JP2023530221A - がんを治療するためのｓｍａｒｃａ４阻害剤 - Google Patents

Abstract

本発明は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、を提供する。本発明はまた、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、も提供する。本発明はまた、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、を提供する。本発明はまた、少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節する方法、を提供する。【選択図】図１

Description

［関連出願の相互参照］
この出願は、2020年6月18日に出願された、米国仮特許出願第63/040,622に対して、優先権及びその利益を主張し、その内容は、その全体が本出願に参照により取り込まれる。

［背景］
SMARCA4は、SWI/SNF関連、マトリックス関連、アクチン依存性のクロマチンの調節因子である。SMARCA4は、クロマチン・リモデリングとして知られるプロセスによって、遺伝子活性（発現）を調節するSWI/SNF複合体のサブユニットである。SWI/SNF複合体は、ヌクレオソームの構造を直接的に調節することによって、多くの細胞のプロセスを調節する。SMARCA4の触媒サブユニットは、ヌクレオソームを再配置する、ATP-依存性ヘリカーゼの活性を有する。SMARCA4及びSMARCA2は、SWI/SNF複合体における、相互排他的なパラログである。SWI/SNF複合体のメンバーは、ヒトがんの約20%で、変異している。従って、SMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、SMARCA4-ターゲティング化合物を用いて対象を治療する方法、及びSMARCA4-ターゲティング化合物の投与に対する、そのような対象の応答性を評価する方法について、当技術分野において満たされていないニーズが存在する。

［発明の概要］
本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(d) は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、
前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、前記複数の細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(e)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、その複数の処理した細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(e)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の処理した細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記がんは、異常なSMARCA2の発現、活性、機能又はそれらの組合せ、を示す。

いくつかの実施形態では、異常なSMARCA2の発現は、コントロールの発現レベルと比較しての、減少したSMARCA2の発現を含む。いくつかの実施形態では、前記コントロールの発現レベルは、がんを有さない対象における、SMARCA2の発現レベルである。

いくつかの実施形態では、異常なSMARCA2の活性は、コントロールの活性レベルと比較しての、減少したSMARCA2の活性を含む。いくつかの実施形態では、前記コントロールの活性レベルは、がんを有さない対象における、SMARCA2の活性レベルである。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤である。

本開示は、少なくとも1種の細胞を、有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物と接触させることを含む、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節する方法、を提供する。いくつかの実施形態では、前記SMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤である。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記細胞は、がん細胞である。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、又はそれらの組合せ、を示す。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記細胞は、異常なSMARCA4の発現、活性、又はそれらの組合せ、を示す。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、上皮の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含む。いくつかの実施形態では、上皮の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、E-カドヘリン、FOXA1、又はCLDN1である。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、間葉の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含む。いくつかの実施形態では、間葉の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、N-カドヘリン、ビメンチン、SNAI1、又はZEB1である。

上記の態様の何れも、任意の他の態様と組み合わせることができる。

別段に規定しない限り、本出願で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書において、単数形は、文脈上明らかに別段の指示がない限り、複数形も含み、例として、用語「a」、「an」、及び「the」は、単数又は複数形であると理解され、用語「若しくは／又は(or)」は、包括的であると理解される。例えば、「要素(an element)」は、1つ以上の要素を意味する。本明細書を通して、単語「含む(comprising)」、又は「含む(comprises)」若しくは「含む(comprising)」などの変形は、記載された要素、整数若しくはステップ、又は要素、整数若しくはステップの群、を包含することを意味するが、任意の他の要素、整数若しくはステップ、又は要素、整数若しくはステップの群、を除外することを意味しない、と理解される。約は、記載された値の10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.1%、0.05%、又は0.01%以内として理解することができる。本文脈から別段自明でない限り、本出願で提供されるすべての数値は、用語「約」によって修飾される。具体的に記載されない限り、又は文脈から自明でない限り、本出願で使用する場合、用語「若しくは／又は(or)」は、包括的であり、「若しくは／又は(or)」及び「及び／並びに(and)」の両方を包含すると理解される。

本出願に記載の方法及び材料と、類似な又は均等な方法及び材料を、本発明の実施又は試験に使用することができるが、好適な方法及び材料を以下に記載する。全ての刊行物、特許出願、特許、及び本出願で言及されている他の参考文献は、その全体が本出願に参照により取り込まれる。本出願に引用される参考文献は、特許請求の範囲に記載される発明に対する先行技術であるとは認められない。相反する場合は、定義などを含む本明細書が支配するものとする。加えて、本材料、方法、及び実施例は、例示にすぎず、限定することを意図するものではない。本開示の他の特徴及び利点は、以下の詳細な説明及び特許請求の範囲から明らかである。

上記及び更なる特徴は、以下の詳細な説明を添付の図面と併せて読むことにより、より明確に理解されるであろう。

図１は、SMARCA4-ターゲティング化合物(1 μM若しくは10 μM)又はDMSO媒体コントロールで処理した際の、H358細胞(親株)、SMARCA2-ノックアウトH358細胞(SMARCA2 KO; S2-B3及びS2-C2)、並びにSMARCA4-ノックアウトH358細胞(SMARCA4 KO; S4-D8及びS4-E4)における、転写変化の主要構成要素解析(左側)及び特異的遺伝子の発現レベルの変化(右側)、を示す一連の図である。右側のグラフに示されている個々の遺伝子は、示した主要構成要素において、発現の変化を重く重みづけした遺伝子の例である。 図２は、SMARCA4-ターゲティング化合物(1 μM若しくは10 μM)又はDMSO媒体コントロールで処理した際の、H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞(S2-B3及びS2-C2)、並びにSMARCA4-ノックアウトH358細胞(S4-D8及びS4-E4)における、TP63(上図)及びFOXA1(下図)の発現レベルを示す一連の図である。 図３は、SMARCA4-ターゲティング化合物(1 μM若しくは10 μM)又はDMSO媒体コントロールで処理した際の、H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞(S2-B3及びS2-C2)、並びにSMARCA4-ノックアウトH358細胞(S4-D8及びS4-E4)における、CDH1発現レベルを示す図である。 図４は、SMARCA4-ターゲティング化合物(1 μM若しくは10 μM)又はDMSO媒体コントロールで処理した際の、H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞(S2-B3及びS2-C2)、並びにSMARCA4-ノックアウトH358細胞(S4-D8及びS4-E4)における、SNAI1(左側)及びZEB1(右側)の発現レベルを示す一連の図である。 図５は、SMARCA4-ターゲティング化合物(0.1 μM 、1 μM若しくは10 μM)又はDMSO媒体コントロールで処理した際の、H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞(S2-B3及びS2-C2)、並びにSMARCA4-ノックアウトH358細胞(S4-D8及びS4-E4)における、E-カドヘリン（上図）及びCLDN1（下図）の発現レベルを示す一連の図である。挿入図は、DMSO又はStemXVivo EMT誘導培地サプリメント(R&Dシステム)で処理した際の、H358細胞におけるE-カドヘリン及びCLDN1の発現を示す。 図６は、SMARCA4-ターゲティング化合物(0.1 μM 、1 μM若しくは10 μM)又はDMSO媒体コントロールで処理した際の、H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞(S2-B3及びS2-C2)、並びにSMARCA4-ノックアウトH358細胞(S4-D8及びS4-E4)における、ビメンチン（上図）及びN-カドヘリン（下図）の発現レベルを示す一連の図である。挿入図は、DMSO又はStemXVivo EMT誘導培地サプリメント(R&Dシステム) で処理した際の、H358細胞におけるビメンチン及びN-カドヘリンの発現を示す。

詳細な説明
本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、本出願に記載の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップを含む、を提供する。本開示はまた、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、本出願に記載の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップを含む、も提供する。本開示はまた、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、本出願に記載の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップを含む、を提供する。本開示はまた、少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節する方法、ここで、前記方法は、前記少なくとも1種の細胞を、SMARCA4をターゲットとする有効量の化合物と接触させるステップを含む。いくつかの実施形態では、前記SMARCA4-ターゲティング化合物はまた、他の遺伝子、例えば、SMARCA2、をターゲットとすることもある、又は阻害することもある。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理した際に、SMARCA2-ノックアウト細胞株においてアップレギュレートする遺伝子を含む、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理した際に、SMARCA2-ノックアウト細胞株においてアップレギュレートする、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) ステップ(a)で測定した発現レベルに基づいて、参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(c) 前記参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしている場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理した際に、SMARCA2-ノックアウト細胞株においてダウンレギュレートする遺伝子を含む、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理した際に、SMARCA2-ノックアウト細胞株においてダウンレギュレートする遺伝子セットを含む、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) ステップ(a)で測定した発現レベルに基づいて、参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(c) 前記参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしている場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、若しくは少なくとも約100倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、
又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1つのSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(b) ステップ(a)で測定した発現レベルに基づいて、参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(c) 前記参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしている場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、前記参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしていない場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、若しくは少なくとも約100倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1つのSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(b) ステップ(a)で測定した発現レベルに基づいて、参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(c) 前記参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記遺伝子セットがダウンレギュレートしている場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、前記参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしていない場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) ステップ(a)及び(b)で測定した発現レベルに基づいて、前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(d) 前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしている場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) ステップ(a)及び(b)で測定した発現レベルに基づいて、前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしているかどうかを決定するステップ；並びに、
(d) 前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしている場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む、を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) ステップ(a)及び(b)で測定した発現レベルに基づいて、前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしているかどうかを決定するステップ；並びに、
(d) 前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしている場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしていない場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) ステップ(a)及び(b)で測定した発現レベルに基づいて、前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(d) 前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしている場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、前記第1の時点で前記対象から採取した生物学的サンプルと比較して、前記第2の時点で前記対象から採取した生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしていない場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の処理した細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) ステップ(b)で測定した発現レベルに基づいて、参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(d) 前記参照サンプルと比較して、前記少なくとも1種の処理した細胞中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしている場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の処理した細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の処理した細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の処理した細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) ステップ(b)で測定した発現レベルに基づいて、参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(d) 前記参照サンプルと比較して、前記少なくとも1種の処理した細胞中で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしている場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の細胞は、複数の細胞である。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、前記複数の細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、前記複数の細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、その複数の処理した細胞における前記少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記第1の時点と比較して、前記第2の時点で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(e) 前記第1の時点と比較して、前記第2の時点で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがアップレギュレートしている場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、その複数の処理した細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、その複数の処理した細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、若しくは少なくとも約15倍、若しくは少なくとも約20倍、若しくは少なくとも約25倍、若しくは少なくとも約30倍、若しくは少なくとも約35倍、若しくは少なくとも約40倍、若しくは少なくとも約45倍、若しくは少なくとも約50倍、若しくは少なくとも約55倍、若しくは少なくとも約60倍、若しくは少なくとも約65倍、若しくは少なくとも約70倍、若しくは少なくとも約75倍、若しくは少なくとも約80倍、若しくは少なくとも約85倍、若しくは少なくとも約90倍、若しくは少なくとも約95倍、又は少なくとも約100倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を提供する。
先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、その複数の処理した細胞における前記少なくとも1種の遺伝子セットからの遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記第1の時点と比較して、前記第2の時点で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしているかどうかを決定するステップ；及び、
(e) 前記第1の時点と比較して、前記第2の時点で、前記少なくとも1種の遺伝子セットがダウンレギュレートしている場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む、を提供する。

先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種の細胞は、がん細胞である。

いくつかの態様では、本開示は、少なくとも1種の細胞を、有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物と接触させることを含む、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節する方法、を提供する。いくつかの実施形態では、前記SMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤である。先行する方法のいくつかの実施形態では、前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物は、限定されるものではないが、SMARCA2などの、少なくとも1種の他の遺伝子もターゲットとする、又は阻害する。

先行する方法のいくつかの態様では、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示すことがある。先行する方法のいくつかの態様では、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA4の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示すことがある。

先行する方法のいくつかの態様では、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、上皮の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含むことがある。いくつかの実施形態では、上皮の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、E-カドヘリン、FOXA1、又はCLDN1である。

先行する方法のいくつかの態様では、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、間葉の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含むことがある。いくつかの実施形態では、間葉の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、N-カドヘリン、ビメンチン、SNAI1、又はZEB1である。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING」は、表５に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_E2F_TARGETS」は、表６に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_G2M_CHECKPOINT」は、表７に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_MYC_TARGETS_V1」は、表８に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_MTORC1_SIGNALING」は、表９に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE」は、表１０に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_MYC_TARGETS_V2」は、表１１に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、遺伝子セット「HALLMARK_INTERFERON_GAMMA_RESPONSE」は、表１２に列挙される遺伝子、を含むことがある、からなることがある、又は、から本質的になることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、代わりとなる治療は、SMARCA4-ターゲティング化合物の投与を含まない治療を含むことがある。代わりとなる治療としては、限定されるものではないが、放射線療法、外科手術、化学療法、免疫療法、ホルモン療法、凍結切除、高周波アブレーション、ターゲットを絞った薬物療法(targeted drug therapy)、又はそれらの任意の組合せ、が挙げられる。

本開示の方法のいくつかの態様では、少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップは、少なくとも1種の遺伝子セットからの、少なくとも1種、若しくは少なくとも2種、若しくは少なくとも3種、若しくは少なくとも4種、若しくは少なくとも4種、若しくは少なくとも5種、若しくは少なくとも6種、若しくは少なくとも7種、若しくは少なくとも8種、若しくは少なくとも9種、若しくは少なくとも10種、若しくは少なくとも15種、若しくは少なくとも20種、若しくは少なくとも25種、若しくは少なくとも30種、若しくは少なくとも35種、若しくは少なくとも40種、若しくは少なくとも45種、若しくは少なくとも50種、若しくは少なくとも55種、若しくは少なくとも60種、若しくは少なくとも65種、若しくは少なくとも70種、若しくは少なくとも75種、若しくは少なくとも80種、若しくは少なくとも85種、若しくは少なくとも90種、若しくは少なくとも95種、若しくは少なくとも100種、若しくは少なくとも105種、若しくは少なくとも110種、若しくは少なくとも115種、若しくは少なくとも120種、若しくは少なくとも125種、若しくは 少なくとも130種、若しくは少なくとも135種、若しくは少なくとも140種、若しくは少なくとも145種、若しくは少なくとも150種、若しくは少なくとも155種、若しくは少なくとも160種、若しくは少なくとも165種、若しくは少なくとも170種、若しくは少なくとも175種、若しくは少なくとも180種、若しくは少なくとも185種、若しくは少なくとも190種、若しくは少なくとも195種、又は少なくとも200種、の遺伝子の発現を決定するステップを含む。本開示の方法のいくつかの態様では、少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップは、前記遺伝子セット中の全ての遺伝子の発現レベルを決定するステップを含むことがある。

本開示の方法のいくつかの態様では、少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップは、少なくとも1種、若しくは少なくとも2種、若しくは少なくとも3種、若しくは少なくとも4種、若しくは少なくとも5種、若しくは少なくとも6種、若しくは少なくとも7種、若しくは少なくとも8種、若しくは少なくとも9種、又はは少なくとも10種、の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現を決定するステップを含むことがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップは、少なくとも1種の遺伝子のmRNA発現レベルを決定するステップを含む。本開示の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップは、少なくとも1種の遺伝子のタンパク質発現レベルを決定するステップを含む。本開示の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップは、少なくとも1種の遺伝子のmRNA発現レベル及びタンパク質発現レベルを決定するステップを含む。

当業者によって理解されるように、遺伝子又は複数の遺伝子の発現レベルを決定するステップは、PCR、ターゲットを絞ったシークエンシング(targeted sequencing)、ハイ-スループット・シークエンシング、次世代シークエンシング、ノーザン・ブロット、逆転写PCR(RT-PCR)、リアル-タイムPCR(qPCR)、定量PCR、qRT-PCR、フロー・サイトメトリー、質量分析、マイクロアレイ解析、デジタル・ドロップレットPCR(digital droplet PCR)、ウェスタン・ブロット、又はそれらの任意の組合せ、を含むことがある。

当業者によって理解されるように、参照サンプルと比較して、前記生物学的サンプル中で、前記遺伝子セットがアップレギュレートしているか、又はダウンレギュレートしているか、を決定するステップは、遺伝子セット・エンリッチメント解析(gene set enrichment analysis (GSEA))を実施するステップを含むことがある(例えば、Subrmanian, Tamayo, et al. PNAS, 2005, 102, pgs 15545-15550; Liberzon, Arthur, et al. Bioinformatics, 2011, 27(12), pgs 1739-1740; Liberzon, Arthur, et al. Cell Systems, 2015, 1(6), pgs 417-425)。当業者は、限定されるものではないが、Nucleic Acid SeQuence Analysis Resource (NASQAR), MSigDB, WebGestalt, Enrichr, GeneSCF, DAVID, Metascape, AmiGO 2, ゲノム領域エンリッチメントのアノテーション・ツール（genomic region enrichment of annotations tool (GREAT)）, Functional Enrichment Analysis (FunRich), InterMine, ToppGene、遺伝子発現の定量セット解析（uantitative set analysis for gene expression (QuSage)）, Blast2GO 及び g:Profilerなどの、GSEAを実施するための方法及び／又はツールを認識するであろう。

当業者は、本出願で列挙される遺伝子セットの一部である個々の遺伝子を認識するであろう。非-限定的な例では、当業者は、本出願で列挙される特定の遺伝子セットの一部である個々の遺伝子を、その特定の遺伝子セットに関する関連データベースを参照することによって、決定することがある、ことを認識するであろう。当業者は、そのようなデータベースとして、限定されるものではないが、MSigDB(例えば、Liberzon, Arthur, et al. Bioinformatics, 2011, 27(12), pgs 1739-1740; Liberzon, Arthur, et al. Cell Systems, 2015, 1(6), pgs 417-425、を参照)が挙げられることを、認識するであろう。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、ファミリーワイズ-エラー率(familywise-error rate (FWER))のp-値が0.05未満である場合、遺伝子セットは、アップレギュレートしている、又はダウンレギュレートしている、と言う。本開示の方法のいくつかの実施形態では、前記FWERのp-値が約0.1未満、若しくは約0.05未満、若しくは約0.01未満、若しくは約0.005未満、若しくは約0.001未満、若しくは約0.0005未満、又は約0.0001未満、である場合、遺伝子セットは、アップレギュレートしている、又はダウンレギュレートしている、と言う。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、偽発見率-調整済みp-値(false discovery rate-adjusted p-values [q-値(q-value)])が0.05未満である場合、遺伝子セットは、アップレギュレートしている、又はダウンレギュレートしている、と言う。本開示の方法のいくつかの実施形態では、偽発見率-調整済みp-値(false discovery rate-adjusted p-values [q-値(q-value)])が約0.1未満、若しくは約0.05未満、若しくは約0.01未満、若しくは約0.005未満、若しくは約0.001未満、若しくは約0.0005未満、又は約0.0001未満、である場合、遺伝子セットは、アップレギュレートしている、又はダウンレギュレートしている、と言う。

いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、参照サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルであることがある。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、複数の参照サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の平均(average)(平均(mean))発現レベルであることがある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、参照サンプルは、SMARCA4-ターゲティング化合物の投与を含む治療に対して応答性である、と過去に同定された対象から採取したサンプルである。本開示の方法のいくつかの実施形態では、参照サンプルは、SMARCA4-ターゲティング化合物の投与を含む治療に対して非-応答性である、と過去に同定された対象から採取したサンプルである。本開示の方法のいくつかの実施形態では、参照サンプルは、SMARCA4をターゲットとすることが知られている化合物と接触させた細胞由来のサンプルである。いくつかの実施形態では、参照サンプルは、複数の対象由来の複数の参照サンプルを含むことがある。

本開示のいくつかの態様では、SMARCA4-ターゲティング化合物は、当技術分野で公知であり、認識されている任意のSMARCA4-ターゲティング化合物である。いくつかの実施形態では、SMARCA4-ターゲティング化合物がWO/2020/023657に記載されている化合物であり、その全内容は本出願に参照により取り込まれる。

本開示のいくつかの態様では、SMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤であることがある。本出願で使用する場合、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4アンタゴニストと呼ばれることもある。本開示のいくつかの態様では、SMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4分解剤であることがある。

本開示のある特定の態様では、前記阻害剤は、SMARCA4のヘリカーゼ・ドメインをターゲットとする。いくつかの実施形態では、前記阻害剤は、SMARCA4のATPドメインをターゲットとする。いくつかの実施形態では、前記阻害剤は、SMARCA4のブロモドメインをターゲットとしない。いくつかの実施形態では、前記阻害剤は、SMARCA4のブロモドメインをターゲットとする。

いくつかの態様では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも10%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも20%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも30%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも40%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも50%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも60%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも70%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも80%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも90%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも95%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも98%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を少なくとも99%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4ヘリカーゼ活性を阻害し、SMARCA4活性を無くしてしまう。

いくつかの態様では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも10%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも20%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも30%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも40%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも50%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも60%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも70%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも80%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも90%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも95%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも98%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を少なくとも99%阻害する。いくつかの実施形態では、SMARCA4阻害剤は、SMARCA4 ATPase活性を阻害し、SMARCA4活性を無くしてしまう。

本開示の特定の態様では、前記SMARCA4阻害剤は、SMARCA4活性を阻害する。SMARCA4活性の阻害は、任意の好適な方法を用いて検出することができる。前記阻害を、例えば、SMARCA4活性の割合として、又はSMARCA4活性の生成物として、測定することができる。

前記阻害は、好適なコントロールと比較して、測定可能な阻害である。いくつかの実施形態では、阻害は、好適なコントロールと比較して、少なくとも10%の阻害である。即ち、阻害剤が存在する場合の酵素活性の割合又は生成物の量は、阻害剤が存在しない場合の対応する割合又は量の90パーセント以下である。いくつかの実施形態では、阻害は、好適なコントロールと比較して、少なくとも20、25、30、40、50、60、70、75、80、90、又は95%の阻害である。いくつかの実施形態では、阻害は、好適なコントロールと比較して、少なくとも99%の阻害である。即ち、阻害剤が存在する場合の酵素活性の割合又は生成物の量は、阻害剤が存在しない場合の対応する割合又は量の1パーセント以下である。

いくつかの態様では、SMARCA4-ターゲティング化合物はまた、別の遺伝子をターゲットとすることもある。いくつかの実施形態では、前記SMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA2-ターゲティング化合物（例えば、SMARCA2阻害剤、SMARCA2アンタゴニストとも呼ばれる)であることもある。

本開示の方法のいくつかの実施形態では、がんは、異常なSMARCA2の発現、活性、機能、又はそれらの組合せ、を示す。

いくつかの実施形態では、異常なSMARCA2の発現は、コントロールの発現レベルと比較しての、減少したSMARCA2発現を含む。いくつかの実施形態では、異常なSMARCA2の発現は、コントロールのレベルと比較しての、減少したSMARCA2タンパク質の発現を含む。いくつかの実施形態では、異常なSMARCA2の発現は、コントロールのレベルと比較しての、減少したSMARCA2 mRNAの発現を含む。

いくつかの実施形態では、異常なSMARCA2の活性は、コントロールの活性レベル比較しての、減少したSMARCA2の活性を含む。

いくつかの実施形態では、前記コントロールのレベルは、がんを有さない対象における、又はがんを有さない対象由来の細胞における、SMARCA2タンパク質の発現のレベル、SMARCA2 mRNAの発現のレベル、SMARCA2の活性のレベル、又はSMARCA2の機能のレベル、である。いくつかの実施形態では、前記コントロールのレベルは、ある特定の集団に属する対象における、又はある特定の集団に属する対象由来の細胞における、SMARCA2タンパク質の発現のレベル、SMARCA2 mRNAの発現のレベル、SMARCA2の活性のレベル、又はSMARCA2の機能のレベル、であることがある、ここで、前記レベルは、前記集団において観察されるSMARCA2のタンパク質の発現、mRNAの発現、活性又は機能、の平均レベルと等しい、又はほぼ等しい。いくつかの実施形態では、前記コントロールのレベルは、集団全体における、SMARCA2のタンパク質の発現、mRNAの発現、活性又は機能、の平均レベルと等しい、又はほぼ等しい、SMARCA2のタンパク質の発現、mRNAの発現、活性又は機能、のレベルであることがある。いくつかの実施形態では、前記コントロールのレベルは、がんを有さない対象における、又はがんを有さない対象由来の細胞における、SMARCA2タンパク質の発現のレベルである。いくつかの実施形態では、前記コントロールのレベルは、がんを有さない対象における、又はがんを有さない対象由来の細胞における、SMARCA2 mRNAの発現のレベルである。いくつかの実施形態では、前記コントロールのレベルは、がんを有さない対象における、又はがんを有さない対象由来の細胞における、SMARCA2の活性のレベルである。いくつかの実施形態では、前記コントロールのレベルは、がんを有さない対象における、又はがんを有さない対象由来の細胞における、SMARCA2の機能のレベルである。

いくつかの態様では、SMARCA4-ターゲティング化合物、又はその薬学的に許容可能な塩若しくは溶媒和物を、経口、経鼻、経皮、肺、吸入、口腔、舌下、腹腔内、皮下、筋肉内、静脈内、直腸、胸膜内、髄腔内、及び非経口で、投与することがある。いくつかの実施形態では、前記化合物を経口投与する。当業者は、ある特定の投与経路の利点を認識するであろう。

本開示の方法のいくつかの態様では、対象はがんを有する。「対象」としては、哺乳動物が挙げられる。前記哺乳動物は、例えば、任意の哺乳動物、例えば、ヒト、霊長類、トリ、マウス、ラット、家禽、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヤギ、ラクダ、ヒツジ又はブタ、であることがある。いくつかの実施形態では、前記哺乳動物は、ヒトである。

用語「治療有効量」は、本出願で使用する場合、同定された疾患若しくは症状を、治療する、軽減する、若しくは予防するための、又は検出可能な治療効果若しくは阻害効果を示すための、医薬品の量を指す。前記効果を、当技術分野で公知の任意のアッセイ方法によって、検出することができる。対象にとっての正確な有効量は、対象の体重、サイズ、及び健康；前記症状の性質及び範囲；並びに投与のために選択される治療薬又は治療薬の組合せ、に依存するであろう。所与の状況に対する治療有効量を、臨床医の技能及び判断の範囲内である日常的な試験によって、決定することができる。いくつかの態様では、治療するべき疾患又は症状は、がんである。他の態様では、治療するべき疾患又は症状は、細胞増殖性障害である。

本出願で使用する場合、用語「応答性(responsiveness)」は、「応答性がある(responsive)」、「感受性がある(sensitive)」、及び「感受性(sensitivity)」という用語と互換的であり、組成物又は治療を投与した場合に、対象が治療的な応答を示していること、例えば、前記対象の腫瘍細胞又は腫瘍組織は、アポトーシス及び／若しくはネクローシスを起こすこと、並びに／又は成長、分裂、又は増殖の減少を示すこと、を意味する。この用語はまた、組成物又は治療を投与した場合に、集団全体と比較して、対象が治療的な応答（例えば、前記対象の腫瘍細胞又は腫瘍組織は、アポトーシス及び／若しくはネクローシスを起こすこと、並びに／又は成長、分裂、又は増殖の減少を示すこと）を示す可能性がより高くなるであろう、又はより高い、ことを意味する。

いくつかの態様では、「サンプル」は、前記対象に由来する任意の生物学的サンプルであることがある、並びに、「サンプル」としては、限定されるものではないが、細胞、組織サンプル、体液（限定されるものではないが、粘液、血液、血漿、血清、尿、唾液、及び精液など）、腫瘍細胞、及び腫瘍組織、が挙げられる。いくつかの実施形態では、前記サンプルを、骨髄、末梢血細胞、血液、血漿及び血清、より選択する。治療又は試験中の対象がサンプルを提供することがある。或いは、サンプルを、当技術分野における日常的な実務に従って、臨床医が取得することがある。

本出願で使用する場合、「正常細胞」は、「細胞増殖性障害」の一部として分類することができない細胞である。正常細胞は、望ましくない症状又は疾患の発症につながり得る、無秩序な又は異常な成長、又はその両方、を欠く。いくつかの実施形態では、正常細胞は、正常に機能する細胞周期チェックポイント制御機構を有する。

本出願で使用する場合、「細胞を接触させる」は、化合物又は他の物質組成物が、細胞と直接接触している、又は細胞において所望の生物学的な効果を誘導するのに十分に近い、状態を指す。

本出願で使用する場合、「治療すること」又は「治療する」は、疾患、症状、又は障害と闘うことを目的として、患者を、管理すること、及びケアすること、を記載する、並びに疾患、症状、又は障害の徴候(symptom)若しくは合併症を軽減するための、又は疾患、症状、若しくは障害を排除するための、本開示の方法に係る治療を処方すること、を含む。

本開示の方法を使用して、疾患、症状又は障害を予防することもある。本出願で使用する場合、「予防すること」又は「予防する」は、疾患の、症状の、又は障害の、徴候(symptom)の発症を、又は合併症の発症を、低減すること、又は排除すること、を記載する。

本出願で使用する場合、用語「軽減する(alleviate)」は、障害のサイン又は徴候(symptom)の重症度が減少する過程を説明することを意味する。重要なことに、サイン又は徴候(symptom)は、排除されることなく、軽減され得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物を投与すると、サイン又は徴候(symptom)が排除されるが、排除されることは必須ではない。有効用量によって、サイン又は徴候(symptom)の重症度が低下することが期待される。例えば、がんの重症度が、複数の位置のうちの少なくとも1か所中で、減少する場合、複数の位置で起こり得る前記がんなどの障害の、サイン又は徴候(symptom)は、軽減する。

「がん細胞」又は「がん性細胞」は、がんである細胞増殖性障害を発現する細胞である。任意の再現性のある測定方法を用いて、がん細胞又は前がん性細胞を同定することができる。がん細胞又は前がん性細胞を、組織サンプル(例えば、生検サンプル)の組織学的タイピング又はグレード付けによって、同定することがある。がん細胞又は前がん性細胞を、適切な分子マーカーを使用することによって、同定することがある。

いくつかの実施形態では、治療するべきがんは、SWI/SNF複合体のメンバー、例えばSMARCA2、が変異した、欠失した、発現の喪失を示す、発現の減少を示す、及び／又は機能の喪失（例えば、酵素活性の低下）を示す、がんである。非-限定的な例では、治療するべきがんは、SMARCA2が変異しているがんであることがある。非-限定的な例では、治療するべきがんは、コントロールの発現レベル（例えば、がんを有さない対象におけるSMARCA2の発現レベル）と比較して、SMARCA2の発現が減少したがんであることがある。非-限定的な例では、治療するべきがんは、SMARCA2が発現していないがんであることがある。非-限定的な例では、治療するべきがんは、コントロールの活性レベル(例えば、がんを有さない対象におけるSMARCA2の活性レベル)と比較して、SMARCA2の活性が減少したがんであることがある。

本出願で使用する場合、「親H358(parental H358)」は、野生型NCI-H358細胞株を記載し、本出願では、例えば、「H358」、「NCI-H358」、及び「親(parental)」とも呼ばれる。

本出願で使用する場合、「SMARCA2-ノックアウトH358」は、Cas9及びSMARCA2に向けられたsgRNAを含む単一発現系レンチウイルス（Cellecta，Inc）を使用して作成される、改変したH358細胞株を記載し、本出願では、例えば「SMARCA2 KO」、「H358 SMARCA2 KO」、「SMARCA2-ノックアウト NCI-H358」、及び「NCI-H358 SMARCA2 KO」、としても呼ばれる。非-限定的な例では、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株は、「NCI-H358 SMARCA2 KO B3」細胞株であることがあり、本出願では、例えば、「S2-B3」とも呼ばれる。非-限定的な例では、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株は、「NCI-H358 SMARCA2 KO C2」細胞株であることがあり、本出願では、例えば、「S2-C2」とも呼ばれる。いくつかの実施形態では、「SMARCA2 KO」は、S2-B3細胞株及びS2-C2細胞株の両方を指すことがある。

本出願で使用する場合、「SMARCA4-ノックアウトH358」は、Cas9及びSMARCA4に向けられたsgRNAを含む単一発現系レンチウイルス（Cellecta，Inc）を使用して作成される、改変したH358細胞株を記載し、本出願では、例えば「SMARCA4 KO」、「H358 SMARCA4 KO」、「SMARCA4-ノックアウト NCI-H358」、及び「NCI-H358 SMARCA4 KO」、としても呼ばれる。非-限定的な例では、SMARCA4-ノックアウトH358細胞株は、「NCI-H358 SMARCA4 KO D8」細胞株であることがあり、本出願では、例えば、「S4-D8」とも呼ばれる。非-限定的な例では、SMARCA4-ノックアウトH358細胞株は、「NCI-H358 SMARCA4 KO E4」細胞株であることがあり、本出願では、例えば、「S4-E4」とも呼ばれる。いくつかの実施形態では、「SMARCA4 KO」は、S4-D8細胞株及びS4-E4細胞株の両方を指すことがある。

例示的ながんとしては、限定されるものではないが、副腎皮質がん腫(adrenocortical carcinoma)、AIDS-関連がん、AIDS-関連リンパ腫、肛門がん、肛門直腸がん、肛門管がん、虫垂がん、小児小脳星状膠細胞腫、小児脳星状膠細胞腫、基底細胞がん(basal cell carcinoma)、皮膚がん(非-メラノーマ)、胆汁性がん、肝外胆管がん、肝内胆管がん、膀胱がん、尿中膀胱がん、骨及び関節がん、骨肉腫及び悪性線維性組織球腫、脳がん、脳腫瘍、脳幹神経膠腫、小脳星状膠細胞腫、脳星状膠細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍(supratentorial primitive neuroectodermal tumors)、視経路と視床下部神経膠腫、乳がん、気管支腺腫／カルチノイド、カルチノイド腫瘍、胃腸管、神経系がん、神経系リンパ腫、中枢神経系がん、中枢神経系リンパ腫、子宮頸がん、小児がん、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、結腸がん、結腸直腸がん、皮膚T-細胞リンパ腫、リンパ系新生物、菌状息肉腫、セザリー症候群(Seziary Syndrome)、子宮内膜がん、食道がん(esophageal cancer)、頭蓋外胚細胞腫、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管がん、眼がん、眼内メラノーマ、網膜芽腫、胆嚢がん、胃がん(gastric(stomach)cancer)、胃腸管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍(GIST)、胚細胞腫瘍、卵巣胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛(性)腫瘍神経膠腫、頭頸部がん、肝細胞(肝臓)がん、ホジキン・リンパ腫、下咽頭がん、眼内メラノーマ、眼球がん、膵島細胞腫瘍(膵内分泌)、腎臓がん(kidney cancer)、腎臓がん(renal cancer)、腎臓がん(kidney cancer)、喉頭がん、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病(hairy cell leukemia)、口唇及び口腔がん、肝臓がん、肺がん、非-小細胞肺がん、小細胞肺がん、AIDS-関連リンパ腫、非-ホジキン・リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、ワルデンシュトレーム・マクログロブリン血症(Waldenstram macroglobulinemia)、髄芽腫、メラノーマ、眼内(眼)メラノーマ、メルケル細胞がん腫(merkel cell carcinoma)、悪性中皮腫、中皮腫、転移性頸部扁平上皮がん、口腔がん(mouth cancer)、舌部がん、多発性内分泌腫瘍症候群、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、慢性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、慢性骨髄増殖性疾患、鼻咽腔がん(nasopharyngeal cancer)、神経芽細胞腫、口腔がん(oral cancer)、口腔がん(oral cavity cancer)、口腔咽頭がん、卵巣がん、卵巣上皮がん、低悪性度卵巣腫瘍、膵臓がん、膵島細胞膵臓がん、副鼻腔及び鼻腔がん、副甲状腺がん、陰茎がん、咽頭がん、褐色細胞腫、松果体芽細胞腫及びテント上原始神経外胚葉性腫瘍(pineoblastoma and supratentorial primitive neuroectodermal tumors)、下垂体腫瘍、形質細胞新生物／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、前立腺がん、直腸がん、腎盂と尿管、移行細胞がん、網膜芽腫、横紋筋肉腫(rhabdomyosarcoma)、唾液腺がん、ユーイング・ファミリーの肉腫腫瘍(ewing family of sarcoma tumors)、カポジ肉腫、軟部肉腫、子宮がん(uterine cancer)、子宮肉腫、皮膚がん(非-メラノーマ)、皮膚がん(メラノーマ)、メルケル細胞皮膚がん腫(merkel cell skin carcinoma)、小腸がん、軟部肉腫、扁平上皮がん(squamous cell carcinoma)、胃がん(stomach (gastric) cancer)、テント上原始神経外胚葉性腫瘍(supratentorial primitive neuroectodermal tumors)、精巣がん、咽喉がん(throat cancer)、胸腺腫、胸腺腫及び胸腺がん腫(thymoma and thymic carcinoma)、甲状腺がん、腎盂及び尿管並びに他の泌尿器の移行細胞がん、妊娠性絨毛(性)腫瘍、尿道がん、子宮内膜子宮がん(endometrial uterine cancer)、子宮肉腫、子宮体部がん(uterine corpus cancer)、膣がん(vaginal cancer)、外陰がん、及びウィルムス腫瘍(Wilm's Tumor)、が挙げられる。

「血液系の細胞増殖性障害」は、血液系の細胞に関わる細胞増殖性障害である。血液系の細胞増殖性障害としては、リンパ腫、白血病、骨髄性新生物、マスト細胞新生物、骨髄異形成、良性単クローン性免疫グロブリン血症、リンパ腫様肉芽腫症、リンパ腫様丘疹症、真性赤血球増加症、慢性骨髄性白血病、原発性骨髄線維症(agnogenic myeloid metaplasia)、及び本態性血小板血症(essential thrombocythemia)、が挙げられる。血液系の細胞増殖性障害としては、血液系の細胞の過形成、異形成、及び化生、が挙げられる。本開示の血液がんとしては、多発性骨髄腫、リンパ腫（ホジキン・リンパ腫、非-ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin's lymphoma)、小児リンパ腫、及びリンパ球由来及び皮膚由来のリンパ腫など)、白血病（小児白血病、ヘアリー細胞白血病、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病(chronic myelocytic leukemia)、慢性骨髄性白血病(chronic myelogenous leukemia)、及びマスト細胞白血病など)、骨髄性新生物、及びマスト細胞新生物、が挙げられる。

「肺の細胞増殖性障害」は、肺の細胞に関わる細胞増殖性障害である。肺の細胞増殖性障害としては、肺細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害が挙げられる。肺の細胞増殖性障害としては、肺がん、肺の前がん症状又は前がん性症状、肺の良性増殖又は病変、及び肺の悪性増殖又は病変、並びに肺以外の体内の組織及び器官における転移性病変、が挙げられる。肺がんとしては、悪性の肺新生物, 上皮内がん腫(carcinoma in situ)、定型的なカルチノイド腫瘍、及び非定型的なカルチノイド腫瘍、が挙げられる。

肺がんとしては、小細胞肺がん(「SCLC」)、非-小細胞肺がん(「NSCLC」)、扁平上皮がん腫(squamous cell carcinoma)、腺がん腫、小細胞がん腫(small cell carcinoma)、大細胞がん腫(large cell carcinoma)、腺扁平上皮細胞がん腫(adenosquamous cell carcinoma)、及び中皮腫、が挙げられる。肺がんとしては、「瘢痕がん腫(scar carcinoma)」、気管支肺胞上皮がん腫(bronchioalveolar carcinoma)、巨大細胞がん腫(giant cell carcinoma)、紡錘細胞がん腫(spindle cell carcinoma)、及び大細胞神経内分泌がん腫(large cell neuroendocrine carcinoma)、が挙げられる。肺がんとしては、組織学的な及び超微形態的な不均一性(例えば、混合細胞型)を有する肺新生物、が挙げられる。

肺の細胞増殖性障害としては、肺細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害、が挙げられる。肺の細胞増殖性障害としては、肺がん、肺の前がん性症状、が挙げられる。肺の細胞増殖性障害としては、肺の過形成、化生、及び異形成、が挙げられる。肺の細胞増殖性障害としては、アスベスト-誘発性過形成、扁平上皮化生、及び良性反応性中皮細胞化生（benign reactive mesothelial metaplasia）、が挙げられる。肺の細胞増殖性障害としては、重層扁平上皮への円柱上皮の置換(replacement of columnar epithelium with stratified squamous epithelium)、及び粘膜上皮異形成、が挙げられる。吸入された有害な環境化学物質(例えば、タバコの煙及び石綿)に曝露された個体は、肺の細胞増殖性障害を発症するリスクが高くなることがある。個体が肺の細胞増殖性障害を発症するようになることがある、過去の肺疾患としては、慢性間質性肺疾患、壊死性肺疾患、強皮症、リウマチ様疾患、サルコイドーシス、間質性肺炎、結核、繰り返す肺炎、特発性肺線維症、肉芽腫、石綿症、線維化性肺胞炎、及びホジキン病、が挙げられる。

「結腸の細胞増殖性障害」は、結腸の細胞を含む細胞増殖性障害である。好ましくは、前記結腸の細胞増殖性障害は、結腸がんである。

結腸がんとしては、結腸のがんの全ての形態が挙げられる。結腸がんとしては、孤発性の及び遺伝性の結腸がん、が挙げられる。結腸がんとしては、悪性結腸新生物、上皮内がん腫(carcinoma in situ)、定型的なカルチノイド腫瘍、及び非定型的なカルチノイド腫瘍、が挙げられる。結腸がんとしては、腺がん腫、扁平上皮がん腫(squamous cell carcinoma)、及び腺扁平上皮細胞がん腫(adenosquamous cell carcinoma)、が挙げられる。結腸がんは、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸がん(hereditary nonpolyposis colorectal cancer)、家族性腺腫性ポリポーシス、ガードナー症候群、ポイツ-イェガース症候群(Peutz-Jeghers syndrome)、ターコット症候群、及び若年性ポリポーシス、からなる群より選択される遺伝性症候群と相関することがある。結腸がんは、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸がん(hereditary nonpolyposis colorectal cancer)、家族性腺腫性ポリポーシス、ガードナー症候群、ポイツ-イェガース症候群(Peutz-Jeghers syndrome)、ターコット症候群、及び若年性ポリポーシス、からなる群より選択される遺伝性症候群によって引き起こされることがある。

結腸の細胞増殖性障害としては、結腸細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害、が挙げられる。結腸の細胞増殖性障害としては、結腸がん、結腸の前がん性症状、結腸の腺腫性ポリープ、及び結腸の異時性病変、が挙げられる。結腸の細胞増殖性障害としては、腺腫が挙げられる。結腸の細胞増殖性障害は、結腸の過形成、化生、及び異形成によって特徴付けられることができる。個体が結腸の細胞増殖性障害を発症するようになることがある、過去の結腸疾患としては、過去の結腸がん、が挙げられる。個体が結腸の細胞増殖性障害を発症するようになることがある、現在の疾患としては、クローン病及び潰瘍性大腸炎、が挙げられる。結腸の細胞増殖性障害は、p53、ras、FAP、及びDCC、からなる群より選択される遺伝子中の変異、と相関することがある。p53、ms、FAP、及びDCC、からなる群より選択される遺伝子中の変異の存在に起因して、個体は、結腸の細胞増殖性障害を発症するリスクが上昇する。

「膵臓の細胞増殖性障害」は、膵臓の細胞に関わる細胞増殖性障害である。膵臓の細胞増殖性障害としては、膵臓細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害、が挙げられる。膵臓の細胞増殖性障害としては、膵臓がん、膵臓の前がん症状又は前がん性症状、膵臓の過形成、及び膵臓の異形成、膵臓の良性増殖又は病変、及び膵臓の悪性増殖又は病変、並びに膵臓以外の体内の組織及び器官における転移性病変、が挙げられる。膵臓がんとしては、膵臓のがんの全ての形態が挙げられる。膵臓がんとしては、導管腺がん腫、腺扁平上皮がん腫(adenosquamous carcinoma)、多形巨大細胞がん腫(pleomorphic giant cell carcinoma)、粘液腺がん腫、破骨細胞様巨大細胞がん腫(osteoclast-like giant cell carcinoma)、ムチン性嚢胞腺がん腫(mucinous cystadenocarcinoma)、腺房がん腫(acinar carcinoma)、分類不能の大細胞がん腫(unclassified large cell carcinoma)、小細胞がん腫(small cell carcinoma)、膵芽腫、乳頭状新生物、粘液性嚢胞腺腫(mucinous cystadenoma)、乳頭状嚢胞性新生物(papillary cystic neoplasm)、及び漿液性嚢胞腺腫(serous cystadenoma)、が挙げられる。膵臓がんとしてはまた、組織学的な及び超微形態的な不均一性を有する膵新生物(例えば、混合細胞型)、が挙げられる。

「前立腺の細胞増殖性障害」は、前立腺の細胞に関わる細胞増殖性障害である。前立腺の細胞増殖性障害としては、前立腺の細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害、が挙げられる。前立腺の細胞増殖性障害としては、前立腺がん、前立腺の前がん症状又は前がん性症状、前立腺の良性増殖又は病変、前立腺の悪性増殖又は病変、並びに前立腺以外の体内の組織及び器官への転移性病変、が挙げられる。前立腺の細胞増殖性障害としては、前立腺の過形成、化生、及び異形成、が挙げられる。

「皮膚の細胞増殖性障害」は、皮膚の細胞に関わる細胞増殖性障害である。皮膚の細胞増殖性障害としては、皮膚細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害、が挙げられる。皮膚の細胞増殖性障害としては、皮膚の前がん症状又は前がん性症状、皮膚の良性増殖又は病変、メラノーマ、悪性メラノーマ、及び皮膚の他の悪性増殖又は病変、並びに皮膚以外の体内の組織及び器官における転移性病変、が挙げられる。皮膚の細胞増殖性障害としては、皮膚の過形成、化生、及び異形成、が挙げられる。

「卵巣の細胞増殖性障害」は、卵巣の細胞に関わる細胞増殖性障害である。卵巣の細胞増殖性障害としては、卵巣の細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害、が挙げられる。卵巣の細胞増殖性障害としては、卵巣の前がん症状又は前がん性症状、卵巣の良性増殖又は病変、卵巣がん、卵巣の悪性増殖又は病変、並びに卵巣以外の体内の組織及び器官における転移性病変、が挙げられる。卵巣の細胞増殖性障害としては、卵巣の細胞の過形成、化生、及び異形成、が挙げられる。

「乳房の細胞増殖性障害」は、乳房の細胞に関わる細胞増殖性障害である。乳房の細胞増殖性障害としては、乳房の細胞に影響を及ぼす全ての形態の細胞増殖性障害、が挙げられる。乳房の細胞増殖性障害としては、乳がん、乳房の前がん症状又は前がん性症状、乳房の良性増殖又は病変、及び乳房の悪性増殖又は病変、並びに乳房以外の体内の組織及び器官における転移性病変、が挙げられる。乳房の細胞増殖性障害としては、乳房の過形成、化生、及び異形成、が挙げられる。乳がんとしては、乳房のがんの全ての形態、が挙げられる。乳がんとしては、原発性上皮乳がん、が挙げられる。乳がんとしては、リンパ腫、肉腫、又はメラノーマなどの他の腫瘍によって乳房が関与を受けたがん、が挙げられる。乳がんとしては、乳房のがん腫(carcinoma)、乳房の腺管がん腫(ductal carcinoma)、乳房の小葉がん腫(lobular carcinoma)、乳房の未分化がん腫(undifferentiated carcinoma)、乳房の葉状嚢肉腫(cystosarcoma phyllodes)、乳房の血管肉腫、及び乳房の原発性リンパ腫、が挙げられる。乳がんとしては、ステージI、II、IIIA、MB、IIIC及びIVの乳がん、が挙げられる。乳房の腺管がん腫(ductal carcinoma)としては、浸潤がん腫(invasive carcinoma)、優勢な乳管内がん細胞を伴った浸潤上皮内がん腫(invasive carcinoma in situ with predominant intraductal component)、炎症性乳がん、及び面皰、粘液性(コロイド)、髄質、リンパ球浸潤を伴った髄質、乳頭状、硬変、及び細管、からなる群より選択される組織型を有する乳房の腺管がん腫(ductal carcinoma)、が挙げられる。乳房の小葉がん腫(Lobular carcinoma)としては、優勢な非浸潤性構成要素を伴った浸潤性小葉がん腫(invasive lobular carcinoma with predominant in situ component)、浸潤性小葉がん腫(invasive lobular carcinoma)、浸潤性小葉がん腫(infiltrating lobular carcinoma)、が挙げられる。乳がんとしては、ページェット病、腺管内がん腫(intraductal carcinoma)を伴うページェット病、及び浸潤性腺管がん腫(ductal carcinoma)を伴うページェット病、が挙げられる。乳がんとしては、組織学的な及び超微形態的な不均一性（例えば、混合細胞型）を有する乳房新生物、が挙げられる。

本開示の方法のいくつかの態様では、対象に化合物(例えば、SMARCA4-ターゲティング化合物)を投与するステップは、前記対象にその化合物の薬学的に許容可能な塩を投与するステップを含むことがある。

本出願で使用する場合、「薬学的に許容可能な塩」は、本開示の化合物の誘導体を指す、ここで、その親化合物は、その酸塩又は塩基塩を作ることによって改変されている。薬学的に許容可能な塩の例としては、限定されるものではないが、アミンなどの塩基性残基の金属又は有機酸塩、カルボン酸などの酸性残基のアルカリ又は有機塩、などが挙げられる。薬学的に許容可能な塩としては、例えば、非-毒性の無機酸又は有機酸から形成される、親化合物の、ありふれた非-毒性塩又は第四級アンモニウム塩、が挙げられる。例えば、そのようなありふれた非-毒性塩としては、限定されるものではないが、2-アセトキシ安息香酸、2-ヒドロキシエタン・スルホン酸、酢酸、アスコルビン酸、ベンゼン・スルホン酸、安息香酸、重炭酸、炭酸、クエン酸、エデト酸、エタン・ジスルホン酸、1, 2-エタン・スルホン酸、フマル酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸、グルタミン酸、グリコール酸、グリコリアルサニル（glycollyarsanilic）酸、ヘキシルレゾルシン酸（hexylresorcinic）、ヒドラバミン酸(hydrabamic)、臭化水素酸、塩酸、ヨウ化水素酸、ヒドロキシマレイン酸、ヒドロキシナフトエ酸、イセチオン酸、乳酸、ラクトビオン酸、ラウリルスルホン酸、マレイン酸、リンゴ酸、マンデル酸、メタン・スルホン酸、ナプシル酸(napsylic)、硝酸、シュウ酸、パモ酸、パントテン酸、フェニル酢酸、リン酸、ポリガラクツロン酸、プロピオン酸、サリチル酸、ステアリン酸、亜酢酸、コハク酸、スルファミン酸、スルファニル酸、硫酸、タンニン酸、酒石酸、トルエン・スルホン酸、及び一般的に存在するアミン酸、例えば、グリシン、アラニン、フェニルアラニン、アルギニン等、より選択される無機酸、及び有機酸に由来する、非-毒性塩、が挙げられる。

薬学的に許容可能な塩の他の例としては、ヘキサン酸、シクロペンタン・プロピオン酸、ピルビン酸、マロン酸、3-(4-ヒドロキシベンゾイル)安息香酸、桂皮酸、4-クロロベンゼンスルホン酸、2-ナフタレンスルホン酸、4-トルエンスルホン酸、カンファースルホン酸、4-メチルビシクロ-[2.2.2]-オクタ-2-エン-1-カルボン酸、3-フェニルプロピオン酸、トリメチル酢酸、第三ブチル酢酸、ムコン酸など、が挙げられる。本開示はまた、親化合物中に存在する酸性プロトンが、金属イオン、例えば、アルカリ金属イオン、アルカリ土類イオン、若しくはアルミニウム・イオン、によって置き換えられている場合；又は有機塩基、例えば、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、トロメタミン、N-メチルグルカミンなど、と配位する場合、に形成される塩、も包含する。

薬学的に許容可能な塩を指す場合はいつも、同じ塩の溶媒付加形態(溶媒和物)を含むことを理解されたい。

例示的な実施形態

実施形態１．
がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。

実施形態２．
実施形態１に記載の方法、ここで、ステップ(d) は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

実施形態３．
対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、
前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。

実施形態４．
実施形態３に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

実施形態５．
がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。

実施形態６．
実施形態５に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

実施形態７．
対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。

実施形態８．
実施形態７に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

実施形態９．
がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。

実施形態１０．
実施形態９に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

実施形態１１．
対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
(b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。

実施形態１２．
実施形態１１に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

実施形態１３．
がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。

実施形態１４．
実施形態１３に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。

実施形態１５．
対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。

実施形態１６．
実施形態１５に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。

実施形態１７．
少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、前記複数の細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。

実施形態１８．
実施形態１７に記載の方法、ここで、ステップ(e)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

実施形態１９．
少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。

実施形態２０．
実施形態１９に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

実施形態２１．
少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
(c) 第2の時点で、その複数の処理した細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
(e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。

実施形態２２．
実施形態２１に記載の方法、ここで、ステップ(e)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

実施形態２３．
少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
(a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
(b) 少なくとも1種の処理した細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
(c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
(d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。

実施形態２４．
実施形態２３に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。

実施形態２５．
実施形態１、３、５、７、１７及び１９の何れか1つに記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。

実施形態２６．
実施形態１、３、５、７、１７及び１９の何れか1つに記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。

実施形態２７．
実施形態９、１１、１３、１５、２１及び２３の何れか1つに記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。

実施形態２８．
実施形態９、１１、１３、１５、２１及び２３の何れか1つに記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。

実施形態２９．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、前記がんは、異常なSMARCA2の発現、活性、機能若しくはそれらの組合せ、を示す。

実施形態３０．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、異常なSMARCA2の発現は、コントロールの発現レベルと比較しての、減少したSMARCA2の発現を含む。

実施形態３１．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、前記コントロールの発現レベルは、がんを有さない対象における、SMARCA2の発現レベルである。

実施形態３２．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、異常なSMARCA2の活性は、コントロールの活性レベルと比較しての、減少したSMARCA2の活性を含む。

実施形態３３．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、前記コントロールの活性レベルは、がんを有さない対象における、SMARCA2の活性レベルである。

実施形態３４．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤である。

実施形態３５．
少なくとも1種の細胞を、有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物と接触させることを含む、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節する方法。

実施形態３６．
実施形態３５に記載の方法、ここで、前記SMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤である。

実施形態３７．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、前記細胞は、がん細胞である。

実施形態３８．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、前記細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す。

実施形態３９．
先行する実施形態の何れか1つに記載の方法、ここで、前記細胞は、異常なSMARCA4の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す。

実施形態４０．
実施形態３５から３９の何れか1つに記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、上皮の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含む。

実施形態４１．
実施形態４０に記載の方法、ここで、上皮の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、E-カドヘリン、FOXA1、又はCLDN1である。

実施形態４２．
実施形態３５から４１の何れか1つに記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、間葉の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含む。

実施形態４３．
実施形態４２に記載の方法、ここで、間葉の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、N-カドヘリン、ビメンチン、SNAI1、又はZEB1である。

以下の非-限定的な実施形態では、SMARCA2-及びSMARCA4-ノックアウトH358非-小細胞肺がん(non-small cell lung cancer (NSCLC))細胞株を解析した。SMARCA2-及びSMARCA4-ノックアウトH358細胞株を、Cas9並びにSMARCA2とSMARCA4に向けたsgRNAを含む単一発現システム・レンチウイルス(Cellecta, Inc.)を用いて作製した。簡潔に述べると、前記細胞を、完全培地中で、0日目に播種した。播種の24時間後、前記細胞に、4 μg/mLのポリブレン(ミリポア)の存在下で、感染多重度(multiplicity of infection (MOI))3で、感染させた。次いで、感染の24時間後に、ウイルス培地を除去した。感染48時間後に、ピューロマイシン(1 μg/mL)を用いた選択を開始した。感染細胞をピューロマイシン選択で14日間培養した。14日後、細胞を希釈して単一細胞の懸濁液へとし、個々のコロニーを増殖させた。2種のSMARCA2-ノックアウト細胞株を、以下の試験で使用した。これらの2種のSMARCA2-ノックアウト細胞株を、以下、「S2-B3」及び「S2-C2」と呼ぶことにした。2種のSMARCA4-ノックアウト細胞株を、以下の試験で使用した。これらの2種のSMARCA4-ノックアウト細胞株を、以下、「S4-D8」及び「S4-E4」と呼ぶことにした。更に、親H358細胞及びA549腺がんヒト肺胞基底上皮細胞（本出願では、以下「A549」と呼ぶ）も、以下の試験において使用した。

実施例1

以下の非-限定的な実施例では、親H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株、及びSMARCA4-ノックアウトH358細胞株の発現プロファイルを比較した。高度に多重化したRT-PCR増幅(highly multiplexed RT-PCR amplification)と次世代シークエンシング定量を組み合わせた、DriverMap Human Genome Wide Gene Expression Profiling Assay (Cellecta Inc.)を使用して、SMARCA2-及びSMARCA4-ノックアウト細胞株における18,559種のタンパク質をコードする遺伝子の発現プロファイルを解析した。増幅したcDNA産物を、Next Seq500/550 high Output v2 Kit(75サイクル)を用いて、Illumina NextSeq 500シーケンサーで、解析した。一連のサンプル間での、発現レベルの正確な比較を可能にするために、内因性のハウスキーピング遺伝子に対して、それぞれの遺伝子アンプリコンのリード・カウント(read counts)を標準化した。その発現DriverMap遺伝子発現データを、GSEAソフトウェアを用いて解析した。改変した遺伝子を、Molecular Signatures Database(MSigDB)中の遺伝子セットのHallmarkシリーズと比較した。誤発見率-調整済みp-値(q-値)（false discovery rate-adjusted p-values (q-value)）が0.05未満である場合、差を有意であるとみなした。この解析手法を用いて、S2-B3、S2-C2、S4-D8、及びS4-E4細胞株の発現プロファイルを、H358細胞株の発現プロファイルと比較した。表１３は、18種の異なるHallmark遺伝子セットについての結果を示す。表１３中の「+」記号は、この遺伝子セットがノックアウト細胞株においてアップレギュレートされたことを示す(FWER p値は0.05未満)。表１３中の「-」記号は、この遺伝子セットがノックアウト細胞株においてダウンレギュレートされたことを示す(FWER p値は0.05未満)。表１４は、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株において、発現が最も有意に変調した(アップレギュレートされた、又はダウンレギュレートされた)上位100種の遺伝子を示す。表１５は、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株とSMARCA4-ノックアウトH358細胞株との間で、発現が最も有意に異なっていた上位100個の遺伝子を示す。表１６は、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株において、アップレギュレートされた遺伝子セット及びダウンレギュレートされた遺伝子セット、を示す。

理論に束縛されることを望むものではないが、これらの結果はH358細胞におけるSMARCA2又はSMARCA4遺伝子ノックアウトに際して、固有の遺伝子セットが変化することを示す。

実施例２

以下の非-限定的な実施例では、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理した、親H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株、SMARCA4-ノックアウトH358細胞株、及びA549細胞、の発現プロファイルを比較した。前記SMARCA4-ターゲティング化合物はまた、SMARCA2に対する活性も示す。

細胞をSMARCA4-ターゲティング化合物で処理するために、前記細胞を、線形／対数増殖期の間に、分けて10 cmに播種し、増殖培地の最終容量を10 mLとした。前記SMARCA4-ターゲティング化合物をDMSOで希釈し、最終DMSO濃度が0.1%になるように、各培養容器に添加した。次いで、細胞を96時間増殖させた。処理時間の最後に、細胞を遠心分離(1,200rpmで5分間)によって回収し、細胞ペレットをPBSで1回洗浄後、更なるプロセス及び解析まで、ドライアイス上で凍結させた。

処理した細胞株における18,559種のタンパク質をコードする遺伝子の発現プロファイルを、上記の実施例１に記載のように解析した。表１７は、9種の異なるHallmark遺伝子セットについての結果を示す。表１７中の「+」記号は、この遺伝子セットが、前記化合物での処理によってアップレギュレートしたことを示す(FWER p-値は0.05未満)。表１７中の「-」記号は、この遺伝子セットが、前記化合物での処理によってダウンレギュレートしたことを示す(FWER p-値は0.05未満)。表１８は、SMARCA4-ターゲティング化合物で96時間処理した際の、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株におけるアップレギュレートした遺伝子セット及びダウンレギュレートした遺伝子セットを示す。表１９は、SMARCA4-ターゲティング化合物による96時間の処理の際に、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株において、発現が最も有意に変調した上位100種の遺伝子を示す。表２０は、処理したSMARCA2-ノックアウトH358細胞株と処理したSMARCA4-ノックアウトH358細胞株との間で、発現が最も有意に異なっていた上位100種の遺伝子を示す。

また、主要構成要素解析(principal component analysis)を用いて前記発現プロファイルを解析し、処理した細胞における転写の変化を求めた。主要構成要素解析(principal component analysis (PCA))を、BioConductorの「pcaMethods」Rパッケージを用いて、Fios Genomicsによって実施した。12,888種の特徴を持つ全部で47種のサンプルを、品質管理評価、外れ値検出、標準化、に供し、次に非線形反復部分最小二乗法(nonlinear iterative partial least squares algorithm)を用いて、主要構成要素へマッピングした。最初の2つのPCのスコアを、それぞれ、静的PCA散布図のx-軸及びy-軸上にプロットする。図１は、この主要構成要素解析の結果を示す。

また、その処理した細胞を個別の遺伝子PCRでも解析した。処理期間の終了時に、細胞を回収し、全mRNAを細胞ペレットから抽出した。cDNAを合成し、TaqManプローブ‐システムを用いてRT-PCRを行った。遺伝子発現をハウスキーピング遺伝子、GAPDHに対して標準化し、DDCt法を用いて、DMSO媒体での処理と比較した倍率変化を計算した。個別の遺伝子PCRの結果を表２１に示し、これは、媒体のみで処理した細胞と比較した、処理した細胞での倍率変化を示す。

基底の特性(basal characteristics)に典型的に関連する転写因子であるTP63、及び管腔／上皮の特性に典型的に関連する転写因子であるFOXA1、の発現レベルも、前記処理した細胞において解析した。この解析の結果を図２に示す。図２に示されるように、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理をすると、SMARCA2-ノックアウト細胞株において、TP63の発現が減少し、FOXA1の発現が増加した。

E-カドヘリン(CDH1)、SNAI1及びZEB1の発現レベルも、前記処理した細胞において解析した。理論に拘束されることを望むものではないが、CDH1は、一般に上皮マーカとして知られており、一方、SNAI1及びZEB1は、一般に間葉系マーカーとして知られている。この解析の結果を図３及び図４に示す。図３に示されるように、SMARCA2-ノックアウト細胞株を処理すると、CDH1の発現が増加した。図４に示されるように、SMARCA2-ノックアウト細胞株を処理しても、SNAI1及びZEB1の発現は有意に変化しなかった。

理論に拘束されることを望むものではないが、これらの結果は、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理した細胞は、処理の結果として、ユニークな転写応答を示す、ということを示す。更に、理論に拘束されることを望むものではないが、本結果は、SMARCA4-ターゲティング化合物により処理をすると、細胞の管腔／上皮の状態が変化がしたことも示す。

実施例３

以下の非-限定的な実施例では、親H358細胞、SMARCA2-ノックアウトH358細胞株及びSMARCA4-ノックアウトH358細胞株を、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理した。前記SMARCA4-ターゲティング化合物はまた、SMARCA2に対する活性も示す。前記細胞を、DMSO媒体コントロール、0.1 μMのSMARCA4-ターゲティング化合物、1 μMのSMARCA4-ターゲティング化合物、又は10 μMのSMARCA4-ターゲティング化合物、の何れかで処理した。次いで、その処理した細胞をウェスタン・ブロットによって解析して、E-カドヘリン、CLDN1、ビメンチン及びN-カドヘリンの発現を決定した。理論に拘束されることを望むものではないが、E-カドヘリン及びCLDN1は、上皮マーカーとして一般に知られており、一方、ビメンチン及びN-カドヘリンは、間葉系マーカーとして一般に知られている。この解析の結果を図５及び図６に示す。図５に示されるように、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理をすると、SMARCA4-ノックアウト細胞株において、CLDN1の発現が増加した。図６に示されるように、SMARCA4-ターゲティング化合物で処理をすると、SMARCA2-ノックアウト細胞株においてビメンチンが増加し、SMARCA2-ノックアウト細胞株においてN-カドヘリンが減少した。

理論に拘束されることを望むものではないが、これらの結果はSMARCA4-ターゲティング化合物により処理をすると、細胞の表現型並びに上皮マーカー及び間葉系マーカーの発現が変化したことを示す。

均等物
上記の記載は、説明のためにのみ提示されており、本発明を開示された厳密な形態に限定することを意図するものではない。本発明の1つ以上の実施形態の詳細を、上記の添付の説明に記載している。本出願に記載される方法及び材料と、類似の又は均等な任意の方法及び材料を、本開示の実施又は試験において使用することができるが、好ましい方法及び材料を、ここで記載している。本開示の他の特徴、目的、及び利点は、明細書及び特許請求の範囲から明らかであろう。本明細書及び添付の特許請求の範囲において、単数形は、文脈上明らかに別段の指示がない限り、複数の指示対象を含む。別段に規定しない限り、本出願で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって、一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書の中で引用される全ての特許及び刊行物は、参照により取り込まれる。

Claims (43)

1. がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
   (a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
   (b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
   (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
   (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。
2. 請求項１に記載の方法、ここで、ステップ(d) は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。
3. 対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
   (a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
   (b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
   (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
   (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、
   前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。
4. 請求項３に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。
5. がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
   (a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
   (b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
   (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。
6. 請求項５に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。
7. 対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
   (a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
   (b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
   (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。
8. 請求項７に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、大きい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。
9. がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
   (a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方する前である；
   (b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
   (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
   (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。
10. 請求項９に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。
11. 対象における、がんを治療する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
    (a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与する前である；
    (b) 第2の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第2の時点は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与した後である；
    (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
    (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。
12. 請求項１１に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。
13. がんを有する対象による少なくとも1種の治療に対する応答性、を決定する方法、ここで、前記少なくとも1種の治療は、少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を投与することを含む、ここで、前記方法は、以下を含む：
    (a) 第1の時点で、前記対象から採取した生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記第1の時点は、前記少なくとも1種の治療を処方した後である；
    (b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
    (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ。
14. 請求項１３に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記対象は、前記少なくとも1種の治療に応答している、と決定するステップ、を含む。
15. 対象における、がんを治療する方法、ここで、前記対象は、少なくとも1つの治療有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、過去に投与されたことがある、ここで、前記方法は、以下を含む：
    (a) 前記対象由来の生物学的サンプル中の少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
    (b) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
    (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ。
16. 請求項１５に記載の方法、ここで、ステップ(c)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、若しくは少なくとも約10倍、小さい場合、少なくとも1つの更なる治療有効量の前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を、前記対象に投与するステップ、又はそれ以外の場合、少なくとも1種の代わりとなる治療を前記対象に処方するステップ、を含む。
17. 少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
    (a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
    (b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
    (c) 第2の時点で、前記複数の細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
    (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
    (e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。
18. 請求項１７に記載の方法、ここで、ステップ(e)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。
19. 少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
    (a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
    (b) 少なくとも1種の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
    (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
    (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。
20. 請求項１９に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、大きい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。
21. 少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
    (a) 第1の時点で、複数の細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の第1の発現レベルを決定するステップ、ここで、前記複数の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
    (b) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、前記複数の細胞を処理するステップ；
    (c) 第2の時点で、その複数の処理した細胞における前記少なくとも1種の遺伝子の第2の発現レベルを決定するステップ；
    (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルを、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルと比較するステップ；及び、
    (e) 前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。
22. 請求項２１に記載の方法、ここで、ステップ(e)は、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第2の発現レベルが、前記少なくとも1種の遺伝子の前記第1の発現レベルよりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。
23. 少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物を同定する方法、ここで、前記方法は、以下を含む：
    (a) 少なくとも1つの量の少なくとも1種の試験化合物で、少なくとも1種の細胞を処理するステップ、ここで、前記少なくとも1種の細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す；
    (b) 少なくとも1種の処理した細胞における少なくとも1種の遺伝子セットからの少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを決定するステップ；
    (c) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを、少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値と比較するステップ；及び、
    (d) 前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ。
24. 請求項２３に記載の方法、ここで、ステップ(d)は、前記少なくとも1種の遺伝子の発現レベルが、前記少なくとも1つの対応する所定のカットオフ値よりも、少なくとも約2倍、若しくは少なくとも約3倍、若しくは少なくとも約4倍、若しくは少なくとも約5倍、若しくは少なくとも約6倍、若しくは少なくとも約7倍、若しくは少なくとも約8倍、若しくは少なくとも約9倍、又は少なくとも約10倍、小さい場合、前記少なくとも1種の試験化合物を、SMARCA4-ターゲティング化合物として同定するステップ、を含む。
25. 請求項１、３、５、７、１７及び１９の何れか一項に記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子を、表１に列挙される遺伝子からなる群より選択する。
26. 請求項１、３、５、７、１７及び１９の何れか一項に記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表２に列挙される遺伝子セットより選択する。
27. 請求項９、１１、１３、１５、２１及び２３の何れか一項に記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子を、表３に列挙される遺伝子からなる群より選択する。
28. 請求項９、１１、１３、１５、２１及び２３の何れか一項に記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の遺伝子セットを、表４に列挙される遺伝子セットより選択する。
29. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、前記がんは、異常なSMARCA2の発現、活性、機能若しくはそれらの組合せ、を示す。
30. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、異常なSMARCA2の発現は、コントロールの発現レベルと比較しての、減少したSMARCA2の発現を含む。
31. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、前記コントロールの発現レベルは、がんを有さない対象における、SMARCA2の発現レベルである。
32. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、異常なSMARCA2の活性は、コントロールの活性レベルと比較しての、減少したSMARCA2の活性を含む。
33. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、前記コントロールの活性レベルは、がんを有さない対象における、SMARCA2の活性レベルである。
34. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、前記少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤である。
35. 少なくとも1種の細胞を、有効量の少なくとも1種のSMARCA4-ターゲティング化合物と接触させることを含む、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節する方法。
36. 請求項３５に記載の方法、ここで、前記SMARCA4-ターゲティング化合物は、SMARCA4阻害剤である。
37. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、前記細胞は、がん細胞である。
38. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、前記細胞は、異常なSMARCA2の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す。
39. 先行する請求項の何れか一項に記載の方法、ここで、前記細胞は、異常なSMARCA4の発現、活性、若しくはそれらの組合せ、を示す。
40. 請求項３５から３９の何れか一項に記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、上皮の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含む。
41. 請求項４０に記載の方法、ここで、上皮の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、E-カドヘリン、FOXA1、又はCLDN1である。
42. 請求項３５から４１の何れか一項に記載の方法、ここで、前記少なくとも1種の細胞における上皮／間葉の状態を調節することは、間葉の状態に相関する、少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質の発現レベルを変更すること、を含む。
43. 請求項４２に記載の方法、ここで、間葉の状態に相関する、前記少なくとも1種の遺伝子、及び／又はタンパク質は、N-カドヘリン、ビメンチン、SNAI1、又はZEB1である。

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