JP2023529315A - 機能的ａａｖカプシドのハイスループット工学操作 - Google Patents
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Abstract
本明細書で開示されるのは、ウイルス粒子へとアセンブルする能力を有し、例えばＣＮＳ組織に対する改善された組織向性を有する、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドである。カプシドは、本明細書に記載されるハイスループット発見システムを使用して工学操作される。ある特定の実施形態では、配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する残基に少なくとも１つの変異を有する組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドが本明細書において提供される。
Description
１． 関連出願の相互参照
本願は、２０２０年５月２６日に出願された米国仮特許出願第６３／０３０，０３８号、２０２０年１１月３０日に出願された米国仮特許出願第６３／１１９，５５４号、２０２１年１月７日に出願された米国仮特許出願第６３／１３４，８８５号、及び２０２１年４月２８日に出願された米国仮特許出願第６３／１８１，０３７号の利益及び優先権を主張し、それらの全体を参照により組み込むものである。
本願は、２０２０年５月２６日に出願された米国仮特許出願第６３／０３０，０３８号、２０２０年１１月３０日に出願された米国仮特許出願第６３／１１９，５５４号、２０２１年１月７日に出願された米国仮特許出願第６３／１３４，８８５号、及び２０２１年４月２８日に出願された米国仮特許出願第６３／１８１，０３７号の利益及び優先権を主張し、それらの全体を参照により組み込むものである。
２． 配列表
本願には、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して提出され、ここでその全体が参照により本明細書に組み込まれている、ＸＸ配列を含む配列表が含まれる。前記ＡＳＣＩＩコピーは、ＸＸＸＸに作成され、４５７３６ＷＯ＿ｓｅｑｕｅｎｃｅｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔという名称であり、ＸＸＸバイトのサイズである。
本願には、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して提出され、ここでその全体が参照により本明細書に組み込まれている、ＸＸ配列を含む配列表が含まれる。前記ＡＳＣＩＩコピーは、ＸＸＸＸに作成され、４５７３６ＷＯ＿ｓｅｑｕｅｎｃｅｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔという名称であり、ＸＸＸバイトのサイズである。
３． 背景技術
組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）は、遺伝子療法のｉｎ ｖｉｖｏ送達のための主要なプラットフォームを提供する。現在の臨床試験では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ．１０、ＡＡＶ４ｒｈ．７４、及びＡＡＶｈｕ．６７などの天然に存在するヒトまたは霊長類の血清型に主に由来する、限られた数のＡＡＶカプシドが用いられている。これらのカプシドは、目的の組織の低い感染力及び競合する肝向性の両方に起因して、目的の組織に対する最適以下の標的性をもたらすことが多い。所望の組織の感染を確実にするために用量を増加させると、用量依存的な肝毒性が生じる可能性がある。さらに、天然に存在するカプシドの使用により、免疫記憶の問題が生じる。免疫前患者集団は処置から除外され、以前は免疫ナイーブであった患者への反復投与は不可能であることが多い。よって、遺伝子療法において使用するための更なるＡＡＶカプシド、特に、特定の組織への高い感染力及び低い肝向性をｒＡＡＶに付与するカプシドが必要とされている。
組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）は、遺伝子療法のｉｎ ｖｉｖｏ送達のための主要なプラットフォームを提供する。現在の臨床試験では、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ．１０、ＡＡＶ４ｒｈ．７４、及びＡＡＶｈｕ．６７などの天然に存在するヒトまたは霊長類の血清型に主に由来する、限られた数のＡＡＶカプシドが用いられている。これらのカプシドは、目的の組織の低い感染力及び競合する肝向性の両方に起因して、目的の組織に対する最適以下の標的性をもたらすことが多い。所望の組織の感染を確実にするために用量を増加させると、用量依存的な肝毒性が生じる可能性がある。さらに、天然に存在するカプシドの使用により、免疫記憶の問題が生じる。免疫前患者集団は処置から除外され、以前は免疫ナイーブであった患者への反復投与は不可能であることが多い。よって、遺伝子療法において使用するための更なるＡＡＶカプシド、特に、特定の組織への高い感染力及び低い肝向性をｒＡＡＶに付与するカプシドが必要とされている。
４． 発明の概要
我々は、様々な組織に対する向性が改変されている機能的ＡＡＶカプシドのハイスループット工学操作のためのシステムを設計し、このシステムを使用して、肝向性が増加または低減しており、肝臓組織または中枢神経系（ＣＮＳ）組織などの標的組織に対する向性が増加しているカプシドバリアントを識別した。
我々は、様々な組織に対する向性が改変されている機能的ＡＡＶカプシドのハイスループット工学操作のためのシステムを設計し、このシステムを使用して、肝向性が増加または低減しており、肝臓組織または中枢神経系（ＣＮＳ）組織などの標的組織に対する向性が増加しているカプシドバリアントを識別した。
本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであり、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性をｒＡＡＶに付与し、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。ある特定の実施形態では、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される。
更に、本明細書で提供されるのは、配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであり、アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。ある特定の実施形態では、ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性を有する。
５． 図面の簡単な説明
本発明のこれら及び他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明及び添付図面との関連でよりよく理解されるであろう。
本発明のこれら及び他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明及び添付図面との関連でよりよく理解されるであろう。
６． 発明を実施するための形態
別段の記載がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味を有する。
別段の記載がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味を有する。
別段の記述がない限り、範囲が記載される場合は常に、その範囲には記載されている両端点が含まれる。例えば、配列番号１のアミノ酸残基５８１からアミノ酸残基５８９までの領域は、アミノ酸残基５８１及び５８９を含む。
「相同性」または「同一性」または「類似性」は、２つのペプチド間または２つの核酸分子間の配列類似性を指す場合がある。相同性は、比較目的でアラインできる各配列における位置を比較することによって決定することができる。比較される配列内の位置が同じ塩基またはアミノ酸によって占有され得る場合、分子はその位置で相同であり得る。配列間の相同性の程度は、配列に共通するマッチするまたは相同である位置の数に応じ得る。「無関係」または「非相同」の配列は、本開示の配列の１つと４０％未満の同一性あるいは２５％未満の同一性を共有する。配列相同性は、参照配列との配列の％同一性を指す場合がある。実際問題として、任意の特定の配列が、本明細書に記載される任意の配列（本明細書に記載される特定の核酸配列と対応し得る）と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であり得るか否かにかかわらず、このような特定のポリペプチド配列は、Ｂｅｓｔｆｉｔプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ配列分析パッケージ、Ｕｎｉｘ（登録商標）用バージョン８、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．５３７１１）などの公知のコンピュータプログラムを使用して従来法により決定することができる。Ｂｅｓｔｆｉｔまたは任意の他の配列アラインメントプログラムを使用して、特定の配列が、例えば、参照配列と９５％同一であるかどうかを決定する場合、参照配列の全長にわたって同一性のパーセンテージが算出され得るように、また、参照配列全体の５％まで配列相同性のギャップが許可され得るように、パラメータを設定することができる。２つ以上の核酸またはポリペプチド配列との関連におけるパーセント「同一性」またはパーセント「相同性」という用語は、対応が最大になるように比較及びアラインしたとき、以下に記載する配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰ及びＢＬＡＳＴＮまたは当業者が利用可能な他のアルゴリズム）の１つを使用して、または目視検査によって測定した場合に同じである、規定のパーセンテージのヌクレオチドまたはアミノ酸残基を有する、２つ以上の配列または部分配列を指す。用途に応じて、パーセント「同一性」は、比較されている配列の一領域にわたって、例えば機能的ドメインにわたって存在してもよく、あるいは、比較される２つの配列の全長にわたって存在してもよい。配列比較では、典型的には１つの配列が参照配列として機能し、これに対して試験配列が比較される。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要に応じて部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。次に、配列比較アルゴリズムが、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列（複数可）のパーセント配列同一性を算出する。本明細書における目的では、パーセント同一性及び配列類似性は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）に記載されているＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して行われる。ＢＬＡＳＴ分析を行うためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）を介して公的に利用可能である。
場合によっては、グローバル配列アラインメントとも呼ばれる参照配列（クエリ配列、例えば本開示の配列）と対象配列との間の同一性は、ＦＡＳＴＤＢコンピュータプログラムを使用して決定することができる。いくつかの実施形態では、ＦＡＳＴＤＢアミノ酸アラインメントで使用される、同一性を狭く解釈することができる特定の実施形態でのパラメータは、次のものを含み得る：スコアリングスキーム＝ＰＡＭ（許容される変異のパーセント）０、ｋ－ｔｕｐｌｅ＝２、ミスマッチペナルティ＝１、ジョイニングペナルティ＝２０、ランダム化グループ長＝０、カットオフスコア＝１、ウィンドウサイズ＝配列長、ギャップペナルティ＝５、ギャップサイズペナルティ＝０．０５、ウィンドウサイズ＝５００または対象配列の長さのいずれか短くなり得る方。この実施形態によれば、対象配列が内部欠失のためではなくＮ末端またはＣ末端の欠失のためにクエリ配列よりも短くなり得る場合、ＦＡＳＴＤＢプログラムがグローバルパーセント同一性を算出する際に対象配列のＮ末端及びＣ末端のトランケーションを考慮しないことを考慮に入れるために、結果に対して手作業による補正を行ってもよい。クエリ配列に対して、Ｎ末端及びＣ末端でトランケートされた対象配列については、パーセント同一性は、クエリ配列のうち、対象配列のＮ末端及びＣ末端の横に位置し得る残基で、対応する対象残基とマッチ／アラインできない残基の数を、クエリ配列の全塩基に対するパーセントとして算出することによって補正することができる。残基がマッチ／アラインできるかどうかの決定は、ＦＡＳＴＤＢ配列アラインメントの結果によって決定することができる。このパーセンテージを次に、規定のパラメータを使用してＦＡＳＴＤＢプログラムによって算出されたパーセント同一性から差し引くと、最終的なパーセント同一性スコアを求めることができる。この最終的なパーセント同一性スコアは、この実施形態の目的のために使用することができる。場合によっては、クエリ配列とマッチ／アラインできない対象配列のＮ末端及びＣ末端の残基のみが、パーセント同一性スコアを手作業で調整する目的で考慮され得る。すなわち、対象配列の最も遠くのＮ末端残基及びＣ末端残基の外側にあるクエリ残基位置のみが、この手作業による補正のために考慮され得る。例えば、パーセント同一性を決定するために、９０残基の対象配列を１００残基のクエリ配列とアラインする場合がある。欠失は対象配列のＮ末端で生じ、したがって、ＦＡＳＴＤＢアラインメントは、Ｎ末端の最初の１０残基のマッチ／アラインメントを示さない。対になっていない１０個の残基は、配列の１０％（マッチしないＮ末端及びＣ末端の残基の数／クエリ配列内の残基の総数）を表すので、ＦＡＳＴＤＢプログラムによって算出されたパーセント同一性スコアから１０％が差し引かれ得る。残りの９０残基が完全にマッチすれば、最終的なパーセント同一性は９０％であり得る。別の例では、９０残基の対象配列を１００残基のクエリ配列と比較する場合がある。今回の欠失は内部欠失であり得るので、対象配列のＮ末端またはＣ末端にクエリとマッチ／アラインできない残基は存在しない場合がある。この場合、ＦＡＳＴＤＢによって算出されたパーセント同一性を手作業で補正することはできない。ここでも、ＦＡＳＴＤＢアラインメントで表示した場合に、対象配列のＮ末端側及びＣ末端側の端部の外側にあり、クエリ配列とマッチ／アラインできない残基のみが、手作業で補正可能である。
本明細書で使用される場合、組織に対するｒＡＡＶの「向性」は、所与の細胞または組織に優先的に感染する所与のｒＡＡＶの能力と定義される。向性の改変または工学操作には、対応する標的組織の感染の増加または減少を伴う、所望の組織を標的とする能力の増加または減少が含まれる。
本開示を通じて簡潔にするために、ウイルスカプシドタンパク質を概して「ＶＰ」と称する。ＡＡＶ５ ＶＰ１の位置表記法を参照する際は、ウイルスカプシドタンパク質をＶＰ１と称する。すべての場合において、本明細書で開示されるウイルスカプシドの配列及び変異は、カプシドタンパク質のすべてのアイソフォーム（ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３）の混合物がアセンブルしてビリオンを形成するため、これらのアイソフォームのすべてに関連すると理解されるべきである。「５８１～５８９」というアミノ酸残基の位置の指定は、ＶＰ１ポリペプチドの翻訳始点と相対的なものであり、ＶＰ２及びＶＰ３の相対的な開始部位に従って調整されるべきである。本開示は、特定のアミノ酸残基位置に変異を有する任意の特定のＶＰ１配列について記載している場合、ＶＰ２及びＶＰ３における対応する変異も必然的に包含することを理解されたい。例えば、５８１～５８９領域のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異を有するＶＰ１カプシドタンパク質のコンセンサス配列または特異的配列はいずれも、ＶＰ１の５８１～５８９領域のアミノ酸残基に対応するＶＰ２及びＶＰ３のアミノ酸残基領域に前記１つまたは複数の変異を有するＶＰ２及びＶＰ３カプシドタンパク質も包含する。例えば、ＶＰ１（配列番号１）の５８１から５８９までの領域のアミノ酸残基は、ＶＰ２（配列番号１１１５）の４４５から４５３までの領域のアミノ酸残基及びＶＰ３（配列番号１１１６）の３８９から３９７までの領域のアミノ酸残基に対応する。
本開示には、本明細書で開示される任意の配列をコードするポリヌクレオチド配列が含まれることを理解されたい。例えば、アミノ酸配列が提示される場合、本開示は、前記アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド配列も包含する。
さらなる実施形態は、本明細書に記載されるように、所望の特性（例えば、特定の組織向性）を改変することもウイルスアセンブリに影響を与えることもない、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、またはそれらの任意の組み合わせの変異を含むことを理解されたい。
本明細書で使用される場合、「組織向性」は、本開示の工学操作されたＶＰカプシドポリペプチドを有するウイルスが、所与の組織に感染する、または所与の組織において濃縮もしくは蓄積することの優先傾向を指す。組織向性は、相対的な用語として使用されるとき、それが本明細書に記載される文脈に応じて、第２の組織と比較した第１の組織における第１のカプシドポリペプチドを有する所与のｒＡＡＶビリオンの組織向性の増加もしくは減少を指し、及び／または、第２のカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンに対する、第１のカプシドポリペプチドを有する所与のｒＡＡＶビリオンの組織向性の増加もしくは減少を指す。いくつかの実施形態では、第１の組織は一群の組織であり得る。いくつかの実施形態では、第２の組織は一群の組織であり得る。例えば、第１の組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、及び小脳を含むＣＮＳ組織でもよく、第２の組織は、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織から集合的になる非ＣＮＳ組織でもよい。別の例として、第１の組織は、肝臓組織でもよく、第２の組織は、ＣＮＳ組織、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織から集合的になる非肝臓組織でもよい。
本明細書で使用される場合、ＡＡＶカプシドポリペプチドの文脈における「組換え」という言葉は、「工学操作された」または「バリアント」ＡＡＶカプシドポリペプチドを同義に指す。本明細書で使用される場合、ＡＡＶビリオンの文脈における「組換え」という言葉は、ｒＡＡＶと略され、組換えウイルス粒子を指す。前記ｒＡＡＶビリオンは、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを含み得るカプシドから作製される。
６．１． カプシド工学操作方法
本明細書では、所望の組織への増加または減少した感染力、例えば増加もしくは減少した肝向性、または中枢神経系（ＣＮＳ）の増加した標的性を含む、変改された機能を有する工学操作されたＡＡＶカプシドのハイスループット工学操作のためのシステムが開示される。プロセスの一般的な概略図を図１に示してあるが、本開示には、当業者に理解されるこの方法の合理的な変更形態または拡張形態も包含されることを理解されたい。図１に示すように、この方法は、５×１０１１個のユニークな配列バリアントの理論的多様性を有するカプシドライブラリの生成から開始することができる。より高いまたはより低い理論的多様性も本明細書に包含される。例えば、カプシドライブラリは、約１×１０＾３～約１×１０＾２０の理論的多様性を有し得る。次に、ライブラリをプラスミドにクローニングし、細菌に形質転換させてもよく、その後、産生細胞株における生産的なビリオンアセンブリについてライブラリプラスミドをスクリーニングする。アセンブリされたビリオンは、次に、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）に静脈内投与することができる。分布、感染、及び安定な形質導入に十分な期間の後、ＮＨＰを屠殺し、臓器を採取することができ、各組織におけるＡＡＶカプシドの配列をディープシーケンシングによって決定することができる。
本明細書では、所望の組織への増加または減少した感染力、例えば増加もしくは減少した肝向性、または中枢神経系（ＣＮＳ）の増加した標的性を含む、変改された機能を有する工学操作されたＡＡＶカプシドのハイスループット工学操作のためのシステムが開示される。プロセスの一般的な概略図を図１に示してあるが、本開示には、当業者に理解されるこの方法の合理的な変更形態または拡張形態も包含されることを理解されたい。図１に示すように、この方法は、５×１０１１個のユニークな配列バリアントの理論的多様性を有するカプシドライブラリの生成から開始することができる。より高いまたはより低い理論的多様性も本明細書に包含される。例えば、カプシドライブラリは、約１×１０＾３～約１×１０＾２０の理論的多様性を有し得る。次に、ライブラリをプラスミドにクローニングし、細菌に形質転換させてもよく、その後、産生細胞株における生産的なビリオンアセンブリについてライブラリプラスミドをスクリーニングする。アセンブリされたビリオンは、次に、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）に静脈内投与することができる。分布、感染、及び安定な形質導入に十分な期間の後、ＮＨＰを屠殺し、臓器を採取することができ、各組織におけるＡＡＶカプシドの配列をディープシーケンシングによって決定することができる。
図２Ａは、標的細胞と相互作用することが研究文献において示されている、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、及びＡＡＶ９を含む既知のＡＡＶカプシドの残基を識別する、プロトタイプＡＡＶビリオンの表面の側面図（上のパネル）及び上面図（下のパネル）を提供する。標的と相互作用するこれらの残基は、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸５８１～５８９に対応する。
図２Ｂは、ライブラリプラスミドの顕著な要素を示し、ＡＡＶ ＩＴＲ間に位置するｒｅｐ及びｃａｐコード配列を例示している。実施例１でさらに説明する、例示された実施形態では、ＡＡＶ５ ｃａｐタンパク質の残基５８１～５８９（「ライブラリバリアント領域」）の各々に変動が導入される。２０種の天然アミノ酸の各々を９つの位置の各々に導入することで、２０９（２０＾９；およそ５×１０１１）個のユニークな配列バリアントの理論的なライブラリ多様性がもたらされる。
工学操作の標的となるエリアは、ビリオンアセンブリを妨げることなく、標的細胞受容体と相互作用する可能性が最も高く、変化に対して比較的耐性がある。ビリオンの３回対称軸を超えて突出する構造化されていないペプチドを付加する以前の手法とは異なり、現在の手法は、結合ポケットの特徴を改変する配列多様性を導入する。さらに、この手法は、受容体結合性三量体の全体的構造を変化させ、結合ポケットの外側のアロステリック相互作用の改変を可能にし得る（例えば、ＡＡＶＲ ＰＫＤ１）。導入される多様性はランダムではないため、ランダム化されたライブラリのミスセンス及びフレームシフトが低減する。
パッケージングされたウイルスゲノム（ＩＴＲ間）に、カプシドバリアントをコードするポリヌクレオチドをクローニングすることにより、バリアントカプシドを有する組換えビリオンは、同族の変異を有するポリヌクレオチドを保有するので、所望の機能をもたらすユニークなバリアントを、パッケージングされたウイルスまたは感染した細胞のシーケンシングによって識別することができる。
いくつかの実施形態では、カプシドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ １０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ １２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ １４、ＡＡＶ １５及びＡＡＶ １６、ＡＡＶ．ｒｈ８、ＡＡＶ．ｒｈ１０、ＡＡＶ．ｒｈ２０、ＡＡＶ．ｒｈ３９、ＡＡＶ．Ｒｈ７４、ＡＡＶ．ＲＨＭ４－１、ＡＡＶ．ｈｕ３７、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０Ｌ６５、ＡＡＶ．７ｍ８、ＡＡＶ．ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ２ｔＹＦ、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ．ＬＫ０３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１、ＡＡＶ．ＨＳＣ２、ＡＡＶ．ＨＳＣ３、ＡＡＶ．ＨＳＣ４、ＡＡＶ．ＨＳＣ５、ＡＡＶ．ＨＳＣ６、ＡＡＶ．ＨＳＣ７、ＡＡＶ．ＨＳＣ８、ＡＡＶ．ＨＳＣ９、ＡＡＶ．ＨＳＣ１０、ＡＡＶ．ＨＳＣ１１、ＡＡＶ．ＨＳＣ１２、ＡＡＶ．ＨＳＣ１３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１４、ＡＡＶ．ＨＳＣ１５、ＡＡＶ．ＨＳＣ１６またはＡＡＶｈｕ６８（全体が参照により本明細書に組み込まれているＷＯ２０２０／０３３８４２に記載されている）から選択されるカプシドである。ｈｕ６８カプシドは、全体が参照により本明細書に組み込まれているＷＯ２０１８／１６０５８２に記載されている。
そのようなカプシドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１～５８９領域に対応する領域を含み得、したがって、所望の組織向性、アセンブル能力を有し、様々な他の所望の形質を呈する類似の工学操作されたＶＰカプシドは、本明細書に包含される。よって、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域に対応する領域に変異を有する、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを、本明細書に記載される他のＡＡＶカプシドのいずれか１つにおける対応する領域に挿入してもよく、本開示は、そのようなバリアントを包含する。
いくつかの実施形態では、カプシドは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ １０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ １２、ＡＡＶ １３、ＡＡＶ １４、ＡＡＶ １５及びＡＡＶ １６、ＡＡＶ．ｒｈ８、ＡＡＶ．ｒｈ１０、ＡＡＶ．ｒｈ２０、ＡＡＶ．ｒｈ３９、ＡＡＶ．Ｒｈ７４、ＡＡＶ．ＲＨＭ４－１、ＡＡＶ．ｈｕ３７、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０Ｌ６５、ＡＡＶ．７ｍ８、ＡＡＶ．ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ２ｔＹＦ、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ．ＬＫ０３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１、ＡＡＶ．ＨＳＣ２、ＡＡＶ．ＨＳＣ３、ＡＡＶ．ＨＳＣ４、ＡＡＶ．ＨＳＣ５、ＡＡＶ．ＨＳＣ６、ＡＡＶ．ＨＳＣ７、ＡＡＶ．ＨＳＣ８、ＡＡＶ．ＨＳＣ９、ＡＡＶ．ＨＳＣ１０、ＡＡＶ．ＨＳＣ１１、ＡＡＶ．ＨＳＣ１２、ＡＡＶ．ＨＳＣ１３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１４、ＡＡＶ．ＨＳＣ１５、ＡＡＶ．ＨＳＣ１６またはＡＡＶｈｕ６８の誘導体、修飾型、またはシュードタイプである。
いくつかの実施形態では、カプシドタンパク質は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ｒＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ １０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ １２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ １４、ＡＡＶ １５及びＡＡＶ １６、ＡＡＶ．ｒｈ８、ＡＡＶ．ｒｈ１０、ＡＡＶ．ｒｈ２０、ＡＡＶ．ｒｈ３９、ＡＡＶ．Ｒｈ７４、ＡＡＶ．ＲＨＭ４－１、ＡＡＶ．ｈｕ３７、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０Ｌ６５、ＡＡＶ．７ｍ８、ＡＡＶ．ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ２ｔＹＦ、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ．ＬＫ０３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１、ＡＡＶ．ＨＳＣ２、ＡＡＶ．ＨＳＣ３、ＡＡＶ．ＨＳＣ４、ＡＡＶ．ＨＳＣ５、ＡＡＶ．ＨＳＣ６、ＡＡＶ．ＨＳＣ７、ＡＡＶ．ＨＳＣ８、ＡＡＶ．ＨＳＣ９、ＡＡＶ．ＨＳＣ１０、ＡＡＶ．ＨＳＣ１１、ＡＡＶ．ＨＳＣ１２、ＡＡＶ．ＨＳＣ１３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１４、ＡＡＶ．ＨＳＣ１５、ならびにＡＡＶ．ＨＳＣ１６（全体が参照により本明細書に組み込まれているＷＯ２０２０／０３３８４２に記載されている）から選択される２つ以上の血清型由来のカプシドタンパク質のキメラである。ある特定の実施形態では、カプシドは、全体が参照により本明細書に組み込まれている米国特許第８，９９９，６７８号に記載されているｒｈ３２．３３カプシドである。
そのようなカプシドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１～５８９に対応する領域を含み得、したがって、所望の組織向性、アセンブル能力を有し、様々な他の所望の形質を呈する類似の工学操作されたＶＰカプシドは、本明細書に包含される。
６．２． ＶＰコーディングポリヌクレオチド、ベクター、及びベクターライブラリ
したがって、第１の態様では、ポリヌクレオチドが提供される。ポリヌクレオチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有するアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードし、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶの標準的な一文字コードを使用する２０種の天然に存在するアミノ酸から選択される。ポリペプチドは、天然ＡＡＶ５カプシドの少なくとも１つの変異を含み、したがって、配列番号１の配列を有しない。さらに、ポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、または配列番号８の配列を有しない。
したがって、第１の態様では、ポリヌクレオチドが提供される。ポリヌクレオチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有するアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードし、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶの標準的な一文字コードを使用する２０種の天然に存在するアミノ酸から選択される。ポリペプチドは、天然ＡＡＶ５カプシドの少なくとも１つの変異を含み、したがって、配列番号１の配列を有しない。さらに、ポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、または配列番号８の配列を有しない。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１を基準にして、５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異をさらに含むＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードし、得られる組換えカプシドは、所望の組織標的性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
別の態様では、原核細胞において複製可能なベクターが提供され、このベクターは、直前に記載されたポリヌクレオチドを含む。典型的な実施形態において、ベクターは、複製コンピテントなＡＡＶゲノムをコードするプラスミドである。
さらなる態様では、ライブラリが提供される。ライブラリは、ＡＡＶカプシドコーディングポリヌクレオチドを含む複数のベクターを含む。いくつかの実施形態では、ベクターはプラスミドであり、複数のプラスミドは、複数の異なるＡＡＶ ＶＰコーディングポリヌクレオチドを含む。
様々なライブラリ実施形態において、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの少なくとも１つは不変である。そのような不変残基は、本明細書では「フレームワーク」残基とも呼ばれる。フレームワーク残基は、カプシドが機能的なビリオンへとアセンブルしたり、特定の標的細胞または組織に感染したりする能力に寄与し得る。
いくつかのライブラリ実施形態において、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの１つの残基は不変である。特定の実施形態では、不変残基は、ＶＰ１一次アミノ酸配列内のその位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、不変残基は、その位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの２つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの３つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの４つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの５つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの６つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。
特定の実施形態では、５８７位（Ｘａａ７）のｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、Ｗ、またはＹではない。いくつかの実施形態では、５８７位は、Ｎ、Ｓ、またはＴであり得る。特定の実施形態では、５８２位（Ｘａａ２）のｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ｇ、Ｖ、Ｌ、またはＩではない。
様々な実施形態において、ライブラリは、少なくとも１×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、または少なくとも５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドをコードする。
別の態様では、ベクターを含む原核細胞が提供される。いくつかの実施形態では、原核細胞はＥ．ｃｏｌｉ細胞であり、ベクターはプラスミドである。
関連する態様では、ライブラリが提供され、ライブラリは、複数のＥ．ｃｏｌｉ細胞を含み、複数の細胞は、複数のプラスミドを含み、複数のプラスミドは、複数の異なるＡＡＶ ＶＰコーディングポリヌクレオチドを含む。
様々なライブラリ実施形態において、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの少なくとも１つは不変である。
いくつかのライブラリ実施形態において、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの１つは、配列番号２の不変である。特定の実施形態では、不変残基は、ＶＰ１一次アミノ酸配列内のその位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、不変残基は、その位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの２つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの３つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの４つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの５つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの６つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。
いくつかの実施形態では、ライブラリは、少なくとも１×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、または少なくとも５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドをコードする。
６．３． ＶＰポリペプチド、ペプチドライブラリ
別の態様では、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドが提供される。ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択される。ポリペプチドは、天然ＡＡＶ ＶＰ１と比較して少なくとも１つの変異を含み、したがって、配列番号１の配列を有しない。さらに、ポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、または配列番号８の配列を有しない。
別の態様では、ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドが提供される。ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択される。ポリペプチドは、天然ＡＡＶ ＶＰ１と比較して少なくとも１つの変異を含み、したがって、配列番号１の配列を有しない。さらに、ポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、または配列番号８の配列を有しない。
いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１を基準にして、５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異をさらに含み、得られる組換えカプシドは、所望の組織標的性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
さらなる態様では、ライブラリが提供され、ライブラリは、直前に記載された複数のポリペプチドを含み、この複数は、異なる一次アミノ酸配列を有する。
様々なライブラリ実施形態において、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの少なくとも１つは不変である。
いくつかのライブラリ実施形態において、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの１つは不変である。そのような不変残基は、本明細書では「フレームワーク」残基とも呼ばれる。特定の実施形態では、不変残基は、ＶＰ１一次アミノ酸配列内のその位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、不変残基は、その位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの２つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの３つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの４つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの５つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの６つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。
いくつかの実施形態では、ライブラリは、少なくとも１×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、または少なくとも５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む。
ある特定の実施形態では、ライブラリは、少なくとも約１×１０５～少なくとも約５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む。ある特定の実施形態では、ライブラリは、少なくとも約１×１０５、少なくとも約２×１０５、少なくとも約３×１０５、少なくとも約４×１０５、少なくとも約５×１０５、少なくとも約６×１０５、少なくとも約７×１０５、少なくとも約８×１０５、少なくとも約９×１０５、少なくとも約１×１０６、少なくとも約２×１０６、少なくとも約３×１０６、少なくとも約４×１０６、少なくとも約５×１０６、少なくとも約６×１０６、少なくとも約７×１０６、少なくとも約８×１０６、少なくとも約９×１０６、少なくとも約１×１０７、少なくとも約２×１０７、少なくとも約３×１０７、少なくとも約４×１０７、少なくとも約５×１０７、少なくとも約６×１０７、少なくとも約７×１０７、少なくとも約８×１０７、少なくとも約９×１０７、少なくとも約１×１０８、少なくとも約２×１０８、少なくとも約３×１０８、少なくとも約４×１０８、少なくとも約５×１０８、少なくとも約６×１０８、少なくとも約７×１０８、少なくとも約８×１０８、少なくとも約９×１０８、少なくとも約１×１０９、少なくとも約２×１０９、少なくとも約３×１０９、少なくとも約４×１０９、少なくとも約５×１０９、少なくとも約６×１０９、少なくとも約７×１０９、少なくとも約８×１０９、少なくとも約９×１０９、少なくとも約１×１０１０、少なくとも約２×１０１０、少なくとも約３×１０１０、少なくとも約４×１０１０、少なくとも約５×１０１０、少なくとも約６×１０１０、少なくとも約７×１０１０、少なくとも約８×１０１０、少なくとも約９×１０１０、少なくとも約１×１０１１、少なくとも約２×１０１１、少なくとも約３×１０１１、少なくとも約４×１０１１、または少なくとも約５×１０１１個のＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１の領域５８１から残基５８９までを含む残基に少なくとも１つの変異を有する組換えアデノ随伴ウイルスＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、変異は、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを有する野生型ＡＡＶビリオンと比較すると、肝臓組織と比較して非肝臓組織において少なくとも約２倍増加した前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを有するＡＡＶビリオンの蓄積を付与し、ＡＡＶＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
６．４． ｒＡＡＶビリオン、ビリオンライブラリ
別の態様では、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）が提供される。ビリオンは、上述のＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む。
別の態様では、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）が提供される。ビリオンは、上述のＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、霊長類及びヒトの肝臓に対する増加した向性を有する。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、増加したアセンブル能力を有するか、またはより大きなビリオン安定性を呈する。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する低減した向性を有する。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に血液脳関門を通過する増加した能力を有する。
これらのうちある特定の実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内、鞘内、脳室内、または大槽内投与後に、海馬、歯状回、大脳皮質、側頭皮質、後頭皮質、視床、前脳、黒質、視床下部、及び小脳から選択される１つまたは複数の脳領域に感染する増加した能力を有する。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内、鞘内、脳室内、または大槽内投与後に、海馬、歯状回、大脳皮質、側頭皮質、後頭皮質、視床、前脳、黒質、視床下部、及び小脳から選択される１つまたは複数の脳領域に感染する増加した能力を有し、かつ、心組織を非標的とすることを含め、すべての非ＣＮＳ組織に対する低減した向性も有する。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、硝子体内注射後にヒト網膜細胞に感染する増加した能力を有する。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後にヒト骨格筋に感染する増加した能力を有する。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは、天然ＡＡＶ５カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に、脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、ならびに視床を含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣から選択される組織に感染する増加した能力を有する。
更に、本明細書に記載されるｒＡＡＶカプシドＶＰタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列が提供される。
さらなる態様では、上述の複数のｒＡＡＶを含むライブラリが提供される。複数のｒＡＡＶは、異なる一次アミノ酸配列を有する複数のＶＰカプシドポリペプチドを含む。
様々なライブラリ実施形態において、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの少なくとも１つは不変である。
いくつかのライブラリ実施形態において、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの１つは不変である。そのような不変残基は、本明細書では「フレームワーク」残基とも呼ばれる。特定の実施形態では、不変残基は、ＶＰ１一次アミノ酸配列内のその位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、不変残基は、その位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの２つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの３つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの４つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの５つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。いくつかの実施形態では、配列番号２のＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９のうちの６つは不変である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸である。特定の実施形態では、各不変残基は、それぞれの位置におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の天然アミノ酸以外のアミノ酸である。
いくつかの実施形態では、ライブラリは、少なくとも１×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも７．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも１×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、少なくとも２．５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド、または少なくとも５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む。
６．５． 医薬組成物
別の態様では、医薬組成物が提供される。医薬組成物は、上述のｒＡＡＶと、薬学的に許容される担体とを含む。
別の態様では、医薬組成物が提供される。医薬組成物は、上述のｒＡＡＶと、薬学的に許容される担体とを含む。
医薬組成物は、第１の有効成分を含み得る。第１の有効成分は、本明細書に記載されるウイルスベクター及び／または本明細書に記載される任意のペイロードを含み得る。医薬組成物は、単位用量形態で製剤することができる。医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含み得る。医薬組成物は、例えば、向上した遺伝子置換、ＲＮＡ編集、ＤＮＡ編集、または画像法を容易にするために、第２、第３、または第４の有効成分を含んでもよい。
本明細書に記載される医薬組成物は、賦形剤を損ない得る。賦形剤は、凍結保存剤、例えばＤＭＳＯ、グリセロール、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。賦形剤は、凍結保存剤、例えばスクロース、トレハロース、デンプン、これらのいずれかの塩、これらのいずれかの誘導体、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。賦形剤は、ｐＨ剤（組成物の成分の酸化または分解を最小限に抑えるため）、安定化剤（組成物の成分の修飾または分解を防止するため）、緩衝剤（温度安定性を向上させるため）、可溶化剤（タンパク質溶解度を増加させるため）、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。賦形剤は、界面活性剤、糖、アミノ酸、抗酸化剤、塩、非イオン性界面活性剤、可溶化剤、トリグリセリド、アルコール、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。賦形剤は、炭酸ナトリウム、アセテート、シトレート、ホスフェート、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、ソルビトール、スクロース、トレハロース、ポリソルベート８０、リン酸ナトリウム、スクロース、リン酸二ナトリウム、マンニトール、ポリソルベート２０、ヒスチジン、シトレート、アルブミン、水酸化ナトリウム、グリシン、クエン酸ナトリウム、トレハロース、アルギニン、酢酸ナトリウム、アセテート、ＨＣｌ、エデト酸二ナトリウム、レシチン、グリセロール、キサンタンゴム、大豆イソフラボン、ポリソルベート８０、エチルアルコール、水、テプレノン、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。
本明細書で提供される組成物及び方法は、医薬組成物を利用し得る。全体を通して記載される組成物は、医薬品へと製剤することができ、疾患の診断を受けた、それを必要とするヒトまたは哺乳動物を処置するために使用することができる。場合によっては、医薬組成物を予防的に使用してもよい。
本明細書で提供される組成物は、本明細書で提供される方法において利用できる。本明細書で提供される提供される組成物のいずれも、本明細書で提供される方法において利用できる。場合によっては、方法は、疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の症状を、少なくとも部分的に防止する、低減する、緩和させる、及び／または処置することを含む。対象はヒトでも非ヒトでもよい。対象は、哺乳動物（例えば、ラット、マウス、ウシ、イヌ、ブタ、ヒツジ、ウマ）であり得る。対象は脊椎動物でも無脊椎動物でもよい。対象は実験動物でもよい。対象は患者であり得る。対象は、疾患を患っている場合がある。対象は、疾患の症状を呈示する場合がある。対象は、疾患の症状を呈示しないが、それでも疾患を有する場合がある。対象は、ケア提供者による医療的ケアを受けている（例えば、対象は入院しており、医師によって処置されている）場合がある。
６．６． 処置または検出の方法
いくつかの態様において、本開示は、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれか１つを有するｒＡＡＶビリオンを使用した処置の方法を提供する。いくつかの態様において、本開示は、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれか１つを有するｒＡＡＶビリオンを使用した検出の方法を提供する。この方法は、本明細書で開示されるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれか１つを有するｒＡＡＶビリオンを含む医薬組成物の有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む。ｒＡＡＶビリオンは、本明細書で開示されるペイロードを含む任意のペイロードをカプシドで包む。
いくつかの態様において、本開示は、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれか１つを有するｒＡＡＶビリオンを使用した処置の方法を提供する。いくつかの態様において、本開示は、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれか１つを有するｒＡＡＶビリオンを使用した検出の方法を提供する。この方法は、本明細書で開示されるＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれか１つを有するｒＡＡＶビリオンを含む医薬組成物の有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む。ｒＡＡＶビリオンは、本明細書で開示されるペイロードを含む任意のペイロードをカプシドで包む。
いくつかの実施形態では、有効量は、用量当たり少なくとも１×１０８ウイルスゲノムである。いくつかの実施形態では、有効量は、少なくとも５×１０８ウイルスゲノム／用量、７．５×１０８ウイルスゲノム／用量、少なくとも１×１０９ウイルスゲノム／用量、少なくとも２．５×１０９ウイルスゲノム／用量、少なくとも５×１０９ウイルスゲノム／用量である。
いくつかの実施形態では、有効量は、少なくとも１×１０１１ウイルスゲノム／ｋｇ患者体重、少なくとも５×１０１１ウイルスゲノム／ｋｇ、少なくとも１×１０１２ウイルスゲノム／ｋｇ、少なくとも５×１０１２ウイルスゲノム／ｋｇ、少なくとも１×１０１３ウイルスゲノム／ｋｇ、少なくとも１×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇ、または少なくとも５×１０１４である。
いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶビリオンは、経腸投与経路及び非経口投与経路を含む全身投与経路を介して投与される。ｒＡＡＶビリオンは静脈内投与されてもよい。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは筋肉内投与されてもよい。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは腹腔内投与されてもよい。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは局所投与されてもよい。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは経口投与されてもよい。特定の実施形態では、ｒＡＡＶビリオンは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは鞘内投与される。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは脳室内注射によって投与される。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは大槽内投与によって投与される。いくつかの実施形態では、ｒＡＡＶは硝子体内注射によって投与される。
様々な実施形態において、患者は、以下の表１に列記される状態のうちの１つを患っている。特定の実施形態では、患者は、表１に列記される状態のうちの１つを患っており、ｒＡＡＶは、表１のそれに関連する導入遺伝子産物を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれかを有する、本開示のｒＡＡＶビリオンは、ベクターゲノムを含み、ベクターゲノムは、治療用ポリヌクレオチドまたはペイロードを含む。さらなる実施形態において、前記ペイロードは、感染したヒト細胞における発現を指示する調節配列の制御下にあり得る。いくつかの実施形態では、ペイロードは、ＲＮＡ（例えば、ガイドＲＮＡ）、サプレッサーｔＲＮＡ、導入遺伝子、またはゲノム修飾実体など、任意の遺伝的にコード可能なペイロードをコードする治療用ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、ガイドＲＮＡ、ｔＲＮＡ、サプレッサーｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、環状ＲＮＡ、もしくはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）、リボザイム、ＤＮＡザイム、アプタマー、またはそれらの任意の組み合わせをコードする。いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、線状の治療用ポリヌクレオチドまたは環状の治療用ポリヌクレオチドをコードする。
いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、治療用タンパク質（導入遺伝子）をコードする。特定の実施形態では、導入遺伝子は、表１の修飾に好適な標的または導入遺伝子産物から選択されるタンパク質をコードする。
いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、治療用ＲＮＡをコードする。いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、ゲノム編集またはＲＮＡ編集のためのガイドＲＮＡ（工学操作されたまたは合成のガイドＲＮＡを含む）などのＲＮＡをコードする。
いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、ｔＲＮＡまたは修飾ｔＲＮＡ（工学操作されたまたは合成のｔＲＮＡ）をコードする。例えば、ｔＲＮＡまたは修飾ｔＲＮＡはサプレッサーｔＲＮＡであり得る。サプレッサーｔＲＮＡは、任意の未成熟終止コドン（オパール、オーカー、またはアンバー終止コドン）などの終止コドンを認識するアンチコドン領域を有するように工学操作することができる。
いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチド（例えば、治療用ＲＮＡ、ｔＲＮＡ、またはゲノム修飾実体）は、表１に列記される遺伝子、または神経疾患、パーキンソン病、アルツハイマー病、タウオパチー、スタルガルト病、アルファ－１アンチトリプシン欠乏症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、レット症候群、嚢胞性線維症、もしくは任意の遺伝子疾患に関連する任意の遺伝子を標的とすることができる。いくつかの実施形態では、標的となる遺伝子は、ＡＢＣＡ４、ＡＡＴ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＡ１ Ｅ３４２Ｋ、ＨＥＸＡ、ＬＲＲＫ２、ＳＮＣＡ、ＤＭＤ、ＡＰＰ、Ｔａｕ、ＧＢＡ、ＰＩＮＫ１、ＲＡＢ７Ａ、ＣＦＴＲ、ＡＬＡＳ１、ＡＴＰ７Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ Ｇ１２２６Ｒ、ＨＦＥ Ｃ２８２Ｙ、ＬＩＰＡ ｃ．８９４ Ｇ＞Ａ、ＰＣＳＫ９開始部位、もしくはＳＣＮＮ１Ａ開始部位、これらのいずれかの断片、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは遺伝子療法ペイロード（例えば、導入遺伝子）であり、したがって、それ自体が、表１に列記される遺伝子の１つ、または神経疾患、パーキンソン病、アルツハイマー病、タウオパチー、スタルガルト病、アルファ－１アンチトリプシン欠乏症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、レット症候群、嚢胞性線維症、もしくは任意の遺伝子疾患に関連する任意の遺伝子であり得る。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、ＡＢＣＡ４、ＡＡＴ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＡ１ Ｅ３４２Ｋ、ＨＥＸＡ、ＬＲＲＫ２、ＳＮＣＡ、ＤＭＤ、ＡＰＰ、Ｔａｕ、ＧＢＡ、ＰＩＮＫ１、ＲＡＢ７Ａ、ＣＦＴＲ、ＡＬＡＳ１、ＡＴＰ７Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ Ｇ１２２６Ｒ、ＨＦＥ Ｃ２８２Ｙ、ＬＩＰＡ ｃ．８９４ Ｇ＞Ａ、ＰＣＳＫ９開始部位、もしくはＳＣＮＮ１Ａ開始部位、これらのいずれかの断片、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、ゲノム修飾実体をコードする。例えば、ゲノム修飾実体は、ＤＮＡ編集酵素、ＲＮＡ編集酵素、転写活性化因子、または転写抑制因子であり得る。ＤＮＡ編集酵素は、任意のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬＥヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ及びｍｅｇａＴＡＬＥＮＳ）を含む、任意のＤＮＡ編集酵素であり得る。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ９、Ｃａｓ４、Ｃａｓ１２、またはＣａｓ１３であり得る。ＲＮＡ編集酵素はＡＤＡＲであり得る。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＲはヒトＡＤＡＲ１またはヒトＡＤＡＲ２である。転写活性化因子はＶＰ６４であり得る。転写抑制因子はＫＲＡＢであり得る。このようなゲノム修飾実体は、編集のために表１に列記された任意の遺伝子を標的とし得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンを提供し、ビリオンは、本明細書で開示される治療用ペイロードのいずれか１つまたは任意の組み合わせをカプシドで包む。いくつかの実施形態では、治療用ペイロードの複数コピーがカプシドで包まれている。
いくつかの実施形態では、治療用ポリヌクレオチドは、相同性指向修復のための相同性テンプレートとして機能することが可能なポリヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド配列のいずれかを有する、本開示のｒＡＡＶビリオンは、ベクターゲノムを含み、ベクターゲノムは、検出可能なポリヌクレオチドまたはペイロードを含む。さらなる実施形態において、前記ペイロードは、感染したヒト細胞における発現を指示する調節配列の制御下にあり得る。検出可能なポリヌクレオチドの例は、任意の遺伝的にコード可能な検出可能部分を含むが、これに限定されない。例えば、遺伝的にコード可能な検出可能部分は、ＥＧＦＰ、ＧＦＰ、ＹＦＰ、ＲＦＰ、ＣＦＰ、またはそれらの任意のバリアントなどの蛍光タンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、本開示は、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンを提供し、ビリオンは、本明細書で開示される検出可能なペイロードのいずれか１つまたは任意の組み合わせをカプシドで包む。いくつかの実施形態では、検出可能なペイロードの複数コピーがカプシドで包まれている。
いくつかの実施形態では、本開示は、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンを提供し、ビリオンは、本明細書で開示される治療用ペイロード及び検出可能なペイロードのいずれか１つまたは任意の組み合わせをカプシドで包む。例えば、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを有する本開示のｒＡＡＶは、導入遺伝子及び蛍光タンパク質をカプシドで包むことができる。別の例としては、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを有する本開示のｒＡＡＶは、治療用ＲＮＡ（例えば、ガイドＲＮＡ）及び蛍光タンパク質をカプシドで包むことができる。
６．７． Ｉｎ Ｖｉｖｏで選択されたＶＰポリペプチド
さらなる態様では、本明細書に記載される方法を使用して識別される、工学操作された（同義的に、組換え）アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドが提供される。
さらなる態様では、本明細書に記載される方法を使用して識別される、工学操作された（同義的に、組換え）アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドが提供される。
いくつかの実施形態では、工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドは、配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有し、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１から残基５８９までを含む領域に少なくとも１つの置換を有し、カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
いくつかの実施形態では、工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドは、配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有し、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１から残基５８９までを含む領域に少なくとも１つの置換を有し、カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、少なくとも１つの置換は、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性をｒＡＡＶに付与し、ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
特定の実施形態では、工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドは、配列番号１の配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％同一であるアミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択され、カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有せず、場合により、さらなる変異がＶＰカプシドポリペプチド内の他の箇所にある。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択され、カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、少なくとも１つの置換は、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性をｒＡＡＶに付与し、ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有せず、場合により、さらなる変異がＶＰカプシドポリペプチド内の他の箇所にある。
いくつかの実施形態では、工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、ｒＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
いくつかの実施形態では、工学操作されたＶＰカプシドポリペプチドの残基５８１から残基５８９までを含む領域は、配列番号７１１８～配列番号１０，１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である配列を有する。特定の実施形態では、工学操作されたＶＰカプシドポリペプチドの残基５８１から残基５８９までを含む領域は、配列番号７１１８～配列番号１０，１１７のいずれか１つと同一である配列を有する。
いくつかの実施形態では、工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドは、工学操作されたＡＡＶ５ウイルスカプシドタンパク質であり、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１から残基５８９までを含む領域に少なくとも１つの置換を有し、カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、少なくとも１つの置換は、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性をｒＡＡＶに付与し、ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有せず、場合により、さらなる変異がＶＰタンパク質内の他の箇所にある。
いくつかの実施形態では、ＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、ポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
いくつかの実施形態では、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含み、
式中、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ、配列番号２の残基５６１～５８０）であり、
（Ｘ）は、配列番号２のアミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９を含むポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ、配列番号２の残基５９０～６０９）であり、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
ポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
いくつかの実施形態では、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含み、式中、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（配列番号２の残基５６１～５８０、ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ）であり、
（Ｘ）は、ＣＮＳ組織向性を組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、表８（配列番号１１５～１１１４）または表１０（配列番号７１１８～８１１７）のポリペプチドのリストから選択されるポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（配列番号２の残基５９０～６０９：（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ））であり、
カプシドポリペプチドは、ｒＡＡＶへとアセンブルすることが可能であり、
カプシドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
いくつかの実施形態では、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、ＣＮＳ組織向性を付与し、ＣＮＳ組織は、海馬：（歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３）；小脳、視床下部、皮質：（後頭、側頭、及び前脳）；黒質、視床、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含み、式中、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（配列番号２の残基５６１～５８０：（ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ））であり、
（Ｘ）は、対応する組織向性を組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、配列番号１１５～１１１４または配列番号１１１８～４７４３７のポリペプチドから選択されるポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（配列番号２の残基５９０～６０９：（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ））であり、
カプシドポリペプチドは、ｒＡＡＶへとアセンブルすることが可能であり、
カプシドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない。
以下に記載するのは、安定な、または改善された、ビリオンアセンブリ、組織向性、またはその両方を付与する、工学操作された変異型ＡＡＶ５ ＶＰ１ポリペプチド配列である。いくつかの実施形態では、本開示は、配列番号１と９８．７％以下の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを提供し、ＡＡＶ５カプシドポリペプチド配列は、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に、少なくとも１つの変異を有する。
また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、実施例の表（例えば、表７、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、及び８６）に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
６．７．１． 増加した肝向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択されたＶＰポリペプチド
様々な実施形態において、本開示は、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する増加した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な変異型ＶＰポリペプチドを提供する。本開示のこのセクションにおいて、肝臓組織向性は、配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、ＮＨＰに投与されたウイルスの全ライブラリにおける当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べることで決定されている。
様々な実施形態において、本開示は、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する増加した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な変異型ＶＰポリペプチドを提供する。本開示のこのセクションにおいて、肝臓組織向性は、配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、ＮＨＰに投与されたウイルスの全ライブラリにおける当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べることで決定されている。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、またはＴから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫである。
更なる実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＴである。
更なる実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｍ、またはＴから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡまたはＴである。
更なる実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｐ、Ｑ、またはＴから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＰである。
更なる実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、またはＹから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＨ、Ｉ、またはＹから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＹである。
更なる実施形態では、Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＷから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮ、またはＱから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮである。
更なる実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＳから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、ＨまたはＭから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡである。
更なる実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＧ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＧである。
更なる実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＷから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＥ、Ｇ、またはＰから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＧである。
特定の実施形態では、工学操作された（組換え）カプシドポリペプチドのＸａａ１～Ｘａａ９の配列は、表２に提示するアミノ酸配列から選択される。
いくつかの実施形態では、工学操作されたＡＡＶカプシド及び対応するビリオンは、ＡＡＶ５野生型カプシド及び対応するビリオンと比較した場合、増加した肝向性を呈する。この増加した向性は、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合、約１．５、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０、６．５、７．０、７．５、８．０、８．５、９．０、９．５～約１０．０倍の範囲であり得る。
６．７．２． ｒＡＡＶへのアセンブリに適しているＩｎ ｖｉｖｏで選択された工学操作されたＶＰポリペプチド
様々な好ましい実施形態において、本開示の変異型（工学操作された、組換え）ＶＰカプシドポリペプチドは、アセンブルされたビリオンを形成することが可能であり、場合によっては配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に同様のまたは改善された安定性を呈する、アセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
様々な好ましい実施形態において、本開示の変異型（工学操作された、組換え）ＶＰカプシドポリペプチドは、アセンブルされたビリオンを形成することが可能であり、場合によっては配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に同様のまたは改善された安定性を呈する、アセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
アセンブルされた精製後のウイルスにおいて配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、プラスミドライブラリ全体で規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、優先的にウイルスをアセンブルするカプシドの配列規則を識別した。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して同様のまたは改善された安定性を呈し得るアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｍ、もしくはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＥであるか、またはＸａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡであるか、またはＸａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｎ、ＱもしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＤもしくはＴであるか、またはＸａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ４はＥであるか、またはＸａａ５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｎ、ＱもしくはＴから選択されるか、またはＸａａ５はＮであるか、またはＸａａ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ６は、Ｄ、Ｎ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ６はＤであるか、またはＸａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ７は、Ａ、Ｄ、ＥもしくはＧから選択されるか、またはＸａａ７はＡであるか、またはＸａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ８は、Ａ、Ｄ、Ｇ、もしくはＳを含むか、またはＸａａ８はＧであるか、またはＸａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｇ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ９はＧである。
様々な実施形態において、ＶＰポリペプチドは、アセンブルされたビリオンを形成することが可能であり、場合によっては配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に同様のまたは改善された安定性を呈する、アセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｍ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＥである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤまたはＴである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＮである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｄ、ＥまたはＧから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＳを含む。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＧである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＧである。
６．７．３． ｒＡＡＶビリオンへのアセンブリに適しており、減少した肝向性を呈するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して減少した肝臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、減少した肝向性の動因となる。
本開示は、標的細胞と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して減少した肝臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、減少した肝向性の動因となる。
肝臓において識別されなかったバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、アセンブルされたウイルスを形成するバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肝臓組織を優先的に非標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して減少した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＫではないか、またはＸａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、もしくはＴではないか、またはＸａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴではないか、またはＸａａ２はＴではないか、またはＸａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶではないか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶではないか、またはＸａａ３はＡもしくはＴではないか、またはＸａａ３はＡ、Ｍ、もしくはＴではないか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶではないか、またはＸａａ４はＰではないか、またはＸａａ４はＬ、Ｐ、Ｑ、もしくはＴではないか、またはＸａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷではないか、またはＸａａ５はＹではないか、またはＸａａ５はＨ、Ｉ、もしくはＹではないか、またはＸａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹではないか、またはＸａａ６はＮではないか、またはＸａａ６はＮ、もしくはＱではないか、またはＸａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷではないか、またはＸａａ７はＡではないか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、ＨもしくはＭではないか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳではないか、またはＸａａ８はＧではないか、またはＸａａ８はＧ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳではないか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹではないか、またはＸａａ９はＧではないか、またはＸａａ９はＥ、Ｇ、もしくはＰではないか、またはＸａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷではない。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ１はＫではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、またはＴではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ２はＴではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ３はＡまたはＴではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｍ、またはＴではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ４はＰではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｐ、Ｑ、またはＴではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ５はＹではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ５はＨ、Ｉ、またはＹではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、またはＹではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ６はＮではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ６はＮ、またはＱではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＷではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ７はＡではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、ＨまたはＭではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＳではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ８はＧではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ８はＧ、Ｍ、Ｑ、またはＳではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ９はＧではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ９はＥ、Ｇ、またはＰではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
ある特定の実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＷではなく、ＶＰカプシドは、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である。
本開示は、配列番号１のＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドと比較して、次の組織：脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、ならびに視床を含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣のうちのいずれかに対する、増加した組織向性を有するバリアントＶＰカプシドを包含する。
６．７．４． 肝臓組織を非標的とするＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、非肝臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織、肝臓）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肝臓組織を優先的に非標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例４に詳細に記載する。実施例４の表６Ｂ、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して低減した肝向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの肝向性は、採取した他のすべての組織への形質導入について決定的な特性よりも肝臓形質導入について決定的な特性を指す。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、非肝臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織、肝臓）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肝臓組織を優先的に非標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例４に詳細に記載する。実施例４の表６Ｂ、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して低減した肝向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの肝向性は、採取した他のすべての組織への形質導入について決定的な特性よりも肝臓形質導入について決定的な特性を指す。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して減少した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＫを除外するか、またはＸａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、もしくはＴを除外するか、またはＸａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴを除外するか、またはＸａａ２はＴを除外するか、またはＸａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、またはＸａａ３はＡもしくはＴを除外するか、またはＸａａ３はＡ、Ｍ、もしくはＴを除外するか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、またはＸａａ４はＰを除外するか、またはＸａａ４はＬ、Ｐ、Ｑ、もしくはＴを除外するか、またはＸａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷを除外するか、またはＸａａ５はＹを除外するか、またはＸａａ５はＨ、Ｉ、もしくはＹを除外するか、またはＸａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹを除外するか、またはＸａａ６はＮを除外するか、またはＸａａ６はＮ、もしくはＱを除外するか、またはＸａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷを除外するか、またはＸａａ７はＡを除外するか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、ＨもしくはＭを除外するか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳを除外するか、またはＸａａ８はＧを除外するか、またはＸａａ８はＧ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳを除外するか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹを除外するか、またはＸａａ９はＧを除外するか、またはＸａａ９はＥ、Ｇ、もしくはＰを除外するか、またはＸａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷを除外する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して減少した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、またはＴを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＴを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡまたはＴを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｍ、またはＴを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＰを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｐ、Ｑ、またはＴを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＹを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＨ、Ｉ、またはＹを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、またはＹを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮ、またはＱを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＷを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、ＨまたはＭを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＳを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＧを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＧ、Ｍ、Ｑ、またはＳを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＧを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＥ、Ｇ、またはＰを除外する。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＷを除外する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して減少した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、またはＴを除外し、Ｘａａ２は除外し、Ｘａａ３はＡまたはＴを除外し、Ｘａａ４はＰを除外し、Ｘａａ５はＹを除外し、Ｘａａ６はＮを除外し、Ｘａａ７はＡを除外し、Ｘａａ８はＧを除外し、Ｘａａ９はＧを除外する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して減少した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、もしくはＴを除外するか、またはＸａａ２は除外するか、またはＸａａ３はＡもしくはＴを除外するか、またはＸａａ４はＰを除外するか、またはＸａａ５はＹを除外するか、またはＸａａ６はＮを除外するか、またはＸａａ７はＡを除外するか、またはＸａａ８はＧを除外するか、またはＸａａ９はＧを除外するか、またはそれらの任意の組み合わせである。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例２１に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して減少した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、位置Ｘａａ１で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、位置Ｘａａ１で低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＮ、Ｋ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で高い潜在的水素結合の総数をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＨ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ３は、位置Ｘａａ３で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＰまたはＤから選択される）か、またはＸａａ４は、位置Ｘａａ４で中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ５は、位置Ｘａａ５で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＮ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ８は、位置Ｘａａ８で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＫまたはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、位置Ｘａａ８で低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ８は、位置Ｘａａ８で高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例２１に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して減少した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、位置Ｘａａ１で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、位置Ｘａａ１で低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＮ、Ｋ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で高い潜在的水素結合の総数をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＨ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ２は、位置Ｘａａ２で中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ３は、位置Ｘａａ３で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＰまたはＤから選択される）か、またはＸａａ４は、位置Ｘａａ４で中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ５は、位置Ｘａａ５で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＮ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ８は、位置Ｘａａ８で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＫまたはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、位置Ｘａａ８で低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ８は、位置Ｘａａ８で高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、位置Ｘａａ１で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤまたはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、位置Ｘａａ１で低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、位置Ｘａａ２で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＮ、Ｋ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、位置Ｘａａ２で低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、位置Ｘａａ２で低い電荷をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、位置Ｘａａ２で高い潜在的水素結合の総数をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＨ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、位置Ｘａａ２で中程度の体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、位置Ｘａａ３で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＰまたはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、位置Ｘａａ４で中程度の体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、位置Ｘａａ５で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＮ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、位置Ｘａａ８で低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＫまたはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、位置Ｘａａ８で低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、位置Ｘａａ８で高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＥ、Ｒ、またはＫから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、肝臓非標的性組織向性の動因となる。
６．７．５． 増加した肝向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的肝臓組織中の標的肝臓細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肝臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した肝向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的肝臓組織中の標的肝臓細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肝臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した肝向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、肝臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肝臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例４に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、肝臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肝臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例４に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、または
Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ１はＫであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｋ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ２はＡであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＫ、Ｑ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＫであるか、またはＸａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＫ、Ｉ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＫであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＦ、Ｌ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＦであるか、またはＸａａ６はＦ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＭもしくはＮから選択されるか、またはＸａａ６はＮであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、ＱもしくはＳから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ７はＳであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｍ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＣであるか、またはＸａａ９はＥ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＬ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ９はＲである。
Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ１はＫであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｋ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ２はＡであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＫ、Ｑ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＫであるか、またはＸａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＫ、Ｉ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＫであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＦ、Ｌ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＦであるか、またはＸａａ６はＦ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＭもしくはＮから選択されるか、またはＸａａ６はＮであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、ＱもしくはＳから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ７はＳであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｍ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＣであるか、またはＸａａ９はＥ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＬ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ９はＲである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｑ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ａ、Ｋ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ２はＡである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＫ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫ、Ｉ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｌ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＦである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＦ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＭもしくはＮから選択されるか、またはＸａａ６はＮである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、ＱまたはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ７はＳである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｍ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＥ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＬ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ９はＲである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＦ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＹから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、またはＳから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択され、Ｘａａ９はＥ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＦ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ９はＥ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４３４３８～配列番号４４４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肝臓組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例２０に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ１は、低いアミノ酸変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＨ、Ｐ、Ｋ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＱ、Ｋ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ２は、高いアミノ酸体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＳ、Ｌ、Ｉ、Ａ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ３は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＮ、Ｉ、Ａ、Ｍ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＮ、Ｋ、Ｒ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ４は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、高いアミノ酸体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫ、Ｒ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、中程度のアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＨまたはＴから選択される）か、またはＸａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＶまたはＣから選択される）か、またはＸａａ８は、低い平均可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＷ、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｌ、Ｈ、またはＣから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例２０に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した肝臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ１は、低いアミノ酸変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＨ、Ｐ、Ｋ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＱ、Ｋ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ２は、高いアミノ酸体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＳ、Ｌ、Ｉ、Ａ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ３は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＮ、Ｉ、Ａ、Ｍ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＮ、Ｋ、Ｒ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ４は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、高いアミノ酸体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫ、Ｒ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、中程度のアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＨまたはＴから選択される）か、またはＸａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＶまたはＣから選択される）か、またはＸａａ８は、低い平均可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＷ、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｌ、Ｈ、またはＣから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、またはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いアミノ酸変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＨ、Ｐ、Ｋ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＱ、Ｋ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＥ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高いアミノ酸体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＳ、Ｌ、Ｉ、Ａ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＮ、Ｉ、Ａ、Ｍ、Ｅ、またはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＮ、Ｋ、Ｒ、またはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫ、Ｒから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高いアミノ酸体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫ、Ｒ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、中程度のアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＨ、Ｔから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＶまたはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い平均可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＷ、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｌ、Ｈ、またはＣから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４４４３８～配列番号４５４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肝臓組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された肝臓配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４５４３８～配列番号４６４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肝臓組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４５４３８～配列番号４６４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肝臓組織向性の動因となる。
６．７．６． 増加した中枢神経系向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド、位置頻度に基づく規則及びＭＬ規則
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的ＣＮＳ組織中の標的ＣＮＳ細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したＣＮＳ組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した中枢神経系向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的ＣＮＳ組織中の標的ＣＮＳ細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したＣＮＳ組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した中枢神経系向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、中枢神経系（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、中枢神経系組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例５に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、中枢神経系（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、中枢神経系組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例５に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した中枢神経系組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ１はＫ、Ｑ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ１はＫであるか、またはＸａａ２はＦ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ２はＦ、Ｉ、ＲもしくはＴから選択されるか、またはＸａａ２はＲであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ３はＲであるか、またはＸａａ４はＥ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ４はＥ、Ｍ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ４はＲであるか、またはＸａａ５はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｉ、Ｍ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ５はＫ、Ｉ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ５はＩであるか、またはＸａａ６はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｙから選択されるか、またはＸａａ６はＫ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＲであるか、またはＸａａ７はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ７はＩ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ７はＶであるか、またはＸａａ８はＣ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ８はＨ、Ｋ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ８はＨであるか、またはＸａａ９はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ９はＩ、Ｋ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ９はＲである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した中枢神経系組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫ、Ｑ、Ｒ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＦ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＦ、Ｉ、ＲまたはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｒ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥ、Ｍ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｉ、Ｍ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＫ、Ｉ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＩである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｙから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＫ、Ｒ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＩ、Ｒ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＣ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＨ、Ｋ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＨである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩ、Ｋ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＲである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した中枢神経系組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷから選択され、Ｘａａ２はＦ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、またはＷから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、またはＷから選択され、Ｘａａ４はＥ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、またはＲから選択され、Ｘａａ５はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｉ、Ｍ、またはＲから選択され、Ｘａａ６はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｙから選択され、Ｘａａ７はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、またはＷから選択され、Ｘａａ８はＣ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、またはＶから選択され、Ｘａａ９はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、またはＶから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した中枢神経系組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ２はＦ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ４はＥ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、Ｘａａ５はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｉ、Ｍ、もしくはＲから選択されるか、Ｘａａ６はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｙから選択されるか、Ｘａａ７はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ８はＣ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ９はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号７１１８～配列番号８１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した中枢神経系組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
このセクションにおいて後続段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例１９に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した中枢神経系組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ１は、低いアミノ酸ハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、高い平均アミノ酸可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ１は、高い水素結合ドナーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、アミノ酸変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、Ｐ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ２は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ２は、低いアミノ酸ハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ２は、高いアミノ酸電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ３は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＡ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ５は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＣ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ５は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＭ、Ｖ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均アミノ酸可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＭ、Ｗ、Ｆ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ８は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＨ、Ｖ、またはＩから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
このセクションにおいて後続段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例１９に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した中枢神経系組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ１は、低いアミノ酸ハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、高い平均アミノ酸可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ１は、高い水素結合ドナーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、アミノ酸変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、Ｐ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ２は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ２は、低いアミノ酸ハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ２は、高いアミノ酸電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ３は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＡ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ５は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＣ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ５は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＭ、Ｖ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均アミノ酸可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＭ、Ｗ、Ｆ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ８は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＨ、Ｖ、またはＩから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、Ｑから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いアミノ酸ハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い平均アミノ酸可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い水素結合ドナーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はアミノ酸変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、Ｐ、またはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いアミノ酸ハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高いアミノ酸電荷をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＲ、Ｋ、Ｈから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＣ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＭ、Ｖ、またはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い平均アミノ酸可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＭ、Ｗ、Ｆ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＨ、Ｖ、またはＩから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号８１１８～配列番号９１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加したＣＮＳ組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮されたＣＮＳ配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号９１１８～配列番号１０１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加したＣＮＳ組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号９１１８～配列番号１０１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加したＣＮＳ組織向性の動因となる。
６．７．７． 増加した脾臓向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的脾臓組織中の標的脾臓細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脾臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した脾臓向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的脾臓組織中の標的脾臓細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脾臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した脾臓向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、脾臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、脾臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例６に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、脾臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、脾臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例６に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脾臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ１はＣ、Ｆ、Ｐ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ１はＰ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ１はＰであるか、またはＸａａ２はＤ、Ｅ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ２はＤ、Ｅ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ２はＤであるか、またはＸａａ３はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ３はＤ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ３はＰであるか、またはＸａａ４はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、ＷもしくはＹから選択されるか、またはＸａａ４はＣ、Ｈ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ４はＣであるか、またはＸａａ５はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ５はＤ、Ｅ、Ｇ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ５はＤであるか、またはＸａａ６はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｗから選択されるか、またはＸａａ６はＣ、Ｋ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ６はＫであるか、またはＸａａ７はＦ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｗ、Ｙから選択されるか、またはＸａａ７はＬ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ７はＰであるか、またはＸａａ８はＥ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ８はＰ、Ｒ、もしくはＫから選択されるか、またはＸａａ８はＫであるか、またはＸａａ９はＣ、Ｈ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ９はＣ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ９はＶである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脾臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｐ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＰ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、ＷまたはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣ、Ｈ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｇ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｗから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＣ、Ｋ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＦ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｗ、Ｙから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＬ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＥ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＰ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＶである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脾臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｗ、またはＹから選択され、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、またはＷから選択され、Ｘａａ３はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｐ、またはＷから選択され、Ｘａａ４はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、ＷまたはＹから選択され、Ｘａａ５はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、またはＷから選択され、Ｘａａ６はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｗから選択され、Ｘａａ７はＦ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｗ、Ｙから選択され、Ｘａａ８はＥ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、またはＴから選択され、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脾臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ３はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ４はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、ＷもしくはＹから選択されるか、Ｘａａ５はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ６はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｗから選択されるか、Ｘａａ７はＦ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｗ、Ｙから選択されるか、Ｘａａ８はＥ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３７４３８～配列番号３８４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脾臓組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４２に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した脾臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤまたはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＦ、Ｉ、Ｌから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹまたはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｑ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ２は、低い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＴ、Ｎ、Ｐ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ３は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ４は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｐ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｄ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＥ、Ｄ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、またはＮから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４２に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した脾臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤまたはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＦ、Ｉ、Ｌから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹまたはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｑ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ２は、低い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＴ、Ｎ、Ｐ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ３は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ４は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｐ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＥ、Ｄ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＥ、Ｄ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、またはＮから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤまたはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＦ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＹまたはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｑ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＴ、Ｎ、Ｐ、またはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＥ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＥ、Ｐ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＥ、Ｄ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＥ、Ｄ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、またはＮから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３８４３８～配列番号３９４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脾臓組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された脾臓配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３９４３８～配列番号４０４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脾臓組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３９４３８～配列番号４０４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脾臓組織向性の動因となる。
６．７．８． 増加した副腎向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的副腎組織中の標的副腎細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した副腎組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した副腎向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的副腎組織中の標的副腎細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した副腎組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した副腎向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、副腎において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、副腎組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例７に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、副腎において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、副腎組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例７に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した副腎組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ１はＣ、Ｋ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ１はＣであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｖ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ２はＶであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、もしくはＭから選択されるか、またはＸａａ３はＭであるか、またはＸａａ４はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＡ、Ｒ、もしくはＫから選択されるか、またはＸａａ４はＫであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＲ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＶであるか、またはＸａａ６はＧ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ６はＨもしくはＮから選択されるか、またはＸａａ６はＮであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、ＳもしくはＶから選択されるか、またはＸａａ７はＨ、Ｑ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ７はＨであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｇ、Ｍ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＳであるか、またはＸａａ９はＡ、Ｅ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＰもしくはＥから選択されるか、またはＸａａ９はＰである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した副腎組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｖ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、またはＭから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＭである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＲ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＧ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨまたはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＨ、Ｑ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＨである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｇ、Ｍ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＳである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＰまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＰである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した副腎組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ４はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＶから選択され、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＧ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、またはＳから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＶから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択され、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した副腎組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ４はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＧ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、ＳもしくはＶから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１１１８～配列番号２１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した副腎組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３１に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した副腎組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、Ｘａａ１で低いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＶ、Ｐ、Ｓ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＴ、Ｓ、Ｗ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫから選択される）か、またはＸａａ３は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＭから選択される）か、またはＸａａ４は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ５は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ５は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＶまたはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＲから選択される）か、またはＸａａ５は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＹ、Ｒ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｖ、Ｍ、Ａ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ７は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＶ、Ｈ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲから選択される）か、またはＸａａ８は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＫ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＲまたはＹから選択される）か、またはＸａａ９は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＮから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３１に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した副腎組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、Ｘａａ１で低いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＶ、Ｐ、Ｓ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＴ、Ｓ、Ｗ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫから選択される）か、またはＸａａ３は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＭから選択される）か、またはＸａａ４は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ５は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ５は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＶまたはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＲから選択される）か、またはＸａａ５は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＹ、Ｒ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｖ、Ｍ、Ａ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ７は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＶ、Ｈ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲから選択される）か、またはＸａａ８は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＫ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＲまたはＹから選択される）か、またはＸａａ９は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＮから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＶ、Ｐ、Ｓ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＴ、Ｓ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＷ、Ｍ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＭから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫ、Ｉ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＲ、Ｈから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＶ、Ｌから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＹ、Ｒ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＹ、Ｖ、Ｍ、Ａ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＶ、Ｈ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＫ、Ｉ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＲまたはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＮから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２１１８～配列番号３１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した副腎組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された副腎配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３１１８～配列番号４１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した副腎組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３１１８～配列番号４１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した副腎組織向性の動因となる。
６．７．９． 増加した坐骨神経向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的坐骨神経組織中の標的坐骨神経細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した坐骨神経組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した坐骨神経向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的坐骨神経組織中の標的坐骨神経細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した坐骨神経組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した坐骨神経向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、坐骨神経において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、坐骨神経組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例８に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、坐骨神経において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、坐骨神経組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例８に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した坐骨神経組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ１はＣ、Ｒ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ１はＣであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｑ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、もしくはＩから選択されるか、またはＸａａ２はＡであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＦ、Ｍ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ３はＲであるか、またはＸａａ４はＥ、Ｎ、Ｔ、Ｑ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＥ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＴであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＦ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＶであるか、またはＸａａ６はＫ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ６はＭ、Ｎ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ６はＮであるか、またはＸａａ７はＫ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ７はＭ、Ｑ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ７はＭであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ８はＨもしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＨであるか、またはＸａａ９はＣ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ９はＣ、Ｉ、もしくはＫから選択されるか、またはＸａａ９はＩである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した坐骨神経組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｒ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｑ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、またはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＦ、Ｍ、Ｒ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥ、Ｎ、Ｔ、Ｑ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＴである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＫ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＭ、Ｎ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＫ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＭ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＭである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＨまたはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＨである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣ、Ｉ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した坐骨神経組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＹから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｑ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ４はＥ、Ｎ、Ｔ、Ｑ、またはＶから選択され、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＫ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択され、Ｘａａ７はＫ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＴから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択され、Ｘａａ９はＣ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、またはＲから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した坐骨神経組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＣ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｑ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ４はＥ、Ｎ、Ｔ、Ｑ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＫ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ７はＫ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ９はＣ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、もしくはＲから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２６１１８～配列番号２６９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した坐骨神経組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３８に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した坐骨神経組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＲ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣ、Ｌ、Ｆ、Ｙ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ１は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｆから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＨまたはＲから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度の平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＶまたはＹから選択される）か、またはＸａａ４は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＮから選択される）か、またはＸａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＩ、Ｎ、Ｇ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＮから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣ、Ｌ、Ｆ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ６は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＫ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＬ、Ｆ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ７は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＳ、Ｙ、Ｔ、Ｄ、Ｐ、Ｈ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度の溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＱ、Ｔ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ９は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＣから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３８に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した坐骨神経組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＲ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣ、Ｌ、Ｆ、Ｙ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ１は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｆから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＨまたはＲから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度の平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＶまたはＹから選択される）か、またはＸａａ４は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＮから選択される）か、またはＸａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＩ、Ｎ、Ｇ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＮから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣ、Ｌ、Ｆ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ６は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＫ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＬ、Ｆ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ７は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＳ、Ｙ、Ｔ、Ｄ、Ｐ、Ｈ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｒから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度の溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＱ、Ｔ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ９は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＣから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＧまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＲまたはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｌ、Ｆ、Ｙ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、またはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＹまたはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＥ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＨまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、中程度の平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＶまたはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＩ、Ｎ、Ｇ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＣ、Ｌ、Ｆ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＫ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＬ、Ｆ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＳ、Ｙ、Ｔ、Ｄ、Ｐ、Ｈ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、中程度の溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＱ、Ｔ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２６９９１～配列番号２７９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した坐骨神経組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された坐骨神経配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２７９９１～配列番号２８９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した坐骨神経組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２７９９１～配列番号２８９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した坐骨神経組織向性の動因となる。
６．７．１０． 増加した骨格筋向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的骨格筋組織中の標的骨格筋細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨格筋組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨格筋向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的骨格筋組織中の標的骨格筋細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨格筋組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨格筋向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、骨格筋において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、骨格筋組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例９に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、骨格筋において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、骨格筋組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例９に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨格筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ１はＰもしくはＱから選択されるか、またはＸａａ１はＱであるか、またはＸａａ２はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＴもしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＶであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＬ、Ｐ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＰであるか、またはＸａａ４はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ４はＤ、Ｅ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ４はＥであるか、またはＸａａ５はＨ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ５はＬ、Ｍ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ５はＬであるか、またはＸａａ６はＥ、Ｈ、Ｎ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ６はＰであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｈ、Ｎ、ＱもしくはＴから選択されるか、またはＸａａ７はＨであるか、またはＸａａ８はＩ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ８はＩ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ８はＰであるか、またはＸａａ９はＡ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ９はＡ、Ｍ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ９はＭである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨格筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＰまたはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＱである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＴまたはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＬ、Ｐ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＨ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＬ、Ｍ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＬである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＥ、Ｈ、Ｎ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｎ、ＱまたはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＨである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＩ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＩ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｍ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＭである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨格筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、またはＳから選択され、Ｘａａ２はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、またはＳから選択され、Ｘａａ５はＨ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択され、Ｘａａ６はＥ、Ｈ、Ｎ、またはＰから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｎ、ＱまたはＴから選択され、Ｘａａ８はＩ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、またはＷから選択され、Ｘａａ９はＡ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨格筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ２はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ５はＨ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ６はＥ、Ｈ、Ｎ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、Ｈ、Ｎ、ＱもしくはＴから選択されるか、またはＸａａ８はＩ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ９はＡ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２８９９１～配列番号２９９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨格筋組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３９に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した骨格筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＷ、Ｍ、Ｆ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＲ、Ｆ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＣ、Ｒ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ３は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、高い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣ、Ｒ、Ｈから選択される）か、またはＸａａ５は、低いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＡから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＡまたはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ａ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣから選択される）か、またはＸａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷから選択される）か、またはＸａａ７は、低いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲから選択される）か、またはＸａａ７は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ７は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲ、Ｈ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲまたはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、高い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３９に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した骨格筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＷ、Ｍ、Ｆ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＲ、Ｆ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＣ、Ｒ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ３は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、高い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣ、Ｒ、Ｈから選択される）か、またはＸａａ５は、低いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＡから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＡまたはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ａ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣから選択される）か、またはＸａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷから選択される）か、またはＸａａ７は、低いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲから選択される）か、またはＸａａ７は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ７は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲ、Ｈ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＲまたはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、高い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＧまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＷ、Ｍ、Ｆ、またはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＲ、Ｆ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＣ、Ｒ、またはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＧまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＧまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い親水性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣ、Ｒ、またはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＡから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＡまたはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ａ、またはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＷ、Ｍ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＲ、Ｈ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＲまたはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い親水性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＹ、Ｆ、またはＬから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２９９９１～配列番号３０９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨格筋組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された骨格筋配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３０９９１～配列番号３１９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨格筋組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３０９９１～配列番号３１９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨格筋組織向性の動因となる。
６．７．１１． 増加した脊髄向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的脊髄組織中の標的脊髄細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したＣＮＳ組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した脊髄向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的脊髄組織中の標的脊髄細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したＣＮＳ組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した脊髄向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、脊髄において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び坐骨神経組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、脊髄組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１０に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、脊髄において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び坐骨神経組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、脊髄組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１０に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脊髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ１はＫ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ１はＫであるか、またはＸａａ２はＨ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ２はＨ、Ｉ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ２はＩであるか、またはＸａａ３はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ３はＦ、Ｉ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ３はＩであるか、またはＸａａ４はＩ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＩ、Ｍ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＶであるか、またはＸａａ５はＨ、Ｋ、Ｑ、Ｔ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＴ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＹであるか、またはＸａａ６はＨ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＬ、Ｎ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＹであるか、またはＸａａ７はＤ、Ｈ、Ｐ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ７はＲであるか、またはＸａａ８はＤ、Ｆ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ８はＳ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ８はＴであるか、またはＸａａ９はＣ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＩ、Ｐ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ９はＩである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脊髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫ、Ｒ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＨ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＨ、Ｉ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＩである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＦ、Ｉ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＩである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＩ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＩ、Ｍ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＨ、Ｋ、Ｑ、Ｔ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＴ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＹである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＬ、Ｎ、Ｒ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＹである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤ、Ｈ、Ｐ、Ｑ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤ、Ｆ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＳ、Ｔ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＴである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩ、Ｐ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脊髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＷから選択され、Ｘａａ２はＨ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択され、Ｘａａ３はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、またはＲから選択され、Ｘａａ４はＩ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択され、Ｘａａ５はＨ、Ｋ、Ｑ、Ｔ、Ｗ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＨ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｗ、またはＹから選択され、Ｘａａ７はＤ、Ｈ、Ｐ、Ｑ、またはＲから選択され、Ｘａａ８はＤ、Ｆ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、またはＹから選択され、Ｘａａ９はＣ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した脊髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ２はＨ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ３はＣ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、もしくはＲから選択されるか、Ｘａａ４はＩ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ５はＨ、Ｋ、Ｑ、Ｔ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＨ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ７はＤ、Ｈ、Ｐ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、Ｘａａ８はＤ、Ｆ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ９はＣ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３４９９１～配列番号３５４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脊髄組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４１に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した脊髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＦ、Ｗ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ１は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＰまたはＹから選択される）か、またはＸａａ３は、低い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＹ、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｒ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷから選択される）か、またはＸａａ８は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＷ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｈ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＷ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ８は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＶまたはＬから選択される）か、またはＸａａ９は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＶ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ９は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４１に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した脊髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＦ、Ｗ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ１は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＰまたはＹから選択される）か、またはＸａａ３は、低い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＹ、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｒ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷから選択される）か、またはＸａａ８は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＷ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｈ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、高い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＷ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ８は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＶまたはＬから選択される）か、またはＸａａ９は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＶ、またはＩから選択される）か、またはＸａａ９は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＦ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＦ、Ｍ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＰまたはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い親水性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＹ、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＷ、Ｆ、Ｉ、Ｌから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＷ、Ｒ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＷ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｈ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＷ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、Ｌから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＶまたはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＶまたはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３５４３８～配列番号３６４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脊髄組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された脊髄配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３６４３８～配列番号３７４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脊髄組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３６４３８～配列番号３７４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した脊髄組織向性の動因となる。
６．７．１２． 増加した乳腺向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的乳腺組織中の標的乳腺細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した乳腺組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した乳腺向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的乳腺組織中の標的乳腺細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した乳腺組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した乳腺向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、乳腺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、乳腺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１１に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、乳腺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、乳腺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１１に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した乳腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ１はＣ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ１はＣであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＶであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ３はＦ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ３はＦ、Ｋ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ３はＦであるか、またはＸａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ４はＡ、Ｉ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ４はＩであるか、またはＸａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＩ、Ｍ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＹであるか、またはＸａａ６はＨ、Ｎ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ６はＨであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、ＳもしくはＹから選択されるか、またはＸａａ７はＮもしくはＳであるか、またはＸａａ７はＮであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＧ、Ｍ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ８はＧであるか、またはＸａａ９はＡ、Ｅ、Ｌ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＡ、Ｌ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した乳腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｑ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｔ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＦ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＦ、Ｋ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＦである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｉ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＩである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＩ、Ｍ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＹである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨ、Ｎ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、ＳまたはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＮまたはＳである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＮである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＧ、Ｍ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＧである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｌ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｌ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した乳腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＣ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、またはＹから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｔ、またはＹから選択され、Ｘａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、またはＴから選択され、Ｘａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＨ、Ｎ、Ｓ、またはＶから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、ＳまたはＹから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択され、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｌ、Ｗ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した乳腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＣ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ４はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＨ、Ｎ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、ＳもしくはＹから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｌ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２２１１８～配列番号２３１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した乳腺組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３６に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した乳腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ１は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ３は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ４は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＭ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ４は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ４は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＶ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＣから選択される）か、またはＸａａ８は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＣ、Ｒ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲまたはＨから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３６に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した乳腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ１は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ３は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ４は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＭ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ４は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ４は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＶ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＣから選択される）か、またはＸａａ８は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＣ、Ｒ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲまたはＨから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
［いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＲまたはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＭ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＹ、Ｆ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＶ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＣ、Ｒ、またはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＲまたはＨから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２３１１８～配列番号２４１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した乳腺組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された乳腺配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２４１１８～配列番号２５１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した乳腺組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２４１１８～配列番号２５１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した乳腺組織向性の動因となる。
６．７．１３． 増加した肺向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的肺組織中の標的肺細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肺組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した肺向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、肺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１２に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、肺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１２に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ１はＡ、Ｅ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ１はＥであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＳ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＴであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｋ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ３はＲであるか、またはＸａａ４はＭ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ４はＰ、Ｑ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ４はＱであるか、またはＸａａ５はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＬ、Ｍ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＬであるか、またはＸａａ６はＤ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ６はＨもしくはＮから選択されるか、またはＸａａ６はＮであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、ＫもしくはＲから選択されるか、またはＸａａ７はＲであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｆ、もしくはＧから選択されるか、またはＸａａ８はＦであるか、またはＸａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＧ、Ｐ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ９はＧである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＥである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＳ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＴである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｋ、Ｒ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＭ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＰ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＱである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＬ、Ｍ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＬである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨまたはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、ＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、またはＧから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＦである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＧ、Ｐ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＧである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ４はＭ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ５はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＤ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、またはＳから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、またはＲから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、Ｗ、またはＹから選択され、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した肺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ４はＭ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ５はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＤ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、Ｘａａ７はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、もしくはＹから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１６１１８～配列番号１７１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肺組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３７に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した肺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ２は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＦから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＫ、Ｖ、Ｐ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ３は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＰから選択される）か、またはＸａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ６は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＴから選択される）か、またはＸａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＷ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ８は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ８は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＲまたはＫから選択される）か、またはＸａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲまたはＧから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３７に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した肺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ２は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＦから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＫ、Ｖ、Ｐ、またはＨから選択される）か、またはＸａａ３は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＫまたはＲから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＫまたはＰから選択される）か、またはＸａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ６は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＴから選択される）か、またはＸａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＷ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ８は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ８は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＲまたはＫから選択される）か、またはＸａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲまたはＧから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＹ、Ｆ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＫ、Ｖ、Ｐ、またはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＫまたはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＷ、Ｍ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＲまたはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＷ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＲまたはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＲまたはＧから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１７１１８～配列番号１８１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肺組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された肺配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１８１１８～配列番号１９１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肺組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１８１１８～配列番号１９１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した肺組織向性の動因となる。
６．７．１４． 増加した心臓向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的心臓組織中の標的心臓細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した心臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した心臓向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。いくつかの実施形態では、「心臓」及び「心」は、本明細書において同義に使用され得る。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的心臓組織中の標的心臓細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した心臓組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した心臓向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。いくつかの実施形態では、「心臓」及び「心」は、本明細書において同義に使用され得る。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、心臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、心臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１３に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、心臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、心臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１３に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した心臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ１はＫもしくはＬから選択されるか、またはＸａａ１はＫであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ２はＡであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＥもしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＥであるか、またはＸａａ４はＦ、Ｈ、Ｒ、Ｔ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ４はＦ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ４はＲであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｌ、Ｍ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ５はＬであるか、またはＸａａ６はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＨ、Ｎ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＨであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ７はＣ、Ｆ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ７はＦであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ８はＣ、Ｍ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＣであるか、またはＸａａ９はＡ、Ｄ、Ｇ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ９はＡもしくはＧから選択されるか、またはＸａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した心臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫまたはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＥまたはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＥである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＦ、Ｈ、Ｒ、Ｔ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＦ、Ｒ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｌ、Ｍ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＬである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨ、Ｎ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＣ、Ｆ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＦである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＣ、Ｍ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡまたはＧから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した心臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、またはＳから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、またはＶから選択され、Ｘａａ４はＦ、Ｈ、Ｒ、Ｔ、Ｗ、またはＹから選択され、Ｘａａ５はＦ、Ｌ、Ｍ、またはＲから選択され、Ｘａａ６はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｗ、またはＹから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、またはＴから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ９はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＰから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した心臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＩ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、もしくはＳから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ４はＦ、Ｈ、Ｒ、Ｔ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ５はＦ、Ｌ、Ｍ、もしくはＲから選択されるか、Ｘａａ６はＡ、Ｈ、Ｎ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ９はＡ、Ｄ、Ｇ、もしくはＰから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１３１１８～配列番号１４１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した心臓組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３４に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した心臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＮまたはＥから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＨ、Ｎ、Ｑ、Ｐ、Ｙ、Ｄ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＡまたはＥから選択される）か、またはＸａａ２は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶまたはＩから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶ、Ｅ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶまたはＭから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＲまたはＱから選択される）か、またはＸａａ４は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ４は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ４は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ４は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ５は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣから選択される）か、またはＸａａ６は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＤから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤまたはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＮ、Ｄ、Ｌ、またはＩから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３４に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した心臓組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＮまたはＥから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＨ、Ｎ、Ｑ、Ｐ、Ｙ、Ｄ、またはＥから選択される）か、またはＸａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＡまたはＥから選択される）か、またはＸａａ２は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶまたはＩから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶ、Ｅ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ２は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶまたはＭから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＲまたはＱから選択される）か、またはＸａａ４は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ４は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ４は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ４は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ５は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＣから選択される）か、またはＸａａ６は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＤから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤまたはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ９は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＮ、Ｄ、Ｌ、またはＩから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＮまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＨ、Ｎ、Ｑ、Ｐ、Ｙ、Ｄ、またはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶまたはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶ、Ｅ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶまたはＭから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＲまたはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤまたはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＮ、Ｄ、Ｌ、またはＩから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１４１１８～配列番号１５１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した心臓組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された心臓配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１５１１８～配列番号１６１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した心臓組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１５１１８～配列番号１６１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した心臓組織向性の動因となる。
６．７．１５． 増加した結腸向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的結腸組織中の標的結腸細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した結腸組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した結腸向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的結腸組織中の標的結腸細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した結腸組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した結腸向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、結腸において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、結腸組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１４に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、結腸において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、結腸組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１４に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した結腸組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ１はＦ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ１はＰであるか、またはＸａａ２はＤ、Ｅ、Ｆ、Ｌ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ２はＤ、Ｅ、Ｌ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ２はＰであるか、またはＸａａ３はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ３はＣ、Ｈ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ３はＰであるか、またはＸａａ４はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ４はＣ、Ｄ、もしくはＥから選択されるか、またはＸａａ４はＣであるか、またはＸａａ５はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ５はＧ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ５はＰであるか、またはＸａａ６はＣ、Ｋ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ６はＫもしくはＲから選択されるか、またはＸａａ６はＲであるか、またはＸａａ７はＤ、Ｍ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ７はＰであるか、またはＸａａ８はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ８はＫ、Ｐ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ８はＰであるか、またはＸａａ９はＣ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ９はＩ、Ｌ、もしくはＭから選択されるか、またはＸａａ９はＩである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した結腸組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｗ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＦ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｆ、Ｌ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｌ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＣ、Ｈ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣ、Ｄ、またはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＧ、Ｐ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＣ、Ｋ、Ｒ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＫまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＫ、Ｐ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＰである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩ、Ｌ、またはＭから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した結腸組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｗ、またはＹから選択され、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｆ、Ｌ、またはＰから選択され、Ｘａａ３はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、またはＹから選択され、Ｘａａ４はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、またはＰから選択され、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、またはＷから選択され、Ｘａａ６はＣ、Ｋ、Ｒ、またはＶから選択され、Ｘａａ７はＤ、Ｍ、Ｐ、またはＶから選択され、Ｘａａ８はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、またはＶから選択され、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、またはＷから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した結腸組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｆ、Ｌ、もしくはＰから選択されるか、Ｘａａ３はＣ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ４はＣ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、もしくはＰから選択されるか、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ６はＣ、Ｋ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ７はＤ、Ｍ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ８はＤ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ９はＣ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、もしくはＷから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１０１１８～配列番号１１１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した結腸組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３３に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した結腸組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹまたはＷから選択される）か、またはＸａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＰまたはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｎ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＫ、Ｖ、Ｐ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＳ、Ｐ、Ｇ、Ｒ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ５は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤまたはＮから選択される）か、またはＸａａ６は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＲから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｒ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＲまたはＱから選択される）か、またはＸａａ６は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３３に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した結腸組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹまたはＷから選択される）か、またはＸａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＰまたはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｎ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＫ、Ｖ、Ｐ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＳ、Ｐ、Ｇ、Ｒ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ５は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤまたはＮから選択される）か、またはＸａａ６は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＲから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｒ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ６は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＲまたはＱから選択される）か、またはＸａａ６は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＹまたはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＰ、Ｋから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｎ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＫ、Ｖ、Ｐ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＳ、Ｐ、Ｇ、Ｒ、Ｅ、またはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤまたはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＹ、Ｒ、Ｆ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＲまたはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＥ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＧまたはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１１１１８～配列番号１２１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した結腸組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された結腸配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１２１１８～配列番号１３１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した結腸組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１２１１８～配列番号１３１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した結腸組織向性の動因となる。
６．７．１６． 増加した甲状腺向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的甲状腺組織中の標的甲状腺細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した甲状腺組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した甲状腺向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的甲状腺組織中の標的甲状腺細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した甲状腺組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した甲状腺向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、甲状腺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、甲状腺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１５に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、甲状腺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、甲状腺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１５に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した甲状腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ１はＫ、ＮもしくはＱから選択されるか、またはＸａａ１はＫであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｆ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ２はＦ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ２はＷであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、ＲもしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＲであるか、またはＸａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＡ、Ｅ、もしくはＩから選択されるか、またはＸａａ４はＡであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＭ、Ｖ、Ｙであるか、またはＸａａ５はＭであるか、またはＸａａ６はＨ、Ｍ、Ｎ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ６はＮであるか、またはＸａａ７はＨ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ７はＨ、Ｉ、もしくはＮから選択されるか、またはＸａａ７はＨであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｄ、Ｆ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｆ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＦであるか、またはＸａａ９はＡ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＡもしくはＳから選択されるか、またはＸａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した甲状腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫ、ＮまたはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｆ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＦ、Ｖ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＷである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、ＲまたはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｐ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｅ、またはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＭ、Ｖ、Ｙである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＭである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＨ、Ｍ、Ｎ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＨ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＨ、Ｉ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＨである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｄ、Ｆ、Ｑ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＦである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｑ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡまたはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した甲状腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、またはＲから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｆ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＷから選択され、Ｘａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｐ、またはＶから選択され、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＨ、Ｍ、Ｎ、またはＹから選択され、Ｘａａ７はＨ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＷから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｄ、Ｆ、Ｑ、Ｓ、またはＹから選択され、Ｘａａ９はＡ、Ｑ、Ｓ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した甲状腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、もしくはＲから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｆ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｐ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＨ、Ｍ、Ｎ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ７はＨ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｄ、Ｆ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ９はＡ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４０４３８～配列番号４１４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した甲状腺組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４３に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した甲状腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＮから選択される）か、またはＸａａ２は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＦ、Ｇ、またはＭから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＦから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ３は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＶ、Ｉ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ４は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＬまたはＶから選択される）か、またはＸａａ４は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＶ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ４は、低いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＣ、Ｌ、Ｆ、Ｍ、Ｖ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ７は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＮから選択される）か、またはＸａａ７は、低い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＰ、Ｎ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ８は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＭ、Ｇ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲ、Ｋ、Ｐ、Ｈ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ９は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４３に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した甲状腺組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＮから選択される）か、またはＸａａ２は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＦ、Ｇ、またはＭから選択される）か、またはＸａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＦから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ３は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ３は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＶ、Ｉ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ４は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＬまたはＶから選択される）か、またはＸａａ４は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＶ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ４は、低いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＣ、Ｌ、Ｆ、Ｍ、Ｖ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ７は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＮから選択される）か、またはＸａａ７は、低い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＰ、Ｎ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ８は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＦ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＭ、Ｇ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲ、Ｋ、Ｐ、Ｈ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ９は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＲから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＦ、Ｇ、またはＭから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＶ、Ｉ、Ｌ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＬまたはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＶ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＣ、Ｌ、Ｆ、Ｍ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｍ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＦ、Ｍ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＰ、Ｎ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＦ、Ｍ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＭ、Ｇ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＲ、Ｋ、Ｐ、Ｈ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＲから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４１４３８～配列番号４２４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した甲状腺組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された甲状腺配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４２４３８～配列番号４３４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した甲状腺組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４２４３８～配列番号４３４３７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した甲状腺組織向性の動因となる。
６．７．１７． 増加したリンパ節向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的リンパ節組織中の標的リンパ節細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したリンパ節組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加したリンパ節向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的リンパ節組織中の標的リンパ節細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したリンパ節組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加したリンパ節向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、リンパ節において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、リンパ節組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１６に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、リンパ節において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、リンパ節組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１６に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したリンパ節組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ１はＤ、Ｅ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ１はＥであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＩ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＶであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｉ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＴであるか、またはＸａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ４はＤ、もしくはＥから選択されるか、またはＸａａ４はＥであるか、またはＸａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＩ、Ｌ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＬであるか、またはＸａａ６はＤ、Ｅ、Ｉ、Ｎ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ６はＤ、Ｅ、もしくはＩから選択されるか、またはＸａａ６はＤであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、Ｑ、もしくはＶであるか、またはＸａａ７はＶであるか、またはＸａａ８はＦ、Ｇ、Ｍ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ８はＦもしくはＷから選択されるか、またはＸａａ８はＷであるか、またはＸａａ９はＩ、Ｐ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＩもしくはＰである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したリンパ節組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＥである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＩ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｉ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＴである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、またはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＥである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＩ、Ｌ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＬである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤ、Ｅ、Ｉ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤ、Ｅ、またはＩから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＤである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｑ、またはＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＦ、Ｇ、Ｍ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＦまたはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＷである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩ、Ｐ、Ｔ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＩまたはＰである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したリンパ節組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、またはＰから選択され、Ｘａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＤ、Ｅ、Ｉ、Ｎ、またはＱから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、またはＶから選択され、Ｘａａ８はＦ、Ｇ、Ｍ、またはＷから選択され、Ｘａａ９はＩ、Ｐ、Ｔ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加したリンパ節組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｈ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ４はＡ、Ｄ、Ｅ、もしくはＰから選択されるか、Ｘａａ５はＩ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＤ、Ｅ、Ｉ、Ｎ、もしくはＱから選択されるか、Ｘａａ７はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ８はＦ、Ｇ、Ｍ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ９はＩ、Ｐ、Ｔ、もしくはＹから選択されか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号１９１１８～配列番号２０１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加したリンパ節組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３５に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加したリンパ節組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、高いＨ結合ドナーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＲから選択される）か、またはＸａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｗ、Ｒ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＮまたはＥから選択される）か、またはＸａａ３は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＲ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｙ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ５は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＮから選択される）か、またはＸａａ５は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｗ、Ｒ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ７は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＮ、Ｅから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＮ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ８は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＰまたはＫから選択される）か、またはＸａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ９は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＭまたはＶから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３５に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加したリンパ節組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、またはＲから選択される）か、またはＸａａ１は、高いＨ結合ドナーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＲから選択される）か、またはＸａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｗ、Ｒ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＮまたはＥから選択される）か、またはＸａａ３は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＲ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｙ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＣから選択される）か、またはＸａａ５は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＮから選択される）か、またはＸａａ５は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｗ、Ｒ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＧまたはＲから選択される）か、またはＸａａ７は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＮ、Ｅから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＮ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ８は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＲまたはＨから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＰまたはＫから選択される）か、またはＸａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＳから選択される）か、またはＸａａ９は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＭまたはＶから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高いＨ結合ドナーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＹ、Ｗ、Ｒ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＮまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＷ、Ｍ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＲ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｙ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、中程度のモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｉ、Ｌ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＹ、Ｗ、Ｒ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＧ、Ｒから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＮまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＮ、Ｅ、またはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、中程度の変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＲまたはＨから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＰまたはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＭまたはＶから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２０１１８～配列番号２１１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加したリンパ節組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮されたリンパ節配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２１１１８～配列番号２２１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加したリンパ節組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２１１１８～配列番号２２１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加したリンパ節組織向性の動因となる。
６．７．１８． 増加した皮膚向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的皮膚組織中の標的皮膚細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した皮膚組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した皮膚向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的皮膚組織中の標的皮膚細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した皮膚組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した皮膚向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、皮膚において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、皮膚組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１７に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、皮膚において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、皮膚組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１７に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した皮膚組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ１はＣ、Ｋ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ１はＣであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ２はＶであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｍ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ３はＣであるか、またはＸａａ４はＣ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、またはＸａａ４はＬ、Ｐ、もしくはＲから選択されるか、またはＸａａ４はＲであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＭ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＹであるか、またはＸａａ６はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ６はＭ、Ｎ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ６はＮであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、もしくはＲであるか、またはＸａａ７はＫであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｆ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ８はＳであるか、またはＸａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ９はＡ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した皮膚組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣ、Ｋ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｍ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＣ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｐ、またはＲから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＭ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＹである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＭ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＮである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、またはＲである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＫである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＳである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＡである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した皮膚組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、またはＴから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択され、Ｘａａ４はＣ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、またはＷから選択され、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、またはＶから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｓ、またはＹから選択され、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、またはＳから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した皮膚組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ４はＣ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ９はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、もしくはＳから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３１９９１～配列番号３２９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した皮膚組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４０に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した皮膚組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ１は、低い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲまたはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＰまたはＫから選択される）か、またはＸａａ３は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＩまたはＶから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＬ、Ｆ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ４は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＷ、Ｈ、Ｆ、またはＭから選択される）か、またはＸａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＧ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＧ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＭ、Ｇ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ８は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＨ、Ｆ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ８は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＬ、Ｆ、Ｙから選択される）か、またはＸａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、またはＧから選択される）か、またはＸａａ９は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｖ、Ａ、またはＨから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例４０に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した皮膚組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ１は、低い体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲまたはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＫ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＰまたはＫから選択される）か、またはＸａａ３は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＩまたはＶから選択される）か、またはＸａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＬ、Ｆ、またはＹから選択される）か、またはＸａａ４は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＷ、Ｈ、Ｆ、またはＭから選択される）か、またはＸａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＧ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＧ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＭ、Ｇ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ８は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＨ、Ｆ、Ｍ、またはＷから選択される）か、またはＸａａ８は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＬ、Ｆ、Ｙから選択される）か、またはＸａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、またはＧから選択される）か、またはＸａａ９は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｖ、Ａ、またはＨから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＲまたはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＫ、Ｉ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＰまたはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＩまたはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＬ、Ｆ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＷ、Ｈ、Ｆ、またはＭから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＧ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＧ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＭ、Ｇ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＨ、Ｆ、Ｍ、またはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＬ、Ｆ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、またはＧから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｖ、Ａ、またはＨから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３２９９１～配列番号３３９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した皮膚組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された皮膚配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３３９９１～配列番号３４９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した皮膚組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号３３９９１～配列番号３４９９０から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した皮膚組織向性の動因となる。
６．７．１９． 増加した骨髄向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的骨髄組織中の標的骨髄細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨髄組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨髄向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
本開示は、標的細胞（例えば、目的の標的骨髄組織中の標的骨髄細胞）と相互作用する残基を含む領域に少なくとも１つの変異を有するＶＰカプシドポリペプチドを含むＡＡＶ５ビリオンを提供し、少なくとも１つの変異は、野生型ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨髄組織向性を付与する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、配列番号１と少なくとも８０％の配列相同性を有するＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドであり、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨髄向性の動因となる。以下の配列規則及び配列は、ＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基５８１～５８９に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３；配列番号１１１５に示すＶＰ２配列）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７；配列番号１１１６に示すＶＰ３配列）の領域にも適用される。よって、本開示は、５８１から５８９までの領域のＡＡＶ５ ＶＰ１アミノ酸残基に対応するＶＰ２領域及びＶＰ３領域に１つまたは複数の変異を有するＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチド及びＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドを包含し、１つまたは複数の変異は、以下のセクションの規則または配列に適合する。
Ａ． 位置頻度規則
このセクションでは、別段の規定がない限り、骨髄において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、骨髄組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１８に詳細に記載する。
このセクションでは、別段の規定がない限り、骨髄において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織（ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織）において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、骨髄組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。ｉｎ ｖｉｖｏデータからの位置頻度規則の識別については、実施例１８に詳細に記載する。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ１はＡ、Ｅ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ１はＥであるか、またはＸａａ２はＡ、Ｉ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ２はＡ、Ｓ、Ｔから選択されるか、またはＸａａ２はＡであるか、またはＸａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＡ、Ｑ、もしくはＴから選択されるか、またはＸａａ３はＱであるか、またはＸａａ４はＡ、Ｅ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ４はＡ、Ｐ、もしくはＱから選択されるか、またはＸａａ４はＱであるか、またはＸａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＦ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ５はＶであるか、またはＸａａ６はＦ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ６はＩ、Ｎ、Ｑ、もしくはＳから選択されるか、またはＸａａ６はＳであるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、またはＸａａ７はＡ、Ｃ、もしくはＶであるか、またはＸａａ７はＣであるか、またはＸａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ８はＡ、Ｍ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ８はＭであるか、またはＸａａ９はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはＸａａ９はＤ、Ｅ、もしくはＰから選択されるか、またはＸａａ９はＰである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＡ、Ｅ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＥである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｉ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＡである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＡ、Ｑ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＱである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｅ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＡ、Ｐ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＱである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＦ、Ｖ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＦ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＩ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＳである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、またはＶから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、またはＶである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＣである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＡ、Ｍ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＭである。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｓ、またはＹから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＰである。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は、次の規則から選択される：Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ２はＡ、Ｉ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択され、Ｘａａ４はＡ、Ｅ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、またはＶから選択され、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、またはＹから選択され、Ｘａａ６はＦ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＶから選択され、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、またはＶから選択され、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、またはＹから選択され、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｓ、またはＹから選択される。
本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドと比較して増加した骨髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたバリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、ＶＰ１ポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、前記１つまたは複数の変異は次のとおりである：Ｘａａ１はＡ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ２はＡ、Ｉ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ４はＡ、Ｅ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ５はＦ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６はＦ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ９はＤ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｓ、もしくはＹから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号４１１８～配列番号５１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨髄組織向性の動因となる。
Ｂ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３２に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した骨髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＶ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｌ、Ｆ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＹまたはＷから選択される）か、またはＸａａ２は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷまたはＡから選択される）か、またはＸａａ２は、低い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ６は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ７は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤまたはＮから選択される）か、またはＸａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤから選択される）か、またはＸａａ８は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ８は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ａ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ９は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＨまたはＦから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例３２に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した骨髄組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＶ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＹ、Ｌ、Ｆ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＹまたはＷから選択される）か、またはＸａａ２は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷまたはＡから選択される）か、またはＸａａ２は、低い親水性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｍ、またはＦから選択される）か、またはＸａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ６は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ６はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される）か、またはＸａａ７は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤまたはＮから選択される）か、またはＸａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＣから選択される）か、またはＸａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ７はＤから選択される）か、またはＸａａ８は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ８は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ａ、またはＴから選択される）か、またはＸａａ９は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＨまたはＦから選択される）か、またはＸａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ９はＹ、Ｆ、またはＬから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＶ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＹ、Ｌ、Ｆ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＹまたはＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＷまたはＡから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い親水性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＷから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＷ、Ｍ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＷ、Ｍ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い平均可動性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＷ、Ｍ、またはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＹ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ６はＷ、Ｆ、Ｉ、またはＬから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤまたはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、高い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ７はＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ａ、またはＴから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、高いモル質量をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＨまたはＦから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ９はＹ、Ｆ、またはＬから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号５１１８～配列番号６１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨髄組織向性の動因となる。
Ｃ． 濃縮された骨髄配列
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号６１１８～配列番号７１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨髄組織向性の動因となる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号６１１８～配列番号７１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨髄組織向性の動因となる。
６．７．２０． 増加した骨格筋向性または心筋向性を付与するＩｎ ｖｉｖｏで選択された変異型ＶＰポリペプチド
Ａ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例２２に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した骨格筋組織向性または心筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｑ、Ｎ、Ｙ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶ、Ｉ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｖ、Ｉ、Ｈ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＥ、Ｖ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｒ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ４は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ４は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ５は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＱ、Ｓ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＳ、Ｄ、Ｐ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
Ａ． ＭＬ規則
この段落に記載する以下の規則セットに関し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置において優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基は、ｉｎ ｖｉｖｏデータ及び２つのＭＬモデルを使用して決定されたものであり、これらについては実施例２２に記載する。本明細書では、野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較して増加した骨格筋組織向性または心筋組織向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能な工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドが開示され、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチド配列は、１つまたは複数の変異を有し、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチド配列は、配列番号２の５８１に対応する位置から配列番号２の５８９に対応する位置までの領域に前記１つまたは複数の変異を有し、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｑ、Ｎ、Ｙ、またはＰから選択される）か、またはＸａａ１は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ１はＥ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはＸａａ２は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＶ、Ｉ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＲ、Ｖ、Ｉ、Ｈ、またはＣから選択される）か、またはＸａａ２は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ２はＥ、Ｖ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ３はＤ、Ｒ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ４は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ４は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ４はＤまたはＥから選択される）か、またはＸａａ５は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される）か、またはＸａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、またはＮから選択される）か、またはＸａａ８は、高い可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＱ、Ｓ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される）か、またはＸａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される（例えば、Ｘａａ８はＳ、Ｄ、Ｐ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、またはＫから選択される）か、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、低いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｑ、Ｎ、Ｙ、またはＰから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ１はＥ、Ｒ、またはＫから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、高いハイドロパシーをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＶ、Ｉ、Ｆ、Ｌ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、低い変異性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＲ、Ｖ、Ｉ、Ｈ、またはＣから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２は、中程度の体積をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ２はＥ、Ｖ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ３はＤ、Ｒ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４は、低い電荷をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ４はＤまたはＥから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５は、低いアミノ酸溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、またはＱから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、低い溶解度をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＤ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、またはＮから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い可動性インデックスをもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＱ、Ｓ、Ｐ、Ｅ、またはＤから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８は、高い表面接近可能性をもつアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘａａ８はＳ、Ｄ、Ｐ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、またはＫから選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を有し、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７から選択されるいずれかの配列と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有するＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドであり、前記少なくとも１つの変異は、増加した骨格筋組織向性または心筋組織向性の動因となる。
１．１． 番号付けされた実施形態
いくつかの組成物及び方法が本明細書において開示される。これらの組成物及び方法の特定の例示的な実施形態を以下に開示する。以下の実施形態は、本明細書で開示される特徴の組み合わせの非限定的な順列を列挙する。特徴の組み合わせの他の順列も考えられる。特に、これらの番号付けされた実施形態の各々は、列記された順序とは無関係に、前または後のあらゆる番号付けされた実施形態に従属または関連すると考えられる。
いくつかの組成物及び方法が本明細書において開示される。これらの組成物及び方法の特定の例示的な実施形態を以下に開示する。以下の実施形態は、本明細書で開示される特徴の組み合わせの非限定的な順列を列挙する。特徴の組み合わせの他の順列も考えられる。特に、これらの番号付けされた実施形態の各々は、列記された順序とは無関係に、前または後のあらゆる番号付けされた実施形態に従属または関連すると考えられる。
さらなる態様では、以下の実施形態が提供される。先行する実施形態に関する数の参照はすべて、同じサブセクション内でその番号が付けられた実施形態を指す。なおさらなる態様では、以下の番号付けされた実施形態の組換えまたは工学操作されたＶＰカプシドポリペプチドを含むｒＡＡＶが提供され、処置を必要とする対象の処置のためにｒＡＡＶを含む医薬組成物を使用する方法も提供される。
シリーズＡの実施形態
シリーズＡの実施形態において、「組換え」アデノ随伴（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドは、「工学操作された」アデノ随伴（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドと同義である。
１．配列番号２のアミノ酸配列を有する組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、前記ポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチド。２．配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する残基に少なくとも１つの変異を有する組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記変異は、第２の組織と比較して第１の組織に対する組織向性を付与し、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチド。３．前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドである、実施形態２に記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。４．配列番号１に対応する残基５８１～５８９における前記残基の特定の順序が特異的組織向性をもたらす、実施形態１～３のいずれか１つに記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。５．前記第１の組織は、脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、ならびに視床を含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣から選択され、前記第２の組織は、脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、ならびに視床を含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣から選択され、前記第１の組織及び前記第２の組織は異なる、実施形態１～４のいずれか１つに記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。６．前記ｒＡＡＶは、配列番号１のＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に、脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、ならびに視床を含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣から選択される組織に感染する増加した能力を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。７．前記ｒＡＡＶは、前記第２の組織と比較して前記第１の組織において約１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態２～６のいずれか１つに記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。８．前記ｒＡＡＶは、前記第２の組織と比較して前記第１の組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態２～６のいずれか１つに記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。９．前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異をさらに含み、前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基における前記１つまたは複数の変異は、改善された製造可能性、改善されたウイルスアセンブリ、改善された組織標的性／向性、またはそれらの任意の組み合わせを付与する、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態１～９のいずれかに記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ１は、Ａ、Ｋ、Ｍ、またはＴから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ１はＫである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ２はＴである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ３は、Ａ、Ｍ、またはＴから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ３はＡまたはＴを含む、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ４は、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ４は、Ｌ、Ｐ、Ｑ、またはＴから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ４はＰである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド；２２．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、またはＹから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ５は、Ｈ、Ｉ、またはＹから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ５はＹである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ６は、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＷから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ６は、Ｎ、またはＱから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ６はＮである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２８．Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＳから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。２９．Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、ＨまたはＭから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ７はＡである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ８は、Ｇ、Ｍ、Ｑ、またはＳから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ８はＧである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ９は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＷから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ９は、Ｅ、Ｇ、またはＰから選択される、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ９はＧである、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される、実施形態１～９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｍ、またはＴから選択される、実施形態３７に記載の組換えカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ１はＥである、実施形態３７に記載の組換えカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される、実施形態３７～３９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される、実施形態３７～４０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２はＡである、実施形態３７～４１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＶから選択される、実施形態３７～４２のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴから選択される、実施形態３７～４３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ３はＤまたはＴである、実施形態３７～４４のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態３７～４５のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、またはＱから選択される、実施形態３７～４６のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ４はＥである、実施形態３７～４７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、またはＹから選択される、実施形態３７～４８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴから選択される、実施形態３７～４９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ５はＮである、実施形態３７～５０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態３７～５１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ６は、Ｄ、Ｎ、またはＱから選択される、実施形態３７～５２のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ６はＤである、実施形態３７～５３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５５．Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態３７～５４のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５６．Ｘａａ７は、Ａ、Ｄ、ＥまたはＧから選択される、実施形態３７～５５のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５７．Ｘａａ７はＡである、実施形態３７～５６のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５８．Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態３７～５７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。５９．Ｘａａ８は、Ａ、Ｄ、Ｇ、またはＳを含む、実施形態３７～５８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。６０．Ｘａａ８はＧである、実施形態３７～５９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。６１．Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態３７～６０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。６２．Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｇ、またはＰから選択される、実施形態３７～６１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。６３．Ｘａａ９はＧである、実施形態３７～６２のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。６４．実施形態３７～６３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドと組み合わせた、実施形態１～３６のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドであって、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する増加した
向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、前記組換えカプシドポリペプチド。６５．Ｘａａ１はＫではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１に記載の組換えカプシドポリペプチド。６６．Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１に記載の組換えカプシドポリペプチド。６７．Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１に記載の組換えカプシドポリペプチド。６８．Ｘａａ２はＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～６７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。６９．Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～６８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７０．Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～６９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７１．Ｘａａ３はＡまたはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７２．Ｘａａ３はＡ、Ｍ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７３．Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７２のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７４．Ｘａａ４はＰではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７５．Ｘａａ４はＬ、Ｐ、Ｑ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７４のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７６．Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７５のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７７．Ｘａａ５はＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７６のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７８．Ｘａａ５はＨ、Ｉ、またはＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７９．Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、またはＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８０．Ｘａａ６はＮではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８１．Ｘａａ６はＮ、またはＱではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８２．Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＷではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８３．Ｘａａ７はＡではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８２のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８４．Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｈ、またはＭではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８５．Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＳではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８４のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８６．Ｘａａ８はＧではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８５のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８７．Ｘａａ８はＧ、Ｍ、Ｑ、またはＳではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８６のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８８．Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８９．Ｘａａ９はＧではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９０．Ｘａａ９はＥ、Ｇ、またはＰではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９１．Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＷではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～９０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９２．実施形態３７～６３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドと組み合わせた、実施形態６５～９１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドであって、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、前記組換えカプシドポリペプチド。９３．配列番号２の残基５８１から残基５８９に対応する少なくとも１つの残基を有する組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記少なくとも１つの残基が、Ｘａａ１であり、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ２であり、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３であり、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ４であり、Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ５であり、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６であり、Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ７であり、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳから選択されるか、Ｘａａ８であり、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ９であり、Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせであり、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、肝臓組織に対する組織向性を呈することが可能である、前記組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチド。９４．配列番号１の領域５８１から残基５８９までの残基に少なくとも１つの変異を有する組換えアデノ随伴ウイルスＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記変異は、ＡＡＶ５ ＶＰ１と比較すると、肝臓組織と比較して非肝臓組織において少なくとも約２倍増加した蓄積を付与し、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号
８のいずれかの配列を有しない、前記組換えアデノ随伴ウイルスＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。９５．前記変異は、肝臓組織と比較して非肝臓組織において少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍増加した蓄積を付与する、実施形態９４に記載の組換えＡＡＶＶＰ１カプシドポリペプチド。９６．前記変異は、肝臓組織と比較して非肝臓組織において約１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積を付与する、実施形態９４に記載の組換えＡＡＶＶＰ１カプシドポリペプチド。９７．配列番号１を基準にして、前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異をさらに含み、得られる組換えカプシドは、所望の組織標的性／向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９８．前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基における前記１つまたは複数の変異は、改善された製造可能性、改善されたウイルスアセンブリ、改善された組織標的性／向性、またはそれらの任意の組み合わせを付与する、実施形態９７に記載の組換えカプシドポリペプチド。９９．原核細胞において複製可能なベクターであって、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む前記ベクター。１００．前記ベクターはプラスミドである、実施形態９９に記載のベクター。１０１．実施形態１００に記載の複数のプラスミドを含むライブラリであって、前記複数のプラスミドは、複数の異なるＡＡＶ ＶＰ１コーディングポリヌクレオチドを含む、前記ライブラリ。１０２．前記ライブラリは、少なくとも１×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０１に記載のプラスミドライブラリ。１０３．前記ライブラリは、少なくとも５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０２に記載のプラスミドライブラリ。１０４．前記ライブラリは、少なくとも１×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０３に記載のプラスミドライブラリ。１０５．前記ライブラリは、少なくとも５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０４に記載のプラスミドライブラリ。１０６．前記ライブラリは、少なくとも７．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０５に記載のプラスミドライブラリ。１０７．前記ライブラリは、少なくとも１×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０６に記載のプラスミドライブラリ。１０８．前記ライブラリは、少なくとも２．５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０７に記載のプラスミドライブラリ。１０９．前記ライブラリは、少なくとも５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０８に記載のプラスミドライブラリ。１１０．実施形態１００に記載のベクターを含む原核細胞。１１１．原核細胞はＥ．ｃｏｌｉ細胞であり、前記ベクターはプラスミドである、実施形態１１０に記載の原核細胞。１１２．実施形態１１１に記載の複数のＥ．ｃｏｌｉ細胞を含むライブラリであって、前記複数の細胞は、複数のプラスミドを含み、前記複数のプラスミドは、複数の異なるＡＡＶ ＶＰ１コーディングポリヌクレオチドを含む、前記ライブラリ。１１３．実施形態１～９８のいずれかに記載の複数のポリペプチドを含むライブラリであって、前記複数は、異なる一次アミノ酸配列を有する、前記ライブラリ。１１４．前記ライブラリは、少なくとも約１×１０５個から少なくとも約５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含む、実施形態１１３に記載のライブラリ。１１５．実施形態１～９８のいずれかに記載のＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含む組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）。１１６．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する低減した向性を有する、実施形態１１５に記載のｒＡＡＶビリオン。１１７．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に血液脳関門を通過する増加した能力を有する、実施形態１１５または実施形態１１６に記載のｒＡＡＶビリオン。１１８．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内、鞘内、脳室内、または大槽内投与後に、海馬、歯状回、大脳皮質、側頭皮質、後頭皮質、視床、前脳、黒質、視床下部、及び小脳から選択される１つまたは複数の脳領域に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５～１１７のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１１９．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、硝子体内注射後にヒト網膜細胞に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５～１１８のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２０．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後にヒト骨格筋に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５～１１９のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２１．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する増加した向性を有する、実施形態１１５、及び１１７～１２０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２２．前記ｒＡＡＶは、配列番号１のＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に、脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、ならびに視床を含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣から選択される組織に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５、１１６、または１２１に記載のｒＡＡＶビリオン。１２３．前記ビリオンは、ベクターゲノムをさらに含み、前記ベクターゲノムは、ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態１１５～１２２のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２４．前記導入遺伝子は、表１の導入遺伝子産物から選択されるタンパク質をコードする、実施形態１２３に記載のｒＡＡＶビリオン。１２５．実施形態１１５～１２４のいずれか１つに記載の複数のｒＡＡＶビリオンを含むライブラリであって、前記複数のｒＡＡＶビリオンは、異なる一次アミノ酸配列を有する複数のＶＰ１カプシドポリペプチドを含む、前記ライブラリ。１２６．前記ライブラリは、少なくとも約１×１０５個から少なくとも約５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含む、実施形態１２５に記載のライブラリ。１２７．実施形態１２３または実施形態１２４に記載のｒＡＡＶと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。１２８．有効量の実施形態１２７に記載の医薬組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、処置の方法。１２９．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、野生型ｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態１２８に記載の方法。１３０．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する位置における１つまたは１つより多くの変異を欠いている、さもなければ同等のｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態１２８に記載の方法。１３１．前記有効量は、前記有効量の前記野生型ｒＡＡＶ、前記さもなければ同等のｒＡＡＶ、またはその両方と比較すると、前記患者においてより低い毒性をもたらす、実施形態１２８～１３０のいずれか１つに記載の方法。１３２．前記有効量は、少なくとも１×１０５ウイルスゲノム／ｋｇ患者体重～５×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇである、実施形態１２８に記載の方法。１３３．前記ｒＡＡＶは、静脈内投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３４．前記ｒＡＡＶは、鞘内投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３５．前記ｒＡＡＶは、大槽内投与によって投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３６．前記ｒＡＡＶは、硝子体内注射によって投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３７．所望の組織に対する向性を付与するＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを識別する方法であって、実施形態１０１～１０９、または１１２～１４４、または１２５～１２６のいずれか１つに記載のライブラリのアリコートを非ヒト霊長類に投与することと、前記所望の組織に感染したｒＡＡＶのＡＡＶカプシド配列の配列を識別することとを含む前記方法。１３８．前記ライブラリアリコートは、静脈内投与される、実施形態１３７に記載の方法。１３９．前記ライブラリアリコートは、鞘内投与される、実施形態１３７に記載の方法。１４０．前記ライブラリアリコートは、大槽内投与によって投与される、実施形態１３７に記載の方法。１４１．前記ライブラリアリコートは、脳室内注射によって投与される、実施形態１３７に記載の方法。１４２．実施形態１２３～１２４のいずれか１つに記載の治療用ポリヌクレオチドをビリオン中で製剤する方法であって、実施形態１～９８のいずれか１つに記載の組換えカプシドポリペプチドをコードするプラスミドを細胞にトランスフェクトすることと、前記治療用ポリヌクレオチドをコードするプラスミドを前記細胞にトランスフェクトすることとを含み、トランスフェクションに際し、前記細胞が、前記治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている前記ビリオンを産生する、前記方法。１４３．実施形態１２３～１２４のいずれか１つに記載の治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１～９８のいずれか１つに記載の組換えカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。１４４．表８に列挙されたＶＰ１カプシド変異（配列番号１１５～１１１４）のいずれか１つを有する組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。１４５．表８に列挙されたＶＰ１カプシド変異（配列番号１１５～１１１４）のいずれかを有する組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記変異は、第２の組織と比較して第１の組織に対する組織向性を付与し、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。１４６．前記変異は、肝臓組織と比較して非肝臓組織において、ＡＡＶ５ ＶＰ１（配列番号１）を含むｒＡＡＶの蓄積と比較すると変異型ＶＰ１タンパク質を含むｒＡＡＶの少なくとも約２倍増加した蓄積を付与し、前記変異型ｒＡＡＶ及びＡＡＶ５ ｒＡＡＶは各々、同じ力価で静脈内投与され、前記ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有
しない、実施形態１４５に記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。１４７．ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１４４～１４６のいずれか１つに記載の組換えカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。
向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、前記組換えカプシドポリペプチド。６５．Ｘａａ１はＫではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１に記載の組換えカプシドポリペプチド。６６．Ｘａａ１はＡ、Ｋ、Ｍ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１に記載の組換えカプシドポリペプチド。６７．Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１に記載の組換えカプシドポリペプチド。６８．Ｘａａ２はＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～６７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。６９．Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～６８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７０．Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～６９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７１．Ｘａａ３はＡまたはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７２．Ｘａａ３はＡ、Ｍ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７３．Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、またはＶではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７２のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７４．Ｘａａ４はＰではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７５．Ｘａａ４はＬ、Ｐ、Ｑ、またはＴではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７４のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７６．Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、またはＷではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７５のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７７．Ｘａａ５はＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７６のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７８．Ｘａａ５はＨ、Ｉ、またはＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。７９．Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、またはＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８０．Ｘａａ６はＮではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～７９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８１．Ｘａａ６はＮ、またはＱではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８２．Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、またはＷではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８３．Ｘａａ７はＡではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８２のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８４．Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｈ、またはＭではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８５．Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲまたはＳではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８４のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８６．Ｘａａ８はＧではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８５のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８７．Ｘａａ８はＧ、Ｍ、Ｑ、またはＳではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８６のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８８．Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、またはＹではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８７のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。８９．Ｘａａ９はＧではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８８のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９０．Ｘａａ９はＥ、Ｇ、またはＰではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～８９のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９１．Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、またはＷではなく、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、実施形態１、または実施形態６５～９０のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９２．実施形態３７～６３のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドと組み合わせた、実施形態６５～９１のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドであって、前記ＶＰ１カプシドは、配列番号１の前記ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含むビリオンと比較した場合に肝臓組織に対する減少した向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、前記組換えカプシドポリペプチド。９３．配列番号２の残基５８１から残基５８９に対応する少なくとも１つの残基を有する組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記少なくとも１つの残基が、Ｘａａ１であり、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、Ｘａａ２であり、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ３であり、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、Ｘａａ４であり、Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ５であり、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ６であり、Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、Ｘａａ７であり、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳから選択されるか、Ｘａａ８であり、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、Ｘａａ９であり、Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、またはそれらの任意の組み合わせであり、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、肝臓組織に対する組織向性を呈することが可能である、前記組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰ１カプシドポリペプチド。９４．配列番号１の領域５８１から残基５８９までの残基に少なくとも１つの変異を有する組換えアデノ随伴ウイルスＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記変異は、ＡＡＶ５ ＶＰ１と比較すると、肝臓組織と比較して非肝臓組織において少なくとも約２倍増加した蓄積を付与し、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号
８のいずれかの配列を有しない、前記組換えアデノ随伴ウイルスＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。９５．前記変異は、肝臓組織と比較して非肝臓組織において少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍増加した蓄積を付与する、実施形態９４に記載の組換えＡＡＶＶＰ１カプシドポリペプチド。９６．前記変異は、肝臓組織と比較して非肝臓組織において約１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積を付与する、実施形態９４に記載の組換えＡＡＶＶＰ１カプシドポリペプチド。９７．配列番号１を基準にして、前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異をさらに含み、得られる組換えカプシドは、所望の組織標的性／向性を呈するアセンブルされたビリオンを形成することが可能である、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。９８．前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基における前記１つまたは複数の変異は、改善された製造可能性、改善されたウイルスアセンブリ、改善された組織標的性／向性、またはそれらの任意の組み合わせを付与する、実施形態９７に記載の組換えカプシドポリペプチド。９９．原核細胞において複製可能なベクターであって、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む前記ベクター。１００．前記ベクターはプラスミドである、実施形態９９に記載のベクター。１０１．実施形態１００に記載の複数のプラスミドを含むライブラリであって、前記複数のプラスミドは、複数の異なるＡＡＶ ＶＰ１コーディングポリヌクレオチドを含む、前記ライブラリ。１０２．前記ライブラリは、少なくとも１×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０１に記載のプラスミドライブラリ。１０３．前記ライブラリは、少なくとも５×１０９個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０２に記載のプラスミドライブラリ。１０４．前記ライブラリは、少なくとも１×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０３に記載のプラスミドライブラリ。１０５．前記ライブラリは、少なくとも５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０４に記載のプラスミドライブラリ。１０６．前記ライブラリは、少なくとも７．５×１０１０個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０５に記載のプラスミドライブラリ。１０７．前記ライブラリは、少なくとも１×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０６に記載のプラスミドライブラリ。１０８．前記ライブラリは、少なくとも２．５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０７に記載のプラスミドライブラリ。１０９．前記ライブラリは、少なくとも５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドをコードする、実施形態１０８に記載のプラスミドライブラリ。１１０．実施形態１００に記載のベクターを含む原核細胞。１１１．原核細胞はＥ．ｃｏｌｉ細胞であり、前記ベクターはプラスミドである、実施形態１１０に記載の原核細胞。１１２．実施形態１１１に記載の複数のＥ．ｃｏｌｉ細胞を含むライブラリであって、前記複数の細胞は、複数のプラスミドを含み、前記複数のプラスミドは、複数の異なるＡＡＶ ＶＰ１コーディングポリヌクレオチドを含む、前記ライブラリ。１１３．実施形態１～９８のいずれかに記載の複数のポリペプチドを含むライブラリであって、前記複数は、異なる一次アミノ酸配列を有する、前記ライブラリ。１１４．前記ライブラリは、少なくとも約１×１０５個から少なくとも約５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含む、実施形態１１３に記載のライブラリ。１１５．実施形態１～９８のいずれかに記載のＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含む組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）。１１６．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する低減した向性を有する、実施形態１１５に記載のｒＡＡＶビリオン。１１７．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に血液脳関門を通過する増加した能力を有する、実施形態１１５または実施形態１１６に記載のｒＡＡＶビリオン。１１８．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内、鞘内、脳室内、または大槽内投与後に、海馬、歯状回、大脳皮質、側頭皮質、後頭皮質、視床、前脳、黒質、視床下部、及び小脳から選択される１つまたは複数の脳領域に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５～１１７のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１１９．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、硝子体内注射後にヒト網膜細胞に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５～１１８のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２０．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後にヒト骨格筋に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５～１１９のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２１．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する増加した向性を有する、実施形態１１５、及び１１７～１２０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２２．前記ｒＡＡＶは、配列番号１のＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に、脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、ならびに視床を含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣から選択される組織に感染する増加した能力を有する、実施形態１１５、１１６、または１２１に記載のｒＡＡＶビリオン。１２３．前記ビリオンは、ベクターゲノムをさらに含み、前記ベクターゲノムは、ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態１１５～１２２のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。１２４．前記導入遺伝子は、表１の導入遺伝子産物から選択されるタンパク質をコードする、実施形態１２３に記載のｒＡＡＶビリオン。１２５．実施形態１１５～１２４のいずれか１つに記載の複数のｒＡＡＶビリオンを含むライブラリであって、前記複数のｒＡＡＶビリオンは、異なる一次アミノ酸配列を有する複数のＶＰ１カプシドポリペプチドを含む、前記ライブラリ。１２６．前記ライブラリは、少なくとも約１×１０５個から少なくとも約５×１０１１個の異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド異なるＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを含む、実施形態１２５に記載のライブラリ。１２７．実施形態１２３または実施形態１２４に記載のｒＡＡＶと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。１２８．有効量の実施形態１２７に記載の医薬組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、処置の方法。１２９．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、野生型ｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態１２８に記載の方法。１３０．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する位置における１つまたは１つより多くの変異を欠いている、さもなければ同等のｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態１２８に記載の方法。１３１．前記有効量は、前記有効量の前記野生型ｒＡＡＶ、前記さもなければ同等のｒＡＡＶ、またはその両方と比較すると、前記患者においてより低い毒性をもたらす、実施形態１２８～１３０のいずれか１つに記載の方法。１３２．前記有効量は、少なくとも１×１０５ウイルスゲノム／ｋｇ患者体重～５×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇである、実施形態１２８に記載の方法。１３３．前記ｒＡＡＶは、静脈内投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３４．前記ｒＡＡＶは、鞘内投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３５．前記ｒＡＡＶは、大槽内投与によって投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３６．前記ｒＡＡＶは、硝子体内注射によって投与される、実施形態１２８～１３２のいずれか１つに記載の方法。１３７．所望の組織に対する向性を付与するＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドを識別する方法であって、実施形態１０１～１０９、または１１２～１４４、または１２５～１２６のいずれか１つに記載のライブラリのアリコートを非ヒト霊長類に投与することと、前記所望の組織に感染したｒＡＡＶのＡＡＶカプシド配列の配列を識別することとを含む前記方法。１３８．前記ライブラリアリコートは、静脈内投与される、実施形態１３７に記載の方法。１３９．前記ライブラリアリコートは、鞘内投与される、実施形態１３７に記載の方法。１４０．前記ライブラリアリコートは、大槽内投与によって投与される、実施形態１３７に記載の方法。１４１．前記ライブラリアリコートは、脳室内注射によって投与される、実施形態１３７に記載の方法。１４２．実施形態１２３～１２４のいずれか１つに記載の治療用ポリヌクレオチドをビリオン中で製剤する方法であって、実施形態１～９８のいずれか１つに記載の組換えカプシドポリペプチドをコードするプラスミドを細胞にトランスフェクトすることと、前記治療用ポリヌクレオチドをコードするプラスミドを前記細胞にトランスフェクトすることとを含み、トランスフェクションに際し、前記細胞が、前記治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている前記ビリオンを産生する、前記方法。１４３．実施形態１２３～１２４のいずれか１つに記載の治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１～９８のいずれか１つに記載の組換えカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。１４４．表８に列挙されたＶＰ１カプシド変異（配列番号１１５～１１１４）のいずれか１つを有する組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。１４５．表８に列挙されたＶＰ１カプシド変異（配列番号１１５～１１１４）のいずれかを有する組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドであって、前記変異は、第２の組織と比較して第１の組織に対する組織向性を付与し、前記ＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。１４６．前記変異は、肝臓組織と比較して非肝臓組織において、ＡＡＶ５ ＶＰ１（配列番号１）を含むｒＡＡＶの蓄積と比較すると変異型ＶＰ１タンパク質を含むｒＡＡＶの少なくとも約２倍増加した蓄積を付与し、前記変異型ｒＡＡＶ及びＡＡＶ５ ｒＡＡＶは各々、同じ力価で静脈内投与され、前記ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有
しない、実施形態１４５に記載の組換えＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチド。１４７．ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１４４～１４６のいずれか１つに記載の組換えカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。
シリーズＢの実施形態－ＣＮＳ向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｃ、Ｇ、Ｋ、Ｉ、Ｍ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｄ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｑ、Ｒ、またはＷから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ２は、Ｆ、Ｉ、ＲまたはＴから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ３は、Ａ、Ｒ、またはＷから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ４は、Ｅ、Ｍ、またはＲから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ５は、Ｋ、Ｉ、またはＲから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ６は、Ｋ、Ｒ、またはＹから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ７は、Ｉ、Ｒ、またはＶから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ８は、Ｈ、Ｋ、またはＶから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ９は、Ｉ、Ｋ、またはＲから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ１はＫである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ２はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ３はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ４はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ５はＩである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ６はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ７はＶである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ８はＨである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号８１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号７１１８～配列番号８１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、またはＱから選択される、実施形態２５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、低いアミノ酸ハイドロパシーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、ＫまたはＲから選択される、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ１は、高い平均アミノ酸可動性インデックスを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ１は、高い水素結合ドナーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ１は、低いアミノ酸変異性を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、Ｐ、またはＨから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ２は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、Ｑ、またはＳから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、低いアミノ酸ハイドロパシーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ２は、高いアミノ酸電荷を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、またはＨから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ３は、高いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ３は、Ａ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ５は、高いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ５は、Ｃ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ５は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ５は、Ｍ、Ｖ、またはＩから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ５は、低い平均アミノ酸可動性インデックスを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ５は、Ｍ、Ｗ、Ｆ、またはＣから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ８は、高いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．Ｘａａ８は、Ｈ、Ｖ、またはＩから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号８１１８～配列番号９１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態２９～５４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号８１１８～配列番号９１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２５～５０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．ＣＮＳ組織に対する向性は、非ＣＮＳ組織と比較したＣＮＳ組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非ＣＮＳ組織は、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～５７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．前記より高い組織向性は、非ＣＮＳ組織と比較して前記ＣＮＳ組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６１．前記より高い組織向性は、非ＣＮＳ組織と比較して前記ＣＮＳ組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｃ、Ｇ、Ｋ、Ｉ、Ｍ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｄ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｑ、Ｒ、またはＷから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ２は、Ｆ、Ｉ、ＲまたはＴから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ３は、Ａ、Ｒ、またはＷから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ４は、Ｅ、Ｍ、またはＲから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ５は、Ｋ、Ｉ、またはＲから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ６は、Ｋ、Ｒ、またはＹから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ７は、Ｉ、Ｒ、またはＶから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ８は、Ｈ、Ｋ、またはＶから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ９は、Ｉ、Ｋ、またはＲから選択される、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ１はＫである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ２はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ３はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ４はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ５はＩである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ６はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ７はＶである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ８はＨである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９はＲである、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号８１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号７１１８～配列番号８１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、またはＱから選択される、実施形態２５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、低いアミノ酸ハイドロパシーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、ＫまたはＲから選択される、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ１は、高い平均アミノ酸可動性インデックスを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、またはＳから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ１は、高い水素結合ドナーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ１は、低いアミノ酸変異性を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、Ｐ、またはＨから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ２は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、Ｑ、またはＳから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、低いアミノ酸ハイドロパシーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、またはＴから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ２は、高いアミノ酸電荷を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、またはＨから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ３は、高いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ３は、Ａ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ５は、高いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ５は、Ｃ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、またはＩから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ５は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ５は、Ｍ、Ｖ、またはＩから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ５は、低い平均アミノ酸可動性インデックスを有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ５は、Ｍ、Ｗ、Ｆ、またはＣから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ８は、高いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．Ｘａａ８は、Ｈ、Ｖ、またはＩから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号８１１８～配列番号９１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態２９～５４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号８１１８～配列番号９１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２５～５０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．ＣＮＳ組織に対する向性は、非ＣＮＳ組織と比較したＣＮＳ組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非ＣＮＳ組織は、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～５７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．前記より高い組織向性は、非ＣＮＳ組織と比較して前記ＣＮＳ組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６１．前記より高い組織向性は、非ＣＮＳ組織と比較して前記ＣＮＳ組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＣの実施形態－肝臓非標的性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、非肝臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、非肝臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴを除外するか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹを除外するか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹを除外するか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、ＱもしくはＳを除外するか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳを除外するか、または
Ｘａａ９は、Ｅ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹを除外するか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｋ、Ｑ、またはＲを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ２は、Ａ、Ｋ、Ｓ、またはＴを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ３は、Ａ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、またはＴを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｉ、Ｓ、またはＶを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｌ、またはＹを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ６は、ＭまたはＮを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、またはＳを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｍ、またはＳを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ９は、Ｌ、Ｑ、またはＲを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ１は、Ｋを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ２は、Ａを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｑ、またはＴを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ３は、Ｋを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ４は、Ｋを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ５は、Ｆを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ６は、Ｎを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ７は、Ｓを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ８は、Ｃを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．Ｘａａ９は、Ｒを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、Ｄ及びＰから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＬから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ２は、Ｎ、Ｋ、Ｐ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ２は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ２は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２は、高い潜在的水素結合の総数を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ２は、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、及びＲから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、及びＴから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ３は、Ｐ及びＤから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ４は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、及びＴから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ５は、Ｎ、Ｐ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ８は、Ｋ及びＱから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ８は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ８は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～５４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．非肝臓組織に対する向性は、肝臓組織と比較した非肝臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非肝臓組織は、ＣＮＳ組織、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．前記より高い組織向性は、肝臓組織と比較して前記非肝臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５７～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．前記より高い組織向性は、肝臓組織と比較して前記非肝臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、非肝臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、非肝臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴを除外するか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＹを除外するか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹを除外するか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、ＱもしくはＳを除外するか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、もしくはＳを除外するか、または
Ｘａａ９は、Ｅ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、もしくはＹを除外するか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｋ、Ｑ、またはＲを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ２は、Ａ、Ｋ、Ｓ、またはＴを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ３は、Ａ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、またはＴを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｉ、Ｓ、またはＶを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｌ、またはＹを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ６は、ＭまたはＮを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、またはＳを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｍ、またはＳを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ９は、Ｌ、Ｑ、またはＲを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ１は、Ｋを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ２は、Ａを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｑ、またはＴを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ３は、Ｋを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ４は、Ｋを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ５は、Ｆを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ６は、Ｎを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ７は、Ｓを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ８は、Ｃを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．Ｘａａ９は、Ｒを除外する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、Ｄ及びＰから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＬから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ２は、Ｎ、Ｋ、Ｐ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ２は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ２は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２は、高い潜在的水素結合の総数を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ２は、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、及びＲから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、及びＴから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ３は、Ｐ及びＤから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ４は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｖ、Ｐ、Ｎ、及びＴから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ５は、Ｎ、Ｐ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ８は、Ｋ及びＱから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ８は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ８は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～５４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．非肝臓組織に対する向性は、肝臓組織と比較した非肝臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非肝臓組織は、ＣＮＳ組織、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．前記より高い組織向性は、肝臓組織と比較して前記非肝臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５７～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．前記より高い組織向性は、肝臓組織と比較して前記非肝臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＤの実施形態－肝向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肝臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肝臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｅ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｋ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｋ、Ｓ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ３はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｉ、Ｓ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ４はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｌ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ５はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ６は、Ｍ及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ７はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｍ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ８はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９は、Ｌ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．Ｘａａ９はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４４４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４４４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、及びＥから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、低いハイドロパシー（＜－３．５）を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ１は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ１は、低いアミノ酸変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ１は、Ｈ、Ｐ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ１は、Ｑ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ２は、高いアミノ酸体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ２は、Ｓ、Ｌ、Ｉ、Ａ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ３は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ３は、Ｎ、Ｉ、Ａ、Ｍ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ３は、Ｎ、Ｋ、Ｒ、及びＥから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ４は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ４は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ４は、高いアミノ酸体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｒ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ５は、中程度のアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ５は、Ｈ及びＴから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．Ｘａａ８は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．Ｘａａ８は、Ｖ及びＣから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．Ｘａａ８は、低い平均可動性インデックスを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．Ｘａａ８は、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｌ、Ｈ、及びＣから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４４４３８～配列番号４５４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４４４３８～配列番号４５４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６１．肝臓組織に対する向性は、非肝臓組織と比較した肝臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非肝臓組織は、ＣＮＳ、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６３．前記より高い組織向性は、非肝臓組織と比較して前記肝臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６１～６２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６４．前記より高い組織向性は、非肝臓組織と比較して前記肝臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肝臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肝臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｅ、Ｆ、Ｌ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｋ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｋ、Ｓ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ３はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｉ、Ｓ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ４はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｌ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ５はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ６は、Ｍ及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ７はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｍ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ８はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９は、Ｌ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．Ｘａａ９はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４４４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号４３４３８～配列番号４４４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、及びＥから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、低いハイドロパシー（＜－３．５）を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ１は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ１は、低いアミノ酸変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ１は、Ｈ、Ｐ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ１は、Ｑ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ２は、高いアミノ酸体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ２は、Ｓ、Ｌ、Ｉ、Ａ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ３は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ３は、Ｎ、Ｉ、Ａ、Ｍ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ３は、Ｎ、Ｋ、Ｒ、及びＥから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ４は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ４は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ４は、高いアミノ酸体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｒ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ５は、中程度のアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ５は、Ｈ及びＴから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．Ｘａａ８は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．Ｘａａ８は、Ｖ及びＣから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．Ｘａａ８は、低い平均可動性インデックスを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．Ｘａａ８は、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｌ、Ｈ、及びＣから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４４４３８～配列番号４５４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４４４３８～配列番号４５４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６１．肝臓組織に対する向性は、非肝臓組織と比較した肝臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非肝臓組織は、ＣＮＳ、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６３．前記より高い組織向性は、非肝臓組織と比較して前記肝臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６１～６２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６４．前記より高い組織向性は、非肝臓組織と比較して前記肝臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＥの実施形態－副腎向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、副腎組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、副腎組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｖ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、及びＭから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ３はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ４は、Ａ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ４はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ５は、Ｒ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ５はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ６は、Ｈ及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ７は、Ｈ、Ｑ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ７はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｇ、Ｍ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ８はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ９は、Ｐ及びＥから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１８～配列番号２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１１１８～配列番号２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、低いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、Ｖ、Ｐ、Ｓ、及びＣから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、Ｔ、Ｓ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ２はＲである、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ２はＣである、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２はＫである、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ３は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ３はＭである、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ４は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ４は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ４は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ５は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ５は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ５は、Ｖ及びＬから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ５は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ５はＲである、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ５は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ５は、Ｙ、Ｒ、及びＦから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．Ｘａａ６は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｖ、Ｍ、Ａ、及びＣから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．Ｘａａ７は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．Ｘａａ７は、Ｖ、Ｈ、及びＲから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６１．Ｘａａ７はＲである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６２．Ｘａａ８は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６４．Ｘａａ８は、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６５．Ｘａａ８は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６６．Ｘａａ８は、Ｒ及びＹから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６７．Ｘａａ９は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６８．Ｘａａ９はＮである、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２１１８～配列番号３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７０．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２１１８～配列番号３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７１．副腎組織に対する向性は、非副腎組織と比較した副腎組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非副腎組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７２．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．前記より高い組織向性は、非副腎組織と比較して前記副腎組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１～７２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７４．前記より高い組織向性は、非副腎組織と比較して前記副腎組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、副腎組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、副腎組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１１１８～配列番号４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｖ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、及びＭから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ３はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ４は、Ａ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ４はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ５は、Ｒ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ５はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ６は、Ｈ及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ７は、Ｈ、Ｑ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ７はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｇ、Ｍ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ８はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ９は、Ｐ及びＥから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１８～配列番号２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１１１８～配列番号２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、低いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、Ｖ、Ｐ、Ｓ、及びＣから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、Ｔ、Ｓ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ２はＲである、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ２はＣである、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２はＫである、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ３は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ３はＭである、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ４は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ４は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ４は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ４は、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４９．Ｘａａ５は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ５は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ５は、Ｖ及びＬから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ５は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ５はＲである、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ５は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ５は、Ｙ、Ｒ、及びＦから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．Ｘａａ６は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｖ、Ｍ、Ａ、及びＣから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５８．Ｘａａ７は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５９．Ｘａａ７は、Ｖ、Ｈ、及びＲから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６０．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６１．Ｘａａ７はＲである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６２．Ｘａａ８は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６４．Ｘａａ８は、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６５．Ｘａａ８は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６６．Ｘａａ８は、Ｒ及びＹから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６７．Ｘａａ９は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６８．Ｘａａ９はＮである、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２１１８～配列番号３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７０．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２１１８～配列番号３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７１．副腎組織に対する向性は、非副腎組織と比較した副腎組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非副腎組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７２．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．前記より高い組織向性は、非副腎組織と比較して前記副腎組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１～７２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７４．前記より高い組織向性は、非副腎組織と比較して前記副腎組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＦの実施形態－骨髄向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨髄組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨髄組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｉ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｅ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ１はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ３はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ４は、Ａ、Ｐ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ４はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ５はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ６は、Ｉ、Ｎ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ６はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ７はＡ、Ｃ、及びＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ７はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｍ、Ｓ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ８はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１１８～配列番号５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号４１１８～配列番号５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｌ、Ｆ、及びＣから選択される、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ２は、Ｙ及びＷから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ２は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ２はＷである、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ２は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２は、Ｗ及びＡから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ２は、低い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２はＷである、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ２はＣである、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ２は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ２は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ６は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ６は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ７は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．Ｘａａ７はＣである、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．Ｘａａ７は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．Ｘａａ７は、Ｄ及びＮから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ７は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ７はＣである、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ７は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ７はＣである、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ７はＤである、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ８は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ８は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ８は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ａ、及びＴから選択される、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．Ｘａａ９は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．Ｘａａ９は、Ｈ及びＦから選択される、実施形態６８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．Ｘａａ９は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号５１１８～配列番号６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～７１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号５１１８～配列番号６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７４．骨髄組織に対する向性は、非骨髄組織と比較した骨髄組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非骨髄組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７６．前記より高い組織向性は、非骨髄組織と比較して前記骨髄組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７４～７５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７７．前記より高い組織向性は、非骨髄組織と比較して前記骨髄組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨髄組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨髄組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４１１８～配列番号７１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｉ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｅ、Ｐ、Ｑ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｍ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｐ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．Ｘａａ１はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．Ｘａａ３はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１６．Ｘａａ４は、Ａ、Ｐ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１７．Ｘａａ４はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１８．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１９．Ｘａａ５はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２０．Ｘａａ６は、Ｉ、Ｎ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２１．Ｘａａ６はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２２．Ｘａａ７はＡ、Ｃ、及びＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２３．Ｘａａ７はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｍ、Ｓ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２５．Ｘａａ８はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２６．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２７．Ｘａａ９はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１１８～配列番号５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号４１１８～配列番号５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３０．Ｘａａ１は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３１．Ｘａａ１は、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３２．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３３．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｌ、Ｆ、及びＣから選択される、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３４．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３５．Ｘａａ２は、Ｙ及びＷから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３６．Ｘａａ２は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３７．Ｘａａ２はＷである、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３８．Ｘａａ２は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３９．Ｘａａ２は、Ｗ及びＡから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４０．Ｘａａ２は、低い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４１．Ｘａａ２はＷである、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４２．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４３．Ｘａａ２はＣである、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４４．Ｘａａ２は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４５．Ｘａａ２は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４６．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４７．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。４８．Ｘａａ６は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５０．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５１．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５２．Ｘａａ６は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５３．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５４．Ｘａａ７は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５５．Ｘａａ７はＣである、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５６．Ｘａａ７は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５７．Ｘａａ７は、Ｄ及びＮから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ７は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ７はＣである、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ７は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ７はＣである、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ７はＤである、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ８は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ８は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ８は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ａ、及びＴから選択される、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．Ｘａａ９は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．Ｘａａ９は、Ｈ及びＦから選択される、実施形態６８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．Ｘａａ９は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態Ｘに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号５１１８～配列番号６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～７１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号５１１８～配列番号６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７４．骨髄組織に対する向性は、非骨髄組織と比較した骨髄組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非骨髄組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７６．前記より高い組織向性は、非骨髄組織と比較して前記骨髄組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７４～７５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７７．前記より高い組織向性は、非骨髄組織と比較して前記骨髄組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＧの実施形態－結腸向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、結腸組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、結腸組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｌ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｃ、Ｋ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｄ、Ｍ、Ｐ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｄ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、及びＷからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｌ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｃ、Ｈ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｃ、Ｄ、及びＥから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｇ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｋ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ｉ、Ｌ、及びＭから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１１１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１１１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｗから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ２はＤである、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｐ及びＫから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｖ、Ｐ、及びＣから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ５は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ５は、Ｓ、Ｐ、Ｇ、Ｒ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、Ｄ及びＮから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、Ｒから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｒ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ６は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ６は、Ｅ、Ｒ、Ｋから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ６は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ６は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ８はＤである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１１８～配列番号１２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１１８～配列番号１２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．結腸組織に対する向性は、非結腸組織と比較した結腸組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非結腸組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記より高い組織向性は、非結腸組織と比較して前記結腸組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６３～６４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非結腸組織と比較して前記結腸組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、結腸組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、結腸組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１０１１８～配列番号１３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｌ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｃ、Ｋ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｄ、Ｍ、Ｐ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｄ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、及びＷからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｌ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｃ、Ｈ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｃ、Ｄ、及びＥから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｇ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｋ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ｉ、Ｌ、及びＭから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１１１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１０１１８～配列番号１１１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｗから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ２はＤである、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｐ及びＫから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｖ、Ｐ、及びＣから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ５は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ５は、Ｓ、Ｐ、Ｇ、Ｒ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、Ｄ及びＮから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、Ｒから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｒ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ６は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ６は、Ｅ、Ｒ、Ｋから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ６は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ６は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ８はＤである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１１８～配列番号１２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１１１１８～配列番号１２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．結腸組織に対する向性は、非結腸組織と比較した結腸組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非結腸組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記より高い組織向性は、非結腸組織と比較して前記結腸組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６３～６４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非結腸組織と比較して前記結腸組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＨの実施形態－心臓向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、心臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、心臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｆ、Ｈ、Ｒ、Ｔ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｌ、Ｍ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ａ、Ｈ、Ｎ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｇ、及びＰからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ及びＬから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｅ及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｆ、Ｒ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ６は、Ｈ、Ｎ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ７は、Ｃ、Ｆ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｃ、Ｍ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ａ及びＧから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｎ及びＥから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｐ、Ｙ、Ｄ、及びＥから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ａ及びＥから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｖ及びＩから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２はＶである、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｖ、Ｅ、及びＱから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ２は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ２は、Ｖ及びＭから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ３は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４はＣである、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ４はＣである、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ４は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、及びＣから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ４は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ４はＣである、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ５は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ５はＤである、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ６はＣである、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ６は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ６はＤである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ８は、Ｄ及びＮから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ８は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、及びＳから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ９は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ９は、Ｎ、Ｄ、Ｌ、及びＩから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１４１１８～配列番号１５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１４１１８～配列番号１５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．心臓組織に対する向性は、非心臓組織と比較した心臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非心臓組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．前記より高い組織向性は、非心臓組織と比較して前記心臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６９～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．前記より高い組織向性は、非心臓組織と比較して前記心臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、心臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、心臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｆ、Ｈ、Ｒ、Ｔ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｌ、Ｍ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ａ、Ｈ、Ｎ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｍ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｇ、及びＰからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ及びＬから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｅ及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｆ、Ｒ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ６は、Ｈ、Ｎ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ７は、Ｃ、Ｆ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｃ、Ｍ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ａ及びＧから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１３１１８～配列番号１４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｎ及びＥから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｐ、Ｙ、Ｄ、及びＥから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ａ及びＥから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｖ及びＩから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２はＶである、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｖ、Ｅ、及びＱから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ２は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ２は、Ｖ及びＭから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ３は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４はＣである、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ４はＣである、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ４は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、及びＣから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ４は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ４はＣである、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ５は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ５はＤである、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ６はＣである、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ６は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ６はＤである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ８は、Ｄ及びＮから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ８は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、及びＳから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ９は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ９は、Ｎ、Ｄ、Ｌ、及びＩから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１４１１８～配列番号１５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１４１１８～配列番号１５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．心臓組織に対する向性は、非心臓組織と比較した心臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非心臓組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．前記より高い組織向性は、非心臓組織と比較して前記心臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６９～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．前記より高い組織向性は、非心臓組織と比較して前記心臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＩの実施形態－肺向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肺組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。
４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肺組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｓ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｋ、Ｒ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｐ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｌ、Ｍ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｈ及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７は、Ａ、Ｋ及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、及びＧから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ｇ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＧである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１７１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１７１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ２は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ２はＦである、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｖ、Ｐ、及びＨから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ４は、Ｋ及びＰから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＳから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ５は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ６は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、Ｔから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ７は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ７はＣである、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ７は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ７は、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、Ｒ及びＫから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｒ及びＧから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１７１１８～配列番号１８１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１７１１８～配列番号１８１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．肺組織に対する向性は、非肺組織と比較した肺組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非肺組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非肺組織と比較して前記肺組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６４～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．前記より高い組織向性は、非肺組織と比較して前記肺組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肺組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。
４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、肺組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｍ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｓ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｓ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｋ、Ｒ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｐ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｌ、Ｍ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｈ及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７は、Ａ、Ｋ及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、及びＧから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ｇ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＧである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１７１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１６１１８～配列番号１７１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ２は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ２はＦである、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ３は、Ｋ、Ｖ、Ｐ、及びＨから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ４は、Ｋ及びＰから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＳから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ５は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ６は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、Ｔから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ７は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ７はＣである、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ７は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ７は、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ｍ、Ａ、Ｉ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、Ｒ及びＫから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｒ及びＧから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１７１１８～配列番号１８１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１７１１８～配列番号１８１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．肺組織に対する向性は、非肺組織と比較した肺組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非肺組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非肺組織と比較して前記肺組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６４～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．前記より高い組織向性は、非肺組織と比較して前記肺組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＪの実施形態－リンパ節向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、リンパ節組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、リンパ節組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｈ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｎ、及びＱからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｆ、Ｇ、Ｍ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｉ、Ｐ、Ｔ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｉ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｉ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｉ、Ｌ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｄ、Ｅ、及びＩから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＤである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＡ、Ｑ、またはＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ｆ及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＷである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＩまたはＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２０１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、及びＲから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、高いＨ結合ドナーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１はＲである、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｗ、Ｒ、及びＦから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｎ及びＥから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ３は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、Ｒ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４はＣである、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ５は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ５はＮである、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ５は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ６は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｗ、Ｒ、及びＦから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ７は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ７は、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ７は、Ｎ及びＥから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、Ｎ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、Ｐ及びＫから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＳから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ９は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ９は、Ｍ及びＶから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２０１１８～配列番号２１１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２０１１８～配列番号２１１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．リンパ節組織に対する向性は、非リンパ節組織と比較したリンパ節組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非リンパ節組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．前記より高い組織向性は、非リンパ節組織と比較して前記リンパ節組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６７～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記より高い組織向性は、非リンパ節組織と比較して前記リンパ節組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、リンパ節組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、リンパ節組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号１９１１８～配列番号２２１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｑ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｈ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｅ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｎ、及びＱからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｆ、Ｇ、Ｍ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｉ、Ｐ、Ｔ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｉ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｉ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｉ、Ｌ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｄ、Ｅ、及びＩから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＤである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＡ、Ｑ、またはＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ｆ及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＷである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＩまたはＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号１９１１８～配列番号２０１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、Ｓ、及びＲから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、高いＨ結合ドナーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１はＲである、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｗ、Ｒ、及びＦから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｎ及びＥから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ３は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、Ｒ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４はＣである、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ５は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ５はＮである、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ５は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ６は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ６は、Ｙ、Ｗ、Ｒ、及びＦから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ６は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ７は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ７は、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ７は、Ｎ及びＥから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、Ｎ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、Ｐ及びＫから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＳから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ９は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ９は、Ｍ及びＶから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２０１１８～配列番号２１１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２０１１８～配列番号２１１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．リンパ節組織に対する向性は、非リンパ節組織と比較したリンパ節組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非リンパ節組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．前記より高い組織向性は、非リンパ節組織と比較して前記リンパ節組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６７～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記より高い組織向性は、非リンパ節組織と比較して前記リンパ節組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＫの実施形態－乳腺向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、乳腺組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、乳腺組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｔ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｈ、Ｎ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｓ及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｌ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｋ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ３はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ４はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５は、Ｉ、Ｍ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ５はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＮまたはＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ｇ、Ｍ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＧである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ａ、Ｌ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１はＣである、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１はＣである、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、及びＳから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、Ｍ、Ｉ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ５は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ５は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ６は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ６は、Ｄ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８はＣである、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、Ｃ、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ８は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２３１１８～配列番号２４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２３１１８～配列番号２４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．乳腺組織に対する向性は、非乳腺組織と比較した乳腺組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非乳腺組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非乳腺組織と比較して前記乳腺組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６４～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．前記より高い組織向性は、非乳腺組織と比較して前記乳腺組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、乳腺組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、乳腺組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２２１１８～配列番号２５１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｔ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｈ、Ｎ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｓ及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｌ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｋ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ３はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４は、Ａ、Ｉ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ４はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５は、Ｉ、Ｍ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ５はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＮまたはＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ｇ、Ｍ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＧである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ａ、Ｌ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２３１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号２２１１８～配列番号２３１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１はＣである、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１はＣである、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、及びＳから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、Ｍ、Ｉ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ５は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ５は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ６は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ６は、Ｄ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８はＣである、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、Ｃ、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ８は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｒ及びＨから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２３１１８～配列番号２４１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２３１１８～配列番号２４１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．乳腺組織に対する向性は、非乳腺組織と比較した乳腺組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非乳腺組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６３のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非乳腺組織と比較して前記乳腺組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６４～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．前記より高い組織向性は、非乳腺組織と比較して前記乳腺組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＬの実施形態－骨格筋または心筋向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織または心筋組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織または心筋組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｑ、Ｎ、Ｙ、Ｐから選択される、実施形態１１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ１は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ１は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態１３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ２は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ２は、Ｖ、Ｉ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態１５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｖ、Ｉ、Ｈ、及びＣから選択される、実施形態１７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ２は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ２は、Ｅ、Ｖ、及びＱから選択される、実施形態１９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｒ、及びＱから選択される、実施形態２１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ４は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態２３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ４は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ４は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態２５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ５は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、Ｑから選択される、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ８は、高い可動性インデックスを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ８は、Ｑ、Ｓ、Ｐ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ８は、Ｓ、Ｄ、Ｐ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．骨格筋組織または心筋組織に対する向性は、非骨格筋組織または非心筋組織と比較した骨格筋組織または心筋組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非骨格筋組織または非心筋組織は、ＣＮＳ、肝臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織または非心筋組織と比較して前記骨格筋組織または心筋組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態３７～３８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織または非心筋組織と比較して前記骨格筋組織または心筋組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織または心筋組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織または心筋組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｑ、Ｎ、Ｙ、Ｐから選択される、実施形態１１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ１は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ１は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態１３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ２は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ２は、Ｖ、Ｉ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態１５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ２は、Ｒ、Ｖ、Ｉ、Ｈ、及びＣから選択される、実施形態１７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ２は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ２は、Ｅ、Ｖ、及びＱから選択される、実施形態１９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｒ、及びＱから選択される、実施形態２１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ４は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態２３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ４は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ４は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態２５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ５は、低いアミノ酸溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、Ｑから選択される、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ８は、高い可動性インデックスを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ８は、Ｑ、Ｓ、Ｐ、Ｅ、及びＤから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ８は、Ｓ、Ｄ、Ｐ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つの配列を有する、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．骨格筋組織または心筋組織に対する向性は、非骨格筋組織または非心筋組織と比較した骨格筋組織または心筋組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非骨格筋組織または非心筋組織は、ＣＮＳ、肝臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織または非心筋組織と比較して前記骨格筋組織または心筋組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態３７～３８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織または非心筋組織と比較して前記骨格筋組織または心筋組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＭの実施形態－坐骨神経向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、坐骨神経組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、坐骨神経組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｑ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｅ、Ｎ、Ｔ、Ｑ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、及びＲからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｒ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、及びＩから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｍ、Ｒ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｅ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｍ、Ｎ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７は、Ｍ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ｈ及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ｃ、Ｉ、及びＫから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２６９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２６９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｌ、Ｆ、Ｙ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、及びＨから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ１は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ１は、Ｙ及びＦから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、Ｈ及びＲから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、中程度の平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、Ｖ及びＹから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４はＮである、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、Ｉ、Ｎ、Ｇ、及びＲから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ４は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ４はＮである、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、Ｃ、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ６は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、Ｋ、Ｍ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ７は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ７は、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ７は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ７は、Ｄ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、Ｓ、Ｙ、Ｔ、Ｄ、Ｐ、Ｈ、及びＮから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｃ、Ｈ、及びＲから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ９は、中程度の溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ９は、Ｑ、Ｔ、及びＣから選択される、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ９は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ９はＣである、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６９９１～配列番号２７９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６９９１～配列番号２７９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．坐骨神経組織に対する向性は、非坐骨神経組織と比較した坐骨神経組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非坐骨神経組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記より高い組織向性は、非坐骨神経組織と比較して前記坐骨神経組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６８～６９のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．前記より高い組織向性は、非坐骨神経組織と比較して前記坐骨神経組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、坐骨神経組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、坐骨神経組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２６１１８～配列番号２８９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｉ、Ｑ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｓ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｅ、Ｎ、Ｔ、Ｑ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｇ、Ｈ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｅ、Ｉ、Ｋ、及びＲからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｒ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、及びＩから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｍ、Ｒ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｅ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｍ、Ｎ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７は、Ｍ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ｈ及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ｃ、Ｉ、及びＫから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２６９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号２６１１８～配列番号２６９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｌ、Ｆ、Ｙ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、及びＨから選択される、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ１は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ１は、Ｙ及びＦから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、中程度の変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、Ｈ及びＲから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、中程度の平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、Ｖ及びＹから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４はＮである、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、Ｉ、Ｎ、Ｇ、及びＲから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ４は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ４はＮである、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、Ｃ、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ６は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、Ｋ、Ｍ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ７は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ７は、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ７は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ７は、Ｄ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、Ｓ、Ｙ、Ｔ、Ｄ、Ｐ、Ｈ、及びＮから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｃ、Ｈ、及びＲから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ９は、中程度の溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ９は、Ｑ、Ｔ、及びＣから選択される、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ９は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ９はＣである、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６９９１～配列番号２７９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２６９９１～配列番号２７９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．坐骨神経組織に対する向性は、非坐骨神経組織と比較した坐骨神経組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非坐骨神経組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記より高い組織向性は、非坐骨神経組織と比較して前記坐骨神経組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６８～６９のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．前記より高い組織向性は、非坐骨神経組織と比較して前記坐骨神経組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＮの実施形態－骨格筋向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、Ｈ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｅ、Ｈ、Ｎ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｎ、Ｑ及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、及びＶからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態Ｘ～Ｙのいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｐ及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｔ及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３は、Ｌ、Ｐ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ３はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ４はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５は、Ｌ、Ｍ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｉ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ａ、Ｍ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号２９９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号２９９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｗ、Ｍ、Ｆ、及びＨから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｒ、Ｆ、及びＷから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、Ｃ、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、高い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、及びＮから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、Ｃ、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、低いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５はＡである、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ５は、Ａ及びＬから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ５は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ５は、Ｄ、Ａ、及びＥから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ６はＣである、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ６は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ６はＷである、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ７は、低いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ７はＲである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ７は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ７は、Ｄ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、及びＳから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ７は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ７は、Ｒ、Ｈ、及びＮから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ７は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．Ｘａａ８は、高い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、及びＮから選択される、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．Ｘａａ９は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２９９９１～配列番号３０９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２９９９１～配列番号３０９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．骨格筋組織に対する向性は、非骨格筋組織と比較した骨格筋組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非骨格筋組織は、ＣＮＳ、肝臓、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７４．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７５．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織と比較して前記骨格筋組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７３及び７４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７６．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織と比較して前記骨格筋組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、骨格筋組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｅ、Ｈ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｅ、Ｈ、Ｎ、及びＰからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｎ、Ｑ及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、及びＶからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態Ｘ～Ｙのいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｐ及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＱである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｔ及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３は、Ｌ、Ｐ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ３はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ４はＥである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５は、Ｌ、Ｍ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ５はＬである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｉ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ａ、Ｍ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号２９９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号２８９９１～配列番号２９９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｗ、Ｍ、Ｆ、及びＨから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｒ、Ｆ、及びＷから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、Ｃ、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、Ｇ及びＲから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、高い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、及びＮから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、Ｃ、Ｒ、及びＨから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、低いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５はＡである、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ５は、Ａ及びＬから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ５は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ５は、Ｄ、Ａ、及びＥから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｍ、及びＦから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ６はＣである、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ６は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ６はＷである、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ７は、低いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ７はＲである、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ７は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ７は、Ｄ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、及びＳから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ７は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ７は、Ｒ、Ｈ、及びＮから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ７は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ７は、Ｒ及びＱから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．Ｘａａ８は、高い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．Ｘａａ８は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、及びＮから選択される、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．Ｘａａ９は、Ｙ、Ｆ、及びＬから選択される、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２９９９１～配列番号３０９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号２９９９１～配列番号３０９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．骨格筋組織に対する向性は、非骨格筋組織と比較した骨格筋組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非骨格筋組織は、ＣＮＳ、肝臓、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７４．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７５．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織と比較して前記骨格筋組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７３及び７４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７６．前記より高い組織向性は、非骨格筋組織と比較して前記骨格筋組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＯの実施形態－皮膚向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、皮膚組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、皮膚組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｃ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＳからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｍ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｌ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｍ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｍ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、またはＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ａ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３２９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３２９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１はＣである、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、低い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１はＣである、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１はＣである、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、Ｒ及びＫから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ２は、Ｐ及びＫから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、Ｉ及びＶから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、Ｗ、Ｈ、Ｆ、及びＭから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ８は、Ｍ、Ｇ、及びＦから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ８は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ８は、Ｈ、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８は、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ９は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、及びＧから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｖ、Ａ、及びＨから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３２９９１～配列番号３３９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３２９９１～配列番号３３９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．皮膚組織に対する向性は、非皮膚組織と比較した皮膚組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非皮膚組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非皮膚組織と比較して前記皮膚組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６４～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．前記より高い組織向性は、非皮膚組織と比較して前記皮膚組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、皮膚組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、皮膚組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３１９９１～配列番号３４９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｉ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｃ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｖ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、及びＳからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＳからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ａ、Ｓ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｍ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｌ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｍ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｍ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＡ、Ｈ、Ｋ、またはＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８はＳである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９は、Ａ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３２９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号３１９９１～配列番号３２９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１はＣである、実施形態３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、低い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１はＣである、実施形態３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１はＣである、実施形態３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ２は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、Ｒ及びＫから選択される、実施形態３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ２は、Ｐ及びＫから選択される、実施形態４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ３は、Ｉ及びＶから選択される、実施形態４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ４は、Ｗ、Ｈ、Ｆ、及びＭから選択される、実施形態４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ６は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ６は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ８は、Ｍ、Ｇ、及びＦから選択される、実施形態５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ８は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ８は、Ｈ、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ８は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ８は、Ｌ、Ｆ、及びＹから選択される、実施形態５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ９は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｐ、及びＧから選択される、実施形態５８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ９は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ９は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｖ、Ａ、及びＨから選択される、実施形態６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３２９９１～配列番号３３９９０のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３２９９１～配列番号３３９９０のいずれか１つの配列を有する、実施形態６２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．皮膚組織に対する向性は、非皮膚組織と比較した皮膚組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非皮膚組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．前記より高い組織向性は、非皮膚組織と比較して前記皮膚組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６４～６５のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．前記より高い組織向性は、非皮膚組織と比較して前記皮膚組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＰの実施形態－脊髄向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脊髄組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脊髄組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｔ、Ｖ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｔ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｈ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｄ、Ｈ、Ｐ、Ｑ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｄ、Ｆ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態Ｘ～Ｙのいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｈ、Ｉ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｉ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｉ、Ｍ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｔ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｌ、Ｎ、Ｒ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｓ、Ｔ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ｉ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３５４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３５４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、Ｐ及びＹから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、低い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ６は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｒ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ６は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ６は、Ｗから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ８は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ８は、Ｗ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｈ、及びＱから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ８は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ８は、Ｗ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ８は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ８は、Ｖ及びＬから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ９は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ９は、Ｖ及びＩから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ９は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ９は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３５４３８～配列番号３６４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３５４３８～配列番号３６４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．脊髄組織に対する向性は、非脊髄組織と比較した脊髄組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非脊髄組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び坐骨神経から集合的になる、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．前記より高い組織向性は、非脊髄組織と比較して前記脊髄組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５９～６０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．前記より高い組織向性は、非脊髄組織と比較して前記脊髄組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脊髄組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脊髄組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｔ、Ｖ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｈ、Ｋ、Ｑ、Ｔ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｈ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｄ、Ｈ、Ｐ、Ｑ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｄ、Ｆ、Ｌ、Ｓ、Ｔ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、及びＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態Ｘ～Ｙのいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｈ、Ｉ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ｆ、Ｉ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ｉ、Ｍ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５は、Ｔ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６は、Ｌ、Ｎ、Ｒ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６はＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ｓ、Ｔ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＴである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ｉ、Ｐ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＩである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３５４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号３４９９１～配列番号３５４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ２は、Ｐ及びＹから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、低い親水性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ３は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ６は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ６は、Ｗ、Ｒ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ６は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ６は、Ｗから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ８は、高いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ８は、Ｗ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、Ｈ、及びＱから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ８は、高い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ８は、Ｗ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ８は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ８は、Ｖ及びＬから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ９は、高いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ９は、Ｖ及びＩから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ９は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ９は、Ｗ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３５４３８～配列番号３６４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３５４３８～配列番号３６４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．脊髄組織に対する向性は、非脊髄組織と比較した脊髄組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非脊髄組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、及び坐骨神経から集合的になる、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．前記より高い組織向性は、非脊髄組織と比較して前記脊髄組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態５９～６０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．前記より高い組織向性は、非脊髄組織と比較して前記脊髄組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＱの実施形態－脾臓向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脾臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脾臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、Ｗ及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｆ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｅ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｈ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、及びＷからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｆ、Ｐ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１は、Ｐ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ１はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ２はＤである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ３はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４は、Ｃ、Ｈ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ４はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ５はＤである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６は、Ｃ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ６はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７は、Ｌ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ７はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８は、Ｐ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ８はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９は、Ｃ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．Ｘａａ９はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号３８４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号３８４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｄ及びＰから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ１は、Ｙ及びＰから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＰから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ２は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ２は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ２は、低い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ２は、Ｔ、Ｎ、Ｐ、及びＤから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ２は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ３は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、及びＰから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ４は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ４は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ５は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ６は、Ｃから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｐ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、Ｑから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ８は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｄ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．Ｘａａ９は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．Ｘａａ９は、Ｅ、Ｄ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、Ｎから選択される、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３８４３８～配列番号３９４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３８４３８～配列番号３９４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．脾臓組織に対する向性は、非脾臓組織と比較した脾臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非脾臓組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．前記より高い組織向性は、非脾臓組織と比較して前記脾臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１～７２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７４．前記より高い組織向性は、非脾臓組織と比較して前記脾臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脾臓組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、脾臓組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号３７４３８～配列番号４０４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｐ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｒ、Ｗ及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｐ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｆ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｗ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｅ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、及びＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｃ、Ｈ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、及びＷからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｆ、Ｐ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１は、Ｐ、Ｗ、及びＹから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ１はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ２はＤである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ３はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４は、Ｃ、Ｈ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ４はＣである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｇ、及びＰから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ５はＤである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ６は、Ｃ、Ｋ、及びＲから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ６はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ７は、Ｌ、Ｐ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ７はＰである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ８は、Ｐ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ８はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．Ｘａａ９は、Ｃ、Ｔ、及びＶから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．Ｘａａ９はＶである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号３８４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号３７４３８～配列番号３８４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ１は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ１は、Ｄ及びＰから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ１は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ１は、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ１は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ１は、Ｙ及びＰから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ１は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ１は、Ｃ、Ｋ、及びＰから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ２は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｑ、及びＲから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ２は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ２は、低い電荷を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ２は、Ｄ及びＥから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ２は、低い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ２は、Ｔ、Ｎ、Ｐ、及びＤから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ２は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ２は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ３は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ３は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、及びＰから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ４は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ４は、Ｋ及びＲから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｐ、及びＮから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ５は、高い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ５は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｐ、Ｇ、Ｑ、及びＳから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ６は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ６は、Ｃから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ８は、高い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｒ、及びＫから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ８は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｐ、Ｒ、Ｋ、Ｎ、Ｑから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ８は、中程度の体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ８は、Ｅ、Ｄ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、及びＴから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．Ｘａａ９は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．Ｘａａ９は、Ｅ、Ｄ、Ｋ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｈ、Ｎから選択される、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３８４３８～配列番号３９４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号３８４３８～配列番号３９４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．脾臓組織に対する向性は、非脾臓組織と比較した脾臓組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非脾臓組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７３．前記より高い組織向性は、非脾臓組織と比較して前記脾臓組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１～７２のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７４．前記より高い組織向性は、非脾臓組織と比較して前記脾臓組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＲの実施形態－甲状腺向性カプシド
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、甲状腺組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、甲状腺組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、もしくはＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｆ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｐ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｈ、Ｍ、Ｎ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｄ、Ｆ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｆ、Ｖ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＷである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｒ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ａ、Ｅ、及びＩから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５はＭ、Ｖ、またはＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ７は、Ｈ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ａ及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４１４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４１４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１はＮである、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ２は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ２は、Ｆ、Ｇ、及びＭから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ３は、Ｆから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ３は、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ３は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、及びＣから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、Ｖ、Ｉ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ４は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４は、Ｌ及びＶから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、低いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、Ｄ、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、Ｃ、Ｌ、Ｆ、Ｍ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ５は、Ｄから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ７は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ７は、Ｎから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ７は、低い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ７は、Ｐ、Ｎ、及びＴから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ８は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ８は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ８は、Ｍ、Ｇ、及びＦから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ９は、Ｒ、Ｋ、Ｐ、Ｈ、及びＣから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ９は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ９は、Ｒから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１４３８～配列番号４２４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１４３８～配列番号４２４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．甲状腺組織に対する向性は、非甲状腺組織と比較した甲状腺組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非甲状腺組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．前記より高い組織向性は、非甲状腺組織と比較して前記甲状腺組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６９～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．前記より高い組織向性は、非甲状腺組織と比較して前記甲状腺組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、甲状腺組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。２．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。３．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、甲状腺組織に対するより高い向性を有する、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。６．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態２～４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号４０４３８～配列番号４３４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ１は、Ａ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、もしくはＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｆ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、もしくはＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｐ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、Ｖ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｈ、Ｍ、Ｎ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｄ、Ｆ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｑ、Ｓ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ１は、Ｋ、Ｎ、及びＱから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ１はＫである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ２は、Ｆ、Ｖ、及びＷから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ２はＷである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ３は、Ａ、Ｒ、及びＴから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ３はＲである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ４は、Ａ、Ｅ、及びＩから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ４はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ５はＭ、Ｖ、またはＹである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ５はＭである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２０．Ｘａａ６はＮである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２１．Ｘａａ７は、Ｈ、Ｉ、及びＮから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２２．Ｘａａ７はＨである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２３．Ｘａａ８は、Ａ、Ｆ、及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２４．Ｘａａ８はＦである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２５．Ｘａａ９は、Ａ及びＳから選択される、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２６．Ｘａａ９はＡである、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４１４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２８．配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号４０４３８～配列番号４１４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態２７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２９．Ｘａａ１は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３０．Ｘａａ１はＮである、実施形態２９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３１．Ｘａａ２は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３２．Ｘａａ２は、Ｆ、Ｇ、及びＭから選択される、実施形態３１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３３．Ｘａａ３は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３４．Ｘａａ３は、Ｆから選択される、実施形態３３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３５．Ｘａａ３は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３６．Ｘａａ３は、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３７．Ｘａａ３は、中程度のモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３８．Ｘａａ３は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｖ、Ｐ、Ｍ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、及びＣから選択される、実施形態３７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３９．Ｘａａ３は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４０．Ｘａａ３は、Ｖ、Ｉ、Ｌ、及びＣから選択される、実施形態３９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４１．Ｘａａ４は、高いｇｏｌｄｍａｎ ｅｎｇｅｌｍａｎ ｓｔｅｉｔｚを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４２．Ｘａａ４は、Ｌ及びＶから選択される、実施形態４１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４３．Ｘａａ４は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４４．Ｘａａ４は、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｉ、及びＬから選択される、実施形態４３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４５．Ｘａａ４は、低いモル質量を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４６．Ｘａａ４は、Ｄ、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、及びＮから選択される、実施形態４５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４７．Ｘａａ５は、高い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４８．Ｘａａ５は、Ｃ、Ｌ、Ｆ、Ｍ、Ｖ、及びＹから選択される、実施形態４７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４９．Ｘａａ５は、低い溶解度を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５０．Ｘａａ５は、Ｄから選択される、実施形態４９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５１．Ｘａａ５は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５２．Ｘａａ５は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５３．Ｘａａ６は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５４．Ｘａａ６は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５５．Ｘａａ７は、高い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５６．Ｘａａ７は、Ｎから選択される、実施形態５５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５７．Ｘａａ７は、低い体積を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５８．Ｘａａ７は、Ｐ、Ｎ、及びＴから選択される、実施形態５７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５９．Ｘａａ８は、低い平均可動性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６０．Ｘａａ８は、Ｆ、Ｍ、及びＷから選択される、実施形態５９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６１．Ｘａａ８は、低い表面接近可能性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６２．Ｘａａ８は、Ｍ、Ｇ、及びＦから選択される、実施形態６１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６３．Ｘａａ９は、低い変異性を有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６４．Ｘａａ９は、Ｒ、Ｋ、Ｐ、Ｈ、及びＣから選択される、実施形態６３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６５．Ｘａａ９は、低いハイドロパシーを有する、実施形態２～４のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６６．Ｘａａ９は、Ｒから選択される、実施形態６５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６７．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１４３８～配列番号４２４３７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、実施形態１～６６のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６８．残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号４１４３８～配列番号４２４３７のいずれか１つの配列を有する、実施形態６７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６９．甲状腺組織に対する向性は、非甲状腺組織と比較した甲状腺組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非甲状腺組織は、ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、実施形態１～６８のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７０．前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７１．前記より高い組織向性は、非甲状腺組織と比較して前記甲状腺組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、実施形態６９～７０のいずれか１つに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７２．前記より高い組織向性は、非甲状腺組織と比較して前記甲状腺組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、実施形態７１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＳの実施形態
１．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記ポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチド。
２．配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する残基に少なくとも１つの変異を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドであって、前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、前記ポリペプチド変異は、第２の組織と比較して第１の組織に対する組織向性を前記組換えｒＡＡＶに付与し、前記ＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチド。
３．式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含む工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドであって、
式中、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ、配列番号２の残基５６１～５８０）であり、
（Ｘ）は、配列番号２のアミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９を含むポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ、配列番号２の残基５９０～６０９）であり、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記ポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４．式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含み、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（配列番号２の残基５６１～５８０、ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ）であり、
（Ｘ）は、ＣＮＳ組織向性を組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、表８（配列番号１１５～１１１４）１または表１０（配列番号７１１８～８１１７）のポリペプチドのリストから選択されるポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（配列番号２の残基５９０～６０９：（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ））であり、
前記カプシドポリペプチドは、前記ｒＡＡＶへとアセンブルすることが可能であり、
前記カプシドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．前記ＣＮＳ組織は、海馬：（歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３）；小脳、視床下部、皮質：（後頭、側頭、及び前脳）；黒質、視床、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含み、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（配列番号２の残基５６１～５８０：（ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ））であり、
（Ｘ）は、対応する組織向性を組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、配列番号１１５～１１１４または１１１８～４７４３７のいずれかのポリペプチドから選択されるポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（配列番号２の残基５９０～６０９：（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ））であり、
前記カプシドポリペプチドは、前記ｒＡＡＶへとアセンブルすることが可能であり、
前記カプシドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、実施形態３に記載の組換えＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．前記ＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドである、前述の実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．前記カプシドは、次の配列：配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかを有するカプシドを含む対照ビリオンと比較して、次の組織：
脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、視床、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣
から選択されるいずれかの組織に対する増加した組織標的性を、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、前述の実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。９．前記ｒＡＡＶは、前記第２の組織と比較して前記第１の組織において約１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１０．前記ｒＡＡＶは、前記第２の組織と比較して前記第１の組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．前記ｒＡＡＶは、前記組織において約１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態１または３～８のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．前記ｒＡＡＶは、前記組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態１１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．少なくとも１つの変異体残基が、
Ｘａａ１であり、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、
Ｘａａ２であり、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、
Ｘａａ３であり、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、
Ｘａａ４であり、Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、
Ｘａａ５であり、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、
Ｘａａ６であり、Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、
Ｘａａ７であり、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳから選択されるか、
Ｘａａ８であり、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、
Ｘａａ９であり、Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、
またはそれらの任意の組み合わせであり、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、前記ｒＡＡＶは、肝臓組織に対する組織向性を呈することが可能である、実施形態１～３または６～１２のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴを除外するか、
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、
Ｘａａ４は、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷを除外するか、
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹを除外するか、
Ｘａａ６は、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷを除外するか、
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳを除外するか、
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹを除外するか、
Ｘａａ９は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷを除外するか、
またはそれらの任意の組み合わせであり、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、肝臓組織に対して、より少ない標的性または向性を呈する、実施形態１～１２のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．配列番号２の残基５８１から残基５８９に対応する少なくとも１つの残基を有する、前述の実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドであって、
Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶであるか、
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶであるか、
Ｘａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶであるか、
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＹであるか、
Ｘａａ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ７は、ｓＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
またはそれらの任意の組み合わせであり、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能である、前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異または置換をさらに含み、前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基における前記１つまたは複数の変異または置換は、改善された製造可能性、改善されたウイルスアセンブリ、改善された組織標的性／向性、またはそれらの任意の組み合わせを付与する、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１７．実施形態１～１６に記載の組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドのいずれかをコードするポリヌクレオチド。１８．実施形態１～１５のいずれかに記載のＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）。１９．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する低減した向性を有する、実施形態１８に記載のｒＡＡＶビリオン。２０．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に血液脳関門を通過する増加した能力を有する、実施形態１８または実施形態１９に記載のｒＡＡＶビリオン。２１．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内、鞘内、脳室内、または大槽内投与後に、海馬、歯状回、大脳皮質、側頭皮質、後頭皮質、視床、前脳、黒質、視床下部、及び小脳から選択される１つまたは複数の脳領域に感染する増加した能力を有する、実施形態１８～２０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
２２．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、硝子体内注射後にヒト網膜細胞に感染する増加した能力を有する、実施形態１８～２１のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
２３．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後にヒト骨格筋に感染する増加した能力を有する、実施形態１８のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
２４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する増加した向性を有する、実施形態１８のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。２５．前記ビリオンは、ベクターゲノムをさらに含み、前記ベクターゲノムは、ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態１８～２４のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。２６．前記導入遺伝子は、表１の導入遺伝子産物から選択されるタンパク質をコードする、実施形態２５に記載のｒＡＡＶビリオン。２７．実施形態２５に記載の治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の工学操作されたカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。２８．ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の工学操作されたカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。２９．前記ビリオンは、ベクターゲノムをさらに含み、前記ベクターゲノムは、ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態１８～２６のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。３０．前記導入遺伝子は、表１の導入遺伝子産物から選択されるタンパク質をコードする、実施形態２９に記載のｒＡＡＶビリオン。
３１．実施形態２９または実施形態３０に記載のｒＡＡＶと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。３２．有効量の実施形態３１に記載の医薬組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、処置の方法。３３．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、野生型ｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態３２に記載の方法。３４．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する位置における１つまたは１つより多くの変異または置換を欠いている、さもなければ同等のｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態３２に記載の方法。３５．前記有効量の前記ｒＡＡＶは、前記有効量の前記野生型ｒＡＡＶ、前記さもなければ同等のｒＡＡＶ、またはその両方と比較すると、前記患者においてより低い毒性をもたらす、実施形態３４に記載の方法。
３６．前記有効量は、少なくとも１×１０５ウイルスゲノム／ｋｇ患者体重～５×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇである、実施形態３２に記載の方法。
３７．前記ｒＡＡＶは、静脈内投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
３８．前記ｒＡＡＶは、鞘内投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
３９．前記ｒＡＡＶは、大槽内投与によって投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
４０．前記ｒＡＡＶは、硝子体内注射によって投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
４１．患者の疾患の処置における使用のための、実施形態１８～２６または２９～３０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
４２．表１の疾患のいずれかの処置における使用のための、実施形態４１に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４３．ＣＮＳ疾患の処置における使用のための、実施形態４１に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４４．前記ＣＮＳ疾患は、表１に列記された状態から選択される、実施形態４３に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４５．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、表８（配列番号１１５～１１１４）、表１０（配列番号７１１８～８１１７）、表３９（配列番号８１１８～９１１７）、または表７４（配列番号９１１８～１０１１７）に列挙された変異のいずれか１つを含む、実施形態４３または４４に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４６．前記工学操作されたＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、実施形態４５に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４７．前記ビリオンは、表１に列記された標的のいずれかの標的をコードする治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態４２に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
１．配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記ポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチド。
２．配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する残基に少なくとも１つの変異を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドであって、前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、前記ポリペプチド変異は、第２の組織と比較して第１の組織に対する組織向性を前記組換えｒＡＡＶに付与し、前記ＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチド。
３．式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含む工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドであって、
式中、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ、配列番号２の残基５６１～５８０）であり、
（Ｘ）は、配列番号２のアミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９を含むポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ、配列番号２の残基５９０～６０９）であり、
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記ポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４．式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含み、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（配列番号２の残基５６１～５８０、ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ）であり、
（Ｘ）は、ＣＮＳ組織向性を組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、表８（配列番号１１５～１１１４）１または表１０（配列番号７１１８～８１１７）のポリペプチドのリストから選択されるポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（配列番号２の残基５９０～６０９：（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ））であり、
前記カプシドポリペプチドは、前記ｒＡＡＶへとアセンブルすることが可能であり、
前記カプシドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、実施形態３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。５．前記ＣＮＳ組織は、海馬：（歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３）；小脳、視床下部、皮質：（後頭、側頭、及び前脳）；黒質、視床、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．式：（Ａ）－（Ｘ）－（Ｂ）によって表されるポリペプチド配列を含み、
（Ａ）は、配列番号４７４３８のポリペプチド配列（配列番号２の残基５６１～５８０：（ＶＡＹＮＶＧＧＱＭＡＴＮＮＱＳＳＴＴＡＰ））であり、
（Ｘ）は、対応する組織向性を組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、配列番号１１５～１１１４または１１１８～４７４３７のいずれかのポリペプチドから選択されるポリペプチド配列であり、
（Ｂ）は、配列番号４７４３９のポリペプチド配列（配列番号２の残基５９０～６０９：（ＩＶＰＧＳＶＷＭＥＲＤＶＹＬＱＧＰＩＷＡ））であり、
前記カプシドポリペプチドは、前記ｒＡＡＶへとアセンブルすることが可能であり、
前記カプシドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、実施形態３に記載の組換えＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。７．前記ＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドである、前述の実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。８．前記カプシドは、次の配列：配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかを有するカプシドを含む対照ビリオンと比較して、次の組織：
脂肪、副腎、大動脈、脳（海馬：歯状回、ＣＡ１及びＣＡ３；小脳、尾状核、被殻、中脳、脳橋、視床下部、皮質（後頭、側頭、及び前脳を含む）；黒質、視床、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む）、骨髄、盲腸、結腸、後根神経節、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肺、リンパ節、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣
から選択されるいずれかの組織に対する増加した組織標的性を、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）に付与する、前述の実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。９．前記ｒＡＡＶは、前記第２の組織と比較して前記第１の組織において約１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１０．前記ｒＡＡＶは、前記第２の組織と比較して前記第１の組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１１．前記ｒＡＡＶは、前記組織において約１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態１または３～８のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１２．前記ｒＡＡＶは、前記組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積を呈する、実施形態１１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１３．少なくとも１つの変異体残基が、
Ｘａａ１であり、Ｘａａ１はＡ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴから選択されるか、
Ｘａａ２であり、Ｘａａ２はＡ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、
Ｘａａ３であり、Ｘａａ３はＡ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶから選択されるか、
Ｘａａ４であり、Ｘａａ４はＬ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、
Ｘａａ５であり、Ｘａａ５はＦ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹから選択されるか、
Ｘａａ６であり、Ｘａａ６はＥ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷから選択されるか、
Ｘａａ７であり、Ｘａａ７はＡ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳから選択されるか、
Ｘａａ８であり、Ｘａａ８はＡ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹから選択されるか、
Ｘａａ９であり、Ｘａａ９はＡ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷから選択されるか、
またはそれらの任意の組み合わせであり、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、前記ｒＡＡＶは、肝臓組織に対する組織向性を呈することが可能である、実施形態１～３または６～１２のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ１は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、もしくはＴを除外するか、
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、
Ｘａａ３は、Ａ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶを除外するか、
Ｘａａ４は、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、もしくはＷを除外するか、
Ｘａａ５は、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｔ、もしくはＹを除外するか、
Ｘａａ６は、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、もしくはＷを除外するか、
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、ＲもしくはＳを除外するか、
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、Ｗ、もしくはＹを除外するか、
Ｘａａ９は、Ａ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｖ、もしくはＷを除外するか、
またはそれらの任意の組み合わせであり、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、肝臓組織に対して、より少ない標的性または向性を呈する、実施形態１～１２のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。１５．配列番号２の残基５８１から残基５８９に対応する少なくとも１つの残基を有する、前述の実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドであって、
Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶであるか、
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶであるか、
Ｘａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶであるか、
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＹであるか、
Ｘａａ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ７は、ｓＡ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴであるか、
またはそれらの任意の組み合わせであり、
前記カプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能である、前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基に１つまたは複数の変異または置換をさらに含み、前記５８１～５８９領域の外側のアミノ酸残基における前記１つまたは複数の変異または置換は、改善された製造可能性、改善されたウイルスアセンブリ、改善された組織標的性／向性、またはそれらの任意の組み合わせを付与する、先行実施形態のいずれかに記載の組換えカプシドポリペプチド。１７．実施形態１～１６に記載の組換えアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ＶＰカプシドポリペプチドのいずれかをコードするポリヌクレオチド。１８．実施形態１～１５のいずれかに記載のＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドを含む組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）。１９．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する低減した向性を有する、実施形態１８に記載のｒＡＡＶビリオン。２０．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後に血液脳関門を通過する増加した能力を有する、実施形態１８または実施形態１９に記載のｒＡＡＶビリオン。２１．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内、鞘内、脳室内、または大槽内投与後に、海馬、歯状回、大脳皮質、側頭皮質、後頭皮質、視床、前脳、黒質、視床下部、及び小脳から選択される１つまたは複数の脳領域に感染する増加した能力を有する、実施形態１８～２０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
２２．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、硝子体内注射後にヒト網膜細胞に感染する増加した能力を有する、実施形態１８～２１のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
２３．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、静脈内投与後にヒト骨格筋に感染する増加した能力を有する、実施形態１８のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
２４．前記ｒＡＡＶは、配列番号１の配列を有するＶＰ１カプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶと比較すると、ヒト肝臓に対する増加した向性を有する、実施形態１８のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。２５．前記ビリオンは、ベクターゲノムをさらに含み、前記ベクターゲノムは、ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態１８～２４のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。２６．前記導入遺伝子は、表１の導入遺伝子産物から選択されるタンパク質をコードする、実施形態２５に記載のｒＡＡＶビリオン。２７．実施形態２５に記載の治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の工学操作されたカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。２８．ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドが中にパッケージングされている、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の工学操作されたカプシドポリペプチドを含むＡＡＶビリオンを含む組成物。２９．前記ビリオンは、ベクターゲノムをさらに含み、前記ベクターゲノムは、ガイドＲＮＡもしくはｔＲＮＡから選択される治療用ＲＮＡ、または感染したヒト細胞における導入遺伝子発現を指示する調節配列の制御下でタンパク質をコードする導入遺伝子のうちのいずれかをコードする、治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態１８～２６のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。３０．前記導入遺伝子は、表１の導入遺伝子産物から選択されるタンパク質をコードする、実施形態２９に記載のｒＡＡＶビリオン。
３１．実施形態２９または実施形態３０に記載のｒＡＡＶと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。３２．有効量の実施形態３１に記載の医薬組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、処置の方法。３３．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、野生型ｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態３２に記載の方法。３４．前記ｒＡＡＶの前記有効量は、配列番号１の残基５８１から残基５８９に対応する位置における１つまたは１つより多くの変異または置換を欠いている、さもなければ同等のｒＡＡＶの有効量よりも少ない、実施形態３２に記載の方法。３５．前記有効量の前記ｒＡＡＶは、前記有効量の前記野生型ｒＡＡＶ、前記さもなければ同等のｒＡＡＶ、またはその両方と比較すると、前記患者においてより低い毒性をもたらす、実施形態３４に記載の方法。
３６．前記有効量は、少なくとも１×１０５ウイルスゲノム／ｋｇ患者体重～５×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇである、実施形態３２に記載の方法。
３７．前記ｒＡＡＶは、静脈内投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
３８．前記ｒＡＡＶは、鞘内投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
３９．前記ｒＡＡＶは、大槽内投与によって投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
４０．前記ｒＡＡＶは、硝子体内注射によって投与される、実施形態３２～３６のいずれか１つに記載の方法。
４１．患者の疾患の処置における使用のための、実施形態１８～２６または２９～３０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
４２．表１の疾患のいずれかの処置における使用のための、実施形態４１に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４３．ＣＮＳ疾患の処置における使用のための、実施形態４１に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４４．前記ＣＮＳ疾患は、表１に列記された状態から選択される、実施形態４３に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４５．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、表８（配列番号１１５～１１１４）、表１０（配列番号７１１８～８１１７）、表３９（配列番号８１１８～９１１７）、または表７４（配列番号９１１８～１０１１７）に列挙された変異のいずれか１つを含む、実施形態４３または４４に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４６．前記工学操作されたＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、実施形態４５に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
４７．前記ビリオンは、表１に列記された標的のいずれかの標的をコードする治療用ポリヌクレオチドを含む、実施形態４２に記載の使用のためのｒＡＡＶビリオン。
シリーズＴの実施形態－ＡＡＶ５
１．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドである、本明細書に記載される実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２．前記変異は置換である、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドである、本明細書に記載される実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２．前記変異は置換である、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＵの実施形態－アセンブリ
１．Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、本明細書に記載される実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２．Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｍ、またはＴである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３．Ｘａａ１はＥである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４．Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．Ｘａａ２はＡである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．Ｘａａ３はＤまたはＴである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＱである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ４はＥである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴである、請求項Ｘ～Ｙのいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ５はＮである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ６はＤ、Ｎ、またはＱである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ６はＤである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ７はＡ、Ｄ、ＥまたはＧである、請求項Ｘ～Ｙのいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ７はＡである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ８はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＳである、請求項Ｘ～Ｙのいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ８はＧである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ９はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＰである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ９はＧである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１．Ｘａａ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、もしくはＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、もしくはＴからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、本明細書に記載される実施形態のいずれかに記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
２．Ｘａａ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｍ、またはＴである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
３．Ｘａａ１はＥである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
４．Ｘａａ２はＡ、Ｓ、Ｔ、またはＶである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
５．Ｘａａ２はＡである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
６．Ｘａａ３はＤ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
７．Ｘａａ３はＤまたはＴである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
８．Ｘａａ４はＤ、Ｅ、Ｐ、またはＱである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
９．Ｘａａ４はＥである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１０．Ｘａａ５はＤ、Ｅ、Ｎ、ＱまたはＴである、請求項Ｘ～Ｙのいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１１．Ｘａａ５はＮである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１２．Ｘａａ６はＤ、Ｎ、またはＱである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１３．Ｘａａ６はＤである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１４．Ｘａａ７はＡ、Ｄ、ＥまたはＧである、請求項Ｘ～Ｙのいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１５．Ｘａａ７はＡである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１６．Ｘａａ８はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＳである、請求項Ｘ～Ｙのいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１７．Ｘａａ８はＧである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１８．Ｘａａ９はＡ、Ｄ、Ｇ、またはＰである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
１９．Ｘａａ９はＧである、実施形態１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
シリーズＶの実施形態－組換えＡＡＶビリオン
１．組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）であって、
カプシドへとアセンブルされた本明細書に記載される実施形態に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドと、
ペイロードとを含み、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、前記ペイロードをカプシドで包む、前記組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）。
２．前記ペイロードは、治療用ポリヌクレオチドを含み、場合により、前記治療用ポリヌクレオチドは、導入遺伝子またはゲノム修飾実体をコードする、実施形態１に記載の組換えｒＡＡＶ。
３．前記治療用ポリヌクレオチドは、ガイドＲＮＡ、ｔＲＮＡ、サプレッサーｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、環状ＲＮＡ、もしくはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）、リボザイム、ＤＮＡザイム、アプタマー、またはそれらの任意の組み合わせをコードする、実施形態２に記載のｒＡＡＶ。
４．前記治療用ポリヌクレオチドは、線状の治療用ポリヌクレオチドまたは環状の治療用ポリヌクレオチドをコードする、実施形態３に記載のｒＡＡＶ。
５．前記導入遺伝子は表１から選択される、実施形態２に記載のｒＡＡＶ。
６．前記ゲノム修飾実体は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系、ＲＮＡ作用性アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡＲ）酵素、転写活性化因子、または転写抑制因子を含む、実施形態２に記載のｒＡＡＶ。
７．前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ９、Ｃａｓ４、Ｃａｓ１２、またはＣａｓ１３を含む、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
８．前記ＡＤＡＲは、ヒトＡＤＡＲ１またはヒトＡＤＡＲ２である、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
９．前記転写活性化因子は、ＶＰ６４である、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
１０．前記転写抑制因子は、ＫＲＡＢである、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
１１．実施形態１～１０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオンと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
１２．治療有効量の実施形態１１に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、処置の方法。
１３．処置を必要とする対象の処置における使用のための実施形態１２に記載の医薬組成物であって、前記使用は、治療有効量の実施形態１１に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記医薬組成物。
１４．処置を必要とする対象を治療有効量のｒＡＡＶビリオンの投与によって処置するための医薬の製造における使用のための、実施形態１～１０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
１５．前記ｒＡＡＶビリオンの前記治療有効量は、同じペイロードをカプシドで包む配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンの治療有効量よりも少なく、配列番号１の前記野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有する前記ｒＡＡＶビリオンは、同じ投与経路によって投与される、実施形態１２～１４のいずれか１つに記載の方法または使用。
１６．前記ｒＡＡＶビリオンの前記治療有効量は、同じペイロードをカプシドで包む配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンの治療有効量と比較すると、前記対象においてより低い毒性をもたらし、配列番号１の前記野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有する前記ｒＡＡＶビリオンは、同じ投与経路によって投与される、実施形態１２～１５のいずれか１つに記載の方法または使用。
１７．前記治療有効量は、少なくとも１×１０５ウイルスゲノム／ｋｇ対象体重～５×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇ対象体重である、実施形態１２～１６のいずれか１つに記載の方法または使用。
１８．前記ｒＡＡＶビリオンは、全身投与を介して投与される、実施形態１２～１７のいずれか１つに記載の方法または使用。
１９．前記全身投与は、静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または経口投与である、実施形態１８に記載の方法または使用。
２０．前記対象は、ヒトまたは非ヒト動物である、実施形態１２～１９のいずれか１つに記載の方法または使用。
２１．前記対象は疾患を有する、実施形態１２～２０のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２．前記疾患は神経学的状態である、実施形態２１に記載の方法または使用。
２３．前記神経学的状態は、ＡＡＤＣ欠損症、アルツハイマー病、タウオパチー、シヌクレイノパチー、バッテン病、ＭＰＳ－ＩＩＩＢ、ＧＢＡ１変異を伴う前頭側頭型認知症（ＰＤ－ＧＢＡ）、神経障害性ゴーシェ病、ゴーシェ病２型、カナバン病、パーキンソン病、テイ－サックス病、ハンチントン病、Ｐｒｏｔｏｃｋｉ－Ｌｕｐｓｋｉ症候群、筋萎縮性側索硬化症、ダウン症候群、サンフィリッポ病Ａ型、サンフィリッポ病Ｂ型、またはレット症候群である、実施形態２２に記載の方法。
２４．前記認知症は前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）である、実施形態２３に記載の方法。
１．組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）であって、
カプシドへとアセンブルされた本明細書に記載される実施形態に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドと、
ペイロードとを含み、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、前記ペイロードをカプシドで包む、前記組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）。
２．前記ペイロードは、治療用ポリヌクレオチドを含み、場合により、前記治療用ポリヌクレオチドは、導入遺伝子またはゲノム修飾実体をコードする、実施形態１に記載の組換えｒＡＡＶ。
３．前記治療用ポリヌクレオチドは、ガイドＲＮＡ、ｔＲＮＡ、サプレッサーｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、環状ＲＮＡ、もしくはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）、リボザイム、ＤＮＡザイム、アプタマー、またはそれらの任意の組み合わせをコードする、実施形態２に記載のｒＡＡＶ。
４．前記治療用ポリヌクレオチドは、線状の治療用ポリヌクレオチドまたは環状の治療用ポリヌクレオチドをコードする、実施形態３に記載のｒＡＡＶ。
５．前記導入遺伝子は表１から選択される、実施形態２に記載のｒＡＡＶ。
６．前記ゲノム修飾実体は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系、ＲＮＡ作用性アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡＲ）酵素、転写活性化因子、または転写抑制因子を含む、実施形態２に記載のｒＡＡＶ。
７．前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ９、Ｃａｓ４、Ｃａｓ１２、またはＣａｓ１３を含む、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
８．前記ＡＤＡＲは、ヒトＡＤＡＲ１またはヒトＡＤＡＲ２である、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
９．前記転写活性化因子は、ＶＰ６４である、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
１０．前記転写抑制因子は、ＫＲＡＢである、実施形態６に記載のｒＡＡＶ。
１１．実施形態１～１０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオンと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
１２．治療有効量の実施形態１１に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、処置の方法。
１３．処置を必要とする対象の処置における使用のための実施形態１２に記載の医薬組成物であって、前記使用は、治療有効量の実施形態１１に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記医薬組成物。
１４．処置を必要とする対象を治療有効量のｒＡＡＶビリオンの投与によって処置するための医薬の製造における使用のための、実施形態１～１０のいずれか１つに記載のｒＡＡＶビリオン。
１５．前記ｒＡＡＶビリオンの前記治療有効量は、同じペイロードをカプシドで包む配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンの治療有効量よりも少なく、配列番号１の前記野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有する前記ｒＡＡＶビリオンは、同じ投与経路によって投与される、実施形態１２～１４のいずれか１つに記載の方法または使用。
１６．前記ｒＡＡＶビリオンの前記治療有効量は、同じペイロードをカプシドで包む配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンの治療有効量と比較すると、前記対象においてより低い毒性をもたらし、配列番号１の前記野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有する前記ｒＡＡＶビリオンは、同じ投与経路によって投与される、実施形態１２～１５のいずれか１つに記載の方法または使用。
１７．前記治療有効量は、少なくとも１×１０５ウイルスゲノム／ｋｇ対象体重～５×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇ対象体重である、実施形態１２～１６のいずれか１つに記載の方法または使用。
１８．前記ｒＡＡＶビリオンは、全身投与を介して投与される、実施形態１２～１７のいずれか１つに記載の方法または使用。
１９．前記全身投与は、静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または経口投与である、実施形態１８に記載の方法または使用。
２０．前記対象は、ヒトまたは非ヒト動物である、実施形態１２～１９のいずれか１つに記載の方法または使用。
２１．前記対象は疾患を有する、実施形態１２～２０のいずれか１つに記載の方法または使用。
２２．前記疾患は神経学的状態である、実施形態２１に記載の方法または使用。
２３．前記神経学的状態は、ＡＡＤＣ欠損症、アルツハイマー病、タウオパチー、シヌクレイノパチー、バッテン病、ＭＰＳ－ＩＩＩＢ、ＧＢＡ１変異を伴う前頭側頭型認知症（ＰＤ－ＧＢＡ）、神経障害性ゴーシェ病、ゴーシェ病２型、カナバン病、パーキンソン病、テイ－サックス病、ハンチントン病、Ｐｒｏｔｏｃｋｉ－Ｌｕｐｓｋｉ症候群、筋萎縮性側索硬化症、ダウン症候群、サンフィリッポ病Ａ型、サンフィリッポ病Ｂ型、またはレット症候群である、実施形態２２に記載の方法。
２４．前記認知症は前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）である、実施形態２３に記載の方法。
シリーズＷの実施形態
１．前記疾患は表１から選択される、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
２．５８７位（Ｘａａ７）の前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、Ｗ、またはＹではない、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
３．５８７位の前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ｎ、Ｓ、またはＴであり得る、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
４．５８２位（Ｘａａ２）の前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ｇ、Ｖ、Ｌ、またはＩではない、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
５．前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、前記５８１～５８９（Ｘａａ１～Ｘａａ９）領域の外側に１つまたは複数の変異を含み、前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、アセンブルすること及び所望の組織向性を呈することが可能である、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の使用の方法。
１．前記疾患は表１から選択される、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
２．５８７位（Ｘａａ７）の前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｍ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、Ｗ、またはＹではない、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
３．５８７位の前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ｎ、Ｓ、またはＴであり得る、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
４．５８２位（Ｘａａ２）の前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、Ｇ、Ｖ、Ｌ、またはＩではない、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の方法または使用。
５．前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、前記５８１～５８９（Ｘａａ１～Ｘａａ９）領域の外側に１つまたは複数の変異を含み、前記ｒＡＡＶ ＶＰ１カプシドは、アセンブルすること及び所望の組織向性を呈することが可能である、本明細書で開示されるいずれかの実施形態に記載の使用の方法。
１．２． 実施例
以下は、本発明を実施するための特定の実施形態の例である。実施例は、例示を目的として提示されるに過ぎず、決して本発明の範囲を限定することを意図するものではない。使用される数（例えば、量、温度など）に関して正確さを保証するための努力は払われているが、当然ながら、いくらかの実験誤差及び偏差は許容されるべきである。
以下は、本発明を実施するための特定の実施形態の例である。実施例は、例示を目的として提示されるに過ぎず、決して本発明の範囲を限定することを意図するものではない。使用される数（例えば、量、温度など）に関して正確さを保証するための努力は払われているが、当然ながら、いくらかの実験誤差及び偏差は許容されるべきである。
本発明の実践には、別段の指示がない限り、当業者の技術範囲内にあるタンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術及び薬理学の従来法が用いられる。そのような技術は、文献で十分に説明されている。
実施例１
ハイスループットカプシド工学操作システム
この実施例では、工学操作された組織向性ＡＡＶバリアントを発見するための、本明細書で開示されるハイスループットカプシド工学操作システム及び方法について記載する。ハイスループットカプシド工学操作システムは、図１に図式化されている。図１に示すように、アセンブリ前段階において、本明細書に記載されるプロセスは、カプシド遺伝子コード配列中の特定の場所に大きな多様性を有するＡＡＶカプシド遺伝子のバリアントを含むプラスミドライブラリの生成を可能にする。バリアントのこのライブラリを、本明細書に記載される２プラスミドシステムを使用してウイルスへとアセンブルし、次に、アセンブルされたウイルスを、ｉｎ ｖｉｖｏ選択のために非ヒト霊長類（ＮＨＰ）に直接注射する。組織を採取し、組織に形質導入するカプシド遺伝子をユニーク分子識別子及びバーコードで標識する。これらのバリアント配列／ＵＭＩ／バーコードをパラメータ化し、機械学習アルゴリズムを使用して、特定の組織標的性／非標的性カプシドの決定的特徴を識別する。「非標的性」は、本明細書では、特定の組織に関して「回避性」と呼ばれる場合がある。例えば、肝臓非標的性または肝臓回避性はいずれも、本明細書では、肝臓組織への低減したホーミングを優先的に呈するバリアントまたはバリアントの特性を指すために使用され得る。
ハイスループットカプシド工学操作システム
この実施例では、工学操作された組織向性ＡＡＶバリアントを発見するための、本明細書で開示されるハイスループットカプシド工学操作システム及び方法について記載する。ハイスループットカプシド工学操作システムは、図１に図式化されている。図１に示すように、アセンブリ前段階において、本明細書に記載されるプロセスは、カプシド遺伝子コード配列中の特定の場所に大きな多様性を有するＡＡＶカプシド遺伝子のバリアントを含むプラスミドライブラリの生成を可能にする。バリアントのこのライブラリを、本明細書に記載される２プラスミドシステムを使用してウイルスへとアセンブルし、次に、アセンブルされたウイルスを、ｉｎ ｖｉｖｏ選択のために非ヒト霊長類（ＮＨＰ）に直接注射する。組織を採取し、組織に形質導入するカプシド遺伝子をユニーク分子識別子及びバーコードで標識する。これらのバリアント配列／ＵＭＩ／バーコードをパラメータ化し、機械学習アルゴリズムを使用して、特定の組織標的性／非標的性カプシドの決定的特徴を識別する。「非標的性」は、本明細書では、特定の組織に関して「回避性」と呼ばれる場合がある。例えば、肝臓非標的性または肝臓回避性はいずれも、本明細書では、肝臓組織への低減したホーミングを優先的に呈するバリアントまたはバリアントの特性を指すために使用され得る。
本明細書に記載されるプロセスは、大きな多様性を有するＡＡＶカプシド遺伝子の合成オリゴヌクレオチドバリアントのクローニングを可能にする。バリアントのこのライブラリを、本明細書に記載される２プラスミドシステムを使用してウイルスへとアセンブルし、次に、アセンブルされたウイルスを、ｉｎ ｖｉｖｏ選択のために非ヒト霊長類に直接注射する。このプロセスは次のように行ったが、本明細書にはこれらの方法に対する合理的かつ科学的に標準的な修正が包含されるものと理解される。ライブラリテンプレートを一次ＰＣＲ増幅（８～１０サイクル）してから、カラムを使用してＤＮＡを精製する（プールライブラリ）。場合により、第２の８サイクル増幅をライブラリプールから行う。好適なカラムを使用してＤＮＡを精製する。次に、ＮＥＢ ＢｓａＩ ＨＦ－Ｖ２（ライブラリ－３時間；バックボーン－２時間＋仔牛腸アルカリホスファターゼと共に１時間）を用いて消化を行ってから、カラムを使用してＤＮＡを精製する。得られた消化物をＮＥＢ Ｔ４リガーゼと３：１の比で合わせて１６℃で一晩（ＯＮ）ライゲートし、さらなるＡＴＰ（１μＭ）及びＴ４リガーゼを翌朝加えた。「リガーゼサイクル」を２０回行った。リガーゼサイクリングとは、各「サイクル」につき、１６℃で１０秒間、続いて２５℃で３０秒間を指す。リガーゼを熱失活させ、さらなるＡＴＰ（１μＭ）を加えた。ＰＳ－ＤＮＡｓｅを２時間３７℃で加えて線状の（ライゲートしていない）種を消化し、弛緩型（ｒｆ）環状ＤＮＡを濃縮した（図３）。カラムを使用してＤＮＡを精製し、ＤＮＡを水中で溶出させた。多くの（＞１００）電気穿孔反応を行ってライブラリプラスミドを組み込むことにより、エレクトロコンピテントリコンビナーゼ欠損細菌を大規模に形質転換させた。形質転換した細菌を、３７℃で一晩、液体振盪培養において抗生物質選択を使用することで選択した。形質転換効率を確認し、形質転換した細菌の限界希釈物を抗生物質選択寒天プレートにプレーティングすることにより、ライブラリのカバレッジを測定した。Ｍｅｇａｐｒｅｐキットを使用して、ライブラリプラスミドＤＮＡをシーケンシング及びウイルス産生のためのトランスフェクションのために調製した。ビリオンを「ダブルトランスフェクション」によって産生した：ウイルス産生真核細胞株（例えば、ＨＥＫ２９３）にアデノウイルス由来の「ヘルパー」遺伝子プラスミド及びライブラリプラスミドの混合物をコトランスフェクトした。３～７日後、密度遠心分離またはＦＰＬＣ法を使用して細胞／上清からウイルスを精製した。アセンブリのＮＧＳシーケンシング分析のためにビリオンからＤＮＡを増幅した。場合により、アセンブリコンピテントバリアントを用いてクローニングを繰り返してもよい。精製されたライブラリウイルスを１～５×１０１３ウイルスゲノム／ｋｇの用量範囲でＮＨＰに静脈内投与した。組織を４～６週間後に採取し、ライブラリバリアントをシーケンシングした。
組織を採取し、形質導入するカプシド遺伝子をユニーク分子識別子及びバーコードで標識した。これらのバリアント配列／ＵＭＩ／バーコードをパラメータ化し、機械学習アルゴリズムを使用して、特定の組織標的性／非標的性カプシドの決定的特徴を識別した。
図２Ａは、標的細胞と相互作用することが示されている既知のＡＡＶカプシドの主要な残基の側面図（上のパネル）及び上面図（下のパネル）を提示する。図２Ｂは、実施例１に記載されるＡＡＶカプシドライブラリの顕著な特徴を示し、ＡＡＶ５ ＶＰ１のアミノ酸の番号付けに対応する残基番号付けと共に、導入された多様性の領域を示している。ライブラリプラスミドは、ＡＡＶ ＩＴＲ間の不変のｒｅｐ及び多様化されたｃａｐのコード配列を含む（シスパッケージング手法）。
上記のように、ライゲーション後にＰｌａｓｍｉｄ－Ｓａｆｅ ＤＮＡｓｅ（ＰＳ－ＤＮＡｓｅ）を使用して線状ＤＮＡを除去した。この線状選択的ＤＮＡｓｅ酵素を使用してライゲートされていないＤＮＡを分解すると、形質転換効率が最大化され、ライブラリ多様性が最大化される。図３は、ＰＳ－ＤＮＡｓｅによる消化後の線状インサート及び線状プラスミドバックボーン（「ＢＢ」）の効果的な除去を示すゲルの写真である。この方法の一例では、プラスミドライブラリ生成の総効率は、プラスミドＤＮＡ １μｇ当たり４．２３×１０９コロニー形成単位であった。
図４は、実施例１に記載されるハイスループットＡＡＶカプシド工学操作システムの概略図である。ヒストグラムは、理論的多様性から、合成されたカプシド遺伝子、クローニングされた全バリアント、シーケンシングされたアセンブル後のウイルスまでライブラリのサイズを追跡する、様々な調製段階におけるＡＡＶカプシドライブラリのサイズを示す（エラーバーはＮＧＳシーケンシング分析からの最小／最大の予測多様性を示す）。プールされたウイルスライブラリを非ヒト霊長類に注射し、安定な形質導入を確実にするために十分な期間の後、動物を安楽死させ、組織を採取した。ＤＮＡを組織から精製し（１）、（２）ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）を付け加えた。エキソヌクレアーゼＩを加えて過剰なＵＭＩ含有プライマーを消化した（３）。後のＰＣＲ増幅により、シーケンシングのためのシーケンシングインデックス／組織バーコード及びアダプターを付加した。ＵＭＩの付加は、組織中のカプシドバリアントの高分解能の頻度分析を可能にする。
図５Ａは、ライブラリからのｒＡＡＶ産生を最大化するために使用されるパッケージング手法を示し、図５Ａは、標準的なトリプルトランスフェクション（上のパネル）を、実施例１で使用した２プラスミドシスパッケージング手法（下のパネル）と比較しており、図５Ｂは、２トランスフェクション手法を使用した野生型ＡＡＶ５の相対的産生を示している。図５Ｃは、肝臓標本中のＵＭＩ分布の一例であり、カプシドバリアントの大多数が単回で見出されることを示す（単一ＵＭＩ）。しかしながら、カプシドバリアントのサブセットは所与の組織において濃縮されており、標的組織における増加した頻度に対応する増加した数のＵＭＩを有し得る。
実施例２
ＮＨＰにおけるＡＡＶ５バリアントの識別及び分析
この実施例では、実施例１に記載した一般的方法を使用して発見された組織標的性ＡＡＶ５カプシドバリアントの識別及び分析について記載する。特定の組織への優先的な感染性（向性）を有するバリアントを識別するために、ＡＡＶ５ベースのバリアントカプシドライブラリの生体内分布を非ヒト霊長類（ＮＨＰ）で評価した。生体内分布の調査は、Ｐｒｉｍａｔｅ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，ＬＬＣ Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ及び認可された獣医学的基準に従って行った。ライブラリ用量注射の前に、活動の研究前計画を行って、ＮＨＰの臨床病理、全体的な健康状態、及びＡＡＶ５血清反応陰性をベンチマークした。実験動物は、ＡＡＶ５に対する抗体への血清反応陰性に基づいて選択した。
ＮＨＰにおけるＡＡＶ５バリアントの識別及び分析
この実施例では、実施例１に記載した一般的方法を使用して発見された組織標的性ＡＡＶ５カプシドバリアントの識別及び分析について記載する。特定の組織への優先的な感染性（向性）を有するバリアントを識別するために、ＡＡＶ５ベースのバリアントカプシドライブラリの生体内分布を非ヒト霊長類（ＮＨＰ）で評価した。生体内分布の調査は、Ｐｒｉｍａｔｅ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，ＬＬＣ Ｓｔａｎｄａｒｄ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ及び認可された獣医学的基準に従って行った。ライブラリ用量注射の前に、活動の研究前計画を行って、ＮＨＰの臨床病理、全体的な健康状態、及びＡＡＶ５血清反応陰性をベンチマークした。実験動物は、ＡＡＶ５に対する抗体への血清反応陰性に基づいて選択した。
ＮＨＰには、ＡＡＶ５ベースのカプシドライブラリのＩＶボーラス注射を１～５×１０１３ウイルスゲノム／ｋｇの用量範囲で与えた。最終的な希釈したＡＡＶ５ベースのカプシドライブラリサンプルを混合し、用量体積５ｍＬ／ｋｇで静脈内投与するために滅菌シリンジに移した。一般的なピペッティング及び移動の技術を使用し、ＡＡＶ５ベースのカプシドライブラリの用量調製を行った。各動物にｋｇ当たりの基準で均等量のベクターを送達すべく、ＡＡＶ５ベースのカプシドライブラリの希釈ストックの共通ストックから、各動物につき、それぞれの体重に基づいて別々に用量体積を調製した。
１日目のライブラリ注射後、臨床観察を１日２回（１日目～２９日目）行い、体重を毎週チェックした。２９日目に、Ｐｒｉｍａｔｅ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，ＬＬＣ Ｓｔａｎｄａｒｄ ｅｕｔｈａｎａｓｉａ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓに従ってすべての実験動物を安楽死させ、組織収集を行った。
副腎、大動脈、骨髄を含む骨、脳（小脳）、脳（海馬、歯状回）、脳（海馬、ＣＡ１）、脳（海馬、ＣＡ３）、脳（視床下部）、脳（側頭皮質）、脳（前脳皮質）、脳（後頭皮質）、脳（黒質）、脳（視床）、盲腸、結腸、十二指腸、精巣上体、食道、目、胆嚢、心臓、回腸、空腸、腎臓、肝臓、肺、リンパ節（複数可）、乳腺、卵巣、膵臓、副甲状腺、末梢神経（坐骨）、下垂体、前立腺、唾液腺、精嚢、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、及び膣を含む、多種多様な組織を収集した。組織は２つの１ｃｍ３ブロック（または臓器全体）として収集し、液体窒素で保存した。肝臓は特別に５つの１ｃｍ３ブロックとして収集した。脳については、全体を収集したより小さな領域を除き、上記リストに記載した各領域から２つの１ｃｍ３ブロックを収集した。
図８は、カプシドバリアントの機械学習ベースのクラスタリングの概略図である。この実施例ではカプシドバリアント配列を利用し、これらに機械学習アルゴリズムを使用して、肝臓に感染したカプシドの間のその類似性をマッピングした。この出力を使用すると、目的の組織を選択的に標的とする候補バリアントの選択に関する情報を得ることができる。
図９は、ＮＨＰへの静脈内投与後に肝臓よりも高い相対的レベルで皮質に感染するライブラリ全体の性能の一例を示す。ＤＮＡを肝臓及び皮質から単離し、ｑＰＣＲ（左側）またはドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）（右側）のいずれかを使用して、それぞれの組織から回収されたウイルスゲノムを数量化した。これらの数量化方法によると、ライブラリ全体は、肝臓と比べて約２倍増加したＣＮＳ標的性を有する。
図１１Ａ～Ｄは、３つの異なるシーケンシング分析フィルタで、肝臓組織のみ、肝臓及び皮質組織、ならびに皮質組織のみに見出されたユニークな配列バリアントの数を表すベン図及び分析表を示す。肝臓または皮質組織サンプルから回収されたウイルスゲノムカプシドバリアントに次世代シーケンシングを行った。本明細書に記載される分子回収プロセスの一部として、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）を付け加えた。これは、所与のカプシドバリアントが組織中に存在する信頼度を増加させることができ、存在量と相関し得る。図１１Ａは、適用したシーケンシング分析フィルタを、独特なカプシド配列バリアント各々につき４つ以上の独特なＵＭＩ（本明細書では「カウント」とも呼ばれる）としたベン図を示す。図１１Ｂは、適用したシーケンシング分析フィルタを５０以上のＵＭＩとしたベン図を示す。図１１Ｃは、適用したシーケンシング分析フィルタを１００以上の独特なＵＭＩとしたベン図を示す。図１１Ｄは、皮質のみに見出されたカプシド配列バリアント集団中のＵＭＩの分布のヒストグラム分析を示し、適用したシーケンシング分析フィルタは、図１１Ｂに示すように５０以上のＵＭＩとした。
実施例３
ウイルス中で機能的にアセンブルするＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見されたビリオンへとアセンブルする工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。実施例１に記載したライブラリウイルスの産生及び精製の後、ＡＡＶ５ライブラリウイルスのアセンブリを評価した。カプシドバリアントの組成は、バリアント領域にわたるアンプリコンのＮＧＳによって測定した。配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、ライブラリプラスミド内の規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、ウイルスアセンブリに好ましい配列規則を識別した。以下の表３、及び配列番号２に関し、以下のアミノ酸は、アセンブルすることが可能なＡＡＶ ＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよい。更に、カプシドが依然としてアセンブルすることが可能である限り、Ｘａａ１～Ｘａａ９領域の外側の１つまたは複数の変異が許容され得る。
ウイルス中で機能的にアセンブルするＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見されたビリオンへとアセンブルする工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。実施例１に記載したライブラリウイルスの産生及び精製の後、ＡＡＶ５ライブラリウイルスのアセンブリを評価した。カプシドバリアントの組成は、バリアント領域にわたるアンプリコンのＮＧＳによって測定した。配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、ライブラリプラスミド内の規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、ウイルスアセンブリに好ましい配列規則を識別した。以下の表３、及び配列番号２に関し、以下のアミノ酸は、アセンブルすることが可能なＡＡＶ ＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよい。更に、カプシドが依然としてアセンブルすることが可能である限り、Ｘａａ１～Ｘａａ９領域の外側の１つまたは複数の変異が許容され得る。
実施例４
肝臓組織標的性を有するＡＡＶ５バリアント、及び肝臓非標的特性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、肝臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアント、及び肝臓組織を優先的に非標的とするＡＡＶ５バリアントについて記載する。
肝臓組織標的性を有するＡＡＶ５バリアント、及び肝臓非標的特性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、肝臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアント、及び肝臓組織を優先的に非標的とするＡＡＶ５バリアントについて記載する。
図６Ａ～Ｂは、ウイルスアセンブリ及び肝臓における組織形質導入を介した明らかな機能的選択を示すヒートマップ及び統計分析である。図６Ａは、アセンブリ前から、アセンブルされたウイルス、肝臓形質導入まで、実施例１～２に記載したハイスループットシステムの様々な段階で調製されたヒートマップである。よって、図６Ａは、右側に、すべてのアセンブルされたウイルスで割った、すべての肝臓形質導入バリアントの優先位置残基のヒートマップを示す。アセンブリ前のヒートマップについては、カプシドバリアントのライブラリをプラスミドにクローニングし、エレクトロコンピテント細菌へと形質転換した。得られたライブラリをシーケンシングし、アミノ酸多様性を各位置で測定した。低レベルの位置変動は合成エラーに起因すると考えられる。その後のウイルスへのアセンブリは、ウイルスアセンブリについての選択を強調する明らかなアミノ酸残基／位置バイアスを示した。肝臓形質導入ウイルスは、明確に優先される／優先されないバリアントと共に、さらに大きなＡＡ残基／位置選択パターンを示した。これらのヒートマップの各々を、それぞれの入力頻度によって正規化した。図６Ｂは、３つの肝臓サンプルにおいてアミノ酸残基分布及び残基位置が大きく異なったが、サンプル間変動は有意でなかったことを示す統計分析（ＡＮＯＶＡ）の表である。
図７Ａ～Ｂは、複数のサンプル間で繰り返し観察された（高ＵＭＩ）カプシドバリアントの分析を示す。図７Ａは、２つの肝臓サンプルにおける重複するバリアントの識別のカウントを示すベン図である：ＵＭＩが１０超である約３８％のバリアントが両サンプルにおいて観察された。図７Ｂは、繰り返し観察されたカプシドバリアントの強く選択された残基／位置を示す、アミノ酸位置分布を示すヒートマップである。
図１０は、左側の図が３回対称軸を向いた野生型ＡＡＶ５［配列番号１］（ＰＤＢ：Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１９ Ａｕｇ ２１；１０（１）：３７６０の６ＪＣＴ）の結晶構造を表す構造図を提示する。中央及び右側の図は、５８１～５８９残基をＮＰＡＭＦＮＣＤＹ（中央のパネル、アミノ酸配列番号１１２）及びＫＬＴＡＨＩＹＡＬ（右のパネル、アミノ酸配列番号１１４）に置き換えた、ＮＨＰ肝臓から回収されたバリアントを表す。これらの図は、バリアント配列を置き換えるようにＰｙＭＯＬを使用して生成されたものであり、同じ組織から回収された肝臓バリアント間の電荷の差を強調するために、予測される帯電によって着色されている。
肝臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、アセンブルされたウイルスを形成するバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肝臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表４、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した肝向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの肝向性は、ビリオンアセンブリに好ましい特性よりも肝臓形質導入に好ましい特性を指す。更に、カプシドが依然としてアセンブルすること及び所望の肝臓標的特性を呈することが可能である限り、Ｘａａ１～Ｘａａ９領域の外側の１つまたは複数の変異が許容され得る。
肝臓において識別されなかったバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、アセンブルされたウイルスを形成するバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肝臓非標的性に好ましい配列規則のセットを識別した。以下の表５、及びＡＡＶ５ ＶＰ１（配列番号２）に関し、以下のアミノ酸は、アセンブルすることが可能であり、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）よりも肝臓組織を標的としにくい（「肝臓回避性」または「肝臓非標的性」）ＡＡＶ ＶＰ１カプシドをもたらすように、任意の組み合わせで、独立して除外されてよく、ここでの肝臓非標的性は、ビリオンアセンブリに好ましい特性よりも、肝臓形質導入が減少しているウイルスの間で好ましい特性を指す。更に、カプシドが依然としてアセンブルすることが可能であり、所望の特徴を呈する限り、Ｘａａ１～Ｘａａ９領域の外側の１つまたは複数の変異が許容され得る。
肝臓、ＣＮＳ、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、肝向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｂに示す。この図は、肝臓組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
肝臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、分析した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度に対して比較して、肝臓標的性に好ましい配列規則のセットを識別した。以下の表６Ａ、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した肝向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの肝向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも肝臓形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表６Ｂ、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して低減した肝向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの肝向性は、採取した他のすべての組織への形質導入について決定的な特性よりも肝臓形質導入について決定的な特性を指す。
以下の表７は、肝臓組織において見出され、表６に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表７に開示される配列番号４３４３８～配列番号４４４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミノ酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例５
ＣＮＳにおける組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、ＣＮＳにおける組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳにおける組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、ＣＮＳにおける組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
表８は、２つの皮質シーケンシングサンプルで正規化されたＵＭＩカウントが最も高く、２つの肝臓シーケンシングサンプルには存在しなかった１０００のバリアント（ＣＮＳバリアント）のリストである。このリストの最小限の包含基準には、クオリティフィルタをかけた皮質ＮＧＳデータセットの両方における存在が含まれ、除外基準は、２つの独立した肝臓シーケンシングサンプルのいずれかにおける所与のバリアントの検出であった。４つのデータセットの分析後にこれらの基準を満たすバリアントの総数は２１０８である。次にＵＭＩカウントを２つの別個の皮質ＮＧＳデータセットで独立して正規化し、次にバリアント配列を２つの独立して正規化されたＵＭＩカウントの和によってランク付けした（最大可能数＝２００％）。上位１０００をここに列記する（配列番号１１５～配列番号１１１４）。バリアント残基は５８１～５８９位にある。
ＣＮＳ（前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳）、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、ＣＮＳ向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｂに示す。この図は、ＣＮＳ組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
ＣＮＳにおいて識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、ＣＮＳ組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表９、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上したＣＮＳ向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでのＣＮＳ向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりもＣＮＳ形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表１０は、ＣＮＳ組織において見出され、表９に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表１０に開示される配列番号７１１８～配列番号８１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例６
脾臓における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、脾臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
脾臓における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、脾臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、脾臓向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｆに示す。この図は、脾臓組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
脾臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、脾臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表１１、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した脾臓向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの脾臓向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも脾臓形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表１２は、脾臓組織において見出され、表１１に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表１２に開示される配列番号３７４３８～配列番号３８４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例７
副腎における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、副腎における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
副腎における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、副腎における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、副腎向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｋに示す。この図は、副腎組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
副腎において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、副腎組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表１３、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した副腎向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの副腎向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも副腎形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表１４は、副腎組織において見出され、表１３に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表１４に開示される配列番号１１１８～配列番号２１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例８
坐骨神経における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、坐骨神経における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
坐骨神経における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、坐骨神経における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、坐骨神経向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｎに示す。この図は、坐骨神経組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
坐骨神経において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、坐骨神経組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表１５、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した坐骨神経向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの坐骨神経向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも坐骨神経形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表１６は、坐骨神経組織において見出され、表１５に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表１６に開示される配列番号２６１１８～配列番号２６９９０のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例９
骨格筋における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、骨格筋における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
骨格筋における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、骨格筋における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、骨格筋向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｃに示す。この図は、骨格筋組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
骨格筋において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、骨格筋組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表１７、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した骨格筋向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの骨格筋向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも骨格筋形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表１８は、骨格筋組織において見出され、表１７に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表１８に開示される配列番号２８９９１～配列番号２９９９０のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１０
脊髄における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、脊髄における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
脊髄における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、脊髄における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、脊髄向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｏに示す。この図は、脊髄組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
脊髄において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、脊髄組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表１９、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した脊髄向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの脊髄向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも脊髄形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表２０は、脊髄組織において見出され、表１９に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表２０に開示される配列番号３４９９１～配列番号３５４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１１
乳腺における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、乳腺における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
乳腺における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、乳腺における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、乳腺向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｉに示す。この図は、乳腺組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
乳腺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、乳腺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表２１、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した乳腺向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの乳腺向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも乳腺形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表２２は、乳腺組織において見出され、表２１に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表２２に開示される配列番号２２１１８～配列番号２３１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１２
肺における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、肺における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
肺における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、肺における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、肺向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｅに示す。この図は、肺組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
肺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、肺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表２３、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した肺向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの肺向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも肺形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表２４は、肺組織において見出され、表２３に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表２４に開示される配列番号１６１１８～配列番号１７１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１３
心臓における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、心臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
心臓における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、心臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、心臓向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｄに示す。この図は、心臓組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
心臓において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、心臓組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表２５、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した心臓向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの心臓向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも心臓形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表２６は、心臓組織において見出され、表２５に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表２６に開示される配列番号１３１１８～配列番号１４１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１４
結腸における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、結腸における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
結腸における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、結腸における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、結腸向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｍに示す。この図は、結腸組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
結腸において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、結腸組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表２７、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した結腸向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの結腸向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも結腸形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表２８は、結腸組織において見出され、表２７に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表２８に開示される配列番号１０１１８～配列番号１１１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１５
甲状腺における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、甲状腺における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
甲状腺における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、甲状腺における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、甲状腺向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｌに示す。この図は、甲状腺組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
甲状腺において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、甲状腺組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表２９、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した甲状腺向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの甲状腺向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも甲状腺形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表３０は、甲状腺組織において見出され、表２９に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表３０に開示される配列番号４０４３８～配列番号４１４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１６
リンパ節における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、リンパ節における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
リンパ節における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、リンパ節における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、リンパ節向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｇに示す。この図は、リンパ節組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
リンパ節において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、リンパ節組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表３１、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上したリンパ節向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでのリンパ節向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりもリンパ節形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表３２は、リンパ節組織において見出され、表３１に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表３２に開示される配列番号１９１１８～配列番号２０のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１７
皮膚における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、皮膚における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
皮膚における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、皮膚における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、皮膚向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｊに示す。この図は、皮膚組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
皮膚において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、皮膚組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表３３、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した皮膚向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの皮膚向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも皮膚形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表３４は、皮膚組織において見出され、表３３に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表３４に開示される配列番号３１９９１～配列番号３２９９０のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１８
骨髄における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、骨髄における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
骨髄における組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、実施例１～実施例２に記載した方法及びシステムを使用して発見された、骨髄における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアントについて記載する。
ＣＮＳ、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄組織を分析して、骨髄向性の動因となるＡＡＶ５ ＶＰ１ ５８１～５８９領域内のアミノ酸残基を識別した。結果を図１８Ｈに示す。この図は、骨髄組織におけるＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域内の各アミノ酸の位置頻度を、分析した他のすべての組織と比較して示しており、ここで、カプシドポリペプチドは配列番号２の配列を有する。位置（「Ｘａａｎ」、ｎ＝１～９）はｘ軸に示され、アミノ酸残基はｙ軸に示されている。特定の位置における特定のアミノ酸残基の頻度は、強度としてヒートマップに示されている。四角が暗いほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が高いことを示し、四角が明るいほど特定の位置における特定のアミノ酸の頻度が低いことを示す。
骨髄において識別されたバリアントにおける配列番号１の５８１位から５８９位（配列番号２に概括される）に対応する規定の位置で生じる所与のアミノ酸残基の頻度を、採取した他のすべての組織において識別されたバリアントにおける規定の位置で生じる当該所与のアミノ酸残基の頻度と比べて分析して、骨髄組織を優先的に標的とするカプシドの配列規則のセットを識別した。以下の表３５、及び配列番号２（ＡＡＶ５ ＶＰ１）に関し、以下のアミノ酸は、したがって、野生型ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシド（配列番号１）と比較して向上した骨髄向性を有するＶＰ１カプシドをもたらすように、位置Ｘａａ１～Ｘａａ９のいずれか１つまたは複数において、任意の組み合わせで、独立して変異していてよく、ここでの骨髄向性は、採取した他のすべての組織への形質導入に好ましい特性よりも骨髄形質導入に好ましい特性を指す。
以下の表３６は、骨髄組織において見出され、表３５に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表３６に開示される配列番号４１１８～配列番号５１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例１９
機械学習によって識別されたＣＮＳにおける組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別されたＣＮＳ組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。
機械学習によって識別されたＣＮＳにおける組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別されたＣＮＳ組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。
まず、ＣＮＳ組織からのシーケンシングデータをバイオインフォマティクス前処理にかけた。バイオインフォマティクス前処理ステップの概要は次のとおりである。まず、生のＮＧＳペアエンドリードをマージし、クオリティフィルタをかけ（＞Ｑ３０ ａｖｇ）、塩基補正した（ｆａｓｔｐ）。次に、１５０ｎｔ未満のリードを除去した（ｒｅａｄｌｅｎｇｔｈ）。バリアント領域の５’及び３’の両方の定常配列のファジーマッチングを使用し、リードの正確なアラインメントを確実にした（ａｌｉｇｎ、ｆｕｚｚｙＡｌｉｇｎ）。終止コドンを含むリードは除去した（ｓｔｏｐ）。関連する更なるフィルタを使用して、後の分析のためのバリアントを選択した（例えば、「ｄｅｄｕｐｅｄ」は、所与のサンプルにおいて検出されたユニークなＵＭＩ－ｖａｒペアの数を示す）。最後に、フィルタリングされたバリアントを本開示の機械学習パイプラインに移動させた。図１９Ａは、ＮＧＳデータのバイオインフォマティクス前処理の様々なステップにおける結果を示す。フィルタを通した４８の個々のサンプルの段階的なリードカウントが示されている。図１９Ｂは、ＣＮＳ／非ＣＮＳバリアント配列の位置比較を示す。位置１～９は、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１～５８９位（配列番号２）を指す。
実験デザインを考慮して更なるフィルタを開発した。まず、ライブラリは、単一のアミノ酸残基が単一のコドンによってコードされるように設計されたため、各バリアントアミノ酸配列は、おおよそ１つのヌクレオチド配列によって表されるはずである。結果として、所与のヌクレオチド配列のシーケンシングリードの数は、コードされるアミノ酸配列のリードの数とほぼマッチするはずである（所与のヌクレオチド配列とそのコードされたアミノ酸配列とのシーケンシングリードの比は、１にほぼ等しいはずである）。したがって、場合によっては、この比が０．９未満であったＤＮＡバリアントを除外した。さらに、ライブラリ調製及びシーケンシング中に多くのエラーが発生し得るため、シーケンシングリードの重複排除後に１回しか存在しなかったＤＮＡバリアントを除外した。
最後に、組織から単離されたバリアント配列をライブラリ調製中に増幅しなければならないため、出発物質中のバリアントヌクレオチド配列の存在量は、増幅後のその存在量に比例すべきである。よって、出発物質中のバリアント配列は、ＰＣＲまたはシーケンシングのエラーのために生じるバリアント配列と比較して、より大きな増幅を示すはずである。よって、重複排除の前及び後でヌクレオチド配列のシーケンシングリードの比率を比較すると、比率の高い群は出発集団中のバリアントを表している可能性が高く、比率の低いバリアントの群はおそらくＰＣＲ／シーケンシングエラーに起因する、双峰分布が生成された。したがって、いくつかの実施形態では、任意選択のストリンジェントなフィルタとして、低比率群のバリアントを除去した。
図２０Ａは、本明細書に記載される方法によって分析された末梢組織サンプル及びＣＮＳ組織サンプルの一例を示す。図２０Ｂは、非ＣＮＳバリアントと比較して、ＣＮＳから回収された、予測された／フィルタリングされた上位１０００のバリアントにおけるアミノ酸位置存在量を示す。機械学習プロセスの概要は次のとおりである。フィルタリングされたバリアントを、標的組織（複数可）について存在（１）／不在（０）の群として２項分類した：標的／非標的組織（複数可）の両方に見出されたもの（「共通」バリアント）は不在（０）に割り当てた。各９ａａバリアント配列は、位置ごとに１６個の生物物理学的特性から構成される１４４特徴ベクトルとして表される（以下の表３７）。特徴化されたバリアントを、ランダムフォレスト（ＲＦ）及びヒストグラムベースの勾配ブースティング木（ＨＧＢ）の２つの別個のＭＬモデルに入力した。訓練及び検定は交差検証を用いて行い、組織の存在／不在の予測はすべて、モデル訓練に使用しなかったホールドアウトデータに対して行った（図２２）。クラスの不均衡を補正するために、各訓練サンプルに重みを割り当てた。機械学習性能は２つのモデル間のコンコーダンスによって評価し（図２１Ａ～図２１Ｂ）、２つのモデルの平均予測確率を予測として採用した。予測上位のバリアントを出力した。組織標的性／非標的性に寄与する重要な特徴を、モデル出力に対する個々の特徴の寄与を表すＳＨＡＰ（Ｓｈａｐｌｅｙ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎｓ）値として抽出した（図２３及び図２４Ａ～Ｃ）。
組織から回収されたバリアントのサンプリングがまばらである可能性に適応するために、バリアント配列の特徴化によってモデルを生物物理学的特性に集中させる。この実施形態では、表３７に列記した生物物理学的特性を使用して、ＭＬのための入力として各バリアントについて１４４特徴ベクトルを構築した。表３７において、アミノ酸生物物理学的特徴は、以下のアミノ酸特性に由来する。「電荷」は、中性ｐＨの水性溶媒中で正または負の電荷を有する、酸または塩基としてのアミノ酸側鎖の静電特性を指す。「リン酸化」は、アミノ酸残基の官能基に翻訳後修飾としてリン酸基を付加できるかどうかを指す。「イオン結合」は、静電相互作用に関与するアミノ酸残基側鎖の能力を指す。「水素結合」は、水素結合（複数可）に関与するアミノ酸残基側鎖の能力を指し、「Ｈ結合ドナー」は、中性ｐＨ条件下で水素結合に水素原子を供与できるアミノ酸残基側鎖原子の数を指し、一方「Ｈ結合アクセプター」は、中性ｐＨ条件下で水素結合のドナー水素原子を受容できるアミノ酸残基側鎖原子の数を指し、「潜在的Ｈ結合総数」は、水素結合に関与できるアミノ酸残基側鎖原子の数を指す。「モル質量」は、ダルトン単位でのアミノ酸残基の予測分子量である。「体積」は、水溶液中の所与のアミノ酸残基の予測体積を指し、Ｚａｍｙａｔｎｉｎ，Ａ．Ａ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ ｖｏｌｕｍｅ ｉｎ ｓｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｇ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２４：１０７－１２３（１９７２）から応用されている。「ハイドロパシー」は、所与のアミノ酸残基の側鎖の疎水性（水をはじく）または親水性（水をひきつける）の特性を表し、値はＫｙｔｅ，Ｊ．ａｎｄ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ｒ．Ｆ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１５７：１０５－１３２（１９８２）から応用されている。「Ｇｏｌｄｍａｎ＿ｅｎｇｅｌｍａｎ＿ｓｔｅｉｔｚ」は、疎水性の特定の測度であり、非水性条件から水へのαヘリックスのアミノ酸残基の自由エネルギーの伝達を指し、個々のアミノ酸の値（ｋｃａｌ／残基）は、Ｅｎｇｅｌｍａｎ，Ｄ．Ｍ．，Ｓｔｅｉｔｚ，Ｔ．Ａ．ａｎｄ Ｇｏｌｄｍａｎ Ａ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．，１５：３２１－３５３（１９８６）から応用されている。「可動性」は、ポリペプチドにおけるアミノ酸残基の対称／非対称分布を指し、Ｂｈａｓｋａｒａｎ，Ｒ．＆Ｐｏｎｎｕｓｗａｍｙ，Ｐ．Ｒ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．，３２：４：２４１－２５５（１９８８）から応用されている。「変異性」は、所与のアミノ酸残基が進化的間隔にわたって変化する確率を指し、残基が別のものに置き換えられる相対頻度によって算出され、この場合、アラニンは、Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．，Ｓｃｈｗａｒｔｚ，Ｒ．Ｍ．，＆Ｏｒｃｕｔｔ，Ｂ．Ｃ．Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｖｏｌ．５，Ｓｕｐｐｌ．３（１９７８）から応用されるように、任意に「１００」に設定される。ワールドワイドウェブの参考文献：ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴｅｄｕｃａｔｉｏｎ／Ａｉｄｅ－ｍｅｍｏｉｒｅ／＿ＵＫ／ａｍｉｎｏａｃｉｄｓ／ｃｈａｒｇｅ／及びｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴｅｄｕｃａｔｉｏｎ／Ａｉｄｅ－ｍｅｍｏｉｒｅ／＿ＵＫ／ａｍｉｎｏａｃｉｄｓ／ａｂｂｒｅｖｉａｔｉｏｎ．ｈｔｍｌ＃ｒｅｆｓも参照されたい。これらは各々、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。
機械学習により予測されたＣＮＳ組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表３８に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例５で観察され表９に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。
以下の表３９は、ＣＮＳ組織向性を呈し、表３８に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表３９に開示される配列番号８１１８～配列番号９１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例２０
機械学習によって識別された肝臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された肝臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、肝臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。図２５は、モデル出力確率に寄与する上位２０の位置的特徴のセットを示す。ＳＨＡＰ（Ｓｈａｐｌｅｙ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎｓ）値を使用すると、モデル予測に対する特徴の相対的寄与を調べることができる。図２６Ａ～Ｃに示すように、これらの特徴を組織標的性バリアントと非標的性バリアントとの間でさらに比較した。図２６Ａ～Ｃは、上位予測特徴の比較を位置的に示す。特徴は、ＨＧＢモデルとＲＦモデルとの両方に重要であることが見出された場合に選択した。ランダムな２％の肝臓バリアントと比較した上位１０００のＭＬ予測による肝臓バリアントにおける特徴の概要が示されている。
機械学習によって識別された肝臓における組織向性を有する工学操作されたＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された肝臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、肝臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。図２５は、モデル出力確率に寄与する上位２０の位置的特徴のセットを示す。ＳＨＡＰ（Ｓｈａｐｌｅｙ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎｓ）値を使用すると、モデル予測に対する特徴の相対的寄与を調べることができる。図２６Ａ～Ｃに示すように、これらの特徴を組織標的性バリアントと非標的性バリアントとの間でさらに比較した。図２６Ａ～Ｃは、上位予測特徴の比較を位置的に示す。特徴は、ＨＧＢモデルとＲＦモデルとの両方に重要であることが見出された場合に選択した。ランダムな２％の肝臓バリアントと比較した上位１０００のＭＬ予測による肝臓バリアントにおける特徴の概要が示されている。
肝臓組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表４０に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例４で観察され表６に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表４０に列記されているのは、２つのＭＬモデル（ＨＧＢ＆ＲＦ）から抽出された肝向性の上位３０の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表４１は、肝臓組織向性を呈し、表４０に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表４１に開示される配列番号４４４３８～配列番号４５４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例２１
機械学習によって識別された肝臓非標的性組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された肝臓非標的性組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、肝臓非標的性組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。図２７は、モデル出力確率に寄与する上位２０の位置的特徴のセットを示す。ＳＨＡＰ（Ｓｈａｐｌｅｙ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎｓ）値を使用すると、モデル予測に対する特徴の相対的寄与を調べることができる。図２８Ａ～Ｂに示すように、これらの特徴を組織標的性バリアントと非標的性バリアントとの間でさらに比較した。図２８Ａ～Ｂは、上位予測特徴の比較を位置的に示す。特徴は、ＨＧＢモデルとＲＦモデルとの両方に重要であることが見出された場合に選択した。ランダムな２％の肝臓非標的性バリアントと比較した上位１０００のＭＬ予測による肝臓非標的性バリアントにおける特徴の概要が示されている。
機械学習によって識別された肝臓非標的性組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された肝臓非標的性組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、肝臓非標的性組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。図２７は、モデル出力確率に寄与する上位２０の位置的特徴のセットを示す。ＳＨＡＰ（Ｓｈａｐｌｅｙ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎｓ）値を使用すると、モデル予測に対する特徴の相対的寄与を調べることができる。図２８Ａ～Ｂに示すように、これらの特徴を組織標的性バリアントと非標的性バリアントとの間でさらに比較した。図２８Ａ～Ｂは、上位予測特徴の比較を位置的に示す。特徴は、ＨＧＢモデルとＲＦモデルとの両方に重要であることが見出された場合に選択した。ランダムな２％の肝臓非標的性バリアントと比較した上位１０００のＭＬ予測による肝臓非標的性バリアントにおける特徴の概要が示されている。
肝臓非標的性組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表４２に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれか。以下の表４２に列記されているのは、２つのＭＬモデル（ＨＧＢ＆ＲＦ）から抽出された肝向性の上位３０の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表４３は、肝臓非標的性組織向性を呈し、表４２に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表４３に開示される配列番号４６４３８～配列番号４７４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例２２
機械学習によって識別された骨格筋組織向性または心筋組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された骨格筋組織向性または心筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、骨格筋組織向性または心筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。図２９は、モデル出力確率に寄与する上位２０の位置的特徴のセットを示す。ＳＨＡＰ（Ｓｈａｐｌｅｙ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎｓ）値を使用すると、モデル予測に対する特徴の相対的寄与を調べることができる。図３０Ａ～Ｂに示すように、これらの特徴を組織標的性バリアントと非標的性バリアントとの間でさらに比較した。図３０Ａ～Ｂは、上位予測特徴の比較を位置的に示す。特徴は、ＨＧＢモデルとＲＦモデルとの両方に重要であることが見出された場合に選択した。ランダムな２％の筋肉バリアントと比較した上位１０００のＭＬ予測による骨格筋または心筋バリアントにおける特徴の概要が示されている。
機械学習によって識別された骨格筋組織向性または心筋組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された骨格筋組織向性または心筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、骨格筋組織向性または心筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。図２９は、モデル出力確率に寄与する上位２０の位置的特徴のセットを示す。ＳＨＡＰ（Ｓｈａｐｌｅｙ Ａｄｄｉｔｉｖｅ Ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎｓ）値を使用すると、モデル予測に対する特徴の相対的寄与を調べることができる。図３０Ａ～Ｂに示すように、これらの特徴を組織標的性バリアントと非標的性バリアントとの間でさらに比較した。図３０Ａ～Ｂは、上位予測特徴の比較を位置的に示す。特徴は、ＨＧＢモデルとＲＦモデルとの両方に重要であることが見出された場合に選択した。ランダムな２％の筋肉バリアントと比較した上位１０００のＭＬ予測による骨格筋または心筋バリアントにおける特徴の概要が示されている。
骨格筋組織向性または心筋組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表４４に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれか。以下の表４４に列記されているのは、２つのＭＬモデル（ＨＧＢ＆ＲＦ）から抽出された骨格筋組織向性または心筋組織向性の上位３０の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表４５は、骨格組織向性または筋肉組織向性を呈し、表４４に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表４５に開示される配列番号２５１１８～配列番号２６１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例２３
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる神経学的疾患または神経学的状態の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる神経学的疾患または神経学的状態の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、神経学的疾患もしくは神経学的状態に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、神経学的疾患もしくは神経学的状態の少なくとも１つの症状が緩和するか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる神経学的疾患または神経学的状態の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる神経学的疾患または神経学的状態の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、神経学的疾患もしくは神経学的状態に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、神経学的疾患もしくは神経学的状態の少なくとも１つの症状が緩和するか、または対象が治癒する。
実施例２４
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるアルツハイマー病の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるアルツハイマー病の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。そのようなバリアントの各々は、心組織を非標的とすることを含め、すべての非ＣＮＳ組織を非標的とする。治療用ペイロードは、アルツハイマー病に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、アミロイド前駆体タンパク質（ＡＰＰ）、アルファシヌクレイン（ＳＮＣＡ）、Ｔａｕタンパク質（ＭＡＰＴ）、またはアポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子は、アミロイド前駆体タンパク質（ＡＰＰ）、アルファシヌクレイン（ＳＮＣＡ）、Ｔａｕタンパク質（ＭＡＰＴ）、またはアポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）をコードする遺伝子である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、アルツハイマー病の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるアルツハイマー病の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるアルツハイマー病の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。そのようなバリアントの各々は、心組織を非標的とすることを含め、すべての非ＣＮＳ組織を非標的とする。治療用ペイロードは、アルツハイマー病に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、アミロイド前駆体タンパク質（ＡＰＰ）、アルファシヌクレイン（ＳＮＣＡ）、Ｔａｕタンパク質（ＭＡＰＴ）、またはアポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子は、アミロイド前駆体タンパク質（ＡＰＰ）、アルファシヌクレイン（ＳＮＣＡ）、Ｔａｕタンパク質（ＭＡＰＴ）、またはアポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）をコードする遺伝子である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、アルツハイマー病の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例２５
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるパーキンソン病の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるパーキンソン病の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、パーキンソン病に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子は、ＬＲＲＫ２、ＧＢＡ１、ＧＢＡ１＋アルファシヌクレイン、ＡＡＤＣ、ＧＤＮＦ、ニュールツリン、ＧＡＤ、ＮＴＮ、ｈＦＯＸＧ１、ｈＫＣＮＱ２、ｈＦＭＲ１、抗Ｔａｕ／ｍｉＲＮＡ、ＥＰＭ２ＡまたはＥＰＭ２Ｂである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、パーキンソン病の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるパーキンソン病の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるパーキンソン病の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、パーキンソン病に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子は、ＬＲＲＫ２、ＧＢＡ１、ＧＢＡ１＋アルファシヌクレイン、ＡＡＤＣ、ＧＤＮＦ、ニュールツリン、ＧＡＤ、ＮＴＮ、ｈＦＯＸＧ１、ｈＫＣＮＱ２、ｈＦＭＲ１、抗Ｔａｕ／ｍｉＲＮＡ、ＥＰＭ２ＡまたはＥＰＭ２Ｂである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、パーキンソン病の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例２６
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるタウオパチーの処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるタウオパチーの処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、タウオパチーに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、Ｔａｕタンパク質をコードする遺伝子（ＭＡＰＴ）によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＭＡＰＴである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、タウオパチーの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるタウオパチーの処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるタウオパチーの処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、タウオパチーに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、Ｔａｕタンパク質をコードする遺伝子（ＭＡＰＴ）によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＭＡＰＴである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、タウオパチーの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例２７
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるアルファ－１アンチトリプシン欠乏症（ＡＡＴＤ）の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるＡＡＴＤの処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、ＡＡＴＤに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＳＥＲＰＩＮＡ１をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＳＥＲＰＩＮＡ１である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、ＡＡＴＤの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるアルファ－１アンチトリプシン欠乏症（ＡＡＴＤ）の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるＡＡＴＤの処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号４３４３８～配列番号４６４３７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、ＡＡＴＤに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＳＥＲＰＩＮＡ１をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＳＥＲＰＩＮＡ１である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、ＡＡＴＤの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例２８
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる嚢胞性線維症の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる嚢胞性線維症の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、嚢胞性線維症に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＣＦＴＲをコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＣＦＴＲである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、嚢胞性線維症の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる嚢胞性線維症の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる嚢胞性線維症の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号１６１１８～配列番号１９１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、嚢胞性線維症に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＣＦＴＲをコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＣＦＴＲである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、嚢胞性線維症の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例２９
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるデュシェンヌ型筋ジストロフィーの処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるデュシェンヌ型筋ジストロフィーの処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０、または配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＤＭＤをコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＤＭＤである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、デュシェンヌ型筋ジストロフィー疾患の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるデュシェンヌ型筋ジストロフィーの処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるデュシェンヌ型筋ジストロフィーの処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号２５１１８～配列番号２６１１７、配列番号２８９９１～配列番号３１９９０、または配列番号１３１１８～配列番号１６１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＤＭＤをコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＤＭＤである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、デュシェンヌ型筋ジストロフィー疾患の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例３０
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる前頭側頭型認知症の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、ＦＴＤに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、プログラニュリンをコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はプログラニュリンである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、ＦＴＤの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる前頭側頭型認知症の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、ＦＴＤに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、プログラニュリンをコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はプログラニュリンである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、ＦＴＤの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例３１
機械学習によって識別された副腎組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された副腎組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、副腎組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された副腎組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された副腎組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、副腎組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
副腎組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表４６に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例７で観察され表１３に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表４６に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された副腎向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表４７は、副腎組織向性を呈し、表４６に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表４７に開示される配列番号２１１８～配列番号３１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３２
機械学習によって識別された骨髄組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された骨髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、骨髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された骨髄組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された骨髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、骨髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
骨髄組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表４８に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１８で観察され表３５に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表４８に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された骨髄向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表４９は、骨髄組織向性を呈し、表４８に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表４９に開示される配列番号５１１８～配列番号６１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３３
機械学習によって識別された結腸組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された結腸組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、結腸組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された結腸組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された結腸組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、結腸組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
結腸組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表５０に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１４で観察され表２７に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表５０に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された結腸向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表５１は、結腸組織向性を呈し、表５０に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表５１に開示される配列番号１１１１８～配列番号１２１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３４
機械学習によって識別された心臓組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された心臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、心臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された心臓組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された心臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、心臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
心臓組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表５２に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１３で観察され表２５に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表５２に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された心臓向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表５３は、心臓組織向性を呈し、表５２に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表５３に開示される配列番号１４１１８～配列番号１５１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３５
機械学習によって識別されたリンパ節組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別されたリンパ節組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、リンパ節組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別されたリンパ節組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別されたリンパ節組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、リンパ節組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
リンパ節組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表５４に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１６で観察され表３１に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表５４に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出されたリンパ節向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表５５は、リンパ節組織向性を呈し、表５４に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表５５に開示される配列番号２０１１８～配列番号２１１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３６
機械学習によって識別された乳腺組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された乳腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、乳腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された乳腺組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された乳腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、乳腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
乳腺組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表５６に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１１で観察され表２１に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表５６に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された乳腺向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表５７は、乳腺組織向性を呈し、表５６に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表５７に開示される配列番号２３１１８～配列番号２４１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３７
機械学習によって識別された肺組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された肺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、肺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された肺組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された肺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、肺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
肺組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表５８に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１２で観察され表２３に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表５８に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された肺向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表５９は、肺組織向性を呈し、表５８に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表５９に開示される配列番号１７１１８～配列番号１８１１７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３８
機械学習によって識別された坐骨神経組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された坐骨神経組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、坐骨神経組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された坐骨神経組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された坐骨神経組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、坐骨神経組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
坐骨神経組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表６０に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例８で観察され表１５に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表６０に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された坐骨神経向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表６１は、坐骨神経組織向性を呈し、表６０に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表６１に開示される配列番号２６９９１～配列番号２７９９０のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例３９
機械学習によって識別された骨格筋組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された骨格筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、骨格筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された骨格筋組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された骨格筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、骨格筋組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
骨格筋組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表６２に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例９で観察され表１７に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表６２に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された骨格筋向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表６３は、骨格筋組織向性を呈し、表６２に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表６３に開示される配列番号２９９９１～配列番号３０９９０のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例４０
機械学習によって識別された皮膚組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された皮膚組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、皮膚組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された皮膚組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された皮膚組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、皮膚組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
皮膚組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表６４に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１７で観察され表３３に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表６４に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された皮膚向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表６５は、皮膚組織向性を呈し、表６４に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表６５に開示される配列番号３２９９１～配列番号３３９９０のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例４１
機械学習によって識別された脊髄組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された脊髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、脊髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された脊髄組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された脊髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、脊髄組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
脊髄組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表６６に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１０で観察され表１９に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表６６に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された脊髄向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表６７は、脊髄組織向性を呈し、表６６に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表６７に開示される配列番号３５４３８～配列番号３６４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例４２
機械学習によって識別された脾臓組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された脾臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、脾臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された脾臓組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された脾臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、脾臓組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
脾臓組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表６８に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例６で観察され表１１に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表６８に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された脾臓向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表６９は、脾臓組織向性を呈し、表６８に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表６９に開示される配列番号３８４３８～配列番号３９４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例４３
機械学習によって識別された甲状腺組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された甲状腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、甲状腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
機械学習によって識別された甲状腺組織向性を有するＡＡＶ５バリアント
この実施例では、機械学習法によって識別された甲状腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性について記載する。実施例１９及び図１９～図２２に記載したものと同じバイオインフォマティクス前処理、機械学習法、及び分析を行って、甲状腺組織向性を呈示する工学操作されたＡＡＶ５バリアントの好ましい特性を識別した。
甲状腺組織向性の高い確率と関連する、ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域内の各位置で優先される生物物理学的特性及び優先されるアミノ酸残基について、以下に記載する。表７０に記載する以下の機械学習により導出された位置的アミノ酸優先度のいずれも、単独で、または互いと組み合わせて、もしくは実施例１５で観察され表２９に記載されたアミノ酸優先度のいずれかと組み合わせて存在することができる。以下の表７０に列記されているのは、ＭＬモデルから抽出された甲状腺向性の上位の重要な特徴間で共通する位置的特徴の概要である。
以下の表７１は、甲状腺組織向性を呈し、表７０に提示された規則のうちの１つまたは複数に適合した、バリアントＡＡＶ ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１から５８９までの領域の配列を提示する。したがって、本開示は、Ｘａａ１からＸａａ９までの領域が表７１に開示される配列番号４１４３８～配列番号４２４３７のいずれか１つである、配列番号２を有する工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドポリペプチドから構成されたｒＡＡＶを提供する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例４４
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるレット症候群の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるレット症候群の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、レット症候群に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、レット症候群に関与する遺伝子の未成熟終結コドン（ＰＴＣ）を標的とするサプレッサーｔＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＭＥＣＰ２をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。サプレッサーｔＲＮＡは、ＭＥＣＰ２のＰＴＣを標的とする。導入遺伝子はＭＥＣＰ２である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、レット症候群の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによるレット症候群の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによるレット症候群の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、レット症候群に関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、レット症候群に関与する遺伝子の未成熟終結コドン（ＰＴＣ）を標的とするサプレッサーｔＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、ＭＥＣＰ２をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。サプレッサーｔＲＮＡは、ＭＥＣＰ２のＰＴＣを標的とする。導入遺伝子はＭＥＣＰ２である。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上したＣＮＳ組織向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、レット症候群の少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
実施例４５
濃縮されたバリアントの決定
この実施例では、次の組織：副腎、骨髄、ＣＮＳ組織、結腸、心臓、肺、リンパ節、乳腺、骨格筋または心筋、坐骨神経、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、及び甲状腺の各々における濃縮されたバリアントの決定について説明する。
濃縮されたバリアントの決定
この実施例では、次の組織：副腎、骨髄、ＣＮＳ組織、結腸、心臓、肺、リンパ節、乳腺、骨格筋または心筋、坐骨神経、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、及び甲状腺の各々における濃縮されたバリアントの決定について説明する。
カプシドバリアントは、観察された存在量に関して分析され得る。実施例１９に記載したようなフィルタリングに続いて、動物間、または組織切片間、またはＣＮＳ領域間、またはシーケンシングサンプル間で繰り返された観察の数に基づいてバリアントをスコアリングする。これによりバリアント頻度の分布が得られ、統計的方法を用いて他のすべてのバリアントの観察頻度の分布と比べた観察によってバリアントをランク付けすることができる。
更に、次式、またはこの式のバリエーションを使用して、組織内のバリアント「濃縮度」を算出することができる：
式中、ＶＡＲは、ｍ個すべての組織中のｎ個すべてのバリアントについての組織ｋにおけるバリアントｊのＵＭＩカウントである。
観察と同様に、これにより各組織内のバリアント濃縮頻度の分布が得られ、統計的方法を用いて他のすべてのバリアントの濃縮頻度の分布と比べた濃縮度によってバリアントをランク付けすることができる。
次に、得られた観察及び濃縮度の相対的スコアを合計する、または平均する、または別様に統合することができ、バリアントは、この統合された観察／濃縮度スコアによって、所与の組織に感染する可能性が高い候補を識別するためにランク付けされる。
統合された観察スコア及び濃縮度スコアに基づいて各組織に存在するカプシドバリアントのリストを生成するために、観察されたバリアントを優先した。統合スコアによってバリアントをランク付けし、上位バリアントのうち１０００までを含めた。
各組織で濃縮されていた配列を以下の表に記載する。また、本明細書には、ＡＡＶ５ ＶＰ１の５８１から５８９までの領域のアミノ酸に対応するＡＡＶ５ ＶＰ２（アミン酸残基４４５～４５３）及びＡＡＶ５ ＶＰ３（アミノ酸残基３８９～３９７）の領域に、以下の表に開示される配列を有する、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ２カプシドポリペプチドと、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰ３カプシドポリペプチドとから構成されたｒＡＡＶが包含される。
実施例４６
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、ＳＭＡに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、運動神経細胞生存（ＳＭＮ）タンパク質をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＳＭＮである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上した脊髄向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、ＳＭＡの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
治療用ペイロードをカプシドで包むＡＡＶ５由来ビリオンによる脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）の処置
この実施例では、本明細書で開示される工学操作されたＣＮＳ向性バリアントＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドのいずれか１つを有するバリアントＡＡＶ５由来ビリオンによる脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）の処置について記載し、ここで、バリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包むものである。ＡＡＶ Ｒｅｐ、ＡＡＶ５由来バリアントＣａｐ及びヘルパータンパク質、ならびに治療用ペイロードをコードするポリヌクレオチド配列を細胞にトランスフェクトすることで、バリアントＡＡＶ５ビリオンが産生され、ここで、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、ＶＰ１カプシドポリペプチドの５８１に対応する位置から５８９に対応する位置までの領域に少なくとも１つの変異を含み、バリアントＡＡＶ５ Ｃａｐをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号３４９９１～配列番号３７４３７のいずれか１つのアミノ酸配列をコードする。治療用ペイロードは、ＳＭＡに関与する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡを標的とするガイドＲＮＡ、または導入遺伝子である。ガイドＲＮＡの標的となるｍＲＮＡは、運動神経細胞生存（ＳＭＮ）タンパク質をコードする遺伝子によってコードされるｍＲＮＡである。導入遺伝子はＳＭＮである。ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは対象に投与される。対象はヒトまたは非ヒト動物である。投与経路は全身投与経路である。全身投与経路は静脈内投与である。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して向上した脊髄向性を呈する。対象への投与に際し、治療用ペイロードをカプシドで包むバリアントＡＡＶ５ビリオンは、治療用ペイロードをカプシドで包む野生型ＡＡＶ５ビリオンと比較して低い用量で投与される。対象への投与に際し、ＳＭＡの少なくとも１つの症状が緩和されるか、または対象が治癒する。
２． ある特定の配列
Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択される
ここで、Ｘａａ５はＶである（Ｙ５８５Ｖ）
ここで、Ｘａａ７はＴである（Ｌ５８７Ｔ）
ここで、Ｘａａ１はＴである（Ａ５８１Ｔ）
ここで、Ｘａａ２はＡである（Ｔ５８２Ａ）
ここで、Ｘａａ４はＡである（Ｔ５８４Ａ）
ここで、Ｘａａ５はＶであり（Ｙ５８５Ｖ）、Ｘａａ７はＴである（Ｌ５８７Ｔ）
配列番号９ ＡＴＧＴＹＮＬＱＥ（ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドの５８１～５８９シアル酸結合領域及びＸａａ１～Ｘａａ９の参照）
配列番号１１１（図１０、中央のバリアントＤＮＡ）
ＡＡＴＣＣＡＧＣＴＡＴＧＴＴＣＡＡＴＴＧＣＧＡＴＴＡＣ
配列番号１１２（図１０、中央のバリアント；アミノ酸）ＮＰＡＭＦＮＣＤＹ
配列番号１１３（図１０、右のバリアント、ＤＮＡ）
ＡＡＧＴＴＧＡＣＣＧＣＣＣＡＣＡＴＣＴＡＣＧＣＣＴＴＧ
配列番号１１４（図１０、右のバリアント；アミノ酸）ＫＬＴＡＨＩＹＡＬ
配列番号１１５～１１１４（表８、列記されたＡＡは配列番号２のＸａａ１～Ｘａａ９を表す）
配列番号９ ＡＴＧＴＹＮＬＱＥ（ＡＡＶ５ ＶＰ１カプシドの５８１～５８９シアル酸結合領域及びＸａａ１～Ｘａａ９の参照）
配列番号１１１（図１０、中央のバリアントＤＮＡ）
ＡＡＴＣＣＡＧＣＴＡＴＧＴＴＣＡＡＴＴＧＣＧＡＴＴＡＣ
配列番号１１２（図１０、中央のバリアント；アミノ酸）ＮＰＡＭＦＮＣＤＹ
配列番号１１３（図１０、右のバリアント、ＤＮＡ）
ＡＡＧＴＴＧＡＣＣＧＣＣＣＡＣＡＴＣＴＡＣＧＣＣＴＴＧ
配列番号１１４（図１０、右のバリアント；アミノ酸）ＫＬＴＡＨＩＹＡＬ
配列番号１１５～１１１４（表８、列記されたＡＡは配列番号２のＸａａ１～Ｘａａ９を表す）
３． 均等物及び参照による組み込み
本明細書において引用されるすべての参考文献は、各個の刊行物、データベースエントリ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリ）、特許出願、または特許があらゆる目的で全体的に参照により組み込まれることが明確かつ個別に示されているのと同程度に、参照により組み込まれる。参照による組み込みに関するこの記述は、出願人により、３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（１）に従って、あらゆる個々の刊行物、データベースエントリ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリ）、特許出願、または特許に関連することが意図され、その各々は、参照による組み込みに関する専用の記述のすぐ近くにそのような引用がなくとも、３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（２）に準拠して明確に識別される。参照による組み込みに関する専用の記述がある場合、それを本明細書に含めることが、参照による組み込みに関するこの一般的な記述を弱めることは決してない。本明細書における参考文献の引用は、参考文献が適切な先行技術であることの承認を意図するものではなく、これらの刊行物または文書の内容または日付についての承認を構成するものでもない。
本明細書において引用されるすべての参考文献は、各個の刊行物、データベースエントリ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリ）、特許出願、または特許があらゆる目的で全体的に参照により組み込まれることが明確かつ個別に示されているのと同程度に、参照により組み込まれる。参照による組み込みに関するこの記述は、出願人により、３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（１）に従って、あらゆる個々の刊行物、データベースエントリ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ配列またはＧｅｎｅＩＤエントリ）、特許出願、または特許に関連することが意図され、その各々は、参照による組み込みに関する専用の記述のすぐ近くにそのような引用がなくとも、３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（２）に準拠して明確に識別される。参照による組み込みに関する専用の記述がある場合、それを本明細書に含めることが、参照による組み込みに関するこの一般的な記述を弱めることは決してない。本明細書における参考文献の引用は、参考文献が適切な先行技術であることの承認を意図するものではなく、これらの刊行物または文書の内容または日付についての承認を構成するものでもない。
好ましい実施形態及び様々な代替実施形態を参照して本発明を詳細に示し、説明したが、本発明の主旨及び範囲から逸脱することなく、その形態及び詳細に様々な変更を行ってもよいことが当業者には理解される。
Claims (87)
- 配列番号１と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、配列番号１の残基５８１に対応する残基から配列番号１の残基５８９に対応する残基までを含む領域に少なくとも１つの変異を有し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記少なくとも１つの変異は、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性を前記ｒＡＡＶに付与し、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。 - 前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号２の配列を有し、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、任意のアミノ酸から選択される、請求項１に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 配列番号２のアミノ酸配列を有する工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチドであって、
アミノ酸残基Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、及びＸａａ９は、各々独立して、Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｄ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、Ｙ、及びＶから選択され、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）へとアセンブルすることが可能であり、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、及び配列番号８のいずれかの配列を有しない、前記工学操作されたアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ウイルスタンパク質（ＶＰ）カプシドポリペプチド。 - 前記ｒＡＡＶは、配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンと比較すると、中枢神経系（ＣＮＳ）組織に対するより高い向性を有する、請求項３に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、請求項１または２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つの配列を有する、請求項５に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 配列番号２のＸａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、請求項３または４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 配列番号２の前記Ｘａａ１からＸａａ９までの領域は、配列番号７１１８～配列番号１０１１７のいずれか１つの配列を有する、請求項７に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、Ａ、Ｃ、Ｋ、Ｍ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ２は、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｔ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ３は、Ａ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ４は、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｍ、Ｑ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ５は、Ｃ、Ｇ、Ｋ、Ｉ、Ｍ、及びＲからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ６は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＹからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ７は、Ｄ、Ｉ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、及びＷからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ８は、Ｃ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、及びＶからなる群から選択されるか、または
Ｘａａ９は、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、及びＶからなる群から選択されるか、または
それらの任意の組み合わせである、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。 - Ｘａａ１は、Ｋ、Ｑ、Ｒ、及びＷから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２は、Ｆ、Ｉ、Ｒ及びＴから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ３は、Ａ、Ｒ、及びＷから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ４は、Ｅ、Ｍ、及びＲから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５は、Ｋ、Ｉ、及びＲから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ６は、Ｋ、Ｒ、及びＹから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ７は、Ｉ、Ｒ、及びＶから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ８は、Ｈ、Ｋ、及びＶから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ９は、Ｉ、Ｋ、及びＲから選択される、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１はＫである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２はＲである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ３はＲである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ４はＲである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５はＩである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ６はＲである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ７はＶである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ８はＨである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ９はＲである、請求項９に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号７１１８～配列番号８１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一である配列を有する、請求項１～２７のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 配列番号１の残基５８１から残基５８９までの前記領域は、配列番号７１１８～配列番号８１１７のいずれか１つの配列を有する、請求項２８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、低いアミノ酸溶解度を有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、及びＱから選択される、請求項３０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、低いアミノ酸ハイドロパシーを有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、Ｋ及びＲから選択される、請求項３２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、高い平均アミノ酸可動性インデックスを有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｉ、Ｎ、Ｑ、及びｒＳから選択される、請求項３４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、高い水素結合ドナーを有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、Ｋ及びＲから選択される、請求項３６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、低いアミノ酸変異性を有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ１は、Ｋ、Ｒ、Ｐ、及びＨから選択される、請求項３８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２は、低いアミノ酸溶解度を有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、Ｑ、及びＳから選択される、請求項４０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２は、低いアミノ酸ハイドロパシーを有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、及びｒＴから選択される、請求項４２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２は、高いアミノ酸電荷を有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ２は、Ｒ、Ｋ、及びＨから選択される、請求項４４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ３は、高いアミノ酸溶解度を有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ３は、Ａ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、及びＩから選択される、請求項４６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５は、高いアミノ酸溶解度を有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５は、Ｃ、Ｍ、Ｖ、Ｗ、Ｌ、及びＩから選択される、請求項４８に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５は、高いハイドロパシーを有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５は、Ｍ、Ｖ、及びＩから選択される、請求項５０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５は、低い平均アミノ酸可動性インデックスを有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ５は、Ｍ、Ｗ、Ｆ、及びＣから選択される、請求項５２に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ８は、高いアミノ酸溶解度を有する、請求項２～４のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- Ｘａａ８は、Ｈ、Ｖ、及びＩから選択される、請求項５４に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号８１１８～配列番号９１１７のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を有する、請求項３０～５５のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 残基５８１に対応する前記残基から残基５８９に対応する前記残基までを含む前記領域は、配列番号８１１８～配列番号９１１７のいずれか１つの配列を有する、請求項５６に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 前記ＣＮＳ組織は、前脳皮質、後頭皮質、側頭皮質、視床、視床下部、黒質、海馬ＤＧ、海馬ＣＡ１、海馬ＣＡ３、小脳、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１～５７のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- ＣＮＳ組織に対する向性は、非ＣＮＳ組織と比較したＣＮＳ組織における前記ｒＡＡＶビリオンの相対的蓄積として測定され、前記非ＣＮＳ組織は、肝臓、骨格筋、心臓、肺、脾臓、リンパ節、骨髄、乳腺、皮膚、副腎、甲状腺、結腸、坐骨神経、及び脊髄から集合的になる、請求項１～５８のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 前記より高い組織向性は、非ＣＮＳ組織と比較して前記ＣＮＳ組織において１．０００５倍～約１０００倍増加した蓄積である、請求項１～５９のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 前記より高い組織向性は、非ＣＮＳ組織と比較して前記ＣＮＳ組織において少なくとも約１．０００５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約７５倍、少なくとも約１００倍、または少なくとも約１０００倍増加した蓄積である、請求項６０に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、工学操作されたＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドである、請求項１～６１のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 前記変異は置換である、請求項１～６１のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチド。
- 組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）であって、
カプシドへとアセンブルされた請求項１～６３のいずれか１項に記載の工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドと、
ペイロードとを含み、
前記工学操作されたＡＡＶ ＶＰカプシドポリペプチドは、前記ペイロードをカプシドで包む、前記組換えＡＡＶビリオン（ｒＡＡＶ）。 - 前記ペイロードは、治療用ポリヌクレオチドを含み、場合により、前記治療用ポリヌクレオチドは、導入遺伝子またはゲノム修飾実体をコードする、請求項６４に記載の組換えｒＡＡＶ。
- 前記治療用ポリヌクレオチドは、ガイドＲＮＡ、ｔＲＮＡ、サプレッサーｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、環状ＲＮＡ、もしくはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）、リボザイム、ＤＮＡザイム、アプタマー、またはそれらの任意の組み合わせをコードする、請求項６５に記載のｒＡＡＶ。
- 前記治療用ポリヌクレオチドは、線状の治療用ポリヌクレオチドまたは環状の治療用ポリヌクレオチドをコードする、請求項６５に記載のｒＡＡＶ。
- 前記導入遺伝子は表１から選択される、請求項６５に記載のｒＡＡＶ。
- 前記ゲノム修飾実体は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系、ＲＮＡ作用性アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡＲ）酵素、転写活性化因子、または転写抑制因子を含む、請求項６５に記載のｒＡＡＶ。
- 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ９、Ｃａｓ４、Ｃａｓ１２、またはＣａｓ１３を含む、請求項６９に記載のｒＡＡＶ。
- 前記ＡＤＡＲは、ヒトＡＤＡＲ１またはヒトＡＤＡＲ２である、請求項６９に記載のｒＡＡＶ。
- 前記転写活性化因子は、ＶＰ６４である、請求項６９に記載のｒＡＡＶ。
- 前記転写抑制因子は、ＫＲＡＢである、請求項６９に記載のｒＡＡＶ。
- 請求項６４～７３のいずれか１項に記載のｒＡＡＶビリオンと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
- 治療有効量の請求項７４に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、処置の方法。
- 処置を必要とする対象の処置における使用のための請求項７４に記載の医薬組成物であって、前記使用は、治療有効量の請求項７４に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記医薬組成物。
- 処置を必要とする対象を治療有効量のｒＡＡＶビリオンの投与によって処置するための医薬の製造における使用のための、請求項６４～７３のいずれか１項に記載のｒＡＡＶビリオン。
- 前記ｒＡＡＶビリオンの前記治療有効量は、同じペイロードをカプシドで包む配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンの治療有効量よりも少なく、配列番号１の前記野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有する前記ｒＡＡＶビリオンは、同じ投与経路によって投与される、請求項７５～７７のいずれか１項に記載の方法。
- 前記ｒＡＡＶビリオンの前記治療有効量は、同じペイロードをカプシドで包む配列番号１の野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有するｒＡＡＶビリオンの治療有効量と比較すると、前記対象においてより低い毒性をもたらし、配列番号１の前記野生型ＡＡＶ５ ＶＰカプシドポリペプチドを有する前記ｒＡＡＶビリオンは、同じ投与経路によって投与される、請求項７５～７８のいずれか１項に記載の方法。
- 前記治療有効量は、少なくとも１×１０５ウイルスゲノム／ｋｇ対象体重～５×１０１４ウイルスゲノム／ｋｇ対象体重である、請求項７５～７９のいずれか１項に記載の方法。
- 前記ｒＡＡＶビリオンは、全身投与を介して投与される、請求項７５～８０のいずれか１項に記載の方法。
- 前記全身投与は、静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または経口投与である、請求項８１に記載の方法。
- 前記対象は、ヒトまたは非ヒト動物である、請求項７５～８２のいずれか１項に記載の方法。
- 前記対象は疾患を有する、請求項７５～８３のいずれか１項に記載の方法。
- 前記疾患は神経学的状態である、請求項８４に記載の方法。
- 前記神経学的状態は、ＡＡＤＣ欠損症、アルツハイマー病、タウオパチー、シヌクレイノパチー、バッテン病、ＭＰＳ－ＩＩＩＢ、ＧＢＡ１変異を伴う前頭側頭型認知症（ＰＤ－ＧＢＡ）、神経障害性ゴーシェ病、ゴーシェ病２型、カナバン病、パーキンソン病、テイ－サックス病、ハンチントン病、Ｐｒｏｔｏｃｋｉ－Ｌｕｐｓｋｉ症候群、筋萎縮性側索硬化症、ダウン症候群、サンフィリッポ病Ａ型、サンフィリッポ病Ｂ型、またはレット症候群である、請求項８５に記載の方法。
- 前記認知症は前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）である、請求項８６に記載の方法。
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