JP2024501870A - 拡散を最小限に抑えたｄｎａペイロードの送達による宿主のマイクロバイオーム調節 - Google Patents

Abstract

本発明は、宿主のマイクロバイオームを調節するための目的の核酸、前記核酸をコードするベクター及び前記目的の核酸を送達することにより対象のマイクロバイオームをインビボ調節するための方法に関する。

Description

本発明は、宿主のマイクロバイオームを調節するための目的の核酸、前記核酸をコードするベクター及び前記目的の核酸を送達することにより宿主のマイクロバイオームを調節するための方法に関する。

実験室の外の細菌集団において目的の遺伝子を発現するDNAペイロードの送達は、医学、農業、バイオ燃料、化粧品の間で数多くの用途がある。

戦略は、1つ又はいくつかの目的の遺伝子が所望の効果を生じるのに十分なレベルで発現されるように、ウイルスカプシドによる、細菌接合による又は他の方法による純粋な又は混合細菌集団中の標的化された細菌細胞へのDNAの送達に依拠している。効果は、細菌を死滅させ、したがって、そのコロニー形成レベルを減らす又は複数の種若しくは複数の株が存在している場合は集団中の他の細菌と比べてその比を変更することにより;そのゲノムを変更することにより、その代謝若しくはその組成(タンパク質、脂質、糖、代謝物、RNA、等)を変更することにより、宿主中又は上で細菌それ自体に対する直接的治療効果となることが可能である。効果は、宿主に対して又は宿主マイクロバイオームの他のメンバーに対して直接的又は間接的効果を持つことになる予防的又は治療的分子などの1つ又は複数の分子を標的化された細菌を利用して産生する、提示する又は分泌することによる間接的な効果であることも可能である。

そのような戦略についての大きな懸念の1つは、外因性DNAがそれが送達される細胞において安定的に維持される、又は他の遺伝子移行機構を介して他の細菌に移され、次にこうした他の集団において安定的に維持される場合には、外因性のDNAが子孫細胞に移されることである。更に一般的には、細菌集団での一度送達された外因性DNAペイロードの封じ込めは懸念事項である。

この問題を解決するため、本発明者らは、標的化された細菌中に一度送達されたDNAペイロードが標的化された細菌中では複製することができないが、それでも、DNAペイロード上に抗生物質耐性選択マーカーを必要とせずに、及び抗生物質を用いた選択工程を必要とせずに、細菌上で又は宿主上で期待される成果を発揮するのに十分であるレベルで目的の遺伝子を発現することを保証する新たな戦略を本明細書で開発した。

条件付きの複製起点を保有するプラスミドは、目的の細菌株を遺伝子改変する、したがって、安定した遺伝子改変された生物を創造するツールとして微生物学者による長い使用の歴史を有する。プラスミドは典型的には、そのような起点を保有するプラスミドと目的の細菌のゲノムの間の組換え事象について選択するのに使用される。

そのようなプラスミドは抗生物質耐性選択マーカーを保有し、形質転換、接合又は任意の他の方法により細菌中に導入することができる。プラスミドは自律的に複製する複製起点を欠くので、プラスミドをそのゲノム中に組み換えた細菌のみが選択マーカーを安定的に維持し、選択工程を生き残る。プラスミドが子孫細胞に安定的に組み込まれ維持されれば、子孫細胞も選択マーカーの存在下で生存することができる。

最もよく使用される条件付きの複製起点は、種々の細菌分離株でよく見られる群である、レプリコンのIncX群に属する野生型プラスミドR6K及び誘導体に基づいている。これらのプラスミドの複製は、pirコードΠ開始タンパク質の複製起点への結合に依拠している。このタンパク質は、R6K複製起点を保有するプラスミドとは異なっているレプリコン(トランスで)から発現することができる。この状況では、R6K oriプラスミドの複製は、pir遺伝子のトランスでの発現次第である。目的の細菌に送達される場合、プラスミドは、pir遺伝子が存在して発現されなければ、複製することはない。

類似する条件付きの起点が、ColE1起点(Panayotatos(1984)Nucleic Acids Res. 12:2641～2648頁)又はIncPalpha oriV(Matsumoto-Mashimoら、(2004)Res. Microbiol. 155:455～461頁)を含む他のシステムに基づいて構築されている。遺伝子改変された物質がインビボ背景(例えば、ヒト、環境又は動物)で広がるリスクを最小限にしてシステムを構築しようとしたければ、これらのシステムに関連する欠点がいくつかある。とりわけ、そのようなシステムは、多くの腸内細菌に見出すことができる例えばColE1及びR6Kタイプなどの天然にほぼ遍在する起点から呼び起こされている。マイクロバイオーム中に送達された組換えプラスミド上にそのような起点を有することは、したがって、組換えプラスミドとマイクロバイオーム内の野生型エレメントの間での組換えの機会だけではなく、野生型エレメントはプラスミドの複製に必要な欠損している因子をもたらすので、このマイクロバイオーム内でそのようなプラスミドが複製される機会も著しく増加させる。更に、誘導性システムは通常、漏出性なので、そのようなシステムを利用している条件付きの複製起点は、集団中に広がるのに十分な基礎レベルで、又は誘導因子が標的集団に存在している場合(例えば、LacIベースの起点はラクトースが存在すると活性になるが、これは現代的な食事を考慮するとインビボでよくあることである)、完全複製レベルででも複製される高い可能性を有する。

本発明の目的は、DNAペイロードと標的細菌ゲノムの間で組換え事象を起こし選択してその改変を子孫細胞に伝達することができる安定的に遺伝子改変された細菌を創造することを目的とするのではなく、反対に、DNAペイロード上に保有される目的の遺伝子の効率的な発現を経てペイロードが送達される細菌又はその宿主に対する直接的な又は間接的な効果を依然として可能にしつつ遺伝子改変された子孫細胞の創造を制限する及び/又は予防することを目的として、特に、標的化された細菌集団に移入することができるDNAペイロードを含有するビヒクルを操作して効率的に産生することである。

標的細菌又は宿主において得られる所望の効果は、非限定的な例として、治療効果、美容効果、バイオレメディエーション効果、植物成長又は生理に対する効果、動物成長又は生理に対する効果を含む。

非複製ベクターを用いて標的化された細菌又はその環境に対する治療又は他のタイプの効果を達成することは、この効果を達成できるのは、DNAペイロードが標的化された細菌に効率よく送達され、このペイロードをその非複製的性質にも関わらず十分高いレベルで及び十分な時間発現することができる場合だけであるという単純な理由で、自明な発展ではない。複製プラスミドはそれ自体のコピーを産生し、遺伝子量を増やし、娘細胞に伝えられ、細菌集団中で著しい持続時間を可能にするが、非複製プラスミドを用いるとこれらの効果はどれも起きない。

本発明者らは、細菌へ非複製ベクターの送達により、治療効果などの効果をインビボで得ることが可能であることをここではじめて実証する。

この目的のため、本発明者らは、この用途にとり特に効率が良い条件付きの複製起点であって、標的化された集団での組換え事象を制限するめったに起こらない2システム成分、プライマーゼ及びファージ様誘導性エレメントの複製起点、すなわち、ファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に基づく新規の条件付きの複製起点を開発し、そのようなタイプの条件付きの起点が、トランスでのプライマーゼを用いても、送達ビヒクル、ここでは、ファージ由来粒子又はパッケージされたファージミド中へのDNAペイロードの効率的パッケージングを可能にすることをはじめて実証する。

PICIは、Fillol-Salomら、(2018)The ISME Journal 12:2114～2128頁に又はFillol-Salomら、(2019)Mol. Cell 75:1020～1030頁に開示されているが、ミオウイルス科を乗っ取るP4-様エレメントに類似するシステムであり、主要な違いは、最近の研究によれば、PICIはそのゲノムを収容するカプシドのサイズを変更しない点である。ラムドイド(lambdoid)PICIは通常10～13kb長であり、PICIが乗っ取るファージは50kbに近いゲノムを有するので、これは、PICIが大きなカプシド中にその小さなゲノムのコピーをいくつか挿入できることを意味する。

研究によれば、PICIはファージ産生を完全に消失させ、そのゲノムのパッケージングのみをもたらすことができる。PICIは、乗っ取られることになるラムドイドファージがいつ誘導されるかを感知し、プロファージ様アイランドとして存在するゲノムから切り離し、そのゲノムを複製する。複製は、単一タンパク質の、プライマーゼ活性とヘリカーゼ活性を含有するプライマーゼ、及び通常はプライマーゼ遺伝子のすぐ後にあり、プライマーゼにより複製起点として認識される短いDNA断片に基づいている。更に、多くの異なるPICIが記載されており、それぞれのPICIが異なるプライマーゼ-ori対を含有する。

Fillol-Salomら、(2018)The ISME Journal 12:2114～2128頁は、特に大腸菌(E.coli)株CFT073に由来するPICIを開示している。この文書では、筆者らは、プライマーゼとoriを含有する遺伝子モジュールは、熱感受性起点含有プラスミドにシスで挿入された場合独立した複製モジュールとして機能することができ:許容温度ではプラスミドはプラスミド起点を通じて複製するが、非許容温度に移し変えられると、プライマーゼ及びoriモジュールはプラスミドの複製の主な発生源として機能することを明らかにしている。しかし、この所見からは、非許容温度でも、複製は、実際起こることがあるように、ある程度熱感受性起点に起因していた可能性があるのかどうか;プライマーゼとoriは物理的に分離でき(すなわち、プライマーゼとoriを同じプラスミド上で互いに離して置く又はシステムをトランスで有する)、それでもプラスミドの複製を可能にするかどうか、並びに最後にプライマーゼのすぐ下流に位置しているoriが複製に必要な唯一のエレメントなのかどうか又は必要な第2のエレメントが存在するのかどうか、及び2つのエレメント、oriとcrr配列が更に特定の配向で、複製に必要である、P4でなどの、異なるエレメントの特定の配向が重要なのかどうかは、当業者にははっきりしない(Flensbergら、(1987)J. Mol. Biol. 195:439～445頁)。

プライマーゼタンパク質がトランスで発現される他のプライマーゼベースのシステムが開発されている(Ziegelinら、(2005)J. Bacteriol. 187:3445～3454頁)が、このタイプの複製がファージミドパッケージングと適合するかどうかわからず、それが可能である場合でさえ、パッケージングが効率的であると予想するのははるかにはっきりしないと考えられる。

経済的に実行可能であるためにはDNAペイロード及びそのビヒクルが極めて効率よく生産されることも実際非常に重要であり、自明な発展でもない。実際、一部の研究では、条件付きoriを含有するDNAペイロードをパッケージングするファージ由来粒子の生産力価が、非条件付きoriを含有するDNAペイロードと比べて少なくとも3log減少しており、複数の工学的試みにも関わらず、この力価は増加できなかったことが示されている。

WO2020181180 WO2020181202 WO2020181193 WO2020181178 WO2020181195 米国特許出願公開第2015/0166980号 米国特許第10,113,163号 国際出願WO2018/236548 国際特許出願WO2017/141173 WO2014124226 129 米国特許出願公開第2015/0064138号 米国特許第4,920,048号 米国特許第5,691,185号 米国特許第6,291,245号 米国特許第6,413,768号 米国特許第6,752,994号 米国特許出願公開第20050186666号 米国特許出願公開第20110218216号 米国特許第7,482,115号 米国特許第5,863,560号

Panayotatos(1984)Nucleic Acids Res. 12:2641～2648頁 Matsumoto-Mashimoら、(2004)Res. Microbiol. 155:455～461頁 Fillol-Salomら、(2018)The ISME Journal 12:2114～2128頁 Fillol-Salomら、(2019)Mol. Cell 75:1020～1030頁 Flensbergら、(1987)J. Mol. Biol. 195:439～445頁 Ziegelinら、(2005)J. Bacteriol. 187:3445～3454頁 Chemical Reviews 2016, 116 (20) 12655～12687 Negiら、(2017)Plos One 12:e0180518 Cotterら、Nature Reviews Microbiology 11: 95、2013年 Chenら、(2020)Biorxiv「Precise and programmable C:G to G:C base editing in genomic DNA」 Reesら(2018)Nat Rev Genet 19:770～788 Komorら(2016)Nature 533:420～424 Gaudelliら(2017)Nature 551:464～471 Kurtら、(2020)Nat. Biotechnol.「CRISPR C-to-G base editors for inducing targeted DNA transversions in human cells」 Zhaoら、(2020)Nature Biotechnol.「New base editors change C to A in bacteria and C to G in mammalian cells」 Grunewaldら.(2020)Nature Biotechnol.「A dual-deaminase CRISPR base editor enables concurrent adenine and cytosine editing」 Liら(2020)Nature Biotechnol.「Targeted,random mutagenesis of plant genes with dual cytosine and adenine base editors」 Anzaloneら、(2019)Nature 576:149～157頁 Sharonら(2018)Cell 175:544～557.e16 Farzadfard&Lu(2014)Science 346:1256272 Wannierら(2020)Proc Natl Acad Sci U S A 117(24):13689～13698 Karbergら(2001)Nat Biotechnol 19:1162～7 Simonら(2019)Nucleic Acids Res 47:11007～11019 Jinekら、(2012)Science 337(6096):816～21頁 Fonfaraら、(2014)Nucleic Acids Res 42(4):2577～90頁 Shmakovら、(2017)Nat Rev Microbiol 15(3):169～182頁 Kooninら、(2017)Current Opinion in Microbiology 37:67～78頁 Abudayyehら、(2017)Nature 550:280頁 Yanら、(2018)Mol Cell 70(2):327～339頁 Henkelら、(Toxins from Bacteria in EXS. 2010; 100: 1～29) Kanhere and Bansal、BMC Bioinformatics 2005年、6:1頁 Mutalik VKら、Nature Methods、2013年、10: 354～360頁 Stantonら、(2014)Nat. Chem. Biol. 10:99～105頁 Chen YJら、2013年、Nature Methods、10: 659～664頁 Cambray Gら、Nucl Acids Res、2013年、41(9): 5139～5148頁 Struhlら、(1976)PNAS USA 73; 1471～1475頁 MacCormickら、(1995)FEMS Microbiol. Lett. 127:105～109頁 Dickelyら、(1995)Mol. Microbiol. 15:839～847頁 Sorensenら、(2000)Appl. Environ. Microbiol 66:1253～1258頁 Fiedler & Skerra(2001)Gene 274: 111～118頁 Krupovicら、Arch Virol, 2015 Tilgら、Nature Reviews Immunology、第20巻、40～54頁、2020年

本発明は、抗生物質耐性マーカー及び自律的に複製する複製起点を欠いているDNAペイロードがファージ由来粒子に高力価でパッケージされることが可能であるだけでなく、これらのDNAペイロードが標的化された細菌に効率的に送達されることも可能であり、これらのDNAペイロードが、非複製的であるが、意図された効果を発揮できるという思いがけない発見から生じる。特に、本発明者らは、塩基エディターなどのヌクレアーゼ又は操作されたヌクレアーゼを発現する非複製的DNAペイロードが、その複製的対応物と類似する死滅又は塩基編集効率を生じることができることもはじめて実証した。

したがって、本発明は、目的の核酸をマイクロバイオームの標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達することにより宿主生物の前記マイクロバイオームをインビボで調節するための方法であって、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらし、
前記方法が、前記宿主生物において前記目的の核酸を含む核酸ベクターを投与する工程を含み、
前記ベクターが、標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるが、ドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を更に含み、前記ベクターが抗生物質耐性マーカーを欠いており、
それによって、前記目的の核酸を標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達し、
前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達されると、前記ベクターが前記標的化されたレシーバー細菌細胞中で複製されず、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して前記所与の効果をもたらす、方法に関する。

本発明は、目的の核酸をマイクロバイオームの標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達することにより宿主生物の前記マイクロバイオームをインビボで調節するための方法であって、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞で発現され、それによって前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらし、
前記方法が、前記宿主生物において前記目的の核酸を含む核酸ベクターを投与する工程を含み、
前記ベクターが、標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるが、ドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を更に含み、前記ベクターが抗生物質耐性マーカーを欠いており、
それによって、前記目的の核酸を標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達し、
前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達されると、前記ベクターが前記標的化されたレシーバー細菌細胞中で複製されず、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して前記所与の効果をもたらす、方法にも関する。

特定の実施形態では、前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対する前記所与の効果は、前記標的化されたレシーバー細菌細胞の宿主となる前記生物で直接的に又は間接的に反応を生み出す。

定義
本明細書において使用される場合、用語「核酸」は、一本鎖又は二本鎖配列であり得、或いは一本鎖及び二本鎖尾配列の両方の一部分を含む、一緒に共有結合した少なくとも2つのヌクレオチドの配列を意味する。本発明の核酸は、天然に存在するもの、組換え体、又は合成物であり得る。核酸は、円形配列又は直鎖状配列の形態或いは両方の形態の組み合わせ物であり得る。核酸は、DNA、ゲノム又はcDNAの両方、或いはRNA又は両方の組み合わせ物であり得る。核酸は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドの任意の組み合わせ物、並びに、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、及びイソグアニン等の塩基の任意の組み合わせ物を含み得る。本発明で使用することができる改変された塩基の他の例は、Chemical Reviews 2016, 116 (20) 12655～12687に詳述される。用語「核酸」は、これらに限定されるものではないが、ホスホラミド、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、O-メチルホスホロアミダイト連鎖、及び/又はデオキシリボヌクレオチド、並びにリボヌクレオチド核酸等を含む、他の骨格を含み得る任意の核酸アナログも包含する。核酸の上記の特徴の任意の組み合わせも本発明によって包含される。

本明細書で使用される場合、用語「ペプチド」とは、互いに連結された少なくとも2つのアミノ酸の短い鎖のことであり、その部分、サブセット又は断片がタンパク質の残りから独立しては発現されないタンパク質の部分、サブセット、若しくは断片のことでもある。一部の例では、ペプチドはタンパク質である。一部の他の例では、ペプチドはタンパク質ではなく、ペプチドはタンパク質の一部、サブセット又は断片のみを指す。好ましくは、ペプチドはサイズが4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15アミノ酸から4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、40、50、100、200アミノ酸である。

インビボ調節の方法
本発明は、宿主生物のマイクロバイオームをインビボ調節するための方法に関する。

「マイクロバイオーム」とは、哺乳類生物では、皮膚、乳腺、胎盤、精液、膣、子宮、卵胞、肺、唾液、口腔粘膜、結膜、胆道、及び消化管、血液、腫瘍、脳を含む、微生物叢が存在する対応する解剖学的部位と併せて、生物組織及び生物液上又はその内部に存在するすべての微生物叢の集合体を意味する。特定の実施形態では、マイクロバイオームとは、更に具体的には、前記微生物叢を形成する細菌集団のことである。

「マイクロバイオームを調節する」とは、本明細書では、マイクロバイオームに対して変更する又は制御する影響を及ぼすことを意味する。本発明の文脈では、マイクロバイオームを調節することは、マイクロバイオーム機能を調節すること及び/又はマイクロバイオーム組成を調節することを包含する。

「マイクロバイオーム組成を調節する」とは、本明細書では、前記マイクロバイオームの特定の種若しくは株を取り除くことを含む、前記マイクロバイオームの組成を変化させること、前記マイクロバイオームの異なる種若しくは株間の割合を変化させること又は前記マイクロバイオームの特定の種若しくは株を他の種若しくは株と取り替えることを意味する。マイクロバイオーム組成の前記調節は、典型的には、前記標的化された細菌細胞を変更することによって直接的に又は間接的に達成することができ、これはその後、前記ベクターにより最初は標的にされていなかったマイクロバイオームの他の細菌に対して、死滅効果などの、効果を持つことができる。

「マイクロバイオーム機能を調節する」とは、本明細書では、例えば、特定の種若しくは株に特定の分子を発現させることにより、又は特定の種若しくは株に特定の分子を発現することを停止させることにより、前記マイクロバイオームの特定の種若しくは株の機能を変化させることを意味する。

「宿主生物」とは、本明細書では、任意の動物又は任意の植物を含む、任意の多細胞生物のことである。特定の実施形態では、前記宿主生物は宿主対象である。

「宿主対象」とは、本明細書では、前記マイクロバイオームの宿主となる任意の動物(例えば、霊長類、例えば、ヒト)のことである。本発明に従った対象は好ましくは哺乳動物、更に好ましくはヒトである。しかし、用語「対象」は、処置を必要とする、非ヒト動物、特に、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ロバ、ウサギ、フェレット、スナネズミ、ハムスター、チンチラ、ラット、マウス、モルモット及びとりわけ非ヒト霊長類、又は家禽などの非哺乳動物を指すこともできる。

本発明に従ったヒト対象は、出生前段階のヒト、新生児、小児、幼児、青少年又はいかなる年齢であれ成人でもよい。

本発明の方法では、目的の核酸は、前記マイクロバイオームの標的化されたレシーバー細菌細胞又は前記マイクロバイオームの標的化されたレシーバー細菌細胞の群中に送達され、前記目的の核酸はドナー細菌細胞により提供されるベクターに含まれる。

「ドナー細菌細胞」とは、本明細書では、目的の核酸を含むベクターの宿主となり、前記目的の核酸を含むベクターを産生することができ及び/又は前記核酸を含む前記ベクターを別の細菌に移入することができる細菌のことである。特定の実施形態において、前記ベクターは、ファージミドであり得、及び前記ドナー細菌細胞は、前記ファージミド、より詳細にはパッケージされたファージミドの形態のファージミドを産生することができる細菌細胞であり得る。別の実施形態では、前記ベクターはプラスミド、より詳細には接合性プラスミドでよく、次に、前記ドナー細菌細胞は、前記接合性プラスミドを、特に接合により別の細菌に移入することができる細菌でもよい。

「レシーバー細菌細胞」とは、本明細書では、特に標的化されて前記目的の核酸を送達される宿主マイクロバイオーム由来の任意の細菌のことである。

標的化されるレシーバー細菌は、特に生物に、更に詳細には哺乳類生物に存在している任意の細菌であり得る。それは、微生物叢又はマイクロバイオームの任意の共生の(commensal)、共生の(symbiotic)、又は病原性の細菌であり得る。

マイクロバイオームは、様々な内在性細菌種を含み得、それらのいずれも、本開示に従って標的化され得る。いくつかの実施形態において、標的化されるレシーバー細菌細胞の属及び/又は種は、ベクター及び/又は細菌送達ビヒクルを調製するために使用されるバクテリオファージのタイプに依存し得る。例えば、いくつかのバクテリオファージは、細菌の特定の宿主種に対して指向性を示すか又はそれを優先的に標的にする。他のバクテリオファージは、そのような指向性を示さず、並びに内因性細菌細胞のいくつかの異なる属及び/又は種を標的とするために使用され得る。

レシーバー細菌細胞の例としては、これらに限定されるわけではないが、以下の属:エルシニア属菌(Yersinia spp.)、エシェリキア属菌(Escherichia spp.)、クレブシエラ属菌(Klebsiella spp.)、アシネトバクター属菌(Acinetobacter spp.)、ボルデテラ属菌(Bordetella spp.)、ネイセリア属菌(Neisseria spp.)、アエロモナス属菌(Aeromonas spp.)、フランシセラ属菌(Franciesella spp.)、コリネ桿菌属菌(Corynebacterium spp.)、シトロバクター属菌(Citrobacter spp.)、クラミジア属菌(Chlamydia spp)、ヘモフィルス属菌(Hemophilus spp.)、ブルセラ属菌(Brucella spp.)、マイコバクテリウム属菌(Mycobacterium spp.)、レジオネラ属菌(Legionella spp.)、ロドコッカス属菌(Rhodococcus spp)、シュードモナス属菌(Pseudomonas spp.)、ヘリコバクター属菌(Helicobacter spp.)、ビブリオ属菌(Vibrio spp.)、バシラス属菌(Bacillus spp.)、エリジペロスリックス属菌(Erysipelothrix spp.)、サルモネラ属菌(Salmonella spp.)、ストレプトマイセス属菌(Streptomyces spp.)、ストレプトコッカス属菌(Streptococcus spp.)、スタフィロコッカス属菌(Staphylococcus spp.)、バクテロイデス属菌(Bacteroides spp.)、プレボテラ属菌(Prevotella spp.)、クロストリジウム属菌(Clostridium spp.)、ビフィドバクテリウム属菌(Bifidobacterium spp)、クロストリジウム属菌(Clostridium spp.)、ブレヴィオバクテリウム属菌(Brevibacterium spp.)、ラクトコッカス属菌(Lactococcus spp.)、ロイコノストック属菌(Leuconostoc spp.)、アクチノバシラス属菌(Actinobacillus spp.)、セレノモナス属菌(Selnomonas spp.)、シゲラ属菌(Shigella spp.)、ザイモモナス属菌(Zymonas spp.)、マイコプラズマ属菌(Mycoplasma spp)、トレポネーマ属菌(Treponema spp)、ロイコノストック属菌(Leuconostoc spp.)、コリネバクテリウム属菌(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス属菌(Enterococcus spp.)、エンテロバクター属菌(Enterobacter spp.)、ピロコッカス属菌(Pyrococcus spp.)、セラチア属菌(Serratia spp.)、モルガネラ属菌(Morganella spp.)、パルビモナス属菌(Parvimonas spp)、フソバクテリウム属菌(Fusobacterium spp)、アクチノマイセス属菌(Actinomyces spp.)、ポルフィロモナス属菌(Porphyromonas spp)、プロピオニバクテリウム(Propionibacterium)菌種、キューティバクテリウム(Cutibacterium)菌種、ミクロコッカス属菌(Micrococcus spp.)、バルトネラ属菌(Bartonella spp.)、ボレリア属菌(Borrelia spp.)、ブルセラ属菌(Brucelia spp.)、カンピロバクター属菌(Campylobacter spp.)、クラミドフィラ属菌(Chlamydophilia spp.)、キューティバクテリウム(Cutibacterium)(以前のプロピオニバクテリウム属(Propionibacterium))属菌、エールリキア属菌(Ehrlichia spp.)、ヘモフィルス属菌(Haemophilus spp.)、レプトスピラ属菌(Leptospira spp.)、リステリア属菌(Listeria spp.)、マイコプラズマ属菌(Mycoplasma spp)、ノカルディア属菌(Nocardia spp.)、リケッチア属菌(Rickettsia spp.)、ウレアプラズマ属菌(Ureaplasma spp.)、及びラクトバチルス属菌(Lactobacillus spp.)、並びにそれらの混合物の細菌由来の細胞が挙げられる。

したがって、標的にされるレシーバー細菌細胞は、細菌の前述の属の任意の1つ又は複数であり得る。

ある実施形態において、標的にされるレシーバー細菌は、エルシニア属菌、エシェリキア属菌、クレブシエラ属菌、アシネトバクター属菌、シュードモナス属菌、ヘリコバクター属菌、ビブリオ属菌、サルモネラ属菌、ストレプトコッカス属菌、スタフィロコッカス属菌、バクテロイデス属菌、クロストリジウム属菌、シゲラ属菌、エンテロコッカス属菌、エンテロバクター属菌、プロピオニバクテリウム属菌、キューティバクテリウム属菌、及びリステリア属菌、からなる群から選択することができる。

いくつかの実施形態において、本開示の標的化されたレシーバー細菌細胞は、嫌気性細菌細胞(例えば、増殖のために酸素を必要としない細胞)である。嫌気性細菌細胞としては、通性嫌気性細胞、例えば、これらに限定されるわけではないが、大腸菌(Escherichia coli)、シェワネラ・オネイデンシス(Shewanella oneidensis)、及びリステリア属が挙げられる。嫌気性細菌細胞は、偏性嫌気性細胞、例えば、バクテロイデス属種及びクロストリジウム属種等も含む。ヒトにおいて、嫌気性細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される。したがって、いくつかの特定の実施形態において、標的とされるレシーバー細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される細菌である。

いくつかの実施形態において、標的にされるレシーバー細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、バクテロイデス・シータイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・ディスタソニス(Bacteroides distasonis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、クロストリジウム・レプツム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・コッコイデス(Clostridium coccoides)、黄色ブドウ球菌枯草菌(Bacillus subtilis)、酪酸菌(Clostridium butyricum)、ブレヴィオバクテリウム・ラクトファーメンタム(Brevibacterium lactofermentum)、ストレプトコッカス・アガラクティアエ(Streptococcus agalactiae)、ラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)、ロイコノストック・ラクティス(Leuconostoc lactis)、アクチノバシラス・アクチノミセテムコミタンス(Actinobacillus actinomycetemcomitans)、シアノバクテリア属(Cyanobacteria)、大腸菌、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、セレノモナス・ルミナンチウム(Selenomonas ruminatium)、ゾンネ菌(Shigella sonnei)、ザイモモナス・モビリス(Zymomonas mobilis)、牛肺疫菌(Mycoplasma mycoides)、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)、バチルス・スリンギエンシス(Bacillus thuringiensis)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphylococcus lugdunensis)、ロイコノストック・オエノス(Leuconostoc oenos)、コリネバクテリウム・キセロシス(Corynebacterium xerosis)、ラクトバチルス・プランタラム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ラムノーサス(Lactobacillus rhamnosus)、カゼイ菌(Lactobacillus casei)、好酸性乳酸桿菌(Lactobacillus acidophilus)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、バチルス・コアグランス(Bacillus coagulans)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、乳化病菌(Bacillus popillae)、シネコシスティス株PCC6803(Synechocystis strain PCC6803)、バチルス・リクファシエンス(Bacillus liquefaciens)、ピロコッカス・アビシイ(Pyrococcus abyssi)、セレノモナス・ルミナンチウム(Selenomonas ruminantium)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ストレプトコッカス・フェルス(Streptococcus ferus)、ラクトバシルス・ペントサス(Lactobacillus pentosus)、バクテロイデス・フラギリス、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、ストレプトミセス・ファエクロモゲネス(Streptomyces phaechromogenes)、ストレプトミセス・ガナエニス(Streptomyces ghanaenis)、肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロバクター・アエロゲネス(Enterobacter aerogenes)、セラチア・マルセッセンス(Serratia marcescens)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、サイトロバクター・フレウンディイ(Citrobacter freundii)、緑膿菌、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、プレボテラ・インターメディア(Prevotella intermedia)、フソバクテリウム・ヌクレアタム、プレボテラ・ニグレセンス(Prevotella nigrescens)、ウシ放線菌(Actinomyces israelii)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、バチルス・メガテリウム(Bacillus megaterium)、アエロモナス・ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila)、アエロモナス・キャビエ(Aeromonas caviae)、炭疽菌、バルトネラ・ヘンセラ(Bartonella henselae)、バルトネラ・キンターナ(Bartonella Quintana)、百日咳菌(Bordetella pertussis)、ボレリア・ブルグドルフェリ(Borrelia burgdorferi)、ボレリア・ガリニイ(Borrelia garinii)、ボレリア・アフゼリイ(Borrelia afzelii)、ボレリア・レクルレンチス(Borrelia recurrentis)、ウシ流産菌(Brucella abortus)、イヌ流産菌(Brucella canis)、ブルセラ・メリテンシス(Brucella melitensis)、ブタ流産菌(Brucella suis)、カンピロバクター・ジェジュニ、カンピロバクター・コリ(Campylobacter coli)、カンピロバクター・フィタス(Campylobacter fetus)、肺炎クラミジア(Chlamydia pneumoniae)、クラミジア・トラコマチス(Chlamydia trachomatis)、クラミドフィラ・シッタシ(Chlamydophila psittaci)、ボツリヌス菌(Clostridium botulinum)、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)、ウェルシュ菌(Clostridium perfringens)、破傷風菌(Clostridium tetani)、コリネバクテリウム・ジフテリア(Corynebacterium diphtheria)、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)(以前のアクネ菌(Propionibacterium acnes)、エーリキア・カニス(Ehrlichia canis)、エーリキア・チャフェエンシス(Ehrlichia chaffeensis)、エンテロコッカス・フェシウム、野兎病菌、ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenza)、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophila)、レプトスピラ・インテロガンス(Leptospira interrogans)、レプトスピラ・サンタロサイ(Leptospira santarosai)、レプトスピラ・ウェイリイ(Leptospira weilii)、レプトスピラ・ノグチイ(Leptospira noguchii)、リステリア・モノシトゲネス(Listeria monocytogenes)、ライ菌(Mycobacterium leprae)、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)、マイコバクテリウム・ウルセランス(Mycobacterium ulcerans)、マイコプラズマ肺炎(Mycoplasma pneumonia)、淋菌(Neisseria gonorrhoeae)、髄膜炎菌、ノカルジア・アステロイドス(Nocardia asteroids)、ロッキー山紅斑熱リケッチア(Rickettsia rickettsia)、腸炎菌(Salmonella enteritidis)、チフス菌(Salmonella typhi)、サルモネラ・パラチフィ(Salmonella paratyphi)、ネズミチフス菌(Salmonella typhimurium)、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexneri)、志賀赤痢菌、スタフィロコッカス・サプロフィチカス(Staphylococcus saprophyticus)、肺炎連鎖球菌、化膿連鎖球菌、緑色レンサ球菌(Streptococcus viridans)、梅毒トレポネーマ(Treponema pallidum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム(Ureaplasma urealyticum)、コレラ菌、腸炎ビブリオ(Vibrio parahaemolyticus)、ペスト菌、エルシニア・エンテロコリチカ(Yersinia enterocolitic)、偽結核エルシニア菌(Yersinia pseudotuberculosis)、アクチノバクター・バウマニイ(Actinobacter baumanii)、緑膿菌、並びにそれらの混合物である。ある実施形態において、目的の標的化された細菌は、大腸菌、エンテロコッカス・フェシウム、黄色ブドウ球菌、肺炎桿菌、アシネトバクター・バウマニイ(Acinetobacter baumanii)、緑膿菌、エンテロバクター・クロアカエ、及びエンテロバクター・アエロゲネス、並びにそれらの混合物からなる群から選択される。

いくつかの実施形態において、標的化された細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、アナエロツルンカス属(Anaerotruncus)、アセタナエロバクテリウム属(Acetanaerobacterium)、アセチトマクルム属(Acetitomaculum)、アセチビブリオ属(Acetivibrio)、アネロコッカス属(Anaerococcus)、アネロフィルム属(Anaerofilum)、アネロシヌス属(Anaerosinus)、アネロスチペス属(Anaerostipes)、アネロボラックス属(Anaerovorax)、ブチリビブリオ属(Butyrivibrio)、クロストリジウム属(Clostridium)、カプラコッカス属(Capracoccus)、デハロバクター属(Dehalobacter)、ジアリスター属(Dialister)、ドレア属(Dorea)、エンテロコッカス属(Enterococcus)、エタノリゲネンス(Ethanoligenens)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、フソバクテリウム属(Fusobacterium)、グラシリバクター属(Gracilibacter)、グゲンヘイメラ属(Guggenheimella)、ヘスペリア属(Hespellia)、ラクノバクテリウム属(Lachnobacteriium)、ラクノスピラ属(Lachnospira)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、ロイコノストック属(Leuconostoc)、メガモナス属(Megamonas)、モリエラ属(Moryella)、ミツオケラ属(Mitsuokella)、オリバクテリウム属(Oribacterium)、オキソバクター属(Oxobacter)、パピリバクター属(Papillibacter)、プロプリオンスピラ属(Proprionispira)、シュードブチリビブリオ属(Pseudobutyrivibrio)、シュードラミバクター属(Pseudoramibacter)、ロセブリア属(Roseburia)、ルミノコッカス属(Ruminococcus)、サルシナ属(Sarcina)、セイノネラ属(Seinonella)、シュトレウォルチア属(Shuttleworthia)、スプロバクター属(Sporobacter)、スプロバクテリウム属(Sporobacterium)、ストレプトコッカス属(Streptococcus)、スブドリグラヌルム属(Subdoligranulum)、シントロフォコッカス属(Syntrophococcus)、サーモバシルス属(Thermobacillus)、ツリバクター属(Turibacter)、ウェイセラ属(Weisella)、クロストリジウム属(Clostridium)、バクテロイデス属(Bacteroides)、ルミノコッカス属(Ruminococcus)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、トレポネーマ属(Treponema)、ファスコラークトバクテリウム属(Phascolarctobacterium)、メガスファエラ属(Megasphaera)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、ビフィドバクテリウム属(Bifidobacterium)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、ステレラ属(Sutterella)、及び/又はプレボテラ属(Prevotella)である。

他の実施形態において、標的化された細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、アクロモバクター・キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans)、アシダミノコッカス・フェルメンタンス(Acidaminococcus fermentans)、アシダミノコッカス・インテスティニー(Acidaminococcus intestini)、アシダミノコッカス属、アシネトバクター・バウマンニイ、アシネトバクター・ジュニイ(Acinetobacter junii)、アシネトバクター・ルヴォフィイ(Acinetobacter lwoffii)、アクチノバシラス・カプスラツス(Actinobacillus capsulatus)、アクチノマイセス・ネスランディイ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ(Actinomyces neuii)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・ラディンガエ(Actinomyces radingae)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(Adlercreutzia equolifaciens)、アエロミクロビウム・マシリエンゼ(Aeromicrobium massiliense)、アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス(Aggregatibacter actinomycetemcomitans)、アッカーマンシア・ムシニフィラ(Akkermansia muciniphila)、Aliagarivorans marinus、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)、アリスティペス・インディスティンクタス(Alistipes indistinctus)、アリスティペス・イノプス(Alistipes inops)、アリスティペス・オンデルドンキイ(Alistipes onderdonkii)、アリスティペス・ピュトレディニス(Alistipes putredinis)、アリスティペス・セネガレンシス(Alistipes senegalensis)、アリスティペス・シャーヒイ(Alistipes shahii)、アリスティペス・チモネンシス(Alistipes timonensis)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、Anaerobacter polyendosporus、アナエロバキュラム・ヒドロジェニフォーマンス(Anaerobaculum hydrogeniformans)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコッカス・セネガレンシス(Anaerococcus senegalensis)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(Anaerofustis stercorihominis)、アナエロスティペス・カカエ(Anaerostipes caccae)、アナエロスティペス・ハドラス(Anaerostipes hadrus)、アナエロツルンカス・コリホミニス(Anaerotruncus colihominis)、アネウリニバチルス・アネウリニリティカス(Aneurinibacillus aneurinilyticus)、バチルス・リケニフォルミス(Bacillus licheniformis)、バチルス・マシリオアノレシウス(Bacillus massilioanorexius)、バチルス・マシリオセネガレンシス(Bacillus massiliosenegalensis)、バチルス・シンプレックス(Bacillus simplex)、バチルス・スミシー(Bacillus smithii)、枯草菌、バチルス・スリンギエンシス、バチルス・チモネンシス(Bacillus timonensis)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteroides xylanisolvens)、バクテロイデス・アシジファシエンス(Bacteroides acidifaciens)、バクテロイデス・カカエ(Bacteroides caccae)、バクテロイデス・カピロサス(Bacteroides capillosus)、バクテロイデス・セルロシリチカス(Bacteroides cellulosilyticus)、バクテロイデス・クラルス(Bacteroides clarus)、バクテロイデス・コプロコーラ(Bacteroides coprocola)、バクテロイデス・コプロフィラス(Bacteroides coprophilus)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・エガーシイ(Bacteroides eggerthii)、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)、バクテロイデス・ファインゴールディイ(Bacteroides finegoldii)、バクテロイデス・フラクサス(Bacteroides fluxus)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ガリナルム(Bacteroides gallinarum)、バクテロイデス・インテスティナーリス(Bacteroides intestinalis)、バクテロイデス・ノルディイ(Bacteroides nordii)、バクテロイデス・オレイシプレヌス(Bacteroides oleiciplenus)、バクテロイデス・オバータス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・ペクチノフィルス(Bacteroides pectinophilus)、バクテロイデス・プレビウス(Bacteroides plebeius)、バクテロイデス・サラニトロニス(Bacteroides salanitronis)、バクテロイデス・セイリヤーシアエ(Bacteroides salyersiae)、バクテロイデス属(Bacteroides sp.)、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・シータイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteroides xylanisolvens)、バクテロイデス・ペクチノフィラスATCC(Bacteroides pectinophilus ATCC)、バルネシエラ・インテスティニホミニス(Barnesiella intestinihominis)、ババリコッカス・セイロリ(Bavariicoccus seileri)、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス(Bifidobacterium adolescentis)、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム(Bifidobacterium angulatum)、ビフィドバクテリウム・アニマーリス(Bifidobacterium animalis)、ビフィドバクテリウム・ビフィダム(Bifidobacterium bifidum)、ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifidobacterium breve)、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム(Bifidobacterium catenulatum)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(Bifidobacterium dentium)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(Bifidobacterium gallicum)、ビフィオバクテリアム・ロンガム(Bifidobacterium longum)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、ビフィドバクテリウム・スターコリス(Bifidobacterium stercoris)、ビロフィラ・ワーズワーシア(Bilophila wadsworthia)、ブラウティア・ファエシス(Blautia faecis)、ブラウティア・ハンセニ(Blautia hansenii)、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ(Blautia hydrogenotrophica)、ブラウティア・ルティ(Blautia luti)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・プロダクタ(Blautia producta)、ブラウティア・ウェクスレレ(Blautia wexlerae)、ブラキモナス・シロノミー(Brachymonas chironomi)、ブレビバクテリウム・セネガレンス(Brevibacterium senegalense)、ブライアンテラ・フォーマテキシゲンス(Bryantella formatexigens)、酪酸菌(butyrate-producing bacterium)、ブチリシコッカス・プリカエコルム(Butyricicoccus pullicaecorum)、ブチリシモナス・ビローサ(Butyricimonas virosa)、ブチリビブリオ・クロッソツス(Butyrivibrio crossotus)、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス(Butyrivibrio fibrisolvens)、カルジコプロバクター・フェカリス(Caldicoprobacter faecalis)、カンピロバクター・コンサイサス(Campylobacter concisus)、カンピロバクター・ジェジュニ、カンピロバクター・ウプサリエンシス(Campylobacter upsaliensis)、カテニバクテリウム・ミツオカイ(Catenibacterium mitsuokai)、セデセア・ダヴィスアエ(Cedecea davisae)、セルロモナス・マスシリエンシス(Cellulomonas massiliensis)、セトバクテリウム・ソメラエ(Cetobacterium somerae)、サイトロバクター・ブラアキイ(Citrobacter braakii)、サイトロバクター・フレウンディイ(Citrobacter freundii)、サイトロバクター・パステウリイ(Citrobacter pasteurii)、シトロバクター属(Citrobacter sp.)、サイトロバクター・ヤンガエ(Citrobacter youngae)、クロアシバチルス・エブリエンシス(Cloacibacillus evryensis)、クロストリジアーレス・バクテリウム(Clostridiales bacterium)、クロストリディオイデス・ディフィシル(Clostridioides difficile)、クロストリジウム・アスパラギホルメ(Clostridium asparagiforme)、クロストリジウム・バートレティイ(Clostridium bartlettii)、クロストリジウム・ボリビエンシス(Clostridium boliviensis)、クロストリジウム・ボルテアエ(Clostridium bolteae)、クロストリジウム・ハセワイ(Clostridium hathewayi)、クロストリジウム・ヒラノニス(Clostridium hiranoni)、クロストリジウム・ハイレモンアエ(Clostridium hylemonae)、クロストリジウム・レプツム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・メチルベントーサム(Clostridium methylpentosum)、クロストリジウム・ネキシレ(Clostridium nexile)、クロストリジウムオルビシンデンス(Clostridium orbiscindens)、クロストリジウム・ラモーサム(Clostridium ramosum)、クロストリジウム・シンデンス(Clostridium scindens)、クロストリジウム属(Citrobacter sp.)、クロストリジウム属(Clostridium sp.)、クロストリジウム・スパイロフォルメ(Clostridium spiroforme)、クロストリジウム・スポロゲネス(Clostridium sporogenes)、クロストリジウム・シンビオサム(Clostridium symbiosum)、コリンゼラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)、コリンゼラ・インテスティナリス(Collinsella intestinalis)、コリンゼラ・スターコリス(Collinsella stercoris)、コリンゼラ・タナカエイ(Collinsella tanakaei)、コプロバチルス・カテニフォルミス(Coprobacillus cateniformis)、コプロバクター・ファスティディオスス(Coprobacter fastidiosus)、コプロコッカス・カツス(Coprococcus catus)、コプロコッカス・コメス(Coprococcus comes)、コプロコッカス・ユウタクタス(Coprococcus eutactus)、コリネバクチリウム・アンモニアゲネス(Corynebacterium ammoniagenes)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、コリネバクテリウム・シュードジフセリチクム(Corynebacterium pseudodiphtheriticum)、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)デルマバクター・ホミニス(Dermabacter hominis)、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス(Desulfitobacterium hafniense)、デスルホビブリオ・フェアフィールデンシス(Desulfovibrio fairfieldensis)、デスルホビブリオ・ピゲル(Desulfovibrio piger)、ディアリスター・サクシナティフィラス(Dialister succinatiphilus)、ディエルマ・ファスティディオーサ(Dielma fastidiosa)、ドレア・フォルミシゲネランス(Dorea formicigenerans)、ドレア・ロンギカテナ(Dorea longicatena)、ディスゴノモナス・カプノサイトファゴイデス(Dysgonomonas capnocytophagoides)、ディスゴノモナス・ガデイ(Dysgonomonas gadei)、ディスゴノモナス・モッシイ(Dysgonomonas mossii)、エドワードシエラ・タルダ(Edwardsiella tarda)、エガセラ・レンタ(Eggerthella lenta)、アイゼンベルギエラ・タイ(Eisenbergiella tayi)、エノーマ・マスシリエンシス(Enorma massiliensis)、エンテロバクター・アエロゲネス、エンテロバクター・アスブリアエ(Enterobacter asburiae)、エンテロバクター・カンセロゲナス(Enterobacter cancerogenus)、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロバクター・マスシリエンシス(Enterobacter massiliensis)、エンテロコッカス・カセリフラブス(Enterococcus casseliflavus)、エンテロコッカス・デューランス(Enterococcus durans)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・フラベセンス(Enterococcus flavescens)、エンテロコッカス・ガリナルム(Enterococcus gallinarum)、エンテロコッカス属(Enterococcus sp.)、エンテロビブリオ・ニグリカンス(Enterovibrio nigricans)、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム(Erysipelatoclostridium ramosum)、大腸菌エシェリキア属(Escherichia sp.)、ユウバクテリウム・ビフォルメ(Eubacterium biforme)、ユウバクテリウム・ドリクム(Eubacterium dolichum)、ユウバクテリウム・ハリイ(Eubacterium hallii)、ユウバクテリウム・リモサム(Eubacterium limosum)、ユウバクテリウム・ラムルス(Eubacterium ramulus)、ユーバクテリウム・レクタレ(Eubacterium rectale)、ユウバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)ユウバクテリウム・ベントリオサム(Eubacterium ventriosum)、エキシグオバクテリウム・マリナム(Exiguobacterium mari

num)、エキシグオバクテリウム・ウンデ(Exiguobacterium undae)、フィーカリバクテリウムcf(Faecalibacterium cf)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(Faecalibacterium prausnitzii)、フェカリタレア・シリンドロイデス(Faecalitalea cylindroides)、フェリモナス・バレアリカ(Ferrimonas balearica)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、フラボバクテリウム・デジョネンス(Flavobacterium daejeonense)、フラボニフラクター・プラウティイ(Flavonifractor plautii)、フシカテニバクター・サッカリボランス(Fusicatenibacter saccharivorans)、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス(Fusobacterium gonidiaformans)、フソバクテリウム・モルティフェラム(Fusobacterium mortiferum)、フソバクテリウム・ネクロフォーラム(Fusobacterium necrophorum)、フソバクテリウム・ヌクレアタム、フソバクテリウム・ペリオドンティカム(Fusobacterium periodonticum)、フソバクテリウム属(Fusobacterium sp.)、フソバクテリウム・ウルセランス(Fusobacterium ulcerans)、フソバクテリウム・バリウム(Fusobacterium varium)、ガリバクテリウム・アナティス(Gallibacterium anatis)、ゲンミゲル・フォルミシリス(Gemmiger formicilis)、ゴードニバクター・パメラエアエ(Gordonibacter pamelaeae)、ハフニア・アルベイ(Hafnia alvei)、ヘリコバクター・ビリス(Helicobacter bilis)、ヘリコバクター・ビリス、ヘリコバクター・カナデンシス(Helicobacter canadensis)、ヘリコバクター・カニス(Helicobacter canis)、ヘリコバクター・シナエディ(Helicobacter cinaedi)、ヘリコバクター・マカカエ(Helicobacter macacae)、ヘリコバクター・パメテンシス(Helicobacter pametensis)、ヘリコバクター・プロラム(Helicobacter pullorum)、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、ヘリコバクター・ローデンティウム(Helicobacter rodentium)、ヘリコバクター・ウィンガメンシス(Helicobacter winghamensis)、ハーバスピリラム・マスシリエンス(Herbaspirillum massiliense)、ホルデマネラ・ビフォルミス(Holdemanella biformis)、ホールディマニア・ファニフォーミス(Holdemania fdiformis→funiformis)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)、ホールディマニア・マスシリエンシス(Holdemania massiliensis)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)、フンガテラ・ハセワイ(Hungatella hathewayi)、インテスティニバクター・バルトレッティ(Intestinibacter bartlettii)、インテスティニモナス・ブチリシプロヅセンス(Intestinimonas butyriciproducens)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、肺炎桿菌、カルシア・マスシリエンシス(Kurthia massiliensis)、ラクノスピラ・ペクチノスチザ(Lachnospira pectinoschiza)、好酸性乳酸桿菌、ラクトバチルス・アミロリティカス(Lactobacillus amylolyticus)、ラクトバチルス・アニマーリス(Lactobacillus animalis)、ラクトバチルス・アントリ(actobacillus antri)、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brevis)、ラクトバチルス・ブフネリ(Lactobacillus buchneri)、カゼイ菌、ラクトバチルス・カルバータス(Lactobacillus curvatus)、ラクトバチルス・デルブレッキイ(Lactobacillus delbrueckii)、ラクトバチルス・ファーメンタム(Lactobacillus fermentum)、ラクトバチルス・ガッセリ(Lactobacillus gasseri)、ラクトバチルス・ヘルベティカス(Lactobacillus helveticus)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトバチルス・インテスティナーリス(Lactobacillus intestinalis)、ラクトバチルス・ジョンソニー(Lactobacillus johnsonii)、ラクトバチルス・ムリヌス(Lactobacillus murinus)、ラクトバチルス・パラカゼイ(Lactobacillus paracasei)、ラクトバチルス・プランタラム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ロイテリ(Lactobacillus reuteri)、ラクトバチルス・ラムノーサス(Lactobacillus rhamnosus)、ラクトバチルス・ルミニス(Lactobacillus ruminis)、ラクトバチルス・サケイ(Lactobacillus sakei)、ラクトバチルス・サリバリウス(Lactobacillus salivarius)、ラクトバチルス・アルチュネンシス(Lactobacillus ultunensis)、ラクトバチルス・バギナリス(Lactobacillus vaginalis)、ラクチプランチバチルスプランタルム亜種(Lactobacillus plantarum subsp.)、ロイコノストック・メセンテロイデス(Leuconostoc mesenteroides)、ロイコノストック・シュードメセンテロイデス(Leuconostoc pseudomesenteroides)、リステリア・グレイ(Listeria grayi)、リステリア・ノキュア(Listeria innocua)、マンヘイミア・グラニュロマティス(Mannheimia granulomatis)、マーバインブリアンティア・フォーマテキシゲンス(Marvinbryantia formatexigens)、メガモナス・ファニフォーミス(Megamonas funiformis)、メガモナス・ハイパーメガーレ(Megamonas hypermegale)、メタノブレビバクター・スミジイ(Methanobrevibacter smithii)、メタノブレビバクター・スミジイ(Methanobrevibacter smithii)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス(Microvirgula aerodenitrificans)、ミツオケラ・ジャラルディニイ(Mitsuokella jalaludinii)、ミツオケラ・マルトアシダ(Mitsuokella multacida)、モリキューテス・バクテリウム(Mollicutes bacterium)、ムリモナス・インテスティニ(Murimonas intestini)、ナイセリア・マカカエ(Neisseria macacae)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース(Nitriliruptor alkaliphilus)、オセアノバチルス・マスシリエンシス(Oceanobacillus massiliensis)、オドリバクター・ラネウス(Odoribacter laneus)、オドリバクター・スプランクニカス(Odoribacter splanchnicus)、オルニソバクテリウム・ライノトラケアレ(Ornithobacterium rhinotracheale)、オキサロバクター・フォルミゲネス(Oxalobacter formigenes)、パエニバチルス・バレンゴルトジ(Paenibacillus barengoltzii)、パエニバチルス・キチノリティカス(Paenibacillus chitinolyticus)、パエニバチルス・ロータス(Paenibacillus lautus)、パエニバチルス・モトブエンシス(Paenibacillus motobuensis)、パエニバチルス・セネガレンシス(Paenibacillus senegalensis)、パエニスポロサルシナ・クィスキリアラム(Paenisporosarcina quisquiliarum)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(Parabacteroides distasonis)、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ(Parabacteroides goldsteinii)、パラバクテロイデス・ゴルドニイ(Parabacteroides gordonii)、パラバクテロイデス・ジョンソニイ(Parabacteroides johnsonii)、パラバクテロイデス・メルダエ(Parabacteroides merdae)、パラプレボテーラ・キシラニフィラ(Paraprevotella xylaniphila)、パラステレラ・エクスクレメンティホミニス(Parasutterella excrementihominis)、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペディオコッカス・アシディラクティシ(Pediococcus acidilactici)、ペプトクロストリジウム・ディフィシル(Peptoclostridium difficile)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィラス・オベシ(Peptoniphilus obesi)、ペプトニフィラス・セネガレンシス(Peptoniphilus senegalensis)、ペプトニフィラス・チモネンシス(Peptoniphilus timonensis)、ファスコラークトバクテリウム・スクシナテュテンス(Phascolarctobacterium succinatutens)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ(Porphyromonas asaccharolytica)、ポルフィロモナス・ウエノニス(Porphyromonas uenonis)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテーラ・デンターリス(Prevotella dentalis)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテーラ・マルチサッカリボラックス(Prevotella multisaccharivorax)、プレボテーラ・オラリス(Prevotella oralis)、プレボテラ・サリバーエ(Prevotella salivae)、プレボテーラ・スターコレア(Prevotella stercorea)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes)、プロピオニバクテリウム・アビダム(Propionibacterium avidum)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロテウス・ミラビリス(Proteus mirabilis)、プロテウス・ペンネリATCC(Proteus penneri ATCC)、プロビデンシア・アルカリファシエンス(Providencia alcalifaciens)、プロビデンシア・レットゲリ(Providencia rettgeri)、プロビデンシア・ラスティジアニイ(Providencia rustigianii)、プロビデンシア・スチュアーティイ(Providencia stuartii)、シュードフラボニフラクター・カピローサス(Pseudoflavonifractor capillosus)、緑膿菌、シュードモナス・ルテオラ(Pseudomonas luteola)、ラルストニア・ピッケティ(Ralstonia pickettii)、ラインハイメラ・ペルルシダRheinheimera perlucida)、レインヘイメラ・テキサセンシス(Rheinheimera texasensis)、リエメレラ・コロンビーナ(Riemerella columbina)、Romboutsia lituseburensis、ロゼブリア・フェシス(Roseburia faecis)、ロゼブリア・インテスティナーリス(Roseburia intestinalis)、Roseburia inulinivorans、ルミノコッカス・ビサーキュランス(Ruminococcus bicirculans)、ルミノコッカス・ブローミイ(Ruminococcus bromii)、ルミノコッカス・カリダス(Ruminococcus callidus)、ルミノコッカス・チャンパネレンシス(Ruminococcus champanellensis)、ルミノコッカス・ファエシス(Ruminococcus faecis)、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルミノコッカス・ラクタリス(Ruminococcus lactaris)、ルミノコッカス・オベウム(Ruminococcus obeum)、ルミノコッカス属、ルミノコッカス属、ルミノコッカス・トルキース(Ruminococcus torques)、サルシナ・ベントリクリ(Sarcina ventriculi)、セリモナス・インテスティナーリス(Sellimonas intestinalis)、セネガレマッシリア・アナエロビア(Senegalimassilia anaerobia)、ゾンネ菌、スラッキア・ピリフォルミス(Slackia piriformis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・レンタス(Staphylococcus lentus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス(Staphylococcus nepalensis)、スタフィロコッカス・シュードインターメディウス(Staphylococcus pseudintermedius)、スタフィロコッカス・キシローサス(Staphylococcus xylosus)、ステノトロホモナス・マルトフィリア(Stenotrophomonas maltophilia)、ストレプトコッカス・アガラクティアエ(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・アンギノーサス(Streptococcus anginosus)、ストレプトコッカス・アウストラリス(Streptococcus australis)、ストレプトコッカス・カバリイ(Streptococcus caballi)、ストレプトコッカス・カストレウス(Streptococcus castoreus)、ストレプトコッカス・ジデルフィス(Streptococcus didelphis)、ストレプトコッカス・エクイナス(Streptococcus equinus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ(Streptococcus gordonii)、ストレプトコッカス・ヘンリイ(Streptococcus henryi)、ストレプトコッカス・ハイオバギナリス(Streptococcus hyovaginalis)、ストレプトコッカス・インファンタリウス(Streptococcus infantarius)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・ルテチエンシス(Streptococcus lutetiensis)、ストレプトコッカス・メリオニス(Streptococcus merionis)、ストレプトコッカス・ミチス(Streptococcus mitis)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・オビス(Streptococcus ovis)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(Streptococcus par

asanguinis)、ストレプトコッカス・プルレクストルム(Streptococcus plurextorum)、ストレプトコッカス・ポルシ(Streptococcus porci)、化膿連鎖球菌、ストレプトコッカス・サリバリウス(Streptococcus salivarius)、ストレプトコッカス・ソブリナス(Streptococcus sobrinus)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus)、ストレプトコッカス・ソラルテンシス(Streptococcus thoraltensis)、ストレプトマイセス・アルブス(Streptomyces albus)、サブドリグラヌルム・バリアビレ(Subdoligranulum variabile)、サクシナティモナス・ヒッペイ(Succinatimonas hippei)、ステレラ・パルビルブラ(Sutterella parvirubra)、ステレラ・ワズワースエンシス(Sutterella wadsworthensis)、テリスポロバクター・グリコリカス(Terrisporobacter glycolicus)、テリスポロバクター・マヨムベイ(Terrisporobacter mayombei)、タラソバチルス・デボランス(Thalassobacillus devorans)、ティモネラ・セネガレンシス(Timonella senegalensis)、ツリシバクター・サングイニス(Turicibacter sanguinis)、未知の属、未知の属、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、ベイロネラ・アティピカ(Veillonella atypica)、ベイロネラ・ディスパー(Veillonella dispar)、ベイヨネラ・パルブラ(Veillonella parvula)、ビブリオ・シンシナティエンシス(Vibrio cincinnatiensis)、バルジバチルス・サレキシゲンス(Virgibacillus salexigens)、及びワイセラ・パラメセンテロイデス(Weissella paramesenteroides)、である。

他の実施形態において、標的細菌細胞は、皮膚微生物叢において一般的に見出されるものであり、並びに、これらに限定されるものではないが、アセトバクター・ファリナリス(Acetobacter farinalis)、アセトバクター・マロルム(Acetobacter malorum)、アセトバクター・オルガネンシス(Acetobacter orleanensis)、Acetobacter sicerae、Achromobacter anxifer、アクロモバクター・デニトリフィカンス(Achromobacter denitrificans)、アクロモバクター・マープラテンシス(Achromobacter marplatensis)、アクロモバクター・スパニウス(Achromobacter spanius)、アクロモバクター・キシロソキシダンスサブスピーシズ亜種キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans)、アシドボラクス・コンジャシ(Acidovorax konjaci)、アシドボラクス・ラディシス(Acidovorax radicis)、アシネトバクター・ジョンソニイ(Acinetobacter johnsonii)、アクチノマヅラ・シトレア(Actinomadura citrea)、アクチノマヅラ・コエルレア(Actinomadura coerulea)、アクチノマヅラ・フィブローサ(Actinomadura fibrosa)、アクチノマヅラ・フルベセンス(Actinomadura fulvescens)、Actinomadura jiaoheensis、アクチノマヅラ・ルテオフルオレッセンス(Actinomadura luteofluorescens)、アクチノマヅラ・メキシカーナ(Actinomadura mexicana)、Actinomadura nitritigenes、アクチノマヅラ・ベルコシスポラ(Actinomadura verrucosispora)、Actinomadura yumaensis、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイストスポラ・アティピカ(Actinomycetospora atypica)、Actinomycetospora corticicola、アクチノマイストスポラ・リゾフィラ(Actinomycetospora rhizophila)、アクチノマイストスポラ・リシリエンシス(Actinomycetospora rishiriensis)、アエロモナス・アウストラリエンシス(Aeromonas australiensis)、アエロモナス・ベスチアルム(Aeromonas bestiarum)、Aeromonas bivalvium、アエロモナス・エンシェレイア(Aeromonas encheleia)、アエロモナス・オイクレノフィラ(Aeromonas eucrenophila)、エロモナス・ヒドロフィラ亜種ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila)、アエロモナス・ピスキコラ(Aeromonas piscicola)、アエロモナス・ポポフィイ(Aeromonas popoffii)、アエロモナス・リーブリー(Aeromonas rivuli)、エロモナス・サルモニシダ亜種ペクチノリティカ(Aeromonas salmonicida subsp. pectinolytica.)、エロモナス・サルモニシダ亜種スミシア(Aeromonas salmonicida subsp. smithia)、アマリコッカス・カプリセンシス(Amaricoccus kaplicensis)、アマリコッカス・ベロネンシス(Amaricoccus veronensis)、アミノバクター・アガノエンシス(Aminobacter aganoensis)、アミノバクター・シセロンエイ(Aminobacter ciceronei)、アミノバクター・リサレンシス(Aminobacter lissarensis)、アミノバクター・ニイガタエンシス(Aminobacter niigataensis)、アンサイロバクター・ポリモーフス(Ancylobacter polymorphus)、アノキシバチルス・フラビサーマス亜種ユンナネンシス(Anoxybacillus flavithermus subsp. yunnanensis)、アクアミクロビウム・アエロラータム(Aquamicrobium aerolatum)、アーキアンギウム・ゲファイラ(Archangium gephyra)、アーキアンギウム・ゲファイラ、アーキアンギウム・ミヌス(Archangium minus)、アーキアンギウム・ビオラセウム(Archangium violaceum)、アルスロバクター・ビスコサス(Arthrobacter viscosus)、炭疽菌、Bacillus australimaris、バチルス・ドレンテンシス(Bacillus drentensis)、バシラス・ミコイデス(Bacillus mycoides)、バチルス・シュードマイコイデス(Bacillus pseudomycoides)、バチルス・プミルス(Bacillus pumilus)、バチルス・サフェンシス(Bacillus safensis)、バチルス・バリスモルティス(Bacillus vallismortis)、ボセア・チオオキシダンス(Bosea thiooxidans)、Bradyrhizobium huanghuaihaiense、ブラジリゾビウム・ジャポニカム(Bradyrhizobium japonicum)、ブレブンジモナス・アウランティアカ(Brevundimonas aurantiaca)、ブレブンジモナス・インターメディア(Brevundimonas intermedia)、バークホルデリア・アスパラチ(Burkholderia aspalathi)、Burkholderia choica、Burkholderia cordobensis、バークホルデリア・ディフューザ(Burkholderia diffusa)、バークホルデリア・インサルサ(Burkholderia insulsa)、バークホルデリア・リンコシアエ(Burkholderia rhynchosiae)、Burkholderia terrestris、バークホルデリア・ウーデイス(Burkholderiaudeis)、)ブティアウクセラ・ガビニアエ(Buttiauxella gaviniae)、カエニモナス・テラエ(Caenimonas terrae)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス(Capnocytophaga gingivalis)、キチノファーガ・ディンフエンシス(Chitinophaga dinghuensis)、クリセオバクテリウム・グレウム(Chryseobacterium gleum)、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス(Chryseobacterium greenlandense)、クリセオバクテリウム・ジェジュエンス(Chryseobacterium jejuense)、クリセオバクテリウム・ピスシウム(Chryseobacterium piscium)、クリセオバクテリウム・セディミニス(Chryseobacterium sediminis)、Chryseobacterium tructae、Chryseobacterium ureilyticum、クリセオバクテリウム・ベトナメンセ(Chryseobacterium vietnamense)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム(Corynebacterium afermentans subsp. lipophilum)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・スンドスバレンス(Corynebacterium sundsvallense)、キュープリアビダス・メタリデュランス(Cupriavidus metallidurans)、Cupriavidus nantongensis、キュープリアビダス・ネカター(Cupriavidus necator)、Cupriavidus pampae、Cupriavidus yeoncheonensis、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス(Curtobacterium flaccumfaciens)、Devosia epidermidihirudinis、デヴォシア・リボフラビナ(Devosia riboflavina)、デヴォシア・リボフラビナ(Devosia riboflavina)、ダイアフォロバクター・オリザエ(Diaphorobacter oryzae)、ディエジア・サイクラルカリフィラ(Dietzia psychralcaliphila)、エンシフェル・アダエレンス(Ensifer adhaerens)、エンシフェル・アメリカヌス(Ensifer americanus)、エンテロコッカス・マロドラタス(Enterococcus malodoratus)、エンテロコッカス・シュードアビウム(Enterococcus pseudoavium)、エンテロコッカス・ビーキエンシス(Enterococcus viikkiensis)、エンテロコッカス・シャンファンゲンシス(Enterococcus xiangfangensis)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、ファルシロドバクター・ハロトレランス(Falsirhodobacter halotolerans)、Flavobacterium araucananum、フラボバクテリウム・フリギディマリス(Flavobacterium frigidimaris)、グルコノバクター・フラチューリ(Gluconobacter frateurii)、グルコノバクター・タイランディカス(Gluconobacter thailandicus)、ゴルドニア・アルカニボランス(Gordonia alkanivorans)、ハロモナス・アクアマリナ(Halomonas aquamarina)、ハロモナス・アキシアレンシス(Halomonas axialensis)、ハロモナス・メリディアーナ(Halomonas meridiana)、ハロモナス・オリヴァリア(Halomonas olivaria)、Halomonas songnenensis、ハロモナス・バリアビリス(Halomonas variabilis)、ハーバスピリラム・クロロフェノリカム(Herbaspirillum chlorophenolicum)、ハーバスピリラム・フリシンゲンス(Herbaspirillum frisingense)、ハーバスピリラム・ヒルトナー(Herbaspirillum hiltneri)、ハーバスピリラム・フティエンス亜種プテイ(Herbaspirillum huttiense subsp. putei)、ハーバスピリラム・ルシタナム(Herbaspirillum lusitanum)、ヘルミニイモナス・フォンティコーラ(Herminiimonas fonticola)、ハイドロゲノファーガ・インターメディア(Hydrogenophaga intermedia)、ハイドロゲノファーガ・シュードフラバ(Hydrogenophaga pseudoflava)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、コサコニア・サッカリ(Kosakonia sacchari)、ラクトバチルス・デルブルエッキー亜種ブルガリクス(Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus)、Lactobacillus modestisalitolerans、ラクトバチルス・プランタラム亜種アルゲントラテンシス(Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis)、ラクトバチルス・シャンファンゲンシス(Lactobacillus xiangfangensis)、Lechevalieria roselyniae、レンツィア・アルビーダ(Lentzea albida)、レンツィア・カリフォルニエンシス(Lentzea californiensis)、ロイコノストック・カーノサム(Leuconostoc carnosum)、ロイコノストック・シトレウム(Leuconostoc citreum)、ロイコノストック・ゲリダム亜種ガシコミタータム(Leuconostoc gelidum subsp. gasicomitatum)、ロイコノストック・メセンテロイデス亜種(Leuconostoc mesenteroides subsp.)suionicum、ルテイモナス・アエスツアリイ(Luteimonas aestuarii)、リソバクター・アンティビオティカス(Lysobacter antibioticus)、リソバクター・コーリエンシス(Lysobacter koreensis)、リソバクター・オリザエ(・オリザエ)、マグネトスピリラム・モスコヴィエンセ(Magnetospirillum moscoviense)、Marinomonas alcarazii、マリノモナス・プリモリエンシス(Marinomonas primoryensis)、マシリア・オーレア(Massilia aurea)、マシリア・・ジェジュエンシス(Massilia jejuensis)、マシリア・キョンギエンシス(Massilia kyonggiensis)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、Mesorhizobium acaciae、メソリゾビウム・キングシェンギ(Mesorhizobium qingshengii)、Mesorhizobium shonense、Methylobacterium haplocladii、メチロバクテリウム・プラタニ(Methylobacterium platani)、メチロバクテリウム・シュードサシコラ(Methylobacterium pseudosasicola)、メチロバクテリウム・ザトマニイ(Methylobacterium zatmanii)、ミクロバクテリウム・オキシダンス(Microbacterium oxydans)、Micromonospora chaiyaphumensis、ミクロモノスポラ・カルセア(Micromonospora chalcea)、ミクロモノスポラ・シトレア(Micromonospora citrea)、ミクロモノスポラ・コクセンシス(・コクセンシス)、ミクロモノスポラ・エキノフュスカ(Micromonospora echinofusca)、ミクロモノスポラ・ハロフィティカ(Micromonospora halophytica)、Micromonospora kangleipakensis、ミクロモノスポラ・マリティマ(Micromonospora maritima)、ミクロモノスポラ・ニガー(Micromonospora nigra)、ミクロモノスポラ・パープレオクロモゲネス(Micromonospora purpureochromogenes)、ミクロモノスポラ・リゾスファエラエ(Micromonospora rhizosphaerae)、ミクロモノスポラ・サエリセセンシス(Micromonospora saelicesensis)、ミクロヴィルガ・サブテラネア(Microvirga subterranea)、Microvirga zambiensis、マイコバクテリウム・アルベイ(Mycobacterium alvei)、マイコバクテリウム・アビウム亜種シルバティカム(Mycobacterium avium subsp. silvaticum)、マイコバクテリウム・コロンビェンス(Mycobacterium colombiense)、マイコバクテリウム・コンセプショネンス、マイコバクテリウム・コンセプショネンス、マイコバクテリウム・ファルシノゲネス(Mycobacterium farcinogenes)、マイコバクテリウム・ホルツイツム亜種フォルトゥイタム(Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum)、マイコバクテリウム・グッディイ(Mycobacterium goodii)、マイコバクテリウム・インスブリクム(Mycobacterium insubricum)、Mycobacterium llatzerense、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・ニューオルレアンセンス(Mycobacterium neworleansense)、マイコバクテリウム・オブエンス(Mycobacterium obuense)、マイコバクテリウム・ペレグリヌム(Mycobacterium peregrinum)、Mycobacterium saopaulense、マイコバクテリウム・セプティカム(Mycobacterium septicum)、マイコバクテリウム・セテンス(Mycobacterium setense)、

マイコバクテリウム・スメグマティス(Mycobacterium smegmatis)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ノカルディア・リジャンゲンシス(Nocardia lijiangensis)、ノカルディア・タイランディカ(Nocardia thailandica)、Novosphingobium barchaimii、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム(Novosphingobium lindaniclasticum)、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム、Novosphingobium mathurense、オクロバクトラム・シュードグリグノネンス(Ochrobactrum pseudogrignonense)、Oxalicibacterium solurbis、パラバークホルデリア・グラセリ(Paraburkholderia glathei)、パラバークホルデリア・ヒュミ(Paraburkholderia humi)、パラバークホルデリア・フェナジニウム(Paraburkholderia phenazinium)、パラバークホルデリア・フィトフィルマンス(Paraburkholderia phytofirmans)、パラバークホルデリア・ソルデイディコーラ(Paraburkholderia sordidicola)、パラバークホルデリア・テリコーラ(Paraburkholderia terricola)、パラバークホルデリア・ゼノボランス(Paraburkholderia xenovorans)、Paracoccus laeviglucosivorans、Patulibacter ginsengiterrae、ポリモーフォスポラ・ルブラ(Polymorphospora rubra)、ポルフィロバクター・コリンビ(Porphyrobacter colymbi)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム(Propionibacterium acnes subsp. elongatum)、プロテウス・ブルガリス(Proteus vulgaris)、プロビデンシア・ラスティジアニイ(Providencia rustigianii)、シュードアルテロモナス・アガリボランス(Pseudoalteromonas agarivorans)、シュードアルテロモナス・アトランティカ(Pseudoalteromonas atlantica)、シュードアルテロモナス・パラゴルジコーラ(Pseudoalteromonas paragorgicola)、シュードモナス・アスプレニイ(Pseudomonas asplenii)、Pseudomonas asuensis、シュードモナス・ベンゼニボランス(Pseudomonas benzenivorans)、シュードモナス・カンナビナ(Pseudomonas cannabina)、シュードモナス・シシコーラ(Pseudomonas cissicola)、シュードモナス・コンゲランス(Pseudomonas congelans)、シュードモナス・コスタンチニイ(Pseudomonas costantinii)、シュードモナス・フィクセレクタエ(Pseudomonas ficuserectae)、シュードモナス・フレデリクスベーゲンシス(Pseudomonas frederiksbergensis)、シュードモナス・グラミニス(Pseudomonas graminis)、シュードモナス・ジェッセニイ(Pseudomonas jessenii)、シュードモナス・コレンシス、シュードモナス・コレンシス、シュードモナス・クンミンゲンシス(Pseudomonas kunmingensis)、シュードモナス・マルギナリス(Pseudomonas marginalis)、シュードモナス・ムシドレンス(Pseudomonas mucidolens)、シュードモナス・パナシス(Pseudomonas panacis)、シュードモナス・プレコグロシシダ(Pseudomonas plecoglossicida)、シュードモナス・ポアエ(Pseudomonas poae)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)シュードモナス・レイネケイ(Pseudomonas reinekei)、シュードモナス・リゾスファエラエ(Pseudomonas rhizosphaerae)、シュードモナス・セレニイプラエキピタンス(Pseudomonas seleniipraecipitans)、シュードモナス・ウムソンゲンシス(Pseudomonas umsongensis)、Pseudomonas zhaodongensis、シュードノカルディア・アラニニフィラ(Pseudonocardia alaniniphila)、シュードノカルディア・アンモニオキシダンス(Pseudonocardia ammonioxydans)、シュードノカルディア・オートトロフィカ(Pseudonocardia autotrophica)、シュードノカルディア・コンジュエンシス(Pseudonocardia kongjuensis)、シュードノカルディア・ユンナネンシス(Pseudonocardia yunnanensis)、シュードルロドフェラクス・ソリ(Pseudorhodoferax soli)、シュードキサントモナス・デジョネンシス(Pseudoxanthomonas daejeonensis)、シュードキサントモナス・インディカ(Pseudoxanthomonas indica)、シュードキサントモナス・カオシュンゲンシス(Pseudoxanthomonas kaohsiungensis)、サイクロバクター・アクアティカス(Psychrobacter aquaticus)、サイクロバクター・アークティカス(Psychrobacter arcticus)、サイクロバクター・セレー(Psychrobacter celer)、サイクロバクター・マリンコーラ(Psychrobacter marincola)、サイクロバクター・ニビマリス(Psychrobacter nivimaris)、サイクロバクター・オホーツケンシス、サイクロバクター・オホーツケンシス、サイクロバクター・ピスカトリイ(Psychrobacter piscatorii)、サイクロバクター・プルモニス(Psychrobacter pulmonis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス(Ramlibacter ginsenosidimutans)、レインヘイメラ・ジャポニカ(Rheinheimera japonica)、Rheinheimera muenzenbergensis)、レインヘイメラ・ソリ(Rheinheimera soli)、Rheinheimera tangshanensis)、レインヘイメラ・テキサセンシス(Rheinheimera texasensis)、Rheinheimera tilapiae、リゾビウム・アラミ(Rhizobium alamii)、Rhizobium azibense、リゾビウム・ビナエ(Rhizobium binae)、リゾビウム・デージョネンス(Rhizobium daejeonense)、リゾビウム・エンドフィティカム(Rhizobium endophyticum)、リゾビウム・エトリ(Rhizobium etli)、リゾビウム・ファバエ(Rhizobium fabae)、Rhizobium freirei、リゾビウム・ガリカム(Rhizobium gallicum)、リゾビウム・ロエセンス(Rhizobium loessense)、Rhizobium sophoriradicis、Rhizobium taibaishanense、リゾビウム・バリス(Rhizobium vallis)、リゾビウム・ビグネ(Rhizobium vignae)、リゾビウム・ビグネ、リゾビウム・ヤンリンゲンス(Rhizobium yanglingense)、ロドコッカス・バイコヌレンシス(Rhodococcus baikonurensis)、Rhodococcus enclensis、Rhodoferax saidenbachensis、リケッチア・カナデンシス(Rickettsia canadensis)、リケッチア・ヘイロンジャンゲンシス(Rickettsia heilongjiangensis)、リケッチア・ホネイ(Rickettsia honei)、リケッチア・ラオウルチイ(Rickettsia raoultii)、ロゼアテレス・アクアティリス(Roseateles aquatilis)、ロゼアテレス・アクアティリス、サルモネラ・エンテリカ亜種サラメ(Salmonella enterica subsp. salamae)、セラチア・フィカリア(Serratia ficaria)、セラチア・ミオティス(Serratia myotis)、セラチア・ウェスペルティオニス(Serratia vespertilionis)、シェワネラ・アスツアリ(Shewanella aestuarii)、シェワネラ・デコロラティオニス(Shewanella decolorationis)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、Sphingobium baderi、Sphingobium barthaii、スフィンゴビウム・クロロフェノリカム(Sphingobium chlorophenolicum)、Sphingobium cupriresistens、Sphingobium czechense、Sphingobium fuliginis、スフィンゴビウム・インディカム(Sphingobium indicum)、スフィンゴビウム・インディカム、スフィンゴビウム・ジャポニカム(Sphingobium japonicum)、Sphingobium lactosutens、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス(Sphingomonas dokdonensis)、スフィンゴモナスシュードサンギニス(Sphingomonas pseudosanguinis)、スフィンゴピキシス・チレンシス(Sphingopyxis chilensis)、スフィンゴピキシス・フリベルゲンシス(Sphingopyxis fribergensis)、スフィンゴピキシス・グラニュリー(Sphingopyxis granuli)、スフィンゴピキシス・インディカ(Sphingopyxis indica)、スフィンゴピキシス・ウィトフラリエンシス(Sphingopyxis witflariensis)、Staphylococcus agnetis、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウス(Staphylococcus aureus subsp. aureus)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス-ホミニス亜種ノボビオセプティカス(Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス(Staphylococcus nepalensis)、スタフィロコッカス・サプロフィティカス亜種ボビス(Staphylococcus saprophyticus subsp. bovis)、スタフィロコッカス-シウリ亜種カーナティカス(Staphylococcus sciuri subsp. carnaticus)、ストレプトマイセス・カエルレウス(Streptomyces caeruleatus)、ストレプトマイセス・カナリウス(Streptomyces canarius)、ストレプトマイセス・カポアムス(Streptomyces capoamus)、ストレプトマイセス・シスカウカシカス(Streptomyces ciscaucasicus)、ストレプトミセス・グリセオルビジノサス(Streptomyces griseorubiginosus)、放線菌(Streptomyces olivaceoviridis)、Streptomyces panaciradicis、ストレプトマイセス・ファエオパープレウス(Streptomyces phaeopurpureus)、ストレプトマイセス・シュードベネズエラエ(Streptomyces pseudovenezuelae)、ストレプトマイセス・レジストマイシフィカス(Streptomyces resistomycificus)、Tianweitania sediminis、ツカムレラ・パウロメタボラ(Tsukamurella paurometabola)、バリオボラックス・グァングキシエンシス(Variovorax guangxiensis)、ボゲセラ・アルカリフィラ(Vogesella alkaliphila)、キサントモナス・アルボリコーラ(Xanthomonas arboricola)、キサントモナス・アクソノポディス(Xanthomonas axonopodis)、キサントモナス・カッサバエ(Xanthomonas cassavae)、キサントモナス・ククルビタエ(Xanthomonas cucurbitae)、キサントモナス・サイナラエ(Xanthomonas cynarae)、キサントモナス・オイベシカトリア(Xanthomonas euvesicatoria)、キサントモナス・フラガリエ(Xanthomonas fragariae)、キサントモナス・ガルドネリー(Xanthomonas gardneri)、キサントモナス・パーフォランス(Xanthomonas perforans)、キサントモナス・ピシ(Xanthomonas pisi)、キサントモナス・ポプリ(Xanthomonas populi)、キサントモナス・バシコーラ(Xanthomonas vasicola)、キセノフィルス・アエロラータス(Xenophilus aerolatus)、エルシニア・ヌルミイ(Yersinia nurmii)、アビトロフィア・デフェクティバ(Abiotrophia defectiva)、アシドセラ・アミノリティカ(Acidocella aminolytica)、Acinetobacter guangdongensis、アシネトバクター・パルブス(Acinetobacter parvus)、アシネトバクター・レイディオレジステンス(Acinetobacter radioresistens)、アシネトバクター・ソリ(Acinetobacter soli)、アシネトバクター・バリアビリス(Acinetobacter variabilis)、アクチノマイセス・カーディフェンシス(Actinomyces cardiffensis)、アクチノマイセス・デンターリス(Actinomyces dentalis)、アクチノマイセス・ユーロパエウス(Actinomyces europaeus)、アクチノマイセス・ゲレンセリアエ(Actinomyces gerencseriae)、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ(Actinomyces graevenitzii)、アクチノマイセス・ハリオウティス(Actinomyces haliotis)、アクチノマイセス・ジョンソニイ(Actinomyces johnsonii)、アクチノマイセス・マスシリエンシス(Actinomyces massiliensis)、アクチノマイセス・メイエリー(Actinomyces meyeri)、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ亜種アニトラツス(Actinomyces neuii subsp. anitratus)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・オリス(Actinomyces oris)、アクチノマイセス・ツリセンシス(Actinomyces turicensis)、Actinomycetospora corticicola、アクチノティグナム・サッアリイ(Actinotignum schaalii)、アエロコッカス・クリステンセニイ(Aerococcus christensenii)、アエロコッカス・ウリナエ(Aerococcus urinae)、アエロミクロビウム・フラバム(Aeromicrobium flavum)、アエロミクロビウム・マシリエンゼ(Aeromicrobium massiliense)、Aeromicrobium tamlense、Aeromonas sharmana、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(Aggregatibacter aphrophilus)、アグリゲイティバクター・セグニス(Aggregatibacter segnis)、アグロコッカス・バルドリ(Agrococcus baldri)、アルビバクター・メチロボランス(Albiba

cter methylovorans)、アルカリゲネス・フェカリス亜種フェーカリス(Alcaligenes faecalis subsp. faecalis)、アルゴリファガス・ラトコウスキ(Algoriphagus ratkowskyi)、アルカリバクテリウム・オリバポブリチカス(Alkalibacterium olivapovliticus)、Alkalibacterium pelagium、Alkalibacterium pelagium、アロプレボテラ・ラバ(Alloprevotella rava)、Alsobacter metallidurans、アマリコッカス・カプリセンシス(Amaricoccus kaplicensis)、アマリコッカス・ベロネンシス(Amaricoccus veronensis)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(Anaerococcus lactolyticus)、アナエロコッカス・ムルドチイ(Anaerococcus murdochii)、アナエロコッカス・オクタビウス(Anaerococcus octavius)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコツカス・バギナリス(Anaerococcus vaginalis)、アクアバクテリウム・シトラティフィルム(Aquabacterium citratiphilum)、アクアバクテリウム・オレイ(Aquabacterium olei)、アクアバクテリウム・オレイ、アクアバクテリウム・パーブム(Aquabacterium parvum)、アクインコラ・テルチアリカルボニス(Aquincola tertiaricarbonis)、Arcobacter venerupis、アルセニシコッカス・ボリデンシス(Arsenicicoccus bolidensis)、アルスロバクター・ルシカス(Arthrobacter russicus)、アスティカカウリス・エクスセントリカス(Asticcacaulis excentricus)、Atopobium deltae、アトポビウム・パルブルム(Atopobium parvulum)、アトポビウム・リマエ(Atopobium rimae)、アトポビウム・バギナエ(Atopobium vaginae)、オーレイモナス・アルタミレンシス(Aureimonas altamirensis)、Aureimonas rubiginis、アゾスピラ・オリザエ(Azospira oryzae)、アゾスピリラム・オリゼー(Azospirillum oryzae)、バチルス・シルクランス(Bacillus circulans)、バチルス・ドレンテンシス(Bacillus drentensis)、バチルス・-ファスティディオスス(Bacillus fastidiosus)、バチルス・レヘンシス(Bacillus lehensis)、バチルス・オオセミニシミニス(Bacillus oceanisediminis)、バチルス・リゾスファエラエ(Bacillus rhizosphaerae)、バクテリオボラックス・ストルピイ(Bacteriovorax stolpii)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulan)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・オバータス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、ブデロビブリオ・バクテリオヴォルス(Bdellovibrio bacteriovorus)、Bdellovibrio exovorus、ベルナピア・モアベンシス(Belnapia moabensis)、ベルナピア・ソリ(Belnapia soli)、ブラウティア・ハンセニ(Blautia hansenii)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・ウェクスレレ(Blautia wexlerae)、Bosea lathyri、ブラキバクテリウム・フレスコニス(Brachybacterium fresconis)、ブラキバクテリウム・ムリス(Brachybacterium muris)、Brevibacterium ammoniilyticum、ブレビバクテリウム・カセイ(Brevibacterium casei)、ブレビバクテリウムエピデルミディス(Brevibacterium epidermidis)、ブレビバクテリウム・イオディナム(Brevibacterium iodinum)、ブレビバクテリウム・ルテオルム(Brevibacterium luteolum)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)、ブレビバクテリウム・ピティオカンパエ(Brevibacterium pityocampae)、ブレビバクテリウム・サングイニス(Brevibacterium sanguinis)、Brevundimonas albigilva、ブレブンディモナス・ディミヌタ(Brevundimonas diminuta)、ブレバンディモナス・バンカンニーティ(Brevundimonas vancanneytii)、カエニモナス・テラエ(Caenimonas terrae)、Calidifontibacter indicus、カンピロバクター・コンサイサス(Campylobacter concisus)、カンピロバクター・グラシリス(Campylobacter gracilis)、カンピロバクター・ホミニス(Campylobacter hominis)、カンピロバクター・レクタス(Campylobacter rectus)、カンピロバクター・ショウアエ(Campylobacter showae)、カンピロバクター・ウレオリティカス(Campylobacter ureolyticus)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス(Capnocytophaga gingivalis)、Capnocytophaga leadbetteri、キャプノサイトファガ・オクラセア(Capnocytophaga ochracea)、キャプノサイトファガ・-スプチゲナ(Capnocytophaga sputigena)、カーディオバクテリウム・ホミニス(Cardiobacterium hominis)、カルディオバクテリウム・バルバリューム(Cardiobacterium valvarum)、カーノバクテリウム・ディバーゲンス(Carnobacterium divergens)、ケトネラ・モルビ(Catonella morbi)、カウロバクター・ヘンリシイ(Caulobacter henricii)、カビセラ・サブテラニア(Cavicella subterranea)、セルロモナス・キシラニリティカ(Cellulomonas xylanilytica)、セルビブリオ・ブルガリス(Cellvibrio vulgaris)、キチニモナス・タイワネンシス(Chitinimonas taiwanensis)、Chryseobacterium arachidis、クリセオバクテリウム・デケオンゲンス(Chryseobacterium daecheongense)、クリセオバクテリウム・フォルモセンス、クリセオバクテリウム・フォルモセンス、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス(Chryseobacterium greenlandense)、クリセオバクテリウム・インドロゲネス(Chryseobacterium indologenes)、クリセオバクテリウム・ピスシウム(Chryseobacterium piscium)、クリセオバクテリウム・リグイ(Chryseobacterium rigui)、クリセオバクテリウム・ソラニ(Chryseobacterium solani)、Chryseobacterium taklimakanense、Chryseobacterium ureilyticum、Chryseobacterium ureilyticum、クリセオバクテリウム・ジアエ(Chryseobacterium zeae)、クリセオミクロビウム・オウレアム(Chryseomicrobium aureum)、クロアシバクテリウム・ハリオティス(Cloacibacterium haliotis)、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、コリンゼラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)、コマモナス・デニトリフィカンス(Comamonas denitrificans)、コマモナス・トリゲナ(Comamonas terrigena)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム(Corynebacterium afermentans subsp. lipophilum)、コリネバクチリウム・アンモニアゲネス(Corynebacterium ammoniagenes)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、コリネバクテリウム・アウリムコスム、コリネバクテリウム・アウリムコスム、コリネバクテリウム・コイレアエ(Corynebacterium coyleae)、コリネバクテリウム・デューラム(Corynebacterium durum)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(Corynebacterium freiburgense)、コリネバクテリウム・グラウカム(Corynebacterium glaucum)、Corynebacterium glyciniphilum、コリネバクテリウム・イミタンス(Corynebacterium imitans)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム(Corynebacterium jeikeium)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ(Corynebacterium kroppenstedtii)、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム(Corynebacterium lipophiloflavum)、コリネバクテリウム・マシリエンゼ(Corynebacterium massiliense)、コリネバクテリウム・マスティタイデス(Corynebacterium mastitidis)、コリネバクテリウム・マトルコティイ(Corynebacterium matruchotii)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・ムシファシエンス(Corynebacterium mucifaciens)、コリネバクテリウム・ムステラエ(Corynebacterium mustelae)、コリネバクテリウム・ミセトイデス(Corynebacterium mycetoides)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、コリネバクテリウム・シミュランス(Corynebacterium simulans)、コリネバクテリウム・シングラレ(Corynebacterium singulare)、コリネバクテリウム・スプュティ(Corynebacterium sputi)、コリネバクテリウム・スイコルディス(Corynebacterium suicordis)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・ウレイセレリボランス(Conynebacterium ureicelerivorans)、コリネバクテリウムバリアビレ(Corynebacterium variabile)、コウチオプラネス・カエルレウス亜種カエルレウス(Couchioplanes caeruleus subsp. caeruleus)、キュープリアビダス・メタリデュランス(Cupriavidus metallidurans)、カートバクテリウム・ヘルバルム(Curtobacterium herbarum)、(デクロロモナス・アギタタDechloromonas agitata)、デイノコッカス・アクチノスクレラス(Deinococcus actinosclerus)、デイノコッカス・アンタルクチカス(Deinococcus antarcticus)、デイノコッカス・カエニー(Deinococcus caeni)、デイノコッカス・フィカス(Deinococcus ficus)、デイノコッカス・ゲオサーマリス(Deinococcus geothermalis)、デイノコッカス・ラジオデュランス(Deinococcus radiodurans)、デイノコッカス・ブルムクイエンシス(Deinococcus wulumuqiensis)、デイノコッカス・シンジャンゲンシス(Deinococcus xinjiangensis)、デルマバクター・ホミニス(Dermabacter hominis)、デルマバクター・バギナリス(Dermabacter vaginalis)、ダーマコッカス・ニシノミヤエンシス(Dermacoccus nishinomiyaensis)、デセムジア・インセルタ(Desemzia incerta)、Desertibacter roseus、ディアリスター・インビサス(Dialister invisus)、ディアリスター・ミクラエロフィルス(Dialister micraerophilus)、ディアリスター・プロピオニシファシエンス(Dialister propionicifaciens)、ディエジア・オーランチアカ(Dietzia aurantiaca)、Dietzia cercidiphylli、ディエジア・ティモレンシス(Dietzia timorensis)、ディエジア・ティモレンシス、ドクドネラ・コーリエンシス(Dokdonella koreensis)、ドクドネラ・コーリエンシス、)ドロシグラヌルム・ピグルム(Dolosigranulum pigrum)、エイケネラ・コルロデンス(Eikenella corrodens)、エリザベトキンギア・ミリコーラ(Elizabethkingia miricola)、エルステラ・リトラリス(Elstera litoralis)、エンペドバクター・ブレビス(Empedobacter brevis)、エンハイドロバクター・アエロサックス(Enhydrobacter aerosaccus)、エンテロバクター・シャンファンゲンシス(Enterobacter xiangfangensis)、エンテロコッカス・アクイマリヌス(Enterococcus aquimarinus)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・オリバエ(Enterococcus olivae)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、ユウバクテリウム・エリゲンス(Eubacterium eligens)、ユウバクテリウム・インフィルマム(Eubacterium infirmum)、ユーバクテリウム・レクタレ(Eubacterium rectale)、ユウバクテリウム・サフェヌム(Eubacterium saphenum)、ユウバクテリウム・サルシ(Eubacterium sulci)、エキシグオバクテリウム・メキシカナム(Exiguobacterium mexicanum)、ファクラミア・タバシナサリス(Facklamia tabacinasalis)、ファルシロドバクター・ハロトレランス(Falsirhodobacter halotolerans)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、Flavobacterium cutihirudinis、フラボバクテリウム・リンダニトレランス(Flavobacterium lindanitolerans)、フラボバクテリウム・レジステンス(Flavobacterium resistens)、フリードマンニエラ・カプスラタ(Friedmanniella capsulata)、フゾバクテリウム・ヌクレタム亜種ポリモーフム(Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum)、ゲメラ・ヘモリザンス(Gemella haemolysans)、ゲメラ・モルビロルム(Gemella morbillorum)、ゲメラ・パラティカニス(Gemella palaticanis)、ゲメラ・サングイニス(Geme

lla sanguinis)、ゲンモバクター・アクアティカス(Gemmobacter aquaticus)、ゲンモバクター・カエニー(Gemmobacter caeni)、Gordonia jinhuaensis、ゴルドニア・クロッペンステッティイ(Gordonia kroppenstedtii)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス(Gordonia polyisoprenivorans)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス、グラニュリカテラ・アディアセンス(Granulicatella adiacens)、グラニュリカテラ・エレガンス(Granulicatella elegans)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ(Haemophilus parainfluenzae)、ヘモフィルス・スプトルム(Haemophilus sputorum)、ハロモナス・サルフィダエリス(Halomonas sulfidaeris)、ヘルペトシフォン・オーランティアカス(Herpetosiphon aurantiacus)、ハイドロカルボニファーガ・エフューサ(Hydrocarboniphaga effusa)、イディオマリナ・マリス(Idiomarina maris)、ジャニバクター・アノフェリス(Janibacter anophelis)、ジャニバクター・ホイレイ(Janibacter hoylei)、ジャニバクター・インディカス(Janibacter indicus)、ジャニバクター・リモーサス(Janibacter limosus)、ジャニバクター・メロニス(Janibacter melonis)、ジェオトガリコッカス・ハロフィルス(Jeotgalicoccus halophilus)、ジョンケテラ・アントロピ(Jonquetella anthropi)、Kaistia geumhonensis、キンゲラ・デニトリフィカンス(Kingella denitrificans)、キンゲラ・オラリス(Kingella oralis)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、ノエリア・アエロラータ(Knoellia aerolata)、Knoellia locipacati、コクリア・アトリナエ(Kocuria atrinae)、コクリア・カルニフィラ(Kocuria carniphila)、コクリア・クリスティナエ(Kocuria kristinae)、コクリア・パルストリス(Kocuria palustris)、コクリア・ツルファネンシス(Kocuria turfanensis)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム(Lachnoanaerobaculum saburreum)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム、ラクトバチルス・クリスパータス(Lactobacillus crispatus)、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、ラクトコッカス・ピスシウム(Lactococcus piscium)、Lapillicoccus jejuensis、ロートロピア・ミラビリス(Lautropia mirabilis)、レジオネラ・ベリアデンシス(Legionella beliardensis)、レプトトリキア・ブカリス(Leptotrichia buccalis)、レプトトリキア・グッドフェローイイ(Leptotrichia goodfellowii)、レプトトリキア・ホフスタディイ(Leptotrichia hofstadii)、レプトトリキア・ホンコンエンシス(Leptotrichia hongkongensis)、レプトトリキア・シャーイイ(Leptotrichia shahii)、レプトトリキア・トレビサニイ(Leptotrichia trevisanii)、レプトトリキア・ウェイディイ(Leptotrichia wadei)、ルテイモナス・テリコーラ(Luteimonas terricola)、リジニバチルス・フシフォルミス(Lysinibacillus fusiformis)、Lysobacter spongiicola、リソバクター・シンジャンゲンシス(Lysobacter xinjiangensis)、マクロコッカス・カセオリティカス(Macrococcus caseolyticus)、マルモリコーラ・ポチェオネンシス(Marmoricola pocheonensis)、Marmoricola scoriae、マシリア・アルカリトレランス(Massilia alkalitolerans)、マシリア・アルカリトレランス、マシリア・オーレア(Massilia aurea)、マシリア・プリカータ(Massilia plicata)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、Megamonas rupellensis、メイオサーマス・シルバヌス(Meiothermus silvanus)、メチロバクテリウム・タングクエンス(Methylobacterium dankookense)、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス、メチロバクテリウム・イスビリエンス(Methylobacterium isbiliense)、メチロバクテリウム・ジェトガリ(Methylobacterium jeotgali)、Methylobacterium oxalidis、メチロバクテリウム・プラタニ(Methylobacterium platani)、メチロバクテリウム・シュードサシコラ(Methylobacterium pseudosasicola)、メチルオーバーティリス・ユニバーサリ(Methyloversatilis universalis)、ミクロバクテリウム・フォリオーラム(Microbacterium foliorum)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ(Microbacterium hydrothermale)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ、ミクロバクテリウム・ラクチクム(Microbacterium lacticum)、ミクロバクテリウム・ラクチクム、ミクロバクテリウム・レバニフォルマンス(Microbacterium laevaniformans)、ミクロバクテリウム・パルディコーラ(Microbacterium paludicola)、Microbacterium petrolearium、ミクロバクテリウム・ファイロスファエラエ(Microbacterium phyllosphaerae)、ミクロバクテリウム・レジステンス(Microbacterium resistens)、ミクロコッカス・アンタルクティカス(Micrococcus antarcticus)、ミクロコッカス・コーニイ(Micrococcus cohnii)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、ミクロコッカス・ライレ(Micrococcus lylae)、ミクロコッカス・テレウス(Micrococcus terreus)、ミクロルナタス・アウランティアクス(Microlunatus aurantiacus)、ミクロプルイナ・グライコゲニカ(Micropruina glycogenica)、ミクロヴィルガ・エリラタ、ミクロヴィルガ・エリラタ、ミクロヴィルガ・サブテラネア(Microvirga subterranea)、ミクロヴィルガ・ビグネ(Microvirga vignae)、Microvirga zambiensis、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス(Microvirgula aerodenitrificans)、モギバクテリウム・チミダム(Mogibacterium timidum)、モラクセラ・アトランテ(Moraxella atlantae)、モラクセラ・カタラリス(Moraxella catarrhalis)、モルガネラ・モルガニ亜種モルガニ(Morganella morganii subsp. morganii)、モルガネラ・サイクロトレランス(Morganella psychrotolerans)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、マイコバクテリウム・アジアティカム(Mycobacterium asiaticum)、マイコバクテリウム・チュブエンス(Mycobacterium chubuense)、Mycobacterium crocinum、マイコバクテリウム・ガディウム(Mycobacterium gadium)、マイコバクテリウム・ホルサティカム(Mycobacterium holsaticum)、マイコバクテリウム・イラニカス(Mycobacterium iranicum)、Mycobacterium longobardum、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・オブエンス(Mycobacterium obuense)、ネガティビコッカス・サクシニシボランス(Negativicoccus succinicivorans)、ネイセリア・バシリフォルミス(Neisseria bacilliformis)、ネイセリア・オラリス(Neisseria oralis)、ナイセリア・シッカ(Neisseria sicca)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ネステレンコニア・ラクセコエンシス(Nesterenkonia lacusekhoensis)、ネステレンコニア・リゾスファエラエ(Nesterenkonia rhizosphaerae)、Nevskia persephonica、ネヴスキア・ラモーザ(Nevskia ramosa)、Niabella yanshanensis、Niveibacterium umoris、Nocardia niwae、ノカルディア・タイランディカ(Nocardia thailandica)、Nocardioides agariphilus、ocardioides dilutus、ノカルディオイデス・カンファエンシス(Nocardioides ganghwensis)、Nocardioides hwasunensis、Nocardioides nanhaiensis、ノカルディオイデス・セディミニス(Nocardioides sediminis)、Nosocomiicoccus ampullae、Noviherbaspirillum malthae、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム、ノボスフィンゴビウム・ローザ(Novosphingobium rosa)、オクロバクトラム・リゾスファエラエ(Ochrobactrum rhizosphaerae)、オルセネラ・ウリ(Olsenella uli)、Ornithinimicrobium murale、Ornithinimicrobium tianjinense、Oryzobacter terrae、オットウィア・ベイジンゲンシス(Ottowia beijingensis)、Paenalcaligenes suwonensis、パエニバチルス・アガリデボランス(Paenibacillus agaridevorans)、パエニバシラス・フェニシス(Paenibacillus phoenicis)、パエニバチルス・キシラネクセデンス(Paenibacillus xylanexedens)、Paludibacterium yongneupense、パントエア・シプリペディイ(Pantoea cypripedii)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(Parabacteroides distasonis)、Paraburkholderia andropogonis、パラコッカス・アルカリフィルス(Paracoccus alcaliphilus)、Paracoccus angustae、パラコッカス・コクリイ(Paracoccus kocurii)、Paracoccus laeviglucosivorans、パラコッカス・セディミニス(Paracoccus sediminis)、Paracoccus sphaerophysae、パラコッカス・イーイ(Paracoccus yeei)、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、Parviterribacter multiflagellatus、Patulibacter ginsengiterrae、ペドバクター・アクアティリス(Pedobacter aquatilis)、ペドバクター・ギンセンギソリ(Pedobacter ginsengisoli)、Pedobacter xixiisoli、ペプトコッカス・ニガー(Peptococcus niger)、ペプトニフィルス・コクシイ(Peptoniphilus coxii)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ(Peptoniphilus gorbachii)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィルス・コエノエネニエ(Peptoniphilus koenoeneniae)、ペプトニフィルス・ラクリマリス(Peptoniphilus lacrimalis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス(Peptostreptococcus anaerobius)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス(Peptostreptococcus stomatis)、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム(Phascolarctobacterium faecium)、フェニロバクテリウム・ハエマトフィルム(Phenylobacterium haematophilum)、Phenylobacterium kunshanense、プルラリバクター・ジェルゴビエ(Pluralibacter gergoviae)、Polymorphobacter multimanifer、
ポルフィロモナス・ベノニス(Porphyromonas bennonis)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ポルフィロモナス・ジンジビカニス(Porphyromonas gingivicanis)、Porphyromonas pasteri、ポルフィロモナス・ポゴネ(Porphyromonas pogonae)、ポルフィロモナス・ソメラエ(Porphyromonas somerae)、Povalibacter uvarum、プレボテラ・アウランティアカ(Prevotella aurantiaca)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテラ・ブッカエ(Prevotella buccae)、プレボテラ・ブッカリス(Prevotella buccalis)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテラ・コーポリス(Prevotella corporis)、プレボテラ・デンティコーラ(Prevotella denticola)、プレボテラ・エノエカ(Prevotella enoeca)、プレボテラ・ヒスチコラ(Prevotella histicola)、プレボテラ・インターメディア(Prevotella intermedia)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテラ・マクロサ(Prevotella maculosa)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテラ・マルチフォルミス(Prevotella multiformis)、プレボテラ・ナンセイエンシッス(Prevotella nanceiensis)、プレボテラ・ニグレセンス(Prevotella nigrescens)、プレボテラ・オリス(Prevotella oris)、プレボテラ・オウロラム(Prevotella oulorum)、プレボテラ・パレンス(Prevotella pallens)、プレボテラ・プレウリチディス(Prevotella pleuritidis)、プレボテラ・サッカロリティカ(Prevotella saccharolytica)、プレボテラ・サリバーエ(Prevotella salivae)、プレボテラ・シャーヒイ(Prevotella shahii)、プレボテラ・ティモネンシス(Prevotella timonensis)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニバクテリウム・アシディファシエンス(Propionibacterium acidifaciens)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム(Propionibacterium acnes subsp. elongatum)、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム(Propionibacterium granulosum)、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロピオニスピラ・アルクアタ(Propionispira arcuata)、偽キネオコッカス・ルシタヌス(Pseudokineococcus lusitanus)、緑膿菌、Pseudomonas chengduensis、シュードノカルディア・ベンゼニボランス(Pseudonocardia benzenivorans)、Pseudorhodoplanes sinuspersici、サイクロバクター・サングイニス(Psychrobacter sanguinis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス(Ramlibacter ginsenosidimutans)、レインヘイメラ・アクイマリス(Rheinheimera aquimaris)、リゾビウム・アルベイ(Rhizobium alvei)、リゾビウム・デージョネンス(Rhizobium daejeonense)、リゾビウム・ラリームーレイ(Rhizobium larrymoorei)、リゾビウム・リゾリザエ(Rhizobium rhizoryzae)、リゾビウム・ソリ(Rhizobium soli)、Rhizobium taibaishanense、リゾビウム・ビグネ、Rhodanobacter glycinis、ロドバクター・ヴェルドカンピイ(Rhodobacter veldkampii)、Rhodococcus enclensis、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドバリウス・リポサイクリカス(Rhodovarius lipocyclicus)、Rivicola pingtungensis、Roseburia inulinivorans、Rosenbergiella nectarea(ローゼンベルギエラ・ネクタレア)、ロゼオモナス・エリラタ(Roseomonas aerilata)、ロゼオモナス・アクアティカ(Roseomonas aquatica)、ロゼオモナス・ミュコーサ(ロゼオモナス・ミュコーサ)、ロゼオモナス・ロゼア(Roseomonas rosea)、ロゼオモナス・ビナセア(Roseomonas vinacea)、ロティア・アエリア(Rothia aeria)、ロティア・アマラエ(Rothia amarae)、ロティア・デントカリオーサ(Rothia dentocariosa)、ロティア・エンドフィティカ(Rothia endophytica)、ロティア・ムシラギノーサ(Rothia mucilaginosa)、ロティア・ナシムリウム(Rothia nasimurium)、Rubellimicrobium mesophilum、Rubellimicrobium roseum、Rubrobacter bracarensis、Rudaea cellulosilytica、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルネラ・ジアエ(Runella zeae)、サッカロポリスポラ・レクティビルグラ(Saccharopolyspora rectivirgula)、サリニコッカス・キングダオネンシス(Salinicoccus qingdaonensis)、スカルドビア・ウィッグシエ(Scardovia wiggsiae)、セディミニバクテリウム・ギンセンギソリ(Sediminibacterium ginsengisoli)、セレノモナス・アルテミディス(Selenomonas artemidis)、セレノモナス・インフェリクス(Selenomonas infelix)、セレノモナス・ノキシア(Selenomonas noxia)、セレノモナス・スプチゲナ(Selenomonas sputigena)、シェワネラ・アスツアリ(Shewanella aestuarii)、シャトレワーシア・サテレス(Shuttleworthia satelles)、シモンシエラ・ムエレリ(Simonsiella muelleri)、スカーマネラ・アエロラータ(Skermanella aerolata)、Skermanella stibiiresistens、スラッキア・エキシグア(Slackia exigua)、スマラグジコッカス・ニイガテンシス(Smaragdicoccus niigatensis)、スネアチア・サングイネゲンス(Sneathia sanguinegens)、ソリルブロバクター・ソリ(Solirubrobacter soli)、スフィンゴバクテリウム・カエニー(Sphingobacterium caeni)、スフィンゴバクテリウム・デージョネンス(Sphingobacterium daejeonense)、Sphingobacterium hotanense、Sphingobacterium kyonggiense、スフィンゴバクテリウム・マルチボラ(Sphingobacterium multivorum)、スフィンゴバクテリウム・ネマトキダ(Sphingobacterium nematocida)、スフィンゴバクテリウム・スピリチボラム(Sphingobacterium spiritivorum)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、スフィンゴビウム・インディカム、Sphingobium lactosutens、スフィンゴビウム・サブテラネウム(Sphingobium subterraneum)、スフィンゴモナス・アバチ(Sphingomonas abaci)、スフィンゴモナス・アエスツアリイ(Sphingomonas aestuarii)、スフィンゴモナス・カナデンシス(Sphingomonas canadensis)、スフィンゴモナス・デチャンゲンシス(Sphingomonas daechungensis)、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス(Sphingomonas dokdonensis)、スフィンゴモナス・エキノイデス(Sphingomonas echinoides)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ(Sphingomonas fonticola)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ、スフィンゴモナス・フォモセンシス(Sphingomonas formosensis)、Sphingomonas gei、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス(Sphingomonas hankookensis)、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス、スフィンゴモナス・コレエンシス(Sphingomonas koreensis)、Sphingomonas kyeonggiensis、スフィンゴモナス・ラテラリエ(Sphingomonas laterariae)、スフィンゴモナス・ムコシッシマ(Sphingomonas mucosissima)、スフィンゴモナス・オリゴフェノリカ(Sphingomonas oligophenolica)、スフィンゴモナスシュードサンギニス(Sphingomonas pseudosanguinis)、スフィンゴモナス・セディミニコラ(Sphingomonas sediminicola)、Sphingomonas yantingensis、スフィンゴモナス・ユンナネンシス(Sphingomonas yunnanensis)、スフィンゴピキシス・インディカ(Sphingopyxis indica)、スピロソーマ・リグイ(Spirosoma rigui)、Sporacetigenium mesophilum、スポロサイトファガ・ミクソコッコイデス(Sporocytophaga myxococcoides)、スタフィロコッカス・アウリクラーリス(Staphylococcus auricularis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス-ホミニス亜種ノボビオセプティカス(Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphylococcus lugdunensis)、スタフィロコッカス・ペテンコフェリ(Staphylococcus pettenkoferi)、ステノトロフォモナス・コーリエンシス(Stenotrophomonas koreensis)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ(Stenotrophomonas rhizophila)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ、ストレプトコッカス・アガラクティアエ(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・カニス(Streptococcus canis)、ストレプトコッカス・クリスタタス(Streptococcus cristatus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ(Streptococcus gordonii)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・インターメジウス(Streptococcus intermedius)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、ストレプトコッカス・オリゴフェルメンタンス(Streptococcus oligofermentans)、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・サンギイニス(Streptococcus sanguinis)、Streptomyces iconiensis、ストレプトマイセス・ヤングリネンシス(Streptomyces yanglinensis)、Tabrizicola aquatica、タヒバクター・カエニー(Tahibacter caeni)、タネレラ・フォーサイシア(Tannerella forsythia)、Tepidicella xavieri、Tepidimonas fonticaldi、テラコッカス・ルテウス(Terracoccus luteus)、テサラコッカス・フラベッセンス(Tessaracoccus flavescens)、サーマス・サーモフィルス(Thermus thermophilus)、Tianweitania sediminis、Tianweitania sediminis、トレポネーマ・アミロボラム(Treponema amylovorum)、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)、トレポネーマ・レシチノリティカム(Treponema lecithinolyticum)、トレポネーマ・メディウム(Treponema medium)、ツリセラ・オタイティディス(Turicella otitidis)、ツリシバクター・サングイニス(Turicibacter sanguinis)、ウンジバクテリウム・オリゴカルボニフィルム(Undibacterium oligocarboniphilum)、Undibacterium squillarum、バゴコッカス・サルモニナラム(Vagococcus salmoninarum)、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、ビブリオ・メチニコフィイ(Vibrio metschnikovii)、キサントバクター・ターゲッティディス(Xanthobacter tagetidis)、キセノフィルス・アエロラータス(Xenophilus aerolatus)、Xenophilus arseniciresistens、Yimella lutea、ジマーマンネラ・アルバ(Zimmermannella alba)、ジマーマンネラ・ビフィダ(Zimmermannella bifida)、及びズーグロレア・カエニー(Zoogloea caeni)である。

他の実施形態において、標的細菌細胞は、腟微生物叢において一般的に見出されるものであり、並びに、これらに限定されるものではないが、Acinetobacter antiviralis、アシネトバクター・バウマンニイ、アシネトバクター・カルコアセチカス(Acinetobacter calcoaceticus)、アシネトバクター・ジョンソニイ、アクチノバクラム・マッシリエンス(Actinobaculum massiliense)、アクチノバクラム・サッアリイ(Actinobaculum schaalii)、アクチノマイセス・ユーロパエウス、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ、ウシ放線菌、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ、アクチノマイセス・ノウイイ、アクチノマイセス・オドントリチカス、アクチノマイセス・ツリセンシス、アクチノマイセス・ウロゲニタリス(Actinomyces urogenitalis)、アクチノマイセス・ビスコーサス(Actinomyces viscosus)、アエロコッカス・クリステンセニイ、アエロコッカス・ウリナ、アエロコッカス・ビリダンス(Aerococcus viridans)、アエロモナス・エンシェレイア(Aeromonas encheleia)、エロモナス・サルモニシダ(Aeromonas salmonicida)、アフィピア・マスシリエンシス(Afipia massiliensis)、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)、アルゴリファガス・アクアティリス(Algoriphagus aquatilis)、アリイビブリオ・ウォダニス(Aliivibrio wodanis)、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)、アロイオコッカス・オタイティス(Alloiococcus otitis)、アロプレボテラ・タネレ(Alloprevotella tannerae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、Altererythrobacter epoxidivorans、アンモニフィラス・オクサラティカス(Ammoniphilus oxalaticus)、Amnibacterium kyonggiense、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス、アナエロコッカス・ラクトリティカス、アナエロコッカス・ムルドチイ、アナエロコッカス・オベシエンシス(Anaerococcus obesiensis)、アナエロコッカス・プレボティイ、アナエロコッカス・テトラデイウス(Anaerococcus tetradius)、アナエロコツカス・バギナリス、アナエログロブス・ゲミナツス(Anaeroglobus geminatus)、アノキシバチルス・プスキノエンシス(Anoxybacillus pushchinoensis)、アクアバクテリウム・パーブム、アルカノバクテリウム・フォカエ(Arcanobacterium phocae)、アルスロバクター・アウレッセンス(Arthrobacter aurescens)、アスティカカウリス・エクスセントリカス、アトポビウム・ミヌタム(Atopobium minutum)、アトポビウム・パルブルム、アトポビウム・リマエ、アトポビウム・バギナエ、アビバクテリウム・ガリナルム(Avibacterium gallinarum)、バチルス・アシディコーラ(Bacillus acidicola)、バチルス・アトロファエウス(Bacillus atrophaeus)、バチルス・セレウス、バチルス・シビー(Bacillus cibi)、バチルス・コアウイレンシス(Bacillus coahuilensis)、バチルス・ガエモケンシス(Bacillus gaemokensis)、バチルス・メタノリカス(Bacillus methanolicus)、バチルス・オレロニウス(Bacillus oleronius)、バチルス・プミルス(Bacillus pumilus)、バチルス・シャクレトニイ(Bacillus shackletonii)、バチルス・スポロサーモデュランス(Bacillus sporothermodurans)、枯草菌、バチルス・ワコーエンシス(Bacillus wakoensis)、バチルス・ウェイヘンステファネンシス(Bacillus weihenstephanensis)、バクテロイデス・バルネシエ(Bacteroides barnesiae)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulan)、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシス、バクテロイデス・フォルシサス(Bacteroides forsythus)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ノルディイ、バクテロイデス・オバータス、バクテロイデス・セイリヤーシアエ、バクテロイデス・スターコリス、バクテロイデス・ユニフォルミス、バクテロイデス・ブルガタス、バクテロイデス・キシラニソルベンス、バクテロイデス・ズウグレオフォルマンス(Bacteroides zoogleoformans)、バルネシエラ・ビスセリコラ(Barnesiella viscericola)、Bhargavaea cecembensis、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、ビフィドバクテリウム・デンティウム、ビフィドバクテリウム・ロンガム亜種インファンティス(Bifidobacterium logum subsp. infantis)、ビフィオバクテリアム・ロンガム、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム、ビフィドバクテリウム・スカルドビイ(Bifidobacterium scardovii)、ビロフィラ・ワーズワーシア、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ、ブラウティア・オベウム、ブラウティア・プロダクタ、ブラキバクテリウム・フェシウム(Brachybacterium faecium)、ブラジリゾビウム・ジャポニカム、ブレビバクテリウム・マクブレルネリ(Brevibacterium mcbrellneri)、ブレビバクテリウム・オタイティディス(Brevibacterium otitidis)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)、ブレイディア・エクストルクタ(Bulleidia extructa)、バークホルデリア・フンゴルム(Burkholderia fungorum)、Burkholderia phenoliruptix、カルディセルロシルプター・サッカロリティカス(Caldicellulosiruptor saccharolyticus)、カルディモナス・タイワンエンシス(Caldimonas taiwanensis)、カンピロバクター・グラシリス、カンピロバクター・ホミニス、カンピロバクター・スプトルム(Campylobacter sputorum)、カンピロバクター・ウレオリティカス、キャプノサイトファガ・オクラセア、カーディオバクテリウム・ホミニス、ケトネラ・モルビ、クラミジア・トラコマチス、クラミドフィラ・アボルタス(Chlamydophila abortus)、コンドロマイセス・ロブスタス(Chondromyces robustus)、クリセオバクテリウム・アクアチクム(Chryseobacterium aquaticum)、サイトロバクター・ヤンガエ、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、クロストリジウム・カヴェンディシイ(Clostridium cavendishii)、クロストリジウム・コリカニス(Clostridium colicanis)、クロストリジウム・ジェジュエンス(Clostridium jejuense)、ウェルシュ菌、クロストリジウム・ラモーサム、クロストリジウム・ソルデリイ(Clostridium sordellii)、クロストリジウム・ビリデ(Clostridium viride)、コマモナス・トリゲナ、コリネバクテリウム・アクコレンス、コリネバクテリウム・アペンディシス(Corynebacterium appendicis)、コリネバクテリウム・コイレアエ、コリネバクテリウム・グルクロノリカム(Corynebacterium glucuronolyticum)、コリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacterium glutamicum)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム、コリネバクテリウム・ミヌティシマム、コリネバクテリウム・ムシファシエンス、Corynebacterium nuruki、コリネバクテリウム・シュードジェニタリウム(Corynebacterium pseudogenitalium)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス、コリネバクテリウム・シングラレ、コリネバクテリウム・ストリアタム(Corynebacterium striatum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム、コリネバクテリウム・キセロシス、クライオバクテリウム・サイクロフィルム(Cryobacterium psychrophilum)、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス、キューティバクテリウム・アクネス、キューティバクテリウム・アビダム(Cutibacterium avidum)、サイトファーガ・キシラノリティカ(Cytophaga xylanolytica)、デイノコッカス・ラジオフィルス(Deinococcus radiophilus)、デルフチア・ツルハテンシス(Delftia tsuruhatensis)、デスルホビブリオ・デスルフリカンス(Desulfovibrio desulfuricans)、ディアリスター・インビサス、ディアリスター・ミクラエロフィルス、ディアリスター・ニューモシンテス(Dialister pneumosintes)、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、ディケヤー・クリサンセミー(Dickeya chrysanthemi)、ドレア・ロンギカテナ、エガセラ・レンタ、エガシア・カテナフォルミス(Eggerthia catenaformis)、エイケネラ・コルロデンス、エンハイドロバクター・アエロサックス、エンテロバクター・アスブリアエ、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロコッカス・アビウム(Enterococcus avium)、エンテロコッカス・デューランス、エンテロコッカス・フェカーリス)、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・ヒラエ(Enterococcus hirae)、エルウィニア・パーシシナ(Erwinia persicina)、エルウィニア・ラポンティシ、エルウィニア・トレタナ(Erwinia toletana)、大腸菌エシェリキア・ファグソニイ(Escherichia fergusonii)、ユウバクテリウム・ブラキー(Eubacterium brachy)、ユウバクテリウム・エリゲンス、ユウバクテリウム・ノダタム(Eubacterium nodatum)、ユーバクテリウム・レクタレ、ユウバクテリウム・サフェヌム、ユウバクテリウム・シラエウム、ユウバクテリウム・サルシ、ユウバクテリウム・ユリイ(Eubacterium yurii)、エキシグオバクテリウム・アセチリカム(Exiguobacterium acetylicum)、ファクラミア・イグナバ(Facklamia ignava)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、フィリファクター・アロキス(Filifactor alocis)、フィネゴルディア・マグナ、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス、フソバクテリウム・ヌクレアタム、フソバクテリウム・ペリオドンティカム、ガードネレラ・バジナリス、ゲメラ・アサッカロリティカ(Gemella asaccharolytica)、ゲメラ・バーゲリ(Gemella bergeri)、ゲメラ・ヘモリザンス、ゲメラ・サングイニス、ゲオバチルス・ステアロサーモフィルス(Geobacillus stearothermophilus)、ゲオバチルス・サーモカテニュラタス(Geobacillus thermocatenulatus)、ゲオバチルス・サーモグルコシダシウス(Geobacillus thermoglucosidasius)、ゲオバクター・ガービシアエ(Geobacter grbiciae)、グラニュリカテラ・エレガンス、ヘモフィラス・デュクレイー(Haemophilus ducreyi)、ヘモフィラス・ヘモリティカス(Haemophilus haemolyticus)、ヘモフィルス・パラヘモリチカス(Haemophilus parahaemolyticus)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ、ハフニア・アルベイ、ハロモナス・メリディアーナ、Halomonas phoceae、ハロモナス・ベヌスタ(Halomonas venusta)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(Herbaspirillum seropedicae)、ヤンシノバクテリウム・リビダム(Janthinobacterium lividum)、ジョンケテラ・アントロピ、クレブシエラ・グラニュロマティス(Klebsiella granulomatis)、クレブシエラ・オキシトカ、肺炎桿菌、好酸性乳酸桿菌、ラクトバチルス・アミロボラス(Lactobacillus amylovorus)、ラクトバチルス・ブレビス、ラクトバチルス・コレオホミニス(Lactobacillus coleohominis)、ラクトバチルス・クリスパータス、ラクトバチルス・カルバータス、ラクトバチルス・デルブレッキイ、ラクトバチルス・ファーメンタム、ラクトバチルス・ガッセリ、ラクトバチルス・ヘルベティカス、ラクトバチルス・イナース、ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、ラクトバチルス・ジョンソニー、ラクトバチルス・カリゼンシス(Lactobacillus kalixensis)、ラクトバチラス・ケフィラノファシエンス(Lactobacillus kefiranofaciens)、Lactobacillus kimchicus、ラクトバチルス・キタサトニス(Lactobacillus kitasatonis)、ラクトバチルス・ムコーサエ(Lactobacillus mucosae)、ラクトバチルス・パニス(Lactobacillus panis)、ラクトバチルス・パラカゼイ、ラクトバチルス・プランタラム、ラクトバチルス・ポンティス(Lactobacillus pontis)、ラクトバチルス・ロイテリ、ラクトバチルス・ラムノーサス、ラクトバチルス・サリバリウス、ラクトバチルス・アルチュネンシス、ラクトバチルス・バギナリス、ラクトコッカス・ラクティス、レプトトリキア・ブカリス、ロイコノストック・カーノサム、ロイコノストック・シトレウム、ロイコノストックガルリカム(Leuconostoc garlicum)、ロイコノストック・ラクティス、ロイコノストック・メセンテロイデス、Lysinimonas kribbens

is、Mageeibacillus indolicus、マリバクター・オリエンタリス(Maribacter orientalis)、マリノモナス・プロテア(Marinomonas protea)、マリノスピリラム・インスラレ(Marinospirillum insulare)、マシリア・チモナエ、メガスフェラ・エルスデニ(Megasphaera elsdenii)、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス(Megasphaera micronuciformis)、メソリゾビウム・アモルファエ(Mesorhizobium amorphae)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス(Methylobacterium radiotolerans)、Methylotenera versatilis、ミクロバクテリウム・ハロフィルム(Microbacterium halophilum)、ミクロコッカス・ルテウス、Microterricola viridarii、モビルンカス・クルティシイ(Mobiluncus curtisii)、モビルンカス・ムリエリス(Mobiluncus mulieris)、モギバクテリウム・チミダム、モーレラ・グリセリニ(Moorella glycerini)、モラクセラ・オスレンシス(Moraxella osloensis)、モルガネラ・モルガニイ、モリエラ・インドリゲネス(Moryella indoligenes)、ムルドシエラ・アサカロリティカ、マイコプラズマ・アルビ(Mycoplasma alvi)、マイコプラズマ・ゲルタリウム(Mycoplasma genitalium)、マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、マイコプラズマ・ムリス(Mycoplasma muris)、マイコプラズマ・サリバリウム(Mycoplasma salivarium)、ネガティビコッカス・サクシニシボランス、ナイセリア・フラバ(Neisseria flava)、淋菌、ナイセリア・ムコーサ(Neisseria mucosa)、ナイセリア・サブフラバ、ネヴスキア・ラモーザ、ネヴスキア・ソリ(Nevskia soli)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース、オドリバクター・スプランクニカス、オリゲラ・ウレスラリス(Oligella urethralis)、オルセネラ・ウリ、パエニバチルス・アミロリティカス(Paenibacillus amylolyticus)、パエニバチルス・ヒュミカス(Paenibacillus humicus)、パエニバチルス・パブリ(Paenibacillus pabuli)、パエニバチルス・パサデネンシス(Paenibacillus pasadenensis)、パエニバチルス・ピニ(Paenibacillus pini)、パエニバチルス・バリダス(Paenibacillus validus)、パントエア・アグロメランス(Pantoea agglomerans)、パラバクテロイデス・メルダエ、パラバークホルデリア・カリオフィリィ(Paraburkholderia caryophylli)、パラコッカス・イーイ、Parastreptomyces abscessus、パルビモナス・ミクラ、ペクトバクテリウム・ベータバスキュロラム(Pectobacterium betavasculorum)、ペクトバクテリウム・カロトボラム(Pectobacterium carotovorum)、ペディオコッカス・アシディラクティシ、ペディオコッカス・エタノリデュランス(Pediococcus ethanolidurans)、Pedobacter alluvionis、ペドバクター・ワンジュエンス(Pedobacter wanjuense)、ペロモナス・アクアティカ(Pelomonas aquatica)、ペプトコッカス・ニガー、ペプトニフィラス・アサッカロリチカス(Peptoniphilus asaccharolyticus)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ、ペプトニフィラス・ハレイ、ペプトニフィラス・インドリカス(Peptoniphilus indolicus)、ペプトニフィルス・ラクリマリス、ペプトニフィラス・マスシリエンシス(Peptoniphilus massiliensis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス、ペプトストレプトコッカス・マッシリアーエ(Peptostreptococcus massiliae)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス、フォトバクテリウム・アングスツム(Photobacterium angustum)、フォトバクテリウム・フリギディフィルム(Photobacterium frigidiphilum)、フォトバクテリウム・ホスホレウム(Photobacterium phosphoreum)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ、ポルフィロモナス・ベノニス、ポルフィロモナス・カトニアエ(Porphyromonas catoniae)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス、ポルフィロモナス・ジンジバリス、ポルフィロモナス・ソメラエ、ポルフィロモナス・ウエノニス、プレボテラ・アムニー(Prevotella amnii)、プレボテーラ・バーロニアエ、プレボテラ・バーゲンシス(Prevotella bergensis)、プレボテーラ・ビビア、プレボテラ・ブッカエ、プレボテラ・ブッカリス、プレボテラ・コロランス(Prevotella colorans)、プレボテーラ・コプリ、プレボテラ・コーポリス、プレボテーラ・デンターリス、プレボテラ・デンティコーラ、プレボテラ・ディシエンス(Prevotella disiens)、プレボテラ・インターメディア、プレボテラ・ロエッシェイイ(Prevotella loescheii)、プレボテラ・マルシイ(Prevotella marshii)、プレボテラ・メラニノゲニカ、プレボテーラ・ミカンス)、プレボテラ・ニグレセンス、プレボテラ・オリス、プレボテラ・プレウリチディス、プレボテラ・ルミニコラ(Prevotella ruminicola)、プレボテラ・シャーヒイ、プレボテーラ・スターコレア)、プレボテラ・ティモネンシス、プレボテーラ・ベロラリス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、プロテウス・ミラビリス、シュードモナス・アビエタニフィラ(Pseudomonas abietaniphila)、緑膿菌、シュードモナス・アミグダリ(Pseudomonas amygdali)、シュードモナス・アゾトフォルマンス(Pseudomonas azotoformans)、シュードモナス・クロロラフィス(Pseudomonas chlororaphis)、シュードモナス・クアトロキエネガセンシス(Pseudomonas cuatrocienegasensis)、シュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)、シュードモナス・フルバ(Pseudomonas fulva)、シュードモナス・ルテア(Pseudomonas lutea)、シュードモナス・ムシドレンス、シュードモナス・オレオボランス(Pseudomonas oleovorans)、シュードモナス・オリエンタリス(Pseudomonas orientalis)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス、シュードモナス・サイクロフィラ(Pseudomonas psychrophila)、シュードモナス・プチダ、シュードモナス・シンキサンサ(Pseudomonas synxantha)、シュードモナス・シリンゲ(Pseudomonas syringae)、シュードモナス・トラーシイ(Pseudomonas tolaasii)、シュードプロピオニバクテリウム・プロピオニクム(Pseudopropionibacterium propionicum)、ラーネラ・アクアティリス(Rahnella aquatilis)、ラルストニア・ピッケティ、ラルストニア・ソラナセアルム(Ralstonia solanacearum)、ラオウルテラ・プランティコーラ(Raoultella planticola)、リゾバクター・ダウシー(Rhizobacter dauci)、リゾビウム・エトリ、ロドコッカス・ファシアンス、ロドシュードモナス・パルストリス(Rhodopseudomonas palustris)、ロゼブリア・インテスティナーリス、Roseburia inulinivorans、ロティア・ムシラギノーサ、ルミノコッカス・ブローミイ、ルミノコッカス・グナバス、ルミノコッカス・トルキース、サングイバクター・ケディイエイ(Sanguibacter keddieii)、セディミニバクテリウム・サルモネウム(Sediminibacterium salmoneum)、セレノモナス・ボビス(Selenomonas bovis)、セラチア・フォンティコーラ(Serratia fonticola)、セラチア・リクファシエンス(Serratia liquefaciens)、セラチア・マルセッセンス、シェワネラ・アルガエ(Shewanella algae)、シェワネラ・アマゾネンシス(Shewanella amazonensis)、シゲラ・ボイディイ(Shigella boydii)、ゾンネ菌、スラッキア・エキシグア、スネアチア・アムニイ(Sneathia amnii)、スネアチア・サングイネゲンス、サロバクテリウム・ムーレイ(Solobacterium moorei)、ソランジウム・セルローサム(Sorangium Cellulosum)、スフィンゴビウム・アミエンス、スフィンゴビウム・ジャポニカム、スフィンゴビウム・ヤノイクヤエ(Sphingobium yanoikuyae)、スフィンゴモナス・ウィッティチイ(Sphingomonas wittichii)、スポロザルチナ・アクイマリナ(Sporosarcina aquimarina)、黄色ブドウ球菌スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス(Staphylococcus capitis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス(Staphylococcus haemolyticus)、スタフィロコッカス・ホミニス、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス、スタフィロコッカス・サプロフィチカス、タフィロコッカス・シュライフェリ(Staphylococcus schleiferi)、スタフィロコッカス・シミアエ(Staphylococcus simiae)、スタフィロコッカス・シミュランス(Staphylococcus simulans)、スタフィロコッカス・ワーネリ(Staphylococcus warneri)、ステノトロホモナス・マルトフィリア、Stenoxybacter acetivorans、ストレプトコッカス・アガラクティアエ、ストレプトコッカス・アンギノーサス、ストレプトコッカス・アウストラリス、ストレプトコッカス・エクイナス、ストレプトコッカス・ガロリティカス(Streptococcus gallolyticus)、ストレプトコッカス・インファンティス、ストレプトコッカス・インターメジウス、ストレプトコッカス・ルテチエンシス、ストレプトコッカス・マリマンマリウム(Streptococcus marimammalium)、ストレプトコッカス・ミチス、ストレプトコッカス・ミュータンス、ストレプトコッカス・オラーリス、ストレプトコッカス・パラサングイニス、ストレプトコッカス・フォカエ(Streptococcus phocae)、ストレプトコッカス・シュードニューモニアエ(Streptococcus pseudopneumoniae)、ストレプトコッカス・サリバリウス、ストレプトコッカス・サンギイニス、ストレプトコッカス・サーモフィルス、ステレラ・ワズワースエンシス、タネレラ・フォーサイシア、Terrahaemophilus aromaticivorans、トレポネーマ・デンティコラ、トレポネーマ・マルトフィラム(Treponema maltophilum)、トレポネーマ・パルバム(Treponema parvum)、トレポネーマ・ヴァンサン(Treponema vincentii)、Trueperella bernardiae、ツリセラ・オタイティディス、ウレアプラズマ・パルハム(Ureaplasma parvum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム、バリバキュラム・カンブリエンス、バリオボラックス・パラドクサス(Variovorax paradoxus)、ベイロネラ・アティピカ、ベイロネラ・ディスパー、ベイロネラ・モンペリエレンシス(Veillonella montpellierensis)、ベイヨネラ・パルブラ、バルジバチルス・プローミイ(Virgibacillus proomii)、バルジバチルス・アレノシ(Viridibacillus arenosi)、バルジバチルス・アルビ(Viridibacillus arvi)、ワイセラ・シバリア(Weissella cibaria)、ワイセラ・ソリ(Weissella soli)、ザントモナス・カンペストリス(Xanthomonas campestris)、キサントモナス・ベシカトーリア(Xanthomonas vesicatoria)、ゾベリア・ラミナリアエ(Zobellia laminariae)、及びズーグロア・ラミジェラ(Zoogloea ramigera)である。

一実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は大腸菌である。

一実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)である。

一実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、バクテロイデス・シータイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)及び/又はバクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)である。

一実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、ロゼブリア・インテスティナーリス(Roseburia intestinalis)である。

一実施形態では、標的化された細菌は、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)、更に具体的には、フィログループIA1若しくはRT4、RT5、RT8、RT9、RT10又はクローン複合体(CC)CC1、CC3、CC4、更に具体的には、ST1、ST3、ST4由来のアクネ関連キューティバクテリウム・アクネスである。

一実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は病原性細菌である。標的化されたレシーバー細菌は病毒細菌であり得る。

特定の実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は宿主での感染に関与している。特定の実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、宿主での自己免疫疾患の引き金、進行、又は憎悪に関連している。特定の実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、宿主での腫瘍又は転移の引き金、進行、又は憎悪に関連している。特定の実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、宿主での神経変性疾患の引き金、進行、又は憎悪に関連している。特定の実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、宿主でのCNS関連疾患の引き金、進行、又は憎悪に関連している。特定の実施形態では、標的化されたレシーバー細菌は、感染、腫瘍、神経変性疾患、CNS関連疾患、自己免疫疾患、及び/又はがんに対する処置への宿主の抵抗性に関連している。

標的化されるレシーバー細菌は、抗菌耐性細菌、例えば、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌、ESBL肺炎桿菌、バンコマイシン耐性エンテロコッカス(VRE)、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)、多剤耐性(MDR)アシネトバクター・バウマニ、MDRエンテロバクター属菌、及びその組み合わせからなる群から選択されるもの、であり得る。標的化されるレシーバー細菌は、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌株類からなる群から選択することができる。特定の実施形態において、前記標的化されるレシーバー細菌は、ESBL大腸菌及び/又はESBL肺炎桿菌である。

或いは、標的化されるレシーバー細菌は、所定の種のマイクロバイオームの細菌、特に、ヒト微生物叢の細菌であり得る。

所与の効果及び対応する目的の核酸
本発明の調節方法では、前記目的の核酸は、上で定義されたように、前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらす。

「前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらす核酸」とは、本明細書では、前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に前記核酸を送達すると、前記標的化されたレシーバー細菌細胞中への反応(RNAの発現、タンパク質の発現又は活性の活性化若しくは阻害など)を直接的に又は間接的に誘導することであり、前記標的化されたレシーバー細菌細胞での前記反応は、好ましくは、前記標的化されたレシーバー細菌細胞の宿主となる前記生物において反応を直接的に又は間接的に更に生じる。

特定の実施形態では、目的の核酸は前記標的化されたレシーバー細菌細胞で発現され、それによって前記所与の効果をもたらす。前記目的の核酸の発現は、コード若しくは非コードRNAへの発現、又はタンパク質への発現を含む。代わりに、特定の実施形態では、目的の核酸は前記標的化されたレシーバー細菌細胞で発現されず、前記標的化されたレシーバー細菌細胞中の前記目的の核酸の存在は前記所与の効果をもたらす(例えば、前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に既に存在する分子への結合領域を与えることにより)。

本発明の文脈では、前記所与の効果は、レシーバー細菌細胞を死滅させること、レシーバー細菌細胞に所与の分子を産生することを止めさせること、レシーバー細菌細胞に所与の分子のその産生レベルを減少させること、及びレシーバー細菌細胞に目的の分子を産生させることからなる群から選択することができる。

レシーバー細菌細胞に目的の分子を産生させること
特定の実施形態では、前記所与の効果は、レシーバー細菌細胞に目的の分子、特に、宿主調節分子を産生させることである。

別の特定の実施形態では、前記所与の効果は、特に、天然にはスイッチが切られている細菌中の特定の経路又は遺伝子を活性化するために、レシーバー細菌細胞に目的の分子として転写因子及び/又は改変ヌクレアーゼを産生させることである。

別の特定の実施形態では、前記所与の効果は、レシーバー細菌細胞に、特に、レシーバー細菌細胞ではないマイクロバイオームの他のメンバーと比べて、好ましくは一時的に、前記レシーバー細菌細胞のその環境への適応度を増やす又は減らす目的の分子を産生させることである。

別の特定の実施形態では、前記所与の効果は、レシーバー細菌細胞に、特に、宿主生物細胞のレベルで効果を生じることなく、目的の分子として、マイクロバイオーム環境に作用する目的の分子を産生させることである。

「宿主調節分子」又は「HMM」とは、本明細書では、前記レシーバー細菌細胞により産生され、宿主生物のレベルで、直接的に又は間接的に、作用する任意の分子のことである。

前記HMMはいかなる性質でもよい。特に、前記HMMは、非コード核酸、コード核酸、タンパク質、脂質、糖、LPS、代謝物及び小分子からなる群から選択することができる。

非コード核酸の例は、典型的には非コードDNA又はsiRNAなどの非コードRNAを含む。

コード核酸の例は、典型的にはコードDNA又はコードRNAを含む。

タンパク質の例は、典型的には、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカイン、腫瘍壊死因子及び抗炎症性サイトカインなどのサイトカイン;特に、プロピオニバクテロウム・フロイデンライシイ(Propionibacterium freudenreichii)由来のSlpBなどの表層タンパク質;フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ(Faecalibacterium prausnitz)由来のMAMなどの微生物抗炎症分子(MAM);モノクローナル抗体、多価抗体、キメラ抗体、抗体断片及びその誘導体などの抗体;ナノボディー;酵素、特に他のHMMの産生をもたらす酵素;免疫選択的抗炎症性誘導体(FEG、唾液腺派生ペプチド)などのペプチド、並びに対象の細胞由来の抗原を模倣するマイクロバイオーム由来の模倣タンパク質又はペプチドを含む。

特に興味深い模倣ペプチドは、自己免疫疾患に関連している細菌模倣ペプチド、例えば、Negiら、(2017)Plos One 12:e0180518に言及されるペプチドである。前記文献は、参照により本明細書に組み込まれる。特に興味深いのは、Negiらの表S1の模倣ペプチドのいずれかをコードする遺伝子配列である。

脂質の例は、典型的には酪酸などのSCFAを含む。

小分子の例は、典型的にはシクロスポリン、非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)、ステロイド系抗炎症薬(SAID)及びROSを含む。

前記HMMは、いかなる効果も更に有していてよい。特定の実施形態では、前記HMMは、宿主の免疫系、宿主CNS及び/又は宿主代謝に影響を及ぼす分子でよい。

特に、前記HMMは、抗がん分子、抗生物質分子、抗ウイルス分子、抗寄生虫分子、抗原虫分子、麻酔分子、抗凝血性分子、酵素の抑制剤、ステロイド系分子、抗炎症性分子、抗ヒスタミン分子、免疫抑制分子、抗新生物分子、抗原、ワクチン、抗体、充血緩和分子、鎮静分子、鎮痛分子、解熱分子、ホルモン、抗ホルモン分子、抗コリン剤、抗うつ分子、抗精神病分子、神経毒分子、催眠分子、精神安定分子、抗痙攣分子、筋肉弛緩分子、抗老化分子、抗神経変性分子、神経調節物質、鎮痙分子、筋肉収縮分子、チャネルブロッカー分子、縮瞳分子、抗分泌分子、抗血栓分子、利尿分子、心血管活性分子、血管作動性分子、血管拡張性分子、抗高血圧分子、血管新生分子、細胞-細胞外マトリックス相互作用のモジュレーター(例えば、細胞増殖抑制剤及び抗接着分子)、増殖因子、分化因子、抗酸化分子、DNA、RNA、若しくはタンパク質合成の抑制剤、アポトーシス因子、抗アポトーシス分子、又は抗UV分子からなる群から選択することができる。

前記HMMは更にいかなる起源でもよい。特に、前記HMMは、宿主内在性分子、他の生物により天然に発現される宿主外来性分子、及び合成化合物からなる群から選択することができる。

「宿主内在性分子」とは、本明細書では、宿主対象により、特に健康な宿主対象により天然に産生される任意の分子のことである。

「他の生物により天然に発現される宿主外来性分子」とは、本明細書では、宿主対象によって(又は宿主種と同じ種の対象により)産生されないが、別の生物、特に、別の種由来の、別の性別由来の、別の科由来の、別の綱由来の又は別の界由来の生物により天然に産生される任意の分子のことである。典型的には、他の生物により天然に発現される前記宿主外来性分子は、細菌により、特に、微生物叢により産生される分子でよい。

特定の実施形態では、目的の核酸は、バクテリオシン又は溶解素をコードし、これらはレシーバー細菌により産生されて他の細菌を死滅させる又はその増殖を阻害するタンパク質性毒素であり得る。バクテリオシンは、生産株、共通の耐性メカニズム、及び死滅のメカニズム等、いくつかの方法においてカテゴライズされる。そのようなバクテリオシンは、グラム陰性菌(例えば、ミクロシン類、コリシン様バクテリオシン類、及びテイロシン類)から、並びにグラム陽性菌(例えば、クラスI、クラスII、クラスIII、又はクラスIVバクテリオシン)から、説明されている。

一実施形態では、目的の核酸は、ミクロシン、コリシン様バクテリオシン、テイロシン、クラスI、クラスII、クラスIII及びクラスIVバクテリオシンからなる群で選択される毒素をコードする。

特定の実施形態では、対応する免疫ポリペプチド(すなわち、抗毒素)を使用してレシーバー細菌細胞を保護してもよい(Cotterら、Nature Reviews Microbiology 11:95、2013年による概説参照)。

「合成化合物」とは、本明細書では、宿主対象により(又は宿主種と同じ種の対象により)天然に産生されないし、別の生物、特に、別の種由来の、別の性別由来の、別の科由来の、別の綱由来の又は別の界由来の生物により天然には産生されない任意の分子のことである。

前記目的の分子は、前記標的化されたレシーバー細菌細胞によりいかなる形態で更に産生されてもよい。特に、前記HMMは、分泌される分子、細胞内分子及び膜提示分子からなる群から選択することができる。

前記標的化されたレシーバー細菌細胞による前記目的の分子の産生は、1つ又は複数種類の遺伝子又は遺伝子の群を含む目的の核酸の送達を必要とすることがある。特に、前記目的の核酸は、前記目的の分子、特に、前記HMMをコードする遺伝子、目的の分子、特に、HMMであるタンパク質複合体をコードするいくつかの遺伝子、目的の分子を、特に、HMMを産生する代謝経路の酵素をコードする遺伝子又は遺伝子の群、目的の分子、特に、HMMであるコード核酸、及び目的の分子、特に、HMMである非コード核酸からなる群から選択することができる。

レシーバー細菌細胞に所与の分子を産生するのを停止させること
特定の実施形態では、前記所与の効果は、レシーバー細菌細胞に所与の分子を産生するのを停止させることである。

「レシーバー細菌細胞に所与の分子を産生するのを停止させること」とは、本明細書では、前記細菌細胞による前記所与の分子の産生を減らす若しくは消失させること及び/又はレシーバー細菌細胞に前記所与の分子のバリアントを産生させることを意味する。

典型的には、その産生が停止されるべき前記所与の分子は、前記宿主生物に対して負の効果を有する。

特定の実施形態では、その産生が停止されるべき前記所与の分子は、その環境への前記レシーバー細菌細胞の適合度に影響を及ぼす。特定の実施形態では、レシーバー細菌細胞に前記所与の分子を産生するのを停止させることは、特に、レシーバー細菌細胞ではないマイクロバイオームの他のメンバーと比べて、好ましくは一時的にその環境への前記レシーバー細菌細胞の適合度を増やす又は減らす。

特定の実施形態では、前記所与の分子は、毒素、有毒因子、病原性タンパク質、病原性因子、抗生物質耐性遺伝子によりコードされるタンパク質、リモデリング遺伝子により又は調節遺伝子によりコードされるタンパク質からなる群から選択することができる。特定の実施形態では、前記所与の効果は、抗生物質耐性細菌株から抗生物質耐性を選択的に取り除くことである。

特定の実施形態では、前記目的の核酸は、遺伝子改変を生じる1つ又は複数の外来性酵素をコードする遺伝子又は遺伝子の群である。

特定の実施形態では、前記目的の核酸は、塩基エディター又はプライムエディターをコードする遺伝子である。

一部の実施形態では、遺伝子改変は、以下の酵素及びシステムのうちの1つ又は複数を用いて行われる。

参照により本明細書に組み入れられるReesら(2018)Nat Rev Genet 19:770～788に記載される、シトシン塩基エディター(CBE)及びアデノシン塩基エディター(ABE)。

今までのところ、以下に説明される7つのタイプのDNA塩基エディターが存在する:
・C:GをT:Aに変換するシトシン塩基エディター(CBE)(Komorら(2016)Nature 533:420～424)
・A:TをG:Cに変換するアデニン塩基エディター(ABE)(Gaudelliら(2017)Nature 551:464～471)
・C:GをG:Cに変換するシトシングアニン塩基エディター(CGBE)(Chenら(2020)Biorxiv「Precise and programmable C:G to G:C base editing in genomic DNA」;Kurtら(2020)Nat.Biotechnol.「CRISPR C-to-G base editors for inducing targeted DNA transversions in human cells」)
・C:GをA:Tに変換するシトシンアデニン塩基エディター(CABE)(Zhaoら(2020)Nature Biotechnol.「New base editors change C to A in bacteria and C to G in mammalian cells」)
・A:TをC:Gに変換するアデニンシトシン塩基エディター(ACBE)(WO2020181180)
・A:TをT:Aに変換するアデニンチミン塩基エディター(ATBE)(WO2020181202)
・T:AをA:Tに変換するチミンアデニン塩基エディター(TABE)(WO2020181193、WO2020181178、WO2020181195)

塩基エディターは、塩基改変酵素において異なる。CBEは、ssDNAシチジンデアミナーゼ、中でも:APOBEC1、rAPOBEC1、APOBEC1変異体、又は進化バージョン(evoAPOBEC1)、及びAPOBECホモログ(APOBEC3A(eA3A)、Anc689)、シチジンデアミナーゼ1(CDA1)、evoCDA1、FERNY、evoFERNYを頼りにする。

ABEは、縦列融合TadA-TadA*のデオキシアデノシンデアミナーゼ活性に依拠しており、TadA*は、大腸菌tRNAアデノシンデアミナーゼ酵素であるTadAの進化版であり、ssDNA上でアデノシンをイノシンに転換することができる。TadA*は、TadA-8a-e及びTadA-7.10を含む。

塩基改変酵素以外に、編集効率、精度、及びモジュラリティを増加するように塩基エディターに対して実践される改変も存在した:
・塩基除去修復機構が塩基編集へと戻るのを防ぐための、1つ又は2つのウラシルDNAグリコシラーゼ阻害ドメイン(UGI)の追加
・細胞において非相同末端結合(NHEJ)機構を阻害することによって挿入欠失率を減少させるMu-GAMの追加
・非編集鎖上にニックを作り出すことによって、その修復及びその結果としての編集された塩基の固定を支持するニッカーゼ活性Cas9(nCas9 D10A)の使用
・例えば、異なる有機体、異なるPAMモチーフ若しくは異なる忠実性を有する変異体、又は異なるファミリーに由来する様々なCasタンパク質の使用(例えば、Cas12a)

DNAベースのエディタータンパク質の非限定的な例は、BE1、BE2、BE3、BE4、BE4-GAM、HF-BE3、Sniper-BE3、Target-AID、Target-AID-NG、ABE、EE-BE3、YE1-BE3、YE2-BE3、YEE-BE3、BE-PLUS、SaBE3、SaBE4、SaBE4-GAM、Sa(KKH)-BE3、VQR-BE3、VRER-BE3、EQR-BE3、xBE3、Cas12a-BE、Ea3A-BE3、A3A-BE3、TAM、CRISPR-X、ABE7.9、ABE7.10、ABE7.10*、xABE、ABESa、VQR-ABE、VRER-ABE、Sa(KKH)-ABE、ABE8e、SpRY-ABE、SpRY-CBE、SpG-CBE4、SpG-ABE、SpRY-CBE4、SpCas9-NG-ABE、SpCas9-NG-CBE4、enAsBE1.1、enAsBE1.2、enAsBE1.3、enAsBE1.4、AsBE1.1、AsBE1.4、CRISPR-Abest、CRISPR-Cbest、eA3A-BE3、AncBE4を含む。

シトシングアニン塩基エディター(CGBE)は、
a.シトシンデアミナーゼ(rAPOBEC)及び塩基除去修復タンパク質(例えば、rXRCC1)(Chenら、(2020)Biorxiv「Precise and programmable C:G to G:C base editing in genomic DNA」)
b.ラットAPOBEC1バリアント(R33A)タンパク質及び大腸菌由来ウラシルDNA N-グリコシラーゼ(eUNG)(Kurtら、(2020)Nat. Biotechnol.「CRISPR C-to-G base editors for inducing targeted DNA transversions in human cells」)
に融合したニッカーゼCRISPRからなる。

シトシンアデニン塩基エディター(CABE)は、Cas9ニッカーゼ、シチジンデアミナーゼ(例えば、AID)、及びウラシル-DNAグリコシラーゼ(Ung)からなる(Zhaoら、(2020)Nature Biotechnol.「New base editors change C to A in bacteria and C to G in mammalian cells」)。

ACBEは、核酸プログラマブルDNA結合タンパク質及びアデニンオキシダーゼ(WO2020181180)を含む。

ATBEは、Cas9ニッカーゼ及び1つ若しくは複数のアデノシンデアミナーゼ又はオキシダーゼドメインからなる(WO2020181202)。

TABEは、Cas9ニッカーゼ及びアデノシンメチルトランスフェラーゼ、チミンアルキルトランスフェラーゼ、又はアデノシンデアミナーゼドメインからなる(WO2020181193、WO2020181178、WO2020181195)。

塩基エディター分子も、Casタンパク質に融合した、上記に一覧されるエディター酵素のうちの2つ以上からなり得る(例えば、ABEとCBEと組み合わせ)。これらの生物分子は、デュアル塩基エディターと命名され、2つの異なる塩基の編集を可能にする(Grunewaldら(2020)Nature Biotechnol.「A dual-deaminase CRISPR base editor enables concurrent adenine and cytosine editing」;Liら(2020)Nature Biotechnol.「Targeted, random mutagenesis of plant genes with dual cytosine and adenine base editors」)。

参照により本明細書に組み入れられるAnzaloneら(2019)Nature 576:149～157に記載されるプライムエディター(PE)は、プライム編集RNA(pegRNA、逆転写のためのテンプレート領域を含むガイドRNA)と組み合わせて使用される逆トランスクリプターゼに融合したnCas9からなる。

プライム編集は、挿入、欠失(インデル)、及び12の塩基-塩基変換の導入を可能にする。プライム編集は、Casタンパク質によって生成されたニック部位において、プライム編集ガイドRNA(pegRNA)によってもたらされたRNA配列をDNAへと変換する、Casニッカーゼバリアントに融合した逆トランスクリプターゼ(RT)の能力を頼りにする。このプロセスから生成されたDNAフラップは、標的化されたDNA配列に含まれるか又は含まれない。

プライム編集システムは、
・Casニッカーゼバリアント、例えば、M-MLV RT等の逆トランスクリプターゼドメインに融合したCas9-H840A又はその変異体バージョン等(M-MLV RT(D200N)、M-MLV RT(D200N/L603W)、M-MLV RT(D200N/L603W/T330P/T306K/W313F)
・プライム編集ガイドRNA(pegRNA)
を含む。

編集に好都合であるためには、プライム編集システムは、理想的には、sgRNAを編集された鎖とアニールするが、元の鎖とはアニールしないように設計することにより、編集鎖フラップの分解後にだけ、非編集DNA鎖に向けてCasニッカーゼ活性を標的にする追加のsgRNAの発現を含むことができる。

プライム編集システムの非限定的な例は、PE1、PE1-M1、PE1-M2、PE1-M3、PE1-M6、PE1-M15、PE1-M3inv、PE2、PE3、PE3bを含む。

ホモログY(「CRISPEY」)を介したCas9レトロンprecISeパラレル編集、sgRNAに融合されCas9と一緒に発現されるレトロンRNA、及び少なくとも逆トランスクリプターゼを含むレトロンタンパク質(Sharonら(2018)Cell 175:544～557.e16)。

SCRIBE戦略:一本鎖アニーリングタンパク質(SSAP)としても知られる一本鎖DNAの組換えを促進するリコンビナーゼと組み合わされて発現されるレトロンシステム(Farzadfard&Lu(2014)Science 346:1256272)。そのようなレコンビナーゼとしては、これらに限定されるわけではないが、ファージレコンビナーゼ、例えば、lambda red、recET、Sak、Sak4、及び参照により本明細書に組み入れられるWannierら(2020)Proc Natl Acad Sci U S A 117(24):13689～13698に記載の新たに記載されたSSAP等が挙げられる。

参照により本明細書に組み入れられるKarbergら(2001)Nat Biotechnol 19:1162～7に記載され、多くの細菌種に適合されている、group IIイントロンに基づくTargetronシステム。

他のレトロンベース遺伝子のターゲッティングアプローチは、参照により本明細書に組み入れられるSimonら(2019)Nucleic Acids Res 47:11007～11019において説明される。

特定の実施形態では、CRISPRシステムは目的の核酸に含まれる。CRISPRシステムは、2つの異なる要素、すなわち、i)エンドヌクレアーゼ、この場合、CRISPR関連ヌクレアーゼ(Cas又は「CRISPR関連タンパク質」)、及び、ii)ガイドRNA、を含む。ガイドRNAは、CRISPR(RNAcr)細菌RNAとRNAtracr(トランス活性化RNA CRISPR)の組合せからなるキメラRNAの形態でもよい(Jinekら、(2012)Science 337(6096):816～21頁)。ガイドRNAは、Casタンパク質へのガイドとして機能する「スペーシング配列」に対応するRNAcrの標的化特異性と、単一転写物におけるRNAtracrの配座特性とを組み合わせる。ガイドRNA及びCasタンパク質が細胞において同時に発現される場合、標的ゲノム配列は、永続的に改変され得るか又は割り込まれ得る。改変は、修復マトリックスによって有利にガイドされる。一般的に、CRISPRシステムは、作用のヌクレアーゼメカニズムに依存する2つの主要なクラスを含む。クラス1は、マルチサブユニットエフェクター複合体で構成され、I型、III型、及びIV型を含む。クラス2は、Cas9ヌクレアーゼのように、単一ユニットエフェクターモジュールで構成され、II型(II-A、II-B、II-C、II-Cバリアント)、V(V-A、V-B、V-C、V-D、V-E、V-U1、V-U2、V-U3、V-U4、V-U5)及びVI(VI-A、VI-B1、VI-B2、VI-C、VI-D)を含む。

本開示に従った目的の核酸は、Casタンパク質をコードする核酸配列を含んでよい。様々なCRISPR酵素が、プラスミドにおける目的の配列としての使用のために利用可能である。いくつかの実施形態において、CRISPR酵素は、II型CRISPR酵素である。いくつかの実施形態において、CRISPR酵素は、DNA切断を触媒する。いくつかの他の実施形態において、CRISPR酵素は、RNA切断を触媒する。好ましくは、CRISPR酵素は二本鎖切断を作らない。一部の実施形態では、CRISPR酵素は、一本鎖切断又はニックを作る。一部の実施形態では、CRISPR酵素は、DNAでもRNAでも切断を作らない。一部の実施形態では、Cas13-デアミナーゼ融合物を使用してRNAを塩基編集する。

一実施形態では、CRISPR酵素はsgRNAに連結されてよい。ある特定の実施形態では、sgRNAは、上に定義された所与の分子をコードする遺伝子を標的にする。

多サブユニットエフェクターの一部としての又は単一ユニットエフェクターとしてのCasタンパク質の非限定的な例は、Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9(Csn1及びCsx12としても知られる)、Cas10、Cas11(SS)、Cas12a(Cpf1)、Cas12b(C2c1)、Cas12c(C2c3)、Cas12d(CasY)、Cas12e(CasX)、C2c4、C2c8、C2c5、C2c10、C2c9、Cas13a(C2c2)、Cas13b(C2c6)、Cas13c(C2c7)、Cas13d、Csa5、Csc1、Csc2、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csn2、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx13、Csx1、Csx15、SdCpf1、CmtCpf1、TsCpf1、CmaCpf1、PcCpf1、ErCpf1、FbCpf1、UbcCpf1、AsCpf1、LbCpf1、Mad4、Mad7、Cms1、その相同体、そのオルソログ、そのバリアント、又はその改変版を含む。いくつかの実施形態において、CRISPR酵素は、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)部位において標的核酸の両方の鎖を切断する。

種々の実施形態では、本発明は、Cas9(例えば、Cas9ニッカーゼ)ドメイン及びデアミナーゼドメインを含む融合タンパク質を包含する。一部の実施形態では、融合タンパク質は、例えば、米国特許出願公開第2015/0166980号で開示される、Cas9及びAPOBEC酵素などのシトシンデアミナーゼ酵素、又はADAT酵素などのアデノシンデアミナーゼ酵素を含み、前記特許文献は参照により本明細書に組み込まれる。一実施形態では、デアミナーゼはACF1/ASEデアミナーゼである。

様々な実施形態において、APOBECデアミナーゼは、APOBEC1デアミナーゼ、APOBEC2デアミナーゼ、APOBEC3Aデアミナーゼ、APOBEC3Bデアミナーゼ、APOBEC3Cデアミナーゼ、APOBEC3Dデアミナーゼ、APOBEC3Fデアミナーゼ、APOBEC3Gデアミナーゼ、及びAPOBEC3Hデアミナーゼからなる群から選択される。様々な実施形態において、融合タンパク質は、Cas9ドメイン、シトシンデアミナーゼドメイン、及びウラシルグリコシラーゼ阻害剤(UGI)ドメインを含む。

一実施形態では、例えば、米国特許第10,113,163号に開示されるように、デアミナーゼは、DNA中のアデノシンを脱アミノ化するアデノシンデアミナーゼであり、前記特許文献は参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、融合タンパク質は、米国特許第10,113,163号に開示されるように、ヌクレアーゼ不活性型イノシン特異的ヌクレアーゼ(dISN)などの塩基修復の阻害剤を更に含む。種々の実施形態では、本発明は、例えば、Anzaloneら、(2019)Nature 576:149～157頁に記載されているように、操作された逆転写酵素に融合された触媒的に損なわれたCas9エンドヌクレアーゼを含み、標的部位を特定し且つ所望の編集をコードするプライム編集ガイドRNA(pegRNA)でプログラムされた融合タンパク質を包含する。前記文献は参照により本明細書に組み込まれる。

特定の実施形態では、CRISPR酵素は、任意のCasタンパク質、特に、任意のCas9タンパク質、例えば、任意の天然に存在する細菌Cas9並びにその任意のバリアント、キメラ、相同体又はオルソログである。

「Cas9」により、タンパク質Cas9(Csn1又はCsx12とも呼ばれる)、或いはそれらの機能性タンパク質、ペプチド、又はポリペプチド断片が意図され、すなわち、ガイドRNAと相互作用することができ、並びに標的ゲノムのDNAの二本鎖切断を行うことを可能にする酵素活性(ヌクレアーゼ)を発揮することができることが意図される。したがって、「Cas9」は、例えば、タンパク質の所定の機能にとって必須ではないタンパク質のドメイン、特に、gRNAとの相互作用に必要ではないドメイン、を除去するためにトランケートされた改変タンパク質を示す。

本開示の文脈で使用されるCas9(全タンパク質又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCas9タンパク質から得ることができる(Fonfaraら、(2014)Nucleic Acids Res 42(4):2577～90頁;Shmakovら、(2017)Nat Rev Microbiol 15(3):169～182頁)。本開示において有用なCas9タンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、化膿連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)(SpCas9)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophiles)(St1Cas9、St3Cas9)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、黄色ブドウ球菌(SaCas9)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)(CjCas9)、フランシセラ・ノビサイダ(Francisella novicida)(FnCas9)、及び髄膜炎菌(Neisseria meningitides)(NmCas9)、のCas9タンパク質が挙げられる。

本開示の文脈で使用されるCpf1(Cas12a)(全タンパク質又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCpf1(Cas12a)タンパク質から得ることができる(Kooninら、(2017)Current Opinion in Microbiology 37:67～78頁)。本開示において有用なCpf1(Cas12a)タンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、アシダミノコッカス属(Acidaminococcus sp)、ラクノスピラ・バクテリウム(Lachnospiraceae bacteriu)、及びフランシセラ・ノビサイダ(Francisella novicida)が挙げられる。

Cas13a(全タンパク質又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCas13a(C2c2)タンパク質から得ることができる(Abudayyehら、(2017)Nature 550:280頁)。本開示において有用なCas13a(C2C2)タンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、レプトトリキア・ウェイディイ(Leptotrichia wadei)(LwaCas13a)のCas13a(C2C2)タンパク質が挙げられる。

Cas13d(全タンパク質又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCas13dタンパク質から得ることができる(Yanら、(2018)Mol Cell 70(2):327～339頁)。本開示において有用なCas13dタンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、ユウバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)及びルミノコッカス属(Ruminococcus sp)のCas13dタンパク質が挙げられる。

本発明の文脈で使用されるMad4(全タンパク質又はその断片)をコードする配列は、国際出願WO2018/236548に開示されている。

本発明の文脈で使用されるMad7(全タンパク質又はその断片)をコードする配列は、国際出願WO2018/236548に開示されている。

本発明の文脈で使用されるCms1(全タンパク質又はその断片)をコードする配列は、国際特許出願WO2017/141173に開示されている。

一部の実施形態では、他のプログラマブルヌクレアーゼを使用することができる。これらは、操作されたTALEN(転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ)及びバリアント、操作されたジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)バリアント、天然の、進化した、又は操作されたメガヌクレアーゼ若しくはリコンビナーゼバリアント、及びプログラマブルヌクレアーゼの任意の組み合わせ物又はハイブリッドを含む。したがって、本明細書において提供されるプログラマブルヌクレアーゼは、目的の遺伝子、例えば、毒素遺伝子、病原性因子遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、リモデリング遺伝子、又は調節遺伝子等をコードするDNAを選択的に改変するために使用され得る(WO2014124226及び米国特許出願公開第2015/0064138号を参照のこと)。

いくつかの実施形態において、遺伝子改変は、RNAレベルにおいて為される。RNA塩基編集は、DNA塩基編集と同じ原理に基づいており:RNA塩基を別のものへ変換することを触媒する酵素は、局所的にその変換を実行するために、標的塩基の近くに運ぶ必要がある。一実施形態において、RNA編集に使用される酵素は、dsRNA構造においてアデノシンをイノシンに変換するADARファミリーに由来するアデノシンデアミナーゼである。いくつかの生殖研究は、局所RNA塩基編集をプログラムするために、dsRNAに対するこの特異性を使用して、ADARデアミナーゼドメイン(ADAR_DD)をアンチセンスオリゴに融合させた。より近年では、RNA分子に結合するいくつかのCRISPR-Casシステムの能力が、RNA編集へと再利用された。ADAR2デアミナーゼドメインの高活性変異体(REPAIRv1に対するADAR2DD-E488Q及びREPAIRv2に対するADAR2_DD-E488Q-T375G)に融合した触媒的不活性型Cas13b酵素(dPspCas13b)を使用することにより、Coxらは、前のRNA編集戦略と比較して、特異性及び効率を向上させた。RNAベースのエディタータンパク質の非限定的な例としては、REPAIRv1、REPAIRv2が挙げられる。

特定の実施形態では、抗生物質耐性遺伝子、病原性因子又はタンパク質遺伝子、毒素因子又はタンパク質遺伝子、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質を発現する遺伝子、及び薬物一般に対する耐性を発現する遺伝子からなる群で選択される遺伝子で改変が行われる。

一実施形態では、病原性因子を標的にして不活化する改変が行われる。病原性因子は、宿主に為される損傷の程度を増加させることによって宿主-病原体相互作用を変更する、病原体によって産生される任意の物質であり得る。病原性因子は、例えば、細胞接着又は宿主におけるニッチの定着において、宿主の免疫反応を回避するため、宿主細胞への侵入及び宿主細胞からの放出を促進するため、宿主から栄養を得るため、又は宿主における他の生理学的プロセスを阻害する等のために、多くの方法において、病原体によって使用される。病原性因子は、酵素、エンドトキシン、接着因子、運動性因子、補体回避に関与する因子、及び生物膜形成を促進する因子を含むことができる。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、大腸菌病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、EHEC-HlyA、Stx1(VT1)、Stx2(VT2)、Stx2a(VT2a)、Stx2b(VT2b)、Stx2c(VT2c)、Stx2d(VT2d)、Stx2e(VT2e)及びStx2f(VT2f)、Stx2h(VT2h)、fimA、fimF、fimH、neuC、kpsE、sfa、foc、iroN、aer、iha、papC、papGI、papGII、papGIII、hlyC、cnf1、hra、sat、ireA、uspompT、ibeA、malX、fyuA、irp2、traT、afaD、ipaH、eltB、estA、bfpA、eaeA、espA、aaiC、aatA、TEM、CTX、SHV、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、csgH、T1SS、T2SS、T3SS、T4SS、T5SS、T6SS(分泌システム)等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、志賀赤痢菌(Shigella dysenteriae)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、stx1及びstx2等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、ペスト菌(Yersinia pestis)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、yscF(プラスミド保有(pCDl)T3SS外部ニードルサブユニット)等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、野兎病菌(Francisella tularensis)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、fslA等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、炭疽菌(Bacillus anthracis)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、pag(炭疽毒素、細胞結合防御抗原)等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、コレラ菌(Vibrio cholera)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、ctxA及びctxB(コレラ毒素)、tcpA(毒素共調節線毛(toxin co-regulated pilus))、及びtoxT(マスター病原性レギュレーター)等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、ピオベルジン(例えば、シグマ因子pvdS、生合成遺伝子pvdL、pvdl、pvdJ、pvdH、pvdA、pvdF、pvdQ、pvdN、pvdM、pvdO、pvdP、トランスポーター遺伝子pvdE、pvdR、pvdT、opmQ)、シデロフォアピオケリン(例えば、pchD、pchC、pchB、pchA、pchE、pchF、及びpchG)及び毒素(例えば、exoU、exoS、及びexoT)等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、fimA(粘着性、I型綿毛主要サブユニット)、及びcps(莢膜多糖)等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、アシネトバクター・バウマンニイ(Acinetobacter baumannii)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、ptk(莢膜重合)及びepsA(アセンブリ)等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、チフス菌(Salmonella enterica Typhi)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、MIA(侵入、SPI-1レギュレーター)、ssrB(SPI-2レギュレーター)、及び胆汁耐性に関連するもの、例えば、排出ポンプ遺伝子acrA、acrB、及びtolC等、であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、フソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、FadA及びTIGIT等であり得る。例えば、そのような標的化された病原性因子遺伝子は、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)病原性因子遺伝子、例えば、これらに限定されるわけではないが、bft等であり得る。

別の実施形態では、限定せずに、GyrB、ParE、ParY、AAC(1)、AAC(2')、AAC(3)、AAC(6')、ANT(2")、ANT(3")、ANT(4')、ANT(6)、ANT(9)、APH(2")、APH(3")、APH(3')、APH(4)、APH(6)、APH(7")、APH(9)、ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、Sgm、AER、BLA1、CTX-M、KPC、SHV、TEM、BlaB、CcrA、IMP、NDM、VIM、ACT、AmpC、CMY、LAT、PDC、OXAβ-ラクタマーゼ、mecA、Omp36、OmpF、PIB、bla(blaI、blaR1)及びmec(mecI、mecR1)オペロン、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、クロラムフェニコールホスホトランスフェラーゼ、エタンブトール耐性アラビノシルトランスフェラーゼ(EmbB)、MupA、MupB、膜内在性タンパク質MprF、Cfr 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、リファンピンADPリボシルトランスフェラーゼ(Arr)、リファンピングリコシルトランスフェラーゼ、リファンピンモノオキシゲナーゼ、リファンピンホスホトランスフェラーゼ、DnaA、RbpA、RNAポリメラーゼのリファンピン耐性ベータサブユニット(RpoB)、Erm 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、Lsa、MsrA、Vga、VgaB、ストレプトグラミンVgbリアーゼ、Vatアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロンアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロン耐性DNAトポイソメラーゼ、フルオロキノロン耐性GyrA、GyrB、ParC、キノロン耐性タンパク質(Qnr)、FomA、FomB、FosC、FosA、FosB、FosX、VanA、VanB、VanD、VanR、VanS、リンゴサミドヌクレオチジルトランスフェラーゼ(Lin)、EreA、EreB、GimA、Mgt、Ole、マクロライドホスホトランスフェラーゼ(MPH)、MefA、MefE、Mel、ストレプトスリシンアセチルトランスフェラーゼ(sat)、Sul1、Sul2、Sul3、スルホンアミド耐性FolP、テトラサイクリン不活化酵素TetX、TetA、TetB、TetC、Tet30、Tet31、TetM、TetO、TetQ、Tet32、Tet36、MacAB-TolC、MsbA、MsrA、VgaB、EmrD、EmrAB-TolC、NorB、GepA、MepA、AdeABC、AcrD、MexAB-OprM、mtrCDE、EmrE、adeR、acrR、baeSR、mexR、phoPQ、mtrRなどの抗生物質耐性遺伝子、又は包括的抗生物質耐性データベース(CARD https://card.mcmaster.ca/)に記載されるいずれかの抗生物質耐性遺伝子において改変は行われる。

好ましい実施形態では、抗生物質は、ペニシリンG、ペニシリンK、ペニシリンN、ペニシリンO、ペニシリンV、メチシリン、ベンジルペニシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、アンピシリン、アモキシシリン、ピバンピシリン、ヘタシリン、バカンピシリン、メタンピシリン、タランピシリン、エピシリン、カルベニシリン、チカルシリン、テモシリン、メズロシリン、及びピペラシリンなどのペニシリン系;セファセトリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファトリジン、セファザフル、セファゼドン、セファゾリン、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、ロラカルベフ、セフブペラゾン、セフミノクス、セフォテタン、セフォキシチン、セフォチアム、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフェタメト、セフィキシム、セフメノキシム、セフォジジム、セホタキシム、セフォベシン、セフピミゾール、セフポドキシム、セフテラム、セフタメレ、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、ソフォペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、セフタロリン、セフトロザン、セファロラム、セファパロール、セフカネル、セフェドロロール、セフェムピドン、セフェトリゾール、セフビトリル、セフマチレン、セフメピジウム、セフォキサゾール、セフロチル、セフスマイド、セフチオキシド、セフラセチム、及びニトロセフィンなどのセファロスポリン系;ポリスポリン、ネオスポリン、ポリミキシンB、及びポリミキシンEなどのポリミキシン系;リファンピシン、リファペンチン、及びリファキシミンなどのリファンピシン類;フィダキソマイシン;シノキサシン、ナリジクス酸、オキソリニン酸、ピロミド酸、ピペミド酸、ロソクサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、ロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ペフロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、パズフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、モキシフロキサシン、シタフロキサシン、トロバフロキサシン、プルリフロキサシン、デラフロキサシン、ネモノキサシン、及びザボフロキサシンなどのキノロン系;スルファフラゾール、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジミジン、スルファフラゾール、スルフィソミジン、スルファドキシン、スルファメトキサゾール、スルファモキソール、スルファニトラン、スルファジメトキシン、スルファメトキシピリダジン、スルファメトキシジアジン、スルファドキシン、スルファメトピラジン、及びテレフチルなどのスルホンアミド系;アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フィダキソマイシン、テリスロマイシン、カルボマイシンA、ジョサマイシン、キタサマイシン、ミデカマイシン、オレアンドマイシン、ソリスロマイシン、スピラマイシン、トロレアンドマイシン、タイロシン、及びロキシスロマイシンなどのマクロライド系;テリスロマイシン、及びセスロマイシンなどのケトライド系;ソリスロマイシンなどのフルオロケトライド系;リンコマイシン、クリンダマイシン、及びピルリマイシンなどのリンコサミド系;デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びテトラサイクリンなどのテトラサイクリン系;アミカシン、ジベカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、シソマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、及びストレプトマイシンなどのアミノグリコシド系;ゲルダナマイシン、ハービマイシン、及びリファキシミンなどのアンサマイシン系;ロラカルベフなどのカルバセフェム系;エルタペネム、ドリペネム、イミペネム(又はシラスタチン)、及びメロペネムなどのカルバペネム系;テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、及びオリタバンシンなどの糖ペプチド;クリンダマイシン、及びリンコマイシンなどのリンコサミド系;ダプトマイシンなどのリポペプチド;アズトレオナムなどのモノバクタム系;フラゾリドン、及びニトロフラントインなどのニトロフラン系;リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、及びトレゾリドなどのオキサゾリジノン系;テイクソバクチン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファブチン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン(又はダルホプリスチン)、チアンフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリム、アラトロフロキサシン、フィダキソマイシン、ナリジクス酸、リファンピン、その誘導体及び組合せからなる群から選択される。

抗生物質耐性遺伝子が、中毒系なしで細菌中のプラスミド上に位置している場合、抗生物質耐性遺伝子において又はプラスミドの他のいずれかの場所で切断により抗生物質耐性を取り除くことが可能である。

別の実施形態では、細菌毒素遺伝子において改変が行われる。細菌毒素は、エキソトキシン又はエンドトキシンのどちらかとして分類することができる。エキソトキシンは、生成され活発に分泌され;エンドトキシンは、細胞の一部のままである。細菌毒素に対する反応は、重度の炎症を伴い得、並びに敗血症を引き起こし得る。そのような毒素は、例えば、ボツリヌス神経毒素、破傷風毒素、ブドウ状球菌毒素、ジフテリア毒素、炭疽毒素、アルファトキシン、百日咳毒素、志賀菌毒素、耐熱性エンテロトキシン(大腸菌ST)、コリバクチン、BFT(B.フラギリス(B. fragilis)毒素)、又はHenkelら、(Toxins from Bacteria in EXS. 2010; 100: 1～29)に記載される任意の毒素であり得る。特定の実施形態において、前記毒素はShiga毒素である。

一部の実施形態では、ヒトペプチド配列との相同性が減少し、したがって、模倣ペプチドがもう宿主免疫系により認識されなくなるように、模倣ペプチド遺伝子配列に改変を行う。特に興味深い模倣ペプチドは、自己免疫疾患と関連する細菌模倣ペプチド、例えば、Negiら、(2017)Plos One 12:e0180518で言及される細菌模倣ペプチドであり、前記文献は参照により本明細書に組み込まれる。特に興味深いのは、Negiら、の表S1の模倣ペプチドのいずれかをコードする遺伝子配列である。

好ましい実施形態では、模倣ペプチドはプロテオバクテリア又はファーミキューテス由来である。特に興味深いのは、Negiら、により同定され、低分子量ホスホチロシンタンパク質ホスファターゼ、アルデヒドデハイドロゲナーゼファミリー3メンバーB1、マレイルアセト酢酸イソメラーゼ及びウラシル-DNAグリコシラーゼ由来の4つのヒトペプチドに対する相同性を有する24個の腸細菌ペプチドをコードする遺伝子配列である。これらの遺伝子配列は、ヒト配列との相同性を減らし、宿主免疫系により認識される配列とヒト対応物との交差反応性を妨げるように改変することができる。

好ましい実施形態では、遺伝子改変はバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンベータガラクトシダーゼ遺伝子に存在する。好ましくは、遺伝子改変を有するバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンベータガラクトシダーゼタンパク質は、遺伝子改変のないバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンベータガラクトシダーゼタンパク質と比べてヒトMYH6心臓ペプチドとの低い相同性を示す。好ましくは、遺伝子改変は、ヒト免疫系によりエピトープとして認識されるペプチド断片において実施され、ヒト免疫系によるより弱いエピトープ認識又はエピトープ認識の非存在をもたらす。

好ましい実施形態では、遺伝子改変は、Ro60オルソログ遺伝子をコードするヒト共生(commensal)細菌に存在する。好ましくは、遺伝子改変から生じるRo60タンパク質は、元のタンパク質と比べるとヒトRo60ペプチドとのより低い相同性を示す。好ましくは、遺伝子改変は、ヒト免疫系によりエピトープとして認識されるペプチド断片に対応するDNA配列で実施され、ヒト免疫系によるより弱いエピトープ認識又はエピトープ認識の非存在をもたらす。好ましくは、遺伝子改変のために標的化されるヒト共生(commensal)細菌は、プロピオニバクテリウム・プロピオニクム(Propionibacterium propionicum)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、アクチノマイセス・マスシリエンシス(Actinomyces massiliensis)、バクテロイデス・シータイオタオミクロンである。更により好ましくは、遺伝子改変のために標的化されるヒト共生(commensal)細菌は、プロピオニバクテリウム・プロピオニクムである。

好ましい実施形態では、遺伝子改変は、1型糖尿病に関与する自己エピトープである、インスリンB9-25を模倣するペプチドをコードするヒト共生(commensal)細菌DNA配列に存在する。遺伝子変異は、インスリンB9-25エピトープSHLVEALYLVCGERGFF(配列番号1)に対する相同性を減らす。好ましい実施形態では、標的細菌はファーミキューテス門に属する。好ましい実施形態では、標的細菌中の標的遺伝子は、トランスケトラーゼNスーパーファミリーの一部である。

好ましい実施形態では、遺伝子改変は、抗リン脂質症候群(APS)に関与する自己エピトープである、自己抗原β2-糖タンパク質I(β2GPI)のエピトープを模倣するペプチドをコードするロゼブリア・インテスティナーリスに存在する。遺伝子変異は、T細胞(β2GPI)エピトープKVSFFCKNKEKKCSY(配列番号2)及び/又はB細胞エピトープVSRGGMRKFIC(配列番号3)に対する相同性を減らす。

遺伝子改変は、遺伝子の翻訳領域又は非翻訳領域に存在することが可能である。遺伝子改変は、遺伝子のプロモーター領域に又は遺伝子制御に関与する任意の他の領域内に存在することが可能である。一部の実施形態では、遺伝子改変は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、100、200、500、等個のアミノ酸の変化を異なるアミノ酸にもたらす。一部の実施形態では、遺伝子改変は終止コドンを導入する。一部の実施形態では、遺伝子改変は、タンパク質コード配列の外側、RNAの内部、又は制御配列の内部に存在する。

好ましくは、遺伝子改変は、ファージゲノム又は外来性DNAを宿主細菌染色体又は内在性プラスミド中に組み込まない。好ましくは、遺伝子改変は、宿主細菌染色体又は内在性プラスミドに組み込まれた外来性DNAからの外来性タンパク質の発現をもたらさない。最も好ましくは、遺伝子改変は、宿主細菌のNHEJにもHR内在性修復機構にも関連しない。

レシーバー細菌細胞を死滅させること
特定の実施形態では、前記所与の効果はレシーバー細菌細胞を死滅させることである。

特定の実施形態では、前記目的の核酸は、ヌクレアーゼをコードする遺伝子である。

一実施形態では、目的の核酸は、標的化された細菌に送達されるプログラマブルヌクレアーゼ回路である。このプログラマブルヌクレアーゼ回路は、目的の標的遺伝子(例えば、ヒトに有害である遺伝子)を含有する細菌のインビボ配列特異的除去を媒介することができる可能性がある。本開示の一部の実施形態は、上で開示されたストレプトコッカス・ピオゲネス(Streptococcus pyogenes)のII型CRISPR-Cas(クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート-CRISPR-関連)システムなどの異なるCRISPR-Casシステムクラス及びタイプの操作されたバリアントに関する。使用可能である他のプログラマブルヌクレアーゼは、上に開示されるように、他のCRISPR-Casシステム、操作されたTALEN(転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ)バリアント、操作されたジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)バリアント、天然の、進化した又は操作されたメガヌクレアーゼ又はリコンビナーゼバリアント、及びプログラマブルヌクレアーゼの任意の組合せ又はハイブリッドを含む。したがって、本明細書で提供されるプログラマブルヌクレアーゼ回路は、例えば、毒素遺伝子、病原性因子遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、リモデリング遺伝子又は調節遺伝子などの目的の遺伝子をコードするDNAを選択的に切断するのに使用し得る(WO2014124226及びUS2015/0064138参照)。

特定の実施形態では、前記ヌクレアーゼはCpf1ヌクレアーゼである。

特定の実施形態では、前記ヌクレアーゼはCas9ヌクレアーゼである。

特定の実施形態では、上で定義されるように、前記ヌクレアーゼはMad4ヌクレアーゼである。

特定の実施形態では、上で定義されるように、前記ヌクレアーゼはMad7ヌクレアーゼである。

特定の実施形態では、上で定義されるように、前記ヌクレアーゼはCms1である。

特定の実施形態では、抗生物質耐性株は、DNA切断、例えば、標的細菌の染色体上に又は中毒系(毒素/抗毒素)を有するプラスミド上に位置する抗生物質耐性遺伝子中の二本鎖DNA切断を実施するようにヌクレアーゼをプログラムすることにより標的死滅する。

目的の他の配列は、好ましくはプログラム可能であり、標的化された細菌に送達されて、その細菌を死滅させることができる。例えば、目的の核酸はホリン又は毒素をコードしていてよい。

特定の実施形態では、例えば、細菌宿主として死滅する前に又は死滅した直後に、前記目的の核酸は、レシーバー細菌細胞に上で開示される目的の分子、特に、上で開示される宿主調節分子を更に産生させる。

目的の核酸
本発明の文脈では、目的の核酸はプロモーターの制御下にあってよい。

当業者には公知であるように、プロモーターは、RNAポリメラーゼに対するその親和性に従って強い又は弱いと分類し得る。プロモーターの強さは、転写の開始がそのプロモーターで高又は低頻度で起こるかどうかに依存することがある。異なる強さの様々なプロモーターを本発明で使用して、異なるレベルの遺伝子/タンパク質発現をもたらしてもよい(例えば、弱いプロモーターから生じるmRNAから開始される発現のレベルは、強いプロモーターから開始される発現のレベルよりも低い)。

プロモーター配列は、種々の細菌種により発現される多数の公知の細菌遺伝子から選択し得ることは当業者により認識される。その上、原核プロモーター予測の方法が存在し、Kanhere 及びBansal(BMC Bioinformatics 2005年、6:1頁)に記載されるDNA安定性分析に基づくことが可能である。したがって、標的とする細菌に基づいて、本発明に従ったベクター上のプロモーターの選択を行うことができる。

一部の実施形態では、目的の核酸は、組換え又は異種プロモーターの制御下に位置してよく、これらのプロモーターは通常、目的の核酸とはその天然の環境で関連していないプロモーターのことである。

本発明に従って使用するための細菌プロモーターの例は、限定せずに、正に調節されるσ70プロモーターなどの正に調節される大腸菌プロモーター(例えば、誘導性pBad/araCプロモーター、Luxカセットライトプロモーター、改変ラムダPrmプロモーター、plac Or2-62(ポジティブ)、余分なREN部位を有するpBad/AraC、pBad、P(Las)TetO、P(Las) CIO、P(Rhl)、Pu、FecA、pRE、cadC、hns、pLas、pLux)、「s」プロモーター(例えば、Pdps)、σ32プロモーター(例えば、熱ショック)及びσ54プロモーター(例えば、glnAp2);負に調節されるσ70プロモーターなどの負に調節される大腸菌プロモーター(例えば、プロモーター(PRM+)、改変ラムダPrmプロモーター、TetR-TetR-4C P(Las) TetO、P(Las) CIO、P(Lac)IQ、RecA_DlexO_DLac01、dapAp、FecA、Pspac-hy、pel、plux-cl、plux-lac、CinR、CinL、グルコース制御された、改変Pr、改変Prm+、FecA、Pcya、rec A (SOS)、Rec A (SOS)、EmrR_調節された、Betl_調節された、pLac_lux、pTet_Lac、pLac/Mnt、pTet/Mnt、LsrA/cI、pLux/cI、Lacl、LacIQ、pLacIQl、pLas/cI、pLas/Lux、pLux/Las、LexA結合部位を有するpRecA、リバースBBa_R0011、pLacI/ara-1、pLacIq、rrnB PI、cadC、hns、PfhuA、pBad/araC、nhaA、OmpF、RcnR)、σSプロモーター(例えば、別のシグマ因子σ38を有するLutz-Bujard LacO)、σ32プロモーター(例えば、別のシグマ因子σ32を有するLutz-Bujard LacO)、σ54プロモーター(例えば、glnAp2);抑制性B.サブティリスσAプロモーターなどの負に調節されるB.サブティリスプロモーター(例えば、グラム陽性IPTG-誘導性、Xyl、ハイパー-スパンク)、σプロモーター、及びMutalik VKら、(Nature Methods、2013年、10: 354～360頁、特に、補助データ参照のこと)に並びにBioFAB website (http://biofab.synberc.org/data)に開示されているBioFABプロモーターを含む。他の誘導性微生物プロモーター及び/又は細菌プロモーターを本発明に従って使用し得る。本開示に従って使用するための誘導性プロモーターは、pH、温度、放射線、浸透圧、塩分勾配、細胞表面結合、及び1つ又は複数の外因性又は内因性誘導剤の濃度の変化などの1つ又は複数の生理条件により誘導され(又はこれにより抑制され)得る。外因性誘導因子又は誘導剤は、限定せずに、アミノ酸及びアミノ酸類似物、糖類及び多糖類、核酸、タンパク質転写活性化因子及び抑制因子、サイトカイン、毒素、石油系化合物、金属含有化合物、塩、イオン、酵素基質類似物、ホルモン又はその組合せを含んでよい。

本発明に従って使用するための特に好ましい細菌プロモーターは、アンダーソンコレクション(http://parts.igem.org/Promoters/Catalog/Anderson)のプロモーター: BBa_J23100、BBa_J23101、BBa_J23102、BBa_J23103、BBa_J23104、BBa_J23105、BBa_J23106、BBa_J23107、BBa_J23108、BBa_J23109、BBa_J23110、BBa_J23111、BBa_J23112、BBa_J23113、BBa_J23114、BBa_J23115、BBa_J23116、BBa_J23117、BBa_J23118、及びBBa_J23119などのσ70により調節される構成的プロモーターから選択することができる。

他の好ましい細菌プロモーターは、特に、TetR、IcaR(A)、AmtR、BetI、SrpR、Orf2、BM3R1、ButR、PhlF、PsrA、HlyIIR、AmeR、LmrA、QacR、ScbR、McbR、LitR、HapR、SmcR、TarA及びそのバリアントを含む、Stantonら、(2014)Nat. Chem. Biol. 10:99～105頁に開示されているプロモーターである。前記文献は参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態では、前記プロモーターは、SrpR及び/又はPhlF、又はそのバリアントである。

本発明の一部の実施形態では、プロモーターは、「エンハンサー」と併せて使用してもよいし使用しなくてもよく、エンハンサーとは、プロモーターの下流の核酸配列の転写活性化に関与するds作用性調節配列のことである。エンハンサーは、プロモーターの前又は後のいかなる機能的な位置にあってもよい。

一部の実施形態では、ベクターは、転写終結配列、又はターミネーターを含んでよい。本明細書で使用される「ターミネーター」は、転写を停止させる核酸配列である。ターミネーターは、一方向性又は双方向性でもよい。ターミネーターは、RNAポリメラーゼによるRNA転写の特定の終結に関与するDNA配列を含む。転写終結配列は、上流プロモーターによる下流核酸配列の転写活性化を妨げる。したがって、ある特定の実施形態では、RNA転写物の産生を終わらせるターミネーターが想定される。ターミネーターは、望ましい遺伝子/タンパク質発現レベルを達成するためにインビボで必要になり得る。

最も一般的に使用されるタイプのターミネーターは、フォワードターミネーターである。通常転写される目的の核酸の下流に置かれる場合、フォワード転写ターミネーターは転写を中止させる。一部の実施形態では、双方向性ターミネーターが提供され、この双方向性ターミネーターは、通常、転写をフォワードとリバース鎖の両方で終結させる。一部の実施形態では、リバースターミネーターが提供され、このリバースターミネーターは通常、リバース鎖上でのみ転写を終結させる。原核生物系では、ターミネーターは、通常、2つの範疇(1)rho非依存性ターミネーター及び(2)rho依存性ターミネーターに分類される。rho非依存性ターミネーターは一般に、G-C塩基対が豊富なステムループ、続いて一続きのウラシル塩基を形成する回文配列で構成されている。

本発明に従って使用するためのターミネーターは、本明細書に記載される又は当業者には公知である転写の任意のターミネーターを含む。ターミネーターの例は、限定せずに、例えば、ウシ成長ホルモンターミネーターなどの遺伝子の終結配列、並びに、例えば、細菌系で見出されるTOターミネーター、TEターミネーター、ラムダTl及びT1T2ターミネーターなどのウイルス終結配列を含む。一部の実施形態では、終結シグナルは、配列トランケーションから生じる配列などの転写も翻訳もできない配列でよい。

本発明に従って使用するためのターミネーターは、Chen YJら、(2013年、Nature Methods、10: 659～664頁)に開示されるターミネーター、及びCambray Gら、(Nucl Acids Res、2013年、41(9): 5139～5148頁)に開示されるBioFABターミネーターも含む。

ベクター
本明細書で使用される場合、用語「ベクター」とは、パッセンジャー核酸配列、すなわち、DNA又はRNAをレシーバー又は標的細胞中に移入する役割をする核酸分子、典型的にはDNA又はRNAのことである。ベクターは、複製起点、選択可能マーカー、及び任意選択的にマルチクローニング部位などの遺伝子の挿入に適した部位を含んでよい。プラスミド、バクテリオファージゲノム、ファージミド、ファージプラスミド、ウイルスゲノム、コスミド、及び人工染色体を含むいくつかの一般的なタイプのベクターが存在する。

本発明の文脈では、ベクターはペイロードと呼んでもよい。

本発明の文脈で使用されるベクターは、プラスミド(例えば、宿主細胞中に移入することができる接合性プラスミド)、ファージ、ファージミド又はプロファージでもよい。

ペイロードは、天然の、進化した又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミドであり得る。ペイロードは、天然の、進化した、又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミドの一部のみにおいて構成することもできる。

一部の実施形態では、細菌は環境から独力でペイロードを取り込む天然の能力があるので、ペイロードは送達ビヒクルである。

本明細書で使用される場合、用語「ファージミド」及び「ファスミド」は等価であり、プラスミドとバクテリオファージゲノムの両方に由来するベクターのことである。本開示のファージミドは、下に開示されるように、ファージパッケージング部位及び複製起点(ori)を含む。

本明細書で使用される場合、用語「パッケージされたファージミド」とは、バクテリオファージスキャフォールド、細菌ウイルス粒子又はキャプシドにキャプシド形成されているファージミドのことである。特に、この用語は、バクテリオファージゲノムを欠いているバクテリオファージスキャフォールド、細菌ウイルス粒子又はキャプシドのことである。パッケージされたファージミドは、当業者に周知であるヘルパーファージ戦略を用いて作製し得る。ヘルパーファージは、カプシド形成される本発明に従ったファージミドに欠かせない構造及び機能タンパク質をコードするすべての遺伝子を含む。パッケージされたファージミドは、これも当業者に公知であるサテライトウイルス戦略を用いて作製し得る。サテライトウイルスはサブウイルス作用因子であり、すべての形態形成機能のためにヘルパーウイルスと一緒に宿主細胞に同時感染することに依存する核酸で構成されており、すべてのそのエピソーム機能(組込み及び免疫、マルチコピープラスミド複製)ではサテライトはヘルパーから完全に自律している。一実施形態では、サテライト遺伝子は、P2カプシドサイズをそのもっと小さいゲノムに合うように制御するP4 Sidタンパク質について記載されているように、ヘルパーファージのカプシドサイズ縮小を促進するタンパク質をコードできる。

特定の実施形態では、前記ベクターがパッケージされたファージミドである場合、前記ベクターは、条件付きの複製起点が由来する生物に由来するいかなるエレメントも含まない。特に、前記ベクターのパッケージング部位は、条件付きの複製起点が由来する生物に由来しない。

ベクターは、限定せずに、プラスミドベクター及び組換えファージベクターを含むことができる。当業者であれば、本発明の単離されたヌクレオチド又は核酸配列のいずれかを含む宿主細胞を成功裏に形質転換し選択するためにベクター上に存在しなければならない遺伝子エレメントについては承知である。

本明細書で使用される場合、用語「接合性プラスミド」とは、接合中に1つの細菌細胞から別の細菌細胞に移入されるプラスミドのことであり、次に「ドナー細菌」とは、本明細書で使用される場合、接合性プラスミドを別の細菌に移入することができる細菌である。

本発明の文脈で使用されるベクターは、抗生物質耐性マーカーを欠いている。

抗生物質耐性遺伝子は当技術分野では周知であり、アンピシリン耐性(Amp)、クロラムフェニコール耐性(Cm)、テトラサイクリン耐性(Tet)、カナマイシン耐性(Kan)、ハイグロマイシン耐性(Qiyg又はhph遺伝子)、及びゼオマイシン耐性(Zeo)を含むがこれらに限定されない。

特定の実施形態では、本発明の文脈で使用されるベクターは、栄養要求性マーカーを含む。細菌中の栄養要求性マーカーは、例えば、米国特許第4,920,048号、米国特許第5,691,185号、米国特許第6,291,245号、米国特許第6,413,768号、及び米国特許第6,752,994号;米国特許出願公開第20050186666号;Struhlら、(1976)PNAS USA 73;1471～1475頁;MacCormickら、(1995)FEMS Microbiol. Lett. 127:105～109頁;Dickelyら、(1995)Mol. Microbiol. 15:839～847頁;Sorensenら、(2000)Appl. Environ. Microbiol 66:1253～1258頁;及びFiedler&Skerra(2001)Gene 274: 111～118頁に以前記載されており、典型的には、DapA及びThyAを含む。前記文献はすべて参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態では、前記栄養要求性マーカーはThyAである。

特定の実施形態では、前記ベクターは、前記標的化されたレシーバー細菌細胞により頻繁にコードされている制限酵素により認識されるいかなる制限部位を含まない。別の特定の実施形態では、前記ベクターは、前記標的化された細菌細胞又は標的化された細菌細胞の集団若しくは群により頻繁にコードされている制限酵素により認識される40、30、20、10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1以下の制限部位を含む。

本明細書で使用される場合、用語「制限部位」と「制限酵素部位」は等価であり、制限酵素により認識されるヌクレオチドの特定の配列を含有する核酸上の位置のことである。特に、核酸は、制限酵素により結合され切断される特定の配列を含む。制限部位は、一般に、4～8塩基対長の回文配列である。更に正確には、制限部位とは、制限酵素により結合され切断されるための特定の配列及び修飾状態のことである。特に、制限部位とは、制限酵素により結合され切断されるための特定の非修飾配列のことである。具体的には、配列は、メチル化、ヒドロキシメチル化及びグリコシルヒドロキシメチル化されていない。この文脈では、制限酵素は、I、II又はIII型である。代わりに、制限酵素は、制限酵素により結合され切断されるための特定の修飾配列、例えば、メチル化、ヒドロキシメチル化及びグリコシルヒドロキシメチル化DNAのことである。この文脈では、制限酵素はIV型である。

本明細書で使用される場合、制限部位及び制限酵素に関して「により認識される」とは、制限部位が制限酵素により切断されることを意味する。

制限部位配列では、Nは、ヌクレオチドがA、C、G又はTであり得ることを意味し;Bは、ヌクレオチドがC、G又はTであり得ることを意味し;Yは、ヌクレオチドがC又はTであり得ることを意味し;Wは、ヌクレオチドがA又はTであり得ることを意味し;Rは、ヌクレオチドがA又はGであり得ることを意味し;DはA、G又はTを意味する。

本明細書で使用される場合、用語「制限酵素」と「制限エンドヌクレアーゼ」は等価であり、制限部位で又はその近傍で核酸を切断する酵素のことである。制限酵素は、一般に4タイプ(I型～IV型)に分類される。REBASEデータベースにより、所与の細菌がその細菌が発現する制限酵素に従って認識できる制限部位を一覧表にできる。

目的の細菌の群での「頻繁な」又は「頻繁に」とは、その群の細菌の少なくとも10、20、30、40、50、60、70、75、80、85、90、95又は99%が制限酵素をコードすることを意味する。

本発明に従ったベクターは、好ましくは送達ビヒクル、好ましくはバクテリオファージカプシドに含まれ、好ましくは100以下の制限部位を含む。好ましい実施形態では、本発明に従ったベクターは、好ましくは送達ビヒクルに含まれるが、10以下の制限部位を含む。非常に好ましい実施形態では、本発明に従ったベクターは、好ましくは送達ビヒクルに含まれるが、いかなる制限部位も含まない。

本発明は、標的化されたレシーバー細菌細胞中への上で定義される目的の核酸のインビボ送達において使用するための上で定義される核酸ベクターであって、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらし、
前記ベクターが、
- 上で定義される前記目的の核酸、及び
- 前記標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるが、ドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を含み、
抗生物質耐性マーカーを欠いている、核酸ベクターにも関する。

条件付きの複製起点
本発明のベクターは、標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるが、ドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を含む。

本発明の文脈では、「条件付きの複製起点」とは、特定の分子の存在によって制御され得る機能性を有する複製起点のことである。

特定の実施形態では、条件付きの複製起点とは、その複製が1つ又は複数の所与のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はその任意の組合せの存在に依存している複製起点のことである。

特定の実施形態では、前記複製起点の複製は、前記複製を活性化する転写などの工程に更に依存することがある。

本発明の文脈では、前記条件付きの複製起点は、標的化されたレシーバー細菌細胞において、前記レシーバー細菌細胞には前記所与のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はその任意の組合せが非存在であるため、不活性である。

特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞は上記の前定のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はそれらの任意の組み合わせを発現するため、前記条件付きの複製起点は、前記ドナー細菌細胞内において活性である。特定の実施形態において、前記タンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はそれらの任意の組み合わせは、前記ドナー細菌細胞内においてトランスで発現される。

「トランスで」とは、本明細書では、前記タンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はその任意の組合せが、複製起点を含む核酸分子と同じ核酸分子上にコードされていないことを意味する。特定の実施形態では、前記タンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はその任意の組合せは染色体上に又はプラスミド上にコードされる。特定の実施形態では、前記プラスミドは抗生物質耐性マーカーを含む。別の実施形態では、前記プラスミドは抗生物質耐性マーカーを欠いている。

前記条件付きの複製起点は、標的化されたレシーバー細菌細胞では、前記レシーバー細菌細胞には前記所与のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はその任意の組合せが非存在であるため、不活性であるので、前記条件付きの複製起点は、標的にされる特定のレシーバー細菌細胞に応じて選択することができる。

本発明に従って使用される条件付きの複製起点は、好ましくは以下の特徴を共有するプラスミド、バクテリオファージ又はPICI由来でもよく、すなわち、プラスミド、バクテリオファージ又はPICIは、その複製起点に反復配列、又はイテロンを含有し、プラスミド、バクテリオファージ又はPICIに特異的である前記複製起点と相互作用する少なくとも1つのタンパク質(例えば、Rep、タンパク質O、タンパク質P、pri)をコードする。

例によれば、以下のプラスミド及びバクテリオファージ;RK2、R1、pSC101、F、Rts1、RSF1010、P1、P4、ラムダ、phi82、phi80の条件付きの複製システムに言及してもよい。

特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、R6Kλ DNA複製起点及びその誘導体、IncPα oriV複製起点及びその誘導体、誘導性プロモーター下にあるように改変されたColE1複製起点、並びにファージ誘導性染色体アイランド(PICI)及びその誘導体からなる群から選択される。

特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、宿主マイクロバイオームの細菌の50%未満、又は40%未満、30%未満、20%未満、10%未満、又は5%未満に存在する複製起点である。

別の特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、宿主マイクロバイオームの細菌の、特に、宿主マイクロバイオームの50%より多く、更に詳細には、60%より多く、70%より多く、80%より多く、90%より多く、又は95%より多くを代表する細菌の複製起点の配列に対し80%未満同一である、特に70%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満、5%未満、又は1%未満同一である配列を含むか又はそれからなる。

本発明の文脈では、用語「ファージ誘導性染色体アイランド」又は「PICI」は、保存された遺伝子組織を有する可動性遺伝子エレメントであり、PICIマスターリプレッサーを含む、異なる調節遺伝子の対をコードする。典型的には、グラム陽性菌において、rprの左側の、同じ方向に転写されるPICIは、インテグラーゼ(int)遺伝子を含む遺伝子の小さなセットをコードし;rprの右側の、逆方向に転写されるPICIは、切除機能(xis)、並びに、時々融合され、複製起点(ori)が後に続く、プライマーゼホモログ(pri)と場合により複製イニシエーター(rep)とからなる複製モジュールをコードし、これらの遺伝子の次の、同じく同じ方向に転写されるPICIは、ファージ干渉、及び場合によりターミナーゼ小サブユニットホモログ(terS)に関与する遺伝子をコードする。

特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、ファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に由来する複製起点である。

本発明者らは、実際、PICIに由来する特定の条件付きの複製起点を本明細書で設計した。

本発明者らは、特にプライマーゼ-ヘリカーゼ及びPICI由来の複製起点に基づいて新規の条件付きの複製プラスミドを導き出すことが可能であることを明らかにした。これらの起点は、標的株において比較的まれであり得、及び、より有利には、プライマーゼ-ori対は、各PICIにとって独特であり得、望ましくない組換え又はペイロード拡散事象の可能性を著しく減少させる。それらは、更に、組換えの機会を更に制限するように、及び標的細菌の防御システムを迂回するために制限部位を除去するように改変することができる。

特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、Fillol-Salomら、(2018)The ISME Journal 12:2114～2128頁に開示されている大腸菌株CFT073のPICI由来の複製起点に由来する。

特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、大腸菌株CFT073の、典型的には配列番号4の配列のPICI由来のプライマーゼoriである。

別の特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、GAAABCC、GCCGGC、RCCGGY、GCNGC、TWCANNNNNNTGG(配列番号5)、TGGCCA、ACCYAC、YGGCCR、AGACC、GCWGC、GGGANGC、GKAGATD、GCCGGYYD、GGCYAC、RGCCGGYYD、及びVGCCGGYBDからなる群から選択される少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ、少なくとも7つ、少なくとも8つ、少なくとも9つ、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、又は少なくとも16の制限部位を欠いている、大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼoriである。

特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、制限部位GAAABCCを欠いている、大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼoriである。好ましくは、前記条件付きの複製起点は配列番号6の配列である。

別の特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、GAAABCC、GCCGGC、RCCGGY、GCNGC、TWCANNNNNNTGG(配列番号5)、TGGCCA、ACCYAC、YGGCCR、AGACC、GCWGC、GGGANGC、GKAGATD、GCCGGYYD、GGCYAC、RGCCGGYYD、及びVGCCGGYBDからなる群から選択される制限部位を欠いている大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼoriである。好ましくは、前記条件付きの複製起点は配列番号7の配列である。

前記複製起点がファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に由来する特定の実施形態では、前記条件付きの複製起点は、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特に、プライマーゼ-ヘリカーゼ、特に、典型的には、配列番号9の配列を含むか又はそれからなる核酸によりコードされている、配列番号8の配列のプライマーゼ-ヘリカーゼを発現するので、前記ドナー細菌細胞では活性である。

本発明者らは、これらの特定の条件付きの複製起点がラムダベースのパッケージングと特に適合しており、微生物叢関連用途に必要な十分に高い力価(>10¹⁰/mL)を生じることを実証した。

特定の実施形態では、本発明のベクターは配列番号10の配列を含むか又はそれからなる。別の特定の実施形態では、本発明のベクターは配列番号11の配列を含むか又はそれからなる。

特定の実施形態では、前記ベクターがファージミドである場合、前記複製起点は、前記ファージミドをパッケージングするカプシドの構造エレメントをコードするのに使用される微生物とは異なる微生物由来でもよい。

細菌送達ビヒクル
特定の実施形態では、前記ベクターは細菌送達ビヒクルの内部にある。好ましくは、送達ビヒクルの内部にあるベクターはファージミドであり、送達ビヒクルは細菌ウイルス粒子又はカプシドである。

本明細書で使用される場合、用語「送達ビヒクル」とは、細菌中へのベクター又はペイロードの移入を可能にする任意のビヒクルのことである。

バクテリオファージスキャフォールド、ウイルススキャフォールド、細菌ウイルス粒子、化学ベースの送達ビヒクル(例えば、シクロデキストリン、リン酸カルシウム、カチオンポリマー、カチオンリポソーム)、タンパク質ベースの若しくはペプチドベースの送達ビヒクル、脂質ベースの送達ビヒクル、ナノ粒子ベースの送達ビヒクル、非化学ベースの送達ビヒクル(例えば、形質転換、エレクトロポレーション、ソノポレーション、光学トランスフェクション)、粒子ベースの送達ビヒクル(例えば、遺伝子銃、マグネトフェクション、インペールフェクション、微粒子銃、細胞透過性ペプチド)又はドナー細菌(接合)を限定なしで含む本発明により包含される数種類の送達ビヒクルが存在する。

送達ビヒクルのいかなる組合せも本発明に包含される。

送達ビヒクルは、バクテリオファージ由来スキャフォールドを指すことができ、天然の、進化した又は操作されたカプシドから得ることができる。

一部の実施形態では、細菌が環境から独力でペイロードを取り込む天然の能力があるので、送達ビヒクルはベクター又はペイロードである。

本開示は、本明細書において説明されるようなベクター又はペイロードを含有する細菌送達ビヒクルを対象とする。細菌送達ビヒクルは、典型的には細菌ウイルスから調製される。細菌送達ビヒクルは、典型的にはベクターを、標的化された細菌内に導入することができるように選択される。

本明細書において開示される細菌送達ビヒクルが由来し得る細菌ウイルスは、バクテリオファージを含む。場合により、バクテリオファージは、Krupovicら、Arch Virol, 2015の分類学に基づいて、ミオウイルス(Myoviridae)科、ポドウイルス(Podoviridae)科、シフォビラーダ(Siphoviridae)科、及びアッカーマンビリダエ(Ackermannviridae)科からなるカウドウイルス目から選択される。

バクテリオファージは、ミオウイルス(Myoviridae)科(例えば、限定はされないが、Cp220ウイルス属、Cp8ウイルス属、Ea214ウイルス属、Felixo1ウイルス属、Moogleウイルス属、Suspウイルス属、Hp1ウイルス属、P2ウイルス属、Kayウイルス属、P100ウイルス属、Silviaウイルス属、Spo1ウイルス属、Tsarbombaウイルス属、Twortウイルス属、Cc31ウイルス属、Jd18ウイルス属、Js98ウイルス属、Kp15ウイルス属、Moonウイルス属、Rb49ウイルス属、Rb69ウイルス属、S16ウイルス属、Schizot4ウイルス属、Sp18ウイルス属、T4ウイルス属、Cr3ウイルス属、Se1ウイルス属、V5ウイルス属、Abouoウイルス属、Agateウイルス属、Agrican357ウイルス属、Ap22ウイルス属、Arv1ウイルス属、B4ウイルス属、Bastilleウイルス属、Bc431ウイルス属、Bcep78ウイルス属、Bcepmuウイルス属、Biquartaウイルス属、Bxz1ウイルス属、Cd119ウイルス属、Cp51ウイルス属、Cvm10ウイルス属、Eah2ウイルス属、Elウイルス属、Hapunaウイルス属、Jimmerウイルス属、Kpp10ウイルス属、M12ウイルス属、Machinaウイルス属、Marthaウイルス属、Msw3ウイルス属、Muウイルス属、Myohaloウイルス属、Nit1ウイルス属、P1ウイルス属、Pakpunaウイルス属、Pbunaウイルス属、Phikzウイルス属、Rheph4ウイルス属、Rsl2ウイルス属、Rslunaウイルス属、Secunda5ウイルス属、Sep1ウイルス属、Spn3ウイルス属、Svunaウイルス属、Tg1ウイルス属、Vhmlウイルス属及びWphウイルス属)から選択され得る。

バクテリオファージは、ポドウイルス(Podoviridae)科(例えば、限定はされないが、Fri1ウイルス属、Kp32ウイルス属、Kp34ウイルス属、Phikmvウイルス属、Pradoウイルス属、Sp6ウイルス属、T7ウイルス属、Cp1ウイルス属、P68ウイルス属、Phi29ウイルス属、Nona33ウイルス属、Pocjウイルス属、Tl2011ウイルス属、Bcep22ウイルス属、Bpp1ウイルス属、Cba41ウイルス属、Dfl12ウイルス属、Ea92ウイルス属、Epsilon15ウイルス属、F116ウイルス属、G7cウイルス属、Jwalphaウイルス属、Kf1ウイルス属、Kpp25ウイルス属、Lit1ウイルス属、Luz24ウイルス属、Luz7ウイルス属、N4ウイルス属、Nonanaウイルス属、P22ウイルス属、Pageウイルス属、Phieco32ウイルス属、Prtbウイルス属、Sp58ウイルス属、Una961ウイルス属及びVp5ウイルス属)から選択され得る。

バクテリオファージは、サイフォウイルス(Siphoviridae)科(例えば、限定はされないが、Camウイルス属、Likaウイルス属、R4ウイルス属、Acadianウイルス属、Cooperウイルス属、Pg1ウイルス属、Pipefishウイルス属、Rosebushウイルス属、Brujitaウイルス属、Che9cウイルス属、Hawkeyeウイルス属、Plotウイルス属、Jerseyウイルス属、K1gウイルス属、Sp31ウイルス属、Lmd1ウイルス属、Una4ウイルス属、Bongoウイルス属、Reyウイルス属、Buttersウイルス属、Charlieウイルス属、Rediウイルス属、Baxterウイルス属、Nymphadoraウイルス属、Bignuzウイルス属、Fishburneウイルス属、Phayonceウイルス属、Kp36ウイルス属、Rogue1ウイルス属、Rtpウイルス属、T1ウイルス属、Tlsウイルス属、Ab18ウイルス属、Amigoウイルス属、Anatoleウイルス属、Andromedaウイルス属、Attisウイルス属、Barnyardウイルス属、Bernal13ウイルス属、Biseptimaウイルス属、Bronウイルス属、C2ウイルス属、C5ウイルス属、Cba181ウイルス属、Cbastウイルス属、Ceciウイルス属、Che8ウイルス属、Chiウイルス属、Cjw1ウイルス属、Corndogウイルス属、Cronusウイルス属、D3112ウイルス属、D3ウイルス属、Decurroウイルス属、Demosthenesウイルス属、Doucetteウイルス属、E125ウイルス属、Eiauウイルス属、Ff47ウイルス属、Gaiaウイルス属、Gilesウイルス属、Gordonウイルス属、Gordtnkウイルス属、Harrisonウイルス属、Hk578ウイルス属、Hk97ウイルス属、Jenstウイルス属、Jwxウイルス属、Kellezioウイルス属、Korraウイルス属、L5ウイルス属、Lambdaウイルス属、Laroyeウイルス属、Liefieウイルス属、Marvinウイルス属、Mudcatウイルス属、N15ウイルス属、Nonagウイルス属、Np1ウイルス属、Omegaウイルス属、P12002ウイルス属、P12024ウイルス属、P23ウイルス属、P70ウイルス属、Pa6ウイルス属、Pamx74ウイルス属、Patienceウイルス属、Pbi1ウイルス属、Pepy6ウイルス属、Pfr1ウイルス属、Phic31ウイルス属、Phicbkウイルス属、Phietaウイルス属、Phifelウイルス属、Phijl1ウイルス属、Pis4aウイルス属、Psaウイルス属、Psimunaウイルス属、Rdjlウイルス属、Rer2ウイルス属、Sap6ウイルス属、Send513ウイルス属、Septima3ウイルス属、Seuratウイルス属、Sextaecウイルス属、Sfi11ウイルス属、Sfi21dt1ウイルス属、Sitaraウイルス属、Sk1ウイルス属、Slashウイルス属、Smoothieウイルス属、Soupsウイルス属、Spbetaウイルス属、Ssp2ウイルス属、T5ウイルス属、Tankウイルス属、Tin2ウイルス属、Titanウイルス属、Tm4ウイルス属、Tp21ウイルス属、Tp84ウイルス属、Triaウイルス属、Trigintaduoウイルス属、Vegasウイルス属、Vendettaウイルス属、Wbetaウイルス属、Wildcatウイルス属、Wizardウイルス属、Woesウイルス属、Xp10ウイルス属、Ydn12ウイルス属及びYuaウイルス属)から選択され得る。

バクテリオファージは、アッカーマンビリダエ科、(例えば、これらに限定されるわけではないが、Ag3ウイルス属、ライムストーンウイルス(Limestonevirus)属、Cba120ウイルス属、及びVi1ウイルス属等)から選択され得る。

場合により、バクテリオファージは、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば、限定はされないが、テクチウイルス(Tectiviridae)科(例えば、アルファテクチウイルス(Alphatectiviridae)属、ベータテクチウイルス(Betatectiviridae)属)、コルチコウイルス(Corticoviridae)科(例えば、コルチコウイルス属)、イノウイルス(Inoviridae)科(例えば、Fibroウイルス属、Habeniウイルス属、イノウイルス属、Lineaウイルス属、Plectroウイルス属、Saetiウイルス属、Vespertilioウイルス属)、シストウイルス(Cystoviridae)科(例えば、シストウイルス属)、レビウイルス(Leviviridae)科(例えば、Alloレビウイルス属、レビウイルス属)、ミクロウイルス(Microviridae)科(例えば、Alpha3ミクロウイルス属、G4ミクロウイルス属、Phix174ミクロウイルス属、Bdelloミクロウイルス属、Chlamydiaミクロウイルス属、Spiroミクロウイルス属)及びプラズマウイルス(Plasmaviridae)科(例えば、プラズマウイルス属)由来である。

場合により、バクテリオファージは、標的化古細菌であり、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば限定はされないが、Ampullaウイルス科、フセロウイルス科、Globuloウイルス科、グッタウイルス科、リポスリクスウイルス科、Pleolipoウイルス科、ルディウイルス科、Salterproウイルス及びBicaudaウイルス科由来である。

細菌属及びそれらの公知の宿主特異的細菌ウイルスの完全に網羅しているわけではないリストを以下の段落に提示する。同意語及び表記揺れは、括弧に示す。同音異義語は、それらが生じる度に繰り返す(例えば、D、D、d)。名前の無いファージは、「NN」によって示し、横にそれらの属及びそれらの番号を括弧に示す。

アクチノミセス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Av-I、Av-2、Av-3、BF307、CTl、CT2、CT3、CT4、CT6、CT7、CT8及び1281。

アエロモナス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:AA-I、Aeh2、N、PMl、TP446、3、4、11、13、29、31、32、37、43、43-10T、51、54、55R.1、56、56RR2、57、58、59.1、60、63、Aehl、F、PM2、1、25、31、40RR2.8t、(syn= 44R)、(syn= 44RR2.8t)、65、PM3、PM4、PM5及びPM6。

バチルス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:A、aizl、Al-K-I、B、BCJAl、BCl、BC2、BLLl、BLl、BP142、BSLl、BSL2、BSl、BS3、BS8、BS15、BS18、BS22、BS26、BS28、BS31、BS104、BS105、BS106、BTB、B1715V1、C、CK-I、Coll、Corl、CP-53、CS-I、CSi、D、D、D、D5、entl、FP8、FP9、Fsi、FS2、FS3、FS5、FS8、FS9、G、GH8、GT8、GV-I、GV-2、GT-4、g3、gl2、gl3、gl4、gl6、gl7、g21、g23、g24、g29、H2、kenl、KK-88、Kuml、Kyul、J7W-1、LP52、(syn= LP-52)、L7、Mexl、MJ-I、mor2、MP-7、MplO、MP12、MP14、MP15、Neol、N°2、N5、N6P、PBCl、PBLA、PBPl、P2、S-a、SF2、SF6、Shal、Sill、SP02、(syn= ΦSPP1)、SPβ、STI、Sti、SU-Il、t、TbI、Tb2、Tb5、TbIO、Tb26、Tb51、Tb53、Tb55、Tb77、Tb97、Tb99、Tb560、Tb595、Td8、Td6、Tdl5、TgI、Tg4、Tg6、Tg7、Tg9、TgIO、TgIl、Tgl3、Tgl5、Tg21、Tinl、Tin7、Tin8、Tinl3、Tm3、Tocl、Togl、toll、TP-I、TP-10vir、TP-15c、TP-16c、TP-17c、TP-19、TP35、TP51、TP-84、Tt4、Tt6、type A、type B、type C、type D、type E、Tφ3、VA-9、W、wx23、wx26、Yunl、α、γ、pl l、φmed-2、φT、φμ-4、φ3T、φ75、φlO5、(syn= φlO5)、IA、IB、1-97A、1-97B、2、2、3、3、3、5、12、14、20、30、35、36、37、38、41C、51、63、64、138D、I、II、IV、NN-バチルス(13)、alel、Arl、AR2、AR3、AR7、AR9、Bace-11、(syn= 11)、Bastille、BLl、BL2、BL3、BL4、BL5、BL6、BL8、BL9、BP124、BS28、BS80、Ch、CP-51、CP-54、D-5、darl、denl、DP-7、entl、FoSi、FoS2、FS4、FS6、FS7、G、gall、gamma、Gel、GF-2、Gsi、GT-I、GT-2、GT-3、GT-4、GT-5、GT-6、GT-7、GV-6、gl5、19、110、Isi、K、MP9、MP13、MP21、MP23、MP24、MP28、MP29、MP30、MP32、MP34、MP36、MP37、MP39、MP40、MP41、MP43、MP44、MP45、MP47、MP50、NLP-I、No.l、N17、N19、PBSl、PKl、PMBl、PMB12、PMJl、S、SPOl、SP3、SP5、SP6、SP7、SP8、SP9、SplO、SP-15、SP50、(syn= SP-50)、SP82、SST、subl、SW、Tg8、Tgl2、Tgl3、Tgl4、thul、thuΛ、thuS、Tin4、Tin23、TP-13、TP33、TP50、TSP-I、type V、type VI、V、Vx、β22、φe、φNR2、φ25、φ63、1、1、2、2C、3NT、4、5、6、7、8、9、10、12、12、17、18、19、21、138、III、4(B.メガテリウン(B. megateriwn))、4(B.セファエリクス(B. sphaericus))、AR13、BPP-IO、BS32、BS107、Bl、B2、GA-I、GP-IO、GV-3、GV-5、g8、MP20、MP27、MP49、Nf、PP5、PP6、SF5、Tgl8、TP-I、Versailles、φl5、φ29、1-97、837/IV、mι-バチルス(1)、BatlO、BSLlO、BSLI l、BS6、BSI l、BS16、BS23、BslOl、BS102、gl8、morl、PBLl、SN45、thu2、thu3、TmI、Tm2、TP-20、TP21、TP52、type F、type G、type IV、HN-BacMus (3)、BLE、(syn= θc)、BS2、BS4、BS5、BS7、BlO、B12、BS20、BS21、F、MJ-4、PBA12、AP50、AP50-04、AP50-11、AP50-23、AP50-26、AP50-27及びBam35。以下のバチルス特異的ファージは欠失している:DLP10716、DLP-11946、DPB5、DPB12、DPB21、DPB22、DPB23、GA-2、M、No. IM、PBLB、PBSH、PBSV、PBSW、PBSX、PBSY、PBSZ、phi、Spa、type 1及びμ。

バクテロイデス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:ad I2、Baf-44、Baf-48B、Baf-64、Bf-I、Bf-52、B40-8、Fl、βl、φAl、φBrOl、φBrO2、11、67.1、67.3、68.1、mt-バクテロイデス(3)、Bf42、Bf71、HN-ブデロビブリオ(1)及びBF-41。

ボルデテラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:134及びNN-ボルデテラ(3)。

ボレリア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-ボレリア(1)及びNN-ボレリア(2)。

ブルセラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る: A422、Bk、(syn= Berkeley)、BM29、FOi、(syn= Fol)、(syn= FQl)、D、FP2、(syn= FP2)、(syn= FD2)、Fz、(syn= Fz75/13)、(syn= Firenze 75/13)、(syn= Fi)、Fi、(syn= Fl)、Fim、(syn= FIm)、(syn= Fim)、FiU、(syn= FlU)、(syn= FiU)、F2、(syn= F2)、F3、(syn= F3)、F4、(syn= F4)、F5、(syn= F5)、F6、F7、(syn= F7)、F25、(syn= F25)、(syn= ￡25)、F25U、(syn= F25u)、(syn= F25U)、(syn= F25V)、F44、(syn- F44)、F45、(syn= F45)、F48、(syn= F48)、I、Im、M、MC/75、M51、(syn= M85)、P、(syn= D)、S708、R、Tb、(syn= TB)、(syn= Tbilisi)、W、(syn= Wb)、(syn= Weybridge)、X、3、6、7、10/1、(syn= 10)、(syn= F8)、(syn= F8)、12m、24/11、(syn= 24)、(syn= F9)、(syn= F9)、45/111、(syn= 45)、75、84、212/XV、(syn= 212)、(syn= Fi0)、(syn= FlO)、371/XXIX、(syn= 371)、(syn= Fn)、(syn= Fl l)及び513。

バークホルデリア(Burkholderia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CP75、NN-バークホルデリア(1)及び42。

カンピロバクター属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:C type、NTCC12669、NTCC12670、NTCC12671、NTCC12672、NTCC12673、NTCC12674、NTCC12675、NTCC12676、NTCC12677、NTCC12678、NTCC12679、NTCC12680、NTCC12681、NTCC12682、NTCC12683、NTCC12684、32f、111c、191、NN-カンピロバクター(2)、Vfi-6、(syn= V19)、VfV-3、V2、V3、V8、V16、(syn= Vfi-1)、V19、V20(V45)、V45、(syn= V-45)及びNN-カンピロバクター(1)。

クラミジア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Chpl。

クロストリジウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CAKl、CA5、Ca7、CEβ、(syn= 1C)、CEγ、Cldl、c-n71、c-203 Tox-、DEβ、(syn= ID)、(syn= lDt0X+)、HM3、KMl、KT、Ms、NAl、(syn= Naltox+)、PA135Oe、Pfo、PL73、PL78、PL81、Pl、P50、P5771、P19402、lCt0X+、2Ct0X＼ 2D3 (syn= 2Dt0X+)、3C、(syn= 3Ctox+)、4C、(syn= 4Ct0X+)、56、III-l、NN-Clostridium (61)、NBlt0X+、αl、CAl、HMT、HM2、PFl5 P-23、P-46、Q-05、Q-oe、Q-16、Q-21、Q-26、Q-40、Q-46、S111、SA02、WA01、WA03、Wm、W523、80、C、CA2、CA3、CPTl、CPT4、cl、c4、c5、HM7、H11/A1、H18/Ax、FWS23、Hi58ZA1、K2ZA1、K21ZS23、ML、NA2t0X; Pf2、Pf3、Pf4、S9ZS3、S41ZA1、S44ZS23、α2、41、112ZS23、214/S23、233/Ai、234/S23、235/S23、II-l、II-2、II-3、NN-クロストリジウム(12)、CAl、Fl、K、S2、1、5及びNN-クロストリジウム(8)。

コリネバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CGKl(欠失)、A、A2、A3、AlOl、A128、A133、A137、A139、A155、A182、B、BF、B17、B18、B51、B271、B275、B276、B277、B279、B282、C、capi、CCl、CGl、CG2、CG33、CL31、Cog、(syn= CG5)、D、E、F、H、H-I、hqi、hq2、11ZH33、Ii/31、J、K、K、(syn= Ktox")、L、L、(syn= Ltox+)、M、MC-I、MC-2、MC-3、MC-4、MLMa、N、O、ovi、ov2、ov3、P、P、R、RP6、RS29、S、T、U、UB1、ub2、UH1、UH3、uh3、uh5、uh6、β、(syn= βtox+)、βhv64、βvir、γ、(syn= γtoχ-)、γl9、δ、(syn= δ'ox+)、p、(syn= ptoχ-)、Φ9、φ984、ω、IA、1/1180、2、2/1180、5/1180、5ad/9717、7/4465、8/4465、8ad/10269、10/9253、13Z9253、15/3148、21/9253、28、29、55、2747、2893、4498及び5848。

エンテロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:DF78、Fl、F2、1、2、4、14、41、867、Dl、SB24、2BV、182、225、C2、C2F、E3、E62、DS96、H24、M35、P3、P9、SBlOl、S2、2BII、5、182a、705、873、881、940、1051、1057、21096C、NN-エンテロコッカス(1)、PEl、Fl、F3、F4、VD13、1、200、235及び341。

エリシペロスリクス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-エリシペロスリクス(Eiysipelothrix)(1)。

エシェリキア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、(syn= mu)、(syn= MuI)、(syn= Mu-I)、(syn= MU-I)、(syn= MuI)、(syn= μ)、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4(欠失)、Sl、Wφ、φK13、φR73(欠失)、φl、φ2、φ7、φ92、ψ(欠失)、7 A、8φ、9φ、15(欠失)、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、(syn= Dd-Vi)、(syn= DDVI)、(syn= DDVi)、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I (syn= OXl)、(syn= HF)、Ox-2 (syn= 0x2)、(syn= 0X2)、Ox-3、Ox-4、Ox-5、(syn= 0X5)、Ox-6、(syn= 66F)、(syn= φ66t)、(syn= φ66t-)5 0111、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、(syn= TuII^*)、TuIP-24、TuII^*46、TuIP-60、T2、(syn= ganuTia)、(syn= γ)、(syn= PC)、(syn= P.C.)、(syn= T-2)、(syn= T2)、(syn= P4)、T4、(syn= T-4)、(syn= T4)、T6、T35、αl、1、IA、3、(syn= Ac3)、3A、3T+、(syn= 3)、(syn= Ml)、5φ、(syn= φ5)、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、(syn= Sd)、(syn= SD)、(syn= Sa)3 (syn= sd)、(syn= SD)、(syn= CD)、T3、(syn= T-3)、(syn= T3)、T7、(syn= T-7)、(syn= T7)、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、(syn= φW)、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、(syn= ΦHK97)、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、no.D、PA-2、q、S2、Tl、(syn= α)、(syn= P28)、(syn= T-I)、(syn= Tx)、T3C、T5、(syn= T-5)、(syn= T5)、UC-I、w、β4、γ2、λ(syn= lambda)、(syn= Φλ)、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、(syn= χi)、(syn= φχ)、(syn= φχi)、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J、及び933H。

フソバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-フソバクテリウム(2)、fv83-554/3、fv88-531/2、227、fv2377、fv2527及びfv8501。

ヘモフィリス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:HPl、S2及びN3。

ヘリコバクター属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:HPl及び^^-ヘリコバクター(1)。

クレブシエラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:AIO-2、KI4B、Kl6B、Kl9、(syn= K19)、Kl14、Kl15、Kl21、Kl28、Kl29、KI32、Kl33、Kl35、Kl106B、Kl171B、Kl181B、Kl832B、AIO-I、AO-I、AO-2、AO-3、FC3-10、K、Kl1、(syn= KIl)、Kl2、(syn= K12)、Kl3、(syn= K13)、(syn= Kl 70/11)、Kl4、(syn= K14)、Kl5、(syn= K15)、Kl6、(syn= K16)、Kl7、(syn= K17)、Kl8、(syn= K18)、Kl19、(syn= K19)、Kl27、(syn= K127)、Kl31、(syn= K131)、Kl35、Kl171B、II、VI、IX、CI-I、Kl4B、Kl8、Kl11、Kl12、Kl13、Kl16、Kl17、Kl18、Kl20、Kl22、Kl23、Kl24、Kl26、Kl30、Kl34、Kl106B、KIi65B、Kl328B、KLXI、K328、P5046、11、380、III、IV、VII、VIII、FC3-11、Kl2B、(syn= K12B)、Kl25、(syn= K125)、Kl42B、(syn= K142)、(syn= K142B)、Kl181B、(syn= KIl 81)、(syn= K1181B)、Kl765/!、(syn= K1765/1)、Kl842B、(syn= K1832B)、Kl937B、(syn= K1937B)、Ll、φ28、7、231、483、490、632及び864/100。

レプトスピラ(Lepitospira)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:LEl、LE3、LE4及び～NN-レプトスピラ(1)。

リステリア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:A511、01761、4211、4286、(syn= BO54)、A005、A006、A020、A500、A502、A511、Al 18、A620、A640、B012、B021、B024、B025、B035、B051、B053、B054、B055、B056、BlOl、BI lO、B545、B604、B653、C707、D441、HSO47、HlOG、H8/73、H19、H21、H43、H46、H107、H108、HI lO、H163/84、H312、H340、H387、H391/73、H684/74、H924A、PSA、U153、φMLUP5、(syn= P35)、00241、00611、02971A、02971C、5/476、5/911、5/939、5/11302、5/11605、5/11704、184、575、633、699/694、744、900、1090、1317、1444、1652、1806、1807、1921/959、1921/11367、1921/11500、1921/11566、1921/12460、1921/12582、1967、2389、2425、2671、2685、3274、3550、3551、3552、4276、4277、4292、4477、5337、5348/11363、5348/11646、5348/12430、5348/12434、10072、11355C、11711A、12029、12981、13441、90666、90816、93253、907515、910716及びNN-リステリア(15)。

モルガネラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:47。

マイコバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:13、AGl、ALi、ATCC 11759、A2、B.C3、BG2、BKl、BK5、butyricum、B-I、B5、B7、B30、B35、Clark、Cl、C2、DNAIII、DSP1、D4、D29、GS4E、(syn= GS4E)、GS7、(syn= GS-7)、(syn= GS7)、IPa、lacticola、Legendre、Leo、L5、(syn= ΦL-5)、MC-I、MC-3、MC-4、minetti、MTPHI l、Mx4、MyF3P/59a、phlei、(syn= phlei 1)、phlei 4、Polonus II、rabinovitschi、smegmatis、TM4、TM9、TMlO、TM20、Y7、YlO、φ630、IB、IF、IH、1/1、67、106、1430、Bl、(syn= Bol)、B24、D、D29、F-K、F-S、HP、Polonus I、Roy、Rl、(syn= Rl-Myb)、(syn= Ri)、11、31、40、50、103a、103b、128、3111-D、3215-D及びNN-マイコバクテリウム(1)。

ナイセリア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Group I、group II及びNPl。

ノカルジア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:MNP8、NJ-L、NS-8、N5及びTtiN-ノカルジア。

プロテウス(Proteus)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Pm5、13vir、2/44、4/545、6/1004、13/807、20/826、57、67b、78、107/69、121、9/0、22/608、30/680、PmI、Pm3、Pm4、Pm6、Pm7、Pm9、PmIO、PmI l、Pv2、πl、φm、7/549、9B/2、10A/31、12/55、14、15、16/789、17/971、19A/653、23/532、25/909、26/219、27/953、32A/909、33/971、34/13、65、5006M、7480b、VI、13/3a、Clichy 12、π2600、φχ7、1/1004、5/742、9、12、14、22、24/860、2600/D52、Pm8及び24/2514。

プロビデンシア(Providencia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:PL25、PL26、PL37、9211/9295、9213/921 Ib、9248、7/R49、7476/322、7478/325、7479、7480、9000/9402及び9213/921 Ia。

シュードモナス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:PfI、(syn= Pf-I)、Pf2、Pf3、PP7、PRRl、7s、im-シュードモナス(1)、AI-I、AI-2、B 17、B89、CB3、Col 2、Col 11、Col 18、Col 21、C154、C163、C167、C2121、E79、F8、ga、gb、H22、K1、M4、N2、Nu、PB-I、(syn= PBl)、pfl6、PMN17、PPl、PP8、Psal、PsPl、PsP2、PsP3、PsP4、PsP5、PS3、PS17、PTB80、PX4、PX7、PYOl、PYO2、PYO5、PYO6、PYO9、PYOlO、PYO13、PYO14、PYO16、PYO18、PYO19、PYO20、PYO29、PYO32、PYO33、PYO35、PYO36、PYO37、PYO38、PYO39、PYO41、PYO42、PYO45、PYO47、PYO48、PYO64、PYO69、PYO103、PlK、SLPl、SL2、S2、UNL-I、wy、Yai、Ya4、Yan、φBE、φCTX、φC17、φKZ、(syn= ΦKZ)、φ-LT、Φmu78、φNZ、φPLS-1、φST-1、φW-14、φ-2、1/72、2/79、3、3/DO、4/237、5/406、6C、6/6660、7、7v、7/184、8/280、9/95、10/502、11/DE、12/100、12S、16、21、24、25F、27、31、44、68、71、95、109、188、337、352、1214、HN-シュードモナス(23)、A856、B26、CI-I、CI-2、C5、D、gh-1、Fl 16、HF、H90、K5、K6、Kl 04、K109、K166、K267、N4、N5、O6N-25P、PE69、Pf、PPN25、PPN35、PPN89、PPN91、PP2、PP3、PP4、PP6、PP7、PP8、PP56、PP87、PPl 14、PP206、PP207、PP306、PP651、Psp231a、Pssy401、Pssy9220、psi、PTB2、PTB20、PTB42、PXl、PX3、PXlO、PX12、PX14、PYO70、PYO71、R、SH6、SH133、tf、Ya5、Ya7、φBS、ΦKf77、φ-MC、ΦmnF82、φPLS27、φPLS743、φS-1、1、2、2、3、4、5、6、7、7、8、9、10、11、12、12B、13、14、15、14、15、16、17、18、19、20、20、21、21、22、23、23、24、25、31、53、73、119x、145、147、170、267、284、308、525、NN-シュードモナス(5)、af、A7、B3、B33、B39、BI-I、C22、D3、D37、D40、D62、D3112、F7、FlO、g、gd、ge、gξ Hwl2、Jb 19、KFl、L°、OXN-32P、O6N-52P、PCH-I、PC13-1、PC35-1、PH2、PH51、PH93、PH132、PMW、PM13、PM57、PM61、PM62、PM63、PM69、PM105、PMl 13、PM681、PM682、PO4、PPl、PP4、PP5、PP64、PP65、PP66、PP71、PP86、PP88、PP92、PP401、PP711、PP891、Pssy41、Pssy42、Pssy403、Pssy404、Pssy420、Pssy923、PS4、PS-IO、Pz、SDl、SLl、SL3、SL5、SM、φC5、φCl l、φCl l-1、φC13、φC15、φMO、φX、φO4、φl l、φ240、2、2F、5、7m、11、13、13/441、14、20、24、40、45、49、61、73、148、160、198、218、222、236、242、246、249、258、269、295、297、309、318、342、350、351、357-1、400-1、HN-シュードモナス(6)、GlOl、M6、M6a、Ll、PB2、Pssyl5、Pssy4210、Pssy4220、PYO12、PYO34、PYO49、PYO50、PYO51、PYO52、PYO53、PYO57、PYO59、PYO200、PX2、PX5、SL4、φO3、φO6及び1214。

リケッチア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-Rickettsia。

サルモネラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:b、Beccles、CT、d、Dundee、f、FeIs 2、GI、GUI、GVI、GVIII、k、K、i、j、L、01、(syn= 0-1)、(syn= O1)、(syn= O-I)、(syn= 7)、02、03、P3、P9a、PlO、Sab3、Sab5、SanlS、Sanl7、SI、Taunton、ViI、(syn= ViI)、9、imサルモネラ(1)、N-I、N-5、N-IO、N-17、N-22、11、12、16-19、20.2、36、449C/C178、966A/C259、a、B.A.O.R.、e、G4、GUI、L、LP7、M、MG40、N-18、PSA68、P4、P9c、P22、(syn= P22)、(syn= PLT22)、(syn= PLT22)、P22al、P22-4、P22-7、P22-11、SNT-I、SNT-2、SP6、Villi、ViIV、ViV、ViVI、ViVII、Worksop、Sj5、ε34、1,37、1(40)、(syn= φl[40])、1,422、2、2.5、3b、4、5、6,14(18)、8、14(6,7)、10、27、28B、30、31、32、33、34、36、37、39、1412、SNT-3、7-11、40.3、c、C236、C557、C625、C966N、g、GV、G5、Gl 73、h、IRA、Jersey、MB78、P22-1、P22-3、P22-12、Sabl、Sab2、Sab2、Sab4、Sanl、San2、San3、San4、San6、San7、San8、San9、Sanl3、Sanl4、Sanl6、Sanl8、Sanl9、San20、San21、San22、San23、San24、San25、San26、SasLl、SasL2、SasL3、SasL4、SasL5、SlBL、SII、ViII、φl、1、2、3a、3al、1010、Ym-サルモネラ(1)、N-4、SasL6及び27。

セラチア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:A2P、PS20、SMB3、SMP、SMP5、SM2、V40、V56、ic、ΦCP-3、ΦCP-6、3M、10/la、20A、34CC、34H、38T、345G、345P、501B、SMB2、SMP2、BC、BT、CW2、CW3、CW4、CW5、Lt232、L2232、L34、L.228、SLP、SMPA、V.43、σ、φCWl、ΦCP6-1、ΦCP6-2、ΦCP6-5、3T、5、8、9F、10/1、2OE、32/6、34B、34CT、34P、37、41、56、56D、56P、6OP、61/6、74/6、76/4、101/8900、226、227、228、229F、286、289、290F、512、764a、2847/10、2847/1Oa、L.359及びSMBl。

シゲラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Fsa、(syn= a)、FSD2d、(syn= D2d)、(syn= W2d)、FSD2E、(syn= W2e)、fv、F6、f7.8、H-Sh、PE5、P90、SfII、Sh、SHm、SHrv、(syn= HIV)、SHvi、(syn= HVI)、SHVvm、(syn= HVIII)、SKγ66、(syn= gamma 66)、(syn= yββ)、(syn= γ66b)、SKm、(syn= SIIIb)5 (syn= UI)、SKw、(syn= Siva)、(syn= IV)、SIC(商標)、(syn= SIVA.)、(syn= IVA)、SKvi、(syn= KVI)、(syn= Svi)、(syn= VI)、SKvm、(syn= Svm)、(syn= VIII)、SKVΠIA、(syn= SvmA)、(syn= VIIIA)、STvi、STK、STx1、STxn、S66、W2、(syn= D2c)、(syn= D20)、φl、φIVb 3-SO-R、8368-SO-R、F7、(syn= FS7)、(syn= K29)、FlO、(syn= FSlO)、(syn= K31)、I1、(syn= alfa)、(syn= FSa)、(syn= Kl 8)、(syn= α)、I2、(syn= a)、(syn= K19)、SG33、(syn= G35)、(syn= SO-35/G)、SG35、(syn= SO-55/G)、SG3201、(syn= SO-3201/G)、SHn、(syn= HII)、SHv、(syn= SHV)、SHx、SHX、SKn、(syn= K2)、(syn= KII)、(syn= Sn)、(syn= SsII)、(syn= II)、SKrv、(syn= Sm)、(syn= SsIV)、(syn= IV)、SK1Va、(syn= Swab)、(syn= SsIVa)、(syn= IVa)、SKV、(syn= K4)、(syn= KV)、(syn= SV)、(syn= SsV)、(syn= V)、SKx、(syn= K9)、(syn= KX)、(syn= SX)、(syn= SsX)、(syn= X)、STV、(syn= T35)、(syn= 35-50-R)、STvm、(syn= T8345)、(syn= 8345-SO-S-R)、W1、(syn= D8)、(syn= FSD8)、W2a、(syn= D2A)、(syn= FS2a)、DD-2、Sf6、FSi、(syn= Fl)、SF6、(syn= F6)、SG42、(syn= SO-42/G)、SG3203、(syn= SO-3203/G)、SKF12、(syn= SsF12)、(syn= F12)、(syn= F12)、STn、(syn= 1881-SO-R)、γ66、(syn= gamma 66a)、(syn= Ssγ66)、φ2、BIl、DDVII、(syn= DD7)、FSD2b、(syn= W2B)、FS2、(syn= F2)、(syn= F2)、FS4、(syn= F4)、(syn= F4)、FS5、(syn= F5)、(syn= F5)、FS9、(syn= F9)、(syn= F9)、FI l、P2-S0-S、SG36、(syn= SO-36/G)、(syn= G36)、SG3204、(syn= SO-3204/G)、SG3244、(syn= SO-3244/G)、SHi、(syn= HI)、SHvπ、(syn= HVII)、SHK、(syn= HIX)、SHx1、SHxπ、(syn= HXn)、SKI、KI、(syn= S1)、(syn= SsI)、SKVII、(syn= KVII)、(syn= Svπ)、(syn= SsVII)、SKIX、(syn= KIX)、(syn= S1x)、(syn= SsIX)、SKXII、(syn= KXII)、(syn= Sxn)、(syn= SsXII)、STi、STffl、STrv、STVi、STvπ、S70、S206、U2-S0-S、3210-SO-S、3859-SO-S、4020-SO-S、φ3、φ5、φ7、φ8、φ9、φlO、φl l、φl3、φl4、φl8、SHm、(syn= Hπi)、SHχi、(syn= HXt)及びSKxI、(syn= KXI)、(syn= Sχi)、(syn= SsXI)、(syn= XI)。

スタフィロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:A、EW、K、Ph5、Ph9、PhIO、Phl3、Pl、P2、P3、P4、P8、P9、PlO、RG、SB-i、(syn= Sb-I)、S3K、Twort、ΦSK311、φ812、06、40、58、119、130、131、200、1623、STCl、(syn= stcl)、STC2、(syn= stc2)、44AHJD、68、ACl、AC2、A6"C"、A9"C"、b581、CA-I、CA-2、CA-3、CA-4、CA-5、DI l、L39x35、L54a、M42、Nl、N2、N3、N4、N5、N7、N8、NlO、Ni l、N12、N13、N14、N16、Ph6、Phl2、Phl4、UC-18、U4、U15、Sl、S2、S3、S4、S5、X2、Z1、φB5-2、φD、ω、11、(syn= φl l)、(syn= P11-M15)、15、28、28A、29、31、31B、37、42D、(syn= P42D)、44A、48、51、52、52A、(syn= P52A)、52B、53、55、69、71、(syn= P71)、71A、72、75、76、77、79、80、80α、82、82A、83 A、84、85、86、88、88A、89、90、92、95、96、102、107、108、111、129-26、130、130A、155、157、157A、165、187、275、275A、275B、356、456、459、471、471A、489、581、676、898、1139、1154A、1259、1314、1380、1405、1563、2148、2638A、2638B、2638C、2731、2792A、2792B、2818、2835、2848A、3619、5841、12100、AC3、A8、AlO、A13、b594n、D、HK2、N9、N15、P52、P87、Sl、S6、Z4、φRE、3A、3B、3C、6、7、16、21、42B、42C、42E、44、47、47A5 47C、51、54、54x1、70、73、75、78、81、82、88、93、94、101、105、110、115、129/16、174、594n、1363/14、2460 and mS-スタフィロコッカス(1)。

ストレプトコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:EJ-I、NN-ストレプトコッカス(Streptococais)(1)、a、Cl、FL0Ths、H39、Cp-I、Cρ-5、Cp-7、Cp-9、Cp-IO、AT298、A5、alO/Jl、alO/J2、alO/J5、alO/J9、A25、BTI l、b6、CAl、c20-l、c20-2、DP-I、Dp-4、DTl、ET42、elO、FA101、FEThs、Fκ、FKKIOI、FKLIO、FKP74、FKH、FLOThs、FyIOl、fl、F10、F20140/76、g、GT-234、HB3、(syn= HB-3)、HB-623、HB-746、M102、O1205、φO1205、PST、PO、Pl、P2、P3、P5、P6、P8、P9、P9、P12、P13、P14、P49、P50、P51、P52、P53、P54、P55、P56、P57、P58、P59、P64、P67、P69、P71、P73、P75、P76、P77、P82、P83、P88、sc、sch、sf、SfIl 1、(syn= SFiI l)、(syn= φSFill)、(syn=ΦSfil l)、(syn= φSfil l)、sfil9、(syn= SFil9)、(syn= φSFil9)、(syn= φSfil9)、Sfi21、(syn= SFi21)、(syn= φSFi21)、(syn= φSfi21)、ST0、STX、st2、ST2、ST4、S3、(syn= φS3)、s265、Φ17、φ42、Φ57、φ80、φ81、φ82、φ83、φ84、φ85、φ86、φ87、φ88、φ89、φ90、φ91、φ92、φ93、φ94、φ95、φ96、φ97、φ98、φ99、φlOO、φlOl、φlO2、φ227、Φ7201、ωl、ω2、ω3、ω4、ω5、ω6、ω8、ωlO、1、6、9、1OF、12/12、14、17SR、19S、24、50/33、50/34、55/14、55/15、70/35、70/36、71/ST15、71/45、71/46、74F、79/37、79/38、80/J4、80/J9、80/ST16、80/15、80/47、80/48、101、103/39、103/40、121/41、121/42、123/43、123/44、124/44、337/ST17及びmストレプトコッカス(34)。

トレポネーマ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-トレポネーマ(1)。

ビブリオ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CTXΦ、fs、(syn= si)、fs2、Ivpf5、Vfl2、Vf33、VPIΦ、VSK、v6、493、CP-Tl、ET25、kappa、K139、Labol、)XN-69P、OXN-86、O6N-21P、PB-I、P147、rp-1、SE3、VA-I、(syn= VcA-I)、VcA-2、VPl、VP2、VP4、VP7、VP8、VP9、VPlO、VP17、VP18、VP19、X29、(syn= 29 d'Herelle)、t、ΦHAWI-1、ΦHAWI-2、ΦHAWI-3、ΦHAWI-4、ΦHAWI-5、ΦHAWI-6、ΦHAWI-7、XHAWI-8、ΦHAWI-9、ΦHAWI-10、ΦHCl-1、ΦHC1-2、ΦHC1-3、ΦHC1-4、ΦHC2-1、>HC2-2、ΦHC2-3、ΦHC2-4、ΦHC3-1、ΦHC3-2、ΦHC3-3、ΦHD1S-1、ΦHD1S-2、ΦHD2S-1、ΦHD2S-2、ΦHD2S-3、ΦHD2S-4、ΦHD2S-5、ΦHDO-1、ΦHDO-2、ΦHDO-3、ΦHDO-4、ΦHDO-5、ΦHDO-6、ΦKL-33、ΦKL-34、ΦKL-35、ΦKL-36、ΦKWH-2、ΦKWH-3、ΦKWH-4、ΦMARQ-1、ΦMARQ-2、ΦMARQ-3、ΦMOAT-1、ΦO139、ΦPEL1A-1、ΦPEL1A-2、ΦPEL8A-1、ΦPEL8A-2、ΦPEL8A-3、ΦPEL8C-1、ΦPEL8C-2、ΦPEL13A-1、ΦPEL13B-1、ΦPEL13B-2、ΦPEL13B-3、ΦPEL13B-4、ΦPEL13B-5、ΦPEL13B-6、ΦPEL13B-7、ΦPEL13B-8、ΦPEL13B-9、ΦPEL13B-10、φVP143、φVP253、Φ16、φl38、1- II、5、13、14、16、24、32、493、6214、7050、7227、II、(syn= group II)、(syn= φ2)、V、VIII、～m-ビブリオ(13)、KVP20、KVP40、nt-1、O6N-22P、P68、el、e2、e3、e4、e5、FK、G、I、K、nt-6、Nl、N2、N3、N4、N5、O6N-34P、OXN-72P、OXN-85P、OXN-100P、P、Ph-I、PL163/10、Q、S、T、φ92、1-9、37、51、57、70A-8、72A-4、72A-10、110A-4、333、4996、I (syn= group I)、III (syn= group III)、VI、(syn= A-Saratov)、VII、IX、X、HN-ビブリオ(6)、pAl、7、7-8、70A-2、71A-6、72A-5、72A-8、108A-10、109A-6、109A-8、l lOA-1、110A-5、110A-7、hv-1、OXN-52P、P13、P38、P53、P65、P108、Pill、TPl3 VP3、VP6、VP12、VP13、70A-3、70A-4、70A-10、72A-1、108A-3、109-B1、110A-2、149、(syn= φl49)、IV、(syn= group IV)、NN-ビブリオ(22)、VP5、VPIl、VP15、VP16、αl、α2、α3a、α3b、353B及びHN-ビブリオ(7)。

エルシニア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:H、H-I、H-2、H-3、H-4、Lucas 110、Lucas 303、Lucas 404、YerA3、YerA7、YerA20、YerA41、3/M64-76、5/G394-76、6/C753-76、8/C239-76、9/F18167、1701、1710、PST、1/F2852-76、D'Herelle、EV、H、Kotljarova、PTB、R、Y、YerA41、φYerO3-12、3、4/C1324-76、7/F783-76、903、1/M6176及びYer2AT。

ある実施形態において、バクテリオファージは、サルモネラウイルスSKML39、シゲラウイルスAG3、ディッケヤウイルスLimestone、ディッケヤウイルスRC2014、エシェリキアウイルスCBA120、エシェリキアウイルスPhaxI、サルモネラウイルス38、サルモネラウイルスDet7、サルモネラウイルスGG32、サルモネラウイルスPM10、サルモネラウイルSFP10、サルモネラウイルスSH19、サルモネラウイルスSJ3、エシェリキアウイルスECML4、サルモネラウイルスMarshall、サルモネラウイルスMaynard、サルモネラウイルスSJ2、サルモネラウイルスSTML131、サルモネラウイルスViI、エルウィニアウイルスEa2809、クレブシエラウイルス0507KN21、セラチアウイルスIME250、セラチアウイルスMAM1、カンピロバクターウイルスCP21、カンピロバクターウイルスCP220、カンピロバクターウイルスCPt10、カンピロバクターウイルスIBB35、カンピロバクターウイルスCP81、カンピロバクターウイルスCP30A、カンピロバクターウイルスCPX、カンピロバクターウイルスNCTC12673、エルウィニアウイルスEa214、エルウィニアウイルスM7、エシェリキアウイルスAYO145A、エシェリキアウイルスEC6、エシェリキアウイルスHY02、エシェリキアウイルスJH2、エシェリキアウイルスTP1、エシェリキアウイルスVpaE1、エシェリキアウイルスwV8、サルモネラウイルスFelixO1、サルモネラウイルスHB2014、サルモネラウイルスMushroom、サルモネラウイルスUAB87、シトロバクターウイルスMoogle、シトロバクターウイルスMordin、エシェリキアウイルスSUSP1、エシェリキアウイルスSUSP2、アエロモナスウイルスphiO18P、ヘモフィルスウイルスHP1、ヘモフィルスウイルスHP2、パスツレラウイルスF108、ビブリオウイルスK139、ビブリオウイルスKappa、バークホルデリアウイルスphi52237、バークホルデリアウイルスphiE122、バークホルデリアウイルスphiE202、エシェリキアウイルス186、エシェリキアウイルスP4、エシェリキアウイルスP2、エシェリキアウイルスWphi、マンヘミアウイルスPHL101、シュードモナスウイルスphiCTX、ラルストニアウイルスRSA1、サルモネラウイルスFels2、サルモネラウイルスPsP3、サルモネラウイルスSopEphi、エルシニアウイルスL413C、スタフィロコッカスウイルスG1、スタフィロコッカスウイルスG15、スタフィロコッカスウイルスJD7、スタフィロコッカスウイルスK、スタフィロコッカスウイルスMCE2014、スタフィロコッカスウイルスP108、スタフィロコッカスウイルスRodi、スタフィロコッカスウイルスS253、スタフィロコッカスウイルスS25-4、スタフィロコッカスウイルスSA12、リステリアウイルスA511、リステリアウイルスP100、スタフィロコッカスウイルスRemus、スタフィロコッカスウイルスSA11、スタフィロコッカスウイルスStau2、バチルスウイルスCamphawk、バチルスウイルスSPO1、バチルスウイルスBCP78、バチルスウイルスTsarBomba、スタフィロコッカスウイルスTwort、エンテロコッカスウイルスphiEC24C、ラクトバチルスウイルスLb338-1、ラクトバチルスウイルスLP65、エンテロバクターウイルスPG7、エシェリキアウイルスCC31、クレブシエラウイルスJD18、クレブシエラウイルスPKO111、エシェリキアウイルスBp7、エシェリキアウイルスIME08、エシェリキアウイルスJS10、エシェリキアウイルスJS98、エシェリキアウイルスQL01、エシェリキアウイルスVR5、エンテロバクターウイルスEap3、クレブシエラウイルスKP15、クレブシエラウイルスKP27、クレブシエラウイルスMatisse、クレブシエラウイルスMiro、シトロバクターウイルスMerlin、シトロバクターウイルスMoon、エシェリキアウイルスJSE、エシェリキアウイルスphi1、エシェリキアウイルスRB49、エシェリキアウイルスHX01、エシェリキアウイルスJS09、エシェリキアウイルスRB69、シゲラウイルスUTAM、サルモネラウイルスS16、サルモネラウイルスSTML198、ビブリオウイルスKVP40、ビブリオウイルスnt1、ビブリオウイルスValKK3、エシェリキアウイルスVR7、エシェリキアウイルスVR20、エシェリキアウイルスVR25、エシェリキアウイルスVR26、シゲラウイルスSP18、エシェリキアウイルスAR1、エシェリキアウイルスC40、エシェリキアウイルスE112、エシェリキアウイルスECML134、エシェリキアウイルスHY01、エシェリキアウイルスIme09、エシェリキアウイルスRB3、エシェリキアウイルスRB14、エシェリキアウイルスT4、シゲラウイルスPss1、シゲラウイルスShfl2、エルシニアウイルスD1、エルシニアウイルスPST、アシネトバクターウイルス133、アエロモナスウイルス65、アエロモナスウイルスAeh1、エシェリキアウイルスRB16、エシェリキアウイルスRB32、エシェリキアウイルスRB43、シュードモナスウイルス42、クロノバクターウイルスCR3、クロノバクターウイルスCR8、クロノバクターウイルスCR9、クロノバクターウイルスPBES02、ペクトバクテリウムウイルスphiTE、クロノバクターウイルスGAP31、エシェリキアウイルス4MG、サルモネラウイルスSE1、サルモネラウイルスSSE121、エシェリキアウイルスFFH2、エシェリキアウイルスFV3、エシェリキアウイルスJES2013、エシェリキアウイルスV5、ブレビバチルスウイルスAbouo、ブレビバチルスウイルスDavies、バチルスウイルスAgate、バチルスウイルスBobb、バチルスウイルスBp8pC、エルウィニアウイルスDeimos、エルウィニアウイルスEa35-70、エルウィニアウイルスRAY、エルウィニアウイルスSimmy50、エルウィニアウイルスSpecialG、アシネトバクターウイルスAB1、アシネトバクターウイルスAB2、アシネトバクターウイルスAbC62、アシネトバクターウイルスAP22、アルスロバクターウイルスArV1、アルスロバクターウイルスTrina、バチルスウイルスAvesoBmore、バチルスウイルスB4、バチルスウイルスBigbertha、バチルスウイルスRiley、バチルスウイルスSpock、バチルスウイルスTroll、バチルスウイルスBastille、バチルスウイルスCAM003、バチルスウイルスBc431、バチルスウイルスBcp1、バチルスウイルスBCP82、バチルスウイルスBM15、バチルスウイルスDeepblue、バチルスウイルスJBP901、バークホルデリアウイルスBcep1、バークホルデリアウイルスBcep43、バークホルデリアウイルスBcep781、バークホルデリアウイルスBcepNY3、キサントモナスウイルスOP2、バークホルデリアウイルスBcepMu、バークホルデリアウイルスphiE255、アエロモナスウイルス44RR2、マイコバクテリウムウイルスAlice、マイコバクテリウムウイルスBxz1、マイコバクテリウムウイルスDandelion、マイコバクテリウムウイルスHyRo、マイコバクテリウムウイルスI3、マイコバクテリウムウイルスNappy、マイコバクテリウムウイルスSebata、クロストリジウムウイルスphiC2、クロストリジウムウイルスphiCD27、クロストリジウムウイルスphiCD119、バチルスウイルスCP51、バチルスウイルスJL、バチルスウイルスShanette、エシェリキアウイルスCVM10、エシェリキアウイルスep3、エルウィニアウイルスAsesino、エルウィニアウイルスEaH2、シュードモナスウイルスEL、ハロモナスウイルスHAP1、ビブリオウイルスVP882、ブレビバチルスウイルスJimmer、ブレビバチルスウイルスOsiris、シュードモナスウイルスAb03、シュードモナスウイルスKPP10、シュードモナスウイルスPAKP3、シノリゾビウムウイルスM7、シノリゾビウムウイルスM12、シノリゾビウムウイルスN3、エルウィニアウイルスMachina、アルスロバクターウイルスBrent、アルスロバクターウイルスJawnski、アルスロバクターウイルスMartha、アルスロバクターウイルスSonny、エドワージエラウイルスMSW3、エドワージエラウイルスPEi21、エシェリキアウイルスMu、シゲラウイルスSfMu、ハロバクテリウムウイルスphiH、バチルスウイルスGrass、バチルスウイルスNIT1、バチルスウイルスSPG24、アエロモナスウイルス43、エシェリキアウイルスP1、シュードモナスウイルスCAb1、シュードモナスウイルスCAb02、シュードモナスウイルスJG004、シュードモナスウイルスPAKP1、シュードモナスウイルスPAKP4、シュードモナスウイルスPaP1、バークホルデリアウイルスBcepF1、シュードモナスウイルス141、シュードモナスウイルスAb28、シュードモナスウイルスDL60、シュードモナスウイルスDL68、シュードモナスウイルスF8、シュードモナスウイルスJG024、シュードモナスウイルスKPP12、シュードモナスウイルスLBL3、シュードモナスウイルスLMA2、シュードモナスウイルスPB1、シュードモナスウイルスSN、シュードモナスウイルスPA7、シュードモナスウイルスphiKZ、リゾビウムウイルスRHEph4、ラルストニアウイルスRSF1、ラルストニアウイルスRSL2、ラルストニアウイルスRSL1、アエロモナスウイルス25、アエロモナスウイルス31、アエロモナスウイルスAes12、アエロモナスウイルスAes508、アエロモナスウイルスAS4、ステノトロホモナスウイルスIME13、スタフィロコッカスウイルスIPLAC1C、スタフィロコッカスウイルスSEP1、サルモネラウイルスSPN3US、バチルスウイルス1、ゲオバチルスウイルスGBSV1、エルシニアウイルスR1RT、エルシニアウイルスTG1、バチルスウイルスG、バチルスウイルスPBS1、ミクロシスティスウイルスMa-LMM01、ビブリオウイルスMAR、ビブリオウイルスVHML、ビブリオウイルスVP585、バチルスウイルスBPS13、バチルスウイルスHakuna、バチルスウイルスMegatron、バチルスウイルスWPh、アシネトバクターウイルスAB3、アシネトバクターウイルスAbp1、アシネトバクターウイルスFri1、アシネトバクターウイルスIME200、アシネトバクターウイルスPD6A3、アシネトバクターウイルスPDAB9、アシネトバクターウイルスphiAB1、エシェリキアウイルスK30、クレブシエラウイルスK5、クレブシエラウイルスK11、クレブシエラウイルスKp1、クレブシエラウイルスKP32、クレブシエラウイルスKpV289、クレブシエラウイルスF19、クレブシエラウイルスK244、クレブシエラウイルスKp2、クレブシエラウイルスKP34、クレブシエラウイルスKpV41、クレブシエラウイルスKpV71、クレブシエラウイルスKpV475、クレブシエラウイルスSU503、クレブシエラウイルスSU552A、パンテアウイルスLimelight、パンテアウイルスLimezero、シュードモナスウイルスLKA1、シュードモナスウイルスphiKMV、キサントモナスウイルスf20、キサントモナスウイルスf30、キシレラウイルスPrado、エルウィニアウイルスEra103、エシェリキアウイルスK5、エシェリキアウイルスK1-5、エシェリキアウイルスK1E、サルモネラウイルスSP6、エシェリキアウイルスT7、クライベラウイルスKvp1、シュードモナスウイルスgh1、プロクロロコッカスウイルスPSSP7、シネココッカスウイルスP60、シネココッカスウイルスSyn5、ストレプトコッカスウイルスCp1、ストレプトコッカスウイルスCp7、スタフィロコッカスウイルス44AHJD、ストレプトコッカスウイルスC1、バチルスウイルスB103、バチルスウイルスGA1、バチルスウイルスphi29、クルチアウイルス6、アクチノミセスウイルスAv1、マイコプラズマウイルスP1、エシェリキアウイルス24B、エシェリキアウイルス933W、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルスPA28、エシェリキアウイルスStx2 II、シゲラウイルス7502Stx、シゲラウイルスPOCJ13、エシェリキアウイルス191、エシェリキアウイルスPA2、エシェリキアウイルスTL2011、シゲラウイルスVASD、バークホルデリアウイルスBcep22、バークホルデリアウイルスBcepil02、バークホルデリアウイルスBcepmigl、バークホルデリアウイルスDC1、ボルデテラウイルスBPP1、バークホルデリアウイルスBcepC6B、セルノファーガウイルスCba41、セルノファーガウイルスCba172、ディノロセオバクターウイルスDFL12、エルウィニアウイルスEa9-2、エルウィニアウイルスFrozen、エシェリキアウイルスphiV10、サルモネラウイルスEpsilon15、サルモネラウイルスSPN1S、シュードモナスウイルスF116、シュードモナスウイルスH66、エシェリキアウイルスAPEC5、エシェリキアウイルスAPEC7、エシェリキアウイルスBp4、エシェリキアウイルスEC1UPM、エシェリキアウイルスECBP1、エシェリキアウイルスG7C、エシェリキアウイルスIME11、シゲラウイルスSb1、アクロモバクターウイルスAxp3、アクロモバクターウイルスJWAlpha、エドワージエラウイルスKF1、シュードモナスウイルスKPP25、シュードモナスウイルスR18、シュードモナスウイルスAb09、シュードモナ

スウイルスLIT1、シュードモナスウイルスPA26、シュードモナスウイルスAb22、シュードモナスウイルスCHU、シュードモナスウイルスLUZ24、シュードモナスウイルスPAA2、シュードモナスウイルスPaP3、シュードモナスウイルスPaP4、シュードモナスウイルスTL、シュードモナスウイルスKPP21、シュードモナスウイルスLUZ7、エシェリキアウイルスN4、サルモネラウイルス9NA、サルモネラウイルスSP069、サルモネラウイルスBTP1、サルモネラウイルスHK620、サルモネラウイルスP22、サルモネラウイルスST64T、シゲラウイルスSf6、バチルスウイルスPage、バチルスウイルスPalmer、バチルスウイルスPascal、バチルスウイルスPony、バチルスウイルスPookie、エシェリキアウイルス172-1、エシェリキアウイルスECB2、エシェリキアウイルスNJ01、エシェリキアウイルスphiEco32、エシェリキアウイルスSeptima11、エシェリキアウイルスSU10、ブルセラウイルスPr、ブルセラウイルスTb、エシェリキアウイルスPollock、サルモネラウイルスFSL SP-058、サルモネラウイルスFSL SP-076、ヘリコバクターウイルス1961P、ヘリコバクターウイルスKHP30、ヘリコバクターウイルスKHP40、ハミルトネラウイルスAPSE1、ラクトコッカスウイルスKSY1、フォルミディウムウイルスWMP3、フォルミディウムウイルスWMP4、シュードモナスウイルス119X、ロゼオバクターウイルスSIO1、ビブリオウイルスVpV262、ビブリオウイルスVC8、ビブリオウイルスVP2、ビブリオウイルスVP5、ストレプトマイセスウイルスAmela、ストレプトマイセスウイルスphiCAM、ストレプトマイセスウイルスAaronocolus、ストレプトマイセスウイルスCaliburn、ストレプトマイセスウイルスDanzina、ストレプトマイセスウイルスHydra、ストレプトマイセスウイルスIzzy、ストレプトマイセスウイルスLannister、ストレプトマイセスウイルスLika、ストレプトマイセスウイルスSujidade、ストレプトマイセスウイルスZemlya、ストレプトマイセスウイルスELB20、ストレプトマイセスウイルスR4、ストレプトマイセスウイルスphiHau3、マイコバクテリウムウイルスAcadian、マイコバクテリウムウイルスBaee、マイコバクテリウムウイルスReprobate、マイコバクテリウムウイルスAdawi、マイコバクテリウムウイルスBane1、マイコバクテリウムウイルスBrownCNA、マイコバクテリウムウイルスChrisnmich、マイコバクテリウムウイルスCooper、マイコバクテリウムウイルスJAMaL、マイコバクテリウムウイルスNigel、マイコバクテリウムウイルスStinger、マイコバクテリウムウイルスVincenzo、マイコバクテリウムウイルスZemanar、マイコバクテリウムウイルスApizium、マイコバクテリウムウイルスManad、マイコバクテリウムウイルスOline、マイコバクテリウムウイルスOsmaximus、マイコバクテリウムウイルスPg1、マイコバクテリウムウイルスSoto、マイコバクテリウムウイルスSuffolk、マイコバクテリウムウイルスAthena、マイコバクテリウムウイルスBernardo、マイコバクテリウムウイルスGadjet、マイコバクテリウムウイルスPipefish、マイコバクテリウムウイルスGodines、マイコバクテリウムウイルスRosebush、マイコバクテリウムウイルスBabsiella、マイコバクテリウムウイルスBrujita、マイコバクテリウムウイルスChe9c、マイコバクテリウムウイルスSbash、マイコバクテリウムウイルスHawkeye、マイコバクテリウムウイルスPlot、サルモネラウイルスAG11、サルモネラウイルスEnt1、サルモネラウイルスf18SE、サルモネラウイルスJersey、サルモネラウイルスL13、サルモネラウイルスLSPA1、サルモネラウイルスSE2、サルモネラウイルスSETP3、サルモネラウイルスSETP7、サルモネラウイルスSETP13、サルモネラウイルスSP101、サルモネラウイルスSS3e、サルモネラウイルスwksl3、エシェリキアウイルスK1G、エシェリキアウイルスK1H、エシェリキアウイルスK1ind1、エシェリキアウイルスK1ind2、サルモネラウイルスSP31、リューコノストックウイルスLmd1、リューコノストックウイルスLN03、リューコノストックウイルスLN04、リューコノストックウイルスLN12、リューコノストックウイルスLN6B、リューコノストックウイルスP793、リューコノストックウイルス1A4、リューコノストックウイルスLn8、リューコノストックウイルスLn9、リューコノストックウイルスLN25、リューコノストックウイルスLN34、リューコノストックウイルスLNTR3、マイコバクテリウムウイルスBongo、マイコバクテリウムウイルスRey、マイコバクテリウムウイルスButters、マイコバクテリウムウイルスMichelle、マイコバクテリウムウイルスCharlie、マイコバクテリウムウイルスPipsqueaks、マイコバクテリウムウイルスXeno、マイコバクテリウムウイルスPanchino、マイコバクテリウムウイルスPhrann、マイコバクテリウムウイルスRedi、マイコバクテリウムウイルスSkinnyp、ゴードニアウイルスBaxterFox、ゴードニアウイルスYeezy、ゴードニアウイルスKita、ゴードニアウイルスZirinka、ゴードニア(Gorrdonia)ウイルスNymphadora、マイコバクテリウムウイルスBignuz、マイコバクテリウムウイルスBrusacoram、マイコバクテリウムウイルスDonovan、マイコバクテリウムウイルスFishburne、マイコバクテリウムウイルスJebeks、マイコバクテリウムウイルスMalithi、マイコバクテリウムウイルスPhayonce、エンテロバクターウイルスF20、クレブシエラウイルス1513、クレブシエラウイルスKLPN1、クレブシエラウイルスKP36、クレブシエラウイルスPKP126、クレブシエラウイルスSushi、エシェリキアウイルスAHP42、エシェリキアウイルスAHS24、エシェリキアウイルスAKS96、エシェリキアウイルスC119、エシェリキアウイルスE41c、エシェリキアウイルスEb49、エシェリキアウイルスJk06、エシェリキアウイルスKP26、エシェリキアウイルスRogue1、エシェリキアウイルスACGM12、エシェリキアウイルスRtp、エシェリキアウイルスADB2、エシェリキアウイルスJMPW1、エシェリキアウイルスJMPW2、エシェリキアウイルスT1、シゲラウイルスPSf2、シゲラウイルスShfl1、シトロバクターウイルスStevie、エシェリキアウイルスTLS、サルモネラウイルスSP126、クロノバクターウイルスEsp2949-1、シュードモナスウイルスAb18、シュードモナスウイルスAb19、シュードモナスウイルスPaMx11、アルスロバクターウイルスAmigo、プロピオニバクテリウムウイルスAnatole、プロピオニバクテリウムウイルスB3、バチルスウイルスAndromeda、バチルスウイルスBlastoid、バチルスウイルスCurly、バチルスウイルスEoghan、バチルスウイルスFinn、バチルスウイルスGlittering、バチルスウイルスRiggi、バチルスウイルスTaylor、ゴードニアウイルスAttis、マイコバクテリウムウイルスBarnyard、マイコバクテリウムウイルスKonstantine、マイコバクテリウムウイルスPredator、マイコバクテリウムウイルスBernal13、スタフィロコッカスウイルス13、スタフィロコッカスウイルス77、スタフィロコッカスウイルス108PVL、マイコバクテリウムウイルスBron、マイコバクテリウムウイルスFaith1、マイコバクテリウムウイルスJoedirt、マイコバクテリウムウイルスRumpelstiltskin、ラクトコッカスウイルスbIL67、ラクトコッカスウイルスc2、ラクトバチルスウイルスc5、ラクトバチルスウイルスLd3、ラクトバチルスウイルスLd17、ラクトバチルスウイルスLd25A、ラクトバチルスウイルスLLKu、ラクトバチルスウイルスphiLdb、セルロファーガウイルスCba121、セルロファーガウイルスCba171、セルロファーガウイルスCba181、セルロファーガウイルスST、バチルスウイルス250、バチルスウイルスIEBH、マイコバクテリウムウイルスArdmore、マイコバクテリウムウイルスAvani、マイコバクテリウムウイルスBoomer、マイコバクテリウムウイルスChe8、マイコバクテリウムウイルスChe9d、マイコバクテリウムウイルスDeadp、マイコバクテリウムウイルスDlane、マイコバクテリウムウイルスDorothy、マイコバクテリウムウイルスDotproduct、マイコバクテリウムウイルスDrago、マイコバクテリウムウイルスFruitloop、マイコバクテリウムウイルスGumbie、マイコバクテリウムウイルスIbhubesi、マイコバクテリウムウイルスLlij、マイコバクテリウムウイルスMozy、マイコバクテリウムウイルスMutaforma13、マイコバクテリウムウイルスPacc40、マイコバクテリウムウイルスPMC、マイコバクテリウムウイルスRamsey、マイコバクテリウムウイルスRockyhorror、マイコバクテリウムウイルスSG4、マイコバクテリウムウイルスShauna1、マイコバクテリウムウイルスShilan、マイコバクテリウムウイルスSpartacus、マイコバクテリウムウイルスTaj、マイコバクテリウムウイルスTweety、マイコバクテリウムウイルスWee、マイコバクテリウムウイルスYoshi、サルモネラウイルスChi、サルモネラウイルスFSLSP030、サルモネラウイルスFSLSP088、サルモネラウイルスiEPS5、サルモネラウイルスSPN19、マイコバクテリウムウイルス244、マイコバクテリウムウイルスBask21、マイコバクテリウムウイルスCJW1、マイコバクテリウムウイルスEureka、マイコバクテリウムウイルスKostya、マイコバクテリウムウイルスPorky、マイコバクテリウムウイルスPumpkin、マイコバクテリウムウイルスSirduracell、マイコバクテリウムウイルスToto、マイコバクテリウムウイルスCorndog、マイコバクテリウムウイルスFirecracker、ロドバクターウイルスRcCronus、シュードモナスウイルスD3112、シュードモナスウイルスDMS3、シュードモナスウイルスFHA0480、シュードモナスウイルスLPB1、シュードモナスウイルスMP22、シュードモナスウイルスMP29、シュードモナスウイルスMP38、シュードモナスウイルスPA1KOR、シュードモナスウイルスD3、シュードモナスウイルスPMG1、アルスロバクターウイルスDecurro、ゴードニアウイルスDemosthenes、ゴードニアウイルスKatyusha、ゴードニアウイルスKvothe、プロピオニバクテリウムウイルスB22、プロピオニバクテリウムウイルスDoucette、プロピオニバクテリウムウイルスE6、プロピオニバクテリウムウイルスG4、バークホルデリアウイルスphi6442、バークホルデリアウイルスphi1026b、バークホルデリアウイルスphiE125、エドワージエラウイルスeiAU、マイコバクテリウムウイルスFf47、マイコバクテリウムウイルスMuddy、マイコバクテリウムウイルスGaia、マイコバクテリウムウイルスGiles、アルスロバクターウイルスCaptnmurica、アルスロバクターウイルスGordon、ゴードニアウイルスGordTnk2、パエニバチルスウイルスHarrison、エシェリキアウイルスEK99P1、エシェリキアウイルスHK578、エシェリキアウイルスJL1、エシェリキアウイルスSSL2009a、エシェリキアウイルスYD2008s、シゲラウイルスEP23、Sodalis 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ビブリオウイルスMAR10、ビブリオウイルスSSP002、エシェリキアウイルスAKFV33、エシェリキアウイルスBF23、エシェリキアウイルスDT57C、エシェリキアウイルスEPS7、エシェリキアウイルスFFH1、エシェリキアウイルスH8、エシェリキアウイルスslur09、エシェリキアウイルスT5、サルモネラウイルス118970sal2、サルモネラウイルスShivani、サルモネラウイルスSPC35、サルモネラウイルスStitch、アルスロバクターウイルスTank、ツカムレラウイルスTIN2、ツカムレラウイルスTIN3、ツカムレラウイルスTIN4、ロドバクターウイルスRcSpartan、ロドバクターウイルスRcTitan、マイコバクテリウムウイルスAnaya、マイコバクテリウムウイルスAngelica、マイコバクテリウムウイルスCrimd、マイコバクテリウムウイルスFionnbarth、マイコバクテリウムウイルスJaws、マイコバクテリウムウイルスLarva、マイコバクテリウムウイルスMacncheese、マイコバクテリウムウイルスPixie、マイコバクテリウムウイルスTM4、バチルスウイルスBMBtp2、バチルスウイルスTP21、ゲオバチルスウイルスTp84、スタフィロコッカスウイルス47、スタフィロコッカスウイルス3a、スタフィロコッカスウイルス42e、スタフィロコッカスウイルスIPLA35、スタフィロコッカスウイルスphi12、スタフィロコッカスウイルスphiSLT、マイコバクテリウムウイルス32HC、ロドコッカスウイルスRGL3、パエニバチルスウイルスVegas、ゴードニアウイルスVendetta、バチルスウイルスWbeta、マイコバクテリウムウイルスWildcat、ゴードニアウイルスTwister6、ゴードニアウイルスWizard、ゴードニアウイルスHotorobo、ゴードニアウイルスMonty、ゴードニアウイルスWoes、キサントモナスウイルスCP1、キサントモナスウイルスOP1、キサントモナスウイルスphil7、キサントモナスウイルスXop411、キサントモナスウイルスXp10、ストレプトマイセスウイルスTP1604、ストレプトマイセスウイルスYDN12、アルファプロテオバクテリアウイルスphiJl001、シュードモナスウイルスLKO4、シュードモナスウイルスM6、シュードモナスウイル

スMP1412、シュードモナスウイルスPAE1、シュードモナスウイルスYua、シュードアルテロモナスウイルスPM2、シュードモナスウイルスphi6、シュードモナスウイルスphi8、シュードモナスウイルスphi12、シュードモナスウイルスphi13、シュードモナスウイルスphi2954、シュードモナスウイルスphiNN、シュードモナスウイルスphiYY、ビブリオウイルスfs1、ビブリオウイルスVGJ、ラルストニアウイルスRS603、ラルストニアウイルスRSM1、ラルストニアウイルスRSM3、エシェリキアウイルスM13、エシェリキアウイルスI22、サルモネラウイルスIKe、アコレプラズマウイルスL51、ビブリオウイルスfs2、ビブリオウイルスVFJ、エシェリキアウイルスIf1、プロピオニバクテリウムウイルスB5、シュードモナスウイルスPf1、シュードモナスウイルスPf3、ラルストニアウイルスPE226、ラルストニアウイルスRSS1、スピロプラズマウイルスSVTS2、ステノトロホモナスウイルスPSH1、ステノトロホモナスウイルスSMA6、ステノトロホモナスウイルスSMA7、ステノトロホモナスウイルスSMA9、ビブリオウイルスCTXphi、ビブリオウイルスKSF1、ビブリオウイルスVCY、ビブリオウイルスVf33、ビブリオウイルスVfO3K6、キサントモナスウイルスCf1c、スピロプラズマウイルスC74、スピロプラズマウイルスR8A2B、スピロプラズマウイルスSkV1CR23x、エシェリキアウイルスFI、エシェリキアウイルスQbeta、エシェリキアウイルスBZ13、エシェリキアウイルスMS2、エシェリキアウイルスalpha3、エシェリキアウイルスID21、エシェリキアウイルスID32、エシェリキアウイルスID62、エシェリキアウイルスNC28、エシェリキアウイルスNC29、エシェリキアウイルスNC35、エシェリキアウイルスphiK、エシェリキアウイルスSt1、エシェリキアウイルスWA45、エシェリキアウイルスG4、エシェリキアウイルスID52、エシェリキアウイルスTalmos、エシェリキアウイルスphiX174、ブデロビブリオウイルスMAC1、ブデロビブリオウイルスMH2K、クラミジアウイルスChp1、クラミジアウイルスChp2、クラミジアウイルスCPAR39、クラミジアウイルスCPG1、スピロプラズマウイルスSpV4、アコレプラズマウイルスL2、シュードモナスウイルスPR4、シュードモナスウイルスPRD1、バチルスウイルスAP50、バチルスウイルスBam35、バチルスウイルスGIL16、バチルスウイルスWip1、エシェリキアウイルスphi80、エシェリキアウイルスRB42、エシェリキアウイルスT2、エシェリキアウイルスT3、エシェリキアウイルスT6、エシェリキアウイルスVT2-Sa、エシェリキアウイルスVT1-Sakai、エシェリキアウイルスVT2-Sakai、エシェリキアウイルスCP-933V、エシェリキアウイルスP27、エシェリキアウイルスStx2phi-I、エシェリキアウイルスStx1phi、エシェリキアウイルスStx2phi-II、エシェリキアウイルスCP-1639からなる群において選択され、エシェリキアウイルスBP-4795、エシェリキアウイルス86、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルス2851、エシェリキアウイルス1717、エシェリキアウイルスYYZ-2008、エシェリキアウイルスEC026_P06、エシェリキアウイルスECO103_P15、エシェリキアウイルスECO103_P12、エシェリキアウイルスECO111_P16、エシェリキアウイルスECO111_P11、エシェリキアウイルスVT2phi_272、エシェリキアウイルスTL-2011c、エシェリキアウイルスP13374、エシェリキアウイルスSp5に基づく。

一実施形態では、細菌ウイルス粒子は、典型的には、大腸菌を標的化し、BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4、Sl、Wφ、φK13、φl、φ2、φ7、φ92、7 A、8φ、9φ、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I、Ox-2、Ox-3、Ox-4、Ox-5、Ox-6、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、T4、T6、T35、αl、1、IA、3、3A、3T+、5φ、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、T3、T7、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、PA-2、q、S2、Tl、)、T3C、T5、UC-I、w、β4、γ2、λ、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J及び933Hからなる群において選択されるバクテリオファージのキャプシドを含む。

したがって、本発明は、上で定義される標的化されたレシーバー細菌細胞中への目的の核酸のインビボ送達で使用するための、上で定義される細菌送達ビヒクルにも関しており、前記細菌送達ビヒクルは本発明のベクターを含む。

ドナー細菌細胞
本出願の文脈では、用語「ドナー細菌細胞」とは、ベクター若しくはプラスミドの宿主となる細菌細胞、生産細胞株、又は別の細菌に接合性プラスミドを移入することができる細菌のことである。

本発明は、本発明のベクターを含む又は本発明の細菌送達ビヒクルを産生するドナー細菌細胞にも関し、前記ドナー細菌細胞は本発明のベクターを安定的に含み、前記ベクターを複製することができる。

特定の実施形態では、前記ベクターの条件付きの複製起点が、その複製が所与のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せの存在に依存している複製起点である場合、前記ドナー細菌細胞は前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せを発現する。好ましくは、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せは、上の「条件付きの複製起点」のセクションで定義されるトランスで発現される。

特定の実施形態では、前記ドナー細菌細胞は、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せをコードする核酸を安定的に含む。

特定の実施形態では、前記複製起点がファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に由来する場合、前記条件付きの複製起点は、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特に、プライマーゼ-ヘリカーゼ、特に、配列番号8の配列のプライマーゼ-ヘリカーゼを発現するので、前記ドナー細菌細胞では活性である。

特定の実施形態では、前記ドナー細菌細胞は、前記repタンパク質、特に、前記プライマーゼ-ヘリカーゼをコードする核酸であって、典型的には、配列番号9の配列を含むか又はそれからなる前記核酸を安定的に含む。

特定の実施形態では、前記ドナー細菌細胞は、生産細胞株、特に、本発明のベクターを含むパッケージされたファージミドを産生する細胞株である。

生産細胞株によるパッケージされたファージミド及びバクテリオファージ粒子の生成は当業者には周知の常用技法である。実施形態では、サテライトファージ及び/又はヘルパーファージを使用して、本明細書で開示される送達ビヒクルでのベクターのパッケージングを促進してもよい。ヘルパーファージは機能をトランスで提供し、当業者には周知である。ヘルパーファージは、パッケージされるファージミドに欠かせない構造及び機能タンパク質をコードするすべての遺伝子を含む(すなわち、ヘルパーファージは送達ビヒクルの構築に必要なすべての遺伝子産物を提供する)。ヘルパーファージは、欠損にある複製起点若しくはパッケージングシグナルを含有している又は完全に後者を欠いていてもよく、それゆえに、ヘルパーファージは自己パッケージングできず、したがって、ベクター又はプラスミドを保有する細菌送達粒子だけが産生される。ヘルパーファージは、送達粒子産生に使用される細菌細胞の溶解を誘導できないように選択することができる。当業者は、いくつかのバクテリオファージは欠陥があり、ペイロードのパッケージングのためにヘルパーファージを必要とすることを理解するであろう。したがって、当業者は、細菌送達粒子を調製するために選択されたバクテリオファージに応じて、ヘルパーファージが必要であるか否かを知っているであろう。パッケージングされたペイロードの組立て又は作製にとって必要な1つ又は複数のタンパク質をコードする配列又は調節プロセスがトランスで供給され得る。例えば、STF、gpJ及びgpHタンパク質は誘導性プロモーターの制御下のプラスミドで提供される又は構成的に発現されてもよい。この場合、ファージ野生型配列は、トランスで供給される遺伝子又は配列の欠失を含有してもしなくてもよい。更に、操作されたSTF、gpJ、又はgpHタンパク質のように、新しい機能をコードするキメラファージ配列又は改変されたファージ配列は、直接介助ファージのゲノムにおける望ましい位置に挿入されるかもしれない。したがって、トランスにおける改変された配列を提供する必要性が回避される。プラスミドの形態にてトランスで配列又はタンパク質を供給する方法、並びに直接的なゲノムの挿入、改変、及び変異を生じさせる方法の両方は、当業者に周知である。

特定の実施形態では、前記ヘルパーファージは、配列番号12の配列を含むか又はそれからなるキメラSTFをコードする核酸配列であって、典型的には配列番号13の配列を含むか又はそれからなる核酸配列を含み、前記ヘルパーファージは、任意選択的に、配列番号14の配列を含むか又はそれからなるキメラgpJバリアントをコードする核酸配列であって、典型的には配列番号15の配列を含むか又はそれからなる核酸配列を更に含む。

特定の実施形態では、前記ヘルパーファージはラムダプロファージであり、(i)野生型STFタンパク質をコードする核酸は、配列番号12の配列を含むか又はそれからなるキメラSTFをコードする核酸配列であって、典型的には配列番号13の配列を含むか又はそれからなる核酸配列により置き換えられており、(ii)野生型gpJタンパク質をコードする核酸は、配列番号14の配列を含むか又はそれからなるキメラgpJバリアントをコードする核酸配列であって、典型的には配列番号15の配列を含むか又はそれからなる核酸配列により置き換えられており、(iii)Cos部位は取り除かれており、任意選択的に(iv)ヘルパーファージは、Sam7変異などの自発的細胞溶解を妨げる変異を含有し、(v)ヘルパープロファージは、cI857バージョンなどのマスターcIリプレッサーの温度感受性バージョンを含有する。

特定の実施形態では、本発明のドナー細菌細胞は上で定義されるヘルパーファージを含む。

疾患の処置-美容処置
本発明の調節方法で使用されるベクターは、細菌送達ビヒクルで又は前記ベクターをレシーバー細菌細胞に送達するドナー細菌細胞を通じてそのように投与され得る。前記ベクター、細菌送達ビヒクル又はドナー細菌細胞は、もっと詳細には、前記ベクター、細菌送達ビヒクル又はドナー細菌細胞及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物又は化粧用組成物の形態で投与され得る。

一般的には、医薬又は美容使用では、ベクター、細菌送達ビヒクル又はドナー細菌細胞は、少なくとも1つのベクター、細菌送達ビヒクル又はドナー細菌細胞、及び少なくとも1つの薬学的に又は美容的に許容される担体、希釈剤又は賦形剤、並びに、任意選択的に、1つ又は複数のさらなる薬学的に又は美容的に活性な化合物を含む医薬又は化粧品調製物又は組成物として製剤化され得る。そのような製剤は、経口投与、非経口投与(例えば、静脈内、筋肉内若しくは皮下注射、又は静脈内注入による)、局所投与、吸入、皮膚パッチ、移植、坐薬等による投与、とって好適な形態であり得る。特定の実施形態において、前記組成物は、経口投与用である。そのような投与形態は、投与の方式及び経路に応じて、固体、半固体又は液体であり得る。例えば、経口投与用の製剤は、ベクター、細菌送達ビヒクル又はドナー細菌細胞が製剤中で胃環境に耐えて腸に移行することを可能にする腸溶コーティングを施して提供してもよい。更に一般的には、経口投与用のベクター製剤、細菌送達ビヒクル製剤又はドナー細菌細胞製剤は、消化管のいかなる所望の部分にでも送達するために適切に製剤化され得る。更に、消化管中への送達に適切な坐薬を使用してもよい。医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物に有用である種々の薬学的に又は美容的に許容される担体、希釈剤及び賦形剤は当業者には公知である。

本発明に従った医薬組成物又は獣医学用組成物は、薬学的に許容されるビヒクルを更に含んでよい。本発明の化粧用組成物は、美容的に許容されるビヒクルを更に含んでよい。固体の薬学的又は美容的に許容されるビヒクルは、風味剤、潤滑剤、可溶化剤、懸濁化剤染料、充填剤、滑沢剤、圧縮補助剤(compression aid)、不活性結合剤、甘味料、防腐剤、染料、コーティング剤、又は錠剤崩壊剤としても作用し得る1つ又は複数の物質を含み得る。好適な固体ビヒクルとしては、例えば、リン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム;タルク糖、ラクトース、デキストリン、デンプン、ゼラチン、セルロース、ポリビニルピロリドン、低融点ワックス、及びイオン交換樹脂が挙げられる。

医薬組成物又は獣医学用又は化粧用組成物は、滅菌水、生理食塩水、又は他の適切な滅菌注射可能培地を使用して、投与時に懸濁し得る滅菌固体組成物として調製され得る。本発明の医薬組成物又は獣医学用又は化粧用組成物は、他の溶質又は懸濁剤(例えば、溶液を等張にするのに十分な生理食塩水又はグルコース)、胆汁酸塩、アカシア、ゼラチン、モノオレイン酸ソルビタン(sorbitan monoleate)、ポリソルベート80(ソルビトールのオレイン酸エステル及びエチレンオキシドで共重合されたその無水物)等を含有する滅菌溶液又は懸濁液の形態で経口投与され得る。本開示による粒子はまた、液体又は固体組成物の形態のいずれかで経口投与され得る。経口投与に好適な組成物は、丸薬、カプセル剤、顆粒剤、錠剤、及び粉末剤等の固体形態、並びに液剤、シロップ剤、エリキシル剤、及び懸濁液剤等の液体形態を含む。経腸投与に有用な形態は、滅菌溶剤、乳剤、及び懸濁液剤を含む。

本明細書で開示されるベクター、細菌送達ビヒクル又はドナー細菌細胞は、水、有機溶剤、その両方の混合物などの薬学的に若しくは美容的に許容される液体ビヒクル又は薬学的に許容される油若しくは脂肪に溶解させる又は懸濁させてもよい。液体ビヒクルは、他の好適な薬学的又は化粧用添加剤、例えば、可溶化剤、乳化剤、緩衝剤、保存剤、甘味剤、香味剤、懸濁剤、増粘剤、着色剤、粘度調整剤、安定剤又は浸透圧調整剤を含有し得る。経口及び経腸投与のための液体ビヒクルの好適な例は、水(部分的に、上記のような添加剤、例えばセルロース誘導体、好ましくはカルボキシメチルセルロースナトリウム溶液を含有する)、アルコール(一価アルコール及び多価アルコール、例えばグリコールを含む)及びこれらの誘導体、並びに油(例えば、ヤシ油及び落花生油)を含む。非経口投与の場合、ビヒクルは、油性エステル、例えば、オレイン酸エチル及びミリスチン酸イソプロピルでもあり得る。滅菌液体ビヒクルは、経腸投与のための滅菌液体形態組成物に有用である。圧縮組成物のための液体ビヒクルは、ハロゲン化炭化水素又は他の薬学的又は美容的に許容される噴霧剤であり得る。

一部の実施形態では、本発明は、遅延又は徐々の腸溶放出用に製剤化された医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物を包含する。好ましい実施形態では、本発明の製剤又は医薬若しくは化粧品調製物は、遠位小腸及び/又は結腸中へのベクターの送達用に製剤化される。製剤は、ベクターが、胃酸及び膵臓酵素及び胆汁を通過し、損傷せずに遠位小腸及び結腸に到達して、そこで生存可能にさせておくことができる。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、マイクロカプセル化される、錠剤に形成される及び/又はカプセル、好ましくは腸溶コーティングされたカプセル中に置かれる。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、酢酸セルロース(CA)及びポリエチレングリコール(PEG)を使用して、遅延又は徐々の腸溶放出用に製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、ヒドロキシプロピルメチルセルロース(HPMC)、微結晶セルロース(MCC)及びステアリン酸マグネシウムを使用して、遅延又は徐々の腸溶放出用に製剤化される。医薬組成物又は獣医学用組成物は、例えば、ポリ(メタ)クリル酸、例えば、メタクリル酸コポリマーB、メタクリル酸メチル及び/若しくはメタクリル酸エステル、又はポリビニルピロリドン(PVP)を使用して、遅延又は徐々の腸溶放出用に製剤化される。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、アクリルポリマー、セルロース、ワックス、脂肪酸、シェラック、ゼイン、水添植物油、水添ひまし油、ポリビニルピロリドン、酢酸ビニルコポリマー、ビニルアルコールコポリマー、ポリエチレンオキシド、アクリル酸とメタクリル酸のコポリマー、メタクリル酸メチルコポリマー、メタクリル酸エトキシエチルポリマー、メタクリル酸シアノエチルポリマー、メタクリル酸アミノアルキルコポリマー、ポリ(アクリル酸)、ポリ(メタクリル酸)、メタクリル酸アルキルアミドコポリマー、ポリ(メタクリル酸メチル)、ポリ(メタクリル酸無水物)、メタクリル酸メチルポリマー、ポリメタクリル酸、ポリ(メタクリル酸メチル)コポリマー、ポリアクリルアミド、メタクリル酸アミノアルキルコポリマー、メタクリル酸グリシジルコポリマー、メチルセルロース、エチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム、架橋ヒドロキシプロピルセルロース、天然ワックス、合成ワックス、脂肪アルコール、脂肪酸、脂肪酸エステル、脂肪酸グリセリド、硬化脂肪、炭化水素蝋、ステアリン酸、ステアリルアルコール、蜜蝋、グリコワックス、キャスターワックス、カルナバワックス、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、乳酸とグリコール酸のコポリマー、カルボキシメチルデンプン、メタクリル酸カリウム/ジビニルベンゼンコポリマー、架橋ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコール、ポリビニルアルコールコポリマー、ポリエチレングリコール、非架橋ポリビニルピロリドン、ポリ酢酸ビニル、ポリビニルアセテートコポリマー又はその任意の組合せなどの放出遅延マトリックス材を使用して、遅延又は徐々の腸溶放出用に製剤化される。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物は、米国特許出願公開第20110218216号に記載される通りに、遅延又は徐々の腸溶放出用に製剤化され、前記特許文献は、経口投与用の持続放出医薬組成物を記載しており、親水性ポリマー、疎水性物質及び疎水性ポリマー又はその混合物を微小環境pH調節剤と一緒に使用している。疎水性ポリマーは、エチルセルロース、酢酸セルロース、プロピオン酸セルロース、酪酸セルロース、メタクリル酸-アクリル酸コポリマー又はその混合物であり得る。親水性ポリマーは、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリエチレンオキシド、アクリル酸コポリマー又はその混合物であり得る。疎水性物質は、水添植物油、水添ひまし油、カルナバワックス、キャンデリラワックス、蜜蝋、パラフィンワックス、ステアリン酸、ベヘン酸グリセリル、セチルアルコール、セトステアリルアルコール又はその混合物であり得る。微小環境pH調節剤は、無機酸、アミノ酸、有機酸又はその混合物であり得る。代わりに、微小環境pH調節剤は、ラウリル酸、ミリスチン酸、酢酸、安息香酸、パルミチン酸、ステアリン酸、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、アジピン酸、セバシン酸、フマル酸、マレイン酸;グリコール酸、乳酸、リンゴ酸、酒石酸、クエン酸、クエン酸二水素ナトリウム、グルコン酸、サリチル酸、トシル酸、メシル酸若しくはリンゴ酸又はその混合物であり得る。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、錠剤又は坐薬中に含むことができる粉末である。別の実施形態では、本発明の製剤又は医薬若しくは化粧品調製物は、飲む又は他の方法で投与される液体として「再構成用の粉末」であり得る。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、クリーム、ゲル、ローション、液体、飼料、又はエアゾールスプレーで投与可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは当技術分野で公知の任意の物質及び当技術分野で公知の任意の技術を使用して固体表面に固定化される、例えば、米国特許第7,482,115号で概説されている技術を使用してのポリマービーズ上へのバクテリオファージの固定化であるが、これに限定されない。前記特許文献は参照により本明細書に組み込まれる。ファージは、被覆ビーズをエアゾール、クリーム、ゲル又は液体に添加できるように、適切なサイズのポリマービーズ上に固定化してよい。ポリマービーズのサイズは、約0.1μm～500μm、例えば、50μm～100μmでよい。被覆ポリマービーズは、ペレット飼料及び任意の他の型の飼料を含む動物用飼料に組み込まれる、ファージを動物に提供するのに使用される任意の他の食用デバイスに組み込まれる、動物にボウルで提供される水に添加される、給水方式を通じて動物に提供されてもよい。一部の実施形態では、クリーム、ゲル、エアゾールスプレー及び同類のものを使用する表面創傷及び他の表面感染の処置用に組成物が使用される。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、吸入により、坐薬若しくはペッサリーの形で、局所的に(例えば、ローション、溶液、クリーム、軟膏又は粉剤の形で)、表皮的に若しくは経皮的に(例えば、皮膚パッチを使用することにより)、経口的に(例えば、錠剤として、これはデンプン又はラクトースなどの賦形剤を含有してよい)、カプセル、腔坐剤(ovule)、エリキシル、溶液、若しくは懸濁液(それぞれが任意選択的に風味付け、着色剤、及び/又は賦形剤を含有する)として投与可能であり、又は組成物は非経口的に(例えば、静脈内に、筋肉内に又は皮下に)注射できる。非経口投与では、組成物は、他の物質、例えば、溶液を血液と等張にするのに十分な塩又は単糖を含有していてよい無菌水溶液の形態で使用し得る。頬側又は舌下投与では、組成物は、従来のやり方で製剤化できる錠剤又はトローチ剤の形態で投与してよい。好ましい実施形態では、本発明のバクテリオファージ及び/又はポリペプチドは、本明細書に記載される又は当技術分野で公知である通りに、単剤として又は他の抗生物質処置と併用して局所的に投与される。

一部の実施形態では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、皮膚に又は経皮的にも投与することができる。皮膚への局所適用では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、1つの担体又は担体の組合せと併用でき、この担体は、水溶液、アルコールベースの液体、水溶性ゲル、ローション、軟膏、非水液体ベース、鉱物油ベース、鉱油とワセリンの混合物、ラノリン、リポソーム、血清アルブミン又はゼラチンなどのタンパク質担体、粉末セルロースカルメル、及びその組合せを含むことができるがこれらに限定されない。局所的送達様式は、スメア、スプレー、包帯、持続放出型のパッチ、液体吸収ワイプ、及びその組合せを含んでよい。医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、直接的に又は担体で、パッチ、ワイプ、包帯、等に塗布することができる。パッチ、ワイプ、包帯、等は湿気がある又は乾燥していてもよく、ファージ及び/又はポリペプチド(例えば、溶解素)はパッチ上で凍結乾燥形態である。局所的組成物の担体は、ポリマー増粘剤、水、保存剤、活性界面活性剤、又は乳化剤、抗酸化剤、日焼け止め、及び溶媒又は混合溶媒系を含む半固体及びゲル用ビヒクルを含んでよい。米国特許第5,863,560号は、医薬への皮膚の曝露を支援することができるいくつかの異なる担体組合せを開示しており、その内容は本明細書に組み込まれる。

鼻腔内又は吸入による投与では、医薬組成物又は獣医学用組成物又は化粧用組成物は、適切な推進剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、1,1,1,2-テトラフルオロエタン若しくは1,1,1,2,3,3,3-ヘプタフルオロプロパンなどのヒドロフルオロアルカン、二酸化炭素、又は他の適切なガスを使用して、乾燥粉末吸入器又は加圧容器、ポンプ、スプレー、若しくはネブライザーからのエアゾールスプレー提示の形態で都合よく送達される。加圧エアゾールの場合、投薬単位は計量された量を送達するバルブを提供することにより決定してよい。加圧容器、ポンプ、スプレー、又はネブライザーは、例えば、エタノールと溶媒としての推進剤の混合物を使用して、活性化合物の溶液又は懸濁液を含有してよく、これは更に潤滑剤、例えば、ソルビタントリオレエートを含有してもよい。吸入器又は注入器において使用するためのカプセル及びカートリッジ(例えば、ゼラチン製の)は、本発明のバクテリオファージ及び/又はポリペプチドの粉末混合物並びにラクトース又はデンプンなどの適切な粉末ベースを含有するように製剤化され得る。

坐薬又はペッサリーの形での投与では、医薬組成物又は獣医学用組成物は、ゲル、ハイドロゲル、ローション、溶液、クリーム、軟膏、又は粉剤の形で局所的に適用可能である。本発明の組成物は、眼経路により投与してもよい。眼科用では、本発明の組成物は、等張、pH調整、減菌食塩水中微粒子化懸濁液として、又は好ましくは、任意選択的に、塩化ベンザルコニウムなどの保存剤と組み合わせて、等張、pH調整、減菌食塩水中の溶液として製剤化することが可能である。代わりに、本発明の組成物は、ワセリンなどの軟膏で製剤化してもよい。

本発明の医薬組成物及び獣医学用組成物の投薬量及び所望の薬剤濃度は、特定の使用に応じて変動し得る。適切な投薬量又は投与経路の決定は、普通の医師の技術の範囲内である。動物実験をすれば、ヒト治療で効果的な用量の決定に向けての信頼できる手引きとなれる。

経皮投与の場合、医薬組成物又は獣医学用組成物は、軟膏、クリーム又はゲルの形態に製剤化することができ、例えば、ジメチルスルホキシド、ジメチルアセトアミド及びジメチルホルムアミド等の適切な浸透剤又は界面活性剤を使用して浸透を促進させることができる。

経粘膜投与の場合、鼻腔用スプレー、直腸又は腟坐薬が使用され得る。活性化合物は、当技術分野で公知の方法によって、公知の坐薬基剤のいずれかに組み込まれ得る。このような基剤の例としては、カカオバター、ポリエチレングリコール(カーボワックス)、ポリエチレンモノステアリン酸ソルビタン、及びこれらの融点又は溶解速度を改変する他の適合性材料との混合物が挙げられる。

特定の実施形態では、本発明の組成物は、少なくとも1つの追加の活性成分、例えば、プレバイオティック剤及び/若しくはプロバイオティック剤及び/若しくは抗生物質、並びに/又は別の抗菌若しくは抗バイオフィルム剤、並びに/又は細菌へのベクターのターゲティング及び/若しくは細菌中へのベクターの送達を増強する任意の薬剤を更に含んでよい。

本明細書において使用される場合、「プレバイオティクス」は、特定の変化を可能にする成分宿主に恩恵を与え得る胃腸の微生物叢における組成及び/又は活性の両方において特定の変化を可能にする成分を意味する。プレバイオティクスは、食べられる食品又は飲料又はそれらの成分であり得る。プレバイオティクスは、選択的に発酵させた成分であってもよい。プレバイオティクスは、複合炭水化物、アミノ酸、ペプチド、ミネラル、又は細菌組成の生存のために必須の他の栄養成分を含み得る。プレバイオティクスとしては、これらに限定されるわけではないが、アミノ酸、ビオチン、フラクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、ヘミセルロース(例えば、アラビノキシラン、キシラン、キシログルカン、及びグルコマンナン)、イヌリン、キチン、ラクツロース、マンナンオリゴ糖、オリゴフルクトース強化イヌリン、ガム類(例えば、グアーゴム、アラビアゴム、及びカラジーナン)、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、難消化性デキストリン(例えば、レジスタントスターチ)、トランス-ガラクトオリゴ糖、ペクチン(例えば、キシロガラクツロナン、柑橘類ペクチン、リンゴペクチン、及びラムノガラクツロナン-I)、食物繊維(例えば、大豆繊維、テンサイ繊維、エンドウ繊維、コーンブラン、及びオート麦繊維)、及びキシロオリゴ糖が挙げられる。

本明細書において使用される場合、「プロバイオティクス」は、適切な量を摂取した場合、腸内生態系を強化することにより宿主生物に対して有益効果を有するような、生きた微生物に基づく栄養補助極品を意味する。プロバイオティクスは、1つ又は複数のプレバイオティクスの有無における、非病原性細菌又は真菌集団、例えば、例えば、抗炎症性細菌集団等の免疫調整性細菌集団、を含み得る。それらは、腸管内菌叢に対してバランス作用を発揮することができる十分に多い数の生きた及び活性なプロバイオティクス微生物を含有する。本説明の目的のために、用語「プロバイオティクス」は、プロバイオティクスの任意の生物学的に活性な形態、好ましくは、これらに限定されるわけではないが、乳酸桿菌(lactobacilli)、ビフィズス菌(bifidobacteria)、連鎖球菌(streptococci)、腸球菌(enterococci)、プロピオン酸菌(propionibacteria)、又は酵母菌(saccharomycete)等、を意味するために使用されるが、正常な腸管内菌叢を構築する他の微生物さえ、或いはこれらの微生物の細菌壁又はDNAの断片も、を意味するために使用されることに留意しなければならない。これらの組成物は、ヒト及び他の哺乳動物対象への安全な投与のために好適であることにおいて有利であり、並びに細菌感染症等の細菌によって引き起こされる疾患又は障害の治療、予防にとって有効である。プロバイオティクスとしては、これらに限定されるわけではないが、乳酸桿菌、ビフィズス菌、連鎖球菌、腸球菌、プロピオン酸菌、酵母菌、乳酸桿菌、ビフィズス菌、プロテオバクテリアが挙げられる。

特定の実施形態では、前記プロバイオティック剤は本発明のベクターによる影響を受けない。特定の実施形態では、前記ベクターが細菌送達ビヒクルに含まれる場合、前記ビヒクルは前記プロバイオティック剤に結合する場合があるが、前記プロバイオティック剤は前記ベクターの影響を受けない。別の実施形態では、前記ベクターが細菌送達ビヒクルに含まれる場合、前記ビヒクルは前記プロバイオティック剤に結合せず、前記プロバイオティック剤は前記ベクターの影響を受けない。

特定の実施形態では、前記ベクターの効果は、追加の活性成分の効果との相乗作用を誘導する又は増やす。更に詳細な実施形態では、前記ベクターは前記プロバイオティック剤が前記宿主生物中に生着するのを可能にする。

抗生物質は、ペニシリン、例えば、ペニシリンG、ペニシリンK、ペニシリンN、ペニシリンO、ペニシリンV、メチシリン、ベンジルペニシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、アンピシリン、アモキシシリン、ピバンピシリン、ヘタシリン、バカンピシリン、メタンピシリン、タランピシリン、エピシリン、カルベニシリン、チカルシリン、テモシリン、メズロシリン、及びピペラシリン等;セファロスポリン、例えば、セファセトリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファトリジン、セファザフル、セファゼドン、セファゾリン、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セホニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、ロラカルベフ、セフブペラゾン、セフミノクス、セフォテタン、セフォキシチン、セホチアム、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフェタメト、セフィキシム、セフメノキシム、セフォジジム、セホタキシム、セフォベシン、セフピミゾール、セフポドキシム、セフテラム、セフォベシン、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セホペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、セフタロリン、セフトロザン、セファロラム、セファパロール、セフカネル、セフェドロロール、セフェムピドン、セフェトリゾール、セフィビトリル、セフマチレン、セフメピジウム、セフォキサゾール、セフロチル、セフスミド、セフチオキシド、セフラセチム、及びニトロセフィン等;ポリミキシン、例えば、ポリスポリン、ネオスポリン、ポリミキシンB、及びポリミキシンE、リファンピシン、例えば、リファンピシン、リファペンチン、及びリファキシミン等;フィダキソマイシン;キノロン、例えば、シノキサシン、ナリジクス酸、オキソリン酸、ピロミド酸、ピペミド酸、ロソキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、ロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ペフロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、パズフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、モキシフロキサシン、シタフロキサシン、トロバフロキサシン、プルリフロキサシン、デラフロキサシン、ネモノキサシン、及びザボフロキサシン等;スルホンアミド、例えば、スルファフラゾール、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファメタジン、スルファフラゾール、スルフィソミジン、スルファドキシン、スルファメトキサゾール、スルファモキソール、スルファニトラン、スルファジメトキシン、スリファメトキシピリダジン、スルファメトキシジアジン、スルファドキシン、スルファメトピラジン、及びテレフチル等;マクロリド、例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フィダキソマイシン、テリスロマイシン、カルボマイシンA、ジョサマイシン、キタサマイシン、ミデカマイシン、オレアンドマイシン、ソリスロマイシン、スピラマイシン、トロレアンドマイシン、タイロシン、及びロキシスロマイシン等;ケトライド、例えば、テリスロマイシン、及びセトロマイシン等;ルオロケトライド、例えば、ソリスロマイシン等;リンコサミド、例えば、リンコマイシン、クリンダマイシン、及びピルリマイシン等;テトラサイクリン、例えば、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びテトラサイクリン等;アミノグリコシド、例えば、アミカシン、ジベカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルミシン、シソマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、及びストレプトマイシン等;アンサマイシン、例えば、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、及びリファキシミン等;カルバセフェム、例えば、ロラカルベフ等;カルバペネム、例えば、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム(又はシラスタチン)、及びメロペネム等;グリコペプチド、例えば、タイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、及びオリタバンシン等;リンコサミド、例えば、クリンダマイシン、及びリンコマイシン等;リポペプチド、例えば、ダプトマイシン、等;モノバクタム、例えば、アズトレオナム等;ニトロフラン、例えば、フラゾリドン、及びニトロフラントイン等;オキサゾリジノンエステル、例えば、リネゾリド、ポジゾリド、ラデゾリド、及びトレゾリド等;テイクソバクチン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタムブトール、エチオナマイド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファブチン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダソール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン(又はダルフォプリスチン)、チアンフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリム、アラトロフロキサシン、フィダキソマイシン、ナリジクス酸、リファンピン、これらの誘導体及び組み合わせからなる群から選択することができる。

特定の実施形態では、本発明の調節法は、前記宿主対象において疾患を処置する及び/又は予防することを目的とする。

特定の実施形態では、前記疾患は細菌により引き起こされる又は媒介される。

細菌により引き起こされる又は媒介される疾患又は障害は、挫創(尋常性挫創)などの皮膚慢性炎症、進行性黄斑メラニン減少症、腹部痙攣、尋常性座蒼、関節炎、菌血症、血性下痢、ボツリヌス症、ブルセラ症、脳膿瘍、心筋症、軟性下疳性病、クラミジア、クローン病、結膜炎、胆嚢炎、結直腸がん、ポリープ症、腸内毒素症、ライム病、下痢症、ジフテリア、十二指腸潰瘍、心内膜炎、エリジペロスリックス症、腸チフス、発熱、糸球体腎炎、胃腸炎、胃潰瘍、ギラン・バレー症候群破傷風、淋病、歯肉炎、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、レプトスピラ症、ハンセン病、リステリア症、結核、レディウィンダミア症候群、レジオネラ症、髄膜炎、粘液膿性結膜炎、多重薬物耐性細菌感染症、多重薬物耐性細菌保菌者、心筋炎、筋壊死性ガス壊疽、マイコバクテリウム・アビウムコンプレックス、新生児壊死性全腸炎、ノカルジア症、院内感染症、耳炎、歯周炎、咽頭炎、肺炎、腹膜炎、紫斑熱、ロッキー山紅斑熱、細菌性赤痢、梅毒、副鼻腔炎、S状結腸炎、敗血症、皮膚膿瘍、野兎病、気管気管支炎、扁桃腺炎、腸チフス、潰瘍性大腸炎、尿路感染、百日咳、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)からなる群から選択することができる。

細菌によって引き起こされる感染症は、感染症、好ましくは、腸管感染症、例えば、食道炎、胃炎、腸炎、大腸炎、S状結腸炎、直腸炎、及び腹膜炎等、尿路感染、腟感染症、女性の上部生殖器感染症、例えば、卵管炎、子宮内膜炎、卵巣炎、子宮実質炎、子宮傍結合織炎、及び骨盤腹膜の感染症等、気道感染症、例えば、肺炎等、羊水内感染症、歯性感染症、歯内感染症、線維症、髄膜炎、血流感染、院内感染、例えば、カテーテル関連感染、院内肺炎、分娩後感染、院内胃腸炎、院内尿路感染、又はそれらの組み合わせからなる群から選択され得る。好ましくは、本発明による感染症は、抗生物質耐性を示す細菌によって引き起こされる。特定の実施形態において、感染症は、標的化される細菌における上記に一覧される細菌によって引き起こされる。

本開示は、例えば、肥満、2型糖尿病及び非アルコール性脂肪性肝疾患を含む代謝障害の処置用の本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物にも関する。実際、現れている証拠は、これらの障害が腸微生物叢組成及びその代謝物の変化を特徴とすることを示している(Tilgら、Nature Reviews Immunology、第20巻、40～54頁、2020年)。したがって、医薬組成物又は獣医学用組成物は、腸微生物叢組成又はその代謝物を(例えば、前記細菌による一部の分子、例えば、代謝性炎症に対して有益な役割を有する分子の発現、過剰発現又は分泌を誘導することにより)変化させることができる目的の核酸を一部の腸細菌に送達するのにも使用し得る。本開示は、例えば、肥満、2型糖尿病及び非アルコール性脂肪性肝疾患を含む代謝障害の処置用の医薬の製造のための本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。本開示は、例えば、肥満、2型糖尿病及び非アルコール性脂肪性肝疾患を含む代謝障害を処置するための方法であって、代謝障害を有し処置を必要とする対象に、提供された医薬組成物又は獣医学用組成物、特に、治療有効量の提供された医薬組成物又は獣医学用組成物を投与する工程を含む方法にも関する。

特定の実施形態において、本発明は、ヒトマイクロバイオームの細菌に関わる病変、例えば、炎症性疾患及び自己免疫疾患、がん、感染症、又は脳障害等、の治療における使用のための、医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。実際に、マイクロバイオームのいくつかの細菌は、任意の感染をトリガーすることなく、炎症性疾患又は自己免疫疾患又は癌発生を誘導及び/又は増強するであろう分子を分泌し得る。より詳細には、本発明は、例えば、CAR-T(キメラ抗原受容体T)細胞、TIL(腫瘍浸潤リンパ球)、及びサプレッサーT細胞としても知られているTreg(調節性T細胞)に基づく免疫療法の有効性を改善するためにマイクロバイオームの組成を調節することにも関する。免疫療法の有効性を改善するためのマイクロバイオームの組成の調節は、当技術分野において周知の免疫チェックポイント阻害剤、例えば、限定はされないが、PD-1(プログラム細胞死タンパク質1)阻害剤、PD-L1(プログラム死リガンド1)阻害剤、及びCTLA-4(細胞毒性Tリンパ球関連タンパク質4)の使用も含み得る。

別の実施形態では、前記疾患は細菌によって引き起こされない。

ある特定の実施形態において、治療される疾患は、がん又は増殖性障害、例えば、これらに限定されるわけではないが、乳がん(例えば、三種陰性乳がん、ER+乳がん、又はER-乳がん)、基底細胞癌種、皮膚がん、肺がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、脳腫瘍、髄芽腫、神経膠腫(例えば、グリア芽腫、稀突起神経膠腫、星状細胞腫、上衣細胞腫等)、神経芽細胞腫、結直腸がん、卵巣がん、肝臓がん、膵がん(例えば、癌腫、血管肉腫、腺肉腫)、胃がん、食道胃接合部がん、前立腺がん、子宮頸がん、膀胱がん、頭部及び頸部がん、リンパ腫(例えば、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫)、外科手術で除去することができない固形腫瘍、局所的に進行した固形腫瘍、転移性固形腫瘍、白血病(例えば、急性骨髄白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、又は慢性骨髄性白血病(CML))、或いは反復性又は抵抗性の腫瘍等である。

一実施形態において、治療される疾患としては、これらに限定されるわけではないが、炎症性又はアレルギー性疾患、例えば、全身性アナフィラキシー及び過敏性障害、アトピー性皮膚炎、じん麻疹(urticaria)、薬物アレルギー、虫刺されアレルギー、食物アレルギー(例えば、セリアック病等)、及び肥満細胞症等;炎症性腸疾患、例えば、クローン病、潰瘍性大腸炎、回腸炎、及び、腸炎等;脈管炎及びベーチェット症候群;乾癬及び炎症性皮膚疾患、例えば、皮膚炎、湿疹、アトピー性皮膚炎、アレルギー接触性皮膚炎、じん麻疹、ウイルス性皮膚病変、例えば、ヒト乳頭腫ウイルス、HIV、又はRLV感染症に由来するもの、細菌性、真菌性、及び他の寄生虫性の皮膚病変、及び皮膚エリテマトーデス等;喘息及び呼吸器アレルギー性疾患、例えば、アレルギー性喘息、運動誘発性喘息、アレルギー性鼻炎、中耳炎、アレルギー性結膜炎、過敏性肺疾患、及び慢性閉塞性肺疾患等;自己免疫疾患、例えば、関節炎(例えば、リウマチ及び乾癬)、全身性エリテマトーデス、I型糖尿病、重症筋無力症、多発性硬化症、グレーブス病、及び糸球体腎炎等;移植片拒絶反応(例えば、同種移植片拒絶反応及び植片対宿主病等)、例えば、皮膚移植片拒絶反応、固形臓器移植拒絶反応、骨髄移植拒絶反応;発熱;心血管障害、例えば、急性心不全、低血圧、高血圧、狭心症、心筋梗塞、心筋障害、うっ血性心不全、アテローム性動脈硬化症、冠状動脈病、再狭窄症、及び血管狭窄部位等;脳血管障害、例えば、脳外傷、卒中、虚血再かん流傷害、及び心室瘤等;線維症、結合組織病、及びサルコイドージス、生殖器及び生殖状態、例えば、勃起機能不全等;胃腸障害、例えば、胃炎、潰瘍、嘔気、膵臓炎、及び嘔吐等;神経障害、例えば、アルツハイマー病等;睡眠障害、例えば、不眠、睡眠発作、睡眠時無呼吸不眠症候群、及びピックウィック症候群等;疼痛;腎臓病;眼疾患、例えば、緑内障等;並びに非細菌性感染症、例えば、HIV等が挙げられる。

いくつかの態様において、治療される疾患は、自己免疫病、例えば、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性新生児血小板減少、自己免疫性好中球減少症、自己免疫性血球減少症、抗リン脂質抗体症候群、皮膚炎、グルテン過敏性腸症、アレルギー性脳脊髄炎、心筋炎、再発性多発性軟骨炎、リウマチ性心疾患、糸球体腎炎、多発性硬化症、神経炎、ブドウ膜炎眼炎(Uveitis Ophthalmia)、多腺性内分泌障害、紫斑症、ライター病、スティッフマン症候群、自己免疫性肺炎症、心筋炎、免疫グロブリンA腎症、デンスデポジット病、リウマチ性心疾患、ギラン・バレー症候群、インスリン依存性糖尿病、自己免疫性炎症性眼(autoimmune inflammatory eye)、自己免疫性甲状腺炎、甲状腺機能不全症、全身性エリテマトーデス、円板状ループス、グッドパスチャー症候群、天疱瘡、グレーブス病、重症筋無力症、及び、インスリン耐性、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性血小板減少性紫斑病、関節リウマチ、抗コラーゲン抗体を伴う強皮症、混合結合組織病、多発性筋炎/皮膚筋炎、悪性貧血、続発性アディソン病、不妊症、糸球体腎炎、水疱性類天疱瘡、シェーグレン症候群、糖尿病、喘息又は襄胞性線維症を伴うアドレナリン作用薬耐性、慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、内分泌腺不全症、白斑、脈管炎、心筋梗塞後症候群(post-MI)、心臓切開術症候群、じん麻疹、アトピー性皮膚炎、喘息、炎症性ミオパシー、炎症障害、肉芽腫性障害、萎縮性障害、又は同種免疫病であり得る。

治療される対象は、好ましくは細菌に起因する、感染症、障害、及び/又は疾患を有すると診断されているか、又はそれを発症するリスクにあり得る。そのような感染症、障害、及び/又は疾患の診断方法は、当業者に周知である。

特定の実施形態において、感染症、障害、及び/又は疾患は、治療に対する耐性を示し、好ましくは感染症、障害、又は疾患は、抗生物質耐性を示す。

特定の実施形態では、対象は、本発明に従ったベクター、特に、本発明に従った送達ビヒクル中にパッケージされたベクター、好ましくは本発明に従った細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明に従った医薬組成物若しくは獣医学用組成物の投与に先立っていかなる処置も受けていない。

特定の実施形態では、対象は、本発明に従ったベクター、特に、本発明に従った送達ビヒクル中にパッケージされたベクター、好ましくは本発明に従った細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明に従った医薬組成物若しくは獣医学用組成物の投与に先立って、すでに少なくとも1つの処置ライン、好ましくはいくつかの処置ラインを受けている。

好ましくは、治療は、定期的に、好ましくは毎日から毎月の間において、より好ましくは毎日から2週間毎の間において、より好ましくは毎日から毎週の間において投与され、更により好ましくは、治療は、毎日投与される。特定の実施形態において、治療は、1日数回、好ましくは1日2回又は3回、更により好ましくは1日3回、投与される。

本発明に従ったベクター、特に、本発明に従った送達ビヒクル中にパッケージされたベクター、好ましくは本発明に従った細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドを用いた、又は本発明に従った医薬組成物若しくは獣医学用組成物を用いた処置期間は、好ましくは、1日～20週間、更に好ましくは1日～10週間、更に好ましくは1日～4週間、更により好ましくは1日～2週間で構成される。特定の実施形態において、治療の継続期間は、約1週間である。或いは、治療は、感染症、障害、及び/又は疾患が持続している限り継続され得る。

医薬組成物又は獣医学用組成物の形態、本発明に従ったベクターの、特に、本発明に従った送達ビヒクル中にパッケージされたベクターの、好ましくは本発明に従った細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明に従った医薬組成物若しくは獣医学用組成物の投与経路及び投与用量は、感染の種類及び重篤度に従って(例えば、疾患、障害及び/又は感染に関与する細菌種並びに患者の又は対象の身体でのその局在に応じて)、並びに患者又は対象、特にその年齢、体重、性別、及び全身健康状態に従って当業者であれば調整することができる。

特に、投与される本発明に従ったベクター、特に、本発明に従った送達ビヒクル中にパッケージされたベクター、好ましくは本発明に従った細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド若しくはファージミド、又は本発明に従った医薬組成物若しくは獣医学用組成物の量は、当業者が周知の標準手順によって決定しなければならない。患者又は対象の生理学的データ(例えば、年齢、サイズ、及び体重)及び投与の経路は、治療的有効量が患者又は対象に投与されるように、適切な投薬量を決定するために考慮されなければならない。

例えば、それぞれの投与でのベクター、特に、本発明に従った送達ビヒクル中にパッケージされたベクター、好ましくは本発明に従った細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド又はファージミドの総量は、10⁴～10⁵の間の送達ビヒクルで構成される。

別の特定の実施形態では、本発明の調節方法は、前記宿主対象の美容処置を目的とする。

植物処置及び他の用途
別の特定の実施形態では、宿主生物は植物であり、本発明の調節方法が、前記宿主植物の農学的、予防的又は植物治療的処置を目的とする。

特定の実施形態では、前記調節方法は、前記宿主植物の成長を改良することを目的とする、疾患を予防することを目的とする又は前記宿主植物を冒す疾患を処置することを目的とする。

本発明は、環境から標的化されたレシーバー細菌細胞を収集し、マイクロバイオームの前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に目的の核酸を送達することにより、前記環境由来の前記マイクロバイオームをエクスビボ調節するための方法であって、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して上で開示される所与の効果をもたらし、
前記方法が、前記目的の核酸を含む核酸ベクターを前記マイクロバイオームと接触させる工程を含み、
前記ベクターが、標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるが、ドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を更に含み、前記ベクターが抗生物質耐性マーカーを欠いており、
それによって、前記目的の核酸を標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達し、
前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達されると、前記ベクターが前記標的化されたレシーバー細菌細胞中で複製されず、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して前記所与の効果をもたらす、方法にも関する。

「環境」とは、本明細書では、種を取り囲む要素であり、その間で一部が前記種の生存に直接的に又は間接的に寄与するすべての要素のことである。特定の実施形態では、前記環境は動物ではない。別の実施形態では、前記環境は動物、特に、ヒトである。

特定の実施形態では、前記環境は、固体若しくは半固体表面などの前記マイクロバイオームが生息する任意の生活環境又は水、特に廃水などの液体生活環境であり得る。

特定の実施形態では、前記エクスビボ方法は、生物付着に対して表面を保護することを目的とする。別の特定の実施形態では、前記エクスビボ方法は、水の汚染を除くことを目的とする。

本発明は、下の図面及び実施例により更に説明される。

大腸菌におけるPICI-CFT073起点のブラスト分析。 大腸菌における配列番号4の配列の改変p15a複製起点のブラスト分析。 ドメイン細菌におけるPICI-CFT073起点のブラスト分析。 ドメイン細菌における改変p15a起点のブラスト分析。 誘導性プライマーゼRBSライブラリーをトランスで有する生産株でのプライマーゼ-複製起点(p1319)を含有する2.3kbペイロードの形質転換。 7つの異なるプライマーゼRBSに対して試験された生産株におけるプライマーゼ-ori(p1319)を含有するプラスミドを用いて得られたパッケージされたファージミド力価の比較。黒色の右の縦棒は対照プラスミドでp15a由来の複製起点を有する(p1220)。示されている力価は10×濃縮後のものである。 LB寒天プラス25μg/mLのクロラムフェニコール上でのプライマーゼ-oriプラスミド(上列、p1319)とp15a-ベースのパッケージされたファージミド(p1220)で形質導入された細胞の比較。RBS3は配列番号20である。 lacZ遺伝子を標的にするヌクレアーゼ回路(nuclease circuit)で形質導入された大腸菌MG1655の抗生物質選択の非存在下での死滅活性の比較。黒色線、プライマーゼ-ori(条件付き複製、p1322);灰色線、改変p15a-ori、複製の(p780)。 プライマーゼRBS3を含有する生産株における変異プライマーゼ-oriを有する約12kbプラスミドを用いて得られたパッケージされたファージミド力価。示されている力価は10×濃縮後のものである。左バー、lacZ標的(p1326);右バー、4stx標的(p1327)。 条件付きの複製起点、ペイロードp1326を有するパッケージされたファージミドの形質導入によるlacZを標的にすることにより媒介される異なるO157株のヌクレアーゼ媒介死滅。(灰色線c、lacZ遺伝子を欠くO157株は非死滅対照として働く)。 条件付きの複製起点を有するパッケージされたファージミド(ペイロードp1327)の形質導入後stxターゲティングにより媒介される4つのO157株のヌクレアーゼ媒介死滅。 中和緩衝液単独(「+緩衝液」)又は中和緩衝液中10¹²粒子のパッケージされたファージミド(「+EB」)を経口的に投与されたコロニー形成されたマウスでのコロニー形成の変化。T0とT8hの間のコロニー形成の変化は、それぞれの動物について報告されており、それぞれの実験群の中央値と四分位値はグラフで表された。****p<0.0001対応のないt検定による。 配列番号7の配列の条件付きの複製起点を含むペイロードを使用するインビトロでのファージミド形質導入後の大腸菌ゲノム上でのβ-ラクタマーゼのアデニン塩基編集。それぞれのMOIについての96の個々のコロニーはLB及びLB(カルベニシリン)プレート上に配置され、塩基編集効率を計算した。

パッケージされたファージミドは、DNAペイロードを標的細菌に高い効率で送達するのに使用されている。ファージミドパッケージングに必要な特徴は、パッケージング部位及びプロデューサー細胞株で機能的である複製起点の存在である。

パッケージされたファージミドを作製するための構成的複製起点の使用はいくつかの利点があり、特に、
・構成的複製起点は生産株において安定的に維持することができ、操作、生産及び製造方法を簡略化する、
・ラムダベースのパッケージングと適合する一部の構成的ORIは、微生物叢関連用途(死滅、治療ペイロードの送達、等)に必要とされるのに十分に高い力価(>10¹⁰/mL)を生じる、
・ペイロードは注入された後標的株で複製するので、目的の遺伝子の発現の効果は、所望の結果になるのに十分長く維持され得、例えば、染色体配列を標的にして向けられたCRISPR-casシステムを送達する場合、死滅効率がより高くなることがある。なぜならば、標的株が分裂によりペイロードを取り除くのは一層困難になり、滞留時間が増えるから、という点がある。

ファージはそれが産生される同じ又は密接な関係がある種に向かう正確な指向性を有するので、このファージに由来するパッケージされたファージミドは、そのペイロードが標的細菌に送達されると、ファージが細菌の新たな群に感染する/注入されるように操作されない限り、複製し続ける。

しかし、構成的複製起点を有するファージミドを有することは、臨床、産業、又は非包含状況において使用される場合、いくつかのリスクをもたらし得る:
・ペイロードは複製的なので、一部の注入の事象がプラスミドを拡散させる。
・更に、ペイロードが多くの腸内細菌に存在する共通の複製起点(例えば、ColEタイプの起点)に基づく場合、標的細菌株中に既に存在するプラスミドとの組換えのリスクが高い場合がある。規制目的では、これは問題を引き起こす。なぜならば、形質導入された細胞はGMOと見なされ、したがって、複製的GMOであり、これはそれに応じて評価されなければならない封じ込めリスクをもたらすからである。

これらすべての理由で、発明者らは、拡散と組換えリスクを減らしつつ上記のすべての利点を包含する条件付き複製システムを開発することを目指した。そのようなシステムは以下の特徴を有する必要がある:
・ペイロードの複製は生産株の中だけで起きなければならない、ペイロードは維持が容易であり安定していなければならない、
・システムでは、産業状況において適合であるのに十分に高い力価が得られることができなければならない(>10¹⁰/mL)、
・システムは、制限部位を取り除く必要がある場合、配列変化を受け入れることができなければならない、
・システムは、拡散と組換えのリスクを減らすほど潜在的標的株において十分に希少である必要がある、
・最後に、システムは目的の遺伝子が発現され所望の結果(例えば、複製的ペイロードを使用した場合と類似するMOIでの標的株の死滅)を生み出すことができなければならない。

以下の例では、本発明者らはPICIベースの条件付きの複製起点を開発した。

第1に、本発明者らは、望ましくない組換え又はペイロード拡散事象の可能性を評価するために、細菌ゲノムにおいて起点領域がどれほど一般的であるかを確認した。

第2に、本発明者らは、複製が本当に条件付きでありプライマーゼの存在に依存しているかどうかを評価し、そのようなシステムがDNAペイロードをパッケージするのに使用される場合に得られる力価を確認するために、プライマーゼ及びoriをトランスで有する(染色体中のファージミド-プライマーゼ遺伝子上又は細菌に保有される別のプラスミド上のori)システムを開発した。

第3に、本発明者らは、大腸菌のインビトロ死滅を試験し、それを複製的ペイロードの現世代と比較した。

最後に、本発明者らは、プライマーゼ-起点が望ましくない制限部位の除去を受け入れられるかどうかを評価した。

以下の実施例では、
・本発明者らは、ファージミドを条件付きORIを用いて高力価でパッケージできることをはじめて明らかにする、
・本発明者らは、ファージミドを、トランスでの複製に必要なori及びタンパク質を有する条件付きORIを用いて高力価でパッケージできることをはじめて明らかにする、
・本発明者らは、プラスミド由来のORI(細菌起点由来)に基づく他のシステムとは対照的に、PICIゲノムに見出されるORIシステムを使用する追加の利点を明らかにし、拡散のリスクを有意に制限する。更に、たとえORIシステムが形質導入された細菌に実際に存在するとしても（同じORIシステムを有する天然のPICIが細菌中で見つかることを意味する）、導入されたファージミドが複製されるためにはORIシステムは活性でなければならない(溶菌サイクルにおいて)。なぜならば、PICI中のプライマーゼ遺伝子は、誘導された(溶菌性)状態で見出されなければ不活性だからである。細菌ORIは天然でも構成的にも活性であることを意味すると考えられるので、これは細菌ORIでは全く異なる。

(実施例1)
大腸菌及び他の細菌での出現頻度を評価するためori領域をブラストする
PICI-CFT073プライマーゼ(配列番号4)の終止コドン直後の282bp領域を、すべての配列決定された大腸菌ゲノムに対するBLASTに使用し、最大20,000ヒットを与えるまでフィルターをかけた。

図1に示されるように、すべての配列決定された大腸菌ゲノムのうち、ヒットは98だけであり、これはこの特定のプライマーゼ-oriが非常に希少であり、したがって、標的及び非標的株において組換え及び複製のリスクを徹底的に減らすことを意味する。

正常な状況下では、PICIのプライマーゼは不活性であり、たとえこの特定のPICIを含有する株で注入が起きても、細胞がファージ誘導状態下でなければ複製しないことを意味し、これは望まれない場合は導入されたペイロード複製の可能性を更に減らすことにも留意する必要がある。

比較として、非条件付き改変p15a-ベースの複製起点を用いてBLAST分析を実施すると、図2に示されるヒットを回復させる。

884の配列が見つかった。株の配列を決定する場合、プラスミドは小さい場合、集合体から外されることがある(例えば、STEC O157株で見つかるpOSAK)ために、ヒットの数はより高くなる場合があることにも留意する必要がある。

次に、本発明者らは同じ検索を実施したが、他の非大腸菌種でのPICI-oriの存在を評価するために今回はドメイン細菌を使用して実施し、PICI起点については165のヒットが見つかり、p15a-ベースの起点では2000を超えるヒットが見つかった(図3及び4参照)。

結論として、本発明者らは、プライマーゼ-oriの出現率は、BLAST分析に基づけば、p15a-ベースの起点の10分の1～20分の1であるので、プライマーゼ-oriが標的及び非標的細菌において組換え及び望ましくない複製のリスクを減らす優秀な候補であることを明らかにしており、効果的な複製のためには、ペイロードが注入される細胞はPICIプライマーゼが存在するように活発なファージ生産を受けている必要がある。

(実施例2)
ファージミドパッケージングと適合するプライマーゼ-oriをトランスで有するシステムを開発する
次に、本発明者らは、ペイロードが282bpのプライマーゼ起点を含み、プライマーゼタンパク質がトランスで供給される(配列番号8及び配列番号9)システムを開発しようとした。操作方法を簡略化するため、PICIプライマーゼ遺伝子は大腸菌CFT073のゲノムから取り出し、誘導性システムの制御下のプラスミドにクローニングし、RBS(リボソーム結合部位)ライブラリーを生み出した。この一連のプラスミドはラムダ産生株s1965にクローニングした。次に、本発明者らは、p15a-ベースの複製起点の代わりにプライマーゼ-oriを有する小型のペイロードを構築して、2.3kbペイロードp1319(配列番号16)を得た。このプラスミドは、原則としては、非複製的なので、誘導性プライマーゼ構築物のRBSライブラリーを有するs1965のコンピテント細胞を作製し、p1319プラスミドをその細胞に形質転換し、誘導因子DAPG(プライマーゼのトランスでの発現を誘導するため)の存在下でLB寒天+カナマイシン及びクロラムフェニコールに播種した。次の日、本発明者らは、プレートが何百ものコロニーを含有するのを観察し、トランスでのプライマーゼ-起点システムが機能することを示唆している(図5)。

いくつかのクローンを配列決定して、p1319プラスミドがp15a-ベース起点を含有しないこと及びライブラリー由来のRBSを有する無傷のプライマーゼ遺伝子を含有することも確認した。

その後、これらのクローンのうちの7つを一晩成長させ、ラムダ生産はカナマイシン、クロラムフェニコール及びDAPGの存在下で実行した。対照として、本発明者らは、p15aの複製起点の誘導体を含有するオリジナル2.8kbプラスミドを含んで、力価を比較した(p1220、配列番号17)。

得られたRBSバリアントの配列を確認するため、試験された7つのクローンの誘導性プライマーゼをコードするプラスミドをミニプレップし、配列決定した(配列番号18～配列番号24)。プラスミドはMG1655細胞にも形質転換され(s003):これらの株を使用して得られた力価を確認した。なぜならば、ペイロードは、トランスで供給されるプライマーゼタンパク質の非存在下では複製的であるべきではないからである。

図6に見えるように、7つのプライマーゼ含有試料のうち5つの力価は、プライマーゼプラスミドをトランスで含有するMG1655で測定した場合、オリジナル改変p15a起点を保有するパッケージされたファージミドの力価と同じであった。

最後に、本発明者らは、プライマーゼ-ori含有ペイロードが、トランスでのプライマーゼプラスミドなしでもMG1655で複製できるかどうかを試験した。これを行うため、異なるプライマーゼRBSを有する生産株由来のプライマーゼ-ori含有プラスミド、プラスp15a-起点対照の段階5×希釈をMG1655の蜜殖(OD600～0.8)中に形質導入し、クロラムフェニコールを含有するLB寒天プレート上に播種した。図7に見えるように、p15a-起点対照は、最後の希釈まで健康なコロニーを示し、活発なプラスミド複製を示しているが、プライマーゼ含有ペイロードを含有する試料は、高MOIでしかコロニーを示さない:株は分裂によりペイロードを失うので、多数の形質導入細菌を含有した低下は、分裂が高細胞密度では停止されるので濃い斑点として現れ;MOIが減少するに従って、斑点はそれだけ透明になり、単一のコロニーは識別しにくくなり、プラスミド消失及び抗生物質への曝露のために死滅しかけている細胞を示している。これは、形質導入によるクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子の発現のバーストも示しており、これは、活発な複製がなければ、時間と共に薄れていく;これはレシーバー細胞を、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼの細胞内濃度が抗生物質補充培地での増殖を支えるための臨界値よりも低下するまで一定時間生存させ得る。

結論として、PICIプライマーゼ及び起点は生産株において安定的に維持することができ、得られる力価により判断するとラムダベースのファージミドパッケージングと適合し、ペイロードは活発な複製及び標的株での維持をその関連したプライマーゼの存在に依存している。

(実施例3)
条件付きの複製起点を使用しての大腸菌のインビトロ死滅
次に、本発明者らはCpf1ヌクレアーゼに媒介される配列特異的死滅がパッケージされたファージミドにより形質導入された細胞において依然として起きるかどうかを試験した。細胞は分裂によりプラスミドを失うので、ヌクレアーゼ回路の発現の最初のバーストが、構成的複製起点を用いて観察されるMOIと類似するMOIで死滅を達成するのに依然として十分かどうかは無視された。

これを行うため、本発明者らは、p15a-ベースの複製起点をプライマーゼ起点により交換して大きなプラスミド(約12kb)を構築した。このプラスミドはlacZ遺伝子(p1322、配列番号25)を標的にし、クロラムフェニコールマーカーも含有している。RBS強度を大きなプラスミドを複製するように改変する必要があるかどうかは無視されたので、本発明者らは、最初のもっと小さなペイロードについて行ったように、このプラスミドを誘導性プライマーゼRBSライブラリーをトランスで有する生産株s1965中に形質転換した。次の日、本発明者らは、プレートが何百ものコロニーを含有することを観察した。これらのコロニーのうちの1つを選び取り、配列決定して、ペイロードがプライマーゼ-ori、配列決定されたトランスでのプライマーゼのRBS(配列番号26)を含有することを確認し、パッケージされたファージミドを作製した。対照として、本発明者らは、同じ生産株からp15a-ベースの複製起点(p780、配列番号27)を含有する同じファージミドを作製した。

この場合、ペイロードはMG1655株を標的にするので、本発明者らは、lacZ遺伝子(s248)を欠きプライマーゼRBS3プラスミド(p1321)をトランスで含有するMG1655の誘導体での生産の力価を確かめた。

そのペイロードが構成的及び条件付きの複製起点を含む両パッケージされたファージミドの力価は区別がつかず、10×濃縮後は約1.5×10⁸/μLであり、このアプローチがもっと大きなペイロードにも有効であることが示唆される。

次に、本発明者らは、本発明者らがp15a-ベースの起点を用いてすでに実証したように、パッケージされたファージミドを用いた標的株の死滅がペイロードの選択及び活発な複製がなくても可能であるかどうかを試験した。これを行うために、大腸菌MG1655の培養物をLB+CaCl₂で約0.8のOD600まで増殖し、LB+CaCl₂でOD=0.025まで希釈した。lacZを標的にし、p15a-ベースの起点(対照)又はプライマーゼ起点を含有するパッケージされたファージミドを段階的に3×希釈した;このアプローチにより異なるMOIを試験することが可能になった。90μLの細胞をパッケージされたファージミド希釈液を含有するそれぞれのウェルに添加した。37℃での30分インキュベーション後、それぞれの反応物に10×希釈を実施し、10μLをLB寒天プレート上に播種し、37℃で一晩インキュベートした。

図8に見えるように、p15a含有ヌクレアーゼペイロードの振る舞いはプライマーゼ条件付き起点を含有するペイロードと識別できなかった:MOI 10で約2-log死滅。

結論として、PICIに基づく条件付きの複製起点は、選択及びプライマーゼタンパク質がなくても、大きなペイロード(約12kb)の高力価での産生及び標的株のヌクレアーゼ媒介死滅を可能とする。

(実施例4)
pici-由来複製起点からの制限部位の除去
最後に、本発明者らは、PICI複製起点がある特定の標的株に存在する制限部位の除去を受け入れられるかどうかを試験した:そのような部位が存在すると、ペイロードがヌクレアーゼ遺伝子が発現される前に標的株で分解されるために、ヌクレアーゼ特異的死滅は完全に消失し得る。

これを行うため、本発明者らは282bp PICI起点を分析し、この起点がO157制限部位GAAABCC(GAAAGCC)を含有することを見出した。本発明者らは起点内のこの部位を改変して、O157株により認識されるはずがない配列GAAAGCa(スモールキャップは導入された変異を表す)を得た。次に、改変PICI起点(配列番号6)を、実施例3で言及したlacZ遺伝子を標的にするCpf1ヌクレアーゼ回路(p1326、配列番号28)及びstx1及びstx2遺伝子を標的にする四本鎖crRNAガイド(p1327、配列番号29)も含有する約12kbペイロード中にクローニングした。

本発明者らは、以前、キメラ1A2 gpJタンパク質及びキメラSTF-V10[ヘリックス]を含み、O157株(s15816)に効率的に注入することができる操作されたラムダ-ベースのカプシドを産生する細菌細胞株を設計していたので、これら2つのプラスミドを、プライマーゼRBS3をトランスで含有するこの生産株に形質転換した。

コロニーは容易に得られ、これは起点に導入された変異が、それを認識し複製するPICIプライマーゼの能力に影響を及ぼさないことを示唆していた。配列決定結果により、改変されたデルタGAAABCCプライマーゼ複製起点の存在が確認された。

パッケージされたファージミドはこれら2つの株から産生され、プライマーゼRBSバリアント3をコードするプラスミド(s18241)を補充された、この特定のパッケージされたファージミドにより認識されるMG1655のバリアントについてタイトレーションされた。

図9に見えるように、力価はp15a含有起点又は非変異PICI起点の両方で等しい(10×濃縮後>1×10⁸/μL)。

最後に、2つの死滅実験をMG1655について上記に記載した通りにO157株で実施した:
・2つのO157-デルタ-stx株(s2185及びs17465)においてlacZ標的を使用しての死滅。非特異的死滅についての対照として、パッケージされたファージミドを株s11983中にも形質導入したが、この株はlacZ遺伝子を欠くO157 H10dstx株の誘導体である。
・4つの野生型O157株(s13861、s13862、s13863、s13864)においてstx標的を標的にする四本鎖crRNAガイドを使用しての死滅。

手短に言えば、細胞培養物をOD600=0.025にし、パッケージされたファージミドを1:3で段階的に希釈した。90μLの細胞培養物をパッケージされたファージミド希釈液に添加し、37℃での30分インキュベートし、細胞計数を可能にするための段階的10×希釈を実施した。次に、10μLのそれぞれの希釈液をLB寒天上に播種した。

図10及び図11に見えるように、lacZ又はstx遺伝子を標的にする両パッケージされたファージミドは効果的であり、死滅に必要なMOIは、抗生物質選択なしでの構成的複製起点を含有するパッケージされたファージミドで得られたMOIと等しい。標的(s11983)を含有しない株は予想通り全く死滅せず、これはほとんど全く非特異的死滅がないことを示唆している。更に、選択培地(クロラムフェニコールを含有するLB寒天)上に播種されると、非標的株はMG1655について見られるプロファイルと類似するプロファイルを示す:高MOI及び低希釈度(細胞は細胞密度のために活発に分裂できずプラスミドを失うことができない)では濃い斑点であり、もっと低いMOI及びもっと高い希釈度ではもっと弱い密度の斑点で、半透明であり、抗生物質への曝露に起因する細胞死を示す。

(実施例5)
条件付きの複製起点を有するペイロードを用いたインビボ脱コロニー形成
本実施例は、条件付きの複製起点を有するパッケージされたファージミドを使用して6つの遺伝子を有する細菌を特異的に死滅させることによるインビボでの効率的脱コロニー形成を実証する。

材料及び方法
ストレプトマイシン処置されたマウスに、標的細菌株(今後「標的株」と呼ばれる)又は目的の特定の遺伝子、すなわち、stx遺伝子が欠失している同じ細菌株の変異体(今後「非標的株」と呼ばれる)を経口的に投与して、これらの細菌株での永続的腸コロニー形成を確立した。

配列番号7の配列の条件付きの複製起点を保有し、ヌクレアーゼ及び上記のstx遺伝子を標的にするそのガイドをコードする配列番号10の配列のプラスミドは、キメラ1A2 gpJタンパク質及びキメラSTF-V10[ヘリックス]を含む操作されたラムダ-ベースのカプシド中にパッケージされた(1A2-V10パッケージされたファージミド)。

どちらかの株でコロニー形成されたマウスは、100μlのパッケージされたファージミド(おおよそ10¹²粒子)を胃のpHを一時的に中和することを狙いとする100μlの緩衝液(スクロース及び重炭酸塩の水溶液)と一緒に与えられた。実験の時間に伴うコロニー形成レベルの自然な変化を説明するために、標的株でコロニー形成されたマウスの別の群は緩衝液だけを受けた。

細菌コロニー形成レベルは、それぞれの動物から個別に回収した糞便の希釈物を寒天プレート上に播種することにより非侵襲的に測定した。

これらのレベルは処置を開始する前(「T0」と名付けられる)及び処置の8時間後(「T8h」と名付けられる)に比較され、T8hとT0の間のコロニー形成の変化はそれぞれの動物について計算し、対数変化として表した(図12参照)。

結果
pH中和緩衝液単独では標的株コロニー形成レベルに何の効果もなく、パッケージされたファージミドは経口投与の8時間後糞便から回収された細菌負荷に3.5-logの減少を引き起こした。予想通り、パッケージされたファージミドは非標的株のコロニー形成レベルには何の効果もなく、その標的配列に向かうパッケージされたファージミドの特異性を実証している。

したがって、これらの結果は、標的化された細菌の効率的インビボ死滅を、前記標的化された細菌中に条件付きの複製起点を有するパッケージされたファージミドを送達することにより達成できることを実証している。この複製起点は標的化された細菌中では活性ではなく、前記ファージミドは前記標的化された細菌中では複製することができない。

(実施例6)
条件付きの複製起点を有するペイロードを使用するインビトロでのファージミド形質導入後の大腸菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼのアデニン塩基編集
本実施例は、プライマーゼ-ヘリカーゼに基づく、配列番号7の配列の条件付きの複製起点を含むペイロードを使用するインビトロでのファージミド形質導入後、大腸菌MG1655ゲノム上の登録商標-ラクタマーゼ(配列番号30)をコードする核酸配列の塩基編集のための方法を提供する。

非複製的ペイロードは、アデニン塩基エディター(ABE8e)、ゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位(K71E)を標的にする転写ガイドRNA、ラムダパッケージング配列、クロラムフェニコール耐性マーカー、及び配列番号7の配列の条件付きの複製起点を含む。大腸菌MG1655中への送達のためのA8 gpJタンパク質及びEB6 STFタンパク質を含む細菌送達ビヒクル内部にパッケージされた、ラムダファージミドの産生により、μl当たり6.7×10⁶形質導入単位(tu/μl)の力価を得た。

形質導入された細胞を、形質導入の2時間後異なる感染多重度(MOI)でLBプレート上に播種した。その次の日、それぞれのMOIについて96の個々のコロニーを、塩基編集効率を分析するために、LB及びLB(カルベニシリン)プレート上に置いた。

図13上に示されるように、ゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位(K71E)を標的にするアデニン塩基編集の効率は、感染多重度(MOI)依存性であった。細菌集団の約63%の塩基編集効率は、条件付きの複製起点を含むペイロードを使用して高MOIで得られた。

Claims (30)

1. 目的の核酸をマイクロバイオームの標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達することにより宿主生物の前記マイクロバイオームをインビボで調節するための方法であって、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらし、
   前記方法が、前記生物において前記目的の核酸を含む核酸ベクターを投与する工程を含み、
   前記ベクターが、標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるが、ドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を更に含み、前記ベクターが抗生物質耐性マーカーを欠いており、
   それによって、前記目的の核酸を標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達し、
   前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達されると、前記ベクターが前記標的化されたレシーバー細菌細胞中で複製されず、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して前記所与の効果をもたらす、方法。
2. 前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌において発現され、それによって前記所与の効果をもたらす、請求項1に記載の方法。
3. マイクロバイオームの前記調節が、マイクロバイオーム機能の又はマイクロバイオーム組成の調節である、請求項1又は2に記載の方法。
4. 前記所与の効果が、レシーバー細菌細胞を死滅させること、レシーバー細菌細胞に所与の分子を産生することを止めさせること、及びレシーバー細菌細胞に目的の分子を産生させることからなる群から選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
5. 前記所与の効果が、レシーバー細菌細胞に目的の分子を産生させることであり、前記目的の分子が宿主調節分子である、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
6. 前記宿主調節分子が、非コード核酸、コード核酸、タンパク質、脂質、糖、LPS、代謝物及び小分子からなる群から選択される、請求項5に記載の方法。
7. 前記宿主調節分子が、宿主内在性分子、他の生物により天然に発現される宿主外来性分子、及び合成化合物からなる群から選択される、請求項5又は6に記載の方法。
8. 前記宿主調節分子が、分泌される分子、細胞内分子及び膜提示分子からなる群から選択される、請求項5から7のいずれか一項に記載の方法。
9. 前記目的の分子が、前記宿主調節分子をコードする遺伝子、宿主調節分子であるタンパク質複合体をコードするいくつかの遺伝子、宿主調節分子の産生をもたらす代謝経路の酵素をコードする遺伝子又は遺伝子の群、宿主調節分子であるコード核酸、及び宿主調節分子である非コード核酸からなる群から選択される核酸によりコードされる、請求項5から8のいずれか一項に記載の方法。
10. 前記所与の効果が、レシーバー細菌細胞に所与の分子を産生することを止めさせることであり、前記所与の分子が毒素、毒性因子、病原性タンパク質、病原性因子、抗生物質耐性遺伝子によりコードされるタンパク質、リモデリング遺伝子により又は調節遺伝子によりコードされるタンパク質からなる群から選択される、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
11. 前記目的の核酸が、遺伝子改変をもたらす1つ又は複数の外来性酵素をコードする遺伝子又は遺伝子の群である、請求項10に記載の方法。
12. 前記目的の核酸が、塩基エディター又はプライムエディターをコードする遺伝子である、請求項11に記載の方法。
13. 前記所与の効果が、レシーバー細菌細胞を死滅させることであり、前記目的の核酸が、ヌクレアーゼをコードする遺伝子である、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
14. 条件付きの複製起点が、その複製が所与のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せの存在に依存している複製起点である、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
15. 前記条件付きの複製起点が、前記ドナー細菌細胞が前記所与のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せを発現するので前記ドナー細菌細胞では活性である、請求項14に記載の方法。
16. 前記タンパク質、ペプチド、RNA、分子又はその任意の組合せが前記ドナー細菌細胞においてトランスで発現される、請求項15に記載の方法。
17. 前記条件付きの複製起点が、ファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に由来する複製起点である、請求項14又は15に記載の方法。
18. 前記条件付きの複製起点が、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特に、プライマーゼ-ヘリカーゼを発現するので前記ドナー細菌細胞では活性である、請求項17に記載の方法。
19. 前記条件付きの複製起点が、大腸菌株CFT073のPICI由来の複製起点に由来する、請求項17又は18に記載の方法。
20. 前記ベクターが、前記標的化されたレシーバー細菌細胞において頻繁にコードされている制限酵素のいかなる制限部位も含まない、請求項1から19のいずれか一項に記載の方法。
21. 前記宿主対象において疾患を処置するための、請求項1から20のいずれか一項に記載の方法。
22. 前記宿主対象の美容的処置のための、請求項1から20のいずれか一項に記載の方法。
23. 標的化されたレシーバー細菌細胞中への目的の核酸のインビボ送達において使用するための核酸ベクターであって、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらし、
    前記ベクターが、
    - 前記目的の核酸、及び
    - 標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるがドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を含み、
    抗生物質耐性マーカーを欠いている、核酸ベクター。
24. 前記条件付きの複製起点が、大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼori又はその誘導体である、請求項23に記載の核酸ベクター。
25. 前記条件付きの複製起点が、配列番号6又は配列番号7の配列を含むか又はそれからなる、請求項23に記載の核酸ベクター。
26. 標的化されたレシーバー細菌細胞中への目的の核酸のインビボ送達において使用するための細菌送達ビヒクルであって、請求項23から25のいずれか一項に記載のベクターを含む、細菌送達ビヒクル。
27. 請求項23から25のいずれか一項に記載のベクターを含む又は請求項26に記載の細菌送達ビヒクルを産生するドナー細胞株であって、請求項23から25のいずれか一項に記載のベクターを安定的に含み、前記ベクターを複製することができる、ドナー細胞株。
28. 前記ベクターの条件付きの複製起点が、その複製が所与のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せの存在に依存している複製起点であり、前記ドナー細胞株が前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せを発現する、請求項27に記載のドナー細胞株。
29. 前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はその任意の組合せがトランスで発現される、請求項27に記載のドナー細胞株。
30. 環境から標的化されたレシーバー細菌細胞を収集し、マイクロバイオームの標的化されたレシーバー細菌細胞中に目的の核酸を送達することにより、前記環境由来の前記マイクロバイオームをエクスビボ調節するための方法であって、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して所与の効果をもたらし、
    前記方法が、前記目的の核酸を含む核酸ベクターを前記マイクロバイオームと接触させる工程を含み、
    前記ベクターが、標的化されたレシーバー細菌細胞では不活性であるが、ドナー細菌細胞では活性である条件付きの複製起点を更に含み、前記ベクターが抗生物質耐性マーカーを欠いており、
    それによって、前記目的の核酸を標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達し、
    前記標的化されたレシーバー細菌細胞中に送達されると、前記ベクターが前記標的化されたレシーバー細菌細胞中で複製されず、前記目的の核酸が前記標的化されたレシーバー細菌細胞に対して前記所与の効果をもたらす、方法。

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