」を検索したところ、３７７５件の抄録が得られた（２０２０年１月１日現在）。これらの抄録をＰＲＡＤの組織メチル化と複製との関連についてスクリーニングし、６６９個の適切な組織メチル化論文が得られた（図１２）。論文を、メチル化頻度データについてスクリーニングし、包含が３６９の研究に減少した。残りの論文を、対照組織としてＰＲＡＤ患者由来のＡＮＴを有すること、およびメチル化頻度の定量のためのＭＳＰ／ＱＭＳＰの使用についてスクリーニングし、包含が１０５の論文にさらに減少した。２またはそれより多い研究で調べられた遺伝子を含有する４１の論文について、カウントデータを照合した。対になったＰＲＡＤとＡＮＴの過剰にメチル化されたプロモーターをそれぞれ、真の陽性および偽陽性として分類した。Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ方法を使用するランダム効果メタ解析を行い、９５％ＣＩの調整診断オッズ比（ＤＯＲ）を得た。ＤＯＲの９５％ＣＩが１未満の遺伝子を破棄した。次いで、残りの遺伝子についてフォレストプロットを作成した。

ＬＡＭＢの層２：ＰＲＡＤおよびＡＮＴのマイクロアレイにおけるプロモーターＣｐＧメチル化
４５０ＫのデータをＴｈｅＣａｎｃｅｒＧｅｎｏｍｅＡｔｌａｓｆｏｒＰＲＡＤ（ＴＣＧＡ－ＰＲＡＤ）からダウンロードした。再発腫瘍を除去し、対になった原発性ＰＲＡＤとＡＮＴを有する５０名の患者のデータを使用した。対になった組織を有する９５名のさらなるＰＲＡＤ患者の４５０ＫのデータをＧＥＯからダウンロードした（ＧＳＥ１１２０４７、ＧＳＥ５５５９８、ＧＳＥ７３５４９、ＧＳＥ７６９３８）。５つのデータセットすべてを単一のデータセットに連結させ、試料において欠損していたＣｐＧをすべて除去した結果、１４５名の患者について２２９，８１５個のＣｐＧが得られた。データをｌｏｇｉｔ変換し、データセット間のバッチ効果を補正し、データを逆ｌｏｇｉｔ変換した。残りのＣｐＧを、Ｉｌｌｕｍｉｎａの４５０Ｋアノテーションファイルにおいて、遺伝子、特色、および染色体上の位置にカップリングさせた。メタ解析からの８個の遺伝子のＴＳＳ１５００およびＴＳＳ２００におけるＣｐＧのメチル化頻度データを、患者全員について抽出した。幾何平均ＰＲＡＤメチル化、幾何平均ＡＮＴメチル化、およびＰＲＡＤとＡＮＴとの間の単変量ＣｐＧＡＵＣを、１４５名の患者について計算した。早期ステージのＰＲＡＤを有する対になった患者数（２）が少ないため、さらなる早期ステージのＡＵＣ解析は行わなかった。ＰＲＡＤで平均メチル化がＡＮＴより低いＣｐＧ、ＡＮＴで過剰にメチル化されたＣｐＧ（メチル化頻度：β＞０．２）、またはＰＲＡＤとＡＮＴとを区別するＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。

ＬＡＭＢの層３：ＰＲＡＤおよび全血におけるプロモーターＣｐＧメチル化
ＨＣＣＬＡＭＢの層３解析からの溶解全血についての４５０Ｋのデータを利用した。ＰＲＡＤのＬＡＭＢの層２において特定されたＣｐＧのメチル化頻度データを血液データから抽出した。ＰＲＡＤ組織の血液に対する差次的メチル化解析を実施するために、３１５個の別々のＴＣＧＡＰＲＡＤに関する４５０Ｋのデータをダウンロードした。これらの腫瘍を、患者の年齢、性別、および人種に基づいて、健康な対照患者由来の全血試料３１５個にマッチさせた。それらのＧＥＯデータセットによるマッチさせた血液試料の比率は、それらのＧＥＯデータセットによる全血液試料の比率を反映していた。ＰＲＡＤ組織と全血との間のＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。残りの１４０７個の血液試料における残りのＣｐＧの幾何平均メチル化頻度を計算した。これらの対になっていない血液試料においてメチル化頻度が０．１未満のＣｐＧを、ＬＡＭＢのＣｐＧとして特定した。

検証：
無細胞ＤＮＡにおけるＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルの解析
去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）患者（ＧＳＥ１０８４６２）の全来院について、４５０Ｋのメチル化データをダウンロードした。２０２０年５月現在、ＧＳＥ１０８４６２は、ＣＲＰＣ患者の無細胞ＤＮＡに関して利用可能な唯一のメチル化頻度データである。ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのＣｐＧデータをｃｆＤＮＡ検証データから抽出し、遺伝子プロモーター内のＬＡＭＢによるＣｐＧの幾何平均頻度をその遺伝子にマッピングして、全来院の５－遺伝子メチル化プロファイルを作成した。５－遺伝子メチル化プロファイルそれぞれの幾何平均を計算して、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアを求めた。患者、ＰＳＡおよび日数情報を来院のメチル化プロファイルにマッピングした。ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアの変動係数を、複数の技術的反復を有する来院について求め、変動係数が２０％を超える来院を除去した。残りの技術的反復を有する来院のメチル化頻度の幾何平均をその来院にマッピングした。酢酸アビラテロンとドセタキセルで処置した２３名の患者（０日目は処置前試料）を解析した。各患者の処置中試料について、患者のベースラインからの差異スコアのパーセントを計算した。患者を、ベースライン試料から初回の処置中試料までのＰＳＡ変化に基づいて応答者としてカテゴリー化した。ＰＳＡの減少が３０％を超えた９名の患者を応答者として分類し、残りの１４名の患者を非応答者として分類した。ベースラインから初回来院までのＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアの差異パーセントによって応答者と非応答者とを区別するＲＯＣ曲線を作成し、初回来院時の遺伝子とＬＡＭＢ－ＰＲＡＤの差異スコアのパーセントについてＡＵＣを計算した。ＡＵＣを、ＬＡＭＢの層２および３によって評価したＰＲＡＤＣｐＧの初回来院の差異スコアのパーセントについて計算した。ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアのＡＵＣの９５％ＣＩをＷｉｌｓｏｎ／Ｂｒｏｗｎ法によって計算した。Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、統計的有意性を決定した。

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤによるメタ解析とマイクロアレイデータの両方の使用を評価するために、メタ解析とマイクロアレイデータによってのみ発見されたＰＲＡＤパネルを査定した。ＰＲＡＤのメタ解析パネルでは、メタ解析で特定した９個の遺伝子のプロモーター領域にあるｃｆＤＮＡデータ中のＣｐＧ、合計１３１個のＣｐＧがパネルに含まれた。このパネルのＣｐＧメチル化データを、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ解析で使用した来院のｃｆＤＮＡデータから抽出した。遺伝子プロモーターにおけるＣｐＧの幾何平均頻度をその遺伝子にマッピングして、全来院の９－遺伝子メチル化プロファイルを作成した。９－遺伝子メチル化プロファイルそれぞれの幾何平均を計算して、ＰＲＡＤメタ解析パネルスコアを求めた。各患者の初回処置中試料について、ベースライン来院との差異スコアのパーセントを、ＰＲＡＤメタ解析パネルスコアを用いて計算した。これらのスコアによって応答者と非応答者を区別するＲＯＣ曲線を作成し、Ｗｉｌｓｏｎ／Ｂｒｏｗｎ法で求めた９５％ＣＩを用いてＡＵＣを計算した。Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、統計的有意性を計算した。ＰＲＡＤマイクロアレイパネルでは、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤの層２の入力データから全患者試料に存在する２２９，８１５個のＣｐＧをスクリーニングして、遺伝子プロモーターエリアにあるものを発見し、次いで、ＬＡＭＢの層２および３によりフィルタリングし、６２４個の遺伝子において１１７８個のＣｐＧを得た。これらのＣｐＧのメチル化データを、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ解析において来院ごとのｃｆＤＮＡデータから抽出した。遺伝子プロモーター領域におけるＣｐＧの幾何平均頻度をその遺伝子にマッピングして、全来院の６２４－遺伝子メチル化プロファイルを作成した。６２４－遺伝子メチル化プロファイルそれぞれの幾何平均を計算して、ＰＲＡＤマイクロアレイパネルのスコアを求めた。各患者の初回処置中試料について、ベースライン来院との差異スコアのパーセントを、ＰＲＡＤマイクロアレイパネルスコアを用いて計算した。これらのスコアによって応答者と非応答者を分けるＲＯＣ曲線を作成し；Ｗｉｌｓｏｎ／Ｂｒｏｗｎ法で求めた９５％ＣＩを用いてＡＵＣを計算した。Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用して、統計的有意性を決定した。

ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアが、初回処置時来院後に、腫瘍の進行および応答とどのように相関するかを評価するために、腫瘍応答を、過去の来院のＰＳＡ値、処置のその時点の患者の最下点のＰＳＡ値、および血清学的異常値のＰＳＡ臨床カットオフ（４ｎｇ／ｍＬ）と関連する来院時のＰＳＡ値によって分類した。この分類は、ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ療法の応答について解析した２３名の患者の来院に対してのみ行った。患者のＰＳＡの最下点、過去の来院、またはＰＳＡカットオフより小さいＰＳＡを有する７回の来院を、腫瘍が応答した時点としてカテゴリー化し、他の２４回の来院は、腫瘍が進行している時点として分類した。２４回の進行中の来院に関するＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアを、処置のその時点の最下点のＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアと比較した一方、７回の応答来院時のＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアを、処置のその時点のピークのＬＡＭＢ－ＰＲＡＤスコアと比較した。

ＮＳＣＬＣ（非小細胞肺がん）のＬＡＭＢパネル：
ＬＡＭＢの層１：非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）組織メチル化研究の遺伝子メタ解析
ＰｕｂＭｅｄとＥｍｂａｓｅの両方で、「（肺腺癌）ＯＲＬＵＡＤ）ＯＲ肺扁平上皮癌）ＯＲＬＵＳＣ）ＯＲ非小細胞肺がん）ＯＲＮＳＣＬＣ）ＡＮＤメチル化」の検索を２０１９年１０月１日に行った。これらの記録を、ＮＳＣＬＣ組織メチル化との関連性、メチル化頻度データ、同一患者に由来するＮＳＣＬＣおよびＡＮＴの検査、ならびにメチル化定量のためのＭＳＰまたはＱＭＳＰの使用についてスクリーニングした。８８の論文についてカウントデータを照合した。対になったＮＳＣＬＣとＡＮＴの過剰にメチル化されたプロモーターをそれぞれ、真の陽性および偽陽性と考えた。Ｈａｒｔｕｎｇ－Ｋｎａｐｐ－Ｓｉｄｉｋ－Ｊｏｎｋｍａｎ推定量を用いるランダム効果メタ解析を行って、９５％信頼区間（ＣＩ）の調整診断オッズ比（ＤＯＲ）を求めた。ＤＯＲの９５％ＣＩが１未満の遺伝子を破棄した。ＮＳＣＬＣおよび健康な患者の血漿メチル化研究をこの検索中に特定し、適合した分類モデルにおいて高い予測能力（曲線下面積、ＡＵＣ＞０．８）を示す遺伝子について調査した。

ＬＡＭＢの層２：ＮＳＣＬＣおよびＡＮＴマイクロアレイにおけるプロモーターＣｐＧメチル化
ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ４５０（４５０Ｋ）のメチル化頻度データは、ＴｈｅＣａｎｃｅｒＧｅｎｏｍｅＡｔｌａｓの肺腺癌および肺扁平上皮癌に関する研究（ＴＣＧＡ－ＬＵＡＤ、ＴＣＧＡ－ＬＵＳＣ）からダウンロードした。再発腫瘍を除去し、対になった原発性ＬＵＡＤ／ＬＵＳＣとＡＮＴを有する２３／４０名の患者のデータを使用した。対になったＬＵＡＤとＡＮＴの組織を有する１５名の患者（ＧＳＥ７５００８）、１２名の患者（ＧＳＥ８３８４２）、８名の患者（ＧＳＥ８５８４５）、および１３名の患者（ＧＳＥ９４７８５）の４５０ＫのデータをＧＥＯからダウンロードした。対になったＬＵＳＣとＡＮＴの組織を有する１６名の患者（ＧＳＥ７５００８）および７名の患者（ＧＳＥ９４７８５）の４５０ＫのデータをＧＥＯからダウンロードした。このデータセットを選択したのは、これらの関連研究において見ることができる人口統計学的情報が公開されていたからである。ＬＵＡＤデータセットを１つのデータセットに合わせ、ＬＵＳＣデータセットを１つのデータセットに合わせた。試料において欠損していたＣｐＧはすべて除外した。データセットをｌｏｇｉｔ変換し、バッチ効果について補正し、逆ｌｏｇｉｔ変換した。得られたＣｐＧを、Ｉｌｌｕｍｉｎａの４５０Ｋアノテーションファイルを用いて、遺伝子、特色、および染色体上の位置情報に関してアノテーションした。組織メタ解析および血漿研究解析からの４８個の遺伝子のＴＳＳ１５００およびＴＳＳ２００領域におけるＣｐＧのメチル化頻度データを、両方のデータセットの患者について抽出した。幾何平均ＬＵＡＤ／ＬＵＳＣメチル化、幾何平均ＡＮＴメチル化、およびＬＵＡＤ／ＬＵＳＣとＡＮＴとの間の単変量ＣｐＧＡＵＣを全患者について求めた。ＬＵＡＤ／ＬＵＳＣで平均メチル化がＡＮＴより低いＣｐＧ、ＡＮＴで過剰にメチル化されたＣｐＧ（β＞０．２）、または悪性組織とＡＮＴとの間のＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。

ＬＡＭＢの層３：ＮＳＣＬＣおよび全血におけるプロモーターＣｐＧメチル化
ＨＣＣＬＡＭＢの層３解析からの全血についての４５０Ｋのデータを利用した。ＮＳＣＬＣのＬＡＭＢの層２において特定されたＣｐＧのメチル化頻度データを血液データから抽出した。ＬＵＳＣ／ＬＵＡＤ組織の血液に対する差次的メチル化解析を実施するために、２８７個の別々のＴＣＧＡＬＵＡＤおよび２３７個の別々のＬＵＳＣに関する４５０Ｋのデータをダウンロードした。これらの腫瘍を、患者の年齢、性別、および人種に基づいて、健康な対照患者由来の全血試料に別々にマッチさせた。ＧＥＯデータセットによるマッチさせた血液試料の比率は、ＧＥＯデータセットによる全血試料の比率を反映していた。ＬＵＳＣ／ＬＵＡＤ組織と血液との間のＡＵＣが０．８未満のＣｐＧを除去した。残りの血液試料における残りのＣｐＧの幾何平均メチル化頻度を計算した。これらの対になっていない血液試料においてメチル化頻度が０．１未満のＣｐＧを、ＬＡＭＢ－ＬＵＡＤＣｐＧおよびＬＡＭＢ－ＬＵＳＣＣｐＧとして特定した（使用した組織の種類に応じて）。

腫瘍組織の解析
３７５個のＨＣＣ、５０２個のＰＲＡＤ、４０９個のＣＲＣ、３９５個の胃腺癌（ＳＴＡＤ）、３１個の胆管癌（ＣＨＯＬ）、４７１個の肺腺癌（ＬＵＡＤ）、１８５個の食道癌（ＥＳＣＡ）、１８３個の膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、５１３個の低悪性度神経膠腫（ＬＧＧ）、１４０個の多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）、７９３個の乳房浸潤癌（ＢＲＣＡ）、５２７個の頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、４１８個の尿路上皮膀胱癌（ＢＬＣＡ）、３０５個の子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸部内膜腺癌（ＣＥＳＣ）、４８個のびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）、３２４個の腎腎明細胞癌（ＫＩＲＣ）、８７個の中皮腫（ＭＥＳＯ）、１０３個の皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、３７０個の肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）、４３６個の子宮体部子宮内膜癌（ＥＮＤＯ）、８０個の副腎皮質癌（ＡＣＣ）、６６個の嫌色素性腎細胞癌（ｋｉｄｎｅｙｃｈｒｏｍｏｐｈｏｂｅ）（ＫＩＣＨ）、２７５個の腎腎乳頭細胞癌（ＫＩＲＰ）、２６１個の肉腫（ＳＡＲＣ）、５０４個の甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、１７９個の褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、５７個の子宮癌肉腫（ＵＣＳ）、８０個のブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、１５０個の精巣胚細胞（ＴＧＣＴ）、１９４個の急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、１２４個の胸腺腫（ＴＨＹＭ）、および１０個の卵巣漿液性嚢胞腺癌（ＯＶ）腫瘍に関する４５０Ｋのメチル化頻度データをＴＣＧＡからダウンロードした。ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣおよびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤパネルのＣｐＧ部位のメチル化データを抽出した。各腫瘍について、１０－遺伝子のＬＡＭＢ－ＨＣＣ、１７－遺伝子のＬＡＭＢ－ＣＲＣ、および５－遺伝子のＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのメチル化頻度プロファイル、ならびにＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤの複合スコアを求めた。メチル化頻度プロファイルおよび複合パネルスコアを、がん種にわたって比較した。統計的有意性を決定するために、原発性がん種（ＨＣＣ、ＣＲＣ、またはＰＲＡＤ）と他のがん種との間のＷｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用した。一次グリソングレードおよび二次グリソングレードを加えて、ＰＲＡＤのグリソンスコアを求めた。ＨＣＣ／ＣＲＣおよびＰＲＡＤをそれぞれ腫瘍ステージとグリソンスコアによって分け、ＬＡＭＢ－ＨＣＣ、ＬＡＭＢ－ＣＲＣ、およびＬＡＭＢ－ＰＲＡＤのスコアをそれぞれのがん種についてそれぞれのカテゴリーにわたって比較した。異なる組織群間の統計的有意性を計算するためにＷｉｌｃｏｘｏｎ検定を使用した。ＬＡＭＢの組織分類能力を査定するために、ＨＣＣ、ＣＲＣ、およびＰＲＡＤに関するβ_{ＬＡＭＢ－ＨＣＣ}、β_{ＬＡＭＢ－ＣＲＣ}、β_{ＬＡＭＢ－ＰＲＡＤ}スコアを、３つのＬＡＭＢパネルの最も高いメチル化スコアによるがん種の予測と比較した。
参照文献

Ｆｏｒｓｈｅｗ，Ｔ．，ｅｔａｌ．，ＮｏｎｉｎｖａｓｉｖｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇｏｆｃａｎｃｅｒｍｕｔａｔｉｏｎｓｂｙｔａｒｇｅｔｅｄｄｅｅｐｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆｐｌａｓｍａＤＮＡ．Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．４，１３６ｒａ６８（２０１２）．

Ｄａｗｓｏｎ，Ｓ．Ｊ．，ｅｔａｌ．，ＡｎａｌｙｓｉｓｏｆｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｔｕｍｏｒＤＮＡｔｏｍｏｎｉｔｏｒｍｅｔａｓｔａｔｉｃｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒ．Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３６８，１１９９－１２０９（２０１３）．

Ｂｅｔｔｅｇｏｗｄａ，Ｃ．，ｅｔａｌ．ＤｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｔｕｍｏｒＤＮＡｉｎｅａｒｌｙ－ａｎｄｌａｔｅ－ｓｔａｇｅｈｕｍａｎｍａｌｉｇｎａｎｃｉｅｓ．Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．６，２２４ｒａ２４（２０１４）．

Ｃｏｈｅｎ，Ｊ．Ｄ．，ｅｔａｌ．Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｎｄｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎｏｆｓｕｒｇｉｃａｌｌｙｒｅｓｅｃｔａｂｌｅｃａｎｃｅｒｓｗｉｔｈａｍｕｌｔｉ－ａｎａｌｙｔｅｂｌｏｏｄｔｅｓｔ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．３５９，９２６－９３０（２０１８）．

Ｃｏｒｃｏｒａｎ，Ｒ．Ｂ．＆Ｃｈａｂｎｅｒ，Ｂ．Ａ．Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡａｎａｌｙｓｉｓｔｏｃａｎｃｅｒｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３７９，１７５４－１７６５（２０１８）．

ＭｃＤｏｎａｌｄ，Ｂ．Ｒ．，ｅｔａｌ．ＰｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｔｕｍｏｒＤＮＡａｎａｌｙｓｉｓｔｏｄｅｔｅｃｔｒｅｓｉｄｕａｌｄｉｓｅａｓｅａｆｔｅｒｎｅｏａｄｊｕｖａｎｔｔｈｅｒａｐｙｉｎｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒ．Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．１１，ｅａａｘ７３９２（２０１９）．

Ｓｕｎ，Ｋ．，ｅｔａｌ．，ＰｌａｓｍａＤＮＡｔｉｓｓｕｅｍａｐｐｉｎｇｂｙｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｆｏｒｎｏｎｉｎｖａｓｉｖｅｐｒｅｎａｔａｌ，ｃａｎｃｅｒ，ａｎｄｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎａｓｓｅｓｓｍｅｎｔｓ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１１２，Ｅ５５０３－Ｅ５５１２（２０１５）．

Ｌａｍｂ，Ｙ．Ｎ．＆Ｄｈｉｌｌｏｎ，Ｓ．ＥｐｉｐｒｏＣｏｌｏｎ２．０ＣＥ：Ａｂｌｏｏｄ－ｂａｓｅｄｓｃｒｅｅｎｉｎｇｔｅｓｔｆｏｒｃｏｌｏｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．Ｔｈｅｒ．２１，２２５－２３２（２０１７）．

Ｘｕ，Ｒ．，ｅｔａｌ．ＣｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｔｕｍｏｕｒＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｍａｒｋｅｒｓｆｏｒｄｉａｇｎｏｓｉｓａｎｄｐｒｏｇｎｏｓｉｓｏｆｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｎａｔ．Ｍａｔｅｒ．１６，１１５５－１１６１（２０１７）．

Ｌｉｕ，Ｌ．，ｅｔａｌ．Ｔａｒｇｅｔｅｄｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆｐｌａｓｍａｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡｆｏｒｃａｎｃｅｒｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｎｄｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．２９，１４４５－１４５３（２０１８）．

Ｌｉｕ，Ｍ．Ｃ．，ｅｔａｌ．Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅａｎｄｓｐｅｃｉｆｉｃｍｕｌｔｉ－ｃａｎｃｅｒｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｎｄｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎｕｓｉｎｇｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｓｉｇｎａｔｕｒｅｓｉｎｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡ．Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．３１，７４５－７５９（２０２０）．

Ｌｕｏ，Ｈ．，ｅｔａｌ．ＣｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｔｕｍｏｒＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｐｒｏｆｉｌｅｓｅｎａｂｌｅｅａｒｌｙｄｉａｇｎｏｓｉｓ，ｐｒｏｇｎｏｓｉｓｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ，ａｎｄｓｃｒｅｅｎｉｎｇｆｏｒｃｏｌｏｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒ．Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．１２，ｅａａｘ７５３３（２０２０）．

Ｅｓｔｅｌｌｅｒ，Ｍ．ＣｐＧｉｓｌａｎｄｈｙｐｅｒｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎａｎｄｔｕｍｏｒｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒｇｅｎｅｓ：ａｂｏｏｍｉｎｇｐｒｅｓｅｎｔ，ａｂｒｉｇｈｔｅｒｆｕｔｕｒｅ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ２１，５４２７－５４４０（２００２）．

Ｊｏｎｅｓ，Ｐ．Ａ．＆Ｂａｙｌｉｎ，Ｓ．Ｂ．Ｔｈｅｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｒｏｌｅｏｆｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｅｖｅｎｔｓｉｎｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．３，４１５－４２８（２００２）．

Ｓｎｙｄｅｒ，Ｍ．Ｗ．，Ｋｉｒｃｈｅｒ，Ｍ．，Ｈｉｌｌ，Ａ．Ｊ．，Ｄａｚａ，Ｒ．Ｍ．，＆Ｓｈｅｎｄｕｒｅ，Ｊ．Ｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡｃｏｍｐｒｉｓｅｓａｎｉｎｖｉｖｏｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅｆｏｏｔｐｒｉｎｔｔｈａｔｉｎｆｏｒｍｓｉｔｓｔｉｓｓｕｅｓ－ｏｆ－ｏｒｉｇｉｎ．Ｃｅｌｌ１６４，５７－６８（２０１６）．

Ｍｏｕｌｉｅｒｅ，Ｆ．，ｅｔａｌ．ＥｎｈａｎｃｅｄｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｔｕｍｏｒＤＮＡｂｙｆｒａｇｍｅｎｔｓｉｚｅａｎａｌｙｓｉｓ．Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．１０，ｅａａｔ４９２１（２０１８）．

Ｃｈｏｄａｖａｒａｐｕ，Ｒ．Ｋ．ＲｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｂｅｔｗｅｅｎｎｕｃｌｅｏｓｏｍｅｐｏｓｉｔｉｏｎｉｎｇａｎｄＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ４６６，３８８－３９２（２０１０）．

Ｄｅｎｇ，Ｊ．，ｅｔａｌ．ＴａｒｇｅｔｅｄｂｉｓｕｌｆｉｔｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｒｅｖｅａｌｓｃｈａｎｇｅｓｉｎＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｎｕｃｌｅａｒｒｅｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２７，３５３－３６０（２００９）．

Ｓａｎｄｏｖａｌ，Ｊ．，ｅｔａｌ．ＶａｌｉｄａｔｉｏｎｏｆａＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｍｉｃｒｏａｒｒａｙｆｏｒ４５０，０００ＣｐＧｓｉｔｅｓｉｎｔｈｅｈｕｍａｎｇｅｎｏｍｅ．Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ６，６９２－７０２（２０１１）

Ｎｉｅｌｓｏｎ，Ｃ．Ｍ．Ｔｅｓｔｉｎｇｃｏｍｐｌｅｘｇｅｎｅｔｉｃｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｆｏｒｃｏｍｐｌｅｘｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．３，８７ｅｃ９０（２０１１）．

Ｂａｄｖｅ，Ｓ．Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅｂｉｏｍａｒｋｅｒｓｉｎｏｎｃｏｌｏｇｙ：ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｉｎｐｒｅｃｉｓｉｏｎｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＳｐｒｉｎｇｅｒＮａｔｕｒｅ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ，ＡＧ，２０１９），ｐｐ．１５６．

Ｂａｒｂｏｕｒ，Ｄ．Ｌ．Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎｍｅｄｉｃｉｎｅａｎｄｔｈｅｃｕｒｓｅｄｄｉｍｅｎｓｉｏｎｓ．ｎｐｊＤｉｇｉｔ．Ｍｅｄ．２，４（２０１９）．

Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ，Ａ．，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｅｓｅｔｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓ：Ａｋｎｏｗｌｅｄｇｅ－ｂａｓｅｄａｐｐｒｏａｃｈｆｏｒｉｎｔｅｒｐｒｅｔｉｎｇｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｒｏｆｉｌｅｓ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１０２，１５５４５－１５５５０（２００５）．

Ｋｉｍ，Ｄ．，Ｌｉ，Ｒ．，Ｌｕｃａｓ，Ａ．，Ｖｅｒｍａ，Ｓ．Ｓ．，Ｄｕｄｅｋ，Ｓ．Ｍ．，＆Ｒｉｔｃｈｉｅ，Ｍ．Ｄ．Ｕｓｉｎｇｋｎｏｗｌｅｄｇｅ－ｄｒｉｖｅｎｇｅｎｏｍｉｃｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｆｏｒｍｕｌｔｉ－ｏｍｉｃｓｄａｔａａｎａｌｙｓｉｓ：ｍｅｔａｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｍｏｄｅｌｓｆｏｒｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇｃｌｉｎｉｃａｌｏｕｔｃｏｍｅｓｉｎｏｖａｒｉａｎｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｊ．Ａｍ．Ｍｅｄ．Ｉｎｆｏｒｍ．Ａｓｓｏｃ．２４，５７７－５８７（２０１７）．

Ｄａｈａｒｙ，Ｄ．，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅａｎａｌｙｓｉｓａｎｄｋｎｏｗｌｅｄｇｅ－ｄｒｉｖｅｎｖａｒｉａｎｔｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎｗｉｔｈＴＧｅｘ．ＢＭＣＭｅｄ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ１２，２００（２０１９）．

Ｃ．Ｇ．Ａ．Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅａｎｄｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅｇｅｎｏｍｉｃｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｃｅｌｌ１６９，１３２７－１３４１（２０１７）．

Ｃ．Ｇ．Ａ．Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｈｕｍａｎｃｏｌｏｎａｎｄｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔｕｒｅ４８７，３３０－３３７（２０１２）．

Ｃ．Ｇ．Ａ．Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｔａｘｏｎｏｍｙｏｆｐｒｉｍａｒｙｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ．Ｃｅｌｌ１６３，１０１１－１０２５（２０１５）．

Ｚｈａｎｇ，Ｄ．Ｙ．＆Ｆｒｉｅｄｍａｎ，Ｓ．Ｌ．Ｆｉｂｒｏｓｉｓ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｍｅｃｈａｎｉｓｍｓｏｆｈｅｐａｔｏｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ．Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ５６，７６９－７７５（２０１２）．

Ｙａｎｇ，Ｊ．Ｄ．，Ｈａｉｎａｕｔ，Ｐ．，Ｇｏｒｅｓ，Ｇ．Ｊ．，Ａｍａｄｏｕ，Ａ．，Ｐｌｙｍｏｔｈ，Ａ．，＆Ｒｏｂｅｒｔｓ，Ｌ．Ｒ．Ａｇｌｏｂａｌｖｉｅｗｏｆｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ：ｔｒｅｎｄｓ，ｒｉｓｋ，ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎａｎｄｍａｎａｇｅｍｅｎｔ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｈｅｐａｔｏｌ．１６，５８９－６０４（２０１９）．

Ｓｉｎｇａｌ，Ａ．Ｇ．，Ｐｉｌｌａｉ，Ａ．，＆Ｔｉｒｏ，Ｊ．Ｅａｒｌｙｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，ｃｕｒａｔｉｖｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ，ａｎｄｓｕｒｖｉｖａｌｒａｔｅｓｆｏｒｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｃｉｒｒｈｏｓｉｓ：ａｍｅｔａ－ａｎａｌｙｓｉｓ．ＰＬｏＳＭｅｄ．１１，ｅ１００１６２４（２０１４）．

Ｊｏｈｎｓｏｎ，Ｐ．Ｊ．Ｔｈｅｒｏｌｅｏｆｓｅｒｕｍａｌｐｈａ－ｆｅｔｏｐｒｏｔｅｉｎｅｓｔｉｍａｔｉｏｎｉｎｔｈｅｄｉａｇｎｏｓｉｓａｎｄｍａｎａｇｅｍｅｎｔｏｆｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｃｌｉｎ．ＬｉｖｅｒＤｉｓ．５，１４５－１５９（２００１）．

Ｃｈａｎｇ，Ｔ．Ｓ．，ｅｔａｌ．Ａｌｐｈａ－ｆｅｔｏｐｒｏｔｅｉｎｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｂｅｎｅｆｉｔｓｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｃｉｒｒｈｏｓｉｓ．Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１１０，８３６－８４４（２０１５）．

Ｚｈａｏ，Ｃ．，ｅｔａｌ．Ｐｏｏｒａｄｈｅｒｅｎｃｅｔｏｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ：Ａｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｒｅｖｉｅｗａｎｄｍｅｔａ－ａｎａｌｙｓｉｓｏｆａｃｏｍｐｌｅｘｉｓｓｕｅ．ＬｉｖｅｒＩｎｔ．３８，５０３－５１４（２０１８）．

Ｈｌａｄｙ，Ｒ．Ａ．，ｅｔａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｄｉｓｃｏｖｅｒｙａｎｄｖａｌｉｄａｔｉｏｎｏｆｄｉａｇｎｏｓｔｉｃＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－ｂａｓｅｄｂｉｏｍａｒｋｅｒｓｆｏｒｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｎｃｅｒｄｅｔｅｃｔｉｏｎｉｎｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｃｅｌｌｆｒｅｅＤＮＡ．Ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓ９，７２３９－７２５０（２０１９）．

Ｍａｒｒｅｒｏ，Ｊ．Ａ．，ｅｔａｌ．Ａｌｐｈａ－ｆｅｔｏｐｒｏｔｅｉｎ，ｄｅｓ－ｇａｍｍａｃａｒｂｏｘｙｐｒｏｔｈｒｏｍｂｉｎ，ａｎｄｌｅｃｔｉｎ－ｂｏｕｎｄａｌｐｈａ－ｆｅｔｏｐｒｏｔｅｉｎｉｎｅａｒｌｙｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ１３７，１１０－１１８（２００９）．

Ｗｏｌｆ，Ａ．，ｅｔａｌ．Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒｓｃｒｅｅｎｉｎｇｆｏｒａｖｅｒａｇｅ－ｒｉｓｋａｄｕｌｔｓ：２０１８ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｕｐｄａｔｅｆｒｏｍｔｈｅＡｍｅｒｉｃａｎＣａｎｃｅｒＳｏｃｉｅｔｙ．ＣＡ：ａｃａｎｃｅｒｊｏｕｒｎａｌｆｏｒｃｌｉｎｉｃｉａｎｓ６８，２５０－２８１（２０１８）．

ＩｎａｄｏｍｉＪ．Ｍ．，ｅｔａｌ．Ａｄｈｅｒｅｎｃｅｔｏｃｏｌｏｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒｓｃｒｅｅｎｉｎｇ：ａｒａｎｄｏｍｉｚｅｄｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｏｆｃｏｍｐｅｔｉｎｇｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ．ＡｒｃｈＩｎｔｅｒｎＭｅｄ．１７２，５７５－５８２（２０１２）．

Ｇｏｅｌ，Ａ．，ｅｔａｌ．ＥｐｉＰａｎＧＩＤｘ：Ａｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｆｏｒｔｈｅｅａｒｌｙｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｃａｎｃｅｒｓ．ＮＣＢＩＧＥＯｄａｔａｂａｓｅ．ＧＳＥ１４９４３８，（２０２０）．

ＬｏｐｅｚＴｏｒｒｅｃｉｌｌａ，Ｊ．，ｅｔａｌ．Ｕｒｏｎｃｏｒｃｏｎｓｅｎｓｕｓｓｔａｔｅｍｅｎｔ：Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔｏｆｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅａｆｔｅｒｒａｄｉｃａｌｒａｄｉｏｔｈｅｒａｐｙｆｏｒｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ：Ｆｒｏｍｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｆａｉｌｕｒｅｔｏｃａｓｔｒａｔｉｏｎｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．ＲｅｐｏｒｔｓＰｒａｃｔ．Ｏｎｃｏｌ．Ｒａｄｉｏｔｈｅｒ．２０，２５９－２７２（２０１５）．

Ｃｏｒｎｆｏｒｄ，Ｐ．，ｅｔａｌ．ＥＡＵ－ＥＳＴＲＯ－ＳＩＯＧＧｕｉｄｅｌｉｎｅｓｏｎＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒ．ＰａｒｔＩＩ：ＴｒｅａｔｍｅｎｔｏｆＲｅｌａｐｓｉｎｇ，Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ，ａｎｄＣａｓｔｒａｔｉｏｎ－ＲｅｓｉｓｔａｎｔＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒ．Ｅｕｒ．Ｕｒｏｌ．７１，６３０－６４２（２０１７）．

Ｍｉｚｏｋａｍｉ，Ａ．，ｅｔａｌ．Ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇｐｒｏｓｔａｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃａｎｔｉｇｅｎｄｙｎａｍｉｃｓｉｎｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇｍｅｔａｓｔａｔｉｃｃａｓｔｒａｔｉｏｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ：ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｆｏｒｃｌｉｎｉｃａｌｐｒａｃｔｉｃｅ．ＡｓｉａｎＪ．Ａｎｄｒｏｌ．１９，１４３－１４８（２０１７）．

Ｋｏｍｕｒａ，Ｋ．，Ｓｗｅｅｎｅｙ，Ｃ．Ｊ．，Ｉｎａｍｏｔｏ，Ｔ．，Ｉｂｕｋｉ，Ｎ．，Ａｚｕｍａ，Ｈ．，＆Ｋａｎｔｏｆｆ，Ｐ．Ｗ．Ｃｕｒｒｅｎｔｔｒｅａｔｍｅｎｔｓｔｒａｔｅｇｉｅｓｆｏｒａｄｖａｎｃｅｄｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｕｒｏｌ．２５，２２０－２３１（２０１８）．

Ｇｏｍｅｚ－Ｃａａｍａｎｏ，Ａ．，ｅｔａｌ．Ｕ．Ｔ．Ｗ．Ｇ．（ＵＲＯＮＣＯＲ）ＥｘｐｅｒｔＰａｎｅｌｆｏｒｔｈｅＣｏｎｓｅｎｓｕｓｏｎＭａｎａｇｅｍｅｎｔｏｆＣａｓｔｒａｔｉｏｎ－ＲｅｓｉｓｔａｎｔＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒ２０１７ＳｐａｎｉｓｈＳｏｃｉｅｔｙｏｆＲａｄｉａｔｉｏｎＯｎｃｏｌｏｇｙ（ＳＥＯＲ），Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓｏｎｍａｎａｇｅｍｅｎｔｏｆｃａｓｔｒａｔｉｏｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒｏｎｂｅｈａｌｆｏｆｔｈｅＵｒｏｌｏｇｉｃａｌＴｕｍｏｕｒｓＷｏｒｋｉｎｇＧｒｏｕｐ（ＵＲＯＮＣＯＲ）ｏｆｔｈｅＳｐａｎｉｓｈＳｏｃｉｅｔｙｏｆＲａｄｉａｔｉｏｎＯｎｃｏｌｏｇｙ．Ｃｌｉｎ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｏｎｃｏｌ．２１，４２０－４３２（２０１９）．

Ｇｏｒｄｅｖｉｃｉｕｓ，Ｊ．，ｅｔａｌ．Ｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｄｙｎａｍｉｃｓｉｎａｂｉｒａｔｅｒｏｎｅａｃｅｔａｔｅ－ｔｒｅａｔｅｄｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｃｌｉｎ．ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．２４，３３１７－３３２４（２０１８）．

Ｒｅｓｃｉｇｎｏ，Ｐ．，ｅｔａｌ．Ｐｒｏｓｔａｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃａｎｔｉｇｅｎｄｅｃｌｉｎｅＡｆｔｅｒ４ｗｅｅｋｓｏｆｔｒｅａｔｍｅｎｔｗｉｔｈａｂｉｒａｔｅｒｏｎｅａｃｅｔａｔｅａｎｄｏｖｅｒａｌｌｓｕｒｖｉｖａｌｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｍｅｔａｓｔａｔｉｃｃａｓｔｒａｔｉｏｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ．Ｅｕｒ．Ｕｒｏｌ．７０，７２４－７３１（２０１６）．

Ｎａｋａｙａｍａ，Ｍ．，Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，Ｈ．，Ｔａｋａｈａｒａ，Ｔ．，Ｏｙａｍａ，Ｒ．，Ｉｍａｎａｋａ，Ｋ．，＆Ｙｏｓｈｉｚａｗａ，Ｋ．ＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｏｆｅａｒｌｙＰＳＡｄｅｃｌｉｎｅａｎｄｔｉｍｅｔｏＰＳＡｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎｉｎａｂｉｒａｔｅｒｏｎｅａｃｅｔａｔｅ－ｔｒｅａｔｅｄｍｅｔａｓｔａｔｉｃｃａｓｔｒａｔｉｏｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒ；ａｐｏｓｔ－ｈｏｃａｎａｌｙｓｉｓｏｆＪａｐａｎｅｓｅｐｈａｓｅ２ｔｒｉａｌｓ．ＢＭＣＵｒｏｌ．１６，２７（２０１６）．

Ａ．Ｆｕｅｒｅａ，Ｇ．Ｂａｃｉａｒｅｌｌｏ，Ａ．Ｐａｔｒｉｋｉｄｏｕ，Ｌ．Ａｌｂｉｇｅ，Ｃ．Ｍａｓｓａｒｄ，Ｍ．ＤｉＰａｌｍａ，Ｂ．Ｅｓｃｕｄｉｅｒ，Ｋ．Ｆｉｚａｚｉ，Ｙ．Ｌｏｒｉｏｔ，ＥａｒｌｙＰＳＡｒｅｓｐｏｎｓｅｉｓａｎｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃｆａｃｔｏｒｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｍｅｔａｓｔａｔｉｃｃａｓｔｒａｔｉｏｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒｔｒｅａｔｅｄｗｉｔｈｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎａｎｄｒｏｇｅｎｐａｔｈｗａｙｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ６１，４４－５１（２０１６）．

Ｋ．Ｂｒａｓｓｏ，Ｆ．Ｂ．Ｔｈｏｍｓｅｎ，Ａ．Ｊ．Ｓｃｈｒａｄｅｒ，Ｓ．Ｃ．Ｓｃｈｍｉｄ，Ｄ．Ｌｏｒｅｎｔｅ，Ｍ．Ｒｅｔｚ，Ａ．Ｓ．Ｍｅｒｓｅｂｕｒｇｅｒ，Ｃ．Ａ．ｖｏｎＫｌｏｔ，Ｍ．Ｂｏｅｇｅｍａｎｎ，Ｊ．ｄｅＢｏｎｏ，ＥｎｚａｌｕｔａｍｉｄｅＡｎｔｉｔｕｍｏｕｒＡｃｔｉｖｉｔｙＡｇａｉｎｓｔＭｅｔａｓｔａｔｉｃＣａｓｔｒａｔｉｏｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒＰｒｅｖｉｏｕｓｌｙＴｒｅａｔｅｄｗｉｔｈＤｏｃｅｔａｘｅｌａｎｄＡｂｉｒａｔｅｒｏｎｅ：ＡＭｕｌｔｉｃｅｎｔｒｅＡｎａｌｙｓｉｓ，Ｅｕｒ．Ｕｒｏｌ．６８，３１７－３２４（２０１５）．

Ｂｌｕｍ，Ａ．ｅｔａｌ．ＳｎａｐＳｈｏｔ：ＴＣＧＡ－ＡｎａｌｙｚｅｄＴｕｍｏｒｓ．Ｃｅｌｌ１７３，５３０（２０１８）．

Ｃｈａｎｇ，Ｈ．，ｅｔａｌ．Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｏｆｔｕｍｏｒａｓｓｏｃｉａｔｅｄｇｅｎｅｓｉｎｔｉｓｓｕｅａｎｄｐｌａｓｍａｓａｍｐｌｅｓｆｒｏｍｌｉｖｅｒｄｉｓｅａｓｅｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｅｘｐ．Ｍｏｌ．Ｐａｔｈｏｌ．８５，９６－１００（２００８）．

Ｉｉｚｕｋａ，Ｎ．，ｅｔａｌ．Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａｂｙａｈｙｂｒｉｄｂｌｏｏｄｔｅｓｔｏｆｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃａｎｄｃｌａｓｓｉｃａｌｐｒｏｔｅｉｎｍａｒｋｅｒｓ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ４１２，１５２－１５８（２０１１）．

Ｈｕａｎｇ，Ｗ．，ｅｔａｌ．ＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｉｎｐｌａｓｍａｆｏｒｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇｈｅｐａｔｏｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ．Ｇｅｎｅｔ．Ｔｅｓｔ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ１９，２９５－３０２（２０１５）．

Ｌｕ，Ｃ．Ｙ．，ｅｔａｌ．Ｃｅｌｌ－ｆｒｅｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｍａｒｋｅｒｓｗｉｔｈｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａｎｄｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃｐｏｔｅｎｔｉａｌｉｎｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ８，６４０６－６４１８（２０１７）．

Ｄｏｎｇ，Ｘ．，ｅｔａｌ．ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｖａｌｕｅｏｆｔｈｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｏｆｍｕｌｔｉｐｌｅｇｅｎｅｐｒｏｍｏｔｅｒｓｉｎｓｅｒｕｍｉｎｈｅｐａｔｉｔｉｓＢｖｉｒｕｓ－ｒｅｌａｔｅｄｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｄｉｓ．Ｍａｒｋｅｒｓ２０１７，２９２９３８１（２０１７）．

Ｃｏｎｓｔａｎｃｉｏ，Ｖ．，ｅｔａｌ．Ｅａｒｌｙｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｍａｊｏｒｍａｌｅｃａｎｃｅｒｔｙｐｅｓｉｎｂｌｏｏｄ－ｂａｓｅｄｌｉｑｕｉｄｂｉｏｐｓｉｅｓｕｓｉｎｇａＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｐａｎｅｌ．Ｃｌｉｎ．Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ１１，１７５（２０１９）．

Ｂｒａｉｔ，Ｍ．，ｅｔａｌ．ＰｒｏｍｏｔｅｒｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｏｆＭＣＡＭ，ＥＲα ａｎｄＥＲβ ｉｎｓｅｒｕｍｏｆｅａｒｌｙｓｔａｇｅｐｒｏｓｔａｔｅｃａｎｃｅｒｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ８，１５４３１－１５４４０（２０１７）．

Ｓｚｋｌａｒｃｚｙｋ，Ｄ．，ｅｔａｌ．ＳＴＲＩＮＧｖ１１：ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋｓｗｉｔｈｉｎｃｒｅａｓｅｄｃｏｖｅｒａｇｅ，ｓｕｐｐｏｒｔｉｎｇｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｄｉｓｃｏｖｅｒｙｉｎｇｅｎｏｍｅ－ｗｉｄｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｄａｔａｓｅｔｓ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．４７，６０７－６１３（２０１９）．

Ｒｅｉｍａｎｄ，Ｊ．Ｋｕｌｌ，Ｍ．Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，Ｈ．Ｈａｎｓｅｎ，Ｊ．＆Ｖｉｌｏ，Ｊ．ｇ：Ｐｒｏｆｉｌｅｒ－－ａｗｅｂ－ｂａｓｅｄｔｏｏｌｓｅｔｆｏｒｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｐｒｏｆｉｌｉｎｇｏｆｇｅｎｅｌｉｓｔｓｆｒｏｍｌａｒｇｅ－ｓｃａｌｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．３５，１９３－２００（２００７）．

Ｓｉｄｉｋ，Ｋ．＆Ｊｏｎｋｍａｎ，Ｊ．Ｎ．Ａｓｉｍｐｌｅｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅｉｎｔｅｒｖａｌｆｏｒｍｅｔａ－ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｓｔａｔ．Ｍｅｄ．２１，３１５３－３１５９（２００２）．

Ｖｉｅｃｈｔｂａｕｅｒ，Ｗ．Ｃｏｎｄｕｃｔｉｎｇｍｅｔａ－ａｎａｌｙｓｅｓｉｎＲｗｉｔｈｔｈｅｍｅｔａｆｏｒｐａｃｋａｇｅ，Ｊ．Ｓｔａｔ．Ｓｏｆｔｗａｒｅ３６，（２０１０）．

Ｌｅｅｋ，Ｊ．Ｔ．，ｅｔａｌ．Ｔｈｅｓｖａｐａｃｋａｇｅｆｏｒｒｅｍｏｖｉｎｇｂａｔｃｈｅｆｆｅｃｔｓａｎｄｏｔｈｅｒｕｎｗａｎｔｅｄｖａｒｉａｔｉｏｎｉｎｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ２８，８８２－８８３（２０１２）．

Ｒｏｂｉｎ，Ｘ．，ｅｔａｌ．ｐＲＯＣ：ａｎｏｐｅｎ－ｓｏｕｒｃｅｐａｃｋａｇｅｆｏｒＲａｎｄＳ＋ｔｏａｎａｌｙｚｅａｎｄｃｏｍｐａｒｅＲＯＣｃｕｒｖｅｓ．ＢＭＣＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ１２，７７（２０１１）．

Ｋｉｓｉｅｌ，ｅｔａｌ．ＨｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａｄｅｔｅｃｔｉｏｎｂｙｐｌａｓｍａｍｅｔｈｙｌａｔｅｄＤＮＡ：ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，ｐｈａｓｅＩｐｉｌｏｔ，ａｎｄｐｈａｓｅＩＩｃｌｉｎｉｃａｌｖａｌｉｄａｔｉｏｎ．Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ６９，１１８０－１１９２（２０１９）．

Ｏｕｓｓａｌａｈ，Ａ．，ｅｔａｌ．ＰｌａｓｍａｍＳＥＰＴ９：ａｎｏｖｅｌｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｃｅｌｌ－ｆｒｅｅＤＮＡ－ｂａｓｅｄｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｂｉｏｍａｒｋｅｒｔｏｄｉａｇｎｏｓｅｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｍａ．ＥＢｉｏＭｅｄｉｃｉｎｅ３０，１３８－１４７（２０１８）．

Claims

患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＨＣＣを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＨＣＣに関する陽性診断を有する場合に、前記ＨＣＣに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項１に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、請求項２に記載の方法。
ＨＣＣに対して前記患者を処置する前記ステップが、ＨＣＣ腫瘍の外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＨＣＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＨＣＣを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＨＣＣが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＨＣＣが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
前記ＨＣＣが、原発性腫瘍、転移、または再発である、請求項７に記載の方法。
前記第１の時点が、ＨＣＣに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、請求項７または８に記載の方法。
前記処置が、外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、請求項９に記載の方法。
ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項７から１０のいずれか一項に記載の方法。
ＨＣＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、異なる処置に変更するステップ、または前記ＨＣＣが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、請求項７から１１のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項７から１２のいずれか一項に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、請求項１３に記載の方法。
患者における肝細胞癌（ＨＣＣ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＨＣＣの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＫ０５５９５７、ＡＰＣ、ＧＳＴＰ１、ＨＯＸＡ１、ＰＦＫＰ、ＰＲＤＭ２、ＲＵＮＸ３、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＰＩＮＴ２、およびＷＩＦ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＨＣＣが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＨＣＣの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＨＣＣの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項１５に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項１６に記載の方法。
ＨＣＣの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、ＨＣＣ腫瘍の外科的切除術、肝臓移植、ラジオ波焼灼術、冷凍アブレーション、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項１５から１７のいずれか一項に記載の方法。
アルファフェトタンパク質（ＡＦＰ）レベルを測定するステップをさらに含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
肝細胞癌（ＨＣＣ）の診断、ＨＣＣ再発の検出、またはＨＣＣ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ０８５７２７３４、ｃｇ１５６０７５３８、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ０３６６７９６８、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０２６５９０８６、ｃｇ２６７４４３７５、ｃｇ０９４２０４３９、ｃｇ０４６７３５９０、ｃｇ０８４６５８６２、ｃｇ１４２５０１３０、ｃｇ００９２２３７６、ｃｇ０５３４６８４１、ｃｇ１３６２９５６３、ｃｇ２６４２１３１０、ｃｇ１７３００５４４、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ２２５２２０６６、ｃｇ２６３９７１８８、およびｃｇ２４１６６８６４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、前記ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＣＲＣを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＣＲＣに関する陽性診断を有する場合に、前記ＣＲＣに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項２１に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項２２に記載の方法。
ＣＲＣに対して前記患者を処置する前記ステップが、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項２１から２３のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＣＲＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、請求項２１から２４のいずれか一項に記載の方法。
結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）の診断、ＣＲＣ再発の検出、またはＣＲＣ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧでメチル化された無細胞ＤＮＡ。
患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＣＲＣが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＣＲＣが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
前記ＣＲＣが、原発性腫瘍、転移、または再発である、請求項２７に記載の方法。
前記第１の時点が、ＣＲＣに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、請求項２７または２８に記載の方法。
前記処置が、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、請求項２９に記載の方法。
ＣＲＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＣＲＣに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＣＲＣが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、請求項２７から３０のいずれか一項に記載の方法。
ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項２７から３１のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項２７から３２のいずれか一項に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、請求項３３に記載の方法。
患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＣＲＣの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＣＲＣが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＣＲＣの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＣＲＣの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項３５に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１４４１００６４、ｃｇ１０９０８３６９、ｃｇ２５５３０２４６、ｃｇ２１９３８１４８、ｃｇ０３８１７６７１、ｃｇ２５０４６０７４、ｃｇ０８７１２９３２、ｃｇ１１６６４５００、ｃｇ１２１５２９１９、ｃｇ１４０１７６５５、ｃｇ１４２８７１１２、ｃｇ１６３４７３１７、ｃｇ２０３３０４７２、ｃｇ２０６１１２７６、ｃｇ２２８７１６６８、ｃｇ１０４８０３４３、ｃｇ２２５３５３０７、ｃｇ２５５２０６７９、ｃｇ０７５８９７７３、ｃｇ１６６９７２１４、ｃｇ１８６０７５２９、ｃｇ１８８１０３４７、ｃｇ２００７８４６６、ｃｇ２７６３３５３０、ｃｇ０１１９２９００、ｃｇ２４０４１０７８、ｃｇ０６６５０１１５、ｃｇ１３０９６２６０、ｃｇ１８７１９７５０、ｃｇ２４７３２５７４、ｃｇ２５０７０６３７、ｃｇ０２８８４２３９、ｃｇ０６８４８１８５、ｃｇ１５０４４２４８、ｃｇ１９５５４２５５、ｃｇ００８００３８３、ｃｇ１９０６３９７２、ｃｇ１９１８４９３４、ｃｇ２７４４２３０８、ｃｇ２２４４１５３３、ｃｇ０１８０８５４５、ｃｇ０１１９４０５７、ｃｇ０７２３４１０２、ｃｇ１２５８４６８４、ｃｇ１５７０１１７８、およびｃｇ２１７８２４０９ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項３６に記載の方法。
ＣＲＣの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、ＣＲＣ腫瘍の外科的切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項３５から３７のいずれか一項に記載の方法。
患者における結腸直腸腺癌（ＣＲＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＬＸ４、ＣＮＲＩＰ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＯＬ４Ａ２、ＥＦＥＭＰ１、ＥＹＡ４、ＦＢＮ１、ＨＩＣ１、ＩＫＺＦ１、ＭＩＲ３４Ｃ、ＮＤＲＧ４、ＳＤＣ２、ＳＥＰＴＩＮ９、ＳＯＸ２１、ＴＦＰＩ２、ＴＭＥＦＦ２、およびＵＮＣ５Ｃから選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＣＲＣを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＰＲＡＤを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＰＲＡＤに関する陽性診断を有する場合に、前記ＰＲＡＤに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧが、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項４０に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項４１に記載の方法。
ＰＲＡＤに対して前記患者を処置する前記ステップが、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項４０から４２のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＰＲＡＤを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、請求項４０から４３のいずれか一項に記載の方法。
前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）の診断、ＰＲＡＤ再発の検出、またはＰＲＡＤ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＰＲＡＤを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＰＲＡＤが進行していることを示し、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＰＲＡＤが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
前記ＰＲＡＤが、原発性腫瘍、転移、または再発である、請求項４７に記載の方法。
前記第１の時点が、ＰＲＡＤに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、請求項４７または４８に記載の方法。
前記処置が、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、請求項４９に記載の方法。
ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項４７から５０のいずれか一項に記載の方法。
ＰＲＡＤに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＰＲＡＤに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＰＲＡＤが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、請求項４７から５１のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項４７から５２のいずれか一項に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、請求項５３に記載の方法。
患者における前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＰＲＡＤの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる第１の時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中の第２の時点で、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＰＣ、ＣＤ４４、ＰＹＣＡＲＤ、ＲＡＲＢ、およびＲＢＰ１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＰＲＡＤが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＰＲＡＤの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＰＲＡＤの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項５５に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ００５７７９３５、ｃｇ０８５７１８５９、ｃｇ１１６１３０１５、ｃｇ１４４７９８８９、ｃｇ１４５１１７３９、ｃｇ１６９７０２３２、ｃｇ２２０３５５０１、ｃｇ２３９３８２２０、ｃｇ０８５３０４１４、ｃｇ０５２１４７４８、ｃｇ０５９０７８３５、ｃｇ１５４６８０９５、ｃｇ０２４９９２４９、ｃｇ０６７２０４２５、ｃｇ１２４７９０４７、ｃｇ１８０９４７８１、ｃｇ２０８９９３５４、ｃｇ２６１２４０１６、およびｃｇ１５２２９１２４ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項５６に記載の方法。
ＰＲＡＤの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、根治的前立腺摘除術、ホルモン療法、放射線療法、小線源療法、凍結手術、高密度焦点式超音波療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項５５から５７のいずれか一項に記載の方法。
前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）レベルを測定するステップをさらに含む、請求項４０から４４および４６から５８のいずれか一項に記載の方法。
患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＡＤを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＡＤに関する陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＡＤに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項６０に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項６１に記載の方法。
ＬＵＡＤに対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項６０から６２のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＬＵＡＤを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、請求項６０から６３のいずれか一項に記載の方法。
肺腺癌（ＬＵＡＤ）の診断、ＬＵＡＤ再発の検出、またはＬＵＡＤ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＡＤを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＡＤが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＬＵＡＤが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
前記ＬＵＡＤが、原発性腫瘍、転移、または再発である、請求項６７に記載の方法。
前記第１の時点が、ＬＵＡＤに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、請求項６７または６８に記載の方法。
前記処置が、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、請求項６９に記載の方法。
ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項６７から７０のいずれか一項に記載の方法。
ＬＵＡＤに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＬＵＡＤに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＬＵＡＤが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、請求項６７から７１のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項６７から７２のいずれか一項に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、請求項７３に記載の方法。
患者における肺腺癌（ＬＵＡＤ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＬＵＡＤの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中に、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＴＡＣ１、ＵＮＣＸ、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＡＤが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＡＤの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＡＤの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項７５に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１１８３５０６８、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ１７７４１６８９、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ１４４７０８９５、ｃｇ１６７０７４０５、ｃｇ２３１８０９３８、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ２６３６５２９９、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ０４６７２７０６、ｃｇ２４８９１５３９、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ０２５３９０８３、ｃｇ０５１５７１４０、ｃｇ０８５０７４２２、ｃｇ２０８７０５１２、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ２４６８６６１０、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項７６に記載の方法。
ＬＵＡＤの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項７５から７７のいずれか一項に記載の方法。
患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）を診断および処置する方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＳＣを有することを示す、ステップと、
ｃ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＳＣに関する陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＳＣに対して前記患者を処置するステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧが、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項７９に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、請求項８０に記載の方法。
ＬＵＳＣに対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項７９から８１のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する前記参照値範囲が、ＬＵＳＣを有さない１または複数の対照対象に由来する１つまたは複数の血液試料由来のｃｆＤＮＡから得られる、請求項７９から８２のいずれか一項に記載の方法。
肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）の診断、ＬＵＳＣ再発の検出、またはＬＵＳＣ処置のモニタリング用バイオマーカーとして使用するための、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５に位置するＣｐＧに隣接する２００ヌクレオチド以内のＣｐＧ、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位でメチル化された無細胞ＤＮＡ。
患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）を診断するｉｎｖｉｔｒｏ方法であって、
ａ）前記患者から血液試料を得るステップと、
ｂ）前記血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、ｃｆＤＮＡにおける前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化に関する参照値範囲と比較した、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記患者が前記ＬＵＳＣを有することを示す、ステップと
を含む、ｉｎｖｉｔｒｏ方法。
患者における肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）をモニターする方法であって、
ａ）第１の時点で前記患者から第１の血液試料を、およびそれより後の第２の時点で前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料および前記第２の血液試料に由来する循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＳＣが進行していることを示し、前記第１の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料に由来する前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの低下の検出が、前記ＬＵＳＣが進行していないことを示す、ステップと
を含む、方法。
前記ＬＵＳＣが、原発性腫瘍、転移、または再発である、請求項８６に記載の方法。
前記第１の時点が、ＬＵＳＣに対する前記患者の処置が開始される前であり、前記第２の時点が、前記処置の間または後である、請求項８６または８７に記載の方法。
前記処置が、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法である、請求項８８に記載の方法。
ステップａ）およびｂ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項８６から８９のいずれか一項に記載の方法。
ＬＵＳＣに対する処置の投薬量または頻度を増加させるステップ、ＬＵＳＣに対する異なる処置に変更するステップ、または前記ＬＵＳＣが進行している場合に前記患者に対する緩和ケアを開始するステップをさらに含む、請求項８６から９０のいずれか一項に記載の方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項８６から９１のいずれか一項に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定することを含む、請求項９２に記載の方法。
患者における前立腺腺癌（ＬＵＳＣ）の再発をモニターし、前記再発に対して前記患者を処置する方法であって、
ａ）ＰＲＡＤの以前の発生に対する処置後に、前記患者がイメージングまたは他の診断モダリティーからがんを有さないと特徴付けられる時点で、前記患者から第１の血液試料を得るステップと、
ｂ）前記第１の血液試料に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される、ステップと、
ｃ）前記再発に関するモニタリング期間中に、前記患者から第２の血液試料を得るステップと、
ｄ）前記第２の血液試料に由来するｃｆＤＮＡにおける１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のプロモーター領域における１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルを測定するステップであって、前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子が、ＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択され、前記第１の血液試料の前記ｃｆＤＮＡと比較した、前記第２の血液試料の前記ｃｆＤＮＡにおけるＡＪＡＰ１、ＣＤＯ１、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＡ９、ＰＴＧＤＲ、ＳＯＸ１７、ＺＦＰ４２、ＺＩＣ４、およびＺＮＦ７８１から選択される前記１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子の前記プロモーター領域における前記１つまたは複数のＣｐＧ部位でのメチル化レベルの増加が、前記ＬＵＳＣが再発したことを示す、ステップと、
ｅ）前記患者が前記１つまたは複数のＣｐＧ部位の前記メチル化レベルに基づいて前記ＬＵＳＣの前記再発について陽性診断を有する場合に、前記ＬＵＳＣの前記再発に対して前記患者を処置するステップと、
ｆ）次に、前記再発に関する前記モニタリング期間中に、ステップｃ）～ｅ）を繰り返すステップと
を含む、方法。
前記１つまたは複数のＣｐＧ部位が、ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５、ならびにこれらの２００ヌクレオチド以内に位置するＣｐＧ部位から選択される、請求項９４に記載の方法。
メチル化レベルを測定する前記ステップが、前記ｃｇ１３４９５２０５、ｃｇ０２７９２７９２、ｃｇ０８５１６５１６、ｃｇ１１０３６８３３、ｃｇ０５４７１２９６、ｃｇ０５７４３８８５、ｃｇ０９０１７６１９、ｃｇ１０４７４３５０、ｃｇ１５７９７１１０、ｃｇ１９１５３７６３、ｃｇ２０２９３５９４、ｃｇ０２６４３０５４、ｃｇ０５０６５９８９、ｃｇ１２６００１７４、ｃｇ１６１０４９１５、ｃｇ１８４４７７７２、ｃｇ２０７４１１６９、ｃｇ２２０５５７２８、ｃｇ０２１９１３１２、ｃｇ１７９２９６８７、ｃｇ２４９２８３９１、ｃｇ２４８９６６４９、ｃｇ０５５４８５５５、ｃｇ０６３６９３２７、ｃｇ２１１２７０６８、ｃｇ０３３５５９９８、ｃｇ１２３８８００７、ｃｇ０３６１１４５２、ｃｇ１４５８７５２４、およびｃｇ２５３２４１０５ＣｐＧ部位のメチル化レベルを測定することを含む、請求項９５に記載の方法。
ＬＵＳＣの前記再発に対して前記患者を処置する前記ステップが、肺切除術、肺葉切除術、放射線療法、化学療法、免疫療法、または生物学的療法を含む、請求項９４から９６のいずれか一項に記載の方法。
前記メチル化レベルを測定する前記ステップが、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、定量的メチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素解析、メチル化特異的パイロシーケンシング、制限酵素ベースのシーケンシング、制限酵素ベースのマイクロアレイ解析、ＴＥＴ支援ピリジンボランシーケンシング（ＴＡＰＳ）、メチル化ＤＮＡ免疫沈降ベースのシーケンシング、メチル化ＤＮＡ免疫沈降ベースのマイクロアレイ解析、バイサルファイトシーケンシング、バイサルファイトマイクロアレイ解析、またはメチル化特異的巨大磁気抵抗センサーベースのマイクロアレイ解析を実施することを含む、請求項１から１９、２１から２５、２７から４４、４６から６４、６６から８３、および８５から９７のいずれか一項に記載の方法。