JP2023542241A - 糖尿病を処置するための修飾型インスリンおよびグルコキナーゼ核酸 - Google Patents
糖尿病を処置するための修飾型インスリンおよびグルコキナーゼ核酸 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2023542241A JP2023542241A JP2023524498A JP2023524498A JP2023542241A JP 2023542241 A JP2023542241 A JP 2023542241A JP 2023524498 A JP2023524498 A JP 2023524498A JP 2023524498 A JP2023524498 A JP 2023524498A JP 2023542241 A JP2023542241 A JP 2023542241A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- polynucleotide
- nucleic acid
- sequence
- vector
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/575—Hormones
- C07K14/62—Insulins
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
- A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
- A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/52—Cytokines; Lymphokines; Interferons
- C07K14/54—Interleukins [IL]
- C07K14/5412—IL-6
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- C12N9/1205—Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor (2.7.1), e.g. protein kinases
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/01—Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor (2.7.1)
- C12Y207/01002—Glucokinase (2.7.1.2)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/50—Fusion polypeptide containing protease site
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
- C12N2750/00011—Details
- C12N2750/14011—Parvoviridae
- C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
- C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
- C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/008—Vector systems having a special element relevant for transcription cell type or tissue specific enhancer/promoter combination
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
- C12N2830/50—Vector systems having a special element relevant for transcription regulating RNA stability, not being an intron, e.g. poly A signal
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Diabetes (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Endocrinology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Virology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Obesity (AREA)
- Hematology (AREA)
- Emergency Medicine (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本開示は、インスリンおよびグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列、それを含む発現カセットおよび送達ベクター、ならびに糖尿病を処置するためのそれらの送達方法に関する。特定の態様は、ヒトインスリンタンパク質をコードするポリヌクレオチドを対象とし、このポリヌクレオチドは、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列であり、必要に応じて、シグナルペプチドは野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない、ヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸位置に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含み、必要に応じて、ポリヌクレオチドは切断部位をさらに含む。
Description
関連出願への相互参照
本願は、2020年7月3日に出願された米国仮出願第63/047,965号、2020年7月20日に出願された米国仮出願第63/054,162号、2020年8月18日に出願された米国仮出願第63/067,264号、2021年1月26日に出願された米国仮出願第63/141,918号、および2021年5月14日に出願された米国仮出願第63/188,788号の優先権の利益を主張するものであり、これらの米国仮出願の各々は、全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本願は、2020年7月3日に出願された米国仮出願第63/047,965号、2020年7月20日に出願された米国仮出願第63/054,162号、2020年8月18日に出願された米国仮出願第63/067,264号、2021年1月26日に出願された米国仮出願第63/141,918号、および2021年5月14日に出願された米国仮出願第63/188,788号の優先権の利益を主張するものであり、これらの米国仮出願の各々は、全体が参照により本明細書に組み込まれる。
電子的に提出された配列表の参照
本願と共に提出された、ASCIIテキストファイルで電子提出された配列表(4525_016PC05_Seqlisting_ST25、サイズ:240,360バイト、および作成日:2021年6月30日)の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本願と共に提出された、ASCIIテキストファイルで電子提出された配列表(4525_016PC05_Seqlisting_ST25、サイズ:240,360バイト、および作成日:2021年6月30日)の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
背景
真性糖尿病の2つの主な形態は、1型(T1DM)および2型(T2DM)である(Diabetes care, 1997, 20-1183-1197)。
真性糖尿病の2つの主な形態は、1型(T1DM)および2型(T2DM)である(Diabetes care, 1997, 20-1183-1197)。
T1DMは、膵臓β細胞の特異的な破壊に起因するインスリン産生の重篤な欠如によって特徴付けられる。T1DMにおけるβ細胞の喪失は、膵島炎と呼ばれる慢性炎症がβ細胞の破壊を引き起こす自己免疫媒介プロセスの結果である(Eizirik D. L. et al, 2001, Diabetologia, 44:2115-2133およびMathis D et al, 2001, Nature, 414: 792-798)。T1DMは、小児の内分泌状態および代謝状態で最も一般的なものの1つであり、発生率は、幼児の間で特に急速に上昇している。T1DMは、自己免疫媒介性のβ細胞の破壊がほぼ完了し、患者が生存のためにインスリン補充療法を必要とするようになったときに診断される。成人におけるT1DMは、T2DMと同様に現れることがあり、代謝制御がゆっくりと悪化し、その後にインスリン依存状態へと進行する。この形態は、成人潜在性自己免疫性真性糖尿病(LADA)と呼ばれている(Diabetes Atlas 4th edition, 2009, International Diabetes Federation)。
T2DMは、真性糖尿病の最も一般的な形態であり、遺伝的危険因子、環境的危険因子、および行動的危険因子の間の相互作用に起因するとされている。T2DMは、インスリン非感受性、インスリン産生量低下、および最終的な膵臓ベータ細胞不全によって特徴付けられる(Olokoba, A. et al, 2012, Oman Med. J. 27(4):269-273)。
生涯にわたるインスリン処置が、T1DMおよびT2DMの両方のために選ばれる療法であることが多い。生涯にわたる外因性インスリンでの処置は糖尿病の管理において概ね成功しているが、厳格な血糖制御を維持することは困難であるため、糖尿病性合併症が依然として起こり得る。長期に及ぶ高血糖の状態は、網膜症、ニューロパチー、腎症、脳血管発作、または心筋梗塞として現れることが最も一般的である、重篤な微小血管性または大血管性の合併症につながり得る。これらの深刻な合併症は、血糖制御の向上によって防止することができる。なお、特に易変性の形態である不安定型糖尿病は、生涯にわたって外因性インスリンを用いても管理がきわめて困難であり得る。
さらに、多くの発展途上国では、セルフケアツールおよびインスリンへのアクセスが限られていることがあり、これは、糖尿病の小児における重大なハンディキャップおよび早期死亡につながり得る(Diabetes Atlas 4th edition, 2009, International Diabetes Federation, Beran D. et al 2006, Lancet, 368: 1689-1695、およびGale E. A., et al, 2006, Lancet, 368: 1626-1628)。糖尿病を有する小児において最も一般的な死因は、世界的に見ると、インスリンにアクセスできないことである。したがって、1回限りの遺伝子療法アプローチが利用できれば、インスリンへのアクセスが限られる状況において絶大な効果が得られる可能性がある(Greenwood H. L. et al, 2006, PLoS Med 3.e381)。
高血糖の低下および正常血糖の維持は、T1DMおよびT2DMに対するあらゆる治療アプローチの目標である。ほとんどの糖尿病患者に対する現在の療法は、短時間作用性および長時間作用性の両方のインスリン調製物の定期的な皮下注射に基づいている。
高血糖の低下および正常血糖の維持は、T1DMおよびT2DMに対するあらゆる治療アプローチの目標である。ほとんどの糖尿病患者に対する現在の療法は、短時間作用性および長時間作用性の両方のインスリン調製物の定期的な皮下注射に基づいている。
Diabetes care, 1997, 20-1183-1197
Eizirik D. L. et al, 2001, Diabetologia, 44:2115-2133
Mathis D et al, 2001, Nature, 414: 792-798
Diabetes Atlas 4th edition, 2009, International Diabetes Federation
Olokoba, A. et al, 2012, Oman Med. J. 27(4):269-273
Beran D. et al 2006, Lancet, 368: 1689-1695
Gale E. A., et al, 2006, Lancet, 368: 1626-1628
Greenwood H. L. et al, 2006, PLoS Med 3.e381
開示の分野
本開示は、糖尿病の処置において使用するためのインスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸を含む遺伝子療法組成物を含む、医学分野に関連する。
本開示は、糖尿病の処置において使用するためのインスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸を含む遺伝子療法組成物を含む、医学分野に関連する。
簡潔な概要
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードするポリヌクレオチドを対象とし、このポリヌクレオチドは、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列であり、必要に応じて、シグナルペプチドは野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない、ヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸位置に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含み、必要に応じて、ポリヌクレオチドは切断部位をさらに含む。一部の態様では、シグナルペプチドは、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列である。一部の態様では、切断部位は、フーリン切断部位である。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードするポリヌクレオチドを対象とし、このポリヌクレオチドは、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列であり、必要に応じて、シグナルペプチドは野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない、ヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸位置に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含み、必要に応じて、ポリヌクレオチドは切断部位をさらに含む。一部の態様では、シグナルペプチドは、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列である。一部の態様では、切断部位は、フーリン切断部位である。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを対象とし、この核酸は、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列と、(ii)配列番号43~57、110~116、150~151、154~155、および157~159のいずれかの核酸73~330、配列番号117~122、152、および156のいずれかの核酸88~345、または配列番号153の核酸79~336と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列とを含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む。
一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、(i)シグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)、および(ii)配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110を含む。一部の態様では、コードされるヒトインスリンタンパク質は、切断部位(例えば、フーリン切断部位)をさらに含む。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを対象とし、この核酸は、配列番号43~57、110~122、または150~159のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、ヒトInsタンパク質をコードする少なくとも2つの核酸配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号43~57、110~122、または150~159のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のORFヌクレオチド配列を少なくとも2つ含み、2つのORFヌクレオチド配列は、同じであっても異なっていてもよい。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、IRES配列をさらに含む。一部の態様では、少なくとも2つのORFヌクレオチド配列は、IRES配列によって分離されている。
一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、シグナル配列およびプロインスリンポリペプチドを含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、プレプロインスリンである。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、配列番号41、配列番号144、または配列番号145のアミノ酸配列を含む。
一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸配列は、5’UTRおよび/または3’UTRをさらに含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸は、配列番号1~16、84~88、123~141、または160~161のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを対象とし、この核酸は、(i)シグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)をコードするヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾(または、野生型プレプロインスリンにおける対応するアミノ酸に対して、アミノ酸H34、P52、K53、R55、L86、もしくはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾)を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含む。
一部の態様では、シグナルペプチドは、野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない(例えば、野生型プレプロインスリン配列が、IL-6シグナル配列またはフィブロネクチンシグナル配列に置き換えられている)。一部の態様では、プロインスリンポリペプチドは、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。
一部の態様では、ポリヌクレオチドは、切断部位(例えば、フーリン切断部位)をさらに含む。
一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)は、(i)H34D、H34I、もしくはH34V(または、プロインスリンB鎖のB10位におけるヒスチジン(H)からアスパラギン酸(D)、イソロイシン(I)もしくはバリン(V))、および/または(ii)野生型プレプロインスリン配列に対して、P52、K53、R55、および/もしくはL86(あるいは、プロインスリンB鎖のB28位および/もしくはB29位またはプロインスリンC鎖のC1位および/もしくはC32位)における1つもしくは複数のアミノ酸修飾から選択されるアミノ酸修飾を含む。一部の態様では、P52、K53、R55、および/またはL86における1つまたは複数のアミノ酸修飾は、P52D、K53R、R55K、L86R、またはそれらの任意の組合せを含む(または、プロインスリンB鎖もしくはC鎖における1つもしくは複数の修飾は、プロインスリンB鎖のB28位におけるプロリン(P)からアスパラギン酸(D)、プロインスリンB鎖のB29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、プロインスリンC鎖のC1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、プロインスリンC鎖のC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)、もしくはそれらの任意の組合せを含む)。
本開示のある特定の態様は、ヒトグルコキナーゼ(Gck)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを対象とし、この核酸は、配列番号61~80もしくは162のいずれかの核酸1~1398、または配列番号61~80および162のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含むORFを含む。一部の態様では、コードされるヒトGckタンパク質は、配列番号82のアミノ酸配列を含む。
一部の態様では、Gckタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたは核酸配列は、5’UTRおよび/または3’UTRをさらに含む。一部の態様では、核酸は、配列番号42、配列番号42の5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む。一部の態様では、核酸は、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸は、配列番号20~39および89~96、ならびに163~164のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む。
一部の態様では、核酸は、プロモーター(例えば、真核生物プロモーター)に作動可能に連結している。本開示のある特定の態様は、本開示のポリヌクレオチドと、核酸配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセットを対象とする。一部の態様では、核酸は、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している。
本開示のある特定の態様は、本開示のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター(例えば、ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソーム)を対象とする。一部の態様では、ベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである。本開示のある特定の態様は、AAVカプシドと、本開示のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子を対象とする。一部の態様では、AAVの血清型は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、AAV10、AAVRH10、AAV11、およびAAV12からなる群から選択される。本開示のある特定の態様は、本開示のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む宿主細胞(例えば、哺乳動物細胞)を対象とする。
本開示のある特定の態様は、対象においてヒトInsタンパク質および/またはヒトGckタンパク質を産生させる方法であって、本開示のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を対象に投与し、それにより、対象においてヒトInsタンパク質および/またはヒトGckを産生させることを含む方法を対象とする。本開示のある特定の態様は、糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善(ameliorate)させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、本開示のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子の治療有効量を対象に送達し、それにより、対象の糖尿病を処置することを含む方法を対象とする。一部の態様では、糖尿病は、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である。
一部の態様では、本明細書で開示される方法は、ヒトインスリンをコードする第1のポリヌクレオチドおよびヒトGckをコードする第2のポリヌクレオチドを含む複数のポリヌクレオチド、ヒトインスリンをコードするポリヌクレオチドを含む第1の発現カセットおよびヒトGckをコードするポリヌクレオチドを含む第2の発現カセットを含む複数の発現カセット、ヒトインスリンをコードするポリヌクレオチドを含む発現カセットを含む第1のベクターおよびヒトGckをコードするポリヌクレオチドを含む発現カセットを含む第2のベクターを含む複数のベクター、またはヒトインスリンをコードするポリヌクレオチドを含む発現カセットを含む第1のrAAV粒子およびヒトGckをコードするポリヌクレオチドを含む発現カセットを含む第2のrAAV粒子を含む複数のrAAV粒子を対象に投与することを含む。一部の態様では、複数のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子は、共に(simultaneously)または順次投与される。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子の送達および/または投与は筋肉内である。一部の態様では、本開示の方法は、(i)対象における血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)レベルの低下および/もしくは調節、(ii)対象における循環ケトンの低減、(iii)対象におけるトリグリセリドの低減、または(iv)それらの任意の組合せをもたらす。
開示の詳細な説明
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。矛盾がある場合には、本願が定義を含めて優先する。文脈上別段の解釈を必要としない限り、単数形の用語は複数形を含むものとし、複数形の用語は単数形を含むものとする。
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。矛盾がある場合には、本願が定義を含めて優先する。文脈上別段の解釈を必要としない限り、単数形の用語は複数形を含むものとし、複数形の用語は単数形を含むものとする。
本開示の全体を通して、実体に付く「a」または「an」という用語は、その実体の1つまたは複数を指す。例えば、「ポリヌクレオチド(a polynucleotide)」は、1つまたは複数のポリヌクレオチドを表すと理解される。したがって、「a」(または「an」)、「1つまたは複数」、および「少なくとも1つ」という用語は、本明細書では同義に使用され得る。
さらに、「および/または(and/or)」は、本明細書において使用される場合、特定された2つの特徴または構成要素の各々の具体的開示と解釈されるものとし、他のものを含むか含まないかを問わない。したがって、本明細書において「Aおよび/またはB」などの語句において使用される「および/または」という用語は、「AおよびB」、「AまたはB」、「A」(単独)、および「B」(単独)を含むことが意図される。同様に、「A、B、および/またはC」などの語句において使用される「および/または」という用語は、次の態様の各々を包含することが意図される:A、B、およびC;A、B、またはC;AまたはC;AまたはB;BまたはC;AおよびC;AおよびB;BおよびC;A(単独);B(単独);ならびにC(単独)。
「約」という用語は、本明細書では、およそ、ほぼ、おおよそ、またはその領域内を意味するように使用される。「約」という用語は、数値範囲と併せて使用される場合、記載された数値の上下に境界を広げることにより、その範囲を修飾する。概して、「約」という用語は、本明細書では、別段の記載がない限り、規定の値の上下に、10パーセントの差異だけ上または下に(より高くまたはより低く)数値を修飾するように使用される。
ある数または一連の数に先行する「少なくとも」という用語は、「少なくとも」という用語に隣接する数、および文脈から明らかである論理的に含まれ得るすべての後続の数または整数を含むと理解される。例えば、核酸分子中のヌクレオチドの数は、整数でなければならない。例えば、「21ヌクレオチド核酸分子のうちの少なくとも18ヌクレオチド」は、18、19、20、または21ヌクレオチドに、示された特性があることを意味する。少なくともが一連の数または範囲の前に存在する場合、「少なくとも」は、その一連の数または範囲内の数の各々を修飾し得ると理解される。また、「少なくとも」は、整数に限定されない(例えば、「少なくとも5%」には、有効桁数を考慮せずに、5.0%、5.1%、5.18%が含まれる)。
ヌクレオチド配列は、本明細書では、具体的に別段の記載がない限り、一本鎖のみにより、5’から3’の方向で、左から右に提示される。ヌクレオチドおよびアミノ酸は、本明細書では、IUPAC-IUB Biochemical Nomenclature Commissionにより推奨される方式で、または(アミノ酸の場合)一文字コードもしくは三文字コードのいずれかにより、いずれも37 CFR §1.822および確立された使用法に従って表される。
「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、本明細書で使用される場合、ホスホジエステル結合によって接続されたヌクレオチドの配列を意味する。ポリヌクレオチドは、本明細書では、5’から3’の方向で提示される。本開示のポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸(DNA)分子でもリボ核酸(RNA)分子でもよい。ヌクレオチド塩基は、本明細書では、一文字コード:アデニン(A)、グアニン(G)、チミン(T)、シトシン(C)、イノシン(I)、およびウラシル(U)によって示される。
本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」という用語は、別段の記載がない限り、ペプチドおよびタンパク質の両方を包含する。
「コード配列」または「をコードする配列」という用語は、本明細書では、例えばインスリンまたはグルコキナーゼなどの特定のタンパク質を「コードする」DNAまたはRNA領域(転写される領域)を意味するように使用される。コード配列は、プロモーターなどの適切な調節領域の制御下におかれると、in vitroまたはin vivoで転写され(DNA)、翻訳されて(RNA)、ポリペプチドになる。コード配列の境界は、5’(アミノ)末端の開始コドンおよび3’(カルボキシ)末端の翻訳停止コドンによって決定される。コード配列は、原核生物または真核生物由来のcDNA、原核生物または真核生物由来のゲノムDNA、および合成DNA配列を含み得るが、これらに限定されない。転写終了配列は、コード配列に対して3’側に位置し得る。
遺伝子には、いくつかの作動可能に連結した断片、例えばプロモーター、5’リーダー配列、イントロン、コード配列、および3’非翻訳配列、例えば、ポリアデニル化部位またはシグナル配列を含むものが含まれ得る。本明細書で使用される場合、「遺伝子の発現」は、遺伝子がRNAへと転写され、かつ/または活性タンパク質へと翻訳されるプロセスを指す。
オープンリーディングフレーム(ORF)は、本明細書で使用される場合、翻訳される能力を有するリーディングフレームの一部である。ORFは、開始コドンで始まって停止コドンで終わるコドンの連続するストレッチである。一部の態様では、ORF配列は、開始コドン配列および/または停止コドン配列ありまたはなしで示されるか、または参照され得る。
Kozakコンセンサス配列、Kozakコンセンサス、またはKozak配列は、真核生物mRNAにおいて生じ、コンセンサス(gcc)gccRccAUGG[ここで、Rは、開始コドン(AUG)の3塩基上流のプリン(アデニンまたはグアニン)であり、開始コドン(AUG)にもう1つの「G」が続いている]を有する配列として公知である。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、Kozakコンセンサス配列と少なくとも95%、少なくとも99%、またはそれよりも高い配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、Kozakコンセンサス配列を含む。
「配列同一性」という用語は、本明細書では、2つもしくはそれよりも多くのアミノ酸(ポリペプチドまたはタンパク質)配列または2つもしくはそれよりも多くの核酸(ポリヌクレオチド)配列の間の、配列の比較により決定される関係を意味するように使用される。ある特定の態様では、配列同一性は、2つの所与の配列番号の完全長またはそれらの一部に基づいて計算される。それらの一部は、両方の配列番号の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、もしくは100%、またはいずれかの他の規定のパーセンテージを意味し得る。「同一性」という用語は、場合によっては、アミノ酸または核酸の配列間の配列関連性の度合いを意味することもあり、これは、かかる配列のストリング間のマッチによって決定される。
ある特定の態様では、同一性を決定する方法は、試験される配列間で最大のマッチが得られるように設計される。同一性および類似性を決定する方法は、公的に利用可能なコンピュータプログラムにおいて体系化されている。
核酸またはその断片に言及している場合、「実質的相同性」または「実質的類似性」は、適切なヌクレオチドの挿入または欠失を用いて別の核酸(またはその相補鎖)と最適にアラインされたとき、配列の少なくとも約95~99%にヌクレオチド配列同一性があることを意味する。
本明細書で使用される場合、かつ別段の記載がない場合、第1の核酸配列を第2の核酸配列との関連で説明するために使用されるときの「相補的」という用語は、当業者には理解されるように、第1の核酸配列を含むオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドが、ある特定の条件下で、第2の核酸配列を含むオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドにハイブリダイズして二重鎖構造を形成する能力を指す。そのような条件は、例えば、ストリンジェント条件であり得、ストリンジェント条件は、次のものを含み得る:400mM NaCl、40mM PIPES pH6.4、1mM EDTA、50℃、または70℃、12~16時間、その後に洗浄(例えば、"Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Sambrook, et al. (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Pressを参照のこと)。生物の内部で起こり得る生理学的に妥当な条件のような、他の条件を使用してもよい。当業者は、ハイブリダイズされるヌクレオチドの最終的用途に従って、2つの配列の相補性の試験に最も適切な条件のセットを決定することができるであろう。
「プロモーター」という用語は、本明細書では、1つまたは複数の遺伝子(またはコード配列)の転写を制御するように機能し、転写の方向を基準として遺伝子の転写開始部位の上流に位置し、DNA依存性RNAポリメラーゼの結合部位、転写開始部位、ならびに、転写因子結合部位、リプレッサーおよびアクチベータータンパク質結合部位、およびプロモーターからの転写量を調節するように直接的または間接的に作用することが当業者に公知であるヌクレオチドのいずれかの他の配列を含むがこれらに限定されない、いずれかの他のDNA配列の存在によって構造的に識別される、核酸配列または断片を意味するように使用される。「構成的」プロモーターは、ほとんどの生理条件および発生条件下で活性のあるプロモーターである。「誘導性」プロモーターは、生理条件または発生条件に応じて調節されるプロモーターである。「組織特異的」プロモーターは、特定のタイプの分化細胞/組織において優先的に活性がある。
本明細書で使用される場合、「エンハンサー」という用語は、隣接する遺伝子の転写を刺激または阻害するシス作用性エレメントである。転写を阻害するエンハンサーは、「サイレンサー」とも呼ばれる。エンハンサーは、いずれの向きでも、コード配列から、かつ転写領域の下流の位置から、数キロベースペア(kb)までの距離にわたって機能し得る(例えば、コード配列と関連付けられ得る)。
「動作可能に連結した」、「動作可能に挿入された」、「動作可能に位置付けられた」、「制御下」、または「転写制御下」という用語は、プロモーターが、核酸との関連において、RNAポリメラーゼの開始および遺伝子の発現を制御するのに正しい位置および向きにあることを意味する。「作動可能に連結した」という用語は、適切な分子(例えば、転写アクチベータータンパク質)が調節配列に結合すると遺伝子発現が可能になるような様式で、DNA配列および調節配列が接続していることを意味する。「作動可能に挿入された」という用語は、細胞に導入された目的のDNAが、導入されたDNAの転写および翻訳を指示する(すなわち、例えば目的のDNAによってコードされるポリペプチドの産生を容易にする)DNA配列に隣接して位置付けられることを意味する。
「導入遺伝子」という用語は、本明細書では、細胞に導入される遺伝子または核酸分子を意味するように使用される。導入遺伝子の一例は、治療用ポリペプチドをコードする核酸(例えば、インスリンをコードする遺伝子および/またはグルコキナーゼをコードする遺伝子)である。一部の実施形態では、遺伝子は、細胞内に存在し得るが、場合によっては、通常は細胞内で発現されないか、または細胞内で不十分なレベルで発現される。この文脈において、「不十分」とは、前記遺伝子、例えば、インスリンおよび/またはグルコキナーゼが、細胞内で正常に発現されるが、本明細書で開示される状態および/または疾患(例えば、糖尿病)が依然として発生し得ることを意味する。ある特定の態様では、導入遺伝子は、遺伝子の、例えば、インスリンおよび/またはグルコキナーゼの、発現増加または過剰発現を可能にする。導入遺伝子は、細胞固有の配列を含むか、細胞内で天然に発生しない配列を含むか、または両方の組合せを含むことができる。ある特定の態様では、導入遺伝子は、インスリン、グルコキナーゼ、インスリンとグルコキナーゼとの両方、および/またはさらなるタンパク質をコードする修飾型配列を含むことができ、これは、インスリン、グルコキナーゼ、またはインスリンとグルコキナーゼとの両方をコードする配列の細胞内での発現のために適切な調節配列に作動可能に連結していてもよい。一部の態様では、導入遺伝子は、宿主細胞のゲノム内に組み込まれない。
「修飾型遺伝子」、「修飾型核酸」などの用語は、本明細書では同義に使用され、遺伝子の天然配列または核酸配列に対する1つまたは複数の修飾または変化の導入を意味する。そのような修飾は、コードされるタンパク質配列に対する突然変異をもたらす場合もあれば、もたらさない場合もある。一部の実施形態では、修飾型核酸は、野生型または突然変異型のタンパク質配列またはその断片をコードする。
「から導出される」という用語は、本明細書で使用される場合、特定の分子もしくは生物、または特定の分子もしくは生物からの情報(例えば、アミノ酸または核酸配列)から単離される、またはそれらを使用して作製される、成分を指す。例えば、第2の核酸配列(例えば、野生型ヒトインスリン遺伝子)から導出される核酸配列(例えば、修飾型ヒトインスリン遺伝子)は、第2の核酸配列のヌクレオチド配列と同一のまたは実質的に類似するヌクレオチド配列またはその一部を含み得る。一部の態様では、突然変異体、アナログ、または誘導体が、野生型配列から導出され得る。
ポリヌクレオチドの場合、導出される種は、例えば、天然に発生する突然変異誘発、人工的な定方向突然変異誘発、または人工的なランダム突然変異誘発によって取得することができる。ポリヌクレオチドを導出するために使用される突然変異誘発は、意図的に方向付けられたもの、もしくは意図的にランダムなもの、または各々の混合でもよい。
本明細書で使用される場合、「送達ベクター」または「ベクター」という用語には、適当な制御エレメントと関連付けられると複製が可能であり、かつ細胞間で遺伝子または核酸配列を伝達することができる、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、染色体、人工染色体、ウイルス、ビリオンなどのような、あらゆる遺伝エレメントが含まれる。したがって、この用語には、クローニングおよび発現ビヒクル、ならびにウイルスベクターが含まれる。一部の態様では、有用なベクターは、転写すべき核酸セグメントがプロモーターの転写制御下に位置付けられているベクターであると想定される。一部の態様では、送達ベクターは、ウイルスベクター、プラスミド、脂質、およびリソソームからなる群から選択される。
一部の態様では、生物学的ベクターは、ウイルス、特に弱毒化ウイルスおよび/または複製欠損ウイルスを含む。一部の実施形態では、化学的ベクターは、脂質複合体およびネイキッドDNA構築物を含む。
本明細書で使用される場合、「ネイキッドDNA」または「ネイキッド核酸」などの用語は、ウイルス粒子にも、細菌細胞にも、標的細胞の細胞質へ核酸を送達することを容易にする他の封入手段にも含有されていない核酸分子を指す。ネイキッド核酸は、標的細胞の部位へ核酸を送達することを容易にするため(例えば、核酸が消化管を通って標的細胞内に移動することを容易にするため、核酸を胃酸から保護するため、かつ/または腸粘液を透過するのに役立つため)、かつ/または標的上皮細胞の表面へ核酸を送達することを容易にするための手段と関連付けられ得る。
「ウイルスゲノム」または「ベクターゲノム」または「ウイルスベクター」は、目的の分子、例えば、タンパク質、ペプチド、およびポリヌクレオチド、または複数のそれらをコードするかまたは含む、1つまたは複数のポリヌクレオチド領域を含む配列を指す。ウイルスベクターは、遺伝物質を細胞内に送達するために使用される。ウイルスベクターは、特定用途のために修飾することができる。一部の態様では、送達ベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、アデノウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはレトロウイルスベクターからなる群から選択されるウイルスベクターを含む。
「アデノ随伴ウイルスベクター」または「AAVベクター」という用語は、本明細書で使用される場合、アデノ随伴ベクターの成分を含むまたはそれから導出され、かつ、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞に感染するのに好適である、あらゆるベクターを指す。AAVベクターという用語は、通常、ペイロードを含むAAV型ウイルス粒子またはビリオンを意味する。AAVベクターは、血清型の組合せを含む様々な血清型から導出されることもあれば(すなわち、「偽型」AAV)、様々なゲノムから導出されることもある(例えば、一本鎖または自己相補性)。さらに、AAVベクターは、複製欠損型および/またはターゲティング型でもよい。本明細書で使用される場合、「アデノ随伴ウイルス」(AAV)という用語は、AAV 1型、AAV 2型、AAV 3型(3A型および3B型を含む)、AAV 4型、AAV 5型、AAV 6型、AAV 7型、AAV 8型、AAV 9型、AAV 10型、AAV 11型、AAV 12型、AAV 13型、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh.74、ヘビAAV、トリAAV、ウシAAV、イヌAAV、ウマAAV、ヒツジAAV、ヤギAAV、エビAAV、Gaoら(J. Virol. 78:6381 (2004))およびMorisら(Virol. 33:375 (2004))によって開示されているAAV血清型およびクレード、ならびにいずれかの他のAAVを含むが、これらに限定されない。例えば、FIELDS et al. VIROLOGY, volume 2, chapter 69 (4th ed., Lippincott-Raven Publishers)を参照のこと。一部の態様では、「AAVベクター」は、公知のAAVベクターの誘導体を含む。一部の態様では、「AAVベクター」は、修飾型または人工のAAVベクターを含む。「AAVゲノム」および「AAVベクター」という用語は同義に使用され得る。
本明細書で使用される場合、「AAV粒子」は、少なくとも1つのペイロード領域(例えば、インスリンおよび/またはGckをコードするポリヌクレオチド)と、少なくとも1つの逆方向末端反復(ITR)領域とを有するAAVベクターを含むAAVウイルスである。一部の態様では、「本開示のAAVベクター」または「本明細書で開示されるAAVベクター」という用語は、例えば、AAV粒子に封入された、インスリン、GcK、またはそれらの組合せをコードする、本明細書で開示されるポリヌクレオチドまたは核酸を含むAAVベクターを指す。
ウイルスによる細胞の「形質導入」は、ウイルス粒子から細胞への核酸の伝達があることを意味する。一部の態様では、形質導入は、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする1つの核酸または複数の核酸をウイルスベクターによってレシピエント宿主細胞へ送達することを指す。例えば、本開示のrAAVベクターによる標的細胞の形質導入は、そのベクターに含有されたrAAVゲノム(例えば、本開示のポリヌクレオチドを含むもの)が形質導入細胞内に伝達されることにつながる。
細胞の「トランスフェクション」は、細胞を遺伝子修飾する目的で細胞に遺伝物質が導入されることを意味する。トランスフェクションは、当技術分野において公知である種々の手段、例えば、形質導入または電気穿孔によって達成され得る。
「ベクター」は、本明細書で使用される場合、in vitroまたはin vivoのいずれかで宿主細胞内に送達されるポリヌクレオチドを含む組換えプラスミドまたはウイルスを意味する。
「宿主細胞」または「標的細胞」という用語は、本明細書では、in vitroまたはin vivoのいずれかでポリヌクレオチドの送達が行われる細胞を意味するように使用される。AAVベクターは、分裂細胞および非分裂細胞の両方に形質導入することができる。
「組換え」は、天然に一般に見出されるものから区別できることを意味する。
ベクターまたはウイルスカプシドに関する「血清型」は、カプシドタンパク質配列およびカプシド構造に基づいて区別できる免疫学的プロファイルによって定義される。
「AAV Cap」は、AAV Capタンパク質、VP1、VP2、およびVP3、ならびにそれらのアナログを意味する。
「AAV Rep」は、AAV Repタンパク質およびそのアナログを意味する。
他のエレメントによってフランキングされる配列に関する「フランキングされる」は、その配列に対して上流および/または下流、すなわち、5’側および/または3’側に、1つまたは複数のフランキングエレメントが存在することを示す。「フランキングされる」という用語は、複数の配列が必ず連続していることを示すよう意図するものではない。例えば、導入遺伝子をコードする核酸とフランキングエレメントとの間に介在する配列があってもよい。2つの他のエレメント(例えば、ITR)によって「フランキングされる」配列(例えば、導入遺伝子)は、一方のエレメントが配列の5’側に位置し、他方が配列の3’側に位置することを示すが、間に介在する配列があってもよい。
本明細書で使用される場合、例えば本明細書で開示されるポリヌクレオチドを含む遺伝子療法組成物の、「有効量」、「治療有効量」、および「十分な量」という用語は、ヒトを含む対象に投与したとき、臨床結果を含む有益な結果または所望の結果をもたらすのに十分な量を指し、したがって、「有効量」またはその同義語は、それが適用されている文脈に依存する。
所与の治療剤または組成物の量は、所与の薬剤、医薬品製剤、投与経路、疾患または障害のタイプ、処置される対象または宿主の個性(例えば、年齢、性別、および/または体重)などといった様々な因子に応じて変動するような量に対応する。
本明細書で使用される場合、「遺伝子療法」という用語は、疾患または状態を処置するために、核酸配列(例えば、本明細書で定義される治療用分子をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸)を個体の細胞および/または組織に挿入することである。遺伝子療法には、本質的に阻害性である導入遺伝子、すなわち、望まれないまたは異常な(例えば、病原性)遺伝子またはタンパク質などの内因性遺伝子またはタンパク質の発現、活性または機能を阻害する、減少させる、または低減する導入遺伝子の挿入も含まれる。そのような導入遺伝子は外因性であり得る。外因性の分子または配列は、処置すべき細胞、組織および/または個体において通常は発生しない分子または配列であると理解される。後天性疾患と先天性疾患との両方が遺伝子療法に適している場合がある。
一部の態様では、本開示は、野生型もしくは突然変異型のインスリンおよび/もしくは野生型グルコキナーゼまたはそれらの機能的断片をコードする修飾型核酸を提供する。本開示は、野生型もしくは突然変異型のインスリンおよび/もしくは野生型グルコキナーゼまたはそれらの機能的断片をコードする修飾型核酸を配列の一部として含む核酸構築物も提供する。例えば、本開示には、調節エレメントのような他のエレメントと併せて修飾型核酸配列を含む発現カセット、プラスミド、および/または他のベクターが含まれる。一部の態様では、本開示は、野生型もしくは突然変異型のインスリンおよび/もしくは野生型グルコキナーゼまたはそれらの機能的断片をコードする修飾型核酸配列を含む、ウイルスカプシドなどのパッケージングされた遺伝子送達ビヒクルを提供する。本開示には、細胞における発現を促進するために必要なエレメントと併せて修飾型核酸配列を細胞内に送達することにより、野生型もしくは突然変異型のインスリンおよび/もしくは野生型グルコキナーゼまたはそれらの機能的断片を発現させる方法も含まれる。本開示は、野生型もしくは突然変異型のインスリンおよび/もしくは野生型グルコキナーゼまたはそれらの機能的断片をコードする修飾型核酸配列が、例えば1つもしくは複数のベクターの成分として対象に投与される、かつ/または1つもしくは複数のウイルス遺伝子送達ビヒクルの成分としてパッケージングされる、遺伝子療法の方法も提供する。処置は、例えば、糖尿病の症状を処置または低減することを必要とする対象における糖尿病の症状を処置または低減するために行われ得る。本開示のこれらの態様の各々について、本明細書でさらに詳細に検討する。
修飾型核酸
一部の態様では、本開示は、インスリン、グルコキナーゼ、またはそれらの組合せをコードする修飾型(例えば、コドン最適化された、かつ/またはCpG含有量が低減した)核酸を含むポリヌクレオチドを提供する。一部の態様では、修飾型核酸は、ヒトインスリン(例えば、プレプロインスリンもしくはプロインスリン、それらの突然変異体、アナログ、またはバリアント)をコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、ヒトグルコキナーゼ(例えば、Gck、その突然変異体、アナログ、またはバリアント)をコードする。一部の態様では、コード配列に対する修飾は、インスリンおよび/またはグルコキナーゼの野生型または突然変異型のアミノ酸配列を保存する。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、シグナル配列およびプロインスリンポリペプチドを含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。一部の態様では、修飾型核酸配列は、ヒトプレプロインスリン(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)をコードする。一部の態様では、修飾型核酸配列は、ヒトGck(例えば、配列番号82)をコードする。
一部の態様では、本開示は、インスリン、グルコキナーゼ、またはそれらの組合せをコードする修飾型(例えば、コドン最適化された、かつ/またはCpG含有量が低減した)核酸を含むポリヌクレオチドを提供する。一部の態様では、修飾型核酸は、ヒトインスリン(例えば、プレプロインスリンもしくはプロインスリン、それらの突然変異体、アナログ、またはバリアント)をコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、ヒトグルコキナーゼ(例えば、Gck、その突然変異体、アナログ、またはバリアント)をコードする。一部の態様では、コード配列に対する修飾は、インスリンおよび/またはグルコキナーゼの野生型または突然変異型のアミノ酸配列を保存する。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、シグナル配列およびプロインスリンポリペプチドを含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。一部の態様では、修飾型核酸配列は、ヒトプレプロインスリン(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)をコードする。一部の態様では、修飾型核酸配列は、ヒトGck(例えば、配列番号82)をコードする。
一部の態様では、修飾型核酸は、コドン最適化されている。一部の態様では、コドン最適化は、インスリンまたはグルコキナーゼをコードする核酸のオープンリーディングフレーム内のコドンを修飾することを含む。一部の態様では、修飾型核酸は、対応する野生型配列および/または未修飾型配列に対して低減したCpG含有量を含む。
一部の態様では、修飾型核酸は、対応する野生型配列および/または未修飾型配列に対して低減した自然免疫原性を有する。一部の態様では、修飾型核酸は、対応する野生型配列および/または未修飾型配列に対して増加した発現を有する。一部の態様では、修飾型核酸は、対応する野生型配列および/または未修飾型配列に対して減少した発現を有する。一部の態様では、修飾型配列は、in silico方法の後に手作業の配列検査を行うことによって開発される。本開示の核酸は、分子生物学技術を使用して産生することができる、例えば、インスリンまたはグルコキナーゼをコードする修飾型cDNAは、PCR増幅またはcDNAクローニング技術によって取得することができる。
一部の態様では、核酸配列は、CpG含有量を低減するために、例えば、TLR9二量体化および関連する経路を介した炎症応答を最小化するために修飾される。一部の態様では、ある特定のCpGモチーフは、それらの炎症性効果を阻害または中和する。一部の実施形態では、これらのモチーフのうちの1つまたは複数は保存されていてもよい。一部の態様では、そのようなCpGモチーフは、TLR9二量体化の下流効果の阻害のために核酸配列に導入され得る。
一部の態様では、コドン修飾は、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードするポリヌクレオチドの免疫原性を、対応する野生型ポリヌクレオチドおよび/または未修飾型ポリヌクレオチドに対して低減し得る。一部の態様では、コドン修飾は、インスリンまたはグルコキナーゼをコードするポリヌクレオチドの発現を、対応する野生型および/または未修飾型ポリヌクレオチドに対して向上させる。一部の態様では、コドン修飾は、グルコキナーゼをコードするポリヌクレオチドの免疫原性を、対応する野生型Gckポリヌクレオチドおよび/または未修飾型Gckポリヌクレオチドに対して低減し得る。
本開示の修飾型核酸は、細胞全体に、細胞溶解物に、または部分的に精製された形態もしくは実質的に純粋な形態で存在し得る。修飾型核酸は単離されていてもよい。核酸が「単離される」または「実質的に純粋にされる」のは、他の細胞成分または他の夾雑物、例えば、他の細胞核酸またはタンパク質から、アルカリ/SDS処置、CsClバンディング、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動、および当技術分野で周知の他の技術(例えば、F. Ausubel, et al., ed. (1987) Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing and Wiley Interscience, New Yorkを参照のこと)を含む標準的技術によって精製されるときである。一部の態様では、本開示の修飾型核酸は、例えば、DNAでもRNAでもよく、イントロン配列を含有してもしなくてもよい。一部の態様では、核酸は、cDNA分子であり得る。
修飾型インスリン核酸
一部の態様では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドまたは核酸配列は、野生型(配列番号147)および/もしくは未修飾型ヒトインスリン(Ins)またはヒトIns突然変異体もしくはアナログ(例えば、配列番号110または配列番号111)に対して修飾されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸は、例えば、配列番号1または配列番号127に対応する、5’UTR、ORF、および/または3’UTRを含む配列に対して修飾されている。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型ヒトインスリン(配列番号41)、そのバリアントもしくは突然変異体(例えば、配列番号144または配列番号145)、またはそれらの機能的断片をコードする。
一部の態様では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドまたは核酸配列は、野生型(配列番号147)および/もしくは未修飾型ヒトインスリン(Ins)またはヒトIns突然変異体もしくはアナログ(例えば、配列番号110または配列番号111)に対して修飾されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸は、例えば、配列番号1または配列番号127に対応する、5’UTR、ORF、および/または3’UTRを含む配列に対して修飾されている。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型ヒトインスリン(配列番号41)、そのバリアントもしくは突然変異体(例えば、配列番号144または配列番号145)、またはそれらの機能的断片をコードする。
インスリンは、ジスルフィド結合によってひとつに連結された、A鎖およびB鎖の2つのポリペプチド鎖を含む。これはまず、プレプロインスリンと呼ばれる単一のポリペプチドとして合成される。「プレプロインスリン」は、インスリン遺伝子の一次翻訳産物である。それは110アミノ酸長のペプチドである。プレプロインスリンはプロインスリン分子を含み、そのN末端にシグナルペプチドが結合している。プレプロインスリンのシグナルペプチドを含むN末端の一部が切断され、残りのアミノ酸が「プロインスリン」として残る。得られた切断後の配列のアミノ酸1~30が「B鎖」であり、ここで「B10」はプレプロインスリンの34位に対応する。したがって、例えば、「B10」プロインスリン突然変異は、プレプロインスリンにおけるH34突然変異に対応する。ある特定の態様では、本明細書で参照される場合、「B10H」は、B10位の野生型ヒスチジンアミノ酸を指す(野生型プレプロインスリン配列におけるH34としても参照される)。プレプロインスリンおよびプロインスリンは、A鎖とB鎖との間のC-ペプチドも含む。成熟インスリンタンパク質では、C-ペプチドがタンパク分解的に切断され、A鎖およびB鎖がジスルフィド結合によって連結される。
一部の態様では、本明細書で開示される修飾型コード配列は、野生型プレプロインスリン(配列番号41)における対応する位置に対して、H34位、P52位、K53位、R55位、および/またはL86位における1つまたは複数の突然変異を含むプレプロインスリン突然変異体をコードする。一部の態様では、修飾型コード配列は、配列番号41における対応する位置に対して、突然変異H34D、H34I、H34V、P52D、K53R、R55K、および/またはL86Rのうちの1つまたは複数を含むプレプロインスリン突然変異体をコードする。一部の態様では、修飾型コード配列は、配列番号41における対応する位置に対して、突然変異H34D、H34I、H34V、P52D、K53R、R55K、および/またはL86Rを含むプレプロインスリン突然変異体をコードする。一部の態様では、修飾型コード配列は、配列番号41における対応する位置に対して、突然変異P52D、K53R、R55K、および/またはL86Rを含むプレプロインスリン突然変異体をコードする。一部の態様では、修飾型コード配列は、配列番号41、配列番号144、または配列番号145から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%、95%、99%または100%類似するアミノ酸配列をコードする。一部の態様では、修飾型コード配列は、配列番号41、配列番号144、または配列番号145から選択されるアミノ酸配列と少なくとも90%、95%、99%または100%類似するアミノ酸配列をコードし、ここで、アミノ酸配列は、配列番号41における対応する位置に対して、突然変異H34D、H34I、H34V、P52D、K53R、R55K、および/またはL86Rのうちの1つまたは複数を含む。一部の態様では、修飾型コード配列は、配列番号41における対応する位置に対してH34突然変異を含まないアミノ酸配列をコードする。
一部の態様では、修飾型核酸配列は、切断部位、例えば、フーリンエンドプロテアーゼ切断部位を含む。
一部の態様では、修飾型核酸配列は、シグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)をコードする核酸を含む。一部の態様では、プレプロインスリンは、野生型インスリンシグナル配列(例えば、MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAA(配列番号165)または配列番号41のアミノ酸1~24)を含む。一部の態様では、野生型プレプロインスリンのシグナル配列は、非インスリン分泌ペプチド、例えば、IL-6シグナル配列(例えば、MNSFSTSAFGPVAFSLGLLLVLPAAFPAP(配列番号166))またはフィブロネクチンシグナル配列(例えば、MLRGPGPGLLLLAVQCLGTAVPSTGA(配列番号167))に置き換えられている。
一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するH34D、H34I、またはH34Vから選択されるアミノ酸修飾(または、プロインスリンB鎖のB10位におけるヒスチジン(H)からアスパラギン酸(D)、イソロイシン(I)もしくはバリン(V))を含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾H34D(または、プロインスリンB鎖のB10位におけるヒスチジン(H)からアスパラギン酸(D))を含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するH34D、H34I、またはH34Vから選択されるアミノ酸修飾(または、プロインスリンB鎖のB10位におけるヒスチジン(H)からアスパラギン酸(D)、イソロイシン(I)もしくはバリン(V))を含むヒトインスリンをコードし、ヒトインスリンは、必要に応じて、切断部位、例えば、フーリン切断部位、およびシグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)を含む。
一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードし、ヒトインスリンは、必要に応じて、切断部位、例えば、フーリン切断部位、およびシグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)を含む。
一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾H34D、K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB10位におけるヒスチジン(H)からアスパラギン酸(D)、B29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾H34D、K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB10位におけるヒスチジン(H)からアスパラギン酸(D)、B29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードし、ヒトインスリンは、必要に応じて、切断部位、例えば、フーリン切断部位、およびシグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)を含む。
一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾H34I、K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB10位におけるヒスチジン(H)からイソロイシン(I)、B29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾H34I、K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB10位におけるヒスチジン(H)からイソロイシン(I)、B29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードし、ヒトインスリンは、必要に応じて、切断部位、例えば、フーリン切断部位、およびシグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)を含む。
一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾H34V、K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB10位におけるヒスチジン(H)からバリン(V)、B29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾H34V、K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB10位におけるヒスチジン(H)からバリン(V)、B29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードし、ヒトインスリンは、必要に応じて、切断部位、例えば、フーリン切断部位、およびシグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)を含む。
一部の態様では、修飾型核酸は、野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応するアミノ酸修飾P49D、K53R、R55K、およびL86R(または、プロインスリンのB28位におけるプロリン(P)からアスパラギン酸(D)、B29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、C1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、およびC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)に対応する修飾)を含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、修飾型核酸は、アミノ酸修飾P49D、K53R、R55K、およびL86R(野生型プレプロインスリンアミノ酸位置に対応する)を含むヒトインスリンをコードし、ヒトインスリンは、必要に応じて、切断部位、例えば、フーリン切断部位、およびシグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)を含む。
一部の態様では、修飾型核酸は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードし、核酸は、(i)シグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)をコードするヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾(または、野生型プレプロインスリンにおける対応するアミノ酸に対して、アミノ酸H34、P52、K53、R55、L86、もしくはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾)を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含む。一部の態様では、シグナルペプチドは、野生型プレプロインスリンシグナル配列ではなく、例えば、野生型プレプロインスリン配列が、IL-6シグナル配列またはフィブロネクチンシグナル配列に置き換えられている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、切断部位(例えば、フーリン切断部位)をさらに含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)は、(i)H34D、H34I、もしくはH34V(または、プロインスリンB鎖のB10位におけるヒスチジン(H)からアスパラギン酸(D)、イソロイシン(I)もしくはバリン(V))、および/または(ii)野生型プレプロインスリン配列に対して、P52、K53、R55、および/もしくはL86(あるいは、プロインスリンB鎖のB28位および/もしくはB29位またはプロインスリンC鎖のC1位および/もしくはC32位)における1つもしくは複数のアミノ酸修飾から選択されるアミノ酸修飾を含む。一部の態様では、P52、K53、R55、および/またはL86における1つまたは複数のアミノ酸修飾は、P52D、K53R、R55K、L86R、またはそれらの任意の組合せを含む(または、プロインスリンB鎖もしくはC鎖における1つもしくは複数の修飾は、プロインスリンB鎖のB28位におけるプロリン(P)からアスパラギン酸(D)、プロインスリンB鎖のB29位におけるリシン(K)からアルギニン(R)、プロインスリンC鎖のC1位におけるアルギニン(R)からリシン(K)、プロインスリンC鎖のC32位におけるロイシン(L)からアルギニン(R)、もしくはそれらの任意の組合せを含む)。
一部の態様では、修飾型核酸は、バリアントもしくは突然変異型ヒトインスリンタンパク質またはそれらの機能的断片をコードする。一部の態様では、ヒトインスリンタンパク質は、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110に対して少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の態様では、ヒトインスリンタンパク質は、配列番号41、配列番号144、または配列番号145に対して少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の態様では、ヒトインスリンタンパク質は、野生型ヒトインスリンに対して、挿入、欠失、置換、またはそれらの組合せを含む。一部の態様では、ヒトインスリンタンパク質は、少なくとも1つの置換を含む。一部の態様では、少なくとも1つの置換は、保存的置換である。一部の態様では、少なくとも1つの置換は、非保存的置換である。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号43~57、110~116、150~151、154~155、および157~159のいずれかの核酸73~330、配列番号117~122、152、および156のいずれかの核酸88~345、または配列番号153の核酸79~336と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を有する核酸配列を含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む。一部の態様では、ORFは、シグナルペプチドをコードする核酸配列をさらに含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含むオーブンリーディングフレーム(ORF)を含み、修飾型核酸配列は、ヒトインスリンタンパク質(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号122と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含むオーブンリーディングフレーム(ORF)を含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159の配列を有する核酸を含むオーブンリーディングフレームを含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号122の配列を有する核酸を含むオープンリーディングフレームを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1、表13、および/または図1Aに存在するかまたは参照されるORF配列を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、配列番号159、およびそれらの任意の組合せと少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列からなる群から選択される2つまたはそれよりも多くのORFを含む。一部の態様では、2つまたはそれよりも多くのORFのうちの1つは、配列番号122と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する。一部の態様では、2つまたはそれよりも多くのORFは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、配列番号159、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の態様では、2つまたはそれよりも多くのORFのうちの1つは、配列番号122の核酸配列を有する。
一部の態様では、2つまたはそれよりも多くのORFは、作動可能に連結している。一部の態様では、ORFは、IRESによって作動可能に連結している。一部の態様では、IRESは、配列番号142または配列番号143と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、IRESは、配列番号142または配列番号143の核酸配列を含む。
一部の態様では、IRESによって連結される2つまたはそれよりも多くのORFは、配列番号110および配列番号53、配列番号47および配列番号54、配列番号49および配列番号56、配列番号111および配列番号114、配列番号112および配列番号115、配列番号113および配列番号116、配列番号120および配列番号114、配列番号121および配列番号115、または配列番号122および配列番号116を含む配列と少なくとも少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、IRESを通して連結される2つまたはそれよりも多くのORFは、配列番号110および配列番号53、配列番号47および配列番号54、配列番号49および配列番号56、配列番号111および配列番号114、配列番号112および配列番号115、配列番号113および配列番号116、配列番号120および配列番号114、配列番号121および配列番号115、または配列番号122および配列番号116を含む核酸配列を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、修飾型5’UTR核酸配列をさらに含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、または配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、Kozakコンセンサス配列(KozakコンセンサスまたはKozak配列)をさらに含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される5’UTR核酸配列を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、修飾型3’UTR核酸配列をさらに含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む3’UTRをさらに含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される3’UTR核酸配列を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含み、核酸配列は、ヒトインスリンタンパク質(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号138と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16から選択される配列の核酸5~957と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号138の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16の核酸5~957を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1および/または図1Aにおいて提示される5’UTR、ORF、および3’UTRを含む修飾型核酸を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドを含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドをコードしない。一部の態様では、野生型プレプロインスリンは、非インスリン分泌シグナルによって置き換えられている。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、インターロイキン6(IL-6)分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、フィブロネクチン分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする。
修飾型グルコキナーゼ核酸
一部の態様では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドまたは核酸配列は、例えば、5’UTR、ORF、および/または3’UTR、核酸配列、例えば、配列番号19に対応するものを含む、野生型および/または未修飾型ヒトグルコキナーゼ(Gck)に対して修飾されている。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型ヒトグルコキナーゼ(配列番号82)またはその機能的断片をコードする。
一部の態様では、本明細書で開示されるポリヌクレオチドまたは核酸配列は、例えば、5’UTR、ORF、および/または3’UTR、核酸配列、例えば、配列番号19に対応するものを含む、野生型および/または未修飾型ヒトグルコキナーゼ(Gck)に対して修飾されている。一部の態様では、修飾型核酸は、野生型ヒトグルコキナーゼ(配列番号82)またはその機能的断片をコードする。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含むORFを含み、核酸配列は、ヒトグルコキナーゼタンパク質(配列番号82)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162の配列を有する核酸を含むオーブンリーディングフレームを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照されるORF配列を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、修飾型5’UTR核酸配列をさらに含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、Kozakコンセンサス配列(KozakコンセンサスまたはKozak配列)をさらに含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される5’UTR配列を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、修飾型3’UTR核酸配列をさらに含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性の核酸配列を含む3’UTRをさらに含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される3’UTR配列を含む。
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164からなる群から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含み、核酸配列は、ヒトグルコキナーゼタンパク質(例えば、配列番号82)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39から選択される配列の核酸5~2025と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸を含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39の核酸5~2025を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される修飾型核酸である。
発現構築物
一部の態様では、本開示は、核酸配列、例えば、本明細書で開示される、インスリン、グルコキナーゼ、それらの組合せ、またはそれらの機能的断片をコードする修飾型核酸配列と、核酸配列に作動可能に連結した異種制御配列とを含む、発現カセットも提供する。一部の態様では、異種制御配列はプロモーターである。
一部の態様では、本開示は、核酸配列、例えば、本明細書で開示される、インスリン、グルコキナーゼ、それらの組合せ、またはそれらの機能的断片をコードする修飾型核酸配列と、核酸配列に作動可能に連結した異種制御配列とを含む、発現カセットも提供する。一部の態様では、異種制御配列はプロモーターである。
目的のDNAに作動可能に連結した真核生物プロモーターを有する核酸構築物を本開示において使用することができる。本開示に従って使用することのできるDNA配列(または対応するRNA配列)を含有する構築物は、目的のDNAまたはRNA配列を含有するいずれの真核生物発現構築物でもよい。例えば、プラスミドまたはウイルス構築物(例えば、AAVベクター)を切断して、ライゲーション可能な末端を有する線状DNAをもたらすことができる。これらの末端を、相補的な同様のライゲーション可能な末端を有する外因性DNAと結合させると、インタクトなレプリコンおよび所望の表現型特性を有する生物学的に機能的な組換えDNA分子がもたらされる。一部の態様では、構築物は、真核生物および原核生物の両方の宿主において複製可能である。
一部の態様では、本開示において使用される外因性DNAは、好適な細胞から取得され、構築物は、当技術分野において公知の技術を使用して調製される。同様に、遺伝子改変された宿主細胞における外因性DNAまたはRNA配列の発現を達成するための技術は、当技術分野において公知である(例えば、Kormal et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84:2150-2154 (1987)、Sambrook et al. Molecular Cloning: a Laboratory Manual, 2nd Ed., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.を参照のこと;これらの各々は、目的のDNAの真核生物における発現のための方法および組成物に関して、参照により本明細書に組み込まれる)。
一部の態様では、DNA構築物は、分泌細胞内での目的のDNA(例えば、インスリン、グルコキナーゼ、それらの組合せ、またはそれらの断片をコードする修飾型核酸)の発現を容易にするためにプロモーターを含有する。一部の態様では、プロモーターは、サイトメガロウイルス(CMV)、マウス乳房腫瘍ウイルス(MMTV)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)、またはアデノウイルス由来のプロモーターのような、強力な真核生物プロモーターである。例示的なプロモーターは、ヒトCMVの前初期遺伝子由来のプロモーター(Boshart et al., Cell 41:521-530 (1985))およびRSVの長末端反復(LTR)由来のプロモーター(Gorman et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79:6777-6781 (1982))を含むが、これらに限定されない。あるいは、使用されるプロモーターは、組織特異的プロモーターでもよい。
本開示の構築物は、構築物を含有および/または発現する細胞の選択を助けるためのマーカー(例えば、抗生物質抵抗性遺伝子(アンピシリン抵抗性遺伝子など)またはβ-ガラクトシダーゼ)、細菌細胞における構築物の安定な複製のための複製起点(好ましくは、高コピー数の複製起点)、核局在化シグナル、または、DNA構築物、それによってコードされるタンパク質、もしくはその両方の産生を容易にする他のエレメントのような、他の成分を含むこともできる。
真核生物での発現の場合、構築物は、目的のDNA(例えば、インスリン、グルコキナーゼ、それらの組合せ、またはそれらの断片をコードする修飾型核酸)に作動可能に連結した真核生物プロモーターを最低でも含有することができ、目的のDNAは、今度は、ポリアデニル化配列に作動可能に連結している。ポリアデニル化シグナル配列は、当技術分野において公知の種々のポリアデニル化シグナル配列のいずれから選択されてもよい。一部の態様では、ポリアデニル化シグナル配列は、SV40初期ポリアデニル化シグナル配列である。構築物には、目的のDNAがcDNAである(例えば、天然に発生する配列のイントロンを含有しない)場合は特に、目的のDNAの発現レベルを上昇させ得る、1つまたは複数のイントロンが含まれていてもよい。当技術分野において公知の種々のイントロンのいずれを使用してもよい(例えば、目的のDNAの5’側の位置で構築物に挿入されるヒトβ-グロビンイントロン)。
目的のDNA(例えば、インスリン、グルコキナーゼ、それらの組合せ、またはそれらの断片をコードする修飾型核酸)は、治療用分子(例えば、タンパク質)が融合タンパク質(例えば、β-ガラクトシダーゼまたはその一部をN末端に有し、治療用タンパク質をC末端部分に有する融合タンパク質)として発現されるように、構築物に挿入されてもよい。融合タンパク質の産生は、タンパク質を発現する形質転換細胞の識別(例えば、融合タンパク質に結合する抗体を使用した酵素結合免疫吸着検定法(ELISA)による)を容易にすることができる。
目的のDNA(例えば、インスリン、グルコキナーゼ、それらの組合せ、またはそれらの断片をコードする修飾型核酸)の送達のためのベクターは、ウイルス性もしくは非ウイルス性のいずれでもよく、またはウイルス粒子(例えば、AAV粒子)もしくはカチオン性脂質もしくはリポソームなどのアジュバントと混和したネイキッドDNAから構成されていてもよい。「アジュバント」とは、それ自体は所望の効果をもたらさないが、活性化合物の作用を向上させるまたは別様に向上させるように作用する物質である。使用される正確なベクターおよびベクター製剤は、遺伝子移入の標的となる細胞および/または臓器などのいくつかの因子に依存する。
好適なプロモーターの例としては、サイトメガロウイルス(CMV)中初期プロモーター、ウイルス長末端反復プロモーター(LTR)、例えばマウスモロニー白血病ウイルス(MMLV)ラウス肉腫ウイルス、またはHTLV-1由来のもの、サルウイルス40(SV40)初期プロモーター、RSVプロモーター、および単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼプロモーターが挙げられる。一部の態様では、プロモーターは、細胞特異的プロモーターおよび/または組織特異的プロモーターである。一部の態様では、プロモーターは、イントロン配列と共に使用される。一部の態様では、プロモーターは、組織特異的である。一部の態様では、プロモーターは、CMVプロモーターである。一部の態様では、CMVプロモーターは、miniCMVプロモーターである。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有するORFを含む修飾型核酸配列に作動可能に連結したプロモーターを含み、修飾型核酸配列は、ヒトインスリンタンパク質(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、発現カセットは、配列番号122と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有するORFを含む修飾型核酸配列に作動可能に連結したプロモーターを含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159の配列を有する核酸を含むオーブンリーディングフレームを含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、配列番号122の配列を有する核酸を含むオーブンリーディングフレームを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1、表13および/または図1Aに存在するかまたは参照されるORF配列を含む。
一部の態様では、発現カセットは、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドを含むヒトインスリンをコードするポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、本開示のポリヌクレオチドは、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドをコードしない。一部の態様では、野生型プレプロインスリンは、非インスリン分泌シグナルによって置き換えられている。一部の態様では、発現カセットは、インターロイキン6(IL-6)分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードするポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、発現カセットは、フィブロネクチン分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードするポリヌクレオチドを含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、または配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む修飾型核酸を含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される5’UTR配列を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む3’UTRをさらに含む修飾型核酸を含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される3’UTR配列を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87 配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含み、修飾型核酸配列は、ヒトインスリンタンパク質(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、発現カセットは、配列番号138と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16から選択される配列の核酸5~957と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87 配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161の配列を有する修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、配列番号138の配列を有する修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16から選択される配列の核酸5~957と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される5’UTR、ORF、および3’UTRを含む修飾型核酸を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有するORFを含む修飾型核酸配列に作動可能に連結したプロモーターを含む。一部の態様では、発現カセットは、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162の配列を有する修飾型核酸に作動可能に連結したプロモーターを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照されるORF配列を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む修飾型核酸を含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される5’UTR配列を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む3’UTRをさらに含む修飾型核酸を含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、またはそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される3’UTR配列を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含み、核酸配列は、ヒトグルコキナーゼタンパク質(例えば、配列番号82)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、発現カセットは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39から選択される配列の核酸5~2025と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164の配列を有する修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39の核酸5~2025を含む修飾型核酸を含む。一部の態様では、発現カセットは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される5’UTR、ORF、および3’UTRを含む修飾型核酸を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する第1のORFを含む第1の修飾型核酸、および配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する第2のORFを含む第2の修飾型核酸配列を含む。
一部の態様では、発現カセットは、修飾型核酸に作動可能に連結したプロモーターを含み、第1および第2の修飾型核酸の各々が、第1および第2のプロモーターにそれぞれ連結している。一部の態様では、第1のORFを含む第1の修飾型核酸配列は、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158,および配列番号159から選択され、第2のORFを含む第2の修飾型核酸配列は、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80,および配列番号162からなる群から選択される。
一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドを含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドをコードしない。一部の態様では、野生型プレプロインスリンは、非インスリン分泌シグナルによって置き換えられている。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、インターロイキン6(IL-6)分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、フィブロネクチン分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする。
一部の態様では、第1および第2の修飾型核酸配列は、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。
一部の態様では、第1および第2の修飾型核酸配列は、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む3’ UTRをさらに含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、またはそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。
一部の態様では、発現カセットは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する第1の修飾型核酸、および配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する第2の修飾型核酸配列を含み、第1および第2の修飾核酸の各々はそれぞれ、第1および第2のプロモーターに連結されている。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16から選択される配列の核酸5~957と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有し、第2の修飾型核酸は、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39から選択される配列の核酸5~2025と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161からなる群から選択され、および第2の核酸配列は、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164からなる群から選択される。一部の態様では、第1の修飾型核酸は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16の核酸5~957を含み、第2の修飾型核酸は、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39の核酸5~2025を含む。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される5’UTR、ORF、および3’UTRを含み、第2の修飾型核酸配列は、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される5’UTR、ORF、および3’UTRを含む。
本開示のある特定の態様は、発現構築物、例えば、ベクターを対象とする。一部の態様では、発現構築物は、発現カセットを含む。一部の態様では、発現構築物は、細胞内で安定化してエピソーム状態を保つことができるゲノムをさらに含む。本開示との関連において、一部の態様では、細胞または宿主細胞は、構築物を作製するために使用される細胞、または構築物が投与される細胞を包含し得る。一部の態様では、構築物は、細胞のゲノムに、例えば相同組換えまたは別法により、組み込むことが可能である。一部の態様では、発現構築物は、本明細書で開示されるようなインスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードするヌクレオチド配列が、本明細書で提示されるようなプロモーターに作動可能に連結したものであり、ここで、プロモーターは、細胞におけるヌクレオチド配列(すなわち、コード配列)の発現を指示することが可能である。一部の態様では、本明細書で使用される場合の発現カセットは、インスリンをコードするヌクレオチド配列および/またはグルコキナーゼをコードするヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなり、各事例において、ヌクレオチド配列は、プロモーターに作動可能に連結しており、プロモーターは、前記ヌクレオチド配列の発現を指示することが可能である。一部の態様では、ウイルス発現構築物が、遺伝子療法において使用されることが意図される発現構築物である。これは、本明細書で開示されるウイルスゲノムの一部を含むように設計することができる。
一部の態様では、発現構築物は、ITR配列(例えば、AAV2 ITR)、ポリA配列(例えば、SV40ポリアデニル化シグナル、bGHポリアデニル化シグナル)、およびエンハンサー配列(例えば、SV40エンハンサー配列)のうちの1つまたは複数をさらに含む。
一部の態様では、本明細書で開示される発現構築物は、組換え技術を使用して調製され、組換え技術では、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列を、好適な細胞、例えば、培養細胞または多細胞生物の細胞において、例えばAusubel et al., "Current Protocols in Molecular Biology", Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York (1987)およびSambrook and Russell(2001年、上掲)に記載されているように発現させる;これらは両方とも、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。Kunkel (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. 82:488(部位指向性突然変異誘発について記載している)およびRoberts et al. (1987) Nature 328:731-734またはWells, J. A., et al. (1985) Gene 34: 315(カセット突然変異誘発について記載している)も参照のこと。
送達ベクター
本開示は、本明細書に記載される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現カセットのいずれかを含むベクターも提供する。一部の態様では、送達ベクターは、ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである。一部の態様では、送達ベクターは、ウイルスベクターである。一部の態様では、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)発現ベクターである。
本開示は、本明細書に記載される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現カセットのいずれかを含むベクターも提供する。一部の態様では、送達ベクターは、ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである。一部の態様では、送達ベクターは、ウイルスベクターである。一部の態様では、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)発現ベクターである。
一部の態様では、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸またはヌクレオチド配列は、発現構築物または発現ベクターにおいて使用される。「発現ベクター」という語句は、概して、ヌクレオチド配列と適合する宿主における遺伝子の発現をもたらすことが可能なヌクレオチド配列を指す。これらの発現ベクターは、少なくとも好適なプロモーター配列を含み、必要に応じて、転写終了シグナルを含み得る。発現をもたらす際に必要または有用であるさらなる因子を、本明細書で開示されるように使用してもよい。インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸もしくはDNAまたはコドン最適化ヌクレオチド配列は、in vitro細胞培養物に導入して発現させることが可能な発現ベクターに組み込まれ得る。一部の態様では、発現ベクターは、細菌、例えば大腸菌などの原核生物宿主における複製に好適であるか、または培養された哺乳動物、植物、昆虫(例えば、Sf9)、酵母、真菌、もしくは他の真核細胞系に導入することができる。一部の態様では、発現構築物は、in vivoでの発現に好適である。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有するORFを含む修飾型核酸配列に作動可能に連結したプロモーターを含む発現カセットを含み、修飾型核酸配列は、ヒトインスリンタンパク質(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号122と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有するORFを含む修飾型核酸配列に作動可能に連結したプロモーターを含む発現カセットを含む。一部の態様では、修飾型核酸は、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159の配列を有するORFを含む。一部の態様では、修飾型核酸は、配列番号122の配列を有するORFを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1、表13および/または図1Aに存在するかまたは参照されるORF配列を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドを含むヒトインスリンをコードする修飾型核酸配列を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドをコードしない修飾型核酸配列を含む発現カセットを含む。一部の態様では、野生型プレプロインスリンは、非インスリン分泌シグナルによって置き換えられている。一部の態様では、送達ベクターは、インターロイキン6(IL-6)分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする修飾型核酸配列を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、フィブロネクチン分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする修飾型核酸配列を含む発現カセットを含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148に対して少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される5’UTR配列を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性3’UTRを有する核酸配列をさらに含む修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される3’UTR配列を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む発現カセットを含み、修飾型核酸配列は、ヒトインスリンタンパク質(例えば、配列番号41、配列番号144、または配列番号145)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号138と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16から選択される配列の核酸5~957と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸配列を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161の配列を有する修飾型核酸配列を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号138の配列を有する修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16の核酸5~957を含む修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される5’UTR、ORF、および3’UTRを含む修飾型核酸を含む発現カセットを含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有するORF配列を含む修飾型核酸に作動可能に連結したプロモーターを含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162の配列を有する修飾型核酸に作動可能に連結したプロモーターを含む発現カセットを含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照されるORF配列を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される5’UTR配列を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む3’UTRをさらに含む修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される3’UTR配列を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164から選択される配列と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む発現カセットを含み、核酸配列は、ヒトグルコキナーゼタンパク質(例えば、配列番号82)またはその機能的断片をコードする。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39から選択される配列の核酸5~2025と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164の配列を有する修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39の核酸5~2025を含む修飾型核酸を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される5’UTR配列、ORFおよび3’UTRを含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、または配列番号159と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する第1のORFを含む第1の修飾型核酸、および配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する第2のORFを含む第2の修飾型核酸配列を含む発現カセットを含む。一部の態様では、送達ベクターは、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、または配列番号162の配列を有する修飾型核酸に作動可能に連結したプロモーターを含む発現カセットを含み、第1および第2の修飾型核酸の各々はそれぞれ、第1および第2のプロモーターに連結されている。一部の態様では、第1のORFを含む第1の修飾型核酸配列は、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号150、配列番号151、配列番号152、配列番号153、配列番号154、配列番号155、配列番号156、配列番号157、配列番号158、および配列番号159からなる群から選択され、第2のORFを含む第2の修飾型核酸配列は、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、および配列番号80からなる群から選択される。
一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドを含むヒトインスリンをコードする。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、野生型プレプロインスリン分泌シグナルペプチドをコードしない。一部の態様では、野生型プレプロインスリンは、非インスリン分泌シグナルによって置き換えられている。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、インターロイキン6(IL-6)分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、フィブロネクチン分泌シグナルペプチドを含むヒトプレプロインスリンをコードする。
一部の態様では、第1および第2の修飾型核酸配列は、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148に対して少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%、100%の配列同一性を有する核酸配列を含む5’UTRをさらに含む。一部の態様では、5’UTRは、配列番号42、配列番号42の核酸5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148の配列を有する核酸を含む。
一部の態様では、第1および第2の修飾型核酸配列は、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する核酸配列を含む3’UTRをさらに含む。一部の態様では、3’UTRは、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacI、ならびにそれらの任意の組合せからなる群から選択される制限部位を含む。一部の態様では、3’UTRは、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149の配列を有する核酸を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも(least)99%、または100%の配列同一性を有する第1の修飾型核酸および配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する第2の修飾型核酸配列を含む発現カセットを含み、第1および第2の修飾型核酸の各々はそれぞれ、第1および第2のプロモーターに連結されている。一部の態様では、第1の修飾型核酸は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16から選択される配列の核酸5~957と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有し、第2の修飾型核酸配列は、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39から選択される配列の核酸5~2025と少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の配列同一性を有する。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号123、配列番号124、配列番号125、配列番号126、配列番号127、配列番号128、配列番号129、配列番号130、配列番号131、配列番号132、配列番号133、配列番号134、配列番号135、配列番号136、配列番号137、配列番号138、配列番号139、配列番号140、配列番号141、配列番号160、または配列番号161からなる群から選択され、第2の核酸配列は、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号163、または配列番号164からなる群から選択される。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、または配列番号16の核酸5~957を含み、第2の修飾型核酸配列は、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、または配列番号39の核酸5~2025を含む。一部の態様では、第1の修飾型核酸配列は、表1および/または図1Aに存在するかまたは参照される5’UTR、ORF、および3’UTRを含み、第2の修飾型核酸配列は、表2および/または図2Aに存在するかまたは参照される5’UTR、ORF、および3’UTRを含む。
一部の態様では、送達ベクターは、制御配列もしくは調節配列、選択可能マーカー、任意の融合パートナー、および/またはさらなるエレメントと作動可能に連結した、タンパク質(例えば、インスリンおよび/またはGck)をコードする配列を含み得る。ある特定の態様では、修飾型核酸は、別の核酸配列との機能的関係におかれる。「調節配列」という用語には、プロモーター、エンハンサー、およびタンパク質の転写または翻訳を制御する他の発現制御エレメント(例えば、ポリアデニル化シグナル)が含まれる。そのような調節配列は、例えば、Goeddel (Gene Expression Technology, Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, CA (1990))に記載されている。一部の態様では、発現ベクターは、タンパク質をコードする核酸に作動可能に連結した転写調節核酸および翻訳調節核酸を含み、典型的には、タンパク質を発現させるために使用される宿主細胞に適切である。概して、転写調節配列および翻訳調節配列は、プロモーター配列、リボソーム結合部位、転写開始配列および転写停止配列、翻訳開始配列および翻訳停止配列、ならびにエンハンサー配列またはアクチベーター配列を含み得る。また、当技術分野において公知であるように、発現ベクターは、発現ベクターを含有する形質転換宿主細胞の選択を可能にする選択遺伝子またはマーカーを含有することができる。選択遺伝子は、当技術分野において公知であり、使用される宿主細胞によって異なる。例えば、典型的に、選択可能マーカー遺伝子は、ベクターが導入されている宿主細胞に、G418、ハイグロマイシンまたはメトトレキサートなどの薬物に対する抵抗性を付与する。一部の態様では、選択可能マーカー遺伝子は、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)遺伝子(dhfr-宿主細胞においてメトトレキサート選択/増幅と共に使用するため)およびneo遺伝子(G418選択のため)を含む。
一部の態様では、送達ベクターは、ウイルス発現構築物を含むウイルスベクターまたは遺伝子療法ベクターである。ある特定の態様では、ウイルスベクターまたは遺伝子療法ベクターは、遺伝子療法に好適なベクターである。
一部の態様では、遺伝子療法ベクターは、アデノウイルスベクターおよびアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターを含む。これらのベクターは、滑膜細胞および肝臓細胞を含め、多数の分裂細胞型および非分裂細胞型に感染する。細胞に進入した後のアデノウイルスベクターおよびAAVベクターのエピソーム性により、これらのベクターは、上記のように、治療用途に好適になる(Russell, 2000, J. Gen. Virol. 81: 2573-2604、Goncalves, 2005, Virol J. 2(1):43)。AAVベクターは、導入遺伝子発現の非常に安定した長期発現(イヌでは最長9年(Niemeyer et al, Blood. 2009 Jan. 22; 113(4):797-806)、ヒトでは最長2年(Nathwani et al, N Engl J Med. 2011 Dec. 22; 365(25):2357-65、Simonelli et al, Mol Ther. 2010 March; 18(3):643-50. Epub 2009 Dec. 1.))をもたらし得る。一部の態様では、アデノウイルスベクターは、Russell(2000年、上掲)によって概説されているように、宿主応答を低減するように修飾される。AAVベクターを使用する遺伝子療法の方法は、Wang et al., 2005, J Gene Med. March 9 (Epub ahead of print)、Mandel et al., 2004, Curr Opin Mol Ther. 6(5):482-90、およびMartin et al., 2004, Eye 18(11):1049-55、Nathwani et al, N Engl J Med. 2011 Dec. 22; 365(25):2357-65、Apparailly et al, Hum Gene Ther. 2005 April; 16(4):426-34に記載されている。
一部の態様では、遺伝子療法ベクターは、レトロウイルスベクターを含む。一部の態様では、レトロウイルスベクターは、レンチウイルスベースの発現構築物である。レンチウイルスベクターは、分裂細胞および非分裂細胞に感染し、それらのゲノムに安定に組み込まれる能力を有する(Amado and Chen, 1999 Science 285: 674-6)。レンチウイルスベースの発現構築物の構築および使用のための方法は、米国特許第6,165,782号、同第6,207,455号、同第6,218,181号、同第6,277,633号、および同第6,323,031号、ならびにFederico (1999, Curr Opin Biotechnol 10: 448-53)およびVigna et al. (2000, J Gene Med 2000; 2: 308-16)に記載されている。
一部の態様では、遺伝子療法ベクターは、ヘルペスウイルスベクター、ポリオーマウイルスベクター、またはワクシニアウイルスベクターである。
一部の態様では、遺伝子療法ベクターは、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型ヌクレオチド配列を含み、前記修飾型ヌクレオチド配列の各々は、適切な調節配列に作動可能に連結している。そのような調節配列は、少なくともプロモーター配列を含み得る。インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードするヌクレオチド配列を遺伝子療法ベクターから発現させるのに好適なプロモーターは、例えば、サイトメガロウイルス(CMV)中初期プロモーター、ウイルス長末端反復プロモーター(LTR)、例えばマウスモロニー白血病ウイルス(MMLV)ラウス肉腫ウイルス、またはHTLV-1由来のもの、サルウイルス40(SV40)初期プロモーター、および単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼプロモーターを含み得る。
一部の態様では、遺伝子療法ベクターは、さらなるポリペプチドをコードする、さらなるヌクレオチド配列を含む。さらなるポリペプチドは、発現構築物を含有する細胞の識別、選択、および/またはスクリーニングを可能にする(選択可能)マーカーポリペプチドであり得る。一部の態様では、この目的のために好適なマーカータンパク質は、例えば、蛍光タンパク質GFP、ならびに選択可能マーカー遺伝子のHSVチミジンキナーゼ(HAT培地での選択のため)、細菌ハイグロマイシンBホスホトランスフェラーゼ(ハイグロマイシンBでの選択のため)、Tn5アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ(G418での選択のため)、およびジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)(メトトレキサートでの選択のため)、CD20、低親和性神経成長因子遺伝子である。これらのマーカー遺伝子を取得するための供給源およびそれらの使用方法は、Sambrook and Russel (2001) "Molecular Cloning: A Laboratory Manual (3rd edition), Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New Yorkに提示されている。
非ウイルスベクター
一部の態様では、本開示の修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現構築物は、非ウイルスベクターを使用して投与することができる。「非ウイルスベクター」は、本明細書で使用される場合、ネイキッドDNA、ネイキッドDNAを含有する化学製剤(例えば、DNAおよびカチオン性化合物(例えば、硫酸デキストラン)の製剤)、およびウイルス粒子などのアジュバントと混合されたネイキッドDNA(すなわち、目的のDNAはウイルス粒子内に含有されていないが、形質転換製剤はネイキッドDNAおよびウイルス粒子(例えば、AAV粒子)の両方から構成されている(例えば、Curiel et al., Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 6:247-52 (1992)を参照のこと)を含むことを意味する。したがって、「非ウイルスベクター」には、DNAにウイルス粒子を加えて構成されたベクターであって、ウイルス粒子が目的のDNAをウイルスゲノム内に含有しないベクターが含まれ得る。
一部の態様では、本開示の修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現構築物は、非ウイルスベクターを使用して投与することができる。「非ウイルスベクター」は、本明細書で使用される場合、ネイキッドDNA、ネイキッドDNAを含有する化学製剤(例えば、DNAおよびカチオン性化合物(例えば、硫酸デキストラン)の製剤)、およびウイルス粒子などのアジュバントと混合されたネイキッドDNA(すなわち、目的のDNAはウイルス粒子内に含有されていないが、形質転換製剤はネイキッドDNAおよびウイルス粒子(例えば、AAV粒子)の両方から構成されている(例えば、Curiel et al., Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 6:247-52 (1992)を参照のこと)を含むことを意味する。したがって、「非ウイルスベクター」には、DNAにウイルス粒子を加えて構成されたベクターであって、ウイルス粒子が目的のDNAをウイルスゲノム内に含有しないベクターが含まれ得る。
一部の態様では、本開示の修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現構築物は、ポリ-L-リシンもしくはDEAC-デキストランなどのポリカチオン性物質、ターゲティングリガンド、および/またはDNA結合性タンパク質(例えば、ヒストン)と複合体化することができる。DNAまたはRNAとリポソームの複合製剤は、遺伝物質(DNAまたはRNA)に結合して細胞内への核酸の送達を容易にする脂質の混合物を含む。本開示に従って使用することのできるリポソームとしては、DOPE(ジオレイルホスファチジルエタノールアミン)、CUDMEDA(N-(5-コレストラム-3-β-オール3-ウレタニル)-N’,N’-ジメチルエチレンジアミン)が挙げられる。
一部の態様では、本開示の修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現構築物は、宿主細胞の生物学的特性を改変する目的で、宿主細胞への送達を容易にする担体分子(例えば、抗体または受容体リガンド)にカップリングされたDNAまたはRNAの化学製剤として投与することもできる。「化学製剤」という用語は、タンパク質もしくは脂質、またはそれらの誘導体などの担体分子に核酸化合物をカップリングすることを可能にする、核酸の修飾を指す。例示的なタンパク質担体分子としては、標的細胞に特異的な抗体、すなわち、送達の標的となる細胞に関連する受容体と相互作用することができる分子が挙げられる。
アデノ随伴ウイルスベクター(AAVベクター)
一部の態様では、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現構築物は、パッケージングされたウイルスベクターの成分として投与することができる。概して、パッケージングされたウイルスベクターは、カプシド内にパッケージングされたウイルスベクターを含む。
一部の態様では、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、または発現構築物は、パッケージングされたウイルスベクターの成分として投与することができる。概して、パッケージングされたウイルスベクターは、カプシド内にパッケージングされたウイルスベクターを含む。
一部の態様では、ウイルスベクターは、AAVベクターである。一部の態様では、本明細書で使用される場合のAAVベクターは、組換えAAVベクター(rAAV)を含み得る。本明細書で使用される場合の「rAAVベクター」は、本明細書で開示されるAAV血清型から導出されたカプシドタンパク質のタンパク質外殻にカプシド封入されたAAVゲノムの一部を含む組換えベクターを指す。AAVゲノムの一部は、例えばAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAV9、AAV10、AAVRH10、AAV11、AAV12などのアデノ随伴ウイルス血清型から導出された逆方向末端反復(ITR)を含有し得る。一部の態様では、ITRは、AAV2から導出される。
典型的に、ベクターゲノムは、ベクターゲノムをrAAVカプシドに効率的にパッケージングするために、フランキングする5’ITR配列および3’ITR配列の使用を必要とする。一部の態様では、rAAVベクター内に存在するrAAVゲノムは、少なくとも、AAV血清型のうちの1つ(例えば、本明細書で以前に開示した血清型AAV2)の逆方向末端反復領域(ITR)のヌクレオチド配列、またはそれと実質的に同一のヌクレオチド配列、ならびに好適な調節エレメント(例えば、プロモーター)の制御下でインスリンおよび/もしくはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列を含み、ここで、調節エレメントおよび修飾型核酸配列は、2つのITR間に挿入されている。
いくつかのAAV血清型の完全なゲノムおよび対応するITRは、シーケンシングされている(Chiorini et al. 1999, J. of Virology Vol. 73, No. 2, p 1309-1319)。これらは、クローニングすることもでき、または、当技術分野において公知のように、例えばApplied Biosystems Inc.(Fosters、Calif.、USA)などにより供給されるオリゴヌクレオチド合成機を使用して、もしくは標準的な分子生物学技術によって、化学合成によって作製することもできる。ITRは、AAVウイルスゲノムからクローニングしてもよく、またはAAV ITRを含むベクターから切除してもよい。標準的な分子生物学技術を使用して、1つもしくは複数の治療用タンパク質をコードするヌクレオチド配列にいずれかの末端でITRヌクレオチド配列をライゲーションしてもよく、または、ITR間の野生型AAV配列を所望のヌクレオチド配列に置き換えてもよい。
パッケージングされたウイルスベクターのウイルスカプシド成分は、パルボウイルスカプシド、例えば、AAV Capおよび/またはキメラカプシドであり得る。好適なパルボウイルスのウイルスカプシド成分の例は、自律性パルボウイルスまたはディペンドウイルスなどのパルボウイルス科由来のカプシド成分である。例えば、ウイルスカプシドは、AAVカプシドでもよく(例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8 AAV9、AAV10、AAVRH10、AAV11またはAAV12カプシド;当業者であれば、同じまたは同様の機能を果たす、未だ識別されていない他のバリアントが存在する可能性が高いことが分かるであろう)、または、2つもしくはそれよりも多くのAAVカプシドに由来する成分を含んでもよい。AAV Capタンパク質の完全な補体は、VP1、VP2、およびVP3を含む。AAV VPカプシドタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むORFが完全な補体よりも少ないAAV Capタンパク質を含むこともでき、または、AAV Capタンパク質の完全な補体を提供することもできる。
AAV Capタンパク質のうちの1つまたは複数は、2つまたはそれよりも多くのウイルス、好ましくは2つまたはそれよりも多くのAAVに由来するアミノ酸配列AAV Capを含む、キメラタンパク質であり得る。例えば、キメラウイルスカプシドは、AAV1 Capタンパク質またはサブユニットと、少なくとも1つのAAV2 Capまたはサブユニットとを含み得る。一部の態様では、rAAVベクターに存在するrAAVゲノムは、AAVのrep(複製)またはcap(カプシド)遺伝子などの、ウイルスタンパク質をコードするヌクレオチド配列のいずれも含まない。このrAAVゲノムは、当技術分野において公知である、例えば、抗生物質抵抗性遺伝子をコードする遺伝子、蛍光タンパク質をコードする遺伝子(例えば、gfp)、または化学的に、酵素的に、もしくは別様に検出可能および/もしくは選択可能な産物をコードする遺伝子(例えば、lacZ、aphなど)のような、マーカーまたはレポーター遺伝子をさらに含んでもよい。
一部の態様では、前記rAAVベクターに存在するrAAVゲノムは、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結したプロモーター配列をさらに含む。一部の態様では、プロモーター配列は、筋細胞および/または筋組織における発現を付与するプロモーターである。そのようなプロモーターの例としては、本明細書で開示されるようなCMVプロモーターおよびRSVプロモーターが挙げられる。
一部の態様では、好適な3’非翻訳配列が、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列に作動可能に連結していてもよい。好適な3’非翻訳領域は、ヌクレオチド配列と天然に関連付けられるものでもよく、または、例えばウシ成長ホルモン3’非翻訳領域(例えば、bGHポリアデニル化シグナル、SV40ポリアデニル化シグナル、SV40ポリアデニル化シグナル、およびエンハンサー配列)などの様々な遺伝子から導出されてもよい。
一部の態様では、さらなるヌクレオチド配列、例えば、シグナル配列、核局在化シグナル、発現エンハンサーなどをコードするヌクレオチド配列が、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列に作動可能に連結していてもよい。
別段の記載がある場合を除き、当業者に公知の方法を使用して、組換えパルボウイルスおよびAAV(rAAV)構築物、パルボウイルスRepおよび/またはCap配列を発現するパッケージングベクター、ならびに一過性および安定に処理されたパッケージング細胞を構築することができる。そのような技術は、当業者には公知である。例えば、SAMBROOK et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL 2nd Ed. (Cold Spring Harbor, N.Y., 1989)、AUSUBEL el al., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (Green Publishing Associates, Inc. and John Wiley Sons, Inc., New York)を参照のこと。
レンチウイルス発現構築物
レンチウイルスは、一般的なレトロウイルス遺伝子のgag、polおよびenvに加えて、調節機能または構造的機能をもつ他の遺伝子を含有する、複雑なレトロウイルスである。高い複雑性により、レンチウイルスが潜伏感染の過程でそのライフサイクルをモジュレートすることが可能になる。
レンチウイルスは、一般的なレトロウイルス遺伝子のgag、polおよびenvに加えて、調節機能または構造的機能をもつ他の遺伝子を含有する、複雑なレトロウイルスである。高い複雑性により、レンチウイルスが潜伏感染の過程でそのライフサイクルをモジュレートすることが可能になる。
典型的なレンチウイルスは、AIDSの病原因子であるヒト免疫不全症ウイルス(HIV)である。in vivoでは、HIVは、リンパ球およびマクロファージのような、まれにしか分裂しない最終分化細胞に感染し得る。in vitroでは、HIVは、単球由来マクロファージ(MDM)の初代培養物、およびアフィジコリンまたはγ照射による処置によって細胞周期が停止されたHeLa-Cd4またはTリンパ系細胞に感染し得る。
細胞の感染は、標的細胞の核孔を通したHIV組込み前複合体の能動的核内移行に依存する。これは、複合体内の複数の部分的に重複する分子決定基と、標的細胞の核内移行機構との相互作用によって起こる。識別されている決定基には、gagマトリックス(MA)タンパク質中の機能的核局在化シグナル(NLS)、核親和性ビリオン関連タンパク質、vpr、およびgag MAタンパク質中のC末端ホスホチロシン残基が含まれる。
レンチウイルスゲノムおよびプロウイルスDNAは、レトロウイルスに見られる3つの遺伝子:gag、pol、およびenvを有し、これらは、2つの長末端反復(LTR)配列によってフランキングされている。gag遺伝子は、内部構造(マトリックス、カプシドおよびヌクレオカプシド)タンパク質をコードし、pol遺伝子は、RNA依存性DNAポリメラーゼ(逆転写酵素)、プロテアーゼおよびインテグラーゼをコードし、env遺伝子は、ウイルスエンベロープ糖タンパク質をコードする。5’LTRおよび3’LTRは、ビリオンRNAの転写およびポリアデニル化を促進するのに役立つ。LTRは、ウイルス複製に必要な他のシス作用性配列のすべてを含有する。レンチウイルスは、vif、vpr、tat、rev、vpu、nefおよびvpx(HIV-1、HIV-2および/またはSIVにおいて)を含むさらなる遺伝子を有する。
5’LTRには、ゲノムの逆転写に必要な配列(tRNAプライマー結合部位)と、粒子へのウイルスRNAの効率的なカプシド封入に必要な配列(Psi部位)とが隣接している。カプシド封入(または感染性ビリオンへのレトロウイルスRNAのパッケージング)に必要な配列がウイルスゲノムから欠如している場合、シス欠損がゲノムRNAのカプシド封入を妨げる。しかしながら、得られる突然変異体は依然として、すべてのビリオンタンパク質の合成を指示することが可能である。
一部の態様では、組換えレンチウイルスは、パッケージング機能、すなわちgag、polおよびenv、ならびにrevおよびtatを搭載した2つまたはそれよりも多くのベクターを、好適な宿主細胞にトランスフェクトすることにより、非分裂細胞に感染することが可能である。一部の例では、機能的なtat遺伝子を欠いているベクターが望ましい。したがって、例えば、パッケージング細胞を産生するために、第1のベクターが、ウイルスgagおよびウイルスpolをコードする核酸を提供することができ、別のベクターが、ウイルスenvをコードする核酸を提供することができる。異種遺伝子を提供する、移送ベクターと識別されるベクターを、このパッケージング細胞に導入することで、目的の外来遺伝子を搭載した感染性ウイルス粒子を放出するプロデューサー細胞が得られる。
目的のベクターのgag、polおよびenv遺伝子についても、当技術分野において公知である。したがって、選択されたベクターに関連遺伝子がクローニングされ、次いで目的の標的細胞を形質転換するために使用される。
ベクターおよび外来遺伝子の上記構成によれば、第2のベクターは、ウイルスエンベロープ(env)遺伝子をコードする核酸を提供することができる。env遺伝子は、レトロウイルスを含め、いずれのウイルスから導出されてもよい。envは、ヒトおよび他の種の細胞の形質導入を可能にする両栄養性エンベロープタンパク質であることが好ましい。
特定の細胞型の受容体へのターゲティングのための抗体または特定のリガンドとエンベロープタンパク質を連結させることにより、組換えウイルスをターゲティングすることが望ましい場合がある。目的の(調節領域を含む)配列を、例えば、特定の標的細胞上の受容体のリガンドをコードする別の遺伝子と併せてウイルスベクターに挿入することにより、ベクターが標的特異的になる。レトロウイルスベクターは、例えば糖脂質またはタンパク質を挿入することによって標的特異的にすることができる。ターゲティングは、多くの場合、一本鎖抗体などの抗体または組換え抗体型分子の抗原結合性部分を使用してレトロウイルスベクターをターゲティングすることによって達成される。当業者は、特定の標的へのレトロウイルスベクターの送達を実現するための具体的方法を認識しているか、または過度の実験を行わずにそれを容易に確認することができる。
レトロウイルス由来env遺伝子の例は、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMuLVまたはMMLV)、ハーベイマウス肉腫ウイルス(HaMuSVまたはHSV)、マウス乳房腫瘍ウイルス(MuMTVまたはMMTV)、テナガザル白血病ウイルス(GaLVまたはGALV)、ヒト免疫不全症ウイルス(HIV)、およびラウス肉腫ウイルス(RSV)を含むが、これらに限定されない。水疱性口内炎ウイルス(VSV)Gタンパク質(VSV G)、肝炎ウイルスおよびインフルエンザウイルスのものなど、他のenv遺伝子を使用することもできる。
ウイルスenv核酸配列を提供するベクターは、調節配列、例えば、プロモーターまたはエンハンサーと作動可能に関連している。調節配列は、例えば、モロニーマウス白血病ウイルスプロモーターエンハンサーエレメント、ヒトサイトメガロウイルスエンハンサー、またはワクシニアP7.5プロモーターを含め、いずれの真核生物プロモーターまたはエンハンサーでもよい。場合によっては、モロニーマウス白血病ウイルスプロモーターエンハンサーエレメントなどのプロモーターエンハンサーエレメントが、LTR配列の中に、またはそれに隣接して位置している。
一部の態様では、前記レンチウイルスベクターに存在するレンチウイルスゲノムは、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結したプロモーター配列をさらに含む。一部の態様では、プロモーター配列は、筋細胞および/または筋組織における発現を付与するプロモーターである。そのようなプロモーターの例としては、本明細書で開示されるようなCMVプロモーターおよびRSVプロモーターが挙げられる。
一部の態様では、好適な3’非翻訳配列が、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列に作動可能に連結していてもよい。好適な3’非翻訳領域は、ヌクレオチド配列と天然に関連付けられるものでもよく、または、例えばウシ成長ホルモン3’非翻訳領域(例えば、bGHポリアデニル化シグナル、SV40ポリアデニル化シグナル、SV40ポリアデニル化シグナル、およびエンハンサー配列)などの様々な遺伝子から導出されてもよい。
一部の態様では、さらなるヌクレオチド配列、例えば、シグナル配列、核局在化シグナル、発現エンハンサーなどをコードするヌクレオチド配列が、インスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列に作動可能に連結していてもよい。
別段の記載がある場合を除き、当業者に公知の方法を使用して、レンチウイルス構築物、ベクター、ならびに一過性および安定に処理されたパッケージング細胞を構築することができる。そのような技術は、当業者には公知である。例えば、SAMBROOK et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL 2nd Ed. (Cold Spring Harbor, N.Y., 1989)、AUSUBEL el al., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (Green Publishing Associates, Inc. and John Wiley Sons, Inc., New York)を参照のこと。
宿主細胞
一部の態様では、本開示は、本明細書で開示される修飾型核酸配列、ポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、または発現構築物を含む宿主細胞も提供する。一部の態様では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
一部の態様では、本開示は、本明細書で開示される修飾型核酸配列、ポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、または発現構築物を含む宿主細胞も提供する。一部の態様では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
特定の宿主に導入するために調製される構築物は、宿主によって認識される複製系、所望のポリペプチドをコードする意図されるDNAセグメント、ならびにポリペプチドをコードするセグメントに作動可能に連結した転写および翻訳の開始および終了の調節配列を含み得る。「作動可能に連結した」という用語については本明細書で既に定義してある。例えば、プロモーターまたはエンハンサーがコード配列に作動可能に連結しているのは、それが配列の転写を刺激する場合である。シグナル配列のDNAが、ポリペプチドをコードするDNAに作動可能に連結しているのは、それがポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現される場合である。概して、作動可能に連結したDNA配列は連続しており、シグナル配列の場合には、連続しており、かつリーディングフレーム内にある。しかしながら、エンハンサーは、それが転写を制御するコード配列と連続している必要はない。連結は、簡便な制限部位またはその代わりに挿入されたアダプターもしくはリンカーにおけるライゲーションによって、あるいは遺伝子合成によって達成される。
適切なプロモーター配列の選択は、概して、DNAセグメントの発現のために選択される宿主細胞に依存する。好適なプロモーター配列の例としては、当技術分野において周知の原核生物プロモーターおよび真核生物プロモーターが挙げられる(例えば、Sambrook and Russell、2001年、上掲を参照のこと)。転写調節配列は、典型的には、宿主によって認識される異種のエンハンサーまたはプロモーターを含む。適切なプロモーターの選択は宿主に依存するが、trp、lac、およびファージプロモーター、tRNAプロモーター、ならびに解糖酵素プロモーターなどのプロモーターが公知であり、利用可能である(例えば、Sambrook and Russell、2001年、上掲を参照のこと)。発現ベクターは複製系を含み、ポリペプチドをコードするセグメントの挿入部位と合わせた転写調節配列および翻訳調節配列を用いることができる。ほとんどの場合、複製系は、ベクターを作製するために使用される細胞(大腸菌としての細菌細胞)においてのみ機能的である。ほとんどのプラスミドおよびベクターは、ベクターに感染した細胞では複製しない。細胞系および発現ベクターの実現可能な組合せの例は、Sambrook and Russell(2001年、上掲)およびMetzger et al. (1988) Nature 334: 31-36に記載されている。例えば、好適な発現ベクターは、酵母、例えば、S.cerevisiae、例えば、昆虫細胞、例えば、Sf9細胞、哺乳動物細胞、例えば、CHO細胞、および細菌細胞、例えば、大腸菌において発現することができる。したがって、細胞は原核生物または真核生物の宿主細胞であり得る。細胞は、液体または固形培地で培養するのに好適な細胞であり得る。
外因性核酸を宿主細胞に導入する方法は、当技術分野において周知であり、使用される宿主細胞によって異なる。技術は、デキストラン媒介性トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、塩化カルシウム処置、ポリエチレンイミン媒介性トランスフェクション、ポリブレン媒介性トランスフェクション、プロトプラスト融合、電気穿孔、ウイルスまたはファージ感染、リポソームへのポリヌクレオチドの封入、および核内へのDNAの直接微量注射を含むが、これらに限定されない。哺乳動物細胞の場合、トランスフェクションは一過性または安定のいずれでもよい。
宿主細胞は、酵母、例えば、S.cerevisiae、例えば、昆虫細胞、例えば、Sf9細胞、哺乳動物細胞、例えば、CHO細胞、および細菌細胞、例えば、大腸菌であり得る。したがって、細胞は原核生物または真核生物の宿主細胞であり得る。細胞は、液体または固形培地で培養するのに好適な細胞であり得る。あるいは、宿主細胞は、トランスジェニック植物または動物などの多細胞生物の一部である細胞である。一部の態様では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
一部の態様では、複製およびパッケージングのために本明細書で開示される修飾型核酸を含むウイルスベクターを細胞宿主に導入する方法を用いることができ、この方法は、電気穿孔、リン酸カルシウム沈殿、微量注射、カチオン性またはアニオン性のリポソーム、および核局在化シグナルと組み合わせたリポソームを含むが、これらに限定されない。ウイルスベクターを使用したトランスフェクションによってウイルスベクター機能が提供される実施形態では、ウイルス感染をもたらすための標準的方法が使用され得る。
一部の態様では、パッケージング機能は、ウイルスベクターの複製およびパッケージングのための遺伝子を含み得る。したがって、例えば、パッケージング機能は、必要に応じて、ウイルス遺伝子発現、ウイルスベクター複製、組み込まれた状態からのウイルスベクターの回復、ウイルス遺伝子発現、およびウイルス粒子へのウイルスベクターのパッケージングに必要な機能を含み得る。パッケージング機能は、プラスミドまたはアンプリコンなどの遺伝子構築物を使用して、パッケージング細胞に一緒に供給されても別個に供給されてもよい。パッケージング機能は、パッケージング細胞内で染色体外に存在してもよく、細胞の染色体DNAに組み込まれてもよい。例としては、AAV RepおよびCapタンパク質をコードする遺伝子が挙げられる。
一部の態様では、ヘルパー機能は、ウイルスベクターのパッケージングを開始するために必要とされる、パッケージング細胞の活動性感染を確立するのに必要なヘルパーウイルスエレメントを含み得る。例としては、ウイルスベクターのパッケージングをもたらすのに十分な、アデノウイルス、バキュロウイルスおよび/またはヘルペスウイルスから導出される機能が挙げられる。例えば、アデノウイルスヘルパー機能は、典型的には、アデノウイルス成分E1a、E1b、E2a、E4、およびVA RNAを含む。パッケージング機能は、必要なウイルスにパッケージング細胞を感染させることにより供給され得る。パッケージング機能は、プラスミドまたはアンプリコンなどの遺伝子構築物を使用して、パッケージング細胞に一緒に供給されても別個に供給されてもよい。パッケージング機能は、パッケージング細胞内で染色体外に存在してもよく、細胞の染色体DNAに組み込まれてもよい。
任意の好適なヘルパーウイルス機能が用いられ得る。例えば、パッケージング細胞が昆虫細胞である場合、バキュロウイルスがヘルパーウイルスとして機能することができる。ヘルペスウイルスをAAVパッケージング方法におけるヘルパーウイルスとして使用することもできる。
ヘルパー機能を有するヌクレオチド配列を複製およびパッケージングのために細胞宿主に導入する方法のいずれを用いてもよく、この方法は、電気穿孔、リン酸カルシウム沈殿、微量注射、カチオン性またはアニオン性のリポソーム、および核局在化シグナルと組み合わせたリポソームを含むが、これらに限定されない。ウイルスベクターを使用したトランスフェクションまたはヘルパーウイルスを使用した感染によってヘルパー機能が提供される実施形態では、ウイルス感染をもたらすための標準的方法が使用され得る。
当技術分野において公知の好適な許容細胞またはパッケージング細胞のいずれも、パッケージングされたウイルスベクターの産生に用いることができる。哺乳動物細胞または昆虫細胞が好ましい。本発明の実施におけるパッケージング細胞の産生に有用な細胞の例としては、例えば、VERO、WI38、MRC5、A549、293細胞、B-50またはいずれかの他のHeLa細胞、HepG2、Saos-2、HuH7、およびHT1080細胞系などのヒト細胞系または霊長類細胞が挙げられる。
一部の態様では、パッケージング細胞として使用される細胞系は、昆虫細胞系である。AAVの複製を可能にし、培養下で維持することができる昆虫細胞はいずれも、本発明に従って使用することができる。例としては、Sf9もしくはSf21細胞系などのSpodoptera frugiperda、Drosophila spp.細胞系、または蚊細胞系、例えば、Aedes albopictus由来細胞系が挙げられる。好ましい細胞系は、Spodoptera frugiperda Sf9細胞系である。次の参考文献は、異種ポリペプチドの発現のための昆虫細胞の使用、かかる細胞に核酸を導入する方法、およびかかる細胞を培養下で維持する方法に関する教示について本明細書に組み込まれる:Methods in Molecular Biology, ed. Richard, Humana Press, NJ (1995)、O'Reilly et al, Baculovirus Expression Vectors: A Laboratory Manual, Oxford Univ. Press (1994)、Samulski et al., J. Vir. 63:3822-8 (1989)、Kajigaya et al., Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 88: 4646-50 (1991)、Ruffing et al., J. Vir. 66:6922-30 (1992)、Kimbauer et al., Vir. 219:37-44 (1996)、Zhao et al., Vir. 272:382-93 (2000)、およびSamulskiら、米国特許第6,204,059号。
産生中、パッケージング細胞は、ウイルスベクターの複製およびパッケージングをもたらすのに十分なヘルパー機能およびパッケージング機能と併せて1つまたは複数のウイルスベクター機能を含み得る。これらの様々な機能は、プラスミドまたはアンプリコンなどの遺伝子構築物を使用して、パッケージング細胞に一緒に供給されても別個に供給されてもよく、また、細胞系内で染色体外に存在してもよく、細胞の染色体に組み込まれてもよい。
細胞は、既に組み込まれている機能のうちのいずれか1つまたは複数を供給されてもよく、例えば、1つもしくは複数のベクター機能が染色体外に組み込まれた、もしくは細胞の染色体DNAに組み込まれた細胞系か、1つもしくは複数のパッケージング機能が染色体外に組み込まれた、もしくは細胞の染色体DNAに組み込まれた細胞系か、またはヘルパー機能が染色体外に組み込まれた、もしくは細胞の染色体DNAに組み込まれた細胞系でもよい。
医薬組成物
一部の態様では、本開示は、本明細書で開示される修飾型核酸配列、ポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、または発現構築物を含む医薬組成物も提供する。一部の態様では、本明細書で開示されるようなインスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列を含む発現構築物または送達ベクター(例えば、AAVカプシドにパッケージングされたウイルスベクター)を含む組成物が提供される。一部の態様では、組成物は、遺伝子療法組成物である。一部の態様では、組成物は医薬組成物であり、前記医薬組成物は、薬学的に許容される担体、アジュバント、希釈剤、可溶化剤、充填剤、防腐剤および/または賦形剤を含む。
一部の態様では、本開示は、本明細書で開示される修飾型核酸配列、ポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、または発現構築物を含む医薬組成物も提供する。一部の態様では、本明細書で開示されるようなインスリンおよび/またはグルコキナーゼをコードする修飾型核酸配列を含む発現構築物または送達ベクター(例えば、AAVカプシドにパッケージングされたウイルスベクター)を含む組成物が提供される。一部の態様では、組成物は、遺伝子療法組成物である。一部の態様では、組成物は医薬組成物であり、前記医薬組成物は、薬学的に許容される担体、アジュバント、希釈剤、可溶化剤、充填剤、防腐剤および/または賦形剤を含む。
そのような薬学的に許容される担体、充填剤、防腐剤、可溶化剤、希釈剤および/または賦形剤は、例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th Edition. Baltimore, Md.: Lippincott Williams & Wilkins, 2000に見出すことができる。
一部の態様では、組成物は、医薬として使用するためのものである。一部の態様では、医薬は、糖尿病の症状を防止する、低減する、もしくは改善する、遅延させる、治癒する、逆転させる、および/または処置するために使用される。一部の態様では、糖尿病は、糖尿病1型、糖尿病2型、または一遺伝子性糖尿病であり得る。一部の態様では、処置される対象は、哺乳動物、例えば、ネコ、げっ歯類(マウス、ラット、アレチネズミ、モルモット、マウスまたはラット)、イヌ、またはヒトである。
一部の態様では、修飾型核酸、発現構築物、送達ベクターおよび/または組成物は、前記修飾型核酸、発現構築物、送達ベクターおよび/または組成物が抗糖尿病効果を呈することができる場合、糖尿病の症状を防止する、低減する、もしくは改善する、遅延させる、逆転させる、治癒する、および/または処置するために使用される。抗糖尿病効果は、血液中のグルコース処理が増加した場合および/またはグルコース耐性が向上(improve)した場合に到達され得る。これは、当業者に公知の技術を使用して評価することができる。この文脈において、「増加」(それぞれ「向上」)は、少なくとも、当業者に公知のアッセイを使用して、または実験パートで行われるアッセイを使用して検出可能な増加(それぞれ検出可能な向上)を意味する。
抗糖尿病効果は、典型的な症状(すなわち、膵島炎、ベータ細胞喪失)の進行が緩徐化したと医師が評価したときにも観察され得る。糖尿病に関連する典型的な症状の減少は、症状発達の進行の緩徐化または症状の完全な消失を意味し得る。症状、そしてまた症状の減少は、種々の方法を使用して評価することができ、この方法は大方の場合、臨床検査および定型的な実験室試験を含む、糖尿病の診断に使用されるものと同じ方法である。そのような方法は、肉眼的方法および微視的方法の両方、ならびに分子的方法、生化学的方法、免疫組織化学的方法などを含む。
本明細書で定義される医薬(修飾型核酸、発現構築物、送達ベクター、組成物など)は、好ましくは、本明細書で開示される修飾型核酸、ウイルス発現構築物、ウイルスベクター、または組成物を使用した処置の少なくとも1週間後、1ヶ月後、6ヶ月後、1年後、またはそれよりも後に、患者の、または前記糖尿病患者の細胞、組織もしくは臓器の、1つの症状または1つの特徴が減少していれば、またはもはや検出できなければ、前記症状または特徴を軽減することができる。
糖尿病の症状を防止する、低減する、もしくは改善する、遅延させる、逆転させる、治癒する、および/または処置するために使用される、本明細書で開示される修飾型核酸、発現構築物、送達ベクター、または組成物は、糖尿病に罹患した個体または糖尿病を発症するリスクがある個体のin vivoの細胞、組織および/または臓器に投与するのに好適である場合があり、in vivo、ex vivoまたはin vitroで投与することができる。前記組合せおよび/または組成物は、糖尿病に罹患した個体または糖尿病を発症するリスクがある個体のin vivoの細胞、組織および/または臓器に直接的または間接的に投与することができ、in vivo、ex vivoまたはin vitroで直接的または間接的に投与してもよい。一部の態様では、投与様式は筋肉内である。
一部の態様では、本明細書で開示される修飾型核酸、発現構築物、送達ベクター、または組成物は、当技術分野において公知の好適な手段を使用して直接的または間接的に投与することができる。一部の態様では、本明細書で開示される修飾型核酸、発現構築物、送達ベクター、または組成物は、個体、前記個体の細胞、組織または臓器にそのまま送達することができる。疾患または状態に応じて、前記個体の細胞、組織または臓器は、本明細書で以前に定義したとおりであり得る。一部の態様では、本明細書で開示される修飾型核酸、発現構築物、送達ベクター、または組成物は、送達方法と適合する溶液中に溶解している。静脈内、皮下、筋肉内、くも膜下腔内、関節腔内および/または心室内投与の場合、溶液は、生理食塩水であり得る。一部の態様では、投与は筋肉内投与である。一部の態様では、筋肉内投与は、マルチニードルを使用して行われる。一部の態様では、本明細書に記載される修飾型核酸、発現構築物、ベクター、または組成物の治療有効用量は、単一かつ独特の用量で投与されるため、定期的な反復投与が回避される。一部の態様では、単一用量は、筋組織に投与される。一部の態様では、単一用量は、骨格筋組織に投与される。一部の態様では、単一用量は、1つまたは複数の筋肉(例えば、複数の筋肉群)に対する複数回の注射(例えば、2回、3回、4回、または5回)を含む。
一部の態様では、化合物が本発明の組成物中に存在し得る。前記化合物は、修飾型核酸またはそれを含む組成物の送達に役立ち得る。一部の態様では、この化合物は、複合体、ナノ粒子、ミセル、細胞膜を介して小胞もしくはリポソームに複合もしくは捕捉された本明細書で定義される各構成成分を送達するリポソーム、またはそれらの組合せを形成することが可能な化合物である。これらの化合物の多くは当技術分野において公知である。一部の態様では、さらなる化合物は、ポリエチレンイミン(PEI)、またはポリプロピレンイミンもしくはポリエチレンイミンコポリマー(PEC)および誘導体を含む同様のカチオン性ポリマー、合成両親媒性物質(SAINT-18)、Lipofectin(商標)、DOTAP、またはそれらの組合せである。
使用の方法
本開示は、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、または発現構築物のいずれかを、それを必要とする対象に投与することを含む、糖尿病の症状を防止する、低減する、もしくは改善する、遅延させる、逆転させる、治癒する、および/または処置するための方法も提供する。一部の態様では、糖尿病は、T1DMであり得る。一部の態様では、糖尿病は、T2DMであり得る。一部の態様では、この方法は、遺伝子療法である。ある特定の態様では、本開示の方法は、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、または発現構築物のいずれかの、それを必要とする細胞、組織、または対象への投与(例えば、筋肉内投与)を含む。ある特定の態様では、この方法は、(i)ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードする修飾型(または野生型もしくは未修飾型)核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、もしくは発現構築物、および/または(ii)ヒトグルコキナーゼ(Gck)タンパク質をコードする核酸を含む修飾型(または野生型もしくは未修飾型)核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、もしくは発現構築物の投与を含む。一部の態様では、hIns核酸配列は、本明細書で開示される修飾型hIns配列であり、hGck核酸配列は、本明細書で開示される修飾型hGck配列である。一部の態様では、hIns核酸配列は、本明細書で開示される野生型または未修飾型hIns配列であり、hGck配列は、本明細書で開示される修飾型hGck配列である。ある特定の態様では、(i)および(ii)の投与は、共にまたは順次にのものである。
本開示は、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、または発現構築物のいずれかを、それを必要とする対象に投与することを含む、糖尿病の症状を防止する、低減する、もしくは改善する、遅延させる、逆転させる、治癒する、および/または処置するための方法も提供する。一部の態様では、糖尿病は、T1DMであり得る。一部の態様では、糖尿病は、T2DMであり得る。一部の態様では、この方法は、遺伝子療法である。ある特定の態様では、本開示の方法は、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、または発現構築物のいずれかの、それを必要とする細胞、組織、または対象への投与(例えば、筋肉内投与)を含む。ある特定の態様では、この方法は、(i)ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードする修飾型(または野生型もしくは未修飾型)核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、もしくは発現構築物、および/または(ii)ヒトグルコキナーゼ(Gck)タンパク質をコードする核酸を含む修飾型(または野生型もしくは未修飾型)核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、もしくは発現構築物の投与を含む。一部の態様では、hIns核酸配列は、本明細書で開示される修飾型hIns配列であり、hGck核酸配列は、本明細書で開示される修飾型hGck配列である。一部の態様では、hIns核酸配列は、本明細書で開示される野生型または未修飾型hIns配列であり、hGck配列は、本明細書で開示される修飾型hGck配列である。ある特定の態様では、(i)および(ii)の投与は、共にまたは順次にのものである。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードするポリヌクレオチドを投与することを含む使用の方法を対象とし、このポリヌクレオチドは、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列であり、必要に応じて、シグナルペプチドは野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない、ヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸位置に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含み、必要に応じて、ポリヌクレオチドは切断部位をさらに含む。一部の態様では、シグナルペプチドは、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列である。一部の態様では、切断部位は、フーリン切断部位である。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを投与することを含む使用の方法を対象とし、この核酸は、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列と、(ii)配列番号43~57、110~116、150~151、154~155、および157~159のいずれかの核酸73~330、配列番号117~122、152、および156のいずれかの核酸88~345、または配列番号153の核酸79~336と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列とを含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、(i)シグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)、および(ii)配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110を含む。一部の態様では、コードされるヒトインスリンタンパク質は、切断部位(例えば、フーリン切断部位)をさらに含む。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを投与することを含む使用の方法を対象とし、この核酸は、配列番号43~57、110~122、または150~159のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、ヒトInsタンパク質をコードする少なくとも2つの核酸配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号43~57、110~122、または150~159のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のORFヌクレオチド配列を少なくとも2つ含み、2つのORFヌクレオチド配列は、同じであっても異なっていてもよい。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、IRES配列をさらに含む。一部の態様では、少なくとも2つのORFヌクレオチド配列は、IRES配列によって分離されている。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、シグナル配列およびプロインスリンポリペプチドを含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、プレプロインスリンである。一部の態様では、コードされるヒトInsタンパク質は、配列番号41、配列番号144、または配列番号145のアミノ酸配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸配列は、5’UTRおよび/または3’UTRをさらに含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸は、配列番号1~16、84~88、123~141、または160~161のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む。
本開示のある特定の態様は、ヒトインスリン(Ins)タンパク質(例えば、プレプロインスリンまたはそのバリアント)をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを投与することを含む使用の方法を対象とし、この核酸は、(i)シグナルペプチド(例えば、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列)をコードするヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾(または、野生型プレプロインスリンにおける対応するアミノ酸に対して、アミノ酸H34、P52、K53、R55、L86、もしくはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾)を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含む。一部の態様では、シグナルペプチドは、野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない(例えば、野生型プレプロインスリン配列が、IL-6シグナル配列またはフィブロネクチンシグナル配列に置き換えられている)。一部の態様では、プロインスリンポリペプチドは、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、切断部位(例えば、フーリン切断部位)をさらに含む。
本開示のある特定の態様は、ヒトグルコキナーゼ(Gck)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドを投与することを含む使用の方法を対象とし、この核酸は、配列番号61~80もしくは162のいずれかの核酸1~1398、または配列番号61~80および162のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含むORFを含む。一部の態様では、コードされるヒトGckタンパク質は、配列番号82のアミノ酸配列を含む。一部の態様では、Gckタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたは核酸配列は、5’UTRおよび/または3’UTRをさらに含む。一部の態様では、核酸は、配列番号42、配列番号42の5~329、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む。一部の態様では、核酸は、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドまたは核酸は、配列番号20~39および89~96、ならびに163~164のいずれかと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸は、プロモーター(例えば、真核生物プロモーター)に作動可能に連結している。本開示のある特定の態様は、本開示のポリヌクレオチドと、核酸配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセットを対象とする。一部の態様では、核酸は、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している。
本開示のある特定の態様は、本開示のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター(例えば、ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソーム)を投与することを含む使用の方法を対象とする。一部の態様では、ベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである。本開示のある特定の態様は、AAVカプシドと、本開示のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子を投与する方法を対象とする。一部の態様では、AAVの血清型は、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、AAV10、AAVRH10、AAV11、およびAAV12からなる群から選択される。
本明細書で開示される遺伝子療法の方法に関するある特定の利点には、糖尿病対象の生涯にわたって治療用遺伝子の発現をもたらす、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、または発現構築物の投与の可能性が含まれる。WO2012/007458は、糖尿病の処置として、1つはインスリン遺伝子を発現し、1つはグルコキナーゼ遺伝子を発現する、2つのウイルスベクターの生成を開示している。さらに、WO2016/110518は、インスリン遺伝子およびグルコキナーゼ遺伝子を含む単一ベクター遺伝子構築物を開示している。ある特定の態様では、本開示は、インスリンおよび/もしくはグルコキナーゼの発現が増加し、有害な免疫反応が減少し、かつ/またはより低用量のウイルスベクターの投与を可能にする、糖尿病の処置または防止のための改善された核酸配列、発現構築物、および/または送達ベクターを提供する。
一部の態様では、本開示の方法は、個体、前記個体の細胞、組織もしくは臓器における糖尿病の1つもしくは複数の症状を軽減もしくは低減するか、または前記個体の細胞、組織もしくは臓器の1つもしくは複数の特徴もしくは症状を軽減もしくは低減し、この方法は、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、または発現構築物のうちの1つまたは複数を前記個体に投与することを含む。
糖尿病を有する成人に対する処置の推奨は、概して、著しい低血糖を伴わずにHbA1c<7.0%を標的とする。一部の態様では、HbA1cの「正常範囲」は、<7.0%、例えば、<6.5%、<6.0%、<5.7%、例えば、約5.0%から約6.5%の間である。ほとんどの市販製品は、HbA1cを0.5%から1.50%の間に低下させる。一部の態様では、本開示の方法は、処置された糖尿病対象におけるHbA1cレベルを、非糖尿病性対象におけるHbA1cレベルまで、例えば8週間以内に正常化する。一部の態様では、本開示の方法は、対象における血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)レベルの低下および/または調節を可能にする。一部の態様では、処置後の対象におけるHbA1cレベルは、例えば、処置後8週間以内に、<7.0%(例えば、<6.5%、<6.0%、<5.7%、例えば、5.0%から6.5%の間)である。
インスリンは、肝臓、脂肪、および腸における脂質代謝調節において中心的役割を果たす(Verges B. Insulin sensitivity and lipids. Diabetes Metab. 2001 Apr;27(2 Pt 2):223-7. PMID: 11452214.)。制御されていない1型糖尿病では、患者はグルコースを利用することができず、代替的な燃料源が必要になる。脂肪組織では、インスリンにより、通常は脂肪細胞におけるトリグリセリドの貯蓄を促進し、循環中の脂肪組織からの遊離脂肪酸の放出を低減するホルモン感受性リパーゼが阻害される。循環インスリンレベルが低いと、リポタンパク質の異化作用が著しく低減する(Taskinen MR. Lipoprotein lipase in diabetes. Diabetes Metab Rev. 3:551-570. 1987 doi: 10.1002/dmr.5610030208. 1987)。脂肪分解が起こり、その結果、循環しているトリグリセリドリッチなリポタンパク質(カイロミクロン、VLDL)のレベルが上昇して、高トリグリセリド血症につながる。一部の態様では、本開示の方法は、対象(例えば、糖尿病を患う対象)、前記対象の細胞、組織または臓器におけるトリグリセリドリッチなリポタンパク質(例えば、カイロミクロンまたはVLDL)のレベルを低下させ、この方法は、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、または発現構築物のうちの1つまたは複数を対象に投与することを含む。
肝臓では、ケトン体(β-ヒドロキシ酪酸(β-HB)およびアセト酢酸(AcAc))が脂肪酸のβ-酸化によって産生される。絶食中または食事性炭水化物制限中、ケトンは、グルコース制限条件における代替的なエネルギー源として機能し、脳のエネルギー必要量のうち最大80%を提供することができる。短期的には有用であるが、循環ケトンが慢性的に高いと、脳、腎臓、肝臓、および微小血管において望ましくない効果が生じることがあり(Kanikarla-Marie P, Jain SK. Hyperketonemia and ketosis increase the risk of complications in type 1 diabetes. Free Radic Biol Med. 95:268-277, 2016. doi:10.1016/j.freeradbiomed.2016.03.020)、致命的となり得るケトアシドーシスが生じることがある。一部の態様では、本開示の方法は、対象(例えば、糖尿病を患う対象)、前記対象の細胞、組織または臓器におけるケトンのレベルを低下させ、この方法は、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、または発現構築物のうちの1つまたは複数を対象に投与することを含む。
一部の態様では、本開示の方法は、(i)対象における血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)レベルの低下および/もしくは調節、(ii)対象における循環ケトンの低減、(iii)対象におけるトリグリセリドの低減、または(iv)それらの任意の組合せをもたらす。
一部の態様では、方法または使用は、in vitroで、例えば細胞培養物を使用して行われる。一部の態様では、方法または使用は、in vivoで行われる。一部の態様では、本明細書で開示される修飾型核酸、ポリヌクレオチド、発現カセット、送達ベクター、または発現構築物は、個体の糖尿病を処置するために使用されることが公知であるさらなる化合物と組み合わされる。一部の態様では、方法は、例えば通常の注射を介して組換えインスリンを投与することをさらに含む。
一部の態様では、本明細書で開示される方法は繰り返されない。一部の態様では、本明細書で開示される方法は、毎年、または2年毎、3年毎、4年毎、5年毎、6年毎、7年毎、8年毎、9年毎、もしくは10年毎に繰り返される。
一部の態様では、この方法は、本明細書に記載される修飾型核酸、発現構築物、ベクター、または組成物の治療有効用量を投与することを含み、投与は単回であり、例えば、定期的な反復投与が回避される。一部の態様では、単一用量は、筋組織に投与される。一部の態様では、単一用量は、骨格筋組織に投与される。一部の態様では、単一用量は、1つまたは複数の筋肉(例えば、複数の筋肉群)に対する複数回の注射(例えば、2回、3回、4回、または5回)を含む。
概要および要約のセクションではなく、詳細な説明のセクションが、特許請求の範囲を解釈するために使用されるよう意図されていることを理解されたい。概要および要約のセクションは、発明者が想定する本発明の例示的な実施形態のうちの1つまたは複数を記載するが、すべてを記載するとは限らず、したがって、いかなる様式においても本発明および添付の特許請求の範囲を限定することを意図するものではない。
本発明の広さおよび範囲は、上述の例示的な実施形態のいずれかによって限定されてはならず、以下の請求項およびそれらの均等物に従って定義されるべきである。
本発明について記載してきたが、これを以下の実施例においてさらに詳細に説明する。実施例は、例示のみを目的として本明細書に含まれており、本発明を限定することを意図するものではない。
(実施例1)
修飾型インスリン核酸
配列番号1~16、84~88、123~141、および160~161に対応する、以下の修飾型ヒトインスリン核酸配列(表1に示す)をin silicoで設計した。5’UTR配列(配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148)は太字であり、ORF配列には下線を引いてあり(配列番号43~57、110~122)、3’UTR配列はイタリック体である(配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149)。配列番号42の配列を有する5’UTRをさらに修飾して、1~4位のCTAGを除去した。したがって、ある特定の構築物において、5’UTRは配列番号42の核酸5~329を含んでいた。いくつかの構築物では、IRES配列を2つのインスリンORF配列間に付加し、IRES配列は太字およびイタリック体で示してある(配列番号143)。
修飾型インスリン核酸
配列番号1~16、84~88、123~141、および160~161に対応する、以下の修飾型ヒトインスリン核酸配列(表1に示す)をin silicoで設計した。5’UTR配列(配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148)は太字であり、ORF配列には下線を引いてあり(配列番号43~57、110~122)、3’UTR配列はイタリック体である(配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、または配列番号149)。配列番号42の配列を有する5’UTRをさらに修飾して、1~4位のCTAGを除去した。したがって、ある特定の構築物において、5’UTRは配列番号42の核酸5~329を含んでいた。いくつかの構築物では、IRES配列を2つのインスリンORF配列間に付加し、IRES配列は太字およびイタリック体で示してある(配列番号143)。
一部の態様では、核酸は、野生型および/または未修飾型ヒトインスリン核酸配列(例えば、配列番号1)に対してコドン最適化され、かつCpGが低減した配列を含む。修飾型核酸を化学合成し、CMVプロモーターを含む発現カセット中で調製し、発現プラスミドにクローニングした。修飾型配列をSangerシーケンシングによって確認した。
pAAV-インスリンプラスミドをトランスフェクトしたHEK細胞からのインスリンの分泌を試験した。pAAV-インスリンプラスミドのAAV1-CMV-hInsB10D_2(配列番号160)、AAV1-CMV-未修飾型hIns(配列番号1)、AAV1-CMV-修飾型hIns22(配列番号123)、AAV1-CMV-修飾型hIns6(配列番号6)、AAV1-CMV-修飾型hIns8(配列番号8)、AAV1-CMV-修飾型hIns23(配列番号124)、AAV1-CMV-修飾型hIns24(配列番号125)、AAV1-CMV-修飾型hIns25(配列番号126)、AAV1-CMV-修飾型hIns_2(配列番号127)、AAV1-CMV-修飾型hIns27(配列番号128)、AAV1-CMV-修飾型hIns28(配列番号129)、AAV1-CMV-修飾型hIns29(配列番号130)、AAV1-CMV-修飾型hIns30(配列番号131)、AAV1-CMV-修飾型hIns31(配列番号132)、AAV1-CMV-修飾型hIns32(配列番号133)、AAV1-CMV-修飾型hIns33(配列番号134)、AAV1-CMV-修飾型hIns34(配列番号135)、AAV1-CMV-修飾型hIns35(配列番号136)、AAV1-CMV-修飾型hIns36(配列番号137)、AAV1-CMV-修飾型hIns37(配列番号138)、AAV1-CMV-修飾型hIns38(配列番号139)、AAV1-CMV-修飾型hIns39(配列番号140)、またはAAV1-CMV-修飾型Ins40(配列番号141)を、24ウェルプレート中、0.5μg(図1B)または0.1μg(図1C)でHEK293細胞にトランスフェクトした。細胞外インスリンレベルをELISAアッセイによって決定した。pAAV-インスリンプラスミドは、トランスフェクション後にインスリン発現を呈する。
(実施例2)
修飾型Gck核酸
配列番号20~39、89~96、および163~164に対応する、以下の修飾型ヒトグルコキナーゼ(Gck)核酸配列(表2に示す)をin silicoで設計した。5’UTR配列(配列番号42または配列番号83)は太字であり、ORF配列には下線を引いてあり(配列番号61~80および162)、3’UTRはイタリック体である(配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、または配列番号109)。配列番号42の配列を有する5’UTRをさらに修飾して、1~4位のCTAGを除去した。したがって、ある特定の構築物において、5’UTRは配列番号42の核酸5~329を含んでいた。
修飾型Gck核酸
配列番号20~39、89~96、および163~164に対応する、以下の修飾型ヒトグルコキナーゼ(Gck)核酸配列(表2に示す)をin silicoで設計した。5’UTR配列(配列番号42または配列番号83)は太字であり、ORF配列には下線を引いてあり(配列番号61~80および162)、3’UTRはイタリック体である(配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、または配列番号109)。配列番号42の配列を有する5’UTRをさらに修飾して、1~4位のCTAGを除去した。したがって、ある特定の構築物において、5’UTRは配列番号42の核酸5~329を含んでいた。
一部の態様では、核酸は、野生型および/または未修飾型ヒトGck核酸配列(例えば、配列番号19)に対してコドン最適化され、かつCpGが低減した配列を含む。修飾型核酸を化学合成し、CMVプロモーターを含む発現カセット中で調製し、発現プラスミドにクローニングした。修飾型配列をSangerシーケンシングによって確認した。
pAAV-GckプラスミドをトランスフェクトしたHEK細胞におけるGcK発現を試験した。pAAV-GcKプラスミドのAAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)、AAV1-CMV-hGckWT_2(配列番号163)、AAV1-CMV-修飾型hGck9(配列番号68)、AAV1-CMV-修飾型hGck10(配列番号69)、AAV1-CMV-修飾型hGck11(配列番号70)、AAV1-CMV-修飾型hGck12(配列番号71)、AAV1-CMV-修飾型hGck13(配列番号72)、AAV1-CMV-修飾型hGck14(配列番号73)、AAV1-CMV-修飾型hGck15(配列番号74)、およびAAV1-CMV-修飾型hGck16(配列番号75)を、6ウェルプレート中、1ウェル当たり2.5μgでHEK293細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの48時間後に細胞ペレットを収集し、細胞内インスリンレベルをELISAアッセイによって決定した。pAAV-GcKプラスミドは、トランスフェクション後にGcK発現を呈した。
(実施例3)
ヒトインスリンベクターのin vitro比較解析
インスリンバリアント(配列番号1、配列番号87および配列番号88)を担持するAAV1-CMV-ヒトインスリンベクターの感染力および効力(インスリンmRNA発現、細胞培地へのインスリン分泌、および分泌されたインスリンの生物活性)について研究した。2v6.11細胞を、AAV1-CMV-hInsWT(配列番号110)、AAV1-CMV-Ins5(配列番号87)およびAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)ベクターに、異なるMOIで感染させた。感染力アッセイでは、ベクターゲノムの細胞内含有量を数量化した。効力アッセイでは、ヒトインスリンmRNA発現と、細胞培地に分泌されたインスリンとを測定した。分泌されたインスリンは機能性についても評価した。
方法
ヒトインスリンベクターのin vitro比較解析
インスリンバリアント(配列番号1、配列番号87および配列番号88)を担持するAAV1-CMV-ヒトインスリンベクターの感染力および効力(インスリンmRNA発現、細胞培地へのインスリン分泌、および分泌されたインスリンの生物活性)について研究した。2v6.11細胞を、AAV1-CMV-hInsWT(配列番号110)、AAV1-CMV-Ins5(配列番号87)およびAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)ベクターに、異なるMOIで感染させた。感染力アッセイでは、ベクターゲノムの細胞内含有量を数量化した。効力アッセイでは、ヒトインスリンmRNA発現と、細胞培地に分泌されたインスリンとを測定した。分泌されたインスリンは機能性についても評価した。
方法
3.1 2v6.11細胞のAAV1-CMV-ヒトインスリンベクターによる感染
感染の前日、2v6.11細胞を24ウェルプレートに2E+05細胞/ウェルの密度で播種した。抗生物質(ペニシリン=10,000U/ml、ストレプトマイシン=10,000μg/ml)および1μg/mlのポナステロンAを補った増殖培地(DMEM+10%FBS)において、37℃および8.5%CO2で細胞を増殖させた。
感染の前日、2v6.11細胞を24ウェルプレートに2E+05細胞/ウェルの密度で播種した。抗生物質(ペニシリン=10,000U/ml、ストレプトマイシン=10,000μg/ml)および1μg/mlのポナステロンAを補った増殖培地(DMEM+10%FBS)において、37℃および8.5%CO2で細胞を増殖させた。
感染前、明視野顕微鏡で適正な細胞コンフルエンス(70~80%)のために細胞を評価した。細胞計数を評価するために、4ウェルの細胞をトリプシン処理し、Scepter 2.0 Handheld Automated Cell Counter(Merck-Millipore)を用いて数量化した。細胞を、AAV1-CMV-ヒトインスリンベクターのAAV1-CMV-hInsB10D(野生型)(配列番号110)、AAV1-CMV-Ins5(配列番号87)およびAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)(表3)に、MOI=1000、2000および4000vg/細胞で感染させた。細胞は、感染力試験と効力試験との両方で、四連で感染させた。非感染2v6.11細胞(NI)を陰性対照として使用した。感染は、異なる細胞継代数の細胞を使用し、異なる日に3回繰り返した。
3.2 感染力試験
感染の24時間後、細胞を明視野顕微鏡下で生存率について観察した。次に、細胞培地を吸引し、細胞を500μlの1×PBSで2回洗浄し、セルスクレーパーを用いて200μlの1×PBS中に収集した。DNeasy Blood & Tissue Kits(Qiagen)を用いて細胞内ベクターゲノムを抽出し、ITR2配列をターゲティングするオリゴセットを用いるTaqman qPCRによって増幅した。標準DNAの段階希釈を用いて生成された標準曲線からの内挿により、ベクターゲノムを数量化した。
感染の24時間後、細胞を明視野顕微鏡下で生存率について観察した。次に、細胞培地を吸引し、細胞を500μlの1×PBSで2回洗浄し、セルスクレーパーを用いて200μlの1×PBS中に収集した。DNeasy Blood & Tissue Kits(Qiagen)を用いて細胞内ベクターゲノムを抽出し、ITR2配列をターゲティングするオリゴセットを用いるTaqman qPCRによって増幅した。標準DNAの段階希釈を用いて生成された標準曲線からの内挿により、ベクターゲノムを数量化した。
3.3 効力試験のための試料収集
感染の48時間後、かつ細胞生存率を評価した後に、細胞培地を吸引し、37℃まで温めた400μlのDMEM+1%BSAと交換し、プレートをインキュベータに戻した。5時間のインキュベーション後、タンパク質の読み取り値のために、350μlの細胞培地を1.5mlのマイクロチューブに収集し、600×gで10分間、4℃で遠心分離し、300μlの上清を新しいチューブに移した。mRNA発現のために、残りの培地をウェルから吸引し、細胞を500μlの1×PBSで穏やかに洗浄し、350μlのRLT+β-メルカプトエタノール(10μl/ml)(RNeasy Mini Kit、Qiagen)に収集した。試料は処理するまで-80℃で保管した。
感染の48時間後、かつ細胞生存率を評価した後に、細胞培地を吸引し、37℃まで温めた400μlのDMEM+1%BSAと交換し、プレートをインキュベータに戻した。5時間のインキュベーション後、タンパク質の読み取り値のために、350μlの細胞培地を1.5mlのマイクロチューブに収集し、600×gで10分間、4℃で遠心分離し、300μlの上清を新しいチューブに移した。mRNA発現のために、残りの培地をウェルから吸引し、細胞を500μlの1×PBSで穏やかに洗浄し、350μlのRLT+β-メルカプトエタノール(10μl/ml)(RNeasy Mini Kit、Qiagen)に収集した。試料は処理するまで-80℃で保管した。
3.4 ヒトインスリンmRNA発現
感染したAAVベクターゲノムの適切な分解を確実にするために、オンカラムDNAse I消化を標準的な15分間から30分間に延長したことを除いては、製造元により提供されたプロトコールに従ってRNeasy Mini Kit(Qiagen)およびRNase-free DNase I(Qiagen)を用い、RNAを抽出した。Transcriptor FirstStrand cDNA合成キット(Roche)を使用し、各RNA試料1μgを逆転写した。Taqman Probes Master(Roche)および2μlの試料(1/10に希釈)を使用し、qPCRを三連で行った。発現を数量化するために、SV40ポリAシグナル(すべてのヒトインスリンプラスミドに共通する配列)をターゲティングするプライマー・プローブミックスを使用した(フォワードプライマー:AGC AAT AGC ATC ACA AAT TTC ACA A;リバースプライマー:CAG ACA TGA TAA GAT ACA TTG ATG AGT T;プローブ:/56-FAM/AGC ATT TTT TT/ZEN/CAC TGC ATT CTA GTT GTG GTT TGT C/3IABkFQ/)。ハウスキーピング遺伝子hRplp0用のプライマー・プローブミックスを正規化のために使用した(フォワードプライマー:CAG ACA GAC ACT GGC AAC AT;リバースプライマー:GCA GCA TCT ACA ACC CTG AA;プローブ:/5HEX/AA CTC TGC A/ZEN/TT CTC GCT TCC TGG A/3IABkFQ)。
感染したAAVベクターゲノムの適切な分解を確実にするために、オンカラムDNAse I消化を標準的な15分間から30分間に延長したことを除いては、製造元により提供されたプロトコールに従ってRNeasy Mini Kit(Qiagen)およびRNase-free DNase I(Qiagen)を用い、RNAを抽出した。Transcriptor FirstStrand cDNA合成キット(Roche)を使用し、各RNA試料1μgを逆転写した。Taqman Probes Master(Roche)および2μlの試料(1/10に希釈)を使用し、qPCRを三連で行った。発現を数量化するために、SV40ポリAシグナル(すべてのヒトインスリンプラスミドに共通する配列)をターゲティングするプライマー・プローブミックスを使用した(フォワードプライマー:AGC AAT AGC ATC ACA AAT TTC ACA A;リバースプライマー:CAG ACA TGA TAA GAT ACA TTG ATG AGT T;プローブ:/56-FAM/AGC ATT TTT TT/ZEN/CAC TGC ATT CTA GTT GTG GTT TGT C/3IABkFQ/)。ハウスキーピング遺伝子hRplp0用のプライマー・プローブミックスを正規化のために使用した(フォワードプライマー:CAG ACA GAC ACT GGC AAC AT;リバースプライマー:GCA GCA TCT ACA ACC CTG AA;プローブ:/5HEX/AA CTC TGC A/ZEN/TT CTC GCT TCC TGG A/3IABkFQ)。
3.5 分泌されたヒトインスリンの定量解析
Insulin ELISA Kit(Crystal Chem)を使用し、milliQ水で1/10に希釈した培地試料において分泌されたインスリンを二連で測定した。
Insulin ELISA Kit(Crystal Chem)を使用し、milliQ水で1/10に希釈した培地試料において分泌されたインスリンを二連で測定した。
3.6 分泌されたヒトインスリンの機能解析
感染細胞により産生され細胞培地中に分泌されたインスリンの生物活性をiLite Insulin Assay Ready Cells(Svar Life Science)によって測定した。簡潔に述べると、40μlの標準物質または感染細胞の細胞培地と、予め解凍して9%FBS(熱失活したもの)および抗生物質(ペニシリン=10,000U/ml、ストレプトマイシン=10,000μg/ml)を補ったRPMIに再懸濁した40μlのiLite Insulin Assay Ready Cellsとを、96ウェル白色プレートに加えた。37℃および5%CO2で5時間のインキュベーション後、プレートを室温に平衡化し、80μlのONE-Glo Luciferase Assay試薬をウェルに加えた。細胞を10分間溶解させ、発光をプレートリーダーで測定した。組換えヒトインスリン(Life Technologies)を標準曲線のために使用した。
3.7 統計的解析
感染細胞により産生され細胞培地中に分泌されたインスリンの生物活性をiLite Insulin Assay Ready Cells(Svar Life Science)によって測定した。簡潔に述べると、40μlの標準物質または感染細胞の細胞培地と、予め解凍して9%FBS(熱失活したもの)および抗生物質(ペニシリン=10,000U/ml、ストレプトマイシン=10,000μg/ml)を補ったRPMIに再懸濁した40μlのiLite Insulin Assay Ready Cellsとを、96ウェル白色プレートに加えた。37℃および5%CO2で5時間のインキュベーション後、プレートを室温に平衡化し、80μlのONE-Glo Luciferase Assay試薬をウェルに加えた。細胞を10分間溶解させ、発光をプレートリーダーで測定した。組換えヒトインスリン(Life Technologies)を標準曲線のために使用した。
3.7 統計的解析
Anovaおよびチューキーの多重比較検定を使用し、各MOIを3つの研究について独立して解析した。
結果
2v6.11細胞を、ヒトインスリンバリアントのIns5およびIns7ならびにWTヒトインスリンを担持するAAV1-ヒトインスリンベクターに感染させて、ベクターの感染力および効力を3つの独立した研究で評価した。
2v6.11細胞を、ヒトインスリンバリアントのIns5およびIns7ならびにWTヒトインスリンを担持するAAV1-ヒトインスリンベクターに感染させて、ベクターの感染力および効力を3つの独立した研究で評価した。
3.8 感染力アッセイ
2v6.11細胞においてAAV1-ヒトインスリンベクターのAAV1-CMV-hInsB10D(配列番号1)、AAV1-CMV-Ins5(配列番号87)およびAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)を用いて行った3つの独立した感染研究は、細胞内ベクターゲノム含有量(vg/ng DNA)によって示されるように、試験した3つのMOI(1000vg/細胞(1K)、2000vg/細胞(2K)および4000vg/細胞(4K))において細胞に感染する異なるベクターの能力における有意差を示さなかった(図3A~3Cおよび表4)。
2v6.11細胞においてAAV1-ヒトインスリンベクターのAAV1-CMV-hInsB10D(配列番号1)、AAV1-CMV-Ins5(配列番号87)およびAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)を用いて行った3つの独立した感染研究は、細胞内ベクターゲノム含有量(vg/ng DNA)によって示されるように、試験した3つのMOI(1000vg/細胞(1K)、2000vg/細胞(2K)および4000vg/細胞(4K))において細胞に感染する異なるベクターの能力における有意差を示さなかった(図3A~3Cおよび表4)。
各MOIおよび各アッセイに対応する感染力データは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。
3.9 効力アッセイ
3.9.1 ヒトインスリンmRNA発現
ヒトインスリン発現レベルの数量化により、行った3つの研究において、ベクターAAV1-CMV-hInsB10D(配列番号1)とAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)との間には有意差がないことが明らかになった(図4A~4Cおよび表5)。その一方、ベクターAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)の感染により媒介されたmRNA発現レベルは、AAV1-CMV-hInsB10D(配列番号110)およびAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)により媒介されたものより有意に低かった(図4A~4Cおよび表5)。
3.9.1 ヒトインスリンmRNA発現
ヒトインスリン発現レベルの数量化により、行った3つの研究において、ベクターAAV1-CMV-hInsB10D(配列番号1)とAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)との間には有意差がないことが明らかになった(図4A~4Cおよび表5)。その一方、ベクターAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)の感染により媒介されたmRNA発現レベルは、AAV1-CMV-hInsB10D(配列番号110)およびAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)により媒介されたものより有意に低かった(図4A~4Cおよび表5)。
各MOIおよび各アッセイに対応するヒトインスリンmRNA発現データは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。太字およびイタリック体は統計的有意性を示す。
3.9.2 分泌されたヒトインスリンの定量解析
異なるAAV1-ヒトインスリンベクターに感染した2v6.11細胞によって細胞培地に分泌されたインスリンを、Insulin ELISAキット(Crystal Chem)を使用して数量化したとき、ベクターAAV1-CMV-hInsB10D(配列番号110)とAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)との間に有意差は観察されなかった(図5A~5Cおよび表6)。mRNA発現の読み取り値について観察されるように(図4A~4Cおよび表5)、ベクターAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)により媒介されたインスリン分泌のレベルは、AAV1-CMV-hInsB10D(配列番号1)およびAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)のベクターによりもたらされたものより有意に低かった(図5A~5Cおよび表6)。1Kからのデータは最低基準未満であり数量化できなかったため、2Kおよび4Kでの感染からのデータを用いて統計的解析を行った。
異なるAAV1-ヒトインスリンベクターに感染した2v6.11細胞によって細胞培地に分泌されたインスリンを、Insulin ELISAキット(Crystal Chem)を使用して数量化したとき、ベクターAAV1-CMV-hInsB10D(配列番号110)とAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)との間に有意差は観察されなかった(図5A~5Cおよび表6)。mRNA発現の読み取り値について観察されるように(図4A~4Cおよび表5)、ベクターAAV1-CMV-Ins7(配列番号88)により媒介されたインスリン分泌のレベルは、AAV1-CMV-hInsB10D(配列番号1)およびAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)のベクターによりもたらされたものより有意に低かった(図5A~5Cおよび表6)。1Kからのデータは最低基準未満であり数量化できなかったため、2Kおよび4Kでの感染からのデータを用いて統計的解析を行った。
各MOIおよび各アッセイに対応する分泌されたヒトインスリンのデータは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。太字およびイタリック体は統計的有意性を示す。
3.9.3 分泌されたヒトインスリンの機能解析
感染細胞により産生され細胞培地中に分泌されたインスリンの活性をiLite Insulin Assay Ready Cells(Svar Life Science)によって測定した。mRNA発現およびヒトインスリンタンパク質の読み取り値について取得された結果によれば(図4A~4Cおよび5A~5Cならびに表5および6)、ベクターAAV1-CMV-hIns_B10D(配列番号1)およびAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)について観察されたインスリン活性は有意に異ならなかったが、AAV1-CMV-Ins7(配列番号88)は、やはり著しく低いインスリン活性を示した(図6A~6Cおよび表7)。
感染細胞により産生され細胞培地中に分泌されたインスリンの活性をiLite Insulin Assay Ready Cells(Svar Life Science)によって測定した。mRNA発現およびヒトインスリンタンパク質の読み取り値について取得された結果によれば(図4A~4Cおよび5A~5Cならびに表5および6)、ベクターAAV1-CMV-hIns_B10D(配列番号1)およびAAV1-CMV-Ins5(配列番号87)について観察されたインスリン活性は有意に異ならなかったが、AAV1-CMV-Ins7(配列番号88)は、やはり著しく低いインスリン活性を示した(図6A~6Cおよび表7)。
各MOIおよび各アッセイに対応するヒトインスリン活性のデータは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。太字およびイタリック体は統計的有意性を示す。
(実施例4)
ヒトグルコキナーゼベクターのin vitro比較解析
野生型(配列番号19)ならびにGck8(配列番号93)およびGck12(配列番号95)のヒトグルコキナーゼバリアントを担持するAAV1-CMV-ヒトグルコキナーゼベクターの感染力および効力(mRNA発現、タンパク質含有量および生物活性)について研究した。この目的のために、2v6.11細胞を、AAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)、AAV1-CMV-Gck8(配列番号93)およびAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)に、異なるMOIで感染させた。感染力アッセイでは、ベクターゲノムの細胞内含有量を数量化した。効力アッセイでは、ヒトグルコキナーゼmRNA発現、グルコキナーゼ細胞内含有量およびグルコキナーゼ活性を測定した。
ヒトグルコキナーゼベクターのin vitro比較解析
野生型(配列番号19)ならびにGck8(配列番号93)およびGck12(配列番号95)のヒトグルコキナーゼバリアントを担持するAAV1-CMV-ヒトグルコキナーゼベクターの感染力および効力(mRNA発現、タンパク質含有量および生物活性)について研究した。この目的のために、2v6.11細胞を、AAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)、AAV1-CMV-Gck8(配列番号93)およびAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)に、異なるMOIで感染させた。感染力アッセイでは、ベクターゲノムの細胞内含有量を数量化した。効力アッセイでは、ヒトグルコキナーゼmRNA発現、グルコキナーゼ細胞内含有量およびグルコキナーゼ活性を測定した。
方法
4.1 2v6.11細胞のAAV1-CMV-ヒトグルコキナーゼベクターによる感染
感染の前日、2v6.11細胞を24ウェルプレートに2E+05細胞/ウェルの密度で播種した。抗生物質(ペニシリン=10,000U/ml、ストレプトマイシン=10,000μg/ml)および1μg/mlのポナステロンAを補った増殖培地(DMEM+10%FBS)において、37℃および8.5%CO2で細胞を増殖させた。
4.1 2v6.11細胞のAAV1-CMV-ヒトグルコキナーゼベクターによる感染
感染の前日、2v6.11細胞を24ウェルプレートに2E+05細胞/ウェルの密度で播種した。抗生物質(ペニシリン=10,000U/ml、ストレプトマイシン=10,000μg/ml)および1μg/mlのポナステロンAを補った増殖培地(DMEM+10%FBS)において、37℃および8.5%CO2で細胞を増殖させた。
感染前、明視野顕微鏡で適正な細胞コンフルエンス(70~80%)のために細胞を評価した。細胞計数を評価するために、4ウェルの細胞をトリプシン処理し、Scepter 2.0 Handheld Automated Cell Counter(Merck-Millipore)を用いて数量化した。細胞を、AAV1-CMV-ヒトグルコキナーゼベクターのAAV1-CMV-hGckWT、AAV1-CMV-Gck8およびAAV1-CMV-Gck12(表8)に、MOI=1000、2000および4000vg/細胞で感染させた。細胞は、各特異的解析:感染力、ヒトグルコキナーゼmRNA発現、細胞内ヒトグルコキナーゼおよびグルコキナーゼ活性について、四連で感染させた。非感染2v6.11細胞(NI)を陰性対照として使用した。感染は、異なる細胞継代数の細胞を使用し、異なる日に3回繰り返した。
4.2 感染力アッセイ
感染の24時間後、細胞を明視野顕微鏡下で生存率について観察した。次に、細胞培地を吸引し、細胞を500μlの1×PBSで2回洗浄し、セルスクレーパーを用いて200μlの1×PBS中に収集した。DNeasy Blood & Tissue Kits(Qiagen)を用いて細胞内ベクターゲノムを抽出し、ITR2配列をターゲティングするオリゴセットを用いるTaqman qPCRによって増幅した。標準DNAの段階希釈を用いて生成された標準曲線からの内挿により、ベクターゲノムを数量化した。
感染の24時間後、細胞を明視野顕微鏡下で生存率について観察した。次に、細胞培地を吸引し、細胞を500μlの1×PBSで2回洗浄し、セルスクレーパーを用いて200μlの1×PBS中に収集した。DNeasy Blood & Tissue Kits(Qiagen)を用いて細胞内ベクターゲノムを抽出し、ITR2配列をターゲティングするオリゴセットを用いるTaqman qPCRによって増幅した。標準DNAの段階希釈を用いて生成された標準曲線からの内挿により、ベクターゲノムを数量化した。
4.3 ヒトグルコキナーゼmRNA発現
感染の48時間後、かつ細胞生存率を評価した後に、細胞を500μlの1×PBSで穏やかに洗浄し、350μlのRLT+β-メルカプトエタノール(10μl/ml)(RNeasy Mini Kit、Qiagen)に収集した。感染したAAVベクターゲノムの適切な分解を確実にするために、オンカラムDNAse I消化を標準的な15分間から30分間に延長したことを除いては、製造元により提供されたプロトコールに従ってRNeasy Mini Kit(Qiagen)およびRNase-free DNase I(Qiagen)を用い、RNAを抽出した。Transcriptor FirstStrand cDNA合成キット(Roche)を使用し、各RNA試料1μgを逆転写した。Taqman Probes Master(Roche)および2μlの試料(1/10に希釈)を使用し、qPCRを三連で行った。発現を数量化するために、SV40ポリAシグナル(すべてのヒトグルコキナーゼバリアントに共通する配列)をターゲティングするプライマー・プローブミックスを使用した(フォワードプライマー:AGC AAT AGC ATC ACA AAT TTC ACA A;リバースプライマー:CAG ACA TGA TAA GAT ACA TTG ATG AGT T;プローブ:/56-FAM/AGC ATT TTT TT/ZEN/CAC TGC ATT CTA GTT GTG GTT TGT C/3IABkFQ/)。ハウスキーピング遺伝子hRplp0用のプライマー・プローブミックスを正規化のために使用した(フォワードプライマー:CAG ACA GAC ACT GGC AAC AT;リバースプライマー:GCA GCA TCT ACA ACC CTG AA;プローブ:/5HEX/AA CTC TGC A/ZEN/TT CTC GCT TCC TGG A/3IABkFQ)。
感染の48時間後、かつ細胞生存率を評価した後に、細胞を500μlの1×PBSで穏やかに洗浄し、350μlのRLT+β-メルカプトエタノール(10μl/ml)(RNeasy Mini Kit、Qiagen)に収集した。感染したAAVベクターゲノムの適切な分解を確実にするために、オンカラムDNAse I消化を標準的な15分間から30分間に延長したことを除いては、製造元により提供されたプロトコールに従ってRNeasy Mini Kit(Qiagen)およびRNase-free DNase I(Qiagen)を用い、RNAを抽出した。Transcriptor FirstStrand cDNA合成キット(Roche)を使用し、各RNA試料1μgを逆転写した。Taqman Probes Master(Roche)および2μlの試料(1/10に希釈)を使用し、qPCRを三連で行った。発現を数量化するために、SV40ポリAシグナル(すべてのヒトグルコキナーゼバリアントに共通する配列)をターゲティングするプライマー・プローブミックスを使用した(フォワードプライマー:AGC AAT AGC ATC ACA AAT TTC ACA A;リバースプライマー:CAG ACA TGA TAA GAT ACA TTG ATG AGT T;プローブ:/56-FAM/AGC ATT TTT TT/ZEN/CAC TGC ATT CTA GTT GTG GTT TGT C/3IABkFQ/)。ハウスキーピング遺伝子hRplp0用のプライマー・プローブミックスを正規化のために使用した(フォワードプライマー:CAG ACA GAC ACT GGC AAC AT;リバースプライマー:GCA GCA TCT ACA ACC CTG AA;プローブ:/5HEX/AA CTC TGC A/ZEN/TT CTC GCT TCC TGG A/3IABkFQ)。
4.4 細胞内グルコキナーゼ含有量の定量解析
感染の48時間後、細胞を500μlの1×PBS/ウェルで穏やかに洗浄した。次いで、細胞を200μlの氷冷1×PBSでスクラップし、マイクロチューブに収集した。細胞抽出物を取得するために、細胞の凍結(液体窒素)および解凍(37℃水浴)を3回行い、5000×gで10分間、4℃で遠心分離し、上清を取っておいて-80℃で保管した。Human glucokinase ELISA Kit(Abcam)を使用し、ヒトグルコキナーゼを二連(標準物質および試料)で測定した。ELISA kitにより提供された1× diluent Nを使用して試料を1/20に希釈した。milliQ水中の試料の1/10希釈物を使用し、BCA法によって細胞抽出物において二連で数量化した総タンパク質含有量により、グルコキナーゼ含有量を正規化した。
感染の48時間後、細胞を500μlの1×PBS/ウェルで穏やかに洗浄した。次いで、細胞を200μlの氷冷1×PBSでスクラップし、マイクロチューブに収集した。細胞抽出物を取得するために、細胞の凍結(液体窒素)および解凍(37℃水浴)を3回行い、5000×gで10分間、4℃で遠心分離し、上清を取っておいて-80℃で保管した。Human glucokinase ELISA Kit(Abcam)を使用し、ヒトグルコキナーゼを二連(標準物質および試料)で測定した。ELISA kitにより提供された1× diluent Nを使用して試料を1/20に希釈した。milliQ水中の試料の1/10希釈物を使用し、BCA法によって細胞抽出物において二連で数量化した総タンパク質含有量により、グルコキナーゼ含有量を正規化した。
4.5 グルコキナーゼ活性アッセイ
感染の48時間後、細胞を500μlの1×PBS/ウェルで穏やかに洗浄した。次いで、250μlのトリプシンをウェルに穏やかに加え、かき混ぜ、余剰のトリプシン(tryspin)を吸引により除去した。室温で2分間のインキュベーション後、細胞を上下にピペッッティングすることにより750μlのDMEM+10%FBSに収集し、1.5mlのマイクロチューブに移した。細胞を600×gで10分間、4℃でペレット化し、上清を吸引し、細胞ペレットを処理するまで-80℃で保管した。
感染の48時間後、細胞を500μlの1×PBS/ウェルで穏やかに洗浄した。次いで、250μlのトリプシンをウェルに穏やかに加え、かき混ぜ、余剰のトリプシン(tryspin)を吸引により除去した。室温で2分間のインキュベーション後、細胞を上下にピペッッティングすることにより750μlのDMEM+10%FBSに収集し、1.5mlのマイクロチューブに移した。細胞を600×gで10分間、4℃でペレット化し、上清を吸引し、細胞ペレットを処理するまで-80℃で保管した。
グルコキナーゼ活性をGlucokinase Activity Assay Kit(AssayGenie)によって測定した。2.5mM DTTを含有するGckアッセイ緩衝剤250μl中で細胞ペレットを超音波処理したことを除いては、製造元により提供されたプロトコールに従った。試料の10倍希釈物10μlをアッセイに使用した。
4.6 統計的解析
Anovaおよびチューキーの多重比較検定を使用し、各MOIを3つの研究について独立して解析した。
Anovaおよびチューキーの多重比較検定を使用し、各MOIを3つの研究について独立して解析した。
結果
2v6.11細胞を、ヒトグルコキナーゼバリアントのGck8およびGck12ならびにWT hGckを担持するAAV1-ヒトグルコキナーゼベクターに感染させて、ベクターの感染力および効力を3つの独立した研究で評価した。
2v6.11細胞を、ヒトグルコキナーゼバリアントのGck8およびGck12ならびにWT hGckを担持するAAV1-ヒトグルコキナーゼベクターに感染させて、ベクターの感染力および効力を3つの独立した研究で評価した。
4.7 感染力アッセイ
3つのAAV1-ヒトグルコキナーゼベクターAAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)、AAV1-CMV-Gck8(配列番号93)およびAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)は、3つの異なるアッセイにおける細胞内ベクターゲノム含有量(vg/ng DNA)によって示されるように、試験した3つのMOI(1000vg/細胞(1K)、2000vg/細胞(2K)および4000vg/細胞(4K))において2v6.11細胞に感染する能力における一貫した有意差を示さなかった(図7A~7Cおよび表9)。
3つのAAV1-ヒトグルコキナーゼベクターAAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)、AAV1-CMV-Gck8(配列番号93)およびAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)は、3つの異なるアッセイにおける細胞内ベクターゲノム含有量(vg/ng DNA)によって示されるように、試験した3つのMOI(1000vg/細胞(1K)、2000vg/細胞(2K)および4000vg/細胞(4K))において2v6.11細胞に感染する能力における一貫した有意差を示さなかった(図7A~7Cおよび表9)。
各MOIおよび各アッセイに対応する感染力データは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。太字およびイタリック体は統計的有意性を示す。
4.8 効力アッセイ
4.8.1 ヒトグルコキナーゼmRNA発現
ヒトグルコキナーゼ発現レベルの数量化により、hGckWTおよびグルコキナーゼバリアントGck8をそれぞれ担持するベクターAAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)とAAV1-CMV-Gck8(配列番号93)との間には、一貫した有意差がないことが明らかになった(図8A~8Cおよび表10)。グルコキナーゼバリアントGck12を含有するAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)は、AAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)および特にAAV1-CMV-Gck8(配列番号93)と比較すると、複数のアッセイ間およびMOI間で一貫してはいないものの、より低いmRNA発現を媒介する傾向を示した(図8A~8Cおよび表10)。
4.8.1 ヒトグルコキナーゼmRNA発現
ヒトグルコキナーゼ発現レベルの数量化により、hGckWTおよびグルコキナーゼバリアントGck8をそれぞれ担持するベクターAAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)とAAV1-CMV-Gck8(配列番号93)との間には、一貫した有意差がないことが明らかになった(図8A~8Cおよび表10)。グルコキナーゼバリアントGck12を含有するAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)は、AAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)および特にAAV1-CMV-Gck8(配列番号93)と比較すると、複数のアッセイ間およびMOI間で一貫してはいないものの、より低いmRNA発現を媒介する傾向を示した(図8A~8Cおよび表10)。
各MOIおよび各アッセイに対応するヒトグルコキナーゼmRNA発現データは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。太字およびイタリック体は統計的有意性を示す。
4.8.2 細胞内グルコキナーゼ含有量の定量解析
異なるAAV1-ヒトグルコキナーゼベクターに感染した2v6.11細胞の細胞内グルコキナーゼ含有量を、Glucokinase ELISAキット(Abcam)を使用して数量化したとき、複数のMOIおよびアッセイを通して一貫した有意差はベクター間で観察されなかった(図9A~9Cおよび表11)。
異なるAAV1-ヒトグルコキナーゼベクターに感染した2v6.11細胞の細胞内グルコキナーゼ含有量を、Glucokinase ELISAキット(Abcam)を使用して数量化したとき、複数のMOIおよびアッセイを通して一貫した有意差はベクター間で観察されなかった(図9A~9Cおよび表11)。
各MOIおよび各アッセイに対応する細胞内グルコキナーゼ含有量のデータは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。太字およびイタリック体は統計的有意性を示す。
4.8.3 グルコキナーゼ活性アッセイ
感染細胞の細胞抽出物中のグルコキナーゼ活性をGlucokinase Activity Assay Kit(AssayGenie)によって測定した。mRNA発現およびタンパク質の読み取り値について観察された結果と一致して(図8A~8Cおよび9A~9Cならびに表10および11)、ベクターAAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)、AAV1-CMV-Gck8(配列番号93)およびAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)について観察されたグルコキナーゼ活性は、複数のMOIおよびアッセイを通して、ベクター間で有意に異ならなかった(図10A~10Cおよび表12)。
感染細胞の細胞抽出物中のグルコキナーゼ活性をGlucokinase Activity Assay Kit(AssayGenie)によって測定した。mRNA発現およびタンパク質の読み取り値について観察された結果と一致して(図8A~8Cおよび9A~9Cならびに表10および11)、ベクターAAV1-CMV-hGckWT(配列番号19)、AAV1-CMV-Gck8(配列番号93)およびAAV1-CMV-Gck12(配列番号95)について観察されたグルコキナーゼ活性は、複数のMOIおよびアッセイを通して、ベクター間で有意に異ならなかった(図10A~10Cおよび表12)。
各MOIおよび各アッセイに対応するグルコキナーゼ活性のデータは、Anovaおよびチューキーの多重比較検定によって解析した。太字およびイタリック体は統計的有意性を示す。
(実施例5)
骨格筋におけるインスリンおよびグルコキナーゼの発現を介する1型糖尿病性マウスの逆転
血液からグルコースを除去するAAVベクターインスリンおよびグルコキナーゼ構築物の単回投与の有効性を評価するため、C57Blk6マウスの両後肢の骨格筋(四頭筋、腓腹筋、および頭蓋脛骨)に、ヒトインスリン遺伝子(配列番号1)を含有するAAV1と、ラットグルコキナーゼ遺伝子を含有するAAV1とを注射した。
骨格筋におけるインスリンおよびグルコキナーゼの発現を介する1型糖尿病性マウスの逆転
血液からグルコースを除去するAAVベクターインスリンおよびグルコキナーゼ構築物の単回投与の有効性を評価するため、C57Blk6マウスの両後肢の骨格筋(四頭筋、腓腹筋、および頭蓋脛骨)に、ヒトインスリン遺伝子(配列番号1)を含有するAAV1と、ラットグルコキナーゼ遺伝子を含有するAAV1とを注射した。
まずマウスを40mgのストレプトゾトシン(STZ)により5日連続で処置して膵臓内のベータ細胞を枯渇させ、それにより、天然マウスインスリンの産生を消失させ、血中グルコースレベルが約600mg/dLに達するようにした。次いで、動物の両後肢における3つの識別された筋肉に、AAV1-インスリン(配列番号1)とAAV1-ラットグルコキナーゼとの等量混合物を与えた。別個の群において、同じ総用量のAAV1-インスリン(配列番号1)およびAAV1-ラットグルコキナーゼを、動物の2つの後肢筋肉(四頭筋および腓腹筋)に、より低い総体積で投与した。これらの動物を、STZ-ビヒクル処置動物および非糖尿病性ビヒクル処置動物(n=10~11/群)と比較した。AAV1-インスリン(配列番号1)およびAAV1-ラットグルコキナーゼを受けたSTZ処置糖尿病性マウスは、以前の研究で観察されたように、給餌条件および絶食条件において、正常血糖およびHbA1Cレベルを回復し、維持した。
2つの筋肉に対する遺伝子療法の投与は、3つの筋肉に投与したときと等しく効果的であった。AAV1-インスリン(配列番号1)およびAAV1-ラットグルコキナーゼを受けたストレプトゾトシン処置糖尿病性マウスは、給餌条件(図11A~11Cおよび図12)および絶食条件(第4週のデータが示されている)において、正常血糖を回復し、注射5週間後まで維持した。さらに、より高濃度のベクターで2つの大きな筋肉群(四頭筋および腓腹筋)のみを処置したマウスは、3つの筋肉群を処置したマウスと比べて同等またはより良好に機能するように見受けられた(図11A~11Cおよび図12)。これらの結果は、筋肉の解剖学的構造および血流が、アロメトリックな翻訳における検討事項であり得ることを示している。治療効果は早くも投薬後1週間に観察され、未処置対照動物の範囲内で2週間までに高血糖の著しい低減が観察された。AAVが媒介する基礎インスリン産生およびグルコキナーゼ活性の連合作用は、骨格筋において、糖尿病性動物におけるグルコースの適切な調節を可能にする「グルコースセンサ」を生成し、処置を受けた動物における糖尿病の完全な逆転の動因となる可能性がある。
(実施例6)
さらなるプロインスリンバリアントの開発
配列番号150~159に対応する、プレプロインスリンバリアントをコードするさらなる修飾型核酸ヒトインスリンORF配列10個を設計した(表13に示す)。これらのORFは、B鎖および/もしくはC鎖におけるアミノ酸突然変異、シグナル配列における置換、フーリンエンドプロテアーゼ切断部位の付加、またはそれらの組合せを含むプレプロインスリンバリアントをコードする。
さらなるプロインスリンバリアントの開発
配列番号150~159に対応する、プレプロインスリンバリアントをコードするさらなる修飾型核酸ヒトインスリンORF配列10個を設計した(表13に示す)。これらのORFは、B鎖および/もしくはC鎖におけるアミノ酸突然変異、シグナル配列における置換、フーリンエンドプロテアーゼ切断部位の付加、またはそれらの組合せを含むプレプロインスリンバリアントをコードする。
(実施例7)
プレプロインスリンバリアントのin vitro評価
in vitroで配列番号150~159によって媒介されるインスリンの産生および分泌のレベルを評価するため、各インスリンバリアントをまず、AAVプラスミド(pAAV)においてminiCMVプロモーターの制御下でクローニングした(pAAV-miniCMV-InsX、ここでXは特定のORF、すなわち、配列番号150~159を示す)。プラスミドの名称および対応するORF配列を表14に列記する。
プレプロインスリンバリアントのin vitro評価
in vitroで配列番号150~159によって媒介されるインスリンの産生および分泌のレベルを評価するため、各インスリンバリアントをまず、AAVプラスミド(pAAV)においてminiCMVプロモーターの制御下でクローニングした(pAAV-miniCMV-InsX、ここでXは特定のORF、すなわち、配列番号150~159を示す)。プラスミドの名称および対応するORF配列を表14に列記する。
AAV2のITR間で、miniCMVプロモーターの制御下のヒトプレプロインスリンバリアントをクローニングすることにより、AAV発現カセットを取得した(pAAV-miniCMV-InsX、ここでXは特定のインスリンバリアントを示す)。
miniCMVプロモーターの制御下のプレプロインスリンバリアントおよびRSVプロモーターの制御下のヒトグルコキナーゼをコードする血清型1の一本鎖AAVベクター(AAV1-InsX、ここでXは特定のプロインスリンバリアントを示す)を、標準的方法(Ayuso, E. et al., 2010. Curr Gene Ther. 10(6):423-36)に従ったHEK293細胞のトリプルトランスフェクションによって産生した。10個のローラーボトル(850cm2、平底;Corning(商標)、Sigma-Aldrich Co.、Saint Louis、MO、US)において、細胞をDMEM 10% FBS中で80%コンフルエンスまで培養し、リン酸カルシウム法により、AAV2 ITRによってフランキングされた発現カセットを搭載したプラスミド、AAV2 rep遺伝子および血清型1のAAVのcap遺伝子を搭載したヘルパープラスミド、ならびにアデノウイルスヘルパー機能を搭載したプラスミドをコトランスフェクトした。非コードプラスミドを使用してヌルベクター(pAAV-ヌル)を産生した。ポリエチレングリコール沈殿ステップおよび2つの連続した塩化セシウム(CsCl)グラジエントに基づく最適化された方法により、AAVを精製した。この第2世代のCsClに基づくプロトコールは、空のAAVカプシドならびにDNAおよびタンパク質の不純物を劇的に低減した(Ayuso, E. et al., 2010. Curr Gene Ther. 10(6):423-36)。精製されたAAVベクターをPBSに対して透析し、濾過し、-80℃で保管した。線状化プラスミドDNAを標準曲線として使用したAAV2参照標準物質について説明されているプロトコール(Lock M, et al., Hum. Gene Ther. 2010; 21:1273-1285)に従う定量PCRにより、ウイルスゲノムの力価を決定した。ベクターは、当技術分野において周知の分子生物学技術に従って構築した。
まず、HEK293細胞に等モル量のpAAV-miniCMV-Ins1~8プラスミドをトランスフェクトした。HEK293細胞を24ウェルプレートで培養し、Lipofectamine 2000を製造元の使用説明書(Thermo Fisher Scientific)に従って使用して、1ウェル当たり0.8μgのDNAをトランスフェクトした。非トランスフェクトHEK293細胞、および導入遺伝子を含まないAAVプラスミド(pAAV-ヌル)をトランスフェクトしたHEK293細胞を対照とした。pAAV-miniCMV-Ins3プラスミドは、最も高い細胞内インスリン含有量および培養培地へのインスリンの分泌の両方を媒介した(図13A~13B)。これらの結果は、残りのバリアントと比較して、pAAV-miniCMV-Ins3プラスミドをトランスフェクトしたHEK293細胞におけるインスリン発現レベルが向上したことに起因するものではなかった(図14A~14D)。
次に、HEK293細胞に、pAAV-miniCMV-Ins3、pAAV-miniCMV-Ins9、またはpAAV-miniCMV-Ins10をトランスフェクトした。pAAV-ヌルプラスミドをトランスフェクトしたHK293細胞を対照として使用した。以前の観察と同様に、pAAV-miniCMV-Ins3をトランスフェクトした細胞は、pAAV-miniCMV-Ins9またはpAAV-miniCMV-Ins9を形質導入したものより優れた性能を示した(図15)。
(実施例8)
プレプロインスリンバリアントの生物活性のin vivo評価
生物活性を評価するために、プレプロインスリンバリアントをコードするAAV1ベクターのAAV1-Ins1、AAV1-Ins3、AAV1-Ins4、AAV1-Ins5またはAAV1-Ins6(表13参照)を生成し、グルコース処理をin vivoで向上させるそれらの有効性を健康なマウスにおいて評価した。この目的のために、CD1マウスを3×1011ウイルスゲノム(vg)のAAV-InsまたはAAV1-ヌルベクターで処置した。マウスはケタミン(100mg/kg)およびキシラジン(10mg/kg)の腹腔内注射によって麻酔した。後肢を剃毛し、各後肢の四頭筋、腓腹筋、および頭蓋脛骨に分配された6つの注射部位に180μlの総体積を分割した筋肉内注射によってベクターを投与した。
プレプロインスリンバリアントの生物活性のin vivo評価
生物活性を評価するために、プレプロインスリンバリアントをコードするAAV1ベクターのAAV1-Ins1、AAV1-Ins3、AAV1-Ins4、AAV1-Ins5またはAAV1-Ins6(表13参照)を生成し、グルコース処理をin vivoで向上させるそれらの有効性を健康なマウスにおいて評価した。この目的のために、CD1マウスを3×1011ウイルスゲノム(vg)のAAV-InsまたはAAV1-ヌルベクターで処置した。マウスはケタミン(100mg/kg)およびキシラジン(10mg/kg)の腹腔内注射によって麻酔した。後肢を剃毛し、各後肢の四頭筋、腓腹筋、および頭蓋脛骨に分配された6つの注射部位に180μlの総体積を分割した筋肉内注射によってベクターを投与した。
AAV投与の3週間後、グルコース耐性試験を行った。グルコース耐性試験を行うためには、覚醒状態のマウスを一晩(16時間)絶食させ、グルコース(2g/kg体重)の腹腔内注射を投与した。示されている時点で尾静脈血液試料中の血糖を測定した。
WTプレプロインスリン、プレプロインスリンバリアント1または4をコードするAAV1ベクターで処置した対照マウスのコホート間で、腹腔内グルコース耐性試験後の血中グルコースレベルに差異は観察されなかった(図16A~16Cおよび図17)。その一方、AAV1-Ins3ベクターを受けたマウスは、健康なマウスと比較して向上したグルコース耐性を示した(図16Dおよび図17)。AAV1-Ins6による処置は、グルコース処理を部分的に向上させた(図16Eおよび図17)。6×1011vgのAAV-Ins6ベクターで処置したマウス、および3×1011vgのAAV1-Ins3ベクターで処置した対照マウスに関する結果を、図16Fおよび図17に示す。
(実施例9)
TLR9のAAV-InsまたはAAV-Gckによる刺激のin vitro評価
AAV1-ratGckまたはAAV1-hInsB10D_2を形質導入したHEK-Dual(商標)hTLR9細胞において、TLR9刺激における差異が検出された(図18A)。TLR9刺激は、修飾型AAV1-GCK構築物で(1)CMVプロモーターと修飾型hGck8コード配列とを含むもの(AAV1-hGck8)および(2)CMVプロモーターと修飾型hGck12コード配列とを含むもの(AAV1-hGck12)を形質導入した細胞では、CMVプロモーターおよびhGckWTコード配列を含む野生型AAV1-GCK対照構築物(AAV1-hGckWT)と比較して低減した(図18B)。TLR9刺激は、対照AAV1-CMV-hInsB10D、ならびに修飾型AAV1-Ins構築物で(1)CMVプロモーターと修飾型hIns5コード配列とを含むもの(AAV1-hIns5)および(2)CMVプロモーターと修飾型hIns7コード配列とを含むもの(AAV1-hIns7)を形質導入した細胞の間では同様であった(図18C)。TLR9刺激の傾きを表15に示す。結果は、修飾型GcKコード配列を含む構築物によるTLR9の刺激の低減を示し、修飾型構築物による免疫活性化の低減を示唆している。
TLR9のAAV-InsまたはAAV-Gckによる刺激のin vitro評価
AAV1-ratGckまたはAAV1-hInsB10D_2を形質導入したHEK-Dual(商標)hTLR9細胞において、TLR9刺激における差異が検出された(図18A)。TLR9刺激は、修飾型AAV1-GCK構築物で(1)CMVプロモーターと修飾型hGck8コード配列とを含むもの(AAV1-hGck8)および(2)CMVプロモーターと修飾型hGck12コード配列とを含むもの(AAV1-hGck12)を形質導入した細胞では、CMVプロモーターおよびhGckWTコード配列を含む野生型AAV1-GCK対照構築物(AAV1-hGckWT)と比較して低減した(図18B)。TLR9刺激は、対照AAV1-CMV-hInsB10D、ならびに修飾型AAV1-Ins構築物で(1)CMVプロモーターと修飾型hIns5コード配列とを含むもの(AAV1-hIns5)および(2)CMVプロモーターと修飾型hIns7コード配列とを含むもの(AAV1-hIns7)を形質導入した細胞の間では同様であった(図18C)。TLR9刺激の傾きを表15に示す。結果は、修飾型GcKコード配列を含む構築物によるTLR9の刺激の低減を示し、修飾型構築物による免疫活性化の低減を示唆している。
(実施例10)
糖尿病性マウスにおけるAAV-InsおよびAAV-Gckベクターのin vivo評価
ラットグルコキナーゼおよびヒトインスリンを発現するAAV1ベクター構築物の有効性を、6回の筋肉内注射の投与後の糖尿病性C57BL/6Jマウスのストレプトゾトシン誘導モデルにおいて評価した。2コホートのマウス(投薬開始時8~9週齢)を取得した。1つのコホートには、5回の一日腹腔内(i.p.)用量のストレプトゾトシン(50mg/kg;STZ)を投与して糖尿病を誘導した。第2のコホートには、5回の一日腹腔内用量のクエン酸Na緩衝剤を投与して、非糖尿病性対照とした。
糖尿病性マウスにおけるAAV-InsおよびAAV-Gckベクターのin vivo評価
ラットグルコキナーゼおよびヒトインスリンを発現するAAV1ベクター構築物の有効性を、6回の筋肉内注射の投与後の糖尿病性C57BL/6Jマウスのストレプトゾトシン誘導モデルにおいて評価した。2コホートのマウス(投薬開始時8~9週齢)を取得した。1つのコホートには、5回の一日腹腔内(i.p.)用量のストレプトゾトシン(50mg/kg;STZ)を投与して糖尿病を誘導した。第2のコホートには、5回の一日腹腔内用量のクエン酸Na緩衝剤を投与して、非糖尿病性対照とした。
誘導後、動物に食餌を不断で与え、また、逆浸透処理し、1~6ppmの塩素を維持するように塩素処理した地方自治体の水道水を、自動給水システムを介して不断で与えた。動物は、ベースライン体重、非絶食時血中グルコース、および循環マウスインスリンレベルを決定する前の4日間にわたり、動物施設に馴化させた。次いで、これらのパラメーターのいずれに関しても群内または群間の有意差がないように、動物をブロック分けし、処置群に割り付けた。
処置の前に動物を酸素中のイソフルランで麻酔し、30マイクロリットル(μL)用量を各後肢の四頭筋、腓腹筋、および前脛骨筋にインスリンシリンジで直接注射することによって投与した。構築物AAV1-926+AAV1-927(ラットGcKおよびヒトインスリンそれぞれ1:1の混合物で、これはBosch laboratory(Masら、2006年)が発表した研究および米国特許第9,309,534号において既報であり、これにより参照により本明細書に組み込まれる)を、比較のための対照として投与した。ベクターは、高用量、中用量(中)、または低用量のいずれかで投与した。高用量は低用量より3倍高く、中用量より1.5倍高かった。投薬はすべての実験で一貫していた。各注射(マウス1匹当たり合計6回)では、注射1回当たりベクター懸濁液(30μL)全量を、選択された一組の筋肉(前脛骨筋、四頭筋、および腓腹筋)に両側で注入した。処置群を表16にまとめる。
体重および非絶食時血中グルコースは毎週決定した。一貫性を保つために、すべての測定を1日のうち同じ時間(午後1~3時)に行った。絶食時血中グルコースを4週目に決定し、経口グルコース耐性試験(OGTT)を8週目に行った。研究の終了時、血液試料をすべての動物から収集して、血中グルコース、マウスおよびヒトの循環インスリン、HbA1c、ならびに他の代謝パラメーターを測定した。筋肉、肝臓、および膵臓の組織試料を収集し、秤量し、mRNA、タンパク質レベルおよびタンパク質活性の評価のために保存した。STZまたはクエン酸Na緩衝剤のいずれかで処置したすべてのマウスのベースライン値を表17に示す。
試験品は、33日目までに血中グルコースを非糖尿病性対照のレベルに有意に低下させるのに効果的であった(図19)。正常血糖が達成されたら、この効果は研究過程全体を通して維持された。処置は、未処置の1型糖尿病にしばしば関連付けられる体重減少を防いだように見受けられ、いくつかの代謝パラメーターを正常血糖に関連付けられるレベルまで回復させた。動態およびグルコース低下効果の最適なプロファイルは、天然インスリンシグナルペプチドを含有するB10H構築物(高用量)およびIL-6シグナルペプチドを含有するB10H構築物(低用量)で示された。
これらのデータは、AAV1ベクターを使用すると骨格筋内でインスリンおよびグルコキナーゼを発現させることができることをさらに示した。1型糖尿病のマウスモデルにおけるこれらのベクターでの処置は、給餌条件および絶食条件において正常血糖を急速に回復させ、8週間にわたって維持した。
10.1 AAV-InsおよびAAV-Gckベクターの投与後の糖尿病性マウスにおける循環インスリンレベル
STZの投与は、検出可能な循環マウスインスリンをすべて消失させた。天然配列またはIL-6シグナル配列を有するhInsB10DまたはhInsB10Hのいずれかのコード配列を含むAAV1ベクター構築物の有効性を評価するために、AAV1ベクター構築物の筋肉内(i.m.)注射の4週間後、6時間の絶食後のSTZマウスにおいて循環ヒトインスリンを測定した。試料はすべて、正当性が認められているプレートベースのELISA法によって解析した。
STZの投与は、検出可能な循環マウスインスリンをすべて消失させた。天然配列またはIL-6シグナル配列を有するhInsB10DまたはhInsB10Hのいずれかのコード配列を含むAAV1ベクター構築物の有効性を評価するために、AAV1ベクター構築物の筋肉内(i.m.)注射の4週間後、6時間の絶食後のSTZマウスにおいて循環ヒトインスリンを測定した。試料はすべて、正当性が認められているプレートベースのELISA法によって解析した。
文献で報告されているC57Bl/6マウスにおける絶食時循環インスリンレベルは、典型的に0.75~1.0ng/mLの範囲である。第4週までに、AAV1-926+AAV1-927(高用量)およびhINSB10D(配列番号110のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)(中用量)を注射したマウスは、持続的な低血糖のために安楽死させた。打ち切りのエンドポイントにおいて、これらの群の平均循環ヒトインスリンレベルは、それぞれ10.1ng/mLおよび4.5ng/mLであった。4週目において、hInsB10D(配列番号110のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)(低用量)およびhInsB10H+IL6(配列番号120のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)(高用量)を注射したマウスの循環ヒトインスリンは、それぞれ5.27±0.34および3.39±0.25ng/mlのレベルに達していた(図20A)。最終的には、これら2群も低血糖のために安楽死させた。
図19に示すように、hInsB10H(配列番号111のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)(高用量)およびhInsB10H+IL6(配列番号120のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)(低用量)を投与した動物はいずれも、血中グルコースを低減し、研究期間にわたって非糖尿病性対照マウスのレベルまたはその付近に維持した。これらのマウスの循環ヒトインスリン値は、それぞれ1.33±0.14および0.6±0.1ng/mLであった(図20Aおよび20B)。これらのデータは、循環インスリンレベルが正常な絶食時(すなわち、基礎)レベルの範囲内にあるとき、STZ処置マウスの骨格筋にhINSおよびhGCKを共投与すると、血中グルコースを効果的に制御できることを示す。
10.2 AAV-InsおよびAAV-Gckベクターの投与後の糖尿病性マウスにおける経口グルコース耐性
第54日における最後の給餌時グルコース測定の後、かつ12時間の暗期に入る前に、動物を清潔なケージに入れた。食餌は取り除いたが、水へのアクセスは工程全体を通して提供した。4~6時間絶食させた後、動物を秤量し、グルコース2g/kgの用量で強制経口投与によりグルコース溶液(10mL/kgでグルコース0.2mg/mL)を投与した。次いで、尾切断により尾から得た血液2滴目(5~10μL)を用い、ハンドヘルド型血糖測定器を使用して血中グルコースを決定した。測定は、グルコース投薬に対する次の時点で行った:T=0(グルコース投薬直前)、15分、30分、60分、90分、および120分。最後の血中グルコース測定の後、食餌をケージに戻した。
第54日における最後の給餌時グルコース測定の後、かつ12時間の暗期に入る前に、動物を清潔なケージに入れた。食餌は取り除いたが、水へのアクセスは工程全体を通して提供した。4~6時間絶食させた後、動物を秤量し、グルコース2g/kgの用量で強制経口投与によりグルコース溶液(10mL/kgでグルコース0.2mg/mL)を投与した。次いで、尾切断により尾から得た血液2滴目(5~10μL)を用い、ハンドヘルド型血糖測定器を使用して血中グルコースを決定した。測定は、グルコース投薬に対する次の時点で行った:T=0(グルコース投薬直前)、15分、30分、60分、90分、および120分。最後の血中グルコース測定の後、食餌をケージに戻した。
非糖尿病性対照マウスの絶食時血中グルコース(T=0)は、STZ処置動物のものよりも有意に低かった(図21)。AAV1ベクター構築物による処置は、STZ対照マウスおよび非糖尿病性対照のレベルと比較して、絶食時グルコースを有意に低減した。グルコース(2g/kg)の強制経口投与後、非STZ対照の血中グルコースは189±17mg/dL増加し、15分でピークに達し、90分で対照に近いレベルに戻った。その一方、STZ処置マウスは264±37mg/dL増加し、ピークは30分近くで生じ、120分時点でも対照レベルに戻っていない。このデータは、STZ処置マウスが食後変動域後に正常にグルコース処理を調節できなかったことを示した。非糖尿病性対照と同様に、ベクター構築物hInsB10H(配列番号111のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)(高用量)およびhInsB10H+IL6(配列番号120のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)(低用量)の筋肉内注射は、負荷15分後にそれぞれ154±16および218±22mg/dLのピークグルコース変動域をもたらした。両方の処置が、血中グルコースを60分以内にT=0レベルに戻した。AUCを利用したANCOVA解析からの結果は、これらの解釈を裏付けた(図22)。全体として、これらのデータは、これらの構築物の筋肉内注射が絶食時グルコースレベルを制御し得るだけでなく、糖尿病患者で典型的に観察される大きな食後グルコース変動域を平滑化することもできることを示唆している。
1型糖尿病に関する目標は、体重を変化させずに血糖制御を正常化すると共に、糖尿病ケトアシドーシスおよび医学的帰結の低血糖を防止することである。1型糖尿病患者は循環インスリンをほとんどまたは全く有しないため、生き続けるためにインスリンを毎日摂取しなければならない。さらに、ストレプトゾトシン(STZ)誘発性糖尿病によりもたらされる高血糖は、末梢組織を漸進的にインスリン抵抗性にすることが報告されている(Ordonez P, Moreno M, Alonso A, Fernandez R, Diaz F and Gonzalez C. Insulin sensitivity in streptozotocin-induced diabetic rats treated with different doses of 17beta-oestradiol or progesterone. Exp Physiol 92:241-9, 2007. doi: 10.1113/expphysiol.2006.035006. Epub 2006 Oct 26.)。ここで示されている結果は、末梢組織のインスリン感受性を向上させることに加えて筋肉にインスリンの代替的な供給を与えることができれば、血糖制御を回復させる複数の手段がもたらされることを裏付けている。
10.3 AAV-InsおよびAAV-Gckベクターの投与後の糖尿病性マウスにおけるHbA1cレベル
注射の8週間後の最後の非絶食時血液収集中に血液試料を取得した。ハンドヘルド型HbA1c測定器を使用して、尾切断からの血液2滴目(5~10μL)から血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)を決定した。この方法は、絶対的基準としてのNational Glycohemoglobin Standardization Program(NGSP)により認定された方法に対する比較試験によって正当性が認められている。HbA1cは、絶命した動物または健康不良/低血糖のために安楽死させた動物(AAV1-Ins+AAV1 GCK高用量)においては判定しなかった。
注射の8週間後の最後の非絶食時血液収集中に血液試料を取得した。ハンドヘルド型HbA1c測定器を使用して、尾切断からの血液2滴目(5~10μL)から血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)を決定した。この方法は、絶対的基準としてのNational Glycohemoglobin Standardization Program(NGSP)により認定された方法に対する比較試験によって正当性が認められている。HbA1cは、絶命した動物または健康不良/低血糖のために安楽死させた動物(AAV1-Ins+AAV1 GCK高用量)においては判定しなかった。
非糖尿病性マウスにおけるHbA1cの正常範囲は4%~5.6%であり、糖尿病はHbA1c>6.5%と定義される。この研究からのデータは図23に示す。非STZ対照マウスのHbA1c値は4.3±0.05%であった。STZの投与は、非糖尿病性対照と比較してHbA1cの有意な増加(9.48±0.64%;p<0.001)をもたらした。ベクター構築物hInsB10H+AAV1-GCK(配列番号111のコード配列を含む)(AAV926)高用量(4.89±0.15)およびhInsB10H+IL6(配列番号120のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)低用量(5.03±0.27%)での処置は、血中グルコースおよびHbA1cを非糖尿病性対照のレベルまで有意に低下させた。
HbA1cは、一定期間にわたる平均血糖を反映する総合的なシグナルである。マウスの場合、赤血球のt1/2は約14日である。臨床的に、この試験は、血糖制御を評価するための主要なツールであり、糖尿病および共存症に関する強い予測値を有する。糖尿病療法の目標はHbA1cを正常範囲(<6.5%)に維持することであり、ほとんどの市販製品は、HBA1Cを0.5~1.25%に低下させる。ここでは、マウスにおけるSTZによる1型糖尿病の化学的誘導は、HbA1cを4.3%から9.48%に増加させた。hINSおよびrGCKを含有するAAV1ベクターの筋肉内注射は、8週間以内にHbA1cを非糖尿病性対照のものまで事実上正常化した。さらに、これらのベクターは、STZ対照と比較して、HbA1cの>4%の低減をもたらした。すべての群でHbA1cが低下したが、hInsB10H(配列番号111のコード配列を含む)+AAV1-Gck(高用量)およびhIns-B10H-IL6(配列番号120のコード配列を含む)+AAV1-Gck(低用量)のみが8週目の採血まで生存した。これは、HbA1cレベルが8週間の平均であることを意味する。
HbA1cは、毎週の血中グルコースの時間的測定と併せて、一定期間にわたる食事後グルコース曝露の改善と、血糖変動の程度の低減との両方の定量的測度を提供し、このことは、両因子がこの処置で正常化され得ることを示唆している。これらの結果は、1型糖尿病患者の筋肉内に共投与されたhInsおよびGcK AAV構築物が、この慢性かつ消耗性の疾患を単一用量で逆転させるものとなる可能性を裏付ける。
10.4 AAV-InsおよびAAV-Gckベクターの投与後の糖尿病性マウスにおける血清トリグリセリドおよびケトン体レベル
STZ誘発性糖尿病のマウスモデルは、血中トリグリセリドおよびケトンの両方のレベルが非糖尿病性対照と比較して上昇しており、主に脂質に基づくエネルギー源に移行している。ベクター構築物hInsB10H(配列番号111のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)高用量およびhInsB10H+IL6(配列番号120のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)低用量の筋肉内注射は、循環トリグリセリド(図24A)およびケトン(図24B)のレベルを非糖尿病性対照のレベルまたはそれ未満に低下させた。このデータは、複数の代謝エンドポイントが、AAV-hInsB10H(天然配列またはIL-6シグナル配列を含む)およびAAV-Gckベクターの投与後に正常化したことを示した。
STZ誘発性糖尿病のマウスモデルは、血中トリグリセリドおよびケトンの両方のレベルが非糖尿病性対照と比較して上昇しており、主に脂質に基づくエネルギー源に移行している。ベクター構築物hInsB10H(配列番号111のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)高用量およびhInsB10H+IL6(配列番号120のコード配列を含む)+AAV1-GCK(AAV926)低用量の筋肉内注射は、循環トリグリセリド(図24A)およびケトン(図24B)のレベルを非糖尿病性対照のレベルまたはそれ未満に低下させた。このデータは、複数の代謝エンドポイントが、AAV-hInsB10H(天然配列またはIL-6シグナル配列を含む)およびAAV-Gckベクターの投与後に正常化したことを示した。
10.5 AAV-InsおよびAAV-Gckベクターの投与後の糖尿病性マウスにおける肝臓hINS mRNAレベル
qPCR解析を使用して、AAV-InsおよびAAV-Gck構築物の投与後のSTZ誘発性糖尿病性マウスにおけるmRNA発現を評価した。肝臓におけるhINS mRNAレベルを評価して、AAV-1ベクターが筋肉を回避し、循環に入り、肝臓に形質導入し、その後検出可能なレベルで転写されたかどうかを決定した。非糖尿病性対照またはSTZ対照マウスにはベクターを注射しなかったため、これらの群の試料は測定しなかった。予期せず死亡した動物または苦痛を示した動物については解析しなかった。結果を表18および図25に示す。
qPCR解析を使用して、AAV-InsおよびAAV-Gck構築物の投与後のSTZ誘発性糖尿病性マウスにおけるmRNA発現を評価した。肝臓におけるhINS mRNAレベルを評価して、AAV-1ベクターが筋肉を回避し、循環に入り、肝臓に形質導入し、その後検出可能なレベルで転写されたかどうかを決定した。非糖尿病性対照またはSTZ対照マウスにはベクターを注射しなかったため、これらの群の試料は測定しなかった。予期せず死亡した動物または苦痛を示した動物については解析しなかった。結果を表18および図25に示す。
このアッセイの結果は5サイクルを超えるΔCtを示しており、これは、試験した3つの構築物(AAV1-mWTIns+AAV1-rGck(AAV926)高用量;AAV1-mWTIns(Ins17)+AAV1-rGck(AAV926)低用量;およびAAV1-mWTIns(Ins17)+AAV1-rGck(AAV926)高用量)を投与したマウスの肝臓におけるhINS mRNAの存在量がきわめて低いかまたは全くなく、したがって筋肉内注射したAAVは大部分が標的筋肉に残ることを示唆している。これらの結果は、AAV1-Ins構築物を筋肉内送達したことにより、AAV-InsおよびAAV-Gckベクターの形質導入ならびに筋肉内のタンパク質発現に起因して、血中グルコース、HbA1c、ケトン、およびトリグリセリドの正常化が観察されたことを示している。
このアッセイの結果は5サイクルを超えるΔCtを示しており、これは、試験した3つの構築物(AAV1-mWTIns+AAV1-rGck(AAV926)高用量;AAV1-mWTIns(Ins17)+AAV1-rGck(AAV926)低用量;およびAAV1-mWTIns(Ins17)+AAV1-rGck(AAV926)高用量)を投与したマウスの肝臓におけるhINS mRNAの存在量がきわめて低いかまたは全くなく、したがって筋肉内注射したAAVは大部分が標的筋肉に残ることを示唆している。これらの結果は、AAV1-Ins構築物を筋肉内送達したことにより、AAV-InsおよびAAV-Gckベクターの形質導入ならびに筋肉内のタンパク質発現に起因して、血中グルコース、HbA1c、ケトン、およびトリグリセリドの正常化が観察されたことを示している。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列であり、必要に応じて、前記シグナルペプチドは野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない、ヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸位置に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含み、必要に応じて、前記ポリヌクレオチドはフーリン切断部位をさらに含む、ポリヌクレオチド。
(項目2)
ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドであって、前記核酸が、(a)配列番号43~57、110~116、150~151、154~155もしくは157~159のいずれかの核酸73~330、配列番号117~122、152もしくは156のいずれかの核酸88~345、または配列番号153の核酸79~336、あるいは(b)配列番号43~57、配列番号110~122、もしくは配列番号150~159のいずれか1つと少なくとも85%、90%、95%、99%、あるいは100%同一のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む、ポリヌクレオチド。
(項目3)
前記コードされるヒトInsタンパク質が、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、配列番号145のアミノ酸25~110、配列番号41、配列番号144、または配列番号145のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む、項目2に記載のポリヌクレオチド。
(項目4)
前記ヒトInsタンパク質が、シグナルペプチドを含む、項目2または3に記載のポリヌクレオチド。
(項目5)
前記シグナルペプチドが、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列である、項目1または4のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目6)
前記シグナルペプチドが、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110を含む、項目5に記載のポリヌクレオチド。
(項目7)
前記ヒトInsタンパク質が、切断部位をさらに含む、項目1から6のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目8)
前記核酸が、配列番号42の核酸5~329と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目1から7のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目9)
前記核酸が、配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目1から8のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目10)
前記核酸が、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、または配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む、項目1から9のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目11)
前記3’UTRが、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacIからなる群から選択される制限部位をさらに含む、項目1から10のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目12)
ヒトInsタンパク質をコードする少なくとも2つのオープンリーディングフレーム(ORF)を含む、項目1から11のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目13)
前記少なくとも2つのORFが、IRES配列によって作動可能に連結している、項目12に記載のポリヌクレオチド。
(項目14)
前記IRES配列が、配列番号142または配列番号143と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む、項目13に記載のポリヌクレオチド。
(項目15)
前記核酸が、
(a)配列番号1~16のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、項目1から10のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目16)
前記核酸が、
(a)配列番号84~88のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む、項目1から11のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目17)
前記核酸が、
(a)配列番号124~126、130~132、および139~141のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、項目12から14のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目18)
前記核酸が、プロモーターに作動可能に連結している、項目1から17のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目19)
項目1から18のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと、前記核酸の配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセット。
(項目20)
前記異種発現制御配列が、プロモーターである、項目19に記載の発現カセット。
(項目21)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目20に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目22)
前記プロモーターが、CMVプロモーターである、項目21に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目23)
前記核酸が、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している、先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目24)
先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター。
(項目25)
前記ベクターが、ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである、項目24に記載のベクター。
(項目26)
前記ベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである、項目24に記載のベクター。
(項目27)
AAVカプシドと、項目1から23のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子。
(項目28)
前記AAVの血清型が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、AAV10、AAVRH10、AAV11、AAV12からなる群から選択される、項目26または27に記載のベクターまたはrAAV粒子。
(項目29)
前記シグナルペプチドが、IL-6シグナルペプチドまたはフィブロネクチンシグナルペプチドである、先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子。
(項目30)
先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む宿主細胞。
(項目31)
哺乳動物細胞である、項目30に記載の宿主細胞。
(項目32)
細胞においてヒトInsタンパク質を産生させる方法であって、項目1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子と前記細胞を接触させ、かつ/または項目1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子で前記細胞を形質転換させ、それにより、前記細胞において前記ヒトInsタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目33)
対象においてヒトInsタンパク質を産生させる方法であって、項目1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象において前記ヒトInsタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目34)
糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、前記対象の治療有効量の項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
(項目35)
前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、項目34に記載の方法。
(項目36)
ヒトグルコキナーゼ(Gck)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドであって、前記核酸が、
(a)ヌクレオチド配列であって、(a)配列番号61~80もしくは162のいずれかの核酸1~1398、または(b)配列番号61~80および162、もしくはそれらの任意の組合せのいずれかから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含むORFを含む、ポリヌクレオチド。
(項目37)
前記コードされるヒトGckタンパク質が、配列番号82のアミノ酸配列を含む、項目36に記載のポリヌクレオチド。
(項目38)
前記核酸が、配列番号42の核酸5~329と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目36または項目37に記載のポリヌクレオチド。
(項目39)
前記核酸が、配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目36から38のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目40)
前記核酸が、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む、項目36から39のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目41)
前記3’UTRが、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacIからなる群から選択される制限部位をさらに含む、項目36から40のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目42)
前記核酸が、
(a)配列番号20~39のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む、項目36から40のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目43)
前記核酸が、
(a)配列番号89~96および163~164のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、項目36から40のいずれか一項に記載のヌクレオチド。
(項目44)
前記核酸が、プロモーターに作動可能に連結している、項目36から43のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目45)
項目36から44のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと、前記核酸の配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセット。
(項目46)
前記異種発現制御配列が、プロモーターである、項目45に記載の発現カセット。
(項目47)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目46に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目48)
前記プロモーターが、CMVプロモーターである、項目46に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目49)
前記核酸が、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している、項目36から48のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目50)
項目36から49のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター。
(項目51)
ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである、項目50に記載のベクター。
(項目52)
アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである、項目51に記載のベクター。
(項目53)
AAVカプシドと、項目36から49のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子。
(項目54)
前記AAVの血清型が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、およびAAV10、AAV11、AAV12からなる群から選択される、項目52または53に記載のベクターまたはrAAV粒子。
(項目55)
項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む宿主細胞。
(項目56)
哺乳動物細胞である、項目55に記載の宿主細胞。
(項目57)
細胞においてヒトGckタンパク質を産生させる方法であって、項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子と前記細胞を接触させ、かつ/または項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子で前記細胞を形質転換させ、それにより、前記細胞において前記ヒトGckタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目58)
対象においてヒトGckタンパク質を産生させる方法であって、項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象において前記ヒトGckタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目59)
糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、前記対象の治療有効量の項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
(項目60)
前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、項目59に記載の方法。
(項目61)
糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、(i)項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)項目36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子の治療有効量を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
(項目62)
ヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させることを必要とする対象においてヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させ、かつ/または糖尿病に関連する症状を処置するもしくは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するもしくは改善させる方法であって、(i)項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)項目36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む、複数のポリヌクレオチド、複数の発現カセット、複数のベクター、または複数のrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象においてヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させ、かつ/または糖尿病を処置することを含む方法。
(項目63)
前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、項目61または62に記載の方法。
(項目64)
(i)項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)項目36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子が、共にまたは順次投与される、項目61から63のいずれかに記載の方法。
(項目65)
前記送達および/または投与は筋肉内である、項目32から35、57から60、および61から64のいずれかに記載の方法。
(項目66)
(i)前記対象において血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)レベルが低下し、かつ/もしくは調節される、(ii)前記対象において循環ケトンが低減する、(iii)前記対象においてトリグリセリドが低減する、または(iv)それらの任意の組合せである、項目32から35、57から60、および61から65のいずれかに記載の方法。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列であり、必要に応じて、前記シグナルペプチドは野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない、ヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸位置に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含み、必要に応じて、前記ポリヌクレオチドはフーリン切断部位をさらに含む、ポリヌクレオチド。
(項目2)
ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドであって、前記核酸が、(a)配列番号43~57、110~116、150~151、154~155もしくは157~159のいずれかの核酸73~330、配列番号117~122、152もしくは156のいずれかの核酸88~345、または配列番号153の核酸79~336、あるいは(b)配列番号43~57、配列番号110~122、もしくは配列番号150~159のいずれか1つと少なくとも85%、90%、95%、99%、あるいは100%同一のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む、ポリヌクレオチド。
(項目3)
前記コードされるヒトInsタンパク質が、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、配列番号145のアミノ酸25~110、配列番号41、配列番号144、または配列番号145のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む、項目2に記載のポリヌクレオチド。
(項目4)
前記ヒトInsタンパク質が、シグナルペプチドを含む、項目2または3に記載のポリヌクレオチド。
(項目5)
前記シグナルペプチドが、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列である、項目1または4のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目6)
前記シグナルペプチドが、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110を含む、項目5に記載のポリヌクレオチド。
(項目7)
前記ヒトInsタンパク質が、切断部位をさらに含む、項目1から6のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目8)
前記核酸が、配列番号42の核酸5~329と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目1から7のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目9)
前記核酸が、配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目1から8のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目10)
前記核酸が、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、または配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む、項目1から9のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目11)
前記3’UTRが、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacIからなる群から選択される制限部位をさらに含む、項目1から10のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目12)
ヒトInsタンパク質をコードする少なくとも2つのオープンリーディングフレーム(ORF)を含む、項目1から11のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目13)
前記少なくとも2つのORFが、IRES配列によって作動可能に連結している、項目12に記載のポリヌクレオチド。
(項目14)
前記IRES配列が、配列番号142または配列番号143と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む、項目13に記載のポリヌクレオチド。
(項目15)
前記核酸が、
(a)配列番号1~16のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、項目1から10のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目16)
前記核酸が、
(a)配列番号84~88のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む、項目1から11のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目17)
前記核酸が、
(a)配列番号124~126、130~132、および139~141のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、項目12から14のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目18)
前記核酸が、プロモーターに作動可能に連結している、項目1から17のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目19)
項目1から18のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと、前記核酸の配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセット。
(項目20)
前記異種発現制御配列が、プロモーターである、項目19に記載の発現カセット。
(項目21)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目20に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目22)
前記プロモーターが、CMVプロモーターである、項目21に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目23)
前記核酸が、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している、先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目24)
先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター。
(項目25)
前記ベクターが、ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである、項目24に記載のベクター。
(項目26)
前記ベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである、項目24に記載のベクター。
(項目27)
AAVカプシドと、項目1から23のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子。
(項目28)
前記AAVの血清型が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、AAV10、AAVRH10、AAV11、AAV12からなる群から選択される、項目26または27に記載のベクターまたはrAAV粒子。
(項目29)
前記シグナルペプチドが、IL-6シグナルペプチドまたはフィブロネクチンシグナルペプチドである、先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子。
(項目30)
先行項目のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む宿主細胞。
(項目31)
哺乳動物細胞である、項目30に記載の宿主細胞。
(項目32)
細胞においてヒトInsタンパク質を産生させる方法であって、項目1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子と前記細胞を接触させ、かつ/または項目1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子で前記細胞を形質転換させ、それにより、前記細胞において前記ヒトInsタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目33)
対象においてヒトInsタンパク質を産生させる方法であって、項目1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象において前記ヒトInsタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目34)
糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、前記対象の治療有効量の項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
(項目35)
前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、項目34に記載の方法。
(項目36)
ヒトグルコキナーゼ(Gck)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドであって、前記核酸が、
(a)ヌクレオチド配列であって、(a)配列番号61~80もしくは162のいずれかの核酸1~1398、または(b)配列番号61~80および162、もしくはそれらの任意の組合せのいずれかから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含むORFを含む、ポリヌクレオチド。
(項目37)
前記コードされるヒトGckタンパク質が、配列番号82のアミノ酸配列を含む、項目36に記載のポリヌクレオチド。
(項目38)
前記核酸が、配列番号42の核酸5~329と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目36または項目37に記載のポリヌクレオチド。
(項目39)
前記核酸が、配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、項目36から38のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目40)
前記核酸が、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む、項目36から39のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目41)
前記3’UTRが、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacIからなる群から選択される制限部位をさらに含む、項目36から40のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目42)
前記核酸が、
(a)配列番号20~39のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む、項目36から40のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目43)
前記核酸が、
(a)配列番号89~96および163~164のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、項目36から40のいずれか一項に記載のヌクレオチド。
(項目44)
前記核酸が、プロモーターに作動可能に連結している、項目36から43のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
(項目45)
項目36から44のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと、前記核酸の配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセット。
(項目46)
前記異種発現制御配列が、プロモーターである、項目45に記載の発現カセット。
(項目47)
前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、項目46に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目48)
前記プロモーターが、CMVプロモーターである、項目46に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目49)
前記核酸が、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している、項目36から48のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
(項目50)
項目36から49のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター。
(項目51)
ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである、項目50に記載のベクター。
(項目52)
アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである、項目51に記載のベクター。
(項目53)
AAVカプシドと、項目36から49のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子。
(項目54)
前記AAVの血清型が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、およびAAV10、AAV11、AAV12からなる群から選択される、項目52または53に記載のベクターまたはrAAV粒子。
(項目55)
項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む宿主細胞。
(項目56)
哺乳動物細胞である、項目55に記載の宿主細胞。
(項目57)
細胞においてヒトGckタンパク質を産生させる方法であって、項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子と前記細胞を接触させ、かつ/または項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子で前記細胞を形質転換させ、それにより、前記細胞において前記ヒトGckタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目58)
対象においてヒトGckタンパク質を産生させる方法であって、項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象において前記ヒトGckタンパク質を産生させることを含む方法。
(項目59)
糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、前記対象の治療有効量の項目36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
(項目60)
前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、項目59に記載の方法。
(項目61)
糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、(i)項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)項目36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子の治療有効量を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
(項目62)
ヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させることを必要とする対象においてヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させ、かつ/または糖尿病に関連する症状を処置するもしくは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するもしくは改善させる方法であって、(i)項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)項目36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む、複数のポリヌクレオチド、複数の発現カセット、複数のベクター、または複数のrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象においてヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させ、かつ/または糖尿病を処置することを含む方法。
(項目63)
前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、項目61または62に記載の方法。
(項目64)
(i)項目1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)項目36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子が、共にまたは順次投与される、項目61から63のいずれかに記載の方法。
(項目65)
前記送達および/または投与は筋肉内である、項目32から35、57から60、および61から64のいずれかに記載の方法。
(項目66)
(i)前記対象において血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)レベルが低下し、かつ/もしくは調節される、(ii)前記対象において循環ケトンが低減する、(iii)前記対象においてトリグリセリドが低減する、または(iv)それらの任意の組合せである、項目32から35、57から60、および61から65のいずれかに記載の方法。
Claims (66)
- ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、(i)シグナルペプチドをコードするヌクレオチド配列であり、必要に応じて、前記シグナルペプチドは野生型プレプロインスリンシグナル配列ではない、ヌクレオチド配列と、(ii)野生型プロインスリンにおける対応するアミノ酸位置に対して、ヒトインスリンB鎖のアミノ酸B10、B28、および/もしくはB29、ヒトインスリンC鎖のC1および/もしくはC32、またはそれらの任意の組合せから選択される位置におけるアミノ酸修飾を含む、プロインスリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とを含み、必要に応じて、前記ポリヌクレオチドはフーリン切断部位をさらに含む、ポリヌクレオチド。
- ヒトインスリン(Ins)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドであって、前記核酸が、(a)配列番号43~57、110~116、150~151、154~155もしくは157~159のいずれかの核酸73~330、配列番号117~122、152もしくは156のいずれかの核酸88~345、または配列番号153の核酸79~336、あるいは(b)配列番号43~57、配列番号110~122、もしくは配列番号150~159のいずれか1つと少なくとも85%、90%、95%、99%、あるいは100%同一のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレーム(ORF)を含む、ポリヌクレオチド。
- 前記コードされるヒトInsタンパク質が、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、配列番号145のアミノ酸25~110、配列番号41、配列番号144、または配列番号145のうちのいずれかのアミノ酸配列を含む、請求項2に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ヒトInsタンパク質が、シグナルペプチドを含む、請求項2または3に記載のポリヌクレオチド。
- 前記シグナルペプチドが、野生型プレプロインスリンシグナル配列、IL-6シグナル配列、またはフィブロネクチンシグナル配列である、請求項1または4のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記シグナルペプチドが、配列番号41のアミノ酸25~110、配列番号144のアミノ酸25~110、または配列番号145のアミノ酸25~110を含む、請求項5に記載のポリヌクレオチド。
- 前記ヒトInsタンパク質が、切断部位をさらに含む、請求項1から6のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、配列番号42の核酸5~329と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、請求項1から7のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、請求項1から8のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、配列番号60、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、または配列番号101、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む、請求項1から9のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記3’UTRが、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacIからなる群から選択される制限部位をさらに含む、請求項1から10のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- ヒトInsタンパク質をコードする少なくとも2つのオープンリーディングフレーム(ORF)を含む、請求項1から11のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記少なくとも2つのORFが、IRES配列によって作動可能に連結している、請求項12に記載のポリヌクレオチド。
- 前記IRES配列が、配列番号142または配列番号143と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む、請求項13に記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、
(a)配列番号1~16のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、請求項1から10のいずれかに記載のポリヌクレオチド。 - 前記核酸が、
(a)配列番号84~88のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、請求項1から11のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。 - 前記核酸が、
(a)配列番号124~126、130~132、および139~141のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、請求項12から14のいずれかに記載のポリヌクレオチド。 - 前記核酸が、プロモーターに作動可能に連結している、請求項1から17のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 請求項1から18のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと、前記核酸の配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセット。
- 前記異種発現制御配列が、プロモーターである、請求項19に記載の発現カセット。
- 前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、請求項20に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
- 前記プロモーターが、CMVプロモーターである、請求項21に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
- 前記核酸が、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している、先行請求項のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
- 先行請求項のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター。
- 前記ベクターが、ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである、請求項24に記載のベクター。
- 前記ベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである、請求項24に記載のベクター。
- AAVカプシドと、請求項1から23のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子。
- 前記AAVの血清型が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、AAV10、AAVRH10、AAV11、AAV12からなる群から選択される、請求項26または27に記載のベクターまたはrAAV粒子。
- 前記シグナルペプチドが、IL-6シグナルペプチドまたはフィブロネクチンシグナルペプチドである、先行請求項のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子。
- 先行請求項のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む宿主細胞。
- 哺乳動物細胞である、請求項30に記載の宿主細胞。
- 細胞においてヒトInsタンパク質を産生させる方法であって、請求項1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子と前記細胞を接触させ、かつ/または請求項1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子で前記細胞を形質転換させ、それにより、前記細胞において前記ヒトInsタンパク質を産生させることを含む方法。
- 対象においてヒトInsタンパク質を産生させる方法であって、請求項1から29のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象において前記ヒトInsタンパク質を産生させることを含む方法。
- 糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、前記対象の治療有効量の請求項1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
- 前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、請求項34に記載の方法。
- ヒトグルコキナーゼ(Gck)タンパク質をコードする核酸を含むポリヌクレオチドであって、前記核酸が、
(a)ヌクレオチド配列であって、(a)配列番号61~80もしくは162のいずれかの核酸1~1398、または(b)配列番号61~80および162、もしくはそれらの任意の組合せのいずれかから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含むORFを含む、ポリヌクレオチド。 - 前記コードされるヒトGckタンパク質が、配列番号82のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、配列番号42の核酸5~329と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、請求項36または請求項37に記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、配列番号42、配列番号83、配列番号146、または配列番号148と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む5’UTRをさらに含む、請求項36から38のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、配列番号60、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、または配列番号149と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列を含む3’UTRをさらに含む、請求項36から39のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記3’UTRが、BamHI、EcoRI、NdeI、EcoRV、SpeI、XbaI、NheI、VspI、NsiI、ScaI、KpnI、SspI、およびPacIからなる群から選択される制限部位をさらに含む、請求項36から40のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 前記核酸が、
(a)配列番号20~39のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、請求項36から40のいずれかに記載のポリヌクレオチド。 - 前記核酸が、
(a)配列番号89~96および163~164のいずれかまたはそれらの任意の組合せから選択される配列と少なくとも85%、90%、95%、99%、または100%同一のヌクレオチド配列
を含む、請求項36から40のいずれか一項に記載のヌクレオチド。 - 前記核酸が、プロモーターに作動可能に連結している、請求項36から43のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
- 請求項36から44のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと、前記核酸の配列に作動可能に連結した異種発現制御配列とを含む、発現カセット。
- 前記異種発現制御配列が、プロモーターである、請求項45に記載の発現カセット。
- 前記プロモーターが、真核生物プロモーターである、請求項46に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
- 前記プロモーターが、CMVプロモーターである、請求項46に記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
- 前記核酸が、ポリアデニル化(ポリA)エレメントに作動可能に連結している、請求項36から48のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセット。
- 請求項36から49のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクター。
- ウイルスベクター、非ウイルスベクター、プラスミド、脂質、またはリソソームである、請求項50に記載のベクター。
- アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターまたはレンチウイルスベクターである、請求項51に記載のベクター。
- AAVカプシドと、請求項36から49のいずれかに記載のポリヌクレオチドまたは発現カセットを含むベクターゲノムとを含む、組換えAAV(rAAV)粒子。
- 前記AAVの血清型が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVRH8、AAVrh9、AAV9、AAVrh10、およびAAV10、AAV11、AAV12からなる群から選択される、請求項52または53に記載のベクターまたはrAAV粒子。
- 請求項36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む宿主細胞。
- 哺乳動物細胞である、請求項55に記載の宿主細胞。
- 細胞においてヒトGckタンパク質を産生させる方法であって、請求項36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子と前記細胞を接触させ、かつ/または請求項36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子で前記細胞を形質転換させ、それにより、前記細胞において前記ヒトGckタンパク質を産生させることを含む方法。
- 対象においてヒトGckタンパク質を産生させる方法であって、請求項36から54のいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象において前記ヒトGckタンパク質を産生させることを含む方法。
- 糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、前記対象の治療有効量の請求項36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
- 前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、請求項59に記載の方法。
- 糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するまたは改善させる方法であって、(i)請求項1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)請求項36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子の治療有効量を前記対象に送達し、それにより、前記対象の糖尿病を処置することを含む方法。
- ヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させることを必要とする対象においてヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させ、かつ/または糖尿病に関連する症状を処置するもしくは改善させることを必要とする対象における糖尿病に関連する症状を処置するもしくは改善させる方法であって、(i)請求項1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)請求項36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子を含む、複数のポリヌクレオチド、複数の発現カセット、複数のベクター、または複数のrAAV粒子を前記対象に投与し、それにより、前記対象においてヒトInsタンパク質およびヒトGckタンパク質を産生させ、かつ/または糖尿病を処置することを含む方法。
- 前記糖尿病が、1型真性糖尿病(T1DM)または2型真性糖尿病(T2DM)である、請求項61または62に記載の方法。
- (i)請求項1から29のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子、および(ii)請求項36から54のいずれかのいずれかに記載のポリヌクレオチド、発現カセット、ベクター、またはrAAV粒子が、共にまたは順次投与される、請求項61から63のいずれかに記載の方法。
- 前記送達および/または投与は筋肉内である、請求項32から35、57から60、および61から64のいずれかに記載の方法。
- (i)前記対象において血中糖化ヘモグロビン(HbA1c)レベルが低下し、かつ/もしくは調節される、(ii)前記対象において循環ケトンが低減する、(iii)前記対象においてトリグリセリドが低減する、または(iv)それらの任意の組合せである、請求項32から35、57から60、および61から65のいずれかに記載の方法。
Applications Claiming Priority (11)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US202063047965P | 2020-07-03 | 2020-07-03 | |
US63/047,965 | 2020-07-03 | ||
US202063054162P | 2020-07-20 | 2020-07-20 | |
US63/054,162 | 2020-07-20 | ||
US202063067264P | 2020-08-18 | 2020-08-18 | |
US63/067,264 | 2020-08-18 | ||
US202163141918P | 2021-01-26 | 2021-01-26 | |
US63/141,918 | 2021-01-26 | ||
US202163188778P | 2021-05-14 | 2021-05-14 | |
US63/188,778 | 2021-05-14 | ||
PCT/US2021/040366 WO2022006551A2 (en) | 2020-07-03 | 2021-07-02 | Modified insulin and glucokinase nucleic acids for treating diabetes |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2023542241A true JP2023542241A (ja) | 2023-10-05 |
Family
ID=79317842
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023524498A Pending JP2023542241A (ja) | 2020-07-03 | 2021-07-02 | 糖尿病を処置するための修飾型インスリンおよびグルコキナーゼ核酸 |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP4176060A2 (ja) |
JP (1) | JP2023542241A (ja) |
KR (1) | KR20230087436A (ja) |
CN (1) | CN116234904A (ja) |
AU (1) | AU2021300450A1 (ja) |
CA (1) | CA3174156A1 (ja) |
IL (1) | IL299545A (ja) |
MX (1) | MX2023000099A (ja) |
WO (1) | WO2022006551A2 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2023212683A1 (en) * | 2022-04-29 | 2023-11-02 | Kriya Therapeutics, Inc. | Insulin and glucokinase gene therapy compositions and its use for treating diabetes |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE602004015980D1 (de) * | 2003-06-17 | 2008-10-02 | Sembiosys Genetics Inc | Verfahren zur insulinproduktion in pflanzen |
WO2016110518A1 (en) * | 2015-01-07 | 2016-07-14 | Universitat Autònoma De Barcelona | Single-vector gene construct comprising insulin and glucokinase genes |
-
2021
- 2021-07-02 MX MX2023000099A patent/MX2023000099A/es unknown
- 2021-07-02 JP JP2023524498A patent/JP2023542241A/ja active Pending
- 2021-07-02 IL IL299545A patent/IL299545A/en unknown
- 2021-07-02 WO PCT/US2021/040366 patent/WO2022006551A2/en unknown
- 2021-07-02 CN CN202180052115.3A patent/CN116234904A/zh active Pending
- 2021-07-02 CA CA3174156A patent/CA3174156A1/en active Pending
- 2021-07-02 AU AU2021300450A patent/AU2021300450A1/en active Pending
- 2021-07-02 EP EP21833939.8A patent/EP4176060A2/en active Pending
- 2021-07-02 KR KR1020237003717A patent/KR20230087436A/ko unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP4176060A2 (en) | 2023-05-10 |
CN116234904A (zh) | 2023-06-06 |
AU2021300450A1 (en) | 2023-03-02 |
KR20230087436A (ko) | 2023-06-16 |
MX2023000099A (es) | 2023-04-20 |
WO2022006551A2 (en) | 2022-01-06 |
CA3174156A1 (en) | 2022-01-06 |
WO2022006551A3 (en) | 2022-02-03 |
IL299545A (en) | 2023-02-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6894062B2 (ja) | ジストロフィー病態の効率的な全身処置 | |
JP2024015194A (ja) | アデノ随伴ウイルス変異キャプシドおよび血管新生の阻害のための使用 | |
JP6348064B2 (ja) | 効率の高いトランスジーン送達のためのウイルスベクター | |
JP2020528734A (ja) | バリアントカプシドを有するアデノ随伴ウイルスビリオン及びその使用方法 | |
EP3242945B1 (en) | Single-vector gene construct comprising insulin and glucokinase genes | |
EP1287125A2 (en) | Dna sequences encoding dystrophin minigenes and methods of use thereof | |
CN110914419A (zh) | 糖原贮积病iii的治疗 | |
US20210403947A1 (en) | Miniaturized dystrophins and uses thereof | |
US20240091383A1 (en) | Synergistic effect of smn1 and mir-23a in treating spinal muscular atrophy | |
JP2023542241A (ja) | 糖尿病を処置するための修飾型インスリンおよびグルコキナーゼ核酸 | |
CN116685329A (zh) | 核酸构建体及其用于治疗脊髓性肌肉萎缩症的用途 | |
US20230407331A1 (en) | Miniaturized dystrophins having spectrin fusion domains and uses thereof | |
WO2016037931A1 (en) | Nucleic acid constructs and expression vectors for gene therapy of acute porphyrias and other diseases | |
ZA200305184B (en) | Sequences upstream of the CARP gene, vectors containing them and uses thereof. | |
WO2023212683A1 (en) | Insulin and glucokinase gene therapy compositions and its use for treating diabetes | |
EP4089171A1 (en) | Recombinant tert-encoding viral genomes and vectors | |
WO2022221462A1 (en) | Vector constructs for delivery of nucleic acids encoding therapeutic vlcad or mcad and methods of using the same | |
JP2007504219A (ja) | 関節リウマチのインビボ遺伝子治療のためのaavベクター | |
CA3206590A1 (en) | Gene therapy for monogenic diabetes | |
WO2023135316A1 (en) | Gene therapy composition and treatment for dystrophin-related cardiomyopathy | |
EA046419B1 (ru) | Миниатюризированные дистрофины и их применения |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230303 |