JP2023539632A - 操作されたプロテアーゼバリアント - Google Patents

Abstract

本発明は、操作されたプロテアーゼポリペプチドおよびその組成物を提供する。操作されたプロテアーゼポリペプチドは、改善された活性、改善された熱安定性、プロテアーゼ安定性、自己分解安定性、ならびに酸性（ｐＨ＜７）および塩基性（ｐＨ＞７）条件を含むある範囲のｐＨ条件下での安定性をもたらすように最適化された。本発明はまた、治療および／または栄養目的のための、操作されたプロテアーゼポリペプチドを含む組成物の使用に関する。本発明はまた、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびに操作されたポリヌクレオチドおよびプロテアーゼポリペプチドを作製するための方法を提供する。

Description

関連出願への相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）の下で、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０２０年８月２８日に出願された米国仮出願第６３／０７１，６２５号に基づく利益を主張する。

発明の分野
本発明は、操作されたプロテアーゼポリペプチドおよびその組成物を提供する。操作されたプロテアーゼポリペプチドは、改善された活性、改善された熱安定性、プロテアーゼ安定性、自己分解安定性、および酸性（ｐＨ＜７）条件を含む所定範囲のｐＨ条件下での安定性をもたらすように最適化された。本発明はまた、治療目的のための、操作されたプロテアーゼポリペプチドを含む組成物の使用に関する。本発明はまた、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびに操作されたポリヌクレオチドおよびプロテアーゼポリペプチドを作製するための方法を提供する。

配列表、表またはコンピュータプログラムの参照
配列表の公式の写しは、ＥＦＳ－Ｗｅｂ経由でＡＳＣＩＩフォーマットのテキストファイルとして、本明細書と同時に提出され、ファイル名は「ＣＸ７－２１０ＷＯ２＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」であり、作成日は２０２１年８月２７日であり、サイズは約９．０７メガバイトである。ＥＦＳ－Ｗｅｂ経由で出願された配列表は、本明細書の一部であり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

発明の背景
膵酵素補充療法（ＰＥＲＴ）は、膵酵素機能不全（ＰＥＩ）の処置において用途がある。膵炎、嚢胞性線維症、セリアック病、炎症性腸疾患および膵がんを含む様々な障害が、十二指腸への膵酵素の分泌減少の結果としてＰＥＩを生じ得る。その結果、食物の消化不良、腸による脂肪、タンパク質、炭水化物およびビタミンの不適切な吸収がもたらされ、これにより、栄養障害が生じ得る。経口投与されたＰＥＲＴ処置を現在利用できるが、この状態は、胃腸管におけるＰＥＲＴの不十分な活性および／または現在の処置プロトコールに伴う著しい丸剤服用負担による治療法の不十分な患者服薬遵守が原因で、一部の人々において軽減されない場合がある。一部の場合では、脂肪吸収係数（ＣＦＡ）および／または窒素吸収係数（ＣＮＡ）は、健康な患者のものよりも劣っており、体重減少および他の健康上の懸念をもたらす。よって、当技術分野には、改善されたＰＥＲＴ処置の必要が依然としてある。

発明の概要
本発明は、操作されたプロテアーゼポリペプチドおよびその組成物を提供する。操作されたプロテアーゼポリペプチドは、改善された活性、改善された熱安定性、プロテアーゼ安定性、自己分解安定性、および酸性（ｐＨ＜７）条件を含むある範囲のｐＨ条件下での安定性をもたらすように最適化された。本発明はまた、治療および／または栄養目的のための、操作されたプロテアーゼポリペプチドを含む組成物の使用に関する。本発明はまた、操作されたリパーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびに操作されたポリヌクレオチドおよびリパーゼポリペプチドを作製するための方法を提供する。

本発明は、配列番号２に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％配列同一性を含むアミノ酸配列を含む、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片を提供する。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片は、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも約７０％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。

本発明は、配列番号２に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％配列同一性を含むアミノ酸配列を含む、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片を提供する。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９、１７、２９、３０、３２、３４、３５、３６、３７、４３、４７、５０、６３、７５、７７、８１、８５、９２、９３、１０７、１２７、１３２、１３３、１３５、１４３、１４５、１４７、１６２、１６８、１８７、１８８、１８９、２００、２０５、２０７、２０８、２０９、２１０、２１２、２２０、２２１、２２２、２２３、２２５、２２８、２３６、２３７、２３８、２３９、２４１、２４４、２４５、２４７、２５７、２５８、２６０、２６１、２６２、２６３、２６５、２６６、２８３、２９４、３００、３０１、３０７、３０８、３１８、３１９、３３４、３３６、３３９、３４２、３４４、３４５、３４６、３４７、３５５、３５９、３６１、３６２、３６３、３６６、３６８、３７０、３７３、３９８、４０４、４０５、４０６、４０８、４１２、４２４、４２７、４２９、４３１、４３９、４４１、４４２、４４６、４４８、４４９、４５０、４５４、４６８、４７０、４８０、４８１、４８２、４８５、４８９、４９０、４９５、４９７、５０１、５０４、５０５、５０６、５０８、５１１、５１２、５１４、５１６、５２３、５２６、５２７、５２９、５３３、５３５、５３６Ｅ、５３７、５３８、５３９、５４０、５４１、５４２、５４３、５４４、５４５、５４６、５４７、５４８、５４９、５５２、５５３、５５４、５５５、５５６、５５８、５５９、５６０、５６５、５６６、５６７、５６８、５７０、５７１、５７３、５７５、５７７、５８０、５８１、５８２、５８３、５８６、５８９、５９１、５９２、５９４、５９６、５９９、６０１、６０４、６０９、６１０、６１５、６１６、６２０、６３１、６３２、６３４、６３９、６４３、６４４、６４５、６４６、６４７、６４８Ａ、６４９、６５０、６５２、６５３、６５４、６５９、６６１、６６２、６６３、６６４、６６５および６６６から選択される位置に１個または複数の置換を含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６、２５８、２６１、３３９、４３９、４４６および４５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６Ｖ、２５８Ｋ、２６１Ｌ、３３９Ｍ、３３９Ｗ、４３９Ｍ、４４６Ａ、４４６Ｇ、４４６Ｌ、４４６Ｍ、４４６Ｔおよび４５４Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｍ２３６Ｖ、Ｑ２５８Ｋ、Ｅ２６１Ｌ、Ｎ３３９Ｍ、Ｎ３３９Ｗ、Ｓ４３９Ｍ、Ｐ４４６Ａ、Ｐ４４６Ｇ、Ｐ４４６Ｌ、Ｐ４４６Ｍ、Ｐ４４６ＴおよびＡ４５４Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１０７／５３６、１６２／４０８、１６８／５４７、２０８／３６６／５０４／５９１、２０８／４８５／５２６、２１０／２２３／２５８／５５２、２１０／２４１／２５８／５９９、２２３／２４１／２５８／５９９、２２３／４２９／４８１／５３３、２２３／４８１／５３３／５５２、２２５、２２５／２６０／２６３／２６５／５４４、２２５／２６２、２２５／３６２／３６６／５９１、２２５／３６６、２２５／４８２／５９１、２４４、２５８、２５８／３１８／４２９、２５８／４４９／４８１、２５８／４８１、２６１、２６１／５０４、３１８／４８１、３１８／５３３、３１８／５９９、３３９、３４２、３４５、３６２／３６６／４８５／５９１、３６３、３６６、３６６／４８５、３６６／４９７、３６６／５２６／５９１、３６６／５９１、４０８、４２７、４４６、４４８、４４９、４５０、４８１／５３３／５５２、４８２、４８２／４８５、４８２／５９１、４８５、４８５／５９１、５３３、５３３／５５２、５３６、５４４、５４７、５４９、５６５、６１５および６５２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１０７Ｔ／５３６Ｄ、１６２Ｉ／４０８Ｒ、１６８Ｎ／５４７Ｖ、２０８Ｔ／３６６Ｇ／５０４Ｐ／５９１Ｌ、２０８Ｔ／４８５Ｄ／５２６Ｌ、２１０Ｄ／２２３Ｒ／２５８Ｋ／５５２Ｎ、２１０Ｄ／２４１Ｐ／２５８Ｋ／５９９Ｌ、２２３Ｒ／２４１Ｐ／２５８Ｋ／５９９Ｌ、２２３Ｒ／４２９Ｌ／４８１Ｓ／５３３Ｋ、２２３Ｒ／４８１Ｓ／５３３Ｋ／５５２Ｎ、２２５Ａ／２６０Ｄ／２６３Ｈ／２６５Ｒ／５４４Ｒ、２２５Ａ／２６２Ｌ、２２５Ａ／３６２Ｔ／３６６Ｇ／５９１Ｌ、２２５Ａ／３６６Ｇ、２２５Ａ／４８２Ｖ／５９１Ｌ、２２５Ｋ、２４４Ｋ、２５８Ｋ、２５８Ｋ／３１８Ｄ／４２９Ｌ、２５８Ｋ／４４９Ｖ／４８１Ｓ、２５８Ｋ／４８１Ｓ、２５８Ｒ、２６１Ｇ、２６１Ｇ／５０４Ｖ、２６１Ｌ、２６１Ｒ、２６１Ｓ、２６１Ｖ、３１８Ｄ／４８１Ｓ、３１８Ｄ／５３３Ｋ、３１８Ｄ／５９９Ｌ、３３９Ｆ、３３９Ｗ、３４２Ｒ、３４５Ｗ、３６２Ｔ／３６６Ｇ／４８５Ｄ／５９１Ｌ、３６３Ｅ、３６３Ｗ、３６６Ａ、３６６Ｇ、３６６Ｇ／４８５Ｄ、３６６Ｇ／４９７Ｒ、３６６Ｇ／５２６Ｌ／５９１Ｌ、３６６Ｇ／５９１Ｌ、３６６Ｌ、３６６Ｑ、４０８Ｒ、４２７Ｈ、４２７Ｒ、４４６Ｒ、４４６Ｖ、４４８Ｋ、４４８Ｒ、４４８Ｗ、４４９Ｋ、４５０Ｗ、４８１Ｓ／５３３Ｋ／５５２Ｎ、４８２Ｖ、４８２Ｖ／４８５Ｄ、４８２Ｖ／５９１Ｌ、４８５Ｄ、４８５Ｄ／５９１Ｌ、５３３Ａ、５３３Ｄ、５３３Ｅ、５３３Ｋ、５３３Ｋ／５５２Ｎ、５３３Ｎ、５３６Ｅ、５３６Ｇ、５３６Ｖ、５４４Ｒ、５４７Ａ、５４７Ｅ、５４９Ｔ、５６５Ｃ、５６５Ｄ、６１５Ａ、６１５Ｄ、６１５Ｇ、６１５Ｐ、６１５Ｔ、６１５Ｗおよび６５２Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｍ１０７Ｔ／Ｑ５３６Ｄ、Ｔ１６２Ｉ／Ａ４０８Ｒ、Ｓ１６８Ｎ／Ｑ５４７Ｖ、Ａ２０８Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｑ５０４Ｐ／Ｋ５９１Ｌ、Ａ２０８Ｔ／Ｎ４８５Ｄ／Ｒ５２６Ｌ、Ｎ２１０Ｄ／Ｎ２２３Ｒ／Ｑ２５８Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｎ２１０Ｄ／Ｅ２４１Ｐ／Ｑ２５８Ｋ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ２２３Ｒ／Ｅ２４１Ｐ／Ｑ２５８Ｋ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ２２３Ｒ／Ｋ４２９Ｌ／Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ、Ｎ２２３Ｒ／Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ２６０Ｄ／Ｒ２６３Ｈ／Ｇ２６５Ｒ／Ｔ５４４Ｒ、Ｔ２２５Ａ／Ｐ２６２Ｌ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ３６２Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｋ５９１Ｌ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ３６６Ｇ、Ｔ２２５Ａ／Ｒ４８２Ｖ／Ｋ５９１Ｌ、Ｔ２２５Ｋ、Ｒ２４４Ｋ、Ｑ２５８Ｋ、Ｑ２５８Ｋ／Ｑ３１８Ｄ／Ｋ４２９Ｌ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４４９Ｖ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ２５８Ｒ、Ｅ２６１Ｇ、Ｅ２６１Ｇ／Ｑ５０４Ｖ、Ｅ２６１Ｌ、Ｅ２６１Ｒ、Ｅ２６１Ｓ、Ｅ２６１Ｖ、Ｑ３１８Ｄ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ３１８Ｄ／Ｍ５３３Ｋ、Ｑ３１８Ｄ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ３３９Ｆ、Ｎ３３９Ｗ、Ｌ３４２Ｒ、Ｑ３４５Ｗ、Ｎ３６２Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｎ４８５Ｄ／Ｋ５９１Ｌ、Ｑ３６３Ｅ、Ｑ３６３Ｗ、Ｎ３６６Ａ、Ｎ３６６Ｇ、Ｎ３６６Ｇ／Ｎ４８５Ｄ、Ｎ３６６Ｇ／Ｑ４９７Ｒ、Ｎ３６６Ｇ／Ｒ５２６Ｌ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ３６６Ｇ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ３６６Ｌ、Ｎ３６６Ｑ、Ａ４０８Ｒ、Ｐ４２７Ｈ、Ｐ４２７Ｒ、Ｐ４４６Ｒ、Ｐ４４６Ｖ、Ｎ４４８Ｋ、Ｎ４４８Ｒ、Ｎ４４８Ｗ、Ａ４４９Ｋ、Ｎ４５０Ｗ、Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｒ４８２Ｖ、Ｒ４８２Ｖ／Ｎ４８５Ｄ、Ｒ４８２Ｖ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ４８５Ｄ、Ｎ４８５Ｄ／Ｋ５９１Ｌ、Ｍ５３３Ａ、Ｍ５３３Ｄ、Ｍ５３３Ｅ、Ｍ５３３Ｋ、Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｍ５３３Ｎ、Ｑ５３６Ｅ、Ｑ５３６Ｇ、Ｑ５３６Ｖ、Ｔ５４４Ｒ、Ｑ５４７Ａ、Ｑ５４７Ｅ、Ｖ５４９Ｔ、Ｎ５６５Ｃ、Ｎ５６５Ｄ、Ｋ６１５Ａ、Ｋ６１５Ｄ、Ｋ６１５Ｇ、Ｋ６１５Ｐ、Ｋ６１５Ｔ、Ｋ６１５ＷおよびＫ６５２Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２５８、２５８／２６１／３４２／３４５、２５８／２６１／３４２／５０４／５３３、２５８／２６１／３４５／５０４／５４９、２５８／２６１／４８２／５０４／５４９、２５８／３４２、２５８／３４２／５０４／５３３／５３６／５４９、２５８／３４５／４２７、２５８／４０８／４２７／５０４／５４９、２５８／４２７、２５８／４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、２５８／４２７／４８２／５３６、２６１／３４２／３４５／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５３３／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５４９、２６１／３４２／４８２／５３６、２６１／３４２／５３３、２６１／４８２、３１８／３３９／３６２／５４４／５４７、３１８／３３９／４４８／５４４、３１８／３３９／５４７、３１８／４４８／５４４／６１５、３３９／３６２／３６３／５４４／５４７／６１５、３３９／３６２／５４４、３３９／４４８、３３９／４４８／５４７、３３９／５４４／５４７、３４２、３４２／４０８、３４２／４０８／５３６、３４２／４８２／５３６、３６２／３６３／５４４／５４７、３６２／４４８、３６３／５４４／５４７、４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、４２７／５３３／５３６／５４９、４４８、４４８／５４４および４４８／５４４／５４７／６１５から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２５８Ｋ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４２Ｒ／３４５Ｗ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４２Ｒ／５０４Ｐ／５３３Ｄ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４５Ｗ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／２６１Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／３４２Ｒ、２５８Ｋ／３４２Ｒ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／３４５Ｗ／４２７Ｒ、２５８Ｋ／４０８Ｒ／４２７Ｒ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／４２７Ｒ、２５８Ｋ／４２７Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ、２５８Ｋ／４２７Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／３４５Ｗ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／５３３Ｄ、２６１Ｒ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２６１Ｒ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、２６１Ｒ／４８２Ｖ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／３６２Ｔ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／４４８Ｒ／５４４Ｒ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／５４７Ｅ、３１８Ｄ／４４８Ｒ／５４４Ｒ／６１５Ａ、３３９Ｗ／３６２Ｔ／３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ／６１５Ａ、３３９Ｗ／３６２Ｔ／５４４Ｒ、３３９Ｗ／４４８Ｋ、３３９Ｗ／４４８Ｒ、３３９Ｗ／４４８Ｒ／５４７Ｅ、３３９Ｗ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３４２Ｒ、３４２Ｒ／４０８Ｒ、３４２Ｒ／４０８Ｒ／５３６Ｅ、３４２Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、３６２Ｔ／３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３６２Ｔ／４４８Ｒ、３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、４２７Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｄ／５３６Ｅ、４２７Ｒ／５３３Ｋ／５３６Ｅ／５４９Ｔ、４４８Ｒ、４４８Ｒ／５４４Ｒおよび４４８Ｒ／５４４Ｒ／５４７Ｅ／６１５Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｑ２５８Ｋ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ３４５Ｗ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｄ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｑ３４５Ｗ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｌ３４２Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｑ３４５Ｗ／Ｐ４２７Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４０８Ｒ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ３４５Ｗ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｍ５３３Ｄ、Ｅ２６１Ｒ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｅ２６１Ｒ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｒ／Ｒ４８２Ｖ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｑ５４７Ｅ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ／Ｋ６１５Ａ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｋ６１５Ａ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｔ５４４Ｒ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｋ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３３９Ｗ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｌ３４２Ｒ、Ｌ３４２Ｒ／Ａ４０８Ｒ、Ｌ３４２Ｒ／Ａ４０８Ｒ／Ｑ５３６Ｅ、Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｎ３６２Ｔ／Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３６２Ｔ／Ｎ４４８Ｒ、Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｄ／Ｑ５３６Ｅ、Ｐ４２７Ｒ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ／Ｖ５４９Ｔ、Ｎ４４８Ｒ、Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４ＲおよびＮ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｋ６１５Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５、５０５、５４１、５５６および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｑ、２０５Ｔ、５０５Ａ、５４１Ｒ、５５６Ｖ、６４６Ｌおよび６４６Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｑ、Ｓ２０５Ｔ、Ｑ５０５Ａ、Ｓ５４１Ｒ、Ｔ５５６Ｖ、Ａ６４６ＬおよびＡ６４６Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５、２２０、２３９、２６１、２６１／３３９、２６１／３３９／５４７、２６１／５３６、２６１／５３６／５４７、３３９／４２７／５３６、３３９／４２７／５３６／５４７、３３９／４２７／５４７、４０５、４４２、５０５、５３９、５４１、５４２、５４５、５５６、５５８、５９４、６３１、６６３および６６５から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｒ、２２０Ａ、２３９Ｋ、２６１Ｌ、２６１Ｌ／３３９Ｓ／５４７Ｅ、２６１Ｌ／３３９Ｗ、２６１Ｌ／５３６Ｗ、２６１Ｌ／５３６Ｗ／５４７Ｅ、３３９Ｗ／４２７Ｒ／５３６Ｗ、３３９Ｗ／４２７Ｒ／５３６Ｗ／５４７Ｅ、３３９Ｗ／４２７Ｒ／５４７Ｅ、４０５Ｒ、４４２Ｌ、４４２Ｓ、５０５Ｇ、５３９＊、５４１Ｇ、５４１Ｉ、５４２＊、５４５＊、５４５Ｉ、５４５Ｒ、５５６＊、５５８Ｅ、５９４Ａ、６３１Ｗ、６６３＊、６６３Ｍおよび６６５Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｒ、Ｓ２２０Ａ、Ｄ２３９Ｋ、Ｅ２６１Ｌ、Ｅ２６１Ｌ／Ｎ３３９Ｓ／Ｑ５４７Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｎ３３９Ｗ、Ｅ２６１Ｌ／Ｑ５３６Ｗ、Ｅ２６１Ｌ／Ｑ５３６Ｗ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３３９Ｗ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５３６Ｗ、Ｎ３３９Ｗ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５３６Ｗ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３３９Ｗ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｖ４０５Ｒ、Ｖ４４２Ｌ、Ｖ４４２Ｓ、Ｑ５０５Ｇ、Ｐ５３９＊、Ｓ５４１Ｇ、Ｓ５４１Ｉ、Ｉ５４２＊、Ａ５４５＊、Ａ５４５Ｉ、Ａ５４５Ｒ、Ｔ５５６＊、Ｔ５５８Ｅ、Ｖ５９４Ａ、Ｇ６３１Ｗ、Ｅ６６３＊、Ｅ６６３ＭおよびＰ６６５Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２９２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５／４４２／５０５／５３６／５４５／６２０／６４６、２０５／５０５／５３６／５４１／５４５／５４７／５５８／６４６／６６５、２５８、２６３、３５５／５３６／５４５／５４７、３５９、３６６、４４６、４４９、５０５／５３６／５４５／５５８／６４６、５０６、５５５、５５６、６２０および６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２９２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｒ／４４２Ｌ／５０５Ａ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／６２０Ｖ／６４６Ｖ、２０５Ｒ／５０５Ａ／５３６Ｗ／５４１Ｉ／５４５Ｒ／５４７Ｅ／５５８Ｅ／６４６Ｖ／６６５Ｅ、２５８Ｇ、２６３Ｍ、２６３Ｓ、３５５Ｒ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／５４７Ｅ、３５９Ｙ、３６６Ｓ、４４６Ｐ、４４９Ｌ、５０５Ａ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／５５８Ｅ／６４６Ｖ、５０６Ｒ、５５５Ｄ、５５５Ｇ、５５５Ｌ、５５６Ｇ、６２０Ｌ、６２０Ｑ、６２０Ｓおよび６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２９２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｒ／Ｖ４４２Ｌ／Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｅ６２０Ｖ／Ａ６４６Ｖ、Ｓ２０５Ｒ／Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ｓ５４１Ｉ／Ａ５４５Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｔ５５８Ｅ／Ａ６４６Ｖ／Ｐ６６５Ｅ、Ｋ２５８Ｇ、Ｒ２６３Ｍ、Ｒ２６３Ｓ、Ｌ３５５Ｒ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｑ５４７Ｅ、Ｆ３５９Ｙ、Ｎ３６６Ｓ、Ｒ４４６Ｐ、Ａ４４９Ｌ、Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｔ５５８Ｅ／Ａ６４６Ｖ、Ｇ５０６Ｒ、Ｅ５５５Ｄ、Ｅ５５５Ｇ、Ｅ５５５Ｌ、Ｔ５５６Ｇ、Ｅ６２０Ｌ、Ｅ６２０Ｑ、Ｅ６２０ＳおよびＩ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２８３／３１９／３５９／４４９／４５０／５０６、２８３／３４５／３５９／４４９／４５０／５５３／５５５、２８３／４４９／４５０／５０８／５４１／５５３／５５５、４４９／４５０、４５０／５０８／５５３／５５５／５５８、５０８および５０８／５４１／５５３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２８３Ｈ／３４５Ｃ／３５９Ｙ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５５３Ｔ／５５５Ｇ、２８３Ｌ／３１９Ｋ／３５９Ｙ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５０６Ｒ、２８３Ｌ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５０８Ｇ／５４１Ｉ／５５３Ｔ／５５５Ｇ、４４９Ｌ／４５０Ｒ、４５０Ｒ／５０８Ｇ／５５３Ｒ／５５５Ｇ／５５８Ｅ、５０８Ｇおよび５０８Ｇ／５４１Ｉ／５５３Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２８３Ｈ／Ｑ３４５Ｃ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｄ５５３Ｔ／Ｅ５５５Ｇ、Ｎ２８３Ｌ／Ｎ３１９Ｋ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｇ５０６Ｒ、Ｎ２８３Ｌ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｎ５０８Ｇ／Ｓ５４１Ｉ／Ｄ５５３Ｔ／Ｅ５５５Ｇ、Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ、Ｎ４５０Ｒ／Ｎ５０８Ｇ／Ｄ５５３Ｒ／Ｅ５５５Ｇ／Ｔ５５８Ｅ、Ｎ５０８ＧおよびＮ５０８Ｇ／Ｓ５４１Ｉ／Ｄ５５３Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６もしくは１３６６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５、２０５／４４２／４４９／４５０、２０５／４５０／５３６／５４５、２０５／４５０／５３６／５４５／６４６、２５８／４４２／４４６、２５８／４４２／４４９／６４６、２５８／４５０／５３６／５４５、３０８、３６１、４３９、４４２／４４６／５３６／５４５／６２０／６４６、４４２／４５０／５３６／５４５、５１４、５３５、５７７、５９１、５９２、６１０、６３９、６４３および６４４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６もしくは１３６６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｓ、２０５Ｓ／４４２Ｖ／４４９Ａ／４５０Ｎ、２０５Ｓ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、２０５Ｓ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ／６４６Ａ、２５８Ｑ／４４２Ｖ／４４６Ｐ、２５８Ｑ／４４２Ｖ／４４９Ａ／６４６Ａ、２５８Ｑ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、３０８Ｅ、３６１Ｖ、４３９Ｍ、４４２Ｖ／４４６Ｐ／５３６Ｑ／５４５Ａ／６２０Ｅ／６４６Ａ、４４２Ｖ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、５１４Ｈ、５３５Ｒ、５３５Ｖ、５７７Ｖ、５９１Ｒ、５９１Ｖ、５９２Ｐ、６１０Ｌ、６１０Ｐ、６１０Ｓ、６３９Ｅ、６３９Ｋ、６４３Ｅ、６４３Ｒおよび６４４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６もしくは１３６６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ２０５Ｓ、Ｒ２０５Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ｌ４４９Ａ／Ｒ４５０Ｎ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４４６Ｐ、Ｋ２５８Ｑ／Ｌ４４２Ｖ／Ｌ４４９Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ａ３０８Ｅ、Ｉ３６１Ｖ、Ｓ４３９Ｍ、Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４４６Ｐ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｖ６２０Ｅ／Ｖ６４６Ａ、Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ｒ５１４Ｈ、Ｅ５３５Ｒ、Ｅ５３５Ｖ、Ｄ５７７Ｖ、Ｋ５９１Ｒ、Ｋ５９１Ｖ、Ａ５９２Ｐ、Ａ６１０Ｌ、Ａ６１０Ｐ、Ａ６１０Ｓ、Ａ６３９Ｅ、Ａ６３９Ｋ、Ａ６４３Ｅ、Ａ６４３ＲおよびＤ６４４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４００もしくは１３７０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３２／４９０／６３９、２３６、２３６／２３８／４０４／４８０／５５５／５６８／５９２、２３６／３５９／４０４／４０６／５５５／６３９、２３６／３５９／４９０／５８１／６３９、２３６／３５９／５５５、２３６／３５９／６０９、２３６／３７０／４０６／５６８／５８１、２３６／３７０／５６８／５９２、２３６／３７０／５８１、２３６／４０４／４０６／４８０／４９０、２３６／４０４／５５５／５８１／６０９／６３９、２３６／５６８、２３６／５９２、２３６／６３９、２３８／３５９／３７０／４０４／４９０／５６８／６３９、２４５／３６３／４０８／５１２／５１４／５９６／６６６、２４５／３６３／５１２／５１４／５３７／５６０、３０８／５１４／５３５／６３９／６４４、３５９／４０４、３５９／４０４／４０６／４９０／５４６／５８１、３６３／４０８／５１２／５１４／５３７、３６３／４０８／６０１／６５０、３６３／６３９／６４４、４０８／５１２、４０８／５１４／５３７、４０８／５１４／５６０／６５０、４９０／５６８／５９２／６３９、５１２／５３７／５６０／６０１、５１４／５３５／５４６／５７５／６４４、５１４／６３９／６４４、５１４／６４４、５３５／５７５／６３９／６４４、５３５／６３９／６４３／６４４、５３５／６４３／６４４および６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４００もしくは１３７０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３２Ｔ／４９０Ｅ／６３９Ｔ、２３６Ｖ、２３６Ｖ／２３８Ｉ／４０４Ｇ／４８０Ｌ／５５５Ｑ／５６８Ｐ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５５５Ｑ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／４９０Ｅ／５８１Ｔ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／５５５Ｑ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／６０９Ｇ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／４０６Ｒ／５６８Ｐ／５８１Ｔ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／５６８Ｐ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／５８１Ｔ、２３６Ｖ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／４８０Ｌ／４９０Ｅ、２３６Ｖ／４０４Ｇ／５５５Ｑ／５８１Ｔ／６０９Ｇ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／５６８Ｐ、２３６Ｖ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／６３９Ｔ、２３８Ｉ／３５９Ｙ／３７０Ｃ／４０４Ｇ／４９０Ｅ／５６８Ｐ／６３９Ｔ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／４０８Ｖ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５９６Ｔ／６６６Ｄ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５３７Ｐ／５６０Ｓ、３０８Ｅ／５１４Ｈ／５３５Ｒ／６３９Ｋ／６４４Ａ、３５９Ｙ／４０４Ｇ、３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／４９０Ｅ／５４６Ｅ／５８１Ｔ、３６３Ｈ／６３９Ｋ／６４４Ａ、３６３Ｋ／４０８Ｖ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５３７Ｐ、３６３Ｋ／４０８Ｖ／６０１Ｉ／６５０Ｔ、４０８Ｖ／５１２Ｎ、４０８Ｖ／５１４Ｈ／５３７Ｐ、４０８Ｖ／５１４Ｈ／５６０Ｓ／６５０Ｔ、４９０Ｅ／５６８Ｐ／５９２Ｐ／６３９Ｔ、５１２Ｎ／５３７Ｐ／５６０Ｓ／６０１Ｉ、５１４Ｈ／５３５Ｒ／５４６Ｅ／５７５Ｇ／６４４Ａ、５１４Ｈ／６３９Ｋ／６４４Ａ、５１４Ｈ／６４４Ａ、５３５Ｒ／５７５Ｇ／６３９Ｋ／６４４Ａ、５３５Ｒ／６３９Ｋ／６４３Ｒ／６４４Ａ、５３５Ｖ／６４３Ｒ／６４４Ａおよび６０１Ｉ／６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４００もしくは１３７０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｉ３２Ｔ／Ｑ４９０Ｅ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ、Ｍ２３６Ｖ／Ｌ２３８Ｉ／Ｓ４０４Ｇ／Ｉ４８０Ｌ／Ｅ５５５Ｑ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５５５Ｑ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｑ４９０Ｅ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｅ５５５Ｑ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ６０９Ｇ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｋ４０６Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｓ５８１Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｓ５８１Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｉ４８０Ｌ／Ｑ４９０Ｅ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ４０４Ｇ／Ｅ５５５Ｑ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６０９Ｇ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｌ５６８Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ６３９Ｔ、Ｌ２３８Ｉ／Ｆ３５９Ｙ／Ｓ３７０Ｃ／Ｓ４０４Ｇ／Ｑ４９０Ｅ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ６３９Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｍ５９６Ｔ／Ｓ６６６Ｄ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ／Ｔ５６０Ｓ、Ａ３０８Ｅ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３５Ｒ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｑ４９０Ｅ／Ｖ５４６Ｅ／Ｓ５８１Ｔ、Ｑ３６３Ｈ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ、Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔ、Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ、Ａ４０８Ｖ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ、Ａ４０８Ｖ／Ｒ５１４Ｈ／Ｔ５６０Ｓ／Ｉ６５０Ｔ、Ｑ４９０Ｅ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ／Ａ６３９Ｔ、Ｓ５１２Ｎ／Ｅ５３７Ｐ／Ｔ５６０Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３５Ｒ／Ｖ５４６Ｅ／Ｓ５７５Ｇ／Ｄ６４４Ａ、Ｒ５１４Ｈ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｒ５１４Ｈ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｒ／Ａ６３９Ｋ／Ａ６４３Ｒ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｖ／Ａ６４３Ｒ／Ｄ６４４ＡおよびＭ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４５４もしくは１４２４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６、２３６／３０８／３７０／５４８、２３６／３０８／４９０／５８１／６４３、２３６／３０８／５５５／５６０／５９６、２３６／３７０、２３６／３７０／４９０／６３９、２３６／５５５、２３６／５６０／５８１、２４５／３５９／３６３／４０６／５３５／６５０、２４５／３６３／４０６／５７５／６０１／６６６、３００、３０１、３０８、３０８／４９０／５６０／５８１／６３９／６４３、３３６、３５９／３６３／４０６／５３５／６０１／６５０、３５９／４０４／４０６／５３５、３５９／４０６／５７５／６５０／６６６、３５９／５３５／５７５／６０１、３６３／４０４／４０６／５３５／５６８、４０４／４０６／５３５、４０６、４０６／４８０／５３５／５６８／６０１、４０６／５３５／５７５、４６８および４８０／５７５／６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４５４もしくは１４２４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６Ｖ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／３７０Ｃ／５４８Ｅ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／４９０Ｅ／５８１Ｔ／６４３Ｒ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／５５５Ｑ／５６０Ｓ／５９６Ｔ、２３６Ｖ／３７０Ｃ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／４９０Ｅ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／５５５Ｑ、２３６Ｖ／５６０Ｓ／５８１Ｔ、２４５Ｓ／３５９Ｙ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／６５０Ｔ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５７５Ｇ／６０１Ｉ／６６６Ｄ、３００Ｆ、３０１Ｖ、３０８Ｅ、３０８Ｅ／４９０Ｅ／５６０Ｓ／５８１Ｔ／６３９Ｔ／６４３Ｒ、３３６Ｗ、３５９Ｙ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／６０１Ｉ／６５０Ｔ、３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ、３５９Ｙ／４０６Ｒ／５７５Ｇ／６５０Ｔ／６６６Ｄ、３５９Ｙ／５３５Ｒ／５７５Ｇ／６０１Ｉ、３６３Ｋ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／５６８Ｐ、４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ、４０６Ｒ、４０６Ｒ／４８０Ｌ／５３５Ｒ／５６８Ｐ／６０１Ｉ、４０６Ｒ／５３５Ｒ／５７５Ｇ、４６８Ｓおよび４８０Ｌ／５７５Ｇ／６０１Ｉ／６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４５４もしくは１４２４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｍ２３６Ｖ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｓ３７０Ｃ／Ｄ５４８Ｅ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｑ４９０Ｅ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６４３Ｒ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｅ５５５Ｑ／Ｔ５６０Ｓ／Ｍ５９６Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｑ４９０Ｅ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｅ５５５Ｑ、Ｍ２３６Ｖ／Ｔ５６０Ｓ／Ｓ５８１Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｆ３５９Ｙ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｉ６５０Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ／Ｓ６６６Ｄ、Ｌ３００Ｆ、Ａ３０１Ｖ、Ａ３０８Ｅ、Ａ３０８Ｅ／Ｑ４９０Ｅ／Ｔ５６０Ｓ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６３９Ｔ／Ａ６４３Ｒ、Ｙ３３６Ｗ、Ｆ３５９Ｙ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ、Ｆ３５９Ｙ／Ｋ４０６Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｉ６５０Ｔ／Ｓ６６６Ｄ、Ｆ３５９Ｙ／Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ、Ｑ３６３Ｋ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｌ５６８Ｐ、Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ、Ｋ４０６Ｒ、Ｋ４０６Ｒ／Ｉ４８０Ｌ／Ｅ５３５Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｍ６０１Ｉ、Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ、Ａ４６８ＳおよびＩ４８０Ｌ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１３３／３０１／３４６／３４７／４６８、２０５／２３６／３４７、２０５／２３６／３７０／４９０／５３７／６２０、２０５／３４２／４３９／４４２／５１４／６２０／６３９、２０５／３７０／５３７、２０５／４４２／５０５／６２０、２３６／２５８／３７０／５０５／５４５／６３９、２３６／３３９／５１４、２３６／３７０／４５０／６２０、２３６／５４５、２５８／３３９／３４２／５０５／５３７、２５８／３４２／３７０／４０８／４４２／５３７、３００／３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３００／３０１／３４７／４６８、３０１／３０８／３３６／３４６／４０６／４６８／６０１、３０１／３０８／３４６／４０６／４６８、３０１／３０８／４６８／６０１、３０１／３４７／４０６、３０８／３３６／３４７／４６８、３０８／３４７／４６８、３４２、３４２／４０８／４９０／５０５／５１４／５４５／６３９／６４６、３４２／６２０、３７０／４４２、３７０／５３７／６３９、４８９、５３９／６４９、５４２、５４３、５４３／６７３、５５８、５５９、５６６、６３４および６６１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１３３Ｍ／３０１Ｖ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３４７Ｆ、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３７０Ｓ／４９０Ｑ／５３７Ｅ／６２０Ｅ、２０５Ｓ／３４２Ｌ／４３９Ｓ／４４２Ｖ／５１４Ｒ／６２０Ｅ／６３９Ａ、２０５Ｓ／３７０Ｓ／５３７Ｅ、２０５Ｓ／４４２Ｖ／５０５Ｑ／６２０Ｅ、２３６Ｍ／２５８Ｑ／３７０Ｓ／５０５Ｑ／５４５Ａ／６３９Ａ、２３６Ｍ／３３９Ｎ／５１４Ｒ、２３６Ｍ／３７０Ｓ／４５０Ｎ／６２０Ｅ、２３６Ｍ／５４５Ａ、２５８Ｑ／３３９Ｎ／３４２Ｌ／５０５Ｑ／５３７Ｅ、２５８Ｑ／３４２Ｌ／３７０Ｓ／４０８Ａ／４４２Ｖ／５３７Ｅ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４６Ｋ／４０６Ｒ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／４０６Ｒ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３０１Ｖ／３４７Ｆ／４０６Ｒ、３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０８Ｅ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３４２Ｌ、３４２Ｌ／４０８Ａ／４９０Ｑ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５４５Ａ／６３９Ａ／６４６Ａ、３４２Ｌ／６２０Ｅ、３７０Ｓ／４４２Ｖ、３７０Ｓ／５３７Ｅ／６３９Ａ、４８９Ｙ、５３９Ｍ／６４９Ｈ、５４２Ｍ、５４３Ａ、５４３Ｖ／６７３Ｙ、５５８Ｒ、５５９Ｈ、５５９Ｓ、５６６Ｇ、６３４Ｃおよび６６１Ｄから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｌ１３３Ｍ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｖ３４７Ｆ、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｃ３７０Ｓ／Ｅ４９０Ｑ／Ｐ５３７Ｅ／Ｖ６２０Ｅ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ３４２Ｌ／Ｍ４３９Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ｈ５１４Ｒ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ａ、Ｒ２０５Ｓ／Ｃ３７０Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｒ２０５Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ａ５０５Ｑ／Ｖ６２０Ｅ、Ｖ２３６Ｍ／Ｋ２５８Ｑ／Ｃ３７０Ｓ／Ａ５０５Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｔ６３９Ａ、Ｖ２３６Ｍ／Ｗ３３９Ｎ／Ｈ５１４Ｒ、Ｖ２３６Ｍ／Ｃ３７０Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｖ６２０Ｅ、Ｖ２３６Ｍ／Ｉ５４５Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｗ３３９Ｎ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５０５Ｑ／Ｐ５３７Ｅ、Ｋ２５８Ｑ／Ｒ３４２Ｌ／Ｃ３７０Ｓ／Ｖ４０８Ａ／Ｌ４４２Ｖ／Ｐ５３７Ｅ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４６Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ、Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｒ３４２Ｌ、Ｒ３４２Ｌ／Ｖ４０８Ａ／Ｅ４９０Ｑ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｉ５４５Ａ／Ｔ６３９Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｒ３４２Ｌ／Ｖ６２０Ｅ、Ｃ３７０Ｓ／Ｌ４４２Ｖ、Ｃ３７０Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｔ６３９Ａ、Ｄ４８９Ｙ、Ｐ５３９Ｍ／Ｄ６４９Ｈ、Ｉ５４２Ｍ、Ｆ５４３Ａ、Ｆ５４３Ｖ／Ｈ６７３Ｙ、Ｔ５５８Ｒ、Ｌ５５９Ｈ、Ｌ５５９Ｓ、Ｔ５６６Ｇ、Ｐ６３４ＣおよびＧ６６１Ｄから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５／２３６／３４２／４３９／５０５／５１４／５３７／５４５、２３６／３４２／５０５／５１４／５３７／５４５、３００／３０１／３０８／３３６／３４７／４６８／６０１、３００／３０１／３４７／４０６、３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３０１／３３６／３４６／３４７／４０６／６０１および３０８／３３６／３４７／４０６／４６８／６０１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３４２Ｌ／４３９Ｓ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５３７Ｅ／５４５Ａ、２３６Ｍ／３４２Ｌ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５３７Ｅ／５４５Ａ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３４７Ｆ／４０６Ｒ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３３６Ｗ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４０６Ｒ／６０１Ｉおよび３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４０６Ｒ／４６８Ｓ／６０１Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｒ３４２Ｌ／Ｍ４３９Ｓ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４５Ａ、Ｖ２３６Ｍ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４５Ａ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ／Ｍ６０１ＩおよびＡ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６／５１１／５３７、３４６／５１１／５３７／５４１／５４３、３４６／５１１／５４２／５８２、３４６／５１１／５８１／５８２、３４６／５１１／５８３、３４６／５２９／５７１／５８１／５８２／５８３／５８９、５１１／５３７、５１６／５３９／５６８、５３７／５８２、５３９、５６８／６６２／６６３および５８１／５８２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ／５４１Ｉ／５４３Ｇ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４２Ｓ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５８１Ｌ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５８３Ｒ、３４６Ｖ／５２９Ｇ／５７１Ｉ／５８１Ｃ／５８２Ｖ／５８３Ｖ／５８９Ａ、５１１Ｓ／５３７Ｅ、５１６Ｍ／５３９Ｅ／５６８Ｒ、５３７Ｅ／５８２Ｒ、５３９Ｅ、５６８Ｒ／６６２Ｗ／６６３Ｗおよび５８１Ｌ／５８２Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｓ５４１Ｉ／Ｆ５４３Ｇ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｉ５４２Ｓ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｓ５８１Ｌ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｉ５８３Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ｖ５２９Ｇ／Ｓ５７１Ｉ／Ｓ５８１Ｃ／Ｙ５８２Ｖ／Ｉ５８３Ｖ／Ｔ５８９Ａ、Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｐ５１６Ｍ／Ｐ５３９Ｅ／Ｌ５６８Ｒ、Ｐ５３７Ｅ／Ｙ５８２Ｒ、Ｐ５３９Ｅ、Ｌ５６８Ｒ／Ｆ６６２Ｗ／Ｅ６６３ＷおよびＳ５８１Ｌ／Ｙ５８２Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６／５１１／５３７／５８２、３４６／５１１／５４３／５８２、３４６／５１１／５４４、３４６／５３７／５４２／５４４、３４６／５４３／５４４、３４６／５８３、５１１／５３７／５４２／５８２／５８３、５１６、５１６／５３９／５５５、５３７／５４３／５８２、５３９／５６８、５４０、５４２／５４４／５８１、５４８、５４９、５５９、５５９／５６８、５８２、６４７、６５０および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ／５８２Ｖ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４３Ｇ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５３７Ｅ／５４２Ｓ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５４３Ｇ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５８３Ｒ、５１１Ｓ／５３７Ｅ／５４２Ｓ／５８２Ｒ／５８３Ｒ、５１６Ｍ、５１６Ｍ／５３９Ｅ／５５５Ｇ、５３７Ｅ／５４３Ｇ／５８２Ｒ、５３９Ｅ／５６８Ｒ、５４０Ｇ、５４２Ｓ／５４４Ｌ／５８１Ｒ、５４８Ｒ、５４９Ｇ、５５９Ｓ、５５９Ｓ／５６８Ｒ、５８２Ｖ、６４７Ｌ、６４７Ｗ、６５０Ｇおよび６６４Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｙ５８２Ｖ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｆ５４３Ｇ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４２Ｓ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｆ５４３Ｇ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｉ５８３Ｒ、Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４２Ｓ／Ｙ５８２Ｒ／Ｉ５８３Ｒ、Ｐ５１６Ｍ、Ｐ５１６Ｍ／Ｐ５３９Ｅ／Ｅ５５５Ｇ、Ｐ５３７Ｅ／Ｆ５４３Ｇ／Ｙ５８２Ｒ、Ｐ５３９Ｅ／Ｌ５６８Ｒ、Ｖ５４０Ｇ、Ｉ５４２Ｓ／Ｔ５４４Ｌ／Ｓ５８１Ｒ、Ｄ５４８Ｒ、Ｖ５４９Ｇ、Ｌ５５９Ｓ、Ｌ５５９Ｓ／Ｌ５６８Ｒ、Ｙ５８２Ｖ、Ｑ６４７Ｌ、Ｑ６４７Ｗ、Ｉ６５０ＧおよびＱ６６４Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６８０もしくは１６５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６１／３５５／５４３、２６１／３５５／５６７／５６８、２６１／４８９、２６１／４８９／５１１／５６８、２６１／４８９／５３９、２６１／４８９／５６７、２６１／５３９／５４３、２６１／５３９／５４３／５６７、２６１／５４２／５４３／５６８、５１１、５１１／５３９／５４３、５１１／５６７、５４３および５８３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６５０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６８０もしくは１６５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６１Ｄ／３５５Ｃ／５４３Ａ、２６１Ｄ／３５５Ｃ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、２６１Ｄ／４８９Ｅ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５１１Ｄ／５６８Ｒ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５３９Ｌ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５６７Ｒ、２６１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ａ、２６１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ｄ／５６７Ｒ、２６１Ｄ／５４２Ｌ／５４３Ａ／５６８Ｒ、５１１Ｄ、５１１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ａ、５１１Ｄ／５６７Ｒ、５４３Ａおよび５８３Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６５０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６８０もしくは１６５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｌ２６１Ｄ／Ｌ３５５Ｃ／Ｆ５４３Ａ、Ｌ２６１Ｄ／Ｌ３５５Ｃ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ａ５１１Ｄ／Ｌ５６８Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ｐ５３９Ｌ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ｄ５６７Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ａ、Ｌ２６１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ｄ／Ｄ５６７Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｌ５６８Ｒ、Ａ５１１Ｄ、Ａ５１１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ａ、Ａ５１１Ｄ／Ｄ５６７Ｒ、Ｆ５４３ＡおよびＩ５８３Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６５０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９、９／１７／３４／３５／９３／５５４、９／１７／５０、９／１７／９３、９／２９／３５／４３／７７／５４２／５５４、９／３２／７７／９３、９／４３／７７、９／５０／６３／９３、９／９３、１７／２９／３４／３５／３６／７７／９３、１７／３２／３４／３５、１７／７７、３２／３４／９３、４３、５０／７７／９３、５０／９３、７７／９３、９３、２０５／２６３／４７０、２０５／３４４／４７０／５６５、２０５／３４５／４７０／５３８／６６４、２０５／４７０／５４５／５６８／６４５／６４７／６６４、２０５／４７０／５６７／５６８／６４５、２６３／３４４／６６４、２６３／４７０／６４５、２６３／４８９、２６３／５３９／５４１／５６８／６４５、３４４／３５５／４７０／４８９／６４５、３４４／３５５／４７０／５６８／６４５／６４７、３４４／４７０／４８９／５３９／５４２／６４５／６４７／６６４、３４４／４７０／４８９／５６７／５６８、３４４／４７０／５６８、３４４／４７０／６４７、４７０、４７０／４８９、４７０／５４１／５４２／５４３／５６５／６４５／６４７、４７０／５６７／５６８、４７０／６６４および５４２／５４３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９Ｋ、９Ｋ／１７Ａ／３４Ｍ／３５Ｇ／９３Ｅ／５５４Ｍ、９Ｋ／１７Ａ／５０Ｓ、９Ｋ／１７Ａ／９３Ｅ、９Ｋ／２９Ｓ／３５Ｇ／４３Ｐ／７７Ｄ／５４２Ｖ／５５４Ｍ、９Ｋ／３２Ａ／７７Ｄ／９３Ｅ、９Ｋ／４３Ｐ／７７Ｄ、９Ｋ／５０Ｓ／６３Ｅ／９３Ｅ、９Ｋ／９３Ｅ、９Ｑ／１７Ａ／９３Ｅ、１７Ａ／２９Ｓ／３４Ｍ／３５Ｇ／３６Ｄ／７７Ｄ／９３Ｅ、１７Ａ／３２Ａ／３４Ｍ／３５Ｇ、１７Ａ／７７Ｄ、３２Ａ／３４Ｍ／９３Ｅ、４３Ｐ、５０Ｓ／７７Ｄ／９３Ｅ、５０Ｓ／９３Ｅ、７７Ｄ／９３Ｅ、９３Ｅ、２０５Ｌ／２６３Ｖ／４７０Ｑ、２０５Ｌ／３４４Ｖ／４７０Ｑ／５６５Ａ、２０５Ｌ／３４５Ｐ／４７０Ｑ／５３８Ｔ／６６４Ｒ、２０５Ｌ／４７０Ｑ／５４５Ｌ／５６８Ｒ／６４５Ｓ／６４７Ｗ／６６４Ｒ、２０５Ｌ／４７０Ｑ／５６７Ｒ／５６８Ｒ／６４５Ｓ、２６３Ｉ／３４４Ｖ／６６４Ｒ、２６３Ｉ／４７０Ｑ／６４５Ｓ、２６３Ｉ／４８９Ｄ、２６３Ｉ／５３９Ｌ／５４１Ｒ／５６８Ｒ／６４５Ｓ、３４４Ｖ／３５５Ｃ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／６４５Ｓ、３４４Ｖ／３５５Ｃ／４７０Ｑ／５６８Ｒ／６４５Ｓ／６４７Ｗ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／５３９Ｌ／５４２Ｌ／６４５Ｓ／６４７Ｗ／６６４Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／５６８Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／６４７Ｗ、４７０Ｑ、４７０Ｑ／４８９Ｄ、４７０Ｑ／５４１Ｒ／５４２Ｌ／５４３Ａ／５６５Ａ／６４５Ｓ／６４７Ｗ、４７０Ｑ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、４７０Ｑ／６６４Ｒおよび５４２Ｌ／５４３Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ９Ｋ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ａ９３Ｅ／Ｌ５５４Ｍ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｎ５０Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ／Ｓ４３Ｐ／Ｎ７７Ｄ／Ｉ５４２Ｖ／Ｌ５５４Ｍ、Ｒ９Ｋ／Ｉ３２Ａ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ｓ４３Ｐ／Ｎ７７Ｄ、Ｒ９Ｋ／Ｎ５０Ｓ／Ａ６３Ｅ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｑ／Ｔ１７Ａ／Ａ９３Ｅ、Ｔ１７Ａ／Ｎ２９Ｓ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ｔ３６Ｄ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｔ１７Ａ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ、Ｔ１７Ａ／Ｎ７７Ｄ、Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ａ９３Ｅ、Ｓ４３Ｐ、Ｎ５０Ｓ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｎ５０Ｓ／Ａ９３Ｅ、Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ａ９３Ｅ、Ｒ２０５Ｌ／Ｒ２６３Ｖ／Ｐ４７０Ｑ、Ｒ２０５Ｌ／Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｎ５６５Ａ、Ｒ２０５Ｌ／Ｑ３４５Ｐ／Ｐ４７０Ｑ／Ｓ５３８Ｔ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２０５Ｌ／Ｐ４７０Ｑ／Ｉ５４５Ｌ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２０５Ｌ／Ｐ４７０Ｑ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ、Ｒ２６３Ｉ／Ｎ３４４Ｖ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２６３Ｉ／Ｐ４７０Ｑ／Ｋ６４５Ｓ、Ｒ２６３Ｉ／Ｅ４８９Ｄ、Ｒ２６３Ｉ／Ｐ５３９Ｌ／Ｓ５４１Ｒ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ、Ｎ３４４Ｖ／Ｌ３５５Ｃ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｋ６４５Ｓ、Ｎ３４４Ｖ／Ｌ３５５Ｃ／Ｐ４７０Ｑ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｉ５４２Ｌ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ／Ｑ６６４Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｑ６４７Ｗ、Ｐ４７０Ｑ、Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ、Ｐ４７０Ｑ／Ｓ５４１Ｒ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｎ５６５Ａ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ、Ｐ４７０Ｑ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｐ４７０Ｑ／Ｑ６６４ＲおよびＩ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９／１７／３２／３４／３６／５０／７７／１０７／１２７、９／１７／６３／７７、９／４３／９３／１２７、９／６３／９３／１０７、１７／２９／３２／３４／３６／６３、２９／３４／３５／７７、３２／４３／９３、３５／９３／１４５および２０５／２６３／４８９／６４７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９Ｋ／１７Ａ／３２Ａ／３４Ｍ／３６Ｄ／５０Ｓ／７７Ｄ／１０７Ｋ／１２７Ｓ、９Ｋ／１７Ａ／６３Ｅ／７７Ｄ、９Ｋ／４３Ｐ／９３Ｅ／１２７Ｓ、９Ｋ／６３Ｅ／９３Ｅ／１０７Ｋ、１７Ａ／２９Ｓ／３２Ａ／３４Ｍ／３６Ｄ／６３Ｅ、２９Ｓ／３４Ｍ／３５Ｇ／７７Ｄ、３２Ａ／４３Ｐ／９３Ｅ、３５Ｇ／９３Ｅ／１４５Ｅおよび２０５Ｌ／２６３Ｖ／４８９Ｄ／６４７Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｔ３６Ｄ／Ｎ５０Ｓ／Ｎ７７Ｄ／Ｍ１０７Ｋ／Ｇ１２７Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ａ６３Ｅ／Ｎ７７Ｄ、Ｒ９Ｋ／Ｓ４３Ｐ／Ａ９３Ｅ／Ｇ１２７Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ａ６３Ｅ／Ａ９３Ｅ／Ｍ１０７Ｋ、Ｔ１７Ａ／Ｎ２９Ｓ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｔ３６Ｄ／Ａ６３Ｅ、Ｎ２９Ｓ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ｎ７７Ｄ、Ｉ３２Ａ／Ｓ４３Ｐ／Ａ９３Ｅ、Ｅ３５Ｇ／Ａ９３Ｅ／Ｇ１４５ＥおよびＲ２０５Ｌ／Ｒ２６３Ｖ／Ｅ４８９Ｄ／Ｑ６４７Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８８、１８９、２６５、２６６、３３４、４４２、４５４、６４６および６４９から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８８Ｗ、１８９Ａ、１８９Ｐ、２６５Ｒ、２６６Ｅ、２６６Ｇ、３３４Ｉ、４４２Ｖ、４５４Ｌ、４５４Ｍ、４５４Ｓ、６４６Ｉ、６４６Ｍ、６４６Ｒ、６４９Ｔおよび６４９Ｙから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ１８８Ｗ、Ｋ１８９Ａ、Ｋ１８９Ｐ、Ｇ２６５Ｒ、Ｎ２６６Ｅ、Ｎ２６６Ｇ、Ｖ３３４Ｉ、Ｌ４４２Ｖ、Ａ４５４Ｌ、Ａ４５４Ｍ、Ａ４５４Ｓ、Ｖ６４６Ｉ、Ｖ６４６Ｍ、Ｖ６４６Ｒ、Ｄ６４９ＴおよびＤ６４９Ｙから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８９、２６６、２６６／２８３、５４６、５９４および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８９Ｉ、２６６Ａ、２６６Ｌ、２６６Ｌ／２８３Ｋ、２６６Ｍ、２６６Ｓ、２６６Ｖ、２６６Ｗ、２６６Ｙ、５４６Ｌ、５９４Ａおよび６４６Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｋ１８９Ｉ、Ｎ２６６Ａ、Ｎ２６６Ｌ、Ｎ２６６Ｌ／Ｎ２８３Ｋ、Ｎ２６６Ｍ、Ｎ２６６Ｓ、Ｎ２６６Ｖ、Ｎ２６６Ｗ、Ｎ２６６Ｙ、Ｖ５４６Ｌ、Ｖ５９４ＡおよびＶ６４６Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６３／４７０／５６８、２６６、４７０／５４２／５４３／６６４および５５８／５７７／５９４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６３Ｉ／４７０Ｐ／５６８Ｒ、２６６Ｒ、４７０Ｐ／５４２Ｌ／５４３Ａ／６６４Ｑおよび５５８Ｅ／５７７Ｖ／５９４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ２６３Ｉ／Ｑ４７０Ｐ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ２６６Ｒ、Ｑ４７０Ｐ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｒ６６４ＱおよびＴ５５８Ｅ／Ｄ５７７Ｖ／Ｖ５９４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９、２９／３５、２９／３５／３４２／５８１／５８２／６６４、２９／５０／５１１／５３９／５８１、３５、３５／５０／２０５／４０６／５１１／５８１、３５／２０５／５１１、３５／３４２／３４６／５１１／５３９／５８１、３５／３４６、３５／３４６／４０６／５１１／５８１／５８２／６６４、３５／５１１、３５／５３９、５０／３４２、１３２、１３３、１４３、１４７、１８７、１８８、２５７、２５８、２６３、２９４、２９４／４４１／５２７、３０８／３４２／５１１／５８１／５８２、３４２、３４６、３９８、４０６／６６４、４２９／６５２、４４１、４４１／４４６／５２６、４４６／６５２、４８２、５０５、５１１、５２６、５２７、５３６、５４５、５８１、５８２、６１５、６２０、６３９、６４５、６４６、６４８、６５２、６５４および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９Ｆ、２９Ｇ、２９Ｓ／３５Ｇ、２９Ｓ／３５Ｇ／３４２Ｌ／５８１Ｓ／５８２Ｙ／６６４Ｑ、２９Ｓ／５０Ｓ／５１１Ｓ／５３９Ｌ／５８１Ｓ、３５Ｄ／５１１Ｓ、３５Ｇ、３５Ｇ／５０Ｓ／２０５Ｓ／４０６Ｒ／５１１Ｓ／５８１Ｓ、３５Ｇ／２０５Ｓ／５１１Ｓ、３５Ｇ／３４２Ｌ／３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３９Ｌ／５８１Ｓ、３５Ｇ／３４６Ｖ、３５Ｇ／３４６Ｖ／４０６Ｒ／５１１Ｓ／５８１Ｓ／５８２Ｙ／６６４Ｑ、３５Ｇ／５１１Ｓ、３５Ｇ／５３９Ｌ、５０Ｓ／３４２Ｌ、１３２Ｔ、１３３Ｖ、１４３Ｈ、１４７Ｔ、１８７Ｇ、１８８Ｔ、２５７Ｌ、２５８Ｈ、２５８Ｎ、２６３Ｓ、２９４Ａ、２９４Ａ／４４１Ａ／５２７Ａ、３０８Ａ／３４２Ｌ／５１１Ｓ／５８１Ｓ／５８２Ｙ、３４２Ｆ、３４６Ｖ、３９８Ｇ、４０６Ｒ／６６４Ｑ、４２９Ｌ／６５２Ｔ、４４１Ａ、４４１Ａ／４４６Ｐ／５２６Ｌ、４４１Ｖ、４４６Ｐ／６５２Ｔ、４８２Ｖ、５０５Ｆ、５０５Ｍ、５１１Ｓ、５２６Ｖ、５２７Ｄ、５２７Ｒ、５３６Ｈ、５３６Ｒ、５４５Ｖ、５８１Ａ、５８１Ｓ、５８２Ｇ、５８２Ｓ、５８２Ｙ、６１５Ｑ、６２０Ｅ、６３９Ｅ、６３９Ｉ、６４５Ｅ、６４５Ｇ、６４５Ｗ、６４６Ｇ、６４６Ｒ、６４８Ｑ、６４８Ｖ、６５２Ｌ、６５２Ｑ、６５２Ｔ、６５２Ｙ、６５４Ｃ、６６４Ｇ、６６４Ｖおよび６６４Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｆ、Ｎ２９Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ／Ｒ３４２Ｌ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ／Ｒ６６４Ｑ、Ｎ２９Ｓ／Ｎ５０Ｓ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３９Ｌ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｄ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ、Ｅ３５Ｇ／Ｎ５０Ｓ／Ｒ２０５Ｓ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｒ２０５Ｓ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｒ３４２Ｌ／Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３９Ｌ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｋ３４６Ｖ、Ｅ３５Ｇ／Ｋ３４６Ｖ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ／Ｒ６６４Ｑ、Ｅ３５Ｇ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｐ５３９Ｌ、Ｎ５０Ｓ／Ｒ３４２Ｌ、Ｉ１３２Ｔ、Ｌ１３３Ｖ、Ｅ１４３Ｈ、Ａ１４７Ｔ、Ｉ１８７Ｇ、Ｎ１８８Ｔ、Ｒ２５７Ｌ、Ｋ２５８Ｈ、Ｋ２５８Ｎ、Ｒ２６３Ｓ、Ｒ２９４Ａ、Ｒ２９４Ａ／Ｒ４４１Ａ／Ｋ５２７Ａ、Ｅ３０８Ａ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ、Ｒ３４２Ｆ、Ｋ３４６Ｖ、Ａ３９８Ｇ、Ｋ４０６Ｒ／Ｒ６６４Ｑ、Ｋ４２９Ｌ／Ｋ６５２Ｔ、Ｒ４４１Ａ、Ｒ４４１Ａ／Ｒ４４６Ｐ／Ｒ５２６Ｌ、Ｒ４４１Ｖ、Ｒ４４６Ｐ／Ｋ６５２Ｔ、Ｒ４８２Ｖ、Ａ５０５Ｆ、Ａ５０５Ｍ、Ａ５１１Ｓ、Ｒ５２６Ｖ、Ｋ５２７Ｄ、Ｋ５２７Ｒ、Ｗ５３６Ｈ、Ｗ５３６Ｒ、Ｉ５４５Ｖ、Ｌ５８１Ａ、Ｌ５８１Ｓ、Ｒ５８２Ｇ、Ｒ５８２Ｓ、Ｒ５８２Ｙ、Ｋ６１５Ｑ、Ｖ６２０Ｅ、Ｔ６３９Ｅ、Ｔ６３９Ｉ、Ｋ６４５Ｅ、Ｋ６４５Ｇ、Ｋ６４５Ｗ、Ｖ６４６Ｇ、Ｖ６４６Ｒ、Ｒ６４８Ｑ、Ｒ６４８Ｖ、Ｋ６５２Ｌ、Ｋ６５２Ｑ、Ｋ６５２Ｔ、Ｋ６５２Ｙ、Ｒ６５４Ｃ、Ｒ６６４Ｇ、Ｒ６６４ＶおよびＲ６６４Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１０３０もしくは２０００に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９、２９／１４３／２６３／２６６／４４１／６３９、２９／２６３／２６６、２９／２６３／２６６／４４１／６２０、２９／２６６／４４１、２９／４４１／６３９、３０、３７、４７／５７０、７５、８１、８５、９２、１３５、１４３、１４３／２６３／２６６／６３９、１４３／２６６／４４１／６２０／６３９、１６８、１８９／４２４、２３７／５２７、２４４、２５８／３４２／５８２／６４８、２６３、２６３／２６６／４４１、２６３／２６６／６３９、２６６／４４１、２６６／４４１／６２０／６３９、２６６／６２０／６３９、２６６／６３９、２６７、３４２／５２６／６６４、３４２／５４５、３４２／５８２、４２９、４４１、４８２、４９５、５０１、５２３、５２６、５２７、５６８、５７０、５７３、５８１、５８２、６１６、６３２、６４８、６５３および６５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１０３０もしくは２０００に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９Ｇ／１４３Ｈ／２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ｖ／６３９Ｉ、２９Ｇ／２６３Ｓ／２６６Ａ、２９Ｇ／２６３Ｓ／２６６Ｌ／４４１Ａ／６２０Ｅ、２９Ｇ／２６６Ａ／４４１Ａ、２９Ｇ／４４１Ｖ／６３９Ｖ、２９Ｓ、３０Ｇ、３７Ｌ、４７Ｇ／５７０Ｅ、７５Ｎ、７５Ｓ、８１Ｎ、８５Ｌ、９２Ｌ、１３５Ｅ、１４３Ｈ／２６３Ｓ／２６６Ａ／６３９Ｖ、１４３Ｈ／２６６Ａ／４４１Ｖ／６２０Ｅ／６３９Ｖ、１４３Ｑ、１６８Ｅ、１８９Ｑ／４２４Ｇ、２３７Ｅ／５２７Ｖ、２４４Ｓ、２５８Ｈ／３４２Ｆ／５８２Ｓ／６４８Ｑ、２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ａ、２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ｖ、２６３Ｓ／２６６Ａ／６３９Ｖ、２６３Ｔ、２６６Ａ／４４１Ｖ／６２０Ｅ／６３９Ｖ、２６６Ａ／６２０Ｅ／６３９Ｉ、２６６Ａ／６３９Ｉ、２６６Ｌ／４４１Ａ、２６７Ｇ、３４２Ｆ／５２６Ｖ／６６４Ｇ、３４２Ｆ／５４５Ｖ、３４２Ｆ／５８２Ｇ、４２９Ｐ、４４１Ｅ、４８２Ｖ、４９５Ｌ、５０１Ｑ、５２３Ｖ、５２６Ｅ、５２７Ｅ、５２７Ｌ、５２７Ｍ、５２７Ｒ、５２７Ｔ、５６８Ｐ、５７０Ｅ、５７３Ｔ、５８１Ｔ、５８２Ｆ、６１６Ｔ、６３２Ｑ、６４８Ａ、６５３Ｉおよび６５４Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１０３０もしくは２０００に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｇ／Ｅ１４３Ｈ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ｌ／Ｒ４４１Ａ／Ｖ６２０Ｅ、Ｎ２９Ｇ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ａ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ４４１Ｖ／Ｔ６３９Ｖ、Ｎ２９Ｓ、Ｒ３０Ｇ、Ｒ３７Ｌ、Ｅ４７Ｇ／Ｋ５７０Ｅ、Ｒ７５Ｎ、Ｒ７５Ｓ、Ｒ８１Ｎ、Ｒ８５Ｌ、Ｐ９２Ｌ、Ｒ１３５Ｅ、Ｅ１４３Ｈ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｖ、Ｅ１４３Ｈ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｖ、Ｅ１４３Ｑ、Ｓ１６８Ｅ、Ｋ１８９Ｑ／Ｄ４２４Ｇ、Ｄ２３７Ｅ／Ｋ５２７Ｖ、Ｒ２４４Ｓ、Ｋ２５８Ｈ／Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５８２Ｓ／Ｒ６４８Ｑ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ａ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｖ、Ｒ２６３Ｔ、Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｖ、Ｎ２６６Ａ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２６６Ｌ／Ｒ４４１Ａ、Ｒ２６７Ｇ、Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５２６Ｖ／Ｒ６６４Ｇ、Ｌ３４２Ｆ／Ｉ５４５Ｖ、Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５８２Ｇ、Ｋ４２９Ｐ、Ｒ４４１Ｅ、Ｒ４８２Ｖ、Ｉ４９５Ｌ、Ｒ５０１Ｑ、Ｍ５２３Ｖ、Ｒ５２６Ｅ、Ｋ５２７Ｅ、Ｋ５２７Ｌ、Ｋ５２７Ｍ、Ｋ５２７Ｒ、Ｋ５２７Ｔ、Ｌ５６８Ｐ、Ｋ５７０Ｅ、Ｋ５７３Ｔ、Ｓ５８１Ｔ、Ｒ５８２Ｆ、Ｋ６１６Ｔ、Ｋ６３２Ｑ、Ｒ６４８Ａ、Ｍ６５３ＩおよびＲ６５４Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９、２９／３０、２９／３０／１４３／２６３／４８２／６４６、２９／３０／２６３、２９／３０／６１６／６４８、２９／７５／２６３／５６８／５７０／６４８、２９／１６８／６４８、２９／２６３／５２７／５６８、７５、７５／１４３／１６８／５２７、７５／１６８、７５／６１６、１４３、１６８／２４７／４８２／６４８、１６８／２６３／６１６、１６８／４８２／６１６、１６８／４９５／６１６、２６３、２６３／６１６、４２９／５４５、４９５および５２７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９Ｓ、２９Ｓ／３０Ｇ、２９Ｓ／３０Ｇ／１４３Ｑ／２６３Ｔ／４８２Ｖ／６４６Ｅ、２９Ｓ／３０Ｇ／２６３Ｔ、２９Ｓ／３０Ｇ／６１６Ｔ／６４８Ａ、２９Ｓ／７５Ｓ／２６３Ｔ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／６４８Ａ、２９Ｓ／１６８Ｅ／６４８Ａ、２９Ｓ／２６３Ｔ／５２７Ｌ／５６８Ｐ、７５Ｓ、７５Ｓ／１４３Ｑ／１６８Ｅ／５２７Ｌ、７５Ｓ／１６８Ｅ、７５Ｓ／６１６Ｔ、１４３Ｑ、１６８Ｅ／２４７Ｓ／４８２Ｖ／６４８Ａ、１６８Ｅ／２６３Ｔ／６１６Ｔ、１６８Ｅ／４８２Ｖ／６１６Ｔ、１６８Ｅ／４９５Ｌ／６１６Ｔ、２６３Ｔ、２６３Ｔ／６１６Ｔ、４２９Ｐ／５４５Ｖ、４９５Ｌおよび５２７Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｓ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｅ１４３Ｑ／Ｓ２６３Ｔ／Ｒ４８２Ｖ／Ｖ６４６Ｅ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｓ２６３Ｔ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｋ６１６Ｔ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ７５Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ｋ５２７Ｌ／Ｌ５６８Ｐ、Ｒ７５Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｅ１４３Ｑ／Ｓ１６８Ｅ／Ｋ５２７Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ６１６Ｔ、Ｅ１４３Ｑ、Ｓ１６８Ｅ／Ｇ２４７Ｓ／Ｒ４８２Ｖ／Ｒ６４８Ａ、Ｓ１６８Ｅ／Ｓ２６３Ｔ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ１６８Ｅ／Ｒ４８２Ｖ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ１６８Ｅ／Ｉ４９５Ｌ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ２６３Ｔ、Ｓ２６３Ｔ／Ｋ６１６Ｔ、Ｋ４２９Ｐ／Ｉ５４５Ｖ、Ｉ４９５ＬおよびＫ５２７Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０７、２２２、２６６、３０７、４５４、５３５、５４６、５４８、５８０、６０４および６１０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０７Ｒ、２２２Ｔ、２６６Ｋ、３０７Ｌ、４５４Ｌ、５３５Ｖ、５４６Ｒ、５４８Ｓ、５８０Ｃ、６０４Ｐおよび６１０Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｑ２０７Ｒ、Ｓ２２２Ｔ、Ａ２６６Ｋ、Ｑ３０７Ｌ、Ａ４５４Ｌ、Ｅ５３５Ｖ、Ｖ５４６Ｒ、Ｄ５４８Ｓ、Ｈ５８０Ｃ、Ｈ６０４ＰおよびＡ６１０Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１８０もしくは２１５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５／１６８／２０７／４５４／５６８／５８６／６１０／６４８／６５９、７５／１６８／２６６／４５４／５４６／５７０／５８０、７５／２０７／４５４／５７０／６５９、７５／２０７／５４６／５８０／６４８、７５／２６３／４５４／５４８／５６８／６０４／６４８、７５／２６６／４５４、７５／４５４、７５／４５４／５４６／５４８／５６８／６０４、７５／５４６／５４８／６１０／６４８、１６８／２０７／２６３／４５４／５６８／５７０／６０４、１６８／２６３／２６６／５４６／６０４、１６８／４５４／６０４、２０７／６０４／６１０、２０９、２１２、２２１、２２３、２２８、２６６／４５４／５６８、３１９、３７３、４１２／５４６／５５４、４３１、４５４、４５４／５４６／５６８／５７０／５８０、４５４／５４６／５７０、４５４／５７０／５８０／６１０、４５４／５８０、４５４／６５９および５０６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１８０もしくは２１５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５Ｓ／１６８Ｅ／２０７Ｒ／４５４Ｌ／５６８Ｐ／５８６Ｖ／６１０Ｒ／６４８Ａ／６５９Ｔ、７５Ｓ／１６８Ｅ／２６６Ｋ／４５４Ｌ／５４６Ｒ／５７０Ｅ／５８０Ｃ、７５Ｓ／２０７Ｒ／４５４Ｌ／５７０Ｅ／６５９Ｔ、７５Ｓ／２０７Ｒ／５４６Ｒ／５８０Ｃ／６４８Ａ、７５Ｓ／２６３Ｔ／４５４Ｌ／５４８Ｓ／５６８Ｐ／６０４Ｐ／６４８Ａ、７５Ｓ／２６６Ｋ／４５４Ｌ、７５Ｓ／４５４Ｌ、７５Ｓ／４５４Ｌ／５４６Ｒ／５４８Ｓ／５６８Ｐ／６０４Ｐ、７５Ｓ／５４６Ｒ／５４８Ｓ／６１０Ｒ／６４８Ａ、１６８Ｅ／２０７Ｒ／２６３Ｔ／４５４Ｌ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／６０４Ｐ、１６８Ｅ／２６３Ｔ／２６６Ｋ／５４６Ｒ／６０４Ｐ、１６８Ｅ／４５４Ｌ／６０４Ｐ、２０７Ｒ／６０４Ｐ／６１０Ｒ、２０９Ｖ、２１２Ｓ、２２１Ｉ、２２３Ｑ、２２８Ｉ、２２８Ｖ、２６６Ｋ／４５４Ｌ／５６８Ｐ、３１９Ｑ、３７３Ｆ、４１２Ｙ／５４６Ｌ／５５４Ｍ、４３１Ｔ、４５４Ｉ、４５４Ｌ／５４６Ｒ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／５８０Ｃ、４５４Ｌ／５４６Ｒ／５７０Ｅ、４５４Ｌ／５７０Ｅ／５８０Ｃ／６１０Ｒ、４５４Ｌ／５８０Ｃ、４５４Ｌ／６５９Ｔおよび５０６Ｎから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１８０もしくは２１５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ｑ２０７Ｒ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ／Ｌ５８６Ｖ／Ａ６１０Ｒ／Ｒ６４８Ａ／Ｅ６５９Ｔ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ、Ｒ７５Ｓ／Ｑ２０７Ｒ／Ａ４５４Ｌ／Ｋ５７０Ｅ／Ｅ６５９Ｔ、Ｒ７５Ｓ／Ｑ２０７Ｒ／Ｖ５４６Ｒ／Ｈ５８０Ｃ／Ｒ６４８Ａ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ４５４Ｌ／Ｄ５４８Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６４８Ａ、Ｒ７５Ｓ／Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ａ４５４Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｄ５４８Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｈ６０４Ｐ、Ｒ７５Ｓ／Ｖ５４６Ｒ／Ｄ５４８Ｓ／Ａ６１０Ｒ／Ｒ６４８Ａ、Ｓ１６８Ｅ／Ｑ２０７Ｒ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ６０４Ｐ、Ｓ１６８Ｅ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ２６６Ｋ／Ｖ５４６Ｒ／Ｈ６０４Ｐ、Ｓ１６８Ｅ／Ａ４５４Ｌ／Ｈ６０４Ｐ、Ｑ２０７Ｒ／Ｈ６０４Ｐ／Ａ６１０Ｒ、Ｉ２０９Ｖ、Ｄ２１２Ｓ、Ｌ２２１Ｉ、Ｎ２２３Ｑ、Ｔ２２８Ｉ、Ｔ２２８Ｖ、Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ、Ｎ３１９Ｑ、Ｌ３７３Ｆ、Ｆ４１２Ｙ／Ｖ５４６Ｌ／Ｌ５５４Ｍ、Ｐ４３１Ｔ、Ａ４５４Ｉ、Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ、Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｋ５７０Ｅ、Ａ４５４Ｌ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ／Ａ６１０Ｒ、Ａ４５４Ｌ／Ｈ５８０Ｃ、Ａ４５４Ｌ／Ｅ６５９ＴおよびＧ５０６Ｎから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２５０もしくは２２２０に対して少なくとも８５％、８０％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５／１８９／３７３／５８２、７５／２００／２１２／４３１／４８２、７５／２１２／３７３／４３１／４８２、７５／２１２／４３１／４８２／５６８／６１５／６６４、７５／３６８／５８２、７５／３７３／４３１／５２６／５８２、７５／４３１／４８２／５７０／６０４／６６４、７５／６３２、１８９／２１２／４３１／５６８／５７０、２００／２０５／３７３／４３１、２００／４３１／４８２／６１５／６６４、２００／４８２／６６４、２１２／２２８／４３１、２１２／２２８／５６８／５７０／５８２／６６４、２１２／３７３／４４６／４８２／５８２、３６８／３７３／４３１、３７３／４３１／５７０／６０４／６６４、３７３／５６８／６３２、４３１、４３１／６０４／６６４、４８２／５８２、５８２および６１５／６５２／６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２５０もしくは２２２０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５Ｓ／１８９Ａ／３７３Ｆ／５８２Ｇ、７５Ｓ／２００Ｗ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ、７５Ｓ／２１２Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ／４８２Ｓ、７５Ｓ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／５６８Ｐ／６１５Ｍ／６６４Ｇ、７５Ｓ／３６８Ｍ／５８２Ｇ、７５Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ／５２６Ｅ／５８２Ｇ、７５Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／５７０Ｋ／６０４Ｐ／６６４Ｇ、７５Ｓ／６３２Ｑ、１８９Ａ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／５６８Ｐ／５７０Ｋ、２００Ｗ／２０５Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ、２００Ｗ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／６１５Ｍ／６６４Ｇ、２００Ｗ／４８２Ｓ／６６４Ｗ、２１２Ｓ／２２８Ｖ／４３１Ｔ、２１２Ｓ／２２８Ｖ／５６８Ｐ／５７０Ｋ／５８２Ｇ／６６４Ｗ、２１２Ｓ／３７３Ｆ／４４６Ｆ／４８２Ｓ／５８２Ｇ、３６８Ｍ／３７３Ｆ／４３１Ｔ、３７３Ｆ／４３１Ｔ／５７０Ｋ／６０４Ｐ／６６４Ｗ、３７３Ｆ／５６８Ｐ／６３２Ｑ、４３１Ｔ、４３１Ｔ／６０４Ｐ／６６４Ｇ、４８２Ｓ／５８２Ｇ、５８２Ｇおよび６１５Ｍ／６５２Ｖ／６６４Ｇから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２５０もしくは２２２０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ７５Ｓ／Ｋ１８９Ａ／Ｌ３７３Ｆ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ２００Ｗ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｄ２１２Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ６１５Ｍ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ３６８Ｍ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ５２６Ｅ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｅ５７０Ｋ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ６３２Ｑ、Ｋ１８９Ａ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｌ５６８Ｐ／Ｅ５７０Ｋ、Ｋ２００Ｗ／Ｒ２０５Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ、Ｋ２００Ｗ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｋ６１５Ｍ／Ｒ６６４Ｇ、Ｋ２００Ｗ／Ｒ４８２Ｓ／Ｒ６６４Ｗ、Ｄ２１２Ｓ／Ｔ２２８Ｖ／Ｐ４３１Ｔ、Ｄ２１２Ｓ／Ｔ２２８Ｖ／Ｌ５６８Ｐ／Ｅ５７０Ｋ／Ｒ５８２Ｇ／Ｒ６６４Ｗ、Ｄ２１２Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｒ４４６Ｆ／Ｒ４８２Ｓ／Ｒ５８２Ｇ、Ｋ３６８Ｍ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ、Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｅ５７０Ｋ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｗ、Ｌ３７３Ｆ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ６３２Ｑ、Ｐ４３１Ｔ、Ｐ４３１Ｔ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ４８２Ｓ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ５８２ＧおよびＫ６１５Ｍ／Ｋ６５２Ｖ／Ｒ６６４Ｇから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３０８もしくは２２７８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、４０８／４３９、４３９／５１４、４７０、４７０／６６７、５１４、５１４／５３７および５３７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３０８もしくは２２７８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、４０８Ａ／４３９Ｓ、４３９Ｓ／５１４Ｒ、４７０Ｇ、４７０Ｇ／６６７Ｄ、４７０Ｐ、５１４Ｒ、５１４Ｒ／５３７Ｅおよび５３７Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｖ４０８Ａ／Ｍ４３９Ｓ、Ｍ４３９Ｓ／Ｈ５１４Ｒ、Ｑ４７０Ｇ、Ｑ４７０Ｇ／Ｇ６６７Ｄ、Ｑ４７０Ｐ、Ｈ５１４Ｒ、Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７ＥおよびＰ５３７Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６および／または３．２７に提供される少なくとも１個の位置における少なくとも１個の突然変異を含み、位置は、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも約８０％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６～１３６２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含み、配列は、ヒスチジンタグおよびヒスチジンタグに先行する４アミノ酸リンカーを欠く。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、高温および／または低温への曝露後に、参照配列と比較して、より高い酵素活性を保持する。一部の実施形態では、参照配列は、野生型プロテアーゼであり、一方、一部の他の実施形態では、参照配列は、別の組換えプロテアーゼである。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、４０～５０℃で安定している。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、２５℃、３７℃、４２℃および／または４８℃で安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、４０～５０℃で参照配列よりも安定している。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、２５℃、３７℃、４２℃および／または４８℃で参照配列よりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、低ｐＨ環境において安定し、一方、他の実施形態では、組換えプロテアーゼは、高ｐＨ環境において安定し、またさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、中性ｐＨ環境において安定している。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、低および高ｐＨ環境において安定し、一部の追加の実施形態では、プロテアーゼは、低、中性および高ｐＨ環境において安定している。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、低、高および／または中性ｐＨ環境への曝露後に、酵素活性を保持する。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、高、中性および／または低ｐＨ環境（複数可）で、参照配列と比較して、より安定している。一部の実施形態では、参照配列は、野生型プロテアーゼであり、一方、他の実施形態では、参照配列は、別の操作されたプロテアーゼである。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、低、中性および高ｐＨ環境において、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、低、中性および高ｐＨ環境において、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、７よりも大きいｐＨで、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、７よりも大きいｐＨで、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．８で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．８で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、７未満のｐＨで（すなわち、酸性ｐＨ条件またはレベル下で）、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７未満のｐＨで（すなわち、酸性ｐＨ条件またはレベル下で）、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、５未満のｐＨで、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ４で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．８で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．８で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．２６で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．２６で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．７５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．７５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７よりもｐＨ６で活性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７よりもｐＨ６で、配列番号２のプロテアーゼよりも活性が高い。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７よりもｐＨ６で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも活性が高い。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりもタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりもタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ペプシンによるタンパク質分解に対して抵抗性である。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも、ペプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも、ペプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、トリプシンによるタンパク質分解に対して抵抗性である。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも、トリプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも、トリプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、キモトリプシンによるタンパク質分解に対して抵抗性である。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも、キモトリプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも、キモトリプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ペプシン、トリプシンおよび／またはキモトリプシンによるタンパク質分解に対して抵抗性である。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも、ペプシン、トリプシンおよび／またはキモトリプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも、ペプシン、トリプシンおよび／またはキモトリプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。

一部の実施形態では、本発明の組換えプロテアーゼは、自己分解（すなわち、組換えプロテアーゼそれ自体による組換えプロテアーゼのタンパク質分解）に対して抵抗性である。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも自己分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも自己分解に対する抵抗性が高い。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で活性がある。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で、配列番号２のプロテアーゼよりも活性が高い。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも活性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、胆汁酸塩への曝露後に、酵素活性を保持する。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、胆汁酸塩への曝露後に、参照配列と比較して、より高い酵素活性を保持する。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼである。一部の追加の実施形態では、胆汁酸塩は、タウロコール酸塩である。

また一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、野生型プロテアーゼまたは別の組換えプロテアーゼと比較して、２種以上の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２と比較して、２種以上の改善された特性を示し、一方、一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８と比較して、２種以上の改善された特性を示す。一部の実施形態では、改善された特性は、酸安定性、アルカリ安定性、酸性ｐＨにおける安定性、アルカリｐＨにおける安定性、中性ｐＨにおける安定性、熱安定性、タンパク質分解抵抗性、自己分解抵抗性、酸性ｐＨにおける増加した活性、および少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での増加した活性から選択される。一部の実施形態では、改善された特性は、酸安定性、酸性ｐＨにおける安定性、熱安定性、タンパク質分解抵抗性、自己分解抵抗性、酸性ｐＨにおける増加した活性、および少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での増加した活性から選択される。また一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも、酸性ｐＨで安定性が高いおよび／もしくは活性が高い、熱安定性が高い、タンパク質分解に対する抵抗性が高い、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で活性が高い。改善された特性のいずれかの組合せが、本発明において用途があることが企図される。本発明が、改善された特性のいずれか具体的な組合せに限定されることは意図されない。さらに、一部の実施形態では、２種の改善された特性が存在し、一方、一部の他の実施形態では、３種の改善された特性が存在し、一部の追加の実施形態では、４種の改善された特性が存在し、一部の追加の実施形態では、５種またはそれを超える改善された特性が存在する。本発明の組換えプロテアーゼが、追加の改善をさらに含むことも企図される。一部の実施形態では、このような追加の改善は、野生型プロテアーゼを上回る利点を提供し、一方、一部の他の実施形態では、追加の改善は、他の組換えプロテアーゼを上回る利点を提供するであろう。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／または活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、少なくとも１種の胆汁酸塩に対する改善された安定性および／またはその存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／または活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、少なくとも１種の胆汁酸塩に対する改善された安定性および／またはその存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、自己分解に対する改善された安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも２種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された安定性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも２種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された安定性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも３種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された安定性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも３種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／または活性、改善された熱安定性、自己分解に対する改善された安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、ならびに少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された安定性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された安定性ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性、ならびに少なくとも１種の追加の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された安定性ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性、ならびに少なくとも１種の追加の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、参照配列と比較して、ｉ）増強された触媒活性；ｉｉ）酸性ｐＨに対する増加した耐性；ｉｉｉ）ｐＨ３．５に対する増加した耐性；ｉｖ）ｐＨ３に対する増加した耐性；ｖ）少なくとも１種のプロテアーゼに対する増加した耐性；ｖｉ）少なくとも１種の胆汁酸塩に対する増加した耐性；ｖｉｉ）増加した熱耐性；ｖｉｉｉ）自己分解に対する増加した安定性、またはｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）およびｖｉｉｉ）のいずれかの組合せから選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号２であり、一方、一部の代替実施形態では、参照配列は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８から選択される。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の参照配列と比較して、ｉ）増強された触媒活性；ｉｉ）酸性ｐＨに対する増加した耐性；ｉｉｉ）ｐＨ３．５に対する増加した耐性；ｉｖ）ｐＨ３に対する増加した耐性；ｖ）少なくとも１種のプロテアーゼに対する増加した耐性；ｖｉ）少なくとも１種の胆汁酸塩に対する増加した耐性；ｖｉｉ）増加した熱耐性；ｖｉｉｉ）自己分解に対する増加した耐性；またはｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）およびｖｉｉｉ）のいずれかの組合せから選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号２であり、一方、一部の代替実施形態では、参照配列は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８から選択される。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも２種またはそれを超える参照配列と比較して、ｉ）増強された触媒活性；ｉｉ）酸性ｐＨに対する増加した耐性；ｉｉｉ）ｐＨ３．５に対する増加した耐性；ｉｖ）ｐＨ３に対する増加した耐性；ｖ）少なくとも１種のプロテアーゼに対する増加した耐性；ｖｉ）少なくとも１種の胆汁酸塩に対する増加した耐性；ｖｉｉ）増加した熱耐性；ｖｉｉｉ）自己分解に対する増加した耐性、またはｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）およびｖｉｉｉ）のいずれかの組合せから選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８から選択される。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、精製されている。

さらに一部のさらなる実施形態では、プロテアーゼは、食物および／または飲料において安定している。一部の追加の実施形態では、プロテアーゼは、栄養および他の補助食品において安定している。一部の実施形態では、補助食品は、液体であり、一方、他の実施形態では、エマルション、懸濁液または固体である。本発明が、いずれか特定の食物、飲料および／または補助食品形式または形態に限定されることは意図されない。

本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼをコードする組換えポリヌクレオチド配列を提供する。一部の実施形態では、組換えポリヌクレオチド配列は、コドン最適化されている。一部のさらなる実施形態では、組換えポリヌクレオチドは、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含む。一部のさらなる実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含む。一部の追加の実施形態では、本発明は、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を提供する。一部の追加の実施形態では、組換えポリヌクレオチド配列は、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列から選択される配列を含む。一部の実施形態では、組換えポリヌクレオチド配列は、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列から選択される配列を含み、前記配列は、本明細書に提供される組換えポリペプチドをコードする。一部の実施形態では、組換えポリヌクレオチド配列は、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列から選択される配列を含み、前記配列は、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２に提供される偶数番号の配列に提供される組換えポリペプチドをコードする。一部のさらなる実施形態では、本明細書に提供される組換えプロテアーゼをコードする組換えポリヌクレオチドは、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含む。一部のさらなる実施形態では、本明細書に提供される組換えプロテアーゼをコードする組換えポリヌクレオチドは、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含む。一部のさらなる実施形態では、本明細書に提供される組換えプロテアーゼをコードする組換えポリヌクレオチドは、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含み、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２に提供される偶数番号の配列を含むポリペプチド配列を含む。

本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを提供する。本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼをコードする少なくとも１種の組換えポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを提供する。一部の追加の実施形態では、組換えポリヌクレオチド配列は、制御配列に作動可能に連結される。一部の実施形態では、制御配列は、プロモーターである。一部のさらなる実施形態では、プロモーターは、異種プロモーターである。

本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼをコードする少なくとも１種の組換えポリヌクレオチド配列を含む少なくとも１種の発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼをコードする少なくとも１種の組換えポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。本発明はまた、本明細書に提供される組換えプロテアーゼをコードする少なくとも１種の組換えポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。一部の実施形態では、宿主細胞は、真核細胞であり、一方、一部の代替実施形態では、宿主細胞は、原核細胞である。一部の実施形態では、宿主細胞は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。一部の代替実施形態では、宿主細胞は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅである。

本発明はまた、少なくとも１種の組換えプロテアーゼを産生する方法であって、組換えポリヌクレオチドによってコードされる組換えプロテアーゼが産生される条件下で、本明細書に提供される少なくとも１種の宿主細胞を培養するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、プロテアーゼを回収するステップをさらに含む。また一部の追加の実施形態では、方法は、プロテアーゼを精製するステップをさらに含む。

本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、少なくとも１種の組換えプロテアーゼを含む組成物は、医薬組成物を含む。一部の追加の実施形態では、医薬組成物は、膵機能不全の処置に適する。一部の追加の実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容される担体および／または賦形剤をさらに含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒトへの非経口注射または注入に適する。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒトへの経口投与に適する。一部の追加の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１種のリパーゼをさらに含む。本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼを含む組成物であって、他の使用に適する組成物を提供する。一部の実施形態では、本発明は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏでタンパク質を加水分解するための方法であって、タンパク質および本発明の少なくとも１種の操作されたプロテアーゼを用意するステップと、タンパク質が加水分解される条件下で、タンパク質を少なくとも１種の操作されたプロテアーゼに曝露するステップとを含む方法を提供する。

本発明はまた、対象における膵機能不全の症状を処置および／または予防するための方法であって、膵機能不全を有する対象を確保するステップと、本明細書に提供される医薬組成物を対象に与えるステップとを含む方法を提供する。一部の実施形態では、膵機能不全の症状は、対象への少なくとも１種の組換えプロテアーゼを含む組成物の投与後に、対象において軽快する。一部の追加の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１種のリパーゼをさらに含む。一部のさらなる実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１種のアミラーゼをさらに含む。また一部の追加の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１種のリパーゼおよび少なくとも１種のアミラーゼをさらに含む。一部のさらなる実施形態では、対象は、膵機能不全の症状を示す対象に要求される食事よりも、そのタンパク質含有量の制限が少ない食事を取ることができる。一部の追加の実施形態では、対象は、ヒト患者である。一部の実施形態では、ヒト患者は、乳児であり、一方、一部の他の実施形態では、ヒト患者は、小児である。また一部のさらなる実施形態では、ヒト患者は、成人であり、一方、一部の代替実施形態では、ヒト患者は、若年成人である。一部の実施形態では、対象は、非ヒト哺乳動物である。本発明はさらに、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼを含む医薬を提供する。本発明はまた、本明細書に提供される少なくとも１種の組換えプロテアーゼを含む組成物の使用を提供する。

本発明はまた、タンパク質加水分解のための方法であって、タンパク質および本明細書に提供される少なくとも１種の操作されたプロテアーゼを用意するステップと；操作されたプロテアーゼによってタンパク質が加水分解されるような条件下で、タンパク質を少なくとも１種のそのような操作されたプロテアーゼに曝露するステップとを含む方法を提供する。一部の追加の実施形態では、本発明はまた、タンパク質加水分解のための方法であって、タンパク質および本明細書に提供される少なくとも１種の操作されたプロテアーゼを含む組成物を用意するステップと；組成物の操作されたプロテアーゼによってタンパク質が加水分解されるような条件下で、タンパク質を組成物に曝露するステップとを含む方法を提供する。

図１は、実施例６に記載された結果を示すグラフを提供する。この図に示されるように、必須アミノ酸（ＥＡＡ；メチオニン、ロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン、ヒスチジン、リシン、スレオニン、およびトリプトファン）の総計は、投薬前［合計ＥＡＡ（－プロテアーゼ）］と比較して、配列番号７５６による１４日間の投薬後［合計ＥＡＡ（＋プロテアーゼ）］に、食後に有意に増加した。ＨＰＤを、時間０においてミニチュアブタに提供した。食前ベースライン値は、群間で異ならず、血清ＥＡＡレベルは、２４時間後にベースラインに戻った。投薬前（－プロテアーゼ）時点と投薬後（＋プロテアーゼ）時点との間での統計的有意性を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７（ＧｒａｐｈＰａｄ）中の多重Ｔ検定を使用して決定した。

投薬後８．５時間にわたる血清必須アミノ酸（ＥＡＡ；メチオニン、ロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン、ヒスチジン、リシン、スレオニン、およびトリプトファン）の総計（Ａ）および曲線下面積（ＡＵＣ；Ｂ）は、投薬前［合計ＥＡＡ（－プロテアーゼ）］と比較して、配列番号２３３２による１４日間の投薬後［合計ＥＡＡ（＋プロテアーゼ）］に、食後に有意に増加した。ＨＰＤを、時間０においてミニブタに提供した。食前ベースライン値は、群間で異ならなかった。投薬前（－プロテアーゼ）時点と投薬後（＋プロテアーゼ）時点との間での統計的有意性を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）中の多重Ｔ検定を使用して決定した。

発明の説明
本発明は、操作されたプロテアーゼポリペプチドおよびその組成物を提供する。操作されたプロテアーゼポリペプチドは、改善された活性、改善された熱安定性、プロテアーゼ安定性、自己分解安定性、および酸性（ｐＨ＜７）条件を含むある範囲のｐＨ条件下での安定性をもたらすように最適化された。本発明はまた、治療目的のための、操作されたプロテアーゼポリペプチドを含む組成物の使用に関する。一部の実施形態では、本発明のプロテアーゼバリアントは、ＰＥＩ状態のＰＥＲＴ処置における用途がある。一部の追加の実施形態では、プロテアーゼは、腸溶コーティングおよび／またはプロトンポンプ阻害剤（ＰＰＩ）を要求しない形式で投与される。本発明はまた、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびに操作されたポリヌクレオチドおよびプロテアーゼポリペプチドを作製するための方法を提供する。
略語および定義：

他に規定がなければ、本明細書で使用されているあらゆる技術および科学用語は一般に、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されているものと同じ意義を有する。一般に、本明細書で使用されている命名法、ならびに後述する細胞培養、分子遺伝学、微生物学、生化学、有機化学、分析化学および核酸化学の研究室手順は、当技術分野で周知かつ一般的に用いられているものである。そのような技法は、周知されており、当業者にとって周知の多数の教科書および参考文献に記載されている。標準技法またはその修正が、化学合成および化学分析のために使用される。上記および下記の両方で本明細書に言及されているあらゆる特許、特許出願、論文および刊行物は、これにより明確に参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書に記載されているものと同様または等価の任意の適切な方法および材料が、本発明の実施において用途があるが、一部の方法および材料が、本明細書に記載されている。記載されている特定の方法論、プロトコールおよび試薬は、当業者によって使用される文脈に応じて変動し得るため、本発明が、そのようなものに限定されないことを理解されたい。したがって、直ぐ下に定義されている用語は、本出願を全体として参照することによって、より十分に記載される。上記および下記の両方で本明細書に言及されているあらゆる特許、特許出願、論文および刊行物は、これにより明確に参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈がそれ以外のことを明らかに指示しない限り、複数の参照を含む。

数的な範囲は、当該範囲を定義する数を包括する。よって、本明細書に開示されている全ての数的範囲は、斯かるより広い数的範囲内に収まる全てのより狭い数的範囲を、あたかも斯かるより狭い数的範囲が全て本明細書に明確に書かれているかのように、包含することが意図される。本明細書に開示されている全ての最大（または最小）の数的限界が、全てのより低い（またはより高い）数的限界を、あたかも斯かるより低い（またはより高い）数的限界が本明細書に明確に書かれているかのように、含むことも意図される。

用語「約」は、特定の値に許容される誤差を意味する。一部の例では、「約」は、所与の値範囲の０．０５％、０．５％、１．０％または２．０％以内を意味する。一部の例では、「約」は、所与の値の１、２、３または４標準偏差以内を意味する。

さらに、本明細書に提供される見出しは、本出願を全体として参照することによって得られる本発明の様々な態様または実施形態を限定するものではない。したがって、直ぐ下に定義されている用語は、本出願を全体として参照することによって、より十分に定義される。そうであるにもかかわらず、本発明の理解を容易にするために、いくつかの用語を下に定義する。

他に指示がなければ、核酸は、左から右へ、５’から３’への方向性で；アミノ酸配列は、左から右へ、アミノからカルボキシへの方向性で、それぞれ書かれる。

本明細書で使用される場合、用語「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」およびその同語源語は、それらの包括的な意味で（すなわち、用語「を含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」およびその対応する同語源語と等価に）使用される。

本明細書で使用される場合、「ＥＣ」番号は、国際生化学分子生物学連合の命名委員会の酵素命名法（Ｅｎｚｙｍｅ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｕｎｉｏｎ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）（ＮＣ－ＩＵＢＭＢ）を指す。ＩＵＢＭＢ生化学分類は、触媒する化学反応に基づく酵素の数的分類系である。

本明細書で使用される場合、「ＡＴＣＣ」は、そのバイオレポジトリ収集物が遺伝子および系統を含む、アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）を指す。

本明細書で使用される場合、「ＮＣＢＩ」は、国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）およびその中で提供される配列データベースを指す。

本明細書で使用される場合、用語「プロテアーゼ」（および「プロテイナーゼ」および「ペプチダーゼ」）は、タンパク質を加水分解する多数の酵素を指す。タンパク質の、より小型のポリペプチド単位または単一のアミノ酸への分解に関与する多数のプロテアーゼが存在する。プロテアーゼは、経口摂取したタンパク質の消化、タンパク質異化反応、および細胞シグナル伝達を含む多数の生物学的機能に重要である。

本明細書で使用される場合、用語「タンパク質分解」は、タンパク質および／またはポリペプチドの、より小型のペプチドおよび／またはアミノ酸への分解（例えば、加水分解による）を指す。

本明細書で使用される場合、用語「自己分解」は、細胞および／または酵素の自己破壊または自己消化を指す。自己分解が関与する例示的な状況は、それ自身の作用による、その構造における、プロテアーゼの分解を含む（すなわち、プロテアーゼは、自身を分解または破壊する）。

本明細書で使用される場合、用語「リパーゼ」は、トリグリセリドのエステル結合を加水分解することにより脂肪の加水分解を触媒する、「リパーゼ」と一般的に称される任意
の酵素を指す。膵リパーゼは、脂肪の、脂肪酸、グリセロールおよび他のアルコールへの分解において重要である。リパーゼは、大部分の生物で、食事由来の脂質の消化、輸送およびプロセシングにおいて必須である。

本明細書で使用される場合、用語「脂質」は、脂肪酸およびそのエステル、ステロール、プレノール（ｐｒｅｎｏｌ）、ある特定の難溶性ビタミン、ならびに他の関連化合物を含む、非水溶性巨大分子のクラスを指す。「脂肪」は、脂肪酸エステル（例えば、グリセロールおよび３個の脂肪酸でできたトリグリセリド）で構成された脂質のサブセットである。本発明が、いずれかの具体的な脂質および／または脂肪に限定されることは意図されない。文脈を考慮に入れると、用語「脂肪」および「脂質」は、本明細書で互換的に使用されている。

本明細書で使用される場合、用語「タンパク質」、「ポリペプチド」および「ペプチド」は、長さにも翻訳後修飾（例えば、グリコシル化またはリン酸化）にも関係なく、アミド結合によって共有結合により連結された少なくとも２個のアミノ酸のポリマーを表示するように本明細書で互換的に使用されている。

本明細書で使用される場合、用語「アミノ酸」は、ＩＵＰＡＣ－ＩＵＢ生化学命名法委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）によって推奨される、その一般的に公知の３文字記号または１文字記号のいずれかで、本明細書で参照される。ヌクレオチドは、同様に、その一般的に許容される単一文字コードで参照することができる。

本明細書で使用される場合、「操作された」、「組換え」、「天然に存在しない」および「バリアント」は、細胞、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを参照して使用される場合、修飾されなければ自然界に存在し得ない様式で修飾された、または自然界のものと同一であるが、合成材料からおよび／または組換え技法を使用したマニピュレーションによって産生もしくは派生された、材料または当該材料の天然もしくはネイティブ形態に対応する材料を指す。

組換えポリペプチドは、当技術分野で公知の任意の適切な方法を使用して産生することができる。目的の野生型ポリペプチドをコードする遺伝子は、プラスミド等のベクターにクローニングし、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ等の所望の宿主において発現させることができる。組換えポリペプチドのバリアントは、当技術分野で公知の様々な方法によって生成することができる。実際に、当業者にとって周知の多種多様な異なる突然変異誘発技法が存在する。さらに、多くの商業的分子生物学サプライヤーから突然変異誘発キットを入手することもできる。規定されたアミノ酸における特異的置換（部位指定）、遺伝子の限局された領域における特異的もしくはランダム突然変異（位置指定）、または遺伝子全体にわたるランダム突然変異誘発（例えば、飽和突然変異誘発）を行うための方法を利用できる。ＰＣＲを使用した一本鎖ＤＮＡもしくは二本鎖ＤＮＡの部位指定突然変異誘発、カセット突然変異誘発、遺伝子合成、エラープローンＰＣＲ、シャッフリングおよび化学的飽和突然変異誘発、または当技術分野で公知の他の任意の適切な方法が含まれるがこれらに限定されない、酵素バリアントを生成するための多数の適切な方法が、当業者にとって公知である。ＤＮＡおよびタンパク質操作のために使用される方法の非限定的な例は、次の特許に提供される：米国特許第６，１１７，６７９号；米国特許第６，４２０，１７５号；米国特許第６，３７６，２４６号；米国特許第６，５８６，１８２号；米国特許第７，７４７，３９１号；米国特許第７，７４７，３９３号；米国特許第７，７８３，４２８号；および米国特許第８，３８３，３４６号。バリアントが産生された後に、バリアントをいずれか所望の特性（例えば、高いもしくは増加した活性、または低いもしくは低減した活性、増加した熱的活性、増加した熱的安定性、および／または酸性ｐＨ安定性等）についてスクリーニングすることができる。一部の実施形態では、「組換えプロテアーゼポリペプチド」（「操作されたプロテアーゼポリペプチド」、「バリアントプロテアーゼ酵素」および「プロテアーゼバリアント」とも本明細書で称される）は用途がある。

本明細書で使用される場合、用語「野生型」および「天然に存在する」は、自然界に見出される形態を指す。例えば、野生型ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、自然界における供給源から単離され得る、人間によるマニピュレーションによって意図的に修飾されたことがない、生物に存在する配列である。

本明細書で使用される場合、用語「コード配列」は、タンパク質のアミノ酸配列をコードする、核酸の一部（例えば、遺伝子）を指す。

本明細書で使用される場合、「パーセント（％）配列同一性」は、ポリヌクレオチド間およびポリペプチド間の比較を指すように本明細書で使用されており、比較ウィンドウにわたり２種の最適に整列された配列を比較することにより決定され、比較ウィンドウにおけるポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の部分は、２種の配列の最適な整列のために、参照配列と比較して付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含むことができる。パーセンテージは、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列で発生する位置の数を決定して、マッチした位置の数を得て、マッチした位置の数を比較のウィンドウにおける位置の総数で割り、その結果に１００を掛けて、配列同一性のパーセンテージを得ることにより計算することができる。あるいは、パーセンテージは、同一の核酸塩基もしくはアミノ酸残基が両方の配列で発生するかまたは核酸塩基もしくはアミノ酸残基がギャップを用いて整列される位置の数を決定して、マッチした位置の数を得て、マッチした位置の数を比較のウィンドウにおける位置の総数で割り、その結果に１００を掛けて、配列同一性のパーセンテージを得ることにより計算することができる。当業者は、２種の配列の整列に利用できる多くの確立されたアルゴリズムが存在することを認める。比較のための配列の最適な整列は、例えば、当技術分野で公知の通り、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎの局所的相同性アルゴリズム（Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ， Ａｄｖ． Ａｐｐｌ． Ｍａｔｈ．， ２：４８２ ［１９８１］）、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈの相同性整列アルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ４８：４４３ ［１９７０］）、ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎの類似性検索方法（Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８５：２４４４ ［１９８８］）、これらのアルゴリズムのコンピュータ処理されたインプリメンテーション（例えば、ＧＣＧ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ＰａｃｋａｇｅにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡおよびＴＦＡＳＴＡ）、または目視検査によって実行することができる。パーセント配列同一性および配列類似性の決定に適切なアルゴリズムの例は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（それぞれＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２１５： ４０３－４１０ ［１９９０］；およびＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ３３８９－３４０２ ［１９７７］を参照）によって記載されているＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズムが含まれるがこれらに限定されない。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）ウェブサイトにより公開されている。このアルゴリズムは、先ず、データベース配列における同じ長さのワードと整列されたときにある正の値の閾値スコアＴにマッチするかこれを満たす、クエリー配列における長さＷの短いワードを同定することにより、高スコアリング配列対（ＨＳＰ）を同定することを伴う。Ｔは、近隣ワードスコア閾値と称される（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．、上記を参照）。このような初期近隣ワードヒットは、これを含有するより長いＨＳＰを見出すための検索を開始するためのシードとして作用する。次に、ワードヒットは、累積的整列スコアを増加させ得る限り、各配列に沿って両方向に伸長される。累積的スコアは、ヌクレオチド配列のため、パラメーターＭ（マッチする残基の対のための報酬スコア；常に＞０）およびＮ（ミスマッチする残基のためのペナルティースコア；常に＜０）を使用して計算される。アミノ酸配列のために、累積的スコアを計算するためのスコアリングマトリックスが使用される。各方向におけるワードヒットの伸長は、次の場合に停止される：累積的整列スコアが、その最大達成値から含量Ｘだけ落ちる；１つもしくは複数の負のスコアリング残基整列の蓄積により、累積的スコアがゼロまたはそれを下回る値になる；またはどちらかの配列の終わりに達する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、ＴおよびＸは、整列の感度およびスピードを決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列のための）は、デフォルトとして、１１のワード長さ（Ｗ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝－４、および両方の鎖の比較を使用する。アミノ酸配列のために、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして、３のワード長さ（Ｗ）、１０の期待値（Ｅ）、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを使用する（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９：１０９１５ ［１９８９］を参照）。配列整列および％配列同一性の例示的な決定は、提供されるデフォルトパラメーターを使用して、ＧＣＧ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅパッケージ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ、Ｍａｄｉｓｏｎ ＷＩ）におけるＢＥＳＴＦＩＴまたはＧＡＰプログラムを用いることができる。

本明細書で使用される場合、用語「参照配列」は、配列比較のための基盤として使用される、規定された配列を指す。参照配列は、より大型の配列のサブセット、例えば、全長遺伝子またはポリペプチド配列のセグメントであり得る。一般に、参照配列は、少なくとも２０個のヌクレオチドもしくはアミノ酸残基の長さ、少なくとも２５個の残基の長さ、少なくとも５０個の残基の長さ、少なくとも１００個の残基の長さ、または核酸もしくはポリペプチドの全長である。２種のポリヌクレオチドまたはポリペプチドはそれぞれ、（１）２種の配列の間で同様である配列（すなわち、完全配列の部分）を含むことができ、かつ（２）２種の配列の間で多岐にわたる配列をさらに含むことができるため、２種の（またはそれを超える）ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの間の配列比較は典型的に、「比較ウィンドウ」にわたり２種のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列を比較して、配列類似性の局所的領域を同定および比較することにより行われる。一部の実施形態では、「参照配列」は、一次アミノ酸配列に基づくことができ、参照配列は、一次配列に１個または複数の変化を有し得る配列である。「比較ウィンドウ」は、少なくとも約２０個の近接ヌクレオチド位置またはアミノ酸残基の概念的セグメントを指し、配列は、少なくとも２０個の近接ヌクレオチドまたはアミノ酸の参照配列と比較され得、比較ウィンドウにおける配列の部分は、２種の配列の最適な整列のために、参照配列（付加も欠失も含まない）と比較して、２０パーセントまたはそれ未満の付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含むことができる。比較ウィンドウは、２０個の近接残基よりも長いことがあり、必要に応じて、３０、４０、５０、１００個またはそれよりも長いウィンドウを含む。

所与のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列の番号付けの文脈で使用される場合、「に対応して」、「を参照して」または「と比べて」は、所与のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列が参照配列と比較される場合、その指定の参照配列の残基の番号付けを指す。換言すると、所与のポリマーの残基番号または残基位置は、所与のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列内の残基の実際の数的位置によるのではなく、参照配列に対して指名される。例えば、操作されたプロテアーゼのアミノ酸配列等の所与のアミノ酸配列は、ギャップを導入して２種の配列の間の残基マッチを最適化することにより、参照配列と整列することができる。これらの場合では、ギャップが存在するが、所与のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列における残基の番号付けは、それが整列された参照配列に対して為される。

本明細書で使用される場合、用語「突然変異」は、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列の任意の変化を指す。これは、配列に存在するいずれかの数（すなわち、１個または複数）の置換、挿入、欠失および／または再編成（すなわち、出発または参照配列と比較して）を包含することが意図される。よって、配列における突然変異は、本明細書に提供されるバリアントポリペプチド（例えば、バリアントまたは組換えプロテアーゼ）の産生をもたらす。

本明細書で使用される場合、「アミノ酸差」または「残基差」は、参照配列の対応する位置におけるアミノ酸残基と比べた、ポリペプチド配列のある位置におけるアミノ酸残基の差を指す。アミノ酸差の位置は一般に、「Ｘｎ」と本明細書で称され、ｎは、残基差が基づく参照配列における対応する位置を指す。例えば、「配列番号２と比較した位置Ｘ９２における残基差」は、配列番号２の位置９２に対応するポリペプチド位置におけるアミノ酸残基の差を指す。よって、配列番号２の参照ポリペプチドが、位置９２にスレオニンを有する場合、「配列番号２と比較した位置Ｘ９２における残基差」は、配列番号２の位置９２に対応するポリペプチドの位置にスレオニン以外のアミノ酸残基が存在する（例えば、Ｔ９２Ａ）ことを意味する。本明細書における大部分の例では、ある位置における具体的なアミノ酸残基差は、「ＸｎＹ」として指し示され、「Ｘｎ」は、上に記載されている通りの対応する位置を指定し、「Ｙ」は、操作されたポリペプチドに見出されるアミノ酸（すなわち、参照ポリペプチドのものとは異なる残基）の単一文字識別子である。一部の例では（例えば、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６および／または３．２７において）、本開示はまた、従来の表示法「ＡｎＢ」によって表示される具体的なアミノ酸差を提供し、Ａは、参照配列における残基の単一文字識別子であり、「ｎ」は、参照配列における残基位置の番号であり、Ｂは、操作されたポリペプチドの配列における残基置換の単一文字識別子である。一部の例では、本開示のポリペプチドは、参照配列と比べて１個または複数のアミノ酸残基差を含むことができ、これは、参照配列と比べて残基差が存在する指定の位置のリストによって指し示される。一部の実施形態では、２個以上のアミノ酸が、ポリペプチドの具体的な残基位置において使用され得る場合、使用され得る様々なアミノ酸残基は、「／」によって分離される（例えば、Ｘ４４６Ａ／Ｘ４４６Ｇ／Ｘ４４６ＭまたはＸ４４６Ａ／Ｇ／ＭまたはＰ４４６Ａ／Ｇ／Ｍ）。一部の実施形態では、酵素バリアントは、２個以上の置換を含む。これらの置換は、読み易くするためにスラッシュによって分離される（例えば、Ｖ４０８Ａ／Ｍ４３９Ｓ）。本出願は、保存的および非保存的アミノ酸置換のいずれか一方／または両方を含む１個または複数のアミノ酸差を含む操作されたポリペプチド配列を含む。

本明細書で使用される場合、「保存的アミノ酸置換」は、残基の、同様の側鎖を有する異なる残基による置換を指し、よって、典型的に、ポリペプチドにおけるアミノ酸の、アミノ酸の同じまたは同様の規定されたクラス内のアミノ酸による置換が関与する。限定ではなく例として、脂肪族側鎖を有するアミノ酸は、別の脂肪族アミノ酸により置換され得る（例えば、アラニン、バリン、ロイシンおよびイソロイシン）；ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸は、ヒドロキシル側鎖を有する別のアミノ酸により置換される（例えば、セリンおよびスレオニン）；芳香族側鎖を有するアミノ酸は、芳香族側鎖を有する別のアミノ酸により置換される（例えば、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファンおよびヒスチジン）；塩基性側鎖を有するアミノ酸は、基準（ｂａｓｉｓ）側鎖を有する別のアミノ酸により置換される（例えば、リシンおよびアルギニン）；酸性側鎖を有するアミノ酸は、酸性側鎖を有する別のアミノ酸により置換される（例えば、アスパラギン酸またはグルタミン酸）；および／または疎水性もしくは親水性アミノ酸は、それぞれ別の疎水性もしくは親水性アミノ酸により置き換えられる。

本明細書で使用される場合、「非保存的置換」は、ポリペプチドにおけるアミノ酸の、著しく異なる側鎖特性を有するアミノ酸による置換を指す。非保存的置換は、規定された群内ではなく規定された群間のアミノ酸を使用することができ、（ａ）置換の区域におけるペプチド骨格の構造（例えば、グリシンに代えたプロリン）、（ｂ）電荷もしくは疎水性、または（ｃ）側鎖の容積に影響を与える。限定ではなく例として、例示的な非保存的置換は、塩基性または脂肪族アミノ酸により置換された酸性アミノ酸；小型のアミノ酸により置換された芳香族アミノ酸；および疎水性アミノ酸により置換された親水性アミノ酸であり得る。

本明細書で使用される場合、用語「欠失」は、参照ポリペプチドからの１個または複数のアミノ酸の除去による、ポリペプチドに対する修飾を指す。欠失は、操作された酵素の酵素活性を保持しながらおよび／または改善された特性を保持しながら、参照酵素を構成する１個もしくはそれを超えるアミノ酸、２個もしくはそれを超えるアミノ酸、５個もしくはそれを超えるアミノ酸、１０個もしくはそれを超えるアミノ酸、１５個もしくはそれを超えるアミノ酸または２０個もしくはそれを超えるアミノ酸、アミノ酸の総数の最大１０％、またはアミノ酸の総数の最大２０％の除去を含むことができる。欠失は、ポリペプチドの内部部分および／または末端部分を指向することができる。様々な実施形態では、欠失は、連続的セグメントを含み得る、または不連続であり得る。

本明細書で使用される場合、ポリヌクレオチド配列の文脈で使用されるアステリスク（＊）は、ポリヌクレオチド配列内の停止コドンの存在を指し示す。一部の実施形態では、バリアントプロテアーゼは、停止コドンの存在により、出発または参照配列と比較してトランケートされる。

本明細書で使用される場合、用語「挿入」は、参照ポリペプチドからの１個または複数のアミノ酸の付加による、ポリペプチドに対する修飾を指す。挿入は、ポリペプチドの内部部分に、またはカルボキシもしくはアミノ末端に為すことができる。挿入は、本明細書で使用される場合、当技術分野で公知の通りの融合タンパク質を含む。挿入は、アミノ酸の近接セグメントであり得る、または天然に存在するポリペプチドにおけるアミノ酸のうち１個または複数によって分離され得る。

「機能的断片」および「生物活性がある断片」は、アミノ末端および／もしくはカルボキシ末端欠失（複数可）ならびに／または内部欠失を有するが（例えば、配列はトランケートされている）、残っているアミノ酸配列が、比較されている配列（例えば、全長の本発明の操作されたプロテアーゼ）における対応する位置と同一であり、全長ポリペプチドの活性の実質的に全てを保持する、ポリペプチドを指すように本明細書で互換的に使用される。

本明細書で使用される場合、「単離されたポリペプチド」は、それに天然で付随する他の夾雑物（例えば、タンパク質、脂質およびポリヌクレオチド）から実質的に分離されたポリペプチドを指す。この用語は、その天然に存在する環境または発現系（例えば、宿主細胞またはｉｎ ｖｉｔｒｏ合成）から除去または精製されたポリペプチドを包含する。組換えプロテアーゼポリペプチドは、細胞内に存在し得る、細胞培地中に存在し得る、またはライセートもしくは単離された調製物等の様々な形態で調製され得る。したがって、一部の実施形態では、組換えプロテアーゼポリペプチドは、単離されたポリペプチドであり得る。

用語「単離された」および「精製された」は、それが天然で付随する少なくとも１種の他の構成成分から除去された分子（例えば、単離された核酸、ポリペプチド等）または他の構成成分を指すように使用される。用語「精製された」は、絶対的な純度を要求するものではなく、むしろ、相対的な定義として意図される。

本明細書で使用される場合、「実質的に純粋なポリペプチド」は、ポリペプチド種が、存在する優勢種である（すなわち、モル濃度または重量基盤で、組成物における他のいずれの個々の巨大分子種よりも豊富である）組成物を指し、一般に、対象種が、モルまたは％重量で存在する巨大分子種の少なくとも約５０パーセントを構成する場合、実質的に精製された組成物である。一般に、実質的に純粋なプロテアーゼ組成物は、組成物中に存在するモルまたは％重量で全巨大分子種の約６０％またはそれよりも多く、約７０％またはそれよりも多く、約８０％またはそれよりも多く、約９０％またはそれよりも多く、約９５％またはそれよりも多く、および約９８％またはそれよりも多くを構成する。一部の実施形態では、対象種は、出発調製物から、組成物が単一の巨大分子種から本質的になる本質的均一性（すなわち、従来の検出方法によって組成物において夾雑物種を検出することができない）となるまで精製される。溶媒種、小分子（＜５００ダルトン）および元素イオン種は、巨大分子種と考慮されない。一部の実施形態では、単離された組換えプロテアーゼポリペプチドは、実質的に純粋なポリペプチド組成物である。一部の実施形態では、実質的に純粋な組換えプロテアーゼポリペプチド調製物は、本発明における使用に適切な製剤に添加される（例えば、多糖、界面活性物質等）。

本明細書で使用される場合、「改善された酵素特性」および「改善された特性」は、参照プロテアーゼポリペプチドと比較した、および／または野生型プロテアーゼポリペプチドもしくは別の操作されたプロテアーゼポリペプチドとしての、いずれかの酵素特性における改善を含む、操作されたプロテアーゼポリペプチドの特性を指す。改善された特性は、増加したタンパク質発現、増加した熱活性（ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｖｉｔｙ）、増加した熱安定性、増加したｐＨ活性、増加した安定性、増加した酵素活性、増加した基質特異性または親和性、増加した比活性、基質または最終産物阻害に対する増加した抵抗性、増加した化学的安定性、改善された化学選択性、改善された溶媒安定性、酸性または塩基性ｐＨに対する増加した耐性、タンパク質分解活性に対する増加した耐性（すなわち、タンパク質分解に対する低減した感受性）、低減した凝集、増加した溶解性、低減した免疫原性、改善された翻訳後修飾（例えば、グリコシル化）および変更された温度プロファイル等の特性が含まれるがこれらに限定されない。

本明細書で使用される場合、「増加した酵素活性」または「増強された触媒活性」は、参照プロテアーゼ酵素と比較した、比活性（例えば、産生された産物／時間／重量タンパク質）の増加または基質から産物へのパーセント変換の増加（例えば、指定の量のプロテアーゼを使用した指定の期間における出発量の基質から産物へのパーセント変換）によって表すことができる、操作されたプロテアーゼポリペプチドの改善された特性を指す。酵素活性を決定するための例示的な方法は、実施例に提供される。Ｋ_ｍ、Ｖ_ｍａｘまたはｋ_ｃａｔの古典的酵素特性を含む、酵素活性に関するいずれかの特性が影響され得、その変化は、増加した酵素活性を生じ得る。酵素活性における改善は、対応する野生型酵素の酵素活性の約１．１倍から、プロテアーゼポリペプチドが派生された天然に存在するプロテアーゼまたは別の操作されたプロテアーゼの２倍、５倍、１０倍、２０倍、２５倍、５０倍、７５倍、１００倍、１５０倍、２００倍またはそれを超える酵素活性もの大きさであり得る。

プロテアーゼ活性は、当技術分野で公知の任意の適切な方法（例えば、反応物または産物の分光光度的特性の変化のモニタリング等の標準アッセイ）によって測定することができる。一部の実施形態では、産生された産物の量は、ＥＮＺＣＨＥＫ（商標）プロテアーゼアッセイキット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）等の蛍光に基づくアッセイを使用して測定することができ、一方、一部の他の実施形態では、産物は、当技術分野で公知の代替方法を使用して測定することができる。酵素活性の比較は、本明細書で詳細にさらに記載される通り、酵素の規定される調製物、設定条件下での規定されるアッセイ、および１個または複数の規定される基質を使用して為される。

本明細書で使用される場合、用語「プロテアーゼに安定」および「タンパク質分解に対する安定性」は、機能し、任意のタンパク質分解酵素または他のタンパク質分解化合物もしくは因子によって媒介されるタンパク質分解に耐え、プロテアーゼによる処置後にその機能を保持するタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）の能力を指す。この用語が、タンパク質の安定性を評価するためのいずれか特定のプロテアーゼの使用に限定されることは意図されない。実際に、本発明の操作されたプロテアーゼは、様々なプロテアーゼの存在下で安定しており、酵素活性を保持する。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼは、トリプシン、キモトリプシンおよび／またはペプシンの存在下で安定している。しかし、本発明が、いずれかの具体的なプロテアーゼや、タンパク質分解安定性を評価するいずれか特定の方法に限定されることは意図されない。

本明細書で使用される場合、用語「ｐＨ安定性」は、特定のｐＨでのインキュベーション後に機能するタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）の能力を指す。一部の実施形態では、本発明は、ｐＨ２～ｐＨ７の範囲を含むがこれに限定されない、ある範囲のｐＨで安定している組換えプロテアーゼを提供する。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、本明細書に提供される実施例において指し示される通り、様々なｐＨ範囲で安定している。本発明が、いずれかのｐＨ安定性レベルやｐＨ範囲に限定されることは意図されない。

本明細書で使用される場合、用語「酸性ｐＨに対する改善された耐性」は、本発明にかかる組換えプロテアーゼが、参照プロテアーゼまたは別の酵素と比較して、増加した安定性（指定の期間［例えば、１時間、最大２４時間等］にわたる酸性ｐＨへの曝露後に、約ｐＨ７、６、５、４、３、２またはさらにより低いｐＨで、より高い保持活性）を有することになることを意味する。

本明細書で使用される場合、用語「生理的ｐＨ」は、対象の（例えば、ヒトの）血液において一般に見出されるｐＨ範囲（例えば、ｐＨ７．２～７．４）を指す。

本明細書で使用される場合、用語「塩基性ｐＨ」（例えば、塩基性ｐＨ条件に対する改善された安定性または塩基性ｐＨに対する増加した耐性を参照して使用される）は、約７～１１のｐＨ範囲、または一部の実施形態では、ｐＨ１１を超えるｐＨ範囲を意味する。

本明細書で使用される場合、用語「酸性ｐＨ」（例えば、酸性ｐＨ条件に対する改善された安定性または酸性ｐＨに対する増加した耐性を参照して使用される）は、７未満のいずれかのｐＨ値を包含するｐＨ範囲を意味する。一部の実施形態では、酸性ｐＨは、７未満であり、一方、一部の他の実施形態では、このｐＨは、約６、５、４、３、２またはそれよりも低い値未満である。一部の代替実施形態では、本発明の組換えプロテアーゼは、２～４のｐＨレベルで安定している。しかし、本発明が、いずれかの具体的なｐＨ値や値の範囲に限定されることは意図されない。

本明細書で使用される場合、語句「胃的チャレンジ」は、組換えリパーゼが、胃（例えば、ヒトの胃）の中で遭遇し得る条件に曝露されるような、低ｐＨ環境および少なくとも１種の酵素（例えば、ペプシン）の存在への本発明の組換えプロテアーゼの曝露を指す。

本明細書で使用される場合、語句「腸的チャレンジ」は、組換えプロテアーゼが、腸管（例えば、ヒトの腸）の中で遭遇し得る条件に曝露されるような、中性ｐＨ環境ならびに少なくとも１種のプロテアーゼ（例えば、トリプシンおよび／またはキモトリプシン等の腸プロテアーゼ）および／または少なくとも１種の胆汁酸塩（例えば、タウロコール酸ナトリウム）の存在への本発明の組換えプロテアーゼの曝露を指す。

本明細書で使用される場合、語句「順次の複数チャレンジ」は、一連のチャレンジ条件への本発明の組換えプロテアーゼの曝露を指す。例えば、一部の実施形態では、１時間の熱チャレンジに続いて、１時間の胃的チャレンジが為され、それに続いて、１時間の腸的チャレンジが為された。本発明が、いずれかの具体的なチャレンジおよび／またはチャレンジ条件や、チャレンジの具体的な順番に限定されることは意図されない。

本明細書で使用される場合、用語「熱的安定性」および「熱安定性」は、特定の温度で機能するタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）の能力を指す。一部の実施形態では、この用語は、特定の温度でのインキュベーション後に機能するタンパク質の能力を指す。一部の実施形態では、本発明の組換えプロテアーゼは、「熱耐性」である（すなわち、この酵素は、上昇した温度でその触媒活性を維持する）。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、上昇した温度での不活性化に抵抗し、一部の実施形態では、延長した曝露時間にわたる上昇した温度で触媒活性を維持する。これらの用語は、本明細書で互換的に使用される。本発明が、いずれかの具体的な温度および／または曝露時間に限定されることは意図されない。そのような安定性は、当技術分野で公知のいずれかの方法（例えば、本明細書に記載されている方法）によって測定することができる。本発明が、いずれかの具体的な温度安定性レベルや温度範囲に限定されることは意図されない。一部の実施形態では、熱的安定性は、特定の温度でのタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）のインキュベーション後に測定される。

本明細書で使用される場合、用語「熱的安定性」は、特定の温度で機能するタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）の能力を指す。熱的安定性は、当技術分野で公知のいずれかの方法（例えば、本明細書に記載されている方法）によって測定することができる。本発明が、いずれかの具体的な温度安定性レベルや温度範囲に限定されることは意図されない。一部の実施形態では、熱的安定性は、特定の温度でのタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）のインキュベーション後に測定される。よって、一部の実施形態では、この用語は、特定の温度でインキュベートされた後に、特定の温度で機能するタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）の能力を指す。

本明細書で使用される場合、用語「化学的安定性」は、別のタンパク質の機能に有害に影響する化学物質の存在下で機能するタンパク質（例えば、本発明の組換えプロテアーゼ）の能力を指す。本発明が、いずれかの具体的な化学的安定性レベルや化学的安定性の範囲に限定されることは意図されない。

本明細書で使用される場合、用語「変換」は、基質（複数可）から対応する産物（複数可）への酵素変換（または生体内分解）を指す。「パーセント変換」は、指定の条件下で、ある期間内に産物へと変換される基質のパーセントを指す。よって、プロテアーゼポリペプチドの「酵素活性」または「活性」は、特異的な期間における基質から産物への「パーセント変換」として表現することができる。

本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーションストリンジェンシー」は、核酸のハイブリダイゼーションにおける洗浄条件等のハイブリダイゼーション条件に関する。一般に、ハイブリダイゼーション反応は、より低いストリンジェンシーの条件下で行われ、続いて、変動するものの、より高いストリンジェンシーの洗浄が為される。用語「中等度にストリンジェントなハイブリダイゼーション」は、標的ＤＮＡが、標的ＤＮＡに対して約６０％同一性、好ましくは約７５％同一性、約８５％同一性を有する、標的ポリヌクレオチドに対して約９０％を超える同一性を有する相補的核酸に結合することを可能にする条件を指す。例示的な中等度にストリンジェントな条件は、４２℃での５０％ホルムアミド、５×デンハルト（Ｄｅｎｈａｒｔ）液、５×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳにおけるハイブリダイゼーションと、それに続く４２℃での０．２×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳにおける洗浄と等価の条件である。

「高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション」は一般に、規定されたポリヌクレオチド配列に関して溶液条件下で決定される熱的融解温度Ｔ_ｍよりも約１０℃低い条件を指す。一部の実施形態では、高ストリンジェンシー条件は、６５℃で０．０１８Ｍ ＮａＣｌにおいて安定したハイブリッドを形成する核酸配列のみのハイブリダイゼーションを可能にする条件を指す（すなわち、ハイブリッドが、６５℃で０．０１８Ｍ ＮａＣｌにおいて安定していない場合、本明細書で考慮される高ストリンジェンシー条件下で安定していないことになる）。高ストリンジェンシー条件は、例えば、４２℃での５０％ホルムアミド、５×デンハルト液、５×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳと等価の条件におけるハイブリダイゼーションと、それに続く６５℃での０．１×ＳＳＰＥおよび０．１％ＳＤＳにおける洗浄によって提供することができる。別の高ストリンジェンシー条件は、６５℃での０．１％（ｗ：ｖ）ＳＤＳを含有する５×ＳＳＣにおけるハイブリダイズと等価の条件におけるハイブリダイズと、６５℃での０．１％ＳＤＳを含有する０．１×ＳＳＣにおける洗浄である。他の高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件と共に中等度にストリンジェントな条件は、上に引用されている参考文献に記載されている。

本明細書で使用される場合、用語「ベクター」は、細胞にＤＮＡ配列を導入するためのＤＮＡ構築物を指す。一部の実施形態では、ベクターは、ＤＮＡ配列にコードされたポリペプチドの適切な宿主における発現をもたらすことができる適切な制御配列に作動可能に連結された発現ベクターである。一部の実施形態では、プラスミドは、ベクターとしての用途がある。一部の実施形態では、「発現ベクター」は、宿主細胞における発現を駆動するための、ＤＮＡ配列（例えば、導入遺伝子）に作動可能に連結されたプロモーター配列を有し、一部の実施形態では、転写ターミネーター配列も含む。

本明細書で使用される場合、「コドン最適化された」は、コードされたタンパク質が、目的の生物においてより効率的に発現されるような、タンパク質をコードするポリヌクレオチドのコドンの、特定の生物において優先的に使用されるコドンへの変化を指す。大部分のアミノ酸が、「シノニム」または「同義」コドンと呼ばれるいくつかのコドンによって表されるという点において、遺伝暗号は縮重しているが、特定の生物によるコドン使用は、非ランダムであり、特定のコドントリプレットに偏ることが周知である。このコドン使用バイアスは、所与の遺伝子、共通機能または祖先起源の遺伝子、高度に発現されるタンパク質、対、低コピー数タンパク質、および生物のゲノムの凝集したタンパク質コード領域に関して、より高いことがある。一部の実施形態では、プロテアーゼ酵素をコードするポリヌクレオチドは、発現のために選択された宿主生物からの最適な産生のためにコドン最適化され得る。

本明細書で使用される場合、「制御配列」は、本出願のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの発現に必要なまたは有利なあらゆる構成成分を含む。各制御配列は、ポリペプチドをコードする核酸配列にとってネイティブまたは外来性であり得る。そのような制御配列は、リーダー、ポリアデニル化配列、プロペプチド配列、プロモーター配列、シグナルペプチド配列、開始配列および転写ターミネーターが含まれるがこれらに限定されない。最小でも、制御配列は、プロモーター、ならびに転写および翻訳停止シグナルを含む。制御配列は、ポリペプチドをコードする核酸配列のコード領域と制御配列のライゲーションを容易にする特異的な制限部位を導入する目的のリンカーと共に提供することができる。

本明細書で使用される場合、「作動可能に連結された」は、制御配列が、目的のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの発現を方向付けるまたは調節するように、制御配列が、目的のポリヌクレオチドと相対的な位置に適切に置かれた（すなわち、機能的な関係性で）配置として本明細書で定義される。

本明細書で使用される場合、「プロモーター配列」は、コード配列等の目的のポリヌクレオチドの発現のために宿主細胞によって認識される核酸配列を指す。プロモーター配列は、目的のポリヌクレオチドの発現を媒介する転写制御配列を含有する。プロモーターは、突然変異体、トランケート型およびハイブリッドプロモーターを含む、最適な宿主細胞において転写活性を示すいずれかの核酸配列であり得、宿主細胞にとって相同または異種のいずれかである、細胞外または細胞内ポリペプチドをコードする遺伝子から得ることができる。

本明細書で使用される場合、語句「適切な反応条件」は、本出願のプロテアーゼポリペプチドが、基質を所望の産物化合物に変換することができる、酵素変換反応溶液における条件（例えば、酵素ローディング、基質ローディング、温度、ｐＨ、緩衝液、共溶媒の範囲、等）を指す。例示的な「適切な反応条件」は、本出願に提供され、実施例によって説明される。

本明細書で使用される場合、「化合物ローディング」または「酵素ローディング」の中等の用語「ローディング」は、反応開始時の反応混合物における構成成分の濃度または量を指す。

本明細書で使用される場合、酵素変換反応プロセスの文脈で使用される用語「基質」は、プロテアーゼポリペプチドによって作用される化合物または分子を指す。

本明細書で使用される場合、酵素変換プロセスの文脈における用語「産物」は、基質におけるプロテアーゼポリペプチドの作用に起因する化合物または分子を指す。

本明細書で使用される場合、用語「発現」は、転写、転写後修飾、翻訳および翻訳後修飾が含まれるがこれらに限定されない、ポリペプチドの産生に関与するいずれかのステップを含む。一部の実施形態では、この用語は、細胞からのポリペプチドの分泌も包含する。

本明細書で使用される場合、用語「産生する」は、細胞によるタンパク質および／または他の化合物の産生を指す。この用語は、転写、転写後修飾、翻訳および翻訳後修飾が含まれるがこれらに限定されない、ポリペプチドの産生に関与するいずれかのステップを包含することが意図される。一部の実施形態では、この用語は、細胞からのポリペプチドの分泌も包含する。

本明細書で使用される場合、アミノ酸またはヌクレオチド配列（例えば、プロモーター配列、シグナルペプチド、ターミネーター配列等）は、それが作動可能に連結された別の配列にとって「異種」である（この２種の配列が、自然界で付随していない場合）。

本明細書で使用される場合、用語「宿主細胞」および「宿主系統」は、本明細書に提供されるＤＮＡ（例えば、プロテアーゼバリアントをコードするポリヌクレオチド）を含む発現ベクターに適切な宿主を指す。一部の実施形態では、宿主細胞は、当技術分野で公知の組換えＤＮＡ技法を使用して構築されたベクターにより形質転換またはトランスフェクトされた原核または真核細胞である。

本明細書で使用される場合、用語「アナログ」は、参照ポリペプチドと７０％超の配列同一性かつ１００％未満の配列同一性（例えば、７５％、７８％、８０％、８３％、８５％、８８％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％超の配列同一性）を有するポリペプチドを意味する。一部の実施形態では、アナログは、ホモアルギニン、オルニチンおよびノルバリンが含まれるがこれらに限定されない１個または複数の天然に存在しないアミノ酸残基、ならびに天然に存在するアミノ酸を含有するポリペプチドを含む。一部の実施形態では、アナログは、１個または複数のＤ－アミノ酸残基、および２個またはそれを超えるアミノ酸残基の間の非ペプチド連結も含む。

本明細書で使用される場合、用語「培養すること」は、任意の適切な条件（例えば、液体、ゲルまたは固体培地を使用した）下での細胞の集団の生育を指す。一部の実施形態では、細胞は、微生物細胞（例えば、細菌）であり、一方、一部の他の実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞、昆虫細胞または別の動物から得られる細胞である。本発明が、いずれか特定の細胞もしくは細胞型の培養またはいずれかの具体的な培養方法に限定されることは意図されない。実際に、本発明が、任意の適切な条件下で培養された任意の適切な細胞型を包含することが意図される。

本明細書で使用される場合、用語「治療薬」は、病理の兆候または症状を示す対象に投与されたときに、医学的な効果を含む有益なまたは望ましい効果をもたらす化合物を指す。

本明細書で使用される場合、用語「医薬組成物」は、本発明によって包含される薬学的有効量の操作されたプロテアーゼポリペプチドおよび許容される担体を含む、対象（例えば、ヒト）における医薬品使用に適切な組成物を指す。

本明細書で使用される場合、用語「有効量」は、所望の結果の産生に十分な量を意味する。当業者は、ルーチンの実験法を使用することにより有効量を決定することができる。

本明細書で使用される場合、用語「対象」は、ヒト、非ヒト霊長類、家畜、コンパニオンアニマルおよび実験動物（例えば、齧歯類およびウサギ類（ｌａｇａｍｏｒｐｈ））等の哺乳動物が含まれるがこれらに限定されない、動物を包含する。この用語は、雌と共に雄を包含することが意図される。

本明細書で使用される場合、用語「患者」は、疾患について評価されている、これについて処置されている、またはこれを経験している、いずれかの対象を意味する。

本明細書で使用される場合、用語「乳児」は、生後１ヶ月からおよそ１歳までの期間の小児を指す。本明細書で使用される場合、用語「新生児」は、出生から生後２８日目の期間の小児を指す。用語「未熟児」は、一般に、出生時にほぼ５００～ほぼ２４９９グラムの体重の、妊娠期間満２０週より後だが正常満期出産の前に生まれた乳児を指す。「極低出生体重児」は、出生時に１５００ｇ未満の体重の乳児である。

本明細書で使用される場合、用語「小児」は、処置または研究手順の同意に関する法定年齢に達していない人物を指す。一部の実施形態では、この用語は、出生時と青年期の間の人物を指す。

本明細書で使用される場合、用語「成人」は、関連する管轄権に関する法定年齢に達した人物を指す（例えば、米国では１８歳）。一部の実施形態では、この用語は、任意の十分に成長した成熟した生物を指す。一部の実施形態では、用語「若年成人」は、１８歳未満だが、性的成熟に達した人物を指す。

本明細書で使用される場合、「組成物」および「製剤」は、任意の適切な使用（例えば、医薬組成物、食事用および／または栄養補助食品、餌等）に意図される、本発明の少なくとも１種の操作されたプロテアーゼを含む産物を包含する。

本明細書で使用される場合、組成物の「投与」およびこれを「投与すること」という用語は、本発明の組成物を対象（例えば、膵機能不全の影響を被る人物）に与えることを意味する。

本明細書で使用される場合、用語「担体」は、医薬組成物に関して使用される場合、安定剤、保存料およびアジュバント等、標準医薬品担体、緩衝液および賦形剤のいずれかを意味する。

本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される」は、いかなる望ましくない生物学的効果を引き起こすこともなく、またはそれが含有される構成成分のいずれかと有害な様式で相互作用することなく対象に投与することができ、所望の生物活性を保持する、材料を意味する。

本明細書で使用される場合、用語「賦形剤」は、活性医薬品成分（ＡＰＩ；例えば、本発明の操作されたプロテアーゼポリペプチド）以外の、任意の薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、アジュバントまたは他の成分を指す。賦形剤は典型的に、製剤化および／または投与目的で含まれる。

本明細書で使用される場合、用語「治療有効量」は、疾患／状態の症状に関して使用される場合、疾患／状態の１種もしくは複数の症状を軽快、減弱もしくは排除する、または症状（複数可）の発病を予防もしくは遅延する、化合物（例えば、操作されたプロテアーゼポリペプチド）の量および／または濃度を指す。

本明細書で使用される場合、用語「治療有効量」は、疾患／状態に関して使用される場合、疾患／状態を軽快、減弱または排除する、組成物（例えば、操作されたプロテアーゼポリペプチド）の量および／または濃度を指す。一部の実施形態では、この用語は、研究者、医師、獣医師または他の臨床医によって探究される、組織、系または動物対象による生物学的（例えば、医学的）応答を誘発する、組成物の量に関して使用される。

本明細書で使用される場合、用語「処置すること」、「処置する」および「処置」は、本明細書に提供されるもの等の医薬組成物の投与を含む、対象（例えば、ヒト患者）に施される医療を指す。用語「処置すること」、「処置する」および「処置」は、予防性（例えば、予防的）と共に対症的な処置またはケアを包含することが意図される。一部の実施形態では、処置は、疾患の症状を予防または軽快するために提供される。一部の実施形態では、本発明の医薬組成物は、膵酵素機能不全疾患または状態の処置または予防において用途がある。
操作されたプロテアーゼポリペプチド

本発明は、膵酵素機能不全の処置を含む様々な使用に適切な操作されたプロテアーゼを提供する。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼは、野生型プロテアーゼ（例えば、配列番号２のポリペプチド）と比較して、少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼは、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８と少なくとも約７５％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または約１００％アミノ酸配列同一性、ならびに１個または複数のアミノ酸位置（配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／もしくは２２７８、または配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／もしくは２２７８と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、少なくとも８８％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくはそれよりも大きいアミノ酸配列同一性を有する配列と比較した１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれを超えるアミノ酸位置等）における配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８と比較したアミノ酸残基差を有する。一部の実施形態では、１個または複数の位置における配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０および／または１３０８と比較した残基差は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれを超える保存的アミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６および／または３．２７に収載されているポリペプチドを含む。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、表３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６および／または３．２７に収載されているポリペプチドを含み、操作されたプロテアーゼは、カルボキシ末端におけるヒスチジンタグおよび先行するアミノ酸リンカーを欠く（すなわち、欠如する）。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８を含む。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８を含む。

本発明は、配列番号２に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％配列同一性を含むアミノ酸配列を含む、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片を提供する。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片は、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも約７０％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。

本発明は、配列番号２に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％配列同一性を含むアミノ酸配列を含む、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片を提供する。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、配列番号２の配列と比べて１個または複数の置換を含む。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９、１７、２９、３０、３２、３４、３５、３６、３７、４３、４７、５０、６３、７５、７７、８１、８５、９２、９３、１０７、１２７、１３２、１３３、１３５、１４３、１４５、１４７、１６２、１６８、１８７、１８８、１８９、２００、２０５、２０７、２０８、２０９、２１０、２１２、２２０、２２１、２２２、２２３、２２５、２２８、２３６、２３７、２３８、２３９、２４１、２４４、２４５、２４７、２５７、２５８、２６０、２６１、２６２、２６３、２６５、２６６、２８３、２９４、３００、３０１、３０７、３０８、３１８、３１９、３３４、３３６、３３９、３４２、３４４、３４５、３４６、３４７、３５５、３５９、３６１、３６２、３６３、３６６、３６８、３７０、３７３、３９８、４０４、４０５、４０６、４０８、４１２、４２４、４２７、４２９、４３１、４３９、４４１、４４２、４４６、４４８、４４９、４５０、４５４、４６８、４７０、４８０、４８１、４８２、４８５、４８９、４９０、４９５、４９７、５０１、５０４、５０５、５０６、５０８、５１１、５１２、５１４、５１６、５２３、５２６、５２７、５２９、５３３、５３５、５３６、５３７、５３８、５３９、５４０、５４１、５４２、５４３、５４４、５４５、５４６、５４７、５４８、５４９、５５２、５５３、５５４、５５５、５５６、５５８、５５９、５６０、５６５、５６６、５６７、５６８、５７０、５７１、５７３、５７５、５７７、５８０、５８１、５８２、５８３、５８６、５８９、５９１、５９２、５９４、５９６、５９９、６０１、６０４、６０９、６１０、６１５、６１６、６２０、６３１、６３２、６３４、６３９、６４３、６４４、６４５、６４６、６４７、６４８Ａ、６４９、６５０、６５２、６５３、６５４、６５９、６６１、６６２、６６３、６６４、６６５、６６６から選択される位置に１個または複数の置換を含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、１個または複数の置換は、３５、７５、１４３、２０５、２１２、２３６、２５８、２６１、２６３、２６６、３００、３０１、３０８、３３９、３４２、３４６、３４７、３７０、４０８、４３１、４３９、４４１、４４２、４４６、４４９、４５０、４５４、４６８、４６８、４７０、４８２、４８９、４９０、５０５、５１１、５１４、５３６、５３７、５３９、５４５、５４６、５６８、５７０、５８１、５８２、６１５、６２０、６２０、６３９、６３９、６４６および６６４から選択される位置にある。一部の実施形態では、１個または複数の置換は、３５、７５、１４３、２０５、２１２、２３６、２５８、２６１、２６３、２６６、３００、３０１、３０８、３３９、３４７、３７０、４０８、４３１、４３９、４４１、４４２、４４６、４４９、４５０、４５４、４６８、４７０、４８２、４８９、４９０、５０５、５１１、５１４、５３６、５３７、５３９、５４５、５４６、５６８、５７０、５８２、６１５、６２０、６３９、６４６および６６４から選択される位置にある。一部の実施形態では、１個または複数の置換は、３５、１４３、２０５、２３６、２５８、２６１、２６３、２６６、３００、３０１、３０８、３３９、３４７、３７０、４０８、４３９、４４１、４４２、４４６、４４９、４５０、４５４、４６８、４７０、４８９、４９０、５０５、５１１、５１４、５３６、５３７、５３９、５４５、５４６、５７０、５８２、６２０、６３９、６４６および６６４から選択される位置にある。一部の実施形態では、１個または複数の置換は、３５、２０５、２３６、２５８、２６１、３００、３０１、３０８、３３９、３４７、３７０、４０８、４３９、４４２、４４６、４４９Ｌ、４５０、４６８、４７０、４８９、４９０、５０５、５１１、５１４、５３６、５３７、５３９、５４５、５８２、６２０、６３９、６４６および６６４から選択される位置にある。一部の実施形態では、１個または複数の置換は、２０５、２３６、２５８、２６１、３００、３０１、３０８、３３９、３４２、３４６、３４７、３７０、４０８、４３９、４４２、４４６、４４９、４５０、４６８、４９０、５０５、５１４、５３６、５３７、５４５、６２０、６３９および６４６から選択される位置にある。一部の実施形態では、１個または複数の置換は、２０５、２５８、２６１、３３９、３４２、４３９、４４２、４４６、４４９、４５０、５０５、５３６、５４５、６２０および６４６から選択される位置にある。一部の実施形態では、１個または複数の置換は、２０５、２５８、２６１、３３９、３４２、４４２、４４６、５０５、５３６、５４５、６２０および６４６から選択される位置にある。一部の実施形態では、１個または複数の置換は、２５８、２６１、３３９、３４２および４４６から選択される位置にある。

一部の実施形態では、１個または複数の置換は、９ＫまたはＱ；１７Ａ；２９Ｆ、ＧまたはＳ；３０Ｇ；３２ＡまたはＴ；３４Ｍ；３５ＤまたはＧ；３６Ｄ；３７Ｌ；４３Ｐ；４７Ｇ；５０Ｓ；６３Ｅ；７５ＮまたはＳ；７７Ｄ；８１Ｎ；８５Ｌ；９２Ｌ；９３Ｅ；１０７ＫまたはＴ；１２７Ｓ；１３２Ｔ；１３３ＭまたはＶ；１３５Ｅ；１４３ＨまたはＱ；１４５Ｅ；１４７Ｔ；１６２Ｉ；１６８Ｎ；１８７Ｇ；１８８ＴまたはＷ；１８９Ａ、Ｉ、ＰまたはＱ；２００Ｗ；２０５Ｒ、Ｔ、Ｌ、ＱまたはＲ；２０７Ｒ；２０８Ｔ；２０９Ｖ；２１０Ｄ；２１２Ｓ；２２０Ａ；２２１Ｉ；２２２Ｔ；２２３ＱまたはＲ；２２５ＡまたはＫ；２２８ＩまたはＶ；２３６Ｖ；２３７Ｅ；２３８Ｉ；２３９Ｋ；２４１Ｐ；２４４ＫまたはＳ；２４５Ｓ；２４７Ｓ；２５７Ｌ；２５８Ｇ、Ｈ、Ｎ、ＫまたはＲ；２６０Ｄ；２６１Ｇ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、ＶまたはＤ；２６２Ｌ；２６３Ｔ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、ＴまたはＶ；２６５Ｒ；２６６Ｅ、Ｋ、Ａ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、ＹまたはＧ；２８３Ｈ、ＫまたはＬ；２９４Ａ；３００Ｆ；３０１Ｖ；３０７Ｌ；３０８Ｅ；３１８Ｄ；３１９ＫまたはＱ；３３４Ｉ；３３６Ｗ；３３９Ｎ、Ｆ、Ｍ、ＳまたはＷ；３４２Ｆ、ＲまたはＬ；３４４Ｖ；３４５Ｗ、ＣまたはＰ；３４６Ｋ；３４７Ｆ；３５５ＣまたはＲ；３５９Ｙ；３６１Ｖ；３６２Ｔ；３６３Ｅ、Ｈ、Ｋ、Ｗ、またはＹ；３６６Ａ、Ｇ、Ｌ、ＱまたはＳ；３６８Ｍ；３７０Ｃ；３７３Ｆ；３９８Ｇ；４０４Ｇ；４０５Ｒ；４０６Ｒ；４０８ＲまたはＶ；４１２Ｙ；４２４Ｇ；４２７Ｒ、ＨまたはＬ；４２９ＬまたはＰ；４３１Ｔ；４３９Ｍ；４４１Ｅ、ＡまたはＶ；４４２ＬまたはＳ；４４６Ａ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、ＶまたはＦ；４４８Ｋ、Ｍ、ＲまたはＷ；４４９Ｋ、Ｌ、Ａ；４５０ＲまたはＷ；４５４Ｉ、Ｌ、ＭまたはＳ；４６８Ｓ；４７０ＧまたはＱ；４８０Ｌ；４８１Ｓ；４８２ＳまたはＶ；４８５Ｄ；４８９ＥまたはＹ；４９０Ｅ；４９５Ｌ；４９７Ｒ；５０１Ｑ；５０４ＰまたはＶ；５０５Ａ、Ｆ、ＧまたはＭ；５０６ＮまたはＲ；５０８Ｇ；５１１ＤまたはＳ；５１２Ｎ；５１４Ｈ；５１６Ｍ；５２３Ｖ；５２６Ｅ、ＬまたはＶ；５２７Ｅ、Ａ、Ｄ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、ＴまたはＶ；５２９Ｇ；５３３Ｅ、Ａ、Ｄ、ＫまたはＮ；５３５ＲまたはＶ；５３６Ｅ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、ＶまたはＷ；５３７Ｐ；５３８Ｔ；５３９Ｅ、ＬまたはＭ；５４０Ｇ；５４１Ｇ、ＩまたはＲ；５４２Ｌ、Ｍ、ＳまたはＶ；５４３Ａ、Ｄ、ＧまたはＶ；５４４ＬまたはＲ；５４５Ｉ、ＲまたはＶ；５４６Ｅ、ＬまたはＲ；５４７Ｅ、ＡまたはＶ；５４８Ｅ、ＲまたはＳ；５４９ＧまたはＴ；５５２Ｎ；５５３ＲまたはＴ；５５４Ｍ；５５５Ｄ、Ｇ、ＬまたはＱ；５５６ＧまたはＶ；５５８ＥまたはＲ；５５９ＨまたはＳ；５６０Ｓ；５６５Ａ、ＣまたはＤ；５６６Ｇ；５６７Ｒ；５６８ＰまたはＲ；５７０Ｅ；５７１Ｉ；５７３Ｔ；５７５Ｇ；５７７Ｖ；５８０Ｃ；５８１Ｃ、Ｌ、Ｒ、ＴまたはＡ；５８２Ｆ、Ｇ、Ｒ、ＳまたはＶ；５８３Ｅ、ＲまたはＶ；５８６Ｖ；５８９Ａ；５９１Ｌ、ＲまたはＶ；５９２Ｐ；５９４Ａ；５９６Ｔ；５９９Ｌ；６０１Ｉ；６０４Ｐ；６０９Ｇ；６１０Ｌ、Ｐ、ＲまたはＳ；６１５Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、ＴまたはＷ；６１６Ｔ ６２０Ｌ、Ｑ、ＳまたはＶ；６３１Ｗ；６３２Ｑ；６３４Ｃ；６３９Ｅ、Ｉ、Ｋ、ＴまたはＶ；６４３ＥまたはＲ；６４４Ａ；６４５Ｅ、Ｇ、ＳまたはＷ；６４６Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＶ；６４７ＬまたはＷ；６４８Ａ、ＱまたはＶ；６４９Ｈ、ＴまたはＹ；６５０ＧまたはＴ；６５２Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｔ、ＶまたはＹ；６５３Ｉ；６５４ＣまたはＶ；６５９Ｔ；６６１Ｄ；６６２Ｗ；６６３ＭまたはＷ；６６４Ｇ、Ｒ、ＶまたはＷ；６６５Ｅ；および６６６Ｄから選択され、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９ＫまたはＱ；１７Ａ；２９Ｆ、ＧまたはＳ；３０Ｇ；３２ＡまたはＴ；３４Ｍ；３５ＤまたはＧ；３６Ｄ；３７Ｌ；４３Ｐ；４７Ｇ；５０Ｓ；６３Ｅ；７５ＮまたはＳ；７７Ｄ；８１Ｎ；８５Ｌ；９２Ｌ；９３Ｅ；１０７ＫまたはＴ；１２７Ｓ；１３２Ｔ；１３３ＭまたはＶ；１３５Ｅ；１４３ＨまたはＱ；１４５Ｅ；１４７Ｔ；１６２Ｉ；１６８Ｎ；１８７Ｇ；１８８ＴまたはＷ；１８９Ａ、Ｉ、ＰまたはＱ；２００Ｗ；２０５Ｒ、Ｔ、Ｌ、ＱまたはＲ；２０７Ｒ；２０８Ｔ；２０９Ｖ；２１０Ｄ；２１２Ｓ；２２０Ａ；２２１Ｉ；２２２Ｔ；２２３ＱまたはＲ；２２５ＡまたはＫ；２２８ＩまたはＶ；２３６Ｖ；２３７Ｅ；２３８Ｉ；２３９Ｋ；２４１Ｐ；２４４ＫまたはＳ；２４５Ｓ；２４７Ｓ；２５７Ｌ；２５８Ｇ、Ｈ、Ｎ、ＫまたはＲ；２６０Ｄ；２６１Ｇ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、ＶまたはＤ；２６２Ｌ；２６３Ｔ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、ＴまたはＶ；２６５Ｒ；２６６Ｅ、Ｋ、Ａ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、ＹまたはＧ；２８３Ｈ、ＫまたはＬ；２９４Ａ；３００Ｆ；３０１Ｖ；３０７Ｌ；３０８Ｅ；３１８Ｄ；３１９ＫまたはＱ；３３４Ｉ；３３６Ｗ；３３９Ｎ、Ｆ、Ｍ、ＳまたはＷ；３４２Ｆ、ＲまたはＬ；３４４Ｖ；３４５Ｗ、ＣまたはＰ；３４６Ｋ；３４７Ｆ；３５５ＣまたはＲ；３５９Ｙ；３６１Ｖ；３６２Ｔ；３６３Ｅ、Ｈ、Ｋ、Ｗ、またはＹ；３６６Ａ、Ｇ、Ｌ、ＱまたはＳ；３６８Ｍ；３７０Ｃ；３７３Ｆ；３９８Ｇ；４０４Ｇ；４０５Ｒ；４０６Ｒ；４０８ＲまたはＶ；４１２Ｙ；４２４Ｇ；４２７Ｒ、ＨまたはＬ；４２９ＬまたはＰ；４３１Ｔ；４３９Ｍ；４４１Ｅ、ＡまたはＶ；４４２ＬまたはＳ；４４６Ａ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、ＶまたはＦ；４４８Ｋ、Ｍ、ＲまたはＷ；４４９Ｋ、Ｌ、Ａ；４５０ＲまたはＷ；４５４Ｉ、Ｌ、ＭまたはＳ；４６８Ｓ；４７０ＧまたはＱ；４８０Ｌ；４８１Ｓ；４８２ＳまたはＶ；４８５Ｄ；４８９ＥまたはＹ；４９０Ｅ；４９５Ｌ；４９７Ｒ；５０１Ｑ；５０４ＰまたはＶ；５０５Ａ、Ｆ、ＧまたはＭ；５０６ＮまたはＲ；５０８Ｇ；５１１ＤまたはＳ；５１２Ｎ；５１４Ｈ；５１６Ｍ；５２３Ｖ；５２６Ｅ、ＬまたはＶ；５２７Ｅ、Ａ、Ｄ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、ＴまたはＶ；５２９Ｇ；５３３Ｅ、Ａ、Ｄ、ＫまたはＮ；５３５ＲまたはＶ；５３６Ｅ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、ＶまたはＷ；５３７Ｐ；５３８Ｔ；５３９Ｅ、ＬまたはＭ；５４０Ｇ；５４１Ｇ、ＩまたはＲ；５４２Ｌ、Ｍ、ＳまたはＶ；５４３Ａ、Ｄ、ＧまたはＶ；５４４ＬまたはＲ；５４５Ｉ、ＲまたはＶ；５４６Ｅ、ＬまたはＲ；５４７Ｅ、ＡまたはＶ；５４８Ｅ、ＲまたはＳ；５４９ＧまたはＴ；５５２Ｎ；５５３ＲまたはＴ；５５４Ｍ；５５５Ｄ、Ｇ、ＬまたはＱ；５５６ＧまたはＶ；５５８ＥまたはＲ；５５９ＨまたはＳ；５６０Ｓ；５６５Ａ、ＣまたはＤ；５６６Ｇ；５６７Ｒ；５６８ＰまたはＲ；５７０Ｅ；５７１Ｉ；５７３Ｔ；５７５Ｇ；５７７Ｖ；５８０Ｃ；５８１Ｃ、Ｌ、Ｒ、ＴまたはＡ；５８２Ｆ、Ｇ、Ｒ、ＳまたはＶ；５８３Ｅ、ＲまたはＶ；５８６Ｖ；５８９Ａ；５９１Ｌ、ＲまたはＶ；５９２Ｐ；５９４Ａ；５９６Ｔ；５９９Ｌ；６０１Ｉ；６０４Ｐ；６０９Ｇ；６１０Ｌ、Ｐ、ＲまたはＳ；６１５Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、ＴまたはＷ；６１６Ｔ ６２０Ｌ、Ｑ、ＳまたはＶ；６３１Ｗ；６３２Ｑ；６３４Ｃ；６３９Ｅ、Ｉ、Ｋ、ＴまたはＶ；６４３ＥまたはＲ；６４４Ａ；６４５Ｅ、Ｇ、ＳまたはＷ；６４６Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＶ；６４７ＬまたはＷ；６４８Ａ、ＱまたはＶ；６４９Ｈ、ＴまたはＹ；６５０ＧまたはＴ；６５２Ｉ、Ｌ、Ｑ、Ｔ、ＶまたはＹ；６５３Ｉ；６５４ＣまたはＶ；６５９Ｔ；６６１Ｄ；６６２Ｗ；６６３ＭまたはＷ；６６４Ｇ、Ｒ、ＶまたはＷ；６６５Ｅ；および６６６Ｄから選択される１個または複数の置換を含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含むが、ただし、組換えプロテアーゼが、配列番号２のポリペプチド配列を有しないことを条件とする。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、１個または複数の置換をさらに含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼおよび／または生物活性がある組換えプロテアーゼ断片は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、９、１７、２９、３０、３２、３４、３５、３６、３７、４３、４７、５０、６３、７５、７７、８１、８５、９２、９３、１０７、１２７、１３２、１３３、１３５、１４３、１４５、１４７、１６２、１６８、１８７、１８８、１８９、２００、２０５、２０７、２０８、２０９、２１０、２１２、２２０、２２１、２２２、２２３、２２５、２２８、２３６、２３７、２３８、２３９、２４１、２４４、２４５、２４７、２５７、２５８、２６０、２６１、２６２、２６３、２６５、２６６、２８３、２９４、３００、３０１、３０７、３０８、３１８、３１９、３３４、３３６、３３９、３４２、３４４、３４５、３４６、３４７、３５５、３５９、３６１、３６２、３６３、３６６、３６８、３７０、３７３、３９８、４０４、４０５、４０６、４０８、４１２、４２４、４２７、４２９、４３１、４３９、４４１、４４２、４４６、４４８、４４９、４５０、４５４、４６８、４７０、４８０、４８１、４８２、４８５、４８９、４９０、４９５、４９７、５０１、５０４、５０５、５０６、５０８、５１１、５１２、５１４、５１６、５２３、５２６、５２７、５２９、５３３、５３５、５３６Ｅ、５３７、５３８、５３９、５４０、５４１、５４２、５４３、５４４、５４５、５４６、５４７、５４８、５４９、５５２、５５３、５５４、５５５、５５６、５５８、５５９、５６０、５６５、５６６、５６７、５６８、５７０、５７１、５７３、５７５、５７７、５８０、５８１、５８２、５８３、５８６、５８９、５９１、５９２、５９４、５９６、５９９、６０１、６０４、６０９、６１０、６１５、６１６、６２０、６３１、６３２、６３４、６３９、６４３、６４４、６４５、６４６、６４７、６４８Ａ、６４９、６５０、６５２、６５３、６５４、６５９、６６１、６６２、６６３、６６４、６６５または６６６から選択される位置に１個または複数の置換をさらに含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、位置に関して上に記載されているアミノ酸置換を使用することができる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６、２５８、２６１、３３９、４３９、４４６および４５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６Ｖ、２５８Ｋ、２６１Ｌ、３３９Ｍ、３３９Ｗ、４３９Ｍ、４４６Ａ、４４６Ｇ、４４６Ｌ、４４６Ｍ、４４６Ｔおよび４５４Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｍ２３６Ｖ、Ｑ２５８Ｋ、Ｅ２６１Ｌ、Ｎ３３９Ｍ、Ｎ３３９Ｗ、Ｓ４３９Ｍ、Ｐ４４６Ａ、Ｐ４４６Ｇ、Ｐ４４６Ｌ、Ｐ４４６Ｍ、Ｐ４４６ＴおよびＡ４５４Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１０７／５３６、１６２／４０８、１６８／５４７、２０８／３６６／５０４／５９１、２０８／４８５／５２６、２１０／２２３／２５８／５５２、２１０／２４１／２５８／５９９、２２３／２４１／２５８／５９９、２２３／４２９／４８１／５３３、２２３／４８１／５３３／５５２、２２５、２２５／２６０／２６３／２６５／５４４、２２５／２６２、２２５／３６２／３６６／５９１、２２５／３６６、２２５／４８２／５９１、２４４、２５８、２５８／３１８／４２９、２５８／４４９／４８１、２５８／４８１、２６１、２６１／５０４、３１８／４８１、３１８／５３３、３１８／５９９、３３９、３４２、３４５、３６２／３６６／４８５／５９１、３６３、３６６、３６６／４８５、３６６／４９７、３６６／５２６／５９１、３６６／５９１、４０８、４２７、４４６、４４８、４４９、４５０、４８１／５３３／５５２、４８２、４８２／４８５、４８２／５９１、４８５、４８５／５９１、５３３、５３３／５５２、５３６、５４４、５４７、５４９、５６５、６１５および６５２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１０７Ｔ／５３６Ｄ、１６２Ｉ／４０８Ｒ、１６８Ｎ／５４７Ｖ、２０８Ｔ／３６６Ｇ／５０４Ｐ／５９１Ｌ、２０８Ｔ／４８５Ｄ／５２６Ｌ、２１０Ｄ／２２３Ｒ／２５８Ｋ／５５２Ｎ、２１０Ｄ／２４１Ｐ／２５８Ｋ／５９９Ｌ、２２３Ｒ／２４１Ｐ／２５８Ｋ／５９９Ｌ、２２３Ｒ／４２９Ｌ／４８１Ｓ／５３３Ｋ、２２３Ｒ／４８１Ｓ／５３３Ｋ／５５２Ｎ、２２５Ａ／２６０Ｄ／２６３Ｈ／２６５Ｒ／５４４Ｒ、２２５Ａ／２６２Ｌ、２２５Ａ／３６２Ｔ／３６６Ｇ／５９１Ｌ、２２５Ａ／３６６Ｇ、２２５Ａ／４８２Ｖ／５９１Ｌ、２２５Ｋ、２４４Ｋ、２５８Ｋ、２５８Ｋ／３１８Ｄ／４２９Ｌ、２５８Ｋ／４４９Ｖ／４８１Ｓ、２５８Ｋ／４８１Ｓ、２５８Ｒ、２６１Ｇ、２６１Ｇ／５０４Ｖ、２６１Ｌ、２６１Ｒ、２６１Ｓ、２６１Ｖ、３１８Ｄ／４８１Ｓ、３１８Ｄ／５３３Ｋ、３１８Ｄ／５９９Ｌ、３３９Ｆ、３３９Ｗ、３４２Ｒ、３４５Ｗ、３６２Ｔ／３６６Ｇ／４８５Ｄ／５９１Ｌ、３６３Ｅ、３６３Ｗ、３６６Ａ、３６６Ｇ、３６６Ｇ／４８５Ｄ、３６６Ｇ／４９７Ｒ、３６６Ｇ／５２６Ｌ／５９１Ｌ、３６６Ｇ／５９１Ｌ、３６６Ｌ、３６６Ｑ、４０８Ｒ、４２７Ｈ、４２７Ｒ、４４６Ｒ、４４６Ｖ、４４８Ｋ、４４８Ｒ、４４８Ｗ、４４９Ｋ、４５０Ｗ、４８１Ｓ／５３３Ｋ／５５２Ｎ、４８２Ｖ、４８２Ｖ／４８５Ｄ、４８２Ｖ／５９１Ｌ、４８５Ｄ、４８５Ｄ／５９１Ｌ、５３３Ａ、５３３Ｄ、５３３Ｅ、５３３Ｋ、５３３Ｋ／５５２Ｎ、５３３Ｎ、５３６Ｅ、５３６Ｇ、５３６Ｖ、５４４Ｒ、５４７Ａ、５４７Ｅ、５４９Ｔ、５６５Ｃ、５６５Ｄ、６１５Ａ、６１５Ｄ、６１５Ｇ、６１５Ｐ、６１５Ｔ、６１５Ｗおよび６５２Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｍ１０７Ｔ／Ｑ５３６Ｄ、Ｔ１６２Ｉ／Ａ４０８Ｒ、Ｓ１６８Ｎ／Ｑ５４７Ｖ、Ａ２０８Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｑ５０４Ｐ／Ｋ５９１Ｌ、Ａ２０８Ｔ／Ｎ４８５Ｄ／Ｒ５２６Ｌ、Ｎ２１０Ｄ／Ｎ２２３Ｒ／Ｑ２５８Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｎ２１０Ｄ／Ｅ２４１Ｐ／Ｑ２５８Ｋ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ２２３Ｒ／Ｅ２４１Ｐ／Ｑ２５８Ｋ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ２２３Ｒ／Ｋ４２９Ｌ／Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ、Ｎ２２３Ｒ／Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ２６０Ｄ／Ｒ２６３Ｈ／Ｇ２６５Ｒ／Ｔ５４４Ｒ、Ｔ２２５Ａ／Ｐ２６２Ｌ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ３６２Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｋ５９１Ｌ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ３６６Ｇ、Ｔ２２５Ａ／Ｒ４８２Ｖ／Ｋ５９１Ｌ、Ｔ２２５Ｋ、Ｒ２４４Ｋ、Ｑ２５８Ｋ、Ｑ２５８Ｋ／Ｑ３１８Ｄ／Ｋ４２９Ｌ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４４９Ｖ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ２５８Ｒ、Ｅ２６１Ｇ、Ｅ２６１Ｇ／Ｑ５０４Ｖ、Ｅ２６１Ｌ、Ｅ２６１Ｒ、Ｅ２６１Ｓ、Ｅ２６１Ｖ、Ｑ３１８Ｄ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ３１８Ｄ／Ｍ５３３Ｋ、Ｑ３１８Ｄ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ３３９Ｆ、Ｎ３３９Ｗ、Ｌ３４２Ｒ、Ｑ３４５Ｗ、Ｎ３６２Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｎ４８５Ｄ／Ｋ５９１Ｌ、Ｑ３６３Ｅ、Ｑ３６３Ｗ、Ｎ３６６Ａ、Ｎ３６６Ｇ、Ｎ３６６Ｇ／Ｎ４８５Ｄ、Ｎ３６６Ｇ／Ｑ４９７Ｒ、Ｎ３６６Ｇ／Ｒ５２６Ｌ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ３６６Ｇ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ３６６Ｌ、Ｎ３６６Ｑ、Ａ４０８Ｒ、Ｐ４２７Ｈ、Ｐ４２７Ｒ、Ｐ４４６Ｒ、Ｐ４４６Ｖ、Ｎ４４８Ｋ、Ｎ４４８Ｒ、Ｎ４４８Ｗ、Ａ４４９Ｋ、Ｎ４５０Ｗ、Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｒ４８２Ｖ、Ｒ４８２Ｖ／Ｎ４８５Ｄ、Ｒ４８２Ｖ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ４８５Ｄ、Ｎ４８５Ｄ／Ｋ５９１Ｌ、Ｍ５３３Ａ、Ｍ５３３Ｄ、Ｍ５３３Ｅ、Ｍ５３３Ｋ、Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｍ５３３Ｎ、Ｑ５３６Ｅ、Ｑ５３６Ｇ、Ｑ５３６Ｖ、Ｔ５４４Ｒ、Ｑ５４７Ａ、Ｑ５４７Ｅ、Ｖ５４９Ｔ、Ｎ５６５Ｃ、Ｎ５６５Ｄ、Ｋ６１５Ａ、Ｋ６１５Ｄ、Ｋ６１５Ｇ、Ｋ６１５Ｐ、Ｋ６１５Ｔ、Ｋ６１５ＷおよびＫ６５２Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２５８、２５８／２６１／３４２／３４５、２５８／２６１／３４２／５０４／５３３、２５８／２６１／３４５／５０４／５４９、２５８／２６１／４８２／５０４／５４９、２５８／３４２、２５８／３４２／５０４／５３３／５３６／５４９、２５８／３４５／４２７、２５８／４０８／４２７／５０４／５４９、２５８／４２７、２５８／４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、２５８／４２７／４８２／５３６、２６１／３４２／３４５／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５３３／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５４９、２６１／３４２／４８２／５３６、２６１／３４２／５３３、２６１／４８２、３１８／３３９／３６２／５４４／５４７、３１８／３３９／４４８／５４４、３１８／３３９／５４７、３１８／４４８／５４４／６１５、３３９／３６２／３６３／５４４／５４７／６１５、３３９／３６２／５４４、３３９／４４８、３３９／４４８／５４７、３３９／５４４／５４７、３４２、３４２／４０８、３４２／４０８／５３６、３４２／４８２／５３６、３６２／３６３／５４４／５４７、３６２／４４８、３６３／５４４／５４７、４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、４２７／５３３／５３６／５４９、４４８、４４８／５４４および４４８／５４４／５４７／６１５から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２５８Ｋ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４２Ｒ／３４５Ｗ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４２Ｒ／５０４Ｐ／５３３Ｄ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４５Ｗ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／２６１Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／３４２Ｒ、２５８Ｋ／３４２Ｒ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／３４５Ｗ／４２７Ｒ、２５８Ｋ／４０８Ｒ／４２７Ｒ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／４２７Ｒ、２５８Ｋ／４２７Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ、２５８Ｋ／４２７Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／３４５Ｗ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／５３３Ｄ、２６１Ｒ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２６１Ｒ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、２６１Ｒ／４８２Ｖ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／３６２Ｔ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／４４８Ｒ／５４４Ｒ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／５４７Ｅ、３１８Ｄ／４４８Ｒ／５４４Ｒ／６１５Ａ、３３９Ｗ／３６２Ｔ／３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ／６１５Ａ、３３９Ｗ／３６２Ｔ／５４４Ｒ、３３９Ｗ／４４８Ｋ、３３９Ｗ／４４８Ｒ、３３９Ｗ／４４８Ｒ／５４７Ｅ、３３９Ｗ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３４２Ｒ、３４２Ｒ／４０８Ｒ、３４２Ｒ／４０８Ｒ／５３６Ｅ、３４２Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、３６２Ｔ／３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３６２Ｔ／４４８Ｒ、３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、４２７Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｄ／５３６Ｅ、４２７Ｒ／５３３Ｋ／５３６Ｅ／５４９Ｔ、４４８Ｒ、４４８Ｒ／５４４Ｒおよび４４８Ｒ／５４４Ｒ／５４７Ｅ／６１５Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｑ２５８Ｋ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ３４５Ｗ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｄ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｑ３４５Ｗ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｌ３４２Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｑ３４５Ｗ／Ｐ４２７Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４０８Ｒ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ３４５Ｗ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｍ５３３Ｄ、Ｅ２６１Ｒ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｅ２６１Ｒ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｒ／Ｒ４８２Ｖ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｑ５４７Ｅ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ／Ｋ６１５Ａ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｋ６１５Ａ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｔ５４４Ｒ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｋ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３３９Ｗ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｌ３４２Ｒ、Ｌ３４２Ｒ／Ａ４０８Ｒ、Ｌ３４２Ｒ／Ａ４０８Ｒ／Ｑ５３６Ｅ、Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｎ３６２Ｔ／Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３６２Ｔ／Ｎ４４８Ｒ、Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｄ／Ｑ５３６Ｅ、Ｐ４２７Ｒ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ／Ｖ５４９Ｔ、Ｎ４４８Ｒ、Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４ＲおよびＮ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｋ６１５Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５、５０５、５４１、５５６および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｑ、２０５Ｔ、５０５Ａ、５４１Ｒ、５５６Ｖ、６４６Ｌおよび６４６Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｑ、Ｓ２０５Ｔ、Ｑ５０５Ａ、Ｓ５４１Ｒ、Ｔ５５６Ｖ、Ａ６４６ＬおよびＡ６４６Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５、２２０、２３９、２６１、２６１／３３９、２６１／３３９／５４７、２６１／５３６、２６１／５３６／５４７、３３９／４２７／５３６、３３９／４２７／５３６／５４７、３３９／４２７／５４７、４０５、４４２、５０５、５３９、５４１、５４２、５４５、５５６、５５８、５９４、６３１、６６３および６６５から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｒ、２２０Ａ、２３９Ｋ、２６１Ｌ、２６１Ｌ／３３９Ｓ／５４７Ｅ、２６１Ｌ／３３９Ｗ、２６１Ｌ／５３６Ｗ、２６１Ｌ／５３６Ｗ／５４７Ｅ、３３９Ｗ／４２７Ｒ／５３６Ｗ、３３９Ｗ／４２７Ｒ／５３６Ｗ／５４７Ｅ、３３９Ｗ／４２７Ｒ／５４７Ｅ、４０５Ｒ、４４２Ｌ、４４２Ｓ、５０５Ｇ、５３９＊、５４１Ｇ、５４１Ｉ、５４２＊、５４５＊、５４５Ｉ、５４５Ｒ、５５６＊、５５８Ｅ、５９４Ａ、６３１Ｗ、６６３＊、６６３Ｍおよび６６５Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｒ、Ｓ２２０Ａ、Ｄ２３９Ｋ、Ｅ２６１Ｌ、Ｅ２６１Ｌ／Ｎ３３９Ｓ／Ｑ５４７Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｎ３３９Ｗ、Ｅ２６１Ｌ／Ｑ５３６Ｗ、Ｅ２６１Ｌ／Ｑ５３６Ｗ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３３９Ｗ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５３６Ｗ、Ｎ３３９Ｗ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５３６Ｗ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３３９Ｗ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｖ４０５Ｒ、Ｖ４４２Ｌ、Ｖ４４２Ｓ、Ｑ５０５Ｇ、Ｐ５３９＊、Ｓ５４１Ｇ、Ｓ５４１Ｉ、Ｉ５４２＊、Ａ５４５＊、Ａ５４５Ｉ、Ａ５４５Ｒ、Ｔ５５６＊、Ｔ５５８Ｅ、Ｖ５９４Ａ、Ｇ６３１Ｗ、Ｅ６６３＊、Ｅ６６３ＭおよびＰ６６５Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２９２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５／４４２／５０５／５３６／５４５／６２０／６４６、２０５／５０５／５３６／５４１／５４５／５４７／５５８／６４６／６６５、２５８、２６３、３５５／５３６／５４５／５４７、３５９、３６６、４４６、４４９、５０５／５３６／５４５／５５８／６４６、５０６、５５５、５５６、６２０および６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２９２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｒ／４４２Ｌ／５０５Ａ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／６２０Ｖ／６４６Ｖ、２０５Ｒ／５０５Ａ／５３６Ｗ／５４１Ｉ／５４５Ｒ／５４７Ｅ／５５８Ｅ／６４６Ｖ／６６５Ｅ、２５８Ｇ、２６３Ｍ、２６３Ｓ、３５５Ｒ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／５４７Ｅ、３５９Ｙ、３６６Ｓ、４４６Ｐ、４４９Ｌ、５０５Ａ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／５５８Ｅ／６４６Ｖ、５０６Ｒ、５５５Ｄ、５５５Ｇ、５５５Ｌ、５５６Ｇ、６２０Ｌ、６２０Ｑ、６２０Ｓおよび６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２９２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｒ／Ｖ４４２Ｌ／Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｅ６２０Ｖ／Ａ６４６Ｖ、Ｓ２０５Ｒ／Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ｓ５４１Ｉ／Ａ５４５Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｔ５５８Ｅ／Ａ６４６Ｖ／Ｐ６６５Ｅ、Ｋ２５８Ｇ、Ｒ２６３Ｍ、Ｒ２６３Ｓ、Ｌ３５５Ｒ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｑ５４７Ｅ、Ｆ３５９Ｙ、Ｎ３６６Ｓ、Ｒ４４６Ｐ、Ａ４４９Ｌ、Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｔ５５８Ｅ／Ａ６４６Ｖ、Ｇ５０６Ｒ、Ｅ５５５Ｄ、Ｅ５５５Ｇ、Ｅ５５５Ｌ、Ｔ５５６Ｇ、Ｅ６２０Ｌ、Ｅ６２０Ｑ、Ｅ６２０ＳおよびＩ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２８３／３１９／３５９／４４９／４５０／５０６、２８３／３４５／３５９／４４９／４５０／５５３／５５５、２８３／４４９／４５０／５０８／５４１／５５３／５５５、４４９／４５０、４５０／５０８／５５３／５５５／５５８、５０８および５０８／５４１／５５３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２８３Ｈ／３４５Ｃ／３５９Ｙ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５５３Ｔ／５５５Ｇ、２８３Ｌ／３１９Ｋ／３５９Ｙ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５０６Ｒ、２８３Ｌ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５０８Ｇ／５４１Ｉ／５５３Ｔ／５５５Ｇ、４４９Ｌ／４５０Ｒ、４５０Ｒ／５０８Ｇ／５５３Ｒ／５５５Ｇ／５５８Ｅ、５０８Ｇおよび５０８Ｇ／５４１Ｉ／５５３Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２８３Ｈ／Ｑ３４５Ｃ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｄ５５３Ｔ／Ｅ５５５Ｇ、Ｎ２８３Ｌ／Ｎ３１９Ｋ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｇ５０６Ｒ、Ｎ２８３Ｌ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｎ５０８Ｇ／Ｓ５４１Ｉ／Ｄ５５３Ｔ／Ｅ５５５Ｇ、Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ、Ｎ４５０Ｒ／Ｎ５０８Ｇ／Ｄ５５３Ｒ／Ｅ５５５Ｇ／Ｔ５５８Ｅ、Ｎ５０８ＧおよびＮ５０８Ｇ／Ｓ５４１Ｉ／Ｄ５５３Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６もしくは１３６６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５、２０５／４４２／４４９／４５０、２０５／４５０／５３６／５４５、２０５／４５０／５３６／５４５／６４６、２５８／４４２／４４６、２５８／４４２／４４９／６４６、２５８／４５０／５３６／５４５、３０８、３６１、４３９、４４２／４４６／５３６／５４５／６２０／６４６、４４２／４５０／５３６／５４５、５１４、５３５、５７７、５９１、５９２、６１０、６３９、６４３および６４４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６もしくは１３６６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｓ、２０５Ｓ／４４２Ｖ／４４９Ａ／４５０Ｎ、２０５Ｓ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、２０５Ｓ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ／６４６Ａ、２５８Ｑ／４４２Ｖ／４４６Ｐ、２５８Ｑ／４４２Ｖ／４４９Ａ／６４６Ａ、２５８Ｑ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、３０８Ｅ、３６１Ｖ、４３９Ｍ、４４２Ｖ／４４６Ｐ／５３６Ｑ／５４５Ａ／６２０Ｅ／６４６Ａ、４４２Ｖ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、５１４Ｈ、５３５Ｒ、５３５Ｖ、５７７Ｖ、５９１Ｒ、５９１Ｖ、５９２Ｐ、６１０Ｌ、６１０Ｐ、６１０Ｓ、６３９Ｅ、６３９Ｋ、６４３Ｅ、６４３Ｒおよび６４４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６もしくは１３６６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ２０５Ｓ、Ｒ２０５Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ｌ４４９Ａ／Ｒ４５０Ｎ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４４６Ｐ、Ｋ２５８Ｑ／Ｌ４４２Ｖ／Ｌ４４９Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ａ３０８Ｅ、Ｉ３６１Ｖ、Ｓ４３９Ｍ、Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４４６Ｐ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｖ６２０Ｅ／Ｖ６４６Ａ、Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ｒ５１４Ｈ、Ｅ５３５Ｒ、Ｅ５３５Ｖ、Ｄ５７７Ｖ、Ｋ５９１Ｒ、Ｋ５９１Ｖ、Ａ５９２Ｐ、Ａ６１０Ｌ、Ａ６１０Ｐ、Ａ６１０Ｓ、Ａ６３９Ｅ、Ａ６３９Ｋ、Ａ６４３Ｅ、Ａ６４３ＲおよびＤ６４４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４００もしくは１３７０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３２／４９０／６３９、２３６、２３６／２３８／４０４／４８０／５５５／５６８／５９２、２３６／３５９／４０４／４０６／５５５／６３９、２３６／３５９／４９０／５８１／６３９、２３６／３５９／５５５、２３６／３５９／６０９、２３６／３７０／４０６／５６８／５８１、２３６／３７０／５６８／５９２、２３６／３７０／５８１、２３６／４０４／４０６／４８０／４９０、２３６／４０４／５５５／５８１／６０９／６３９、２３６／５６８、２３６／５９２、２３６／６３９、２３８／３５９／３７０／４０４／４９０／５６８／６３９、２４５／３６３／４０８／５１２／５１４／５９６／６６６、２４５／３６３／５１２／５１４／５３７／５６０、３０８／５１４／５３５／６３９／６４４、３５９／４０４、３５９／４０４／４０６／４９０／５４６／５８１、３６３／４０８／５１２／５１４／５３７、３６３／４０８／６０１／６５０、３６３／６３９／６４４、４０８／５１２、４０８／５１４／５３７、４０８／５１４／５６０／６５０、４９０／５６８／５９２／６３９、５１２／５３７／５６０／６０１、５１４／５３５／５４６／５７５／６４４、５１４／６３９／６４４、５１４／６４４、５３５／５７５／６３９／６４４、５３５／６３９／６４３／６４４、５３５／６４３／６４４および６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４００もしくは１３７０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３２Ｔ／４９０Ｅ／６３９Ｔ、２３６Ｖ、２３６Ｖ／２３８Ｉ／４０４Ｇ／４８０Ｌ／５５５Ｑ／５６８Ｐ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５５５Ｑ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／４９０Ｅ／５８１Ｔ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／５５５Ｑ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／６０９Ｇ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／４０６Ｒ／５６８Ｐ／５８１Ｔ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／５６８Ｐ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／５８１Ｔ、２３６Ｖ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／４８０Ｌ／４９０Ｅ、２３６Ｖ／４０４Ｇ／５５５Ｑ／５８１Ｔ／６０９Ｇ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／５６８Ｐ、２３６Ｖ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／６３９Ｔ、２３８Ｉ／３５９Ｙ／３７０Ｃ／４０４Ｇ／４９０Ｅ／５６８Ｐ／６３９Ｔ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／４０８Ｖ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５９６Ｔ／６６６Ｄ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５３７Ｐ／５６０Ｓ、３０８Ｅ／５１４Ｈ／５３５Ｒ／６３９Ｋ／６４４Ａ、３５９Ｙ／４０４Ｇ、３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／４９０Ｅ／５４６Ｅ／５８１Ｔ、３６３Ｈ／６３９Ｋ／６４４Ａ、３６３Ｋ／４０８Ｖ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５３７Ｐ、３６３Ｋ／４０８Ｖ／６０１Ｉ／６５０Ｔ、４０８Ｖ／５１２Ｎ、４０８Ｖ／５１４Ｈ／５３７Ｐ、４０８Ｖ／５１４Ｈ／５６０Ｓ／６５０Ｔ、４９０Ｅ／５６８Ｐ／５９２Ｐ／６３９Ｔ、５１２Ｎ／５３７Ｐ／５６０Ｓ／６０１Ｉ、５１４Ｈ／５３５Ｒ／５４６Ｅ／５７５Ｇ／６４４Ａ、５１４Ｈ／６３９Ｋ／６４４Ａ、５１４Ｈ／６４４Ａ、５３５Ｒ／５７５Ｇ／６３９Ｋ／６４４Ａ、５３５Ｒ／６３９Ｋ／６４３Ｒ／６４４Ａ、５３５Ｖ／６４３Ｒ／６４４Ａおよび６０１Ｉ／６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４００もしくは１３７０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｉ３２Ｔ／Ｑ４９０Ｅ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ、Ｍ２３６Ｖ／Ｌ２３８Ｉ／Ｓ４０４Ｇ／Ｉ４８０Ｌ／Ｅ５５５Ｑ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５５５Ｑ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｑ４９０Ｅ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｅ５５５Ｑ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ６０９Ｇ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｋ４０６Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｓ５８１Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｓ５８１Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｉ４８０Ｌ／Ｑ４９０Ｅ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ４０４Ｇ／Ｅ５５５Ｑ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６０９Ｇ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｌ５６８Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ６３９Ｔ、Ｌ２３８Ｉ／Ｆ３５９Ｙ／Ｓ３７０Ｃ／Ｓ４０４Ｇ／Ｑ４９０Ｅ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ６３９Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｍ５９６Ｔ／Ｓ６６６Ｄ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ／Ｔ５６０Ｓ、Ａ３０８Ｅ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３５Ｒ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｑ４９０Ｅ／Ｖ５４６Ｅ／Ｓ５８１Ｔ、Ｑ３６３Ｈ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ、Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔ、Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ、Ａ４０８Ｖ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ、Ａ４０８Ｖ／Ｒ５１４Ｈ／Ｔ５６０Ｓ／Ｉ６５０Ｔ、Ｑ４９０Ｅ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ／Ａ６３９Ｔ、Ｓ５１２Ｎ／Ｅ５３７Ｐ／Ｔ５６０Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３５Ｒ／Ｖ５４６Ｅ／Ｓ５７５Ｇ／Ｄ６４４Ａ、Ｒ５１４Ｈ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｒ５１４Ｈ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｒ／Ａ６３９Ｋ／Ａ６４３Ｒ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｖ／Ａ６４３Ｒ／Ｄ６４４ＡおよびＭ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４５４もしくは１４２４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６、２３６／３０８／３７０／５４８、２３６／３０８／４９０／５８１／６４３、２３６／３０８／５５５／５６０／５９６、２３６／３７０、２３６／３７０／４９０／６３９、２３６／５５５、２３６／５６０／５８１、２４５／３５９／３６３／４０６／５３５／６５０、２４５／３６３／４０６／５７５／６０１／６６６、３００、３０１、３０８、３０８／４９０／５６０／５８１／６３９／６４３、３３６、３５９／３６３／４０６／５３５／６０１／６５０、３５９／４０４／４０６／５３５、３５９／４０６／５７５／６５０／６６６、３５９／５３５／５７５／６０１、３６３／４０４／４０６／５３５／５６８、４０４／４０６／５３５、４０６、４０６／４８０／５３５／５６８／６０１、４０６／５３５／５７５、４６８および４８０／５７５／６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４５４もしくは１４２４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２３６Ｖ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／３７０Ｃ／５４８Ｅ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／４９０Ｅ／５８１Ｔ／６４３Ｒ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／５５５Ｑ／５６０Ｓ／５９６Ｔ、２３６Ｖ／３７０Ｃ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／４９０Ｅ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／５５５Ｑ、２３６Ｖ／５６０Ｓ／５８１Ｔ、２４５Ｓ／３５９Ｙ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／６５０Ｔ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５７５Ｇ／６０１Ｉ／６６６Ｄ、３００Ｆ、３０１Ｖ、３０８Ｅ、３０８Ｅ／４９０Ｅ／５６０Ｓ／５８１Ｔ／６３９Ｔ／６４３Ｒ、３３６Ｗ、３５９Ｙ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／６０１Ｉ／６５０Ｔ、３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ、３５９Ｙ／４０６Ｒ／５７５Ｇ／６５０Ｔ／６６６Ｄ、３５９Ｙ／５３５Ｒ／５７５Ｇ／６０１Ｉ、３６３Ｋ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／５６８Ｐ、４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ、４０６Ｒ、４０６Ｒ／４８０Ｌ／５３５Ｒ／５６８Ｐ／６０１Ｉ、４０６Ｒ／５３５Ｒ／５７５Ｇ、４６８Ｓおよび４８０Ｌ／５７５Ｇ／６０１Ｉ／６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４５４もしくは１４２４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｍ２３６Ｖ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｓ３７０Ｃ／Ｄ５４８Ｅ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｑ４９０Ｅ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６４３Ｒ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｅ５５５Ｑ／Ｔ５６０Ｓ／Ｍ５９６Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｑ４９０Ｅ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｅ５５５Ｑ、Ｍ２３６Ｖ／Ｔ５６０Ｓ／Ｓ５８１Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｆ３５９Ｙ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｉ６５０Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ／Ｓ６６６Ｄ、Ｌ３００Ｆ、Ａ３０１Ｖ、Ａ３０８Ｅ、Ａ３０８Ｅ／Ｑ４９０Ｅ／Ｔ５６０Ｓ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６３９Ｔ／Ａ６４３Ｒ、Ｙ３３６Ｗ、Ｆ３５９Ｙ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ、Ｆ３５９Ｙ／Ｋ４０６Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｉ６５０Ｔ／Ｓ６６６Ｄ、Ｆ３５９Ｙ／Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ、Ｑ３６３Ｋ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｌ５６８Ｐ、Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ、Ｋ４０６Ｒ、Ｋ４０６Ｒ／Ｉ４８０Ｌ／Ｅ５３５Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｍ６０１Ｉ、Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ、Ａ４６８ＳおよびＩ４８０Ｌ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１３３／３０１／３４６／３４７／４６８、２０５／２３６／３４７、２０５／２３６／３７０／４９０／５３７／６２０、２０５／３４２／４３９／４４２／５１４／６２０／６３９、２０５／３７０／５３７、２０５／４４２／５０５／６２０、２３６／２５８／３７０／５０５／５４５／６３９、２３６／３３９／５１４、２３６／３７０／４５０／６２０、２３６／５４５、２５８／３３９／３４２／５０５／５３７、２５８／３４２／３７０／４０８／４４２／５３７、３００／３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３００／３０１／３４７／４６８、３０１／３０８／３３６／３４６／４０６／４６８／６０１、３０１／３０８／３４６／４０６／４６８、３０１／３０８／４６８／６０１、３０１／３４７／４０６、３０８／３３６／３４７／４６８、３０８／３４７／４６８、３４２、３４２／４０８／４９０／５０５／５１４／５４５／６３９／６４６、３４２／６２０、３７０／４４２、３７０／５３７／６３９、４８９、５３９／６４９、５４２、５４３、５４３／６７３、５５８、５５９、５６６、６３４および６６１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１３３Ｍ／３０１Ｖ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３４７Ｆ、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３７０Ｓ／４９０Ｑ／５３７Ｅ／６２０Ｅ、２０５Ｓ／３４２Ｌ／４３９Ｓ／４４２Ｖ／５１４Ｒ／６２０Ｅ／６３９Ａ、２０５Ｓ／３７０Ｓ／５３７Ｅ、２０５Ｓ／４４２Ｖ／５０５Ｑ／６２０Ｅ、２３６Ｍ／２５８Ｑ／３７０Ｓ／５０５Ｑ／５４５Ａ／６３９Ａ、２３６Ｍ／３３９Ｎ／５１４Ｒ、２３６Ｍ／３７０Ｓ／４５０Ｎ／６２０Ｅ、２３６Ｍ／５４５Ａ、２５８Ｑ／３３９Ｎ／３４２Ｌ／５０５Ｑ／５３７Ｅ、２５８Ｑ／３４２Ｌ／３７０Ｓ／４０８Ａ／４４２Ｖ／５３７Ｅ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４６Ｋ／４０６Ｒ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／４０６Ｒ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３０１Ｖ／３４７Ｆ／４０６Ｒ、３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０８Ｅ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３４２Ｌ、３４２Ｌ／４０８Ａ／４９０Ｑ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５４５Ａ／６３９Ａ／６４６Ａ、３４２Ｌ／６２０Ｅ、３７０Ｓ／４４２Ｖ、３７０Ｓ／５３７Ｅ／６３９Ａ、４８９Ｙ、５３９Ｍ／６４９Ｈ、５４２Ｍ、５４３Ａ、５４３Ｖ／６７３Ｙ、５５８Ｒ、５５９Ｈ、５５９Ｓ、５６６Ｇ、６３４Ｃおよび６６１Ｄから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｌ１３３Ｍ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｖ３４７Ｆ、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｃ３７０Ｓ／Ｅ４９０Ｑ／Ｐ５３７Ｅ／Ｖ６２０Ｅ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ３４２Ｌ／Ｍ４３９Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ｈ５１４Ｒ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ａ、Ｒ２０５Ｓ／Ｃ３７０Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｒ２０５Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ａ５０５Ｑ／Ｖ６２０Ｅ、Ｖ２３６Ｍ／Ｋ２５８Ｑ／Ｃ３７０Ｓ／Ａ５０５Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｔ６３９Ａ、Ｖ２３６Ｍ／Ｗ３３９Ｎ／Ｈ５１４Ｒ、Ｖ２３６Ｍ／Ｃ３７０Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｖ６２０Ｅ、Ｖ２３６Ｍ／Ｉ５４５Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｗ３３９Ｎ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５０５Ｑ／Ｐ５３７Ｅ、Ｋ２５８Ｑ／Ｒ３４２Ｌ／Ｃ３７０Ｓ／Ｖ４０８Ａ／Ｌ４４２Ｖ／Ｐ５３７Ｅ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４６Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ、Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｒ３４２Ｌ、Ｒ３４２Ｌ／Ｖ４０８Ａ／Ｅ４９０Ｑ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｉ５４５Ａ／Ｔ６３９Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｒ３４２Ｌ／Ｖ６２０Ｅ、Ｃ３７０Ｓ／Ｌ４４２Ｖ、Ｃ３７０Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｔ６３９Ａ、Ｄ４８９Ｙ、Ｐ５３９Ｍ／Ｄ６４９Ｈ、Ｉ５４２Ｍ、Ｆ５４３Ａ、Ｆ５４３Ｖ／Ｈ６７３Ｙ、Ｔ５５８Ｒ、Ｌ５５９Ｈ、Ｌ５５９Ｓ、Ｔ５６６Ｇ、Ｐ６３４ＣおよびＧ６６１Ｄから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５／２３６／３４２／４３９／５０５／５１４／５３７／５４５、２３６／３４２／５０５／５１４／５３７／５４５、３００／３０１／３０８／３３６／３４７／４６８／６０１、３００／３０１／３４７／４０６、３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３０１／３３６／３４６／３４７／４０６／６０１および３０８／３３６／３４７／４０６／４６８／６０１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３４２Ｌ／４３９Ｓ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５３７Ｅ／５４５Ａ、２３６Ｍ／３４２Ｌ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５３７Ｅ／５４５Ａ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３４７Ｆ／４０６Ｒ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３３６Ｗ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４０６Ｒ／６０１Ｉおよび３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４０６Ｒ／４６８Ｓ／６０１Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｒ３４２Ｌ／Ｍ４３９Ｓ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４５Ａ、Ｖ２３６Ｍ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４５Ａ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ／Ｍ６０１ＩおよびＡ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６／５１１／５３７、３４６／５１１／５３７／５４１／５４３、３４６／５１１／５４２／５８２、３４６／５１１／５８１／５８２、３４６／５１１／５８３、３４６／５２９／５７１／５８１／５８２／５８３／５８９、５１１／５３７、５１６／５３９／５６８、５３７／５８２、５３９、５６８／６６２／６６３および５８１／５８２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ／５４１Ｉ／５４３Ｇ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４２Ｓ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５８１Ｌ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５８３Ｒ、３４６Ｖ／５２９Ｇ／５７１Ｉ／５８１Ｃ／５８２Ｖ／５８３Ｖ／５８９Ａ、５１１Ｓ／５３７Ｅ、５１６Ｍ／５３９Ｅ／５６８Ｒ、５３７Ｅ／５８２Ｒ、５３９Ｅ、５６８Ｒ／６６２Ｗ／６６３Ｗおよび５８１Ｌ／５８２Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｓ５４１Ｉ／Ｆ５４３Ｇ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｉ５４２Ｓ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｓ５８１Ｌ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｉ５８３Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ｖ５２９Ｇ／Ｓ５７１Ｉ／Ｓ５８１Ｃ／Ｙ５８２Ｖ／Ｉ５８３Ｖ／Ｔ５８９Ａ、Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｐ５１６Ｍ／Ｐ５３９Ｅ／Ｌ５６８Ｒ、Ｐ５３７Ｅ／Ｙ５８２Ｒ、Ｐ５３９Ｅ、Ｌ５６８Ｒ／Ｆ６６２Ｗ／Ｅ６６３ＷおよびＳ５８１Ｌ／Ｙ５８２Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６／５１１／５３７／５８２、３４６／５１１／５４３／５８２、３４６／５１１／５４４、３４６／５３７／５４２／５４４、３４６／５４３／５４４、３４６／５８３、５１１／５３７／５４２／５８２／５８３、５１６、５１６／５３９／５５５、５３７／５４３／５８２、５３９／５６８、５４０、５４２／５４４／５８１、５４８、５４９、５５９、５５９／５６８、５８２、６４７、６５０および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ／５８２Ｖ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４３Ｇ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５３７Ｅ／５４２Ｓ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５４３Ｇ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５８３Ｒ、５１１Ｓ／５３７Ｅ／５４２Ｓ／５８２Ｒ／５８３Ｒ、５１６Ｍ、５１６Ｍ／５３９Ｅ／５５５Ｇ、５３７Ｅ／５４３Ｇ／５８２Ｒ、５３９Ｅ／５６８Ｒ、５４０Ｇ、５４２Ｓ／５４４Ｌ／５８１Ｒ、５４８Ｒ、５４９Ｇ、５５９Ｓ、５５９Ｓ／５６８Ｒ、５８２Ｖ、６４７Ｌ、６４７Ｗ、６５０Ｇおよび６６４Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｙ５８２Ｖ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｆ５４３Ｇ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４２Ｓ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｆ５４３Ｇ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｉ５８３Ｒ、Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４２Ｓ／Ｙ５８２Ｒ／Ｉ５８３Ｒ、Ｐ５１６Ｍ、Ｐ５１６Ｍ／Ｐ５３９Ｅ／Ｅ５５５Ｇ、Ｐ５３７Ｅ／Ｆ５４３Ｇ／Ｙ５８２Ｒ、Ｐ５３９Ｅ／Ｌ５６８Ｒ、Ｖ５４０Ｇ、Ｉ５４２Ｓ／Ｔ５４４Ｌ／Ｓ５８１Ｒ、Ｄ５４８Ｒ、Ｖ５４９Ｇ、Ｌ５５９Ｓ、Ｌ５５９Ｓ／Ｌ５６８Ｒ、Ｙ５８２Ｖ、Ｑ６４７Ｌ、Ｑ６４７Ｗ、Ｉ６５０ＧおよびＱ６６４Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６８０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６１／３５５／５４３、２６１／３５５／５６７／５６８、２６１／４８９、２６１／４８９／５１１／５６８、２６１／４８９／５３９、２６１／４８９／５６７、２６１／５３９／５４３、２６１／５３９／５４３／５６７、２６１／５４２／５４３／５６８、５１１、５１１／５３９／５４３、５１１／５６７、５４３および５８３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６８０もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６１Ｄ／３５５Ｃ／５４３Ａ、２６１Ｄ／３５５Ｃ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、２６１Ｄ／４８９Ｅ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５１１Ｄ／５６８Ｒ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５３９Ｌ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５６７Ｒ、２６１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ａ、２６１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ｄ／５６７Ｒ、２６１Ｄ／５４２Ｌ／５４３Ａ／５６８Ｒ、５１１Ｄ、５１１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ａ、５１１Ｄ／５６７Ｒ、５４３Ａおよび５８３Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６０８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６８０もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｌ２６１Ｄ／Ｌ３５５Ｃ／Ｆ５４３Ａ、Ｌ２６１Ｄ／Ｌ３５５Ｃ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ａ５１１Ｄ／Ｌ５６８Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ｐ５３９Ｌ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ｄ５６７Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ａ、Ｌ２６１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ｄ／Ｄ５６７Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｌ５６８Ｒ、Ａ５１１Ｄ、Ａ５１１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ａ、Ａ５１１Ｄ／Ｄ５６７Ｒ、Ｆ５４３ＡおよびＩ５８３Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６０８を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９、９／１７／３４／３５／９３／５５４、９／１７／５０、９／１７／９３、９／２９／３５／４３／７７／５４２／５５４、９／３２／７７／９３、９／４３／７７、９／５０／６３／９３、９／９３、１７／２９／３４／３５／３６／７７／９３、１７／３２／３４／３５、１７／７７、３２／３４／９３、４３、５０／７７／９３、５０／９３、７７／９３、９３、２０５／２６３／４７０、２０５／３４４／４７０／５６５、２０５／３４５／４７０／５３８／６６４、２０５／４７０／５４５／５６８／６４５／６４７／６６４、２０５／４７０／５６７／５６８／６４５、２６３／３４４／６６４、２６３／４７０／６４５、２６３／４８９、２６３／５３９／５４１／５６８／６４５、３４４／３５５／４７０／４８９／６４５、３４４／３５５／４７０／５６８／６４５／６４７、３４４／４７０／４８９／５３９／５４２／６４５／６４７／６６４、３４４／４７０／４８９／５６７／５６８、３４４／４７０／５６８、３４４／４７０／６４７、４７０、４７０／４８９、４７０／５４１／５４２／５４３／５６５／６４５／６４７、４７０／５６７／５６８、４７０／６６４および５４２／５４３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９Ｋ、９Ｋ／１７Ａ／３４Ｍ／３５Ｇ／９３Ｅ／５５４Ｍ、９Ｋ／１７Ａ／５０Ｓ、９Ｋ／１７Ａ／９３Ｅ、９Ｋ／２９Ｓ／３５Ｇ／４３Ｐ／７７Ｄ／５４２Ｖ／５５４Ｍ、９Ｋ／３２Ａ／７７Ｄ／９３Ｅ、９Ｋ／４３Ｐ／７７Ｄ、９Ｋ／５０Ｓ／６３Ｅ／９３Ｅ、９Ｋ／９３Ｅ、９Ｑ／１７Ａ／９３Ｅ、１７Ａ／２９Ｓ／３４Ｍ／３５Ｇ／３６Ｄ／７７Ｄ／９３Ｅ、１７Ａ／３２Ａ／３４Ｍ／３５Ｇ、１７Ａ／７７Ｄ、３２Ａ／３４Ｍ／９３Ｅ、４３Ｐ、５０Ｓ／７７Ｄ／９３Ｅ、５０Ｓ／９３Ｅ、７７Ｄ／９３Ｅ、９３Ｅ、２０５Ｌ／２６３Ｖ／４７０Ｑ、２０５Ｌ／３４４Ｖ／４７０Ｑ／５６５Ａ、２０５Ｌ／３４５Ｐ／４７０Ｑ／５３８Ｔ／６６４Ｒ、２０５Ｌ／４７０Ｑ／５４５Ｌ／５６８Ｒ／６４５Ｓ／６４７Ｗ／６６４Ｒ、２０５Ｌ／４７０Ｑ／５６７Ｒ／５６８Ｒ／６４５Ｓ、２６３Ｉ／３４４Ｖ／６６４Ｒ、２６３Ｉ／４７０Ｑ／６４５Ｓ、２６３Ｉ／４８９Ｄ、２６３Ｉ／５３９Ｌ／５４１Ｒ／５６８Ｒ／６４５Ｓ、３４４Ｖ／３５５Ｃ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／６４５Ｓ、３４４Ｖ／３５５Ｃ／４７０Ｑ／５６８Ｒ／６４５Ｓ／６４７Ｗ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／５３９Ｌ／５４２Ｌ／６４５Ｓ／６４７Ｗ／６６４Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／５６８Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／６４７Ｗ、４７０Ｑ、４７０Ｑ／４８９Ｄ、４７０Ｑ／５４１Ｒ／５４２Ｌ／５４３Ａ／５６５Ａ／６４５Ｓ／６４７Ｗ、４７０Ｑ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、４７０Ｑ／６６４Ｒおよび５４２Ｌ／５４３Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ９Ｋ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ａ９３Ｅ／Ｌ５５４Ｍ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｎ５０Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ／Ｓ４３Ｐ／Ｎ７７Ｄ／Ｉ５４２Ｖ／Ｌ５５４Ｍ、Ｒ９Ｋ／Ｉ３２Ａ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ｓ４３Ｐ／Ｎ７７Ｄ、Ｒ９Ｋ／Ｎ５０Ｓ／Ａ６３Ｅ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｑ／Ｔ１７Ａ／Ａ９３Ｅ、Ｔ１７Ａ／Ｎ２９Ｓ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ｔ３６Ｄ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｔ１７Ａ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ、Ｔ１７Ａ／Ｎ７７Ｄ、Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ａ９３Ｅ、Ｓ４３Ｐ、Ｎ５０Ｓ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｎ５０Ｓ／Ａ９３Ｅ、Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ａ９３Ｅ、Ｒ２０５Ｌ／Ｒ２６３Ｖ／Ｐ４７０Ｑ、Ｒ２０５Ｌ／Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｎ５６５Ａ、Ｒ２０５Ｌ／Ｑ３４５Ｐ／Ｐ４７０Ｑ／Ｓ５３８Ｔ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２０５Ｌ／Ｐ４７０Ｑ／Ｉ５４５Ｌ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２０５Ｌ／Ｐ４７０Ｑ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ、Ｒ２６３Ｉ／Ｎ３４４Ｖ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２６３Ｉ／Ｐ４７０Ｑ／Ｋ６４５Ｓ、Ｒ２６３Ｉ／Ｅ４８９Ｄ、Ｒ２６３Ｉ／Ｐ５３９Ｌ／Ｓ５４１Ｒ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ、Ｎ３４４Ｖ／Ｌ３５５Ｃ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｋ６４５Ｓ、Ｎ３４４Ｖ／Ｌ３５５Ｃ／Ｐ４７０Ｑ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｉ５４２Ｌ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ／Ｑ６６４Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｑ６４７Ｗ、Ｐ４７０Ｑ、Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ、Ｐ４７０Ｑ／Ｓ５４１Ｒ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｎ５６５Ａ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ、Ｐ４７０Ｑ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｐ４７０Ｑ／Ｑ６６４ＲおよびＩ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９／１７／３２／３４／３６／５０／７７／１０７／１２７、９／１７／６３／７７、９／４３／９３／１２７、９／６３／９３／１０７、１７／２９／３２／３４／３６／６３、２９／３４／３５／７７、３２／４３／９３、３５／９３／１４５および２０５／２６３／４８９／６４７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、９Ｋ／１７Ａ／３２Ａ／３４Ｍ／３６Ｄ／５０Ｓ／７７Ｄ／１０７Ｋ／１２７Ｓ、９Ｋ／１７Ａ／６３Ｅ／７７Ｄ、９Ｋ／４３Ｐ／９３Ｅ／１２７Ｓ、９Ｋ／６３Ｅ／９３Ｅ／１０７Ｋ、１７Ａ／２９Ｓ／３２Ａ／３４Ｍ／３６Ｄ／６３Ｅ、２９Ｓ／３４Ｍ／３５Ｇ／７７Ｄ、３２Ａ／４３Ｐ／９３Ｅ、３５Ｇ／９３Ｅ／１４５Ｅおよび２０５Ｌ／２６３Ｖ／４８９Ｄ／６４７Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｔ３６Ｄ／Ｎ５０Ｓ／Ｎ７７Ｄ／Ｍ１０７Ｋ／Ｇ１２７Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ａ６３Ｅ／Ｎ７７Ｄ、Ｒ９Ｋ／Ｓ４３Ｐ／Ａ９３Ｅ／Ｇ１２７Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ａ６３Ｅ／Ａ９３Ｅ／Ｍ１０７Ｋ、Ｔ１７Ａ／Ｎ２９Ｓ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｔ３６Ｄ／Ａ６３Ｅ、Ｎ２９Ｓ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ｎ７７Ｄ、Ｉ３２Ａ／Ｓ４３Ｐ／Ａ９３Ｅ、Ｅ３５Ｇ／Ａ９３Ｅ／Ｇ１４５ＥおよびＲ２０５Ｌ／Ｒ２６３Ｖ／Ｅ４８９Ｄ／Ｑ６４７Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８８、１８９、２６５、２６６、３３４、４４２、４５４、６４６および６４９から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８８Ｗ、１８９Ａ、１８９Ｐ、２６５Ｒ、２６６Ｅ、２６６Ｇ、３３４Ｉ、４４２Ｖ、４５４Ｌ、４５４Ｍ、４５４Ｓ、６４６Ｉ、６４６Ｍ、６４６Ｒ、６４９Ｔおよび６４９Ｙから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ１８８Ｗ、Ｋ１８９Ａ、Ｋ１８９Ｐ、Ｇ２６５Ｒ、Ｎ２６６Ｅ、Ｎ２６６Ｇ、Ｖ３３４Ｉ、Ｌ４４２Ｖ、Ａ４５４Ｌ、Ａ４５４Ｍ、Ａ４５４Ｓ、Ｖ６４６Ｉ、Ｖ６４６Ｍ、Ｖ６４６Ｒ、Ｄ６４９ＴおよびＤ６４９Ｙから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８９、２６６、２６６／２８３、５４６、５９４および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、１８９Ｉ、２６６Ａ、２６６Ｌ、２６６Ｌ／２８３Ｋ、２６６Ｍ、２６６Ｓ、２６６Ｖ、２６６Ｗ、２６６Ｙ、５４６Ｌ、５９４Ａおよび６４６Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｋ１８９Ｉ、Ｎ２６６Ａ、Ｎ２６６Ｌ、Ｎ２６６Ｌ／Ｎ２８３Ｋ、Ｎ２６６Ｍ、Ｎ２６６Ｓ、Ｎ２６６Ｖ、Ｎ２６６Ｗ、Ｎ２６６Ｙ、Ｖ５４６Ｌ、Ｖ５９４ＡおよびＶ６４６Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６３／４７０／５６８、２６６、４７０／５４２／５４３／６６４および５５８／５７７／５９４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２６３Ｉ／４７０Ｐ／５６８Ｒ、２６６Ｒ、４７０Ｐ／５４２Ｌ／５４３Ａ／６６４Ｑおよび５５８Ｅ／５７７Ｖ／５９４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ２６３Ｉ／Ｑ４７０Ｐ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ２６６Ｒ、Ｑ４７０Ｐ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｒ６６４ＱおよびＴ５５８Ｅ／Ｄ５７７Ｖ／Ｖ５９４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９、２９／３５、２９／３５／３４２／５８１／５８２／６６４、２９／５０／５１１／５３９／５８１、３５、３５／５０／２０５／４０６／５１１／５８１、３５／２０５／５１１、３５／３４２／３４６／５１１／５３９／５８１、３５／３４６、３５／３４６／４０６／５１１／５８１／５８２／６６４、３５／５１１、３５／５３９、５０／３４２、１３２、１３３、１４３、１４７、１８７、１８８、２５７、２５８、２６３、２９４、２９４／４４１／５２７、３０８／３４２／５１１／５８１／５８２、３４２、３４６、３９８、４０６／６６４、４２９／６５２、４４１、４４１／４４６／５２６、４４６／６５２、４８２、５０５、５１１、５２６、５２７、５３６、５４５、５８１、５８２、６１５、６２０、６３９、６４５、６４６、６４８、６５２、６５４および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９Ｆ、２９Ｇ、２９Ｓ／３５Ｇ、２９Ｓ／３５Ｇ／３４２Ｌ／５８１Ｓ／５８２Ｙ／６６４Ｑ、２９Ｓ／５０Ｓ／５１１Ｓ／５３９Ｌ／５８１Ｓ、３５Ｄ／５１１Ｓ、３５Ｇ、３５Ｇ／５０Ｓ／２０５Ｓ／４０６Ｒ／５１１Ｓ／５８１Ｓ、３５Ｇ／２０５Ｓ／５１１Ｓ、３５Ｇ／３４２Ｌ／３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３９Ｌ／５８１Ｓ、３５Ｇ／３４６Ｖ、３５Ｇ／３４６Ｖ／４０６Ｒ／５１１Ｓ／５８１Ｓ／５８２Ｙ／６６４Ｑ、３５Ｇ／５１１Ｓ、３５Ｇ／５３９Ｌ、５０Ｓ／３４２Ｌ、１３２Ｔ、１３３Ｖ、１４３Ｈ、１４７Ｔ、１８７Ｇ、１８８Ｔ、２５７Ｌ、２５８Ｈ、２５８Ｎ、２６３Ｓ、２９４Ａ、２９４Ａ／４４１Ａ／５２７Ａ、３０８Ａ／３４２Ｌ／５１１Ｓ／５８１Ｓ／５８２Ｙ、３４２Ｆ、３４６Ｖ、３９８Ｇ、４０６Ｒ／６６４Ｑ、４２９Ｌ／６５２Ｔ、４４１Ａ、４４１Ａ／４４６Ｐ／５２６Ｌ、４４１Ｖ、４４６Ｐ／６５２Ｔ、４８２Ｖ、５０５Ｆ、５０５Ｍ、５１１Ｓ、５２６Ｖ、５２７Ｄ、５２７Ｒ、５３６Ｈ、５３６Ｒ、５４５Ｖ、５８１Ａ、５８１Ｓ、５８２Ｇ、５８２Ｓ、５８２Ｙ、６１５Ｑ、６２０Ｅ、６３９Ｅ、６３９Ｉ、６４５Ｅ、６４５Ｇ、６４５Ｗ、６４６Ｇ、６４６Ｒ、６４８Ｑ、６４８Ｖ、６５２Ｌ、６５２Ｑ、６５２Ｔ、６５２Ｙ、６５４Ｃ、６６４Ｇ、６６４Ｖおよび６６４Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｆ、Ｎ２９Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ／Ｒ３４２Ｌ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ／Ｒ６６４Ｑ、Ｎ２９Ｓ／Ｎ５０Ｓ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３９Ｌ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｄ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ、Ｅ３５Ｇ／Ｎ５０Ｓ／Ｒ２０５Ｓ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｒ２０５Ｓ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｒ３４２Ｌ／Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３９Ｌ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｋ３４６Ｖ、Ｅ３５Ｇ／Ｋ３４６Ｖ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ／Ｒ６６４Ｑ、Ｅ３５Ｇ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｐ５３９Ｌ、Ｎ５０Ｓ／Ｒ３４２Ｌ、Ｉ１３２Ｔ、Ｌ１３３Ｖ、Ｅ１４３Ｈ、Ａ１４７Ｔ、Ｉ１８７Ｇ、Ｎ１８８Ｔ、Ｒ２５７Ｌ、Ｋ２５８Ｈ、Ｋ２５８Ｎ、Ｒ２６３Ｓ、Ｒ２９４Ａ、Ｒ２９４Ａ／Ｒ４４１Ａ／Ｋ５２７Ａ、Ｅ３０８Ａ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ、Ｒ３４２Ｆ、Ｋ３４６Ｖ、Ａ３９８Ｇ、Ｋ４０６Ｒ／Ｒ６６４Ｑ、Ｋ４２９Ｌ／Ｋ６５２Ｔ、Ｒ４４１Ａ、Ｒ４４１Ａ／Ｒ４４６Ｐ／Ｒ５２６Ｌ、Ｒ４４１Ｖ、Ｒ４４６Ｐ／Ｋ６５２Ｔ、Ｒ４８２Ｖ、Ａ５０５Ｆ、Ａ５０５Ｍ、Ａ５１１Ｓ、Ｒ５２６Ｖ、Ｋ５２７Ｄ、Ｋ５２７Ｒ、Ｗ５３６Ｈ、Ｗ５３６Ｒ、Ｉ５４５Ｖ、Ｌ５８１Ａ、Ｌ５８１Ｓ、Ｒ５８２Ｇ、Ｒ５８２Ｓ、Ｒ５８２Ｙ、Ｋ６１５Ｑ、Ｖ６２０Ｅ、Ｔ６３９Ｅ、Ｔ６３９Ｉ、Ｋ６４５Ｅ、Ｋ６４５Ｇ、Ｋ６４５Ｗ、Ｖ６４６Ｇ、Ｖ６４６Ｒ、Ｒ６４８Ｑ、Ｒ６４８Ｖ、Ｋ６５２Ｌ、Ｋ６５２Ｑ、Ｋ６５２Ｔ、Ｋ６５２Ｙ、Ｒ６５４Ｃ、Ｒ６６４Ｇ、Ｒ６６４ＶおよびＲ６６４Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１０３０もしくは２０００に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９、２９／１４３／２６３／２６６／４４１／６３９、２９／２６３／２６６、２９／２６３／２６６／４４１／６２０、２９／２６６／４４１、２９／４４１／６３９、３０、３７、４７／５７０、７５、８１、８５、９２、１３５、１４３、１４３／２６３／２６６／６３９、１４３／２６６／４４１／６２０／６３９、１６８、１８９／４２４、２３７／５２７、２４４、２５８／３４２／５８２／６４８、２６３、２６３／２６６／４４１、２６３／２６６／６３９、２６６／４４１、２６６／４４１／６２０／６３９、２６６／６２０／６３９、２６６／６３９、２６７、３４２／５２６／６６４、３４２／５４５、３４２／５８２、４２９、４４１、４８２、４９５、５０１、５２３、５２６、５２７、５６８、５７０、５７３、５８１、５８２、６１６、６３２、６４８、６５３および６５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１０３０もしくは２０００に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９Ｇ／１４３Ｈ／２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ｖ／６３９Ｉ、２９Ｇ／２６３Ｓ／２６６Ａ、２９Ｇ／２６３Ｓ／２６６Ｌ／４４１Ａ／６２０Ｅ、２９Ｇ／２６６Ａ／４４１Ａ、２９Ｇ／４４１Ｖ／６３９Ｖ、２９Ｓ、３０Ｇ、３７Ｌ、４７Ｇ／５７０Ｅ、７５Ｎ、７５Ｓ、８１Ｎ、８５Ｌ、９２Ｌ、１３５Ｅ、１４３Ｈ／２６３Ｓ／２６６Ａ／６３９Ｖ、１４３Ｈ／２６６Ａ／４４１Ｖ／６２０Ｅ／６３９Ｖ、１４３Ｑ、１６８Ｅ、１８９Ｑ／４２４Ｇ、２３７Ｅ／５２７Ｖ、２４４Ｓ、２５８Ｈ／３４２Ｆ／５８２Ｓ／６４８Ｑ、２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ａ、２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ｖ、２６３Ｓ／２６６Ａ／６３９Ｖ、２６３Ｔ、２６６Ａ／４４１Ｖ／６２０Ｅ／６３９Ｖ、２６６Ａ／６２０Ｅ／６３９Ｉ、２６６Ａ／６３９Ｉ、２６６Ｌ／４４１Ａ、２６７Ｇ、３４２Ｆ／５２６Ｖ／６６４Ｇ、３４２Ｆ／５４５Ｖ、３４２Ｆ／５８２Ｇ、４２９Ｐ、４４１Ｅ、４８２Ｖ、４９５Ｌ、５０１Ｑ、５２３Ｖ、５２６Ｅ、５２７Ｅ、５２７Ｌ、５２７Ｍ、５２７Ｒ、５２７Ｔ、５６８Ｐ、５７０Ｅ、５７３Ｔ、５８１Ｔ、５８２Ｆ、６１６Ｔ、６３２Ｑ、６４８Ａ、６５３Ｉおよび６５４Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１０３０もしくは２０００に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｇ／Ｅ１４３Ｈ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ｌ／Ｒ４４１Ａ／Ｖ６２０Ｅ、Ｎ２９Ｇ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ａ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ４４１Ｖ／Ｔ６３９Ｖ、Ｎ２９Ｓ、Ｒ３０Ｇ、Ｒ３７Ｌ、Ｅ４７Ｇ／Ｋ５７０Ｅ、Ｒ７５Ｎ、Ｒ７５Ｓ、Ｒ８１Ｎ、Ｒ８５Ｌ、Ｐ９２Ｌ、Ｒ１３５Ｅ、Ｅ１４３Ｈ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｖ、Ｅ１４３Ｈ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｖ、Ｅ１４３Ｑ、Ｓ１６８Ｅ、Ｋ１８９Ｑ／Ｄ４２４Ｇ、Ｄ２３７Ｅ／Ｋ５２７Ｖ、Ｒ２４４Ｓ、Ｋ２５８Ｈ／Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５８２Ｓ／Ｒ６４８Ｑ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ａ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｖ、Ｒ２６３Ｔ、Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｖ、Ｎ２６６Ａ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２６６Ｌ／Ｒ４４１Ａ、Ｒ２６７Ｇ、Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５２６Ｖ／Ｒ６６４Ｇ、Ｌ３４２Ｆ／Ｉ５４５Ｖ、Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５８２Ｇ、Ｋ４２９Ｐ、Ｒ４４１Ｅ、Ｒ４８２Ｖ、Ｉ４９５Ｌ、Ｒ５０１Ｑ、Ｍ５２３Ｖ、Ｒ５２６Ｅ、Ｋ５２７Ｅ、Ｋ５２７Ｌ、Ｋ５２７Ｍ、Ｋ５２７Ｒ、Ｋ５２７Ｔ、Ｌ５６８Ｐ、Ｋ５７０Ｅ、Ｋ５７３Ｔ、Ｓ５８１Ｔ、Ｒ５８２Ｆ、Ｋ６１６Ｔ、Ｋ６３２Ｑ、Ｒ６４８Ａ、Ｍ６５３ＩおよびＲ６５４Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９、２９／３０、２９／３０／１４３／２６３／４８２／６４６、２９／３０／２６３、２９／３０／６１６／６４８、２９／７５／２６３／５６８／５７０／６４８、２９／１６８／６４８、２９／２６３／５２７／５６８、７５、７５／１４３／１６８／５２７、７５／１６８、７５／６１６、１４３、１６８／２４７／４８２／６４８、１６８／２６３／６１６、１６８／４８２／６１６、１６８／４９５／６１６、２６３、２６３／６１６、４２９／５４５、４９５および５２７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２９Ｓ、２９Ｓ／３０Ｇ、２９Ｓ／３０Ｇ／１４３Ｑ／２６３Ｔ／４８２Ｖ／６４６Ｅ、２９Ｓ／３０Ｇ／２６３Ｔ、２９Ｓ／３０Ｇ／６１６Ｔ／６４８Ａ、２９Ｓ／７５Ｓ／２６３Ｔ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／６４８Ａ、２９Ｓ／１６８Ｅ／６４８Ａ、２９Ｓ／２６３Ｔ／５２７Ｌ／５６８Ｐ、７５Ｓ、７５Ｓ／１４３Ｑ／１６８Ｅ／５２７Ｌ、７５Ｓ／１６８Ｅ、７５Ｓ／６１６Ｔ、１４３Ｑ、１６８Ｅ／２４７Ｓ／４８２Ｖ／６４８Ａ、１６８Ｅ／２６３Ｔ／６１６Ｔ、１６８Ｅ／４８２Ｖ／６１６Ｔ、１６８Ｅ／４９５Ｌ／６１６Ｔ、２６３Ｔ、２６３Ｔ／６１６Ｔ、４２９Ｐ／５４５Ｖ、４９５Ｌおよび５２７Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｓ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｅ１４３Ｑ／Ｓ２６３Ｔ／Ｒ４８２Ｖ／Ｖ６４６Ｅ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｓ２６３Ｔ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｋ６１６Ｔ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ７５Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ｋ５２７Ｌ／Ｌ５６８Ｐ、Ｒ７５Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｅ１４３Ｑ／Ｓ１６８Ｅ／Ｋ５２７Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ６１６Ｔ、Ｅ１４３Ｑ、Ｓ１６８Ｅ／Ｇ２４７Ｓ／Ｒ４８２Ｖ／Ｒ６４８Ａ、Ｓ１６８Ｅ／Ｓ２６３Ｔ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ１６８Ｅ／Ｒ４８２Ｖ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ１６８Ｅ／Ｉ４９５Ｌ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ２６３Ｔ、Ｓ２６３Ｔ／Ｋ６１６Ｔ、Ｋ４２９Ｐ／Ｉ５４５Ｖ、Ｉ４９５ＬおよびＫ５２７Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０７、２２２、２６６、３０７、４５４、５３５、５４６、５４８、５８０、６０４および６１０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、２０７Ｒ、２２２Ｔ、２６６Ｋ、３０７Ｌ、４５４Ｌ、５３５Ｖ、５４６Ｒ、５４８Ｓ、５８０Ｃ、６０４Ｐおよび６１０Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｑ２０７Ｒ、Ｓ２２２Ｔ、Ａ２６６Ｋ、Ｑ３０７Ｌ、Ａ４５４Ｌ、Ｅ５３５Ｖ、Ｖ５４６Ｒ、Ｄ５４８Ｓ、Ｈ５８０Ｃ、Ｈ６０４ＰおよびＡ６１０Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１８０もしくは２１５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５／１６８／２０７／４５４／５６８／５８６／６１０／６４８／６５９、７５／１６８／２６６／４５４／５４６／５７０／５８０、７５／２０７／４５４／５７０／６５９、７５／２０７／５４６／５８０／６４８、７５／２６３／４５４／５４８／５６８／６０４／６４８、７５／２６６／４５４、７５／４５４、７５／４５４／５４６／５４８／５６８／６０４、７５／５４６／５４８／６１０／６４８、１６８／２０７／２６３／４５４／５６８／５７０／６０４、１６８／２６３／２６６／５４６／６０４、１６８／４５４／６０４、２０７／６０４／６１０、２０９、２１２、２２１、２２３、２２８、２６６／４５４／５６８、３１９、３７３、４１２／５４６／５５４、４３１、４５４、４５４／５４６／５６８／５７０／５８０、４５４／５４６／５７０、４５４／５７０／５８０／６１０、４５４／５８０、４５４／６５９および５０６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１８０もしくは２１５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５Ｓ／１６８Ｅ／２０７Ｒ／４５４Ｌ／５６８Ｐ／５８６Ｖ／６１０Ｒ／６４８Ａ／６５９Ｔ、７５Ｓ／１６８Ｅ／２６６Ｋ／４５４Ｌ／５４６Ｒ／５７０Ｅ／５８０Ｃ、７５Ｓ／２０７Ｒ／４５４Ｌ／５７０Ｅ／６５９Ｔ、７５Ｓ／２０７Ｒ／５４６Ｒ／５８０Ｃ／６４８Ａ、７５Ｓ／２６３Ｔ／４５４Ｌ／５４８Ｓ／５６８Ｐ／６０４Ｐ／６４８Ａ、７５Ｓ／２６６Ｋ／４５４Ｌ、７５Ｓ／４５４Ｌ、７５Ｓ／４５４Ｌ／５４６Ｒ／５４８Ｓ／５６８Ｐ／６０４Ｐ、７５Ｓ／５４６Ｒ／５４８Ｓ／６１０Ｒ／６４８Ａ、１６８Ｅ／２０７Ｒ／２６３Ｔ／４５４Ｌ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／６０４Ｐ、１６８Ｅ／２６３Ｔ／２６６Ｋ／５４６Ｒ／６０４Ｐ、１６８Ｅ／４５４Ｌ／６０４Ｐ、２０７Ｒ／６０４Ｐ／６１０Ｒ、２０９Ｖ、２１２Ｓ、２２１Ｉ、２２３Ｑ、２２８Ｉ、２２８Ｖ、２６６Ｋ／４５４Ｌ／５６８Ｐ、３１９Ｑ、３７３Ｆ、４１２Ｙ／５４６Ｌ／５５４Ｍ、４３１Ｔ、４５４Ｉ、４５４Ｌ／５４６Ｒ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／５８０Ｃ、４５４Ｌ／５４６Ｒ／５７０Ｅ、４５４Ｌ／５７０Ｅ／５８０Ｃ／６１０Ｒ、４５４Ｌ／５８０Ｃ、４５４Ｌ／６５９Ｔおよび５０６Ｎから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１８０もしくは２１５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ｑ２０７Ｒ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ／Ｌ５８６Ｖ／Ａ６１０Ｒ／Ｒ６４８Ａ／Ｅ６５９Ｔ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ、Ｒ７５Ｓ／Ｑ２０７Ｒ／Ａ４５４Ｌ／Ｋ５７０Ｅ／Ｅ６５９Ｔ、Ｒ７５Ｓ／Ｑ２０７Ｒ／Ｖ５４６Ｒ／Ｈ５８０Ｃ／Ｒ６４８Ａ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ４５４Ｌ／Ｄ５４８Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６４８Ａ、Ｒ７５Ｓ／Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ａ４５４Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｄ５４８Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｈ６０４Ｐ、Ｒ７５Ｓ／Ｖ５４６Ｒ／Ｄ５４８Ｓ／Ａ６１０Ｒ／Ｒ６４８Ａ、Ｓ１６８Ｅ／Ｑ２０７Ｒ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ６０４Ｐ、Ｓ１６８Ｅ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ２６６Ｋ／Ｖ５４６Ｒ／Ｈ６０４Ｐ、Ｓ１６８Ｅ／Ａ４５４Ｌ／Ｈ６０４Ｐ、Ｑ２０７Ｒ／Ｈ６０４Ｐ／Ａ６１０Ｒ、Ｉ２０９Ｖ、Ｄ２１２Ｓ、Ｌ２２１Ｉ、Ｎ２２３Ｑ、Ｔ２２８Ｉ、Ｔ２２８Ｖ、Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ、Ｎ３１９Ｑ、Ｌ３７３Ｆ、Ｆ４１２Ｙ／Ｖ５４６Ｌ／Ｌ５５４Ｍ、Ｐ４３１Ｔ、Ａ４５４Ｉ、Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ、Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｋ５７０Ｅ、Ａ４５４Ｌ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ／Ａ６１０Ｒ、Ａ４５４Ｌ／Ｈ５８０Ｃ、Ａ４５４Ｌ／Ｅ６５９ＴおよびＧ５０６Ｎから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２５０もしくは２２２０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５／１８９／３７３／５８２、７５／２００／２１２／４３１／４８２、７５／２１２／３７３／４３１／４８２、７５／２１２／４３１／４８２／５６８／６１５／６６４、７５／３６８／５８２、７５／３７３／４３１／５２６／５８２、７５／４３１／４８２／５７０／６０４／６６４、７５／６３２、１８９／２１２／４３１／５６８／５７０、２００／２０５／３７３／４３１、２００／４３１／４８２／６１５／６６４、２００／４８２／６６４、２１２／２２８／４３１、２１２／２２８／５６８／５７０／５８２／６６４、２１２／３７３／４４６／４８２／５８２、３６８／３７３／４３１、３７３／４３１／５７０／６０４／６６４、３７３／５６８／６３２、４３１、４３１／６０４／６６４、４８２／５８２、５８２および６１５／６５２／６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２５０もしくは２２２０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、７５Ｓ／１８９Ａ／３７３Ｆ／５８２Ｇ、７５Ｓ／２００Ｗ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ、７５Ｓ／２１２Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ／４８２Ｓ、７５Ｓ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／５６８Ｐ／６１５Ｍ／６６４Ｇ、７５Ｓ／３６８Ｍ／５８２Ｇ、７５Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ／５２６Ｅ／５８２Ｇ、７５Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／５７０Ｋ／６０４Ｐ／６６４Ｇ、７５Ｓ／６３２Ｑ、１８９Ａ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／５６８Ｐ／５７０Ｋ、２００Ｗ／２０５Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ、２００Ｗ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／６１５Ｍ／６６４Ｇ、２００Ｗ／４８２Ｓ／６６４Ｗ、２１２Ｓ／２２８Ｖ／４３１Ｔ、２１２Ｓ／２２８Ｖ／５６８Ｐ／５７０Ｋ／５８２Ｇ／６６４Ｗ、２１２Ｓ／３７３Ｆ／４４６Ｆ／４８２Ｓ／５８２Ｇ、３６８Ｍ／３７３Ｆ／４３１Ｔ、３７３Ｆ／４３１Ｔ／５７０Ｋ／６０４Ｐ／６６４Ｗ、３７３Ｆ／５６８Ｐ／６３２Ｑ、４３１Ｔ、４３１Ｔ／６０４Ｐ／６６４Ｇ、４８２Ｓ／５８２Ｇ、５８２Ｇおよび６１５Ｍ／６５２Ｖ／６６４Ｇから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２５０もしくは２２２０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｒ７５Ｓ／Ｋ１８９Ａ／Ｌ３７３Ｆ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ２００Ｗ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｄ２１２Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ６１５Ｍ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ３６８Ｍ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ５２６Ｅ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｅ５７０Ｋ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ６３２Ｑ、Ｋ１８９Ａ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｌ５６８Ｐ／Ｅ５７０Ｋ、Ｋ２００Ｗ／Ｒ２０５Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ、Ｋ２００Ｗ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｋ６１５Ｍ／Ｒ６６４Ｇ、Ｋ２００Ｗ／Ｒ４８２Ｓ／Ｒ６６４Ｗ、Ｄ２１２Ｓ／Ｔ２２８Ｖ／Ｐ４３１Ｔ、Ｄ２１２Ｓ／Ｔ２２８Ｖ／Ｌ５６８Ｐ／Ｅ５７０Ｋ／Ｒ５８２Ｇ／Ｒ６６４Ｗ、Ｄ２１２Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｒ４４６Ｆ／Ｒ４８２Ｓ／Ｒ５８２Ｇ、Ｋ３６８Ｍ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ、Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｅ５７０Ｋ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｗ、Ｌ３７３Ｆ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ６３２Ｑ、Ｐ４３１Ｔ、Ｐ４３１Ｔ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ４８２Ｓ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ５８２ＧおよびＫ６１５Ｍ／Ｋ６５２Ｖ／Ｒ６６４Ｇから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３０８もしくは２２７８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、４０８／４３９、４３９／５１４、４７０、４７０／６６７、５１４、５１４／５３７および５３７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３０８もしくは２２７８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、４０８Ａ／４３９Ｓ、４３９Ｓ／５１４Ｒ、４７０Ｇ、４７０Ｇ／６６７Ｄ、４７０Ｐ、５１４Ｒ、５１４Ｒ／５３７Ｅおよび５３７Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３０８もしくは２２７８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含み、組換えプロテアーゼは、Ｖ４０８Ａ／Ｍ４３９Ｓ、Ｍ４３９Ｓ／Ｈ５１４Ｒ、Ｑ４７０Ｇ、Ｑ４７０Ｇ／Ｇ６６７Ｄ、Ｑ４７０Ｐ、Ｈ５１４Ｒ、Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７ＥおよびＰ５３７Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６および／または３．２７に提供される少なくとも１個の位置における少なくとも１個の突然変異を含み、位置は、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８を参照して番号付けされる。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６４、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、２２７８および２３３２のポリペプチド配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～１３６２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４～２０のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２２～１８８のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１９０～２６８のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２７０～２８２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２８４～３４０のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４２～３８０のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３８２～３９４のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３９６～４５０および１３６６～１４２０のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号４５２～５２２および１４２２～１４９２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５２４～５７４および１４９４～１５４４のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号５７６～６４６および１５４６～１６１６のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６４８～６６０および１６１８～１６３０のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６６２～６８４および１６３２～１６５４のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号６８６～７２８および１６５６～１６９８のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７３０～７５６および１７００～１７２６のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号７５８～８３６および１７２８～１８０６のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８３８～８５４および１８０８～１８２４のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８５６～８８６および１８２６～１８５６のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号８８８～９１０および１８５８～１８８０のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号９１２～９１６および１８８２～１８８６のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号９１８～１０５８および１８８８～２０２８のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１０６０～１１７２および２０３０～２１４２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１１７４～１２１６および２１４４～２１８６のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２１８～１２３８および２１８８～２２０８のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１２４０～１３００および２２１０～２２７０のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３０２～１３４６および２２７２～２３１６のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号１３４８～１３６２および２３１８～２３３２のうち偶数番号の配列に表示される少なくとも１種の配列を含む。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６４、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、２２７８および２３３２から選択されるポリペプチド配列を含む。

一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、本発明によって包含される操作されたプロテアーゼポリペプチドの機能的断片を含む。機能的断片は、それが派生された操作されたプロテアーゼポリペプチド（すなわち、本明細書に記載されている、親である操作されたプロテアーゼまたは参照プロテアーゼ）の活性の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％を有する。一部の実施形態では、機能的断片は、操作されたプロテアーゼの親配列の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％およびさらには９９％を含む。一部の実施形態では、機能的断片は、５個未満、１０個未満、１５個未満、１０個未満、２５個未満、３０個未満、３５個未満、４０個未満、４５個未満および５０個未満のアミノ酸だけトランケートされる。

本発明の操作されたプロテアーゼは、参照配列と比較して、少なくとも１種の改善された特性を含む。一部の実施形態では、参照配列は、野生型プロテアーゼであり、一方、一部の他の実施形態では、参照配列は、別の操作されたプロテアーゼである。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、４０～５０℃で安定している。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、２５℃、３７℃、４２℃および／または４８℃で安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、４０～５０℃で参照配列よりも安定している。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、２５℃、３７℃、４２℃および／または４８℃で参照配列よりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも熱安定性が高い。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、低ｐＨ環境において安定しており、一方、他の実施形態では、組換えプロテアーゼは、高ｐＨ環境において安定している。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、低および高ｐＨ環境の両方において安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、参照配列と比較して、高ｐＨ環境または低ｐＨ環境のどちらか（または両方の環境）で、より安定している。一部の実施形態では、参照配列は、野生型プロテアーゼであり、一方、他の実施形態では、参照配列は、別の操作されたプロテアーゼである。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、７よりも大きいｐＨで、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、７よりも大きいｐＨで、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．８で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．８で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、７未満のｐＨで、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ７未満のｐＨで、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ６で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、５未満のｐＨで、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ４で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．８で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．８で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．２６で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．２６で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ３で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．７５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．７５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．５で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２．５で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２で、配列番号２のプロテアーゼよりも安定している。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、ｐＨ２で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりもタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりもタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、ペプシンによるタンパク質分解に対して抵抗性である。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも、ペプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも、ペプシンによるタンパク質分解に対する抵抗性が高い。

一部の実施形態では、本発明の組換えプロテアーゼは、自己分解に対して抵抗性である。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼよりも自己分解に対する抵抗性が高い。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも自己分解に対する抵抗性が高い。

一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で活性がある。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で、配列番号２のプロテアーゼよりも活性が高い。一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも活性が高い。一部の追加の実施形態では、胆汁酸塩は、タウロコール酸塩である。

また一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、野生型プロテアーゼまたは別の組換えプロテアーゼと比較して、２種以上の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２と比較して、２種以上の改善された特性を示し、一方、一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８と比較して、２種以上の改善された特性を示す。一部の実施形態では、改善された特性は、酸安定性、アルカリ安定性、酸性ｐＨにおける安定性、アルカリｐＨにおける安定性、中性ｐＨにおける安定性、熱安定性、タンパク質分解抵抗性、自己分解抵抗性、および少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での増加した活性から選択される。一部の実施形態では、改善された特性は、酸性ｐＨにおける活性、酸性ｐＨにおける安定性、中性ｐＨにおける安定性、熱安定性、タンパク質分解抵抗性、自己分解抵抗性、および少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での増加した活性から選択される。また一部の追加の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも、酸性ｐＨで安定性が高いおよび／もしくは活性が高い、熱安定性が高い、タンパク質分解に対する抵抗性が高い、自己分解に対する抵抗性が高い、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で活性が高い。改善された特性のいずれかの組合せが、本発明において用途があることが企図される。本発明が、改善された特性のいずれか具体的な組合せに限定されることは意図されない。さらに、一部の実施形態では、２種の改善された特性が存在し、一方、一部の他の実施形態では、３種の改善された特性が存在し、一部の追加の実施形態では、４種の改善された特性が存在し、一部の追加の実施形態では、５種またはそれを超える改善された特性が存在する。本発明の組換えプロテアーゼが、追加の改善をさらに含むことも企図される。一部の実施形態では、このような追加の改善は、野生型プロテアーゼを上回る利点を提供し、一方、一部の他の実施形態では、追加の改善は、他の組換えプロテアーゼを上回る利点を提供するであろう。

一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも２種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも２種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも３種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも３種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／または活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号２のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性、ならびに少なくとも１種の追加の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼと比較して、酸性ｐＨにおける改善された安定性および／もしくは活性、改善された熱安定性、タンパク質分解に対する改善された抵抗性、自己分解に対する改善された抵抗性、ならびに／または少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下での改善された活性から選択される少なくとも１種の改善された特性、ならびに少なくとも１種の追加の改善された特性を示す。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、参照配列と比較して、ｉ）増強された触媒活性；ｉｉ）酸性ｐＨに対する増加した耐性；ｉｉｉ）ｐＨ３．５に対する増加した耐性；ｉｖ）ｐＨ３に対する増加した耐性；ｖ）少なくとも１種のプロテアーゼに対する増加した耐性；ｖｉ）少なくとも１種の胆汁酸塩に対する増加した耐性；ｖｉｉ）増加した熱耐性；ｖｉｉｉ）自己分解に対する増加した耐性、またはｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）およびｖｉｉｉ）のいずれかの組合せから選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号２であり、一方、一部の代替実施形態では、参照配列は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８から選択される。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも１種の参照配列と比較して、ｉ）増強された触媒活性；ｉｉ）酸性ｐＨに対する増加した耐性；ｉｉｉ）ｐＨ３．５に対する増加した耐性；ｉｖ）ｐＨ３に対する増加した耐性；ｖ）少なくとも１種のプロテアーゼに対する増加した耐性；ｖｉ）少なくとも１種の胆汁酸塩に対する増加した耐性；ｖｉｉ）増加した熱耐性；ｖｉｉｉ）自己分解に対する増加した耐性；またはｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）およびｖｉｉｉ）のいずれかの組合せから選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号２であり、一方、一部の代替実施形態では、参照配列は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８から選択される。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、少なくとも２種またはそれを超える参照配列と比較して、ｉ）増強された触媒活性；ｉｉ）酸性ｐＨに対する増加した耐性；ｉｉｉ）ｐＨ３．５に対する増加した耐性；ｉｖ）ｐＨ３に対する増加した耐性；ｖ）少なくとも１種のプロテアーゼに対する増加した耐性；ｖｉ）少なくとも１種の胆汁酸塩に対する増加した耐性；ｖｉｉ）増加した熱耐性；ｖｉｉｉ）自己分解に対する増加した耐性；またはｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）およびｖｉｉｉ）のいずれかの組合せから選択される少なくとも１種の改善された特性を示す。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８から選択される。一部のさらなる実施形態では、組換えプロテアーゼは、精製されている。

さらに一部のさらなる実施形態では、プロテアーゼは、食物および／または飲料において安定している。一部の追加の実施形態では、プロテアーゼは、栄養および他の補助食品において安定している。一部の実施形態では、補助食品は、液体であり、一方、他の実施形態では、エマルション、懸濁液または固体である。本発明が、いずれか特定の食物、飲料および／または補助食品形式または形態に限定されることは意図されない。
操作されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、発現ベクター、および宿主細胞：

本発明は、本明細書に記載される操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ポリペプチドを発現することが可能な組換えポリヌクレオチドを創出するために、遺伝子発現を制御する１個または複数の異種調節配列に動作可能に連結される。操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードする異種ポリヌクレオチドを含有する発現構築物は、対応するプロテアーゼポリペプチドを発現するために、適切な宿主細胞中に導入され得る。

当業者にとって明らかなように、タンパク質配列の入手可能性および種々のアミノ酸に対応するコドンの知識は、対象ポリペプチドをコードすることが可能な全てのポリヌクレオチドの記載を提供する。同じアミノ酸が代替的なまたは同義のコドンによってコードされる、遺伝コードの縮重は、非常に多数の核酸が作製されることを可能にし、その全てが、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードする。したがって、特定のアミノ酸配列の知識を有していれば、当業者は、タンパク質のアミノ酸配列を変化させない方法で、１個または複数のコドンの配列を単純に改変することによって、いくつもの異なる核酸を作製することができる。これに関して、本発明は、可能なコドン選択に基づいて組合せを選択することによって作製され得る、本明細書に記載されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの各々のおよび全ての可能な変形形態を具体的に企図し、全てのかかる変形形態は、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７に提供されるバリアント、または表３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７に提供されるバリアントであって、ヒスチジンタグおよび先行するアミノ酸リンカーを欠如するバリアントを含む、本明細書に記載される任意のポリペプチドについて具体的に開示されたとみなされる。

種々の実施形態では、コドンは、好ましくは、タンパク質が産生されている宿主細胞に適するように選択される。例えば、細菌において使用される好ましいコドンは、細菌における発現のために使用される一方、真菌において使用される好ましいコドンは、真菌における発現のために使用される。結果として、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするコドン最適化されたポリヌクレオチドは、全長コード領域のコドン位置の約４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％よりも多くにおいて、好ましいコドンを含有する。

一部の実施形態では、本発明は、配列番号１、３３、１８９、２、２９１、３４１、３８１、３９５、３９９、４５３、５６１、６３７、６７９、７５５、８１１、１０２９、１１３５、１１７９、１２４９、１３０７、１３６５、１３６９、１４２３、１５３１、１６０７、１６４９、１７２５、１７８１、１９９９、２１０５、２１４９、２２１９、および／または２２７７に対して少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、またはそれを超える配列同一性を有する組換えポリヌクレオチド配列を提供する。一部の実施形態では、本発明は、配列番号１、３３、１８９、２、２９１、３４１、３８１、３９５、３９９、４５３、５６１、６３７、６７９、７５５、８１１、１０２９、１１３５、１１７９、１２４９、１３０７、１３６５、１３６９、１４２３、１５３１、１６０７、１６４９、１７２５、１７８１、１９９９、２１０５、２１４９、２２１９、および／または２２７７に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える配列同一性を有する組換えポリヌクレオチド配列を提供する。一部の実施形態では、組換えポリヌクレオチド配列は、配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１のうち奇数番号の配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、配列番号１、３３、１８９、２、２９１、３４１、３８１、３９５、３９９、４５３、５６１、６３７、６７９、７５５、８１１、１０２９、１１３５、１１７９、１２４９、１３０７、１３６５、１３６９、１４２３、１５３１、１６０７、１６４９、１７２５、１７８１、１９９９、２１０５、２１４９、２２１９、および／または２２７７のポリヌクレオチド配列を含む。

一部の実施形態では、本明細書に記載される場合、ポリヌクレオチドは、本明細書で開示される特性と共にプロテアーゼ活性を有する操作されたポリペプチドをコードし、このポリペプチドは、参照配列（例えば、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える同一性を有するアミノ酸配列を含む、あるいは、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７に開示される任意のバリアント、または表３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７に開示される任意のバリアントであって、ヒスチジンタグおよび先行するアミノ酸リンカーを欠如するバリアントのアミノ酸配列と、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／もしくは２２７８の参照ポリペプチド、または表に開示される任意のバリアントのアミノ酸配列と比較した１個もしくは複数の残基差異（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個、またはそれよりも多くのアミノ酸残基位置）とを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、本明細書で開示される特性と共にプロテアーゼ活性を有する操作されたポリペプチドをコードし、このポリペプチドは、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８の参照配列に対する少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性と、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８のポリペプチドと最適にアラインされた場合に、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／または３．２７に提供されるものから選択される残基位置に、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８と比較した１個または複数の残基差異とを有する、アミノ酸配列を含む。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、この組換えプロテアーゼは、２３６、２５８、２６１、３３９、４３９、４４６、および４５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、２３６Ｖ、２５８Ｋ、２６１Ｌ、３３９Ｍ、３３９Ｗ、４３９Ｍ、４４６Ａ、４４６Ｇ、４４６Ｌ、４４６Ｍ、４４６Ｔ、および４５４Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、組換えプロテアーゼは、Ｍ２３６Ｖ、Ｑ２５８Ｋ、Ｅ２６１Ｌ、Ｎ３３９Ｍ、Ｎ３３９Ｗ、Ｓ４３９Ｍ、Ｐ４４６Ａ、Ｐ４４６Ｇ、Ｐ４４６Ｌ、Ｐ４４６Ｍ、Ｐ４４６Ｔ、およびＡ４５４Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号２に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、１０７／５３６、１６２／４０８、１６８／５４７、２０８／３６６／５０４／５９１、２０８／４８５／５２６、２１０／２２３／２５８／５５２、２１０／２４１／２５８／５９９、２２３／２４１／２５８／５９９、２２３／４２９／４８１／５３３、２２３／４８１／５３３／５５２、２２５、２２５／２６０／２６３／２６５／５４４、２２５／２６２、２２５／３６２／３６６／５９１、２２５／３６６、２２５／４８２／５９１、２４４、２５８、２５８／３１８／４２９、２５８／４４９／４８１、２５８／４８１、２６１、２６１／５０４、３１８／４８１、３１８／５３３、３１８／５９９、３３９、３４２、３４５、３６２／３６６／４８５／５９１、３６３、３６６、３６６／４８５、３６６／４９７、３６６／５２６／５９１、３６６／５９１、４０８、４２７、４４６、４４８、４４９、４５０、４８１／５３３／５５２、４８２、４８２／４８５、４８２／５９１、４８５、４８５／５９１、５３３、５３３／５５２、５３６、５４４、５４７、５４９、５６５、６１５および６５２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、１０７Ｔ／５３６Ｄ、１６２Ｉ／４０８Ｒ、１６８Ｎ／５４７Ｖ、２０８Ｔ／３６６Ｇ／５０４Ｐ／５９１Ｌ、２０８Ｔ／４８５Ｄ／５２６Ｌ、２１０Ｄ／２２３Ｒ／２５８Ｋ／５５２Ｎ、２１０Ｄ／２４１Ｐ／２５８Ｋ／５９９Ｌ、２２３Ｒ／２４１Ｐ／２５８Ｋ／５９９Ｌ、２２３Ｒ／４２９Ｌ／４８１Ｓ／５３３Ｋ、２２３Ｒ／４８１Ｓ／５３３Ｋ／５５２Ｎ、２２５Ａ／２６０Ｄ／２６３Ｈ／２６５Ｒ／５４４Ｒ、２２５Ａ／２６２Ｌ、２２５Ａ／３６２Ｔ／３６６Ｇ／５９１Ｌ、２２５Ａ／３６６Ｇ、２２５Ａ／４８２Ｖ／５９１Ｌ、２２５Ｋ、２４４Ｋ、２５８Ｋ、２５８Ｋ／３１８Ｄ／４２９Ｌ、２５８Ｋ／４４９Ｖ／４８１Ｓ、２５８Ｋ／４８１Ｓ、２５８Ｒ、２６１Ｇ、２６１Ｇ／５０４Ｖ、２６１Ｌ、２６１Ｒ、２６１Ｓ、２６１Ｖ、３１８Ｄ／４８１Ｓ、３１８Ｄ／５３３Ｋ、３１８Ｄ／５９９Ｌ、３３９Ｆ、３３９Ｗ、３４２Ｒ、３４５Ｗ、３６２Ｔ／３６６Ｇ／４８５Ｄ／５９１Ｌ、３６３Ｅ、３６３Ｗ、３６６Ａ、３６６Ｇ、３６６Ｇ／４８５Ｄ、３６６Ｇ／４９７Ｒ、３６６Ｇ／５２６Ｌ／５９１Ｌ、３６６Ｇ／５９１Ｌ、３６６Ｌ、３６６Ｑ、４０８Ｒ、４２７Ｈ、４２７Ｒ、４４６Ｒ、４４６Ｖ、４４８Ｋ、４４８Ｒ、４４８Ｗ、４４９Ｋ、４５０Ｗ、４８１Ｓ／５３３Ｋ／５５２Ｎ、４８２Ｖ、４８２Ｖ／４８５Ｄ、４８２Ｖ／５９１Ｌ、４８５Ｄ、４８５Ｄ／５９１Ｌ、５３３Ａ、５３３Ｄ、５３３Ｅ、５３３Ｋ、５３３Ｋ／５５２Ｎ、５３３Ｎ、５３６Ｅ、５３６Ｇ、５３６Ｖ、５４４Ｒ、５４７Ａ、５４７Ｅ、５４９Ｔ、５６５Ｃ、５６５Ｄ、６１５Ａ、６１５Ｄ、６１５Ｇ、６１５Ｐ、６１５Ｔ、６１５Ｗおよび６５２Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｍ１０７Ｔ／Ｑ５３６Ｄ、Ｔ１６２Ｉ／Ａ４０８Ｒ、Ｓ１６８Ｎ／Ｑ５４７Ｖ、Ａ２０８Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｑ５０４Ｐ／Ｋ５９１Ｌ、Ａ２０８Ｔ／Ｎ４８５Ｄ／Ｒ５２６Ｌ、Ｎ２１０Ｄ／Ｎ２２３Ｒ／Ｑ２５８Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｎ２１０Ｄ／Ｅ２４１Ｐ／Ｑ２５８Ｋ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ２２３Ｒ／Ｅ２４１Ｐ／Ｑ２５８Ｋ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ２２３Ｒ／Ｋ４２９Ｌ／Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ、Ｎ２２３Ｒ／Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ２６０Ｄ／Ｒ２６３Ｈ／Ｇ２６５Ｒ／Ｔ５４４Ｒ、Ｔ２２５Ａ／Ｐ２６２Ｌ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ３６２Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｋ５９１Ｌ、Ｔ２２５Ａ／Ｎ３６６Ｇ、Ｔ２２５Ａ／Ｒ４８２Ｖ／Ｋ５９１Ｌ、Ｔ２２５Ｋ、Ｒ２４４Ｋ、Ｑ２５８Ｋ、Ｑ２５８Ｋ／Ｑ３１８Ｄ／Ｋ４２９Ｌ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４４９Ｖ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ２５８Ｒ、Ｅ２６１Ｇ、Ｅ２６１Ｇ／Ｑ５０４Ｖ、Ｅ２６１Ｌ、Ｅ２６１Ｒ、Ｅ２６１Ｓ、Ｅ２６１Ｖ、Ｑ３１８Ｄ／Ａ４８１Ｓ、Ｑ３１８Ｄ／Ｍ５３３Ｋ、Ｑ３１８Ｄ／Ｄ５９９Ｌ、Ｎ３３９Ｆ、Ｎ３３９Ｗ、Ｌ３４２Ｒ、Ｑ３４５Ｗ、Ｎ３６２Ｔ／Ｎ３６６Ｇ／Ｎ４８５Ｄ／Ｋ５９１Ｌ、Ｑ３６３Ｅ、Ｑ３６３Ｗ、Ｎ３６６Ａ、Ｎ３６６Ｇ、Ｎ３６６Ｇ／Ｎ４８５Ｄ、Ｎ３６６Ｇ／Ｑ４９７Ｒ、Ｎ３６６Ｇ／Ｒ５２６Ｌ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ３６６Ｇ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ３６６Ｌ、Ｎ３６６Ｑ、Ａ４０８Ｒ、Ｐ４２７Ｈ、Ｐ４２７Ｒ、Ｐ４４６Ｒ、Ｐ４４６Ｖ、Ｎ４４８Ｋ、Ｎ４４８Ｒ、Ｎ４４８Ｗ、Ａ４４９Ｋ、Ｎ４５０Ｗ、Ａ４８１Ｓ／Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｒ４８２Ｖ、Ｒ４８２Ｖ／Ｎ４８５Ｄ、Ｒ４８２Ｖ／Ｋ５９１Ｌ、Ｎ４８５Ｄ、Ｎ４８５Ｄ／Ｋ５９１Ｌ、Ｍ５３３Ａ、Ｍ５３３Ｄ、Ｍ５３３Ｅ、Ｍ５３３Ｋ、Ｍ５３３Ｋ／Ｋ５５２Ｎ、Ｍ５３３Ｎ、Ｑ５３６Ｅ、Ｑ５３６Ｇ、Ｑ５３６Ｖ、Ｔ５４４Ｒ、Ｑ５４７Ａ、Ｑ５４７Ｅ、Ｖ５４９Ｔ、Ｎ５６５Ｃ、Ｎ５６５Ｄ、Ｋ６１５Ａ、Ｋ６１５Ｄ、Ｋ６１５Ｇ、Ｋ６１５Ｐ、Ｋ６１５Ｔ、Ｋ６１５ＷおよびＫ６５２Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号３４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２５８、２５８／２６１／３４２／３４５、２５８／２６１／３４２／５０４／５３３、２５８／２６１／３４５／５０４／５４９、２５８／２６１／４８２／５０４／５４９、２５８／３４２、２５８／３４２／５０４／５３３／５３６／５４９、２５８／３４５／４２７、２５８／４０８／４２７／５０４／５４９、２５８／４２７、２５８／４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、２５８／４２７／４８２／５３６、２６１／３４２／３４５／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５３３／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５４９、２６１／３４２／４８２／５３６、２６１／３４２／５３３、２６１／４８２、３１８／３３９／３６２／５４４／５４７、３１８／３３９／４４８／５４４、３１８／３３９／５４７、３１８／４４８／５４４／６１５、３３９／３６２／３６３／５４４／５４７／６１５、３３９／３６２／５４４、３３９／４４８、３３９／４４８／５４７、３３９／５４４／５４７、３４２、３４２／４０８、３４２／４０８／５３６、３４２／４８２／５３６、３６２／３６３／５４４／５４７、３６２／４４８、３６３／５４４／５４７、４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、４２７／５３３／５３６／５４９、４４８、４４８／５４４および４４８／５４４／５４７／６１５から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２５８Ｋ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４２Ｒ／３４５Ｗ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４２Ｒ／５０４Ｐ／５３３Ｄ、２５８Ｋ／２６１Ｌ／３４５Ｗ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／２６１Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／３４２Ｒ、２５８Ｋ／３４２Ｒ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／３４５Ｗ／４２７Ｒ、２５８Ｋ／４０８Ｒ／４２７Ｒ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２５８Ｋ／４２７Ｒ、２５８Ｋ／４２７Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ、２５８Ｋ／４２７Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／３４５Ｗ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｋ／５３６Ｅ、２６１Ｌ／３４２Ｒ／５３３Ｄ、２６１Ｒ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５４９Ｔ、２６１Ｒ／３４２Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、２６１Ｒ／４８２Ｖ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／３６２Ｔ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／４４８Ｒ／５４４Ｒ、３１８Ｄ／３３９Ｗ／５４７Ｅ、３１８Ｄ／４４８Ｒ／５４４Ｒ／６１５Ａ、３３９Ｗ／３６２Ｔ／３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ／６１５Ａ、３３９Ｗ／３６２Ｔ／５４４Ｒ、３３９Ｗ／４４８Ｋ、３３９Ｗ／４４８Ｒ、３３９Ｗ／４４８Ｒ／５４７Ｅ、３３９Ｗ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３４２Ｒ、３４２Ｒ／４０８Ｒ、３４２Ｒ／４０８Ｒ／５３６Ｅ、３４２Ｒ／４８２Ｖ／５３６Ｅ、３６２Ｔ／３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、３６２Ｔ／４４８Ｒ、３６３Ｅ／５４４Ｒ／５４７Ｅ、４２７Ｒ／４８２Ｖ／５０４Ｐ／５３３Ｄ／５３６Ｅ、４２７Ｒ／５３３Ｋ／５３６Ｅ／５４９Ｔ、４４８Ｒ、４４８Ｒ／５４４Ｒおよび４４８Ｒ／５４４Ｒ／５４７Ｅ／６１５Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｑ２５８Ｋ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ３４５Ｗ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｄ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｌ／Ｑ３４５Ｗ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｅ２６１Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｌ３４２Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｑ３４５Ｗ／Ｐ４２７Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ａ４０８Ｒ／Ｐ４２７Ｒ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ、Ｑ２５８Ｋ／Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｑ３４５Ｗ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｌ／Ｌ３４２Ｒ／Ｍ５３３Ｄ、Ｅ２６１Ｒ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｖ５４９Ｔ、Ｅ２６１Ｒ／Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｅ２６１Ｒ／Ｒ４８２Ｖ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ３３９Ｗ／Ｑ５４７Ｅ、Ｑ３１８Ｄ／Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ／Ｋ６１５Ａ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｋ６１５Ａ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ３６２Ｔ／Ｔ５４４Ｒ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｋ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ、Ｎ３３９Ｗ／Ｎ４４８Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３３９Ｗ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｌ３４２Ｒ、Ｌ３４２Ｒ／Ａ４０８Ｒ、Ｌ３４２Ｒ／Ａ４０８Ｒ／Ｑ５３６Ｅ、Ｌ３４２Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５３６Ｅ、Ｎ３６２Ｔ／Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｎ３６２Ｔ／Ｎ４４８Ｒ、Ｑ３６３Ｅ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ、Ｐ４２７Ｒ／Ｒ４８２Ｖ／Ｑ５０４Ｐ／Ｍ５３３Ｄ／Ｑ５３６Ｅ、Ｐ４２７Ｒ／Ｍ５３３Ｋ／Ｑ５３６Ｅ／Ｖ５４９Ｔ、Ｎ４４８Ｒ、Ｎ４４８Ｒ／Ｔ５４４ＲおよびＮ４４８Ｒ／Ｔ５４４Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｋ６１５Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１９０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５、５０５、５４１、５５６、および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５Ｑ、２０５Ｔ、５０５Ａ、５４１Ｒ、５５６Ｖ、６４６Ｌ、および６４６Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｑ、Ｓ２０５Ｔ、Ｑ５０５Ａ、Ｓ５４１Ｒ、Ｔ５５６Ｖ、Ａ６４６Ｌ、およびＡ６４６Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１９０を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号２９２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５／４４２／５０５／５３６／５４５／６２０／６４６、２０５／５０５／５３６／５４１／５４５／５４７／５５８／６４６／６６５、２５８、２６３、３５５／５３６／５４５／５４７、３５９、３６６、４４６、４４９、５０５／５３６／５４５／５５８／６４６、５０６、５５５、５５６、６２０および６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５Ｒ／４４２Ｌ／５０５Ａ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／６２０Ｖ／６４６Ｖ、２０５Ｒ／５０５Ａ／５３６Ｗ／５４１Ｉ／５４５Ｒ／５４７Ｅ／５５８Ｅ／６４６Ｖ／６６５Ｅ、２５８Ｇ、２６３Ｍ、２６３Ｓ、３５５Ｒ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／５４７Ｅ、３５９Ｙ、３６６Ｓ、４４６Ｐ、４４９Ｌ、５０５Ａ／５３６Ｗ／５４５Ｉ／５５８Ｅ／６４６Ｖ、５０６Ｒ、５５５Ｄ、５５５Ｇ、５５５Ｌ、５５６Ｇ、６２０Ｌ、６２０Ｑ、６２０Ｓおよび６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｓ２０５Ｒ／Ｖ４４２Ｌ／Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｅ６２０Ｖ／Ａ６４６Ｖ、Ｓ２０５Ｒ／Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ｓ５４１Ｉ／Ａ５４５Ｒ／Ｑ５４７Ｅ／Ｔ５５８Ｅ／Ａ６４６Ｖ／Ｐ６６５Ｅ、Ｋ２５８Ｇ、Ｒ２６３Ｍ、Ｒ２６３Ｓ、Ｌ３５５Ｒ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｑ５４７Ｅ、Ｆ３５９Ｙ、Ｎ３６６Ｓ、Ｒ４４６Ｐ、Ａ４４９Ｌ、Ｑ５０５Ａ／Ｑ５３６Ｗ／Ａ５４５Ｉ／Ｔ５５８Ｅ／Ａ６４６Ｖ、Ｇ５０６Ｒ、Ｅ５５５Ｄ、Ｅ５５５Ｇ、Ｅ５５５Ｌ、Ｔ５５６Ｇ、Ｅ６２０Ｌ、Ｅ６２０Ｑ、Ｅ６２０ＳおよびＩ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２９２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号３４２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２８３／３１９／３５９／４４９／４５０／５０６、２８３／３４５／３５９／４４９／４５０／５５３／５５５、２８３／４４９／４５０／５０８／５４１／５５３／５５５、４４９／４５０、４５０／５０８／５５３／５５５／５５８、５０８および５０８／５４１／５５３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２８３Ｈ／３４５Ｃ／３５９Ｙ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５５３Ｔ／５５５Ｇ、２８３Ｌ／３１９Ｋ／３５９Ｙ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５０６Ｒ、２８３Ｌ／４４９Ｌ／４５０Ｒ／５０８Ｇ／５４１Ｉ／５５３Ｔ／５５５Ｇ、４４９Ｌ／４５０Ｒ、４５０Ｒ／５０８Ｇ／５５３Ｒ／５５５Ｇ／５５８Ｅ、５０８Ｇおよび５０８Ｇ／５４１Ｉ／５５３Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｎ２８３Ｈ／Ｑ３４５Ｃ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｄ５５３Ｔ／Ｅ５５５Ｇ、Ｎ２８３Ｌ／Ｎ３１９Ｋ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｇ５０６Ｒ、Ｎ２８３Ｌ／Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ／Ｎ５０８Ｇ／Ｓ５４１Ｉ／Ｄ５５３Ｔ／Ｅ５５５Ｇ、Ａ４４９Ｌ／Ｎ４５０Ｒ、Ｎ４５０Ｒ／Ｎ５０８Ｇ／Ｄ５５３Ｒ／Ｅ５５５Ｇ／Ｔ５５８Ｅ、Ｎ５０８ＧおよびＮ５０８Ｇ／Ｓ５４１Ｉ／Ｄ５５３Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３４２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号３９６もしくは１３６６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５、２０５／４４２／４４９／４５０、２０５／４５０／５３６／５４５、２０５／４５０／５３６／５４５／６４６、２５８／４４２／４４６、２５８／４４２／４４９／６４６、２５８／４５０／５３６／５４５、３０８、３６１、４３９、４４２／４４６／５３６／５４５／６２０／６４６、４４２／４５０／５３６／５４５、５１４、５３５、５７７、５９１、５９２、６１０、６３９、６４３および６４４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５Ｓ、２０５Ｓ／４４２Ｖ／４４９Ａ／４５０Ｎ、２０５Ｓ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、２０５Ｓ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ／６４６Ａ、２５８Ｑ／４４２Ｖ／４４６Ｐ、２５８Ｑ／４４２Ｖ／４４９Ａ／６４６Ａ、２５８Ｑ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、３０８Ｅ、３６１Ｖ、４３９Ｍ、４４２Ｖ／４４６Ｐ／５３６Ｑ／５４５Ａ／６２０Ｅ／６４６Ａ、４４２Ｖ／４５０Ｎ／５３６Ｑ／５４５Ａ、５１４Ｈ、５３５Ｒ、５３５Ｖ、５７７Ｖ、５９１Ｒ、５９１Ｖ、５９２Ｐ、６１０Ｌ、６１０Ｐ、６１０Ｓ、６３９Ｅ、６３９Ｋ、６４３Ｅ、６４３Ｒおよび６４４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｒ２０５Ｓ、Ｒ２０５Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ｌ４４９Ａ／Ｒ４５０Ｎ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４４６Ｐ、Ｋ２５８Ｑ／Ｌ４４２Ｖ／Ｌ４４９Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ａ３０８Ｅ、Ｉ３６１Ｖ、Ｓ４３９Ｍ、Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４４６Ｐ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｖ６２０Ｅ／Ｖ６４６Ａ、Ｌ４４２Ｖ／Ｒ４５０Ｎ／Ｗ５３６Ｑ／Ｉ５４５Ａ、Ｒ５１４Ｈ、Ｅ５３５Ｒ、Ｅ５３５Ｖ、Ｄ５７７Ｖ、Ｋ５９１Ｒ、Ｋ５９１Ｖ、Ａ５９２Ｐ、Ａ６１０Ｌ、Ａ６１０Ｐ、Ａ６１０Ｓ、Ａ６３９Ｅ、Ａ６３９Ｋ、Ａ６４３Ｅ、Ａ６４３ＲおよびＤ６４４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号４００もしくは１３７０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、３２／４９０／６３９、２３６、２３６／２３８／４０４／４８０／５５５／５６８／５９２、２３６／３５９／４０４／４０６／５５５／６３９、２３６／３５９／４９０／５８１／６３９、２３６／３５９／５５５、２３６／３５９／６０９、２３６／３７０／４０６／５６８／５８１、２３６／３７０／５６８／５９２、２３６／３７０／５８１、２３６／４０４／４０６／４８０／４９０、２３６／４０４／５５５／５８１／６０９／６３９、２３６／５６８、２３６／５９２、２３６／６３９、２３８／３５９／３７０／４０４／４９０／５６８／６３９、２４５／３６３／４０８／５１２／５１４／５９６／６６６、２４５／３６３／５１２／５１４／５３７／５６０、３０８／５１４／５３５／６３９／６４４、３５９／４０４、３５９／４０４／４０６／４９０／５４６／５８１、３６３／４０８／５１２／５１４／５３７、３６３／４０８／６０１／６５０、３６３／６３９／６４４、４０８／５１２、４０８／５１４／５３７、４０８／５１４／５６０／６５０、４９０／５６８／５９２／６３９、５１２／５３７／５６０／６０１、５１４／５３５／５４６／５７５／６４４、５１４／６３９／６４４、５１４／６４４、５３５／５７５／６３９／６４４、５３５／６３９／６４３／６４４、５３５／６４３／６４４および６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、３２Ｔ／４９０Ｅ／６３９Ｔ、２３６Ｖ、２３６Ｖ／２３８Ｉ／４０４Ｇ／４８０Ｌ／５５５Ｑ／５６８Ｐ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５５５Ｑ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／４９０Ｅ／５８１Ｔ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／５５５Ｑ、２３６Ｖ／３５９Ｙ／６０９Ｇ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／４０６Ｒ／５６８Ｐ／５８１Ｔ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／５６８Ｐ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／５８１Ｔ、２３６Ｖ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／４８０Ｌ／４９０Ｅ、２３６Ｖ／４０４Ｇ／５５５Ｑ／５８１Ｔ／６０９Ｇ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／５６８Ｐ、２３６Ｖ／５９２Ｐ、２３６Ｖ／６３９Ｔ、２３８Ｉ／３５９Ｙ／３７０Ｃ／４０４Ｇ／４９０Ｅ／５６８Ｐ／６３９Ｔ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／４０８Ｖ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５９６Ｔ／６６６Ｄ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５３７Ｐ／５６０Ｓ、３０８Ｅ／５１４Ｈ／５３５Ｒ／６３９Ｋ／６４４Ａ、３５９Ｙ／４０４Ｇ、３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／４９０Ｅ／５４６Ｅ／５８１Ｔ、３６３Ｈ／６３９Ｋ／６４４Ａ、３６３Ｋ／４０８Ｖ／５１２Ｎ／５１４Ｈ／５３７Ｐ、３６３Ｋ／４０８Ｖ／６０１Ｉ／６５０Ｔ、４０８Ｖ／５１２Ｎ、４０８Ｖ／５１４Ｈ／５３７Ｐ、４０８Ｖ／５１４Ｈ／５６０Ｓ／６５０Ｔ、４９０Ｅ／５６８Ｐ／５９２Ｐ／６３９Ｔ、５１２Ｎ／５３７Ｐ／５６０Ｓ／６０１Ｉ、５１４Ｈ／５３５Ｒ／５４６Ｅ／５７５Ｇ／６４４Ａ、５１４Ｈ／６３９Ｋ／６４４Ａ、５１４Ｈ／６４４Ａ、５３５Ｒ／５７５Ｇ／６３９Ｋ／６４４Ａ、５３５Ｒ／６３９Ｋ／６４３Ｒ／６４４Ａ、５３５Ｖ／６４３Ｒ／６４４Ａおよび６０１Ｉ／６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｉ３２Ｔ／Ｑ４９０Ｅ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ、Ｍ２３６Ｖ／Ｌ２３８Ｉ／Ｓ４０４Ｇ／Ｉ４８０Ｌ／Ｅ５５５Ｑ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５５５Ｑ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｑ４９０Ｅ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ｅ５５５Ｑ、Ｍ２３６Ｖ／Ｆ３５９Ｙ／Ａ６０９Ｇ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｋ４０６Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｓ５８１Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｓ５８１Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｉ４８０Ｌ／Ｑ４９０Ｅ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ４０４Ｇ／Ｅ５５５Ｑ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６０９Ｇ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｌ５６８Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ５９２Ｐ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ６３９Ｔ、Ｌ２３８Ｉ／Ｆ３５９Ｙ／Ｓ３７０Ｃ／Ｓ４０４Ｇ／Ｑ４９０Ｅ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ６３９Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｍ５９６Ｔ／Ｓ６６６Ｄ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ／Ｔ５６０Ｓ、Ａ３０８Ｅ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３５Ｒ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｑ４９０Ｅ／Ｖ５４６Ｅ／Ｓ５８１Ｔ、Ｑ３６３Ｈ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ、Ｑ３６３Ｋ／Ａ４０８Ｖ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔ、Ａ４０８Ｖ／Ｓ５１２Ｎ、Ａ４０８Ｖ／Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３７Ｐ、Ａ４０８Ｖ／Ｒ５１４Ｈ／Ｔ５６０Ｓ／Ｉ６５０Ｔ、Ｑ４９０Ｅ／Ｌ５６８Ｐ／Ａ５９２Ｐ／Ａ６３９Ｔ、Ｓ５１２Ｎ／Ｅ５３７Ｐ／Ｔ５６０Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ｒ５１４Ｈ／Ｅ５３５Ｒ／Ｖ５４６Ｅ／Ｓ５７５Ｇ／Ｄ６４４Ａ、Ｒ５１４Ｈ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｒ５１４Ｈ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ａ６３９Ｋ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｒ／Ａ６３９Ｋ／Ａ６４３Ｒ／Ｄ６４４Ａ、Ｅ５３５Ｖ／Ａ６４３Ｒ／Ｄ６４４ＡおよびＭ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号４５４もしくは１４２４に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２３６、２３６／３０８／３７０／５４８、２３６／３０８／４９０／５８１／６４３、２３６／３０８／５５５／５６０／５９６、２３６／３７０、２３６／３７０／４９０／６３９、２３６／５５５、２３６／５６０／５８１、２４５／３５９／３６３／４０６／５３５／６５０、２４５／３６３／４０６／５７５／６０１／６６６、３００、３０１、３０８、３０８／４９０／５６０／５８１／６３９／６４３、３３６、３５９／３６３／４０６／５３５／６０１／６５０、３５９／４０４／４０６／５３５、３５９／４０６／５７５／６５０／６６６、３５９／５３５／５７５／６０１、３６３／４０４／４０６／５３５／５６８、４０４／４０６／５３５、４０６、４０６／４８０／５３５／５６８／６０１、４０６／５３５／５７５、４６８および４８０／５７５／６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２３６Ｖ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／３７０Ｃ／５４８Ｅ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／４９０Ｅ／５８１Ｔ／６４３Ｒ、２３６Ｖ／３０８Ｅ／５５５Ｑ／５６０Ｓ／５９６Ｔ、２３６Ｖ／３７０Ｃ、２３６Ｖ／３７０Ｃ／４９０Ｅ／６３９Ｔ、２３６Ｖ／５５５Ｑ、２３６Ｖ／５６０Ｓ／５８１Ｔ、２４５Ｓ／３５９Ｙ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／６５０Ｔ、２４５Ｓ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５７５Ｇ／６０１Ｉ／６６６Ｄ、３００Ｆ、３０１Ｖ、３０８Ｅ、３０８Ｅ／４９０Ｅ／５６０Ｓ／５８１Ｔ／６３９Ｔ／６４３Ｒ、３３６Ｗ、３５９Ｙ／３６３Ｋ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／６０１Ｉ／６５０Ｔ、３５９Ｙ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ、３５９Ｙ／４０６Ｒ／５７５Ｇ／６５０Ｔ／６６６Ｄ、３５９Ｙ／５３５Ｒ／５７５Ｇ／６０１Ｉ、３６３Ｋ／４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ／５６８Ｐ、４０４Ｇ／４０６Ｒ／５３５Ｒ、４０６Ｒ、４０６Ｒ／４８０Ｌ／５３５Ｒ／５６８Ｐ／６０１Ｉ、４０６Ｒ／５３５Ｒ／５７５Ｇ、４６８Ｓおよび４８０Ｌ／５７５Ｇ／６０１Ｉ／６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｍ２３６Ｖ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｓ３７０Ｃ／Ｄ５４８Ｅ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｑ４９０Ｅ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６４３Ｒ、Ｍ２３６Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｅ５５５Ｑ／Ｔ５６０Ｓ／Ｍ５９６Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ、Ｍ２３６Ｖ／Ｓ３７０Ｃ／Ｑ４９０Ｅ／Ａ６３９Ｔ、Ｍ２３６Ｖ／Ｅ５５５Ｑ、Ｍ２３６Ｖ／Ｔ５６０Ｓ／Ｓ５８１Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｆ３５９Ｙ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｉ６５０Ｔ、Ｔ２４５Ｓ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ／Ｓ６６６Ｄ、Ｌ３００Ｆ、Ａ３０１Ｖ、Ａ３０８Ｅ、Ａ３０８Ｅ／Ｑ４９０Ｅ／Ｔ５６０Ｓ／Ｓ５８１Ｔ／Ａ６３９Ｔ／Ａ６４３Ｒ、Ｙ３３６Ｗ、Ｆ３５９Ｙ／Ｑ３６３Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔ、Ｆ３５９Ｙ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ、Ｆ３５９Ｙ／Ｋ４０６Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｉ６５０Ｔ／Ｓ６６６Ｄ、Ｆ３５９Ｙ／Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ、Ｑ３６３Ｋ／Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｌ５６８Ｐ、Ｓ４０４Ｇ／Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ、Ｋ４０６Ｒ、Ｋ４０６Ｒ／Ｉ４８０Ｌ／Ｅ５３５Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｍ６０１Ｉ、Ｋ４０６Ｒ／Ｅ５３５Ｒ／Ｓ５７５Ｇ、Ａ４６８ＳおよびＩ４８０Ｌ／Ｓ５７５Ｇ／Ｍ６０１Ｉ／Ｉ６５０Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、１３３／３０１／３４６／３４７／４６８、２０５／２３６／３４７、２０５／２３６／３７０／４９０／５３７／６２０、２０５／３４２／４３９／４４２／５１４／６２０／６３９、２０５／３７０／５３７、２０５／４４２／５０５／６２０、２３６／２５８／３７０／５０５／５４５／６３９、２３６／３３９／５１４、２３６／３７０／４５０／６２０、２３６／５４５、２５８／３３９／３４２／５０５／５３７、２５８／３４２／３７０／４０８／４４２／５３７、３００／３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３００／３０１／３４７／４６８、３０１／３０８／３３６／３４６／４０６／４６８／６０１、３０１／３０８／３４６／４０６／４６８、３０１／３０８／４６８／６０１、３０１／３４７／４０６、３０８／３３６／３４７／４６８、３０８／３４７／４６８、３４２、３４２／４０８／４９０／５０５／５１４／５４５／６３９／６４６、３４２／６２０、３７０／４４２、３７０／５３７／６３９、４８９、５３９／６４９、５４２、５４３、５４３／６７３、５５８、５５９、５６６、６３４および６６１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、１３３Ｍ／３０１Ｖ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３４７Ｆ、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３７０Ｓ／４９０Ｑ／５３７Ｅ／６２０Ｅ、２０５Ｓ／３４２Ｌ／４３９Ｓ／４４２Ｖ／５１４Ｒ／６２０Ｅ／６３９Ａ、２０５Ｓ／３７０Ｓ／５３７Ｅ、２０５Ｓ／４４２Ｖ／５０５Ｑ／６２０Ｅ、２３６Ｍ／２５８Ｑ／３７０Ｓ／５０５Ｑ／５４５Ａ／６３９Ａ、２３６Ｍ／３３９Ｎ／５１４Ｒ、２３６Ｍ／３７０Ｓ／４５０Ｎ／６２０Ｅ、２３６Ｍ／５４５Ａ、２５８Ｑ／３３９Ｎ／３４２Ｌ／５０５Ｑ／５３７Ｅ、２５８Ｑ／３４２Ｌ／３７０Ｓ／４０８Ａ／４４２Ｖ／５３７Ｅ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４６Ｋ／４０６Ｒ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／４０６Ｒ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３０１Ｖ／３４７Ｆ／４０６Ｒ、３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０８Ｅ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３４２Ｌ、３４２Ｌ／４０８Ａ／４９０Ｑ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５４５Ａ／６３９Ａ／６４６Ａ、３４２Ｌ／６２０Ｅ、３７０Ｓ／４４２Ｖ、３７０Ｓ／５３７Ｅ／６３９Ａ、４８９Ｙ、５３９Ｍ／６４９Ｈ、５４２Ｍ、５４３Ａ、５４３Ｖ／６７３Ｙ、５５８Ｒ、５５９Ｈ、５５９Ｓ、５６６Ｇ、６３４Ｃおよび６６１Ｄから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｌ１３３Ｍ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｖ３４７Ｆ、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｃ３７０Ｓ／Ｅ４９０Ｑ／Ｐ５３７Ｅ／Ｖ６２０Ｅ、Ｒ２０５Ｓ／Ｒ３４２Ｌ／Ｍ４３９Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ｈ５１４Ｒ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ａ、Ｒ２０５Ｓ／Ｃ３７０Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｒ２０５Ｓ／Ｌ４４２Ｖ／Ａ５０５Ｑ／Ｖ６２０Ｅ、Ｖ２３６Ｍ／Ｋ２５８Ｑ／Ｃ３７０Ｓ／Ａ５０５Ｑ／Ｉ５４５Ａ／Ｔ６３９Ａ、Ｖ２３６Ｍ／Ｗ３３９Ｎ／Ｈ５１４Ｒ、Ｖ２３６Ｍ／Ｃ３７０Ｓ／Ｒ４５０Ｎ／Ｖ６２０Ｅ、Ｖ２３６Ｍ／Ｉ５４５Ａ、Ｋ２５８Ｑ／Ｗ３３９Ｎ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５０５Ｑ／Ｐ５３７Ｅ、Ｋ２５８Ｑ／Ｒ３４２Ｌ／Ｃ３７０Ｓ／Ｖ４０８Ａ／Ｌ４４２Ｖ／Ｐ５３７Ｅ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４６Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ、Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ｒ３４２Ｌ、Ｒ３４２Ｌ／Ｖ４０８Ａ／Ｅ４９０Ｑ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｉ５４５Ａ／Ｔ６３９Ａ／Ｖ６４６Ａ、Ｒ３４２Ｌ／Ｖ６２０Ｅ、Ｃ３７０Ｓ／Ｌ４４２Ｖ、Ｃ３７０Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｔ６３９Ａ、Ｄ４８９Ｙ、Ｐ５３９Ｍ／Ｄ６４９Ｈ、Ｉ５４２Ｍ、Ｆ５４３Ａ、Ｆ５４３Ｖ／Ｈ６７３Ｙ、Ｔ５５８Ｒ、Ｌ５５９Ｈ、Ｌ５５９Ｓ、Ｔ５６６Ｇ、Ｐ６３４ＣおよびＧ６６１Ｄから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号５６２もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５／２３６／３４２／４３９／５０５／５１４／５３７／５４５、２３６／３４２／５０５／５１４／５３７／５４５、３００／３０１／３０８／３３６／３４７／４６８／６０１、３００／３０１／３４７／４０６、３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３０１／３３６／３４６／３４７／４０６／６０１および３０８／３３６／３４７／４０６／４６８／６０１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２０５Ｓ／２３６Ｍ／３４２Ｌ／４３９Ｓ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５３７Ｅ／５４５Ａ、２３６Ｍ／３４２Ｌ／５０５Ｑ／５１４Ｒ／５３７Ｅ／５４５Ａ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４６８Ｓ／６０１Ｉ、３００Ｆ／３０１Ｖ／３４７Ｆ／４０６Ｒ、３０１Ｖ／３０８Ｅ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４６８Ｓ、３０１Ｖ／３３６Ｗ／３４６Ｋ／３４７Ｆ／４０６Ｒ／６０１Ｉおよび３０８Ｅ／３３６Ｗ／３４７Ｆ／４０６Ｒ／４６８Ｓ／６０１Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｒ２０５Ｓ／Ｖ２３６Ｍ／Ｒ３４２Ｌ／Ｍ４３９Ｓ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４５Ａ、Ｖ２３６Ｍ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５０５Ｑ／Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４５Ａ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉ、Ｌ３００Ｆ／Ａ３０１Ｖ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ、Ａ３０１Ｖ／Ａ３０８Ｅ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ａ４６８Ｓ、Ａ３０１Ｖ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４６Ｋ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ／Ｍ６０１ＩおよびＡ３０８Ｅ／Ｙ３３６Ｗ／Ｖ３４７Ｆ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ４６８Ｓ／Ｍ６０１Ｉから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号６３８もしくは１５３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、３４６／５１１／５３７、３４６／５１１／５３７／５４１／５４３、３４６／５１１／５４２／５８２、３４６／５１１／５８１／５８２、３４６／５１１／５８３、３４６／５２９／５７１／５８１／５８２／５８３／５８９、５１１／５３７、５１６／５３９／５６８、５３７／５８２、５３９、５６８／６６２／６６３および５８１／５８２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１５３２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ／５４１Ｉ／５４３Ｇ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４２Ｓ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５８１Ｌ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５８３Ｒ、３４６Ｖ／５２９Ｇ／５７１Ｉ／５８１Ｃ／５８２Ｖ／５８３Ｖ／５８９Ａ、５１１Ｓ／５３７Ｅ、５１６Ｍ／５３９Ｅ／５６８Ｒ、５３７Ｅ／５８２Ｒ、５３９Ｅ、５６８Ｒ／６６２Ｗ／６６３Ｗおよび５８１Ｌ／５８２Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１５３２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｓ５４１Ｉ／Ｆ５４３Ｇ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｉ５４２Ｓ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｓ５８１Ｌ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｉ５８３Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ｖ５２９Ｇ／Ｓ５７１Ｉ／Ｓ５８１Ｃ／Ｙ５８２Ｖ／Ｉ５８３Ｖ／Ｔ５８９Ａ、Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ、Ｐ５１６Ｍ／Ｐ５３９Ｅ／Ｌ５６８Ｒ、Ｐ５３７Ｅ／Ｙ５８２Ｒ、Ｐ５３９Ｅ、Ｌ５６８Ｒ／Ｆ６６２Ｗ／Ｅ６６３ＷおよびＳ５８１Ｌ／Ｙ５８２Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１５３２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号６３８もしくは１６０８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、３４６／５１１／５３７／５８２、３４６／５１１／５４３／５８２、３４６／５１１／５４４、３４６／５３７／５４２／５４４、３４６／５４３／５４４、３４６／５８３、５１１／５３７／５４２／５８２／５８３、５１６、５１６／５３９／５５５、５３７／５４３／５８２、５３９／５６８、５４０、５４２／５４４／５８１、５４８、５４９、５５９、５５９／５６８、５８２、６４７、６５０および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３７Ｅ／５８２Ｖ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４３Ｇ／５８２Ｒ、３４６Ｖ／５１１Ｓ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５３７Ｅ／５４２Ｓ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５４３Ｇ／５４４Ｌ、３４６Ｖ／５８３Ｒ、５１１Ｓ／５３７Ｅ／５４２Ｓ／５８２Ｒ／５８３Ｒ、５１６Ｍ、５１６Ｍ／５３９Ｅ／５５５Ｇ、５３７Ｅ／５４３Ｇ／５８２Ｒ、５３９Ｅ／５６８Ｒ、５４０Ｇ、５４２Ｓ／５４４Ｌ／５８１Ｒ、５４８Ｒ、５４９Ｇ、５５９Ｓ、５５９Ｓ／５６８Ｒ、５８２Ｖ、６４７Ｌ、６４７Ｗ、６５０Ｇおよび６６４Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｙ５８２Ｖ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｆ５４３Ｇ／Ｙ５８２Ｒ、Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４２Ｓ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｆ５４３Ｇ／Ｔ５４４Ｌ、Ｋ３４６Ｖ／Ｉ５８３Ｒ、Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３７Ｅ／Ｉ５４２Ｓ／Ｙ５８２Ｒ／Ｉ５８３Ｒ、Ｐ５１６Ｍ、Ｐ５１６Ｍ／Ｐ５３９Ｅ／Ｅ５５５Ｇ、Ｐ５３７Ｅ／Ｆ５４３Ｇ／Ｙ５８２Ｒ、Ｐ５３９Ｅ／Ｌ５６８Ｒ、Ｖ５４０Ｇ、Ｉ５４２Ｓ／Ｔ５４４Ｌ／Ｓ５８１Ｒ、Ｄ５４８Ｒ、Ｖ５４９Ｇ、Ｌ５５９Ｓ、Ｌ５５９Ｓ／Ｌ５６８Ｒ、Ｙ５８２Ｖ、Ｑ６４７Ｌ、Ｑ６４７Ｗ、Ｉ６５０ＧおよびＱ６６４Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号６８０もしくは１６５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２６１／３５５／５４３、２６１／３５５／５６７／５６８、２６１／４８９、２６１／４８９／５１１／５６８、２６１／４８９／５３９、２６１／４８９／５６７、２６１／５３９／５４３、２６１／５３９／５４３／５６７、２６１／５４２／５４３／５６８、５１１、５１１／５３９／５４３、５１１／５６７、５４３および５８３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６５０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２６１Ｄ／３５５Ｃ／５４３Ａ、２６１Ｄ／３５５Ｃ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、２６１Ｄ／４８９Ｅ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５１１Ｄ／５６８Ｒ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５３９Ｌ、２６１Ｄ／４８９Ｅ／５６７Ｒ、２６１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ａ、２６１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ｄ／５６７Ｒ、２６１Ｄ／５４２Ｌ／５４３Ａ／５６８Ｒ、５１１Ｄ、５１１Ｄ／５３９Ｌ／５４３Ａ、５１１Ｄ／５６７Ｒ、５４３Ａおよび５８３Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６５０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｌ２６１Ｄ／Ｌ３５５Ｃ／Ｆ５４３Ａ、Ｌ２６１Ｄ／Ｌ３５５Ｃ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ａ５１１Ｄ／Ｌ５６８Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ｐ５３９Ｌ、Ｌ２６１Ｄ／Ｄ４８９Ｅ／Ｄ５６７Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ａ、Ｌ２６１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ｄ／Ｄ５６７Ｒ、Ｌ２６１Ｄ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｌ５６８Ｒ、Ａ５１１Ｄ、Ａ５１１Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｆ５４３Ａ、Ａ５１１Ｄ／Ｄ５６７Ｒ、Ｆ５４３ＡおよびＩ５８３Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６８０または１６５０を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、９、９／１７／３４／３５／９３／５５４、９／１７／５０、９／１７／９３、９／２９／３５／４３／７７／５４２／５５４、９／３２／７７／９３、９／４３／７７、９／５０／６３／９３、９／９３、１７／２９／３４／３５／３６／７７／９３、１７／３２／３４／３５、１７／７７、３２／３４／９３、４３、５０／７７／９３、５０／９３、７７／９３、９３、２０５／２６３／４７０、２０５／３４４／４７０／５６５、２０５／３４５／４７０／５３８／６６４、２０５／４７０／５４５／５６８／６４５／６４７／６６４、２０５／４７０／５６７／５６８／６４５、２６３／３４４／６６４、２６３／４７０／６４５、２６３／４８９、２６３／５３９／５４１／５６８／６４５、３４４／３５５／４７０／４８９／６４５、３４４／３５５／４７０／５６８／６４５／６４７、３４４／４７０／４８９／５３９／５４２／６４５／６４７／６６４、３４４／４７０／４８９／５６７／５６８、３４４／４７０／５６８、３４４／４７０／６４７、４７０、４７０／４８９、４７０／５４１／５４２／５４３／５６５／６４５／６４７、４７０／５６７／５６８、４７０／６６４および５４２／５４３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、９Ｋ、９Ｋ／１７Ａ／３４Ｍ／３５Ｇ／９３Ｅ／５５４Ｍ、９Ｋ／１７Ａ／５０Ｓ、９Ｋ／１７Ａ／９３Ｅ、９Ｋ／２９Ｓ／３５Ｇ／４３Ｐ／７７Ｄ／５４２Ｖ／５５４Ｍ、９Ｋ／３２Ａ／７７Ｄ／９３Ｅ、９Ｋ／４３Ｐ／７７Ｄ、９Ｋ／５０Ｓ／６３Ｅ／９３Ｅ、９Ｋ／９３Ｅ、９Ｑ／１７Ａ／９３Ｅ、１７Ａ／２９Ｓ／３４Ｍ／３５Ｇ／３６Ｄ／７７Ｄ／９３Ｅ、１７Ａ／３２Ａ／３４Ｍ／３５Ｇ、１７Ａ／７７Ｄ、３２Ａ／３４Ｍ／９３Ｅ、４３Ｐ、５０Ｓ／７７Ｄ／９３Ｅ、５０Ｓ／９３Ｅ、７７Ｄ／９３Ｅ、９３Ｅ、２０５Ｌ／２６３Ｖ／４７０Ｑ、２０５Ｌ／３４４Ｖ／４７０Ｑ／５６５Ａ、２０５Ｌ／３４５Ｐ／４７０Ｑ／５３８Ｔ／６６４Ｒ、２０５Ｌ／４７０Ｑ／５４５Ｌ／５６８Ｒ／６４５Ｓ／６４７Ｗ／６６４Ｒ、２０５Ｌ／４７０Ｑ／５６７Ｒ／５６８Ｒ／６４５Ｓ、２６３Ｉ／３４４Ｖ／６６４Ｒ、２６３Ｉ／４７０Ｑ／６４５Ｓ、２６３Ｉ／４８９Ｄ、２６３Ｉ／５３９Ｌ／５４１Ｒ／５６８Ｒ／６４５Ｓ、３４４Ｖ／３５５Ｃ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／６４５Ｓ、３４４Ｖ／３５５Ｃ／４７０Ｑ／５６８Ｒ／６４５Ｓ／６４７Ｗ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／５３９Ｌ／５４２Ｌ／６４５Ｓ／６４７Ｗ／６６４Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／４８９Ｄ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／５６８Ｒ、３４４Ｖ／４７０Ｑ／６４７Ｗ、４７０Ｑ、４７０Ｑ／４８９Ｄ、４７０Ｑ／５４１Ｒ／５４２Ｌ／５４３Ａ／５６５Ａ／６４５Ｓ／６４７Ｗ、４７０Ｑ／５６７Ｒ／５６８Ｒ、４７０Ｑ／６６４Ｒおよび５４２Ｌ／５４３Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｒ９Ｋ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ａ９３Ｅ／Ｌ５５４Ｍ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｎ５０Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ／Ｓ４３Ｐ／Ｎ７７Ｄ／Ｉ５４２Ｖ／Ｌ５５４Ｍ、Ｒ９Ｋ／Ｉ３２Ａ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ｓ４３Ｐ／Ｎ７７Ｄ、Ｒ９Ｋ／Ｎ５０Ｓ／Ａ６３Ｅ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｋ／Ａ９３Ｅ、Ｒ９Ｑ／Ｔ１７Ａ／Ａ９３Ｅ、Ｔ１７Ａ／Ｎ２９Ｓ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ｔ３６Ｄ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｔ１７Ａ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ、Ｔ１７Ａ／Ｎ７７Ｄ、Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ａ９３Ｅ、Ｓ４３Ｐ、Ｎ５０Ｓ／Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ｎ５０Ｓ／Ａ９３Ｅ、Ｎ７７Ｄ／Ａ９３Ｅ、Ａ９３Ｅ、Ｒ２０５Ｌ／Ｒ２６３Ｖ／Ｐ４７０Ｑ、Ｒ２０５Ｌ／Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｎ５６５Ａ、Ｒ２０５Ｌ／Ｑ３４５Ｐ／Ｐ４７０Ｑ／Ｓ５３８Ｔ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２０５Ｌ／Ｐ４７０Ｑ／Ｉ５４５Ｌ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２０５Ｌ／Ｐ４７０Ｑ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ、Ｒ２６３Ｉ／Ｎ３４４Ｖ／Ｑ６６４Ｒ、Ｒ２６３Ｉ／Ｐ４７０Ｑ／Ｋ６４５Ｓ、Ｒ２６３Ｉ／Ｅ４８９Ｄ、Ｒ２６３Ｉ／Ｐ５３９Ｌ／Ｓ５４１Ｒ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ、Ｎ３４４Ｖ／Ｌ３５５Ｃ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｋ６４５Ｓ、Ｎ３４４Ｖ／Ｌ３５５Ｃ／Ｐ４７０Ｑ／Ｌ５６８Ｒ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｐ５３９Ｌ／Ｉ５４２Ｌ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ／Ｑ６６４Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ３４４Ｖ／Ｐ４７０Ｑ／Ｑ６４７Ｗ、Ｐ４７０Ｑ、Ｐ４７０Ｑ／Ｅ４８９Ｄ、Ｐ４７０Ｑ／Ｓ５４１Ｒ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｎ５６５Ａ／Ｋ６４５Ｓ／Ｑ６４７Ｗ、Ｐ４７０Ｑ／Ｄ５６７Ｒ／Ｌ５６８Ｒ、Ｐ４７０Ｑ／Ｑ６６４ＲおよびＩ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号７５６もしくは１７２６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、９／１７／３２／３４／３６／５０／７７／１０７／１２７、９／１７／６３／７７、９／４３／９３／１２７、９／６３／９３／１０７、１７／２９／３２／３４／３６／６３、２９／３４／３５／７７、３２／４３／９３、３５／９３／１４５および２０５／２６３／４８９／６４７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、９Ｋ／１７Ａ／３２Ａ／３４Ｍ／３６Ｄ／５０Ｓ／７７Ｄ／１０７Ｋ／１２７Ｓ、９Ｋ／１７Ａ／６３Ｅ／７７Ｄ、９Ｋ／４３Ｐ／９３Ｅ／１２７Ｓ、９Ｋ／６３Ｅ／９３Ｅ／１０７Ｋ、１７Ａ／２９Ｓ／３２Ａ／３４Ｍ／３６Ｄ／６３Ｅ、２９Ｓ／３４Ｍ／３５Ｇ／７７Ｄ、３２Ａ／４３Ｐ／９３Ｅ、３５Ｇ／９３Ｅ／１４５Ｅおよび２０５Ｌ／２６３Ｖ／４８９Ｄ／６４７Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｔ３６Ｄ／Ｎ５０Ｓ／Ｎ７７Ｄ／Ｍ１０７Ｋ／Ｇ１２７Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ｔ１７Ａ／Ａ６３Ｅ／Ｎ７７Ｄ、Ｒ９Ｋ／Ｓ４３Ｐ／Ａ９３Ｅ／Ｇ１２７Ｓ、Ｒ９Ｋ／Ａ６３Ｅ／Ａ９３Ｅ／Ｍ１０７Ｋ、Ｔ１７Ａ／Ｎ２９Ｓ／Ｉ３２Ａ／Ｔ３４Ｍ／Ｔ３６Ｄ／Ａ６３Ｅ、Ｎ２９Ｓ／Ｔ３４Ｍ／Ｅ３５Ｇ／Ｎ７７Ｄ、Ｉ３２Ａ／Ｓ４３Ｐ／Ａ９３Ｅ、Ｅ３５Ｇ／Ａ９３Ｅ／Ｇ１４５ＥおよびＲ２０５Ｌ／Ｒ２６３Ｖ／Ｅ４８９Ｄ／Ｑ６４７Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、１８８、１８９、２６５、２６６、３３４、４４２、４５４、６４６、および６４９から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、１８８Ｗ、１８９Ａ、１８９Ｐ、２６５Ｒ、２６６Ｅ、２６６Ｇ、３３４Ｉ、４４２Ｖ、４５４Ｌ、４５４Ｍ、４５４Ｓ、６４６Ｉ、６４６Ｍ、６４６Ｒ、６４９Ｔ、および６４９Ｙから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｎ１８８Ｗ、Ｋ１８９Ａ、Ｋ１８９Ｐ、Ｇ２６５Ｒ、Ｎ２６６Ｅ、Ｎ２６６Ｇ、Ｖ３３４Ｉ、Ｌ４４２Ｖ、Ａ４５４Ｌ、Ａ４５４Ｍ、Ａ４５４Ｓ、Ｖ６４６Ｉ、Ｖ６４６Ｍ、Ｖ６４６Ｒ、Ｄ６４９Ｔ、およびＤ６４９Ｙから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、１８９、２６６、２６６／２８３、５４６、５９４、および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、１８９Ｉ、２６６Ａ、２６６Ｌ、２６６Ｌ／２８３Ｋ、２６６Ｍ、２６６Ｓ、２６６Ｖ、２６６Ｗ、２６６Ｙ、５４６Ｌ、５９４Ａ、および６４６Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｋ１８９Ｉ、Ｎ２６６Ａ、Ｎ２６６Ｌ、Ｎ２６６Ｌ／Ｎ２８３Ｋ、Ｎ２６６Ｍ、Ｎ２６６Ｓ、Ｎ２６６Ｖ、Ｎ２６６Ｗ、Ｎ２６６Ｙ、Ｖ５４６Ｌ、Ｖ５９４Ａ、およびＶ６４６Ｌから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２６３／４７０／５６８、２６６、４７０／５４２／５４３／６６４、および５５８／５７７／５９４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２６３Ｉ／４７０Ｐ／５６８Ｒ、２６６Ｒ、４７０Ｐ／５４２Ｌ／５４３Ａ／６６４Ｑ、および５５８Ｅ／５７７Ｖ／５９４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｒ２６３Ｉ／Ｑ４７０Ｐ／Ｌ５６８Ｒ、Ｎ２６６Ｒ、Ｑ４７０Ｐ／Ｉ５４２Ｌ／Ｆ５４３Ａ／Ｒ６６４Ｑ、およびＴ５５８Ｅ／Ｄ５７７Ｖ／Ｖ５９４Ａから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号８１２もしくは１７８２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２９、２９／３５、２９／３５／３４２／５８１／５８２／６６４、２９／５０／５１１／５３９／５８１、３５、３５／５０／２０５／４０６／５１１／５８１、３５／２０５／５１１、３５／３４２／３４６／５１１／５３９／５８１、３５／３４６、３５／３４６／４０６／５１１／５８１／５８２／６６４、３５／５１１、３５／５３９、５０／３４２、１３２、１３３、１４３、１４７、１８７、１８８、２５７、２５８、２６３、２９４、２９４／４４１／５２７、３０８／３４２／５１１／５８１／５８２、３４２、３４６、３９８、４０６／６６４、４２９／６５２、４４１、４４１／４４６／５２６、４４６／６５２、４８２、５０５、５１１、５２６、５２７、５３６、５４５、５８１、５８２、６１５、６２０、６３９、６４５、６４６、６４８、６５２、６５４および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２９Ｆ、２９Ｇ、２９Ｓ／３５Ｇ、２９Ｓ／３５Ｇ／３４２Ｌ／５８１Ｓ／５８２Ｙ／６６４Ｑ、２９Ｓ／５０Ｓ／５１１Ｓ／５３９Ｌ／５８１Ｓ、３５Ｄ／５１１Ｓ、３５Ｇ、３５Ｇ／５０Ｓ／２０５Ｓ／４０６Ｒ／５１１Ｓ／５８１Ｓ、３５Ｇ／２０５Ｓ／５１１Ｓ、３５Ｇ／３４２Ｌ／３４６Ｖ／５１１Ｓ／５３９Ｌ／５８１Ｓ、３５Ｇ／３４６Ｖ、３５Ｇ／３４６Ｖ／４０６Ｒ／５１１Ｓ／５８１Ｓ／５８２Ｙ／６６４Ｑ、３５Ｇ／５１１Ｓ、３５Ｇ／５３９Ｌ、５０Ｓ／３４２Ｌ、１３２Ｔ、１３３Ｖ、１４３Ｈ、１４７Ｔ、１８７Ｇ、１８８Ｔ、２５７Ｌ、２５８Ｈ、２５８Ｎ、２６３Ｓ、２９４Ａ、２９４Ａ／４４１Ａ／５２７Ａ、３０８Ａ／３４２Ｌ／５１１Ｓ／５８１Ｓ／５８２Ｙ、３４２Ｆ、３４６Ｖ、３９８Ｇ、４０６Ｒ／６６４Ｑ、４２９Ｌ／６５２Ｔ、４４１Ａ、４４１Ａ／４４６Ｐ／５２６Ｌ、４４１Ｖ、４４６Ｐ／６５２Ｔ、４８２Ｖ、５０５Ｆ、５０５Ｍ、５１１Ｓ、５２６Ｖ、５２７Ｄ、５２７Ｒ、５３６Ｈ、５３６Ｒ、５４５Ｖ、５８１Ａ、５８１Ｓ、５８２Ｇ、５８２Ｓ、５８２Ｙ、６１５Ｑ、６２０Ｅ、６３９Ｅ、６３９Ｉ、６４５Ｅ、６４５Ｇ、６４５Ｗ、６４６Ｇ、６４６Ｒ、６４８Ｑ、６４８Ｖ、６５２Ｌ、６５２Ｑ、６５２Ｔ、６５２Ｙ、６５４Ｃ、６６４Ｇ、６６４Ｖおよび６６４Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｆ、Ｎ２９Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｅ３５Ｇ／Ｒ３４２Ｌ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ／Ｒ６６４Ｑ、Ｎ２９Ｓ／Ｎ５０Ｓ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３９Ｌ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｄ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ、Ｅ３５Ｇ／Ｎ５０Ｓ／Ｒ２０５Ｓ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｒ２０５Ｓ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｒ３４２Ｌ／Ｋ３４６Ｖ／Ａ５１１Ｓ／Ｐ５３９Ｌ／Ｌ５８１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｋ３４６Ｖ、Ｅ３５Ｇ／Ｋ３４６Ｖ／Ｋ４０６Ｒ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ／Ｒ６６４Ｑ、Ｅ３５Ｇ／Ａ５１１Ｓ、Ｅ３５Ｇ／Ｐ５３９Ｌ、Ｎ５０Ｓ／Ｒ３４２Ｌ、Ｉ１３２Ｔ、Ｌ１３３Ｖ、Ｅ１４３Ｈ、Ａ１４７Ｔ、Ｉ１８７Ｇ、Ｎ１８８Ｔ、Ｒ２５７Ｌ、Ｋ２５８Ｈ、Ｋ２５８Ｎ、Ｒ２６３Ｓ、Ｒ２９４Ａ、Ｒ２９４Ａ／Ｒ４４１Ａ／Ｋ５２７Ａ、Ｅ３０８Ａ／Ｒ３４２Ｌ／Ａ５１１Ｓ／Ｌ５８１Ｓ／Ｒ５８２Ｙ、Ｒ３４２Ｆ、Ｋ３４６Ｖ、Ａ３９８Ｇ、Ｋ４０６Ｒ／Ｒ６６４Ｑ、Ｋ４２９Ｌ／Ｋ６５２Ｔ、Ｒ４４１Ａ、Ｒ４４１Ａ／Ｒ４４６Ｐ／Ｒ５２６Ｌ、Ｒ４４１Ｖ、Ｒ４４６Ｐ／Ｋ６５２Ｔ、Ｒ４８２Ｖ、Ａ５０５Ｆ、Ａ５０５Ｍ、Ａ５１１Ｓ、Ｒ５２６Ｖ、Ｋ５２７Ｄ、Ｋ５２７Ｒ、Ｗ５３６Ｈ、Ｗ５３６Ｒ、Ｉ５４５Ｖ、Ｌ５８１Ａ、Ｌ５８１Ｓ、Ｒ５８２Ｇ、Ｒ５８２Ｓ、Ｒ５８２Ｙ、Ｋ６１５Ｑ、Ｖ６２０Ｅ、Ｔ６３９Ｅ、Ｔ６３９Ｉ、Ｋ６４５Ｅ、Ｋ６４５Ｇ、Ｋ６４５Ｗ、Ｖ６４６Ｇ、Ｖ６４６Ｒ、Ｒ６４８Ｑ、Ｒ６４８Ｖ、Ｋ６５２Ｌ、Ｋ６５２Ｑ、Ｋ６５２Ｔ、Ｋ６５２Ｙ、Ｒ６５４Ｃ、Ｒ６６４Ｇ、Ｒ６６４ＶおよびＲ６６４Ｗから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１０３０もしくは２０００に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２９、２９／１４３／２６３／２６６／４４１／６３９、２９／２６３／２６６、２９／２６３／２６６／４４１／６２０、２９／２６６／４４１、２９／４４１／６３９、３０、３７、４７／５７０、７５、８１、８５、９２、１３５、１４３、１４３／２６３／２６６／６３９、１４３／２６６／４４１／６２０／６３９、１６８、１８９／４２４、２３７／５２７、２４４、２５８／３４２／５８２／６４８、２６３、２６３／２６６／４４１、２６３／２６６／６３９、２６６／４４１、２６６／４４１／６２０／６３９、２６６／６２０／６３９、２６６／６３９、２６７、３４２／５２６／６６４、３４２／５４５、３４２／５８２、４２９、４４１、４８２、４９５、５０１、５２３、５２６、５２７、５６８、５７０、５７３、５８１、５８２、６１６、６３２、６４８、６５３および６５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２９Ｇ／１４３Ｈ／２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ｖ／６３９Ｉ、２９Ｇ／２６３Ｓ／２６６Ａ、２９Ｇ／２６３Ｓ／２６６Ｌ／４４１Ａ／６２０Ｅ、２９Ｇ／２６６Ａ／４４１Ａ、２９Ｇ／４４１Ｖ／６３９Ｖ、２９Ｓ、３０Ｇ、３７Ｌ、４７Ｇ／５７０Ｅ、７５Ｎ、７５Ｓ、８１Ｎ、８５Ｌ、９２Ｌ、１３５Ｅ、１４３Ｈ／２６３Ｓ／２６６Ａ／６３９Ｖ、１４３Ｈ／２６６Ａ／４４１Ｖ／６２０Ｅ／６３９Ｖ、１４３Ｑ、１６８Ｅ、１８９Ｑ／４２４Ｇ、２３７Ｅ／５２７Ｖ、２４４Ｓ、２５８Ｈ／３４２Ｆ／５８２Ｓ／６４８Ｑ、２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ａ、２６３Ｓ／２６６Ａ／４４１Ｖ、２６３Ｓ／２６６Ａ／６３９Ｖ、２６３Ｔ、２６６Ａ／４４１Ｖ／６２０Ｅ／６３９Ｖ、２６６Ａ／６２０Ｅ／６３９Ｉ、２６６Ａ／６３９Ｉ、２６６Ｌ／４４１Ａ、２６７Ｇ、３４２Ｆ／５２６Ｖ／６６４Ｇ、３４２Ｆ／５４５Ｖ、３４２Ｆ／５８２Ｇ、４２９Ｐ、４４１Ｅ、４８２Ｖ、４９５Ｌ、５０１Ｑ、５２３Ｖ、５２６Ｅ、５２７Ｅ、５２７Ｌ、５２７Ｍ、５２７Ｒ、５２７Ｔ、５６８Ｐ、５７０Ｅ、５７３Ｔ、５８１Ｔ、５８２Ｆ、６１６Ｔ、６３２Ｑ、６４８Ａ、６５３Ｉおよび６５４Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｇ／Ｅ１４３Ｈ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ｌ／Ｒ４４１Ａ／Ｖ６２０Ｅ、Ｎ２９Ｇ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ａ、Ｎ２９Ｇ／Ｒ４４１Ｖ／Ｔ６３９Ｖ、Ｎ２９Ｓ、Ｒ３０Ｇ、Ｒ３７Ｌ、Ｅ４７Ｇ／Ｋ５７０Ｅ、Ｒ７５Ｎ、Ｒ７５Ｓ、Ｒ８１Ｎ、Ｒ８５Ｌ、Ｐ９２Ｌ、Ｒ１３５Ｅ、Ｅ１４３Ｈ／Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｖ、Ｅ１４３Ｈ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｖ、Ｅ１４３Ｑ、Ｓ１６８Ｅ、Ｋ１８９Ｑ／Ｄ４２４Ｇ、Ｄ２３７Ｅ／Ｋ５２７Ｖ、Ｒ２４４Ｓ、Ｋ２５８Ｈ／Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５８２Ｓ／Ｒ６４８Ｑ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ａ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ、Ｒ２６３Ｓ／Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｖ、Ｒ２６３Ｔ、Ｎ２６６Ａ／Ｒ４４１Ｖ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｖ、Ｎ２６６Ａ／Ｖ６２０Ｅ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２６６Ａ／Ｔ６３９Ｉ、Ｎ２６６Ｌ／Ｒ４４１Ａ、Ｒ２６７Ｇ、Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５２６Ｖ／Ｒ６６４Ｇ、Ｌ３４２Ｆ／Ｉ５４５Ｖ、Ｌ３４２Ｆ／Ｒ５８２Ｇ、Ｋ４２９Ｐ、Ｒ４４１Ｅ、Ｒ４８２Ｖ、Ｉ４９５Ｌ、Ｒ５０１Ｑ、Ｍ５２３Ｖ、Ｒ５２６Ｅ、Ｋ５２７Ｅ、Ｋ５２７Ｌ、Ｋ５２７Ｍ、Ｋ５２７Ｒ、Ｋ５２７Ｔ、Ｌ５６８Ｐ、Ｋ５７０Ｅ、Ｋ５７３Ｔ、Ｓ５８１Ｔ、Ｒ５８２Ｆ、Ｋ６１６Ｔ、Ｋ６３２Ｑ、Ｒ６４８Ａ、Ｍ６５３ＩおよびＲ６５４Ｖから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２９、２９／３０、２９／３０／１４３／２６３／４８２／６４６、２９／３０／２６３、２９／３０／６１６／６４８、２９／７５／２６３／５６８／５７０／６４８、２９／１６８／６４８、２９／２６３／５２７／５６８、７５、７５／１４３／１６８／５２７、７５／１６８、７５／６１６、１４３、１６８／２４７／４８２／６４８、１６８／２６３／６１６、１６８／４８２／６１６、１６８／４９５／６１６、２６３、２６３／６１６、４２９／５４５、４９５および５２７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２９Ｓ、２９Ｓ／３０Ｇ、２９Ｓ／３０Ｇ／１４３Ｑ／２６３Ｔ／４８２Ｖ／６４６Ｅ、２９Ｓ／３０Ｇ／２６３Ｔ、２９Ｓ／３０Ｇ／６１６Ｔ／６４８Ａ、２９Ｓ／７５Ｓ／２６３Ｔ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／６４８Ａ、２９Ｓ／１６８Ｅ／６４８Ａ、２９Ｓ／２６３Ｔ／５２７Ｌ／５６８Ｐ、７５Ｓ、７５Ｓ／１４３Ｑ／１６８Ｅ／５２７Ｌ、７５Ｓ／１６８Ｅ、７５Ｓ／６１６Ｔ、１４３Ｑ、１６８Ｅ／２４７Ｓ／４８２Ｖ／６４８Ａ、１６８Ｅ／２６３Ｔ／６１６Ｔ、１６８Ｅ／４８２Ｖ／６１６Ｔ、１６８Ｅ／４９５Ｌ／６１６Ｔ、２６３Ｔ、２６３Ｔ／６１６Ｔ、４２９Ｐ／５４５Ｖ、４９５Ｌおよび５２７Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｎ２９Ｓ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｅ１４３Ｑ／Ｓ２６３Ｔ／Ｒ４８２Ｖ／Ｖ６４６Ｅ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｓ２６３Ｔ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ３０Ｇ／Ｋ６１６Ｔ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｒ７５Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ｒ６４８Ａ、Ｎ２９Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ｋ５２７Ｌ／Ｌ５６８Ｐ、Ｒ７５Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｅ１４３Ｑ／Ｓ１６８Ｅ／Ｋ５２７Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ６１６Ｔ、Ｅ１４３Ｑ、Ｓ１６８Ｅ／Ｇ２４７Ｓ／Ｒ４８２Ｖ／Ｒ６４８Ａ、Ｓ１６８Ｅ／Ｓ２６３Ｔ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ１６８Ｅ／Ｒ４８２Ｖ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ１６８Ｅ／Ｉ４９５Ｌ／Ｋ６１６Ｔ、Ｓ２６３Ｔ、Ｓ２６３Ｔ／Ｋ６１６Ｔ、Ｋ４２９Ｐ／Ｉ５４５Ｖ、Ｉ４９５ＬおよびＫ５２７Ｔから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１１３６もしくは２１０６に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、２０７、２２２、２６６、３０７、４５４、５３５、５４６、５４８、５８０、６０４、および６１０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、２０７Ｒ、２２２Ｔ、２６６Ｋ、３０７Ｌ、４５４Ｌ、５３５Ｖ、５４６Ｒ、５４８Ｓ、５８０Ｃ、６０４Ｐ、および６１０Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｑ２０７Ｒ、Ｓ２２２Ｔ、Ａ２６６Ｋ、Ｑ３０７Ｌ、Ａ４５４Ｌ、Ｅ５３５Ｖ、Ｖ５４６Ｒ、Ｄ５４８Ｓ、Ｈ５８０Ｃ、Ｈ６０４Ｐ、およびＡ６１０Ｒから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１１８０もしくは２１５０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、７５／１６８／２０７／４５４／５６８／５８６／６１０／６４８／６５９、７５／１６８／２６６／４５４／５４６／５７０／５８０、７５／２０７／４５４／５７０／６５９、７５／２０７／５４６／５８０／６４８、７５／２６３／４５４／５４８／５６８／６０４／６４８、７５／２６６／４５４、７５／４５４、７５／４５４／５４６／５４８／５６８／６０４、７５／５４６／５４８／６１０／６４８、１６８／２０７／２６３／４５４／５６８／５７０／６０４、１６８／２６３／２６６／５４６／６０４、１６８／４５４／６０４、２０７／６０４／６１０、２０９、２１２、２２１、２２３、２２８、２６６／４５４／５６８、３１９、３７３、４１２／５４６／５５４、４３１、４５４、４５４／５４６／５６８／５７０／５８０、４５４／５４６／５７０、４５４／５７０／５８０／６１０、４５４／５８０、４５４／６５９および５０６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、７５Ｓ／１６８Ｅ／２０７Ｒ／４５４Ｌ／５６８Ｐ／５８６Ｖ／６１０Ｒ／６４８Ａ／６５９Ｔ、７５Ｓ／１６８Ｅ／２６６Ｋ／４５４Ｌ／５４６Ｒ／５７０Ｅ／５８０Ｃ、７５Ｓ／２０７Ｒ／４５４Ｌ／５７０Ｅ／６５９Ｔ、７５Ｓ／２０７Ｒ／５４６Ｒ／５８０Ｃ／６４８Ａ、７５Ｓ／２６３Ｔ／４５４Ｌ／５４８Ｓ／５６８Ｐ／６０４Ｐ／６４８Ａ、７５Ｓ／２６６Ｋ／４５４Ｌ、７５Ｓ／４５４Ｌ、７５Ｓ／４５４Ｌ／５４６Ｒ／５４８Ｓ／５６８Ｐ／６０４Ｐ、７５Ｓ／５４６Ｒ／５４８Ｓ／６１０Ｒ／６４８Ａ、１６８Ｅ／２０７Ｒ／２６３Ｔ／４５４Ｌ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／６０４Ｐ、１６８Ｅ／２６３Ｔ／２６６Ｋ／５４６Ｒ／６０４Ｐ、１６８Ｅ／４５４Ｌ／６０４Ｐ、２０７Ｒ／６０４Ｐ／６１０Ｒ、２０９Ｖ、２１２Ｓ、２２１Ｉ、２２３Ｑ、２２８Ｉ、２２８Ｖ、２６６Ｋ／４５４Ｌ／５６８Ｐ、３１９Ｑ、３７３Ｆ、４１２Ｙ／５４６Ｌ／５５４Ｍ、４３１Ｔ、４５４Ｉ、４５４Ｌ／５４６Ｒ／５６８Ｐ／５７０Ｅ／５８０Ｃ、４５４Ｌ／５４６Ｒ／５７０Ｅ、４５４Ｌ／５７０Ｅ／５８０Ｃ／６１０Ｒ、４５４Ｌ／５８０Ｃ、４５４Ｌ／６５９Ｔおよび５０６Ｎから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ｑ２０７Ｒ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ／Ｌ５８６Ｖ／Ａ６１０Ｒ／Ｒ６４８Ａ／Ｅ６５９Ｔ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ１６８Ｅ／Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ、Ｒ７５Ｓ／Ｑ２０７Ｒ／Ａ４５４Ｌ／Ｋ５７０Ｅ／Ｅ６５９Ｔ、Ｒ７５Ｓ／Ｑ２０７Ｒ／Ｖ５４６Ｒ／Ｈ５８０Ｃ／Ｒ６４８Ａ、Ｒ７５Ｓ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ４５４Ｌ／Ｄ５４８Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６４８Ａ、Ｒ７５Ｓ／Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ａ４５４Ｌ、Ｒ７５Ｓ／Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｄ５４８Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｈ６０４Ｐ、Ｒ７５Ｓ／Ｖ５４６Ｒ／Ｄ５４８Ｓ／Ａ６１０Ｒ／Ｒ６４８Ａ、Ｓ１６８Ｅ／Ｑ２０７Ｒ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ６０４Ｐ、Ｓ１６８Ｅ／Ｓ２６３Ｔ／Ａ２６６Ｋ／Ｖ５４６Ｒ／Ｈ６０４Ｐ、Ｓ１６８Ｅ／Ａ４５４Ｌ／Ｈ６０４Ｐ、Ｑ２０７Ｒ／Ｈ６０４Ｐ／Ａ６１０Ｒ、Ｉ２０９Ｖ、Ｄ２１２Ｓ、Ｌ２２１Ｉ、Ｎ２２３Ｑ、Ｔ２２８Ｉ、Ｔ２２８Ｖ、Ａ２６６Ｋ／Ａ４５４Ｌ／Ｌ５６８Ｐ、Ｎ３１９Ｑ、Ｌ３７３Ｆ、Ｆ４１２Ｙ／Ｖ５４６Ｌ／Ｌ５５４Ｍ、Ｐ４３１Ｔ、Ａ４５４Ｉ、Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ、Ａ４５４Ｌ／Ｖ５４６Ｒ／Ｋ５７０Ｅ、Ａ４５４Ｌ／Ｋ５７０Ｅ／Ｈ５８０Ｃ／Ａ６１０Ｒ、Ａ４５４Ｌ／Ｈ５８０Ｃ、Ａ４５４Ｌ／Ｅ６５９ＴおよびＧ５０６Ｎから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１２５０もしくは２２２０に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、７５／１８９／３７３／５８２、７５／２００／２１２／４３１／４８２、７５／２１２／３７３／４３１／４８２、７５／２１２／４３１／４８２／５６８／６１５／６６４、７５／３６８／５８２、７５／３７３／４３１／５２６／５８２、７５／４３１／４８２／５７０／６０４／６６４、７５／６３２、１８９／２１２／４３１／５６８／５７０、２００／２０５／３７３／４３１、２００／４３１／４８２／６１５／６６４、２００／４８２／６６４、２１２／２２８／４３１、２１２／２２８／５６８／５７０／５８２／６６４、２１２／３７３／４４６／４８２／５８２、３６８／３７３／４３１、３７３／４３１／５７０／６０４／６６４、３７３／５６８／６３２、４３１、４３１／６０４／６６４、４８２／５８２、５８２および６１５／６５２／６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、７５Ｓ／１８９Ａ／３７３Ｆ／５８２Ｇ、７５Ｓ／２００Ｗ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ、７５Ｓ／２１２Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ／４８２Ｓ、７５Ｓ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／５６８Ｐ／６１５Ｍ／６６４Ｇ、７５Ｓ／３６８Ｍ／５８２Ｇ、７５Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ／５２６Ｅ／５８２Ｇ、７５Ｓ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／５７０Ｋ／６０４Ｐ／６６４Ｇ、７５Ｓ／６３２Ｑ、１８９Ａ／２１２Ｓ／４３１Ｔ／５６８Ｐ／５７０Ｋ、２００Ｗ／２０５Ｓ／３７３Ｆ／４３１Ｔ、２００Ｗ／４３１Ｔ／４８２Ｓ／６１５Ｍ／６６４Ｇ、２００Ｗ／４８２Ｓ／６６４Ｗ、２１２Ｓ／２２８Ｖ／４３１Ｔ、２１２Ｓ／２２８Ｖ／５６８Ｐ／５７０Ｋ／５８２Ｇ／６６４Ｗ、２１２Ｓ／３７３Ｆ／４４６Ｆ／４８２Ｓ／５８２Ｇ、３６８Ｍ／３７３Ｆ／４３１Ｔ、３７３Ｆ／４３１Ｔ／５７０Ｋ／６０４Ｐ／６６４Ｗ、３７３Ｆ／５６８Ｐ／６３２Ｑ、４３１Ｔ、４３１Ｔ／６０４Ｐ／６６４Ｇ、４８２Ｓ／５８２Ｇ、５８２Ｇおよび６１５Ｍ／６５２Ｖ／６６４Ｇから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｒ７５Ｓ／Ｋ１８９Ａ／Ｌ３７３Ｆ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ２００Ｗ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｄ２１２Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ、Ｒ７５Ｓ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ６１５Ｍ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ３６８Ｍ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ５２６Ｅ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｅ５７０Ｋ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ７５Ｓ／Ｋ６３２Ｑ、Ｋ１８９Ａ／Ｄ２１２Ｓ／Ｐ４３１Ｔ／Ｌ５６８Ｐ／Ｅ５７０Ｋ、Ｋ２００Ｗ／Ｒ２０５Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ、Ｋ２００Ｗ／Ｐ４３１Ｔ／Ｒ４８２Ｓ／Ｋ６１５Ｍ／Ｒ６６４Ｇ、Ｋ２００Ｗ／Ｒ４８２Ｓ／Ｒ６６４Ｗ、Ｄ２１２Ｓ／Ｔ２２８Ｖ／Ｐ４３１Ｔ、Ｄ２１２Ｓ／Ｔ２２８Ｖ／Ｌ５６８Ｐ／Ｅ５７０Ｋ／Ｒ５８２Ｇ／Ｒ６６４Ｗ、Ｄ２１２Ｓ／Ｌ３７３Ｆ／Ｒ４４６Ｆ／Ｒ４８２Ｓ／Ｒ５８２Ｇ、Ｋ３６８Ｍ／Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ、Ｌ３７３Ｆ／Ｐ４３１Ｔ／Ｅ５７０Ｋ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｗ、Ｌ３７３Ｆ／Ｌ５６８Ｐ／Ｋ６３２Ｑ、Ｐ４３１Ｔ、Ｐ４３１Ｔ／Ｈ６０４Ｐ／Ｒ６６４Ｇ、Ｒ４８２Ｓ／Ｒ５８２Ｇ、Ｒ５８２ＧおよびＫ６１５Ｍ／Ｋ６５２Ｖ／Ｒ６６４Ｇから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１３０８もしくは２２７８に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼ、またはその機能的断片をコードし、コードされた組換えプロテアーゼは、４０８／４３９、４３９／５１４、４７０、４７０／６６７、５１４、５１４／５３７、および５３７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、４０８Ａ／４３９Ｓ、４３９Ｓ／５１４Ｒ、４７０Ｇ、４７０Ｇ／６６７Ｄ、４７０Ｐ、５１４Ｒ、５１４Ｒ／５３７Ｅ、および５３７Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。一部の実施形態では、コードされた組換えプロテアーゼは、Ｖ４０８Ａ／Ｍ４３９Ｓ、Ｍ４３９Ｓ／Ｈ５１４Ｒ、Ｑ４７０Ｇ、Ｑ４７０Ｇ／Ｇ６６７Ｄ、Ｑ４７０Ｐ、Ｈ５１４Ｒ、Ｈ５１４Ｒ／Ｐ５３７Ｅ、およびＰ５３７Ｅから選択される少なくとも１個の置換または置換セットを含み、ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６４、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、２２７８、または２３３２に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼをコードする。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６４、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、２２７８、または２３３２のポリペプチド配列を含む組換えプロテアーゼをコードする。

一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、高度にストリンジェントな条件下で参照ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズすることが可能である。一部の実施形態では、参照配列は、配列番号１、３３、１８９、２、２９１、３４１、３８１、３９９、４５３、５６１、６３７、６７９、７５５、８１１、１０２９、１１３５、１１７９、１２４９、および／もしくは１３０７、またはそれらの相補体、あるいは本明細書で提供されるバリアントプロテアーゼポリペプチドのうちいずれかをコードするポリヌクレオチド配列から選択される。一部の実施形態では、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドは、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／または３．２７に示される任意の位置から選択される残基位置に、配列番号１、３３、１８９、２、２９１、３４１、３８１、３９５、３９９、４５３、５６１、６３７、６７９、７５５、８１１、１０２９、１１３５、１１７９、１２４９、１３０７、１３６５、１３６９、１４２３、１５３１、１６０７、１６４９、１７２５、１７８１、１９９９、２１０５、２１４９、２２１９、および／または２２７７と比較して１個または複数の残基差異を有するアミノ酸配列を含むプロテアーゼポリペプチドをコードする。一部のさらなる実施形態では、操作されたポリヌクレオチドは、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７に提供される操作されたポリヌクレオチド、または表３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７に提供される操作されたポリヌクレオチドであって、ヒスチジンタグおよび先行するアミノ酸リンカーをコードする配列が存在しない操作されたヌクレオチド、から選択され；あるいは配列番号１、３３、１８９、２、２９１、３４１、３８１、３９５、３９９、４５３、５６１、６３７、６７９、７５５、８１１、１０２９、１１３５、１１７９、１２４９、１３０７、１３６５、１３６９、１４２３、１５３１、１６０７、１６４９、１７２５、１７８１、１９９９、２１０５、２１４９、２２１９、および／または２２７７から選択される参照配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。一部の追加の実施形態では、ポリヌクレオチドは、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７、ならびに／または配列番号１、３３、１８９、２、２９１、３４１、３８１、３９５、３９９、４５３、５６１、６３７、６７９、７５５、８１１、１０２９、１１３５、１１７９、１２４９、１３０７、１３６５、１３６９、１４２３、１５３１、１６０７、１６４９、１７２５、１７８１、１９９９、２１０５、２１４９、２２１９、および／もしくは２２７７に提供される少なくとも１個のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含む。一部のさらなる実施形態では、ポリヌクレオチドは、奇数番号の配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１から選択される少なくとも１個のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含む。一部のさらなる実施形態では、ポリヌクレオチドは、奇数番号の配列番号１３６５～２３３１から選択される少なくとも１個のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有する配列を含む。一部のさらなる実施形態では、ポリヌクレオチドは、奇数番号の配列番号３～１３６１および１３６５～２３３１から選択される配列を含む。一部のさらなる実施形態では、ポリヌクレオチドは、奇数番号の配列番号１３６５～２３３１から選択される配列を含む。一部のさらなる実施形態では、操作されたポリヌクレオチド配列は、参照ポリヌクレオチド配列と比較して、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、１～１５、１～２０、１～２１、１～２２、１～２３、１～２４、１～２５、１～３０、１～３５、１～４０、１～４５、または１～５０個の塩基変化を含む。一部のなお他の実施形態では、操作されたポリヌクレオチド配列は、参照ポリヌクレオチド配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４０、４５、または５０個の塩基変化を含む。一部の実施形態では、操作されたポリヌクレオチド配列は、参照ポリヌクレオチド配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１８、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の塩基変化を含む。

一部の実施形態では、本明細書で提供される操作されたプロテアーゼポリペプチドのうちいずれかをコードする単離されたポリヌクレオチドは、遺伝子の発現およびポリペプチドの産生を提供するために、種々の方法で操作される。一部の実施形態では、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、発現ベクターとして提供され、その中には、１個または複数の制御配列が、ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの発現を調節するために存在する。ベクターへのその挿入の前の単離されたポリヌクレオチドの操作が、発現ベクターに依存して、望ましいまたは必要な場合がある。組換えＤＮＡ法を利用してポリヌクレオチドおよび核酸配列を改変するための技法は、当技術分野で周知である。

一部の実施形態では、制御配列には、他の配列のうちで、プロモーター、リーダー配列、ポリアデニル化配列、プロペプチド配列、シグナルペプチド配列、および転写ターミネーターが含まれる。当技術分野で公知のように、適切な制御配列は、使用される宿主細胞に基づいて選択され得る。本発明は、任意の具体的な制御配列に限定されない意図である。

細菌宿主細胞のための例示的なプロモーターには、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉラクトースオペロン、トリプトファンオペロン、アラビノースオペロン、Ｔ７バクテリオファージ由来のＴ７プロモーター、およびＳａｃｃｈａｒｏｐｏｌｙｓｐｏｒａ ｅｒｙｔｈｒａｅａエリスロマイシン抵抗性遺伝子の遺伝子から得られたプロモーターが含まれるがこれらに限定されない。

糸状菌宿主細胞のための例示的なプロモーターには、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ ＴＡＫＡアミラーゼ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉアスパラギン酸プロテイナーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ中性アルファ－アミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ耐酸性アルファ－アミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒまたはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ａｗａｍｏｒｉグルコアミラーゼ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉプロテアーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅアルカリプロテアーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅトリオースリン酸イソメラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓアセトアミダーゼ、およびＦｕｓａｒｉｕｍ ｏｘｙｓｐｏｒｕｍトリプシン様プロテアーゼ（例えば、ＷＯ９６／００７８７を参照されたい）の遺伝子から得られたプロモーター、ならびにＮＡ２－ｔｐｉプロモーター（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ中性アルファ－アミラーゼおよびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅトリオースリン酸イソメラーゼの遺伝子由来のプロモーターのハイブリッド）、ならびにそれらの突然変異体、短縮型、およびハイブリッドプロモーターが含まれる。例示的な酵母細胞プロモーターは、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅエノラーゼ（ＥＮＯ－１）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅガラクトキナーゼ（ＧＡＬ１）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルコールデヒドロゲナーゼ／グリセロアルデヒド－３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ２／ＧＡＰ）、およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ ３－ホスホグリセリン酸キナーゼの遺伝子に由来し得る。酵母宿主細胞のための他の有用なプロモーターは、当技術分野で公知である（例えば、Ｒｏｍａｎｏｓ ｅｔ ａｌ．， Ｙｅａｓｔ ８：４２３－４８８ ［１９９２］を参照されたい）。哺乳動物細胞における使用のための例示的なプロモーターには、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、サル空胞ウイルス（Ｓｉｍｉａｎ ｖａｃｕｏｌａｔｉｎｇ ｖｉｒｕｓ）４０（ＳＶ４０）由来のもの、Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓホスホグリセリン酸キナーゼ、ベータアクチン、伸長因子－１ａもしくはグリセロアルデヒド－３－リン酸デヒドロゲナーゼ由来のもの、またはＧａｌｌｕｓのβ－アクチン由来のものが含まれるがこれらに限定されない。

一部の実施形態では、制御配列は、適切な転写ターミネーター配列であり、これは、転写を終結させるために宿主細胞によって認識される配列である。ターミネーター配列は、ポリペプチドをコードする核酸配列の３’末端に作動可能に連結される。選択された宿主細胞において機能的な任意のターミネーターが、本発明において使用される。例えば、細菌宿主細胞のための例示的な転写ターミネーターは、Ｔ７ターミネーターについてはＴ７細菌ファージから得られ得る、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉリボソームＲＮＡから得られ得る（例えば、ｒｒｎＢターミネーター）。例えば、糸状菌宿主細胞のための例示的な転写ターミネーターは、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ ＴＡＫＡアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒグルコアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓアントラニル酸シンターゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒアルファ－グルコシダーゼ、およびＦｕｓａｒｉｕｍ ｏｘｙｓｐｏｒｕｍトリプシン様プロテアーゼの遺伝子から得られ得る。酵母宿主細胞のための例示的なターミネーターは、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅエノラーゼ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅチトクロムＣ（ＣＹＣ１）、およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅグリセロアルデヒド－３－リン酸デヒドロゲナーゼの遺伝子から得られ得る。酵母宿主細胞のための他の有用なターミネーターは、当技術分野で公知である（例えば、Ｒｏｍａｎｏｓ ｅｔ ａｌ．、上記を参照されたい）。哺乳動物細胞のための例示的なターミネーターには、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、サル空胞ウイルス４０（ＳＶ４０）由来のもの、またはＨｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ成長ホルモン由来のものが含まれるがこれらに限定されない。

一部の実施形態では、制御配列は、適切なリーダー配列であり、これは、宿主細胞による翻訳のために重要なｍＲＮＡの非翻訳領域である。リーダー配列は、ポリペプチドをコードする核酸配列の５’末端に作動可能に連結される。選択された宿主細胞において機能的な任意のリーダー配列が使用され得る。糸状菌宿主細胞のための例示的なリーダーは、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ ＴＡＫＡアミラーゼおよびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓトリオースリン酸イソメラーゼの遺伝子から得られる。酵母宿主細胞のための適切なリーダーには、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅエノラーゼ（ＥＮＯ－１）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ ３－ホスホグリセリン酸キナーゼ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルファ－因子、およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルコールデヒドロゲナーゼ／グリセロアルデヒド－３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ２／ＧＡＰ）の遺伝子から得られるものが含まれるがこれらに限定されない。

一部の実施形態では、制御配列は、ポリアデニル化配列であってもよく、これは、核酸配列の３’末端に作動可能に連結された配列であり、転写されると、転写されたｍＲＮＡにポリアデノシン残基を付加するためのシグナルとして、宿主細胞によって認識される。選択された宿主細胞において機能的な任意のポリアデニル化配列が、本発明において使用され得る。糸状菌宿主細胞のための例示的なポリアデニル化配列には、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ ＴＡＫＡアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒグルコアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｄｕｌａｎｓアントラニル酸シンターゼ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ ｏｘｙｓｐｏｒｕｍトリプシン様プロテアーゼ、およびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒアルファ－グルコシダーゼの遺伝子由来のものが含まれるがこれらに限定されない。酵母宿主細胞のための有用なポリアデニル化配列もまた、当技術分野で公知である（例えば、Ｇｕｏ ａｎｄ Ｓｈｅｒｍａｎ， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．， １５：５９８３－５９９０ ［１９９５］を参照されたい）。

一部の実施形態では、制御配列は、ポリペプチドのアミノ末端に連結されたアミノ酸配列をコードし、コードされたポリペプチドを細胞の分泌経路に仕向ける、シグナルペプチドコード領域である。核酸配列のコード配列の５’末端は、分泌されるポリペプチドをコードするコード領域のセグメントとイン翻訳リーディングフレームで天然に連結されたシグナルペプチドコード領域を固有に含有し得る。あるいは、コード配列の５’末端は、コード配列にとって外来のシグナルペプチドコード領域を含有し得る。

発現されたポリペプチドを選択された宿主細胞の分泌経路に仕向ける任意のシグナルペプチドコード領域は、本明細書で提供される操作されたプロテアーゼポリペプチドの発現のために使用される。糸状菌宿主細胞のための有効なシグナルペプチドコード領域には、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｏｒｙｚａｅ ＴＡＫＡアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ中性アミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒグルコアミラーゼ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｍｉｅｈｅｉアスパラギン酸プロテイナーゼ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ ｉｎｓｏｌｅｎｓセルラーゼ、およびＨｕｍｉｃｏｌａ ｌａｎｕｇｉｎｏｓａプロテアーゼの遺伝子から得られたシグナルペプチドコード領域が含まれるがこれらに限定されない。酵母宿主細胞のための有用なシグナルペプチドには、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルファ－因子およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅインベルターゼの遺伝子由来のものが含まれるがこれらに限定されない。哺乳動物宿主細胞のための有用なシグナルペプチドには、免疫グロブリンガンマ（ＩｇＧ）の遺伝子由来のものが含まれるがこれらに限定されない。

一部の実施形態では、制御配列は、ポリペプチドのアミノ末端に位置するアミノ酸配列をコードするプロペプチドコード領域である。得られたポリペプチドは、一部の場合には、「プロ酵素」、「プロポリペプチド」、または「酵素原」と呼ばれる。プロポリペプチドは、プロポリペプチドからのプロペプチドの触媒的または自己触媒的切断によって、成熟活性ポリペプチドに変換され得る。

別の態様では、本発明は、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと、それらが導入される宿主の型に依存した、１個または複数の発現調節領域、例えば、プロモーターおよびターミネーター、複製起点等とを含む、組換え発現ベクターもまた提供する。一部の実施形態では、上記種々の核酸および制御配列は、そのような部位におけるバリアントプロテアーゼポリペプチドをコードする核酸配列の挿入または置換を可能にするための１個または複数の簡便な制限部位を含む組換え発現ベクターを産生するために互いに接続される。あるいは、本発明のポリヌクレオチド配列（複数可）は、ポリヌクレオチド配列、またはポリヌクレオチド配列を含む核酸構築物を、発現のための適切なベクターに挿入することによって、発現される。発現ベクターを創出する際に、コード配列が発現のための適切な制御配列と作動可能に連結されるように、コード配列をベクター中に位置させる。

組換え発現ベクターは、組換えＤＮＡ手順に簡便に供することができ、バリアントプロテアーゼポリヌクレオチド配列の発現を生じ得る、任意のベクター（例えば、プラスミドまたはウイルス）であり得る。ベクターの選択は、典型的には、ベクターと、ベクターが導入される宿主細胞との適合性に依存する。ベクターは、線状または閉鎖環状プラスミドであり得る。

一部の実施形態では、発現ベクターは、自律的に複製するベクター（すなわち、その複製が染色体複製から独立した染色体外実体として存在するベクター、例えば、プラスミド、染色体外エレメント、ミニ染色体、または人工染色体）である。ベクターは、自己複製を確実にするための任意の手段を含有し得る。一部の代替的実施形態では、ベクターは、宿主細胞中に導入されると、ゲノム中に組み込まれ、それが中に組み込まれた染色体（複数可）と一緒に複製されるベクターであり得る。さらに、合わせると、宿主細胞のゲノム中に導入される総ＤＮＡを含有する単一のベクターもしくはプラスミドまたは２個もしくはそれよりも多くのベクターもしくはプラスミド、あるいはトランスポゾンが使用され得る。

一部の実施形態では、発現ベクターは、好ましくは、形質転換された細胞の容易な選択を可能にする１種または複数の選択可能なマーカーを含有する。

「選択可能なマーカー」は、その産物が殺生物剤またはウイルス抵抗性、重金属に対する抵抗性、栄養要求性に対する原栄養性等を提供する遺伝子である。細菌宿主細胞のための適切なマーカーには、カルベニシリン、アンピシリン、クロラムフェニコール、テトラサイクリン、カナマイシンおよびゼオシン（ｚｅｏｃｉｎ）が含まれるがこれらに限定されない。

酵母宿主細胞のための適切なマーカーには、ＡＤＥ２、ＨＩＳ３、ＬＥＵ２、ＬＹＳ２、ＭＥＴ３、ＴＲＰ１、およびＵＲＡ３が含まれるがこれらに限定されない。糸状菌宿主細胞における使用のための選択可能なマーカーには、ａｍｄＳ（アセトアミダーゼ）、ａｒｇＢ（オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ）、ｂａｒ（ホスフィノスリシンアセチルトランスフェラーゼ）、ｈｐｈ（ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ）、ｎｉａＤ（硝酸レダクターゼ）、ｐｙｒＧ（オロチジン－５’－リン酸デカルボキシラーゼ）、ｓＣ（硫酸アデニリルトランスフェラーゼ）、およびｔｒｐＣ（アントラニル酸シンターゼ）、ならびにそれらの等価物が含まれるがこれらに限定されない。別の態様では、本発明は、本出願の少なくとも１種の操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞を提供し、このポリヌクレオチドは、宿主細胞における操作されたプロテアーゼ酵素（複数可）の発現のための１個または複数の制御配列に動作可能に連結されている。

本発明の発現ベクターによってコードされるポリペプチドを発現する際の使用のための宿主細胞は、当技術分野で周知であり、これには、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）；真菌細胞、例えば、酵母細胞（例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅおよびＰｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ［例えば、ＡＴＣＣ受託番号２０１１７８］）；昆虫細胞（例えば、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ Ｓ２およびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ Ｓｆ９細胞）、植物細胞、動物細胞（例えば、ＣＨＯ、ＣＯＳ、およびＢＨＫ）、およびヒト細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ、ヒト線維芽細胞、ＴＨＰ－１、ＪｕｒｋａｔおよびＢｏｗｅｓ黒色腫細胞系）が含まれるがこれらに限定されない。

したがって、別の態様では、本発明は、操作されたプロテアーゼポリペプチドを産生するための方法であって、ポリペプチドの発現に適切な条件下で、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを発現することが可能な宿主細胞を培養するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、これらの方法は、本明細書に記載されるプロテアーゼポリペプチドを単離および／または精製するステップをさらに含む。

上記宿主細胞のための適切な培養培地および成長条件は、当技術分野で周知である。プロテアーゼの発現のためのポリヌクレオチドは、当技術分野で公知の種々の方法によって、細胞中に導入され得る。技法には、とりわけ、電気穿孔、微粒子銃、リポソーム媒介性トランスフェクション、塩化カルシウムトランスフェクション、およびプロトプラスト融合が含まれる。

本明細書で開示される特性を有する操作されたプロテアーゼは、天然に存在するまたは操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、当技術分野で公知の、および本明細書に記載される、突然変異誘発法および／または指向性進化法に供することによって得られ得る。例示的な指向性進化技法は、突然変異誘発および／またはＤＮＡシャッフリングである（例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ．， １９９４， ９１：１０７４７－１０７５１；ＷＯ９５／２２６２５；ＷＯ９７／００７８；ＷＯ９７／３５９６６；ＷＯ９８／２７２３０；ＷＯ００／４２６５１；ＷＯ０１／７５７６７および米国特許第６，５３７，７４６号を参照されたい）。使用され得る他の指向性進化手順には、とりわけ、互い違い伸長プロセス（ｓｔａｇｇｅｒｅｄ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ ｐｒｏｃｅｓｓ）（ＳｔＥＰ）、ｉｎ ｖｉｔｒｏ組換え（例えば、Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．， １９９８， １６：２５８－２６１を参照されたい）、変異原性ＰＣＲ（例えば、Ｃａｌｄｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．， ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌ．， ３：Ｓ１３６－Ｓ１４０， １９９４を参照されたい）、およびカセット突然変異誘発（例えば、Ｂｌａｃｋ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ．， １９９６， ９３：３５２５－３５２９を参照されたい）が含まれる。

組換えポリペプチドは、当技術分野で公知の任意の適切な方法を使用して産生され得る。目的の野生型ポリペプチドをコードする遺伝子は、ベクター、例えば、プラスミドにクローニングし、所望の宿主、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ等において発現させることができる。組換えポリペプチドのバリアントは、当技術分野で公知の種々の方法によって生成することができる。実際、当業者にとって周知の多種多様な異なる突然変異誘発技法が存在する。さらに、多くの分子生物学サプライヤーから突然変異誘発キットを入手することもできる。規定されたアミノ酸における特異的置換（部位指定）、遺伝子の限局された領域における特異的もしくはランダム突然変異（位置特異的）、または遺伝子全体にわたるランダム突然変異誘発（例えば、飽和突然変異誘発）を行う方法が利用できる。ＰＣＲを使用した一本鎖ＤＮＡまたは二本鎖ＤＮＡの部位指定突然変異誘発、カセット突然変異誘発、遺伝子合成、エラープローンＰＣＲ、シャッフリング、および化学的飽和突然変異誘発、または当技術分野で公知の任意の他の適切な方法が含まれるがこれらに限定されない、酵素バリアントを生成するための多数の適切な方法が、当業者にとって公知である。突然変異誘発法および指向性進化法は、発現、スクリーニングおよびアッセイされ得るバリアントライブラリーを生成するために、酵素をコードするポリヌクレオチドに容易に適用され得る。任意の適切な突然変異誘発法および指向性進化法が、本発明において使用され、当技術分野で周知である（例えば、米国特許第５，６０５，７９３号、同第５，８１１，２３８号、同第５，８３０，７２１号、同第５，８３４，２５２号、同第５，８３７，４５８号、同第５，９２８，９０５号、同第６，０９６，５４８号、同第６，１１７，６７９号、同第６，１３２，９７０号、同第６，１６５，７９３号、同第６，１８０，４０６号、同第６，２５１，６７４号、同第６，２６５，２０１号、同第６，２７７，６３８号、同第６，２８７，８６１号、同第６，２８７，８６２号、同第６，２９１，２４２号、同第６，２９７，０５３号、同第６，３０３，３４４号、同第６，３０９，８８３号、同第６，３１９，７１３号、同第６，３１９，７１４号、同第６，３２３，０３０号、同第６，３２６，２０４号、同第６，３３５，１６０号、同第６，３３５，１９８号、同第６，３４４，３５６号、同第６，３５２，８５９号、同第６，３５５，４８４号、同第６，３５８，７４０号、同第６，３５８，７４２号、同第６，３６５，３７７号、同第６，３６５，４０８号、同第６，３６８，８６１号、同第６，３７２，４９７号、同第６，３３７，１８６号、同第６，３７６，２４６号、同第６，３７９，９６４号、同第６，３８７，７０２号、同第６，３９１，５５２号、同第６，３９１，６４０号、同第６，３９５，５４７号、同第６，４０６，８５５号、同第６，４０６，９１０号、同第６，４１３，７４５号、同第６，４１３，７７４号、同第６，４２０，１７５号、同第６，４２３，５４２号、同第６，４２６，２２４号、同第６，４３６，６７５号、同第６，４４４，４６８号、同第６，４５５，２５３号、同第６，４７９，６５２号、同第６，４８２，６４７号、同第６，４８３，０１１号、同第６，４８４，１０５号、同第６，４８９，１４６号、同第６，５００，６１７号、同第６，５００，６３９号、同第６，５０６，６０２号、同第６，５０６，６０３号、同第６，５１８，０６５号、同第６，５１９，０６５号、同第６，５２１，４５３号、同第６，５２８，３１１号、同第６，５３７，７４６号、同第６，５７３，０９８号、同第６，５７６，４６７号、同第６，５７９，６７８号、同第６，５８６，１８２号、同第６，６０２，９８６号、同第６，６０５，４３０号、同第６，６１３，５１４号、同第６，６５３，０７２号、同第６，６８６，５１５号、同第６，７０３，２４０号、同第６，７１６，６３１号、同第６，８２５，００１号、同第６，９０２，９２２号、同第６，９１７，８８２号、同第６，９４６，２９６号、同第６，９６１，６６４号、同第６，９９５，０１７号、同第７，０２４，３１２号、同第７，０５８，５１５号、同第７，１０５，２９７号、同第７，１４８，０５４号、同第７，２２０，５６６号、同第７，２８８，３７５号、同第７，３８４，３８７号、同第７，４２１，３４７号、同第７，４３０，４７７号、同第７，４６２，４６９号、同第７，５３４，５６４号、同第７，６２０，５００号、同第７，６２０，５０２号、同第７，６２９，１７０号、同第７，７０２，４６４号、同第７，７４７，３９１号、同第７，７４７，３９３号、同第７，７５１，９８６号、同第７，７７６，５９８号、同第７，７８３，４２８号、同第７，７９５，０３０号、同第７，８５３，４１０号、同第７，８６８，１３８号、同第７，７８３，４２８号、同第７，８７３，４７７号、同第７，８７３，４９９号、同第７，９０４，２４９号、同第７，９５７，９１２号、同第７，９８１，６１４号、同第８，０１４，９６１号、同第８，０２９，９８８号、同第８，０４８，６７４号、同第８，０５８，００１号、同第８，０７６，１３８号、同第８，１０８，１５０号、同第８，１７０，８０６号、同第８，２２４，５８０号、同第８，３７７，６８１号、同第８，３８３，３４６号、同第８，４５７，９０３号、同第８，５０４，４９８号、同第８，５８９，０８５号、同第８，７６２，０６６号、同第８，７６８，８７１号、同第８，８４９，５７５号、同第９，５９３，３２６号、同第９，６６５，６９４号、同第９，６８４，７７１号、同第９，８６４，８３３号、同第９，９９６，６６１号、ならびに全ての関連の米国、ならびにＰＣＴおよび非米国対応物；Ｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， ２５４（２）：１５７－７８ ［１９９７］；Ｄａｌｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｔｈ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ５７：３６９－７４ ［１９９６］；Ｓｍｉｔｈ， Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｇｅｎｅｔ．， １９：４２３－４６２ ［１９８５］；Ｂｏｔｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２２９：１１９３－１２０１ ［１９８５］；Ｃａｒｔｅｒ， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ．， ２３７：１－７ ［１９８６］；Ｋｒａｍｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ， ３８：８７９－８８７ ［１９８４］；Ｗｅｌｌｓ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ， ３４：３１５－３２３ ［１９８５］；Ｍｉｎｓｈｕｌｌ ｅｔ ａｌ．， Ｃｕｒｒ． Ｏｐ． Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ．， ３：２８４－２９０ ［１９９９］；Ｃｈｒｉｓｔｉａｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．， １７：２５９－２６４ ［１９９９］；Ｃｒａｍｅｒｉ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３９１：２８８－２９１ ［１９９８］；Ｃｒａｍｅｒｉ， ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．， １５：４３６－４３８ ［１９９７］；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． Ｕ．Ｓ．Ａ．， ９４：４５０４－４５０９ ［１９９７］；Ｃｒａｍｅｒｉ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．， １４：３１５－３１９ ［１９９６］；Ｓｔｅｍｍｅｒ， Ｎａｔｕｒｅ， ３７０：３８９－３９１ ［１９９４］；Ｓｔｅｍｍｅｒ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ９１：１０７４７－１０７５１ ［１９９４］；ＷＯ９５／２２６２５；ＷＯ９７／００７８；ＷＯ９７／３５９６６；ＷＯ９８／２７２３０；ＷＯ００／４２６５１；ＷＯ０１／７５７６７；およびＷＯ２００９／１５２３３６を参照されたい。これらは全て、これにより参照により本明細書に組み込まれる）。

一部の実施形態では、突然変異誘発処理後に得られた酵素バリアントは、酵素バリアントを規定された温度（または他のアッセイ条件）に供し、熱処理または他のアッセイ条件後に残存する酵素活性の量を測定することによってスクリーニングされる。次いで、プロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含有するＤＮＡが、宿主細胞から単離され、ヌクレオチド配列変化（存在する場合）を同定するために配列決定され、異なるまたは同じ宿主細胞において酵素を発現するために使用される。発現ライブラリーからの酵素活性を測定することは、当技術分野で公知の任意の適切な方法（例えば、標準的な生化学の技法、例えば、ＨＰＬＣ解析）を使用して実施され得る。

既知の配列の操作されたポリペプチドについて、酵素をコードするポリヌクレオチドは、標準的な固相法によって、公知の合成方法に従って調製され得る。一部の実施形態では、最大約１００塩基の断片が、個々に合成され得、次いで、任意の所望の連続配列を形成するために、（例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション法、またはポリメラーゼ媒介性の方法によって）接続され得る。例えば、本明細書で開示されるポリヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドは、古典的ホスホラミダイト法を使用する化学的合成によって調製され得る（例えば、Ｂｅａｕｃａｇｅ ｅｔ ａｌ．， Ｔｅｔｒａ． Ｌｅｔｔ．， ２２：１８５９－６９ ［１９８１］；およびＭａｔｔｈｅｓ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ．， ３：８０１－０５ ［１９８４］を参照されたい）が、それは、これが自動化合成方法で典型的には実施されるからである。ホスホラミダイト法に従って、オリゴヌクレオチドが合成され（例えば、自動ＤＮＡ合成器において）、精製され、アニーリングされ、ライゲーションされ、適切なベクターにクローニングされる。しかし、本発明は、ポリヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドの産生のための任意の具体的な方法に限定されない意図であるが、それは、任意の適切な方法が本発明において使用されるからである。

したがって、一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドを調製するための方法は、（ａ）表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、３．２７に提供される任意のバリアント（例えば、配列番号４～１３６２のうち偶数番号の配列）、または表３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／もしくは３．２７に提供される任意のバリアントであって、ヒスチジンタグおよび先行するアミノ酸リンカーを欠如するバリアント（例えば、配列番号１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列）のアミノ酸配列：ならびに配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および２２７８から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを合成するステップ；ならびに（ｂ）ポリヌクレオチドによってコードされるプロテアーゼポリペプチドを発現させるステップ、を含み得る。方法の一部の実施形態では、ポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列は、１個またはいくつかの（例えば、最大３、４、５個の、または最大１０個の）アミノ酸残基欠失、挿入および／または置換を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、１～２、１～３、１～４、１～５、１～６、１～７、１～８、１～９、１～１０、１～１５、１～２０、１～２１、１～２２、１～２３、１～２４、１～２５、１～３０、１～３５、１～４０、１～４５、または１～５０個のアミノ酸残基欠失、挿入および／または置換を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０個のアミノ酸残基欠失、挿入および／または置換を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１８、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個のアミノ酸残基欠失、挿入および／または置換を含む。一部の実施形態では、置換は、保存的置換または非保存的置換であり得る。

発現された操作されたプロテアーゼポリペプチドは、本明細書に記載されるアッセイおよび条件が含まれるがこれらに限定されない、当技術分野で公知の任意の適切なアッセイを使用して、任意の所望の改善された特性（例えば、活性、選択性、安定性、耐酸性、プロテアーゼ感受性等）について評価され得る。

一部の実施形態では、宿主細胞において発現された操作されたプロテアーゼポリペプチドのいずれかは、とりわけ、リゾチーム処理、超音波処理、濾過、塩析、熱処理、超遠心分離、およびクロマトグラフィーが含まれる、タンパク質精製のための周知の技法のうちいずれか１種または複数を使用して、細胞および／または培養培地から回収される。

プロテアーゼポリペプチドの単離のためのクロマトグラフィー技法には、とりわけ、逆相クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、および親和性クロマトグラフィーが含まれる。特定の酵素を精製するための条件は、因子、例えば、正味電荷、疎水性、親水性、分子量、分子形状等に一部依存し、当業者にとって明らかである。一部の実施形態では、親和性技法が、改善されたバリアントプロテアーゼ酵素を単離するために使用され得る。親和性クロマトグラフィー精製を利用する一部の実施形態では、バリアントプロテアーゼポリペプチドに特異的に結合する任意の抗体が使用される。

親和性クロマトグラフィー精製を利用する一部の実施形態では、プロテアーゼに共有結合されたグリカンに結合するタンパク質が使用される。親和性クロマトグラフィー精製を利用するなお他の実施形態では、プロテアーゼ活性部位に結合する任意の小分子が使用される。抗体の産生のために、ウサギ、マウス、ラット等が含まれるがこれらに限定されない種々の宿主動物が、ポリペプチド（例えば、プロテアーゼバリアント）、またはその断片を用いた注射によって免疫される。一部の実施形態では、プロテアーゼポリペプチドまたは断片は、側鎖官能基または側鎖官能基に結合したリンカーによって、適切な担体、例えば、ＢＳＡに結合される。

一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、操作されたプロテアーゼポリペプチドの産生に資する条件下で、本明細書に記載される操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｄａｕｃｕｓ ｃａｒｏｔａ、Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ｔａｂａｃｕｍ、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ）、またはＣｒｉｃｅｔｕｌｕｓ ｇｒｉｓｅｕｓ（例えば、ＣＨＯ））を培養するステップ、ならびに操作されたプロテアーゼポリペプチドを、細胞および／または培養培地から回収するステップを含む方法によって、宿主細胞において産生される。

一部の実施形態では、本発明は、参照配列（例えば、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％配列同一性を有する操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む組換え真核細胞を培養するステップを含む、操作されたプロテアーゼポリペプチドを産生する方法を包含する。

一部の実施形態では、本発明は、操作されたプロテアーゼポリペプチドを産生する方法であって、参照配列（例えば、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８）に対する少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％配列同一性と、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８のアミノ酸配列と最適にアラインされた場合に、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６、および／または３．２７に提供されるもの（例えば、配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列）、および／またはそれらの組合せから選択される、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、および／または２２７８と比較した１個または複数のアミノ酸残基差異とを有する、操作されたプロテアーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む組換え真核細胞を、操作されたプロテアーゼポリペプチドの産生を可能にする適切な培養条件下で培養するステップ、ならびに操作されたプロテアーゼポリペプチドを、培養物および／または培養された細菌細胞から必要に応じて回収するステップを含む方法を包含する。

一部の実施形態では、操作されたポリペプチドが組換え宿主細胞または細胞培養培地から回収されると、これらは、当技術分野で公知の任意の適切な方法（複数可）によってさらに精製される。一部の追加の実施形態では、精製されたプロテアーゼポリペプチドは、異なる適用および使用のための、操作されたプロテアーゼポリペプチドを適切な場合に含む組成物および製剤（例えば、医薬組成物）を提供するために、他の成分および化合物と組み合わされる。一部の追加の実施形態では、精製されたポリペプチド、または製剤化されたプロテアーゼポリペプチドは、凍結乾燥される。
組成物および使用

本発明は、以下に記載されるものを含むがこれらに限定されない種々の組成物および形式を提供する。一部の実施形態では、本発明は、医薬組成物および他の組成物、例えば、健康補助食品および／または栄養補助食品における使用に適切な操作されたプロテアーゼポリペプチドを提供する。

投与の様式に依存して、本発明に従う操作されたプロテアーゼの治療有効量を含むこれらの組成物は、固体、半固体、または液体の形態である。一部の実施形態では、組成物は、他の薬学的に許容される構成成分、例えば、希釈剤、緩衝液、賦形剤、塩、乳化剤、防腐剤、安定剤、フィラー、および他の成分を含む。製剤化および投与のための技法に関する詳細は、当技術分野で周知であり、文献中に記載されている。

一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、医薬組成物での使用のために製剤化される。丸剤、錠剤、ゲルタブ、カプセル、ロゼンジ、糖衣錠、粉末、軟ゲル、ゾル－ゲル、ゲル、エマルション、インプラント、パッチ、スプレー、軟膏、リニメント、クリーム、ペースト、ゼリー、ペイント、エアロゾル、チューインガム、粘滑剤、スティック、溶液、懸濁物（油ベースの懸濁物、水中油エマルション等を含むがこれらに限定されない）、スラリー、シロップ、徐放性製剤、坐剤等を含むがこれらに限定されない、操作されたプロテアーゼポリペプチドを送達する際の使用のための任意の適切な形式が、本発明において使用される。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、注射または注入に適切な形式で（すなわち、注射可能な製剤で）提供される。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、生体適合性マトリックス、例えば、シリカベースの（例えば、オキシラン（ｏｘｙｓｉｌａｎｅ））ゾル－ゲルが含まれるゾル－ゲルで提供される。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、封入されるおよび／または腸溶性コーティングされる。一部の代替的実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、ナノ構造（例えば、ナノチューブ、ナノ細管、ナノカプセル、またはマイクロカプセル、ミクロスフィア、リポソーム等）中に封入される。実際、本発明は、任意の特定の送達製剤および／または送達手段に限定されない意図である。操作されたプロテアーゼポリペプチドは、非経口、経口、外用、経皮、鼻腔内、眼内、くも膜下腔内、インプラントを介する等を含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の任意の適切な手段によって投与される意図である。

一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、グリコシル化、化学的架橋試薬、ペグ化（すなわち、ポリエチレングリコール［ＰＥＧ］または活性化されたＰＥＧ等による改変）または他の化合物によって化学的に改変される（例えば、Ｉｋｅｄａ， Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄｓ， ２００５， ２９：２８３－２８７；米国特許第７，５３１，３４１号、同第７，５３４，５９５号、同第７，５６０，２６３号、および同第７，５５３，６５３号；米国特許出願公開第２０１３／００３９８９８号、同第２０１２／０１７７７２２号等を参照されたい）。実際、本発明は、任意の特定の送達方法および／または機構に限定されない意図である。

一部の追加の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、マトリックスで安定化された酵素結晶を含む製剤で提供される。一部の実施形態では、製剤は、架橋された結晶性の操作されたプロテアーゼ酵素と、酵素結晶に接着する反応性部分を有するポリマーとを含む。本発明は、ポリマー中の操作されたプロテアーゼポリペプチドもまた提供する。

一部の実施形態では、本発明の操作されたプロテアーゼポリペプチドを含む組成物は、糖（例えば、ラクトース、スクロース、マンニトール、および／またはソルビトール）、デンプン（例えば、トウモロコシ、コムギ、コメ、ジャガイモ、または他の植物デンプン）、セルロース（例えば、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム）、ゴム（例えば、アラビア、トラガカント、グアー等）、および／またはタンパク質（例えば、ゼラチン、コラーゲン等）を含むがこれらに限定されない、１種または複数の一般に使用される担体化合物を含む。

一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、食物タンパク質消化を改善するための使用に適切である。一部のさらなる実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、食品または飼料の消費の前に、食品および飼料中のタンパク質を分解する際に使用される。投与される操作されたプロテアーゼポリペプチド（複数可）の投薬量は、対象の状態または疾患、全身状態、および当業者にとって公知の他の因子に依存する。一部の実施形態では、組成物は、単一または複数回の投与のために意図される。一部の実施形態では、膵機能不全疾患を有する対象に投与される組成物（複数可）中の操作されたプロテアーゼポリペプチド（複数可）の濃度は、疾患（例えば、膵機能不全疾患）を有効に処置および／または軽快させるのに十分であることが企図される。一部の実施形態では、対象は、本明細書で患者とも呼ばれるヒトである。一部の実施形態では、対象は、非ヒト哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類、ブタ、ウシ、ヤギ、イヌ、およびネコである。一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、膵酵素機能不全等の疾患の処置のために、他の酵素、例えば、アミラーゼおよび／またはリパーゼと組み合わせて使用される。

一部の実施形態では、操作されたプロテアーゼポリペプチドは、健康補助食品、栄養補給食品等を含むがこれらに限定されない他の医薬組成物および／または食事組成物と組み合わせて投与される。本発明は、投与の任意の具体的な方法にも形態にも限定されない意図であるが、それは、任意の適切な方法および／または形態が使用されるからである。

実験および達成された結果を含む以下の実施例は、例示のみを目的として提供されているのであって、本発明を限定すると解釈すべきではない。

以下の実験的開示では、以下の略語が適用される：ｐｐｍ（百万分率）；Ｍ（モル濃度）；ｍＭ（ミリモル濃度）、ｕＭおよびμＭ（マイクロモル濃度）；ｎＭ（ナノモル濃度）；ｍｏｌ（モル）；ｇｍおよびｇ（グラム）；ｍｇ（ミリグラム）；ｕｇおよびμｇ（マイクログラム）；Ｌおよびｌ（リットル）；ｍｌおよびｍＬ（ミリリットル）；ｃｍ（センチメートル）；ｍｍ（ミリメートル）；ｕｍおよびμｍ（マイクロメートル）；ｓｅｃ．（秒）；ｍｉｎ（複数可）（分（複数可））；ｈ（複数可）およびｈｒ（複数可）（時間（複数可））；ｋＤａ（キロダルトン）；Ｕ（単位）；ＭＷ（分子量）；ｒｐｍ（１分当たりの回転数）；℃（セルシウス度）；ＣＤＳ（コード配列）；ＤＮＡ（デオキシリボ核酸）；ＲＮＡ（リボ核酸）；Ｅ．ｃｏｌｉ Ｗ３１１０（Ｃｏｌｉ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｔｏｃｋ Ｃｅｎｔｅｒ［ＣＧＳＣ］、Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴから入手可能な、一般に使用される実験室Ｅ．ｃｏｌｉ株）；ＥＰＩ（膵外分泌機能不全）；ｂｔＬＩＰ（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓリパーゼ）；ＨＰＬＣ（高圧液体クロマトグラフィー）；ｍｓ（質量分析またはマススペクトロスコピー）；ＳＤＳ－ＰＡＧＥ（ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動）；ＰＥＳ（ポリエーテルスルホン）；ＡＣＮ（アセトニトリル）；ＩＰＡ（イソプロピルアルコール）；ＩＰＴＧ（イソプロピルβ－Ｄ－１－チオガラクトピラノシド）；ＰＢＳ（リン酸緩衝食塩水）；ＰＭＢＳ（ポリミキシンＢ硫酸塩）；ＮＡＤＰＨ（ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸）；ＬＢ（Ｌｕｒｉａブロス）；ＭｅＯＨ（メタノール）；ＦＩＯＰＣおよびＦＩＯＰ（陽性対照を超える改善倍数）；ＨＴＰ（ハイスループット）；ＣＡＶ（セル加速器電圧（ｃｅｌｌ ａｃｃｅｌｅｒａｔｏｒ ｖｏｌｔａｇｅ）；衝突セル加速器電圧（ｃｏｌｌｉｓｉｏｎ ｃｅｌｌ ａｃｃｅｌｅｒａｔｏｒ ｖｏｌｔａｇｅ））；ＣＥ（衝突エネルギー）；ＲＦ（無線周波数）；Ｇｒｅｉｎｅｒ（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ Ｎｏｒｔｈ Ａｍｅｒｉｃａ，Ｉｎｃ．、Ｍｏｎｒｏｅ、ＮＣ）；Ｂｉｏｒａｄ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）；Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）；Ｐａｌｌ Ｃｏｒｐ．（Ｐａｌｌ，Ｃｏｒｐ．、Ｐｔ．Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ、ＮＹ）；Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｃｏｒｐ．、Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ ＭＡ）；Ｄｉｆｃｏ（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ＢＤ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｄｅｔｒｏｉｔ、ＭＩ）；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ，ＬＬＣ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、ＣＡ）；Ｋｕｈｎｅｒ（Ａｄｏｌｆ Ｋｕｈｎｅｒ，ＡＧ、Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）；Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃｏｒｐ．、Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹに属するＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、Ａｇｉｌｅｎｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ、ＣＡ）；ＲＡＰＩＤＦＩＲＥ（登録商標）ＭＳ（ＲＡＰＩＤＦＩＲＥ（登録商標）質量分析器、Ａｇｉｌｅｎｔ）；Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡに属する）；Ｇｉｂｃｏ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；Ｐｉｅｒｃｅ（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（現在はＴｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃに属する）、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）；ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）；Ｃｏｒｎｉｎｇ（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｉｎｃ．、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）；ＡｂｂＶｉｅ（ＡｂｂＶｉｅ，Ｉｎｃ．、Ｎｏｒｔｈ Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ）；Ｊａｃｋｓｏｎ（Ｔｈｅ Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ、ＭＥ）；およびＢｉｏ－Ｒａｄ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）；およびＧｒａｐｈＰａｄ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）。
（実施例１）
プロテアーゼ遺伝子の獲得および発現ベクターの構築

ペプチダーゼＳ８ファミリーからの、Ｍｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓ ｓｐの野生型プロテアーゼ（ＷＰ＿０１５１８０４２１．１）（「ＷＴ Ｐｒｏ＿１６」）（配列番号２）をコードするＤＮＡ配列を、Ｅ．ｃｏｌｉにおける発現のためにコドン最適化し、Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターｐＣＫ１１０９００ベクターシステム（例えば、全てこれにより参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第７，６２９，１５７号および同第９，７１４，４３７号、ならびに米国特許出願公開第２００６／０１９５９４７号を参照されたい）またはｐＪＶ１１０９００ベクターシステム（例えば、これにより参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１７／２１３７５８号を参照されたい）にクローニングした。しかし、本発明は、任意の具体的なベクターに限定されない意図である。さらに、一部の実施形態では、抗菌薬抵抗性マーカーを欠如する発現ベクターが使用される。構築物の一部では、Ｃ末端６×Ｈｉｓタグを、プロテアーゼバリアントに付加した。プラスミド構築物を、Ｗ３１１０に由来するＥ．ｃｏｌｉ株に形質転換した。当業者にとって一般に公知の指向性進化技法を使用して、このプラスミド構築物ならびにその誘導体からの遺伝子バリアントのライブラリー（例えば、米国特許第８，３８３，３４６号およびＷＯ２０１０／１４４１０３を参照されたい）を生成した。
（実施例２）
プロテアーゼバリアントのハイスループット（ＨＴＰ）成長およびスクリーニング条件

本発明のプロテアーゼを産生する細胞を成長させるために使用される方法、ならびにプロテアーゼを特徴付けるためのスクリーニング方法が、この実施例で提供される。
Ｍｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓ ｓｐ．プロテアーゼ（「ＷＴ Ｐｒｏ＿１６」）およびバリアントのハイスループット（ＨＴＰ）成長

形質転換されたＥ．ｃｏｌｉ細胞を、選択薬と共に１％グルコースを含有するＬＢ寒天プレート上にプレートすることによって選択した。３７℃で一晩のインキュベーションの後、コロニーを、１％グルコースおよび選択薬（例えば、クロラムフェニコール）を補充した１８０μｌ／ウェルのＬＢを満たした９６ウェル浅型平底プレート（ＮＵＮＣ（商標）、Ｔｈｅｒｍｏ－Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）のウェル中に置いた。培養物を、シェーカーインキュベーター（２００ｒｐｍ、３０℃、および８５％相対湿度；Ｋｕｈｎｅｒ）中で１８～２０時間にわたって一晩成長させた。

一晩成長試料（２０μＬ）を、選択マーカーを補充した３８０μＬのＴｅｒｒｉｆｉｃ Ｂｒｏｔｈを満たしたＣＯＳＴＡＲ（登録商標）９６ウェル深型プレート中に移した。プレートを、シェーカー（２５０ｒｐｍ、３０℃、および８５％相対湿度；Ｋｕｈｎｅｒ）中で１３５分間インキュベートした。次いで、リパーゼバリアントの発現を、滅菌水中１０ｍＭのＩＰＴＧ ４０μＬを用いて誘導し、培養物を、シェーカー（２５０ｒｐｍ、３０℃、および８５％相対湿度；Ｋｕｈｎｅｒ）中で２０～２４時間にわたって一晩インキュベートした。細胞を、遠心分離（４０００ｒｐｍ×２０分）によってペレット化し、上清を廃棄し、細胞を、解析前に－８０℃で凍結した。
ＨＴＰペレットの溶解

最初に、２００μＬの溶解緩衝液（１×ＰＢＳ、１ｍｇ／ｍｌリゾチーム、および０．５ｍｇ／ｍｌポリミキシンＢ硫酸塩）を、細胞ペレットに添加した。細胞ペレットおよび緩衝液を、室温で１．５～２時間穏やかに振盪し、本明細書に記載される種々のＨＴＰアッセイにおける清澄化された溶解物の使用の前に遠心分離した（４０００ｒｐｍ×１５分）。ＳＤＳ－ＰＡＧＥによるこれらの溶解物の解析により、それぞれ成熟活性プロテアーゼおよび切断されたプロドメインの予想されたＭＷと一致する、約５２ｋＤａおよび約２２ｋＤａの見かけのＭＷにおける、過剰発現されたタンパク質バンドの存在が明らかになった。一部の実験では、清澄化された溶解物の追加の希釈を、チャレンジおよび解析の前にＰＢＳ緩衝液を用いて実施した。
解析のためのプロテアーゼバリアントの精製

Ｈｉｓタグ化バリアントを精製するために、清澄化された細胞溶解物を、製造業者のプロトコールに従ってＨｉｓＰｕｒ Ｎｉ－ＮＴＡスピンプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）およびＺｅｂａ脱塩プレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて精製した。精製されたタンパク質を、ＰＢＳ緩衝液中で溶出および脱塩した。
プロテアーゼ活性についての清澄化された溶解物または精製されたタンパク質の解析

本発明の開発の間に産生されたバリアントプロテアーゼの活性を、ＥｎｚＣｈｅｋ（登録商標）プロテアーゼアッセイキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用してカゼインの分解を測定することによって決定した。このアッセイのために、水性緩衝液（１００ｍＭ ＮａＰＯ_４、ｐＨ６～７；または１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．８）中５μｇ／ｍＬまたは１０μｇ／ｍＬのＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＦＬ－カゼイン基質９０μＬを、９６ウェルの不透明黒色マイクロタイタープレート（ＣＯＳＴＡＲ（登録商標）プレート）に添加した。アッセイを開始するために、１０μＬの試料（細胞溶解物または精製されたプロテアーゼ）を、反応ミックスに添加し、混合した。プレートを、速度論的蛍光（励起：４８５、発光：５３０、３分間）について、ＳＰＥＣＴＲＡＭＡＸ（登録商標）Ｍ２マイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）上で即座に読み取った。傾きを、線形範囲、一般的には３分間にわたって計算して、プロテアーゼ活性を評価した。試料がアッセイを飽和させなかったことを確実にするために、試料を、必要に応じて、所定の希釈倍率（最大２５６×）に基づいて、解析前にアッセイ緩衝液中に希釈した。用語「チャレンジなしの活性」は、以下のアッセイ方法の説明に記載されたいずれの外部チャレンジもない場合のプロテアーゼ活性として定義される。このアッセイは、特記しない限り、本明細書の実施例に記載されるデフォルトプロテアーゼ活性アッセイである。
プロテアーゼ活性についての清澄化された溶解物または精製されたタンパク質のＨＴＰ解析のための代替法

一部の実験では、代替的活性アッセイを使用した。このアッセイのために、１００ｍＭ ＮａＰＯ_４緩衝液、ｐＨ７．５中０．０８６ｇ／ＬのＮα－ベンゾイル－Ｌ－アルギニンエチルエステル（ＢＡＥＥ）１８７μＬを、透明平底プレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ ＵＶ－ＳＴＡＲ（登録商標）マイクロプレート）に添加した。次に、８μＬの１ｍＭ塩酸をプレートに添加した。反応を開始するために、５μＬの試料を反応ミックスに添加した。プレートを、速度論的吸光度（Ａ２５３、２００ｓ）について、ＳＰＥＣＴＲＡＭＡＸ（登録商標）Ｍ２マイクロプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）上で即座に読み取った。傾きを、プロファイルの線形範囲にわたって計算した。
熱チャレンジを用いて事前インキュベートした清澄化された溶解物または精製されたタンパク質のＨＴＰ解析

バリアントプロテアーゼバリアントの熱安定性を、この実施例に記載した通りに評価した。清澄化された溶解物をＰＣＲプレート（Ｂｉｏｒａｄ）に移し、サーモサイクラー中で４０～５０℃で１時間インキュベートした。インキュベーションの後、試料を遠心分離して、熱沈殿したタンパク質をペレット化し、上清を、本明細書に記載されるように、プロテアーゼ残留活性について解析した。
低ｐＨで事前インキュベートしたおよび／またはペプシンに曝露させた清澄化された溶解物または精製されたタンパク質のＨＴＰ解析

バリアントプロテアーゼバリアントの活性を、胃の環境をシミュレートするための低ｐＨまたはペプシンの存在下での低ｐＨのいずれかにおける事前インキュベーションの後に決定した。最初に、清澄化された溶解物を、２．０～４．０の最終チャレンジｐＨおよび最大１．５ｍｇ／ｍＬの最終ペプシン濃度になるように、ＰＣＲプレート（Ｂｉｏｒａｄ）において、ＭｃＩｌｖａｉｎｅ緩衝液、ｐＨ２．０～４．０と共に１：１で混合し、ブタ胃粘膜由来のペプシン（Ｓｉｇｍａ）０～３．０ｍｇ／ｍＬを添加した。試料を混合し、次いで、サーモサイクラー中で３７℃で１～２時間インキュベートした。反応をクエンチするために、試料を、４００ｍＭ ＮａＰＯ_４、ｐＨ６．０～７．０と１：１で混合し、それにより、ｐＨを中和し、ペプシンを不活性化した。次いで、中和されたチャレンジ試料を、本明細書に記載されるように、プロテアーゼ残留プロテアーゼ活性について解析した。
精製されたタンパク質の自己分解安定性のＨＴＰ評価

プロテアーゼバリアントの自己分解の程度を評価するために、精製されたプロテアーゼバリアントを、本明細書に記載されるように、プロテアーゼ活性の決定の前に１または３日間にわたって、室温（２５℃）または３７℃のいずれかでインキュベートした。
順を追った複数のチャレンジのＨＴＰ評価

２個の安定性特徴を同時に調査していた間、２種のチャレンジスクリーニングを、順番に組み合わせた。例えば、１時間の熱安定性チャレンジの後に、１時間のｐＨおよびペプシンチャレンジを行った。これは、逐次チャレンジまたは逐次事前インキュベーションと示される。逐次チャレンジの後、試料を、本明細書に記載されるように、残留プロテアーゼ活性について解析した。
タウロコール酸ナトリウムとの事前インキュベーション後のプロテアーゼ活性のＨＴＰ評価

プロテアーゼバリアントの活性を、腸の環境をシミュレートするためのタウロコール酸ナトリウムの存在下での中性ｐＨにおける事前インキュベーションの後に決定した。清澄化された溶解物を、６．５の最終ｐＨおよび５ｍＭタウロコール酸ナトリウムの最終濃度になるように、ＰＣＲプレート（ＢｉｏＲａｄ）において、１０ｍＭタウロコール酸ナトリウムを含有する１００ｍＭ ＮａＰＯ_４、ｐＨ６．５と１：１で混合した。混合物を、サーモサイクラー中、３７℃で１時間インキュベートした。試料を、１００ｍＭ ＮａＰＯ_４、ｐＨ６．５中でさらに８×希釈し、その後、本明細書に記載されるように、残留プロテアーゼ活性について解析した。
プロテアーゼバリアントの振盪フラスコ発現および精製

目的の操作されたポリペプチドをコードするプラスミドを含有するＥ．ｃｏｌｉの単一コロニーを、１％グルコースおよび選択薬を含むＬｕｒｉａ Ｂｅｒｔａｎｉ培地５ｍＬ中に接種した。細胞を、２５０ｒｐｍで振盪しながら、３０℃のインキュベーター中で一晩（少なくとも１６時間）成長させた。培養物を、１リットルのフラスコ中で、選択薬を含むＴｅｒｒｉｆｉｃ Ｂｒｏｔｈ（１２ｇ／Ｌバクト－トリプトン、２４ｇ／Ｌ酵母抽出物、４ｍＬ／Ｌグリセロール、６５ｍＭリン酸カリウム、ｐＨ７、１ｍＭ ＭｇＳＯ_４）２５０ｍＬ中に希釈し、３０℃で成長させた。アミラーゼ遺伝子の発現を、培養物のＯＤ６００が０．６～０．８になった時点で、１ｍＭの最終濃度になるようにＩＰＴＧを添加することによって誘導した。次いで、インキュベーションを一晩（少なくとも１６時間）継続した。細胞を、遠心分離（５０００ｒｐｍ、１５分、４℃）によって収集し、上清を廃棄した。細胞を、１５０ｍＭ ＮａＣｌを含むＰＢＳ ４０～５０ｍＬ中に再懸濁し、標準的なＥ．ｃｏｌｉ溶解設定でＭＩＣＲＯＦＬＵＤＩＺＥＲ（登録商標）高圧ホモジナイザー（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ）を通過させ、４℃で維持した。

きれいにした溶解物上清を収集し、イミダゾールを、２５ｍＭの最終濃度になるように溶解物に添加した。この溶解物を、１５０ｍＬ ＮａＣｌおよび２５ｍＭイミダゾールを含むＰＢＳを洗浄緩衝液として使用し、１５０ｍＬ ＮａＣｌおよび２５０ｍＭイミダゾールを含むＰＢＳを溶出緩衝液として使用して、ＡＣ Ｓｔｅｐ １ｍｌ／５ｍｌ ＨｉＴｒａｐ － Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ Ｑｕｉｃｋ Ｓｔａｒｔプロトコールを用いてＡＫＴＡ Ｓｔａｒｔシステム上でＨＩＳ－親和性精製した。精製されたプロテアーゼを、ＢｉｏｒａｄのＥｃｏｎｏＰａｃ－１０ＤＧ Ｄｅｓａｌｔｉｎｇ Ｐｒｅｐａｃｋｅｄ Ｇｒａｖｉｔｙ Ｆｌｏｗ Ｃｏｌｕｍｎを用いて、ＰＢＳ中に緩衝液交換した。
（実施例３）
プロテアーゼバリアントについてのスクリーニング結果

ホモログ多様性および飽和突然変異誘発から生成されたバリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ４で１時間の事前インキュベーションの後に、ｐＨ７．８におけるプロテアーゼ活性について一連でスクリーニングした。結果（配列番号２で得られた結果との比較）は、表３．１に提供される。ホモログ多様性および飽和突然変異誘発ライブラリーから生成された一部のバリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ４で１時間の事前インキュベーションの後に、ｐＨ７．８におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号２で得られた結果との比較）は、表３．２に提供される。

表３．２に示される結果に基づいて、配列番号３４を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．２に示される結果から同定された有益な突然変異を、骨格中に組み換えた。バリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ３で１時間の事前インキュベーションの後に、ｐＨ７．８におけるプロテアーゼ活性について三連でスクリーニングした。結果（配列番号３４について得られた結果との比較）は、表３．３に提供される。

表３．３に示される結果に基づいて、配列番号１９０を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．３に示される結果から同定された有益な突然変異を、骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号１９０に基づいて構築した。バリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ３．５で１時間の事前インキュベーションの後に、ｐＨ７．８におけるプロテアーゼ活性について一連でアッセイした。結果（配列番号１９０について得られた結果との比較）は、表３．４に提供される。さらに、ライブラリーからのバリアントの一部を、実施例２に記載されるように、ｐＨ３．５で１時間の事前インキュベーションの後に、ｐＨ７．８におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号１９０について得られた結果との比較）は、表３．５に提供される。

表３．５に示される結果に基づいて、配列番号２９２を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．５に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号２９２に基づいて構築した。バリアントを、実施例２に記載されるように、５ｍＭタウロコール酸塩との１時間の事前インキュベーションの後、およびｐＨ４における０．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーションの後に、ｐＨ６．５におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号２９２について得られた結果との比較）は、表３．６に提供される。

表３．６に示される結果に基づいて、配列番号３４２を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．６に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、骨格中に組み換えた。バリアントを、実施例２に記載されるように、５ｍＭタウロコール酸塩との１時間の事前インキュベーションの後、およびｐＨ４における０．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーションの後に、ｐＨ６．５におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号３４２について得られた結果との比較）は、表３．７に提供される。

表３．７に示される結果に基づいて、配列番号３８２を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。この配列を、Ｃ末端ヒスチジンタグと共に（配列番号３９６）ｐＪＶ１１０９００ベクターにサブクローニングした。表３．７に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、配列番号３９６を使用して組み換えた。さらに、バリアントを、異なる位置におけるホモログ多様性および突然変異誘発を介して、配列番号３９６を使用して構築した。バリアントを、実施例２に記載されるように、４２℃における１時間の事前インキュベーション後、およびｐＨ３．８における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの２時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６．５におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号３９６について得られた結果との比較）は、表３．８に提供される。

表３．８に示される結果に基づいて、配列番号４００を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．８に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置におけるホモログ多様性を介して、バリアントもまた、配列番号４００を使用して構築した。バリアントを、実施例２に記載されるように、４８℃における１時間の事前インキュベーションと、その後のｐＨ３．８における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーションとを含む逐次スクリーニングにおいて、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号４００について得られた結果との比較）は、表３．９に提供される。

表３．９に示される結果に基づいて、配列番号４５４を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．９に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号４５４を使用して構築した。バリアントを、実施例２に記載されるように、４８℃における１時間の事前インキュベーションと、その後のｐＨ３．２６における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーションとを含む逐次スクリーニングにおいて、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号４５４についての結果との比較）は、表３．１０に提供される。

表３．１０に示される結果に基づいて、配列番号５６２を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．１０に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における飽和突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号５６２を使用して構築した。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ４における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性についても三連でアッセイした。結果（配列番号５６２について得られた結果との比較）は、表３．１１に提供される。さらに、実施例２に記載されるように、バリアントの一部を精製し、ｐＨ３．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性についても三連でアッセイした。結果（配列番号５６２について得られた結果との比較）は、表３．１２に提供される。

表３．１１に示される結果に基づいて、配列番号６３８を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．１１に示される結果から同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における飽和突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号６３８を使用して構築した。バリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ７．５における代替的ＢＡＥＥアッセイを用いて、ｐＨ３．２６における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号６３８について得られた結果との比較）は、表３．１３に提供される。追加の実験では、実施例２に記載されるように、プロテアーゼバリアントの一部を精製し、ｐＨ３．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性についても三連でアッセイした。配列番号６３８と比較したデータの解析は、表３．１４に列挙される。

表３．１３からの結果に基づいて、配列番号６８０を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．１３および表３．１４から同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ３．２５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号６８０について得られた結果との比較）は、表３．１５に提供される。

表３．１５に示される結果に基づいて、配列番号７５６を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表１３．１５に示される結果から同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。さらに、ホモログ多様性を用いて、バリアントもまた、配列番号７５６を使用して構築した。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ３．２５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号７５６について得られた結果との比較）は、表３．１６に提供される。一部の追加の実験では、実施例２に記載されるように、プロテアーゼバリアントの一部を精製し、ｐＨ３．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号７５６について得られた結果との比較）は、表３．１７に提供される。

表３．１６に示される結果に基づいて、配列番号８１２を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．１６の結果から同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における飽和突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号８１２を使用して構築した。生成されたバリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ２．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について一連でスクリーニングした。結果（配列番号８１２について得られた結果との比較）は、表３．１８に提供される。一部の追加の実験では、実施例２に記載されるように、プロテアーゼバリアントの一部を精製し、ｐＨ３における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号８１２について得られた結果との比較）は、表３．１８に提供される。一部の追加の実験では、実施例２に記載されるように、バリアントの一部を精製し、ｐＨ３．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号８１２について得られた結果との比較）は、表３．１９および表３．２０に提供される。

試験した異なる条件について観察され、上記表に示された有益な突然変異を、配列番号８１２中に組み換えた。さらに、異なる位置における突然変異誘発、ホモログ多様性を用いて、ならびにまたアルギニンおよびリシン残基の除去のために、バリアントもまた、配列番号８１２を使用して構築した。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ３における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、室温における１日間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号８１２について得られた結果との比較）は、表３．２１に提供される。

表３．２１に示される結果に基づいて、配列番号１０３０を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．２１に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号１０３０に対して構築した。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ３における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、３７℃における２４時間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性を測定することによって、自己分解安定性についても三連でアッセイした。結果（配列番号１０３０について得られた結果との比較）は、表３．２２に提供される。

表３．２２に示される結果に基づいて、配列番号１１３６を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．２２に示される結果から同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。バリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ２．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイした。結果（配列番号１１３６について得られた結果との比較）は、表３．２３に提供される。さらに、異なる位置に突然変異を有するバリアントもまた、配列番号１１３６を使用して構築した。これらのバリアントを、実施例２に記載されるように、ｐＨ２．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの２時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について一連でアッセイした。結果（配列番号１１３６について得られた結果との比較）は、表３．２４に提供される。

表３．２３に示される結果に基づいて、配列番号１１８０を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．２３および表３．２４に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。さらに、異なる位置における突然変異誘発を用いて、バリアントもまた、配列番号１１８０を使用して構築した。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ２．５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの１時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、３７℃における２４時間のインキュベーション後の自己分解安定性についても三連でアッセイした。結果（配列番号１１８０について得られた結果との比較）は、表３．２５に提供される。

表３．２５からの結果に基づいて、配列番号１２５０を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。表３．２５に示される結果に基づいて同定された有益な突然変異を、この骨格中に組み換えた。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ２．７５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの２時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、３７℃における２４時間のインキュベーション後にプロテアーゼ活性についてアッセイすることによって、自己分解安定性についても三連でアッセイした。結果（配列番号１２５０について得られた結果との比較）は、表３．２６に提供される。

表３．２６に示される結果に基づいて、配列番号１３０８を、タンパク質最適化の次の繰り返しのための次の親配列として選択した。配列番号１３０８多様性に基づくコンビナトリアルライブラリーを、この骨格中に組み換えた。４７０位における飽和突然変異誘発ライブラリーもまた、この骨格を使用して構築した。実施例２に記載されるように、バリアントを精製し、ｐＨ２．７５における１．５ｍｇ／ｍＬペプシンとの２時間の事前インキュベーション後に、ｐＨ６におけるプロテアーゼ活性について三連でアッセイし、３７℃における２４時間のインキュベーション後の自己分解安定性について三連でアッセイした。結果（配列番号１３０８について得られた結果との比較）は、表３．２７に提供される。

（実施例４）
Ｈｉｓタグありおよびなしのバリアントの比較

配列番号１３６２からリンカーおよびＣ末端Ｈｉｓタグを除去して、配列番号２３３２を生成した。配列番号１３６２は、実施例２における振盪フラスコ精製法を使用して産生し、配列番号２３３２は、以下の実施例７に記載されるように産生した。等しいタンパク質濃度（タンパク質含有量および純度によって測定される）の配列番号１３６２および配列番号２３３２を、実施例２に記載されるように、以下のｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイにおいて特徴付けた：チャレンジなしの活性、ｐＨ３．５における１時間の事前インキュベーション後の活性、ｐＨ４における１時間の事前インキュベーション後の活性、ｐＨ３．５における１．５ｇ／Ｌペプシンとの１時間の事前インキュベーション後の活性、ｐＨ４における１．５ｇ／Ｌペプシンとの１時間の事前インキュベーション後の活性、５ｍＭタウロコール酸塩との１時間の事前インキュベーション後の活性、および３７℃における１日間のインキュベーション後の自己分解安定性。これらの実験を、三連または六連のいずれかで試験した。試験した種々の条件下で、配列番号１３６２および配列番号２３３２は、表４に示されるように、類似の特性を有することが見出された。

（実施例５）
ミニチュアブタにおける膵外分泌機能不全の手術モデルの生成および検証

膵外分泌機能不全（ＥＰＩ）の手術モデルを、膵管結紮によってＳｉｎｃｌａｉｒ（商標）ミニチュアブタにおいて生成した。手術の７日前に開始し、実験を通じて継続して、７～８月齢および１９．９～２６．２ｋｇの間の雌性ミニチュアブタに、高脂肪食（ＨＦＤ；ＢＥＲＴＯＬＬＩ（登録商標）オリーブ油、および事前分配された３．９オンスカップの無加糖ＭＯＴＴ’Ｓ（登録商標）アップルソースと１０：１、ｗ／ｗで混合したＳｉｎｃｌａｉｒ標準食Ｓ－９［１９％タンパク質、５．８％脂肪］）を１日１回給餌した。２４時間にわたる総糞便排出量を、手術直前の連続する３日間に、ならびに手術後１５、１６、および１７日目に、収集した。各動物からの一日総糞便収集を、およそ１．５×糞便正味重量の体積の蒸留水を添加し、ホモジナイズし、３×５０ｍＬアリコートに分割し、解析まで－２０℃で凍結することによって、引き続く解析のために調製した。モデルを、糞便試料中の脂肪含有量（改変Ｖａｎ ｄｅ Ｋａｍｅｒ法による；Ｖａｎ ｄｅ Ｋａｍｅｒ， Ｓｅｌｉｇｓｏｎ （ｅｄ）， Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ｖｏｌｕｍｅ ２， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ （１９５８）， ｐｐ． ３４－３９を参照されたい）、および窒素含有量（燃焼法によるＶａｒｉｏ Ｍａｘ ＣＮ機械によるＫｊｅｌｄａｈｌ総窒素；Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｅｔｅｒｓ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．） Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｍａｎｕｒｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ， Ｕｎｉｖ． ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ， Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ． Ａ３７６９． Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ． ［２００３］， ｐ． １８－２４を参照されたい）を測定し、手術の前および後のパーセント変化を評価することによって、検証した。手術前には、健康なミニチュアブタから収集された糞便物質は、低レベルの脂肪（０．８６ｇ±０．１ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質）および窒素（０．４３ｇ±０．２８ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質）を含有した。手術後に、糞便含有量は、３．７５ｇ脂肪±０．０５ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質（３３６％の増加）および０．７２ｇ窒素±０．０４ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質（６７％の増加）まで増加し、こうして、ＥＰＩ研究のためにこの手術モデルを検証した。
（実施例６）
膵外分泌機能不全のミニチュアブタモデルにおけるプロテアーゼバリアントのｉｎ ｖｉｖｏ特徴付け

ＥＰＩの検証されたＳｉｎｃｌａｉｒ（商標）ミニチュアブタ手術モデル（ｎ＝６頭の雌性、８～９月齢）を、ｉｎ ｖｉｖｏ研究に進めて、維持のための操作されたリパーゼ（配列番号１３６４）と共に共投薬した操作されたプロテアーゼバリアント（配列番号７５６）を評価した。投薬の２８日前（手術の１８日後）に開始して、ＥＰＩミニチュアブタを、１日１回のＨＦＤから、有効性研究のための調製物中の、１日１回の高タンパク質食（ＨＰＤ；事前分配された３．９オンスカップの無加糖ＭＯＴＴ’Ｓ（登録商標）アップルソースと混合したＳｉｎｃｌａｉｒ高タンパク質食Ｓ－１１［２３．７９％タンパク質、５．６５％脂肪］）に切り替えた。投薬日の間、食事を、各動物のために逐次準備して、摂取前の食物脂肪およびタンパク質との最小限のｅｘ ｖｉｖｏ酵素相互作用を確実にした。簡潔に述べると、Ｓ－１１ミニチュアブタ飼料を、きれいな飼料ボウル中に最初に分配した。次に、酵素（それぞれ、４４，０００Ｕのリパーゼおよび４６５，０００Ｕのプロテアーゼに対応する、０．０４５ｇの凍結乾燥されたリパーゼ粉末および３．０ｇの凍結乾燥されたプロテアーゼ粉末）を、３．９オンスカップの無加糖アップルソース中に混合した（リパーゼ酵素およびプロテアーゼ酵素の単位は、Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ（ＵＳＰ）アッセイによって決定した）。次いで、酵素－アップルソース混合物を、Ｓ－１１ミニチュアブタ飼料に移し、迅速に混合した。最後に、飼料ボウルをミニチュアブタに即座に提供し、その後次の調製に取り掛かった。２時間後、飼料ボウルを除去した；動物は、３０分またはそれ未満以内に、全ての食餌を消費していた。投薬期は、１４日間の持続時間にわたって持続した。２４時間にわたる総糞便排出量を、投薬開始直前の連続する３日間に、ならびに投薬期の間の６、７、８日目、および１２、１３、１４日目に収集した。糞便試料を、およそ１．５×糞便正味重量の体積の蒸留水を各一日総糞便収集に添加し、ホモジナイズし、３×５０ｍＬに分割し、解析まで－２０℃で凍結することによって調製し、残りは廃棄した。糞便材料中の窒素含有量についての解析を、モデル検証について上記したように完了した。投薬の前には、窒素含有量は、０．８２ｇ±０．１１ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質であり、これは、投薬の１週間後または２週間後において、有意には異ならなかった（それぞれ、０．７５ｇ±０．０８ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質および０．７８ｇ±０．０７ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質）。プロテアーゼ有効性の代替的評価として、投薬前および投薬後の血清試料中のアミノ酸を定量化した。Ｇｏｔｔｉｎｇｅｎミニチュアブタにおける以前の研究は、種々の給餌したタンパク質供給源に応答した、血漿中の食後アミノ酸における差次的増加を示しており（Ｈａｇｅｍｅｉｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ， １９９０， １２０： １３０５－１３１１）、したがって、この尺度は、タンパク質含有食事を投薬した場合の改善されたプロテアーゼ活性を評価するために有用であり得る。試料を、食前２時間の時点（投薬前－６日目および投薬中１２日目）、ならびに食後０．７５、１．２５、１．７５、２．２５、４．２５、８．２５、および２４＊時間の時点（投薬前－３日目および投薬中１４日目；＊２４時間の時点は、実際には次の日に給餌の前に得た）で得た。指定された時点（±１０％公称時間）において、３ｍＬの全血を、頸静脈または他の適切な血管の直接的静脈穿刺を介して収集した。血液を、室温で約３０分間凝血させ、その後、約３０００ＲＰＭで約４℃で約１５分間遠心分離した。血清試料を、事前にラベル付けした一次および予備のクライオバイアル（ｃｒｙｏｖｉａｌ）へとアリコート化し、解析まで約７０℃で貯蔵した。血清試料を、アミノ酸定量化のために以下のように調製した：２００ｕＬの血清を、１．５ｍＬ Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ遠心バイアル中に量り取り、６％スルホサリチル酸を１：１（Ｖ：Ｖ）の比で添加し、混合物を完全にホモジナイズした。４℃で１０分間静置した後、混合物を、１６．０ｒｃｆで１５分間冷蔵（４℃）下でスピンダウンした。次いで、２５ｕＬの上清を、個々のアミノ酸を分離するためのカチオン交換カラムと定量化のためのカラム後ニンヒドリン比色分析とを使用する完全自動化Ｂｉｏｃｈｒｏｍ ３０＋アミノ酸解析器（ＵＫ）上にロードした。生物流体のためのアミノ酸標準は、Ｓｉｇｍａから購入した。ノルロイシンを、ＱＣのための内部標準として追加した。データ解析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７（ＧｒａｐｈＰａｄ）において実施した。投薬前および投薬後の食前値は、有意には異ならなかった。９種の必須アミノ酸のうち８種（ＥＡＡ；メチオニン、ロイシン、バリン、イソロイシン、フェニルアラニン、ヒスチジン、リシン、およびスレオニン）は、投薬前と比較して、投薬後に食後血清試料において有意に上昇した；９番目（トリプトファン）もまた、投薬後に増加を示したが、統計的有意性は達成されなかった。図１は、必須アミノ酸の総計が、配列番号７５６による１４日間の投薬後に、食後に有意に増加したことを示している。さらに、５種の条件付き必須アミノ酸（チロシン、グリシン、プロリン、セリン、およびオルニチン）は、１４日間のプロテアーゼ投薬後に、食後に有意に上昇し、６番目（アルギニン）は、いくらかの増加を示したが、統計的有意性は達成されなかった。
（実施例７）
膵外分泌機能不全（ＥＰＩ）のミニブタモデルにおけるプロテアーゼバリアントのｉｎ ｖｉｖｏ特徴付け

操作されたリパーゼバリアント配列番号１３６４および操作されたプロテアーゼバリアント配列番号２３３２のための発現構築物を、Ｅ．ｃｏｌｉに形質転換し、得られた株を、流加１５Ｌ形式で発酵させた。発酵期の最後に、細胞を、遠心分離によって収集した。

収集した細胞を、再懸濁し、迅速な圧力変化によって溶解させた。全細胞溶解物を、フロキュレーションとその後の遠心分離とによって清澄化した。次いで、可溶性標的プロテアーゼを、コスモトロピック塩の添加によって溶液から可逆的に沈殿させ、遠心分離によって収集した。収集したプロテアーゼ沈殿物を再可溶化した。接線流濾過を実施して、再可溶化したプロテアーゼを濃縮し、製剤化緩衝液へと緩衝液交換した。得られた残余分をフリーズドライして、酵素粉末を得た。

ＥＰＩの検証されたＳｉｎｃｌａｉｒミニブタ手術モデル（ｎ＝４頭の雌性、４７ｋｇ ＢＷ平均、２．５～３歳、およびｎ＝８頭の雌性、３１．６ｋｇ ＢＷ平均、１．３歳）を、ｉｎ ｖｉｖｏ研究に進めて、維持のための操作されたリパーゼと共に共投薬した操作されたプロテアーゼバリアントを評価した。投薬の２１日前に開始して、Ｖｉｏｋａｓｅ（登録商標）処置を中止して疾患状態を誘導し、有効性研究のための調製物中の、高タンパク質食［ＨＰＤ；事前分配された３．９オンスカップの無加糖ＭＯＴＴ’Ｓ（登録商標）アップルソースと混合したＳｉｎｃｌａｉｒ高タンパク質食Ｓ－１１（２３．７９％タンパク質、５．６５％脂肪）］を、１日１回給餌した。投薬日の間、食事を、各ブタのために逐次準備して、摂取前の食物脂肪およびタンパク質との最小限のｅｘ ｖｉｖｏ薬物相互作用を確実にした。簡潔に述べると、ブタの体重（６００ｇまたは４５０ｇのいずれか）に適切なＳ－１１ミニブタ飼料を、きれいな飼料ボウル中に最初に分配した。次に、酵素（液体の製剤化された配列番号１３６４、および凍結乾燥された配列番号２３３２）を、酸性ｐＨが早期の酵素活性化に対する保護を与えられるように、３．９オンスカップの無加糖アップルソース中に混合した。リパーゼについての投薬（１３３３Ｕ／ｇ脂肪）は、ＵＳＰリパーゼ単位に基づき、ＵＳＰアッセイ（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ ａｎｄ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｆｏｒｍｕｌａｒｙ （ＵＳＰ ４２－ＮＦ ３７）． Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ， ＭＤ： Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａｌ Ｃｏｎｖｅｎｔｉｏｎ； ２０１６）によって決定し、計算した総脂肪を、食事中に提供した。プロテアーゼについての投薬（８．９５ｍｇ酵素／ｇタンパク質）は、凍結乾燥粉末中の酵素含有量に基づいて計算し、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって決定し、計算した総タンパク質を、食事中に提供した。投薬した総単位は、３３８９２Ｕまたは４５１８９Ｕのリパーゼおよび１３７Ｕまたは１８３Ｕのプロテアーゼであり、これらは、提供されたＳ－１１食の量に対応するミニブタ体重に起因して変動した。次いで、酵素－アップルソース混合物を、Ｓ－１１ミニブタ飼料に移し、迅速に混合した。調製したら、飼料ボウルをミニブタに即座に提供し、その後次の調製に取り掛かった。２時間後、飼料ボウルを除去した；ブタは、３０分またはそれ未満以内に、全ての食餌を消費していた。研究は、クロスオーバー設計を利用した；投薬期は、１日１回のＨＰＤによる１４日間の洗い流しによって隔てられた、１４日間の持続時間にわたって持続した。２４時間にわたる総糞便排出量を、投薬開始直前の順化の間の連続する３日間に、ならびに１２、１３、１４日目（投薬期１）、２７、２８、２９日目（洗い流し）、および４１、４２、４３日目（投薬期２）に収集した。糞便試料を、およそ１．５×糞便正味重量の体積の蒸留水を各一日総糞便収集に添加し、ホモジナイズし、３×５０ｍＬに分割し、解析まで－２０℃で凍結することによって調製し、残りは廃棄した。糞便物質中の脂肪（改変Ｖａｎ ｄｅ Ｋａｍｅｒ法による；Ｖａｎ ｄｅ Ｋａｍｅｒ， Ｓｅｌｉｇｓｏｎ （ｅｄ）， Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ｖｏｌｕｍｅ ２， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ ［１９５８］， ｐｐ． ３４－３９を参照されたい）および窒素（燃焼法によるＶａｒｉｏ Ｍａｘ ＣＮ機械によるＫｊｅｌｄａｈｌ総窒素；Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｅｔｅｒｓ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．） Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｍａｎｕｒｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ， Ｕｎｉｖ． ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ， Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ． Ａ３７６９． Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ． ［２００３］， ｐ． １８－２４を参照されたい）含有量を定量化した。投薬期の前には、窒素含有量は、０．６３４ｇ±０．０９ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質（順化）および０．８３４±０．１４ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質（洗い流し）であり、これは、期１または期２の投薬後において、有意には異ならなかった（それぞれ、０．７８ｇ±０．１４ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質および０．８７２ｇ±０．１７ｇ ＳＤ／１００ｇ糞便物質）。プロテアーゼ有効性の代替的評価として、投薬前および投薬後の血清試料中のアミノ酸を定量化した。Ｇｏｔｔｉｎｇｅｎミニブタにおける以前の研究は、種々の給餌したタンパク質供給源に応答した、血漿中の食後アミノ酸における差次的増加を示している（Ｈａｇｅｍｅｉｓｔｅｒ， ｅｔ ａｌ．， Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ， １９９０， １２０（１１）：１３０５－１３１１）。－１、１４、２７、および４２日目の試料を、食前２時間の時点で、ならびに食後１、１．５、２、２．５、４．５、６．５、および８．５時間の時点で得た。指定された時点（±１０％公称時間）において、３ｍＬの全血を、頸静脈または他の適切な血管の直接的静脈穿刺を介して収集した。血液を、室温で約３０分間凝血させ、その後、約３０００ＲＰＭで約４℃で約１５分間遠心分離した。血清試料を、事前にラベル付けした一次および予備のクライオバイアルへとアリコート化し、解析まで約７０℃で貯蔵した。血清試料を、０．１％ギ酸を含有するアセトニトリルでの希釈、４，０００ＲＰＭで１０分間の遠心分離、およびＬＣ－ＭＳ／ＭＳ（ＨＩＬＩＣ）による解析のための上清の移行によって、アミノ酸定量化のために調製した。データ解析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ７（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）において実施した。投薬前および投薬後の食前値は、有意には異ならなかった。９種の必須アミノ酸のうち５種（ＥＡＡ；ロイシン、バリン、イソロイシン、トリプトファン、およびリシン）についてのＡＵＣは、投薬前と比較して、投薬後に食後血清試料において有意に上昇した。さらに、チロシンおよびアルギニンについてのＡＵＣは、１４日間のプロテアーゼ投薬後に、食後に有意に上昇した。

本出願において引用される全ての刊行物、特許、特許出願および他の文献は、各個々の刊行物、特許、特許出願または他の文献が全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれると個々に示されるのと同じ程度まで、全ての目的のためにそれらの全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。

種々の具体的な実施形態が例示され記載されてきたが、本発明の精神および範囲から逸脱することなしに種々の変化がなされ得ることが理解される。

Claims (79)

1. 配列番号２に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％配列同一性を含むアミノ酸配列を含む組換えプロテアーゼ。
2. 配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
3. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２３６、２５８、２６１、３３９、４３９、４４６および４５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換を含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
4. 位置２３６、２５８、２６１、３３９、４３９、４４６および４５４における置換が、２３６Ｖ、２５８Ｋ、２６１Ｌ、３３９Ｍ、３３９Ｗ、４３９Ｍ、４４６Ａ、４４６Ｇ、４４６Ｌ、４４６Ｍ、４４６Ｔおよび４５４Ｌから選択される、請求項５に記載の組換えプロテアーゼ。
5. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、１０７／５３６、１６２／４０８、１６８／５４７、２０８／３６６／５０４／５９１、２０８／４８５／５２６、２１０／２２３／２５８／５５２、２１０／２４１／２５８／５９９、２２３／２４１／２５８／５９９、２２３／４２９／４８１／５３３、２２３／４８１／５３３／５５２、２２５、２２５／２６０／２６３／２６５／５４４、２２５／２６２、２２５／３６２／３６６／５９１、２２５／３６６、２２５／４８２／５９１、２４４、２５８、２５８／３１８／４２９、２５８／４４９／４８１、２５８／４８１、２６１、２６１／５０４、３１８／４８１、３１８／５３３、３１８／５９９、３３９、３４２、３４５、３６２／３６６／４８５／５９１、３６３、３６６、３６６／４８５、３６６／４９７、３６６／５２６／５９１、３６６／５９１、４０８、４２７、４４６、４４８、４４９、４５０、４８１／５３３／５５２、４８２、４８２／４８５、４８２／５９１、４８５、４８５／５９１、５３３、５３３／５５２、５３６、５４４、５４７、５４９、５６５、６１５、および６５２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
6. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号３４に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２５８、２５８／２６１／３４２／３４５、２５８／２６１／３４２／５０４／５３３、２５８／２６１／３４５／５０４／５４９、２５８／２６１／４８２／５０４／５４９、２５８／３４２、２５８／３４２／５０４／５３３／５３６／５４９、２５８／３４５／４２７、２５８／４０８／４２７／５０４／５４９、２５８／４２７、２５８／４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、２５８／４２７／４８２／５３６、２６１／３４２／３４５／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５３３／５３６、２６１／３４２／４８２／５０４／５４９、２６１／３４２／４８２／５３６、２６１／３４２／５３３、２６１／４８２、３１８／３３９／３６２／５４４／５４７、３１８／３３９／４４８／５４４、３１８／３３９／５４７、３１８／４４８／５４４／６１５、３３９／３６２／３６３／５４４／５４７／６１５、３３９／３６２／５４４、３３９／４４８、３３９／４４８／５４７、３３９／５４４／５４７、３４２、３４２／４０８、３４２／４０８／５３６、３４２／４８２／５３６、３６２／３６３／５４４／５４７、３６２／４４８、３６３／５４４／５４７、４２７／４８２／５０４／５３３／５３６、４２７／５３３／５３６／５４９、４４８、４４８／５４４、および４４８／５４４／５４７／６１５から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号３４を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
7. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１９０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２０５、５０５、５４１、５５６および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１９０を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
8. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１９０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２０５、２２０、２３９、２６１、２６１／３３９、２６１／３３９／５４７、２６１／５３６、２６１／５３６／５４７、３３９／４２７／５３６、３３９／４２７／５３６／５４７、３３９／４２７／５４７、４０５、４４２、５０５、５３９、５４１、５４２、５４５、５５６、５５８、５９４、６３１、６６３および６６５から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１９０を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
9. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号２９２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２０５／４４２／５０５／５３６／５４５／６２０／６４６、２０５／５０５／５３６／５４１／５４５／５４７／５５８／６４６／６６５、２５８、２６３、３５５／５３６／５４５／５４７、３５９、３６６、４４６、４４９、５０５／５３６／５４５／５５８／６４６、５０６、５５５、５５６、６２０および６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号２９２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
10. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号３４２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２８３／３１９／３５９／４４９／４５０／５０６、２８３／３４５／３５９／４４９／４５０／５５３／５５５、２８３／４４９／４５０／５０８／５４１／５５３／５５５、４４９／４５０、４５０／５０８／５５３／５５５／５５８、５０８および５０８／５４１／５５３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号３４２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
11. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号３９６または１３６６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２０５、２０５／４４２／４４９／４５０、２０５／４５０／５３６／５４５、２０５／４５０／５３６／５４５／６４６、２５８／４４２／４４６、２５８／４４２／４４９／６４６、２５８／４５０／５３６／５４５、３０８、３６１、４３９、４４２／４４６／５３６／５４５／６２０／６４６、４４２／４５０／５３６／５４５、５１４、５３５、５７７、５９１、５９２、６１０、６３９、６４３および６４４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号３９６または１３６６を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
12. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号４００または１３７０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、３２／４９０／６３９、２３６、２３６／２３８／４０４／４８０／５５５／５６８／５９２、２３６／３５９／４０４／４０６／５５５／６３９、２３６／３５９／４９０／５８１／６３９、２３６／３５９／５５５、２３６／３５９／６０９、２３６／３７０／４０６／５６８／５８１、２３６／３７０／５６８／５９２、２３６／３７０／５８１、２３６／４０４／４０６／４８０／４９０、２３６／４０４／５５５／５８１／６０９／６３９、２３６／５６８、２３６／５９２、２３６／６３９、２３８／３５９／３７０／４０４／４９０／５６８／６３９、２４５／３６３／４０８／５１２／５１４／５９６／６６６、２４５／３６３／５１２／５１４／５３７／５６０、３０８／５１４／５３５／６３９／６４４、３５９／４０４、３５９／４０４／４０６／４９０／５４６／５８１、３６３／４０８／５１２／５１４／５３７、３６３／４０８／６０１／６５０、３６３／６３９／６４４、４０８／５１２、４０８／５１４／５３７、４０８／５１４／５６０／６５０、４９０／５６８／５９２／６３９、５１２／５３７／５６０／６０１、５１４／５３５／５４６／５７５／６４４、５１４／６３９／６４４、５１４／６４４、５３５／５７５／６３９／６４４、５３５／６３９／６４３／６４４、５３５／６４３／６４４、および６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号４００または１３７０を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
13. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号４５４または１４２４に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２３６、２３６／３０８／３７０／５４８、２３６／３０８／４９０／５８１／６４３、２３６／３０８／５５５／５６０／５９６、２３６／３７０、２３６／３７０／４９０／６３９、２３６／５５５、２３６／５６０／５８１、２４５／３５９／３６３／４０６／５３５／６５０、２４５／３６３／４０６／５７５／６０１／６６６、３００、３０１、３０８、３０８／４９０／５６０／５８１／６３９／６４３、３３６、３５９／３６３／４０６／５３５／６０１／６５０、３５９／４０４／４０６／５３５、３５９／４０６／５７５／６５０／６６６、３５９／５３５／５７５／６０１、３６３／４０４／４０６／５３５／５６８、４０４／４０６／５３５、４０６、４０６／４８０／５３５／５６８／６０１、４０６／５３５／５７５、４６８、および４８０／５７５／６０１／６５０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号４５４または１４２４を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
14. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号５６２または１５３２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、１３３／３０１／３４６／３４７／４６８、２０５／２３６／３４７、２０５／２３６／３７０／４９０／５３７／６２０、２０５／３４２／４３９／４４２／５１４／６２０／６３９、２０５／３７０／５３７、２０５／４４２／５０５／６２０、２３６／２５８／３７０／５０５／５４５／６３９、２３６／３３９／５１４、２３６／３７０／４５０／６２０、２３６／５４５、２５８／３３９／３４２／５０５／５３７、２５８／３４２／３７０／４０８／４４２／５３７、３００／３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３００／３０１／３４７／４６８、３０１／３０８／３３６／３４６／４０６／４６８／６０１、３０１／３０８／３４６／４０６／４６８、３０１／３０８／４６８／６０１、３０１／３４７／４０６、３０８／３３６／３４７／４６８、３０８／３４７／４６８、３４２、３４２／４０８／４９０／５０５／５１４／５４５／６３９／６４６、３４２／６２０、３７０／４４２、３７０／５３７／６３９、４８９、５３９／６４９、５４２、５４３、５４３／６７３、５５８、５５９、５６６、６３４、および６６１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
15. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号５６２または１５３２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２０５／２３６／３４２／４３９／５０５／５１４／５３７／５４５、２３６／３４２／５０５／５１４／５３７／５４５、３００／３０１／３０８／３３６／３４７／４６８／６０１、３００／３０１／３４７／４０６、３０１／３０８／３４６／３４７／４６８、３０１／３３６／３４６／３４７／４０６／６０１および３０８／３３６／３４７／４０６／４６８／６０１から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号５６２または１５３２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
16. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号６３８または１６０８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、３４６／５１１／５３７、３４６／５１１／５３７／５４１／５４３、３４６／５１１／５４２／５８２、３４６／５１１／５８１／５８２、３４６／５１１／５８３、３４６／５２９／５７１／５８１／５８２／５８３／５８９、５１１／５３７、５１６／５３９／５６８、５３７／５８２、５３９、５６８／６６２／６６３および５８１／５８２から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
17. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号６３８または１６０８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、３４６／５１１／５３７／５８２、３４６／５１１／５４３／５８２、３４６／５１１／５４４、３４６／５３７／５４２／５４４、３４６／５４３／５４４、３４６／５８３、５１１／５３７／５４２／５８２／５８３、５１６、５１６／５３９／５５５、５３７／５４３／５８２、５３９／５６８、５４０、５４２／５４４／５８１、５４８、５４９、５５９、５５９／５６８、５８２、６４７、６５０および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号６３８または１６０８を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
18. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号６８０または１６５０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２６１／３５５／５４３、２６１／３５５／５６７／５６８、２６１／４８９、２６１／４８９／５１１／５６８、２６１／４８９／５３９、２６１／４８９／５６７、２６１／５３９／５４３、２６１／５３９／５４３／５６７、２６１／５４２／５４３／５６８、５１１、５１１／５３９／５４３、５１１／５６７、５４３および５８３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号６８０または１６５０を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
19. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号７５６または１７２６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、９、９／１７／３４／３５／９３／５５４、９／１７／５０、９／１７／９３、９／２９／３５／４３／７７／５４２／５５４、９／３２／７７／９３、９／４３／７７、９／５０／６３／９３、９／９３、１７／２９／３４／３５／３６／７７／９３、１７／３２／３４／３５、１７／７７、３２／３４／９３、４３、５０／７７／９３、５０／９３、７７／９３、９３、２０５／２６３／４７０、２０５／３４４／４７０／５６５、２０５／３４５／４７０／５３８／６６４、２０５／４７０／５４５／５６８／６４５／６４７／６６４、２０５／４７０／５６７／５６８／６４５、２６３／３４４／６６４、２６３／４７０／６４５、２６３／４８９、２６３／５３９／５４１／５６８／６４５、３４４／３５５／４７０／４８９／６４５、３４４／３５５／４７０／５６８／６４５／６４７、３４４／４７０／４８９／５３９／５４２／６４５／６４７／６６４、３４４／４７０／４８９／５６７／５６８、３４４／４７０／５６８、３４４／４７０／６４７、４７０、４７０／４８９、４７０／５４１／５４２／５４３／５６５／６４５／６４７、４７０／５６７／５６８、４７０／６６４、および５４２／５４３から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
20. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号７５６または１７２６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、９／１７／３２／３４／３６／５０／７７／１０７／１２７、９／１７／６３／７７、９／４３／９３／１２７、９／６３／９３／１０７、１７／２９／３２／３４／３６／６３、２９／３４／３５／７７、３２／４３／９３、３５／９３／１４５および２０５／２６３／４８９／６４７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号７５６または１７２６を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
21. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号８１２または１７８２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、１８８、１８９、２６５、２６６、３３４、４４２、４５４、６４６および６４９から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
22. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号８１２または１７８２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、１８９、２６６、２６６／２８３、５４６、５９４および６４６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
23. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号８１２または１７８２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２６３／４７０／５６８、２６６、４７０／５４２／５４３／６６４および５５８／５７７／５９４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
24. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号８１２または１７８２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２９、２９／３５、２９／３５／３４２／５８１／５８２／６６４、２９／５０／５１１／５３９／５８１、３５、３５／５０／２０５／４０６／５１１／５８１、３５／２０５／５１１、３５／３４２／３４６／５１１／５３９／５８１、３５／３４６、３５／３４６／４０６／５１１／５８１／５８２／６６４、３５／５１１、３５／５３９、５０／３４２、１３２、１３３、１４３、１４７、１８７、１８８、２５７、２５８、２６３、２９４、２９４／４４１／５２７、３０８／３４２／５１１／５８１／５８２、３４２、３４６、３９８、４０６／６６４、４２９／６５２、４４１、４４１／４４６／５２６、４４６／６５２、４８２、５０５、５１１、５２６、５２７、５３６、５４５、５８１、５８２、６１５、６２０、６３９、６４５、６４６、６４８、６５２、６５４、および６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号８１２または１７８２を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
25. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１０３０または２０００に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２９、２９／１４３／２６３／２６６／４４１／６３９、２９／２６３／２６６、２９／２６３／２６６／４４１／６２０、２９／２６６／４４１、２９／４４１／６３９、３０、３７、４７／５７０、７５、８１、８５、９２、１３５、１４３、１４３／２６３／２６６／６３９、１４３／２６６／４４１／６２０／６３９、１６８、１８９／４２４、２３７／５２７、２４４、２５８／３４２／５８２／６４８、２６３、２６３／２６６／４４１、２６３／２６６／６３９、２６６／４４１、２６６／４４１／６２０／６３９、２６６／６２０／６３９、２６６／６３９、２６７、３４２／５２６／６６４、３４２／５４５、３４２／５８２、４２９、４４１、４８２、４９５、５０１、５２３、５２６、５２７、５６８、５７０、５７３、５８１、５８２、６１６、６３２、６４８、６５３、および６５４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１０３０または２０００を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
26. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１１３６または２１０６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２９、２９／３０、２９／３０／１４３／２６３／４８２／６４６、２９／３０／２６３、２９／３０／６１６／６４８、２９／７５／２６３／５６８／５７０／６４８、２９／１６８／６４８、２９／２６３／５２７／５６８、７５、７５／１４３／１６８／５２７、７５／１６８、７５／６１６、１４３、１６８／２４７／４８２／６４８、１６８／２６３／６１６、１６８／４８２／６１６、１６８／４９５／６１６、２６３、２６３／６１６、４２９／５４５、４９５および５２７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
27. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１１３６または２１０６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、２０７、２２２、２６６、３０７、４５４、５３５、５４６、５４８、５８０、６０４および６１０から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１１３６または２１０６を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
28. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１１８０または２１５０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、７５／１６８／２０７／４５４／５６８／５８６／６１０／６４８／６５９、７５／１６８／２６６／４５４／５４６／５７０／５８０、７５／２０７／４５４／５７０／６５９、７５／２０７／５４６／５８０／６４８、７５／２６３／４５４／５４８／５６８／６０４／６４８、７５／２６６／４５４、７５／４５４、７５／４５４／５４６／５４８／５６８／６０４、７５／５４６／５４８／６１０／６４８、１６８／２０７／２６３／４５４／５６８／５７０／６０４、１６８／２６３／２６６／５４６／６０４、１６８／４５４／６０４、２０７／６０４／６１０、２０９、２１２、２２１、２２３、２２８、２６６／４５４／５６８、３１９、３７３、４１２／５４６／５５４、４３１、４５４、４５４／５４６／５６８／５７０／５８０、４５４／５４６／５７０、４５４／５７０／５８０／６１０、４５４／５８０、４５４／６５９、および５０６から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１１８０または２１５０を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
29. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１２５０または２２２０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、７５／１８９／３７３／５８２、７５／２００／２１２／４３１／４８２、７５／２１２／３７３／４３１／４８２、７５／２１２／４３１／４８２／５６８／６１５／６６４、７５／３６８／５８２、７５／３７３／４３１／５２６／５８２、７５／４３１／４８２／５７０／６０４／６６４、７５／６３２、１８９／２１２／４３１／５６８／５７０、２００／２０５／３７３／４３１、２００／４３１／４８２／６１５／６６４、２００／４８２／６６４、２１２／２２８／４３１、２１２／２２８／５６８／５７０／５８２／６６４、２１２／３７３／４４６／４８２／５８２、３６８／３７３／４３１、３７３／４３１／５７０／６０４／６６４、３７３／５６８／６３２、４３１、４３１／６０４／６６４、４８２／５８２、５８２、および６１５／６５２／６６４から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１２５０または２２２０を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
30. 前記組換えプロテアーゼが、配列番号１３０８または２２７８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超える配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、前記組換えプロテアーゼが、４０８／４３９、４３９／５１４、４７０、４７０／６６７、５１４、５１４／５３７および５３７から選択される１個または複数の位置に少なくとも１個の置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列の前記アミノ酸位置が、配列番号１３０８または２２７８を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
31. 前記組換えプロテアーゼが、表３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、３．１０、３．１１、３．１２、３．１３、３．１４、３．１５、３．１６、３．１７、３．１８、３．１９、３．２０、３．２１、３．２２、３．２３、３．２４、３．２５、３．２６および／または３．２７に提供される少なくとも１個の位置における少なくとも１個の突然変異を含み、前記位置が、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８を参照して番号付けされる、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
32. 配列番号４～１３６２および１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列から選択されるポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
33. 配列番号４～１３６２のうち偶数番号の配列から選択されるポリペプチド配列を含む、請求項３２に記載の組換えプロテアーゼ。
34. 配列番号１３６６～２３３２のうち偶数番号の配列から選択されるポリペプチド配列を含む、請求項３２に記載の組換えプロテアーゼ。
35. 配列番号１３４８～１３６２および２３１８～２３３２のうち偶数番号の配列から選択されるポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
36. 配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６４、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０、２２７８および２３３２から選択されるポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の組換えプロテアーゼ。
37. 配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも熱安定性が高い、請求項１～３６のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
38. 酸性ｐＨ条件下で、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している、請求項１～３７のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
39. ｐＨ７またはそれよりも高いｐＨで、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、３９６、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している、請求項１～３８のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
40. 酸性ｐＨ条件下およびｐＨ７またはそれよりも高いｐＨの条件下で、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも安定している、請求項１～３９のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
41. 配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりもタンパク質分解に対する抵抗性が高い、請求項１～４０のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
42. 配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも自己分解に対して安定している、請求項１～４１のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
43. ｐＨ７またはそれよりも低いｐＨで、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも活性が高い、請求項１～４２のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
44. 少なくとも１種の胆汁酸塩の存在下で、配列番号２、３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６６、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および／または２２７８のプロテアーゼよりも活性が高い、請求項１～４３のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
45. 精製されている、請求項１～４４のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
46. 参照配列と比較して、ｉ）増強された触媒活性；ｉｉ）酸性ｐＨに対する増加した耐性；ｉｉｉ）ｐＨ４もしくはそれよりも低いｐＨに対する増加した耐性；ｉｖ）ｐＨ５もしくはそれよりも高いｐＨに対する増加した耐性；ｖ）少なくとも１種のプロテアーゼに対する増加した耐性；ｖｉ）少なくとも１種の胆汁酸塩に対する増加した耐性；ｖｉｉ）増加した熱耐性；ｖｉｉｉ）自己分解に対する増加した耐性；またはｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）およびｖｉｉｉ）のいずれかの組合せから選択される少なくとも１種の改善された特性を示す、請求項１～４４のいずれかに記載の組換えプロテアーゼ。
47. 前記参照配列が、配列番号２である、請求項４６に記載の組換えプロテアーゼ。
48. 前記参照配列が、配列番号３４、１９０、２９２、３４２、３８２、４００、４５４、５６２、６３８、６８０、７５６、８１２、１０３０、１１３６、１１８０、１２５０、１３０８、１３６４、１３７０、１４２４、１５３２、１６０８、１６５０、１７２６、１７８２、２０００、２１０６、２１５０、２２２０および２２７８から選択される、請求項４６に記載の組換えプロテアーゼ。
49. 請求項１～４８のいずれかに記載の少なくとも１種の組換えプロテアーゼを含む組成物。
50. 請求項１～４８のいずれかに表示される少なくとも１種の組換えプロテアーゼをコードする組換えポリヌクレオチド配列。
51. コドン最適化されている、請求項５０に記載の組換えポリヌクレオチド配列。
52. 請求項５０または５１に記載の少なくとも１種の組換えポリヌクレオチド配列を含む発現ベクター。
53. 前記組換えポリヌクレオチド配列が、制御配列に作動可能に連結されている、請求項５２に記載の発現ベクター。
54. 前記制御配列が、プロモーターである、請求項５２または５３に記載の発現ベクター。
55. 前記プロモーターが、異種プロモーターである、請求項５４に記載の発現ベクター。
56. 請求項５２～５５のいずれかに記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
57. 真核細胞または原核細胞である、請求項５６に記載の宿主細胞。
58. 組換えプロテアーゼを産生する方法であって、前記組換えポリヌクレオチドによってコードされる前記組換えプロテアーゼが産生される条件下で、請求項５６または５７に記載の宿主細胞を培養するステップを含む方法。
59. 前記プロテアーゼを回収するステップをさらに含む、請求項５８に記載の方法。
60. 前記プロテアーゼを精製するステップをさらに含む、請求項５９に記載の方法。
61. 請求項４９に記載の組成物を含む、膵機能不全の処置のための医薬組成物。
62. 薬学的に許容される担体および／または賦形剤をさらに含む、請求項６１に記載の医薬組成物。
63. 少なくとも１種のリパーゼをさらに含む、請求項６１または６２に記載の医薬組成物。
64. 少なくとも１種のアミラーゼをさらに含む、請求項６１～６３のいずれかに記載の医薬組成物。
65. 少なくとも１種のプロテアーゼ、少なくとも１種のリパーゼおよび少なくとも１種のアミラーゼを含む膵臓抽出物をさらに含む、請求項６１～６４のいずれかに記載の医薬組成物。
66. ヒトへの非経口注射もしくは注入、皮下注射、吸入、または皮膚適用に適する、請求項６１～６５のいずれかに記載の医薬組成物。
67. ヒトへの経口投与に適する、請求項６１～６５のいずれかに記載の医薬組成物。
68. 腸溶コーティングをさらに含む、請求項６７に記載の医薬組成物。
69. 対象における膵機能不全の症状を処置および／または予防するための方法であって、膵機能不全を有する対象に、請求項７１～６８のいずれかに記載の医薬組成物を与えるステップを含む方法。
70. 膵機能不全の前記症状が軽快する、請求項６９に記載の方法。
71. 前記対象が、膵機能不全の前記症状を示す対象に要求される食事よりも、そのタンパク質含有量の制限が少ない食事を取ることができる、請求項６９または７０に記載の方法。
72. 前記対象が、ヒト患者である、請求項６９～７１のいずれかに記載の方法。
73. 前記ヒト患者が、乳児または小児である、請求項７２に記載の方法。
74. 前記ヒト患者が、成人または若年成人である、請求項７３に記載の方法。
75. 前記対象が、非ヒト哺乳動物である、請求項６９～７１のいずれかに記載の方法。
76. 医薬としての使用のための、請求項１～４７のいずれかに記載の組換えプロテアーゼまたは請求項４９および６１～６８のいずれかに記載の組成物。
77. 栄養補助食品としての使用のための、請求項１～４７のいずれかに記載の組換えプロテアーゼまたは請求項４９および６１～６８のいずれかに記載の組成物。
78. 膵機能不全の症状の処置または予防における使用のための、請求項１～４７のいずれかに記載の組換えプロテアーゼまたは請求項４９および６１～６８のいずれかに記載の組成物。
79. 請求項４９および６１～６８のいずれかに提供される組成物の使用。