JP2023550626A - TGF-βポリペプチド - Google Patents

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Abstract

本開示は、例えば、自己免疫疾患ならびに代謝疾患及び障害を含む疾患の治療処置で使用される、形質転換成長因子ベータ(TGF-β)ポリペプチド構築物及び複合体を提供する。構築物及び複合体をコードする核酸、ならびに細胞ベースの発現系において構築物及び複合体を調製する方法も記載される。【選択図】図1E

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2021年9月30日に出願された米国仮特許出願第63/250,990号、2021年6月1日に出願された米国仮特許出願第63/195,673号、2021年4月21日に出願された米国仮特許出願第63/177,935号、及び2020年11月23日に出願された米国仮特許出願第63/117,307号の利益を主張する。
参照による配列表の組み込み
本出願は、電子的に提出された配列リストを含み、これは、紙のコピー及びコンピュータ可読フォーム(CRF)の両方として機能し、「2910-25PCT_seqlist.txt」と題されたファイルからなり、それは2021年11月22日に作成され、そのサイズは351,169バイトであり、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。
I.序論
A.TGF-β及びその作用
形質転換成長因子ベータ(TGF-β)は、3つの哺乳動物(ヒト)アイソフォームTGF-β1、TGF-β2及びTGF-β3を含む形質転換成長因子スーパーファミリーに属するサイトカインである。TGF-βは、TGF-βの活性型としてホモ二量体化するTGF-β配列と、それに加えたプロペプチド領域とを含有する前駆体分子として合成される。TGF-βは、マクロファージ及び他の細胞種によって、2つの他のポリペプチド-潜在型TGF-β結合タンパク質(LTBP)及び潜在型関連ペプチド(LAP)と組み合わされた潜在型複合体として分泌される。潜在型TGF-β複合体は、細胞外マトリックス(ECM)中に貯蔵され、例えば、トロンボスポンジン-1(プラスミンによって活性化され得る)を介してCD36によって細胞の表面に、または潜在型形質転換成長因子ベータ結合タンパク質1、2、3、及び/もしくは4(LTBP1-4)に結合される。
TGF-βの生物学的機能は、ECM摂動(perturbation)に応答して厳格に調節される潜在型TGF-βの活性化の後に見られる。TGF-βは、様々な細胞もしくは組織の特異的経路、または複数の細胞もしくは組織型で観察される経路によって活性化され得るが、そのような活性化経路の背後にある完全なメカニズムは完全には知られていない。活性化剤としては、限定されないが、プロテアーゼ、インテグリン、pH、及び活性酸素種(ROS)が挙げられる。活性化において、細胞/組織に結合する潜在型TGF-β複合体は、機能し、環境摂動に対して感知及び応答して、空間的及び/または時間的な様式で活性型TGF-βを放出する。放出されたTGF-βは、その放出の状況に依存して細胞増殖を促進または阻害するように作用する。それはまた、幹細胞/前駆細胞を動員して、組織再生/リモデリングプロセスに参加する。TGF-βリガンド発現、バイオアベイラビリティ、活性化、受容体機能、または転写後修飾の異常は、正常な機能を妨げ、過剰な前駆体の動員(例えば、変形性関節症またはカムラチ-エンゲルマン病における)、または好ましくない系統への常駐細胞のトランス分化(例えば、がん転移または組織/臓器線維症の間の上皮から間葉への移行における)など、多くの疾患と関連する病理学的結果をもたらし得る。Xu et al Bone Research,6(Article No.2)(2018).
1 インテグリン非依存性及びインテグリン依存性の活性化
a.インテグリン非依存性の活性化
TGF-β活性化のインテグリン非依存性の手段の中には、とりわけ、プロテアーゼ及び/またはメタロプロテアーゼ、活性酸素種(ROS)、及びトロンボスポンジン-1(TSP-1)の作用を通して作用するものが含まれる。
プラスミン及びいくつかのマトリックスメタロプロテイナーゼ(MMP)は、ECM成分のタンパク質分解により、腫瘍侵入及び組織リモデリングを促進する。TGF-βは、マトリックスから潜在型複合体を放出するそのようなプロテアーゼの作用によって活性化され得、その後、LAPのタンパク質分解が行われ、TGF-βがその受容体に放出される。MMP-9及び-2の両方は、潜在型TGF-βを切断することが知られている。
TGF-βは、ROS放出を誘導する放射線曝露後にインビボで迅速に活性化されることが示されている。ROSは、LAPとTGF-βとの間の相互作用を変化させ、その活性化をもたらすと考えられている。
健常個体の血漿中に見出される糖タンパク質であるTSP-1は、傷害に応答して増加することが知られている。TSP-1は、潜在型TGF-β複合体と直接相互作用を形成し、その成熟TGF-βへの結合を防止することによって、潜在型TGF-βを活性化すると考えられている。トロンボスポンジンの媒介による活性化は、創傷(例えば、皮膚創傷)治癒に関与すると考えられている。
b.α(V)含有インテグリンによる活性化
インテグリン、特にβ6、αV、及びβ8含有インテグリンは、潜在型TGF-β(例えば、TGF-β1)活性化に寄与することが理解されている。活性化は、潜在型TGF-β1複合体に構造変化を誘導し、したがって、活性型TGF-β1を放出することによって、またはインテグリン-プロテアーゼ依存的なメカニズムによって、生じると考えられる。特に上皮細胞において、タンパク質分解を伴わないTGF-β1活性化につながる立体構造変化は、LAP-β1またはLAP-β3に存在するアルギニル-グリシル-アスパラギン細胞接着モチーフ(RGDモチーフ)にインテグリンが結合することによって生じると理解されている。RGDモチーフを含むLAPは、大部分のαV含有インテグリンによって認識される。例えば、αVβ6インテグリンは、LAP-β1及びLAP-β3に存在するRGDモチーフに結合することにより、TGF-β1を活性化/放出することができる。加えて、TGF-βのインテグリン-プロテアーゼ依存的な活性化は、潜在型TGF-β複合体とMMP-2及びMMP-9などのMMPとの間の連結を形成することによって生じ得、それにより潜在型TGF-β複合体のタンパク質分解によってTGF-βを活性化することができる。
2.TGF-βのシグナル伝達及び作用
活性化されたTGF-βは、細胞分化及びT細胞調節において重要な役割を果たす。例えば、Cold Spring Harbor Perspect.Biol.2017;9:a022236及びその引用を参照されたい。TGF-βは、胸腺由来のTreg(tTreg)、インバリアントナチュラルキラーT(iNKT)、及びCD8α+T細胞前駆体の生存を支援することによって、いくつかのT細胞系統の胸腺における発達を促進し、それにより、強力なアゴニストリガンドによって誘導されるT細胞の発達を促進する。TGF-βは、インターロイキン(IL)-7Rαの胸腺細胞発現を促進することによって、従来のCD8+T細胞を支持する。TGF-βはまた、低親和性T細胞のIL-7依存性の生存を促進することによって、胸腺細胞におけるIL-7Rα発現を制御することによって、及びT細胞受容体(TCR)駆動型の自己反応性または高親和性T細胞の活性化を阻害することによって、末梢T細胞の恒常性を調節する。初期のCD8+T細胞分化において、TGF-βは、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)の形成を阻害し、短寿命エフェクター細胞(SLEC)のアポトーシスを促進する一方で、CD103を発現する組織常在メモリ(TRM)細胞の分化を促進する。TGF-βは、Tヘルパー1及び2(Th1及びTh2)細胞の分化を阻害するが、他の因子と作用するTGF-βは、様々なT細胞の発達を促進する。TGF-βは、IL-2と共に、末梢Treg(pTreg)の産生を促進し、IL-6と共に、Th-17細胞の産生を促進し、IL-4と共に、Th9細胞の産生を促進し、IL-21及び/または-23と共に、T濾胞ヘルパー(Tfh)細胞の産生を促進する。
T細胞に対するその作用に加えて、Bリンパ球または「B細胞」、単球、及びマクロファージを含む様々な他の細胞が、TGF-βによって調節される。TGF-βは、概して、B細胞に対する阻害作用を有し(Li et al.,Annual Review of Immunology.24(1):99-146(2006)and Roes et al.,PNAS USA,100(12):7241-7246(2003))、B細胞の増殖を阻害し、未熟または静止しているB細胞のアポトーシスを誘導する(Arsura,et al.,Immunity 5(1):31-40(1996))。B細胞に対するTGF-βの作用の少なくとも一部は、IL-1、TNF-a、及びディフェンシンを含むサイトカインの産生を調節するNF-κBの阻害剤であるIKBaの誘導に起因し得る。例えば、Cold Spring Harbor Perspect.Biol.2017;9:a022236及びその引用を参照されたい。
B細胞への作用に加えて、TGF-βは休止した単球を刺激し、活性化されたマクロファージを阻害する。TGF-βは、Toll様受容体(「TLR」)リガンドによって刺激されたマクロファージの炎症誘発応答の阻害などの阻害効果を示す。TGF-β刺激は、TLRリガンドまたは他のサイトカインの不在下で、骨髄系細胞によるいくつかの炎症性サイトカインの産生を促進する。TGF-βは、末梢血の単球及びマクロファージを組織内に誘導し、単球の付着特性を増強することが示されている。TGF-βは、化学走性を誘導し、肥満細胞の付着特性を増強することができる。例えば、Cold Spring Harbor Perspect.Biol.2017;9:a022236及びその引用を参照されたい。
TGF-βが活性化されると、細胞表面のシグナル伝達受容体を介して作用することが理解されている。シグナル伝達は、活性化されたTGF-βリガンドが細胞表面上の形質転換成長因子β受容体II(「TβRII」)に結合するときに開始される。この相互作用は、形質転換成長因子β受容体I(「TβRI」)の動員をもたらし得る。TβRIIは、TGF-β1に単独で結合することができる一方で、TβRIは、TβRIIと協働してのみリガンドに結合することができる。TβRIは、TβRIIによってリン酸化されて活性化され、R-Smadタンパク質(Smad2及びSmad3)の動員及びリン酸化を介して、古典的シグナル伝達経路を介してシグナル伝達をもたらす。これらのSmadは次に、co-Smad(Smad4)に結合し、複合体は一緒になって、いくつかの遺伝子の転写を駆動する。Smith et al.,Clin.Cancer Res.;18(17):4514-21(2012)を参照されたい。TGF-βはまた、リガンドに占有された受容体によって活性化される、MAPキナーゼ経路、Rho様GTPaseシグナル伝達経路、及びホスファチジルイノシトール-3-キナーゼ/AKT経路の様々な分岐を含む非古典的(非Smad)経路を通してシグナル伝達することができる。非古典的経路を通じるシグナル伝達は、下流の細胞応答を強化、減衰、または他の方法で調節し得る。Zhang Ye,Cell Res.19(1):128-39(2009)を参照されたい。TβRI及びTβRIIとは対照的に、形質転換成長因子ベータ受容体III(「TβRIII」受容体または「ベータグリカン」)は、TGF-βシグナル伝達に関与せず、むしろTGF-βのリザーバーとして機能する。
活性化因子の摂動、活性化TGF-βの異常レベル、及び/またはTGF-βシグナル伝達の変化は、制御されざるTGF-βシグナル伝達レベルをもたらす可能性があり、それによりいくつかの疾患または複雑な疾患状態が生じ得る。実際、TGF-βは、炎症、自己免疫疾患、線維症、がん及び白内障等の多様な症状に効果を有することが示されている。
TGF-βは、耐性の誘導に関与する因子として、免疫系において止血を維持する極めて重要な役割を果たし、それによって自己免疫応答に影響を及ぼす。TGF-βがそのような効果を発揮することができる1つのメカニズムは、T細胞(例えば、CD4、CD8、CD4CD8及びCD4CD8細胞)の、(例えば、IL-2の存在下での)制御性T細胞または「T-Reg」細胞への分化を駆動することによるものである。例えば、Bettini and Vagnali,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1183:1-12(2010)を参照されたい。T-Reg細胞は、免疫寛容性の維持に不可欠である。Josefowicz et al.Annu Rev Immunol,30:531-564.(2012).自己抗原などの抗原に対する耐性を誘導するTGF-βの役割は、関節炎(関節リウマチまたは「RA」)、1型糖尿病(「T1D」)、多発性硬化症(「MS」)、及び全身性エリテマトーデス(「SLE」)などの疾患の発症を防御する上で重要な因子となる。例えば、TGF-βの機能のうち主要なものとしては、自己免疫疾患及び関連する炎症プロセスの調節が挙げられる。これは腸において特に当てはまり、炎症性腸疾患または「IBD」などの症状におけるマクロファージによるサイトカイン産生及び粘膜炎症を抑制すると考えられている。Sanjab et al.Cold Spring Harbor Perspect.Biol.2017;9:a022236.RAは、IBDと同様に、関節に対する、炎症性コンポーネントによる自己免疫疾患である。RAは、T細胞及び/またはB細胞における異常な応答から生じる。TGF-βは全身において、RAの発症からの保護を提供すると考えられる。Schramm et al.,Arthritis Res.Ther.6:R114-R119(2004)ならびにSanjab et al.Cold Spring Harbor Perspect.Biol.2017;9:a022236)、及びその中で引用される参考文献を参照されたい。
文献においては、タンパク質を捕捉し、その作用を効果的に中和することによって、タンパク質のレベルでTGF-β作用を調節するための多くのアプローチが報告されている。例えば、TGF-β1に対するメテリムマブ(CAT192)、及びTGF-βの複数のアイソフォームに対するフレソリムマブなどのモノクローナル抗体が、インビボでTGF-βに結合し、捕捉し、及び中和するよう開発されている。加えて、TGF-βに強固に結合し、それを捕捉し、それによって、それを中和する受容体トラップも開発されている(例えば、Swaagrtra,et al.,Mol Cancer Ther;11(7):1477-87(2012)及び米国特許公開第2018/0327477号を参照されたい)。
TGF-βに結合して捕捉し、TGF-β作用のアンタゴニストとして機能するよう設計された上述の分子とは異なり、本明細書に記載のマスキングされたTGF-β複合体は、互いに相互作用してTGF-βポリペプチド配列を可逆的にマスキングする、活性TGF-βポリペプチド(例えば、TGF-βシグナル伝達経路アゴニスト)及びマスキングポリペプチド(例えば、TGF-β受容体断片)を提供する。マスキングされたTGF-β複合体は、相互親和性を低減し、TGF-βのマスキング解除に寄与し、ヘテロマー細胞表面受容体を通したその結合シグナル伝達を可能にする(例えば、TβRIIへの結合、続いてTβRIがヘテロマー受容体を形成する)、TGF-β及び/またはマスキングポリペプチドにおける配列変動を含み得る。TGF-βに対して高い親和性を有するヘテロマーTβRI-TβRIIポリペプチド複合体は、形成されると、マスキングポリペプチドと効果的に競合することができる。TGF-β及び/またはそのマスキングポリペプチドにおける配列変動はまた、マスキングされていないTGF-βポリペプチドと他の分子との間の望ましくない相互作用を回避させることもできる。そのような配列変異としては、TβRIへの結合を減弱させるTβRIIのN末端の部分の欠失、及び/またはその二量体化を防止するTGF-β配列変異(例えば、C77S置換)であって、非シグナリングTβRIII分子のリザーバーへの標的結合制限を解除するものが挙げられる。上記に加えて、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、インビトロ効果及び治療効果等のインビボ効果など、標的細胞へのTGF-β結合の結果に実質的に影響を及ぼし得る、追加の野生型(wt)及び/または変異型の免疫調節ポリペプチド配列(MOD)を含み得る。
II.発明の概要
本開示は、TGF-βが別のポリペプチドによってマスキングされている構築物(「マスキングされたTGF-β構築物」、例えば、単一のポリペプチド鎖を有する図1の構造Aを参照)、及びTGF-βが別のポリペプチドによってマスキングされている複合体(「TGF-βポリペプチド複合体」、例えば、2つのポリペプチド鎖を含む複合体を示す、図1の構造B~Fを参照)の調製物を記載する。追加のエレメントも含み得るTGF-β構築物及び複合体は、本明細書では「マスキングされたTGF-β構築物及び複合体」と総称される。マスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、足場ポリペプチド(例えば、免疫グロブリンFc領域)の周りに構築され、TGF-βに結合するマスキングポリペプチド配列(「マスキングポリペプチド配列」、「マスキングポリペプチド」、または「マスキング配列」)を含有する。マスキングされたTGF-β構築物及び複合体はまた、野生型または変異型IL-2ポリペプチド配列などの1つ以上の独立して選択される免疫調節ポリペプチド配列(単数形「MOD」、複数形「MODs」)も含有し得る。
マスキングされた非標的TGF-β活性が、マスキングされていないTGF-βで観察される程には細胞内で悪影響を及ぼさないため、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、多数のタイプの哺乳動物細胞で発現され得る。
マスキングされたTGF-β構築物は、第1のポリペプチドとして、
i)足場ポリペプチド配列と、
ii)TGF-βポリペプチド配列と、
iii)TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列を任意に含むマスキングポリペプチド配列と、
iv)任意に、1つ以上の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
v)任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
これらのエレメントを含む構築物は、本発明では「マスキングされたTGF-β構築物」と総称され、マスキングポリペプチド配列及びTGF-βポリペプチド配列は、互いに結合する。そのマスキングされたTGF-β構築物は、(N末端からC末端まで)順番に、例えば、
i)足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列、及びTGF-βポリペプチド配列、または
ii)第1のMODポリペプチド配列、足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列、及びTGF-βポリペプチド配列、または
iii)第1の独立して選択されるMODポリペプチド配列、第2の独立して選択されるMODポリペプチド配列、任意に1つ以上の追加のMODポリペプチド配列、足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列、及びTGF-βポリペプチド配列、として編成され得、
マスキングされたTGF-β構築物は、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む。
上述のマスキングされたTGF-β構築物の足場ポリペプチドは、ホモ二量体の形成を引き起こす相互特異的(interspecific)または相互特異的でない二量体化配列を含み得、そこにおいて、足場ポリペプチド配列は、任意に1つ以上の互いに共有的な結合(attachment)を有する。
上述のマスキングされたTGF-β構築物の足場ポリペプチドはまた、相互特異的二量体化配列を含んでもよく、さらに、相手方の相互特異的二量体化配列を介して(上述の)第1のポリペプチドと二量体化して、マスキングされたTGF-β複合体ヘテロ二量体を形成する、第2のポリペプチドを含んでもよい。第2のポリペプチドは、以下の構造のうちの1つ:(i)相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、(ii)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、及び相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、(iii)相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列と、1の独立して選択されるMOD配列、または、(iv)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、及び相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み得、第1及び/または第2のポリペプチドは、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む。したがって、第2のポリペプチドは、以下の構造のうちの1つ:(i)相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、(ii)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、及び相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、(iii)相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及び1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、または(iv)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、及び相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み得、第1及び/または第2のポリペプチドは、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む。代替的に、マスキングされたTGF-β複合体ヘテロ二量体は、N末端からC末端まで順番に、(i)相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列、及びTGF-βポリペプチド配列、(ii)第1のMODポリペプチド配列、相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列、及びTGF-βポリペプチド配列、または(iii)第1の独立して選択されるMODポリペプチド配列、第2の独立して選択されるMODポリペプチド配列、相手側相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列、及びTGF-βポリペプチド配列を含み得る。
マスキングされたTGF-β複合体はまた、マスキングされたTGF-β複合体ヘテロ二量体として第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドを含み得、
(i)第1のポリペプチドは、
a)相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列と、
b)TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列を任意に含むマスキングポリペプチド配列と、
c)任意に、1つ以上の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
d)任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
(ii)第2のポリペプチドは、
a)第1のポリペプチド中の相互特異的二量体化配列に相手側となる相互特異的二量体化配列を含む、足場ポリペプチド配列と、
b)TGF-βポリペプチド配列と、
c)任意に、1つ以上の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
d)任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
これらのエレメントを含む複合体は、「マスキングされたTGF-β複合体」と総称され、マスキングポリペプチド配列及びTGF-βポリペプチド配列は、異なるポリペプチド鎖上に提供され、互いに結合し、
相互特異的結合配列及び相手側相互特異的結合配列は、ヘテロ二量体において互いに相互作用し、
マスキングされたTGF-βの第1のポリペプチド及び/または第2のポリペプチドは、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む。
TGF-βポリペプチド配列は、TGF-βアイソフォームのうちのいずれかに由来し得、二量体化するTGF-β配列の能力を制限する置換を含み得る。マスキング配列は、例えば、抗TGF-β抗体配列またはTGF-β受容体(TβR)エクトドメイン配列からの抗原結合アミノ酸配列であり得る。TβRエクトドメインがTGF-β配列をマスクするために使用される場合、それらは、(例えば、TGF-β配列との相互作用に必要でないエクトドメインの全部または一部の欠失による)マスキングされた分子による不慮のシグナル伝達を回避するために修飾され得る。
本開示はまた、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体を産生する方法、ならびに、様々な細胞型をもたらし、自己免疫疾患及び炎症性疾患を含む様々な疾患/障害を治療するためのそれらの使用方法を記載し、提供する。本明細書に記載の治療方法は、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体の、限定されないが、免疫調節物質(例えば、インターロイキン、サイトカイン、ケモカインなど)、抗体及び抗体断片(例えば、scFv、ナノボディなど)、低分子治療薬(例えば、ビタミンDまたはレチノイン酸)、ならびに所望の実験室的または治療的な結果を達成するのに有益であり得るそれらの組み合わせなどの、他の分子との共投与を包含し得る。
III.図面の簡単な説明
TGF-β受容体配列を使用してTGF-βポリペプチドをマスキングする、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体のいくつかのフォーマットを示す。構造Aは、1つ以上の独立して選択されるMOD(例えば、独立して選択されるタンデムMODのセット)を一か所に有する単量体構築物を示す。構造Bは、ポリペプチドがそれぞれのIgFc配列を介して相互作用する対称性のホモ二量体を示し、そこでは、2つのポリペプチドを連結するジスルフィド結合が自発的に形成され得る。構造C~Fは、TGF-β及びTGF-β受容体配列が、ヘテロ二量体で「シス」(同一のポリペプチド上)または「トランス」(異なるポリペプチド上)において存在するヘテロ二量体構造を示す。1つ以上の独立して選択されるMODが配置され得る位置を、対角線もしくは垂直線またはチェック柄で塗りつぶされた円によって示す。相互特異的な結合対を、ノブインホール配列によって表すが、以下で考察されるように、他の任意のものであってもよい。構築物は、MODを含まなくてもよいか、または示される場所にMODが提供され得る、MOD配列をタンデムに含む、1つ、2つ、もしくはそれ以上の独立して選択されるMOD配列を含んでもよい。例示的なMODは、例えば、野生型または変異体もしくは変異型(例えば、特定の受容体または複数の受容体に対する低減した親和性及び/または選択的親和性を有する)PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21、及びIL-23MOD配列を含む。TGF-β受容体配列がTGF-βポリペプチドをマスクするために使用される各事例において、受容体ポリペプチドは、TGF-βポリペプチドに対する親和性を有する抗体ポリペプチド(例えば、scFVまたはナノボディ)などの別のマスキングポリペプチドに置き換えられ得る。足場配列は、(例えば、ジスルフィド結合によって)結合して、共有結合性のホモ二量体または共有結合ヘテロ二量体を形成し得る。図示される構築物のうちのいずれも、TGF-βポリペプチド内に、その二量体化能を制限する配列変動(例えば、C77S置換)を有し得る。
免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号68)を提供する。 免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号69)を提供する。 免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号70)を提供する。 免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号71~78)を提供する。 免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号79)を提供する。 免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号80)を提供する。 免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号81及び82)を提供する。 免疫グロブリンFcポリペプチドのアミノ酸配列(配列番号83)を提供する。
下線付きのシグナルペプチドaas1~22を有するヒトJ鎖のアミノ酸配列(配列番号84)を提供する。
IgG1重鎖定常領域CH1ドメインの配列を提供する。70位及び72位のセリン残基は、MD13様構築物の形成のために、それぞれ、グルタミン酸及びバリンによって置換され得る(S70E及びS72V)。
Igκ及びIgλ鎖由来の軽鎖定常領域「CL」ドメインの配列を提供する。68位のセリン及び70位のスレオニンは、MD13様構築物の形成のために、それぞれ、ロイシン及びセリンによって置換され得る(S68L及びT70S)。
プレプロタンパク質としての3つの異なるTGF-βのアイソフォームの配列及びTGF-β3の成熟形態を、成熟タンパク質のC77S変異体と共に提供する。
TGF-βアイソフォーム1~3のアラインメントを提供し、図中、TGF-β2のaa残基Lys25、Cys77、Ile92、及び/またはLys94を除く、TGF-β2の成熟形態に対応する残基を太字で示し、TGF-βアイソフォーム1及び3の他の形態におけるそれらの対応する残基を下線付きの太字なしで示す。
1型TGF-β受容体(TβRI)及びそのエクトドメインの配列を提供する。
2型TGF-β受容体(TβRII)、そのエクトドメイン、及びエクトドメインの断片の配列を提供する。アイソフォームB中、太字及び下線で示す位置は、成熟ポリペプチドのaasF30、D32、S52、E55、及びD118であり、これらのいずれも、天然に存在するaa以外のaaで置換され得る。
3型TGF-β受容体(TβRIII)の配列を提供する。
蛍光サイトメトリー分析に基づく、ナイーブCD4+T細胞上のFoxP3の発現を刺激する異なる濃度の様々なマスキングされたTGF-β構築物及び複合体の能力を示すプロットを示す。細胞培養中の5日後の50U/mlのIL-2の添加の不在下及び存在下での、TGF-β3またはマスキングされたTGF-β3WT構築物(図1、構造Aを参照)の示された濃度に基づく(CD4細胞の割合としての)FoxP3の誘導を示す。 蛍光サイトメトリー分析に基づく、ナイーブCD4+T細胞上のFoxP3の発現を刺激する異なる濃度の様々なマスキングされたTGF-β構築物及び複合体の能力を示すプロットを示す。様々な濃度のTGF-β3、または3つのマスキングされたTGF-β3構築物のうちの1つ、または少なくとも1つのN末端wtもしくは変異型IL-2 MODを有するマスキングされたTGF-β3複合体で5日間処理されたナイーブT細胞の集団内の(CD4+細胞の割合としての)FoxP3細胞の分布を示す(構造については、図7G~7Iを参照)。 蛍光サイトメトリー分析に基づく、ナイーブCD4+T細胞上のFoxP3の発現を刺激する異なる濃度の様々なマスキングされたTGF-β構築物及び複合体の能力を示すプロットを示す。0.1nMまたは1000nMの濃度でのマスキングされたTGF-β3ポリペプチド(図6のパートBの構造(i))の存在下でのFoxP3CD4細胞の誘導を示す。
図1の構造Aの全体的な構造を有する、配列番号146である、代表的なマスキングされたTGF-β(構築物番号3470)のaa配列を提供する。ポリペプチドは、N末端からC末端まで、wt.ヒトIL-2(hIL2)配列、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトモノIgGFc、GSリンカーの3回の反復、D118A置換を有するヒトTβRII(hTβRII)Δ25配列、GSリンカーの5回の反復、及びC77S置換を有するヒトTGF-β3(hTGF-β3)配列を含む。
図1の構造Bの全体的な構造を有する、代表的なマスキングされたTGF-β(構築物番号3334、配列番号147)のaa配列を提供する。ホモ二量体を形成するポリペプチドは、N末端からC末端まで、H16T及びF42A置換を有するhIL2、GSの3回の反復、LALA置換を有するヒトIgG1Fc、GS及びGSリンカーの2回の反復、hTβRIIΔ25、D118A、GSの5回の反復、ならびにhTGF-β3配列を含む。
第1及び第2のポリペプチドを含む、図1の構造Dの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物のaa配列を提供する。第1のポリペプチド(構築物番号3618、配列番号148)は、N末端からC末端まで、wt.hIL-2、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトIgG1 Fcノブインホール(KiH)ポリペプチド鎖A、GSリンカー配列の5回の反復、及びC77S置換を有するhTGF-β3配列を含む。第2のポリペプチド(構築物番号3619、配列番号149)は、N末端からC末端まで、wt.hIL2、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトIgG1 Fc KiHポリペプチド鎖B、GSリンカー及びGSリンカーの2回の反復、ならびにhTβRIIΔ25、D118A配列を含む。
第1及び第2のポリペプチドを含む、図1の構造Eの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物のaa配列を提供する。上記に記載される第1のポリペプチド(構築物番号3618、配列番号150)は、N末端からC末端まで、wt.hIL-2、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトIgG1 Fcノブインホール(KiH)ポリペプチド鎖A、GSリンカー配列の5回の反復、及びC77S置換を有するhTGF-β3配列を含む。第2のポリペプチド(構築物番号3855、配列番号151)は、N末端からC末端まで、LALA置換を有するヒトIgG1 Fc KiHポリペプチド鎖B、T366S、L368A、及びY407V置換、GSリンカーの3回の反復、ならびにhTβRIIΔ25、D118A配列を含む。
第1及び第2のポリペプチドを含む、図1の構造Fの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物のaa配列を提供する。第1のポリペプチド(構築物番号3891)、配列番号152は、N末端からC末端まで、H16A、F42Aを有するhIL-2、GSリンカー配列の3つの反復、LALA及びT366W置換を有するヒトIgG1 Fcノブインホール(KiH)ポリペプチド鎖A、GS及びGSリンカーの2回の反復、hTβRIIΔ25、D118A、GSリンカーの5回の反復、ならびにC77S置換を有するhTGF-β3を含む。第2のポリペプチド(構築物番号3664)、配列番号153は、N末端からC末端まで、LALA置換を有するヒトIgG1 Fc KiHポリペプチド鎖Bを含む。
第1及び第2のポリペプチドを含む、図1の構造Fの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物のaa配列を提供する。第1のポリペプチド(構築物番号3715、配列番号155)は、N末端からC末端まで、LALA置換を有するヒトIgG1 Fc KiHポリペプチド鎖A、GSリンカーの3回の反復、及びヒトwt.IL2配列を含む。第2のポリペプチド(構築物番号3714、配列番号156)は、N末端からC末端まで、LALA置換を有するヒトIgG1 Fc KiHポリペプチド鎖B、GSリンカーの3回の反復、D32N及びD118A置換を有するhTβRIIΔ25、GSリンカー配列の5回の反復、ならびにC77S置換を有するhTGF-β3配列を含む。
図7A~7FのIL-2配列のうちのいずれかは、wt.IL-2によって置き換えられた、またはN88、H16及び/もしくはF42における置換(例えば、N88R、H16AもしくはH16Tから選択されるH16における置換、ならびに/またはF42A及びF42Tから選択されるF42における置換)を有するIL-2配列によって置き換えられた、IL-2以外のMODまたは変異型MODで置換され得る。
図1の構造Aの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物(構築物番号3472、配列番号157)のaa配列を提供する。ポリペプチドは、N末端からC末端まで、wt.hIL2、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトモノIgG Fc、GSリンカーの3回の反復、D32N及びD118A置換を有するヒトTβRII(hTβRII)Δ25配列、GSリンカーの5回の反復、ならびにC77S置換を有するヒトTGF-β3(hTGF-β3)配列を含む。
図1の構造Aの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物(構築物番号3466、配列番号158)のaa配列を提供する。ポリペプチドは、N末端からC末端まで、wt.hIL2、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトモノIgG Fc、GSリンカーの3回の反復、D118A置換を有するヒトTβRII(hTβRII)Δ25配列、GSリンカーの5回の反復、及びC77S置換を有するヒトTGF-β3(hTGF-β3)配列を含む。
図1の構造Aの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物(構築物番号3468、配列番号159)のaa配列を提供する。ポリペプチドは、N末端からC末端まで、H16T F42A置換を有するhIL2、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトモノIgG Fc、GSリンカーの3回の反復、D32N及びD118A置換を有するヒトTβRII(hTβRII)Δ25配列、GSリンカーの5回の反復、ならびにC77S置換を有するヒトTGF-β3(hTGF-β3)配列を含む。
第1及び第2のポリペプチドを含む、図1の構造Dの全体的な構造を有する代表的なマスキングされたTGF-β構築物のaa配列を提供する。第1のポリペプチド(構築物番号3618、配列番号148)は、N末端からC末端まで、wt.hIL-2、GSリンカーの3回の反復、LALA置換を有するヒトIgG1 Fcノブインホール(KiH)ポリペプチド鎖A、GSリンカー配列の5回の反復、及びC77S置換を有するhTGF-β3配列を含む。第2のポリペプチド(構築物番号3621、配列番号160)は、N末端からC末端まで、wt.hIL2、GSリンカーの3回の繰り返し、LALA置換を有するヒトIgG1 Fc KiHポリペプチド鎖B、GSリンカーの3回の繰り返し、ならびにD32N及びD118A置換を有するhTβRIIΔ25配列を含む。
マスキングされたTGF-β構築物(左)及び2つのマスキングされたTGF-β複合体(中央及び右)を示す。複合体のサンプルは、ポリペプチドをコードする核酸ベクターを構築し、ExpiCHO細胞にトランスフェクションし、ポリペプチドを発現させることによって調製した。プロテインAクロマトグラフィー、続いてサイズ排除クロマトグラフィーによってポリペプチドを精製した。精製したタンパク質をSDS-PAGEに供し、得られたゲルをクマシーブルーで染色した。NR=還元されていないまたは非還元サンプル、R=還元されたサンプル(ジスルフィド還元剤による還元)。
TGF-β3またはTGF-β1への親和性に対するマスキングTβRIIポリペプチド配列(図5B参照)における様々な変異(aa置換)の効果を示す(表、左上)。図9はまた、固定化されたTβRII-Fc受容体構築物へのマスキングされたTGF-β構築物の親和性に反映される、マスキングTβRII aa配列とマスキングされたTGF-β(TGF-β1またはTGF-β3)との間の結合相互作用に対するこれら3つの置換、すなわちE55A、D32N、及びS52Lの比較的大きな効果も実証する。図9の右側に、アッセイフォーマットが2つのマイクロタイターウェルに描写される。左のウェルでは、マスキングされたTGF-β構築物は、そのTGF-β及びTβR-II配列が固定化されたTβRII-FC融合物(アッセイウェルの底部に取り付けられた「TβRII-FC」と標識された斜線付きのボックス)と係合された、または関連していない閉鎖構成である。右のマイクロタイターウェルでは、マスキングされたTGF-β構築物は、開放構成であり、上方にそのTGF-β3配列を有する捕捉アッセイフォーマットで示され、固定化されたTβRII-Fc受容体と相互作用する。採用されるマスキングされた構築物のIg足場は、他の足場への相互特異的結合を形成せず、したがって、マスキングされた構築物は、単量体のままである。右のマイクロタイターウェルに示される特異的に固定化されたマスキングされたTGF-β構築物の検出は、検出のために抗体(「B」)として抗IL-2と標識されたビオチン、ならびにストレプトアビジン及び西洋ワサビペルオキシダーゼ(「Strep」及び「HRP」)を使用して達成される。実施例3のように調製されるマスキングされた構築物の各々について作成された捕捉曲線を使用して、報告されたKd値を決定した。
マスキングされたTGF-β3複合体PSM-4033-4039を形成するポリペプチドの構造を示す。 マスキングされたTGF-β3複合体PSM-4033を形成するポリペプチドのアミノ酸配列を示す。 マスキングされたTGF-β3複合体PSM-4039を形成するポリペプチドのアミノ酸配列を示す。
PSM-4033-4039が、ヒト末梢ナイーブCD4T細胞からFoxp3iTregを誘導するために使用される、実験の結果を示す。実施例4を参照されたい。
PSM-4033-4039によって誘導されたFoxp3iTregが、T細胞増殖を抑制するために使用される、実験の結果を示す。実施例4を参照されたい。
PSM-4033-4039が、ナイーブ及びメモリCD4T細胞を含むヒト末梢CD4T細胞からのFoxp3iTregの発現を誘導するために使用される、実験の結果を示す。実施例4を参照されたい。
PSM-4033-4039が、同種他家のリンパ球反応によって活性化されたCD4T細胞からFoxp3iTregを誘導するために使用される、実験の結果を示す。実施例4を参照されたい。 PSM-4033-4039が、同種他家のリンパ球反応によって活性化されたCD4T細胞からFoxp3iTregを誘導するために使用される、実験の結果を示す。実施例4を参照されたい。
PSM-4033-4039を様々な濃度でマウスに静脈内投与し、マウスにおける血清中濃度を、注射後72時間までの様々な間隔で決定した実験の結果を示す。実施例4を参照されたい。
Aでは、PBSビヒクル対照による、組換えTGF-β3及び組換えIL-2の併用治療による、またはPSM-4033-4039による(図10A参照)、CD4+T細胞におけるFoxP3発現の誘導を示す。Bでは、PSM-4033-4039の用量応答曲線(EC50測定値)は、約30nMのEC50値を示す。
PSM-4033-4039を用いた治療によってFoxP3を発現するように誘導されたCD4+T細胞との共培養による、Tエフェクター細胞増殖の阻害を示す。
対照培地、IL-2、組換えIL-2と組み合わせた組換えTGF-β3、及びPSM-4033-4039を用いた治療時のFoxP3+T細胞の生存率を示す。
PBS(A)またはPSM-4033-4039(B)で治療されたTxA23マウスの血液中のFoxP3+CD4+細胞の誘導を示す。この図はまた、PBS(C)またはPSM-4033-4039(D)で治療されたTxA23マウスの胃リンパ節におけるFoxP3+CD4+細胞の誘導も示す。図19のパネルEでは、PBSで治療された3匹のTxA23マウス及びPSM-4033-4039で治療された3匹のTxA23マウスの胃リンパ節におけるFoxP3+CD4+細胞のレベルが比較される。パネルA及びBにおけるデータの比較が、パネルGにおけるヒストグラムで提供され、パネルC及びDにおけるデータの比較が、パネルHにおけるヒストグラムで提供される。PBSまたはPBS中のPSM-4033-4039で治療されたマウスにおける胃上皮細胞マーカーKi67に特異的なTCRを有する胃リンパ節におけるTエフェクター細胞及びTreg細胞の数が、パネルH及びIで提供される。
A~Gでは、従来のiTreg及びPSM-4033-4039誘導iTregによる表現型マーカーCD25、CTL4、PD1、GITR、CD38、CD73及びGARPの発現の比較を提供する。
遅延型過敏症(DTH)応答を誘発するためにキーホールリンペットヘモシアニンを採用して、DTHのマウスモデルにおいてPSM-4033-4039の効果を試験するための概略タイムライン、ならびに注射ビヒクル対照及びシクロスポリン陽性対照と共にPSM-4033-4039の効果のプロットを提供する。
IV.詳細な説明
A.定義
本明細書で使用されるとき、アミノ酸(文脈上複数であることができる場合を除き、単数形である場合は「aa」と略記し、複数形では「aas」とする)とは、哺乳動物細胞での翻訳においてポリペプチド及びタンパク質に組み込まれる天然に存在するタンパク質源性のαアミノ酸を意味する。特に明記しない限り、以下の略語が使用される:L(Leu、ロイシン)、A(Ala、アラニン)、G(Gly、グリシン)、S(Ser、セリン)、V(Val、バリン)、F(Phe、フェニルアラニン)、Y(Tyr、チロシン)、H(His、ヒスチジン)、R(Arg、アルギニン)、N(Asn、アスパラギン)、E(Glu、グルタミン酸)、D(Asp、アスパラギン)、C(Cys、システイン)、Q(Gln、グルタミン)、I(Ile、イソロイシン)、M(Met、メチオニン)、P(Pro、プロリン)、T(Thr、スレオニン)、K(Lys、リジン)、及びW(Trp、トリプトファン)。アミノ酸には、哺乳動物細胞に見出されるいくつかのタンパク質に現れる、アミノ酸ヒドロキシプロリン及びセレノシステインも含まれる。
本明細書で使用されるとき、用語「ポリペプチド」、「ポリペプチド配列」、及び「タンパク質」は、同義語であり、それらのC-1カルボキシル基とそれらのαアミンとの間のペプチド結合によって連結され、ポリペプチドの骨格を形成するaasの配列を意味する。したがって、MODポリペプチド配列、足場ポリペプチド配列、TGF-βポリペプチド配列、及び/またはマスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列)のうちのいずれか1つ以上を含む各ポリペプチド(例えば、第1のポリペプチド)は、単一の連続する骨格を有するポリペプチド鎖として、それらのポリペプチド配列のうちのいずれか1つ以上を含む。そのようなポリペプチド(例えば、第1のポリペプチド)は、共有結合(例えば、システイン残基の側鎖間のジスルフィド結合)によって他のポリペプチドに連結され得る。さらに、本明細書で使用されるとき、用語「ポリペプチド」、「ポリペプチド配列」、及び「タンパク質」は、タンパク質が所望の活性を維持する限り、天然配列に対する(一般的には、当業者に公知となるように、本質的に保存的な)欠失、付加、及び置換などの修飾を含む。これらの修飾は、部位特異的変異導入を通したような意図的なものであり得るか、またはタンパク質を産生する宿主の突然変異、またはPCR増幅もしくは他の組換えDNA法に起因するエラーを通したような偶発的なものであり得る。
実施形態、請求項、または態様が、具体的なタイプの哺乳動物(例えば、ヒトまたは非ヒト対象)を対象とする場合、核酸及びポリペプチド配列は、その哺乳類由来の配列に限定され得る。特に断りのない限り、タンパク質(例えば、TGF-β、TβR、免疫グロブリン、及びMOD)のポリペプチド配列は、ヒト(Homo Sapiens)の配列である。
本明細書で使用されるとき、「マスキングされた」とは、ある分子(例えば、マスキングされたポリペプチドまたはマスキングされたタンパク質)が、マスキング分子(例えば、ポリペプチド、タンパク質、またはタンパク質断片)に結合されるか、またはそうでなければ係合されていることを意味し、ここで、前者の分子に対してまた親和性を有する他のタンパク質(例えば、細胞表面受容体)による該マスキングされた分子の利用可能性が制限される。
本明細書で使用されるとき、マスキングされたTGF-β構築物という用語は、TGF-β(例えば、TGF-β1、TGF-β2、またはTGF-β3)ポリペプチド配列と、TGF-βポリペプチドに結合するか、または別様にTGF-βポリペプチドと相互作用するマスキングポリペプチド配列との両方を含む、単一のポリペプチドを指す。特に断りのない限り、マスキングされたTGF-β構築物は、足場ポリペプチド配列を含み、任意に、1つ以上の独立して選択される免疫調節(MOD)ポリペプチド配列を含む。
本明細書で使用されるとき、マスキングされたTGF-β複合体という用語は、2つ以上のポリペプチド(典型的には、ホモ二量体またはヘテロ二量体として配置されるが、より高次の多量体でもあり得る、第1及び第2のポリペプチドとして指定される2つのポリペプチド)を指す。マスキングされたTGF-β複合体は、TGF-β(例えば、TGF-β1、TGF-β2、またはTGF-β3)ポリペプチド配列と、TGF-βポリペプチドに結合するか、または別様にTGF-βポリペプチドと相互作用するマスキングポリペプチド配列と、それを通してTGF-β複合体のポリペプチドが会合する二量体化または多量体化配列を含む足場ポリペプチドとを含む。TGF-β複合体ポリペプチドのうちのいずれか1つ以上は、任意に、1つ以上の独立して選択されるMODポリペプチド配列を含む。
「マスキングされたTGF-β構築物または複合体」という用語は、マスキングされたTGF-β構築物またはマスキングされたTGF-β複合体の略称である。略語は、その複数形「マスキングされたTGF-β構築物または複合体」で使用され得る。
本明細書で使用されるときの二量体化及び多量体化配列は、二量体(例えば、ヘテロ二量体もしくはホモ二量体)、または多量体(3つ、4つ、5つ以上のポリペプチド配列のホモもしくはヘテロ多量体)としてのポリペプチド配列(例えば、別個のポリペプチド)の会合を可能にする、ポリペプチド配列である。二量体化及び多量体化配列は、非共有結合的な配列の会合を可能にし、いくつかの状況下では、それは共有結合による複合体(例えば、ポリペプチド間のジスルフィド結合形成)に変換され得る。
相互特異的結合配列は、ポリペプチドの非対称な対形成(ヘテロ二量体形成)を可能にする二量体化配列である。相互特異的結合配列は、(ホモ二量体を形成するのとは対照的に)それらの相手方の相互特異的結合配列(複数可)、すなわちそれらの同種(cognate)の結合相手とのヘテロ二量体の形成を有利にする。キーインホール(またはキーイントゥホール)Fcポリペプチド対は、相互特異的結合配列及びその相手側相互特異的結合配列の一例を表す。
本明細書で使用されるときのナノボディ(nanobodiesまたはnanobody)は、全抗体と同様に、特定の抗原に選択的に結合することが可能である、単一の単量体抗体可変ドメインからなる抗体断片を指す。
aa配列に関して野生型(「wt」と略記される)とは、生体において天然に見出される配列と比較して変化していない(その中に任意の置換、欠失、または挿入を有さない)、天然に存在するaa配列か、または文脈から理解される天然に存在するaa配列の連続部分を意味する。特定の天然に存在する配列は、参照のためにwt配列として標記されうる。
本明細書で使用されるとき、「T細胞」は、例えば、ヘルパーT細胞(CD4+細胞)、細胞傷害性T細胞(CD8+細胞)、T制御性細胞(Treg)、及びNK-T細胞などの、CD3を発現する全ての型の免疫細胞を包含する。
用語「結合」とは、本明細書で使用されるとき、2つの分子間の非共有結合性の相互作用、例えば、MODとそのco-MODとの間の非共有結合相互作用を指す。非共有結合とは、例えば、静電的、疎水的、イオン性及び/または水素結合性の相互作用による、2つの分子間の直接の会合を意味し、例えば塩橋や水橋による相互作用を含む。非共有結合相互作用は、一般に、10-6M未満、10-7M未満、10-8M未満、10-9M未満、10-10M未満、10-11M未満、10-12M未満、10-13M未満、10-14M未満、また10-15M未満の解離定数(K)を特徴とする。「特異的結合」は、一般に、少なくとも約10-7M以上、例えば、5×10-7M、10-8M、5×10-8M、10-9M、及びそれ以上の親和性を有する結合を指す。「非特異的結合」は、一般に、約10-7M未満の親和性での結合(例えば、その指定された結合部位または受容体以外の部分へのリガンドの結合)(例えば、10-6M、10-5M、10-4Mの親和性での結合)を指す。本明細書で使用されるときの「共有結合(covalent bindingまたはcovalent bond)」は、2つの異なる分子間の1つ以上の共有化学結合の形成を指す。
「親和性」は、非共有結合の強度を指し、増加した結合親和性は、より低いKと相関する。本明細書で使用されるとき、用語「親和性」は、2つの作用物質(例えば、抗体及び抗原)の可逆的結合のための平衡定数を指し、解離定数(K)として表される。
本明細書で使用されるとき、用語「免疫調節ポリペプチド」またはMODとしては、T細胞上の同種の共免疫調節ポリペプチド(「co-MOD」)に特異的に結合し、それによりシグナルを生じさせる、抗原提示細胞(APC)(例えば、樹状細胞、B細胞など)上のポリペプチド、またはAPC上のポリペプチドの一部が挙げられる。例えば、IL-2などのインターロイキンまたはその断片(MOD)の、細胞表面IL-2受容体(co-MOD)への結合は、細胞へのシグナルを提供する。MODには、IL-1、IL-2、IL 4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21、IL-23、PD-L1、4-1BBL、及びFasリガンド(FAS-L)が含まれるが、これらに限定されない。MODは、とりわけ、T細胞上に存在するco-MOD分子と特異的に結合して、coMODによるシグナル伝達をもたらす、抗体または抗体配列(例えば、ナノボディ)も包含する。本明細書で考察されるように、MODはまた、例えば、co-MODに対する低減した結合親和性を有する変異型MODを含む、wt.MODの変異型も含む。このような親和性の低下は、複数の形態をとることができる。例えば、変異型IL-2 MODは、IL-2Rのα鎖、β鎖、及び/またはγ鎖のうちの1つ以上に対する親和性が低下し得る。本明細書で考察されるように、16位及び42位に変異を含む変異型IL-2 MODは、IL-2Rのα鎖への結合を実質的に示さず、IL-2Rのβ鎖に対する親和性を低下させることができる。加えて、2つ以上のco-MODを有するMOD(例えば、CD80がCD28及びCTLA-4の両方に結合する)の場合、変異型MODは、一方のco-MODに対する親和性を低下させ、他方のco-MODに優先的または選択的に結合することができる。本開示の目的においては、TGF-β(例えば、TGF-β1、TGF-β2、またはTGF-β3)、及びその断片は、MODとはみなされない。
特に示されない限り、用語「実質的に」とは、「完全に」及び「大部分であるが完全にではない」の両方を包含することが意図される。例えば、IL-2Rのα鎖に実質的に結合を示さない変異型IL-2 MODは、IL-2Rのα鎖に全く結合しないか、またはIL-2Rのα鎖にほとんど結合しないIL-2変異型MODである。
本明細書で使用されるとき、用語「インビボ」とは、例えば自己免疫性患者の体内で生じる任意のプロセスまたは手順を指す。
本明細書で使用されるとき、「インビトロ」とは、エクスビボと称され得る手順を含む、体外で生じる任意のプロセスまたは手順を指す。
本明細書でMODポリペプチド配列の配置を説明するために使用されるときの「タンデム」は、最大でもリンカーによって分離された(例えば、足場、マスキングポリペプチド、またはTGF-β配列が介在しない)ポリペプチド上で互いに隣接して配置された2つ以上のMODを有することを意味する。
本明細書で使用されるとき、用語「エクトドメイン」は、細胞外空間内に延在し、膜貫通ドメインの十分な部分を含まず、それを細胞膜内に固定する膜タンパク質の部分(ドメイン)を意味する。
本明細書で使用されるとき、「配列同一性」とは、2つのポリヌクレオチド配列または2つのポリペプチド配列間の、aaまたはヌクレオチド同一性の尺度である。あるポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列が、別のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに対して特定の「配列同一性」率を有すると記述することは、2つの配列を比較するときに、塩基またはアミノ酸の割合が同一であり、同一の相対位置にあることを意味する。配列同一性については多数の異なる方式を用いて決定することができる。配列同一性を測定するために、様々な簡便な方法、及び、world wide webにおいて、ncbi.nlm.nili.gov/BLAST、ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/、ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/、mafft.cbrc.jp/alignment/software/を含むサイトで利用可能なコンピュータプログラム(例えば、BLAST、T-COFFEE、MUSCLE、MAFFTなど)を使用して配列をアラインしてもよい。例えば、Altschul et al.(1990),J.Mol.Biol.215:403-10を参照されたい。特に明記しない限り、配列同一性は、2019年4月1日にリリースされたNCBI BLASTアルゴリズム、バージョンBLAST+2.9.0(タンパク質の場合BLASTP 2.9.0+、及び核酸の場合BLASTN 2.9.0+)で実行されたアラインメントを使用して決定される。
本明細書で使用されるときの「組換え」は、特定の核酸(DNAまたはRNA)が、天然系に存在する内在性核酸と区別可能な構造コードまたは非コード配列を有する構築物をもたらす、クローニング、制限、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)及び/またはライゲーションステップの様々な組み合わせの生成物であることを意味する。ポリペプチドをコードするDNA配列は、cDNA断片から、または一連の合成オリゴヌクレオチドから組み立てられて、細胞または無細胞転写及び翻訳系に含まれる組換え転写単位から発現されることが可能である合成核酸を提供することができる。ペプチド、ポリヌクレオチド、またはタンパク質に関して使用される組換えとは、それらが組換え核酸からの発現によって調製されたことを示す。
本明細書で使用されるとき、ある量に関連して使用される用語「約」とは、その量が記載の量の10%変化し得ることを示す。例えば、「約100」は、90~110の量を意味する。「約」が範囲の文脈で使用される場合、範囲の下限量に関して使用される「約」は、下限量が範囲の下限量よりも10%低い量を含むことを意味し、範囲の上限量に関して使用される「約」は、上限量が範囲の上限量よりも10%高い量を含むことを意味する。例えば、約100~約1000は、範囲が90~1100に及ぶことを意味する。
本発明で使用する場合、用語「治療」、「治療すること」などは、広義には、所望の薬学的効果及び/または生理学的効果を得ることを意味する。その効果は、疾患またはその症状を完全にまたは部分的に予防するという観点において予防的であり得、及び/または、疾患及び/またはその疾患に起因する悪作用の部分的または完全な治癒という観点において治療的であり得る。本明細書で使用されるときの「治療」は、哺乳動物における疾患または症状の任意の治療を網羅し、(a)疾患もしくは症状にかかりやすい素因を有し得るが、まだそれを有すると診断されていない対象において疾患もしくは症状が生じることを予防すること、(b)疾患もしくは症状を阻害すること、すなわち、その進行を阻止すること、及び/または(c)疾患を軽減すること、すなわち、疾患の退行を引き起こすことを含む。治療剤(例えば、マスキングされたTGF-β構築物または複合体)は、疾患または傷害の発症の前、間、または後に投与され得る。進行中の疾患の治療(治療は患者の望ましくない臨床症状を安定化または抑制する)には特に利点がある。このような治療は、望ましくは、罹患組織の機能が完全に喪失される前に実施される。治療的処置は、疾患の症候期中に、及び一部の例では、疾患の症候期後に施される。
用語「個体」、「対象」、「宿主」及び「患者」は、本明細書では同義的に使用され、診断、治療または療法が望まれる任意の哺乳動物対象を指す。哺乳動物としては、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、齧歯類(例えば、ラット、マウス)、ウサギ目(例えば、ウサギ)、有蹄類(例えば、ウシ、ラット、ヤギ、ヒツジ、ウマ、ブタなど)、イヌ科(例えば、イヌ)、ネコ科(例えば、ネコ)など(例えば、ヒト、ウシ、イヌ、ネコ、齧歯類、ネズミ、ヤギ類、サル類、ヒツジ、ウマ、ラッピン(lappine)、ブタなど)が挙げられる。
本明細書ならびに添付の態様及び特許請求の範囲で使用される単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈上明確に指示しない限り、複数の指示対象を含むことに留意すべきである。それゆえ、例えば、「a Treg」というときは、複数のそのようなTregを包含し、「TGF-βポリペプチド」というときは、1つ以上のTGF-βポリペプチド及び当業者に既知のその均等物などへの言及を包含する。さらに、特許請求の範囲は、いずれの任意の要素も含むかまたは除外するかのいずれかであるように作成され得るということに留意されたい。すなわち、このことは、(例えば、「単に」、「のみ」などの用語を用いて)特許請求の範囲でのそのような要素の使用(包含)、または特許請求の範囲からのそれらの削除、のいずれかである、前者の根拠として、もしくは特定の任意の要素を除外する「否定的な」限定のための根拠として、機能することを意図するものである。
明確さのために個々の態様または実施形態との関係において記載した本発明における特定の特徴はまた、従属請求項記載の発明を含む単一の態様または実施形態において、組み合わせて提供してもよいということを理解されたい。逆の言い方をすれば、簡潔にするため、単一の実施形態との関係において記載した本発明における様々な特徴を、さらに、別々に、または、任意の好適な副組み合わせで提供してもよい。本発明に属する実施形態の全ての組み合わせは、本発明により明示的に包含され、それぞれ及び全ての組み合わせが個別にかつ明確に開示されるかのように本明細書において開示される。加えて、様々な実施形態及びそれらの要素における全ての副組み合わせもまた、本発明により明示的に包含され、全てのこのような副組み合わせが個別にかつ明確に本明細書において開示されるかのように、本明細書において開示される。
本明細書で考察される刊行物は、単に本願の出願日前にそれらの開示を提供したに過ぎない。本明細書におけるいずれの内容も、本発明が、先行発明によりこのような刊行物に先行する権利を持たないことを認めるものとして解釈されるべきではない。さらに、提供した刊行物の日付は実際の刊行日とは異なる場合があり、個別に確認する必要が生じる場合がある。
B.説明
1.序論
TGF-βスーパーファミリーは、成長阻害機能を有する内因性タンパク質を包含する。TGF-βの発現の増加、またはTGF-βの作用を阻害する細胞メカニズムの欠陥は、とりわけ、TGF-βの免疫抑制作用により、多くのがんの悪性腫瘍と相関している。TGF-βの免疫抑制機能の調節不全は、自己免疫疾患にも関与する。TGF-βは、免疫機能の主要な調節因子であるため、多数の研究の標的となり、TGF-β及びそのシグナル伝達経路の両方は、炎症プロセス及び自己免疫障害を含む様々な疾患の治療のための治療標的と考えられている。
治療薬としてTGF-βを効果的に調製及び送達することは、分子の毒性及びTGF-βの受容体系の複雑さのため、容易ではない。哺乳動物細胞発現系におけるTGF-βの大量産生は、多くの哺乳動物細胞に対する該タンパク質の毒性によって制限される。TGF-βの細胞傷害性が問題となる細胞としては、産業的なタンパク質産生のために最も強健でかつ一般的に用いられる細胞の1つである、チャイニーズハムスター卵巣細胞または「CHO」細胞などの、生体分子の産生に使用される多くのものが挙げられる。治療薬としてのTGF-βの使用はまた、(TGF-β3の約6.1の等電点(pI)とは対照的に)約8.59のpIを有するTGF-β1の高いpI、及び非酸性条件下でのその限られた安定性/溶解性(そのような酸性条件は、一般に、治療的使用に適していない)によって複雑化される。加えて、(例えば、TGF-β2に対して5nM程度の)哺乳動物系内に存在する多量の高親和性TβRIII受容体は、TGF-βに対するTβRIIの親和性と比較して(1~2μM程度の)顕著な薬力学的シンク(sink)を表し、TGF-βベースの生物学的製剤の標的組織へのアクセスを制限する。同様に、TGF-βをTβRII/TβRI複合体に動員するTβRIIIの役割は、TGF-βの有意なオフターゲット送達をもたらし、意図しない、望ましくない、さらには毒性効果をもたらし得る。そのようなオフターゲット送達は、非特異的な活性化をもたらし得、また、特にTGF-βシグナル伝達がフィードフォワード制御下にある場合に、活性型TGF-βのさらなる産生をもたらし、それによって、さらなる意図しないかつ望ましくない効果を生じさせ得る。例えば、Jiang et al.,Redox Biol.2:267-272(2014)を参照されたい。
治療薬としてのTGF-βの効果的な使用は、TGF-β刺激の結果を得るために細胞に対し追加の刺激を提供する必要性があるため、さらに困難となる。上記のように、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21、IL-23、PD-L1、4-1BBL、及びFasリガンド(FAS-L)などのサイトカインは、TGF-βの作用に深刻な影響を及ぼし得る。したがって、TGF-β及びサイトカインなどの形態での追加の刺激を送達する能力は、特定の治療的または細胞媒介性の(例えば、インビトロまたはインビボの)効果を達成するのに有利であり得る。
以下でより詳細に考察されるように、本開示は、TβRI及びTβRIIタンパク質を有する細胞と相互作用し、シグナル伝達を刺激することができる、TGF-βポリペプチドの使用を記載する。有利には、TGF-βポリペプチドは、足場(例えば、免疫グロブリンFcポリペプチドなどの1つまたは2つのポリペプチド)の周りに構築されたTGF-βポリペプチド配列(例えば、マスキング配列として機能するTβRII配列)に結合してマスキングするポリペプチドも含有する融合タンパク質(単一のポリペプチド鎖)または融合タンパク質複合体(2つ以上のポリペプチド鎖)である、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の一部である。そのような融合タンパク質または融合タンパク質複合体の例が、図1に描写される。融合タンパク質のTGF-βポリペプチドが、例えば、細胞のTβRIIIと相互作用する場合、TGF-βを結合及びマスキングする融合タンパク質の部分は、TβRIIIと競合し、TGF-βがTβRIIIリザーバー内で隔離されるのを防止する。加えて、aa置換を使用して最大3桁まで意図的に変化させることができる、TGF-βポリペプチドに対するマスキングポリペプチドの親和性は、図9に示されるように、その標的受容体(例えば、TβRII)に対するマスキングポリペプチドの全体的な効力を制御する。TGF-βポリペプチドは、主にジスルフィド結合二量体としてTβRIIIに結合するため、隔離につながるその受容体との相互作用は、以下で考察されるように、二量体化または二量体の安定性を制限するaa置換(例えば、C77S)を含むことによって減弱させることができる。TGF-β融合タンパク質または融合タンパク質複合体とTβRIIとの相互作用は、マスキング配列に取って代わり、細胞表面結合型のTGF-β/TβRII複合体を形成する。ヘテロ二量体TGF-β受容体を形成するためのTβRIのその後の動員は、マスキングポリペプチド配列の存在下でもTGF-βに強固に結合する高親和性複合体(例えば、ピコモル親和性)を提供する。したがって、マスキングされたTGF-βは、依然として、ヘテロ二量体TβRI/TβRII受容体複合体に結合し、古典的Smadタンパク質経路、非古典的Junキナーゼ経路、及びp38シグナル伝達経路を通してシグナル伝達することができる。実際には、マスキングポリペプチドは、TGF-βを細胞に送達し、その後TβRIタンパク質を動員する細胞表面TβRII分子に引き渡し、TGF-βポリペプチドを適切な位置に効果的に保持する機能的で活性なシグナル伝達複合体を形成する。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、TGF-β結合タンパク質(例えば、そのTGF-β結合エクトドメインの全てまたは一部を含むTGF-β受容体の断片)によってマスキングされたTGF-βを、望ましくないオフターゲット相互作用を回避する形態で送達することに加えて、標的細胞に対するTGF-β作用の結果に影響を及ぼすことができる免疫調節物質(「MOD」ポリペプチド)として機能する、1つ以上のポリペプチドを含んでもよい。TGF-β及び免疫調節物質の両方を一緒に送達する能力は、TGF-β活性化シグナルの作用が指向されることを可能にするだけでなく、免疫調節物質単独の投与と比較して標的細胞に同じ効果を生じさせるために必要とされる免疫調節物質の量を低減する。これは、同じ標的細胞上の受容体に対する親和性を有する2つのポリペプチド配列を有することによって得られる(アビディティ増強による)親和性の増加の結果である。1つ以上のMODを担持するマスキングされたTGF-β構築物または複合体と、TGF-βポリペプチド及び1つ以上のMODの両方に対する受容体を担持する標的細胞との間のアビディティの増加(それらの受容体とのMOD相互作用に起因する、結合の遊離エネルギーΔGの増加から生じる)は、飽和未満の量でマスキングされたTGF-β構築物または複合体が存在するという条件で、両方のタイプの受容体を有する標的細胞の活性化において向上した選択性を提供する。一例として、IL-2 MODを有する、図1の構造Aまたは図7GのものなどのマスキングされたTGF-β構築物は、同等(等モル)量のIL-2 MODポリペプチドの存在下でさえもIL-2 MODを欠く、別様に同一のマスキングされたTGF-β構築物よりも強力なナイーブCD4+細胞のiTreg分化の誘導物質である。加えて、飽和未満の用量において、かつ類似数の細胞型が存在する場合、例えば、図7Gに示されるIL-2 MODを有する図1の構造Aのもののような構築物は、IL-2 MODを欠く構築物と比較してTGF-β及びIL-2受容体の両方を有する細胞に選択的に結合する。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体の作用は、個々のポリペプチド配列の作用を変化させる修飾の組み込みによってさらに特定することができる。一部の実施形態では、TGF-βの二量体化能力を変化させるaa置換(例えば、TGF-β3におけるC77S置換)を組み込み得る。TGF-βの単量体形態は、TβRIIIに対する親和性をほとんど示さないが、TGF-βの二量体化する能力を制限する変異の組み込みは、複合体をTGF-β「リザーバー」に引き込むことができるTβRIIIへのオフターゲット結合を制限し、標的細胞を刺激する能力を制限する。
修飾(例えば、置換、欠失、挿入など)もまた、マスキングポリペプチド配列、及び免疫調節性ポリペプチド配列を含む、TGF-βポリペプチド配列以外のポリペプチド配列に行われ得る。
TGF-βに結合し、それをマスクするポリペプチドへの修飾は、TGF-βに対するマスキングポリペプチドの親和性ならびにマスキングポリペプチド及びTGF-βポリペプチドの呼吸速度(オン及びオフレート)を変化させることによって、TGF-βポリペプチド配列の可用性を変化させることができる。2つの異なるTGF-βポリペプチド/マスキングポリペプチド複合体は、同じ結合会合定数(kon対koffの比)を有し得るが、より高いkon及びkoffを有する複合体は、速度定数に応じて、細胞表面TβRII結合に対して効果的により利用可能であり得る。図9は、各々、TGF-β3に結合するTβRIIに異なる影響を及ぼす、様々な置換の有無以外は同一のTβRIIマスキングされたTGF-β構築物の親和性を示す表とともに、TGF-β1及びTGF-β3に対する親和性を変化させるTβRIIにおけるいくつかのaa置換のリストを提供する。
様々なポリペプチドを利用して、一本鎖抗体配列(例えば、ヒト化一本鎖抗体配列)を含むTGF-βをマスキングすることが可能であるが、TGF-βに結合する最小限のTGF-β受容体配列(例えば、TβRI、TβRII、またはTβRIIIのエクトドメイン)が採用され得る。TβRIIIのエクトドメインは、二量体TGF-βのマスキングポリペプチドとして利用され得るが、TGF-βに対するその高い親和性は、TGF-βポリペプチド配列のTβRIIへの結合をアンタゴナイズさせ得る。それにもかかわらず、TβRIIIマスキング配列は、TGF-βポリペプチドに対してより高い親和性を有する細胞表面TβRI/TβRII複合体によって効果的に置き換えられ得、それによって、それらの細胞表面受容体の活性化を可能にする。
TβRIIのエクトドメインは、マスキングポリペプチドとして利用され得る。TβRIIのN末端アミノ酸の欠失(例えば、Δ14またはΔ25)は、D118A置換の存在下または不在下で、約4.5~約5.0(例えば、約4.7~4.85)と計算されるpIを有するTGF-βをマスキングするために好適なタンパク質(またはポリペプチド)を産生することができる。TGF-β1ポリペプチド(高いpI値を有する)とTβRIIマスキングポリペプチド(例えば、N末端欠失を有するものを含む)との組み合わせは、TGF-β1ポリペプチド電荷を潜在的に中和することができる。TβRII(Δ25、D118A)/TGF-β1の計算されたpIは、6.23程度であり、TGF-β1は、約8.59のpIを有する。対照的にΔ14またはΔ25 TβRII及びTGF-β3の複合体は(D118A及び/またはC77S置換の有無別に)、約4.9~約5.3のpI値(約5.06~5.17のpI)を有すると計算される。加えて、TβRIIエクトドメインを活性TGF-βポリペプチドと組み合わせることが、細胞表面のTβRIと相互作用することが可能な複合体をもたらし、それによって、TGF-βシグナル伝達に影響を及ぼし得る(例えば、TGF-βのアゴニスト、部分的アゴニスト、アンタゴニスト、または部分的アンタゴニストとして作用する)が、TβRIとの相互作用を制限するaa置換の組み込みは、活発なシグナル伝達に関与するマスキングされた複合体の能力を制限またはブロックする。したがって、以下に考察されるように、TβRIへの結合を低減または除去するN末端欠失(例えば、14~25aaの欠失、Δ14~Δ25)または置換(例えば、D118A、D118Rなどのアスパラギン酸以外のaaによるD118における置換)を有するTβRIIエクトドメイン配列を組み込むことを使用して、TGF-βをマスクし、TβRIIのN末端が無傷であるTβRIIエクトドメインマスキングされたTGF-βポリペプチドによる細胞の刺激を防止することができる。その結果として、TGF-βがTβRIIのN末端欠失変異体によってマスキングされるものを含む、マスキングされたTGF-β複合体は、TGF-βのマスキング解除(マスクペプチドからの解離または折り畳まれた分子の開放)、並びに標的細胞のTβRII及びTβRIに結合して活性ヘテロ二量体TβRI/TβRIIシグナル伝達複合体を形成することによって、作用することができる。
TGF-βのマスキングは、細胞の生存率を低下させることなく、哺乳動物細胞(例えば、CHO細胞)において高レベルでのその発現を可能にする。これは特に、マスキングされたTGF-βポリペプチドが、N末端α欠失、置換、及び/または他の変異によってTβRIとの結合をブロックされる場合に当てはまる。TβRIII相互作用のブロック(例えば、二量体化をブロックすることによって)は、細胞発現と関連する問題をさらに低減することができる。
C.マスキングされたTGF-Β構築物及びマスキングされたTGF-Β複合体
本開示は、マスキングされたTGF-β構築物(例えば、単一のポリペプチド鎖を有する、図1の構造Aを参照)及びマスキングされたTGF-β複合体(例えば、2つのポリペプチド鎖の複合体を有する、図1の構造B~Fを参照)の調製を記載する。マスキングされたTGF-β構築物及びマスキングされたTGF-β複合体は、それらの構成要素として、少なくとも1つのTGF-βポリペプチド配列と、TGF-βポリペプチド(複数可)に結合し、それをマスキングする少なくとも1つのポリペプチドと、任意に、1つ以上の(例えば、1つ、2つ、または3つの)MODとを含み、これらの全ては、足場構造上に組み立てられる。マスキングされたTGF-β構築物及びマスキングされたTGF-β複合体は、膜結合タンパク質(例えば、TGF-β受容体)の部分を含むが、特に明記しない限り、それらは、膜アンカードメイン(例えば、発現したタンパク質の大部分を細胞膜(例えば、発現したCHO細胞)内でアンカーさせるために十分な膜貫通ドメイン)の部分を含まない。
図1に示される形態のものを含む、TGF-β構築物及び複合体の非限定的な例を以下に記載する。
MOD、足場、リンカー、TGF-βポリペプチド及びTGF-βマスキングポリペプチド(例えば、単鎖抗体またはTGF-β受容体エクトドメイン)を含む、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体の構成要素について、各々以下のセクションに記載する。
D.免疫調節ポリペプチド配列(「MOD」)
1.マスキングされたTGF-β構築物及び複合体へのMODの組み込み
上記に考察されるように、MODは、マスキングされたTGF-βポリペプチドの送達、またはTβRI及びTβRIIヘテロ二量体受容体を通して細胞を活性化するその能力のために必要とはされないが、MODは、TGF-β受容体活性化の結果に実質的に影響を及ぼし得る。したがって、野生型(wt)または変異型MOD(例えば、「co-MOD」、「共免疫調節ポリペプチド」または「同種共刺激受容体」もしくはそれらのサブタイプとも称される、特定の受容体に対する低減した親和性、増加した親和性または選択性を示す)を組み込むことが望ましくあり得る。TGF-βも免疫調節ポリペプチドであるが、本明細書に記載のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体における中心エレメントであるため、本明細書で使用されるとき、用語「MOD(複数可)」は、TGF-βまたはそのポリペプチドを含まない。
マスキングされたTGF-β構築物及び複合体(例えば、ホモ二量体またはヘテロ二量体複合体)のうちのいずれかへの包含に好適であるMODとしては、PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21及びIL-23が挙げられるが、これらに限定されない。一部の例では、MODは、成熟PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21及びIL-23ポリペプチド、またはそれらのいずれかの断片から独立して選択される。マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に組み込まれたMODポリペプチド配列(複数可)は、分泌MODポリペプチドの部分のみを、または膜アンカー型である場合は全長成熟MODタンパク質の細胞外部分を含むことができる。したがって、例えば、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内のMODポリペプチド配列は、一部の例では、一部の天然のMOD内で通常見られるシグナルペプチド、膜貫通ドメイン、及び/または細胞内ドメインの1つ以上(例えば、各々)を除外することができる。
一部の例では、本開示のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体に含めるのに好適なMODポリペプチド配列は、天然に存在するMODのアミノ酸配列の全部または一部分(例えば、細胞外部分)を含む。他の例では、本開示のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体に含めるのに好適なMODとしては、天然に存在するMODのアミノ酸配列と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の挿入、置換、及び/または欠失を含む、少なくとも1つの(例えば、1つ、2つ、または3つの独立して選択される)変異型MODが挙げられる。
一部の例では、変異型MODは、co-MODに対する対応する天然型MOD(例えば、変異型内に存在するアミノ酸置換(複数可)を含まないMOD)の親和性よりも低い、co-MODに対する結合親和性を呈する。親和性の低下に応じて、それらのco-MODに対する親和性が低下しているMODの使用は、TGF-βポリペプチドが結合相互作用に対してより多くの影響を有する、またはそれを優勢にすることを可能にする。TGF-βポリペプチドの結合親和性がMODのものよりも高い場合、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を駆動して、TGF-β受容体系を有する細胞(例えば、高親和性TGF-β結合ヘテロ二量体を形成するTGF-βR1及びTGF-βR2)と会合させることができると同時に、所定量のco-MODの存在下であっても、TGF-β受容体を欠いているかまたはほとんど有していない細胞への標的結合を制限することができる。本質的に、その細胞受容体に対するTGF-βポリペプチドの親和性(例えば、結合のΔG)が、それらのco-MODに対するMODの親和性(例えば、それらの結合のΔG)よりも大きい場合、TGF-βは、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の結合及び特異性を推進する。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に関連するいずれかの1つ以上のMODは、独立して、wt.または変異型PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21、IL-23、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される。
一部の例では、Treg細胞の産生を刺激することが望ましい場合などでは、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に存在する少なくとも1つのMODポリペプチド(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、IL-2ポリペプチドまたはIL-2変異型ポリペプチドである。IL-2における配列変動は、IL-2ポリペプチド及びマスキングされたTGF-β構築物または複合体の、IL-2R受容体サブユニットの異なる組み合わせを有する標的細胞への結合に偏らせるように選択され得る。IL-2受容体は、共通のIL-2Rγならびに2つの追加のIL-2Rα及び/またはIL-2Rβサブユニットからなり、三量体(IL-2Rα)2-IL-2Rγ、(IL-2Rβ)2-IL-2Rγ、または高親和性(約10ピコモルのKd)IL-2Rα-IL-2Rβ-IL-2Rγ受容体を形成する。α鎖(CD25)が、IL-2に特有である一方で、β鎖(CD122)は、IL-15受容体と共有され、シグナル伝達に重要であるγ鎖(CD132)は、他のサイトカイン受容体鎖と提携することができる。H16(例えば、H16AもしくはH16T)またはF42(例えば、F42AもしくはF42T)での置換は、IL-2Rβサブユニットを有する受容体に有利な結合に偏らせることができ、したがって、それらの組み込みは、β-γ受容体((IL-2Rβ)2-IL-2Rγ)を示すメモリT細胞及びNK細胞、または高親和性α-β-γ(IL-2Rα-IL-2Rβ-IL-2Rγ)受容体を示す活性化T細胞及びTregへの結合に偏らせる。対照的に、N88(例えば、N88R)での置換は、IL-2Rβへの結合を減少させ、IL-2Rαサブユニットを有する受容体に有利な結合をバイアスすることができ、したがって、N88での置換は、α-γ((IL-2Rα)-IL-2Rγ))及びα-β-γ(IL-2Rα-IL-2Rβ-IL-2Rγ)受容体を有する細胞への結合をバイアスしながら、β-γ受容体を有する細胞の活性化を回避する。例えば、Skrombolas and Frelinger Expert Rev Clin Immunol.,10(2):207-217(2014)を参照されたい。置換されたMOD(aa置換を有するIL-2ポリペプチドなど)をそのco-MODまたはco-MODを示す細胞に結合する文脈で使用されるときの偏らせることは、置換の存在が、wt.MODとco-MODとの間の相互作用と比較して置換されたMODと同じco-MODとの相互作用の程度を変化させることを意味する。例えば、より低い副作用プロファイルを有し(例えば、より安全であり)、ヒト対象により良好に忍容される、N88における置換を有するIL-2配列(例えば、N88R)は、H16及び/またはF42における上述の置換と共に含まれ得る。
iTreg細胞(CD4+FoxP3+細胞)の産生を刺激することが望ましい場合(例えば、エフェクターT細胞を能動的に抑制する、及び/または免疫媒介性組織損傷を阻害するために末梢寛容を誘導することが望ましい場合)などの、一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する少なくとも1つのMODポリペプチド(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1 MODポリペプチドである。例えば、Francisco et al.,J.Exp.Med.,206(13):3015-3029(2009)を参照されたい。wtまたは変異型PD-L1配列に加えて、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型IL-2ポリペプチドを含むことができる。IL-2における配列変動は、IL-2R受容体サブユニットの異なる組み合わせを有する標的細胞へのIL-2ポリペプチド及びマスキングされたTGF-β構築物の結合に偏らせるように選択され得る。上記で考察されるように、IL-2変異型は、IL-2Rβサブユニットを有する受容体に有利に結合を偏らせることができる、H16(例えば、H16AもしくはH16T)及び/またはF42(例えば、F42AもしくはF42T)での置換、ならびに/または、ヒト対象でより優れた忍容性を示す、IL-2Rβへの結合を減少させるN88(例えば、N88R)での置換を含む。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物/-β複合体は、H16T及びF42Aの両方、またはH16A及びF42Aの両方の置換を含み、そのいずれかの対は、N88(例えば、N88R)置換と組み合わせられ得る。
Th17細胞の産生を刺激することが望ましい場合などの一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に存在する少なくとも1つのMOD(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、IL-6ポリペプチドまたはIL-6変異型ポリペプチドである。Th9細胞の産生を刺激することが望ましい場合などの一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に存在する少なくとも1つのMOD(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、IL-4ポリペプチドまたはIL-4変異型ポリペプチドである。例えば、Elyaman et al Immunity,36(4):623-634,Immunity.(2012)を参照されたい。胸腺細胞IL-7Ra発現の制御によって、低親和性T細胞のIL-7依存的な生存を促進することが望ましい場合などの一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に存在する少なくとも1つのMOD(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、IL-7ポリペプチドまたはIL-7変異型ポリペプチドである。T濾胞ヘルパー(Tfh)細胞の産生を刺激することが望ましい場合などの一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に存在する少なくとも1つのMOD(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、IL-21もしくはIL-23ポリペプチド、またはIL-21もしくはIL-23ポリペプチドの変異型である。寛容を誘導することが望ましい場合などの一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に存在する少なくとも1つのMOD(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、Fasリガンド(FasL)ポリペプチドの変異型である。
(例えば、喘息及びアレルギー性炎症を抑制するために)II型自然リンパ球系細胞(ILC2細胞)を阻害することが望ましい場合などの一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体に存在する少なくとも1つのMOD(例えば、1つ、2つ、または3つの独立して選択されるMOD)は、IL-10ポリペプチド、またはIL-10ポリペプチドの変異型である。例えば、Rajas et al.,J Allergy Clin Immunol,139(5):1468(2017)、及びOgasawara,et al.,J Allergy Clin Immunol,141(3):1147-1151(2018)を参照されたい。ILC2細胞の阻害は、インビボ(組織または体液中)またはインビトロ(培養培地中)での2型サイトカインIL-5及びIL-13の産生の減少によって評価され得る。IL-10ポリペプチドは、Josephson et al.,J.Biol.Chem.275:13552-13557(2000)によって記載されるIL-10M1分子などの単量体異性体、またはその変異型であり得、その両方が以下に考察される。生物学的に活性な形態が、2つのIL-10分子及び4つのIL-10Ra受容体鎖からなる複合体を形成する、IL-10ペプチドのintertwinedペアであるwt.IL-10とは対照的に、IL-10M1は、可溶性IL-10Raと、細胞増殖アッセイにおいて生物学的に活性である30nmの解離定数を有する1:1の複合体を形成する。(同上)
2.親和性の低いMOD及び変異型MOD
co-MODに対して低下した親和性を示す好適なMODは、野生型(wt)MOD配列との1つのアミノ酸(aa)~20個のaa差異を有し得る。例えば、一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODポリペプチド配列は、アミノ酸配列において、対応するwt.MOD配列とは1aa、2aa、3aa、4aa、5aa、6aa、7aa、8aa、9aa、または10aa異なり得る。別の例として、一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODポリペプチドは、アミノ酸配列において、対応するwt.MOD配列とは11aa、12aa、13aa、14aa、15aa、16aa、17aa、18aa、19aa、または20aa異なる。一例として、一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODポリペプチドは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、単一aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、2aa置換(例えば、2aa以下の置換)を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、3aa置換(例えば、3aa以下の置換)を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、4aaまたは5aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、6aaまたは7aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、8aaまたは9aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、10aaまたは11aa置換(例えば、10aa以下の置換)を含む。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、11aaまたは12aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、13aaまたは14aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、15aaまたは16aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、17aaまたは18aa置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する変異型MODは、対応する参照(例えば、wt.)MOD配列と比較して、19aaまたは20aa置換を含む。
上記で考察されたように、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に含むために好適な変異型MODは、同種co-MODに対する対応するwt.MODの親和性と比較して、それらの同種co-MODに対する低い親和性を示し得る。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する変異型MODは、同種co-MODに対して、1nM~100μMの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する変異型MODは、同種co-MODに対して、約1nM~約5nM、約5nM~約10nM、約10nM~約50nM、約50nM~約100nM、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMの結合親和性を有する。
3.結合親和性の決定
MOD(例えば、MODポリペプチド)とその同種co-MODとの間の結合親和性は、精製されたMOD及び精製された同種co-MODを使用して、バイオレイヤー干渉法(BLI)によって決定することができる。MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体と、MODの同種co-MODとの間の結合親和性もまた、精製されたマスキングされたTGF-β構築物または複合体及びMODの同種co-MODを使用して、BLIによって測定することができる。BLI法は、当業者に周知である。例えば、Lad et al.(2015)J.Biomol.Screen.20(4):498-507、及びShah and Duncan(2014)J.Vis.Exp.18:e51383を参照されたい。MODとその同種co-MODとの間、またはMODを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体とその同種co-MODとの間の、本開示に記載される特異的及び相対的な結合親和性は、以下の手順を使用して決定することができる。
MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体とMODの同種co-MODとの間の結合親和性を決定するため、以下のように、Octet RED96(Pal ForteBio)装置、または同様の装置を使用して、BLIアッセイを実施することができる。対照のマスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、wt.MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体)を、不溶性支持体(「バイオセンサー」)上に固定化する。固定化されたマスキングされたTGF-β構築物または複合体が「標的」である。固定化は、捕捉抗体を不溶性支持体上に固定することによって行うことができ、その捕捉抗体が、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を固定化する。例えば、マスキングされたTGF-β構築物または複合体がIgFc足場を含む場合、固定化は、抗IgFc(例えば、抗ヒトIgGFc)抗体を不溶性支持体上に固定化することによって実施され得、そこでは、固定化された抗IgFc抗体が、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に結合し、それを固定化する。co-MODを、いくつかの異なる濃度で、固定化されたマスキングされたTGF-β構築物または複合体に適用し、装置の応答を記録する。アッセイは、25mMのHEPES(pH6.8)、5%ポリ(エチレングリコール)6000、50mMのKCl、0.1%ウシ血清アルブミン、及び0.02%Tween20非イオン性界面活性剤を含む液体培地で行われる。固定化されたマスキングされたTGF-β構築物または複合体へのco-MODの結合を30℃で行う。
結合及び結合親和性の陽性対照として、抗体(例えば、モノクローナル抗体)を使用することができる。抗体は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の特異的構造に基づいて選択され得る(例えば、図1を参照されたい)。例えば、TGF-β、TGF-β受容体、足場またはMODポリペプチド配列に対するモノクローナル抗体(mAb)は、該抗体が、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を支持体(バイオセンサー)から解離させないものであれば、陽性対照として使用することができる。抗MHCクラスIまたはクラスIIモノクローナル抗体の段階希釈を使用して標準曲線を作成することができる。co-MODまたは抗MHC mAbは、「分析物」である。BLIは、i)固定化されたポリペプチド(「標的」)、及びii)内部参照層、からの2つの表面から反射される白色光の干渉パターンを分析する。バイオセンサー先端に結合した分子(「分析物」;例えば、co-MOD;抗HLA抗体)の数の変化は干渉パターンのシフトを引き起こし、干渉パターンにおけるこのシフトを、リアルタイムで測定することができる。標的/分析物相互作用の親和性を説明する2つの動態用語は、会合定数(k)及び解離定数(k)である。これらの2つの項(k)の比は、親和性定数Kを生じる。
上述のように、MOD(例えば、IL-2またはIL-2変異型)とその同種co-MOD(例えば、IL-2R)との間の結合親和性の決定もまた、BLIによって決定することができる。このアッセイは、マスキングされたTGF-β構築物または複合体について上述したものと同様である。BLIアッセイは、以下のように、Octet RED 96(Pal ForteBio)装置、または同様の装置を使用して実行することができる。マスキングされたTGF-β構築物または複合体の構成成分であるMOD(例えば、本開示の変異型IL-2ポリペプチド)、及び対照MOD(対照MODは、wt.MOD、例えば、wt.IL-2を含む)を、不溶性支持体(「バイオセンサー」)上に別個に固定化する。各MODが「標的」である。固定化は、捕捉抗体を不溶性支持体上に固定することによって行うことができ、そこでは、捕捉抗体がMODを固定化する。例えば、標的が免疫親和性タグ(例えば、FLAG、ヒトIgG Fcなど)に融合される場合、固定化は、適切な抗体を不溶性支持体上の免疫親和性タグに固定化することによって実行することができ、固定化された抗体は、MODに結合し、それを固定化する(例えば、MODがIgFcポリペプチドを含む場合、抗ヒトIgG Fcが固定化され得る)。co-MODを、いくつかの異なる濃度で、固定化されたMODに適用し、装置の応答を記録する。代替的に、(例えば、単量体サブユニット+ヘテロ二量体のサブ複合体、または完全なヘテロ三量体としてのIL-2受容体ヘテロ三量体について)co-MODをバイオセンサーに固定化し、MODを、いくつかの異なる濃度で、固定化されたco-MOD(複数可)に適用し、装置の応答を記録する。アッセイは、25mMのHEPES(pH6.8)、5%ポリ(エチレングリコール)6000、50mMのKCl、0.1%ウシ血清アルブミン、及び0.02%Tween20非イオン性界面活性剤を含む液体培地で行われる。固定化されたMODへのco-MODの結合を、30℃で実施する。BLIは、2つの表面:i)固定化されたポリペプチド(「標的」)及びii)内部参照層から反射される白色光の干渉パターンを分析する。バイオセンサー先端に結合した分子(「分析物」;例えば、co-MOD)の数の変化は干渉パターンのシフトを引き起こし、干渉パターンにおけるこのシフトを、リアルタイムで測定することができる。標的/分析物相互作用の親和性を説明する2つの動態用語は、会合定数(k)及び解離定数(k)である。これらの2つの項の比(k)は、親和性定数Kを生じる。したがって、wt.MOD(例えば、IL-2)のそのco-MOD(例えば、その同種結合パートナーまたは受容体、IL-2の場合はIL-2R)に対する結合親和性、ならびに変異型MOD(例えば、本明細書に開示されるIL-2変異型)のそのco-MOD(例えば、IL-2変異型の場合はIL-2R)に対する結合親和性の両方を決定することは、MODに対する、wt.co-MODと比較した変異型co-MODの相対結合親和性を決定することを可能にする。すなわち、変異型MODのそのco-MODに対する結合親和性が、wt.MODの同じ同種co-MODに対する結合親和性と比較して低減されるかどうかを決定し、低減される場合、wt.co-MODの結合親和性からの低減の割合がどのようであるかを決定することができる。
BLIアッセイは、マルチウェルプレートで実行される。アッセイを実行するには、プレートレイアウトを画定し、アッセイステップを定義し、バイオセンサーをOctet Data Acquisitionソフトウェアにおいて割り当てる。バイオセンサアセンブリは水和されている。水和されたバイオセンサアセンブリ及びアッセイプレートは、Octet装置上で10分間平衡化される。データが取得されると、取得されたデータがOctet Data Analysisソフトウェアにロードされる。データは、参照減算、y軸アラインメント、ステップ間補正、及びSavitzky-Golayフィルタリングの方法を指定して、処理ウィンドウで処理される。データは、分析ウィンドウにおいて、分析ステップ(会合及び解離)の特定、ならびに曲線適合モデル(1:1)、フィッティング法(グローバル)、及び目的ウィンドウ(秒単位)の選択により、分析される。適合の品質を評価する。各データトレース(分析物濃度)のK値は、3倍の範囲内であれば平均化することができる。K誤差値は、親和性定数値の1桁以内でなければならず、R値は、0.95を超えなければならない。例えば、Abdiche et al.(2008)J.Anal.Biochem.377:209を参照されたい。
一部の例では、i)対照のマスキングされたTGF-β構築物または複合体(対照のマスキングされたTGF-β構築物または複合体がwt.MODを含む場合)の同種co-MODに対する結合親和性対ii)wt.MODの変異型を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の同種co-MODに対する結合親和性の比は、(上記に記載されるように)BLIによって測定されると、少なくとも1.5:1、少なくとも2:1、少なくとも5:1、少なくとも10:1、少なくとも15:1、少なくとも20:1、少なくとも25:1、少なくとも50:1、少なくとも100:1、少なくとも500:1、少なくとも10:1、少なくとも5×10:1、少なくとも10:1、少なくとも5×10:1、少なくとも10:1、少なくとも10:1、または少なくとも10:1である。一部の例では、i)対照のマスキングされたTGF-β構築物または複合体(対照のマスキングされたTGF-β構築物または複合体がwt.MODを含む場合)の同種co-MODに対する結合親和性対ii)wt.MODの変異型を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の同種co-MODに対する結合親和性の比は、BLIによって測定されると、1.5:1~10:1、例えば、1.5:1~10:1、10:1~50:1、50:1~10:1、10:1~10:1、10:1~10:1、10:1~10:1、または10:1~10:1の範囲である。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する変異型MODは、同種co-MODに対して、1nM~100nMまたは100nM~100μMの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する変異型MODは、同種co-MODに対して、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMの結合親和性を有する。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する変異型MODは、1nM~5nM、5nM~10nM、10nM~50nM、または50nM~100nMである同種co-MODに対する結合親和性を有する。
4.PD-L1及びその変異型
1つの非限定的な例として、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在するMODまたは変異型MODは、PD-L1または変異型PD-L1ポリペプチドである。野生型PD-L1はPD1に結合する。
wt.ヒトPD-L1ポリペプチドは、以下のaa配列:MRIFAVFIFM TYWHLLNAFT VTVPKDLYVV EYGSNMTIEC KFPVEKQLDL AALIVYWEME DKNIIQFVHG EEDLKVQHSS YRQRARLLKD QLSLGNAALQ ITDVKLQDAG VYRCMISYGG ADYKRITVKV NAPYNKINQR ILVVDPVTSE HELTCQAEGY PKAEVIWTSS DHQVLSGKTT TTNSKREEKL FNVTSTLRIN TTTNEIFYCT FRRLDPEENH TAELVIPGNI LNVSIKICLT LSPST(配列番号1)を含むことができ、配列中、aas1~18は、シグナル配列を形成し、aas19~127は、Ig様V型またはIgVドメインを形成し、133~225は、Ig様C2型ドメインを形成する。
wt.ヒトPD-L1エクトドメインは、以下のaa配列:FT VTVPKDLYVV EYGSNMTIEC KFPVEKQLDL AALIVYWEME DKNIIQFVHG EEDLKVQHSS YRQRARLLKD QLSLGNAALQ ITDVKLQDAG VYRCMISYGG ADYKRITVKV NAPYNKINQR ILVVDPVTSE HELTCQAEGY PKAEVIWTSS DHQVLSGKTT TTNSKREEKL FNVTSTLRIN TTTNEIFYCT FRRLDPEENH TAELVIPGNI LNVSIKI(配列番号2)を含むことができ、配列中、aas1~109は、Ig様V型またはIgVドメインを形成し、aas115~207は、Ig様C2型ドメインを形成する。
MODとしての使用に好適なwt.PD-L1 IgVドメインは、配列番号1のaas18~127または19~127、及びカルボキシル末端安定化配列、例えば、配列の最後の7つのアミノ酸(太字及び斜体で示される):A FTVTVPKDLY VVEYGSNMTI ECKFPVEKQL DLAALIVYWE MEDKNIIQFV HGEEDLKTQH SSYRQRARLL KDQLSLGNAA LQITDVKLQD AGVYRCMISY GGADYKRITV KVNAPYAAAL HEH(配列番号138)を含み得る。カルボキシル安定化配列が、約aa122でヒスチジン(例えば、配列番号138のaa117として現れる、Tyr(Y)のC末端側への約5残基のヒスチジン)を含む場合、ヒスチジンは、aas82及び83で骨格アミドと安定化静電結合を形成し得る(配列番号138(配列番号1のQ107及びL106)で太字及び斜体で示される)。代替として、安定化ジスルフィド結合が、aas82または83(配列番号1のQ107及びL106)のうちの1つ、ならびにaa残基121、122、または123のうちの1つ(配列番号1のaa位置139~141と同等である)を置換することによって形成され得る。
wt.PD-1ポリペプチドは、以下のaa配列:PGWFLDSPDR PWNPPTFSPA LLVVTEGDNA TFTCSFSNTS ESFVLNWYRM SPSNQTDKLA AFPEDRSQPG QDCRFRVTQL PNGRDFHMSV VRARRNDSGT YLCGAISLAP KAQIKESLRA ELRVTERRAE VPTAHPSPSP RPAGQFQTLV VGVVGGLLGS LVLLVWVLAV ICSRAARGTI GARRTGQPLK EDPSAVPVFS VDYGELDFQW REKTPEPPVP CVPEQTEYAT IVFPSGMGTS SPARRGSADG PRSAQPLRPE DGHCSWPL(配列番号3)を含むことができる。
一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチド(例えば、配列番号2またはPD-1のIgVドメインの変異型)は、配列番号1または配列番号2に示されるaa配列を含むPD-L1ポリペプチドの結合親和性と比較して、PD-1(例えば、配列番号3に示されるアミノ酸配列を含むPD-1ポリペプチド)に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1または配列番号2に示されるaa配列を含むPD-L1ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、PD-1(例えば、配列番号3に示されるaa配列を含むPD-1ポリペプチド)に結合する。
一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチド(例えば、配列番号2またはそのIgVドメインの変異型)は、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μM、または100μM~1mM)である、(例えば、配列番号3の)PD-1に対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチド(例えば、配列番号2の変異型)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、PD-1(例えば、配列番号3に示されるaa配列を含むPD-1ポリペプチド)に対する結合親和性を有する。
MODとして使用されるPD-L1エクトドメイン配列に対して、配列番号1、配列番号2、配列番号1のaas19~127(IgVドメイン)、及び配列番号138のうちのいずれか1つの少なくとも85個の連続するaas(例えば、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも100、または少なくとも105個の連続するaas)と90%超(95%、98%、または99%)の配列同一性を有する配列への置換を含む、いくつかのaa置換を行い得る。置換は、(a)ジスルフィド結合置換対D103C及びG33C、もしくはV104及びS34C、(b)塩橋形成置換対Q107D及びK62R、もしくはQ107D及びS80R、ならびに/または(c)Piスタッキング置換M36YもしくはM36F(配列番号1に基づく)を含み得る。PD-L1 MOD配列は、配列番号2の少なくとも85個の連続するaas(例えば、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも100、または少なくとも105個の連続するaas)を有する配列、及び少なくとも1つのジスルフィド、塩架橋、またはPiスタッキング置換を含み得る。PD-L1 MOD配列は、配列番号1のaas19~127(IgVドメイン)の少なくとも85個の連続するaas(例えば、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも100、または少なくとも105個の連続するaas)を有する配列、及び少なくとも1つのジスルフィド、塩架橋、またはPiスタッキング置換を含み得る。PD-L1 MOD配列は、aas配列番号138の少なくとも85個の連続するaas(例えば、少なくとも90、少なくとも95、少なくとも100、または少なくとも105の連続するaas)を有する配列、及び少なくとも1つのジスルフィド、塩架橋、またはPiスタッキング置換を含み得る。
一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1、配列番号2またはPD-L1のIgVドメインに示されるPD-L1 aa配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1、配列番号2またはPD-L1のIgVドメインに示されるPD-L1 aa配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1、配列番号2またはPD-L1のIgVドメインに示されるPD-L1 aa配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1、配列番号2またはPD-L1のIgVドメインに示されるPD-L1 aa配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1、配列番号2またはPD-L1のIgVドメインに示されるPD-L1 aa配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1、配列番号2またはPD-L1のIgVドメインに示されるPD-L1 aa配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型PD-L1ポリペプチドは、配列番号1、配列番号2またはPD-L1のIgVドメインに示されるPD-L1 aa配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型PD-L1ポリペプチド配列は、(例えば、少なくとも1つのaa挿入、欠失、または置換を有する)配列番号2の少なくとも170個の連続するaa(例えば、少なくとも180、190、または200個の連続するaa)に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。好適な変異型PD-L1 IgVポリペプチド配列は、(例えば、少なくとも1つのaa挿入、欠失、または置換を有する)配列番号2のaa1~109のうちの少なくとも70個の連続するaa(例えば、少なくとも80、90、100、または105個の連続するaa)に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。
ある例では、変異型PD-L1ポリペプチド配列は、配列番号2に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも95%、98%、または99%)、または100%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、8位の残基は、D以外のaaであり、かかる一例では、該残基は、Aであり、別の例では、Rである。変異型PD-L1ポリペプチド配列は、配列番号2に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも95%、98%、または99%)、または100%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、36位の残基は、I以外のaaであり、かかる一例では、該残基は、Aであり、別の例では、Dである。変異型PD-L1ポリペプチド配列はまた、配列番号2に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも95%、98%、または99%)、または100%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、54位の残基は、E以外のaaであり、かかる一例では、該残基は、Aであり、別の例では、Rである。
5.IL-1及びその変異体
1つの非限定的な例として、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODまたは変異型MODは、IL-1または変異型IL-1ポリペプチドである。野生型IL-1は、IL-1α及びIL-1βの2つのアイソフォームを有し、両方ともIL-1受容体に結合する。
wt.ヒトIL-1α前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MAKVPDMFED LKNCYSENEE DSSSIDHLSL NQKSFYHVSY GPLHEGCMDQ SVSLSISETS KTSKLTFKES MVVVATNGKV LKKRRLSLSQ SITDDDLEAI ANDSEEEIIK PRSAPFSFLS NVKYNFMRII KYEFILNDAL NQSIIRANDQ YLTAAALHNL DEAVKFDMGA YKSSKDDAKI TVILRISKTQ LYVTAQDEDQ PVLLKEMPEI PKTITGSETN LLFFWETHGT KNYFTSVAHP NLFIATKQDY WVCLAGGPPS ITDFQILENQ A(配列番号4)UniProtKB-P01583、NCBI参照配列NP_000566.3、これは、以下の天然に存在する変動、R85Q、A114S、N125D、D138N、及びD176Hのうちの1つ以上を有し得る。
成熟wt.ヒトIL-1αポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:PRSAPFSFLS NVKYNFMRII KYEFILNDAL NQSIIRANDQ YLTAAALHNL DEAVKFDMGA YKSSKDDAKI TVILRISKTQ LYVTAQDEDQ PVLLKEMPEI PKTITGSETN LLFFWETHGT KNYFTSVAHP NLFIATKQDY WVCLAGGPPS ITDFQILENQ A(配列番号5)。
wt.ヒトIL-1β前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MAEVPELASE MMAYYSGNED DLFFEADGPK QMKCSFQDLD LCPLDGGIQL RISDHHYSKG FRQAASVVVA MDKLRKMLVP CPQTFQENDL STFFPFIFEE EPIFFDTWDN EAYVHDAPVR SLNCTLRDSQ QKSLVMSGPY ELKALHLQGQ DMEQQVVFSM SFVQGEESND KIPVALGLKE KNLYLSCVLK DDKPTLQLES VDPKNYPKKK MEKRFVFNKI EINNKLEFES AQFPNWYIST SQAENMPVFL GGTKGGQDIT DFTMQFVSS(配列番号6)UniProtKB-P0158、NCBI参照配列NP_000567.1。
成熟wt.ヒトIL-1βポリペプチドは、以下のaa配列、APVRSLNCTL RDSQQKSLVMSGPYELKALHLQGQDMEQQVVFSMSFVQGEESNDKIPVALGLKEKNLYLSCVLKDDKPTLQLESVDPKNYPKKKMEKRFVFNKIEINNKLEFESAQFPNWYISTSQAENMPVFLGGTKGGQDITDFTMQFVSS(配列番号7)を含むことができる。
IL-1α及びIL-1βのいずれも、IL-1受容体に結合し、それは以下の配列:MKVLLRLICF IALLISSLEA DKCKEREEKI ILVSSANEID VRPCPLNPNE HKGTITWYKD DSKTPVSTEQ ASRIHQHKEK LWFVPAKVED SGHYYCVVRN SSYCLRIKIS AKFVENEPNL CYNAQAIFKQ KLPVAGDGGL VCPYMEFFKN ENNELPKLQW YKDCKPLLLD NIHFSGVKDR LIVMNVAEKH RGNYTCHASY TYLGKQYPIT RVIEFITLEE NKPTRPVIVS PANETMEVDL GSQIQLICNV TGQLSDIAYW KWNGSVIDED DPVLGEDYYS VENPANKRRS TLITVLNISE IESRFYKHPF TCFAKNTHGI DAAYIQLIYP VTNFQKHMIG ICVTLTVIIV CSVFIYKIFK IDIVLWYRDS CYDFLPIKAS DGKTYDAYIL YPKTVGEGST SDCDIFVFKV LPEVLEKQCG YKLFIYGRDD YVGEDIVEVI NENVKKSRRL IIILVRETSG FSWLGGSSEE QIAMYNALVQ DGIKVVLLEL EKIQDYEKMP ESIKFIKQKH GAIRWSGDFT QGPQSAKTRF WKNVRYHMPV QRRSPSSKHQ LLSPATKEKL QREAHVPLG(配列番号8)、NCBI参照配列NP_000868.1有することができ、aas21~569が成熟ポリペプチドを形成し、そのエクトドメインを使用して、IL-1α及びIL-1βに対する結合親和性を決定することができる。
一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるaa配列を含むIL-1ポリペプチドの結合親和性と比較して、配列番号8に示されるアミノ酸配列を有するIL-1受容体またはそのエクトドメインに対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-1α及びIL-1βポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるaa配列を含むIL-1αまたはIL-1βポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、配列番号8に示されるIL-1受容体(または成熟タンパク質のエクトドメイン)に結合する。
一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βポリペプチド(例えば、配列番号5または7の変異型)は、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μM、または100μM~1mM)である、配列番号8に示される配列を有するIL-1受容体またはそのエクトドメインに対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βポリペプチド(例えば、配列番号5または7の変異型)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、配列番号8に示されるIL-1受容体またはそのエクトドメインに対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βのポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるIL-1αまたはIL-1β aa配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βのポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるIL-1αまたはIL-1β aa配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βのポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるIL-1αまたはIL-1β aa配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βのポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるIL-1αまたはIL-1β aa配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βのポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるIL-1αまたはIL-1β aa配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βのポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるIL-1αまたはIL-1β aa配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-1αまたはIL-1βのポリペプチドは、配列番号5または配列番号7に示されるIL-1αまたはIL-1β aa配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型IL-1αまたはIL-1βポリペプチド配列は、(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有する)配列番号5または配列番号7に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。
6.IL-2及びその変異型
1つの非限定的な例として、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODまたは変異型MODは、IL-2または変異型IL-2ポリペプチドである。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する変異型MODは、変異型IL-2ポリペプチドである。野生型IL-2は、IL-2受容体(IL-2R)に結合する。wt.IL-2aa配列は、以下の通りであり得る:APTSSSTKKT QLQLEHLLL LQMILNGINN YKNPKLTRML TKFMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCSIIS TLT(UniProt P60568のaa 21~153、配列番号9)。
野生型IL-2は、細胞の表面上のIL-2受容体(IL-2R)に結合する。IL-2受容体は、一部の例では、α鎖(IL-2Rα;CD25とも称される)、β鎖(IL-2Rβ;CD122とも称される)、及びγ鎖(IL-2Rγ;CD132とも称される)を含むヘテロ三量体ポリペプチドである。ヒトIL-2Rα、IL-2Rβ、及びIL-2Rγのアミノ酸配列は、以下のとおりであり得る。
ヒトIL-2Rα:ELCDDDPPE IPHATFKAMA YKEGTMLNCE CKRGFRRIKS GSLYMLCTGN SSHSSWDNQC QCTSSATRNT TKQVTPQPEE QKERKTTEMQ SPMQPVDQAS LPGHCREPPP WENEATERIY HFVVGQMVYY QCVQGYRALH RGPAESVCKM THGKTRWTQP QLICTGEMET SQFPGEEKPQ ASPEGRPESE TSCLVTTTDF QIQTEMAATM ETSIFTTEYQ VAVAGCVFLL ISVLLLSGLT WQRRQRKSRR TI(配列番号10)
ヒトIL-2Rβ:VNG TSQFTCFYNS RANISCVWSQ DGALQDTSCQ VHAWPDRRRW NQTCELLPVS QASWACNLIL GAPDSQKLTT VDIVTLRVLC REGVRWRVMA IQDFKPFENL RLMAPISLQV VHVETHRCNI SWEISQASHY FERHLEFEAR TLSPGHTWEE APLLTLKQKQ EWICLETLTP DTQYEFQVRV KPLQGEFTTW SPWSQPLAFR TKPAALGKDT IPWLGHLLVG LSGAFGFIIL VYLLINCRNT GPWLKKVLKC NTPDPSKFFS QLSSEHGGDV QKWLSSPFPS SSFSPGGLAP EISPLEVLER DKVTQLLLQQ DKVPEPASLS SNHSLTSCFT NQGYFFFHLP DALEIEACQV YFTYDPYSEE DPDEGVAGAP TGSSPQPLQP LSGEDDAYCT FPSRDDLLLF SPSLLGGPSP PSTAPGGSGA GEERMPPSLQ ERVPRDWDPQ PLGPPTPGVP DLVDFQPPPE LVLREAGEEV PDAGPREGVS FPWSRPPGQG EFRALNARLP LNTDAYLSLQ ELQGQDPTHL V(配列番号11)
ヒトIL-2Rγ:LNTTILTP NGNEDTTADF FLTTMPTDSL SVSTLPLPEV QCFVFNVEYM NCTWNSSSEP QPTNLTLHYW YKNSDNDKVQ KCSHYLFSEE ITSGCQLQKK EIHLYQTFVV QLQDPREPRR QATQMLKLQN LVIPWAPENL TLHKLSESQL ELNWNNRFLN HCLEHLVQYR TDWDHSWTEQ SVDYRHKFSL PSVDGQKRYT FRVRSRFNPL CGSAQHWSEW SHPIHWGSNT SKENPFLFAL EAVVISVGSM GLIISLLCVY FWLERTMPRI PTLKNLEDLV TEYHGNFSAW SGVSKGLAES LQPDYSERLC LVSEIPPKGG ALGEGPGASP CNQHSPYWAP PCYTLKPET(配列番号12)
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体が変異型IL-2ポリペプチドを含む場合、同種co-MODは、配列番号10、配列番号11、及び配列番号12のうちのいずれか1つのaa配列を含むポリペプチドを含む、IL-2Rである。
一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるaa配列を含むIL-2ポリペプチドの結合親和性と比較して、IL-2Rに対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、同じ条件下でアッセイされると、IL-2R(例えば、配列番号10~12に示されるaa配列を含むポリペプチドを含むIL-2R)に対する配列番号9に示されるaa配列を含むIL-2ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、IL-2Rに結合する。
一部の例では、変異型IL-2ポリペプチド(例えば、配列番号9の変異型)は、100nM~100μMである(例えば、配列番号10~12の)IL-2Rに対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-2ポリペプチド(例えば、配列番号9の変異型)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、IL-2R(例えば、配列番号10~12に示されるaa配列を含むポリペプチドを含むIL-2R)に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、2~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、3aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、5aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、7aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、9aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-2ポリペプチドは、配列番号9に示されるIL-2 aa配列と比較して、10aa置換を有する。
好適な変異型IL-2ポリペプチド配列としては、配列番号9の少なくとも80(例えば、90、100、110、120、130、または133)の連続するaaに対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するaa配列を含むポリペプチド配列が挙げられる。加えて、IL-2変異型は、以下の変異型IL-2aa配列(配列番号13~27を参照のこと)のうちのいずれか1つの少なくとも80(例えば、90、100、110、120、130または133)の連続するaaに対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するaa配列を含むポリペプチドを含む。
APTSSSTKKT QLQLHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号13)、式中、Xは、Glu以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLL LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号14)、式中、Xは、Asp以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLELLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号15)、式中、X(H16)は、His以外の任意のaaである。一部の例では、XはAla(H16A)である。一部の例では、XはArgである。一部の例では、XはAsnである。一部の例では、XはAspである。一部の例では、XはCysである。一部の例では、XはGluである。一部の例では、XはGlnである。一部の例では、XはGlyである。一部の例では、XはIleである。一部の例では、XはLysである。一部の例では、XはLeuである。一部の例では、XはMetである。一部の例では、XはPheである。一部の例では、XはProである。一部の例では、XはSerである。一部の例では、XはThr(H16T)である。一部の例では、XはTyrである。一部の例では、XはTrpである。一部の例では、XはValである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号16)、式中、X(F42)は、Phe以外の任意のaaである。一部の例では、XはAla(F42A)である。一部の例では、XはThr(F42T)である。
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号17)であり、式中、Xは、Tyr以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号18)、式中、X(N88)は、Asn以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaであり、一部の例では、XはArgである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCSIIS TLT(配列番号19)、式中、Xは、Gln以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLE LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML T KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号20)、式中、X(H16)は、His以外の任意のaaであり、X(F42)は、Phe以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAla(H16A、F42A)である。一部の例では、XはThrであり、XはAla(H16T、F42A)である。一部の例では、XはAlaであり、XはThr(H16A、F42T)である。一部の例では、XはThrであり、XはThr(H16T、F42T)である。
N88R置換を含む、APTSSSTKKT QLQLE LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML T KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号21)、式中、X(H16)は、His以外の任意のaaであり、X(F42)は、Phe以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAlaである。一部の例では、XはThrであり、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはThrである。一部の例では、XはThrであり、XはThrである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号22)、式中、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQL HLLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号23)、式中、Xは、Glu以外の任意のaaであり、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XがAlaである、XがAlaである、XがAlaである、のうちのいずれか2つまたは3つ全てである。
APTSSSTKKT QLQLE LLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号24)、式中、Xは、His以外の任意のaaであり、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAlaであり、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC SIIS TLT(配列番号25)、式中、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaであり、Xは、Gln以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAlaであり、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KF MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号26)、式中、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaであり、Xは、Tyr以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAlaであり、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLE LLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KF MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT(配列番号27)、式中、Xは、His以外の任意のaaであり、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaであり、Xは、Tyr以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAlaであり、XはAlaであり、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLEHLLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KF MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC SIIS TLT(配列番号139)、式中、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaであり、Xは、Tyr以外の任意のaaであり、Xは、Gln以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaであり、XはAlaであり、XはAlaであり、XはAlaである。
APTSSSTKKT QLQLE LLL LQMILNGINN YKNPKLTRML T KF MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC SIIS TLT(配列番号140)、式中、Xは、His以外の任意のaaであり、Xは、Asp以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaであり、Xは、Tyr以外の任意のaaであり、Xは、Gln以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、Xのいずれか2つ、3つ、4つ、または5つ全てがAlaであり、XがAlaであり、XがAlaであり、XがAlaであり、及び/またはXがAlaである。
APTSSSTKKT QLQLE LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML T KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC SIIS TLT(配列番号141)、式中、Xは、His以外の任意のaaであり、Xは、Phe以外の任意のaaであり、Xは、Gln以外の任意のaaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、XはAlaである。一部の例では、Xのいずれか2つまたは3つ全てがAlaであり、XがAlaであり、及び/またはXがAlaである。
7.IL-4及びその変異体
1つの非限定的な例として、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODまたは変異型MODは、IL-4または変異型IL-4ポリペプチドである。野生型IL-4は、2つのアイソフォーム、IL-4α及びIL-4βを有し、いずれも膜結合型IL-4受容体(アイソフォーム1)またはその可溶性対応物(アイソフォーム2)に結合する。
wt.ヒトIL-4アイソフォーム1前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MGLTSQLLPP LFFLLACAGN FVHGHKCDIT LQEIIKTLNS LTEQKTLCTE LTVTDIFAAS KNTTEKETFC RAATVLRQFY SHHEKDTRCL GATAQQFHRH KQLIRFLKRL DRNLWGLAGL NSCPVKEANQ STLENFLERL KTIMREKYSK CSS(配列番号28)NCBI 参照配列NP_000580.1。
成熟wt.ヒトIL-4アイソフォーム1ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:KCDIT LQEIIKTLNS LTEQKTLCTE LTVTDIFAAS KNTTEKETFC RAATVLRQFY SHHEKDTRCL GATAQQFHRH KQLIRFLKRL DRNLWGLAGL NSCPVKEANQ STLENFLERL KTIMREKYSK CSS(配列番号29)。
wt.ヒトIL-4アイソフォーム2前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MGLTSQLLPP LFFLLACAGN FVHGHKCDIT LQEIIKTLNS LTEQKNTTEK ETFCRAATVL RQFYSHHEKD TRCLGATAQQ FHRHKQLIRF LKRLDRNLWG LAGLNSCPVK EANQSTLENF LERLKTIMRE KYSKCSS、NCBI参照配列:NP_758858.1(配列番号30)。
成熟wt.ヒトIL-4アイソフォーム2ポリペプチドは、以下のaa配列、KCDIT LQEIIKTLNS LTEQKNTTEK ETFCRAATVL RQFYSHHEKD TRCLGATAQQ FHRHKQLIRF LKRLDRNLWG LAGLNSCPVK EANQSTLENF LERLKTIMRE KYSKCSS(配列番号31)を含むことができる。
IL-4アイソフォーム1及びアイソフォーム2のいずれも、膜結合型IL-4受容体(IL-4R)及び/またはその可溶性アイソフォーム2に結合する。膜結合型IL-4は、配列MGWLCSGLLF PVSCLVLLQV ASSGNMKVLQ EPTCVSDYMS ISTCEWKMNG PTNCSTELRL LYQLVFLLSE AHTCIPENNG GAGCVCHLLM DDVVSADNYT LDLWAGQQLL WKGSFKPSEH VKPRAPGNLT VHTNVSDTLL LTWSNPYPPD NYLYNHLTYA VNIWSENDPA DFRIYNVTYL EPSLRIAAST LKSGISYRAR VRAWAQCYNT TWSEWSPSTK WHNSYREPFE QHLLLGVSVS CIVILAVCLL CYVSITKIKK EWWDQIPNPA RSRLVAIIIQ DAQGSQWEKR SRGQEPAKCP HWKNCLTKLL PCFLEHNMKR DEDPHKAAKE MPFQGSGKSA WCPVEISKTV LWPESISVVR CVELFEAPVE CEEEEEVEEE KGSFCASPES SRDDFQEGRE GIVARLTESL FLDLLGEENG GFCQQDMGES CLLPPSGSTS AHMPWDEFPS AGPKEAPPWG KEQPLHLEPS PPASPTQSPD NLTCTETPLV IAGNPAYRSF SNSLSQSPCP RELGPDPLLA RHLEEVEPEM PCVPQLSEPT TVPQPEPETW EQILRRNVLQ HGAAAAPVSA PTSGYQEFVH AVEQGGTQAS AVVGLGPPGE AGYKAFSSLL ASSAVSPEKC GFGASSGEEG YKPFQDLIPG CPGDPAPVPV PLFTGFLDRE PPRSPQSSHL PSSSPEHLGL EPGEKVEDMP KPPLPQEQAT DPLVDSLGSG IVYSALTCHL CGHLKQCHGQ EDGGQTPVMA SPCCGCCCGD RSSPPTTPLR APDPSPGGVP LEASLCPASL APSGISEKSK SSSSFHPAPG NAQSSSQTPK IVNFVSVGPT YMRVS(配列番号32)、NCBI参照配列NP_000409.1を有することができ、aas26~825が成熟ポリペプチドを形成し、aas233~256が膜貫通領域を形成し、タンパク質のエクトドメインを使用して、IL-4アイソフォーム1または2に対する結合親和性を決定することができる。
配列MGWLCSGLLF PVSCLVLLQV ASSGNMKVLQ EPTCVSDYMS ISTCEWKMNG PTNCSTELRL LYQLVFLLSE AHTCIPENNG GAGCVCHLLM DDVVSADNYT LDLWAGQQLL WKGSFKPSEH VKPRAPGNLT VHTNVSDTLL LTWSNPYPPDN YLYNHLTYAVN IWSENDPADF RIYNVTYLEP SLRIAASTLK SGISYRARVRA WAQCYNTTWSE WSPSTKWHNS NIC(配列番号33)、UniProtKB-P24394を有する可溶性アイソフォーム2もまた、両方のIL-4アイソフォームの結合親和性を測定するために使用することができる。
一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチド(例えば、配列番号29または31の変異型)は、配列番号29または配列番号31に示されるaa配列を含むIL-4ポリペプチドの結合親和性と比較して、配列番号32に示される成熟IL-4受容体配列もしくはそのエクトドメイン、または配列番号33に示される可溶性IL-4受容体に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドは、配列番号29または31に示されるaa配列を含むIL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、配列番号32(もしくはそのエクトドメイン)または配列番号33に示される成熟IL-4受容体に結合する。
一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチド(例えば、配列番号29または31の、変異型)は、配列番号32(もしくはそのエクトドメイン)または配列番号33に示される成熟IL-4受容体に対して、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μMまたは100μM~1mM)である結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチド(例えば、配列番号29または31の変異型)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、配列番号32(もしくはそのエクトドメイン)または配列番号33に示される成熟IL-4受容体に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドは、配列番号29または配列番号31に示されるIL-4アイソフォーム1または2 aa配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドは、配列番号29または配列番号31に示されるIL-4アイソフォーム1または2 aa配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドは、配列番号29または配列番号31に示されるIL-4アイソフォーム1または2 aa配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドは、配列番号29または配列番号31に示されるIL-4アイソフォーム1または2 aa配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-4ポリペプチドは、配列番号29または配列番号31に示されるIL-4アイソフォーム1または2 aa配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドは、配列番号29または配列番号31に示されるIL-4アイソフォーム1または2 aa配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチドは、配列番号29または配列番号31に示されるIL-4アイソフォーム1または2 aa配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型IL-4アイソフォーム1または2ポリペプチド配列は、(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失または挿入を有する)配列番号29または配列番号31の少なくとも80個の連続するaa(例えば、少なくとも100または110個の連続するaa)に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。
8.IL-6及びその変異型
1つの非限定的な例として、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODまたは変異型MODは、IL-6または変異型IL-6ポリペプチドである。野生型IL-6は、α及びβ(gp130)サブユニットから構成されるIL-6受容体に結合し、これは、IL-6分子及び各サブユニットを有する2つの三量体のシグナル伝達六量体を形成する。例えば、Lacroix et al.,J.Biol.Chem.290(45)26943-953(2015)を参照されたい。
wt.ヒトIL-6前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MNSFSTSAFG PVAFSLGLLL VLPAAFPAPV PPGEDSKDVA APHRQPLTSS ERIDKQIRYI LDGISALRKE TCNKSNMCES SKEALAENNL NLPKMAEKDG CFQSGFNEET CLVKIITGLL EFEVYLEYLQ NRFESSEEQA RAVQMSTKVL IQFLQKKAKN LDAITTPDPT TNASLLTKLQ AQNQWLQDMT THLILRSFKE FLQSSLRALR QM(配列番号34)NCBI参照配列NP_000591.1。
成熟wt.ヒトIL-6ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:VPPGEDSKDVA APHRQPLTSS ERIDKQIRYI LDGISALRKE TCNKSNMCES SKEALAENNL NLPKMAEKDG CFQSGFNEET CLVKIITGLL EFEVYLEYLQ NRFESSEEQA RAVQMSTKVL IQFLQKKAKN LDAITTPDPT TNASLLTKLQ AQNQWLQDMT THLILRSFKE FLQSSLRALR QM(配列番号35)。
IL-6は、α及びβサブユニットから構成される膜結合型IL-6受容体に結合する。ヒトIL-6Rアルファサブユニットは、配列MLAVGCALLA ALLAAPGAAL APRRCPAQEV ARGVLTSLPG DSVTLTCPGV EPEDNATVHW VLRKPAAGSH PSRWAGMGRR LLLRSVQLHD SGNYSCYRAG RPAGTVHLLV DVPPEEPQLS CFRKSPLSNV VCEWGPRSTP SLTTKAVLLV RKFQNSPAED FQEPCQYSQE SQKFSCQLAV PEGDSSFYIV SMCVASSVGS KFSKTQTFQG CGILQPDPPA NITVTAVARN PRWLSVTWQD PHSWNSSFYR LRFELRYRAE RSKTFTTWMV KDLQHHCVIH DAWSGLRHVV QLRAQEEFGQ GEWSEWSPEA MGTPWTESRS PPAENEVSTP MQALTTNKDD DNILFRDSAN ATSLPVQDSS SVPLPTFLVA GGSLAFGTLL CIAIVLRFKK TWKLRALKEG KTSMHPPYSL GQLVPERPRP TPVLVPLISP PVSPSSLGSD NTSSHNRPDA RDPRSPYDIS NTDYFFPR(配列番号36)、NCBI参照配列:NP_000556.1を有することができ、aas26~825が成熟ポリペプチドを形成し、aas233~256が膜貫通領域を形成する。IL-6に結合した後、IL-6αサブユニットは、IL-6βサブユニットに結合する。
ヒトIL-6Rβサブユニットは、配列MLTLQTWLVQ ALFIFLTTES TGELLDPCGY ISPESPVVQL HSNFTAVCVL KEKCMDYFHV NANYIVWKTN HFTIPKEQYT IINRTASSVT FTDIASLNIQ LTCNILTGFQ LEQNVYGITI ISGLPPEKPK NLSCIVNEGK KMRCEWDGGR ETHLETNFTL KSEWATHKFA DCKAKRDTPT SCTVDYSTVY FVNIEVWVEA ENALGKVTSD HINFDPVYKV KPNPPHNLSV INSEELSSIL KLTWTNPSIK SVIILKYNIQ YRTKDASTWS QIPPEDTAST RSSFTVQDLK PFTEYVFRIR CMKEDGKGYW SDWSEEASGI TYEDRPSKAP SFWYKIDPSH TQGYRTVQLV WKTLPPFEAN GKILDYEVTL TRWKSHLQNY TVNATKLTVN LTNDRYLATL TVRNLVGKSD AAVLTIPACD FQATHPVMDL KAFPKDNMLW VEWTTPRESV KKYILEWCVL SDKAPCITDW QQEDGTVHRT YLRGNLAESK CYLITVTPVY ADGPGSPESI KAYLKQAPPS KGPTVRTKKV GKNEAVLEWD QLPVDVQNGF IRNYTIFYRT IIGNETAVNV DSSHTEYTLS SLTSDTLYMV RMAAYTDEGG KDGPEFTFTT PKFAQGEIEA IVVPVCLAFL LTTLLGVLFC FNKRDLIKKH IWPNVPDPSK SHIAQWSPHT PPRHNFNSKD QMYSDGNFTD VSVVEIEAND KKPFPEDLKS LDLFKKEKIN TEGHSSGIGG SSCMSSSRPS ISSSDENESS QNTSSTVQYS TVVHSGYRHQ VPSVQVFSRS ESTQPLLDSE ERPEDLQLVD HVDGGDGILP RQQYFKQNCS QHESSPDISH FERSKQVSSV NEEDFVRLKQ QISDHISQSC GSGQMKMFQE VSAADAFGPG TEGQVERFET VGMEAATDEG MPKSYLPQTV RQGGYMPQ(配列番号37)、UniProtKB-P40189を有することができ、aas23~918が成熟ポリペプチドを形成し、aas620~641が膜貫通領域を形成する。
膜結合型IL-6RαサブユニットへのIL-6の結合の代替として、それは、aas20~468を含む成熟ポリペプチドを有する、配列MLAVGCALLA ALLAAPGAAL APRRCPAQEV ARGVLTSLPG DSVTLTCPGV EPEDNATVHW VLRKPAAGSH PSRWAGMGRR LLLRSVQLHD SGNYSCYRAG RPAGTVHLLV DVPPEEPQLS CFRKSPLSNV VCEWGPRSTP SLTTKAVLLV RKFQNSPAED FQEPCQYSQE SQKFSCQLAV PEGDSSFYIV SMCVASSVGS KFSKTQTFQG CGILQPDPPA NITVTAVARN PRWLSVTWQD PHSWNSSFYR LRFELRYRAE RSKTFTTWMV KDLQHHCVIH DAWSGLRHVV QLRAQEEFGQ GEWSEWSPEA MGTPWTESRS PPAENEVSTP MQALTTNKDD DNILFRDSAN ATSLPVQDSS SVPLPTFLVA GGSLAFGTLL CIAIVLRFKK TWKLRALKEG KTSMHPPYSL GQLVPERPRP TPVLVPLISP PVSPSSLGSD NTSSHNRPDA RDPRSPYDIS NTDYFFPR(配列番号38)、UniProtKB-P08887.1を有する、IL-6Rαサブユニットの成熟可溶性形態に結合することができる。可溶性サブユニットは、膜結合型IL-6Rαサブユニットに取って代わることができ、かつ結合親和性アッセイで使用することができる。
一部の例では、変異型IL-6ポリペプチド(例えば、配列番号35の変異型)は、配列番号35に示されるアミノ酸配列を含むIL-6ポリペプチドの結合親和性と比較して、配列番号36及び37、または配列番号37及び38に示される成熟IL-6受容体に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるaa配列を含むIL-6ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、配列番号36及び37、または配列番号37及び38に示される成熟IL-6受容体に結合する。
一部の例では、変異型IL-6ポリペプチド(例えば、配列番号35の変異型)は、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μM、または100μM~1mM)である、配列番号36及び37、または配列番号37及び38に示される成熟IL-6受容体に対する結合親和性を有する。一部の例では、変異型IL-6ポリペプチド(例えば、配列番号35の変異型)は、100nM~100μM(例えば、100nM~1μM、1μM~10μMまたは10μM~100μM)である、配列番号36及び37、または配列番号37及び38に示される成熟IL-6受容体に対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-6ポリペプチド(例えば、配列番号35の変異型)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、配列番号36及び37、または配列番号37及び38に示される成熟IL-6受容体に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるIL-6 aa配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるIL-6 aa配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるIL-6 aa配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるIL-6 aa配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるIL-6 aa配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるIL-6 aa配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-6ポリペプチドは、配列番号35に示されるIL-6 aa配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型IL-6ポリペプチド配列は、(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失または挿入を有する)配列番号35の少なくとも80個の連続するaa(例えば、少なくとも100、または110個の連続するaa)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。
9.IL-7及びその変異型
1つの非限定的な例として、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODまたは変異型MODは、IL-7または変異型IL-7ポリペプチドである。野生型IL-7は、4つのアイソフォームを有し、これらは全て、2つのサブユニット、アルファ(α)及び共通ガンマ(共通γ)鎖を有する膜結合型IL-7受容体に結合する。
wt.ヒトIL-7アイソフォーム1前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MFHVSFRYIF GLPPLILVLL PVASSDCDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKEGMF LFRAARKLRQ FLKMNSTGDF DLHLLKVSEG TTILLNCTGQ VKGRKPAALG EAQPTKSLEE NKSLKEQKKL NDLCFLKRLL QEIKTCWNKI LMGTKEH(配列番号39)、UniProtKB-P13232、NCBI参照配列NP_000871.1。
成熟wt.ヒトIL-7アイソフォーム1ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:DCDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKEGMF LFRAARKLRQ FLKMNSTGDF DLHLLKVSEG TTILLNCTGQ VKGRKPAALG EAQPTKSLEE NKSLKEQKKL NDLCFLKRLL QEIKTCWNKI LMGTKEH(配列番号40)。
wt.ヒトIL-7アイソフォーム2前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MFHVSFRYIF GLPPLILVLL PVASSDCDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKVKGR KPAALGEAQP TKSLEENKSL KEQKKLNDLC FLKRLLQEIK TCWNKILMGT KEH(配列番号41)NCBI参照配列:NP_001186815.1。
成熟wt.ヒトIL-7アイソフォーム2ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:SDCDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKVKGR KPAALGEAQP TKSLEENKSL KEQKKLNDLC FLKRLLQEIK TCWNKILMGT KEH(配列番号42)。
wt.ヒトIL-7アイソフォーム3前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MFHVSFRYIF GLPPLILVLL PVASSDCDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKEGMF LFRAARKLRQ FLKMNSTGDF DLHLLKVSEG TTILLNCTGQ EENKSLKEQK KLNDLCFLKR LLQEIKTCWN KILMGTKEH(配列番号43)、NCBI参照配列:NP_001186816.1。
成熟wt.ヒトIL-7アイソフォーム3ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:CDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKEGMF LFRAARKLRQ FLKMNSTGDF DLHLLKVSEG TTILLNCTGQ EENKSLKEQK KLNDLCFLKR LLQEIKTCWN KILMGTKEH(配列番号44)。
wt.ヒトIL-7アイソフォーム4前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MFHVSFRYIF GLPPLILVLL PVASSDCDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKEENK SLKEQKKLND LCFLKRLLQE IKTCWNKILM GTKEH、NCBI参照配列:NP_001186817.1(配列番号45)。
成熟wt.ヒトIL-7アイソフォーム4ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:SDCDIE GKDGKQYESV LMVSIDQLLD SMKEIGSNCL NNEFNFFKRH ICDANKEENK SLKEQKKLND LCFLKRLLQE IKTCWNKILM GTKEH(配列番号46)。
IL-7受容体αサブユニットは、以下の配列:MTILGTTGFM VFSLLQVVSG ESGYAQNGDL EDAELDDYSF SCYSQLEVNG SQHSLTCAFE DPDVNITNLE FEICGALVEV KCLNFRKLQE IYFIETKKFL LIGKSNICVK VGEKSLTCKK IDLTTIVKPE APFDLSVVYR EGANDFVVTF NTSHLQKKYV KVLMHDVAYR QEKDENKWTH VNLSSTKLTL LQRKLQPAAM YEIKVRSIPD HYFKGFWSEW SPSYYFRTPE INNSSGEMDP ILLTISILSF FSVALLVILA CVLWKKRIKP IVWPSLPDHK KTLEHLCKKP RKNLNVSFNP ESFLDCQIHR VDDIQARDEV EGFLQDTFPQ QLEESEKQRL GGDVQSPNCP SEDVVITPES FGRDSSLTCL AGNVSACDAP ILSSSRSLDC RESGKNGPHV YQDLLLSLGT TNSTLPPPFS LQSGILTLNP VAQGQPILTS LGSNQEEAYV TMSSFYQNQ(配列番号47、NCBI参照配列NP_002176.2)を有することができ、aas21~459が成熟ポリペプチドを形成し、aas240~264が膜貫通領域を形成する。タンパク質の受容体サブユニットの全てまたは一部(例えば、エクトドメイン(aas21~239))を使用して、IL-7受容体γサブユニットと共にIL-7アイソフォームに対する結合親和性を決定することができる。
共通のγサブユニット(IL-7RGまたはIL-R7γ)は、配列MLKPSLPFTS LLFLQLPLLG VGLNTTILTP NGNEDTTADF FLTTMPTDSL SVSTLPLPEV QCFVFNVEYM NCTWNSSSEP QPTNLTLHYW YKNSDNDKVQ KCSHYLFSEE ITSGCQLQKK EIHLYQTFVV QLQDPREPRR QATQMLKLQN LVIPWAPENL TLHKLSESQL ELNWNNRFLN HCLEHLVQYR TDWDHSWTEQ SVDYRHKFSL PSVDGQKRYT FRVRSRFNPL CGSAQHWSEW SHPIHWGSNT SKENPFLFAL EAVVISVGSM GLIISLLCVY FWLERTMPRI PTLKNLEDLV TEYHGNFSAW SGVSKGLAES LQPDYSERLC LVSEIPPKGG ALGEGPGASP CNQHSPYWAP PCYTLKPET(NCBI参照配列NP_000197.1、配列番号48)を有することができ、aas23~369が成熟ポリペプチドを形成し、aas263~283が膜貫通領域を形成する。タンパク質の受容体サブユニット(例えば、エクトドメイン(aas23~262))の全部または一部を使用して、αサブユニットと共にIL-7への結合親和性を決定することができる。
一部の例では、(例えば、配列番号40、42、44、または46の)変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるaa配列を含むIL-7ポリペプチドの結合親和性と比較して、成熟IL-7受容体配列(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号47及び48に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-7受容体)に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるaa配列を含むIL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、そのエクトドメインなどの配列番号47または配列番号48に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-7受容体に結合する。
一部の例では、IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドの変異型(例えば、配列番号40、42、44、または46の変異型)は、1nM~1mMである、そのエクトドメインなどの配列番号47及び48に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-7受容体に対する結合親和性を有する。一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4のポリペプチド(例えば、配列番号40、42、44、または46の変異型)は、100nM~100μM(例えば、100nM~1μM、1μM~10μM、または10μM~100μM)である、そのエクトドメインなどの配列番号47及び48に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む成熟IL-7受容体に対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、そのエクトドメインなどの配列番号47及び48に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む成熟IL-7受容体に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるIL-7アイソフォーム1、2、3、または4アミノ酸配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるIL-7アイソフォーム1、2、3、または4アミノ酸配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるIL-7アイソフォーム1、2、3、または4アミノ酸配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるIL-7アイソフォーム1、2、3、または4アミノ酸配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるIL-7アイソフォーム1、2、3、または4アミノ酸配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるIL-7アイソフォーム1、2、3、または4アミノ酸配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4ポリペプチドは、配列番号40、42、44、または46に示されるIL-7アイソフォーム1、2、3、または4アミノ酸配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型IL-7アイソフォーム1、2、3、または4のポリペプチド配列は、配列番号40、42、44、または46の少なくとも50個の連続するaa(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個の連続するaa)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有する(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有する)ポリペプチド配列を含む。
10.IL-10及びその変異体
1つの非限定的な例として、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODまたは変異型MODは、例えば、Josephson et al.,J.Biol.Chem.275:13552-13557(2000)に記載されたDヘリックスとEヘリックスとの間のヒンジ領域内の挿入を有する単量体IL-10変異型などの、IL-10または変異型IL-10ポリペプチドである。野生型IL-10はアイソフォームを有し、これらは全て、アルファ(α)IL-10RA及びベータ(β)IL-10RBサブユニットの両方を有する膜結合型IL-10受容体に結合する。受容体は、細胞(例えば、B細胞、T細胞、NK細胞、肥満細胞、及び樹状細胞)の表面上に四量体として存在する。
wt.ヒトIL-10アイソフォーム1前駆体ポリペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:MHSSALLCCL VLLTGVRASP GQGTQSENSC THFPGNLPNM LRDLRDAFSR VKTFFQMKDQ LDNLLLKESL LEDFKGYLGC QALSEMIQFY LEEVMPQAEN QDPDIKAHVN SLGENLKTLR LRLRRCHRFL PCENKSKAVE QVKNAFNKLQ EKGIYKAMSE FDIFINYIEA YMTMKIRN(配列番号49、UniProtKB-P22301、NCBI参照配列NP_000563.1)、これは、H227L配列変動を有し得る。
成熟wt.ヒトIL-10ポリペプチドは、以下のaa配列、SP GQGTQSENSC THFPGNLPNM LRDLRDAFSR VKTFFQMKDQ LDNLLLKESL LEDFKGYLGC QALSEMIQFY LEEVMPQAEN QDPDIKAHVN SLGENLKTLR LRLRRCHRFL PCENKSKAVE QVKNAFNKLQ EKGIYKAMSE FDIFINYIEA YMTMKIRN(配列番号50)を含むことができる。
ヒトIL-10ポリペプチドは、以下のaa配列、MIQFYLEEVM PQAENQDPDI KAHVNSLGEN LKTLRLRLRR CHRFLPCENK SKAVEQVKNA FNKLQEKGIY KAMS、UniProtKB-A0A286YEX3 1(配列番号51)を含むことができる。
IL-10ポリペプチドは、IL-10ポリペプチドのDヘリックスとEヘリックスとの間のヒンジ領域内に挿入(例えば、配列番号51のE48、N49、K50、もしくはS51のいずれかに隣接する、または配列番号49もしくは50内の同等の場所における5~7aa挿入)を含むことができ、それにより単量体形態となる。単量体IL-10ポリペプチドは、配列番号51のN49とK50との間(または配列番号49もしくは50内の同等の場所)に5~7aa挿入を含むことができる。例では、5~7個のaasは、Ala、Gly、及び/またはSerを含む。ある例では、5~7個のaasは、AlaまたはSerから選択される。ある例では、5~7個のaasは、Gly及びSerから選択される。一例では、挿入は、配列番号51のN49とK50との間(または配列番号49もしくは50の同等の場所)にIL-10M1 aa挿入(GGGGSGGG、配列番号142)を含む。一例では、IL-10変異型は、aa 49と50との間の配列番号51に挿入されたIL-10M1(配列番号189)GGGSGGからなる。例えば、Josephson et al.,J.Biol.Chem.275:13552-13557(2000)を参照されたい。
IL-10受容体αサブユニットは、以下の配列:MLPCLVVLLA ALLSLRLGSD AHGTELPSPP SVWFEAEFFH HILHWTPIPN QSESTCYEVA LLRYGIESWN SISNCSQTLS YDLTAVTLDL YHSNGYRARV RAVDGSRHSN WTVTNTRFSV DEVTLTVGSV NLEIHNGFIL GKIQLPRPKM APANDTYESI FSHFREYEIA IRKVPGNFTF THKKVKHENF SLLTSGEVGE FCVQVKPSVA SRSNKGMWSK EECISLTRQY FTVTNVIIFF AFVLLLSGAL AYCLALQLYV RRRKKLPSVL LFKKPSPFIF ISQRPSPETQ DTIHPLDEEA FLKVSPELKN LDLHGSTDSG FGSTKPSLQT EEPQFLLPDP HPQADRTLGN REPPVLGDSC SSGSSNSTDS GICLQEPSLS PSTGPTWEQQ VGSNSRGQDD SGIDLVQNSE GRAGDTQGGS ALGHHSPPEP EVPGEEDPAA VAFQGYLRQT RCAEEKATKT GCLEEESPLT DGLGPKFGRC LVDEAGLHPP ALAKGYLKQD PLEMTLASSG APTGQWNQPT EEWSLLALSS CSDLGISDWS FAHDLAPLGC VAAPGGLLGS FNSDLVTLPL ISSLQSSE(配列番号52、NCBI参照配列NP_001549.2)を有することができ、これは、aas21~587が成熟ポリペプチドを形成し、aas236~256が膜貫通領域を形成する。タンパク質の受容体サブユニットの全てまたは一部(例えば、エクトドメイン(aas21~235))を使用して、IL-10受容体βサブユニットと共にIL-10アイソフォームへの結合親和性を決定することができる。
IL-10受容体βサブユニットは、配列MAWSLGSWLG GCLLVSALGM VPPPENVRMN SVNFKNILQW ESPAFAKGNL TFTAQYLSYR IFQDKCMNTT LTECDFSSLS KYGDHTLRVR AEFADEHSDW VNITFCPVDD TIIGPPGMQV EVLADSLHMR FLAPKIENEY ETWTMKNVYN SWTYNVQYWK NGTDEKFQIT PQYDFEVLRN LEPWTTYCVQ VRGFLPDRNK AGEWSEPVCE QTTHDETVPS WMVAVILMAS VFMVCLALLG CFALLWCVYK KTKYAFSPRN SLPQHLKEFL GHPHHNTLLF FSFPLSDEND VFDKLSVIAE DSESGKQNPG DSCSLGTPPG QGPQS(配列番号53、NCBI参照配列NP_000619.3)を有することができ、aas20~325が成熟ポリペプチドを形成し、aas221~242が膜貫通領域を形成する。タンパク質の受容体サブユニットの全てまたは一部(例えば、エクトドメイン(aas20~220))を使用して、αサブユニットと共にIL-10への結合親和性を決定することができる。
一部の例では、変異型IL-10アイソフォームポリペプチド(例えば、配列番号50、51の変異型、または上記に示されるDヘリックスとEヘリックスとの間のヒンジへの5~7aa挿入を有するそれらの配列の単量体IL-10変異型)は、配列番号50または51に示されるaa配列を含むIL-10ポリペプチドの結合親和性と比較して、成熟IL-10受容体配列(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号52または53に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-10受容体)に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドの変異型(例えば、配列番号50または51の変異型)は、(そのエクトドメインなどの)配列番号52または53に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-10受容体に対する(例えば、配列番号50または51の)IL-10アイソフォームの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、配列番号52または53に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-10受容体に結合する。
一部の例では、変異型IL-10ポリペプチド(例えば、DヘリックスとEヘリックスとの間のヒンジ領域内の上述の挿入のうちの1つを含み得る、配列番号50または51の変異型)は、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μM、または100μM~1mM)である、IL-10受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号52及び53に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチド(例えば、配列番号50または51の変異型)は、100nM~100μM(例えば、100nM~1μM、1μM~10μM、または10μM~100μM)である、そのエクトドメインなどの配列番号52及び53に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む成熟IL-10受容体に対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-10ポリペプチド(例えば、配列番号50または51の変異型)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、成熟IL-10受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号52及び53に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10アミノ酸配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10アミノ酸配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10アミノ酸配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10アミノ酸配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10アミノ酸配列と比較して、5aaまたは6aaアミノ酸置換を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10アミノ酸配列と比較して、7aaまたは8aaアミノ酸置換を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10アミノ酸配列と比較して、9aaまたは10aaアミノ酸置換を有する。一部の例では、変異型IL-10ポリペプチドは、配列番号50または51に示されるIL-10ポリペプチド配列と比較して、1~10aa置換を有し、DヘリックスとEヘリックスと(例えば、配列番号50のK49とN50と)の間のヒンジ領域に5~7aa置換を含む。
好適な変異型IL-10ポリペプチド配列は、(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有する)配列番号50または51の少なくとも50個(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、少なくとも150、または少なくとも160個)の連続するaaに対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。
11.IL-15及びその変異型
一部の例では、本開示のマスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在するMODは、IL-15ポリペプチドである。異なる前駆体タンパク質を生じさせる代替的スプライシングによって形成される2つのアイソフォームを含むIL-15ポリペプチドの配列は、当該技術分野において既知である。一実施形態では、wt.IL-15ポリペプチドは、以下の配列:MRISKPHLRS ISIQCYLCLL LNSHFLTEAG IHVFILGCFS AGLPKTEANW VNVISDLKKI EDLIQSMHID ATLYTESDVH PSCKVTAMKC FLLELQVISL ESGDASIHDT VENLIILANN SLSSNGNVTE SGCKECEELE EKNIKEFLQS FVHIVQMFIN TS(配列番号54、UniProtKB-P40933、NCBI参照NP_000576.1)、シグナルペプチドとしてaa 1~29、プロペプチドとしてaa 30~48を有するIL-15プレタンパク質を有する。
本開示の目的のためにアイソフォーム1として示される成熟IL-15ポリペプチドは、形態NW VNVISDLKKI EDLIQSMHID ATLYTESDVH PSCKVTAMKC FLLELQVISL ESGDASIHDT VENLIILANN SLSSNGNVTE SGCKECEELE EKNIKEFLQS FVHIVQMFIN TS(配列番号55)を有することができる。
IL-15は、IL-2と構造的に類似しており、IL-2受容体と同じβ鎖及びγ鎖を有するが、明確に異なるIL-15受容体α(IL-15Rα)サブユニットを有する細胞表面三量体受容体を通してシグナル伝達する。ヒトIL-15Rαアイソフォーム1前駆体タンパク質のaa配列は、MAPRRARGCR TLGLPALLLL LLLRPPATRG ITCPPPMSVE HADIWVKSYS LYSRERYICN SGFKRKAGTS SLTECVLNKA TNVAHWTTPS LKCIRDPALV HQRPAPPSTV TTAGVTPQPE SLSPSGKEPA ASSPSSNNTA ATTAAIVPGS QLMPSKSPST GTTEISSHES SHGTPSQTTA KNWELTASAS HQPPGVYPQG HSDTTVAIST STVLLCGLSA VSLLACYLKS RQTPPLASVE MEAMEALPVT WGTSSRDEDL ENCSHHL(配列番号56、NCBI参照NP_002180)であり得、aas1~30がシグナル配列を形成し、aas31~267が成熟ポリペプチドを形成する。IL-2Rβ及びIL-2Rγの配列は、配列番号11及び12として提供される。
一部の例では、変異型IL-15アイソフォーム1ポリペプチド(例えば、配列番号55の変異型)は、配列番号55に示されるアミノ酸配列を含むIL-15ポリペプチドの結合親和性と比較して、成熟IL-15受容体配列(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号11、12、及び56に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-15受容体)に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-15ポリペプチドの変異型(例えば、配列番号55の変異型)は、配列番号55に示されるaa配列を含むIL-15ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、そのエクトドメインなどの配列番号11、12、及び56に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-15受容体に結合する。
一部の例では、変異型IL-15ポリペプチド(例えば、配列番号55の変異型)は、配列番号11、12、及び56に示されるポリペプチドの全てまたは一部、例えば、それらのエクトドメインを含むIL-15受容体に対して、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μM、または100μM~1mM)の結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-15ポリペプチド(例えば、配列番号55の変異型)は、配列番号11、12、及び56に示されるポリペプチドの全てまたは一部、例えば、それらのエクトドメインを含む成熟型IL-15受容体に対して、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMの結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-15ポリペプチド(例えば、配列番号55の変異型)は、配列番号55に示されるIL-15ポリペプチド配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-15ポリペプチド(例えば、配列番号55の変異型)は、配列番号55に示されるIL-15ポリペプチド配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-15ポリペプチドは、配列番号55に示されるIL-15アミノ酸配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-15ポリペプチドは、配列番号55に示されるIL-15アミノ酸配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-15ポリペプチドは、配列番号55に示されるIL-15アミノ酸配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-15ポリペプチドは、配列番号55に示されるIL-15アミノ酸配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-15ポリペプチドは、配列番号55に示されるIL-15アミノ酸配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型IL-15ポリペプチド配列は、配列番号55の少なくとも50個の連続するaa(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個の連続するaa)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有し、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有する、ポリペプチド配列を含む。
12.IL-21及びその変異体
一部の例では、本開示のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODは、IL-21ポリペプチドである。異なる前駆体タンパク質を生じさせる代替的スプライシングによって形成される2つのアイソフォームを含むIL-21ポリペプチドの配列は、当該技術分野において既知である。
一実施形態では、wt.IL-21アイソフォーム1ポリペプチドは、配列MRSSPGNMER IVICLMVIFL GTLVHKSSSQ GQDRHMIRMR QLIDIVDQLK NYVNDLVPEF LPAPEDVETN CEWSAFSCFQ KAQLKSANTG NNERIINVSI KKLKRKPPST NAGRRQKHRL TCPSCDSYEK KPPKEFLERF KSLLQKMIHQ HLSSRTHGSE DS(配列番号57、UniProtKB-Q9HBE4、NCBI参照NP_068575.1)、シグナルペプチドとしてaa 1~29を有するIL-21タンパク質を有する。
成熟IL-21アイソフォーム1ポリペプチドは、aa配列Q GQDRHMIRMR QLIDIVDQLK NYVNDLVPEF LPAPEDVETN CEWSAFSCFQ KAQLKSANTG NNERIINVSI KKLKRKPPST NAGRRQKHRL TCPSCDSYEK KPPKEFLERF KSLLQKMIHQ HLSSRTHGSE DS(配列番号58)を有することができる。
一実施形態では、wt.IL-21アイソフォーム2ポリペプチドは、配列MRSSPGNMER IVICLMVIFL GTLVHKSSSQ GQDRHMIRMR QLIDIVDQLK NYVNDLVPEF LPAPEDVETN CEWSAFSCFQ KAQLKSANTG NNERIINVSI KKLKRKPPST NAGRRQKHRL TCPSCDSYEK KPPKEFLERF KSLLQKMIHQ HLSSRTHGSE DS(配列番号59)、NP_001193935.1、シグナルペプチドとしてaa 1~29を有するIL-21タンパク質を有する。
成熟IL-21アイソフォーム2ポリペプチドは、aa配列MRSSPGNMER IVICLMVIFL GTLVHKSSSQ GQDRHMIRMR QLIDIVDQLK NYVNDLVPEF LPAPEDVETN CEWSAFSCFQ KAQLKSANTG NNERIINVSI KKLKRKPPST NAGRRQKHRL TCPSCDSYEK KPPKEFLERF KSLLQKVSTL SFI(配列番号60)を有することができる。
IL-21は、IL-2受容体と同じγ鎖を有するが、明確に異なるIL-21R受容体サブユニットを有する二量体細胞表面受容体を通してシグナル伝達する。ヒトIL-21Rアイソフォーム1前駆体タンパク質のaa配列は、
MPRGWAAPLL LLLLQGGWGC PDLVCYTDYL QTVICILEMW NLHPSTLTLT WQDQYEELKD EATSCSLHRS AHNATHATYT CHMDVFHFMA DDIFSVNITD QSGNYSQECG SFLLAESIKP APPFNVTVTF SGQYNISWRS DYEDPAFYML KGKLQYELQY RNRGDPWAVS PRRKLISVDS RSVSLLPLEF RKDSSYELQV RAGPMPGSSY QGTWSEWSDP VIFQTQSEEL KEGWNPHLLL LLLLVIVFIP AFWSLKTHPL WRLWKKIWAV PSPERFFMPL YKGCSGDFKK WVGAPFTGSS LELGPWSPEV PSTLEVYSCH PPRSPAKRLQ LTELQEPAEL VESDGVPKPS FWPTAQNSGG SAYSEERDRP YGLVSIDTVT VLDAEGPCTW PCSCEDDGYP ALDLDAGLEP SPGLEDPLLD AGTTVLSCGC VSAGSPGLGG PLGSLLDRLK PPLADGEDWA GGLPWGGRSP GGVSESEAGS PLAGLDMDTF DSGFVGSDCS SPVECDFTSP GDEGPPRSYL RQWVVIPPPL SSPGPQAS(配列番号61、NCBI参照配列NP_068570.1)であり得、aas1~19がシグナル配列を形成し、aas20~538が成熟ポリペプチドを形成し、aa 233~253が膜貫通ドメインを形成し、aas20~232がエクトドメインを形成する。
一部の例では、変異型IL-21ポリペプチドは、配列番号58または60に示されるaa配列を含むwt.IL-21ポリペプチドの結合親和性と比較して、成熟IL-21受容体配列(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号12及び61に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-21受容体)に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、配列番号58または60を含むIL-21ポリペプチドの変異型は、配列番号58または60に示されるaa配列を含むwt.IL-21ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、そのエクトドメインなどの配列番号12及び61に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-21受容体に結合する。
一部の例では、変異型IL-21ポリペプチド(例えば、配列番号58または60の変異型)は、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μM、または100μM~1mM)である、IL-21受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号12及び61に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。一部の例では、変異型IL-21ポリペプチド(例えば、配列番号58または60の変異型)は、100nM~100μM(例えば、100nM~1μM、1μM~10μM、または10μM~100μM)である、IL-21受容体の全てまたは一部(そのエクトドメインなどの配列番号12及び61に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-21ポリペプチド(例えば、配列番号58または60の変異型)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、成熟IL-21受容体の全てまたは一部(そのエクトドメインなどの配列番号12及び61に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-21ポリペプチド(例えば、配列番号58または60の変異型)は、配列番号58または60に示されるIL-21ポリペプチド配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-21ポリペプチド(例えば、配列番号58または60の変異型)は、配列番号58または60に示されるIL-21ポリペプチド配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-21ポリペプチドは、配列番号58または60に示されるIL-21ポリペプチド配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-21ポリペプチドは、配列番号58または60に示されるIL-21ポリペプチド配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-21ポリペプチドは、配列番号58または60に示されるIL-21ポリペプチド配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-21ポリペプチドは、配列番号58または60に示されるIL-21ポリペプチド配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-21ポリペプチドは、配列番号58または60に示されるIL-21ポリペプチド配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適なIL-21ポリペプチド配列は、配列番号58または60の少なくとも50個の連続するaa(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個の連続するaa)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有し、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有する、ポリペプチド配列を含む。
13.IL-23及びその変異体
一部の例では、本開示のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODは、IL-23ポリペプチドである。IL-23は、IL-23A(IL-23p19)サブユニット及びIL-12B(IL-12p40)サブユニット(IL-12と共有される)から構成されるヘテロ二量体サイトカインである。
一実施形態では、wt.IL-23Aポリペプチドは、配列:MLGSRAVMLL LLLPWTAQGR AVPGGSSPAW TQCQQLSQKL CTLAWSAHPL VGHMDLREEG DEETTNDVPH IQCGDGCDPQ GLRDNSQFCL QRIHQGLIFY EKLLGSDIFT GEPSLLPDSP VGQLHASLLG LSQLLQPEGH HWETQQIPSL SPSQPWQRLL LRFKILRSLQ AFVAVAARVF AHGAATLSP(配列番号62、NCBI参照配列NP_057668.1)を有し、シグナルペプチドとしてaa 1~19、成熟ペプチドとして20~189を有する。
成熟型IL-23Aポリペプチドは、aa配列:R AVPGGSSPAW TQCQQLSQKL CTLAWSAHPL VGHMDLREEG DEETTNDVPH IQCGDGCDPQ GLRDNSQFCL QRIHQGLIFY EKLLGSDIFT GEPSLLPDSP VGQLHASLLG LSQLLQPEGH HWETQQIPSL SPSQPWQRLL LRFKILRSLQ AFVAVAARVF AHGAATLSP(配列番号63)を有することができる。
一実施形態では、wt IL-12Bポリペプチドは、配列:MCHQQLVISW FSLVFLASPL VAIWELKKDV YVVELDWYPD APGEMVVLTC DTPEEDGITW TLDQSSEVLG SGKTLTIQVK EFGDAGQYTC HKGGEVLSHS LLLLHKKEDG IWSTDILKDQ KEPKNKTFLR CEAKNYSGRF TCWWLTTIST DLTFSVKSSR GSSDPQGVTC GAATLSAERV RGDNKEYEYS VECQEDSACP AAEESLPIEV MVDAVHKLKY ENYTSSFFIR DIIKPDPPKN LQLKPLKNSR QVEVSWEYPD TWSTPHSYFS LTFCVQVQGK SKREKKDRVF TDKTSATVIC RKNASISVRA QDRYYSSSWS EWASVPCS(配列番号64、UniProtKB-P29460)を有し、シグナルペプチドとしてaa 1~22、成熟ペプチドとして23~328を有する。
成熟IL-12Bポリペプチドは、aa配列:IWELKKDV YVVELDWYPD APGEMVVLTC DTPEEDGITW TLDQSSEVLG SGKTLTIQVK EFGDAGQYTC HKGGEVLSHS LLLLHKKEDG IWSTDILKDQ KEPKNKTFLR CEAKNYSGRF TCWWLTTIST DLTFSVKSSR GSSDPQGVTC GAATLSAERV RGDNKEYEYS VECQEDSACP AAEESLPIEV MVDAVHKLKY ENYTSSFFIR DIIKPDPPKN LQLKPLKNSR QVEVSWEYPD TWSTPHSYFS LTFCVQVQGK SKREKKDRVF TDKTSATVIC RKNASISVRA QDRYYSSSWS EWASVPCS(配列番号65)を有することができる。
IL-23は、IL-23受容体ポリペプチド(IL-23R)と、IL-12受容体と共通のサブユニット(12RB1または12Rβ1と示される)と、からなる二量体細胞表面受容体を介してシグナルを伝達する。
IL-23Rアイソフォーム1前駆体タンパク質配列は、MNQVTIQWDA VIALYILFSW CHGGITNINC SGHIWVEPAT IFKMGMNISI YCQAAIKNCQ PRKLHFYKNG IKERFQITRI NKTTARLWYK NFLEPHASMY CTAECPKHFQ ETLICGKDIS SGYPPDIPDE VTCVIYEYSG NMTCTWNAGK LTYIDTKYVV HVKSLETEEE QQYLTSSYIN ISTDSLQGGK KYLVWVQAAN ALGMEESKQL QIHLDDIVIP SAAVISRAET INATVPKTII YWDSQTTIEK VSCEMRYKAT TNQTWNVKEF DTNFTYVQQS EFYLEPNIKY VFQVRCQETG KRYWQPWSSL FFHKTPETVP QVTSKAFQHD TWNSGLTVAS ISTGHLTSDN RGDIGLLLGM IVFAVMLSIL SLIGIFNRSF RTGIKRRILL LIPKWLYEDI PNMKNSNVVK MLQENSELMN NNSSEQVLYV DPMITEIKEI FIPEHKPTDY KKENTGPLET RDYPQNSLFD NTTVVYIPDL NTGYKPQISN FLPEGSHLSN NNEITSLTLK PPVDSLDSGN NPRLQKHPNF AFSVSSVNSL SNTIFLGELS LILNQGECSS PDIQNSVEEE TTMLLENDSP SETIPEQTLL PDEFVSCLGI VNEELPSINT YFPQNILESH FNRISLLEK(配列番号66、NCBI参照配列NP_653302.2)であり得、aas1~23がシグナル配列を形成し、aas24~629が成熟ポリペプチドを形成し、aas356~376が膜貫通ドメインを形成し、aas24~355がエクトドメインを形成する。
12RB1アイソフォーム1前駆体タンパク質aa配列は、MEPLVTWVVP LLFLFLLSRQ GAACRTSECC FQDPPYPDAD SGSASGPRDL RCYRISSDRY ECSWQYEGPT AGVSHFLRCC LSSGRCCYFA AGSATRLQFS DQAGVSVLYT VTLWVESWAR NQTEKSPEVT LQLYNSVKYE PPLGDIKVSK LAGQLRMEWE TPDNQVGAEV QFRHRTPSSP WKLGDCGPQD DDTESCLCPL EMNVAQEFQL RRRQLGSQGS SWSKWSSPVC VPPENPPQPQ VRFSVEQLGQ DGRRRLTLKE QPTQLELPEG CQGLAPGTEV TYRLQLHMLS CPCKAKATRT LHLGKMPYLS GAAYNVAVIS SNQFGPGLNQ TWHIPADTHT EPVALNISVG TNGTTMYWPA RAQSMTYCIE WQPVGQDGGL ATCSLTAPQD PDPAGMATYS WSRESGAMGQ EKCYYITIFA SAHPEKLTLW STVLSTYHFG GNASAAGTPH HVSVKNHSLD SVSVDWAPSL LSTCPGVLKE YVVRCRDEDS KQVSEHPVQP TETQVTLSGL RAGVAYTVQV RADTAWLRGV WSQPQRFSIE VQVSDWLIFF ASLGSFLSIL LVGVLGYLGL NRAARHLCPP LPTPCASSAI EFPGGKETWQ WINPVDFQEE ASLQEALVVE MSWDKGERTE PLEKTELPEG APELALDTEL SLEDGDRCKA KM(配列番号67、NCBI参照配列NP_005526.1)であり得、aas1~23がシグナル配列を形成し、aas24~662が成熟ポリペプチドを形成し、aas546~570が膜貫通ドメインを形成し、aas24~545がエクトドメインを形成する。
一部の例では、変異型IL-23(例えば、配列番号63及び/または65の変異型を含む)ポリペプチドは、配列番号63及び/または65に示されるaa配列を含むIL-23ポリペプチドの結合親和性と比較して、成熟IL-23受容体配列(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号66及び67に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むIL-23受容体)に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型IL-23ポリペプチドの変異型(例えば、配列番号63及び/または65の変異型)は、配列番号63及び/または65に示されるaa配列を含むIL-23ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、IL-23受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号66及び67に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に結合する。
一部の例では、変異型IL-23ポリペプチド(例えば、配列番号63及び/または65の変異型を含む)は、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μM、または100μM~1mM)である、IL-23受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号66及び67に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型IL-23ポリペプチド(例えば、配列番号63及び/または65の変異型を含む)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、成熟型IL-23受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号66及び67に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型IL-23ポリペプチド(例えば、配列番号63及び/または65の変異型を含む)は、配列番号63及び/または65に示されるIL-23ポリペプチド配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-23ポリペプチド(例えば、配列番号63及び/または65の変異型を含む)は、配列番号63及び/または65に示されるIL-23ポリペプチド配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-23ポリペプチドは、配列番号63及び/または65に示されるIL-23ポリペプチド配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-23ポリペプチドは、配列番号63及び/または65に示されるIL-23ポリペプチド配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-23ポリペプチドは、配列番号63及び/または65に示されるIL-23ポリペプチド配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-23ポリペプチドは、配列番号63及び/または65に示されるIL-23ポリペプチド配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型IL-23ポリペプチドは、配列番号63及び/または65に示されるIL-23ポリペプチド配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型IL-23ポリペプチド配列は、配列番号63及び/または65の少なくとも50個の連続するaa(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180、少なくとも200、少なくとも220、少なくとも240、少なくとも260、少なくとも280、少なくとも300、少なくとも320、または少なくとも340個の連続するaas)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有し、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有する、ポリペプチド配列を含む。
14.Fasリガンド(FasL)及びその変異型
一部の例では、本開示のマスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在するMODは、Fasリガンド(FasL)である。FasLは、腫瘍壊死因子(TNF)ファミリーにおけるホモマー型II型膜貫通タンパク質である。FasLは、標的細胞内のFas受容体の三量体化によってシグナルを伝達し、これは、標的細胞のアポトーシスをもたらす細胞死誘発複合体を形成する。可溶性FasLは、マトリックスメタロプロテイナーゼ-7(MMP-7)による、膜結合FasLの保存部位における切断から生じる。
一実施形態では、wt.ホモサピエンスFasLタンパク質は、配列MQQPFNYPYP QIYWVDSSAS SPWAPPGTVL PCPTSVPRRP GQRRPPPPPP PPPLPPPPPP PPLPPLPLPP LKKRGNHSTG LCLLVMFFMV LVALVGLGLG MFQLFHLQKE LAELRESTSQ MHTASSLEKQ IGHPSPPPEK KELRKVAHLT GKSNSRSMPL EWEDTYGIVL LSGVKYKKGG LVINETGLYF VYSKVYFRGQ SCNNLPLSHK VYMRNSKYPQ DLVMMEGKMM SYCTTGQMWA RSSYLGAVFN LTSADHLYVN VSELSLVNFE ESQTFFGLYK L(配列番号143、NCBI参照配列NP_000630.1、UniProtKB-P48023)を有し、残基1~80は、細胞質であり、aas81~102は、膜貫通ドメインであり、aas103~281は、細胞外(エクトドメイン)である。
好適なFasLポリペプチドは、FasL QLFHLQKE LAELRESTSQ MHTASSLEKQ IGHPSPPPEK KELRKVAHLT GKSNSRSMPL EWEDTYGIVL LSGVKYKKGG LVINETGLYF VYSKVYFRGQ SCNNLPLSHK VYMRNSKYPQ DLVMMEGKMM SYCTTGQMWA RSSYLGAVFN LTSADHLYVN VSELSLVNFE ESQTFFGLYK L(配列番号144)のエクトドメインの全てまたは一部を含む。
Fas受容体は、配列MLGIWTLLPL VLTSVARLSS KSVNAQVTDI NSKGLELRKT VTTVETQNLE GLHHDGQFCH KPCPPGERKA RDCTVNGDEP DCVPCQEGKE YTDKAHFSSK CRRCRLCDEG HGLEVEINCT RTQNTKCRCK PNFFCNSTVC EHCDPCTKCE HGIIKECTLT SNTKCKEEGS RSNLGWLCLL LLPIPLIVWV KRKEVQKTCR KHRKENQGSH ESPTLNPETV AINLSDVDLS KYITTIAGVM TLSQVKGFVR KNGVNEAKID EIKNDNVQDT AEQKVQLLRN WHQLHGKKEA YDTLIKDLKK ANLCTLAEKI QTIILKDITS DSENSNFRNE IQSLV(配列番号145、NCBI参照配列:NP_000034.1,UniProtKB-P25445)を有することができ、aas26~173は、エクトドメイン(細胞外ドメイン)を形成し、aas174~190は、膜貫通ドメインを形成し、191~335は、細胞質ドメインを形成する。エクトドメインを使用して、FasLとの結合親和性を決定し得る。
一部の例では、変異型FasLポリペプチド(例えば、配列番号144の変異型を含む)は、配列番号144に示されるaa配列を含むFasLポリペプチドの結合親和性と比較して、成熟Fas受容体配列(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号145に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含むFasL受容体)に対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型FasLポリペプチド(例えば、配列番号144の変異型を含む)は、配列番号144に示されるaa配列を含むFasLポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、Fas受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号145に記載されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に結合する。
一部の例では、変異型FasLポリペプチド(例えば、配列番号144の変異型を含む)は、1nM~1mM(例えば、1nM~10nM、10nM~100nM、100nM~1μM、1μM~10μM、10μM~100μMまたは100μM~1mM)である、Fas受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号145に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、変異型FasLポリペプチド(例えば、配列番号144の変異型を含む)は、約100nM~約200nM、約200nM~約300nM、約300nM~約400nM、約400nM~約500nM、約500nM~約600nM、約600nM~約700nM、約700nM~約800nM、約800nM~約900nM、約900nM~約1μM、約1μM~約5μM、約5μM~約10μM、約10μM~約20μM、約20μM~約30μM、約30μM~約50μM、約50μM~約75μM、または約75μM~約100μMである、成熟Fas受容体(例えば、そのエクトドメインなどの配列番号145に示されるポリペプチドの全てまたは一部を含む)に対する結合親和性を有する。
一部の例では、変異型FasLポリペプチド(例えば、配列番号144の変異型を含む)は、配列番号144に示されるFasLポリペプチド配列と比較して、単一aa置換を有する。一部の例では、変異型FasLポリペプチド(例えば、配列番号144の変異型を含む)は、配列番号144に示されるFasLポリペプチド配列と比較して、2aa~10aa置換を有する。一部の例では、変異型FasLポリペプチドは、配列番号144に示されるFasLポリペプチド配列と比較して、2aa置換を有する。一部の例では、変異型FasLポリペプチドは、配列番号144に示されるFasLポリペプチド配列と比較して、3aaまたは4aa置換を有する。一部の例では、変異型FasLポリペプチドは、配列番号144に示されるFasLポリペプチド配列と比較して、5aaまたは6aa置換を有する。一部の例では、変異型FasLポリペプチドは、配列番号144に示されるFasLポリペプチド配列と比較して、7aaまたは8aa置換を有する。一部の例では、変異型FasLポリペプチドは、配列番号144に示されるFasLポリペプチド配列と比較して、9aaまたは10aa置換を有する。
好適な変異型FasLポリペプチド配列は、配列番号144の少なくとも50の連続するaa(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、または少なくとも180個の連続するaa)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有する(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有する)ポリペプチド配列を含む。
15 4-1BBL及びその変異型
一部の例では、wt.及び/または変異型4-1BBLポリペプチド配列が、MODとして存在する。野生型4-1BBLは、4-1BB(CD137)に結合する。
wt.4-1BBL aa配列は、以下の通り:MEYASDASLD PEAPWPPAPR ARACRVLPWA LVAGLLLLLL LAAACAVFLA CPWAVSGARA SPGSAASPRL REGPELSPDD PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE(配列番号193、NCBI参照配列:NP_003802.1)であり得、aas29~49は、膜貫通領域である。
一部の例では、変異型4-1BBLポリペプチドは、ヒト4-1BBLの腫瘍壊死因子(TNF)相同性ドメイン(THD)の変異型である。ヒト4-1BBLのTHDのwt.aa配列は、例えば、以下のように、配列番号194~196のうちの1つを含むことができる:
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE(配列番号194)、
D PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE(配列番号195)、及び
D PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPA(配列番号196)。
wt.4-1BB aa配列は、以下の通りであり得る:MGNSCYNIVA TLLLVLNFER TRSLQDPCSN CPAGTFCDNN RNQICSPCPP NSFSSAGGQR TCDICRQCKG VFRTRKECSS TSNAECDCTP GFHCLGAGCS MCEQDCKQGQ ELTKKGCKDC CFGTFNDQKR GICRPWTNCS LDGKSVLVNG TKERDVVCGP SPADLSPGAS SVTPPAPARE PGHSPQIISF FLALTSTALL FLLFFLTLRF SVVKRGRKKL LYIFKQPFMR PVQTTQEEDG CSCRFPEEEE GGCEL(配列番号197)。
変異型4-1BBLポリペプチドは、配列番号194~196のうちの1つに記載のaa配列を含む4-1BBLポリペプチドの結合親和性と比較して、4-1BBに対する低減した結合親和性を示す。例えば、一部の例では、変異型4-1BBLポリペプチドは、同じ条件下でアッセイされると、4-1BBポリペプチド(例えば、配列番号197に示されるaa配列を含む4-1BBポリペプチド)に対する配列番号194~196のうちの1つに示されるaa配列を含む4-1BBLポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも10%低い、少なくとも20%低い、少なくとも30%低い、少なくとも40%低い、少なくとも50%低い、少なくとも60%低い、少なくとも70%低い、少なくとも80%低い、少なくとも90%低い、少なくとも95%低い、または95%超低い結合親和性で、4-1BBに結合し得る。
MODとしての使用に好適な4-1BBL変異型には、配列番号194、195、または196のうちの1つに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有する、少なくとも1つのaa置換を有するポリペプチドが含まれる。
MODとしての使用に好適な4-1BBL変異型には、配列番号193の少なくとも140個(例えば、少なくとも160、175、180、または181個)の連続するaaに対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するものが含まれる。
E.足場
足場は、とりわけ、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の他の構築構成要素が組織化されるフレームワークを提供する構造的エレメントとして機能する(例えば、IgFc足場を有する、図1の構造Aを参照)。TGF-βポリペプチドをマスキングするポリペプチド配列及びTGF-βポリペプチドが、(複合体の異なるポリペプチド上の)トランスに位置する場合、相互特異的及び非相互特異的デュプレックス(または高次の構造)を形成する足場配列は、複合体が開放形態であり、TGF-βポリペプチド配列が(マスキング配列と直接接触していない)他の分子と相互作用することができる期間の間でさえも、TGF-βポリペプチドと会合した状態でマスキングポリペプチド配列を保つことができる。足場の性質に応じて、それはまた、タンパク質の折り畳み及び二量体化または多量体化(例えば、二量体化配列を通して達成されるホモ二量体化またはヘテロ二量体化)の観点から、高次の構造を提供する組織エレメントとして機能することもできる。足場はまた、特に、免疫グロブリン重鎖定常領域(例えば、IgFc)である場合、血清中での安定性に寄与することができる。好適な足場ポリペプチドは、一部の例では、半減期を延長するポリペプチドである。例えば、一部の例では、好適な足場ポリペプチドは、異なる、非免疫グロブリン配列を有する足場ポリペプチドを有する、対照のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と比較して、マスキングされたTGF-β構築物または複合体のインビボ半減期(例えば、血清中半減期)を、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約25%、少なくとも約50%、少なくとも約2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、少なくとも約25倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、または100倍超増加させる。一例として、一部の例では、Ig Fcポリペプチド配列(例えば、ノブインホール配列対などの相互特異的Ig配列を含む)は、リンカーによって置き換えられたIg Fcポリペプチド配列(例えば、等しい配列長のGGGS aa反復)を有する対照のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と比較して、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の安定性及び/またはインビボ半減期(例えば、血清半減期)を増加させる。インビボ半減期の増加は、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約25%、少なくとも約50%、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、少なくとも約25倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、または100倍超であり得る。Ig FcポリペプチドがマスキングされたTGF-β構築物に採用される場合、Ig Fcは、マスキングされたTGF-β構築物の二量体の自発的な形成を防止する変異を含むことができ(例えば、Tianlei Ying et al.,J.Biol.Chem.,287(23),pp 19399-19408(June 1,2012)を参照)、加えて、例えば、補体依存性細胞傷害性(CDC)及び/または抗体依存性細胞傷害性(ADCC)を通して、細胞溶解を誘導するIgポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異(例えば、以下で考察されるLALA変異)を含み得る。
マスキングされたTGF-β構築物の足場ポリペプチド配列が、該足場が他の足場分子と相互作用(特異的に結合)することを可能にする1つ以上の配列を含む場合、マスキングされたTGF-β構築物は、ホモ二量体複合体(例えば、図1、構造Bを参照)またはヘテロ二量体複合体を形成することができる(例えば、図1、構造C~Fを参照)。マスキングされたTGF-β構築物はまた、足場が他の足場分子と相互作用(特異的に結合)して高次構造を形成することを可能にする1つ以上のaa配列を含み得る。高次の多量体構造を形成する配列は、高次のマスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、三量体、四量体、五量体など)の形成を可能にする。例として、IgM Fc領域(例えば、配列番号83)を含む足場ポリペプチドは、五量体(特に、J鎖配列もまた発現される場合、例えば、配列番号84)または六量体のマスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体の形成を可能にする。Petrusic et al.,Med Hypotheses.77(6):959-61(2011).ホモ及びヘテロの、二量体、三量体、四量体、五量体等の形態のマスキングされたTGF-β構築物は、マスキングされたTGF-β複合体と称される。
マスキングされたTGF-βを1つ以上の他のポリペプチド配列(1つ以上の特異的MODまたはMODのコピーなど)と一緒にすることが望ましい場合、足場ポリペプチド配列は、それらの相手方の相互特異的結合(二量体化)配列と共にヘテロ二量体を形成する傾向がある相互特異的二量体化配列を含んでもよい。相互特異的結合配列は、いくつかの例では、ホモ二量体を形成し得るが、それらの相手側相互特異的結合配列と優先的に二量体化する(より強く結合する)。したがって、特異的ヘテロ二量体は、相互特異的二量体化配列及びその相手側相互特異的結合配列が一対のポリペプチドに組み込まれるときに形成され得る(形成される傾向がある)。例として、相互特異的二量体化配列及びその相手側相互特異的結合配列とが結びついて一対のポリペプチドとなり、選択的にヘテロ二量体を形成する場合、ペプチドの等モル混合物の60%、70%、80%、90%、95%、98%または99%超が、ヘテロ二量体形成に関与し、残りのペプチドが単量体またはホモ二量体として存在する。
十分な親和性で相互にまたはそれら自体に特異的に結合する様々なaa配列は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体における二量体化配列として利用され得る(例えば、米国特許公開第2003/0138440号を参照)。その配列は、比較的コンパクトなサイズ(例えば、約300、250、225、200、175、150、125、100、75、または50aa未満など)であり得る。二量体化/多量体化配列としては、免疫グロブリン重鎖定常領域(Ig Fc)ポリペプチド配列(免疫グロブリンのCH2~CH3領域を含む配列、例えば、図2A~2H及び配列番号68~83を参照)、Fcノブインホール配列(例えば、配列番号77及び78)、コラーゲン反復Gly-Xaa-Yaaからなるコラーゲンドメインを含むコレクチンファミリーのポリペプチド(例えば、ACRP30またはACRP30様タンパク質)、コイルドコイルドメイン、ロイシンジッパードメイン、Fos/Jun結合対、ならびにIg重鎖領域1(CH1)及び軽鎖定常領域CL配列(κまたはλIg軽鎖定常領域配列と対合されたCH1配列などのCH1/CL対)が挙げられるが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、足場ポリペプチド配列は、二量体化または多量体化配列として機能する免疫グロブリン重鎖定常領域(CH2-CH3)ポリペプチド配列を含む(例えば、図2A~2H及び配列番号68~83を参照)。実施形態では、Igポリペプチドは、例えば、CDC及び/またはADCCの活性化を通して、実質的に細胞溶解を誘導せず、したがって、細胞溶解を誘導するIgポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異を含み得る。一部の例では、Fc配列は、図2A~2Hに示されるFc領域のaa配列に対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する。そのような免疫グロブリン配列は、1つまたは2つの鎖間ジスルフィド結合を形成することによって、マスキングされたTGF-β複合体のポリペプチドを共有結合することができる。以下で考察されるように、特に、ノブインホールでのポリペプチド対のような一対の相互特異的Ig配列が用いられる場合、二量体を安定化するために、追加のジスルフィド結合を導入することができる。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の足場ポリペプチド配列は、図2A(配列番号68)に示されるIgA Fc配列の少なくとも150個の連続するaa(少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、少なくとも250、少なくとも275、少なくとも300、少なくとも325、もしくは少なくとも350個の連続するaa)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。一実施形態では、足場ポリペプチド配列は、図2B(配列番号69)に示されるIgD Fc配列の少なくとも150個の連続するaa(少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、少なくとも250、少なくとも275、少なくとも300、少なくとも325、もしくは少なくとも350個の連続するaa)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。一実施形態では、足場ポリペプチド配列は、図2C(配列番号70)に示されるIgE Fc配列の少なくとも125個の連続するaa(少なくとも150、少なくとも175、もしくは少なくとも200個の連続するaa)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。一実施形態では、足場ポリペプチド配列は、図2D(配列番号71~78)に示されるIgG1 Fc配列などのwt.IgG Fcポリペプチド配列の少なくとも125個の連続するaa(少なくとも150、少なくとも175、もしくは少なくとも200個の連続するaa)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。一実施形態では、足場ポリペプチド配列は、図2E(配列番号79)に示されるIgG2ポリペプチド配列の少なくとも125個の連続するaa(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、少なくとも250、少なくとも275、もしくは少なくとも300個)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。一実施形態では、足場ポリペプチド配列は、図2F(配列番号80)に示されるIgG3 Fc配列の少なくとも125個の連続するaa(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、もしくは少なくとも225個)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。一実施形態では、足場ポリペプチド配列は、図2G(配列番号81または82)に示されるIgG4 Fc配列の少なくとも125個の連続するaa(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、もしくは少なくとも250個)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。一実施形態では、足場ポリペプチド配列は、図2H(配列番号83)に示されるIgM Fcポリペプチド配列の少なくとも125個の連続するaa(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、もしくは少なくとも250個)、または全てのaaに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む。免疫グロブリン足場ポリペプチド配列(例えば、図2A~2Hに示される)を含む、マスキングされたTGF-β複合体の上述のポリペプチドは、それらのヒンジ領域に隣接するシステイン間の1つまたは2つの鎖間ジスルフィド結合の形成によって、一緒に共有結合することができる。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、図2Dに示されるヒトIgG1 Fcポリペプチドに対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、90%、95%、98%、99%、または100%)のaa配列同一性を有し、アラニンによるN297の置換(図2D、配列番号74に付番されるようなN297A置換、またはN77)置換を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、アスパラギン以外のaaによるN297(図2Dに示されるaa配列のN77)置換を除いて、図2Dに示されるaa配列(ヒトIgG1 Fc)を含む。N297での置換は、炭化水素修飾の除去につながり、wt.タンパク質と比較して、補体成分1q(「C1q」)への結合が低下した抗体配列をもたらし、したがって、CDCの低減をもたらす。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、図2Dに示されるaa配列(ヒトIgG1Fc)を含み、但し、L234の、ロイシン以外のaaによる置換(図2Dに示されるaa配列のL14)を除く。IgGの下部ヒンジ領域(例えば、配列番号71のaas14~19に対応するaas234-LLGGPS-239)内のL234及び他のaasは、Fcラムダ受容体(FcλR)への結合に関与し、したがって、その位置での変異は、(wtタンパク質と比較して)受容体への結合を低減させる。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、ロイシン以外のaaによるL235(図2Dに示されるaa配列のL15)の置換を除いて、図2Dに示されるaa配列(ヒトIgG1 Fc)を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、L234A及びL235A(「LALA」)置換(図2Dに示されるwt.aa配列の14位及び15位に対応する位置、例えば、配列番号75を参照)を有する、図2Dに示されるaa配列(例えば、wt.ヒトIgG1配列)を含む。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、P331(図2Dに示されるアミノ酸配列のP111)のプロリン以外のアミノ酸による置換を含む、図2Dに示されるアミノ酸配列(ヒトIgG1Fc)を含み、一部の例では、該置換はP331S置換である。P331での置換は、N297での置換のように、wt.タンパク質に対するC1qへの結合の低減、したがって、CDCの低減につながる。例えば、D270、K322、及び/またはP329(図2Dの配列番号71のD50、K122、及びP119に対応)のアラニンによる置換は、C1qへの結合を低減するために、単独で、またはP331置換の代わりに利用し得る。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、L234A及び/またはL235A置換(図2Dに示されるaa配列のL14及び/またはL15におけるロイシンのAlaによる置換)を含むIgG1Fcポリペプチドである。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、図2Dに示されるaa配列(wt.ヒトIgG1Fc)を含むが、但し、L234及び/またはL235(図2Dに示されるaa配列のL14及び/またはL15)におけるロイシン以外のaaによる置換、ならびにP331(図2Dに示されるaa配列のP111)におけるプロリン以外のaaによる置換を除く。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、L234F、L235E、及びP331S置換(図2Dに示されるaa配列のaa位置14、15、及び111に対応する)を含む、図2Dに示される「三重変異」aa(配列番号73)(ヒトIgG1 Fc)を含む。
マスキングされたTGF-β複合体の2つのポリペプチド間の非対称性の対合が所望される場合、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する足場ポリペプチドの二量体化配列は、相互特異的結合配列を含むか、本質的にそれからなるか、またはそれからなる。相互特異的結合配列は、それらの同種ポリペプチド配列(すなわち、相互特異的配列及びその相手側相互特異的配列)、特に免疫グロブリンFc配列の変異型に基づくものと、優先的にヘテロ二量体を形成する。そのような相互特異的ポリペプチド配列には、安定化ジスルフィド結合を伴わないノブインホール(KiH)または安定化ジスルフィド結合を有する(KiHs-s)、HA-TF、ZW-1、7.8.60、DD-KK、EW-RVT、EW-RVTs-s、及びA107配列が含まれる。1つの相互特異的結合対は、IgG1のCH3ドメインのインターフェースにおけるT366Y及びY407T変異体対、または他の免疫グロブリンの対応する残基を含む。Ridgway et al.,Protein Engineering 9:7,617-621(1996)を参照されたい(置換は、Kabat et al.(1991)のEU付番スキームによって示される)。第2の相互特異的結合対は、T366W置換によるノブの形成、及び相補的Fc配列上の三重置換T366S、L368A、及びY407Vによるホールの形成を伴う。Xu et al.,mAbs 7:1,231-242(2015)を参照されたい。別の相互特異的結合対は、Y349C、T366S、L368A、及びY407V置換を有する第1のFcポリペプチドと、S354C、及びT366W置換を有する第2のFcポリペプチドとを有する(ジスルフィド結合は、Y349C置換とS354C置換との間に形成され得る)。Brinkmann and Konthermann,mAbs 9:2,182-212(2015)を参照されたい。Fcポリペプチドは、ノブインホール修飾の有無にかかわらず、Fcポリペプチド間のジスルフィド結合(例えば、ヒンジ領域ジスルフィド結合)の形成によって安定化することができる。いくつかの相互特異的ポリペプチド結合配列を表1に要約し、括弧「{}」内に示される、図2Dに記載されるwt.IgG1配列(配列番号71)に現れるときのaa位置の付番を相互参照する。
Figure 2023550626000002
Figure 2023550626000003
表1の配列の相互特異的対に加えて、配列の相互特異的対は、相互特異的配列のIgG1 CH3ドメイン内のIgAに由来する45個の残基、及び相手側相互特異的配列上のIgA CH3内のIgG1に由来する57個の残基を有する、「シード(SEED)」配列を含む。Ha et al.,Frontiers in Immunol.7:1-16(2016)を参照されたい。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に見出される足場配列は、ノブインホール(KiH)、安定化ジスルフィドを有するノブインホール(KiHs-s)、HA-TF、ZW-1、7.8.60、DD-KK、EW-RVT、EW-RVTs-s、A107、及びシード配列からなる群から選択される、相互特異的結合配列またはその相手側相互特異的結合配列を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体は、T146W KiH配列置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチドと、T146W、L148A、及びY187V KiH配列置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチドとを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaaに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。一方または両方の足場aa配列は、任意に、Kabat付番を使用して、L234及びL235(例えば、L234A/L235A「LALA」またはL234F/L235E)、N297(例えば、N297A)、P331(例えば、P331S)、L351(例えば、L351K)、T366(例えば、T366S)、P395(例えば、P395V)、F405(例えば、F405R)、Y407(例えば、Y407A)、ならびにK409(例えば、K409Y)のうちの1つ以上に置換を含む。これらの置換は、配列番号71のIgG1配列中のL14及びL15(例えば、L14A/L15A「LALA」またはL14F/L15E)、N77(例えば、N77A)、P111(例えば、P111S)、L131(例えば、L131K)、T146(例えば、T146S)、P175(例えば、P175V)、F185(例えば、F185R)、Y187(例えば、Y187A)、及びK189(例えば、K189Y)に現れる。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体は、T146W KiH配列置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチドと、T146S、L148A、及びY187V KiH配列置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチドとを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、Kabat付番におけるN297AもしくはN297G)を含む。例えば、図2D、配列番号77及び78を参照されたい。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、T146W及びS134C KiHs-s置換と、第2の足場配列に、T146S、L148A、Y187V及びY129C KiHs-s置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、S144H及びF185A HA-TF置換と、第2の足場配列に、Y129T及びT174F HA-TF置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、T130V、L131Y、F185A、及びY187V ZW1置換と、第2の足場配列に、T130V、T146L、K172L、及びT174W ZW1置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、K140D、D179M、及びY187A 7.8.60置換と、第2の足場配列に、E125R、Q127R、T146V、及びK189V 7.8.60置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のβポリペプチドは、第1の足場配列に、K189D及びK172D DD-KK置換と、第2の足場配列に、D179K及びE136K DD-KK置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、K140E及びK189W EW-RVT置換と、第2の足場配列に、Q127R、D179V、及びF185T EW-RVT置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、K140E、K189W、及びY129C EW-RVTs-s置換と、第2の足場配列に、Q127R、D179V、F185T、及びS134C EW-RVTs-s置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、K150E及びK189W A107置換と、第2の足場配列に、E137N、D179V、及びF185T A107置換とを含み、足場は、配列番号71のIgG1の少なくとも170、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全ての連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、足場aa配列のうちの0個、一方または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む。
足場としての免疫グロブリン重鎖定常領域の使用の代替として、免疫グロブリン軽鎖定常領域を用いて、足場ポリペプチド配列を形成するか、または足場ポリペプチド配列の一部である二量体化配列として重鎖CH1配列と対にすることができる。一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、Ig CH1ドメイン(例えば、配列番号85のポリペプチド)と、第2の足場配列に、Igκ鎖定常領域配列(配列番号86)とを含み、足場は各々、それぞれ、配列番号85及び/または86の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個の連続するaaに対して、少なくとも80%、85%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。図2J及び2Kを参照されたい。CH1及びIgκ配列は、相互に対する親和性、したがって、それらを二量体化配列として利用して形成される任意のヘテロ二量体の安定性を増加させるように修飾され得る。CH1-Igκヘテロ二量体の安定性を増加させる置換としては、Chen et al.,MAbs,8(4):761-774(2016)でMD13組み合わせとして識別されるものが挙げられる。MD13では、2つの置換がCH1及びIgκ配列の各々に導入される。CH1配列は、S64E及びS66V置換(図2Jに示される配列番号85におけるS70E及びS72V)を含むように修飾される。Igκ配列は、S69L及びT71S置換(図2Kに示される配列番号86のS68L及びT70S)を含むように修飾される。
別の実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドは、第1の足場配列に、Ig CH1ドメイン(例えば、配列番号85のポリペプチド)と、第2の足場配列に、Igκ鎖定常領域配列(配列番号87)とを含み、足場は各々、それぞれ、配列番号85及び/または87の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個の連続するaaに対して、少なくとも80%、85%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含む。図2J及び2Kを参照されたい。
一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドの足場ポリペプチド配列は各々、二量体化配列としてロイシンジッパーポリペプチドを含む。ロイシンジッパーポリペプチドは、相互に結合して二量体(例えば、ホモ二量体)を形成する。ロイシンジッパーポリペプチドの非限定的な例としては、例えば、以下のaa配列のうちのいずれか1つのペプチドが挙げられる:RMKQIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIGER(配列番号88)、LSSIEKKQEEQTSWLI WISNELTLIRNELAQS(配列番号89))、LSSIEKKLEEITSQLIQISNELTLIRNELAQ(配列番号90)、LSSIEKKLEEITSQLIQIRNELTLIRNELAQ(配列番号91)、LSSIEKKLEEITSQLQQIRN ELTLIRNELAQ(配列番号92)、LSSLEKKLEELTSQLIQLRNELTLLRNELAQ(配列番号93)、ISSLEKKIEELTSQIQQLRNEITLLRNEIAQ(配列番号94)。一部の例では、ロイシンジッパーポリペプチドは、以下のaa配列を含む:LEIEAAFLERENTALETRVAELRQRVQRLRNRV SQYRTRYGPLGGGK(配列番号95)。追加のロイシン-ジッパーポリペプチドは、当該技術分野で既知であり、これは、足場としての使用または二量体化配列としての足場への組み込みに好適であり得る。
一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドの足場ポリペプチド配列は各々、二量体(例えば、ホモ二量体)を形成するコイルドコイルペプチドを含む。コイルドコイルポリペプチドの非限定的な例としては、例えば、以下のaa配列のうちのいずれか1つのペプチドが挙げられる:LKSVENRLAVVENQLKTVIEELKTVKDLLSN(配列番号96)、LARIEEKLKTIKA QLSEIASTLNMIREQLAQ(配列番号97)、VSRLEEKVKTLKSQVTELASTVSLLREQVAQ(配列番号98)、IQSEKKIEDISSLIGQIQSEITLIRNEIAQ(配列番号99)、LMSLEKKLEELTQTLMQL QNELSMLKNELAQ(配列番号100)。
一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドの二量体化(ホモ二量体化)を可能にする足場ポリペプチド配列は各々、ジスルフィド結合を形成することができる少なくとも1つのシステイン残基を有するポリペプチド配列を含む。そのようなポリペプチド配列の例としては、ヒトFasLポリペプチドVDLEGSTSNGRQCAGIRL(配列番号101)、EDDVTTTEELAPALVPPPKGTCAGWMA(配列番号102)、及びGHDQETTTQGPGVLLPLP KGACTGQMA(配列番号103)が挙げられる。
二量体よりも大きい(例えば、三量体、四量体、五量体、六量体などの)マスキングされたTGF-β複合体の形成を可能にする、多量体化(オリゴマー化)配列として好適なペプチドには、限定されないが、六量体、または五量体(特に、図2Iで提供されるものなどのシグナル配列を欠く成熟J鎖ペプチドと組み合わせた場合)を形成する、IgM定常領域(例えば、図2H参照)が含まれる。三量体を形成するコラーゲンドメインも採用することができる。コラーゲンドメインは、Xaa及びYaaが、独立して、任意のaaである、10~40回反復され得る、配列Gly-Xaa-Xaaを含み得る。Gly-Xaa-Yaa配列では、Xaa及びYaaは、Gly-Xaa-Yaaの出現の25%、50%、75%、80%、90%若しくは95%超において、またはGly-Xaa-Yaaの出現の各々において、それぞれ、頻繁にプロリン及びヒドロキシプロリンである。一部の例では、コラーゲンドメインは、10~40回反復され得る、配列Gly-Xaa-Proを含む。コラーゲンオリゴマー化ペプチドは、以下のaa配列を含むことができる:VTAFSNMDDMLQKAHLVIE GTFIYLRDSTEFFIRVRDGWKKLQLGELIPIPADSPPPP ALSSNP(配列番号104)。
上記で考察される足場は、ポリペプチドとして記載されているが、本明細書に記載されるマスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、様々な足場を用いてアゴニストとしてインビトロ及びインビボで作用することができる、活性TGF-βの送達及び固定化に対する一般的な解決策を提供する。マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、足場が担体として作用する融合タンパク質(複数可)の形態であり得るが、足場は、本質的に不活性な担体である必要はなく、生物学的活性がほとんどまたは全くなく、最大でも分子の生物学的半減期を増加させ得る構造支持体として機能する。足場は、本質的にタンパク質/ポリペプチドまたは非タンパク質であり得、足場は、生物学的に活性(例えば、酵素活性を有する)または生物学的に不活性であり得る。
構築物が同じポリペプチドの一部としてマスク及びTGF-β aa配列(シスに配置される、図1のA~C及びFを参照)を有する場合、酵素活性タンパク質(酵素)及び非酵素活性タンパク質(例えば、コラーゲン、抗体、抗体関連分子(例えば、Fab、ナノボディ、scFv)、タンパク質A、またはクラスIもしくはクラスII MHC(例えば、HLA)分子の全てもしくは一部などの構造タンパク質)を含むがこれらに限定されない、任意の好適な分子が、足場として機能することができる。足場はまた、有機及び/または無機ポリマー(例えば、核酸、ポリエチレングリコール(PEG)、ペプチド核酸、アプタマー、炭水化物、シロキサンなど)を含むがこれらに限定されない、本質的に非タンパク質性であり得る。足場はまた、リポソーム、小胞、微粒子、及びナノ粒子(例えば、金ナノ粒子)を含むがこれらに限定されない、非ポリマー材料から選択され得る。
マスク及びTGF-β aa配列が別個のポリペプチドの一部としてトランスに配置される場合(図1のD及びEを参照)、マスク及びTGF-β aa配列を、それらの相互作用を可能にする様式で近接させる任意の分子が、足場として機能し得る。相互特異的タンパク質/ポリペプチドに加えて、非タンパク質分子(例えば、互いに特異的に結合する相補的核酸または一対のアプタマー)もまた、マスク及びTGF-β aa配列がトランスに位置する足場として使用され得る。一例として、一対の相補的核酸配列は、例えば、その3’末端にTGF-β配列を有する第2の核酸とハイブリダイズする、その5’末端にマスキングaa配列を含む第1の核酸を使用することによって、相互特異的非タンパク質足場として使用され得る。
F.TGF-βポリペプチド
上記で考察されるように、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、TGF-βポリペプチドに結合するポリペプチド(「マスキングポリペプチド」)によって可逆的にマスキングされた少なくとも1つのTGF-βポリペプチドを含む。マスキングポリペプチドは、例えば、TGF-β受容体ポリペプチド、またはマスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体に存在するTGF-βポリペプチドを可逆的にマスキングするように機能する抗体であり得、TGF-βポリペプチドは、別様に細胞TGF受容体のアゴニストとして作用することが可能である。マスキングされたTGF-β MODは、活性TGF-βポリペプチド(例えば、TGF-βシグナル伝達経路アゴニスト)を提供する。TGF-βポリペプチド及びマスキングポリペプチド(例えば、TGF-β受容体断片)は、互いに相互作用して、TGF-βポリペプチドを可逆的にマスキングし、それによって、TGF-βポリペプチドがその細胞受容体と相互作用することを可能にする。加えて、マスキング配列は、非シグナル伝達TβRIIIなどのTGF-βを捕捉することができる細胞受容体と競合し、それによって、マスキングされたTGF-β構築物または複合体が活性TGF-βアゴニストを効果的に送達することを可能にする。
さらに、本開示のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、上記で考察されるように、1つ以上のマスキングされたTGF-βポリペプチド配列及び1つ以上の追加のMODの両方を含み得るが、所望される場合、本開示のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上のマスキングされたTGF-βポリペプチド配列のみを含み得る。すなわち、1つ以上の追加のMODは、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に含まれる必要はない。本開示のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、TGF-β駆動型T細胞応答を生じさせる手段として機能することができる。例えば、TGF-β自体が、T細胞のエフェクター細胞機能の発達を阻害し、マクロファージを活性化し、ならびに/または局所免疫及び炎症作用が沈静化した後の組織修復を促進することができる。
マスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、マスキングされているTGF-βポリペプチドを含むが、TGF-βポリペプチドマスク複合体が可逆的であり、TGF-βポリペプチドが細胞受容体に利用可能である開放状態と、マスクがTGF-βポリペプチドに係合する閉鎖状態との間で「呼吸する」ため、TGF-βポリペプチドは、依然としてTβRアゴニストとして作用することができる。したがって、マスキングポリペプチドは、TGF-βポリペプチドに結合し、それが、例えば、別様に遊離TGF-βを捕捉することができるユビキタス非シグナル伝達TβR3分子と緊密な複合体を作ることを防止するように機能する。さらに、TGF-βの活性形態が、TβR3に対してより高い親和性を有する二量体であるため、二量体化を制限する置換(例えば、セリンによる77位のシステインのC77S置換)は、その受容体による捕捉を回避するために、TGF-β配列に組み込むことができる。
マスキング配列の1つの効果は、TβRに対するTGF-β1、TGF-β2、及びTGF-β3ポリペプチドの有効な親和性を低減することである。同時に、TGF-βポリペプチドに対するマスキングポリペプチドの親和性は、TGF-βポリペプチドからより容易に解離し、TGF-βポリペプチドを細胞TβRタンパク質により利用可能にすることができるように、改変され得る。すなわち、TGF-βポリペプチドに対するマスキングポリペプチドの親和性が低減される場合、可逆的にマスキングされたTGF-βポリペプチド配列は、開放状態でより多くの時間を費やすであろう。細胞受容体への結合のために利用可能なTGF-βポリペプチドがある開放状態では、TβRIIタンパク質が、一般的に、TGF-βと相互作用する異種TβR1/TβR2シグナル伝達複合体の最初のペプチドであるため、TβRIIに対するTGF-βポリペプチドの親和性の制御は、活性シグナル伝達複合体へのTGF-βの進入を効果的に制御する。例えば、TGF-β2(またはTGF-β1、TGF-β3の対応する位置)のLys25、Ile92、及び/またはLys94のうちの1つ以上、2つ以上、または3つ全てでの置換の組み込みは、TβRIIポリペプチドに対する親和性を低減する。低減した親和性は、マスキングされたTGF-βポリペプチド配列シグナル伝達に対する制御を可能にする。
TβRIを通したマスキングされたTGF-βポリペプチド配列によるシグナル伝達をブロック/制限すること、及び/またはTGF-βに対するマスキングTβRIIポリペプチドの親和性を修飾(例えば、低減)することが望ましい場合、N末端欠失及び/またはaa置換をマスキングTβRIIポリペプチドに組み込むことが可能である。行うことができる修飾には、L27、F30、D32、S49、I50、T51、S52、I53、E55、V77、D118、及び/またはE119のうちの1つ以上でのN末端aaの欠失(例えば、N末端Δ14もしくはΔ25欠失)及び/または置換が含まれる。TβRIIとのTβRI会合の低減及びTGF-βに対する親和性の低減をもたらす、いくつかの特異的TβRII修飾には、L27A、F30A、D32A、D32N、S49A、I50A、T51A、S52A、S52L、I53A、E55A、V77A、D118A、D118R、E119A、及び/またはE119Qのうちのいずれか1つ以上が含まれる。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するTGF-βポリペプチド配列は、一部の例では、wt.TGF-βポリペプチドと比較して、少なくとも1つのクラスのTGF-β受容体に対してより低い親和性を有するか、または少なくとも1つのクラスのTGF-β受容体に対して選択的な変異型である、変異型TGF-βポリペプチド配列である。
TGF-β1ポリペプチド配列、TGF-β2ポリペプチド配列、またはTGF-β3ポリペプチド配列を、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に組み込むことができるが、様々な要因が、特定のTGF-βポリペプチドの選択、ならびに採用される特定の配列及びaa置換に影響を及ぼし得る。例えば、TGF-β1及びTGF-β3ポリペプチドは、ある特定の哺乳動物細胞系(例えば、CHO細胞)において発現されると、それらのaa配列の「クリッピング」を受ける。加えて、二量体化TGF-β(例えば、TGF-β2)は、TβR2受容体に対するよりもTβR3(βグリカン受容体)に対して高い親和性を有し、これは、オフターゲット結合、及び非シグナル伝達TβR3分子の大きなインビボプールへの生物学的に活性なマスキングされたタンパク質の損失をもたらし得る。TβR3への高親和性オフターゲット結合を最小限に抑えるために、ジスルフィド結合によって継合される二量体TGF-β分子につながる残基を置換することが望ましくあり得る。したがって、システイン77(C77)は、システイン以外のaa(例えば、C77S置換を形成するセリン)によって置換され得る。
好適なTGF-βポリペプチドは、約70個のaas~約125個のaasを有することができ、例えば、好適なTGF-βポリペプチドは、約70個のaas~約80個のaas、約80個のaas~約90個のaas、約90個のaas~約100個のaas、約100個のaas~約105個のaas、約105個のaas~約110個のaas、約110個のaas~約112個のaas、約113個のaas~約120個のaas、または約120個のaas~約125個のaasの長さを有することができる。好適なTGF-βポリペプチド配列は、ヒトTGF-β1ポリペプチド、ヒトTGF-β2ポリペプチド、またはヒトTGF-β3ポリペプチド(例えば、そのエクトドメイン部分)の成熟形態の少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個の連続するaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するaa配列を含むことができる。
1.TGF-β1ポリペプチド
好適なTGF-β1ポリペプチドは、以下のTGF-β1アミノ酸配列:AL DTNYCFSSTE KNCCVRQLYI DFRKDLGWKW IHEPKGYHAN FCLGPCPYIW SLDTQYSKVL ALYNQHNPGA SAAPCCVPQA LEPLPIVYYV GRKPKVEQLS NMIVRSCKCS(配列番号105、長さにおいて112個のaa)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するaa配列を含むことができ、TGF-β1ポリペプチドは、約112個のaasの長さを有する。TGF-β1前タンパク質が、配列番号106として図3で提供される。アミノ酸R25、C77、V92、及びR94を、太字及び斜体で示す(図4参照)。
一部の例では、好適なTGF-β1ポリペプチドは、C77S置換を含む。したがって、一部の例では、好適なTGF-β1ポリペプチドは、以下のTGF-β1 aaアミノ酸配列:AL DTNYCFSSTE KNCCVRQLYI DFRKDLGWKW IHEPKGYHAN FCLGPCPYIW SLDTQYSKVL ALYNQHNPGA SAAPSCVPQA LEPLPIVYYV GRKPKVEQLS NMIVRSCKCS(配列番号107)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するaa配列を含み、アミノ酸77は、Serである。位置25、77、92、及び94を、太字及び斜体で示す。
2.TGF-β2ポリペプチド
好適なTGF-β2ポリペプチドは、以下のTGF-β2アミノ酸配列:ALDAAYCFR NVQDNCCLRP LYIDFKRDLG WKWIHEPKGY NANFCAGACP YLWSSDTQHS RVLSLYNTIN PEASASPCCV SQDLEPLTIL YYIGKTPKIE QLSNMIVKSC KCS(配列番号108)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するaa配列を含むことができ、TGF-β2ポリペプチドは、約112個のaasの長さを有する。TGF-β2前タンパク質が、配列番号109として図3で提供される。残基Lys 25、Ile 92、及び/またはLys 94を、太字及び斜体で示す。
一部の例では、好適なTGF-β2ポリペプチドは、C77S置換を含む。したがって、一部の例では、好適なTGF-β2ポリペプチドは、以下のTGF-β2アミノ酸配列:ALDAAYCFR NVQDNCCLRP LYIDFKRDLG WKWIHEPKGY NANFCAGACP YLWSSDTQHS RVLSLYNTIN PEASASPSCV SQDLEPLTIL YYIGKTPKIE QLSNMIVKSC KCS(配列番号110)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸77は、Serである。
3.TGF-β3ポリペプチド
好適なTGF-β3ポリペプチドは、以下のTGF-β3アミノ酸配列:ALDTNYCFRN LEENCCVRPL YIDFRQDLGW KWVHEPKGYY ANFCSGPCPY LRSADTTHST VLGLYNTLNP EASASPCCVP QDLEPLTILY YVGRTPKVEQ LSNMVVKSCK CS(配列番号111)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができ、TGF-β3ポリペプチドは、約112個のaasの長さを有する。TGF-β3アイソフォーム1プレプロタンパク質が、配列番号112として図3で提供される。位置25、92、及び94を太字及び斜体で示す。
一部の例では、好適なTGF-β3ポリペプチドは、C77S置換を含む。一部の例では、好適なTGF-β3ポリペプチドは、以下のTGF-β3アミノ酸配列:ALDTNYCFRN LEENCCVRPL YIDFRQDLGW KWVHEPKGYY ANFCSGPCPY LRSADTTHST VLGLYNTLNP EASASPSCVP QDLEPLTILY YVGRTPKVEQ LSNMVVKSCK CS(配列番号113)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸77は、Serである。位置25、92、及び94を、太字及び斜体で示す。
4.追加のTGF-βポリペプチド配列変動
TGF-β分子の二量体化を変化させる配列変異型(例えば、C77Sなどのシステイン77置換)に加えて、親和性及び他の特性に影響を及ぼす配列変異型を有するTGF-β1~3ポリペプチドを、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に組み込み得る。マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、マスキングポリペプチド(例えば、TβRIIポリペプチドなどのTβRポリペプチド)に対して低減した親和性を有するTGF-β変異型を含む場合、これらの構成要素は、より容易に解離し、マスキングされたTGF-βポリペプチドを細胞TβRタンパク質により利用可能にする。TβRIIタンパク質は、一般に、TGF-βと相互作用するヘテロマーTβRシグナル伝達複合体の第1のペプチドであるため、TβRIIとの相互作用は、TGF-βの活性シグナル伝達複合体へのエントリーを効果的に制御する。したがって、TGF-βのTβRIIに対する親和性を制御する変異型は、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体の活性シグナル伝達複合体へのエントリーを効果的に制御する。
本開示は、(配列変動(複数可)がない以外は同一のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と比較して)変化した(例えば、減少した)お互いへの親和性を有する、変異型マスキングTβR(例えば、TβRII)ポリペプチド配列及び/または変異型TGF-βポリペプチドを含む、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体を包含し、提供するものである。TGF-βポリペプチドとTβR(例えば、TβRII)ポリペプチドとの間の親和性は、MOD及びそれらのco-MODについて上記に記載されるように(BLI)を使用して決定され得る。
a.追加のTGF-β2配列変異型
本開示は、マスキングTβR(例えば、TβRII)ポリペプチド配列と、wt.または変異型TGF-β2ポリペプチドのいずれかとを含む、マスキングされたTGF-β2構築物及び複合体を含み、かつ提供し、変異型ポリペプチドは、(配列変動がない以外は同一のwt.TGF-βポリペプチド配列と比較して)マスキングTβRに対する低減した親和性を有する。
本開示は、マスキングTβRII受容体配列と、配列番号108の少なくとも100個の連続するaaに対する85%超(例えば、90%超、95%超、98%超、または99%超)の配列同一性を有し、TβRII受容体配列に対する変異型TGF-β2ポリペプチドの親和性を低下させる置換を含む、変異型TβRIIポリペプチドとを含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を提供する。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、マスキングTβRIIポリペプチドと、Lys25、Ile92、及び/またはLys94のうちの1つ以上、2つ以上、または3つ全てに置換を含む変異型TGF-β(例えば、TGF-β2)ポリペプチドとを含む(残基の位置については配列番号108、TGF-β1及びTGF-β3における対応する残基については図4を参照)。これらのaa残基は、TβRIIポリペプチドに対するTGF-β2の親和性に影響を与えることが示されている(Crescenzo et al.,J.Mol.Biol.355:47-62(2006)を参照)。マスキングされたTGF-βポリペプチドは、任意に、IL-2またはその変異型等の1つ以上の独立して選択されるMODを含む。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、マスキングTβRIIポリペプチドと、配列番号108の25位にLysまたはArg以外のaaを有するTGF-β2ポリペプチドとを含み、任意に、1つ以上の独立して選択されるMOD(例えば、1つ以上のIL-2 MODポリペプチドまたはその親和性低減変異型)を含む。一例では、マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、配列番号108の92位にIleもしくはVal以外のaa(または92位にIle、Val、もしくはLeu以外のaa)を有するTGF-β2ポリペプチドを含み得、任意に、1つ以上の独立して選択されるMOD(例えば、1つ以上のIL-2 MODポリペプチドまたはその親和性低減変異型)を含む。一例では、マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、配列番号108の94位にLysまたはArg以外のaaを有するTGF-β2ポリペプチドを含み得、任意に、1つ以上の独立して選択されるMOD(例えば、1つ以上のIL-2 MODポリペプチドまたはその親和性低減変異型)を含む。マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングTGF-β構築物または複合体は、Lys25、Ile92、及び/またはLys94のうちの1つ以上、2つ以上、または3つ全ての置換を含むTGF-β2ポリペプチドを含み得、さらに1つ以上の独立して選択されるMODを含み得る。マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、Lys25、Ile92、及び/またはLys94のうちの1つ以上、2つ以上、または3つ全ての置換を含むTGF-β2ポリペプチドを含み得、さらに1つ以上の独立して選択されるIL-2 MODまたはその親和性低減変異型を含み得る。
b.追加のTGF-β1及びTGF-β3配列変異型
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、マスキングTβRIIポリペプチドと、TGF-β2の配列番号108内のLys25、Ile92、及び/またはLys94に対応する1つ以上、2つ以上、または3つ全てのaa位置での置換を含む、変異型TGF-β1またはTGF-β3ポリペプチドとを含む。TGF-β1またはTGF-β3では、以下のように対応するaaは:Lys25はArg25であり、Ile92はVal92であり、Lys94はArg94であり、その各々は保存的置換である。例えば、TGF-β1については配列番号106及び107、及びTGF-β3については配列番号112及び113を参照されたい。
上述のように、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、任意に、IL-2またはその変異型などの1つ以上の独立して選択されるMODを含む。一例では、マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、25位にArgまたはLys以外のaaを有するTGF-β1またはβ3ポリペプチドを含み、任意に、1つ以上の独立して選択されるMOD(例えば、1つ以上のIL-2 MODポリペプチドまたはその親和性低減変異型)を含む。一例では、マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、92位にValもしくはIle以外のaa(または92位にIle、Val、もしくはLeu以外のaa)を有するTGF-β1またはβ3ポリペプチドを含み、任意に、1つ以上の独立して選択されるMOD(例えば、1つ以上のIL-2 MODポリペプチドまたはその親和性低減変異型)を含む。別の事例では、マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、ArgまたはLys以外のaaを有するTGF-β2ポリペプチドを含み、任意に、1つ以上の独立して選択されるMOD(例えば、1つ以上のIL-2 MODポリペプチドまたはその親和性低減変異型)を含む。1つの特定の例では、マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、Arg25、Val92、及び/またはArg94のうちの1つ以上、2つ以上、または3つ全ての置換を含むTGF-β1またはβ3ポリペプチドを含み、1つ以上の独立して選択されるMODをさらに含む。別の特定の例では、マスキングTβRIIポリペプチドを有するマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、Arg25、Val92、及び/またはArg94のうちの1つ以上、2つ以上、または3つ全ての置換を含むTGF-β1またはβ3ポリペプチドを含み、1つ以上の独立して選択されるIL-2 MODまたはその親和性低減変異型をさらに含む。
G.TGF-β受容体ポリペプチド、及びTGF-βに結合しマスキングする他のポリペプチド
上述のTGF-βポリペプチドまたはポリペプチド複合体のうちのいずれかでは、TGF-βポリペプチドに結合し、それをマスキングするポリペプチド(「マスキングポリペプチド」)は、TβRI、TβRII、TβRIII、及び抗TGF-β抗体、またはそれらの断片(例えば、Fab、一本鎖抗体など)を含む、様々な形態をとることができる。
1.TGF-β受容体ポリペプチド
マスキングされたTGF-β構築物及び複合体におけるTGF-βのマスキングは、TGF-βポリペプチド(例えば、TGF-β1、TGF-β2、またはTGF-β3)に結合するのに十分なポリペプチド配列を含むTGF-β受容体断片(例えば、TβRI、TβRII、またはTβRIIIのエクトドメイン配列)を利用することによって達成し得る。一実施形態では、マスキング配列は、TβRI、TβRII、またはTβRIIIエクトドメインの全部または一部を含む。
a.TGF-β受容体I(TβRI)
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体内のTGF-βをマスキングするポリペプチド配列は、TβRI(例えば、アイソフォーム1、配列番号114)に由来し得る、TβRIエクトドメイン(aas34~126)の全てまたは一部を含み得る。一部の例では、TGF-βをマスキングするための好適なTβRIポリペプチドは、以下のTβRIエクトドメインaa配列の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または103個のaasに対して少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む:LQCFCHL CTKDNFTCVT DGLCFVSVTE TTDKVIHNSM CIAEIDLIPR DRPFVCAPSS KTGSVTTTYC CNQDHCNKIE LPTTVKSSPG LGPVEL(配列番号115)。
b.TGF-β受容体II(TβRII)
実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングするポリペプチド配列は、TβRII(例えば、アイソフォームAの配列番号116)に由来してもよく、TβRIIエクトドメイン配列(aa24~177)の全部または一部を含み得る。一実施形態では、TGF-βをマスキングするための好適なTβRIIアイソフォームAのポリペプチドは、以下のTβRIIアイソフォームAエクトドメインaa配列の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくと130、少なくとも140、少なくとも150、または154個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む:IPPHVQK SDVEMEAQKD EIICPSCNRT AHPLRHINND MIVTDNNGAV KFPQLCKFCD VRFSTCDNQK SCMSNCSITS ICEKPQEVCV AVWRKNDENI TLETVCHDPK LPYHDFILED AASPKCIMKE KKKPGETFFM CSCSSECND NIIFSEE(配列番号117)。Bアイソフォーム中のD118に対応するアスパラギン酸残基の位置を、太字、下線、及び斜体で示す。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングするポリペプチド配列は、TβRIIアイソフォームB(配列番号118)に由来し得、TβRIIエクトドメイン配列(aa24~166)の全部または一部を含み得る。一実施形態では、TGF-βをマスキングするための好適なTβRIIアイソフォームBのポリペプチドは、以下のTβRIIアイソフォームBエクトドメインのaa配列の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または103個のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む:IPPHVQKSVN NDMIVTDNNG AVKFPQLCKF CDVRFSTCDN QKSCMSNCSI TSICEKPQEV CVAVWRKNDE NITLETVCHD PKLPYHDFIL EDAASPKCIM KEKKKPGETF FMCSCSSDEC NDNIIFSEEY NTSNPDLLLV IFQ(配列番号119)。以下で考察されるように、F30、D32、S52、E55、またはD118のうちのいずれか1つ以上(斜体及び太字)は、それらの位置で天然におけるaa以外のアミノ酸(例えば、アラニン)によって置換され得る。TGF-βをマスキングするポリペプチド配列は、D118AまたはD118R置換を有する配列番号119のポリペプチドを含み得る。TGF-βをマスキングする配列は、D118AまたはD118R置換、ならびにF30A、D32N、S52L及び/またはE55A置換のうちの1つ以上を有する配列番号119のペプチドを含み得る。
TβRIIのエクトドメインは、マスキングポリペプチドとして利用され得るが、そのタンパク質の領域は、荷電性パッチ及び疎水性のパッチを有し、それらのパッチが好ましくないpIをもたらして、ポリペプチドを発現する細胞に対して毒性であり得る。加えて、TβRIIエクトドメインを活性TGF-βポリペプチドと組み合わせることは、細胞表面TβRIと組み合わされ、そのシグナル伝達受容体の活性化(例えば、Smad経路を通したシグナル伝達)を引き起こし得る複合体をもたらし得る。TβRIの会合に関与する配列を除去または改変して、TGF-βをマスキングするために使用されるTβRIIエクトドメイン配列を修飾することによって、マスキングされたTGF-βによる、自らの細胞表面ヘテロ二量体TβRI/TβRII複合体を介する以外の、細胞内での意図しない刺激を回避することができる。またTβRIIの修飾により、TGF-β(例えば、TGF-β3)に対するTβRIIの親和性を変化させる(例えば、低下させる)ことができ、それによって、TGF-βの脱マスキングの制御を可能にし、シグナル分子としてのTGF-βの利用可能性を高める。TGF-β(例えば、TGF-β3)に対して最も高い親和性を有するTβR(例えば、TβRII)ペプチドを含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、TGF-β配列を最も強固にマスキングし、同じ効果を達成するためにより高い用量を必要とする。対照的に、TβRIIにおける親和性を低下させるaa置換は、TGF-βポリペプチドを脱マスキングし、低用量で生物学的に有効である。例えば、実施例4を参照されたい。
したがって、TβRIを介したマスキングされたTGF-βポリペプチドによるシグナル伝達のブロック/制限、及び/またはTGF-βに対するマスキングTβRIIポリペプチドの親和性の修飾(例えば、低減)が望ましい場合、TβRIIへの多くの改変を、TβRIIポリペプチド配列に対して組み込み得る。行うことができる修飾には、上述の最大25個のN末端アミノ酸の欠失(例えば、14aa欠失(Δ14)または25aa欠失(Δ25)などの長さが1~25個のaa)、ならびに/またはL27、F30、D32、S49、150、T51、S52、I53、E55、V77、D118、及び/もしくはE119のうちの1つ以上での置換が含まれる。マスキングTβRIIとのTβRI会合の低減及びTGF-βに対する親和性の低減/変化をもたらすマスキングTβRII配列におけるいくつかの特異的修飾には、配列番号119に基づく、L27A、F30A、D32A、D32N、S49A、I50A、T51A、S52A、S52L、I53A、E55A、V77A、D118A、D118R、E119A、及び/またはE119Qのうちのいずれか1つ以上が含まれる。例えば、J.Groppe et al.Mol Cell 29,157-168,(2008)及びDe Crescenzo et al.JMB 355,47-62(2006)を参照されたい。これらの置換がTGF-β3-TβRII及びTβRI-TβRII複合体に及ぼす影響については、図9を参照されたい。N末端Δ25の欠失及び/またはF24での置換(例えば、F24Aの置換)を含む、TβRIIの修飾は、古典的SMADシグナル伝達経路を通じたシグナルを実質的にまたは完全にブロックする。一態様では、成熟型TβRIIBアイソフォーム(配列番号119)の118位(D118)のアスパラギン酸は、AlaなどのAspまたはGlu以外のアミノ酸によって置換され「D118A」置換が生じるか、またはArgによるD118R置換が生じる。D118に対応するAsp残基が、配列番号117~123に(図5Bに太字及び下線付きで)示される。長さが1~25aaのN末端欠失(例えば、Δ25の欠失)及び/またはF24での置換(例えば、F24Aの置換)を、D118置換(例えば、D118AまたはD118R)と組み合わせ得る。また、長さが1~25aaのN末端欠失(例えば、Δ25の欠失)及び/またはF24での置換(例えば、F24Aの置換)を、L27、F30、D32、S49、150、T51、S52、I53、E55、V77、D118、及び/またはE119置換のうちのいずれかでの置換(例えば、D118A)、及び特に、上記の配列番号119のそれらの位置について列挙されている特定の置換、のうちのいずれかと組み合わせて、親和性を改変し得る。
TβRIIポリペプチドのN末端の欠失はまた、TβRIとの相互作用の損失をもたらし得、TβRIIポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物及び複合体が、TβRIシグナル伝達に関与し活性化する構成的活性複合体として作用することを防止し得る。TβRIIポリペプチドの14aa欠失(Δ14)は、タンパク質とTβRIとの相互作用を実質的に低減し、TβRIIのΔ25aa欠失は、TβRIとの相互作用を完全にブロックすると考えられる。N末端の欠失はまた、タンパク質のpIを実質的に変化させ、Δ14 TβRIIエクトドメイン変異体は、約4.5~5.0(例えば、約4.74)のpIを示す。したがって、TGF-β構築物または複合体は、14~25aa(例えば、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25aa)などのN末端欠失を有するTβRIIエクトドメインポリペプチド(例えば、配列番号117または118のポリペプチド)を含み得る。マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βポリペプチドをマスキングするために利用され得る、TβRIとの相互作用を制限するものを含む修飾エクトドメイン配列を、以下の段落に記載する。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、以下のTβRIIアイソフォームBエクトドメイン配列の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または103のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む:IPPHVQKSVN NDMIVTDNNG AVKFPQLCKF CDVRFSTCDN QKSCMSNCSI TSICEKPQEV CVAVWRKNDE NITLETVCHD PKLPYHDFIL EDAASPKCIM KEKKKPGETF FMCSCSSDEC NDNIIFSEE(配列番号120)。F30、D32、S52、E55、またはD118のうちのいずれか1つ以上(斜体及び太字)は、それらの位置で天然に存在するaa以外のアミノ酸(例えば、アラニン)によって置換され得る。一実施形態では、TGF-βをマスキングする配列は、D118A置換を有する配列番号120のペプチドを含む。一実施形態では、TGF-βをマスキングする配列は、D118A置換と、F30A、D32N、S52L、及び/またはE55A置換のうちの1つ以上とを有する配列番号120のポリペプチドを含む。
TβRIと相互作用するマスキングされたTGF-β/TβRII複合体に起因する望ましくない細胞内のシグナル伝達をブロックする、TβRIIのN末端欠失、例えば、14~25aa(例えば、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25aa)の組み合わせは、F30、D32、S52、E55、及び/またはD118のいずれか1つ以上の位置でのTβRIIエクトドメイン置換を含む、他のTβRIIエクトドメイン置換との組み合わせとし得る。欠失及び置換の組み合わせは、マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、細胞の膜結合型TβRI及びTβRII受容体を介する以外の細胞シグナル伝達を引き起こさないことを確実にする。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、以下のTβRIIアイソフォームBエクトドメイン配列の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または103のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む:aas1~14(Δ14)が削除された、TDNNG AVKFPQLCKF CDVRFSTCDN QKSCMSNCSI TSICEKPQEV CVAVWRKNDE NITLETVCHD PKLPYHDFIL EDAASPKCIM KEKKKPGETF FMCSCSSDEC NDNIIFSEE(配列番号121)。F30、D32、S52、E55、またはD118のうちのいずれか1つ以上(斜体及び太字)は、それらの位置で天然に存在するaa以外のアミノ酸(例えば、アラニン)によって置換され得る。一実施形態では、TGF-βをマスキングする配列は、D118A置換を有する配列番号120のペプチドを含む。一実施形態では、TGF-βをマスキングする配列は、D118A置換と、F30A、D32N、S52L、及び/またはE55A置換のうちの1つ以上とを有する、配列番号121のポリペプチドを含む。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、aa1~25(Δ25)が欠失する配列(配列番号122)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または103aaに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む:aas1~25(Δ25)が削除された、QLCKF CDVRFSTCDN QKSCMSNCSI TSICEKPQEV CVAVWRKNDE NITLETVCHD PKLPYHDFIL EDAASPKCIM KEKKKPGETF FMCSCSSDEC NDNIIFSEE(配列番号122)。F30、D32、S52、E55、またはD118のうちのいずれか1つ以上(斜体及び太字)は、それらの位置で天然に存在するaa以外のアミノ酸(例えば、アラニン)によって置換され得る。一実施形態では、TGF-βをマスキングする配列は、D118A置換を有する配列番号122のポリペプチドを含む(図5Bの配列番号123として示す)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、D118A置換と、F30A、D32N、S52L、及び/またはE55A置換のうちの1つ以上とを有する、配列番号122のペプチドを含む。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、D118A及びF30A置換を有する配列番号122のペプチドを含む(図5Bを参照されたい)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、D118A及びD32N置換を有する配列番号122のペプチドを含む(図5Bを参照されたい)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、D118A及びS52L置換を有する配列番号122のペプチドを含む(図5Bを参照されたい)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングする配列は、D118A及びE55Aを有する配列番号122のペプチドを含む(図5Bを参照されたい)。
c.TGF-β受容体III(TβRIII)
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βをマスキングするポリペプチド配列は、TβRIII(例えば、アイソフォームA、配列番号124及びアイソフォームB、125)に由来し得、TβRIIIエクトドメイン(Aアイソフォームのaas27~787またはBアイソフォームの27~786)の全てまたは一部を含み得る。一部の例では、TGF-βをマスキングするのに好適なTβRIIIポリペプチドは、TβRIIIAアイソフォームまたはBアイソフォームのエクトドメイン配列(例えば、配列番号124または配列番号125として、図5Cで提供される)の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または120のaasに対して、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
2.抗体
TGF-β受容体ポリペプチド(例えば、エクトドメイン配列)は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体中のTGF-βポリペプチドに結合し、マスキングするように機能することもできるが、TGF-β配列に結合する他のポリペプチド配列(タンパク質配列)もまた、マスキングポリペプチドとして用いることができる。TGF-βをマスキングするために使用することができる好適なポリペプチドまたはタンパク質配列としては、TGF-βに対する親和性を有する抗体(例えば、TGF-β1、TGF-β2、またはTGF-β3のうちの1つ以上に特異的な抗体)、またはそれらの断片、TGF-βポリペプチドに対する親和性を有するナノボディ、及び特に一本鎖抗TGF-β抗体(例えば、それらのいずれもヒト化し得る)が挙げられる。TGF-βに結合し中和する、scFV抗体を含むいくつかの抗体が報告されている。例えば、米国特許第9,090,685号を参照されたい。本開示に記載される本発明の実施形態及び/または態様を考慮すると、TGF-βポリペプチドをマスキングするために使用されるTβR(例えば、TβRII)配列は、TGF-βポリペプチドに対する親和性を有するマスキング抗体配列(例えば、scFVまたはナノボディ)で置き換えられ得る。例えば、TGF-β受容体配列がTGF-βポリペプチドをマスキングするために使用される、図1のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の各々において、受容体ポリペプチドは、TGF-βポリペプチドに対する親和性を有するマスキング抗体ポリペプチド(例えば、scFVまたはナノボディ)で置き換えられ得る。
抗体(例えば、一本鎖抗体)をマスキングポリペプチドとして使用する潜在的な利点の1つは、それをマスキングされるTGF-βポリペプチド(複数可)のアイソフォームに限定する能力である。例として、TGF-β1に対するメテリムマブ(CAT192)に基づく一本鎖抗体配列(例えば、Lord et al.,mAbs 10(3):444-452(2018))を使用して、TGF-β構築物または複合体中に存在するときに、そのTGF-βアイソフォームをマスキングすることができる。別の実施形態では、TGF-β2に特異的な一本鎖抗体配列を使用して、TGF-β構築物または複合体中に存在するとき、そのTGF-βアイソフォームをマスキングする。別の実施形態では、TGF-β3に特異的な一本鎖抗体配列を使用して、TGF-β構築物または複合体中に存在するとき、そのTGF-βアイソフォームをマスキングする。また、一本鎖抗体は、TGF-βアイソフォームの組合せ(例えば、TGF-β1&TGF-β2、TGF-β1&TGF-β3、及びTGF-β2&TGF-β3からなる群から選択される、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に現れるエクトドメイン配列)に対して特異的であり得る。一本鎖抗体はまた、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するTGF-β1、TGF-β2、及びTGF-β3エクトドメイン配列に対して凡そ特異的であり得る。例えば、WO2014/164709を参照されたい。TGF-βアイソフォームに対する所望の特異性及び親和性を有する抗体及び一本鎖抗体は、標的TGF-βポリペプチド配列に対する親和性を有する抗体の可変領域配列に対するハイブリドーマ及び/または修飾(例えば、組み合わせ修飾)をスクリーニングすることを含む、様々な方法によって調製することができる。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、TGF-β配列(例えば、TGF-β3配列)をマスキングするための一本鎖抗体を含む。そのような一実施形態では、一本鎖アミノ酸配列は、C77S置換(配列番号112参照)を含む配列番号111に示されるTGF-β3に特異的である。
H.リンカー
上述のように、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の任意の2つのエレメントの間に介在するリンカーペプチド/ポリペプチド配列を含むことができる。用語「リンカー」とは言っても、例えば、タンパク質分解に対する保護として、以下のリンカーと同様の配列が、マスキングされたTGF-β構築物または複合体のポリペプチドのN末端及び/またはC末端に配置される場合もある。
好適なリンカー(「スペーサー」とも称される)は、容易に選択することができ、1aa~25aa、3aa~20aa、2aa~15aa、3aa~12aa、4aa~10aa、5aa~9aa、6aa~8aa、または7aa~8aaなどのいくつかの好適な長さのいずれかであり得る。好適なリンカーは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25aaの長さであり得る。好適なリンカーは、25~35aaの長さであり得る。好適なリンカーは、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、または35aaの長さであり得る。好適なリンカーはまた、35~45aaの長さであり得る。好適なリンカーは、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、または45aaの長さであり得る。好適なリンカーは、45~50aaの長さであり得る。好適なリンカーは、45、46、47、48、49、または50aaの長さであり得る。
例示的なリンカーには、グリシンを含むもの、または約2~約50個(例えば、2~4、4~7、7~10、10~20、20~35、または35~50個)の連続するグリシン残基のポリグリシン含有配列、グリシン-セリンポリマー(例えば、(GS)、(GSGGS)(配列番号126)、及び(GGGS)(配列番号127)を含み、nは、少なくとも1つの整数(例えば、1~10、10~20、または20~30)である)、グリシン-アラニンポリマー、またはアラニン-セリンポリマー(例えば、1~10、10~20、または20~30aaの長さを有する)、ならびに当該技術分野で既知の他の可塑性リンカーが挙げられる。グリシンポリマーを使用することもグリシン-セリンポリマーを使用することもでき、Gly及びSerの両方は比較的構造不定であるため、成分間の中性のテザーとして機能することができる。グリシンポリマーを使用することができ、グリシンは、アラニンよりも有意にファイ-プサイ空間を認識評価し、長い側鎖を有する残基よりも大幅に制限が少なくなる(Scheraga,Rev.Computational Chem.11173-142(1992)を参照されたい)。例示的なリンカーは、GGSG(配列番号128)、GGSGG(配列番号129)、GSGSG(配列番号130)、GSGGG(配列番号131)、GGGSG(配列番号132)、GSSSG(配列番号133)などを含むが、これらに限定されない、アミノ酸配列を含み得る。例示的なリンカーは、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回繰り返され得るGGSG(配列番号134)を含むことができる。一部の例では、リンカーは、2回、3回、または4回繰り返され得るアミノ酸配列(GSSSS)(配列番号135)を含む。一部の例では、リンカーは、4回または5回繰り返されるアミノ酸配列(GSSSS)(配列番号135)を含む。例示的なリンカーとしては、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回繰り返され得る(GGGGS)(配列番号136)が挙げられる。一部の例では、リンカーは、1回または2回繰り返されるアミノ酸配列(GGGGS)(配列番号136)を含む。一部の例では、リンカーは、3回または4回繰り返されるアミノ酸配列(GGGGS)(配列番号136)を含む。一部の例では、リンカーは、5、6または7回繰り返されるアミノ酸配列(GGGGS)(配列番号136)を含む。一部の例では、リンカーは、8、9または10回繰り返されるアミノ酸配列(GGGGS)(配列番号136)を含む。
一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の第1のポリペプチドに存在するリンカーポリペプチドは、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の第2のポリペプチドに存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成することができるシステイン残基を含む。一部の例では、例えば、好適なリンカーは、アミノ酸配列GGASGGGGSGGGGS(配列番号137)を含む。
I.例示的なマスキングされたTGF-β構築物及び複合体
上で考察されたように、本開示に記載されるマスキングされたTGF-β構築物及び複合体のいずれにおいても、TGF-βポリペプチド配列に結合してマスキングするマスキングポリペプチドは、様々な形態をとることができる。マスキングペプチドは、抗体、抗体の結合断片、TGF-β(例えば、scFv)に結合する一本鎖抗体またはその一部、またはナノボディであってもよく、そのいずれかはヒト化され得る。マスキングポリペプチドはまた、TGF-βポリペプチド(例えば、TGF-β1、TGF-β2、またはTGF-β3)に結合するのに十分なポリペプチド配列を含むTGF-β受容体断片(例えば、TβRI、TβRII、またはTβRIIIのエクトドメイン配列)であり得る。
上述のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体のいずれにおいても、用いられるTGF-βポリペプチド配列は、TGF-β1、TGF-β2またはTGF-β3に基づき得る。一実施形態では、TGF-βポリペプチドは、TGF-β3配列を含む。完全長の成熟TGF-βタンパク質配列は、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体には必要ではなく、細胞表面TβRIIと相互作用し、マスキングされたTGF-β複合体が細胞表面TβRIIと共にTβRIを動員し、それによってシグナル伝達を開始する(例えば、Smad経路及び非Smad経路を通したシグナル伝達)のに必要なTGF-βの部分のみが必要とされる。
上述のように、マスキングされたTGF-βの送達、またはTβRI及びTβRIIを有する細胞を活性化するその能力には、免疫調節ポリペプチド(MOD)は必須ではないが、MODの存在は、TGF-β細胞活性化の結果に実質的に影響を及ぼし得る。したがって、上記のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体のいずれかへのMODの組み込みは、本明細書に記載のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体の使用からの治療的効果など、様々な効果を得るために使用することができる。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するMODは、PD-L1、Fas-L、4-1BBL、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-21、IL-23、ならびにそれらのco-MODに対する親和性が低減したものを含む、それらのいずれかの変異型からなる群から選択される。
マスキングされたTGF-β構築物及び複合体にMODを組み込むことが望ましい場合もあるが、その存在は全ての場合において必須ではなく、特に、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体がサイトカイン(例えば、1つ以上の独立して選択されるインターロイキン、リンホカイン、インターフェロン、ケモカイン、及び/または腫瘍壊死因子)を含む他の材料と共に投与される場合には必須ではない。例えば、インターロイキン7受容体(例えば、IL-7Ra)の胸腺細胞における発現を促進することによって、従来のCD8+T細胞(または低親和性CD8+T細胞の生存)の発達を支持することが望ましい場合、MODポリペプチドを含まない(「MOD不含有の」)マスキングされたTGF-β構築物及び複合体を用い得る。同様に、強力なアゴニストリガンドによって誘導されるT細胞集団の発生を促進することが望ましい場合、胸腺由来Treg(tTreg)、インバリアントナチュラルキラーT(iNKT)、及びCD8αα+T細胞前駆体の生存をサポートするために、MOD含有またはMOD不含有のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体を用い得る。
以下は、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体の非限定的な例である。
1.マスキングされたTGF-β構築物
マスキングされたTGF-β構築物の場合、構成要素(例えば、TGF-β、足場、TβRII配列等のマスキングポリペプチド、及び任意に1つ以上のMOD)の全ては、単一のポリペプチド鎖の一部である(例えば、図1、構造Aを参照されたい)。そのような実施形態では、足場ポリペプチドは、他の足場ポリペプチドと二量体またはより高次の構造を形成せず、したがって、マスキングされたTGF-β構築物は、ホモ二量体、ヘテロ二量体、またはより高次の多量体構造(三量体など)の形態ではない。
図1のマスキングされたTGF-β構築物の場合、構造Aでは、ポリペプチドは、N末端からC末端まで、任意に、1つ以上のMODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチドに結合しマスキングするポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列と、を含み得る。かかるマスキングされたTGF-β構築物としては、以下のものが挙げられる:
(i)N末端からC末端にかけて、任意に1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチドに結合しTGF-βポリペプチドをマスキングするTβRポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列と、を含むポリペプチド;
(ii)N末端からC末端にかけて、任意に1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチドに結合しTGF-βポリペプチドをマスキングするTβRIIポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列と、を含むポリペプチド;
(iii)N末端からC末端にかけて、1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチドに結合しTGF-βポリペプチドをマスキングするTβRポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列と、を含むポリペプチド;
(iv)N末端からC末端にかけて、1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型IL-2 MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチドに結合しTGF-βポリペプチドをマスキングするTβRポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列と、を含むポリペプチド;
(v)N末端からC末端にかけて、1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチドに結合しTGF-β3ポリペプチドをマスキングするTβRポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチド配列と、を含むポリペプチド;
(vi)N末端からC末端にかけて、1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチドに結合しTGF-β3ポリペプチドをマスキングするTβRIIポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチド配列と、を含むポリペプチド;及び
(vii)N末端からC末端にかけて、1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型IL-2 MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチドに結合しTGF-β3ポリペプチドをマスキングするTβRIIポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチド配列と、を含むポリペプチド。
本明細書に記載のマスキングされたTGF-β構築物のいずれかの例では、TGF-βポリペプチド配列のC77は、二量体化を防止するために置換され得(例えば、C77S置換)、TGF-βポリペプチドは、MOD及びTβRポリペプチド配列の修飾と共に、マスキングTβRポリペプチドに対する親和性を低下させるための変動(例えば、aas25、92、及び/または94のうちの1つ、2つ、または3つ全て)をさらに含み得る。マスキングされたTGF-β構築物に組み込まれ得る例示的なTβRポリペプチド配列としては、TβRI会合(engagement)を減弱させるためのD118AまたはD118R置換を任意に有するΔ14またはΔ25 TβRIIポリペプチドが挙げられる。MOD変異型について、そのポリペプチド配列と共に記載し、またTβRI、TβRII、及びTβRIIIの追加の修飾については上述したとおりである。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、配列番号146に示される配列を有する(図7Aを参照されたい)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、配列番号147に示される配列を有する(図7Bを参照)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、配列番号157に示される配列を有する(図7Gを参照)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、配列番号158に示される配列を有する(図7Hを参照)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、配列番号159に示される配列を有する(図7Iを参照)。
2.マスキングされたTGF-β複合体
マスキングされたTGF-β複合体は、少なくとも2つのポリペプチド、すなわち第1及び第2のポリペプチドを含み、各ポリペプチドは、別の足場ポリペプチドと会合して、第1及び第2のポリペプチドを一緒にして、複合体とする足場ポリペプチドを含む。したがって、TGF-βポリペプチド複合体は、ホモ二量体、ヘテロ二量体、またはより高次の多量体構造を形成する。
(i)第1の例では、マスキングされたTGF-β複合体は、図1の構造Bのように二量体化してホモ二量体(例えば、対称性二量体)を形成することができる足場構造上に組み立てられた、少なくとも1つのTGF-βポリペプチド配列と、1つ以上のTGF-βポリペプチドに結合しマスキングする少なくとも1つのポリペプチド(例えば、各TGF-βポリペプチド配列のマスキング配列)と、任意に、1つ以上の免疫調節ポリペプチド(MOD)と、を含む。かかるホモ二量体において、IgFcポリペプチドは、各構築物の足場内のIgFcポリペプチド間のジスルフィド結合の自発的な形成を可能にすることができ、例えば、補体依存性細胞傷害(CDC)及び抗体依存性細胞傷害(ADCC)を通して細胞溶解を誘導するIgポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異(例えば、本明細書で考察されるLALA変異)を含み得る。
(ii)第2の例では、マスキングされたTGF-β複合体は、
(a)相互特異的二量体化配列を含む足場構造上に組み立てられた、少なくとも1つのTGF-βポリペプチド配列と、1つ以上のTGF-βポリペプチドに結合しマスキングする少なくとも1つのポリペプチド(例えば、各TGF-βポリペプチド配列のマスキング配列)と、任意に、1つ以上の免疫調節ポリペプチド(MOD)とを含む、第1のポリペプチド、ならびに
(b)第1のポリペプチドの相互特異的二量体化配列の相手側となる配列を含む足場構造上に組み立てられた、少なくとも1つのTGF-βポリペプチド配列と、少なくとも1つのTGF-βポリペプチドに結合しマスキングする少なくとも1つのポリペプチドと、任意に、1つ以上の免疫調節ポリペプチド(MOD)とを含む、第2のポリペプチド、を含み、
ここで、第1及び第2のポリペプチドは、図1の構造Cのような相互特異的二量体化配列の相互作用を通してヘテロ二量体を形成する。
(iii)第3の例では、マスキングされたTGF-β複合体は、
(a)相互特異的二量体化配列を含む足場構造上に組み立てられた、少なくとも1つのTGF-βポリペプチド配列と、少なくとも1つ以上のTGF-βポリペプチド(例えば、各TGF-βポリペプチド配列のマスキング配列)に結合しマスキングする少なくとも1つのポリペプチドと、任意に、1つ以上の免疫調節ポリペプチド(MOD)とを含む、第1のポリペプチド、ならびに
(b)第1のポリペプチドの相互特異的二量体化配列の相手側となる配列と、任意に、1つ以上の免疫調節ポリペプチド(MOD)とを含む足場構造を含む第2のポリペプチド、を含み、
ここで、第1及び第2のポリペプチドは、図1の構造Fのような相互特異的二量体化配列の相互作用を通じてヘテロ二量体を形成する。
(iv)第4の例では、マスキングされたTGF-β複合体は、
(a)相互特異的二量体化配列を含む足場構造上に組み立てられた、少なくとも1つのTGF-βポリペプチド配列と、任意に、1つ以上の免疫調節ポリペプチド(MOD)とを含む、第1のポリペプチド、ならびに
(b)第1のポリペプチドの相互特異的二量体化配列の相手側となる配列を含む足場構造上に組み立てられた、少なくとも1つ以上のTGF-βポリペプチドに結合しマスキングする少なくとも1つのポリペプチドと、任意に、1つ以上の免疫調節ポリペプチド(MOD)とを含む、第2のポリペプチド、を含み、
ここで、第1及び第2のポリペプチドは、図1の構造D及びEのような相互特異的二量体化配列を介してヘテロ二量体を形成する。
一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体において(図1、構造B、C及びF)、TGF-βポリペプチド(第1のポリペプチド)を含む配列は、N末端からC末端にかけて、任意に、1つ以上のMODと、(相互特異的結合配列を有するかまたは有さない)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチドに結合しマスキングするポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列と、を含み得る。図1のTGF-β配列を含まないポリペプチド、構造F(第2のポリペプチド)は、相互特異的結合配列を有する足場ポリペプチドを含み、任意に、N末端、C末端、またはN末端及びC末端の両方にMODを含む。
一部の例では、図1の構造D及びEのマスキングされたTGF-β複合体において、TGF-βポリペプチド含有ポリペプチド(第1のポリペプチド)は、N末端からC末端にかけて、1つ以上の任意のMODと、(相互特異的結合配列を有する)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列と、を含み得る。図1の構造D及びEのTGF-β配列を含まないポリペプチド(第2のポリペプチド)は、N末端からC末端にかけて、任意に、1つ以上のMODと、相互特異的結合配列を有する足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチドに結合しそれをマスキングするポリペプチドと、を含み得る。図1には示されていないが、TGF-βポリペプチド配列を含む第1のポリペプチドは1つ以上のMODを含まなくてもよく、マスキング配列を含む第2のポリペプチドは1つ以上のMODを含んでもよい。
上述のマスキングされたTGF-β複合体の例としては、第1のポリペプチドが、N末端からC末端にかけて、以下を含むものが挙げられる:
(i)任意に、1つ以上のMODと、(相互特異的結合配列を有する)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列;
(ii)任意に、1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を有する)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列;
(iii)1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を有する)足場ポリペプチドと、TGF-β1または2ポリペプチド配列;
(iv)1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型IL-2 MODと、(相互特異的結合配列を含まない)足場ポリペプチドと、TGF-βポリペプチド配列;
(v)1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を有する)足場ポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチド配列;
(vi)1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MODと、(相互特異的結合配列を有する)足場ポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチド配列;
(vii)1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型IL-2 MODと、(相互特異的結合配列を有する)足場ポリペプチドと、TGF-β3ポリペプチド配列。各例では、第2のポリペプチドは、N末端からC末端にかけて、第1のポリペプチドの相互特異的結合(二量体化配列)の相手方を含む足場ポリペプチドと、それに続く、第1のポリペプチドのTGF-βポリペプチドに結合しそれをマスキングするTβR(例えば、TβRII)ポリペプチドと、を含む。図1、構造FのようなマスキングされたTGF-β複合体の場合、TβR(例えば、TβRII)ポリペプチドは、N末端MOD(存在する場合)と第1のポリペプチドの足場との間に配置され得、第2のポリペプチドは、第1のポリペプチドの相互特異的結合(二量体化配列)の相手方を含み、そこにおいて、N末端またはC末端に、1つ以上の独立して選択されるwtまたは親和性低減変異型MOD(例えば、wtまたは変異形IL-2 MOD)が結合し得る。
本明細書に記載のマスキングされたTGF-β複合体のいずれかの例では、TGF-βポリペプチド配列のC77は、二量体化(例えば、C77S置換)を防止するために置換され得、TGF-βポリペプチドは、MOD及びTβRポリペプチド配列の修飾と共に、マスキングTβRポリペプチドに対する親和性を低下させるための変動(例えば、aas25、92、及び/または94のうちの1つ、2つ、または3つ全て)をさらに含み得る。マスキングされたTGF-β構築物に組み込まれ得る例示的なTβRポリペプチド配列としては、任意に、D118A置換を有するΔ14またはΔ25 TβRIIポリペプチドが挙げられる。MOD変異型について、そのポリペプチド配列と共に記載し、またTβRI、TβRII、及びTβRIIIの追加の修飾については上述したとおりである。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体は、配列番号148及び149に示される配列を有するポリペプチドを含む(図7Cを参照)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体は、配列番号150及び151に示される配列を有するポリペプチドを含む(図7Dを参照)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体は、配列番号152及び153に示される配列を有するポリペプチドを含む(図7Eを参照)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体は、配列番号155及び156に示される配列を有するポリペプチドを含む(図7Fを参照)。一実施形態では、マスキングされたTGF-β複合体は、配列番号148及び160に示される配列を有するポリペプチドを含む(図7Jを参照)。
J.組織特異的標的部分
本明細書に開示される構築物及び複合体は、構築物及び複合体を体内の特定の組織に標的化することができる部分をさらに含むことができる。そのような標的化部分は、例えば、抗体または抗原結合断片/その一部(例えば、scFv、重鎖ナノボディもしくは軽鎖ナノボディなどのナノボディ、Fab、ダイアボディ、または多量体scFv)を含むことができる。標的化部分は、MODポリペプチド配列と同じ様式及び同じ位置で、本明細書に記載されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体に直接組み込まれ得る。例えば、ナノボディ配列は、MODが図1に現れる構造内に現れる場所のうちの1つを占める位置に位置し得る。代替的に、標的組織に特異的な分子及びマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方を認識する二価分子を使用して、組織特異的標的化を達成することができる。例えば、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、6X Hisタグなどの足場、リンカー、または付加されたアミノ酸配列)及び標的組織に特異的な分子に特異的であるダイアボディなどの二価及び二重特異性抗体構築物(例えば、Holliger et al.PNAS 90:6444-48(1993)を参照)は、組織特異的な標的化を達成することができる。
標的化に使用され得る自己免疫疾患/障害に関与する組織に特異的な分子は、個々の自己免疫疾患/状態に特異的である。例えば、関節リウマチにおける関節特異的標的化は、炎症を起こした関節組織で発現される細胞外マトリックス成分を使用して達成され得る。これらのRA関連細胞外マトリックス成分には、標的化抗体断片(F8)が既に同定されているフィブロネクチン(ED-A)のエクストラドメイン-Aが含まれる。例えば、Bruijnen et al.,Mol.Pharm,6(1):273-281(2019)を参照されたい。テナシンは、別のRA関連標的分子を表す。
粘膜アドレシン細胞接着分子1(MAdCAM-1)は、主に腸粘膜組織において発現され、炎症性腸疾患(IBD)及び/またはクローン病の治療に使用するためのマスキングされたTGF-β構築物または複合体の局在化のための組織特異的標的を表す。同様に、血液脳関門(BBB)特異的タンパク質及び神経組織特異的タンパク質は、MSの治療のための組織特異的標的タンパク質を表す。膵島β細胞特異的タンパク質は、1型糖尿病(T1D)の治療のための組織特異的標的を表す。様々な自己免疫疾患に関連する追加の組織特異的標的タンパク質が、当該技術分野において既知である。
K.核酸
本開示は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。一部の例では、核酸は組換え発現ベクターであり、したがって、本開示は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクターを提供する。一部の例では、核酸は組換え発現ベクターであり、したがって、本開示は、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体をコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクターを提供する。以下の核酸の考察では、本開示のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体をコードする核酸を扱う。
一本鎖抗原提示ポリペプチドをコードする核酸
上述のように、マスキングされたTGF-β構築物は、一本鎖ポリペプチドを含む。したがって、本開示は、一本鎖のマスキングされたTGF-β構築物をコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。一本鎖のマスキングされたTGF-β構築物をコードするヌクレオチド配列を含む核酸は、転写制御エレメント(複数可)、例えばプロモーター、に作動可能に連結することができる。
マスキングされたTGF-β複合体をコードする核酸(複数可)
上記のように、一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体は、少なくとも2つの別個のポリペプチド鎖(第1のポリペプチド鎖及び第2のポリペプチド鎖)を含む。本開示は、マスキングされたTGF-β複合体をコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の個々のポリペプチド鎖は、個々の核酸内でコードされる。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の全てのポリペプチド鎖は、単一の核酸内でコードされる。一部の例では、第1の核酸は、マスキングされたTGF-β複合体の第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第2の核酸は、マスキングされたTGF-β複合体の第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、単一の核酸は、マスキングされたTGF-β複合体の第1及び第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、これは、単一のプロモーターまたは2つの独立して選択されるプロモーターの転写制御下で作用可能に連結され得る。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体の個々のポリペプチド鎖をコードする個々の核酸
上記のように、一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の個々のポリペプチド鎖は、個々の核酸内でコードされる。一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の個々のポリペプチド鎖をコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメント、例えばプロモーター、例えば真核細胞において機能的であるプロモーター、などに作動可能に連結し、該プロモーターは、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターとすることができる。
例えば、本開示は、第1の核酸及び第2の核酸を提供し、第1の核酸は、マスキングされたTGF-β複合体の第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第2の核酸は、マスキングされたTGF-β複合体の第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメントに機能的に連結する。一部の例では、転写制御エレメントは、真核細胞において機能的であるプロモーターである。一部の例では、核酸は、個々の発現ベクター内に存在する。
一部の例では、第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメントに機能的に連結する。一部の例では、転写制御エレメントは、真核細胞において機能的であるプロモーターである。一部の例では、核酸は、個々の発現ベクター内に存在する。
マスキングされたTGF-β複合体内に存在する2つ以上のポリペプチドをコードする核酸
本開示は、マスキングされたTGF-β複合体の第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドを少なくともコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体は、第1、第2及び第3のポリペプチドを含み、核酸は、第1、第2及び第3のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、コードされた第1のポリペプチドと第2のポリペプチドとの間に配置されたタンパク質分解性の切断可能な部位またはリンカーをコードする。一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、コードされた第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドの間に配置された内部リボソーム進入部位(IRES)をコードするヌクレオチドを含む。一部の例では、マスキングされたTGF-β複合体の、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列との間に配置されたリボソームスキッピングシグナル(またはシス作用性加水分解酵素エレメント、CHYSEL)をコードする配列を含む。
一部の例では、第1の核酸(例えば、組換え発現ベクター、mRNA、ウイルスRNAなど)は、マスキングされたTGF-β複合体の第1のポリペプチド鎖をコードするヌクレオチド配列を含み、第2の核酸(例えば、組換え発現ベクター、mRNA、ウイルスRNAなど)は、マスキングされたTGF-β複合体の第2のポリペプチド鎖をコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と第2のポリペプチドをコードする第2のヌクレオチド配列は各々、独立して選択される転写制御エレメント、例えば、真核細胞において機能的であるプロモーターなどのプロモーターなどに作動可能に連結し、プロモーターは、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターであり得る。
組換え発現ベクター
本開示は、核酸を含む組換え発現ベクターを提供する。一部の例では、組換え発現ベクターは非ウイルスベクターである。一部の例では、組換え発現ベクターは、ウイルス性構築物、例えば、組換えアデノ随伴ウイルス性構築物(例えば、米国特許第7,078,387号を参照されたい)、組換えアデノウイルス性構築物、組換えレンチウイルス性構築物、組換えレトロウイルス性構築物、非一体型ウイルスベクターなどである。
好適な発現ベクターとしては、ウイルスベクター(例えば、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、アデノウイルス(例えば、Li et al.,Invest Opthalmol Vis Sci 35:2543 2549,1994、Borras et al.,Gene Ther 6:515 524,1999、Li and Davidson,PNAS 92:7700 7704,1995、Sakamoto et al.,H Gene Ther 5:1088 1097,1999、WO94/12649、WO93/03769、WO93/19191、WO94/28938、WO95/11984、及びWO95/00655を参照されたい)、アデノ関連ウイルス(例えば、Ali et al.,Hum Gene Ther 9:81 86,1998、Flannery et al.,PNAS 94:6916 6921,1997、Bennett et al.,Invest Opthalmol Vis Sci 38:2857 2863,1997、Jomary et al.,Gene Ther 4:683 690,1997、Rolling et al.,Hum Gene Ther 10:641 648,1999、Ali et al.,Hum Mol Genet 5:591 594,1996、Srivastava in WO93/09239、Samulski et al.,J.Vir.(1989)63:3822-3828、Mendelson et al.,Virol.(1988)166:154-165、及びFlotte et al.,PNAS(1993)90:10613-10617を参照されたい)、SV40、単純ヘルペスウイルス、ヒト免疫不全ウイルス(例えば、Miyoshi et al.,PNAS 94:10319 23,1997、Takahashi et al.,J Virol 73:7812 7816,1999を参照されたい)に基づくウイルスベクター、レトロウイルスベクター(例えば、マウス白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、及びラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、鳥類白血病ウイルス、レンチウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、及び乳房腫瘍ウイルスなどのレトロウイルスに由来するベクター)などが挙げられ得るが、これらに限定されない。多数の好適な発現ベクターが当業者に既知であり、その多くは市販されている。
利用される宿主/ベクター系に応じて、構成的及び誘導性プロモーター、転写エンハンサーエレメント、転写ターミネーターなどを含む、いくつかの好適な転写及び翻訳制御エレメントのうちのいずれかが、発現ベクターにおいて使用され得る(例えば、Bitter et al(1987)Methods in Enzymology,153:516-544を参照されたい)。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、制御エレメント、例えばプロモーターなど、の転写制御エレメントに作動可能に連結する。転写制御エレメントは、真核細胞(例えば、哺乳動物細胞)または原核細胞(例えば、細菌細胞または古細菌細胞)のいずれかにおいて機能的であってもよい。一部の例では、DNA標的化RNA及び/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、原核細胞と真核細胞の両方においてDNA標的化RNA及び/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の発現を可能とする複数の制御エレメントに機能的に連結する。
好適な真核細胞プロモーター(真核細胞において機能的なプロモーター)の非限定例としては、サイトメガロウイルス(CMV)前初期、単純ヘルペスウイルス(HSV)チミジンキナーゼ、初期及び後期SV40、レトロウイルス由来長末端反復配列(LTR)、及びマウスメタロチオネイン-Iからのものが挙げられる。適切なベクター及びプロモーターの選択については、十分に当業者のレベルの範囲内である。発現ベクターはまた、翻訳開始用のリボソーム結合部位及び転写ターミネーターを含有していてもよい。発現ベクターはまた、発現を増幅させるための適切な配列を含んでいてもよい。
マスキングされたTGF-β構築物及び複合体を発現する遺伝子改変宿主細胞の調製及びマスキングされたTGF-β構築物及び複合体の精製
本開示は、遺伝子組換え宿主細胞を提供し、その宿主細胞はマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(複数可)で遺伝子組換えされている。
好適な宿主細胞としては、イースト菌細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞などの真核細胞が挙げられる。一部の例では、宿主細胞は哺乳動物細胞株の細胞である。好適な哺乳動物細胞株としては、ヒト細胞株、非ヒト霊長類細胞株、齧歯類(例えば、マウス、ラット)細胞株などが挙げられる。好適な哺乳動物細胞株としては、HeLa細胞(例えば、American Type Culture Collection(ATCC)番号CCL-2)、CHO細胞(例えば、ATCC番号CRL9618、CCL61、CRL9096)、293細胞(例えば、ATCC番号CRL-1573)、Vero細胞、NIH 3T3細胞(例えば、ATCC番号CRL-1658)、Huh-7細胞、BHK細胞(例えば、ATCC番号CCL10)、PC12細胞(ATCC番号CRL1721)、COS細胞、COS-7細胞(ATCC番号CRL1651)、RAT1細胞、マウスL細胞(ATCC番号CCLI.3)、ヒト胎児腎臓(HEK)細胞(ATCC番号CRL1573)、HLHepG2細胞などが挙げられるがこれらに限定されない。
遺伝子組み換え宿主細胞を使用して、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を作製することができる。例えば、遺伝子組換え宿主細胞は、ポリペプチド(複数可)をコードするヌクレオチド配列を含む上記のような発現ベクター(複数可)を宿主細胞に導入し、それによって遺伝子組換え宿主細胞を作製することによって、マスキングされたTGF-β複合体、または一本鎖のマスキングされたTGF-β構築物を作製するために使用することができる。宿主細胞において、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を構成的に発現させることも、または発現を駆動するプロモーター(例えば、CMVプロモーター及びテトラサイクリンへの曝露によって誘導されるテトラサイクリン耐性オペロン)を用いて誘導可能な誘導物質への曝露に応答してそれを発現させることも、なし得る。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体は細胞から得られ、または、ポリペプチド(複数可)がシグナル配列の組み込みによって分泌経路を経過するよう設計されている場合には、細胞培養培地から得られる。タンパク質は、例えば、(硫酸アンモニウムまたはエタノールによる)沈殿、等電点泳動、及び1つ以上の種類のクロマトグラフィー、のうちの1つ以上を含む、当該技術分野で既知の任意の手段によって精製され得る。好適なクロマトグラフィー法としては、サイズベースのクロマトグラフィー分離(例えば、サイズ排除またはゲル浸透)、疎水性相互作用クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、及び親和性クロマトグラフィーが挙げられるが、これらに限定されない。マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、(例えば、足場としての)免疫グロブリンポリペプチド配列を含む場合、プロテインAまたはプロテインGを使用して、マスキングされたTGF-β構築物または複合体をアフィニティ精製し得る。免疫グロブリンポリペプチドが存在しない場合、複合体は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在するポリペプチドを認識する抗体を使用して、または代替的に、mycエピトープ(CEQKLISEEDL配列番号154)などの親和性タグ、「HIS」タグ(二価金属イオン樹脂結合用)、もしくは「FLAG」タグを組み込むことによって、アフィニティ精製され得る。前述の方法のいずれかと組み合わせ得る精製及び/または濃縮ステップでは、実質的に異なる分子量を有する混入物質を除去するために、及び/または精製されたタンパク質を濃縮するために、使用され得る、サイズ限定の半透過性膜(例えば、透析膜または圧力セル)が用いられる。
一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、哺乳動物細胞(例えば、CHO細胞)に導入された核酸配列から発現し、細胞からその培養培地(例えば、無血清培地)に分泌されるよう、分泌経路を標的とするものである。マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、親和性クロマトグラフィーを単独で使用して、またはサイズベースの分離(例えば、サイズベースのクロマトグラフィーまたは膜分離)と組み合わせて使用して、細胞培養培地から精製される。かかる実施形態の特定の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、免疫グロブリン足場(例えば、IgGポリペプチド配列)を含み、その精製は、親和性クロマトグラフィー(例えば、プロテインAまたはG)単独で、またはサイズベースの分離(サイズベースのクロマトグラフィー)と組み合わせて、実施される。
L.組成物
本開示は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を含む組成物(医薬組成物を含む)を提供する。本開示はまた、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含む組成物(医薬組成物を含む)を提供する。
1.マスキングされたTGF-β構築物または複合体を含む組成物
本開示の組成物は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体に加えて、塩、例えば、NaCl、MgCl、KCl、MgSOなど;緩衝剤、例えば、トリス緩衝剤、N-(2-ヒドロキシエチル)ピペラジン-N’-(2-エタンスルホン酸)(HEPES)、2-(N-モルホリノ)エタンスルホン酸(MES)、2-(N-モルホリノ)エタンスルホン酸ナトリウム塩(MES)、3-(N-モルホリノ)プロパンスルホン酸(MOPS)、N-トリス[ヒドロキシメチル]メチル-3-アミノプロパンスルホン酸(TAPS)など;可溶化剤;界面活性剤、例えば、Tween-20などの非イオン性界面活性剤など;プロテアーゼ阻害剤;グリセロールなどのうちの1つ以上を含み得る。
組成物は薬学的に許容される賦形剤を含んでいてもよく、その種類は当該技術分野において周知であり、本明細書で詳細に考察する必要はない。薬学的に許容される賦形剤は、例えば、“Remington:The Science and Practice of Pharmacy”,19th Ed.(1995)または最新版、Mack Publishing Co、A.Gennaro(2000)”Remington:The Science and Practice of Pharmacy”,20th edition,Lippincott,Williams,& Wilkins、Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems(1999)H.C.Ansel et al.,eds 7th ed.,Lippincott,Williams,& Wilkins、及びHandbook of Pharmaceutical Excipients(2000)A.H.Kibbe et al.,eds.,3rd ed.Amer.Pharmaceutical Assoc.
医薬組成物は、i)マスキングされたTGF-β構築物または複合体と、ii)薬学的に許容される賦形剤と、を含むことができる。一部の例では、本医薬組成物は対象への投与に好適であり、例えば、滅菌されている。例えば、一部の実施形態では、本医薬組成物は、ヒト対象への投与に好適であり、例えば、組成物は滅菌されており、検出可能な発熱物質及び/またはその他の毒素を実質的に含まないか、またはかかる検出可能な発熱物質及び/またはその他の毒素が、適用可能な規制機関、例えばUSF&DAによって設定された許容限界内のレベルで存在する。
タンパク質組成物は、その他の成分、例えば、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム、セルロース、グルコース、スクロース、マグネシウム、カーボネート、などを含んでいてもよい。組成物は、生理学的条件に近づけるのに必要な薬学的に許容される補助剤、例えば、pH調整剤及びpH緩衝剤、毒性調整剤など、例えば、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウム、塩酸塩、硫酸塩、溶媒和物(例えば、混合イオン性塩、水、有機物質)、水和物(例えば、水)など、を含有していてもよい。
例えば、組成物としては、水性液剤、粉末形状剤、顆粒剤、錠剤、丸剤、坐剤、カプセル剤、懸濁剤、噴霧剤など、を挙げてもよい。組成物は、以下に記載する様々な投与経路に応じて製剤化されてもよい。
マスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体が利用される(例えば、細胞培養系へ導入される)、または注射剤として組織へと直接(例えば、皮下、腹腔内、筋肉内、リンパ管内、及び/または静脈内)投与される場合、製剤は、即時使用可能な剤形で、または、非水性形態(例えば、再構成可能な保存安定性のある粉末)もしくは水性形態(例えば、薬学的に許容される担体及び賦形剤からなる液体など)として提供され得る。タンパク質含有製剤はまた、投与後における対象タンパク質の血清中半減期を延長する形態で提供され得る。例えば、タンパク質は、コロイド状に調製されるリポソーム製剤として提供され得、あるいは、血清中半減期を延長するためのその他の従来技術を用いて提供され得る。例えば、Szoka et al.1980 Ann.Rev.Biophys.Bioeng.9:467、米国特許第4,235,871号、同第4,501,728号、及び同第4,837,028号を参照されたい。製剤はまた、制御放出形態または徐放形態で提供されてもよい。
一部の例では、組成物は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体と、b)生理食塩水(例えば、0.9%NaCl)と、を含む。一部の例では、組成物は滅菌されている。一部の例では、組成物はヒト対象への投与に好適であり、例えば、組成物は滅菌されており、検出可能な発熱物質及び/またはその他の毒素を実質的に含まないか、またはかかる検出可能な発熱物質及び/またはその他の毒素が許容可能な限度内の量で存在する。それゆえ、本開示は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体と、b)生理食塩水(例えば、0.9%NaCl)と、を含む組成物を提供し、該組成物は滅菌されており、検出可能な発熱物質及び/もしくはその他の毒素を実質的に含まないか、またはそのような検出可能な発熱物質及び/もしくはその他の毒素が許容範囲内の量で存在する。
非経口投与に好適な製剤のその他の例としては、等張性滅菌注射用液剤、酸化防止剤、静菌剤、製剤を目的のレシピエントの血液と等張とする溶質、懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤、及び、防腐剤、が挙げられる。例えば、本医薬組成物は、容器、例えば、注射器などの滅菌容器で提供されてもよい。製剤は、単回用量または複数回用量の密閉容器、例えば、アンプル及びバイアルなどで提供されてもよく、使用の直前において、注射用の滅菌液体賦形剤(例えば、水)の添加のみを必要とするフリーズドライ(凍結乾燥)状態で保存されてもよい。即時注射用液剤及び即時注射用懸濁剤は、滅菌した散剤、顆粒剤及び錠剤から調製してもよい。
製剤中のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の濃度は、重量比で、約0.1%未満(通常は、または少なくとも約2%)から、20%~50%以上(例えば、0.1%~1%、1%~5%、5%~10%、10%~20%、または20%~50%)であり、通常は、主に、液量、粘度、ならびに、選択した特定の投与方法及び患者のニーズに従った患者本位の要因に基づいて選択される。
本開示は、組成物(例えば、液体組成物)を含む容器を提供する。容器は、例えば、注射器、アンプルなどであってもよい。一部の例では、容器は滅菌されている。一部の例では、容器と組成物の両方は滅菌されている。
2.核酸または組換え発現ベクターを含む組成物
本開示は、組成物、例えば、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含む医薬組成物を提供する。多種多様な薬学的に許容される賦形剤は当該技術分野において周知であり、本明細書において詳細に考察される必要はない。薬学的に許容される賦形剤については、例えば、A.Gennaro(2000)”Remington:The Science and Practice of Pharmacy”,20th edition,Lippincott,Williams,& Wilkins、Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems(1999)H.C.Ansel et al.,eds 7th ed.,Lippincott,Williams,& Wilkins、及びHandbook of Pharmaceutical Excipients(2000)A.H.Kibbe et al.,eds.,3rd ed.Amer.Pharmaceutical Assoc.を含む、様々な刊行物に十分に記載されている。
本開示の組成物は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む1つ以上の核酸または1つ以上の組換え発現ベクターと、b)緩衝剤、界面活性剤、酸化防止剤、親水性ポリマー、デキストリン、キレート化剤、懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤、静菌剤、湿潤剤、及び、防腐剤のうちの1つ以上と、を含み得る。好適な緩衝剤としては、例えば、N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)-2-アミノエタンスルホン酸(BES)、ビス(2-ヒドロキシエチル)アミノ-トリス(ヒドロキシメチル)メタン(ビス-トリス)、N-(2-ヒドロキシエチル)ピペラジン-N’3-プロパンスルホン酸(EPPSまたはHEPPS)、グリシルグリシン、N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N’-2-エタンスルホン酸(HEPES)、3-(N-モルホリノ)プロパンスルホン酸(MOPS)、ピペラジン-N,N’-ビス(2-エタン-スルホン酸)(PIPES)、重炭酸ナトリウム、3-(N-トリス(ヒドロキシメチル)-メチル-アミノ)-2-ヒドロキシ-プロパンスルホン酸(TAPSO)、N-トリス(ヒドロキシメチル)メチル-2-アミノエタンスルホン酸(TES)、N-トリス(ヒドロキシメチル)メチル-グリシン(トリシン)、トリス(ヒドロキシメチル)-アミノメタン(トリス)などが挙げられるがこれらに限定されない。好適な塩としては、例えば、NaCl、MgCl2、KCl、MgSO4などが挙げられる。
医薬製剤は、約0.001%~約99%(重量/重量)(例えば、0.001~0.1、0.1~1.0、1.0~10、10~20、20~40、40~80、または80~100重量/重量パーセント)の量で、核酸または組換え発現ベクターを含み得る。以下の製剤の記述において、「本核酸または組換え発現ベクター」は、核酸または組換え発現ベクターを含むものと理解するものとする。例えば、一部の例では、本製剤は、核酸または組換え発現ベクターを含む。
本核酸または組換え発現ベクターは、その他の化合物または化合物の混合物と混合してもよく、それらに封入してもよく、それらにコンジュゲートするかまたは別の方法で結合させてもよく、このような化合物としては、例えば、リポソームまたは受容体標的化分子が挙げられる。本核酸または組換え発現ベクターは、取り込み、分散及び/または吸収を補助する1種以上の成分と製剤内で混合してもよい。
本核酸または組換え発現ベクター組成物は、限定するわけではないが例えば、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、液体シロップ剤、ソフトゲル剤、坐剤、及び浣腸剤などの多くの可能な剤形のいずれかへと製剤化してもよい。本核酸または組換え発現ベクター組成物はまた、水性媒体、非水性媒体、または混合媒体中の懸濁剤として製剤化してもよい。水性懸濁剤は、懸濁剤の粘度を上昇させる物質をさらに含有していてもよく、それらとしては、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール及び/またはデキストランが挙げられる。懸濁剤はまた安定化剤を含有していてもよい。
本核酸または組換え発現ベクターを含む製剤はリポソーム製剤であってもよい。本明細書で使用する場合、用語「リポソーム」とは、1つの球状二重層または複数の球状二重層で配列された両親媒性脂質からなるベシクルのことを意味する。リポソームは、親油性物質と、送達する組成物を含有する水性の内側部とで形成された膜を有するユニラメラまたはマルチラメラベシクルである。カチオン性リポソームは、負に荷電したDNA分子と相互作用して安定した複合体を形成することができる、正に荷電したリポソームである。pH感受性または負に荷電したリポソームは、DNAと複合体を形成するのではなくDNAを取り込むと考えられている。カチオン性リポソームと非カチオン性リポソームの両方は、本核酸または組換え発現ベクターを送達するのに使用することができる。
リポソームとしてはまた「立体安定化」リポソームが挙げられ、本明細書で使用する場合、この用語は、1種以上の特殊な脂質を含むリポソームのことを意味し、それら特殊な脂質をリポソームに組み込むと、このような特殊な脂質を欠くリポソームと比較して向上した循環寿命がもたらされる。立体安定化リポソームの例は、リポソームのベシクル形成脂質部分の一部が、1種以上の糖脂質を含むか、または、ポリエチレングリコール(PEG)部分などの1種以上の親水性ポリマーで誘導体化された、立体安定化リポソームである。リポソーム及びその使用については、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されており、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。
製剤及び組成物はまた、界面活性剤を含み得る。医薬品製品、製剤及びエマルション剤における界面活性剤の使用については、当該技術分野において周知である。界面活性剤及びその使用については、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。
一実施形態では、核酸の効率的な送達を達成するために、様々な浸透促進剤が含まれている。細胞膜間の非親油性薬物の拡散補助に加え、浸透促進剤はまた、親油性薬物の浸透性を向上させる。浸透促進剤は、5つの広範なカテゴリー、すなわち、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート化剤、及び非キレート非界面活性剤、のうちの1つに属するように分類され得る。浸透促進剤及びその使用については、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されており、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。
経口投与用の組成物及び製剤としては、散剤もしくは顆粒剤、マイクロ微粒子剤、ナノ微粒子剤、水もしくは水性媒体中の懸濁剤もしくは液剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、サッシェ剤、錠剤、または、ミニ錠剤、が挙げられる。増粘剤、風味剤、希釈剤、乳化剤、分散助剤、または結合剤が望ましい場合がある。好適な経口製剤としては、1種以上の浸透促進界面活性剤及びキレート化剤と共に本アンチセンス核酸を投与する経口製剤が挙げられる。好適な界面活性剤としては、脂肪酸及び/またはエステルまたはその塩、胆汁酸及び/またはその塩が挙げられるがこれらに限定されない。好適な胆汁酸/塩及び脂肪酸ならびにその使用については、米国特許第6,287,860号においてさらに記載されている。浸透促進剤の組み合わせ、例えば、胆汁酸/塩と組み合わせた脂肪酸/塩も好適である。例示的な好適な組み合わせは、ラウリン酸、カプリン酸、及び、UDCA、のナトリウム塩のものである。更なる浸透促進剤としては、ポリオキシエチレン-9-ラウリルエーテル及びポリオキシエチレン-20-セチルエーテルが挙げられるがこれらに限定されない。好適な浸透促進剤としてはまた、プロピレングリコール、ジメチルスルホキシド、トリエタノールアミン、N,N-ジメチルアセトアミド、N,N-ジメチルホルムアミド、2-ピロリドン及びその誘導体、テトラヒドロフルフリルアルコール、ならびにAZONE(商標)も挙げられる。
M.製剤
好適な製剤については上述したとおりであるが、ここでは組成物は薬学的に許容される等級である(例えば、組成物は薬学的に許容される賦形剤(複数可)及び活性分子を含む)。一部の例では、好適な製剤は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体と、b)薬学的に許容される賦形剤と、を含む。一部の例では、好適な製剤は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む核酸と、b)薬学的に許容される賦形剤と、を含み、一部の例では、該核酸はmRNAである。一部の例では、好適な製剤は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体の第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第1の核酸と、b)マスキングされたTGF-β構築物または複合体の第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第2の核酸と、c)薬学的に許容される賦形剤と、を含む。一部の例では、好適な製剤は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクターと、b)薬学的に許容される賦形剤と、を含む。一部の例では、好適な製剤は、a)マスキングされたTGF-β構築物または複合体の第1のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第1の組換え発現ベクターと、b)マスキングされたTGF-β構築物または複合体の第2のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第2の組換え発現ベクターと、c)薬学的に許容される賦形剤と、を含む。
好適な薬学的に許容される賦形剤については上述したとおりである。
N.方法
マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、T細胞の活性を調節するのに有用である。それゆえ、本開示は、T細胞の活性化を調節する方法を提供し、該方法は、広義には、標的T細胞をマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させることを含む。
1.特定の免疫細胞型の生成、刺激、または阻害を含む、免疫細胞活性の調節方法。
本開示は、TβRI及びTβRIIを発現する細胞の活性を選択的に調節するための方法を提供し、該方法は、細胞(例えば、T細胞、B細胞、及びナチュラルキラー(NK)細胞、マクロファージ、樹状細胞、及び顆粒球を含む先天性細胞)を、マスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させることを含み、T細胞をマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させることにより、エピトープ特異的T細胞の活性が選択的に調節される。一部の例では、接触させることはインビトロで生じる。一部の例では、接触させることはインビボで生じる。マスキングされたTGF-β構築物または複合体を作用させる細胞の活性(例えば、古典的経路、非古典的経路、及び/または下流の遺伝子発現を通じたシグナル伝達)は、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞の対象)と比較して評価され得る。
本開示は、T細胞またはB細胞(例えば、病原性自己反応性T細胞及び/または病原性自己反応性B細胞)の数及び/または活性を低下させる方法を提供し、該方法は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与することを含む。一部の例では、該方法は、制御性T細胞(Treg)の数及び/または活性を増加させ、T細胞またはB細胞(例えば、1つ以上の自己反応性T細胞及び/または1つ以上の自己反応性B細胞)の数及び/または活性を減少させるものであり、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を作用させたT細胞またはB細胞の数及び/または活性の減少は、TGF-βまたは1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞対象)と比較して評価される。
1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の独立して選択される野生型または変異型MODを任意に含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与は、様々な細胞集団に直接的または間接的に影響を及ぼし得る。例として、任意に1つ以上の野生型または変異型IL-2 MODを含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与は、FoxP3+Treg細胞の発達及び/または生存を(インビボまたはインビトロにおいて)直接刺激し得る。TGF-β/IL-2複合体が様々な免疫細胞に与える任意の直接作用に加えて、得られるTreg細胞は、例えば、T細胞活性化の誘導及び/またはT細胞応答のエフェクター段階をブロックし、B細胞活性化を抑制し、及び/またはナチュラルキラー細胞の分化及び/または増殖を阻害することによって、免疫応答を抑制することができる。
a.Treg
(i)tTreg、pTreg、iTreg、及びIL-2を含むTGF-β構築物または複合体
本開示は、胸腺由来Treg(tTreg)及び/または末梢Treg(pTreg)(Tregは、自己反応性T細胞及びB細胞を抑制することができるCD4、FoxP3、及びCD25細胞である)の発達(例えば、増殖)及び/または生存を促進する方法を提供し、該方法は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはCD4+T細胞(例えば、ナイーブCD4+T細胞)と(例えば、組織培養、血液中、または創傷などの特定の組織位置において)接触させることを含む。該方法で投与または接触される1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)の独立して選択されるIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含み得る。投与または接触は、ビタミンD(例えば、ビタミンD3またはその類似体)、レチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)、及び/またはラパマイシン(例えば、ラパマイシンまたはその機能的類似体、例えば、シロリムス、エベロリムスまたはテムシロリムス)の哺乳動物標的(mTOR)の阻害剤の、共投与または細胞との接触と併せて行い得る。したがって、本開示は、FoxpP3+、FoxP3+胸腺由来Treg(tTreg)及び/またはFoxP3+末梢Treg(pTreg)である、誘導された調節T細胞(iTreg)の発達及び/または生存を促進するための方法を提供し、該方法は、任意に、ビタミンDまたはその類似体、レチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)またはその類似体、及び/またはラパマイシンまたはその類似体の存在下で、1つ以上のIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、または、CD4+T細胞(例えば、ナイーブCD4+T細胞)と接触させることを含む。1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を用いた投与または処置の効果は、ベースライン値(例えば、処置前の細胞数)に対して、または、例えばTGF-βまたは1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていないこと以外は同一である試験群などの、処置群(例えば、細胞または対象)と比較して評価され得る。
本開示は、Tregの誘導/増殖を増加させ、Tregを維持し、及び/またはその機能を維持する方法を提供し、該方法は、T細胞(例えば、インビボまたはインビトロのCD4+T細胞)を、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させることを含む。該接触は、接触の前に決定されたベースライン値と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触していない以外は同一の対照群の細胞と比較して、Tregの誘導/増殖を増加させ、Tregを維持し、及び/またはそれらの機能を維持する。本開示は、該方法で使用するための、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を包含し、提供する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上の(例えば、1つ、2つまたは3つ)独立して選択されるIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、図1の構造A、BまたはCに記載される構造を有する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上の(例えば、1つ、2つまたは3つ)独立して選択されるIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、図1の構造DまたはEに記載される構造を有する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上の(例えば、1つ、2つまたは3つ)独立して選択されるIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、図1の構造Fに記載される構造を有する。
本開示は、Tregの誘導/増殖を増加させ、Tregを維持し、及び/またはその機能を維持する方法を提供し、該方法は、T細胞(例えば、インビボまたはインビトロのCD4+T細胞)を、1つ以上(例えば、1つ、2つ、3つ)の独立して選択されるPD-L1もしくはPD-L2 MODポリペプチド配列及び/または変異型PD-L1もしくはPD-L2 MODポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させることを含む。該接触は、接触の前に決定されたベースライン値と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触していない以外は同一の対照群の細胞と比較して、Tregの誘導/増殖を増加させ、Tregを維持し、及び/またはそれらの機能を維持する。本開示は、該方法で使用するための、1つ以上の(例えば、1つ、2つ、または3つ)独立して選択されるPD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列及び/または変異型PD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列を含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を包含し、提供する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のPD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列及び/または変異型PD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列を含む、図1の構造A、B、またはCに記載される構造を有する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のPD-L1 MODポリペプチド配列及び/または変異型PD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列を含む、図1の構造DまたはEに記載の構造を有する。一実施形態では、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のPD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列及び/または変異型PD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、図1の構造Fに記載の構造を有する。独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のPD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列及び/または変異型PD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、Treg(例えば、Tbet+FoxP3+iTreg細胞)の誘導/増殖、Tregの維持、及び/またはその機能の維持のために、IL-2(例えば、プロロイキン(アルデスロイキン)等の組み換えIL-2など)と共に投与され得る。
本開示は、Tregの誘導/増殖を増加させ、Treg(例えば、Treg数)を維持し、及び/またはその機能を維持するための方法を提供し、該方法は、T細胞(例えば、インビボまたはインビトロのCD4+細胞)を、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるIL-2及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列、ならびに1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2 MODポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させることを含む。該接触は、接触の前に決定されたベースライン値と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触していない以外は同一の対照群の細胞と比較して、Tregの誘導/増殖を増加させ、Tregを維持し、及び/またはそれらの機能を維持する。本開示は、該方法で使用するための、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるIL-2 MOD及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列と、1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2ポリペプチド配列とを含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を包含し、提供する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-2 MOD及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列と、1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2ポリペプチド配列と、を含む、図1の構造A、BまたはCに記載される構造を有する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-2 MOD及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列と、1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2ポリペプチド配列と、を含む、図1の構造DまたはEに記載される構造を有する。一実施形態では、マスキングされたTGF-β構築物は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-2 MOD及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列と、1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2ポリペプチド配列と、を含む、図1の構造Fに記載される構造を有する。
T細胞(例えば、ナイーブCD4+細胞)を、1つ以上の独立して選択されるIL-2 MOD及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を単独で、または1つ以上(例えば、1つ、2つ、もしくは3つ)の独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2 MODポリペプチド配列との組み合わせで含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、インビボまたはインビトロ)と接触させることにより、FoxP3及びTreg細胞誘導(例えば、Tbet+FoxP3+iTreg細胞)の発現を増加させることができる。同様に、T細胞(例えば、ナイーブCD4+細胞)を、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるPD-L1またはPDL2及び/または変異型PD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列を単独でまたはIL-2(例えば、組換えヒトIL-2)との組み合わせで含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触(例えば、インビトロまたはインビボ)させることにより、FoxP3及びTreg細胞の誘導(例えば、Tbet+FoxP3+iTreg細胞)の発現を増加させることができる。IL-2と、PD-L1またはPD-L2のいずれかとの両方が細胞に提供される場合、それとの接触により、Tregエンドリソソームアスパラギニルエンドペプチダーゼを低減し得る。TregにおけるFoxp3の不安定化の原因となるエンドリソソームアスパラギニルエンドペプチダーゼの低減は、Treg(例えば、iTreg)の維持をもたらし、それらの機能を維持する。例えば、Francsisco et al.,J Exp.Med.,206(13)3015-3029(2018)and Stathopoulou et al.Immunity 49(2):247-263(2018)を参照されたい。したがって、マスキングされたTGF-β構築物または複合体がIL-2と、PD-L1またはPD-L2と、の両方を含む場合、T細胞との接触により、Treg数の増加のみならず、それらの細胞の安定性及び機能の増加をもたらし得る。
IL-2 MOD(wt及び/または変異体)及び/またはPD-L1及び/またはPD-L2(wt及び/または変異体)ポリペプチド配列を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の接触が、インビボで生じる(またはインビトロで細胞を処理してそれを患者に投与する)場合、該接触は処置を構成するといえる。そのような処置は、個体または個体集団におけるTreg細胞レベルの増加(例えば、iTregの総数、または組織内でのそれらの分画、または血液中での循環)をもたらす。処置はまた、TregにおけるFoxP3のレベルの上昇をもたらし得る。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、wtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2 MODポリペプチド配列(複数可)との組み合わせでwt及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(複数可)を含む場合、PD-L1配列(複数可)を欠く別様に同一のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を用いて、個体または個体集団(例えば、年齢、性別、体重、及び/または疾患状態についてマッチングした)を処置したときに観察されるよりも長い期間、個体または個体集団における増加したTreg細胞レベル(例えば、組織内または血中を循環するiTregの総数またはその画分)が維持される。wtもしくは変異型PD-L1及び/またはPD-L2 MODポリペプチド配列と組み合わせて、wt及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を用いた処置によっても、PD-L1ポリペプチド配列を欠く、別様に同一のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を用いて処置を行ったときに観察されるレベルと比較して、TregにおけるFoxP3のレベルの持続的な上昇をもたらし得る。wtもしくは変異型PD-L1及び/またはPD-L2 MODポリペプチド配列と組み合わせて、wt及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体での処置により、PD-L1 MODポリペプチド配列を欠く別様に同一のマスキングされたTGF-β構築物または複合体で処置した個体(または個体群の平均)のT細胞におけるその酵素の活性と比較して、Treg細胞におけるエンドリソソームアスパラギニルエンドペプチドアーゼの活性の低下をもたらし得る。
T細胞を、wt及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を単独で、またはwtまたは変異型PD-L1及び/またはPD-L2 MODポリペプチド配列との組み合わせで含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体と(例えば、インビトロ、エクスビボ、または個体を処置するプロセスなどのインビボで)接触させるプロセスは、ビタミンDまたはその類似体、レチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)またはその類似体、及び/またはラパマイシンまたはその類似体などのmTOR阻害剤の存在下で、T細胞と接触させることをさらに含み得る。これらの薬剤の存在下での接触は、接触前に決定されたベースライン値と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触していない対照群(例えば、個体群)で測定された値と比較して、Tregのレベル(例えば、Treg表現型を有する細胞の増殖または維持に起因する個体または組織中のTregの数または相対数)を増加させ得る。個体の対照群が用いられる場合、個体は、年齢、性別、及び体重のうちの1つ以上についてマッチングされ得る。個体はまた、民族、アルコール摂取、及び/または喫煙状態についてもマッチングされ得る。
本開示は、1つ以上の対象(例えば、個人または患者)におけるTregの数を増加させるための方法を提供し、該方法は、1つ以上の対象に、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるIL-2 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含み、かつ任意に、1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1もしくはPD-L2 MODポリペプチド配列を含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与することを含み、その投与により、1つ以上の対象におけるTregの数の増加がもたらされる。例えば、(例えば、血液もしくは組織中、または創傷などの位置における)Tregの平均数を、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の個体におけるTregの数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受けなかった対照群と比較して、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも2.5倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、または10倍超増加させることができる。
本開示は、1つ以上の対象(例えば、個人または患者)におけるTregの数を増加させるための方法を提供し、該方法は、1つ以上の対象に、任意でIL-2(例えば、プロロイキン(アルデスロイキン)などの組み換えIL-2)とに組み合わされる、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるwtもしくは変異型PD-L1及び/またはPD-L2ポリペプチド配列を含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与することを含み、その投与により、1つ以上の対象におけるTregの数の増加がもたらされる。例えば、(例えば、血液もしくは組織中、または創傷などの位置における)Tregの平均数は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の個体におけるTregの数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与しなかった対照群と比較して、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも2.5倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、または10倍超増加させることができる。
b.ヘルパーT細胞
(i)Th9細胞、及びIL-4を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体
本開示は、胸腺由来Th9細胞(CD4及びCCR6の発現及びCCR4の欠如を特徴とする、CD4+細胞)の発達及び/または生存を促進するための方法を提供し、該方法は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはCD4+T細胞(例えば、ナイーブCD4+T細胞またはTh2細胞)と接触させることを含む。該方法で投与するかまたは接触させる1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)の独立して選択されるIL-4 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-4 MODポリペプチド配列を含み得る。したがって、本開示は、Th9細胞の発達及び/または生存を促進するための方法を提供し、該方法は、1つ以上のIL-4 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-4 MODポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはナイーブT細胞と接触させることを含み、その投与により個体におけるTh9細胞の数が増加する。例えば、Th9細胞の数(例えば、組織培養、血液、または特定の組織位置における)を、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも2.5倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、または10倍超増加させることができる。
(ii)Th17細胞、及びIL-17を含むTGF-β構築物または複合体
本開示は、Th17細胞(IL-17の産生によって定義されるT細胞)の産生を刺激する方法を提供し、該方法は、少なくとも1つのIL-6または変異型IL-6 MODポリペプチド(例えば、1つ、2つまたは3つのIL-6及び/または変異型IL-6 MODポリペプチド)を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはCD4+T細胞(例えば、ナイーブCD4+T細胞)と接触させることを含む。例えば、(例えば、組織培養、血液、または特定の組織位置における)Th17細胞の数を、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前に存在する数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受けなかった対照群と比較して、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも2.5倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、または10倍を超えて増加させることができる。該方法は、腸粘膜バリア機能の維持に有用であり得、病原性細菌に対する保護(例えば、シトロバクターに対する)、及び好中球及び単球ならびに好中球を動員して細胞外真菌(例えば、粘膜皮膚カンジダ)を攻撃及び破壊するために必要となり得る。
(iii)Tfh細胞、及びIL-21及びIL-23を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体
本開示は、T濾胞ヘルパー(Tfh)細胞(CXCR5発現によって定義されるT細胞)の産生を刺激するための方法を提供し、該方法は、IL-21 MODポリペプチド、IL-23 MODポリペプチド、IL-21の変異型またはIL-23 MODポリペプチドの変異型から独立して選択される少なくとも1つのMODポリペプチド(例えば、1つ、2つまたは3つ)を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはマクロファージに接触させることを含む。例えば、(例えば、組織培養、血液、またはリンパ濾胞などの特定の組織位置における)Tfh細胞の数を、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前に存在する数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受けなかった対照群と比較して、少なくとも5%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも2.5倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、または10倍を超えて増加させることができる。該方法は、抗原特異的抗体応答の発達を支持するのに有用であり得る。
c.Tエフェクター細胞、及びIL-7を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体
(i)IL-7及びCD8+T細胞
本開示は、(例えば、IL-7R(例えば、IL-7Rα)の胸腺細胞における発現を促進することによって)CD4+及び/またはCD8+T細胞の発達(系譜的コミットメント)及び/または生存を促進する方法を提供し、該方法は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、または前駆体CD4+CD8+T細胞と接触させることを含む。該方法で投与するかまたは接触させる1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)の独立して選択されるIL-7 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-7 MODポリペプチド配列を含み得る。したがって、本開示は、(例えば、インターロイキン(IL)-7Rαの胸腺細胞における発現を促進することによって)CD4+またはCD8+系譜にコミットメントされた細胞の発生を促進するための方法を提供し、該方法は、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるIL-7 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-7 MODポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはCD4+及び/またはCD8+細胞前駆体(例えば、CD4+8+T細胞)と接触させることを含み、CD4+及び/またはCD8+細胞の発達及び/または生存は、末梢血液または特定の組織(例えば、胸腺)におけるCD4+及び/またはCD8+細胞数をモニターすることによって評価される。
(i)IL-7及び低親和性T細胞
本開示は、MHCタンパク質によって提示されるペプチドに対して低い親和性を有するT細胞受容体を有するCD4+T細胞及びCD8+T細胞のIL-7依存的生存を促進することによって、末梢T細胞の恒常性を調節する方法を提供する。例えば、Cold Spring Harbor Perspect.Biol.2017;9:a022236及びその引用を参照されたい。該方法は、胸腺細胞のIL-7Rα発現を制御することによって操作し得る。IL-7依存的生存を促進する方法は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与することを含む。投与される1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)の独立して選択されるIL-7 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-7 MODポリペプチド配列を含み得る。したがって、本開示は、末梢T細胞恒常性を調節するための方法を提供し、該方法は、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるIL-7 MODポリペプチド配列及び/または変異型IL-7 MODポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与することを含み、TGF-β構築物または複合体の投与は、投与前のそれらの細胞の数と比較して、対象または対象群における末梢CD4+T細胞及びCD8+T細胞の数を増加させる。
d.マスキングされたTGF-β構築物または複合体、及びIL-10
本開示は、少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)の独立して選択される野生型または変異型IL-10 MODポリペプチド(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)を含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を使用して、2型先天性リンパ細胞(ILC2細胞)を阻害する(例えば、喘息及びアレルギー性炎症を抑制するために、例えば、Rajas et al.,J Allergy Clin Immunol,139(5):1468(2017)、及びOgasawara,et al.,J Allergy Clin Immunol,141(3):1147-1151(2018)を参照されたい)方法を提供する。変異型IL-10 MODポリペプチドは、単量体IL-10ポリペプチドの全部または一部(例えば、上記のヘリックスDとEとの間のヒンジ領域内への5~7aa挿入で置換された配列番号50または51の全部または一部)を含み得る。例えば、Josephson et al.,J.Biol.Chem.275:13552-13557(2000)を参照されたい。II型先天性リンパ系細胞の阻害方法であって、独立して選択される野生型または変異型IL-10 MODのうちの1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)を任意に含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはII型先天性リンパ系細胞に接触させることを含む、方法である。ILC2細胞の阻害は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前の2型サイトカインの量と比較して、またはTGF-βまたは1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない対照群(例えば、対象からの細胞、組織、または体液中)の2型サイトカインの量のいずれかと比較して、ILC2細胞による2型サイトカイン(例えば、IL-3及び/またはIL-13)発現の抑制によって評価される。
TGF-β及びIL-10は、消化管の恒常性を維持する上で重要な役割を果たし、IL-10はTGF-βの上流及び下流の両方で機能する。例えば、IL-10は、粘膜固有層T細胞によるTGF-βの発現及び分泌を誘導することができ、またそれはTGF-bと協働して作用しTreg細胞の分化を促進する。したがって、本開示は、対象における腸内の恒常性及びTreg細胞の分化を維持するための方法を提供し、該方法は、wtまたは変異型IL-10配列、またはIL-2及びIL-10 aa配列の両方を含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与することを含み、そのいずれかまたは両方は、独立して選択されるwtまたは変異型配列であり得る。例えば、Cold Spring Harbor Perspect.Biol.2017;9:a022236及びその引用を参照されたい。
一部の例では、寛容を誘導することが望ましい場合などでは、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する、少なくとも1つのMODポリペプチド(例えば、1つ、2つ、または3つの独立して選択されるMOD)は、少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)の独立して選択される野生型または変異型IL-10 MODポリペプチドを含む。例えば、Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 306:G575-G581(2014)、及びLevings et al.Int Arch Allergy Immunol.129(4):263-76(2002)を参照されたい。変異型IL-10 MODポリペプチドは、単量体IL-10ポリペプチドの全部または一部(例えば、ヘリックスDとEとの間のヒンジ領域内への5~7aa挿入で置換された配列番号50または51の全部または一部)を含むことで、上述のように活性な単量体IL-10を形成し得る。それゆえ、本開示は、wtまたは変異型IL-10配列、またはIL-2及びIL-10ポリペプチド配列の両方を含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与することを含む、対象における寛容を誘導する方法を提供する。代替的に、wtまたは変異型IL-10(例えば、単量体IL-10)配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、wtまたは変異型IL-2ポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と共に(同時にまたは組み合わせて)投与されてもよい。
e.マスキングされたTGF-β構築物または複合体、及びFasL
一部の例では、寛容を誘導するか、またはTエフェクター細胞を抑制することが望ましい場合などでは、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に存在する少なくとも1つのMODポリペプチド(例えば、1つ、2つまたは3つの独立して選択されるMOD)は、Fasリガンド(FasL)ポリペプチド、またはFasリガンドポリペプチドの変異型を含み得る。(例えば、Qiu et.al.J Surg Res.218:180-193(2017)を参照されたい)。上で考察されたように、IL-10または変異型IL-10ポリペプチドはまた、寛容を誘導するために利用され得る。
したがって、本開示は、wtまたは変異型FasLポリペプチド配列を、またはIL-2及びFasLポリペプチド配列の両方を、含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与することを含む、対象における寛容誘導またはTエフェクター細胞の抑制方法を提供する。本開示はまた、寛容の誘導を提供する。代替的に、wtまたは変異型FasL配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体は、wtまたは変異型IL-2ポリペプチド配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と(同時にまたは組み合わせて)投与され得る。
f.他の細胞を調節するための方法
本開示は、インバリアントナチュラルキラーT(iNKT)細胞の発達及び/または生存を支持する方法を提供し、該方法は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の野生型または変異型MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与するか、またはiNKT細胞前駆細胞と接触させることを含む。その場合、発達及び/または生存は、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞または対象)と比較して評価される。
本開示は、マクロファージ(例えば、Toll様受容体リガンドまたはサイトカイン刺激によって活性化されたマクロファージ)を阻害する方法を提供し、該方法は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の野生型または変異型MODを任意に含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはマクロファージと接触させることを含み、その阻害は、TGF-β及び/または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞または対象)と比較して評価される。マクロファージ活性化の活性化及び阻害は、活性化マクロファージによる一酸化窒素産生等の当該技術分野で既知の方法によって評価される。
TGF-βは単球によるH産生を阻害し、フィブロネクチン付着を阻害する単球の化学誘引剤である。例えば、Warwick Davies and Cole,J Immunol.155(6):3186-3193(1995)を参照されたい。したがって、本開示は、単球(例えば、休止した単球)を刺激して遊走を行なわせるための方法を提供し、該方法は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の野生型または変異型MODを任意に含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、または単球と接触させることを含み、その刺激は、TGF-β及び/または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞または対象)と比較して評価される。単球活性化の活性化及び阻害は、H産生及びフィブロネクチン付着の測定を含む、当該技術分野において既知の方法によって評価される。(例えば、単球刺激に応答した)H産生は、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、10倍、20倍、30倍、またはそれ超)減少し得る。
本開示は、(例えば、タイムラプス顕微鏡法またはボイデンチャンバアッセイによって評価される)、組織(例えば、傷害または炎症を起こした組織)内への末梢血単球及び/またはマクロファージ遊走を変化させる、及び/またはマクロファージ及び/または単球付着特性を向上させるための方法を提供し、該方法は、1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の独立して選択される野生型または変異型MODを任意に含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、または骨髄系細胞と接触させることを含み、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞または対象)と比較して、遊走及び/または付着特性が評価される。例えば、一部の例では、TGF-β(例えば、TGF-β1)との細胞または組織の短期的な相互作用は、マクロファージまたは単球の遊走を刺激したが、長期的な曝露はそれらの遊走を低下させている。例えば、Kim et al.Blood,108:1821-1829(2006)、及びXu et al.Bone Research,6(論文2)(2018)を参照されたい。
本開示は、(例えば、タイムラプス顕微鏡法またはボイデンチャンバアッセイによって評価される)化学誘導及び/または肥満細胞の接着特性を増強する方法を提供し、該方法は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の野生型または変異型MODを任意に含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与するか、または肥満細胞と接触させることを含み、化学誘導及び/または接着特性は、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞または対象)と比較して評価される。
本開示は、自己反応性及び/または炎症性T細胞(例えば、Th1、Th2、Th17及び/またはTh22細胞)を調節する方法を包含し、提供する。該方法は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の野生型及び/または変異型MODを任意に含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、または(例えば、インビボまたはインビトロで)T細胞と接触させることを含む。任意に1つ以上の野生型及び/または変異型MODを含むTGF-β構築物または複合体は、かかる炎症性T細胞と直接相互作用し得、及び/または、放出された分子(例えば、サイトカイン/インターロイキン)を介して、または他の細胞集団を介して、かかる細胞に間接的に影響を与え得る。例として、1つ以上の野生型及び/または変異型IL-2 MOD(TGF-β/IL-2複合体)を任意に含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与は、FoxP3+Treg細胞の発達及び/または生存を(インビトロまたはインビボで)直接的に刺激し得る。TGF-β/IL-2複合体とFoxP3Treg細胞をもたらす細胞との直接的な相互作用に加えて、得られるTregは、例えば、T細胞活性化の誘導及び/またはT細胞応答のエフェクター段階をブロックし、B細胞活性化を抑制し、ナチュラルキラー細胞の分化及び/または増殖を阻害することによって、他の細胞に影響を与え得る。Tregによるそのような作用は、限定されないが、IL-10、TGF-βの生産、及び/またはTreg上のCTLA-4の、抗原提示細胞上のB7(B7-1またはCD80/B7-2またはCD86)への結合などを行わせ、それにより、これらの細胞のCD28共刺激と競合させるなど、様々な手段を通じて行われ得る。したがって、本開示は、Th1、Th2、Th17、Th22などの系統に属する自己反応性T細胞及び炎症性T細胞を調節する方法を包含し、提供する。自己反応性細胞は、バイスタンダーT細胞(例えば、バイスタンダーTh1、Th2、及び/またはTh17細胞)の集団であり得る。例えば、セリアック病では、調節されるT細胞として、IL-17A、IL-17F、IL-21、及び/またはIL-22の発現、分泌、及び/または粘膜組織レベルの低下をもたらす、腸粘膜内で見出されるTh17細胞が挙げられる。
本開示は、CD4+Th1細胞の作用を阻害し(例えば、インターフェロンγ及び/またはTNFの分泌を低下させ)、それによってマクロファージを活性化する(例えば、肉芽腫性炎症を含む炎症性疾患の要素である遅延型過敏症または「DTH」における食作用及びマクロファージの関与)方法を包含し、提供する。該方法は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の野生型または変異型MODを任意に含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはCD4+Th1細胞と接触させることを含み、Th1細胞作用の阻害は、TGF-β及び/または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞または対象)と比較した、インターフェロンγ及び/またはTNFの産生によって評価される。
本開示は、CD4+Th2細胞(例えば、低下したIgE、肥満細胞、及び好酸球媒介反応)の作用(活性化)を阻害する方法を包含し、提供するものであり、該方法は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、もしくは3つ以上)の野生型または変異型MODを任意に含む、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を(例えば、それを必要とする対象に)投与すること、またはCD4+Th2細胞と接触させることを含み、Th2細胞作用の阻害(Th2細胞活性化の程度)は、TGF-β及び/またはTGF-βの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体に曝露されていない処置群(例えば、細胞または対象)と比較した、IL-4、IL-5、及び/またはIL-13の産生によって評価される。
2.共刺激ポリペプチドを選択的に送達するための方法
本開示は、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を使用して、1つ以上(例えば、1つ、2つ以上、3つ以上、または4つ以上)の独立して選択されるMOD及び/または変異型MODと共に、マスキングされた形態でTGF-βを送達する方法を提供する。TβRを含む細胞へのMODの送達は、TβRを含有するかまたは含有しない細胞におけるMODとその受容体(co-MOD)との相互作用のために複雑であり得る。マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、TβRに対するマスキングされたTGF-βポリペプチドの有効な親和性と比較して、MODの数及びそれらの対応するco-MODに対する親和性を変化させることによって、細胞を標的とするものとし得る。親和性が低下した変異型MODをマスキングされたTGF-β構築物または複合体に組み込むことにより、TGF-βポリペプチドが結合相互作用に対して、より強く影響を及ぼすか、またはそれを支配することが可能になる。TβRに対して、減少した親和性を有する変異型MOD(それらは依然としてそれらのco-MODを刺激することができる)、及び比較的強い親和性を有するTGF-βポリペプチド、の組み合わせを組み込むことにより、1つ以上のMOD(複数可)を含むマスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、TβR及び対応するco-MOD(複数可)の両方を有する細胞への結合に偏らせる(または選択させる)ことが可能となる。このような組み合わせはまた、TβRを含まないco-MODを担持する細胞のオフターゲット刺激を回避する。
本開示は、TGF-βポリペプチドと、少なくとも1つの変異型MODとの両方を、TβR(例えば、TβRII及び/またはTβRI)と、少なくとも1つの変異型MODに対応するco-MODとをそれらの表面膜上に発現する標的細胞(例えば、インビトロまたはインビボ)に選択的に送達することを提供する。この文脈で使用される場合、「選択的送達」とは、マスキングされたTGF-β構築物または複合体のMODが、TβRを含まない細胞、すなわち「非標的細胞」よりも、TβR(例えば、TβRII及び/またはTβRI)を発現する細胞、すなわち、「標的細胞」に対して数多く、co-MODに送達されることを意味する。
前述に鑑みて、本開示は、TGF-βポリペプチド及び少なくとも1つの変異型MODの両方を、その表面膜上にTβR(例えば、TβRII及び/またはTβRI)及び少なくとも1つの変異型MODに対応する補助MODを発現する標的細胞に選択的に(例えば、インビトロまたはインビボ)送達することを提供し、該方法は、細胞集団を、細胞上に存在するTβRを飽和させるのに不十分な(例えば、細胞上に存在するTβRの70%、60%、50%、40%または30%未満を占める)、少なくとも1つの親和性低減変異型MODを含む一定量のマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させ、(例えば、結合するのに十分な時間)少なくとも1つの親和性低減変異型MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、該細胞と相互作用させることを含む。そのような方法では、(i)少なくとも1つの親和性低減変異型MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体によって結合された、TβR及びco-MODの両方を発現する細胞の数を、少なくとも1つの親和性低減変異型MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体によって結合されたco-MODを発現する細胞の数で割った比率は、(ii)wt.MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体によって結合された、TβR及びco-MODの両方を発現する細胞の数を、wt.MODを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体によって結合されたco-MODを発現する細胞の数で割った比率よりも大きい。
本開示は、標的細胞を、ビタミンD、レチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)、及び/またはラパマイシンの存在下で、任意に、少なくとも1つのwt及び/または変異型IL-2 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体と接触させることを含む、マスキングされたTGF-βポリペプチド及び少なくとも1つのwt及び/または変異型IL-2 MODポリペプチドの両方の、標的細胞への(例えば、インビトロまたはインビボ)送達を提供する。一例では、少なくとも1つのwtまたは変異型IL-2 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-βポリペプチドは、ビタミンD、レチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)、及び/またはラパマイシンのうちのいずれか1つ、任意の2つ、または3つ全ての存在下で送達される。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型IL-6 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の、標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型IL-7 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方の標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型IL-10 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方の標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型IL-15 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方の標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型IL-21 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方の標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型IL-23 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方の標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型PD-L1 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方の標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
本開示は、少なくとも1つの野生型及び/または変異型FasL MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の両方の標的細胞への送達、及び、任意で選択的な(例えば、インビトロまたはインビボでの)選択的送達を提供する。
3.治療または予防方法
本開示は治療及び予防方法を提供し、該方法は、細胞の標的細胞集団の活性を選択的に調節すること及び/または個体を治療することに有効な、有効量のマスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸もしくは発現ベクターを、個体由来の標的細胞集団に(例えば、インビトロまたはインビボ)接触させること、及び/または、個体に投与することを含み得る。標的細胞を個体から分離して(すなわち、インビトロで)処置する場合、細胞またはその子孫の全部または一部を個体に投与し得る。一部の例では、本開示の治療または予防方法は、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む1つ以上の組換え発現ベクターを、それを必要とする個体に投与することを含む。一部の例では、本開示の治療または予防方法は、マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む1つ以上のmRNA分子を、それを必要とする個体に投与することを含む。一部の例では、治療または予防方法は、それを必要とする個体からの標的集団の細胞を、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)と(すなわち、インビトロ)接触させ、それによって接触させた標的集団の細胞を形成することを含み、該方法は、接触させた標的集団の細胞(及び/またはその子孫)の全部または一部を個体に投与することをさらに含む。一部の例では、治療または予防方法は、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、または有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を含む薬学的に許容される組成物を、それを必要とする個体に投与することを含む。有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を含む組成物で治療する(例えば、症状を治癒及び/または改善するために)ことができる症状としては、不十分な数のTreg細胞、または不十分な活性のTreg細胞と関連する症状、自己免疫疾患または障害、アレルギー反応(複数可)、創傷(例えば、皮膚及び/または粘膜創傷)、及び/または火傷が挙げられる。加えて、臓器移植を受ける個体もまた、治療の恩恵を受け得る。
FoxP3+Treg細胞の数が不十分な、またはFoxP3+Treg細胞の活性が不十分な個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、PSM-4033-4039を含む。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)の独立して選択されるIL-2または変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む。IL-2または変異型IL-2 MODの有無に拘わらず、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を、ビタミンD(例えば、1α、25-ジヒドロキシビタミンD3または1α、25-ジヒドロキシコレカルシフェロール)またはビタミンD類似体、ラパマイシン、及び/またはレチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)のうちのいずれか1つ以上の投与前に、投与中(同時または組み合わせ投与中)に、または投与後に、投与し得る。
治療または予防方法は、それを必要とする自己免疫疾患または障害を有する個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上(例えば、1つ、2つまたは3つ)の独立して選択されるIL-2または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、PSM-4033-4039)を含む。第2の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチド配列を含む。1つの例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、少なくとも1つの独立して選択されるIL-2または変異型IL-2 MODポリペプチド配列と、少なくとも1つの独立して選択されるIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチド配列とを含む。第2の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチド配列を含む。本開示の方法で治療することができる自己免疫疾患としては、限定されないが、アジソン病、円形脱毛症、強直性脊椎炎、自己免疫脳脊髄炎、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫に関連する不妊性、自己免疫性血小板減少性紫斑病、水疱性類天疱瘡、クローン病、グッドパスチュア症候群、糸球体腎炎(例えば、半月状の糸球体腎炎、増殖性糸球体腎炎)、甲状腺機能亢進症、橋本甲状腺炎、混合結合織疾患、多発性硬化症、重症筋無力症(MG)、天疱瘡(例えば、尋常性天疱瘡)、悪性貧血、多発性筋炎、乾癬、乾癬性関節炎、慢性関節リウマチ、硬皮症、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス(SLE)、脈管炎及び白斑が挙げられる。一実施形態では、本開示の方法で治療することができる自己免疫疾患は、T1Dである。一実施形態では、本開示の方法で治療することができる自己免疫疾患は、セリアック病である。T1D及び/またはセリアック病はまた、本開示の方法による治療の対象となる自己免疫疾患からも除外され得る。
Th17細胞の欠損を有する個体(例えば、腸内の細菌及び/または真菌感染症に十分に応答することができない個体)に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組み換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)の独立して選択されるIL-6または変異型IL-6 MODポリペプチド配列を含む。治療または予防方法は、腸内の細菌及び/または真菌感染症に十分に応答することができない個体に、有効量の、1つ以上の独立して選択されるIL-6及び/または変異型IL-6ポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、または1つ以上の独立して選択されるIL-6及び/または変異型IL-6ポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。
Th9細胞の欠損を有する個体(例えば、蠕虫感染症に十分に応答することができない個体)に、有効量の、蠕虫感染症に応答するのに十分なマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-4または変異型IL-4 MODポリペプチド配列を含む。治療または予防方法は、蠕虫感染症に十分に応答することができない個体に、有効量の、1つ以上の独立して選択されるIL-4及び/または変異型IL-4ポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、または1つ以上の独立して選択されるIL-4及び/または変異型IL-4ポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。
Tfh細胞の欠損を有する個体(例えば、高親和性抗体を、または十分な量の高親和性抗体を産生することができない個体)に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/または高親和性抗体の産生を増加させるのに十分なマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-21、IL-23、変異型IL-21、または変異型IL-23 MODポリペプチド配列を含む。治療または予防方法は、高親和性抗体を産生することができないか、または高親和性抗体の量が不十分な個体に、有効量の、1つ以上の独立して選択されるIL-21、IL-23、変異型IL-21もしくは変異型IL-23 MODポリペプチド配列を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、または1つ以上の独立して選択されるIL-21、IL-23、変異型IL-21もしくは変異型IL-23 MODポリペプチド配列を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。
対照群と比較して過剰なTh1細胞活性を有する個体(例えば、標的組織または循環中の活性化マクロファージのレベルの上昇及び/またはインターフェロンγ「IFN-γ」のレベルの上昇を有する個体)に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。治療または予防方法は、活性化されたマクロファージのレベルの上昇及び/またはインターフェロンガンマ「IFN-γ」のレベルの上昇(例えば、循環中または標的組織内で)を有する個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含みうる。
対照群と比較して過剰なTh2細胞活性を有する個体(例えば、活性化された肥満細胞のレベルの上昇、及び/または循環もしくは組織局在化するIgEのレベルの上昇を有する個体)に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。治療または予防方法は、活性化された肥満細胞のレベルが上昇した、及び/またはIgE(循環もしくは組織局在化)のレベルが上昇した個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。
自己反応性T細胞(または高親和性T細胞)のT細胞受容体駆動活性化を有する個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。治療または予防方法は、自己反応性T細胞を有する個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。
有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を、(例えば、胸腺細胞IL-7Ra発現の制御による)低親和性CD4+及び/またはCD8+T細胞のIL-7依存性の生存を促進することが望ましい個体に投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-7または変異型IL-7 MODポリペプチド配列を含む。治療または予防方法は、低親和性CD4+及び/またはCD8+T細胞のレベルを十分に維持することができない個体に、有効量の、1つ以上の独立して選択されるIL-7及び/または変異型IL-7ポリペプチドを含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、または1つ以上の独立して選択されるIL-7及び/または変異型IL-7ポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を、投与することを含み得る。
有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を、特定の細胞(例えば、がん細胞、またはがん抗原15-3、27-29、125、がん胚抗原、α-フェトプロテイン及び/またはβ2-マイクログロブリンなどの特定のマーカーを有するがん細胞)のアポトーシスを促進することが望ましい個体に投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のwt.Fasリガンドまたは変異型FasリガンドMODポリペプチド配列を含む。
iTreg(CD4+FoxP3+)細胞を誘導することが望ましい個体(例えば、エフェクターT(Teff)細胞を能動的に抑制するために末梢寛容を誘導することが望ましい、及び/または免疫媒介性組織損傷を阻害することが望ましい個体)に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のwtまたは変異型PD-L1 MODポリペプチド配列を含む。別の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のwt及び/または変異型PD-L1 MODポリペプチド配列と、1つ以上のwt及び/または変異型IL-2 MODポリペプチド配列とを含む。一実施形態において、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、(i)1つの独立して選択されるwtまたは変異型PD-L1 MODポリペプチド配列、及び(ii)1つのwtまたは変異型IL-2 MOD配列を含む。例えば、Francisco et al.,J.Exp.Med.,206(13):3015-3029(2009)を参照されたい。
II型先天性リンパ球(ILC2細胞)を阻害する(例えば、喘息、アレルギー反応、及び/またはアレルギー性炎症を抑制する)ことが望ましい個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチド配列を含む。IL-10または変異型IL-10 MODの有無に拘わらず、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)は、グルコココルチコイド(例えば、デキサメタゾン、プレドニゾンなど)、抗ヒスタミン剤(例えば、ジフェンヒドラミン、クロルフェニラミンなど)、及び/またはエピネフリンの投与前、投与中(同時または組み合わせ投与中)、または投与後に投与され得る。
アレルギー、アレルギー性炎症、及び/またはIgEレベルの上昇(循環または組織局在化)を有する個体に、有効量の、独立して選択される少なくとも1つ(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチドを含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。治療または予防方法は、有効量の、独立して選択されるIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチドを少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ、または3つ)を含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を、IgEレベルの上昇(循環または組織局在化)を有する個体に投与することを含み得る。IL-10または変異型IL-10 MODの有無に拘わらず、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)は、グルコココルチコイド(例えば、デキサメタゾン、プレドニゾンなど)、抗ヒスタミン剤(例えば、ジフェンヒドラミン、クロルフェニラミンなど)、及び/またはエピネフリンの投与前、投与中(同時または組み合わせ投与中)、または投与後に投与され得る。TGF-β及びIL-10は、肥満細胞を活性化する高親和性IgE受容体(Fc1RI)の発現を抑制する働きをし、IL-10はさらに、過剰な肥満細胞活性化及び慢性炎症の発生を防止する働きをする。例えば、Kennedy et al.Journal of Immunology,180(5)2848-2854(2008)を参照されたい。
多発性硬化症と診断されるか、または多発性硬化症を有する個体に、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含む、治療または予防方法。一例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、独立して選択される1つ以上(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチド配列を含む。
少なくとも1つの皮膚または粘膜熱傷を有する個体を治療する方法であって、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を個体に投与することを含む方法。一例では、該方法は、独立して選択される少なくとも1つ(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチドを含む、有効量のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。火傷は、第I度、第II度、または第III度の火傷であり得る。
少なくとも1つの皮膚または粘膜の創傷(表皮または粘膜の摩耗、回避、切開、裂傷、または穿刺)を有する個体を治療する方法であって、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を個体に投与して、創傷閉鎖を加速する(閉鎖までの時間を短縮する)、治癒時間を短縮する、または未治療の創傷と比較して瘢痕形成を低減することを含む方法。一例では、該方法は、有効量の、独立して選択される少なくとも1つ(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-10または変異型IL-10MODポリペプチドを含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、IL-10 MODポリペプチドの有無にかかわらず、TGF-β1ポリペプチドを含む場合、該方法は、以下のうちの1つ以上をさらに含み得る:損傷部位への炎症性細胞の動員;フィブロネクチン、コラーゲン(例えば、I型及び/またはIII型)、及び/またはVEGFなどの細胞外マトリックスタンパク質の発現;創傷閉鎖を可能にするための線維芽細胞の収縮刺激;β1、α5、αv、及びβ5などのインテグリンの創傷部位での発現;ならびに角質細胞の遊走。マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、IL-10 MODポリペプチドの有無にかかわらず、TGF-β2ポリペプチドを含む場合、該方法は、以下のうちの1つ以上をさらに含み得る:循環及び創傷縁からの線維芽細胞及び免疫細胞の両方の創傷部位への動員;コラーゲン(例えば、I型及び/またはIII型)の発現;及びフィブロネクチンの発現。例えば、Pakyari et al Adv Wound Care,2(5):215-224(2013)を参照されたい。このような方法では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、創傷に直接適用されるか、または創傷に注入され得る。
少なくとも1つの皮膚または粘膜の創傷(表皮または粘膜の摩耗、回避、切開、裂傷、または穿刺)を有する個体を治療する方法であって、有効量の、マスキングされたTGF-β(例えば、TGF-β3)構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β3構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組み換え発現ベクター)を個体に投与して、未治療の創傷と比較して瘢痕形成を低減することを含む方法。一例では、該方法は、有効量の、独立して選択される少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ、または3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチドを含む、マスキングされたTGF-β(例えば、TGF-β3)構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β(例えば、TGF-β3)構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。このような方法では、マスキングされたTGF-β(例えば、TGF-β3)構築物または複合体を、創傷に直接適用するか、または創傷に注入し得る。理論に拘束されないが、TGF-β3は、MMP-9によるコラーゲン分解を促進しながら、1型コラーゲン沈着を低減し、瘢痕形成の低下をもたらすものと理解され得る。例えば、Pakyari et al Adv Wound Care,2(5):215-224(2013)を参照されたい。
個体における臓器移植を容易にするための方法であって、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組み換え発現ベクター)を個体に投与して、臓器移植の種類、年齢、性別、喫煙習慣、及び/または体重指数に関して一致した未処置個体における、閉鎖までの平均時間、回復時間または瘢痕形成と比較して、切開閉鎖を高速化する(閉鎖までの時間を短縮する)、回復時間を短縮する、または瘢痕形成を低減するためことを含む方法。一例では、該方法は、有効量の、独立して選択される少なくとも1つ(例えば、1つ、2つまたは3つ)のIL-10または変異型IL-10 MODポリペプチドを含む、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を投与することを含み得る。
移植片対宿主病(急性GVHDを含むGVHD)を有する個体を治療する方法であって、有効量の、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)を、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)を個体に投与することを含む方法。
4.代謝疾患及び障害を治療する方法
本明細書に記載されるマスキングされたTGF-β構築物及び複合体(例えば、PSM-4033-4039)、ならびに/またはマスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)が、代謝疾患及び傷害を治療するために使用され得る。
代謝は、身体が食物を生きた状態で身体を保つ燃料に変換するために使用する、化学プロセスである。栄養(食品)は、タンパク質、炭水化物、及び脂肪からなる。これらの物質は、消化器系内の酵素によって分解され、次いで、それらを燃料として使用することができる細胞に運ばれる。身体は、これらの物質を即時に使用するか、または後で使用するために肝臓、体脂肪、及び筋肉組織に貯蔵するかのいずれかである。遺伝性または後天性のいずれかであり得る代謝障害は、身体の代謝を妨げる障害であり、タンパク質、脂肪、及び炭水化物などの主要栄養素の身体の処理及び分布をマイナスに変化させ得る。代謝障害は、体内の異常な化学反応が正常な代謝プロセスを変化させるときに起こり得る。
遺伝的欠陥によって引き起こされる数百もの遺伝性代謝障害が存在する。例としては、家族性高コレステロール血症、ゴーシェ病、ハンター症候群、クラッベ病、メープルシロップ尿症、異染性白質ジストロフィー、嚢胞性線維症、ミトコンドリア脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作(MELAS)、ニーマン・ピック病、フェニルケトン尿症(PKU)、ポルフィリン症、鎌状赤血球貧血症、テイ・サックス病及びウィルソン病が挙げられる。
後天的である、すなわち、人の一生の間に発症する代謝障害である、後天性代謝障害は、様々な要因から生じ得る。そのような障害としては、例えば、インスリン抵抗性及び/またはインスリン分泌不全から生じ得る2型糖尿病(T2D)及び前T2D、ならびに肥満、前T2D及びT2Dに密接に関連するNAFLDの重症型である非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)を含む非アルコール性脂肪肝疾患(NAFLD)が挙げられる。本明細書に記載されるマスキングされたTGF-β構築物及び複合体(例えば、PSM-4033-4039)、ならびに/またはマスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)が、インスリン抵抗性及び/またはインスリン分泌不全に起因し得る2型糖尿病(T2D)、ならびに非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)を含む非アルコール性脂肪性肝炎(NAFLD)などの代謝疾患及び障害を治療するために使用され得る。
前述の方法のいずれにおいても、別段の定めがない限り、マスキングされたTGF-β構築物または複合体のTGF-βポリペプチドは、前節で考察されたTGF-β1、TGF-β2、またはTGF-β3ポリペプチド、またはその変異型(例えば、TGF-β3C77S変異型、またはTGF-β1もしくはTGF-β2変異型であって、対応する変異制限TGF-βポリペプチド二量体化を有する変異型)であり得る。同様に、TGF-βポリペプチドをマスキングするポリペプチドは、上記のもの(例えば、TGF-βに結合する抗体もしくはその断片、一本鎖抗体、またはTβRIもしくはTβRIIエクトドメイン断片)から選択することができる。
上記のように、一部の例では、本治療または予防方法の実施において、マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、それを必要とする個体にそれ自体として投与される。他の例では、本治療または予防方法の実施において、マスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするヌクレオチド配列を含む1つ以上の核酸が、それを必要とする個体に投与される。したがって、その他の例では、本開示の1つ以上の核酸、例えば、本開示の1つ以上の組換え発現ベクターが、それを必要とする個体に投与される。
O.用量
好適な用量については、様々な臨床学的因子に基づき、主治医またはその他の資格のある医療関係者が決定することができる。医学技術分野においては周知のことではあるが、任意の1名の患者の用量は、患者の大きさ、体表面積、年齢、投与する特定のポリペプチドまたは核酸、患者の性別、投与期間及び投与経路、全身健康、ならびに、同時に投与するその他の薬物、を含む多くの因子によって決まる。マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、用量当たり1ng/kg体重~20mg/kg体重、例えば、0.1mg/kg体重~10mg/kg体重、例えば、0.5mg/kg体重~5mg/kg体重の量で投与され得るが、この例示的な範囲未満またはこの例示的な範囲超の用量も、特に上記の因子を考慮して想定される。レジメンが持続注入である場合、これは、1分当たり体重1キログラム当たり1μg~10mgの範囲であり得る。マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、約1mg/kg体重~50mg/kg体重、例えば、約1mg/kg体重~約5mg/kg体重、約1mg/kg体重~約10mg/kg体重、約5mg/kg体重~約10mg/kg体重、約10mg/kg体重~約15mg/kg体重、約10mg/kg体重~約20mg/kg体重、約15mg/kg体重~約20mg/kg体重、約20mg/kg体重~約25mg/kg体重、約25mg/kg体重~約30mg/kg体重、約30mg/kg体重~約35mg/kg体重、約35mg/kg体重~約40mg/kg体重、または約40mg/kg体重~約50mg/kg体重の量で投与することができる。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の好適な用量は、体重1kg当たり0.01μg~100g、体重1kg当たり0.1μg~10g、体重1kg当たり1μg~1g、体重1kg当たり10μg~100mg、体重1kg当たり100μg~10mg、または、体重1kg当たり100μg~1mgである。当業者は、体液または組織中における投与薬剤の測定滞留時間及び濃度に基づき、投与の反復速度を容易に概算することができる。奏効した治療に続き、患者に維持療法を受けさせて疾患状態の再発を予防することが望ましい場合があり、その場合、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、体重1kg当たり0.01μg~100g、体重1kg当たり0.1μg~10g、体重1kg当たり1μg~1g、体重1kg当たり10μg~100mg、体重1kg当たり100μg~10mg、または、体重1kg当たり100μg~1mgの範囲の維持量で投与される。
症状の重症度、及び、対象の副作用の受けやすさに応じて、特定のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の用量レベルが変化し得るということを、当業者は容易に理解するであろう。任意の化合物の好ましい用量は、当業者が様々な手段を用いて容易に決定することができる。予防的使用のために、用量は、疾患、障害、症状、状態、または後遺症を予防する、その発症を遅延させる、またはその重症度を軽減するために十分となるべきである。「治療的有効量」または「有効量」は、それを必要とし、かつそれが投与される対象(例えば、哺乳動物)において、記述される疾患、障害、または状態を治療する(すなわち、効果的に管理する)か、または予防する(すなわち、その発症の可能性を減少もしくは低減する)ために十分である、マスキングされたTGF-β構築物またはTGF-β複合体の量を意味する。有効量は、上記で考察されるように1つ以上の用量で投与され得る。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターの複数回用量が、投与される。マスキングされたTGF-β構築物または複合体、本開示の核酸、または本開示の組換え発現ベクターの投与頻度は、様々な因子、例えば、症状の重症度などのいずれかに応じて変化し得る。例えば、一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、月に1回、月に2回、月に3回、1週おき(qow)、週に1回(qw)、週に2回(biw)、週に3回(tiw)、週に4回、週に5回、週に6回、1日おき(qod)、毎日(qd)、1日2回(qid)、または1日3回(tid)投与される。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体、本開示の核酸、または本開示の組換え発現ベクターの投与の持続期間、例えば、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを投与する期間は、様々な因子、例えば、患者の応答などのいずれかに応じて変化し得る。例えば、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを、約1日間~約1週間、約2週間~約4週間、約1ヶ月間~約2ヶ月間、約2ヶ月間~約4ヶ月間、約4ヶ月間~約6ヶ月間、約6ヶ月間~約8ヶ月間、約8ヶ月間~約1年間、約1年間~約2年間、もしくは、約2年間~約4年間以上の範囲の期間にわたり投与することができる。
P.投与経路
活性成分(マスキングされたTGF-β構築物または複合体、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクター)は、全身及び局所投与経路に加えて、インビボ法及びエクスビボ法などの、任意の利用可能な方法及び薬物送達に好適な経路を使用して、個体に投与される。
慣習的かつ薬学的に許容される投与経路としては、腫瘍内、腫瘍周囲、筋肉内、気管内、リンパ管内、頭蓋内、皮膚、皮膚内、局所適用、静脈内、動脈内、経直腸、経鼻、経口、ならびに、その他の経腸及び非経口投与経路が挙げられる。必要に応じて、マスキングされたTGF-β構築物または複合体及び/または所望の効果に応じて、投与経路を組み合わせ、または、投与経路を調整し得る。マスキングされたTGF-β構築物または複合体、または、本開示の核酸または組換え発現ベクターを、単回用量または複数回用量で投与し得る。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、静脈内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、筋肉内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、リンパ管内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、局所的に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、腫瘍内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、腫瘍周辺に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、頭蓋内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、皮膚に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、皮下に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、創傷(例えば、皮膚または粘膜の創傷)に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターは、熱傷組織(例えば、皮膚熱傷)に投与される。
一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、静脈内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、筋肉内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、局所的に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、腫瘍内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、腫瘍周辺に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、頭蓋内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、皮膚に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、皮下に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、リンパ管内に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、創傷(例えば、皮膚または粘膜の創傷)に投与される。一部の例では、マスキングされたTGF-β構築物または複合体は、燃焼した組織(例えば、皮膚の火傷)に投与される。
マスキングされたTGF-β構築物または複合体、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、任意の利用可能な一般的な方法、及び、全身または局所経路を含む一般的な薬物の送達に好適な経路を使用して、宿主に投与され得る。一般的に、本開示の方法における使用を検討する投与経路としては、経腸経路、非経口経路、及び、吸入経路が挙げられるが、必ずしもこれらに限定されるものではない。
吸入投与以外の非経口投与経路としては、局所経路、経皮経路、皮下経路、筋肉内経路、眼窩内経路、嚢内経路、脊髄内経路、胸骨内経路、腫瘍内経路、リンパ管内経路、腫瘍周囲経路、及び、静脈内経路、すなわち、消化管を通る以外の任意の投与経路、が挙げられるが必ずしもこれらに限定されるものではない。非経口投与を実施して、マスキングされたTGF-β構築物または複合体、核酸、または組換え発現ベクターの全身または局所送達を実施し得る。全身送達が望まれる場合、投与は通常、浸潤性または全身吸収性の、医薬品製剤の局所または粘膜投与を含む。
Q.治療に好適な対象
本明細書に記載の方法などによる、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)による治療に好適な対象としては、自己免疫疾患、アレルギー反応(複数可)、創傷(例えば、皮膚及び/または粘膜創傷)、及び/または火傷を有する個体(例えば、ヒト)が挙げられる。対象には、さらに、臓器移植を受ける個体が含まれる。ヒトに加えて、対象としては、非ヒト哺乳動物が挙げられ、ウシ、イヌ、ヤギ、オナガザル、ネコ、ラパイン、ラパイン、ネズミ、ヒツジ、ブタ、またはサルの対象または治療を必要とする患者を含むが、これらに限定されない。
自己免疫疾患または状態を有し、マスキングされたTGF-β構築物または複合体(例えば、PSM-4033-4039)での治療に適している対象(個体)であって、自己免疫疾患または状態を有すると診断された個体、及び自己免疫疾患または状態の治療を受けたが、治療に応答しなかった個体を含む対象(個体)。本開示の方法で治療することができる自己免疫疾患及び症状としては、限定されないが、アジソン病、円形脱毛症、強直性脊椎炎(自己免疫脳脊髄炎)、自己免疫大腸炎、自己免疫胃炎、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫に関連する不妊性、自己免疫膵臓炎、自己免疫網膜症、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫じんま疹、水疱性類天疱瘡、セリアック病、クローン病、グッドパスチュア症候群、糸球体腎炎(例えば、半月状の糸球体腎炎、増殖性糸球体腎炎)、グラフトvs.host疾患(GVHD(急性GVHDを含む))、甲状腺機能亢進症、橋本甲状腺炎、炎症性腸疾患、混合結合織疾患、多発性硬化症、重症筋無力症(MG)、天疱瘡(例えば、尋常性天疱瘡)、悪性貧血、多発性筋炎、乾癬、乾癬性関節炎、慢性関節リウマチ、硬皮症、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス(SLE)、移植拒否、タイプ-1糖尿病(T1D)、脈管炎及び白斑が挙げられる。一実施形態では、自己免疫疾患は、T1Dである。一実施形態では、自己免疫疾患は、セリアック病である。T1D及び/またはセリアック病を有する個体は、治療に好適な対象から除外され得る。同様に、T1D及び/またはセリアック病は、治療の対象となる自己免疫疾患から除外され得る。
一実施形態において、本開示の方法で治療することができる自己免疫疾患及び症状としては、リウマチ性関節炎(RA)、乾癬/乾癬性関節炎、多発性硬化症、炎症性腸疾患、アジソン病、グレイブス病、シェーグレン症候群、橋本甲状腺炎、重症筋無力症、自己免疫性血管炎、及び有害貧血が挙げられるが、これらに限定されない。
アレルギー反応を有する対象は、アレルゲンの数が多すぎて言い尽くすことができないため、アレルゲンによって容易に分類することができない。しかしながら、例として、アレルギー反応(複数可)を有する対象(例えば、以前にそのアレルギーで治療されたことがあるか、または治療されたことがない個体)としては、ピーナッツ及び木の実、植物の花粉、ラテックスなどに対する反応を有する対象が含まれる。例えば、ピーナッツアレルゲンへのアレルギー反応を有する対象としては、7つのタンパク質ファミリーに由来するAra h 1~13タンパク質への反応を有する対象が挙げられ、Ara h 1(例えば、PGQFEDFF(配列番号161)、YLQGFSRN(配列番号162)、FNAEFNEIRR(配列番号163)、QEERGQRR(配列番号164)、DITNPINLRE(配列番号165)、NNFGKLFEVK(配列番号166)、GNLELV(配列番号167)、RRYTARLKEG(配列番号168)、ELHLLGFGIN(配列番号169)、HRIFLAGDKD(配列番号170)、IDQIEKQAKD(配列番号171)、KDLAFPGSGE(配列番号172)、KESHFVSARP(配列番号173)、NEGVIVKVSKEHVEELTKHAKSVSK(配列番号174)、Ara h 2(例えば、HASARQQWEL(配列番号175)、QWELQGDRRC(配列番号176)、DRRCQSQLER(配列番号177)、LRPCEQHLMQ(配列番号178)、KIQRDEDSYE(配列番号179)、YERDPYSPSQ(配列番号180)、SQDPYSPSPY(配列番号181)、DRLQGRQQEQ(配列番号182)、KRELRNLPQQ(配列番号183)、QRCDLDVESG(配列番号184)、及びAra h 3(例えば、IETWNPNNQEFECAG(配列番号185)、GNIFSGFTPEFLAQA(配列番号186)、VTVRGGLRILSPDRK(配列番号187)、DEDEYEYDEEDRRRG(配列番号188)が挙げられる。例えば、Zhou et al,(2013)Intl.J.of Food Sci.2013:8 pages article ID 909140を参照されたい。アレルギー反応を有する対象には、ハイメノプテラタンパク質(例えば、ホスホリパーゼA2、メリチン、ワスプ毒に見られる「抗原5」、及びヒアルロニダーゼなどのミツバチ及びワスプ毒のアレルゲン)に対する反応を有する対象も含まれる。
創傷を有する対象には、皮膚または粘膜の擦過、剥離、切開、裂傷、及び穿刺を有する個体が含まれる。臓器移植を有する対象は、その性質上、それらの創傷タイプのうちの1つ以上を有することが理解され得る。
V.特定の態様
上記に記載されるTGF-β構築物または複合体を対象とした主題の態様を含む、特定の態様は、単独で、またはTGF-β構築物及び複合体を対象とした以下に列挙される態様などの1つ以上の他の態様、それらの製造方法、及び(例えば、治療薬としての)それらの使用方法と組み合わせて、有益であり得る。
1.第1のポリペプチドとして、
i)足場ポリペプチド配列と、
ii)TGF-βポリペプチド配列と、
iii)マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列)と、
iv)任意に、1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
v)任意に、(例えば、前述のポリペプチド配列のいずれかの間の)1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含む、構築物であって、
これらのエレメントを含む構築物が、「マスキングされたTGF-β構築物」と総称され、マスキングポリペプチド配列(例えばTGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列)及びTGF-βポリペプチド配列が、互いに結合する(互いに相互作用してTGF-βポリペプチド配列をマスキングする)、構築物。例えば、図1の構造Aを参照されたい。
2.第1のポリペプチドが、N末端からC末端まで順番に、
i)足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、及びTGF-βポリペプチド配列、または
ii)第1のMODポリペプチド配列、足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、及びTGF-βポリペプチド配列、または
iii)第1の独立して選択されるMODポリペプチド配列、第2の独立して選択されるMODポリペプチド配列(タンデムでのMOD)、足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、及びTGF-βポリペプチド配列、を含み、
マスキングされたTGF-β構築物が、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を(例えば、前述のポリペプチド配列のいずれかの間に)含む、態様1のマスキングされたTGF-β構築物。
3.足場ポリペプチドが、二量体化(または多量体化)配列を含む、態様1または態様2のマスクTGF-β構築物。
4.足場ポリペプチド配列が、任意に、1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)の共有結合(例えば、ジスルフィド結合)を互いに有し(例えば、第1のポリペプチドとしてのマスキングされたTGF-β構築物の第1の分子が、それらの足場ポリペプチド配列の共有または非共有相互作用を通して第2のポリペプチドとしてマスキングされたTGF-β構築物の第2の分子と二量体化されて、ホモ二量体を形成し)、任意に、足場が、補体依存性細胞傷害性(CDC)及び/または抗体依存性細胞傷害性(ADCC)を通して、細胞溶解を誘導するIgポリペプチドの能力を実質的に低減または除去する変異(例えば、LALA変異)を含むIgFcポリペプチドを含む、マスキングされたTGF-β複合体ホモ二量体の形態における、態様3のマスキングされたTGF-β構築物。例えば、図1の構造Bを参照されたい。
5.足場ポリペプチドが、相互特異的二量体化配列(例えば、ホモ二量体化とは対照的に、その対応する相互特異的結合配列と優先的に二量体化する二量体化配列)を含む、態様1~3のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物。例えば、図1の構造C及びFを参照されたい。
6.第1のポリペプチドと二量体化されて、マスキングされたTGF-β複合体ヘテロ二量体を形成する、第2のポリペプチドをさらに含み、
第2のポリペプチドが、第1のポリペプチドの相互特異的結合配列に対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、相互特異的結合配列及び対応する相互特異的結合配列が、ヘテロ二量体において互いに相互作用する、態様5のマスキングされたTGF-β構築物。
7.第2のポリペプチドが、
(i)対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、
(ii)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列(例えば、タンデム)、及び対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、
(iii)対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及び1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、または
(iv)2つ以上の独立して選択されるMOD配列(例えば、タンデム)、対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、を含み、
第1及び/または第2のポリペプチドが、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を(例えば、前述のポリペプチド配列のいずれかの間に)含む、態様6のマスキングされたTGF-β複合体。例えば、図1の構造Fを参照されたい。
8.第2のポリペプチドが、N末端からC末端まで、
(i)対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、
(ii)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列(例えばタンデム)、及び対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、
(iii)対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及び1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、または
(iv)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及び1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、を含み、
第1及び/または第2のポリペプチドが、任意に1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を(例えば、前述のポリペプチド配列のいずれかの間に)含む、態様6または7のマスキングされたTGF-β複合体。例えば、図1の構造Fを参照されたい。
9.第2のポリペプチドが、
(i)任意に、1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上の)独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
(ii)対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列と、
(iii)TGF-βポリペプチド配列と、
(iv)マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列)と、
(v)任意に、(例えば、第2のポリペプチドの前述のポリペプチド配列のいずれかの間の)1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列)及びTGF-βポリペプチド配列が、互いに結合する(互いに相互作用してTGF-βポリペプチド配列をマスキングする)、態様6のマスキングされたTGF-β複合体。例えば、図1の構造Cを参照されたい。
10.第2のポリペプチドが、N末端からC末端まで順番に、
(i)対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、及びTGF-βポリペプチド配列、
(ii)第1のMODポリペプチド配列、対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、及びTGF-βポリペプチド配列、または
(iii)第1の独立して選択されるMODポリペプチド配列、第2の独立して選択されるMODポリペプチド配列、対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、及びTGF-βポリペプチド配列、を含む、態様9のマスキングされたTGF-β複合体ヘテロ二量体。例えば、図1の構造Cを参照されたい。
11.ヘテロ二量体(または多量体)としての、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドを含む複合体であって、
(i)第1のポリペプチドが、
a)相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列と、
b)マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列)と、
c)任意に、1つ以上(例えば1つ、2つ以上)の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
d)任意に、(例えば、第1のポリペプチドの前述のポリペプチド配列のいずれかの間の)1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
(ii)第2のポリペプチドが、
a)第1のポリペプチド中の相互特異的二量体化配列に対応する相互特異的二量体化配列を含む、足場ポリペプチド配列と、
b)TGF-βポリペプチド配列と、
c)任意に、1つ以上(例えば1つ、2つ以上)の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
d)任意に、(例えば、第2のポリペプチドの前述のポリペプチド配列のいずれかの間の)1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
これらのエレメントを含む複合体が、「マスキングされたTGF-β複合体」と総称され、マスキングポリペプチド配列(例えばTGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列)及びTGF-βポリペプチド配列が互いに結合し(互いに相互作用してTGF-βポリペプチド配列をマスキングし)、
相互特異的結合配列及び対応する相互特異的結合配列が、ヘテロ二量体において互いに相互作用(例えば、非共有結合)し、
マスキングされたTGF-βの第1のポリペプチド及び/または第2のポリペプチドが、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を(例えば、それらのポリペプチド配列のいずれかの間に)含む、複合体。例えば、図1の構造D及びEを参照されたい。
12.第1のポリペプチドが、N末端からC末端まで、
a)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及びマスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、または
b)相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、マスキングポリペプチド配列(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド配列)、を含み、
第2のポリペプチドが、N末端からC末端まで、1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及びTGF-βポリペプチド配列を含む、態様11のマスキングされたTGF-β複合体二量体。
13.足場ポリペプチド配列(複数可)が、Ig Fcポリペプチド配列(例えば、CH2-CH3領域配列)、Ig重鎖領域1(CH1)ドメイン、軽鎖定常領域(「CL」)(例えば、Igκ鎖(カッパ鎖)定常領域またはIgλ鎖(ラムダ鎖))、ロイシンジッパーポリペプチド配列、FosまたはJun結合対配列、コレクチンポリペプチド(例えば、ACRP30またはACRP30様タンパク質)、コイルドコイルドドドメイン、及び前述のいずれかの変異型(例えば、表1のノブインホール及び他の相互特異的配列)からなる群から選択される、態様1~12のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
14.足場ポリペプチド配列(複数可)が、Ig Fcポリペプチド配列(免疫グロブリン配列)、Ig重鎖配列(例えば、CH2-CH3領域配列)、Ig重鎖領域1(CH1)ドメイン、軽鎖定常領域(「CL」)(例えば、Igκ鎖(カッパ鎖)、及び前述のいずれかの変異型からなる群から選択される、態様1~13のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。一実施形態では、足場ポリペプチドは、MD13置換を有するIgCH1ドメインまたはMD13置換を有するIgκ鎖配列から選択される。
15.免疫グロブリン配列が、配列番号68~83または85~87のうちのいずれかに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む、態様14のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。例えば、図2A~2H及び2J~2Kを参照されたい。(免疫ブロブリン配列は、二量体を、また図2HのようなIgM配列の場合、多量体を形成することができる)。
16.免疫グロブリン配列が、配列番号68~83のうちのいずれかに対して少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する免疫グロブリン重鎖配列を含む、態様15のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。例えば、図2A~2Hを参照されたい。(免疫ブロブリン配列は、二量体を、また図2HのようなIgM配列の場合、多量体を形成することができる)。
17.足場ポリペプチド配列が、相互に1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)の共有結合を有する、態様4及び6~16のいずれか1つのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
18.1つ以上の共有結合のうちの少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ以上)が、第1のポリペプチドの足場ポリペプチド配列と第2のポリペプチドの足場ポリペプチド配列との間のジスルフィド結合である、態様17のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
19.足場配列が、1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)のジスルフィド結合によって任意に共有結合した、CH2-CH3免疫グロブリン領域を含む免疫グロブリン重鎖定常領域(IgFc)ポリペプチド配列である、態様14~18のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
20.足場ポリペプチドが、i)相互特異的免疫グロブリン(Ig)重鎖配列、ii)Ig CH1ドメイン、iii)Ig軽鎖定常領域(「CL」)(例えば、Igκ鎖(カッパ鎖)またはIgλ鎖(ラムダ鎖)定常領域)、及び(iv)Fos/Jun結合対のポリペプチドからなる群から選択される、相互特異的二量体化配列を含む、態様5のマスキングされたTGF-β構築物。一実施形態では、足場ポリペプチドは、MD13置換を有するIg CH1ドメインまたはMD13置換を有するIgκ鎖配列から選択される相互特異的二量体化配列を含む。
21.相互特異的結合配列が、配列番号68~82または85~87のうちのいずれかに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む、態様20のマスキングされたTGF-β構築物。例えば、図2A~2G及び2J~2Kを参照されたい。
22.第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドの足場ポリペプチドが、(i)相互特異的免疫グロブリン(Ig)重鎖配列(例えば、重鎖CH1~CH2領域)、(ii)Ig CH1ドメイン及びその対応する相互特異的軽鎖定常領域(「CL」)のうちの1つ(例えば、Igκ鎖(カッパ鎖)定常領域)、(iii)Fos/Jun結合対、ならびに(iv)Ig重鎖領域1(CH1)及びλ Ig軽鎖定常配列からなる群から選択される一対の配列を含む、相互特異的二量化配列及び対応する相互特異的二量化配列を含む、態様6~12のいずれかのマスキングされたTGF-β複合体。足場の一実施形態では、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドの足場ポリペプチドは、MD13置換を有するIg CH1ドメイン及びMD13置換を有するIgκ鎖配列を含む、相互特異的二量体化配列及び対応する相互特異的二量体化配列対を含む。
23.足場ポリペプチド配列が、相互に1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)の共有結合を有する、態様22のマスキングされたTGF-β複合体。
24.1つ以上の共有結合のうちの少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ以上)が、第1のポリペプチドの足場配列と第2のポリペプチドの足場配列との間のジスルフィド結合である、態様22のマスキングされたTGF-β複合体。
25.足場配列が、(第1のポリペプチドと第2のポリペプチドとの間の)1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)のジスルフィド結合によって任意に共有結合されるCH2-CH3免疫グロブリン領域を含む免疫グロブリン重鎖定常領域(IgFc)ポリペプチド配列である、態様22~24のいずれかのマスキングされたTGF-β複合体。
26.相互特異的結合配列及び/または対応する相互特異的結合配列が、配列番号68~82、または85~87のいずれかに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む、態様22~25のいずれかのマスキングされたTGF-β複合体。例えば、図2A~2G及び2J~2Kを参照されたい。
27.免疫グロブリン配列が、配列番号68~83のいずれかに対して少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する免疫グロブリン重鎖配列を含む、態様26のマスキングされたTGF-β複合体。例えば、図2A~2Hを参照されたい。(免疫ブロブリン配列は、二量体を、また図2HのようなIgM配列の場合、多量体を形成することができる)。
28.任意に、相互特異的二量体化配列及び/または対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、足場ポリペプチド配列が、図2A(配列番号68)に示されるIgA Fc配列の少なくとも150個の連続するaas(少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、少なくとも250、少なくとも275、少なくとも300、少なくとも325、もしくは少なくとも350個の連続するaas)、または全てのaasに対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%)のaa配列同一性を有する、態様1~27のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
29.任意に、相互特異的二量体化配列及び/または対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、(i)足場ポリペプチド配列が、図2B(配列番号69)に示されるIgD Fc配列の少なくとも150個の連続するaas(少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、少なくとも250、少なくとも275、少なくとも300、少なくとも325、または少なくとも350個の連続するaas)、または全てのaasに対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%)のaa配列同一性を有するか、
(ii)足場ポリペプチド配列が、図2C(配列番号70)に示されるIgE Fc配列の少なくとも125個の連続するaas(少なくとも150、少なくとも175、もしくは少なくとも200個の連続するaas)、または全てのaasに対して、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%のaa配列同一性を有する配列を含む、態様1~27のいずれかのマスクTGF-β構築物または複合体。
30.任意に、相互特異的二量体化配列及び/または対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、足場ポリペプチド配列が、図2Dに示されるIgG1 Fc配列(配列番号71~78)などのIgG Fcポリペプチド配列の少なくとも125個の連続するaas(少なくとも150、少なくとも175、もしくは少なくとも200個の連続するaas)、または全てのaasに対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%)のaa配列同一性を有する、態様1~27のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
31.任意に、相互特異的二量体化配列及び/または対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、足場ポリペプチド配列が、図2E(配列番号79)に示されるIgG2 Fcポリペプチド配列の少なくとも125個の連続するaas(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、少なくとも250、少なくとも275、もしくは少なくとも300個)、または全てのaasに対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%)のaa配列同一性を有する、態様1~27のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
32.任意に、相互特異的二量体化配列及び/または対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、足場ポリペプチド配列が、図2F(配列番号80)に示されるIgG3 Fc配列の少なくとも125個の連続するaas(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、もしくは少なくとも225個)、または全てのaasに対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%)のaa配列同一性を有する、態様1~27のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
33.任意に、相互特異的二量体化配列及び/または対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、足場ポリペプチド配列が、図2G(配列番号81または82)に示されるIgG4Fc配列の少なくとも125個の連続するaas(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、少なくとも225、もしくは少なくとも250個)、または全てのaasに対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%)のaa配列同一性を有する、態様1~27のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
34.第1のポリペプチドと第2のポリペプチドとの間の1つまたは2つの鎖間ジスルフィド結合を(例えば、IgA、IgD、IgE、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4配列のそれらのヒンジ領域に隣接するシステイン間に)含む、態様27~33のいずれかのマスキングされたTGF-β複合体。
35.1つ以上の足場ポリペプチドが、補体成分1q(C1q)及び/またはFcラムダ受容体(FcλR)へのポリペプチドの結合を制限(例えば、低減)し、及び/または補体依存性細胞傷害性(CDC)及び/もしくは抗体依存性細胞傷害性(ADCC)を通して細胞溶解を誘導するIgポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する、1つ以上の置換を有する免疫グロブリン(Ig)ポリペプチド配列を含む、態様1~34のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
36.各足場ポリペプチドが、wt.IgG1 Fc配列(配列番号71)の125個の連続するaas(少なくとも150、少なくとも175、少なくとも200、または少なくとも220個の連続するaas)のaa配列に対して、少なくとも約70%(例えば、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または100%)のaa配列同一性を有するポリペプチドを含む免疫グロブリン(Ig)ポリペプチド配列を含む、態様35のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
37.Igポリペプチド配列が、aas234、235、236、237、238、及び239(234-LLGGPS-239)のうちのいずれか1つ、2つ、またはそれ以上の置換を含む、態様36のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
38.Igポリペプチド配列が、N297、P331、D270、K322、及び/またはP329のうちのいずれか1つ、2つ、またはそれ以上の置換を含む、態様36または37のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
39.Igポリペプチド配列が、アスパラギン以外のaa(例えば、配列番号74のようなN297Aを生じるためのアラニン)によるN297置換(配列番号71のN77)を含む、態様36~38のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
40.Igポリペプチド配列が、ロイシン以外のaa(例えば、アラニンL234A及び/またはL235A)によるL234及び/またはL235(配列番号71のL14及びL15)置換を含む、態様36~38のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
41.Igポリペプチド配列が、L234A及び/またはL235A置換を含む(例えば、配列番号75を参照)、態様39のマスクTGF-β構築物または複合体。
42.Igポリペプチド配列が、プロリン以外のaa(例えば、P331S置換のためのセリン)で置換されたP331(配列番号71のP111)を含む、態様36~41のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
43.Igポリペプチド配列が、L234及び/またはL235での置換、ならびにP331の置換を含む、態様36~38のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
44.Igポリペプチド配列が、(i)L234F、L235E、及びP331S、または(ii)L234A、L235A、及びP331S置換を含む、態様43のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
45.KiH、KiHs-s、HA-TF、ZW-1、7.8.60、DD-KK、EW-RVT、EW-RVTs-s、及びA107配列(例えば、表1参照)からなる群から選択される、相互特異的二量体化ペアの相互特異的二量体化配列を含む、態様20~44のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
46.相互特異的二量体化配列及び対応する相互特異的二量体化配列が、KiH、KiHs-s、HA-TF、ZW-1、7.8.60、DD-KK、EW-RVT、EW-RVTs-s、及びA107配列対(例えば、表1参照)からなる群から選択される一対の配列である、態様6及び22~44のいずれかのマスキングされたTGF-β複合体。
47.第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドのうちの一方が、T366Y置換を含む相互特異的IgG1ポリペプチド配列(例えば、配列番号71の配列)を含み、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドのうちの他方が、Y407T置換を含む相互特異的IgG1ポリペプチド配列、または他の相互特異的Ig重鎖配列(例えば、IgA、IgD、IgE、IgG2、IgG3またはIgG4重鎖配列を含む相互特異的配列)における対応する置換を含む、態様46のマスキングされたTGF-β複合体。
48.第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドのうちの一方が、T366W置換を含む相互特異的IgG1ポリペプチド配列(例えば、配列番号71の配列)を含み、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドのうちの他方が、T366S、L368A、及びY407V置換を含む相互特異的IgG1ポリペプチド配列、または他の相互特異的Ig重鎖配列(例えば、IgA、IgD、IgE、IgG2、IgG3またはIgG4重鎖配列を含む相互特異的配列)における対応する置換を含む、態様46のマスキングされたTGF-β複合体。
49.第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドのうちの一方が、Y349C、T366S、L368A、及びY407V置換を含む相互特異的IgG1ポリペプチド配列(例えば、配列番号71の配列)を含み、第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドの他方が、S354C及びT366W置換を含む相互特異的IgG1ポリペプチド配列、または他の相互特異的Ig重鎖配列(例えば、IgA、IgD、IgE、IgG2、IgG3またはIgG4重鎖配列を含む相互特異的配列)における対応する置換を含む、態様46のマスキングされたTGF-β複合体。
50.第1のポリペプチドが、T146W KiH配列置換を有するIgG1足場を含み、第2のポリペプチドが、T146W、L148A、及びY187V KiH配列置換を有するIgG1足場を含み、足場が、配列番号71のIgG1の少なくとも170個(例えば、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全て)の連続するaasに対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、任意に、配列番号71に付番される、L14及びL15(例えば、L14A/L15A「LALA」またはL14F/L15E)、N77(例えば、N77A)、P111(例えば、P111S)、L131(例えば、L131K)、T146(例えば、T146S)、P175(例えば、P175V)、F185(例えば、F185R)、Y187(例えば、Y187A)、及びK189(例えば、K189Y)の1つ以上での置換を含む、態様46のマスキングされたTGF-β複合体。
51.第1のポリペプチドが、T146W KiH配列置換を有するIgG1足場を含み、第2のポリペプチドが、T146S、L148A、及びY187V KiH配列置換を有するIgG1足場を含み、足場が、配列番号71のIgG1の少なくとも170個(例えば、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全て)の連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、第1及び第2のポリペプチドの足場aa配列のうちの0個、一方、または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロック/制限することによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77置換(N297、例えば、N297AもしくはN297G)を含む、態様46のマスキングされたTGF-β複合体。例えば、図2D、配列番号77及び78を参照されたい。
52.第1のポリペプチドが、T146W及びS134C KiHs-s置換を有するIgG1足場を含み、第2のポリペプチドが、T146S、L148A、Y187V及びY129C KiHs-s置換を有するIgG1足場を含み、足場が、各々、配列番号71のIgG1の少なくとも170個(例えば、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全て)の連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、第1及び第2のポリペプチドの足場aa配列のうちの0個、一方、または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロック/制限することによって、エフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77(N297)置換(例えば、N297AもしくはN297G)を含む、態様46のマスキングされたTGF-β複合体。
53.第1及び第2のポリペプチドが、
S144H及びF185A置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチド、ならびにY129T及びT174F置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチド、
T130V、L131Y、F185A及びY187V置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチド、ならびに130V、T146L、K172L及びT174W置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチド、
K140D、D179M、及びY187A置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチド、ならびにE125R、Q127R、T146V、及びK189V置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチド、
K189D及びK172D置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチド、ならびにD179K及びE136K置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチド、
K140E及びK189W置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチド、ならびにQ127R、D179V及びF185T置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチド、
K140E、K189W、及びY129C置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチド、ならびにQ127R、D179V、F185T、及びS134C置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチド、ならびに、
K150E及びK189W置換を有するIgG1足場を含む第1のポリペプチド、ならびにE137N、D179V及びF185T置換を有するIgG1足場を含む第2のポリペプチド、から選択され、
足場が、各々、配列番号71のIgG1の少なくとも170個(例えば、少なくとも180、少なくとも190、少なくとも200、少なくとも210、少なくとも220、または227個全て)の連続するaasに対して、少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の配列同一性を有する配列を含み、
第1及び第2のポリペプチドの足場aa配列のうちの0個、一方、または両方が、Fcγ受容体との相互作用をブロックすることによってエフェクター機能を除去する、L14及びL15置換(例えば、L234A及びL235A「LALA」)、ならびに/またはN77(N297)置換(例えば、N297AもしくはN297G置換)を含む、態様46のマスキングされたTGF-β複合体。
54.足場ポリペプチドが、
(i)Ig重鎖CH1ドメイン(例えば、配列番号85のポリペプチド)、
(ii)Igκ鎖定常領域配列(例えば、配列番号86)、及び
(iii)Igλ鎖定常領域配列(例えば、配列番号87)、からなる群から選択される相互特異的二量体化配列を含み、
足場が、それぞれ、配列番号85、86、または87の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、または少なくとも100個の連続するaasに対して、少なくとも80%(85%、90%、95%、98%、99%、または100%)の配列同一性を有する配列を含む、態様20のマスキングされたTGF-β複合体。図2J及び2Kを参照されたい。IgCH1ドメイン及び/またはIgκ鎖配列は、任意に、それらのそれぞれのMD13置換を含む。
55.第1及び第2のポリペプチドのうちの一方の足場ポリペプチドが、Ig重鎖CH1ドメイン(例えば、配列番号85のポリペプチド)を含み、第1及び第2のポリペプチドのうちの他方のポリペプチドが、Igκ鎖定常領域配列(例えば、任意にMD13置換を含む配列番号86)またはIgλ鎖定常領域配列(例えば、配列番号87)のいずれかを含み、
足場が、各々、それぞれ、配列番号85、86、または87の少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、または少なくとも100個の連続するaasに対して、少なくとも80%(85%、90%、95%、98%、99%、または100%)の配列同一性を有する配列を含む、態様22のマスキングされたTGF-β複合体。図2J及び2Kを参照されたい。
56.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ、または少なくとも3つ)の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む、態様1~55のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
57.独立して選択されるリンカーが、約1aa~約25aaの長さ(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25aaの長さ)を有する、態様56のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
58.独立して選択されるリンカーが、約25~約35aaの長さ(例えば、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、または35aaの長さ)である、態様56のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
59.独立して選択されるリンカーが、約35~約50aaの長さ(例えば、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、または50aaの長さ)である、態様56のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
60.独立して選択されるリンカーのうちの少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ、または少なくとも3つ)が、
(i)グリシンまたは約2~約50の連続するグリシン残基を有するポリグリシン含有配列、
(ii)グリシン-セリンポリマー(例えば、(GS)n、(GSGGS)n(配列番号126)、(GGGGS)n(配列番号136)、及び(GGGS)n(配列番号127)、nは、少なくとも1(例えば、1~10、10~20、または20~30)の整数である)、または
(iii)グリシン-アラニンポリマーまたはアラニン-セリンポリマー(例えば1~10、10~20、または20~30aaの長さを有する)を含む、態様56~59のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
61.独立して選択されるリンカーの少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ、または少なくとも3つ)が、GGSG(配列番号128)、GGSGG(配列番号129)、GSGSG(配列番号130)、GSGGG(配列番号131)、GGGSG(配列番号132)、GSSSG(配列番号133)、GSGS(配列番号134)、GSSSSS(配列番号135)、GGGGS(配列番号136)などからなる群から選択されるaa配列を含む、態様56~59のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
62.独立して選択されるリンカーのうちの少なくとも1つが、マスキングされたTGF-β構築物または複合体の第2のポリペプチドに(例えば、第2のポリペプチドのリンカーに)存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成することができるか、または形成する、システイン残基(例えば、GGASGGGGSGGGGSリンカーaa配列、配列番号137)を含む、態様56~59のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
63.1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)の独立して選択されるMODポリペプチド配列が、PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21、IL-23 MODポリペプチド配列、及びそれらのいずれかの変異型(例えば、対応するwt.MODポリペプチド配列と比較して、それらの受容体に対する親和性が低減している変異型)からなる群から選択される、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
64.1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)の独立して選択されるMODポリペプチド配列が、PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-21、IL-23 MODポリペプチド配列、及びそれらのいずれかの変異型(例えば、対応するwt.MODポリペプチド配列と比較して、それらの受容体に対する親和性が低減している変異型)からなる群から選択される、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
65.1つ以上(例えば、1つ、2つ以上)の独立して選択されるMODポリペプチド配列が、PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-2、IL-10 MODポリペプチド配列、及びそれらのいずれかの変異型(例えば、対応するwt.MODポリペプチド配列と比較して、それらの受容体に対する親和性が低減している変異型)からなる群から選択される、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
66.MODポリペプチド配列のうちの少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)が、IL-2 MODポリペプチド配列、または、
(i)配列番号9の少なくとも80個(例えば、90、100、110、120、130、または133個)の連続するaasに対して、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性を有するか、もしくは
(ii)配列番号13~27の少なくとも80個(例えば、90、100、110、120、130、または133個)の連続するaasに対して、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性を有する、変異型IL-2 MODポリペプチド配列である、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
67.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-1、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21、IL-23 MODポリペプチド配列、及びそれらのいずれかの変異型(例えば、対応するwt.MODポリペプチド配列と比較して、それらの受容体に対する親和性が低減している変異型)からなる群から選択される少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のMODポリペプチド配列)とを含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
68.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のwt.IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のPD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列、または(例えば、対応するwt配列と比較して、PD1受容体に対する親和性が低下している)変異型PD-L1またはPD-L2 MODポリペプチド配列と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
69.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のwt.IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のFAS-L MODポリペプチド配列または変異型FAS-L MODポリペプチド配列(例えば、対応するwt配列と比較して、Fas受容体に対する親和性が低下している)と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
70.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のwt.IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-1 MODポリペプチド配列または変異型IL-1 MODポリペプチド配列(例えば、対応するwt配列と比較して、IL-1受容体に対する親和性が低下している)と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
71.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-4 MODポリペプチド配列または変異型IL-4 MODポリペプチド配列(例えば、対応するwt配列と比較して、IL-4受容体に対する親和性が低下している)と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
72.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-6 MODポリペプチド配列または変異型IL-6 MODポリペプチド配列(例えば、対応するwt配列と比較して、IL-6受容体に対する親和性が低下している)と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
73.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-7 MODポリペプチド配列または変異型IL-7 MODポリペプチド配列(例えば、対応するwt配列と比較して、IL-7受容体に対する親和性が低下している)と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
74.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-10 MODポリペプチド配列または変異型IL-10 MODポリペプチド配列(例えば、対応するwt配列と比較して、IL-10受容体に対する親和性が低下している)と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
75.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-15 MODポリペプチド配列または変異型IL-15 MODポリペプチド配列(例えば、対応するwt配列と比較して、IL-15受容体に対する親和性が低下している)と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
76.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-21 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号58もしくは60の配列)または変異型IL-21(例えば、対応するwt配列と比較してIL-21受容体に対する親和性が低下している)MODポリペプチド配列と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
77.1つ以上の(例えば、1つ、2つ以上)独立して選択されるMODポリペプチド配列が、
(i)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のwt.IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)または変異型IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、態様66の変異型IL-2 MODポリペプチド配列)と、
(ii)少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のIL-23 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号63もしくは65の配列)または変異型IL-23(例えば、対応するwt配列と比較してIL-23受容体に対する親和性が低下している)MODポリペプチド配列と、を含む、態様1~62のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
78.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含むとき、変異型IL-2 MODポリペプチド(例えば、配列番号9の変異型)が、N88、F42、及び/またはH16のうちのいずれか1つ、2つ、または全てでの置換を含む、態様63~77のいずれか1つのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
79.少なくとも1つの変異型IL-2 MODポリペプチド配列が、F42A、F42T、H16A、またはH16T置換を含む、態様78のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
80.少なくとも1つの変異型IL-2 MODポリペプチド配列が、(i)F42A及びH16A、(ii)F42T及びH16A、(iii)F42A及びH16T、または(iv)F42T及びH16T置換を含む、態様78のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
81.少なくとも1つの変異型IL-2 MODポリペプチド配列が、(i)N88R、F42A、及びH16A、(ii)N88R、F42T、及びH16A、(iii)N88R、F42A、及びH16T、または(iv)N88R、F42T、及びH16T置換を含む、態様78のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
82.マスキングポリペプチド配列が、I型(TβRI)、II型(TβRII)またはIII型(TβRIII)TβRのエクトドメイン断片を含むTGF-β受容体(「TβR」)ポリペプチド配列である、態様1~81のいずれかのマスキングTGF-β構築物または複合体。
83.TβRIIエクトドメイン配列が、配列番号117に示されるTβRIIアイソフォームAエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、少なくとも150、または154個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様82のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
84.TβRIIエクトドメイン配列が、配列番号119に示されるTβRIIアイソフォームBエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、または143個)の隣接するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含む、態様82のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
85.TβRIIエクトドメイン配列が、配列番号120に示されるTβRIIアイソフォームBエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100個、少なくとも110個、少なくとも120個、少なくとも130個、少なくとも140個、または143個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様82のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
86.TβRIIエクトドメイン配列が、配列番号120のエクトドメイン断片、配列番号121のTβRIIエクトドメインN末端Δ14(デルタ14)aa欠失配列、配列番号122に示されるN末端Δ25(デルタ25)aa欠失配列、またはこれらのTβRIIアイソフォームBポリペプチド配列のいずれかの少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または118個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有する配列を含む、TβRIIアイソフォームBポリペプチド配列から選択されるaa配列を含む、態様82のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
87.TβRIIエクトドメイン配列が、F30、D32、S52、E55、及び/またはD118のうちのいずれか1つ、2つ、3つ、4つ、または5つ全ての置換を含む、態様83~86のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
88.D118AまたはD118R置換(例えば、N末端Δ25欠失及びD118置換を有するTβRIIエクトドメインについては、配列番号123を参照)、または
D118AまたはD118R置換、及びF30A、D32N、S52L、及び/またはE55A置換のうちの1つ、2つ、3つ、または4つ全て、を含む、態様83~87のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
89.TβRIIエクトドメイン配列が、配列番号119もしくは配列番号120の最大14aasまでのN末端欠失(Δ14aa欠失)(例えば、配列番号121の配列を参照)、及びD118置換(例えば、D118AもしくはD118R)、またはこれらのTβRIIポリペプチド配列のいずれかの少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または118個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有する配列を含む、態様87のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
90.F30A、D32N、S52L、及び/またはE55A置換のうちの1つ、2つ、3つ、または4つ全てをさらに含む、態様89のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
91.TβRIIエクトドメイン配列が、配列番号119もしくは配列番号120の最大25aasまでのN末端欠失(Δ25aa欠失)、及びD118置換(例えば、D118AまたはD118R、配列番号123を参照)、またはこれらのTβRIIポリペプチド配列のうちのいずれかの少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、または100個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有する配列を含む、態様87のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
92.F30A、D32N、S52L、及び/またはE55A置換のうちの1つ、2つ、3つ、または4つ全てをさらに含む、態様91のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
93.TβRポリペプチド配列が、TβRIエクトドメイン配列を含む、態様82のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
94.TβRIエクトドメイン配列が、配列番号115の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、または93個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様93のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
95.TβRポリペプチド配列が、TβRIIIエクトドメイン配列を含む、態様82のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
96.TβRIIIエクトドメイン配列が、Aアイソフォーム(配列番号124)のaas27~787、またはBアイソフォーム(配列番号125)のaas27~786のうちの少なくとも70個(例えば、少なくとも80、90、100、150、200、250、300、400、500、または600個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様95のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
97.TGF-βポリペプチド配列が、ヒトTGF-β1ポリペプチド、ヒトTGF-β2ポリペプチド、またはヒトTGF-β3ポリペプチドの成熟形態の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個)の連続するaasを含むポリペプチドに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様1~96のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
98.TGF-βポリペプチド配列が、配列番号105(例えば、配列番号106のaas279~390)の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含むTGF-β1ポリペプチドである、態様1~96のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
99.TGF-βポリペプチド配列が、配列番号107の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)のaaに対して、少なくとも60%(少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)の連続するaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、C77S置換を有するTGF-β1ポリペプチドである、態様1~96のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
100.TGF-βポリペプチド配列が、配列番号108(例えば、配列番号109のaas302~413)の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含むTGF-β2ポリペプチドである、態様1~96のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
101.TGF-βポリペプチド配列が、配列番号110の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)のaasに対して、少なくとも60%(少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)の連続するaas配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、C77S置換を有するTGF-β2ポリペプチドである、態様1~96のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
102.TGF-βポリペプチド配列が、配列番号111(例えば、配列番号112のaas301~412)の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含むTGF-β3ポリペプチドである、態様1~96のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
103.TGF-βポリペプチド配列が、配列番号113の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して少なくとも60%(少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含む、C77S置換を有するTGF-β3ポリペプチドである、態様1~96のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
104.TGF-βポリペプチド配列が、成熟TGF-βポリペプチド配列の25位、92位、及び/または94位のうちの1つ以上での置換を含む(例えば、図3及び図4の配列番号112を参照)、態様97~103のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
105.TGF-βポリペプチド配列が、成熟TGF-βポリペプチド配列の25位、92位、及び/または94位のうちの1つ以上での置換を含む(例えば、図3及び図4の配列番号112を参照)、態様100~101のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
106.TGF-βポリペプチド配列が、
(i)25位のLysまたはArg以外のaa、
(ii)92位のIleまたはVal以外のaa、及び/または
(iii)94位のLysまたはArg以外のaa(例えば、配列番号108または配列番号110に基づく)を含む、態様97~105のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
107.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、図1の構造A~Fのいずれか1つの形態を有する、態様1~106のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
108.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、図1の構造Aの形態を有するマスキングされたTGF-βポリペプチドである、態様107のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
109.少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ以上)のwtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様108のマスキングされたTGF-βポリペプチド。
110.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、図1の構造Bの形態を有するマスキングされたTGF-β複合体である、態様107のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
111.少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ以上)のwtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様110のマスキングされたTGF-βポリペプチド。
112.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、図1の構造Cの形態を有する相互特異的なマスキングされたTGF-β構築物または複合体である、態様107のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
113.少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ以上)のwtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様112のマスキングされたTGF-βポリペプチド。
114.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、図1の構造DまたはEの形態を有する相互特異的なマスキングされたTGF-β複合体である、態様107のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
115.少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ以上)のwtまたは変異型IL-2MODポリペプチド配列を含む、態様114のマスキングされたTGF-βポリペプチド。
116.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、図1の構造Fの形態を有する相互特異的なマスキングされたTGF-β複合体である、態様107のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
117.少なくとも1つ(例えば、1つ、2つ以上)のwtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様116のマスキングされたTGF-βポリペプチド。
118.TGF-βポリペプチド配列が、wt.TGF-β3ポリペプチド配列(例えば、配列番号111の配列を含む)、または配列番号111に示されるTGF-β3配列の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングポリペプチド配列が、wt.TβRIIポリペプチド配列(例えば、配列番号117の配列を含む)、または配列番号117に示されるTβRIIアイソフォームAエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、少なくとも150、または154個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、wt.IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)を含む、態様107~117のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
119.TGF-βポリペプチド配列が、wt.TGF-β3ポリペプチド配列(例えば、配列番号111の配列を含む)、または配列番号111に示されるTGF-β3配列の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングポリペプチド配列が、wt.TβRIIポリペプチド配列(例えば、配列番号119の配列を含む)、または配列番号119に示されるTβRIIアイソフォームBエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、または少なくとも143個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、wt.IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)を含む、態様107~117のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
120.TGF-βポリペプチド配列が、wt.TGF-β3ポリペプチド配列(例えば、配列番号111の配列を含む)、または配列番号111に示されるTGF-β3配列の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングポリペプチド配列が、wt.TβRIIポリペプチド配列(例えば、配列番号120の配列を含む)、または配列番号120に示されるTβRIIアイソフォームBエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、または少なくとも129個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、wt.IL-2 MODポリペプチド配列(例えば、配列番号9の配列を含む)を含む、態様107~117のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
121.TGF-βポリペプチド配列が、wt.TGF-β3ポリペプチド配列(例えば、配列番号111の配列を含む)、または配列番号111に示されるTGF-β3配列の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングポリペプチド配列が、wt.TβRIIポリペプチド配列(例えば、配列番号117の配列を含む)、または配列番号117に示されるTβRIIアイソフォームAエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、少なくとも150、または154個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、配列番号9の少なくとも80個(例えば、90、100、110、120、130、または133個)の連続するaasに対して、少なくとも80%(少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含む変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様107~117のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
122.TGF-βポリペプチド配列が、wt.TGF-β3ポリペプチド配列(例えば、配列番号111の配列を含む)、または配列番号111に示されるTGF-β3配列の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングポリペプチド配列が、wt.TβRIIポリペプチド配列(例えば、配列番号119の配列を含む)、または配列番号119に示されるTβRIIアイソフォームBエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、少なくとも143個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、配列番号9の少なくとも80個(例えば、90、100、110、120、130、または133個)の連続するaasに対して、少なくとも80%(少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含む変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様107~117のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
123.TGF-βポリペプチド配列が、wt.TGF-β3ポリペプチド配列(例えば、配列番号111の配列を含む)、または配列番号111に示されるTGF-β3配列の少なくとも70個(例えば、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、または112個)の連続するaasに対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングポリペプチド配列が、wt.TβRIIポリペプチド配列(例えば、配列番号120の配列を含む)、または配列番号120に示されるTβRIIアイソフォームBエクトドメインの少なくとも90個(例えば、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、または少なくとも129個)の連続するaaにs対して、少なくとも60%(例えば、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含み、
マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、配列番号9の少なくとも80個(例えば、90、100、110、120、130、または133個)の連続するaasに対して、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%)のaa配列同一性を有するaa配列を含む変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様107~117のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
124.TGF-β3ポリペプチド配列が、C77S置換を含む、態様121~123のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
125.TβRIIポリペプチド配列が、N末端Δ14及びD118AもしくはD118R配列修飾のいずれか、またはN末端Δ25及びD118AもしくはD118R配列修飾のいずれかを含む、態様121~124のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
126.IL-2 MODポリペプチド配列が、H16におけるaa置換またはF42におけるaa置換を含む、態様121~125のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
127.H16及びF42における置換が、H16A、H16T、F42A、及びF42Tからなる群から選択される(例えば、H16A及びF42A、またはH16T及びF42Aである)、態様125~126のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
128.IL-2 MODポリペプチド配列が、N88R aa置換をさらに含む、態様121~127のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
129.TGF-β3ポリペプチド配列が、C77S置換を含み、
TβRIIポリペプチド配列が、N末端Δ14及びD118AもしくはD118Rの配列修飾、またはN末端Δ25及びD118AもしくはD118Rの配列修飾のいずれかを含み、
IL-2 MODポリペプチド配列が、H16及びF42におけるaa置換を含む、態様121~128のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
130.H16及びF42における置換が、H16A及びF42A置換、またはH16T及びF42A置換のいずれかである、態様129のマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
131.PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-15、IL-21及びIL-23からなる群から選択されるwtまたは変異型MODポリペプチド配列を含む、態様1~130のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
132.PD-L1、FAS-L、4-1BBL、及びIL-10からなる群から選択されるwtまたは変異型MODポリペプチド配列を含む、態様1~130のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体
133.マスキングされたTGF-βポリペプチド/複合体が、配列変動がない以外は同一のwt.TGF-βポリペプチドと比較して、マスキングポリペプチド(例えば、TGF-β受容体ポリペプチド)配列に対する親和性が少なくとも10%低減(例えば、少なくとも20%低減、少なくとも30%低減、少なくとも40%低減、少なくとも50%低減、少なくとも60%低減、少なくとも70%低減、少なくとも80%低減、少なくとも90%低減、少なくとも95%低減、または95%超低減)している変異型TGF-βポリペプチドを含む、態様1~132のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
134.TGF-β構築物または複合体が、配列変動がない対応するwt.TβRポリペプチド配列と比較して、TGF-βポリペプチドに対する親和性が低減(例えば、少なくとも10%低減、少なくとも20%低減、少なくとも30%低減、少なくとも40%低減、少なくとも50%低減、少なくとも60%低減、少なくとも70%低減、少なくとも80%低減、少なくとも90%低減、少なくとも95%低減、または95%超低減)している1つ以上の配列変動(例えば、1つ以上のaa欠失、挿入、または置換)を有するTβRポリペプチド配列を含む、態様1~133のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体。
135.それぞれ、ポリペプチド4033及び4039をコードする配列番号191または192に対して少なくとも90%または95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、マスキングされたTGF-β複合体PSM-4033-4039またはマスキングされたTGF-β複合体。
136.態様1~135のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードするか、または態様4及び6~135のいずれかのマスキングされたTGF-β複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、発現ベクター(複数可))。
137.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその細胞、組織、もしくは体液中のTreg細胞を誘導する方法であって、態様1~135のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
138.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む(例えば、図10AのPSM-4033-4039を参照)、態様137の方法。
139.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、(i)wtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列と、(ii)wtまたは変異型PDL-L1ポリペプチド配列とを含む、態様137の方法。
140.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体が、ビタミンD(例えば、1α、25-ジヒドロキシビタミンD3またはビタミンD類似体(例えば、ビタミンD3)、mTOR阻害剤(例えば、ラパマイシン)、及び/またはレチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)のうちのいずれか1つ以上の投与前、投与中(同時もしくは併用投与)、または投与後に投与される、態様137~139のいずれかの方法。
141.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上)については対象と一致するが、TGF-β、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置群(例えば、1人の対象、または2人以上の対象からの平均)の組織または体液中のTreg細胞の量に関する場合
のいずれかの場合の細胞の数と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ)中のFoxP3+Treg細胞(例えば、誘導された調節T細胞(iTreg)、胸腺由来Treg細胞(tTreg)、及び/または末梢Treg細胞(pTreg)のうちのいずれか1つ以上)の数の増加をもたらす、態様137~140のいずれかの方法。
142.所定の体積の組織または体液におけるTreg細胞(例えば、FoxP3+細胞、iTreg、tTreg、及び/またはpTreg)の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前所定の体積の組織または体液におけるTregの数と比較して、または、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)増加する、態様141の方法。
143.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液においてTh9細胞を誘導する方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
144.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型IL-4 MODポリペプチド配列を含む、態様143の方法。
145.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中のTh9細胞の量に関する場合
のいずれかの場合の細胞の数と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ液)中のTh9細胞の数の増加をもたらす、態様143~144のいずれかの方法。
146.Th9細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前のTh9細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)増加する、態様145の方法。
147.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液においてTh17細胞を誘導する方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
148.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型IL-6 MODポリペプチド配列を含む、態様147の方法。
149.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中のTh17細胞の量に関する場合
のいずれかの場合の細胞の数と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ液)中のTh17細胞の数の増加をもたらす、態様147~148のいずれかの方法。
150.Th17細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前のTh17細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)増加する、態様149の方法。
151.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液においてThf細胞を誘導する方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
152.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、少なくとも1つのwtまたは変異型IL-21及び/またはIL-23 MODポリペプチド配列を含む、態様151の方法。
153.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、少なくとも1つのwtまたは変異型IL-21と、少なくとも1つのwtまたは変異型IL-23 MODポリペプチド配列とを含む、態様152の方法。
154.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中のThfの数に関する場合
のいずれかの場合の細胞の数と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ液)中のThf細胞の数の増加をもたらす、態様151~153のいずれかの方法。
155.Thf細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるThf細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)増加する、態様154の方法。
156.哺乳動物対象(またはその組織もしくは体液)におけるTh1細胞の作用を阻害する方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
157.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型IL-4 MODポリペプチド配列を含む、態様156の方法。
158.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合の量、
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中のインターフェロンγ及び/またはTNFの量と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ液)内へのインターフェロンγ及び/またはTNFのTh1媒介性放出(もしくはその中での結果として生じる濃度)の阻害をもたらす、態様156~157のいずれかの方法。
159.所定の体積の組織または体液におけるインターフェロンγ及び/またはTNFの量が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるインターフェロンγ及び/またはTNFの量と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)減少する、態様158の方法。
160.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液におけるTh2細胞の作用及び/または増殖を阻害する方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
161.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合の量、
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中の量と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ液)内へのIL-4、IL-5、及び/またはIL-13のTh2媒介性放出(もしくはその中での結果として生じる濃度)の阻害をもたらす、態様160の方法。
162.所定の体積の組織または体液におけるIL-4、IL-5、及び/またはIL-13の量が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるIL-4、IL-5、及び/またはIL-13の量と比較して、または、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群からの組織または体液におけるIL-4、IL-5、及び/またはIL-13の量と比較して、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または、少なくとも90%)減少する、態様161の方法。
163.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液におけるII型先天性リンパ系細胞(ILC2細胞)の作用を阻害する方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含み、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、任意に1つ以上の独立して選択されるwtまたは変異型IL-10ポリペプチド配列(例えば、IL-10M1などの単量体形態)を含む、方法。
164.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を用いた治療の投与前もしくは無投与の場合の量、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中の量に関する場合
と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ液)内へIL-5及び/またはIL-13のILC2細胞媒介性放出(もしくはその結果として生じる濃度)の阻害をもたらす、態様16の方法。
165.所定の体積の組織または体液における、IL-5、及び/またはIL-13の量が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるIL-5、及び/またはIL-13の量と比較して、または、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群からの所定の体積の組織または体液におけるIL-5、及び/またはIL-13の量と比較して、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または、少なくとも90%)減少する、態様164の方法。
166.所定の体積の組織または体液におけるIL-5及び/またはIL-13の量が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるIL-5及び/またはIL-13の量と比較して、または、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群からの所定の体積の組織または体液におけるIL-5、及び/またはIL-13の量と比較して、少なくとも25%減少する、態様164の方法。
167.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液におけるインバリアントナチュラルキラーT(iNKT)細胞の発達及び/または生存を支援する方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
168.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、少なくとも1つのwtまたは変異型MODポリペプチド配列を含む、態様167の方法。
169.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中のiNKT細胞の数に関する場合
のいずれかの場合の細胞の数と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ液)中のiNKT細胞の数の増加をもたらす、態様167~168のいずれかの方法。
170.iNKT細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるiNKT細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%)増加する、態様169の方法。
171.iNKT細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるiNKT細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において、少なくとも25%増加する、態様169の方法。
172.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液中のCD4+T細胞の数の増加をブロックするか、またはCD4+T細胞の数を減少させる方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
173.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、TGF-βポリペプチド配列に加えて、少なくとも1つのwtまたは変異型MODポリペプチド配列を含む、態様172の方法。
174.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中のCD4+T細胞の数に関する場合
のいずれかの場合の細胞の数と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ)中のCD4+T細胞の数の減少をもたらす、態様172~173のいずれかの方法。
175.CD4+細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるCD4+細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)減少する、態様174の方法。
176.CD4+細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるCD4+細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において少なくとも25%減少する、態様174の方法。
177.哺乳動物(例えば、ヒト)対象、またはその組織もしくは体液中のCD8+T細胞の数の増加をブロックするか、またはCD4+T細胞の数を減少させる方法であって、態様1~134のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を対象に投与することを含む、方法。
178.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、TGF-βポリペプチド配列に加えて、少なくとも1つのwtまたは変異型MODポリペプチド配列を含む、態様177の方法。
179.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-βまたはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置(例えば、個体群からの平均)群の組織または体液中のCD8+T細胞の数に関する場合
のいずれかの場合の細胞の数と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ)中のCD8+T細胞の数の減少をもたらす、態様177~178のいずれかの方法。
180.CD8+細胞の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前の所定の体積の組織または体液におけるCD8+細胞の数と比較して、または1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、組織または体液の体積において、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)減少する、態様179の方法。
181.創傷、アレルギー反応、疾患もしくは障害、自己免疫疾患もしくは障害、または代謝疾患もしくは障害の治療または予防を提供する方法であって、治療または予防を必要とする対象(例えば、ヒト)に、(i)態様1~134のいずれかの1つ以上の独立して選択されたマスキングされたTGF-β構築物または複合体、及び/または(ii)態様1~134のいずれかの1つ以上の独立して選択されたマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸のいずれかを投与することを含む、方法。
182.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、独立して選択される少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ、または少なくとも3つ)のwtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む、態様181の方法。
183.独立して選択されるwtまたは変異型IL-2 MODポリペプチドが、配列番号9のIL-2ポリペプチドまたはその変異型を含む、態様182の方法。
184.独立して選択される変異型IL-2 MODポリペプチド配列が、
(i)配列番号9の少なくとも80個(例えば、少なくとも90、100、110、120、130、または133個)の連続するaaに対する、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性、または
(ii)配列番号15~27のいずれかの少なくとも80個(例えば、少なくとも90、100、110、120、130、または133個)の連続するaasに対する、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性、を有する配列を含む、態様183の方法。
185.独立して選択される変異型IL-2 MODポリペプチド配列が、N88、F42、及び/またはH16のうちのいずれか1つ、2つ、または3つ全ての置換を含む、態様182~184のいずれか1つの方法。
186.独立して選択される変異型IL-2 MODポリペプチド配列が、(i)F42A、(ii)F42T、(iii)H16A、(iv)H16T、(v)F42A及びH16A、(vi)F42T及びH16A、(vii)F42A及びH16T、または(viii)F42T及びH16T置換からなる群から選択される置換または置換の対を含む、態様182~185のいずれか1つの方法。
187.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、独立して選択される少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ)のwtまたは変異型PD-L1ポリペプチド配列を含む、態様181~186のいずれか1つの方法。
188.独立して選択される変異型PD-L1ポリペプチド配列が、配列番号2の少なくとも170個の連続するaa(例えば、少なくとも180、190、または200個の連続するaa)に対して、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む、態様187の方法。
189.1つ以上のマスキングされたTGF-βポリペプチドのうちの少なくとも1つが、独立して選択されるwtまたは変異型IL-10ポリペプチド配列(例えば、IL-10M1などの単量体異性体)を含む、態様181~188のいずれか1つの方法。
190.独立して選択されるwtまたは変異型IL-10ポリペプチド配列が、配列番号50または51の少なくとも50個の連続するaa(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも130、少なくとも140、少なくとも150、または少なくとも160個)の連続するaaに対して少なくとも80%(少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性を有する(例えば、配列が変異型IL-10配列である場合、少なくとも1つのaa置換、欠失または挿入を有する)ポリペプチド配列を含み、変異型IL-10ポリペプチド配列が、任意に、配列番号51のN49とK50との間に、または配列番号49または50の相当する位置に、5~7aa挿入(例えば、aa49とaa50との間で配列番号51に挿入されたIL-10M1 GGGSGG(配列番号189))を含む、態様189の方法。
191.独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、独立して選択されるwtまたは変異型FasLポリペプチド配列を含む、態様181~190のいずれか1つの方法。
192.独立して選択されるwtまたは変異型のFasLポリペプチド配列が、配列番号144(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失または挿入を有する)の少なくとも50個(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、または少なくとも180個)の連続するaaに対して、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む、態様191の方法。
193.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体が、ビタミンD(例えば、1α,25-ジヒドロキシビタミンD3)、レチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)、及び/またはラパマイシンのいずれか1つ、2つ、または3つ全ての投与の前に、同時に、組み合わせて、または後に投与される、態様181~192のいずれか1つの方法。
194.自己免疫疾患が、アジソン病、円形脱毛症、強直性脊椎炎、自己免疫脳脊髄炎、自己免疫溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫に関連する不妊性、自己免疫性血小板減少性紫斑病、水疱性類天疱瘡、セリアック病、クローン病、グッドパスチュア症候群、糸球体腎炎(例えば、半月状の糸球体腎炎、増殖性糸球体腎炎)、甲状腺機能亢進症、橋本甲状腺炎、混合結合織疾患、多発性硬化症、重症筋無力症(MG)、天疱瘡(例えば、尋常性天疱瘡)、悪性貧血、多発性筋炎、乾癬、乾癬性関節炎、慢性関節リウマチ、硬皮症、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス(SLE)、1型糖尿病(T1D)、脈管炎及び白斑からなる群から選択される、態様181~193のいずれか1つの方法。
195.自己免疫疾患が、T1Dまたはセリアック病である、態様181~193のいずれかの方法。
196.自己免疫疾患が、T1Dまたはセリアック病以外である、態様181~193のいずれかの方法。
197.方法が、アレルギー反応の治療または予防の方法であり、任意に、アレルギー反応が、ピーナッツ、木の実、植物花粉、ラテックス、ハチ毒またはスズメバチ毒アレルゲンに対する反応である、態様181~193のいずれかの方法。
198.代謝性疾患または代謝性障害が、2型糖尿病(T2D)または前T2Dであり、任意に、T2Dまたは前T2Dが、インスリン抵抗性及び/またはインスリン分泌不全から生じる、態様181~193のいずれか1つの方法。
199.代謝性疾患または代謝性障害が、非アルコール性脂肪肝疾患(NAFLD)であり、任意に、NAFLDが、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)である、態様181~193のいずれか1つの方法。
200.方法が、火傷または創傷の治療または予防を提供する方法であり、創傷は、任意に、創傷が、表皮または粘膜の擦傷、剥離、切開、裂傷、または穿刺である、態様181~190のいずれか1つの方法。
201.i)態様1~134のいずれかの1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体、及び/または(ii)態様1~134のいずれかの1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸が、創傷の形成の前、間、及び/または後に投与される、態様200の方法。
202.火傷及び/または傷が、外科的もしくは他の医療的処置中に生じるか、またはその結果である、態様200~201のいずれかの方法。
203.1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体が、創傷または火傷の部位に投与される、態様200~202のいずれかの方法。
204.マスキングされたTGF-β構築物または複合体(有効量)、及び/またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、組換え発現ベクター)の投与が、創傷の閉鎖を促進する(閉鎖までの時間を短縮する)か、治癒時間を短縮するか、または未処置の対象もしくは創傷と比較して瘢痕形成を低減する、態様200~203のいずれかの方法。
205.マスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ、または少なくとも3つ)の独立して選択されるwt(例えば、配列番号29もしくは配列番号31)または変異型IL-4ポリペプチド配列を含む、態様181の方法。
206.変異型IL-4ポリペプチド配列が、(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失または挿入を有する)配列番号29または配列番号31の少なくとも80個の連続するaa(例えば、少なくとも100、または110個の連続するaa)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む、態様205の方法。
207.疾患または障害が、蠕虫感染症である、態様205~206のいずれか1つの方法。
208.少なくとも1つのマスキングされたTGF-β構築物または複合体が、少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ、または少なくとも3つ)の独立して選択されるwt(例えば、配列番号35のポリペプチド)または変異型IL-6ポリペプチド配列を含む、態様181の方法。
209.変異型IL-6ポリペプチド配列が、(例えば、少なくとも1つのaa置換、欠失または挿入を有する)配列番号35の少なくとも80個の連続するaa(例えば、少なくとも100、または110個の連続するaa)に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%のaa配列同一性を有するポリペプチド配列を含む、態様208の方法。
210.疾患または障害が、(例えば、腸内の)細菌及び/または真菌感染症である、態様205~209のいずれかの方法。
211.少なくとも1つマスキングされたTGF-β構築物または複合体が、少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つ、または少なくとも3つ)の独立して選択されるwtまたは変異型IL-21及び/またはIL-23ポリペプチド配列を含む、態様181の方法。
212.少なくとも1つの(例えば、少なくとも2つの)IL-21 MODポリペプチド配列が、(i)配列番号58もしくは60のポリペプチド配列、または(ii)配列番号58もしくは60の少なくとも50個(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、または少なくとも110個)の連続するaaに対して、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性を有し、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有するポリペプチド配列を含む、態様211の方法。
213.少なくとも1つの(例えば、少なくとも2つの)IL-23 MODポリペプチド配列が、(i)配列番号63及び/または65のポリペプチド配列、または(ii)配列番号63及び/または65の少なくとも50個(例えば、少なくとも60、少なくとも70、少なくとも80、少なくとも90、少なくとも100、少なくとも110、少なくとも120、少なくとも140、少なくとも160、少なくとも180、少なくとも200、少なくとも220、少なくとも240、少なくとも260、少なくとも280、少なくとも300、少なくとも320、または少なくとも340個)の連続するaasに対して、少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、または少なくとも99%)のaa配列同一性を有し、少なくとも1つのaa置換、欠失、または挿入を有するポリペプチド配列を含む、態様211または212の方法。
214.疾患または障害が、高親和性抗体または十分な量の高親和性抗体を産生することができないことである、態様211~213のいずれかの方法。
215.哺乳動物対象において耐性を誘導する方法であって、
(i)態様1~136のいずれかの、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、発現ベクター(複数可))、
(ii)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型IL-2ポリペプチド配列を含む、態様1~136のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体、またはマスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、発現ベクター(複数可))、
(iii)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型FasLポリペプチド配列を含む、態様1~136のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、発現ベクター(複数可))、または
(iv)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型IL-2ポリペプチド配列を含み、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型FasLポリペプチド配列またはwtまたは変異型IL-10ポリペプチド配列を含む、態様1~136のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、発現ベクター(複数可))、を対象に投与することを含む、方法。
216.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約50mg/kg(例えば、約1mg/kg体重~約10mg/kg体重、または約10mg/kg体重~約20mg/kg体重)の範囲で独立して選択される量のTGF-β構築物または複合体を含む、態様137~215のいずれかの方法。
217.(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前、投与中(同時もしくは併用投与)、または投与後に、非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)(例えば、Cox-1及び/またはCox-2阻害剤、例えば、セレコキシブ、ジクロフェナク、ジフルニサル、エトドラク、イブプロフェン、インドメタシン、ケトプロフェン、及びナプロキセン)、及び/または
(ii)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前、投与中(同時もしくは併用投与)、または投与後に、コルチコステロイド(例えば、コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、エタメタゾネブ(Ethamethasoneb)、フルドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾン、プレドニゾロン、及びトリアムシノロン)を投与することをさらに含む、態様137~216のいずれかの方法。
218.腫瘍壊死因子α(例えば、ゴリムマブ、インフリキシマブ、セルトリズマブ、アダリムマブなどの抗TNFα、またはエタネルセプトなどのTNFαデコイ受容体)の1つ以上の作用をブロックする薬剤を、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前、投与中(同時または併用投与)、または投与後に投与することをさらに含む、態様137~217のいずれかの方法。
219.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前、投与中(同時または併用投与)、または投与後に、IL-1と競合的にIL-1受容体に結合する薬剤(例えば、アナキンラ)を投与することをさらに含む、態様137~218のいずれかの方法。但しこの態様では、対象に投与される1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のいずれかがIL-1ポリペプチドを含む場合、IL-1と競合的にIL-1受容体に結合する薬剤は投与されないことに留意されたい。
220.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前、投与中(同時または併用投与)、または投与後に、IL-6受容体に結合してIL-6による受容体を介したシグナル伝達を阻害する薬剤(例えば、トシリズマブ)を投与することをさらに含む、態様137~219のいずれかの方法。但しこの態様では、対象に投与される1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のいずれかがIL-6ポリペプチドを含む場合、IL-6受容体に結合する薬剤は投与されないことに留意されたい。
221.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前、投与中(同時または併用投与)、または投与後に、CD80またはCD86受容体に結合してT細胞増殖及び/またはB細胞免疫応答を阻害する薬剤(例えば、アバタセプト)を投与することをさらに含む、態様137~220のいずれかの方法。
222.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前、投与中(同時または併用投与)、または投与後に、B細胞死をもたらすCD20に結合する薬剤(例えば、リツキシマブ)を投与することをさらに含む、態様137~221のいずれかの方法。
223.哺乳動物対象が、ヒト、ウシ、イヌ、ネコ、齧歯類、ネズミ、ヤギ、サル、ヒツジ、ウマ、ラッピン、ブタ等の対象から選択される、態様137~222のいずれかの方法。
224.対象が、ヒト(例えば、ヒト患者または治療もしくは予防を必要とするヒト対象)である、態様137~223のいずれかの方法。
225.TGF-βポリペプチドまたはTGF-βポリペプチド及び免疫調節ポリペプチド(MOD)を細胞に送達する方法であって、細胞を、(i)態様1~134のいずれか1つの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体、(ii)態様1~134のいずれか1つの1つ以上の独立して選択される、wt.または変異型MOD配列を含む1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体、または(iii)任意に1つ以上の独立して選択されるwtもしくは変異型MODをコードする、態様135~136のいずれか1つの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸と接触させることを含む、方法。
226.マスキングされたTGF-β構築物または複合体を発現する細胞を産生する方法であって、態様1~134のいずれかのマスキングされたTGF-β構築物または複合体をコードする1つ以上の核酸(例えば、発現ベクター(複数可))を細胞(例えば、インビトロの哺乳動物細胞)に導入することと、任意で、少なくとも1つの細胞染色体に組み込まれていない、及び/または組み込まれた、1つ以上の核酸の全てまたは一部を含む細胞を選抜(例えば、抗生物質による選抜、続いて、1つ以上の核酸のいずれかが細胞染色体に組み込まれたか否かを決定する分析)を行うことと、を含む、方法。
227.細胞が、HeLa細胞、CHO細胞、293細胞、Vero細胞、NIH 3T3細胞、Huh-7細胞、BHK細胞、PC12、COS細胞、COS-7細胞、RAT1細胞、マウスL細胞、ヒト胚性腎臓(HEK)細胞、及びHLHepG2細胞から選択される哺乳動物細胞株の細胞である、態様226の方法。
228.態様226または227の方法によって調製されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体を一過性または安定的に発現する1つ以上の細胞。
229.細胞が、マスキングされたTGF-β構築物または複合体を発現しない以外は同一の細胞と比較して、生存率が実質的に低下(5%、10%、または15%未満の低下)することなく、約25~約350mg/リットル以上(例えば、約25~約100、約100~約200、約200~約300、約300~約350mg/リットル、または350mg/リットル超)のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を発現する、態様228の細胞。
230.wtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含むマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与が、対象、細胞、組織、または体液中の1つ以上のT細胞(例えば、Th1、Th2、Th17、及び/またはTh22細胞などの炎症性T細胞)の調節をもたらす、態様138~142のいずれかの方法。
231.1つ以上のT細胞が、Th1細胞であり、調節が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-β、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない処置群(例えば、1人の対象、または2人以上の対象からの平均)の対象、細胞、組織、または体液中のインターフェロンγの量と比較して、Th1細胞の数の減少、Th1細胞によるインターフェロンγの発現もしくは分泌の減少、または対象、細胞、組織、もしくは体液中のインターフェロンγのレベルの減少によって評価される、態様230の方法。
232.1つ以上のT細胞が、Th2細胞であり、調節が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-β、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない処置群(例えば、1人の対象、または2人以上の対象からの平均)の対象、細胞、組織、または体液中のL-4、IL-5、及び/またはIL-13の量と比較して、Th2細胞の数の減少、Th2細胞によるIL-4、IL-5、及び/またはIL-13の発現もしくは分泌の減少、または対象、細胞、組織、または体液中のL-4、IL-5、及び/またはIL-13のレベルの減少によって評価される、態様230の方法。
233.1つ以上のT細胞が、Th17細胞であり、調節が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-β、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない処置群(例えば、1人の対象、または2人以上の対象からの平均)の対象、細胞、組織、または体液中のIL-17及び/またはIL-22の量と比較して、対象の細胞、組織、または体液中のTh17細胞の数の減少、Th17細胞によるIL-17及び/またはIL-22の発現もしくは分泌の減少、またはIL-17及び/またはIL-22のレベルの減少によって評価される、態様230の方法。
234.1つ以上のT細胞が、Th22細胞であり、調節が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-β、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない処置群(例えば、1人の対象、または2人以上の対象からの平均)の対象、細胞、組織、または体液中のIL-22、IL-13及び/またはTNF-αの量と比較して、対象の細胞、組織、または体液中のTh22細胞の数の減少、Th22細胞によるIL-22、IL-13及び/またはTNF-αのうちの少なくとも2つの発現もしくは分泌の減少、またはIL-22、IL-13及び/またはTNF-αのレベルの減少によって評価される、態様230の方法。
235.方法が、対象、または対象の細胞、組織、もしくは体液中のIL-4、IL-17、及び/もしくはインターフェロンγのうちの1つ以上の発現、分泌、またはIL-4、IL-17、及び/もしくはインターフェロンγのうちの1つ以上のレベルを評価することをさらに含む、態様234の方法。
236.T細胞が、バイスタンダーT細胞である、態様230~235のいずれかの方法。
237.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体が、ビタミンD(例えば、1α、25-ジヒドロキシビタミンD3またはビタミンD類似体(例えば、ビタミンD3)、mTOR阻害剤(例えば、ラパマイシン)、及び/またはレチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)のうちのいずれか1つ以上の投与前、投与中(同時もしくは併用投与)、または投与後に投与される、態様230~236のいずれかの方法。
238.マスキングされたTGF-β構築物または複合体が、wtまたは変異型IL-2 MODを含み、図1に示される構造を有する(構造A~Fを参照)、態様230~237のいずれかの方法。
239.Fc領域が、免疫グロブリンエフェクター配列を欠く(すなわち、wtタンパク質と比較して、補体成分1q(「C1q」)結合が減少し、したがって、補体依存性細胞傷害性に関与する能力が減少している)、態様238の方法。
240.投与が、T細胞媒介性炎症の低減をもたらす、態様137~142のいずれかの方法。
241.T細胞媒介性炎症が、遅延型過敏症反応である、態様240の方法。
242.哺乳動物(例えば、ヒト)対象またはその組織もしくは体液におけるT細胞媒介性炎症または疾患を治療する方法であって、態様1~135のいずれかの1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体、または態様136の核酸を投与することを含む、方法。
243.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、wtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列を含む(例えば、図10AのPSM-4033-4039を参照)、態様242の方法。
244.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体のうちの少なくとも1つが、(i)wtまたは変異型IL-2 MODポリペプチド配列と、(ii)wtまたは変異型PDL-L1ポリペプチド配列とを含む、態様242の方法。
245.1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体が、ビタミンD(例えば、1α,25-ジヒドロキシビタミンD3またはビタミンD類似体(例えば、ビタミンD3)、mTOR阻害剤(例えば、ラパマイシン)、及び/またはレチノイン酸(例えば、オールトランスレチノイン酸)のうちのいずれか1つ以上の投与前、投与中(同時もしくは併用投与)、または投与後に投与される、態様242~244のいずれかの方法。
246.投与が、
(i)1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体の投与前もしくは無投与の場合のいずれかの細胞の数、または
(ii)(例えば、疾患状態、年齢、性別、身長、体重、及び/または喫煙習慣のうちの1つ以上については)対象と一致するが、TGF-β、またはマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与されていない対照処置群(例えば、1人の対象、または2人以上の対象からの平均)の組織または体液中のTreg細胞の量と比較して、対象からの所定の体積の組織または体液(例えば、血液もしくはリンパ)中のFoxP3+Treg細胞(例えば、誘導された調節T細胞(iTreg)、胸腺由来Treg細胞(tTreg)、及び/または末梢Treg細胞(pTreg)のうちのいずれか1つ以上)の数の増加をもたらす、態様242~245のいずれかの方法。
247.所定の体積の組織または体液におけるTreg細胞(例えば、FoxP3+細胞、iTreg、tTreg、及び/またはpTreg)の数が、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を投与する前所定の体積の組織または体液におけるTregの数と比較して、または、1つ以上のマスキングされたTGF-β構築物または複合体を受容しなかった以外は一致する対照群の平均値と比較して、少なくとも5%(例えば、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも2倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍以上)増加する、態様246の方法。
248.T細胞媒介性炎症または疾患が、DTH応答である、態様242~247のいずれかの方法。
249.T細胞媒介性炎症または疾患が、変形性関節症、T細胞媒介性大腸炎、または多発性硬化症である、態様242~247のいずれかの方法。
VI.実施例
以下の実施例は、本発明の作成方法及び使用方法の開示及び説明についてより完全性を期すために当業者に提供するために提示するものであって、本発明について本発明者らが想定する範囲を限定することを意図するものではなく、また、以下の実験が実施される全てまたは唯一の実験であることを表すことを意図するものでもない。使用される数値(例えば、量、温度など)に関して正確性を確保するように努めてきたが、いくらかの実験誤差及び偏差が考慮されるべきである。特に明記されていない限り、部は重量部であり、分子量は重量平均分子量であり、温度は摂氏であり、圧力は大気圧またはその付近である。標準的な略語、例えば、bp:塩基対(複数可)、kb:キロベース(複数可)、μl:マイクロリットル(複数可)、pl:ピコリットル(複数可)、sまたはsec:秒(複数可)、min:分(複数可)、hまたはhr:時間(複数可)、aa:アミノ酸(複数可)、kb:キロベース(複数可)、bp:塩基対(複数可)、nt:ヌクレオチド(複数可)、i.m.:筋肉内(に)、i.p.:腹腔内(に)、s.c.:皮下(に)、wt.:野生型などが使用され得る。
A.実施例1
1 一本鎖ポリペプチドのマスキングされたTGF-β構築物
マスキングされたTGF-βタンパク質を提示する完全な一本鎖ポリペプチドの安定した発現を、所望の成分をコードする核酸を調製し、哺乳動物細胞の発現ベクターを使用して発現させることによって実証した。核酸は、N末端からC末端まで、MODポリペプチド配列(例えば、配列番号20などのwt.IL-2ポリペプチド配列、またはH16及び/もしくはF42での置換を有するそのIL-2ポリペプチドの変異型、Fc二量体化を防止する置換と共にL234A及びL235A置換を有するIgG1 Fc足場ポリペプチド配列、II型TGF-β受容体(例えば、D32N及び/またはD118A配列変動を有するTGF-βRIIBアイソフォームポリペプチド配列)、及びTGF-βポリペプチド配列(例えば、wt.TGF-β3またはC77S配列変異型)を含む、ポリペプチドをコードする。発現したタンパク質の全体的な構造を有する概略図を、構造Aとして図1に示し、その一例を、構築物3470(配列番号146)として図7Aに示し、かかるポリペプチドのaa配列の別の例は、標識したエレメントと整列させた構築物番号3472であり、配列番号157として図7Gに示す。哺乳動物系の(例えば、チャイニーズハムスター卵巣またはCHO細胞における)タンパク質発現に好適なプラスミド中で核酸を構築した後、タンパク質を発現させ、プロテインA及びサイズ分離クロマトグラフィーを使用して精製した。
構築物3470及び3472の構築及び単離に加えて、2つの追加の一本鎖ポリペプチドのマスキングされたTGF-β構築物、3466及び3468を調製した。構築物3470は、構築物3472、3466、及び3468(以下、(i)~(iii)として付番される)と共に、特に古典的なFc会合を通じて、実質的に二量体化しない一本鎖マスキングされたTGF-βタンパク質を調製することの実現可能性を実証する。ポリペプチドは、N末端からC末端まで、以下のポリペプチド配列を含む:
(i)wt.IL-2-IgG Fc-TβRIIΔ25(D32N、D118A)置換-TGF-β3(C77S)(図7G、構築物番号3472)配列番号157、
(ii)IL-2(H16T、F42A)-IgG Fc-TβRII Δ25(D118)-TGF-β3(C77S)(図7H、構築物番号3466)配列番号158、及び
(iii)IL-2(H16T、F42A)-IgG Fc-TβRII Δ25(D32N、D118)-TGF-β3(C77S)(図7I、構築物番号3468)配列番号159。
上記に示されるように、一本鎖ポリペプチドのマスキングされたTGF-β構築物は、Fc領域の二量体化を防止する、例えば、配列番号71のIgG1配列で付番されるL131(例えば、L131K)、T146(例えば、T146S)、P175(例えば、P175V)、F185(例えば、F185R)、Y187(例えば、Y187A)、及びK189(例えば、K189Y)での置換を含み得る。(i)~(iii)の上記構築物は、配列番号71のIgG1配列に番号を付したL131K、T146S、P175V、F185R、Y187A、及びK189Yを含む。
2 ヘテロ二量体ポリペプチド鎖
2つのポリペプチドからなるマスキングされたTGF-β複合体の安定的な発現を、TGF-βポリペプチド配列を含む第1のポリペプチドをコードする核酸と、TGF-β受容体ポリペプチド配列をコードする第2の核酸とを調製し、哺乳動物発現ベクター(例えば、CHO細胞内のプラスミド発現系)を用いてポリペプチドを発現させることにより、マスキングされたTGF-β構築物を実証した。第1のポリペプチドは、例えば、MODポリペプチド配列(例えば、wtまたは変異型IL-2ポリペプチド配列)、IgG Fc足場ポリペプチド配列(例えば、KiH Fc)、及びTGF-βポリペプチド配列(例えば、TGF-β1またはwt.TGF-β3を有するwt.または配列変異型)を含む(例えば、図7Jの構築物3618を参照)。第2のポリペプチドは、例えば、MODポリペプチド配列(例えば、wtまたは変異型IL-2ポリペプチド配列)、IgG Fc足場ポリペプチド配列(例えば、第1のポリペプチドのKiH配列の相手側)、及びII型TGF-β受容体(TGF-βRII)ポリペプチド配列(wtまたは配列変動を有する)を含む(例えば、図7Jの構築物3621を参照)。発現したタンパク質の概略構造を、構造Dとして図1に示す。1つのかかるポリペプチド対(iv.a)及び(iv.b)の発現及び精製(プロテインA及びクロマトグラフィーによるサイズ分離)は、N末端からC末端まで、以下のポリペプチド配列を含む:
(iv.a)IL-2(wt.MOD)-ノブインホールFc(例えば、ノブFc)-TGF-β3(wt.)、図7Jの構築物3618を参照、(配列番号148)、及び
(iv.b)IL-2(wt.MOD)-ノブインホールFc(例えば、ノブFc)-TβRII(D32N)、図7Jの構築物3621を参照、(配列番号160)。
構築物(iv.a)または(iv.b)において、IL-2ポリペプチドは、H16及び/またはH42における置換、例えば、H16T及びF42A置換、またはH16A及びF42A置換を含み得る。
3 マスキングされたTGF-β構築物の活性
様々な濃度の精製されたマスキングされたTGF-βポリペプチド複合体及び構築物(例えば、本実施例のパート1及び2で調製された構築物(i)~(iii)及びポリペプチド(vi.a)及び(vi.b)の複合体)を用い、ナイーブCD4細胞を誘導してFoxP3を産生する能力について試験した。アッセイについて、10個のナイーブCD4細胞を、5μg/mlの結合した抗CD3を含有するウェルに、1μg/mlの抗CD28、及びマスキングされたTGF-βポリペプチド複合体または構築物と共に示されるように播種した。培養開始から5日後、蛍光標識抗CD4及び抗FoxP3を使用して、フローサイトメトリーにより培養物中のFoxP3CD4+二重陽性細胞の数を評価した。TGF-β3またはTGF-β3のいずれか、及び組換えヒトIL-2 100U/mによる刺激を提供する対照実験も、並行して行った。
図6のAでは、wt.IL-2-IgG Fc(mFc)-TβRIIを含む、図1のAに示される全体構造尾を有するマスキングされたTGF-βと、D32N置換-TGF-β3との比較を、FoxP3発現について、IL-2の存在下または不在下でのwt.TGF-β3の効果と比較して試験した。図6のAに示される結果は、wt.TGF-β3が、試験条件下ではFoxP3を効果的に刺激しないが、wt.IL-2補充がFoxP3発現につながり得ることを示す。
図6のBでは、本実施例のパート1及び2に由来するマスキングされたTGF-β構築物(i)、(ii)及び(iii)と、ポリペプチド(iv.a)及び(iv.b)を含むマスキングされたTGF-β複合体との比較を、FoxP3発現について、IL-2の存在下でのwt.TGF-β3の効果と比較して試験した。図6のBに示される結果は、wt.IL-2を有するマスキングされたTGF-β構築物及び複合体が、H16T及びF42AのIL-2置換を有するものよりも強力であることを示す。H16T及びF42Aにおける置換は、FoxP3を発現する細胞数に基づく最大有効性の実質的な変化なしに、マスキングされた複合体の効力を約5ナノモルから約50ナノモルへ一桁大きくシフトさせる。図6のAに示される結果と同様に、マスキングされたTGF-β構築物及び複合体は、T細胞を誘導してFoxP3を産生することにおいてIL-2及びTGF-β3よりも効果的であった
CD4+及びFoxP3に基づく細胞のゲーティング及び分離の例を図6のCに示す。この結果は、1,000nMのマスキングされたTGF-β構築物で曝露された細胞におけるFoxP3の誘導により、同じ構築物0.1nMで曝露された細胞よりもFoxP3発現が約30倍増加することを示す。
B.実施例2
1 相互特異的でないものでの足場
このセクションでは、相互特異的足場を使用せず、したがって単量体であるか、または二量体化する場合であっても相手型の配列と優先的にヘテロ二量体を形成しない、マスキングされたTGFβ配列について説明する。
a.単一ポリペプチド鎖のマスキングされたTGF-β構築物
N末端からC末端まで、MODポリペプチド配列:wt.IL-2ポリペプチド配列(配列番号20)、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列、L234A及びL235A(「LALA」)、L351K、T366S、P395V、F405R、Y407A、ならびにK409Y置換を有するwt.IgG 1 aas11~215(Δ10)、D118A置換を有する成熟タンパク質のaa26~136aasのTGF-β RIIアイソフォームBポリペプチド配列(*D119A、図5Bの注記を参照)、及びC77S置換を有するヒト3型TGF-βアイソフォーム1ポリペプチド配列を含む、ポリペプチドをコードする核酸。発現したタンパク質の概略構造を、構造A(配列番号146)として図1に示す。タンパク質をプロテインA及びサイズクロマトグラフィーによって精製した。
b.ホモ二量体ポリペプチド複合体
N末端からC末端まで、MODポリペプチド配列(H16T及びF42A置換を有するIL-2、配列番号20)、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列(例えば、L234A及びL235A(「LALA」)置換を有するwt.IgG1)、D118A置換を有する成熟タンパク質のaa26~136aasのTGF-β RIIアイソフォームBポリペプチド配列(*D119A、図5Bの注記を参照)、及びC77S置換を有するヒト3型TGF-βアイソフォーム1ポリペプチド配列を含む、ポリペプチドをコードする核酸。発現したタンパク質の概略構造を構造Bとして図1に示す。標識されたエレメントと整列させた対応するaa酸配列を図7Bに示す(配列番号147)。タンパク質をプロテインA及びサイズクロマトグラフィーによって精製した。
2 相互特異的足場ポリペプチドを有する、ヘテロ二量体の、マスキングされたTGF-β複合体
a.各々IL-2 MODポリペプチドを有する相互特異的足場を有するヘテロ二量体のマスキングされたTGF-β複合体
2つのポリペプチドからなるマスキングされたTGF-β複合体の安定的な発現を、TGF-βポリペプチド配列を含む第1のポリペプチドをコードする核酸と、TGF-β受容体ポリペプチド配列をコードする第2の核酸とを調製し、哺乳動物発現ベクター(例えば、CHO細胞内のプラスミド発現系)を用いてポリペプチドを発現させることにより、マスキングされたTGF-β構築物を実証した。
第1のポリペプチドは、wt.IL-2ポリペプチド(配列番号20)、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列(例えば、L234A及びL235A(「LALA」)置換を有するwt.IgG1残基1~225)、及びT366W KiH「ノブ」置換、ならびにC77S置換を有するヒト3型TGF-βアイソフォーム1ポリペプチド配列を含む。
第2のポリペプチドは、wt.IL-2ポリペプチド(配列番号20)、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列(例えば、L234A及びL235A(「LALA」)置換を有するwt.IgG1残基1~225)、ならびにT366S、L368A及びY407V KiH「ホール」置換、ならびにD118A置換を有する成熟タンパク質のaa26~136aasのTGF-βRIIアイソフォームBポリペプチド配列を含む。発現したタンパク質の概略構造を、構造Dとして図1に示す。対応するaa酸配列を、標識されたエレメントと整列させ、図7Cに示す。発現及び精製(プロテインA、続いてサイズ排除クロマトグラフィー)により、ヘテロ二量体複合体を得る。
b.MODポリペプチドを担持する一本鎖の相互特異的足場を有するヘテロ二量体のマスキングされたTGF-β複合体
2つのポリペプチドからなるマスキングされたTGF-β複合体の安定的な発現を、TGF-βポリペプチド配列を含む第1のポリペプチドをコードする核酸と、TGF-β受容体ポリペプチド配列をコードする第2の核酸とを調製し、哺乳動物発現ベクター(例えば、CHO細胞内のプラスミド発現系)を用いてポリペプチドを発現させることにより、マスキングされたTGF-β構築物を実証した。第1のポリペプチドは、wt.IL-2ポリペプチド(配列番号20)、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列(例えば、L234A及びL235A(「LALA」)置換を有するwt.IgG1残基1~225)、及びT366W(ノブ)置換、ならびにC77S置換を有するヒト3型TGF-βアイソフォーム1ポリペプチド配列を含む。第2のポリペプチドは、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列(例えば、L234A及びL235A(「LALA」)置換を有するwt.IgG1残基1~225)、ならびにT366S、L368A及びY407V「ホール」置換、ならびにD118A置換を有する成熟タンパク質のaa26~136aasのTGF-βRIIアイソフォームBポリペプチド配列を含む。
発現したタンパク質の概略構造を図1に構造Eとして示す。標識されたエレメントと整列させた対応するaa酸配列を、図7Dに示す。発現及び精製(プロテインA、続いてサイズ排除クロマトグラフィー)により、ヘテロ二量体複合体を得る。
c.一本鎖担持MODポリペプチドを有する、相互特異的足場ポリペプチド安定化を有するヘテロ二量体のマスキングされたTGF-β複合体
2つのポリペプチドからなるマスキングされたTGF-β複合体の安定的な発現を、TGF-βポリペプチド配列を含む第1のポリペプチドをコードする核酸と、TGF-β受容体ポリペプチド配列をコードする第2の核酸とを調製し、哺乳動物発現ベクター(例えば、CHO細胞内のプラスミド発現系)を用いてポリペプチドを発現させることにより、マスキングされたTGF-β構築物を実証した。
第1のポリペプチドは、IL-2ポリペプチド配列(H16T及びF42A置換を有する配列番号20)、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列(例えば、L234A及びL235A(「LALA」)置換を有するwt.IgG1残基1~225)、及びT366W(ノブ)置換、D118A置換を有する成熟タンパク質のaa26~136aasのTGF-βRIIアイソフォームBポリペプチド配列、ならびにC77S置換を有するヒトTGF-β3型アイソフォーム1ポリペプチド配列を含む。
第2のポリペプチドは、IgG1 Fc足場ポリペプチド配列(例えば、L234A及びL235A(「LALA」)置換を有するwt.IgG1残基1~225)、ならびにT366S、L368A及びY407V「ホール」置換を含む。
発現したタンパク質の概略構造を、図1の構造Fとして構造の変形を示すが、第2のポリペプチド上の任意の免疫調節ポリペプチド配列を欠くものである。標識されたエレメントと整列させた対応するaa酸配列を図7Eに示す。発現及び精製(プロテインA、続いてサイズ排除クロマトグラフィー)により、ヘテロ二量体複合体を得る。
C.実施例3 発現及び精製
1つのマスキングされたTGF-β構築物をコードする核酸、2つのマスキングされたTGF-β複合体をコードする核酸、を調製した(図8を参照)。ExpiCHO細胞に核酸構築物をトランスフェクトし、細胞にポリペプチドを発現させることによって、複合体のサンプルを調製した。プロテインAクロマトグラフィー、続いてサイズ排除クロマトグラフィーによってポリペプチドを精製した。精製したタンパク質をSDS-PAGEし、得られたゲルをクマシーブルーで染色した。NR=還元されていないまたは非還元サンプル、R=還元されたサンプル(ジスルフィド還元剤による還元)。
D.実施例4 生物学的活性及びマスキングポリペプチドとTGF-βとの間の親和性
一連のマスキングされたTGF-β構築物を調製して、マスキングされた構築物におけるTGF-βの生物学的利用能を実証し、TβRIIと相互作用するその能力が、TGF-βポリペプチド配列に対するマスキングポリペプチドの親和性に反比例することを実証した。マスキングされたTGF-β構築物は、図1の形態構造Aであった。TGF-β1構築物(図9の表の中央行)は、N末端からC末端まで、IL-2ポリペプチド、IgG足場ポリペプチド、TβRIIマスキングポリペプチド、及びTGF-β1ポリペプチド配列を含む。TGF-β3構築物(図9の表の最右行)は、N末端からC末端まで、IL-2ポリペプチド、IgG足場ポリペプチド、TβRIIマスキングポリペプチド、及びTGF-β3ポリペプチド配列を含む。各構築物のマスキングポリペプチドは、配列番号119のN末端1~14(Δ14)欠失(図9の表の行1を参照)、または表9の行によって示されるaas1~25(Δ25)のN末端欠失のいずれか、及び追加の置換(変異)(例えば、E55A、D32N、S52Lなど)を含む。
TβRII-IgG融合タンパク質が抗IgG Fc抗体(図9の図中の斜線付きボックス内の「TβRII-FC」によって示される)を介して固定化されたマイクロタイタープレートのウェルに、マスキングされたTGF-β構築物の各々を様々な濃度で適用したキャプチャアッセイを使用して、上述のマスキングされたTGF-β1及びTGF-β3構築物とTβRIIとの相互作用を評価した。非結合構築物を洗い流した後、結合した構築物を検出し、ビオチン標識抗IL-2、続いて、450nmでのストレプトアビジン-西洋ワサビペルオキシダーゼ比色検出(3,3’,5,5’-テトラメチルベンジジン)を使用して測定した。
図9に示される結果は、Δ25~D118A構築物中のTβRIIマスクが、試験された構築物中のマスキングされたTGF-β1配列またはマスキングされたTGF-β3配列に対する最も低い親和性レベルを有していたことを示し、これは、マスキングされたTGF-β配列に対する親和性と反比例して変化する。固定化されたTβRII-Ig融合タンパク質(図9の「TβRII-FC」)に対するマスキングされた構築物の親和性に反映される。マスキング配列中のE55A、D32N、またはS52L置換の添加は、マスキングTβRII配列及びマスキングされたTGF-β1またはTGF-β3の解離定数にますます大きな影響を及ぼし、これは、外因性TβRII(この場合はTβRII-Ig融合物)に対するそれらのより低い親和性によって反映される。結果は、マスキングされたTGF-β複合体及びTGF-β受容体に対する構築物の親和性を、少なくとも2(例えば、2.5または3)桁超に特異的に制御することが可能であることを実証する。
E.実施例5 変異型IL-2 MODポリペプチドを有する一本鎖担持変異型IL-2 MODポリペプチドを有する相互特異的足場ポリペプチド安定化を有するヘテロ二量体のマスキングされたTGF-β複合体(PSM-4033-4039)の生物学的活性
図10Aに示すマスキングされたTGF-β複合体、PSM-4033-4039を調製した。複合体は、それぞれ、図10B及び10Cに示す第1のポリペプチド4033及び第2のポリペプチド4039を含む。次いで、PSM-4033-4039で一連の実験を行った。
実験1:ヒト末梢ナイーブCD4T細胞からのFoxp3iTregの誘導
ナイーブCD4+T細胞をヒト血液から選別し、抗ヒトCD3(5ug/mL)、抗ヒトCD28(1ug/mL)、及び増加するいくつかの用量のPSM-4033-4039、または陽性対照としての単一用量の組換えTGFb3及びIL-2を播種した。培養開始の5日後、フローサイトメトリーにより、転写因子Foxp3の発現について細胞を評価した。n=2、stdev。図11に提供される結果は、最大1,000nMの濃度でPSM-4033-4039で曝露された細胞におけるFoxP3の有意な誘導を示す。これらの結果は、他のマスキングされたTGF-β構築物及び複合体を用いて図6Bに示されるものと同様であり、本明細書に開示されるマスキングされたTGF-β3構築物及び複合体が、天然及び誘導体Tregの両方を含めたTregにおける、遺伝子発現の主な調節因子であり、Treg独自性及び機能の中心であるFoxP3の顕著な誘導に影響を及ぼし得ることをさらに実証する。
実験2:PSM-4033-4039誘導Foxp3iTregによるT細胞増殖の抑制
PSM-4033-4039で誘導されたFoxp3+制御性T細胞(iTreg)を、通常のT細胞(Tレスポンダー)に対して異なる比率で培養し、抗ヒトCD3(1ug/mL)及びマイトマイシンCで処理した末梢血単核細胞(PBMC)で刺激した。4日後のフローサイトメトリーにより、Tレスポンダー細胞中のセルトレースバイオレット(CTV)色素の希釈により増殖を評価した。図12に示されるデータは、3人のドナーの平均を表し、各々2回試験した。TGF-β3及びIL-2誘導された制御性T細胞または全末梢CD4+T細胞を、対照として、iTregの代わりに使用した。無添加のiTreg対照と比較した、CTVの希釈%の減少を、抑制と定義する(平均78%のCTV希釈)。この実験の結果は、本明細書に開示されるマスキングされたTGF-β3構築物及び複合体、例えば、PSM-4033-4039によって誘導されるFoxp3+制御性T細胞が、PBMC内の抗原提示細胞によって提供される、CD3架橋及び共刺激によって活性化されるT細胞の増殖を抑制することができることを実証する。
転写因子であるFoxp3の発現を超えたTregの決定的な特徴は、他の白血球の活性化及び機能を抑制する能力である。この実験は、本明細書に開示されるマスキングされたTGF-β3構築物及び複合体によって誘導されるiTregが、PBMC内の抗原提示細胞によって提供される、CD3架橋及び共刺激によって活性化されるT細胞の増殖を、確実に抑制することができることを実証する。
実験3:PSM-4033-4039による、ヒト末梢CD4T細胞からのFoxp3発現の誘導
総CD4+T細胞をヒト血液から選別し、抗ヒトCD3(5ug/mL)、抗ヒトCD28(1ug/mL)、及びPSM-4033-4039の増加用量を播種した。培養開始の5日後、フローサイトメトリーにより、転写因子Foxp3の発現について細胞を評価した。n=2。図13Aにデータを示す。
CD4+T細胞型の混合物中のどの細胞型がFoxp3発現細胞に分化し得るかを決定するために、異なる集団を選別し、PSM-4033-4039で個別に処理した。したがって、図13Aのドナーとは異なるドナーとなるナイーブ、トータル、及びメモリCD4+T細胞を、上記と同じ方式で選別し、PSM-4033-4039(300nM)の有無において培養し、5日目にフローサイトメトリーによりFoxp3を評価した。図13Bにデータを示す。
この実験でFoxp3発現細胞に分化した総CD4+T細胞は、ナイーブ及びメモリ末梢T細胞の両方を表し、これらは、本明細書に開示されるマスキングされたTGF-β3構築物及び複合体、例えばPSM-4033-4039が、インビボで投与されるときに遭遇する細胞型の混合物であると考えられる。このデータは、混合されたT細胞集団においても、本明細書に開示されるマスキングされたTGF-β3構築物及び複合体、例えばPSM-4033-4039が、制御性Tを規定する遺伝子発現の主なレギュレーターであるFoxp3を発現する細胞の頻度を増加させることができることを示す。図13Bに示される結果は、PSM-4033-4039が、ナイーブCD4+T細胞よりも低い頻度ではあってもメモリCD4+T細胞を誘導してFoxp3+細胞に分化させることができることを示す。
実験4:同種他家リンパ球反応によって活性化されたCD4T細胞からのPSM-4033-4039によるFoxp3iTregの誘導
総末梢CD4+T細胞をヒト血液から選別し、同種他家単球由来DC(moDC)で播種して、T細胞増殖を誘導した。T細胞を対照としての自家moDCと混合し、同種他家または自家ドナーによる組み合わせの両方を、追加の対照としての可溶性抗CD3(1ug/mL)で処理した。T細胞をセルトレースバイオレット(CTV)色素で標識して、同種他家による活性化に応答した細胞をトレースした。Foxp3の増殖及び発現を5日目にフローサイトメトリーにより解析し、Foxp3を発現する増殖細胞の頻度を図14A及びBにプロットした。2つのドナーの組み合わせを示す。n=2、stdev。とりわけ、この結果は、骨髄または幹細胞を移植された患者で生じる移植片対宿主病の治療のための、本明細書に開示されるマスキングされたTGF-β3構築物及び複合体、例えば、PSM-4033-4039の利用有用性を実証する。
実験5:PSM-4033-4039を使用したマウスにおけるPK実験
PSM-4033-4039を、0.1、1、または10mg/kgでBalb/cマウスに単回用量として静脈内投与した。次いで、末梢血清サンプルを、投与から5分、2、8、24、及び72時間後に採取した。次に、抗IL2抗体を用いて分子を捕捉するリガンド結合アッセイを用いてPSM-4033-4039の血清濃度を測定し、抗TGFB3抗体を用いて分子を検出した。図15に示す結果は、本明細書に開示されるマスキングされたTGF-β3構築物及び複合体、例えば、PSM-4033-4039が、投与後72時間を超えて生物学的に適切な濃度で血清中に存在し続け得ることを示す。構築物4033の配列を図10B(配列番号191)に示し、構築物4039の配列を図10C(配列番号192)に示す。
実験6:PSM-4033-4039によるFoxP3の誘導
FoxP3+緑色蛍光タンパク質融合タンパク質(Foxp3-eGFP)を発現するFoxP3+レポーターマウスに由来する選別されたCD4+単一陽性Foxp3-eGFP陰性胸腺細胞を、抗CD3(1μg/mL、プレート結合)及び抗CD28(2μg/mL、可溶性)抗体で刺激し、培地(対照)、組換えヒトTGF-β3(5ng/mL)及びIL-2(100U/mL)の組合わせ、またはPSM-4033-4039(30nM)のいずれかで処置した。7日後、Foxp3-eGFP陽性細胞をフローサイトメトリーによって評価した。図16のパネルAに示されるように、TGF-β3及びIL-2を用いた併用処置(190万個の細胞)、ならびにPSM-4033-4039を用いた処置(200,000個の細胞)の両方が、対照処置(100,000個を超える細胞)と比較して、FoxP3発現を誘導した。選別されたCD4+Foxp3-eGFP陰性胸腺細胞上のFoxP3のPSM-4033-4039誘導の用量曲線を、図16のパネルBに提供する。
実験7:PSM-4033-4039誘導TレッグによるTエフェクター細胞増殖の抑制
マウスCD4+T細胞(25,000個)を、抗CD3(0.5μg/mL、可溶性)抗体及び脾細胞(ウェル当たり50K)でシミュレートし、実験6で調製されたFoxP3を発現する様々な量のPSM-4033-4039誘導Tregの存在下でTエフェクター細胞増殖を誘導した。T細胞の増殖を、培養の5日後の細胞増殖染料であるカルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル(CFSE)の希釈によって評価し、増殖指数として記述される、応答細胞が受けた分裂の平均数として表した。図17に示される結果は、PSM-4033-4039誘導TregがTエフェクター細胞増殖を低減することを示した。
実験8:PSM-4033-4039処置がFoxp3+制御性T細胞の生存につながる
Foxp3-eGFPを発現するFoxP3+レポーターマウス(実験6を参照)の末梢に由来する選別されたCD4+Foxp3-eGFP+制御性T細胞(>98%純粋)を、抗CD3(1ug/mL、プレート結合)及び抗CD28(2ug/mL、可溶性)抗体で刺激し、対照培地、組換えIL-2(100U/ml)、組換えヒトTGF-β3(5ng/mL)及びIL-2(100U/mL)の組み合わせ、またはPSM-4033-4039(200nM)で処置した。Foxp3+細胞の頻度を、6日目にフローサイトメトリーによって評価した。全ての処置は、図18に示されるように、未処置の対照と比較して、FoxP3+制御性T細胞の維持につながる。
実験9:PSM-4033-4039処置が、進行中の自己免疫性胃炎を有するマウスにおけるCD4+Foxp3+T細胞の割合を増加させる
TxA23 T細胞受容体(TCR)トランスジェニックマウスが、4週齢までに100%の疾患浸透率で自己免疫性胃炎を自発的に発症する。TxA23マウスで発現されたCD4T細胞の大部分は、胃の壁細胞で発現されたプロトンポンプ(H/KATPase)に由来する自己抗原に特異的なTCRを有する。
4週齢を超えるTxA23マウスを、PSM-4033-4039(1mg/kg )で処置し、図19に示されるように、CD4+Foxp3+T細胞の割合を、7日目にフローサイトメトリーによって評価した。対照リン酸緩衝生理食塩水(「PBS」)で処置されたマウスの血液からの結果をパネルAに示し、PSM-4033-4039で処置されたマウスの結果をパネルBに示す。PBSで処置されたマウスの胃リンパ節のCD4Foxp3T細胞評価をパネルCに提供し、PMS-4033-4039で処置されたマウスの結果をパネルDに提供する。図19のパネルEは、PBSで処置された3匹のTxA23マウス及びPSM-4033-4039で処置された3匹のTxA23マウスの胃リンパ節におけるFoxp3CD4細胞のレベルを比較する。PBSまたはPSM-4033-4039で処置されたTxA23マウスにおけるFoxp3CD4T細胞の画分を、血液についてはパネルF(パネルA及びBの比較)に、胃リンパ節についてはパネルG(パネルC及びDの比較)に示す。PBSで処置された対照マウスと比較して、PSM-4033-4039処置マウスは、血液及び胃リンパ節におけるCD4Foxp3T細胞の割合が有意に増加した。結果は、PSM-4033-4039処置が、活動性自己免疫疾患を有するマウスにおいて、制御性T細胞を全身的に及び疾患関連リンパ節内で増加させ得ることを示す。
1mg/kgにおけるPSM-4033-4039を用いた7日間の処置コースを与えられたTxA23マウスも、胃上皮細胞マーカーKi67に対するTエフェクター細胞の低減を示す。PSM-4033-4039処置後、マウスは、PBSを受けたマウスと比較して、胃リンパ節(パネルI)におけるKi67FoxP3CD4細胞の数の減少に反映される、Ki67(パネルH)に特異的なTCRを有するエフェクターT細胞の数の低減及びTregの増加を示した。上皮細胞マーカーKi67に特異的なTエフェクターの低減及びTregの増加は、自己免疫性胃炎を有するマウスの疾患組織における自己反応性T細胞増殖の低減と一致する。
実験10:従来のiTreg及びPSM-4033-4039誘導iTregによって発現される表現型マーカーの比較
従来のiTreg及びPSM-4033-4039誘導iTregによって発現される表現型マーカーを比較した。図20に示されるように、従来のiTreg及びPSM-4033-4039誘導iTregによる表現型マーカーCD25、CTL4、PD1、GITR、CD38、CD73、及びGARPの発現は、実質的に類似していた。
実施例6 ヘテロ二量体のマスキングされたTGF-β複合体PSM-4033-4039が、T細胞媒介性炎症を抑制する
マウス遅延型過敏症(DTH)モデルを使用して、マスキングされたTGF-β/IL-2複合体がT細胞駆動型炎症を抑制し得ることを実証した。実験では、1日目に、マウスにキーホールリンペットヘモシアニン(KLH)を後脇腹に注射した。次いで、マウスを4つの群に分けた。第1の群(ビヒクル対照)は、1日目にPBS-生理食塩水の注射のみを受けた。第2及び第3の群は、0.3mg/kgまたは1.0mg/kgのいずれかで、1日目にPSM-4033-4039の単回用量(図10A~10Cを参照)を受けた。マウスの第4群(陽性対照)には、研究の全体を通して1日1回(q.d.)シクロスポリンAが与えられた。7日目に、マウスに、KLHを左耳介において投与し、7日目から10日目まで毎日、耳介の厚さの変化を測定した。図21に示される結果は、単回用量のPSM-4033-4039がDTH応答の阻害をもたらしたことを示す。加えて、データは、応答が用量依存的であることを示す。
本発明における特定の実施形態を参照して本開示を説明してきたが、本開示の真の趣旨及び範囲を逸脱することなく、様々な変更を行うことが可能であること、また均等物で置き換え可能であることを当業者は理解するであろう。加えて、多くの修正を行って、特定の状態、材料、物質の組成物、プロセス、プロセスステップ(単数または複数)を、本開示の目的、趣旨、及び範囲に適合させてもよい。全てのこのような修正は、本明細書に添付する特許請求の範囲の範囲内であることを意図している。

Claims (39)

  1. 代謝疾患または代謝障害の治療または予防を提供する方法であって、代謝疾患または代謝障害の治療または予防を必要とする個体に、(i)1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物、(ii)1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β複合体、及び/または(iii)前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物もしくは複合体をコードする1つ以上の核酸のいずれかを投与することを含む、前記方法。
  2. 前記代謝障害が、遺伝性代謝疾患または障害である、請求項1に記載の方法。
  3. 前記代謝障害が、後天性代謝疾患または障害である、請求項1に記載の方法。
  4. 前記代謝疾患または前記代謝障害が、家族性高コレステロール血症、ゴーシェ病、ハンター症候群、クラッベ病、メープルシロップ尿症、異染性白質ジストロフィー、嚢胞性線維症、ミトコンドリア脳症、乳酸アシドーシス、脳卒中様発作(MELAS)、ニーマン・ピック病、フェニルケトン尿症(PKU)、ポルフィリン症、鎌状赤血球貧血症、テイ・サックス病及びウィルソン病からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
  5. 前記代謝疾患または前記代謝障害が、2型糖尿病(T2D)、前T2D、非アルコール性脂肪肝疾患(NAFLD)、及び非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
  6. 前記代謝疾患または前記代謝障害が、T2Dまたは前T2Dである、請求項5に記載の方法。
  7. 前記代謝疾患または前記代謝障害が、NAFLDである、請求項5に記載の方法。
  8. 前記代謝疾患または前記代謝障害が、NASHを含むNAFLDである、請求項5に記載の方法。
  9. A)前記マスキングされたTGF-β構築物が、
    i)足場ポリペプチド配列と、
    ii)TGF-βポリペプチド配列と、
    iii)TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列から任意に選択されるマスキングポリペプチド配列と、
    iv)任意に、1つ以上の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
    v)任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含む、第1のポリペプチドを含み、
    前記マスキングポリペプチド配列及び前記TGF-βポリペプチド配列が、互いに結合し、
    B)前記マスキングされたTGF-β複合体が、ヘテロ二量体として互いに結合された第1のポリペプチド及び第2のポリペプチドを含み、
    (i)前記第1のポリペプチドが、
    a)相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列と、
    b)TGF-β受容体ポリペプチド配列または抗TGF-βポリペプチド配列から任意に選択されるマスキングポリペプチド配列と、
    c)任意に、1つ以上の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
    d)任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
    (ii)前記第2のポリペプチドが、
    a)前記第1のポリペプチド中の前記相互特異的二量体化配列に対応する相互特異的二量体化配列を含む、足場ポリペプチド配列と、
    b)TGF-βポリペプチド配列と、
    c)任意に、1つ以上(例えば1つ、2つ以上)の独立して選択されるMODポリペプチド配列と、
    d)任意に、(例えば、前記第2のポリペプチドの前述のポリペプチド配列のいずれかの間の)1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列と、を含み、
    前記マスキングポリペプチド配列及び前記TGF-βポリペプチド配列が、互いに結合し、
    相互特異的結合配列及び対応する相互特異的結合配列が、前記ヘテロ二量体において互いに相互作用し、
    前記マスキングされたTGF-βの第1のポリペプチド及び/または前記第2のポリペプチドが、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む、請求項1~8のいずれか1項に記載の方法。
  10. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約50mg/kg体重の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項9に記載の方法。
  11. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約10mg/kg体重、または約10mg/kg体重~約20mg/kg体重の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項9に記載の方法。
  12. 1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β複合体を、それを必要とする個体に投与することを含み、
    (i)前記第1のポリペプチドが、N末端からC末端まで、
    a)1つまたは2つ(もしくはそれ以上)の独立して選択されるMOD配列、前記相互特異的二量体化配列を含む前記足場ポリペプチド配列、及び前記マスキングポリペプチド配列、または
    b)前記相互特異的二量体化配列を含む前記足場ポリペプチド配列、及び前記マスキングポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記第2のポリペプチドが、N末端からC末端まで、1つまたは2つの独立して選択されるMOD配列と、前記対応する相互特異的二量体化配列を含む前記足場ポリペプチド配列と、前記TGF-βポリペプチド配列とを含む、請求項9に記載の方法。
  13. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、補体依存性細胞傷害性(CDC)及び/または抗体依存性細胞傷害性(ADCC)を通して細胞溶解を誘導するIgポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異を含む、Ig Fcポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、I型(TβRI)、II型(TβRII)またはIII型(TβRIII)TβRのエクトドメイン断片を含む、TGF-β受容体(「TβR」)ポリペプチド配列であり、前記MODポリペプチド配列が、独立して、PD-L1、FAS-L、4-1BBL、IL-2、IL-10 MODポリペプチド配列、及びそれらの変異型からなる群から選択される、請求項12に記載の方法。
  14. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、KiH、KiHs-s、HA-TF、ZW-1、7.8.60、DD-KK、EW-RVT、EW-RVTs-s、及びA107配列ペアからなる群から選択される、相互特異的二量体化配列及び対応する相互特異的二量体化配列のペアを含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号117または119~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチドを含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号112または113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含み、前記MODポリペプチド配列が、独立して、IL-2 MODポリペプチド配列及びそれらの変異型からなる群から選択される、請求項13に記載の方法。
  15. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、KIHまたはKIHs-s相互特異的二量体化配列及び対応する相互特異的二量体化配列ペアを含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号121~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチドを含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含み、かつC77S置換を含み、前記MODポリペプチド配列が、独立して、H16A及び/またはF42A配列決定置換を含む、IL-2 MODポリペプチド配列及びIL-2変異型MODポリペプチド配列からなる群から選択される、請求項14に記載の方法。
  16. 1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β複合体を、それを必要とする個体に投与することを含み、
    前記マスキングされたTGF-β複合体が、配列番号191のポリペプチド(構築物4033)及び/もしくは配列番号103のポリペプチド(構築物4039)を含むか、または
    前記マスキングされたTGF-β複合体が、配列番号191もしくは192に対して少なくとも90%もしくは95%のaa配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項9に記載の方法。
  17. 前記マスキングされたTGF-β複合体が、構築物4033及び4039(配列番号191及び192)からなる、請求項9に記載の方法。
  18. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約50mg/kg体重の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項12に記載の方法。
  19. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約10mg/kg体重、または約10mg/kg体重~約20mg/kg体重の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項12に記載の方法。
  20. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約50mg/kg体重の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項15に記載の方法。
  21. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約10mg/kg体重、または約10mg/kg体重~約20mg/kg体重の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項15に記載の方法。
  22. 1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物を、それを必要とする個体に投与することを含み、前記第1のポリペプチドが、N末端からC末端まで順番に、
    i)前記足場ポリペプチド配列、前記マスキングポリペプチド配列、及び前記TGF-βポリペプチド配列、
    ii)第1のMODポリペプチド配列、前記足場ポリペプチド配列、前記マスキングポリペプチド配列、及び前記TGF-βポリペプチド配列、または
    iii)第1の独立して選択されるMODポリペプチド配列、第2の独立して選択されるMODポリペプチド配列、前記足場ポリペプチド配列、前記マスキングポリペプチド配列、及び前記TGF-βポリペプチド配列、を含み、
    前記マスキングされたTGF-β構築物が、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む、請求項9に記載の方法。
  23. (i)前記足場ポリペプチド配列が、補体依存性細胞傷害性(CDC)及び/または抗体依存性細胞傷害性(ADCC)を通して細胞溶解を誘導する前記Igポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異を含む、Ig Fcポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、I型(TβRI)、II型(TβRII)またはIII型(TβRIII)TβRのエクトドメイン断片を含む、TGF-β受容体(「TβR」)ポリペプチド配列であり、
    前記TGF-β構築物が、任意に、ホモ二量体を形成する、請求項22に記載の方法。
  24. (i)前記足場ポリペプチド配列が、CDC及び/またはADCCを実質的に低減または排除する変異を含み、配列番号71~78に示されるIgG1 Fcポリペプチド配列の少なくとも200個の連続するaaに対して少なくとも約90%または少なくとも約95%のaa配列同一性を有するIgG1 Fcポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号117または119~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチド配列を含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号112または113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含み、
    前記TGF-β構築物が、任意に、ホモ二量体を形成する、請求項23に記載の方法。
  25. (i)前記足場ポリペプチド配列が、LALA(L234A及びL235A)変異を含むIgG1 Fc配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号121~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチドを含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含み、かつC77S置換を含み、
    前記TGF-β構築物が、任意に、ホモ二量体を形成する、請求項24に記載の方法。
  26. 前記足場ポリペプチドが、二量体化配列を含む、請求項23に記載の方法。
  27. 前記マスキングされたTGF-β構築物が、2つのマスキングされたTGF-β構築物を含むマスキングされたTGF-βホモ二量体を形成し、前記2つのマスキングされたTGF-β構築物の前記足場ポリペプチド配列が、任意に、互いに1つ以上の共有結合を有し、任意に、前記足場が、CDC及び/またはADCCを通して細胞溶解を誘導する前記Igポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異を含むIg Fcポリペプチドを含む、請求項26に記載の方法。
  28. 前記マスキングされたTGF-β構築物の前記足場ポリペプチドが、相互特異的二量体化配列を含む、請求項26に記載の方法。
  29. 前記マスキングされたTGF-β構築物が、マスキングされたTGF-β複合体ヘテロ二量体を形成するように前記第1のポリペプチドと二量体化された第2のポリペプチドをさらに含み、前記第2のポリペプチドが、前記第1のポリペプチドの前記相互特異的結合配列の対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列を含み、前記相互特異的結合配列及び前記対応する相互特異的結合配列が、前記ヘテロ二量体において互いに相互作用し、
    任意に、前記足場配列が、CDC及び/またはADCCを通して細胞溶解を誘導する前記Igポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異を含むIg Fcポリペプチドを含む、請求項28に記載の方法。
  30. 前記第2のポリペプチドが、N末端からC末端まで、
    (i)前記対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、
    (ii)1つまたは2つの独立して選択されるMOD配列、及び前記対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、
    (iii)前記対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及び1つまたは2つの独立して選択されるMOD配列、あるいは
    (iv)1つまたは2つの独立して選択されるMOD配列、前記対応する相互特異的二量体化配列を含む足場ポリペプチド配列、及び1つまたは2つの独立して選択されるMOD配列を含み、
    前記第1及び/または前記第2のポリペプチドが、任意に、1つ以上の独立して選択されるリンカーポリペプチド配列を含む、請求項29に記載の方法。
  31. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、CDC及び/またはADCCを通して細胞溶解を誘導する前記Igポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異を含むIg Fcポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、I型(TβRI)、II型(TβRII)またはIII型(TβRIII)TβRのエクトドメイン断片を含む、TGF-β受容体(「TβR」)ポリペプチド配列である、請求項30に記載の方法。
  32. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、CDC及び/またはADCCを実質的に低減または排除する変異を含み、配列番号71~78に示されるIgG1 Fcポリペプチド配列の少なくとも200個の連続するaaに対して少なくとも約90%または少なくとも約95%のaa配列同一性を有する、IgG1 Fcポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号117または119~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチド配列を含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号112または113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含む、請求項31に記載の方法。
  33. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、LALA変異を含むIgG1 Fc配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号121~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチドを含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含み、かつC77S置換を含む、請求項32に記載の方法。
  34. 前記第2のポリペプチドが、N末端からC末端まで、
    (i)前記対応する相互特異的二量体化配列を含む前記足場ポリペプチド配列、前記マスキングポリペプチド配列、及び前記TGF-βポリペプチド配列、
    (ii)第1のMODポリペプチド配列、前記対応する相互特異的二量体化配列を含む前記足場ポリペプチド配列、任意にTGF-β受容体ポリペプチド配列である前記マスキングポリペプチド配列、及び前記TGF-βポリペプチド配列、または
    (iii)第1の独立して選択されるMODポリペプチド配列、第2の独立して選択されるMODポリペプチド配列、前記対応する相互特異的二量体化配列を含む前記足場ポリペプチド配列、任意にTGF-β受容体ポリペプチド配列である前記マスキングポリペプチド配列、及び前記TGF-βポリペプチド配列を含む、請求項29に記載の方法。
  35. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、CDC及び/またはADCC)を通して細胞溶解を誘導する前記Igポリペプチドの能力を実質的に低減または排除する変異を含むIg Fcポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、I型(TβRI)、II型(TβRII)またはIII型(TβRIII)TβRのエクトドメイン断片を含む、TGF-β受容体(「TβR」)ポリペプチド配列である、請求項34に記載の方法。
  36. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、CDC及び/またはADCCを実質的に低減または排除する変異を含み、配列番号71~78に示されるIgG1 Fcポリペプチド配列の少なくとも200個の連続するaaに対して少なくとも約90%または少なくとも約95%のaa配列同一性を有する、IgG1 Fcポリペプチド配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号117または119~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチド配列を含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号112または113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含む、請求項35に記載の方法。
  37. (i)前記第1及び前記第2のポリペプチドの前記足場ポリペプチド配列が、LALA変異を含むIgG1 Fc配列を含み、
    (ii)前記マスキングポリペプチド配列が、配列番号121~123に提供されるTβRIIポリペプチド配列の少なくとも100個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTβRIIポリペプチドを含み、
    (iii)前記TGF-βポリペプチド配列が、配列番号113の少なくとも90個の連続するaaに対して少なくとも90%または少なくとも95%のaa配列同一性を有するTGF-β3ポリペプチド配列を含み、かつC77S置換を含む、請求項36に記載の方法。
  38. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約50mg/kg体重の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項23~37のいずれか1項に記載の方法。
  39. 前記1つ以上の独立して選択されるマスキングされたTGF-β構築物または複合体の1つ以上の用量が投与され、前記1つ以上の用量が、約1mg/kg体重~約10mg/kg体重、または約10mg/kg体重~約20mg/kg体重)の範囲で独立して選択される量の前記TGF-β構築物または複合体を含む、請求項38に記載の方法。
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