JP2023542447A - 代謝の健康を改善するための細菌株を含む組成物 - Google Patents

Abstract

【解決手段】本明細書で提供されるのは、特に、細菌の１つ又は複数の生物学的に純粋な株を含む組成物並びに１種又は複数の肥満関連障害の処置及び／又は予防を、それを必要とする対象において行うためにこの組成物を製造及び使用する方法である。【選択図】図１Ａ

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年４月３日に出願された米国仮特許出願第６３／００４，６１７号明細書に対する優先権を主張し、この開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書で提供されるのは、特に、対象における代謝の健康を改善するのに有用な細菌組成物並びにこの細菌組成物を製造及び使用する方法である。

ヒトの消化管は、微生物の複雑で多様な生態系を含む。腸内細菌は、共生生物であるだけでなく、その宿主との共生的な共進化も遂げる。腸内微生物叢と宿主との間の相互作用は、複雑である。有益な腸内細菌には、多数の重要な機能があり、宿主の様々な生理学的機能に直接的又は間接的に影響を及ぼし、例えば宿主に栄養を提供し、腸内病原体により引き起こされる感染を予防し、且つ正常な免疫応答を調節する。微生物叢組成の不均衡により、宿主中で様々な疾病状態が引き起こされることが確立されている。従って、宿主の健康状態を維持及び改善するために、腸内微生物叢を改変して、生態系の好ましい均衡及び消化管中に存在する微生物の活性を達成、回復及び維持することが必要である。

第一世代のプロバイオティクスは、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属及びビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属に主に由来する生存微生物であり、これは、消化管の微量成分であるか又は乳製品スターター培養物としての使用に由来することが多い。従来、第一世代のプロバイオティクスは、腸及び免疫の健康を主に目的としている。Ｂ．ラクティス（Ｂ．ｌａｃｔｉｓ）Ｂ４２０等の一部は、代謝の健康に関しても有益な活性（例えば、体脂肪量の減少並びに血糖及びインスリンのある程度の改善）を示すことが分かっている。しかしながら、現在の第一世代のプロバイオティクスは、グルコース及びインスリンの代謝に関して最適な解決策を提供するとは思われず、即ち２型糖尿病、糖尿病予備軍又はメタボリックシンドロームの潜在的な処置又は予防薬として最適な解決を提供するとは思われない。

従って、必要なのは、代謝的に健康な個体の消化管中での自然発生に基づいて同定される、代謝の健康を維持及び最適化し、且つ疾患を予防する能力に基づいて選択されているさらなる微生物である。

本明細書で開示される主題は、これらの必要に対処し、且つさらなる利点も提供する。

本明細書で提供されるのは、特に、細菌の１つ又は複数の生物学的に純粋な株を含む組成物並びに１種又は複数の肥満関連障害（例えば、限定されないが、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患）の処置及び／又は予防を、それを必要とする対象において行うためにこの組成物を製造及び使用する方法である。

従って、一部の態様では、本明細書で提供されるのは、（ａ）ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）の生物学的に純粋な株；（ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＧｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＤＳＭ）に寄託されているプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株；及び／又は（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株の少なくとも１つ又は複数を含む組成物である。一部の実施形態では、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、（ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株；及び／又は（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株を含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、（ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株の同定特性の全てを有する生存株；（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株の同定特性の全てを有する生存株；及び／又は（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）若しくは番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株を、（Ａ）単独で；且つ／又は（ｂ）これらの株の１つ又は複数に由来する培養上清と組み合わせてのいずれかで含む。一部の実施形態では、この組成物は、（ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株；及び（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株を含む。一部の実施形態では、この組成物は、（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株を含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株又は番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株；及び（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）又は番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株を含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、経口投与のために製剤化される。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ）又は凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ ｄｒｉｅｄ）される。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、カプセル化又はコーティングされる。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、食品、食品成分、栄養補助食品又は医薬品である。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、少なくとも約１×１０^４ＣＦＵ／ｇ組成物～少なくとも約１×１０^１２ＣＦＵ／ｇ組成物の細菌は、この組成物中に存在する。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、プロバイオティクスである。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、低温殺菌又は熱処理されている。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、医薬組成物であり、且つ少なくとも１種の薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤をさらに含む。

さらなる態様では、本明細書で提供されるのは、（ａ）ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）の生物学的に純粋な株；（ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＧｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＤＳＭ）に寄託されているプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株；及び／又は（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株の少なくとも１つ又は複数に由来する単離された細菌細胞外小胞（ＥＶ）を含む組成物である。一部の実施形態では、この組成物は、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）及び／又は（ｄ）に由来する１種又は複数の細菌をさらに含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、（ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株に由来するＥＶ；及び／又は（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株に由来するＥＶを含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、（ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；及び／又は（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）若しくは番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶを、（Ａ）単独で；且つ／又は（ｂ）これらの株の１つ又は複数に由来する培養上清と組み合わせてのいずれかで含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、（ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株に由来するＥＶ；及び（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株に由来するＥＶであって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、ＥＶを含む。一部の実施形態では、この組成物は、（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株に由来するＥＶを含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株又は番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；及び（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）又は番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶを含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、経口投与のために製剤化される。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ）又は凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ ｄｒｉｅｄ）される。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、カプセル化又はコーティングされる。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、食品、食品成分、栄養補助食品又は医薬品である。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、少なくとも約１×１０^４ＣＦＵ／ｇ組成物～少なくとも約１×１０^１２ＣＦＵ／ｇ組成物の細菌は、この組成物中に存在する。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、プロバイオティクスである。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成物は、低温殺菌又は熱処理されている。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この組成部は、医薬組成物であり、且つ少なくとも１種の薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤をさらに含む。

他の態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書で開示される組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれかを含む錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ又はグミである。

さらなる態様では、本明細書で提供されるのは、（ａ）（ｉ）本明細書で開示される組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれか；又は（ｉｉ）本明細書で開示される錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ若しくはグミと、ｂ）対象への投与に関する指示書とを含むキットである。

さらに別の態様では、本明細書で提供されるのは、１種又は複数の肥満関連障害の処置及び／又は予防を、それを必要とする対象において行う方法であって、この対象に、本明細書で開示される組成物のいずれか又は本明細書で開示される錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ若しくはグミのいずれかの治療上有効な量を投与することを含む方法である。一部の実施形態では、この肥満関連障害は、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患からなる群から選択される１種又は複数の障害である。

追加の態様では、本明細書で提供されるのは、組成物を製造する方法であって、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株と、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株とを組み合わせることを含む方法である。一部の実施形態では、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）は、番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）は、番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株又は番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株を含み；アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）又は番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株を含む。本明細書で開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、この方法は、この組成物を凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ ｄｒｙｉｎｇ）させるか又は凍結乾燥（ｌｙｐｏｈｉｌｉｚｉｎｇ）させることをさらに含む。

他の態様では、本明細書で提供されるのは、１種又は複数の肥満関連障害の予防及び／又は処置を、それを必要とする対象において行う際に使用するための組成物であって、この対象に対する、本明細書で開示される組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれか又は本明細書で開示される錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ若しくはグミのいずれかを含む組成物である。一部の実施形態では、この肥満関連障害は、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患からなる群から選択される１種又は複数の障害である。他の態様では、本明細書で提供されるのは、糖尿病、炎症、酸化ストレス、神経外傷及び神経変性疾患、オピオイド嗜癖、気分障害、認知障害及び癌の処置及び／又は予防のために腸内でアグマチンを産生するための供給源を提供する方法であって、対象に、本明細書で開示される組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれか又は本明細書で開示される錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ若しくはグミのいずれかを投与することを含む方法である。

本明細書で説明される態様及び実施形態のそれぞれは、この実施形態又は態様に関連して明示的又は明確に除外されない限り、組み合わせて使用され得る。

本明細書全体を通して、様々な特許、特許出願及び他のタイプの刊行物（例えば、雑誌の記事、電子データサービス実体等）が参照される。本明細書で引用される全ての特許、特許出願及び他の刊行物の開示は、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。

肥満体の前糖尿病者と比較した、痩せた健康体で測定された差次的に豊富な糞便の１６Ｓ ｒＲＮＡ操作的分類単位（ＯＴＵ）と、スピアマンの相関係数解析を使用する臨床代謝マーカーへの対応する関連とを示す。 痩せた健常者と、肥満体の前糖尿病者（高いＢＭＩ、インスリン及びグルコース）とを比較する臨床研究から同定されたインテスティニモナス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ユウバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と分類学的に定義されたＯＴＵを示し、代謝の健康との明らかな関係を示す。

ＡＦ３３６０００９株と、Ｏｕｗｅｒｋｅｒｋ ｅｔ ａｌ．，２０１６に含まれていたウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）の株とからなる系統樹を示す。この樹を１０００個のブートストラップによる近隣結合法により再構築した。数字は、ブートストラップ値を表す。凡例のバーは、５％配列相違を示す。クラミディア・トラコマティス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）をアウトグループとして使用した。

ＡＦ３３６０００９株の走査型電子顕微鏡写真を示す。ＹＣＦＡ（右側）と比較して、ＹＣＦＡ及びムチンで増殖させた場合（左側）、この株は、楕円形であるか又は細長く、フィラメント様構造を有する。

ＤＩＯマウスモデルにおけるインスリンレベルに対するユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の効果を示すグラフを示す。

ＤＩＯマウスモデルにおけるレプチンレベルに対するユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の効果を示すグラフを示す。

ＤＩＯマウスモデルにおける耐糖能に対するユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の効果を示すグラフを示す。 ＤＩＯマウスモデルにおける耐糖能に対するユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の効果を示すグラフを示す。

ＤＩＯマウスモデルにおけるコレステロールレベルに対するユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の効果を示すグラフを示す。

ＤＩＯマウスモデルにおけるレジスチンレベルに対するユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の効果を示すグラフを示す。

Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、Ａ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）及びＡＦ３３６０００９株の公的に利用可能なゲノムを比較するアッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）ｇＡＮＩ樹状図を示す。

ＤＩＯモデルにおける体重に対するインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結、低温殺菌及び凍結乾燥）の効果を示す。

体脂肪重量に対するインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結、低温殺菌及び凍結乾燥）の効果を示す。

肝臓重量に対するインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結、低温殺菌及び凍結乾燥）の効果を示す。

ＤＩＯモデルにおけるインスリンレベルに対するインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結、低温殺菌及び凍結乾燥）の効果を示す。

ＨＯＭＡ－ＩＲによるインスリン抵抗性の測定を示す。

ＤＩＯモデルにおけるレプチンレベルに対するインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結、低温殺菌及び凍結乾燥）の効果を示す。

ＤＩＯモデルにおけるプラスミノーゲン活性化因子阻害因子１（ＰＡＩ１）レベルに対するインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結、低温殺菌及び凍結乾燥）の効果を示す。

ＤＩＯモデルにおけるレジスチンレベルに対するインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結、低温殺菌及び凍結乾燥）の効果を示す。

アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）によるＳＣＦＡの産生を示す。

アグマチンのＣＥ－ＴＯＦＭＳ相対ピーク面積のサンプル比較を示す。

アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株による細胞外ＡＴＰの除去を示す。

これまでの多くの研究から、プロバイオティック細菌（例えば、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属及びビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属の細菌）は、有益な腸内細菌コロニーの増殖を補助することが分かっているが、特定の有益なプロバイオティック株は、宿主の代謝経路をよりよい方向に変え得るとも思われる。微生物は、炭水化物及び脂質の代謝に影響を及ぼし且つ腸及び全身の両方の炎症プロセスを調節する生理活性物質を産生する。そのため、肥満及び肥満関連障害の制御に有効な栄養補助食品及びプロバイオティック食品を特定することへの関心が高まっている。

本出願の発明者らは、驚くべきことに、一般的に使用されるプロバイオティクスであるラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）及びビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）以外の微生物が、腸の代謝を成功裏に変え得ること及び肥満に関連する状態を寛解させ得ることを発見している。この有益な微生物は、標準体重の健常者の消化器系中で富化されていること及び１種又は複数の肥満関連障害に罹患している個体では欠乏していることの両方が判明した。ヒトでの肥満をモデル化したマウスの食餌へのこの有益な微生物の１種又は複数の補充により、肥満に関連する否定的な状態に関連する１つ又は複数の測定基準の実質的な改善が見られた。

Ｉ．定義
本明細書で使用される場合、「微生物（ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ）」又は「微生物（ｍｉｃｒｏｂｅ）」は、細菌、真菌、ウイルス、原生動物及び他の微生物又は微視的生物を指す。

本明細書で使用される場合、「プロバイオティクス」は、動物により消費される（即ち動物飼料として又は動物飼料の成分として消費される）組成物であって、適切な量で投与された場合に対象に健康上の利益を付与する、生存能力がある（即ち生存している）微生物（即ち生存可能且つ増殖可能である微生物）を含む組成物を指す（全体が参照により本明細書に組み込まれるＨｉｌｌ ｅｔ ａｌ．２０１４ Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｓ Ｇａｓｔｒｏ＆Ｈｅｐ １１，５０６－５１４を参照されたい）。プロバイオティクスは、本明細書で説明される微生物株のいずれかの１つ又は複数（例えば、１、２、３又は４つのいずれか）を含み得る。プロバイオティクスは、例えば、低温殺菌又は熱処理より死滅している細菌組成物とは区別される。本明細書で開示される方法の特定の実施形態では、１種又は複数の代謝障害の処置のための、生存能力がない細菌組成物の投与も企図される。

細菌「株」は、本明細書で使用される場合、成長又は増殖した場合に遺伝的に変化しないままである細菌を指す。同一細菌の多様性も包含される。

「少なくとも１種の株」は、単一株を意味するが、微生物の少なくとも２種の株を含む株の混合物も意味する。「少なくとも２種の株の混合物」は、２、３、４、５、６種又はより多くの株の混合物を意味する。株の混合物の一部の実施形態では、割合は、１％～９９％で変化し得る。混合物が２種超の株を含む場合、これらの株は、この混合物中に実質的に等しい割合で存在し得るか又は異なる割合で存在し得る。

本開示の目的のために、「生物学的に純粋な株」は、株であって、この株の複製を妨げるのに十分な量か又は通常の細菌学的技法により検出可能であるのに十分な量で他の細菌株を含まない株を意味する。「単離された」は、本明細書で説明される生物及び培養物に関連して使用される場合、生物学的に純粋な株のみならず、天然に見られるものと異なる形で増殖されるか又は維持される生物の任意の培養物も包含する。一部の実施形態では、この株は、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）株、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）株及び／又はアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）株の変異体、バリアント又は誘導体であり、このアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）及び／又はアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）によりもたらされる利益に相当する利益ももたらすＡ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではなく、このアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない。一部の実施形態では、この株は、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）株、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）株及び／又はアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）株であって、このアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）株の同定特性（ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ）の全てを有する株である。さらに、個々の株（ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）及び／若しくはアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）、ここで、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない）又はこれらの株の任意の組合せも、本明細書で説明される利益の１つ又は複数をもたらし得る。他の微生物株、担体、添加剤、酵素等の添加によっても、対象における１種又は複数の代謝状態の１種又は複数の利益又は改善がもたらされ、且つ実質的に異なる細菌株が構成されないことも明らかであろう。

「１６Ｓ ｒＲＮＡ」又は「１６ＳリボソームＲＮＡ」という用語は、原核生物のリボソームの小サブユニットを構成するｒＲＮＡを意味する。細菌では、この配列を利用して、操作的分類単位を同定して特徴付け得る。

「配列同一性」又は「配列類似性」という用語は、本明細書で使用される場合、２つのポリヌクレオチド配列（即ち候補配列及び参照配列）がこの候補配列の全長にわたり同一である（即ち配列同一性１００％）か又は類似している（即ちヌクレオチド対ヌクレオチド基準で類似している）ことを意味する。候補配列と参照配列との比較において、これらの２つの配列を最適にアラインメントした場合、候補配列は、参照配列（付加も欠失も含まない）と比較して付加又は欠失（即ちギャップ）を含み得る。配列同一性を求めるための配列の最適なアラインメントを、当技術分野で既知のあらゆる公的に利用可能なローカルアラインメントアルゴリズム（例えば、ＡＬＩＧＮ若しくはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ））を使用して行い得るか、又は精査により行い得る。

「配列同一性（％）」又は「配列類似性（％）」という用語は、参照配列に関して本明細書で使用される場合、配列同一性％が最大になるように、必要に応じてギャップを挿入して配列を最適にアラインメントさせた後の、参照ポリヌクレオチド配列中の残基と同一である、候補配列中のヌクレオチド残基の百分率と定義される。

本明細書で使用される場合、「対象」又は「患者」という用語は、哺乳動物（例えばヒト）を意味する。一部の実施形態では、対象は、関連する疾患、障害又は状態に罹患しており、これらの疾患、障害又は状態として下記が挙げられるが、これらに限定されない：１種又は複数の代謝障害、例えば肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害又は状態に罹患しやすい。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害又は状態の１種又は複数の症状又は特性を示す。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害又は状態のいかなる症状も特性も示さない。一部の実施形態では、対象は、疾患、障害又は状態に対する感受性又はこれらのリスクの１種又は複数の特徴的な特性を有する者である。一部の実施形態では、対象は、患者である。一部の実施形態では、対象は、診断及び／又は治療が施され、且つ／又は施されている個体である。

本明細書で使用される場合、「予防する」、「予防すること」、「予防」及びこれらの文法的変化形は、障害又は状態（例えば、１種若しくは複数の代謝障害、例えば、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患）並びに／又はその付随する症状の１つ若しくは複数の発症又は再発を部分的に又は完全に遅延させるか又は妨げる方法を指すか、対象が障害若しくは状態を獲得するか若しくは再獲得することを禁止することを指すか、又は対象が障害若しくは状態若しくはその付随する症状の１つ若しくは複数を獲得するか若しくは再獲得するリスクを低減させることを指す。

本明細書で使用される場合、特定の特色、特性、特徴、生物学的プロセス又は現象に関する「低減すること」という用語は、その特定の特色、特性、特徴、生物学的プロセス又は現象の減少を指す。この特色、特性、特徴、生物学的プロセス又は現象は、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％又は１００％を超えて減少し得る。

本明細書で使用される場合、「投与する」又は「投与すること」は、例えば、給餌するか又は経口摂取させることにより、１種又は複数の微生物株を含む１種又は複数の組成物を対象に導入する行為を意味する。この１種又は複数の微生物株を含む組成物をまた、１回又は複数回の用量でも投与し得る。

本明細書で使用される場合、「有効な量」は、対象における１つ又は複数の測定基準を改善するための、１種又は複数の微生物株を含む組成物の量を意味する。対象の１つ又は複数の測定基準の改善（例えば、限定されないが、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患のいずれかの処置及び／又は予防）を、本明細書で説明されるように測定し得るか、又は当技術分野で既知の他の方法により測定し得る。

本明細書では、特定の範囲は、「約」という用語に先行される数値で示される。「約」という用語は、本明細書では、この用語が先行する正確な数並びにこの用語が先行する数に近いか又は近似する数に関するリテラルサポートを提供するために使用される。ある数が、具体的に列挙された数に近いか又は近似的であるかどうかの判定では、列挙されていない近いか又は近似的な数は、この数が示されている文脈において、具体的に列挙された数の実質的な等価を提供する数であり得る。例えば、ある数値に関して、「約」という用語は、この用語が文脈において別途明確に定義されない限り、この数値の－１０％～＋１０％の範囲を指す。

本明細書で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」及び「その」は、別途文脈が明記しない限り、複数の言及を含む。

さらに、特許請求の範囲が任意の任意選択的な要素を排除するように記載され得ることにもさらに留意されたい。そのため、この記載は、特許請求の範囲の要素の列挙又は「消極的な」限定の使用に関連して「のみ」、「唯一の」及び同類のもののような排他的な用語を使用するための先行する根拠として機能することが意図される。

「～から本質的になる」という用語は、本明細書で使用される場合、この用語の後の成分が、総組成物の３０重量％未満であり且つこの成分の作用又は活性に寄与も干渉もしない総量の他の既知の成分の存在下で存在する組成物を指すことにも留意されたい。

さらに、「含む」という用語は、本明細書で使用される場合、「含む」という用語の後の成分を含むが、これに限定されないことを意味することに留意されたい。「含む」という用語の後の成分は、必要であるか又は必須であるが、この成分を含む組成物は、他の非必須の又は任意選択的な成分をさらに含み得る。

「からなる」という用語は、本明細書で使用される場合、「からなる」という用語の後の成分を含み且つこの成分に限定されることを意味することにも留意されたい。従って、「からなる」という用語の後の成分は、必要とされているか又は必須であり、この組成物中には、他の成分は、存在しない。

本明細書全体を通して与えられる全ての数値の上限が、全てのより低い数値の限界を、あたかもそのようなより低い数値の限界が本明細書で明示されたかのように含むことが意図される。本明細書全体を通して与えられる全ての数値の下限は、全てのより高い数値の限界を、あたかもそのようなより高い数値の限界が本明細書で明示されたかのように含むであろう。本明細書全体を通して与えられる全ての数値範囲は、そのようなより広い数値範囲内に入る全てのより狭い数値範囲を、あたかもそのようなより狭い数値範囲が全て本明細書で明示されたかのように含むであろう。

別途本明細書で定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。

用語の他の定義が、本明細書全体を通して出現する場合がある。

ＩＩ．組成物
Ａ．株
本明細書で開示される、有益な微生物含有組成物を、生理的ストレス（疾患状態、代謝状態等）の期間中の対象への投与のための栄養補助食品、食品添加物及び治療薬として使用し得るか、又は疾患を予防するための及び健康な腸代謝を促進するための日常の栄養レジメンの一部として使用し得る。プロバイオティクスは、生存能力がある微生物を含むこの組成物に使用され得る別の用語である。「生存能力がある微生物」という用語は、代謝的に活性であるか又は分化する能力がある微生物を意味する。一部の実施形態では、本明細書で開示される有益な微生物含有組成物として、生存能力があるプロバイオティクス製品が挙げられ、且つ／又は特定の実施形態では、生存能力がない細菌を含む組成物（例えば、熱処理又は低温殺菌された組成物）が挙げられる。

本明細書で提供される株として、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）の生物学的に純粋な株、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株；プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の生物学的に純粋な株及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又はアッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、純粋な株が挙げられる。

Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、それぞれＧｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ ＧｍｂＨ（ＤＳＭ），Ｉｎｈｏｆｆｅｎｓｔｒａβｅ ７Ｂ，３８１２４ Ｂｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ，ＧＥＲＭＡＮＹに２０２０年３月４日に寄託されており、アクセッション番号ＤＳＭ ３３４５８、ＤＳＭ ３３４６０、ＤＳＭ ３３４５７及びＤＳＭ ３３４５９が付与された。この寄託は、特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の規定に基づいて行われた。本明細書で提供される１種又は複数の株を、非限定的な一実施形態においてプロバイオティクスとして使用し得る。

本微生物含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）として、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか；例えばＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株ＤＳＭ ３３４５８）を含む組成物が挙げられ得る。Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）は、硬い細胞壁を特徴とする、ユウバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）のグラム陽性菌である。この有益な微生物含有組成物として、Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）の１種又は複数の株と、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）及び／又はアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか）とを含む組成物がさらに挙げられ得る。

本微生物含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）として、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか；例えばＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＤＳＭ ３３４６０）を含む組成物が挙げられ得る。Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）は、胞子形成活性を有しない、平均直径が０．５μｍであり長さが１．８μｍである非運動性のグラム陰性桿菌である（Ｄｕｒａｎｄ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｎｅｗ Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｎｅｗ Ｉｎｆｅｃｔ．，１５：１－２）。この有益な微生物含有組成物として、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１種又は複数の株と、Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）及び／又はアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか）とを含む組成物がさらに挙げられ得る。一部の実施形態では、この有益な微生物含有組成物は、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）と、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（例えば、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではないアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）、例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９）との両方を含む。加えて、一緒に培養されるか又は投与される場合、１種又は複数のＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株（例えば、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＤＳＭ ３３４６０）及び１種又は複数のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ．）株ＤＳＭ ３３４５９）は、個別に培養されたＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株（例えば、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＤＳＭ ３３４６０）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９）株が欠いている１種又は複数の生理的な又は代謝的な特性を示す。これらの特性として下記が挙げられ得るが、これらに限定されない：産生される有機酸の量及び／若しくは種類の変化、代謝プロファイルの変化並びに／又は細菌が一緒に培養される培地の組成の変化。

本微生物含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）として、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか、例えばＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株ＤＳＭ ３３４５７）を含む組成物が挙げられ得る。Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）は、通常は腸内で見つかるグラム陰性菌である。この有益な微生物含有組成物として、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）の１種又は複数の株と、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）及び／又はアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか）とを含む組成物がさらに挙げられ得る。

本微生物含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）として、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか）であって、このアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、株（例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９）を含む組成物が挙げられる。２０１６年まで、この属には、単一の既知の種（即ちＡ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ））が含まれていた。この年に、腸管内ムチン分解菌の一種であるアッケルマンシア・グリカンフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｐｈｉｌａ）が、アミメニシキヘビの糞便から初めて単離された（Ｏｕｗｏｒｋｅｒｋ，ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．６６（１１）：４６１４－４６２０）。下記でより詳細に説明するように、理論に拘束されないが、本発明者らは、９５％同一の種境界カットオフを下回る、単離されたアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）及びＡ．グリカンフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｐｈｉｌａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）に基づいて、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）の新種を同定したと考えている（Ｇｏｒｉｓ，ｅｔ ａｌ．，２００７，Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ，５７，８１－９１．）。一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有組成物のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）のゲノムと比較して、ｇＡＮＩが９５％未満であり、例えば、約９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％又は８８％（例えば８７．５８％）のいずれかである。別の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有組成物のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９）は、Ａ．グリカンフィラ（Ａ．ｇｌｙｃａｎｐｈｉｌａ）のゲノムと比較して、ｇＡＮＩが９５％未満であり、例えば、約９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、９６％、９５％、９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、８６％、８５％、８４％、８３％、８２％、８１％、８０％、７９％、７８％、７７％、７６％、７５％、７４％、７３％、７２％又は７１％（例えば７０．１７％）のいずれかである。本有益な微生物含有組成物として、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の１種又は複数の株と、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）及び／又はＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）の１種又は複数の株（例えば、約１、２、３、４、５、６、７若しくは８種又はより多くの株のいずれか）とを含む組成物がさらに挙げられ得る。

本明細書で開示される微生物含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）は、配列番号１を含む１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも約９７．０％の配列類似性（例えば、約９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％又は１００％の配列類似性のいずれか）を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する１種又は複数のＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株を含み得る。この有益な微生物含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）は、配列番号２を含む１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも約９７．０％の配列類似性（例えば、約９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％又は１００％の配列類似性のいずれか）を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する１種又は複数のＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株を含み得る。この有益な微生物含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）は、配列番号３を含む１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも約９７．０％の配列類似性（例えば、約９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％又は１００％の配列類似性のいずれか）を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する１種又は複数のＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株を含み得る。

本明細書で開示される微生物含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）は、１種若しくは複数のユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）株（例えば、Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株ＤＳＭ ３３４５８）、１種若しくは複数のインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株（例えば、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＤＳＭ ３３４６０）、１種若しくは複数のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）株であって、このアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、株（例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９）及び／又は１種若しくは複数のプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）株（例えば、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株ＤＳＭ ３３４５７）（即ち、この組成物は、これらの株に由来する実際の細菌（生存能力があるか又は生存能力がない）を含む）並びに／又はこれらの株の（個々での又は共培養での）培養に由来する１種又は複数の培養上清を含み得る。

Ｂ．製剤
一般的に、本明細書で開示される微生物含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）は、１種又は複数の細菌株等の細菌を含む。本発明の一部の実施形態では、この組成物は、凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ－ｄｒｉｅｄ）形態又は凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ）形態で製剤化される。例えば、この微生物含有組成物は、本明細書で開示される細菌株を含む顆粒又はゼラチンカプセル（例えば、硬質ゼラチンカプセル）を構成し得る。

一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有組成物は、凍結乾燥細菌を含む。細菌の凍結乾燥は、当技術分野で十分に確立された手順である。代わりに、この微生物含有組成物は、生きている活性な細菌の培養物を含み得る。

一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有組成物のいずれかは、腸への本細菌株の送達を可能にするためにカプセル化される。カプセル化により、この組成物は、例えば、化学的刺激又は物理的刺激（例えば、圧力、酵素活性又はｐＨの変化により引き起こされ得る物理的崩壊）による破壊による、標的位置での送達までの崩壊から保護される。任意の適切なカプセル化方法を使用し得る。例示的なカプセル化技術として、多孔質マトリックスス内への封入、固体担体表面上での付着又は吸着、凝集剤又は架橋剤による自己凝集及び多孔質膜又はマイクロカプセル内への機械的格納が挙げられる。

本明細書で開示される微生物含有組成物を経口で投与し得、且つこの組成物は、錠剤、カプセル剤又は散剤の形態であり得る。インビボでの送達並びに／又は部分的な若しくは全体的な定着及び生存を改善するために、酸素捕捉剤及びプレバイオティクス基質として、他の成分（例えば、ビタミンＣ又はミネラル）が含まれ得る。代わりに、本明細書で開示される微生物含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）を食品若しくは栄養製品（例えば、乳若しくはホエイベースの発酵乳製品）として経口投与し得るか、又は医薬製品として経口投与し得る。

本明細書で開示される微生物含有組成物をプロバイオティクスとして製剤化し得る。代わりに、本明細書で開示される微生物含有組成物を、生存能力がない細菌組成物（例えば、低温殺菌又は熱処理された細菌組成物）として製剤化し得る。

本明細書で開示される微生物含有組成物は、本明細書で開示される細菌株の治療上有効な量を含む。細菌株の治療上有効な量は、患者に対して有益な効果を発揮するのに十分である。細菌株の治療上有効な量は、対象の腸への送達及び／又はこの腸の部分的な若しくは全体的な定着をもたらすのに十分であり得る。

例えば、成人に関する本細菌の好適な１日用量は、約１×１０^３～約１×１０^１１コロニー形成単位（ＣＰＵ）であり得、例えば、約１×１０^７～約１×１０^１０ＣＰＵであり得；別の例では、約１×１０^６～約１×１０^１０ＧＰＵであり得；別の例では、約１×１０^７～約１×１０^１１ＣＰＵであり得；別の例では、約１×１０^８～約１×１０^１０ＣＰＵであり得；別の例では、約１×１０^８～約１×１０^１１ＣＰＵであり得る。特定の実施形態では、本細菌の用量は、１日当たり少なくとも１０^９個の細胞であり、例えば、１日当たり少なくとも１０^１０個、少なくとも１０^１１個又は少なくとも１０^１２個の細胞である。

特定の実施形態では、本微生物含有組成物は、この組成物の重量に関して約１×１０^６～約１×１０^１１ＣＦＵ／ｇの量で本細菌株を含み、例えば、約１×１０^８～約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇで含む。用量は、例えば、１ｇ、３ｇ、５ｇ及び１０ｇであり得る。

特定の実施形態では、本細菌株の量は、本組成物の重量に関するグラム当たり約１×１０^３～約１×１０^１１コロニー形成単位である。

特定の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有組成物のいずれかを５００ｍｇ～１０００ｍｇ、６００ｍｇ～９００ｍｇ、７００ｍｇ～８００ｍｇ、５００ｍｇ～７５０ｍｇ又は７５０ｍｇ～１０００ｍｇの用量で投与する。特定の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有組成物のいずれか中の凍結乾燥細菌を５００ｍｇ～１００ｍｇ、６００ｍｇ～９００ｍｇ、７００ｍｇ～８００ｍｇ、５００ｍｇ～７５０ｍｇ又は７５０ｍｇ～１０００ｍｇの用量で投与する。

典型的には、プロバイオティクスは、少なくとも１種の好適なプレバイオティクス化合物と任意選択的に組み合わされる。プレバイオティクス化合物は、通常、上部消化化管中で分解されないか又は吸収されない非消化性炭水化物（例えば、オリゴ糖若しくは多糖又は糖アルコール）である。既知のプレバイオティクスとして、イヌリン及びトランスガラクトオリゴ糖等の市販品が挙げられる。

特定の実施形態では、本明細書で開示されるプロバイオティクス組成物は、この組成物の全重量に関して約１～約３０重量％（例えば、約５～２０重量％）の量でプレバイオティクス化合物を含むように製剤化される。炭水化物は、下記からなる群から選択され得る：フラクトオリゴ糖（即ちＦＯＳ）、短鎖フラクトオリゴ糖、インスリン、イソマルトオリゴ糖、ペクチン、キシロオリゴ糖（即ちＸＯＳ）、キトサンオリゴ糖（即ちＣＯＳ）、ヒトミルクオリゴ糖、ベータ－グルカン、変性アラビアガム及び難消化性デンプン、ポリデキストロース、Ｄ－タガトース、アカシア繊維、イナゴマメ、カラスムギ並びに柑橘類繊維。一態様では、本プレバイオティクスは、短鎖フラクトオリゴ糖（簡略化のために、本明細書では下記においてＦＯＳｓ－ｃ．ｃと示す）であり、前記ＦＯＳｓ－ｃ．ｃは、一般的にテンサイ糖の変換により得られ且つ３つのグルコース分子が結合しているサッカロース分子を含む消化不能の炭水化物である。一部の実施形態では、本明細書で開示されるプレバイオティクスのいずれかを、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属及びビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属（例えば、Ｂ．ラクティス（Ｂ．ｌａｃｔｉｓ）Ｂ４２０）に由来する追加のプロバイオティクスと共に製剤化し得る。

本明細書で開示される微生物含有組成物は、薬学的に許容される賦形剤又は担体をさらに含み得る。治療での使用に許容される担体又は希釈剤は、薬学分野で公知である。好適な担体の例として下記が挙げられるが、これらに限定されない：ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトール及び同類のもの。好適な希釈剤の例として、エタノール、グリセロール及び水が挙げられるが、これらに限定されない。医薬用担体、賦形剤又は希釈剤の選択は、意図された投与経路及び標準的な医薬慣習を考慮して選択され得る。本医薬組成物は、担体、賦形剤若しくは希釈剤として、又はこれらに加えて、任意の好適な結合剤、潤滑剤、懸濁剤、コーティング剤（例えば、小腸若しくは大腸に到達するまで溶解若しくは分解しない胃耐性腸溶性コーティング剤）若しくは可溶化剤を含み得る。好適な結合剤の例として下記が挙げられるが、これらに限定されない：デンプン、ゼラチン、天然糖、例えばグルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、ベータ－ラクトース、トウモロコシ甘味料、天然ガム及び合成ガム、例えば、アカシア、トラガカント又はアルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース並びにポリエチレングリコール。好適な潤滑剤の例として、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム及び同類のものが挙げられるが、これらに限定されない。本医薬組成物中には、保存料、安定剤、色素、さらには香味料が提供され得る。保存料の例として、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸及びｐ－ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられるが、これらに限定されない。酸化防止剤及び懸濁剤も使用し得る。

本明細書で開示される微生物含有組成物を食品として製剤化し得る。例えば、食品は、例えば栄養補助食品において、本発明の治療効果に加えて栄養面での利益を提供し得る。同様に、本発明の組成物の食味を増強するか、又は医薬組成物よりもむしろ一般的な食品に類似させることによってこの組成物をより魅力的に消費させるように食品を製剤化し得る。特定の実施形態では、本微生物含有組成物は、乳ベースの製品として製剤化される。「乳ベースの製品」という用語は、本明細書で使用される場合、脂質含有量が様々なあらゆる液体又は半固体の乳ベース又はホエイベースの製品を意味する。乳ベースの製品は、例えば、下記であり得る：牛乳、ヤギ乳、ヒツジ乳、脱脂乳、全乳、いかなる加工も行うことなく粉乳及びホエイから還元された乳又は加工品、例えばヨーグルト、凝乳、カード、酸乳、酸全乳、バター乳及び他の酸乳製品。別の重要な群として、乳飲料、例えばホエイ飲料、発酵乳、練乳、幼児又は乳児用ミルク；フレーバーミルク、アイスクリーム；砂糖菓子等の乳含有食品が挙げられる。

特定の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有組成物は、単一の細菌株又は細菌種を含み、いかなる他の細菌株又は細菌種も含まない。そのような組成物は、他の細菌株又は細菌種の微少量又は生物学的に無関係な量のみを含み得る。そのような組成物は、他の生物種が実質的に存在しいてない培養物であり得る。特定の実施形態では、本発明の組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６種の細菌株又は細菌種からなる。特定の実施形態では、この組成物は、１～１０種（例えば１～５種）の細菌株又は細菌種からなる。

本明細書で開示される方法に従った使用のための微生物含有組成物は、販売承認を必要とする場合も又は必要としない場合もある。

場合により、凍結乾燥細菌株を投与前に再構成する。場合により、この再構成は、本明細書で説明される希釈剤の使用による。

本明細書で開示される微生物含有組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤又は担体を含み得る。

特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で開示される細菌株；及び薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤を含む医薬組成物であって、この細菌株は、それを必要とする対象に投与され場合に疾患を処置するのに十分な量で存在し、この障害は、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患からなる群から選択される、医薬組成物である。

特定の実施形態では、本発明は、上記の医薬組成物であって、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール及びソルビトールからなる群から選択さされる担体を含む医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、上記の医薬組成物であって、エタノール、グリセロール及び水からなる群から選択される希釈剤を含む医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、上記の医薬組成物であって、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、ベータ－ラクトース、トウモロコシ甘味料、アカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム及び塩化ナトリウムからなる群から選択される賦形剤を含む医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、上記の医薬組成物であって、保存料、酸化防止剤及び安定剤の少なくとも１つをさらに含む医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、上記の医薬組成物であって、安息香酸ナトリウム、ソルビン鎖及びｐ－ヒドロキシ安息香酸のエステルからなる群から選択される保存料を含む医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、本発明は、上記の医薬組成物であって、前記細菌株は、凍結乾燥される、医薬組成物を提供する。

特定の実施形態では、上記の医薬組成物であって、約４℃又は約２５℃で密封容器中に保存され、及びこの容器は、５０％相対湿度の雰囲気中に置かれる場合、コロニー形成単位で測定された場合の細菌株の少なくとも８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％又は１０％が少なくとも約１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１年、１．５年、２年、２．５年又は３年の期間後に残存する、医薬組成物である。

本明細書で開示される細菌株を、実施例セクションで説明されるか又は当技術分野で公知のもの等の標準的な微生物学的技法を使用して培養し得る。

追加の実施形態では、本明細書で開示される細菌株の１つ又は複数を、細菌細胞外小胞（ＥＶ）を含む組成物（例えば医薬組成物）として製剤化し得る。本明細書で使用される場合、「細胞外小胞」又は「ＥＶ」という用語は、細菌脂質と、ナノ粒子に含まれる細菌タンパク質、及び／又は細菌核酸、及び／又は炭水化物部分とを含む、細菌に由来する組成物を指す。このＥＶは、１、２、３、４、５、１０種又は１０種超の異なる脂質種を含み得る。ＥＶは、１、２、３、４、５、１０種又は１０種超の異なるタンパク質種を含み得る。ＥＶは、１、２、３、４、５、１０種又は１０種超の異なる核酸種を含み得る。ＥＶは、１、２、３、４、５、１０種又は１０種超の異なる炭水化物種を含み得る。本明細書で使用される場合、「精製されたＥＶ組成物」又は「ＥＶ組成物」という用語は、原料中に見出される少なくとも１種の関連物質から分離される（例えば、少なくとも１種の他の細菌成分から分離される）ＥＶを含む調製物を指すか、又はこの調製物を製造するために使用される任意のプロセスにおいて、このＥＶに関連する任意の物質から分離されるＥＶを含む調製物を指す。この用語は、有意に富化又は濃縮されている組成物も指す。一部の実施形態では、ＥＶは、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１００倍、１０００倍、１０，０００倍又は１０，０００倍超で濃縮される。

本明細書で説明されるＥＶを、当技術分野で既知の任意の方法を使用して調製し得る。一部の実施形態では、ＥＶを、ＥＶ精製工程を行うことなく調製する。例えば、一部の実施形態では、本明細書で説明されるＥＶを含む細菌を、細菌ＥＶをインタクトのまま残す方法を使用して死滅させ、得られた細菌成分（例えばＥＶ）を、本明細書で説明される方法及び組成物で使用する。一部の実施形態では、この細菌を、抗生物質を使用して（例えば、本明細書で説明される抗生物質を使用して）死滅させる。一部の実施形態では、この細菌を、ＵＶ照射を使用して死滅させる。一部の実施形態では、本明細書で説明されるＥＶを１種又は複数の他の細菌成分から精製する。細菌からＥＶを精製する方法は、当技術分野で既知である。一部の実施形態では、ＥＶを、Ｓ．Ｂｉｎ Ｐａｒｋ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．６（３）：ｅｌ７６２９（２０１１）又はＧ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５）（これらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）で説明される方法を使用して細菌培養物から調製する。一部の実施形態では、本細菌を高い光学密度まで培養し、次いで遠心分離して細菌をペレット化する（例えば、４℃での３０分にわたる１０，０００×ｇ）。一部の実施形態では、次いで培養上清をフィルタに通して、インタクトな細菌細胞を除外する（例えば０．２２μｍフィルタ）。一部の実施形態では、ろ過された上清を遠心分離して、細菌ＥＶをペレット化する（例えば、４℃での１～３時間にわたる１００，０００～１５０，０００×ｇ）。一部の実施形態では、得られたＥＶペレットを（例えばＰＢＳ中で）再懸濁させ、再懸濁したＥＶをスクロース勾配（例えば、３０～６０％の不連続スクロース勾配）にアプライし、続いて遠心分離（例えば、４℃での２０時間にわたる２００，０００×ｇ）することにより、ＥＶをさらに精製する。ＥＶバンドを回収し、（例えばＰＢＳで）洗浄し、遠心分離して、ＥＶをペレット化し得る（例えば、４℃での３時間にわたる１５０，０００×ｇ）。精製されたＥＶを、使用まで例えば－８０℃で保存し得る。一部の実施形態では、ＤＮアーゼ及び／又はプロテイナーゼＫによる処理により、ＥＶをさらに精製する。

例えば、一部の実施形態では、本明細書で開示される細菌の培養物を４℃において２０～４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離して、細菌をペレット化し得る。培養上清を０．２２μｍフィルタに通して、インタクトな細菌細胞を除外し得る。次いで、ろ過された上清を、硫酸アンモニウム沈殿、超遠心分離又はろ過が挙げられ得るが、これらに限定されない方法を使用して濃縮し得る。例えば、硫酸アンモニウム沈殿の場合、ろ過された上清に、４℃で撹拌しつつ、１．５～３Ｍの硫酸アンモニウムを緩やかに添加し得る。沈殿物を８～４８時間にわたり４℃でインキュベートし得、次いで４℃において２０～４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離し得る。得られたペレットは、細菌ＥＶと他の残屑とを含む。

超遠心分離を使用して、ろ過された上清を４℃において１～１６時間にわたり１００，０００～２００，０００×ｇで遠心分離し得る。この遠心分離のペレットは、細菌ＥＶと他の残屑とを含む。一部の実施形態では、ろ過技法を使用して（例えば、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａスピンフィルタを使用するか又は接線フローろ過により）、上清を、分子量が５０又は１００ｋＤａを超える種が保持されるようにろ過し得る。

代わりに、バイオリアクタを交互接線フロー（ＡＴＦ）システム（例えば、ＲｅｐｌｉｇｅｎのＸＣｅｌｌ ＡＴＦ）に接続することにより、増殖中において連続的に又は増殖中において選択された時点で細菌培養物からＥＶを得ることができる。このＡＴＦシステムにより、バイオリアクタ中にインタクトな細胞（０．２２μｍ超）が保持され、より小さい成分（例えば、ＥＶ、遊離タンパク質）をフィルタに通して回収することが可能である。例えば、このシステムを、次いで０．２２μｍ未満のろ液が１００ｋＤａの第２のフィルタを通過するように構成し得、これにより、０．２２μｍ～１００ｋＤａのＥＶ等の種を回収することが可能となり、且つ１００ＫＤａと比べて小さい種をバイオリアクタ中にポンプで戻すことが可能となる。代わりに、このシステムを、培養物の増殖中にバイオリアクタ中の培地を補充及び／又は変更することが可能となるように構成し得る。この方法により回収されたＥＶを、ろ過された上清に関して上記で説明されるような超遠心分離又はろ過によりさらに精製及び／又はさらに濃縮し得る。

スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用が挙げられ得るが、これらに限定されない方法を使用して、サイズベースのカラムクロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー及び勾配超遠心分離により、本明細書で提供される方法により得られたＥＶをさらに精製し得る。簡潔に説明すると、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を使用して、ろ過された上清を濃縮した場合、スクロース勾配法を使用して、ペレットを６０％スクロース、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に再懸濁させる。ろ過を使用して、ろ過された上清を濃縮した場合、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａカラムを使用して、濃縮液を６０％スクロース３０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換する。サンプルを３５～６０％の不連続スクロース勾配にアプライし、４℃において３～２４時間にわたり２００，０００×ｇで遠心分離する。簡潔に説明すると、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を使用して、ろ過された上清を濃縮した場合、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を使用して、ペレットをＰＢＳ中の３５％ Ｏｐｔｉｐｒｅｐ中に再懸濁させる。一部の実施形態では、ろ過を使用して、ろ過された上清を濃縮した場合、６０％ Ｏｐｔｉｐｒｅｐを使用して、濃縮液を３５％ Ｏｐｔｉｐｒｅの最終濃度まで希釈する。サンプルを３５～６０％の不連続スクロース勾配にアプライし、４℃において３～２４時間にわたり２００，０００×ｇで遠心分離する。

一部の実施形態では、ＥＶ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ＥＶを、試験する細菌の通常の培養に使用される寒天培地上に連続希釈し、通常の条件を使用してインキュベートする。非無菌調製物を０．２２μｍフィルタに通して、インタクトな細胞を除外する。純度をさらに高めるために、単離されたＥＶをＤＮアーゼ又はプロテイナーゼＫで処理し得る。

ＩＩＩ．方法
Ａ．疾患を処置又は予防する方法
本明細書でさらに提供されるのは、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患を含む１種又は複数の肥満関連障害の処置及び／又は予防を、それを必要とする対象において行う方法であって、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物のいずれかの治療上有効な量をこの対象に投与することを含む方法である。

肥満度指数（ＢＭＩ）（身長（メートル）の２乗で除算された体重（キログラム）として算出される）は、太りすぎ及び／又は肥満の最も一般的に受け入れられている測定値である。成人では、２５を超えるＢＭＩは太りすぎと見なされ、肥満は、３０以上のＢＭＩと定義され、３５以上のＢＭＩは、重篤の併存症と見なされ、４０以上のＢＭＩは、病的な肥満と見なされる。本発明の目的のために、「肥満」は、３０以上のＢＭＩを意味するものとする。

５例の太りすぎの人の１例は、「メタボリックシンドローム」に罹患している。メタボリックシンドロームは、米国で最も急速に増加している肥満関連の健康問題の１つであり、肥満、高血圧、脂質レベルの異常及び高血糖等の一群の健康問題を特徴とする。疾病管理予防センター（ＣＤＣ）によれば、メタボリックシンドロームは、米国人口のほぼ４分の１（２２％）、即ち推定で４７００万人が罹患している。メタボリックシンドロームは、糖尿病、心臓病及び脳卒中等のより重篤な健康問題を患者が発症するリスクを高める可能性がある。

太りすぎの人及び肥満の人は、心臓病の発症率が高く、そのため、健康な肥満度指数を維持している人と比べて、心臓発作、うっ血性心不全、心臓突然死、狭心症及び心拍異常の犠牲となる頻度が高くなる。肥満は、血中脂質レベルに悪影響を及ぼし、この血中脂質レベルは、肥満患者中では上昇し、そのため、トリグリセリドレベルが上昇し、且つＨＤＬとしても既知である高密度リポタンパク質が減少することから、心臓病のリスクを高めることが多い。体脂肪が過剰な量である人は、血中のＨＤＬコレステロールレベルがより低いだけでなく、トリグリセリドのレベルと、ＬＤＬ又は「悪玉コレステロール」としても既知である低密度リポタンパク質のレベルとがより高くなる。この組合せは、アテローム硬化性心臓病の発症に最適な条件を作り出す。

太りすぎであるか又は肥満であると、高血圧を発症するリスクが上昇する。高血圧（ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ）又は高血圧（ｈｉｇｈ ｂｌｏｏｄ ｐｒｅｓｓｕｒｅ）は、心臓発作、脳卒中及び腎不全のリスクを大幅に上昇させる。実際には、血圧は、体重の増加に伴い上昇する。たとえ１０ポンドでも減少すると、血圧を下げることができ、体重減少が最も効果的なのは、太りすぎである者及び既に高血圧である者である。

肥満は、糖尿病の発症に関連する。糖尿病の最も一般的な形態である２型糖尿病の人の８０パーセント超は、肥満であるか又は太りすぎである。２型糖尿病は、膵臓によるインスリンの産生が損なわれている場合に、又は体内の組織及び臓器中がインスリン抵抗性の状態で発症する。肥満により、インスリンの血糖（グルコース）をコントロールする能力が低下すると、血糖値を調節するために身体がインスリンを過剰産生し始めることから、糖尿病を発症するリスクが上昇する。時間が経つにつれて、身体は、もはや血糖値を正常な範囲内に保つことができなくなる。最終的に、健康的な血糖バランスを達成することができなくなり、２型糖尿病が発症する。さらに、肥満は、インスリン抵抗性及び耐糖能障害を増加させることにより、２型糖尿病の管理及び処置を複雑にし、この増加により、この疾患の薬物処置の効果が低下する。多くの場合、正常範囲までの体重の減少により、血糖が正常化し、インスリン感受性が回復する。

特に西側諸国では、小児肥満も大きい公衆衛生上の問題である。２～１８歳の小児は、ＢＭＩが９５パーセンタイルよりも高い場合に肥満と見なされる。有病率の減少を目標とする政策にもかかわらず、小児肥満は、過去３０年間に小児で２倍を超えており、青年で３倍を超えている。成人と同様に、小児期の肥満は、高血圧、脂質異常症（脂質代謝の異常）、慢性炎症、血液凝固傾向の増加、内皮機能障害及び高インスリン血症を引き起こす。循環器疾患の危険因子のこのクラスター化は、５歳という幼い子供で確認されている。

本明細書で開示される方法は、肥満関連障害の予防、阻害及び処置を対象とする。「肥満関連障害」は、本明細書で使用される場合、下記を含むが、これらに限定されない：肥満、望ましくない体重増加及び過食障害（例えば、過食、過食症、強迫性の食事又は食欲コントロールの欠如、これらのそれぞれは、任意選択的に、望ましくない体重増加又は肥満につながる可能性がある）、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患。「肥満」及び「肥満の」は、本明細書で使用される場合、世界保健機関により定義されたクラスＩ肥満、クラスＩＩ肥満、クラスＩＩＩ肥満及び肥満予備軍（例えば、「太りすぎ」である）を指す。

体脂肪の減少は、対象（例えば、肥満関連障害等の肥満と関連する合併症と診断された対象）において、様々な一次的な及び／又は二次的な利益をもたらすことが期待され、この利益として、例えば下記が挙げられる：（例えば、ＩＩ型糖尿病と診断された対象における）インスリン応答性の増加又は耐糖能障害の減少；血圧上昇の抑制；コレステロールレベル、及び／又はＬＤＬ、及び／又はＶＬＤＬの上昇の抑制；循環器疾患（例えば、虚血性心疾患、動脈血管疾患、狭心症、心筋梗塞及び／又は脳卒中）、偏頭痛、うっ血性心不全、深部静脈血栓症、肺塞栓症、胆石、胃食道逆流症、閉塞性睡眠時無呼吸、肥満低換気症候群、喘息、痛風、運動性の低下、腰痛、勃起不全、尿失禁、肝傷害（例えば、脂肪性肝疾患、肝硬変、アルコール性肝硬変、エンドトキシン媒介性肝傷害）、慢性腎不全、レプチン抵抗性及びレジスチンレベルの上昇の抑制（又はリスク若しくは進行の低下）。

別の実施形態では、本開示は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）のいずれかの有効な量を対象に投与して、肥満を減少させることを含む方法に関する。一部の実施形態では、対象の肥満は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物の１つ又は複数を投与していない肥満対象と比較して、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％（これらのパーセンテージの間にある全ての値を含む）のいずれか減少する。肥満の減少をＢＭＩの低下等の当技術分野で既知の任意の方法により測定し得る。

別の実施形態では、本開示は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれかの有効な量を対象に投与して、メタボリックシンドローム、糖尿病（例えば、ＩＩ型糖尿病）、インスリン抵抗性及び／又は耐糖能障害の１つ又は複数を減少させることを含む方法に関する。一部の実施形態では、メタボリックシンドローム、糖尿病（例えばＩＩ型糖尿病）、インスリン抵抗性及び／又は耐糖能障害の１つ又は複数の割合は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物の１つ又は複数を投与していない、これらの状態の１つ又は複数と診断された対象と比較して、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％（これらのパーセンテージ間にある全ての値を含む）のいずれか減少する。メタボリックシンドローム、糖尿病（例えばＩＩ型糖尿病）、インスリン抵抗性及び／又は耐糖能障害の１つ又は複数の減少を、血糖測定及びＡ１Ｃの決定等、当技術分野で既知の任意の手段により決定し得る。

別の実施形態では、本開示は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれかの有効な量を対象に投与して、１種又は複数の肝障害（例えば、限定されないが、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患及び／又は脂肪肝）を処置することを含む方法に関する。一部の実施形態では、肝障害の発症率は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物の１つ又は複数を投与していない、肝障害を有する対象と比較して、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％（これらのパーセンテージの間にある全ての値を含む）のいずれか減少する。１種又は複数の肝障害の減少を当技術分野で既知の任意の手段により決定し得る。

別の実施形態では、本開示は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれかの有効な量を対象に投与して、レプチン抵抗性及び／又はレジスチンレベルの低下を処置することを含む方法に関する。一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物の１つ又は複数を投与していない、レプチン抵抗性及び／又はレジスチンレベルの低下を有する対象と比較して、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１０５％又は１１０％（これらのパーセンテージ間にある全ての値を含む）のいずれかレプチン抵抗性が減少し、及び／又はレジスチンレベルが上昇する。レプチン抵抗性及び／又はレジスチンレベルの低下を当技術分野で既知の任意の手段により決定し得る。

別の実施形態では、本開示は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えば、プロバイオティクス組成物）のいずれかの有効な量を対象に投与して、循環器疾患と関連する１種又は複数の障害（例えば、限定されないが、虚血性心疾患、動脈血管疾患、狭心症、心筋梗塞及び／又は脳卒中）を処置することを含む方法に関する。一部の実施形態では、循環器疾患と関連する１種又は複数の障害の発症率は、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物の１つ又は複数を投与していない、循環器疾患と関連する１種又は複数の障害を有する対象と比較して、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％（これらのパーセンテージ間にある全ての値を含む）のいずれか減少する。循環器疾患と関連する１種又は複数の障害の減少を当技術分野で既知の任意の手段により決定し得る。

さらに別の実施形態では、対象に投与される本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）のいずれかは、配列番号１を含む１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも約９７．０％の配列類似性（例えば、約９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％又は１００％の配列類似性のいずれか）を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する１種又は複数のＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株を含む。この有益な微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）は、配列番号２を含む１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも約９７．０％の配列類似性（例えば、約９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％又は１００％の配列類似性のいずれか）を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する１種又は複数のＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株を含み得る。この有益な微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）は、配列番号３を含む１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも約９７．０％の配列類似性（例えば、約９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％又は１００％の配列類似性のいずれか）を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する１種又は複数のＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株を含み得る。

一部の実施形態では、１種又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７又は８種）のＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の株を少なくとも約１×１０^４ＣＦＵ／対象／日～少なくとも約１×１０^１２ＣＦＵ／対象／日の割合で対象に投与し、例えば、約１×１０^４ＣＦＵ／対象／日、１×１０^５ＣＦＵ／対象／日、１×１０^６ＣＦＵ／対象／日、１×１０^７ＣＦＵ／対象／日、１×１０^８ＣＦＵ／対象／日、１×１０^９ＣＦＵ／対象／日、１×１０^１０ＣＦＵ／対象／日、１×１０^１１ＣＦＵ／対象／日又は１×１０^１２ＣＦＵ／対象／日（これらの量の間にある全ての値を含む）のいずれかの割合で対象に投与する。

Ｂ．微生物組成物を調製する方法
同様に本明細書で提供されるのは、微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物（例えばプロバイオティクス組成物）を調製する方法であって、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株と、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株とを組み合わせることを含む方法である。アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）であり、他の既知のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と少なくとも９５％異なる全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）である。Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）は、番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性（例えば、約９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％又は１００％の配列類似性のいずれか）を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を含み得る。

加えて、この組成物を調製する方法は、この微生物組成物を凍結乾燥させる（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｉｎｇ）か又は凍結乾燥させる（ｆｒｅｅｚｅ ｄｒｙｉｎｇ）ことをさらに含み得る。この方法は、貯蔵又は輸送のために、この飼料添加剤組成物を包装するさらなる工程を追加で含み得る。

Ｃ．投与
好ましくは、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物を、本発明の細菌株の腸への送達及び／又は部分的な若しくは全体的な定着を可能にするために消化管に投与する。一般的に、本発明の組成物を経口投与するが、直腸投与するか、鼻腔内投与するか、又は頬経路若しくは舌下経路により投与し得る。

特定の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物を泡状物質、スプレー又はゲルとして投与し得る。

特定の実施形態では、本明細書で開示される本発明の微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物を肛門座薬等の座薬として投与し得、例えばカカオ脂（カカオバター）、合成硬質脂肪（例えば、サポシール（ｓｕｐｐｏｃｉｒｅ）、ウィテップゾール（ｗｉｔｅｐｓｏｌ））、グリセロ－ゼラチン、ポリエチレングリコール又は石鹸グリセリン組成物の形態で投与し得る。

特定の実施形態では、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物を、チューブ（例えば、経鼻胃管、経口胃管、胃管、空腸瘻管（Ｊ管）、経皮内視鏡的胃瘻造設（ＰＥＧ））又はポート（例えば、疲れた胃、空腸へのアクセスを可能にする胸壁ポート及び他の好適なアクセスポート）を介して消化管に投与する。

本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物を１回投与し得るか、又は処置レジメンの一部として逐次的に投与し得る。特定の実施形態では、本発明の組成物を毎日投与する。

本発明の特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従う、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物による処置は、対象の腸内微生物叢の評価を伴う。本発明の株の送達及び／又はこの株の部分的な若しくは全体的な定着が達成されず、その結果、有効性が観察されない場合、処置を繰り返し得、送達及び／又は部分的な若しくは全体的な定着が成功して有効性が観察される場合、処置を停止し得る。特定の実施形態では、本発明の組成物を妊娠中の動物（例えば、ヒト等の哺乳動物）に投与して、子宮内の及び／又は出生後の子供にある状態が発症することを予防し得る。

本発明の組成物を、ヒストンデアセチラーゼ活性により媒介される疾患若しくは状態と診断されている患者に投与し得るか、又はヒストンデアセチラーゼ活性により媒介される疾患若しくは状態のリスクがあると特定される患者に投与し得る。この組成物を、健康な患者におけるヒストンデアセチラーゼ活性により媒介される疾患又は状態の発症を予防するための予防的手段としても投与し得る。

本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物を、腸内微生物叢が異常であると特定される対象に投与し得る。例えば、この患者は、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）及び／又はアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）であって、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではないアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の定着が減少しているか又は欠如している場合がある。

本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物を栄養補助食品等の食品として投与し得る。

一般的に、本明細書で開示される微生物含有及び／又はＥＶ含有組成物は、ヒト対象の処置用であるが、単胃動物（例えば、家禽、ブタ、ネコ、イヌ、ウマ若しくはウサギ）又は多胃動物（例えば、反芻動物）を含む動物を処置するために使用され得る。本発明の組成物は、動物の成長及び能力を増強するのに有用であり得る。動物に投与される場合、強制経口投与を使用し得る。

ＩＶ．キット
本明細書でさらに提供されるのは、本明細書で開示される微生物株内の１種若しくは複数及び／又はこの微生物株の１種若しくは複数に由来するＥＶを含むキットである。このキットは、１種又は複数の肥満関連障害の処置又は予防のために対象に投与するための、適切な貯蔵、維持及び使用に関する指示と一緒に、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）であって、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）又はＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではないアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（例えば、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９）、Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株（例えば、Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株ＤＳＭ ３３４５８）、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株（例えば、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＤＳＭ ３３４６０）及び／又はＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株（例えば、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株ＤＳＭ ３３４５７）等の、本明細書で提供される微生物株の１種又は複数（例えば、１、２、３若しくは４種のいずれか）の株及び／又はこの微生物株の１種若しくは複数に由来するＥＶを含み得る。一実施形態では、このキットは、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株ＤＳＭ ３３４５９と、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＤＳＭ ３３４６０とを含み得る。

下記の実施例を参照することにより本発明をさらに理解し得るが、この実施例は、説明のために提供され、限定することを意図するものではない。
［実施例］

株の単離
インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の単離：全臨床糞便サンプルの１６Ｓ群衆解析により決定した、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の集団がより多い臨床糞便シンプルを富化プロトコルに使用し、全ての作業を嫌気条件下で実施した。サンプルをＢａｓａｌ Ｂｉｃａｒｂｏｎａｔｅ Ｂｕｆｆｅｒｅｄ Ｍｅｄｉｕｍで１：１００に希釈し、播種済培地の合計２５ｍｌを５０ｍｌのガラスバイアルに密封した。バイアルを３７℃において嫌気条件下でインキュベートした。培養物約５ｍｌを４本（ＤＮＡ抽出のための２本及び株単離のための２本）のチューブに毎日分注した。この富化の開始後４、５、６、７、８及び１１日目に、サンプルを採取した。各日のサンプルからＤＡＮを抽出し、１６Ｓ群衆解析配列決定を実施して、細菌集団を決定した。１１日目のサンプルが、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の割合が最高であると決定し、従って、１１日目の株単離用サンプルの１つを使用して希釈し、Ｂａｓａｌ Ｂｉｃａｒｂｏｎａｔｅ Ｂｕｆｆｅｒ培地寒天プレート上に蒔いた。Ｂａｓａｌ Ｂｉｃａｒｂｏｎａｔｅ Ｂｕｆｆｅｒｅｄ Ｍｅｄｉａ：０．５３ｇ／Ｌのリン酸ナトリウム、二塩基性、０．４１ｇ／Ｌのリン酸カリウム、一塩基性、０．３ｇ／Ｌの塩化アンモニウム、０．１１ｇ／Ｌの塩化カルシウム、０．１ｇ／Ｌの硫酸マグネシウム七水和物、０．３ｇ／Ｌの塩化ナトリウム、４ｇ／Ｌの炭酸水素ナトリウム、０．４８ｇ／Ｌの硫化ナトリウム水和物、５×Ｗｏｌｆｅの微量ミネラル（Ｗｏｌｆｅ’ｓ ｔｒａｃｅ ｍｉｎｅｒａｌｓ）、１×標準ビタミン溶液、８０ｍＭの乳酸塩、８０ｍＭの酢酸塩。

プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の単離：プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）株を、希釈した糞便をＢＨＩＢ寒天プレート上に直接蒔き、２４時間にわたり嫌気的にインキュベートすることにより単離した。ＢＨＩＢ：１０％の羊血液が補充されているブレインハートインフュージョン寒天（市販品、ＢＤ ２２１８４３）。液体ブロスでの増殖のためにＢＨＩＳを使用する。ＢＨＩＳ：酵母抽出物、ビタミンＫ１及びヘミンが補充されているブレインハートインフュージョン。

アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の単離：アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）株を、１０ｇ／Ｌでムチンを含むＹＣＦＡ培地上に、希釈した糞便を直接蒔くことにより、臨床糞便サンプルから単離した。

ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）の単離：Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株を、希釈した糞便をＢＨＩＢ寒天プレート上に直接蒔き、２４時間にわたり嫌気的にインキュベートすることにより単離した。ＢＨＩＢ：１０％の羊血液が補充されているブレインハートインフュージョン寒天（市販品、ＢＤ ２２１８４３）。液体ブロスでの増殖のためにＢＨＩＳを使用する。ＢＨＩＳ：酵母抽出物、ビタミンＫ１及びヘミンが補充されているブレインハートインフュージョン。

ゲノム配列決定：全ての株のゲノム配列を同一の方法により得た。株をＢＨＩＢ又はＹＣＦＡのいずれかの寒天プレート上で増殖させた。寒天を取り出さないように注意しながら、大きいループを使用してこの寒天プレートから増殖物を取り出した。増殖物の量に基づいて、ＤＮＡ抽出のために処理するウェルの数を決定した。１つのウェルの場合、増殖物を、ＤＮＡ抽出キットで用いられる第１の溶液であるＰｏｗｅｒＭａｇ Ｂｅａｄ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ ７５０μｌに再懸濁させた。複数のウェルにまで広がるのに十分に増殖していた場合、追加の量を使用した。細胞を再懸濁させ、再懸濁した細胞を所望の数のウェルに分注した。その後、キットの説明書を使用してＤＮＡ抽出プロトコルを行う。溶出に関して、より高いＤＮＡ濃度を得るために、１つのウェル当たりに利用する溶出緩衝液をわずかに少なくした。ＤＮＡ抽出の完了後、同様のウェルをまとめた。ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのＱｕａｎｔ－Ｉｔ ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ ＤＳＤＮＡ Ａｓｓａｙキットを使用して、ＤＮＡ濃度を決定した。

健康なドナーの糞便サンプルから候補を単離し、全ゲノム配列決定により同定した。統計解析（例えば、相関解析値（インスリン、ＢＭＩ、グルコース、ＤＸＡＴｏｔＦＡＴ）、存在率及びこの候補を持つ痩せたサンプルの数）による順位付けを実施した。相関解析及び単離の可用性に基づいて、候補を選択した。この候補の４つをさらなる研究に選択した（図１Ａ及び図１Ｂ）。

アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）の新種の同定
別途明記されない限り、全ての作業を、Ｎ２／ＣＯ２／Ｈ２（８５／１０／５％）の混合ガスを使用する嫌気性チャンバー中で実施した。

ＡＦ３３６００００９株は、一般的な単離ラウンドに続く２回目の単離ラウンド中に単離され、標的は、上位候補のいずれかであった。この単離ラウンドのために選択した臨床サンプルは、既に解析した１６Ｓ群衆解析に基づいて、上位候補の存在量がより高いことが示された。この株を糞便サンプルＦ０１５Ｖ３から単離した。このラウンドで使用される単離方法は、１０ｇ／Ｌでムチンを含むＹＣＦＡ培地に対する選択であった。

単離ラウンドで使用されるアリコートを、最終グリセロール濃度が２５％となるようにグリセロールと混合したサンプルＦ０１５Ｖ３からの糞便で予め作製した。このアリコートを、必要となるまで－８０℃で保存した。冷凍庫から１つのアリコートを取り出し、嫌気性チャンバーに入れ、約１０分にわたり室温で解凍した。別途明記されない限り、全ての作業を嫌気性チャンバー中で実施した。測定部分を取り出し、ムチンを含まないＹＣＦＡブロスで連続的に希釈した。オムニトレイ中において、アリコート１００μｌをＹＣＦＡ＋ムチン寒天上に１０^－４、１０^－５及び１０^－６希釈で蒔いた。細菌細胞を、約１２個の無菌ガラスビーズを使用して広げて、寒天表面上に均一に希釈アリコートを広げた。プレートを、嫌気性環境を作り出すための小袋付きの嫌気性ボックス中において、約７２時間にわたり３７℃でインキュベートした。

脱酸素した増殖培地（ＹＣＦＡ＋１０ｇ／Ｌのムチン）を１つのウェル当たり３５０μｌで１ｍｌのディープウェルプレート中に分注した。単一コロニーを選び取り、１つのウェル当たり１つのコロニーで、予め分注した培地が入ったプレートに播種した。プレートを、ガス交換を可能にする通気性のカバーで覆った。プレートを約２１６時間にわたり３７℃でインキュベートした。培養物を、９６ウェルヘッドＩｎｔｅｇｒａピペッタを使用して穏やかに混合した。１６Ｓ ＰＣＲ分析のために採取した培養物のアリコート及び残りの培養物を、最終グリセロール濃度が２５％となるように、無菌の脱酸素した５０％のグリセロール＋１ｇ／ＬのＬ－システインと混合した。これらの培養物を適切な長期貯蔵バイルにピペットで移し、－８０℃で保存した。

１６Ｓ同定：ＰＣＲのための細胞培養物のアリコートを滅菌水で約１：１００に希釈した。この水希釈液を１６Ｓ ＰＣＲ反応でのテンプレートとして使用した。１６Ｓ遺伝子を増幅させるために使用するＰＣＲプライマーは、下記であった：８Ｆ：ＡＧＡ ＧＴＴ ＴＧＡ ＴＹＭ ＴＧＧ ＣＴＣ及び１４９２Ｒ：ＣＧＧ ＴＴＡ ＣＣＴ ＴＧＴ ＴＡＣ ＧＡＣ ＴＴ。ＰＣＲ反応条件及びサーモサイクラの設定は、ポリメラーゼＱ５に関する標準であった。１６Ｓ ＰＣＲ反応のアリコートをゲル上で泳動させて、予想されるサイズの１６Ｓ ＰＣＲ産物の存在を確認した。１６Ｓ ＰＣＲ反応のアリコートを、ＥｘｏＳＡＰ－ＩＴ Ｅｘｐｒｅｓｓ ｆｏｒ ＰＣＲ Ｃｌｅａｎｕｐ Ｋｉｔを使用して酵素精製した。次いで、このサンプルを、外部のサードパーティベンダーを使用するサンガー配列決定に送った。１６Ｓサンガー配列決定に最も多く使用する１６Ｃプライマーは、５１５Ｆ：ＧＴＧ ＣＣＡ ＧＣＭ ＧＣＣ ＧＣＧ ＧＴＡ Ａであった。

次いで、この１６Ｓ配列を上位候補のリストの１６Ｓアンプリコン配列と比較した。この結果から、最も適合する候補は、アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）であることが明らかとなった。所望の株を含むウェルに対応するバイアルを冷凍庫から取り出し、嫌気性チャンバーに入れて、このバイアルから、冷凍培養物のごく一部を取り出して、ＹＣＦＡ＋１０ｇ／Ｌのムチン寒天プレート上に画線し得るようにした。このプレートを、冷凍ストックを作製し且つＤＮＡを抽出するのに十分に増殖するまで、小袋付きの嫌気性ボックス中において３７℃でインキュベートした。

ＡＦ３３６００００９株のゲノム：使用するＤＮＡ抽出キットは、Ｑｉａｇｅｎ ＭａｇＡｔｔｒａｃｔ（登録商標）ＰｏｗｅｒＳｏｉｌ（登録商標）ＤＮＡ ＫＦ（Ｋｉｎｇ Ｆｉｓｈｅｒ）Ｋｉｔであった。画線したばかりの増殖物をＹＣＦＡ＋１０ｇ／Ｌのムチン寒天プレートからこすり取り、細胞をＤＮＡ抽出キットの第１の溶液に再懸濁させた。細胞を緩やかにピペッティングすることにより、細胞の塊を壊すように緩やかに再懸濁させた。この細胞懸濁液をＰｏｗｅｒＭａｇ Ｂｅａｄ Ｐｌａｔｅの複数のウェルに均一に分散させた。ウェルの数を細胞懸濁液中の細胞の量及び密度により決定した。次いで、製造業者のプロトコルに従ってＤＮＡを抽出した。ＤＮＡ抽出の完了後、同様のウェルをまとめての１つのＤＡＮサンプルにし、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｑｕａｎｔ－ｉＴ ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡ定量キットを使用してＤＮＡ濃度を決定した。次いで、ＤＮＡを全ゲノム配列決定に送った。

配列決定ライブラリをＮｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）で調製し、対をなす読み取り２×１５０ｎｔでＭｉＳｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）により配列決定した。ゲノム配列決定データを、インハウスのパイプラインを使用してアセンブルした。簡潔に説明すると、読み取りを品質に基づいてフィルタリングしてトリミングし、次いでＢＦＣ（Ｌｉ，２０１５）を使用して補正した。補正された読み取りを、ｋｍｅｒ長オプションが「３１，５５，７７，９９，１２１」であるＳＰＡｄｅｓアセンブラ（Ｂａｎｋｅｖｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，２０１２）を使用してアセンブルした。このアセンブリをＰｉｌｏｎ（Ｗａｌｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４）で補正した。アセンブリ後、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を予測し、Ｐｒｏｋｋａ（Ｓｅｅｍａｎｎ，２０１４）により注釈を付けた。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子をＢａｒｒｎａｐにより予測し、ＲＤＰペアワイズアラインメントツール（Ｆｉｓｈ ｅｔ ａｌ．，２０１３）を使用して最も近い種を同定した。

ＡＦ３３６００００９株のドラフトゲノムは、３３１，４０５ｂｐのＮ５０及び１２５ｘカバレージの３１個のコンティグで構成される。ゲノムサイズは、３．１９Ｍｂであり、下記の他の２種のアッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）種のタイプ株のゲノムサイズと比べて大きい：Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）Ｍｕｃ^Ｔ（２．６６Ｍｂｐ）及びＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）Ｐｙｔ^Ｔ（３．０７Ｍｂ）。このゲノムＤＮＡのＧ＋Ｃ含有量は、５７．７％である。現在、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）ではわずか２つの種が既知であることから、これら３種の株と、Ａ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）を説明する刊行物（Ｏｕｗｅｒｋｅｒｋ ｅｔ ａｌ．，２０１６）に含まれるウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）のいくつかの株とで、系統樹を再構築した。

この系統樹解析から、ＡＦ３３６００００９株は、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）のメンバーであり、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）Ｍｕｃ^Ｔは、その近縁種であることが示される（図２）。ＡＦ３３６００００９株とＡ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）Ｍｕｃ^Ｔとの間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、８７．５８％であり、ＡＦ３３６００００９株とＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）Ｐｙｔ^Ｔとの間はわずか７０．１７％である。９５％の種境界カットオフ（Ｇｏｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，２００７）未満のｇＡＮＩ値に基づいて、ＡＦ３３６００００９株は、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）内の新種と提案される。

２種のＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）の公的に利用可能なゲノム及びＡＦ３３６００００９株のゲノムと一緒に、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）タイプ株ゲノムＧＣＦ＿００００２０２２５．１に最も近い多くの公的に利用可能なゲノムを使用して、アッケルマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）ｇＡＮＩ樹状図を作成した（図９）。Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）からの全てのゲノムは、一緒にクラスター化し、２種のＡ．グリカニフィリア（Ａ．ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）の公的に利用可能なゲノムは、一緒にクラスター化し、ＡＦ３３６０００９は、他の２種とは異なる別個のクラスターを形成した。

細胞の脂肪酸の脂肪酸メチルエステル（ＦＡＭＥ）分析（Ｗｅｌｃｈ，１９９１．Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｃｅｌｌｕｌａｒ ｆａｔｔｙ－ａｃｉｄ ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．４：４２２－４３８）をＭｉｃｒｏｂｉａｌ ＩＤ Ｉｎｃ（ＤＥ，ＵＳＡ）により実施し、この分析では、ＡＦ３３６００００９株及びＡ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＡＴＣＣ株ＢＡＡ８３５から、ＢＨＩＡで増殖させて同定のための脂肪酸メチルエステルを抽出することにより、標準サンプルを調製した。次いで、サンプルを分析のためのガスクロマトグラフにロードする。Ｓｈｅｒｌｏｃｋ（登録商標）パターン認識ソフトウェアを使用して、サンプルのＦＡＭＥプロファイルを作成した。次いで、サンプルを比較して類似性を決定した。表１に示されるように、ＦＡＭＥプロファイルは、ＡＦ３３６０００９株とＡＴＣＣ株ＢＡＡ８３５との間で有意差を示した。

ＡＦ３３６００００９株の細胞は、楕円形であるか又は細長かった。細胞を、ムチンを含む培地で増殖させた場合に細長さをより観察した。ＹＣＦＡのみと比較して、ＹＣＦＡ＋ムチン培地で増殖させた場合、細胞がより多く凝集してより多くのフィラメントを形成した（図３）。

候補の有効性を評価するためのマウスモデル
下記の候補の有効性を評価するために、食事性肥満（ＤＩＯ）マウスモデルを用いた：実施例２で説明されるユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）；インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）；プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）。

Ｅ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）；Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、Ｐ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）をＤＩＯマウスモデルにおける代謝障害の改善での有効性に関して評価した。動物実験のために、群１の動物を到着時にＰＭＩ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｒｔｉｆｉｅｄ Ｒｏｄｅｎｔ Ｃｈｏｗ Ｎｏ．５ ＣＲ４で維持した。群２～９の動物をＲｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔ Ｄ１２４９２で維持した。動物を、適切な寝具が入ったポリカボネート製ケージで単独飼育した。動物を、－１日目の測定値に基づいて、体重及び非絶食血糖に関して有意差のないコホートを生成するような方法で、試験－１日目に、表２で言及される処置群に分配した。

試験物ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）を毎日調製し、製剤化後１時間以内に投与した。ビヒクル（群２）を１～３６日目に強制経口投与により１日１回投与した。各動物への用量体積は、１００μｌであった。試験物（群２～７）を１～３６日目に強制経口投与により１日１回投与した。各動物の用量体積は、１００μｌであった。各用量を、強制経口カニューレが取り付けられたシリンジを使用して投与した。

コントロール物（群８）を１～３６日目に１日１回の肩甲骨間部への皮下注射により、該当する動物に投与した。各動物の用量体積は、直近の体重測定値に基づいていた。各用量を、区画された領域内でシリンジ／ニードルを使用して投与した。投与の初日を１日目とした。

試験パラメータに含まれているのは、死亡率／瀕死率のチェック、毎日の観察、体重測定値、摂食量、糞便サンプル、血糖測定値、経口ブドウ糖負荷試験、ｑＮＭＲ評価、サイトカイン評価及び臨床化学パラメータであった。投与期間中の指定の時点及び安楽死予定日において、バイオマーカー評価のために血液サンプルを採取した。

様々な群のマウスから得られた血清中のインスリンレベルを測定した。インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）強制経口投与群は、ビヒクルコントロールと比較してインスリンレベルの１２％の低下を示した。プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の強制経口投与群は、それぞれインスリンレベルの５０％、５０％及び６４％の改善を示した（図４）。

様々な群のマウスから得られた血清中のレプチンレベルを測定した。ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）強制経口投与群は、ビヒクルコントロールと比較してインスリンレベルの２１％の低下を示した。プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の強制経口投与群は、それぞれレプチンレベルの２０％、１５％及び２５％の改善を示した（図５）。

２時間の絶食後、全てのマウスに、２．０ｇ／ｋｇのグルコース（１０ｍＬ／ｋｇ）を腹腔内投与した。血糖を、グルコース用量に関連して、下記の時間に、携帯型血糖値測定器を使用して、尾部の切れ目よりチェックした：０（グルコース用量前）、１５、３０、６０、９０及び１２０分。プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の強制経口投与群は、それぞれ耐糖能の９．５％、１０％及び８．５％の改善を示した（図６Ａ及び図６Ｂ）。

様々な群のマウスから得られた血清中のコレステロールレベルを測定した。アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）強制経口投与群は、コレステロールレベルの１１％の改善を示した（図７）。

様々な群のマウスから得られた血清中のレジスチンレベルを測定した。ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）強制経口投与群は、ビヒクルコントロールと比較してレジスチンレベルの１９％の低下を示した。プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びインテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）＋アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の強制経口投与群は、インスリンレベルの１４％、１１％及び１４％の改善を示した（図８）。

製剤を評価するためのマウスモデル
インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（冷凍、低温殺菌及び凍結乾燥）をＤＩＯマウスモデルにおける代謝障害の改善での有効性に関して評価した。動物実験のために、群１の動物を到着時にＰＭＩ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｒｔｉｆｉｅｄ Ｒｏｄｅｎｔ Ｃｈｏｗ Ｎｏ．５ ＣＲ４で維持した。群２～７の動物をＲｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｅｔ Ｄ１２４９２で維持した。動物を、適切な寝具が入ったポリカボネート製ケージで単独飼育した。動物を、－１日目の測定値に基づいて、体重及び非絶食血糖に関して有意差のないコホートを生成するような方法で、試験－１日目に、表３で言及される処置群に分配した。

試験物インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）及びアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（冷凍、低温殺菌及び凍結乾燥）を毎日調製し、製剤化後１時間以内に投与した。ビヒクル（群２）を１～８４日目に強制経口投与により１日１回投与した。各動物への用量体積は、１００μｌであった。試験物（群２～６）を１～８４日目に強制経口投与により１日１回投与した。各動物への用量体積は、１００μｌであった。各用量を、強制経口カニューレが取り付けられたシリンジを使用して投与した。

コントロール物（群７）を１～８４日目に１日１回の肩甲骨間部への皮下注射により、該当する動物に投与した。各動物の用量体積は、直近の体重測定値に基づいていた。各用量を、区画された領域内でシリンジ／ニードルを使用して投与した。投与の初日を１日目とした。

試験パラメータに含まれているのは、死亡率／瀕死率のチェック、毎日の観察、体重測定値、摂食量、糞便サンプル、血糖測定値、ｑＮＭＲ評価及び臨床化学パラメータであった。

この試験中、体重を毎週測定した。図１０に示すように、ビヒクルコントロールは、固形飼料のみの群と比較して体重の有意の増加を示した。冷凍形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）を投与した群は、４３日目～８４日目に、体重の９％～１４％の改善を示した。

ｑＮＭＲ（Ｂｒｕｋｅｒ ＮＭＲ ＬＦ９０ＩＩ）により、身体組成分析を行った。身体組成を試験の開始時（－２日目及び－１日目）並びに終了時（８３日目及び８４日目）に決定した。図１１に示すように、ビヒクルコントロールは、固形飼料のみの群と比較して動物の有意な脂肪蓄積を示した。冷凍形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）を投与した群は、コントロールと比較して２５％低い脂肪蓄積を示した。凍結乾燥形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及び低温殺菌形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）も低い脂肪蓄積を示した（それぞれ５．５％及び５％）。

試験終了時（８４日目）に、肝臓重量を決定した。図１２に示すように、ビヒクルコントロールは、固形飼料のみの群と比較して、動物の肝臓重量の増加を示した。冷凍形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）を投与した群は、コントロールと比較して３７％低い脂肪蓄積を示した。

様々な群のマウスから得られた血清中のインスリンレベルを測定した。測定をこの試験中に２週間毎に１回行った。この試験中に得られた値に基づいて、曲線下面積を算出した。図１３に示すように、ビヒクルコントロールは、固形飼料と比較して動物のインスリンレベルの上昇を示した。Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）を投与した群は、コントロールと比較してインスリンレベルの１７％の低下を示しており、冷凍形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）を投与した群は、コントロールと比較してインスリンレベルの２２％の低下を示した。凍結乾燥形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及び低温殺菌形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）も、インスリンレベルの低下を示した（それぞれ５％及び１７％）。

インスリン抵抗性をＨＯＭＡ－ＩＲで測定した。空腹時のグルコース及びインスリンのレベルに基づいて測定を行った。この試験中に得られた値に基づいて、曲線下面積を算出した。図１４に示すように、ビヒクルコントロールは、固形飼料と比較して動物のインスリン抵抗性の増加を示した。Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）を投与した群は、コントロールと比較してインスリンレベルの１０％の低下を示しており、冷凍形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）を投与した群は、コントロールと比較してインスリンレベルの２０％の低下を示した。低温殺菌形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）も、インスリンレベルの１２％の低下を示した。

様々な群のマウスから得られた血清中のレプチンレベルを測定した。図１５に示すように、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（低温殺菌形態）強制経口投与群は、レプチンレベルの２１％の改善を示した。凍結乾燥形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）も、レプチンレベルの低下を示した（７％）。

様々な群のマウスから得られた血清中のＰＡＩ１レベルを測定した。図１６に示すように、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（冷凍形態）強制経口投与群は、ＰＡＩ１レベルの１５％の改善を示した。アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（低温殺菌形態）は、ＰＡＩ１レベルの８％の改善を示した。

様々な群のマウスから得られた血清中のレジスチンレベルを測定した。図１７に示すように、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）強制経口投与群は、ビヒクルコントロールと比較して、レジスチンレベルの１６％の低下を示した。凍結乾燥形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）、低温殺菌されたアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及び凍結乾燥形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、それぞれレジスチンレベルの３１％、１７％及び３２％の改善を示した。

アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）によるＳＣＦＡの産生を、７２時間わたりＲＣＭ中で細菌を増殖させることにより分析した。上清を回収し、ろ過し、ＨＰＬＣによりＳＣＦＡを検出した。培地中で、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、プロピオン酸塩の産生を示しており、Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）は、酪酸塩の産生を示した（図１８）。プロピオン酸塩及び酪酸塩は両方とも、宿主の代謝の健康を調節するのに重要な役割割りを果たすことが分かっている（Ｃｈａｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ ２０１８，Ｒｉｏｓ－Ｃｏｖｉａｎ ｅｔ ａｌ ２０１６）。

このモデルでは、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（凍結形態）は、体重、脂肪蓄積、肝臓重量、インスリン抵抗性及びレジスチンレベルの有意な改善を示した。低温殺菌形態のアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、同様の活性を示したがあまり顕著ではなく、このことから、生菌の投与が好ましい可能性があることが示唆される。アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、凍結乾燥形態で投与された場合、冷凍形態と同様の効果ではなかったが、依然としてレジスチンレベル及びレプチンレベルの改善を示し、且つ脂肪蓄積及びインスリンレベルのある程度の改善を示した。理論に拘束されないが、凍結乾燥形態がそれほど有効でなかった理由は、この形態で投与された際の細胞の不十分な水和時間に起因すると思われる。マウスでの過渡的な時間は３～４時間であることから、このモデルでは、凍結乾燥形態は、同一の有効性を得るための十分な水和及び転写活性には十分でなかった可能性がある。

アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）株ＡＦ３３６０００９の代謝分析
ＹＣＦＡＣ培地中で増殖させた、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）株の代謝能力と、アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）タイプ株ＢＡＡ８３５の代謝能力との比較の場合。ＹＣＦＡＣ培地に、１％一晩培養物を播種し、２４時間の増殖後に上清を回収した。細胞を５分にわたる１０，０００ｒｐｍでの遠心分離により分離し、次いで０．２μＭフィルタでろ過した。

細胞フリー上清を採取し、ＣＥ－ＴＯＦ－ＭＳで分析した。カチオン性条件：サンプルを、Ａｇｉｌｅｎｔ ＣＥ－ＴＯＦ Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ，ＵＳＡ）により、融合シリカキャピラリ（ｉ．ｄ．５０μｍ×０ｃｍ）に、５０ｍｂａｒ、１０秒を使用して注入した。カチオン性緩衝溶液（１Ｍのギ酸）を使用しており、ＣＥ電圧は３０ｋＶであった。ポジティブモード質量分析計条件：ＭＳキャピラリ電圧：４．０Ｖ、ＥＳＩ陽イオン化モード、ｍ／ｚ範囲５０～１０００。アニオン性条件：サンプルを、Ａｇｉｌｅｎｔ ＣＥ－ＴＯＦ Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．）により、融合シリカキャピラリ（ｉ．ｄ．５０μｍ×０ｃｍ）に、５０ｍｂａｒ、２２秒を使用して注入した。アニオン性緩衝溶液（５０ｍＭの酢酸アンモニウム ｐＨ７．５）を使用しており、ＣＥ電圧は３０ｋＶであった。ネガティブモード質量分析計条件：ＭＳキャピラリ電圧：３．５Ｖ、ＥＳＩ陰イオン化モード、ｍ／ｚ範囲５０～１０００。

代謝物アグマチン（Ｎ－（４－アミノブチル）グアニジン）をｍ／ｚ １３１．１３０ｍ．ｕにおいて保持時間４．２３分でのカチオン性モードで検出し、既知の標準物質に対して同定を実施した。報告される量は、ピーク面積である。

アグマチンは、酵素アルギニンデカルボキシラーゼＥＣ４．１．１．１９により、アルギニンから代謝される（Ｐｉｌｅｔｚ ｅｔ ａｌ ２０１３、Ｔａｋｓａｎｄｅ ｅｔ ａｌ ２０１６）。図１９に示すように、アグマチンのレベルは、アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＡＴＣＣ ＢＡＡ ８３５（２．４Ｅ１０－５）及びＹＣＦＡＣ増殖培地（４．０Ｅ１０－５）と比較して、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）（８．７Ｅ１０－５）で高い。２種の株の間の測定された差違と、培地レベルとから、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、アルギニンからアグマチンを産生しているが、アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＡＴＣＣ ＢＡＡ８３５は、アグマチンを消費していることが示されている。

細胞外ＡＴＰは、炎症を誘発することが分かっている（Ｃａｕｗｅｌｓ ｅｔ ａｌ ２０１４）。アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）及びアッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＢＡＡ８３５を、増殖培地からＡＴＰを除去する能力に関して評価した。ムチン（１０ｇ／ｌ）を含むＹＣＦＡＣ培地に、１％一晩培養物を播種し、１ｍＭのＡＴＰを添加した。播種直後及び８時間の増殖後に、上清を回収した。ＡＴＰレベルを、標準的な技法を使用して測定した。細胞を５分にわたる１０，０００ｒｐｍでの遠心分離により分離し、次いで０．２μＭフィルタでろ過した。細胞フリー上清を採取し、ＡＴＰレベルに関して分析した。

ＡＴＰ量を、時間０（図２０Ａ）及び８時間の増殖後（図２０Ｂ）において、アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＡＴＣＣ ＢＡＡ ８３５に関する上清中で検出した。同様に、時間０（図２０Ｃ）及び８時間の増殖後（図２０Ｄ）において、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）からの上清中のＡＴＰを推定した。アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＡＴＣＣ ＢＡＡ ８３５と比較して効率的にＡＴＰを除去し得た。

全ゲノム比較を使用すると、ビタミンＢ１２の合成に関与する酵素機構をコードする可能性があるオペロンは、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）に存在し、Ａ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）ＡＴＣＣ ＢＡＡ ８３５タイプ株には存在しない（表４）。この重要な補酵素を合成する能力から、このタイプ株と比較して、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）のより広い代謝能力が示唆される。

参考文献
Ｂａｎｋｅｖｉｃｈ Ａ，ｅｔ ａｌ．ＳＰＡｄｅｓ：ａ ｎｅｗ ｇｅｎｏｍｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｔｏ ｓｉｎｇｌｅ－ｃｅｌｌ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｊ Ｃｏｍｐｕｔ Ｂｉｏｌ．２０１２；１９（５）：４５５－７７．
Ｃｏｌｌａｄｏ，Ｍ．Ｃ．，ｅｔ ａｌ．（２００７）．Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｉｎｔｅｇｒｉｔｙ ａｎｄ Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ，ａ ｍｕｃｉｎｄｅｇｒａｄｉｎｇ ｍｅｍｂｅｒ ｏｆ ｔｈｅ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｐｒｅｓｅｎｔ ｉｎ ｉｎｆａｎｔｓ，ａｄｕｌｔｓ，ａｎｄ ｔｈｅ ｅｌｄｅｒｌｙ．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ７３，７７６７－７７７０．
Ｃｏｓｔｅｌｌｏ，Ｅ．Ｋ．，ｅｔ ａｌ．（２０１０）．Ｐｏｓｔｐｒａｎｄｉａｌ ｒｅｍｏｄｅｌｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ ｇｕｔ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｉｎ Ｂｕｒｍｅｓｅ ｐｙｔｈｏｎｓ．ＩＳＭＥ Ｊ ４，１３７５－１３８５．
Ｃｈｕｎ Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１８）．Ｐｒｏｐｏｓｅｄ ｍｉｎｉｍａｌ ｓｔａｎｄａｒｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅ ｄａｔａ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔａｘｏｎｏｍｙ ｏｆ ｐｒｏｋａｒｙｏｔｅｓ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｓｙｓｔ．Ｅｖｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６８ ４６１－４６６．（１０．１０９９）ｉｊｓｅｍ．０．００２５１６
Ｆｉｓｈ ＪＡ，ｅｔ ａｌ．ＦｕｎＧｅｎｅ：ｔｈｅｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅ ｐｉｐｅｌｉｎｅ ａｎｄ ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙ．Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１３；４：２９１．ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｍｉｃｂ．２０１３．００２９１．
Ｇｏｒｉｓ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２００７）．ＤＮＡ－ＤＮＡ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｖａｌｕｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ ｔｏ ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｉｅｓ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ５７，８１－９１．
Ｌｉ Ｈ．（２０１５）ＢＦＣ：ｃｏｒｒｅｃｔｉｎｇ ｉｌｌｕｍｉｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｅｒｒｏｒｓ．ａｒＸｉｖ：１５０２．０３７４４．
Ｌｏｐｅｚ－Ｓｉｌｅｓ Ｍ，ｅｔ ａｌ．２０１２．Ｃｕｌｔｕｒｅｄ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅｓ ｏｆ Ｔｗｏ Ｍａｊｏｒ Ｐｈｙｌｏｇｒｏｕｐｓ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｃｏｌｏｎｉｃ Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ｃａｎ Ｕｔｉｌｉｚｅ Ｐｅｃｔｉｎ，Ｕｒｏｎｉｃ Ａｃｉｄｓ，ａｎｄ Ｈｏｓｔ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ ｆｏｒ Ｇｒｏｗｔｈ．Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ７８（２）：４２０－４２８．
Ｓｅｅｍａｎｎ Ｔ．Ｐｒｏｋｋａ：ｒａｐｉｄ ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２０１４；１５：２０６８－９
Ｗａｌｋｅｒ ＢＪ，ｅｔ ａｌ．Ｐｉｌｏｎ：ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｔｏｏｌ ｆｏｒ ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｖａｒｉａｎｔ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｇｅｎｏｍｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ．ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．２０１４；９：ｅ１１２９６３．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０１１２９６３．
Ｗｅｉｚｈｏｎｇ Ｌｉ＆Ａｄａｍ Ｇｏｄｚｉｋ．Ｃｄ－ｈｉｔ：ａ ｆａｓｔ ｐｒｏｇｒａｍ ｆｏｒ ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ ｃｏｍｐａｒｉｎｇ ｌａｒｇｅ ｓｅｔｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｏｒ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ”，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００６；２２：１６５８－９．
Ｍａｇｏｃ Ｔ，Ｓａｌｚｂｅｒｇ ＳＬ．ＦＬＡＳＨ：ｆａｓｔ ｌｅｎｇｔｈ ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔ ｏｆ ｓｈｏｒｔ ｒｅａｄｓ ｔｏ ｉｍｐｒｏｖｅ ｇｅｎｏｍｅ ａｓｓｅｍｂｌｉｅｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２０１１；２７：２９５７－６３．
Ｗａｎｇ Ｑ，Ｇａｒｒｉｔｙ ＧＭ，Ｔｉｅｄｊｅ ＪＭ，Ｃｏｌｅ ＪＲ．Ｎａｉｖｅ Ｂａｙｅｓｉａｎ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ ｆｏｒ ｒａｐｉｄ ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ ｏｆ ｒＲＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ｎｅｗ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｔａｘｏｎｏｍｙ．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００７ Ａｕｇ；７３（１６）：５２６１－７．
Ｏｕｗｅｒｋｅｒｋ Ｊ．Ｐ．，Ａａｌｖｉｎｋ Ｓ．，Ｂｅｌｚｅｒ Ｃ．，ｄｅ Ｖｏｓ Ｗ．Ｍ．（２０１６）．Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌａ ｓｐ．ｎｏｖ．，ａｎ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ｍｕｃｉｎ－ｄｅｇｒａｄｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｓｏｌａｔｅｄ ｆｒｏｍ ｒｅｔｉｃｕｌａｔｅｄ ｐｙｔｈｏｎ ｆａｅｃｅｓ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｓｙｓｔ．Ｅｖｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６６，４６１４，４６２０．１０．１０９９／ｉｊｓｅｍ．０．００１３９９
Ｃｌｉｎｉｃａｌ ｂｒｅａｋｐｏｉｎｔｓ（Ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｖ９．０ ａｎｄ Ｆｕｎｇａｌ ｖ９．０）．Ｔｈｅ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｕｃａｓｔ．ｏｒｇ／ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｂｒｅａｋｐｏｉｎｔｓ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ Ｊａｎｕａｒｙ １，２０１９（ｂａｃｔｅｒｉａ）．
Ｇｕｏ Ｘ，ｅｔ ａｌ．（２０１６）．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｓｕｂｔｙｐｅ ｓｔｒａｉｎｓ ｏｆ Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ ａｂｕｎｄａｎｔｌｙ ｃｏｌｏｎｉｚｅ ｉｎ ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｃｈｉｎａ．Ｊ Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１６ Ｆｅｂ；１２０（２）：４５２－９．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊａｍ．１３０２２．
Ｐｉｌｅｔｚ ＪＥ，Ａｒｉｃｉｏｇｌｕ Ｆ，Ｃｈｅｎｇ ＪＴ，Ｆａｉｒｂａｎｋｓ ＣＡ，Ｇｉｌａｄ ＶＨ，Ｈａｅｎｉｓｃｈ Ｂ，Ｈａｌａｒｉｓ Ａ，Ｈｏｎｇ Ｓ，Ｌｅｅ ＪＥ，Ｌｉ Ｊ，Ｌｉｕ Ｐ，Ｍｏｌｄｅｒｉｎｇｓ ＧＪ，Ｒｏｄｒｉｇｕｅｓ ＡＬ，Ｓａｔｒｉａｎｏ Ｊ，Ｓｅｏｎｇ ＧＪ，Ｗｉｌｃｏｘ Ｇ，Ｗｕ Ｎ，Ｇｉｌａｄ ＧＭ．Ａｇｍａｔｉｎｅ：ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ａｆｔｅｒ １００ ｙｅａｒｓ ｉｎ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｔｏｄａｙ．２０１３ Ｓｅｐ；１８（１７－１８）：８８０－９３．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｄｒｕｄｉｓ．２０１３．０５．０１７．Ｅｐｕｂ ２０１３ Ｊｕｎ １３．ＰＭＩＤ：２３７６９９８８
Ｔａｋｓａｎｄｅ ＢＧ，Ｇａｗａｎｄｅ ＤＹ，Ｃｈｏｐｄｅ ＣＴ，Ｕｍｅｋａｒ ＭＪ，Ｋｏｔａｇａｌｅ ＮＲ．Ａｇｍａｔｉｎｅ ａｍｅｌｉｏｒａｔｅｓ ａｄｊｕｖａｎｔ ｉｎｄｕｃｅｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｃａｃｈｅｘｉａ ｉｎ ｒａｔｓ．Ｂｉｏｍｅｄ Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ．２０１７ Ｆｅｂ；８６：２７１－２７８．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｂｉｏｐｈａ．２０１６．１２．０３９．Ｅｐｕｂ ２０１６ Ｄｅｃ １９．ＰＭＩＤ：２８００６７５３．
Ｆｒｅｉｔａｓ ＡＥ，Ｂｅｔｔｉｏ ＬＥ，Ｎｅｉｓ ＶＢ，Ｓａｎｔｏｓ ＤＢ，Ｒｉｂｅｉｒｏ ＣＭ，Ｒｏｓａ ＰＢ，Ｆａｒｉｎａ Ｍ，Ｒｏｄｒｉｇｕｅｓ ＡＬ．Ａｇｍａｔｉｎｅ ａｂｏｌｉｓｈｅｓ ｒｅｓｔｒａｉｎｔ ｓｔｒｅｓｓ－ｉｎｄｕｃｅｄ ｄｅｐｒｅｓｓｉｖｅ－ｌｉｋｅ ｂｅｈａｖｉｏｒ ａｎｄ ｈｉｐｐｏｃａｍｐａｌ ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔ ｉｍｂａｌａｎｃｅ ｉｎ ｍｉｃｅ．Ｐｒｏｇ Ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｏｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｂｉｏｌ Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ．２０１４ Ａｐｒ ３；５０：１４３－５０．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｐｎｐｂｐ．２０１３．１２．０１２．Ｅｐｕｂ ２０１３ Ｄｅｃ ２４．ＰＭＩＤ：２４３７０４５９．
Ｃａｕｗｅｌｓ，Ａ．，Ｒｏｇｇｅ，Ｅ．，Ｖａｎｄｅｎｄｒｉｅｓｓｃｈｅ，Ｂ．ｅｔ ａｌ．Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ＡＴＰ ｄｒｉｖｅｓ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ，ｔｉｓｓｕｅ ｄａｍａｇｅ ａｎｄ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ．Ｃｅｌｌ Ｄｅａｔｈ Ｄｉｓ ５，ｅ１１０２（２０１４）．
Ｃｈａｍｂｅｒｓ ＥＳ，Ｐｒｅｓｔｏｎ Ｔ，Ｆｒｏｓｔ Ｇ，Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ＤＪ．Ｒｏｌｅ ｏｆ Ｇｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ－Ｇｅｎｅｒａｔｅｄ Ｓｈｏｒｔ－Ｃｈａｉｎ Ｆａｔｔｙ Ａｃｉｄｓ ｉｎ Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ａｎｄ Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ Ｈｅａｌｔｈ．Ｃｕｒｒ Ｎｕｔｒ Ｒｅｐ．２０１８；７（４）：１９８－２０６．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ１３６６８－０１８－０２４８－８
Ｒｉｏｓ－Ｃｏｖｉａｎ Ｄ，Ｒｕａｓ－Ｍａｄｉｅｄｏ Ｐ，Ｍａｒｇｏｌｌｅｓ Ａ，Ｇｕｅｉｍｏｎｄｅ Ｍ，ｄｅ ｌｏｓ Ｒｅｙｅｓ－Ｇａｖｉｌａｎ ＣＧ ａｎｄ Ｓａｌａｚａｒ Ｎ（２０１６）Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｓｈｏｒｔ Ｃｈａｉｎ Ｆａｔｔｙ Ａｃｉｄｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ Ｌｉｎｋ ｗｉｔｈ Ｄｉｅｔ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｈｅａｌｔｈ．Ｆｒｏｎｔ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．７：１８５．ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｍｉｃｂ．２０１６．００１８５

配列

Claims (36)

1. （ａ）ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）の生物学的に純粋な株；（ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＧｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＤＳＭ）に寄託されているプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株；及び／又は（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株の少なくとも１つ又は複数を含む組成物。
2. 前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である、請求項１に記載の組成物。
3. （ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株；及び／又は（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株を含む、請求項１又は２に記載の組成物。
4. （ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株の同定特性の全てを有する生存株；（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株の同定特性の全てを有する生存株；及び／又は（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）若しくは番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株を、（Ａ）単独で；且つ／又は（ｂ）前記株の１つ又は複数に由来する培養上清と組み合わせてのいずれかで含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物。
5. （ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株；及び（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株を含む、請求項１に記載の組成物。
6. （ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株を含む、請求項５に記載の組成物。
7. 前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である、請求項５又は６に記載の組成物。
8. （ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株又は番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株；及び（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）又は番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株を含む、請求項５～７のいずれか一項に記載の組成物。
9. （ａ）ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）の生物学的に純粋な株；（ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＧｅｒｍａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＤＳＭ）に寄託されているプレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株；及び／又は（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株の少なくとも１つ又は複数に由来する単離された細菌細胞外小胞（ＥＶ）を含む組成物。
10. （ａ）、（ｂ）、（ｃ）及び／又は（ｄ）に由来する１種又は複数の細菌をさらに含む、請求項９に記載の組成物。
11. 前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である、請求項９又は１０に記載の組成物。
12. （ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株に由来するＥＶ；及び／又は（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株に由来するＥＶを含む、請求項９～１１のいずれか一項に記載に組成物。
13. （ａ）番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５８でＤＳＭに寄託されているＥ．エリゲンス（Ｅ．ｅｌｉｇｅｎｓ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；（ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；（ｃ）番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株若しくは番号ＤＳＭ ３３４５７でＤＳＭに寄託されているＰ．コプリ（Ｐ．ｃｏｐｒｉ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；及び／又は（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）若しくは番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶを、（Ａ）単独で；且つ／又は（ｂ）前記株の１つ又は複数に由来する培養上清と組み合わせてのいずれかで含む、請求項９～１２のいずれか一項に記載の組成物。
14. （ｂ）インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株に由来するＥＶ；及び（ｄ）アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株に由来するＥＶであって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、ＥＶを含む、請求項９又は１０に記載の組成物。
15. （ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を有する細菌株に由来するＥＶを含む、請求項１４に記載の組成物。
16. 前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である、請求項１４又は１５に記載の組成物。
17. （ｂ）番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株又は番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶ；及び（ｄ）番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）又は番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株に由来するＥＶを含む、請求項１４～１６のいずれか一項に記載の組成物。経口投与のために製剤化される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の組成物。
18. 凍結乾燥又は凍結乾燥される、請求項１～１７のいずれか一項に記載の組成物。
19. カプセル化又はコーティングされる、請求項１～１８のいずれか一項に記載の組成物。
20. 食品、食品成分、栄養補助食品又は医薬品である、請求項１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
21. 少なくとも約１×１０^４ＣＦＵ／ｇ組成物～少なくとも約１×１０^１２ＣＦＵ／ｇ組成物の細菌は、前記組成物中に存在する、請求項１～２０のいずれか一項に記載の組成物。
22. プロバイオティクスである、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物。
23. 低温殺菌又は熱処理されている、請求項１～２２のいずれか一項に記載の組成物。
24. 医薬組成物であり、且つ少なくとも１種の薬学的に許容される担体及び／又は賦形剤をさらに含む、請求項１～２３のいずれか一項に記載の組成物。
25. 請求項１～２４のいずれか一項に記載の組成物を含む錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ又はグミ。
26. （ａ）（ｉ）請求項１～２４のいずれか一項に記載の組成物；又は（ｉｉ）請求項２５に記載の錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ若しくはグミと、ｂ）対象への投与に関する指示書とを含むキット。
27. １種又は複数の肥満関連障害の処置及び／又は予防を、それを必要とする対象において行う方法であって、前記対象に、請求項１～２４のいずれか一項に記載の組成物又は請求項２５に記載の錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ若しくはグミの治療上有効な量を投与することを含む方法。
28. 前記肥満関連障害は、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患からなる群から選択される１種又は複数の障害である、請求項２７に記載の方法。
29. 組成物を製造する方法であって、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株と、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株とを組み合わせることを含む方法。
30. 組成物を製造する方法であって、インテスティニモナス・マシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の生物学的に純粋な株と、アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の生物学的に純粋な株であって、前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）ではない、生物学的に純粋な株とから細胞外小胞（ＥＶ）を得て、且つそれらを組み合わせることを含む方法。
31. 前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）と、（ｉ）アッケルマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）；又は（ｉｉ）アッケルマンシア・グリカニフィリア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｇｌｙｃａｎｉｐｈｉｌｉａ）との間の全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（ｇＡＮＩ）は、約９５％未満である、請求項２９又は３０に記載の方法。
32. 前記Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）は、番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡ配列に対して少なくとも９７．０％の配列類似性を示す１６ＳリボソームＲＮＡ配列を含む、請求項２９～３１のいずれか一項に記載の方法。
33. 前記Ｉ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）は、番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株又は番号ＤＳＭ ３３４６０でＤＳＭに寄託されているＩ．マシリエンシス（Ｉ．ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株の同定特性の全てを有する生存株を含み；前記アッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）は、番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）又は番号ＤＳＭ ３３４５９でＤＳＭに寄託されているアッケルマンシア属種（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｓｐ．）の同定特性の全てを有する生存株を含む、請求項２９～３２のいずれか一項に記載の方法。
34. 前記組成物を凍結して揚げるか又は凍結乾燥させることをさらに含む、請求項２９～３３のいずれか一項に記載の方法。
35. １種又は複数の肥満関連障害の予防及び／又は処置を、それを必要とする対象において行う際に使用するための組成物であって、前記対象に対する、請求項１～２４のいずれか一項に記載の組成物又は請求項２５に記載の錠剤、持続放出カプセル、持続放出顆粒、粉末、サシェ若しくはグミを含む組成物。
36. 前記肥満関連障害は、肥満、メタボリックシンドローム、糖尿病、インスリン欠乏関連障害、インスリン抵抗性関連障害、耐糖能障害、脂質代謝異常、非アルコール性脂肪性肝疾患、脂肪肝、レプチン抵抗性、レジスチンレベルの低下及び／又は循環器疾患からなる群から選択される１種又は複数の障害である、請求項３５に記載の使用のための組成物。

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